Theses supervised by Prof. Dr. Şükrü Kırkan
14 theses · Aydın Adnan Menderes University
Endometritisli ineklerden patojen mikroorganizmaların maldı-tof ms ile identifikasyonu ve izolatların antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Amaç: Bu araştırma Batı Ege illerinde (Aydın, Denizli, Muğla) endometritisli süt ineklerinin vaginal akıntı örneklerinden izole edilen patojen mikroorganizmaların tespiti ve antibiyotik direnç profillerinin ortaya konulması amacı ile yapıldı. Gereç ve Yöntem: Araştırma, Aydın, Denizli ve Muğla'da bulunan çeşitli işletmelerden (her ilden 50 adet olmak üzere) endometritis şüpheli toplamda 150 inekten alınan vajinal akıntı numuneleri ile yapılmıştır. Bakteriyel kültür sonucu izole edilen bakterilerin MALDI-TOF MS ile identifikasyonları yapıldı ve Kirby - Bauer Disk Diffüzyon metodu ile antibiyotik duyarlılık testleri gerçekleştirildi. Bulgular: Araştırmada Aydın ilinden alınan 50 örnekten 45 izolat, Denizli ilinden alınan 50 örnekten 43 izolat, Muğla ilinden alınan 50 örnekten 32 izolat elde edildi. İzolatlardan MALDI-TOF MS ile yapılan identifikasyon sonucunda 17 farklı bakteri türü tespit edildi. En çok tespit edilen bakteriyel etkenler (%27) Trueperella pyogenes, (%18) Streptococcus pluranimalium, (%13) Escherichia coli olarak bulundu. Antibiyotik duyarlılık testlerinde Trueperella pyogenes ve Escherichia coli izolatlarının tamamı amoksisilin-klavulanik asit, ampisilin ve penisilin G'ye karşı dirençli olarak bulundu. Sonuç: Araştırma sonucunda, T. pyogenes ve E. coli etkenleri birçok araştırmada olduğu gibi endometritis vakalarından en çok izole edilen etkenler olduğu tespit edildi. İzolatların dirençlilik profilleri göz önüne alındığında endometritis vakalarında bakteriyel teşhis ve teşhis edilen etkenlerin antibiyotik duyarlılık testlerinin uygulanmasının gerekli olduğu sonucuna varıldı.
Subklinik mastitisli keçilerden izole edilen stafilokok türlerinin farklı virulens özelliklerinin araştırılması
Araştırmamızda subklinik mastitisli keçilerden izole edilen Stafilokok suşlarının virulens faktörleri, enterotoksinleri, antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Subklinik mastitisli keçilerden toplanan 110 süt örneğinden izole edilen Stafilokok suşları araştırmanın temelini oluşturmaktadır. Stafilokok suşları biyokimyasal testlere tabii tutulmuş ve koagulaz pozitif ve negatif olarak ayrılmıştır. Bu izolatlar genotipik olarak PCR ile tiplendirilmiş ardından sekans analizleri yapılarak tam identifikasyonları gerçekleştirilmiştir. İdentifiye edilen Stafilokok suşlarının Panton Valentine Leukocidin (PVL), Clumping factor (CLFA), Coagulase (coa), Alpha hemolysin (Hla), Beta Hemolysin (Hlb), Ý-hemolysin (Ý-hlg) ve Enterotoksin tiplendirilmeleri moleküler yöntemlerle yapılmıştır. Stafilokok izolatlarının sahada sıklıkla kullanılan antibiyotikler ile antibiyogramları gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak numunelerden %23.6 oranında Stafilokok izolasyonu yapılmıştır. Yapılan identifikasyon çalışmaları sonucunda, 5 S. equorum (%19), 5 S. pettenkoferi (%19), 5 S. epidermidis (%19), 3 S. warneri (%12), 3 S. caprae (%12), 2 S. capitis (%7), 1 S. simulans (%4), 1 S. hominis (%4) ve 1 S. aureus (%4), 15 (%13.8) Streptococcus sp., 13 (%12) Bacillus sp., 10 (%9) Lactobacillus sp., 7 (%6.3) Shigella sp., 7 (%6.3) E. coli, 7 (%6.3) Corynebacterium sp., 5 (%4.5) Klebsiella sp. ve 3 (%2.7) Flavobacterium sp. izole ve identifiye edilmiştir. Toplam 17 (%15.5) örnekte ise bakteriyel üreme görülmemiştir. Araştırmamızda elde edilen Stafilokok izolatlarının da söz konusu antibiyotik gruplarından olan Amoksisilin-Klavulanik asit, Ampisilin ve Penisilin G antibiyotiklerine karşı dirençli bulunduğu saptanmıştır. Bu araştırma ile subklinik mastitis etiyolojisinde yaklaşık olarak %70 oranında önemli bir rol oynayan Stafilokokların keçilerde görülen subklinik mastitis hakkındaki bölgesel profili çıkarılmıştır.
Mastitisli sütlerde görülen aspergıllus flavus varlığının PCR ile araştırılması
Bu çalışmada, Mayıs-Eylül 2017 tarihleri arasında Aydın ili ve çevresinde bulunan çeşitli işletmelerdeki klinik mastitisli 90 adet inekten aseptik ve tekniğine uygun olarak 20'şer ml olmak üzere steril kaplara süt numunesi alınmıştır. Alınan numuneler soğuk zincir altında Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarına Aspergillus flavus M1 toksininin varlığı yönünden incelenmek üzere getirilmiştir. İki örnek yapısal deformasyonlardan dolayı araştırma dışında bırakılmıştır. Süt örneklerindeki Aspergillus flavus M1 toksininin varlığının araştırılması ELISA tekniği ile gerçekleştirilmiştir. Aflatoxin M1 ELISA sonuçları 0 ppt, 5 ppt, 15 ppt, 30 ppt, 60 ppt ve 100 ppt içerikli pozitif kontroller ile karşılaştırılarak değerlendirilmiştir. İncelenen 88 örnek için; 7 (% 8,0)'sinde 5 ppt, 12 (% 13,6)'sinde 15 ppt, 32 (% 36,4)'sinde 100 ppt, 37 (% 42,0)'sinde ise 0 ppt düzeylerinde Aflatoksin M1 tespit edilmiştir. Bu sonuçlara göre 32 (% 36,4)'sinde Avrupa Birliği ülkelerinde çiğ sütler için kabul edilen sınırın (50 ppt) üzerinde AFM1 pozitifliği saptanmıştır. Araştırmamızda Aflatoxin M1 ELISA kiti ile incelenen 88 adet mastitisli süt örneğinden elde edilen DNA'lar Aspergillus flavus tür spesifik PCR işlemine tabi tutulmuştur. PCR sonucunda; 7 (% 36,8)'sinde 0 ppt, 1 (% 5,2)'inde 5 ppt, 2 (% 10,5)'sinde 15 ppt ve 9 (% 47,5)'unda 100 ppt düzeyinde Aflatoxin M1 ELISA kiti toksin varlığı belirlenmiştir. Sonuç olarak araştırmamızda ELISA ile 32 örnekte 100 ppt düzeyinde AFM1 pozitifliği saptanırken, PCR ile 9 örnekte 100 ppt düzeyinde pozitiflik saptanmıştır. ELISA testi sonucunda daha fazla çıkan pozitif sonucun, çapraz reaksiyonlara bağlı olarak şekillendiği, teşhis ve identifikasyonda ise FLA gen primerleri ile yapılan PCR yönteminin daha güvenilir olduğu ortaya konulmuştur.
Aydın ilinde bulunan sığır çiftliklerinde streptococcus uberis kökenli mastitislerin ve virulans genlerinin multiplex polimeraz zincir reaksiyonu (MPCR) ile belirlenmesi
Bu çalışmada, Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'na getirilen toplam 200 adet süt örneği Streptococcus uberisyönünden incelendi. İzole edilen etkenlerin tür düzeyinde virulans ilişkili gen dağılımının belirlenmesi amacıyla multipleks PCR metodu uygulandı. İncelenen 200 süt örneğinin 35 (%17.5)'inden Streptococcus uberis izolasyonu gerçekleştirildi. Polimeraz zincir reaksiyonu ile konvansiyonel olarak identifiye edilen S. uberis suşları incelendiğinde toplam 35 adet izolatın tamamında (% 100) 1400 bp fragment aralığında16S rRNAgeni tespit edilmiştir. Virulans genleri tek olarak incelendiğinde, 32 (% 91) suştan hasB, 32 (% 91) suştan gapC, 32 (% 91) suştan skc, 30 (% 86) suştan cfu, 30 (% 86) suştan hasC, 30 (% 86) suştan hasA, 29 (% 83) suştan sua, 28 (% 80) suştan oppF, 25 (% 71) pauA, 9 (% 26) suştan Ibp geni identifiye edilmiştir. pauB genine ise rastlanmamıştır. Sonuç olarak mastitis vakalarından izole edilen S. uberis etkenlerinin virulans genlerinin dağılımı incelendiğinde etkenin patojenitesi açısından kapsül formasyonunu eksprese eden genlerin önemli role sahip olduğu ortaya konulmuştur, ayrıca serin proteaz enzimi sentezinde görevli olan genlerin de dikkate değer oranda dağılım gösterdiği görülmüştür. Anahtar Kelimeler: Streptococcus uberis, mastitis, virulans genleri, mPCR
Kedilerden izole edilen enterococcus faecalis suşlarında esp geni varlığının araştırılması
Bu çalışmada 130 kediden elde edilen rektal svap örneği, Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Rutin Teşhis Laboratuarı'nda enterokok izolasyonuna tabi tutulmuştur. İzole edilen enterokok suşları tür bazında PCR ile identifiye edilmiştir. İdentifikasyonları yapılan suşlarda çoklu ilaç direnç genleri ve enterokokal yüzey proteini (Esp) varlığı araştırılmıştır. İzolasyon çalışmaları sonucunda 130 adet numuneden 38 (% 29) Enterococcus faecalis ve 26 (% 21) Enterococcus faecium olmak üzere toplam 64 (% 50) adet enterokok saptanmıştır. 8 (% 21) adet E. faecalis suşunda fosforilasyon enzimini kodlayan gen taşıyıcılığı saptanmış, suşların hiçbirinde esp geni taşıyıcılığı belirlenmemiştir. Bu çalışma ile birlikte insanlarla yakın temas halinde bulunan kedilerin, enterokok taşıyıcılığı bakımından risk teşkil ettiği, muayene ve rutin laboratuvar analizlerinde bu durumun da göz önüne alınması gerekliliği ortaya konmuştur.
Gökkuşağı alabalıklarından lactococcus garvieae identifikasyonu ve antibiyotiklere duyarlılıklarının araştırılması
Su ürünleri yetiştiriciliğinde hastalıklar, üretim ve ticareti sınırlayan en önemli etken olarak bilinmektedir. Bilindiği üzere su ürünleri yetiştiriciliğinde yaklaşık son 20 yılda hızlı bir büyüme gerçekleşmiştir. Bu hızlı büyüme sürecinde çevresel etkileşimlerle birlikte bakteriyel, viral, fungal ve paraziter hastalıklarda da artış meydana gelmiştir. Bu hastalık etkenleri biyolojik çeşitliliği ve dolayısıyla sürdürülebilir büyümeyi önemli ölçüde etkileyen ekosistemin ayrılmaz unsurlarıdır. Yüksek stoklama yoğunluğu ile birlikte strese yol açan çevresel faktörler salgın hastalıkların ortaya çıkmasına, kültür ve doğal ortam arasında su değişimi yoluyla bu hastalıkların doğal türlere bulaşmasına yol açabilmektedir. Lactococcus garvieae, Gökkuşağı alabalıklarında laktokokkozisin etiyolojik etkeni olup en önemli Gram pozitif patojenik kok türleri arasında yer almaktadır. Araştırmamızda, kültür gökkuşağı alabalıklarında görülen Laktokokkozis'in genotipik yöntemlerle tespiti, hastalık etkeni bakteri suşlarının antibiyotik duyarlılığının ortaya koyulması amaçlanmıştır. Bu çalışmada Aydın ili ve çevresinde bulunan kültür balıkçılığı yapan işletmelerden rastgele toplanan 100 adet Gökkuşağı alabalığı örneği soğuk zincirde Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Rutin Teşhis Laboratuvarına getirilmiştir. Laboratuvara getirilen balık örnekleri tekniğine uygun olarak açılıp karaciğer, kalp ve böbrek organlarından Tryptic Soy agara ekimleri yapılarak L. garvieae suşları genotipik yöntemlerle izole edilmiştir. PCR aşaması sonrasında L. garvieae olarak identifiye edilen etkenlerinin antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi için disk difüzyon yöntemi ile Penisilin G, Florfenikol, Amoksisilin-Klavulonik asit, Ampisilin, Sefoperazon, Eritromisin, Metisilin, Gentamisin, Oksasilin ve Kloksasilin kullanılmıştır. Çalışmada identifiye edilen L. garvieae suşlarının Amoksisilin - Klavulanik asit'e % 90 oranında duyarlı, Florfenikol'e % 65 oranında orta derecede duyarlı, kullanılan diğer antibiyotiklere karşı dirençli olduğu sonucuna ulaşılmıştır.
Kedilerde bartonella henselae ve bartonella clarrıdgeiae prevalansının araştırılması
Araştırmamızda İzmir'deki özel bir veteriner kliniğine gelen 50 ev ve sokak kedisinden alınan kan örnekleri PCR yöntemi ile incelenmiştir. PCR çalışması sonucunda toplam örneklerin % 12'sinden Bartonella spp. identifikasyonu gerçekleştirilmiştir. 50 adet örnekten yapılan PCR identifikasyonu sonucundaki tür bazındaki yüzde dağılımları, B. hensela % 8 ve B. clarridgeiae % 4'tür. PCR pozitifliği elde edilmiş Bartonella türlerinin cinsiyet bazındaki yüzde dağılımları incelendiğinde, dişi kedilerde % 7.4 oranında B. henselae ve % 3.7 oranında B. clarridgeiae (2 adet B. henselae ve 1 adet B. clarridgeiae) belirlendiği görülmektedir. Erkek kedilerde ise % 8.6 oranında B. henselae ve % 4.3 oranında B. clarridgeiae (2 adet B. henselae ve 1 adet B. clarridgeiae) saptandığı görülmektedir. PCR pozitifliği elde edilmiş Bartonella türlerinin yaşam şekli bazındaki % dağılımları incelendiğinde, ev kedilerinden % 7.4 oranında B. henselae ve % 3.7 oranında B. clarridgeiae (2 adet B. henselae ve 1 adet B. clarridgeiae) belirlendiği görülmektedir. Sokak kedilerinden ise % 8.6 oranında B. henselae ve % 4.3 oranında B. clarridgeiae (2 adet B. henselae ve 1 adet B. clarridgeiae) saptandığı görülmektedir. PCR pozitifliği elde edilmiş Bartonella türlerinin yaş bazındaki dağılımları incelendiğinde, B. henselae tespit edilen kedilerin yaş aralığının 1 ile 6 yaş arasında (1, 3, 5, 6) değiştiği görülmektedir. B. clarridgeiae tespit edilen kedilerde ise yaş aralığı 1 ile 2 (1 ve 2) arasında değişmektedir. Araştırmamızda, zoonotik önemi de olan Bartonella türlerinin İzmir bölgesinde varlığı tespit edilmiştir. Özellikle kedi pirelerinden insana taşınan B. henselae türünün yaygınlığı, koruyucu pire ilaçlamaları konusunda hasta sahiplerinin bilgilendirilmesi gerektiğini doğrulamaktadır.
Köpeklerin üriner sisteminden izole edilen vankomisin dirençli enterokok türlerinin antimikrobiyal duyarlılıkları
Bu araştırmada köpeklerden alınan idrar örneklerinden izole edilen vankomisin dirençli Enterococcus faecalis ve Enterococcus faecium suşlarının antimikrobiyal duyarlılıklarının ortaya konulması amaçlandı. Bu kapsamda Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi İç Hastalıkları ve Cerrahi kliniklerine getirilen dişi ve erkek köpeklerden sistosentez yoluyla alınan 100 adet idrar örneğinden toplam 22 adet Enterococcus spp. izole ve identifiye edildi. İzolatların multipleks PCR tekniği ile tür spesifik primerler kullanılarak yapılan identifikasyonlarında idrar orijinli Enterokok suşlarının 22 (% 100) adedi E. faecium olarak identifiye edilirken; izolatlarda E. faecalis'e rastlanmadığı belirlendi. Araştırmada, vanA ve vanB primerleri kullanılarak yapılan PCR çalışması sonucunda izole edilen 10 (% 45) adet E. faecium suşunda vankomisin direncine rastlandı. E-test antibiyogram çalışması sonucunda ise izolatlarının ampisilin ve tigesikline karşı % 100, tetrasikline %36, klindamisine % 18 oranında duyarlı, seftriaksona karşı ise % 100 oranında dirençli olarak saptandı.
Mastitisli sığır sütlerinde lısterıa monocytogenes varlığının araştırılması
Araştırmamızda Aydın ili ve yöresinde bulunan çiftliklerdeki mastitisli sığırlardan alınan süt örneklerinde L. monocytogenes etkeni varlığının fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması amaçlanmıştır. Araştırma materyalini Aydın ili ve çevresinde bulunan sığır işletmelerinde bulunan mastitis semptomu gözlenen 200 adet sığır oluşturmuştur. Sığırlardan alınan toplam 200 adet mastitisli süt örneği soğuk zincir altında Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuvarlarına getirilmiştir. Süt örneklerinden fenotipik yöntemlerle L. monocytogenes identifikasyonları yapılmıştır. L. monocytogenes olarak identifiye edilen izolatlar genotipik olarak PCR ile doğrulanmıştır. İncelenen 200 adet süt örneğinin 11 (% 5.5) L. monocytogenes izolasyon ve identifikasyonu gerçekleştirildi. L. monocytogenes spesifik primerler kullanılarak gerçekleştirilen PCR sonrasında incelenen toplam 11 adet L. monocytogenes izolatının hepsi (% 100) inlB geni açısından pozitif olarak saptanmıştır Sonuç olarak araştırmamızda mastitisli sığırlardan alınan süt örneklerinden fenotipik ve genotipik yöntemlerle % 5.5 oranında L. monocytogenes identifiye edilmiş ve Aydın ili süt sığırcılığı işletmelerinde L. monocytogenes varlığı ortaya konulmuştur.
Buzağı ishallerinde rol oynayan enterotoksijenik escherichia coli türlerinin araştırılması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Araştırmamızda Aydın ili, buzağı işletmelerinde bulunan ishal gibi klinik bulguları mevcut olan buzağılardan enterotoksijenik Escherichia coli identifikasyonunun fenotipik ve genotipik yöntemlerle tespiti, izole edilen suşların antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlandı. Araştırma materyalini Eylül-Aralık 2015 tarihleri arasında, Aydın ili ve çevresinde bulunan sığır işletmelerinde bulunan ishal semptomu gözlenen 50 adet buzağı oluşturmuştur. İshalli buzağılardan alınan toplam 50 adet dışkı svabı soğuk zincir altında Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuvarlarına getirilmiştir. Svap örneklerinden fenotipik yöntemlerle E. coli identifikasyonları yapılmıştır. E. coli olarak identifiye edilen izolatlar genotipik olarak PCR ile doğrulanmış ve enterotoksijenik E. coli varlığı da PCR ile araştırılmıştır. Araştırmanın son aşamasında identifiye edilen E. coli suşlarının disk difüzyon yöntemi ile antibiyogramları yapılmıştır. İncelenen 50 adet rektal svap örneğinin 47 (% 94) adedinden E. coli izolasyon ve identifikasyonu gerçekleştirildi. E. coli spesifik primerler kullanılarak gerçekleştirilen PCR sonrasında incelenen toplam 47 E. coli izolatının hepsi (% 100) uidA geni açısından pozitif olarak saptanmıştır. Moleküler olarak doğrulanan E. coli suşları, ETEC spesifik est1B gen varlığı açısından araştırıldığında sadece 1 (% 2) adet suş enterotoksijenik E. coli olarak saptanmıştır. Antibiyogram testleri sonucunda E.coli izolatlarının Gentamisin'e % 89, Sefoperazon'a % 61, Amoksisilin- Klavulanik asit'e % 51, Danofloksasin'e % 44, Enrofloksasin'e % 42 oranlarında duyarlı ve Penisilin G'ye ve Eritromisin'e % 100, Tetrasiklin'e ve Trimetoprim-Sulfometoksazol'e % 80, Kanamisin'e ise % 76.5 oranlarına dirençli olduğu saptanmıştır. Sonuç olarak araştırmamızda ishalli buzağılardan alınan rektal svap örneklerinden fenotipik ve genotipik yöntemlerle % 94 oranında E. coli ve bu izolatların % 2'sinden ETEC identifiye edilmiştir. E. coli izolatların antibiyogram testleri sonucunda çoklu antibiyotik direnci geliştiği gözlemlenmiştir.
Sığır mastitislerine neden olan stafilokok türlerinin maldı-tof ms ile identifikasyonlarının yapılması
Bu çalışmada, mastitisli sütlerden Stafilokok türlerinin izolasyonu ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi, izole edilen suşların API, VITEK, MALDI-TOF MS gibi ticari identifikasyon metodlarıyla tiplendirilmeleri ve sonuçların karşılaştırılması, tiplendirmenin ardından 16S rRNA primerleri ile yapılacak olan PCR sonucu Stafilokokal etkenlerin sekans analizi ile birlikte doğrulanması amaçlanmıştır. Aydın ili ve çevresindeki süt sığırcılığı işletmelerinde bulunan hayvanlardan klinik mastitis problemi gösterdiği belirlenen hayvanlara ait sütler steril koşullarda alınan, toplam 100 adet süt örneği Stafilokok varlığı yönünden incelenmiştir. Stafilokok türlerinin identifikasyonları biyokimyasal yöntemlere ilave olarak VITEK 2, VITEK (MALDI-TOF) MS, PCR ve Sekanslama ile yapılmıştır. Süt örneklerinin % 34'ünden Stafilokok izolasyonu yapılmıştır. Yapılan identifikasyon çalışmaları sonucunda, izolatların 7 (% 20,60)'si Staphylococcus aureus, 10 (% 29,40)'u Staphylococcus simulans, 8 (% 23,50)'i Staphylococcus epidermidis, 4 (% 11,80)'ü Staphylococcus saprophyticus, 2 (% 5,90)'si Staphylococcus chromogenes, 2 (% 5,90)'si Staphylococcus hyicus ve 1 (% 2,95) Staphylococcus arlettae olarak tiplendirilmiştir. Yapılan antibiyogram testi sonucunda identifiye edilen 34 Staphylococcus sp. izolatının Cefoxitin, Siprofloksasin, Vankomisin, Tigesiklin ve Fosfomisine % 100 ve Linezolide % 85.2 oranlarında duyarlı; Klindamisine %100 ve Tetrasikline %82.4 oranlarında dirençli olduğu görülmektedir. Sonuç olarak; MALDI-TOF MS proteomik biyokütle spektrofotometri yönteminin güvenilirliği doğrulanmış ve uygulanabilir olduğu ortaya koyulmuştur.
Kanatlılarda salmonella türlerinin izolasyonu, serotiplendirilmesi ve antibiyotik duyarlılıklarının araştırılması
Araştırmamız, Ege Bölgesinin batısında kanatlı yetiştiriciliği yapan Salmonella şüphesi bulunan kümeslerden 01 Eylül- 20 Aralık 2016 tarihleri arasında 253 adet tavuk örneği toplanarak gerçekleştirilmiştir. Hastalık şüphesi görülen tavukların nekropsi işlemi kanatlı teşhis ünitesinde gerçekleştirildikten sonra, tavuklardan tekniğine uygun şekilde alınan organ numuneleri Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Teşhis ve Analiz Laboratuvarına soğuk zincirde getirilmiştir. Kümeslerden alınan tavuk örneklerine yapılan nekropsi sonucunda karaciğer, dalak, kalp ve sekum organlarından Salmonella etkeni izolasyon ve identifikasyonu yapılmıştır. Çalışmalarımızın sonucunda; 4 (% 9,3) izolatın S. Enteritidis ve 39 (% 90,7) izolatın S. Typhimurium olarak tiplendirilmiştir. Antibiyogram testi sonucu, S. Enteritidis (n=4) izolatlarının, Gentamisin ve Seftriaksona % 100 oranında, Kanamisin ve Tetrasikline % 50 oranında duyarlı; Sefotaksime % 75 oranında orta derece duyarlı ve Ampisilin ile Penisiline ise % 100 oranında dirençli oldukları saptanmıştır. S. Typhimurium (n=39) izolatlarının ise, Seftriaksona % 92, Gentamisine % 82, Kanamisin ve Sefotaksime % 61, Tetrasikline % 51 oranlarında duyarlı; Ampisilin % 97 ve Penisiline ise % 100 oranında dirençli oldukları belirlenmiştir.
Levrek ve çipuralardan izole edilen photobacterium damselae suşlarının moleküler karakterizasyonlarının ve antimikrobiyal duyarlılıklarının belirlenmesi
Amaç: Bu çalışmada çipura ve levrek yetiştiriciliği için önemli bir tehdit olan Photobacterium damselae ve alt türlerinin moleküler yöntemlerle teşhisi ve antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının ortaya koyulması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Araştırma materyalini Photobacterium damselae şüpheli 100'er adet ölü çipura (Sparus aurata) ve levrek (Dicentrarchus labrax) oluşturmuştur. Balık örneklerinin iç organlarından konvansiyonel, hızlı teşhis ve moleküler yöntemlerle P. damselae izolasyonu yapılmış ve izolatların antibiyotiklere karşı duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ile araştırılmıştır. Bulgular: Çipura örneklerinin iç organlarından 26 (%26) Photobacterium damselae izolatı izole edilirken, levrek örneklerinden izolasyon yapılamamıştır. Çipura örneklerinden izole edilen 26 (%26) P. damselae izolatı BD-Phoenix tanı cihazı ile identifiye edilmiştir. İdentife edilen 26 (%26) P. damselae izolatı 16S rRNA PCR ile doğrulanmış ve CPS ile URE C genleri kullanılarak yapılan PCR ile alt tür ayrımına gidilmiştir. Sonuçta P. damselae suşlarından 18 adedi (%69,23) P. damselae subsp. piscicida ve geri kalan 8 adedi (%30,77) de P. damselae subsp. damselae olarak tiplendirilmiştir. P. damselae subsp. piscicida izolatlarının tamamı gentamisine (10 µg) karşı %100 oranında, diğer yandan hem P. damselae subsp. piscicida hem de P. damselae subsp. damselae izolatları siprofloksasine (5 µg) karşı %100 duyarlı bulunmuştur. Sonuç: Bu araştırma ile deniz akuakültüründe çipura ve levrek için önemli hastalık etkeni olan P. damselae subsp. piscicida ve P. damselae subsp. damselae'nın tür spesifik genler ile moleküler teşhisi ve bazı antibiyotiklere karşı duyarlılığı ortaya koyulmuştur.
Levreklerden (Dicentrarchus labrax) izole edilen vibrio türlerinin moleküler tiplendirilmesi ve antibiyotik dirençliliklerinin belirlenmesi
Amaç: Bu araştırma levreklerden izole edilen Vibrio türlerinin moleküler yöntemlerle identifikasyonunun yapılması ve antibiyotik dirençliliklerinin belirlenmesi amacı ile yapıldı. Gereç ve Yöntem: Araştırma, Mayıs-Eylül 2021 tarihleri arasında, Ege bölgesi balık çiftliklerinden alının 100 levrek örneği ile gerçekleştirilmiştir. Örneklerden elde edilen izolatlar fenotipik ve genotipik olarak identifiye edildikten sonra antibiyotik dirençliliği disk diffüzyon yöntemi ve antibiyotik direnç genlerinin multipleks PCR ile tespitiyle yapılmıştır. Bulgular: Araştırmada 100 levrek örneğinden konvansiyonel ve biyokimyasal yöntemle 46 (%46) Vibrio spp. izolatı elde edilmiştir. Elde edilen 46 izolatın16S rRNA PCR ile Vibrio spp. olduğu doğrulanmıştır. Multipleks PCR ile 22 (47,8) izolatın V. alginolyticus, 13 (%28,2) izolatın V. harveyi, 3 (%6,5) izolatın V. parahaemolyticus, 1 (%2) izolatın V. vulnificus, 7 (%15) izolatın Vibrio spp. olduğu belirlenmiştir. Antibiyogramda en yüksek direncin ampisiline (%84,8) karşı geliştiği belirlenirken tüm izolatların enrofloksasin ve sulfametoksazol-trimetoprime (%100) duyarlı olduğu tespit edilmiştir. İzolatlarda en yüksek direnç geninin trimetoprim direnç geni (%63), en düşük direnç geninin ise florokinolon direnç geni (%6,5) bulunmuştur. Sonuç: Bu çalışmada Vibrio türlerinin balık hastalıklarda primer erken olarak önemli bir rolü olduğu ve identifikasyonda moleküler yöntemlerin daha güvenilir sonuç verdiği, izolatlar arasında tekli ve çoklu antibiyotik direnci bulunduğu tespit edilmiştir.