Fungi
78 theses under this subject heading
Orkidelerde mikorizal fungusların orkide tohumlarının çimlenmesi ve büyümeleri üzerine etkisi
42 ÖZET Doğu Akdeniz Bölgesindeki salep orkidelerinde, mikorizal fungusların teşhisi ve bu fungusların orkide tohumlarının çimlenmesi üzerine etkisinin araştırılması amacıyla yapılan bu çalışma 1993-1994 yılı boyunca yürütülmüştür. Yukarıdaki adı geçen bölgelerde 14 farklı orkide türü saptanmıştır. Bu 14 türün rizosfer topraklarından yapılan izolasyonlar sonucunda 2 Rhizoctonia solani izolatı ve 6 fungus cinsi elde edilmiştir. Orkide tohumlarının çimlenmesi ve gelişimi ile ilgili olarak Rhizoctonia solani olarak teşhis edilen izolat kullanılmıştır. Elde edilen diğer fungus cinslerinin Absidia sp., Fusarium spp., Macrophomina sp., bazı Pythiaceous funguslar ve Trichoderma sp. oldukları belirlenmiştir. Bu bölgelerde tesbit edilen Orchis coriophora, Orchis anatolica, Ophrys transchyrcana, Ophrys vernixia, Ophrys apifera, Ophrys umbilicata, Serapias vomaracea ve Himantogiossum af fine türleri tohumları ve Rhizoctonia solani, Absidia sp. ve Trichoderma sp. izolatları ile Knudson besin çözeltisi kullanarak petrilerde çimlendirme denemeleri kurulmuştur. Bu denemeler sonucunda Orchis coriophora ve Ophrys vernixia ' ya ait tohumlarda Rh-1'in varlığında çimlenme ve fide gelişimi gözlenirken, Rh-1'in bulunmadığı kontrol petrilerde protokorm oluşumu ve çimlenme gibi gelişmeler kaydedilmemiştir. Orchis anatolica tohumlanyla kurulan petri denemelerinde ise Rhizoctonia soiani sadece protokorm oluşumunu teşvik etmiş ve fide gelişimi gözlenmemiştir. Dolayısıyla Rh-1'in Orchis coriophora ve Ophrys vernixia üzerinde mikorizal etkisi kesinlik kazanırken Orchis anatolica' da etki protocorm oluşumuyla sınırlı kalmıştır.43 Fungus+Knudson çözeltisinin yanısıra ayrıca çimlendirme ortamı olarak kullanılan yulaf ortamında da Orchis coriophora + Rhizotonia solanı (Rh-1) ortaklığı çimlenmede başarılı sonuç vermiş ve sağlıklı orkide fidecikleri elde edilmiştir. Çimlendirme denemelerinin bir kısmı ayrıca orkide rizosferinden alınan bir miktar toprakla saksı denemesi kurularak gerçekleştirilmiştir. Saksı denemesinde belirli aralıklarla yapılan mikroskobik ölçümler sonucunda tohumlarda ne bir çimlenme ve ne de kayda değer başka herhangi bir değişiklik gözlenmemiştir.
Çankırı ili merkez ve Kızılırmak ilçesinde kullanılan hayvan yemlerinde bulunan mikotoksinlerin tespiti
Araştırmada bulunduğumuz bölgede (Merkez ve Kızılırmak ilçeleri) büyük baş hayvancılık yapan çiftçilerimizin kullanmış oldukları yemlerin mikotoksinlerle kontamine olma durumlarını tespit etmek ve yemlerin toksin yönünden durumlarını değerlendirme amaçlanmıştır. Bu nedenle değerlendirme yapabilmek amacıyla bölgemiz çiftçilerinin kullandığı yemlerden aynı tarihlerde ve yem torbalarına dikkat etmeden random şekilde 32 adet yem örneği toplanmıştır. Topladığımız yem örneklerini LC/MS-MS (Simadzu LCMS-8040) cihazı yardımıyla 11 farklı mikotoksinle (AFB1, AFB2, AFG1, AFG2, FB1, FB2, OTA, ZEA, DON, T-2, HT-2) bulaş durumlarının analizi yapılmıştır. Yapmış olduğumuz analiz sonucunda yem örneklerimizin birden fazla mikotoksin çeşidi ile bulaş olduğu tespit edilmiştir. Hayvan yemlerimizin büyük bir kısmında mikotoksin bulaş oranlarının yüksek seviyelerde olduğunu gözlemledik. Yem örneklerimizi geliştirme, büyütme, besi, tamamlayıcı ve karma yem grupları içerisinde detaylıca analiz ettik. Elde ettiğimiz veriler bölgemizde kullanılan yemlerin funguslar tarafından kontamine olduğunu ortaya koymuştur. Tespit edilen mikotoksin miktarları Yemlerde istenmeyen maddeler tebliğinde belirtilen toksin üst sınırlarıyla karşılaştırdığımız 2 yem örneğinin Aspergillius tarafından AFB1 ve 1 yem örneğinin ise Fusarium türleri tarafından üretilen ZEA üst limitinin üzerine çıktığı görülmüştür. Ayrıca HT-2 ve T-2 mikotoksinleri ile yem örneklerimiz yüksek oranlarda kontamine olmalarına rağmen bu mikotoksinler için tebliğde üst limit belirlenmediğinden bu yemlerin ilerde hayvanlarda ve hayvan ürünlerinden faydalanan canlıların sağlıklarında çıkartacağı sorunlar tam olarak öngörülememektedir.
İnhalan allerjenlere duyarlı allerjik astımlı çocuklarda exhale nitrik oksit düzeyinin mevsimsel değişimi
Amaç: Bu çalışmada inhale izole mantar duyarlılığı olan astımlı çocuklardadokuz ay boyunca aylık intervallerle exhale nitrik oksit düzeyini ölçerek, mevsimseldeğişimini ve semptomlarla ilişkisini inceledik. Böylece hastaların semptomlarındakötüleşmeyi ve atakları önceden öngörebilmeyi hedefledik.Gereç ve yöntem: Çalışmaya izole mantar duyarlılığı olan 15 astımlı hasta ileyaş ve cinsiyet olarak birebir eşleştirilmiş 15 sağlıklı, non-atopik çocuk kontrol grubuolarak alındı. Hastalar 7-18 yaş arasında olup, ortalaması 9,4±2,7 yıl olarak hesaplandı.Hasta gruptaki çocukların %93'ü hafif şiddette astım vakasıydı. Hastalar 9 ay süre ileayda bir kez kontrole çağrıldı ve semptom skoru, semptom medikasyon skoru, solunumtestleri, exhale NO düzeyleri, sistemik muayeneleri, geçirilen ÜSYE/ ASYE sayısı, ataksayısı, acile başvuru sayısı, gece uyandıran astım nöbetleri ve okul devamsızlığıdeğerlendirildi. Çevresel faktörler olarak mantar spor sayımları ve nem oranlarıkaydedildi.Bulgular: Exhale nitrik oksit düzeyi astımlı grupta kontrol grubuna göreistatistiksel olarak yüksek bulundu(p=0.009). NO ölçümleri mevsimlere göreincelendiğinde, ilkbahar ve yaz aylarında daha yüksekti(p=0.021 , p=0.002). Hastagrubunun nitrik oksit ölçümleri ile semptom skoru, atak sayısı ve nem oranı arasındaanlamlı korelasyonlar saptandı(p<0.01, p=0.038 , p=0.046 , p=0.006). Exhale NOdüzeyi ve FEV1 ölçümleri karşılaştırıldığında anlamlı bir ilişki bulunamadı(p>0.05).ÜSYE/ASYE geçirme sıklıkları ile NO düzeyleri korele edildiğinde anlamlıbulunmadı(p>0.05). Atmosferdeki mantar spor sayımı ile NO ölçümlerikarşılaştırıldığında ise istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki saptanamadı.(p=0.76 ,p=0.87) Çalışmamızda astımlı hastalarda acile başvuru, gece uyandıran astım nöbeti veokul devamsızlığı sayıları ile NO ölçümleri arasında bir ilişki saptanamadı.(p>0.05)Sonuç: NO, astımlı hastalarda normal populasyona göre daha yüksek olması veatak dönemlerinde artması nedeniyle bir inflamasyon parametresi olarak öneminikorumaktadır. Çalışmamızda ilkbahar ve yaz aylarında yükselen NO'in aynıdönemlerde artan mantar sporları ile ilişkisini gösteremedik. Vejetatif mantar sayısınısayabilmek için uçuşan sporları airtrap yöntemiyle ölçmek yerine agarjel besiyerindeüretmenin de bu çelişkiyi aydınlatabileceğini düşündük.
Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi yoğun bakım ünitelerinde gelişen kandidemilerin değerlendirilmesi
Kandidemi, tanı ve tedavisi zor olan, yüksek morbidite ve mortaliteyle seyreden bir klinik durumdur. Kan kültüründe üreyen kandida türünün belirlenmesi, tedavide kullanılacak olan antifungal ajanın belirlenmesinde önem taşımaktadır. Bu tez çalışmasında hastanemiz yoğun bakım ünitelerinde kandidemi sıklığının, etken kandida türlerinin dağılımının ve antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi, kandidemi gelişiminde etkili risk faktörlerinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya 1 Ekim 2014-30 Eylül 2015 tarihleri arasında Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi YBÜ' lerinde takip edilen ve kandidemi tanısı alan 97 hasta ile kandidemi tanısı almayan 100 hasta dahil edildi. Bir yıllık çalışma süresinde kandidemi insidansı onbinde 27.3 (%0.27) olarak saptandı. En sık kandida izolasyonu İç Hastalıkları YBÜ'de (%62.9) saptandı. En sık C.albicans %48.5 (47) izole edilirken, non-albicans türler içinde en çok C.tropicalis %13.4 (13), ikinci sıklıkta C.glabrata %10.3 (10) ve C. parapsilosis %10.3 (10) görüldü. Kandidemi gelişiminde, altta yatan hastalıklardan hematolojik malignite bulunması, son üç ayda antifungal kullanımı, steroid/immünsupresif kullanımı, dren bulunması ve parenteral beslenme gibi risk faktörleri çok-değişkenli logistik regresyon analizinde tekrar değerlendirildi ve dren varlığının kandidemi riskini 14.13 kat, parenteral beslenmenin 6.62 kat ve son üç ayda antifungal kullanımının 7.37 kat arttırdığı saptandı. C.albicans' ta flukonazol ve vorikonazol duyarlılığı % 6,4 iken flukonazol ve vorikonazol direnci % 93,6 olarak belirlendi ve Amfoterisin B ve kaspofungin direnci saptanmadı. Kandidemi grubunda 97 hastadan 74'ü (%76,3) izlem sırasında kaybedildi. Sonuç olarak çalışmamızda, kandidemi türleri arasında en sık C. albicans izole edilmiştir. Azol direncinin oldukça yüksek oranda görülmesinin hastanemizde azol grubu antifungallerin sık kullanımına bağlı olabileceği düşünülmüştür. Bu durum, erken antifungal tedavinin mortalite ve morbidite üzerine olumlu etkisi bilindiğinden, her hastanenin kendi hasta özelliklerine, risk faktörlerine ve surveyans sonuçlarına göre tedavinin yönlendirilmesi gerekliliğini ortaya koymaktadır. Anahtar Kelimeler: Antifungal duyarlılık, Kandidemi, Risk faktörleri
Çukurova Üniversitesi'nde çalışan hemşirelerde tinea pedis ve onikomikoz sıklığı üzerine mesleki ve mesleki olmayan risk faktörlerinin etkisi
Amaç: Ayaklarda, yüzeysel mantar enfeksiyonları sık görülmektedir. Çalışmamızda hastanemiz hemşirelerinin ayaklarındaki yüzeysel mantar enfeksiyonlarının sıklığını, bu enfeksiyonların gelişmesinde meslekî ve meslekî olmayan risk faktörlerinin etkisini incelemeyi amaçladık. Gereç ve Yöntem: Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesi'nde çalışmakta olan 203 hemşire çalışmaya alındı. Hemşireler standart forma göre sorgulandı ve muayene edildi. Hemşirelerden deri ve/veya tırnak kazıntıları alındı. Kazıntı örnekleri, potasyum hidroksit ile incelendi. Bulgular: Çalışmaya alınan 203 hemşireden 22'sinin (% 10,8) ayaklarında mantar varlığı gösterildi. Bu olguların 5'i subklinik, 17'si klinik düzeyde idi. Klinik düzeydeki mantar enfeksiyonu, hemşirelerin 14'ünde (% 6,9) ayak derisinde ve 7'sinde (% 3,4) ayak tırnaklarında saptandı. Çok değişkenli lojistik regresyon testi uygulandığında, mantar varlığı gösterilmiş 22 hemşirede erkek cinsiyetinin, düzenli spor yapma alışkanlığının ve iş sırasında sentetik çorap giymenin daha sık olması, istatistiksel olarak anlamlıydı. Sonuç: Çalışma sonuçlarımız değerlendirildiğinde kesin olmasa da, hemşirelerin ayaklardaki yüzeysel mantar enfeksiyonları açısından risk altında bir topluluk olabileceği söylenebilir. Bu konuda yeni çalışmalara ihtiyaç vardır. Çalışmamızda, meslekî faktörlerden iş sırasında sentetik çorap giymek, ayaklardaki yüzeysel mantar enfeksiyonları gelişiminde anlamlı bir risk faktörü olarak bulunmuştur. Anahtar sözcükler: Ayakların yüzeysel mantar enfeksiyonları, hemşireler, meslekî, risk faktörleri.
Exophiala türlerinin tanısında rca (rolling circle amplification -yuvarlanan çember amplifikasyonu) yönteminin ıts rdna gen bölgesi hedeflenerek değerlendirilmesi
Exophiala cinsi başta olmak üzere esmer mantarların tanısında moleküler tanı yöntemleri başarılı bir şekilde uygulanmaktadır. Bu yöntemler esmer mantarların tanısından tedavisine kadar epidemiyolojik özelliklerine bakış açımızı geliştirmektedir. Bu çalışmada, Exophiala cinsi esmer mantarların tür düzeyinde tanısı için rDNA ITS bölgesi hedef alınarak yuvarlanan döngü amplifikasyonu (RCA) ve ligaz-bağımlı reaksiyon (LDR) olmak üzere iki ayrı ligaz-bağımlı prob amplifikasyon yöntemi geliştirildi. Çalışmada, ITS dizi analizi ile daha önceden tür tanısı doğrulanmış Exophiala dermatitidis, E. phaeomuriformis, E. heteromorpha, E. xenobiotica ve E. crusticola türlerine ait 57 referans izolat RCA ve LDR yöntemiyle incelendi. RCA prob duyarlılıklarının %100 ve özgüllüklerinin %4.7–85.7 (ortalama %45.2) arasında olmasına karşılık, LDR prob duyarlılıklarının %91.6–100 (ortalama %95.8) ve özgüllüklerinin %95.4–100 (ortalama %97.7) arasında olduğu saptandı. Bu veriler doğrultusunda, ayrıca, aynı Exophiala türlerini temsil eden ve tür tanısı ITS dizi analizi ile doğrulanmış 198 çevresel izolat LDR yöntemi ile incelendi. LDR problarıyla hedeflenen toplam 255 izolat değerlendirildiğinde, prob duyarlılıklarının %88.9-100 (ortalama 94.1), özgüllüklerinin ise %93.7-100 (ortalama 96.8) arasında olduğu belirlendi. SYBR® Green I temelli qPCR yöntemi ile yapılan performans ve validasyon değerlendirilmelerinde LDR reaksiyonlarının yüksek oranda tekrar üretilebilir ve Avrupa GDO Laboratuvarları Ağı kılavuz limitleri içerisinde olduğu görüldü. Sonuç olarak, Exophiala cinsi esmer mantarların tür düzeyinde tanısında LDR'nin RCA yöntemine göre daha güvenilir ve üstün bir yöntem olduğu belirlendi. Bilgilerimize göre, bu çalışma, tıbbi mikoloji alanında özellikle Exophiala cinsi esmer mantarların tanısında LDR yönteminin etkinliğinin değerlendirildiği ilk çalışmadır.
Dermatofit izolasyonunda ve identifikasyonunda CDSAM, SGA ve MBLA besiyerlerinin karşılaştırılması
Dermatofitlerin insanlarda ve hayvanlarda oluşturdukları enfeksiyonlara dermatofitoz veya tinea adı verilir. Dermatofitozların laboratuvar tanısında altın standart yöntem doğrudan mikroskopik inceleme ve mantar kültürüdür. Doğrudan mikroskop incelemenin duyarlılığı kültüre göre daha yüksek olsa da bu yöntemde yalancı negatif sonuç alınabilmesi ve tür tayininin yapılamaması gibi dezavantajlar bildirilmiştir. Dermatofitlerin cins ve türü, ancak kültür sonrasında yapılan klasik veya moleküler identifikasyon yöntemleri ile belirlenir. Sunulan çalışmada, dermatofitlerin laboratuvar tanısı için temel besiyeri olan SGA ve sporülasyonu ve pigment oluşumunu uyararak dermatofitlerin tür düzeyinde tanınmasına yardımcı olan MBLA besiyerine eş zamanlı ekim yapıldı ve besiyerlerinin performanslarının karşılaştırılması ve elde edilen sonuçların literatür verileri eşliğinde tartışmaya açılması amaçlandı. Çalışmada, Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesi Dermatoloji Anabilim Dalı'na Eylül 2014-Ocak 2015 tarihleri arasında dermatofitoz şüphesi ile başvuran veyaçeşitli kliniklerde yatan dermatofitoz kuşkulu 257 hastadan alınan saçlı deri, saçsız deri ve tırnak olmak üzere toplam 331 örnek incelendi. Bu örneklerden doğrudan mikroskop ya da kültürlerin herhangi birinden pozitif sonuç veren 81 kişinin 114 örneği çalışmaya dahil edildi. Çalışmada MBLA'ın 55 (%21.4) SGA'a 49 (%19.1) göre daha iyi performans gösterdiği ve rutin laboratuvar uygulamaları için önerilmesi ve kullanılması gerektiği anlaşıldı. Ayrıca, hemen her dermatofit türünün MBLA'da daha iyi sporlandığı ve oluşan pigment nedeni ile daha kolay identifiye edilebildiği ortaya konuldu. Ancak, MBLA'ın düşük maliyetli olmasına karşılık, hazırlanmasının daha zaman alıcı olması ve besiyerinin bulanık olması gibi dezavantajlarınında olduğu belirlendi. Ancak, ucuz, uygulaması kolay ve deneyim gerektirmeyen bir yöntem olan direkt mikroskop incelemesinde bu iki besiyerine göre daha fazla pozitiflik 76 (29.6%) elde edildi. Çalışmada, etken mikro-organizmalar koloni ve morfolojik özellikleri yanında ülkemizde ilk kez bir İlin dermatofit florası klasik yöntemler yanında sınırlı sayıda izolatta ITS dizi analizi ile belirlendi.Sunulan çalışmada, identifiye edilen toplam 63 izolatın tür dağılımı şu şekilde: Trichophyton spp. (n=45), T. rubrum (n=10), T. interdigitale (n=4), E. floccosum (n=2), T. violaceum (n=1) ve M. canis (n=1) idi. Ayrıca, tinea unguium'un erkeklerde daha fazla görülmesi yanında (p=0.006), yine tinea unguium'un yaşla birlikte artış gösterdiği ve bu artışın fark oluşturduğu anlaşıldı. Dermatofitozların laboratuvar tanısında en az iki besiyerinin kullanılmasının daha gerçekçi sonuçlara ulaşılması için yararlı olabileceği düşünüldü.
Sıçanlarda Ganoderma lucidumun mezenter iskemi- reperfüzyon hasarı üzerindeki iyileştirici etkileri
Giriş: İntestinal iskemi reperfüzyon hasarı ciddi bir klinik problem olup, yüksek morbidite ve mortalite riski taşır. Barsak tıkanıklığı, şiddetli travma ve aort by-pass işlemleri gibi çeşitli klinik olaylar, barsak iskemi reperfüzyon hasarına neden olabilir. Erken tanı için güvenilir bir parametre ve etkin tedavi için güvenilir bir ajan yoktur. Ganoderma lucidum immun modülatör, antioksidan ve anti inflamatuar etkileriyle bilinen bir mantar türüdür. Bu deneysel çalışmamızın amacı ganoderma lucidum'un ratlarda barsak iskemi reperfüzyon hasarı üzerine iyileştirici etkilerini araştırmaktır. Materyal ve Metod: Çalışmamızda 24 erkek Wistar-Albino rat (250-300g ağırlığında) kullanıldı. Bu ratlar randomize olarak üç gruba ayrıldı: Grup I, kontrol grup; Grup II, I/R grubu; Grup III, I/R öncesi 7 gün oral ganoderma lucidum alan tedavi grubudur. Laparotomi sonrası, kontrol grubu dışındaki tüm ratlarda sırasıyla 30 dk ve 90 dk iskemi ve reperfüzyon uygulandı. Barsak ve karaciğer dokusu örnekleri rutin histolojik yöntemlerle boyandı ve ışık mikroskopu altında incelendi. Serum, barsak ve karaciğer dokuları Malondialdehit (MDA), süperoksit dismutaz (SOD) ve glutatyon peroksidaz (GSH-Px) düzeyleri ölçüldü. Sonuç SPSS Windows 18 programı kullanılarak istatistiksel olarak karşılaştırıldı. P <0.05 değeri anlamlı kabul edildi. Bulgular: I/R grubu ile kontrol grubu karşılaştırıldığında, lökosit, trombosit, serum MDA, intestinal doku MDA ve hepatik doku MDA düzeylerinde anlamlı artış vardı. I/R grubunun, serum SOD, Serum GSH-Px, intestinal doku SOD, hepatik doku SOD ve hepatik doku GSH-Px düzeylerinin kontrol grubuna kıyasla önemli ölçüde azaldığı görüldü. İskemi reperfüzyon yaralanması, barsak dokusundaki villus yapısında bozulmayı ve hepatik doku hasarını tetiklemektedir. Daha önce ganoderma lucidum'un uygulanması bu olumsuz değişiklikleri etkili bir şekilde azaltmaktadır. Sonuç: Deneysel çalışmamız intestinal iskemi reperfüzyon hasarının barsak ve karaciğer dokularında serbest oksijen radikallerini indükleyerek belirgin oksidatif strese neden olduğunu göstermiştir. Serum ve doku MDA, SOD ve GSH-Px seviyeleri, oksidatif stresin belirlenmesinde önemli ölçüde yardımcı laboratuvar parametreleridir. Ganoderma lucidum'un intestinal iskemi reperfüzyon hasarı üzerindeki iyileştirici etkileri, bu parametreler ışığında umut vericidir.
Mantar zehirlenmesi olgularında NGAL'in tanısal ve prognostik değeri
Giriş ve Amaç: Mantar zehirlenmesi olguları çeşitli şikayetler ile acil servise başvurmaktadırlar. Bazı olgularda da böbrek yetmezliği gelişmektedir. Böbrek hasarının erken tespiti büyük önem arz etmektedir. Çalışmamızda mantar zehirlenmesi ile acil servise başvuran 18 yaş ve üstü hastalarda akut böbrek hasarlanmasının erken dönemde tespiti için NGAL'in bir biyobelirteç olarak kullanılabilirliğini araştırmayı hedefledik. Gereç ve Yöntem: Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Acil Tıp Anabilim Dalı'na 1 Eylül 2017-31 Mayıs 2019 tarihlerinde başvuran 18 yaş üstü olup dahil edilme kriterlerine sahip hastalar çalışmaya alındı. Hastaların demografik özellikleri, özgeçmişleri, şikayetleri, fizik muayeneleri değerlendirildi. Sıfırıncı saat, 6. Saat ve 3. Gün kreatinin ile 0. Saat ve 6. Saat kan ve idrar NGAL seviyelerine (otoanalizer Getein cihazı ile) bakılarak NGAL ile kreatinin değişimi arasındaki ilişki araştırıldı. Çalışma şartlarını karşılayan 47 hastanın verileri incelendi. Bulgular: 47 hastanın 24'ü (% 51,1) erkekti. Hastaların yaş ortalamaları erkeklerde 49,83±18,40 (18- 84 yaş), kadınlarda 41,17±15,05 (20-69 yaş) idi (p=0,085). En sık şikayetler, bulantı (n=39, % 83), kusma (n=39, % 83), karın ağrısı (n=21, (% 44,7) idi. Ortalama yatış süreleri 1,28±0,61 (1-3 gün) idi. Sıfırıncı ve 6. saat NGAL ortalama değerleri sırasıyla idrar için 379,57±397,57 ve 421,03±506,71; serum için 1116,17±762,47 ve 1260,86±1103,13 idi. WBC 0. saat ile serum 0. ve 6.saat arasında anlamlı ilişki vardı (0. saat p=0,009, 6. saat p=0,017). Sıfırıncı ve 6. saat platelet değerleri ile 0. saat serum NGAL seviyeleri arasında anlamlı ilişki vardı (0. saat platelet p=0,013, 6. saat platelet p=0,008). İdrar 0. saat NGAL ile delta kreatinin 0-3 arasında yakın ilişki vardı (p= 0,052). Serum 6. saat NGAL değeri ile delta kreatinin 0-3 arasında yakın kuvvetli ilişki vardı (p=0,035). İdrar 0. ve 6. saat NGAL arasında zayıf (p=0,005), idrar delta kreatinin 6-3 ile 0-3 arasında orta (p=0,000), serum 0. ve 6. saat NGAL arasında orta (p=0,000), delta kreatinin 0-3 ile serum 6. saat NGAL arasında zayıf (p=0,026), delta kreatinin 6-3 ile 0-3 arasında orta derece korelasyon vardı (p=0,000). Tartışma ve Sonuç: Hastaların 0. ve 6. Saat serum NGAL değerleri yüksek olmasının serum kreatinin değerinin 3. Gün yükselebileceğini gösterebilir. Bu nedenle NGAL, 18 yaş ve üstünde mantar yemeye bağlı acil servise başvuran olgularda böbrek hasarlanmasını erken gösterebileceği bir biyomarkır olarak kullanılabilir. NGAL değeri WBC ve platelet sayısından etkilenebilir. Bu konuda daha çok araştırma gerekmektedir. Anahtar Sözcükler: Akut böbrek hasarı, Kreatinin, Mantar, NGAL.
Böbrek nakli yapılan hastalarda ameliyat öncesi ve sonrası görülebilecek enfeksiyon etkenlerinin araştırılması
Böbrek transplantasyonu böbrek yetmezliğinin en önemli ve başarılı tedavi yöntemidir. Transplantasyon sonrasında özellikle ilk 6 ayda enfeksiyonlar sıkça görülmektedir. Bu çalışmada Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesi Organ Nakli Merkezinde kadavra ve canlı donörden böbrek nakli yapılan 45 hasta incelenmiştir. Yapılan incelemede ameliyattan 1 hafta önce ve 1, 3, 6 ay sonra alınan; idrar, kan, solunum yolu ve yara örneklerinin kültürlerinde üreyen etkenler, kanda real time PCR yöntemiyle çalışılan CMV ve BKV DNA'sı; ayrıca idrar sitolojisinde tespit edilen bakteri, virus ve mantar etkenlerinin araştırılması amaçlanmıştır. Nakil öncesi idrar kültürü yapılan 19 hastanın tamamında üreme olmadığı görülmüştür. Nakilden sonra ise en sık E. coli 7(%31.81), K. pneumoniae ve C. nonalbicans 5(%22.72) ve E. faecalis 4(%18.18) üremiştir. Ameliyat öncesinde hastaların 42'sinden kan kültürü yapılmıştır. Bunlardan 40(%95.2)'ında üreme görülmemiş, sadece 2(%4,8)'sinde (Oligella ureolytica ve KNS )üreme olmuştur. Nakil sonrasında kan kültüründe en sık S. hominis 4(%36.36), S. epidermidis 3(%27.27), P. aeruginosa ve A. baumannii 2(%18.18) üremiştir. Nakilden 3 ve 6 ay sonra gereklilik durumunda 9 hastanın solunum yolu örneklerinin kültüründe ise en sık A. baumannii 4(%44.44), K. pneumoniae 3(%33.33) , A. fumigatus ve C. albicans 1(%11.11) üremiştir. Hastaların 10(%22.22)'unda M. tuberculosis kültürü yapılmış ve pozitiflik elde edilmemiştir. Nakil sonrasında yara kültürü yapılan 10 hastada en sık A. baumannii 3(%30), K. pneumoniae ve S. epidermidis 2(%20), C. krusei 1(%10) ürediği görülmüştür. Nakilden sonra real time PCR yöntemiyle çalışılan 38 hastanın 11(%28.94)'inde BK virus pozitifliği, 41 hastanın 25(%60.98)'inde CMV virus pozitifliği tespit edilmiştir. İdrar sitolojisi bakılan 31 hastanın 11(%35.49)'inde decoy hücresi pozitifliği saptanmıştır. Decoy hücresi pozitifliği ve negatifliği ile CMV ve BKV DNA pozitiflikleri ve negatiflikleri karşılaştırıldığında, özellikle BK virusun erken sitopatik etkisinin araştırılması açısından idrar sitolojisinin önemli bir yöntem olduğu görülmüştür. İmmunsupresif tedavinin yoğun olarak uygulandığı 1-6. aylar arasında görülen viral enfeksiyonların (BKV ve CMV) ve bunlara eşlik eden fırsatçı enfeksiyonların böbrek transplantasyonu yapılan alıcılar için gerek böbrek kaybı gerekse hastanın hayatını kaybetmesi açısından risk oluşturduğu görülmüştür. Anahtar Kelimeler: Böbrek transplantasyonu, Bakteri, Virus, Mantar.
Marul iri damar hastalığı (Lettuce big vein disease, LBVD)'nın taşınması ve vektörü olan Olpidium türlerinin moleküler olarak saptanması
Bu çalışma 2017-2021 yılları sonbahar ve kış dönemlerinde Adana ve Mersin İlleri'nde yaygın olarak marul yetiştiriciliği yapılan alanlarda Marul iri damar hastalığı (Lettuce big-vein disease, LBVD)'nın saptanması ve bu hastalığa neden olan etmenler (Lettuce Big-Vein Associated Virus, LBVaV ve Mirafiori Lettuce Big-Vein Virus, MiLBVV)'in belirlenmesi ve bu etmenlerin taşınmasında rol alan vektörler (O. brassicae, O. bornovanus ve O. virulentus)'in moleküler olarak saptanması amacıyla yürütülmüştür. Arazi çıkışlarında simptomatolojik olarak LBVD (MiLBVV, LBVaV) ile infekteli olduğundan şüphelenilen ya da hiç bir belirti göstermeyen toplam 85 adet marul bitkisinden örnekleme yapılmış ve ELISA testleri sonucunda, MiLBVV, 18 bitkide saptanmıştır. RT-PCR çalışmalarında MiLBVV için MiLBVV(1) ve MiLBVV(2) primer çifti ile Seyhan, Tarsus ve Yumurtalık izolatlarından 233 bp; LBVaV'ye özgü VP-248 ve VP-249 primer çifti ile Seyhan, Tarsus, Yumurtalık ve Yüreğir izolatlarından 296 bp; O. brassicae'ya özgü OLPbraF ve OLPR primer çifti ile Tarsus izolatlarından 204 bp; O. bornovanus'a özgü OLPborF ve OLPR primer çifti ile Seyhan ve Tarsus izolatlarından 977 bp; O virulentus'a özgü OLPvirF ve OLPR primer çifti ile Seyhan, Tarsus, Yumurtalık ve Yüreğir'den toplanan marul izolatlarına ait 579 bp büyüklüğünde bandlar elde edilmiştir. PCR çalışmaları sonucunda, O. brassicae 5 bitkide, O. bornovanus 10 bitkide ve O virulentus 79 bitkide saptanmıştır. Anahtar Kelimeler: Marul, LBVD, Olpidium, DAS-ELISA, RT-PCR
Zearalenon tespiti için çeşitli nanokompozit temelli moleküler baskılı sensörlerin geliştirilmesi ve pirinç numunelerine uygulanması
Zearalenon (ZEA) kanserojen etkisi olan ve sık tüketilen besinlerde yüksek oranda bulunan bir mikotoksindir. Bu çalışmada gıdalarda ZEA tespiti için üç farklı yöntem sunulmuştur. Bu yöntemlerden birincisi, pirinç numunelerinde ZEA'nın seçici olarak belirlenmesi için molibden disülfür nanoparçacıkları (MoS2NPs) çok duvarlı karbon nanotüpler (MWCNTs) nanokompozitine (MoS2NPs-MWCNTs) dayalı karakteristik bir moleküler baskılı QCM sensörüdür. MoS2NPs-MWCNTs nanokompozitinin yapısal karakterizasyonları için çeşitli mikroskobik, spektroskopik ve elektrokimyasal yöntemler gerçekleştirilmiştir. Daha sonra monomer olarak metakriloil amido glutamik asit (MAGA), başlatıcı olarak N,N'-azobisizobütironitril (AIBN) ve hedef molekül olarak ZEA varlığında UV polimerizasyonu kullanılarak ZEA baskılı QCM çipi hazırlandı. Sensör, 0,30 ng L-1 tespit limiti (LOD) ile 1,0 – 10,0 ng L-1 aralığında ZEA'ya doğru bir doğrusallık ortaya koydu. İkinci yöntem olarak; pirinç tanesi örneklerinde zearalenonun seçici tespiti için kükürt katkılı g-C3N4/Bi2S3 (S-g-C3N4/Bi2S3) nanokompoziti içeren moleküler baskılı yüzey plazmon rezonans (SPR) sensörüne dayalı bir zearalenon tespiti sunulmuştur. S-g-C3N4/Bi2S3 nanokompoziti kalsinasyon yöntemiyle yüksek saflıkta ve yeşil kimyaya uygun olarak sentezlendikten sonra S-g-C3N4/Bi2S3 temelli ZEA baskılı SPR çipi, monomer olarak MAGA, çapraz bağlayıcı olarak etilen glikol dimetakrilat (EGDMA), başlatıcı olarak AIBN ve hedef molekül olarak ZEA varlığında UV polimerizasyonu kullanılarak hazırlandı. Daha sonra nanokompozitin ve S-gC3N4/Bi2S3 temelli ZEA baskılı SPR çipinin karakterizasyonu için spektroskopik, mikroskobik ve elektrokimyasal yöntemler kullanıldı. SPR sensörü, 0,33 ng/L LOD ile 1,0 – 10,0 ng/L aralığında ZEA konsantrasyonlarıyla doğrusallık gösterdi. Böylece geliştirilen sensörün yüksek tekrarlanabilirliği, stabilitesi, tekrar üretilebilirliği ve seçiciliği, pirinç tanesi numunelerinde güvenilir ZEA tespiti sağlayarak güvenli gıda tüketimini sağladı. Son olarak pirinç numunelerinde ZEA tespiti için grafitik karbon nitrür nano tabakalarla dekore edilmiş sığır serum albümini @MnO2 (g-C3N4NS/BSA@MnO2) dayanan bir elektrokimyasal sensör içerir. (gC3N4NS/BSA@MnO2) dayanan yeni bir elektrokimyasal sensör geliştirildi. İlk olarak termal poli-yoğunlaştırma yöntemiyle dökme g-C3N4'ün sentezi tamamlandı. Grafit karbon nitrür nano tabakaları sağlayan dökme g-C3N4'ün ultra sonikasyon işleminden sonra nanokompozit, g-C3N4NS ve BSA@MnO2 arasındaki elektrostatik kuvvetler yoluyla başarıyla üretildi. Daha sonra, hedef analit olarak ZEA ve pirol (Py) monomeri varlığında siklik voltametri (CV) ile g-C3N4NS/BSA@MnO2 içeren yeni bir MIP bazlı elektrokimyasal elektrot hazırlandı. Oluşturulan elektrokimyasal sensör, 0,25 ng L−1 LOD ile 1,0 – 10,0 ng L−1 doğrusallık sergiledi. Ayrıca hazırlanan MIP temelli elektrokimyasal sensörün yüksek seçiciliği, tekrarlanabilirliği ve stabilitesi, pirinç gibi gerçek numune analizlerinde kullanılabileceğini ortaya koydu.
Kandan izole edilen kandida türleri ve antifungal duyarlılıkları
Bu çalışmada, Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Hafsa Sultan Hastanesinde ,çeşitli servislerden gönderilen kan kültürleride maya soyutlanan örneklerin; maya mantarlarının tür tayinleri ve antifungal duyarlılık testlerinin yapılması amaçlandı. Bu amaçla hastanemizde kan kültürü alınıp bakterioloji laboratuvarına gönderilen ve kandidemi saptanan materyalden izole edilen maya mantarları incelemeye alındı. Çalışmaya alınan örneklerden soyutlanan maya mantarları; germ tüp testi, mısır unu tween 80 ve ıntegral system yeasts plus ticari (Liofilchem Diag, İtalya) sistemi kullanıldı. Maya mantarlarının antifungal duyarlılıkları amfoterisin B, vorikonazol, ketakonazole, kaspofugin, flukonazol ve itrakonazol için sistemi E-test yöntemi kullanılarak yapıldı. Çalışılan Kandida türleri içinde en sık izole edilen tür C. tropicalis olup Non-albicans suşlar daha fazla oranda bulundu. Tür düzeyinde tiplendirilen suşlar içinde C. tropicalis 53 (%62,4), C. albicans 23 (%27), C. glabrata 6 (%7), C. parapsilosis 1 (%1,2), C.guilliermondii 1 (%1,2) ve C.krusei 1 (%1,2) olarak bulundu.Üreyen etkenler içinde C. albicans 23 (%27) ve non-albicans 62 (%73) olarak saptandı. Çalışmamızda, antifungal duyarlılık testlerinde sadece kaspofungin direnci görülmezken, 85 suşun sadece bir tanesinde (%1,8) Amfoterisin B direnci saptandı. Flukonazole 28 suşta (%32,9), itrakonazole 22 suşta (%25,9), ketakonazole 15 suşta (%17,6), vorikonazole ise 9 suşta (%10,6) direnç saptandı. Bu çalışmada; nonalbicans Kandida türlerinin sıklığının giderek artması ve antifungal ajanlara karşı gittikçe artan direnç oranları nedeniyle, tedavi planlamasında duyarlılık testlerinin önemi bir kez daha vurgulandı. Bu sonuçların hastanemiz klinisyenlerine ampirik tedavi düzenlemelerinde yardımcı olabiliceği düşünüldü. Anahtar kelimeler: Kandida, Kan kültürü, identifikasyon, Antifungal duyarlılık
Güneydoğu Anadolu bölgesi Antep fıstığı alanlarında toprak kökenli patojenlerin neden olduğu ağaç kurumalarının araştırılması
Bu tez çalışmasında, Güneydoğu Anadolu Bölgesinde bulunan farklı Antep fıstığı üretim alanlarında, kurumalara neden olabilecek bazı toprak kökenli fungal patojenler araştırılmıştır. Gaziantep, Şanlıurfa ve Kilis illerinde bulunan 48 farklı Antep fıstığı bahçesinde 2021 yılı yetiştiricilik sezonu Haziran ve Eylül aylarında 1.900 ağaç incelenmiştir. Yapılan sörvey çalışmaları sonucunda en yüksek hastalık şiddeti ve hastalık yaygınlığı sırasıyla %11.4 ve %94.4 oranı ile Şanlıurfa ilinde, en yüksek hastalık oranı ise %23.1 ile Gaziantep ilinde belirlenmiştir. Çalışma kapsamında kuruma belirtisi gözlenen, ağaçların kök ve gövde kısımlarından örnekler alınıp, hastalık teşhisleri klasik ve moleküler yöntemler ile yapılmıştır. Yapılan çalışma sonunda 22 farklı fungus türü izole edilmiştir. Kök bölgesinde yapılan izolasyonlarda %73.3 oran ile en fazla Clonostachys rosae etmeni, gövdeden yapılan izolasyonlarda ise %44.2 oran ile en fazla Fusarium spp. türleri tespit edilmiştir. İzole edilen 22 fungus türünden seçilen 12 patojen türü ile yürütülen patojenisite çalışmaları kapsamında, UCB-1, Buttum, P. vera L. genotip anaçlarına inoküle edilmiştir. Yapılan patojenisite çalışması sonucu en geniş infeksiyon alanlarını; UCB-1 anacında Fusarium oxysporum, P. vera anacında Nectria sp., Buttum anacında Alternaria alternata etmenleri oluşturmuştur (sırasıyla 26 mm², 21 mm², 29 mm²). Sonuç olarak, izole edilen fungusların önemli bir kısmının zayıflık paraziti etmeni olması ve oluşturdukları infeksiyon alanlarının sınırlı olması nedeniyle ağaç kurumalarına izole edilen etmenlerin tek başına neden olamayabileceği, yapılan hatalı kültürel işlemler ve hatalı sulama sistemlerinin kullanımı ile birlikte zayıflık paraziti funguslarının zarar oluşturduğu ortaya konulmuştur.
Diyabetik hastalarda glans penisin mantar florası ve balanit/ balanopostit etkenlerinin araştırılması
Amaç: Dünya genelinde prevalansı giderek artan diyabetik populasyonunun glans penis örneklerinin incelenmesi ve bu olgularda hem flora hem de mantar balaniti varlığının ortaya konulması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Diabetes mellitus (DM) tanısı ile izlenen 151 hasta ile DM tanısı olmayan 50 kişilik kontrol grubundan imprint yöntemiyle alınan glans penis örnekleri modifiye Dixon agar (MDA) ve CHROMagar™ Malassezia (CAM) (Paris, Fransa) besiyerlerine inoküle edildi. Örnekler 32°C'de bir hafta süre ile inkübe edildi. Bulgular: Hastaların yaş dağılımı kontrol ve diyabet gruplarında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık göstermedi (p=0.759). Yine gruplar arasında medeni duruma göre farklılık bulunmadı (p>0.999). Açlık kan şekeri (AKŞ), HbA1c, insülin, HOMA-IR ve BUN diyabet grubunda daha yüksek düzeylerde dağılmakta idi (sırası ile, p<0.001, p<0.001, p<0.001, p<0.001 ve p=0.032). Gruplar arasında kreatinin değerleri açısından istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık yoktu (p=0.633). Çalışmaya alınan hastalarda MDA veya CAM da üremeleri incelendiğinde diyabet grubunda 93 (%62), kontrol grubunda 36 (%72) hastada Malassezia veya Candida üredi ve istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmadı (p=0.18). Yine besiyerleri, MDA ve CAM, üremeleri yönünden karşılaştırıldığında gruplar arasında anlamlı fark olmadığı görüldü (p= 0.65/0.54). Çalışmaya alınan hastaların hiçbirinde balanit izlenmedi. Sonuç: Candida ve Malassezia'ların normal penis florasında yüksek oranda bulunması diyabet gibi enfeksiyona yatkın kişilerde balanite daha yüksek oranlarda neden olabileceği düşüncesini güçlendirmektedir.
Farklı tarımsal atıkların Pholiota nameko (T. Itô) S. Ito & S. Imai mantar türü yetiştiriciliğinde verim ve kalite üzerine etkisi
Pholiota nameko mantarı, Uzakdoğu'da yaygın olarak tüketilse de Türkiye'de henüz bilinmemekte ve yetiştirilmemektedir. Bu nedenle, bu çalışmada P. nameko mantarının farklı substrat karışımlarında yetiştirme koşullarının belirlenmesi ve bu substratların verim ve kaliteye etkisi araştırılmıştır. Bu araştırmada, 2 meşe talaşı + 1 buğday kepeği (K), 2 yer fıstığı atığı + 1 buğday kepeği (O1), 1 meşe talaşı + 1 yer fıstığı atığı + 1 buğday kepeği (O2), 2 badem kabuğu + 1 buğday kepeği (O3), 1 meşe talaşı + 1 badem kabuğu + 1 buğday kepeği (O4), 2 buğday sapı + 1 buğday kepeği (O5) ve 1 meşe talaşı + 1 buğday sapı + 1 buğday kepeği (O6) olmak üzere altı farklı substrat karışımı kullanılmıştır. Çalışma süresince; misel gelişme süresi, biyolojik etkinlik oranı (BE), toplam verim, mantar ağırlığı, şapka çapı, şapka kalınlığı, sap çapı, sap uzunluğu, kuru madde, pH ve nem içeriği (yetiştiricilik ortamlarında) belirlenmiştir. pH ve nem içeriği üç farklı dönemde ölçülmüştür; sterilizasyondan sonra, misel gelişimi sonra ve hasattan sonra. Çalışma sonucunda, en hızlı misel gelişimi 14.25 gün ile kontrol grubundan elde edilmiştir. En yüksek toplam verim ve biyolojik etkinlik, 216.26 g/kg ve %49.11 BE ile O1 ortamında elde edilmiştir. En yüksek kuru madde miktarı ise %12,23 ile O4 yetiştiricilik ortamında kaydedilmiştir. Anahtar kelimeler: Pholiota nameko, mantar, tarımsal atık, yetiştiricilik, Türkiye
Amanita phalloides ekstraklarının antimikrobiyal etkisinin araştırılması
En zehirli mantar türlerinden olan Amanita phalloides isimli şapkalı mantar türünün kloroform, aseton, metanol ve distile su ile hazırlanan ekstraklarının, Candida parapsilosis, Candida albicans, Metisilin duyarlı Staphylococcus aureus (MSSA), Enterococcus faecalis, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa ve Metisilin dirençli Staphylococcus aureus(MRSA) türlerine karşı antimikrobiyal etkisi araştırıldı. Yöntem olarak in vitro disk difüzyon yöntemi kullanıldı. Bulgulara göre; en yüksek antibakteriyel aktivitesi MRSA ve MSSA türlerine karşı bulunmakla birlikte diğer bakterilere karşı da farklı seviyelerde antibakteriyel aktivite gösterdiği saptandı. Sonuç olarak; sadece Amanita phalloides'in distile su ile hazırlanan ekstraktının bakterilere karşı etkisi olduğu fakat antifungal etki göstermediği saptandı.
Morchella importuna M. kuo, o'donnell & t.j. volk mantarının doğal ve kültürlenmiş misellerini sitotoksisite, antikarsinojen, antimikrobiyal etkisinin ın vıtro incelenmesi
Morchella cinsi içerisinde yer alan mantarlar ülkemizde 'Kuzugöbeği Mantarı' olarak bilinir. Kuzugöbeği Mantarları, tıbbi, gastronomik ve ekonomik olarak önemli makrofunguslardır. Çalışmamızda Morchella importuna ve kültürlenmiş miselyumlarının ekstrelerinin sitotoksisitesi, antikarsinojen ve antimikrobiyal etkisi in vitro olarak araştırılmıştır, Kültürlenmiş miselyumlar doku kültürü tekniği ile doğal mantardan üretilmiştir. Numunelerin sitotoksisite testi L-929 fare fibroblast hücre hattında WST-1 protokolü ile yapılmıştır. Antikarsinojen etki 64 yaşında kadın hasta overinden izole edilmiş bir hücre hattında CCK-8 protokolü ile çalışılmıştır. M. importuna ve kültürlenmiş miselyumlarının ekstrelerinin antimikrobiyal etkisi, seçilen test mikroorganizmaları ile disk difüzyon yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Çalışmamızın sonucu olarak M. impotuna ve kültürlenmiş miselyumlarından elde edilen ekstraktları L929 sağlıklı fare fibroblast hücre hattında sitotoksik etki göstermemiştir, primer over kanser hücrelerinde toksik etki göstermiştir. Ayrıca numunelerin; SE1 ekstraktının test edilen tüm bakterilere karşı antimikrobiyal aktivitesi olduğu belirlenmiştir.
Gaziantep tarım topraklarının alg ve mantar mikroflorasının araştırılması
Bu çalışmada, 2009-2010 yılları arasında Gaziantep'in Nizip, Oğuzeli, Araban, Yavuzeli ve Karkamış ilçeleri ve köylerinde erozyon riski taşıyan tarım topraklarının cins düzeyinde mikroalg ve mikrofungus tayinleri yapılmıştır. Bu amaçla toplam 44 istasyondan 0-15 cm derinlikten toprak örnekleri alınmıştır. Yapılan mikroalg çalışmasında 2 şube, 2 sınıf, 5 takım, 6 aile ve 7 cins tespit edilmiştir. Mikrofungus teşhisinde ise toprak örneklerinde 2 bölüm, 3 altşube, 4 sınıf, 4 alt sınıf, 5 takım ve 7 cins tespit edilmiştir.Anahtar Kelimeler: Toprak, Mikroalg, Mikrofungus, Erozyon Riski
Development and characterization of nem enzyme type time-temperature indicator
Time temperature indicators (TTI) are small devices that show time-temperature dependent, easily measurable and irreversible change, that can be correlated to quality changes of food undergoing the same time-temperature exposure. It is necessary to develop new, cheap and biological indicators to apply this system in our country.In this study, mushroom was chosen as a case study and to develop indicator first of all shelf life of the mushroom was determined. In shelf life determination of mushroom, parameters which affect mushroom quality were chosen as color, texture and physical properties. By considering all quality parameters shelf life of mushroom for different temperatures were determined. It was determined that shelf life of mushroom at temperatures of 5, 10, 15 and 25°C are 10, 7, 3 and 1 days, respectively.It was understood that color change of mushroom followed zero order kinetics and k values were determined from the linear slopes of L* versus time graphs. Obtained k values were used in Arrhenius plot and activation energy of mushroom color change was found as 70.8 kJ/mol.Enzymatic time temperature indicator was based on the tyrosinase catalyzed oxidation reaction of L-tyrosine (substrate). Indicator was developed by immobilizing enzyme first and then storing them in the same temperatures of mushroom storage after different concentrations of substrate solutions were added. By using the color changes of indicators during storage, activation energies were determined as 123, 52 and 49 kJ/mol for the substrate concentrations of 0.1, 0.5 and 1 mM, respectively.Activation energies obtained for TTIs with different substrate concentrations were modeled and the substrate concentration should be used to get same activation energy with mushroom was found as 0.25 mM L-tyrosine.Key Words: enzyme, time-temperature indicator, mushroom, shelf life
Kocaeli yöresi makrofunguslarının belirlenmesi
?Kocaeli Yöresi Makrofunguslarının Belirlenmesi? isimli bu tez çalısmasıKocaeli ili sınırları içerisinde bulunan makrofungusların belirlenmesi amacıylayapılmıstır. Bilindigi üzere bu tür çalısmaların amacı, türlerin teshisini yapmak,sistematikteki yerini belirlemek ve yayılıs alanını saptamak olarak özetlenebilir.Çalısmanın ilk asaması olarak öncelikle makrofunguslar ile ilgili olarakkaynaklar taranmıs ve gerekli bilgiler toplanmıstır. Bununla birlikte araziçalısmalarının yürütülecegi yerler belirlenmis ve numune toplama islemlerinegeçilmistir. Araziden toplanan örnekler ile ilgili bilgiler arazi kayıt defterine islenmisve söz konusu örnekler bulundukları yerlerden özenle sökülmüs ayrı ayrıposetlendikten sonra teshis için laboratuara getirilmistir.Laboratuara getirilen örneklerin üreme organlarının sapka, lamel ve sapları ilekesitlerine ait iç morfolojik özellikleri ortaya çıkarılmıstır. Bu islem sırasındasapkaya ait; sekil, büyüklük, renk, renk degisimi, merkezi olup olmadıgı, lamel veyapor yapısı, etli kısmın kıvamı ve kokusu gibi özellikler, sap kısmına ait; uzunluk,renk, renk degisimi, sekil, öz suyunun olup olmadıgı, eger varsa yaka ve kalıntılaraait özellikler not edilmistir.Bununla birlikte laboratuara getirilen her bir örnegin olgun üremeorganlarından bir tanesi seçilerek spor izi elde edebilmek amacıyla, sapkanındelikçikli veya lamelli kısmı asagı gelecek sekilde beyaz bir kâgıt üzerineyerlestirilmis ve düsen sporların olusabilecek bir hava akımından etkilenmemesi içinüzeri kapatılmıstır. En az 12 saat bekledikten sonra olusan spor izinin rengikaydedilmistir.Arazi ve laboratuar çalısmaları sonucunda elde edilen bilgilerin söz konusuliteratür bilgileriyle karsılastırılması sonucu makromantarların teshisi yapılmıstır.Yapılan bu çalısmanın sonucunda; Kocaeli li sınırları içerisinde,Basidiomycetes sınıfına ait 79, Ascomycetes sınıfına ait 10 olmak üzere toplam 89makromantar türünün yörede yayılıs gösterdigi anlasılmıstır.Anahtar Kelimeler: Makromantar, Kocaeli, orman, sistematik
Kuaför çalışanlarının hijyen, kan yoluyla bulaşan hastalıklar ve onikomikozis yönünden incelenmesi
Kuaför ve güzellik salonlarında manikür-pedikür-epilasyon gibi işlerde çalışanlar, hijyenik olmayan koşullarda çalışıyorlarsa perkütan yollarla birçok hastalığı kendilerine ve müşterilerine bulaştırabilirler. Araştırmada kuaför ve güzellik salonu çalışanlarına anket uygulanarak, kanla bulaşan enfeksiyonlar, onikomikozis ve hijyen bilgi düzeyi değerlendirilmesi; alınan örneklerle Hepatit B, C, HIV ve onikomikozis enfeksiyonlarının araştırılması ve çalışanlara sterilizasyon dezenfeksiyon eğitimi verilerek eksikliklerin giderilmesi amaçlandı. Düzce de Haziran-Kasım 2010 tarihleri arasında yapılan çalışmada, merkez ve ilçelerinde kuaförler odasına kayıtlı 100 iş yerinde 250 çalışanın, 155'i kan vermeyi, 126'sı ankete katılmayı kabul etti. Kontrol grubu olarak, kuaförlerde risk grubunda bulunmayan diğer işlerde görevli 65 çalışandan kan örnekleri alındı. Çalışma grubunda 5 (%3), kontrol grubunda 3 (%5) kişide HBsAg ve çalışma grubunda 18 (%12), kontrol grubunda 12 (%19) kişide Anti-HBc IgG pozitif tespit edildi. Çalışma ve kontrol grubunda HCV, HIV ve onikomikozis saptanmadı. Hepatit B enfeksiyonu kuaför çalışanlarında topluma ve kontrol grubuna göre yüksek bulundu. Bu sonuç seçtiğimiz kontrol grubunda bulunan diğer kuaför çalışanlarınında HBV enfeksiyonu açısından risk altında olduğunu gösterdi. Anket sonuçlarına göre çalışanların çoğunlukla ilköğretim mezunu olduğu, mesleki eğitim aldığı ve bunların büyük oranda eğitimlerini çıraklık eğitim merkezlerinde tamamladıkları saptandı. Hijyen, kan yoluyla bulaşan hastalıklar ve sterilizasyon-dezenfeksiyon konularında yetersiz eğitim aldıkları ve bilgi düzeylerinin düşük olduğu gözlendi. Bu alanda tüm çalışanların katılıp kendilerini geliştirebilecekleri, belirli aralıklarla eğitimlerini tekrarlayabilecekleri kurs, seminer gibi olanaklar sunulması gerektiği düşünüldü.Anahtar kelimeler: Hijyen, kuaför, manikür-pedikür, kanla bulaşan enfeksiyonlar, onikomikozis.
Fungal enfeksiyonlarda dendritik hücrelerden ifadelenen toll-lıke ve kemokin reseptörlerinin rolü
Bağışıklık sistemi baskılanmış hastaların her geçen gün artış göstermesi, geniş spektrumlu antibiyotiklerin daha yaygın kullanımı, organ nakillerinin çok daha sık yapılması gibi nedenler bu tür hastalarda Candida enfeksiyonlarının gelişiminde artışa neden olmaktadır.Candida enfeksiyonlarına karşı immün cevapta nötrofil, makrofaj ve DH' ler ile bu hücrelerin aktive ettiği Th1 hücreler rol oynamaktadır. Bu nedenle, mayalara karşı doğal ve kazanılmış immünite birlikte görev alır. Doğal bağışıklık, kandidoza karşı koruyucu mekanizmadır. Nötrofiller ile monosit ve türevlerinin fonksiyonel bozuklukları sistemik kandidoz ile ilişkilidir. Doğal bağışıklığın elemanları, mayanın fagosite edilmesi, öldürülmesi ya da T hücrelere sunumu ile görevlidir. Kazanılmış bağışıklık, doğal savunmadan daha sonra gelişen ikinci ve daha önemli olan koruyucu mekanizmadır. Doğal bağışıklık aşıldığı takdirde kazanılmış bağışıklık vücudu korumak üzere devreye girer. Candida enfeksiyonlarından korunmada sorumlu immün mekanizmalar hem hücresel hem de sıvısal cevabı içerir. Candida' ya karşı hücresel ve sıvısal bağışıklık gelişir fakat hücresel bağışıklığın rolü daha fazladır.Bu çalışmada, Candida türleri ile uyarılan dendritik hücre kültürlerinde PCR ve ELISA yöntemleriyle Toll-like ve kemokin reseptörlerinin ifadelenmesi ve sekresyonu araştırılarak, Candida enfeksiyonlarında bu reseptörlerin rolünün belirlenmesi amaçlanmıştır.Çalışmamızdaki enfeksiyon modeli, invitro olarak C. albicans ve C. krusei ile uyarılan dendritik hücre kültürü ile oluşturulmuştur. Ayrıca maya içermeyen ve sadece maya içeren kuyucuklar da kontrol grubu olarak138belirlenmiştir. İnkübasyon sürelerinin ardından hücreler ve üst sıvılardaki TLR ve kemokin düzeyleri incelenmiştir.Çalışmamızın sonuçlarına göre, kontrol grupları ile kıyaslandığında Candida türleri DH' lerden yüksek oranda TLR2, TLR4, TLR6 ifadelenmesi ve sekresyonuna neden olmaktadır. Kemokin reseptörleri değerlendirildiğinde, enfeksiyonla birlikte CCR5 ve CXCR4 üretimi artarken, CX3CR1 üretiminde değişiklik oluşmadığı görülmüştür. Ayrıca, C. albicans, C. krusei' ye oranla TLR sekresyonunda daha belirgin artışa neden olurken, C. krusei daha etkin kemokin artışına neden olmuştur.Sonuç olarak, Candida enfeksiyonu sırasında ilk olarak antijen sunucu hücrelerden dendritik hücrelerin görev aldığı, maya ile etkileşim sonucunda çeşitli reseptörleri aktive ederek immün sistem cevabını yönlendirdiği sonucuna varılmıştır.
Hipopigmente veya hiperpigmente deri lezyonlarıyla başvuran hastalardan alınan örneklerden malassezia cinsi mayaların izole edilmesi ve tür tanımı
Malassezia türleri, normal cilt florasında bulunan lipofilik mantarlardır. Bunun yanında, pityriasis versicolor, seboreik dermatit, follikülit, atopik dermatit gibi birçok yüzeyel deri hastalığında etken olarak saptanmaktadır. Malassezia mantarlarının tür ayrımı, kültürü yapılarak, morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal özellikleri kullanılarak yapılabilir. Bu konvansiyonel metodlarla beraber, son yıllarda uygulanan moleküler yöntemlerle tür adı kesin olarak konulabilmektedir.Çalışmamızda Gazi Üniversitesi Hastanesi'ne hipopigmente veya hiperpigmente deri lezyonlarıyla başvuran hastalardan alınan örneklerden Malassezia cinsi mantarların üretilmesi ve moleküler yöntemlerle kesin tür ayrımının yapılması amaçlanmıştır. Çalışmamıza pityriasis versicolor'lu 35 hasta dahil edilmiştir. Hastalardan alınan bütün örneklerin (n=35) direk mikroskobik incelemesinde Malassezia cinsi mantarlara ait maya hücreleri ve hif yapıları görülmüştür (%100). Örneklerin 26'sında Leeming Notman agarda Malassezia spp. üremesi olmuştur (%74,28). Hastalardan izole edilen suşların tümünün PZR ile tür tanımı yapılmıştır. En sık saptanan tür M.globosa (17; %65,38) iken bunu M. sympodialis (6; %23,08) ve M. furfur (3; %11,54) takip etmektedir.Çalışmamızın en önemli sonucu hipopigmente veya hiperpigmente deri lezyonları ile karakterize olan pityriasis versicolor etkeni olarak en sık M. globosa türü mayaların izole edilmiş olmasıdır. Ayrıca, moleküler yöntemlerden PZR ile tür tanımının kolaylıkla yapılabildiği, zahmetli ve uzun süre alan tween deneylerine gerek kalmadan tür tanımının yapılabildiği gösterilmiştir.