Microbial sensitivity tests
94 theses under this subject heading
Bazı bitki özütlerinin antibakteriyel etkilerinin incelenmesi
Bu çalışmada lavanta (Lavandula officinalis), hatmi (Althaea officinalis), sarı kantaron (Hypericum perforatum), defne (Laurus nobilis), yeşil çay (Camellia sinensis), böğürtlen (Rubus fruticosus), zeytin yaprağı (Olea europaea) ve maydanoz (Petroselinum crispum) bitkilerinden farklı çözücülerde elde edilen özütlerin Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis bakterileri üzerindeki antibakteriyel etkileri ölçüldü. Bu bitkilerin doğal olarak kurutulmuş halleri aktardan temin edilerek soxhlet ekstraksiyonu ile ve etanol, saf su, hekzan çözücüleri kullanılarak ekstrakte edildi. Agar kuyu difüzyon yöntemi ile 3 tekrarlı olacak şekilde antibiyogram tekniği uygulandı. Referans antibiyotikle karşılaştırıldığında yeşil çay, sarı kantaron, defne yaprağı, zeytin yaprağı, hatmi özütlerinin bakteriler üzerinde inhibisyon etkisi olduğu tespit edildi. Yeşil çay için en etkili çözünün saf su, diğer bitkiler için ise etanol olduğu, hekzanın bu bitkiler için Soxhlet ekstraksiyonunda uygun bir çözücü olmadığı görüldü.
Süleyman Demirel Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi'nde klinik örneklerden izole edilen metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) sıklığının ve çeşitli antibiyotiklere direncinin yıllar içindeki değişiminin incelenmesi
Yüksek morbidite, mortaliteye sahip olan MRSA enfeksiyonları güncel tedavi seçeneklerinin sınırlı olmasıyla önemini korumaktadır. Antimikrobiyal direnç sorununun yaygınlaşmasıyla MRSA'ya etkin yeni antibiyotik arayışı devam etmektedir. Çalışmamızda hastanemizde Ocak 2014 ve Aralık 2022 yılları arasında izole edilen MRSA izolatlarının dağılımının ve antibiyotik direnç oranlarının araştırılması amaçlanmıştır. Toplam 517 MRSA izolatının tanımlanması, metisilin direnci ve antibiyotik duyarlılığı konvansiyonel yöntemlerle ve Phoenix™ otomatize sistemiyle belirlenmiştir. Antibiyotik duyarlılıkları EUCAST önerilerine göre değerlendirilmiştir. Dokuz yılda S. aureus izolatları içerisinde MRSA oranı %16,12 olarak saptanmıştır. MRSA oranında 2016'da düşüş 2022'de artış görülmüştür. En sık kandan ve anestezi yoğun bakım biriminden MRSA izole edilmiştir. Vankomisine ve linezolide dirençli MRSA izolatı saptanmamıştır. Vankomisin MİK değerleri 2015 ve 2018 yılları arasında daha yüksek, 2020'de daha düşük saptanmıştır. Linezolid MİK değerleri 2017'de daha düşük, 2019'da daha yüksek saptanmıştır. Klindamisin, gentamisin, tetrasiklin ve rifampisin direnç oranında azalma ile trimetoprim-sülfametoksazol ve fusidik asit direnç oranında artış saptanmıştır. MİK değerleri teikoplanin ve rifampisinde 2014, 2015, 2016'da, tetrasiklinde 2017, 2020, 2021'de, fusidik asitte 2021'de, kinupristin-dalfopristinde 2014'te daha yüksek, trimetoprim-sülfametoksazol ve gentamisinde 2022'de daha düşük saptanmıştır. Eritromisinde doku, balgam ve trakeal aspirattaki direnç oranının eklem sıvısındaki, klindamisinde doku ve idrardaki direnç oranının balgamdaki, gentamisinde dokudaki direnç oranının eklem sıvısı, yara ve balgamdaki, rifampisinde doku ve trakeal aspirattaki direnç oranının absedeki, fusidik asitte kateterdeki direnç oranının trakeal aspirattaki direnç oranına göre anlamlı düzeyde yüksek olduğu saptanmıştır. Antibiyotiklerin çoğunun direnç oranında dalgalı bir seyir görülmüştür. MRSA enfeksiyonlarının başarılı ampirik tedavisi için antibiyotiklerin MİK değerleri direnç gelişimi açısından yakından izlenmelidir. Çalışmamız ülkemizde MRSA izolatlarında direnç oranı ve antibiyotiklerin MİK değerlerinin hem yıllara hem örnek türüne göre karşılaştırıldığı ilk çalışmadır. Verilerimizle ampirik antibiyotik tedavisini yönlendirmede önemli olan hastanemizin direnç paternleri ortaya konulmuştur. Örnek türüne göre MRSA direnç oranlarının ilk defa değerlendirildiği çalışmamızda saptadığımız farklılıkların öneminin ileri çalışmalarla araştırılması gerekmektedir. Anahtar kelimeler: Antimikrobiyal direnç, MRSA, Minimum inhibitör konsantrasyon, örnek türü, sürveyans
Çeşitli klinik örneklerden izole edilen vankomisine direçli enterokok suşlarının fenotipik ve genotipik değerlendirilmesi
Çalışmada çeşitli klinik örneklerinden elde edilen Vankomisine dirençli Enterokok suşlarında (VRE) fenotipik olarak vankomisin ve teikoplanin direnci belirlenmiş ve genotipik yöntemlerle VanA, VanB ve VanC varlığı araştırılmıştır. Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda 2015-2018 yılları arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen Vankomisine dirençli 30 Enterococ spp. (VRE) suşu çalışmaya dâhil edilmiştir. Suşların identifikasyonu ve antibiyotik dirençlerinin belirlenmesi için otomatize sistem kullanılmıştır. Vankomisine ve teikoplanin direnci gradient test yöntemi ile belirlenmiştir. Direnç genleri, uygun primerler kullanılarak in-house PCR yöntemi ile araştırılmıştır. İdentifikasyon tesleri sonucunda suşların 29'u E. faecium, bir tanesi E. faecalis olarak tanımlanmıştır. Otomatize identifikasyon sistemi ile suşların tümü vankomisin ve teikoplanine karşı dirençli bulunurken gradient test yöntemi izolatların üç tanesi duyarlı olarak bulunmuştur. Bu üç suşta moleküler yöntemle VanA, VanB ve VanC'nin hiçbirisine rastlanmamıştır. Moleküler yöntemle 27 suşta VanA, bir suşta VanB geni saptanırken hiçbir suşta VanC genine rastlanmamıştır. Enterokok izolatlarında vankomisin direncinin tespitinde Gradient test ve moleküler yöntemle direnç gen tespitinin %100 uyumlu olduğu görülmüştür. Klinik mikrobiyoloji laboratuarında enterokok izolatlarının glikopeptit direncinin saptanmasında Gradient test yöntemi çok önemli bir tarama testi olarak kullanılabilir. Anahtar kelimeler: Vankomisine dirençli Enterokok, Gradient test, VanA, VanB ve VanC.
Van yöresinde koyun klinik mastitis olgularından izole edilen bakteri türlerinin prevalansı ve antimikrobiyel duyarlılıkları
Bu çalışmada, Van ve yöresinde koyunlarda mastitis olgularına neden olan bazı bakteriyel etkenlerin prevalansının ve antimikrobiyel duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlandı. İzole edilen etkenlerin tür düzeyinde identifikasyonu otomatize bakteri identifikasyon cihazı ile yapılırken antimikrobiyel duyarlılığın belirlenmesinde disk difüzyon testi kullanıldı. Çalışmada 103 mastitisli süt örneğinin 51 (%49.51)'inden bakteriyel etken izole edilirken, örneklerin geri kalanında bakteriyel üremenin olmadığı görüldü. Araştırmada en fazla izole edilen bakteriyel etkenlerin sırasıyla Pseudomonas spp. (%27.1), Mannheimia haemolytica (%16.94), Staphylococcus spp. (%13.55) ve Streptococcus pneumoniae (%11.86) olduğu belirlendi. Bununla birlikte Gram negatif bakteriyel etkenlerin sırasıyla %72.2, %52.8, %42.2, %25, %50 ve %50'sinin penicillin, cefoxitin, tetracycline, co-trimaxozole, tilmicosin ve erythromycine dirençli olduğu belirlendi. Gram pozitif bakteriyel etkenlerin ise methicillin, cefoxitin, enrofloxacin, tilmicosin, erythromycine ve gentamicine sırasıyla %21.7, %43.4, %8.7, %8.7, %8.7 ve %4.3'ü dirençli bulundu. Sonuç olarak bu çalışmada koyunlarda mastitis olgularında Gram pozitif bakteriyel etkenlerin yanı sıra Pseudomonas spp. ve Mannheimia haemolytica izolatlarının da önemli rol oynayabileceği gözlendi. Bununla birlikte Van ve yöresinde koyunlarda mastitis vakalarının tedavisinde penicillin, cefoxitin, tetracycline, tilmicosin ve erythromycin kullanımına dikkat edilmesi gerektiği belirlendi. Bakteriyel etkenlerin neden olduğu enfeksiyonların tedavisinde etkili antimikrobiyel terapinin yapılabilmesi için etken izolasyon ve identifikasyonuyla birlikte antimikrobiyel duyarlılık testlerinin de önem arz ettiği kanaatine varıldı.
Solunum yollarından izole edilen mannheimia haemolytica suşlarının tiplendirilmesi, bazı virulens genleri ile antimikrobiyal maddelere duyarlılıklarının araştırılması
Bu çalışmada, hasta ve sağlıklı sığır ve koyunların solunum yollarından izole edilen Mannheimia (M.) haemolytica izolatlarının biyokimyasal özellikleri, önemli virülens genlerinin dağılımı, antimikrobiyal maddelere duyarlılıkları ve direnç genlerinin tespit edilmesi amaçlandı. Nazo-farengiyal ve trake-bronşiyal sıvap örneklerinden kültürü yapılan M. haemolytica şüpheli 55 izolatın 48 (%87.3)'i Real Time PCR ile M. haemolytica olarak identifiye edildi. İncelenen izolatlarda, hastalık ve virülens genleri ile ilişkili biyokimyasal özelliklerin arginin-arginin ve sorbitol testlerindeki farklılıklara göre 4 farklı biyokimyasal profil belirlendi. Real Time-PCR yöntemiyle virülens genleri incelenen izolatlarda 3 virülens gen profili tespit edildi. İzolatların %37.5'i I, %33.3'ü III ve %12.5'i II olarak belirlendi. Virülens gen profil II'ye sahip izolatlarda virülens ile ilişkili genlerin tamamı belirlenirken, profil I'e sahip izolatlarda nmaA, profil III'e sahip izolatlarda ise nmaA ve tbpB genlerinin bulunmadığı tespit edildi. Bununla birlikte biyokimyasal profil II'nin hastalık olguları ile ilişkili ve bunun arginin-arginin negatiflik ile ilişkili olduğu belirlendi. Ayrıca virülens gen profil I özelliğine sahip izolatların sadece biyokimyasal profil I ile ilişkili olduğu ve bunun arginin-arginin negatiflikten kaynaklandığı belirlenirken, arginin-arginin pozitif izolatlar ile virülens gen profil III arasındaki ilişkinin önemli olduğu gözlendi. Ayrıca, epsilometer test (E-test) ile antimikrobiyal duyarlılıkları ve minimal inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri incelenen izolatların 9 (%18.75)'unda antimikrobiyal direnç belirlendi. E test ile dirençli bulunan izolatların 1'i sadece eritromisine, 2'si sadece penisiline, 1'i tilmikosin ve penisiline, 1'i tilmikosin, streptomisin ve penisiline, 1'i eritromisin, tilmikosin, streptomisin ve tetrasikline, 3'ü eritromisin, tilmikosin, streptomisin, tetrasiklin, penisilin ve ampisiline dirençli olduğu tespit edildi. Dirençli bulunan izolatların büyük çoğunluğunda (%66.6) çoklu direnç olduğu gözlendi. E test ile dirençli olduğu belirlenen 9 izolatın 6 (%66.6)'sında makrolid erm42, mphE, msrE genleri ve bu izolatların da 5 (%55.5)'inde aminoglikozid direnç geni strA tespit edildi. Sonuç olarak; arginin-arginin negatiflik ile gcp, gs60, tbpB, lktC, adh pozitif, nmaA negatif izolatların kommensal ve patojen M. haemolytica izolatlarının ayrımında kullanılabilecek epidemiyolojik kriter olabileceği ve konu ile ilgili yeni çalışmaların yapılması gerektiği, ayrıca M. haemolytica izolatlarında erm42, mphE, msrE genlerinin makrolid, strA geninin de aminoglikozid direncinden sorumlu genler olduğu ve total DNA'da tespit edilebildiği, tetH ve blaROB-1 genlerinin total DNA'da tespit edilemediği ve bu genlerin plazmid ve transpozon gibi ekstrakromozamal DNA'da belirlenebileceği, bundan dolayı antimikrobiyal direnç geni ile ilgili başka mekanizmaların araştırılmasına yönelik yeni çalışmaların yapılması gerekliliği sonucuna varıldı.
Mycobacterium abscessus alt tür abscessus izolatlarının ilaç duyarlılık paterninin belirlenmesi
En önemli hızlı üreyen nontüberküloz mikobakterilerden biri olan Mycobacterium abscessus kompleks, akciğer ve akciğer dışı enfeksiyonlara yol açan, birçok antimikrobiyal ajana dirençli olduğundan tedavisi zor bir mikroorganizmadır. Özellikle kistik fibroz gibi altta yatan hastalığı olan kişilerde, immün yetmezliği olan kanser, transplanstasyon hastalarında neden oldukları enfeksiyonların tedavisi zor ve uzun sürmektedir. Son yıllarda da dünya genelinde birçok ülkede neden oldukları enfeksiyonlarda artış bildirilmiştir. Mycobacterium abscessus kompleks, Mycobacterium abscessus alt tür abscessus, Mycobacterium abscessus alt tür massiliense ve Mycobacterium abscessus alt tür bolletii olmak üzere üç alt türden oluşmaktadır ve bu alt türlerin ilaç duyarlılık paternleri farklılık göstermektedir. Bu çalışmanın amacı, Mycobacterium abscessus alt tür abscessus izolatlarının antibiyotik duyarlılık paternlerinin referans yöntem sıvı mikrodilüsyon ile belirlenmesi ve klaritromisin direncinin hem fenotipik olarak hem de gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile moleküler olarak gösterilmesidir. Çalışma sonucunda 55 Mycobacterium abscessus alt tür abscessus izolatının %87.3'ü klaritromisin, %81.9'u siprofloksasin, %40'ı imipenem, %30.9'u tobramisin, %29.1'i moksifloksasin, %7.2'si sefoksitin ve %5.4'ü amikasin dirençli saptanmıştır. Antibiyotik duyarlılık testi yapılan 55 izolatın 7'si klaritromisine duyarlı iken 15 ve 33 izolatta sırasıyla kazanılmış ve indüklenebilir klaritromisin direnci saptanmıştır. Moleküler olarak bu izolatların klaritromisin direncinin araştırıldığı erm(41) ve rrl gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonlarında duyarlılık profilleri ile uyumlu erime eğrileri gösterilmiştir.
Bazı 2-sübstitüe-1H-benzimidazol türevleri üzerinde çalışmalar
Bu çalışmada, biri literatürde kayıtlı 12 adet 2-(1H-benzo[d]imidazol-2-il)-3-(4-(4-sübstitüepiperazin-1-il)fenil)akrilonitril (3a-l) ve 3 adet 2-(1H-benzo[d]imidazol-2-il)-3-(4-(4-sübstitüepiperazin-1-il)fenil)propannitril (4a, b ve f) bileşiği sentezlenmiş ve antimikobakteriyel aktiviteleri incelenmiştir. Hedef bileşikler olan 2-(1H-benzo[d]imidazol-2-il)-3-(4-(4-sübstitüepiperazin-1-il)fenil)akrilonitriller (3a-l), 2-(1H-benzo[d]imidazol-2-il)asetonitril (1) ve 4-(4-sübstitüepiperazin)benzaldehitler (2a-l)'in kondenzasyonu sonucu kazanılmıştır. 2-(1H-benzo[d]imidazol-2-il)-3-(4-(4-sübstitüepiperazin-1-il)fenil)propannitriller (4a, b ve f) ise akrilonitrillerin sodyum borhidrür ile redüksiyonları sonucu elde edilmişlerdir. Söz konusu bileşiklerin kimyasal yapıları, IR, 1H-NMR, 13C-NMR, kütle spektroskopisi ve elementel analiz yöntemleri ile aydınlatılmıştır. Hedef bileşiklerin M. tuberculosis H37Rv'ye karşı in vitro aktiviteleri, izoniyazit, rifampisin, etambutol ile karşılaştırılmalı olarak incelenmiştir. Bileşiklerden 2-(1H-benzo[d]imidazol-2-il)-3-(4-(4-(4-metilfenil)piperazin-1-il)fenil)akrilonitril yapısındaki (3b)'nin, M. tuberculosis'e karşı 0,78 µg/mL MİK değeri ile serinin en aktif türevi olduğu ve etambutolden (MİK= 1,56 μg/mL) daha yüksek antimikobakteriyel etkiye sahip olduğu gözlenmiştir. Ayrıca bu bileşiğin besin açlık modeli deneyinde M. tuberculosis'e karşı referans ilaçlar olan izoniyazit, siprofloksasin, rifampisin ve moksifloksasinden daha aktif olduğu bulunmuştur. Elde edilen bu sonuçlar doğrultusunda, 3b'nin, M. tuberculosis'in aktif ve latent formlarıyla savaşmak için umut verici bir bileşik olduğu düşünülmektedir.
Primer immun trombositopeni hastalarının tedavi öncesi ve sonrası hemogram verilerinin karşılaştırılması
Giriş ve Amaç: Primer trombositopenik purpura (İTP) hem çocukları hem de yetişkinleri etkileyen otoantikor aracılı en sık görülen hemostaz bozukluklarından biridir. Kortikosteroidler ve IVIG, akut İTP için ilk basamak tedavilerdir. ITP için ikinci basamak tedaviler splenektomi, rituksimab, trombopoietin reseptör agonistleri, yüksek doz kortikosteroidler ve immünosupresörleri içerir. Çalışmamızda amaç son 5 yılda tedavi gören İTP hastalarının tedavi öncesi ve sonrası hemogram verilerini karşılaştırarak tedavi yöntemleri sonrası görülebilecek anlamlı değişiklikleri değerlendirmek,trombosit indekslerinin relaps ile ilişkisini değerlendirmektir. Gereç ve Yöntemler: Çalışmamızda tedavi ve takibi Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi İç Hastalıkları Anabilim Dalı, Hematoloji Bilim Dalı tarafından yapılan 71 hastanın demografik bilgileri, tedavi endikasyonları, uygulanan tedaviler ve tedavi yanıtları, tedavi öncesi ve sonrası hemogram verileri retrospektif olarak değerlendirilmiştir. Hastaların tedavi öncesi ve sonrası hemogram verileri Wilcoxon rank-sum testleri kullanılarak karşılaştırıldı. Bulgular: 71 hastanın 26'sı erkek(% 36,6) ,45 'i kadın(% 63,4) idi. Hastaların teşhis anında ortanca tanı yaşı 34 (18-77) idi. Steroid alan 34(%47.8) hasta saptanmıştır. Hastaların hemoglobin , hematokrit , MCV ,RDW, nötrofil ,lenfosit , lökosit ,trombosit ve PCT değerlerinde anlamlı bir artış görülmüştür(p<0.05). Eozinofil değerlerinde anlamlı bir azalma görülmüştür(p=0,015). Steroid+IVIG alan 41(%57,7) hasta saptanmıştır. Hastaların RDW, nötrofil, lökosit , trombosit ve PCT değerlerinde anlamlı artış saptanmıştır(p<0.05). Eozinofil değerlerinde anlamlı bir azalma saptanmıştır(p=0,001). Splenektomi olan 42 hasta(%59,2) saptanmıştır. Hastaların MCV, RDW, nötrofil, lenfosit, lökosit ,trombosit ve PCT değerlerinde anlamlı bir artış saptanmıştır(p<0,05). Bazofil, eozinofil ve MPV değerlerinde anlamlı bir düşüş saptanmıştır(p<0,05). Eltrombopag alan 6(%8,4) hasta saptanmıştır. Hastaların nötrofil, trombosit ve PCT değerlerinde anlamlı artış olduğu görülmüştür(p<0.05). İmmun trombositopenide nüksün MPV, PDW ve PCT ile olan ile olan ilişkisine bakıldı. İlk relapsta ve ikinci relapsta PCT'de anlamlı bir düşüş görüldü(p<0,05). Sonuçlar: Hastaların tedavi öncesi ve sonrası hemogram verileri karşılaştırıldığında literatüre uygun değişikler gözlenmiştir. Çalışmamız İTP hastalarında hemogram verilerinin genel olarak karşılaştırıldığı tek çalışma olduğu sanılmaktadır. Çalışmamızda PCT değeri ile relaps arasında anlamlı bir ilişki bulunmuştur. Anahtar kelimeler: İmmun trombositopeni , yetişkin, tedavi ,relaps
Haemophilus influenzae izolatlarının antibiyotik duyarlılıklarının incelenmesi
Amaç: Bu çalışmada Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi İbn-i Sina Eğitim ve Araştırma Hastanesi Merkez Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na 01.01.2020-01.06.2021 tarihleri arasında gönderilen alt solunum yolu örneklerinin kültürlerinde üreyen 84 adet H.influenzae izolatının antibiyotik duyarlılıkları disk difüzyon yöntemiyle incelenmiştir. İmipenem ve meropenem duyarlılık sonuçları disk difüzyon ve gradiyent şerit test yöntemiyle de değerlendirilerek referans yöntem olan sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile uyumunun incelenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Alt solunum yolu örnekleri mikroskopik olarak değerlendirilmiştir. Mikroskopik açıdan uygun olan örneklerin kültürü %5 koyun kanlı agar (KKA), MacConkey agar ve çikolata agar besiyerlerine ekilmiştir. KKA ve MacConkey agar plakları normal atmosferde, çikolata agar plakları CO2'li ortamda, 37 0C'de 24-48 saat inkübe edilmiştir. Bakterinin tanımlaması Gram boyama ve MALDI-TOF MS ile yapılmıştır. İzolatların antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesinde disk difüzyon yöntemi kullanılmıştır. İzolatların beta-laktamaz enzim üretimi kromojenik nitrosefin diski kullanılarak gerçekleştirilmiştir. İzolatların beta-laktam ilaçlara karşı direnç mekanizmasının varlığı 1 ünite benzilpenisilin içeren penisilin diskiyle taranmıştır. Karbapenem grubu antibiyotiklerin minimum inhibitör konsantrasyonlarının (MİK) belirlenmesinde gradiyent şerit test ve sıvı mikrodilüsyon test yöntemleri kullanılmıştır. Bulgular: Çalışmamızda izolatların yarısından fazlası 50 yaş ve üzeri hastalardan izole edilmiştir. Çalışmadaki erkek hastalar, tüm hastaların % 70,23'ünü oluşturmuştur. Beta-laktamaz negatif ampisilin duyarlı (BLNAS) izolatlar % 45,23 ile en bulunan fenotip olmuştur. Bunu %39,28 ile Beta-laktamaz negatif ampisilin dirençli (BLNAR), % 10,71 ile Beta-laktamaz pozitif ampisilin dirençli (BLPAR), % 4,76 ile Beta-laktamaz pozitif amoksisilin klavulanik asit dirençli (BLPACR) izolatlar izlemiştir. Çalışmamızda disk difüzyon yöntemi ile imipenem, meropenem ve sefotaksim direnci saptanmamıştır. En yüksek direnç % 54,76 ile ampisilinde görülmüştür. En düşük direnç %13,09 ile kinolon grubu antibiyotiklerde görülmüştür. Direnç oranları; sefuroksim %39,28, amoksisilin/klavulanik asit % 28,57 siprofloksasin, levofloksasin ve moksifloksasin %13,09, tetrasiklin %16,66, trimetoprim/sülfametoksazol % 29.76 olarak saptanmıştır. İmipenem ve meropenem için disk difüzyon ve sıvı mikrodilüsyon duyarlılık sonuçları birbiriyle uyumlu bulunmuştur. Gradiyent şerit test yöntemiyle sıvı mikrodilüsyon yönteminin meropenem için kategorik uyumu % 100 (n=84), temel uyumu % 70,23 (n=59) iken imipenem için kategorik uyum % 70,23 (n=59), temel uyum % 41,66 (n=35) olarak saptanmıştır. İmipenem için büyük hata oranı % 29,76 (n=25) olarak bulunmuştur. Çalışmada imipenem için test edilen izolatların 17sinde (%20,23) disk difüzyon testinde zon içi üremeler görülmüştür. Gradient şerit testinde bu izolatların 12'sinde (%70,58) heterodirenç göstesi olan çift zon görülmüştür. Onyedi izolatın fenotip dağılımlarına bakıldığında onüç BLNAR, iki BLPAR, bir BLPACR, bir BLNAS izolat bulunmuştur. BLNAR izolatlarda MİK değerleri altı izolatta >32 µg/ml, bir izolatta 12 µg/ml, bir izolatta 8 µg/ml, iki izolatta 2 µg/ml, bir izolatta 0,5 µg/ml, bir izolatta 0,75 µg/ml, bir izolatta 0,094 µg/ml olarak bulunmuştur. İki BLPAR izolatta MİK değeri >32 µg/ml, bir BLPACR izolatta MİK değeri >32 µg/ml ve bir BLNAS izolatta MİK değeri 4 µg/ml olarak bulunmuştur. Sonuç: Çalışmamızda direncin en yüksek görüldüğü antibiyotik ampisilin olarak belirlenmiş ve rutinde test edilen antibiyotiklere belirli oranlarda direnç tespit edilmiştir. Disk difüzyon testi ile imipenem, meropenem ve sefotaksim direnci saptanmamıştır. BLNAR izolatlar dünya genelinde yaygınlaşmaya başlamıştır ve beta laktam grubu antibiyotiklere direnç gelişimi endişesini arttırmaktadır. Çalışmamızda sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile iki karbapeneme de direnç tespit edilmemekle birlikte, gradiyent şerit testi ile 25 izolat imipeneme dirençli bulunmuştur. Önceki çalışmalarla uyumlu şekilde çalışmamızda sıvı mikrodilüsyon yönteminin H.influenzae izolatlarının karbapenem duyarlılığının belirlenmesinde özellikle de imipenem duyarlılığı açısından öneme sahip olduğu tespit edilmiştir. İmipenem ve meropenem için disk difüzyon yönteminin sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle uyumu göz önüne alındığında disk difüzyon yöntemi rutin laboratuvar uygulamaları açısından önemini korumaktadır. Heterodirençli izolatların görülmesi, dirençli izolatların ortaya çıkışı açısından uyarıcı olabilir. H.influenzae izolatlarında direnç oranlarının ve mekanizmalarının ortaya konulabilmesi açısından sürveyans çalışmalarının yapılması önem taşımaktadır. Anahtar Kelimeler: H. influenzae, imipenem, meropenem, sıvı mikrodilüsyon, gradiyent şerit test
Levrek ve çipuralardan izole edilen photobacterium damselae suşlarının moleküler karakterizasyonlarının ve antimikrobiyal duyarlılıklarının belirlenmesi
Amaç: Bu çalışmada çipura ve levrek yetiştiriciliği için önemli bir tehdit olan Photobacterium damselae ve alt türlerinin moleküler yöntemlerle teşhisi ve antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının ortaya koyulması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Araştırma materyalini Photobacterium damselae şüpheli 100'er adet ölü çipura (Sparus aurata) ve levrek (Dicentrarchus labrax) oluşturmuştur. Balık örneklerinin iç organlarından konvansiyonel, hızlı teşhis ve moleküler yöntemlerle P. damselae izolasyonu yapılmış ve izolatların antibiyotiklere karşı duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ile araştırılmıştır. Bulgular: Çipura örneklerinin iç organlarından 26 (%26) Photobacterium damselae izolatı izole edilirken, levrek örneklerinden izolasyon yapılamamıştır. Çipura örneklerinden izole edilen 26 (%26) P. damselae izolatı BD-Phoenix tanı cihazı ile identifiye edilmiştir. İdentife edilen 26 (%26) P. damselae izolatı 16S rRNA PCR ile doğrulanmış ve CPS ile URE C genleri kullanılarak yapılan PCR ile alt tür ayrımına gidilmiştir. Sonuçta P. damselae suşlarından 18 adedi (%69,23) P. damselae subsp. piscicida ve geri kalan 8 adedi (%30,77) de P. damselae subsp. damselae olarak tiplendirilmiştir. P. damselae subsp. piscicida izolatlarının tamamı gentamisine (10 µg) karşı %100 oranında, diğer yandan hem P. damselae subsp. piscicida hem de P. damselae subsp. damselae izolatları siprofloksasine (5 µg) karşı %100 duyarlı bulunmuştur. Sonuç: Bu araştırma ile deniz akuakültüründe çipura ve levrek için önemli hastalık etkeni olan P. damselae subsp. piscicida ve P. damselae subsp. damselae'nın tür spesifik genler ile moleküler teşhisi ve bazı antibiyotiklere karşı duyarlılığı ortaya koyulmuştur.
Bazı dezenfektanların hastane infeksiyonu etkeni bakterilere karşı antibiyofilm aktivitelerinin in vitro olarak araştırılması
Amaç: Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, K. pneumoniae ve E. faecalis biyofilm tabakası mikrobiyal hücre ve ekstrasellüler polimerik madde üzerine gluteraldehit, perasetik asit, hidrojen peroksit ve sodyum hipokloritin etkinliğinin araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: P. aeruginosa, S. aureus, K. pneumoniae ve E. faecalis standart suşları üretici firmadan temin edilmiştir. Dezenfektan olarak gluteraldehit, perasetik asit, hidrojen peroksit ve sodyum hipoklorit uygun çözeltilerde sulandırılmıştır. Ardından suşarın biyofilm oluşturma kapasitesi, suların dezenfektanlara karşı antimikrobiyel duyarlılıkları, biyofilm ve dezenfektan testleri gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Biyofilm kapasitesi bulguları açısından en güçlü bakterilerin P. aeruginosa ve K. pneumoniae olduğu, E. faecalis'in orta derece ve S. aureus'un ise zayıf düzeyde biyofilm kapasitesi meydana getirdiği saptandı. P. aeruginosa ve K. pneumoniae biyofilm tabakasına H2O2'nin etkili olmadığı, IUPAC'nın biyofilmde orta derecede azalma sağladığı, PAA'nın ise yine orta derece azalma sağlayarak benzer etkinlik gösterdiği saptandı. NaClO'nun ise biyofilm tabakasında yüksek oranda azalma sağlayarak en etkin dezenfektan olduğu saptandı. Dezenfektanların 30. dakikadan sonra etkisinin olmadığı görüldü. S. aureus ve E faecalis biyofilm tabakasına ise çalışılan tüm dezenfektanların etkili olduğu görüldü. Sonuç: Çalışma sonucunda En etkin dezenfektanların 60. dakikada yüksek oranda azalma ile H2O2 ve % NaClO olduğu görüldü. IUPAC ise 60. dakikada orta derecede azalma sağladı. En az etkin olan dezenfektanın ise PAA olduğu görüldü.
Mastitisli ineklerden staphylococcus aureus'un moleküler identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Amaç: Bu tez çalışmasında, mastitisli ineklerden Staphylococcus aureus (S. aureus) izolasyonu, izole edilen suşlarda nuc, mecA ve blaZ genlerinin PCR ile araştırılması ve suşların veteriner sahada yaygın olarak kullanılan çeşitli antibiyotiklere karşı dirençliliğin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Aydın ili merkez ilçe ve çevresinde bulunan işletmelerden klinik mastitisli 41 hayvandan toplam 57 adet süt numunesi toplanmıştır. İzolasyon ve identifikasyon aşamalarını takiben Staphylococcus sp. olarak biyokimyasal identifikasyonu yapılan izolatların DNA ekstraksiyonları yapılmış, antibiyotik direnç genleri genotipik olarak polimeraz zincir reaksiyonu metoduyla araştırılmıştır. S. aureus ve Koagulaz Pozitif Stafilokok olarak identifiye edilen suşların antibiyotik duyarlılıkları/dirençlilikleri CLSI kriterleri tarafından önerildiği şekilde belirlenmiştir. Bulgular: İncelenen 57 süt örneğinden 15 (%26,3) adet Koagulaz Pozitif Stafilokok izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Koagulaz Pozitif Stafilokokların genotipik identifikasyon sonucu 6 (%10.5) adedi S. aureus olarak belirlenmiştir. Toplam 22 (%38,6) örnekte ise bakteriyel üreme saptanmamıştır. PCR sonucunda, Koagulaz Pozitif Stafilokok izolatlarında, 270 ve 517 bp uzunluğunda ürünler elde edilmiştir. Koagulaz pozitif olarak belirlenen 15 izolatın 6'sı S. aureus olarak doğrulanmıştır. 6 izolatın 2 adedinde blaZ genine rastlanmıştır. İzolatların hiçbirinde ise mecA genine rastlanmamıştır. Antibiyogram testi sonucunda S. aureus izolatları Penisilin G, Sülfometoksazol-Trimetoprim ve Amoksisilin-klavulanik asit'e %100 oranında dirençli, Vankomisin ve Klindamisine %100 oranında, Polimiksin B, Sefoperazon ve Oksasiline %83 oranında ve Enrofloksasin'e ise %50 oranında duyarlı olduğu tespit edilmiştir. Sonuç: Çalışma sonucunda S. aureus identifikasyonu %10,5 oranında gerçekleşmiştir. Araştırmamız ile birlikte Polimiksin B'nin alternatif bir mastitis terapötik ajanı olarak kullanımın potansiyeli ortaya çıkmıştır. Polymixin B'nin stafilokokal enfeksiyonlarla savaşmak için umut verici bir alternatif ajan olduğunu gösterilmektedir.
Karbapenem dirençli ve karbapenem duyarlı pseudomonas aeruginosa kökenlerinin antibiyotik duyarlılıklarının karşılaştırılması ve karbapenem dirençli kökenlerde bazı karbapenemaz genlerinin araştırılması
Karbapenem dirençli (CRPA) ve karbapenem duyarlı (CSPA) P. aeruginosa kökenlerinin diğer antibiyotiklere duyarlılıklarının karşılaştırılması ve karbapenem dirençli olan kökenlerdeki karbapenemaz genlerinin varlığının tespit edilmesi amaçlandı. Çalışmaya 50 adet CRPA ve aynı dönemde izole edilen 251 tane CSPA dahil edildi. Antibiyotik duyarlılıkları otomatize sistem kullanılarak saptandı. CRPA kökenlerindeki karbapenemaz genlerinin (blaIMP, blaSPM, blaAIM, blaNDM, blaOXA-48, blaKPC) varlığı multipleks polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle araştırıldı. Kökenlerin en fazla yara (%32,6), idrar (%30,6) ve balgam (%16,9) örneklerinden ve yoğun bakım üniteleri dışındaki diğer kliniklerden izole edildiği tespit edildi. Kökenlerin en dirençli olduğu antibiyotikler netilmisin (%41,5), levofloksasin (36,5), piperasilin (%33,2) ve piperasilin/tazobaktam (%31,9) idi. İmipenem ve meropenem direnç oranları sırasıyla %15,6 ve %11,9 olarak bulundu. CRPA'lar amikasin, aztreonam, gentamisin, netilmisin, tobramisin, siprofloksasin, levofloksasin, sefepim, seftazidim, piperasilin, piperasilin/tazobaktama CSPA olanlardan daha dirençli olarak saptanmıştır (p<0,001). CSPA ve CRPA kökenlerde kolistine dirençte farklılık olmadığı tespit edilmiştir (p=1). CRPA kökenlerinde amikasin, aztreonam, seftazidim, siprofloksasin, kolistin, sefepim, gentamisin, levofloksasin, netilmisin, piperasilin, tobramisin, piperasilin/tazobaktam MİK değerleri CSPA olanlara göre daha yüksek saptandı dolayısıyla daha dirençli bulundu (p<0,001). Çoğul ilaca direnç (MDR) oranı %14,6 ve CRPA grupta MDR oranı daha fazla bulundu (P<0,001). CRPA kökenler içinde blaIMP, blaVIM, blaSPM, blaNDM, blaKPC, blaAIM ve blaOXA genleri arasında bir kökende blaIMP, üç kökende de blaVIM geni pozitif olarak bulundu. Sonuç olarak çalışmamızda karbapenem direnci ve MDR oranı ülkemizdeki oranlardan daha az oranda bulunmuştur. Daha önce hastanemizde yapılan çalışmalardaki oranlara göre de yıllar içinde oranların artmadığı görülmüştür. CRPA'ların CSPA'lara göre diğer antibiyotiklere de daha dirençli olduğu bulunmuştur. Çalışmamızda karbapenemazlardan IMP ve VIM tipi enzimler bulunmuştur. Hastanemizde yapılan diğer çalışmalarla birlikte bu çalışma hastanemizde izole edilen P. aeruginosa'larda karbapenemazların yaygın olmadığını göstermiştir. Bu enzimlerin epidemiyolojik olarak tanımlanması direnç yayılımını önlemede önemlidir ve bunları kodlayan genlerin tespiti; tedavide kullanılacak uygun antibiyotiklerin seçilmesinde yol gösterecektir.
Piliç baget örneklerinde staphylococcus aureus varlığı ile izolatların antibiyotik duyarlılığının belirlenmesi
Bu çalışmada, Eylül 2020–Kasım 2020 tarihleri arasında Adana, Mersin ve Hatay illerinde paketlenmiş ve donmuş olarak satışa sunulan 120 adet piliç baget örneklerinde S. aureus varlığı ile izolatların antibiyotik duyarlılığı araştırıldı. Araştırmada analiz edilen örneklerin 99'unda (% 82.5) Staphylococcus spp. ve 6'sında (% 5) S. aureus saptandı. İzolatların tamamının gentamisin, kloramfenikol, vankomisin ve seftaroline, %33.3'nün tetrasiklin ve eritromisine, %83.3'nün ise oksasilin ve siprofloksasine duyarlı olduğu saptandı. Araştırmada saptanan 1 izolatın 3 adet antibiyotiğe, 3 izolatın 2 adet antibiyotiğe, 1 izolatın ise 1 adet antibiyotiğe dirençli olduğu, toplamda ise 4 izolatın ise en az 2 adet antibiyotiğe karşı çoklu dirençli gösterdiği, bir adet izolatın ise araştırmada kullanılan tüm antibiyotiklere karşı duyarlı olduğu saptandı. Sonuç olarak, üretim ve tüketim zincirinde bakım ve besleme, kanatlı kesim prosesi, parçalama, paketleme, depolama, nakil ve ürüne işlenmesi gibi tüm aşamalarda HACCP kurallarına uyulmasının ve bilinçsiz antibiyotik kullanımının engellenmesinin son derece önemli olduğu kanaatine varıldı.
Turgut Özal Tıp Merkezinde 2009 yılında nozokomiyal pseudomonas aeruginosa izolatlarında antibiyotik direnç, indüklenebilir beta-laktamaz ve metallo beta-laktamaz oranlarının belirlenmesi
Amaç: Hastane infeksiyonu etkenlerinden olan Pseudomonas aeruginosa birçok antibiyotiğe doğal olarak dirençli olup, mevcut kullanılabilen antibiyotiklere direnci de hastanelere göre değişebilmektedir. P. aeruginosa'nın antibiyotiklere direncinde çeşitli beta-laktamaz enzimleri ve farklı mekanizmalar rol oynamaktadır.Bu çalışmada nozokomiyal infeksiyon etkeni olarak izole edilen P. aeruginosa suşlarında çeşitli antibiyotiklere direnç oranlarının, İBL ve MBL üretiminin araştırılması ve MBL üretimini belirlemek için üç farklı fenotipik yöntemin karşılaştırılması amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem: P. aeruginosa izolatları konvansiyonel yöntemler ile tanımlanmış, antibiyotik duyarlılık testleri CLSI standartlarına göre Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi kullanılarak yapılmıştır. Karbapenem direncini doğrulamak için imipenem ve meropenem E test(AB BIODISK, Solna, Sweden) kullanılmıştır. İBL üretimini belirlemek için disk indüksiyon yöntemi kullanılmıştır. MBL üretimini belirlemek için modifiye Hodge testi, imipenem/EDTA Kombine disk testi, MBL E test kulanılarak sonuçları karşılaştırılmıştır.Bulgular: 110 P. aeruginosa suşunun % 86'sı idrar, trakeal aspirat, kan ve yara örneklerinden izole edilmiştir. Reanimasyon Yoğun Bakım, Dahiliye Yoğun Bakım, Genel Cerrahi ve Nöroloji servisleri etkenin en sık izole edildiği ünitelerdir. İzolatların en duyarlı oldukları antibiyotikler sırasıyla; kolistin, seftazidim, sefepim, amikasin, piperasilinler ve siprofloksasindir. Duyarlılık oranı % 100 olan kolistin ile seftazidim ve sefepim arasında anlamlı etkinlik farkı bulunmamıştır(p>0,10). Seftazidim ve sefepim ile karbapenemler arasındaki etkinlik farkı ileri derecede anlamlıdır(p:<0,0001-0,002). Aminoglikozidler arasında duyarlılık oranı en yüksek olan amikasindir. Netilmisin, imipenem, aztreonam ve meropenem sırasıyla izolatların en dirençli oldukları antimikrobiyallerdir. Disk indüksiyon yöntemi ile izolatların % 90'ında İBL pozitif bulunmuştur. Kombine disk testi ve MBL E testin her ikisi ile pozitif sonuç veren iki izolat MBL üreten izolatlar olarak kabul edilmiştir. Tüm izolatlar içinde MBL pozitif olanların oranı % 1,8'dir.Sonuç: Hastanemizde P. aeruginosa infeksiyonlarının ampirik tedavisinde en çok tercih edilen ilaç grubu olmaları nedeniyle, karbapenemlere(özelliklede imipeneme) direnç oranı diğer beta laktam antibiyotiklere göre yüksektir. P. aeruginosa izolatlarının % 90'ı İBL üretmekte olduğundan, duyarlılık oranı çok yüksek olan seftazidim, sefepim veya piperasilin/tazobaktamın ampirik tedavide bir diğer antipseudomonal ilaç grubu ile kombine kullanımı, tek başına karbapenem kullanımına göre çok daha etkili bir tedavi yaklaşımı olabilir.MBL enzimi tarama testleri olarak IMP/EDTA Kombine disk testi ile MBL E test çalışmamızda birbirleriyle % 86 uyumlu bulunmuş olup, modifiye Hodge testi tutarsız sonuçlar vermiştir. MBL E test kadar güvenli, basit ve hızlı ayrıca; E teste göre maliyeti çok daha düşük olan IMP/EDTA Kombine disk testi, rutin laboratuvar çalışmalarında P. aeruginosa izolatlarında MBL taraması için uygun olabilir. Bu test sayesinde MBL pozitif izolatların hızla saptanması ve infeksiyon kontrol önlemlerinin etkin olarak uygulanması mümkün olabilir.Anahtar Kelimeler: Pseudomonas aeruginosa, antibiyotik duyarlılığı, indüklenebilir beta-laktamaz, metallo beta-laktamaz.
Akut myeloid lösemi hastalarında febril nötropenik atakların değerlendirilmesi
Kemoterapiye bağlı febril nötropeni (FEN) gelişen hastalarda ölümlerin en önemli nedeni infeksiyonlardır. Bu nedenle nötröpenik hastalarda ateşin, aksi ispat edilinceye kadar infeksiyon kaynaklı olduğu kabul edilip empirik geniş spektrumlu antibiyotik tedavisine hemen başlanılması standart yaklaşımdır. Çalışmamıza 2002-2010 yılları arasında İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Turgut Özal Tıp Merkezi, Erişkin Hematoloji Kliniği'nde akut myeloid lösemi tanısı (AML) ile tedavi ve takip edilen 87 hasta alındı. Çalışmamızda bu hastalarda kemoterapiye bağlı gelişen 236 FEN atağı; infeksiyon kategorileri, izole edilen patojen mikroorganizmalar, mortalite oranları ve uygulanan antibiyotik tedavileri açısından retrospektif olarak değerlendirildi.FEN ataklarının %30.9'u mikrobiyolojik olarak tanımlanmış infeksiyon (MTİ), %40.3'ü klinik olarak tanımlanmış infeksiyon (KTİ) ve %28.8'i de nedeni açıklanamayan ateş (FUO) kategorisinde değerlendirildi. Hasta başına ortalama FEN atak sayısı 2.7 bulundu. FEN ataklarının %19.9'unda kan kültüründe etken patojen mikroorganizma izole edilirken, %80,1'inde izole edilemedi. Kan kültürlerinden izole edilen patojen mikrorganizmaların %51.1'ini gram-pozitif bakteriler, %40.4'ünü gram-negatif bakteriler ve %8.5'ini ise fungal etkenlerin oluşturduğu tespit edildi. Çalışmamızda 236 FEN atağının %18.2'sinde etken patojen bakteri izole edildi. İzole edilen patojen bakterilerin %55.8'ini gram-pozitif, %44.2'sini gram-negatif bakterilerin oluşturduğu saptandı. En sık bakteriyel etken olarak gram-pozitif etkenlerden koagülaz-negatif Stafilokok (KNS), gram-negatiflerden ise E. coli izole edildi. Klinik olarak tanımlanmış en sık infeksiyon nedeni olarak pnömoniler bulundu. Tüm FEN ataklarında ortalama nötropeni süresi 13.3 gün iken, bu süre MTİ'de 16.7 gün, KTİ'de 13.1 gün ve FUO'da ise 10.0 gün olarak saptandı. FEN ataklarında mortalite oranımız %8.5 olarak tespit edildi. Mortalite oranları MTİ'da %9.6, KTİ'de %11.6 ve FUO'da %2.9 olarak bulundu. FEN ataklarında, exitus olan hastaların ortalama nötropeni süresi 21.6 gün, exitus olmayanlarda ise 12.6 gün olarak bulundu. Bu fark istatisitksel olarak anlamlı idi. Ayrıca exitus olan hastalarımızda kombine tedavilerin ve antifungallerin exitus olmayanlara göre anlamlı olarak daha fazla kullanıldığı saptandı.Sonuç olarak, her merkezin kendi infeksiyon etkenlerini yakından izleyip empirik antibiyotik tedavi politikalarını belirlemesi, febril nötropeni sürecinin daha iyi yönetilmesinde olumlu katkı sağlayabilir.
Farklı kaynaklardan izole edilen Arcobacter türlerinde virülans genlerin tespiti
Bu çalışmada, Kütahya ilinde çeşitli kasap ve marketlerden toplanan 22 adet kıyma örneğinde Arcobacter spp. varlığı araştırılmıştır. Ayrıca KDPÜ Kültür Koleksiyonunda yer alan tavuk karkas ve su örneklerinden izole edilen Arcobacter türleri de tez çalışmasına dahil edilmiş ve tüm suşlarda olası virülans genlerin varlığı, antibiyotik duyarlılıkları değerlendirilmiştir. Kıyma örneklerinden elde edilen izolatların ayrıca farklı atmosferik koşullarda, biyofilm oluşturma özellikleri araştırılmıştır. Moleküler yöntemler ile kıyma örneklerinde %31,8 oranında pozitiflik tespit edilmiştir. Bu suşlar tür bazında değerlendirildiğinde %85,7'sinin Arcobacter butzleri, %14,3'ünün ise Arcobacter cryaerophilus olduğu saptanmıştır. Toplamda 30 Arkobakter suşu mPCR yöntemi ile olası virülans genler yönünden (ciaB, tlyA, cadF, pldA,cj1349, irgA, mviN, hecA ve hecB) taranmıştır. Suşların tamamında ciaB genine rastlanmıştır.Suşların %96,6'sı mviN, %90'ı tlyA, %86,6'sı cadF, pldA ve cj1349 ve %76,6'sı irgA olası virülans genleri bakımından pozitif bulunmuştur. Suşların hiçbirinde hecA, hecB olası virülans genlerine rastlanmamıştır. Kıyma örneklerinden izole edilen Arcobacter türlerinde zayıf biyofilm oluşumu gözlenmiştir. İzolasyonu yapılan tüm Arcobacter suşlarının dokuz adet antibiyotiğe karşı duyarlılıkları araştırılmıştır. İncelenen suşların tümünün gentamisine ve tetrasikline duyarlı olduğu gözlemlenmiştir. %30'u Sulfamethoxozole'e, %56,6'sı Ciproflaxacin'e, %96,6'sı Cephalothin'e, %100'u Ampicillin'e, %30'u Erythromycin'e, %96,6'sı Cefoxitin'e ve %3,3'ü Streptomycin'e dirençli olduğu sonuçları elde edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Antibiyotik duyarlılığı, Arcobacter türleri, Biyofilm oluşumu, Virülans genler
Mastitisli sığır sütlerinden izole edilen escherıchıa colı suşlarının önemli virulens genlerinin ve antibakteriyel duyarlılıklarının incelenmesi
Bu çalışmada mastitisli sığır sütlerinden E. coli'nin izolasyonu, identifikasyonu, izolatların önemli virulens genlerinin [Shiga toksin 1 (stx1), Shiga toksin 2 (stx2), ısıya duyarlı toksin (lt), ısıya dirençli toksin (st), invaziv antijen lokusu (ial), intimin (eaeA), demet oluşturan pilus (bfpA), fimbrial antijen (aafII)] ve antibiyotik duyarlılık profillerinin incelenmesi amaçlandı. Çalışmada materyal olarak özel bir süt işletmesindeki mastitisli 328 inekten bir yıl boyunca alınan 390 süt örneği kullanıldı. E. coli izolasyonu klasik yöntemler kullanılarak gerçekleştirildi. Bakteri identifikasyonunun doğrulanmasında ve virulens genlerinin belirlenmesinde polimeraz zincir reaksiyonundan (PZR) faydalanıldı. İzolatların sekiz antimikrobiyal aileye ait on antibiyotiğe karşı duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ile incelendi. Çalışmada mastitisli süt örneklerinin % 17,2'sinden (67/390) E. coli izole ve identifiye edildi. İzolatların % 19,4'ünün (13/67), incelenen virulens genlerinden en az bir tanesini taşıdığı belirlendi. En sık görülen virulens genleri stx1 (5/13=% 38,5), stx2 (2/13=% 15,4), st (2/13=% 15,4), lt (1/13=% 7,7), eaeA (3/13=% 23,1) iken; bfpA ve aafII genleri hiçbir izolatta bulunmadı. Virulens geni taşıyan izolatların % 53,8'i (7/13) EHEC, % 23,1'i (3/13) ETEC ve % 23,1'i (3/13) EPEC olarak tespit edildi. İzolatların% 89,5'i (60/67), % 37,3'ü (25/67), 35,8'i (24/67) kloramfenikol, ampisilin ve tetrasikline dirençli olduğu tespit edilirken; kullanılan diğer 8 antibiyotik için direnç % 2,9 ile % 22,3 arasında değişti. İzolatların % 3,0 (2/67)'ü kullanılan tüm antibiyotiklere duyarlı iken; % 30,0'u (20/67) çoklu direnci gösterdi. Antimikrobiyal duyarlılık, bakterilerin direnç profillerindeki değişiklikleri saptamak için izlenmelidir. Anahtar kelimeler: Escherichia coli, mastitis, antibiyogram, virulens gen
Kolistin ve karbapenem dirençli acinetobacter baumannii ve klebsiella pneumoniae suşlarında akım sitometri yöntemi ile kolistin ve meropenem kombinasyonunun in vitro etkinliğinin test edilmesi ve dama tahtası yöntemi ile karşılaştırılması
Günümüzde gram negatif bakterilerde karbapenem direncinin artması ile birlikte tedavilerde kolistin daha sık kullanılmaya başlanmıştır. Bunun bir sonucu olarak kolistine direnç giderek artmaktadır. Çalışmamızda, kolistin ve karbapenem dirençli Acinetobacter baumannii ve Klebsiella pneumoniae suşlarında akım sitometri tabanlı time kill ve dama tahtası sinerji testi yöntemleri ile kolistin ve meropenem kombinasyonunun in vitro etkinliğinin araştırılması amaçlandı. Kolistin ve karbapenem dirençli 10 adet A. baumannii ve 10 adet K. pneumoniae suşunda kolistin direnci broth mikrodilüsyon yöntemi ile doğrulandıktan sonra, kolistin ve meropenem kombinasyonu akım sitometri tabanlı time kill ve dama tahtası yöntemleri ile çalışıldı. Ek olarak suşlar, gradient difüzyon sinerji testi yöntemi ile de çalışıldı. Sonuçlar, dama tahtası ve GDY için fraksiyonel inhibitör konsantrasyonu, time kill için logaritma tabanında artış-azalış ile hesaplanarak değerlendirildi. Klebsiella pneumoniae suşlarında dama tahtası yöntemi ile %40 sinerjik, %50 aditif ve %10 indiferan etkinlik saptandı. A. baumannii suşlarında ise %70 sinerjik, %20 aditif, %10 indiferan etkinlik saptandı. Time kill yönteminde ise tüm suşlarda indiferan etkinlik saptandı. Akım sitometri tabanlı time kill ve dama tahtası yöntemleri arasında %10 uyum saptanırken, time kill ile GDY arasında %55 uyum saptandı. Literatürde akım sitometri tabanlı bir sinerji testi ile hasta izolatları kullanılarak antibiyotik kombinasyonu etkileşiminin incelendiği bir çalışmaya rastlamadık. Geleneksel yöntemi modernize etmesi, hızlı sonuç vermesi gibi yönleriyle çalışmamız dikkat çekicidir. Ancak sinerji testlerinin doğasında bulunan testler arası uyumsuzluk nedeniyle yeni çalışmalar ile testler arasındaki korelasyon iyileştirilmelidir.
Çoklu ilaca dirençli mycobacterium tuberculosis izolatlarında delamanid, linezolid ve tedizolid' e karşı ilaç duyarlılıklarının mikrodilüsyon yöntemi ile değerlendirilmesi
Tüberküloz (TB) özellikle gelişmekte olan ülkelerde önemli bir halk sağlığı problemidir. Çok ilaca dirençli (ÇİD) Mycobacterium tuberculosis (MTB) izolatları kontrol programları için önemli bir sorun olmaktadır. Bu nedenle, ÇİD-MTB izolatlarının tanısı, ve duyarlılık testleri için yeni, hızlı ve ucuz testlere gereksinim vardır. Yaygın ilaca dirençli tüberkülozun (YİD-TB) ortaya çıkışı ile Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ), tüberküloz kontrolünün ve mikobakteri laboratuvarlarının güçlendirilmesine, ÇİD-TB hastalarının tedavilerine özen gösterilmesine, yeterli anti-TB ilaç teminine, TB bulaşmasının önlenmesine, yeni anti-TB ilaç ve tanı araçlarının geliştirilmesine oldukça önem vermiştir. Günümüzde TB'nin ilaç duyarlılık testleri için konvasyonel, ticari bazlı antibiyotik duyarlılık testleri ve hızlı tanı sağlayan moleküler yöntemler kullanılmaktadır. Ancak konvansiyonel yöntemlerin zaman alması ve standardizasyonunda sıkıntılar bulunmaktadır. Ticari sistemlerin ise pahalı olması, hem hızlı sonuç verecek hem de standardizasyonu kolay olan yeni tanı yöntemleri üzerinde çalışmalar devam etmektedir. Çeşitli indikatör belirteçler kullanılarak yapılan kolorimetrik mikrodilüsyon testleri, antitüberküloz ilaç duyarlılık testleri hızlı ve duyarlı bir şekilde yapılarak, dirençli tüberküloz olguları tanımlanabilmektedir. Çalışmada ÇİD-TB tedavisinde kullanılan DLM, LZD ve TZD ilaç duyarlılığı rezasurin mikrotitre test yöntemi ile araştırıldı. Çalışmadaki 42 izolatın; DLM' in duyarlılığı 0,5- <0,008 mg/mL, LZD duyarlılığı ise 13 izolat 0,125 mg/L, 14 izolat ≤0,008 mg/L ve bir izolat dirençli bulundu. TZD ilacının Türkiyede ilk duyarlılık çalışmasını yapmış olmakla birlikte; 10 izolatı 0,063 mg/mL, 19 izolatın duyarlılığını <0,008 mg/mL olarak tespit edildi. Elde edilen bulgular doğrultusunda MGIT yöntemi ile henüz çalışılamayan ikinci seçenek anti-TB ilaçların duyarlılığının bu yöntemle belirlenmesinin hızlı ve güvenilir olduğu saptandı.
Metisiline dirençli staphylococcus aureus izolatlarında hVISA oranlarının belirlenmesi için iki farklı yöntemin karşılaştırılması
Vankomisin, metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) enfeksiyonlarının tedavisi için son seçenek antibiyotiktir, ancak son zamanlarda vankomisine karşı direnç ve heterojen direnç bildirimiştir. Vankomisine dirençli S. aures (VRSA) ve vankomisine orta derecede dirençli S. aureus (VISA) dışında, stafilokok enfeksiyonlarının tedavi sürecindeki başarısızlığın önemli nedenlerinden birisi de vankomisine heterojen-orta dirençli S. aureus (hVISA) olduğu düşünülmektedir, ancak hVISA'yı tespit etmek yoğun emek isteyen ve uzmanlık gerektiren bir prosedürdür. Çalışmamızda Sanko Üniversitesi Hastanesinden izole edilmiş MRSA suşlarında hVISA oranlarının belirlenmesi amaçlanmış, Satola'nın geliştirdiği Brain Heart Infusion agar tarama yöntemi ve altın standart kabul edilen popülasyon analizi profili (PAP-AUC) yöntemi karşılaştırılmıştır. Öncelikle tüm bakterilerin sıvı mikro dilüsyon yöntemiyle MİK değerlerine bakılmış, tüm suşlar vankomisine karşı duyarlı bulunmuştur, daha sonra Satola yöntemi uygulanmıştır ve 48. saatteki sonuçlara göre 28 suş (%46.66) hVISA olarak saptanmıştır. hVISA olarak tespit edilen suşlar PAP-AUC yönteminde değerlendirilmiştir. 28 MRSA suşu içerisinde 12 suş hVISA olarak tespit edilmiştir. Satola testinde hVISA oranı %46.66 (28/60) olarak tespit edilmiştir. Bu izolatlara PAP-AUC metodu ile araştırma yapıldığında sadece 12 suş (tüm izolatların %20 'si) hVISAolarak tespit edilmiştir. Çalışmamızda Satola ve PAP-AUC yöntemiyle bölgemizde ilk defa hVISA oranları araştırılmıştır. Satola testi ile PAP-AUC karşılaştırıldığında Satola testinde yalancı pozitiflik oranının yüksek olduğu saptanmıştır.
Gram negatif bakterilerde demir ve demir metabolizmasının antimikrobiyal duyarlılık üzerine etkilerinin araştırılması
Bakteriyel etkenler gerek toplum ve gerekse hastane kökenli enfeksiyonlarda en sık rastlanan mikroorganizmalardır. Özellikle hastane kökenli izolatlarda yaygın antibiyotik kullanım gerekliliği, bakterilerin de kullanılan antibiyotiklere direnç geliştirmesi ile sonuçlanan bilindik bir süreç yaşanmaktadır. Bunun sonucu yeni antibiyotiklerin kullanıma girmesi ve bir süre kullanılması şeklinde olmaktadır. Bu çalışma başka bir bakış açısı ile, gram negatif bakterilerin enerji üretimi, oksijen taşınması ve gen ekspresyonunun regülasyonu gibi birçok önemli fizyolojik fonksiyonu için esansiyel bir element olan demirin antibiyotikler ile kombinasyonunun bakteriler üzerindeki etkinliğinin araştırılması amacı ile yapılmıştır. Çalışmaya Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD. arşivindeki standart bakteri suşları ve 11'er adet E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa, A. baumannii ve P. mirabilis klinik izolatı olmak üzere toplam 55 izolat dahil edilmiştir. İzolatların tümüne sefepim, amikasin, meropenem, tigesiklin, seftriakson, kolistin ve levofloksasin için EUCAST standartlarına uygun olarak disk diffüzyon ve mikrodilüsyon testleri çalışıldı. Bu antibiyotiklerin etkinliğinin demir şelatörleri deferasiroks (DFX) ve deforaksamin (DFO) ve ortam demir konsantrasyonu ile ilişkisi disk diffüzyon, dama tahtası sinerji testi ve sıvı mikrodilüsyon yöntemleri kullanırak ayrıca test edildi. Test edilen antibiyotiklerde E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa ve A. baumannii izolatlarında antibiyotik duyarlılık sonuçları ile, antibiyotiklerin demir şelatörleri ve ortam demir konsantrasyonu ile kombinasyonlarında etkinlik değişmesi saptanmadı. P. mirabilis izolatlarında DFO ilavesiyle sefepim, amikasin, meropenem, tigesiklin ve levofloksasin antibiyotiklerinin zon çapları istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde artmış olduğu saptandı. Dama tahtası sinerji testi ile P. mirabilis izolatları için tigesiklin, sefepim, amikasin ve kolistin antibiyotikleri ile DFO arasında sinerjistik etki saptandı. Patojenlerle mücadelede yeni stratejilerin geliştirilmesi gerektiği, bu çalışmada saptanmış olduğu gibi bakterileri demirden mahrum bırakmanın bu yöntemlerden biri olabileceği sonucuna varılmıştır.
Grup B streptokok enfeksiyonlarında hastaya ait demografik ve klinik veriler ile antibiyotik duyarlılık sonuçlarının değerlendirilmesi
Grup B streptokoklar (GBS) gerek sebep oldukları yenidoğan hastalıkları, gerekse yol açtıkları invaziv enfeksiyonlar sebebiyle önemli bir halk sağlığı sorunudur. GBS'ler ile ilgili yapılacak demografik veri taramaları ve antibiyotik duyarlılık profillerinin taranması, bu enfeksiyonlardan toplumun korunmasına ve bu enfeksiyonlar ile yapılan mücadeleye katkı sağlayacaktır. Bu çalışmada, 2019-2020 yılları arasında Ankara Şehir Hastanesi'nde GBS izole edilen ve verileri retrospektif olarak elde edilen, 89 hastaya ait demografik ve klinik veriler ile izolatların antimikrobiyal duyarlılıklarının değerlendirilmesi ve hastanemizdeki güncel durumun tespit edilmesi amaçlanmıştır. Verileri incelenen %69'u kadın ve %31'i erkek olan bu hastalardan elde edilen örneklerin %43'ü idrar, %23'ü yara, %16'sı vajinal sürüntü, %7'si apse, %5'i derin trakeal aspirat, %2'si doku, %2'si kan, %1'i bronkoalveolar lavaj ve %1'i eklem sıvısı örnekleriydi. Bu 89 hastanın 43'ünde (%48) GBS üremesine eşlik eden hastalıklar bulunmaktaydı ve en sık gözlenen hastalıklar sırasıyla %11 ile diyabet, %8 ile hipertansiyon, %6 ile aterosklerotik kalp hastalıkları, %5 ile neoplazilerdi. Kadınların yaş ortalaması 44 ± 13 iken erkeklerin yaş ortalaması 52 ± 12 idi. Hastaların genel yaş ortalaması 47 ± 13 olarak bulundu. Kadınlardaki GBS üreme yüzdesinin erkeklere göre daha fazla olduğu görüldü (p<0.05). Çalışmadaki izolatların en dirençli olduğu antibiyotikler ise tetrasiklin (%86), levofloksasin (%44) ve eritromisin (%44) olarak belirlendi. Levofloksasin direnci gözlenen izolatlarda, duyarlı izolatlara oranla eritromisin direncinin daha çok görüldüğü (p<0.05) tespit edildi. Florokinolon dirençli izolatlarda pensiline azalmış duyarlılığın ve makrolid direncinin bildirildiği çalışmalar mevcuttur. Hem levofloksasin direnci ile beraber gözlenen eritromisin direncinin mekanizmalarının hem de azalmış penisilin duyarlılığının hassas olarak saptanması için ileri çalışmalar yapılması gerekmektedir. Anahtar Kelimeler: GBS, Streptococcus agalactiae, Antimikrobiyal duyarlılık, Demografik veri, GBS enfeksiyonu
Çocuk yoğun bakım ünitesinde yatan hastalardan izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları
Çocuk Yoğun Bakım Ünitelerinde (ÇYBÜ) enfeksiyonla mücadale zamanla daha önemli bir konu haline gelmiştir. Yoğun bakım (YB) enfeksiyonlarının risk faktörleri giderek değişmektedir. Etken mikroorganizmaların oluşturduğu dirence rağmen tedavide kullanılan antibiyotiklerin sınırlı olması ve mikroorganizmaların antibiyotiklere hızla direnç geliştirmesi günümüzde polimikrobiyal dirençli patojenlerle gelişen YB enfeksiyonları ile mücadelede hekimleri zor durumda bırakmaktadır. Bu durum mutlak şekilde mortalite hızını etkilemektedir. Yaşamı tehdit eden ağır enfeksiyonu olan hastalarda ampirik antibiyotik tedavisi tercih edilmektedir. Bu nedenle, her YBÜ'nin kendi florasında bulunan etken patojenleri ve bunların duyarlılık ve direnç paternlerini bilinmesi kaçınılmaz bir zorunluluk olmaktadır. Çalışmamızda Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı Çocuk Yoğun Bakım Ünitesinde Mart 2020-Mart 2022 tarihleri arasında 48 saatten uzun süre yatmış olan ve yatış sırasında en az bir kez trakeal aspirat ve/veya kan kültürü alınan hastaların verileri toplanarak yapıldı. Hastalardan alınan kan kültürü örnekleri, pediatrik kan kültürü şişelerine (BD BACTEC, ABD) alındı ve bekletilmeden mikrobiyoloji laboratuarına gönderildi. Mikrobiyoloji laboratuvarında otomatize kan kültürü sisteminde (BACTEC FX, ABD) 7 gün inkübasyona bırakıldı. İnkübasyon süresi içerisinde pozitif üreme sinyali görülen kan kültürü şişeleri %5 koyun kanlı agar (BD, ABD) ve Eozin-Metilen Blue Agar (BD, ABD) besiyeri plaklarına inoküle edilerek ekim yapıldı. Trakeal aspirat örnekleri sterilite kurallarına uygun olarak %5 koyun kanlı agar (BD, ABD) ve Eozin-Metilen Blue Agar (BD, ABD) besiyeri plaklarına inoküle edilerek ekim yapıldı. Akabinde, ekim yapılan plaklar etüve kaldırılarak 37°C'de 24 saat boyunca inkübe edildi ve yine otomatize sistem (Vitek 2, Fransa) ile antibiyotik duyarlılık profilleri belirlendi. Kan kültürü ve trakeal aspirat kültüründe üreyen mikroorganizmalar antibiyogram duyarlılıklarına göre sınıflandırıldı ve sonuçlar yüzde olarak verildi. Kan kültürü alınan 165 hasta çalışmaya alındı. Hastaların 97'si (%58.7) erkek, 68'i (%41.2) ise kız çocuktu. Hastaların ortalama yaşı 5.6±0.38 SD yıldır. Hastalardan toplam 677 kan kültürü alındı. Bu kültürlerin 279'unda (%41.2) üreme oldu. En sık üreyen 5 mikroorganizma değerlendirmeye alındı. En sık görülen mikroorganizma Staphlococcus haemolyticus (n:54, %7.9) idi. ÇYBÜ'nde yatan 93 hastadan alınan trakeal aspirat kültürü çalışmaya alındı. Hastaların 58'i (%62.3) erkek, 35'i (%37.6) ise kızdı. Hastaların ortalama yaşı 5.6± 0.5 SD yıl idi. ÇYBÜ'nde 93 hastadan 407 trakeal aspirat kültürü alınmıştır. Bu kültürlerin 297 (%72.9) tanesinde üreme tespit edildi. Üreme olan en sık 5 mikroorganizma değerlendirmeye alındı. Trakeal aspirat kültür üremelerinde en sık rastlanan mikroorganizma Pseudomonas aeruginosa (n:106, %26) idi. Çalışmamızda hastanemiz ÇYBÜ'de kan ve trakeal aspirat kültüründe en sık üreyen 5'er enfeksiyon etkeni tespit edildi ve antibiyotik duyarlılıkları belirlendi. Kan kültüründe en sık üretilen mikroorganizma olan S. haemolyticus'un %75'i tigesiklin duyarlı bulundu. Trakeal aspirat kültüründe en sık üreyen mikroorganizma olan P.aeruginosa'nın %66'sı kolistin duyarlı bulundu. Sonuçlarımızı dünyada ve ülkemizde yapılan çalışmalarla karşılaştırdığımızda sık görülen enfeksiyon etkenlerinin diğer çalışmalarla uyumlu olduğu görüldü. Anahtar kelimeler: Çocuk Yoğun Bakım Ünitesi, hastane enfeksiyonları, kan kültürü, trakeal aspirat kültürü