Konjenital myopatilerden sorumlu major genlerde mutasyon yük karakterizasyonu ve klinik yaklaşımlar için kullanışlı hotspot bölgelerin tanımlanması

Konjenital myopatiler kas fiberlerinin yapısında ve fonksiyonunda görev alan proteinlerdeki anomalilere bağlı olarak ortaya çıkan genetik temelli nadir kas hastalıklarıdır. Hastalık doğumda ya da doğum sonrası süreçte kaslarda zayıflık ve hipotoni şeklinde kendini gösterir. Hastalığın ilerlemesini yavaşlatmada kas iskelet sistemi hareketleri ve fizyoterapik yaklaşımlarla olumlu sonuçlar alınmakla birlikte erken tanı ve tiplendirme hastalığın ilerleyişinin kontrolünde önemli bir yer tutmaktadır. Hastalığın temelinde moleküler mekanizmalar yatmakla birlikte konjenital myopatili hastaların yaklaşık 2/3'üne genetik tanı yapılabilmektedir. Hastalıktan sorumlu temelde 13 gen (ACTA1, NEB, MTM1, MYH7, DNM2, RYR1, TPM2, TPM3, TNNT1, CFL2, SEPN1, BIN1, TTN) olduğu bilinmektedir ve bu genlerdeki mutasyonlar konjenital myopatilerin teşhisinde klinik genetik-belirteçler olarak kullanılmaktadır. Literatürde mevcut çalışmalarda hastalığa sebep olan genlerdeki mutasyonların fazla olduğu ortaya konmuş olmasına karşın bu mutasyonların genlerin hangi bölgelerinde yoğunlaştığına, bu bölgelerin proteinde hangi bölgelerini etkilediğine dair yeterli çalışma bulunmadığı görülmüştür. Bu çalışma kapsamında yukarıda bahsi geçen 13 gende görülen ve konjenital myopatilerle ilişkisi bulunan tüm DNA mutasyonları literatür ve veri tabanlarından taranarak konjenital myopati hastalarının teşhisi ve tiplendirilmesinde klinikte belirteç olarak kullanılabilecek bölgeler belirlenmeye çalışıldı. Bu amaçla mutasyonların genin hangi bölgesinde yoğunlaştığı, olası hotspot mutasyon pozisyonları, hedef ekzonlar ve intronlar ile mutasyonların protein üzerinde yarattığı etkiler belirlenmeye çalışıldı. Tez kapsamında literatürden ve veri tabanlarından toplamda 13 gende 4 mutasyon tipine ait 68695 mutasyon elde edildi. Bu mutasyonlar filtrelenip gen üzerinde ekzon-intron yerleşimine uygun olarak yerleştirildikten sonra outlier, kümeleme ve multivariate analiz metodları ile konjenital myopatilerin teşhisi ve tiplendirilmesi için klinikte kombine kullanılabilecek mutasyon yoğun hotspot bölgeler belirlenmeye çalışıldı. Elde edilen sonuçlarda 13 gende mutasyonların gen boyunca heterojen şekilde dağıldığı ve hastalıktan sorumlu mutasyonların çoğunlukla proteinlerin katalitik ve allosterik kontrolden sorumlu bölgelerinde yoğunlaştıkları saptandı. Elde edilen sonuçlar çalışılan genler için klinik tanılamada kullanılabilecek mikroçipler için hedef ekzon, intron bölgeleri ve pozisyonlar ortaya koymuştur.