213
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Investigation of the burden of blood and urine culture contaminations to the microbiology laboratory and sample rejection rates
Errors in the preanalytical process cause the rejection of the samples from the beginning of the test request to the acceptance of the samples in the laboratory. Due to the difficulty of standardization and the fact that a large part of the test errors occur in the pre-analysis process, it is of great importance to eliminate errors in the preanalytic stage. The undesirable effect of the prenatal process in the Microbiology Laboratory is contamination. Contamination leads to cost and time loss in health services, delays the creation of treatment options for patients, and causes time loss for health workers. In our study, the effects of contamination rates in blood and urine cultures on the laboratory were evaluated in terms of cost and time; our sample rejection rates were calculated. In addition, it is aimed to guide the corrective and preventive actions that can be taken to reduce contamination rates. From the data system of our hospital, the total number of samples sent to the Medical Microbiology Laboratory, the number of rejected samples without being evaluated, the number of samples evaluated as blood culture and urine culture contamination were obtained. Differences in results by years, clinics to which samples were sent, and gender were analyzed. January January Dec 1, 2019 – January 1, 2022, a total of 821236 samples were sent to the Medical Microbiology Laboratory of the Faculty of Medicine of the University of Duzce, and 11905 of them (%1,45) were rejected without being evaluated. The most common reason for rejection was determined as an inappropriate sample. A total of 43606 urine culture samples were sent, and 11223 (%25,7) samples resulted in contamination. It was found that the contamination rate in urine culture was higher in women than in men, while in the pediatric emergency department (%38,1) it was higher than in other departments. A total of 13397 blood samples were sent in a menstrual blood culture bottle. Of these patient samples, 916 (%6,8) samples resulted in contamination. It was found that the contamination rate was higher in emergency departments (%9,1) than in other departments. The cost of blood and urine culture samples resulting in contamination has been calculated as a total of 51700 TL. Laboratory employees had to spend 506 hours for contaminated samples. In order to prevent contaminations and sample rejection, it is thought that the "correct sample collection and transfer" trainings, which are carried out with appropriate frequency in our hospital, should be increased in sections with high contamination and rejection rates.
Yoğun bakım ünitelerinden izole edilen metisiline dirençli s. aureus (mrsa) ile koagülaz negatif stafilokokların moleküler analizi
Son yıllarda metisiline dirençli stafilokok suşlarının aminoglikozitlere ve kinolonlara önemli ölçüde direnç gelişimi bildirilmektedir.Bu koşullarda metisilin dirençli S.aureus (MRSA) ve koagülaz negatif stafilokokların (KNS) klinik laboratuarda epidemiyolojik olarak ilişkili olan suşlarının saptanması ve ilişkisiz suşlardan ayırt edilmesi büyük önem kazanmaktadır.Bu yöndeki çalışmaların tüm merkezlerde yapılması hastane infeksiyonlarının kontrolü için önemli faydalar sağlamaktadır.Hastanemiz yoğun bakım ünitelerinde (YBÜ) yatan hastalarda alınan kan örneklerinden izole edilen metisilin dirençli S. aureus ve koagülaz negatif stafilokoklar olmak üzere toplam 57 suş Ekim ?Aralık 2004 tarihleri arasında toplanarak çalışmaya dahil edilmiştir. Tüm izolatlarda oksasilin ve sefoksitin disk difüzyon testi , mec A geni varlığı PCR ile ve epidemiyolojik olarak ilişkili olup olmadıkları PFGE ile araştırılmıştır. Hastanemiz YBÜ'lerinde PFGE sonuçlarına göre 2 ana klon olduğu saptanmıştır. Tip A klonu tüm suşların % 68'ini oluştururken, Tip B klonu % 32'sini oluşturmuştur. Mec A gen pozitifliği MRSA'larda %76 olarak saptanırken KNS'lerde %59.3 olarak saptanmıştır. Metisiline direncin saptanmasında disk difüzyon testlerinin hatalı sonuçlar verebildiği, ancak PCR ile mec A gen varlığının da araştırılması gerektiği sonucuna varılmıştır. Hastanemiz YBÜ'lerinde hem S.aureus hem de KNS'lerin en fazla Dahili Yoğun Bakım Ünitesinden izole edilmiş olması ve aynı klon'ların saptanması bu ünitelerde cansız ortamda kolonize olmuş olabileceği ve aynı zamanda çalışan sağlık personelinin taşıyıcı olabileceği sonucunu ortaya koymuştur.
Bakteriyel menenjit etkenlerinin araştırılması
Santral sinir sistemi enfeksiyonları kranyum ve spinal kord gibi hayatsal açıdan önemli bölgelerde geliştiğinden önemli morbidite ve mortalite nedenlerindendir. Menenjit, beyni çevreleyen meningeal zarların ve spinal kordun enflamasyonudur. Bakteri, virus ve mantarlar gibi pek çok mikroorganizma menenjite yol açabilir. En sık görülenleri viral ve bakteriyel menenjitlerdir. Hem mortalite hem de nörolojik sekel oranının azaltılmasında erken tanı ve uygun antimikrobiyal kullanımı önemlidir. Bu çalışmada Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi'nde Eylül 2009 ? Haziran 2010 tarihleri arasında menenjit ön tanısı alan 100 menenjit olgusu değerlendirildi. Olgular; yaş, cinsiyet, BOS görünümü, BOS hücre sayısı, BOS hücre tipi, BOS glukozu ve eş zamanlı kan glukozu oranı, BOS mikrototal proteini, Gram boyama, ARB boyama, Giemsa boyama, BOS kültürü ve BOS PCR sonuçları açısından değerlendirildi. Bakteriyel menenjitlerde BOS hücre sayısı; 30 örnekte (% 30) mililitrede 100'den fazla bulundu. Kültürü yapılan BOS örneklerinden 25 (% 25)'inde etken izole edildi. BOS PCR sonucunda 10 örnekte S. pneumoniae, 5 örnekte H. influenzae izole edildi. BOS kültürü ve/veya BOS PCR sonucu bir etken izole edilen örnek sayısı 37'dir. BOS PCR ile bir etken izole edilen 15 örnekten 12'sinde kültürü negatif idi. BOS kültürü ve PCR ile örneklerimizin hiçbirinde N. meningitidis izole edilmedi.
Vucut sıvılarından izole edilen corynebacterium'ların identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılıklarının değerlendirilmesi
ÖZET Doktora Tezi VÜCUT SIVILARINDAN İZOLE EDİLEN CORYNEBACTERIUAfLARJN İDENTİFİKASYONU VE ANTİBİYOTİK DUYARLILIKLARININ DEĞERLENDİRİLMESİ Dr. Fahriye EKŞİ Gaziantep Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Danışman: Profesör Dr. İclal BALCI Ocak 2003 Çalışmamızda Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarına farklı kliniklerden rutin olarak gönderilen vücut sıvıları örneklerindeki C. diphtheriae dışındaki Corynebacterium,\dxm tür düzeyinde identifikasyonunu yaparak, bunların antibiyotik duyarlılıklarım değerlendirmek amaçlanmıştır. Şubat 2000- Haziran 2001 tarihleri arasında incelenen 9079 klinik örneğin, 254 (% 2.8)'ünde korineform bakteri üremesi saptanmıştır. Materyallerin 202'si (% 79.5) idrar, 21 'i (% 8.2) kan kültürü, 20'si (% 7.9) trakeal aspirat, 7'si (% 2.8) semen - üretral akıntı, 4'ü (% 1.6) beyin omurilik sıvısı örneklerinden oluşmuştur. Bu örnekler klasik identifikasyon yöntemleri yanında API Coryne sistemi 2.0 (Bio Merieux, Fransa) ticari kiri kullanılarak ve bazı biyokimyasal ek testler yapılarak tür düzeyinde isimlendirilmiştir. Klinik örneklerden 56 (% 22.0) C. amycolatum, 46 (% 18.1) C. minutissimum, 46 (% 18.1) C. striatum, 26 (% 10.2) C.jeikeium, 19 (% 7.4) C. grup G, 9 (% 3.5) C. afermentans/coyleae, 8 (% 3.1) C. glucuronolyticum-seminale, 7 (% 2.8) C. urealyticum, 4 (% 1.5,1 Brevibacterium spp., 3 (% 1.1) C. argentoratense, 3 vi(% 1.1) C. propinquum, 3 (% 1.1) C. accolens, 2 (% 0.8) Cellulomonas spp./Microbacterium spp., 2 (% 0.8) Artrobacter spp., 1 (% 0.3) C.grup Fl, 1 (% 0.3) C. auris/Turicella otitidis, 1 (% 0.3,) C. macginleyi suşları izole edilmiştir. On yedi korinefomı bakteri (% 6.7) susu ise tiplendirilememiştir. İdrar örneklerinden C. amycolatum (% 25.7), C. minutissimum (% 21.8) ve C. striatum (% 11.9) suşlan, kan kültürlerinden C. jeikeium (% 52.3) ve trakeal aspirat örneklerinden C striatum (% 95), suşlan en sıklıkla identifiye edilmiştir. İdentifikasyonu yapılan bu suşlann antibiyotik duyarlılığı, API sisteminin ATB STAPH 5 (Stafilokok'lar için duyarlılık testi) (Bio Merieux, Fransa) ticari kitlen kullanılarak yapılmıştır. Antibiyotik duyarlılığını belirlemek için penisilin, oksasilin, sefalotin, ampisilin-sulbaktam, gentamisin, netilmisin, eritromisin, klindamisin, pefloksasin, siprofloksasin, tetrasiklin, kotrimaksazol, nitrofurantoin, rifampisin, vankomisin, teikoplanin türü antibiyotikler kullanılmıştır. C. jeikeium, C. urealyticum, C. amycolatum ve C. striatum suşları çoklu dirençli suşlar olarak değerlendirilmiş, bunun yanında vankomisin ve teikoplanine bütün suşlar duyarlı olarak bulunmuştur. Korineform bakteriler insanların normal florasında yer almalarının yarımda, ciddi fırsatçı infeksiyonlara da sebep olabilmektedirler. Bu nedenle izole edildikleri zaman konak faktörleri de göz önüne alınarak tür düzeyinde identifikasyonları yapılmalı ve antibiyotik duyarlılıklarına bakılmalıdır. Anahtar kelimeler: Korineform bakteriler, identifîkasyon, antibiyotik duyarlılığı, Corynebacterium türleri. vıı
Toplum kökenli pnömonilerden soyutlanan Streptococcus pneumoniae suşlarının moleküler yöntemler ile tanısı
Streptococcus pneumoniae toplum kökenli pnömoni etyolojisinde ilk sırada yer almakta olup, aşı ve antimikrobiyal tedaviye rağmen mortalite ve morbiditenin önemli bir sebebi olmaya devam etmektedir. Toplum kökenli pnömoni halen sık rastlanan, tedavi maliyeti yüksek ve ölümcül bir infeksiyon hastalığıdır. Günümüzde ileri tam olanaklarına karşın, toplum kökenli pnömonilerin yarısından çoğunda etken mikroorganizma saptanamamaktadır. Pnömokokların tanısında geleneksel olarak kültür, optokine duyarlılık testi, safrada erime deneyi ve serolojik testler kullanılmaktadır. Son yıllarda etkenin tanımlanmasında nükleik asitlerin in vitro şartlarda replikasyonu temeline dayanan moleküler tam yöntemlerinden de yararlanılmaktadır. Konvansiyonel polimeraz zincir reaksiyonunun (PCR) yanında, örnekte bulunan DNA/RNA miktarım kantitatif olarak gösteren bir yöntem olan real-time PCR da S. pneumoniae 'mn. identifikasyonunda kullanılmaya başlanmıştır. Bu çalışmada, toplum kökenli pnömoni hastalarına ait alt solunum yolu örneklerinden soyutlanıp, klasik tam yöntemleri ile S. pneumoniae olduğu düşünülen klinik izolatların konvansiyonel PCR ve real-time PCR yöntemleri ile tanımlanması ve bu yöntemlerin duyarlılık ve seçicilik yönünden karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamızda, Ocak 2004-Ocak 2005 tarihleri arasında alt solunum yollan infeksiyonu öntanısı alan erişkin hastalara ait balgam, trakeal aspirasyon sıvısı, bronş aspirasyon sıvısı ve plevral sıvı örnekleri değerlendirildi. Gram boyamada S. pneumoniae' 'nin tipik görünümüne sahip olan örnekler, %5 koyun kanlı ağara ekilerek kültürleri yapıldı. Kanlı besiyerinde alfa hemoliz oluşturan kolonilere optokin duyarlılık deneyi ve safrada erime deneyi yapıldı. Klasik tam yöntemleriyle pnömokok olduğu düşünülen suşlar konvansiyonel PCR ve real-time PCR yöntemleri ile çalışıldı ve sonuçlar karşılaştırıldı. Çalışmamızda 180 adet alt solunum yolu örneği incelendi; örneklerin 139'u (% 77.2) balgam, 16'sı (% 8.9) bronşiyal aspirasyon sıvısı, 16'sı (% 8.9) trakeal aspirasyon sıvısı ve 9'u (% 5) plevra sıvısı idi. Örnek alman hastaların % 46.6'sı erkek, % 53.3'ü kadın idi. Balgam örneklerinin 91'i (% 65.5), bronşiyal aspirasyon sıvısı örneklerinin 3'ü (% 18.7), trakeal aspirasyon sıvısı örneklerinin 6'sı (% 37.5), plevra sıvısı örneklerinin 4'ü (% 44.5) alfa hemolitik olup, pnömokokların tipik koloni morfolojisini gösterir nitelikteydi. Bu örnekler kültür pozitif olarak kabul edilerek, bunlara optokine duyarlılık ve safrada erime testleri yapıldı. Optokin testi yapılan toplam 104 kültür pozitif izolatın 65'i (% 62.5) optokine duyarlı, 12'si (% 11.5) optokine düşük derecede duyarlı, 27' si (% 26) optokine dirençli olarak bulundu. Safrada erime deneyinde 104 susun 73 'ünde (% 70.2) test sonucu pozitif bulunurken, 31 (% 29.8) susta negatif bulundu. Optokine duyarlı bulunan 65 susun tamamında safrada erime deneyi pozitifti. Optokine düşük derecede duyarlı olan 12 izolatın 8'inde (% 66.7) safrada erime deneyi pozitif bulunurken, 4'ünde (% 33.3) negatif olarak bulundu. Optokine dirençli olan 27 izolatın tamamında safrada erime deneyi negatifti. Kültür pozitif suşların moleküler yöntemlerle tanısında konvansiyonel PCR'da kültür pozitif balgam örneklerinin 55'i (% 60.4) pozitif, 36'sı (% 39.6) negatif, plevra sıvısı örneklerinin 3'ü (% 75) pozitif, li (% 25) negatif bulundu. Bronşiyal aspirasyon sıvısı ve trakeal aspirasyon sıvısı ömelderinin tamamı konvansiyonel PCR'la pozitif bulundu. Real-time PCR'da balgam örneklerinin 61 'i (% 67) pozitif, 30'u (% 33) negatif, plevra sıvısı örneklerinin 3'ü (% 75) pozitif, li (% 25) negatif bulundu. Bronşiyal aspirasyon sıvısı ve trakeal aspirasyon sıvısı örneklerinin tamamı real-time PCR'la pozitif bulundu. Kültür pozitif 104 susun 67'si (% 64.4 ) hem konvansiyonel PCR'da hem de real-time PCR'da pozitif bulunurken, 31 (% 29.8 ) suş her iki yöntemle de negatif bulundu. Altı ( % 5.8) suş konvansiyonel PCR ile negatif, real-time PCR ile pozitif bulundu. Sonuç olarak; S. pneumoniae' ına tanımlanmasında konvansiyonel PCR ve real-time PCR yöntemlerinin en az diğer klasik tam yöntemleri (mikroskopi, kültür, optokine duyarlılık testi, safrada erime deneyi) kadar duyarlı olduklarına karar verildi. Real-time PCR yönteminin pnömokoklaınn tanısında konvansiyonel PCR yönteminden daha duyarlı ve seçici olduğu ve laboratuarda güvenle kullanılabileceği kanısına varıldı.
Risk grubunda bulunan insanlarda brucella ve coxiella burnetii antikorlarının serolojik yöntemlerle araştırılması
Ekim 2010- Temmuz 2011 tarihleri arasında Gaziantep'te risk grubunda ve kontrol grubunda bulunan kişilerde Brucella ve Coxiella burnetii antikorları araştırıldı. Çalışma kapsamına alınan kişilere yaş, cinsiyet, semptomlar ve risk faktörlerine ilişkin anket formları uygulandı. Toplanan serum örneklerinde brusella antikorunun varlığı mikroaglütinasyon testi ve Brucellacapt testi ile araştırıldı, ?1/40 titreler Brucella etkenleri ile temasın göstergesi açısından, ?1/160 titreler brusellozun serolojik tanısı açısından pozitif kabul edildi. C.burnetii Faz II IgM ve IgG antikorları ELİSA testi ile araştırıldı. ELİSA ile pozitif ve kuşkulu saptanan örnekler IFA testi ile doğrulandı. Risk grubunun 83'ü (%27.7) çiftçi, 82'si (%27.3) kasap, 66'sı (%22) laboratuvar personeli, 60'ı (%20) mezbaha işçisi, 9'u (%3) veteriner, kontrol grubunun 110'u (%36.7) ev hanımı, 105'i (%35) esnaf, 85'i (%28.3) memurdu. Brucellacapt sonuçlarına göre Brucella antikor pozitifliği temas göstergesi açısından; risk grubunda %22, kontrol grubunda %14.7, brusellozun serolojik tanısı açısından; risk grubunda %6.7, kontrol grubunda %2.7 oranında saptandı. Risk ve kontrol grubu arasında brusella antikor pozitifliği temas göstergesi ve brusellozun serolojik tanısı açısından istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p=0.020, p=0.020). C. burnetii Faz II IgM pozitifliği risk grubunda %2, kontrol grubunda %0.7, IgG pozitifliği risk grubunda %40, kontrol grubunda %37.3 oranında saptandı. Risk ve kontrol grubu arasında C.burnetii Faz II IgM ve IgG pozitifliği açısından anlamlı bulunmadı (p=0.285, p=0.502). Gaziantep'te Bruselloz ve Q ateşi açısından risk taşıyan meslek gruplarında ve kontrol gruplarında, her iki hastalığın seroprevalansını araştırmaya yönelik yaptığımız çalışmanın bu alandaki verilere katkı sağlayacağını düşünmekteyiz.
Akut alt solunum yolu infeksiyonu veya hışıltısı olan çocuklarda solunum yolu viruslarının moleküler yöntemle araştırılması
Ekim 2010-Mayıs 2011 tarihleri arasında Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Pediyatri servisinde yatan ya da Pediyatrik Allerji polikliniğinde ayaktan izlenen, tekrarlayan akciğer infeksiyonu ve astım tanısı ile takip edilen ve o anda akut alt solunum yolu infeksiyonu bulguları ya da hışıltısı olan 0-14 yaş aralığında bulunan hasta çocuklardan ve belirlenen kontrol grubundan solunum yolu örnekleri toplandı. Multiplex-PCR yöntemi kullanılarak solunum yolu viruslarının varlığı araştırıldı. Çalışma kapsamına alınan kişilerin demografik verileri, semptomları, klinik bulguları ve rutin laboratuvar sonuçlarına ilişkin bilgiler elde edildi. Çalışmada 90'ı hasta, 60'ı kontrol grubundan olmak üzere 150 çocuktan örnek alındı. Alınan örneklerde DNA/RNA izolasyonunu takiben solunum yolu virusları araştırıldı. Hasta grubundakilerin 34'ünde (%37.8) virus saptanmazken, 38'inde (%42.2) 1 virus, 15'inde (%16.7) 2 virus, 3'ünde (%3.3) 3 virus saptandı, kontrol grubundakilerin 35'inde (%58.3) virus saptanmazken, 23'ünde (%38.3) 1 virus, 2'sinde (%3.3) 2 virus saptandı. Virus sayısı açısından hasta ve kontrol grupları arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılık görüldü (p=0.004). Hasta ve kontrol grubunda saptanan viruslar; %25.6 ve %36.7 rhinovirus A/B/C, %21.1 ve %0.0 influenza A virus, %7.8 ve %1.7 parainfluenzavirus tip1, %5.6 ve %0.0 parainfluenzavirus tip4, %4.4 ve %1.7 adenovirus A/B/C/D/E , %4.4 ve %1.7 parainfluenzavirus tip3, %4.4 ve %1.7 coronavirus 229E/NL63, %3.3 ve %0.0 coronavirus OC43, %3.3 ve %0.0 respiratory syncytial virus A, %2.2 ve %0.0 parainfluenzavirus tip2, %2.2 ve %0.0 influenza B virus, %1.1 ve %1.7 respiratory syncytial virus B olarak belirlendi. Bocavirus, metapneumovirus ve enterovirus hiçbir örnekte saptanmadı. Sonuç olarak, solunum yolu örneklerinde moleküler yöntemlerle viral etkenlerin araştırılması, hızlı tanı açısından yararlı görülmüştür.
Yoğun bakım hastalarından ve yoğun bakım ünitesi ortamından izole edilen acinetobacter suşlarının genotipik olarak karşılaştırılması
Hastane infeksiyonların genel özelliği, yaygın olarak çoklu ilaç direnci olan mikroorganizmalarla meydana gelmesi, yüksek mortalite ve morbidite oranı ve artmış tedavi maliyetidir. A. baumannii'de hastane infeksiyonlarında sık rastlanan çoklu dirençli bir mikroorganizmadır. Çevre şartlarına oldukça dayanıklı olan Acinetobacter'lerin hastalara bulaşında çevrede bulunan suşların bir kaynak oluşturabileceği düşünülür. Bu çalışma Yoğun Bakım Ünitesinde (YBÜ) çeşitli cansız ortamlardan izole edilen Acinetobacter suşları ile hastalardan izole edilen suşların karşılaştırılması ve bakterinin bulaşında çevresel alanların kaynak olup olmayacağının araştırılması amacıyla yapıldı. Ocak 2010-Haziran 2011 tarihleri arasında hastanemiz YBÜ'den laboratuarımıza gönderilen çeşitli örneklerden izole edilen A. baumannii suşları ile çalışıldı. Bir hastadan A. baumannii izole edilmesi durumunda, YBÜ'nin çeşitli alanlarından sürüntü örnekleri alındı. A. baumannii suşlarının tanımlanması ve antibiyotik duyarlılık testlerinin yapılmasında Vitek 2 (bioMerieux, Fransa) tanımlama sistemi kullanıldı. Genotiplendirme rep-PCR yöntemiyle DiversiLab (bioMerieux, Fransa) kullanılarak yapıldı. Örnek toplama süresi içerisinde 61 hastadan 92 örnek ve 8 çevreden izole edilen örnek olmak üzere 100 A. baumannii suşu bulundu. Hasta örneklerinden en sık trakeal aspiratlarda A. baumannii suşu izole edildi (%52). Klinik örneklerden saptanan suşların tamamı çoklu dirençli bulunurken, en etkili antibiyotikler kolistin (% 99) ve tobramisin (%94) idi. Suşların genotipik analizinde, aynı hastaya ait farklı örneklerde farklı genotiplerin olduğu, çevreden izole edilen suşların biri dışında hastalardan izole edilen birçok suşla aynı olduğu saptandı. Hastane infeksiyonlarının önlenmesinde en önemli kavram kontrol önlemlerinin doğru uygulanmasıdır. A. baumannii suşları için çevresel yüzeyler bir kaynak olabileceğinden dezenfeksiyon ve dekontaminasyon prosedürleri doğru yapılmalı ve salgın diye tanımlanabilecek yaygın bir infeksiyonla karşılaşıldığında kökenlerin genotipik analizi ile kaynak araştırılması yapılmalıdır.
Toxoplazma enfeksiyonunun tanısında toxoplazma ıgg avidite testinin yeri.
Bu çalışmada Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Hastanesi Kadın Hastalıklarıve Doğum Polikliniği'ne başvuran ve buradaki klinisyenler tarafından MerkezELISA Laboratuarına yönlendirilen akut tokzoplazmoz şüpheli 114 gebe kadındanserum örnekleri toplandı. Örneklerde önce ELFA yöntemi ile Toxoplasma'ya özgülIgM ve IgG antikorları arandı, daha sonra ELFA IgG Avidite testi yapılaraktoxsoplazmozun akut ya da kronik dönemde olup olmadığı araştırıldı.Gebe hastalardan toplanan serumların %55,26'sında Toxoplasma IgM pozitifsaptanırken, %16,6'sında IgM'in sınır değerde pozitif olduğu tespit edildi.Örneklerin %96,49'unda Toxoplasma IgG pozitifliği saptanırken, %2,63 olgudaIgG'nin sınır değerde pozitif olduğu görüldü. Örneklerin %53,50'sinde hem IgMhem de IgG antikorları saptandı. Her iki antikorun da negatif olduğu hasta serumutespit edilmedi. Olguların %0,87'sinde IgM antikorları saptanırken IgG antikorusaptanmadı, %25,43'unda ise IgM antikoruna rastlanmazken IgG antikorları pozitifolarak bulundu.Toxoplasma IgG Avidite testi kullanılarak, IgM ve IgG antikorlarının herikiside pozitif olan 61 gebe kadının %27,86'sında düşük, %29,50'sinde sınırdeğerde, %42,62'sinde yüksek avidite bulundu. IgM antikorları saptanmayıp, IgGiantikorları pozitif olan 29 gebenin %3,4'ünde düşük, %10,34'ünde sınır değerde,%79,31'inde yüksek avidite bulundu. IgM antikorları sınır değerde olup, IgGantikorları saptanan 23 hastada da %4,34 düşük, %21,73 sınır değer, %73,91oranında yüksek avidite tespit edildi.Sonuç olarak ELFA IgG avidite testinin gebelik döneminde akut ve kroniktokzoplazmozun ayrımının yapılmasında güvenli bir yöntem olarak kullanılabileceğikanısına varıldı.ii
Akut, kronik ve fokal komplikasyonlarla seyreden brusellozis hastalarının tanısında tüp aglütinasyonu, kan kültürü ve real time PCR testlerinin tanısal değerlerinin irdelenmesi
Brucella cinsi bakterilerin neden olduğu bruselloz dünya genelinde en yaygın görülen zoonotik hastalıktır. Bruselloz Türkiye dahil bir çok ülkede endemiktir ve buralarda önemli bir halk sağlığı sorunu oluşturmaktadır. Bruselloz birçok organ ve sistemi etkileyebildiğinden farklı klinik tablolara neden olabilmekte, kendine özgü klinik bulgu ve belirtileri olmaması nedeniyle birçok hastalıkla karışabilmektedir. Bundan dolayı hastalığın tanısı bakterinin izolasyonu veya özgün antikorların varlığının gösterilmesiyle mikrobiyolojik olarak doğrulanmalıdır. Ancak konvansiyonel mikrobiyolojik yöntemlerin bazı kısıtlamalarının olmasından dolayı brusellozun zamanında ve doğru olarak teşhis edilmesi sorun olmaya devam etmektedir. Son yıllarda PCR'a dayalı yöntemlerin bruselloz tanısında yararlı bir araç olduğu belirtilmektedir. Bu çalışmanın amacı farklı klinik formdaki bruselloz hastalarında standart tüp aglütinasyonu (STA), kan kültürü ve real time PCR yönteminin tanısal değerlerini araştırmaktır. Çalışmaya 56 bruselloz hastası, 35 kontrol grubu alındı. Hastalığın tanısı uyumlu klinik tablonun varlığı ile birlikte STA veya brucellacapt testi ile anlamlı titrelerde spesifik antikorların gösterilmesi ile konuldu. Anlamlı titreler STA testi için ?1/160 ve brucellacapt testi için ?1/320 olarak kabul edildi. Çalışmadaki tüm hastalarda kan kültürü ve real time PCR çalışıldı. Bu üç yöntemin duyarlılığı, özgüllüğü, pozitif ve negatif prediktif değerleri (PPD ve NPD) hesaplandı. STA, kan kültürü ve real time PCR'ın duyarlılıkları sırasıyla %91.1, %32 ve %48.2 olarak bulundu. STA testinin duyarlılığı akut, kronik ve lokalize brusellozda benzer olarak bulunurken kan kültürü ve real time PCR yönteminin duyarlılığının akut brusellozda daha yüksek olduğu saptandı. Bu üç yöntemin özgüllük ve PPD'i %100 olarak bulundu. STA, kan kültürü ve real time PCR'ın NPD'i sırasıyla %80, %34.4 ve %40.8 olarak bulundu. STA tiresi <1/160 olan şüpheli bruselloz hastalarının hepsinde kan kültürü ve real time PCR negatifti. Sonuç olarak, STA testinin kan kültürü ve real time PCR yönteminden çok daha duyarlı olmasından dolayı akut, kronik ve lokalize bruselloz tanısında STA testinin halen faydalı bir yöntem olduğu kanısına varılmıştır.
Viral hepatit C'li hastalarda genotip tayini ve mutasyon analizi
Hepatit C virüsü (HCV) kronik karaciğer hastalığı, karaciğer sirozu ve hepatoselüler karsinomun önemli bir nedenidir. Farklı genotipteki virüslerin biyolojik davranışları, tedaviye cevapları ve coğrafik dağılımları farklılık gösterir. Bu çalışmada HCV pozitif hastalarda genotip dağılımının araştırılması, HCV genomunda mutasyon analizi ve hastalarda klinik gidişin ve tedaviye yanıtın genotiple ve mutasyonlarla ilişkisinin belirlenmesi amaclandı. Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Gastroenteroloji Bilim Dalı'nda kronik HCV infeksiyonu tanısı almış 51 hasta çalışmaya dahil edildi. Hastaların 26 'sı erkek, 25 'sı kadındı. Yaş ortalaması 50,0±8,6 idi. Toplam 45 hastada (%88.2) genotip 1, baskın olan tip olarak saptandı. Bunların 40 `ında (%78.4) genotip 1b olarak saptandı. Hastaların 5'i (%9.8) genotip 1a, 4'ü (%7.8) genotip 2a, 1'i (%2) genotip 3a, 1'i (%2) genotip 4c olarak bulundu. Hastalarda virüsün 5'UTR bölgesinin nükleotid ve aminoasit sekans dizileri belirlenerek araştırılan mutasyonlarda 20 insersiyon, 16 delesyon, 14 transversiyon, 17 transisyon mutasyon bulundu. Hastaların 33 `ünde (%64.7) kalıcı viral cevap elde edilirken 18 hastada (%35.3) tedaviye cevap alınamadı. Genotip 1 ve Genotip non-1 hastalar olarak tedaviye cevaba bakıldığında Genotip 1 hastalarda tedavi başarısı %64.4 iken non-1 hastalardaki tedavi başarısı %66.6 idi. Gruplar arasında istatiksel olarak anlamlı fark yoktu. Mutasyonlara göre tedavi cevapları ve laboratuar bulgularına etkisi karşılaştırıldığında gruplar arasında istatiksel olarak anlamlı fark saptanmadı. Sonuç olarak bölgemizde HCV genotiplerinden en sık genotip 1b görülmektedir. Tedaviye cevap açısından genotip ve mutasyonların etkisi bizim hasta grubumuzda anlamlı olarak saptanmamıştır.
Kabakulak geçirmemiş ve aşılanmamış sağlık personelinde kabakulak IgG seroprevalansı
Kabakulak hastalığı, etkeni Rubulavirüs olan akut gidişli ve bulaşıcı viral bir enfeksiyondur. Genellikle okul çağındaki çocuklarda görülmesine rağmen, aşılanmayan veya hastalığı geçirmeyen kişilerde ileri yaşlarda da görülebilir. Virüsün ileri yaşlardaki enfeksiyonu ağır komplikasyonlara yol açabilmektedir. Özellikle erkeklerde testisleri tutup orşit yapması, sterilite oluşturması açısından çekinilen bir komplikasyondur. Kabakulak geçirmemiş ve aşılanmamış sağlık personeli bulundukları ortam nedeniyle yüksek risk altındadırlar.Bu çalışmada Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde görevli, Kabakulak geçirmediğini ve aşılanmadığını bildiren 76 sağlık personelinin serum örneklerinde ELFA yöntemi ile kabakulak IgG antikoru araştırılmıştır. Serumlar Merkez ELISA laboratuarında Mumps IgG (VIDAS MPG, Biomerieux, France) kiti ile çalışılmıştır. Kabakulak IgG seropozitifliği kadınlarda %93.11, erkeklerde %93.62 idi. Kabakulak IgG seronegatifliği kadınlarda %6.89, erkeklerde %6.38 idi. Seronegatiflik en fazla kadınlarda 26-30 yaş grubunda, erkeklerde ise 31-35 yaş grubunda görülmüştür. Yine kabakulak IgG seronegatifliği yardımcı sağlık personeli (YSP) meslek grubunda en fazladır. Seronegatif olduğu tespit edilen sağlık personelleri bilgilendirildi ve aşılanmaları için gerekli önerilerde bulunuldu.
Yara infeksiyonlarından izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları
15 Ocak?15 Aralık 2008 tarihleri arasında, Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Şahinbey Hastanesinde yatan hastalardan alınan yara örnekleri Bakteriyoloji laboratuvarında değerlendirildi. Belirtilen süre içerisinde 159 yara örneği incelendi.İncelenen 159 yara örneğinden 31'i (% 19.49) Kalp Damar Cerrahisi, 23'ü (% 14.46) Ortopedi/Travmatoloji, 10'u (% 6.28) İnfeksiyon, 9'u (% 5.66) Genel Cerrahi, 9'u (% 5.66) KBB, 9'u (% 5.66) Beyin Cerrahisinde yatan hastalardan alındı.Diğerleri, Göğüs Cerrahisi 7 (% 4.40), Plastik ve Rekonstrüktif Cerrahi,7 (% 4.40) , Kadın Hastalıkları ve Doğum 6 (% 3.77), Dermatoloji 6 (% 3.77), Nefroloji 6 (% 3.77), Endokrinoloji 5 (% 3.14), Onkoloji 4 (% 2.51), acil 4 (% 2.51), Dahili Hematoloji 3 (% 1.88), Yeni Doğan Yoğun Bakım 3 (% 1.88), İç Hastalıkları Yoğun Bakım 3 (% 1.88), Üroloji 2 (% 1.25) Gastroenteroloji 2 (% 1.25), Reanimasyon 2 (% 1.25), Kardiyoloji 2 (% 1.25), Göğüs hastalıkları 1 (% 0.62), Göz 1 (% 0.62), Çocuk Cerrahisi 1 (% 0.62), Anesteziyoloji 1 (% 0.62), Pediatri 1 (% 0.62) ve Pediatrik Hematoloji 1 (% 0.62) olmak üzere yatan hastalardan alındı.Üreme saptanan örneklerden 31'inde (% 21.98) E. coli, 28'inde (% 19.85) S. aureus, 23'ünde (% 16.31) KNS, 17'sinde (% 12.05) P. aureginosa, 10'unda (% 7.09) Klebsiella spp, 7'sinde (% 4.96) Acinetobacter spp.,7 sinde Enterobacter spp., 4'ünde (%2.83) ?-hemolitik streptokok, 4ünde Enterococcus spp. izole edildi. Ayrıca 2 örnekte (% 1.41) Candida, 2 örnekte Corynebacterium spp., 2 örnekte S. maltophilia, ve örnekte (% 0.70) Proteus, Citrobacter, Serratia ve Providencia izole edildi.Anahtar kelimeler: Yara infeksiyonu, antibiyotik duyarlılıkları,
Hemodiyaliz ara yoğun bakım ünitesi ve nefroloji servisi hastalarından izole edilen vankomisin rezistan enterokok suşlarının direnç genlerinin saptanması ve klonal kökenlerinin araştırılması
Enterokoklar, birçok bakteri türünde var olan virülans faktörlerine sahip olmamalarına rağmen, çevre şartlarına dayanıklı, çeşitli antibiyotiklere intrensek dirençli ve yeni direnç geliştirme yeteneklerinden dolayı, son on yılda hastane enfeksiyonlarının önemli nedenleri arasındadır. Bu amaçla rektal sürüntü kültürlerinin yapılması önerilmektedir. Bu çalışma Eylül 2010-Eylül 2011 tarihleri arasında hastanemiz Hemodiyaliz Ara Yoğun Bakım Ünitesi (HAYBÜ) ve nefroloji servisinde kronik böbrek yetmezliği tanısıyla yatmakta olan 100 hastanın rektal sürüntülerinden izole edilen enterokok suşları ile çeşitli cansız ortamlardan izole edilen suşların karşılaştırılması ve bakterinin bulaşında çevresel alanların kaynak olup olmayacağının araştırılması amacıyla yapıldı. İzole edilen vankomisine dirençli enterokok (VRE) suşları ile çalışıldı. Tür ve cins düzeyinde tanımlama konvansyonel yöntemler ve Vitek 2 (bioMerieux, Fransa) ile yapıldı. Disk difüzyon yöntemiyle vankomisin duyarlılığı araştırıldı. Dirençli suşların E test ile MİK değerleri belirlendi. Genotiplendirme rep-PCR yöntemiyle, DiversiLab (bioMerieux, Fransa) cihazında yapıldı. Örnek toplama süresi içerisinde 100 hastanın rektal sürüntü örneğinden 28'inde, 900 çevre örneğinden 6'sında olmak üzere toplam 34 VRE suşu izole edildi. VRE olarak izole edilen suşların 29'u (% 85) E. faecium ve 5'i (% 15) E. gallinarum olarak saptandı. Çalışma vankomisin dirençli enterokoklarla yapılmak üzere planlanmışken, 5 örnekte orta duyarlılıkta E. gallinarum suşu izole edildi ve onlar da çalışmaya alındı. DNA parmak izi analizinde, çevreden izole edilen suşlarla hasta örneklerinden izole edilen suşlar arasında bir örnekte benzerliğe rastlandı. Hastalardan alınan örneklerde saptanan 28 VRE suşunun ise 5'inin identik olduğu görüldü. Çevresel kaynaklardan çok, hastadan hastaya bulaşın daha sık olması, dezenfeksiyon önlemlerinin hastanemizde iyi uygulandığını, bununla beraber izolasyon önlemlerinin uygulanmasında aksaklık olduğu sonucuna varıldı.
İmmunssuprese hastalarda latent mycobacterium tuberculosis infeksiyonu tanısında quantiferon testi ve tüberkülin deri testinin özgüllük ve duyarlılığının değerlendirilmesi
Tüberküloz infeksiyonunun laboratuvar tanısında, mikroskopik boyama yöntemleri ve bakteri kültürü gibi klasik yöntemlerin yanısıra serolojik ve moleküler tanı yöntemlerinden de faydalanılmaktadır. Antijen veya antikor tespitine dayanan serolojik testlerin yanında interferon gama üretiminin ölçülmesi, son yıllarda önemli tetkikler arasına girmeye başlamıştır. İn vivo deri testlerinden TDT'ye alternatif olarak early secretory antijen target (ESAT-6) (erken salınan tüberküloz antijeni) ve culture filtrate protein (CFP-10) (koloni oluşturan protein) gibi antijenler interferon gama indüksiyonu amacıyla kullanılmıştır. Çalışmada Mycobacterium tuberculosis tanısında kullanılan TDT ve Quantiferon yöntemlerinin duyarlılıkları ve özgüllükleri karşılaştırıldı. Çeşitli kliniklerden immunsupresif tedavi alan hastalar ve sağlıklı kontrol grubu latent tüberküloz infeksiyonu araştırılmak üzere değerlendirmeye alındı. Hasta ve kontrol grubuna Quantiferon testi (Quantiferon ?TB Gold In Tube, Cellestis Limited Australya) ve TDT çalışıldı, akciğer grafileri değerlendirildi. . Hasta grubunda Kappa değeri 0.345, p=0.002 saptandı. Kontrol grubunda ise Kappa=0.256 (p=0,040) bulundu. Quantiferon TB-Gold in tube testi için: Sensivite: 24.14 (Güven aralığı 13.87-37.17), spesifite: 53.97 (Güven aralığı 40,94-66,61). TDT için: Sensivite 49.23 (Güven aralığı 36,60-61,93), spesifite: 61,54 (Güven aralığı 48,64-73,35)Quantiferon yöntemi özellikle klinik bulgu vermeyen latent tüberküloz infeksiyonunun araştırılmasında kullanılan uygun bir yöntem olarak kabul edilmektedir. Halen rutinde kullanılan TDT `ye bir alternatif olabilir.Anahtar kelimeler: Kontrol grubu, İmmunsuprese hasta, Latent tüberküloz infeksiyonu, TDT, Quantiferon TB-Gold in tube.
Hematolojik malignitesi olan hastalarda varisella zoster enfeksiyonunun sıklığı ve risk faktörlerinin araştırılması
Herpes virüs ailesinin bir üyesi olan Varisella zoster virüsü (VZV), suçiçeği ve zona zoster olmak üzere iki farklı klinik tabloya neden olur. Suçiçeği, sıklıkla virüse karşı duyarlı çocuklarda etkenle karşılaşma sonucu ortaya çıkan primer bir infeksiyondur. VZV primer infeksiyonundan sonra arka sinir kök hücrelerinde latent olarak yerleşir. Zona ise VZV primer infeksiyonunun tekrarlaması sonucu sıklıkla yaşlılarda görülen, duyu sinirlerinin dağıldığı bölgede lokalize veziküler döküntü ile ortaya çıkan şiddetli ağrılı bir hastalıktır. Her iki infeksiyon da immün sistemi sağlam olan kişilerde ve genç insanlarda ılımlı seyrederken, immün yetmezliği olan kişilerde ağır klinik tabloya sebep olurlar. Günümüzde organ nakli ve kortikosteroid kullanımı gibi immün baskılanmaya neden olan klinik uygulamaların artmasıyla birlikte, VZV infeksiyonları da klinikte önemli hale gelmiştir. Bu çalışma, Temmuz-Aralık 2011 tarihleri arasında Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi'nde yapıldı. Hematoloji kliniğinde yatarak tedavi gören, çeşitli hematolojik maligniteleri olan ve immünsüpresif tedavi alan 56 erişkin hasta VZV infeksiyonu yönünden incelendi. Kontrol grubu olarak hastanedeki kan bankasına başvuran gönüllü donörlerden 56 erişkin seçildi. VZV IgG antikorun tespitinde ELFA yöntemi kullanıldı. VZV IgG hematoloji malignitesi olan hastaların %92.9'unda (52/56), kontrol grubundakilerin ise %71.4 (40/56) pozitif olarak bulundu. Hasta ve kontrol grupları karşılaştırıldığında, VZV IgG'nin hasta grubunda kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı ölçüde yüksek olduğu görüldü (p=0.003). Bu sonuçlara göre, hematolojik malignitesi olan hastaların VZV infeksiyonu yönünden araştırılarak, gerekli durumlarda tedavi almaları olası komplikasyonlardan korunmaları açısından önem taşımaktadır.
Sepsis tanısında yeni moleküler yöntemlerin kullanılması
Bakteriyemi, ciddi seyirli infeksiyonlardan biri olup, yüksek mortalite ve morbidite sebebidir. Tanının hızla konarak tedaviye başlanması önemlidir. Bu çalışmada bakteriyemi tanısında kan kültürü ve PCR testinin sonuçları karşılaştırılmıştır.Çalışma Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuarına gönderilen örnekler ile prospektif olarak yapıldı. Haziran-Eylül 2011 tarihleri arasında kan kültürü istenen hastalardan eş zamanlı olarak sepsis paneli çalışılarak sonuçları değerlendirildi. Belirtilen süre içerisinde çalışmaya 164 hastaya ait örnek alındı. Kan kültürü BacT-Alert (Biomerieux) tam otomatik kan kültürü sistemine alındı. Bakterilerin tanımlanmasında Vitek2 (Biomerieux) tam otomatik bakteri tanımlama sistemi kullanıldı. Moleküler olarak bakteriyel DNA varlığı multiplex real-time PCR (LightCyler SeptiFast, Roche Diagnostics) ile hazır bir kit kullanarak araştırıldı.Çalışmaya alınan hastaların, 77'si kadın (% 46.95), 87'si erkek (% 53. 04) olarak bulundu. Hastalar 1-92 yaşları arasında idi.Çalışmaya alınan kan kültürü örneklerinin 113'sinde (% 68.2) üreme saptanmazken, 51 örnekte (% 31.09) bir mikroorganizma saptandı. Kan kültürü örneklerinde en fazla tespit edilen bakteri KNS olarak bulunmuştur (n: 27, % 52.9).Moleküler yöntemle bakteriyemi etkeni araştırdığımız 164 hastanın, 114'ünde (% 69.5) herhangi bir etken saptanmazken, 50 (% 30.5) örnekte bir ve/veya iki etken saptanmıştır. Moleküler olarak en fazla saptanan mikroorganizma KNS olarak bulunmuş olup, tespit edilen 53 mikroorganizmanın 18'inde (% 35.2) oluşturduğu bulundu.Her iki yöntemle 164 örneğin 95'inde benzer sonuca ulaşılmış (uyum % 57.9), 68 örnekte farklı sonuçlar alınmıştır. Kan kültüründe üreme olmayan 30 örnekte moleküler olarak bir etken saptanmış, moleküler olarak bir etken saptanmayan 31 örnekte de kan kültüründe üreme bulunmuştur. Her iki yöntemle de 8 örnekte farklı etkenler saptanmıştır.
Düzce ilindeki hastanelerde çalışan temizlik personelinin M. tuberculosis enfeksiyonu açısından değerlendirilmesi
Tüberkülozun, hastane kökenli ve çoklu ilaca dirençli vakalarının yaygınlaştığı günümüzde, hastane çalışanlarındaki önemi daha da artmaktadır. Çalışmamızda; hastanede sürekli hastalar ile karşılaşan, idari bölümlerde çalışan ve atık toplama görevi olan temizlik personelinde tüberküloz enfeksiyonunun araştırılması amaçlanmıştır.Araştırma, Şubat-Mart 2008 tarihleri arasında Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi ile Sağlık Bakanlığı Düzce Atatürk Devlet Hastanesi'nde temizlik personeli olarak çalışan, M. tuberculosis'e maruziyet açışından potansiyel risk taşıyan kişileri kapsamaktadır. Çalışmaya 106 temizlik personeli katılmıştır. Tüberküloz enfeksiyonu, personele tüberkülin deri testi uygulanarak balgam örneklerinin boyalı mikroskopik incelemesi ve kültürü (Löwenstein- Jensen Besiyeri, Radyometrik Yöntem) yapılarak araştırılmıştır.Çalışmamıza yaşları 17-53 (ortalama: 33.99±7.31) arasında olan, 63'ü (%59.4) erkek, 43'ü (%40.6) kadın 106 personel katılmıştır. Personelde, yapılan mikroskopik ve kültür yöntemleriyle aktif tüberküloz saptanmamıştır. Tüberkülin deri testi ile latent tüberküloz enfeksiyon prevalansı %74.5 olarak hesaplanmıştır. Tüberkülin deri testi pozitifliği ile ekonomik durum, çalıştığı kurum ve BCG skarı parametreleri arasında anlamlı ilişkiler bulunmuştur. Tüberkülin deri testi pozitifliğini etkileyen faktörler ise; BCG skar sayısı, temizlik yapma görevi olması, hastanede çalışma yılı, çalıştığı kurum, çalıştığı birim parametreleridir. Ancak multiple regresyon analizine göre BCG skar sayısı ve çalıştığı kurum parametreleri tüberkülin deri testi sonucunda en etkili parametreler olmuşturTemizlik personelinin diğer sağlık çalışanları gibi tüberküloz açısından yüksek risk taşıdıkları görülmüştür. Temizlik personelinin hastanede çalışmaya başladığı andan itibaren düzenli taramalarda tüberkülin deri testi yapılmasının, eğer gerekli görülürse balgam örneklerinin incelenmesinin, tüberküloz konusunda eğitilmesinin ve bilgilendirilmesinin faydalı olacağı kanaatine varılmıştır. Aktif tüberküloz olgusu saptanmaması hastanelerimizdeki önlemlerin kısmen yeterli olduğunu göstermiştir.Anahtar Kelimeler: M.tuberculosis, tüberkülin deri testi, hastane temizlik personeli.
Çocukluk yaş grubunda hepatit A ve helicobacter pylori infeksiyonlarının seroepidemiyolojik özelliklerinin araştırılması
Giriş-Amaç: HAV ve H. pylori infeksiyonları gelişmekte olan ülkelerde önemli sağlık sorunlarındandır. Her iki infeksiyonun da en önemli bulaşma yolu fekal-oral yoldur. Seroprevalansları düşük sosoyoekonomik düzey, kötü yaşam koşulları nedeni ile artımaktadır. Ortak risk faktörlerine sahip bu iki infeksiyon çocukluk yaş grubunda kazanıldığından çalışmamızda bölgemizde yaşayan çocuklarda HAV ve H. pylori seroprevalansının ve risk faktörleri ile ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır.Gereç-Yöntemler: Bu çalışmaya Şubat 2008-Haziran 2008 tarihleri arasında Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları polikliniğine başvuran 6 ay - 17 yaş (10.7± 3.39 ) arası 157'si (% 52.3) erkek, 143'ü (% 47.7) kız 300 çocuk alındı. Çalışmaya alınan çocuklar yaşlarına göre 3 gruba ayrıldı. Ailelere standart anket uygulandı, alınan kanlar total anti-HAV antikorları ve H. pylori anti-IgG antikorları açısından test edildi. Sonuçlar istatistiksel olarak değerlendirildi.Bulgular: Çalışmaya alınan çocukların %59,7'unda total anti-HAV pozitif olarak bulunurken; %44,3'ünde anti- H. pylori IgG pozitif bulundu. Total anti-HAV ve anti- H. pylori IgG birlikte pozitif bulunan çocuk oranı %49.7 idi. Yaş arttıkça HAV ve H. pylori seroprevalansında artış görüldü. HAV seroprevalansı açısından ailenin sosyoekültürel düzey, yaşam koşulları, ekonomik düzeyi, ailede ve çocukta geçirilmiş sarılık öyküsü anlamlı risk faktörlerini oluştururken, H. pylori için de aynı durumlar risk faktörlerini oluşturmaktaydı. H. pylori ile HAV birlikte seropozitifliği de istatistiksel olarak anlamlı bulundu.Sonuçlar: Hepatit A ve H. pylori infeksiyonlarının her ikisininde yaş ile birlikte seroprevalansının artması ve sosyoekonomik koşullardan etkilenmeleri her iki infeksiyonun da fekal oral yolla bulaştığını doğrulamaktadır. H. pylori'nin gelişmekte olan ülkelerde prevalansının giderek arttığını ve çocukluk yaşlarında bulaştığını göz önüne alarak H. pylori ye yönelik epidemiyolojik çalışmalara ağırlık verilmelidir. Ayrıca okul öncesi HAV antikorlarının kan düzeyleri tayin edilerek infeksiyonu geçirmemiş kişilere HAV aşısı yapılması uygun bir öneri olabilir.Anahtar Kelimeler: HAV, H. pylori, risk faktörleri, seroprevalans
Tanısal amaçla uygulanan laparoskopi sırasında oluşan bakteriyel translokasyona probiyotik bakterilerin etkilerinin araştırılması (Deneysel çalışma)
Giriş-Amaç: Çalışmamızda deneysel olarak oluşturulan peritonitte, laparoskopi sırasında uygulanan CO2 miktarına bağlı oluşabilecek bakteriyel translokasyon ve bu duruma probiyotik bakterilerin etkisi araştırıldı.Gereç-Yöntemler: Çalışmada 10'arlı 6 grup halinde 60 adet Wistar rat kullanıldı. Grup 2, 4 ve 6'ya 15 gün 5x108 cfu/ml probiyotik bakteri ratların sularına karıştırılarak verildi. Tüm gruplardaki ratlara, peritonit oluşturmak amacıyla 2.107 cfu/ml E.coli (ATCC 25922) yenidoğan beslenme katateri aracılığı ile intraperitoneal yoldan inoküle edildi. Hemen sonrasında Grup 1 ve 2'ye CO2 uygulanmadan, Grup 3 ve 4'e 14 mmHg CO2, Grup 5 ve 6'ya 20 mmHg CO2 verilerek laparoskopi uygulandı. 0, 2 ve 6. saatlerde kan örnekleri alındı. 6.saatte ratlar öldürüldükten sonra mezerter lenf nodu, karaciğer ve dalak örnekleri alınıp mikrobiyolojik açıdan kalitatif ve kantitatif metodlaar ile değerlendirildi.Bulgular: Laparoskopi sırasında deneysel peritonit oluşturulan ratlarda bakteriyel translokasyon ve bakteriyemi gözlendi. Üreme olan bütün kültürlerde E.coli tanımlandı. En fazla bakteriyel translokasyonun mezenter lenf noduna olduğu, bakteriyel translokasyon oranının laparoskopi sırasında uygulanan CO2 miktarı ile artış gösterdiği saptandı. Probiyotik bakterilerin; dokulardaki bakteriyel translokasyon oranlarını ve bakteriyemiyi yüksek basınçtaki gruplarda daha etkili şekilde azalttığı saptandı. Bu sonuçların doku gramı başına düşen ortalama bakteri tranlokasyonu ile korelasyon gösterdiğini tespit edildi.Sonuçlar: Probiyotik bakterilerin, laparoskopi sırasında oluşabilecek bakteriyel translokasyona karşı proflaktik amaçlı kullanılabileceği sonucuna varıldı. Peritonitli hastaların laparoskopi açısından risk taşımalarından dolayı, bu durum göz önünde bulundurulmalı ve hastalar artan intraabdominal basınca bağlı septik komplikasyon açısından yakından takip edilmelidir.
Çay polifenollerinin ß?laktamaz enzim inhibitör etkilerinin çeşitli bakteriler üzerinde araştırılması
Klinikte bakteri infeksiyonlarında yaygın ve sık olarak kullanılan ß-laktam antibiyotiklere karşı oluşan rezistan suşlarına etkili olabilecek yeni beta-laktamaz enzim inhibitörlerinin araştırılması önem taşıyan bir konudur. Çalışmamızda; klinikte kullanımı olası yeni beta-laktamaz enzim inhibitörleri olarak çay polifenollerinden; kateşin, kateşin gallat ve epikateşin ve epikateşin gallat'ın beta-laktamaz enzim inhibitörü özelliğine sahip olup olmadığı araştırıldı.Bu araştırma, Mart-Nisan 2009 tarihleri arasında Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuarında, klinik olarak izole edilen beta-laktam antibiyotiklere dirençli E. coli ve S. aureus kökenleri ve E. coli ATCC 25922 ve S. aureus ATCC 29213 standart suşları kullanılmıştır. Çay polifenollerinin beta-laktam grubu antibiotiklerden ampisilin ve amoksisilin ile birlikte beta-laktamaz inhibitör etkisi, izole edilen bakteriler üzerinde araştırıldı. Kontrol grubu olarak ampisilin/sulbaktam ve amokisilin/klavulanat kombinasyonları kullanıldı. Antibiyotiklerin etkinliklerinin ölçülmesi için kullanılan yöntem ?Clinical Laboratory Standarts Institute? ta yer alan dilüsyon metodları uygulanarak araştırıldı. Enzim izolasyonu ve aktivasyonu kromojenik yöntem (nitrosefin) metodu ile test edildi.Yapılan çalışmalarda Echerichia coli ve Staphylococcus aureus kökenlerinde ampisilin-epikateşin, epikateşin gallat ve kateşin gallatlı kombinasyonları ile amoksisilin-epikateşin ve epikateşin gallat kombinasyonların uygulanmasında elde edilen MİK değerlerinin kontrol gruplarına göre anlamlı derecede düşük olduğu görüldü. Bu antibiyotikler ile birlikte çay polifenollerinin sinerjik etkileri kanıtlanmış olmaktadır.Anahtar Kelimeler: B-laktamaz inhibisyonu, S. aureus, E. coli, çay polifenolleri
Yığılca'da ilk ve ortaöğretim öğrencilerinde intestinal parazitozların sıklığının araştırılması
Bu çalışmada Yığılca İlçesindeki ilk ve orta öğretim öğrencilerinde bağırsakparazitlerinin prevelansı ve bunun sosyodemografik özellikler ve çocukların bazıalışkanlıkları ile ilişkisi araştırıldı. Ayrıca eşlik edebilecek olası semptomların daparazitozla ilişkisi değerlendirildi. Çalışmada öğrencilere ait 543 dışkı örneği ve510 selofan bant örneği incelendi. Dışkı örneklerine direk bakı, formol-eterkonsantrasyon işlemi sonrasında lugol, kinyon asit-fast ve trikrom boyamayöntemleri uygulandı. İncelenen örneklerde 87(%16.1) Enterobius vermicularis, 79(%15.1) Giardia intestinalis, 73(%13.9) nonpatojen çeşitli parazitler, 1(%0.19)Ascaris lumbricoides, 1(%0.19) Hymenolepis nana saptandı. Bulunan sonuçlarçocukların aileleri ile birlikte doldurdukları anket cevapları ile birlikte analiz edildi.Bağırsak parazitleri ile bazı risk faktörleri arasındaki ilişkiye bakıldığında;anne-baba eğitim durumu, ailenin gelir düzeyi ve baba mesleği ile bağırsakparazitleri varlığı arasında anlamlı ilişki bulundu. Cinsiyet, okulda tuvaletalışkanlıkları, evde sabun ve tuvalet kağıdı bulunması, el yıkama şekli ve süresi vediğer bazı hijyen davranışları parazitoz varlığında etkili bulunmazken, büyük abdestsonrası ellerini yıkamayan çocuklarda G.intestinalis daha yüksek oranda görüldü.Parazitozlarda görülebilen karın ağrısı, burun kaşınması, anal kaşıntı ishal ve kakadakurt görme gibi semptomlarla ve hemoglobin düşüklüğü, büyüme geriliği gibibulgularla ile çocukların parazit taşımaları arasında ilişki saptanmadı.Sonuç olarak G.intestinalis ve E.vermicularis gibi direk olarak kişisel hijyenile ilişkili parazitlerin sık görülmesi ilçedeki çocuklarda hijyen bilgilerinin eksikolduğunu göstermiştir. Ayrıca anne-baba eğitim düzeyi düşük çocuklarda da bu ikiparazitin de daha yaygın olarak bulunması bu ebeveynlerin çocuklarına yeterli hijyeneğitimi verememelerine bağlanabilir. Bu sonuçlar bölgede hem ebeveynleri hem deçocukları kapsayacak şekilde paraziter hastalıklar ve temizlik alışkanlıkları hakkındaeğitim programlarının yapılması ile paraziter hastalıkların kontrol altınaalınabileceğini göstermektedir. Buna ek olarak G.intestinalis suyla da bulaşabilen birpatojen olduğu için bölgedeki su kaynaklarının mikrobiyolojik açıdan incelenmesininfaydalı olacağını düşünmekteyiz.ANAHTAR SÖZCÜKLER, Bağırsak parazitleri, öğrenciler, Yığılca, G.intestinalis,E.vermicularis
Kuaför çalışanlarının hijyen, kan yoluyla bulaşan hastalıklar ve onikomikozis yönünden incelenmesi
Kuaför ve güzellik salonlarında manikür-pedikür-epilasyon gibi işlerde çalışanlar, hijyenik olmayan koşullarda çalışıyorlarsa perkütan yollarla birçok hastalığı kendilerine ve müşterilerine bulaştırabilirler. Araştırmada kuaför ve güzellik salonu çalışanlarına anket uygulanarak, kanla bulaşan enfeksiyonlar, onikomikozis ve hijyen bilgi düzeyi değerlendirilmesi; alınan örneklerle Hepatit B, C, HIV ve onikomikozis enfeksiyonlarının araştırılması ve çalışanlara sterilizasyon dezenfeksiyon eğitimi verilerek eksikliklerin giderilmesi amaçlandı. Düzce de Haziran-Kasım 2010 tarihleri arasında yapılan çalışmada, merkez ve ilçelerinde kuaförler odasına kayıtlı 100 iş yerinde 250 çalışanın, 155'i kan vermeyi, 126'sı ankete katılmayı kabul etti. Kontrol grubu olarak, kuaförlerde risk grubunda bulunmayan diğer işlerde görevli 65 çalışandan kan örnekleri alındı. Çalışma grubunda 5 (%3), kontrol grubunda 3 (%5) kişide HBsAg ve çalışma grubunda 18 (%12), kontrol grubunda 12 (%19) kişide Anti-HBc IgG pozitif tespit edildi. Çalışma ve kontrol grubunda HCV, HIV ve onikomikozis saptanmadı. Hepatit B enfeksiyonu kuaför çalışanlarında topluma ve kontrol grubuna göre yüksek bulundu. Bu sonuç seçtiğimiz kontrol grubunda bulunan diğer kuaför çalışanlarınında HBV enfeksiyonu açısından risk altında olduğunu gösterdi. Anket sonuçlarına göre çalışanların çoğunlukla ilköğretim mezunu olduğu, mesleki eğitim aldığı ve bunların büyük oranda eğitimlerini çıraklık eğitim merkezlerinde tamamladıkları saptandı. Hijyen, kan yoluyla bulaşan hastalıklar ve sterilizasyon-dezenfeksiyon konularında yetersiz eğitim aldıkları ve bilgi düzeylerinin düşük olduğu gözlendi. Bu alanda tüm çalışanların katılıp kendilerini geliştirebilecekleri, belirli aralıklarla eğitimlerini tekrarlayabilecekleri kurs, seminer gibi olanaklar sunulması gerektiği düşünüldü.Anahtar kelimeler: Hijyen, kuaför, manikür-pedikür, kanla bulaşan enfeksiyonlar, onikomikozis.
Lactococcus lactis'ten izole edilen nisinin farklı lipozomal formülasyonlarının antimikrobiyal etkisinin incelenmesi
Bu çalışmada, Türkiye kökenli çiğ sütten izole edilen, nisin üreticisi Lactococcus lactis LL 27 suşunun moleküler yöntemler kullanılarak tanımlanması ayrıca suşun üretmiş olduğu nisinin lipozomlanarak antimikrobiyal aktivitesinin incelenmesi amaçlanmıştır. 16 S rDNA yöntemi ile suşun genetik karakterizasyonu, plazmid ve protein profilleri tanımlanmıştır. Suşun sahip olduğu nisin üretim yeteneği kullanılarak iyon değişimi kromatografisi ile nisin elde edilmiştir. Elde edilen nisinin çeşitli lipozomal formülasyonları hazırlanarak bunların bazı gram pozitif, gram negatif ve Candida türlerine karşı antimikrobiyal etkisi BioTimer yöntemi ile araştırılmıştır. Elde edilen sonuçlar doğrultusunda, nisinin lipozomal formülasyonları, Gram pozitif bakterilere düşük konsantrasyonlarda, Gram negatif bakterilere yüksek konsantrasyonlarda etki göstermiştir. Candida albicans? a karşı ise herhangi bir konsantrasyonda etki göstermemiştir.
Hastane enfeksiyonu etkeni pseudomonas aeruginosa suşları arasındaki klonal ilişkinin araştırılması
Bu çalışmada Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Yoğun Bakım Ünitelerinde yatan hastalardan izole edilen hastane kökenli ve çevresel Pseudomonas aeruginosa suşları arasındaki klonal ilişkinin araştırılması amaçlanmıştır. Ocak 2010 - Ağustos 2011 tarihleri arasında Çocuk Hastalıkları, Genel Cerrahi, Anestezi ve Reanimasyon, İç Hastalıkları, Beyin Cerrahisi, Nöroloji ve Göğüs Hastalıkları Yoğun Bakım ünitelerinde hastane kökenli enfeksiyon tanısı alan hastaların çeşitli klinik örneklerinden izole edilen 50 ve çevresel örneklerden izole edilen dört adet, toplamda 54 Pseudomonas aeruginosa suşu çalışmaya dahil edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen 54 suş otomatik tanımlama cihazı (MicroScan autoSCAN-4, Almanya) ile tür düzeyinde tiplendirilmiş ve antibiyotik duyarlılık testleri yapılmıştır. Rep-PZR yöntemi ile çalışmaya dahil edilen klinik ve çevresel suşlar arasındaki klonal ilişki araştırılmıştır. Çalışmaya alınan suşlara karşı en az direncin amikasin (%12); en fazla direncin ise seftriakson (%100), seftazidim (%100), sefotaksim (%100) ve tazobaktam-piperasiline (%100) karşı olduğu saptanmıştır. Test edilen antibiyotiklerden gentamisin ve tobramisine %26, siprofloksasin ve levofloksasine %30, imipenem ve meropeneme %34, aztreonam ve sefepime %98 oranında direnç saptanmıştır. Rep-PZR ile tiplendirilen 52 suştan 14 tanesinin incelenen diğer suşlarla klonal ilişkisinin olmadığı saptanmıştır. İncelenen suşların 13 küme oluşturduğu saptanmıştır. Kümeleşmede suş aralığı 2-6 arasında değişmektedir. Tiplendirilen suşların %73?ünün klonal ilişkili olduğu saptanmıştır. Çalışmaya alınan Pseudomonas aeruginosa suşlarının Rep-PZR tiplendirmesi sonucunda 27 ayrı DNA bant profili saptanmıştır.
0-5 yaş arası akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus ve adenovirus sıklığı
Çoğunlukla kontamine gıda ve suların tüketilmesiyle vücuda alınan bakteri, virus veya parazitlerin neden olduğu akut gastroenteritler (AGE) özellikle çocuklar için tehlike oluşturabilmektedir. Bu çalışmada 0-5 yaş arası AGE'li çocuklarda adenovirus ve rotavirus sıklığının cinsiyete, yaşa ve mevsimlere göre dağılımının saptanması amaçlanmıştır. Bir yıl süreyle mikrobiyoloji laboratuvarına AGE'li çocuklardan gönderilen 1080 gaita örneği Rotavirus Adenovirus antijen kiti ile çalışılmıştır. Bu örneklerden 173 (% 16)'ünde rotavirus, 65 (% 6)'inde ise adenovirus pozitifliği saptanmıştır. Kız ve erkekler arasında pozitiflik oranlarının benzer olduğu görülmüştür. Yaş gruplarından 7-12 ay, 13-24 ay, 37-48 ay, 49-60 ay dönemindeki hastalarda rotavirus sıklığının diğer yaş gruplarından daha yüksek olduğu bulunmuştur. Adenovirus sıklığının ise tüm yaş gruplarında benzer olduğu saptanmıştır. Yine rotavirusun kış ve ilkbaharda daha sık görüldüğü, adenovirusun ise yaz mevsiminde diğer mevsimlerden daha az oranda görüldüğü tespit edilmiştir. Sonuç olarak her iki virusun da cinsiyet farkı olmaksızın çocukları enfekte edebildiği görülmüştür. Adenovirus yaz aylarında daha az görülürken, rotavirusun özellikle ilkbahar ve kış aylarında daha yüksek oranlarda saptanabildiği ve AGE'li çocuklarda özellikle bu mevsimlerde akla gelmesi gerektiği düşünülmüştür. Anahtar sözcükler: Adenovirus, Çocuk, Gastroenterit, Rotavirus, Yaş grupları.
Erişkinlerde tetanoz antikor düzeylerinin araştırılması
Aşılamayla önlenebilir olmasına rağmen tetanoz halen, gelişmekte olan ülkelerde yenidoğan ve genç erişkinleri, gelişmiş ülkelerde ise yaşlıları etkileyen mortalitesi yüksek toksiinfeksiyoz bir hastalıktır. Erişkin aşı programı uygulanmayan ülkelerde tetanoz antikorları yaşla beraber azalarak koruyucu düzeyin altına inmektedir. Bu çalışmada, bölgemizde erişkinlerde tetanoza karşı duyarlılık oranlarını ortaya koymak ve erişkin immunizasyonunun önemini göstermek amaçlanmıştır. Araştırma, Kasım 2014-Aralık 2015 arasında Düzce Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi kan alma ünitesine başvuran, yaşları 30-85 arasındaki 356 kişide yapılmıştır. Hastalara sosyodemografik veriler için anket uygulanmıştır. Alınan serum örnekleri uygun şartlarda bekletilerek antikorlar ölçülmüştür. Çalışmada Tetanus IgG ELİSA kiti (Euroimmun, Almanya) kullanılmıştır. Tetanoz IgG >0,1 IU/ml olanlar bağışık kabul edilmiştir. SPSS 16.0 programı kullanılarak, tetanoz antikor düzeyleri ile sosyodemografik verilerin ilişkileri araştırılmıştır. Sonuç olarak, toplam 356 hastanın 140(%39.3)'ında yeterli tetanoz antikoru saptanmıştır. 30-40 yaş grubunda 49(%70), 41-50 yaş grubunda 39(%55), 51-60 yaş grubunda 21(%29.1), 61-70 yaş grubunda 16(%22.2), >71 yaş grubunda 14(%9.4) oranlarında koruyucu düzeyde antikor saptanmıştır. Tetanoza bağışıklık oranlarının yaşlanma ile belirgin biçimde azaldığı görülmüştür(p<0.0001). Eğitim süresi fazla olanlar ve herhangi bir nedenle erişkin yaşlarında aşı yapılanlarda koruyucu düzeyde antikorlar diğer gruplara göre yüksek oranda bulunmuştur (sırasıyla p<0.001, p<0.001). Cinsiyet, meslekler, yaralanma geçmişi, çiftçilik ve hayvancılıkla uğraşma durumu ile tetanoz antikor düzeyleri arasında ilişki bulunmamıştır. Bu sonuçlara göre, çocuklukta oluşturulan bağışıklığın erişkin yaşlarda kamçılama dozlarıyla pekiştirilmesi gerektiği düşünülmüştür. Anahtar kelimeler: Tetanoz, Tetanoz bağışıklığı, Koruyucu tetanoz antikorları, Tetanoz IgG, Erişkin aşılaması
Hastanede uzun süreli yatan hastalarda clostridium difficile kolonizasyonunun araştırılması
Clostridium difficile basit bir ishal tablosundan hayatı tehdit eden kolit tablosuna kadar geniş bir hastalık spektrumu ile karşımıza gelebilir. Sağlıklı erişkinlerde herhangi bir probleme yol açmadan bağırsakta normal flora da az sayıda bulunur. Tedavi amacı ile kullanılan antibiyotikler, sitostatik ilaçlar, radyasyon ve bağırsakların cerrahi işlem öncesi mekanik temizliği gibi hastalara uygulanan işlemler de kolon florasını bozarak çevrede yaygın olarak bulunan Clostridium difficile sporlarının yerleşmesine, hastanede yatış süresinin uzaması ve maliyetin artmasına neden olmaktadır. Bu çalışmada Temmuz- Eylül 2015 tarihleri arası Düzce Üniversitesi Sağlık Araştırma ve Uygulama Merkezi'nde yatarak tedavi gören, 72 saat ve üzerindeki yatış zamanı olan 77 hastaya ait 104 gaita örneği alınarak Clostridium difficile ait toksin A/ B varlığı ELİSA yöntemi ile çalışılarak araştırılmıştır. Çalışmaya dâhil edilen hastaların, enfeksiyonun yada kolonizasyonun gelişmesinde etkili olan risk faktörleri, araştırılarak kaydedilmiş, kaydedilen veriler SPSS v.22 paket programı analiz edilmiştir. Çalışmaya alınan 77 hastaya ait 104 numuneden yalnızca üç hastaya ait numunede Clostridium difficile ToxinA/B pozitif sonuç saptanmıştır. Pozitif saptanan üç hastanın hastane yatış süresinin ortalama bir ay, altta yatan şiddetli hastalığı olan, yatışından itibaren antibiyotik ve mide koruyucu ilaç kullanan hasta olmaları bakımından dikkat çekmiştir. Sonuçlarımız hastanemiz ve bölgemizden bildirilen ilk veriler olması, açısından önemlidir. Bu konuda yapılmış çalışmaların son derece kısıtlı olduğu ulkemizde verilerimizin, diğer çalışmalara da katkı sağlayacağına inanıyoruz. ANAHTAR KELİMELER: Clostridium difficile, psödomembranöz enterokolit (PMC)
Düzce ili içme ve kullanma sularında atipik mikobakterilerin izolasyon ve tanımlanması
Mycobacterium tuberculosis kompleksi dışında kalan tüm mikobakteriler tüberküloz dışı mikobakteriler diye bilinir. NTM'ler çevrede yaygın olarak bulunmakta olup insan enfeksiyonlarının çoğunda bulaş kaynağının su olduğu kabul edilmektedir. Bu çalışmada Düzce bölgesinde içme kullanma sularında NTM varlığı araştırılmıştır. Bu amaçla Düzce bölgesinde çeşitli şebeke suyu, depo suyu, kaynak suyu ve çeşme suyu kaynaklarından 120 farklı su örneği alınmıştır. Örnekler steril 1(bir) litrelik kaplara, aynı kaynaktan iki steril kap olacak şekilde alınmış ve alınırken su sıcaklıkları ölçülerek kaydedildi. Bu şekilde laboratuvara ulaştırılan numunelerinin klor ve pH'larının ölçüldü. Daha sonra örneklere önce bir düzenek vasıtasıyla filtrasyon, ardından dekontaminasyon işlemi uygulanmıştır, sonra düzenekte kullanılan filtreler steril bir öze ve steril bir pens yardımı ile alınarak LJ, Middlebrook 7H11 ve MGİT besiyerlerine yerleştirilerek ekim işlemi tamamlandı. Besiyerlerinde üreme varlığı 5-7 gün aralıkla takip edildi. Örnekler, LJ ve Middlebrook 7H11 agar besiyerilerinde sekiz hafta sonuna kadar, MGIT besiyeri ise altı hafta boyunca izlendi. Bu sürenin sonunda üreme sinyali vermeyen MGIT besiyerleri değerlendirmeye alınmadı. Üreme sinyali veren MGIT besiyerinden yada koloni oluşumu gözlenen LJ ve Middlebrook 7H11 besiyerlerinden alınan mikroorganizmalar aside dirençli boyama (ARB) yöntemi ile asido-rezistans bakteriler varlığı açısından incelendi. Asido rezistans boyanma özelliği göstermeyen numuneler kontaminant olarak değerlendirildi. Aside dirençli olarak izole edilen mikroorganizmlara GenoType Mycobacteria CM ve GenoType Mycobacteria AS kitleri kullanılarak moleküler yöntemlerle identifikasyonu yapılmıştır. İdentifikasyonu yapılan örneklerin dokuz tanesi M.fortuitum, üç tanesi M.gordonae, üç tanesi M.szulgai, iki tanesi M.lentiflavum, iki tanesi M.chelonae, bir tanesi ise M.pregrinum olarak tanımlanmıştır. Sonuç olarak NTM'lerin kaynaklarına yönelik epidemiyolojik çalışmaların sınırlı olduğu ülkemizde, araştırmamızın hem bölgemiz hem de ülkemiz için önemli olduğunu düşünmekteyiz. Ayrıca araştırmamızda ülkemizde daha önce benzer çalışmalarda hiç bildirilmeyen NTM kökenlerinden M. szulgai'nin saptanması bu tür çalışmaların yapılmasının ve sayıca da arttırlmasının gerekliliğini ortaya koymakytadır. Anahtar kelimeler: Non tüberküloz mikobakteri (NTM) , Polimeraz zincir reaksiyou (PZR), Su
Istranca meşesi (quercus hartwıssıana steven)'nin hastane patojenlerine karşı antimikrobiyal aktivitesi
Bu çalışmada Düzce ili, Gölyaka ilçesinden toplanan, halk arasında yaygın olarak bilinen, endemik bir tür olan Quercus hartwissiana Steven'ın Düzce Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi'nde çeşitli klinik örneklerden izole edilen mikroorganizmalar üzerindeki antimikrobiyal etkinliği araştırıldı. Bitkinin etanol, formaldehit, aseton, etil asetat ve metanol çözgenleri ile Soxhlet cihazında ekstraksiyonu gerçekleştirildi. Bu ekstrelerden 50µL alınarak disk difüzyon yöntemi ile Pseudomanas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, metisilin-dirençli Staphylococcus aureus, metisilin-duyarlı Staphylococcus aureus Staphylococcus epidermidis, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Salmonella spp., Enterococcus spp.bakteri türleri ve Candida albicans, Candida glabrata ve Candida tropicalis maya türlerine karşı antimikrobiyal aktiviteleri araştırıldı. Sonuçlar antifungal ve antibakteriyel ajanlarla karşılaştırıldı. Çalışmanın sonucunda Quercus hartwissiana Steven'ın en yüksek antimikrobiyal aktivitesinin E. coli, S. aureus ve C. albicans türlerine karşı olduğu bulundu. Bitkinin çalışmadaki diğer tüm mikroorganizmalara karşı farklı seviyelerde antimikrobiyal aktivite gösterdiği saptandı. Ayrıca bitkinin etilasetat ile elde edilen ekstresinin diğer çözgenlerle elde edilen ekstrelerine oranla antimikrobiyal etkinliğinin daha yüksek olduğu sonucuna varıldı. Anahtar kelimeler: Quercus hartwissiana Steven, Antimikrobiyal aktivite, Düzce
Çeşitli klinik örneklerden izole edilen candida türlerinin antifungal duyarlılıklarının disk difüzyon yöntemiyle araştırılması
Son yıllarda Candida türlerine bağlı infeksiyonların sıklığının giderek artması ve ampirik antifungal kullanımının yaygınlaşması, dirençli Candida suşlarının ortaya çıkmasına ve direnç oranlarının artmasına neden olmaktadır. Bu nedenle uygun ve etkin antifungal tedavinin seçiminde in vitro antifungal duyarlılık testlerine gereksinim artmaktadır. Bu çalışmada, Düzce Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gelen çeşitli klinik örneklerden soyutlanan Candida suşları tiplendirilerek antifungal ajanlara karşı duyarlılıkları araştırıldı. Suşların, tiplendirilmesi koloni morfolojisi, germ tüp testi ve Mısır unu-tween 80 agarda üreme özellikleri değerlendirilerek yapıldı. Suşların antifungal duyarlılıklarını belirlemede ise disk difüzyon yöntemi kullanıldı. Zon çapları ölçümünde CLSI kriterleri baz alındı. Çalışmaya dahil edilen 156 Candida suşunun 89'u (% 57.1) C. albicans, 48'i (% 30.8) C. glabrata, 11'i (% 7.1) C. tropicalis, 2'si (% 1.5) C. lusitaniae, 2'si (% 1.3) C. kefyr, 2'si (% 1.3) C. parapsilosis ve 2'si (% 1.3) C. guilliermondii olarak saptanmıştır. Suşların antifungal duyarlılıkları incelendiğinde en fazla direnç saptanan antifungal; itrakonazol (% 64.1); en fazla duyarlılık saptanan antifungaller sırasıyla; kaspofungin (% 98.7), vorikonazol (% 94.2), flukonazol (% 85.3); en fazla doza bağlı duyarlılık saptanan antifungaller ise sırasıyla itrakonazol (% 34.6) ve posakanozol (% 11.5) olarak saptanmıştır. Şuşlar tür düzeyinde incelendiğinde ise en fazla direnç görülen türler C. albicans ve C. glabrata olarak bulunmuştur. Amfoterisin B ve flusitozin için belirlenen ortalama zon çapları sırasıyla 15.29 (±3) mm, 17.06 (±9.8) mm olarak ölçülmüştür. Sonuç olarak, Candida türlerinin uygun tedavisi için etkenlerin tür tanımlaması ve Candida türlerinde; özellikle C. albicans ve C. glabrata izolatlarında antifungal duyarlılık testlerinin yapılmasının gerekli olduğu düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Maya mantarları, Candida, antifungal duyarlılık, disk difüzyon.
Düzce Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi'nde kan ve kan bileşenlerinin kliniklere göre kullanımlarının değerlendirilmesi
Bu çalışma, Düzce Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezinde Kan ve Kan Bileşenlerinin kliniklere göre kullanımının değerlendirilmesi amacıyla yapılmıştır. Ocak 2016- Aralık 2016 yılları arasında yataklı servis hizmeti veren kliniklerde kan bileşeni alan hastaların verileri toplanmıştır. Kan ve Kan bileşenlerinin en fazla %55.8 oranıyla 65 yaş ve üzeri gruptaki hastalara kullanıldığı saptanmıştır.Klinikler tarafından en çok tercih edilen kan ürününün eritrosit süspansiyonu olduğu görülmüştür.Eritrosit Süspansiyonu, trombosit süspansiyonu ve kriyopresipitatın en çok dahili klinikler; tam kan ve taze donmuş plazmanın ise en çok cerrahi klinikler tarafından kullanıldığı tespit edilmiştir.Tam kan kullanımının ise hastanemizde son derece az olduğu saptanmıştır.(%0.55)
Kan transfüzyonu ve reaksiyonları ile ilgili sağlık çalışanlarının bilgi düzeylerinin araştırılması
Bu araştırma kan ve kan ürünleri transfüzyonu konusunda hemşirelerin bilgi düzeylerinin belirlenmesi amacıyla tanımlayıcı olarak yapılmıştır. Araştırmamızda kan transfüzyonu uygulanan bölümlerdeki 100 sağlık çalışanı üzerinde 30 soruluk anket uygulaması yapılmıştır. Çalışmaya katılanların tümü transfüzyon öncesi hasta kan grubu ile ürün kan grubunu ve hasta ismi ile transfüzyon takip formundaki ismin aynı olup olmadığını kontrol ettiğini; cross-match yapılıp yapılmadığına ve uygunluğuna dikkat ettiğini; transfüzyon öncesi ve sonrasında hastanın vital bulgularına baktığını bildirmiştir. Ankete katılan ların % 46'sı kanın koltuk altında ısıtılarak uygulanması gerektiği bilgisine sahiptir. Meslekte 11 yıldan uzun süredir çalışanların transfüzyonla bulaşan enfeksiyonları, daha kısa süredir çalışanlardan daha yüksek oranda doğru bildikleri görüldüğünden eğitimlerin sık aralıklarla tekrarlanması gerektiği düşünülmüştür.
Kan bağışçılarında HBsAg, anti-HCV, anti-HIV ve sifiliz testi sonuçlarının değerlendirilmesi
Kan ve kan bileĢenleri transfüzyonu sonrasında karĢılaĢılan en önemli komplikasyon kullanılan kan ürünlerinden kaynaklanabilecek enfeksiyon hastalıklarıdır. Kan ve kan ürünleri transfüzyonu sonrasında baĢlıca hepatit B virüsü (HBV), hepatit C virüsü (HCV) ve insan immün yetmezlik virusunun (HIV) neden olduğu enfeksiyonlar karĢımıza çıkmaktadır. Bu nedenle güvenli bir kan transfüzyonu, tüm kan merkezlerinin öncelikli hedefi olmalıdır. Günümüzde kan bağıĢları tarama testleri ve alınan diğer önlemler sayesinde, geçmiĢe oranla daha güvenli bir Ģekilde gerçekleĢtirilmektedir. Fakat kan nonenfeksiyöz özellikte olsa bile, virülan etkenlerin geçiĢ oranını sıfırlamak olası görülmemekte, geçiĢ riski az da olsa devam etmektedir. Bu çalıĢmada, Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Kan Transfüzyon Merkezi‟ne 2009 - 2014 yılları arasında baĢvuran donörlerde HBsAg, anti-HCV, anti-HIV ve sifiliz tarama test sonuçlarının retrospektif olarak değerlendirilmesi ve seropozitiflik oranlarındaki değiĢimin ve oranların yıllara ve cinsiyete göre dağılımının belirlenmesi amaçlanmıĢtır. Kan bağıĢçısı olarak uygun olan 11687 kan bağıĢçısında, HBsAg için ARCHITECT HBsAg Qualitative test, anti-HCV için ARCHITECT anti-HCV Reagents test, anti-HIV için ARCHITECT HIV Ag/Ab Combotestleri ve sifiliz seropozitifliği için ARCHITECT Syphilis TP kitleri kullanılarak kemilüminisans yöntemi ile araĢtırılmıĢtır. ÇalıĢmamızda HBsAg seropozitifliğinin toplamda %2,8 olduğu saptanmıĢ olup, yıllara göre cinsiyetler arası değiĢimi incelendiğinde 2010 yılında kadın ve erkeklerdeki HBsAg seropozitifliğinin benzer olduğu, diğer yıllarda ise kadınlarda erkeklerden anlamlı Ģekilde daha yüksek oranda görüldüğü tespit edilmiĢtir. Anti-HCV seropozitifliğinin toplamda %0,9 olduğu saptanmıĢ olup, yıllara göre cinsiyetler arası değiĢimi incelendiğinde tüm yıllarda kadınlarda erkeklerden anlamlı Ģekilde daha yüksek oranda görüldüğü tespit edilmiĢtir. Anti-HIV seropozitifliği toplamda erkek donörlerin 4‟ünde saptanmıĢken (2010 ve 2011 yıllarında 2‟Ģer donör) kadın donörlerde pozitiflik tespit edilmemiĢtir. Sifiliz seropozitifliğinin toplamda %0,7 olduğu saptanmıĢ olup, yıllara göre cinsiyetler arası değiĢimi incelendiğinde genel olarak kadınlarla erkeklerdeki pozitiflik saptanma oranının benzer olduğu görülmüĢtür. Anahtar Sözcükler: Kan bağıĢçıları, Kan Transfüzyonu, HBsAg, Anti-HIV, Anti-HCV, Sifiliz
Epstein barr virüs enfeksiyonunun tanısında moleküler ve serolojik göstergelerin yeri
Epstein-Barr viruse (EBV), başta enfeksiyöz mononükleoz (EM) olmak üzere Burkit lenfoma ve nazofarengeal karsinoma gibi malignitelerin ayrıca transplantasyon sonrası immünsüpresif konakta ortaya çıkan posttransplant lenfoproliferatif hastalığın (PTLH) etiyolojisinden sorumlu, tüm dünyada erişkinlerin %90'ını enfekte eden insan herpesvirüs ailesinin bir üyesidir. Yaptğımız çalışmda 60 hasta serum örneğinin spesifik EBV antikorlarına VCA-IgG, VCA IgM, EBNA antikorları ve EA IgG antikoru (Diagnostic Bioprobes Srl-Italy) kiti kullanarak ELISA tekniği, EBV DNA'sına gerçek zamanlı PZR tekniği ile (artus EBV QS-RGQ Kit (24) CE-Qiagen-Almanya) kiti kullanrak bakıldı. Çalışmamızda EBV DNA'sı pozitif bulunan 17(%28.33) hastadan 4(%23.5) hasta öneğinin 3(%17.64)'ü çocuk hematoloji-onkoloji bölümünden 1(%5.88)'si kemik iliği transplantasyon ünitesinden gelen hastalar seronegatif olarak saptanmıştır. Çalışmamızda serolojik olarak EBV enfeksiyonu düşünülen hastalarda gerçek zamanlı PZR yönteminin EBV enfeksiyonunun tanı ve evrelendirmedeki öneminin belirlemesini amaçlanmıştır. Anahtar kelimeler: Epstein Barr Virüs, moleküler, serolojik, ELISA, PZR
Gram pozitif bakteri üremesi saptanan kan kültürlerinde genotiplendirme ile idendifikasyon ve direnç tayini
Sepsiste etken bakterinin ve antibiyotik dirençlerinin hızlı şekilde tanımlanması çok önemlidir. Tedavinin en kısa sürede başlanması ile morbidite/mortalite azalmakta, hastanede yatış süresi kısalmakta, gereksiz antibiyotik kullanımı önlenmekte ve hastane maliyetlerinin düşmesi sağlanmaktadır. Otomatize kan kültür sistemleri, bakteriyel patojenlerin tanımlanma süresini önemli ölçüde kısaltmıştır. Buna rağmen doğru tedaviye en erken dönemde başlanabilmesi için daha hızlı tanımlama sistemleri gerekmektedir. Çalışmamızda, hastanemiz servislerinde yatan hastalara ait Gram pozitif bakteri üremesi olan kan kültürlerinde "Genotype® BC Gram-positive (Hain Lifesience, Almanya)" testi kullanılarak genotiplendirilmesi, mecA, vanA, vanB, vanC1, vanC2/C3 genlerinin hızlı tespiti amaçlanmıştır. Çalışmaya, bakteri kültürü ile 35(% 77.7)'i MR-KNS olan 45 KNS, 9(%52.9)'u MRSA olan 17 S.aureus, 2(%22.2)'si VRE olan 9 Enterokok ve bir S. grup D tanımlanmış toplam 72 örnek dahil edilmiştir. Genotipleme yöntemiyle 37(%75.5)'sinde Mec A pozitif olan toplam 49 KNS, 9(% 52.9)'unda mecA pozitif olan toplam 17 S.aureus, 2(%20)'sinde vanA pozitif olan toplam 10 Enterococcus, 2 S.pneumoniae ve 2 S. mitis/oralis bulunmuştur. Genotipleme yöntemi ile kültürde tespit edilemeyen 2 S. pneumoniae, 2 S. mitis/oralis belirlenmiştir. İstatistiksel değerlendirmede; tüm bakteri türleri için bakteri kültürü ile genotipleme yöntemleri arasında anlamlı düzeyde bir uyum bulunmuştur (p=0,999). BC Gram pozitif testinin, sepsis etkeni olan bakterileri, bu bakterilere ait direnç genlerini ve miksenfeksiyon etkenlerini 4-5 saatte doğru olarak tespit ettiği gözlenmiştir. Bu nedenlerle genotiplendirmenin sepsis düşünülen hastalarda erken klinik tanıya ve tedaviye katkıda bulunabileceği düşünülmüştür. Ancak çalışmamızda kültürde bakteri saptanan 10 örnekte genotipleme yöntemi sonuçlanmadığı görülmüştür. Bu nedenle sepsis tanısında kültür ve moleküler yöntemlerin birlikte kullanılmasının çok önemli olduğu düşünülmüştür. Anahtar Sözcükler: Sepsis, Kan kültürü, Genotipik testler, Gram pozitif kok, mecA, van genleri, hızlı moleküler test.
İdrar örneklerinden izole edilen escherichia coli kökenlerinin antibiyotik duyarlılığı
İdrar yolu enfeksiyonları (İYE) her iki cinste ve tüm yaş gruplarında görülebilen, tüm dünyada yaygın olarak rastlanan enfeksiyonlardır. Hastaneden ve toplumdan kazanılmış üriner sistem enfeksiyonlarına en sık sebep olan mikroorganizma Escherichia coli'dir. E. coli'nin neden olduğu enfeksiyonların tedavisinde kullanılan antibiyotiklere karşı oluşan dirençte, son yıllarda dünyada ve ülkemizde artış gözlenmektedir. Bu nedenle akılcı antimikrobiyal ilaç kullanımını desteklemek amacı ile enfeksiyon etkenlerinin değişen direnç özelliklerini takip etmek vazgeçilmez bir zorunluluk halini almıştır. Bu çalışma ile 1 Ocak 2016 – 31 Aralık 2016 tariheri arasında Düzce Üniversitesi Sağlık Araştırma ve Uygulama Merkezi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen 1594 idrar örneğinden izole edilen Escherichia coli kökenleri Vitek 2 otomatize sistem ve konvansiyonel yöntemlerle identifiye edilip antibiyotik duyarlıkları araştırıldı. Çalışmada izole edilen E. coli kökenlerinin imipenem, amikasin, nitrofurantoin, fosfomisin, ertapenem, sefoksitin, piperasilin/tazobaktam, gentamisin, tobramisin, sefepim, levofloksasin, siprofloksasin, sefotaksim, sefuroksim, piperasilin, trimetopirim/sulfometoksazol, amoksisilin/klavulanik asit, ampisilin antibiyotik duyarlılıkları retrospektif olarak incelenmiştir. Penisilin ve florokinolonlara direncin arttığı görülmüştür. Penisilinlerin beta laktamaz inhibitörleriyle kombinasyonuna ise duyarlılığın hala yüksek olduğu gözlenmiştir. Nitrofurantoin, fosfomisin, aminoglikozidler ve karbapenemler duyarlılığı en yüksek antibiyotiklerdir. Anahtar Kelimeler: Escherichia coli, antibiyotik duyarlılığı, idrar yolu enfeksiyonu, antibiyotik direnci, üropatojen Escherichia coli
Beyin omurilik sıvısı (BOS) örneklerinde bakteriyel ve viral etkenlerin moleküler yöntemlerle araştırılması
Santral sinir sistemi (SSS) enfeksiyonları, hızlı bir şekilde ilerleyip ölüme veya kalıcı doku bozukluklarına yol açabilmesi nedeniyle, hızlı tanı gerektiren hastalıkların başında gelir. Günümüzde aşılama programlarıyla bu konuda ilerleme sağlanmışsa da bu enfeksiyonlar yüksek morbidite ve mortalitesi nedeniyle önemini korumaktadır. Menenjit, subaraknoid boşluğu oluşturmak için beyini sarmalayan pia ve araknoid zarlarının inflamasyonu olarak tanımlanmaktadır. Menenjitler septik, aseptik, tekrarlayan ve kronik olmak üzere dört ana alt gruba ayrılır. Septik menenjitlerde etken bakteriyel mikroorganizmalar iken diğer menenjit tipleri enfeksiyöz (viral, mikobakteriyel veya mantar) veya enfeksiyon dışı nedenlerle olabilir. Bu çalışmada, Fırat Üniversitesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına menenjit şüphesi ile gönderilen 50 BOS örneğinden bakteriyel ve viral etkenler hızlı tanı amacıyla mültipleks PCR yöntemi kullanılarak çalışıldı. 50 BOS örneğinden birer tane olmak üzere HSV1, PV, VZV ve ikisinde ise N. meningitidis saptanmıştır.
Atlarda rhodococcus equi' nin tespiti ve genotiplendirilmesi
Bir toprak saprofiti olan Rhodococcus equi‟den kaynaklanan pnömoniler; dünya genelinde özellikle taylar için mortalite oranının yüksek olması, tedavi, korunma ve kontrol metotlarının yetersizliği ve buna bağlı olarak ekonomik düzeyde ciddi kayıplara yol açması sebebi ile baş edilmesi gereken önemli enfeksiyonlar arasındadır. Çalışmamızda yarış atı yetiştiriciliğinin yaygın olarak yapıldığı Malatya, Şanlıurfa, Bursa, Eskişehir ve İzmit şehirlerinde bulunan kurumsal işletmelere bağlı haralarda ve özel çiftliklerdeki taylardan alınan nazal ve fekal svaplar ile bu çiftliklerden toplanan toprak ve su örnekleri kullanıldı. Örneklerde R.equi‟nin varlığının bakteriyolojik ve moleküler yöntemlerle araştırılması ve hastalığın muhtemel risk faktörlerinin belirlenmesinin yanı sıra, elde edilen izolatlar arasındaki genetik ilişkinin Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) yöntemiyle ortaya konması ve izolatların çeşitli antibiyotiklere (ampisilin, vankomisin, eritromisin, rifampisin, klaritromisin, tetrasiklin, streptomisin ve gentamisin) duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlandı. Yapılan bakteriyolojik ve moleküler analizler neticesinde nazal svap örneklerinde %10,04 (43/428), fekal svap örneklerinde %22,9 (98/428), toprak örneklerinde %29,4 (5/17), su örneklerinde %5,8 (1/17) oranlarında R.equi izolasyonu ve identifikasyonu gerçekleştirildi. R.equi olarak doğrulanan toplam 147 izolatın vapA genine spesifik primerlerin kullanıldığı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ile incelenmesi sonucunda %46,2‟si (68/147) virülent olarak tanımlandı. Saha izolatlarının antibiyotik duyarlılık profilleri incelendiğinde ise izolatların %43,5 (64/147)‟inin test edilen tüm antibiyotiklere karşı duyarlı olduğu, buna karşılık %2,72 (4/147) ‟sinin üç veya daha fazla antibiyotiğe karşı çoklu direnç gösterdiği tespit edildi. PFGE uygulanan toplam 65 adet virülent R.equi izolatında 29 farklı genotip belirlendi ve bu genotipleri içinde bulunduran 12 küme saptandı. Çalışmamızda çiftlik bilgileri ile ilgili yapılan istatistiksel değerlendirme sonucunda padokların mekanik temizliğinin yapılma sıklığı ile R.equi enfeksiyonlarından kaynaklı ölümlerin görülmemesi arasında pozitif korelasyon bulundu. Önceki yıllarda enfeksiyonun bildirildiği çiftliklerde virülent R.equi tespit edilirken, enfeksiyon bildirilmeyen çiftliklerden elde edilen izolatların avirülent olduğu saptandı. Sonuç olarak bu çalışma ile Türkiye‟de ilk kez R.equi izolatlarının PFGE profilleri ortaya konuldu. Özellikle virülent R.equi suşlarının izole edildiği çiftliklerde farklı genotiplerin saptanması nedeniyle bulaş kaynakları ve risk faktörlerinin daha kapsamlı bir şekilde araştırılmasına, dirençli suşların genotipik karakterlerinin ayrıntılı olarak ortaya konmasına ve taylarda bağışıklık sisteminin yetişkin atlara göre daha az gelişmiş olması nedeniyle immunizasyon tekniklerinin geliştirilmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Bu minvalde elde edilecek verilerin R. equi enfeksiyonlarına karşı daha etkin kontrol ve korunma stratejilerinin geliştirilmesine olanak sağlayacağı düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Pnömoni, Rhodococcus equi, vapA, PFGE, PCR, antimikrobiyal duyarlılık.
Elazığ ve civarındaki tavuklardan izole edilen salmonella etkenlerinin moleküler karakterizasyonu ve antibiyotik direnci
Bu tez çalışmasında, Elazığ ve civarındaki tavuk işletmelerinde Salmonella etkenlerinin izolasyonu, moleküler karakterizasyonu ve antibiyotiklere direnç durumlarının ortaya konması amaçlandı. Tavuk işletmelerinden çorap svap yardımıyla işletme alanının en az %20'sini teşkil edecek şekilde gayta örnekleri ile bölgedeki küçük aile işletmelerine ait Salmonella şüpheli tavuklardan nekropsi sonrası alınan iç organ (karaciğer, dalak ve sekum) örnekleri konvansiyonel bakteriyolojik yöntemlerle (ISO 6579:2002 /Amd 1:2007) analiz edildi ve şüpheli koloniler invazyon A (invA) genine spesifik primerlerin kullanıldığı PCR ile cins düzeyinde identifiye edildi. Daha sonra, Salmonella olarak teyit edilen saha izolatlarının multipleks PCR (mPCR) ile tür düzeyinde karakterizasyonu yapıldı. Ayrıca izolatların ampisilin, tetrasiklin, kloramfenikol ve trimetoprim-sulfametoksazol antibiyotiklerine karşı dirençlilik durumları genotipik olarak belirlendi. Toplamda 77 tavuk işletmesinden toplanan çorap svap ve iç organ örneklerinin ISO 6579:2002 /Amd 1:2007 yöntemi ile izolasyon aşamalarına tabi tutulması sonucunda %84,4 (65/77)'ünde Salmonella yönünden şüpheli koloniler tespit edildi. InvA genine spesifik primerler ile PCR analizi neticesinde izolatların %98,5 (n=64)'i Salmonella spp. olarak teyit edildi. Multipleks PCR ile incelenen izolatların %26,6 (17/64)'sı S. Infantis, %21,9 (14/64)'u S. Enteritidis ve %9,4 (6/64)'ü ise S. Typhimurium olarak identifiye edildi. Geriye kalan 27 adet Salmonella izolatı çalışmada kullanılan tür spesifik primerler ile identifiye edilemedi. Çalışmada elde edilen 64 izolat, ampisilin (blaTEM), tetrasiklin (tetA), trimetoprim-sulfametoksazol (sul1) ve kloramfenikol (cat1) antibiyotiklerine direnç sağlayan genlere özgü primerlerin kullanıldığı mPCR ile incelendi. Buna göre S. Infantis izolatlarının tamamının trimetoprim-sulfametoksazol ve tetrasikline, %11,8 (2/17)'inin ise ampisiline karşı dirençli olduğu belirlendi. S. Typhimurium izolatlarının %66,7 (4/6)'sinin ampisiline ve %33,3 (2/6)'ünün ise ampisilin ve trimetoprim-sulfametoksazola karşı dirençli olduğu saptandı. Buna karşılık sadece bir adet S. Enteritidis izolatının (%7,14) trimetoprim-sulfametoksazol, ampisilin ve tetrasikline karşı dirençli olduğu tespit edildi. Çalışmada kullanılan tür spesifik primerler ile karakterize edilemeyen Salmonella spp. izolatlarının %63 (17/27)'ü trimetoprim-sulfametoksazole, %14,8 (4/27)'i ise tetrasiklin ve ampisiline karşı dirençli olarak bulundu. Çalışmada elde edilen izolatların hiçbirinde kloramfenikole karşı direnç tespit edilmedi. Sonuç olarak, bölgedeki işletmelerinin büyük çoğunluğunda (%70'in üzerinde) Salmonella etkenlerinin bulunduğu, mPCR ile yapılan moleküler karakterizasyonda ise en yaygın serotiplerin sırasıyla S. Infantis, S. Enteritidis ve S. Typhimurium olduğu belirlendi. Bu bulgular, ülkemizde yapılan diğer çalışma verileri de dikkate alındığında, Salmonella enfeksiyonlarının tavuk kümesleri için potansiyel bir risk oluşturduğunu göstermektedir. Ayrıca, çalışma kapsamında elde edilen saha izolatlarında trimetoprim-sulfametakzol, tetrasiklin ve ampisilin antibiyotiklerine karşı azımsanmayacak düzeyde dirençlilik saptanması gerek insan gerekse hayvan sağlığı açısından dikkate alınması gereken bir veri olarak değerlendirilmektedir. Salmonella enfeksiyonlarının sağaltımında kullanılacak antibiyotiklerin seçiminden önce antibiyotik duyarlılık testi yapılması, gelişigüzel antibiyotik kullanımının önüne geçilmesinde ve suşların direnç kazanımlarının minimize edilmesinde önem arz etmektedir.
Broiler piliçlerden campylobacter izolasyonu ve genotiplendirilmesi
Bu çalışmada, mezbahada kesilen Broiler piliçlerin bağırsak ve safralarından alınan örneklerde Campylobacter coli ve Campylobacter jejuni izolasyonu yapılacaktır. İzole edilen etkenler Polymerase Chain Reaction (PCR) yöntemi kullanılarak identifiye edilecek. İzolatlar arasındaki genetik farklılığı ortaya koymak amacıyla da flagellin genine spesifik yapılan Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) yöntemi ile genotiplendirmeleri yapılacaktır. Campylobacter türleri insanlarda, gıda infeksiyonu ve intoksikasyonlarına, çiftlik hayvanlarında ise abortuslara neden olmaktadır. Campylobacterler tarafından meydana getirilen bu infeksiyonlarla, etkin bir şekilde mücadele edilebilmesi için etkenin doğru ve hızlı bir şekilde tespit edilmesi gerekmektedir. Bu çalışmada kullanılacak yöntemler yardımıyla, Campylobacterlerin kanatlılardaki kolonizasyonunu belirlemek amaçlanmaktadır. Çalışmada 100 adet Broiler tavuktan kesim esnasında, 100 safra ve 100 bağırsak olmak üzere 200 örnek toplanmıştır. Laboratuvarda aseptik koşullarda Campylobacter Blood Free Agar Base (CCDA agar) kullanılarak zenginleştirme yapmadan doğrudan ekim yapılmıştır. Campylobacter şüphesiyle izole edilen kültürler Campylobacter jejuni ve Campylobacter coli spesifik PCR yöntemi ile İdentifiye edilecek ve identifiye edilen kültürler, PCR-RFLP yöntemi ile flagenindeki polimorfizm saptanarak tiplendirilmiştir. Anahtar Kelimeler: Campylobacter, PCR, Broiler, RFLP.
Broylerler'den clostridium perfringens izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu
Bu çalışmada, Elazığ ve Malatya illerindeki 100 farklı kümesten 3 farklı kesimhaneye getirilen broyler'lerde Clostridium perfringens'in varlığı konvansiyonel kültür ve PZR yöntemleri ile araştırılarak, söz konusu etkenin bölgedeki yaygınlığı ve dağılımı ile ilgili verilerin toplanması amaçlandı. Bu amaçla hayvanların büyüme dönemlerinde Malatya'da bulunan bir işletmeye ait 30 kümes ziyaret edildi. Malatya ve Elazığ'daki kanatlı kesimhanelerinden alınan 500 bağırsak ve 500 karaciğer örnekleri olmak üzere toplam 1000 numune incelendi. Alfa- toksin (α), beta-toksin (β), epsilon-toksin (ε), iota-toksin (ι), enterotoksin (Cpe), beta2 (β2) toksin genlerine spesifik primerler kullanılarak multiplex-PZR yöntemi ile izolatların toksin tiplendirmesi yapıldı. Ayrıca izolatlar, hasta ve sağlıklı kanatlı hayvanlardaki rolü henüz ortaya konulamamış olan NetB toksin geni yönünden PZR yöntemi ile incelendi.Elazığ ve Malatya'daki farklı kümeslerden izole edilmiş 61 izolata Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) yöntemi uygulanarak genotiplendirme yapıldı. Gel Compare II yazılım sistemi (version3.0; Applied Maths, Sint-Martens-Latem, Belgium) kullanılarak bant profilleri analiz edildi. PFGE profillerinin, dendogramı oluşturularak kümeleşme analizi yapıldı.Bu çalışmada Malatya ve Elazığ illerindeki broyler piliçlerde karaciğer ve ince bağırsaklarında toplam C. perfringens yaygınlığı %66 olarak tespit edildi. Toplam 660 C. perfringens izolatın 657'si α toksin geni yönünden pozitif bulunurken, diğer toksin genlerinin hiçbirine rastlanmadı. Kalan üç örnek ise tiplendirilemedi. Çalışmada incelenen hiçbir izolatta NetB toksin geni saptanamadı. Kümesler arasında 30 farklı PFGE genotipi tespit edildi ve heterojen bir dağılım gözlendi. Bu çalışma ile Türkiye'de ilk kez kanatlı hayvanlarda hem NetB toksin geni araştırılmış, hem de C. perfringens izolatlarının PFGE profilleri saptanmıştır.
Sağlıklı ve otitis eksternalı köpek ve kedilerden izole edilen Staphylococcus türlerinin çeşitliliği, antimikrobiyal duyarlılık paternleri, biyofilm oluşturma yeteneği ve risk faktörlerinin belirlenmesi
Bu tez çalışmasında otitis eksterna tanısı konulan 50 kedi ve 50 köpek ile aşılama, tıraş veya kısırlaştırma için getirilen sağlıklı 50 kedi ve 50 köpekten kulak svabı örnekleri alındı. 200 hayvandan 67'sinden (%33,5) Staphylococcus spp. izole edildi. MALDI-TOF MS analizi sonucunda Staphylococcus spp. izolatlarının 29'u S. felis, 27'is S. pseudintermedius, 3'ü S. aureus, 2'si S. simulans olarak identifiye edildi. Sadece birer izolat S. schleiferi, S. haemolyticus, S. epidermidis, S. lugdunensis, S. pettenkoferi ve S. sciuri olarak identifiye edildi. Kedilerden en yüksek oranda S. felis (n:27, %75) izole edilirken, köpeklerden en yüksek oranda S. pseudintermedius (n:24, %77,41) izole edildi. En yüksek oranda tetrasikline (n: 16, %23,88) karşı direnç saptandı. Bunu sırasıyla penisilin ve ampisilin (n: 15, %22,38), eritromisin (n: 14, %20,89), klindamisin (n: 11, %16,41), oksasilin (n:7, %10,44), sefovesin, siprofloksasin ve sülfametoksazol/trimetoprim (n: 5, %7,46), amoksisilin-klavulanik asit, sefoksitin, gentamisin ve enrofloksasin (n: 4, %5,97), rifampin ve kloramfenikol (n: 3, %4,47) izledi. İzolatlarda amikasine karşı ise direnç saptanmadı. İndüklenebilir klindamisin direnci ise 3 (%4,47) izolatta tespit edildi. Toplam 9 (%13,43) izolatta metisilin direnci (MRS) belirlendi. mecA geni 6 izolatta saptandı. İzolatların 12'sinde (%17,91) çoklu ilaç direnci (MDR) tespit edildi. Staphylococcus spp. suşlarının 64'ünde (%95,52) biyofilm üretimi tespit edildi. S. pseudintermedius suşlarının %96,30'unda (26/27) güçlü biyofilm üretimi belirlenirken, S. felis suşlarının %55,17'sinde (16/29) zayıf biyofilm üretimi tespit edildi. MRS ve MDR ile biyofilm üretimi arasında anlamlı bir ilişki bulunmadı (p=0,99). Ancak penisilin, ampisilin ve tetrasikline direnç ile biyofilm üretme gücü arasında anlamlı bir ilişki saptandı (p<0,05). Hem MDR hem de MRS için "Ailede antimikrobiyal kullanımı", "Aknesi olan aile üyesi", "Kedi/köpekte daha önce antimikrobiyal kullanımı", "Kedi/köpekte mevcut antimikrobiyal kullanımı"nın önemli risk faktörleri olduğu saptanmasına rağmen (p<0,05), "Evde çocuk" değişkeninin yalnızca MRS için anlamlı bir etki gösterdiği belirlendi (p=0,020). Sonuç olarak, MDR-MRS suşlarının artarak tüm dünyadan rapor edilmesi, bu çalışmada da yoğun antibiyotik kullanımı ve hayvanlar ile insanlar arasındaki temasın bu direnç ile ilişkili önemli risk faktörleri olarak belirlenmesi, etken, çevre ve bireyler arasında bu direncin aktarılabileceğine işaret etmektedir. Bu nedenle ampirik tedaviden ziyade antibiyotik duyarlılık testi sonuçlarına dayanarak tedavi uygulanması, direnç profillerinin sürekli izlenmesi ve hayvanlarda ve insanlarda antibiyotik kullanımın kısıtlanması gerektiği kanısına varıldı.
İdrar yolları enfeksiyonu etkeni E.coli'lerin adezinleri ile antibiyotik direnci arasındaki ilişkinin klasik ve moleküler yöntemlerle araştırılması
Ağustos 2006 ? Eylül 2007 tarihleri arasında polikliniklere başvuran hastaların idrar örneklerinde, idrar yolu enfeksiyonu tanısı alan hastalardan klasik, bakteri identifikasyonu, antibiyotik duyarlılık, Vitek-32 sistem ve disk difüzyon metodu ile GSBL varlığı yönünden araştırılmıştır.Araştırma için 50 GSBL pozitif, 50 GSBL negatif toplam 100 hastada E.coli suşunda virulans genleri ve GSBL genleri araştırılmıştır.GSBL pozitif olarak tespit edilen bakteriler ve antibiyotik duyarlılığı pozitif GSBL negatif olan bakterilerin gen araştırılması için SYBR Green I ile Erime Eğrisi Analizi yapılarak PZR testi uygulanmıştır.GSBL pozitif bulunan 50 suşun 50'si (%100,0) ampisillin, seftazidim, seftriakson'a karşı dirençli, (%100,0) ise sefotetan ve imipenem'e duyarlı olduğu belirlenmiştir.GSBL pozitif bulunan 50 adet E.coli suşlarının GSBL genleri pozitifliği yönünden; 45'inde (%90,0) TEM geni, 6'sında (%12,0) SHV geni, 30'unda (%60,0) CTX-M geni bulunmuştur. Ayrıca bu suşların 15'inde (%30,0) pap, 35'inde (%70,0) fimA, 3'ünde (%6,0) sfa virulans faktörleri pozitif bulunmuştur. Çalışmamızda kullanılan 3 suşta GSBL genleri ve E.coli virulans faktörlerinden hiç biri bulunamamıştır.GSBL pozitif bulunan 50 adet E.coli suşlarında GSBL genlerinin bir suşta aynı anda birden fazla bulunma durumlarında; 6'sında (%12,0) TEM ve SHV geni, 28'inde (%56,0) TEM ve CTX-M geni, 5'inde (%10,0) SHV ve CTX-M geni ve 5'inde (%10,0) TEM, SHV ve CTX-M geni birlikte saptanmıştır.GSBL pozitif bulunan E.coli suşlarında virulans faktörlerinin bir suşta aynı anda birden fazla bulunma durumlarında; 14'ünde (%28,0) pap ve fimA, 2'sinde (%4,0) pap ve sfa, 2'sinde (%4,0) fimA ve sfa ve 2'sinde (%4,0) pap, fimA ve sfa virulans faktörleri birlikte bulunduğu görülmüştür.GSBL pozitif suşlarda disk difüzyon yöntemi ile yapılan tarama testinde bütün suşlar Ertapeneme duyarlı olarak tespit edilmiştir. Çift disk sinerji testinde 50 adet suşun 44'ünde (%88,0) GSBL pozitif, kombine disk difüzyon testinde 50 suşun 45'inde (%90,0) GSBL pozitif bulunmuştur.GSBL negatif 50 adet E.coli suşlarının GSBL genleri pozitifliği yönünden 50'sinde (%100,0) TEM geni, 11'inde (%22,0) SHV geni bulunmuş, ancak hiçbir suşta CTX-M geni bulunamamıştır. Ayrıca 20'sinde (%40,0) pap, 37'sinde (%74,0) fim-A, 13'ünde (%26,0) sfa virulans faktörlerinin bulunduğu görülmüştür.GSBL negatif 50 adet E.coli suşlarının GSBL genlerinin bir suşta aynı anda birden fazla bulunma durumlarında; 11'inde (%22,0) TEM ve SHV geni bulunmuş, ancak hiçbir suşta TEM ve CTX-M geni, SHV ve CTX-M geni ve TEM, SHV ve CTX-M geni birlikte bulunamamıştır.GSBL negatif 50 adet E.coli suşlarının virulans faktörlerinin bir suşta aynı anda birden fazla bulunma durumlarında; 16'sında (%32,0) pap ve fimA, 9'unda (%18,0) pap ve sfa, 10'unda (%20,0) fimA ve sfa, 8'inde (%16,0) pap, fimA ve sfa virulans faktörleri birlikte saptanmıştır.GSBL pozitif bulunan E.coli suşlarının GSBL genlerinin saptanması SYBR Green kullanılarak PZR yapılmış ve bu çalışmada Erime Eğrisi Analizi ile doğrulama eğrileri hazırlanmıştır.Sonuçların istatistiksel değerlendirmesinde SPSS 10.0 programında Ki-kare testi kullanılmıştır. İstatistiksel analiz için p<0.05 istatistiksel anlamlılık düzeyi olarak kabul edilmiştir.GSBL pozitif suşlarda E.coli virulans faktörleri ile GSBL genleri arasında bulunmaları açısından ileri derecede anlamlı (p < 0,003) bir ilişki saptanıştır.GSBL pozitif suşlarda virulans faktörleri bulunması ile GSBL genleri bulunması arasında yapılan değerlendirmede suşlarda tek bir virulans faktörü bulunması halinde CTX-M geninin bulunması istatistiksel olarak ileri derecede anlamlı (p<0,0001) olduğu saptanmıştır.GSBL pozitif suşlarda her bir virulans faktörleri ayrı ayrı GSBL genleri ile aralarındaki ilişkileri incelendiğinde; fimA virulans faktörü ile CTX-M geni arasında anlamlı (p< 0,002) olduğu bulunmuştur.GSBL pozitif suşlarda virulans faktörleri arasında pap geni ile fimA geni arasında her ikisini de aynı anda bulunması açısından da anlamlı (p < 0,018) olduğu belirlenmiştir.GSBL negatif olan suşlarda GSBL ve virulans faktörleri arasındaki ilişki Pearson Korelasyon ile araştırılmış, pap ile sfa virulans faktörlerinin bir arada bulunduğu (p<0,012) belirlenmiştir.Çalışmamızın tüm verileri ışığında; E.coli suşlarının virulans faktörlerinden fimA ile GSBL oluşturan genlerden CTX-M'in ilişkili olduğu, GSBL pozitif ve negatif suşlarda aynı anda birden fazla virulans faktörünün bulunabileceği, GSBL pozitif suşlarda CTX-M geni ile istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunduğu bu genin GSBL negatif suşların hiç birinde saptanmadığı görülmektedir. CTX-M geninin beta-laktam grubu antibiyotiklere direnç gelişiminde daha baskın olduğu görülmektedir.
Bakteriyel toksinlerin kardiyak miyositler üzerine apoptotik etkisi
Bakteriyel toksinlerden kolera toksin, difteri toksini, Stafilokokkal Enterotoksin B, Lipoplisakkarit `in farklı konsantrasyonları 24h rat embriyonik kardiyak miyositler ( H9c2 ) ile inkübe edilmiştir. Bakteriyel toksinlerin sitotoksik etkisi, hücre canlılığı ( % )'nın belirlenebilmesi için MTT yöntemi ile analiz edilmiştir.Kolera toksin, Stafilokokkal Enterotoksin B, Lipopolisakkarit 'in H9c2 hücrelerinin canlılığı üzerine etkisi kontrol grubuna göre anlamlı bulunmamıştır. Difteri toksininin H9c2 hücrelerinin canlılığı üzerine etkisinin doz bağımlı olduğu belirlenmiştir. Difteri toksininin 50 ? g/ml konsantrasyonu H9c2 hücrelerinin canlılık değeri ( % ) değerlendirilmesinde kontrol grubuna göre anlamlı bulunmuştur.Difteri toksininin 50 ? g/ml konsantrasyonu ile 24h inkübe edilen H9c2 hücrelerinde Flow Sitometri yöntemi ile Apoptotik Hücre Artışı ( % ), difteri toksininin farklı konsantrasyonları ile 24h inkübe edilen H9c2 hücrelerinde DCF yöntemi ile reaktif oksijen türleri salınımı, difteri toksininin 50 ? g/ml konsantrasyonu ile 5h inkübe edilen H9c2 hücrelerinde RT-PCR yöntemi ile Kaspaz 2, Kaspaz 8, Kaspaz 9, Kaspaz 3, Kaspaz 6, Kaspaz7, Fas, Tnfrsf11b, Apaf1, Traf1, Bax mRNA seviyeleri belirlenmiştir. Difteri toksininin 50 ? g/ml konsantrasyonu ile 24h inkübe edilen H9c2 hücrelerinde Apo BRDU yöntemi ile internükleozomal DNA fragmantasyonu, nüklear morfolojinin belirlenmesi amacıyla Hoechst Dye yöntemi kullanılmıştır.Difteri toksininin sitotoksik etkisinin hücrelerde meydana gelen apoptotik etkiden kaynaklandığı apoptotik hücre artışı ( % ) değeri ile belirlenmiştir.Difteri toksininin H9c2 ( rat embriyonik kardiyak miyositler ) üzerine apoptotik etkisinde Kaspaz 2, Kaspaz 9, Kaspaz 7 mRNA seviyesi aktive olmakta Kaspaz 8, Kaspaz 3, Kaspaz 6 mRNAseviyesi değişmemektedir. Apoptotik etkide kaspaz aktivitesi önemlidir.Apoptotik yolda rol alan diğer gen aktivasyonları değerlendirildiğinde Tnfrsf11b , Traf1 mRNA seviyesi aktive olmaktadır. Apaf1 mRNA seviyesi azalmaktadır.Sonuç olarak ; difteri toksini H9c2 hücreler üzerinde apoptotik etki oluşturmaktadır. Bu etki apoptozisi indükleme ve inhibe etme olmak üzere iki farklı şekilde meydana gelmektedir.
Osmaniye bölgesinde ilkokul çağındaki çocuklarda A grubu beta hemolitik streptokokların yaygınlığı ve bu bakterilerde penicilline direnç durumlarının araştırılması
Bu çalışma Osmaniye bölgesinde beta hemolitik St reptokok infeksiyonlarının yaygınlığı ve bu bakterilerde penioillin' e karşı oluşan direnç durumlarını araştırmak için düzenlenmiştir. Aralık 1988 ile Nisan 1989 tarihleri arasında yaklaşık 5 aylık bir süre içerisinde yapılmıştır. 780 çocuk tan boğaz sürüntü örnekleri alınarak bakteriyolojik inceleme yapılmıştır. Semptom 1 u 1 ar ı n % 66.1 ile semptomsuz çocukların % 41.7'sinden beta hemolitik streptokok izole edilmiştir. izole edilen beta hemolitik streptokokların %40.5' inin Bacitracin disk difuzyon metodu ile A grubuna ait olduğu tesbit edilmiştir. Numune alınan 780 çocukta % 19.6 oranında A grubu Streptokok üretilmiştir. Penicillin'e dirençli streptokok susu tesbit edilememiştir.
İlköğretim okulu öğrencilerinde kızamık aşılamasından bir yıl sonra kızamık aşı etkinliğinin ve kızamıkcık ve kabakulak seroprevalansının bir yıllık değişiminin ELISA yöntemi ile değerlendirilmesi
Türkiye'de kızamık eliminasyon programındaki ?catch-up aşılama? kapsamında okul çağı çocuklarına ek bir doz kızamık aşısı uygulanmıştır. Bu çocuklarda kızamık aşı etkinliğinin; kızamıkcık ve kabakulak seroprevalansının bir yıllık değişiminin enzim-linked immunosorbent assay (ELISA) yöntemi ile değerlendirilmesi çalışmanın amacıdır.Ankara ilinden seçilen bir ilköğretim okulundaki 6-15 yaş çocukların kanlarının alınarak kızamık, kızamıkcık ve kabakulak serolojileri ELISA yöntemi ile değerlendiriltir. Serolojik değerlendirme bir yıllık zaman sürecinde iki aşamalı olarak uygulanmıştır (Kasım 2003 ve Ocak 2005). Araştırmaya dahil olan öğrencilere T.C. Sağlık Bakanlığı tarafından Kızamık Eliminasyon Programı çerçevesinde, Aralık 2003 tarihinde kızamık aşı uygulaması yapılmıştır.Uygulamadan önce Ankara Milli Eğitim Müdürlüğünden, Gazi Üniveristesi Yerel Etik kurulundan ve öğrencilerin ailelerinden yazılı izinler alınmıştır. Istatistiksel değerlendirmeler SPSS 10.0 paket programı ile yapılmıştır.Araştırmanın ilk aşamasında 744 ikinci aşamasında 559 öğrencinin (%75.1) kızamık aşısından bir yıl sonraki bağışıklık düzeyleri değerlendirilmiştir. 559 öğrenciden %85'inin kızamık aşılamasından önce, %97.1'inin kızamık aşılamasından bir yıl sonra antikor titresi 0.2 IU/ml'nin üzerindedir.2003'de, öğrencilerin %10.2'si kızamıkcık seronegatif olarak saptanmıştır. Eğer tam koruyuculuk 100 IU/ml'nin üzeri olarak kabul edilirse 6-13 yaş grubu kızamıkcık seronegatif olan öğrencilerin bir yıl sonra %16.2'si seropozitif saptanmıştır. Başka bir ifade ile yıllık kızamıkcık insidansı %16.2'dir.2003'de, öğrencilerin %23.2'si kabakulak seronegatif olarak saptanmıştır. Seronegatif saptanan 167 öğrenciden 141'inin (%84.4) bir yıl sonra kabakulak serolojileri tekrar değerlendirilmiştir. 6-13 yaş grubu kabakulak seronegatif olan öğrencilerin bir yıl sonra %44'ü seropozitif saptanmıştır. Başka bir ifade ile yıllık kabakulak insidansı %44'dür.Sonuç olarak, Ankara'da 2003 Aralık ayında ilköğretim öğrencilerinde kızamık eliminasyon programındaki catch-up aşılama ile kızamığa karşı bağışıklık önemli ölçüde artırılmıştır. Bu yaş grubundaki yıllık insidans dikkate alındığında kızamıkcık kabakulak aşılarının ulusal bağışıklama programına dahil edilmesinin isabetli bir uygulama olduğu gösterilmiştir.
Bazı mantarlarda siderofor varlığının gösterilmesi
Bu çalışmada, kültür koleksiyonundan seçilen çeşitli Candida ve Aspergillus suşlarında çeşitli besiyerleri ve moleküler yöntemler aracılığı ile siderofor varlığının araştırılması amaçlanmıştır. Besiyerleri aracılığı ile siderofor varlığının araştırılması aşamasında, CASAD besiyeri, CAS/ MEA besiyeri ve O-CAS besiyeri olmak üzere üç besiyeri kullanılmıştır. CAS/ MEA besiyerinde denenen örneklerin hiçbirinde CAS reaksiyonu gözlenmezken, CASAD besiyerinde %33.3 oranında pozitif sonuç elde edilmiştir. Bu üç besiyeri arasında O-CAS besiyerinden %75 oranında pozitif sonuç elde edilmiş ve diğer besiyerlerine kıyasla daha basit, duyarlı, ekonomik ve başarılı bulunmuştur. İkinci aşama olan moleküler yöntemlerle siderofor varlığının belirlenmesi aşaması, TaqMan® Probe yöntemine kıyasla, ekonomik oluşu ve kısa sürede sonuç vermesinden dolayı SYBR Green yöntemi kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Bu aşamaya 14 örnek ( Candida ve Aspergillus) dahil edilmiş ve CaSIT1 primerleri (forward ve reverse) kullanılarak siderofor kodlayan genler tanımlanmaya çalışılmıştır. Real-Time PCR- SYBR Green yöntemiyle elde edilen sonuçlar, konvansiyonel yöntemlerle elde edilen sonuçlarla benzer bulunmuştur. 14 örneğin 12'sinde (% 85.7) CaSIT1 primeri ile pozitif sonuçlar elde edilmiştir. CaSIT1 primerleri (forward ve reverse) kullanıldığı için C. tropicalis ve A. niger kontrol suşlar olarak kullanılmıştır. Bu çalışmanın sonucuna göre; belirlenen standart değerler doğrultusunda (St. 1.03 E1< St. 1.14 E1< St. 1.28 E1< St. 1.52 E1< St. 1.85 E1< St. 4.59 E1) bir standart eğri elde edilmiş ve bu standart eğri esas alınarak diğer örneklerdeki sidA gen ifadesi miktarı belirlenmiştir.Anahtar kelimeler: Candida, Aspergillus, siderofor.
Statin ve Kinolonların antifungal etkilerinin ve antifungal ilaçlarla arasındaki sinerjizmin araştırılması
İnvaziv fungal infeksiyonların mortalite ve morbiditesinin yüksek oluşu, ampirik antifungal kullanımının yaygınlaşması, dirençli mantar suşlarının ortaya çıkması ve aktif antifungal ilaçların azalması nedeniyle yeni ilaç arayışları hız kazanmıştır. Yeni antifungallerle, özellikle küf mantar infeksiyonlarında, yanıtta dramatik bir artış sağlanamaması, antifungal ilaçların başka ilaçlar veya maddeler ile kombinasyonu şeklindeki tedavi seçeneğine yönelime neden olmuştur. Kombinasyon tedavisiyle daha geniş etki spektrumu yaratılması, etkinliğin arttırılması ve dirençli mikroorganizma sayısında azalma olması teorik olarak beklenmektedir. Günümüze dek antifungal ilaçların başka antimikrobiyal ilaçlar (kinolon veya statin) ile etkileşimlerini inceleyen az sayıda çalışma yapılmıştır. Amfoterisin B ve flukonazol günümüzde mevcut olan en etkili antifungal ilaçlar olmalarına rağmen ciddi oküler ve sistemik toksisiteleri ilaçların kullanımını sınırlamakta ve mantar enfeksiyonlarının tedavisinde en önemli problem olarak karşımıza çıkmaktadır. Ayrıca diğer sorun mantar enfeksiyonlarına neden olan etkenlerin antifungallere direncinin artmasıdır. Bu nedenle özellikle protein translasyon mekanizmaları ve DNA topoizomeraz enzimlerini ve hidroksimetilglutaril koenzim A (HMG-CoA) redüktazı hedef alan yeni antifungal ilaç arayışları çok önem kazanmıştır.Moksifloksasin, geniş spektruma (Gram pozitif, Gram negatif, anaerob) sahip, topoizomeraz 2 ve topoizomeraz 4 enzim inhibisyonu ile etki gösteren 4. kuşak bir fluorokinolon antibiyotiktir. Moksifloksasinin antibakteriyel etkinliğinin yanı sıra immün modülasyon yoluyla fungal enfeksiyonlarda koruyucu etki gösterdiği oftalmoloji dışındaki alanlarda yapılan çalışmalarda gösterilmiştir. Ayrıca literatürde diğer kinolonların antifungal ilaçlarla sinerjik etki gösterdiğine dair pek çok çalışma olmasına rağmen moksifloksasinin antifungal etkinliği ve antifungal ilaçlara olan ilişkisi üzerine yapılmış in vitro çalışmaların sayısı azdır. Statin grubundan olan atorvastatin, koenzim A (HMG-CoA) redüktaz inhibitörleri ya da sık kullanılan isimleri ile `statinler ' günümüzde kardiyovasküler hastalıkların önlenmesi ve tedavisinde kullanılan farmakolojik ajanların başında gelmektedir. Bu ilaçlar, kolesterol sentezinin hız kısıtlayıcı basamağı olan HMG-CoA redüktazı parsiyel olarak inhibe ederek endojen kolesterol sentezinde azalmaya yol açarlar ve bu sayede LDL reseptörlerinin sayısını arttırmakta, LDL ekstraksiyonu ile katabolizmasına katkıda bulunmaktadırlar. Bu çalışmada C. albicans üzerine moksifloksasin ve atorvastatinin tek başlarına antifungal etkinliğinin olup olmadığı ve amfoterisin B veya flukonazol ile kombine edildiğinde sinerjik etki gösterip göstermediğinin in vitro olarak ortaya konulması amaçlanmıştır. Bu çalışmada, yedi klinik ve üç referans C. albicans suşu kullanılmıştır. Toplam on suş üzerine önce moksifloksasin, atorvastatin, amfoterisin B ve flukonazol'ün in vitro etkileri mikroplak dilüsyon yötemi ile ve amfoterisin B-atorvastatin, amfoterisin-moksifloksasin, flukonazol-atorvastatin ve flukonazol-moksifloksasin kombinasyonlarına ise dama tahtası yöntemi ile bakılmıştır.MİK değerlerine göre ve kontrol üreme kuyucuğu ile karşılaştırdığımızda moksifloksasin ve atorvastatinin tek başlarına kullanıldığında bir miktar in vitro antifungal etkinliği olduğu görülmüştür. Kombine şeklinde ise her iki antifungal ilacın (amfoterisin B ve flukonazol) MİK değerleri daha düşüktür. Amfoterisin B'nin tek başına ve moksifloksasin veya atorvastatin ile kombine yapıldığında MİK değeri açısında istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmamasına rağmen, amfoterisin B'nin tek başına kullanırken üreme % 15 mevcutken kombine halinde kullanıdığında hiçbir örnekte üreme görülmemiştir. Flukonazol ise tek başına kullanıldığında üremeyi %65 inhibe ederken kombine halinde ise %75'e yükselmiştir. Dolayısıyla moksifloksasin ve atorvastatinin amfoterisin B veya flukonazol ile sinerjik etki gösterdiğini söylemek mümkündür. Sonuç olarak bu çalışmada antifungal ilaç olmayan moksifloksasin ve atorvastatinin tek başlarına in vitro antifungal etkisi az olmakla beraber amfoterisin B veya flukonazol ile birlikte kullanıldıklarında amfoterisin B ve flukonazol'ün etkilerini arttırarak sinerjik etki gösterdikleri belirlenmiştir .
Hastalardan soyutlanan kandida türlerinde virulans faktörlerinin belirlenmesi
Bu çalışma Ocak 2007- Kasım 2008 tarihleri arasında, çeşitli sağlıksorunları bulunan, değişik yaş grubundaki insanlardan alınan klinikörneklerden yapılmıştır. Klinik örneklerden 150'sinde SDA'da mayaüretilerek, identifiye edilmiştir. Bu 150 kandida izolatın 132'sini KadınHastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı'ndaki gebe ve gebe olmayanhastalardan alınan vajinal akıntı-sürüntü kültürleri, 18'ini ise değişikanabilim dallarındaki hastalardan alınan deri, boğaz sürüntüsü, idrarve kan örnekleri oluşturmuştur. Kandidalara ait çeşitli özelliklere (germtüp yapıp yapmaması, klamidospor oluşturması, chromagardakigörüntüsü, karbonhidrat asimilasyon ve fermentasyon testi, ureaz testi,sikloheksimid duyarlılığı) bakılarak ve konvansiyonel olarak da API20CAUX kiti ile tür tayinine gidilmiştir.İzole edilen kandidaların 108'i (%72) C. albicans ve 42 (%28)'sinon-albicans oranında belirlenmiştir. Albicans dışı kandidalar C. kefyr(32); C. tropicalis (5), C. utilis (2), C. famata (1), C. glabrata (1) veC.parapsilosis (1) sıralamasında yer almıştır.Kandidoz için konağa ait risk faktörleri yanında kandidanınvirulans faktörleri de önemlidir. Bunun için slaym faktörü, fosfolipaz veasit proteinaz enzimleri de araştırılmıştır. C. albicans için 108 izolattan72'sinde slaym faktörü pozitifliği bulunmuştur. Non-albicans 42kandidadan 24'ünde (%57) biyofilm varlığı not edilmiştir. Böylece 150kandida suşundan 96 (%64)'sında slaym faktörü pozitif olarakbulunmuştur. Proteinaz enzimi, 150 kandida kökeninden %53 oranındapozitif ve %47 oranında negatif olarak belirlenmiştir. Kandida türlerindefosfolipaz aktivitesi, plak yöntemi ile araştırılmıştır. Kandidakökenlerinden fosfolipaz aktivitesi 53 (%35) pozitif ve 97(%65)'sindenegatif dağılımında bulunmuştur. Bu arada çalışma grubundakibireylerin serumlarında ?Mannan? antijenide incelenmiştir. Kandidozlu150 olgu serumunun tamamında mannan antijeni saptanmıştır.