498
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde izole edilen enterokoklarda yüksek düzey aminoglikozid direncinin araştırılması ve moleküler analizi
Enterokoklar son yıllarda hastanelerde en sıklıkla izole edilen patojenler olup, sahip oldukları doğal direnç mekenizmaları yanı sıra, kazanılmış direnç genleri ile de en dirençli bakterilerden biridir. Aminoglikozid grubu antibiyotiklerin enterokok enfeksiyonlarında tek başına kullanımı bakterinin metabolik aktivitesine uygun olmadığından, genellikle bir hücre duvar sentezini inhibe eden antibiyotikle kullanımı gereklidir. Bununla birlikte eğer bakteride yüksek düzey aminoglikozid direnci de bulunuyorsa bu sinerjik etkili kombinasyon tedavide kullanılamamaktadır. Yüksek düzey aminoglikozid direnci kazanılmış bir direnç olup, genellikle aminoglikozid modifiye edici enzimler ile oluşmaktadır. Bu çalışma bir moleküler epidemiyolojik çalışma olarak, hastanemizde izole edilen enterokoklarda rastlanan aminoglikozid modifiye edici enzimlerin, yada bunları sentezleten genlerin neler olduğunun saptanması amacıyla yapılmıştır. Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına sürveyans amacıyla gönderilen rektal sürüntü örneklerinden izole edilen vankomisin dirençli enterokoklar (VRE) ile bu çalışma yapıldı. Sürveyans için gönderilen örnekler vankomisin selektif agar besiyerine ekildi. Üreme olan enterokok izolatlarının vankomisin için MİK değeri E test ile belirlendi. Bakterilerin tanımlaması, Bruker (BD, ABD) ile yapıldı. İzolatların 120 µg gentamisin içeren disk kullanılarak yüksek düzey aminoglikozid direnci belirlendi. Yüksek düzey aminoglikozid direnci saptanan izolatların multiplex PCR ile; [aac(6_)-Ie-aph(2_)-Ia, aph(2_)-Ib1, aph(2_)-Ic, aph(2_)-Id, aph(3_)-IIIa] gen bölgeleri çalışıldı. Gen dizaynı için literatür kullanıldı. Dizayn edilen bölgeler, Light Cycler (Roche) cihazı ile çalışıldı. Çalışmaya alınan, vankomisine ve, yüksek düzey aminoglikozid direçli 100 enterokok suşunun 82'si (% 82) E. feacium, 11'i (%11) E. faecalis, 7'si E. gallinarum olarak tanımlandı. Suşların 67'sinde (% 67) aph(3_)-IIIa gen bölgesi, 2'sinde (% 2) aph(2_)-Id gen bölgesi ve 1 izolatta aph(2_)-Ib1 bölgesinde pozitiflik bulundu. aac(6_)-Ie-aph(2_)-Ia ve aph(2_)-Ic bölgeleri hiçbir izolatta saptanmadı. İzolatların % 30'unda hiçbir gen bölgesinde pozitiflik saptanmadı. Enterokoklardaki aminoglikozid direncinden hastanemizde de çoğunlukla aminoglikozid modifiye edici enzimlerin sorumlu olduğu bulunmuştur. Bakteriler arasında bu enzimleri taşıyan ve kodlayan genler aktarılabileceğinden direnç gelişiminin kontrol altında tutulabilmesi için rasyonel antibiyotik kullanımı önemli olduğu görülmüştür.
Pediatrik onkoloji hastalarında influenza virus enfeksiyonları
İnfluenza virus enfeksiyonu pediatrik onkoloji hastalarında morbidite ve mortalitenin önemli bir sebebidir. Bu çalışmanın amacı pediatrik onkoloji ve hematoloji hastalarında influenza virus enfeksiyonlarının insidansı ve influenza A virus alt tiplerinin tespit edilmesidir. Ocak 2014 ve Eylül 2017 tarihleri arasında solunum yolu enfeksiyonu olan 134 çocuktan flocked eküvyon (Copan Diagnostics, Italy) ile nazofaringeal sürüntü örnekleri alınmıştır. İnfluenza A ve B virus varlığını araştırmak için real-time PCR testi (RealStar Influenza S & T RT-PCR Kit 3.0, Altona Diagnostics, Germany) ve antijen tespiti için direkt floresan antikor testi (Argene SA, France) kullanılmıştır. İnfluenza A virus pozitif örnekler H1N1 ve H3N2 alt tiplerinin tanısı için influenza A H1N1 ve H3N2 Real-TM PCR testi (Sacace, Italy) ile analiz edilmiştir. Real-time RT-PCR ile 134 çocuğun %35'inde (47) influenza A virus ve %6'sında (8) influenza B virus olmak üzere influenza virus %41 (55/134) oranında tespit edilmiştir. İnfluenza A virus pozitif örneklerin 25'i (%18.7) influenza A/H1N1 ve 22'si (%16.4) influenza A/H3N2'dir. İnfluenza A ve B virus için real-time PCR testine göre DFA testinin sensitivitesi sırasıyla %83, %100 ve spesifitesi %97.7 ve %100 bulunmuştur. Sonuç olarak pediatrik onkoloji ve hematoloji hastalarında influenza virus enfeksiyonlarının real-time PCR test ile erken tanısı, antiviral tedaviye zamanında başlanmasıyla influenzaya bağlı ciddi komplikasyonları önleyecektir.
İnvaziv A grubu streptokok enfeksiyonlarından sorumlu suşlarda emm ve süperantijen genotiplerinin dağılımı, klinik korelasyonu ve filogenetik ilişkilerinin tespiti
Grup A Streptokoklar (GAS), 5-15 yaş grubunda görülen tonsillofarenjitin major bakteriyel sorumlusudur. GAS'lar solunum yolları dışında deri ve yumuşak dokuda primer süpüratif enfeksiyonlar, romatizmal ateş, glomerülonefrit gibi geç komplikasyonların yanı sıra nadiren de nekrotizan fasiit, bakteriyemi, toksik streptokok şok sendromu (STŞS), puerperal sepsis, pnömoni ve menenjit gibi yüksek mortalite ile seyreden hastalıklara yol açarlar. GAS virulansında çok sayıdaki adeziv ve invaziv proteinin yanı sıra M proteini, adezyon ve invazyonu ile birlikte konak immun cevabından kaçış ve immunopatogenezin oluşumundan sorumludur. Bu güne kadar 250'den fazla M genotipi tespit edilmiştir. M protein genotiplerinin enfeksiyonun prognozu ile ilişkisi gösterilmiş ve M genotipinin prognoz için prediktif öneme sahip olduğu bildirilmiştir. Ayrıca M proteinlerinin serotiplendirilmesi veya emm genotip tayini, GAS enfeksiyonlarının sürveyansında altın standart olarak kabul edilmektedir. Diğer taraftan GAS tarafından salgılanan süperantijenler (Sags) malign seyreden stereptokok enfeksiyonlarının patogenezinde rolü kesin olarak ispatlanmıştır. Bu çalışmada, tonsillofaranjit dışı klinik yakınması olan hastalardan tanı amacı ile alınan klinik örneklerden izole edilen GAS suşlarında emm genotipleri ve SAgs genlerinin suşlar arasında dağılımı, klinik tablo ile bu genotipler arasındaki ilişki ve bu ilişkinin filogenetik özellikleri sorgulanmıştır. Test suşları Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesi Merkez Laboratuvarı ve bölge hastanelerinden temin edilmiştir. Grup A streptokokların M proteinlerinin tiplendirilmesi emm geninin sekans analiz ile yapılmıştır. GAS izolatların Sags ve diğer virülans gen profilleri polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile belirlenmiştir. Suşlar arasındaki klonal ilişki Pulsed-field jel elektroforezi (PFGE) yöntemi ile tanımlanmıştır. emm-PCR sonucunda 86 izolatta emm geni pozitif bulunmuştur. CDC databazı kullanılarak yapılan emm tiplendirmesinde 22 (%25.58) ayrı emm tipi tespit edilmiş ve emm tiplerinin prevalansını irdelediğimizde en yaygın görülen tiplerin sırası ile emm28 (%22.09), emm1 (%18.60), emm12 (%13.95), emm3 (%11.62) ve emm89 (%3.48) olduğu görülmüştür. SAgs tipleri, Dnaz, proteaz gibi virülans genlerinin tespiti ve prevalansı irdelendiğinde; en prevalan tiplerin SpeG (%58.13), SpeC (%56.97), sdaB (%53.48), mac (%53.48) geninin olduğu tespit edilmiştir. PFGE analiz değerlendirmesinde izolatlar arasında anlamlı bir klonal ilişki bulunmadığı görülmüştür. Sonuç olarak ülkemizde GAS virulans faktörlerinin tespiti ve prevalansı için bölgesel çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.
15-45 yaş hamile kadınlarda toxoplasma seroprevalansının indirekt hemaglutinasyon yöntemiyle araştırılması
15-45 yaş arasındaki hamile kadınlarda Toxoplasma seroprevalansının indirekt hemaglutinasyon yöntemiyle tespit edilmesi amacıyla yapmış olduğumuz çalışma kapamında Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi Kadın Hastalıkları ve Doğum polikliniğine başvuran 100 kadından alınan kan örnekleri incelenmiştir. Toxoplasma pozitifliğinin tespit edilmesinde indirekt hemaglutinasyon yöntemi kullanılmıştır. Daha sonra gebelerin laboratuvar testleri araştırılmış, bulunan ELISA sonuçları ile de sonuçlarımız karşılaştırılmıştır. Çalışma sonucunda elde edilen veriler SPSS 18.0 paket programı ile analiz edilmiştir. Yapmış olduğumuz çalışmada Toxoplasma seropozitifliği indirekt hemaglutinasyon yöntemiyle %13 olarak saptanmıştır. Aynı kişilere ait dosyalar veri tabanından incelendiğinde ELISA yöntemiyle toxoplasma IgM pozitifliğinin %11 olduğu görülmüştür. Yani çalışmada İHA yöntemiyle pozitif olarak saptanan 13 hastanın 11'inin (%84.61) ELISA IgM sonuçlarının pozitif olduğu, 2 hastanın (%15.39) ise negatif olduğu görülmüştür. Yapılan istatistiksel analizler neticesinde hem indirekt hemaglutinasyon testi hem de ELISA sonuçlarının yaşa göre anlamlı farklılık arz etmediği, bununla birlikte yaştaki artışa bağlı olarak Toxoplasma pozitifliğinin arttığı görülmüştür. Çalışmadan elde edilen sonuçlar dikkate alındığında Toxoplasma seroprevalansının bölgemizde seroprevalansının yüksek olmadığı görülmüş, uygulanmasının kolay ve cihaz gerektirmemesi nedeniyle indirekt hemaglutinasyon yönteminin Toxoplasma tanısında her yerde rahatlıkla yapılabilir ve güvenilir bir test olduğu düşünülmüştür. Anahtar kelimeler: Toxoplasma, İndirekt Hemaglutinasyon, Seroprevalans
Klinik örneklerden izole edilen acinetobacter baumannii suşlarında antibiyotik direnç durumlarının belirlenmesi ve karbapenemaz direnç genlerinin araştırılması
Acinetobacter baumannii hastane enfeksiyonlarına ve salgınlara sebep olan antibiyotiklere karşı çoğul direnç geliştirebilen önemli bir patojendir. Bu çalışmada Gaziantep Dr. Ersin Arslan Eğitim Araştırma Hastanesinin çeşitli kliniklerindeki hasta örneklerinden bir yıllık süre içerisinde izole edilen A. baumannii suşlarının antibiyotik direnç durumlarının belirlenmesi, imipenem ve meropenem'e dirençli olan suşlarda karbapenem direncine sebep olan sınıf D beta-laktamaz (OXA-23, OXA-24, OXA-51, OXA-58) direnç genlerinin PCR yöntemi ile araştırılması amaçlanmıştır. Bu nedenle çalışmamızda Haziran-2016 Haziran-2017 tarihleri arasında Gaziantep Kamu Hastaneler Birliğine bağlı Dr. Ersin Arslan Eğitim Araştırma Hastanesi Merkez Laboratuvarında klinik örneklerden izole edilen 157 A. baumannii suşu otomatik bakteri identifikasyon sistemi BD Phoenix™ (BD Phoenix™ ID & AST System. ABD) ile tanımlandı ve antibiyotik duyarlılık durumları belirlendi. Otomatik cihazla imipenem ve meropeneme dirençli olduğu saptanan 50 suşun bu antibiyotiklere duyarlılık durumları disk difüzyon ve gradient strip yöntemi ile de değerlendirildi. Aynı suşlarda PCR yöntemiyle genotipik olarak karbapenem direncine sebep olan blaOXA-51 , blaOXA-58 , blaOXA-23 ve blaOXA-24 gen bölgeleri araştırıldı. Otomatik sistemle antibiyotik direnç durumları belirlenen 157 A. baumannii izolatındaki direnç durumlarına bakıldığında amikasin'e 113'ünde (%72), sefepim'e 148'inde (%94.3), seftazidim'e 148'inde (%94.3), sefriakson'a 155'inde (%98.7), gentamisin'e 139'unda (%88.5), imipenem'e 145'inde (%92.4), meropenem'e 142'sinde (%90.4), netilmisin'e 153'ünde (%97.5), piperasilin'e 149'unda (%94.9), piperasilin tazobaktam'a 149'unda (%94.9), tigesiklin'e 89'unda (%56.1), trimethoprim sulfametazol'e 126'sında (%80.3) direnç saptandı. En az direnç oranının 5 (%3.2) suş ile kolistine karşı olduğu gözlemlendi. OXA-51 ve OXA-23 genleri tüm izolatlarda pozitif, OXA-24 16 (%32) suşta pozitif bulunurken OXA-58 hiçbir suşta saptanmadı. Direnç genleri ve mekanizmalarının bilinmesi hem hastaların tedavilerinin yönlendirilmesi hem de epidemiyolojik verilerin oluşturulmasından dolayı önemlidir. Anahtar kelimeler: Acinetobacter baumannii, OXA-23, OXA-24, OXA-51, OXA-58
İshal etiyolojisinde bakteriyel etkenlerin ve enterotoksinlerin araştırılması
Bakteriyel gastroenteritler, birçok etken ve etkenlere ait çeşitli enterotoksinler tarafından oluşabilen, özellikle de çocukluk yaş grubunda sık rastlanan klinik tablolardır. Salmonella, Campylobacter, toksijenik Escherichia coli suşları en sık rastlanan bakteriyel patojenlerdir. Bu çalışma laboratuarımıza gaita kültürü amacıyla gönderilen örneklerden ishal etkeni olabilecek patojenler ve rutin testlerde araştırılması henüz yaygınlaşmamış olan toksijenik E.coli izolatlarının araştırılması amacıyla yapılmıştır. Çalışma, Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nden ve Gaziantep Cengiz Gökçek Kadın-Doğum ve Çocuk Hastalıkları Hastanesi'nden Kasım 2017-Kasım 2018 tarihleri arasında laboratuara kültür amacıyla gönderilen gaita örnekleri ile yapıldı. Gaita örnekleri seçici besiyeri olarak selenit F besiyerinde muamele edildikten sonra, ayırt edici olarak, %5 koyun kanlı agar, EMB agar, XLD agar ve Campylobacter agara subkültürleri yapıldı. Patojen olarak değerlendirilen bakterilerin tanımlanması konvansiyonel yöntemler ve Maldi-Tof MS (Becton Dickinson, ABD) kullanılarak yapıldı. E. coli saptanan örneklerde aglütinasyon testi ile ETEC-LT (MKL Diagnostics, İsviçre) araştırıldı. Hemorajik nitelikteki gaita örneklerinde saptanan E. coli izolatlarından aglütinasyon testleri ile EHEC (E. coli O157:H7 serotipi (BD, USA)) araştırıldı. Çalışmanın yapıldığı süre içerisinde 240 hastaya ait gaita kültür örnekleri incelendi. Hastalar 3 ay-92 yaş aralığında olup hastaların 69 (%28.75)'u erişkin (≥16 yaş), 171 (%71.25)'i çocuk hastalardı. Cinsiyet dağılımı olarak 98 (%40.8)'i kadın, 142 (%59.2)'si erkek olarak bulundu. Hastaların 30 (%12.5)'unda ETEC, 14 (%5.8)'ünde Salmonella spp. saptandı. Salmonella ve ETEC izolasyonu sırasıyla erişkin hastalarda 8 (%11.6) ve 6 (%8.7), çocuk hastalarda 6 (%3.5) ve 24 (%14) olarak bulundu. Hemorajik nitelikteki 17 (%7.1) gaita örneğinde E. coli O157:H7 serovarı araştırıldı. Örneklerin hiçbirinde EHEC ve Campylobacter spp. izolatı saptanmadı. Erişkinlerin 55 (%79.7)'inde ve çocukların 141 (%82.5)'inde bakteriyel bir patojen saptanmadı. Gastroenteritler özellikle çocukluk yaş grubunda sık rastlanan klinik tablolardır. Bakteriyolojik etkenlerin saptanmasında kültür önemli olmakla birlikte özellikle E. coli'nin toksijenik formlarının tanımlanmasının faydalı olacağını düşünüyoruz.
Çevreden toplanan su örneklerinden saptanan bakterilerde tetrasiklin, makrolid, sülfametoksazol ve trimetoprim direncinden sorumlu genlerinin araştırılması
Su, dünyadaki en önemli bakteri habitatlarından biridir.Ayrıca bakterilerin farklı çevrelerde yayılmasının ana yollarındandır.Bakterilerin su gibi çevre şartlarına olan dayanıklılığı ve bu ortamda çoğalabilmeleri, bakteriler arasında çeşitli gen transferlerine de kaynak oluşturmaktadır. Bu çalışma Varşova'da bulunan 7 çevresel su örneğinden (nehir ve nehir çevresindeki kar suyu) izole edilen bakterilerin plasmid aracılı antibiyotik direnç genlerine sahip olup olmadığı, eğer bu genleri taşıyorsa bu genlerin transferinin mümkün olup olamacağının araştırılması amacıyla yapıldı. Su örneklerinde tetrasiklin,makrolid, sülfametoksazol ve trimethoprim direncinden sorumlu gen (tet A, tet W, tet O, tet Q ve tet C,erm A, erm B, ermC, sul1 geni, DHFR I gen) bölgelerine özgü primer dizileri kullanıldı. Ayrıca lateral gen transferinden (konjugasyon) sorumlu gen bölgesi int I geni olmak üzere hedef bölge araştırıldı. Gen bölmeleri real-time PCR yöntemi ile Varşova Medikal üniversitesinde araştırıldı.Tür ve cins düzeyinde tanımlanması konvasyonel yöntemler ve Vitek2 cihazı (bioMeriux,Fransa) kullanılarakGaziantep Üniversitesi'nde yapıldı.Direnç geni bulunan suşların doğrulanması amacıyla DNA sekans analizi (Sanger) yapıldı. Plazmid veya gen transfer elementleri içeren örneklerden elektroporasyon yöntemiyle dirençsiz E.coli suşlarına direnç aktarımı yapıldı. Susic nehrinde test edilen direnç genlerinden hiçbirine rastlanmazken, Vistula nehrinde test edilen tüm direnç gen bölgeleri saptandı. Kar örneğinde (snow) erm C dışındaki tüm gen bölgeleri saptandı. Nehirlerde en fazla oranda bulunan gen ise tet C olup, 5 farklı nehirde saptandı.Vistula nehri ve kar suyu örneğine yapılan sekans analizinden sonra Vistula Nehrinde konjugasyon kolaylaştırıcı 'mob' proteinleri,kar suyu örneğinde ise 2 adet plazmid bulundu. Transfer proteini taşıyan bu iki örnekten elektroporasyon sonucunda dirençsiz E.coli suşlarında direnç geni aktarımı ile direnç gelişimi gözlendi.Araştırmamız çevrede bulunan dirençli bakterilerin diğer bakteriler içinde gen rezervuarı oluşturabileceği saptandı. Anahtar kelimeler: Antibiyotik direnci, plazmid,PCR, çevre
Toll-ınteracting protein (TOLLIP), ıl-1β ve ıl-10 gen polimorfizmleri ile insan doğal immün cevabının negatif regülatörlerinin ekspresyonunun tüberküloza duyarlılıkla ilişkisi
Tüberküloz (TB), dünyada insanlarda infeksiyona bağlı ölümlerin başlıca sebeplerinden biridir, fakat immün patogenezi tam olarak anlaşılmadan kalmıştır. Doğal immün cevap mikobakterilere karşı konağın ilk savunması için çok önemlidir. Bu bağlamda, bir proinflamatuvar sitokin olan IL-1β'i, antiinflamatuvar sitokin IL-10'u ve Toll-like reseptörleri (TLRs) ile iletişime girerek inflamatuvar cevabı negatif yönde düzenleyen mediatörler arasında yer alan Toll-interacting protein (TOLLIP)'i kodlayan genlerdeki birçok polimorfizm ile immün cevabın negatif regülatörlerinin gen ekspresyon düzeylerinin farklı insan populasyonlarında birçok kronik infeksiyonda olduğu gibi TB patofizyolojisinde ve TB'a yatkınlıkta da önemli bir rol oynadığı az sayıdaki moleküler çalışmalarda ileri sürülmüştür. Biz çalışmamızda konağa ait bu risk faktörlerinin TB'a duyarlılıkla ilişkisini araştırmayı amaçladık. Aralık 2015 ile Aralık 2017 tarihleri arasında ÇÜ THAUM Bölge Tüberküloz Laboratuvarı'na Adana İlinden gönderilen balgam örneklerinin incelenmesi sonucunda TB tanısı alan ardışık 50 hasta ile 50 TB negatif sağlıklı kontrol bireyden EDTA'lı tüplere 8 ml venöz kan örneği alındı. Örneklerin 2 ml'sinden DNA ekstraksiyonu sonrasında TOLLIP genindeki rs5743899A/G ve rs3750920C/T polimorfizmleri ile IL-1β genindeki +3954C/T polimorfizmi Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) yöntemi ile, IL-10 genindeki -1082G/A polimorfizimi de Amplification Refractory Mutation System - Polymerase Chain Reaction (ARMS-PCR) yöntemi ile incelendi. Kalan 6 ml örnekten ise mononükleer hücre izolasyonu sonrası RNA ekstraksiyonu gerçekleştirilerek, immun cevabın negatif regülatörleri arasında bulunan A20, SOCS1, SOCS3, SIGIRR, ST2, TOLLIP, MKP1, IRAK-M gen ekspresyon düzeyleri kantitatif Real-Time PCR yöntemi ile incelendi. Hastalarda negatif regülatörlerin ekspresyonlarının ST2, TOLLIP ve SIGIRR'de anlamlı derecede yükseldiği, IRAK-M ve MKP1'de ise azaldığı tespit edildi. Polimorfizmler tek başlarına TB ile ilişkilendirilemese de, negatif regülatörlerin ekspresyonları ile birlikte değerlendirildiklerinde daha da anlamlı ilişkiler belirlendi. Bildiğimiz kadarıyla, araştırmamız bu immün mediatörlerin birlikte değerlendirildiği ve TB'a duyarlılıkla ilişkilendirildiği ilk çalışmadır. Sonuç olarak, hızlı tanıya ek olarak konağa ait bu biyobelirteçlerin birlikte değerlendirilmesi ile TB immünpatogenezinin daha iyi anlaşılacağı, dolayısıyla çalışmamızın kontrol ve tedavi protokollerinin yeniden düzenlenmesine katkı sağlayacağı ve daha geniş populasyonlu sürveyans çalışmalarına ışık tutacağı kanaatindeyiz.
Rifampisine dirençli mycobacterıum tuberculosıs kompleks suşlarında rifabutine çapraz direnç ve eşlik eden mutasyonların dna dizi analizi ile değerlendirilmesi
Bu çalışmanın amacı rifampisine dirençli suşlarda rifabutin duyarlılığını fenotipik olarak araştırıp, DNA dizi analizi ile rpoB RRDR gen bölgesinde rifabutin duyarlılığına eşlik eden spesifik mutasyonları göstermektir. Çalışmaya 2000-2020 yılları arasında Manisa Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi ve Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Mikobakteriyoloji Laboratuvarlarında çeşitli klinik örneklerden izole edilmiş olan 43 rifampisin dirençli ve kontrol grubu olarak 23 rifampisin duyarlı Mycobacterium tuberculosis kompleks suşu dahil edildi. Fenotipik duyarlılık testi CLSI'ın önerileri doğrultusunda MGIT 960 kültür sistemi kullanılarak yapıldı. Mutasyonlar, rpoB gen bölgesinin 81 baz çiftlik RRDR gen bölgesinin Sanger DNA dizi analizi yöntemi ile araştırıldı. Çalışmada rifampisine dirençli 43 suşun 39'u (%91) rifabutine de dirençli, dört tanesi (%9) ise rifabutine duyarlı bulunmuştur. Rifampisine duyarlı 23 suşun tamamı aynı zamanda rifabutine de duyarlıydı. Suşlarda toplam 44 eş anlamlı (sessiz) olmayan mutasyona eşlik eden tek nükleotid polimorfizmi saptandı. Rifampisine duyarlı olan kontrol suşlarında ise mutasyon bulunmadı. Tanımlanan mutasyonlar yedi farklı genetik varyant oluşturdu ve varyantlardan bir tanesinde ikili mutasyon görüldü. Rifampisin dirençli olgularda görülen mutasyonlar sıklık sırasına göre S531L (%76), H526Y (%12), D516Y (%4), H526D (%2), L511P (%2), M515I (%2) ve L533P (%2) olarak bulundu. Bu mutasyonlardan D516Y, L511P, M515I ve L533P'nin, rifabutin duyarlılığı ile ilişkili olduğu belirlendi. Sonuç olarak rifabutin duyarlılığına eşlik eden mutasyonlara sahip suşların erken dönemde hızlı tanı testleri ile saptanarak rifampisin yerine rifabutin içeren tedavi rejimlerinin verilmesi başarı şansını artırabileceği gibi, ikinci seçenek ilaçlara karşı hızla gelişen direncin önlenmesine de katkı sağlayabilir.
Jinekoloji hastalarında HPV DNA sonuçları ile serum HPV ıgH düzeylerinin karşılaştırılması
HPV dünyada en sık görülen CYBH'lardan olup, servikal kanserin major etyolojik ajanıdır. Bu çalışmada bölgemizde cinsel aktif dönemdeki kadınlarda HPV enfeksiyonu prevalansının ve serum HPV IgG yanıtlarının saptanarak karşılaştırılması amaçlanmıştır. Manisa'da Kadın Hastalıkları ve Doğum polikliniğine başvuran ve servikal smear örneği alınan 18-65 yaş arasındaki 401 kadın hastada real time PCR yöntemiyle HPVDNA araştırılmış ve %11,2'sinde yüksek riskli HPVDNA pozitif bulunmuştur. En sık görülen HPV tipi %66,6 diğer hr-HPV iken, HPV16 ve 18 %16,6 sıklıkta, birden fazla HPV tipi pozitifliği %6,6 saptanmıştır. Yaş gruplarına göre en sık HPVDNA pozitifliği 24 yaş altında görülürken (%16,7), ikinci sıklıkta 55 yaş ve üzerinde (%13,9) izlenmiştir. Sitopatolojik incelemelerde tüm hastaların %10,7'sinde herhangi bir epitel hücre displazisi saptanırken, HPV DNA pozitif olan grupta sitopatolojik anormallik oranı %40 bulunmuştur. HPV enfeksiyonu varlığında seropozitivite gelişme oranı yaklaşık %50 olarak bildirilirken, çalışmamızda bu oran %4,2 bulunmuştur. Düşük seropozitivitenin çalışma grubunun rastgele seçilmiş olmasından kaynaklanabileceği düşünülmüştür. Serumda HPV IgG saptanan hastalarda hr-HPV DNA pozitifliği %47 iken, bu hasta grubunda sitopatolojik anormallik görülme oranı %23,5'tur. Sonuç olarak; serviks kanserinde uzun preinvaziv sürecin varlığı, tarama programlarının önemini göstermektedir. Özellikle seksüel aktif yaştaki hastalarda HPV'nin taranması ve korunma stratejilerinin belirlenebilmesinde PCR yöntemleri hızlı, kolay ve güvenilir yöntemlerdir. Ancak özellikle yüksek riskli hasta gruplarında moleküler yöntemlere ek olarak serolojik testlerin uygulanması korunma ve aşılama stratejilerinin ve prekanseröz süreçte hasta takip programlarının etkin olarak planlanabilmesi açısından yol gösterici olacağı düşünülmektedir. HPV prevalansı ve tiplerinin dağılımı ile serolojik profilleri belirlemeye yönelik daha kapsamlı çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır
Tüberküloz tanısında sıvı kültür besiyeri ile birlikte kullanılan katı besiyerinin sekiz haftalık inkübasyon süresinin tanıya katkısı
Tüberkülozun hızlı ve güvenilir tanısında kültür için katı ve sıvı besiyerlerinin birlikte kullanılması önerilmektedir. Ancak kültür sonuçların negatif raporlanabilmesi için sıvı besiyerinin altı, katı besiyerinin sekiz hafta inkübe edilmesi gerekmektedir. Mevcut rehberlerde her iki besiyerinin birlikte kullanılması durumunda katı besiyeri için daha kısa süre inkübasyonun yeterli olabileceği ile ilgili bir öneri bulunmamaktadır. Çalışmamızda sıvı besiyeri temelli otomatize kültür sistemiyle birlikte kullanılan katı besiyerinin iki hafta daha (sıvı besiyerinde negatif sonuç alındığı altıncı haftadan sonra) inkübe edilmesinin tanısal yararının araştırılması amaçlanmıştır. 01.01.2011-31.12.2021 tarihleri arasında mikobakteri laboratuvarında Bactec MGIT 960 otomatize kültür sistemi ve Löwenstein-Jensen (LJ) besiyerinde kültürü yapılmış 18901 örneğin verileri taranmıştır. İki kültür besiyerinden en az birinde üreme saptanmış örneklerin üreme sürelerinin istatistiksel analizleri yapılarak katı besiyerinin altı haftadan uzun süre inkübasyonunun tanıya katkısı hesaplanmıştır. En az bir besiyerinde mikobakteri saptanmış 1130 örnekten 1110'unun üreme sürelerine ait kayıtlara ulaşılmıştır [846'sı M. tuberculosis kompleks (MTBC), 264'ü Tüberküloz Dışı Mikobakteri (TDM)]. 1110 örnek içerisinden LJ besiyerinde 6-8. haftalarda mikobakteri üremesi saptanan 47 (%4.23) örnekten altısında (%0.54) MGIT'ta üreme saptanmamıştır. MTBC pozitif örneklerden LJ besiyerinde 6-8. haftalarda üreme saptanan 36 (%4.25) örnekten dördünde (%0.47) MGIT'ta üreme saptanmamıştır. TDM pozitif örneklerden LJ besiyerinde 6-8. haftalarda üreme saptanan 11 (%4.17) örnekten ikisinde (%0.76) MGIT'ta üreme saptanmamıştır. Sıvı kültür sistemiyle beraber kullanılan LJ besiyerinin altı haftadan uzun süre inkübe edilmesinin tüberküloz tanısına katkısının sadece %0.47 olduğu görülmüş olup altı hafta sonunda sıvı besiyeriyle birlikte katı besiyerinin de negatif olarak raporlanabileceği, erken raporlama protokollerinin hastalara, klinisyenlere ve laboratuvarlara önemli faydalar sağlayabileceği düşünülmüştür.
Jinekoloji hastalarında insan papilloma virüsünün (HPV) moleküler tespiti için idrar ve servikal sürüntü örneklerinin karşılaştırılması
Giriş ve Amaç: HPV servikal kanserin en önemli etkenlerinden biri olup, tanı ve tarama sürecinde HPV DNA saptanması büyük önem taşımaktadır. Bu çalışmada, servikal sürüntü ile eş zamanlı alınan ilk akım idrar örneklerinden elde edilen HPV DNA sonuçları karşılaştırılarak idrar örneklerinin tanısal performansı değerlendirildi. Ayrıca HPV DNA pozitifliği ile sitolojik anormallikler arasındaki ilişki incelendi. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya, MCBÜ Tıp Fakültesi Hafsa Sultan Hastanesi Jinekoloji Polikliniği'ne Eylül 2024–Mart 2025 tarihleri arasında başvuran, 18–65 yaş aralığında 300 kadın dahil edildi. Servikal sürüntü ve idrar örnekleri QIAscreen HPV PCR Test kiti ile çalışıldı. Sitoloji Bethesda 2014'e göre değerlendirildi. İstatistiksel analizlerde SPSS ve MedCalc programları kullanıldı. Bulgular: HPV DNA pozitifliği; servikal örneklerde %19.3 (n=58), idrar örneklerinde %15.3 (n=46), her iki örnekte eşzamanlı %14 (n=42) olarak bulundu. Servikal örnekler referans alındığında, idrar örneklerinin HPV DNA saptamadaki duyarlılığı %72.4, özgüllüğü %98.4 ve doğruluğu %93.3 idi. İki örnek türü κ = 0.768 ile iyi uyum gösterdi. Servikal ve idrar örneklerinde saptanan HPV genotiplerinde tam uyum görüldü. Ct değerleri karşılaştırıldığında, idrarda ortalama Ct değeri servikale göre anlamlı düzeyde daha yüksek bulundu (27.43±3.94 vs 23.05±4.39; p<0.0001). Ayrıca servikal Ct arttıkça idrar Ct değeri de anlamlı artış gösterdi (r = 0.40, p = 0.0086). ROC analizi, servikal örnekler için ≤ 25,6 ve idrar örnekleri için ≤ 29,59 olan optimal Ct kesme değerlerinde yüksek tanısal performans gösterdi. Hastaların 10'unda servikal sitolojik anormallik tespit edilip, 8'i ASC-US, 2'si LSIL olarak sınıflandırıldı. Bu hastaların 5'inde iki örnek türünde de pozitiflik saptanıp, pozitiflik oranı anormallik şiddetiyle arttı (ASC-US %37.5, LSIL %100). Sonuç: İdrar örnekleri, servikal HPV DNA pozitifliğini yüksek özgüllük ve güçlü uyum düzeyiyle yansıtabilmektedir. Bu doğrultuda, idrar temelli HPV DNA testlerinin tarama programlarına entegrasyonu; hasta katılımını artırarak serviks kanserinin erken tanısına katkı sağlayabilecek etkili bir strateji olarak değerlendirilmektedir. Anahtar Kelimeler: HPV DNA, idrar örneği, servikal sürüntü, tanısal performans, Ct değeri, duyarlılık, özgüllük.
Karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae suşlarında seftazidim-avibaktam'ın aztreonam, meropenem ve amikasin ile kombinasyonunun karbapenemaz tiplerine göre in vitro etkinliği
Karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae (KDKp), yüksek mortaliteye yol açan ciddi nozokomiyal enfeksiyonların başlıca etkeni olup, tedavi seçeneklerinin sınırlılığı nedeniyle önemli bir küresel sağlık sorunu oluşturmaktadır. Bu çalışmada, seftazidim-avibaktamın (CZA) aztreonam (AZT), meropenem (MEM) ve amikasin (AK) ile kombinasyonlarının in vitro etkinliği değerlendirilmiş; elde edilen sonuçların karbapenemaz genotipleri ile ilişkilendirilmesiyle birlikte KDKp enfeksiyonlarının tedavisinde klinisyenlere rasyonel kombinasyon seçiminde yol gösterici veriler sunulması amaçlanmıştır. Ocak–Kasım 2024 tarihleri arasında Manisa Celal Bayar Üniversitesi Hafsa Sultan Hastanesi Merkezi Laboratuvar Bakteriyoloji birimine gönderilen çeşitli örneklerden izole edilen 30 KDKp izolatı çalışmaya dahil edilmiştir. İzolatların tanımlanması ve rutin duyarlılık testleri VITEK-2 (BioMérieux, ABD) ile yapılmıştır. CZA, AZT, MEM ve AK için minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri E-test ile belirlenmiş ve antibiyotik kombinasyonların etkinliği E-test çapraz sinerji yöntemiyle değerlendirilmiştir. ΣFİK eşikleri ≤ 0,5 sinerji; >0,5 - ≤ 1 additif; > 1 - ≤ 4 etkisiz; > 4 antagonizm olarak kabul edilmiştir. Karbapenemaz genleri (blaKPC, blaNDM, blaOXA-48, blaVIM, blaIMP) polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile araştırılmıştır. İstatistiksel analizler IBM SPSS Statistics v21 ile yapılmış; grup karşılaştırmalarında Ki-kare ve/veya Fisher's Exact testleri kullanılmış, anlamlılık düzeyi p<0,05 olarak alınmıştır. CZA-AZT kombinasyonu tüm izolatlarda %100 sinerji gösterdi. CZA-MEM için sinerji %36,7 (11/30), additif %16,6 ve etkisiz %46,7; CZA-AK için sinerji %20, additif %23,3 ve etkisiz %56,7 bulundu. İzolatların hiçbirinde antagonist etkiye rastlanmadı. Kombinasyonlar arasında etki dağılımı anlamlı farklılık gösterdi (ki-kare=42,90; df=4; p<0,001). Genotipik olarak NDM pozitif izolatlarda CZA-MEM ile oranı %13,6 (3/22) iken NDM negatif izolatlarda %100 (8/8) idi (Fisher p<0,001). CZA-AK için NDM varlığında sinerji %9,1 (2/22), NDM negatiflerde %50,0 (4/8) bulundu (Fisher p=0,029). OXA-48 pozitif izolatlarda CZA-MEM sinerjisi %19,0 (4/21), OXA-48 negatiflerde %77,8 (7/9) olup fark anlamlıydı (Fisher p=0,004). OXA-48 ile CZA-AK sinerjisi arasında anlamlı ilişki saptanmadı (p=1,000). NDM ve OXA-48 pozitif izolatlarda CZA-MEM sinerjisi %5,6 (1/18) iken bu gen kombinasyonu negatif olan izolatlarda %100 (7/7) bulundu (Fisher p<0,001). NDM ve OXA-48 pozitif izolatlarda CZA-AK sinerjisi %11,1 (2/18) iken negatif izolatlarda %40,0 (2/5) gözlendi; ancak bu fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmadı (Fisher p=0,194). Sonuç olarak; KDKp gibi yüksek riskli izolatlarda kombinasyon tedavisi planlanırken, elde edilen bulgular CZA-AZT kombinasyonunun tedavide ilk sırada tercih edilebilecek güçlü bir seçenek olduğunu göstermektedir. Buna karşılık, CZA-MEM ve CZA-AK'nin etkinliği genotipik ve fenotipik profile bağlı olarak değişmektedir. Bu bulgular, KDKp tedavisinde direnç mekanizmalarının genotipik ve fenotipik düzeyde birlikte dikkate alınması ve in vitro kombinasyon testlerinden elde edilen verilerle desteklenmesinin, klinisyenlere daha rasyonel tedavi seçenekleri sunmada yol gösterici olacağını düşündürmektedir. Anahtar sözcükler: Klebsiella pneumoniae, seftazidim-avibaktam, aztreonam, meropenem, amikasin, sinerji, NDM, OXA-48
Akut solunum yolu enfeksiyonu bulguları ile başvuran 60 yaş üstü hastalarda RSV sıklığının ve şiddetli hastalıkla ilişkili risk faktörlerinin belirlenmesi
Bu çalışmanın amacı, akut solunum yolu enfeksiyonu (ASE) semptomlarıyla başvuran 60 yaş ve üzeri hastalarda RSV sıklığını ve şiddetli enfeksiyonlarla ilişkili risk faktörlerini belirleyerek bölgesel epidemiyolojik veri elde etmektir. Hastanemize 01.01.2024-31.03.2025 tarihleri arasında ASE semptomlarıyla başvuran 60 yaş ve üzeri 200 hastadan nazofaringeal sürüntü örnekleri alındı. Örnekler, QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel (Qiagen, Almanya) ile çalışıldı. Katılımcıların demografik verileri ve olası risk faktörleri anket formlarına kaydedildi. Hastaların %41'inde (82/200) en az bir viral etken saptanırken, RSV pozitifliği hastaların %5,5'inde (11/200) tespit edildi. RSV, en sık saptanan üç viral etken arasında yer alırken, Rinovirüs/Enterovirüs (%12,5) ve İnfluenza virüsleri (%12,5) daha yüksek oranlarda görüldü. RSV, klasik mevsimsel paterninden farklı olarak kış ve ilkbahar aylarında daha sık görüldü (p=0,030). RSV pozitif hastaların %78,5'i alt solunum yolu enfeksiyonu (ASYE) tanısı aldı ve ASYE tanısı yaşla birlikte artış gösterdi (p=0,018). Ayrıca, ASYE tanısı alan hastaların büyük çoğunluğu (%81,8) hastaneye yatırılarak tedavi edildi. Bu hastalarda, öksürük ve balgam en sık görülen semptomlardı. RSV pozitifliği ile ateş yüksekliği arasında ters korelasyon (p=0,053), nefes darlığı varlığı ile (p=0,054) sınırda istatistiksel anlamlılık gözlendi. Diğer viral etkenlere kıyasla RSV saptanan hastalarda hastaneye yatış (p=0,030), hipoksi gelişimi (p=0,041) ve yoğun bakım ihtiyacı (p=0,044) daha yüksek oranda görüldü. Sonuç olarak, elde edilen bulgular ilgili literatür eşliğinde değerlendirildiğinde, RSV'nin ileri yaş ve komorbiditesi olan bireylerde ciddi morbidite yükü oluşturduğunu ve bu yaş grubunda hastalığın daha ağır seyredebildiği, sıklıkla hastaneye yatış, yoğun bakım ünitesi ve solunum desteği gerektirdiğini göstermiştir. Bu nedenle, RSV enfeksiyonlarının epidemiyolojisini ve klinik sonuçlarının toplum sağlığına etkilerinin daha doğru değerlendirilebilmesi için, başta risk grupları olmak üzere farklı yaş gruplarını kapsayan çok merkezli ileri çalışmalara ihtiyaç vardır.
İntraamniotik enfeksiyonlar ve gebelik komplikasyonlarında genital mikoplazmaların, mycoplasma hominis ve ureaplasma urealyticum'un potansiyel rolü
İntrauterin enfeksiyonlar başta preterm doğum olmak üzere erken membran rüptürü, düşük tartılı doğum, intrauterin ölü doğum ve spontan abortus gibi gebelik anomalilerinin en önemli sebepleri arasındadır. Neisseria gonorrhoeae ve Chlamydia trachomatis gibi cinsel yolla bulaşan patojenlerin yanı sıra Mycoplasma hominis, Mycoplasma genitalium ve Ureaplasma urealyticum gibi bazı mikoplazma tür ve genotiplerinin de üst genitel organlara translokasyon göstererek özellikle gebelerde gebelik anomalilerine yol açtıkları çeşitli araştırmacılar tarafından iddia edilmiştir. Son yıllarda bazı özel M. hominis suşlarının plasental bariyeri geçerek fötal membranlara adeze olduğu ve enfeksiyon oluşturduklarının gösterilmesi, dikkati bu mikroorganizmalara yeniden yoğunlaştırmıştır. Çalışmamızda, preterm doğum ve gebelik komplikasyonları ile M. hominis ve membran rüptüründen sorumlu olduğu düşünülen arl, goiB ve goiC genlerini ve U. urealyticum arasındaki muhtemel ilişkiyi, kültür ve PCR ile araştırmayı amaçladık. Çalışmaya ≤34 hafta erken membran şüphesi bulunan 61 gebenin servikal, vajinal sürüntü ve idrar numuneleri ile ≤34 hafta gebeliği olan 21 sağlıklı gebenin örnekleri dahil edildi. Mikoplazma suşlarının doğrulaması PCR-RFLP yöntemi ile 16S-23S rRNA spacer bölge primerleri ve VspI-HindIII enzimleri kullanılarak gerçekleştirildi. Örneklerden DNA ekstraksiyonu yapılarak PCR yöntemi ile C. trachomatis ve N. gonorrhoeae varlığı araştırıldı. Kültür yöntemi ile 61 hastanın %9.8'inde mikoplazma ve %8.2'sinde ureaplazma, kontrol grubunun %9.5'inde mikoplazma ve ureaplazma üretildi. Spesifik primerler kullanılarak 61 hastanın %39.3'ünde M. hominis, %4.9'unda M. genitalium, %31.1'inde U. urealyticum ve %16.4'ünde C. trachomatis, kontrol grubunda sırası ile; %14.3, %9.5, %14.3 ve %38.0 tespit edildi. İdrar örneklerinde hedef DNA band profili gösterilemedi. M. hominis'in 16S-23S rRNA spacer bölge dizilerini çoğaltarak elde edilen amplikonlar, VspI enzimi ile kesilerek 113bp ve 123bp'deki band profilleri gösterildi. Hasta grubunda M. hominis'in tespit edildiği iki gebede arl ve kontrol grubunda bir gebede arl ve goiB pozitifliği tespit ettik. goiC hedef dizileri hiçbir gruptaki gebede tespit edemedik. Mikoplazma ve ureaplazmanın preterm doğum üzerindeki etkisi hala tam olarak kavranmamıştır. Daha fazla sayıda vaka ile daha ileri çalışmalar gerekmektedir.
Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus enfeksiyon insidansı ve genotiplerinin araştırılması
Rotavirus bütün dünyada yenidoğan ve küçük çocuklarda ciddi akut gastroenteritin en yaygın sebebidir. Bu çalışmanın amacı akut gastroenterit sebebi ile hastaneye başvuran 5 yaş ve altındaki çocuklarda rotavirus enfeksiyon insidansını ve genotiplerini tespit etmektir. Ocak-Aralık 2017 tarihleri arasında akut gastroenteriti olan 400 çocuğa ait dışkı örnekleri toplanmıştır. Rotavirus antijen varlığı Ridascreen Rotavirus ELISA (R-Biopharm AG, Germany) testi ile araştırılmıştır. Rotavirus pozitif örneklerden High Pure Viral RNA kiti (Roche Diagnostics, Germany) kullanılarak viral RNA ekstraksiyonu yapılmıştır. Rotavirus G ve P genotiplerinin tespiti için RT-PCR testi VP7 ve VP4 bölgesine spesifik konsensus primerler kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Daha sonra semi-nested multipleks PCR testi ile yedi rotavirus spesifik G genotipi ( G1-4, G8-10) ve altı rotavirus spesifik P genotipi (P[4], P[6], P[8]-[11]) araştırılmıştır. Rotavirus antijen pozitiflik oranı %22.7 (91) olarak tespit edilmiştir. Rotavirus antijen pozitifliği 0-24 ay yaş grubunda daha yüksek (%76.9) bulunmuştur. Rotavirus enfeksiyonu en fazla sonbahar mevsiminde, özellikle Kasım ayında (%38.5) görülmüştür. Rotavirus antijen pozitif 91 örneğin RT-PCR testi ile 89'u (%22.2) pozitif bulunmuştur. Toplam 89 dışkı örneğinde rotavirus G1 genotipi en fazla tespit edilen (%50.5) G genotipi olup bunu sırasıyla G2 (%21.3), G3 (%14.6) ve G9 (%3.4) takip etmiştir. En baskın P genotipi ise P[8] (%36) olup bunu sırasıyla P[6] (%22,5), P[4] (%19), P[9] (%4.5), P[10] (%3.4) ve P[11] (%1) izlemiştir. En yaygın görülen G/P kombinasyonu %21.3 ile G1P[8] olup diğerleri G2P[4] %12.4, G1P[6] %6.7, G2P[8] %4.5 ve G3P[8] %3.4 oranlarında gözlenmiştir. Rotavirus miks enfeksiyon insidansı %7.9 (7) olarak tespit edilmiştir. Sonuç olarak bu çalışmada tespit edilen rotavirus P ve G genotipleri mevcut rotavirus aşıların genotipleri ile uyumlu bulunmuştur. Bölgemizde rotavirus genotiplerinin belirlenmesi ve her yıl düzenli sürveyansı rotavirus aşı uygulamasını yaygınlaştırmak, aşı etkinliğini tespit etmek ve gelecekte alternatif rotavirus aşılarının geliştirilebilmesi için önemlidir. Anahtar sözcükler: Akut gastroenterit, rotavirus, RT-PCR, semi-nested multipleks PCR, genotipleme
Hepatosellüler karsinomalarda HBV ve aflatoksin metabolitleri ile aflatoksin maruziyetinin patogeneze katkısının gen düzeyinde araştırılması
Hepatosellüler karsinoma (HSK), dünyada erkeklerde beşinci, kadınlarda ise yedinci sırada görülen yaygın malignitelerden birisi olup primer karaciğer kanser olgularının %70-90'ını oluşturur. Kronik Hepatit B Virüsü (HBV) enfeksiyon prevalansı ve yüksek aflatoksin maruziyeti, HSK'nın önemli risk faktörlerini oluşturmaktadır.Diğer taraftan özellikle gıda menşeili aflatoksin ve metabolitlerinin karaciğerde neoplastik değişikliklere yol açtığı veya ko-faktör olarak katkı sağladığı uzun süreden beri speküle edilmektedir. Çalışmamızda, özellikle iklim ve beslenme tipi sebebi ile gıda menşeili Aflatoksin maruziyetine açık olan bölgemizde HSK gelişimi üzerinde Aflatoksin B1 (AFB1)'in ve kronik HBV'li hastalarda HBx geninin rolleri değerlendirilecektir. HBV ve Aflatoksinin hepatotoksisitede önemli olduğu düşünülen P53 gen bölgesindeki mutasyonlar üzerinde sinerjistik ilişkisi sorgulanacak ve moleküler mekanizmaları araştırılacaktır. Bu amaçla kronik HBV taşıyıcısı HSK'li hastaların parafine gömülü karaciğer biyopsi örneklerinden deparafinizasyon sonrasında AFB1 seviyesi ve Hbx onkoproteinini kodlayan gen bölgesinin varlığı araştırılacaktır. HBV ve AFB1'in HSK riski üzerindeki sinerjistik etkisi, tümör supresör p53 geninin kodon 249'da hotspot mutasyon sıklığı DNA dizi analizi veya B planı olarak RFLP yöntemi kullanılarak tespit edilecektir. Çalışmamız sonucunda bölgemizdeki HSK hastalarında Aflatoksine maruziyet durumu ile HSK gelişiminde bir risk faktörü olarak Aflatoksin B1'in önemi belirlenecek ve kronik HBV enfeksiyonlu HSK hastalarının tedavisinde göz önünde bulundurulacak önemli bir veri sağlanacaktır. Çalışmamız sonucunda çalışmaya dahil edilen HSK+HBV'li hasta grubunda yer alan bireylerin ortalama idrar AFM1 konsantrasyon seviyeleri, kontrol grubunda yer alan bireylerin ortalama konsantrasyon seviyeleri ile kıyaslandığında, hasta idrarlarında 0.130absorbans/2600pg/ml, kontrol grubunda ise 0,179 absorbans/1600 pg/mL değerleri ile hasta grubundaki AFM1 konsantrasyonunun daha yüksek olarak bulunmuş, kontrol grubu bireylerden 3 (%14.2)'ünün, hasta grubunda ise 4 (%11.4)'ünün idrar AFM1 tespit seviyesi altında kalmıştır. R249S mutasyon varlığının belirlendiği DNA örneklerinde HSK'lı hastalara ait örneklerin 6/35 (%17.1)'sında ve 5'inde (%14.3), kontrol grubu bireyleri arasında ise her iki yöntem ile yalnızca 2'sinde (%9.6) tümör supresör geni p53'de ilgili kodonda AGG>AGT mutasyon varlığı tespit edilmiştir. DNA dizi analizi yöntemi ile p53 geninde R249S mutasyonu tespit edilen 5'i HSK'lı 6 bireyin tamamında da PCR-RFLP ile mutasyon tespit edildiği görüldü.Hasta grubunda AFM1 konsantrasyonu en düşük 1340pg/ml ve en yüksek 5015pg/ml,DNA dizi analizi yöntemi ile mutasyon belirlenen 5bireyin ortalama AFM1 miktarı ise 3139 pg/ml olarak belirlendi.
İnvaziv enfeksiyonlardan izole edilen çoklu ilaç dirençli asinetobakter suşlarında, direncin moleküler karakterizasyonu, suşlar arası klonal ilişkinin PFGE (Pulse field gel elektrophoresis) ve MLST (Multi locus sequencing typing ) ile karşılaştırılması
Mortalitesi ve morbiditesinin yüksek olmasının yanı sıra iş gücü kaybı psikolojik ve ekonomik yük oluşturan SHİE'ın etkenleri arasında çoğunlukla yoğun bakım ünitelerinde ÇİD infeksiyon salgınlarıyla karşımıza çıkan ve güncel yayınlarda tüm ilaçlara dirençli suşlarının yayılmaya başladığı düşünülen asinetobakter infeksiyonlarının tedavisinde ve önlenmesinde büyük zorluklar yaşanmaktadır. Son yıllarda artan direncin yayılımının önlenmesinde en önemli strateji surveyans sistemlerinin oluşturulmasıdır. Bu çalışmanın amacı; klinik patoloji oluşturan ÇİD ya da Pan-drug A.baumannii izolatları ile toplum kökenli, poliklinik hasta örneklerinden izole edilen suşlarının direnç mekanizmalarının moleküler karakterinin sorgulanması, suşlar arası klonal ilişkilerin tespiti ve uluslararası izolatlarla karşılaştırılması ve direncin hastane ve toplumda yayılımının araştırılmasıdır. Bu çalışmada; Akdeniz bölgesinde nufüs hareketinin yoğun olduğu iki büyük şehirde bulunan 3. basamak iki ayrı hastaneden 18 ay boyunca, farklı klinik servisler, yoğun bakım üniteleri ve polikliniklerden tedavi hizmeti alan hastalardan alınan örneklerden izole edilen A.baumannii suşunu değerlendirdik. İzolatlar her iki merkezde otomatize sistemlerle tanımlandıktan sonra, merkezimizde de konvansiyonel yöntemler ve blaOXA-51 gen pozitifliğiyle doğruladık. İki merkezden gelen toplam 160 izolatın 3 tanesi blaOXA-51 negatif çıktığı için çalışmaya 157 izolatla devam ettik. İzolatlar arası klonal ilişkiler PFGE yöntemiyle değerlendirilirken, MLST yöntemiyle de uluslarası izolatlarla kıyaslama yaptık. Antibiyotik direncinin moleküler mekanizmalarının tespiti için yapılan PZR bazlı çalışmaların sonucunda; 157 izolatın 139' unun (%88.5) blaOXA-23, 76'sının (%48.4) blaOXA-235,19 unun (%12.1) blaOXA-24 pozitif olduğu, 74(%47.1) ünde blaOXA-23 ve blaOXA-235 birlikte iken blaOXA-24 pozitif olan19 izolatın 1'inde blaOXA-24 ve blaOXA-235 birlikte, 7' sinde blaOXA-23 ve blaOXA-24 ile birlikte ve 8 inde her 3 genin birlikte olduğu tespit ettik. Ayrıca ülkemizde daha önce çalışılmamış blaOXA-235 geninin blaOXA-23 den sonra en yüksek oranda tespit edilen karbepenamaz geni olduğunu bulduk. Ayrıca izolatların 56'sında (%35.7) TEM genini pozitif bulduk. Bunun yanısıra izolatların tamamında adeC geni tespit edilirken, adeB, adeR, adeA, adeS genleri sırasıyla %96.8, %95.5, %90.4 ve %74.5 oranında tespit ettik. Aminoglikozid direnci açısından incelendiğinde, en yüksek oranda (%68.2) armA metilaz geni tespit edilirken, AME genleri içinde en yüksek orana(%49) aph(3)1 in sahip olduğu bulduk. Kolistin direnciyle ilişkili pmrA genini ise %95.5 oranında pozitif tespit ettik. Çalşılan 157 izolatın PFGE analizi sonucunda 79 farklı pulsotip ortaya çıkarken,149 izolat %85 benzerlik seviyesinde 14 farklı PFGE grubunda(A-Y) kümelenirken 8 izolatın tamemen ilişkisiz olduğunu tespit ettik. C grubu (n=43), G grubu (n=27), D grubu (n=21) ana gruplar olduğu C grubunda özellikle yoğun bakım izolatlarının kümelendiğini gördük. İzolatların %94.9 unda tespit edilen klonal ilişki A.baumannii izolatlarının dağılımının büyük farklılıklar oluşturmadığını düşündürdü. Çalışmamızda rastgele seçilen 41 izolata uyguladığımız MLST analizi sonucunda 2 izolat ST718,1 izolat ST158 dizi tipine ait iken kalan 38 izolatın Avrupadaki en yaygın dizi tipi olduğu bilinen ST-2 dizi tipine sahip olduğunu gördük. Bu çalışmanın Türkiye'de A.baumannii infeksiyonlarının tedavisi ve önlenmesi için oluşturulacak politikalara ışık tutacağını düşünmekteyiz. Ülkemizde salgın oluşturan klonlar net bilinmemekteyken bu çalışmayla Avrupada en yaygın olduğu bilinen CC-2 klonunun ülkemizde de en yaygın klon olduğu sonucuna vardık.
Hepatit B açısından potansiyel rezervuar konak olan tıbbi sülüklerin transoveryal nakildeki rolünün araştırılması
Hirudoterapi, tıbbi sülükler (Hirudo verbana) kullanılarak uygulanan, geleneksel tamamlayıcı tıbbın en eski yöntemlerinden biridir ve günümüzde birçok klinik alanda destekleyici tedavi olarak tercih edilmektedir. Ancak bu yöntemin yaygın kullanımına rağmen, kan yoluyla bulaşan enfeksiyonlar açısından taşıdığı potansiyel riskler halen önemini korumaktadır. Bu çalışmada, Hepatit B virüsünün (HBV) sülükler aracılığıyla nesiller arası (dikey) bulaş gösterip göstermediği ve sülüklerin biyolojik atıkları veya salgıları yoluyla çevreye yayılıp yayılmadığı araştırılmıştır. HBV ile enfekte insan kanıyla beslenen 52 anaç sülükten elde edilen 90 yavru, 15 çevresel örnek ve 13 yumurta kabuğu, qPCR yöntemiyle analiz edilmiştir. Hiçbir örnekte HBV'ye rastlanmamıştır. Bulgular, sülüklerde HBV'nin dikey bulaş göstermediğini ve çevresel yayılım riskinin düşük olduğunu göstermekte; böylece sürdürülebilir ve güvenli hirudoterapi uygulamaları için bilimsel bir temel sunmaktadır.
Klinik örneklerden izole edilen staphylococcus aureus ve koagülaz negatif stafilokoklarda dezenfektan/antiseptikler ve antibiyotik direncinin moleküler mekanizmalarının tespiti ve suşlar arasındaki filogenetik ve klonal ilişkinin SPA gen sekans tipleme ve pulse field gel electrophoresis yöntemleri ile araştırılması
Dünya genelinde hızla yayılan antibiyotik direnci ve son zamanlarda bu direnç ile ilişkilendirilen antiseptik ve dezenfektan maddelere karşı gelişen direncin epidemiyolojisi ve moleküler mekanizmalarının bilinmesi özellikle hastane kökenli infeksiyonların önlenmesi için oldukça önemlidir. Bölgemizin Suriye ile sınırı olması ve orada yaşanan iç savaş nedeniyle oluşan göç endojen floranın ve mikroorganizmalara ait direnç profillerinin zaman içerisinde değişmesine neden olmuştur. Çalışmamızda hastanemizdeki çeşitli poliklinik ve servislerden izole edilen stafilokok suşlarının antiseptik ve dezenfektan direnç genleri, spa tiplendirmesi ve Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) yöntemiyle klonal ve filogenetik ilişkileri araştırılmıştır. Laboratuvarımıza rutin olarak gönderilen materyallerden izole edilen stafilokoklar bakteriyolojik yöntemlerle ve Vitek 2 otomatize sistemle tanımlandıktan sonra tümünde qacA/B ve qacC genleri taranmış olup, MRSA olduğu belirlenen suşların spa tiplendirmeleri ve PFGE analizleri yapılıp Ridom yazılım programıyla değerlendirilmiştir. İncelenen örneklerin % 41'inde her iki gen grubu pozitif olmak üzere % 76'sının qacA/B geni, % 57'sinin qacC (smr) geni taşıdığı, tespit edilmiştir. PFGE analizi sonucu MRSA izolatlarının 5 büyük küme ve bu kümelere ait 15 alt küme içerisinde yoğunlaştıkları görülmüştür. Epidemiyolojik olarak baskın spa tipinin % 31'lik oranla t223 olduğu ortaya konmuştur. İzolatların genotipik incelemeleri, antibiyotik direnç profilleri ve hastane infeksiyonu olarak tanımlanan olgulardan izole edilme oranları değerlendirilerek t223'ün % 31'lik insidans ile dominant genotip olduğu ve bu gen kümesinin Suriye'li hastalara ait klon olduğu düşünülmüştür. Toplum kökenli olduğu düşünülen spa tiplerinin ise % 10'luk oranlarla t1347 ve t105 oldukları tespit edildi. Kısa dönemli salgın incelemelerinde ve uzun dönemli soy ilişkisi araştırmalarında spa tiplendirme yönteminin ile PFGE'nin birlikte kullanılmasının klonal ilişki tespiti için daha yüksek ayırım gücü vereceği, bu çalışmanın daha uzun süre ve daha fazla örnek kullanılarak toplum ve hastane klonlarının takibinde kullanılmasının faydalı olacağı düşünülmüştür.
Böbrek nakli yapılan hastalarda ameliyat öncesi ve sonrası görülebilecek enfeksiyon etkenlerinin araştırılması
Böbrek transplantasyonu böbrek yetmezliğinin en önemli ve başarılı tedavi yöntemidir. Transplantasyon sonrasında özellikle ilk 6 ayda enfeksiyonlar sıkça görülmektedir. Bu çalışmada Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesi Organ Nakli Merkezinde kadavra ve canlı donörden böbrek nakli yapılan 45 hasta incelenmiştir. Yapılan incelemede ameliyattan 1 hafta önce ve 1, 3, 6 ay sonra alınan; idrar, kan, solunum yolu ve yara örneklerinin kültürlerinde üreyen etkenler, kanda real time PCR yöntemiyle çalışılan CMV ve BKV DNA'sı; ayrıca idrar sitolojisinde tespit edilen bakteri, virus ve mantar etkenlerinin araştırılması amaçlanmıştır. Nakil öncesi idrar kültürü yapılan 19 hastanın tamamında üreme olmadığı görülmüştür. Nakilden sonra ise en sık E. coli 7(%31.81), K. pneumoniae ve C. nonalbicans 5(%22.72) ve E. faecalis 4(%18.18) üremiştir. Ameliyat öncesinde hastaların 42'sinden kan kültürü yapılmıştır. Bunlardan 40(%95.2)'ında üreme görülmemiş, sadece 2(%4,8)'sinde (Oligella ureolytica ve KNS )üreme olmuştur. Nakil sonrasında kan kültüründe en sık S. hominis 4(%36.36), S. epidermidis 3(%27.27), P. aeruginosa ve A. baumannii 2(%18.18) üremiştir. Nakilden 3 ve 6 ay sonra gereklilik durumunda 9 hastanın solunum yolu örneklerinin kültüründe ise en sık A. baumannii 4(%44.44), K. pneumoniae 3(%33.33) , A. fumigatus ve C. albicans 1(%11.11) üremiştir. Hastaların 10(%22.22)'unda M. tuberculosis kültürü yapılmış ve pozitiflik elde edilmemiştir. Nakil sonrasında yara kültürü yapılan 10 hastada en sık A. baumannii 3(%30), K. pneumoniae ve S. epidermidis 2(%20), C. krusei 1(%10) ürediği görülmüştür. Nakilden sonra real time PCR yöntemiyle çalışılan 38 hastanın 11(%28.94)'inde BK virus pozitifliği, 41 hastanın 25(%60.98)'inde CMV virus pozitifliği tespit edilmiştir. İdrar sitolojisi bakılan 31 hastanın 11(%35.49)'inde decoy hücresi pozitifliği saptanmıştır. Decoy hücresi pozitifliği ve negatifliği ile CMV ve BKV DNA pozitiflikleri ve negatiflikleri karşılaştırıldığında, özellikle BK virusun erken sitopatik etkisinin araştırılması açısından idrar sitolojisinin önemli bir yöntem olduğu görülmüştür. İmmunsupresif tedavinin yoğun olarak uygulandığı 1-6. aylar arasında görülen viral enfeksiyonların (BKV ve CMV) ve bunlara eşlik eden fırsatçı enfeksiyonların böbrek transplantasyonu yapılan alıcılar için gerek böbrek kaybı gerekse hastanın hayatını kaybetmesi açısından risk oluşturduğu görülmüştür. Anahtar Kelimeler: Böbrek transplantasyonu, Bakteri, Virus, Mantar.
Hepatit b virus ile ilişkili hepatosellüler karsinomada potansiyel biomarker olan mikrorna'ların serum ve dokuda araştırılması
Hepatosellüler karsinoma (Hepatocellular Carcinoma; HCC) primer karaciğer kanserin %90'ını oluşturur ve bütün dünyada en yaygın beşinci kanser ve kanserle ilişkili ölümün ikinci sebebidir. Hepatit B virus (HBV) enfeksiyonu HCC gelişimi için en önemli risk faktörlerinden biridir. mikroRNA'lar (miRNA'lar) tamamlayıcı mRNA'ların hem stabilitesini hem de translasyonunu etkileyerek transkripsiyon sonrası düzeyde gen ekspresyonunu düzenleyen 22 nükleotid uzunluğunda yüksek oranda korunmuş küçük kodlayıcı olmayan RNA'lardır. miRNA'lar düşük pH ve RNAaz'a direnç gibi koşullar altında önemli stabilite gösterdiğinden dolayı HCC'nin erken tespiti için yeni potansiyel biomarker olarak kullanılabileceğini göstermiştir. Bu çalışmanın amacı HBV ile ilişkili hepatosellüler karsinomada potansiyel biomarker olan miRNA'ların serum ve dokuda araştırılmasıdır. Mart 2016-Aralık 2019 tarihleri arasında HBV ile ilişkili 35 HCC hastası, 35 kronik HBV hastası (KHB) ve 30 sağlıklı bireylerden alınan serum ve doku örneklerinde miR-21-5p, miR-122a-5p, miR-182-5p, miR-221-5p ve miR-223-5p'nin ekspresyon seviyeleri kantitatif real-time PCR testi (miScript SYBR® Green PCR Kit, Qiagen, Germany) ile analiz edilmiştir. Serum miR-21-5p, miR-122a-5p, miR-182-5p ve miR-221-5p ekspresyon seviyesi HCC'li hastalarda KHB'li hastalar ve kontrol grubuna göre upregüle iken serum miR-223-5p ekspresyon seviyesi HCC'li hastalarda KHB'li hastalar ve kontrol grubuna göre downregüle bulunmuştur. Doku miR-21-5p, miR-182-5p ve miR-221-5p ekspresyon seviyesi HCC'li hastalarda KHB'li hastalar ve kontrol grubuna göre upregüle iken doku miR-122a-5p ve miR-223-5p ekspresyon seviyesi downregüle olarak tespit edilmiştir. İstatiksel olarak anlamlı bulunan serum ekspresyon seviyelerinin HCC'li hastalarda kontrol grubuna göre ROC (Reciever Operator Characteristic Curve; ROC) analizi ile tanısal değerlendirilmesinde miR-21-5p'nin AUC (Area Under Curve; AUC) değeri 0.763, miR-122a-5p AUC değeri 0.819, miR-221-5p'nin AUC değeri 0.721 ve miR-223-5p'nin AUC değeri 0.801 olarak tespit edilmiştir. İstatiksel olarak anlamlı bulunan doku ekspresyon seviyelerinin HCC'li hastalarında kontrol grubuna göre ROC analizi ile tanısal değerlendirilmesinde miR-21-5p'nin AUC değeri 0.801, miR-122a-5p AUC değeri 0.629, miR-221-5p'nin AUC değeri 0.706 ve miR-223-5p'nin AUC değeri 0.560 bulunmuştur. Sonuç olarak, HCC'yi KHB ve sağlıklı bireylerden doğrulukla ayıran miR-21-5p, miR-122a-5p, miR-221-5p ve miR-223-5p'nin HCC'li hastaların erken tanısı ve prognozunda potansiyel biomarker olarak kullanılabileceği gösterilmiştir. Bu miRNA'ların serum ve doku ekspresyon seviyeleri KHB'nin siroz ve HCC'ye ilerlemesinin bir göstergesi olarak kullanılabilir.
Aktif akciğer tüberkülozunun erken tani ve prognozunda MIR-29a, MIR-144, MIR-146A ve MIR-155 ile IL-6, TNF-α, IFN-γ, IL-17 ve IL1-β'nin prediktif marker olarak değerlendirilmesi
Tüberküloz, hayatı tehdit eden en eski enfeksiyonlardan birisi olup, tüm dünyada hala mortalitenin en önemli sebepleri arasında yer almaktadır. Yaklaşık olarak dünya nüfusunun 1/4'nin M. tuberculosis ile enfekte olduğu her yıl 10 milyondan daha fazla kişide aktif tüberküloz geliştiği en az 1 milyon kişinin de tüberküloz sebebi ile hayatını kaybettiği tahmin edilmektedir. Aktif tüberküloz gelişiminde; konağın immün yapısı, genetik faktörler, çevre şartları ve konak-patojen etkileşimi son derece önemli rol oynamaktadır. Günümüzde halen tüberkülozun moleküler patogenezi ve immünopatolojik olaylar tam olarak aydınlatılamamıştır. Ancak tüberküloza karşı koruyucu immunitede konağın immün yapısının son derece önemli rol oynadığı bilinmektedir ve bu süreç immün sistemin birçok komponentini içermektedir. İnsan ve hayvan modelli deneysel çalışmalarda MikroRNA'ların ve sitokinlerin mikobakteriyel enfeksiyonlarda ve enfeksiyonun seyrinde önemli rol oynadığı gösterilmiştir. MikroRNA'lar hücre farklılaşması, gelişim, apoptosis ve immün cevabı da içeren birçok biyolojik süreçte önemli rol oynamaktadır ve başta kanser olmak üzere, tüberküloz gibi yüksek morbidite ve mortalite gösteren enfeksiyonlarla ilişkisi gösterilmiştir. Sitokinler de hücresel seviyede immünolojik cevabı regüle eden, çeşitli hücre alt grublarını immünite ve inflamasyonda biraraya toplayan küçük moleküllerdir. Tüberküloz kontrolü ve tedavinin takibi için prediktif tanı yöntemlerinin geliştirilmesi son derece önemlidir. MikroRNA'lar ve sitokinler aktif tüberkülozun erken tanısında, tedavinin prognozunda ideal potansiyel biyomarker ve terapotik ajan olarak umut vadeden biyobelirteçlerdir. Bu araştırmada; Çukurova Üniversitesi Tropikal Hastalıkları Araştırma Merkezi Bölge Tüberküloz Laboratuvarına gönderilen, mikrobiyolojik olarak tüberküloz tanısı konmuş, tedavi almamış 50 hasta ve 50 sağlıklı birey dahil edildi. Her bir hastadan ve kontrol grubundan kan örnekleri alınarak plazma elde edildi ve immün cevapla ilişkili genlerin regülasyonunda rol oynadığı bilinen miR-29a miR-144, miR-155, miR146-a'nın ifade düzeylerindeki değişim yüksek kapasiteli real-time PCR cihazı ile, tüberküloza karşı koruyucu immünitede rol oynayan IL-6, TNF-α, IFN-γ, IL-17, IL1-β'nın seviyeleri ise Enzyme Linked-Immunosorbent Assay (ELISA) yöntemiyle değerlendirildi. Aynı zamanda elde edilen sonuçların Receveir Operating Curve (ROC) Analizi ile duyarlılık ve özgüllük değerleri belirlendi. Hasta ve kontrol grubu karşılaştırıldığında, plazmada miR-146a, miR-29a ve miRNA-144 ifade düzeyleri, TNF-α, IFN-γ, IL-17, IL1-β'nın ifade düzeyleri arasında istatiksel olarak anlamlı bir ilişki mevcut idi (p<0,005). ROC analizi sonucunda miR-29a, miR-144 ve miR-146a'nın iki grup arasında yeterli ayrım gücüne sahip olduğu bulundu. mikroRNA genleri ile sitokinler arasında istatistiksel olarak anlamlı bir korelasyon bulunamadı. Sonuç olarak, aktif akciğer tüberkülozlu hastaların plazma mikroRNA ve sitokin düzeylerindeki değişim, kontrol grubu ile karşılaştırıldığında özellikle mikroRNA düzeylerindeki farklılıkların sitokin sekresyon düzeyleri ile korelasyonunun aktif tüberküloz tanısında ve prognozunda diagnostik biyomarker olarak önemli olduğu ve konağa ait bu biyobelirteçlerin tüberküloz immünpatogenezindeki rolünün daha iyi anlaşılması için yapılacak daha geniş sürveyans çalışmalarına katkı sağlayacağı sonucuna varıldı.
Türkiye Cumhuriyeti vatandaşı ve yabancı uyruklu pulmoner tüberkülozlu hastalardan izole edilen mycobacterium tuberculosis kompleks suşlarının filogenetik ilişkisinin mıru-VNTR ve spoligotipleme ile tespiti
Pulmoner tüberküloz yaklaşık 70 yılı aşkın süredir uygulanan korunma, kontrol ve ilaç ile tedavi çabalarına rağmen, özellikle gelişmekte olan ülkelerde, halk sağlığını tehdit eden önemli hastalıklar arasında yer almaktadır. Düşük sosyoekonemik seviyeye sahip beslenme ve hijyen şartlarının yetersiz olduğu toplumlarda yüksek insidansa ulaşan tüberküloz, 90'lı yıllardan itibaren tüm dünyada pandemi haline dönüşen HIV enfeksiyonlarından sonra gelişmiş ülkelerdeki refah toplumları için de ciddi tehdit haline gelmiştir. Anti-tüberküloz tedavide kullanılan ilaçların hastalar tarafından tolere edilememesine bağlı olarak irrasyonel kullanılımları, tüberküloz tanısında özellikle endemik gelişmekte olan ülkelerde yaşanan yetersizlikler sebebi ile geç tanı ve tedavi başlangıcı ve nihayet hastanın ilaca ulaşamaması Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTBK) suşlarında anti-tüberkülozlara karşı ilaç direncini provake etmiştir. Tek ilaca karşı direnç ile başlayan bu gelişim majör ve minör bütün ilaçlara karşı dirençli XDR (Yaygın ilaç dirençli) suşların ortaya çıkmasına yol açmıştır. Günümüzde TB tehditinin yeni adı MDR, XDR-MTB'dir. Bölgemizde, özellikle sınırötesi komşu ülkelerde son 7 yıldır yaşanan sıcak gelişmeler bu ülkelerde sefaletin yanı sıra büyük ölçüde insan hareketlerinin yaşanmasına sebep olmuştur. Bu bağlamda en fazla sayıda göç alan ülkemiz ve özellikle Çukurova bölgesi göç hareketlerinin doğuracağı önemli sağlık problemlerine de açıktır. Bu çalışmada savaş, yokluk ve kötü hijyen şartlarında geniş halk kitleleri arasında kolaylıkla yayılan MTBK türlerinin göç hareketleri sonrasında bölgemizde görülen MTBK türleri ve prevelansına etkisi genotip düzeyinde irdelenecektir. Bölgemizde sürdürmekte olduğumuz tüberküloz korunma ve kontrol programlarının başarısı ve dış kaynaklı insan hareketlerini bölgedeki MTBK suşların klonal çeşitliliğine etkisini gösterebilmek ve tanımlanan klonların hastaların meşei ile muhtemel ilişkilerini ortaya koymak amacı ile T.C. vatandaşı ve Suriye uyruklu pulmoner tüberkülozlu hastalara ait klinik materyallerden izole edilen MTBK suşlarının; MIRU-VNTR ve mikroboncukların kullanıldığı spoligotipleme yöntemleri ile genotip düzeyinde tespitini amaçladık. Bu çalışmaya Ç.Ü. Rektörlüğü THAUM bünyesinde yer alan T.C. Sağlık Bakanlığı Halk Sağlığı Kurumu Adana Bölge Tüberküloz Laboratuvarına bağlı 8 ildeki hastane ve VSD'de pulmoner tüberküloz veya şüpheli temas öyküsü ile takip edilen 59'u T.C. vatandaşı, 41'ide Suriye uyruklu hastalara ait klinik materyallerden izole edilen 100 MTBK suşunu dahil ettik. Bu klinik izolatları MIRU-VNTR ve mikro boncukların kullanıldığı TB-SPRINT metodları ile klonal ilişki yönünden değerlendirdik. Çalışmaya dahil izolatlarımızın, 74'ünün (%75.5) birden çok üyeli 8 kümeye dağıldığı ve 24 suşun da unique profil oluşturduğu toplam 32 farklı spoligotip profili gösterdiğini, Türk ve Suriyeli hasta klinik izolatlarında baskın spoligo ailesinin sırası ile 28/59 (%47.5) ve 17/39 (%43.6) üyeli T1 olduğunu bunu yine her iki popülasyonda da sırası ile 17/59 (%28.8) ve 11/39 (%28.2) üyeli TUR ailesinin izlediğini gördük. Diğer taraftan suşlarımızın MIRU-VNTR yöntemi ile birden fazla üyeli 10 küme ye dağıldığı, 71 farklı MIRU-VNTR paterni belirledik. Klonal dağılıma ait genel epidemiyolojik bulguları değerlendirmemiz sonunda; her iki uyruğa ait hasta izolatlarının benzer klonal özelliklere sahip olduklarını, Suriye uyruklu vatandaşlarda T.C. vatandaşlarında görülmeyen, T.C. vatandaşlarında da Suriye'li hasta izolatları arasında yer almayan az sayıda farklı klonun olduğunu, ancak bu klonların sayısının azlığı sebebi ile bölgeye yeni klonların taşındığının söylemenin mümkün olmadığını, indeks çalışma özelliğine sahip olan çalışmamız sonuçlarının periyodik olarak tekrarlanacak benzer çalışmalarda, yani long-term sürveyans ile elde edilecek sonuçlarla kıyaslanması halinde, bölgemizdeki MTBK suşlarının hareketi hakkında daha kesin sonuçlar elde edilebileceği kanaati oluşmuştur.
Tüberküloz tanısında led floresan mikroskopinin performansının değerlendirilmesi
Amaç: Projenin amacı akciğer tüberkülozu kuşkusu olan hastaların solunum yolu örneklerinin mikroskobik incelemesinde LED floresan mikroskopi (LED FM) ile Erlich Ziehl Nelseen (EZN) boyama yöntemini karşılaştırmak ve kültür sonuçları referans alınarak LED FM'nin performansını araştırmaktır. Gereç ve Yöntem: Araştırmada Şubat 2018-Aralık 2019 döneminde Manisa Celal Bayar Üniversitesi Hafsa Sultan Hastanesi Tüberküloz Laboratuvarında akciğer tüberkülozu ön tanılı hastalardan alınan solunum yolu örnekleri incelenmiştir. NALC-NaOH yöntemi ile işlenen örneklerden ikişer yayma hazırlanmış ve yaymalar iki okuyucu tarafından kör olarak hem EZN hem de LED FM ile incelenmiştir. Performans değerlendirmesinde kültür sonuçları referans alınmıştır. Bulgular: Araştırmada 1499 solunum yolu örneği değerlendirilmiştir. Örneklerin 134'ünün (%8.9) kültüründe mikobakteri üremiştir. Kültür sonuçları referans alındığında LED FM'nin duyarlılığı %64,2, özgüllüğü %96, pozitif prediktif değeri %61.4 ve negatif prediktif değeri %96.5 bulunmuştur. EZN yönteminin duyarlılığı ise %51.5, özgüllüğü %99.9, pozitif prediktif değeri %97.2 ve negatif prediktif değeri %95.4'dir. Ancak LED FM'de yayma şüpheli, kültür negatif (54/1365) sonuçlar EZN'den (0/1365) anlamlı olarak yüksek bulunmuştur. Bunun nedeninin okuyucuların deneyim eksikliğine bağlı olduğu düşünülmüştür. LED FM inceleme süresi %69 zaman tasarrufu sağlanmıştır. LED floresan mikroskopların maliyetleri yüksek olmakla birlikte florokrom boyama maliyeti EZN boyama yönteminden ucuz bulunmuştur. Okuyucular arasındaki uyum iyi derecede bulunmuş ve okuyuculara yapılan anket sonucu rutin incelemede LED FM tercih edilebileceği belirlenmiştir. Sonuç: LED FM'nin duyarlılığı EZN'den %12.7 daha yüksek bulunmuştur. Ancak yanlış pozitif sonuç oranının yüksek olması nedeni ile LED FM'nin okuyuculara gerekli eğitim verildikten sonra kullanıma girmesi gereklidir. LED FM'nin ülkemizde büyük ölçekli laboratuvarlarda kullanılmasının maliyet etkin olacağı düşünülmüştür.
Gram-negative bacteria and antimicrobial resistance rates isolated from the lower respiratory tract of intensive care patients depending on mechanical ventilator: Five-year retrospective analysis
Gram-Negative Bacteria and Antimicrobial Resistance Rates Isolated from the Lower Respiratory Tract of Intensive Care Patients Depending on Mechanical Ventilator: Five-Year Retrospective Analysis Aim: The aim of the study is to demonstrate the importance of an active surveillance program in recognizing multiple drug resistance outbreaks in intensive care units, review of antimicrobial use to prevent the emergence of antibiotic resistant strains. Materials and Methods: Selection of cases and collection of data; between January 2015-December 2019 Celal Bayar University, Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Bacteriology Laboratory Lower respiratory tract samples of ventilator dependent patients hospitalized in intensive care units were analyzed retrospectively. Isolated gram negative bacteria species were included in the study. Results: 1294 grams of negative bacteria growth was detected from respiratory samples. Acinetobacter baumannii is the most common gram negative bacteria, second common bacteria is Pseudomonas aeruginosa and the third one is Klebsiella pneumoniae. In our study, Tigesiklin is effective for Acinetobacter baumannii with a resistance rate of 12.09% and is one of the best options for MDR microorganisms. The resistance rate of colistin was found to be 0.84% in our study. Colistin has been an indispensable agent in the treatment of Acinetobacter baumannii. No colistin resistant isolate detected for Pseudomonas aeruginosa. Amikacin Low resistance rate (18.26%) High efficacy of cephalosporins were found. Conclusions: In conclusion, this study demonstrates the importance of an active surveillance program in recognizing multiple drug resistance outbreaks in intensive care units, and the importance of reviewing antimicrobial use to prevent the emergence of antibiotic resistant strains and maintaining the therapeutic option available for the maintenance of such infections. The approach to MDR bacterial infections should be regulated in the light of current surveillance data. Thus, both cost-effective and targeted treatment are planned. Key words: gram negative, ventilator-associated pneumonia, resistance
Toplum ve hastane kökenli sistemik enfeksiyonlardan izole edilen karbapenem dirençli klebsiella pneumoniae suşlarının moleküler sürveyansında kapsül tipleri ve virulans faktörlerinin önemi
K. pneumoniae suşları günümüzde sıklıkla irrasyonel antibiyotik kullanımına bağlı olarak tüm dünyada yeniden önem kazanan halk sağlığı tehdidi haline gelmiştir. Özellikle hastane enfeksiyonlarından izole edilen karbapenemler ve geniş spektrumlu β- laktam grubu antibiyotiklere dirençli suşlar morbidite ve mortalitenin en önemli sebeplerindendir. K. pneumoniae enfeksiyonları hastaların, hastanede yatış sürelerinin uzamasına, daha etkili ve geniş spektrumlu rezerv ilaçların kullanılma mecburiyetine, tedavi maliyetlerinde artışa ve etken suşların geniş spektrumlu ajanlara hızla direnç kazanmasına sebep olmaktadır. Pnömoni, üriner sistem enfeksiyonları, cerrahi alan enfeksiyonları ve bakteriyemi gibi sık karşılaşılan hastane enfeksiyonlarından izole edilen K. pneumoniae suşlarında plazmidler aracılığı ile taşınan karbepenem direnç genlerinin suşlar arasında hızla yayılması bu suşların yarattığı tehdidin boyutlarını hızla büyütmektedir. Epidemiyolojik çalışmalarda karbapenem grubu antibiyotikler başta olmak üzere antimikrobiyallere direnç ve kapsül serotipleri arasında ilişki olabileceği ileri sürülmüştür. Karbepenem dirençli suşların geniş spektrumlu antibiyotiklere karşı kolaylıkla direnç kazanmaları ile kapsül yapısı gibi prognozu etkileyen diğer virulans faktörleri arasındaki muhtemel ilişkilerinin klonal düzeyde belirlenmesi, hem tedavinin doğru yönlendirilebilmesi hem de yayılımın önüne geçilebilmesi açısından önem göstermektedir. Çalışmamızda Çukurova bölgesinde sistemik enfeksiyonlardan izole edilen ve karbapenem dirençli olduğu belirlenenen K. pneumoniae suşlarında karakterize edilmiş belirli virulans faktörlerinden hangilerine sahip oldukları ve kapsül serotipleri belirlenerek, VNTR yöntemi ile suşların muhtemel klonal ilişkileri irdelenmiştir. Çalışmamız bu suşların sahip oldukları virulans faktörleri ve kapsül serotipleri ile klonal ilişki yönünden gösterdikleri benzerliklerin klinikle korelasyonlarına göre epidemiyolojik veri oluşturarak benzer enfeksiyonların tedavisinde daha hızlı karar verilmesine ve antibiyotiklerin daha akılcı kullanılmasına yardımcı olmak amacı ile gerçekleştirilmiştir. Anahtar Kelimeler: Hastane Enfeksiyonu, Kapsül Tipi, Karbapenem, Klebsiella pneumoniae, Virulans Faktör
Escherichia coli 'nin O25B -ST131 klonunun ve CTX-M-15 benzeri genişlemiş spektrumlu beta laktamazın PCR ile belirlenmesi
Genişlemiş spektrumlu beta laktamazlar (GSBL) Enterobacteriaceae'de sık görülmektedir. Özellikle E.coli serotip O25b: H4, filogenetik grup B2 ve sekans tipi 131 (ST131) GSBL tipi CTX-M-15 ile karakterize edilen küresel olarak yayılan uluslararası bir klon grubu çoklu ilaç direnciyle (MDR) gelişen enfeksiyonların tedavisini de güçleştirmektedir. Çalışmamızda 17.4.2019-21.7.2019 tarihleri arasında çeşitli servis ve poliklinik hastalarından alınan idrar örneklerinin GSBL pozitif 85 E. coli izolatının ST131 klonu ve blaCTX-M-15 β-laktamaz geninin prevalansı ayrıca antibiyotik duyarlılık durumunun belirlemesi amaçlandı. Bakterinin tanımlanması, GSBL varlığı ve antibiyotik duyarlılıkları VITEK2 otomatize sistemiyle (bioMérieux, Fransa) tanımlandı. Duyarlılık sonuçları EUCAST kriterleri esas alınarak belirlendi. GSBL üretimi çift disk sinerji testiyle doğrulandı. Ardından GSBL kodlayan blaCTX-M-15 ve blaCTX-M-3 genler Real time PCR ile analiz edildi. Toplam 85 GSBL pozitif E coli izolatının 59'u (%69.4) bla CTX-M genleri için pozitifti, bunun 25(%29.4)'inde CTX-M-15, 34(% 40)'ünde CTX-M-3 pozitif olup, 26(%30.5)'sında CTX-M-3 ve CTX-M-15 β-laktamaza sahip değildi. CTX-M-3 ve CTX-M-15 pozitif 59(%69.4) suşlar için en hassas (%100) karbapenem (ertapenem ve imipenem) ve en dirençli (%100) ampisilin ile sefalosporin grubu antibiyotiklerdi. GSBL pozitif 85 E. coli suşunun 23(%27.1)'ünde Real time PCR ile ST131 klonunu tespit ettik, 62(%72.9)'si ise negatifti. Bu grupta da en hassas antibiyotikler %100 karbapenem (imipenem ve ertapenem) olup en dirençliler ise (%100) sefalosporinler (sefiksim, seftazidim, seftriakson, sefuroksim), ampisilin ve AMC idi. Anahtar Kelimeler: CTX-M enzim türleri, Escherichia coli, ExPEC, Polimeraz zincir reaksiyonu, ST131,
Çocuklarda toplum kökenli ve nozokomiyal respiratory syncytial virus ve diğer viral solunum yolu enfeksiyonlarının araştırılması
Solunum yolu virusları bütün dünyada toplum kökenli solunum yolu enfeksiyonlarının majör etkeni olarak bilinse de aynı zamanda ciddi nozokomiyal solunum yolu enfeksiyonlarına ve hastane salgınlarına sebep olabilir. Bu çalışmanın amacı Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Yoğun Bakım ünitesinde yatan çocuklarda toplum kökenli ve nozokomiyal RSV ve diğer viral solunum yolu enfeksiyonlarının insidansını araştırmaktır. Nazofaringeal sürüntü örnekleri Eylül 2018-Haziran 2021 tarihleri arasında 0-16 yaş arasındaki toplum kökenli (60) ve nozokomiyal (40) solunum yolu enfeksiyon şüphesi olan 100 çocuktan alınmıştır. Respiratuvar virusların tanısı için multipleks real-time PCR testi olan ARVI Screen Real-TM PCR (Sacace Biotechnologies, Italy) ve influenza A ve B virus tespiti için Influenza A/B r-gene real-time PCR kiti (Argene, BioMérieux, France) kullanılmıştır. Toplum kökenli solunum yolu enfeksiyonu olan çocukların %65'inde (39/60) en az bir virus pozitif olup, bu grupta koenfeksiyon oranı %35.9 (14/39)'dur. Nozokomiyal solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda ise pozitiflik %62.5 (25/40) ve koenfenfeksiyon oranı %40 (10/25) tespit edilmiştir. Toplum kökenli viral solunum yolu enfeksiyonlarında en baskın virus influenza A virus (%25) olup bunu ADV (%18.3) , hBoV (%15), RSV (%11.7) ve RhV (%10) izlemiştir. Nozokomiyal viral solunum yolu enfeksiyonlarında ise en yaygın virus RSV (%20) olup bunu influenza A virus (%12.5), RhV (%12.5), ADV (%12.5) , hMpV (%10) ve hBoV (%10) izlemiştir. Sonuç olarak, respiratuvar viral enfeksiyonların real-time PCR testi ile erken tanısı, morbidite ve mortalitenin azaltılması, nozokomiyal virusların yayılımını engellemek için kontrol yöntemlerinin uygulanması, hastanede yatış süresinin kısaltılması, gereksiz antibiyotiklerin kullanılmasının önlenmesi ve uygun antiviral tedavinin verilmesi yönünden önem taşır.
Investigation of the relationship between chlamydia pneumoniae and atherosclerosis by 16S rRNA sequencing method
Cardiovascular and cerebrovascular diseases are a major public health problem globally, with high morbidity and mortality rates. Atherosclerosis has been blamed for half of the adult deaths in the Western world, especially in the United States. Stenosis, ischemic heart disease due to atherosclerosis of coronary vessels, and cardiac syndromes are among the causes of sudden death due to arterial thrombus formation. The theory that atherosclerosis, which is associated with many reasons such as dietary habits and smoking, which is one of the genetically related vascular wall anomalies, has been increasingly supported since the late 19th century, as a result of chronic inflammation that develops due to chronic infections. After Saikku showed C. pneumoniae inclusions in the post-mortem atheroma plaque samples of patients who died of cardiovascular diseases with electron microscopy studies. After Saiku published the results of his study, numerous studies were conducted questioning the relationship between C. pneumoniae atherosclerosis. In these studies, different methods such as electron microscopy and direct fluorescent antibody or enzyme immunoassay method were used from endarterectomy samples during post-mortem or cardiovascular surgery. At the end of all these studies, the previously accepted hypothesis of "atherosclerosis develops as a result of infection of the vessel wall" turned into "atherosclerosis develops as a result of infection of the vessel wall and monocytes with C. pneumoniae". Later, the results of studies claiming that the frequency and duration of double and triple endpoints were found to be significantly different in the groups in which antibiotics to which C. pneumoniae were susceptible were added to the treatment in patients with acute myocardial infarction compared to the control groups began to be published. On the other hand, some researchers claimed that it can cause atherosclerosis in H. pylori, CMV, adenovirus, and herpes group viruses using PCR-based methods. But they could not show the microorganism itself directly in the plate, foam cell. As a result, it is highly probable; C. pneumoniae may be the cause of the sclerotic lesion and atherosclerotic plaques can be seen in all arteries including cerebrovascular arteries except for the internal mammary artery. With this study, we aimed to show the possible relationship between atherosclerosis and especially C. pneumoniae and H. pylori by using PCR-sequencing and IFAT methods. Most of the routine operations could not be performed as a result of the outbreak of the covid-19 pandemic during the sample collection process of the project. For this reason, we could not reach the number of patient samples we planned, but we thought that the results of the 11 samples we evaluated in our study could be a guide for further studies with larger case groups. At the end of the study, 8 (72.7 %) of our patient group with a mean age of 58 years had anti-C. pneumuniae antibody response > 1/16 with IFAT, while 7 (63.6 %) of these patients had C. pneumoniae in the atheroma plaques. Target sequences of H.pylori ureC gene were found in 1 (9.1 %) sample in atheroma plaques. As in previous studies, the incidence of C. pneumoniae in atheroma plaques was accepted as a possible association.
Van ili sağlık müdürlüğüne bağlı halk sağlığı laboratuvarına Van ve mücavir illerdeki yataklı tedavi kurumlarından gönderilen su numunelerinde legionella türlerinin varlığının kültür, polimerase chain reaction ve lateks aglütinasyon testleri ile araştırılarak antibiyotik direnci tespiti.
Legionella pneumophila, dünya çapında doğal su ortamlarında her yerde bulunması ve ciddi pnömoni ve diğer enfeksiyonlara neden olma kabiliyeti nedeniyle halk sağlığı açısından önemli bir bakteridir. Legionella'nın en yaygın bulaşma yolu, kontamine sudan üretilen aerosollerin solunmasıdır, ancak enfeksiyon, kontamine suyun aspirasyonu ile de meydana gelebilir. Sigara içen, yaşlı ve bağışıklık sistemi zayıf, kronik metabolik veya akciğer hastalıkları olan kişiler enfeksiyona özellikle duyarlıdır. Hastane su dağıtım sistemleri (WDS'ler), konut su sistemlerinden daha karmaşıktır ve Legionella ile kolonize olma olasılıkları daha yüksektir. Bu çalışmada hastane su sistemlerinde izole edilen toplam 55 L. pneumophila suşunun lateks aglütinasyon yöntemi ile tiplendirilmesi, izole edilen suşlara karşı eritromisin, azitromisin, siprofloksasin, ofloksasin, levofloksasin, doksisiklin ve rifampisinin antibiyotik direncinin saptanması amaçlanmıştır. Su örneklerinin alınma şekline göre ekimi gerçekleştirilerek, 37 C'lik etüvde inkübasyona bırakılmıştır. BCYE besiyerinde üreyen koloniler kanlı agar besiyerine ekilmiş ve 24 saat inkübasyon sonrası üreme gerçekleştirmeyen koloniler olası Legionella kolonisi düşünülerek lateks aglütinasyon testiyle tiplendirilmiştir. Disk difüzyon yöntemiyle antibiyogram yapılmış ve Real Time PCR yöntemiyle mip geni varlığı araştırılmıştır. Toplam 482 su numunesinin 55'inde L.pneumopila izole edilmiştir. Alınan örneklerin 407'si musluk duş başlığı, 75'i su tankına ait örneklerdir. 407 örneğin 2'si L.pneumophila SG1, 51'İ ise SG 2-15 olarak izole edilmiştir. 75 örneğin ise 2'si SG 2-14 olarak bulunmuştur. Disk difüzyon yöntemiyle 55 örnekten eritromisine dirençli 32, azitromisine 30, ciprofloksasine 4, ofloksasine 5, levofloksasine 5, doksisikline 26, rifampisine 29, SXT'ye 28 direnç tespit edilmiştir. Sonuç olarak L. pneumophila mortaliteye sebep olan solunum yoluyla bulaşan öldürücü bir bakteri olması ve özellikle hastane ortamlarında bulunması nedeniyle hastanelerde rutin kontrol önemlerinin alınması zorunludur. Düzenli aralıklarla su tesisatlarının temizliği bu noktada önem taşımaktadır.
Türkiye'nin Doğu Anadolu bölgesi hastaneleri ile Çukurova bölgesindeki hastanelerden izole edilen sağlık hizmeti ile ilişkili acinetobacter baumannii suşları arasındaki klonal ilişkilerin araştırılması
Sağlık hizmeti ile ilişkili enfeksiyonlardan (SHİE) giderek artan sıklıkta izole edilen ve tedavi başarısızlıklarına bağlı olarak hasta kayıplarına sebep olan Acinetobacter baumanii suşları, antibiyotik direncinin hızla yayılması sebebiyle Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ)'nün acilen yeni antibiyotik keşfi gerektiren dirençli bakteriler listesinin ilk sırasında yer almaktadır. Tüm Dünya'da sürveyans sistemleri ile güncel veriler doğrultusunda yayılımın önlenebileceği düşünülmektedir. Bu çalışmada, bölgemiz hastaneleri ile Doğu Anadolu Bölgesi sınır illerindeki hastanelerde takip edilmekte olan ve SHİE tanısı alan hastalara ait klinik örneklerden izole edilen Acinetobacter baumannii suşları arasındaki filogenetik ilişkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmamıza 84'ü Doğu Anadolu Bölgesindeki Van, Iğdır, Kars, Ağrı, Ardahan devlet hastanelerinde, 82'si de Çukurova Bölgesinde bulunan Adana Şehir hastanesi ile Mersin Üniversitesi Hastanesinde olmak üzere 2019 Eylül - 2020 Ocak tarihleri arasında SHİE tanısı almış hastalardan elde edilen 166 Acinetobacter baumannii izolatı dahil edildi. İzolatların tamamı karbapenem dirençliydi. Karbapenem dirençli A. baumannii (KDAB) oldukları konvensiyonel kültür yöntemleriyle ve özgül blaOXA-51-benzeri gen bölgesi PCR yöntemiyle tespit edilerek doğrulandı. Antibiyotik duyarlılıkları sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile belirlendi. İzolatlar arasındaki filogenetik ilişki Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) yöntemi ile araştırıldı. Karbapenemler dışında en yüksek antibiyotik direnci %92.6 oranı ile ciprofloksasinde, en düşük direnç ise %69.5 oranı ile gentamisinde görüldü. Adana, Mersin ve Van gibi büyükşehirlerde direnç oranlarının daha yüksek olduğu görüldü. PFGE bant profillerinin analizi sonucunda izolatların 20'si tek üyeli olmak üzere toplam 51 küme içerisinde toplandığı belirlendi. En kalabalık küme 21 pulsotipte (L1-L21) toplanmış, tamamı Doğu Anadolu bölgesine ait 30 üyeden oluşan L kümesi idi, bunu 9 pulsotipte (Z7z1-Z7z9) toplanmış, tamamı Mersin'e ait 15 üyeden oluşan Z7 kümesi takip etti. Ülkemizde KDAB suşlarının bölgesel farklılıklarla birlikte antibiyotik direncinin farklı insidanslarda görülmesi, ancak bununla beraber farklı hastanelerde benzer klonların da görülebilmesi, KDAB klonlarnın bütün dünyada hastanelere ve topluma hakim olacağını düşündürmektedir. Ayrıca, Serhat bölgesi de denilen Ağrı, Iğdır, Kars ve Ardahan illerimizde daha önceden bu konuda herhangi bir filogenetik ilişki ve sürveyans çalışmasına dair literatüre rastlanmadığı için, çalışmamızın Türkiye'nin doğu sınır illerinde de bu enfeksiyonların sürveyansına çok önemli katkı sağlayacağı kanaatindeyiz.
Hastane enfeksiyonlarından en sık izole edilen gram negatif bakterilerde beta laktam antibiyotiklere, aminoglikozidlere ve kolistine karşı gelişen direncin moleküler olarak tanımlanması
Hastane enfeksiyonu etkeni Gram negatif bakterilerde karbapenem ve aminoglikozidlere karşı birlikte direnç gelişmesinin yanında kolistin direncinde de artış görülmesi endişe vericidir. Çalışmamızda hastane enfeksiyonlarından en sık izole edilen Gram negatif bakterilerde beta laktam antibiyotiklerine, aminoglikozidlere ve kolistine karşı gelişen direncin direnç genleri ile ilişkisini araştırmayı amaçladık. Adana Şehir Hastanesinden hastane enfeksiyonu etkeni olarak izole edilen 101'i K. pneumoniae, 93'ü E. coli, 61'i P. aeruginosa ve 85'i A. baumannii olmak üzere toplam 340 suş fenotipik ve genotipik yöntemlerle doğrulandıktan sonra, beta laktamaz genlerinin, aminoglikozid direncinden sorumlu plazmid aracılı metiltransferaz genlerinin ve kolistin direncinden sorumlu tutulan mcr-1 geninin varlığı PCR yöntemi ile araştırıldı ve DNA dizi analizi ile doğrulandı. Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) yöntemiyle dirençli izolatların tür içerisindeki muhtemel filogenetik ilişkileri incelendi. Yüksek oranda karbapenem ve aminoglikozid direncine ek olarak kolistin direnci %18,2 olarak bulundu. Karbapenem ve aminoglikozidlere karşı birlikte direnç geliştiren izolatların oranının %53,5; karbapenem, aminoglikozid ve kolistine birlikte direnç oranının ise %14,4 olduğu görüldü. Genelde baskın direnç geni blaCTX-M-1 iken, karbapenemaz genlerinden en sık görüleni blaOXA-48 like, metiltransferaz genlerinden ise rmtH idi. Plazmid aracılı mcr-1 geni ise tek bir E. coli izolatından izole edildi. Antibiyotik direnç risklerini direnç genlerinin istatistiksel olarak anlamlı derecede etkilediği görüldü. Kolistine dirençli izolatlar ile karbapenem ve kolistine karşı birlikte direnç geliştiren izolatlarımızda direnç riskini blaCTXM-9, blaOXA-48 like ve blaOXA-51 like genlerinin artırdığı, karbapenem, aminoglikozid ve kolistine karşı birlikte direnç geliştiren izolatlar ile aminoglikozid ve kolistine karşı birlikte direnç geliştiren izolatlarda direnç riskini blaCTXM-9, blaOXA-48 like, blaOXA-51 like ve rmtH genlerinin artırdığı görüldü. PFGE analiz sonuçlarına göre yakın ilişkili suşların direnç profillerinin birbirlerinden farklı olduğu görüldü. Gram negatif bakteri izolatlarında aynı plazmidler üzerinde birarada da taşınabilen bu direnç genlerinin erken tespit edilmesinin ve antibiyotiklere karşı direnç gelişme riski ile ilişkilerinin bilinmesinin rasyonel antibiyotik kullanım politikalarının gelişmesine katkıda bulunacağını düşünmekteyiz. Ayrıca, çalışmamız ülkemizde insan klinik E. coli izolatlarında kolistin direncinden sorumlu plazmid aracılı mcr-1 geninin tanımlandığı ilk çalışma özelliğini taşımaktadır.
Klebsiella pneumoniae izolatlarının antibiyotik duyarlılık profillerinin kapsül genotipleriyle ilişkisinin araştırılması
Klebsiella pneumoniae'nin enfeksiyon etkeni olarak sık görülmesinde en önemli sebeplerden biri bakteriyi fagositozdan ve serum bakterisidal proteinlerden koruyan majör virülans faktörü olan kapsül yapısıdır. Bir diğer sebep de bakterinin β-laktam antibiyotiklerine karşı ürettiği β-laktamaz enzimleridir. Çalışmamızda çeşitli klinik örneklerden izole edilen K. pneumoniae izolatlarının kapsül genotipleriyle antibiyotik duyarlılık profilleri arasındaki muhtemel ilişki araştırıldı. Bu amaçla; klinik örneklerden izole edilen Klebsiella pneumoniae izolatlarında spesifik primerler kullanılarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) yöntemi ile kapsül genotipleri (K1, K2, K5, K20, K54, K57) belirlenlendi. Antibiyotik duyarlılıkları fenotipik olarak disk difüzyon, moleküler olarak da PCR yöntemi ile Geniş Spektrumlu β-laktamaz (GSBL) (CTX-M1, CTX-M2, CTX-M9, CTX-M 8/25, KPC, NDM-1, OXA-48 like) genlerinin varlığı araştırıldı. Çalışmamıza Anabilim Dalımızda daha önce yürütülen çalışmada kapsül genotipleri belirlenmiş olan karbapeneme dirençli 27 K. pneumoniae izolatı ve kapsül genotipleri belirlenecek olan çeşitli klinik örneklerden izole edilen 180 K. pneumoniae izolatı dahil edildi. Çalışmamıza dahil ettiğimiz karbapeneme dirençli 27 K. pneumoniae izolatından 1 izolatın K1, 5 izolatın K2, 15 izolatın K5, 4 izolatın K20, 1 izolatın K54, 1 izolatın da K57 kapsül genotipine ait olduğu doğrulanırken, 180 K. pneumoniae izolatından 7'sinde K2, 3'ünde K20, 1'inde ise K1 kapsül genotipileri belirlendi. CTX-M1 geni kapsüler genotip K20'ye ait 3 izolatta tespit edildi. NDM-1 geni kapsüler genotip K5'e ait 3 izolatta ve K2'ye ait 1 izolatta belirlendi. OXA-48 like geni 24 izolatta kapsüler genotipler arasında heterojen dağılım gösterdi. CTX-M2, CTX-M9, CTX-M 8/25, KPC direnç genleri hiçbir izolatta tespit edilmedi. CTX-M1 genin K20 kapsül genotipiyle ilişkisi, AMC, TPZ, FOX, ETP antibiyotiklerinin K5 kapsül genotipiyle direnç ilişkisi, AMC, TPZ, IPM, TE, SXT antibiyotiklerinin K20 kapsül genotipleriyle duyarlılık ilişkisi, istatistiksel olarak anlamlı bulundu. Sonuç olarak, kapsül genotipleriyle GSBL direnç genleri arasındaki muhtemel ilişkinin bölgesel ve çok sayıdaki izolatın dahil edileceği çalışmalarla daha iyi aydınlatılacağını ve bu çalışmaların ilerdeki aşı çalışmalarına da ışık tutacağını düşünmekteyiz.
Gebelerde candida vajinitinin epidemiyolojisi
Giriş: Her dört kadından üçünün hayatları boyunca en az bir kez maruz kaldığı Candida vajinitinin (CV) en önemli risk faktörlerinden birisi de gebeliktir. Sunulan bu çalışmada hastanemize başvuran gebelerde CV'nin prevalansının, trimesterlere göre dağılımının, en sık görülen mantar türlerinin belirlenmesi ve tanı yöntemlerinin karşılaştırılması amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Nisan 2021–Haziran 2021 tarihleri arasında Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Polikliniğine başvuran rastgele seçilmiş 250 gebeden alınan posterior forniks sürüntü örneği, 2ml Sabouraud glikoz broth içerisinde aynı gün mikrobiyoloji laboratuvarına ulaştırıldı. Örnekler; direk mikroskop değerlendirmesi, Gram boyama, mantar kültürleri (CHROMAgar Candida [CAC] ve Sabouraud glikoz agar [SGA]) ile değerlendirildi. İzole edilen maya mantarları germ-tüp testi, mısır unlu-tween 80 agarda yapısal özelliklerinin değerlendirilmesi, CAC'da üreme özellikleri ve MALDI-TOF MS yöntemi ile identifiye edildi. Aynı zamanda, CAC besiyerinin identifikasyon performansı, MALDI-TOF MS yöntemi referans alınarak değerlendirildi. Bulgular: Hastanemize başvuran gebelerde mantar vajinitlerinin prevalansı %43.2 idi. Mantar vajinitli 108 olgunun 22'si (%20.4) rekürren vajinit tarif etti ve %82.4'ü ikinci ve üçüncü trimesterda idi (p > .05). SGA ve CAC besiyerleri arasında izolasyon performansı yönünden fark bulunmadı. En çok izole edilen mantar türü C. albicans (%49.6) olup diğer türler ise C. glabrata (%35.3), C. krusei (%7.5), C. kefyr (%3.4), C. tropicalis (%1.7), S. cerevisiae (%1.7) ve C. dubliniensis (%0.8) idi. Germ-tüp testinin C. albicans için duyarlılık ve özgüllüğü, sırası ile, %88.1 ve %98.3 idi.10 olguda (%9.3) polifungal popülasyon belirlendi. Polifungal popülasyonlar arasında en sık görülen C. albicans + C. glabrata (%60) birlikteliği idi. CAC besiyerinin doğru tanı değerleri C. albicans, C. glabrata ve C. krusei için, sırası ile, %99.1, %97.5 ve %99.2 bulundu. Sonuç: Gebe popülasyonunda CV önemli bir halk sağlığı sorunu olarak ortada durmaktadır. Son yıllarda mantar vajinitlerinin, özellikle albicans-dışı Candida vajinitlerinin prevalansındaki artış endişe verici boyutlara ulaşmıştır. Kromojenik besiyerlerinin tek plakta izolasyon ve identifikasyon sağlaması ve polifungal popülasyonu tanıma olanağı mantar vajinitlerinin hızlı ve doğru tanısında kolaylık sağlar. Gebelerde CV, doğru ve tam tedavi edilmediğinde koryoamniyonit ve takiben erken doğum gibi gebelik komplikasyonlarına sebep olabileceğinden gerek hasta ve gerekse hekimlerin bu konuda eğitilmesi ve bilinçlenmesi gerekir.
Klinik örneklerden izole edilen anaerob bakterilerin tiplendirilmesi ve antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi
Sunulan bu çalışmada, anaerobik enfeksiyondan şüphelenilen hastaların çeşitli klinik örneklerinden izole edilen anaerop bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi amaçlandı. Çalışma Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarında, 15 Ocak 2021-1Kasım 2021 tarihleri arasında gerçekleştirildi. Toplam 863 örnekten anaerob kültür istemi yapıldı. Anaerob kültür için uygun olan sadece 213 örnek çalışmaya alındı. Anaerob bakteri izolasyonu yapılan 22 (%10.3) örnekten, 17'sinde (%7.98) sadece anaerob bakteri, 5 örnekte (%2.3) hem aerob hem de anaerob bakteri üremesi oldu. 74 örnekte (%34.7) sadece aerob/fakültatif anaerob üremesi görüldü, 119 örnekte (%55.86) ise üreme görülmedi. İzole edilen anaerop gram-negatif basiller, konvansiyonel yöntemler ve otomatize tanı sistemi (VITEK 2, bioMerieux, Fransa) ile tanımlandı. Çalışmada izole edilen anaerob bakteriler çoğunlukla apse (11/22; %50) materyallerinden idi. Kültüre alınan 213 örneğin 164'ü (%77) apse idi ve apse örneklerinin 11'inde (%6.7) anaerobik bakteri izole edildi. Toplam 22 anaerob bakteri izolatının 12'si erkek (%54.5) ve 10'u kadın hastalardan (%45.5) elde edildi. Anaerob bakteri üremesi olan hastalardan 2'si (%9) 18 yaş altı, 17'si (%77.2) 18-60 yaş arası ve 3'ü (%13,6) 60 yaş üstü idi. Anaerob izolatların 6'sının (%27.2) gram negatif, 16'sının (%72.7) gram pozitif (bunlardan 12'sinin (%54.54) gram pozitif basil, 3'ünün (%18.18) gram pozitif kok) olduğu görüldü. En yaygın izole edilen organizmalar sırası ile Cutibacterium türleri (%22.7 n= 5), Actinomyces türleri (%18.1 n=4), Prevotella türleri (%13.6 n=3), Bacteroides türleri (%9 n=2), Anaerococcus türleri (%9 n=2), Clostridium türleri (%9 n=2) idi. Ampisillin, klindamisin, sefoksitin, metronidazol, moksifloksasin, meropenem, klindamisin, piperasilin-tazobaktam ve amoksisilin-klavulanik asit duyarlılıkları her izolat için antibiyotik konsantrasyon gradiyent yöntemi (E test, bioMerieux, Fransa) ile belirlendi. En aktif antimikrobiyal ajanlar moxifloksasin (%95.5), piperasilin-tazobaktam (%95.5) ve amoksisilin-klavulanik asit (%95.5) idi. Daha az aktif olanlar sırasıyla sefoksitin (%90.9), meropenem (%90.9), klindamisin (%77.3), ampisillin (%59.1) ve metronidazol (%22.7) idi. Antibiyotik duyarlılık testi yapılan anaerob izolatların ampisillin duyarlılık oranı %59.1 idi. Gram pozitif basil ve koklara karşı toplam duyarlılık yüzdesi %81.25 (gram pozitif basiller %91.7, gram pozitif koklar %50) iken, gram negatif anaerob bakterilerin hepsinde (%100) direnç gözlemlendi. Meropenem antibiyotiğine %90.9 duyarlılık görüldü. Gram pozitif bakterilerin %87.5'inin (gram pozitif basiller %91.7, gram pozitif koklar %75), gram negatif bakterilerin %100'ünün duyarlı olduğu gözlemlendi. Metronidazol antibiyotiğine ise %22.7 oranında duyarlılık görüldü. Direnç esas olarak gram pozitif anaerob bakterilerde (%100) gözlemlenmesine karşın metranidazol gram negatif basillerin çoğuna karşı (%83.3) iyi aktivite göstermiştir. Klindamisine duyarlılık %77.3 oranında gözlemlendi. Bu oran gram pozitif ve gram negatif izolatlar arasında değişmekte olup, gram pozitif bakterilerin %81.3'ü (gram pozitif basiller %75, gram pozitif koklar %100), gram negatif basillerin ise %50'si duyarlıdır. Sefoksitine duyarlılık %90.9 oranında görüldü. Gram pozitif bakterilerin %87.5'i (gram pozitif basiller %91.7, gram pozitif koklar %100), gram negatif bakterilerin %66.7'si duyarlı, %33.3'ü ise orta hassas olarak görüldü. This study was conducted to identify anaerobic bacteria isolated from various clinical specimens obtained from patients with suspected anaerobic infection and to determine their antibiotic resistance profiles. The study was carried out in Adana Çukurova University Balcalı Hospital Medical Microbiology Laboratory between January 15, 2021 and November 1, 2021. Anaerobic culture was requested from a total of 863 samples. Routine anaerobic culture was performed on all of the samples requested in our laboratory. However, only 213 samples suitable for anaerobic culture were included in the study. Anaerobic bacteria were isolated in 22 (10.3%) of 213 samples included in the study: only anaerobic bacteria were isolated in 17 samples (7.98%), and both aerobic and anaerobic bacteria were isolated in 5 samples (2.3%). Only aerobic/ facultative anaerobic growth was observed in 74 specimens (34.7%), and no growth was observed in 119 specimens (55.86%). Isolated anaerobic gram-negative bacilli were identified using conventional methods and an automated diagnosis system (VITEK 2, bioMerieux, France). In the study, anaerobic bacteria were mostly isolated from abscess materials. 164 (77%) of the 213 cultured samples were abscesses and anaerobic bacteria were isolated in 11 (6.7%) of the abscess samples. Of the 22 samples with growth, 11 (50%) were abscess samples. A total of 22 anaerobic bacteria isolates were obtained from 12 male (54.5%) and 10 female (45.5%) patients. The number of anaerobic isolates obtained from patients under 18 years of age was 2/22 (9%), 17/22 (77.2%) between 18-60 years of age and 3/22 (13.6%) above 60 years of age. Of the anaerobic isolates, 6 (27.2%) Gr (-) anaerobic bacteria, 16 (72.7%) Gram (+) anaerobic bacteria (12 (54.54%) gram positive bacilli, 3 (18.18%) gram positive bacteria coke) has been observed. The most commonly isolated organisms were Cutibacterium spp. (22.7% n= 5%), followed by Actinomyces spp. (18.1% n=4), Prevotella spp. (13.6% n=3), Bacteroides spp. (9% n=2), Anaerococcus spp. ( 9% n=2), Clostridium spp. (9% n=2). The susceptibilities of ampicillin, clindamycin, cefoxitin, metronidazole, moxifloxacin, meropenem, piperacillin-tazobactam and amoxicillin-clavulanic acid were determined for each isolate by antibiotic concentration gradient method (E test, bioMerieux, France). The most active antimicrobial agents were moxifloxacin (95.5%), piperacillin-tazobactam (95.5%) and amoxicillin-clavulanic acid (95.5%). Less active were cefoxitin (90.9%), meropenem (90.9%),clindamycin (77.3%), ampicillin (59.1%), and metronidazole (22.7%), respectively. The ampicillin susceptibility rate of anaerobic isolates that underwent ADT was 59.1%. The percentage of total susceptibility to Gram positive bacilli and cocci was 81.25% (Gram positive bacilli 91.7%, Gram positive cocci 50%), and Gram negative anaerobic bacteria were all resistant (100%). A sensitivity to meropenem antibiotic was 90.9%. It was observed that 87.5% of Gram positive bacteria (Gram positive bacilli 91.7%, Gram positive cocci 75%) and 100% of Gram negative bacteria were susceptible. Sensitivity to metronidazole antibiotic was 22.7%. Resistance was mainly observed in Gram-positive anaerobic bacteria (100%), showing good activity against most Gram-negative bacilli (83.3%). Sensitivity to clindamycin was observed at a rate of 77.3%. This ratio varies between Gram positive and Gram negative isolates, and 81.3% of Gram positive bacteria (Gram positive bacilli 75%, Gram positive cocci 100%) and 50% of Gram negative bacilli are susceptible. Sensitivity to Cefoxitin was observed at a rate of 90.9%. 87.5% of Gram-positive bacteria (Gram-positive bacilli 91.7%, Gram-positive cocci 100%), 66.7% of Gram-negative bacteria were susceptible and 33.3% were moderately susceptible.
Normal ve anormal servikal sitolojili kadınlarda human papillomavirus prevalansı ve genotip dağılımı
Servikal kanser bütün dünyada kadınlar arasında görülen en yaygın ikinci kanserdir. Human papillomavirus (HPV) servikal kanserin primer etyolojik ajanıdır. HPV infeksiyonu cinsel yolla bulaşan en yaygın viral infeksiyonlardan biri olup kadınların %50'den fazlası yaşamları boyunca HPV infeksiyonu ile karşılaşır. Dünyada her yıl 470.000'den fazla yeni servikal kanser vakası tanınmakta ve servikal kansere bağlı yaklaşık 270.000 ölüm bildirilmektedir. Servikal kanser vakalarının çoğu yaklaşık %80'i servikal kanser tarama programlarının etkili bir şekilde yapılmadığı veya uygulanamadığı gelişmekte olan ülkelerde görülür. Erken tanı etkilidir, çünkü prekanseröz lezyonlar invaziv kansere çok yavaş, genellikle 10 yıldan uzun bir sürede ilerler. Servikal kanser, prekanseröz lezyonların tespiti ve tedavisi ile büyük oranda (>%90) önlenebilir bir hastalıktır. Bu çalışma Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Jinekoloji ve Onkoloji bölümüne başvuran normal ve anormal servikal sitolojili kadınlarda human papillomavirus prevalansı ve genotip dağılımını tespiti için yapılacaktır. Kadınlara ait servikal sürüntü örneklerinin transportu fosfat tamponlu tuzlu su *phosphate buffered saline (PBS)] içerisinde yapılacaktır. Servikal sürüntü örneklerinden viral DNA ekstraksiyonu için Viral Nükleik Asit Ekstraksiyon kiti kullanılacaktır. HPV DNA tanısı MY09/11 ve GP5+/6+ konsensus primerlerinin kullanıldığı PCR (polymerase chain reaction) testi ile gerçekleştirilecektir. HPV DNA testi pozitif bulunan örneklerde yüksek risk HPV genotiplerinin tayini için HPV Genotypes 14 Real-TM Quant PCR kit (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 and 68) kullanılacaktır. Sonuç olarak bölgemizde normal servikal sitolojili ve servikal prekanseröz lezyonu olan anormal sitolojili kadınlarda baskın HPV genotipleri dağılımının belirlenmesi günümüzde HPV aşılarının etkinliğinin değerlendirilmesi için önemlidir. Ayrıca HPV DNA pozitifliği servikal kanser için riskte olan kadınların tanınmasına katkıda bulunacaktır ve böylece yüksek riskli hastaların zamanında tespitiyle tedavinin yönlendirmesinde yardımcı olur.
Meme kanseri ön tanılı hastalarda human papilloma virus araştırılması
Meme kanseri tüm dünyada ve ülkemizde kadınlarda kanser kaynaklı ölümlerin en sık nedenidir. HPV serviks kanseri başta olmak üzere birçok kanser türünün etyolojisinde suçlanmaktadır. Çalışmalar meme kanserinde HPV prevalansının dünya çapında %1.6-86.2 arasında değiştiğini göstermektedir. Bu çalışmada malign ve benign meme lezyonları olan hastaların meme biyopsi örneklerinde HPV varlığını araştırmak ve HPV ile meme kanseri arasında bir ilişki olup olmadığını ortaya koymak amaçlanmıştır. Manisa Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Radyodiagnostik AD'nda tru-cut biyopsi ile alınan 116 meme kanseri ve 63 benign meme lezyonu taze doku örneği HPV DNA saptanması, ayrıca HPV 16, 18 ve diğer 12 tip yüksek riskli HPV için havuz olarak tiplendirilmesi amacıyla real time PCR ile araştırılmıştır. 116 meme kanseri dokusunun birinde (%0.86) HPV pozitif olarak saptanırken, benign lezyonlardan oluşan 63 kontrol örneğinin de birinde (%1.58) HPV pozitif olarak tespit edilmiştir ve aradaki fark anlamlı bulunmamıştır (p=1.000). Kanserli meme dokunun histopatolojik sonucu invaziv papiller karsinom olup, HPV 16 tespit edilirken, benign örneğin histopatolojik sonucu granülomatöz mastit olarak tespit edilmiş ve diğer yüksek riskli HPV olarak belirlenmiştir. Meme kanseri olan hastaların yaş ortalamaları daha yüksek olup, aradaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0.001). Çalışmamızda HPV ile meme kanseri arasında bir ilişki saptanmadı. Yaş arttıkça kanser riskinin arttığı tespit edildi. Ayrıca, literatürde daha önce granülomatöz mastitte yüksek riskli HPV varlığını gösteren bir çalışma bulunmamakta olup, çalışmamız bu veriyi bildiren ilk çalışma olma özelliğindedir. Günümüzde meme kanseri etyolojisinde HPV'nin rolünün olup olmadığı hala tartışmalıdır. HPV'nin meme kanseri gelişimi ve progresyonuna katkısı olup olmadığını netleştirmek için daha ileri epidemiyolojik ve deneysel çalışmalara ihtiyaç vardır. Bununla birlikte, bu çalışmaların benign meme lezyonlarında HPV ilişkisini inceleyen araştırmalarla da desteklenmesi gerekmektedir. Anahtar kelimeler: HPV, meme kanseri, PCR, etyoloji
SARS-CoV-2 pandemisini takiben akut solunum yolu enfeksiyonu ile başvuran çocuklarda viral ve bakteriyel solunum patojenlerinin temporal eğilimleri ve etkileşimleri
Bu çalışmanın amacı, SARS-CoV-2 pandemisini takiben akut solunum yolu enfeksiyonu şikayetleriyle Manisa Celal Bayar Üniversitesi Çocuk Acil Servisine başvuran 1-15 yaş arası çocuklarda enfeksiyona neden olan patojenlerinin temporal eğilimlerininin ve etkileşimlerinin araştırılması, ASE ilişkili risk faktörlerinin belirlenmesidir. Hastanemize 01.06.2021-31.05.2022 tarihleri arasında ASE semptomları ile başvuran 314 hastadan bakteriyel kolonizasyon ve viral etkenler açısından sürüntü örnekleri alınmıştır. Viral etkenler multiplex PCR, bakteriyel etkenler ise otomatize identifkasyon sistemi ile tanımlanmıştır. Katılımcıların demografik verileri ve olası ASE risk faktörleri anket formlarına kaydedilmiştir Çalışmada, çocukların %77,3' ünde viral etken saptanmış olup, en sık enfeksiyona neden olan etken RV /EV (%36,3) olup, onu İnfluenza virüsleri (%11,2) ve SARS-CoV-2 (%10,5) virüsleri takip etmiştir. RV/EV pozitifliği, el temizliği alışkanlığı orta ve altı olarak değerlendirilen çocuklarda (p<0,001) daha yüksek saptanırken, İnfluenza pozitifliği okul/okul öncesi kuruma devam edenlerde (p<0,001) ve annesi tam zamanlı bir işte çalışanlarda (p<0,001) daha yüksekti. RSV pozitifliği annenin sigara kullanımı (p=0,013) ve ev içi aşırı kalabalık (p=0,014) ile ilişkili bulundu. Hem bakteriyel hem viral etken için sürüntü alınan 284 çocuktan 33 (%11,6)'ünde bakteriyel kolonizasyon saptandı. En sık saptanan etken S. aureus (%60,6) ve P. aeruginosa (%15,2) oldu. Kardeş varlığı (p= 0,008) ve annenin sigara içmesi (p=0,012) bakteriyel etken saptanması ile ilişkiliydi. Pandemiyi takiben yapılan bu çalışmada, en sık saptanan etkenler ve mevsimsel özellikleri pandemi öncesi döneme benzer bulunmuştur. Bölgesel etiyolojinin ve risk faktörlerinin bilinmesi gerekli kontrol ve koruyucu önlemlerin alınmasına katkı sağlayacağı düşünülmüştür. Anahtar kelimeler: akut solunum yolu enfeksiyonları, etiyoloji, risk faktörleri
Akciğer kanserli hastaların bronkoalveolar lavaj sıvılarında akciğer mikrobiyotasının belirlenmesi
Bütün dünyada yüksek morbidite ve mortaliteye sebep olan akciğer kanseri kansere bağlı ölümlerin yaklaşık %20'sinden sorumlu tutulmaktadır. Günümüzde, onkoloji alanındaki çok önemli gelişmelere rağmen, kanser hala tamamen tedavi edilebilir hastalıklar kategorisinde değildir. İnsan vücudunda doğumdan itibaren kolonize olan mikroorganizma türlerinin ya da hastaneden veya çevreden kazanılan fırsatçı patojen mikroorganizmaların, kanser tedavisine verilen bireysel yanıtlar ve toksisite dahil olmak üzere kompleks karsinogenez aşamalarında rol oynadığı gösterilmiştir. Bu sebeple biz bu çalışmada, akciğer kanser tanısı alan ve almayan hastaların akciğer mikrobiyotasında bulunabilecek mikroorganizmaların varlığını araştırmayı ve bu mikrobiyota kompozisyonlarını karşılaştırmayı amaçladık. Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesinde Aralık 2019 –Ekim 2020 tarihleri arasında akciğer kanseri tanısı alan 31 hastadan ve pulmoner nodülü olan fakat akciğer kanseri tanısı almamış 13 kontrol grubu bireyden bronkoalveolar lavaj (BAL) örneği alındı. Örneklerden DNA izolasyonu sonrası 16S rRNA gen bölgesi hedef alınarak yeni nesil dizileme (YND) ile akciğer mikrobiyom analizi yapıldı. Ayrıca konvansiyonel kültür yöntemleri kullanılarak örneklerden bakteri identifikasyonu yapıldı. Çalışmamızda kültürde hasta grubunda Neisseria ve Streptococcus cinsi bakteriler, kontrol grubunda da Haemophilus, Streptococcus cinsi bakteriler baskın olarak izole edilmişken, YND ile mikrobiyom analizinde her iki grupta da Prevotella ve Veillonella gibi anaerop bakteri cinslerinin baskın olduğu tespit edilmiştir. Lactococcus, Pediococcus, Anaerobacillus ve Friedmanniella cinsi bakterilerin akciğer kanseri gelişimi ile yakın bir ilişki içinde bulunduğu görüldü. Çalışmamız Ülkemizde akciğer kanserli hastaların akciğer mikrobiyotasının incelendiği ilk çalışma özelliğini taşımaktadır. Aynı zamanda, dünyada da YND ile akciğer mikrobiyom analizinin kültürde izolasyon ile birlikte değerlendirildiği az sayıda çalışmalardan biridir. Bu sebeple, çalışmamızın akciğer kanserinin mikrobiyota ile ilişkisini aydınlatmaya yönelik çalışmalara ışık tutacağını düşünmekteyiz. Mikrobiyotanın hastalıklarla ilişkisini belirlemek için yapılan çalışmalarda, gerektiğinde YND ile mikrobiyom analizinin uygun besiyerleri kullanılarak konvansiyonal kültür yöntemleri ile de desteklenmesinin, ayrıca akciğer mikrobiyotası ile birlikte bağırsak mikrobiyotasının da incelenmesinin daha faydalı olacağı kanaatindeyiz.
Sepsis tanılı hastalarda nötrofil CD-64, CRP ve prokalsitonin düzeylerinin tanı değerlerinin kıyaslanması
Sepsis erken tanı ve tedavi gerektiren, yüksek mortalite ve morbidite oranına sahip bir halk sağlığı problemidir. Kesin tanısı kan kültüründe bakteri üremesinin gösterilmesi ile konulur. Fakat kan kültürlerinin sonuçlanmasının zaman alması ve yanlış negatif sonuçlanabilmesi gibi problemler tanıyı güçleştirmekte ve tedavide gecikmeye neden olmaktadır. Erken tanı amacıyla yaygın kullanılan biyobelirteçler C-reaktif protein (CRP) ve prokalsitonindir (PCT). Bu çalışmada yaygın olarak kullanılan bu biyobelirteçlere ek olarak yeni bir biyobelirteç olan nötrofil CD64 düzeyinin sepsis tanısındaki yeri ve önemini değerlendirmeyi amaçladık. Çalışmaya, 2020-2022 yılları arasında, Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi Pediatri Bölümü'ne başvurmuş, sepsis şüphesi gösteren, yenidoğan dönemi hariç pediatrik yaş grubunda olan 77 hasta dahil edilmiştir. Hastalardan gönderilen periferik kan örnekleri prospektif olarak değerlendirilmiştir. Kontrol grubu olarak polikliniklere başvuran sağlıklı 25 çocuktan alınan kan örnekleri kullanılmıştır. Alınan örneklerden, BACTEC FX (Becton Dickinson) hemokültür cihazı kullanılarak kan kültürü çalışılmıştır. Üreme olan örneklerin katı besiyerlerine ekimi yapılarak mikroorganizmaların Biomeriux VİTEK 2 otomatize tanı sistemi ile identifikasyonu yapılmıştır. Biyokimyasal tetkiklerden CRP düzeyi immunnefelometrik yöntemle kantitatif olarak belirlenmiş, PCT düzeyi ise elektrokemiluminesans yöntemiyle çalışılmıştır. CD64 düzeyinin belirlenmesi flowsitometrik yöntemle NAVİOS, Beckman Coulter/France cihazı ile CD45 KO, CD64 APC A750 monoklonal antikorları kullanılarak yapılmıştır. Nötrofil CD64 indeksinin sepsis tanısında duyarlılığı %94,4 ve seçiciliği %100, eğri altında kalan alan 0,981, youden indeksi 0,986 p değeri 0,001 olarak bulunmuştur. CRP için duyarlılık %93,5 seçicilik %100, eğri altında kalan alan 0,978, youden indeksi 0,935 p değeri 0,001'dir. PCT için ise duyarlılık %90,9, seçicilik %92, eğri altında kalan alan 0,952, youden indeksi 0,829 p değeri 0,001'dir. Çalışmamızda, pediatrik sepsis tanısında, nötrofil CD64 düzeyi, CRP ve PCT düzeylerine göre daha yüksek tanısal doğruluk oranı göstermiştir. Sepsis tanısında, nötrofil CD64 düzeyinin tek başına veya diğer biyobeliteçlerle birlikte kullanılması erken tanı olanağı sağlayan değerli bir parametre olarak görülmektedir. Ancak pediatrik yaş grubunda yapılan çalışmaların sayısı sınırlıdır ve daha çok sayıda hasta içeren çalışmalarla desteklenmesi gerekmektedir.
Sağlık çalışanlarında kızamık, kızamıkçık, kabakulak, suçiçeği, difteri, tetanos ve HBV antikor düzeylerinin belirlenmesi
Bu çalışmada, Celal Bayar Üniversitesi Hafsa Sultan Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde görev yapan sağlık personelinin, kızamık, kızamıkçık, kabakulak, suçiçeği, difteri, tetanoz ve hepatit-B antikor düzeyleri ELISA yöntemi ile belirlenmiştir. Ayrıca, bir anket yardımı ile katılımcıların demografik özelliklerinin yanı sıra, hastalık geçirme öyküsü, aşılanma ve kesici/delici alet ile yaralanma durumları değerlendirilmiştir.Çalışmaya katılan 309 sağlık personelinin %54'ünün meslekte bulundukları süre içinde en az bir kez mesleki yaralanmaya maruz kaldıkları ve yaralanmaların %78,3'nün iğne batması şeklinde gerçekleştiği saptanmıştır. Yaralanma oranlarının mesleklere göre doktor ve hemşirelerde, bölümlere göre pediatri ve cerrahi bölümlerinde daha fazla görüldüğü tespit edilmiştir.Serolojik test sonuçları değerlendirildiğinde, hastanemiz sağlık çalışanlarında anti-HBs pozitifliğinin %84.1 oranında olduğu, katılımcıların %71,5'nin işe başlamadan önce koruyucu önlem olarak HBV aşısı yaptırdıkları ve aşılanma durumunun eğitim düzeyi ile doğru orantılı olduğu belirlenmiştir. Genel olarak, kızamık, kızamıkçık, kabakulak ve suçiçeği için yüksek seropozitiflik oranları elde edilirken, difteri ve tetanoz antikor düzeylerinin yaşla anlamlı olarak azaldığı, sağlık çalışanlarının bağışıklık durumunu belirlemede hastalık geçirme ve aşılanma öykülerinin güvenilir olmadığı saptanmıştır.Sonuç olarak, elde edilen bulgular doğrultusunda hastanemiz sağlık çalışanlarında evrensel korunma önlemlerine uyumun artırılması, DKAY'na yönelik düzeltici ve önleyici faaliyetlerin bölüm ve mesleklere göre düzenlenmesi, hepatit B aşılanma oranlarının arttırılması, riskli bölümlerde çalışan sağlık personelinin bağışıklık durumunun serolojik testlerle desteklenmesi, difteri tetanoz aşılarının 10 yılda bir rapel şeklinde uygulanması gerektiği sonucuna varılmıştır.
Çeşitli klinik örneklerden soyutlanan tüberküloz dışı mikobakterilerin DNA dizi analizi ile identifikasyonu
Çalışmanın amacı Celal Bayar Üniversitesi Mikobakteriyoloji Laboratuvarı?nda çeşitli klinik örneklerden soyutlanan Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin (TDM) hsp65 ve 16S rDNA gen bölgeleri hedef alınarak altın standart yöntem olan DNA dizi analizi ile identifikasyonunun yapılması ve elde edilen verilerin epidemiyolojik yönden tartışılmasıdır. 2007-2011 yılları arasında tüberküloz ön tanısı ile gönderilen 5122 örneğin 126?sında (%2.46) TDM üretilmiş ve bu suşlardan 101?i DNA dizi analizi ile çalışılmıştır. DNA dizi analizi sonuçları RIDOM ve GenBLAST veri tabanları kullanılarak değerlendirilmiş ve sıklık sırası ile M. porcinum (%39.60), M. lentiflavum (%35.64), M. abscessus (%5.64), M. peregrinum (%4.95), M. gordonae (%3.96), M. fortuitum (%2.97), M. chelonae (%1.98), M. alvei (%0.99), M. scrofulaceum (%0.99) ve M. kansasii-M. gastri (%0.99) türleri tanımlanmıştır. İki suş ise veri tabanlarındaki diğer mikobakterilerle %95-98 arasında uyumlu bulunmuş olup, kesin olarak tanımlanamamıştır. Çalışılan 98 suşun etken olduğu kanıtlanamamış, üç M. abscessus suşu ise etken olarak kabul edilmiştir. Sonuç olarak 16S rDNA dizi analizi ile birlikte hsp65 gen bölgesi de analiz edilerek 101 TDM suşunun 99?u başarı ile tanımlanmıştır. Laboratuvarımızda en sık olarak tespit edilen TDM tür dağılımı ülkemizin değişik bölgelerinden bildirilen çalışmalara göre kısmen farklılık göstermektedir. Çalışmamızda en sık izole edilen iki tür olan M. lentiflavum ve M. porcinum?un antibiyotiklere direnç göstermesi ve insan infeksiyonları ile ilişkili olduklarının bilinmesi nedeni ile dikkate alınmaları gerekmektedir. TDM?lerin etken veya kontaminant oldukları ayırt edilememesi kısıtlayıcı olmakla birlikte, çevresel mikobakterilerin hastane infeksiyonlarına yol açabildiği bilindiğinden, elde edilen verilerin bölgemizdeki TDM infeksiyonlarının epidemiyolojisine ait bilgilere katkı sağlayacağı düşünülmüştür. Anahtar kelimeler: Tüberküloz Dışı Mikobakteri, identifikasyon, DNA dizi analizi, epidemiyoloji
Kandan izole edilen kandida türleri ve antifungal duyarlılıkları
Bu çalışmada, Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Hafsa Sultan Hastanesinde ,çeşitli servislerden gönderilen kan kültürleride maya soyutlanan örneklerin; maya mantarlarının tür tayinleri ve antifungal duyarlılık testlerinin yapılması amaçlandı. Bu amaçla hastanemizde kan kültürü alınıp bakterioloji laboratuvarına gönderilen ve kandidemi saptanan materyalden izole edilen maya mantarları incelemeye alındı. Çalışmaya alınan örneklerden soyutlanan maya mantarları; germ tüp testi, mısır unu tween 80 ve ıntegral system yeasts plus ticari (Liofilchem Diag, İtalya) sistemi kullanıldı. Maya mantarlarının antifungal duyarlılıkları amfoterisin B, vorikonazol, ketakonazole, kaspofugin, flukonazol ve itrakonazol için sistemi E-test yöntemi kullanılarak yapıldı. Çalışılan Kandida türleri içinde en sık izole edilen tür C. tropicalis olup Non-albicans suşlar daha fazla oranda bulundu. Tür düzeyinde tiplendirilen suşlar içinde C. tropicalis 53 (%62,4), C. albicans 23 (%27), C. glabrata 6 (%7), C. parapsilosis 1 (%1,2), C.guilliermondii 1 (%1,2) ve C.krusei 1 (%1,2) olarak bulundu.Üreyen etkenler içinde C. albicans 23 (%27) ve non-albicans 62 (%73) olarak saptandı. Çalışmamızda, antifungal duyarlılık testlerinde sadece kaspofungin direnci görülmezken, 85 suşun sadece bir tanesinde (%1,8) Amfoterisin B direnci saptandı. Flukonazole 28 suşta (%32,9), itrakonazole 22 suşta (%25,9), ketakonazole 15 suşta (%17,6), vorikonazole ise 9 suşta (%10,6) direnç saptandı. Bu çalışmada; nonalbicans Kandida türlerinin sıklığının giderek artması ve antifungal ajanlara karşı gittikçe artan direnç oranları nedeniyle, tedavi planlamasında duyarlılık testlerinin önemi bir kez daha vurgulandı. Bu sonuçların hastanemiz klinisyenlerine ampirik tedavi düzenlemelerinde yardımcı olabiliceği düşünüldü. Anahtar kelimeler: Kandida, Kan kültürü, identifikasyon, Antifungal duyarlılık
Tüberküloza duyarlılıkla IL-17A, IL-17F ve IL-23R gen polimorfizmleri ile Irak-1 ve Irak-3 doğal bağışıklık regülatörlerinin ilişkisi
Tüberküloza (TB) yatkınlık ve hastalığın prognozu, bakteriyel ajan, konakçı bağışıklık sistemi, çevresel ve genetik faktörler arasındaki etkileşimlere bağlıdır. Yapılan çalışmalarda sitokin gen polimorfizmlerinin TB ile ilişkili olduğu gösterilse de, etki mekanizmaları tam olarak aydınlatılamamıştır. Bu vaka kontrollü çalışmada, IL-17A, IL-17F ve IL-23R genlerindeki tek nükleotid polimorfizmlerinin TB'a yatkınlıktaki rolü ve insan doğal immün cevabının TB' a duyarlılıkla ilişkisini araştırmayı amaçladık. Çalışmaya katılmayı kabul eden 50 sağlıklı kontrol grubu (21 (%42)'i erkek ve 29 (%58)'u kadın) ve 50 hasta (31 (%62)'i erkek ve 19 (%38)'u kadın) dahil edildi. Hasta ve sağlıklı kontrol grubu cinsiyet dağılımları karşılaştırıldığında anlamlı bir fark bulundu (p=0,045). Çalışmaya katılan sağlıklı kontrol grubunun yaş ortalaması 37,34±11,519 ve hasta grubunun yaş ortalaması 45,82±13,002'dir. Hastaların ve kontrollerin yaş ortalaması karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir fark tespit edildi (p=0,001). Hasta ve kontrol grupları arasında sigara kullanma alışkanlıkları değerledirildiğinde %70 gibi yüksek bir oran bulundu ve istatistiksel olarak karşılaştırıldığında anlamlı bir fark bulundu (p=0,001). Hasta ve kontrol gruplarından EDTA'lı tüplere kan örnekleri alındı ve kan örneklerinden ilk olarak DNA ekstraksiyonu yapıldı. Ardından IL-17A genindeki (rs2275913) ve IL-17F genindeki (rs763780) polimorfizmler Amplification Refractory Mutation System-Polymerase Chain Reaction (ARMS-PCR) yöntemi ile IL-23R genindeki (rs11209026) polimorfizim varlığı Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) yöntemi ile incelendi. Kalan kan örneklerinden mononükleer hücre izolasyonu sonrası RNA ekstraksiyonu ve elde edilen RNA'lardan cDNA ekstraksiyonu yapıldı. Ardından doğal immun cevap regülatörleri arasında bulunan IRAK-1 ve IRAK-3 doğal bağışıklık regülatörlerinin mRNA seviyeleri kantitatif Real-Time PCR yöntemi ile incelendi. Tüm sonuçlar elde edildikten sonra gen polimorfizmleri ile IRAK-1 ve IRAK-3 regülatör genleri arasındaki ilişki istatistiksel olarak karşılaştırıldı. IL17/IL23'ün farklı hastalıklarla ilişkisini araştıran birçok çalışma yapılmıştır. Fakat çalışmamız tüberküloz ile ilişkiyi araştıran ülkemizdeki ilk çalışmadır. Çeşitli ülkelerde bulunan farklı sonuçlar için çalışmamızın verilerinin literatürler açısından çok önemli olacağının, yeni tanı ve tedavi çalışmalarına referans olacağının kanaatindeyiz.
Latent tüberküloz tanısında gama interferon salınım testinin etkinliğinin araştırılması
Çalışmamızda, latent tüberküloz enfeksiyonu tanısında QuantiFERON-TB Gold Plus (QFT-Plus) testinin etkinliğinin araştırılması amacıyla Mayıs 2019-Mayıs 2021 tarihleri arasında Çukurova Üniversitesi Tropikal Hastalıkları Araştırma Merkezi Bölge Tüberküloz Laboratuvarına gönderilen, numunelerin sonuçları araştırılarak testin etkinliğinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamıza 50 sağlıklı ve 75 hasta grubu olmak üzere 125 kişi dahil edilmiştir. Her iki gruptaki hastalardan toplam 15'inde pozitiflik belirlendi. Sağlıklı gruptan 7'si (%14) QFT-Plus testinde pozitif, 43'ü (%86) negatif olarak tespit edildi. Hasta grubuna dahil edilen 75 hastadan 8'i (%10.7) pozitif ve 67'si (%89.3) negatif olarak belirlendi. İki hasta grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmamıştır. Latent tüberküloz enfeksiyonunun tanısında altın standart bir testin olmayışı nedeniyle QFT plus testi maliyetinin yüksek olmasına rağmen daha sık kullanımının tanıda yardımcı ve aynı zamanda taramalarda da kullanılabilmesinden dolayı hastaların tanı ve tedavilerinin gecikmesini önlemek amacıyla faydalı olabileceği sonucuna varıldı.
Diyabetik hastalarda glans penisin mantar florası ve balanit/ balanopostit etkenlerinin araştırılması
Amaç: Dünya genelinde prevalansı giderek artan diyabetik populasyonunun glans penis örneklerinin incelenmesi ve bu olgularda hem flora hem de mantar balaniti varlığının ortaya konulması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Diabetes mellitus (DM) tanısı ile izlenen 151 hasta ile DM tanısı olmayan 50 kişilik kontrol grubundan imprint yöntemiyle alınan glans penis örnekleri modifiye Dixon agar (MDA) ve CHROMagar™ Malassezia (CAM) (Paris, Fransa) besiyerlerine inoküle edildi. Örnekler 32°C'de bir hafta süre ile inkübe edildi. Bulgular: Hastaların yaş dağılımı kontrol ve diyabet gruplarında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık göstermedi (p=0.759). Yine gruplar arasında medeni duruma göre farklılık bulunmadı (p>0.999). Açlık kan şekeri (AKŞ), HbA1c, insülin, HOMA-IR ve BUN diyabet grubunda daha yüksek düzeylerde dağılmakta idi (sırası ile, p<0.001, p<0.001, p<0.001, p<0.001 ve p=0.032). Gruplar arasında kreatinin değerleri açısından istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık yoktu (p=0.633). Çalışmaya alınan hastalarda MDA veya CAM da üremeleri incelendiğinde diyabet grubunda 93 (%62), kontrol grubunda 36 (%72) hastada Malassezia veya Candida üredi ve istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmadı (p=0.18). Yine besiyerleri, MDA ve CAM, üremeleri yönünden karşılaştırıldığında gruplar arasında anlamlı fark olmadığı görüldü (p= 0.65/0.54). Çalışmaya alınan hastaların hiçbirinde balanit izlenmedi. Sonuç: Candida ve Malassezia'ların normal penis florasında yüksek oranda bulunması diyabet gibi enfeksiyona yatkın kişilerde balanite daha yüksek oranlarda neden olabileceği düşüncesini güçlendirmektedir.
Ağız yıkama çözeltisindeki candida türlerinin belirlenmesi için multiplex PCR tanı kitlerinin geliştirilmesi
AMAÇ: Sağlıklı insanların ağız florasında maya mantarları da dahil olmak üzere birçok mikroorganizma denge ve uyum içerisinde bulunur. Bu denge halinin bozulması maya mantarlarının kolonizasyonuna veya ağız içi kandidoza sebep olabilir. Ağız boşluğunda sık görülen beş Candida türü (Candida albicans, Candida tropicalis, Candida krusei, Candida parapsilosis ve Candida dubliniensis) bilinmektedir. Candida türlerinin doğru belirlenmesi antifungal tedavi ve epidemiyolojik yönden çok önemlidir. Sunulan çalışmada, tıbbi önemi olan Candida türlerinin belirlenmesi ve tanımlanması için polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) temeline dayalı yeni bir Real-time PCR yönteminin geliştirilmesi amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Çukurova Üniversitesi Diş Hekimliği Fakültesinden yaşları 19–36 arasında olan 200 öğrenci bu çalışmaya katıldı. Gönüllü öğrencilerin her biri 15 ml distile su ile ağzını çalkaladı, örnekler 3000 rpm de 10 dakika santrifüj edildi. Çökelti 200 µL steril distile su içinde karıştırılarak CHROMAgar Candida besiyerine inoküle edildi. Genomik DNA izolasyonu Fungal Mini prep kiti ile yapıldı. İzolatların identifikasyonunda CHROMAgar Candida besiyeri, MALDI-TOF MS ve RT-PCR yöntemleri kullanıldı. Gen amplifikasyonu için iki çift spesifik primer kullanıldı. Analiz 7 farklı Candida referans suşunun ITS-2 dizileri üzerinden gerçekleştirildi. Sunulan çalışmada, Candida türlerini belirlemek için real-time polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ve erime sıcaklığı analizi (MCA) ile çalışan yeni bir RT PCR-MCA yöntemi geliştirildi. BULGULAR: Toplam 52 (%26) klinik örnekten 71 maya izole edildi. Bu 71 maya mantarından 64'ü (%90.1) Candida spp. olup izole edilen türler, sıklığa göre, 22 C. albicans (%34.4), 16 C. parapsilosis (%25), 9 C. dubliniensis (%14.1), 6 C. lusitaniae (%9.4), 5 C. kefyr (%7.8), 2 C. lambica ve 4 (%6.9) diğer Candida türleri [1 C. krusei, 1 C. tropicalis, 1 C. inconspicua ve 1 C. pararugosa] idi. Toplam 64 Candida izolatına ilişkin MALDI-TOF MS verileri CAC ve iki ayrı RT-PCR sonuçları ile karşılaştırıldı. CAC besiyerinde 1 C. tropicalis kökeni yeşil koloni oluşturdu ve yanlış olarak C. albicans olarak identifiye edildi. RT-PCR yöntemi ile çalışmada izole edilen altı Candida türü MCA yöntemi ile tanımlandı, ancak iki tür, C. albicans ve C. kefyr, Tm sıcaklığına göre birbirinden ayırt edilemedi. Ayrıca, MALDI-TOF MS ile C. lambica olarak belirlenen iki izolat RT-PCR ile amplifiye edilemedi. TARTIŞMA: Candida türlerinin geleneksel yöntemler ile belirlenmesi ve birbirinden ayırt edilmesi 2–3 gün sürebilmektedir. Candida türlerinin bir gün içerisinde real-time PCR'ı takiben erime sıcaklığı (MCA) analizi basit, ucuz ve çabuk bir yöntemdir. Ancak, bu çalışmada Candida türlerinin kesin tanısı için yeterli olmadığı anlaşılmıştır. Anahtar kelimeler: Candida, chromogenic agar, identifikasyon, MALDI-TOF MS, PCR, Real-time PCR
Yeni benzimidazol türevlerinin karbapenem dirençli klinik öneme sahip gr negatif çomaklar üzerine in vitro etkinliğinin tespiti
Karbapenemler, özellikle kritik hastalar ve/veya antimikrobiyotiklere dirençli Gram negatif bakterilerin neden olduğu enfeksiyonların tedavisi için kullanılan son antibiyotik olarak kabul edilen, geniş spektrumlu β-laktam antibiyotiklerdir. Ancak karbapenemlere karşı direncin giderek artması yeni tedavi seçenekleri arayışına sebep olmuştur. Dünya Sağlık Örgütü özellikle karbapenem dirençli Acinetobacter baumanni, Klebsiella pneumonia ve Eschericia.coli 'den oluşan üç patojene dikkat çekmekte ve bu dirençli patojenlerin önümüzdeki yıllarda ciddi sağlık problemlerine sebep olacağını bildirmektedir. Bu sebeple yeni antibiyotiklerin araştırılması ve mevcut olanların iyileştirilmesi için değiştirilmesi modern tıbbın yöneldiği ana konulardan biridir. Benzimidazol, bakteri hücre duvarı, nükleik asit ve protein biyosentezi için çok önemli olan pürin için bir biyoizoster görevi görebilir. Ayrıca, klinik kullanımda olan benzimidazol ilaçları yerleşik bir güvenlik ve etkinlik profiline sahiptir. Dolayısıyla literatür gözden geçirildiğinde, bir dizi farklı fonksiyonel grubun etkisini inceleyerek, antimikrobiyal aktiviteye sahip ek benzimidazol türevlerinin tasarımı olduğu görülmektedir. Bu sebeple, Bir pilot çalışma niteliğinde olan araştırmamızda farklı yapıdaki yeni benzimidazol türevlerin klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli ve duyarlı suşlar üzerinde in vitro antimikrobiyal etkinliğinin, broth mikrodilüsyon yöntemiyle tespit edilmesi amaçlanmıştır. Broth mikrodilüsyon metodu ile MIK değeri belirlenen benzimidazol türevlerinin etkileri karbapenem duyarlı suşlarda tespit edilmişve MİK değerleri ile karşılaştırılmıştır. KD E. coli klinik izolatlarına S1 molekülünün S2'den nispi olarak daha etkili olduğunu ancak S3 molekülünün çok düşük bakteriyostatik etkiye sahip olduğu bulunmuştur. Bununla birlikte KR E. coli izolatlarında da S1 molekülünün S2'den daha güçlü bakteriyostatik etkiye sahip olduğunu ve S3 bileşiğinin ise bir etkisi bulunmadığı tespit edilmiştir. S1 ve S2 molekülünün KR K. pneumonia suşlarına karşı antibakteriyel etkinlikleri birbirlerine yakın bulurken S3'ün bu bakteri grubunda da etkinliğinin düşük olduğunu ve daha yüksek konsantrasyonlarda (MİC: 800 μg/mL) daha etkili olduğu gösterilmiştir. Hem KR hem de KD A. Baumannii izolatlarında S1 ve S2 bileşiklerinin antibakteriyel etkinlikleri yakın bulunurken, S3 bileşiğinin ise bu suşlara karşı etki göstermemesi de dikkat çekici bulgularımızdan biridir. Çalışma sonunda elde edilen verilere dayanarak karbapenem dirençli gram negatif çomaklara alternatif bir antimikrobiyal ajan eldesi oluşturulmuştur.
Sağlık Bakanlığı Adana Bölge Tüberküloz Laboratuvarında izole edilen rifampisin dirençli mycobacterium tuberculosis kompleks suşları üzerine halojen rezidülerine sahip yeni benzimidazol türevlerinin antimikobakteriyel etkinliğinin incelenmesi
Tüberküloz, hayatı tehdit eden en eski enfeksiyonlardan birisidir. İlaca dirençli Mycobacterium tuberculosis'in neden olduğu tüberküloz yükü giderek artmaktadır. M. tuberculosis klinik izolatlarında tedavi amacı ile kullanılan majör ve minör antibiyotiklere karşı giderek artan dirence karşılık yeni antimikobakteriyel ilaçların üretilememiş olması çoklu ilaca dirençli ve kapsamlı ilaca dirençli suşların giderek yayılmasına sebep olmuştur. Bu bağlamda M. tuberculosis suşlarına karşı etkili yeni ilaçları üretilmesi bir zorunluluk haline gelmiştir. Bu çalışmada, 3 farklı benzimidazol türevi bileşiğin, M. tuberculosis tedavisindeki potansiyel rollerini tespit amacı ile Sağlık Bakanlığı Adana Bölge Tüberküloz Laboratuvarında klinik örneklerden izole edilen rifampisin dirençli tüberküloz suşları ile referans suş H37Rv, üzerine antimikobakteriyel aktivitesinin tespiti amaçlandı. Benzimidazol çekirdeği içeren bileşiklerin rifampisin dirençli 35 M. tuberculosis izolatı ve H37Rv suşlarında antimikobakteriyel aktiviteleri in vitro şartlarda BACTEC MGIT 960 sistemi kullanılarak test edildi. Ayrıca etkili olan S2'nin InhA enzimini inhibe etme potansiyeli moleküler doking ile incelenmiştir. Çalışma sonucunda sadece S2 bileşiğinin yalnız M. tuberculosis H37Rv suşuna karşı antimikobakteriyel aktivite gösterdiği, RIF dirençli suşlara karşı aktivitesinin olmadığı belirlendi. S1 ve S3 bileşiğinin hem klinik hem de referans suşa karşı antimikobakteriyel aktivitesi görülmedi. Moleküler doking sonuçları S2'nin InhA ile bağlandığı ve dolayısıyla da onu inhibe ederek antimikobakteriyel etkisini gösterebileceği belirlenmiştir. Sonuç olarak S2 bileşiğinin TB tedavisinde yeni ajan olarak sunulması için daha ileri çalışmalara ihtiyaç vardır.