27
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Fluoroquinolones resistance genes study and bioaccumulation of copper and cadmium by Stenotrophomonas maltophillia isolated from different sources
In this study, six hundred and ten samples were collected from different sources including sewage water, remnants of litter and hospital environment in Erbil city during the period between, forty eight isolates of Stenotrophomonas maltophillia were identified by cultural, morphological characteristics, biochemical tests, Vitek2 system and polymerase chain reaction (PCR) technique, through amplification of 23S rRNA after genome extraction from all isolates of Stenotrophomonas maltophillia. Antibiotic sensitivity tests for all 48 isolates were done by using nine different antibiotics such as Ampicillin, Chloramphenicol, Amikacin, Trimethoprime, Ciprofloxacin, Gentamicin, Erythromycin, Levofloxacin and Ceftazidime. According to the resistance pattern, they were classified into thirty eight groups with variation in their resistance to tested antibiotics, in which isolates S16 and S25 were showed high resistance (77.7 %) to antibiotics under study, these isolates consider multi drug resistance. Ciprofloxacin was more effective than the other antibiotics on Stenotrophomons maltophillia (100 % sensitive). Stenotrophomonas maltophillia more important between to remove or absorb of copper and cadmium in 25 °C at pH 7 after 72 hours incubation. Agarose gel electrophoresis was performed to determine the presence of the CopA and CadA genes responsible for the absorption of copper and cadmium. ParC, SmeD, GyrA, SmeE and SmeF genes were detection that responsible for fluoroquinolones resistance. Temperature at 46°C and pH 9 were cured two plasmids that Amikacin changed from resistance to sensitive. While elevated temperature 46°C with pH 9 combined were cured three plasmids, Amikacin and Trimethoprime changed from resistance to sensitive. That appear genes responsible for Amikacin and Trimethoprime resistance located on the plasmid DNA, agarose gel electrophoresis was done to confirm the curing process. Temperature at 46°C and pH 9 were used as curing agent from selected isolate. The results revealed that two plasmids from S25 were cured in which Amikacin. Keywords: Bioaccumulation, Cadmium, Copper, Fluoroquinolones resistance Stenotrophomonas maltophillia
Karbontetraklorür(CCl4) ile deneysel oksidatif stres ve karaciğer harabiyeti oluşturulan sıçanlarda alıç(Crataegus orientalis) bitkisinin meyve liyofilize ekstraktının karaciğer koruyucu ve antioksidan rolünün araştırılması
Bu çalışmada, karbon tetraklorür (CCl4) ile deneysel karaciğer harabiyeti ve oksidadif stres oluşturulan sıçanlarda (Wistar albino) alıç (Crataegus orientalis) (CO) meyve liyofilize ekstraktının farklı dozlarda karaciğer hasarı üzerine koruyucu etkileri ile antioksidan rolü araştırıldı. Ratlara uygulanan 21 günlük muameleler sonunda: bitki ekstresinin koruyucu göstergesi olarak aspartat aminotransferaz (AST), alanin aminotransferaz (ALT), laktat dehidrogenaz (LDH) serum enzim seviyeleri, lipit profili [trigliserit (TG), total kolesterol (TC)], kreatinin (CRE) ve üre düzeyleri belirlendi. Diğer yandan bitki ekstresinin antioksidan rolü için eritrosit, beyin, böbrek ve karaciğer dokusu örneklerinde paraoksonaz (PON1), katalaz (KAT), süperoksid dismutaz (SOD), glutatyon peroksidaz (GSH-Px), glutatyon S-transferaz (GST) enzim aktiviteleri ve redükte glutatyon (GSH) seviyeleri gibi antioksidan savunma sistemi unsurları (AOSU) ile malondialdehit (MDA) düzeyleri tespit edildi. Elde edilen sonuçlara göre, AST, ALT, LDH değerleri CCl4 grubunda normal kontrol'a (NK) göre anlamlı (p≤0.05) artışlar olurken, ekstrakt verilen gruplarda CCl4 grubuna göre anlamlı (p≤0.05) azalmalar olduğu tespit edildi. Tüm grupların AOSU'daki dalgalanmalarla birlikte, CCl4 grubunun doku MDA düzeyleri NK grubuna göre istatistiki açıdan anlamlı (p≤0.05) düzeyde artarken, söz konusu çoğu parametrelerde ekstrakt verilen gruplarda NK grubu değerlerine yakın düzeye çekildiği kaydedildi. Sonuç olarak; alıç meyvesi ekstraktının karaciğer hasarına bağlı gelişen komplikasyonlara karşı antioksidan ve karaciğer koruyucu etkilerinin mevcut olabileceği düşünülmektedir. Anahtar kelimeler: Antioksidan, Crataegus orientalis Karaciğer koruyucu, Karbon tetraklorür, Sıçan
Canik Tuzlası'dan (Van) izole ve karakterize edilenBacillus flexus T1 izolatı tarafından üretilen selülaz enziminin aktivitesi üzerine ortam bileşiminin etkisi
Bu araştırmada; Canik Tuzlası'ndan izole edilen, halofilik bakterilerin, selülaz enzimi yönünden, taranması hedeflendi. Ayrıca, farklı ortam bileşenlerinin enzim aktivitesine üzerine etkisinin belirlenmesi amaçlandı. İlave olarak, selülaz enzimi yönünden pozitif izolatların, klasik ve moleküler karakterizasyonu gerçekleştirildi. Halofilik bakterilerin izolasyonunda % 20 oranında NaCl içeren halofilik besiyeri kullanıldı. İzolatların selülaz enzimi yönünden taranmasında, % 1 oranında karboksimetil selüloz (CMC) içeren, halofilik agar, kullanıldı. Bu besiyerine izolatlar yoğun bir şekilde ekildi ve 35°C'de 48 saat inkübasyona bırakıldı. İnkübasyondan sonra, plakların yüzeyini kapatacak şekilde, kongo kırmızısı boyası ilave edilerek ve 15 dakika sonra 1M'lık NaCl çözeltisi ile yıkandı. Biyomasın etrafında şeffaf zon oluşumu, selülaz enzimi yönünden pozitif olarak değerlendirildi. Koloni morfolojisine göre, farklılık gösteren üç izolattan, sadece bir tanesi selülaz enzimi yönünden, pozitif bulundu. Bu izolatın farklı sıcaklık aralıkları, farklı pH ve farklı tuz konsantrasyonlarında gösterdiği aktivite belirlendi. Ayrıca farklı karbon kaynaklarının, organik ve inoganik azot kaynakları ile farklı amino asitlerin enzim aktivitesi üzerine etkisi belirlendi. Bu izolat tarafından üretilen, selülaz enziminin, 48 saatlik sabit inkübasyon aralığında sırasıyla; 25ºC'de (48,79 IU/ml), pH 8 (39,78 IU/ml) değerinde, %5 NaCl (36,07 IU/ml), fruktoz (37,04 IU/ml), pepton (37,04 IU/ml), ve ornitin (36,98 IU/ml) amino asiti'nin varlığında yüksek (aktivite gösterdiği tespit edildi. Ayrıca, bu izolatın morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal özellikleri belirlendi. İlave olarak, selülaz pozitif izolatın, 16S rRNA diziliş analizine göre Bacillus flexus suşuna mensup olduğu tespit edilerek, bakteriyel taksonomideki durumunu belirlendi.
Determination of antioxidant capacities of some benzothiophene derivatives and their inhibition models on GSTP1-1 isozyme
With the formula C4H4S thiophene is located in the class which belongs to heterocyclic compounds that are composed of five member rings, with sulphur as heteroatom. This group of organic compounds has many pharmacologically active molecules. Benzothiophenes, as sulfur containing heterocyclic family, contains highly stable aromatic compounds that exhibit important physicochemical characteristics. They show broad range of biological/pharmacological activities such as anti-inflammatory, analgesic, anti-fungal, antidepressant etc. In this thesis project, two novel benzothiophene derivatives were investigated for their antioxidant capacities by the applications of four assays (DPPH, ABTS, galvenoxyl, and phosphomolybdenum) which were all based on different operating mechanisms. Derivative-1 and Derivative-2 demonstrated different levels of antioxidant capacities with respect to universal standards of trolox, ascorbic acid, and quercetin. Derivative-2 showed 2 times more antioxidant capacity than trolox in galvinoxyl assay. Derivative-1 was comparable with, especially quercetin, in phosphomolybdenum assay. Those two derivatives were subjected for their possible inhibitory effect on human GSTP1-1, which is one of the phase II drug metabolising enzymes performing the conjugation between glutathione and a various of substrates. According to kinetic calculations, Derivative-1 applied (full) uncompetitive inhibition, and Derivative-2 generated (partial) mix inhibition on this pure enzyme. As a conclusion, those novel benzothiophene derivatives have potential to be used as antioxidant agents, after detailed medical tests. On the other hand, some more derivatization is required for them to be better inhibitors of GSTP1-1. Keywords: Antioxidant capacity, Benzothiophene, Glutathione S-transferase P1-1, Inhibition.
Ratlarda deneysel olarak dietilnitrozamin ile indüklenen hepatosellüler karsinogenezis sürecinde Eremurus spectabilis M. Bieb. (Çiriş otu) bitki ekstrelerinin antitümör etkinliğinin araştırılması
Bu çalışmada ratlarda dietilnitrozamin (DEN) ve tiyoasetamid (TAA) ile indüklenen hepatosellüler karsinogenezis sürecinde Eremurus spectabilis M. Bieb. (Çiriş Otu)'in etanol liyofilize ekstrelerinin (LBE) ve nanopartikül ekstrelerinin (NBE) farklı dozlarda koruyucu etkileri araştırıldı. Deneysel uygulama öncesi bitki ekstrelerinin sıcakkanlı canlılar için uygulanabilir doz olarak 2000 mg/kg vücut ağırlığı doz ile akut toksisite yapıldı. Çalışmada kullanılan ratlar rastgele 6 gruba ayrıldı (n=8). Normal Kontrol (NK) hariç tüm gruplara ayda bir kez 150 mg DEN/kg ve haftada bir kez 200 mg TAA/kg kimyasal maddeleri deney süresince intraperitonal (i.p) olarak uygulandı. LBE ve NBE maddeleri NK ve Kanser Kontrol (KK) hariç tüm gruplara 90 gün boyunca gavaj yöntemi ile günlük olarak uygulandı. Deneysel uygulama sonunda serum örneklerinde karaciğer fonksiyon testleri ve karaciğer dokusunda oksidan ürün ile antioksidan savunma sisteminin enzim aktiviteleri ve karaciğer dokularında histopatolojik değişiklikler incelendi. Yapılan analizler sonucunda KK grubunun NK grubuna göre serum karaciğer harabiyet biyobelirteçleri olan ALT ve AST serum enzim seviyeleri artarken, Eremurus spectabilis M. Bieb.'in farklı bitki ektreleri ile muamelelere edilen grupların çoğunda bu artışlar NK grubu düzeyine çekildiği tespit edilmiştir. Hayvanların canlı ağırlıklarının başlangıç ve muamele sonundaki meydana gelen artış ise NK, KK ve KNBE2 gruplarında anlamlı artış görülürken; diğer gruplarda anlamlı bir artış görülmedi. Deneysel olarak meydana getirilen HCC süreci sonucunda artan oksidatif strese karşı antioksidan savunma sisteminin unsurlarında genel anlamda artış meydana gelmesine rağmen, oksidatif stresin önemli bir biyoberirteci olan MDA'da da artış gözlenmiştir. Yani; NK grubuna göre tüm deneysel grupların CAT, GPX, GST, SOD aktiviteleri ile MDA konsantrasyonununda artış meydana gelirken, GR aktivitesinin ve GSH miktarında azalma tespit edilmiştir. Diğer yandan Eremurus spectabilis M. Bieb. ekstreleri takviyesi alan deneysel gruplarındaki oksidatif stresten kaynaklı oluşan serbest radikalleri baskılayarak KK'ya göre MDA seviyesi ile CAT ve GPX aktivitelerinin azalmasına, GR, GST, SOD aktivitesini ve GSH konsantrasyonunu artırarak antioksidan savunma sistemini desteklediği kanaatine varılmıştır. Keza, tüm grupların karaciğer dokusunun 8-OHdG seviyesi NK grubuna kıyasla arttığı gözlenirken, karaciğer doku örneklerinin makroskobik ve histopatolojik görüntülerinde de bitkisel tedavi gruplarında daha hafif seyrettiği tespit edildi. Elde edilen bu sonuçlara göre; Eremurus spectabilis M. Bieb. bitkisinin sahip olduğu antioksidan ve antitümör maddelerini içerdiğinden kaynaklı olarak HCC'ye karşı koruyucu etkiye sahip olabileceği sonucuna varılmıştır.
PANC-1 insan pankreas kanseri hücre hattında biyolojik ve kimyasal olarak sentezlenen gümüş nanopartiküllerin HIF-1 sinyal yolağı üzerindeki etkilerinin araştırılması
Pankreatik duktal adenokarsinom (PDAC), en agresif ve ölümcül katı tümörler arasında yer almaktadır ve kansere bağlı ölümlerin dördüncü önde gelen nedeni olduğu bilinmektedir. Pankreas kanserinde erken belirti olmadığı ve her iki cinsiyette de ileri yaşlarda teşhis edilebildiği için yıllar geçtikçe sağkalım oranı düşmektedir. Pankreas kanseri tedavisinde geçtiğimiz yüzyılda cerrahi tekniklerin iyileştirilmesi, adjuvan ve neoadjuvan tedavilerdeki gelişmeler dahil olmak üzere dikkate değer ilerlemeler kaydedilmiştir. Fakat pankreas kanseri insidansı küresel olarak artmaktadır ve ölümcül bir hastalık olmaya devam etmektedir. Bundan dolayı ilerlemiş pankreas kanseri katı tümörlerini tedavi edebilmek için yeni terapötik ajanların geliştirilmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Yeşil sentez aracılı gümüş nanopartiküllerin (AgNP), yakında insanlarda pankreas kanserini tedavi etmek için yeni kemoterapötik takviyeler veya ilaçlar olarak kullanılabileceği öngörülmektedir. Nanopartiküller, biyouyumlu oldukları ve geniş bir yüzey alanına sahip oldukları için çeşitli hastalıklar için etkili tekniklerin geliştirilmesinde kritik bir rol oynamaktadır. Özellikle bitki bazlı nanopartiküller, antibakteriyel aktivite, antikanser ve antiviral aktivite sergilediği için terapötik ilaçlar dahil olmak üzere tıpta yaygın olarak kullanılma potansiyeline sahiptir. Nanopartiküllerin biyolojik olarak sentezi, bitki özlerinin ve fizyolojik olarak aktif biyomoleküllerin her yerde bulunabilmesi nedeniyle kimyasal ilaçların kullanımına göre çok daha güvenilir bir yaklaşım olduğunu göstermektedir. Diğer nanopartiküllere oranla daha düşük maliyetli olan gümüş nanopartiküller son yıllarda, pankreas ve çeşitli kanserleri tedavi etmek için modern kemoterapötik ilaçlar olarak kullanılmıştır. Bu çerçevede yapılacak olan çalışmalar pankreas kanseri tedavisine büyük ölçüde katkı sağlayacaktır. Bu tez çalışmasında konvansiyonel yöntemlerden farklı olarak mikrodalga aracılı yöntem ile Crocus sativus (Safran) stigma kısmının ekstraktı kullanılarak biyolojik olarak gümüş nanopartikül sentezi gerçekleştirilmiştir. Biyolojik olarak sentezlenen AgNP ve ticari olarak satın alınan kimyasal AgNP'ler UV-Vis, TEM, FESEM-EDX, FTIR, XRD, DLS ve Zeta potansiyel yöntemleri ile karakterize edilmiştir. Panc-1 insan pankreas kanseri ve HEK293 hücreleri artan konsantrasyonlarda biyolojik olarak sentezlenen AgNP, ticari olarak satın alınan kimyasal AgNP ve Crocus sativus (Safran) stigma kısmının ekstraktı ile 24 saat boyunca muamele edilmiştir. PANC-1 insan pankreas kanseri ve HEK293 normal hücre hatları üzerindeki sitotoksik etkileri -4,5-dimetil-tiyazolil-2,5-difeniltetrazolyum bromür (MTT) testi ile belirlenmiştir. MTT testi ile IC50 dozu belirlendikten HIF1 transkripsiyon faktörü ve invazyon, metastaz, anjiyogenez, glikoz metabolizması ile ilgili hedef genleri olan VEGFA, FLT-1, GLUT1, Bcl-2 ve pro-apoptotik Bax genlerinde mRNA seviyesindeki değişiklikler qRT-PCR ile incelenmiştir. MTT testi sonucunda hücre proliferasyonunda doza bağlı olarak azalma, qRT-PCR sonucunda HIF-1 ve onun hedef genleri olan VEGFA, FLT-1, GLUT1, Bcl-2 gen ekspresyonlarında anlamlı bir şekilde azalma ve Bax geninde anlamlı bir şekilde artış tespit edilmiştir. Bu çalışmada gerçekleştirilen sentez, ucuz, tek adımda gerçekleşen ve çevre dostu bir yöntem olduğundan dolayı bitki aracılı sentez yaklaşımlarının AgNP'leri sentezlemek için daha güvenilir ve ekonomik bir yol olduğu tespit edilmiştir. Çalışma sonucunda tüm veriler değerlendirildiğinde biyolojik olarak sentezlenen AgNP'lerin normal HEK293 hücrelerine kimyasal AgNP'lerden daha az toksik etki göstermeleri nedeniyle daha güvenli oldukları belirlenmiştir. Biyolojik olarak sentezlenen AgNP'ler, tümör ilerlemesinin agresifliğini ve şiddetini artıran hipoksi durumunda aktive olan HIF1 sinyal yolağı üzerinde etkili sonuçlar sergilediği için pankreas kanserinde radyasyon ve kemoterapi tedavilerine direnç gibi mevcut kanser tedavisinin eksikliklerini gideren umut verici bir antikanser ilacı olabileceğini göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Antikanser aktivite, Crocus sativus (Safran), Gümüş nanopartikül (AgNP), Hipoksi, Mikrodalga aracılı biyolojik sentez, Pankreatik duktal adenokarsinom
Kapra böceği Trogoderma granarium (Coleoptera: Dermastidae)'da çinko oksit nanoparçacıklarının insektisit etkinliğinin belirlenmesi
Kapra böceği Trogoderma granarium Everts (Coleoptera: Dermestidae) dünya çapında önemli bir depolanmış ürün zararlısıdır. Bu zararlı, tahıllarda oluşturduğu zararlar nedeniyle tarımsal ekonomiyi ve ülkeler arası ticareti olumsuz etkilemektedir. Son yıllarda kapra ile mücadelede uygulanan yöntemlerin birçoğu kimyasal pestisit içermesi sebebiyle doğaya ve insan sağlığına zararlıdır. Nanoteknoloji, çeşitli bilimsel alanlara yenilik getirebilecek bir alandır. Yeşil sentez yöntemi ile nanoparçacık (NP) sentezi, özellikle bitkilerin kullanıldığı çevre dostu yeni bir yöntemdir. Sahip olduğu insektisit özelliği nedeni ile sap kereviz (Apium graveolens L. var. dulce) bitkisinin birçok zararlı böcekle mücadeledeki etkinliği araştırılmıştır. Bu tez çalışmasında, insan sağlığı ve çevre için düşük toksisiteye sahip Çinko Oksit (ZnO) NP'lerinin kapra böceğine karşı potansiyel bir mücadele aracı olarak kullanılması amaçlanmıştır. ZnO NP'lerin sentezi herhangi bir toksik çözgen ya da kimyasal indirgeme reaktifi kullanmadan, kereviz bitkisinin ekstraktı kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Sentezlenen ZnO NP'lerin karakterizasyonu Emisyonlu Taramalı Elektron Mikroskobu (FESEM), UV-Vis Spektrofotometresi (UV-Vis), X-ışını Kırınım Difraktometresi (XRD), Fourier Dönüşümlü Infrared Spektrofotometresi (FTIR) ve Zeta Potansiyeli Analizleri ile gerçekleştirilmiştir. Sentezlenen ZnO NP'lerin kapra larvaları ve erginleri üzerindeki etkileri besleme deneyleri sonucunda incelenmiştir. Erginlerde, LC50 değeri 500 ppm derişim uygulamasını takiben 48. saat sonunda, LC90 değeri ise 96. saat sonunda tespit edilmiştir. ZnO NP'lerin Katalaz (TgCAT), Isı Şok Proteini 60 (TgHSP60) ve Isı Şok Proteini 68 (TgHSP68) genleri üzerindeki etkisi, larva ve erginlerde Kantitatif Eş Zamanlı PCR (RT-qPCR) kullanılarak moleküler düzeyde incelenmiştir. Kapra larvalarında, ZnO NP maruziyetine bağlı olarak en yüksek TgCAT, TgHSP60 ve TgHSP68 ifadesi, 12. saat uygulamasından sonra görülmüştür. Kapra erginlerinde ise, üç gen için en yüksek ifade miktarı sırası ile 144, 96 ve 72. saatleri takiben tespit edilmiştir. Bu çalışmanın sonuçlarına göre, ZnO NP'lerin kapra böceğinin kontrolünde insektisidal bir ajan olarak kullanılabileceği önerilebilir. Ayrıca, araştırılan TgCAT, TgHSP60 ve TgHSP68 genlerinin ZnO NP'lerin meydana getirdiği oksidatif strese yanıt geliştirebilen potansiyel biyomarker olma özellikleri vardır.
Hiperlipidemi ve hiperglisemi kaynaklı oksidatif stresin endotel disfonksiyonu üzerine etkileri
Endotelyum, kan damarlarının ve lenfatik damarların iç yüzeyini kaplayan, tek tabaka endotel hücrelerinden oluşur. Endotel doku, bir fiziksel bariyer gibi görünmekle birlikte, aynı zamanda bazı vazoaktif bileşiklerin oluşturulup salındığı yerdir. Endotel disfonksiyonu, Nitrik oksit (NO) ekspresyonu ve biyoyararlınımının azalması ve genellikle asetilkolinin normal endotel bağımlı vazodilatasyon tepkilerinin kaybı ile gelişir. Serum NO miktarı azalırken endotelin-1 (ET-1) seviyeleri artar ve bu dengesizlik sonucu vazodilatasyon bozulur, adezyon molekülleri artar ve endotel fonksiyonları bozulur. Bu karmaşık süreci başlatan endotel disfonksiyonun altında yatan en yaygın neden oksidatif strestir. Uzun süre yüksek glukoz konsantrasyonuna maruz kalma ile serbest yağ asidi birikimi metabolik substrat mevcudiyetinde değişikliklere neden olabilir ve bu değişiklikler oksidatif strese neden olur. Çalışmamızda yüksek glukoz içeren besiyeri ile görece düşük glukoz içeren besiyerinde çoğaltılan HUVEC, farklı konsantrasyonlarda palmitik aside (PA) maruz bırakılarak (24 saat) yüksek glukoz ve serbest yağ asidinin HUVEC hücrelerinde endotel difonksiyon oluşumuna etkisini araştırdık. Bunun için endotel disfonksiyonunda kilit rol oynayan ET-1(endotelin-1), eNOS(endotelyal nitrik oksit sentaz), VCAM-1(vasküler hücresel adhezyon molekülü-1), PAI-1(plazminojen aktivatör inhibitör-1) ve proinflamatuar sitokinler TNF-a(tümör nekrozis faktörü-alfa) ve IL-6(interlökin-6) gen ekspresyon düzeylerini reverse(ters) transkriptaz real time PCR yöntemi kullanarak belirledik. Sonuç olarak, çalışmamızda farklı konsantrasyonda glukoz ve palmitik asit maruziyetine uğrayan HUVEC hücrelerinde ET-1, PAI-1 ve TNF‐a gen ekspresyon düzeylerindeki artış bu hücrelerde yüksek konsantrasyon glukoz ve serbest yağ asitlerinin birlikteliğinde endotel disfonksiyonu üzerinde daha etkili olduğu ortaya konmuştur.
Sıçanlarda yüksek yağlı diyetle indüklenen obezite modelinde bağırsak mikrobiyotasının ve metabolik endotokseminin değerlendirilmesi
Bu çalışmanın amacı, sıçanlarda yüksek yağlı diyetle indüklenen obezite modelinde hem bağırsakta dışkı mikrobiyotası hem de kolon mikrobiyotasını ve metabolik endotoksemiyi değerlendirmekti. Çalışmanın materyalini 14 adet wistar albino türü 6-7 haftalık erkek sıçan oluşturdu. Deney süresince yem ve suları ad libitum olarak sağlanan sıçanlar deney (7 adet) ve kontrol (7 adet) olmak üzere iki gruba ayrıldı. Kontrol grubu ticari sıçan diyeti ile (% 3 yağ, % 53 karbonhidrat ve % 23 protein) beslenirken deney grubu yüksek yağlı diyetle (hayvansal iç yağ ilavesi ile % 66,75 yağ, % 2,65 karbonhidrat ve % 22,36 protein) 12 hafta boyunca beslendi. Haftalık Lee Index ve BMI hesaplamaları ve iki haftada bir açlık ve tokluk kan glukoz düzeylerine bakıldı. Anestezi altında kalpden kan örnekleri alındı ve sıçanlar dekapite edilerek hızlı bir şekilde taze dışkı örnekleri ve distal kolon doku örnekleri alındı. Çalışmanın sonunda vücut ağırlıkları, nazo-anal uzunluklar, HOMA-IR, albümin, IP, T Bil, Ca, CHOL, Cre, demir, GGT, LDH, lipaz ve CK ve tokluk glukoz düzeyleri için gruplar arasında farklılık yoktu. BMI ve Lee Indexleri son iki haftada deney grubunda yükselmiş ve istatistiki olarak anlamlıydı (p<0,05). Açlık kan glukoz düzeyleri üçüncü haftadan itibaren deney grubunda yüksekti (p<0,05). Yine deney grubunda amilaz, TG, ALP ve AI yüksek (p<0,01) ve BUN, T Pro ve HDL ise düşüktü (p<0,01). Serum TNF-α ve IL-6 için gruplar arasında fark yoktu. Deney grubunda TLR4 (p<0,05), LPS ve insülin düzeyleri yüksek, total protein ise düşüktü (p< 0,01). Kolon dokusunda TLR4, LPS ve total protein benzer, TNF-α ve IL-6 deney grubunda yüksekti (p<0,01). Dışkıda ise LPS deney grubunda artmıştı (p<0,01). Metagenomik analizlerde alem seviyesinde kontrol grubunun dışkı örneklerinde arkea yüzdesi yüksekti (p<0,01). Kolon mikrobiyotası ise benzerdi. Diğer taksonomik sınıflandırmalara göre ise dışkıda Aktinobakteria, Bakteriodetes, Firmicutes ve Proteobakteria, kolon mikrobiyomunda ise Actinobacteria, Bacteriodetes, Firmicutes ve Proteobacteria filumları için gruplar arasında bazı türlerde fark belirlendi. Ayrıca hem dışkı hem de kolonik mikrobiyomda belirlenen Marvinbryantia formatexigens mukozal yangı ve disbiyozisi; Adlercreutzia equolifaciens, Streptococcus peroris ve Roseburia faecis mukozal yangıyı; Ruminococcus bromii ve Allobaculum stercoricanis ise sağlıklı bir mikrobiyomu gösterir ve invaziv bir yöntem olan mukozal biyopsi örneklerine alternatif olarak dışkıdan da belirlenerek kolonik mikrobiyomu temsil eder.
Serum sTREM-1/sTREM-2 düzeylerinin ailesel Akdeniz ateşi olan hastalarda inflamasyon ile olan ilişkisinin belirlenmesi
Amaç:Ailesel Akdeniz ateşi (FMF), peritonit, plörit, artrit veya erizipel benzeri eritemlerin eşlik ettiği tekrarlayan ateş atakları ile karakterize otozomal resesif geçişli bir hastalıktır. Bu çalışmada klinik olarak FMF tanısı konmuş atak ve remisyon hastalarının serumunda sTREM-1, sTREM-2, TNF-α ve IL-1β düzeylerini ölçmeyi ve inflamasyonla olan ilişkilerini incelemeyi amaçladık. Yöntem: Çalışmamızda romatoloji polikliniği'ne FMF tanısıyla başvuran 27 ataklı hasta ve remisyon döneminde 30 hasta olacak şekilde toplam 57 hasta ile yaş ve cinsiyet olarak eşitlenmiş sağlıklı kontrollerden oluşan 30 birey çalışmaya dahil edilmiştir. Alınan biyokimya kanları 1500 x g'de santrifüj edilmiş ve serumları ayrılmıştır. Daha sonra çalışma günü alınan örneklerden CRP düzeyleri nefelometrik yöntemle, BUN, kreatinin, glikoz, albümin testleri ile ALT, AST ve kreatin kinaz aktivite düzeyleri spektrofotometrik yöntemle, ferritin düzeyleri ise elektrokemolüminesans yöntemle biyokimya laboratuvarında çalışılmıştır. Ayrıca hastalardan EDTA'lı hemogram tüplerine tam kan alınarak aynı gün otoanalizörde tam kan sayımı yapılmıştır. Fibrinojen ve sedimantasyon düzeyleri ise aynı gün hematoloji laboratuvarında bulunan otoanalizörlerde ölçülmüştür. Serum sTREM-1, sTREM-2, IL-1β ve TNF-α düzeyleri ise ELISA yöntemi ile çalışılmıştır. Bulgular: Serum sTREM-1 ve IL-1β düzeyleri FMF ataklı hasta grubunda kontrol ve remisyon grubuna göre anlamlı olarak yüksek bulunmuştur (p<0,001). sTREM-2 ve TNF-α düzeylerinde gruplar arasında fark saptanmamıştır. Sedimentasyon atak grupta yalnızca kontrol grubuna göre anlamlı yüksek bulunurken (p=0,016), fibrinojen (p<0,001) ve ferritin (p=0,004) düzeyleri FMF ataklı grupta kontrol ve remisyon grubuna göre anlamlı olarak yüksek bulunmuştur. CRP her üç grup arasında da anlamlı olarak farklı çıkmıştır (p<0,001). Ayrıca sTREM-1 ve IL-1β düzeyleri ile CRP, sedimentasyon ve fibrinojen düzeyleri arasında zayıf ama anlamlı korelasyon saptanmıştır (r=0.291 p=0.05,r=0.370 p<0.001 r=0.465 p<0,001 ). Sonuç: Serum sTREM-1 düzeyleri FMF hastalarında inflamasyonla ilişkili olup FMF patogenezinde rol alıyor olabilir. Anahtar kelimeler: Ailesel Akdeniz Ateşi, inflamasyon, sTREM-1, sTREM-2
Obstrüktif uyku apne sendromu hastalarında Beclin-1 ve hipoksi ile indüklenen faktör-1 düzeylerinin araştırılması
Obstrüktif uyku apne sendromu (OUAS), uyku sırasında tekrarlayan üst solunum yolunun tam veya parsiyel obstrüksiyonları ile ortaya çıkan ve sıklıkla buna eşlik eden kan oksijen satürasyonlarında (SpO2) azalma ve uyanmalar ile karakterize olan bir sendromdur. Bu çalışmada amacımız OUAS olan hastalarda Beclin-1, HIF-1α, inflamatuar ve oksidatif stres markırlarının düzeylerinin belirlenmesi, CPAP tedavisinin otofajik, hipoksik ve oksidatif stres parametreleri üzerine olan etkisini incelemek ve bu parametrelerin klinik ile olan korelasyonunu ortaya koymaktır. Çalışmaya Mustafa Kemal Üniversitesi Tayfur Ata Sökmen Tıp Fakültesi Sağlık Araştırma ve Uygulama Hastanesi Göğüs Hastalıkları Polikliniği'ne başvuran 18-69 yaş arasında 27 kontrol, 42 hafif-orta şiddette OUAS tanısı alan hasta ve 28 ağır OUAS tanısı alan hasta olmak üzere toplam 97 kişi dahil edildi. Ağır OUAS hastalarında CPAP tedavi öncesi ve CPAP tedavisinin üçüncü ayında sonuçlar kaydedildi. Kan örneklerinde Beclin-1, HIF-1α, TNF-α ve IL-6 düzeyleri ELİSA yöntemiyle, TAS (Total Antioksidan Status) ve TOS (Total Oksidan Status) parametreleri ise kolorimetrik yöntemle çalışıldı. Oksidatif Stres İndeksi (OSİ) TOS/TAS*100 şeklinde hesaplandı. Veriler için analizler IBM SPSS versiyon 22.0 ile yapıldı. Genel olarak istatistiksel anlamlılık düzeyi p<0.05 olarak ele alınırken, Bonferroni düzeltmeli Mann Whitney U Test için anlamlılık düzeyi p<0.02 olarak ele alındı. Kontrol grubu ile hafif-orta ve ağır OUAS grubunun TNF-α, IL-6, Beclin-1, HIF-1α, CRP, TOS ve OSİ parametrelerinin değerleri arasında anlamlı fark saptanmıştır. Hafif-orta OUAS ve ağır OUAS hastalarının TNF-α, IL-6, Beclin-1, HIF-1α, CRP, TOS ve OSİ değerleri kontrol grubu değerlerinden anlamlı derecede daha yüksek olduğu tespit edilmiştir. OUAS grupları arasında serum TAS düzeyleri bakımından anlamlı düzeyde fark bulunmamıştır. Ağır OUAS hastalarında tedaviden 3 ay sonraki TNF-α, IL-6, HIF-1α, CRP, TOS ve OSİ değerlerinin tedavi öncesine göre istatistiksel olarak anlamlı derecede düşük düzeylerde olduğu tespit edilmiştir. Ağır OUAS hastalarında tedaviden 3 ay sonraki Beclin-1 değerleri ise tedavi öncesine göre anlamlı bulunmamıştır. Obstrüktif uyku apne sendromu hastalarında CPAP tedavisinin Beclin-1 düzeyleri üzerine olan etkisi, Beclin-1 ve HIF-1α'nın oksidatif stres ile olan ilişkisi ilk kez çalışılmıştır. HIF-1α düzeylerinin intermitant hipoksi (İH), proinflamatuar markırlar ve oksidatif stres ile ilişkili olduğu; hastalık patogenezinde rol oynadığı ve diagnostik bir belirteç olabileceği düşünülmektedir. Ayrıca OUAS'ta otofajik yolakların etkilendiği ve hastalık patogeneziyle ilişkili olabileceği söylenebilir. Anahtar kelimeler: OUAS, Oksidatif Stres, İnflamasyon, Beclin-1, HIF-1
Anthemis pauciloba var. sieheana (Eig) Grierson ve Cota tinctoria subsp. euxina (boiss.) Oberpr. & Greuter türlerinden elde edilen uçucu yağ ve yağ asitlerinin biyoaktivite çalışmaları
Compositae Familyası bitkilerinden olan Anthemis pauciloba var. sieheana ve Cota tinctoria subsp. euxina Kayseri ve İstanbul'dan toplanmıştır. Toplanan bitkilerin toprak üstü kısımlarının uçucu yağlarının ve hekzan ekstrelerinden elde edilen yağ asitlerinin bileşimi GC-MS kullanılarak belirlenmiştir. Tez kapsamında bu maddelerin antimikrobiyal ve sitotoksik aktivite çalışmaları yapılmıştır. Anthemis pauciloba var. sieheana bitkisinde %63,11 oranı ile 96 tane uçucu yağ bileşeni belirlenmiştir. Uçucu yağların ana bileşenlerinin 1,8-cineole (%8,499), βpinene (%5,115), spathulenol (%3,247) olduğu anlaşılmıştır. Yağ asitleri bileşiminde ise %97,115 oranı ile 6 maddenin varlığı tespit edilmiştir. Ana bileşenler (Z,Z)-9,12octadecadienoic acid (%55,61), hexadecanoic acid (%12,831) ve octadecanoic acid (%4,562) olarak belirlenmiştir. Cota tinctoria subsp. euxina bitkisinin uçucu yağ analizinde %74,94 verim ile 84 madde belirlenmiştir. Ana maddeler β-pinene (%23,240), α-pinene (%6,518) ve limonene (%3,655)'dir. Yağ asitlerinde ise %81,342 verimle 7 madde bulunmuştur ve ana maddelerin (Z,Z)-9,12-octadecadienoic acid (%72,353), hexadecanoic acid (%15,402) ve octadecanoic acid (%4,936) olduğu anlaşılmıştır. Bitkilerin antimikrobiyal etkilerini belirlemek için bitkilerden elde edilen uçucu yağların farklı konsantrasyonları kullanılarak minimum inhibisyon konsantrasyonu değerleri saptanmaya çalışılmıştır. Maddelerin Gram-pozitif ve Gram-negatif olmak üzere farklı bakterilere karşı etkileri araştırılmış ve C. tinctoria subsp. euxina bitkisine ait uçucu yağların farklı konsantrasyonlarda tüm bakteri suşlarına karşı inhibe edici etki gösterdiği tespit edilmiştir. A. pauciloba var. sieheana bitkisinin ise Escherichia coli DH5α ve Staphylococcus aereus suşlarına karşı inhibe edici etki gösterdiği konsantrasyonları belirlenmiştir. Sitotoksik aktivite tayini için insan servikal kanserine ait HeLa hücreleri kullanılmıştır. Hücreler hekzan ekstrelerinin farklı konsantrasyonları ile farklı sürelerde muamele edildiğinde hekzan ekstrelerinin hücreler üzerinde anlamlı bir sitotoksik etki göstermediği belirlenmiştir.
Meme ve ovaryum hücre hatlarında klorambusil ve tamoksifen'in etkisinin incelenmesi
Bu çalışma MDA-MB-231 ve HeLa hücre hatlarında Tamoksifen ve Klorambusil'in sitotoksik, morfolojik ve moleküler etkisinin incelenmesini hedeflemekte olup ve ileri çalışmalarda kanser ilaçlarının geliştirilmesinde ön çalışma niteliği taşımaktadır. Kanser, dünyada en sık görülen kalp hastalıklarından sonra ölüme yol açan ikinci hastalık grubunda yer almaktadır. Kanser tedavisinde ameliyat, kemoterapi ve radyoterapi gibi çeşitli tedavi yöntemlerinden yararlanılmaktadır. Ancak tedavilerde meydana gelen yan etkiler göz önüne alındıklarında hali yeni ilaç tedavileri geliştirmek önem kazanmaktadır. Tamoxifen, anti-östrojenler grubundan nonsteroidal ilaçtır. Son yıllarda, Tamoxifen hem meme kanseri tedavisinde hem de kemoprevensiyonunda kullanılmaktadır. Klorambusil ilacı ise kemik iliğinin çok fazla sayıda anormal beyaz kan hücresi ürettiği Kronik Lenfositik Lösemi (KLL)'de, lenf sistemi hücrelerinden kaynaklanan kanser çeşidi olan hodgkin lenfoma hastalığında, B-lenfosit akyuvar hücrelerinin aşırı miktarda çoğaldığı ve kanda anormal protein serbestleşmesine neden olduğu Waldentsromun makroglobulinemisi tedavisinde, yumurtalık, meme ve testis kanserini tedavi etmek için kullanılır. Bu hipotezle yola çıkarak çalışmada MDA-MB-231 ve HeLa hücre hattı üzerinde Tamoksifen ve Klorambusil ilaçlarının etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. İlaçların hücreler üzerindeki toksik etkisini belirlemek için belli doz aralıklarında optimizasyon çalışmaları yapılmıştır. Bu tezde yapılan deneylerde tamoksifen tek başına uygulandığında hücreler üzerinde etkili olduğu fakat üç boyutlu MDA-MB-231 ve HeLa model hücre hatları üzerindeki etkileri literatürdeki çalışmalara göre etkisinin daha az olduğu görülmüştür. Klorambusilin ise kendine özgü toksik etkisinin tamoksifene göre daha güçlü olduğu gözlemlenmiştir.
Turning the spotlight on a long-overlooked pathway: molecular dynamics investigation of ras family members with RalGDS
The Ras superfamily of GTPases is capable of switching on and off their downstream effector proteins. Activated effector proteins modulate a significantly complicated and wide range of cellular processes. Ras sub-family proteins are the most extensively studied branch of the superfamily as 30% of all human tumors have activating mutations in one of the RAS genes. Ras isoforms share high sequence and structural similarity yet adopt different behaviors upon the same oncogenic mutations. Another fact is particular Ras mutations preferentially activate different effector pathways for the same isoform. Considering these challenges, targeting a mutant Ras protein requires a prior investigation in an isoform-specific and effector-specific manner. Until a few years ago, downstream Raf and PI3K pathways have attracted more attention as they are directly responsible for tumor initiation and proliferation in Ras-driven cancers. Recent studies have shown that the RalGDS-Ral pathway is more decisive than Raf and PI3K pathways for the progression of Ras-driven colon and pancreatic cancers. In this study, a long-overlooked Ras-RalGDS interaction was investigated by the molecular dynamics method. Simulated Ras isoforms were selected based on the mutation frequencies and distinct functions in RalGDS (RBD) pathway. Gibbs free energy results showed that Rap1-RBD was the strongest while M-Ras -RBD was the weakest interaction among the selected systems. Upon G12V and G12D mutations, both K-Ras and H-Ras proteins showed an increased affinity toward RBD compared to their wild-type controls. It noted that Ras uses the same acidic interface residues while binding to complementary basic residues of RalGDS and Raf. E31 and D33 residues on Ras isoforms interact with the α-helix containing parts of the RBD, whereas E37 and D38 residues participate in intermolecular β-sheet interaction. GLU37Ras(β2)-ARG7RBD(β1) and ASP33Ras(SI)-LYS39RBD (h1) hydrogen bonds were conserved on both the Ras and RalGDS side among all simulation systems and suggested as a scaffold for Ras-RalGDS interaction. GLU37K-Ras-TYR18RBD bond was only observed in K-Ras mutant systems but not in K-Ras control and proposed as a suitable candidate for further drug-design studies. LYS31Rap1 residue was proposed to be responsible for the tightest interaction between Rap1 and RalGDS. ASP33Ras(SI)- LYS19RBD(β2) interaction which is only present in the M-Ras system and considering the locations of the residue pair this bond likely to distort the shape of the β2 of the RBD that cause destabilization in the M-Ras-RBD interaction and responsible for the weak binding affinity. Trajectory clustering analysis showed that H-RasCONTROL adopted state 1, and KRasCONTROL adopted state 2 conformations while interacting with RBD. Upon G12D mutation, H-Ras was switched between state 1 and 2 while H-RasG12V has remained in state 1. The distinct switch I profile of H-RasG12D and H-RasG12V in complex with RBD were suggested to arise from that reason. Another remarkable finding was increased cooperation between switch I and II in K-RasG12D, G12V, and H-RasG12V. On the contrary, the switch I region of H-RasG12D has exhibited an increased correlation with the allosteric lobe exclusively with helix 3. In mutant isoforms, the stability of switch I appeared to be achieved via diverse cooperation mechanisms yet can promote the overall strength of the interaction. In this study, only the G-domains of Ras proteins were used when modeling the interaction with RBD. Most of the results were consistent with the literature hence proved that even G-domain was enough to make some deductions about differential behaviors of H-Ras and K-Ras in complex with RBD. Here, represented interaction dynamics might be a good reference point for the studies which aim to develop mutant specific targeting against the tumors harboring Ral over-activity.
Genome-wide mapping of nucleotide excision repair in arabidopsis root and shoot & the fate of LYM1/2 proteins during nodulation in Medicago truncatula
Plants, unlike many other organisms, are not mobile, which makes them vulnerable to a variety of hazardous factors such as ultraviolet (UV) light. UV light is known to cause DNA damage, which in turn leads to genetic instability. Organisms have found ways to cope with DNA damage by different molecular mechanisms to preserve genetic information flow properly. Nucleotide excision repair (NER) is a conserved mechanism widely utilized by many organisms, including plants. In this study, The Excision Repair Sequencing (XR-seq) method has been applied to shoot, root, and seedling tissues in Arabidopsis thaliana to map genome-wide DNA damage types: CPD and (6-4) PP. Arabidopsis thaliana has been shown to have transcription-coupled repair (TCR) in addition to global genome repair (GG-NER). Interestingly, root tissue, despite not being exposed to UV light, has demonstrated a significant amount of nucleotide excision repair, whose levels are similar to tissues exposed to UV. Root tissue might exhibit such repair due to the chemicals in soil, which might give rise to the formation of various DNA damage products repaired by the NER mechanism. Together with this finding, the repair dynamics could be further investigated in the model organism Arabidopsis to understand better essential players of DNA damage, gene activity, and chromatin accessibility throughout the plant genome. Medicago truncatula is a model legume that undergoes a mutualistic relationship with rhizobia under nitrogen-limited conditions to obtain ammonium (NH3). In this interaction, rhizobia produce ammonium from atmospheric nitrogen (N2) and provide it to the plant and in return, use the carbon source supplied by the plants. However, the question and mechanism of how the bacteria are allowed to maintain their cellular processes inside nodule organs within the root tissue of plants remain to be addressed in great detail. Lysin motif-containing receptor (LysM) proteins, LYM1 and LYM2, reside on plants' plasma membranes and are responsible for triggering innate immunity in response to patterns of bacterial peptidoglycan structures. Furthermore, upon arrival of rhizobia, the GPI anchors of LYM1 and LYM2 proteins are known to be cleaved that releases these proteins from symbiosome membrane. Thus, these proteins are inactivated to initiate an immune response so the intracellular rhizobia could survive, and the symbiotic relationship can be attained. This study includes cloning of LYM1 and LYM2 genes into plant expression vectors and genotyping lym1 and lym2 mutants. The questions of what the other interacting partners of LYM proteins are and what happens to LYM proteins in the absence of DNF2 protein need to be resolved in further studies.
Analysis of enhancer activity changes in late-stage prostate cancer
Prostate cancer is one of the most common cancer types in Turkish men. At nearly all stages of the disease, the androgen receptor (AR) is the main driver of initiation and growth. When activated, the AR binds to enhancer cis-regulatory elements and induces gene expression through chromatin loops that connect enhancers with target promoters. Given its critical function, targeting AR activity is the standard of care to treat metastatic or recurrent prostate cancer. While treatment is initially effective, resistance inevitably occurs. Yet even in these resistant tumors, AR remains the critical driver of proliferation in the vast majority of patients. There is increasing evidence that alterations to enhancer regulatory elements, either through cistrome reprogramming or somatic mutations, can act as acquired drivers of resistance. While both chromatin looping and AR's transcription factor function play an important role in enhancer activity, the extent of their contribution is not fully understood. In this work, we hypothesize that resistance in late-stage prostate cancer is driven by alterations in enhancer activity. Enhancer activity can be influenced by both changes in transcription factor activity and alterations in enhancer-promoter interactions. To investigate the changes in transcription factor activity, we functionally characterized the enhancer activity of a constitutively active AR splice variant using a massively parallel reporter assay. Unexpectedly we found that ARv7, a variant linked with resistance in clinical disease, repressed enhancer activity of AR. Next, we integrated the chromatin looping data from models of distinct stages of prostate cancer and identified significant changes in enhancer- promoter interactions in later stages of the disease. We detected new enhancer-promoter interactions in the late-stage model that are absent in the early-stage counterpart. This suggests that new chromatin interactions can change enhancer activity and may potentially contribute to resistance in late-stage prostate cancer. These results highlight the complex interplay between AR and chromatin organization, shedding light on novel mechanisms driving late-stage prostate cancer.
Transcriptional profiling in Arabidopsis thaliana SLIM1 mutant exposed to boron toxicity
The effects of B (B) toxicity on plants have been investigated for a long time, but the interaction between sulfur metabolism and B has not been sufficiently clarified in this process. Sulfur metabolism plays an important role, especially in the production of compounds such as cysteine, methionine and glutathione (GSH), and is considered a critical component in the stress response of plants. In this study, the effects of sulfur metabolism in response to B toxicity and the role of the SLIM1 transcription factor in this process were investigated. SLIM1 is an important transcription factor that controls the synthesis of sulfur-containing amino acids by regulating sulfur uptake and metabolism. The deficiency of this factor in slim1 mutants leads to disruptions in the functioning of sulfur metabolism. In this study, the effects of sulfur metabolism were investigated in slim1 mutant Arabidopsis thaliana plants exposed to B toxicity.To better understand the functions of sulfur (S) uptake and metabolism in plants at the molecular level, it is necessary to investigate these processes under the effects of B toxicity. For this purpose, in this study, wild-type and slim1 mutant plants of Arabidopsis thaliana exposed to 1 mM and 2 mM B and RNA-Seq analysis were performed. As a result of the analyses, significant changes were observed in genes related to sulfur metabolism and transport in the slim1 control group. While a significant increase in ribosome biogenesis, RNA processing and binding activities was detected in slim1 mutants under B toxicity, glucosinolate biosynthesis processes were suppressed in all slim1 mutants. In addition, it was revealed that ribosome biogenesis and RNA processing processes, together with antioxidant mechanisms, play critical roles in the regulation of defense responses against B toxicity.This study provides important contributions to the understanding of the mechanisms of resistance to B toxicity and reveals that targeting SLIM1 and related mechanisms provides valuable clues for the development of plant varieties resistant to B stress conditions.
Çinko oksit nanopartiküllerinin yeşil sentezi, karakterizasyonu, sitotoksisitesi ve antimikrobiyal aktivitesi
Bu çalışmada, Sideritis akmanii bitkisinden elde edilen ekstrakt kullanılarak yeşil sentez tekniği ile çinko oksit nanopartikül (ZnONP)'ler sentezlendi. Elde edilen ZnONP'lerin Ultraviyole-Görünür Spektrofotometrisi (UV-VIS), X Işını Difraksiyonu (XRD) spektrofotometresi, Taramalı Elektron Mikroskopisi (SEM) ve Fourier Dönüşümlü Kızıl Ötesi Spektroskopisi (FT-IR) teknikleri ile karakterizasyonu gerçekleştirildi. Yeşil sentez tekniğiyle sentezlenen ZnONP çözeltisinin maksimum absorbans değeri 365 nm olarak kaydedildi. Nanopartiküllerin XRD analizi sonucu elde edilen Bragg tepe noktalarının JCPDS modeli 36-1451 ile uyumlu olduğu ve nanopartiküllerin altıgen yapıda olduğu tespit edildi. XRD ve SEM analizi sonucunda 2θ açısındaki en yüksek pik 36.262, FWHM değeri 0.437 ve ZnONP partikül boyutu 21.26 nm ve küresel şekilde olduğu tespit edilmiştir. Sideritis akmanii ekstraktının ve sentezlenen ZnONP'lerin A549 hücre hattı üzerindeki sitotoksik etkileri konsantrasyon ve zamana bağlı olarak değerlendirildi. ZnONP için LD50 dozu NP50 (5 mg/mL) olarak belirlendi. ZnONP'lerin, Sideritis akmanii özütüne kıyasla çok düşük konsantrasyonlarda bile daha yüksek sitotoksik aktivite gösterdiği tespit edildi. ZnONP'lerin ve bitki ekstraktının A549 hücre hattı üzerindeki genotoksik etkileri 24 ve 48 saatlik periyotlar boyunca karşılaştırıldı. A549 hücre hattı üzerinde ZnONP'lerin farklı dozlarda farklı genotoksik etkilere sebep olduğu gösterildi. Çalışmada uygulanan bitki ekstraktının üç konsantrasyonunun da 24 ve 48 saatlik uygulamada genotoksik hasarı azaltıcı yönde etki oluşturduğu görüldü. Sentezlenmiş ZnONP 25'in hem 24 saat hem de 48 saat uygulamasında kontrol grubuna kıyasla genotoksik hasarı gerilettiği tespit edildi. ZnONP'lerin Escherichia coli (ATCC 25922), Staphylococcus aureus (ATCC 29213), Salmonella enteritidis (ATCC 13076), Klebsiella pneumoniae (ATCC 700603) ve Candida albicans (ATCC 90028) mikroorganizmaları üzerindeki antimikrobiyal aktivitesi disk difüzyon yöntemi kullanılarak analiz edildi. Disk difüzyon testi sonuçları, ZnONP'lerin 8-13.67 mm arasında değişen inhibisyon zonu çapları ile 5 mikroorganizma suşu üzerinde etkili olduğunu ortaya koymuştur. 24, 48 ve 72 saatlik ZnONP doz uygulamalarının en etkili olduğu suşun Salmonella enteritidis olduğu tespit edildi. En yüksek inhibisyon çapı ise 72 saatlik ve 250 mg/mL ZnONP doz uygulaması yapılan Salmonella enteritidis suşunda 13.67 mm olarak kaydedildi. Elde edilen sonuçlar, Sideritis akmanii ekstresi ve sentezlenen ZnONP'lerinin çeşitli kanser tiplerine, bakteriyel ve fungal enfeksiyonlara karşı alternatif tedavi yöntemlerinin geliştirilmesinde faydalı olabileceğini göstermektedir.
Molecular identification and antimicrobial resistance profiles of Escherichia coli isolated in urine cultures from Shamiya State Hospital (Iraq)
In this study, Escherichia coli strains isolated from urine samples of patients admitted to Shamiya State Hospital (Iraq) were identified by conventional and automatic microbiological methods. Escherichia coli by percentage 29%, Staphylococcus aureus by percentage 21%, Klebsiella pneumoniae by percentage 18%, Proteus mirabilis by percentage 12%, Enterococcus faecalis by percentage 16% and Pseudomonas aeruginosa by percentage 4%. In our study, we used 11 Antibiotics (CFM, AM, AK, CN, CTX, ATM, CIP, LEV, IPM, TET, MRP) to show resistant, intermediate and susceptibility of Escherichia coli. The presence of Tet-A, Qnr-B, Ctx-M, TEM resistance genes in the identified E. coli strains was investigated by PCR. The CTX gene is a resistant gene compared to other genes in the total of bacterial isolates. The TET-A and TEM genes are a weakly resistant genes compared to the CTX gene. The QNRB gene is the weakest resistant gene compared to the CTX gene among the total isolates of bacteria. Demographic characteristics of individuals from whom E. coli strains were isolated were determined. The results obtained contributed to the development of clinical strategies for the prevention and management of E. coli infections causing UPEC in the Shamiya region.
In vitro analyzes of synergistic anticancer effects of sorafenib and lipoic acid combination on hepatocellular carcinoma cells
Hepatocellular carcinoma (HCC), the most common type of liver cancer, represents the third leading cause of cancer death worldwide. Its complex pathogenesis and molecular heterogeneity complicate the treatment of liver cancer cases. Therefore, the need for the development of targeted therapies is increasing. It is anticipated that the use of Alpha Lipoic Acid (ALA) together with various antineoplastic drugs will be promising for cancer control and treatment due to its ability to interact with cells at molecular resolution and its protective effects. This study aimed to determine the synergistic, anti-proliferative and anti-cancer effects of different combinations of ALA on HepG2 cell line by cell viability test (MTT) and expression levels of some genes (Tnf-α, Bax, Caspase-3 and Bcl2) and to evaluate the protein levels of the same genes by ELISA method, as well as to detect possible DNA damage by Comet test. According to the findings obtained from MTT test, the group that was administered only Sorafenib showed approximately 42% cell viability after 24 hours of application, indicating that the compound alone showed significant cytotoxic effect. Similarly, the group that was administered only 5 µM ALA showed approximately 56% cell viability, and it was observed that ALA alone reduced cell viability. As a result of the application of ALA + Sorafenib combination, 85% cell viability was detected. In the 48 hour application, cell viability was approximately 45% in the Sorafenib group, and 47% in the 5 µM ALA group. In the ALA + Sorafenib combination group, cell viability was 48%. In the comet test results, DNA damage was determined as 20.33±2.52 for 24 hours at the Sorafenib 20 µM dose and 25.33±4.16 for 48 hours. The lowest DNA damage in the data was determined to be the ALA dose with 4.67±2.08 at 24 hours. An increase in DNA damage was observed in 48 hour ALA application, and this damage was determined as 15.67±1.15. DNA damage caused by Sorafenib decreased in both 24 and 48 hour applications compared to the combination application. The effects of Sorafenib and ALA combinations for 24 and 48 hours in HepG2 liver cancer cell line were evaluated by examining the expression levels of Bax, Bcl-2, Caspase-3 and Tnf-α genes involved in apoptotic and inflammatory processes. According to the qRT-PCR data obtained, significant changes were observed in gene expressions in both periods. Again, the levels of key gene products related to apoptosis and inflammation, such as Bax, Bcl-2, Caspase-3 and TNF-α, were determined in both 24 hour and 48 hour applications, and it was found that gene expression levels and protein products were generally consistent. The findings from all these studies suggest that combination therapy produces more pronounced effects compared to single agents in most cases. While increases in the expression of pro-apoptotic genes, especially Bax and Caspase-3, reveal the effects of the applied agents on cell death mechanisms, changes in anti-apoptotic genes, such as Bcl-2, are critical to understanding how this process is regulated. Keywords: Alpha-Lipoic Acid; Hepatocellular Carcinoma; HepG2 Cell Line; Sorafenib; Cytotoxicity, Genotoxicity, BAX, BCL-2, CASPASE-3, TNF-α
Pık3ca mutant meme kanserlerinde alpelisib (Byl-719)-fulvestrant aracılı büyüme engellemesine direnç oluşturabilecek sinyal ağı etkinliklerinin belirlenmesi
Luminal A breast cancer, characterised by hormone receptor positivity and human epidermal growth factor receptor 2 negativity, represents approximately 70% of all reported cases of breast cancer. Mutations in components of the PI3K pathway, particularly p110 and PTEN, are commonly observed subsequent to p53 mutations in these cancers. Consequently, PI3K inhibitors are employed to treat breast tumours characterised by PI3KCA mutations. Nevertheless, inhibiting the PI3K pathway may give rise to the activation of other signalling pathways, hence inducing the development of drug resistance. The objective of this study is to examine the potential activation of pathways associated with the FDA-approved combined use of Alpelisib (BYL-719) and Fulvestrant in the treatment of PIK3CA mutant breast cancer. In this study, MCF7 and T47D cell lines developed acquired resistance to the Alpelisib/Fulvestrant combination. The resistant cells were then subjected to comparative transcriptome analysis to identify putative resistance networks. Our results implicate various components of the MAPK pathway as a potential resistance factor in both cellular models. We also corroborated these results via immunoblot analysis of the respective signalling cascades. Therefore, we assessed the potency of the combination of Pemigatinib, an FGFR inhibitor and alpelisib and have shown that this combination is successful in inhibiting the growth of the resistant cell lines. We also supported our findings by performing 3D growth assays with this combination. The findings of our study will contribute to the advancement of therapeutic strategies for luminal A breast cancer, particularly in the context of Alpelisib/Fulvestrant drug resistance.
Protein hücre içi yerleşim ve gen ifadesi verileri için analizler ve örün arayüzleri
In order to beneï¬t maximally from large scale molecular biology data gener-ated by recent developments, it is important to proceed in an organized mannerby developing databases, interfaces, data visualization and data interpretationtools. Protein subcellular localization and microarray gene expression are twoof such ï¬elds that require immense computational eï¬ort before being used asa roadmap for the experimental biologist. Protein subcellular localization is im-portant for elucidating protein function. We developed an automatically updatedsearchable and downloadable system called model organisms proteome subcellu-lar localization database (MEP2SL) that hosts predicted localizations and knownexperimental localizations for nine eukaryotes. MEP2SL localizations highly cor-related with high throughput localization experiments in yeast and were shownto have superior accuracies when compared with four other localization predic-tion tools based on two diï¬erent datasets. Hence, MEP2SL system may serve asa reference source for protein subcellular localization information with its inter-face that provides various search and download options together with links andutilities for further annotations. Microarray gene expression technology enablesmonitoring of whole genome simultaneously. We developed an online installablesearchable open source system called diï¬erentially expressed genes (DEG) thatincludes analysis and retrieval interfaces for Aï¬ymetrix HG-U133 Plus 2.0 ar-rays. DEG provides permanent data storage capabilities with its integration intoa database and being an installable online tool and is valuable for groups whoare not willing to submit their data on public servers.Keywords: protein subcellular localization prediction, microarray gene expression,eukaryotic model organisms, web interface and database, proteome.iv
Doğala yakın öldürücü T hücre alt gruplarının karakterizasyonu
iNKT cells are a unique subset of T cells. Unlike T cells, they recognize glycolipids via MHC1 like molecule, CD1d. After activation, they can produce both Th1 and Th2 cytokines. iNKT cells have several subsets. These subsets are distinguished by the transcription factors they express and the cytokines they produce. NKT1, NKT2, and NKT17 cell express the transcription factor PLZF, TBET, and RORγt at different levels. NKT2 cells are known as the main producer of iNKT cell-derived Th2 cytokines. However, in this study, splenic NKT2 cells produced less IL-4 than NKT1 cells after activation with either αGalCer, or PMA/Ionomycin. Therefore, we hypothesize that peripheral NKT2 cells are hypo-responsive. Additional work on cell signalling (NUR77) confirmed this hypothesis. Knowledge of the main source of iNKT cell-derived Th2-cytokines is essential to understand the role iNKT cells can play in various diseases and to improve iNKT cell-related diagnosis and therapy.
3 boyutlu hepatik organoidlerde lizozomal asit lipaz eksikliği modelinin geliştirilmesi
In the last decade, organoids have become the most powerful cell culture tool to study human biology in health and disease. Organoids are three-dimensional structures grown in an extracellular matrix that resemble organ structure and show organ-specific functions. Recently established protocols for liver-specific organoids enables the understanding of disease pathology and improvement of patient-specific therapies. Our aim in this work is to utilize organoid technology to model Lysosomal acid lipase deficiency (LALD). Lysosomal acid lipase (LAL) is an enzyme, mainly found in the liver, that breaks down cholesterol esters into free cholesterol. In the absence of the LAL enzyme, cholesterol esters begin to accumulate in liver cells and a spectrum of symptoms can be observed. The mild form with 3%-5% enzyme activity is called cholesterol ester storage disease (CESD) and it can go undiagnosed for years but the severe form is Wolman's disease with less than 1% LAL enzyme activity. Unless treated, WD patients have a life span of maximum a year. LALD models are limited to animal models. These models are completely inadequate when a personalized approach is desired to be developed. Until recently, there were no cell lines that model LALD, however, a recent study has established Wolman Disease organoids from patient-derived iPSCs and thus, paved the way for the understanding of molecular mechanism and treatment options for the disease. In this thesis, first, we have established iPSC clones stably expressing an inducible shRNA vector for the LIPA gene, then we have created an iPSC derived 2D hepatocyte and 3D endodermal hepatic organoid (eHEPO) model for the LALD. LAL deficient 2D hepatocytes have shown to have decreased levels of LAL enzyme activity in comparison with healthy counterparts. On the contrary, our eHEPO model has not been successful to show LAL enzyme activity impairment after a 40% reduction in gene expression. Thus, we conclude that a more dramatic decrease in the gene expression level is needed to mimic the disease phenotype. This suggests that strict regulation of the enzyme activity is present in the 3D organoid model and further investigation of molecular changes and regulation pathways is needed to understand the disease mechanism.
Insecticidal mechanisms mediated by CRY4BA and CRY11AA binding proteins of Asian tiger mosquito
The Asian tiger mosquito (Aedes albopictus) is a mosquito species native to Southeast Asia that has now spread across Türkiye. Given its vector potential and remarkable ability to colonize various environmental conditions, Ae. albopictus is considered one of the most significant invasive mosquito species globally. Under experimental conditions, this mosquito species has demonstrated the potential to transmit four dengue serotypes, yellow fever, chikungunya, Ross River virus, and at least 22 other arboviruses. Consequently, preventing the spread of invasive mosquitoes necessitates the use of environmentally friendly pesticides that are species-specific and have minimal impact on non-target organisms. In this study, we aimed to investigate the larvicidal effects of Cry4Ba and Cry11Aa toxins, which are among the most effective biopesticides for targeting Aedes species. Furthermore, we sought to identify the receptors for Cry4Ba and Cry11Aa toxins to elucidate their mechanisms of action in Ae. albopictus. Despite the critical role of toxin-receptor interactions in Cry toxin efficacy, the receptors that interact with Cry toxins in Ae. albopictus have not yet been characterized. Our findings revealed that two alkaline phosphatases, a vacuolar-type ATPase subunit B, and a maltase-like receptor serve as functional receptors for Cry4Ba and Cry11Aa in Ae. albopictus larvae. Additionally, we demonstrated that the susceptibility of mosquito larvae to Cry toxins is influenced by the downregulation of these receptor gene expressions using RNA interference. These results provide new insights into the mechanisms of Cry toxin action and may contribute to developing more effective mosquito management strategies.
CCDC57 mikrosefali proteini CEP63 ile birlikte sentriol çoğalmasını ve mitotik progresyonu düzenler
Centrosomes play critical roles in diverse cellular processes ranging from cell division to cellular signaling. At the core of the centrosomes are two centrioles, which duplicate only once per cell cycle and this duplication cycle is tightly regulated. Accordingly, their deregulation causes diseases such as cancer and developmental disorders like primary microcephaly. Complete understanding of the mechanisms that regulate centrosome biogenesis and function is required to elucidate the disease mechanisms. In this study, we identified a new centrosome protein CCDC57, which also localizes and binds to centriolar satellites and microtubules. Proximity-labeling and interaction studies showed that CCDC57 forms a complex with Cep63, centriolar satellites and microtubules. Importantly, characterization of CCDC57 deletion mutants revealed that its N-terminal 1-502 amino acid region mediated its centrosomal localization and interactions, whereas the C-terminal 606-916 amino acid region mediated its localization and binding to microtubules. Loss of CCDC57 causes defects in canonical centriole duplication and centriole amplification, and results in a failure to localize microcephaly-associated proteins Cep63 and Cep152 to the centriole during initiation of centriole duplication. Additionally, CCDC57 depletion resulted in prolonged mitosis, increased apoptosis and a higher ratio of mitotic defects such as misaligned chromosomes and multipolar spindles. Together, our results identify CCDC57 as dual regulator of the Cep63 centriole duplication module and microtubule-mediated mitotic processes and provide new mechanistic insight into defects underlying cancer and primary microcephaly.
İlaç olma potansiyeli taşıyan 2,3-diaril-benzotiyofen türevlerinin antioksidan kapasitelerinin belirlenmesi ve GST-α izozimine etkilerinin araştırılması
Serbest radikaller son yörüngelerinde bir veya birden fazla eşlenmemiş elektron içeren moleküllerdir. Bu moleküller elektron açıklarını kapatmak için elektron ararlar ve diğer moleküllerden elektron alarak kararlı hale geçmeye çalışırlar. Bunu yaparken DNA hasarı, protein modifikasyonları ve lipit peroksidasyonu gibi istenmeyen oksidasyon reaksiyonlarına neden olarak hücreye zarar verirler. Serbest radikallerin bu zararlı etkilerini ortadan kaldıran vücudun savunma sistemine antioksidanlar denmektedir. Antioksidan moleküller GST'ler gibi enzimatik ya da askorbik asit gibi enzimatik olmayan moleküller olabilirler. Bu tez çalışmasında ilaç olma potansiyeli taşıyan yeni sentezlenmiş iki farklı 2,3-Diaril-Benzotiyofen türevinin (3-(5-Bromo-tiyofen-2il)-1-etil-2-fenil-1H-indol ve 3-[2,2']Bitiyofenil-5-il-1-etil-fenil-1H-indol) antioksidan kapasiteleri 5 farklı (DPPH, ABTS, Galvinoksil, Fosfomolibden ve FRAP metodu) antioksidan kapasite metoduyla belirlendi ve ayrıca bu maddelerin GST A1-1 izozimi üzerinde inhibisyon ya da aktivasyon özellikleri araştırıldı. Çalışmanın sonucunda en yüksek antioksidan kapasite yüksekten düşüğe doğru fosfomolibden, FRAP ve ABTS metotlarında görüldü. DPPH ve galvinoksil metotlarında ise antioksidan aktivite belirlenemedi. GST A1-1 izozimiyle yapılan çalışmada ise her iki maddeninde hem aktivasyon (madde 1 (1, 10 ve 25 μM) ve madde 2 (1, 5 ve 10 μM)) hemde inhibisyon (madde 1 (25, 50 ve 100 μM) ve madde 2 (25, 100 ve 250 μM)) özellik gösterdiği görüldü.