Antimicrobial activity
137 theses under this subject heading
Kırmızı toprak solucanı Eisenia fetida'dan elde edilen sölom sıvısının özelliklerinin araştırılması
Toprak solucanları toprak ekosistemi için kritik öneme sahiptir ve toprak yapısını, üretimini geliştirdiğinden ekosistem mühendisleri olarak adlandırılırlar. Kırmızı Kaliforniya solucanı adıyla da bilinen Eisenia fetida kültür solucanları hızlı çoğalmaları, üretimlerinin kolay olmasından dolayı, solucan gübresi üretimi için en uygun solucanlardır. Salgıladıkları sölomik sıvı fizyolojik aktivitelerine yardımcı olmaktadır. Stres sırasında serbest bıraktıkları bu sıvı, toprak sağlığı ve ekotoksisite üzerinde de önemli bir etkiye sahiptir. Bu çalışmada, E. fetida'dan elde edilen sölomik sıvının bazı biyolojik özellikleri araştırılmıştır. Bu amaçla sölomik sıvıdan izole edilen bakteriler arasından 3 bakteri seçilmiş, 16S rRNA dizilimine göre tanımlanmış ve bunlardan 2 tanesi Bacillus cereus ve 1 tanesi Bacillus thuringiensis ile benzerlik göstermiştir. Sölomik sıvıdaki enzimatik aktiviteler kontrol edildiğinde lipaz, selülaz, amilaz, proteaz, fitaz ve arilsülfataz aktivitelerinin varlığı tespit edilmiştir. Sölomik sıvının antibakteriyel etkileri E. feacalis, E. coli, S. epidermidis, S. aureus, K. pneumonia, S. typhimurium, Y. enterocolitica ve P. Aeruginosa'ya karşı araştırılmıştır. Sonuçlara göre sölom bakterileri üzerinde inhibitör etkiler göstermiştir. Buna ek olarak, İnce Tabaka Kromatografisi sonuçları ise sölomik sıvıda glikoz ve maltoz varlığını göstermiştir. Sıvının protein paterni, 17-46 kDa aralığında beş açık protein bandı göstermiştir. Bu çalışma ile sölomik sıvının bazı biyolojik özellikleri ortaya konulmuş olup, bundan sonraki çalışmalara ışık tutacaktır.
Çeşitli tatlı su örneklerinden izole edilen bazı mikroalglerin antimikrobiyal özelliklerinin ve anti-çoğunluk algılama aktivitelerinin belirlenmesi
Bu çalışmada, Kütahya ilindeki çeşitli tatlı su kaynaklarından, katı atık ünitesinden ve mezbaha atık su çıkışından 60 adet su örneği toplanmıştır. Bu örneklerden yeşil alglerin (Chlorophyta) izolasyonu yapılmıştır. Saf olarak elde edilen 7 alg türü (B1, B6, B27, T14, T15, T16, K3) makroskobik, mikroskobik morfolojilerine göre incelenmiş ve moleküler karekterizasyonları yapılmıştır. Yedi alg türünün sekans verileri incelendiğinde 5 tür için tanı konulabilmiştir. B6, B27, T14, K3 türleri Scendesmus sp., T16 ise Stichococcus bacillaris olarak identifiye edilmesine karşın filogenetik çalışmaların genişletilmesi gerekmektedir. İzolasyonu yapılan 7 alg türü uygun koşullarda sıvı besi ortamında çoğaltılarak etanol, metanol, kloroform ve su ekstraktalarının Staphylococcus aureus (ATCC 29213) , Enterococcus faecalis (ATCC 29212), Pseudomonas aeruginosa (ATCC 27853), Candida krusei (ATCC 6258) ve Escherichia coli (ATCC 25922) türleri üzerine antimikrobiyal aktiviteleri, disk difüzyon yöntemi ile belirlenmiştir. Zon çaplarına göre alg türleri değerlendirildiğinde B1 ve T16 alglerinin etanol ekstraktlarının S.aureus türüne karşı oldukça etkili olduğu saptanmıştır. Metanol ekstratında S. aureus türüne karşı en iyi aktiviteyi T16 kodlu alg, kloroform ekstratında ise B1 kodlu alg göstermiştir. Bu sonuçlara göre yedi alg türünün gram pozitif bakterilere karşı etkinliği yüksek iken gram negatif bakterilere karşı etkinliği zayıf olarak saptanmıştır. Ayrıca Choromobacterium violaceum türü üzerine alg ekstraktlarının anti-çoğunluk algılama aktivitesi incelenmiş ve etkinliğin olmadığı kanısına varılmıştır. Bu çalışma kapsamında en iyi sonuç alınan T16 etanol ekstraktlarının hastane orijinli MRSA türleri üzerine olası antimikrobiyal etkinliği de araştırılmıştır. S.aureus üzerine etkili olan etanol ekstraktının MRSA türleri üzerine etkisi olmadığı belirlenmiştir.
Mikroenkapsüle ve taze arı sütünün antimikrobiyal aktivitelerinin kıyaslanması ve muhafaza süresinin antimikrobiyal aktivite üzerine etkisinin belirlenmesi
Arı sütü, genç larva döneminde yavru arıların ve kraliçe arının beslenmesinde kullanılan biyoaktif bileşenler yönünden zengin bir gıdadır. Antimikrobiyal, antioksidan, antitümör, immünomodülatör özelliklerinin yanısıra antidiyabetik, antihiperkolesterolemik, hipotansif ve anti-inflamatuar etkiye sahip olduğu yapılan çalışmalarla gösterilmiştir. İnsan beslenmesi ve sağlığı için oldukça önemli olan arı sütünün, sezonluk bir ürün olması ve hassas yapısı nedeniyle hasat edilir edilmez soğuk zincir koşullarında taşınması ve depolanması oldukça önemlidir. Genellikle, taze olarak satışa sunulacak ise +4°C'de, uzun dönem depolanacaksa -18°C'de muhafaza edilmektedir. Taşıma ve depolamada soğuk zincirin kırılması ile üründe biyolojik aktivite ve kalite kayıpları meydana gelmektedir. Son yıllarda, sezon dışı dönemde tüketiciye ürün temin etmede kolaylık sağlaması ve ürünün soğuk zincir gerektirmemesi sebebiyle liyofilizasyon (dondurarak kururtma) yöntemi yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu amaçla piyasada dondurularak-kurutulmuş (liyofilize) toz, tablet ve kapsül arı sütü formları bulunmaktadır. Mikroenkapsüle arı sütü bugüne dek uygulanmamış bir ürün olup, soğuk zincir zorunluluğunu ortadan kaldırması, daha düşük maliyet ve üretim kolaylığı sağlamasıyla liyofilize ürüne alternatif olarak geliştirilmiştir. Bu çalışmada, mikroenkapsülasyon metodunun arı sütünün biyolojik özelliklerinden biri olan antimikrobiyal aktivitedeki etkisi incelenmiştir. Bu amaçla, taze (TAS) ve mikroenkapsüle arı sütü (MAS) antimikrobiyal aktiviteleri açısından kıyaslanmış ve bu iki ürünün 1, 3 ve 6. ay depolama sonundaki antimikrobiyal etkileri değerlendirilmiştir. Antimikrobiyal aktivite belirlemede patojen bakterilerden; Escherichia coli ATCC 25922, Salmonella Enteritidis, Micrococcus luteus ATCC 9341, Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 kullanılmış, test maya ve küfleri olarak Candida albicans ATCC 10351 Candida parapsilosis ATCC 22019, Penicillium digitatum, Aspergillus flavus seçilmiştir. Sıvı mikrodilüsyon ve agar kuyucuk difüzyon yöntemi ile antimikrobiyal aktivite belirlenmiştir. Taze ve mikroenkapsüle arı sütüne ait antimikrobiyal aktivitenin, çalışmada yer alan test mikroorganizmaları üzerinde konsantrasyona bağlı olarak artış gösterdiği saptanmıştır. TAS ve MAS'ın bakteriler üzerindeki Minimum İnhibisyon Konsantrasyon (MİK) değerleri sırasıyla 15,6 - 31,25 mg/mL ve 15,6 -125 mg/mL olarak belirlenmiştir. Kuyucuk difüzyon yönteminde ölçülen zon çaplarına göre S.epidermidis duyarlı, M. luteus orta derece duyarlı iken; E. coli ve S. Enteritidis'in TAS ve MAS'a karşı dirençli olduğu görülmüştür. Taze arı sütü uygulaması test mayaları üzerinde 15,6 mg/mL'lik MİK değerine sahipken mikroenkaspüle arı sütü 62,5 mg/mL'de inhibisyon sağlamıştır. Ayrıca her iki ürün uygulamasında (TAS/MAS) C. parapsilosis'in C. albicans'a kıyasla dirençli olduğu tespit edilmiştir.TAS'ın A. flavus ve P. digitatum üzerindeki etkinliği benzer olmakla birlikte, MAS P. digitatum üzerinde daha yüksek MİK değerine sahiptir. Depolama süresince, TAS ve MAS'ın çalışmada yer alan Staphylococcus epidermidis haricindeki tüm bakteri ve mayalar üzerindeki MİK değerlerinde 6 ay süreyle değişime rastlanmamıştır. Test edilen küfler üzerinde TAS ve MAS'a ait MİK değerlerinin 3. ayda arttığı görülmüştür. TAS ve MAS'ın bakteriler ve küfler üzerinde oluşturdukları inhibisyon zonları kıyaslandığında istatiksel olarak anlamlı bir fark bulunamamıştır (p<0,05). Takip eden aylar içerisinde inhibisyon zonlarındaki değişimin, mikroorganizma ve uygulanan konsantrasyonlara göre farklılık gösterdiği tespit edilmiştir. Elde edilen sonuçlar enkapsülasyon işlemi sonrası arı sütünün antimikrobiyal aktivitesinin korunduğu ve oda sıcaklığında saklanan üründe etkinliğin devam ettiği yönündedir. Bu çalışma sonuçları mikroenkapsüle arı sütünün biyolojik özellikleri hakkında yapılacak diğer araştırmalara ışık tutacaktır. Ayrıca mikroenkapsüle arı sütünde farklı formülasyonlar ile ürünün fonksiyonel gıda olarak değerlendirilebileceği ve gelecek çalışmaların bu ürünlerin tüm özelliklerinin belirlenmesi yönünde planlanması gerektiği düşünülmektedir. Anahtar kelimeler: Arı sütü, Mikroenkapsülasyon, Antibakteriyal, Antifungal, Depolama.
Bursa ilinden elde edilen kestane balının antioksidan, antimikrobiyal, sitotoksik, genotoksik ve antigenotoksik etkilerinin araştırılması
Apiterapide kullanılan, bal, propolis, arı poleni, arı ekmeği, arı sütü ve arı zehri gibi arıcılık ürünleri zengin içeriği ile bilinen doğal kaynakların başında gelmektedir. Toplandığı bölgenin topografik özelliklerine göre içeriği farklılık gösteren bal biyoaktif özellikleriyle ön plana çıkmaktadır. Balın antioksidan, antimikrobiyal, antiterapötik, anti-inflamatuvar, antidiyabetik özelliklerinin zengin olduğu bilinmektedir. Bu tez çalışmasında, Bursa ilinden temin edilen kestane balının antioksidan, antimikrobiyal, sitotoksik, genotoksik ve antigenotoksik özellikleri farklı konsantrasyonlarında araştırılmıştır. Kestane balının antioksidan aktivitesinin belirlenmesinde kullanılan TPC yöntemine göre toplam fenolik madde miktarının 105,6137 mg GAE/100 g bal düzeyinde olduğu belirlenmiştir. Antioksidan aktivite belirlemek için kullanılan FRAP ve ABTS metotlarına göre sırasıyla 791,3415 μM TE/100 g bal ve 109,8696 μM TE/100 g bal sonuçları elde edilmiştir. Antimikrobiyal aktivite tayininde kestane balı sıvı mikrodilüsyon yöntemi ve agar kuyucuk difüzyon yöntemiyle Gram (+), Gram (-) bakteri, maya ve küfte denenmiştir. Bakteriler arasında MİK ve MBK değeri en düşük bakteri Staphylococcus epidermis olurken, agar kuyucuk yönteminde kestane balına en duyarlı bakterinin Escherichia coli ve Listeria monocytogenes olduğu tespit edilmiştir. Test ediler maya türlerinde MİK ve MFK değerleri eşit bulunurken, küf türlerinde ise en düşük MİK ve MFK değeri Aspergillus flavus'ta görülmüştür ve kestane balına en duyarlı küf A. flavus olmuştur. Sitotoksik etkinin tayini sağlıklı akciğer hücre hattı (BEAS-2B) ve kanserli akciğer hücre hattında (A549) MTT ve NKA testleriyle yapılmıştır. Kestane balının test edilen konsantrasyonlarında BEAS-2B için sitotoksik etki görülemezken, A549 için kestane balının %50 konsantrasyonunda sitotoksik etki gözlenmiştir. Genotoksik ve antigenotoksik aktivite tayini Comet yöntemiyle BEAS-2B ve A549 hücre hatlarında test edilmiştir. BEAS-2B hücre hattında %1, %5 ve %25 konsantrasyonlarında H2O2 tarafından indüklenen DNA hasarının azaldığı belirlenirken A549 hücre hattında test edilen tüm kestane balı konsantrasyonlarında DNA hasarında azalma belirlenmiştir.
Boraks katkılı termoplastik nişasta filmlerinin antimikrobiyal etkinliğinin ve film özelliklerinin belirlenmesi
Son yıllarda, antibakteriyel ve antifungal özelliğe sahip ambalaj malzemeleri geliştirmek için nişasta filmlere antimikrobiyal özellik gösteren çeşitli maddelerin eklendiği bilinmektedir. Yapılan çalışmalarda, boraks ve bor türevlerinin antimikrobiyal aktivitelerinin olduğu tespit edilmiş ve gıda ambalaj malzemelerinde bu amaçla kullanılabileceği bildirilmiştir. Bunun yanında gıda ambalaj malzemelerine bor bileşiklerini içeren paketleme ve ambalaj ürünlerinin antimikrobiyal özellikleri önceki çalışmalarda incelenmiş ve literatürde gösterilmiştir. Bu tez çalışmasında, %8 termoplastik nişasta (TPN) içeren ambalaj çözeltisine; antimikrobiyal özellik kazandırmak amacıyla %5, %10 ve %15 oranında sodyum tetraborat (boraks) katılarak dökme yöntemiyle ambalaj filmler elde edilmiştir. Üretilen TPN-bor filmlerin antibakteriyel ve antifungal özelliklerinin belirlenmesinde; E. coli ATCC 25922, E. coli O157: H7 NCTC 12900, Staphylococcus aureus ATCC 6538, Salmonella Typhi ATCC 14028, Schizosaccharomyces pombe, Candida albicans ATCC 10351, Saccharomyces cerevisiae, Aspergillus flavus ve Penicillium digitatum üzerinde disk difüzyon yöntemi uygulanmıştır. Bunun yanı sıra filmlerin optik özellikleri, mekanik özellikleri ve su buharı geçirgenlikleri (SBG) incelenmiştir. Çalışmada test edilen tüm TPN-boraks filmlerin S. Typhi ATCC 14028'e karşı antibakteriyel etki gösterdiği tespit edilmiştir. Bunun yanı sıra %10 ve % 15 boraks derişimli filmlerin E. coli O157: H7 NCTC 12900 üzerinde antimikrobiyal aktivite gösterirken, uygulanan hiçbir boraks dozunun E. coli ATCC 25922 ve S. aureus ATCC 6538 üzerinde inhibe edici etki göstermediği saptanmıştır. Diğer taraftan filmlerin antifungal aktiviteleri incelendiğinde; tüm boraks dozlarının (%5, %10, %15) uygulandığı filmlerin S. pombe ve C. albicans ATCC 10351 üzerinde inhibisyon etkisi gösterdiği belirlenmiştir. Ancak uygulanan hiçbir boraks dozunun TPN-boraks filmlerine, S. cerevisiae, A. flavus ve P. digitatum'e karşı antifungal özellik kazandırmadığı tespit edilmiştir. Sodyum tetraboratın (boraks) inhibisyon etkisinin doz artışına bağlı artış gösterdiği belirlenmiştir. Test mikroorganizmaları arasında termoplastik boraks ilaveli filmlere en duyarlı olan mikroorganizmanın 52,19 mm inhibisyon zonu ile S. pombe olduğu belirlenmiştir. Üretilen filmlerin kalınlıkları eklenen boraks mineralinin etkisiyle azalış sergilemiş, kontrol grubundaki 0,263 mm değerinde olan kalınlık miktarı, bor derişimi arttıkça %10 ve %15 boraks filmlerde 0,203-0,205 mm aralığına kadar düşüş eğilimleri göstermiştir. L* ve b* renk değerlerinde artış tespit edilirken, a* değerinde ise düşüş gözlemlenmiş ve filmlerin sarımsı bir renge büründüğü saptanmıştır. Kontrol gruplarında 0,383 olan opaklık değeri bor maddesinin eklenmesi ile önemli ölçüde düşüş sergilemiş, filmlerin boraks miktarı %15 iken ise opaklık değeri 0,006'a kadar azalmıştır. Filmlere bor minerali ilave edilme prosesi su buharı geçirgenliklerini kontrol grubuna kıyasla azaltırken, mekanik özellikleri yükseltmiş ve filmin esneklik katsayısını %20 arttırmıştır. Sonuç olarak; TPN-boraks ilaveli filmlerde eklenen bor tuzu ile optik, mekanik ve su buharı geçirgenliği özelliklerinde iyileşmeler tespit edilmiştir. Bu filmler hem antimikrobiyal aktivite hem de film karakterizasyon özellikleri baz alınarak düşünüldüğünde %10 ve %15 sodyum tetraborat içeren TPN filmlerin antimikrobiyal paketleme materyalleri olarak gelecek vaat eden adaylar olabileceklerine inanılmaktadır. Bor minerali türevleri, antimikrobiyal nişasta filmler geliştirmek adına uygun maliyetli, güvenilir ve etkili ajanlar olma olanağı sunmaktadır. Anahtar kelimeler: Boraks, termoplastik nişasta, antimikrobiyal aktivite, aktif paketleme, antimikrobiyal filmler.
Doğum şeklinin maternal ve fetal bazı antimikrobiyal peptitler üzerine etkisinin incelenmesi
AMAÇ: Antimikrobiyal peptitler, inflamatuar hücreler ve epitelyal hücreler tarafından üretilen, doğal bağışıklık sisteminde immun yanıtını düzenleme yeteneğine sahip proteinlerdir. Çalışmamızda kadın reprodüktif sisteminde ve fetal membranlarda ekspresyonu gösterilmiş LL-37, Elafin, HNE ve D Vitamin düzeylerinin öncelikle plasental geçişini kanıtlamak, normal doğum eylemi sırasında tetiklenen proinflamatuar süreç ile ilişkili sezaryen doğuma kıyasla daha yüksek seviyede antimikrobiyal peptit seviyesini kanıtlamayı amaçladık. Ayrıca doğum sonrasında ve doğumdan bir gün sonra bebek tükürüğünde antimikrobiyal peptit düzeyini ölçerek emzirerek anne sütü aracılığı antimikrobiyal peptitlerin geçiş düzeylerini karşılaştırmayı amaçladık. GEREÇ VE YÖNTEM: Celal Bayar Üniversitesi Hafsa Sultan Hastanesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Servisi 'nde , 18 yaş üstü, ek hastalığı olmayan, gebelik haftası 37 hafta ve üzeri, antianemik ve multivitamin dışında ilaç kullanmamış, perinatal konjenital tanısı olmayan 20 adet vajinal doğum yapmış, 20 adet sezaryen doğum yapmış gebeden yatış sırasında ve doğum sonrası umblikal kord kanından 1cc örnek alınıp santrifüj ile serumu ayrıldıktan sonra tüm materyaller toplanana kadar -80 derecede saklanmıştır. Yenidoğan bebeklerin tükürüğünden doğumda ve doğumdan 24 saat sonra rutin kontrollerinde alınan örneklerden 1 cc ayrılıp -80 derecede saklanmıştır. Daha sonra bu toplanan kanlarda ve tükürüklerde Elisa cihazı sandwich yöntemi kullanılarak D vitamini, Elafin, LL-37, HNE düzeyleri ölçülmüştür. BULGULAR: Maternal kanlarda ve umblical kord kanlarında doğum şekline bağlı antimikrobiyal peptit düzeyleri arasında bir fark saptayamadık. Yine doğum sonrası tükürük örneklerinde hem doğum şekline bağlı hem de emzirmeye bağlı antmikrobiyal peptit düzeylerinde bir farklılık saptayamadık. SONUÇ: Çalışma bulgularımız normal doğum sürecinin maternal ve fetal immun sistemi harekete geçiren inflamatuar bir süreç olduğunu desteklemese de daha geniş olgu kontrol çalışmalarına ihtiyaç olduğunu düşünmekteyiz.
Primula vulgaris'den sentezlenen gümüş nanoparçacıklarının antimikrobiyal ve antioksidan özelliklerinin değerlendirilmesi
Yapılan bu çalışmada, Primula, Primulaceae ailesine ait çiçekli bir tıbbi bitki olan Primula vulgaris' den sentezlenen gümüş nanoparçacıkların antimikrobiyal ve antioksidan özellikleri değerlendirilmiştir. Bitki ile yapılan çeşitli ekstrakt denemelerinin ardından nanoparçacıkların ayrıştırılması için gümüş nitrat (AgN03) çözeltisi eklenmiştir ve gümüş nanopartikül (AgNP) en iyi oluşumunun gözlendiği ekstrakt yöntemi olan etanol, metanol, aseton, saf su ve kaynatma ile ekstraksiyon yöntemleri kullanılmıştır. Primula vulgaris yaprak, çiçek ve kök ekstraklarından sentezlenen gümüş nanoparçacık ekstraktları çeşitli mikrobiyal suşlarda agar kuyucuk difüzyon yöntemi kullanılarak, antimikrobiyal etkileri belirlenmeye çalışılmıştır. Nanopartiküllerin karakterizasyonu UV-Vis spektroskopisinde ölçülmüştür. Nanopartiküllerin Gram (+) ve Gram (-) bakteriler ile maya türlerine karşı etkileri incelenmiştir. Yapılan çalışmada P. vulgaris yaprak, çiçek ve kök ekstraktları kullanılarak sentezlenen AgNP' nin antimikrobiyal özellikte olduğu görülmüştür. P. vulgaris yaprak, çiçek ve kök ekstraktlarının DMSO, kaynatma, metanol, etanol, aseton ve saf su ile hazırlanan eksraktları, AgNO3 varlığında AgNP sentezlemiştir. Oluşan ektraktların agar kuyucuk difizyon yöntemi ile yapılan antimikrobiyal aktivitesine göre yaprak ekstraktında B. subtilis, C. jejuni, E. aerogenes, K. pneumoniae, A. hydrophila, S. dysenteriae, S. epidermidis, S. typhimurium 10-18 mm çapında en geniş zonu göstermiştir. Diğer bakteriler 8 mm ve altında inhibisyon zon göstermiştir. Çiçek ekstraktın da bu bakteriler; P. aeruginosa, S. aureus, B. cereus, S. typhimurium 10-20 mm arası inhibisyon zon gösterirken diğer bakteriler 6 mm ve altında zon göstermiştir. Kök ekstraktlarında ise bu bakteriler; C. jejuni, A, hydrophila, S. epidermidis, 5-15 arası inhibisyon zon gösterirken diğer bakteriler 5 mm ve altında inhibisyon zon da antimikrobiyal etki göstermiştir. S. boulardii, C. albicans, C. glabrata, C. parapsilosis ve C. tropicalis ise 10-25 mm lik zon çap oluşturmuştur. Mayalar arasında en fazla antimikrobiyal aktivite sırasıyla C. tropicalis>C. glabrata>C. parapsilosis>C. albicans>S. boulardii de görülmüştür. P. vulgaris ekstraktlarından elde edilen AgNP bakterilere göre mayalara daha çok antimikrobiyal aktivite göstermiştir. Bitkisel fitokimyasallar önemli bileşikler olarak göze çarpmaktadır. Bunlardan saponinler antibakteriyel özellik göstermektedir. Fitokimyasallar aynı zamanda antioksidan etki mekanizmasının çalışmasına yardımcı olmaktadır. P. vulgaris antioksidan özelliğini göstermek için DPPH (2,2-difenil-1-pikrilhidrazil) yöntemi kullanılmıştır. P. vulgaris' ten elde edilen yaprak, kök ve çiçek ekstraktlarının DPPH metanollü çözeltisi ile karıştırılmıştır. Oluşan ekstraktlı DPPH çözeltilerinin 517 nm absorbansına göre DPPH radikalini ortamdan uzaklaştırarak antioksidan özellikte olduğu görülmüştür.
Arachis hypogaea kullanılarak elde edilen AgNP'nin biyolojik özelliklerinin ve bitkinin biyokimyasal içeriğinin belirlenmesi
Yerfıstığı (Arachis hypogea L.) Türkiye ve ABD başta olmak üzere dünya çapında yetiştirilen önemli bir ürün olup ağırlıklı olarak Akdeniz bölgesinde yetiştirilmektedir. İki tohum içeren bir baklada gelişen A. hypogea, ince kahverengimsi bir kabuğa sahiptir. Yaygın olarak sıcak iklimlerde yetiştirilir ve kısa ömürlü sarı çiçekleri vardır. Dünyada yetiştirilen yer fıstığının çoğu, yağ üretimi, fıstık ezmesi, şekerlemeler ve atıştırmalık ürünler için kullanılmaktadır. Diğer tohumlu bitkilere göre bazı avantajları olan yer fıstığının, özellikle yağ asiti açısından zengin olduğu bilinmektedir. Bu amaçla, Osmaniye iline ait yer fıstığı çalışmamızda ana materyal olarak kullanılmıştır. Nanopartiküller, günümüz bilim dünyasında çok çeşitli alanlarda kullanılmaktadır. Bu alanlardaki çalışmaların en önemlilerinden biri, mikroorganizmalar üzerinde öldürücü etkiye neden olması ile antibiyotik çalışmalarıdır. Çeşitli metallerin yeşil sentez yoluyla bitkilerle nanopartikül oluşturmaları yanı sıra bilimsel çalışmalar çoğunlukla günüş nanopartiküller üzerine yoğunlaşmıştır. Bu çalışmada A. hypogaea bitkisine ait tohum ve kabuklar ile gümüş nanopartiküllerin (AgNP) yeşil sentezi gerçekleştirilmiştir. Sentezlenen AgNP'ler; antimikrobiyal aktivite, anti-quorum sensing, anti-biyofilm, anti-inflamatuar, antioksidant aktvite ve sitotoksisite açısından analiz edilmiştir. Bununla birlikte; Osmaniye yer fıstığı tohumunun biyokimyasal içeriği de çeşitli analizler ile tespit edilmiştir. Antimikrobiyal aktivite analizi amacıyla çalışmada 22 adet mikroorganizma kullanılmıştır. Sonuç olarak; yaş, çiğ ve kavrulmuş yer fıstıklarının karbonhidrat, yağ asidi ve protein içerikleri açısından birbirlerinden farklı biyokimyasal içeriğine sahip oldukları tespit edilmiştir. En yüksek karbonhidrat, yağ asidi ve protein içeriğine sahip olan materyal yaş yer fıstığı olarak tespit edilmiştir. Yer fıstığı tohum ve kabukları ile yeşil sentezi gerçekleştirilen AgNP'lerin antimikrobiyal aktivitelerinde istatistiksel açıdan anlamlı farklar tespit edilmiştir (p<0,05). Çalışmada kullanılan Chromobacterium violaceum, AgNP'lerin en yüksek antimikrobiyal aktivite gösterdiği mikroorganizma olmuştur. Bununla birlikte AgNP'lerin C. violaceum üzerinde göstermiş oldukları antimikrobiyal etki, anti-quorum sennsing aktviteninde olduğunu sonuçlarda göstermiştir. Fıstık ve Kabuk ile yeşil sentezi gerçekleştirilen AgNP'ler, Anti-QS açısından istatistiksel olarak anlamlı farklara neden olmuştur (p<0,05). 2,5 μl/ml konsantrasyondaki yaş, çiğ ve kavrulmuş yer fıstığı tohumu ile yeşil sentezi gerçekleştirilmiş AgNP'lerde zon çapları sırasıyla 19,2 mm, 18,6 mm, 19,4 mm iken, yer fıstığı kabuğu ile yeşil sentezi gerçekleştirilmiş AgNP'lerde sırasıyla 16,8 mm, 16,8 mm, 14,8 mm'dir. Ayrıca, çalışmada kullanılan AgNP'lerin E. coli ve S. aureus bakterilerinin spesifik biyofilm formasyonları üzerinde yaklaşık olarak % 50 oranında inhibisyona neden olduğu tespit edilmiştir. Sentezlenen bu AgNP'lerin belirli dozlarda uygulandığı durumlarda canlı organizmada sitotoksisite açısından risk oluşturmadığı belirlenmiştir. Bu bağlamda AgNP'lerin ölümcül dozları (LD50) tespit edilmiş ve 5 μl/ml ve 2,5 μl/ml konsantrasyonlarda sitotoksisitenin oldukça yüksek olduğu tespit edilmiştir. Özellikle günümüzde mikroorganizmaların antibiyotik veya diğer ajanlara karşı oldukça yüksek direnç seviyeleri gösterdiği göz önünde bulundurulduğunda hem maliyeti yüksek olmayan hem de etkin veriler elde edilen bu materyallerin kullanılması ilaç sanayi veya diğer alanlar için düşünülebilir.
Amasya ve Piraziz elma çeşitlerinin biyoaktif özelliklerinin belirlenmesi
Rosaceae familyasından olan elmanın sağlık üzerine etkileri önemlidir. Bu çalışmada Türkiye'de yetişen Amasya ve Piraziz çeşidi elmaların kabuk ve et kısımları dondurularak kurutulduktan sonra hekzan, etanol, metanol ve su çözücüleri kullanılarak ultrasonik özütlemesi gerçekleştirilmiştir. Elde edilen özütlerin LC-ESI-MS/MS ile kantitatif bileşemi ve spektrofotometrik yöntem ile toplam fenolik ve flavonoid madde miktarı belirlenmiştir. Biyoaktif özelliği belirlemek amacıyla özütlerin antioksidan kapasite, tip 2 diyabet ve alzheimer hastalıklarında anahtar konumundaki enzimlerin inhibisyonu ve antimikrobiyal aktivitesi incelenmiştir. Özütlerin LC-ESI-MS/MS ile tespit edilen fenolik bileşikleri arasında meyve etlerinde epikateşin, kateşin, klorojenik asit, kabuklarda ise epikateşin, kateşin ve isokuersetin baskındır. Flavonollar ve flavanonlar sadece elma kabuk özütlerinde belirlenmiştir. LC-ESI-MS/MS ve spektrofotometrik ile tespit edilen toplam fenolik madde miktarı arasında güçlü pozitif ilişki belirlenmiştir. Özütlerin biyoaktif bileşenleri ve özelliği elma çeşitlerine, kısımlarına ve çözgenlere bağlı olarak değişmektedir. α-Amilaz ve α-glikozidaz inhibisyonunda kabuk özütlerinin meyve et özütlerine göre daha iyi olduğu belirlenirken asetilkolinesteraz inhibisyonunda sadece kabuk özütleri etkili olmuştur. Özütlerin disk difüzyonu ve minimum inhibisyon konsantrasyonu ile belirlenen antimikrobiyal aktivite değerleri mikroorganizmalara göre değişmiş ayrıca kabuk özütleri meyve et özütlerine göre kullanılan mikroorganizmalarda daha iyi inhibisyon zonu göstermiştir. Kabuk özütlerinin meyve et özütlerine göre daha fazla biyoaktif bileşen içerdiği ve buna bağlı olarak daha iyi biyoaktif özellik gösterdiği belirlenmiştir. Ayrıca Piraziz elması özütleri Amasya elması özütlerine ve çözgen olarak su özütleri diğer özütlere kıyasla daha iyi biyoaktif özellik göstermiştir. Bu araştırma yerli elmalarda biyoaktif özelliklerin belirlenmesi açısından önemlidir.
P-fenilendiaminden türeyen bazı Schiff bazlarının yeni Ti(IV) ve Pd(II) komplekslerinin sentezi, karakterizasyonu ve antimikrobiyal aktiviteleri
Bu çalışmada simetrik N,N'-p-fenilen-bis(3,5-di-tert-butilsalisiliden) (tBusalpphenH2, L1), N,N'-p-fenilen-bis(salisilidenimin) (salpphenH2, L2) ve N,N'-bis(ferrosenilmetilen)-p-fenilenadiamin (L3) Schiff bazlarının, TiCl4.2THF ve Pd(OAc)2 ile reaksiyonlarından TiCl2(tBusalpphenH2)]Cl2.2H2O (K1), [Pd(tBusalpphen)]2.2H2O (K2), [TiCl2(salpphenH2)]Cl2.5H2O (K3), [Pd(salpphen)]2·2H2O (K4), [(L3)Ti2Cl8].5H2O (K5) ve [Pd(L3)(OAc)2].4H2O (K6) kompleksleri elde edilmiştir. Komplekslerin yapıları elementel analiz, TGA, Kütle (ESI-), FT-IR ,1H ve 13C NMR gibi spektroskopik yöntemleri ile karakterize edilmiştir. N,N'-bis(ferrosenilmetilen)-p-fenilenadiamin (L3) Schiff bazının ve [Pd(L3)(OAc)2]·4H2O (K6) kompleksinin elektrokimyasal özellikleri döngüsel voltammetri yöntemi ile incelenmiştir. Ligandlar ve sentezlenen komplekslerin antimikrobiyal aktiviteleri belirlenmiştir.
Manisa ili tarım alanlarındaki topraklardan izole edilen aktinomisetlerin antimikrobiyal aktvitelerinin belirlenmesi
ÖZET MANİSA İLİ TARIM ALANLARINDAKİ TOPRAKLARDAN İZOLE EDİLEN AKTİNOMİSETLERİN ANTİMİKROBİYAL AKTİVİTELERİNİN BELİRLENMESİ Mustafa OSKAY Yüksek Lisans Tezi, Biyoloji Anabilim Dalı Tez Yöneticisi: Prof. Dr. A. Üsame TAMER Ocak 2002 Manisa ili tarım alanlarındaki topraklardan 50 aktinomiset kültürü izole edilmiştir. İzole edilen aktinomiset kültürlerinden 17' sinin antimikrobiyal aktivite gösterdikleri tespit edilmiştir. Antimikrobiyal aktivite gösterenlerden 8 izolat sadece Gr (+) bakterilere, 3 izolat sadece Gr (-) bakterilere ve 6 izolat ise hem Gr (-) bakteriler hem de Gr (+) bakteriler üzerine etkili bulunmuşlardır. Test organizması olarak seçilen fitopatojen bakterilere karşı en etkili izolatlar 3Ba3 (18 mm ile Agrobacterium tumefaciens, 15 mm ile Erwinia amylovora ve 13 mm ile Pseudomonas viridiflova) ile 5C12 (26 mm ile E. amylovora, 18 mm ile Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis ve 11 mm ile P. viridiflova)' dir. Antimikrobiyal aktivite ve spektrum durumları değerlendirilerek 50 aktinomiset kültürü arasından seçilen 7 izolattan, izolat 3Ba1 Streptomyces antibioticus; izolat 3Ba3 Streptomyces rimosus; izolat 5C12 Streptomyces lavendulae; izolat 1B19 Streptomyces lydicus; izolat 9B40 Streptomyces phaeochromogenes; izolat 1B49 Streptomyces halstedii ve izolat 10P50 Streptomyces albus olarak tanılanmıştır. Ayrıca çalışmada tanılaması yapılan izolatların bazı maya ve küflere karşı antimikrobiyal etkileri de tespit edilmiştir. Anahtar kelimeler: Streptomyces, izolasyon, identifikasyon, biyolojik kontrol ve antimikrobiyal aktivite. VI
Bitkisel yağların ozonlanması ve antimikrobiyal aktivitelerinin belirlenmesi
Bu çalışmada kullanılan pirinç kepeği yağı % 37 oleik asit (C18:1) ve % 42 linoleik asit (C18:2), fındık yağı ise % 79 oleik asit (C18:1) ve %13 linoleik asit (C18:2) içermesi yönünden doymamış yağ asitlerince oldukça zengin bitkisel yağlardır.Bu çalışmada, bitkisel yağların ozonlanarak yapılarının modifiye edilmesi ile antimikrobiyal aktiviteleri incelendi. Fındık yağının ozonlanması sonucu kayda değer bir değişme gözlenmedi. Pirinç kepeği yağının ozonlanması sonucu elde edilen, ozonlanmış pirinç kepeği yağı (ORBO)'nın peroksit sayısı 10,21 mmol-equiv.Kg-1'den 972,71 mmol-equiv.Kg-1'e çıkmıştır. ORBO'nun minimum inhibisyon konsantrasyonu (MIC) değerleri 0,73 ? 1,88 mg/mL arasında kullanılan test mikroorganizmasına göre değişmiştir. Böylece, en iyi MIC değerinin Enterobacter aerogenes üzerinde (0,73 mg/mL) olduğu tespit edilmiştir.
Deniz alglerinin antimikrobiyal, antitümoral, antiprotozoal ve asetilkolinesteraz aktiviteleri
Bu çalışmada Ege kıyılarından (Çanakkale-Muğla arası) 2010-2012 yılları arasında toplanan 18 denizel makroalg türü [8 kahverengi alg (Phaeophyceae), 4 kırmızı alg (Rhodophyta) ve 6 yeşil alg (Chlorophyta)] çeşitli aktiviteler açısından incelenmiştir.Birinci amaç, 8 kahverengi alg, 4 kırmızı alg ve 6 yeşil alg türünü, 7 gıda patojenine (Gram pozitif (+) Bacillus subtilis, Staphylococcus aureus ATCC 6538P, S. epidermidis ATCC 12228, Enterococcus faecalis ATCC 8043 ve Gram negatif (-) Enterobacter aerogenes ATCC 13048, Escherichia coli O157:H7, Aeromonas hydrophila 839) karşı test etmektir. Bunun için; alg türlerinin metanol ve kloroform ile hazırlanan özütleri, test mikroorganizmalarına karşı kuyu difüzyon yöntemi ile incelendi. 24 saatlik muamele sonrası oluşan inhibisyon zonları ölçülerek, türlerin etkinliği belirlendi. Dictyota dichotoma var. dichotoma'nın metanol özütü en yüksek aktiviteyi göstermiştir (E.coli'ye karşı IZ: 22 mm). D. dichotoma var. dichotoma'dan sonra en yüksek aktiviteler; E.coli'ye karşı Ulva intestinalis'in metanol özütü IZ: 21 mm ve Cystoseira foeniculacea'nın metanol özütü B.subtilis'e karşı IZ: 20 mm inhibisyon göstermiştir. En duyarlı mikroorganizma Gram negatif bir bakteri olan E. coli olmuştur. Metanol özütleri, kloroform ile hazırlanan özütlerine göre daha iyi sonuç vermiştir.İkinci amaç, 3 farklı kanserli hücre hattına karşı (MDA-MB 231 meme kanseri, PC-3 prostat kanseri, OVCAR-3 insan yumurtalık kanseri hücreleri), 3 kahverengi alg ve 1 yeşil alg türlerinin antitümoral aktivitesini incelemektir. Bunun için; alg türlerinin metanol ve kloroform özütleri 1000, 600, 400, 200, 100 µg/ml konsantrasyonlarda hazırlanarak, kanser hücreleri ile 24, 48 ve 72 saat muameleler sonunda XTT canlılık testi ile sitotoksisiteleri belirlendi. Petalonia fascia'nın metanol ve kloroform özütleri MDA-MB-231 meme kanseri hücre hattına karşı sırasıyla %70 (72.saat, 1000 µg/ml) ve %50 (72.saat, 1000 µg/ml) sitotoksisite göstermiştir. Cystoseira foeniculacea türünün metanol özütü MDA-MB-231 meme kanseri hücre hattına karşı %60 (72.saat, 1000 µg/ml) oranında ölüm gerçekleştirmiştir. Antitümoral aktivite çalışmalarında, sonuçlara göre metanol özütü daha etkili olmuştur.Üçüncü amaç, 2 kahverengi alg, 1 kırmızı alg ve 1 yeşil alg özütünü Leishmania tropica promastigotlarına (MHOM/TR/10/CBU 10 suşu), 4 kahverengi alg, 1 kırmızı alg ve 4 yeşil alg özütünü Trypanosoma brucei brucei (Squib 427 suşu), T. cruzi (ß galactosidase suşu), Leishmania infantum [MHOM/MA(BE)/67 suşu], Plasmodium falciparum (GHA suşu) parazitlerine karşı denemektir. Bunun için; 4 alg türünün metanol özütleri 500, 250, 125, 62,5, 31,625, 15,625, 7,8 µg/ml konsantrasyonlarda hazırlanıp 12, 24 ve 48 saat L. tropica promastigotları ile muamele edildi. L. tropica promastigotlarına karşı en önemli aktiviteyi Ulva lactuca'nın metanol özütü göstermiş, promastigotlar tamamen ölmüştür (48. saat, 500 µg/ml). Ulva lactuca'dan sonra en yüksek etkiyi Scytosiphon lomentaria'nın metanol özütünde gözlenmiştir (48. saat, 9×104 promastigot). Ayrıca 9 denizel alg türünün 4 farklı özütü (CR, Khex, KCH, KAqM) 32 µg/ml konsantrasyonda hazırlanmış, parazitlerle muamele edilmiştir. Seçici toksisiteyi tespit etmek amacıyla MRC-5 hücre hattı (Normal İnsan Embriyonik Akciğer Fibroblastı) kullanılmıştır. Trypanosoma brucei brucei'ye karşı, Codium bursa türü dışında, bütün alglerin en az bir özütü etki göstermiştir (IC50 değerleri 16,23-23,24 µg/ml). T. cruzi'ye ve Plasmodium falciparum'a karşı bütün alglerin yine en az bir özütü etki göstermiştir (T. cruzi için IC50 değerleri 10,62?30,91 µg/ml, P. falciparum için IC50 değerleri 14,55?25,85 µg/ml). Leishmania infantum'a karşı yalnızca Jania rubens var. rubens ve Codium fragile subsp. fragile türleri aktivite göstermiştir (IC50 değerleri 16-25,40 µg/ml). Khex ve KCH özütleri en iyi sonuçları vermiştir.Son amaç ise 4 kahverengi alg, 1 kırmızı alg ve 4 yeşil alg özütünün asetilkolinesteraz (AChE) inhibitör aktivitesini belirlemektir. Bunun için, İnce Tabaka Kromatografisi (TLC) ile Ellman's kolorimetrik yöntemi kullanılarak 9 deniz alginin 200 µg/ml konsantrasyondaki MeOH:CHCl3 (1:1) özütleri incelendi. Buna göre; 3 denizel alg, Cystoseira crinata, Jania rubens var. rubens, Ulva compressa, sırasıyla %132,03±30.2, 103,17±31.9, 154,79±57.11 oranlarında AChE'e karşı yüksek inhibisyon göstermiştir. Cystoseira foeniculacea, Chaetomorpha aerea, Codium fragile subsp. fragile türleri sırasıyla %94,03±32,6, 90,73±52,25 ve 91,32±21,58 oranlarında inhibisyon göstererek potansiyel AChE inhibitörü olarak düşünülmüştür.
Azometin içeren yeni polimerik mikrokürelerin sentezi ve antimikrobiyal özellikleri
Tez çalışmasında, polimer bağlı tris(2-aminoetil)amin, o-ftalaldehit ve metal tuzlarının reaksiyonu ile yeni azometin içeren polimerik mikroküreler (AMP-Phatal, AMP-Phatal-Pt, AMP-Phatal-Ni, AMP-Phatal-Mn, AMP-Phatal-Cu ve AMP-Phatal-Co) elde edildi. Polimerlerin yapıları spektroskopik teknikler (element analizi, FT-IR, SEM-EDX, TG-DTA, UV-GB, GPC ve manyetik duyarlılık ölçümü) ile belirlendi. Polimerik mikrokürelerin antimikrobiyal aktiviteleri hastalık etkeni patojenik bakterilere ve mayaya karşı Well-difüzyon yöntemi ile değerlendirildi.
Agaricus bisporus ekstraktı kullanılarak ZnO nanopartiküllerin yeşil sentezi, yapısal karakterizasyonu ve biyolojik aktivitelerinin incelenmesi.
Nanoteknolojinin ilginç yönlerini keşfetmek adına son yıllarda birbirinden farklı birçok çalışma yapılmıştır. Nanomalzeme üretiminin hızlı gelişimi, çok çeşitli alanlarda metal oksit uygulamalarını da beraberinde getirmiştir. Çinko oksit nanopartikülleri (ZnO NP), ticari kullanım için fiziksel veya kimyasal olarak elde edilebilmektedir. Ancak, nanopartiküllerin üretiminde uygulanan yöntemlerin ortaya çıkardığı çevre sorunları bir hayli dikkat çekmektedir. Günümüzde, ZnO NP'lerin yeşil sentezi, çevre sorunlarını azaltmayı amaçlayan araştırma alanında özellikle ilgi görmektedir. Bu yeşil yaklaşımda, bitki özü, mikrop, mantar ve alg gibi doğal bazlı malzemeler, biyoaktif fitokimyasallardaki zenginleşmeleri nedeniyle biyo-indirgeyici ve biyo-stabilizatör olarak kullanılmaktadır. Bu çalışmada, ZnO NP'leri farklı çinko tuzları ile doğal bir ürün olan mantar (Agaricus bisporus) ekstraktı kullanılarak sentezlenmiştir. Elde edilen ZnO NP'leri X-ışını kırınımı (XRD), Fourier dönüşümü kızılötesi spektroskopisi (FT-IR), Taramalı elektron mikroskobu (SEM) analizi, Enerji dağılımlı X-ışını analizi (EDX) ile karakterize edilmiştir Son olarak ZnO NP'lerin bakteri ve funguslara karşı antimikrobiyal aktiviteleri kuyu difüzyon yöntemi ile ölçülerek sonuçlar kaydedilmiştir.
Antimikrobiyal tekstil ürünlerinin geliştirilmesinde Ag-TiO2 ve ZnPT komplekslerinin kullanımı
Bu çalışmada sentezlenen Ag-TiO2 ve ticari ZnPT komplekslerinin antimikrobiyal tekstil geliştirmede kullanılması amaçlanmıştır. Çalışmada %70 pamuk ve %30 polyester içeren tekstil malzemesi kullanılmıştır. Kompleksler, çektirme yöntemi ile tekstil materyali üzerine uygulanmıştır. Tekstil numunelerinin antimikrobiyal aktivitesi AATCC 147 yöntemi ile belirlenmiştir. Bu çalışmanın sonucunda, Ag-TiO2 ve ZnPT kompleksleri, E. cloaceae, E. faecalis, S. typhimurium, S. epidermidis, P. vulgaris, Y. pseudotuberculosis, S. aureus, P. aeruginosa, K. pneumoniae, B. subtilis, E. coli, L. monocytogenes ve C. albicans dahil olmak üzere tüm test mikroorganizmalarına karşı antimikrobiyal aktiviteye sahip olduğu tespit edilmiştir. Tekstil materyali üzerine optimum uygulama koşulları, 50oC'de 60 dakika aplikasyon ve 70oC'de 60 dakika kurutma olarak belirlenmiştir. Uygulama için optimum konsantrasyon değerleri Ag-TiO2 için 4g/L ve ZnPT için 0.01g/L olarak belirlenmiş ve bu değerlerin shake-flask yöntemi ile bakterisidal konsantrasyon (MBC) olduğu gösterilmiştir. Optimum koşullarda gerçekleştirilen uygulama sonrasında tekstil numunelerinin ciddi antimikrobiyal özellikler kazandığı ve tekstil malzemelerinin çevresinde 30 mm'den daha büyük bir inhibisyon zonu oluşturduğu gözlemlenmiştir. Ayrıca tekstil malzemelerinin antimikrobiyal aktivitelerinin 10 tekrarlı yıkamaya kadar dayanıklı olduğu, açık hava ve oda sıcaklığında 25 günden fazla kalıcı olduğu belirlenmiştir. Ag-TiO2 ve ZnPT karşılaştırıldığında ZnPT'nin daha aktif ve daha dayanıklı olduğu söylenebilir. Allium cepa L. ile yapılan sitogenetik çalışmalar sonucunda, ≤ 0.1g/L konsantrasyonunun toksik bir etkisi görülmemiştir. Bu çalışma sonucunda Ag-TiO2 ve ZnPT komplekslerinin antimikrobiyal tekstillerin geliştirilmesinde kullanılabileceği ortaya çıkarılmıştır.
Düzce yöresinde yayılış gösteren Lamiaceae familyasından üç türün (Prunella vulgaris, Thymus longicaulis Subsp. Longicaulis ve Teucrium chamaedrys Subsp. Chamaedrys ) antimikrobiyal aktiviteleri üzerine araştırmalar
ÖZET Düzce Yöresinde Yayılış Gösteren Lamiaceae Familyası Üyesi Üç Türün (Prunella vulgaris , Thymus longicaulis subsp. longicaulis ve Teucrium chamaedrys subsp. chamaedrys) Antimikrobiyal Aktiviteleri Üzerine Araştırmalar Kaan ÇETİN Düzce Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Biyoloji Anabilim Dalı Yüksek LisansTezi Danışman: Prof.Dr.Başaran DÜLGER Temmuz, 2022 100 sayfa Bu çalışmada antimikrobiyal aktiviteyi tespit etmek amacıyla, Düzce ilinden toplanan Prunella vulgaris L., Thymus longicaulis subsp. longicaulis C.Presl., Teucrium chamaedrys subsp. chamaedrys L. (Lamiaceae) bitkilerinden elde edilen etanol, etil asetat ve kloroform ekstraktları, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli, Salmonella typhimurium, Streptococcus pyogenes, Proteus vulgaris, Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis, Bacillus cereus, Bacillus subtilis bakteri kültürleri ve Candida albicans, Candida tropicalis, Kluyveromyces marxianus, Cryptococcus neoformans ve Debaryomyces hansenii, maya kültürlerine karşı antimikrobiyal aktiviteleri disk difüzyon yöntemiyle araştırılmıştır. Prunella vulgaris L. bitkisinin en yüksek antibakteriyel aktivitesi etanol ekstratında P. aeruginosa (14 mm) bakterisine karşı ölçülmüştür. Bitkinin en yüksek antifungal aktivitesi ise etanol ekstraktında K. marxianus (15mm) maya kültürüne karşı saptanmıştır. Thymus longicaulis subsp. longicaulis C.Presl., bitkisinin en yüksek antibakteriyel aktivitesi etanol ekstratında B. subtilis (15 mm) bakterisine karşı ölçülürken, en yüksek antifungal aktivitesi ise yine etanol ekstraktında C. neoformans (12 mm) maya kültürüne karşı ölçülmüştür. Teucrium chamaedrys subsp. chamaedrys L. bitkisinin en yüksek antibakteriyel aktivitesi etanol ekstratında S. aureus (14 mm) bakterisine karşı bulunmuştur. En yüksek antifungal aktivitesi ise yine etanol ekstraktında K. marxianus (17 mm) maya kültürüne karşı ölçülmüştür. Ek olarak üç bitki türünün etanol ekstraklarının kimyasal karakterizasyonu Gaz Kromatografisi Kütle Spektroskopisi (GC/MS) tekniği ile araştırılıp değerlendirilmiştir. Anahtar Kelimeler: Antimikrobiyal aktivite, Lamiaceae, Gaz Kromatografisi Kütle Spektroskopisi (GC/MS)
Çinko piriton (ZnPT)'nin antibakteriyal ve sitogenetik etkilerinin belirlenmesi
Bu çalışmada, Çinko Piriton (ZnPT)'nin antibakteriyal ve sitogenetik etkileri incelenmiştir. Antibakteriyal etkinlik, disk difüzyon yöntemi ile Staphylococcus aureus, Acinetobacter baumannii ve Klebsiella pneumoniae suşları üzerinde test edilmiştir. Yapılan testler sonucunda, her mikroorganizma için Minimal İnhibisyon Konsantrasyonu (MİK) belirlenmiştir. S. aureus için MİK değeri 0,03 mg/ml, A. baumannii için 0,47 mg/ml ve K. pneumoniae için 0,12 mg/ml olarak konsantrasyon hesaplanmıştır. Bu sonuçlar, ZnPT'nin antibakteriyal etkisinin konsantrasyona bağlı olarak değiştiğini ve her bir suşa karşı farklı etki gösterdiğini ortaya koymaktadır. Sitogenetik çalışmalarda, Allium cepa kök hücreleri kullanılarak kromozomal anormallikler ve mitotik indeks (MI) yüzdesi incelenmiştir. ZnPT'nin farklı konsantrasyonlarından (0,007 mg/ml, 0,03 mg/ml, 0,12 mg/ml, 0,47 mg/ml ve 0,94 mg/ml) elde edilen veriler, negatif kontrolle karşılaştırıldığında, A. cepa kök meristem hücrelerinde konsantrasyon arttıkça mitotik anormalliğin arttığı belirlenmiştir. Mitotik anormallikler arasından C-mitoz ve düzensiz metafaz en fazla görülen anormalliklerdir. ZnPT'nin A. cepa kök ucu hücreleri üzerindeki sitotoksik etkisi değerlendirildiğinde, konsantrasyon artışı işe birlikte mitotik indeks yüzdesinde azalma meydana geldiği tespit edilmiştir. Çalışma sonucu elde edilen verilere göre ZnPT'nin genotoksik bir etkiye sahip olmadığı, ancak yüksek konsantrasyonlarda sitotoksik etki meydana getirme potansiyeline sahip olabileceği düşünülmektedir
Dört dişli ligandların trimer ile etkileştirilmesinden oluşan fosfazen bileşiklerinin biyolojik aktivitesi
Bu çalışmada, dört dişli ligandların trimer ile etkileştirilmesinden oluşan fosfazen bileşiklerinin antimikrobiyal aktivitesi ve DNA ile etkileşimleri araştırıldı.Sentezlenen yeni fosfazen bileşiklerinin insan patojeni olan bakteri ve mantarlar üzerindeki etkileri ve DNA ile etkileşimleri araştırılarak çalışmada kullanılan bileşiklerin antimikrobiyal veya antikanser ajanlar olarak değerlendirilip değerlendirilemeyecekleri amaçlandı. Bu nedenle, 11 farklı fosfazen bileşiğinin (İF1-İF11) antimikrobiyal aktivite çalışmaları için B. cereus (NRRL-B-3711), B. subtilis (ATCC 6633), E.coli (ATCC 25922), E. coli (ATCC 35218), E. faecalis (ATCC 292112), P. aeruginosa (ATCC 27853), P. vulgaris (ATCC 8427), S. aureus (ATCC 25923) bakterileri, C. albicans (ATCC 10231) ve C. tropicalis (ATCC 13803) mayaları kullanıldı. Antimikrobiyal aktivitenin belirlenmesi amacıyla Agar Kuyucuk Difüzyon Yöntemi seçildi.Maddelerden İF5, İF6, İF7 ve İF8 bileşiklerinin antimikrobiyal aktiviteye sahip olduğu gözlendi. Bu bileşiklerin B. cereus ve B. subtilis bakterilerine karşı etkili olduğu, bunlara ek olarak, İF5'in E. faecalis, İF6'nın ise S. aureus ve C. tropicalis mikroorganizmalarına karşı da etki belirlendi. E.coli (ATCC 25922), E. coli (ATCC 35218), P. aeruginosa (ATCC 27853), P. vulgaris (ATCC 8427) ve C. albicans (ATCC 10231) mikroorganizmalarının tüm bileşiklere karşı dirençli oldukları görüldü. Çalışılan bileşikler arasında en fazla sayıda mikroorganizmaya karşı etki gösteren ve en geniş inhibisyon zonu oluşturan İF6'nın en etkili antimikrobiyal aktiviteye sahip bileşik olduğu tespit edildi.Bileşikler ile pBR322 plazmid DNA arasındaki etkileşim agaroz jel elektroforez yöntemiyle incelendi. Tüm maddelerin konsantrasyona, inkübasyon süresine bağlı olarak DNA'yı parçalama ve kesme şeklinde etkiler gösterdikleri bulundu. Restriksiyon analizinde hem BamHI hem de HindIII kesimi kesimi gözlendi.Anahtar Kelimeler : Fosfazen, Antimikrobiyal Aktivite, DNA Etkileşimi
Pinaceae familyasina ait bazi taksonlarin antimikrobiyal aktivitesinin incelenmesi
This study aims to reveal the antimicrobial effect of the essential oil obtained by steam distillation method from some Pinaceaea species on pathogenic fungi and bacteria.In this study oil was extracted from Pinus nigra subsp. pallasiana, Abies normanniana subsp. equi-trojani, Pinus sylvestris, Picea orientalis, Pinus brutia and Cedrus libani then tested against Gram-positive bacteria: Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Enterococcus faecium, Enterococcus faecalis, Klebsiella pneumoniae and Bacillus subtilis. Gram-negative bacteria: Salmonella typhimurium, Salmonella kentucky, Salmonella infantis, Salmonella enteritidis, Escherichia coli, Enterobacter aerogenes, Pseudomonas aeruginosa and Pseudomonas fluorescens, and fungi; Candida albicans.
Euphorbıa cinsine ait bazı türlerin antimikrobiyal aktivitesinin incelenmesi
Beş Euphorbia türünden (Euphorbia amygdaloides var. amygdaloides, Euphorbia amyrsinites, Euphorbia helioscopia subsp. helioscopia, Euphorbia characias ve Euphorbi paralias) elde edilen ekstraktların Bacillus subtilis, Enterococcus faecium, Enterococcus faecalis, Enterobacter aerogenes, Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus epidermidis, Salmonella infantis, Salmonella typhimurium, Salmonella kentucky, Salmonella enteritidis, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas fluorescens ve Candida albicans'a karşı sergiledikleri antimikrobiyal aktivite disk difüzyon ve Minimum inhibisyon konsantrasyonu (MİK) yöntemleri kullanılarak incelenmiştir. Bitki ekstraktlarının yalnızca altı bakteri türüne (S. aureus, E. faecium, E. faecalis, P. florescens, S. epidermidis, E. coli ve C. albicans) karşı etkili oldukları tespit edilmiştir. Ulaşılan sonuçlar, Euphorbia türlerinden elde edilen ekstraktların test edilen mikroorganizmaların gelişimini farklı oranlarda engellediğini, üç farklı lokaliteden (I, II, III) toplanan E. characias türünün üçüncü (III) lokalite örneğinin altı mikroorganizma üzerinde etkili olduğu, en yüksek etkisini ise E. faecium'a karşı (13 mm) gösterdiği, I ve II'inci lokalitelerden toplanan örneklerin ise E. faecium, S. epidermidis ve S. aureus'a karşı etki gösterdiği (7-12,33 mm), E. myrsinites, E. amygdaloides var. amygdaloides'e ve E. helioscopia subsp. helioscopia'nın E. faecium, C. albicans, S. aureus, ve S. epidermidis'e karşı antimikrobiyal etkinlik sergiledikleri saptanmıştır. E. paralias'ın altı mikroorganizmaya karşı antimikrobiyal etkinlik göstermiş en yükseksek etkinliği 17 mm inhibisyon zonu E. faecium karşı göstermiştir.
Anne sütü ile beslenen bebeklerin dışkısından izole edilen Lactobacillus türlerinin bazı probiyotik özellikleri
Bu çalışmada, Gazi Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoteknoloji Laboratuvarı kültür koleksiyonuda bulunan, anne sütü ile beslenen yeni doğan bebeklerin dışkısından izole edilen ve 16S rDNA bölgesine göre moleküler tanımlamaları yapılan laktobasil cinsine ait 15 adet bakterinin laktik asit, hidrojen peroksit, ekzopolisakkarit (EPS) üretimleri, antibiyotik duyarlılıkları, antimikrobiyal aktiviteleri, asit direnci, safra toleransı belirlenmiştir. Ayrıca yüksek EPS üretimine sahip olan Lactobacillus casei LB74 ve L. casei LB61 suşlarının otoagregasyon ve koagregasyon yetenekleri, hidrofobisite, kolesterol giderimleri araştırılmıştır. Suşların yüzde asit ürettiği miktarının belirlenebilmesi için farklı iki besiyeri kullanılmış ve skim milk besiyerinde daha yüksek asit üretiminin (%1,05-%2,79) olduğu belirlenmiştir. Bakterilerin hidrojen peroksit üretim miktarları 0,68?3,83 ?g/mL arasında değişirken, ürettiği EPS miktarları 142,99?425,16 mg/L arasında bulunmuştur. Suşların antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının incelenmesinde disk difüzyon metodu kullanılmış ve suşların penisilin G, kloramfenikol ve amoksisiline %100 duyarlı, streptomisin ve vankomisine %100 dirençli olarak belirlenmiştir. Laktobasil suşlarının, bebeklerde hastalığa neden olan patojen bakterilerden Escherichia coli ATCC 11229 üzerinde antimikrobiyal etkisinin %93,3, Staphylococcus aureus ATCC 25923 üzerinde %66,6, Listeria monocytogenes ATCC 7644 üzerinde %86,6, Salmonella enteritidis ATCC 13076, Salmonella typhimurium MU 80, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 üzerinde ise %100 olduğu belirlenmiştir. Bakterilerin azalan asit ve artan safra konsantarasyonlarında canlılıklarında azalma olduğu ve bu azalmanında istatistiksel olarak anlamlı olduğu tespit edilmiştir. EPS üretimi yüksek olan suşların otoagregasyon ve koagregasyon (E. coli ATCC 11229, Salmonella enteritidis ve Listeria monocytogenes ATCC 7644 suşları ile) yetenekleri incelenmiştir. %otoagregasyon değerleri L. casei LB74 (%28,91) suşunda, %koagregasyon değerleri ise Salmonella enteritidis test bakterisinin kullanımıyla L. casei LB61 (%31,08) suşunda bulunmuştur. Suşlar, kloroform (%67,05-45,33) ve toluen (%7,88-43,83) ile hidrofobisite göstermişler. Farklı safra konsantrasyonlarında kolesterol gideriminde, suşların artan safra konsantrasyonlarında yüzde kolesterol giderimlerinin arttığını göstermiştir.
Örümcek zehirinin insanda enfeksiyona sebep olan bakteriler üzerine antimikrobiyal etkisi
Mikroorganizmalardan kaynaklanan bazı hastalıkları tedavi eden yeni antimikrobiyal ajanlar bulmak, insan sağlığı için önemlidir. Çünkü dünyada halk sağlığına karşı en büyük tehditlerden biri birçok patojenin geleneksel antibiyotiklere gösterdiği antimikrobiyal dirençtir. Mikroorganizmaların artan mikrobiyal direnç yeteneği nedeniyle acilen yeni alternatiflerin keşfedilmesi gerekmektedir. Bunun için en uygun alternatif peptitlerdir. Enfeksiyonların tedavisinde önemli rol oynayan küçük ağırlıklı ve çok işlevli en uygun moleküller ise, antimikrobiyal peptitlerdir. Bu nedenle, zehir peptitleri de dâhil olmak üzere antimikrobiyal peptitler, yeni terapötikleri tasarlamak için mükemmel adaylar olarak kabul edilmiştir. Bu çalışmada, on yedi bakteri suşuna (Bacillus subtilis DSMZ 1971, Enterobacter aerogenes ATCC 13048, Enterococcus durans, Enterococcus faecalis ATCC 29212, Enterococcus faecium, Escherichia coli ATCC 25922, Klebsiella pneumoniae, Listeria innocua, Listeria monocytogenes ATCC 7644, Pseudomonas aeruginosa DSMZ 50071, Pseudomonas fluorescens P1, Salmonella enteritidis ATCC 13075, Salmonella infantis, Salmonella kentucky, Salmonella typhimurium SL1344, Staphylococcus aureus ATCC 25923, ve Staphylococcus epidermidis DSMZ 20044) yanı sıra bir mantara C. albicans'a karşı Araneus quadratus Clerck, 1757 zehrinin antimikrobiyal etkinliği, minimal inhibitör konsantrasyonlarını belirlemek için minimum inhibisyon konsantrasyon testi kullanılarak araştırılmıştır. Çalışma sonuçları zehrin toplama yılına ve her yıl kullanılan konsantrasyonlara göre farklı etkiler gösterdiğini ortaya çıkarmıştır. Ancak A. quadratus zehrinin antimikrobiyal bir ajan olarak kullanılmasının başarısını desteklemek için daha fazla araştırma yapılması gerekmektedir. Bu nedenle, bu çalışma ileri teknikler uygulayarak A. quadratus zehrinin antimikrobiyal aktivitesinden sorumlu olan aktif maddenin daha fazla araştırılması ve saflaştırılması için temel oluşturacaktır.
Anadolu'da kültürü yapılan bazı üzüm (Vitis vinifera L.) çeşitlerinin antimikrobiyal aktivitelerinin belirlenmesi
Bu çalışmada 8 üzüm (Vitis viniferaL.) çeşidinden (Sauvignon Blanch, Viognier, Narince, Malbec, Syrah,Kalecik Karası, Öküzgözü ve Boğazkere) elde edilen etanol-su ekstraktlarının Enterobacter aerogenes (ATCC 13048)Salmonella infantis (9), Listeria monocytogenes, Klebsiella pneumoniae (13), Pseudomonas aeruginosa (DSMZ 50071), Pseudomonas fluorescens, Salmonella kentucky (10), Enterococcus faecalis (ATCC 29212), Listeria innocua, Salmonella enteritidis (ATCC 13075), Enterococcus durans, Salmonella typhimurium, Candida ablicans (DSMZ 1386), Enterococcus faecium (4), Staphylococcus aureus (ATCC 25923), Staphylococcus epidermidis(DSMZ20044), Bacillus subtilis (DSMZ 1971), Escherichia coli (ATCC 25922), Saratia marrescens (ATCC 13048)suşları üzerindeki antimikrobiyal aktiviteleri Disk Difüzyon (DD) Methodu ve Minimum İnhibisyon Konsantrasyon (MİK) yöntemleri kullanılarak çalışılmış ve sonuçlar 18 farklı standart antibiyotik sonuçları ile karşılaştırılmıştır. Çalışmanın disk difüzyon testi sonuçları Sauvignon Blanch çeşidinin 7,00-12,33 mm arasında değişen zon çapları ile 6 mikroorganizma şuşu üzerinde etkili olduğunu, Viognier çeşidinin 7,00-15,66 mm arasında değişen zon çapları ile 9 mikroorganizma şuşu üzerinde etkili olduğunu, Narince çeşidinin 7-21,66 mm arasında değişen zon çapları ile 13 mikroorganizma şuşu üzerinde etkili olduğunu, Cot Malbec çeşidinin 7,00-9,66 mm arasında değişen zon çapları ile 6 mikroorganizma şuşu üzerinde etkili olduğunu, Syrah çeşidinin 7,00-20,33 mm arasında değişen zon çapları ile 7 mikroorganizma şuşu üzerinde etkili olduğunu, Kalecik Karası çeşidinin 7,00-10,33 mm arasında değişen zon çapları ile 9 mikroorganizma şuşu üzerinde etkili olduğunu, Öküzgözü çeşidinin 7,00-17,33 mm arasında değişen zon çapları ile 13 mikroorganizma şuşu üzerinde etkili olduğunu ve Boğazkere çeşidinin 7,00-19,66 mm arasında değişen zon çapları ile 15 mikroorganizma şuşu üzerinde etkili olduğunu ortaya koymuştur. MİK testi sonuçları üzüm ekstraktlarının 0,039-20 mg/mL konsantrasyonlar arasındaki değerlerde etki gösterdiği saptanmıştır. DD ve MİK sonuçlarına göre çalışılan ekstraktların tamamından etkilenen S. infantis, E. faecium, S. aureus ve S. epidermidis en duyarlı mikroorganizmalar olarak belirlenirken üzüm ekstraktlarının antimikrobiyal etki göstermediği C. albicans en dirençli mikroorganizma olarak tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler:Vitis viniferaL., MİK, antimikrobiyal aktivite, disk difüzyon yöntemi.