Genetic variation
73 theses under this subject heading
Erzincan'da yayılış gösteren bazı endemik bitki türlerini tehdit eden ekolojik ve genetik faktörlerin belirlenmesi
Onosma discedens Hauskkn. & Bornm. (Boraginaceae) , Teucrium leucophyllum Montbret & Aucher ex Bentham (Lamiaceae), Verbascum calycosum Hauskkn. ex Murb. (Scrophulariaceae) ve Verbascum alyssifolium Boiss. (Scrophulariaceae) Erzincan yöresinde oldukça dar yayılış alanına sahip nadir endemik bitki türlerindendir. İlk 3 tür Türkiye Bitkileri Kırmızı Kitabında nesli tükenmiş (EX) olarak kayıt edilmişlerse de son yıllarda bölgede yapılan arazi çalışmalarında orijinal lokalitelerinden yeniden toplanmıştır. Bugüne dek bu 4 türün korunmasına yönelik herhangi bir çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışma kapsamında O. discedens, T. leucophyllum, V. calycosum ve V. alyssifolium'un genetik çeşitlilik seviyeleri ISSR belirteçleri kullanılarak belirlenmiştir. Ayrıca, bölgede yapılan kapsamlı arazi çalışmalarıyla türlerin yayılış gösterdikleri olası yeni lokaliteler kaydedilmiştir. Her bir tür için üretilen sağlıklı tohum sayısı belirlenmiş, bu tohumların doğal ortamında ve laboratuvar koşullarında çimlenme başarısı araştırılmıştır. Bunun yanında, türlerin yayılış alanlarının toprak özellikleri ile toprak-bitki ilişkileri incelenmiştir. Bu çalışma, O. discedens, T. leucophyllum, V. calycosum ve V. alyssifolium'un türlerinin yok olma risklerini oluşturan genetik ve ekolojik faktörleri aydınlatmak ve türlerin korunmalarına yönelik önerilerde bulunmak için önemli veriler sağlamaktadır.
Türk toplumundaki RhD varyantlarının genotiplendirilerek serolojik tanı ile korelasyonunun araştırılması
Güçlü immün yanıt oluşturma potansiyeli nedeniyle "RhD", en önemli eritrosit antijenlerinden biridir. Bazı RHD mutasyonları "varyant D" fenotiplere neden olur. RhD varyasyonları "Zayıf D" ve "Parsiyel D" olmak üzere iki ana gruba ayrılır. RhD varyasyonlarının, bağışçılarda, hastalarda ve gebelerde doğru tiplendirilmesi önemlidir. Hatalı bir şekilde Rh (-) veya Rh (+) olarak saptanmaları anti-D alloimmünizasyonuna, hemolitik transfüzyon reaksiyonlarına ve gebelerde yenidoğanın hemolitik hastalığına (YDHH) yol açabilir. Bu nedenle hastalar ve gebelerde zayıf D/ parsiyel D ayrımının doğru yapılması son derece önemlidir. Zayıf D ve parsiyel D gibi RhD varyasyonlarının belirlenmesinde, genotiplendirme referans yöntem olarak kabul edilir. Ancak D antijeninin farklı epitoplarına karşı üretilmiş monoklonal anti-D antikorlar kullanılarak, serolojik tiplendirme yapılabileceği öne sürülmektedir. Çalışmamızda öncelikle bölgemizde sık görülen "RhD varyasyonlarını genotiplendirme ile belirlemeyi amaçladık. Ayrıca, rutin kan gruplamada "RhD varyant" olarak belirlenen bu örnekler, poliklonal (human) ve çeşitli monoklonal anti-D antikorlar kullanılarak serolojik yöntemle de tiplendirildi. Serolojik yöntemle elde edilen sonuçlar, etkinlik ve güvenilirlik açısından genotiplendirme ile karşılaştırıldı. Çalışmamızda değerlendirilen varyant D örneklerde "zayıf D" %48,8, parsiyel D ise %51,2 sıklıkta bulunmuştur. En sık görülen varyasyonlar "zayıf D tip 1" ve "zayıf D tip 15" olarak belirlenmiştir. Gerek zayıf D - parsiyel D ayrımı, gerekse RhD varyasyonlarının tiplendirilmesi amacıyla serolojik yöntemle elde edilen sonuçlar, genotiplendirme sonuçları ile karşılaştırıldığında etkin ve güvenilir bulunmamıştır.
Türkiye'de yetişen arpa çeşitlerinde genetik çeşitliliğin ISSR basit dizilim tekrarları moleküler markör tekniği ile saptanması
Bu çal ma Türkiye orjinli 28 arpa çe idi içerisindeki genetik farkl l klarortaya ç karmak için yap lm t r. Genetik farkl l klar saptamak için fizyo-morfolojikbaz karakterler ile ISSR DNA Moleküler i aretleyi tekni i kullan lm t r. Arpaçe itleri, baz fizyo-morfolojik özellikleri incelemek için 2003-2004 yeti tirmey l nda Tarla Bitkileri Ara t rma ve Uygulama Alan na ekilmi tir. ncelemesonucunda hem iki s ral hemde alt s ral arpa çe itleri içersinde çe it baz ndafarkl l klar saptanamam t r.Arpa çe itlerinde DNA seviyesinde genetik çe itlili i saptamak için 64 ISSRprimerler ilk olarak 7 adet arpa çe idinde kullan lm ve 64 ISSR primer ndan 57tanesinin PCR ürünü üretti i saptanm t r. Polimorfizim oran na göre 10 ISSRprimer seçilmi tir. 28 arpa çe idinde kullan lan 10 ISSR primer toplam 75 adetband üretmi olup bunun 51 adedinin polimorfik oldu u görülmü tür. Polimorfizmseviyesinin göstergesi olan PIC de eri çal mada en yüksek 0.844, en dü ük 0.354olmak üzere ortalama 0.611 olarak bulunmu tur. Genetik uzakl k katsay s 0.05 ve0.37 s n rlar aras nda de i mi tir. Efes-2 ile Yesevi-93 çe itlerinin genetik olarakbirbirlerine en yak n, Karatay-94 ile Aday-4 çe itlerinin ise genetik olarak birbirineen uzak çe it oldu u tespit edilmi tir. Bu çal mada, arpa çe itleri aras ndakibenzerlik ve farkl l klar saptamada fizyo-morfolojik benzerliklerinkullan labilirli inin yetersiz, ?ISSR Markör Tekni i? ise yeterli oldu u sonucunavar lm t r.Anahtar Kelimeler : Arpa, Hordeum vulgare, ISSR, Genetik Çe itlilik
Çekirdek kabaklarında morfolojik ve moleküler karakterizasyon
Kabaklarda morfolojik ve moleküler karakterizasyon üzerinde gerçekleştirilen çalışmada bitki materyali olarak Cucurbita pepo, Cucurbita moschata ve Cucurbita maxima'ya giren yirmidört genotip kullanılmıştır. C. pepo genotiplerinin büyük bir kısmı tohumluk kabaktır ve bunlardan bazıları çerez ve yağ üretiminde kullanılan kabuksuz çekirdekli tiplerdir. Ayrıca C. moschata ve C. maxima'dan altı kışlık kabak genotipi ve üç adet türü bilinmeyen genotip çalışmada yer almıştır. Moleküler analizler ISSR ve SRAP ile gerçekleştirilmiş, morfolojik karakterizasyon ise UPOV kriterlerine göre yapılmıştır. Moleküler çalışmalarda sekiz ISSR primeri kullanarak 60 bant elde edilmiş ve bunların hepsi polimorfik bulunmuştur. Yine sekiz SRAP primer kombinasyonu kullanılarak toplam 71 bant elde edilmiş ve bunların da hepsi polimorfik bulunmuştur. ISSR analizlerinde genetik benzerlik katsayısı 0.07 ile 0.96 arasında, SRAP analizlerinde genetik benzerlik katsayısı 0.13 ile 1.0 arasında değişmiştir. ISSR ile SRAP arasındaki korelasyon çok yüksek, bulunmuştur: ( r = 0.947). Morfolojik ve moleküler çalışmalar arasında bazı farklılıklar görülmüş ve bu tip genetik yakınlık ve karakterizasyon çalışmalarında morfolojik analizlerin tek başına yetersiz kalacağı, moleküler tekniklerin daha güvenli sonuç verdiği sonucuna ulaşılmıştır.
Türkiye'nin bazı bölgelerinden toplanmış nohut genotiplerinin moleküler karakterizasyonu
Türkiye'nin farklı bölgelerinden toplanmış 91 nohut genotipi ile 2 nohut çeşidinde genetik çeşitliliği belirlemek amacıyla yapılan çalışmada DNA markörü olarak ISSR ve SRAP moleküler markörleri kullanılmıştır. En polimorfik primer/primer kombinasyonlarını belirlemek için 65 ISSR ve 82 SRAP primer kombinasyonu 6 nohut DNA'sında ön taramaya tabi tutulmuş, en polimorfik ve skorlaması en rahat olan 11 ISSR primeri ve 9 SRAP primer kombinasyonu seçilmiştir. Kullanılan her iki primer kombinasyonunda da polimorfizm oranı oldukça düşük bulunmuştur. 93 nohut genotip/çeşidin birbirine olan yakınlığı Jaccard benzerlik katsayısına göre hesaplanmıştır. Buna göre ortalama genetik bezerlik 0.90 bulunmuş olup 0.64 ile 1.00 arasında değişmiştir. Jaccard genetik benzerlik katsayısı kullanılarak yapılan UPGMA analizi sonucunda, 91 genotip ve 2 çeşit A ve B olmak üzere iki ana gruba ayrılmıştır. Dendrogramdaki A grubunun toplam 3 genotipi temsil ettiği geri kalan 90 genotipinde B grubunu oluşturduğu, aynı zamanda B grubununda kendi içinde esas olarak B1 ve B2 olarak ikiye ayrıldığı, B1 grubunun 3 genotipi içerdiği, B2 grubunun ise 87 genotipi içerdiği ve B2 grubununda kendi içinde alt gruplara ayrıldığı saptanmıştır. Bu çalışma sonucunda yerel nohut genotiplerinin genetik tabanının dar olduğu sonucuna varılmıştır.
Ninova eyaletindeki Iraklı kadınlarda BRCA1 ve BRCA2 genleri için genetik varvasyonun tespiti ile meme kanserinin erken teşhisi
Meme Kanseri, Dünya genelinde ve Irak'ta kadınlar arasında görülen kanser türleri arasında ilk sırada gelmektedir. Meme kanserinin sıklıkla ailesel kanser öyküsüne bağlı olarak hastaneye başvuran hastalarda yapılan muayeneler ve tetkikler sonucunda tespit edildiği görülmektedir. Kalıtsal Meme kanseri, tüm meme kanseri vakalarının yaklaşık %10'unu oluşturmakta ve kalıtsal meme kanseri tanılarının büyük çoğunluğunda sorumlu genlerin BRCA1/2 olduğu bilinmektedir. BRCA1/2 germ hatlarında görülen mutasyonlar kalıtsal meme kanseri riskini yirmi kat daha fazla artırmaktadır. Bu nedenle, BRCA1/2 gen mutasyonlarının tespiti risk grubunda değerlendirilen hastaların ve mutasyon taşıyıcı aile bireylerinin teşhisi, tedavisi ve klinik yöntemlerin uygulanması için önemlidir. Yeni Nesil Dizileme Yaklaşımı, zaman, efor ve maliyet gibi unsurlar açısından klasik yöntemlerden daha yararlıdır. Yeni Nesil Dizileme yaklaşımı ile her bir hastaya özgü klinik tedavi akışı oluşturulabilir ve tedavi özelleştirilebilir. Böylelikle tedavi ve erken teşhiste oldukça iyi sonuçlar alınabilir. Bununla birlikte, Yeni Nesil Dizileme yaklaşımı, başta meme ve ovaryum kanseri olmak üzere diğer kanser çalışmalarında da kullanılarak, mevcut mutasyonların tanımlanmasının yanında, yeni keşiflerin de yapılmasını kolaylaştırmaktadır. Çalışmamızda Irak'ın Ninova kentinde yaşayan ve hayatının tamamını ya da büyük kısmını Ninova kentinde geçiren, demografik açıdan özdeş niteliklere sahip 18 – 49 yaş arası kadın hastalar üzerine çalışılmıştır. Bu çalışma kapsamında Yeni Nesil Dizileme Analizi ile katılımcıların rızaları dahilinde alınan klinik numuneleri incelenmiş ve varyantlar üzerinde anlamlı ve anlamsız mutasyonlar tespit edilmiştir. Patojenik olarak değerlendirilen varyantların biyoinformatik çalışmaları yapılmıştır. Ayrıca, klinik önemi bilinmeyen varyantlar saptanmış ve listelenmiştir. Çalışmada elde edilen sonuçlar doğrultusunda, BRCA1/2 mutasyonlarının tespiti için Yeni Nesil Dizileme yaklaşımı temelinde bir anlayışın geliştirilmesi ve mutasyonların fonksiyonel rolünün değerlendirilmesi için doğrudan laboratuvar ortamında testlerin uygulanması gerektiği sonucuna varılmaktadır. Ayrıca, çalışmamız, Yeni Nesil Dizileme tekniğinin erken teşhis ve kişiselleştirilmiş, hastaya özgü tedavi yaklaşımının geliştirilmesi yönünde bir sonuca varmaktadır. 2020, 44 sayfa ANAHTAR KELİMELER: BRCA1, BRCA2, Yeni nesil dizileme, Genetik varyasyon, Kalıtsal meme kanseri
Bazı yerel susam (Sesamum indicum L.) çeşit ve populasyonlarının agronomik, kalite ve moleküler karakterizasyonu
Yerel susam popülasyonları bitki ıslahı ve genetik çalışmalar için çok değerli genetik kaynaklardır. Bu çalışma 2010 ve 2011 yıllarında ve ikinci ürün koşullarında 17 susam popülasyonu ve 7 adet tescil edilmiş susam çeşidi arasındaki agronomik, kalite ve moleküler farklılıkları saptamak amacıyla yürütülmüştür. Agronomik ve morfolojik farklılıklar Çukurova Üniversitesi Tarla Bitkileri Bölümü Araştırma ve Uygulama alanında kurulan üç tekrarlamalı tarla denemelerinde, moleküler farklılık ise 14 adet ISSR primeri kullanılarak saptanmıştır. Çalışma sonuçları, incelenen çeşit ve popülasyonlar arasında, dallanma yüksekliği, ilk kapsül yüksekliği, kapsül sayısı, dal sayısı, tohum verimi, bin tohum ağırlığı, protein oranı, yağ oranı ve yağ verimi açısından önemli farklılıklar olduğunu göstermiştir. ISSR verilerine göre hesaplanan Jaccard benzerlik katsayısı 0.02 ile 0.46 arasında değişmiştir. 0.46 Jaccard benzerlik katsayısı ile Antalya-Kumluca ve Diyarbakır-Bismil-Bakacak 2'nin genetik olarak birbirine en uzak popülasyonlar olduğu saptanmıştır. Baydar-2001 ile Muganlı-57 çeşitleri 0.02 benzerlik katsayısı ile birbirine genetik olarak en yakın mesafeyi göstermişlerdir. ISSR analizleri sonucu oluşturulan soyağacına göre incelenen çeşit ve popülasyonlar A, B ve C olarak 3 gruba ayrılmıştır.
Türkiye orijinli yabani gernik buğday (Triticum turgidum subsp. dicoccoides) popülasyonlarının agro-morfolojik ve moleküler karakterizasyonu
Bu çalışmada, Türkiye'nin Güneydoğu Anadolu Bölgesi'ndeki üç alt bölgeden (Doğu-1, Batı-1, Batı2) toplanmış 38 adet yabani gernik buğday popülasyonundan seçilen 176 genotipte popülasyon içi ve popülasyonlar arası genetik çeşitliliğini belirlemek için morfolojik özellikler incelenmiş ve SSR markörleri ile moleküler karakterizasyon yapılmıştır. İncelenen T.dicoccoides popülasyonlarının; bitki boyu, üst boğum uzunluğu, bayrak yaprak uzunluğu ve alanı, en üst kılçık uzunluğu, başakçıktaki 4. çiçekte kılçık uzunluğu, en alt kılçık uzunluğu, başakçık uzunluğu ve genişliği, kavuz uzunluğu, kavuz kalınlığı ve yüksekliği, lemma uzunluğu ve genişliği, kapçık uzunluğu ve genişliği, anter uzunluğu ve genişliği ve bin dane ağırlığı bakımından geniş bir varyasyon gösterdiği ve ortaya çıkan varyasyonun direk amaca uygun ıslah çalışmalarında kullanılmasının yararlı olacağı sonucuna varılmıştır. T.dicoccoides genotiplerinde 16 adet SSR primer çiftinin allelik varyasyonu incelenmiştir. Moleküler analizlerde yabani gernik buğday popülasyonları birbiriyle karşılaştırıldığında; en uzak Doğu-1 ve Batı-2 popülasyonları (0.727), en yakın Batı-1 ve Batı-2 populasyonları (0.800) arasında olduğu saptanmıştır. AMOVA (moleküler varyans analizi) sonuçlarına göre tüm genotipler arasında %85 ve üç coğrafik bölgeye ayrılan (Doğu-1, Batı-1ve Batı-2) populasyonların arasındaki genotiplerde varyasyonun %15 olduğu saptanmıştır. SSR verileri kullanılarak UPGMA metoduna göre yapılan dendrogramda iki ana grup oluştuğu, Doğu-1 bölgesindeki populasyonların Batı-1 ve Batı-2 bölgesinden toplanan populasyonlara genetik olarak uzak bulunduğu tespit edilmiştir. Batı-1 ve Batı-2 bölgesinden toplanan populasyonların genetik olarak ta yakın bulunduğu saptanmıştır.
Multiple myeloma tanısı alan hastalarda UCP-2 ve NR3C1 genlerinin tedavi etkinliği ve sağ kalım üzerine etkisi
Giriş ve Amaç: Multiple myeloma (MM), monoklonal hafif ve ağır zincir aşırı üretimine yol açan malign bir plazma hücre diskrazisidir. UCP -2'nin (uncoupling protein-2) malignitelerdeki ekspresyonu; NR3C1'in (neuron-specific glucocorticoid receptor) steroid direnci arasındaki ilişkiyi değerlendiren çalışmalar mevcuttur. Çalışmamızda UCP-2 ve NR3C1 genine ait fonksiyonel gen varyantlarının MM hastalarında tedavi etkinliği ve sağ kalım üzerine etkisinin gösterilmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Gaziantep Üniversitesi Hematoloji Bilim Dalı Kemik İliği Transplantasyon Ünitesi'nde MM tanısı alan 200 hasta ve 200 kontrol grubu alınmıştır. Hastaların % 77,5'ine otolog kemik iliği nakli (OKHN) yapılmıştır. Kişilerin periferik kanlarından elde edilen DNA'lardan UCP-2 ve NR3C1 genlerine ait rs41423247 ve rs659366 varyantları PCR-RFLP yöntemi kullanılarak çalışıldı. Bulgular: Hastaların 5 yıllık total sağ kalımı(OS) % 71, progresyonsuz sağ kalımı(PFS) medyan 43.8 ay olarak tespit edildi. NR3C1 geninin genotip ve allel dağılımının sağlıklı kontrol grup ile MM tanılı grupta benzer olduğu, OS ve PFS üzerine istatiksel olarak etkili olmadığı görüldü. UCP-2'nin AA genotip ve A allel frekansının anlamlı olarak MM arttığı ve MM' ya yatkınlıkta önemli rol oynadığı (5.6 kat risk artışı) ortaya konulmuştur (p:0.001), GG genotipinin sağlıklı grupta daha fazla görüldüğü ve hastalıktan koruyucu bir faktör olduğu istatiksel olarak anlamlı bulunarak saptandı (p:0.013). Sonuç: MM tanılı hastaların OS ve PFS'lerini belirlemek çalışmalar sürmektedir.NR3C1 MM tanısı alanlar ve sağlıklı kontrol grubunda olanlar arasında farklılık göstermemektedir. Bu nedenler MM hastalığındaki steroid direncinin başka bir yol ile oluştuğu düşünülmektedir. UCP-2'nin AA genotipinin hastalığa yatkınlık sağladığı, GG genotipinin hastalıktan koruyucu olduğu saptandı.Gelecekte UCP-2 gen varyantlarının MM prognozunda daha çok yer bulacağını düşünmekteyiz. Anahtar Kelimeler: Multiple Myeloma, UCP-2, NR3C1
Bazı melez pamuk (Gossypium hirsutum L.) populasyonlarında polen canlılığı ve özellikler arası ilişkilerin saptanması
Amaç: Pamukta verim ve kalite özellikleri için varyasyon ve kalıtım derecesinin tanımlanması, özellikler arası ilişkilerin saptanması ve yüksek sıcaklığa tolerans yönünden polen canlılığının belirlenmesi amaçlanmıştır. Materyal ve Yöntem: Gossypium hirsutum L. türüne ait 5 ana ve 2 baba anaç melezlenmiş ve F1'lerin kendilenmesi ile oluşturulan 10 farklı F2 melez kombinasyonundan oluşan populasyon elde edilmiştir. Anaçlar ile birlikte toplam 17 genotip döl sıraları şeklinde ekilmiştir. Her parselden tesadüfi elde edilen 50 bitkide verim, verim bileşenleri ve lif kalite özelliklerine ilişkin değişim aralıkları, varyasyon katsayısı ve geniş anlamda kalıtım derecesi saptanmıştır. Özellikler arası ilişkileri belirlemek için basit korelasyon katsayıları ve path analizi kullanılmıştır. Genotiplere ilişkin çiçek tozlarında önce 40 °C'de yüksek sıcaklık stresi uygulanmış ve tetrazolium testi ile polen canlılıkları görüntülenmiştir. Bulgular: Bitki boyu, taraklanma, çiçeklenme ve koza açma gün sayısı, çırçır randımanı ve lif dayanıklılığı için varyasyon katsayısının 10'un altında; lif inceliği için 10 - 20 arasında buna karşın koza ağırlığı, koza sayısı, tek bitki verimi ve lif uzunluğu için 20'nin üzerinde olduğu bulunmuştur. Geniş anlamda kalıtım derecesinin bitki boyu, koza sayısı, koza ağırlığı, çırçır randımanı, lif uzunluğu, lif inceliği ve lif dayanıklılığı için yüksek olduğu görülmüştür. Tek bitki verimi üzerine en önemli doğrudan etkiyi yapan özelliklerin koza sayısı, koza ağırlığı, koza açma gün sayısı ve bitki boyu olduğu saptanmıştır. Sonuç: ST-468 x AGC-208 F2 melez kombinasyonunun verim ve lif kalite özellikleri yönünden iyi performans gösterdiği, tek bitki seçimi için yeterli uç değerler taşıdığı ve yüksek sıcaklıkta polen canlılığı yönünden en ümitvar genotip olduğu sonucuna varılmıştır.
İdrar yolu enfeksiyonundan izole edilen patojenik Escherichia coli bakteri suşlarının antibiyotik direncinin ve genetik özelliklerinin belirlenmesi
İdrar yolu enfeksiyonunda patojenik Escherichia coli suşlarının antibiyotik direnci ve genetik özelliklerinin belirlenmesinde toplanan 30 idrar örneğinin %66,66 oranında kadınlardan, %33,33 oranında ise erkeklerden üro-patojenik E. coli izole edilmiştir. Örneklerden elde edilen 30 izolatın %73,30 oranındaki kısmı iki ila on üç antibiyotiğe karşı direnç göstermiştir. Yapılan antibiyogram tesitinde izolatların sırasıyla trimetoprim+sülfametoksazole (17) %56,66 oranında, siprofloksasin ve gentamisine (14) %46,66 oranında ve ampisilin/sulbaktam ve sefiksimin (9) %30,00 oranında direnç gösterdiği belirlenmiştir. Bunun yanı sıra ertapeneme 93,33 oranında, imipeneme %96,33 oanında ve meropeneme ise %100 oranında hassas oldukları belirlenmiştir. Resistans geliştirdiği tespit edilen 5 suşun tüm genom dizileme (WGS) düzeneği, izolat 1 için 5,24 Gbp, izolat 2 için 5,20 Gbp izolat 3 için 5,25 Gbp, izolat 4 için 5,25 Gbp ve izolat 5 için 5,36 Gbp olarak bulunmuştur. Seçilen bu 5 dirençli suş içindeki direnç genlerini araştırmak için, web tabanlı platform verileri birden çok sınıfa ait 19 direnç geni göstermiştir. Bunlardan β-laktamaz (blaTEM-1B, blaCTX-M-15 ve blaOXA-1) çeşitli nesillerde sefalosporinlere karşı dayanıklı bulunmuştur. sul1, sul2, dfrA17 ve dfrA14 genleri trimetoprim+sülfametoksazole karşı, aph(3")-Ib, aph(3")-Ia, aph(6)-Id, aac(3)IId, aac(3)IIe, aac(6)-Ib-cr, aadA5 genleri aminoglikozidlere karşı, tet(B) ve tet(A) genleri tetrasiklinlere karşı, catA1 geni kloramfenkole karşı, qnrS1 florokinolonlara karşı ve mph(A) geni makroliglere karşı dirence sahip bulunmuştur. Florokinolonlar, gyrA, parC ve parE genlerindeki nokta mutasyonlarını kaçırmışlardır. Bu çalışmaya dahil edilen virülans faktör genleri (VF) bakımından izolat 1, %17,85 oranında, izolat 2 %15,47 oranında ve izolat 3 %14,28 oranında insidansa saip bulunmuştur. İzolat 4 %25 oranında, izolat 5 ise en yüksek insidans oranı ile %27,38 olarak bulunmuştur. İzolatların VF kategorisi; adhesins 12, demir alım sistemi 9, koruma ve istila, toksin 4 ve muhtelif protein 7 olarak dağıtılmıştır. Filogruplar dört ana türde sınıflanmış olup; izolat 1 ve izolat 4 B1 ve B2 olurken izolat 2, izolat 3 ve izolat 5 grup D'de aynı filogenetik grupta yer almışlardır.
Chrna7 geni kopya sayısı varyasyonları (CNV), gen ekspresyonu ve migren riski
Migren çok sık rastlanan bir baş ağrısıdır. Ağrı karakteri gereği migren atağı, kişide işlev ve işgücü kaybına yol açar. Bu yüzden de mutlak tedavi edilmesi gerekir. Migren etyopatogenezi üzerine bir çok teori öne sürülmüştür. Günümüzde en çok nöroinflamasyon üzerinde durulmaktadır. CHRNA7 bir nikotinik asetilkolin reseptörünün α7 subüniti kodlayan gendir. Bu genin ürünün yapılan çalışmalarda antiinflamatuar olduğu saptanmıştır. Migrenle ilişkili CNV'ler (Kopya Numarası Varyasyonları) ve ilgili genin ekspresyonu migrenle ilişkili genetik mekanizmalarını anlamak için öznel ve biyobelirteç ölçümlerinin kullanılmasından faydalanacaktır. Migren ile bir ilişki gözlenmesi, migrenin genetik temeli bakımından önemlidir. Bu çalışma ile CNV değişimlerinin normal sayıya ulaştırılabilmesi ve migren hastalarının refahını iyileştirmeyi amaçlayan stratejilerin geliştirilmesine yardımcı olmak amaçlanmaktadır Bu çalışmaya Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Nöroloji kliniğine başvuran 102 adet Migren hastası ve 120 adet sağlıklı gönüllü dahil edildi. Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı laboratuarlarında, hastalardan alınan kan ile elde edilen lenfositler üzerinden CHRNA7 geni ve CNV ekspresyon analizleri yapıldı. Migren hastalığında CNV'lerin durumu ve CNV'lerin üzerinde bulunduğu genin ekspresyonuna etkisi hastalığın tüm klinik bulgularıyla birlikte analiz edilmiştir. Migren hastalarımızda sağlıklı kontrol bireylerine göre azalan kopya sayısı ve artan kopya sayıları ile migren olma riski arasında ilişki tespit edilmiştir. CHRNA7 geni ekspresyon düzeyine gen üzerindeki CNV sayılarının etkisi incelendiğinde istatistiksel olarak ilişki gözlenmemiştir. klinik değişkenlerin ekspresyon üzerinde etkisi olabileceğini fakat CNV sayılarında direkt etkisi olmadığını göstermiştir. Sonuç olarak, bu çalışma migren gelişimi için bir temel oluşturduğundan ve migrenin genetik mekanizmasına ilişkin bir kavrayış kazandığından değerlidir. Bu bulgulara dayanarak, migrenli bireylerin yaşam kalitesini ve günlük yaşam aktivitelerini iyileştirmek için tedavi stratejileri geliştirmek için normal aralıktaki CNV'nin son derece önemli olduğunu önerebiliriz. Anahtar kelimeler: Migren, İnflamasyon, Chrna7, CNV
Ankilozan spondilit hastalarında TNF- α geninde olası varyantların analizi ve klinik parametrelerle olan ilişkisi
Amaç: Ankilozan spondilitin toplumda sık görülmesi, tedavisinde Anti-TNF ilaçların kullanılması ve TNF-α'nın hastalık patogenezinde etkili olması nedeniyle, bu hastalarda TNF-α genlerinin (promoter bölgesinde yer alan -238, -308 nükleotit bölgeleri) analizini, olası gen varyantlarını saptamayı ve klinik parametrelerle olası ilişkisini incelemeyi amaçladık. Materyal ve Metod: Çalışmamıza Gaziantep Üniversitesi Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Anabilim Dalı/ Romatoloji polikliniğine başvuran 121 AS ve 103 sağlıklı kan vericisi dahil edildi. Hastaların klinik ve demografik özellikleri sorgulanıp, kaydedildi. Hasta ve kontrol grubunda PCR-RFLP yöntemi ile TNF-α promoter bölgesinde yer alan -238 ve -308 gen polimorfizmi araştırıldı. Bath Ankilozan Spondilit Hastalık Aktivite Skoru (BASDAİ), Bath Ankilozan Spondilit Metroloji İndeksi (BASMİ), Bath Ankilozan Spondilit Fonksiyonel İndeksi (BASFİ), Bath Ankilozan Spondilit Radyolojik İndeksi (BASRİ), gece ve gündüz Vizüel Analog Skalası (VAS) ve Ankilozan Spondilit Yaşam Kalitesi Ölçeği (ASQoL) skorları hesaplanıp kaydedildi. Bulgular: Hasta ve kontrol grubu arasında cinsiyet ve yaş bakımından anlamlı farklılık saptanmamış olup, cinsiyet ve yaş bakımından gruplar benzer dağılıyordu. Çalışma populasyonumuzdaki hasta ve kontrol grupları genotip ve allel farklılıkları açısından karşılaştırıldı. Yapılan istatistiksel analizde hasta ve kontrol grupları arasında genotip ve allel karşılaştırmasında, farklılık istatistiksel olarak anlamlı saptanmadı. Hasta grubundaki bireylerin TNF-α -238. bölgesi genotiplerinin klinik parametrelerle olan ilişkisi karşılaştırıldı. Genotip ile klinik parametreler arasında anlamlı farklılık saptanmadı. Hasta grubundaki bireylerin TNF-α -308. bölgesi genotiplerinin klinik parametrelerle olan ilişkisi karşılaştırıldı. Genotip ile klinik parametreler arasında anlamlı farklılık saptanmadı. Hasta grubundaki bireylerin cinsiyet dağılımlarına göre klinik parametreler ile olan ilişkisi incelendiğinde farklılık istatististiksel olarak anlamlı bulunmadı. Sonuç: Çalışmamızdaki hasta ve kontrol grupları genotip ve allel bakımından karşılaştırıldığında hasta ve kontrol grupları arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılık saptanmadı. AS hastalarında TNF-α -238 ve -308 promotor bölgesi genotiplerinin klinik parametrelerle arasında anlamlı farklılık saptanmadı. Anahtar Kelimeler: Ankilozan spondilit, TNF-α geni, Polimorfizm
Sporadik alzheimer hastalığında DNA hedef gen varyantlarının taranması
Demansın en sık görülen türü olan, Alzheimer hastalığı (AH) çok etkenli sebeplerle ortaya çıkan kompleks nörodejeneratif bir hastalıktır. Erken teşhisin sporadik AH'nın ilerlemesini yavaşlattığının ve semptomlarını azalttığının saptanmasıyla sporadik AH için genetik risk faktörü tarama çalışmaları hız kazanmıştır. Sporadik Alzheimer hastalarının post-mortem beyin dokularında, Alzheimer fare modellerinde ve hücre hatlarında, spesifik bir baz eksizyon DNA tamir (BER) geni olmayan fare modelleri ve hücre hatlarında yapılan biyokimyasal, moleküler, hücresel ve davranış çalışmaları sporadik AH'nin etiyolojisi ve patolojisi ile BER mekanimasında meydana gelen hasarlar arasındaki ilişkiyi ortaya çıkarmıştır. BER yolağında görev alan proteinlerden biri olan POL β'nın ifade, miktar ve aktivitesinin sporadik AH'da çok düşük düzeyde olduğu ve total BER kapasitesinin POL β'ya bağlı olarak düştüğü gösterilmiştir. Bu nedenle, bu çalışmada, sporadik Alzheimer hastalarının post-mortem beyin dokularında POL β geni lokusu hedefe yönelik yeni nesil sekanslama yöntemiyle taranmıştır. POL β geninin 12. ekzonunda yerleşik rs3136797 (pro242arg) polimorfizmi ve 63 adet intronik polimorfizm saptanmıştır. Yaptığımız çalışmada elde ettiğimiz genetik değişimler arasında sadece Alzheimer hastalarında görülen polimorfizmlerden bazıları ilk kez bu çalışmada tespit edilmiştir ve toplumdaki sıklığı bilinmemektedir. AH dışındaki hastalıklar ile ilişkilendirilmiş ve maf değeri %1'in altında olan bazı polimorfizmler Alzheimer hastalarında ilk kez bu çalışmada gösterilmiştir. Alzheimer hasta grubunun çoğunluğunda belirgin bir şekilde öne çıkan bir polimorfizm olmasa da aynı kişide birden fazla POL β geni polimorfizmi saptanmış olup, bu ek (additive) bir etki yaratabilir. Bu çalışmada saptanan polimorfizmlerin, sporadik AH tanısında bir biyobelirteç olup olamayacağını göstermek için, popülasyon çalışmaları ile örnek sayısı artırılıp, önemli olabileceği düşünülen genetik varyantların toplumdaki sıklığı araştırılarak, sporadik Alzheimer hastalarındaki sıklığı ile karşılaştırılmalıdır. Yeni bulunan genetik değişimlerin hastalığın etiyopatolojisindeki rolleri işlevsel olarak araştırılmalıdır.
Akut miyokard infarktus hastalarında serum irisin düzeylerinin ve genetik varyantlarının araştırılması
Amaç: Akut Miyokard İnfarktusu (AMI) Koroner Arter Hastalıklarının (KAH) en sık görülen tipidir. İrisin hormonu yeni keşfedilen FNDC5 geni tarafından kodlanan kalpta dahil kas ve yağ dokudan sentezlenen bir miyokindir. Çalışmamızda AMI hastalarının serum irisin düzeylerinin ve Türk toplumundaki genetik varyantların kontrolle karşılaştırılarak araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya AMI tanısı alan 225 hasta ve 225 sağlıklı birey alındı. AMI sonrası ilk 12-24 içinde hasta ve kontrol bireylerinden kan örneği alınarak serumları ayrıldı. Serum irisin konsantrasyonları ELİSA ile ölçüldü. FNDC5 genindeki rs16835198, rs3480 ve rs726344 varyantları DNA izolasyonu sonrası RT-PCR ile genotiplendi. Bulgular: Serum irisin konsantrasyonlarının kontrolle karşılaştırıldığında hasta grubun da anlamlı düzeyde azaldığı belirlendi (p=0.001). FNDC5 genindeki rs16835198, rs3480 ve rs726344 genotip ve allel sıklıkları açısından hasta ve kontrol grubu arasında anlamlı bir farklılık bulunmadı. Ancak hasta grubu içinde hipertansiyonlu hastalarla kontrol grubu karşılaştırıldığında rs16835198 ve rs726344 varyant allellerinin hipertansiyonlu hastalarda anlamlı düzeyde arttığı belirlendi (p=0.00 ve p=0.00). Sonuç: Çalışmamız FNDC5 gen varyantlarının AMI hastalarında kontrolle karşılaştırılarak araştırıldığı ilk çalışmadır. FNDC5 gen varyantlarının ve irisin düzeylerinin AMI dahil KAH'ın etyopatogenezinde önemli roller oynadığı düşünülmektedir. Verilerimizin doğrulanması için daha geniş kapsamlı araştırmalara ihtiyaç vardır.
22q11.2 delesyon sendromlu hastalarda psikiyatrik fenotip üzerinde stres, FKBP5 gen metilasyonu ve immün faktörlerin etkisi
22q11.2 deletion syndrome (22q11.2DS) is a disorder that is associated with many psychiatric disorders and has been the focus of studies on copy number variations (CNV). The present study aims to investigate the lifetime stress factors and the epigenetic mechanisms of psychiatric phenotypes in individuals diagnosed with 22q11.2DS, in order to shed light on the gene-environment interaction on psychiatric phenotypes. 32 individuals (17 patients with 22q11.2DS and 15 matched controls) participated in the study. Structured clinical interview for DSM-5 (SCID-5), self-report psychopathology and stress scales, and The Stress and Distress Inventory (STRAIN) were used to evaluate psychiatric symptoms and stress levels throughout the participants' lifetime. Cognitive performance of the participants was measured with The Pennsylvania Computerized Neurocognitive Battery (PennCNB) and The Probabilistic Reward Task (PRT). For biological biomarkers, immune factors (C-Reactive Protein level, total white blood cell (WBC) count, lymphocyte, neutrophil counts, and neutrophil- lymphocyte ratio) were measured. Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC) samples were used to analyze the methylation level at the cg00130530 region of FKBP5 gene using pyrosequencing method. Our results revealed that there was a high prevalence of anxiety disorders in the 22q11.2DS group. Participants with 22q11.2DS had lower performance in PennCNB (depending on the overall summary score for battery), episodic memory, and social cognition than control groups. They had also lower discriminability score but no difference in response bias in PRT task. When evaluated in terms of immune factors, only lymphocyte cell count was found to be lower in the 22q11.2DS group. They had significantly lower methylation levels at the promoter-associated region, but neither the effect of stressors nor the cg00130530 methylation was found to be associated with the development of psychiatric phenotypes. The methylation level of cg00130530 in the 22q11.2DS group was correlated with legal/crime stressors. It was observed that CNV on chromosome 22 plays a significant role in the determination of psychiatric phenotypes despite the effect of psychological stressors. For future research, additional FKBP5 gene methylation regions, genetic variations, and complex stressor interactions (type x count x severity x duration) should be analyzed.
Determination of genetic diversity in some Tunisian citrus varieties using molecular markers
Citrus is one of the most important fruit plants consumed all over the world. Tunisia is well known for its Citrus fruits production which have a big importance in agricultural and medicinal sector. In this study, genetic variation among 36 Citrus genotypes of which 8 were developed in Tunisia were determined using two molecular markers: ISSR and SCOT. The 10 ISSR primers generated a total of 270 clear and reproducible bands (ranged between 250 and 3888 bp), of which 268 were polymorphic (99.2%). On the other hand, 10 SCOT primers amplified a total of 240 reproducible bands (ranged between (150 and 3357 bp), of which 228 were polymorphic (95%). Average polymorphism information content was calculated as 0.249 for ISSR, and 0.27 for SCOT primers. The highest pairwise genetic similarity obtained from ISSR analysis was between Powell and Novalina (0.545) and lowest pairwise genetic similarity was between Aforer and Panacher (0.102). Whereas SCOT analysis indicated that the genetically most close varieties were Orange Lane Late and Novalina (0.615), and least close varieties were Eureka and Tomatera (0.169). Additionally, UPGMA dendrograms revealed the different levels of sub clustering that separated varieties according to the respective Citrus group and allowed for the discrimination of all the genotypes. The results of this study showed that genetic diversity and relationships among Citrus varieties could be successfully determined by ISSR and SCOT markers for breeding programs. Keywords: Citrus, Genetic variation, Molecular markers, SCOT, ISSR
Prunus salicina'da markır destekli seleksiyona olanak sağlayabilecek meyve özellikleri ve çiçeklenme ile ilgili olası markırların araştırılması
Bu çalışmada, kırmızı ve sarı kabuk rengine sahip 14 farklı erik çeşit ve genotipleri arasındaki genetik çeşitlilik seviyeleri ISSR, SCOT ve SSR markırları kullanılarak araştırılmıştır. 14 ISSR primeri, 186'sı polimorfik (%91.7) olmak üzere büyüklükleri 174 ile 3363 bç arasında değişen toplam 240 tekrarlanabilir bant profili oluşturmuştur. 11 SCOT primeri, 189'u polimorfik (%92.19), büyüklükleri 129 ile 3273 bç arasında değişen toplam 205 tekrarlanabilir bant amplifiye etmiştir. Ortalama PIC değeri ISSR primerleri için 0.293, SCOT için 0.316 olarak hesaplanmıştır. 5 SSR primeriyle ise büyüklükleri 123 bç ile 276 bç arasında değişen 50 allel oluşmuştur. SSR primerlerinde ortalama PIC değeri ise 0.57 olarak bulunmuştur. ISSR analizinden elde edilen en yüksek genetik benzerlik değeri Sarı Genotip-C ve Kırmızı Genotip-A arasında (0.660), en düşük genetik benzerlik değeri ise ise Sarı Genotip-C ve Angeleno (0.341) arasında tespit edilmiştir. SCOT analizi ise genetik olarak en yakın çeşitlerin Kırmızı Genotip-A ve Kırmızı Genotip-C (0.672), en uzak çeşitlerin ise Fortune ve Sarı Genotip-B (0.317) olduğunu göstermiştir. ISSR ve SCOT verilerinden elde edilen UPGMA dendrogramları, tescilli çeşitler ile genotipleri birbirinden ayıran 2 ana grup oluşmuştur. SSR primerleri ile sarı ve kırmızı erik çeşitleri tam ayrılmamıştır. Bununla birlikte meyve kabuk ve et rengi için dizayn edilen SSR markırlarının ISSR ve SCOT markırlara nazaran çeşitleri kabuk rengine göre nispeten daha iyi ayırdığı belirlenmiştir. Kullanılan markırlar çiçeklenme zamanına göre ayrım sağlamamıştır. Anahtar Sözcükler: Erik, Genetik varyasyon, Moleküler markırlar, SCOT, ISSR, SSR
Türkiye'nin farklı bölgelerinden sağlanan susam (Sesamum indicum L.) populasyonlarının agro-morfolojik özellikler bakımından karşılaştırılması
Susam üretiminde temel problem; makinalı hasadı engelleyen olgunlaşma dönemindeki kapsüllerin çatlayarak tohum dökmesi, sınırsız büyüme tipi nedeniyle kapsüllerin aynı zamanda olgunlaşmaması, üretimi yapılan yerli çeşitlerin düşük verimli olması, tarımı yapılan diğer yağlı ürünler ile rekabet edememesi, sulu koşullarda solgunluk hastalığına hassas olması gibi etmenlerdir. Üretimi kısıtlayan bu faktörlerin üstesinden gelebilmek için yerel susam çeşitlerinin ıslah edilmesi önemli bir potansiyeldir. Bu çalışma, Dicle Üniversitesi Ziraat Fakültesi Tarla Bitkileri Bölümü Deneme Alanında, 2014 yetiştirme döneminde yapılmıştır. Akdeniz, Ege ve Güneydoğu Anadolu Bölgesi'nden toplanan toplam 110 adet susam materyali (107 adet yerli ve 3 adet standart çeşit) 3 Mayıs 2014 tarihinde ekilmiştir. Augmented Deneme Deseni'ne göre 11 tekerrürlü olarak kurulmuş olan denemede parsel boyutları 1.4 x 5 m2 olacak şekilde (sıra arası 70 cm, sıra üzeri 10 cm) ve her materyal 2 sıradan oluşturulmuştur. 110 adet susam materyali IPGRI (International Plant Genetic Resources Institute) tarafından geliştirilen tanımlayıcılar kullanılarak 27 karakter bakımından değerlendirilmiş, elde edilen veriler varyans analizine tabi tutulmuş ve ortalama değerler çoklu karşılaştırma yöntemine göre gruplandırılmıştır (JMP İstatistik Paket Programı). korelasyon katsayıları hesaplanarak özellikler arası ilişkiler belirlenmiştir. Temel Bileşen Analizi, Jeffers (1967)'e göre yapılmıştır (eigen değeri >1.0). Ayrıca, susam hatları arasındaki farklılıkların seviyelerini belirlemek için öklid aralığına göre "Küme Analizi" yapılmıştır. Bu çalışma sonucunda, Türkiye'nin farklı coğrafik bölgelerinden toplanan susam yerel çeşitlerinin agro-morfolojik özelliklerine dayalı genetik çeşitliliğin belirlenmesi, materyaller arasındaki genetik benzerliğin tanımlanması ile gelecekte yapılacak ıslah çalışmalarında kullanılmak üzere bir altyapı oluşturulması amaçlanmıştır. Böylece, agro-morfolojik özelliklere dayalı uygulanacak olan multivaryete analizleri ile özellikle farklı agro-morfolojik performans ve verim potansiyeline sahip olan materyaller belirlenerek yüksek verimli çeşitlerin ıslahı ve seleksiyon çalışmalarında ıslahçıların kullanımına sunulmuş olacaktır. Anahtar Kelimeler: Susam, Genetik Çeşitlilik, Agro-Morfolojik Özellikler, Temel Bileşen Analizi, Küme Analizi
Doğu Karadeniz bölgesinde kurulan Toros sediri (Cedrus libani A. Rich. ) orijin denemelerinin ilk sonuçları
ÖZET Bu çalışma, Doğu Karadeniz Bölgesi'nde yapılması muhtemel ağaçlandırma çalışmalarında kullanılabilecek uygun Toros Sediri tohum kaynaklarını belirlemek amacıyla 20 orijine (tohum meşceresi) ait fidanlar üzerinde gerçekleştirilmiştir. Çalışmada, Karadeniz Teknik Üniversitesi Orman Fidanlığında yetiştirilen 3+0 yaşlı fidanlar, Giresun, Trabzon ve Artvin yörelerinde belirlenen deneme alanlarına aktarılmış ve bu deneme alanlarından elde edilen ilk üç yıllık veriler kullanılmıştır. Çalışmada sırasıyla şu konular araştırılmıştır: (1) orijin ve deneme alanları itibari ile vejetasyon dönemlerine ait yaşama yüzdeleri, fidan boylan ve kök boğazı çaplan; (2) orijinlerin, dikim öncesi ve üçüncü vejetasyon dönemi sonunda, ibre, gövde ve köklerindeki bitki besin maddesi içerikleri; (3) araştırılan özellikler bakımından orijin ve deneme alanlarının karşılaştırılması ve gruplandırılması; (4) morfolojik özellikler bakımından orijin ve deneme alanları arasındaki mesafe değerlerinin hesaplanması; (5) araştırılan özellikler arasındaki karşılıklı ilişkilerin belirlenmesi; (6) populasyonlar arası genetik çeşitlilik; (7) bitki besin maddeleri için tekrarlanma derecesinin hesaplanması. Çalışma sonucunda yaşama yüzdesi, fidan boyu ve kök boğazı çapı bakımından orijinler ve deneme alanları arasında anlamlı {P^).05) farklar olduğu; yaşama yüzdesi, fidan boyu ve kök boğazı çapı için genotip x çevre (GxÇ) etkileşiminin, bitki besin maddesine ait etkileşimden daha önemli olduğu, özellikle fidan boyu ile kök boğazı çapı arasında orta düzeyde fenotipik (rO.308-0.768) ve genotipik (r=0.442-0.898) ilişkiler bulunduğu, deneme alanları içerisinde morfolojik özellikler bakımından populasyonlar arası genetik çeşitlilik değerinin 0.439 (FB3 için, T2 deneme alanı) - 0.961 (KBÇ3 için, Gı deneme alam) arasında değiştiği, tekrarlanma derecesinde kriter olarak özellikle K (0.487) ve P (0.471) elementlerinin kullanılması gerektiği ortaya çıkmıştır. Çalışmanın ilk 3 yıllık fidan boyu ve kök boğazı çapı sonuçlarına göre, yöredeki muhtemel ağaçlandırma çalışmaları için Isparta-Belceğizî (FB3=41.2 cm, KBÇ3=9.9 mm), Konya-Ermenek2 (FB3=41.0 cm, KBÇ3=9.3 mm) ve Antalya-Y.Alakır (FB3=38.6 cm, KBÇ3=9.1 mm) orijinlerinden fidan yetiştirilmesi ve ağaçlandırmalarda % 5-10 oranında kullanılması durumunda, bu türle yörede yapılacak muhtemel ağaçlandırma çalışmalarında başarının artacağı tahmin edilmektedir. Anahtar Kelimeler: Toros sediri, Orijin, Morfolojik özellik, Bitki besin maddesi, Fenotipik/Genotipik korelasyon, Genetik çeşitlilik, Tekrarlanma. V
Ankara Tavukçuluk Araştırma İstasyonunda bulunan kahverengi yumurtacı saf hatlarda genetik varyasyonun mikrosatellit markerler kullanılarak belirlenmesi
Bu çalışmada, Ankara Tavukçuluk Araştırma İstasyonu'ndaki altı farklı kahverengi yumurtacı saf hatta (RIRI, RIRII, BARI, BARII, L-54, COL) genetik varyasyon araştırılmıştır. RIRI (n=30), RIRII (n=30), BARI (n=30), BARII (n=30), L-54 (n=30), COL (n=30) hatlarına ait toplam 180 tavuk 22 mikrosatellit marker kullanılarak genotiplenmiştir. Lokus başına ortalama allel sayısı (Na), etkili allel sayısı (Ne) ve polimorfizm bilgi içeriği (PIC) sırasıyla RIRI hattında 5.45, 3.11, 0.58; RIRII hattında 4.95, 2.44, 0.49; BARI hattında 5.00, 2.85, 0.55; BARII hattında 4.41, 2.62, 0.53; L-54 hattında 4.86, 2.64, 0,51 ve COL hattında 4.73, 2.47, 0.50 olarak hesaplanmıştır. Gözlenen heterozigotluk (Ho), beklenen heterozigotluk (He) ve akrabalı yetiştirme katsayısı (Fis) değerleri sırasıyla RIRI hattında 0.48, 0.64, 0.28; RIRII hattında 0.31, 0.54, 0.46; BARI hattında 0.44, 0.61, 0.27, BARII hattında 0.50, 0.59, 0.18; L-54 hattında 0.47, 0.56, 0.16 ve COL hattında 0.37, 0.56, 0.35 olarak tespit edilmiştir. Altı saf tavuk hattında F ististikleri (FIS, FIT, FST ) sırasıyla 0.273, 0.493, 0.295 olarak belirlenmiştir. Hatlar arasındaki ikişerli FST değerleri ortalaması 0.294 (p < 0.01), genetik farklılaşma katsayısı (GST) 0.274 olarak tespit edilmiştir. Moleküler varyans analizi (AMOVA) testi sonuçlarına göre toplam genetik varyasyonun %29.52'sinin populasyonlar arasındaki farklılıktan, %17.09'unun populasyonları oluşturan bireyler arasındaki farklılıktan kaynaklandığı saptanmıştır. NJ (neighbor joining- en yakın komşu) ağacı, faktöriyel uygunluk (FCA) ve genetik yapı (Structure) analizleri sonuçlarına göre hatlar genetik kökenlerine ve yetiştirilme geçmişlerine uygun olarak kümelenmiştir. Sonuç olarak çalışmada elde edilen bulgular; populasyonlarda orta seviyede genetik çeşitliliği ve yüksek seviyede akrabalığı işaret etmektedir. Ayrıca populasyonlar arasındaki genetik farklılaşmanın da yüksek seviyelerde olduğu görülmüştür. Ankara Tavukçuluk Araştırma İstasyonu'nda yürütülen çalışmaların sürekliliği açısından özellikle populasyonlardaki akrabalığı azaltmak için çeşitli önlemler alınması önerilmektedir.
Dünya susam koleksiyonunun Agro-Morfolojik ve kalite özellikleri bakımından karakterizasyonu ve genetik çeşitliliğin belirlenmesi
Bu çalışma dünya susam koleksiyonunu temsilen 345 susam genotipinin tarımsal performansını, verim ve verim komponentleri arasındaki ilişkiyi, bölgeye uygun çekirdek koleksiyon oluşturulmasını ve yağ oranlarını belirlemek amacıyla 2008-2009 yıllarında Antalya'da yürütülmüştür. Araştırma tesadüf blokları deneme desenine göre iki tekerrürlü olarak düzenlenmiştir. Sap tüylüğü, sap şekli, sap yassılaşması, dallanma durumu, yaprak tüylülüğü, yaprak pozisyonu, yaprak koltuğunda çiçek sayısı, kapsülde karpel sayısı, kapsül tüylülüğü, kapsül çatlatma durumu, çiçek rengi, tohum rengi olmak üzere 12 kalitatif ve ilk çiçeklenme gün sayısı, % 50 çiçeklenme gün sayısı, ilk kapsül yüksekliği, bitki boyu, bitkide dal sayısı, bitkide kapsül sayısı, kapsülde dane sayısı, 1000 dane ağırlığı, tohum verimi olmak üzere 9 kantitatif özellik genotipleri karakterize etmede kullanılmıştır. Daha iyi tohum verimi, erken çiçeklenme, daha fazla dal ve kapsül sayısı, sarı ve kahverengi tohum rengi, mor sap ve kapsül rengi, tüylülük, kapalı kapsül ve determinant büyüme gibi spesifik özelliklere sahip genotipler belirlenmiş ve susam ıslahındaki potansiyelleri değerlendirilmiştir. Verim ve verim komponentleri arasındaki ilişkiler basit korelasyon katsayıları ile belirlenmiş, doğrudan ve dolaylı etkiler path analizi ile açıklanmıştır. Bu analizler neticesinde bitki boyunun en yüksek direkt etkiye sahip olduğu bulunmuştur. Ayrıca dal sayısı ve kapsül sayısı özelliklerinin de bitki boyu ile birlikte verim üzerinde önemli dolaylı etkilerinin olduğu saptanmıştır. Yapılan çoklu karşılaştırma analizleri ise koleksiyonun geniş bir varyasyona sahip olduğunu ve özellikle ilk ve % 50 çiçeklenme gün sayısı, ilk kapsül yüksekliği, bitki boyu ve dal sayısı karakterlerinden etkilendiğini göstermiştir. Ayrıca çekirdek koleksiyon oluşturularak, DNA tabanlı çalışmalar ile yağ asitleri kompozisyonları gibi maliyetli araştırmalarda daha az genotiple çalışma imkânı sağlanmıştır. Kalitatif ve kantitatif karakterler kullanılarak yapılan analizlerle oluşturulmuş olan çekirdek koleksiyonun bütün koleksiyonu optimal olarak temsil ettiği belirlenmiştir.
Akdeniz bölgesi doğal Bombus terrestris (Hymenoptera: Apidae) populasyonlarındaki genetik çeşitliliğin mikrosatelit markerler kullanılarak belirlenmesi
Bu çalışmada, Antalya - Kemer (n = 40), Antalya - Termesos (n = 37) ve Adana (n = 30) doğal Bombus terrestris populasyonlarını temsil eden toplam 107 adet işçi arı örneği BT06, BT09, BT20, B100, B116, B118, B119, B121, B124 ve B126 mikrosatelit lokusları bakımından tanımlanmıştır. Antalya - Kemer, Antalya - Termesos ve Adana populasyonlarında sırasıyla gözlenen allel sayısı (Na), 10.3, 9.8 ve 9.2, etkili allel sayısı (Ne), 6.4, 5.7 ve 5.8, gözlenen heterezigotluk (Ho) 0.73, 0.71 ve 0.70 ve beklenen heterozigotluk (He) değerleri, 0.75, 0.72 ve 0.74 olarak belirlenmiştir. Antalya - Kemer, Antalya - Termesos ve Adana populasyonlarının incelenen on mikrosatelit lokus bakımından Hardy - Weinberg genetik dengesinde oldukları tespit edilmiştir. Bu çalışmada elde edilen genetik veriler incelenen on mikrosatelit lokusun B. terrestris türünün ekotip düzeyindeki farklılıklarını belirlemede etkin markerler olmadığını göstermiştir.
Lahoz balığı [ Epinephelus aeneus (Geoffroy Saint-Hilaire, 1817) ] genetik çeşitliliğinin mikrosatelit markörlerle incelenmesi
Bu tez çalışmasında, IUCN'in Kırmızı Listesine göre, soyu tehdide yakın olarak sınıflandırılan, yüksek ekonomik değere sahip beyaz lahoz balığının (Epinephelus aeneus) genetik çeşitliliğini tespit etmek hedeflenmiştir. Çalışmada kullanılan doku örnekleri; Antalya, İskenderun, Fethiye, İzmir ve İstanbul bölgelerindeki balık satıcılarından toplanan Epinephelus aeneus bireylerinden alınmıştır. Örnek dokulardan izole edilen DNA'lar, FAM boyası ile işaretlenmiş mikrosatelit markörler yardımıyla çoğaltılmıştır. Alel büyüklükleri, Peak Scanner programı kullanılarak belirlendikten sonra, bu büyüklüklerin frekans değerlerinin analizleri, Poptree, PHYLIP, Treeview ve Arlequin programları ile yapılmıştır. Elde edilen sonuçlar doğrultusunda, E. aeneus türünün genetik çeşitliliğinin oldukça yüksek olduğu tespit edilmiş ve dar boğaz etkisinde olmadığı görülmüştür.