Comparative analysis of transcriptome profiles during early leaf development in Iza (Triticum monococcum ssp monococcum) wheat

Değişen iklim koşulları, yarattıkları stres etkileri ile bitkilerin büyümesi üzerinde olumsuz etkiler yaratmaktadır. Olumsuz çevre koşullarında daha iyi performans gösteren çeşitlere artan bir ihtiyaç vardır. DNA / RNA markör seçimi, ıslah uygulamasını hızlandırmak için umut verici bir yaklaşım haline geldi. Yaprak gelişmi: özellikle morfolojisi ve anatomik yapısı ile metabolik süreçleri yönlendirir ve fotosentetik aktivite ile bitkinin verimini doğrudan etkiler. Besin yönünden fakir topraklarda, ekimi açısından ekmeklik buğdaya göre daha yüksek verime sahip olan ekmeklik buğday atası Iza (Triticum monococcum ssp. monococcum), olumsuz koşullara dayanıklılık konusundaki gelişim sürecini anlamamıza yardımcı olacak korunmuş genetik mekanizmalar sağlamaktadır. Bu aşamada elde edilecek moleküler bilgiler, verim artışı çalışmalarında kullanılabilecek moleküler belirteçlerin geliştirilmesinde bize yardımcı olacaktır. Tezdeki genel hipotezimiz, Triticum monococcum ssp. monococcum türleri, bitkinin erken gelişim döneminden itibaren gelişim mekanizmasında yer alan aktif genler, daha sonraki aşamalarda bitkinin metabolik faaliyetlerine yön verir ve tane verimi erken süreçte ki bu genetik düzenlemelerle doğrudan ilişkilidir. Çalışmamızda peroksizom biyogenezi ve metabolizma genlerine odaklandı. Bazı genlerin transkriptom analizinde karşılaştırmalı gelişim aşamalarında çeşitli ifadelenme örüntüleri gösterildi. Çalışma, 100'ün üzerinde RNA-seq kütüphanesinin gelişim aşamalarından elde edilen veri setlerinin analizini kapsamıştır. Peroksizom metabolizma genleri, büyüme ve gelişme ile olan ilişkilerini ortaya çıkarmak için 21 farklı kategoride sınıflandırıldı. Poliamin katabolizması, daha önce ele alınmamış ilginç bir hikaye ortaya koydu. BADH ve CAT genlerinin ekspresyon örüntüleri, qRT-PCR ile doğrulandı. Ek olarak, peroksizom fisyon genleri kuraklık stresi altında taranmıştır. PEX11C ve CAT, biyoinformatik açısından kuraklık stresi altında tutarlı bir artan regülasyon göstermiştir ve qRT-PCR ile doğrulanmıştır.