DOCK8 eksikliği olan hastalarda T hücre reseptör repertuvarının yeni nesil dizileme ile belirlenmesi

Primer immün yetmezliklerde immün repertuvarın tanımlanması ve adaptif immün yanıtların karakterizasyonu hastalıklara yaklaşım ve hastalıkların değerlendirilmesi açısından önemlidir. İmmün repertuvarın oluşumda en önemli faktörlerden biri V(D)J rekombinasyonudur. T hücre reseptörünü oluşturan V (variable), D (diversity) ve J (joining) genlerinin rekombinasyonu sonucu oluşan çeşitlilik, farklı antijenlere bağlanmadaki en önemli bölge olan CDR3 (complementarity determining region 3) bölgesi, yeni nesil dizileme teknolojileri ve biyoinformatik programları kullanılarak araştırılabilmektedir. Bu çalışmada, DOCK8 eksikliği tanısı almış hastalarda T hücre reseptör repertuvarı araştırılmıştır. Öncelikle hastalardan lenfosit izolasyonu gerçekleştirildi. Lenfositlerden, manyetik negatif seperasyon yöntemi ile, CD4+ ve CD8+ T hücreler izole edildi. Elde edilen CD4+ ve CD8+ T hücrelerden total RNA izolasyonu yapıldı, konsantrasyon ölçümü ile total RNA miktarları kaydedildi. SMARTer teknolojisi ile TRB zincir amplifikasyonu gerçekleştirildi. Elde edilen diziler Illumina Miseq kullanılarak dizilendi. Çıkan sonuçların biyoinformatik ve istatistik analizleri Cogent, Immunarch ve IMGT programları aracılığı ile yapıldı. Hastaların ve kontrollerin CD4+ T hücre repertuvar çeşitliliği ve eşsiz klonotip sayıları arasında anlamlı farklılık elde edilmedi. Hastaların CD4+ T hücre V-J gen kullanımlarının kontrollerden farklı profilde olduğu görüldü. Hastaların CD8+ T hücre repertuvar çeşitliliği ve eşsiz klonotip sayılarında kontrole oranla belirgin düşüklük saptandı. Hastaların CD8+ T hücrelerinde farklı V-J genlerinin kullanım frekanslarının kontrole oranla belirgin olarak düşük olduğu gözlemlendi. CD8+ T hücrelerin CDR3 uzunluklarının dağılımının CD4+ T hücrelere oranla düşük olduğu sonucu elde edildi. Elde edilen sonuçlarda DOCK8 eksikliği olan hastaların CD8+ T hücre repertuvarlarının belirgin şekilde etkilenmesi, DOCK8 mutasyonlarının CD4+ ve CD8+ hücre repertuvarının oluşumunda etkisi olabileceğine ve DOCK8 proteininin hücre farklılaşmasında rolü olabileceğine dair ipuçları vermektedir. Bu çalışma, DOCK8 eksikliğinde görülen hücre içi patojenlere ve kutanöz enfeksiyonlara yatkınlığın, CD8+ T hücre repertuvarının etkilenmesi sebebiyle oluşabileceğine dair fikir vermektedir.