Otoimmün tiroid hastalıklarıyla ilişkili miRNA'ların in siliko yöntemlerle belirlenmesi

Otoimmün Tiroid Hastalıkları (Autoimmune Thyroid Diseases-AITD), bağışıklık sisteminin tiroid bezine saldırdığı organa özgü en yaygın otoimmün bozukluklardır. Hem genetik (%80) hem de çevresel faktörler (%20), AITD'lerin başlamasına ve gelişmesine katkıda bulunmaktadır. Otoimmün hastalıklar, yaygın AITD'lerden olan Graves hastalığı (Graves' disease GD) ve Hashimoto tiroidi (HT) ile ilgili genlerin düzenlenmesinde farklı şekilde anlatım yapan birçok mikroRNA (miRNA) belirlenmiştir. miRNA'lar, gen anlatımını post-transkripsiyonel seviyede düzenleyen kısa kodlama yapmayan RNA dizileridir. Bu tez çalışmasında, otoimmün tiroid hastalıkları ile ilişkili genlerde yeni miRNA dizilerinin in siliko yöntemler kullanılarak tanımlanması amaçlanmıştır. Bu amaçla, miRBase veri tabanında bulunan insana ait olgun miRNA dizilerinin elde edilmesinden sonra bu dizilerle AITD ile ilişkili olduğu bilinen yedi gen (TNFSF4, BACH2, DIO2, SLC25A16, JAKMIP2, TG, ZFAT-AS1) arasında BLAST analizleri yapıldı. Elde edilen veriler, RNAfold Web Server programında kullanılarak pre-miRNA dizilerinin ikincil yapıları belirlendi. Pre-miRNA'ların hedef genleri ve hedef genlerin rol oynadığı metabolik yolaklar sırasıyla RNAHybrid ve BLAST2GO programlarıyla tanımlandı. Yukarıda belirtilen genler ile ilişkili toplamda otuz üç yeni miRNA dizisi ilk defa tanımlandı. Bu miRNA'lar; TNFSF4 için hsa-miR376, DIO2 için hsa-miR5010, TG için hsa-miR576, SLC25A16 için hsa-miR320, BACH2 için hsa-miR6780, JAKMIP2 için hsa-miR4458, ZFAT-AS1 için hsa-miR576, hsa-miR320, hsa-miR1321, hsa-miR2114, miR4640, hsa-hsa-miR6508, hsa-miR4458, hsa-miR4458, hsa-miR5011, hsa-miR581, hsa-miR4522, hsa-miR4522, hsa-miR361, hsa-miR511, hsa-miR122, hsa-miR147, hsa-miR337, hsa-miR7113, hsa-miR6886, hsa-miR6779, hsa-miR6779, hsa-miR6732, hsa-miR548, hsa-miR760, hsa-miR505, hsa-miR3156 ve hsa-miR4661 olarak sıralanmaktadır. Hedef genlerin; strese cevap, bağışıklık sistemi sürecinin pozitif düzenlenmesi ve inflamatuar yanıt oluşumu gibi farklı süreçlerde rol oynadığı belirlendi. Ayrıca, KEGG sonuçları da bu genlerin; otoimmün tiroid hastalığı, tiroid hormon sinyali, tiroid hormon sentezi, tirozin metabolizması ve tiroit kanseri gibi kırk birden fazla farklı metabolik yolakta yer aldığını gösterdi. Bu tez, AITD ile ilişkili olduğu bilinen yedi gen kullanılarak yeni miRNA ailelerinin ve onların hedeflerinin in siliko analiz ile belirlendiği ilk detaylı çalışmadır. Bu tezde elde edilen verilerin; hedefe yönelik moleküler temelli ilaç geliştirilmesine, bu hastalıkların tanılanmasında yeni biyobelirteçlerin keşfine, yeni tedavi protokollerinin oluşturulmasına ve gen tedavi çalışmalarına katkı sağlayacağı düşünülmektedir.