203
Arşivlenen Tez
0
DOI Atanmış
0%
DOI Oranı
Anabilim Dalı
Çeşitli klinik örneklerden izole edilen vankomisine direçli enterokok suşlarının fenotipik ve genotipik değerlendirilmesi
Çalışmada çeşitli klinik örneklerinden elde edilen Vankomisine dirençli Enterokok suşlarında (VRE) fenotipik olarak vankomisin ve teikoplanin direnci belirlenmiş ve genotipik yöntemlerle VanA, VanB ve VanC varlığı araştırılmıştır. Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda 2015-2018 yılları arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen Vankomisine dirençli 30 Enterococ spp. (VRE) suşu çalışmaya dâhil edilmiştir. Suşların identifikasyonu ve antibiyotik dirençlerinin belirlenmesi için otomatize sistem kullanılmıştır. Vankomisine ve teikoplanin direnci gradient test yöntemi ile belirlenmiştir. Direnç genleri, uygun primerler kullanılarak in-house PCR yöntemi ile araştırılmıştır. İdentifikasyon tesleri sonucunda suşların 29'u E. faecium, bir tanesi E. faecalis olarak tanımlanmıştır. Otomatize identifikasyon sistemi ile suşların tümü vankomisin ve teikoplanine karşı dirençli bulunurken gradient test yöntemi izolatların üç tanesi duyarlı olarak bulunmuştur. Bu üç suşta moleküler yöntemle VanA, VanB ve VanC'nin hiçbirisine rastlanmamıştır. Moleküler yöntemle 27 suşta VanA, bir suşta VanB geni saptanırken hiçbir suşta VanC genine rastlanmamıştır. Enterokok izolatlarında vankomisin direncinin tespitinde Gradient test ve moleküler yöntemle direnç gen tespitinin %100 uyumlu olduğu görülmüştür. Klinik mikrobiyoloji laboratuarında enterokok izolatlarının glikopeptit direncinin saptanmasında Gradient test yöntemi çok önemli bir tarama testi olarak kullanılabilir. Anahtar kelimeler: Vankomisine dirençli Enterokok, Gradient test, VanA, VanB ve VanC.
İstanbul'da kesime sevk edilen hayvanlardan ve kesimhane atık sularından izole edilen lısterıa monocytogenes suşlarının karakterizasyonu
Bu çalışmada, İstanbul ilinde bulunan mezbahalarda kesime sevk edilen büyükbaş hayvanların karkas sürüntüleri ve dışkılarında, ayrıca bu mezbahaların atık su tankından alınacak olan atık su örneklerinde L. monocytogenes varlığının ve serotiplerinin belirlenmesi, virülens genlerinin saptanması ve antimikrobiyal direnç profillerinin araştırılması hedeflendi. Bu amaç doğrultusunda, İstanbul'da bulunan mezbahalarda kesime sevk edilen 138 büyükbaş hayvana ait karkas sürüntü ve dışkı örnekleri toplandı. Bununla beraber, kesim sonrası atık su arıtma ünitelerinden (biyolojik ve kimyasal arıtma öncesinde) 138 ayrı kesimhane atık su numunesi toplandı. Laboratuvara getirilen örnekler ön zenginleştirme amacıyla Listeria Half Fraser Broth Base ISO besiyerlerine ekim yapıldı, 30℃'de 24 saat inkübasyona bırakıldı. İnkübasyon süresi sonunda zenginleştirme amacıyla kültürlerden Listeria Fraser Broth Base ISO besiyerlerine ekim yapıldı, aerob koşullarda 37ºC' de 24 saat inkübasyona bırakıldı. Zenginleştirme aşaması sonrasında Listeria spp. için ayırıcı besiyeri olan ALOA besiyerlerine kültürlerden ekim yapıldı, aerob koşullarda 37℃'de 48 saat inkübasyona bırakıldı. Katalaz ve CAMP testleri pozitif, oksidaz testi negatif olarak saptanan izolatlar Listeria spp. şüpheli olarak kabul edildi ve identifikasyon amacıyla BD Phoenix otomatize biyokimyasal identifikasyon sistemi kullanıldı. L. monocytogenes olarak identifiye edilen izolatların konfirmasyonu, serotiplendirilmesi, virülens genlerinin saptanması PCR ile gerçekleştirildi. Ayrıca izolatların antimikrobiyal duyarlılık profilleri ve antimikrobiyal direnç genlerinin varlığı saptandı. Yapılan bakteriyolojik kültür sonucunda tüm örneklerden 12 izolat L. monocytogenes olarak identifiye edildi ve sonrasında PCR yöntemi kullanılarak konfirme edildi. Karkas sürüntülerinden alınan örneklerin 5'inde, dışkı örneklerinin sadece birinde ve atık su örneklerinin 6'sında L. monocytogenes izole edildi. Karkas sürüntülerinden alınan örneklerin 5'inde 1/2a, 1/2c, 3a, 3c, dışkı örneğinden elde edilen sadece bir izolatta ayrıca atık su örneklerinin 6'sından izole edilen L. monocytogenes izolatlarında 1/2b, 3b, 4b, 4d, 4e serotipleri saptandı. Tüm izolatlarda inlA, İnlC, İnlJ , actA, prfA, hylA virülens genleri saptandı. Aminoglikozit grubu antimikrobiyallere direnç 11 izolatta (%91,67) belirlendi. Sulbaktam direnci 6 izolatta (%50), linkozamid direnci 5 izolatta (%41,6) belirlendi. β-laktam ve makrolid grubuna ait antimikrobiyallere direnç 4'er izolatta (%33,3) saptandı. Florokinolon direnci ise tek bir izolatta (%8,33) görüldü. Hiçbir izolatta tetrasiklin ve kanamisin direnci gözlenmedi. İzolatların 6'sı (%50) çoklu dirençli olarak kabul edildi. Karkas sürüntülerinden alınan örneklerin hepsinde tet(M) geni, dışkı örneğinden ve atık su örneklerinin hepsinden izole edilen L. monocytogenes izolatlarının tümünde erm(B) geni saptandı. Sonuç olarak kesime sevk edilen büyükbaş hayvanların karkaslarında ve dışkılarında ve kesim sonrası atık su arıtma ünitelerinden L. monocytogenes varlığının saptanması, halk sağlığı açısından başlı başına bir tehlike olarak düşünüldü. Bununla beraber, gün geçtikçe büyüyen bir sorun olarak karşımıza çıkan antimikrobiyal direnç profillerinin bu çalışmada saptanmış olması konu hakkında daha geniş ve kapsamlı çalışmalara ihtiyaç duyulduğunu düşündürdü.
Mycobacterium abscessus alt tür abscessus izolatlarının ilaç duyarlılık paterninin belirlenmesi
En önemli hızlı üreyen nontüberküloz mikobakterilerden biri olan Mycobacterium abscessus kompleks, akciğer ve akciğer dışı enfeksiyonlara yol açan, birçok antimikrobiyal ajana dirençli olduğundan tedavisi zor bir mikroorganizmadır. Özellikle kistik fibroz gibi altta yatan hastalığı olan kişilerde, immün yetmezliği olan kanser, transplanstasyon hastalarında neden oldukları enfeksiyonların tedavisi zor ve uzun sürmektedir. Son yıllarda da dünya genelinde birçok ülkede neden oldukları enfeksiyonlarda artış bildirilmiştir. Mycobacterium abscessus kompleks, Mycobacterium abscessus alt tür abscessus, Mycobacterium abscessus alt tür massiliense ve Mycobacterium abscessus alt tür bolletii olmak üzere üç alt türden oluşmaktadır ve bu alt türlerin ilaç duyarlılık paternleri farklılık göstermektedir. Bu çalışmanın amacı, Mycobacterium abscessus alt tür abscessus izolatlarının antibiyotik duyarlılık paternlerinin referans yöntem sıvı mikrodilüsyon ile belirlenmesi ve klaritromisin direncinin hem fenotipik olarak hem de gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile moleküler olarak gösterilmesidir. Çalışma sonucunda 55 Mycobacterium abscessus alt tür abscessus izolatının %87.3'ü klaritromisin, %81.9'u siprofloksasin, %40'ı imipenem, %30.9'u tobramisin, %29.1'i moksifloksasin, %7.2'si sefoksitin ve %5.4'ü amikasin dirençli saptanmıştır. Antibiyotik duyarlılık testi yapılan 55 izolatın 7'si klaritromisine duyarlı iken 15 ve 33 izolatta sırasıyla kazanılmış ve indüklenebilir klaritromisin direnci saptanmıştır. Moleküler olarak bu izolatların klaritromisin direncinin araştırıldığı erm(41) ve rrl gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonlarında duyarlılık profilleri ile uyumlu erime eğrileri gösterilmiştir.
İstanbul ili ve çevresinde toplanan kenelerde nairo, flebo ve flavivirusların araştırılması
Bu çalışmada, İstanbul ili ve çevresinden toplanan örneklerde kene kaynaklı virüslerin taranması, kene kaynaklı hastalıkların epidemiyolojisinin belirlenmesi ve kene türlerinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Arbovirüsler içerisinde Bunyavirales takımında Nairoviridae, Peribunyaviridae ailelerinde ve Flaviridae ailesinde yer alan Nairovirüs, Flebovirüs ve Flavivirüs cinsleri, kenelerle bulaşma gösteren, aralarında Kırım-Kongo Kanamalı Ateşi (KKKAV), trombositopeni sendromlu yüksek ateş ve kene kaynaklı ensefalit virüsü gibi, tüm dünyada önemli sağlık sorunları oluşturmuş virüsleri içermektedir. Belirli bir bölgede vektör kaynaklı ya da patojen olmayan virüs aktivitesinin bilinmesi, hastalık riskinin değerlendirilebilmesi ve epidemiyolojik özelliklerin incelenebilmesi için, eklembacaklıların sürveyansı önem taşımaktadır. Bu çalışmada, ülkemizde nüfus yoğunluğu en fazla İstanbul ili ve çevresinden toplanan kene örneklerinde jenerik PZR yöntemleri ile nairo-, flebo- ve flavivirüsler araştırılmış, saptanan virüsler DNA dizi analizi ile tanımlanmış ve bulgular tartışılmıştır. Çalışma kapsamında 2013, 2014, 2015 ve 2018 yıllarında İstanbul, Kırklareli, Edirne ve Tekirdağ illerinden 37 lokasyondan bayraklama ve hayvan örneklemesi ile 7154 kene toplanmıştır. Morfolojik incelemeler, örnekler arasında en sık saptanan türün Ixodes sp. (%30,92) olduğunu göstermiş, bunu Hyalomma marginatum (%14,29), Hyalomma scupense (%13,45), Haemaphysalis parva (%9,40), Rhipicephalus turanicus (%8,17) ve diğerleri takip etmiştir. Toplanan örnekler; lokasyon, cinsiyet ve türe göre toplam 572 havuz olarak virüs taramasına alınmış, %0,7'sinde (4/572) nairovirüs ve %3,3'ünde (19/572) flebovirüs pozitifliği saptanmıştır. Ancak havuzlarda flavivirüs RNA'sı tespit edilememiştir. Bölgede KKKAV ve KKKAV-AP92 izolatı saptanmıştır. Bunun yanı sıra ülkemizden daha önce bildirilmiş olan yeni kene kaynaklı flebovirüslere dair veriler elde edilmiştir. Bu veriler kene kaynaklı flebovirüsler ile ilgili bölgeden yapılmış olan ilk bildirimdir. Anahtar kelimeler: Kene, Nairovirüs, Flebovirüs, Flavivirüs, PCR
660 NM dalga boyundaki led ışığının fotodinamik antimikrobiyal etkisinin araştırılması
Fotodinamik tedavi (FDT); uygun dalga boyu ve dozdaki ışık uygulamasıyla hedef hücrede reaktif oksijen türleri oluşturulması ve bu hücrelerin canlılığının sonlandırılması olarak tanımlanmaktadır. FDT sonucu ışık aktivasyonu ile oluşan reaktif oksijen radikalleri hücrenin yapı ve fonksiyonunu geri dönüşümsüz olarak bozmaktadır. Bu çalışmada 660 nm dalga boyundaki LED ışığın patojen bazı mikroorganizmalar (Staphylococcus aureus ATCC 25923, Enterococcus faecalis ATCC 29212, Escherichia coli ATCC 25922, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Bacillus subtilis ATCC 6633, Candida albicans ATCC 90028, Candida parapsilosis ATCC 90018, Candida tropicalis ATCC 750) üzerine fotodinamik etkisi araştırılmıştır. Çalışmada ışık kaynağı olarak kullanılan 660 nm dalgaboyundaki LED ışık kaynağı belli zaman aralıklarıyla (5, 30, 60, 120, 240, 480 dk) belirli mikroorganizma süspansiyonlarına aydınlık ve karanlık ortam olmak üzere uygulanmıştır. Fotoinaktivasyon saptanan hücrelerin morfolojik değişiklikleri Gram boyamasıyla, mikroorganizmaların canlılığı ise thoma lamı ve Live/Dead viability kit kullanılarak incelenmiştir. DNA hasarını belirlemek için, jel elektroforez yöntemi kullanılmıştır. Çalışma sonucunda kullanılan LED ışık kaynağının S. aureus üzerinde herhangi bir inhibisyon etkisi gözlenmezken, B. subtilis, P. aeruginosa ve E. faecalis üzerinde belirli dilüsyonlarda ve farklı zamanlarda fotoinaktivasyon etkisi saptanmıştır. Fotoinaktivasyon elde edilen mikroorganizmaların morfolojik yapılarında değişiklik olduğu ve bu değişimin özellikle mayalarda daha belirgin olduğu görülmüştür. Fotoinaktivasyon sonucu mikroorganizmaların hücre sayısının ve canlılığının azaldığı görülmüş, sonuçlar thoma lamı ve floresan mikroskop görüntüleriyle uyumlu bulunmuştur. 660 nm dalga boyundaki LED ışığın çalışılan patojen bu mikroorganizmalara karşı fotodinamik etkisinin olduğu bulunmuştur.
Mastitisli sütlerden izole edilen stafilokoklarda koagulaz (COA) ve protein A (SPA) virulens genlerinin araştırılması
Amaç: Bu çalışma ile mastitisli sütlerden izole edilen stafilokoklardan koagulaz (coa) ve protein A (spa) virulens genlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Özel süt işletmelerinden toplanan 100 süt örneği, Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuvarına soğuk zincirde teslim edilerek, besiyerlerine ekimi yapılarak inkubasyona bırakıldı. Çalışmada stafilokok olarak tespit edilen izolatların koagulaz (coa) ve protein A (spa) virülens genleri PCR yöntemi ile belirlenecektir (Çiftci ve diğerleri, 2009). Bulgular: Araştırmada kullanılan 100 adet süt numunesi besiyerlerine yapılan ekimler sonucunda, 37°C'de 18 saat boyunca inkube edildi. izolatların tümünde bakteriyel üreme görüldü. Gram pozitif koklar tespit edildi. 33 tanesi Gram pozitif kok olarak tespit edildi. Katalaz testi sonucunda 25 tanesi pozitif tespit edildi. Katalaz pozitif 25 örneğe koagulaz testi yapıldı ve 11 örnek pozitif olarak değerlendirildi. Katalaz pozitif numuneler Staphylococcus spp. ve Staphylococcus aureus yönünden değerlendirmek üzere PCR yapıldı. PCR sonucunda katalazı pozitif 25 izolat Staphylococcus spp. ve 7 izolat Staphylococcus aureus olarak tespit edildi. Spa ve coa gen varlığına bakıldığında Staphylococcus spp. olan 25 izolattan coa gen varlığı 7 izolatta tespit edilirken, 11 izolatta spa gen varlığı tespit edildi. Sonuç: 100 adet süt numunesinden Staphylococcus spp. ve S. auresus identifikasyonı yapıldı ve sonucunda 25 izolat Staphylococcus spp., 11 izolat Staphylococcus aureus olarak tespit edildi. Staphylococcus spp. olarak tespit edilen izolatlarda protein A (spa) ve koagulaz (coa) gen varlığına PCR yöntemiyle bakıldı. 25 izolattan 11 tanesi spa gen varlığı olarak pozitif tespit edilirken coa genine sahip 7 izolat tespit edildi.
Balıklardan aeromonas sobria izolasyonu, antibiyotik dirençliliklerinin belirlenmesi ve genotiplendirilmesi
Amaç: Bu araştırmada, balıklardan izole edilen Aeromonas sobria suşlarının antibiyotik dirençliliklerinin belirlenmesi ve filogenetik yakınlıklarının saptanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu tez çalışmasında, A. sobria izolasyonu için 2023 yılında İzmir bölgesinden toplanan 100 adet balık örneği kullanılmıştır. Örneklerden izole edilen suşlar, VITEK-2 otomatize sistemi kullanılarak identifiye edilmiştir. Antibiyotik dirençliliğinin belirlenmesi için Kirby-Bauer Disk difüzyon tekniği kullanılmıştır. A. sobria suşlarının genotiplendirilmesinde RAPD-PCR tekniği kullanılmıştır. Bulgular: Bu çalışmada 100 adet balık örneğinden 11 (%11) adet A. sobria suşu izole ve identifiye edilmiştir. Antibiyogram sonucunda, en yüksek direncin ampisilin ve amoksisiline (%90,9) karşı geliştiği belirlenirken, en yüksek duyarlılık enrofloksasine (%72,7) karşı oluşmuştur. Genotiplendirme ile 11 farklı genotip saptanmıştır. Filogenetik benzerlikler % 17 ile % 92 arasında hesaplandı. Sonuç: Bu çalışmanın sonucunda zoonoz bir etken olan A. sobria suşlarının varlığı ortaya konmuş ve suşların antibiyotik direnç profilleri belirlenmiştir. A. sobria suşlarında belirlenen farklı direnç oranları, A. sobria enfeksiyonlarının tedavisinde uygun antimikrobiyal ajanların seçilmesinin önemini ortaya koymaktadır. Genotiplendirme ile A. sobria izolatlarının genotipik olarak çeşitlilik gösterdiği saptanmıştır.
Mastitisli ineklerden staphylococcus aureus'un moleküler identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Amaç: Bu tez çalışmasında, mastitisli ineklerden Staphylococcus aureus (S. aureus) izolasyonu, izole edilen suşlarda nuc, mecA ve blaZ genlerinin PCR ile araştırılması ve suşların veteriner sahada yaygın olarak kullanılan çeşitli antibiyotiklere karşı dirençliliğin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Aydın ili merkez ilçe ve çevresinde bulunan işletmelerden klinik mastitisli 41 hayvandan toplam 57 adet süt numunesi toplanmıştır. İzolasyon ve identifikasyon aşamalarını takiben Staphylococcus sp. olarak biyokimyasal identifikasyonu yapılan izolatların DNA ekstraksiyonları yapılmış, antibiyotik direnç genleri genotipik olarak polimeraz zincir reaksiyonu metoduyla araştırılmıştır. S. aureus ve Koagulaz Pozitif Stafilokok olarak identifiye edilen suşların antibiyotik duyarlılıkları/dirençlilikleri CLSI kriterleri tarafından önerildiği şekilde belirlenmiştir. Bulgular: İncelenen 57 süt örneğinden 15 (%26,3) adet Koagulaz Pozitif Stafilokok izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Koagulaz Pozitif Stafilokokların genotipik identifikasyon sonucu 6 (%10.5) adedi S. aureus olarak belirlenmiştir. Toplam 22 (%38,6) örnekte ise bakteriyel üreme saptanmamıştır. PCR sonucunda, Koagulaz Pozitif Stafilokok izolatlarında, 270 ve 517 bp uzunluğunda ürünler elde edilmiştir. Koagulaz pozitif olarak belirlenen 15 izolatın 6'sı S. aureus olarak doğrulanmıştır. 6 izolatın 2 adedinde blaZ genine rastlanmıştır. İzolatların hiçbirinde ise mecA genine rastlanmamıştır. Antibiyogram testi sonucunda S. aureus izolatları Penisilin G, Sülfometoksazol-Trimetoprim ve Amoksisilin-klavulanik asit'e %100 oranında dirençli, Vankomisin ve Klindamisine %100 oranında, Polimiksin B, Sefoperazon ve Oksasiline %83 oranında ve Enrofloksasin'e ise %50 oranında duyarlı olduğu tespit edilmiştir. Sonuç: Çalışma sonucunda S. aureus identifikasyonu %10,5 oranında gerçekleşmiştir. Araştırmamız ile birlikte Polimiksin B'nin alternatif bir mastitis terapötik ajanı olarak kullanımın potansiyeli ortaya çıkmıştır. Polymixin B'nin stafilokokal enfeksiyonlarla savaşmak için umut verici bir alternatif ajan olduğunu gösterilmektedir.
Ege bölgesi ruhsatlı deney hayvanı tesislerindeki fare, rat ve gerbillerde helicobacter türlerinin varlığının araştırılması
Amaç: Bu çalışmayla Ege Bölgesindeki fare, rat ve gerbillerde Helicobacter spp. ve H. hepaticus, H. bilis, H. muridarum, H. rodentium ve H. typhlonius türlerinin varlığının araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Ruhsatlı 11 adet deney hayvanı tesisinin her birinden 15-22 haftalık yaşlar arasından rastgele seçilen ayrı kafeslerden 10 adet fare, 10 adet rat ve 10 adet de gerbil olmak üzere toplam 230 hayvandan kolon ve dışkı örnekleri toplanmıştır. Elde edilen DNA'lardan Helicobacter spp,16S ribozomal RNA geni kullanılarak PCR yöntemi ile pozitif örneklerin tür tayini ise multiplex PCR ile belirlenmiştir. Bulgular: Farelerde Helicobacter spp. prevalansı % 90,91 olarak gerçekleşmiştir. Pozitif örneklerin tür bazındaki PCR sonuçlarına göre en yaygın tür % 90,91 prevalansla H. rodentium olmuştur. H. bilis ve H. muridarum türlerinin hiçbir tesiste tespit edilmediği çalışmada H. typhlonius % 72,73 prevalans oranıyla ikinci yaygın tür olurken onu % 27,27'lik prevalansla H. hepaticus'un takip ettiği tespit edilmiştir. Ratlarda Helicobacter spp prevalansı % 87,5 olarak gerçekleşmiştir. Pozitif örneklerin PCR sonuçlarına göre en yaygın tür % 87,5 prevalansla H. rodentium olmuştur. H. bilis, H. hepaticus ve H. muridarum türlerinin hiçbir tesiste tespit edilmediği çalışmada H. typhlonius % 12,5 prevalans oranıyla ikinci yaygın türdür. Gerbil bulunduran tek tesisten alınan kolon örneklerinde ise sadece H. rodentium ve H. typhlonius tespit edilmiştir. Sonuç: Çalışmaya konu olan bölgede, özellikle subklinik olmak üzere deney hayvanlarındaki enfeksiyonlara neden olan Helicobacter spp.'nin oldukça yaygın olduğu belirlenmiştir. Deney Hayvanı tesislerinin bu ajan yönünden takibinin yapılması önerilmektedir
Mastitisli sütlerden Sphingomonas paucimobilis' in izolasyonu, antimikrobiyal duyarlılığının belirlenmesi ve genotiplendirilmesi
Amaç: Bu araştırmada, mastitisli sütlerden Sphingomonas paucimobilis'in izolasyonu,antimikrobiyal duyarlılığının belirlenmesi ve genotiplendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda Sphingomonas paucimobilis izolasyonu için İzmir ve Aydın Bölgesinden sağlıklı ve mastititisli sığırlardan alınan süt örnekleri kullanılmıştır.Şüpheli olarak değendirilen suşlar VITEK-2 sistemi ile identifiye edilmişlerdir. Moleküler teşhis için PCR yöntemi uygulanmıştır. Kirby-Bauer Disk Diffüzyon yöntemiyle antimikrobiyal duyarlılıkları belirlenmiştir. Genotiplendirme GTG5-PCR yöntemiyle incelenmiştir. Bulgular: Çalışmamızda 100 süt örneğinden 8 adet S. paucimobilis identifiye edilmiştir. Antibiyotik direnç profilini belirlemek için Kirby-Bauer disk diffüzyon yöntemiyle İncelenen8 adet S. paucimobilis izolatının 7 (%87,5) 'si amoksisilin-klavulonikasit'e , 8 (%100)'i ampisilin-sulbaktam'a ve sefquinom'a dirençli bulunmuştur. amoksisilin-klavulonik asit'e yanlızca 1 (%12,5) izolat duyarlı bulunurken, sefoperazone , sefquinome ve gentamisin' e 8 (%100) izolat da duyarlı bulunmuştur. S. paucimobilis olarak identifiye edilen 8 adet izolatın genotiplendirmesi (GTG)5 primeri kullanılarak (GTG)5-PCR yöntemiyle yapılmıştır. Sonuç: Mastitis etkenleri arasına yeni katılan bir bakteri olarak tanımlanan S. paucimobilis'in teşhisi ve filogenetik yakınlığının tespiti mastitis epidemiyolojisi ve koruma stratejilerinin belirlenmesinde oldukça önemlidir.
Endometritisli ineklerden patojen mikroorganizmaların maldı-tof ms ile identifikasyonu ve izolatların antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Amaç: Bu araştırma Batı Ege illerinde (Aydın, Denizli, Muğla) endometritisli süt ineklerinin vaginal akıntı örneklerinden izole edilen patojen mikroorganizmaların tespiti ve antibiyotik direnç profillerinin ortaya konulması amacı ile yapıldı. Gereç ve Yöntem: Araştırma, Aydın, Denizli ve Muğla'da bulunan çeşitli işletmelerden (her ilden 50 adet olmak üzere) endometritis şüpheli toplamda 150 inekten alınan vajinal akıntı numuneleri ile yapılmıştır. Bakteriyel kültür sonucu izole edilen bakterilerin MALDI-TOF MS ile identifikasyonları yapıldı ve Kirby - Bauer Disk Diffüzyon metodu ile antibiyotik duyarlılık testleri gerçekleştirildi. Bulgular: Araştırmada Aydın ilinden alınan 50 örnekten 45 izolat, Denizli ilinden alınan 50 örnekten 43 izolat, Muğla ilinden alınan 50 örnekten 32 izolat elde edildi. İzolatlardan MALDI-TOF MS ile yapılan identifikasyon sonucunda 17 farklı bakteri türü tespit edildi. En çok tespit edilen bakteriyel etkenler (%27) Trueperella pyogenes, (%18) Streptococcus pluranimalium, (%13) Escherichia coli olarak bulundu. Antibiyotik duyarlılık testlerinde Trueperella pyogenes ve Escherichia coli izolatlarının tamamı amoksisilin-klavulanik asit, ampisilin ve penisilin G'ye karşı dirençli olarak bulundu. Sonuç: Araştırma sonucunda, T. pyogenes ve E. coli etkenleri birçok araştırmada olduğu gibi endometritis vakalarından en çok izole edilen etkenler olduğu tespit edildi. İzolatların dirençlilik profilleri göz önüne alındığında endometritis vakalarında bakteriyel teşhis ve teşhis edilen etkenlerin antibiyotik duyarlılık testlerinin uygulanmasının gerekli olduğu sonucuna varıldı.
Padina pavonica ekstraktının antifungal etkisinin saptanması
Padina pavonica kahverengi algler familyasının bir üyesi olup, fitoksantinin baskınlığından ötürü rengi koyu olduğundan kahverengi alg ailesine dahil edilmiştir. İçerdiği vitamin, mineral, amino asit ve lipitler açısından birçok canlı için besin kaynağı olmaktadır. Diğer canlılar için habitat sağlaması biyoçeşitlilik için ayrıca önem sağlamaktadır. Gıda başta olmak üzere, kozmetik, yem sanayi ve ilaç sanayisinde kullanılanılan Padina pavonica, yapılan antimikrobiyal etkinlik çalışmalarında hem antibakteriyel hemde antifungal etkisinin olduğu bildirilmiştir. Son yıllarda immün sistemini baskılayan ilaçların, antibiyotiklerin ve antifungallerin düzensiz kullanımı sonucu mantar enfeksiyonlarında artış görülmektedir. Giderek artan direnç problemi ve sınırlı antifungaller sebebiyle yeni antifungal araştırmalarını hızlandırmaktadır. İnsanlarda patojen olan Candida albicans, Aspergillus fumigatus ve Trichophyton rubrum' un antifungal duyarlılık testleri yapılarak Amfoterisin B ve Flukanozol'e olan duyarlılığını, elde etmiş olduğumuz 10 farklı özütle in-vitro antimikotik etkileri karşılaştırarak güncel direnç problemlerine alternatif bir çözüm üretmektir. Kullanılan çözücülerden en etkili olan di-etil eter, kurutma yöntemlerinden etkilenmemiş olup Padina pavonica'dan elde edilen özütlerinin hem Aspergillus fumigatus'a hemde Candida albicans'a antifungal etkinliği bulunmuştur. Diğer bir çözücü olan hekzanın liyofilizasyon yöntemi ile kurutulan Padina pavonica'dan elde edilen özütünün Trichophyton rubrum'a etkili olan tek özüt olmuştur. Ayrıca hekzanın oda ısısında kurutma yöntemi ile elde edilen Padina pavonica özütünün Candida albicans'a karşı etkinliği saptanmıştır. Kullanılan diğer çözücülerin aseton ve etanolün oda ısısında kurutma yöntemi ile elde edilen Padina pavonica özütünün Candida albicans'a karşı etkinliği bulunmuştur. Bu çalışmada sonuç olarak Padina pavonica'nın antifungal etkinliği saptanmış olup alternatif bir antifungal olabileceği düşünülmektedir.
Sığırlarda moraxella bovıs'in izolasyonu ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Araştırmamızda sığırlarda infeksiyöz keratokonjuktivitis olgularından Moraxella bovis izolasyon oranının saptanması ve izole edilecek suşların antibiyotik duyarlılıklarının saptanması amaçlanmıştır. Araştırmanın hayvan materyalini infeksiyöz keratokonjuktivitis klinik bulguları mevcut olan Aydın ilindeki sığır işletmelerinde bulunan ve çeşitli yaşlardaki 100 adet sığır oluşturmuştur. Sığırların konjuktival keselerinden steril svaplar ile sürüntü numunesi alınarak, etken izolasyonu yapılmıştır. İzolasyon sonrası yapılan fenotipik identifikasyon sonucunda incelenen 80 adet oküler sürüntü örneğinin 10 (% 12.5) adedinden M. bovis identifiye edilmiştir. Ayrıca M. bovis dışında 44 Proteus sp., 25 Streptococcus sp., 16 Staphylococcus sp., 8 Bacillus sp., 2 Corynebacterium sp., 1 E. coli ve 1 Candida sp. identifiye edilmiştir. M. bovis suşlarına yapılan antibiyogram testleri sonucunda M. bovis izolatlarının amoksisilin- klavulanik asit'e % 70, florfenikol'e % 80, Sefoperazona % 60, oksitetrasikline ve enrofloksasine % 50, gentamisine % 40 oranlarında duyarlı, klaritromisine % 80 ve eritromisin'e % 100, oranlarına dirençli olduğu saptanmıştır. Sonuç olarak, M. bovis etkenine bağlı İBK hastalığının sürülerde erken dönemde teşhis edilmesi ve tedavide etkin antibiyotiklerin kullanımının yaygınlaştırılmasının sağlanması ortaya konmuştur.
Aydın bölgesinde ürüne işlenecek çiğ sütlerde staphylococcus aureus ve enterotoksin varlığının araştırılması
Araştırmamızda, Aydın ilindeki farklı üretim tesislerinde çeşitli noktalardan örneklerinde Staphylococcus aureus izolasyonu ve ürüne işlenecek olan çig süt örneklerinde S. aureus ve enterotoksinlerin varlığı ELISA metodu ile tespit edilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla 2017 yılı Mayıs ayında Aydın ilinde bulunan çiğ süt ürünü işleyen tesislerden toplam 28 adet svap numunesi ve 86 adet çiğ süt örneği, S. aureus sayıları ve stafilokokkal enterotoksin (SETA, B, C, D, E Total) varlığı yönünden incelenmiştir. Analizi yapılan çiğ süt örneklerinde S. aureus sayımı TSE 6582 ISO 6888 standardı çerçevesinde gerçekleştirilmiştir. Analizler sonucunda incelenen 86 adet çiğ süt örneğinin tamamının S. aureus sayısı yönünden Türk Gıda Kodeksi, 2009/14 Tebliğ numaralı, Çiğ Süt ve Isıl İşlem Görmüş İçme Sütleri Tebliğinde Değişiklik Yapılması Hakkında Tebliğ'e uygun olduğu belirlenmiştir. Bu çalışmada stafilokokkal enterotoksin varlığının saptanması amacıyla ELISA yöntemi kullanılmıştır. Test sonucunda 86 adet çiğ süt örneğinin hiçbirinde stafilokokkal enterotoksin varlığı belirlenmemiştir. Sonuç olarak incelenen çiğ sütlerde enterotoksin tespit edilmemiş olmakla birlikte süt işleme tesislerinin çeşitli noktalarından alınan numunelerde S. aureus varlığı saptanmasıyla, halk sağlığının risk altında olduğu gösterilmiştir. Bu sebepten süt işleme tesislerinde üretim hijyeni, temizlik ve dezenfeksiyon protokolleri ve personelin bilgilendirilmesi konularına önem verilmesi gerekmektedir.
Sığır mastitislerine neden olan stafilokok türlerinin maldı-tof ms ile identifikasyonlarının yapılması
Bu çalışmada, mastitisli sütlerden Stafilokok türlerinin izolasyonu ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi, izole edilen suşların API, VITEK, MALDI-TOF MS gibi ticari identifikasyon metodlarıyla tiplendirilmeleri ve sonuçların karşılaştırılması, tiplendirmenin ardından 16S rRNA primerleri ile yapılacak olan PCR sonucu Stafilokokal etkenlerin sekans analizi ile birlikte doğrulanması amaçlanmıştır. Aydın ili ve çevresindeki süt sığırcılığı işletmelerinde bulunan hayvanlardan klinik mastitis problemi gösterdiği belirlenen hayvanlara ait sütler steril koşullarda alınan, toplam 100 adet süt örneği Stafilokok varlığı yönünden incelenmiştir. Stafilokok türlerinin identifikasyonları biyokimyasal yöntemlere ilave olarak VITEK 2, VITEK (MALDI-TOF) MS, PCR ve Sekanslama ile yapılmıştır. Süt örneklerinin % 34'ünden Stafilokok izolasyonu yapılmıştır. Yapılan identifikasyon çalışmaları sonucunda, izolatların 7 (% 20,60)'si Staphylococcus aureus, 10 (% 29,40)'u Staphylococcus simulans, 8 (% 23,50)'i Staphylococcus epidermidis, 4 (% 11,80)'ü Staphylococcus saprophyticus, 2 (% 5,90)'si Staphylococcus chromogenes, 2 (% 5,90)'si Staphylococcus hyicus ve 1 (% 2,95) Staphylococcus arlettae olarak tiplendirilmiştir. Yapılan antibiyogram testi sonucunda identifiye edilen 34 Staphylococcus sp. izolatının Cefoxitin, Siprofloksasin, Vankomisin, Tigesiklin ve Fosfomisine % 100 ve Linezolide % 85.2 oranlarında duyarlı; Klindamisine %100 ve Tetrasikline %82.4 oranlarında dirençli olduğu görülmektedir. Sonuç olarak; MALDI-TOF MS proteomik biyokütle spektrofotometri yönteminin güvenilirliği doğrulanmış ve uygulanabilir olduğu ortaya koyulmuştur.
Kanatlılarda salmonella türlerinin izolasyonu, serotiplendirilmesi ve antibiyotik duyarlılıklarının araştırılması
Araştırmamız, Ege Bölgesinin batısında kanatlı yetiştiriciliği yapan Salmonella şüphesi bulunan kümeslerden 01 Eylül- 20 Aralık 2016 tarihleri arasında 253 adet tavuk örneği toplanarak gerçekleştirilmiştir. Hastalık şüphesi görülen tavukların nekropsi işlemi kanatlı teşhis ünitesinde gerçekleştirildikten sonra, tavuklardan tekniğine uygun şekilde alınan organ numuneleri Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Teşhis ve Analiz Laboratuvarına soğuk zincirde getirilmiştir. Kümeslerden alınan tavuk örneklerine yapılan nekropsi sonucunda karaciğer, dalak, kalp ve sekum organlarından Salmonella etkeni izolasyon ve identifikasyonu yapılmıştır. Çalışmalarımızın sonucunda; 4 (% 9,3) izolatın S. Enteritidis ve 39 (% 90,7) izolatın S. Typhimurium olarak tiplendirilmiştir. Antibiyogram testi sonucu, S. Enteritidis (n=4) izolatlarının, Gentamisin ve Seftriaksona % 100 oranında, Kanamisin ve Tetrasikline % 50 oranında duyarlı; Sefotaksime % 75 oranında orta derece duyarlı ve Ampisilin ile Penisiline ise % 100 oranında dirençli oldukları saptanmıştır. S. Typhimurium (n=39) izolatlarının ise, Seftriaksona % 92, Gentamisine % 82, Kanamisin ve Sefotaksime % 61, Tetrasikline % 51 oranlarında duyarlı; Ampisilin % 97 ve Penisiline ise % 100 oranında dirençli oldukları belirlenmiştir.
Mastitisli sığır sütlerinden izole edilen escherıchıa colı suşlarının önemli virulens genlerinin ve antibakteriyel duyarlılıklarının incelenmesi
Bu çalışmada mastitisli sığır sütlerinden E. coli'nin izolasyonu, identifikasyonu, izolatların önemli virulens genlerinin [Shiga toksin 1 (stx1), Shiga toksin 2 (stx2), ısıya duyarlı toksin (lt), ısıya dirençli toksin (st), invaziv antijen lokusu (ial), intimin (eaeA), demet oluşturan pilus (bfpA), fimbrial antijen (aafII)] ve antibiyotik duyarlılık profillerinin incelenmesi amaçlandı. Çalışmada materyal olarak özel bir süt işletmesindeki mastitisli 328 inekten bir yıl boyunca alınan 390 süt örneği kullanıldı. E. coli izolasyonu klasik yöntemler kullanılarak gerçekleştirildi. Bakteri identifikasyonunun doğrulanmasında ve virulens genlerinin belirlenmesinde polimeraz zincir reaksiyonundan (PZR) faydalanıldı. İzolatların sekiz antimikrobiyal aileye ait on antibiyotiğe karşı duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ile incelendi. Çalışmada mastitisli süt örneklerinin % 17,2'sinden (67/390) E. coli izole ve identifiye edildi. İzolatların % 19,4'ünün (13/67), incelenen virulens genlerinden en az bir tanesini taşıdığı belirlendi. En sık görülen virulens genleri stx1 (5/13=% 38,5), stx2 (2/13=% 15,4), st (2/13=% 15,4), lt (1/13=% 7,7), eaeA (3/13=% 23,1) iken; bfpA ve aafII genleri hiçbir izolatta bulunmadı. Virulens geni taşıyan izolatların % 53,8'i (7/13) EHEC, % 23,1'i (3/13) ETEC ve % 23,1'i (3/13) EPEC olarak tespit edildi. İzolatların% 89,5'i (60/67), % 37,3'ü (25/67), 35,8'i (24/67) kloramfenikol, ampisilin ve tetrasikline dirençli olduğu tespit edilirken; kullanılan diğer 8 antibiyotik için direnç % 2,9 ile % 22,3 arasında değişti. İzolatların % 3,0 (2/67)'ü kullanılan tüm antibiyotiklere duyarlı iken; % 30,0'u (20/67) çoklu direnci gösterdi. Antimikrobiyal duyarlılık, bakterilerin direnç profillerindeki değişiklikleri saptamak için izlenmelidir. Anahtar kelimeler: Escherichia coli, mastitis, antibiyogram, virulens gen
Çanakkale'de (Türkiye) tüketilen bazı kremalı pastalarda Escherichia coli O157:H7 serotipinin araştırılması
Bu araştırma, Çanakkale (Türkiye) ilindeki fırın, pastane ve marketlerde tüketime sunulan kremalı pastalarda Escherichia coli O157:H7 serotipi varlığının tespiti için yapılmıştır. Araştırmada 100 adet sade, kakaolu ve meyveli kremalı pasta örneği incelendi. Önzenginleştirme işleminin ardından SMAC (Sorbitol MacConkey) katı besiyerine yapılan ekimler sonucunda 82 adet tipik (renksiz - şeffaf) koloni izole edilmiştir. İleri mikrobiyolojik analiz basamaklarının uygulanması sonucunda, izolatların hiçbirinde Escherichia coli ve buna bağlı olarak Escherichia coli O157:H7 serotipi saptanmamıştır. Buna rağmen yapılan biyokimyasal testlerin sonuçlarına göre pastalarda muhtemel Enterobacter sp., Salmonella sp., Klebsiella sp. ve Citrobacter sp. varlığına rastlanmıştır.Sonuç olarak kremalı pastalarda Escherichia coli O157:H7 serotipi saptanamamıştır. Fakat uygulanan biyokimyasal test sonuçlarına dayanarak, pastalarda diğer koliform grubu üyelerine rastlanması, pastaların hijyen bakımından yetersiz olabileceği ve halk sağlığını tehdit edebileceği kanısına varılmıştır.Anahtar sözcükler: Escherichia coli, Escherichia coli O157:H7, Kremalı pasta
Stenotrophomonas maltophilia suşlarının gradient difüzyon ve checkerboard yöntemi ile antimikrobiyal kombinasyonlarının in vitro etkinliği
2016-2021 yılları arasında Bursa Uludağ Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvar Başkanlığı Bakteriyoloji Laboratuvarına çeşitli kliniklerden ve servislerden gönderilen örnekler izole edilerek MALDI-TOF MS ile Stenotrophomonas maltophilia tanımlanmıştır. Otomatize sistemler ile antibiyotik duyarlılığı çalışılan 6 tanesi trimetoprim+sülfametoksazol dirençli, 20 tane S. maltophilia suşu çalışmaya dahil edilmiştir. Çalışmada suşların; trimetoprim+sülfametoksazol, levofloksasin, seftazidim antibiyotiklerine olan duyarlılıkları ve bu antibiyotikler arasındaki kombinasyonlar (trimetoprim+sülfametoksazol/levofloksasin, trimetoprim+sülfametoksazol/sefta zidim) in vitro olarak gradient difüzyon ve checkerboard yöntemi sinerji testleri kullanılarak yapılmıştır. Çalışılan S. maltophilia suşlarının trimetoprim+sülfametoksazol direnci iki yöntem (mikrodilüsyon ve gradient difüzyon yöntemi) ile %30 uyumlu; levofloksasin direnci mikrodilüsyon yönteminde %40, gradient difüzyon yönteminde %25; seftazidim direnci mikrodilüsyon yönteminde %80, gradient difüzyon yönteminde %65 olarak bulunmuştur. Checkerboard yönteminde trimetoprim+sülfametoksazol/levofloksasin kombinasyonu %5, trimetoprim+sülfametoksazol/seftazidim kombinasyonu %40; gradient difüzyon yönteminde trimetoprim+sülfametoksazol/levofloksasin kombinasyonu %5, trimetoprim+sülfametoksazol/seftazidim kombinasyonu %25 sinerjik bulunmuştur. 1 suş trimetoprim+sülfametoksazol/seftazidim kombinasyonunda antagonizma göstermiştir. Çalışılan 20 suş için her iki kombinasyon tek başına kullanımından daha üstün bulunmuştur. Trimetoprim+Sülfametoksazol, levofloksasin ve seftazidim için checkerboard ve gradient difüzyon yöntemleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamadığından duyarlılıklarının ve kombinasyonlarının belirlenmesinde iki yöntemde tercih edilebilir. Değişen direnç oranları sebebiyle her kurum kendi antimikrobiyal direnç oranlarını takip etmeli, bulaşın azaltılabilmesi için risk faktörleri ve çevresel rezervuarlara dikkat edilmelidir. S. maltophilia suşlarında daha fazla standardizasyonun sağlandığı yöntemler ile kombinasyon testlerinin çalışılmasına ihtiyaç vardır.
İnfertil kadınlarda chlamydıa antikorlarının araştırılması
Kadınlarda infertiliteye neden olan etkenler arasında, pelvik inflamatuvar hastalığa (PID) bağlı oluşan tüp tıkanıklıkları birinci sırada yer almaktadır. Pelvik inflamatuvar hastalık çeşitli mikroorganizmalar tarafından oluşturulmakla birlikte, cinsel yolla bulaşan Chlamydia trachomatis enfeksiyonu, PID ve tubal infertilitenin en sık sebebi olarak literatürde yer almaktadır. Bu çalışmanın amacı, infertil kadın hastalarda C. trachomatis antikorlarının varlığını araştırmak ve klamidya enfeksiyonunun infertilite ile ilişkisini belirlemektir. Bu çalışmada, Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Hastane?sine infertilite nedeniyle başvuran ve histerosalpingografileri (HSG) çekilen 184 hasta, C. trachomatis enfeksiyonu yönünden değerlendirmeye alındı. Kontrol grubu olarak, aynı hastanede rutin takipleri yapılan fertil 88 kadın seçildi. Hasta grubunda bulunan kadınlar primer (95/184) ve sekonder (89/184) infertil olmak üzere iki alt gruba ayrılarak incelendi. Hasta grubunda bulunan kadınların %70.1?inde (129/184) HSG?de herhangi bir patoloji saptanmadı. Anormal HSG bulguları olan 55 hastanın 46?sında (%83.6) tubal tıkanıklık, 9?unda (%16.4) ise uterus anomalisi tespit edildi. Chlamydia trachomatis IgG antikorlarının tespitinde ELISA yöntemi (Chlamydia trachomatis IgG, Vircell, İspanya) kullanıldı. Sonuçlar irdelendiğinde, infertilite şikayeti olan kadınların %11.9?unda (22/184), kontrol grubunda bulunan fertil kadınların ise %3.4?ünde (3/88) C. trachomatis antikorları pozitif bulundu. Hasta ve kontrol grupları karşılaştırıldığında, C. trachomatis enfeksiyonunun infertil kadınlarda anlamlı ölçüde daha sık görüldüğü tespit edildi (p=0.022). Primer ve sekonder infertil hastalar karşılaştırıldığında, C. trachomatis enfeksiyonunun primer infertil kadınlarda (%17.9) sekonder infertil kadınlara (%5.6) göre daha sık bulunduğu ve bu farkın istatistiksel olarak anlamlı olduğu tespit edildi (p=0.010). HSG sonucu normal olan infertil hastaların %10.8?inde (14/129) ve HSG sonucu anormal olanların ise %14.5?inde (8/55) C. trachomatis antikorları tespit edildi. HSG?de tüp tıkanıklığı yada uterus anomalisi bulunan infertil hastalarda C. trachomatis antikorları, HSG bulguları normal olan infertil hastalara göre daha sık görülmesine rağmen, iki hasta grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmadı (p=0.479). Sonuç olarak, C. trachomatis enfeksiyonunun infertil kadınlarda fertil kadınlara göre anlamlı oranda daha sık tespit edilmesi, bu etkenin infertiliye katkısı olduğunu desteklemektedir.
Genelev kadınlarında Chlamydia trachomatis enfeksiyonlarının tanısında ELİSA ve PCR'nun karşılaştırılması
ÖZET GENELEV KADINLARINDA CHLAMYDIA TRACHOMATIS ENFEKSİYONLARININ TANISINDA ELISA VE PCR'NUN KARŞILAŞTIRILMASI Bu çalışma bölgemizdeki 68 genelev kadınlarında asemptomatik olarak seyreden endosorvikal Chlamydia trachomatis (C.trachomatis) enfeksiyonlarının tanısında, PCR (16S rRNA + kriptik plasmit) ve direkt ELISA testinin tanı değerini karşılaştırmak amacıyla yapıldı. Çalışmamızda 16S rRNA'yı hedef alan primerlerin kullanıldığı PCR yöntoml ilo kriptik plasmide ait 215 baz çiftlik spesifik diziyi hedaf alan PCR ve ELISA yöntemi kıyaslandı. C.trachomatis'ln MOMP proteinine karşı tavşanlardan elde edilen monoklonal antikorlarla yapılan ELISA metodu kullanıldı. Çalışmamızda 68 genelev kadınlarından alınan endoservikal örneklerden 17 (%25)'sinde (16S rRNA + kriptik plazmid) PCR ile 10 (%14.7)'unda ELISA yöntemi ilo pozitif sonuç elde edildi. C.trachomatis'ln tanısında kriptik plasmiti hedef alan PCR yönteminin (%76.5) ELİSA'dan daha duyarlı (%58.8) olduğu görüldü. Anahtar sözcükler: C.trachomatis, PCR, 16S rRNA, kriptik plasmit
Hastane enfeksiyonuna neden olan gram-negatif bakterilerde direnç paterni ve genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz tayini
Hastane Enfeksiyonuna Neden Olan Gram-Negatif Bakterilerde Direnç Paterni ve Genişlemiş Spektrumlu Beta-Laktamaz (ESBL) Tayini Bu çalışma, Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi, Balcalı Hastanesi'nde hastane enfeksiyonu (HE) olan hastalardan alınan örneklerden izole edilen Gram-negatif bakterilerde direnç paterni ile genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (extended spectrum of beta- lactamases: ESBL) varlığım araştırmak ve ESBL tespitinde kombine disk testi (KDT), E- test ve çift disk sinerji test (ÇDST)'lerini karşılaştırarak en uygun yöntemi bulmak için amaçlanmıştır. Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi, Balcalı Hastanesi Merkez Laboratuvarı, Mikrobiyoloji Birimi'ne 29. 05. 2003-30. 09. 2004 tarihleri arasında gönderilen 93 hastaya ait 1 15 örnekte HE kökenli 68 Escherichia coli ve 47 Klebsiella spp. susu izole edilmiştir. Suşların çoğunluğu (% 53) üriner sistem enfeksiyonu (ÜSE) olan hastalardan elde edilmiştir. HE kökenli bu suşların duyarlılıkları disk diffüzyon testi (DDT) ile araştırılmıştır. Genel olarak trimetoprim/sülfometaksazol, üçüncü kuşak sefalosporinler ve aztreonam'a direnç saptanırken, en az direnç görülen antibiyotik imipenem olmuştur. Çalışmamızda DDT ile seftazidim, seftriakson, sefotaksim ve aztreonam yönünden ESBL şüpheli bulunan izolatlar ÇDST, KDT ve E-test ESBL testleri ile pozitiflikleri doğrulanarak testler arasında karşılaştırma yapılmışta. Klebsiella spp. suşlarında E-test ile 47 susun 30 (% 63.80)'unda, ÇDST ile 27 (% 57.44)'inde ve KDT ile 21 (% 44.68)'inde ESBL pozitifliği belirlenmiştir. E. coli suşlarında ise E-test ile 68 susun 42 (% 61.76)'sinde, ÇDST ile 36 (% 52.54) ve KDT ile 34 (% 50)'ünde ESBL pozitif bulunmuştur. KDT, ESBL tespiti için referans test olarak kabul edildiğinde KDT ile ESBL negatif bulunan 60 sustan 18'i DDT, 17'i E-test, ve 8 suş ise ÇDST ile pozitif bulunmuştur. Sonuç olarak DDT ve E-testin ÇDST'ye göre daha yüksek sayıda yalancı pozitiflik vermesi ve ayrıca E-testinde bazen klavulanik asitin beta-laktam antibiyotik tarafına diffüzyonu sonucu değerlendirme zorluğu yaratması ve pahalı olması sebebiyle ESBL tesbitinde uygulaması daha kolay ve ucuz yöntemler olan KDT ve ÇDST yöntemleri tercih edilebilir. Anahtar sözcükler: ESBL, E. coli, Klebsiella spp., kombine disk testi, hastane enfeksiyonu vııı
Osmaniye bölgesinde artritli ve asemptomatik populasyonda B.burgdorferi prevalansının ELİSA ve IHA teknikleri ile araştırılması
Bölgemizdeki Borrelia burgdorferi infeksiyonlarının prevalansını tespit etmek amaca ile planlanan bu çalışmada, Osmaniye ilçe ve köylerinde, mono ve poliartrit yakınması olan semptomatik 253 şahıs ile artrit yakınması olmayan asemptomatik 91 şahıs ' a ait serum örnekleri ELİSA ve IHA testleriyle değerlendirilmiştir. Her iki test ile semptomatiklerde vak' aların 2' sinde (%0.80), en az bir test ile de 5' inde (%1.98), buna karşılık aseptomatik popülasyondan da her iki testle 3 (*3.30), en az bir testle de 4 (%4.40)'ünde spesifik IgG türü antikor seviyeleri tespit edilmiştir. Uygulama kolaylığı olan basit, hızlı ve tek vak ' a çalışılabilen IHA'nın ELİSA sonuçları ile karşılaştırıldığında %83.3 sensitiviteye ve %62. 5 da spesifiteye sahip olduğu görülmüştür.
Orak hücre anemililerde H. İnfluenzae tip B ve S. Pneumoniae kapsül polisakkarit antijenlerine karşı aşı ile uyarılan immün cevabın araştırılması
ÖZET Orak hücre anemili hastalarla sağlıklı fonksiyonel dalağa sahip kişilerdeki S. pneumoniae ve Hib kapsül polisakkaritlerine karşı gelişen doğal immün cevap ile bu bakterilerin kapsül polisakkaritlerinden hazırlanmış aşılarla yapılan immünizasyon sonucu ortaya çıkan ve ELISA metodu ile ölçülen spesifik antikor cevabının kinetiğini tesbit etmek amacı ile planlanan çalışmaya 67'si hasta (1.5-24 yaş arası, ort. 11.38 yaş) 18'i kontrol (1.5-29 yaş arası ort. 12.8 yaş) toplam 85 kişi dahil edildi. Hasta grubunda yer alan kişilerin 14'üne Hib-protein konjugat aşı (Act-Hib), 27'sine pnomokok polisakkarit aşısı (Pneumo-23) ve 26'sına da farklı zamanlarda her iki aşı uygulandı. Kontrol grubundaki 9 kişiye Hib-protein konjuge aşı, 9 kişiye de pnomokok polisakkarit aşısı yapıldı. H. influenzae tip b protein konjugat aşısı (Act-Hib) ile aşılanan hastaların 8/40'ı (%20) aşılama öncesi 0.15 //g/ml.nin altında, 17/40 (%42.50)'ı da splenektomize hastalar için koruyucu olduğu düşünülen 0.5 //g/ml.nin altında serum spesifik antikor düzeyine sahipken, bu hastalar aşılamadan 1-2 ve 6 ay sonraki serum örneklerinin tümünde koruyucu olarak kabul edilen düzeyin (1 //g/ml.) çok üzerinde antikor cevabına sahipti. Kontrollerden hiçbirisi aşılama öncesi 0.15 //g/ml.nin altında antikor düzeyine sahip değildi ve tamamı aşılama sonrası 1-2. ve 6. aylarda 1 //g/ml. üzerinde antikor cevabı gösterdi. S. pneumoniae kapsül polisakkarit aşısı (Pneumo-23) ile aşılanan 53 orak hücre anemili hastanın kontrol grubuna oranla önemli miktarda düşük olan aşılama öncesi serum anti-pnömokokal kapsül polisakkarit (anti-PCP) antikorları, aşılama sonrası 1,2 ve 6. aylarda alınan serum örneklerinde 2.15-4.37 kat artış göstererek sağlıklı kontrollerle karşılaştırılabilen düzeylere ulaştı. S. pneumoniae kapsül polisakkarit aşısının hasta ve kontrol gruplarındaki aşılanan kişilerde lgG2 sentezini benzer oranlarda aktive ettiği gösterildi. Biz hem Act-Hib, hem de Pneumo-23 aşılarının sağlıklı kontrollerde olduğu gibi orak hücre anemili hastalarda da immünojenik olduğunu tespit ettik. İnvaziv Hib hastalığı ve sistemik S. pneumoniae enfeksiyonlarına karşı da koruyucu olabileceği sonucuna vardık.
Puberte öncesi ve sonrası dönemdeki çocuklarda ve gençlerde kabakulak virüsünün seroepidemiyolojisi
ÖZET Bağışıklanmamış ilkokul dönemi ve genç yetişkin yaş grubunda yer alan kişilerin kabakulak virusu enfeksiyonuna karşı duyarlılıklarını tespit ve doğal immuniteye yaşın etkisini göstermek amacıyla planlanan bu çalışmada 94'ü 5-15, 99'u 16-21 yaş gruplarında yer alan toplam 193 kişiye ait serum örneği kabakulak virusuna karşı oluşan IgG, IgM ve IgM+G antikor cevabı yönünden ELISA yöntemiyle teste tabi tutulmuştur. Çalışmaya dahil edilen 5-15 yaş grubundaki çocuklara ait serum örneklerinin %58.5'i ile genç yetişkinlere ait serum örneklerinin %88.8'inde kabakulak virusuna karşı en az bir tür immunglobülin cevabı tespit edilmiştir. Bu çalışma ile kabakulağa karşı doğal immunitenin yaşa paralel olarak arttığı, ancak genç yetişkinlerin %11.2'sinin halâ seronegatif olduğu, böylece doğal immunitenin yeterli olmadığı görülmüştür.
Primer tavşan böbrek hücre kültürünün krioprezervasyonu
Bu çalışma primer tavşan böbrek hücre kültürünün gelişmesiyle ilgili faktörlerin araştırılması ve hücrelerin krioprezervasyonunun optimizasyonu için yapılmıştır. Hücrelerin üremeleri ile ilgili faktörler (Na+, K+, O,, C02, H+, pH, hücrelerin canlılık oranı ve hücre sayısı) değerlendirildiğinde primer tavşan böbrek hücre kültürünün devam ettirilmesi için %10 dana serumlu Hanks besiyerinin uygun olduğu görülmüştür. Hücrelerin krioprezervasyonu için en iyi metodun hücrelerin Hanks besiyeri ve fetal dana serumundan (1:1) oluşan %10 DMSO'lu dondurma solüsyonunda +4°C'de 30 dakika, sonra styrofoam kutu içinde 20°C'de 1 saat ve -70°C'de 1 gece tutulduğu ve sıvı azotta 40 gün bekletilen metod olduğu tespit edilmiştir. Bu metodla hücrelerin %84 oranında canlılığını koruduğu tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Primer tavşan böbrek hücre kültürü, Krioprezervasyon, Hanks besiyeri, Na+, K+, 02, C02, H+
Kronik hepatit b'li çocuklarda interlökin-1 beta, tümör nekrozis faktör-alfa, interferon-gama ve lenfosit subgruplarının tayini
Hepatit B virüsünün neden olduğu viral hepatitler tüm dünyada önemli birsağlık sorunudur çünkü siroz ve HCC'nın en önemli nedenlerinden biridir.Kronik hepatit B gelişiminde enfekte kişinin immün sisteminin virüse karşıverdiği yetersiz yanıt etkilidir. Bu yanıtta lenfositler ve sitokinlerin önemli bir rolüvardır. Sitokinlerin akut hepatit B enfeksiyonunun iyileşmesinde rol aldıkları gibi,kronikleşmesinde de etkili oldukları düşünülmektedir. Th1 lenfositlerden salınanIL-1β, TNF-α ve IFN-γ gibi sitokinlerin akut hepatitte iyileşmede majör olarak rolaldıkları, Th2 lenfositlerden salınan sitokinlerin (IL-5, IL-10, IL-13) isekronileşmeden sorumlu oldukları kabul edilir.Bu çalışmada kronik hepatit B'li çocuklarda IL-1β, TNF-α, IFN-γ ve lenfositsubgruplarına bakmaktaki amacımız kronik hepatit gelişimi ile Th1 sitokin düzeyiarasındaki ilişkiyi değerledirebilmekti.Bu çalışmada; kronik hepatit B'li, tedaviyeyanıtsız kronik hepatit B'li, hepatit B taşıyıcısı, tedavi ile serokonversiyon gelişenve sağlıklı kontrol grubu olarak 5 gruba ayrılan 99 çocuk yer aldı. Elde edilensonuçlar kontrol grubu ile kıyaslandı.Grup I'de IL-1β, TNF-α ve IFN-γ düzeyleri artmıştı, CD4+ ve CD8+lenfositler azalmıştı. Bu da Th1 yanıtının viral çoğalmayı inhibe etmek için aktiveolduğunu ancak fonksiyon bozukluğu sonucu HBV çoğalmasını engelleyemediğinigösteriyordu.Tedaviye yanıt vermeyen grup II'deki hastalarda ise kontrol grubunakıyasla IL-1β, TNF-α ve IFN-γ seviyeleriyle CD4+ lenfositler artmışken CD8+lenfositlerde değişiklik yoktu. Buda Th1 yolunun aktif fakat yanıt oluşturmada birdefekt olduğunu düşündürdü.Grup III'teki hepatit B taşıyıcılarında IL-1β ve IFN-γ seviyelerinin yüksek,TNF-α seviyesi ile CD4+ ve CD8+ lenfositlerin azalmış olması, HBV'ye karşıhücresel immünitede bozukluk olduğunu, Th1 aktivitesinin devam ettiğini ancakvirüsün temizlenmesinde yetersiz kaldığını düşündürdü.Tedavi ile anti-HBe serokonversiyonu gelişen hastalarda (grup IV'te) IL-1βve TNF-α seviyeleri yüksek, IFN-γ seviyesi ile CD4+ ve CD8+ lenfositler azalmıştı.Buda Th1 tipi sitokin yanıtının devam etmesiyle bu hastaların anti-HBeserokonversiyonu geliştirebildiğini düşündürdü.Sonuçta akut HBV enfeksiyonunda iyileşmeden sorumlu tutulan Th1 tipisitokin yanıtının kronik hepatit gelişiminde ve sonucunda etkili olabileceğidüşüncesine vardık.
Klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis izolasyonunda polimeraz zincir reaksiyonu ve kültür yönteminin (MGIT) karşılaştırılması
ÖZET KLİNİK ÖRNEKLERDEN MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS İZOLASYONUNDA POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU ve KÜLTÜR YÖNTEMİNİN (MGIT) KARŞILAŞTIRILMASI Tüberküloz tanısında kullanılmaya başlanan Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR); materyalde bulunan M. tuberculosis DNA'sının çoğaltılmasına dayalı hızlı, duyarlı ve özgül bir testtir. Aynı gün içinde tüberküloz tanısının konması ve aynı zamanda tedaviye geçilmesini sağlar. Bundan dolayı çalışmamızda tüberküloz tanısı için MGIT kültür ile Ehrlich Ziehl-Neelsen yöntemi ve PCR yönteminin rutin tanıdaki yerinin değerlendirilmesi amaçlandı. Bu amaçla Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi Merkez Laboratuvarına tüberküloz şüphesiyle gelen yaşları bir ile seksensekiz arasında değişen elli hastaya ait balgam, otuz hastaya ait BOS, on hastaya ait plevra ve on hastaya ait asit örneklen olmak üzere toplam yüz örnek değerlendirildi. Çalışmaya alınan elli balgam örneğinin otuzdördü Ehrlich Ziehl-Neelsen boyama yönteminde pozitif, otuz'u hem kültür hem PCR'da pozitif bulundu. Çalışılan BOS örneklerinin hepsi Ehrlich Ziehl-Neelsen boyama yönteminde negatif bulunurken beşi kültürde pozitif, onu PCR'da pozitif bulundu. On hastaya ait plevra örneğinde örneklerinin hepsi Ehrlich Ziehl-Neelsen boyama yönteminde negatif bulundu bunların ikisi kültürde pozitif, üçü PCR'da pozitif bulundu. Asit örneklerinde BOS ve plevrada olduğu gibi örneklerinin hepsi Ehrlich Ziehl-Neelsen boyama yönteminde negatif bulunurken, kültürde bir örnekte pozitif, PCR'da iki örnek pozitif bulundu. Tüberküloz tanısında kesin tanı metodu olan kültür sonuçları PCR ile karşılaştırıldığında, PCR'nın sensivitesi %100, spesifitesi %86.9, pozitif prediktif değeri %88.2 negatif prediktif değeri %100 olarak bulundu. Kültür sonuçları ile direkt mikroskopinin karşılaştırılmasında ise sensitivite %78.9 spesifitivite %93.4, pozitif prediktif %88.2, negatif prediktif %87.7 olarak bulundu. VIISteril vücut sıvılarında (BOS, plevra, asit mayi) çok az sayıda tüberküloz basilinin bulunması nedeniyle, boyama yöntemleri yetersiz kalmakta. Bu nedenle daha ileri tanı metotlarına gereksinim vardır. Kültürün uzun süre sonuç verdiği düşünülecek olursa PCR'nın kültür metodları ile birlikte kullanılmasının erken tanı ve tedavi açısından faydalı olacağı tespit edilmiştir. Anahtar sözcük: PCR, kültür, M.tuberculosis, Ehrlich Ziehl-Neelsen MGIT VIII
Trichophyton rubrum'un trichophyton mentagrophytes'ten ayırt edilmesinde kullanılan tanı testlerinin karşılaştırılması
Günümüzde, dermatofitlerin taksonomisinde hızlı ve çarpıcı bir değişim yaşanmaktadır. Dermatofitler ya yeniden gruplandırılmakta ya da yeniden isimlendirilmekte, ayrıca çeşitli türlere ilişkin varyete isimleri terk edilip yeni bir tür şeklinde sınıflandırılmaktadır. Laboratuvar tanıda altın standart yöntem dizi analizidir. Ancak, moleküler temelli araştırmaların gerek alt yapı gereksinimi ve gerekse yüksek maliyeti nedeni ile dermatofit türleri; koloni özellikleri, mikroskop morfolojileri, büyüme gereksinimleri, fizyolojik ve biyokimyasal özelliklerine göre tür düzeyinde tanılanmaktadır. Aynı dermatofit türünün gerek morfoloji (koloni örgüsü, pigment ve üreme hızı) ve fizyolojisinde (kıl delme) ve gerekse genotiplerinde (rRNA ve mating şekilleri) değişimler görülmekte ve anılan yöntemlerin güvenilirliği sorgulanmaktadır. Trichophyton rubrum kompleks içerisinde yer alan bir çok mikroorganizma da yeniden isimlendirilmiş; T. fischeri, T. kanei, T. raubitschekii ve diğer türler tanınmıştır. Trichophyton mentagrophytes sensu lato içerisinde yer alan T. interdigitale ve diğer mikro-organizmalar da dizi analizi ile yeniden sınıflandırılmıştır. Ancak, mikoloji laboratuvarlarında yaşanan önemli sorunlardan birisi de klasik tanı yöntemleri ile T. rubrum'un T. mentagrophytes'den ayırt edilmesidir. Bu çalışmada, çağdaş sınıflandırmadan önce her iki kompleks içerisinde yer alan mikro-organizmaların laboratuvar tanısında kullanılan morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal tanı testlerinin etkinliğinin tartışılması amaçlanmış, ayrıca rutin laboratuvar uygulamalarındaki güvenilirliği sorgulanmıştır. Çalışmada, Centraalbureau voor Schimmelcultures (CBS), Utrecht, Hollanda'dan sağlanan T. fischeri CBS 100081, T. fluvimunionse CBS 592.68, T. kanei CBS 289.86, T. kuryangei CBS 422.67, T. kuryangei CBS 517.63, T. kuryangei CBS 518.63, T. pervesii CBS 303.38, T. raubitschekii CBS 202.88, T. raubitschekii CBS 287.86, T. raubitschekii CBS 100084, T. raubitschekii CBS 102856, T. rodhainii CBS 376.49, T. rubrum CBS 302.60, T. rubrum CBS 363.53, T. rubrum CBS 363.62, T. rubrum CBS 392.58, T. rubrum var. nigricans CBS 100237, T. megninii CBS 389.58, T. asteroides CBS 424.63, T. langeronii CBS 764.84, T. mentagrophytes CBS 318.56, T. mentagrophytes var. mentagrophytes CBS 110.65, T. mentagrophytes var. mentagrophytes CBS 160.66, T. papillosum CBS 347.55, T. quinckeanum CBS 572.75, Arthroderma benhamiae (MT-) CBS 807.72, A. benhamiae (MT+) CBS xii 808.72, A. simii (MT-) CBS 417.65, A. simii (MT+) CBS 448.65, A. vanbreuseghemii CBS 428.63 ve A. vanbreuseghemii CBS 558.66 kullanıldı. Üreaz tepkimesi (sıvı, tüpte agar ve petride agar), kıl delme deneyi (sarışın çocuk saçı, koyun kılı ve keçi kılı), corn-meal agar, bromkrezol purple milk solid glikoz agar (BCPMSG), Tween opasite deneyi, sorbitol asimilasyonu, tuz toleransı, Trichophyton agar'ın 1-7 setinde üreme özelliği değerlendirildi. Ayrıca, makrokonidiyum/mikrokonidiyum varlığının araştırılmasında; Beyin-kalp infüzyon agar (BKİA), malt extract agar (MEA), Löwenstein-Jensen agar (LJ), patates dekstroz agar (PDA), Oat meal agar (OA), cornmeal agar (CMDA), Oxoid kromojenik Candida agar (OCCA), Christensen üre agar ve Trichophyton agar 1- 7 besiyerlerine ekim yapıldı ve 5, 10 ve 15 gün ara ile incelendi ve performansları karşılaştırıldı. Çalışmada, tür düzeyinde tanıda; üreaz tepkimesinin petride hazırlanmış üre besiyeri ile daha çabuk ve güçlü olduğu, kıl delme deneyinin her iki kompleksin ayırt edilmesinde, ancak ilk 10 günde yararlı olabileceği, makrokonidiyum oluşumunun BKİA ve LJ besiyerinde daha çok olduğu saptandı (P < 0.05). Tween opasite, sorbitol asimilasyonu ve tuz toleransı testinde bir ipucu elde edilemedi. Ayrıca, CMDA ve BCPMSG'de T. rubrum kompleks kırmızı pigment oluşturdu, T. mentagrophytes kompleks ise oluşturmadı. Örneğin; T. raubitschekii üreaz olumlu olması, üçüncü günde BCPMSG'de koloni çevresinde kırmızı pigment yapması ve daha sonra pH'yı alkali yönde değiştirmesi, kıl delme deneyinin olumsuz olması, Tween opasite testinde koloni çevresinde üç günde opak zon oluşturması ve kültürlerinde bol makro- ve mikro-konidiyum bulunması ile T. rubrum kompleksinden, ayrıca CMDA'da kırmızı pigment oluşturması ile de T. mentagrophytes kompleksinden ayırt edildi. Sonuç olarak, yukarıda anılan tanı testlerinin bir algoritma çerçevesinde uygulanması ile hem T. rubrum kompleksin T. mentagrophytes kompleksten ayırt edilebileceği, hem de her iki kompleks içerisinde yer alan mikro-organizmaların tür düzeyinde tanılanabileceği belirlendi.
Psoriasisli olgularda ayak dermatofitozlarının prevalansı ve etkenleri
Psöriasisli olgularda görülen tırnak değişikliklerine neden olarak psöriasis, onikomikoz, bunların her ikisi veya başka bir hastalık gerekçe gösterilebilinir. Ancak psöriasis ve psöriasisi olmayan olgularda onikomikoz prevalansına ilişkin araştırma sonuçları çelişkilidir. Bu çalışmada, psöriasis tanılı olgularda ve kontrol grubunda ayak dermatomikozlarının varlığı mikolojik yöntemlerle araştırıldı. Psöriasis tanılı 60 olgunun altısında (%10) ve psöriasis dışı nedenlerle izlenen 60 olgunun ise sekizinde (%13.3) ayak dermatomikozu belirlendi. Psöriasis tanılı olguların beşinde onikomoz saptandı; klinik şekil ikisinde TDO, ikisinde DLSO iken birisinde tırnak tamamen sağlıklı görünümde idi. Onikomikoz etkeni olarak üç olguda Trichophyton interdigitale bir olguda ise Trichophyton rubrum izole edildi, bir olguda ise etken saptanamadı. Ayrıca bir olguda interdigital tinea pedis saptandı, ancak etken izole edilemedi. Kontrol grubunda, interdigital tinea pedis üç olguda saptandı ve hepsinde etken T. rubrum idi. Onikomikoz beş olguda görüldü ve hepsinde klinik şekil DLSO idi. Dört olguda etken saptanamadı, bir olguda ise etken T. rubrum idi. Sonuç olarak, psöriasisli olgular ve kontrol grup arasında ayak onikomikozunun prevalansı, klinik şekilleri ve etkenleri yönünden anlamlı fark bulunamadı (P > 0.05). Bu çalışmanın sonuçlarına göre tırnağın mantar infeksiyonlarında psöriasisin kolaylaştırıcı etmen olmadığı ortaya konuldu. Bununla birlikte, psöriatik tırnaklarda onikomikoz önemli bir sorun olduğu ve gerek dermatologlar ve gerekse mikologlar tarafından üzerinde önemle durulması gerektiği ve ayırıcı tanıda mikolojik yöntemlerin yararlı olcağı belirlendi.
Gastroduodenal Patolojisi Olan Hastalardan Alınan Mide Biyopsisi Örneklerinde Helicobacter Pylori Prevalansının ve Genotiplerinin Belirlenmesi
H.pylori dünya nüfusunun % 50'den fazlasını infekte eden önemli bir infeksiyon ajanıdır. Mide infeksiyonunun prognozunu bakteriye bağlı CagA ve VacA toksinleri üretiminin ve bu toksinleri kodlayan genlerdeki allelik farklılıkların etkilediği gösterilmiştir. Tip-I suşlar olarak kabul edilen cagA+vacA+ suşlar kronik aktif gastrit, peptik ülser ve gastrik kanserler gibi daha ciddi tablolardan sorumlu iken, cagA-vacA- suşlar asemptomatik taşıyıcılık veya nonülser dispepsi (NÜD) ile ilişkilendirilmektedir. Tip-I suşlar kadar vacA allelik kombinasyonlarının prognoza etkisi Batı ve Doğu toplumlarında bölgesel farklılıklar göstermektedir. Prognozla ilgili doğru tahminler yapılabilmesi için, farklı coğrafi bölgelerdeki etken suşların moleküler yöntemlerle belirlenen genotipleri ve allelik kombinasyonları ile klinik tablo arasındaki ilişki bilinmelidir. Bu çalışmada, bölgemizdeki gastrit ve/veya mide ülserli (G/MÜ) hastalar ile duodenal ülserli (DÜ) hastalarda antrum ve korpus mukozasında H.pylori prevalansının ve genotiplerinin belirlenmesi amaçlandı. Bu çalışmaya, Ç.Ü. Tıp Fakültesi Gastroenteroloji Anabilim Dalı ile Sağlık Bakanlığı Adana Çukorova Devlet Hastanesi Gastroenteroloji polikliniklerine başvuran, gastroduodenal yakınması olan ve endoskopi endikasyonu alan 231 hasta dahil edildi. Biyopsi örneklerinden DNA ekstraksiyonu QIAGEN doku ekstraksiyon kiti ile yapıldı. Önce H.pylori kolonizasyonunu göstermek üzere PCR (Polymerase Chain Reaction) ile ureC genine spesifik diziler çoğaltıldı. Daha sonra ureC-PCR pozitif olan DNA örnekleri cagA ve vacA genlerinin tespiti için, spesifik dizileri hedef alan primerler kullanılarak çoğaltıldı. vacA pozitif olan DNA örneklerinin tamamında, vacA geninin ?s? ve ?m? allelleri allel spesifik primerler kullanılarak PCR ile arştırıldı. Böylece, H.pylori suşlarının Tip-I ve Tip-II genotiplerine ek olarak, vacA geninin allelik kombinasyonları da belirlendi. Çalışma sonunda 72'si (% 75.0) kadın ve 129'u (% 95.6) erkek hastalara ait olmak üzere 201 (% 87) hastanın biyopsi örneklerinden en az birisinde H.pylori ureC geni bulundu. H.pylori prevalansının G/MÜ'li hastalarda % 82.9, DÜ'li hastalarda da % 95.9 olduğu görüldü. Kolonize suşların % 84.1'inin cagA+vacA+ Tip-I suşlar olduğu, bu suşların G/MÜ'li ve DÜ'li kolonize hastalardaki prevalanslarının ise sırası ile % 78.6 ve % 94.3 olduğu tespit edildi. Tip-I suşlarda en sık karşılaşılan vacA allelik kombinasyonun 47 (% 27.8) suş ile s1a/m1b, Tip-II suşlarda ise 11 (% 36.7) suş ile s1/m2 olduğu görüldü. Özellikle, G/MÜ'li hastalara ait 59 (% 57.3) suşta s1c allelinin varlığı dikkat çekici bulundu. Sonuç olarak, H.pylori Tip-I suşları DÜ'li hastalarda G/MÜ'li hastalara göre istatistiki yönden anlamlı şekilde yüksek bulundu. Ayrıca, DÜ'li hastalarda kolonize olan suşlarda s1a alleline, G/MÜ'li hastalarda ise s1c alleline sahip Tip-I suşların prevalansı diğer allelik tiplerden istatistiksel olarak anlamlı şekilde daha yüksek bulundu.
Hastane kaynaklı Pseudomonas aeruginosa Suşlarının SDS- PAGE ve PFGE Yöntemleri ile karakterizasyonu
P.aeruginosa, gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde özelikle hastane kökenli infeksiyonlarda en önemli ajanlardan biridir. Hastanede yatış süresinin uzaması ve tedavi maliyetindeki artış hastane infeksiyonlarını hem gelişmekte olan hem de gelişmiş ülkelerde önemli hale getirmiştir. P.aeruginosa enfeksiyonlarının mikrobiyolojik tanısı, hastane enfeksiyonlarının en aza indirilmesi ve etkili bir tedavi planının oluşturulması açısından önemlidir. Ancak, P. aeruginosa enfeksiyonlarının yüksek prevelansı nedeni ile kökenleri birbirinden ayırabilen yöntemlerle suşlarının tiplendirilmesi, en az izolasyon ve identifikasyon kadar değerlidir. Fenotipik tiplendirme yöntemlerinin tekrarlanabilirlik düzeyinin düşük olması, suşları ayrım gücünün zayıf olması ve fenotipik olarak aynı ama genotipik olarak farklı suşları ayırt edememektedir. Bu sebeple son yıllarda tekrarlanabilirlik düzeyi ve suşları ayrım gücü yüksek, ayrıca fenotitpk profildeki değişimleri genom düzeyinde inceleyen genotipik yöntemler kullanılmaktadır. Bu çalışmada hastane kaynaklı P.aeruginosa suşlarının tiplendirilmesinde, fenotipik yöntemler ile genotipik yöntemlerin yeri ve değeri araştırılması amaçlanmıştır. Bu çalışmaya, Kasım-2006 ile Eylül-2007 tarihleri arasında kalan toplam 10 aylık süre içerisinde P.aeruginosa?nın neden olduğu hastane enfeksiyonu örneklerinden izole edilen toplam 24 örnek dahil edilmiştir. İzolatlara Kirby-Bauer yöntemi ile antibiyotik duyarlılık testi yapıldı ve oluşan profillere göre antibiyotipleme uygulandı. İzole edilen suşlar PFGE ve SDS-PAGE yöntemleri ile incelendi. Jel elektroforezinde gösterdikleri DNA ve protein profiline göre tiplendirme yapıldı. Çalışma sonunda antibiyotipleme ile 24 izolattan 20 tip, SDS-PAGE yöntemi ile 13 tip ve PFGE yöntemi ile de 20 tip belirlendi. Sonuç olarak hastane kaynaklı P.aeruginosa suşlarının tiplendirilmesinde genotipik tiplendirme yöntemlerinin tekrarlanabilirliği, ayrım gücü ve genom düzeyinde tiplendirme yapabilmesi nedeni ile daha duyarlı olduğu sonucuna varıldı. Anahtar Sözcük: P.aeruginosa tiplendirme, fenotipik tiplendirme, genotipik tiplendirme, SDS-PAGE, PFGE.
Bölgemizde gebe kadınlarda parvovirus b19 infeksiyonu ve fetusa etkisi
ÖZET Bölgemizde Gebe Kadınlarda Parvovirus B19 İnfeksiyonu ve Fetusa Etkisi Bu çalışma bölgemizde gebe kadınlarda parvovirus B19 infeksiyonunu araştırmak ve nonimmun hidrops fetalis(NIHF), spontan abortus ve intrauterin fetal ölüm(İUFÖ) vakalarında B19 infeksiyon insidansını tespit etmek için yapılmıştır. B19 infeksiyonunun tanısında B19 DNA tespiti için B19 spesifik nested PCR ve B19 spesifik IgM ve IgG antikorları için ELISA testi kullanıldı. NIHF (n=33) vakalarına ve spontan abortus (n=19) vakalarına ait parafine gömülü fetal ve plasental doku örnekleri ile kontrol olarak gebeliği zamanında sonlanan 40 normal gebe kadının plasental doku örneklerinde B19 DNA nested PCR testi ile analiz edildi. NIHF vakalarının 14'de(%42.4) ve spontan abortus vakalarının 6'da(%31.5) B19 DNA varlığı tespit edildi, oysa kontrol plasental dokularının hiçbirinde tespit edilmedi. Çalışmanın diğer serisinde NIHF (n=9), spontan abortus (n=27), İUFÖ (n=5) ve kontrol grubu olarak 47 sağlıklı gebe kadının serum örnekleri PCR ve ELISA ile test edildi. NIHF vakalarının 4'de(%44), spontan abortus vakalarının 9'unda(%33) ve İUFÖ vakalarının 1'inde(%20) hem PCR hem de ELISA testi ile B19 infeksiyon tanısı kondu. Ayrıca, kontrol grubunda B19 IgG prevalansı %51 bulundu ve bu örneklerden 4'de IgM tek başına veya IgM ve IgG antikorlarının birlikte olması, %8.3'lük bir oranla geçirilmekte olan B19 infeksiyonunu gösterdi ki, bu bölgemizde çalışma sırasında epidemik bir periyodu yansıtabilir. Sonuç olarak, bulgularımız B19 ile ilişkili NIHF insidansının oldukça yüksek olduğunu gösterdiğinden hidrops fetalis görülen gebe kadınlarda B19 infeksiyonunun erken tanısında nested PCR ve ELISA testlerinin birlikte kullanılması gereklidir. Anahtar Sözcükler: Parvovirus B19, Gebelik, Hidrops fetalis, Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), B19 IgM antikoru, B19 IgG antikoru
Study of the synergistic effect of Saussurea costus and Cinnamomum cassia extracts with resistant antibiotics on the tonsillitis children's pathogens
The study included the collection of 60 samples of children between 1-10 years with tonsillitis from both genders, for the period between 15/11/2021 to 15/2/2022, from Samarra General Hospital and private clinics in Iraq. The statistical analysis showed significant differences of infection between male and female, at 63.33% and 36.66%, respectively. As for age groups, the highest infection rate was in the 5-6-year-old group with a rate of 36.66%. 53 samples gave a bacterial growth rate of 88.33%, and bacterial isolates were diagnosed by a set of microscopic and biochemical tests. The results of this diagnosis showed that Staphylococcus aureus was one of the most common bacterial isolates in tonsillitis, with a rate of 60.37%, Streptococcus viridanse 13.20%, Bacillus 9.43%, Streptococcus pyogenes 7.54%, Pseudomonas aerginosa 5.66%, and Klebsiella pneumoniae 3.77%. Isolates, were tested for sensitivity to ten antibiotics. The inhibitory effect of two types of hot and alcoholic aqueous plant extracts of cinnamon and coctus on isolated bacteria at concentrations (12.5, 25, 50, 100, 200, 400) mg / mL were studied. The results of the current study showed the superiority of alcoholic extracts over hot aqueous extracts in inhibiting the growth of bacterial isolates. This is a new finding for Iraq regarding the synergistic blend of these plants with bacteria resistant. 2022, 57 pages Keywords: Tonsillitis, Saussurea costus, Cinnamomum cassia, Antibiotics
Bölgemizde akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus infeksiyonlarının moleküler epidemiyolojisi
Rotavirus bütün dünyada yeni doğan ve küçük çocuklarda akut gastroenteritin major etkeni olup çocuk ölümlerinin en önemli sebebidir. Bölgemizde akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus infeksiyonlarının moleküler epidemiyolojisini araştırmak amacıyla 2008 yılında 5 yaş altı akut gastroenteriti olan 188 çocuktan dışkı örnekleri toplandı. Dışkı örnekleri Grup A rotavirus antijen tespiti için ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay) testi ile analiz edildi. RT-PCR (Reverse-transcription-polymerase chain reaction) ve multipleks semi-nested PCR testi ile rotavirus G ve P genotiplemesi yapıldı. Toplam 188 hastanın 41'inde (%21.8) rotavirus antijeni pozitif bulundu. En baskın rotavirus genotipi G1P[4] %26.8 oranında olup bunu G4P[4] %17, G9/P[4] %7.4 ve G1P[6] ve G1P[10] genotiplerinin herbiri %2.4 oranlarında izledi. Rotavirus diaresi olan çocuklarda miks infeksiyonların görülme oranı %36.6 olarak tespit edildi. G1 genotipi (%70.7) en çok görülen G genotipi olup ardından G4 (%19.5) ve G9 (%17) bulundu. En yaygın P genotipi %85.3 oranla P[4] olup P[10] %29.2, P[8] %12.2, P[11] %7.4 ve P[6] %4.9 oranlarında tespit edildi. Bölgemizde akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus infeksiyonunun insidansı ve rotavirus G ve P genotiplerinin dağılımının belirlenmesi rotavirusa karşı aşı geliştirme stratejilerinin oluşturulmasına katkıda bulunacaktır.
Bölgemizde servikal kanser ve prekanseröz lezyonları olan kadınlarda onkojenik human papillomavirus genotiplerinin prevalansının belirlenmesi
Servikal kanser bütün dünyada kadınlar arasında görülen en yaygın ikinci kanserdir. Human papillomavirus (HPV) servikal kanserin primer etyolojik ajanıdır. Bu çalışma Çukurova bölgesinde servikal kanser ve prekanseröz lezyonları olan kadınlarda HPV genotiplerinin prevalansını tespit için yapılmıştır. Bu amaçla skuamoz hücreli servikal kanser tanılı 27 kadın, 18 CIN1 (cervical intraepithelial neoplasia), 16 CIN2/3 ve kontrol grubu olarak normal servikal sitolojisi olan 122 kadına ait örneklerde HPV DNA tespiti için MY09/11 ve GP5+/6+ konsensus PCR (polymerase chain reaction) testi kullanılmıştır. HPV genotiplemesi multipleks floresan PCR testi olan f-HPV typing Kit (Molgentix, Barcelona, Spain) ile yapılmıştır. Floresan ile işaretli PCR ürünleri ABI 3130 genetic analyzer (Applied Biosystems) cihazında kapiller elektroforez ile analiz edilmiştir. HPV prevalansı servikal kanserde %92.5, CIN2/3'de %81.2, CIN1'de %66,6 ve kontrol grubunda ise %6.5 oranında bulunmuştur. Servikal kanser vakalarında en yaygın tip %66.6 oranla HPV16 olup ardından HPV18 (%11.1) ve HPV31, 58, 59 ve 68 (her biri %3.7) izlemiştir. CIN 2/3 lezyonlarında da HPV16 (%56.2) en baskın tip olup sonraki yaygın tipler HPV18 (%12.5), HPV11 (%12.5), HPV45, 51, 52, 58 ve 6 (her biri %6.2)'dır. CIN1'de en çok bulunan tip HPV59 (%22) olup diğer tipler HPV16 (%16.6), HPV11 (%11.1), HPV18, HPV31 ve HPV 35 (her biri %5.5)'dir. HPV16 ve/veya HPV18 enfeksiyonu servikal kanser vakalarının %74'ü (20/27) ve CIN2/3 vakalarının %62.5'inde (10/16) tanınmıştır. Sonuç olarak bölgemizde servikal kanser ve CIN2/3 tanılı kadınlarda bulunan en baskın iki tip HPV16 ve HPV18 olup günümüzde kullanılan profilaktik HPV aşılarının hedeflediği tiplerdir. Bölgemizde servikal kanser ve prekanseröz lezyonu olan kadınlarda HPV genotiplerinin dağılımının araştırılması HPV aşılarının etkinliğinin değerlendirilmesi için önemlidir.
Çukurova bölgesinde elde edilen Mycobacterium tuberculosis izolatlarının tür tayininde IS6110-RFLP yönteminin kullanılması
Tüberküloz günümüzde hala tüm dünyada görülen ve giderek önem kazanan halk sağlığı problemlerinden biridir. HIV epidemisi ile birlikte gelişmiş ülkelerde de yeniden artış trendine giren Mycobacterium tuberculosis enfeksiyonlarının kontrolünde; yeni, daha hızlı, ucuz, sensitif ve spesifik tanı yöntemleri ile daha etkili anti-tüberküloz ilaçların yaratılması ve mikroorganizmanın toplum içerisindeki hareketleri ile bulaş yollarının tespitine imkan sağlayacak genom düzeyinde tanımlama yapabilen epidemiyolojik yöntemlerin geliştirilmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışma ile Çukurova bölgesindeki 2007-2010 yılları arasında izole edilen M. tuberculosis izolatlarının IS6110-RFLP yöntemi ile tiplendirilmesi amaçlanmıştır.Çalışmaya 2007- 2010 yılları arasında Çukurova bölgesinde bulunan farklı hastane ve verem savaş dispanserlerinden akciğer tüberkülozu veya temas kuşkusu ile laboratuarımıza gönderilen hastalara ait klinik materyalden izole edilen 230 Mycobacterium tuberculosis kompleks suşu dahil edilmiştir. Suşlar klonal düzeyde tanı amacı ile IS6110-RFLP yöntemi ile değerlendirilmiştir.IS6110 RFLP analizi ile çalışılan 230 izolattan 146 farklı patern belirlenmistir. Yüz yirmi örneğin bulunduğu 35 küme (%29.1), 62 özgül profil (%26,9), 36 benzer suş(%15,6) bulunmuş olup 12(%5,2) örnek tanımlanamamıştır. Bu çalışma sonunda, ülkemizde yapılan diğer IS6110-RFLP çalışmalarına ait sonuçlar kıyaslandığında kümeleşme oranın daha düşük olduğu görülmüştür.
Karbapenem dirençli Acinetobacter baumannii izolatlarında direnç genlerinin Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile araştırılması ve Pulsed Field Gel Electrophoresis yöntemi ile genotip tayini
Acinetobacter baumannii özellikle yoğun bakım ünitelerinde nozokomiyal infeksiyonlara ve salgınlara yol açan önemli bir patojendir. Karbapenem grubu antibiyotikler de dahil, çoklu ilaç direnci göstermesi bu patojenle olan infeksiyonların tedavisinde ciddi problemlere sebep olmaktadır. Karbapenem direnci sıklıkla OXA tipi karbapenemazlar ile oluşmaktadır. OXA tipi enzimler 4 subgrupta (OXA-51, OXA-58, OXA-23, OXA-24) toplanır. Acinetobacter izolatlarında OXA-51 subgrubundaki enzimler intrinsik olarak bulunurken, mobil elementler ile horizontal olarak kazanılan genlerle kodlanan OXA-58, OXA-23 ve OXA-24 subgrup enzimlerde beraberinde bulunabilmektedir. Ayrıca blaOXA-51 geninin upstream bölgesinde yerleşen ISAba 1 segmenti de transkripsiyonel bir promotor olarak ß-laktamaz gen ekspresyonunu indüklemektedir.Bu çalışmada hastanemizde hastane enfeksiyonlarndan izole edilen karbapenem dirençli A. baumannii izolatlarında karbapenemaz enzimini kodlayan blaOXA genlerinin subgruplarının Multipleks PCR, ISAba1 segmentinin tek tüp PCR yöntemi ile araştırılması ve klonal ilişkilerinin PFGE yöntemi ile belirlenmesi amaçlanmıştır.İncelenen 55 izolatın tamamında(%100) OXA 51 ve ISAba1 geni tespit edilmiştir. İzolatların 4(%7.27)ünde OXA 58, OXA 51 ve ISAba1, 3(%5.45)ünde OXA24, OXA51 ve ISAba1 geni belirlenmişken OXA 23 geni hiç bir izolatta bulunamamıştır. PFGE ile klonal ilişkilerinin incelenmesi sonucu, 55 izolatın 29(%52.72)'unun yakın ilişkili olduğu ve aynı klondan köken aldığı görülmüştür.Anahtar sözcük: Anahtar Sözcük: Acinetobacter baumannii, blaOXA21, blaOXA23, blaOXA51, blaOXA58, PFGE
Dermatofitlerin çabuk tanısında (Gaca)4, Its1 ve Its2 bölgelerini hedef alan primerlerin etkinliğinin karşılaştırılması
Dermatofitozların patogenezinin ve klinik öneminin tam olarak anlaşılabilmesi için dermatofit grubu mantarların doğru identifikasyonu gereklidir. Rutin çalışmalarda, dermatofit grubu mantarların doğru sınıflandırılması ve tanısı kolay değildir. Uygun in vitro koşullar altında bol miktarda üretilebilen makrokonidiyum morfolojisi dermatofitlerin sınıflandırılmasında önemli bir kriterdir. Ancak, bazı dermatofit türleri, M. audouinii, M. ferrugineum, T. concentricum, T. schoenleinii, T. soudanense, T. verrucosum, T. violaceum, ve T. yaoundei, nadiren makrokonidiyum oluşturur ve identifikasyonları güçtür. Bu çalışmada, real-time PCR yönteminin dizaynı, optimizasyonu ve değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Testin performansı, nadiren makrokonidiya üreten ve yukarıda bahsedilen 8 türü temsil eden 26 standart köken ile laboratuvarımızda izole ve identifiye edilen, M. canis (n = 4), T. mentagrophytes (n = 2), T. rubrum (n = 20), T. rubrum morfotip "raubitschekii" (n = 2) ve T. tonsurans (n = 1 )'ın dahil olduğu 29 klinik izolat olmak üzere toplam 55 dermatofit suşu ile değerlendirilmiştir. Çalışmada real-time PCR 12 dermatofit türünü de doğru tanıdı. Sonuç olarak, real-time PCR yüksek özgüllük ve duyarlılığı ile dermatofit türlerinin, özellikle nadiren makrokonidiya oluşturan türlerin tanısını kolaylaştırdı ve çabuklaştırdığı görüldü. Bu yöntemin en önemli avantajı dermatofit grubu mantarların doğru ve güvenilir tanısına olanak sağlamasıdır.
Mycobacterium tuberculosis izolatlarının 24 lokus mycobacterial interspersed repetitive units variable number of tandem repeats (MIRU-VNTR)yöntemi ile genotiplendirilmesi
Mycobacteriumtuberculosisizolatlarının 24 LOKUS MYCOBACTERIAL INTERSPERSED REPETITIVE UNITS VARIABLE NUMBER OF TANDEM REPEATS(MİRU ? VNTR)YÖNTEMİ İLE GENOTİPLENDİRİLMESİTüberkülozun az gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerdeki yüksek prevalansının yanı sıra HIV ile birlikte gelişmiş ülkelerde de yeniden artma trendine giren insidansı, en az 2 major ilaca dirençli (MDR) ve florokinolonlarla birlikte en az enjektable minor ilaca dirençli (XDR) suşlarının ortaya çıkışları ve global yayılım gösterme eğilimleri M tuberculosis kontrol çalışmalarında moleküler düzeyde sürveyansın önemini artırmıştır. Bu çalışmada Ç.Ü Tropikal Hastalıklar Araştırma ve Uygulama Merkezi (THAUM) ve Bölge Tüberküloz laboratuarına gönderilen akciğer tüberkülozu şüphesi olan hastalardan gönderilen balgam örneklerinden sıvı [BACTEC 960 TB (hızlı)] ve katı [Löwenstein Jensen Besiyeri (yavaş)] kültür ortamlarında üretilen ve ticari kart testler ile M.tuberculosis kompleksi ön tanısı alan M.tuberculosis izolatları MIRU-VNTR yöntemi ile genotiplendirilmiştir.Anahtar Kelimeler :M.tuberculosis, MIRU-VNTR, PCR
Bakteriyel vaginosis'li ve sağlıklı kadınların genital ve rektal sürüntü örneklerinden izole edilen laktobasillerin (duderlein basilleri) tanımlanması ve genotipik özelliklerinin araştırılması
ÖZET Bakteriyel vaginosis'li ve sağlıklı kadınların genital ve rektal sürüntü örneklerinden izole edilen laktobasillerin (duderlein basilleri) tanımlanması ve genotipik özelliklerinin araştırılması Bakteriyel vajinosis (BV) tüm dünyada puberte dönemindeki kadınlarda en sık görülen alt genital sistem yakınmasıdır. Vajendeki ekosistemin bozulması sonucu koruyucu laktobasillerin azalması ve anaerob bakteri sayısının aşırı derecede artması sonucu ortaya çıkar. Yaş, hormonal yapı, sık cinsel ilişki, artmış partner sayısı, vajinal duş ve pH artışı gibi sebepler sonucu ortaya çıkar. Etyolojisi tam olarak bilinmemektedir. Ancak BV?in karekteristik özelliği laktobasillerin azalmasıdır. Bu sebeple BV tedavisinde antibiyotiklere alternatif veya katkı olarak laktobasillerin oral veya vajen içi yolla kullanımı önerilmektedir. Dayanak olarak da kadınlarda vajende florayı oluşturan laktobasillerin komşuluk ilişkisi ile kolondan gelen laktobasiller oldukları ileri sürülmektedir. Bu çalışmada sağlıklı asemptomatik 40 kadından alınan vajinal ve rektal sürüntü örnekleri laktobasil insidansı ve türlerinin dağılımını tespit için sellektif kültür yöntemleri kullanılarak değerlendirilmiştir. Ayrıca laktobasillerin tanı ve tiplendirilmesinde fenotipik yöntemlerin yanı sıra ilk defa RAPD-PCR yöntemi denenmiştir. Çalışmaya dahil edilen kadınların vajen sürüntü örneklerinin pH ölçümü, KOH testi, gram yayma preparatlarının Ison&Hay kriterlerine göre değerlendirilmesi sonucu 5 (%15)?inin asemptomatik BV bulgularına sahip oldukları görülmüştür. Kadınların vajen ve rektum sürüntü örneklerinden 132 farklı bakteri kolonisi laktobasil şüpheli bulunmuş, kristal yöntemi ile bunlardan 111?inin 11 farklı türe ait laktobasil olduğu, RAPD-PCR ile yapılan tiplendirmede ise sadece 101?inin 9 farklı tür laktobasil olduğu tespit edilmiştir. RAPD-PCR sonucları baz alındığında 28 (%70) kadında vajen, 31 (%77.5) kadında da rektal sürüntü örneklerinde en az bir laktobasil türünün kolonize olduğu, vajen de en sık kolonize olan türün 9 izolat ile L. gasseri olduğu, bu türün rektumdan 2. sıklıkta izole edilen tür olup kadınların 6? sında hem vajen hem de rektum örneklerinde kolonize olduğu görülmüştür. Ayrıca vajen florasında laktobasil bulunan 28 kadının 21 (%75)?inde izole edilen laktobasil türlerinden en az birisinin rektumda kolonize olduğu görülmüştür. Sonuç olarak bölgemiz kadınlarında vajen ve rektumunda kolonize olan laktobasil türleri arasında yüksek oranda benzerlik olduğu görülmüş, olup vajene kolonize olan laktobasillerin rektum kökenli oldukları tezi desteklenmiştir. Anahtar Sözcükler: Bakterial vajinozis, Laktobasil, RAPD-PCR
Endoservisitli ve normal kadınlarda servikal sürüntü ve ilk akım idrar örneklerinde Polimeraz zincir reaksiyonu ile Chlamydia trachomatis ve Neisseria gonorrhoeae sıklığının araştırılması
ÖZET Endoservisitli ve normal kadınlarda servikal sürüntü ve ilk akım idrar örneklerinde Polimeraz zincir reaksiyonu ile Chlamydia trachomatis ve Neisseria gonorrhoeae sıklığının araştırılması Kadın genitoüriner sistem infeksiyonlarında endoservikal sürüntü ve ilk idrar örnekleri kullanılarak C trachomatis ve N gonorrhoea?nın PCR yöntemi ile tanısında örneklerin duyarlılık, özgüllük ve kabul edilebilirliklerini tespit amacı ile planlanan çalışmada 267 kadına ait örnekler değerlendirilmiştir. Örnek alınan kadınların %56.5 oranı ile 30-39 yaş grubunda yoğunlaştıkları görüldü. AKDHP?de takip edilen kadınlara ait idrar örneklerinde In-house PCR`ın, PCR ile tanı için referans materyal olan endoservikal sürüntü örnekleri sonuçları baz alındığında, duyarlık, özgüllük ve kabul edilebilirliği, sırası ile; %81.25 , %81.8 ve %86.77 olarak tespit edilmiştir. N gonorrhoea için bu oranlar %100 olduğu, DZHP?de takip edilen kadınlara ait duyarlık, özgüllük ve kabul edilebilirliği, sırası ile; %64.3,%92.3 ve %86.77 olarak tespit edilmiştir.. N gonorrhoea için bu oranlar idrar örneklerinde de %100 bulundu. Bu sonuçlara göre CYBH?ların en önemli iki patojeni ve konvansyonel kültür yöntemleri ile tanısında zorluk çekilen C trachomatis ve N gonorrhoea?nın PCR bazlı yöntemlerin hızlı,kolay,ucuz ve yüksek duyarlılıkta olduğu ve ilk idrarın servikal sürüntü örneklerine benzer duyarlılıkta ancak hasta için daha rahat olması sebebiyle tercih edilebileceği görülmüştür. Anahtar Sözcükler: C trachomatis ,N gonorrhoea,ilk idrar ,endoservikal sürüntü örnekleri ve PCR.
İntraabdominal enfeksiyonlarda sekonder ve tersiyer peritonit etkeni olan gram negatif bakterilerin moleküler sürveyansı
Risk faktörü bulunmayan toplum kökenli intraabdominal enfeksiyonlarda antimikrobiyal direnç önemli bir sorun değil iken, hastane kökenli enfeksiyonlarda yüksek mortalite oranlarına yol açmaktadır. Özellikle de, Escherichia coli, Klebsiella pneumonia, Acinetobacter baumannii ve Pseudomonas aeruginosa gibi tersiyer peritonit etkeni olarak sıklıkla izole edilen gram negatif bakterilerle yapılan güncel çalışmalar New Delhi Metallobetalaktamaz (NDM-1) gibi neredeyse bütün antibiyotiklere karşı direnç gelişmesine sebep olabilen yeni mekanizmalar açığa çıkarmaktadır. Hastanemizde de altta yatan hastalıkları daha fazla olan hasta grubunda cerrahi uygulanması yanı sıra daha komplike ameliyatların gerçekleştirilmesi nedeniyle, bölgemizdeki diğer üçüncü basamak hastanelere göre daha ağır abdominal sepsis olguları görülmektedir. Bu hastalarda kaynak kontrolü ile birlikte erken ve etkili antimikrobiyal tedavi hayat kurtarıcıdır. Bu sebeple, etken mikroorganizmaların fenotipik ve genotipik özelliklerinin birlikte değerlendirilmesi daha da önemli hal almaktadır. Çalışmamızın amacı hastanemizde intraabdominal enfeksiyonlu hastalardan sekonder ve tersiyer peritonit etkeni olarak izole edilen gram negatif bakterilerin direnç paternlerinin tespiti ve aralarındaki filogenetik ilişkinin belirlenmesidir. Çalışmamızda, Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesinin Genel Cerrahi Servisinde ve Cerrahi Yoğun Bakım Ünitesinde sekonder ve tersiyer peritonit klinik tanısı ile yatarak takip edilen ardışık hastalar iki grup halinde incelendi. Birinci grubu başka bir hastanede opere edilen hastalar; ikinci grubu ise çalışma yapığımız hastanede opere edilen hastalar oluşturdu. Her iki grup hastadan da kan kültürü ve/veya pürülan akıntısı varsa sürüntü örneği alındı. İzolatların tür düzeyinde identifikasyonu ve antibiyotik direnç paternlerinin tespiti VITEK-II otomatize sistemle yapıldı. Moleküler olarak dirençli olan suşlar arasındaki akrabalık ilişkisini bulmak için Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) yöntemi kullanıldı. Çalışma sonunda; peritonit tanısı konan hastalardan izole edilen 32 Gram(-) suşun 20'si E.coli. 6'sı K. pneunmoniae. 3'ü P.aeruginosa. 1'i Proteus spp, 1'i A. baumannii ve 1'i Achromobacter xylosoxidans olarak belirlendi. Kullandığımız PFGE yöntemi izolatlarımız arasında önemli bir klonal ilişkinin bulunmadığını gösterdi.
Kemik iliği transplantasyonu yapılan çocuk hastalarda bk virus enfeksiyonları
BK virus (BKV) ile ilişkili hemorajik sistit, hematopoetik kök hücre transplantasyonu (HKHT) yapılan hastalarda yaygın görülen bir komplikasyondur. Bu çalışmanın amacı HKHT yapılan çocuk hastalarda BKV enfeksiyonu insidansının araştırılmasıdır. Çalışmaya Kasım 2015 ile Kasım 2016 arasında izlenen yaşları 16 ay ile 16 yaş arasında değişen toplam 51 hasta dahil edilmiştir. Hastalar BKV DNA'nın idrar ve kanda tespiti için kantitatif real-time PCR (Anaolia Geneworks, Türkiye) testiyle moniterize edilmiştir. Hastaların 46'sına allojenik ve 5'ine otolog HKHT yapılmıştır. Allojenik nakil yapılan 46 hastanın 26'sında (% 56.5) ve otolog nakil yapılan 5 hastanın 1'inde (% 20) olmak üzere toplam 27 (% 52.9) hastanın idrar ve/veya kanında BKV DNA pozitifliği saptanmıştır. Allojenik HSCT yapılan hastaların % 26'sında (12/46) preemptif tedavi için gereken idrarda BKV viral yük düzeyi >107 kopya/ml'nin üstünde tespit edilmiştir. Preemptif tedavi uygulanan 12 hastanın 9'unda (% 75) hemorajik sistit gelişmesi önlenirken 3'ünde (% 25) hemorajik sistit gelişmiş ve tedaviyle iyileşmiştir. Hemorajik sistit gelişmesinden önceki iki hafta içinde BKV viruri >109 kopya/ml üstünde bulunmuş olup hemorajik sistitin prediktif tanısı için prognostik bir gösterge olarak kabul edilmiştir. BKV viremisi ise sadece 1 hastada sistit gelişmesinden önceki iki hafta içinde >104 kopya/ml üstünde tespit edilmiştir. Sonuç olarak HKHT hastalarının BKV enfeksiyonu, özellikle BKV viruri yönünden izlenmesi yüksek risk altındaki hastalarda hemarojik sistitin prediktif tanısı için önerilir.
Broylerden izole edilen escherichia coli'lerin önemli virulans genlerinin ve antibiyotik direncinin incelenmesi
Kanatlı patojenik Escherichia coli (APEC)'nin neden olduğu kolibasilozis, E. coli'nin konakçıda yapışmasını ve çoğalmasını teşvik eden spesifik genler tarafından kodlanan virülens faktörleri bulunduğunda meydana gelir. Bu çalışmada, broyler iç organlarından elde edilen APEC izolatlarında sideroforları (iucD, iroN, iutA), toksinleri (astA, vatA, hlyF), adezinleri (papC, tsh), serum direncini (iss, ompT) ve kolisini (colV) kodlayan virülens gen (VG) varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile ve izolatların antibiyotik dirençlerinin disk difüzyon yöntemi ile incelenmesi amaçlandı. En az beş VG taşıyan izolatlar klinik APEC (cAPEC) daha az VG taşıyanlar potansiyel APEC (pAPEC) ve en az üç veya daha fazla antimikrobiyal madde sınıfına dirençli olanlar çoklu antibiyotiğe dirençli (MDR) olarak değerlendirildi. cAPEC ve pAPEC arasındaki VG sıklığını karşılaştırmak için Ki-Kare (χ2) testi kullanıldı ve χ2 testinde P≤0.05 anlamlı olarak kabul edildi. Yüz yetmiş üç broylerden 140 (%80,1) APEC izole edildi. Çalışmanın sonunda 140 izolattan 86'sının (%61,4) cAPEC, 54'ünün (% 38,6) pAPEC olduğu ve bu izolatların 47 virülans genotipi taşıyordığı saptandı. iss (%78.6), iutA (%75.7), iroN (%68.6), hylF (%61.4), ompT (%60.0) genleri en yüksek oranda tespit edilen genlerdi. Araştırılan diğer genler ise; iucD (%40.0), tsh (%27.1), colV (%25.7), papC (%21.4), vatA (%8.6), astA (%4.3) daha düşük sıklıklarda saptandı. χ2 testi, tüm virülans genlerinin cAPEC ve pAPEC suşları arasındaki dağılımının önemli olduğunu gösterdi. Tüm izolatların, amoksisilin, trimetoprim sülfametoksazol, amoksisilin klavulanik asit ve siprofloksasine karşı yüksek düzeyde direnç gösterdiği bulundu. Birden fazla demir taşıma sistemine sahip olmanın APEC sağkalımı üzerinde önemli bir rol oynadığı, virülans genlerinin PZR yöntemiyle incelenmesinin patojenite testi yapmaktan daha pratik olduğu ve virülans genotiplerinin karakterize edildiği VG bazlı teşhis yöntemlerinin geliştirilmesinin gelecekteki aşı çalışmaları için faydalı olabileceği sonucuna varıldı.
Laktik asit bakterileri ve hücresiz süpernatantlarının yara enfeksiyonlarına yol açan önemli patojenlere karşı potansiyel probiyotik etkilerinin araştırılması
Probiyotik laktik asit bakterileri, savunma hücre üretimini stimüle ederek yara iyileşmesine yardımcı olabilir ve pek çok patojen bakteriye karşı antimikrobiyal ve antibiyofilm etkinlik gösterebilirler. Bu çalışmada çeşitli fermente süt ürünlerinden izole edilen 12 laktik asit bakteri aktif kültür ve hücresiz süpertantların, Pseudomonas aeruginosa ve Staphylococcus aureus' a karşı antimikrobiyal etkilerinin, ayrıca hücresiz süpernatantların patojenlerin biyofilm oluşturmalarını inhibe edici ve oluşturulan biyofilmleri yıkıcı etkilerinin değerlendirilmesi amaçlandı. Aktif kültürler agar spot, hücresiz süpernatantlar ise agar kuyu difüzyon yöntemiyle değerlendirildi. Biyofilm deneyleri için ise, kantitatif mikrodilüsyon plak yöntemi kullanıldı. İzolatların 16S rRNA PZR analizleriyle: Pediococcus parvulus (%8.3, 1/12), Lactobacillus paracasei (%16.7, 2/12), Leuconostoc mesenteroides (%16.7, 2/12), Lactobacillus coryniformis (%8.3, 1/12), Lactobacillus reuteri (%16.7, 2/12), Lactobacillus rhamnosus (%8.3, 1/12), Lactobacillus alimentarius (%8.3, 1/12), Lactobacillus delbrueckii (%8.3, 1/12) ve Lactococcus lactis (%8.3, 1/12) türleri olduğu belirlendi. İzolatların antibiyotik duyarlılık profilleri E-test yöntemi ile değerlendirildi ve seçili antibiyotiklere karşı duyarlı olduğu tespit edildi. Antimikrobiyal aktivite bulgularına göre; L. delbrueckii subsp. bulgaricus suş ND04 ve L. mesenteroides subsp. mesenteroides suş CAU4374 aktif kültür ve hücresiz süpernatantlarının (HS-72) patojen bakteriler içerisinden yalnızca P. aeruginosa suşlarına gösterdikleri inhibisyon etkilerin benzer oldukları değerlendirildi. Hücresiz süpernatantlar ile ayrı ayrı yapılan üç uygulama içerisinden, her bir patojen için en yüksek biyofilm inhibisyon oranı belirlendi. Buna göre HS-72'nin patojen ile beraber inkübasyonu sonucunda: P. aeruginosa ATCC 15692 ve P. aeruginosa ATCC 27853 için sırasıyla %96.0 ve %95.7 (L. lactis suş IL6288), S. aureus ATCC 35556 için %94.2 (L. reuteri suş SKB1241) ve S. aureus ATCC 6538 için %96.2 (L. paracasei suş RV-M192) kaydedilen en yüksek inhibisyon oranlarıdır. İnhibisyon etkilerin antimikrobiyal aktivite deneylerinde organik asitlerden, biyofilm deneylerinde ise, süpernatantlardaki diğer inhibitör maddelerden kaynaklanabileceği düşünülmektedir. P. aeruginosa ve S. aureus'un oluşturdukları biyofilmlerin, kronik yaraların tedavisinde karşılaşılan önemli bir problem olduğu göz önüne alındığında, bu çalışmada laktik asit izolatlarına ait hücresiz süpernatantların, patojenlerin biyofilm oluşturmalarını inhibe edici ve oluşturulan biyofilmleri yıkıcı etkilerinin belirlendiği yeni bulguların bilimsel literatüre katkı sağlayacağı düşünülmektedir. Anahtar kelimeler: Biyofilm, hücresiz süpernatant, laktik asit bakterileri, yara enfeksiyonları.
Subklinik mastitisli keçilerden izole edilen stafilokok türlerinin farklı virulens özelliklerinin araştırılması
Araştırmamızda subklinik mastitisli keçilerden izole edilen Stafilokok suşlarının virulens faktörleri, enterotoksinleri, antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Subklinik mastitisli keçilerden toplanan 110 süt örneğinden izole edilen Stafilokok suşları araştırmanın temelini oluşturmaktadır. Stafilokok suşları biyokimyasal testlere tabii tutulmuş ve koagulaz pozitif ve negatif olarak ayrılmıştır. Bu izolatlar genotipik olarak PCR ile tiplendirilmiş ardından sekans analizleri yapılarak tam identifikasyonları gerçekleştirilmiştir. İdentifiye edilen Stafilokok suşlarının Panton Valentine Leukocidin (PVL), Clumping factor (CLFA), Coagulase (coa), Alpha hemolysin (Hla), Beta Hemolysin (Hlb), Ý-hemolysin (Ý-hlg) ve Enterotoksin tiplendirilmeleri moleküler yöntemlerle yapılmıştır. Stafilokok izolatlarının sahada sıklıkla kullanılan antibiyotikler ile antibiyogramları gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak numunelerden %23.6 oranında Stafilokok izolasyonu yapılmıştır. Yapılan identifikasyon çalışmaları sonucunda, 5 S. equorum (%19), 5 S. pettenkoferi (%19), 5 S. epidermidis (%19), 3 S. warneri (%12), 3 S. caprae (%12), 2 S. capitis (%7), 1 S. simulans (%4), 1 S. hominis (%4) ve 1 S. aureus (%4), 15 (%13.8) Streptococcus sp., 13 (%12) Bacillus sp., 10 (%9) Lactobacillus sp., 7 (%6.3) Shigella sp., 7 (%6.3) E. coli, 7 (%6.3) Corynebacterium sp., 5 (%4.5) Klebsiella sp. ve 3 (%2.7) Flavobacterium sp. izole ve identifiye edilmiştir. Toplam 17 (%15.5) örnekte ise bakteriyel üreme görülmemiştir. Araştırmamızda elde edilen Stafilokok izolatlarının da söz konusu antibiyotik gruplarından olan Amoksisilin-Klavulanik asit, Ampisilin ve Penisilin G antibiyotiklerine karşı dirençli bulunduğu saptanmıştır. Bu araştırma ile subklinik mastitis etiyolojisinde yaklaşık olarak %70 oranında önemli bir rol oynayan Stafilokokların keçilerde görülen subklinik mastitis hakkındaki bölgesel profili çıkarılmıştır.
Bazı antiseptik dezenfektanların antimikrobiyal aktivitelerinin ın vıtro olarak araştırılması
Amaç: Araştırmamızda, hastanelerde sık kullanılan sekiz adet dezenfektanın dört adet standart bakteri suşu üzerine etkisi ve etki süresinin kalitatif dilusyon yöntemi ile incelenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu tez çalışmasında etil alkol, povidon iyot, hidrojen peroksit, gluteraldehit, benzalkolyum klorür, lizol, klorhekzidin ve hipoklorit gibi dezenfektanların, Staphylococcus aureus ATCC 6539, Escherichia coli ATCC 25922, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, ve Klebsiella pneumoniae 13883 standart suşlarına karşı antimikrobiyal etkinlikleri ve etki süresi kalitatif süspansiyon metodu ile araştırılmıştır. Etil alkol için %95 (sulandırmadan), %70 ve %50, diğer dezenfektanlar için 1/10, 1/100 ve 1/1000'lik dilüsyonlar hazırlanmıştır. Üreme zaman aralıkları ise 1-2-5-10-30 dk olarak belirlenmiş, değerlendirme; süreler sonunda üremenin olmaması dezenfektanın bakterisidal etkisi olduğu şeklinde yorumlanmıştır. Bulgular: Bu çalışmada tüm sulandırmalarda 1 dakikalık maruziyet sonrası tüm bakterilerin üremesini inhibe eden dezenfektan olarak sadece %95'lik etil alkol saptanmıştır. 1/10 sulandırmada yine 1 dakikada tüm bakterilerin üremesini inhibe eden glutaraldehit (%2) en etkili dezenfektan olarak gözlenmiştir. Etil alkolün %70'lik konsantrasyonunun bakterilerle en az 2 dakika temasının uygun olduğu tespit edilmiştir. Sodyum hipoklorit (%5) 1/10 sulandırmada kullanıldığında 1 dakikalık temas ile tüm bakterilerin üremesini inhibe ederken, 1/100 sulandırmada tüm bakterileri öldürmek için en az 5 dakika süre ile uygulanması uygun bulunmuştur. Sonuç: Sonuç olarak hem hastaların hem de sağlık çalışanlarının hastane enfeksiyonlarından korunabilmesi için tüm hastanelerde dezenfeksiyon politikası oluşturulmalıdır. Her hastanenin kendi mikroorganizmalarına karşı etkili antiseptik ve dezenfektanları tespit etmesi hem maliyet hem de güvenli sağlık ortamı için faydalı olacaktır.
Helicobacter pylorı üst gastrointestinal patolojisi olan hastalardaki IL-6, IL-8, IL-10, IL-17A VE IL-19 gen ekspresyonları ve mutasyonlarının klinik korelasyonunun araştırılması
Helicobacter pylori (H. pylori), dünya nüfusunun yarısından fazlasını enfekte eden ve midede neoplastik ve inflamatuar gastroduodenal hastalıkların major sebebi olan bir gastrik patojendir. Günümüzde H. pylori'nin kronik gastrit, peptik ülser hastalığı, mide kanseri, mukoza ilişkili lenfoid doku lenfoması gibi çeşitli üst gastrointestinal sisitem (GİS) hastalıkları ile ilişkisi gösterilmiştir. H. pylori enfeksiyonundaki anahtar patofizyolojik olaylar, H pylori antijenlerine karşı epitel hücreleri tarafından üretilen inflamatuar sitokinlerin aracılık ettiği ve düzenlediği mide mukozasındaki inflamatuar cevabın sonucudur. H. pylori ile indüklenen gastrik mukozal inflamasyona proinflamatuar ve anti-inflamatuar sitokinler aracılık etmektedir. Sitokinleri kodlayan genlerdeki polimorfizmlerin, sitokin salgılama seviyelerini etkilediği ve gastroduodenal patolojinin prognozu için belirleyici olduğu düşünülmektedir. Mide patolojileri, konağın genetik yapısı ile H. pylori virülans genleri arasındaki karmaşık bir etkileşim içinde gelişmektedir. Hastalardaki IL-6, IL-8, IL-10, IL-17A ve IL-19 gibi sitokinleri kodlayan genlerdeki polimorfizmlerin, sitokinlerin salgı seviyelerini etkilediği ve GİS patolojisinin gelişmesine sebep olduğu düşünülmektedir. Bu sebeple çalışmamızda hastalardaki bu genlerindeki polimorfizmleri ve bunların H. pylori enfeksiyonu ve mide patolojileri ile ilişkisininin belirlenmesini amaçladık. Gereç ve Yöntem: Bu amaçla bölgemizdeki yataklı tedavi kurumlarına üst GİS yakınması ile başvuran ve tanı amaçlı olarak endoskopi eşliğinde mide biyopsi örnekleri alınan 200 hastaya ait örnek ve bu örneklerden izole edilen H. pylori suşları çalışmaya dahil edildi. Kontrol grubu olarak her hangi bir üst GİS yakınması olmayan 50 gönüllü katilmcidan alınan tam kan örnekleri kullandı. Hasta biyopsi örnekleri moleküler yöntemler ile hem H. pylori ureC geni varlığı yönünden hem de H. pylori'ye bağlı çeşitli GİS patolojilere eşlik eden IL-6-174, IL-8-251, IL-10-819, IL-17A ve IL-19 genlerinin polimorfizmi, PCR-RFLP ile genotiplendirildi. Aynı şekilde kontrol gurubundada belirtilen gen bölgelerilerinin polimorfizmleri PCR RFLP ile genotiplendirildi. Bulgular: glmM-PCR analizi sonucunda, 200 semptomatik hastanın 69 (% 34,5)'unda H. pylori DNA'sı tespit edildi. IL-8 -251 polimorfizminde T/A genotipi hasta grubunda %73,91'iken kontrol gurubunda %48 oranında ve IL-17A polimorfizmi G/A genotipi hasta gurubunda %56,52'iken kontrol guruba %42 olarak tespit edildi. IL-6-174 ve IL-10-819 polimorfizimleri ve gastroduodenal patoloji arasında ilişkili bulunmadı. Sonuç: H. pylori enfeksiyonunda sitokinlerde meydana gelen gen polimorfizmleri, gastrik inflamasyonu etkilemektedir. Bu genlerindeki polimorfizmler ve H. pylori enfeksiyonu arasındaki muhtemel ana yol olarak kabul edilen bu etkileşim, farklı gastrik hastalıklara sebep olur. Yüksek risk taşıyan GİS hastalarında, H. pylori enfeksiyonu tedavisinde konak genotiplerinin belirlenmesi hedef olarak kullanılabilir. Anahtar Kelimeler: Helicobacter pylori, gastrik patoloji, sitokin, İnterlökin
Çoklu ilaç dirençli acınetobacter baumannıı suşlarında çeşitli antibiyotik kombinasyonlarının ın-vıtro etkinliği
Acinetobacter cinsi bakteriler son yıllarda özellikle yoğun bakım üniteleri başta olmak üzere hastane infeksiyonlarında en sık izole edilen etkenlerin başında gelmektedir. Günümüzde Acinetobacter baumannii suşlarına bağlı olarak oluşan infeksiyonların tedavisinde kullanılan antimikrobiyal ajanlara karşı giderek artan direnç tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de önemli bir sağlık sorunu haline gelmiştir. Acinetobacter baumannii'nin gittikçe daha sık infeksiyon etkeni olması ve antimikrobiyal direnç oranlarının artması tedavide yeni seçenek ilaçların araştırılmasını gerektirmiştirBu çalışma Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji Laboratuvarı'nda 2005-2009 yılları arasında çeşitli klinik örneklerinden izole edilen 50 Acinetobacter baumannii (A. baumannii ) kökeni çalışmaya alındı. Bakterilerin tanımlanması BBL Crystal Enterik/ Nonfermenter ID Kit (Becton Dickinson, ABD) veya Phoneix 100 BD sistemi (Becton Dickinson Microbiology Systems) kullanılarak tür düzeyinde yapıldı. A. baumannii kökenlerinin antibiyotik duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ile belirlendi. Antibiyotik duyarlılık sınırları CLSI kriterlerine göre okundu. Çoğul ilaç dirençli 10 A. baumannii suşunda kolistin/ rifampisin , kolistin/ imipenem , tigesiklin/rifampisin, tigesiklin/imipenem kombinasyonlarının etkinliği chekerboard ve E-test yöntemleriyle araştırıldı ve iki yöntemin birbiriyle tutarlılığı karşılarştırıldı. Değerlendirmeler chekerboard yöntemini referans alarak yapıldı.Araştırılan dört kombinasyon için checkerboard ile elde edilen FİK indeks değerlerine göre en iyi kombinasyonun kolistin/rifampisin (% 80 sinerji) ve kolistin/imipenem'de (% 80 sinerji) olduğu bulundu. Bunu tigesiklin/rifampisin (%60 sinerji) ve tigesiklin/imipenem ( %10 sinerji) kombinasyonu izlemekteydi. Ülkemizde kolistin henüz kullanıma girmediği için MDR A.baumanii suşlarının neden olduğu infeksiyonlarının tedavisinde tigesiklin/rifampisin kombinasyonunun iyi bir seçenek olabileceği düşünüldü.Kombinasyonların E-test yöntemiyle saptanan etkinliklerinin Chekerboard yöntemiyle tutarlılıkları karşılaştırıldığında; tutarlılık %52.5 (%10-70) olarak bulundu. E-test yönteminin antibiyotik kombinasyonların etkinliğini saptamada kullanılabilmesi için checkerboard ve time-kill yöntemleriyle daha çok karşılaştırılmalı çalışma sonuçlarına ihtiyaç olduğu düşünüldü.