Theses supervised by Prof. Dr. Merih Kıvanç
13 theses · Anadolu University, Eskişehir Technical Üniversity
Süt ve süt ürünlerinden izole edilen laktik asit bakterilerinin ekzopolisakkarit üretim yeteneklerinin araştırılması
Laktik asit bakterileri (LAB); gram-pozitif, fakültatifanaerob, katalaz negatif, hareketsiz, sitokromdan yoksun ve spor oluşturmayan bakterilerdir. Planlanan çalışmada süt ve süt ürünlerinden izole edilen 163 LAB' sinin ekzopolisakkarit üretme yetenekleri taranarak seçilen izolatlarda optimum EPS üretimi için kültür koşulları belirlenmeye çalışılmıştır.Çalışmamızda izolatların antimikrobiyal aktivitesi SandvicOverlay Yöntemi ile incelenerek biyokimyasal testlerle özellikleri belirlenmiş ve seçilen izolatlar riboprinter ile tanımlanmıştır. İzolatların antimikrobiyal aktivitelerinin yüksek olduğu bulunmuştur. İzolatların EPS üretimleri mikrotitre plaka yöntemi ve kongo kırmızılı ortamda belirlenmiştir. Son olarak izolatlarınoptimum EPS üretim değerleri optimum azot, karbon kaynakları ve sıcaklıkta cevap-yüzey metodu ilebelirlenmiştir.İzolatların EPS değerleri 46,65 mg/L – 53,17 mg/L arasında bulunmuştur.
Nar suyunda ürün özelliklerinin geliştirilmesinde probiyotik bakterilerin kullanımı
Günümüzde probiyotik içeren gıdalara olan ilgi artmış ve bu gıdalar insan beslenmesinde önemli bir yer edinmişlerdir. Meyve sularının içerdiği mineral, vitamin, lif ve antioksidan gibi yararlı besinsel içerikler onları probiyotik kullanımı için uygun bir ortam haline getirmektedir. Nar suyu, zengin fenolik içeriği ve antioksidatif özellikleriyle insan sağlığı için büyük önem taşımaktadır. Çalışmada kullanılan fermente gıdalardan izole edilmiş, tannaz aktivitesi yüksek 6 laktik asit bakterisinin probiyotik özellikleri belirlenmiştir. Daha sonra taze nar sularına aşılanan izolatların meyve suyunda fenolik madde miktarı ve diğer analizleri üzerindeki etkileri araştırılmıştır. Nar suyu içerisindeki tanen miktarı düşürülerek daha hoş bir lezzete sahip, probiyotik meyve suyu eldesi sağlanmaya çalışılmıştır. Duyusal analizler sonucu L. plantaum A4 izolatında daha az buruk bir lezzet elde edilmiştir. Buna karşın probiyotik bir nar suyu elde edilememiştir. Nar suyuna ilave edilen laktik asit bakterileri düşük pH da canlı kalmalarına rağmen nar suyu içinde 48 saat içerisinde canlılıklarını yitirmiştir.
Vajenden probiyotik bakterilerin izolasyonu ve bunların antikanserojen etkisinin araştırılması
İnsan mikrobiyomu, insan vücudunda kolonize olan trilyonlarca mikroorganizmadan oluşmuştur. Farklı mikrobiyal topluluklar vajina, ağız, deri, gastrointestinal bölge, burun, üretra ve vücudun diğer bölgelerinde yerleşim göstermektedir. Sağlıklı kadınlarda vajinal mikrobiyotanın büyük bir kısmı laktik asit bakterileri tarafından oluşturulmakta olup, bu bakteriler vajinal mikrobiyotanın dengesini sağlamaktadır. Son zamanlarda dikkat, laktik asit bakterilerinin, kanser riskini azaltması üzerine çekilmektedir. Laktik asit bakterilerinin antikanser aktiviteleriyle ilgili literatürde çalışmalar yer almaktadır. Çalışmamızda, sağlıklı kadınların vajinasından izole edilen laktik asit bakterileri, diğer bakteriler ve mayalar, API CHL-50, VITEK II, 16s rRNA dizi analizi ve MALDI-TOF Kütle Spektrometre Tekniği'yle tanımlanmıştır. Tanımlanan laktik asit bakterilerinden yüksek hidrojen peroksit ve laktik asit üretim miktarına sahip 2 izolat seçilmiş; bu izolatlardan ekzopolisakkarit elde edilmiştir. Sonrasında, 2 izolatın (Enterococcus faecalis 3M2 ve Enterococcus faecalis 8M10) ekzopolisakkaritlerinin, HeLa hücreleri (serviks karsinoma hücreleri) ve HUVEC hücreleri (insan göbek kordon ven hücreleri) üzerindeki sitotoksik etkileri MTT testi (tetrazolyum tesi) uygulanarak araştırılmıştır. Bu sitotoksik aktiviteyi belirlerken HeLa ve HUVEC hücreleri üzerine, farklı konsantrasyonlarda (20mg/mL, 15mg/mL, 10mg/mL, 7.5mg/mL, 5mg/mL ve 2.5mg/mL) laktik asit bakteri ekzopolisakkaritleri uygulanmıştır. Yapılan çalışmada uygulanan 2 bakterinin ekzopolisakkaritlerinin doza bağlı olarak, hücre sayısında farklı etki gösterdiği saptanmıştır. İstatistiksel sonuçlardan elde edilen veriler, Enterococcus faecalis 3M2 ekzopolisakkaritinin en yüksek dozunun (20mg/mL), 24 saatte hücre sayısının azaltılmasında en etkili olduğu sonucunu ortaya koymuştur. Anahtar kelimeler: Ekzopolisakkarit, HeLa hücreleri, laktik asit bakterileri, MTT testi, vajina florası.
Tuz stresi koşulları altında buğdayın ürün verimini ve gelişimini artırmak için ACC deaminaz içeren bakterilerin izolasyonu tanılanması ve etkinliğinin saptanması.
Bu çalışmada Eskişehir ve çevresinde tuzlu alanlarda yetişen buğday bitkilerinin kök bölgelerinden ACC Deaminaz enzimini içeren bakteri türlerini izole edip tür tanılamalarını yapmak, laboratuar koşullarında etkinliklerini saptayıp etkin oldukları saptanan bakteri türleri buğday bitkisine aşılanarak buğdayın tuza dayanımındaki artışı belirlemek amacıyla yürütülmüştür. Çalışma kapsamında izolasyonu yapılan bakteri izolatlarının tuzlu koşullarda etkinliğinin araştırılması amacıyla petri denemeleri kurulmuş ve petri denemeleri sonucunda etkin oldukları saptanan 23 bakteri izolatı ile kavanoz testleri kurulmuştur. Kavanoz testleri sonucunda Bacillus cereus, Serratia odorifera, Lelliottia amnigena, Arthrobacter arilaitensis ve Pseudomonas putida izolatları ile saksı denemelerinin kurulmasına karar verilmiştir. Saksı denemeleri 4 tuz dozunda 4 tekerrürlü olarak yürütülmüştür. Tuz konuları T0: Kontrol (0,95 dS/m ), T1: 3,98 dS/m, T2: 7,80 dS/m, T3: 11,05 dS/m olarak belirlenmiştir. Saksı denemelerinde her saksıya bakteriler ile aşılanmış 4'er buğday tohumu ekilmiş ve buğday gelişimi izlenmiştir. Yapılan analizler sonucunda saksı başına verim, biyomas, karoteneoid, MSİ ve K miktarlarının artan tuz konsantrasyonlarına bağlı olarak azalma gösterdiği saptanmıştır. ACC deaminaz içeren bakteri ile aşılanan buğdaylarda kontrole göre daha yüksek değerler elde edilmiştir. Benzer şekilde artan tuz konsantrasyonlarına bağlı olarak buğday yapraklarında Na, prolin ve MDA miktarlarında artış görülürken ACC deaminaz içeren bakteriler ile aşılanan buğdaylarda kontrole göre artışın daha az olduğu belirlenmiştir.
Laktik asit bakterileri ile lipaz enzimi üretimi
Süt ve peynirden izole edilen 50 laktik asit bakterisi lipaz aktivitesi açısından taranmıştır. Yüksek lipaz aktivitesine sahip olan 11 izolat seçilmiştir. Seçilen 11 izolat 16S rRNA dizi analizi ile tanımlanmıştır. İzolatlardan 9 u E. faecium 2 si E. durans olarak tanımlanmıştır. Seçilen bu izolatlar ile optimum enzim üretim koşulları belirlenmiştir. Seçilen bakteriler ile lipaz üretimi için optimum gelişme koşulları belirlenmiştir. Azot kaynağı olarak %5 pepton, karbon kaynağı olarak glikoz içeren pH'sı 6.5 olan besi ortamında 48 saat 120 rpm de, 40-60oC inkübasyondan sonra üretilen mikroorganizmalardan elde edilen ekstrasellüler enzimlerin aktivitesi maksimum olmuştur. Optimum koşullarda üretilen ekstrasellüler enzim aktivitesine etki eden faktörler belirlenmiştir. Kısmi saflaştırılmış ekstrasellüler enzim aktivitesi 30-45oC de, pH 9-10 arasında maksimum olmuştur. Lipaz enzimleri halofil özellik göstermiştir yüksek tuz konsantrasyonlarında yüksek aktivite gözlenmiştir. Ekstrasellüler enzimlerin sıcaklık direnci suşlara göre değişmiştir. Ekstrasellüler enzimlerin aktiviteleri 3,5 saat 45oC alkali ortamda (pH 8-11) inkübasyon sonrasında devam etmiştir. Enzim aktivitesine çeşitli katyonların ve yüzey aktif maddelerin etkisi farklılıklar göstermiştir. Enterococcus spp. suşlarına ait kısmi saflaştırılmış ekstrasellüler enzimlerin düşük sıcaklıkta ve yüksek sıcaklıkta aktivite göstermeleri, halofil özellikte olmaları nedeniyle gıda sektöründe özellikle et ve süt ürünleri gibi fermente ürünlerde aroma ve arzu edilen lezzetin kazandırılması amacıyla kullanılabilirliği ümit vaat etmektedir. Anahtar Kelimeler: Enterococcus faecium, Enterococcus durans, Lipaz, Enzim aktivitesi
Kümes hayvanları için probiyotik mikroorganizmaların belirlenmesi
Hayvan sağlığı ve performansı üzerine olumlu etki gösteren probiyotiklerin yem katkı maddesi olarak kullanılması, antibiyotiklerin kümes hayvanlarında büyütme faktörü olarak kullanımının yasaklanmasından sonra gündeme gelmiştir. Konakçı GİS'e aşina suşların diğer suşlara göre daha etkili olması konakçıya özgü probiyotik geliştirme ihtiyacını doğurmuştur. Bu bağlamda kümes hayvanları için probiyotik mikroorganizmaların belirlenmesini amaçladığımız çalışmamızda ticari yem ile beslenmeyen gezen tavuk dışkısından izole edilen laktik asit bakterileri ve mayaların probiyotik özellikleri test edilmiştir. 54 laktik asit bakterisi ve 30 maya izolatının patojenite durumları, farklı sıcaklılarda, pH koşullarında, safra konsantrasyonlarında gelişimleri; hidrofobisite özellikleri, agregasyon (otoagregasyon ve koagregasyon) ve antimikrobiyal aktiviteleri incelenmiştir. LAB'ın ayrıca laktik asit ve hidrojen peroksit üretimleri ile antibiyotik duyarlılıkları da test edilmiştir. En iyi özellikleri gösteren 15 LAB izolatından 7 tanesi E. faecalis, 3 tanesi L. salivarius, 2 tanesi L. johnsoni, 1 tanesi L. reuteri, 1 tanesi E. faecium ve 1 tanesi ise E. casseliflavus; 17 maya izolatından 10 tanesi K. bovina, 6 tanesi P. kudriavzevii ve 1 tanesi ise I. terricola olarak tanılanmıştır. Probiyotik özelliklerinin cins, tür ve suşlar arasında farklılık gösterdiği gözlemlenmiş ve bu suşlardan E. faecium K14, E. faecalis A16, E. faecalis A28, L. reuteri K10, L. salivarius K2, P. kudzriavzeii M2, P. kudzriavzeii M19/1, K. bovina M26 ve I. terricola M19/2 suşlarının diğer suşlara kıyasla daha üstün probiyotik özelliklere sahip oldukları görülmüştür. Güçlü probiyotik özelliklere sahip olan bu suşların kümes hayvanları endüstrisinde probiyotik yem takviyesinin geliştirilmesine yönelik ileriki in vivo çalışmalar için iyi adaylar oldukları ortaya konmuştur. Anahtar Sözcükler: Kümes hayvanı, Probiyotik, LAB, Maya
Mikrobiyal hyaluronik asit üretimi ve tarımsal atıkların hyaluronik asit üretiminde değerlendirilebilirliğinin araştırılması
Hyaluronik asit (HA) β-1,3 ve β-1,4 glikozidik bağı ile bağlanmış olan, canlı vücudunda bazı yaşamsal aktiviteleri gerçekleştiren, ticari olarak değerli bir polimerdir. Bu çalışmada HA üretiminde kullanılabilecek farklı mikroorganizmaların araştırılması, fermantasyon ortamında tarımsal atıkların kullanılabilirliğinin değerlendirilmesi ile hyaluronik asit üretim koşullarının optimizasyonu amaçlanmıştır. S.thermophilus, S. epidermidis, E. durans, E. gallinarum, S. mutans ve S. warnei HA üretimi açısından incelenmiştir. Tarama deneyleri ile HA üretimi yaptığı belirlenen bakteriler ile optimizasyon çalışmalarına devam edilmiştir. Plackett Burman deney tasarımı ile üretimde etkili faktörlerin belirlenmesinden sonra cevap yüzey yöntemi ile optimum üretim koşulları belirlenmiştir. Üretimi etkileyen en önemli faktörler sıcaklık, pH, çalkalama hızı ve iz mineraller olarak bulunmuştur. En yüksek üretim miktarları S. thermophilus P4 88,0 mg/L ve S. mutans 1a21 85,0 mg/L olarak bulunmuştur. Optimum üretim koşulları belirlendikten sonra peynir altı suyu, melas, şilempe ve zeytin posasının üretimde kullanılabilirliği araştırılmıştır. Üretilen hyaluronik asit hyaluronidaz enzimi ve FTIR ile tayin edilmiştir. Deneylere alınan bakterilerin HA üretiminde kullanılabilecekleri ve değerlendirilen tarımsal atıkların HA besiyerinde karbon ve azot kaynağı olarak kullanılabileceği belirlenmiştir.
Laktik asit bakterilerinin tannaz üretim yeteneklerinin araştırılması
Bu çalışmada, daha önceki çalışmalarda fermente ürünlerden izole edilen 49 izolatın saflaştırması yapılmış ve seçilen bu izolatların riboprinter sistem ile tanımlamaları yapılmıştır. Spektrofotometrik ve görsel okuma metodu ile en yüksek aktiviteyi MT4 izolatı göstermiştir. İnce Tabaka Kromatografisi kullanılarak tannik asitten oluşan gallik asitin dekarboksilaz aktivitesi ile pirogallol ürünü gözlemlenmiştir. Seçilen birkaç izolatta SDS-PAGE yöntemi ile enzimin yaklaşık moleküler ağırlığı belirlenmiştir. Yüksek tannaz aktivitesi gösteren 9 izolat belirlenmiş ve gösterdikleri tannaz aktivitesi üzerine farklı sıcaklık, pH, substrat yoğunluğu, tannik asit konsantrasyonu ve çeşitli minerallerin etkisi araştırılmıştır. Yapılan testler sonucunda optimum sıcaklık 370 C, pH 5.0 substrat olarak kullanılan metil gallat konsantrasyonu 7 mM, tannik asit konsantrasyonu ise 1,75 mM olarak bulunmuştur. Hg+2 ve Mg+2 iyonlarının varlığında tannaz aktivitesi düşerken, Ca+2 ve Zn+2 laktik asit bakterilerinin tannaz aktivitesi üzerine etki yapmadığı görülmüştür. K+ tannaz aktivitesinde azda olsa artışa neden olmuştur. Ayrıca sürfaktan (Tween 80), şelat (EDTA), inhibitör (DMSO) ve denatüre edici ajan (Üre) ların da tannaz aktivitesine tesir etmediği saptanmıştır.Anahtar Kelimeler: Tannaz, Laktik Asit Bakterileri, Metil gallat, Pirogallol.
Bazı maya türlerinde trehaloz ve glikojen metabolizmasına etki eden faktörlerin analizi
Trehaloz ve glikojen bakteri, maya, bitki ve böceklerin bulunduğu yaygın organizma gruplarında yer alan depo karbonhidratlarıdır. Bu glikoz depoları glikolitik akışın kontrolünde de düzenleyici olarak rol oynamaktadırlar. Aslında trehaloz ve glikojen çeşitli çevresel stres şartlarına cevapta, hücresel içeriği korumak amaçlı biriktirilmektedirler.Bu çalışmada, C. albicans, C. rugosa, M. fructicola, P. stipitis, Y. lipolytica, Z. bailii, Z. rouxii ve S.cerevisiae gibi maya suşlarının trehaloz ve glikojen içerikleri besinsel stres, oksidatif stres, sıcak şok ve metal stresi gibi farklı stres koşulları altında incelenmiştir. Bu maya suşlarının stres koşullarına cevap olarak, trehaloz ve glikojen içerikleri ile ilgili benzerlikler ve farklılıklar belirlenmiştir. Özellikle sıcaklık stresinde mayalarda trehaloz ve glikojenin önemli derecede biriktiği gözlenmiştir. Tüm stres koşullarında C. rugosa'nın yüksek seviyede glikojen biriktirdiği bulunmuştur. C. rugosa, C. albicans, S. cerevisiae'nın TPS1 ve GSY1 gen anlatım profilleri RT-PZR yöntemi ile belirlenmiştir. Enzimatik yöntem ile belirlenen trehaloz ve glikojen birikimi, moleküler teknikle karşılaştırılmıştır. C. albicans'ın GSY1 gen anlatımının kadmiyum stresinde stressiz koşula göre 78,13 kat fazla olduğu gösterilmiştir. Araştırmada kullanılan maya türlerinde pseudohifsel gelişim ile depo karbonhidratları olan trehaloz ve glikojen metabolizması arasında bir metabolik bağlantı olup olmadığı biyokimyasal yöntemle incelenmiştir. Pseudohifsel gelişim zaman aralıklı olarak mikroskobik yöntem ile izlenmiştir. Bu çalışmada aynı zamanda vajenden izole edilen izolatlar C. glabrata olarak dizi analizi yöntemi ile belirlenmiştir.Anahtar Kelimeler: Maya, stres, trehaloz, glikojen, RT-PZR, dizi analizi
Sıcak su kaynaklarından termofilik filamentli fungusların izolasyonu, tanılanması ve fitaz enzimi üretimlerinin araştırılması
Bu çalışmada sıcak su kaynaklarından termofilik filamentli fungusların izolasyonu, morfolojik ve moleküler tekniklerle identifikasyonu ve fitaz enzimi üretimi yeteneklerinin araştırılması amaçlanmıştır. Kütahya ilinde bulunan 12, Afyon ilinde bulunan 4 kaplıcadan 2008 ve 2009 yıllarında birer kere örnekleme yapılmıştır. Bu sıcak su kaynaklarından alınan 47 farklı sıcak su örneğinden yapılmış olan izolasyon işlemleri sonucunda toplam 137 adet fungus izolatı elde edilmiştir. Bu izolatlardan 25 tanesinin termofilik olduğu yapılmış olan sıcaklık testleri ile belirlenmiştir. Termofilik fungus izolatlarının morfolojik ve ITS, 26-28S rDNA'nın D1/D2 bölgelerine dayalı moleküler tanılamaları gerçekleştirilmiştir. Fitaz enzimi tarama çalışmaları ile seçilen Thermomyces lanuginosus kullanılarak katı faz fermentasyon (KFF) yoluyla fitaz enzimi üretimi gerçekleştirilmiştir. Klasik yöntem ve cevap yüzey yönteminin merkezi bileşke tasarımı fitaz üretiminin optimizasyonunda kullanılmıştır. Morfolojik ve moleküler identifikasyonlar sonucunda termofilik fungus izolatlarının Myceliophthora thermophila, Myceliophthora hinnulea, Melanocarpus albomyces, Rhizomucor pusillus, Thermomyces lanuginosus, Humicola grisea, Humicola insolens, Scytalidium thermophilum, Talaromyces thermophilus, Thielavia terrestris ve Malbranchea cinnamomea türlerinin üyeleri olduğu saptanmıştır. Bu tanılama çalışmaları ile Kütahya ve Afyon illerindeki sıcak su kaynaklarındaki termofilik funguslar ilk kez ortaya konmuştur. Fitaz enziminin üretiminde kullanılmış olan optimizasyon stratejisi geleneksel ve istatistiksel yöntemlerin bir kombinasyonunu oluşturmuştur. Maksimum fitaz aktivitesi substrat olarak pirinç kepeğinin kullanılması ile elde edilmiştir. Maksimum enzim aktivitesi elde edilmesini sağlayan parametrelerin optimum seviyeleri %70 nem, 7 gün fermentasyon süresi, %40 inokulum büyüklüğü, 55 oC inkübasyon sıcaklığı, 7,5 başlangıç pH, %30 havalandırma alanı, 5 günlük aşı kültür, %1 sükroz, 2,5 mM ZnSO4 olarak belirlenmiştir. Uygulanan optimizasyon çalışmaları sonucunda fitaz aktivitesinde 10,83 kat artış sağlanmıştır (0,30 ? 3,248 U/ml/dk) ve spesifik fitaz aktivitesi 8,97 U/mg olarak belirlenmiştir. SDS-PAGE ile T. lanuginosus fitaz enziminin molekül ağırlığının ~30 kDa oluşturduğu belirlenmiştir ve zimogram analizi bu bandın fitaz enzimine ait olduğunu doğrulamıştır. Anahtar Kelimeler: Termofilik fungus, Moleküler identifikasyon, Sıcak su kaynakları, Fitaz, Cevap yüzey yöntemi
Mikrobiyal yağ üretiminde gül yağı atık materyalinin kullanılabilirliğinin araştırılması
Ülkemiz gül üretiminde öncü ülkeler arasında yer almakta olup gül yağı ve gül suyu çıkarıldıktan sonra artan posa çevreye bırakılmakta ve ekonomik olarak değerlendirilememektedir. Yüksek miktarda ortaya çıkan gül posasının hem çevre kirliliğine sebep olmaktan çıkması hem de ülke ekonomisine ucuz ve çevreci bir yakıt olan biyodizel üretimine bir katkı sağlaması amacıyla bu çalışmada karbon kaynağı olarak atık gül posası içeren besiyerlerinde mayalar yardımıyla mikrobiyal yağ üretilmesi amaçlanmıştır. Çalışmada teste alınan 162 maya izolatının atık gül posası içeren Yeast extract peptone dekstroz agarda gelişip gelişmediği incelenmiş ve bu ortamda gelişen mayalarda lipid birikimi Sudan Black B boyama yöntemiyle belirlenmiştir. Seçilen izolatlar 26S rDNA'nın D1/D2 bölgesi NL1 ve NL2 primerleri kullanılarak dizi analizi ile tanımlanmıştır. Atık gül posası içeren besi ortamında % lipid oranı 3,5'dan yüksek olan altı maya izolatı (W. subpelliculosus-6, C. albicans-7, Y. lipolytica-18, Y. lipolytica-48, P. anomola-141 ve K. marxianus-155) seçilerek optimizasyon çalışmalarına geçilmiştir. İlk önce atık gül posasının su ve asit ile ön muamelesinin % lipid verimine etkisi belirlenmiştir. Daha sonra sıcaklık, inokulum yaşı ve inokulum hacminin optimizasyonu Box Behnken deney tasarımı yöntemi ile belirlenmiştir. Validasyon çalışmalarından sonra elde edilen lipidin yağ asidi analizleri GC-MS cihazı ile yapılmıştır. Atık gül posasının kullanıldığı çalışmada en yüksek yağ verimi; W. subpelliculosus-6 ile 35ºC de 38 saatlik kültür ve %25 inokulum hacminde asitle muamele edilen atık gül posasında % 45 oranında elde edilmiştir. W. subpelliculosus-6 ile ilk kez bu çalışmada lipid üretilmiştir. Üretilen yağ asidi profili ise %45 palmitik asit, %42,62 stearik asit ve %7,38 oleik asit olup yağ asit bileşimi bitkisel yağ asitlerine benzemektedir. Bu nedenle de biyodizel üretimi için uygun bir materyal olarak düşünülebilir.
Süt ve süt ürünlerinden probiyotik bakterilerinin izolasyonu ve tanımlanması
Günümüzde süt, peynir ve kefir gibi probiyotik içeren gıdalara ve içerdikleri probiyotik strainlere olan ilgi artmıştır. Bu çalışmada 9 peynir, 1 kefir, 1 çiğ süt, 1 pastörize süt ve 1 anne sütü örneğinden toplam 209 adet bakteri izole edilmiştir. İzole edilen strainlerin antimikrobiyal aktiviteleri test edilmiştir. Yüksek antimikrobiyal aktivite gösteren 73 izolat belirlenmiştir. Seçilen 73 izolatın morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal testler yanında riboprinter sistem ile de tanımlaması yapılmıştır. Riboprinter sisteme göre izolatların 58'i Enterococcus faecium, 1'i Enterococcus faecalis, 1'i Enterococcus durans, 1'i Lactobacillus fermentum, 4'ü Lactobacillus reuteri, 1'i Lactobacillus paracasei spp. paracasei, 7'si Pediococcus acidilactici olarak tanımlanmıştır. Seçilen izolatların tanımlanmasında kullanılan riboprinter sistem ile biyokimyasal test sonuçları 53 izolatta birebir örtüşürken, 20 izolatta ise farklı tanımlama yapılmıştır. Probiyotik özellik gösteren bakterilerin seçimindeki kriterlerden biri asidik ortamda gelişebilmeleridir. Buna göre 73 izolattan 68'i pH 3'te, 60'ı pH 2'de, 39'u ise pH 1'de gelişim göstermiştir. 13 izolat ise pH 2'de canlılıklarını 24 saat süresince devam ettirmiştir. Ayrıca 73 izolattan 22 tanesi % 0,4 fenolde gelişmiştir. Seçilen izolatlardan 11'i kullanılan Siprofloksasin, Penisilin-G, Gentamisin, Netilmisin Sülfat ve Sefaklor'a karşı dirençli bulunurken; 7 izolat test edilen antibiyotiklerin tümüne karşı duyarlı olarak bulunmuştur. Yapılan testler sonucunda 41 izolatın laktik asit, proteolitik aktivite ve hidrojen peroksit miktarları sırasıyla 0,18-18,41 mg/ml, 0,23?2,04 mg/ml, 0,29?2,50 µg/ml arasında değişmiştir.Anahtar Kelimeler: Probiyotik Bakterileri, Süt ve Süt Ürünleri, İzolasyon,Antimikrobiyal Aktivite
Porsuk çayı ve Seydisuyu'nda bulunan Cyanobacteri'lerin karakterizasyonu
Bu çalışmada Porsuk Çayı ve Seydisuyu'nda bulunan Siyanobakteri'lerin karakterizasyonu amaçlanmıştır.Porsuk Çayı'na ait 21, Seydisuyu'na ait olan 5 farklı istasyondan ve Eti-Boraks İşletmesine ait olan bor atık havuzundan 2006 yılı boyunca örnekleme yapılmıştır. BG-11 besiyeri kullanılarak 141 adet Siyanobakteri izolatı elde edilmiştir. Elde edilen izolatların mikroskobik analizleri yanında bu izolatlardan elde edilmiş olan genomik DNA ekstraksiyonu sonrasında 16S rRNA PCR ile çoğaltılarak moleküler tanımlama da yapılmıştır.Porsuk Çayı, Seydisuyu ve Bor havuzundan Ekim 2006'da alınan su örneklerinden ise kültür bağımsız testlerle kommunite analizine yönelik çalışmalar olan Denatüre edici gradient jel elektroforezi (DGGE) ve 16S rRNA klonları ile gen kütüphanesi oluşturulması metotları uygulanmıştır. Yapılan bu mikroskobik ve moleküler çalışmalar ile Porsuk Çayı ve Seydisuyu'nda bulunan Siyanobakterileri kompozisyonu ilk kez ortaya konmuştur.Kültürel yöntemler ile Porsuk Çayı'nda Synechococcus, Cyanobium, Anabaenopsis, Leptolyngbya, Microcoleus, Pseudanabaena, Synechocystis, Oscillatoria, Snowella, Nostoc, Phormidium ve Limnothrix cinslerine ait izolatlar, Seydisuyu'ndan Pseudanabaena, Anabaenopsis, Leptolyngbya, Phormidium, Synechocystis ve Nostoc genuslarına ait izolatlar Bor havuzundan ise sadece Leptolyngbya cinsine ait izolatlar elde edilmiştir.16S rRNA gen sekansı BLAST sonuçlarına dayalı olarak DGGE yöntemi ile Porsuk Çayı 100 no'lu istasyondan Arthrospira, Lyngbya, Planktothricoides, Microcystis genuslarına ait sekanslar, Seydisuyu'ndan Cyanobacterium, Lyngbya, Nostoc ve Phormidium genuslarına ait sekanslar, Bor havuzundan ise Nostoc, Phormidium, Arthrospira, Phormidium, Planktothricoides genuslarına ait sekanslar klonlama yöntemi ile Leptolyngbya, Merismopedia, Nostoc genuslarına ait olan sekanslar elde edilmiştir. Ayrıca BLAST ve filogenetik analiz sonuçlarına göre Seydisuyu ve bor havuzu'ndan çoğu henüz tanımlanamamış sekansları içeren DGGE bantları ve klonlar elde edilmiştir. Bu nedenle Seydisuyu ve Bor havuzunda yeni Siyanobakteri türeleri olabileceği sonucuna varılmıştır.