Drug resistance-microbial
171 theses under this subject heading
Klinik örneklerden izole edilen enterococcus SPP'nin antibiyotik direnç oranlarının yıllar içindeki değişimi
Bu çalışmanın amacı, Ocak 2018 ve Aralık 2021 tarihleri arasında Tekirdağ ilinde bulunan Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi Hastanesi'nde poliklinik, servis ve yoğun bakım hastalarından alınan çeşitli numunelerden izole edilen enterokok türlerinin antibiyotik direnç oranlarının yıllar içindeki değişiminin retrospektif olarak saptanmasıdır. 01.01.2018 ve 31.12.2021 tarihleri arasında mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen 417 farklı hastaya ait Enterococcus türleri incelendi, izolatların izole edildiği hastaların demografik özellikleri, numune çeşidi, numunelerden elde edilen enterokok türleri ve izolatların antibiyotik duyarlılık sonuçları gibi hastaya ait birçok veri geriye dönük olarak hastanenin laboratuvar bilgi yönetim sisteminden toplanarak analizleri yapıldı. Numunelerin alındığı 417 hastanın 204'ü erkek, 213'ü kadındır. Enterokok izolatlarının 154'ü poliklinik, 139'u servis, 124'ü yoğun bakım hastalarından elde edilmiştir. Tür tanımlaması yapılan 122 enterokok izolatının 60'ı E. faecalis, 49'u E. faecium, 4'ü E. durans, 3'ü E. casseliflavus, 3'ü E. gallinarum, 2'si E. raffinosus, 1'i E. avium olarak belirlenmiştir. 417 numunenin 253'ü idrar, 101'i kan, 37'si yara, 26'sı ise diğer numune çeşitleridir. Toplam antibiyotik direnç oranlarına bakıldığında; Ampisilin %39,3, siprofloksasin %49,2, vankomisin %8,4, teikoplanin %17, tigesiklin %3,2, yüksek düzey gentamisin %49, nitrofurantoin %11,6 olarak belirlendi. Linezolid direnci saptanmadı. Ampisilin, vankomisin ve nitrofurantoin direnç oranlarında 4 yıl içinde istatiksel olarak anlamlı bir artış olduğu saptanmıştır. Ampisilin, siprofloksasin, vankomisin, yüksek düzey gentamisin ve nitrofurantoin direnç oranlarının poliklinik hastalarından elde edilen enterokok izolatlarına kıyasla servis ve yoğun bakım hastalarından elde edilen izolatlarda anlamlı derecede daha yüksek olduğu saptanmıştır.
Hacettepe Üniversitesi Hastanelerindeki klinik örneklerden elde edilen acinetobacter baumannii complex'in klorheksidin ve kolistin duyarlılıklarının belirlenmesi
Acinetobacter baumannii complex (ABC)'in 2006'lı yıllarda yara yeri enfeksiyonu olarak ilk olgunun ortaya çıkmasından sonra tüm dünyaya yayılarak ve artan oranda antimikrobiyal direnç profilinin ortaya çıkması, WHO (Dünya Sağlık Örgütü)'nun bu patojeni hedef tahtasına oturtmasını sağlamıştır. Neden olduğu enfeksiyonun tedavisi yeni tedavi modaliteleri piyasaya sürülmesinin ardından gelişen direnç nedeniyle komplike bir duruma dönüşmüştür. Hem kromozomal hem de hareketli genetik yapılar olması bakımından, çok yetenekli bir patojene ile yıllardır maruz kalmaktayız. Bu çalışmanın amacı, ABC izolatlarında kolistin ve klorheksidin arasında çapraz direncin olup olmadığı ve kolistine karşı direnç profilini ortaya çıkartmaktır. Dolayısıyla, çalışma; kan kültürü, BAL, DTA gibi bölgelerde enfeksiyon yapan ABC'nin izole edilmesi, kolistin ve klorheksidin duyarlılık profilinin ortaya çıkarılması ve klonal varlığının çeşitliliğinin tesbiti üzerine dayanmaktadır. Çalışmaya dahil edilen 100 A. baumannii izolatı için, EUCAST (EUROPEAN COMMITTE ON ANTIMICROBIAL SUSCEPTIBILITY TESTING) klinik eşik ve sıvı mikrodilüsyon önerilerine göre kolistin ve klorheksidin duyarlılık profili belirlenmiştir. 15 izolatta kolistin direnci, on yedi izolatta ise 17 klorheksidin orta duyarlı izolat bulunmuştur. Yalnız bir 1 izolatta, hem klorheksidin orta duyarlılık hem de kolistin direnci saptanmıştır. A. baumannii dışında yapılan diğer bakterilerle pleiotropik direncin araştırılması için yapılan in-vitro deneylere göre, A. baumannii'de kolistin direncinin, klorheksidinin maruziyetiyle kazanmasının uyumun maliyeti olabileceğini ifade edebilmesi için ileri deneylere gereksinim vardır. Ayrıca kolistin direnci olan ABC izolatı için, PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis) yapılmış olup yedi farklı klon saptanmıştır. Bu çalışma klorheksidin ile kolistin arasındaki ilişkiyi A. baumannii'de inceleyen ilk çalışma olup, başta İç Hastalıkları Yoğun Bakım Ünitesinde, klorheksidin azalmış duyarlılığın ve kolistin direncinin diğer yataklı bakım servislerine göre daha yüksek olduğu, kolistin dirençli enfeksiyon etkenlerinin tek bir klondan kaynaklanmayıp yedi farklı klondan kaynaklandığı ortaya çıkarılmıştır.
Tavuk etlerinde genişlemiş spektrumlu beta-laktam antibiyotiklere dirençli enterik bakterilerin identifikasyonu ve direnç profillerinin tespiti
Geniş spektrumlu beta laktamaz (GSBL)-üreten enterobakterilerin yol açtıkları infeksiyonlar ve bu infeksiyonlara bağlı gelişen ölümler Dünya çapında bir problem olmaktadır. GSBL tipi enzimler penisilinler, sefalosporinler ve monobaktamlar gibi antibiyotikleri hidroliz eden enzimlerdir. GSBL-pozitif enterobakteriler yalnızca hastane ve toplumsal kaynaklı değil, hayvansal kaynaklı gıdalar aracılığıyla da yayılmaktadır. Bu nedenle önemli bir gıda güvenliği ve halk sağlığı sorunu olarak kabul edilmektedir. Beta-laktam antibiyotiklerin yaygın ve bilinçsiz kullanımı GSBL-üreten bakterilerin yayılmalarında en önemli faktörlerdendir. Tavukçuluk sektöründe koruyucu ve tedavi amaçlı antibiyotik kullanımının yüksek olduğu bilinmektedir. Genel amaçlı ve disk yaklaşımlı GSBL tarama testlerinin duyarlılık ve özgüllükleri düşük olduğu için, bulguların antibiyogram doğrulama ve MİK tespiti ile doğrulanması gerekmektedir. Bu araştırmada tavuk etlerinden izole edilen GSBL-üreten enterobakteriler Clinical and Laboratory Standards Institute talimatları takip edilerek fenotipik olarak incelenmiştir. 2014 yılı icinde Marmara bölgesi ve İstanbul ilinde yerleşik marketler, halk pazarları ve tavuk yetiştirme çiftliklerinden toplam 109 adet tavuk eti ve sakatat örnekleri toplanmıştır. Toplanan örnekler ön zenginleştirme işleminden sonra kromojen GSBL agarda selektif zenginleştirme işlemine alınmıştır. Selektif agarda gelişen izolatlara oksidaz testi uygulanmış ve oksidaz negatif GSBL şüpheli izolatlar seçilmiştir. GSBL şüpheli izolatlar Vitek MS(bioMeriux) kütle spektrometresi ile tiplendirilmiştir. Tiplendirmesi yapılan GSBL şüpheli izolatların doğrulamaları Merlin Micronaut-S beta-lactamase VII Kit talimatı takip edilerek yapılmış, MIC okumaları multiscan spektrometre ile alınmış ve veriler Sifin MIC yazılımı ile otomatik olarak değerlendirilmiştir. Tüm fenotipik testler Clinical and Laboratory Standards Institute talimatlarına göre tamamlanmıştır. Disk difüzyon doğrulama ve MİK tespiti sonuçlarına göre toplam 33 adet şüpheli izolat kesin GSBL pozitif olarak tespit edilmiştir. Disk difüzyon taraması izolatların %96,6 CPD, %87,8 CTX ve %45,4 CAZ'a dirençli iken, disk difüzyon konfirmasyonuna göre %93 CPD±CLA'a, %90 CTX±CLA ve %72 CAZ±CLA'a dirençli bulunmuştur. GSBL pozitif izolatlar arasında en baskın fenotip %84,8 E. coli, %6,1 K. pneumoniae, %6,1 E. cloacae ve %3,0 C. werkmanii olarak tanımlanmıştır. İki E. coli suşunun eşzamanlı GSBL ve Amp-C beta-laktamazları ürettikleri tespit edilmiştir. MİK değerlerine göre izolatların %63,6'sı CAZ'a (16-128 µg/mL) ve %72,7'si CTX'e (≥128 µg/mL) kesin dirençli oldukları görülmüştür. İncelenen tavuk eti örneklerinin GSBL-üreten Enterobacteriaceae suşların varlıkları bakımından risk teşkil ettikleri, bu tip dirençli bakterilerin yayılmalarından tavuk etlerinin önemli rolleri oldukları ve bu tür beta-laktamazları kodlayan direnç genlerinin plazmid aracılı mekanizmalar aracılığıyla türdeş ve farklı bakterilere transfer edilebilecekleri göz önünde bulundurulmalıdır. Sonuç olarak; antibiyotik dirençliliğin yayılmasında hayvansal kaynaklı gıdaların olumsuz etkileri olduğu bu çalışmada ortaya konulmuştur.
Deniz ve kültür balıklarından izole edilen enterobacteriaceae türü suşlarında genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz ve metallo beta-laktamaz tipi dirençlik enzimlerinin incelenmesi
Antibiyotikler bakteriyel hastalıkların tedavisinde tüm dünyada yaygın bir şekilde kullanılmaktadır. Kültür balıkçılığının gelişmesi ile balıklarda bakteriyel infeksiyonlar problem olmaya başlamıştır. Su ürünleri sektöründe patojen bakterilerin tedavisinde antibiyotiklerin kullanılmasıyla bakterilerin antibiyotiğe karşı direnç geliştirmesi ciddi bir sorun haline gelmiştir. Enterobacteriaceae suşları doğadaki geniş dağılımları, yüksek düzeyde antibiyotik dirençlilikleri ve neden oldukları enfeksiyonlarında yüksek mortalite oranları ile ilgi çeken mikroorganizmalardır. Bu çalışmada, Türkiye'nin çeşitli bölgelerinden alınan 55 adet deniz ve tatlı su av balığı ile 45 adet deniz ve tatlı su kültür balığı olmak üzere toplam 100 adet balık örneklerinden mikrobiyolojik yöntemle izole edilen enterobakterilerde CLSI talimatına göre GSBL ve MBL tipi enzimlerin varlıklarının araştırılması amaçlanmıştır. Balık örnekleri ön zenginleştirme, GSBL selektif zenginleştirme, Vitek MS kütle spektrometresi ile tiplendirme ve oksidaz testlerinden sonra, sefotaksim, seftazidim ve sefpodoksim antibiyotik ajanlara karşı disk difüzyonu, kombine disk difüzyonu ve MİK değeri tespit analizlerine tabi tutulmuştur. İnceleme sonucu 4 adet (3 E. coli ve 1 E. cloacae/asburiae) av balıklarından ve 2 adet (1 E. coli and 1 C. freundii) kültür balıklarından olmak üzere toplam 6 adet (4 E. coli, 1 C. freundii ve 1 E. cloacae/asburiae) GSBL-pozitif enterobakteri suş elde edilmiştir. Yalnızca deniz kültür balığı denizalasından izole edilen 1 adet Pseudomonas putida suşun metallo-beta-laktamaz varlığı bakımından pozitif olduğu belirlenmiştir. Tiplendirme sonucu izolatların tür dağılımı %57,1 E. coli, %14,3 E. cloacae/asburiae, %14,3 C. freundii ve %14,3 P. putida olarak saptanmıştır. Sonuç olarak, deniz ve kültür balıklarında GSBL ve MBL pozitif enterobakterilerin varlıklarına rastlanmıştır.
Staphylococcus aureus izolatlarının β-laktam grubu antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının astaksantin ile arttırılması
Gram pozitif bakteri olan Staphylococcus aureus (S. aureus), tipik olarak deri yüzeyinde ve nazofarenkslerde kolonize olmaktadır. Doğrudan temas yoluyla bulaşan S. aureus sağlıklı bir cildi enfekte etmez fakat dokulara veya kan dolaşımına girdiğinde çok ciddi enfeksiyonlara sebep olabilmektedir. Biyofilm üretme yeteneğinden dolayı tedavisi zor olan bu bakterilerin neden olduğu enfeksiyonların mortalite ve morbiditesi yüksektir. 1928 yılında A. Fleming tarafından penisilinin bulunmasıyla stafilokokal enfeksiyonlarda kullanılmasından kısa bir süre sonra stafilokokların penisilinaz üretmesiyle beraber tedavide farklı antibiyotikler kullanılmaya başlanmıştır. Metisilinin kullanılmasıyla kısa süre içerisinde metisiline de direnç gösteren S. aureus (MRSA) suşları ortaya çıkmış ve bu durum ciddi bir sağlık sorunu haline gelmiştir. Özellikle MRSA gibi çoklu ilaç direncine sahip olan ve biyofilm üreten suşlarda antibiyotik tedavisinin gittikçe zorlaşmasından dolayı yeni antimikrobiyal ajan ve kombinasyonlarına ihtiyaç duyulmaktadır. Yapılan bu çalışmada, biyofilm üreten S. aureus izolatları üzerinde β-Laktam grubu antibiyotikler ile Astaksantinin çeşitli doz kombinasyonları ile antibakteriyal ve antibiyofilm etkileri tespit edilmiştir. Biyofilm üreten S. aureus izolatlarının, çoğu antibiyotiklere karşı direnç gösterdiğinden, biyofilm yapılarını inhibe etmek yüksek antibiyotik dozu gerektirdiğinden, çeşitli dozlardaki β-Laktam grubu antibiyotiklerin astaksantin kombinasyonları ile antimikrobiyal ve antibiyofilm duyarlılıkları arttırılması amaçlanmıştır. Bu çalışmada biyofilm oluşturan MRSA ve MSSA izolatlarında mecA ve nuc genlerinin varlığı tespit edilip, izolatlar üzerindeki Astaksantin'in etkili olduğu dozlar ve β-laktam antibiyotiklerin minimum inhibitör konsantrasyonları (MİK), minimum bakterisidal konsantrasyonları (MBK) belirlenerek kombinasyonların planktonik bakteriler üzerindeki etkilerini gözlemlemek amacıyla Checkerboard metodu uyarlanarak kullanılmıştır. Astaksantin ile β-laktam antibiyotiklerin kombinasyonlarının, izolatların biyofilm üzerindeki etkisini ölçmek için MtP yöntemi kullanılmıştır. Ajanların kombinasyon uygulamalarının biyofilm oluşumunu etkilediği gözlemlenmiştir. Çalışmamızın sonuçları incelendiğinde Astaksantin'in belirli dozlarda, antibiyotik duyarlılıklarını artırdığından ve antibiyotik direncini duyarlı hale getirdiği görülmüş olup, biyofilm üretiminde MSSA'larda antibiyotiklerin MİK dozlarını 32 kata kadar indirirken; MRSA'larda MİK dozlarını 2 ile 32 kat arasında düşürmeyi başarmıştır. Bu sonuca bakılarak, Astaksantin ile β-laktam antibiyotiklerin kombinasyon uygulamaları özellikle MRSA kaynaklı biyofilm enfeksiyonları için tedavi opsiyonu olarak düşünülebilir. Anahtar Kelimeler : Biyofilm, MRSA, MSSA, Antibiyotik Direnci, Astaksantin
Klinik stenotrophomonas maltophilia kökenlerinin antibiyotik duyarlılıkları, genotipik profilleri ve biyofilm oluşturma yetenekleri
Nonfermentatif, gram-negatif basil, Stenotrophomonas maltophilia sıklıkla solunum sistemi, üriner sistem ve yara infeksiyonlarından izole edilen fırsatçı bir patojendir. Genellikle hastanelerin yoğun bakım ünitelerinde salgınlara yol açan S. maltophilia, biyofilm oluşturma yeteneği ve birçok antibiyotiğe doğal dirençli olma gibi özelliklerinin bir sonucu olarak tedavisi güç enfeksiyonlara neden olmaktadır. S. maltophilia enfeksiyonlarının tedavisinde trimetoprim-sulfametoksazol (TMP-SXT) ilk seçenek olmaktadır. Fakat son yıllarda az da olsa bu antibiyotiğe karşı gelişen direnç, diğer tedavi seçeneklerinin veya yeni antibiyotiklerin araştırılması konusunu gündeme getirmiştir. Bu çalışmada S. maltophilia izolatlarının antibiyotik duyarlılıkları, genotipik dağılımı ve biyofilm oluşturma kapasitelerinin araştırılması ve değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bu çalışmada, rutin olarak test edilmiş en az bir antibiyotiğe karşı orta duyarlı veya dirençli bulunan 13 klinik S. maltophilia izolatı değerlendirildi. İzolatlar, 2015 yılında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji Laboratuvarı kültür koleksiyonundan elde edildi. Bu izolatların siprofloksasin (CIP), levofloksasin (LEV) ve moksifloksasin (MOK) antibiyotiklerine karşı duyarlılıkları mikrodilüsyon yöntemiyle, biyofilm oluşturma yeteneği kristal viyole yöntemi ile araştırıldı. İzolatlar ayrıca M13 universal primerleri ile yapılan polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) sonucunda moleküler olarak tiplendirildi. Mikrodilüsyon testi sonuçlarına göre CIP, LEV ve MOK için sırasıyla minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) aralıkları; 2-32 µg/ml, 0,5-16 µg/ml ve < 0,125-8 µg/ml, MİK50/MİK90 değerleri; 4-16 µg/ml; 2-8 µg/ml ve 0,125-4 µg/ml olarak bulundu. Kristal viyole testinin verilerine göre, 13 izolattan ikisinin orta düzey diğerlerinin güçlü biyofilm oluşturduğu tespit edildi. Moleküler tiplendirme sonucunda klonal yakınlığı olan üç temel grup ve alt gruplar tespit edildi. Ancak bu gruplar arasında antibiyotik duyarlılıkları ve biyofilm oluşturma özelliklerine göre sınıflama yapabilmeyi kolaylaştırabilecek ortak veya ayırt edici bir profil gözlenmedi. Bu çalışmadaki duyarlılık ile ilgili bulgular ve S. maltophilia izolatlarının yüksek düzey biyofilm oluşturma eğilimi olduğuna dair veriler Avrupa'da ve Türkiye'de yapılan diğer çalışmalardakilere benzemektedir. Sonuç olarak bu çalışmanın, S. maltophilia'nın direnç profili, yayılımı, epidemiyolojisi ve virulans özellikleri konusunda önemli bir veri kaynağı olacağı düşünülmektedir. Hastanedeki salgınların önlenmesi için nozokomiyal fırsatçı patojenlerin varlığı araştırılırken S. maltophilia'nın da etken olabileceği düşünülmelidir. S. maltophilia ile ilgili epidemiyoloji, virulans faktörleri ve direnç mekanizmaları konusundaki çalışmalar desteklenmelidir. Anahtar kelimeler: Stenotrophomonas maltophilia; biyofilm; antibiyotik direnci; moleküler tiplendirme
Sık karşılaşılan hastane enfeksiyonu etkenlerine karşı antibiyotik kombinasyonu içeren kuru toz inhaler formülasyonların tasarımı, karakterizasyonu ve in vitro değerlendirmesi
Bu çalışmada, sinerjistik etkili antibiyotik kombinasyonu içeren kuru toz inhaler formülasyonu geliştirildi. Öncelikle, mikrobiyolojik testlerle, amikasin ve sefepim maddelerinin kombinasyonunun sinerjistik etkileri ve kombinasyon içerisinde en iyi sinerji gösteren oranları, pulmoner enfeksiyonu olan hastalardan izole edilen Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae ve Acinetobacter baumanii kökenleri üzerinde test edildi. Formülasyon içeriğindeki etkin maddeler ve oranlarının belirlenmesinden sonra formülasyon, kuru toz inhaler preparatlarında sıklıkla kullanılan, mannitol, trehaloz, l-lösin gibi yardımcı maddeler kullanılarak ve Nano boyutlu sprey kurutucu (Nanospray dryer) ile püskürtülerek hazırlandı. Hazırlanan kuru toz inhaler formülasyonları, DSC, FT-IR ve TGA analizleri ile karakterize edildi. Karakterize edilen formülasyonların, yeni nesil impaktör cihazı (Next Generation Impactor) ile aerosolizasyon performansı ve Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi (HPLC) ile enkapsülasyon etkinliği tespit edildi. Mastersizer cihazı ile partikül boyut dağılımı ölçüldü. Kirby-Bauer disk difüzyon testi ile etkinlik performansı değerlendirildi. Sonuç olarak, aerosolizasyon performansı yüksek, teorik olarak alveollere kadar ulaşabilecek boyutlarda, ince partikül fraksiyonu istenilen seviyelerde olan, etkin, stabil ve güvenli bir formülasyon hazırlandı.
Pseudomonas aeruginosa kökenlerinde virülans, antimikrobiyal direnç ve dezenfektan toleransı
Bu çalışmada, klonal ilişkisiz olduğu belirlenen P. aeruginosa kökenlerinin sık rastlanan virülans faktörlerinin belirlenmesi, dezenfektan ve antimikrobiyal duyarlılıklarının saptanması ve dezenfektan/antimikrobiyallerin biyofilm üzerine tek başlarına ve kombine halde etkilerinin in-vitro koşullarda araştırılması amaçlanmıştır. Ege Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji Laboratuvarı'nda izole edilen P. aeruginosa kökenlerinin antimikrobiyal duyarlıkları disk difüzyon yöntemiyle, klonal ilişkisi Enterobacterial repetitive intergenic consensus polimeraz zincir reaksiyonu (ERIC-PZR) ile belirlenmiştir. Klonal ilişkisiz kökenlerin çoğunluğu algılama (ÇA) genleri (lasI, lasR, rhlI, rhlR) PZR ile araştırılmış aynı zamanda virülans faktörleri (DNaz, elastaz, proteaz, lipaz, siderofor, pigment ve biyofilm üretimi ve twitching motilitesi) fenotipik yöntemlerle belirlenmiştir. Kökenlerin dezenfektanlara (polihekzanid (PHMB), %2 gluteraldehit (%2 GLT), klorhekzidin (CHX), kuarterner amonyum bileşikleri (KAB)) ve antimikrobiyallerden siprofloksasine (CIP) karşı duyarlıkları CLSI kriterlerine göre sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle, dezenfektanların ve antibiyotiğin (CIP) tek başlarına ve kombinasyon durumlarında biyofilm üzerine etkileri kristal viyole yöntemi ile araştırılmıştır. Dışa atım pompa (DAP) genlerinin varlığı (mexR, nfxB) PZR yöntemiyle, ayrıca DAP inhibitörü fenilalanin-arjinin-beta naftilamid (PAβN) ve 1-(1-naphthylmethyl) piperazine (NMP) varlığında kökenlerin CIP MİK değerleri sıvı mikrodilüsyon yöntemi kullanılarak saptanmıştır. Fenotipik ve genotipik özelliklerin birbirleri ile ilişkisinin araştırılmasında Fisher kesin ki-kare testi kullanılmıştır. Seksen üç P. aeruginosa kökeninden ERIC-PZR yöntemi ile 19 klonal ilişkisiz köken belirlenmiştir. Disk difüzyon ve sıvı mikrodilüsyon yöntemlerine göre klonal ilişkisiz kökenlerin 10'u CIP'ye dirençli, ikisi orta duyarlı ve yedisi duyarlı bulunmuştur. Klonal ilişkisiz kökenlerde ÇA genlerinden lasI geni %89,5, lasR geni %94,7 oranında saptanmıştır. Tüm kökenlerde rhlI geni mevcutken, rhlR geninin %68,4'lük yüzdeye sahip olduğu belirlenmiştir. Virülans faktörlerinden elastaz ve siderofor üretimi tüm kökenlerde saptanırken, pigment üretimi %84,2, twitching motilitesi %79, lipaz üretimi %74 ve proteaz üretimi %26,3 oranlarında bulunmuştur. Kökenlerin hiçbirinde DNaz saptanmamıştır. Kökenlerden dokuzu güçlü biyofilm üretme kapasitesi göstermiştir ve kökenler üzerinde MİK değeri en düşük olan dezenfektanın CHX olduğu görülmüştür. Güçlü biyofilm üreten kökenlerde dezenfektanlarla CIP kombinasyonlarının etkilerine bakıldığında, biyofilm inhibisyonu sağlayan en etkili kombinasyonun CHX-CIP olduğu belirlenmiştir. Ayrıca DAP genleri (mexR, nfxB) birer köken hariç tüm kökenlerde saptanmıştır. DAP inhibitörü PAβN varlığında, 10'u CIP'ye dirençli, ikisi orta duyarlı kökenlerden, dokuzunun CIP MİK değerlerinde dört kat ve üzeri azalma belirlenmiş, NMP varlığında ise kökenlerin CIP MİK değerlerinde bir azalma gözlenmemiştir. Fisher kesin ki-kare testine göre fenotipik ve genotipik özelliklerin birbirleriyle ilişkisi istatistiksel açıdan anlamlı bulunmamıştır (p>0.05). Bu tez çalışmasından elde edilen veriler ile hastanemizde görülen nozokomiyal Pseudomonas enfeksiyonlarından hangi virülans genlerinin sorumlu olduğu, dezenfektanlara tolerans ve antimikrobiyal direnç durumları hakkında bilgi edinilmiştir. Ayrıca çoklu ilaç direncine sahip P. aeruginosa kökenlerinde antibiyotik ve dezenfektan kombinasyonlarının biyofilm oluşumu ve olgun biyofilm üzerine etkinliklerine bakılarak sinerjik etki durumları hakkında bilgi sahibi olunabileceği ve böylece tedavi seçenekleri açısından öneri oluşturulabileceği düşünülmüştür.
Mycobacterium tuberculosis kompleks izolatlarında genotip ve antimikrobiyal direnç arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi
Mycobacterium tuberculosis kompleks' in neden olduğu tüberküloz hastalığı tanı ve tedavi yöntemlerindeki gelişmelere rağmen dünyada ve ülkemizde ciddi bir halk sağlığı sorunu olmaya devam etmektedir. Günümüzde, artan direnç nedeniyle etkili tedavi sağlanamaması, duyarlılık testleri ile bu direncin takibini gerekli hale getirmiştir. Son yıllarda moleküler yöntemlerdeki gelişmeler tüberküloz epidemiyolojisinin anlaşılmasını kolaylaştırmış, reenfeksiyon/reaktivasyon ayrımı, salgınların tanımlanması, hastalığın toplumdaki yayılımının ve laboratuvarlardaki çapraz kontaminasyonların takibinin sağlanması için yararlı olmuştur. Bu tez çalışmasında, 2013-2014 yıllarında Ege Üniversitesi mikobakteriyoloji laboratuvarında izole edilen M. tuberculosis kompleks izolatlarının genotiplendirilmesi, çok ilaca dirençli (ÇİD) izolatlarda ise ikinci seçenek tüberküloz ilaçlarından amikasin (AK) ve ofloksasin (OFL) duyarlılığının belirlenmesi, direnç ve genotip arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Yüzkırkiki izolatın spoligotiplendirilmesi ile edinilen verilere göre; T ailesi baskın bulunmuş, 2014 yılı izolatlarında ise bunu H ailesi (H1, H3, H4) takip etmiştir. MIRU-VNTR yöntemi ile tiplendirmek için seçilen, en az bir primer ilaca dirençli, 15 izolatın spoligotipleri değerlendirildiğinde beşi T1, ikisi LAM7TUR, ikisi Pekin, birer tanesi T2, U, H3, CAS1DELHI olarak tanımlanmış, iki tanesi ise veritabanındaki izolatların hiçbiriyle eşleşmemiştir. Spoligotiplerine göre Pekin, LAM7TUR ve CAS1DELHI ailesindeki suşlar MIRU-VNTR yöntemi ile de aynı gruplarda bulunmuştur. Ayrıca test edilen beş ÇİD izolatta AK ve OFL'ye karşı dirence rastlanmamıştır. Tüm dirençli kökenler değerlendirildiğinde bu çalışmada direnç ve genotipler arasında ilişki tespit edilememiştir. Sonuç olarak bu çalışmada direnç ve genotip arasında bir ilişki bulunmasa da tüberkülozun ve dirençli suşların yayılımının izlenmesi bakımından alternatif moleküler metotlar geliştirilmesi yönünde araştırmalara devam edilmeli ve bu yöntemlerin yaygın kullanımı sağlanmalıdır. Anahtar Kelimeler: Mycobacterium tuberculosis kompleks; genotiplendirme; antimikrobiyal direnç.
Determination of effects of selected veterinary antibiotics on biogas production in anaerobic digestion systems and analysis of resistance gene promotion
This study presents results of investigation of many laboratory scale anaerobic digesters operated with cattle manure of OTC vaccinated animal. Excretion pattern of oxytetracycline after treatment was observed and excreted amount of antibiotic was calculated. Anaerobic digestion of cattle manure was monitored and performances were recorded in presence of antibiotic and changing operational parameters. Manure amendment to soil was performed to monitor fate and effect of oxytetracycline and digester microbial communities on soil microbial communities Within the scope of the dissertation, it was found that OTC inhibits digester performance significantly. Effect of OTC was higher on bacterial population rather than archaea. OTC excreted from animal body as at least 18% of initial amount within solid manure. This amount will further increase because of repetitive injections and liquid manure addition. These manures were used as feedstock in anaerobic digesters operated under common operational parameters for farm type anaerobic digesters. 50% inhibition in biogas production was observed. Temperature was most influential parameter of digester performance followed by solid content and mixing rate. Temperature has been also most effective parameter on degradation of OTC. Mixing rate also helped degradation of OTC slightly. Also solid content was in negative relation with OTC inhibition. It has been found that half-life of OTC was ranging from 22-28 days in mesophilic and 16-18 days in thermophilic digesters, respectively. Molecular analyses showed that bacterial community of digesters was dominated by fermentative and hydrolytic bacteria belonging groups of Firmicutes and acidogenic Proteobacteria. Methanobacteriales, Methanomicrobiales and Methanosarcina spp. were found as methanogenic community. FISH analyses indicated an increase in microbial activity after 20 days; after that activity dropped significantly. Manure and digestate were amended to soil to monitor the elimination of antibiotic and its effects on microbial structures. It has been found that the half-life of OTC is far longer (135 days) in soil than in digesters (18-24 days) and microbial structures were changed after amendment. Tetracycline resistance gene analyses showed presence of 10000-1000000 resistance gene copies in digester studies and 1000-100000 resistance gene copies in soil studies Analyses also showed that ratio of antibiotic resistance genes to bacterial 16S rRNA genes were increased 50 fold in mesophilic digesters and 100 fold in thermophilic digesters. In soil studies ratio dont showed a significant change.
Enterobacterıaceae suşlarında karbapenem direncinin fenotipik ve genotipik olarak tanımlanması
Bakterilerdeki antibiyotik direnci, tüm dünyada giderek artmaktadır. Bu dirençli kökenler enfeksiyonların tedavisinde önemli sorunlara yol açmaktadır. Yaşamı tehdit eden ciddi, çoklu ilaç direnci gösteren GN bakterilerin yol açtığı enfeksiyonlarda karbapenem grubu antibiyotikler son seçenek durumunda olduğu için karbapenem direncinin ayrı bir önemi vardır. Bu çalışmada hastanemizde izole edilen karbapenem dirençli Enterobacteriaceae fenotipik ve genotipik özelliklerinin araştırılması ve karbapenem direncine sebep olan genetik mekanizmaların incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya toplam 43 karbapenem dirençli suş alınmıştır. Vitek-2 (bioMérieux, Fransa) sistemi ile isimlendirilmiş ve antibiyotik duyarlılıkları belirlenmiştir. Karbapenem MIC değerleri ayrıca E-test ile de çalışılmıştır. Fenotipik tanımlama için MHT ve MBL E test kullanılmıştır. Direnç genlerinden olan IMP, VIM, KPC, NDM 1 ve OXA 48 Multipleks PCR (hyplex® SuperBug ID) ile çalışılmıştır. MHT % 81.4 oranında pozitif saptanmıştır. Kırk üç suşun 7'sinde OXA 48 geni, 1'inde NDM 1 geni pozitif bulunmuş, diğerlerinde ise hiç bir direnç geni tespit edilememiştir. PCR sonuçları referans alınarak, fenotipik testlerle PCR uyumu karşılaştırılmıştır. MHT testi ile OXA 48 direnç geni pozitifliği ve MBL E test ile NDM 1direnç geni pozitifliği arasında uyum görülmüştür ( p < 0,05). Diğer antibiyotiklere karşı yüksek oranda direnç görülürken suşların %11.6'sında kolistin direnci görülmüştür. Karbapenem dirençli enterobactericeae izolatların hızlı ve erken tanımlanması bu çok dirençli patojenlerin neden olduğu enfeksiyonların engellenmesi ve bununla ilişkili mortalite oranlarının düşmesine katkı sağlayacaktır düşüncesindeyiz.
Nisinin farklı nanopartikül formlarının metisilin dirençli staphylococcus aureus (MRSA) izolatları üzerine etkinliğinin araştırılması
Yüksek lisans tez çalışması kapsamında gıda koruyucusu olarak uzun zamandır güvenle kullanılan nisinin, farklı boyut ve formlardaki altın ve gümüş nanopartiküler sistemlerle işlevselleşerek klinik MRSA suşları üzerine sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile antibakteriyel etkinliği araştırılmıştır. Bakterilerde mevcut ajanlara karşı görülen çoklu ilaç direnci en önemli küresel halk sağlığı sorunlarından biri haline gelmiştir. Mevcut antibakteriyellerin sınırlı, uzun süren ve maliyetli üretim süreçleri ve fizikokimyasal özelliklerinden kaynaklanan problemler ve tedavi verimsizlikleri göz önüne alınınca ucuz ve etkili yeni çözümler aranmaya başlanmış ve nanoteknolojiden yararlanarak var olanı iyileştirmek ve etkili kılmak gündeme gelmiştir. MRSA'lar çoklu ilaç direnci gösteren oldukça önemli enfeksiyon etkenleridir. Nanopartiküller ile mevcut antimikrobiyallerin kontrollü üretimi, MRSA gibi patojenlere karşı etkili bir şekilde mücadele etmek için alternatif bir strateji sunar. Lactococcus lactis ssp. lactis tarafından üretilen bir bakteriyosin olan nisin, birçok gram-pozitif bakteri ve gıda kaynaklı patojene karşı yüksek antimikrobiyal aktivite gösterdiği bilinen katyonik bir antimikrobiyal peptittir. Nisinin terapötik potansiyeli, geleneksel antibiyotiklere bir alternatif olarak metisiline dirençli S.aureus gibi antibiyotiğe dirençli bakteriler tarafından enfekte olmuş hastaların tedavisinde antibiyotiklerle ve nanopartiküler sistemlerle sinerjik olarak kullanılma potansiyeline sahiptir. Metalik nanopartiküller bakterilerle savaşmak için yeni bir potansiyel yol sunarlar. Gümüş ve altın nanopartiküller son zamanda önem kazanan nanopartiküler sistemlerdir. Bu çalışmada, nisinin, gümüş ve altın nanopartiküllerin tek başlarına ve antimikrobiyal peptid nisin ile farklı şekil ve boyutlu kombinasyonlarda hazırlanan sistemlerinin MRSA suşları üzerine antimikrobiyal etkileri ortaya koyulmuştur. Sonuç olarak; gümüş nanosistemler altın nanosistemlere göre daha çok etkinlik göstermişlerdir. Altın nanosistemler tek başlarına hiçbir suşa karşı antibakteriyel etkinlik göstermemişken, gümüş nanosistemler tek başlarına düşük derişimlerde bile etkinlik göstermişlerdir. Nisin çok yüksek olmayan konsantrasyonlarda MRSA suşları üzerine antibakteriyel aktivite göstermektedir. Ayrıca nisinin tek başına etkinliği ile karşılaştırıldığında da nanosistemlerin işlevselleştirilmesi sonucu artan antibakteriyel aktivite gözlenmiştir. Bu nisinli nanopartiküler sistemlerin yapılacak çalışmalarla aydınlatılarak tedavi seçenekleri arasında yer alabileceği düşünülmektedir.
Marmara, Ege ve Karadeniz'den çıkartılan kara midyesi ve kum midyelerindeki vibrio parahaemolyticus izolatlarının moleküler karakterizasyonu, antibiyotik direnç profili ve biyofilm oluşturma kapasitesi
Son yıllarda Türkiye'de tüketici alışkanlıklarının değişmesi ile başta çift kabuklu deniz ürünleri olmak üzere balık dışındaki diğer deniz ürünlerinin tüketim miktarlarında büyük bir artış görülmektedir. Çift kabuklu deniz ürünleri, besleyici değerinin yanı sıra salgınlarla ilişkili gıdalar içerisinde yer alarak halk sağlığı açısından da oldukça önem taşımaktadır. Deniz ürünleri kaynaklı gastroenteritlerin dünyada en önde gelen nedeni olarak kabul edilen Vibrio parahaemolyticus için iyi bir rezervuar olan midyeler, potansiyel kontaminasyon kaynakları olarak değerlendirilerek tüketiciler için risk oluşturmaktadır. Bu kapsamda bu tez çalışmasında Mayıs 2021 – Mayıs 2022 döneminde Ege, Marmara ve Karadeniz'in 14 farklı bölgesinden çıkartılan 135 kara midyesi (Mytilus galloprovincialis) ve farklı türlere ait 120 kum midyesi (Chamelea gallina, Ruditapes philippinarum ve Donax trunculus) olmak üzere toplam 255 örnek balıkçılardan temin edilmiştir. Bu örneklerden V. parahaemolyticus izolasyonu ve identifikasyonu ISO 21872-1:2017 standardına göre klasik kültür metoduyla yapılmış, şüpheli izolatlardaki V. parahaemolyticus varlığı toxR geni esas alınarak konvansiyonel PCR ile doğrulanmıştır. Enteropatojen suşların belirlenmesi amacıyla, konfirme edilmiş V. parahaemolyticus izolatlarının moleküler karakterizasyonu yapılarak başlıca virülens genleri olan tdh ve trh gen bölgelerinin varlığına bakılmıştır. Ardından V. parahaemolyticus olarak belirlenen izolatların, antimikrobiyal direnç profilleri Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi kullanılarak belirlenmiş, daha sonra patojen ve patojen olmayan suşlardan seçilen izolatların 3 farklı sıcaklık derecesi (10°C, 25°C ve 37°C) ve 2 farklı inkübasyon süresinde (24 ve 48 saat) biyofilm oluşturma kapasitesi araştırılmıştır. Çalışmada elde edilen sonuçlara göre toplanan 255 örneğin %32,2'si V. parahaemolyticus olarak konfirme edilmiş olup, bunların %30,8'i kum midyesinden; %33,3'ü ise kara midyesinden izole edilmiştir. İzolatların görülme sıklığı denizlere göre sırasıyla Karadeniz (%52,5), Marmara Denizi (%34,8) ve Ege Denizi (%3,6) şeklinde olup, denizler arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,05). Mevsimlere göre sonuçlarda en yüksek pozitiflik oranının yaz mevsiminde toplanan örneklerde (%60) olduğu, ilkbahar örneklerinin ise en düşük orana (%15,9) sahip olduğu belirlenmiştir. Toplanan 255 örnekten izole edilen izolatların %5,9'u patojen olarak tespit edilmiştir. Patojen izolatların %73,3'ü kum midyesinden; %26,7'si ise kara midyesinden izole edilmiş olup, patojen izolat açısından midyeler arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,05). Patojen izolatların %60'ının Karadeniz, %40'ının ise Marmara Denizi'nde yer aldığı, Ege Denizi'nde ise hiçbir patojen izolat bulunmadığı dikkat çekmektedir. Ayrıca patojen izolatların çoğunun (%46,7) kış mevsiminde izole edildiği belirlenmiştir. Midye örneklerinden izole edilen toplam 82 V. parahaemolyticus suşunun antimikrobiyal direnç profilleri araştırılarak MAR indeks değeri ortalama 0,67 olarak belirlenmiştir. Elde edilen izolatların ikisinin test edilen dokuz antibiyotiğin tamamına direnç göstermesi ve izolatların tamamında en az üç antibiyotik grubuna karşı direnç belirlenmesi ile çoklu antibiyotik direnci tespit edilmiş, bu durum Türkiye sularındaki yüksek kontaminasyon riskini göstermiştir. Ayrıca çalışmada en fazla dirençli izolatın tespit edildiği antibiyotiklerin 101 piperasilin ve tetrasiklin olduğu, 82 izolatın tamamının (%100) bu antibiyotiklere karşı direnç oluşturduğu belirlenmiştir. Biyofilm oluşturma kapasitelerinde patojen suşlarla patojen olmayan suşlar arasında bir fark belirlenemezken, izolatların 48 saatlik inkübasyon süresinde 24 saatlik inkübasyon süresine göre, 25°C sıcaklık derecesinde ise 10°C ve 37°C sıcaklık derecelerine göre daha iyi biyofilm oluşturdukları tespit edilmiştir. Suşların hiçbirinde güçlü biyofilm oluşumu gözlenmezken, orta derecede biyofilm oluşumu sadece kum midyelerinden izole edilen suşlarda (%7,1) gözlenmiştir. Deniz ürünleri kaynaklı gastroenterit vakalarının en önemli sebeplerinden biri olan Vibrio türlerinin yaygınlığının ve patojen suşların varlığının belirlenmesi, bu vakaların tedavi, koruma ve kontrol stratejilerinin geliştirilmesi için ilk adım niteliği taşımaktadır. Bu çalışma Türkiye'nin üç farklı denizinden (Ege, Marmara ve Karadeniz) elde edilen kara ve kum midyelerindeki Vibrio parahaemolyticus varlığının ve patojen suşlarının belirlendiği, midye örneklerinde antibiyotik direnç profillerinin ortaya konduğu ve suşların biyofilm oluşturma kapasitelerinin araştırıldığı ilk kapsamlı araştırma olması özelliğiyle önem taşımaktadır.
Bazı antimikrobiyal peptitlerin çeşitli antibiyotikler ile birlikte karbapenem dirençli acinetobacter baumannii klinik izolatlarına karşı in vitro ve in vivo galleria mellonella larva modeli üzerine etkinliğinin belirlenmesi
Antimikrobiyal direnç, küresel sağlığa ciddi bir tehlike oluşturan çok yönlü bir krizdir. Antibiyotiklerin zaman içerisinde etkisiz hale gelmesi ile dirençli mikroorganizmaların sebep olduğu enfeksiyonları tedavi etmek giderek daha zor olmaktadır. Gelişen antimikrobiyal direnç nedeniyle geleneksel antibiyotiklerin tedavide kullanımı hızla sınırlanmakta ve alternatif antimikrobiyal stratejilere yönelik araştırmaların gelişmesine sebep olmaktadır. Antimikrobiyal peptitler (AMP), geleneksel antibiyotiklere göre belirgin avantajlar sundukları ve klinik potansiyelleri nedeniyle dikkat çeken, geniş spektrumlu antibakteriyel aktiviteye ve immünomodülatör fonksiyona sahip küçük moleküler peptitlerdir. Bu çalışma dahilinde LL-37 ve Melittin AMP' leri ile çalışılmıştır. Geçtiğimiz birkaç on yılda A. baumannii, enfeksiyon salgınlarına neden olma ve karbapenemler de dahil olmak üzere kullanılan hemen hemen tüm antibiyotiklere direnç kazanma konusundaki olağanüstü yeteneği nedeniyle özellikle hastane enfeksiyonu etkeni olarak artan klinik öneme sahip bir patojen haline gelmiştir. Bu bakterilerin neden olduğu enfeksiyon tedavileri için çok fazla seçeneğin kalmaması nedeni ile alışılmışın dışında kombinasyon tedavileri giderek daha fazla dikkate alınmaktadır. Bu çalışma kapsamında, hastane enfeksiyonu etkeni karbapenem dirençli 10 adet A. baumannii izolatı kullanılmıştır ve deney şartlarının standardizasyonunu sağlamak için A. baumanii ATCC 19606 izolatı kontrol olarak kullanılmıştır. Meropenem, imipenem, melittin ve LL-37 MİK değerleri EUCAST önerileri doğrultusunda sıvı mikro dilüsyon yöntemi ile belirlenmiştir. A. baumannii kökenleri üzerinde checkerboard ve time kill yöntemleriyle sinerji araştırılmıştır. Ayrıca MEL, IMP ve MER'in tek başlarına ve kombinasyonlar halinde in vivo G. mellonella larva modeli üzerinde etkinlikleri araştırılmıştır. MEL MİK değerleri 31,25-62,5 µg/ mL arasında değişmiştir. LL-37 MİK değerleri ise iki izolat hariç 500 µg/ mL'den büyük bulunmuştur. Bu izolatlar ATCC 19606 ve M5'tir. MİK değerleri ise 250 µg/ mL bulunmuştur.M5 izolatı dama tahtası yöntemi kullanılarak araştırılan dört kombinasyonda da sinerji gösteren tek izolat olmuştur. Bu izolatın MER-MEL, MER-LL 37, IMP-MEL, IMP-LL 37 kombinasyonlarında elde edilen FİK indeksi değeri sırası ile 0,375, 0,375, 0,5 ve 0,5 'tir. Time kill yöntemi ile sinerji araştırılmasında 1x MİK ve ½ x MİK konsantrasyonları çalışılmıştır. Çeşitli zaman aralıklarında hem bakterisidal aktivite hem de sinerjik etki belirlenmiştir. Ayrıca hem 1x MİK konsantrasyonunda hem de ½ x MİK konsantrasyonda en etkin madde MEL olarak belirlenmiştir. G. mellonella larva modeli üzerinde gerçekleştiren in vivo çalışmada hem sağ kalım oranları hesaplanmış hem de cfu tayini gerçekleştirilmiştir. Anahtar Sözcükler: Acinetobacter baumannii, antimikrobiyal direnç, Galleria mellonella, LL-37, Melittin,
Klinik örneklerden izole edilen difteri dışı korineform bakterilerin identifikasyonu, antibiyotik direnç paterninin ve biyofilm oluşumunun araştırılması
Corynebacterium cinsine ait bakteriler; Corynebacterium diphtheriae ve non-difterik korineform bakteriler (NDC) olmak üzere ikiye ayrılmaktadır. Önceki yıllarda laboratuvar kontaminantları olarak değerlendirilen non-difterik korineform bakterilerin (NDC) yapılan son çalışmalarda önemli hastane enfeksiyon etkeni olabilecekleri ve bu bakterilerin birçok antimikrobiyal ajana dirençli oldukları gösterilmiştir. Ciddi enfeksiyonlarda artan oranda NDC'lerin görülmesi bunların potansiyel patojenler olarak tanınmasını gerekli kılmaktadır.Bu çalışmada Pamukkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına Aralık 2020-Ocak 2023 tarihleri arasında, klinik birimlerden gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen NDC'lerin tür düzeyinde identifikasyonları ve antibiyotik duyarlılık testlerinin yapılması, antibiyotik direnç paternlerinin incelenmesi, suşların moleküler epidemiyolojisinin ve biyofilm oluşumlarının araştırılması amaçlanmıştır.Tüm izolatlar MALDI-TOF MS (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time Of Flight Mass Spectrometry) ile tür düzeyinde tanımlanmıştır. İzolatların %94,3'ü C. striatum ve %5,7'si C. afermentans olarak tanımlanmıştır. İzolatların %15'i kan, %5'i kateter içi kan, %34,3'ü yara, %32,9'u trakeal aspirat (TA), %7,9'u balgam, %2,9'u abse materyali ve %2,1'i plevral sıvı örneklerinden izole edilmiştir. En sık izole edilen klinik örnek yara (%34,3), ikinci en sık klinik örnek trakeal aspirat (%32,9) iken; en az izole edilen klinik örnek ise %2,1 ile plevral sıvı örneği olmuştur. EUCAST (The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing) rehberi doğrultusunda Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ile yapılan antimikrobiyal duyarlılık testi sonuçlarına göre izolatların tamamı linezolid ve vankomisine duyarlı iken tamamı siprofloksasine dirençli bulunmuştur. İzolatların %98,6'sı penisiline, %96,4'ü klindamisine, %99,3'ü rifampisin ve tetrasikline, %88,6'sı gentamisine ve %75,7'si eritromisine dirençli bulunmuştur. İzolatlarda direnç genlerinin varlığı PCR (Polymerase Chain Reaction) ile araştırılmıştır. İzolatların %94,3'ünde bla geni, %95'inde ampC geni, %95,7'sinde ermX geni, %90'nında aac(3)-XI geni, %92,1'inde aphA1 geni, %97,9'unda gyrA geni ve %32,9'unda tetA geni tespit edilmiştir. ermB ve tetB genleri izolatların hiçbirinde tespit edilmemiştir. aac(3)-XI ve aphA1 geni pozitif olan izolatlarda anlamlı bir şekilde gentamisin direnç oranı yüksek bulunmuştur (p<0,05). ermX geni pozitif olan izolatlarda anlamlı bir şekilde eritromisin ve klindamisin direnç oranı yüksek bulunmuştur (p<0,05). İzolatlarda tetA geni pozitifliği ile tetrasiklin direnç oranı arasında anlamlı bir fark bulunmamıştır (p>0,05). bla/ampC geni pozitifliği ile penisilin direnç oranı arasında anlamlı bir fark bulunmamıştır (p>0,05). İzolatların biyofilm oluşturmaları mikrotitrasyon plak yöntemi ile semikantitatif olarak değerlendirilmiştir. İzolatların %26,4'ünde biyofilm oluşumu tespit edilmiştir. Corynebacterium türleri ile biyofilm oluşumu arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmamıştır (p>0,05). Çalışmadaki 140 suşun klonal ilişkisi PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis) yöntemi ile araştırılmıştır. 140 suş 46 farklı PFGE paterni göstermiştir. Bu paternlerden 13 tanesi yalnızca birer suş içermektedir. Kalan 33 patern ise küme oluşturan suşları içermekte olup küme genişliği 2-12 arasında değişmektedir. Kümeleşme oranı %90,7 olarak saptanmıştır. En büyük küme; 12 izolatın yer aldığı A ile kodlanan kümedir. Çalışmamızdaki izolatların çoklu ilaç direncine sahip olmaları ve antimikrobiyal direnç oranlarının yüksek olması nedeniyle bu mikroorganizmalara bağlı gelişen hastane enfeksiyonlarının tedavi stratejisinin zor olacağı düşünülmektedir. Bu nedenle bu mikroorganizmaların hastane enfeksiyon etkeni olabileceği göz önünde bulundurularak aktif sürveyans çalışmalarının yapılması önem arz etmektedir.
Balıklardan aeromonas sobria izolasyonu, antibiyotik dirençliliklerinin belirlenmesi ve genotiplendirilmesi
Amaç: Bu araştırmada, balıklardan izole edilen Aeromonas sobria suşlarının antibiyotik dirençliliklerinin belirlenmesi ve filogenetik yakınlıklarının saptanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu tez çalışmasında, A. sobria izolasyonu için 2023 yılında İzmir bölgesinden toplanan 100 adet balık örneği kullanılmıştır. Örneklerden izole edilen suşlar, VITEK-2 otomatize sistemi kullanılarak identifiye edilmiştir. Antibiyotik dirençliliğinin belirlenmesi için Kirby-Bauer Disk difüzyon tekniği kullanılmıştır. A. sobria suşlarının genotiplendirilmesinde RAPD-PCR tekniği kullanılmıştır. Bulgular: Bu çalışmada 100 adet balık örneğinden 11 (%11) adet A. sobria suşu izole ve identifiye edilmiştir. Antibiyogram sonucunda, en yüksek direncin ampisilin ve amoksisiline (%90,9) karşı geliştiği belirlenirken, en yüksek duyarlılık enrofloksasine (%72,7) karşı oluşmuştur. Genotiplendirme ile 11 farklı genotip saptanmıştır. Filogenetik benzerlikler % 17 ile % 92 arasında hesaplandı. Sonuç: Bu çalışmanın sonucunda zoonoz bir etken olan A. sobria suşlarının varlığı ortaya konmuş ve suşların antibiyotik direnç profilleri belirlenmiştir. A. sobria suşlarında belirlenen farklı direnç oranları, A. sobria enfeksiyonlarının tedavisinde uygun antimikrobiyal ajanların seçilmesinin önemini ortaya koymaktadır. Genotiplendirme ile A. sobria izolatlarının genotipik olarak çeşitlilik gösterdiği saptanmıştır.
Karbapenem dirençli ve karbapenem duyarlı pseudomonas aeruginosa kökenlerinin antibiyotik duyarlılıklarının karşılaştırılması ve karbapenem dirençli kökenlerde bazı karbapenemaz genlerinin araştırılması
Karbapenem dirençli (CRPA) ve karbapenem duyarlı (CSPA) P. aeruginosa kökenlerinin diğer antibiyotiklere duyarlılıklarının karşılaştırılması ve karbapenem dirençli olan kökenlerdeki karbapenemaz genlerinin varlığının tespit edilmesi amaçlandı. Çalışmaya 50 adet CRPA ve aynı dönemde izole edilen 251 tane CSPA dahil edildi. Antibiyotik duyarlılıkları otomatize sistem kullanılarak saptandı. CRPA kökenlerindeki karbapenemaz genlerinin (blaIMP, blaSPM, blaAIM, blaNDM, blaOXA-48, blaKPC) varlığı multipleks polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle araştırıldı. Kökenlerin en fazla yara (%32,6), idrar (%30,6) ve balgam (%16,9) örneklerinden ve yoğun bakım üniteleri dışındaki diğer kliniklerden izole edildiği tespit edildi. Kökenlerin en dirençli olduğu antibiyotikler netilmisin (%41,5), levofloksasin (36,5), piperasilin (%33,2) ve piperasilin/tazobaktam (%31,9) idi. İmipenem ve meropenem direnç oranları sırasıyla %15,6 ve %11,9 olarak bulundu. CRPA'lar amikasin, aztreonam, gentamisin, netilmisin, tobramisin, siprofloksasin, levofloksasin, sefepim, seftazidim, piperasilin, piperasilin/tazobaktama CSPA olanlardan daha dirençli olarak saptanmıştır (p<0,001). CSPA ve CRPA kökenlerde kolistine dirençte farklılık olmadığı tespit edilmiştir (p=1). CRPA kökenlerinde amikasin, aztreonam, seftazidim, siprofloksasin, kolistin, sefepim, gentamisin, levofloksasin, netilmisin, piperasilin, tobramisin, piperasilin/tazobaktam MİK değerleri CSPA olanlara göre daha yüksek saptandı dolayısıyla daha dirençli bulundu (p<0,001). Çoğul ilaca direnç (MDR) oranı %14,6 ve CRPA grupta MDR oranı daha fazla bulundu (P<0,001). CRPA kökenler içinde blaIMP, blaVIM, blaSPM, blaNDM, blaKPC, blaAIM ve blaOXA genleri arasında bir kökende blaIMP, üç kökende de blaVIM geni pozitif olarak bulundu. Sonuç olarak çalışmamızda karbapenem direnci ve MDR oranı ülkemizdeki oranlardan daha az oranda bulunmuştur. Daha önce hastanemizde yapılan çalışmalardaki oranlara göre de yıllar içinde oranların artmadığı görülmüştür. CRPA'ların CSPA'lara göre diğer antibiyotiklere de daha dirençli olduğu bulunmuştur. Çalışmamızda karbapenemazlardan IMP ve VIM tipi enzimler bulunmuştur. Hastanemizde yapılan diğer çalışmalarla birlikte bu çalışma hastanemizde izole edilen P. aeruginosa'larda karbapenemazların yaygın olmadığını göstermiştir. Bu enzimlerin epidemiyolojik olarak tanımlanması direnç yayılımını önlemede önemlidir ve bunları kodlayan genlerin tespiti; tedavide kullanılacak uygun antibiyotiklerin seçilmesinde yol gösterecektir.
Antimikrobiyal maddelerin etkinliğini arttıran uçucu yağ ve bileşenlerinin belirlenmesi
Bu tez projesi kapsamında antibiyotiklere dirençli Gram (+) Staphylococcus aureus; Gram (-) Escherichia coli ve antifungal ilaçlara duyarlı Candida albicans klinik ve standart suşları olmak üzere altı farklı hedef patojen seçilmiştir. Antimikrobiyal etkinlik testlerinde Klinik ve Laboratuvar Standartları Enstitüsü (CLSI) in vitro mikrodilüsyon yöntemi uyarlanarak kullanılmıştır. Doğal antimikrobiyal madde olarak, öncelikle Avrupa Farmakope kalitesinde Matricaria recutita L., Lavandula latifolia Medik., Pinus mugo Turra, Citrus reticulata Blanco. uçucu yağları (Aetheroleum) seçilmiştir. Etkinliği arttırmak amacıyla uçucu yağlar sırasıyla kolon kromatografisiyle n-hekzan, dietil eter, diklorometan ve metanolle fraksiyonlanmıştır. Antimikrobiyal deneylerde ayrıca uçucu yağların ana bileşenlerinden R-(+)-limonen, (+)-linalol, 1,8-sineol, (±)-kafur, β-karyofillen, α- pinen, (-)-β-pinen, γ-terpinen, farnasen, bisabolol ve (+)-δ-3-karen kullanılmıştır. Test materyallerinin ampisilin, sefuroksim, tetrasiklin, flukonazol ve nistatin standart antimikrobiyal maddeleriyle farklı kombinasyonlarının etkileşimleri dama tahtası yöntemiyle sinerjik etkinlikleri açısından incelenmiştir. Tüm test numunelerinin dirençli mikroorganizmalara karşı etkinlikleri minimum inhibisyon konstrastrasyonu (MİK) olarak belirlenmiştir. Kombinasyon sonuçları, fraksiyonel inhibisyon konsantrasyonu (FİK) değerleri şeklinde sinerjik, aditif, bağımsız etki veya antagonist etkili olarak sınıflandırılmıştır. Aktif fraksiyon-antimikrobiyal madde kombinasyonu seçici toksisitesi karşılaştırmalı olarak değerlendirmek üzere in vitro WS1-XTT sitotoksisite (insan cilt fibroblast hücre dizileri) ve biyolüminesans yöntemiyle Aliivibrio fischeri NRRL B 11177 suşuna karşı çalışılmıştır. Sonuç olarak, tasarlanan doğal madde kombinasyonların sinerjik/aditif etkinlikleri ilk defa bu çalışma kapsamında gösterilmiştir. Etkinlikler değerlendirildiğinde, toplam 54 sinerjik, 75 aditif ve 108 adet bağımsız etkili antimikrobiyal kombinasyon aktivite sonucu elde edilmiştir. Genel olarak oluşturulan uçucu yağ kombinasyonları, in vitro antimikrobiyal aktivite açısından daha etkin ve daha az toksik olduğu görülmüştür. Anahtar Kelimeler: Antibiyotik dirençli bakteri, Candida albicans, Uçucu yağlar, Kombinasyon çalışmaları, Dama tahtası yöntemi, Sinerjik etki.
İshalli sığırlarda eschericiıa fergusonii varlığının ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Araştırmamızda E. fergusonii etkenlerinin, yetiştiriciliği yapılan sığır populasyonlarında fenotipik ve genotipik olarak belirlenmesi ve antibiyotik duyarlılıklarının saptanması amaçlanmıştır. Araştırma materyalini oluşturan hayvanlar sığır yetiştiriciliği yapılan çiftliklerden temin edilmiş, toplam 100 adet ishal şikayeti olan hayvandan rektal svap alınmıştır. Alınan svaplar, soğuk zincirde vakit kaybetmeden Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalına getirildikten sonra 5 ml Tryptic Soy Broth (TSB) içeren tüplerde 37°C'de 24 saat inkube edilmiştir. TSB'de yapılan ön inkubasyondan sonra her bir sıvı besiyerinden bir öze dolusu süspansiyon alınarak % 4 adonitol ilaveli Simmon Citrate Agara ekimi yapılmış, 37°C'de 24 saat inkube edilmiştir. Üreme gözlenen kolonilerden adonitol pozitif olan koyu sarı ve turuncu koloniler seçilerek Sorbitol-MacConkey agara ekim yapılmıştır. 37°C'de 24 saat inkube edilen SMAC agarda sorbitol fermente etmeyen şeffaf Gram negatif küçük kokobasil koloniler seçilerek saflaştırıldıktan sonra biyokimyasal özeliklerinin belirlenmesi için API 20E test kiti ile değerlendirilmiştir. API testi sonucunda toplam 49 adet E. coli izole ve identifiye edilmiştir. API 20E identifikasyon testleri sonucu E. coli olarak adlandırılan izolatların kontrol geni olan E. coli uidA ile moleküler olarak doğrulanmış, ayrıca Efer 13 e Efer YP primerleri ile yapılan moleküler identifikasyon sonucunda, çoklu ilaca dirençli E. fergusonii suşlarının bulunduğu ve bu suşların da uidA geni taşıdığı tespit edilmiştir. API 20E identifikasyon testleri sonucu E. coli olarak adlandırılan izolatların kontrol geni olan E. coli uidA ile moleküler olarak doğrulanmış, ayrıca Efer 13 e Efer YP primerleri ile yapılan moleküler identifikasyon sonucunda, çoklu ilaca dirençli E. fergusonii suşlarının bulunduğu ve bu suşların da uidA geni taşıdığı tespit edilmiştir. Antibiyogram testi sonucunda Saha suşlarına karşı kullanılabilecek etkili antibiyotikler olarak Amoksisilin-Klavulanik Oksitetrasiklin, Florfenikol ve Sefaperazon belirlenmiştir.
Sığırlarda moraxella bovıs'in izolasyonu ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Araştırmamızda sığırlarda infeksiyöz keratokonjuktivitis olgularından Moraxella bovis izolasyon oranının saptanması ve izole edilecek suşların antibiyotik duyarlılıklarının saptanması amaçlanmıştır. Araştırmanın hayvan materyalini infeksiyöz keratokonjuktivitis klinik bulguları mevcut olan Aydın ilindeki sığır işletmelerinde bulunan ve çeşitli yaşlardaki 100 adet sığır oluşturmuştur. Sığırların konjuktival keselerinden steril svaplar ile sürüntü numunesi alınarak, etken izolasyonu yapılmıştır. İzolasyon sonrası yapılan fenotipik identifikasyon sonucunda incelenen 80 adet oküler sürüntü örneğinin 10 (% 12.5) adedinden M. bovis identifiye edilmiştir. Ayrıca M. bovis dışında 44 Proteus sp., 25 Streptococcus sp., 16 Staphylococcus sp., 8 Bacillus sp., 2 Corynebacterium sp., 1 E. coli ve 1 Candida sp. identifiye edilmiştir. M. bovis suşlarına yapılan antibiyogram testleri sonucunda M. bovis izolatlarının amoksisilin- klavulanik asit'e % 70, florfenikol'e % 80, Sefoperazona % 60, oksitetrasikline ve enrofloksasine % 50, gentamisine % 40 oranlarında duyarlı, klaritromisine % 80 ve eritromisin'e % 100, oranlarına dirençli olduğu saptanmıştır. Sonuç olarak, M. bovis etkenine bağlı İBK hastalığının sürülerde erken dönemde teşhis edilmesi ve tedavide etkin antibiyotiklerin kullanımının yaygınlaştırılmasının sağlanması ortaya konmuştur.
Kanatlılarda salmonella türlerinin izolasyonu, serotiplendirilmesi ve antibiyotik duyarlılıklarının araştırılması
Araştırmamız, Ege Bölgesinin batısında kanatlı yetiştiriciliği yapan Salmonella şüphesi bulunan kümeslerden 01 Eylül- 20 Aralık 2016 tarihleri arasında 253 adet tavuk örneği toplanarak gerçekleştirilmiştir. Hastalık şüphesi görülen tavukların nekropsi işlemi kanatlı teşhis ünitesinde gerçekleştirildikten sonra, tavuklardan tekniğine uygun şekilde alınan organ numuneleri Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Teşhis ve Analiz Laboratuvarına soğuk zincirde getirilmiştir. Kümeslerden alınan tavuk örneklerine yapılan nekropsi sonucunda karaciğer, dalak, kalp ve sekum organlarından Salmonella etkeni izolasyon ve identifikasyonu yapılmıştır. Çalışmalarımızın sonucunda; 4 (% 9,3) izolatın S. Enteritidis ve 39 (% 90,7) izolatın S. Typhimurium olarak tiplendirilmiştir. Antibiyogram testi sonucu, S. Enteritidis (n=4) izolatlarının, Gentamisin ve Seftriaksona % 100 oranında, Kanamisin ve Tetrasikline % 50 oranında duyarlı; Sefotaksime % 75 oranında orta derece duyarlı ve Ampisilin ile Penisiline ise % 100 oranında dirençli oldukları saptanmıştır. S. Typhimurium (n=39) izolatlarının ise, Seftriaksona % 92, Gentamisine % 82, Kanamisin ve Sefotaksime % 61, Tetrasikline % 51 oranlarında duyarlı; Ampisilin % 97 ve Penisiline ise % 100 oranında dirençli oldukları belirlenmiştir.
Mastitisli sığır sütlerinden izole edilen escherıchıa colı suşlarının önemli virulens genlerinin ve antibakteriyel duyarlılıklarının incelenmesi
Bu çalışmada mastitisli sığır sütlerinden E. coli'nin izolasyonu, identifikasyonu, izolatların önemli virulens genlerinin [Shiga toksin 1 (stx1), Shiga toksin 2 (stx2), ısıya duyarlı toksin (lt), ısıya dirençli toksin (st), invaziv antijen lokusu (ial), intimin (eaeA), demet oluşturan pilus (bfpA), fimbrial antijen (aafII)] ve antibiyotik duyarlılık profillerinin incelenmesi amaçlandı. Çalışmada materyal olarak özel bir süt işletmesindeki mastitisli 328 inekten bir yıl boyunca alınan 390 süt örneği kullanıldı. E. coli izolasyonu klasik yöntemler kullanılarak gerçekleştirildi. Bakteri identifikasyonunun doğrulanmasında ve virulens genlerinin belirlenmesinde polimeraz zincir reaksiyonundan (PZR) faydalanıldı. İzolatların sekiz antimikrobiyal aileye ait on antibiyotiğe karşı duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ile incelendi. Çalışmada mastitisli süt örneklerinin % 17,2'sinden (67/390) E. coli izole ve identifiye edildi. İzolatların % 19,4'ünün (13/67), incelenen virulens genlerinden en az bir tanesini taşıdığı belirlendi. En sık görülen virulens genleri stx1 (5/13=% 38,5), stx2 (2/13=% 15,4), st (2/13=% 15,4), lt (1/13=% 7,7), eaeA (3/13=% 23,1) iken; bfpA ve aafII genleri hiçbir izolatta bulunmadı. Virulens geni taşıyan izolatların % 53,8'i (7/13) EHEC, % 23,1'i (3/13) ETEC ve % 23,1'i (3/13) EPEC olarak tespit edildi. İzolatların% 89,5'i (60/67), % 37,3'ü (25/67), 35,8'i (24/67) kloramfenikol, ampisilin ve tetrasikline dirençli olduğu tespit edilirken; kullanılan diğer 8 antibiyotik için direnç % 2,9 ile % 22,3 arasında değişti. İzolatların % 3,0 (2/67)'ü kullanılan tüm antibiyotiklere duyarlı iken; % 30,0'u (20/67) çoklu direnci gösterdi. Antimikrobiyal duyarlılık, bakterilerin direnç profillerindeki değişiklikleri saptamak için izlenmelidir. Anahtar kelimeler: Escherichia coli, mastitis, antibiyogram, virulens gen
Karbapenemlere dirençli acinetobacter baumannii izolatlarında moleküler tiplendirme ve karbapenemazların araştırılması
Acinetobacter baumannii hastane enfeksiyonlarına yol açan etkenler içinde önemli yer tutmaktadır ve karbapenemlerde dahil antibiyotiklerin çoğuna direnç göstermektedir.Amaç: Aralık 2008?Kasım 2011 tarihleri arasında izole edilen karbapenem dirençli A. baumannii'lerde karbapenemazların varlığı ve bunların kromozomal veya plazmid kaynaklı olduğunun araştırılması amaçlanmıştır. Çalışma sonunda A. baumannii'lerin aynı kaynaktan köken alıp almadıkları ve bu izolatlardan diğer bakterilere genetik olarak aktarılma ile başka karbapenem dirençli bakteriler ile karşılaşma riskimizin olup olmadığı ortaya konulacaktır.Yöntem-Bulgular: Çalışılan 65 A. baumannii en fazla yoğun bakım ünitesindeki hastalardan (%66), en çok kandan (%37) ve endotrakeal aspirat örneklerinden (%25) elde edilmiştir.Antibiyotik duyarlılıkları karbapenemler için E-test, diğer antibiyotikler için disk difüzyonla çalışılmıştır. En duyarlı antibiyotikler tobramisin, netilmisin, polimiksin B ve kolistin (sırasıyla %98,5, %98,5, %98,5 ve %96,9) duyarlı olarak bulunmuştur. Diğer antibiyotiklere direnç oranı oldukça yüksek olup %92,3-100,0 arasında direnç saptanmıştır.İzolatlatlar arasındaki klonal ilişkiyi araştırmak için yapılan AP-PZR sonuçlarına göre; M13 pimeri ile iki farklı patern, DAF4 primeri ile üç farklı patern gözlenmiştir.Karbapenemaz varlığını araştırmak için yapılan multipleks-PZR ile bütün izolatlarda kromozomal kaynaklı OXA-23 ve OXA-51 enzim geni pozitif bulunurken diğer enzim genleri negatif bulunmuştur. Pozitif bulunan enzimler için yapılan sekanslamada OXA-23 ve OXA-51 enzim varlığı doğrulanarak izolatlar arası uyum gözlenmiştir. İzolatların hiçbirinde plazmid izole edilmemiştir.Sonuç: A. baumannii enfeksiyonlarının YBÜ'de, kan örneklerinde daha sık saptanması ve tiplendirme sonucuna göre; izolatların klonal benzerlik göstermesi nedeniyle girişimsel işlemler sırasında bakterilerin hastadan hastaya yayılımını engellemek için temel enfeksiyon kontrol önlemlerine dikkat etmek gerektiği sonucuna varılmıştır.İzolatların plazmid taşımıyor olması şimdilik başka karbapenem dirençli bakteriler ile karşılaşma riskimizin düşük olduğunu düşündürmektedir.Anahtar kelimeler: Acinetobacter baumannii, antibiyotik direnci, oksasilinaz, metallo beta laktamaz, PZR.
Gökkuşağı alabalığı (oncorhynchus mykiss walbaum 1792) kuluçkahanelerinde hastalık oluşturan flavobacterium türlerinin genotipik karakterizasyonu ve antimikrobiyal direnç gelişiminde rol oynayan genlerin varlığı-yaygınlığının belirlenmesi
Flavobacterium genusuna ait türlerin balıklarda oluşturduğu salgınlar önemli ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Bu türlerden en fazla bilinenleri Flavobacterium psychrophilum, F. columnare ve F. branchiophilum'dur. Son yıllarda birçok yeni Flavobacterium türünün de balıklardan izole edildiği bildirilmiştir. Bu araştırmada gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss), Anadolu/dağ alabalığı (Salmo trutta macrostigma), Çoruh alabalığı (Salmo coruhensis), kaynak alabalığı (Salvelinus fontinalis) ve Karadeniz alabalığından (Salmo trutta labrax) izole edilmiş 109 Flavobacterium spp. izolatının dizi analizi ile identifikasyonu, PCR-RFLP profiline göre genotiplendirilmesi, antimikrobiyal direnç durumunun belirlenmesi amaçlanmıştır. Flavobacterium türlerinin identifikasyonu 16S rRNA bölgesinin dizi analiziyle, PCR-RFLP analizi ise 16S rRNA, gyrA, gyrB gen bölgeleri kullanılarak yapılmıştır. Ayrıca Flavobacterium türlerinin amoksisilin, oksitetrasiklin, oksalinik asit, sulfamethoksazol/trimetoprim, enrofloksasin, eritromisin ve florfenikol antimikrobiyallerine karşı dirençliliği fenotipik (disk difüzyon, minimum inhibitör konsantrasyonları) ve genotipik (floR, tetA, tetB, tetC, tetE, tetH, tetM, tetL, sul1, sul2 sul3, qnrA, qnrB ve qnrS) olarak belirlenmiştir. Dizi analizi sonucunda 27 farklı Flavobacterium türü identifiye edilmiştir. Bu türlerden 26'sı ülkemizde ilk kez izole edilmiştir. F. antarticum, F. terrigena, F. granuli, F. frigoris, F. saccharophilum, F. xueshanense ve F. cutihirudinis türleri ise balıklarda ilk defa tespit edilmiştir. F. psychrophilum izolatları genotipik olarak homojen bir yapı göstermiş ve amoksisilin, florfenikole karşı duyarlı, enrofloksasin ile oksalinik asite ise duyarlılığının azalmılş olduğu belirlenmiştir. F. branchiarum, F. branchiicola, F. collinsii, F. frigoris ve F. psychrophilum türlerinde floR ve F. branchiarum, F. branchiicola, F. collinsii, F. oncorhynchi, F. plurextorum, F. psychrophilum, F. spartansii, F. terrigena ve F. tiangeerense türlerinde ise sul2 direnç geni bu çalışmada ilk defa tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler; Flavobacterium spp., Antimikrobiyal Direnç, RFLP