SARS virus
100 theses under this subject heading
Viral salgınlar perspektifinde salgın yönetimi değerlendirmesi: SARS-COV-2 örneği
Sağlık, kişinin hem ruhen ve hem de bedenen kendini iyi hissetme halidir. Sağlıklı hissetme hali içgüdüsel olarak gelişmektedir. Canlılar bedenlerindeki herhangi bir aksaklık durumunda içgüdüsel dürtü ile oluşan sorunları giderme eğilimine girmektedirler. Hastalıklar, insanlık tarihi ile birlikte varlıklarını sürdürmektedirler. Kişinin yaşam kalitesinin büyük bir kısmını sağlık ölçütü belirlemektedir. Bulaşıcı hastalıkları ele aldığımızda, milyonlarca insanı etkisi altına aldığı görülmektedir. Bulaşıcı hastalıklar her dönem bulundukları toplumda tehdit unsuru olarak varlığını sürdürmektedir. Gelişen bilim ve teknoloji ile birlikte günümüz çağında virüslerle savaşmak daha avantajlı hale gelmiştir fakat bilim ve teknolojinin dezavantajlı yönü de bulunmaktadır, virüsler artık biyolojik silah olarak da kullanılmaktadır. Çalışmada geçmiş, dönemlerde yaşanılan salgın hastalıklar, salgın hastalıkların varlığını sürdürdüğü dönemlerde alınan önlemler ve tedavi yöntemleri, hastalığın sona erdirilmesi ya da etkisinin azaltılması için yapılan çalışmalar ele alınmıştır. Bu çalışmalar işlenirken koruyucu sağlık hizmetlerinin önemine değinilmiştir. Hastalıklar oluşmadan ya da oluştuğu dönemlerde alınması gereken tedbirler ve bu tedbirlerde koruyucu sağlık hizmetlerinin önemi ele alınmıştır.
COVID-19 ve SARS-CoV-2 konusunda Türkiye kaynaklı bilimsel yayınların metodolojik özelliklerinin ve raporlama kılavuzlarına uyumlarının değerlendirilmesi
"Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2" (SARS-CoV-2)'nin neden olduğu "Coronavirus Disease 2019" (COVID-19)'un ortaya çıkışı ve yıkıcı bir pandemiye dönüşmesiyle birlikte, bu alandaki bilimsel raporlama sayısında hızlı bir artış olmuştur. Bu çalışma, COVID-19 ve SARS-CoV-2 konusunda Türkiye kaynaklı yayınların metodolojik özelliklerinin incelenmesi ve analitik gözlemsel araştırmalar ile randomize çalışmaların raporlanma özelliklerinin bilimsel raporlama kılavuzlarına uyumunun araştırılması amacıyla tanımlayıcı tasarımda planlanmıştır. LitCovid literatür merkezinde, 10 Mart 2020 ile 10 Mart 2022 tarihleri arasında listelenen ve tam metnine ulaşılabilen, Türkçe veya İngilizce dillerinde yayınlanmış, Türkiye'deki en az bir kurumdan katılımcının bulunduğu yayınlar çalışmaya dahil edilmiştir. Metodolojik özellikleri incelenen 1063 yayın arasında sistematik derleme ve meta analiz bulunmadığı; randomize ve randomize olmayan klinik çalışma sayısının 5 (%0,5) olduğu; yayınların yaklaşık olarak yarısını (%51) tanımlayıcı araştırmaların oluşturduğu; kohort (n=106, %10) ve kesitsel analitik araştırmaların (n=108, %10) dağılımda daha alt sıralarda yer aldığı saptanmıştır. Bilimsel raporlama kılavuzlarına uyum açısından değerlendirilen araştırmalar (n=218) arasında, kılavuz maddelerine uyum yüzdeleri randomize çalışmalarda %69; kohort araştırmalarda %52; kesitsel analitik araştırmalarda %49 olarak, ortalama uyum puanları ise, randomize çalışmalarda 0.71±0.45; kohort araştırmalarda 0.53±0.49; kesitsel analitik araştırmalarda 0.51±0.49 olarak saptanmıştır. Ülkemizden yapılan bildirimlerin kanıt düzeyi yüksek metodolojik özellikte olması ve bilimsel raporlama kılavuzlarına uygun olacak şekilde rapor edilmesi konusunda ek çaba gösterilmesi gerektiği kanaatine varılmıştır.
COVID-19 enfeksiyonunu hastane servisinde ve evde geçiren hastalarda post COVID dönemde egzersiz kapasitesi, aktivite öz yeterlilik, kognitif fonksiyon ve yorgunluk düzeylerinin hiç geçirmemiş bireyler ile karşılaştırılması
Yeni Tip Koronavirüs (SARS-CoV-2) hastalığı akut solunum sıkıntısı sendromu, çoklu organ yetmezliği veya asemptomatik gibi hafif şiddetliden şiddetliye kadar farklı düzeylerde seyredebilmektedir. Bazı hastalar post-COVID dönemde de semptomatik olabilmektedir. Bu çalışmanın amacı; COVID-19 enfeksiyonunu hastanede ve evde geçirmiş hastaları post-COVID dönemde egzersiz kapasitesi, aktivite-öz yeterlilik, kognitif fonksiyon ve yorgunluk açısından hiç COVID-19 enfeksiyonu geçirmemiş bireyler ile karşılaştırmaktı. Çalışmaya toplam 45 COVID-19 geçirmiş birey (20 hastanede geçiren birey ve 25 evde geçiren birey) ile toplam 23 hiç COVID-19 geçirmemiş birey dahil edildi. Bireylerin demografik özellikleri kaydedildi. Bireyler cinsiyet açısından benzer iken yaş açısından hastanede geçirenlerin ortalaması yüksekti (p<0,05). Egzersiz kapasitesi 6 Dakika Basamak Testi (6MST) ile, aktivite-öz yeterlilik Aktivite-Öz Değerlendirme (OSA) anketi ile, kognitif fonksiyon Bilişsel Durum Ölçeği (CFQ) ile, yorgunluk Kısa Yorgunluk Envanteri (BFI) ile, günlük yaşam aktiviteleri (GYA) London Chest GYA Ölçeği (LCADL) ile, fiziksel aktivite Uluslararası Fiziksel Aktivite Anketi (IPAQ) ile değerlendirildi. Hastanede geçiren grubun istirahat kalp hızı daha yüksekti (p<0,05). Hastanede ve evde geçiren bireyler COVID-19 geçirmiş bireyler olarak gruplandırıldığında ise egzersiz sonrası oksijen saturasyonu daha düşük, egzersiz sonrası kas yorgunluğu algılaması daha yüksek ve hem istirahat hem egzersiz sonrası yorgunluk ve dispne algılamaları daha yüksekti (p<0,05). Gruplar arasında aktivite-öz yeterlilik, kognitif fonksiyon ve fiziksel aktivite düzeyleri benzerdi (p>0,05). Hastanede ve evde geçiren bireyler COVID-19 geçirmiş bireyler olarak gruplandırıldığında BFI'ya göre yorgunluk, yorgunluğun genel aktiviteye etkisi ve LCADL'a göre fiziksel aktivite sırasındaki dispne algılaması yüksek bulundu (p<0,05). Sonuç olarak; COVID-19 geçirmiş bireyler post-COVID dönemde uzun süren yorgunluk yaşayabilmekte ve GYA düzeyleri olumsuz etkilenebilmektedir. İstirahat kardiyorespiratuar parametreleri etkilenebilirken egzersiz sonrası dispne, yorgunluk ve kas yorgunluğu algılamaları daha yüksek olabilmektedir. Post-COVID dönemde rehabilitasyon programı planlanırken COVID-19 enfeksiyonunu evde veya hastanede geçirmesi fark etmeksizin dispne, yorgunluk gibi semptomlar göz önüne alınmalıdır.
COVID 19 geçiren ve geçirmeyen bireylerde fiziksel uygunluk, egzersiz kapasitesi ve kardiyorespiratuar yanıtların karşılaştırılması
SARS-CoV-2 virüsünün neden olduğu COVID-19 salgını, hızla tüm dünyaya yayılmış ve koronavirüs ailesinin neden olduğu ilk pandemi olarak tespit edilmiştir. COVID-19 çoklu tutulum gösterebildiği gibi genellikle solunum sistemini etkileyen, hafif semptomlardan ağır klinik tablolara varabilen bir hastalıktır. Bu çalışmada COVID-19 hastalığını geçiren ve geçirmeyen bireylerin egzersiz kapasitelerini, kardiyorespiratuar durumlarını ve çeşitli fiziksel uygunluk skorlarını karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamız 30 COVID-19 geçmişi olan ve 30 COVID-19 geçirmeyen katılımcı gönüllülük esasına göre dahil edilerek yürütülmüştür. Katılımcılar Kütahya ilinde ikamet eden kişilerden rastgele seçilmiştir. Katılımcılara 6 dakika yürüme testi ve fiziksel uygunluk testleri uygulanmış, 6 dakika yürüme testi öncesinde ve sonrasında kardiyorespiratuar veriler kayıt edilmiştir. Katılımcılarımızın yaş ortalaması 29,22 olup vücut kitle indeksi ortalaması 23,76'dır. Değerlendirme sonunda 6 dakika yürüme testi skor ortalaması hastalık geçirenlerde 554,33 olup geçirmeyenlerde 581.27 olarak bulunmuştur. COVID-19 geçirmiş olma durumu ile 6 dakika yürüme testi skorları arasında anlamlı farklılık bulunamamıştır (p>0,05). Test sonrası nabız değeri ve nabızda ortaya çıkan fark değeri ile hastalığı geçirmiş olma durumu arasında istatistiksel olarak yüksek düzeyde anlamlı fark tespit edilmiştir (p<0,001). Hastalık geçirmiş olma durumu ve test sonrası diyastolik kan basıncı, diyastolik kan basıncı fark değeri, test öncesi solunum frekansı ve solunum frekansı fark değeri arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılık vardır (p<0,05). Fiziksel uygunluk testleri ve hastalık geçmişi arasında anlamlı fark bulunamamıştır. Çalışmamız sonucunda COVID-19 geçirmiş olma durumunun kardiyorespiratuar yanıtları etkilediği fakat fiziksel uygunluk parametrelerine aynı ölçüde etkisi olmadığı sonucuna ulaşılmıştır.
İnfluenza benzeri hastalıkla hastaneye başvuran hastalarda, modifiye erken uyarı skoru (MEUS) ve nutrisyonel risk tarama skorunun (NRS-2002) hastanede kalış süresini öngörme ve mortalite üzerine etkisi
Bu çalışmada influenza benzeri hastalıkla hastaneye başvuran hastalarda, başvuru anındaki MEUS ve NRS-2002 skorlarının hastaların hastanede yatış süresini öngörme ve mortalite üzerinde etkisini incelemek amaçlanmıştır. Prospektif çalışmamızda, Hacettepe Üniversitesi İç Hastalıkları servislerinde ve acil serviste yatan influenza benzeri hastalık (İBH) ile ilişkili tanı kodlarına sahip hastalar taranmıştır. İBH semptom kriterlerini karşılayan hastalar içerisinden onamı alınıp anket uygulanabilen hastalar çalışmaya dahil edilmiştir. 2019-2020 influenza sezonunda 64, 2020-2021 influenza sezonunda ise 104 hasta alınmıştır. 2019-2020 sezonunda çalışmaya alınan 64 hastanın %31,2' sinde (20) influenza saptanmıştır. 2020-2021 sezonunda çalışmaya dahil edilen 104 hastanın 97'sinin solunum örnekleri çalışılabilmiş ve 65'inde (%67) SARS-CoV-2'ye rastlanmıştır. 2020-2021 sezonunda hiç influenza tespit edilememiştir. İBH nedenli hastaneye başvuran hastalarda en sık sistemik semptom halsizlik; en sık solunumsal semptom öksürük olduğu görülmüştür. En sık komorbiditeler KVH, diyabet ve KOAH olduğu görülmüştür. MEUS ve NRS-2002 skorlarının hastanede kalış süresi ve mortalite üzerine etkisi olmadığı görülmüştür. İnfluenza pozitiflerin negatiflere göre sağkalımı daha düşük; SARS-CoV-2 pozitif hastaların negatiflere göre hastane yatış süresi daha uzun olduğu görülmüştür. COVID-19 hastalarının, influenza hastalarına göre daha genç ve daha az ek hastalığı olduğu görülmüştür. İnfluenza hastalarında, KOAH ve nörolojik hastalıkların COVID-19 hastalarına göre daha fazla olduğu saptanmıştır. İnfluenza ve COVID-19 hastalarının MEUS, NRS-2002 değerleri, yatış süreleri ve sağkalım açısından benzer olduğu görülmüştür. Anahtar Kelimeler: İBH, COVID-19, İnfluenza, MEUS, NRS-2002.
Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi hastaneleri iç hastalıkları servislerinde yatan hastaların başvuru sonrasında uzamış COVİD sendromu belirtileri açısından anket yöntemi ile araştırılması
İlk olarak 2019 yılında tanımlanan, Şiddetli Akut Solunum Yolu Sendromu Koronavirüsü-2 (SARS-CoV-2) isimli virüsün yol açtığı yeni koronavirus hastalığı (COVID-19) pandemisi, insan topluluklarını ve ülkeleri pek çok olumsuz yönde etkilemiştir ve hala devam etmektedir. SARS-CoV-2 ile enfekte olmuş hastalarda aktif hastalık iyileştikten sonra bazı belirti ve bulguların devam ettiği izlenmiştir ve bu tablo 'uzamış COVID' olarak tanımlanmıştır. Uzamış COVID tablosu hastalarda kardiyovasküler, pulmoner, nörobilişsel, psikiyatrik ve başka gruplarda 200'den fazla semptomla ortaya çıkabilen, her hastada farklı fenotip ile seyredebilen bir semptom kümesi olmuştur. Tedavi bulma amacı ile yapılan patogenez araştırmalarında, birbirinden farklı patogenetik yolakların etkili olduğu gösterilmiştir. Tanısı da diğer hastalıklarla sık karışabildiğinden dışlamaya dayalı olmaktadır. Çalışmamızın amacı, COVID-19 nedeniyle hastanede yatarak izlenen hastalarda uzamış COVID semptomları açısından risk faktörlerini incelemek ve tanı anında uzamış COVID açısından yüksek riskli olan hasta grubunu öngörmeye yardımcı olabilecek bir yöntem tanımlamaktır. Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastaneleri İç Hastalıkları Anabilim Dalı servislerinde COVID-19 tanısı ile yatan, taburculuk sonrasında Genel Dahiliye Bilim Dalı COVID-19 izlem polikliniğine başvuran ve prospektif bir çalışma dahilinde bilgileri toplanmış olan hastalar ile telefonda görüşülerek tanımlayıcı bir anket çalışması ile hastaların uzamış COVID semptomları değerlendirildi. Çalışmaya toplam 479 hasta dahil edildi. Kohortun COVID-19'a karşı aşılanma oranı %91.9 olarak izlendi. Hastane yatışından itibaren ortanca izlem süresi 21.7 ay idi. Hastaların %48.8'inde (n=234) en az bir tane uzamış COVID semptomu saptandı. Sıklık sırası ile halsizlik (%28.8), öksürük (%12.7), nefes darlığı (%11.7), efor dispnesi (%11.3), sersemlik/beyin sisi (%11.1) semptomları izlendi. COVID-19 ile yatış sonrasında hastaların %9.6'sına diyabet, %9.4'sına hipertansiyon, %5.4'sına kronik böbrek hastalığı, %4.6'sına koroner arter hastalığı, %3.3'üne ise kalp yetmezliği tanısı konulduğu öğrenildi. Uzamış COVID sendromu olan hastaların yaş ortalaması, olmayanlara göre anlamlı olarak yüksek izlendi (p<0.001), ayrıca bu hastalarda ilk başvuruda nefes darlığı şikayetinin daha sık olduğu görüldü (p=0.01). Yaş, başlangıç semptom sayısı, yatış esnasındaki serum C-reaktif protein (CRP) seviyesi ve hastane yatışında çekilen toraks bilgisayarlı tomografi (BT)'sinde lober konsolidasyon olma durumu uzamış COVID risk faktörleri olarak izlenirken; ileri yaş, kadın cinsiyet, serum CRP seviyesi, yatış süresi, yatışında çekilen toraks BT'de lober konsolidasyon izlenmesi ve toraks BT'de COVID-19 için atipik ya da tipik bulgular saptanması, şiddetli uzamış COVID sendromu için risk faktörleri olarak izlendi. Sonuç olarak belirlenmiş bazı risk faktörlerine sahip COVID-19 hastalarında, uzamış COVID olasılığı belirli bir oranda öngörülebilir ve kişiselleştirilmiş bir yaklaşım ile hastaların erken dönemde tedavi, terapi ve rehabilitasyon ihtiyacı karşılanabilir.
Sars-cov-2 enfekte çocuklarda inflamatuar belirteçlerin hastalığın ağırlığını öngörmede değeri
Aralık 2019'da Çin'in Wuhan şehrinde pnömoni vakaları tespit edilmesi ile yeni bir koronavirüs türü ortaya çıkmış olup, COVID-19 olarak adlandırılan bu salgın kısa sürede Çin'den sonra birçok ülkeye yayılması ile 11 Mart 2020'de Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) tarafından pandemi olarak ilan edilmiştir. COVID19'lu pediatrik hastaların epidemiyolojik ve klinik özellikleri hakkında hala çok az şey bilinmektedir. Tam kan sayımı parametreleri, inflamatuar sürecin göstergesi olarak birçok hastalıkta araştırılmıştır. Laboratuvarda düşük maliyetli ve rutin çalışılan tam kan sayımı parametrelerinin, CRP'nin ve bu parametrelerin oranlarının [nötrofil/lenfosit oranı (NLR), trombosit/lenfosit oranı (TLR), ortalama trombosit hacmi/lenfosit oranı (MPR), türetilmiş-NLR oranı (d-NLR) ve sistemik immün inflamasyon indeksi (SII)] hastalığın prognozunun değerlendirilmesinde yardımcı olabileceğini düşünmekteyiz. Biz de bu çalışmamızda hastanemize başvuran COVID-19 PCR pozitif çocukların hematolojik parametrelerinin hastalığın klinik şiddetini öngörmedeki önemini değerlendirmeyi amaçladık. Çalışmaya 01 Nisan 2020 – 01 Nisan 2022 tarihleri arasında hastanemize başvuran PCR testi pozitif sonuçlanan 1 ay-18 yaş arası tüm çocuklar (n=6893) çalışmaya alındı. Hasta verileri geriye dönük hasta dosyalarından elde edildi. Hastaların demografik özellikleri, klinik bulguları, başvuru anındaki yaşamsal bulguları ve laboratuvar test sonuçları kaydedildi. Tüm hastalar klinik şiddetlerine göre; asemptomatik, hafif, orta, ağır ve kritik olmak üzere sınıflandırıldı. Kan tahlili olan 903 hastanın hastalık şiddeti ile hemogram parametreleri (lenfosit, nötrofil, eozinofil, monosit, ortalama trombosit hacmi, immatür granülosit, RDW vb.), CRP değerleri ve bu değerlerin oranları NLR, TLR, d-NLR, MPR, SII değerlendirildi. Çalışmamız süresince COVID-PCR pozitif gelen tüm hastaların, %50'si (n=3433) kadın, %50'si (n=3430) ise erkektir. Yaşları 1 ile 216 ay (18 yaş) arasında değişmekte olup, ortalama 139,09±58,90 aydır (11,5 ± 4,9 yaş). COVIDPCR pozitif gelen çocuklarda en sık görülen semptomlar %36,6 ateş, %28,4 öksürük, %21 boğaz ağrısı, %13,4 baş ağrısıdır. Hastaların %31,2'si asemptomatik, %66,5'i hafif, üst solunum yolu enfeksiyonu, %1,9' u orta, alt solunum yolu enfeksiyonu, %0,2'si ciddi, ağır pnomoni, %0,1'i kritik, yoğun bakım hastası, şiddetli pnömonisi olduğu görüldü. Asemptomatik, hafif şiddette ve orta 6 şiddette hasta grubu değerlendirildiğinde nötrofil, lenfosit, eozinofil, trombosit, ortalama trombosit hacmi, immatür granülosit, CRP, NLR, TLR, MPR, d-NLR, SII değerlerinde istatistiksel olarak anlamlı fark izlendi. [(p=0,001; p<0,01), (p=0,001; p<0,01), (p=0,001; p<0,01), (p=0,001; p<0,01), (p=0,036; p<0,05), (p=0,002; p<0,01), (p=0,001; p<0,01), (p=0,001; p<0,01), (p=0,001; p<0,01), (p=0,001; p<0,01), (p=0,001; p<0,01), (p=0,001; p<0,01)].. Ağır ve kritik hastalar değerlendirildiğinde RDW ve NLR ölçümlerinde istatistiksel olarak anlamlı fark izlendiği görüldü [(p=0,021; p<0,05),(p=0,026; p<0,05)]. NLR için en uygun pozitiflik sınır değeri (cut off) ≥9,19. Duyarlılık = 0.801, özgüllük=0.877 ve (1-özg.) =0.123 olarak hesaplandı. RDW(fL) için en uygun pozitiflik sınır değeri (cut off) ≥43,90'dır. Duyarlılık = 0.800, özgüllük=0.875 ve (1-özg.) =0.125 olarak hesaplandı. Bu da çalışmamızın sonuçları ile değerlendirildiğinde NLR ≥9,19, RDW (fL) ≥43,90 olan hastalarda yoğun bakım ihtiyacının gelişebileceği kanısına varıldı. Çalışmamızda NLR COVID-19 hastalığının klinik şiddetiyle ilişkili bulundu. Bu parametrenin COVID-19 hastalığının şiddettini öngörmede iyi bir belirteç olarak kullanılabileceği düşünülmektedir
COVID-19 ve IL28B gen polimorfizmi
Çin'in Wuhan eyaletinde Aralık 2019'da başlayan ilk salgından bu yana, yeni koronavirüs hastalığı (COVID-19) hızla diğer bir çok bölgeye yayıldı ve küresel bir sağlık tehdidi haline geldi. Bazı ülkelerde COVID-19 prevalansı ve mortalitesinde önemli bölgesel farklılıklar bildirilmesi nedeniyle COVID-19 şiddetinin ve mortalite oranlarının bireysel farklılık göstermesinin nedenlerini araştırma ihtiyacı doğmuştur. Konuyla ilgili ACE reseptörü ve ABO polimorfizmleri ile COVID-19 prevelansı ve mortalitesi arasındaki ilişkiyi araştırmayı amaçlayan pek çok çalışma bulunmaktadır. İnterferonların (IFN) antiviral, antitümör ve immünmodilatör etkileri bulunmaktadır. IFN-α/β benzeri antiviral aktiviteye sahip yeni bir IFN sınıfı interferon-lambda (IFN-λ) ailesi veya tip III IFN'ler yakın zamanda keşfedilmiştir. Bu yeni tip IFN'ler tip 1IFN'lera benzer ancak, nispeten daha az etkilidirler.IFN-λ ağırlıklı olarak solunum yolu epitel hücreleri tarafından salgılanır ve solunum yollarında antiviral etkinliğin artmasına yardımcı olur. Interlökin 28B (IL28B) geni interferon lamda 3 (IFN-λ3) olarak bilinen bir proteini kodlamaktadır. Son yıllarda yapılan çalışmalar hepatit C ve hepatit B enfeksiyonları başta olmak üzere birçok viral enfeksiyonda viral klirens, tedaviye yanıt ve komplikasyon oranları ile IL28B gen polimorfizmi arasındaki ilişkiyi ortaya çıkarmıştır. Son bilgiler ışığında IL28B doğal bağışık yanıt ve antiviral etkinlik dinamikleri açısından feedback mekanizmalarının kilit oyuncusu olma adayıdır. Çalışmamıza 19-88 yaş aralığında 200 COVID-19 tanısı alan hasta ve kontrol grubu olarak 21-84 yaş aralığında 99 COVID-19 negatif hasta dahil edilmiştir. COVID-19 tanılı hastaların klinik semptom ve bulguları oluşturulan standart kriterler baz alınarak hafif, orta, şiddetli ve kritik olarak sınıflandırıldıve IL28B gen polimorfizmleri tanımlanarak birbirleri ve kontrol grubu ile kıyaslandı.Hasta ve kontrol grubundan alınan numuneler Real-time PCR yöntemi ile çalışılarak elde edilen sonuçlar istatistiksel olarak karşılaştırıldı. Çalışmamızın sonuçlarında şiddetli/kritik hasta grubunda yaş ortalaması, erkek cinsiyet oranları, ek hastalık görülme sıklığı istatistiksel olarak anlamlı düzeyde yüksek bulundu. Hasta ve kontrol grubunda cinsiyet ve yaş dağılımları arasında anlamlı farklılık bulunmadı.IL28B rs12979860 CC genotipi şiddetli/kritik hasta grubunda hafif/orta gruba göre daha yüksek oranda tespit edildi (p<0, 05). IL28B rs8099917 GT genotipi hafif/orta grupta daha yüksek görülürken, TT genotipi şiddetli/kritik hasta grubunda daha yüksek oranlarda tespit edildi (p<0, 05). IL28B rs8099917 GG genotipi kontrol grubunda tespit edilmezken hasta grubunda %8 oranında saptandı (p<0, 05). Kritik grupta; hayatta kalan ve hayatını kaybeden hastaların genotip dağılımları benzer bulundu. Şiddetli/kritik grupta daha yüksek oranlarda tespit edilen IL28B rs12979860 CC ve rs8099917 TT genotiplerinin klinik seyir açısından olumsuz genotipler olduğu ve rs8099917 GG genotipinin hastalık bulaşında kolaylaştırıcı bir rol oynadığı sonucuna varılmıştır.
COVID-19 enfeksiyonu geçiren çocuk hastalarda asimetrik dimetil arjinin düzeyinin incelenmesi
Koronavirüs hastalığı 2019 (COVID-19) çocuklarda daha hafif semptomlarla kendini gösterir. Hastaneye yatış ve hayatı tehdit eden komplikasyon riski daha düşüktür. Bununla birlikte, çocuklarda post-enfeksiyöz multisistem inflamatuar sendrom (MIS-C) adı verilen ve mortal seyredebilen, ciddi hastalık vakaları tanımlanmıştır. Ağır seyreden COVID-19 vakalarında agresif immün yanıtın sonucu olarak endotel hasarı gelişir. Endotel hasarı sonucunda koagülasyon faktörleri artar. Hastaların solunum sıkıntısının esas olarak endotel hasarından dolayı olduğu düşünülmektedir. Endotel aktivasyonu ve disfonksiyonu, COVID-19'un ciddi komplikasyonlarında kritik rol alır. Asimetrik dimetilargininin (ADMA), endotelyal hücrelerde sentezlenen ve insan idrar, plazma ve dokularında bulunan, arginine benzeyen bir maddedir. Nitrik oksit sentazın (NOS) endojen bir inhibitörü olan ADMA, nitrik oksit (NO) sentezini azaltarak endotel bağımlı vazodilatasyonun bozulmasına neden olur. Literatürü incelediğimizde ADMA'nın çocuklarda COVID-19 ve MIS-C hastalığıyla ilişkisine dair bir çalışma bulamadık. Çalışmamızda patogenezlerinde endotel hasarının etkili olduğu COVID-19 ve MIS-C hastalıklarında endotel disfonksiyonunun bir biyobelirteci olan ADMA'nın serum düzeyinin prognozu ve klinik gidişatı öngörmede kullanılıp kullanılamayacağını araştırmayı amaçladık. Çalışmaya Temmuz 2021- Ocak 2022 tarihleri arasında COVID-19 tanısı alan 98 hasta, MIS-C tanısı alan toplam 21 hasta alındı. Kontrol grubu olarak 42 vaka çalışmaya dahil edildi. COVID-19 tanısı alan hastalar ayaktan takip edilenler, servise yatırılanlar ve yoğun bakım ihtiyacı olanlar olarak ayrıldı. MIS-C tanılı hastalarımız ayrı bir grup olarak değerlendirildi. Çalışmamızda ayaktan COVID-19 tanısıyla takipli hastaların ortanca ADMA düzeyi 8097,0 ng/L, servise yatırılarak takip edilen COVID-19 hastalarının ortanca ADMA düzeyi 13195,6 ng/L, MIS-C ile takip edilen hastaların ortanca ADMA düzeyi 15735,5 ng/L, yoğun bakımda takipli COVID-19 hastalarının ortanca ADMA düzeyi 19361,4 ng/L ve kontrol hastalarının ortanca ADMA düzeyi 4081,0 ng/L idi. Çalışma grupları arasında ölçülen ADMA düzeyleri açısından anlamlı fark vardı (p<0,001). Yoğun bakımda yatan COVID-19 hastalarının ve MIS-C hastalarının ADMA düzeyleri ayaktan ve servise yatırılarak takip edilen COVID-19 hastalarına göre anlamlı olarak yüksekti. Ayrıca tüm hasta gruplarında serum ADMA düzeyi kontrol grubuna göre anlamlı olarak yüksek bulundu. Sonuç olarak, çalışmamız COVID-19 ve MIS-C'li çocuklarda ADMA seviyelerini araştıran ilk çalışmadır. ADMA düzeylerinin yoğun bakım ihtiyacı olan COVID-19 hastalarında ve MIS-C hastalarında anlamlı olarak yüksek olduğunu tespit ettik. Serum ADMA seviyesinin 6135,15 ng/L üstünde olmasının endotelyal disfonksiyonu göstermede bir sınır olarak kullanılabileceğini düşünüyoruz. Bu konuda daha kesin yargılara ulaşmak için daha geniş kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: COVID-19, ADMA, endotel hasarı, MIS-C, SARS-CoV-2
Gasdermin D proteininin kanser tedavileri ve SARS-CoV-2 enfeksiyonundaki rolünün belirlenmesi
Pyroptosis is an inflammatory cell death mediated by Gasdermin D. Activation of Gasdermin D leads to the formation of pores at the plasma membrane and results in the release of several cellular components including the lactate dehydrogenase (or LDH). Gasdermin D is modulated by several viruses including SARS-CoV-2. Hospitalized patients with severe COVID-19 present high levels of LDH suggesting the possible involvement of Gasdermin D in COVID-19 pathogenesis. Cell death is also important for the clearance of aberrant cells such as cancer cells from the organism. Etoposide, one of the most widely used cancer chemotherapy drugs, triggers apoptosis. However, the resistance to apoptosis of many cancer cells forced the development of new strategies. Recent limited publications suggest that induction of pyroptosis may overcome apoptosis resistance of cancer cells. Up to now, no research has been done to study whether etoposide treatment induces pyroptosis. In this thesis, we aimed to investigate the involvement of Gasdermin D in two important processes: (1) in response to therapeutic drug targeting cancer and (2) in SARS-CoV-2 infection. For this purpose, we determined whether conventional cancer drugs such as etoposide induce a pyroptotic cell death in THP-1 cells and aimed to clone Gasdermin D into a mammalian expression vector. Altogether, the results obtained in this thesis will contribute to the understanding of Gasdermin D's role in these less studied physiological processes and may lead to therapies targeting this pathway in both cancer and viral infections.
Characterization of the NLRP3 inflammasome involvement in cellular immunity to SARS-CoV-2
SARS-CoV-2 adında yeni bir virus Covid-19 pandemisine neden olmuştur. Bazı ağır seyirli Covid-19 hastalarında kontrolsüz bir sitokin salımı ile ortaya çıkan ve ölümcül olabilen sitokin fırtınası görülmektedir. Bağışıklık sistemi tarafından üretilen sitokinlerden IL-1beta'nın enflamasyonu başlatarak organizmanın bütünlüğünü korumada önemli bir rolü vardır. IL-1beta, sitozolik protein kompleksleri olan inflamazomlar tarafından hücre için patojen tanınmasıyla tetiklenir ve salınır. İnflamazomlar aynı zamanda enflamatuar bir hücre ölümü olan piroptozu da tetiklemektedir. Çıkan yeni yayınlar, SARS-CoV-2 virüsünün NLRP3 ve AIM2 inflamazomlarını active ettiğini göstermektedir. Fakat, bu tetiklemenin moleküler mekanizması henüz tam olarak bilinmemektedir. Grubumuz önceki çalışmalarında SARS-CoV-2 iki yeni proteinin bir inflamazom tetiklediği gösterilmiştir. Bu tez çalışmamızda, bu iki yeni proteinin NLRP3 inflamazomunu tetikleyip tetiklemediğini belirlenmesi hedeflenmiştir. Bu amaç doğrultusunda iki deneysel yaklaşım kullanılmıştır. İlk olarak, insan HEK293FT fibroblast hücrelerinde SARS-CoV-2 proteinleri ve inflamazomu oluşturan proteinler transfekte edilmiş ve IL-1beta aktivasyonu western blot analizi ile belirlenmiştir. Bir diğer yaklaşam da moleküler simülasyon ile biyoinformatik olarak viral protein ve NLRP3'ün etkileşiminin öngörülmesi olmuştur. SARS-CoV-2 proteinlerinin testi, daha önce yayınlanmış ORF3a'nın yanı sıra, bir başka viral proteinin de IL-1beta kesimini NLRP3 inflamazom üzerinden tetiklediğini göstermiştir. NLRP3 ve viral proteinin moleküler modellemesi, bu proteinin inflamazom reseptörü NLRP3 ile etkileşebileceğini öngörmüştür. Tüm bu sonuçlar, kullandığımız deneysel sistemde yeni bir SARS-CoV-2 proteinin NLRP3 inflamamzomunu tetiklediğini göstermektedir. Ayrıca bu proteinin NLRP3'ün Pyrin bölgesi ile etkileşebileceği bulunmuştur. Tez çalışmamızdan elde edilen bu bulgular, Covid-19'un moleküler mekanizmasının anlaşılmasına ve bu viral proteini hedeflenerek daha efektif tedaviler geliştirilmesine katkı sağlayacaktır.
COVID-19 geçirmiş kişilerin periferal ve santral işitme sistemlerinin test bataryası yaklaşımıyla değerlendirilmesi
Literatürde COVID-19 geçirmiş ve geçirmemiş bireylerin işitme sistemlerini karşılaştıran kontrol gruplu çalışmalar az sayıda odyolojik test kullanmakta ve tutarsız sonuçlar sunmaktadır. Ayrıca birçok çalışma sadece kısa süreli işitsel etkilenimi incelemektedir. Bu çalışmanın ilk amacı, COVID-19 geçirmiş kişilerin geniş bir odyolojik test bataryası kullanılarak periferden santrale işitme sistemini yaş-cinsiyet açısından eşleştirilmiş kontrol grubuyla karşılaştırılmasıdır. Araştırmanın ikinci amacı, COVID-19 geçirmiş kişilerin ilk 3 ayda yapılan odyolojik test sonuçlarını 6 ay sonra yapılan odyolojik test sonuçlarıyla karşılaştırarak COVID-19'un işitme sistemi üzerindeki olası uzun süreli etkisinin incelenmesidir. Çalışmanın araştırma grubunu 20-55 yaş arası COVID-19'u hafif semptomlarla ayaktan geçirmiş 30 birey, kontrol grubunu 20-55 yaş arası COVID-19 geçirmemiş 30 sağlıklı birey oluşturmaktadır. COVID-19 geçirmiş grubunun birinci ölçümü PCR pozitif 1.ay-3.ay arasında, ikinci ölçümü PCR pozitif 6.aydan sonra yapılmıştır. Odyolojik test bataryası Saf Ses Odyometrisi, Genişletilmiş Yüksek Frekans Odyometrisi, Konuşma Odyometrisi, Gürültüde Tek Heceli Kelime Tanıma Testi, Maskeleme Düzeyi Farkı Testi, İmmitansmetrik İnceleme, Transient Uyarılmış Otoakustik Emisyon Testi, Kontralateral Supresyon Testi, İşitsel Beyin Sapı Testi ve Orta Latans Cevabı Testinden oluşmaktadır. COVID-19 geçirmiş grup ile ve kontrol grubu arasında sağ kulak 10 kHz (p=0,007), 12,5 kHz (p=0,028) ile sol kulak 10 kHz (p=0,040), 12,5 kHz (p=0,040), genişletilmiş yüksek frekans işitme eşiği (GYFİE) açısından istatistiksel olarak anlamlı fark gözlenmiştir. COVID-19 geçirmiş grubun GYFİE daha yüksektir. GYFİE'de görülen farkta olası bir ototoksisiteyi araştırmak için favipiravir kullanan ve tedavi almayan COVID-19 geçirmiş bireylerin GYFİE karşılaştırılmış ve her iki kulakta 10, 12,5 ve 14 kHz frekanslarında istatistiksel olarak anlamlı farklılık elde edilmemiştir (p>0,05). Periferal ve santral işitme sistemini değerlendirmeye yönelik yapılan diğer odyolojik testler için gruplar arası anlamlı farklılık mevcut değildir (p>0,05). COVID-19 geçirmiş grubun 1-3.ay arasındaki test sonuçları ile 6. aydan sonraki test sonuçları arasında sağ kulak 500 Hz işitme eşiğinde istatistiksel olarak anlamlı fark mevcut olup (p=0,020) bu farkın klinik olarak anlamlı olmadığı düşünülmüştür. Diğer test sonuçları açısından ilk ölçüm ve ikinci ölçüm arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılık elde edilmemiştir (p>0,05). Çalışmanın sonucunda GYFİE'deki farklılığa dayanarak COVID-19'u hafif semptomlarla, ayaktan geçirmiş 20-55 yaş arasındaki yetişkinlerde kokleanın bazal bölümünde hasar olabileceği düşünülmektedir. Bu etki geleneksel odyolojik değerlendirme ile saptanamayacağı için COVID-19 geçirmiş kişilerde Genişletilmiş Yüksek Frekans Odyometrisinin uygulanması önerilmektedir. Yapılan tüm değerlendirmeler sonucunda afferent ve efferent santral işitme sisteminin etkilendiğini destekleyen başka bir bulguya ulaşılmamıştır. Sonuçların hastalığı ağır geçirmiş, daha farklı yaş gruplarındaki popülasyonda farklılaşabileceği göz ardı edilmemelidir.
COVİD-19 enfeksiyonu o-olan solid organ maligniteli hastalar ile malignitesi olmayan hastalarda hastalık seyrinin karşılaştırılması
Amaç: Kanser hastalarının COVID-19 pandemisi sürecinde riskli grup içinde olduğu bilinmektedir. Bu çalışmanın amacı solid organ malignitesinin COVID-19 hastalığının seyri ve mortalitesi üzerine etkisini araştırmaktır Gereç-Yöntem: Çalışmamıza 17 Mart 2020- 29 Eylül 2021 tarihleri arasından Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi İbni Sina Hastanesi COVID-19 kliniğinde, COVID-19 yoğun bakımlarında yatarak tedavi gören ve COVID-19 polikliniğinde değerlendirilerek ayaktan izlenen 580 hasta dahil edildi. Hastalar 1:3 oranında eşleştirildi. Çalışma grubuna 18 yaşından büyük, SARS-COV-2 PCR pozitif olan 144 solid organ maligniteli hasta dahil edildi. Hematolojik malignitesi olan hastalar, kemik iliği nakli, solid organ nakli yapılanlar, takibinde kür veya remisyonda izlenen hastalar dışlandı. Kontrol grubu olarak yaş, cinsiyet, komorbiditeler ve aşılama durumu benzer şeklide 436 hasta dahil edildi. Hastaların bilgileri retrospektif olarak hastanemiz bilgi sisteminden toplandı. Bulgular: Sonuçlarımız solid organ maligniteli hastalarda mortalite riskinin daha fazla olduğunu gösterdi (OR: 3.8, %95 Cl 1.9-7.4; p<0.001). Hastane yatışı, sekonder enfeksiyonlar, kritik hastalık, oksijen tedavisi, YBÜ ihtiyacı, steroid tedavisi solid organ maligniteli hastalarda daha fazla saptandı (p<0.05). Ayrıca bu hasta grubunda daha yüksek CRP, prokalsitonin, nötrofil, NLR, D-dimer, ferritin, daha düşük lenfosit değerleri bulundu (p<0.00). Lenfopeni bu hasta grubunda daha belirgindi (p<0.05). Ayrıca CRP>54.7 mg/L, prokalsitonin>0.110 ng/mL, D-dimer>502.5 ng/mL, LDH>412.5 U/L olması mortaliteyi ile ilişkili bulundu (p<0.001). İleri yaş, erkek cinsiyet mortalite riskini artırmaktadır (p<0.05). Metastatik solid organ tümörlü hastalarda ölüm oranı daha fazla saptandı (p<0.05). ECOG ≥2 olan hastalarda ölüm oranı daha fazla bulundu (p<0.05). Solid organ maligniteli hastalarda CRP>54.7 mg/L, D-dimer>502.5 mortalite ile ilişkili bulundu (p<0.05). Sonuç: Bu çalışma, solid organ malignitesinin COVID-19'lu hastalarda mortalite için bağımsız bir risk faktörü olduğunu göstermektedir. Bu hastalarda CRP>54.7 mg/L, D-dimer>502.5 ng/mL mortaliteyi öngörmektedir. Solid organ maligniteli hastalar aşılama ve korunma önlemleri yönünden bilgilendirilmeli ve teşvik edilmelidir.
COVID-19'a karşı prototip mikroiğne aşı formülasyonlarının geliştirilmesi ve değerlendirilmesi
COVID-19 enfeksiyonu ve buna bağlı olarak gelişen rahatsızlıklar hem hastayı hem de tüm dünyayı sağlık, ekonomi, sosyal ve psikolojik açılardan etkilemektedir. Pandemi başlangıcından bu yana yaklaşık 7 milyon ölüm ve 800 milyon vaka görülmüştür. Bu enfeksiyon için toplumsal bağışıklığın sağlanması çok önemlidir. Bu amaçla pek çok aşı platformu geliştirilmiştir. Ancak varyantların hızla mutasyona uğraması ve yeni oluşan varyantlara karşı geliştirilen aşıların etkisiz hale gelmesi çok büyük bir risk oluşturmaktadır. Bu nedenle bu enfeksiyona karşı etkili aşı platformlarının geliştirlmesine acilen ihtiyaç vardır. Polimerik nanopartiküller, aşılarda antijenin vücutta degredasyonunu önlemeye yardımcı olur ve bu sayede antijenin vücutta kalış süresini uzatarak bağışıklık yanıtının daha uzun süre oluşmasını sağlarlar. Ayrıca taşıyıcı olarak formülasyonda kullanılmalarına ek olarak adjuvan görevi yaparak bağışık yanıtın etkisini artırma yetenekleri vardır. Bu nedenle ilgi çekici taşıyıcı sistemdir. Çalışmamızda polimerik nanopartiküller FDA onaylı PEG-b-PCL (polietilenglikol-blok-poli(ε-kaprolakton)) polimeri kullanılarak solvent evaporasyon yöntemiyle üretilmiştir. Nanopartikül formülasyonunda öncelikle model protein kullanılarak önformülasyon çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Hazırlanan nanopartikül formülasyonlarında iç ve dış faz % konsantrasyonu ve miktarı, sonikasyon süresi ve gücü, karıştırma süresi gibi parametreler değiştirilerek formülasyonların enkapsülasyon etkinliği ve partikül büyüklüğü özelliklerine bakılarak uygun olan formül seçilmiştir. Daha sonra bu formüle RBD antijeni yüklenerek aynı karakterizasyon çalışmaları yürütülmüştür. Mikroiğneler ile aşı uygulaması son dönemlerde ilgi çekici konulardan biri olmuştur. Ciltte bağışıklık hücrelerinin yüksek oranda bulunması, mikroiğnelerin yapısı gereği ağrısız uygulamaya izin vermesi, kendi kendine uygulama imkânı sayesinde sağlık personeline duyulan ihtiyacın ortadan kalkması, soğuk zincir uygulamasına ihtiyaç duyulmaması sebebiyle bu ilgi giderek artmaktadır. Uygulama sonrası artık bırakmaması, uygulama sonrası tekrar uygulamanın mümkün olmaması ve bu sayede kontaminasyon riskini azaltması sebebiyle tez çalışmasında çözünen mikroiğne formülasyonu geliştirilmiştir. Mikroiğne formülasyonu geliştirilirken uygun morfoloji ve sertliğe sahip formüller arasından en iyi sonuç verenleri seçilmiş ve karakterizasyon çalışmaları yapılmıştır. Sonuçlarımız nanopartikül formülasyonlarına antijenin uygun şekilde yüklendiğini ve mikroiğnelerin de cildi delebilecek yeterli mukavemete ve morfolojiye sahip olduğunu göstermektedir.
COVID-19'a karşı nanopartiküler aşı formülasyonlarının geliştirilmesi ve değerlendirilmesi
Şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs 2'nin (SARS-CoV-2) neden olduğu 2019 koronavirüs hastalığı salgını (COVID-19) hızlı, etkili ve güvenli aşılara duyulan ihtiyacı dünya genelinde göstermiştir. Bu çalışmada subunit protein nanoaşısı geliştirilmiş ve formülasyona ilişkin parametrelerin (hazırlama yöntemi, kullanılan materyal ve yöntem basamakları) hazırlanan nanopartiküler taşıyıcı sistem üzerindeki etkisi incelenerek aşıların geliştirilmesi ve uygulanmasında karşılaşılan sorunları iyileştirmek amaçlanmaktadır. Bu çalışma kapsamında nanopartiküler subunit protein aşısı çalışılmış olup protein olarak SARS-CoV-2 Spike proteini reseptör bağlanma alanı (RBD) kullanılmıştır. RBD proteini konakçı hücreler üzerindeki ACE2 reseptörü ile doğrudan etkileşime girmesi ve yüksek nötralize edici epitoplar içermesi sebebiyle tercih edilmiştir. RBD yüklü PEG-PCL nanopartiküllerinin hazırlanması için modifiye su/yağ/su emülsiyon-çözücü buharlaştırma tekniği kullanılmış; partikül boyutu ve dağılımı, zeta potansiyeli ve enkapsülasyon etkinliği değerleri ile değerlendirilmiştir. Nanopartiküllerin morfolojisi, geçirimli elektron mikroskobu (TEM) ile görüntülenmiştir. Ardından optimize edilmiş nanopartiküller ile in vitro salım çalışmaları yapılmıştır. Üretim sürecinin antijen ve in vitro salım numunelerinin yapısal bütünlüğü üzerindeki etkisini değerlendirmek için SDS-PAGE çalışması yapılmıştır. Nanopartiküllerin fiziksel stabilitesi 1 aylık bir süre boyunca fiziksel stabilite çalışmaları yapılarak belirlenmiştir. L929 hücre hattı kullanılarak yapılan MTT analizi % hücre canlılığı tayin edilmiş, J774 fare makrofaj hücre hattı kullanılarak RBD yüklü nanopartiküllerin in vitro aktivitesini gözlemlemek amacıyla Nitrik Oksit tayini yapılmıştır. Bu araştırmada RBD-NP'lerin partikül boyutu, dağılımı ve zeta potansiyeli hedeflenen aralıkta (partikül boyutu <300 nm, PDI <0,3, Zeta potansiyel ±10–15 mV) bulunmuş ve antijen etkin bir şekilde kapsüllenmiştir. TEM görüntüleri, NP'lerin küre şeklinde olduğunu ortaya çıkarmıştır. NP formülasyonları RBD'nin %50'sini 4 saat içinde açığa çıkarmış, salım 96 saate kadar devam ederek etkin maddenin yaklaşık %68'i salındığında salım platoya ulaşmıştır. SDS-PAGE sonuçları ile üretim sürecinin antijenin yapısında değişikliğe neden olmadığı ve salım süresince antijenin stabil kaldığı gözlenmiştir. Stabilite çalışmaları sonucunda NP'lerin +4ºC'de ve trihaloz ilavesi ile -20°C'de fiziksel olarak stabil kaldığı bulunmuştur. Hücre canlılığı ve in vitro biyolojik aktivite çalışmaları sonucunda ise 72 saatlik inkübasyonlar sonunda en yüksek konsantrasyonlarda dahi toksik olmadığı ve immünostimülan aktivite gösterdiği tespit edilmiştir. Bu bulgular, geleneksel aşılara alternatif olarak, subunit protein nanoaşı sistemlerinin COVID-19 gibi gelecekte de olması muhtemel viral salgınlarda etkili taşıyıcı sistem olabileceğini göstermektedir.
COVİD-19 sonrası kardiyopulmoner uygunluk düzeyinin normal değerlerle karşılaştırılması ve fiziksel kapasiteyi etkileyen faktörlerin araştırılması
Amaç: SARS-CoV-2 2019 yılı sonlarında saptanan yeni bir koronavirüs türüdür, neden olduğu hastalık COVID-19 olarak adlandırılmıştır. COVID-19 başta akciğerler olmak üzere birçok organı ve sistemi etkilemesi nedeniyle COVID-19'un uzun dönem etkilerinin aydınlatılması önem taşımaktadır. Bu çalışma ile COVID-19 geçiren bireylerin egzersiz kapasitesinde değişiklik olup olmadığının ortaya konması ve bunun yaş, cinsiyet, fiziksel aktivite düzeyi, hastalık şiddeti ve komorbiditelerle ilişkisinin aydınlatılması amaçlanmıştır. Çalışmanın ikincil amacı egzersiz kapasitesindeki değişikliklerin nedenlerini belirlemek ve rehabilitasyon programlarının hedeflerini tanımlamaktır. Gereç ve Yöntem: Katılımcıların demografik bilgileri ile semptomları, eşlik eden tıbbi durumları, hastalık şiddetleri kaydedilmiştir. Katılımcılara 6 dakika yürüme testi, solunum fonksiyon testleri ve kardiyopulmoner egzersiz testi uygulanmış, fiziksel kapasite maksimum oksijen tüketimiyle (VO2maks) değerlendirilmiştir. Katılımcılar ayrıca Uluslararası Fiziksel Aktivite Anketi (IPAQ) ile değerlendirilmişlerdir. Bulgular: Çalışmaya hafif, orta, ağır, kritik hastalık şiddetlerinden sırasıyla 53, 44, 26, 9 katılımcı katılmıştır. Yorgunluk, miyalji ve baş ağrısı en sık bildirilen semptomlardır. Obezite, hipertansiyon ve sigara kullanımı en sık eşlik eden tıbbi durumlardır. IPAQ ile yapılan değerlendirmelerde bireylerin fiziksel aktivite düzeylerinin COVID-19 sonrasında azaldığı saptanmıştır. Hastalık şiddeti farklı gruplar arasında VO2maks düzeyleri açısından anlamlı fark saptanmamıştır. Bireyler COVID-19 öncesi sahip oldukları fiziksel aktivite düzeylerine göre gruplandıklarında VO2maks düzeyleri arasında anlamlı fark saptanmamıştır. Sadece hastalık şiddeti hafif olan bireylerde erkeklerin kadınlara göre VO2maks düzeyleri anlamlı olarak düşük saptanmıştır. Obezite, hipertansiyon, sigara kullanımı, diyabet ve aterosklerotik kalp hastalığı olan ve olmayan gruplarda ve farklı yaş gruplarındaki bireyler arasında beklenen VO2maks düzeyleri arasında anlamlı fark gözlenmemiştir. Egzersiz kapasitesi düşük olan grupta vital kapasite (VC), zorlu vital kapasite (FVC), birinci saniyedeki zorlu ekspirasyon hacmi (FEV1) ve maksimal istemli ventilasyon (MVV) daha düşük saptanmıştır. Düşük kapasiteye sahip grupta egzersiz testi sırasında anaerobik eşiğe daha erken ulaşılmıştır. COVID-19 geçiren bireylerde 6 dakika yürüme testi yürüme mesafesi ve VO2maks düzeyleri arasında güçlü korelasyon saptanmıştır. Sonuç: COVID-19 geçiren bireylerin egzersiz kapasitesinde azalma nedeninin öncelikli olarak azalmış fiziksel aktivite düzeyi ve solunum kısıtlılıkları olduğu sonucuna varılmıştır. Hastalık seyri üzerinde negatif etkisi olan ileri yaş, düşük fiziksel aktivite düzeyi ve komorbiditelerin öngörülen egzersiz kapasitesi üzerinde etkili olmadığı gösterilmiştir. COVID-19 geçiren bireylere yönelik rehabilitasyon programlarının fonksiyonel akciğer kapasiteleri, solunum kas gücü ve dayanıklılığı geliştirmeye öncelik verilecek şekilde tasarlanması gerektiği sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler: 6-dakika yürüme testi, COVID-19, egzersiz toleransı, kardiyopulmoner egzersiz testi, solunum fonksiyon testleri
SARS-CoV-2 (COVİD-19) tedavisinde kullanılan antiviral ilaçların seçici ve duyarlı sensörlerle tayini
Doktora tez çalışması kapsamında antiviral ilaçlardan ribavirin (RIB), molnupiravir (MOL), umifenovir (UMI) ve kamostat mesilat (KAM)'ın seçici ve hassas analizine yönelik moleküler baskılı polimer (MIP) temelli sensörler geliştirilmiştir. Geliştirilen sensörlerin elektrokimyasal ve yüzey karakterizasyonları dönüşümlü voltametri (DV), elektrokimyasal impedans spektroskopisi (EIS), taramalı elektron mikroskopisi (SEM), Fourier dönüşümlü kızılötesi spektroskopisi (FTIR), atomik kuvvet mikroskopisi (AFM) ve temas açısı yöntemleri kullanılarak değerlendirilmiştir. RIB tespiti için ilk kez elektropolimerizasyon (EP) ve fotopolimerizasyon (FP) tekniklerinde sırasıyla pirol-para aminofenil boronik asit (Py-p-AFBA) ve urasil metakrilat (UraM) gibi farklı fonksiyonel monomerler kullanılarak MIP temelli elektrokimyasal sensörler geliştirilmiştir. Poli(Py-co-p-APBA)/RIB@MIP/CKE ve UraM/RIB@MIP/CKE sensörlerin analitik performansları diferansiyel puls voltametrisi (DPV) kullanılarak değerlendirilmiştir. Geliştirilen sensörler, RIB'a karşı yüksek baskı faktörü (IF) ile mükemmel bir seçiciliğe sahiptir. MOL'ün elektrokimyasal analizi için EP ve FP yöntemlerinde monomer olarak sırasıyla pirol-3-tiyonil boronik asit (Py-3-TBA) ve guanin metakrilat (GuaM) kullanılarak MIP temelli sensörler hazırlanmıştır. Geliştirilen Poli(Py-co-3-TBA)]/MOL@MIP/CKE ve GuaM/MOL@MIP/CKE sensörlerin teşhis sınırı (TS) değerleri sırasıyla 6.01x10-13 M ve 1.13x10-13 M olarak hesaplanmıştır. Farmasötik formlarda ve ticari serum numunelerinde elde edilen iyi geri kazanım değerleri sensörlerin bu numunelere başarılı bir şekilde uygulanabildiğini göstermiştir. UMI'nin seçici ve duyarlı analizi için fonksiyonel monomer olarak butil metakrilat (BuMA), gözenekli yapı oluşturmak için bor nitrür (B3N3) kullanılarak MIP temelli elektrokimyasal sensör hazırlanmıştır. Geliştirilen sensör DPV ve EIS gibi farklı elektroanalitik yöntemler kullanılarak UMI'nin analizine başarılı bir şekilde uygulanmıştır. UMI@B3N3/BuMA@MIP/CKE sensörünün yüksek duyarlılığını gösteren TS değerleri DPV ve EIS yöntemleri için sırasıyla 4.82x10-14 M ve 2.34x10-14 M olarak hesaplanmıştır. Girişim ve IF analizleri geliştirilen sensörlerin yüksek seçiciliğini doğrulamıştır. KAM'ın daha hassas ve duyarlı analizi için perde baskılı elektrotlar (SPAuE) kullanılarak hem MIP temelli sensör hem de sahte baskılı polimer (DIP) temelli sensörler hazırlanmıştır. Geliştirilen sensörlerin performansları dikkate alındığında poli(Py-co-p-ABA)@KAM@MIP/SPAuE sensörünün hem analitik validasyon parametreleri hem de uygulanabilirliği açısından diğer etken maddelerle hazırlanmış DIP sensörlere göre oldukça etkili sonuçlar elde edilmiştir. Sonuç olarak; RIB, MOL, UMI ve CAM'ın elektrokimyasal analizi için geliştirilen MIP tabanlı sensörlerin mevcut yöntemlere göre daha avantajlı ve alternatif yöntemler olduğu kanıtlanmıştır. Anahtar Sözcükler: Ribavirin, Molnupiravir, Umifenovir, Kamostat mesilat, Elektrokimyasal sensör, Moleküler baskılı polimerler
Maternal SARS-COV-2 enfeksiyonunun neonatal antropometrik ölçümler ve morbiditeler üzerine etkilerinin araştırılması
Giriş ve Amaç: COVID-19 (2019 Yeni Koronavirüs Hastalığı); 2019 yılı sonunda Çin'in Wuhan kentinden dünyaya yayılan, birçok insana bulaşan ve ölümcül bir pandemi olarak tanımlanmıştır. COVID-19 salgını dünya genelinde yayılmaya devam ederken, hastalığın etkileri ve riskleri üzerine araştırmalar halen devam etmektedir. Enfeksiyonun gebelik sürecine etkisi hakkında araştırmaların sınırlı olması ve yenidoğanlar üzerindeki etkileri konusunda yeterli verinin olmaması endişe yaratmaktadır. Bu çalışmanın amacı, gebelik sırasında COVID-19 enfeksiyonu geçirmiş olmanın neonatal antropometrik ölçümler, neonatal morbiditeler ve yenidoğan yoğun bakıma yatış oranları üzerine etkisinin araştırılmasıdır. Yöntem: Çalışmamıza Ocak 2020-Aralık 2022 tarihleri arasında Maltepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı'nda doğan toplam 655 yenidoğan dahil edildi. Çalışma grubunu, annelerinde gebelik dönemi içerisinde PCR ile COVID-19 pozitifliği teyit edilmiş 48 yenidoğan ve kontrol grubunu ise anneleri gebeliği süresince SARS-COV-2 enfeksiyonu geçirmemiş 607 yenidoğan oluşturdu. Anne ve yenidoğan dosyaları; anne gravidası, annede COVID-19 pozitifliği saptanan trimester, doğum şekli, yenidoğanın doğum ağırlığı, boyu, baş çevresi, cinsiyeti, doğum haftası, yenidoğan yoğun bakım ihtiyacı varlığı, yatış tanıları, yatış süresi, term/preterm olma durumu, solunum desteği ihtiyacı, solunum desteği yöntemi açısından retrospektif olarak incelendi. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen toplam 655 yenidoğanın 607'sinin (%92.7) annesi gebelik döneminde COVID-19 enfeksiyonu geçirmemiş olup 48 (%7,3) yenidoğanın annesindegebelik döneminde qRT-PCR (kantitatif reverstranskripsyon polimeraz zincir reaksiyonu) testi pozitifliği saptandığı izlendi. Gebelik döneminde COVID-19 enfeksiyonu geçirmiş annelerden doğan bebeklerin %12,5'u (n:6) NSD ile, %87,5'u (n:42) C/S ile; gebelik döneminde bu enfeksiyonu geçirmemiş annelerden doğan bebeklerin %11,7 'si (n:71) NSD ile, %88,3'ü (n:536) C/S ile doğmuşlardı. Gruplar arasında doğum şekli açısından istatistiksel bir fark saptanmadı (p=0.868). Gebelik döneminde COVID-19 enfeksiyonu geçirmiş annelerin bebeklerinin preterm doğum oranı %20,8 (n:10) iken, term doğan bebeklerin oranı %79,2 (n:38) idi. Gebelik döneminde COVID-19 enfeksiyonu geçirmemiş annelerin bebeklerinin ise preterm doğum oranı %23,4 (n:142), term bebek doğum oranı %76,6 (n:465) saptandı. Gruplar arasında preterm doğma oranı açısından istatistiksel bir fark saptanmadı (p=0.686). Gruplar arasında doğum haftaları karşılaştırıldığında da aralarında istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmadı (p=0.577). Tüm doğan bebeklerin doğum kilosu ortalamaları karşılaştırıldığında gebelik döneminde COVID-19 enfeksiyonu geçirmiş annelerden doğan bebeklerin ortalama doğum ağırlığı 3014gr +-713 iken, gebelik döneminde COVID-19 enfeksiyonu geçirmemiş annelerden doğan bebeklerin ortalama doğum ağırlığı 3040gr +- 613 idi. Gruplar arasında doğum ağırlığı açısından istatistiksel bir fark saptanmadı (p=0.330) . Tüm doğan bebeklerin doğum boy ortalamaları karşılaştırıldığında gebelik döneminde COVID-19 enfeksiyonu geçirmiş annelerden doğan bebeklerin ortalama doğum boyları 48.3 +- 4.2 cm iken, gebelik döneminde COVID-19 enfeksiyonu geçirmemiş annelerden doğan bebeklerin doğum boy ortalamaları 48.9 +- 3.4cm idi. Gruplar arasında doğum boyları açısından istatistiksel bir fark saptanmadı (p=0.211). Gebelik döneminde COVID-19 enfeksiyonu geçirmiş annelerden doğan bebeklerin doğum baş çevreleri ortalamaları 33.9 +-2.8 cm iken, gebelik döneminde COVID-19 enfeksiyonu geçirmemiş annelerden doğan bebeklerin doğum baş çevreleri ortalamaları 34.1 +-2.87 cm idi. Gruplar arasında doğum baş çevresi ortalamaları karşılaştırıldığında aralarında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık saptanmadı (p=0.841). Gebelik döneminde COVID-19 enfeksiyonu geçirmiş annelerden doğan bebeklerin %18,8'i (n:9) 2500 gr altında iken gebelik döneminde COVID-19 enfeksiyonu geçirmemiş annelerin bebeklerinin düşük doğum ağırlıklı doğma oranı %16,1 (98) idi. Gruplar arasında düşük doğum ağırlığı ile doğma oranı açısından istatistiksel bir fark saptanmadı (p=0.638). Gebelik döneminde COVID-19 enfeksiyonu geçirmiş annelerden doğan bebeklerin (n=48) yenidoğan yoğun bakıma yatış oranı %41,7 (n:20) iken, gebelik döneminde COVID-19 enfeksiyonu geçirmemiş annelerden doğan bebeklerin (n=607) yoğun bakıma yatış oranı %29,8 (n:184) saptandı. Her ne kadar gebelik döneminde COVID-19 enfeksiyonu geçirmiş anne bebeklerinin yoğun bakıma yatış oranı COVID-19 enfeksiyonu geçirmemiş anne bebeklerinden fazla olsa da her iki grup arasında istatistiksel açıdan anlamlı bir farklılık saptanmadı (p=0.087). Yenidoğan yoğun bakıma yatış tanıları incelendiğinde, gebelik döneminde COVID-19 enfeksiyonu geçirmiş anne bebeklerinin %30'unun (n:6) TTN, % 35'inin (n=7) prematürite, % 25'inin sepsis (n=5) ve % 25'inin (n=5) RDS tanıları ile yatırıldığı gözlendi. Bu oranlar gebelik döneminde COVID-19 enfeksiyonu geçirmemiş anne bebeklerinde sırasıyla %48.4 (n:89), %38 (n:70), %39,7(n:73) ve %16,8 (n:31) olarak izlendi. Her iki grup yoğun bakıma yatış tanıları açısından karşılaştırıldığında istatistik açıdan herhangi bir fark saptanmadı (sırasıyla p=0.2, p=0.2, p=0.2, p=0.364) Sonuç: Gebeliğinde COVID-19 enfeksiyonu geçirmiş olan anne bebekleri, gebeliğinde bu enfeksiyonu geçirmemiş anne bebeklerine göre doğum sırasındaki antropometrik ölçümler, doğum haftaları, düşük doğum ağırlıklı olarak doğmaları, yenidoğan yoğun bakım ihtiyacı olması karşılaştırıldığında her iki grup arasında istatistik açıdan herhangi bir fark saptanmadı. Çalışmamızdan elde ettiğimiz veriler ışığında gebelik döneminde COVID-19 enfeksiyonu geçirmiş olmanın, yenidoğanın doğum sırasındaki antropometrik ölçümleri, prematüre doğum riski ve yoğun bakıma yatış oranları açısından bir fark yaratmaması bu enfeksiyonu geçiren anneler için güven verici olabilir. Ancak bu konuda daha net bir sonuca varmak için daha fazla sayıda bebeği içeren çalışmaların verilerine de ihtiyaç vardır. Gebeliğinde COVID-19 enfeksiyonu geçirmiş anne bebeklerinin daha yakın izlenmesi ve takip edilmesi ilerleyen yaşlarda gelişebilecek olası morbiditeler açısından akılda tutulmalıdır. Anahtar kelimeler: SARS-COV-2, COVID-19, gebelik, yenidoğan, antropometrik ölçümler, morbidite
COVID-19 tanılı hastalarda SARS-COV-2 tam genom analizi ve klinik bulgular ile ilişkisi
Şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs 2'nin (SARS-CoV-2) neden olduğu koronavirüs hastalığı (COVID-19), Aralık 2019'un sonlarında Wuhan'da ortaya çıkarak kısa sürede tüm dünyada etkisini göstermiştir. Pandemiden kısa süre sonra ortaya çıkan SARS-CoV-2 varyantları, epidemiyolojik ve klinik bulgularda, aşı ve tedavi seçeneklerinde değişikliklere neden olarak pandeminin seyrini değiştirmiştir. SARS-CoV-2 virüsünün genomik dizilimini belirlemek için kullanılan bir teknik olan sekanslama, yeni varyantların ve mutasyonların tespiti ve karakterizasyonu için önemli bir araçtır. RNA dizisindeki değişikliklerin belirlenmesi, virüsün evrimi, yayılımı, bulaşıcılığı, hastalığın klinik bulguları ve aşıların etkililiği gibi faktörlerin anlaşılmasına katkı sağlar ve salgının kontrolünde önemli bir rol oynar. Bu çalışmada farklı dönemlerde takip edilen belirli özelliklere sahip COVID-19 hastalarından elde edilen SARS-CoV-2 örneklerinde tam genomik sekanslama yapılarak virüsün yapısal değişikliklerinin görülme sıklıkları ve hastalığın klinik bulgularına etkisi analiz edilmiştir. 2022 Ocak ve Kasım ayları arasında Pamukkale Üniversitesi Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği'nde takipli 21 hasta çalışmaya dahil edilmiştir. COVID-19 hastalarının nazofaringeal ve orofaringeal sürüntü örnekleri alınarak viral RNA'ları ekstrakte edilmiş ve tam genomik sekanslama analizi gerçekleştirilmiştir. Hastalar klinik durumlarına göre hafif, orta ve ciddi klinik seyirli olmak üzere gruplandırılmış, klinik durumları, laboratuvar sonuçları, radyolojik bulguları ve PCR pozitiflik süresi ile gen analizi sonuçları arasındaki ilişki araştırılmıştır. Çalışmaya dahil edilen 21 hastanın 13'ü (%61,9) erkek ve yaş ortalamaları 65,3±20,7 (26-97) idi. Toplamda 18 (%85,7) hastanın hastanede (servis veya yoğun bakım) takip ve tedavisi yapılırken, üç (%14,3) hasta ayaktan takip edildi. Çalışmada 12 hastada Omicron BA.2, dört hastada Omicron BA.1, dört hastada Omicron BA.5 alt varyantları ve bir hastada Delta varyantı saptandı. İncelenen tüm izolatlarda c.1841A>G (D614G), c.425G>A (G142D), c.9764C>T, NSP4 (T492I), c.14144C>T (NSP12 P323L) mutasyonları saptandı. Hastalardan izole edilen örneklerde tespit edilen mutasyonlar ile bu mutasyonların tüm dünyada aynı sekansta görülme sıklıkları Pearson korelasyon testi ile karşılaştırıldığında, bu değişkenler arasında yüksek derecede pozitif bir korelasyon bulundu. (r(163)=0.81, p<0.001). Ek olarak Türkiye'den alınan örneklerde ilk kez bulunan bazı missense mutasyonlar gözlemlendi. Ağır klinik seyirli hastalarda obezite, hafif ve orta klinik seyirli hastalara göre istatistiksel açıdan anlamlı olarak daha yüksek oranda görüldü (p=0,042). Laboratuvar bulgularına göre incelendiğinde ağır klinik seyirli hastalarda; başvuru anındaki C-reaktif protein (p=0,014), aspartat aminotransferaz (AST) (p=0,001), BUN ve (p=0,018) kreatinin yüksekliği (p=0,003) ve hemoglobin (Hgb) değerlerinde düşüklük (p=0,037) diğer klinik formalara göre istatistiksel olarak anlamlı olarak daha fazla tespit edildi. Uzamış PCR pozitifliği (dört haftanın üzerinde) immunsuprese hastalarda (malignite (p=0,016), lenfoma (p=0,006)) daha sık saptandı. Aynı zamanda bu hastaların çoğunun orta ve ağır klinik seyir gösterdiği saptandı (p=0,019). İmmun yetmezlik kliniği olan hastalarda istatistiksel açıdan anlamlı şekilde daha fazla hastaneye yatış (p=0,026) ve daha ağır hastalık tablosu gözlemlendi (p=0,018). Çalışmaya alınan hastalarda saptanan mutasyonlar değerlendirildiğinde ise aşılardan herhangi biriyle dört doz ve üzeri aşılanan hastalarda Spike Q493R mutasyonu daha yüksek oranlarda saptandı (p=0,043). Çalışmada nadir olarak görülen mutasyonlara bakıldığında literatürle uyumlu bir şekilde Omicron BA.1 subvaryantı saptanan olgularda Spike A67V, del211 ve ins214EPE mutasyonları viral infektivitede artış ve bağışıklık yanıtına direnç ile ilişkilendirilmiştir. Spike R346K ve Türkiye'den ilk kez bildirilen Spike A263T mutasyonunun klinik etkisinin infektivite ve bulaştırıcılıktan ziyade sonuncusu son üç ay içinde olan dört doz aşılamaya rağmen hastamızda tespit edilmesi sebebiyle bu varyantın antikor yanıtından kaçış ile ilişkili olabileceğini düşündürmüştür. Omicron BA.2 subvaryantı hastamızda saptanan Spike R21T'nin, literatürle uyumlu olarak, virüsün insan ve bağırsak hücrelerine geçişini artırarak ağır klinik seyir ve gastrointestinal (GİS) bulgulardan sorumlu olabileceği (hastamızda GİS semptomları olması nedeniyle) ve antikor nötralizasyonunda azalmaya (hastamızın dört doz aşılanma öyküsü olması nedeniyle) neden olabileceği sonucuna varılmıştır. Omicron BA.2 subvaryantı için Spike L452M değişikliğinin ORF3a'da tespit edilen D155Y ile sinerjik etki göstererek aşırı immün yanıt ve hiperinflamasyonu tetikleyebileceği (hastamızın inflamatuar parametlerinde belirgin artış olması nedeniyle) düşünülmüştür. NSP1 H110Y mutasyonun konakçı gen ifadesini inhibe ederek bu yolla bağışıklık sisteminden kaçma etkisinin hastamızda da görüldüğü gözlemlenmiştir. Spike A222V, T323I ve NS7a A106T değişiklikleri azalmış infektivite, artmış bağışıklık yanıtından kaçış ve konakçı-virüs bağlanması (hastamızda hafif klinik seyir, uzamış PCR pozitifliği saptanması nedeniyle) ile ilişkilendirilmiştir. NSP4 T114I'in literatürle uyumlu olarak hastamızda da viral replikasyonda artış/viral klerenste azalış ile uzamış PCR pozitifliğine neden olduğu görülmüştür. Spike A27S, K417N, N440K, Q493R, T19I, G142D mutasyonlarının saptandığı hastalarımızda da yine literatürle uyumlu olarak, ortak etki oluşturarak aşı ile oluşan antikor yanıtına dirence neden olduğu gözlemlenmiştir. Spike G339D, S373P, S375F, K417N, N440K, S477N, T478K, E484A, Q493R, Q498R, N501Y mutasyonlarının da dört doz aşılı ve yüksek antikor titresine sahip hastamızda olması nedeniyle bağışıklık yanıtından kaçış etkisinin olabileceği düşünülmüştür. Çalışmamızda Delta (B.1.617.2) varyantı saptanan bir olguda Spike protein NTD spesifik E156G/del157-158 ve L452R kombinasyonunun artan enfektivite, aşı ile ortaya çıkan poliklonal antikorlara direnç ve artmış hücreden hücreye füzyon etkisinin olgumuzda da gözlemlendiği düşünülmüştür. Spike P681R saptanan hastamızda olduğu gibi ağır klinik seyir ve uzamış PCR pozitifliği ile ilişkili olabileceği sonucuna varılmıştır. Omicron BA.5 varyantı için NSP13 A389V, NSP14 M315I, NSP16 T140I mutasyonlarının hastamızda hiperinflamasyon kliniği olması nedeniyle literatüre benzer şekilde abartılı inflamatuar yanıta ve akciğer immünopatolojisine neden olabileceğini düşündürmüştür. N E136D mutasyonu, hastamızda olduğu gibi daha ağır ve uzun seyreden üst solunum yolu bulgularına neden olabileceğini ve yurt dışı seyahat öyküsü olan kişiyle temas öyküsü olması nedeniyle seyahat öyküsünün epidemiyolojik ve varyantların dağılımındaki önemini olgumuzda göstermiştir. Türkiye'de ilk kez sekanslama sonuçlarının kliniğe yansıması bu çalışmada değerlendirilmiştir. Ancak sınırlı sayıda hasta grubunda ve tek merkezde yapılan bu çalışma tüm ülke verilerini temsil etmemektedir. Daha büyük bir popülasyonda, daha fazla sayıda merkezde, daha fazla sekanslama çalışmaları ile bu sonuçların klinik yansımasının araştırılmasına gereksinim vardır. Virüsün yayılımının ulusal ve global seviyelerde takibi, viral genomların karşılaştırılması ve moleküler filogenetik ağaçların oluşturulmasıyla izlenebilir. Genetik değişikliklerin tespiti, varyantların ortaya çıkması ve mutasyon oranlarının anlaşılması etkin tedavi ve aşı geliştirilmesinde olumlu bir etki yaratacaktır.
Pamukkale Üniversitesi Hastanesi sağlık çalışanlarında inaktif SARS-CoV-2 aşılaması sonrası gelişen yan etkiler ve antikor yanıtlarının incelenmesi
Aşılar, günümüzde infeksiyon hastalıklarından korunmada ve toplum bağışıklığı oluşturarak salgınların kontrol altına alınmasında kolay ve ucuz bir yoldur. Ancak, aşı karşıtlığı ve aşı tereddüttü gibi konular hala gündemde bulunmaktadır. Bu durum çoğu zaman bilgi eksikliğinden, yanlış anlamalardan veya güvenlik kaygılarından kaynaklanabilir. Son yıllarda, aşıların yan etkileri ve güvenliliğiyle ilgili yapılan çalışmalar önem kazanmıştır. Bu çalışmalar, aşıların geliştirme sürecinde daha fazla güvenlik verilerinin elde edilmesine ve yan etkilerin daha iyi anlaşılmasına olanak sağlamıştır. Aşıların yan etkileri genellikle hafif ve kısa süreli olup, aşı alıcılarının büyük çoğunluğunda görülen normal immün yanıtların bir parçasıdır. Bunlar arasında hafif ateş, kas ağrısı, yorgunluk veya lokal reaksiyonlar gibi belirtiler yer alabilir. Nadiren ciddi yan etkiler de görülebilir, ancak bu durumlar genellikle aşılamanın potansiyel riskleri ile karşılaştırıldığında oldukça nadirdir. Bu çalışmada Pamukkale Üniversitesi Hastanesi sağlık çalışanlarında CoronaVac'ın birinci ve ikinci dozu sonrasında gelişen yan etkilerin bağışıklık sağlanmasında bir rolü olduğu olabileceğini göstermek, aşı ilişkili yan etkileri iyi anlamak, bu yan etkilerin olası risk faktörlerini ortaya koymak ve gelecekteki aşılama stratejilerine katkı sağlamak amaçlanmıştır. Bu çalışmaya Pamukkale Üniversitesi Hastanesi'nde görev yapan 14-21 Ocak 2021 tarihleri arasında inaktif SARS-CoV-2 (SINOVAC, CoronaVac) aşısının birinci dozu, 11-18 Şubat 2021 tarihleri arasında ikinci dozu uygulanan 934, ikinci dozun ardından 14 gün sonra antikor yanıtlarının ölçümü için ulaşılan 648 sağlık çalışanı dahil edilmiştir. CoronaVac'ın birinci doz ve ikinci doz sonrası gelişen istenmeyen yan etkileri anket aracılığı ile sorgulanmış, katılımcıların demografik verileri, kronik hastalıkları ve eşlik eden durumları not edilmiştir. 648 katılımcıdan antikor düzeylerinin ölçümü için kan örneği toplanmıştır. Aşı antikor yanıtı ölçümünde Abbot SARS-CoV-2 IgG II Quant kiti kullanılmış, anti SARS CoV 2 IgG ≥ 50 AU/mL için pozitif olarak yorumlanmıştır. İnaktif SARS-CoV-2 aşısının birinci dozunun uygulanmasından sonra katılımcıların 572 (%61,2)'sinde en az bir yan etki görülürken, 362 (%38,8)'sinde herhangi bir yan etki veya istenmeyen durum gözlenmemiştir. İkinci doz uygulaması sonrasında ise katılımcıların 410 (%63)'unda en az bir yan etki saptanırken, 238 (%36,7)'inde herhangi bir istenmeyen durum gözlenmemiştir. Anafilaksi gibi yaşamı tehdit edici bir reaksiyonla her iki uygulama sonrasında karşılaşılmamıştır. Birinci doz aşıdan sonra en fazla görülen lokal yan etki aşı yerinde ağrı (% 44,4) en sık görülen sistemik yan etkiler baş ağrısı (%22,7), halsizlik (%21,3), miyalji (%7,2) sırt ağrısı (%5,3) ve enjeksiyon yerinde lokal ısı artışı (%5,2), ikinci doz sonrası enjeksiyon yerinde ağrı (%28,2), halsizlik (14,5%), baş ağrısı (%13,4), miyalji (%6,5) ve artralji ( %4) en sık görülen yan etkiler olmuştur. Birinci dozdan sonra aşı bölgesinde ağrı, baş ağrısı, halsizlik, miyalji, sırt ağrısı, aşı yerinde şişlik, ateş bulantı-kusma, aşı yerinde kızarıklık, aşı yerinde kaşıntı, öksürük, ikinci doz sonrasında enjeksiyon yerinde ağrı, baş ağrısı, halsizlik, bulantı-kusma ve miyalji yan etkisi görülme ihtimali kadınlarda erkeklere kıyasla daha yüksek olduğu tespit edilmiştir. (sırasıyla p<0,001, p<0,001, p<0,001, p=0,012, p=0,004 p=0,003, p=0,025, p=0,034, p=0,034, p=0,01, p=0,047, p=0,03, p= 0,002, p= 0,008, p=0,033, p=0,007). Birinci doz sonrası enjeksiyon yerinde ağrı (p<0,001) ve halsizlik (p=0,002), ikinci doz sonrası aşı yerinde şişlik görülmesi daha genç yaşla ilişkilendirilmiştir (p<0,001). Birinci doz sonrasında hipertansif durumla karşılaşma olasılığı (p=0,006), ikinci doz sonrası baş ağrısı yaşama olasılığı (p=0,009) daha ileri yaş ile ilişkilendirilmiştir. Normal kilodaki bireylerin birinci dozdan aşı bölgesinde ağrı yaşama olasılığının daha yüksek olduğu saptandı (p<0,001). Daha önceden geçirilmiş COVID-19 öyküsü birinci dozdan sonra aşı yerinde ağrı (p=0,021), ikinci dozdan sonra aşı bölgesinde kaşıntı (p=0,003) ile ilişki bulundu. Kadın katılımcıların ortalama antikor düzeyi, erkek katılımcılara göre daha yüksek bulunmuştur (p=0,032). En genç yaş grubundaki katılımcılarda daha yüksek düzeylerde (2086 ±1990;(170-12905) AU/mL) antikor tespit edilmiştir (p=0,002). Akciğer hastalığına sahip olmak, daha düşük anti-SARS-CoV-2 spike IgG seviyeleri ile ilişkili bulunmuştur (p=0,036). Genel olarak bu çalışma 18-66 yaş arası katılımcıların aşıyı tolere edebildiğini ve ciddi yan etkilerin görülmediğini desteklemektedir. Yaş, cinsiyet, vücut kitle indeksi (VKI)'nin aşının reaktojenitesini ve immünojenitesini belirlediği değerlendirilmiş, aşılama sonrası üretilen antikor miktarı ile aşının reaktojenitesi arasında doğrudan bir ilişki kaydedilmemiştir.
Toplu tüketim işletmelerinde çalışan personelin COVID-19 farkındalığı
Aralık 2019'un sonlarında Çin'in Wuhan şehrinde sebebi bilinmeyen bir çok pnömoni vakası bildirilmiş ve hızla tüm dünyaya yayılmıştır. SARS-CoV-2 etkeninin sebep olduğu, Dünya Sağlık Örgütü tarafından COVID-19 pandemisi olarak tanımlanan bu hastalık ticari ve sosyal hayatı derinden etkilemiştir. COVID-19 hastalığının yayılımını engellemek ve azaltmak için DSÖ (Dünya Sağlık Örgütü) tarafından tavsiye edilen ve ülkelerin kendi belirledikleri kurallar uygulamaya konulmuştur. Genel ve özel hijyen tedbirlerine ek olarak sosyal mesafe kuralları ve toplu bulunan ortamlarda maske kullanımı bir çok ülkede zorunlu tutulmuştur. Bu araştırmada COVID-19 tedbirlerine yönelik farkındalığı ölçmek amacıyla Aydın/Efeler ilçesinde bulunan lokanta ve restoranlarda çalışan 385 personele anket uygulanmıştır. Araştırma sonunda katılımcıların %91,2'si kişisel yaşamlarında hijyene dikkat ettiğini, %91,9'u ellerini yemeklerden önce/sonra yıkadığını, %87,3'ü ellerini eve döndükten sonra yıkadığını, %69,4'ü ellerini insanlarla temasa geçtikten sonra yıkadığını/dezenfekte ettiğini, %77,1'i ellerini göz, ağız, burun gibi organlardan uzak tutmaya dikkat ettiğini, %72,5'i bulunduğu ortamdaki yüzeylerin dezenfekte edilmiş olmasına dikkat ettiğini, %70'i iki kişi arasındaki mesafeye dikkat ettiğini, %80,3'ü öksüren ya da hapşıran herkesten 2 m uzak durmaya dikkat ettiğini, %76,1'i COVID-19'un bulaşmasını önlemek için insanların maske takması gerektiğini, %60,8'i maske kullanmayanlara cezai işlem uygulanması gerektiğini belirtmiştir. Sonuç olarak katılımcıların maske ve mesafe konularında farkındalıklarının, hijyen konusunda olduğu kadar yüksek olmadığı sonucuna varılmıştır. Anahtar kelimeler: Anket, COVID-19, Farkındalık, Restorant
Şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs-2 (SARS-CoV-2)'nin vero hücre hattı ile farklı kültür teknikleri kullanılarak üretimi
Dünya Saglık Örgütü (DSÖ)'nün uluslararası halk sağlığı acil durumu ilan etmesine neden olan SARS-CoV-2, 23 Kasım 2022 tarihi itibariyle, 6,6 milyondan fazla kişinin ölümüne neden olmuştur. Hastalığa karşı dünya genelinde onaylı 50 aşı bulunurken bunlardan 11 tanesi DSÖ tarafından onaylanmıştır. 2021 yılı aşı üretim verilerine göre Covid-19 için 11,15 milyar doz aşı üretilmiştir. Toplam aşı üretiminin yaklaşık %45'ini inaktif aşılar oluşturmaktadır. İnaktif aşı prosesinin ilk adımı canlı virüs üretimidir. SARS-CoV-2 üretiminin ve saflaştırılmasının optimizasyonu, büyük ölçek öncesi verimli olan sistemin belirlenmesi için önemlidir. Bu çalışmanın amacı, statik kültür için Cell Factory (CF) sisteminde ve süspanse kültür için mikrotaşıyıcılı (MC) spinner flask sisteminde Vero hücreleriyle yüksek ve düşük serum konsantrasyonunda SARS-CoV-2 alfa varyantı antijen üretiminin ve saflaştırılmasının incelenmesidir. Klarifiye kültürün PEG presipitasyonuyla elde edilen pelletlerin antijen miktarı SDS-PAGE yöntemiyle belirlenmiştir. Yapılan hesaplamalara göre hücre üretimi esnasında %5 ve virus üretimi esnasında %1 FBS şartlarında daha yüksek verim elde edilmiştir. İlk çalışma sonuçlarına göre antijen verimleri; CF sisteminde 502,5 µg antijen/litre ve MC sisteminde 355,9 µg antijen/litre şeklinde elde edilmiştir. Saflaştırma çalışmaları için, CF sistemiyle yapılan ikinci çalışmada verim 756,7 µg antijen/litre değerine yükseltilebilmiştir. Konsantre antijen multimodal (Capto Core 400, CC400) ve iyon-değişim (Nuvia HP-Q) kromatografi prensiplerine göre AKTA pure-150 sisteminde saflaştırılmıştır. Saflaştırma sonucunda CC400 için %89 ve Nuvia HP-Q için %74 verim değerleri bulunmuştur. Diğer yandan CC400 kolonu safsızlıkları uzaklaştırma açısından da daha iyi sonuç vermiştir. Sonuç olarak, SARS-CoV-2 antijeninin laboratuvar ölçekli üretimi için Cell Factory sistemi daha verimli bulunmuş ve saflaştırma prosesi için CC400 kolonu en iyi sonucu vermiştir.
COVID-19 virüsü ile enfekte olan ve olmayan septik şok tanısı ile takip edilen hastalarda ve COVID-19 virüsü ile enfekte olan hastalarda trimetilamin n-oksit (TMAO), IL-1 beta, IL-6,IL-10, LPS ve TNF-alfa düzeylerinin hastalığın klinikopatolojik özellikleri ile ilişkisinin araştırılması
İnflamasyon, herkeste meydana gelen ve bağışıklık sisteminin vücudu çeşitli hastalık veya yaralanmalara karşı korumak amacıyla oluşturduğu bir tepkidir. İnflamasyona sebep olan çeşitli etkenler olmakla birlikte en önemli etken mikroorganizmalardır. Bakteri, virüs, riketsiya, mantar, protozoon ve helmintler gibi COVİD-19 da bir etkendir. Birçok hastalıkta olduğu gibi inflamasyon ve sepsiste de mikrobiyata ve disbiyozisin yerinin önemli olduğu son yapılan çalışmalarda gösterilmiştir. Mikrobiyata hastalığın seyrinde, morbidite ve mortalite üzerinde etkili olduğu düşünülen diğer bir faktördür. Serum trimetilamin N-oksit (TMAO) seviyesi yaşa, cinsiyete, alışkanlıklara, ek hastalıklara ve mikrobiyotaya bağlı olarak farklılık göstermektedir. İnflamasyon yolağında açığa çıkan; İnterlökin-1β (IL-1β), İnterlökin 6 (IL-6), İnterlökin-10 (IL-10), Tümör nekroz faktör alfa (TNF-alfa), lipopolisakkarit (LPS) gibi inflamatuar moleküller bu sürecin başlamasında, durdurulmasında düzenleyici rol alırlar. Bu regülasyonun bozulması inflamasyonun sepsis ve septik şok tablosuna ilerlemesine sebep olur. Amacımız tüm bu varsayımlardan yola çıkarak mikrobiatanın ve TMAO'nun inflamasyon, COVİD-19, sepsis ve septik şok için biyobelirteç olup olamayacağını araştırmaktır. Septik tabloda olmayan COVİD-19 ile enfekte hastalarda, COVİD-19 ile enfekte septik şok tablosundaki hastalarda ve COVİD-19 ile enfekte olmayan septik şok tablosundaki hastalarda TMAO düzeylerinin hastalarda tanısal öneme sahip olup olmadığını, hastalığın erken tanısında bir tetkik olarak kullanılıp kullanılamayacağını ve mikrofloradaki bozulmanın yansıması olan barsak endotoksemisi ile TMAO'nun bu hastalıklardaki düzeylerini inceledik. Ayrıca TMAO dışında, hasta gruplarında IL-6, IL-10, IL-1beta, TNF-alfa ve LPS düzeylerini ve bu parametrelerin birbirleriyle arasındaki ilişkiyi inceledik. Çalışmaya septik tabloda olmayan COVİD-19 ile enfekte 40 hasta, COVİD-19 pozitif septik şok tablosundaki 40 hasta, COVİD-19 negatif septik şok tablosundaki 40 hasta ve sağlıklı 40 kontrol birey olmak üzere toplam 160 olgu dahil edildi. Çalışmamızda; TNF-α ile IL-1β düzeyleri hasta gruplarında kontrol gruplarından anlamlı derecede daha düşük (p<0,001) ve IL-6 ile IL-10 ise anlamlı derecede daha yüksek (p<0,001) seviyede tespit edilmiştir. IL-1β özellikle COVİD-19 ile enfekte olan gruplarda daha da anlamlı düşüş göstermiştir. IL-6 ise COVİD-19 ile enfekte olan gruplarda daha da artmıştır. LPS düzeyi COVİD-19 ile enfekte olan sepsisli grupta diğer gruplara kıyasla aşırı derecede yüksek saptandı. TMAO düzeyi ise sepsisli grupta diğer gruplardan anlamlı derecede daha yüksek (p<0,001) değerlerde ölçüldü. Bu sonuçlar bize TMAO'nun sepsis ve septik şok tablosunda biyobelirteç olarak kullanılabilmesi için daha geniş popülasyona sahip, çok merkezli yeni çalışmalara ihtiyaç olduğunu göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Sepsis, Septik şok, SARS-CoV-2, COVİD-19, TMAO
COVID-19 pandemisinin Ankara Çankaya Emek ASM başvurularına olan etkileri
Giriş ve Amaç: Koronavirüsler, hayvanlarda veya insanlarda hastalık yapabilen ve Orta Doğu Solunum Sendromu (MERS) ve Şiddetli Akut Solunum Sendromu (SARS) gibi hastalıklara neden olan geniş bir virüs familyasıdır. Yeni koronavirüs ailesi (SARS CoV 2) Aralık 2019'da Wuhan şehrinde ortaya çıkmış ve pnömoni, pulmoner ödem, ARDS, multiorgan yetmezliği ve ölüme varan tablolar oluşturan bir solunum yolu enfeksiyonu sebebidir. Tedavi çalışmaları devam etmekle beraber şu an hidroksiklorokin, azitromisin, plazma tedavisi ve favipravir gibi anti viraller kullanılan ilaçlardır. Bu hastalık %3,8 oranında ölüm meydana getirmektedir. Yayılımını azaltmak amaçlı çeşitli önlemler alınmıştır. Aile sağlığı merkezleri (ASM) çocuk, gebe, yaşlı, kronik hastalığı olan hastalar ve birtakım sağlık belgeleri için başvuran kişilere hizmet veren birinci basamak sağlık merkezleridir. Pandemi varlığında aile hekimleri, ASM'lere başvuranlar arasında virüs iletimini kısıtlamakla görevlidir. Bu nedenle triaj yapılması vaka sayılarının kontrolü için gereklidir. ASM'lere başvuran hastaları korumak ancak bu şekilde mümkün olmaktadır. Tüm bu nedenlerden ötürü, COVID-19 ile mücadele eden aile sağlığı merkezlerini incelemeyi tezimizde amaç edindik. Gereç ve Yöntem: Çalışmamız kesitsel tipte bir araştırma olarak planlanmıştır. Ankara Çank aya Emek ASM 'ye başvuran hastalara pandemi sürecindeki ASM başvurularıyla ilgili 21 sorudan oluşan bir anket uygulandı. Analizlerde SPSS 22.0 paket programı kullanıldı Katılımcılara ilişkin sosyodemografik özellikler betimsel olarak incelenmiştir. Hastaların niceliksel değerlerinin normal dağılıma uygunluğu Shapiro Wilk yöntemi ile test edilmiştir (p<0,05). Bu değişkenlerin Normal dağılıma uygun olmamasından dolayı Mann Whitney U ve Kruskal Wallis testleri kullanılarak karşılaştırmalar yapılmıştır. Niteliksel verilerin karşılaştırılmasında, Marginal Homogenity, Pearson Ki Kare testi ve Fisher Exact test kullanıldı, Karşılaştırmaların Sonuçları %95, %99 güven aralığında; p<0,05, p<0.01 anlamlılık düzeyinde değerlendirilmiştir. Bulgular: Araştırmamıza katıla n 250 hastadan %57,60 ı kadın, %42,40 ı erkek olarak belirlenmiştir. Katılımcıların ortalama yaşı 44,88 olarak bulundu. Araştırmamıza katılan hastaların %73.60 'ı ASM başvurularının arttığını belirtirken, %26.40'ı artmadığını belirtti. Katılımcılara yöneltilen 21 soruluk ankette pandemi sürecindeki bu artışın nedenlerine baktığımızda %42.80(n=107) oranla aşı ve ve %40.00(n=100) oranla muayene olarak saptadık. Sonuç: Covid-19 pandemisinde ASM'lere başvuru sayılarında ve başvuru nedenlerinde çok anlamlı değişiklikler tespit edilmiştir. Çalışmanın tüm bölümlerinde elde edilen sonuçlarda ASM'lere başvuru sayıları artmıştır. Buradan çıkabilecek en önemli sonuç;ASM'lerin işlevinde de artma olduğu sonucudur. Çalışmanın başvuru nedenlerine göre analizinde görülmektedir ki pandemi öncesi en çok gelen grup ilaç reçetesi iken pandemide aşı olmaya gelen hasta sayısında ve herhangi bir şikâyeti olup muayene olmaya gelen hasta sayısında ise ciddi bir artış olduğu görülmektedir.Bu nedenle pandemi sürecinde ASM'nin taşıdığı yük hafifletilmelidir. Birinci basamağa olan yoğunluk azaltılmalıdır. Anahtar Kelimeler: Aile Hekimliği,Covid-19,Pandemi