Aydın/Türkiye'de echinococcus granulosus'un mitokondriyal sitokrom c oksidaz subunit 1 gen bölgesinin sekanslanarak moleküler karakterizasyonunun araştırılması

Echinococcus granulosus (E. granulosus), insanlarda ve çiftlik hayvanlarında görülen kistik ekinokokkoz (KE)'un etkeni olan yaygın bir zoonotik sestodtur. KE ülkemizde ve birçok ülkede ekonomik kayıplara yol açmaktadır. E. granulosus suşları arasında genetik çeşitliliğin yüksek olduğu bildirilmiştir. Günümüze kadar moleküler yöntemler kullanılarak farklı konaklardan on tane genotipi (G1-G10) belirlenmiştir. Türkiye'de ve dünyada en yaygın genotipin koyun suşu olan G1 olduğu ortaya konulmuştur. Ülkemizde ayrıca G3, G6 ve G7 genotiplerinin görüldüğü de bildirilmiştir. Buna rağmen Aydın da dahil olmak üzere birçok bölgede E. granulosus genotipleri konusunda yeterli bilgiye sahip olduğumuz söylenemez. Bu çalışmanın amacı Aydın'da ki E. granulosus izolatlarının genotiplerinin belirlenmesidir. Çalışma kapsamında Adnan Menderes Üniversitesi, Eğitim ve Araştırma Hastanesi Parazitoloji Laboratuvarı'na rutin parazitolojik inceleme için gönderilen cerrahi sonrası elde edilen kist sıvıları değerlendirilmiştir. Kist sıvılarındaki protoskolekslerden DNA izolasyonları ticari kit ile yapıldıktan sonra mitokondriyal sitokrom oksidaz subunit I (cox1) geni PCR ile çoğaltılmıştır. Amplikonlar sekanslanmış ve BLAST ile Genbank'daki referans sekanslarla karşılaştırılmıştır. İzolatların genotipleri tam veya en yakın benzerliklerine göre belirlenmiştir. Ayrıca, Neighbour Joining Tree kullanılarak filogenetik ağaç oluşturulmuştur. Protoskolekslerden izole edilen 22 DNA örneğinde PCR'da beklenen boyutta bant görülmüş ve sekanslanmıştır. E. granulosus cox1 geni ile benzerlik göstermeyen nonpesifik iki sekansın dışındaki 20 sekans analizlerde kullanılmıştır. Koyun suşu olan G1 izolatların büyük kısmını (15 izolat, %75) oluşturmakta olup bunu deve/domuz suşu G6/7 (5 izolat, %25) izlemektedir. G6/7 olarak tanımlanan 5 izolattan birinde tek nükleotit farkı (T141C) bulunmakta olup benzer şekilde G1 olarak tanımlanan 15 izolattan birinde de tek nükleotit farkı (C234T) görülmüştür. Bulgularımız ülkemizde daha önce yapılan çalışmalarla uyumluluk göstermektedir. Bu çalışmaların birçoğunda G1 en baskın genotip olarak bildirilmiştir. Çalışmamızda G1'in yanı sıra G6/7'ye rastlanması bölgemizde deve ve yaban domuzlarının da KE hastalığında rolünün olabileceğini düşündürmektedir. Ayrıca cox1 E. granulosus genotiplerinin belirlenmesi için uygun bir hedef gen olarak görülmektedir. Ülke genelinde yapılacak benzer ve kapsamlı çalışmalar sonucu elde edilecek epidemiyolojik verilerin KE hastalığının kontrolüne katkı sağlayacağı düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Echinococcus granulosus, kistik ekinokokkoz, genotiplendirme, cox1, Aydın