299
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Hastalık belirteci bir proteine karşı monoklonal antikor geliştirilmesi ve karakterizasyonu: Model çalışma
Sunulan bu tez çalışmasının amacı model olarak seçilen bir hastalık belirteci proteine karşı yüksek afiniteli monoklonal antikor geliştirilmesi, antikorun geniş ölçekte üretimi, saflaştırılması ve karakterizasyonudur. Bu amaçla kistik fibrozisde hastalık belirteci olan PAP (Pankreatit ile İlişkili Protein)'a karşı monoklonal antikor geliştirmek amacıyla 6/8 haftalık toplam 10 fare intraperitonal enjeksiyon ile immunize edilmiştir. ELISA testi ile bağışıklık yanıtları belirlenen farelerin dalak hücreleri ile myeloma hücrelerinin hibridizasyonu yapılmış, elde edilmiş antikorların karakterizasyon çalışmaları yapılmıştır. Çalışmada kullanılan 10 fareden 3'ünde diğerlerine göre daha yüksek immun yanıt oluştuğu belirlenmiş, bunlardan biri ile yapılan füzyon çalışması sonucu antikor aktivitesine sahip 32 hibrit klon elde edilmiştir. Tekrarlanan ELISA kontrol çalışmalarında antikor aktivitesine sahip hücrelerin %25'i PAP antijenine karşı spesifik antikor yanıtı vermiş ve bunlarında %50'si bu yanıtı sürdürmüştür. Sonuç olarak bu hücrelerden 4 hybridoma hücresinin daha sonra tanı kiti geliştirmek amacıyla kullanılabilecek yüksek duyarlılıkta monoklonal antikor ürettiği belirlenmiştir. Elde edilen antikorlar özgüllük, afinite, altizotip olarak değerlendirilmiş 4 antikorun her birinin özgül olduğu iki antikorun afinitesinin daha yüksek olduğu görülmüş ve elde edilen 4 antikor da saflaştırılmıştır. Bu tez çalışması gelecekte hayvan hastalıklarının tanısı veya daha başka sebeplerle farklı proteinlerin tespitine yönelik antikorların üretim çalışmaları için önemli bir kaynak oluşturacaktır.
Bazı ceviz çeşitlerinde in vitro mikroçoğaltım
Türkiye'de ceviz bitkisinde doku kültürü ile ilgili çalışmalar günümüzde hız kazanmış ancak talebi karşılayacak seviyelere ulaşamamıştır. Yapılan çalışmada ceviz bitkisinin hızlı, klonal ve hastalıksız bir şekilde anaç ve fidan üretiminin sağlanması için mikroçoğaltım çalışması yapılmıştır. Bu amaçla bazı ceviz çeşitlerinden (Vlach, Chandler, Yalova-1) elde edilen koltukaltı tomurcuklarından elde edilen eksplantların sterilizasyonu için en az kontaminasyon ve kararma oranının %70'lik actijende, 5 dakika süreyle uygulanıp 3 kez 5 dakika steril saf su ile durulanmasıyla elde edilmiştir. Sürgün rejenerasyonu aşamasında kullanılan üç farklı ceviz çeşidinde farklılık görülmemiştir. Ancak kullanılan farklı doz ve kombinasyon bitki büyüme düzenleyicisi denemelerinde eksplant başına en fazla sürgün oluşumu 2 mg/L TDZ, 1 mg/L NAA, 0,2 mg/L GA3 içeren MS besin ortamından 2,36 adet olarak elde edilmiştir. Rejenerasyon çalışmasında her üç çeşittede gelişim gösteren sürgünler köklendirme çalışmasında kullanılmış ancak sadece Yalova-1 çeşidinde köklenme görülmüştür. Sürgünlerin köklendirilmesinde modifiye olarak hazırlanmış MS besin ortamına 4 mg/L IBA ilave edilerek köklendirilmiştir. Köklenen sürgünler steril edilmiş torf-perlit (1:1) karışıma dikilip kontrollü bir şekilde 28 gün boyunca dış koşullara alıştırma işlemi yapılmıştır.
Strigolakton uygulamasıyla tuz stresine karşı kum zambağı bitkisinin toleransının arttırılmasında antioksidan enzimlerin işlevi
Pancratium maritimum L. (Kum zambağı) bitkisi Akdeniz, Karadeniz ve Hazar Denizi ile Atlantik Okyanusu kıyı boyunca tuzlu ve kumlu topraklarda yayılış göstermektedir. Tıbbi öneme sahip ve turizm faaliyetleri sonucunda yayılış alanları tehlike altında olan kum zambağının yüksek tuzlu ortam şartlarına maruz kalmadan önce yapılan strigolakton (SL) uygulamasıyla tuzluluğa karşı olan tolerans seviyesinin arttırılmasında antioksidan enzimlerin işlevinin belirlenmesi amaçlanmıştır. 28 günlük fidelere (1 ml/fide) spreyleme ile strigolaktonun sentetik formu olan GR24 farklı konsantrasyonlarda (0, 10,20 µM) uygulanmıştır. GR24 uygulamasından 1 hafta sonra (35 günlük fidelere) tuz uygulaması 0,150, 300 mM NaCl Hoagland besin çözeltisi içinde çözdürülerek yapılmıştır. Tuz stresi uygulamasından 10 gün sonra hasat edilen kum zambağı fidelerinin morfolojisi ile SOD, CAT ve POX aktivitesi ve bu enzimlerin izoenzimleri ile TBARS ve H2O2 içeriklerinde meydana gelen değişimler saptanmıştır. Elde edilen sonuçlara göre, GR24 ön uygulamasının kum zambağı bitkilerinin tuzlu ortam şartlarında antioksidan savunma sistemini uyararak tolerans seviyesini arttırabilme potansiyeli olduğu saptanmıştır.
Türkiye eşek (Equus asinus) populasyonlarının genetik karakterizasyonu
Ülkemizde ve Dünya'da endüstrileşmenin etkisiyle, yetiştirilmesi azalmış olan ve kırsal bölgelerdeki zorlu doğa koşullarında yetiştiricisine sürü kontrolü ve taşımacılıkta iş gücü olarak, yüzyıllardır yardımcı olan eşek ırkları (Equus asinus) yok olma tehdidi altındadır. Bu durumun bir koruma programı oluşturulmadığı takdirde hızla devam edeceği tahmin edilmektedir. Koruma stratejilerini oluşturabilmek için öncelikle mevcut ırkların morfolojik ve genetik olarak tanımlamalarının yapılması gerekmektedir. Bu nedenle bu tez çalışması kapsamında ülkemizin biyolojik zenginliği içerisinde önemli bir yer tutan, eşek populasyonlarının mikrosatellit lokusları ele alınarak gen ve genotip frekansları hesaplanmış ve yerli gen kaynaklarını koruma çalışmalarına katkı sağlayacak veriler elde edilmiştir. Türkiye genelinde 16 ile ait eşek populasyonlarından toplam 314 adet bireyden kan örnekleri alınmış ve toplanan örneklerden genomik DNA izolasyonu yapılmıştır. DNA örnekleri ile 20 farklı mikrosatellit lokusunda PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) analizi yapılmış ve DNA parça (fragment) analizi ile her bir bireye ait allel büyüklükleri (bç) belirlenmiştir. Çalışılan 20 mikrosatellit lokusunda toplam 174 allel tespit edilmiş, ASB17 primeri monomorfik bulunmuş ve en çok allele sahip olan lokusun LEX54 (17 allel) olduğu belirlenmiştir. Lokus başına düşen ortalama allel sayısı (Na) 5,153 ± 0,145 olarak hesaplanmıştır. Ayrıca genetik uzaklık verileri değerlendirildiğinde en yüksek genetik uzaklık değerinin (0,146) Tekirdağ-Malkara ile Şanlıurfa arasında olduğu saptanmıştır. En düşük genetik uzaklık değeri ise (0,026) Kırklareli ile İstanbul-Çatalca arasında belirlenmiştir. Populasyonların genetik çeşitliliğinin, populasyonlar içinde %97, populasyonlar arasında %3 olduğu tespit edilmiştir. Nei'nin genetik uzaklık verileri kullanılarak Neighbor-Joining yöntemi ile oluşturulan filogenetik ağaçta temelde tüm populasyonların iki gruba ayrıldığı; Kütahya, Isparta, Amasya-Merzifon, Tekirdağ-Malkara, Kastamonu, Tokat, Konya, Antalya, Aydın ve Muğla populasyonlarının bir grupta kümelenmiş olduğu, diğer grupta ise; Kahramanmaraş, Mardin, Şanlıurfa, Kars, Kırklareli ve İstanbul-Çatalca populasyonlarının yer aldığı tespit edilmiştir.
Kırmızı fermente pirincin japon bıldırcınlarında (Coturnix coturnix Japonica) büyüme performansı, bağırsak histomorfolojisi ve et kalitesine etkileri
Bu araştırma, Japon bıldırcını (Coturnix coturnix japonica) rasyonuna kırmızı fermente pirinç tozu eklenmesinin besi performansı, karkas ve et kalite özellikleri ile bağırsak histomorfolojisi üzerine etkilerini belirlemek amacıyla yapılmıştır. Çalışmada dört deneme grubunda, üç tekerrürlü, toplamda 120 bıldırcın kullanılmıştır. Deneme grupları; kontrol (%0 kırmızı fermente pirinç tozu katkılı), F1 (%0,05 kırmızı fermente pirinç tozu katkılı), F2 (%0,1 kırmızı fermente pirinç tozu katkılı), F3 (%0,2 kırmızı fermente pirinç tozu katkılı) olmak üzere dört farklı rasyonla beslenmiştir. Bıldırcınların canlı ağırlıkları bireysel olarak çıkıştan kesim yaşı olan 35 günlük yaşa kadar haftalık tartılmıştır. Besinin 7. ve 35. günlerinde rasyondaki katkı maddesi artırıldıkça canlı ağırlıkta azalma gözlemlenirken, gruplar arasında da farklılık tespit edilmiştir (P<0,05). Canlı ağırlık artışında gruplar arasında ve 0-7 ve 28-35. günler arasında azalma görülüp, gruplar arasında farklılık tespit edilmiştir (P<0,05). Haftalık olarak tüketilen yem miktarında 28-35.günde kırmızı fermente pirinç tozu yem katkı maddesi olarak verilmeye başlandığı andan itibaren yem tüketiminin düştüğü gözlemlenmiş ve gruplar arasında farklılık tespit edilmiştir (P<0,05). Yemden yararlanma oranında 14-21, 21-28 ve 28-35. günlerde katkı maddesi verildikçe yemden yararlanma oranının giderek azaldığı gözlemlenmiş ve gruplar arasında farklılık tespit edilmiştir (P<0,05). Sıcak, soğuk karkas ağırlıkları ve randımanlarına bakıldığında ise rasyonda katkı maddesi oranı arttıkça bu değerlerde azalma gözlenmiş ve gruplar arasında farklılık tespit edilmiştir (P<0,05). Yenilebilir iç organ, bağırsak ağırlıkları ve yüzdelerinde de rasyonda katkı maddesi oranının artışı ile birlikte azalma gözlenmiş ve gruplar arasında farklılık tespit edilmiştir (P<0,05). Karkas parçaları bakımından göğüs, but, kanat ve sırt ağırlıklarında katkı maddesi verilmeye başlandıkça azalma gözlenmiş ve gruplar arasında farklılık tespit edilmiştir (P<0,05). Renk ölçümlerinde parlaklık (L*) değerinde rasyonda katkı maddesi oranı arttıkça azalma gözlenmiş ve gruplar arasında farklılık tespit edilmiştir (P<0,05). Etin kırmızılık (a*) ve sarılık (b*) değerlerinde ise gruplar arasında farklılık tespit edilememiştir (P>0,05). Nem kaybı bakımından deneme gruplarında katkı maddesi oranı arttıkça azalma gözlenmiş, kontrol grubuna göre deneme gruplarında anlamlı farklılıklar tespit edilmiştir (P<0,05). Pişirme kaybı bakımından da gruplar arasında önemli farklılıklar tespit edilmiş olup, en düşük pişirme kaybı (%16,20) F3 grubunda elde edilmiştir (P<0,05). Kuru madde yüzdeleri bakımından kontrol grubunun diğer gruplara göre daha yüksek değerlere sahip olduğu belirlenmiştir (P<0,05). Bağırsak histomorfolojisine bakıldığında kript değeri bakımından gruplar arasında herhangi bir farklılık gözlenmezken (P>0,05), villus boyu (VB), lamina muscularis mukoza (LM), VB/kript oranı ortalamaları bakımından kontrol grubunun daha yüksek değerlere sahip olduğu belirlenmiştir (P<0,05). Yağ asitleri kompozisyonu analizi sonuçlarına göre palmitik asit, linolenik asit ve linoleik asit bakımından gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılıklar tespit edilmiştir (P<0,05). Özellikle insan sağlığı açısından büyük öneme sahip linoleik asidin rasyondaki katkı maddesi oranı arttıkça üründeki miktarının arttığı ortaya konulmuştur. Bunların yanında göğüs eti örneklerinde gerçekleştirilen tekstür ve profil analizleri (TPA), et pH'sı ve emülsiyon kapasitesi bakımından gruplar arasında farklılık tespit edilmemiştir (P>0,05). Sonuç olarak kırmızı fermente pirincin rasyondaki miktarına bağlı olarak besi performansı ve bazı et kalite özelliklerinin gerilediği, bunun aksine çiğ ette nem kaybı, pişme sonrası su kaybının olumlu yönde değiştiği, etteki doymamış yağ asitlerinin miktarının arttığı ortaya konulmuştur. Anahtar kelimeler: Bıldırcın, kırmızı fermente pirinç, besi performansı, et kalite, doymamış yağ asidi
Hünnap (Zizyphus zizyphus) ağacı yaprak ve meyve ekstraktlarının antioksidan ve antimikrobiyal özelliklerinin araştırılması
Bu tez çalışmasında Hayrabolu İlçesi Karabürçek Mahallesi'nde doğal olarak yetişen hünnap (Zizyphus zizyphus) ağacı yaprak ve meyve ekstraktlarının antioksidan ve antimikrobiyal özellikleri incelenmiştir. Yaprak ve meyvelerden su – metanol ekstraksiyonu yöntemi kullanılarak ekstraktlar elde edilmiştir. Ekstraktların antioksidan özelliklerini belirlemek amacıyla toplam flavonoid miktarı, toplam fenolik madde, toplam antioksidan yakalama kapasitesi tayini ve fenolik madde kompozisyonu tayini yapılmıştır. Ayrıca meyvelerden elde edilen ekstraktlarda şeker analizi yapılmıştır. Elde edilen ekstraktların antimikrobiyal etkileri Aspergillus parasiticus (DMS 5771), Zygosaccharomyces rouxii ATCC 28253 ve Escherichia coli ATCC 25922 üzerinde in vitro olarak araştırılmıştır. Araştırma bulguları hünnap ağacı yaprak ve meyve ekstraktlarının değişen oranlarda antioksidan ve antimikrobiyal özellikte olduğunu göstermektedir. Yaprak ve meyve numuneleri farklı yaş aralığına sahip ağaçlardan toplandığından dolayı antioksidan ve antimikrobiyal özellikleri arasında farklar olduğu belirlenmiştir. En yüksek toplam flavonoid miktarı ve toplam fenolik madde içeriği yaprak ekstraktından sırasıyla 1047,00 mg CE/L ve 8292,00 mg GAE/L olarak tespit edilmiştir. DPPH metodu ile tespit edilen antioksidan kapasite değeri yaprak su ekstraksiyonu yöntemi ile elde edilen ekstraktında 4,89 µl/L bulunmuştur. Hünnap ağacı yaprak ve meyve ekstraktlarının fenolik madde kompozisyonu da incelenmiştir. Gallik asit, 3-4 hidroksi benzoik asit, kateşin, vanilik asit, syringic asit, epikateşin, kaftarik asit, klorojenik asit, kafeik asit, kumarik asit, ferulik asit, rutin trihidrat, kamperol 3-glukozid ve kuarsetin olmak üzere14 adet fenolik bileşen tespit edilmiştir. Antimikrobiyal etkileri değerlendirildiğinde en yüksek etkiyi olgunlaşmamış meyvenin metanol ekstraksiyonu sonucu elde edilen ekstrakt göstermiştir. Bu ekstraktın küf üzerine 14,12 mm'lik zon çapı, maya üzerine 10,33 mm'lik zon çapı ve bakteri üzerine 13,76 mm'lik zon çapı oluşturacak şekilde antimikrobiyal etki gösterdiği belirlenmiştir.
Ekmeklik buğday çeşitlerinde ardışık hidrojen peroksit uygulamalarının tuz stresi toleransı üzerine etkileri
Bitki büyüme ve gelişimini önemli derecede etkileyen faktörlerden biri tuzluluktur. Literatürde düşük konsantrasyonda uygulanan hidrojen peroksit (H2O2)'in çeşitli abiyotik stres faktörlerine karşı etkili olduğu gösterilmektedir. Bu tez çalışmasında, 2017 yılı Kasım ayında ekim öncesi H2O2 ön uygulanmış ve 2018 yılı Haziran ayında hasat edilmiş bazı ekmeklik buğday çeşitlerinin tohumlarına yeniden H2O2 uygulaması yapılarak erken gelişim döneminde tuz (NaCl) toleransına süperoksit dismutaz (SOD) enziminin etkisi araştırılmıştır. Ekim öncesi 100 µM H2O2 uygulaması (-H2O2: - kontrol; H2O2: + kontrol; 1xH2O2: 1 yıl önce H2O2 uygulanan; 2xH2O2: 1 yıl sonra ikinci kez H2O2 uygulanan) yapılan buğday fidelerine kademeli olarak farklı konsantrasyonda NaCl (0, 80, 160 mM) uygulanmıştır. 35 ve 49 günlük buğday fidelerinin morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal düzeyde meydana gelen değişimler incelenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre, erken gelişim döneminde 2xH2O2 uygulama grubunda H2O2 uygulama grubuna kıyasla sadece çimlenme oranı artarken diğer büyüme pametreleri azalma göstermiştir. Fide gelişim aşamasındaki 35 günlük fidelerde 2xH2O2 uygulama grubunda kök yaş ve kuru ağırlığı dışındaki büyüme parametrelerinde artış olduğu belirlenmiştir. 35 günlük fidelerdeki biyokimyasal sonuçlarda ise en düşük H2O2 miktarı NKÜ Lider çeşidinde ve -H2O2 ve 1xH2O2 uygulaması yapılan gruplarda saptanmıştır. En düşük TBARS miktarı Tosunbey çeşidinde ve 2xH2O2 grubunda olduğu gözlenmiştir. En yüksek SOD aktivitesinin NKÜ Lider çeşidinde olduğu, tüm H2O2 uygulamalarının SOD aktivitesinide artışa neden olduğu ve SOD aktivitesinin en yüksek seviyede 2xH2O2 uygulaması sonucunda olduğu gözlenmiştir. Buna karşın, 2xH2O2 uygulama grubu dışındaki tüm uygulama gruplarında H2O2 ve TBARS miktarlarında artış olduğu, 2xH2O2 uygulama grubunda ise H2O2 miktarı artarken TBARS miktarının azaldığı saptanmıştır. Bu tez çalışmasında, H2O2 ön uygulamasının 35 günlük fidelerde tuz stresinin meydana getirdiği baskıyı daha iyi tolere ettiği, ikinci kez uygulanan H2O2 ön uygulaması ile baskının ortadan kaldırılarak bitki gelişiminin iyileştiği saptanmıştır. Sonuç olarak, buğdayda ikinci kez yapılan H2O2 ön uygulamasının tuz stresine maruz bırakılan toleranslı buğday çeşitlerinde uzun süreli olarak bitki gelişiminde iyileşmeye neden olduğu belirlenmiştir.
Fare embriyolarının dondurulmasında melatoninin embriyo canlılığı ve gelişmesi üzerindeki etkilerinin incelenmesi
Sunulan bu tez çalışmasının amacı, fare embriyolarının katı yüzey vitrifikasyon (SSV) yöntemi ile dondurulması sonrası, embriyo kültür medyumuna melatonin ilavesinin in vitro gelişim üzerine etkilerinin araştırılmasıdır. Melatonin oosit olgunlaşması ve embriyo gelişimini desteklediği bilinmektedir. Sunulan çalışmada sekiz hücreli fare embriyolarının katı yüzey vitrifikasyon yöntemi ile dondurulması sonrası melatonin ilaveli kültür medyumlarında in vitro gelişimi ve kalitesi araştırılmıştır. Bu amaçla B6CBAF1 ırk fareler, 10 IU PMSG ve 48 saat sonra 10 IU hCG'nin intraperitonal (IP) enjeksiyonu ile süperovule edilmiş ve pronüklear aşamadaki embriyolar elde edilmiştir. KSOM embriyo kültür medyumu + 4mg BSA medyumunda 37°C ve %5 CO₂ 'de sekiz hücreli aşamaya kadar inkübe edilmiştir. Sekiz hücreli embriyolar; 37°C, ekilibrasyon solüsyonunda 12 dakika bekletildikten sonra dondurma solüsyonunda yıkanarak 20 saniye içerisinde, sıvı azot içerisinde bulunan alimünyum yüzeye damla halinde bırakılarak (SSV) katı yüzey vitrifikasyon yöntemi ile dondurulmuştur. Çözündürme sonrası elde edilen embriyolar, KSOM medyumu + 4mg BSA medyumunda 37°C ve %5 CO₂ 'de blastosist aşamaya kadar inkübe edilmiştir. Deneyde toplam üç grup kullanılmıştır; kontrol, SSV grubu ve SSV + 10 ¯¹² M melatonin, sırasıyla kullanılan embriyo sayıları; 35, 74 ve 70'dir. Embriyoların in vitro gelişim oranları sırasıyla, %97,14, %86,49 ve %92,86 olarak tespit edilmiştir. Diferansiyel boyama sonucu toplam hücre sayıları sırasıyla; 64, 48 ve 33 olarak belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre; melatoninin, SSV vitrifikasyon yöntemi ile dondurulan embriyoların in vitro gelişimini desteklediği ilk kez bu çalışmada gösterilmiştir.
Sığır ve koyundan elde edilen farklı tip hücrelerin dondurulmasında kriyo koruyucuların ve ısı değişikliklerinin hücre canlılığı üzerine etkilerinin incelenmesi
Hücrelerin biyobankalarda dondurularak saklanması bilimsel araştırmalar sırasında geriye dönebilme veya kaybolan türleri bu hücreleri klonlamada kullanarak geriye getirebilme olanağı sunar. Ancak dondurma işlemi hücreler için öldürücü olabilir ve bu yüzden donma ve çözünme sırasında hücrelerin herhangi bir zarara uğramaması amacı ile dondurma solüsyonu içerisine kriyoprotektan adı verilen çeşitli kimyasal maddeler eklenmektedir. Bunun yanı sıra dondurma hızı da çözüm sonrası hücre canlılığını etkileyen bir diğer faktördür. Sunulan bu tez çalışmasının amacı; kriyo koruyucuların ve ısı değişikliklerinin hücre canlılığına etkisinin araştırılması, hücrelerin zarar görmeden saklanabilmesi ve bu süreç boyunca canlılıklarının en üst seviyede korunabilmesi için onlara zarar vermeyecek koşulların hücre tipi bazında belirlenmesidir. Çalışmada koyun ve sığırdan primer kültür ile elde edilen farklı iki tip hücre hattı ile çalışılmıştır. Bu hücreler koyun ve sığır kulağından elde edilen kıkırdak hücreleri ve ovaryumlarından elde edilen granuloza hücreleridir. Yavaş dondurma tekniği, kriyoprotektan olarak seçilen DMSO ve Gliserolün farklı dozları (%5-10) denenmiştir. Dondurma sırasında kullanılan kriyoproteklanların farklı dozlarının, dondurma tüplerinin içinde bulunduğu malzemelerin (Mr. Frosty, karton kutu, köpük kutu), saklama süresi içinde meydana gelen ısı değişikliklerinin hücreler canlılığı ve proliferasyonu üzerindeki etkileri akış sitometrisi ve MTT analizleri ile değerlendirilmiştir. Sonuç olarak, DMSO uygulanan tüm deney gruplarında canlılık oranı gliserol uygulanan deney gruplarına göre daha yüksek bulunmuştur. Karton veya köpük kutu içinde DMSO kullanılarak dondurulan hücrelerin canlılık oranlarının da benzer şekilde gliserol kullanılarak dondurulanlara göre daha yüksek olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca saklama sırasında meydana gelen ısı değişikliği durumunda da canlılık oranlarının DMSO kullanılan gruplarda gliserole göre daha yüksek olduğu görülmüştür. Bununla birlikte akış sitometrisinde hücre canlılıkları düşük bulunan gliserol gruplarının 24 saat kültürü sonrasında MTT sonuçlarına bakıldığında bazı deney gruplarında proliferasyonun artmış olduğu gözlemlenmiştir. Tüm veriler ışığında çalışmada incelenen tüm koşullarda DMSO'nun hücreleri dondurmanın olumsuz etkisinden gliserole oranla daha iyi koruduğu sonucuna varılmıştır. Mr. Frosty, Köpük ve Kutu içerisinde dondurulan hücrelerde canlılık oranlarında çok büyük farklılıklar görülmemiş, hücre canlılığı üzerinde kritik faktörün kullanılan kriyoprotektan ve konsantrasyonu olduğu sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler: : Hücre Kültürü, Kriyoprezervasyon, Yavaş Dondurma, Kriyoprotektan, MTT Analizi, Akış Sitometrisi 2019, 93 Sayfa
Strigolaktonun tuz stresine toleranslı ve duyarlı buğday çeşitlerinde askorbat-glutatyon döngüsü enzim sistemine etkisi
Tuz stresi, bitkilerin normal metabolik faaliyetleri sonucu oluşan reaktif oksijen türlerinin seviyesini arttırarak hasar meydana getiren, özellikle kültür bitkilerinin verim ve ürün kalitesini sınırlayan çevresel faktörlerden biridir. Strigolaktonların (SL) bitkiler tarafından üretilen sinyal bileşikleri olduğu gibi stres koşuları altında bitkilerin tolerans sistemini uyarabilme potansiyeli olmasından dolayı dışarıdan yapılan uygulamalarla bitki gelişimini olumlu yönde etkilediği bilinmektedir. Bu tez çalışmasında, tuza toleranslı (Tosunbey) ve duyarlı (Sultan-95) buğday çeşitlerinin tohumlarına ekim öncesi yapılan GR24 uygulamasının farklı tuz stresi (0, 200 ve 300 mM NaCI) koşullarında askorbat glutatyon döngüsü enzimlerine (SOD, APX ve GR) ve ilgili genlerin (FeSOD, MnSOD, CuZnSOD, t-APX, cAPXI, cAPXII, cGR ve chlGR) ifade düzeylerine olan etkisi incelenmiştir. Yapılan çalışmada, GR24 ön uygulaması yapılan Sultan-95 çeşidinin 7. ve 14. gününde gövde uzunluğu, gövde yaş ağırlığı ve gövde kuru ağırlığında azalma; kök uzunluğu, kök yaş ağırlığı ve kök kuru ağırlığında artma meydana geldiği gözlenmiştir. Tosunbey çeşidinde ise 7. günde gövde uzunluğu ve gövde yaş ağırlığında azalma; kök uzunluğu, kök yaş ağırlığı, gövde kuru ağırlığı ve kök kuru ağırlığında artma olduğu gözlenmiştir. Tosunbey çeşidinin 14. gününde ise gövde uzunluğu, kök uzunluğu ve gövde yaş ağırlığında azalma; kök yaş ağırlığı, gövde kuru ağırlığı ve kök kuru ağırlığında artma olduğu belirlenmiştir. Biyokimyasal parametrelerde Sultan-95 çeşidinin 7. gününde toplam protein miktarı ve SOD aktivitesinde azalma; APX ve GR aktivitelerinde artma gözlenmiştir. 14. günde ise SOD ve APX aktivitelerinde azalma; toplam protein miktarında ve GR aktivitesinde artma meydana geldiği gözlenmiştir. Tosunbey çeşidinde ise 7. günde toplam protein miktarında azalma; SOD, APX ve GR aktivitelerinde artış olduğu gözlenmiştir. 14. günde ise toplam protein miktarında ve SOD aktivitesinde azalma; APX ve GR aktivitelerinde ise artış olduğu gözlenmiştir. Gen ifadelerine bakıldığında Sultan-95 çeşidinde MnSOD, FeSOD, CuZnSOD, cAPXI, cAPXII, tAPX, cGR ve chlGR gen ifadelerinin verdiği yanıtta azalma meydana geldiği gözlenmiştir. Tosunbey çeşidinde ise FeSOD, cAPXI, tAPX ve cGR gen ifadelerinde azalma, cAPXII, chlGR, MnSOD ve CuZnSOD gen ifadelerinde artış olduğu gözlenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre, GR24 ön uygulamasının askorbat glutatyon döngüsü enzim sistemini uyararak buğdayda tuza karşı toleransta teşvik edici bir rolünün olduğu söylenebilir.
Fasulye (Phaseolus vulgaris L.) ıslah programında genitör olarak kullanılabilecek genotiplerin ve bazı ticari çeşitlerin ssr ve snp analizleri kullanılarak genetik karakterizasyonu
Fasulye Leguminosae familyasından Phaseolus cinsine ait bir türdür. Fasulye içerdiği protein, A ile C vitamini ve mineral yönünden zengin olması nedeniyle ekonomik öneme sahiptir. Fasulye Dünya genelinde yetiştirilen baklagiller içerisinde en fazla ekim alanına sahip olan baklagildir. Ülkemizdeki fasulye genotip veya populasyonlarının genetik çeşitliliğinin tam olarak ortaya konması gen kaynaklarımız açısından önemli bir yere sahiptir. Bu tez çalışması kapsamında Dünya'da ve Türkiye'nin farklı bölgelerinde ekimi gerçekleştirilen ticari fasulye çeşitlerine ve ıslah materyallerine ait toplamda 94 genotip kullanılmıştır. 10 SSR lokusu (BM141, BM143, BM152, BM160, BM172, GATS91, PV-at002, PV-ctt001, PV-ag001 ve PV-at007) ve 73 polimorfik SNP primeri kullanılarak çeşit ve ıslah hatlarının genetik yapısı incelenmiştir. Çalışmada kullanılan SSR lokuslarının tamamı polimorfik olarak saptanmıştır. Analiz edilen 94 örnekte 10 SSR lokusu için toplam 89 allel saptanmıştır. SSR analizi sonucunda lokus başına düşen ortalama allel sayısı (Na=8,9), etkili allel sayısı (Ne=3,731), Shannon Sabiti (I=1,468), gözlenen heterozigotluk (Ho=0,023) ve beklenen heterozigotluk (He=0,654) hesaplanmıştır. Çalışma sonucunda SSR verileri kullanılarak yapılan Bayesian temelli STRUCTURE analizi sonucuna göre 94 fasulye genotipi genetik olarak kendi arasında 3 ana gruba ayrılmıştır. Fasulye genotiplerinin SNP analizi sonucunda genetik benzerlik değerlerine göre elde edilen UPGMA dendrogramına göre 2 ana gruba ayrılmıştır. Elde edilen sonuçlar, çalışılan fasulye çeşitlerinin ve ıslah hatlarının genetik yapıları hakkında önemli bilgiler vermiştir. Bu çalışmanın ışığında elde edilen sonuçlar ile kendi gen kaynaklarımız kullanılarak yeni çeşitler geliştirmeye yönelik ıslah programlarının planlanması mümkün olacaktır. Anahtar kelimeler: fasulye ıslahı, genetik çeşitlilik, Phaseolus vulgaris, SSR, SNP 2019, 82 sayfa
Tohumdan çimlenen Akdeniz defnesi (Laurus nobilis L.) bitkisinin in vitro koşullarda fidan üretimi
Türkiye'nin ihraç ettiği önemli tıbbi ve aromatik bitkilerden olan Akdeniz Defne (Laurus nobilus L.)'si ülke ekonomisi açısından önemli bir yere sahiptir. Yapılan bu tez çalışmasında, Akdeniz Defne'sinde in vitro mikroçoğaltım yapılmadan in vitro koşullarda fidan üretimi amaçlanmıştır. Bu çalışmada kabuğu soyulmuş defne tohumları in vitro ortamda çimlendirilmeye alınmıştır. %60 NaOCl konsantrasyonunda yapılan sterilizasyon denemelerinde kontaminasyona rastlanmazken, en iyi çimlenme oranı (%71,6) %80 NaOCl konsantrasyonunda steril edilen tohumlardan elde edilmiştir. Çimlenen tohumlardan çıkan tepe sürgünler (ilk sürgün) kesilerek yan sürgünlerin gelişmesi sağlanmıştır. Tepe ve yan sürgünler ayrılarak köklendirme ortamına alınmıştır. Köklenme yüzdesi bakımından en başarılı sonuç 1 mg/L IBA içeren WPM (66,7) ve MS (53,3) besin ortamlarından elde edilmiştir. Aynı zamanda köklenme süresi (8,7-9) açısından da en iyi sonuçlar 1 mg/L IBA içeren WPM ile 1 mg/L IBA içeren MS ortamlarından elde edilmiştir. Çalışmanın son aşamasında in vitroda gelişen defne fidanları başarılı bir şekilde dış koşullara aktarılmıştır. Tepe ve yan sürgünlerde yapılan in vitro fidan yetiştirme çalışmasının pratik ve kolay olmasının yanı sıra kısa sürede sonuç alındığı gözlemlenmiştir. Sonuç olarak yapılan bu tez çalışmasıyla in vitro fidan yetiştirme çalışmaları Akdeniz Defnesi'nin ticari anaç ve fidan yetiştiriciliğinde in vitro mikroçoğaltım ve in vivo çelik yetiştirme çalışmalarından daha avantajlı olduğu belirlenmiştir.
Ekmek mayası (Saccharomyces cerevisiae) fabrikası artığı eleküstü mayadan invertaz enzimi üretimi
Bu çalışmada endüstriyel ekmek mayası üretiminde artık olarak açığa çıkan eleküstü mayadan invertaz enzimi üretilmesi amaçlanmıştır. Eleküstü mayadan ekstrakte edilen ve ham enzim olarak tanımlanabilecek, yüksek invertaz aktivitesine sahip ürün (i) püskürtülerek kurutulmuş, (ii) liyofilize ve (iii) sıvı ekstraktı halinde aktivite ölçümüne tabi tutularak (iv) ticari muadili ile karşılaştırılmıştır. Her örnek öncelikle sabit sıcaklık (40°C) ve 4-7 arası değişen pH değerlerinde enzim aktivitesi yönünden incelenmiştir. Bu analizler sonucunda belirlenen optimum pH değeri sabit tutularak bu kez 30-70°C aralığında optimum çalışma sıcaklığının belirlenmesi denemeleri yürütülmüştür. Yapılan çalışmalara göre sıcaklığın sabit tutulduğu pH denemelerinde, tüm ürünlerde optimum pH 4,5 olarak tespit edilmiştir. Ticari invertaz enziminde 3,30 u/ml, püskürtmeli kurutucudan elde edilen üründe 2,90 u/ml, liyofilize üründe 2,91 u/ml ve son olarak sıvı ekstraktta 1,73 u/ml invertaz aktivite değerleri bulunmuştur. Optimum pH 4,5'de ve 30-70°C sıcaklık denemeleri yapılan ürünlerde de optimum sıcaklık 40°C dir. Bu aşamada 60 ve 65°C sıcaklıkların enzimleri etkilediği gözlenmiştir. Buna göre 60 ve 65°C'deki düşük aktivite değerleri sırasıyla 0,43 u/ml, 0,50 u/ml, 0,25 u/ml ve 0,25 u/ml olarak bulunmuştur. Çalışma sonucunda endüstride artık olarak değerlendirilen ve genelde hayvan yemi olarak oldukça ucuz fiyata satışı yapılan bir maddenin invertaz kaynağı olarak kullanılabilme potansiyeline sahip olduğu anlaşılmıştır. Tez çalışması sonucunda, daha ileri saflaştırma basamakları içeren enzim çalışmalarının yapılabilmesi için önemli veriler elde edildiği sonucuna varılmıştır. Elde edilen sonuçlar, ileri çalışamalara ışık tutabilecek niteliktedir. Anahtar kelimeler: Eleküstü maya, invertaz, aktivite
Hayvan hastalıklarının hızlı tespiti için PCR tabanlı moleküler tanı kiti geliştirilmesi: Model çalışma
Bacillus anthracis özellikle otçul hayvanları etkileyen ancak tüm memelilerde etkili olan şarbon hastalığı etmenidir. B. anthracis'in patojenik özelliği pXO1ve pXO2 olmak üzere iki plazmid üzerinde taşınan virülans genlerine dayanmaktadır. pXO1 antraks toksin genlerini üzerinde taşırken pXO2 plazmidi ise bakterinin dış yüzeyinde bulunan ve konak canlının immün sisteminden kaçmasını sağlayan bir kapsül sentezinden sorumlu gen operonunu taşımaktadır. B. anthracis, B. cereus grubu içerisinde yer alan ve çok yüksek monomorfik özellik gösteren bir türdür. Bugüne kadar geliştirilmiş birçok B. anthracis polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) temelli tanı kiti, virülans plazmidleri üzerindeki markör genlerinin tespitine dayanmakta, B anthracis'in B. cereus grubu içerisindeki diğer türlere kromozomal DNA düzeyinde yüksek benzerlik göstermesi sebebiyle çok azı kit içerisine kromozomal DNA markörlerini dâhil etmektedir. Ancak son yıllarda B. anthracis pXO1 plazmidini taşıyan B. cereus suşları keşfedilmiş ve hem pXO1 hem de pXO2 plazmidlerini taşıyan B. cereus suşları Afrika'da büyük insansı maymunlardan izole edilmiştir. Ayrıca pXO2 kapsül genlerini taşıyan B. thuringiensis suşları da mevcuttur. Bu yüzden pXO1 ve pXO2'nin varlığı B. anthracis'i diğer basil türlerinden ayırmakta yetersiz kalmaktadır. Bu çalışmada, pXO1 ve pXO2 plazmidleri üzerinde yer alan virülans genlerinin yanı sıra, B. anthracis'e özgü kromozomal lambdoid profaj bölgesi de hedeflenerek iki farklı multipleks gerçek zamanlı PCR kiti geliştirilmiştir. Bu kitlerden biri tamamen bu çalışmaya özgün olup, saf DNA örneklerinin yanı sıra sahadan elde edilen örneklerde de başarılı bir şekilde kullanılabilecek, yüksek hassasiyete sahip çift aşamalı bağlanma özelliğinde bir prob ile kromozomal bölgenin tespiti sağlanmaktadır. İkinci kit ise literatürde var olan primer ve prob setlerinin bu çalışmaya adapte edilmesiyle oluşturulmuş, alternatif olarak kullanılabilecek bir tanı kitidir. Ayrıca her iki kit için de yanlış negatif sonuçların değerlendirmesinin yapılabilmesi için internal kontrol fragmentleri tasarlanmıştır. Bu çalışma ile iki kitin de optimizasyonu yapılmış ve başarılı bir şekilde dörtlü multipleks düzende çalışabilirliği gösterilmiştir. Aynı zamanda B. anthracis'e genetik olarak çok yakın basil türlerinden oluşan bir panel kullanılarak kitlerin özgüllüğü test edilmiştir.
Kuraklığın bazı mısır genotiplerinde meydana getirdiği fizyolojik ve biyokimyasal değişimlerin drone teknolojisi ile belirlenmesi
Bitki büyüme ve gelişimini etkileyen stres faktörlerinin başında kuraklık gelmektedir. Bu tez çalışmasında, 2019 yılı yaz üretim sezonunda dört farklı mısır genotipi, üç farklı sulama uygulaması konusu altında fizyolojik, biyokimyasal ve uzaktan algılama teknolojileri destekli olarak araştırılmıştır. Kuraklık koşullarının etkisini arttırması ile doğru orantılı olarak bağıl su içeriği (BSİ) azalırken, protein ve molondialdehit (MDA) değerleri artmıştır. Spesifik yaprak alanı (SYA) ve süperoksit dismutaz (SOD) aktivitesi ise kuraklık ile azalma eğilimi göstermesine karşın genotipler arasında farklı yanıtların oluştuğu saptanmıştır. Hidrojen peroksit (H2O2) içeriği ise genotiplerde farklı değerlerde kendini ifade etmekle birlikte kuraklık seviyesindeki artışa paralel olarak değişmiştir. Normalize edilmiş fark bitki indeks (NDVI) değerleri ile verim arasında doğrusal bir ilişki tespit edilmiştir. Tüm sulama konuları ortalaması alındığında en iyi verimin EKP-1 genotipinde olduğu bu genotipi sırasıyla EKP-3, EKP-2 ve EKP-4 genotiplerinin takip ettiği belirlenmiştir. EKP-3 genotipinin kuraklık performansı incelendiğinde biyokütle özellikleri açısından diğer genotiplere göre daha üstün olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışmasında ilk defa uzaktan algılama teknolojisi verileri ile biyokimyasal ve fizyolojik parametreleri ilişkilendirilmiştir. NDVI değeri ile BSİ ve SOD arasında pozitif, protein ve MDA parametreleri arasında ise negatif yönlü bir ilişki olduğu saptanmıştır.
Bazı yerli ve yabancı ekmeklik buğday genotiplerinin genetik yapısının moleküler belirteçler ile belirlenmesi
Buğday, Türkiye'de ve dünyada toplam tarım alanları içerisinde oldukça yüksek bir paya sahip olması ve en temel besin maddelerinin hammaddesini oluşturması nedeniyle, hem geçmişte hem de günümüzde oldukça önem arz etmekte olan stratejik bir bitkidir. Dünyadaki ekilebilir tarım arazilerinin kısıtlı olmasından dolayı, zamanla artacağı öngörülen nüfusun besin ihtiyacını karşılamak ancak birim alandaki verim artışıyla mümkün olacaktır. Verimi artırmanın en iyi yolu ise yeni çeşitlerin ıslah edilmesidir. Islahçılar son yıllarda klasik bitki ıslahında karşılaşılan sorunları aşmak amacıyla genetik karakterizasyon çalışmalarına yönelmişlerdir. Bu tez çalışmasında yerli ve yabancı 96 buğday genotipinde 8 SSR lokusu (Xgwm136, Xgwm160, Xgwm161, Xgwm295, Xgwm312, Barc53, Barc84 ve Barc319) ve 4 ISSR lokusu (UBC811, UBC823, UBC835 ve UBC844) kullanılarak genetik karakterizasyon yapılmıştır. Çalışmada kullanılan SSR lokuslarının 5 tanesi (Barc53, Barc84, Barc319, Xgwm136 ve Xgwm295) monomorfik, 3 tanesi (Xgwm160, Xgwm161 ve Xgwm312) ise polimorfik olarak belirlenmiştir (%37,5). Analizi yapılan buğday genotiplerine ait 8 SSR lokusu için toplam 18 allel tespit edilmiştir. Çalışmada yapılan ISSR analizinde 40 bant belirlenmiş ve 33 bant polimorfik (%82,5) olarak saptanmıştır. Ortalama Shannon Sabiti ISSR=0,112 ve IISSR=0,346 olarak hesaplanmıştır. Ortalama heterozigotluk değeri ise SSR ve ISSR için sırasıyla 0,153 ve 0,246 olarak hesaplanmıştır. Bütün belirteçler bir arada değerlendirildiğinde ortalama polimorfik bilgi içeriği PIC=0,269 olarak hesaplanmıştır. Genetik benzerlik değerleri kullanılarak UPGMA kümelendirme yöntemi ile dendrogram oluşturulmuş ve çalışılan buğday çeşitlerinin 2 ana kümeye ayrıldığı gözlenmiştir. Bu tez çalışması sonucunda elde edilen bilgiler buğdayda genetik çeşitlilik, genetik yapı, ıslah ve çeşit geliştirme üzerine olan diğer çalışmalara, bazı buğday çeşitlerinin ıslah çalışmaları için seleksiyonunun kolaylaştırılması ve ıslah çalışmalarının temelini oluşturması açısından önemli katkılar sağlayacaktır. Çalışma sonucunda genetik olarak birbirine uzak olarak belirlenen genotipler arasında yapılacak melezlemeler ile varyasyon miktarı ve buğday ıslah çalışmasının başarı şansı artırılabilir.
Türkiye eşek populasyonlarında kappa kazein (csn3) ve laktoferrin (ltf) gen polimorfizmlerinin araştırılması
Bu çalışmada, Türkiye eşek populasyonlarında kappa kazein (CSN3) ve laktoferrin (LTF) genlerinde varyasyon, PCR-RFLP ve DNA dizi analizi yöntemleri kullanılarak araştırılmıştır. Türkiye'nin farklı bölgelerinden 108 bireye ait genomik DNA'lar materyal olarak kullanılmıştır. CSN3 (235 bp) ve LTF (750 bp) genlerindeki polimorfizmlerin belirlenmesi amacıyla, PstI, EagI, DraII, MboI restriksiyon enzimleri kullanılarak RFLP analizi yapılmıştır. CSN3/PstI, LTF/DraII ve LTF/MboI lokusları tüm örnekler için monomorfik bulunmuştur. LTF geninin EagI restriksiyon enzimi ile kesimi sonucunda; GG homozigot (666, 84 bp), AG heterozigot (750; 666, 84 bp) ve AA homozigot (750 bp) olmak üzere üç genotip belirlenmiştir. LTF geninin 89. nükleotidinde Guaninden Adenine olan tek nükleotid değişimi farklı genotiplerin oluşmasını sağlamıştır. Bu tek nükleotid polimorfizmi eşeklerde ilk kez tanımlanmıştır. Elde edilen sonuçlara göre, çalışılan tüm eşek populasyonlarında G alleli, LTF/EagI lokusunda dominant bulunmuştur. Bu çalışmada, ele alınan populasyonlar LTF-EagI lokusu bakımından Hardy–Weinberg genetik dengesinde bulunamamıştır (P<0,05). CSN3 ve LTF genleri Türkiye'deki eşek populasyonlarında daha önce çalışılmadığından dolayı bu sonuçlar ilk olma özelliğindedir.
İkame yemlerle beslenen bal arısı kolonilerinden hasat edilen arı sütlerinin verim ve bazı kalite özelliklerinin incelenmesi
Arı sütü birçok ülkede apiterapi, sağlıklı gıda ve kozmetikte kullanılmaktadır. Bilim insanları ve arıcılar, bal arısı kolonilerinden daha yüksek verim ve kalitede arı sütü üretecek teknikleri geliştirmeye çalışmaktadırlar. Bu çalışmada, bal ve polen ikamesi beslemesinin, arı sütü üretim verimi üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Ayrıca, arı sütü 10- hidroksi-2-deconoik asit (10-HDA), protein ve pH'ın özellikleri, polen, bal ikame ile beslenen ve beslenmeyen grupların arasındaki farklılıkları anlamak için analizler yapılmıştır. Beslenmeyen koloniler (A Grubu) için ana arı yüksüğü başına ortalama arı sütü verimi, 420 mg iken 10-HDA, protein ve pH içeriği sırasıyla %2,40 %14,06 ve %4,20 olarak bulunmuştur. Şeker şurubu ile beslenen kovanlar için (Grup B) bu değerler 470 mg; %2,51, %12,88, %4,25 ve şeker şurubu + polen ikamesi (Grup C) ile beslenen kovanlar için 530 mg; %4,05, %13,13 ve %4,18 olarak bulunmuştur. İstatistik analizler sonucunda , ikame beslemenin ortalama verim miktarları ve 10-HDA üzerinde etkisi önemli bulunmuştur. Araştırma sonuçlarına göre, ana arı yüksüklerindeki ortalama arı sütü miktarları üç bal arısı kovanı besleme grubunda anlamlı olarak farklı bulunmuştur (p <0.05). Şeker şurubu + polen ikamesi (Grup C) ile beslenen kovanlar, ana arı yüksüklerine beslenmeyen (A Grubu) ve şeker şurubu (Grup B) ile beslenen kovanlara kıyasla daha fazla miktarda arı sütü doldurulmuş ve aralarında önemli ölçüde fark bulunmuştur. Çalışmada, şeker şurubu + polen ikamesi ile beslenen kovanlardan elde edilen arı sütlerindeki 10-HDA içeriği şeker şurubu ile beslenen ve beslenmeyen kovanlara göre neredeyse iki kat daha fazla bulunmuştur. Protein ve pH değerlerinde gruplar arasında önemli fark bulunamamıştır.
Dana eti miyofibriler proteinlerinin fonksiyonel özellikleri üzerine bazı et katkı maddelerinin etkilerinin araştırılması
Et endüstrisinde, et ve et ürünlerinin üretim aşamalarında proteinler büyük rol oynar. Proteinlerin yapısal ve fonksiyonel özellikleri ürünün son halini etkilemektedir. Bu nedenle proteinlerin özelliklerden maksimum derecede faydalanarak mükemmel ürünü elde etmek, et endüstrisinin amacıdır. Proteinlerin emülsiyon kapasitesi, su tutma kapasitesi, yağ tutma kapasitesi, köpürme gibi fonksiyonel özelliklerini iyileştirmek üzere çok sayıda çalışmalar yapılmıştır. Bu çalışmada, tuz (NaCl) ve fosfat (PO43- ) ortamında, farklı pH´larda miyofibriler proteinlerin fonksiyonel özelliklerinin nasıl etkilediği araştırılmıştır. Çalışmada kullanılan protein, tuz ve fosfat miktarları, et endüstrisinde ürünlerin üretiminde bulunan ve kullanılan miktarlara göz önünde bulundurularak hesaplanmıştır. Proteinlerin, izole edildikten sonra kalitatif olarak değerlendirilmesi SDS-PAGE jel elektroforezi kullanılarak yapılmıştır. Proteinlerin fonksiyonel özelliklerinden; emülsiyon aktivitesi ve stabilitesi, köpük kapasitesi ve stabilitesi, su tutma kapasitesi ve yağ tutma kapasitesi incelenmiştir. Emülsifiye edici özelliklerine bakıldığında, kontrol gubunun (sadece protein) sonuçları; EAİ (emülsiyon aktivite indeksi) 4,98 m²/g ve ESİ (emülsiyon stabilite indeksi) 128,3 dakika olarak saptanmıştır. Protein, NaCl ve fosfat kombinasyonunda, EAİ için pH 10´da 8,51 m²/g protein en yüksek olarak bulunmuştur. En yüksek ESİ sonucu ise, protein ve tuz kombinasyonunda pH 8´de 230,8 dakika bulunmuştur. Su tutma kapasitesine bakıldığında, kontrol gubunun sonucu, 0,8 ml su/g protein olarak saptanmıştır. Protein ve fosfat kombinasyonu ile en yüksek sonuç, pH 6 ve pH 8´de 1,9 ml su/ g protein bulunmuştur. Yağ tutma kapasitesi için, kontrol gubunun sonucu 5,4 ml yağ/ g protein olarak saptanmıştır. En yüksek sonuç, protein ve fosfatın bulundukları ortamda, pH 6´da 8,3 ml yağ/g protein olarak bulunmuştur. Köpük özelliklerine bakıldığında, kontrol grubunun sonuçları, köpük kapasitesi (FC) %40 olarak saptanmış ve köpük stabilitesi (FS) %20 olarak bulunmuştur. Protein, tuz ve fosfatın bulunduğu ortamda, en yüksek FC pH 10´da %90 olarak bulunmuştur. En yüksek FS sonucu, protein ve tuz/ protein ve fosfat ortamlarda, pH 4´te %100 olarak bulunmuştur. Tuz ve fosfat, katkı maddeleri olarak eklendiklerinde, miyofibriler proteinlerin fonksiyonel özelliklerini önemli ölçüde geliştirdikleri saptanmıştır.
Dış koşul ve In vitro koşullarda yetişen sarı kantaron (Hypericum perforatum L.) bitkisinin fitokimyasal içeriğinin karşılaştırılması
Sarı Kantaron (Hypericum perforatum L.), yüksek fitokimyasal içeriği ile farmasötik alanda kullanılan önemli tıbbi aromatik bir bitkidir. Gerçekleştirilen bu çalışma kapsamında; araziden toplanan sarı kantaron bitkisinin yaprak ve nod kısımları kullanılarak; in vitro koşullarda öncelikli olarak uygun sterilizasyon yöntemi belirlenmiştir. Daha sonra steril eksplantlardan sürgün ve kallus rejenerasyonlarının gerçekleştirilmesi, devamında ise in vitro koşullarda elde edilen bitkisel materyaller ile dış koşullarda yetişen bitkilerin fitokimyasal içeriğinin karşılaştırılması çalışılmıştır. Araştırmada her iki eksplant türü için de iki farklı sterilizasyon yöntemi denenmiştir. En yüksek sterilizasyon başarısı, ön yıkama yapıldıktan sonra %70'lik (v/v) etil alkolde 1 dk, ardından %35'lik (v/v) çamaşır suyu çözeltisinde 3 dk bekletilmesi ile elde edilmiştir. Bu şekilde her iki eksplant türü içinde %100 sterilizasyon başarısı elde edilmiştir. In vitro sürgün kültürlerinin kurulmasında ise farklı konsantrasyonlarda BAP ve NAA içeren 6 farklı ortam kullanılmıştır. En iyi sürgün gelişim yüzdesi ve ortalama sürgün sayısı 0,5 mg/L BAP ve 2,5 mg/L NAA ile desteklenmiş olan MS besin ortamından elde edilmiştir. Yaprak eksplantı için sürgün gelişimi %100 ve ortalama sürgün sayısı 5,53 olarak bulunmuştur. Nod eksplantı için ise %80 sürgün gelişimi görülürken ortalama sürgün sayısı 4,33 olarak tespit edilmiştir. Kallus kültürlerinin kurulması için dört farklı ortam kullanılmıştır. En yüksek yaş ve kuru ağırlık 1,0 mg/L NAA ile desteklenmiş MS besin ortamından elde edilmiştir. Köklendirme çalışmasının verilerine göre en iyi besin ortamı 0,2 mg/L IBA ile desteklenmiş ortamdır. Çalışmanın devamında dış koşul bitkileri ile in vitro sürgünlerin ve gelişen kallusların fitokimyasal içerikleri uçucu bileşenler açısından karşılaştırılmıştır. Dış koşullarda yetişen bitkilerde en çok cis-Osimen (%13,62) bileşeni tespit edilmiştir. In vitro sürgünlerde en çok 1-[3-methyl-3-(4-methyl-3-pentenyl)oxiranyl]- Ethanone (%22,63) tespit edilmiş olup, terpen ve terpen türevlerinden ise en çok Nerolidol Z ve E (%19,96) bileşenin bulunduğu görülmüştür. Kalluslarda ise en fazla bulunan bileşenin 1,3,5-Cycloheptatriene (%12,14) olduğu görülmüş, Farnesane (%7,94) en çok bulunan terpen bileşeni olarak tespit edilmiştir. Uçucu bileşenler açısından en değerli grup olan terpen türevi bileşikler açısından değerlendirildiğinde dış koşul bitkilerinde %40,84, in vitro sürgünler için %35,36 ve kalluslarda %29,39 değerleri elde edilmiştir. Yapılan bu çalışma literatüre katkı sağlayarak çalışmanın devamı olan hücre süspansiyon kültürlerinin kurulmasına ışık tutacaktır. In vitro çalışmaların optimize edilmesi ile özel bir etken madde üzerinde bundan sonra yapılması planlanan araştırmalara kaynak oluşturacaktır.
İkame yemlerle beslenen bal arısı kolonilerinden hasat edilen erkek arı larvalarının bazı kalite özelliklerinin incelenmesi
Türkiye'de son yıllarda "apiterapi" kavramının kimlik kazanmasıyla beraber, fonksiyonel arı ürünlerine ilgi artmıştır. Apilarnil, arıcılar tarafından fazla bilinmeyen, yeni bir arı ürünü olarak değerlendirilebilir. Bu çalışmada, farklı ikame yemler ile beslenen kolonilerden elde edilen apilarnillerin bazı fiziko-kimyasal özellikleri ve farklı ikame yemlemenin apilarnil üretimi üzerine etkisi araştırılmıştır. Çalışma 100 koloni içerisinden, birbirine eşit yavru durumlarında ve koloni güçleri bakımından denk olan 12 adet koloni üzerinde yürütülmüştür. Tesadüfi olarak 3 gruba ayrılan koloniler, kontrol grubu (A), bal ikame ile beslenen grup (B) ve protein ikame yemi ile beslenen grup (C) olarak ayrılmıştır. Deneme sonunda gruplara göre kolonilerden elde edilen tek erkek arı larvaları (apilarnil) arasında istatistiki olarak fark bulunmazken (p<0.05), elde edilen toplam apilarnil miktarları arasında, kontrol (A) grubu ile protein ikame yemi ile beslenen grup arasındaki fark istatistiki olarak önemli bulunmuştur (p>0.05). Bal ikame (B),kontrol (A) ve protein ikame yem ile beslenen (C) grubu arasında fark bulunmamıştır. Elde edilen toplam apilarnil miktarları gruplara göre sırasıyla 214,2 gr, 312,38 gr, 399,9 gr olarak bulunmuştur. Araştırmada ayrıca elde edilen apilarnillerin gruplara göre nem, protein, yağ ve şeker oranları analiz edilmiştir. Nem, protein, yağ ve şeker oranları sırasıyla kontrol grubu için % 76, % 12,9, % 5,8 ve % 5,0; bal ikame grubu için sırasıyla; % 76,3, % 10,7, % 5,5, % 7,4 olarak bulunmuştur. Protein ikame yemi ile beslenen grup için sırasıyla % 76,6, % 14,1, % 4,8, % 4,4'tür. Bu tez çalışmasında elde edilen bulgulara göre, Apilarnil üretiminin artırılması üzerinde kolonilerin protein ikame yem ile beslenmesinin etkili olduğu görülmüştür. Anahtar kelimeler: Apilarnil, Erkek Bal Arısı Larvası, İkame Yem, Apiterapi
Kum zambağı (Pancratium maritimum L.)' 'nın DNA içeriğinin belirlenmesi ve in vitro mikroçoğaltımı
Bu çalışmada Kırklareli İli İğneada Beldesi'nden toplanan tıbbi ve süs bitkisi olarak bilinen kum zambağı (Pancratium maritimum L.) bitkisinin tohumları materiyal olarak kullanılmıştır. İlk aşamada çekirdek DNA içerik analizleri, Flow sitometri (PARTEC) cihazı kullanılarak yapılmıştır. Araştırma sonuçlarına göre ortalama 2C çekirdek DNA içerikleri 58.52±1.065 pg ile 60.34±1.834 pg arasında değiştiği belirlenmiştir. İkinci aşamada dış kabuklarından ayrılan kum zambağı tohumları % 60 ticari çamaşır suyu çözeltisinde 15 dakika yüzey sterilizasyonuna tabii tutularak in vitro koşullarda 0MS besi ortamında 15 gün içerisinde başarılı bir şekilde çimlendirilmiştir. 60 ile 90 gün arasında gelişen 80 bitkicikten 4 farklı eksplant (soğan, bazal tabaka, boğum ve yaprak) ayrılmıştır. İn vitro soğancık oluşturmak için eksplantlar 4 farklı bitki besi yeri içeren MS ortamında kültüre alınmıştır. Kavanoz ve eksplant başına en iyi soğancık gelişimi 8.00±2.64 ve 1.6±0.53 ile bazal tabaka eksplantından ve 1 BAP+0,5 2.4,D içeren MS besin ortamından elde edilmiştir. Elde edilen soğancıkların %50'si (toplam 9 bitki) sağlıklı bir şekilde dış koşula aktarılmıştır. Yapılan çalışmalar sonucu in vitro şartlarında gelişen kum zambağı soğancıklarının aklimatizasyon süresi ve dış koşula alışma süreci zor ve zaman alıcı olarak belirlenmiştir. Tüm zorluklara rağmen şimdiye kadar çalışılmayan bazal tabaka eksplantında başarılı sonuçlar elde edilmiştir ve Çalışma sayesinde bölgede nesli tükenme tehlikesi altında olan bitkinin biyoteknolojik yöntemler ile yetiştirilebilmesi gerçekleştirilmiştir. Anahtar kelimeler: Kum zambağı, Pancratium maritimum L., DNA, Soğancık, Mikroçoğaltım
Kırklareli bal arısı populasyonlarında (Apis mellifera L.) mtDNA COI ve ND5 gen bölgelerinde PCR-RFLP analizi ile genetik çeşitliliğin belirlenmesi
Bu araştırmada, Kırklareli bal arısı populasyonlarını temsil eden bal arıları mitokondriyel genomda COI ve ND5 gen bölgeleri temelinde incelenmiştir. Apis mellifera populasyonlarının tanımlanmasında restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (RFLP) yönteminden faydalanılmıştır. Bu çalışmada, Türkiye'nin Kırklareli bölgesinde bulunan bal arısı populasyonları COI ve ND5 gen bölgelerinde PCR-RFLP yöntemi ile NcoI, SspI, StyI, AluI, HincII, FokI restriksiyon enzimleri kullanılarak incelenmiştir. Kırklareli ilini temsil eden bal arısı populasyonlarının yanı sıra Tekirdağ yöresinden de olmak üzere toplam 117 adet işçi arı örnekleri materyal olarak kullanılmıştır. Bu çalışmada, COI gen bölgesinin NcoI enzimi ile kesimi sonucunda farklı varyasyon ve mutasyon noktaları tespit edilmiştir. COI/NcoI kesiminde G→A transizyonu sonucu CCATGG şeklinde olan DNA dizisi CCATGA şeklinde yeni bir kesim noktası oluşturmuştur ve bu haplotip C haplotipi olarak adlandırılmıştır. COI/SspI kesimi sonucu daha önce literatürde bildirilen C haplotipi tespit edilmiştir. COI/StyI enzimi ile muamele sonucunda G→A transizyonu sonucu, CCWWGG şeklinde olan DNA dizisi, CCWWGA şekline dönmüş ve literatürde daha önce bildirilen kesim noktası ve B haplotipi tespit edilmiştir. ND5/AluI restriksiyon enzimi ile kesim sonucu tüm örneklerde C haplotipi elde edilmiştir. ND5/FokI ve ND5/HincII enzimleri ile incelenen tüm populasyonlarda kesim tespit edilememiş ve tek bir bant profili sonucu B haplotipi oluştuğu görülmüştür.
Bazı canavar otu popülasyonlarının moleküler belirteçler ile genetik karakterizasyonu
Orobanche cumana Wallr. (canavar otu) başta ayçiçeği bitkisi (Helianthus annuus L.) olmak üzere tarım yapılan arazilerde çok büyük verim kayıplarına neden olan parazitik bir bitkidir. Ayçiçeği tarlalarında hızlı bir şekilde bulaşıklığa neden olabilen O. cumana'da yapılan genetik karakterizasyon çalışmaları sınırlıdır. Bu tez çalışmasında Edirne, Kırklareli, Tekirdağ ve Adana illerinden örneklenen orobanş popülasyonlarına ait tohumlar ile canavar otuna hassas Özdemirbey ayçiçeği çeşidi kullanılarak bitkilerin yetiştirilmesi sağlanmıştır. Orobanş popülasyonlarının genetik karakterizasyonu ve genetik çeşitliliğinin belirlenmesi için sekiz mikrosatellit (SSR) lokusu (Ocum-52, Ocum-70, Ocum-81, Ocum-87, Ocum-108, Ocum-141, Ocum-160 ve Ocum-196) kullanılmıştır. Çalışmada kullanılan sekiz SSR lokusunun tamamı polimorfik olarak bulunmuştur. Analiz edilen 146 örnekte 22 allel gözlenmiştir. Genetik çeşitlilik parametreleri; Na=2,016 (lokus başına düşen ortalama allel sayısı), Ne=1,404 (ortalama etkili allel sayısı), I=0,386 (ortalama Shannon Sabiti), Ho= 0,199 (ortalama gözlenen heterozigotluk), He=0,241 (ortalama beklenen heterozigotluk) ve PIC=0,199 (ortalama polimorfik bilgi içeriği) hesaplanmıştır. Yapılan AMOVA (Moleküler varyans analizi) sonucunda popülasyonların genetik çeşitliliğinin %53 oranında popülasyon içerisinde olduğu bulunmuştur. UPGMA yöntemi kullanılarak oluşturulan dendrograma ve STRUCTURE analizine göre popülasyonlar 2 gruba ayrılmıştır. 1. grupta AE2003, AD2018, T2018, MT2013, LE2013 ve K2019 popülasyonları yer alırken, 2. grupta LK2013 ve HT2016 popülasyonları yer almıştır. Elde ettiğimiz sonuçlar çalışılan popülasyonlar hakkında önemli genetik çeşitlilik bilgilerine ulaşmamızı sağlamıştır, ulaşılan bilgiler planlanacak olan yeni çalışmalar için önemli katkılar sağlayacaktır.
Ölmez otu (Helichrysum italicum (Roth) g. Don) bitkisinin in vitro mikroçoğaltımı
Güney Marmara ve Ege bölgesinde yayılış gösteren ölmez otu bitkisi (Helichrysum italicum (Roth) G. Don) kurak ve yarı kurak bölgelerde yetiştirilebilmektedir. Ayrıca zengin uçucu yağ ve sekonder metabolit içeriğinden dolayı geleneksel tedavi yöntemleri dahil modern tıp ve kozmetik alanında önemli bir yere sahiptir. Bitkilerin in vitro koşullarda sürgün rejenerasyonu yoluyla çoğaltılması birçok bitki türünde başarı ile yapılmış olmasına rağmen, ölmez otunda doku kültürü üzerine yapılan çalışmalar oldukça sınırlıdır. Bu çalışmanın amacı, ölmez otu bitkisinde doku kültürü çalışmasının optimizasyonunun yapılması ve bir sonraki in vitro, moleküler ve sekonder metabolit çalışmalarına zemin sağlamaktır. Bunun yanı sıra bölgede kültür tarımı için sağlıklı ve hastalıksız fide üretimi yönteminin optimize edilerek bitkiyi tanıtmaktır. Eksplantların sterilizasyon aşamasında üç farklı (%15, %25 ve %35) çamaşır suyu konsantrasyonu 10 ve 20 dk süre ile denenmiştir. En başarılı sonuç 10 dk %35 çamaşır suyu içeren ortamdan elde edilmiştir. Steril edilen eksplantlar sürgün rejenerasyonu için BAP, GA ve NAA bitki büyüme düzenleyicileri içeren MS ve Gamborg B5 besin ortamlarına aktarılmıştır. Eksplantlarda en iyi rejenerasyon 0,5 mg BAP, 1mg/L GA ve 0,2 NAA içeren MS ortamında elde edilmiştir. Gamborg B5 içeren denemelerde herhangi gelişim gözlenememiş olup eksplantlarda vitrifikasyon ve kararma oluşmuştur. Dört hafta sonunda 3 cm uzunluğa ulaşan sürgünler köklendirme ortamlarına (0 MS, 0,5 mg IBA, 1 mg IBA, 1,5 mg ve 2 mg IBA içeren MS ve ½MS) alınmıştır. Hazırlanan tüm ortamlarda dört hafta içerisinde %100 köklenme görülmüştür. Mikroçoğaltım çalışmaları sonucu üç ay içerisinde köklenmiş bitkiler aklimatizasyon aşamasına alındıktan sonra seradaki saksılara ve bir ay sonra tarlaya aktarılmıştır.
Farklı hücre senkronizasyon yöntemlerinin erken ve geç pasaj sayılarındaki sığır ve koyun hücreleri üzerindeki etkilerinin incelenmesi
Donör hücrelerin hücre döngüsü aşaması, nükleer transfer embriyolarının gelişim yeteneğini etkileyen önemli bir faktördür. G0/G1 aşamaları nükleer transferde en uygun hücre döngüsü aşaması olarak kabul edilmektedir. Bu çalışmada, sığır ve koyunlardan alınan granüloza hücreleri erken (5.) ve geç (15.) pasajlarda analiz edilmektedir. Deney grupları, aktif olarak bölünen hücrelerden, 24/72 saat konfluent (%10 FBS) ve 24/72 saat serum açlığı (%0.5 FBS) uygulanan hücrelerden oluşmaktadır. Hücre döngüsü fazları, GO/G1, S ve G2/M'deki hücre yüzdeleri hücrelerin propidyum iyodür, hücre canlılığı, apoptoz/nekroz hücre yüzdeleri hücrelerin propidium iyodür ve Annexin V-FITC ile boyanması sonrasında akış sitometri cihazında belirlenmiştir. Uygulama gruplarında 24/72 saat konfluent hücrelerde G0/G1 oranı %78.69-%87.58 arasında, 24/72 saat serum açlığı uygulanan hücrelerde G0/G1 oranı %83.02 %96,16 arasında değiştiği görülerek kontrol grubundan (%68,22-76,97) yüksek bulunmuştur (P<0.05). Analiz bulgularına göre erken ve geç apoptotik hücrenin toplam oranının %1.17 %4.42 arasında, nekroz hücrelerin %1.41-%6.46 arasında değiştiği tespit edilmiştir. Koyun 15th pasaj hariç en iyi senkronizasyon serum açlığı deney gruplarından elde edilmiştir. Koyun 15th pasaj uygulama grupları arasında istatiksel olarak fark bulunmamıştır (P<0.05).
Bazı yerli koyun ırklarında fekundite ile ilgili gen bölgelerinin moleküler karakterizasyonu
Kemik Morfogenetik Protein Geni 15 (BMP15) ve Büyüme Farklılaşma Faktörü 9 (GDF9) gibi genlerin bazı koyun ırklarında çoklu doğum (fekundite) ile ilişkili oldukları yapılan çalışmalar sonucunda tespit edilmiştir. Bu çalışmada bazı yerli koyun ırklarında (Kıvırcık, Karacabey Merinosu, Sakız, Gökçeada, Çine Çaparı, İvesi ve Karakaçan ırklarında) BMP15 ve (Kıvırcık, Karacabey Merinosu ve Sakız ırklarında) GDF9 gen bölgeleri, DNA dizi analizi yöntemi ile incelenmiştir. BMP15 Ekzon2 bölgesinde bir adet aminoasit değiştirmeyen (sinonim) P248P (Prolin/Prolin) ve bir adet aminoasit değiştiren L251P (Lösin/Prolin) olmak üzere iki farklı noktada Tek Nükleotid Polimorfizmi (SNP) saptanmıştır. GDF9 Ekzon1 bölgesinde bir adet aminoasit değiştiren R87H (Histidin/Arginin), GDF9 Ekzon2 bölgesinde iki farklı noktada aminoasit değiştiren E241K (Glutamat/Lizin) ve V332I (Valin/İzolösin) ve iki adet aminoasit değiştirmeyen L159L (Lösin/Lösin) ve E326E (Glutamat/Glutamat) olmak üzere 5 adet SNP tespit edilmiştir. GDF9 gen bölgesinde bulunan SNP'ler ile yapılandırılan haplotiplerin yüksek D' (bağlantı dengesizliği) değerine sahip olduğu ve çalışılan ırklarda E326E ve V332I varyantların birlikte görülmelerinden dolayı aralarında tam korelasyon olduğu belirlenmiştir. Sakız ırkında E326E ve V332I varyantlarının heterozigot frekansları Kıvırcık ve Karacabey Merinosu ırklarına oranla yaklaşık üç kat daha fazla olduğu tespit edilmiştir. E326E ve V332I varyantları Kıvırcık, Karacabey Merinosu ve Sakız ırklarında sırasıyla 0,08, 0,13 ve 0,46 olarak tespit edilmiştir. Sakız ırkının E326E ve V332I varyantlarında diğer ırklara oranla yüksek heterozigotluk frekansı göstermesi, bu varyantların çoklu doğum özelliği ile ilişkili olduğunu düşündürmekte ve sonraki çalışmalarda bu varyantlara yoğunlaşılması önerilmektedir.
Sivas (Hafik, Olukbaşı) bölgesinde yayılış gösteren Helichrysum arenarium (L.) Moench (altın otu) bitkisinin kuraklık stresine göstermiş olduğu antioksidan savunma sistemi temelli yanıtlar
Tıbbi ve aromatik özelliğe sahip olan Helichrysum arenarium (L.) Moench (altın otu) bitkisinin kuraklık stresi altında göstermiş olduğu morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal çalışmalar literatürde bulunmamaktadır. Helichrysum türleri geleneksel halk hekimliğinde kullanılan ve günümüzde de modern tıpta kullanılmaya devam eden tıbbi aromatik özellikte bitkiler olarak bilinmektedir. Reaktif oksijen türleri ve diğer serbest radikallerin oluşumu engellemeye yönelik aktivitelerinden dolayı doğal antioksidan olarak görülmektedir. Bu amaçla, Sivas bölgesinden toplanan altın otu bitkisinde çimlenme ve erken gelişim döneminde kuraklık stresine göstermiş olduğu morfolojik, fizyolojik ve antioksidan savunma sistemi temelli yanıtlar belirlenmeye çalışılmıştır. Kontrollü koşulların sağlandığı iklimlendirme odalarında, petri kaplarında büyütülen altın otu tohumları PEG-6000 ile (%0-30) kuraklık stresine maruz bırakılmıştır. Altın otu bitkilerinin erken gelişme döneminde PEG-6000 (%0-15) uygulamalarının büyüme parametreleri, yaprak su içeriği (YSİ), tiyobarbitürik asit reaktif maddelerinin (TBARS), hidrojen peroksit (H2O2) miktarı ve antioksidan enzim aktivitelerinde (süperoksit dismutaz (SOD), katalaz (CAT), askorbat peroksidaz (APX), glutatyon redüktaz (GR)) meydana gelen değişimler incelenmiştir. Çimlenme çalışmasında altın otu tohumlarının PEG %20 ve PEG %30 ortamlarında çimlenemediği, erken gelişme döneminde ise PEG %15 uygulamasının fidelerin gelişimi üzerinde ciddi bir baskılanmaya neden olduğu belirlenmiştir. Kuraklık uygulamasının (PEG %5 ve PEG %10) altın otu bitkilerininin büyüme parametreleri, YSİ, CAT ve GR seviyesinde azalmaya, TBARS, H2O2, SOD ve APX değerlerinde ise artışa neden olmuştur. Altın otu bitkilerinde kuraklık şiddeti arttığında büyümenin baskılanmasına karşın antioksidan enzimlerinden APX ve SOD aktivitelerinin arttığı ilk kez bu tez çalışmasıyla ortaya konmuştur. Anahtar Kelimeler: Altın otu, Kuraklık, Stres, H2O2, Antioksidan Savunma Sistemi
Bazı yerli ve yabancı ekmeklik buğday genotiplerinde kahverengi pasa dayanıklılığın moleküler belirteçler ile belirlenmesi
Geçmişten günümüze buğday insan beslenmesinde önemli bir besin maddesi olmuştur ve gelecekte de bu önemini korumaya devam edecektir. Buğdayın; adaptasyon yeteneğinin yüksek, işlemesinin kolay ve az maliyetli olmasından dolayı dünyanın birçok bölgesinde üretimi gerçekleştirilebilmektedir. Geniş alanlarda yayılış göstermiş olan buğday, sadece insan beslenmesinde değil hayvan beslenmesinde ve endüstri alanında da kullanılmaktadır. Birçok alanda kullanılan buğdayın gelecekteki talebi karşılayabilmesi için verim kayıplarının önüne geçilmesi ve birim alandan elde edilen veriminin arttırılması gerekmektedir. Buğdayda verim kayıplarının nedenlerinden biri de kahverengi pas hastalığıdır. Bu kayıpların engellenebilmesi ve verimin arttırılabilmesi için yeni çeşitlerin ıslah edilmesi gerekmektedir. Çeşitlerin ıslahında, moleküler destekli ıslah ile klasik ıslah metotlarının birlikte kullanılması daha etkili ve hızlı sonuçlar alınmasını sağlayabilmektedir. Yapılan tez çalışmasında buğdayda kahverengi pas dayanıklılık geni olan Lr gen bölgelerinden; Lr1, Lr9, Lr10, Lr13, Lr14a, Lr19, Lr21, Lr22a, Lr24, Lr34, Lr35, Lr37, Lr39, Lr46, Lr47, Lr49 ve Lr58 gen bölgeleri çalışılmıştır. Çalışma da PCR optimizasyonu sağlanan Lr13, Lr14a, Lr19, Lr22a, Lr24, Lr34, Lr37 ve Lr47 gen bölgeleri ile 96 buğday genotipi kahverengi pasa dayanıklılık açısından test edilmiştir. Çalışmadan elde edilen verilerin kahverengi pasa dayanıklılık genleri içeren çeşitlerin buğday ıslah programlarında kullanılmasına önemli bilgiler sağlayacağı ve etkili ıslah programlarının oluşturulmasında önemli paya sahip olacağı düşünülmektedir.
Akarisitlerin bal arısı gastrointestinal sisteminde yaşayan bazı bakteri türlerine etkisi
Varroa akarı dünya üzerinde, arıcılık sektöründe önemli ekonomik kayıpların verilmesine neden olmaya devam etmektedir. Akarla mücadelede geliştirilen stratejilerden birisi de kolonilere sentetik akarasit kullanımıdır. Bal arısı mikrobiyotası, patojenlere karşı savunmada, metabolizmanın çalışmasında, verimde, bağışıklık sisteminin, vücudun ve davranışın gelişmesinde önemli rol oynar. Bu tezde bal arısı gastrointestinal sisteminden izole edilen bakteri türlerinin genetik tanımlaması yapılmıştır ve üzerinde akarisitlerin disk difüzyon tekniği ile antimikrobiyal aktivitesi araştırılmıştır. Bu amaçla piyasada bulunan amitraz, flumethrin ve tau-fluvalinate içeren akarisitlerin 1/1, 1/2, 1/4, 1/8, 1/16, 1/32 dozlarının antimikrobiyal aktivitesi istatistiki olarak değerlendirilmiştir. Çalışmalar 3 tekerrür olarak uygulanmıştır. Amitraz, Lactiplantibacillus spp. üzerinde sırası ile 14,96 mm, 14,43 mm, 13,56 mm, 11,46 mm, 10,13 mm, 7,66 mm inhibisyon zon çapı oluşturmuştur. Leuconostoc mesenteroides üzerine sırası ile 17,83 mm, 16,56 mm, 12,93mm, 8,70 mm inhibisyon zon çapı oluşturmuştur. Bifidobacterium spp. üzerinde sırası ile 15,36 mm, 14,43 mm, 13,50 mm, 12,26mm, 10,23 mm inhibisyon zon çapı oluşturmuştur. Amitrazın, Klebsiella aerogenes ve Citrobacter freundii üzerinde herhangi bir antimikrobiyal aktivitesi görülmemiştir. Flumethrin ve tau-fluvalinate içeren akarisitlerin ise test edilen bakterilerin tümünde herhangi bir antimikrobiyal aktivitesi saptanmamıştır. Bu çalışmada, amitraz etken maddeli akarisitlerin bal arısı gastrointestinal sistemindeki bazı laktik asit bakterilerine antimikrobiyal etkisi olduğu tespit edilmiştir. Gelecekte arıcılıkta varroa akarına karşı kullanılan akarisitlerin bal arısı mikrobiyotasındaki etkilerinin daha geniş kapsamda araştırılması, ortaya çıkan olumsuz etkilere karşı yeni stratejilerin geliştirilmesine ışık tutulması gerekliliği görülmektedir. Anahtar Kelimeler:Bal arıları,varroa,bakteri, amitaz, flumethrin,tau-fluvalinate,disk difüzyon
Saccharomyces cerevisiae kaynaklı invertaz enzimi üretimine ultrasonikasyon parametrelerinin etkisinin araştırılması
İnvertaz enzimi bilimsel dilde β-fruktofuranozidaz ya da sükraz olarak bilinmektedir. Hidrolaz sınıfına ait olan bu enzim kaynak olarak hayvan, bitki ya da mikroorganizmalardan yararlanılarak elde edilebilmektedir. İnvertaz enzimi intrasellüler yani hücre içerisinde faaliyet gösteren bir yapıya sahiptir. Protein yapısında olan invertaz enzimi herhangi bir dış faktör olmadıkça tüm faaliyetini hücre duvarından geçemediği için hücre içerisinde gerçekleştirir. Bu çalışmada Saccharomyces cerevisia kaynaklı ekmek mayası fabrikası atığı olan eleküstü mayadan invertaz üretimi gerçekleştirilmiştir. S. cerevisia'dan intraellüler yapıda olan invertaz enzimini üretebilmek için ultrasonikasyon cihazı kullanılarak ses dalgaları yardımı ile hücre yapısına zarar verilmiştir. Elde edilen enzimin protein miktarı ve enzim aktivitesinin maksimum düzeyde olabilmesi için ultrasonikasyon cihazı için süre, güç (amplitüt) ve maya miktarı parametreleri gerçekleştirilen deneylerde araştırılmıştır. Cevap yüzey yöntemi kullanılarak rastgele oluşturulan 20 farklı deneme modeli elde edilmiştir. Gerçkeleştirilen deneyler sonucunda en yüksek protein miktarının 23,92 mg/ml'de, 45 dakika, %70 amplitüt ve % 36,82 gram değerlerinde olduğu, enzim aktivitesinin ise en yüksek olduğu değerlerin 1720 IU/ml, 45 dakika, % 70 amplitüt ve % 36,82 gram olduğu tespit edilmiştir. Çalışmadaki amaç en yüksek protein miktarı ve invertaz enzimi aktivitesine ulaşmaktır. Bu sebeple kullanılan parametre aralıklarında belirlenen model denklemin tahmin başarısını ölçmede daha anlamlı sonuçlar vereceğinden kullanılan paket programda "response optimizer" seçeneği ile en yüksek değerleri sağlayan parametreler belirlenmiştir. Protein tayini optimizasyonu için % 49,5, enzim aktivitesi için %52 başarı sağlanabilmiştir. Anahtar kelimeler: İnvertaz Enzimi, Ultrasonikasyon, Optimizasyon
Bakteriyel kaynaklı termoasidofilik alfa-L-arabinofuranosidaz enzimlerinin in siliko karakterizasyonları
Bu çalışmada, dört termoasidofilik özelliğe sahip bakteriyal alfa-L-arabinofuranosidaz enzimlerinin in siliko karakterizasyonunun yapılması ve bu sonuçlara göre en iyi özelliklere sahip bakteriyal termoasidofilik alfa-L-arabinofuranosidaz belirlenmesi amaçlanmaktadır. Bu amaçla, UniProt/TrEMBL veri tabanında gözden geçirilmemiş alfa-L-arabinofuranosidaz enzimlerinin amino asit dizileri taranmıştır, teorik pI, teorik Tm, alifatik indeks ve instabilite indeks değerlerine dayalı olarak termoasidofilik özelliği en fazla olan dört enzim seçilmiştir. Bu dört enzimin dizi ve yapı düzeyinde analizler yoluyla in siliko karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Analizler sonucunda arabinofuranosidaz enzimlerinin 65°C'nin üzerinde bir Tm sergilediğini göstermiştir. Ek olarak izoelektrik noktaları (pI), 4.57 ila 4.72 aralığına düşmüştür. Bu çalışmada, sırasıyla 70oC ve 6.0 optimum sıcaklık ve pH'da çalışan Geobacillus stearothermophilus Abf enzimi (Q9XBQ3) 5.56'lık bir pl'ye ve 55-65°C'lik bir Tm aralığına sahipken, optimal olarak pH 6.0 ve 60°C'de çalışan (Taylor vd., 2006) Acetivibrio thermocellus'tan (A3DIH0) Arabinofuranosidaz enzimi, 5.43'lük bir pl'ye sahip olduğu gözükmüş ve 55-65°C Tm aralığında olduğu belirlenmiştir. Ayrıca Abf enzimlerinin alifatik indeksleri (85.45-93.41) AbfA ve A3DIH0 ile karşılaştırılabilir düzeyde ve instabilite indeksleri AbfA ve A3DIH0'dan daha düşük çıkmıştır. Dört Abf arasında en büyük alifatik indeks ClAbf'ye ait olduğu belirlenmiştir. Dört enzimin evrimsel ilişkisini bulmak için yapılan filogenetik çalışmada dört Abf enziminin tamamının GH51 ailesi altında kategorize edildiğini ortaya çıkarmıştır. Yapı tahmini için alfafold modeli kullanılmıştır. Tahmini modeller çeşitli araçlar kullanılarak kaliteleri belirlenmiştir. stride aracılığıyla elde edilen Abf modellerinin ikincil yapılarını tasvir edilmiştir yine Procheck grafiğinden elde edilen sonuçlar, Abfs'deki kalıntıların önemli bir yüzdesinin (%89.3 ila %91.1 arasında değişen) en uygun bölgelerde konumlandırıldığını göstermiştir. Arabinofuranosidazlara yönelik alfafold modellerinin genel kalitesi ProSA'nın Z-puanları kullanılarak değerlendirilmiştir. Sonuçlar -9,64 ile -10,62 arasında değişen Z-puanlarını ortaya çıkarmıştır. Verify3D değerlendirmesi, tüm Abf yapılarındaki amino asitlerin %82.63-88.87'si için ortalama 3D-1D puanının ≥ 0,2 olduğunu doğrulamıştır. Abfs, -0.34 ile 0.19 arasında değişen, sıfıra yaklaşan Niteliksel Model Enerji Analizi (QMEAN) puanları sergilemiştir ve bu, yerel yapılara yüksek düzeyde benzerlik olduğunu göstermiştir BANΔIT analizine göre, dört Abf'nin hepsinin B'-faktörü profilleri benzerlikler sergilemiştir. Dört Abf'nin de 21 bölgesindeki (3-23) B'-faktörleri AbfA'ya kıyasla daha düşük olmuştur. Anahtar Kelimeler: in siliko, termoasidofilik, hayvan yem katkısı, arabinofuranosidaz, Endüstriyel enzim
Karayemiş (Prunus laurocerasus L.) bitkisinin ın vıtro doku kültürü optimizasyonu
Karayemiş (Prunus laurocerasus L.), peyzaj düzenlemesinde parlak, koyu yeşil yaprakları ve kokulu beyaz çiçekleri ile süs değeri açısından ünlüdür. Ancak, estetik çekiciliğinin ötesinde, karayemiş, biyolojik önemine katkıda bulunan çeşitli fitokimyasal özelliklere sahiptir. Başlıca fitokimyasallarından biri, amygdalin gibi siyanojenik glikozitlerdir. Ayrıca çeşitli farmakolojik aktiviteler sunan triterpenoidler, flavonoidler, fenolik bileşikler ve tanenler içerir. Karayemişin çoğaltımı, doğal olarak tohum dağılımı yoluyla veya yapay olarak vejetatif çoğaltma yöntemleriyle gerçekleşebilir. Tohum dağılımı, uygun habitatlarda genetik çeşitliliği ve doğal çoğalımı sağlar. Aynı zamanda, in vitro mikroçoğaltma, karayemişin çoğaltılması, korunması ve genetik iyileştirilmesi için önemli avantajlar sunar, sürdürülebilir yetiştirme uygulamalarını ve çeşitli pazar taleplerini karşılamak üzere yeni çeşitlerin geliştirilmesini kolaylaştırır. Bu çalışmada, Kırklareli ilinin Lüleburgaz ilçesinden toplanan Karayemiş (Prunus laurocerasus L.) bitkilerinin sürgün uçlarını kullanarak farklı bitki büyüme düzenleyicileri kombinasyonları ile bitkinin in vitro mikroçoğaltımı amaçlanmıştır. Dış ortam koşullarından toplanan eksplantların sterilizasyon aşamasında civa klorür (HgCl2) kullanılmış ve %0,1 HgCl2 içeren ortamdan 8 dakika sonra başarılı sonuç elde edilmiştir. En iyi çoğaltım sonucu, 1 mg/l BAP, 0,5 mg/l GA3 ve 0,1 mg/l IBA içeren MS ortamından elde edilmiştir. 21 gün sonra 5 cm uzunluğa ulaşan sürgünler köklendirme ortamına aktarılmıştır. Tüm ortamlarda dört hafta içinde köklenme gözlenmiş olup, en güçlü ve uzun kök, 2 mg/l IBA, 0,5 mg/l GA3 ve 0,15 g/l Fe-EDDHA içeren MS 0 ortamından elde edilmiştir. Son olarak, köklenen bitkiler seradaki saksılara aktarılmıştır. Anahtar Kelimeler: Karayemiş, in vitro, Mikroçoğaltım, Köklendirme, Süs Bitkisi, Fe-EDDHA
Anadolu manda rumen metagenom kaynaklı termostabil ksilanaz genlerinin klonlanması
Ksilanazlar, ksilanı parçalayan enzim grubudur. Bu enzimler yem ve hayvancılık, küspenin ağartılması ve tarımsal atıkların biyodönüşümü gibi farklı sektörlerdeki kullanımlarına göre incelenir. Şimdiye kadar Anadolu manda rumen kaynaklı ksilanaz enzim çalışması yapılmamıştır. Bu çalışmada Anadolu manda rumen kaynaklı termostabil ksilanaz genlerinin klonlanmasını gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla, Anadolu manda rumen kaynaklı metagenomik DNA dizileri kullanılarak iki ayrı muhtemel termostabil ksilanaz enzim geni (M68 ve E65) seçilmiştir ve bu genler, önce klonlama vektörüne (pJET 1.2 blunt), ardından ekspresyon vektörüne (pET28a(+)) klonlanmıştır. BLASTp analiz sonucuna göre, M68 ksilanaz enziminin amino asit dizisi, Bacteroidales takımında yer alan bakterilerde görülen ksilanazın gen dizisine en yakın, E65 ksilanaz enziminin ise, Clostridia türleri tarafından üretilen ksilanaz enzimine en yüksek düzeyde benzerlik gösterdiği görülmüştür. Bu çalışma sonucunda M68 ve E65 ksilanaz enzimlerinin, çeşitli endüstriyel alanlarda kullanım potansiyeline sahip oldukları önerilmiştir. PCR analizleri, tasarlanan primerlerin M68 ve E65 genlerine karşı bağlanma sıcaklıklarının, sırasıyla, 60oC ve 54oC olduğunu göstermiştir. Ayrıca, bu analizler sonucunda, M68 geninin 1500 bç'den biraz daha büyük olduğu, E65 geninin ise 1000-1500 bç arasında olduğu tespit edilmiştir. Koloni PCR ve restriksiyon enzim kesimi analizleriyle, her iki genin başarılı bir şekilde klonlandığını göstermiştir. Agar aktivite sonucu, rekombinant E65 enzimini taşıyan klonların ksilanı parçaladıklarını ve ksilanaz enzim aktivitesinin varlığını göstermiştir. Termostabilite analizi E65 enziminin 120 dakika boyunca 70oC'de aktivitesini koruduğunu göstermiştir.
Gıda endüstrisi artıklarının köfte üretiminde kullanılması
Tez çalışmasında; bir gıda işletmesinde ortaya çıkan artık baklagillerden (fasulye, bezelye, nohut, börülce) elde edilerek optimize edilen iki farklı un karışımının köfte üretiminde kullanılması incelenmiştir. Fasulye, nohut ve börülce unu içeren karışım (A) 2,20 ml su /5 g un, fasulye, nohut ve bezelye unu içeren karışım (B) 2,63 ml su/5 g un seviyesinde su tutma kapasitesi göstermiştir. Bu iki karışım köfte reçetesine %2, 4 ve 6 oranında ilave edilerek ürün özellikleri araştırılmıştır. Un ilavesinin çiğ örneklerde nem, kül ve yağ değerleri üzerinde anlamlı bir etki göstermediği (P >0,05), renk değerlerini ise değiştirdiği tespit edilmiştir. Çiğ örneklerin su aktivitesi değerleri un ilavesi ile anlamlı bir değişim göstermemiştir (P >0,05). Her iki un karışımının da artan oranda eklenmesi ile TBA değeri anlamlı bir artış göstermiştir. Özellikle neredeyse tüm un ilaveli örneklerin kontrol örneğinden yüksek (P <0,05) TBA değerine sahip olduğu tespit edilmiştir. Araştırma sonuçlarına göre genel olarak un ilavesinin pişmiş örnek renk değerleri üzerinde farklılaşma yarattığı ve bu farkın depolama günü ilerledikçe daha da belirgin hale geldiği anlaşılmıştır. Pişmiş örneklerde protein miktarları %21,67-22,41 arasında tespit edilmiş olup un ilavesi pişmiş örneklerde protein miktarını anlamlı şekilde değiştirmemiştir (P >0,05). Duyusal analiz sonuçlarına göre un ilaveli tüm örneklerin kontrol örneğine göre daha yüksek skorlar aldığı görülmüştür.
Okaliptüs (eucalyptus globulus ve eucalyptus camaldulensis DEHNH) bitki türlerinin ın vitro koşullarda klonal çoğaltılması
Okaliptüs (Eucalyptus globulus ve Eucalyptus camaldulensis DEHNH) ekonomik ve endüstriyel öneme sahip ağaç türleridir. Okaliptüs bal üretiminde nektarı ve poleni için yetiştirilmekte olup, ilaç sanayi, kozmetik ve kağıt sanayinde önemli bir potansiyele sahiptir. Okaliptüs fidelerinin çoğaltılmasında düşük tohum çimlenmesi, çeliklerden zayıf vejetatif çoğalma, uyuşmazlık ve zayıf aşılama önemli sorunlardır. Mikroçoğaltım yöntemi, okaliptüs türlerinin vejetatif çoğaltımı için değerli bir alternatif yöntemdir. Edinen sonuçlare göre E. globulus türünden herhangi bir rejenerasyon elde edilememiş ancak E. camaldulensis türünde başarılı sonuçlar alınmıştır. E. camaldulensis türünün tohumlarının 20 dk. yüzey sterilizasyonu için en iyi dezenfektan %5 Sodyum hipoklorit olmuştur. Sonuçlare göre IBA taşıyan MS ortamın, IBA içermeyen MS ortamına kıyasla bitki büyümesini ve gelişimini daha fazla desteklediği görülmüştür. Bu çalışmada 0.25, 0.75, 1.25 ve 1.75 mg L-1 IBA taşıyan takviye edilmiş olan MS besiyerinde sürgün oluşum oranı, sürgün uzunluğu, sürgün sayısı, kök oluşum, kök sayısı ve kök uzunluğu karşılaştırılmıştır. Eksplant başına maksimum sürgün indüksiyon oranı (%89), her eksplant üzerinde oluşan başına kök sayısı (3.93), her eksplant üzerinde oluşan başına kök uzunluğu (4.12 cm), 1.75 mg L-1 IBA taşıyan MS ortamında not edildi. Her eksplant üzerinde oluşan başına en yüksek 1.33 adet sürgün sayısı, 0,75 mg L-1 IBA taşıyan MS ortamında ve 6.75 cm'lik en uzun sürgünler, 0.25 mg L-1 IBA takviye edilmiş taşıyan MS ortamında kaydedilmiştir. Rejenere edilen sürgünlerin tümü, herhangi bir zorluk çekmeden köklendirilmiştir. Ayrıca, çalışmanın sonuçları, eksplantların morfolojik tepkisi üzerinde IBA dozlarının konsantrasyonunun önemli ve değişik bir etkisi olduğunu göstermiştir. Kontrol muamelesi olarak kullanılan eksplantlarda herhangi bir pozitif gelişme izlenmemiştir. IBA E. camaldulensis türün rejenerasyonunda pozitif bir şekilde tepki vermiştir. Çalışmanın sonuçları bu bitki türünün ticari üretimini pozitif yönde etkileyecektir.
Solanum lycopersicum (Domates) bitkisinde β-aminobutyric acid (BABA)'in tohum priming aktivitesinin ve Clavibacter michiganensis ssp. michiganensis (Cmm)'e karşı etkisinin tespit edilmesi
Dünya nüfusunun giderek artmasından tarımsal alanlarının azalmasına, birçok stres faktörü tarımsal üretimde verim ve kalite kayıplarına neden olmaktadır. Tarımsal üretimin verim ve kalitesini artırmak için bitkileri patojenlere karşı korumak gerekir. Tohum-priming, tohumun çimlenmeden önce belirli ön-uygulamalara tabi tutularak çimlenme ve fide gelişiminin iyileştirilmesi uygulamalarıdır. Bitkilerin eşdeğer ve hızlı çimlenmesi ve verimi artırmak için tohum-priming uygulamaları yapılmaktadır. Bitki savunma elisitörleri, bitkiye dışarıdan uygulandıklarında, bitkinin doğal immün (bağışıklık) sistemini uyararak bitkinin güçlenmesini ve bitki zararlılarına karşı daha dayanıklı ve güçlü kalmalarını sağlamaktadır. β-Aminobutyric Acid (BABA) bu bitki savunma elisitörlerinden biridir. Çalışmamızda BABA'nın -tohum priming uygulamasının domates(Solanum lycopersicum L.) bitkisinde bakteriyel kanser hastalığına neden olan Clavibacter michiganensis ssp michiganensis (Cmm) üzerine etkisi araştırılmıştır. 12 mM BABA (BABA-Priming) ve kontrol grubu olarak su (Su-Priming) hazırlanarak domates tohumları 72 saat tohum-priming uygulamasına tabi tutulmuştur. Pozitif kontrol olarak normal çimlendirilen domates fideleri kullanılmıştır. Bitki 3-4 yaprak olgunluğuna gelince Cmm ile enfekte edilmiştir. Elde edilen bulgular sonucunda, BABA-Priming hastalık şiddetini en fazla azaltan deney grubu olmuştur. Bunun yanı sıra BABA'nın sprey olarak uygulanması yada Su Priming uygulamalarının da kontrole göre erkin bir şekilde koruma sağladığı tespit edilmiştir. Bu baskılamanın moleküler alt yapısının anlaşılması için iki ayrı zaman noktasından (0. saat ve 7.gün) bitki örnekleri alınmış ve bitki bağışıklığı açısından önemli genlerin (NPR1, PAL, PR1, WRKY70, WRKY33b, TPK1b ve PR5 ) traskripsiyonel değişimleri incelenmiştir. qRT-PCR sonuçlarına göre BABA-Priming uygulaması ile NPR1 gen ifadesinin kontrole göre anlamlı düzeyde arttığı görülmüştür. 0. saatte BABA-Priming uygulaması ile NPR1 gen ifadesi yaklaşık 5 kat artmıştır. Ayrıca BABA-priming uygulaması PR1 gen ifadesininde yukarı yönlü uregülasyonunu sağlamıştır. Bunun yanı sıra, tohum priming uygulanan bitkilere dışarıdan BABA spreyinin yapılması (BABA-priming+BABA-Sp) PR1 gen ifadesinin dokuz kat artışını sağlamıştır. Diğer genlerin regülasyonu ile birlikte BABA tohum priming uygulamasının moleküler alt yapısı ortaya çıkarılmaya çalışılmıştır. Çalışmamızda elde edilen sonuçlar doğrultusunda BABA-tohum priming uygulamasının literatüre katkı sağlayacağı ve bitki koruma açısından olumlu etkilerinin olacağı öngörülmektedir.
Siirt eğitim ve araştırma hastanesinde klinik örneklerden izole edilen metisiline dirençli Staphylococcus aureus suşlarının antibiyotik direnç profilleri ve metisilin direnç genlerinin araştırılması
Giriş & amaç: Metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) suşları, insanlarda ve hayvanlarda çeşitli enfeksiyonlardan sorumlu en yaygın bakterilerden biri olarak kabul edilmektedir. Bu çalışmada Siirt Eğitim ve Araştırma Hastanesi klinik örneklerinden izole edilen metisiline dirençli S. aureus suşlarının moleküler profilini saptamayı amaçladık. Materyal-Metod: Bu çalışmada Temmuz 2020-Temmuz 2021 tarihleri arasında Siirt Eğitim ve Araştırma Hastanesine başvuran hastalardan 20 koagülaz pozitif S. aureus suşunun kültür işlemi yapılmıştır. Antibiyotik duyarlılık testi ve tanımlama işlemleri için farklı klinik örnekler kullanılmıştır. Bakteri kültürleri yapılmış ve değerlendirilmiştir. MRSA, klinik örneklerden alınan kültürler arasında tanımlanmıştır ve aşağıda nükleotid dizileri verilen evrensel primer çiftleri kullanılarak mecA-F: 5′'-CCTAGTAAAAGCTCCGGAA-3′'-mecA-R5′'-CTAGTC-CATTCGGTCCA-3′' ve mecC-F: 5′' TGTTGTAGCAATGTTCACAC 3′'-mecC-R: 5′' CAAGCACTTAATATCAACGC 3′' mecA ve mecC genleri PZR ile çoğaltılmıştır. İzole edilmiş S. aureus suşları, PZR amplifikasyonu ile evrensel primerler 68f-TNANACATGCAAGTCGRRCG-518r WTTACCGCGGC GTGCTGG kullanılarak 16S rRNA gen analizi ile akrabalık ilişkileri tanımlanmıştır. Bulgular: Bu çalışmada, Siirt Eğitim ve Araştırma Hastanesi'ne başvuran hastalardan 20 koagülaz pozitif S. aureus suşu izole edildi ve tanımlandı. 16S rRNA gen dizileri, izole edilen suşların, NCBI GenBank'ta bulunan S. aureus suşlarının 16S rRNA genlerine yüksek benzerliğe (%99-100) sahip olduğunu gösterdi. 20 suşun 18'inde mecA geni tespit edilirken, suşların hiçbirinde mecC geni tespit edilmedi. MRSA'nın yüksek bir yüzdesinin penisiline dirençli olduğu (%75) bulundu. Sonuç: Bu çalışmanın bulguları, MRSA tespitinde mecA, mecC ve 16S rRNA genlerinin önemini doğrulamış veTürkiye'de artan MRSA sıklığının yanı sıra moleküler tekniklerin epidemiyolojik bir araç olarak değerini vurgulamıştır. Anahtar Kelimeler: Gen dizilimi; Metisilin direnci; Staphylococcus aureus; 16S rRNA; mecA geni; mecC geni
Fıstık atıklarından elde edilen biyoçarın farklı tekstüre sahip topraklarda besin elementi yıkanmasına ve bitki gelişimine etkisi
Organik atıkların piroliz edilmesi ile elde edilen biyoçarın tarıma, çevreye ve iklime sağladığı potansiyel faydaları son zamanlarda araştırmaya haiz bir konu olmuştur. Bu tez çalışmasında, Güneydoğu Anadolu Bölgesi'nde önemli bir ekim alanı ve atık kapasitesine sahip olan fıstık yetiştiriciliğinden elde edilen atıkların pirolizi ile toprak ve bitki gelişimine etkileri incelenmiştir. Fıstık atıklarından biyoçar elde edilmiş ve iki farklı tekstüre (kumlu ve killi) sahip topraklara farklı dozlarda uygulanmıştır. Biyoçarın, nitrat yıkanmasına, toprakların bazı kimyasal (organik madde (OM), yarayışlı fosfor (P), katyon değişim kapasitesi (KDK), toprak reaksiyonu (pH) ve elektriksel iletkenlik (EC)) özelliklerine ve buğday toprak üstü ve toprak altı aksamlarının (kök yaş ağırlığı, kök kuru ağırlığı, gövde yaş ağırlığı, gövde kuru ağırlığı, gövde/kök yaş ağırlığı, gövde/kök kuru ağırlığı, bitki boyu, yaprak boyu, yaprak eni, yaprak alanı, gövde çapı, toplam kök uzunluğu (TRL), ortalama toplam kök uzunluğu (Ortalama TRL) ve ana kök uzunluğu (TapRL) ve kök hacmi) gelişimine etkisi incelenmiştir. Bu bağlamda kumlu tın ve killi tekstüre sahip 2 farklı toprakta ekmeklik buğday olan Bezostaja 1 çeşidi yetiştirilip, 5 farklı biyoçar (% 0, %0.5, %1, %2, %4) ve 3 (% 0, %50 ve %100) gübre dozu uygulanmıştır. 3 tekerrürlü olarak yapılan deneme sonucunda biyoçar dozu arttıkça toprakların OM içeriğinin her iki tekstürde de önemli düzeyde arttığı ve bu artışın en yüksek killi toprakta %4'lük biyoçar dozunda olduğu görülmüştür. Ayrıca hem biyoçar hem de gübre dozlarının toprakta azot ve fosfor içeriğini önemli düzeyde arttırdığı görülmüştür. Kumlu toprakta sıfır gübre uygulamasında %4'lük biyoçar uygulamasının %0 biyoçar dozuna göre azot içeriğini yaklaşık %100 oranında arttırdığı tespit edilmiştir. Biyoçarın toprak pH'sına olan etkisinin sıfır gübre dozlarında her iki toprakta daha net görüldüğü ve biyoçar dozunun artması ile toprak pH'sınında artış gösterdiği gözlemlenmiştir. Farklı doz gübre ile farklı doz biyoçarın toprağın EC'sine olan etkisi incelendiğinde % 0 biyoçar dozunda uygulanan gübre dozlarının EC değerlerini arttırdığı görülmüştür. 3 farklı sulama sonrası atık suda nitrat içeriği incelenmiş ve gübre dozu arttıkça yıkanan nitrat miktarının arttığı, biyoçar dozlarının ilk sulamada nitrat yıkanmasına çok etki etmediği, ikinci sulama ile uygulanan Üre gübresinden sonra nitrat yıkanmasını azalttığı tespit edilmiştir. Biyoçar ve gübre uygulamalarının bitki kök ve gövde gelişimine etkileri incelendiğinde, en yüksek kök hacminin %2 biyoçar, kök yaş ağırlığının %2-4 biyoçar uygulamalarında elde edilmiştir. Bitki boyuna en belirgin etki kumlu topraklarda %1-4 arası biyoçar uygulamalarında görülmüştür. Gövde çapı, gövde yaş ve kuru ağırlıkları, yaprak boyu ve eni biyoçar uygulamalarında kontrol uygulamalarına göre anlamlı düzeyde artmıştır. Toplam kök uzunluğu hem killi topraklarda hem de kumlu topraklarda %2 ve 4 biyoçar uygulamalarında daha iyi sonuç vermiştir. Ekmeklik buğdayda gübre ve biyoçar uygulamalarının toprak özellikleri ve bitki gelişimine etkilerinin incelendiği tez çalışmasında tüm biyoçar dozları etkili bulunmuşken, farklı bitki özelliklerinde farklı dozların etkili olduğu gözlemlenmiştir. Biyoçar uygulamalarının bitki gelişimi ve toprak özelliklerinin iyileştirilmesinde iyi bir toprak düzenleyici olabileceği düşünülmektedir.
Fıstıkta (Pistacia vera L.) mTERF gen ailesinin in siliko karakterizasyonun yapılması ve tuz stresi ile ilişkisinin araştırılması
Fıstıkta (Pistacia vera L.) Mitokondriyal transkripsiyon sonlandırma faktörleri (mTERF'lerin) gen ailesinin in siliko karakterizasyonun yapılması ve tuz stresi ile ilişkisinin araştırılması için bu çalışma gerçekleştirilmiştir. mTERF, mitokondriyal genlerin ifadesini düzenler, mitokondri ve kloroplastın işleviyle yakından ilişkilidir. Bu çalışmada, Plant Ensembl veri tabanı kullanılarak, fıstıkta 43 mTERF geni tespit edilmiştir. iTOL veri tabanı kullanılarak fıstık, mTERF filogenetik analize dayalı olarak sekiz ana gruba ayrılmıştır. Pv-mTERF PlantCARE veri tabanı kullanılarak promotörlerinin analizi, hücresel solunum ve fotosentezin düzenlenmesi ile ilgili birçok cis elementinin varlığını ortaya çıkarmıştır. WoLFPSORT veri tabanı kullanılarak hücre altı lokalizasyonları, MCScanX veri tabanı kullanılarak gen duplikasyon olayları, STRING veri tabanı kullanılarak protein dizilerinin işlevsel ontolojileri ve STRING veritabanı kullanılarak Protein-protein etkileşimlerinin fiziksel ve fonksiyonel etkileşimleri belirlenmiştir. Gen ontolojisi (GO), Pv-mTERF'leri öncelikle mitokondri ve kloroplast işlevi ve bileşimi ile ilişkilendirmiştir. Tandem ve segmental çoğaltma, fıstık genomundaki mTERF gen ailesinin genişlemesine katkıda bulunmuştur. Doku kültürü çalışmalarında 0 mM, 50 mM, 100 mM ve 150 mM konsantrasyonlarında tuz stresi uygulanmış ve gen ifade analizleri gerçekleştirilmiştir. Tuz stresine maruz bırakılan fıstık kalluslarında mTERF genlerinin ifade seviyesi diferansiyel yukarı veya aşağı regülasyona sebep olduğu tespit edilmiştir. Bu sonuçlar, mTERF genlerinin fıstıkta büyüme, gelişme ve stres tepkisindeki rollerini aydınlatmak için faydalı olacaktır. Anahtar Kelimeler: Doku kültürü, fıstık, gen ifadesi, mTERF, tuz stresi
Yüksekova Ovası toprak verimlilik göstergeleri ve fonksiyonunun mekansal dağılımı ve haritalanması
Toprakların fonksiyonlarını yerine getirmesi, çeşitli ekosistem hizmetlerinin sağlanması için kritik önem taşır. Bu nedenle, hassas bir ekosistem bileşeni olan toprakların fonksiyonel kapasitesinin belirlenmesi ve izlenmesi son derece önemlidir. Arazi kullanımı değişikliğinin etkilediği toprak özelliklerinin zaman içindeki değişimi, toprak kalitesinin bozulmasına ve bunun ekosistem işleyişi üzerindeki olumsuz etkilerini en aza indiren stratejilerin geliştirilmesi için gereklidir. Bu çalışmada, Hakkari'nin Yüksekova ilçesinde bulunan ve bölgenin en önemli alt ekosistemlerinden biri olan Yüksekova Ovası'nda arazi kullanım değişiminin toprakların verimlilik fonksiyonuna olan etkisi araştırılmıştır. Yaklaşık 17,500 hektarlık alandan 800 x 800 metre kare gridlerin köşesinden olmak üzere toplam 232 ayrı noktada 0-20 cm derinlikten toprak örnekleri alınmıştır. Toprak örneklerinin tekstür bileşenleri (kil, kum ve silt içeriği), hacim ağırlığı, kireç içeriği, elektriksel iletkenlik (EC), toprak reaksiyonu (pH), organik madde (OM), yarayışlı fosfor, ekstrakte edilebilir potasyum, betaglukozidaz enzim aktivitesi (BGEA) ve üreaz enzim aktivitesi analizleri yapılmıştır. Veriler doğrusal skorlama yöntemi ile optimize edilmiş ve Yüksekova Ovası'nın toprak kalite indeksi (TKİ) hesaplanmıştır. TKİ ve her bir göstergeye ait skorların ovadaki dağılımları coğrafi bilgi sistemleri (CBS) yardımıyla haritalanmıştır. Bulgular, TKİ değerleri 0,53 (düşük kalite) ile 0,91 (çok yüksek kalite) arasında değişmekte ve ortalama 0,74 (yüksek kalite) olduğunu göstermiştir. TKİ değerlerinin ovadaki dağılımı, arazilerin %0,48'inin düşük, %27.8'inin orta, %66,34'ünün yüksek ve geri kalan %5,6'sının ise çok yüksek toprak kalite indeksine sahip olduğunu göstermiştir.
Yüksekova topraklarının sınıflandırılması; mikrobiyolojik ve enzimsel özelliklerinin belirlenmesi
Toprakların tanımlanıp haritalanması tarımsal üretimin planlanması, çevre koruma tedbirlerinin belirlenmesi, doğal kaynak sürdürülebilir yönetimi ve tarım dışı kullanım planlamalarının (yerleşim ve sanayi gibi) doğru yapılabilmesi açısından oldukça önemlidir. Bu çalışmada, Hakkâri ili Yüksekova ilçesinde yer alan ve 1950 m rakımda 2.575 ha'ı sulak alandan oluşan toplam 17.500 ha genişliğindeki Yüksekova ovasının seri düzeyinde detaylı toprak etüdü yapılmıştır. Ayrıca, çalışma alanında tanımlanan toprak serilerinde gen düzeyinde mikrobiyolojik çeşitlilik ve enzimsel özellikler belirlenmiş ve bunların bazı toprak özellikleri ile olan ilişkileri değerlendirilmiştir. Öncelikle toprak yüzeyinin nispeten çıplak olduğu. yılına ait Landsat TM görüntüleri kullanılarak toprak profil yerleri tespit edilmiş ve 30 farklı nokta horizon esasına göre profil tanımlamaları yapılarak her horizondan bozulmuş ve bozulmamış toprak örnekleri alınmıştır. Toprak analizleri sonrası toprak serilerine ait fazların tanımlanması ve sınırlarının kesinleştirilmesi amacı ile çalışma alanı 400 x 400 m genişliğinde kare gridlere ayrılmış ve her gridin köşe noktasından burgu ile 120 cm'e kadar seri ve faz kontrolleri yapılmıştır. Yüksekova ovasında 18 farklı toprak serisi ve bu serilere ait 21 faz (derinlik, taşlılık, organik horizon kalınlığı ve taban suyu seviyesi) tanımlanmıştır. Çalışma alanında Amerikan Toprak Taksonomisine göre Alfisol, Mollisol, İnceptisol, Entisol ve Histosol şeklinde 5 toprak ordusu yer almaktadır. Kadıköy, Çelik, Gever, Köprücek ve Karlı serilerinde herhangi bir bakteri tespit edilmezken diğer 13 seride 4 farklı bakteri türünün varlığı not edilmiştir. Çalışma alanında tespit edilen bakteriler, Rubrubacter sp. (Beşbulak serisi), Actinomycetes bacterium (Beşbulak, Yüksekova, Yoncalık, Kamışlı, Adaklı ve Vezirli serileri), soil bacterium (Büyükçiftlik, Mamaklı, Ünlüce, Karabey ve Çatma serileri) ve bacterium enrichment culture'dir (Aksu serisi).
Katyon değişim kapasitesi tayininde makine öğrenim modellerinin karşılaştırılmalı değerlendirilmesi
Toprak verimliliğinin en tanımlayıcı göstergelerinden biri olan katyon değişim kapasitesi (KDK), bir toprak veri tabanı için en önemli toprak özelliklerinden biridir. Ancak geleneksel laboratuvar yöntemleri ile belirlenmesi fazla zaman, işgücü ve maliyet gerektirdiğinden birçok çalışmanın veri setine dâhil edilmemektedir. Bu çalışmanın amacı, yapay zekâ modelleri yardımı ile düşük maliyetli bazı toprak özelliklerini kullanarak KDK değerlerinin tahmin edilmesidir. Çalışmada, Çok Katmanlı Algılayıcılı Yapay Sinir Ağı (MLP-YSA), Adaptif Nöro-Bulanık Çıkarım Sistemi (ANFIS) ve Rasgele Orman Regresyon (Random Forest (RF) modelleri kullanılmıştır. Bunun için farklı ana materyal ve arazi kullanımlarının bulunduğu Yüksekova ovasında 232 noktada 0-20 cm derinlikten toprak örnekleri alınmıştır. Toprak örneklerinin KDK değerleri, kil, silt, kum, organik madde (OM) ve kireç içerikleri, agregat stabilitesi (AS), elektriksel iletkenlik (EC) ve toprak reaksiyonu (pH) belirlenmiştir. Çalışma alanında ana materyal ve arazi kullanımlarının yanısıra toprak özelliklerine bağlı olarak değişkenlik gösteren KDK değerleri, 8,96 meq 100 g-1 ile 76,25 meq 100 g-1 arasında değişmekte olup ortalama 27,85 meq 100 g-1'dir. Toprakların KDK değerleri ile olan korelasyonu dikkate alınarak kil, kum, AS, OM, kireç ve EC, KDK tahminlerinde değişken olarak kullanılmıştır. Modellerin tahminlerinin değerlendirilmesi için ortalama hataların karekökü (RMSE), ortalama mutlak hata (MAE) ve regresyon katsayısı (R2) hesaplanmıştır. Her üç modelin KDK tahmin performansı, birbirine yakın olup en iyi tahmin sırası ile ANFIS modeli (R2: 0,86, MAE: 1,36 ve RMSE:4,82) ile elde edilmiş, bunu sırası ile MLP-YSA (R2: 0,77, MAE: 5,47 ve RMSE: 5,96) ve RF (R2: 0,75 MAE: 4,41 ve RMSE: 5,89) takip etmiştir. Çalışma bulguları, çalışmada kullanılan her üç yapay zekâ modeli ile çalışma alanı topraklarının KDK değerlerinin başarılı bir şekilde tahmin edilebileceğini ortaya koymuştur.
Kurşun bulaştırılmış ortamda yetiştirilen lale (Tulipa spp.) bitkisinin gelişim ve besin elementi içeriklerine bakterilerin etkisi
Bu çalışma kurşun bulaştırılmış ortamda yetiştirilen Tulipa gesneriana 'Tulipa 'Pretty Love' bitkisinin büyümesi ve besin içeriği üzerinde NPK ve seçilmiş bakteri türlerinin etkilerini incelemek için tesadüfi parseller deneme düzeniyle her biri 3 tekrarlı ve beş saksı içeren araştırmada; lale soğanlarının dikim harcına 15:15:15 N:P:K ticari gübresi dozu uygulanmıştır. Soğanlara inokule edilen biyoorganik gübre olarak ise; Bitki Büyümeyi Teşvik Edici Bakteriler; PGPB1=TV53D Brevibacillus choshinensis, PGPB2=KF58B Brevibacterium frigoritolerans ve PGPB3= KF3B Paenarthrobacter nitroguajacolicus kullanılmıştır. Bitki yapraklarında bulunan çeşitli besin elementlerinin analizi, fenolojik ve morfolojik gözlemlere dayalı olarak gerçekleştirilmiştir. İlk çiçeklenmenin görüldüğü süre 73,40 gün ile kontrol grubunda, en geç çiçeklenme ise 80,33 gün ile Pb+B2 uygulamasında gözlenmiştir. En yüksek yaprak sayısı 4 adet ile kontrol grubundan, en düşük yaprak sayısı 3,08 adet ile NPK+Pb uygulamasından elde edilmiştir. En yüksek yaprak genişliği 3,65 cm ile kontrol grubunda belirlenirken; en yüksek çiçek uzunluğu 9,23 cm, çiçek genişliği 11,05 cm ve sap kalınlığı 8,33 mm ile (Pb+B3) uygulamalarında belirlenmiş ve uygulamalar arasındaki fark istatistiksel olarak anlamsız bulunmuştur. Lale yapraklarında gözlemlenen besin elemetlerinin en yüksek değerleri; azot (N) %5,25 (KF58B), fosfor (P) 5362,67 mg/kg (Pb+B2), potasyum (K) 7842,67 mg/kg (NPK), demir (Fe) 221,14 mg/kg (Pb-Kurşun), Mangan (Mn) 27,66 mg/kg (Pb-Kurşun), çinko (Zn) 35,73 mg/kg (Pb+B3), kalsiyum (Ca) 4153 mg/kg (KF3B), magnezyum (Mg) 1696,67 mg/kg (Pb+B2) ve kurşun (Pb) 5,04 mg/kg (Pb-Kurşun) uygulamalarında tespit edilmiş ve ortalama değerlerler arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmuştur (P<0,01).
Trehalozun buğdayda (Triticum turgidum ssp. durum L.) kuraklık stres toleransına etkisinin fizyolojik ve moleküler düzeyde incelenmesi
Dünya nüfusunun artışı ve tarımsal alanların azalması gibi faktörler, tarımsal üretimde verim ve kalite kayıplarına neden olmaktadır. Bu zorluklarla başa çıkmak için bitkileri çeşitli stres faktörlerinden korumak gerekmektedir. Kuraklık stresi, bitkilerin büyüme ve verimliliğini olumsuz etkileyebilir; bu nedenle, bitkileri bu tür stres koşullarına karşı hazırlamak önemlidir. Trehaloz, bitkilerin kuraklık stresiyle başa çıkmasına yardımcı olan bir ozmolit olarak öne çıkar. Tohum-priming uygulamaları, tohumların çimlenmeden önce belirli hazırlık süreçlerine tabi tutulmasını sağlayarak, bitkilerin çimlenme hızını ve fide gelişimini iyileştirir. Trehaloz ile yapılan tohum-priming, bitkilerin kuraklık stresine karşı dayanıklılığını artırabilir ve verimliliği iyileştirir böylece tarımsal üretimde sürdürülebilirliği destekler. Çalışmamız, rulo ve saksı yöntemleri kullanılarak iki farklı teknikle gerçekleştirilmiştir. Rulo yönteminde, 40 saat boyunca 5 ve 10 mM Trehaloz veya distile su ile tohum-priming yapılan bitkiler, belirli bir büyüklüğe ulaştığında PEG 8000 ile kuraklık stresi altında bırakılmıştır. Sonuçlar, Trehaloz uygulamalarının kuraklık stresine karşı bitki büyüme parametrelerinde istatistiki olarak anlamlı bir iyileşme sağladığını göstermiştir. Saksı yönteminde ise, 40 saat süresince 5 ve 10 mM Trehaloz veya distile su ile tohum-priming yapılan bitkiler, belirli büyüklüğe ulaştıklarında tarla kapasitesinin %50'si kadar kuraklık stresine maruz bırakılmıştır. Bu uygulama sonucunda da Trehalozun bitki büyüme parametrelerinde kuraklık stresine karşı istatistiki olarak anlamlı düzeyde iyileştirme sağladığı gözlemlenmiştir. Trehaloz tohum priming uygulaması yapılan bitkiler, kuraklık stresi altında klorofil pigmentlerinde artış göstermiştir. Ayrıca, eksojen Trehaloz hem stres uygulanmış hem de kontrol koşullarında DPPH yöntemi ile antioksidan aktivitesini artırmıştır. Trehaloz tohum priming uygulamalarının kuraklık stresi üzerindeki moleküler etkilerini anlamak için hem rulo hem de saksı çalışmalarından bitki örnekleri alınmış ve bitki bağışıklığına yönelik bazı önemli genlerin (WRKY75, ERF1, MYB3, SOD1, CAT1 ve DREB1) transkripsiyonel değişimleri incelenmiştir. qRT-PCR sonuçları, saksı yönteminde CAT1 hariç diğer genlerin petri grubunda arttığını ve rulo yönteminde ise 5 mM Trehaloz-normal su ile 10 mM Trehaloz-%10 PEG gruplarında gen ifadelerinde belirgin bir artış gözlemlendiğini göstermiştir. Çalışmamızın bulguları, Trehaloz tohum priming uygulamalarının mevcut literatüre önemli katkılarda bulunacağını ve bitkilerde stres toleransı alanında olumlu sonuçlar doğurabileceğini ortaya koymaktadır. Trehalozun bitkilerde stres toleransını artırma ve verimliliği yükseltme potansiyeli, bu alandaki araştırmalar için yeni bir bakış açısı sunmaktadır.
Biberde (Capsicum annum L.) kök boğazı çürüklüğüne (Phytophthora capsici Leonian) karşı bazı yağ asidi ve genlerinin analiz edilmesi
Bu tez çalışmasında, kök boğazı hastalığına karşı hassas (yerel çeşit) ve dayanıklı (CM334 ((Criollos de Morelos 334)) iki biber çeşidinde patojen uygulaması yapıldıktan 6 ve 24 saat sonra kök, gövde ve yaprak dokuları hasat edilmiştir. Hasat edilen bu dokularda biber bitkisinin patojene karşı direnç oluşturmak için hücre düzeyinde oluşturduğu lipit homeostazisi araştırılmıştır. Ayrıca hücrede yağ biyosentezinde görev alan çok sayıda genin değişen ifade seviyesini analiz etmek için PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ile, ilgili genlerin ifade profillerine doku bazında bakılmıştır. Bu çalışmada, söz konusu patojene dayanıklılığı klasik çalışmalarla daha önceden belirlenmiş olan materyaller kullanılarak ve farklı zaman aralıklarında örneklem yapılarak bu patojene dayanıklılıkta rol oynayan gen düzenleyici mekanizmalar ve biyolojik ajanlardan lipitlerin fonksiyonları incelenmiştir. Bu çalışma sonucunda yağ asidi ve yağ asidi genlerinin biber bitkisini enfekte eden P. Capsici etmenine karşı oluşturduğu dirençte bir çok rolü olduğu gözlemlenilmiştir. Yapılan bu çalışmada, incelenen beş gen içerisinde nisbi ekspresyon olarak en yüksek değer patojen uygulamasından 24 saat sonra alınan CM334 çeşidinin yaprak dokusundaki FAD1 geninde, en düşük değer ise, 24 saat uygulamadan sonra alınan Demre çeşidinin kök kontrol dokusundaki FAT geninde saptanmıştır. Bitkilerin çoğunda olduğu gibi biber yapraklarında da en çok bulunan yağ asitleri oleik (18:1n-9) ve linoleik (18:2n-6) asitler olmuştur. Hem CM334 hem de Sera Demre çeşitleri kontrol gruplarına göre 24 saat uygulamasında toplam yağ asit miktarlarında artış meydana gelmiştir.
Tuz stresi altında yetiştirilen domates (solanum lycopersicum L.) bitkisine para amino benzoik asit (PABA) uygulamalarının etkisinin incelenmesi
Bu tez çalışmasının temel amacı, B vitamini kompleksi içinde yer alan ve bitkilerde folik asit sentezi gibi önemli metabolik süreçlerde rol oynayan Para-aminobenzoic acidin (PABA) domates bitkisinde tuz stresine karşı koruyucu etkilerini incelemektir. Domates bitkileri, PABA ile tohum priming uygulamasına tabi tutulmuş ve ardından 150 mM NaCl kullanılarak tuz stresi uygulanmıştır. Araştırmada büyüme (sürgün boyu, yaprak sayısı, yaş ve kuru ağırlık) ve fizyolojik parametreler (klorofil içeriği, elektriksel iletkenlik - EC) ile gen ekspresyon düzeyleri (WRKY33, WRKY70, PAL, TPK1b genleri) analiz edilmiştir. PABA çözeltisi 1 mM derişimde hazırlanmış ve bitkisel materyal olarak Domates (Solanum lycopersicum L.) tohumları kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlar, PABA uygulamasının tuz stresi altında bitki büyümesini desteklediğini ve bazı stresle ilişkili genlerin ekspresyonunu olumlu yönde etkilediğini göstermiştir. PABA uygulanan bitkilerde sürgün boyu 10,506 cm'ye kadar ulaşırken, sadece tuz uygulanan gruplarda bu değer 5,717 cm olarak ölçülmüştür. Ayrıca, PABA'nın antioksidan savunma ve iyon taşıma mekanizmalarında rol oynayan genlerin aktivasyonunu sağladığı tespit edilmiştir. WRKY33 geninin ekspresyon seviyesi PABA+SU uygulamasında PABA+TUZ uygulamasına oranla yaklaşık 6 kat fazla ekspresyon profili sergilemişken , WRKY70 geninin ifadesi PABA+TUZ grubunda PABA+SU grubu ile karşılaştırıldığında yaklaşık 17 kat fazla yukarı regüle olmuştur. TPK1b gen ekspresyonunun bazı stresli gruplarda artış göstermesi iyon homeostazisini destekleyici bir etki yaratabileceğini düşündürmüştür. PAL gen ekspresyonunun ise PABA uygulama grubunda gözlenmemesi, fenilpropanoid yolaklarının tuz stresine yanıt olarak farklı bir şekilde düzenlendiğini göstermiştir. Bu bulgular, PABA'nın tuz stresine karşı bitki toleransını artırmada potansiyel bir rol oynayabileceğini ve tarımsal uygulamalarda kullanılabileceğini göstermektedir. Çalışma, PABA'nın domates tarımında tuz stresine karşı bir biyostimülan olarak kullanım potansiyeline sahip olduğunu ortaya koymuştur. Ancak, PABA'nın farklı dozlarda, farklı koşullarda ve farklı domates çeşitlerinde etkinliğinin daha fazla araştırılması gerekmektedir. Gelecekte yapılacak araştırmaların daha kapsamlı ve uygulama odaklı olması, optimum dozaj aralığının belirlenmesi ve moleküler mekanizmalarının açıklığa kavuşturulması gerekmektedir.
Bazı sirke ve kimyasal bileşiklerin çoklu biyolojik etkilerinin in vitro şartlarda araştırılması
Bu çalışmada, alıç, gül, üzüm, kızılcık, elma ve aronya sirkelerinin bazı kimyasal ve biyolojik özellikleri incelenmiş; elde edilen bulgular dört saf kimyasal bileşik (2-hidroksisinnamik asit, metiyonin, amitriptilin HCl ve Fmoc-D-Val-OH) ile karşılaştırılmıştır. Sirke örneklerinin pH değerleri 3,18–3,51 aralığında olup literatürle uyumludur. Titrasyon asitliği %0,92–%2,76 arasında değişmiş ve TS 1880 EN 13188 standardında belirtilen minimum değerin altında kalmıştır. °Briks değerleri %1,5–4,5 aralığında belirlenmiştir. Toplam fenolik madde miktarları 0,1347–1,3658 mg GAE/mL arasında değişmiş; en yüksek değerler alıç, gül ve aronya sirkelerinde tespit edilmiştir. PPO inhibisyon analizlerinde IC₅₀ değerleri 0,0133–0,031 mg GAE/mL aralığında bulunmuş ve en güçlü inhibitör etki elma sirkesinde gözlenmiştir. Saf bileşikler arasında yalnızca 2-hidroksisinnamik asit anlamlı PPO inhibitörü olarak belirlenmiştir. Antimikrobiyal analizlerde sirke örneklerinin etkilerinin mikroorganizma türüne bağlı olarak değiştiği görülmüştür. Üzüm sirkesi Candida dubliniensis ve Salmonella Enteritidis üzerinde etkili olurken, Pseudomonas aeruginosa'ya karşı en yüksek etkinlik kızılcık, alıç, aronya ve gül sirkelerinde saptanmıştır. Saf kimyasallar arasında yalnızca amitriptilin HCl belirgin antimikrobiyal aktivite göstermiştir. DNA koruma analizleri kapsamında elma sirkesi ve 2-hidroksisinnamik asidin oksidatif stres altında güçlü koruyucu etki sergilediğini ortaya koymuştur. Sonuç olarak, doğal sirke örneklerinin, özellikle fenolik bileşik içeriği yüksek olanların, PPO inhibisyonu ve DNA koruma açısından saf kimyasal bileşiklere güçlü bir alternatif oluşturabileceği; buna karşın antimikrobiyal etkinliğin mikroorganizma türüne bağlı olarak değişkenlik gösterdiği belirlenmiştir.
Arap Kızı yerel elma çeşidinde polifenol oksidaz enziminin saflaştırılması, karakterizasyonu, bazı killerle immobilizasyonu ve inhibisyon etkilerinin incelenmesi
Isparta ilinde yetiştirilen yerel elma çeşidimiz olan Arap kızı elmasından (Malus domestica) polifenol oksidaz enzimi (PPO) saflaştırılmıştır. Polifenol oksidaz enzimi fosfat tamponunda izole edildikten sonra amonyum sülfat çöktürme, diyaliz ve Sepharose 4-B-L-tirosin-p-aminobenzoik asit afinite jelinin ardarda kullanılmasıyla saflaştırılmıştır. SDS-PAGE ile enzimin molekül ağırlığı hesaplanmıştır. Optimum pH ve sıcaklık değerlerini belirlemek için farklı pH değerlerinde (4.5-9.0) ve farklı sıcaklık aralığında (10-45◦C) üç farklı substrat kullanılarak aktivite ölçümleri yapılmıştır. Arap kızı PPO enziminin farklı substratlara karşı KM ve Vmax değerleri Linewear-Burk yöntemi ile katekol substratı için 50 mM ve 2500 U/mLdak; 4-metil katekol substratı için 2 mM ve 2000 U/mLdak; pirogallol substratı için 6 mM ve 10000 U/mLdak olarak bulunmuştur. Pirogallol substratının Arap kızı PPO enzimi için en uygun substrat olduğu belirlenmiştir. Pirogallol substratı için optimum pH 8.5 ve optimum sıcaklık 10◦C olarak bulunmuştur. Saflaştırılan PPO enziminin üç farklı kile (kırmızı, yeşil ve beyaz) immobilizasyonu gerçekleştirilmiştir. PPO enziminin immobilize edildiği ve ölçüm sırasında eklendiği serbest enzim için inhibisyon tipleri, IC50 ve Ki değerleri belirlenmiştir. Hem immobilize enzim hem de serbest enzim için en etkili inhibitörün beyaz kil olduğu belirlenmiştir.
Kuraklık stresi sırasında uyarılan nac transkripsiyon faktörünün rangpur laym'dan izolasyonu, karakterizasyonu ve turunç anacına genetik transformasyonu
Çevresel stres faktörleri dünyadaki bütün bitkilerin büyümesini, üretimini ve dağılmasını sınırlayan en önemli faktörler olarak bilinmektedir. Abiyotik stres faktörlerinden biri olan kuraklık ise doğal dengeyi olumsuz olarak etkilemektedir. Dünya üzerinde giderek etkisini artıran kuraklık, ülkemizde ve dünyada diğer meyve türlerinde olduğu gibi turunçgil yetiştiriciliğini de olumsuz yönde etkilemektedir. Türkiye'de ve Akdeniz kuşağında turunçgil yetiştiriciliğinde yaygın olarak kullanılan turunç (Citrus aurantium) anacı kuraklığa orta şiddette tolerans göstermektedir. Bu nedenle kuraklığa dayanıklı anaç geliştirilmesi ülkemizde turunçgil ıslahının ana amaçlarından birini oluşturmaktadır. Daha önce yapılan bir çalışmada Rangpur laym (Citrus x limonia) bitkilerine kuraklık stresi uygulandığında uyarılan genler arasında kuraklık dayanımında etkili olan bir NAC geni bulunmuştur. Bu çalışmada kısmi baz dizilimi bilinen bu NAC geninin RACE yöntemiyle 5' ve 3' uçları bulunarak bu NAC geninin tamamı elde edilmiştir. Tüm gen olarak izole edilen NAC geni ClNAC olarak tanımlanmıştır ve farklı turunçgil anaçlarında kuraklık stresi sırasında ekspresyonu incelenmiştir. Yapılan gen ekspresyon analizleri sonucunda 14 günlük kuraklık stresi uygulaması sırasında ClNAC geninin ekspresyonu Rangpur laym bitkilerinde artarken turunç anacında herhangi bir artış göstermemiştir. Bu nedenle bu çalışma kapsamında turunç anacının kuraklık stresine karşı toleransını artırmak amacıyla ClNAC geni Agrobacterium tumefaciens aracılığı turunç anacına aktarılmaya çalışılmıştır. Bu amaçla NAC geni RT-PCR yöntemi ile tüm gen olarak çoğalılarak Karnabahar mozaik virüsü (CaMV) 35S promotör ve terminatör bölgeleri arasına klonlanmıştır. Elde edilen tüm gen daha sonra pCAMBIA-1304 binary plazmitinin T-DNA bölgesine klonlanarak Agrobacterium tumefaciens'e aktarılmıştır. Elde edilen tüm NAC geni daha önce geliştirilen ve turunçgilerde yaygın olarak kullanılan Agrobacterium aracılığı ile gen transformasyon yöntemi kullanılarak tohumlardan yetiştirilen turunç epikotil parçalarına aktarılmıştır. Transformasyon yapılan epikotil parçalarından doğrudan organogenez yoluyla rejenerasyonu yapılarak potansiyel transgenik sürgünler oluşturulmuştur. Elde edilen sürgünlerin transgenik olup olmadıklarını histokimyasal GUS boyaması ve PCR yöntemiyle test edilmiştir. Ancak yapılan GUS veya PCR testlemeleri sonucunda test edilen sürgünlerin tamamı negatif sonuç vermiş olup elde edilen sürgünlerden hiçbirinden transgenik bitki elde edilememiştir. Çalışma soncunda transgenik bitki elde edilmemiş olmasına rağmen kuraklık ile ilişkili bir NAC geninin izolasyonu, ekspresyon analizi ve gen aktarım vektörüne klonlaması yapılarak, turunç anacına genetik trasformasyonun ve rejeneresyonunun optimizasyonu yapılmıştır.