44
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Solunum yollarından izole edilen mannheimia haemolytica suşlarının tiplendirilmesi, bazı virulens genleri ile antimikrobiyal maddelere duyarlılıklarının araştırılması
Bu çalışmada, hasta ve sağlıklı sığır ve koyunların solunum yollarından izole edilen Mannheimia (M.) haemolytica izolatlarının biyokimyasal özellikleri, önemli virülens genlerinin dağılımı, antimikrobiyal maddelere duyarlılıkları ve direnç genlerinin tespit edilmesi amaçlandı. Nazo-farengiyal ve trake-bronşiyal sıvap örneklerinden kültürü yapılan M. haemolytica şüpheli 55 izolatın 48 (%87.3)'i Real Time PCR ile M. haemolytica olarak identifiye edildi. İncelenen izolatlarda, hastalık ve virülens genleri ile ilişkili biyokimyasal özelliklerin arginin-arginin ve sorbitol testlerindeki farklılıklara göre 4 farklı biyokimyasal profil belirlendi. Real Time-PCR yöntemiyle virülens genleri incelenen izolatlarda 3 virülens gen profili tespit edildi. İzolatların %37.5'i I, %33.3'ü III ve %12.5'i II olarak belirlendi. Virülens gen profil II'ye sahip izolatlarda virülens ile ilişkili genlerin tamamı belirlenirken, profil I'e sahip izolatlarda nmaA, profil III'e sahip izolatlarda ise nmaA ve tbpB genlerinin bulunmadığı tespit edildi. Bununla birlikte biyokimyasal profil II'nin hastalık olguları ile ilişkili ve bunun arginin-arginin negatiflik ile ilişkili olduğu belirlendi. Ayrıca virülens gen profil I özelliğine sahip izolatların sadece biyokimyasal profil I ile ilişkili olduğu ve bunun arginin-arginin negatiflikten kaynaklandığı belirlenirken, arginin-arginin pozitif izolatlar ile virülens gen profil III arasındaki ilişkinin önemli olduğu gözlendi. Ayrıca, epsilometer test (E-test) ile antimikrobiyal duyarlılıkları ve minimal inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri incelenen izolatların 9 (%18.75)'unda antimikrobiyal direnç belirlendi. E test ile dirençli bulunan izolatların 1'i sadece eritromisine, 2'si sadece penisiline, 1'i tilmikosin ve penisiline, 1'i tilmikosin, streptomisin ve penisiline, 1'i eritromisin, tilmikosin, streptomisin ve tetrasikline, 3'ü eritromisin, tilmikosin, streptomisin, tetrasiklin, penisilin ve ampisiline dirençli olduğu tespit edildi. Dirençli bulunan izolatların büyük çoğunluğunda (%66.6) çoklu direnç olduğu gözlendi. E test ile dirençli olduğu belirlenen 9 izolatın 6 (%66.6)'sında makrolid erm42, mphE, msrE genleri ve bu izolatların da 5 (%55.5)'inde aminoglikozid direnç geni strA tespit edildi. Sonuç olarak; arginin-arginin negatiflik ile gcp, gs60, tbpB, lktC, adh pozitif, nmaA negatif izolatların kommensal ve patojen M. haemolytica izolatlarının ayrımında kullanılabilecek epidemiyolojik kriter olabileceği ve konu ile ilgili yeni çalışmaların yapılması gerektiği, ayrıca M. haemolytica izolatlarında erm42, mphE, msrE genlerinin makrolid, strA geninin de aminoglikozid direncinden sorumlu genler olduğu ve total DNA'da tespit edilebildiği, tetH ve blaROB-1 genlerinin total DNA'da tespit edilemediği ve bu genlerin plazmid ve transpozon gibi ekstrakromozamal DNA'da belirlenebileceği, bundan dolayı antimikrobiyal direnç geni ile ilgili başka mekanizmaların araştırılmasına yönelik yeni çalışmaların yapılması gerekliliği sonucuna varıldı.
Sığır sütlerinden izole edilen koagulaz negatif stafilokoklarda makrolid-linkosamid direnci ve direnç ile ilişkili genlerin araştırılması
Bu araştırmada, sığırlarda mastitis olgularından izole edilen koagulaz negatif stafilokoklarda Makrolid-Linkosamid grubu antimikrobiyal maddelere duyarlılığın ve direnç genlerinin belirlenmesi amaçlandı. Bu amaçla sığır sütlerinden elde edilen 52 adet KNS izolatı kullanıldı. İzolatlarda; 15'i Staphylococcus capitis, 8'i S. equorum, 8'i S. haemolyticus, 5'i S. epidermidis, 4'ü S. pettenkoferi, 3'ü S. lugdunensis, 2'si S. warneri ve her birinde 1'er izolat olmak üzere, S. cohnii, S. pasteuri, S. vitulinus, S. hominis, S. xylosus, S. chromogenes ve S. kloosi olmak üzere 14 KNS türü identifiye edildi. 52 KNS izolatının 4'ü erythromycin; 1'i clindamycin, 4'ü azithromycin, 1'i spiramycin, 1'i tylosin, 7'sinin tulathromycine dirençli olduğu belirlenirken, 2'si clindamycin, 1'si azithromycin, 6'sının spiramycin, 5'inin tylosin ve 8'inin de tulathromisin'e orta dirençli olduğu tespit edildi. Eritromisin dirençli bulunan 4 izolatın 3'ünde indüklenebilir klindamisin direnci, eritromisine duyarlı diğer 2 izolatın 1'inde yapısal, diğerinde klindamisine orta direnç belirlendi. Erythromycin dirençli, ancak indüklenebilir klindamisin direnci bulunmayan 1 Staphylococcus capitis izolatında msrA ve msrB genleri ile birlikte mphA geni; erythromycin duyarlı, spiramisin, tylosin ve tulatromisine orta dirençli 1 S. capitis izolatında ise sadece mphA geni; erythromycin ve indüklenebilir klindamisin direnci bulunan 1 S. haemolyticus izolatında ermC geni ile birlikte mphA geni, 1 S. epidermidis izolatında ise sadece ermC geni; klindamisine orta dirençli 1 Staphylococcus epidermidis izolatında da mphA ve InuA geni belirlendi. Tylosin veya tulathromisine orta dirençli 2 S. haemolyticus ve tulathromisine orta dirençli 1 S. epidermidis ile tulathromisin dirençli 1 S. chromogenes izolatında mphA geni bulunurken, klindamisine dirençli S. hominis ve tulathromisin-tylosin dirençli Staphylococcus xylosus izolatında belirlenmedi. S. pasteuri izolatında ermC, mphA veya InuA genleri bulunmadı. Sonuç olarak; KNS izolatlarında belirlenen ML grubu antimikrobiyal direnç ve direnç ile ilişkili genlerin varlığının sığırlarda mastitiste önemli rol oynayabileceği kanaatine varılmıştır.
Bitlis bölgesinde koyun ve keçilerde Mycoplasma agalactiae'nın varlığının araştırılması
Bu araştırmada, Bitlis yöresinde süt çekilmesi, sütün azalması ve renk değişikliği gibi klinik semptom gösteren küçük ruminantlarda Mycoplasma (M.) agalactiae varlığının moleküler tekniklerle araştırılması amaçlandı. Bu amaçla Bitlis merkez ve ilçelerinde bulaşıcı agalaksi klinik semptomları gösteren hayvanlardan süt, kan, göz sıvabı, kulak sıvabı ve eklem sıvısından toplanan toplam 120 adet örnek çalışmada kullanıldı. Alınan örneklerin DNA izolasyonları, ticari DNA izolasyon kit protokollerine göre gerçekleştirildi. Daha sonra M. agalactiae tür spesifik olarak belirlenmiş 2 farklı primer çifti (polC ve uvrC) kullanılarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) aşaması gerçekleştirildi. polC gen bölgesi için süt örneklerinde %44.08, örneklerin tamamında ise %34.16 oranında pozitiflik saptandı. uvrC gen bölgesi için süt örneklerinde %36.55, örneklerinin tamamında ise %28.30 oranında pozitiflik saptandı. Her iki gen pozitif olan örneklerin tamamının keçi süt örneklerinden olduğu belirlendi. Sonuç olarak, her iki gen bölgesi için yapılan analizlerle tespit edilen pozitifliklerin büyük çoğunlukla her iki analiz için de uyumlu olduğunu gözlendi. Çalışma Bitlis bölgesinde M. Agalactiae'nın varlığının araştırıldığı ilk çalışma olma niteliğindedir. Etkenin bölgedeki yaygınlığını belirlemek için periyodik ve daha geniş alana yayılabilecek çalışmalara ihtiyaç bulunmaktadır. Ayrıca bölgede sirküle olan bulaşıcı agalaksi etkeninin kontrol altına alınmasına, eradikasyon stratejileri amacıyla daha ileri düzey moleküler çalışmaların yapılmasının uygun olduğu kanaatine varıldı.
Gökkuşağı alabalıklarından elde edilen Lactococcusgarvieae izolatlarının moleküler karakterizasyonu
Bu çalışma, Van ilinde faaliyet gösteren altı farklı gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss) üretim çiftliğinden izole edilen Lactococcus garvieae suşlarının mikrobiyolojik ve moleküler düzeyde karakterizasyonunu amaçlamaktadır. Seçilen çiftlikler bölgeye balık temin eden ve anaç balık üretimi yapan, yıllık periyodik üretim gerçekleştiren önemli üretim merkezleridir. Çalışmada, her çiftlikten klinik sem 6 adet balık örneği alınmış, böbrek dokularından TSA besiyerine ekimler yapılmıştır. Üreyen kolonilerden morfolojik ve biyokimyasal analizler (Gram boyama, katalaz, oksidaz, hareketlilik) gerçekleştirilmiş ve şüpheli kolonilerden DNA izolasyonu yapılmıştır. Real-Time PCR ile 16S rRNA bölgesi üzerinden L. garvieae tespiti sağlanmıştır. Pozitif örneklerde antibiyotik direnç genleri (TetA, FloR) ile virulans genleri (Hemoliz, Adhesive Pav) analiz edilmiştir. Sonuçlar, çiftlikler arasında genetik çeşitlilik farkları bulunduğunu ve özellikle antibiyotik direnç genlerinin yaygın olduğunu göstermiştir. Bu durum, bölgesel antibiyotik kullanım baskısına ve patojenitenin yayılımına işaret etmektedir. Çalışmanın çıktıları doğrultusunda, çiftlik bazlı filtrasyon sistemlerinin kurulması ve bakteriyel fauna bilgilerinin anonim olarak paylaşılması gibi öneriler sunulmuştur.
Yılan türlerinden izole edilen Pseudomonas ve Aeromonas türlerinin dağılımı ve direnç profillerinin belirlenmesi
Yılanlar antik dönemlerden beri insanlar için simgesel bir öneme sahip olan, ekosistemin vazgeçilmez parçalarıdır. Son yıllarda sürüngenlerin ve yılanların eşlikçi hayvanlar olarak bakılmaları bazı potansiyel riskleri beraberinde getirmektedir. Zoonoz karakterde olan Pseudomonas ve Aeromonas etkenleri yılanların normal mikrofloralarında bulunabilmekte ve etrafa saçılabilmektedir. Bu çalışmanın amacı; kapalı alanlarda barındırılan yılanlarda Pseudomonas ve Aeromonas etkenlerinin izolasyon oranlarının belirlenmesi ve antibiyotik direnç profillerinin değerlendirilmesini içermektedir. Bu amaçla İstanbul ili ve çevresinde bulunan hayvanat bahçelerinde barındırılan 13 farklı türde, 100 yılandan alınan kloakal sıvab örnekleri, İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuvarında Pseudomonas ve Aeromonas etkenleri yönünden incelenmiştir. İncelenen örneklerden Pseudomonas cinsine ait 47 izolat, Aeromonas cinsine ait ise 7 izolat saptanmıştır. Pseudomonas cinsine ait izolatlar; 22 (%46.8) P. aeruginosa, 23 (%48.9) P. putida, ve 2 (%4.2) Pseudomonas spp. olarak belirlenmiştir. Aeromonas cinsine ait izolat ise; 3 (%42,8) A. caviae, 3 (%42.8) A. veronii ve 1 (%14.2) A. hydrophila olarak saptanmıştır. İzolatların duyarlılıkları 21 antibiyotik için test edilmiş ve izolatlardan hiçbiri bu antibiyotiklere dirençli olarak saptanmamıştır. Toplamda 21 izolat enrofloksasine orta duyarlı [9 (%40.9) P. aeruginosa, 10 (%43.4) P. putida, 2 (%66.6) A. caviae] olarak belirlenmiştir. Bunun yanında 9 izolat [8 (%34.7) P. putida, 1 (%4.3) P. aeruginosa] meropeneme orta duyarlı olarak saptanmıştır. Dünya çapında yılanlarda Pseudomonas ve Aeromonas türleri ile ilgili çalışmalar sınırlı sayıdadır. Ancak bu etkenlerin zoonoz özellikleri ve antibiyotik dirençleri gözardı edilmemelidir.
Veteriner hekimlikte Coxiella burnetii'nin meta- ve bibliyometrik yöntemlerle analizi
Bu çalışma, 2000-2023 yılları arasında veteriner hekimlik alanındaki Coxiella burnetii araştırmalarını bibliyometrik ve meta-analiz yöntemleriyle değerlendirerek küresel düzeydeki seroprevalansı incelemiştir. Scopus ve WoS veri tabanları üzerinden toplam 182 araştırma makalesi analiz edilmiştir. Çalışmanın genel amacı, hayvanlarda C. burnetii'nin genel seroprevalansının farklı kıtalarda nasıl değiştiğini anlamak, C. burnetii'nin veteriner hekimlikteki güncel durumunu ortaya koymak ve gelecekteki araştırmalara rehberlik etmektir. Bibliyometrik analizler VOSviewer ve R studio programlarının bibliometrix ve biblioshiny paketleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Analizler, çalışmaların yıllara göre dağılımını, büyüme oranlarını, ülke bazında yayılımını, yazar ve kaynak analizlerini içermektedir. Meta-analiz için R programının "metafor" paketi kullanılarak yapılan çalışma, hayvanlarda C. burnetii'nin genel seroprevalansının farklı kıtalarda nasıl değiştiğini anlamak amacıyla gerçekleştirilmiştir. Analizler kıta bazında Afrika, Asya, Avrupa, Avustralya, Kuzey Amerika ve Güney Amerika olarak ve hayvan türü bazında büyükbaş, küçükbaş, pet, at, deve ve yabani hayvanlar olarak ayrılmıştır. Meta-analiz sonuçları, farklı kıtalardaki hayvan türleri üzerinde yapılan çalışmaların heterojen olduğunu ve C. burnetii seroprevalansının büyük ölçüde değişkenlik gösterdiğini vurgulamaktadır. Büyükbaşta %12.99, küçükbaşta %17.14, develerde %34.06, atlarda %7.16, petlerde %10.80 ve yabani hayvanlarda %9.64 oranında ortalama prevalans belirlenmiştir. Çalışma aynı zamanda bölgesel çapta yapılan araştırmalara odaklanarak hayvan türlerinin kıtalara göre de analizini sunar ve bölgelerdeki araştırmaların güçlü yanları ile noksanlıklarını tespit etmektedir; Analizlerde elde edilen yüksek heterojenite, her bir kıta ve ülkede daha fazla ve kapsamlı seroprevalans çalışmalarının yapılması gerekliliğini ortaya koymaktadır. Özellikle hayvan hareketliliği, kültürel ve çevresel faktörler gibi C. burnetii seroprevalansı üzerindeki etkilerinden dolayı, hastalığın daha ayrıntılı bir şekilde incelenmesi önerilmektedir. Bu noktada, uluslararası işbirliği ve veri paylaşımının teşvik edilmesi, ortak metodolojilerin benimsenmesi ve standartların oluşturulması, elde edilen verilerin karşılaştırılabilirliğini artırabilir ve bölgesel farklılıkları daha iyi anlamamıza olanak tanıyabilir.
Kedi ve köpeklerde Acinetobacter baumannii kolonizasyonunun belirlenmesi ve izolatların antibiyotik direnç profillerinin araştırılması
Bu çalışmada kedi ve köpeklerde A. baumannii kolonizasyonu ve direnç profilleri incelendi. Bu amaçla İstanbul Üniversitesi- Cerrahpaşa Veteriner Fakültesi, İç Hastalıkları Anabilim Dalı Kliniğine ve İstanbul'daki çeşitli veteriner kliniklerine koruyucu hekimlik çalışması için getirilen sağlıklı 100 kedi ve 100 köpekten alınan deri, ağız ve rektal sıvab örnekleri İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuvarında A. baumannii yönünden incelendi. İncelenen örneklerin 3'ünden A. baumannii izole edildi. Örneklerin alındığı toplam 100 kedi ve 100 köpekte A. baumannii izolasyon oranları; köpeklerde %2 (2 izolat), kedilerde ise %1 (1 izolat) olarak belirlendi. A. baumannii izolatlarının antibiyotik duyarlılık profilleri BD Phoenix 100 otomatize mikrobiyoloji sistemi ile gerçekleştirildi. Bu panelde sefotaksim ve tetrasiklin bulunmadığı için bu antibiyotiklere karşı duyarlılıkların incelenmesi amacıyla ek olarak disk difüzyon yöntemi ile antibiyotik duyarlılık testleri yapıldı. Duyarlılık testi sonuçlarına bir kedi ve bir köpekten elde edilen A. baumannii izolatlarının kullanılan tüm antibiyotiklere duyarlı olduğu saptandı. Yalnızca bir köpekten elde edilen örneğin amikasin, gentamisin, trimetoprim-sulfametoksazol ve sefotaksime orta duyarlı olduğu saptandı.
Köpek dışkılarından izole edilen Escherichia coli' lerde kolistin direncinin araştırılması
Bu çalışmada İstanbul'un çeşitli semtlerinde bulunan değişik yaş ve cinsiyette, evde beslenen 100 adet sahipli ve sağlıklı köpeğin dışkı örnekleri rektal svab yöntemiyle Kasım-Aralık 2023 tarihleri arasında toplandı. Toplanan örnekler E. coli varlığı yönünden konvansiyonel bakteriyolojik kültür yöntemi ile incelendi. MacConkey besiyerindeki görünümlerine göre 59 izolatın (%59) E.coli şüpheli koloni görünümüne sahip olduğu saptandı. Şüpheli izolatlara yapılan konvansiyonel biyokimyasal testler (katalaz, oksidaz, sitrat, indol, MR, üre, TSIA'da H2S oluşumu ve karbonhidrat fermentasyon testleri) sonucunda 59 izolatın E.coli olduğu belirlendi. Konvansiyonel yöntemlerle E.coli olduğu belirlenen 59 izolat BD Phoenix™ M50 cihazında da konfirme edildi. E. coli zolatlarının florokinolon, aminoglikozit, tetrasiklin, fenikol, sulfonamid, penisilin ve monobaktam grubu antimikrobiklere karşı duyarlılıkları saptandı. Elde edilen sonuçlarda üç ve/veya üçten fazla ilaç grubunda direnç saptanan 18 izolat çoklu ilaç direnci pozitif olarak kabul edildi. Kolistin direncinin doğrulanması amacıyla sıvı mikrodilüsyon yöntemi kullanıldı. Çalışmada köpek dışkı örneklerinden elde edilen 59 E.coli izolatında, kolistine karşı fenotipik direnç sadece 1 izolatta (%1,69) belirlendi. Bu çalışma sonucu, kolistin direnci saptanan E. coli'nin pet hayvanlarında kolonize olabileceğini ve bu hayvanlar ile insanlar arasında transfer edilebileceğini göstermektedir. Bulgular ayrıca, gıda hayvanları ve insanlara ek olarak, pet hayvanlarının kolistin dirençli E. coli rezervuarı olarak hizmet edebileceğini ve toplumda plazmid aracılı kolistin direncinin hızla gelişen epidemiyolojisine başka bir karmaşıklık katmanı eklediğini göstermektedir.
Mycoplasma capricolum subsp. capripneumoniae suşlarının hidrojen peroksit üretimi açısından değerlendirilmesi
Bu çalışmada Türkiye'nin farklı bölgelerinden kültürle Mycoplasma capricolum subsp. capripneumoniae (Mccp) saha izolatı elde etmek, yerel izolatların H₂O₂ üretimi açısından değerlendirilmesi ve elde edilecek DNA'lardan bulaşıcı keçi çiğer ağrısı (CCPP)'nın genetik profilinin belirlenmesi amaçlandı. Çalışma kapsamında Türkiye'de sahadan klinik belirti gösteren 190 adet keçiden (66 adet burun sıvabı, 123 adet akciğer ve bir adet plevra sıvısı) örnek toplandı. Toplanan örneklerden klasik yöntemle üç adet etken izolasyonu yapıldı. Örneklere uygulanan direkt PCR ile 13 adet Mccp spesifik DNA saptandı. Ayrıca Pendik Veteriner Kontrol Enstitüsü Müdürlüğü (PVKEM) kültür koleksiyonda bulunan üç adet izolat, bir adet Tacikistan saha izolatı ve Mccp F38 referans suş H₂O₂ üretim seviyeleri ve saha izolatlarıyla filogenetik yakınlığın belirlenmesi amacıyla çalışmaya dahil edildi. Sonuç olarak toplam 18 adet Mccp DNA'larına Sanger dizileme yöntemi uygulanarak filogenetik ağaç çizildi ve CCPP'nin Türkiye'deki genetik profili ortaya konuldu. Potansiyel aşı suşunu belirlemek amacıyla sekiz izolatın H₂O₂ üretim düzeyleri tespit edildi. En yüksek ve en düşük H₂O₂ üretimleri belirlenen izolatların H₂O₂ üretimleri bitinceye kadar pasajları yapıldı. H₂O₂ üretim düzeyleri belirlenen izolatlar Türkiyede yapılacak CCPP aşı geliştirme çalışmalarında kullanılması amacıyla PVKEM kültür koleksiyonuna kaldırıldı. Bu çalışma ulusal ve uluslararası literatüre katkı sağlacak ve gelecekte yapılacak CCPP aşı çalışmalarına ışık tutacaktır.
Mastit olgularından izole edilen Streptococcus uberis izolatlarının antibiyotik direnç profillerinin moleküler yöntemlerle incelenmesi
Mastit, süt sığırı işletmelerinde önemli ekonomik kayıplara neden olan, toplum sağlığı açısından önem arz eden bir enfeksiyondur. Sütün kalite ve veriminin azalmasının yanında antibiyotiklere dirençli bakterilerden kaynaklanan olgularda tedavi seçenekleri de sınırlanmaktadır. Streptococcus uberis, mastitin en önemli etkenlerinden biridir. Bu çalışmada Ege bölgesi illerinde (İzmir, Manisa, Aydın, Denizli, Kütahya) farklı süt sığırı işletmelerindeki mastitli 300 hayvandan toplanan 1200 süt örneğinde S. uberis varlığının araştırılması ve izolatların fenotipik ve genotipik olarak antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi amaçlandı. Örnek toplanan 300 ineğin 22 (%7,33)' sinde S. uberis izole edildi. İzolatların fenotipik olarak tetrasikline %77,3, eritromisine %27,3, neomisine %22,7, trimetoprim/sulfametaksazole %13,6, kanamisine %4,5 oranında dirençli oldukları belirlendi. İzolatların %13,6'sında çoklu antibiyotik direnci saptandı. Genotipik direnci belirlemek amacıyla yapılan PCR sonucunda izolatların tümünün pbp1B ve pbp2A, %95,4' nün pbp2B taşıdığı, %77,3' ünün blaTEM, %63,6' sının ermB, %59,1' inin tetM, %22,7'sinin gyrA gen bölgesini içerdiği belirlendi. Çalışma sonucunda S. uberis' in Ege Bölgesi illerinde streptokokkal mastit etkenleri arasında en sık karşılaşılan ve bölgede mastit oluşumunda etkili bir patojen olduğu ortaya kondu. Mastit tedavisinde yaygın olarak kullanılan penisilin ve tetrasikline karşı direncin izolatlarda yüksek oranda bulunması, günümüzde aşılması zor bir engel haline gelen antibiyotik direncinin önemini doğrular niteliktedir. Fenotipik ve genotipik direnç profilleri arasındaki uyumsuzluklar direncin yalnızca genin varlığına değil, aynı zamanda gen ekspresyonuna ve çevresel faktörlere de bağlı olabileceğini düşündürmektedir. Bu nedenle, ilerleyen çalışmalarda gen ekspresyon analizleri, transkripsiyon regülasyonunu incelelemeye yönelik moleküler testler fenotipik ve genotipik direnç farklılıklarının azaltılmasına katkı sağlayacaktır.
Yerleşik (şehirlerde) yaşayan yabani kuşlarda termofilik kampilobakter türlerinin prevalansı ve izolatların antimikrobiyal profillerinin belirlenmesi
Bu doktora tezinde, İstanbulda insanlarla iç içe yerleşik yaşayan yabani kuşlarda termofilik kampilobakter türlerinin prevalansının belirlenmesi, izole edilen suşların tür dağılımınının ortaya konulması ve bunların antimikrobiyal direnç profillerininin karakterize edilmesi amaçlandı. Çalışmada, İstanbul'un çeşitli bölgelerinden (kıyı şeritlerinde yaşayan karga ve martılar, şehir merkezindeki turistik bölgelerde yaşayan güvercinler) insanlarla iç içe yerleşik yaşayan yabani kuşlara ait 150 adet taze dışkı örneği tesadüfi örnekleme yöntemiyle toplandı. Kampilobakter izolasyonu için mCCDA agara ekimler yapıldı ve biyokimyasal testlerle Campylobacter spp olarak belirlenen şüpheli izolatlar PCR ile identifiye edildi. İzole edilen suşlarının fenotipik ve genotipik antimikrobiyal duyarlılık profilleri belirlendi. İstanbul'da insanlarla iç içe yerleşik yaşayan yabani kuşların dışkı örnekleri konvansiyonel yöntemlerle incelendiğinde 2/150 (%1,33)'sinden Campyobacter spp. izole edildi. olarak inceleme örneklerinden elde edilen DNA'lara uygulanan mPCR sonucunda ise 15/150'sinde (%10) 16 adet Campylobacter spp. bulundu. Bunların 14'ü (%93,3) C. coli, 2'si (%12,5) C. jejuni olarak identifiye edildi. 127 güvercinin 11'inde (%8,66) kampilobakter tespit edilirken 10'u (%7,87) C. coli, 2'si (%1,57) C. jejuni; 22 martının 4'ünden (%18,18) kampilobakter tespit edilirken tümü C. coli olarak identifiye edildi. Örnek toplanan bölgeler açısından karşılaştırıldığında Campylobacter spp görülme sıklığı en fazla Beyazıt Meydanında (%60) daha sonra ise Küçükçekmece Sahilinde (%40) oldu. Yapılan antimikrobiyal duyarlılık testleri ve tet(O), aphA-3 ve gyrA genlerinin varlığı yönünden yapılan PCR sonucunda her 2 izolatta da gyrA genine rastlanırken tet(O) ve aphA-3 genleri saptanmadı. Bu tez çalışması, İstanbul'da yerleşik yaşayan yabani kuş popülasyonlarının termofilik kampilobakter türleri için önemli bir rezervuar olduğunu ve potansiyel halk sağlığı riski taşıdığını ortaya koydu. Ancak, elde edilen izolatların hiçbirinde antimikrobiyal direncin tespit edilmemesi, bu popülasyonlardaki kampilobakter suşlarının mevcut antibiyotiklere karşı duyarlılığını koruduğunu gösterdi. Bu bulgular, zoonotik bulaşma risklerini azaltmak ve antimikrobiyal direncin yayılımını izlemek için sürveyans programlarının önemini vurguladı.
Kafes kuşlarında enterokok izolasyonu ve antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi
Entrokoklar, kanatlı hayvanların sindirim sisteminde yaygın olarak bulunur ve çoklu ilaca direnç geliştirme ile virülans genleri taşıma kabiliyetleri nedeniyle hem hayvan hem de insan sağlığı için önemli bir tehdit oluşturur. Bu çalışmada, İstanbul ilinin farklı bölgelerin de bakılan kafes kuşlarından gaita örnekleri toplanarak Enterococcus izolasyon ve identifikasyonunun yapılması, elde edilen Enterococcus türlerinin fenotipik ve genotipik antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi ve virulans genlerinin araştırılması amaçlandı. Eylül 2024 – Aralık 2025 tarihleri arasında kafes kuşlarında toplam 100 gaita örneği toplandı. Örnekler İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na soğuk zincirde ulaştırıldı. Kültürü yapılan 100 gaita örneğinin 66'sında üreme görüldü ve toplamda 71 izolat elde edildi. İzolatların 43'ünün E. faecalis, 17 sinin E. faecium, 6'sının E. gallinarum ve 5 izolatın E. hirae olduğu belirlendi. Fenotipik olarak ampisilin, vankomisin, teikoplanin, kloramfenikol, siprofloksasin, eritromisin, enrofloksasin, tilosin, linkomisin/spektinomid, tetrasiklin, streptomisin, gentamisin, kanamisin ve klindamisine karşı sırasıyla %5,63, %18,31, %23,94, %29,58, %33,80, %39,44, %49,30, %50,70, %57,75, %67,61, %78,87, %78,87, %92,96 ve %92,96 oranında antibiyotik direnci belirlendi. Bu izolatların 69'unda çoklu antibiyotik direnci belirlendi. İzolatlarda %4 oranında vanB antibiyotik direnç geni belirlenirken, vanA, vanC1, vanC2/3 ve vanD genlerini taşımadığı saptandı. Makrolid genlerinden ermA %4, ermB %25 oranında ve tetrasiklin genlerinden tetM %23, tetL %27 oranında belirlendi. Virülans genlerinden gelE %78,9, ace %60,5 ve hyl %21,1 oranında pozitiflik gösterirken, esp, agg ve cylA genleri açısından negatif oldukları belirlendi. Sonuç olarak, İstanbul'daki kafes kuşlarının çoklu ilaca dirençli Entrokoklar bakterileri için önemli bir rezervuar olduğunu, zoonotik risk taşıdığını ve bölgedeki antibiyotik direncinin izlenmesi ile önleyici stratejilerin geliştirilmesi gerektiği kanısına varıldı.
Sığır tüberküloz ve paratüberküloz enfeksiyonlarının antemortem tanı yöntemleriyle ayrımı
Bu tez çalışmasında, Tüberküloz şüpheli işletmelerde bulunan hayvanlara, Sığır Tüberkülozunun antemortem tanı ve ayrımında kullanılan tüberkülin deri testleri (PPD bovine ve avian) sonuçlarından yola çıkılarak, Paratüberküloz enfeksiyonu teşhisi koymak için serolojik olarak incelendi ve fekal bakteriyoskopi yapıldı. Ayrıca Türkiye'de endemik olarak görülen Sığır Tüberküloz hastalığının antemortem tanı yöntemleri karşılaştırılıp, gama interferon testinin sensitivite ve spesifite değerleri belirlenerek Sığır Tüberküloz hastalığının eradikasyon çalışmalarına katkı sağlayacak verilerin elde edilmesi amaçlandı. Bu kapsamda;, Çankırı/Çerkeş ilçesinden 1, Çorum/Merkez ilçesinden 1, Ankara/Sincan ilçesinden 1, Eskişehir/Odunpazarı ilçesinden 1 ve Konya/Ereğli ilçesinden 1 işletme olmak üzere Tüberküloz şüpheli toplam 5 süt sığır işletmesinde bulunan 423 adet sığıra intradermal tüberkülin testi uygulandı ve bu test altın standart metot olarak belirlenerek, IFN-γ testinin sensitivitesi % 86, spesifitesi % 97 olarak belirlendi. Paratüberküloz enfeksiyonunun tanısı için bu hayvanlara antikor ELISA , fekal bakteriyoskopi ve IFN-γ ELISA yapıldı ve bu testlerin prevalansları sırasıyla % 10,4, % 5,44 ve % 4,96 bulundu ve sığırlardan 4 (%0,95)'ü Map enfeksiyonu tanı yöntemlerinin her birine pozitif sonuç verdi. Ayrıca intradermal PPD aviana pozitif reaksiyon veren 14 sığır PTB enfeksiyonu yönünden şüpheli kabul edildi ve bu sığırlardan 5 (%35,71)'i antikor ELISA'da, 6 (%42,86)'sı fekal bakteriyoskopide, 3 (%21,43)'ü IFN-γ ELISA'da PTB enfeksiyonu yönünden pozitif sonuç verirken, 2 sığırın (%14,29) tüm test sonuçlarında pozitiflik görüldü. Sonuç olarak; Sığır Tüberkülozu antemortem tanısında, intradermal tüberkülin test sonuçlarına benzer sonuçlar veren IFN-γ testininde kullanılabileceği ve Tüberküloz şüpheli sürülerde her iki testin birlikte yapılması çok daha fazla Tüberküloz enfekte hayvanı tespit edelebileceği ancak saha taramalarında kullanımının sınırlı olacağı kanısına varıldı. Tüberküloz enfeksiyonunun tanısı için yapılan karşılaştırmalı intradermal tüberkülin testinde PPD aviana pozitif reaksiyon veren hayvanların Paratüberküloz tanısı için kullanılan diğer testlerle desteklenerek nonspesifik reaksiyonların ortaya çıkarılmasında ya da PTB enfekte hayvanların tespit edilmesinde belirleyici rol oynadığı görüldü. Anahtar Sözcükler: ELISA, Gama-İnterferon, Mycobacterium bovis, Paratüberküloz, Sığır
Clostridium tetani toksoidine karşı tavuk yumurtasından immunoglobulin-Y (IgY) üretimi, saflaştırılması ve serolojik olarak spesifikliğinin belirlenmesi
Tetanoz, Clostridium tetani tarafından üretilen tetanospazmin (TeNT) nörotoksininin neden olduğu, insanlar ve birçok hayvan türü için yaşamı tehdit eden bakteriyel bir hastalıktır. Hastalığın teşhisi ve tedavisinde farede üretilen, kullanımının homojenlik ve özgüllük gibi çeşitli avantajları olan monoklonal antikorlar kullanır. Buna karşılık, poliklonal antikorların, özellikle kümes hayvanlarından ekstrakte edilen IgY'nin dikkate değer bir özelliği, memeli (IgG) antikorlarından daha fazla miktarda elde edilmesidir. Bu tez çalışmasında, Geçit Kuşağı Tarımsal Araştırma Enstitüsü bünyesinde 2015 yılından beri ıslah çalışmaları yürütülen ve 2020 yılında T.C. Tarım ve Orman Bakanlığı tarafından ırk tescili yapılan 'Anadolu-T' ırkı etçi tavukların saf hatları kullanılmıştır. Tesadüfi olarak seçilen 22 haftalık yaştaki tavuklar, C. tetani toksoidi + adjuvant (FCA/FIA) ile göğüs kasından enjeksiyon yolu ile immunize edildi ve 4 hafta aralıklarla iki hatırlatma enjeksiyonu yapılarak immunizasyon işlemi tamamlandı. Aşılama öncesinde ve 14 gün sonrasında aşılanan hayvanların kanat venlerinden kan alındı ve total antikor titreleri ELISA yöntemi ile ölçüldü. Son bağışıklamadan 14 gün sonra alınan kan örneklerinin serumlarında total antikor titreleri en yüksek seviyeye ulaştığı görüldü. İmmunize edilen ve edilmeyen tavukların yumurtalarından non-invaziv şekilde PEG (6000) ekstraksiyon protokolü kullanılarak IgY antikorları izole edildi. Saflaştırılmış anti-C. tetani IgY antikorlarının moleküler ağırlığı SDS-PAGE analizi ile belirlenerek jel üzerinde uygun ve beklenen konumda görüntülendi. Ardından western blot analizi sonucunda elde edilen görüntüler, izole edilen IgY antikorlarının varlığını doğruladı. Varlığı doğrulanan IgY antikorların anti-C. tetani IgY olduklarını ispatlayabilmek için agar jel immunodifüzyon (AGID) ve çabuk lam aglütinasyon testi yapıldı. AGID test sonucunda izole edilen C. tetani spesifik IgY'ler ile tetanoz toksoidi arasında oluşan presipitat görüntüsü ve çabuk lam aglütinasyon testinde tipik kümeleşmelerin oluşumu, elde edilen yumurta sarısı antikorlarının C. tetani toksoidine spesifik olarak üretildiğini serolojik olarak belirlemiş oldu.
Listeria ivanovii'nin sahada hızlı tanısına yönelik LAMP tekniği geliştirilmesi
L. ivanovii, ruminantlarda abort, ölü doğum ve neonatal septisemiye neden olan önemli bakteriyel patojenlerden biridir. L. ivanovii, bir sürü içerisinde hızlı bir şekilde yayılabilir. Sürü içerisinde daha fazla sayıda duyarlı hayvanın infekte olmaması için etkenin hızlı tanısı önemlidir. Tez çalışmasında, L. ivanovii'nin saha şartlarında hızlı ve duyarlı tanısına olanak sağlayan bir LAMP yöntemi geliştirilmesi amaçlanmıştır. Tez çalışmasında öncelikle L. ivanovii hemD genine spesifik 6 adet LAMP primeri tasarlanmıştır. Geliştirilen LAMP tekniğinin spesifitesinin ve sensitivitesinin değerlendirilmesi için çalışmalar yapılmış ve tekniğin sensitivitesi, aynı örneklerle, aynı geni hedef alarak gerçekleştirilen gerçek zamanlı PCR ile karşılaştırmalı olarak değerlendirilmiştir. Spesifite çalışmaları sonucunda, LAMP tekniğinin sadece L. ivanovii suşlarına ait DNA'lar ile pozitif sonuç verdiği tespit edilmiştir. Sensitivite çalışmalarında, LAMP tekniğinin ilk uygulaması, LAMP kitinin kullanım kılavuzunda belirtildiği şekilde gerçekleştirilmiş ve LAMP tekniği, gerçek zamanlı PCR tekniğine göre daha düşük duyarlılık göstermiştir. Bu nedenle, bir optimizasyon çalışması yapılmış ve LAMP tekniği için optimal reaksiyon koşulları belirlenmiştir. Optimal LAMP tekniğinin, bakteri sulandırmalarında ve yapay kontamine fötal karaciğer, kotiledon ve fötal mide içeriği örneklerinde ekstraksiyona giren hedef bakteri sayısı yönünden saptama limitleri, sırasıyla, 25 x 102 kob/25 μl, 25 x 103 kob/25 mg, 25 x 102 kob/25 mg ve 25 x 102 kob/25 mg olarak ve reaksiyona giren hedef bakteri sayısı yönünden saptama limitleri, sırasıyla, 37,5 kob/3 μL, 375 kob/3 μL, 37,5 kob/3 μL ve 37,5 kob/3 μL olarak tespit edilmiştir. Bu sonuçlar, tekniğin duyarlılığının ekstraksiyona giren hedef bakteri sayısı yönünden gerçek zamanlı PCR tekniği ile benzer olduğunu, reaksiyona giren hedef bakteri sayısı yönünden ise LAMP tekniğinin daha duyarlı olduğunu ortaya koymuştur. Kolorimetrik bir LAMP kiti kullanılarak optimizasyon sonrasında tekniğin validasyonu yapılmış ve oluşan amplifikasyon ürünleri çıplak gözle değerlendirilmiştir. Böylece, geliştirilen LAMP tekniğinin sahada uygulanabilirliği ortaya koyulmuştur. Ayrıca, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Rutin Teşhis Laboratuvarı'na gönderilen 50 adet saha numunesi ile tekniğin validasyon çalışması yapılmış ve bu örneklerin 2'sinde L. ivanovii saptanmıştır. Sonuç olarak, tez çalışmasında L. ivanovii'nin sahada tanısı için spesifik ve duyarlı bir LAMP tekniği geliştirilmiştir. Literatür incelemelerinde, Veteriner Mikrobiyoloji alanında ilk kez, genel literatürde ikinci kez L. ivanovii'nin saptanması için geliştirilmiş bir LAMP tekniği olduğu görülmüştür. Bu nedenle, sunulan tez çalışmasının literatüre katkı sağlayacağı düşünülmektedir.
Hindilerden izole edilen lactobacillus türlerinin probiyotik özelliklerinin araştırılması
Amaç: Bu araştırmada hindi ileum içeriğinden izole edilmiş olan probiyotik bakterilerden biri olan Lactobacillus spp. türlerinin probiyotik özelliklerinin incelenmesi ve hindi gelişimine olan katkısının incelenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: 2021 yılı Kasım ve Aralık aylarında özel bir kesimhaneden toplanan 50 adet ileum içeriği, Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuvarına soğuk zincirde teslim edilerek, selektif besiyerlerine ekimi yapılarak inkubasyona bırakıldı. Markiewicz ve Biedrzycka (2005) 'nın çalışmalarında uyguladıkları PCR tekniğiyle, şüphelenilen kolonilerden cins ayrımı yapıldı. İzole edilen bakterilerin safra dirençliliklerini test etmek amacıyla safra tolerans testi uygulandı. pH tolerans testiyle de izolatların pH dirençlilikleri belirlendi. Kongo kırmızısı içeren MRS agara ekim yapılarak izolatların hidrofobisitelerine bakıldı. Kirby Bauer Disk Difüzyon tekniği ile de antibiyogram testi uygulanarak antibiyotik direnç mekanizmaları incelendi. Bulgular: Araştırmada kullanılan kesim yaşına yaklaşmış 50 hindiden alınan ileum içeriklerinden hazırlanan spesifik besiyerlerine yapılan ekimler sonucunda, anaerobik koşullarda 35°C'de 48 saat boyunca inkube edildikten sonra geliştirilen izolatların sadece 27'sinde bakteriyel üreme görüldü. Bu 27 örneğin 6'sında da PCR testi sonucunda cins bazında Lactobacillus acidophilus tespit edildi. Safra tolerans testinde %0,5 konsantrasyonlarındaki safrada sadece 3 izolatın %100 dirençli olduğu gözlendi. pH tolerans testinde ise pH 5'e maruz kalan izolatlardan sadece ikisinin %100 dirençli olduğu saptandı. Tüm Lactobacillus spp. izolatlarının sadece 7 tanesinin non-hidrofobik, Lactobacillus acidophilus izolatlarının ise sadece ikisinin non-hidrofobik olduğu gözlendi. Kirby Bauer Disk Difüzyon Tekniği ile yapılan antibiyogram testi sonucunda ise Lactobacillus spp. izolatlarının üç grup antibiyotiğe karşı yüksek dirençlilik gösterdiği, birine karşı ise oldukça duyarlı olduğu gözlendi. Lactobacillus acidophilus izolatlarının ise üç grup antibiyotiğe karşı oldukça dirençli olduğu; diğer dört gruba karşı ise oldukça duyarlı olduğu tespit edildi. Sonuç: Bu çalışmanın sonucunda; izolatlarda safra oranı arttıkça probiyotiklerin canlılık oranlarında azalma olduğu, pH oranı ise nötre yaklaştıkça canlılığının arttığı gözlendi. Elde edilen sonuçlar, L. acidophilus ve Lactobacillus spp. izolatlarının çoklu antibiyotik direnci gösteren suşlarının probiyotik olarak kullanılabilir özellikte olduğunu ve hindi sindirim kanalının gelişiminde önemli rol oynadığını göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus spp., probiyotik.
Beymelek lagünü su ve balık örneklerinden izole edilen bakterilerde antibiyotik direnç genlerinin tespiti
Amaç: Bu araştırma doğal sucul ortamlardan biri olan Beymelek lagünündeki su ve balık örneklerinden izole edilen bakterilerde en sık karşılaşılan antibiyotik direnç genlerinin varlığının tespiti amacıyla yapılmıştır. Gereç ve Yöntem: Araştırma Antalya ili Demre ilçesi sınırlarında bulunan Beymelek lagününün beş farklı noktasından iki farklı dönemde alınan su örnekleri ve lagün deniz bağlantı noktasından elde edilen balık türleri ile gerçekleştirilmiştir. Su ve balık örneklerinden izole edilen bakteriler tanımlandıktan sonra belirlenen 16 gen için PCR işlemi uygulanmıştır. Su numunelerinin alındığı noktalarda sıcaklık, pH ve tuzluluk değerleri ölçülmüş ve elde edilen veriler doğrultusunda bakterileri türleri ve seçilen antibiyotik direnç genleri varlığı kıyaslanmıştır. Bulgular: Şubat ayında alınan su örneklerinden 16, ağustos ayı örneklerinden ise 12 bakteri suşu izole edilmiştir. Sıcaklık ve tuzluluğun artması bazı bakterilerin izole edilmesini desteklerken, toplam bakteri sayısında azalmaya neden olmuştur. Hem su örneklerinden hem de balıklardan ortak olarak izole edilen bakteri türleri Pseudomonas luteola, Pseudomonas stutzeri, Kocuria kristinae ve Kocuria rhizophila iken, su örneklerinden ortak olarak izole edilen bakteriler Micrococcus luteus ve Kocuria rhizophila olmuştur. 38 bakteri suşunda bakılan 16 antibiyotik direnç geninden yalnızca intI1, blaTEM, ermB, sul1, sul2 ve tetW genleri izole edilmiştir. Sonuç: Bu çalışmada çevre kökenli bakterilerde antibiyotik direnç geni varlığı teyit edilmiştir.
İshalli sığırlarda eschericiıa fergusonii varlığının ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Araştırmamızda E. fergusonii etkenlerinin, yetiştiriciliği yapılan sığır populasyonlarında fenotipik ve genotipik olarak belirlenmesi ve antibiyotik duyarlılıklarının saptanması amaçlanmıştır. Araştırma materyalini oluşturan hayvanlar sığır yetiştiriciliği yapılan çiftliklerden temin edilmiş, toplam 100 adet ishal şikayeti olan hayvandan rektal svap alınmıştır. Alınan svaplar, soğuk zincirde vakit kaybetmeden Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalına getirildikten sonra 5 ml Tryptic Soy Broth (TSB) içeren tüplerde 37°C'de 24 saat inkube edilmiştir. TSB'de yapılan ön inkubasyondan sonra her bir sıvı besiyerinden bir öze dolusu süspansiyon alınarak % 4 adonitol ilaveli Simmon Citrate Agara ekimi yapılmış, 37°C'de 24 saat inkube edilmiştir. Üreme gözlenen kolonilerden adonitol pozitif olan koyu sarı ve turuncu koloniler seçilerek Sorbitol-MacConkey agara ekim yapılmıştır. 37°C'de 24 saat inkube edilen SMAC agarda sorbitol fermente etmeyen şeffaf Gram negatif küçük kokobasil koloniler seçilerek saflaştırıldıktan sonra biyokimyasal özeliklerinin belirlenmesi için API 20E test kiti ile değerlendirilmiştir. API testi sonucunda toplam 49 adet E. coli izole ve identifiye edilmiştir. API 20E identifikasyon testleri sonucu E. coli olarak adlandırılan izolatların kontrol geni olan E. coli uidA ile moleküler olarak doğrulanmış, ayrıca Efer 13 e Efer YP primerleri ile yapılan moleküler identifikasyon sonucunda, çoklu ilaca dirençli E. fergusonii suşlarının bulunduğu ve bu suşların da uidA geni taşıdığı tespit edilmiştir. API 20E identifikasyon testleri sonucu E. coli olarak adlandırılan izolatların kontrol geni olan E. coli uidA ile moleküler olarak doğrulanmış, ayrıca Efer 13 e Efer YP primerleri ile yapılan moleküler identifikasyon sonucunda, çoklu ilaca dirençli E. fergusonii suşlarının bulunduğu ve bu suşların da uidA geni taşıdığı tespit edilmiştir. Antibiyogram testi sonucunda Saha suşlarına karşı kullanılabilecek etkili antibiyotikler olarak Amoksisilin-Klavulanik Oksitetrasiklin, Florfenikol ve Sefaperazon belirlenmiştir.
Mastitisli sığır sütlerinden izole edilen candıda türlerinin moleküler tanısı
Sığır mastitisi, süt endüstrisinin ekonomik açıdan önemli ve Candida cinsine ait mayaların etiyolojik etkenler olarak katılabileceği en yaygın hastalıklardan birisi olarak bilinmektedir. Bu çalışmada, subklinik mastitisli sığır sütlerinden Candida türlerinin izolasyonu, izolatların geleneksel yöntem, kromojenik agar ve sekans analizi kullanılarak identifikasyonlarının yapılması amaçlandı. Çalışmanın materyalini 20 süt sığırcılığı işletmesindeki 280 subklinik mastitisli ineğe ait 400 süt örneği oluşturdu. Süt örneklerinden %24,0 (96/400) oranında Candida spp. izole edildi. Geleneksel yöntem ile izolatların %16,7 (16/96)'si Candida albicans olarak identifiye edilirken %83,3 (80/96)'ü non-albicans olarak belirlendi. Kromojenik agar kullanılarak izolatların %49,0 (47/96) [%21,9'u (21/96) Candida krusei, %17,7 (17/96)'si C. albicans, %9,4 (9/96)'ü Candida tropicalis)]'nun identifikasyonu yapılırken; izolatların %51,0 (49/96)'inin identifikasyonu yapılamadı. Sekans analizi sonucunda ise izolatların %22,9 (22/96)'unun Candida parapisilosis, %21,9 (21/96)'unun C. krusei, %19,8 (19/96)'inin Candida keyfr, %16,7 (16/96)'sinin C. albicans, %9,4 (9/96)'ünün C. tropicalis, %4.2 (4/96)'sinin Candida glabrata, %3,1 (3/96)'inin Candida guilliermondii, %1,0 (1/96)'inin Candida lipolytica, %1,0 (1/96)'inin Trichosporon asahii olduğu tespit edildi. Bu çalışmada subklinik mastitisin etiyolojisinde çok farklı Candida türlerinin rol oynayabileceği; ancak, bu bölgede enfeksiyona neden olan ana maya türlerinin non-albicans Candida türler belirlendi. Candida izolatlarının identifikasyonlarında moleküler yöntemlere göre daha düşük maliyetli ve kolay uygulanabilir olan geleneksel yöntem ile C. albicans'ın; kromojenik agar ile C. krusei, C. tropicalis ve C. albicans türlerinin identifiye edilebildiği; diğer Candida türlerinin identifikasyonlarında moleküler yöntemler ile daha başarılı sonuçlar alındığı saptandı. İyi hijyen ve sağlık uygulamaları ile antibiyotiklerin dikkatli kullanılmasının sığır mikotik mastitis insidensini düşüreceği düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Candida, subklinik mastitis, identifikasyon, geleneksel yöntem, kromojenik agar, sekans analizi
Mastitisli ineklerden izole edilen candida albicans izolatlarında virülens faktörlerinin belirlenmesi
Son yıllarda sığır mastitisinin etiyolojisinde mayaların önemi giderek artmaktadır. Bu çalıĢmada mastitisli ineklerden toplanan süt örneklerinde Candida albicans‟ın neden olduğu mastitis prevalansının belirlenmesi, C. albicans‟ın fenotipik ve genotipik yöntemlerle identifikasyonu ve virülens faktörlerinin saptanması amaçlandı. Bu amaçla anket sonuçlarına göre mastitis problemi bulunan 20 süt sığırı iĢletmesinden 178 hayvandan 686 süt örneği toplandı. Bu örneklerden 49 maya izolatı elde edildi. Fenotipik testlerle (germ tüp testi, klamidospor oluĢumu, kromojenik besiyerinde ve 45°C‟de üreme) 5 izolat Candida albicans olarak identifiye edildi. Fenotipik testlerle C. albicans olduğu saptanan 5 izolat, C. albicans CALB1 genine spesifik primerler kullanılarak yapılan PZR ile doğrulandı. C. albicans izolatlarında adhezyondan (ALS1) ve fosfalipaz (PLB1) üretiminden sorumlu virülens genleri araĢtırıldı. Ġzolatların 2 (%40)‟sinde ALS1 ve PLB1, 1 (%20)‟inde ALS1 ve 1 (%20)‟inde PLB1 genleri saptanırken, 1(%20) izolatta her iki genin de bulunmadığı belirlendi. C. albicans izolatlarının tüp adherens yöntemiyle biyofilm oluĢturma özellikleri incelendiğinde 3 (%60) izolatın güçlü pozitif, 1 (%20) izolatın zayıf pozitif ve 1 (%20) izolatın ise negatif olduğu belirlendi. Sonuç olarak, bu çalıĢma ile mastitisli ineklerden izole edilen C. albicans izolatlarında önemli virülens genleri olan ALS1 ve PLB1 genleri ve biyofilm oluĢumu belirlendi. Anahtar Kelimeler: Biyofilm, Candida albicans, Mastitis, Virülens genleri
Sığır, koyun ve keçi sütlerinden izole edilen staphylococcus aureus izolatlarında metisilin ve antiseptik direnç genlerinin araştırılması
Çiftlik hayvanlarından mastitis etkeni olarak en sık izole edilen patojenlerin başında Staphylococcus aureus gelmektedir. Antibiyotiklere karşı hızla direnç geliştiren Staphylococcus aureus antiseptik ve dezenfektanlara da direnç geliştirmektedir. Direnç genlerini hem kendi türlerine, hem de diğer bakterilere aktarabildikleri için önemli sorunlara yol açmaktadır. Bu çalışmada, Burdur ili ve çevre köylerinde sığır, koyun ve keçilerden toplanan süt örneklerinden fenotipik testler ile S. aureus olarak tanımlanan kolonilerin, genotipik olarak polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile doğrulanması, S. aureus izolatlarında metisilin ve antiseptik direnç genlerinin tespit edilmesi ve antibiyotik duyarlılıklarının incelenmesi amaçlandı. Bu amaçla mastitis problemi bulunan işletmelerden 257 hayvandan (90 sığır, 107 keçi, 60 koyun) 694 adet süt örneği toplandı. Fenotipik testler ile (Gram boyama, katalaz, koagülaz, mannitol salt agar, DNase) 75 izolat S. aureus olarak tanımlandı ve 60'ı nuc genine spesifik primerler kullanılarak yapılan PZR ile S. aureus olarak doğrulandı. Bu izolatlarda metisilin (mecA, mecC) ve antiseptik (qacA/B,smr) direnç genlerinin varlığı PZR ile araştırıldı. İneklerden izole edilen S. aureus suşlarından 1'inde mecA geni tespit edilirken, S. aureus izolatlarında mecC geni saptanamadı. S. aureus izolatlarının 3'ünde qacA/B geni, 2'sinde ise smr geni belirlendi. Yapılan antibiyotik duyarlılık testleri sonucunda fenotipik olarak S. aureus olduğu tanımlanan 60 izolatın 24'ü sefkuinoma, 21'i penisiline, 9'u ampisilin sulbaktama 7'si oksitetrasikline, 6'sı amoksisilin klavulanik aside, 3'ü seftiofura, 2'si oksasiline, 1'i sefaperazona, 1'i sefoksitine dirençli bulundu. Sonuç olarak bu çalışma ile, S. aureus izolatlarında metisilin ve antiseptik direnç genlerinin düşük oranda saptanması, Burdur ili ve çevre köylerinde metisilin ve antiseptik direnç genlerinin henüz problem olmadığı, ancak bu bakterinin zoonotik öneme sahip olması nedeniyle halk sağlığı açısından önemli olabileceği kanaatine varılmıştır.
Hayvan, gıda ve çevre örneklerinden lısterıaların izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu
Bu çalışma, Şubat 2007-Ocak 2008 tarihleri arasında Elazığ ve çevresinde yapıldı. Sığır ve koyunlardan, süt ve peynirlerden ve bu hayvanların yetiştirildiği çevrelerden 12 ay boyunca örnekler toplanarak listeriaların varlığı araştırıldı. Bölgedeki listeriaların varlığının mevsimsel dağılımı ortaya konuldu. İzole edilen L. monocytogenes suşlarının moleküler tiplendirilmesi yapılarak, profil dağılımı ortaya konuldu. Ayrıca L. monocytogenes suşları ile hayvan, gıda ve çevre olguları arasındaki ilişkiler araştırıldı.Elazığ ve çevresinden seçilen 6 sığır ve 5 koyun işletmesinden süt, peynir, su, yem, süt tankı, fekal ve çevresel örnekler toplandı. Bu çalışmada sığır çiftliklerinden 415, koyun çiftliklerinden de 304 adet olmak üzere toplam 719 adet örnek incelendi. Bu örneklerin dağılımı 132 adet (72 adet sığır, 60 adet koyun) gaita, su, yem, çevre, 106 adet süt (75 adet sığır, 35 adet koyun), 57 adet peynir (28 adet sığır, 29 adet koyun), 28 adet sığır süt tankı svabı şeklinde oldu.Süt ve süt ürünlerinde listeria izolasyonu Association of Official Agricultural Chemists/International Dairy Federation (AOAC/IDF), diğer örneklerde ise United States Department of Agriculture/Food Safety and Inspection Service (USDA/FSIS)'in önerdiği yöntem kullanılarak yapıldı. İzole edilen Listeria spp. suşları biyokimyasal testler ile isimlendirildi. İzolatlar Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ile cins düzeyinde ve L. monocytogenes izolatları ise tür düzeyinde PCR ile doğrulandı. Hem PCR hem de biyokimyasal testler ile identifiye edilen L. monocytogenes izolatları Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) ve Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) moleküler analiz yöntemleri ile tiplendirildi.Toplam 719 örneğin 46 adedinden (% 6.40) Listeria spp. izolasyonu yapıldı. Bu izolatların moleküler ve biyokimyasal yöntemler ile 8'i (% 17.4) L. monocytogenes, 18'i (% 39.0) L. innocua, 8'i (% 17.4) L. seeligeri, 7'si (% 15.2) L. grayi ve 5'i (% 10.8) L. welshimeri olarak saptandı. Listeriaların 39 adedi (% 9.4) sığır, 7 adedi (% 2.4) koyun orijinli örneklerden izole edildi.İzole edilen L. monocytogenes suşlarının RAPD analizleri iki farklı primerle birlikte (HLWL74 ve HLWL85) yapıldı. HLWL74 primeri ile 4 farklı profil 1-4 arası sayıda bantlar, HLWL85 primeri ile 6 farklı profil ve 1 ile 3 arası bantlar elde edildi. RFLP analizi ile tiplendirmede inlA genine spesifik PCR'dan sonra AluI ve Tsp509I restriksiyon enzimleri kullanıldı. AluI restriksiyon enzimiyle 2 farklı profil ve 2-3 arasında bantlar elde edildi. AluI ve Tsp509I restriksiyon enzimleriyle toplam 4 farklı profil elde edildi. Çalışmada, RAPD analizinin RFLP analizine göre daha ayırt edici bir test olduğu saptandı.Sonuç olarak; listeriaların, o bölgedeki insan ve hayvanlar için risk faktörü olduğu tespit edildi. Ayrıca sığır çiftliklerinin koyun çiftliklerine oranla daha yüksek bir riske sahip olduğu belirlendi. Elde edilen bulgular, süt ve süt ürünlerinin listeria kontaminasyonunun, bakterilerin hayvanlardan süte geçmesinden daha çok, gıdaların işlenmesi esnasında çevreden kaynaklandığını göstermektedir. Ayrıca bu çalışmada listeriaların görülme sıklığı ve bulundukları yerler açısından sonbahar ve ilkbahar mevsimlerinde, diğer mevsimlere göre daha fazla oranda izolasyon ve identifikasyonu yapıldı.
Elazığ bölgesinde koyun ve keçi sütlerinden listeria türlerinin izolasyonu
52 6. ÖZET Bu çalışmada Listeria türlerinin varlığı yönünden incelemek amacıyla Nisan ve Eylül 1 995 tarihleri arasında Elazığ ili merkez ve çevre köylerinde 1 4 koyun ve 1 2 keçi sürüsündeki sağlıklı ve atık yapmış hayvanlardan ayrı ayrı çiğ süt örnekleri toplandı. Toplam 300 süt numunesi alındı. Bunlardan 100 tanesi sağlıklı koyunlardan, 50 tanesi atık yapmış koyunlardan ve 150 tanesi sağlıklı keçilerden alındı. Listeria izolasyonu amacıyla International Dairy Federation (IDF) tarafından önerilen metot kullanıldı. Bu metoda göre süt numuneleri Modified Listeria Enrichment Broth'da 30 °C'de 24 ve 48 saat inkube edildi. 24 ve 48 saatlik zenginleştirme sonrası LSA'a sürme ekimler yapıldı. İncelenen tüm süt örneklerinden %1.66 oranında (5/300) Listeria spp. izole edildi. Bunların 4'ü (%4) sağlıklı koyun sütünden, l'i (%0.66) sağlıklı keçi sütünden izole edildi. Koyun izolatlarının 3 tanesi L welshimeri, bir tanesi L dentrificans, keçi izolatı ise L. welshimeri olarak identifıye edildi. Atık yapmış koyun sütlerinden hiç izolasyon yapılamadı. Tüm izolatlar 48 saat zenginleştirme yapılan örneklerden elde edildi. 24 saatlik zenginleştirmede izolasyon yapılamadı. Bu çalışmada hiç patojen Listeria spp. izole edilemedi. Sonuç olarak çiğ sütlerden L. monocytogenes izole edilememiş olması, diğer çalışmalarda süt ürünlerinden (ör. peynir) izole edilen bu bakterinin sütlerin kendisinden değil, daha çok çevresel kontaminasyonlardan kaynaklanabileceğini göstermiştir. Ayrıca çalışmanın bulguları listerik abortuslann bu bölgede ciddi bir hayvancılık sorunu olmadığı kanısını güçlendirmektedir.
Broiler piliçlerde immun kompleks infeksiyöz bursal hastalık (Gumboro) aşısının etkinliğinin ELISA ile araştırılması
Araştırmamızda iki firmaya ait 10000'er başlık 10 adet kuluçkahaneden 0, 7, 14, 21, 28, 33 ve 42. günlerinde kümes başına 23 kan örneği olmak üzere toplamda her örnekleme günü için 230 ve araştırmanın sonunda ise genel toplamda 1610 adet kan örneği alındı ve serumları ayrılarak Biocheck Firmasının İnfeksiyöz Bursal Hastalığı antikor test kiti (Code:CK113, Lot No: FS4925, Exp. Date:31/05/2010) ile analizleri yapıldı.Kümeslerden alınan kan serum örnekleri; ELISA IBDV antikorlarının 0, 7, 14, 21, 28, 33, 42. günler için firmalara göre ortalama değerleri değerlendirildiğinde; firma A için çalışma grubu ortalaması: 1572, 705, 107, 3542, 7832, 7844, 12477 ve ort. % CV değeri: 43, 65, 46, 81, 32, 66, 31, kontrol grubu: 1572, 946,108, 453, 9143, 5758,13525 ve ort. CV değeri: 43, 56, 68, 158, 27, 46, 24 olarak bulunurken; firma B için çalışma grubu ort.: 1557, 745, 117, 3585, 7932, 7976, 12688 ve ort. % CV değeri: 43, 62, 56, 71, 32, 64, 33, kontrol grubu: 1557, 880,105, 412, 8972, 5342,12535 ve ort. CV değeri: 43, 52, 65, 122, 29, 48, 21 olarak tespit edilmiştir. Biocheck firmasının öngördüğü titre değerlerine göre IBD için immun kompleks aşı uygulaması sonucunda 5000-14000 titre değeri bağışıklığın oluştuğunu göstermektedir.Araştırmanın sonunuda Transmune IBD aşı grubunda kontrol gurubuna göre 1 hafta daha erken antikor yanıt oluştuğu açık olarak görülmektedir.
Broylerlerde salmonella enteritidis ve salmonella typhimurium infeksiyonlarının ELISA ve drag swap yöntemleri ile incelenmesi
ÖZETBroylerlerde Salmonella Enteritidis ve Salmonella Typhimurium İnfeksiyonlarının ELISA ve Drag Sıvap Yöntemleri ile İncelenmesiBu çalışmada Aydın ilinde broylerlerde Salmonella Enteritidis ve Salmonella Typhimurium infeksiyonlarının ELISA ve drag sıvap yöntemleri kullanılarak incelenmesi amaçlanmıştır.Aydın yöresinde bulunan, klinik salmonellozis ile ilgili herhangi bir sorunu olmayan, 50 kanatlı çiftliğinden, aşısız, yaşları 40?42 günlük arasında değişen, 900 canlı (Ross 308) broylerden ELISA için kan ve her kümesten bakteriyolojik incelemeler için drag sıvap örnekleri alındı. Alınan toplam 900 serum örneğinin ELISA ile incelenmesi sonucunda işletmelerin 11'i (% 22,0), serumların ise 96 (% 10,7)'sı pozitif; 39 (% 78,0) işletmeden alınan 804 (% 89,3) serum ise negatif olarak belirlendi. Alınan 50 drag sıvap örneğinin 10 (% 20,0)'undan izolasyon yapıldı. Serolojik olarak pozitif tespit edilen iki işletmeden bakteriyolojik izolasyon yapılamaz iken; bakteriyolojik izolasyon yapılan bir işletmeden alınan serumlar da ELISA ile negatif olarak belirlendi.Salmonella infeksiyonlarının tanısında bakteriyolojik ve serolojik çalışmaların birlikte yürütülmesinin daha doğru olacağı bununla birlikte S. Gallinarum ve S. Pullorum eradikasyonuna gösterilen önem ve hassasiyetin S. Enteritidis ve S. Typhimurium için de gösterilmesi gerektiği sonucuna varıldı.
Tavuk iç organlarından salmonella enteritidis'in izolasyonu ve izole edilen suşların antibiyotiklere duyarlılıklarının belirlenmesi
Bu araştırmada Köy-Tür A.Ş. Laboratuvarına rutin kontroller için Aydın ve İzmir İl'lerindeki işletmelerden getirilen, toplam 422 tane canlı, Ross 308 ırkı broylere ait iç organ materyalinden (bağırsak, karaciğer, kalp, ovaryum) Salmonella'ların izole ve identifiye edilmesi, bunlar içerisinde Salmonella Enteritidis'in serotiplendirilmesi; ayrıca izole edilen salmonellozis etkenlerinin duyarlı oldukları antibiyotik gruplarının belirlenmesi amaçlanmıştır.Çalışmada incelenen iç organ örneklerinin 47 (% 11,1 )'sinden Salmonella izolasyonu yapılırken; bunlardan 7 (% 14,9)'si S. Enteritidis olarak serotiplendirilmiştir. Kanatlıların organlarına göre Salmonella serotiplerinin izolasyon oranları bağırsaktan % 4,2, ovaryumdan % 3,9, karaciğerden % 2,4, kalpten % 1,7; S. Enteritidis suşları göz önüne alındığında ise bağırsaktan % 0,7, ovaryumdan % 0,6, karaciğerden % 0,2, kalpten % 0,2 olarak belirlenmiştir. İzole ve identifiye edilen 47 Salmonella izolatının enrofloksasine % 97,9, kolistin sulfata % 89,4, oksitetrasikline % 93,6, gentamisine % 76,6, amoksisiline % 72,4, doksisilline % 63,8, linkomisin spektinomisine % 40,4, neomisine % 38,3, trimetophrim-sulfamethoksazole % 10,6 oranlarında duyarlı olarak tespit edilmiştir. İzole ve identifiye edilen 7 S. Enteritidis suşunun ise enrofloksasin, kolistin sulfat, oksitetrasiklin ve amoksisiline % 100,0, gentamisine % 85,7, linkomisin spektinomisin ve doksisilline % 71,4, neomisine % 28,5 oranlarında duyarlı olduğu belirlenmiştir.Anahtar Kelimeler: S. Enteritidis, izolasyon, antibiyotik duyarlılığı
Sığırlarda brucella ve leptospira türlerinin multiplex polimeraz zincir reaksiyonu (MPCR) ile tanımlanması
Bu çalışmada Aydın ilindeki sığır sürülerinden 200 adet kan örneği materyal olarak toplandı. Bu kan örneklerinden DNA ekstraksiyonları yapıldıktan sonra Brucella ve Leptospira bakterilerine ait spesifik genlerin multipleks PCR yöntemi ile identifikasyonu yapıldı. Yapılan multipleks PCR sonucunda 200 örneğin 77 (% 38.5)'sinde Brucella sp. ve Leptospira sp. tespit edilmiştir. mPCR pozitif toplam 77 örneğin 24 (% 31.2)'ünde hem Brucella sp.'ne hem de Leptospira sp.'ne ait bantlar ortak olarak görülmüştür. Kalan 53 (% 68.8) örneğin 33(% 62.3)'ü sadece Brucella sp. ve 20 (% 37.7)'si ise sadece Leptospira sp. için pozitif bulunmuştur.Sonuç olarak çalışmada konvansiyonel mikrobiyolojik kültür yada serum analiz teknikleri ile Brucella ve Leptospira türlerinin tayini konusunda meydana gelen hatalı sonuçların ve kontaminasyon tehlikesinin hassas ve hızlı bir teknik olan multiplex PCR yöntemi ile elimine edilmiştir. Ayrıca her iki bakteri türünün identifikasyonunda da zaman kaybetmeden güvenilir sonuç alınabilecektir.
Kerevit vebasının ileri tanı yöntemleri ile araştırılması
Kerevit Vebasının İleri Tanı Yöntemleri ile Araştırılması.Bu çalışmada, A. astaci'nin varlığının araştırılması amacıyla İznik ve Eğirdir göllerinden her ay 30 ar olmak üzere Temmuz, Ağustos, Eylül, Ekim, Kasım ve Aralık aylarında, İznik gölünden 180, Eğirdir gölünden 180 kerevit rasgele örnekleme yöntemi ile alındı.Araştırmada kullanılan 360 canlı kerevit numunesinden 56 adet A. astaci şüpheli mantar izole edildi. İznik gölünden 180 adet örneğin 30 (%16.6)'undan, Eğirdir gölünden ise 180 adet örneğin 26 (% 14.4)'sından olmak üzere kullanılan 360 canlı kerevit örneğinin 56'sından A. astaci şüpheli mantar izole edildi. Şüpheli izolatların konvensiyonel ve moleküler yöntemlerle incelemesinde mantar izolatlarının A. astaci olmadığı anlaşıldı.Anahtar Kelimeler: Aphanomyces astaci, izolasyon, identifikasyon, PZR.
Subklinik mastitisli keçilerde mikroorganizmaların izolasyonu ve antibiyotiklere duyarlılıklarının araştırılması
Araştırmada 152 adet kıl keçisi süt örneğinin 102 (% 67.1)'sinden bakteri izolasyon ve identifikasyonu yapılmıştır. Geriye kalan 50 (% 32.9) örnekte ise bakteriyel üreme görülmemiştir.İdentifikasyon yapılan 102 örneğin, 71 (% 69.6)'inden S. aureus, 8 (% 7.8)'inden S. epidermidis, 5 (% 4.9)'inden S. intermedius, 6 (%.5.9)'sından S. hyicus, 3 (% 2.9)'ünden Corynebacterium sp., 4 (% 3.9)'ünden Klebsiella pneumoniae, 2 (% 2.0)'sinden Pseudomonas sp., 2 (% 2.0)'sinden E. coli ve 1 (% 1.0)'inden Mannheimia haemolytica identifiye edilmiştir.Araştırmada identifiye edilen suşlara yapılan antibiyogram testleri sonucunda S. aureus izolatlarının Amoksisilin- Klavulanik Asit'e % 100 duyarlı, Penisilin'e % 100, Kanamisin ve Oksasilin'e ise % 90 oranlarında dirençli olduğu tespit edilmiştir. Diğer izole edilen Stafilokok suşlarının da Amoksisilin- Klavulanik Asit'e % 100, duyarlı, Penisilin'e % 100 oranında dirençli olduğu tespit edilmiştir.İdentifiye edilen Corynebacterium sp., Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas sp., E. coli ve Mannheimia haemolytica suşlarının antibiyogram testleri sonucunda Ampisilin'e % 100 ve Amoxicillin-Clavulanic Acid'e % 90 oranlarında duyarlı; Penisilin ve Kanamisin'e % 100 oranında dirençli oldukları tespit edilmiştir.
Yeni bir infeksiyöz bronşitis virusu olan 4/91 (793B)'in Ege bölgesinde varlığının ortaya konulması
İnfeksiyöz bronşitis tavuklarda tüm dünyada yaygın olarak görülen akut seyirli ve çok bulaşıcı viral bir hastalıktır. IB etkeni coronavirustür. Virusun çok sayıda serotipi vardır. Son yıllarda yapılan çalışmalarda yeni saha şuşları izole edilmekte ve bunlar yeni serotip veya varyant suş olarak bildirilmektedir.Çalışmamızda Ege bölgesinde bulunan kanatlılardan toplanan serum örneklerinde IB4/91 suşunun varlığı araştırılmış, aynı zamanda IB M41 ve D274 suşlarının mevcut durumu değerlendirilmesi amaçlanmıştır. İncelenen 32 kümesin; 8'i (%25) IB M41 suşu, 18'i (%56,25) IB 4/91 suşu ve 17'si (%53,1) IB D274 suşu yönünden pozitif olarak bulunmuştur.
Aşılı broiler sürülerinde newcastle ve infeksiyöz bronşitis viruslarına karşı oluşan aşı etkinliğinin ELISA metodu ile saptanması
Araştırmamızda broiler üretimi yapan farklı bölgelerde bulunan çiftliklerden toplanan 241 adet kan örneği kullanılmıştır.NDV ile aşılanan çalışma dahilindeki 12 sürüden sadece ikisinde (Firma 1 ve Firma 3'e ait sürülerde) aşılama sonrası beklenen titre (10507, 10454) ve uygun % CV (49, 50) saptanmıştır. Bunun dışında kalan 10 sürünün 7'sinden elde edilen antikor titreleri (7346, 4987, 6876, 3382, 7912, 8461 ve 7722) düşük ve % CV değerleri (63, 78, 81, 75, 66, 61, 67) olarak saptanmıştır. 10 sürünün 3'ünden elde edilen antikor titreleri (9771, 10169, 9967) yüksek olmasına rağmen % CV değerleri de (sırasıyla % 62, % 73, % 75) yüksek olarak saptanmıştır.IBV ile aşılanan sürülerden birinde ise (Firma 12) düşük titre (792) ve yüksek CV (% 85) saptanmıştır. Sürülerden 5 tanesinde ise bulunan antikor titreleri 2477, 3883, 3987, 3876 ve 1152 olarak saptanmıştır. Firma 5' ait olan numunelerdeki ortalama antikor titresi ise (2538) bulunarak yeterli görülmekle birlikte % CV bakımından (% 55) yüksek sahip olduğu saptanmıştır.
Aydın ili mezbahalarında E. coli O157: H77 ve Listeria monocytogenes varlığının araştırılması
Escherichia coli O157:H7 ve Listeria monocytogenes halk sağlığı için önem taşıyan gıda kaynaklı patojen mikroorganizmalardır. Bu çalışmanın amacı, Aydın ilindeki sığır mezbahalarındaki kontrol noktalarında ve bu mezbahalarda kesilen sığırların karkaslarında E. coli O157:H7 ve L. monocytogenes mikroorganizmalarının varlığını araştırmak olmuştur. Bu çalışma için üç mezbahadaki çevreden, kesim araç ve gereçlerinden ve kesim çalışanlarından 15 günlük dönemlerde 4 kez olmak üzere toplam 348 svap örneği alınmıştır. Alınan örnekler E. coli O157:H7 ve L. monocytogenes varlığı yönünden laboratuarda izolasyon ve identifikasyon işlemlerine tabi tutulmuştur.Bu çalışma sonucunda, Aydın ili mezbahalarından alınan çevre örneklerinde ilk kez E. coli O157:H7 (% 4.9) ve L. monocytogenes (% 3.7) izole edilmiştir. Sığır karkas yüzey örneklerinde E. coli O157:H7 veya L. monocytogenes tespit edilememiştir. Mezbahaların hayvan kabul yerleri, kesimhaneleri, kesim çalışanlarının elleri, karkas asma kancaları ve et taşıma vagonları dahil kesim araç ve gereçleri ve soğuk hava depolarından alınan örneklerdeki E. coli O157:H7 prevalanları sırasıyla % 41.67, 6.25, 5.50, 0.64 ve 0 olarak belirlenirken L. monocytogenes prevalansları yine sırasıyla % 33.34, 6.25, 1.28, 0 ve 0 olarak bulunmuştur.Bu çalışma sonuçları, Aydın ili mezbahalarında E. coli O157:H7 ve L. monocytogenes bakterilerinin bulunduğuna ve her iki patojen prevalanslarının mezbahaların hayvan kabul yerinden sığır karkaslarının sevkine kadar olan kesim sürecinde tedrici olarak azalarak sıfır düzeyine düştüğüne işaret etmektedir.
Staphylococcus aureus suşlarında Panton-Valentine Lökosidin (PVL) genlerinin araştırılması
Bu çalışmada, insan ve sığır orjinli metisilin dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) suşlarında Panton Valentine lökosidin (PVL) genlerinin varlığının Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ile belirlenmesi, bu izolatların stafilokokal kaset kromozom mec (SCCmec tipi) ve Staphylococcal Protein A (spa) analizlerinin yapılması amaçlanmıştır. Çalışmada subklinik mastitisli olarak belirlenen 208 inekten 484 süt örneği ile 56 inek ve 34 insandan alınan toplam 90 nazal sıvap örnekleri materyal olarak kullanıldı. Fenotipik olarak metisilin dirençli olarak belirlenen 18 MRSA izolatı, genotipik olarak metisilin direnç (mec) ve S. aureus spesifik thermonuclease (TNase) (nuc) genlerinin incelenmesi ile genotipik olarak MRSA oldukları doğrulandı. İzolatlarda PVL genlerinin varlığı, multipleks PCR ile spesifik primerler kullanılarak gerçekleştirildi. Çalışmada Türkiye'de ilk kez sığır süt orjinli bir izolatın PVL geni pozitif olduğu belirlendi. Bu izolatın SCCmec tipinin SCCmec Tip IV ve spa tipinin t044 olduğu tespit edildi. Hayvanlarda, PVL pozitif MRSA suşlarının neden oldukları infeksiyonların Türkiye'deki durumunun açıklığa kavuşturulabilmesi için, bu konuda daha geniş kapsamlı epidemiyolojik çalışmaların yapılmasına ihtiyaç duyulmaktadır.
Aydın ilinde bulunan sığır çiftliklerinde streptococcus uberis kökenli mastitislerin ve virulans genlerinin multiplex polimeraz zincir reaksiyonu (MPCR) ile belirlenmesi
Bu çalışmada, Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'na getirilen toplam 200 adet süt örneği Streptococcus uberisyönünden incelendi. İzole edilen etkenlerin tür düzeyinde virulans ilişkili gen dağılımının belirlenmesi amacıyla multipleks PCR metodu uygulandı. İncelenen 200 süt örneğinin 35 (%17.5)'inden Streptococcus uberis izolasyonu gerçekleştirildi. Polimeraz zincir reaksiyonu ile konvansiyonel olarak identifiye edilen S. uberis suşları incelendiğinde toplam 35 adet izolatın tamamında (% 100) 1400 bp fragment aralığında16S rRNAgeni tespit edilmiştir. Virulans genleri tek olarak incelendiğinde, 32 (% 91) suştan hasB, 32 (% 91) suştan gapC, 32 (% 91) suştan skc, 30 (% 86) suştan cfu, 30 (% 86) suştan hasC, 30 (% 86) suştan hasA, 29 (% 83) suştan sua, 28 (% 80) suştan oppF, 25 (% 71) pauA, 9 (% 26) suştan Ibp geni identifiye edilmiştir. pauB genine ise rastlanmamıştır. Sonuç olarak mastitis vakalarından izole edilen S. uberis etkenlerinin virulans genlerinin dağılımı incelendiğinde etkenin patojenitesi açısından kapsül formasyonunu eksprese eden genlerin önemli role sahip olduğu ortaya konulmuştur, ayrıca serin proteaz enzimi sentezinde görevli olan genlerin de dikkate değer oranda dağılım gösterdiği görülmüştür. Anahtar Kelimeler: Streptococcus uberis, mastitis, virulans genleri, mPCR
Mastitisli sığır sütlerinden candida türlerinin izolasyonu ve antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi
Araştırmamızda Marmara bölgesi Tekirdağ ili ve ilçelerinde sığırlarda mikotik mastitis hastalığına neden olan Candida spp.'lerin izolasyon, identifikasyon ve antifungallere karşı olan duyarlılıklarının tespiti amaçlanmıştır. Bölgedeki çiftliklerden California Mastitis Testi (CMT) yapılarak mastitisli olduğu tespit edilen 100 adet mastitisli süt örneği kullanılmıştır. Örnekler öncelikle SDA'a ekildi ve 25ºC ile 37ºC de ayrı ayrı inkübe edildiler. SDA'da 2-3 günde üreyen, hamur kıvamında, 0,5-1 mm çapında, beyaz veya krem renkli, düzgün sınırlı ve kendine özgü maya kokusu olan kolonilerden Gram boyamalar yapıldı. Gram boyamada değerlendirmesinde Candida spp. olarak tanımlanan mikroorganizmalar SDA'ya pasajlanarak saf kültürler elde edildi. Saf olarak elde edilen izolatların identifikasyonu API 20C AUX hızlı identifikasyon kiti ile yapıldı. İdentifiye edilen Candida türlerinin antifungal duyarlılık değerleri Disk difüzyon tekniği kullanılarak gerçekleştirildi. Çalışmada antifungal duyarlılık testlerinde Ketoconazole, Fluconazole, Miconazole, Amphoteracine B, Nystatin ve Flucytosine etken maddelerini içeren antifungal diskleri kullanıldı. Araştırmada Tekirdağ ilindeki büyükbaş çiftliklerinden toplanan 100 adet mastitisli süt örneğinin 25 (%25) adedinde Candida spp. varlığı saptanmıştır. İzole edilen 25 suşun API 20C AUX hızlı tanı test kiti ile yapılan identifikasyon bulgularına göre 8 adet (%32) C. krusei, 5 adet (%20) C. albicans, 3'er adet (% 12) C. boidinii, C. famata ve C. kefyr, 2 adet (%8) C. spherica ve 1 adet de (%4) C. thermophilia tespit edilmiştir. İzole edilen suşlara NCCLS'in M-44 (Method for Antifungal Disk Diffusion Susceptibility Testing of Yeasts; Approved Guideline) yönergesine göre yapılan test sonuçları değerlendirildiğinde; Tüm izolatlar Ketoconazol'e %100 duyarlı iken Fluconazole, Miconazole, Amphoteracine B ve Flucytosine %100 dirençli oldukları bulunmuştur. Araştırmamızda 2 adet (%40) C. albicans ve 1 adet (%12,5) C. krusei izolatı Nystatin etken maddesine tam duyarlı iken, diğer tüm izolatların ise orta düzey duyarlı olduğu tespit edilmiştir.
Tulum peynirlerinde metisiline dirençli Staphylococcus aureus varlığının araştırılması
Bu Tez çalışmasında, Uşak merkez, yakın ilçe ve köylerdeki halk pazarlarında paketlenmemiş olarak satışa sunulan tulum peynirlerinde metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) varlığının moleküler yöntemler kullanılarak araştırılması amaçlandı. Bu amaçla, pazarlardan aseptik koşullarda toplam 100 adet tulum peyniri örneği toplandı. İlk olarak konvansiyonel yöntemler kullanılarak 100 tulum peynirinden 11 S. aureus şüpheli izolat elde edildi. Fenotipik izolasyonu takiben, 11 şüpheli izolatta 16S rDNA ve nuc genleri Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile araştırıldı. İzolatların tamamı Stapylococcus spp. olarak belirlenirken, 10 izolat S. aureus olarak tiplendirildi. S. aureus olarak belirlenen izolatlarda metisilin direnci fenotipik olarak sefoksitin diski kullanılarak yapılan Kirby-Bauer disk difüzyon testi ile araştırılırken, genotipik olarak ise mecA ve mecC genlerinin varlığı ile araştırıldı. İzolatların beşinde metisiline fenotipik direnç belirlendi. Fenotipik direnç belirlenen beş izolattan birinin mecA genini, birinin ise mecC genini taşıdığı tespit edildi. Böylece, 100 tulum peynirinden izole edilen 10 S. aureus izolatının ikisi MRSA (%20) olarak belirlendi. Sonuç olarak örneklenen tulum peynirlerinde MRSA varlığının tespit edilmesinin, halk sağlığı açısından potansiyel risk oluşturabileceği düşünüldü. Bilgimize göre sunulan çalışma, Türkiye'de tulum peynirlerinden izole edilen S. aureus izolatlarında mecC geni valığını bildiren ilk araştırmadır.
Otitis eksternalı ve piyodermalı kedi ve köpeklerde metisiline dirençli Staphylococcus coagulans ve Staphylococcus schleiferi varlığının araştırılması
Bu Tez çalışmasında; otitis eksterna ve/veya piyodermalı kedi ve köpeklerde Staphylococcus schleiferi ve Staphylococcus coagulans varlığının konvansiyonel ve moleküler yöntemler kullanılarak araştırılması, identifiye edilen izolatlarda mecA ve pvl genlerinin varlığının araştırılması ve izolatların Veteriner Hekimlikte yaygın olarak kullanılan çeşitli antibiyotiklere karşı duyarlılık/direnç profillerinin belirlenmesi amaçlandı. Çalışmada, Afyonkarahisar ve çevre illerdeki veteriner kliniklerinde otitis eksterna ve/veya piyoderma teşhisi konulmuş 62 kedi ve 39 köpek olmak üzere, toplam 101 infekte hayvandan materyal toplandı. Bu doğrultuda; 50 kediye ait 100 kulak sıvabı, 32 köpeğe ait 64 kulak sıvabı, 16 kedi ve dokuz köpeğe ait 25 deri sıvabı olmak üzere toplam 189 sürüntü örneği incelendi. Örneklerden klasik kültür yöntemleri kullanılarak izole edilen 113 Staphylococcus izolatının 111'i 16S rDNA cins spesifik primerin kullanıldığı PZR ile Staphylococcus türü olarak doğrulandı. İzolatların tür düzeyinde identifikasyonunda S. schleiferi/S. coagulans tür spesifik nuc genine yönelik PZR protokolünü takiben, izolatlara üreaz ve koagulaz testleri uygulandı. Ardından iki türün kesin ayrımı amacıyla çift yön Sanger sekans analizi kullanıldı. İzole edilen 111 Staphylococcus izolatının %1,8'i (n=2) S. coagulans olarak tiplendirildi. Bu iki izolat, otitis eksternalı iki farklı köpekten elde edildi. Otitis eksternalı 32 köpekte S. coagulans izolasyon oranı %6,25 olarak belirlenirken, bu köpeklerden izole edilen 27 Staphylococcus izolatının %7,4'ünü S. coagulans'ın oluşturduğu tespit edildi. Kedilerde S. coagulans varlığı saptanmazken, S. schleiferi her iki hayvan türünden de izole edilmedi. S. coagulans olarak identifiye edilen iki izolatta da mecA ve pvl genleri saptanmadı. İzolatların antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesinde Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi kullanıldı. S. coagulans izolatlarının hiçbirinde fenotipik metisilin direnci tespit edilmedi. Bununla birlikte, izolatların birinde penisilin, kloramfenikol, tetrasiklin, doksisiklin, eritromisin, azitromisin ve klaritromisine karşı direnç belirlendi. Gentamisin ve klindamisine karşı ise izolatların biri duyarlı iken, diğerinin orta derece duyarlı olduğu tespit edildi. S. coagulans izolatlarının birindeki çoklu ilaç direnci (MDR) varlığı; Veteriner Hekimlikte S. coagulans kaynaklı infeksiyonların tedavisinde başarı sağlanabilmesi için antibiyotik seçiminin, antibiyotik duyarlılık testi sonuçlarına göre, doğru ve spesifik olarak yapılması gerektiğini gösterdi. Sonuç olarak, bu Tez çalışmasında elde edilen izolasyon oranları düşük olmakla birlikte, bu Tez; Türkiye'de otitis eksternalı köpeklerde S. coagulans varlığını moleküler düzeyde ortaya koyan ve MDR gösteren S. coagulans varlığını bildiren ilk çalışmadır. Bu bağlamda, bu Tez çalışmasında elde edilen verilerin ulusal ve uluslararası bilimsel literatüre katkı sağlaması beklenmektedir.
Sığır mastitislerinden izole edilen staphylococcus aureus suşlarında metisilin, vankomisin direnci ve panton-valentine lökosidin varlığının araştırılması
Bu çalışmada, mastitisli ineklerden Staphylococcus aureus izolasyonu, izole edilen suşlarda mecA, vanA ve pvl genlerinin PZR ile araştırılması ve suşların veteriner sahada yaygın olarak kullanılan çeşitli antibiyotiklere karşı dirençliliğin belirlenmesi amaçlandı. Sunulan çalışmada, Afyonkarahisar ili merkez ve köylerindeki 40 farklı küçük (aile tipi) ölçekli işletmede 170 baş sağmal ineğe ait 602 meme lobu süt örneği kullanıldı. Her bir meme lobuna CMT uygulandı. CMT skorlaması sonrasında her bir meme lobundan aseptik koşullarda süt örnekleri toplandı. Çalışmada 602 meme lobu süt örneğinden toplam 23 (%3,8) S. aureus suşu ticari identifikasyon kiti kullanılarak identifiye edildi. Suşların hiçbirisinde mecA, vanA ve pvl genlerinin varlığına rastlanmadı. Tüm S. aureus suşlarının, veteriner sahada yaygın olarak kullanılan çeşitli antibiyotiklere fenotipik dirençlilikleri Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi kullanılarak araştırıldı. Suşlarda en yüksek direnç oranının penisilin G'ye (%52,2) karşı olduğu, bu oranı oksasilin (%21,7) eritromisin (%21,7) ve amoksisilin+klavulanik aside (%17,4) karşı direnç oranlarının izlediği belirlendi.
Afyonkarahisarda satışa sunulan kaymaklardan izole edilen Staphylococcus aureus suşlarında metisilin ve panton-valentine lökosidin genlerinin araştırılması
AFYONKARAHİSAR'DA SATIŞA SUNULAN KAYMAKLARDAN İZOLE EDİLEN Staphylococcus aureus SUŞLARINDA METİSİLİN VE PANTONVALENTINE LÖKOSİDİN GENLERİNİN ARAŞTIRILMASI Bu çalışmada, Afyonkarahisar'da üretilen ve satışa sunulan Afyon kaymaklarından izole edilen S. aureus suşlarında metisilin ve Panton-Valentine lökosidin genlerinin araştırılması amaçlandı. Bu amaçla, 2019-2020 yılları arasında Afyonkarahisar merkez, ilçe ve köylerindeki halk pazarlarında satılan toplam 110 adet kaymak örneği toplandı. Kaymaklardan S. aureus izolasyonu konvansiyonel kültür yöntemleri kullanılarak gerçekleştirildi. Örneklerden izole edilen S. aureus suşlarının doğrulaması PZR ile yapıldı. Ayrıca suşlarda mecA ve pvl genlerinin varlığı da PZR ile araştırıldı. Çalışmada 110 adet kaymak örneğinin 14'ünden standart kültür yöntemiyle S. aureus izole edilirken, bunlardan 13'ü (%11,8) PZR ile S. aureus olarak tiplendirildi. Toplam 13 S. aureus suşunun hiçbirinde mecA ve pvl genleri bulunamadı. Anahtar Kelimeler: Kaymak, Metisilin, mecA, Panton-Valentine Lökosidin, pvl, Staphylococcus aureus
Sağlıklı dişi köpeklerin genital kanalından aerobik bakteri izolasyonu üzerinde çalışmalar
Bu çalışmada, Gemlik Askeri Veteriner Okulu ve Eğitim Merkezi Komutanlığında bulunan değişik ırk, yaş ve siklus evresindeki 66 adet sağlıklı damızlık dişi köpeğin vaginasından alınan svablardan aerobik bakteri izolasyon ve identifikasyonu yapıldı.Örneklerin alınmasından sonra siklus dönemlerinin belirlenmesi için her bir köpeğe vaginal sitoloji uygulandı. Çeşitli ırklardan 66 adet köpeğin 62 (%93,94)'sinden 75 adet etken izole edildi. Bunların 20'si E.coli (%26,67), 20'si Staphylococcus spp. (%26,67), 12'si Salmonella spp. (%16.0), 5'i Candida spp. (%6,67), 5'i Micrococcus spp. (%6,67), 4'ü Streptococcus spp. (%5,33), 4'ü Acinetobacter spp. (%5,33), 3'ü Neisseria spp. (%4), 1'i Bacillus spp. (%1,33), 1'i S.aureus (%1,33) olarak izole ve identifiye edildi.
Sığır solunum sistemi hastalığı kökenli pasteurella multocida izolatlarının aşı suşu olma potansiyeli yönünden karakterizasyonu
Sığır solunum sistemi hastalıkları sığır yetiştiriciliğinde önemli bir yere sahip olup, Pasteurella multocida klinik bulguların görüldüğü sığırlardan sıkça izole edilmektedir. Bu çalışma kapsamında mezbahalarda kesim aşamasında olan ve hastalık şüpheli sığırlardan alınan akciğer örneklerinden P multocida izolasyonu, karakterizasyonu ve aşı suşu olma potansiyellerinin değerlendirilmesi amaçlandı. Çalışma kapsamında P. multocida izolasyonu için 410 adet sığırdan akciğer örnekleri alındı. P. multocida selektif izolasyonu için akciğer örneklerinden bakteriyolojik ekim yapıldı. P. multocida şüpheli olarak değerlendirilen bakterilerin genotipik identifikasyonları PCR ile gerçekleştirildi. P. multocida suşlarının kapsül antijenlerine göre tiplendirmesi ve patogenezde rol oynayan virülens faktörlerine ait genler PCR ile araştırıldı. P. multocida izolatlarının biyofilm oluşturma durumları in vitro olarak Kongo Kırmızılı Agar yöntemi ile belirlendi. İzolatların antibiyotik duyarlılıkları Kirby Bauer Disk Difüzyon Yöntemi ile araştırıldı. P. multocida izolatları RAPD-PCR ile genotiplendirildi. Akciğer örneklerinin 92 tanesinden Pasteurella selektif besi yerinde leylak renkli bakteri kolonisi belirlendi. PCR sonucunda 92 izolat P. multocida olarak identifiye edildi. Kapsüler tiplendirme ile 19 izolat serogrup A, 4 izolat serogrup B, 5 izolat serogrup D, 19 izolat serogrup E ve 1 izolat da serogrup F olarak belirlendi. İncelenen 92 adet izolatın 56, 72, 33, 65, 40, 45, 22, 28, 45, 47, 31, 0 ve 7'si sırasıyla fur, sodA, pmHAS, plpB, fimA, sodC, ompH, ompA, tonB, nanH, nanB, toxA ve oma87 için pozitif sonuç verdi. İncelenen izolatların 52'si biyofilm oluşturma özelliği yönünden pozitif olarak değerlendirildi. İzolatların 22, 33, 10, 33, 17 ve 70'i sırasıyla danofloksasin, tilmikosin, florfenikol, sefkuinom, gentamisin, ve tetrasikline dirençli bulundu. RAPD-PCR ile genotiplendirme sonucunda serogrup A, B, D ve E'ye dâhil olan izolatların sırasıyla %65-97, %54-91, %41-91 ve %41-92 oranında benzerlik gösterdikleri saptandı. Çalışma sonucunda her serogrup için birer adet olmak üzere serogrup A-F için sırasıyla 48, 29, 25, 52 ve 69 no'lu P. multocida izolatı potansiyel aşı suşu belirlendi. Seçilen aşı suşlarının mono- ve/veya multivalan olarak in vivo aşı denemelerinde kullanılmasının uygun olduğu kanaatine varıldı.
Neonatal septisemili buzağı kökenli escherichia coli izolatlarında enterotoksijenik virülens genlerinin belirlenmesi
Neonatal buzağı ishallerine neden olan önemli bakteriyel etkenlerden birisi Enterotoksijenik E. coli (ETEC)'dir. ETEC enfeksiyonlarının patogenezinde en önemli virülens faktörleri fimbrial adhezinler ve enterotoksinlerdir. Bu çalışma neonatal septisemili buzağılardan E. coli izolasyonu, fenotipik ve genotipik karakterizasyonu, izolatlardaki antibiyotik direnç patternlerinin tespiti, sık görülen serotip ve virulens faktörlerinin tespiti amacıyla yapıldı. Bu amaçla neonatal septisemili buzağılardan izole edilen ve fenotipik olarak Escherichia coli oldukları bilinen izolatların genotipik doğrulanması PCR ile araştırıldı. Doğrulanan izolatlarda septisemili buzağılarda O101, O9, O26, O145, O111 serotip genleri, F17, F5, F41, Stabil Toksin, Labil Toksin, EAST1 virülens genleri ve 8 farklı antibiyotiğe ait direnç genleri PCR ile incelendi. İzolatların 8 farklı antibiyotiğe dirençlilik/duyarlılık durumları Kirby-Bauer standart disk difüzyon testi kullanılarak belirlendi. Çalışma sonucunda incelenen 200 dışkı örneğinden 95 (%47,5) E. coli izole ve identifiye edildi. Fenotipik antibiyotik direnç analizine göre izolatlar %94,7 streptomisine, %93,7 tetrasikline, %89,5 ampisiline, %87,4 trimetoprim-sulfametoksazole, %87,4 kloromfenikole, %74,7 enrofloksasine, %62,1 gentamisine ve %24,2 sefalotine karşı dirençli bulundu. Öte yandan izolatların %88,4'ünde tet(B), %74,7'sinde sul3, %67,4'ünde sul1, %61'inde cmlA, %56,8'inde qnr(B), %54,7'sinde tet(A), %53,7'sinde sul2, %38,9'unda CITM, %36,8'inde aadA1, %28,4'ünde cat1, %26,3'ünde qnr(S), %12,6'sında aac[3]-IV, %5,3'ünde tet(C) ve %1,05'inde qnr(A) genleri belirlendi. İzolatların hiçbirinde blaSHV geni tespit edilemedi. Serogenotiplendirme sonucunda izolatlar O101, O26 ve O145 serotip geni varlığına göre sırasıyla %33,7, %6,3 ve %2,1 oranında pozitif bulundu. Hiçbir izolatta O111 ve O9 serotipi saptanamadı. Virülens genlerinin belirlenmesi amacıyla yapılan PCR çalışmaları sonucunda; %23,2 izolatın East1, %22,1 izolatın F5, %20 izolatın STa, 17 izolatın %17,9 F41 ve %3,2 izolatında LT genine sahip olduğu tespit edildi. Böylece örneklemenin yapıldığı bölgede neonatal septisemili buzağılarda ETEC varlığı, yaygınlığı, izolatların patotip/virotip dağılımı belirlenerek bu virulens faktörlerinin hastalıkla ilişkisi otaya konuldu ve hastalığın tedavisinde kullanılabilecek en uygun antibiyotik seçeneği belirlendi. Çalışma kapsamında elde edilen verilerin daha sonra yerli ve milli aşı çalışmalarına katkı sağlayabileceği kanısına varıldı.
Broyler'lerde clostridium perfringens izolatlarının moleküler tiplendirme ile prevalansının ve önemli virülens özelliklerin araştırılması ve antibiyotik duyarlılıklarının tespiti
Antibiyotik büyütme faktörlerinin yasaklanmasından sonra, hem Clostridium perfringens'in neden olduğu hastalıkların ortaya çıkması hem de çoklu dirençli patojenlerin görülme sıklığının artmış olması hastalığın takibini ve bu amaçla araştırmaların yapılması gerekliliğini ortaya çıkarmıştır. Bu nedenle bu çalışmada, broyler'lerde C. perfringens'in sağlık ve hastalık olgularının takibi ve C. perfringens izolatlarının tanımlanarak virülens potansiyelinin araştırılması, prevalansın ve antimikrobiyal direnç durumunun ortaya konulması amaçlandı. Araştırmada, 60 (%26.9) C. perfringens suşu PZR ile tanımlandı. Suşların toksinotiplendirmesinde sadece cpa geni tespit edilerek tüm suşlar tip A olarak belirlendi. 60 Tip A suşu içerisinde, 13 suşun tpeL, 12 suşun cpe, 3'ünün ise cpb2 geni taşıdığı saptandı. C. perfringens için kullanılan antibiyotiklerin antibiyogram sonuçlarının yorumlanmasında henüz uluslararası kabul gören bir değerlendirme kriteri oluşturulamamıştır. Bu sebeple disk difüzyon test sonuçları penisilin G inhibisyon zonu referans alınarak, MİK sonuçları ise EUCAST, CLSI ve her iki kılavuzda yer almayan ancak araştırmacılar tarafından önerilen sınır değerler ve yorumlama kriterlerine göre değerlendirildi. Disk difüzyon testinde, penisiline dirençli 2 suş bulundu ve değerlendirilmeye alınmadı. Suşların tümü aminoglikozidlere, %77.6'sı linkomisine, %55.2'si eritromisine, %53.4'ü norfloksasine, %48.3'ü tetrasikline dirençli bulundu. Suşların %74.1 (43/58)'inde çoklu antibiyotik direnci belirlendi. Penisiline dirençli suşlar dahil olmak üzere 22 suşun agar dilüsyon MİK test sonuçları en yaygın kullanılan 7 antibiyotik için değerlendirildi. MİK sonuçlarına göre suşların tümü gentamisine, %68.2'si linkomisine, %45.5'i eritromisine, %40.9'u tetrasikline, %36.4'ü enrofloksasine, %9.1'i penisiline, % 4.5'i ampisiline dirençli bulundu. Agar dilüsyon yöntemine göre bu suşların % 55(11/20)'inin disk difüzyon yöntemine göre %75(15/20)'inin çoklu antibiyotik direncine sahip olduğu belirlendi. Bu araştırmada sadece tip A kaynaklı suşlar izole edilerek tpeL, cpe ve cpb2 virülens genleri tespit edildi. Bu durum sağlıklı piliç mikroflorasına ait bilgiler ile uyuşmaktadır. Bununla birlikte, çoklu antibiyotik dirençlilik sonuçları, C. perfringens antibiyotik direnç gelişiminin izlenmesi gerekliliğini ortaya çıkarmıştır.
Şanlıurfa bölgesindeki evcil kanatlılardan mycoplasma gallisepticum izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu
Bu çalışma, Şanlıurfa bölgesindeki evcil kanatlılarda yaygın olarak görülen kronik solunum yolu hastalığı (Chronic Respiratory Disease) (CRD)'nın etkeni olan Mycoplasma gallisepticum (M. gallisepticum) (MG)'un yerel suşlarını izole etmek, polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile etkeni moleküler olarak doğrulamak, izole edilen suşların amplifiye edilen mgc2 gen bölgelerine, sekanslama ve Restriction fragment length polymorphism (RFLP) ile filogenetik analiz yapmak, referans M. gallisepticum S6 suşu ve M. gallisepticum 6/85 aşı suşu ile, izole edilen saha suşları arasında protein profillerini karşılaştırmak ve hastalıkta oluşan antikorları saptamak amacı ile Western blot (WB) analizlerinin yapılması amacıyla yürütüldü. Çalışmada hayvan materyali olarak 120 evcil kanatlıya ait trakeal svab ve doku örnekleri etken izolasyonu için kullanıldı. İzolasyon çalışması sonucunda, 3 tanesi tavuklara, 4 tanesi ise hindilere ait olan toplam 120 örneğin 7'sinden (%5.8) M. gallisepticum izole edildi. PCR analizi sonucunda, 120 örneğin 65 (%54.2)'i M. gallisepticum yönünden pozitif bulundu. 62 tavuğun 30 (%48.3) 'unda ve 58 hindinin 35 (%60.3)'inde türe özgü DNA tespit edildi. Çalışmada kullanılan 84 trakeal svab örneklerinin 42 (%50)'sinde ve 36 doku homojenatı örneklerinin 23 (%63.9)'ünde türe özgü DNA tespit edildi. Mgc2F ve mgc2R hedef gen bölgelerinin 750-800 bp'de amplifiye edilen PCR ürünlerinin sekanslama sonucunda baz aralıkları (bp) MG4 714 bp, MG79 782 bp, MG9 721 bp, MG68 716 bp, MG95 716 bp, MG120 712 bp, MG66 782 bp, M. gallisepticum 6/85, 718 bp ve M. gallisepticum S6, 787 bp'de elde edildi ve kesim bölgeleri sekans baz aralıkları ile analiz edildi. Elde edilen PCR ürünlerinin AluI, HaeII, HinfI Restriksiyon enzimleri (RE) ile kesimleri sonucu 2 farklı PCR-RFLP tipi elde edildi. MG4, MG9, MG68, MG95, MG120 izolatlarının çoğu aynı PCR-RFLP profili gösterirken, MG66 ve MG79 izolatları ise farklı profil gösterdi. Çalışmada değerlendirilen M. gallisepticum 6/85 aşı suşu ise MG4, MG9, MG68, MG95, MG120 saha izolatlarına yüksek oranda benzer RFLP profilleri gösterdi. M. gallisepticum S6 suşu ise yüksek oranda farklı kesim profili şekillendirdi. İzolatların Mgc2 gen bölgesinin filogenetik analizi sonucu; birbirine yüksek oranda benzer 5 saha izolatı birinci grup (Grup 1: MG4, MG9, MG68, MG95, MG120), 2 saha izolatı ise benzer ikinci grup (Grup 2: MG66, MG79) şeklinde oluşturuldu. Grup 1 ve Grup 2' de yer alan saha izolatları, Güney Afrika ve Brezilya'da ki izolatlara %96-99, Hindistan, Amerika ve Avustralya 'da ki izolatlarla ise %96-100 arasında benzerlik gösterdi. Ayrıca Grup 1 ve Grup 2'de yer alan izolatlar, sırasıyla 6/85 aşı suşuna %99.5 ve %97.3 oranında, TS-11 aşı suşuna %89-90 ve %100, M. gallisepticum S6 suşuna ise %96-96.5 ve %97.2 oranında benzerlik gösterdi. Sadece M. gallisepticum 6/85 ve Grup 1'de yer alan saha izolatlarının mgc2 genine ait nükleotit baz dizisinde 63 nükleotidin delesyona uğradığı tespit edildi. Sodyum Dodesil Sülfat–Poliakrilamid Jel Elektroforez (SDS-PAGE) analizi sonucu Grup 1 ve Grup 2'de yer alan saha izolatlarının hepsinde belirgin olan 120, 100, 70, 64, 67, 56, 53, 45, 43, 26 kDa ağırlığında protein bantları gözlemlendi. MG68 ve MG95 ile Grup 2'de yer alan izolatlar, diğerlerinden farklı olarak 28 kDa'da bant oluşturdu. Grup 2'deki izolatlar da ayrıca 15 kDa ağırlığında bant oluşturdu. M. gallisepticum 6/85 aşı suşu ve standart M. gallisepticum S6 suşu'nda belirtilen tüm protein bantları şekillendi. M. gallisepticum türüne özgü proteinlere karşı oluşan antikorların WB analizi Grup 1 ve Grup 2'de yer alan saha izolatların hepsinde p200, p120, p100, p98, p67, p64, p40, p35, p26'ya karşı antikor şekillendi. Grup 1'de yer alan izolatlar da ayrıca p56 ya karşı antikor oluşturdu. WB analizi için poliklonal serum kullanılması ile, bazı M. gallisepticum izolatları arasında antijenik olarak farklılaşma gözlenebilse de, WB analizinde monoklonal antikorların kullanılmasının, antijenite ve immünojenisite açısından daha spesifik ayrım sağlayabileceği tahmin edilmiştir. Sonuç olarak bu çalışma ile, Şanlıurfa bölgesinde CRD yönünden şüpheli semptom gösteren evcil kanatlılardan patojenik M. gallisepticum etkeninin mevcudiyeti, ve infeksiyonun kanatlı türlerindeki yaygınlığı hakkında ön bilgiler edinildi, hastalık için epidemiyolojik açıdan bir farkındalık oluşturuldu. Kullanılan moleküler yöntemlerin epidemiyolojik yönden saha ve aşı suşlarını ayırt etmede kullanılabileceği, ayrıca bu yöntemlerle izolatlar arasında var olan farklılıkların saptanılabileceği gözlemlendi. Mevcut verilere dayalı olarak saha suşlarının daha fazla tanınması ve tanımlanması için farklı M. gallisepticum genleri üzerinde daha fazla çalışma yapılması gerekmektedir. Ayrıca bölgede bulunan sonuçların, M. gallisepticum infeksiyonu teşhis olasılığını artıracağı, yani aşı suşuna bağlı nihai hastalığı netleştirmede, aşılanmış sürüleri doğal olarak infekte olmuş sürülerden ayırt etmede ve mikoplazma infeksiyonlarının izlenmesi yönünde etkili olacağı düşülmektedir.