Cell line
161 theses under this subject heading
Kayısı (Prunus armeniaca) çekirdeği yağı ve civanperçemi (Achillea millefolium) ekstraktı'nın mide kanseri hücre hattında hücre ölümü üzerindeki etkisinin araştırılması
Amaç: Bu araştırma kayısı çekirdeği yağı ve civanperçemi ekstraktı'nın MKN-28 mide kanser hücreleri üzerindeki etkisini incelemek amacı ile yapıldı. Gereç ve Yöntem: Mide kanser hücre hattı olan MKN-28 hücreleri hücre kültürü yöntemi kullanılarak çoğaltıldı. Belirlenen konsantrasyonlarda kayısı çekirdeği yağı, civanperçemi ekstraktı ve bunların kombinasyonlarıyla oluşturulan dozlar (kontrol dahil toplamda 9 doz grubu) uygulanarak MTT, annexin-V, kaspaz-3/7, hücre döngüsü ve klonojenik deney yapıldı. Elde edilen veriler SPSS programında değerlendirildi. Bulgular: Kayısı çekirdeği yağı için IC50 değerine yakın dozlar olan 1000 µg/ml ile 1200 µg/ml, civanperçemi ekstraktı için ise 5800 µg/ml ile 6000 µg/ml konsantrasyondaki dozlar kullanıldı. Klonojenik deneyde kayısı çekirdeği yağı, civanperçemi ekstraktı ve kombinasyon gruplarının tüm konsantrasyonlarında kontrol grubuna göre herhangi bir koloni oluşmadığı görüldü. Annexin-V deneyinde hücre canlılığında kontrol grubuna göre diğer tüm konsantrasyon gruplarında anlamlı bir azalma görüldü. Kaspaz-3/7 deneyinde hücre canlılığında kontrol grubuna göre diğer tüm gruplarda anlamlı bir azalma görüldü. S fazı % grafiğinde kontrole kıyasla diğer tüm gruplarda anlamlı bir azalma görüldü. G2/M fazının % grafiğinde kontrol grubuna göre anlamlı en fazla artış 1200 µg/ml +5800 µg/ml kombinasyon grubunda saptandı. Sonuç: Kayısı çekirdeği yağı ve civanperçemi ekstraktının MKN-28 hücreleri üzerinde hücre canlılığını azalttığını, hücre döngüsünü farklı safhalarda durdurduğunu ve anti-tümöral etki gösterdiği sonucuna varıldı. Anahtar kelimeler: Apoptoz, Civanperçemi Ekstraktı, Hücre Ölümü, Kayısı Çekirdeği Yağı, Mide Kanseri
HT-29 insan kolon kanseri hücre hattında Eriodictyol ve Brusatol'un 5-Florourasil ile kullanımının hücre canlılığı ve apoptoz üzerindeki potansiyel etkilerinin araştırılması
Kanser önemli ölüm nedenlerinden biridir. Kanserin tedavisi için kullanılan geleneksel yöntemlerin yan etkileri nedeniyle, kanseri önlemek veya tedavi etmek için yeni stratejiler geliştirilmesine yönelik çalışmalar hız kazanmıştır. Son zamanlarda yapılan çalışmalarda kanser tedavisinde kombine yaklaşımın önemi vurgulanmıştır. Çok eski çağlardan beri insanoğlunun başvurduğu doğa aktif ve güvenli anti-kanser ajanları için büyük bir zenginliğe sahiptir. Kolorektal kanser en sık teşhis edilen kanserler arasındadır. Bu hastalığın tedavisinde geleneksel olarak cerrahi yöntem ve kemoterapinin yanı sıra tedaviyi geliştirmenin ve yan etkileri ertelemenin potansiyel bir yolu olarak kombinasyon veya çok bileşenli tedavi gösterilmektedir. Bu çalışmada bildiğimiz kadarıyla ilk defa ticari Eriodictyol ve Brusatol'ün insan kolon kanseri/kolorektal kanser hücre hattında (HT-29 hücre hattı) 5-FU antikanser ilacı ile birlikte kullanımlarının hücre canlılığı üzerindeki etkilerinin belirlenmesinin yanı sıra apoptoz üzerindeki potansiyel etkilerinin de değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla öncelikle etken maddelerin ayrı ayrı ve kombine uygulamalarının HT-29 hücre hattında hücre canlılığı üzerindeki etkileri doz ve zamana bağlı olarak MTT deneyi ile araştırılmıştır ve her bir etken maddenin IC50 değeri belirlenmiştir. IC50 değerleri dikkate alınarak etken maddelerin ayrı ayrı ve kombine uygulamalarının HT-29 hücre hattında hücre canlılığı üzerindeki etkileri 24, 48 ve 72 saat için değerlendirilmiştir ve kombinasyon indeksi değerleri hesaplanmıştır. Brusatol veya Eriodictyol'ün IC50 ve IC50/2 konsantrasyonları ile 5-FU'nun IC50 konsantrasyonları ile yapılan kombinasyon uygulamalarının apoptoz üzerindeki etkisi ise Annexin V/PI boyama ve apoptotik genlerin Real-Time PCR analizi ile 48 saat için araştırılmıştır. Ayrıca etken maddelerin tek başına ve kombin uygulamalarının hücre döngü profili üzerindeki etkisi de 48 saat için incelenmiştir. En düşük IC50 değerleri Brusatol için hesaplanmıştır. Brusatol'ün 24, 48 ve 72. saatler için hesaplanan IC50 değerleri sırasıyla 109.5, 1.15 ve 0.96 µM'dır. Kombinasyon uygulamalarında hesaplanan Kİ değerleri farklılık göstermektedir. Brusatol ve 5-Florourasil'in yapılan kombin uygulamaları arasında Brusatol'ün IC50 ve IC50/2 değerindeki konsantrasyonları ile 5-FU'nun IC50 ve IC50/2 değerindeki konsantrasyonları ile yapılan kombin uygulamaların ortak olarak 24 ve 48 saatte sinerjik etki gösterdiği belirlenmiştir. 48 saatte Eriodictyol'ün IC50/2 değerindeki konsantrasyonu ile 5-FU'nun IC50 ve IC50/2 değerindeki konsantrasyonlarının yanı sıra Eriodictyol'ün IC50 ve 5-FU'nun IC50/2 değerindeki konsantrasyonları ile yapılan kombin uygulamaların etkisinin sinerjik olduğu görülmüştür. Brusatol'dan farklı olarak Eriodictyol'ün 5-FU ile 72 saat kombin uygulamalarında sinerjik etki belirlenmiştir. Brusatol, Eriodictyol ve 5-FU'nun test edilen üçlü kombinasyonlarının ise her inkübasyon zamanı için antagonist olduğu tespit edilmiştir. Brusatol'ün 5-FU ile denenen kombin uygulamalarında toplam apoptotik hücre yüzdesinin etken maddelerin tek başlarına neden olduğu toplam apoptotik hücre yüzdesine kıyasla daha fazla olduğu belirlenmiştir. Real time PCR analizi sonuçlarına göre test edilen genler içerisinde bax ve kaspaz-3 apoptotik gen seviyesindeki anlamlı artış Brusatol ve 5-FU'nun IC50 değerindeki konsantrasyonları ile yapılan kombinasyonda tespit edilmiştir. Bununla birlikte Brusatol ve Eriodictyol'ün tek başlarına HT-29 hücrelerinde kontrole kıyasla özellikle S evresindeki hücre yüzdesinde artışa neden olduğu belirlenmiştir. Brusatol'ün 5-FU ile kombinasyon uygulamalarında yine özellikle S evresindeki hücre yüzdesinin kontrole kıyasla daha fazla olduğu görülmüştür. 48 saat için yapılan deneylerden elde edilen veriler Eriodictyol'e göre Brusatol'ün tek başına veya 5-FU ile kombinasyon halinde HT-29 hücrelerinde apoptotik hücre yüzdesinde artışa neden olabileceğini göstermiştir. Bu çalışmadan elde edilen veriler özellikle kolon kanserine karşı kombin veya diğer alternatif yaklaşımlarına temel veri sağlayabilir. Yapılacak in vivo çalışmalar bu etken maddelerin kullanımına yönelik çalışmalara katkı sağlayacaktır.
Klomipramin ve kloropiramin'in kanserli hücre hatları üzerindeki apoptotik etkilerinin değerlendirilmesi
Kanser son yıllarda hem ülkemizde hem de diğer ülkelerde insidansı ve mortalitesi hızla artan bir hastalık olması nedeni ile bilim dünyasının çok dikkatini çekmiş ve tedavisi için üzerinde çok araştırma yapılan ve çeşitli yöntemler denenen bir hastalık türü haline gelmiştir. Günümüzde kanser, gelişmiş ülkelerde kardiyovasküler hastalıklardan sonra ikinci ölüm nedeni olarak gösterilmektedir. Bu tez çalışması kapsamında, bir antidepresan türevi olan Klomipramin Hidroklorür, antihistaminik türevi olan Kloropiramin Hidroklorür'ün ve pozitif konrtrol olarak kullanılan bir kemoterapötik ajan olan Sisplatin'in akciğer karsinom hücre hattı (A549) ve pankreas kanseri hücre hattı (PANC-1) üzerindeki sitotoksik ve apoptotik etkileri araştırılmıştır. Maddelerin sitotoksik analizleri MTT (3-(4,5-dimethylthiazol-2)-2,5-diphenyl tetrazolium bromide) yöntemi her iki hücre tipi içinde yapılmıştır. Daha sonra Gerçek Zamanlı Hücre Analiz Sisteminde (RTCA MP) antiproliferatif etkiler araştırılmış ve 24, 48 saatlik IC50/2 ve IC50 değerleri belirlenmiştir. Klomipramin ve Kloropiramin'in A549 ve PANC-1 hücreleri üzerindeki apoptotik etkileri Akım Sitometri cihazında ve morfolojik görüntüleme yöntemleri ile detaylı bir şekilde araştırılmıştır. Maddelerin 24 ve 48 saatlik apoptotik etkileri A549 ve PANC-1 hücrelerinde Annexin V/ PI, kaspaz 3 aktivasyonu ve mitokondriyal membran depolarizasyonu (JC-1) yöntemleri ile Akım Sitometri cihazında belirlenmiştir. Hücrelerin morfolojik değişimleri Konfokal Mikroskobu ve Geçirimli Elektron Mikroskobu kullanarak görüntülenmiştir. Çalışmanın sonucunda, Klomipramin ve Kloropiramin'in A549 ve PANC-1 hücreleri üzerinde apoptotik etkiye sahip olabilecekleri sonucuna ulaşılmıştır. Anahtar Sözcükler: Klomipramin, Kloropiramin, A549, PANC-1, Apoptoz
Akut promyelositik lösemi hücre hattında (HL-60) çoklu ilaç direncininin azaltılmasında manyetik nanopartikül destekli ilaç kullanılması
Kanser, ölüm oranlarının yüksek olması ve tedavideki zorluklar nedeniyle önemli bir sağlık problemidir. İdarubisin göğüs kanseri ve akut lösemilerin tedavisinde sıklıkla kullanılan bir antikanser ilacıdır. İdarubisin kullanımının bazı dezavantajları vardır. Bunlar kanser hücrelerine spesifik olmaması, sağlıklı hücre ve dokulara zarar vermesi, kullanımından sonra kanserin nüksetmesi ve çoklu ilaç direncinin gelişmesidir. Bu amaçla, tez kapsamında ilaç direncini azaltacak, ilacın taşınmasını sağlayacak ve ilacı lösemi hücrelerine daha spesifik hale getirecek manyetik nanopartikül (MNP) sistemini kullandık. Çalışmamızda öncelikle Fe3O4 nanopartikülleri hazırlandı, çeşitli organik moleküllerle kaplandı, MNP'lere folik asit bağlandı ve FT-IR, XRD, C-TEM, SEM yöntemleriyle karakterizasyon işlemleri yapıldı ve idarubisin bağlandı. İdarubisin bağlı MNP'lerin ve serbest idarubisinin HL-60 hücre hatlarında sitotoksik etkisi 24., 48. ve 72. saatlerde MTT ve ATP testleriyle belirlenip IC50 değerleri hesaplandı. Bulunan IC50 konsantrasyonlarındaki apoptoz durumu flow sitometriyle değerlendirildi, PCR yöntemiyle MDR1, Puma, NOXA, BAX, Survivin ve BCL-2 genlerin eskpresyonları ölçüldü. Yapılan sitotoksite testlerinde MNP kullanımıyla IC50'nin 2 ile 20 kat arasında düştüğü ve folik asit bağlı MNPlerde sitotoksik etkinin daha da arttığı bulundu. Gen ekspresyon ölçümlerinde MNP kullanımında apoptotik genlerin ekspresyonlarının arttığı, MDR1 ve antiapoptotik genlerin ekspresyonlarının ise azaldığı bulundu. Flow sitometri ölçümlerinde apoptozun arttığı bulundu. MNP sistemlerinin kullanımı ilacın kontrollü salınımını sağladığından ve yapısından dolayı hücre dışına çıkışını engellediğinden ilaç direncini azaltmıştır. Ayrıca apoptozu uyardığından ilacın daha düşük konsantrasyolarda etki etmesini sağlamıştır. Folik asit kullanımı ilacı kanser hücrelerine spesfikliğini arttırdığından ve hücre içine girişi kolaylaştırdığından ilacın etkinliğini arttırmıştır. Buradan elde edilen sonuçlar daha ileri çalışmalara ışık tutacak ve kanser hastalarının tedavisi için daha etkili yöntemler geliştirmesini sağlayacaktır.
İnsan glioblastoma hücre hatlarında AKT/FOXO3A/BIM yolağı üzerine moringa oleifera'nın etkilerinin araştırılması
Gliomlar arasında en yaygın görülen glioblastom, WHO tarafından da hala evre 4 olarak kabul edilen, mevcut tedavilere rağmen mortal bir tümördür. Moringa oleifera birçok kanser türünde glioblastom ile ortak tümorogenez yolağı üzerinde antikanser ve apoptoz indükleyici etkileri keşfedilmiş bir bitkidir. Bu çalışmada Moringa oleifera'nın, glioblastomun tedavi seçeneklerine katkı sağlamak üzere patogenezinde bilinen AKT/FOXO3a/Bim yolağı üzerine etkisi araştırıldı. U87-MG ve T98-G glioblastom hücreleri in vitro ortamda kültüre edildi. U87-MG ve T98-G hücre hatlarına sitotoksik aktivite tespiti için Moringa oleifera uygulandı. U87-MG ve T98-G kontrol ve deney gruplarında Image J yazılımı kullanılarak immuositokimyasal optik dansite ölçümleri karşılaştırıldı. Ayrıca U87-MG ve T98-G kontrol ve deney gruplarında koloni oluşum yüzdeleri Colony Count J yazılımı ile değerlendirildi. U87-MG ve T98-G deney gruplarında kontrol grubuna göre AKT'nin azalışı, FOXO3a ve Bim'in artışı istatistiksel olarak anlamlı bulundu. U87-MG ve T98-G deney gruplarında kontrol grubuna göre koloni oluşum yüzdelerindeki azalma da anlamlıydı. Sonuç olarak Moringa oleifera'nın U87-MG ve T98-G glioblastom hücre hatlarında apoptozu AKT/FOXO3a/Bim yolağı üzerinden tetiklediği tespit edildi. Anahtar Kelimeler: U87-MG ve T98-G, AKT/FOXO3a/ Bim Yolağı, Moringa oleifera.
Kurkuminin insan glioblastoma hücre hatlarında akt, fOXO3A ve bim yolağı üzerine etkilerinin araştırılması
Glioblastoma Multiforme (GBM), Dünya Sağlık Örgütü (WHO) tarafından grade 4 olarak kabul edilen, beyin kanserleri içinde en yaygın olan ve en kötü prognozlu primer intrakraniyel tümördür. Zerdaçal bitkisinden elde edilen kurkumin, antikanser potansiyeli en çok tanımlanan ve hala araştırılmakta olan biyolojik tıbbi bir maddedir. FOXO transkripsiyon gen ailesi apoptoz, hücre döngüsü ilerlemesi, oksidatif stres direnci, ilaçlara direnç gibi önemli hücresel süreçleri düzenlemektedir. Bu çalışmada U87-MG ve T98-G hücre hatlarına kurkumin uygulayarak, tümorogenesizde rol oynayan AKT, FOXO3a ve Bim yolağındaki moleküllerin durumunu immünositokimyasal boyama, koloni oluşum deneyi ve qRT-PCR genetik analizlerle göstermeyi hedefledik. U87-MG ve T98-G hücre hatlarına ilk olarak koloni oluşum deneyi uygulandı. Bu deneyde MTT ile belirlenen kurkumin dozunun hücre hatlarındaki koloni oluşumu üzerine etkisinin incelenmesi amaçlandı. Kurkumin uygulandıktan sonra hücre hatlarının mikroskop görüntüleri İmage J yazılımında değerlendirildi. Daha sonra U87-MG ve T98-G kontrol ve deney gruplarında AKT, FOXO3a ve Bim proteinleri immunositokimyasal boyama yöntemi ile boyandı. Boyama sonrasında ise mikroskop görüntüleri optik dansite ölçümlerinin karşılaştırılması için İmage J programına yüklendi. Kontrol ve deney grubundaki hücrelerde AKT, FOXO3a ve Bim'in mRNA seviyelerini karşılaştırmak için ise qRT-PCR yöntemi kullanıldı. U87-MG ve T98-G kontrol ve deney gruplarında koloni oluşum yüzdeleri karşılaştırıldığında, deney grubunda kontrol grubuna göre koloni oluşum yüzdelerinde azalma mevcuttu. İmmünositokimyasal boyama sonuçlarında deney gruplarında kontrol grubuna göre AKT'nin azalışı, FOXO3a ve Bim'in artışı istatistiksel olarak anlamlı bulundu. qRT-PCR sonuçlarına göre ise kurkumin uygulanan deney grubunda AKT mRNA'nın azalması; FOXO3a ve Bim'in mRNA seviyelerinin artışı istatistiksel olarak anlamlı bulundu. Sonuç olarak kurkuminin U87-MG ve T98-G glioblastom hücre hatlarında apoptozu AKT/FOXO3a/Bim yolağı üzerinden tetiklediği tespit edildi.
Poli ADP-riboz polimeraz inhibitörü olaparib'in nanotaşıyıcı ilaç şeklinin geliştirilmesi, karakterizasyonu ve SH-SY5Y nöroblastoma hücre hattında hidrojen peroksit ile oluşturulan hasara karşı etkilerinin incelenmesi
Poli (ADP-riboz) polimerazlar (PARP), organizmada hasar gören hücrelerin onarım mekanizmalarında rol oynayan enzimlerden biridir. PARP, DNA hasarının onarımına katılır, hücre farklılaşması ve apoptozuna kadar geçen süreçte farklı biyolojik yolaklarda görev alır. PARP inhibitörlerinden Olaparib'in farmasötik özelliklerine bakıldığında yağda ve suda çözünürlüğü düşük olduğundan (BCS sınıf 4) nanosüspansiyon şekline getirilmiştir. Bu çalışmada, FDA onaylı bir PARP inhibitörü olan Olaparib'in ve nanoformülasyonunun hidrojen peroksit (H2O2) ile oksidatif hasar oluşturulmuş insan nöroblastoma hücre hattı SH-SY5Y'ye uygulanarak, nöroblastomalar üzerindeki olası antioksidan ve sitoprotektif etkilerini araştırmak ve Olaparib'in bu etkilerini in vitro ortamda karşılaştırmalı olarak incelemek amaçlanmıştır. Çalışmamızda Olaparib grubu (OLA) ve nanosüspanse şekilde verilen Olaparib grubu (NOLA) incelendiğinde NOLA 100 μM grubunun, 100 μM alfa lipoik asit grubuna (ALA) yakın derecede MDA seviyelerinin azalttığı görülmektedir. Yine 100 μM OLA ve NOLA gruplarının her ikisi de alfa lipoik aside benzer şekilde 3-NT ve LDH seviyelerini düşürmüştür. Elde ettiğimiz sonuçlara baktığımızda bazı parametreler açısından yüksek doz Olaparib uygulamasının alfa lipoik asite benzer derecede antioksidan ve sitoprotektif etkiler sergileyebileceğine ait bulgulara ulaşılmıştır. Ancak bu etkiler incelediğimiz tüm parametrelerce desteklenmemiştir. Bu açıdan PARP inhibitörleri ile yapılacak daha fazla bilimsel veriye ihtiyaç vardır. Çalışma sonuçları özellikle nanofarmasötiklerin Olaparib gibi yağda ve suda çözünürlüğü düşük olma potansiyeli taşıyan etkin maddeler için hücresel emilim ve hedefleme açısından umut verici olabileceğini göstermiştir.
Non alkolik yağlı karaciğer hastalığı oluşturulan HEPG2 hücre hattında hispidulinin lipid parametrelerine ve AMPK, SIRT1 düzeylerine etkisinin incelenmesi
Bu çalışmada amacımız doğal flavonoid bir bileşen olan hispidulinin oleik asitle indüklenen Non alkolik yağlı karaciğer hastalığı (NAYKH) modeli oluşturulan HepG2 hücre kültüründe Trigliserid (TG), Total Kolesterol (TK), Alanin aminotransferaz (ALT), Aspartat aminotransferaz (AST), Adenozin Monofosfat ile aktive edilen protein kinaz (AMPK) ve Sirtuin 1 (SIRT1) düzeylerine etkisinin incelenmesi amaçlanmıştır. Hispidulin 40 µM konsantrasyonunda TG (p=0,001), TK (p=0,003), ALT (p<0,001), AST (p=0,012) düzeylerini oleik asit grubuna göre anlamlı azaltmış ama oleik asit grubuna göre AMPK seviyesinde (p=0,796) ve SIRT1 seviyesinde (p=0,017) beklenen artış olmamıştır. Bu sonuçlar ışığında hispidulin NAYKH' da etkili olabileceği ama bunu hangi yolaklar üzerinden yaptığının halen net olmayıp bunu göstermek için ileri çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.
Pankreas kanseri hücre hattında arum dioscoridis bitki ekstraktının anti-kanserojenik etkilerinin araştırılması
Malign özelliği yüksek olan pankreas kanseri, erken tanısının zor olması ve hızlı metastaz riskiyle ölüm oranı yüksek olan ciddi bir hastalıktır. Fenolik bileşikler kanserin başlama, ilerleme, anjiyogenez ve metastaz aşamalarında pek çok yolakta etkili olabilmektedir. Çalışmamızda Arum dioscoridis etanol ekstraktının (ADEE) pankreas kanseri üzerindeki anti-kanserojenik etkilerinin, in vitro kültür ortamında PANC-1 hücreleriyle belirlenmesi hedeflendi. A. dioscoridis bitkisinin etanol ekstraksiyonu yapılmıştır. ADEE'nin toplam fenolik madde içeriği 2,4732±0,05 μg GAE/mg ekstrakt olarak saptanmıştır. Anti-oksidan aktiviteyi tanımlamak amacıyla yapılan 2,2-difenil-1-pikrilhidrazil (DPPH) serbest radikal yakalama yöntemiyle IC50 değeri 76,494 μg/ml olarak saptanmıştır. LC-MS/MS'le ekstrakta en fazla miktarda bulunan fenolik bileşik sinarosid (4,948 mg/kg) olarak tespit edilmiştir. PANC-1 ve HEK293 hücre hatlarında hücre canlılığına etkisi MTT'yle belirlenerek, hücrelere IC50 dozlarında 48 saat ADEE uygulaması yapılmıştır. Western blot, qRT-PCR yöntemiyle kantitatif ekspresyon analizi ve inflamasyon tespitine ilişkin immünoreaktivite çalışmaları yapılmıştır. Sonuç olarak, A. dioscoridis'in, PANC-1 hücre hattında anti-proliferatif ve anti-enflamatuar etkilerinin tespit edilmesine rağmen, anti-kanser etkisinin olmadığı gözlenmiştir.
Sülforafanın 769-P insan böbrek kanser hücre dizisinde apoptoz üzerine etkisi ve hücre migrasyonunun inhibisyonu
Kanser görülme sıklığı dünyada giderek artmaktadır. Sağlıklı hücrelerde meydana gelen fenotipik ve genotipik değişiklikler sonucunda kanser meydana gelmektedir. Kontrolsüz hücre proliferasyonu sebebiyle hücreler anormal şekilde çoğalarak invazyon ve metastaz özelliği kazanırlar. Böbrekler metabolizma tarafından üretilen artık maddelerin vücuttan uzaklaştırılmasında ve homeostazın sağlanmasında önemli fonksiyonlara sahiptir. Böbrek kanseri; ürogenital kanserler içerisinde yer almakta ve insidansı gittikçe artmaktadır. Son yıllarda bitkisel kaynaklı besinlere olan ilgi artmaktadır ve geleneksel tedavileri desteklemek amacıyla sıklıkla tercih edilmektedir. Tarih boyunca da tedavilerde bitkisel gıdalar kullanılmış olup biyoaktif bileşenlerin aynı zamanda kanserin önlenmesinde farmakolojik ve fizyolojik etkilerinin olduğu savunulmaktadır. Diyetle alınan besinlerdeki kemopreventif bileşikler; hücre içi sinyal iletim yolaklarını düzenleme veya kanser oluşum sürecini uzatarak çeşitli koruyucu etkiler meydana getirmektedir. Brokoli, karnabahar, beyaz ve karalahana, Brüksel lahanası gibi Brassicaceae olarak da bilinen turpgiller ailesindeki sebzeler 'glukosinolat ' adı verilen bileşik içerirler. Glukosinolatlar, mirosinaz enzimi tarafından katalizlenen reaksiyona girerler. Parçalanma ürünü ise izotiyosiyanatın karakteristik bir bileşiği sülforafan (SFN)'dır. SFN kemopreventif etkileri sayesinde son yıllarda büyük ilgi görmektedir. Çok sayıda epidemiyolojik araştırmalar ile in vivo ve in vitro çalışmalar, SFN'nin kanseri önleyici ya da riskini azaltıcı potansiyeli olduğunu belirlemiştir. SFN'nin çeşitli hücre hatları üzerindeki proapoptotik etkileri tanımlanmıştır fakat literatürde böbrek kanserinde apoptoz üzerine olan etkisi için yeterli çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışmada SFN'nin 769-P insan böbrek kanser hücre hattı üzerindeki etkisi araştırılmış ve kontrol grubu olarak 293-T insan böbrek epitel hücre hattı kullanılmıştır. Bu amaçla çeşitli SFN konsantrasyonları hazırlanmış ve hücre hatları üzerinde etkileri incelenmiştir. Hücre proliferasyonu üzerine etkisinin gözlenmesi için MTT [3-(4, 5-dimetil tiyazol-2-il)-2, 5 difenil tetrazolyum bromid] testi (24. ,48. ,72. saat) ve sitotoksik etkinin belirlenebilmesi için LDH (Laktat dehidrogeneaz) testi uygulanmıştır. Analizler sonucu seçilen konsantrasyonlarda hücre döngüsü inhibisyonları saptanmıştır. SFN'nin hücrelerde meydana getirdiği apoptotik etkinin belirlenebilmesi için erken ve geç apoptotik hücreler Anneksin V yöntemi ile analiz edilmiştir. 769-P insan böbrek kanser hücre hattında ise doza bağımlı şekilde hücre migrasyonunun inhibisyonu incelenmiştir.
Osteosarkomda HSA-MİR-664A-5P ile lncrna MEP3 arasındaki ilişkinin araştırılması
Osteosarkom çocuk ve yetişkinlerde en sık görülen birincil kemik tümörüdür. Hastalığın gelişimindeki temel moleküler mekanizmaların anlaşılması alternatif tedavi yöntemlerinin geliştirilmesine yardımcı olabilir. Kodlanmayan RNA'ların (ncRNA) ifade seviyelerindeki değişim ile osteosarkom arasında bir ilişki olduğu tespit edilmiştir. Bu ncRNA'lardan MEG3 uzun kodlanmayan RNA'sının ifade seviyesinin osteosarkom doku ve hücre hatlarında düşük olduğu, hsa-miR-664a-5p'nin ifade seviyesinin de yüksek olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışmada, osteosarkom kanser hücre hattı (U2-OS) ve insan osteoblast hücre hattına (hFOB 1.19) hsa-miR-664a-5p baskılayıcısı verilerek, hsa-miR-664a-5p ve MEG3 ifade seviyelerindeki değişim araştırılmıştır. Beklenildiği gibi çalışma sonucunda hsa-miR-664a-5p'nin ifade seviyesi düşerken MEG3 geninin ifade seviyesinin ise arttığı tespit edildi. Bulunan sonuçlar istatistiksel analizler ile de anlamlı bulunmuştur (p<0,05). Sonuç olarak, bu çalışma ile osteosarkomda hsa-miR-664a-5p'nin artan ifade seviyesinin MEG3 geninin ifadesinde baskılayıcı bir etkisi olabileceğini gösterilmiştir. Anahtar kelimeler: hsa-miR-664a-5p, lncRNA, MEG3, miRNA, Osteosarkom
Let-7C ifadesinin çeşitli meme kanser hücre hatlarında otofaji ile ilişkisinin araştırılması
Otofaji, uzun ömürlü proteinlerin, hasarlı organellerin ve katlanmamış proteinlerin oluşturduğu çökeltilerin yıkımı için var olan lizozomal katabolik bir yolaktır. Otofajinin, kanser, otoimmün ve nörodejeneratif hastalıklar gibi birçok hastalıkta rol oynadığı bilinmektedir. MikroRNA'lar (miRNA), 19-25 nükleotid uzunluğunda tek zincirli kodlanmayan RNA'lardır ve gen ifadesinde transkripsiyon sonrasında görev almaktadır. miRNA'ların tümör gelişiminde, metastazında ve istilasında tümör baskılayıcı veya onkogen olarak rol aldıkları bilinmektedir. miRNA'ların ifadelerindeki düzensizlikler meme kanserinde de gözlemlenmektedir. Let-7c, çeşitli kanserlerde ifade seviyesi düşük bulunmuş ve tümör baskılayıcı olarak hareket ettiği düşünülmektedir. Bu çalışmada SKBR-3, MCF-7, CRL-2329 meme kanseri hatlarında ve CRL-4010 normal meme epitelyum hücre hattında let7c ifade seviyesi ve otofaji yolağındaki etkisi qRT-PCR, GFP-LC3, western blot teknikleri kullanılarak araştırılmıştır. Let7c ifadesi MCF-7 ve CRL2329'da normal meme epitel hücre hattına göre qRT-PCR yöntemine göre belirgin şekilde düşük bulunmuştur. Let7c ifadesinin arttırılması ile SKBR-3 ve CRL-2329'da GFP-LC3 tekniğiyle incelendiğinde otofagazom sayısında artış gözlemlenmiştir. Western blot tekniği ile ATG9A seviyesi SKBR-3 ve CRL4010'da azalış göstermiş, LC3II/LC3I oranı ise sadece CRL4010'da yüksek bulunmuştur. İleriki yapılacak çalışmalarla Let7c ve tahmini hedefi ATG9A arasındaki ilişki ve meme kanserinde let7c'nin terapötik potansiyeli çok daha iyi anlaşılacaktır.
Çeşitli meme kanseri hücre hatlarında apobec3b ve apobec3g genlerinin ifade düzeyinin analizi ve mutasyon taraması
APOBEC enzimleri bağışıklıkta önemli oyunculardır ve kanserleşmeye katkıda bulunabilir. APOBEC3B ve APOBEC3G, sitidini üridine dönüştürerek DNA ve RNA'da mutasyona yol açan sitidin deaminazlara mensuptur. Biz bu çalışmada dört meme kanseri hücre hattında (SK-BR-3, MCF-7, MDA-MB-231 ve CRL-2329) qRT-PCR kullanarak APOBEC3B ve APOBEC3G ifadelenme seviyelerini araştırdık ve gen dizileme kullanarak mutasyon analizi gerçekleştirdik. APOBEC3B MDA-MB-231'de yüksek derecede ifadelenmesine rağmen istatiksel olarak önemli bulunmamıştır (p>0.05). APOBEC3G CRL-2329' da yüksek derecede ifadelenmiştir ancak o da istatiksel olarak önemli bulunmamıştır (p>0.05). Ayrıca MDA-MB hücre hattında (c.239A> G) ve SK-BR hücre hattında (c. 492A> C) olmak üzere APOBEC3B geninde iki yer değiştirme mutasyonu tespit edilmiştir. APOBEC3G'de mutasyon bulunmamıştır. APOBEC3B ve APOBEC3G'nin moleküler mekanizmasının anlaşılması hastalıkların moleküler özellikleri hakkında kesin bilgi verebilir ve meme kanserlerindeki mutasyonun yeni kaynakları hakkında önemli bilgiler elde edilmesini sağlayabilir. Anahtar Sözcükler: APOBEC3B-3G, meme kanseri, QRT-PCR, RT-PCR, mutasyon tarama
Osteoartrit'te UCMA'nın moleküler mekanizmasının incelenmesi
Osteoartrit (OA), dünyada en yaygın görülen dejeneratif eklem hastalığıdır. OA'nın tedavisi ve önlenmesi için yeni tedavi edici ajanların ve moleküler hedeflerin tanımlanmasına önemli derecede ihtiyaç duyulmaktadır. UCMA K vitaminine bağımlı bir proteindir. UCMA'nın moleküler fonksiyonu henüz tam olarak bilinmemekle beraber güncel çalışmalarda yangı ve kalsifikasyonla ilişkili olabileceği vurgulanmaktadır. Bu çalışmada, OA'da UCMA'nın moleküler mekanizmasını inceledik. IL-1β ile uyarılan hFOB1.19 hücre dizileri kullanarak UCMA'nın OA ile ilişkili genler arasındaki ilişkisini gösterdik. Bu çalışmada, 16 tane genin ifade düzeyi Real Time PCR yöntemi ile analiz edildi. UCMA protein düzeyleri ise Western Blot yöntemi ile gösterildi. Hücre kültürü süpernatantlarında MMP1, IL-17 ve OPG seviyeleri ELISA ile analiz edildi. In vitro OA modelinde, UCMA gibi yeni moleküler hedef olabilecek MGP, UTS2 genlerinin ifade düzeylerinde anlamlı düzeyde artış olduğunu gözlemledik. Çalışmamızda, IL-1β'nın kemik oluşumunda rol alan temel transkripsiyon faktörlerini (RUNX2 ve OSX) tetiklediğini ve UCMA'nın bu genlerle ilişki içerisinde olabileceğini belirledik. Ayrıca, ilk defa OA gelişiminde rol alan pek çok gen ile UCMA arasında pozitif bir korelasyon olduğunu, OA'dan en fazla etkilenen genin UCMA olduğunu gösterdik. Ek olarak, hFOB1.19 hücre dizilerinde IL-1β ile tetiklenen Caspase-3,-8,-9 yolağı aracılığıyla apoptozda UCMA'nın gen ifadesinde anlamlı düzeyde artış olduğunu belirledik. MMP1 ve OPG salgıları kontrole göre anlamlı düzeyde artmıştı. Bu çalışmadan elde edilen bulgular, UCMA'nın osteoblast farklılaşmasında, kemik oluşumunda, OA gelişiminde ve osteoblast apoptozunda rol alabileceğini göstermektedir. Sonuç olarak, bu çalışma OA patofizyolojisinde UCMA'nın potansiyel değeri için iyi bir kanıt sağlamaktadır ve UCMA'nın OA'ya karşı yeni tedavi edici yaklaşımlar geliştirmek için gelecek vaat eden bir moleküler hedef olduğunu göstermektedir.
PC12 hücre hattında Aβ25-35 ile indüklenen hücre sitotoksisitesi ve oksidatif hasar üzerine şikoninin etkileri
Alzheimer Hastalığı (AH) ilerleyici hafıza kaybı ile seyreden, kronik nörodejeneratif bir hastalıktır. Şikonin antioksidan, anti-inflamatuar, anti-trombotik, anti-mikrobial, anti-kanser ve yara iyileşmesi gibi birçok olumlu etkiye sahip olduğu görülmüştür. Bu tez çalışmasında PC12 hücre hattında Aβ25-35 ile oluşturulan AH modelinde şikonin'in Aβ toksisitesine ve sonucunda oluşan oksidatif hasara karşı olası koruyucu etkisinin varlığı araştırılması amaçlanmıştır. Aβ25-35 ve şikonin'in PC12 hücre canlılığı üzerine etkileri MTT [3-(4,5-dimethyl-2-thiazolyl)-2,5 diphenyl-2H-tetrazolium bromide] yöntemi ile belirlendi. Süperoksit dismutaz (SOD), glutatyon peroksidaz (GSH-Px), katalaz (CAT) aktiviteleri, malondialdehit (MDA) ve nitrik oksit (NO•) düzeyleri ELISA yöntemi ile analiz edildi. 5µM Aβ25-35 ile azalan hücre viabilitesinin 20 μM şikonin ilavesi ile anlamlı bir şekilde arttığı, Aβ25-35 ile artan NO• ve MDA düzeyleri şikonin ilavesi ile azaldığı, Aβ25-35 ile azalan SOD ve GSH-Px enzim aktiviteleri şikonin ilavesi ile arttığı ve benzer şekilde Aβ25-35 ile azalan katalaz enzim aktivitesi şikonin ilavesi ile arttığı gözlendi. Aβ25-35 ile PC12 hücrelerinde oluşturulan in vitro AH modelinde şikoninin oluşan nöronal sitotoksisite ve oksidatif hücre hasarı üzerine olumlu etkilerini ortaya koymuştur. Böylece, şikoninin AH'ında önemli bir patofizyolojik mekanizma olan Aβ ile indüklenen sitotoksisite ve oksidatif hasarın önlenmesinde potansiyel bir ajan olabileceği düşüncemizi desteklenmektedir.
SH SY5Y hücre hattında bace1 geninin bütein ve sodyum bütirat ile alternatif kırpılmasının indüklenmesi ve oluşan izoform profilinin incelenmesi
Nörodejeneratif hastalıklar grubunda ilk sırada yer alan Alzheimer hastalığına yönelik tedavi yaklaşımlarında BACE1 enzimi (beta-bölgesi amiloid prekürsör proteini kesim enzimi) oldukça önemli bir yere sahiptir. Bu enzim Alzheimer hastalığının önemli nedenlerinden biri olan β-amiloidin oluşumundan sorumludur. Bu enzimin beyin dokusundaki tam uzunluktaki aktif olan formunun dışında farklı dokularda da birden fazla izoforma sahip olduğu bildirilmiştir. Ayrıca alternatif kırpılma sonucu oluşan izoformlardaki artışın β-amiloid miktarını azalttığı gösterilmiştir. Çalışmamızda; histon deasetilaz inhibitörü olarak bilinen sodyum bütirat ve büteinin Alzheimer hastalığında önemli rolü olduğu bilinen BACE1 enziminin alternatif kırpılma sonucu oluşmuş izoformlarına olan etkisi incelenmiştir. SH-SY5Y hücrelerine iki farklı dozda uygulanan sodyum bütirat (1 mM ve 5 mM) ve büteinin (2µM ve 10µM), farklı alternatif kırpılmalar sonucu oluşmuş izoformların ifade düzeylerine etkisi Real-Time PCR yöntemiyle değerlendirilmiştir. Mann-Whitney U-testine göre, hem sodyum bütiratın hem de büteinin iki dozu arasında anlamlı bir farklılık gözlenmemiştir. (p>0.05) Hem 1 mM'lık hem de 5 mM'lık sodyum bütirat dozu kontrol grubu ile karşılaştırıldığında BACE1/501 ekspresyonunu artırmıştır. 1mM NaB BACE1/457 ve BACE1/432 ekspresyonunu azaltırken, 5 mM NaB BACE1/457 ve BACE1/432 ekspresyonunu artırmıştır. Hem 2 µM'lık hem de 10 µM'lık bütein konsantrasyonu kontrol grubu ile karşılaştırıldığında BACE1/501 ekspresyonunu artırmıştır. 2 µM bütein BACE1/457 ekspresyonunu bir miktar artırırken, 10 µM bütein BACE1/457 ekspresyonunu 3 kat artırmıştır. 2 µM bütein BACE1/432 üzerinde herhangi bir değişiklik yapmazken, 10 µM bütein BACE1/432 ekspresyonunu yaklaşık 2 kat artırmıştır. Sonuç olarak kullandığımız HDAC inhibitörlerinin seçici olarak, ekspresyon düzeyinde anlamlı değişikliklere sebep olabileceğini düşünülen BACE1 izoformları üzerinde beklenilen etkiye neden olmadığı saptanmıştır.
Akut böbrek hasarında aday miRNA ekspresyon profilinin, hücre hattı modellemesi kullanılarak araştırılması
Amaç: Kontrasta bağlı akut böbrek hasarı [Kİ-ABH] klinik komplikasyon olup artmış mortalite, uzamış hastanede yatış ve artan tıbbi maliyetlerin önemli bir nedenidir. Kİ-ABH'da etkili müdahaleler almak için erken teşhis ve koruyucu önlemler kilit öneme sahiptir. Tanı yaygın olarak kullanılan fakat renal hasarın gerçek zamanının gerisinde kalan ve erken tanı ve müdahaleleri ciddi şekilde etkileyen serum kreatinin seviyelerine bağlıdır. MikroRNA'nın [miRNA] erken Kİ-ABH tanısında yararlı bir biyobelirteç olduğu bulunmuştur. Çalışmamızda Kİ-ABH'da miRNA ekspresyon profilinin oluşturulması ve biyobelirteç olabilecek yeni miRNA'ların saptanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda insan böbrek tübüler epitelyal HEK-293T hücreleri, Kİ-ABH hücre modeli oluşturmak için ioheksol ile muamele edildi. Hücre canlılık testi uygulaması sonrasında, kültüre edilen hücrelerden RNA izolasyonu yapıldı. miRNA microarray ile ekspresyon profillendirmesi gerçekleştirildi. Bulgular: HEK-293T hücrelerine kontrast madde olarak ioheksol verilip hücre canlılık testi uygulandığında, hücre morfolojisinde değişiklik olmadığı gözlemlendi. Hücrelerden RNA izolasyonu sonrasında, miRNA PCR array ile ekspresyon profillendirmesi değerlendirildiğinde, 20 miRNA'nın downregüle ve 6 miRNA'nın upregüle olduğu saptandı. Analiz sonucunda anlamlı değişim saptanmış 3 miRNA (miR-378a-3p, miR-182-5p, miR-23b-3p) real-time PCR yöntemi ile valide edilmiştir. Üçlü tekrar edilen örneklerden two-way ANOVA ve paired t-test yöntemleri kullanılarak istatistiksel analizler gerçekleştirilmiş olup, sonuçlar istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (**p< 0.01). Sonuçlar: Literatüre bakıldığında kontrast nefropati çalışmalarında saptanmayan bu miRNA'lardan miR-182-5p, miR-221-3p, miR-151a-5p, miR-181b-5p, miR-23b-3p, miR-103a-3p, miR-23a-3p, miR-378a-3p, miR-191-5p, miR-17-5p nefrotoksinler, sepsis, I/R hasarı gibi farklı etyolojilere bağlı ABH modellerinde saptandığı görüldü. Anahtar Kelimeler: Akut böbrek hasarı, kontrast nefropati, miRNA
Leishmania tropica ile enfekte makrofaj hücre hattında Hypericin etken maddesinin apoptotik ve sitotoksik etkilerinin araştırılması
Amaç: Araştırmamızda Hypericin [hiperisin] etken maddesinin, kutanöz leishmaniasis etkeni olan Leishmania tropica üzerine in vitro (promastigotları) ve ex vivo (amastigotları) antileishmanial etkinliğinin araştırılması sonrasında L. tropica ile enfekte THP-1 makrofaj hücrelerine apoptoz mekanizmasında aktif gen bölgelerinin ekspresyon seviyeleri üzerine olan etkilerinin qPCR ile araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Hiperisinin CelltTiter-glo ve hemositometri yöntemleri kullanılarak L. tropica promastigotlarına karşı in vitro antileishmanial aktivitesi (IC50promastigot) hesaplanmıştır. Giemsa boyama yöntemiyle ise hiperisinin L. tropica amastigotlarına karşı ex vivo antileishmanial aktivitesi belirlenmiştir (EC50amastigot). Belirlenen IC50promastigot, EC50amastigot, CC50 değerleriyle seçicilik indeks [SI] değerleri hesaplanmıştır. Apoptoz deneyi ile hiperisinin, L. tropica ile enfekte THP-1 hücresine ait apoptoz mekanizmasında yer alan 88 adet genin ekspresyon seviyeleri qPCR ile araştırılarak, gen seviyelerine olan etkileri incelenmiştir. Bulgular: Hiperisinin 24. 48. ve 72. saatlerdeki CC50 değerleri sırasıyla 40,37 - 37,69 - 30,03 µmol olarak bulunmuştur. L. tropica promastigotları üzerine in vitro antileishmanial aktivitesi (IC50promastigot) sırasıyla 9,761 - 9,576 - 6,994 µmol, L. tropica amastigotları üzerine ex vivo antileishmanial aktivite (EC50amastigot) sırasıyla 25,23 -23,12 µmol olarak saptanmıştır. Hiperisinin L. tropica parazitinin iki formu üzerine olan SI değeri ≥1'den büyük olarak hesaplanmıştır. qPCR sonrasında gen ekspresyon seviyelerinden aşağı ve yukarı regüle edilen genler saptanmıştır. Sonuçlar: Sonuç olarak, hiperisinin L. tropica parazitinin promastigotları ve amastigotları üzerine antileishmanial aktivite gösterdiği ve apoptoz deneyi sonrasında ise hiperisinin L. tropica parazitinin konak hücrenin apoptoz mekanizmasından kaçışını engelleyebileceği saptanmıştır. Anahtar Kelimeler: Hiperisin, Leishmania, Antileishmanial, Sitotoksitite, Apoptoz
İnsan akciğer kanseri hücre hattında traıl ve bortezomib'in apoptoz yolağı genlerinin MRNA ve protein ekspresyonları üzerine etkilerinin araştırılması
Akciğer kanseri görülme sıklığı ve mortalitesi en yüksek oranda görülen bir hastalıktır. Uzun yıllardır yapılan çalışmalarda çoğu akciğer kanserinde kullanılan tedaviler başarısız olmuştur. Bu çalışmada; küçük hücreli akciğer kanser hücre hattı olan A549 hücrelerinde, TNF-bağımlı apoptoz-uyarıcı ligand (TRAIL) ile uyarılan apoptoz yolağında görev alan genlerin ekspresyon profillerinin ve bu genlerle ilgili protein miktarlarının incelenmesi; rekombinant TRAIL (rTRAIL) ve Bortezomib antitümör ajanların çeşitli kombinasyonlarının bu yolak gen ekspresyonunu ve protein miktarlarını nasıl etkilendiğinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Amacımıza yönelik olarak insan akciğer kanser hücre hattı (A549)'nın hücre kültürleri yapılmış, hücre kültürleri 3 gruba ayrılarak sürdürülmüştür. İlk grup kontrol grubudur. İkinci gruba dışardan rekombinant TRAIL proteini (rTRAIL) uygulaması yapılmış, üçüncü grup ise rTRAIL ve Bortezomib ile muamele edilmiştir. Bunun sonucunda TRAIL bağımlı apoptoz yolağında görevli genlerin ekspresyon düzeyleri ve protein seviyeleri belirlenmiştir. TRAIL bağımlı apoptoz yolağında görev alan genlerin ekspresyon düzeyleri Real Time PCR, protein seviyeleri ise Western Blot yöntemiyle belirlenmiştir. Ayrıca kültür hücrelerinde apoptoz oranı apoptoz assayle kontrol edilmiştir. Çalışmamızda TRAIL ve Bortezomib uygulaması yapılan hücrelerde TRAIL, TRAIL-R1, TRAIL-R2, TRAIL-R3, TRAIL-R4, OPG, Bcl-2, Bax, Bcl-XL genlerinin RNA ve protein ekspresyonları kontrol grubu ile karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık görülmemiştir. Anahtar Kelimeler: Gen ekspresyonu, NSCLC, Real Time PCR, TRAIL, Western Blot
Hela hücre hatlarında primula vulgaris ekstraktı yüklü gümüş nanopartiküllerin BCL2, MDR1 ve P53 gen ekspresyon seviyeleri üzerine etkisinin araştırılması
Serviks kanseri dünya çapında kadınlar arasında meme kanserinden sonra en yaygın ikinci kanser türüdür. HeLa hücreleri bir insan serviks kanseri hücre hattıdır. HeLa, kanserli hücrelerin moleküler biyolojik özelliklerini incelemek amacıyla en yaygın kullanılan model hücre hattıdır. Bu çalışmada, Primula vulgaris bitkisinin çiçek ve yaprak ekstraktları yüklü gümüş nanopartiküllerinin (AgNP) HeLa hücre hattında hücre proliferasyonu ile BCL2, MDR1 ve p53 gen ekspresyon seviyeleri üzerine etkilerinin araştırılması amaçlandı. Primula vulgaris bitkisinin çiçek ve yaprak ekstraktları yüklü AgNP IC50 doz değerleri iCELLigence gerçek zamanlı hücre analiz sistemiyle belirlendi. IC50 doz belirlenmesinin ardından, IC50 doz grubu (1. Grup), LD50 doz grubu ( 2. Grup), Sisplatin grubu (3.Grup), bitki ekstraktı yüklenmemiş AgNP doz grubu (4.Grup) ve kontrol grubu (5. Grup) olmak üzere 5 farklı grupta BCL2, MDR1 ve p53 gen ekspresyon seviyeleri qRT-PCR yöntemiyle analiz edildi. HeLa hücre hatlarına; Primula vulgaris çiçek ekstraktı yüklü AgNP ilavesi ardından 12.saat ve 24. saatte belirlenen IC50 değerleri sırasıyla 58,39 ug/mL ve 57,65 ug/mL'dir (r2= 1). Primula vulgaris yaprak ekstraktı yüklü AgNP ilavesi ardından 12.saat ve 24. saatte belirlenen IC50 değeri sırasıyla 42,14 ug/mL ve 48,50 ug/mL'dir (r2= 1). Primula vulgaris çiçek ve yaprak ekstraktı yüklü AgNP uygulanan HeLa hücrelerinin ölüm oranlarının doza bağlı olarak artış gösterdiği belirlenmiştir (p<0.05). Primula vulgaris ekstraktı yüklü AgNP IC50 doz grubunda kontrol grubuna göre; BCL2 gen ekspresyon miktarında 0,7 kat artış, MDR1 gen ekspresyon miktarında 1,2 kat artış ve p53 gen ekspresyon miktarında 2,6 kat azalma gözlenmiştir. Sonuç olarak, Primula vulgaris çiçek ve yaprak ekstraktları yüklü AgNP'lerin HeLa hücre hattı üzerinde dozla orantılı olarak hücre ölümüne neden olduğu belirlenmiştir. Primula vulgaris çiçek ekstraktı yüklü AgNP dozundaki artışla orantılı olarak BCL2 ve MDR1 gen ekspresyon seviyelerindeki artışlar ilaç direnci gelişimi açısından değerlendirilmelidir. Primula vulgaris ekstraktının serviks kanserinin tedavisinde kullanımı konusunda daha detaylı ve in vivo araştırmaların yapılmasına ihtiyaç bulunmaktadır.
Prostat kanseri hücre dizininde fotodinamik ve sonodinamik tedavilerin etkisi
Bu çalışmanın amacı, prostat kanseri tedavisinde metilen mavisi veya fiyorbid a-aracılı sonodinamik, fotodinamik ve sonofotodinamik tedavilerin olası antitümör etkilerinin ve etki mekanizmalarının in vitro incelenmesidir. Sonodinamik ve sonofotodinamik tedaviler yeni tür noninvaziv yöntemler olup kanser tedavisinde önemli bir yere sahip olacağı düşünülmektedir. Bu bağlamda, tedavilerin hücre canlılığı üzerine etkileri MTT testi ile apoptotik morfolojik değişimler hoechst/propidiyum iyodid boyamayla, apoptotik yolakta ve wnt sinyal yolağında bulunan proteinlerin miktarları western blot yöntemiyle ve bu yolaklardaki proteinlerin gen düzeyindeki ekspresyonlarına etkileri RT-PCR analizi ile incelenmiştir. Ayrıca, tedavi sonrası hücrelerdeki reaktif oksijen türlerinin miktarı ile antioksidan sistemlerdeki değişimler biyokimyasal yöntemlerle incelenmiştir. Sonuçlara göre tek başına ışık veya ultrases uygulamasının kontrole nazaran hücre canlılığına etkisi yokken, uygulanan tedavilerin hücre canlılığını azalttığı belirlenmiştir. Ayrıca, kontrol hücrelerine nazaran tedavi gruplarında apoptotik hücrelerin sayısının önemli oranlarda arttığı gözlenmiştir. Uygulanan tedavilerin hücrelerde kaspaz-8, kaspaz-3, Parp ve Bax proteinlerinin seviyelerinde artışa, kaspaz-9 ve bcl2 protein seviyelerinde azalmalara yol açtığı gözlenmiştir. RT-PCR sonuçlarına göre wnt sinyal yolağındaki proteinlerin gen düzeyinde ekspresyonlarının uygulanan tedavilerle değiştiği gözlenmiştir. Ayrıca, uygulanan tedavilerin prostat kanser hücrelerinde ROS ve MDA seviyelerinde artış, GSH, CAT ve SOD seviyelerinde azalmaya neden olduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak prostat kanseri tedavisinde sonodinamik, fotodinamik ve sonofotodinamik tedavilerin umut verici etkilere sahip olduğu ve bu etkilerin hücre içi ROS miktarı ile indüklenen apoptoz ve wnt yolağı ile ilişkili olabileceği gösterilmiştir.
Meme kanseri hücre dizisi üzerinde (MCF-7), avokado (Persea americana) ve oğulotu (Melissa officinalis) bitki ekstrelerinin antiproliferatif, apoptotik ve antioksidan etkilerinin araştırılması
Meme kanseri, dünyada ve ülkemizde kadınlarda en sık teşhis edilen kanser türlerinden biridir. Dünya geneline bakıldığında ölüm sebepleri arasında kadınlarda ikinci sırada yer aldığı bilinmektedir. Bu yüzden, meme kanseri hastalığının tedavisine yönelik çok farklı araştırmalar yapılmaktadır. Kemoterapi ve radyoterapi uygulamalarına ek olarak tamamlayıcı tedaviler de tercih edilen yöntemler arasındadır. Mevcut tez araştırmasında meme kanseri hücre dizisinde (MCF-7) oğulotu ve avokado ekstreleri kullanımının antiproliferatif, apoptotik ve antioksidan etkilerinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Tıpta tedavi amaçlı uygulanan kemoterapötik ajanların ana hedefi neoplastik hücreleri tahrip etmesidir. Ancak bu esnada bazı sağlıklı hücreler de uygulamadan olumsuz etkilenebilmektedir ve sonuç olarak çeşitli yan etkiler ortaya çıkabilmektedir. Literatürlerde de bildirildiği üzere oğulotu ve avokado bitkileri içerdikleri bileşenler ile güçlü antioksidan özeliklere sahiptirler. Bu bitkiler antioksidan özellikleri kanser tedavilerinde kullanılan ilaçların yan etkilerinin azaltılması ve aynı zamanda reaktif oksijen türlerinin (ROT) seviyesini azaltması bakımından önemlidir. Kanser hücre hatlarında (MCF-7) oğulotu ve avokado bitkilerinin kanser hücreleri üzerindeki antiproliferatif, apoptotik ve antioksidan etkilerinin ortaya çıkarılması tamamlayıcı tedavi amaçlı literatüre katkı yapması tezin ana amacını oluşturmakdır. Araştırmada oğulotu ve avokado bitki ekstrelerinin farklı konsantrasyonları (1 µg/mL, 10 µg/mL, 100 µg/mL ve 1000 µg/mL) MCF-7 hücre dizisi üzerine uygulanmıştır. Sitotoksik aktiviteleri 24 saatte MTT yöntemi, apoptotik aktiviteleri ise anneksin V yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. Biyokimyasal parametrelerin belirlenmesinde 1 µg/mL, 10 µg/mL, 100 µg/mL ve 1000 µg/mL dozlarda hücrelere uygulama yapılmış ve sonra hücre lizatları elde edilmiştir. Hazırlanan numuneler ile ilk olarak hücrenin protein düzeyi hesaplanmıştır. Ardından TOS, TAS, OSİ, SOD, GPx aktivite tayini, MDA ve NO analizleri yapılmıştır. Sonuçlar değerlendirildiğinde, araştırmamızda doz ve zamana bağlı olarak oğulotu ve avokado bitki ekstrelerinin MCF-7 hücre proliferasyonunu azalttığı belirlenmiştir. Aynı zamanda elde ettiğimiz apoptoz artışı da bu proliferasyon inhibisyonunu açıklamaktadır. Araştırma çerçevesinde ortaya çıkan antioksidan sonuçları da proliferasyonun inhibisyonunu ve aynı zamanda apoptozun artışını desteklemektedir. İstatistiksel olarak tüm veriler yorumlandığında oğulotu ve avokado bitkilerinin, MCF-7 hücrelerinde moleküler antikanserojenik mekanizmaları, tekli ya da kemoterapötik ajanlarla kombine çalışılarak, meme kanseri tedavisi için yeni kemoterapötik ve kemopreventif ajanların gelişimine önemli katkı sağlayacağı mevcut araştırma ile belirlenmiştir.
PC-3 prostat kanser hücre hattında mutant TP53 geninin crıspr-cas9 aracılıklı restorasyonu
daha sonra dolduAmaç:Prostat kanseri, dünya çapında erkekler arasında yaygın bir sağlık sorunudur ve bu prostat kanseri vakalarının çoğu, disfonksiyonel mutant TP53 geni ile ilişkilidir. Bununla birlikte, disfonksiyonel mutant TP53 geni CRISPR/Cas9 sistemi ve tek iplikli oligodeoksinükleotid tamir kalıbı yardımıyla hücrelerin sahip olduğu homoloji aracılıklı tamir mekanizması aracılığıyla tamir edilebilir. Bu çalışmada, insan kanser PC-3 hücre hattı TP53 gen bölgesi üzerinde bulunan TP53 414delC (p.K139fs*31) null mutasyonunun CRISPR/Cas9 sistemi ve donör tek iplikli oligodeoksinükleotid yardımıyla tamir verimliliğinin incelenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada iskelet yapısında CRISPR/Cas9 sistemini taşıyan px459V2.0 plazmidi ve tamir kalıbı olarakda iki farklı kullanılmıştır. CRISPR/Cas9 sistemiyle düzenlenen TP53 gen bölgesi yeni nesil sekans sistemi ile analiz edilmiştir. Düzenlemiş PC-3 hücrelerinde p53 ekspresyonunun varlığının tespiti için qPCR ve immünofloresan analizi yapılmıştır. Ayrıca, TP53 gen düzenlenmesine bağlı olarak apoptotik hücrelerin tespiti için flow sitometri analizi yapılmıştır. Bulgular: YNS sonuçlarına göre, sgRNA2 rehberliğindeki CRISPR/Cas9 sistemine eşlik eden iki ayrı tek iplikli oligodeoksinükleotid 1 ve tek iplikli oligodeoksinükleotid 2 varlığında TP53 414delC mutasyonu sırası ile %19,95 ve %26,0 oranında tamir edilmiştir. qPCR ve immünofloresan analizleri TP53 414delCmutasyonunun tamir olduğu PC-3 hücrelerinde p53 ekspresyonunu göstermiş ve ayrıca, yapılan flow sitometri analizi apoptotik hücre oranında belirgin bir artış olduğunu göstermiştir. Sonuçlar: Sonuç olarak, CRISPR/Cas9 sistemi aracılığıyla TP53 414delC mutasyonunun başarılı olarak tamir edildiği görülmüştür. rulacaktır
Boraks pentahidrat'ın glioblastoma multiforme hücre hattı aracılığıyla tedavi potansiyelinin araştırılması
Amaç: Çalışmadaki amacımız bu alanda yeni bir bor bileşiği olan Boraks pentahidrat (BPH)' ın 4. evre beyin kanseri olan glioblastoma multiforme (GBM) hücre hattı U-87MG üzerinde sitotoksik etkisinin ve bununla birlikte hangi hücre ölüm mekanizmasının tetiklendiğinin araştırılmasıdır. Gereç ve yöntem: BPH' ın U-87 MG hücre hattındaki sitotoksik etkisi MTT yöntemi ile ölçülmüştür. Ardından, belirlenen IC50 dozu ile apoptoz ve otofaji yönünden floresan tabanlı bir teknike çalışan Muse ® hücre analiz cihazı kullanılmıştır. Elde edilen veriler, GraphPad prism istatistik programı kullanılarak değerlendirilmiştir. Bulgular: Sitotoksisite deneyleri sonucunda U-87 MG üzerinde BPH' ın IC50 değeri 2.454 μM bulunmuştur. IC50 değerine bağlı olarak apoptotik yönden kontrol grubunda %3 deney grubunda %41 oranında hücre ölümü bulunmuştur(P< 0,01). Otofaji yönünden değerlendirmede ise kontrol grubunda 1.0 oranında yoğunluk değeri bulunurken deney grubunda 1.2 oranında değer bulunmuştur(p> 0,01). Bulguların istatistik açıdan değerlendirilmesi sonucunda apoptoz yönünden anlamlı bir sonuç gözlenirken; otofajik yönden anlamsız olduğu saptanmıştır. Sonuç: Bu veriler ışığı altında BPH' ın GBM' e model oluşturan U-87 MG hücre hattı üzerinde sitotoksik bir etkinin olduğu görülmüştür. Bu etkinin otofaji hücre ölüm mekanizması yerine apoptoz mekanizması üzerinden gerçekleştiği tespit edilmiştir. Bu sonuçlar, BPH' ın apoptozu uyaran kemoterapötiklere karşı dirençli olan GBM tedavisinde kullanılabilecek bir madde olabileceğini düşündürmüştür.