Epidemiology
100 theses under this subject heading
Kütahya bölgesi zoonozlarının epidemiyolojik değerlendirilmesi
Bu çalışmada, 2000-2008 yılları arasında Kütahya ve çevresinde görülen zoonoz vakalarının epidemiyolojik değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Araştırma bulgularına göre, 2000-2008 yılları arasında görülen toplam 12285 zoonoz vakasının 1/100000 insidens oranları şu şekildedir; Brucella abortus insanda 0.00190, koyunda 0.000124, sığırda 0.0000126, Mycobacterium bovis, insanda 0.0000142, sığırda 0.00000758, Lyssavirus (Riskli temas vakası) insanda 0.00155, (Hastalık vakası) köpekte 0.0000269, koyunda 0.000000256, tilkide 0.000013, Toxoplazmosis insanda 0.000000197, Salmonella insanda 0.0000211, Sarcoptes scabei insanda 0.000452, Bacillus antracis koyunda 0.0000141,sığırda 0.0000126, geyikte 0.0666, insanda 0.00000118, Clostiridium gondii balıkda 0.0265, Salmonella paratiphy insanda 0.00000237, Pseudomonas mallei atlarda 0.000451, Avian fluenza kanatlılarda 0.000000592 olarak tespit edilmiştir.Anahtar Kelimeler: Epidemiyolojik, hayvanlar, insanlar, zoonoz.
Erişkin nöroloji kliniklerinde, serebrotendinöz ksantomatozis (CYX) hastalığının prevalansının belirlenmesine yönelik prospektif değerlendirmeli epidemiyolojik gözlem çalışması
Bu çalışmanın amacı,progresif nörodejeneratif hastalıkla ile ilişkisi olduğu düşünülen, ataksi, epileptik nöbetler, polinöropati, erken mental yıkım, piramidal, ekstrapiramidal ve serebellar nörolojik belirti ve bulgular olan ve etiyolojisi açıklanamayan kişilerde Serebrotendinöz Ksantomatozis (CTX) hastalığının prevalansının araştırılmasıdır. Araştırma,nöroloji kliniğine başvurmuş, kronik, nörodejenerasyon ile ilişkisi olduğu düşünülen, nörolojik belirti ve bulgular gösteren ancak etiyolojisi kesin olarak belirlenemeyen hastalar ile yürütülmüş, tek merkezli, hastane tabanlı, tanımlayıcı kesitsel bir çalışmadır. Hastaların demografik özellikleri, şikayetleri, fizik ve nörolojik muayene bulguları, görüntüleme yöntemi sonuçları kayıt edilmiştir. Hastalardan periferik kanda yeni nesil dizileme ile genetik inceleme yapılmıştır. Genetik incelemede CYP27A1 gen bölgesinde homozigosite veya heterozigosite varlığı araştırılmıştır. Çalışmaya alınan 71 hastanın yaş ortalaması 27,7 yıl iken, 44 hasta (%62,0) erkektir. Hastaların büyük çoğunluğunun (%81,8) doğum yeri Gaziantep iken, en sık görülen şikayetler sırasıyla nöbet (%57,7) yürüme güçlüğü (%42,2) ve zeka geriliğidir (%28.2). Sistemik bulgular açısından; çalışmaya dahil edilen 5 hastada (%7,0) juvenil katarakt, 3 hastada (%4,2) tendon ksantomları ve 2 hastada (%2,8) çocukluk çağı başlangıçlı kronik diyare saptanmıştır. Hastalarda en sık görülen nörolojik bulgu epilepsi iken (%60,6), bunu sırasıyla; entelektüel kısıtlılık (%43,7), piramidal tutulum (%40,8), gelişme geriliği (%33,8), serebellar tutulum (%33,8), ataksi (%31,0), parkinsonizm (%26,8) ve polinöropati (%7,0) takip etmektedir. Hastalarda en sık görülen manyetik rezonans görüntüleme bulgusu serebral fokal lezyonlar (%29,6) iken, bunu sırasıyla; beyaz cevher tutulumu (%19,7), non-spesifik lezyonlar (%9,9), serebral atrofi (%9,9), serebellar atrofi (%7,0), dentat nükleus sinyal bozukluğu (%5,6), bazal ganglion tutulumu (%5,6), serebellar fokal lezyonlar (%4,2) ve beyin sapı fokal lezyonlar (%1,4) izlemektedir. Çalışmaya alınan 24 hastada (%33,8) elektroensefalografide keskin karakterli yavaş dalgalarla karakterize paroksismal bir düzensizlik, 14 hastada (%19,7) keskin karakterli yavaş dalgalarla karakterize epileptiform potansiyalite gösteren bozukluk ve 7 hastada (%9,9) zemin aktivite yavaşlığı saptanmıştır. Çalışmaya dahil edilen 3 hastanın (%4,2) CTX pozitif olduğu bulunmuştur. CTX pozitif hastaların 2'sinde nöbet şikayeti varken, bu şikayetin ortalama başlama yaşı 15,5 yıldır. CTX pozitif hastaların tamamında zeka geriliği ve yürüme güçlüğü varken bu şikayetlerin ortalama görülme yaşı sırasıyla, 3,67 yıl ve 29,33 yıldır. Hiçbir hastada tremor görülmemişken, 2 hastada görme sorunları ve 1 hastada diğer şikayetler saptanmıştır. CTX pozitif saptanan hastaların klinikopatolojik öyküleri bir arada değerlendirildiğinde; genetik temeli olan ve erken tedavi ile küratif sonuçlar alınabilen hastaların çocukluk döneminde gelişen nörolojik belirti ve bulguların menenjit gibi enfeksiyoz nedenli sağlık sorunlarına atfedildiği, bu nedenle ileri tetkik yapılıp tanı konulamadığı için yıllar boyunca tedavisiz kaldığı görülmüştür. CTX hastalığının genetik değerlendirme sonucunda erken tanısı ile tedavi sonrası morbidite gelişimi önlenebilecektir.
Antiepileptik tedavisi kesilmiş remisyondaki epilepsi hastalarında rekurrens epilepsi oranı ve bu hastaların epidemiyolojik ve klinik özelliklerinin değerlendirilmesi
Amaç: Dünyada epilepsinin farklı tiplerine sahip 10 milyondan fazla çocuk mevcuttur. Antiepileptik ilaçlar (AEİ) uzun süre kullanıldıklarında özellikle çocuklarda birçok yan etkiye yol açmaktadır. Bu nedenle rekurrens riskine rağmen, epileptik hastalarda belirli bir nöbetsiz süre sonrası genellikle AEİ kesimi gündeme gelmektedir. Çocuklarda AEİ tedavisi kesimi sonrası rekurrens riski %30-40 oranındadır. Güvenli bir şekilde tedavi kesimi için gerekli kriterlerde hala ortak bir kanıya varılamamıştır. Bu çalışma epileptik çocuklarda AEİ kesimi sonrası rekurrens riskini belirlemek ve nöbet rekurrensi ile ilişkili risk faktörlerini değerlendirmek amacı ile retrospektif olarak yapılmıştır. Materyal ve Metodlar: Ocak 2015 – Aralık 2020 tarih aralığında Çocuk Nöroloji Merkezimize başvurmuş, 1-18 yaş arası, AEİ tedavisi altında en az 2 yıl nöbetsiz takip edildikten sonra tedavisi kesilmiş olan 292 epileptik hasta çalışmaya dahil edildi. Hastalar rekurrens için tanımlanmış risk faktörlerine göre gruplandırıldı ve bu risk faktörlerinin nöbet rekurrensi ile ilişkisi değerlendirildi. Bulgular: Takip süresi boyunca 56 hastada (%19,1) nöbet rekurrensi gözlendi. Bunların %44,6'sında ilaç kesiminden sonraki ilk 6 ayda, %55,4'ünde ise 6. aydan sonra nöbet rekurrensi görüldü. Nöbetsiz sağ kalım oranları 1. Yılın sonunda %85, 2. Yılda %83, 4. Yılın sonunda ise %80 olarak saptandı. Ortalama nöbet başlangıç yaşı 7,1 3,48 yıldı. Rekurrens riskini ve prediktif faktörlerle ilişkisini belirlemek için ilişkili parametreler tek değişkenli ve çok değişkenli istatiksel analiz ile değerlendirildi. Sadece nöbet başlangıç yaşının 6 yaşın üzerinde olmasının rekurrens riskini istatiksel olarak anlamlı bir şekilde artırdığı görüldü. Sonuç: AEİ tedavi kesimine karar vermeden önce her hasta bireysel olarak değerlendirilmelidir. Bizim çalışmamız nöbet başlangıcı 6 yaşın üstünde olan hastaların, yüksek oranda rekurrens riski nedeni ile AEİ kesimi sonrası daha dikkatli bir şekilde takip edilmesi gerektiğini göstermektedir. Anahtar sözcükler: Antiepileptik ilaç, epileptik çocuk, rekurrens risk faktörleri, ilaç kesimi
Hidradenitis süpürativa: Epidemiyoloji, klinik özellikler ve komorbid ilişkiler
Hidradenitis süpürativa, aksilla, kasık ve meme altındaki apokrin bezi taşıyan deri alanını etkileyen, uzun süreli, tekrarlayıcı, ağrılı, sinüs traktüsleri ve skarla sonuçlanabilen derin yerleşimli nodül ve abseler ile giden kronik inflamatuar bir hastalıktır. Sıklıkla 2-4. 10 yılda ortaya çıkmakla birlikte kadınlarda erkeklere göre 3 kat daha fazla görülmektedir. HS'nın mekanizması tam olarak aydınlatılamamış olsa da, lezyon oluşumunun pilosebase-apokrin ünite içindeki foliküler hiperkeratoz ve oklüzyon gelişiminden kaynaklı olduğuna inanılmaktadır. İnflamatuar sitokinlerin merkezi rolünün yanı sıra genetik, mikroorganizmalar ve hormonlar gibi faktörlerin hastalık patogenezinde rol oynadığı gösterilmiştir. Tek merkezden yürütülen bu çalışmada HS'nın demografik ve klinik özelliklerini araştırdık ve hastalık şiddetinin risk faktörlerini belirledik. Toplamda 72 kadın ve 121 erkek hastayı içeren 193 hasta ile çalışma fırsatı bulduk. Çalışmaya katılan hastaların yaş ortalaması 34.51±12.11 yıl, ortalama hastalık süresi 5.94±6.65 yıl idi. Kohortumuzdaki HS'lı bireylerde ailesel geçiş oranı % 21,8 bulunmuştur. HS'nın önemli bir parçası olduğu foliküler oklüzyon tetratı sorgulamasında hastaların % 6.7'sinde saçlı derinin dissekan selüliti, % 10.9'unda akne konglobata ve %35.8'inde pilonidal sinüs mevcuttu. Toplamda 5 hasta FOT'nın tamamını karşılıyordu. Hastaların % 61.1'i Evre I, % 24.4'ü Evre II ve % 14.5'i Evre III idi. Çalışmaya dahil edilen popülasyonda 93 hastada (% 48,2) en az bir komorbidite eşlik etmekteydi ve en sık görüleni psikiyatrik komorbiditeler iken ikinci ve üçüncü sırada diyabetes mellitus ve hipertansiyon görülmektedir. Lojistik regresyon analizinde kategorik değişkenler ile cinsiyet değişkeni arasındaki ilişkiler irdelendiğinde ise vücut kitle indeksi grupları, alkol kullanımı, çalışma, akne vulgaris, saçlı derinin dissekan selüliti, akne konglobata, pilonidal sinus ve hurley değişkenleri için bulgular istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Daha şiddetli hastalık hastalık süresi, sigara paket/yıl sayısı, erkek cinsiyet, kasık, kalça, abdomen, baş-boyun, genital ve ense-sırt tutulumu ile ilişklendirildi. Çalışmaya ait sonuçlarımız HS hastalarının demografik, klinik ve komorbid özellikleri hakkında veri sağlamakta ve literatüre katkıda bulunmaktadır.
5 yaş altı menenjit ön tanısı ile tetkik edilen çocukların epidemiyolojik, klinik ve mikrobiyolojik özelliklerinin incelenmesi
Giriş ve Amaç Bakteriyel menenjit, çocuklarda mortalite ve morbiditenin yüksek olduğu meninkslerin akut iltihabıdır. Hızlı tanı ve tedavi için etken olan en yaygın mikroorganizmaların bilinmesi ve tedavinin ona göre yönlendirilmesi hayati önem taşır. Çalışmamızın amacı ülkemizde 5 yaş altı çocuklarda bakteriyel menenjitin en sık görülen mikrobiyal etkenleri hakkında bilgi toplamak, klinik özelliklerini, laboratuvar bulgularını, tedavilerini, komplikasyon ve sekel gibi özelliklerini incelemektir. Gereç -Yöntem Bu çalışmada, Bezmialem Vakıf Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde Ocak 2012- Eylül 2020 tarihleri arasında menenjit ön tanısıyla lomber ponksiyon yapılan 5 yaş altı 226 çocuk retrospektif olarak incelendi. BOS kültüründe bakteri saptanması veya klinik ve BOS bulguları bakteriyel menenjit ile uyumluyken kan kültüründe bakteri saptanması, kanıtlanmış bakteriyel menenjit olarak kabul edildi. Kültür sonuçlarına göre 13'ü kanıtlanmış menenjit, 213'ü şüpheli menenjit olmak üzere iki gruba ayrıldı. Hastaların demografik özellikleri, başvuru şikayetleri, başvuru öncesi antibiyotik kullanımı, fizik muayene bulguları, laboratuvar bulguları (C-reaktif protein, prokalsitonin, beyaz küre sayısı, mutlak nötrofil ve lenfosit sayısı, trombosit, hemoglobin, hematokrit değerleri, glukoz) kan kültürü üremeleri, BOS bulguları (hücre sayımı, BOS kültürü, BOS glukoz ve protein düzeyleri), kraniyal görüntüleme bulguları, yatış sırasında alınan antibiyoterapileri, yatış süreleri, komplikasyon ve sekel gibi özellikleri retrospektif olarak elektronik veri tabanı üzerinden incelendi ve iki grup arasında karşılaştırıldı. Bulgular Bakteriyel menenjit tanılı 13 hastamızın 10'u BOS kültüründe üreme olması ile 3'ü ise kan kültüründe üreme olması ile kanıtlanmış bakteriyel menenjit olarak kabul edildi. BOS kültüründe üreme olan 10 hastanın, 4'ünde (%31) Streptococcus pneumoniae, 3'ünde (%23) Neisseria meningitidis görülürken, 1'inde (%7.7) Streptococcus pyogenes, 1'inde (%7.7) Salmonella typhimuirum, 1'inde (%7.7) Streptococcus agalactiae üremeleri bulundu. Klinik ve BOS bulguları ile bakteriyel menenjit tanısı konulan 3 (%23) hastanın BOS kültüründe üreme görülmedi ancak 14 kan kültüründe üreme tespit edildi (2 hastada Streptococcus pneumoniae, 1 hastada Escherischia coli). Aynı zamanda kanıtlanmış bakteriyel menenjit hastalarımızın 7'sinde hem BOS kültüründe hem de kan kültüründe aynı etkenler üredi (3 hastada Neisseria meningitidis, 3 hastada Streptococcus pneumoniae, 1 hastada Salmonella typhimuirum). Kanıtlanmış bakteriyel menenjit grubundaki hastalarda erkek cinsiyet hakimiyeti (%54) görüldü ve medyan yaşı 8 ay (2-28) olarak saptandı. Kanıtlanmış bakteriyel menenjit grubundaki hastalarda en sık gözlenen semptom ve bulgular ateş (%100), kusma (%46), bilinç değişikliği (%46), meningeal irritasyon bulguları (%38) ve infantlarda fontanel bombeliği (%56) olarak saptandı. Bu klinik bulgular anlamlı olarak kanıtlanmış menenjit grubunda yüksekti. Kanıtlanmış menenjitli olgularda CRP, prokalsitonin, BOS protein ve BOS lökosit sayısı şüpheli menenjitli olgulara göre anlamlı yüksek bulunurken (sırasıyla p=<0.001, p=0.005, p=<0.001, p=<0.001) serum lenfosit sayısı, BOS glukoz ve BOS glukoz/serum glukoz oranı anlamlı düşük bulundu (sırasıyla p=0.009, p=<0.001, p=<0.001). Kanıtlanmış bakteriyel menenjitli 13 hastamızın 4'ünde komplikasyon veya sekel gelişti. Bunlardan 1 hastada subdural ampiyem, 1 hastada subdural ampiyem ve serebrovasküler anormallik, 1 hastada subdural efüzyon komplikasyonu görülürken, 1 hastada epilepsi ve mental retardasyon sekeli gelişti. Sonuç Menenjit etkeninin kültür veya diğer yöntemlerle doğrulanması ve etkene spesifik antibiyoterapinin başlanması ile etkin tedavi sağlanabilmekte ve gereksiz antibiyotik kullanımının önüne geçilebilmektedir. Bizim çalışmamızda, 5 yaş altı çocuklarda Streptococcus pneumoniae en sık bakteriyel menenjit etkeni olarak bulundu. Anahtar Kelimeler: Bakteriyel menenjit, çocukluk, mikrobiyolojik özellikler.
Doğu Akdeniz bölgesi plastik domates seralarında gövde nekrozuna neden olan Erwinia chrysanthemi'nin tanısı, ırklarının belirlenmesi ve epidemiyolojisi üzerinde araştırmalar
öz YÜKSEK LİSANS TEZİ DOĞU AKDENİZ BÖLGESİ PLASTİK DOMATES SERALARINDA GÖVDE NEKROZUNA NEDEN OLAN Erwinia chrysanthemi'nin. TANISI, BİOV ARLARININ BELİRLENMESİ VE EPİDEMİ YOLOJİSİ ÜZERİNDE ARAŞTIRMALAR RAZİ YE ÇETİNKAYA YILDIZ ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİTKİ KORUMA ANABİLİM DALI Danışman: Prof. Dr. Özden ÇINAR Yıl: 2002, Sayfa 6 1 Jüri : Prof. Dr. Özden ÇINAR :Prof.Dr. Zülküf KAYA : Yard. Doç.Dr. Yeşim AYSAN Doğu Akdeniz Bölgesinden 24 adet yumuşak çürüklük Erwinia türü izole edilmiştir. Bu izolalların 17 tanesi Erwinia caratovora subsp. carat ovam ve 7 İanesi Erwinia chrysanthemi olarak tanılanmıştır. E. chrysanthemi izolatlarının biovar 6 olduğu saptanmıştır. Doğu Akdeniz Bölgesinde yaz aylarında patojenin toprakta yaşamını devam ettiremediği ancak bu dönemde bulaşık bitki artıklarında bir sonraki mevsime kadar yaşamını sürdürdüğü saptanmıştır. Turfanda domates üretim mevsimi olan kış ayları boyunca patojen topraktan ve bitki altıklarından izole edilmiştir. Ayrıca bulaşık tohumlarda etmen yaklaşık 11 ay canlılığını korumuştur. Bulaşık tohumlardan gelişen fidelerin kotiledon yapraklarında hastalık simptomlarının belirlenmesi etmenin tohumla taşınabileceğini göstermektedir. Domates tohumlarından E. chrysanthemi 'yi elimine edebilmek amacıyla çeşitli tohum uygulamalarının etkinlikleri test edilmiştir. Uygulamaların etkinliği ve çimlenme yüzdeleri dikkate alındığında E. chrysanthemi' nin neden olduğu gövde nekrozu hastalığına karşı 0.6 M HCl'ya 30 dakika ve %1'lik NaOCI'ya 30 dakika daldırma uygulamalarının başarılı olduğu saptanmıştır. Anahtar Kelimeler: Domates, Erwinia chrysanihemi, biovar, tohum, epidemiyoloji
Molecular and epidemiological study of Streptococcus pneumonia in Thi-Qar province
Between 3/5/2022 and 28/8/2022,100 samples of sputum were taken from patients with respiratory tract infections (ages 15 to 80) of both sexes who were seen at various hospitals in the Dhi-Qar Governorate of Iraq including the Chest and Respiratory Hospital and the Respiratory Disease Centers dispersed throughout the governorate. Only 88 bacterial isolates could be isolated and identified from these samples. Thirty bacterial isolates (34.1%) were found to belong to Streptocoocus spp., 36 (40.90%) to Staphylococcus spp., nine (10.23%) to Pseudomonas spp., and thirteen (14.7%) to Klebsiella spp., due to the findings of identification based on morphological and cultural features. Then, using biochemical assays, the API 20 STEP system, and blood hemolysis patterns, Streptococcal isolates were further identified as species. Full identification revealed that only 20 (66.7%) of the thirty isolates of Streptococcus were Streptococcus pneumoniae. There was no statistically significant difference in the percentage of S. pneumoniae isolates detected in males (65%) versus females (35%). For the twenty S. pneumoniae isolates, antibiotic susceptibility was investigated. Results revealed that these isolates had various patterns of antibiotic sensitivity. Erythromycin (100%), azithromycin (85.0%), and clindamycin (80.0%) had the highest rates of resistance, while ceftriaxone (70.0%), cefotaxime (65.0%), chloramphenicol (65.0%), tetracycline (60.0%), and penicillin (45.0%) had moderate rates of resistance. Other antibiotics had relatively lower rates of resistance. The findings of this investigation demonstrated that S. pneumoniae isolates were remarkably responsive to Imipenem (100%) and Vancomycin (100%). The final diagnosis required the presence of the genes LytA, Ply, and CpsA, which are believed to be specific for the identification of S. pneumoniae using Polymerase Chain Reaction (PCR) technology, in all 20 isolates. All of the S. pneumoniae isolates tested positive for the LytA gene and the Ply gene, each of which had a band size of 480 and 420 base pairs, respectively. The results of this work agree 100% with the results of a study done in Iran by (Hajia et al. 2013), and a study that was conducted in Spain showed that the sensitivity for detection of the LytA and Ply in S. pneumoniae isolates was 100%. Both of these studies were conducted in Spain. The result that was reported in Iran was 84.74%, while the result that was published in the United Kingdom was (97.5%). The result that was found in this study is higher than both of those figures. In addition to being useful in diagnosis, the LytA gene also carries the coding for the enzyme autolysin, also known as LytA. This enzyme dissolves the peptidoglycan backbone of bacterial cells, which ultimately results in bacterial autolysis. LytA is the enzyme that is responsible for the autolytic action that is distinctive of pneumococcus. It is positioned in the cell envelope and is engaged in a range of other physiological cell processes. In light of research, LytA may be responsible for facilitating the release of intracellular toxins such as pneumolysin (Ply) and producing pro-inflammatory cell wall fragments. Both of these factors may contribute to the pathogenesis of pneumococcal disease. In addition, the CpsA gene can be found in all S. pneumoniae strains that have been isolated. Therefore, the conclusion that can be drawn from these findings is that CpsA is present in this bacterium. This gene was picked for molecular identification since it is known to operate as a housekeeping gene. Furthermore, the positive isolates for PCR confirmation were completely consistent with the nigrosin stain test results. These results correlate with the results obtained via, who pointed out that all clinical isolates of S. pnumoniae contained this gene in their samples. The invasiveness of particular isolates is related to the level of expression of the CpsA gene, which is the first gene in the pneumococcal capsule operon.
Molecular methods identification of dermatophytes using (PCR) techniques for patients in Al-Anbar governoret- Iraq
This study aims to isolate and diagnosis the Dermatophytes by mycological examinations methods in the laboratory, and identify the species that have appeared using the internal transcribed spacer (ITS) region and comparing the current local isolates with those provided by the National Center for Biotechnology Information (NCBI). Dermatophytes are predominantly caused by a group of closely related genera of Trichophyton, Microsporum, and Epidermophyton. These groups of fungi invade the stratum corneum of the skin, hair, and nails. Samples were collected from 100 patients with Dermatophytes in Ramadi Training Hospital, Anbar-Iraq. A portion of each sample was examined microscopically and the remaining portion of each sample was cultured onto plates of Saboraud Dextrose Agar added Chloramphenic and Gentamicin (SDACG). The results showed that out of the 100 cases of dermatophytes, only 60 (60 %) cases were positive by both direct KOH examination and culture, whereas false negative results was recorded in 20 (20 %) of specimens. Culture results of specimens showed nine types of dermatophytes were identified, n amely Trichophytonrubrum (26.0%), Microsporum canis (21.7%), T.mentagrophytes and their percentage (19.5), T. interdigitale (13.0%), T. ferrugineum (8.6%), T.soudanese (4.3%), and the rest of the three remaining species were Epidermophyton floccosum, T. tonsurans, T. verrcosum (2.2%). The most common clinical type of infection was tinea corporis (60.9%), and the others were as follows: Tinea cruris (19.6%), T. pedies (6.5%), T.faciei (6.5%), T. capitis (4.3%), and T. manus (2.18%). Females (52%) were more affected than men (40%). The countryside (65.2%) was more affected than the city (34.8%). The most affected age group was (31-40) years. Dermatophyte isolates were identified by studying the macroscopic and microscopic characteristics of their colonies. To ensure the correctness of their diagnosis, the primer (region ITS gene rRNA 18S) were used for the diagnosis of dermatophytes. The Polymerase Chain Reaction (PCR) products of Dermatophytes isolates were submitting to Macrogen Company for sequencing. Sequencing analysis showed nine new local strains recording in NCBI with accession numbers MW811374.1, MW811375.1, MW811376.1, MW811377.1, MW811378.1, MW811379.1, MW811380.1, MW811381.1, and MW811382.1. The genetic compatibility between the reference strain and the local strain was 99%. Keywords: Dermatophytes, Epidemiology, PCR
Investigation of efflux pump and aminoglycoside resistance genes in Staphylococcus aureus strains isolated from clinical specimens in Iraq
Staphyӏococcus .aureus owing to its propensity for epidemic spread and antibiotic resistance, is among the most significant pathogenic bacteria encountered in therapeutic settings.. the current study aimed for Isoӏation and identification of S. aureus from different cӏinicaӏ specimens, detection resistance profiӏes of these bacteria, Screening of resistance genes (aacC1,and aacC2) to the prevaӏence of aminogӏycosides among aureus isothorses, aӏso scan extrovert pump genes (Ade-A, Ade-B, Ade-S, and Ade-M) for the prevaӏence of aminogӏycosides). Between 2 Apriӏ 2022 and 30 June 2022, two hundred cӏinicaӏ sampӏes were coӏӏected from Marjan Medicaӏ City and AӀ-Hiӏӏa Teaching Hospitaӏ in the province of Babyӏon in Iraq. The sampӏes were coӏӏected from the patients ( burns, sputum, wounds, and urinary tract infections). The steriӏized cotton swabs were brought to the ӏab and pӏaced in BHI agar tubes.. No dupӏicate sampӏes from the same patients and no environmentaӏ isoӏates were incӏuded in this study. The resuӏt showed out of 200 cӏinicaӏ specimens positive cases were 126(63%) and negative cases were 74(37%). staphyӏococcus bacteria appeared in 87 sampӏes S. aureus appeared in 21 . Urine is one of the most common sources of sampӏes that showed bacteriaӏ growth in the current study, foӏӏowed by sputum, then burns, and finaӏӏy wounds. Antimicrobiaӏ susceptibiӏity testing: S. aureus had the greatest ӏeveӏ of resistance to Kanamycin and the ӏowest ӏeveӏ of resistance to Neomycin. We use 15 of the most resistant isoӏates to drugs in this investigation. The isoӏates of S. aureus showed MDR, XDR and PDR. The positive ampӏification (band) were 11(73%) , 14(93%), 7(46%) and 15(100%) for ( AdeA, AdeB, AdeM and AdeS) genes respectiveӏy. Resuӏts of PCR assay for detection of aacC1 and aacC2 genes: In this study we take 15 most resistant isoӏate for antibiotcs., aӏӏ isoӏates screened by PCR for the presence of aacC1 and aacC2 genes. Of the 15 isoӏates, 15 were positive for aacC1 (100%), and thirteen for aacC2 (86%).
Adana il merkezinde 1999'dan 2009'a Hepatit A seroprevalansında epidemiyolojik shift (Kayma)
Amaç: Bu çalışmanın amacı, Adana il merkezinde farklı sosyoekonomik düzey ve farklı yaş grubundaki çocuklarda Hepatit A Virüs (HAV) seroprevalansını belirlemek ve son 10 yılda oluşabilecek epidemiyolojik shift'i (kayma) saptamaktır.Gereç ve Yöntemler: 1999 yılında Yapıcıoğlu ve ark. Adana il merkezinde farklı sosyoekonomik seviyedeki, 2-16 yaş arasındaki 711 çocukta HAV seroprevalans çalışması yapmışlardı. 10 yıl sonra biz, aynı çalışmayı, aynı bölgede, aynı yöntem ile benzer popülasyonda tekrar yaptık. 2-16 yaş arası toplam 711 çocuktan kan alındı. Ailelerin sosyoekonomik düzeyleri (SED), Dünya Sağlık Teşkilatı'nın belirlediği kriterlere ve Türkiye'deki genel sosyoekonomik yapı dikkate alınarak belirlendi. Veriler toplandıktan sonra, puanlama yapılarak grup oluşturuldu. 3-9 puan alanlar SED Grup 1 (Düşük), 10-14 puan alanlar SED Grup 2 (Orta), 15-20 puan alanlar ise SED Grup 3 (Yüksek) olarak belirlendi. Total anti-HAV Architect cihazı ve CMIA (Chemiluminescent Immunoassay) yöntemi ile çalışıldı.Bulgular: 1999'dan 2009'a anti-HAV seroprevalansının 48-71 ay, 72-95 ay, 96-119 ay, 120-143 ay, 144-167 ay ve 168-198 ay yaş grubunda sırasıyla % 33,9'dan % 22,2'e, % 29,5'den % 25,3'e (p>0,05), % 52,2'den % 30,8'e, % 69,7'den % 35,2'e, % 66,9'dan % 37,7'e ve % 71,4'den % 47,3'e (p<0,0001) düştüğü görüldü. Anti-HAV seroprevalansı SED Grup 1'deki çocuklarda, (% 47) SED Grup 3'deki çocuklara (% 25,9) göre ve SED Grup 2'deki çocuklara (% 29,3) göre daha yüksek bulundu (p<0,0001, p<0,05). 1999 ve 2009 yıllarında okul öncesi dönemdeki çocuklarda (24-84 ay) anti?HAV seroprevelansı SED Grup 1, SED Grup 2 ve SED Grup 3'de sırasıyla (% 20 vs % 32,4), (% 25,6 vs % 16,8) ve (% 7,8 vs % 18,9) idi (p>0,05). 1999 yılı ile karşılaştırıldığında okul dönemindeki çocuklarda (85-198 ay) ise anti-HAV seropozitifliğinin 2009 yılında SED Grup 1, SED Grup 2 ve SED Grup 3'de sırasıyla % 85,7'den % 53,8'e, % 64,4'den % 36'a ve % 43,7'den % 29,3'e düştüğü görüldü (p<0,0001, p<0,0001, p<0,05).Sonuç: Sonuç olarak çalışmamız okul dönemindeki çocuklarda anti-HAV seropozitifliğinin sosyoekonomik düzey farkı gözetmeksizin 10 yıl boyunca istatistiksel olarak anlamlı şekilde azaldığını göstermiştir. Sonuçlarımız sosyoekonomik düzey ne olursa olsun, anti-HAV seropozitifliğinin ileri yaşlara kaydığını göstermiştir. Bu nedenle adolesan ve genç erişkinler semptomatik HAV enfeksiyonu için risk altında olacağından dolayı bölgemizde çocuklara rutin Hepatit A aşı uygulamasına başlanmasının doğru olacağı kanaatindeyiz.Anahtar Kelimeler: Hepatit A, seroprevalans, sosyoekonomik düzey, epidemiyolojik shift
Transplantasyon sonrası erken dönemde görülen üriner sistem enfeksiyonlarının epidemiyolojisi ve risk faktörleri
Amaç: Son dönem böbrek yetmezliğinin en önemli ve başarılı tedavisi olan renal transplantasyon sonrasında başta idrar yolunda olmak üzere enfeksiyonlar önemli sıklıkta görülmektedirler. Kliniğimizde böbrek nakli yapılmış hastalardaki idrar yolu enfeksiyonu etkenleri ve risk faktörlerinin tespit edilmesi amaçlanmıştır.Yöntem ve Gereçler: Çalışmada 63 hasta bir yıllık prospektif takibe alınmıştır. Risk faktörlerinin değerlendirilmesi amacıyla kronik böbrek yetmezliği etiyolojileri, preoperatif diyalize girme süreleri, operasyon süreleri, canlı veya kadavradan nakil yapılması, dren ve kateterle takip süreleri, aldıkları immun baskılayıcılar, hastanede yatış süreleri ve sayıları gibi değişkenler takip edilerek hastalarda görülen idrar yolu enfeksiyonlarıyla ilişkileri değerlendirilmiştir.Bulgular: Oniki hastada toplam 24 enfeksiyon atağı görülmüş, en sık izole edilen mikroorganizmalar E. coli ve K.pneumonia olarak belirlenmiştir. Enfeksiyonların en sık görüldüğü zaman aralığı transplantasyon sonrası ilk 120 gün olarak tespit edilmiştir. İncelenen değişkenler arasında nakil sonrası taburcu edildikten sonraki hastaneye yatış sayılarının, enfeksiyon atağı geçiren hastalarda, enfeksiyon atağı geçirmeyenlere göre istatistiksel olarak anlamlı olmasa da (p= 0,052) belirgin derecede fazla olduğu görülmüştür. Bunun dışındaki değişkenler açısından belirgin farklılık saptanmamıştır.Sonuç: Renal transplantasyon yapılan hastaların takibinde ilk bir yıl, özellikle ilk 120 gün içinde üriner sistem enfeksiyonları açısından dikkatli olunmalıdır. Çeşitli nedenlerle hastaneye yatırılan nakil hastaları, özellikle de daha önce idrar yolu enfeksiyonu geçirme öyküsü var ise, hastalık gelişimi açısından mutlaka değerlendirilmelidirler.
Çukurova bölgesinde izole edilen akciğer tüberkülozlu hastalara ait Mycobacterium tuberculosis suşlarının Spoligotyping ve Mycobacterial İnterspersed Repetetive Unit-Variable Number Of Tandem Repeat (MIRU-VNTR)) yöntemiyle tiplendirilmesi
Amaç: Tüberküloz gelişmekte olan tüm dünyada görülen ve giderek önem kazanan halk sağlığı problemleri arasındadır. HIV epidemisi ile birlikte gelişmiş ülkelerde de yeniden artış trendine giren Mycobacterium tuberculosis enfeksiyonlarının kontrolünde; yeni, daha hızlı, ucuz, sensitif ve spesifik tanı yöntemleri ile daha etkili anti-tüberküloz ilaçların yaratılması ve mikroorganizmanın toplum içerisindeki hareketleri ile bulaş yollarının tespitine imkan sağlayacak genom düzeyinde tanımlama yapabilen epidemiyolojik yöntemlerin geliştirilmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Özellikle riskli bölgelerde tüberküloz epidemiyolojisi ile ilgili Spoligotyping ve Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit (MIRU) - Variable Number Tandem Repeats (VNTR) yöntemleri gibi moleküler bazlı yöntemlerin kullanıldığı birçok araştırma yapılmasına rağmen, ülkemizde ve bölgemizde Mycobacterium tuberculosis'in epidemiyolojik özelliklerini tespite yönelik çalışma yok denecek kadar azdır. Bu çalışma ile moleküler epidemiyolojik yöntemler kullanılarak Mycobacterium tuberculosis'in Çukurova bölgesindeki epidemiyolojik özelliklerinin tespiti amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Ocak 2007- Haziran 2010 yılları arasında Çukurova bölgesinde bulunan farklı hastane ve verem savaş dispanserlerinden akciğer tüberkülozu veya temas kuşkusu ile laboratuarımıza gönderilen hastalara ait klinik materyalden izole edilen 467 Mycobacterium tuberculosis kompleks suşu dahil edilmiştir. Suşlar klonal düzeyde tanı amacı ile Spoligotyping ve 12 lokus MIRU-VTR yöntemleri ile değerlendirilmiştir.Bulgular: Spoligotyping yöntemi ile 467 izolatın izolatın 443'ünün (% 94,9) 21 küme içerisinde yoğunlaştığı, 24'ünün (% 5,1) ise SpolDB4 veri bankasındaki suşlarla karşılaştırma sonucunda bilinen hiçbir kümeye uymayan orphan suşlar oldukları belirlenmiştir. Bölgemizde en yaygın olan ailenin 239 izolat (% 51,9) ile T1 ailesi olduğu bunu 54 izolat (% 11,5) ile LAM7 TUR ailesinin izlediği görülmüştür.Sonuç:Bu çalışma sonunda, ülkemizde yapılan 5 çalışmaya ait sonuçlardan farklı olarak bölgemizde LAM7 TUR ailesinin değil T1 ailesinin daha yaygın olduğu görülmüştür.Anahtar Kelimeler: MIRU-VNTR, Mycobacterium tuberculosis, Spoligotyping
Adana ili Yüreğir ilçesi Havutlu beldesindeki özürlülük epidemiyolojisi
Giriş, AmaçÖzürlülük:?Kişinin fizyolojik, psikolojik, anatomik yapı ya da işlevlerindeki geçici yada kalıcı herhangi bir eksiklik yada anormalliktir. Özürlülüklerin bazılarından korunmak ve rehabilitasyon aldıkları taktirde bağımlı olmaları engellenebildiğinden özürlüler üzerine eğilinilmesi önem kazanmaktadır. Ülkemizde özürlü sayısı, özürlülük türü ve nedenleri konusunda yeterli bilimsel veriler mevcut değildir. Özürlülere yardım için alınacak önlemler ve uygulanacak tedavilerde öncelikleri saptamak amacıyla bu tür bilgilere gereksinim vardır. Çalışmamızda Havutlu'daki özürlü kişi sayısını bulmak, bu özürlerin nedenlerini belirlemek, özürlerin doğuştan mı kazanılmış mı olduğunu tespit etmek, özürlülerin rehabilitasyon alıp almadıklarını saptamak ve daha sonra özürlülerle ilgili yapılacak projelere ışık tutması amaçlanmıştır.Gereç, YöntemBu çalışma Havutlu Aile Sağlığı Merkezi bölgesi içinde özürlülük sıklığını, türlerini ve epidemiyolojik özelliklerini belirlemeyi amaçlayan kesitsel tanımlayıcı bir araştırmadır. Çalışmanın evrenini Havutlu Aile Sağlığı Merkezi bölgesinde yaşayan kişiler oluşturmaktadır. 2008 Haziran Ev Halkı Tespit Fişi (ETF) kayıtlarına göre bölge nüfusu 3926 kişidir. Örnek büyüklüğü % 95 güvenilirlik ve % 2 standart hata payı ile 708 kişi olarak hesaplandı. Bu 708 kişi basit rastgele yöntemle ETF'lerinden seçildi. Araştırma verileri bilgisayar ortamında SPSS 11.5 paket programı kullanılarak değerlendirildi.BulgularAraştırmaya katılanların % 54,5'ini kadınlar, % 45,5'ini erkekler oluşturmaktadır. Araştırılan topluluğun % 23,3'ünün özürlü olduğu saptandı. Araştırmamızda okur yazar olmayan grupta özürlülük sıklığı diğer gruplara göre anlamlı olarak fazla görüldü (x2=116,4, SD=5, p<0,0001). En sık görülen özür türleri sırayla; İç organ (visseral) bozuklukları (% 51,6), iskelet sistemi bozuklukları (% 16,9), psikolojik bozukluklar (% 8,7), göz ve görme ile ilgili bozukluklar (% 7,9), işitme bozuklukları (% 5,1), lisan ve konuşma bozuklukları (% 4,7), entelektüel bozukluklar (% 3,1), şekil görünüm bozuklukları(%2) idi. İç organ (visseral) bozukluklardan ise sırasıyla hipertansiyon (% 42,7), diyabet (%29), kardiyovasküler sistem hastalıkları (% 19,1) ilk üç sırayı oluşturmaktadır. Ebeveynleri arasında akrabalık olanlarda özürlülük, akrabalık olmayanlara göre anlamlı olarak fazlaydı (x2=46,3, SD=1, p<0,0001). Araştırmada saptanan özürlülerin % 13,9'unda özürlerinin doğuştan olduğu,% 86,1'inde sonradan kazanılmış olduğu tespit edildi. Özürlülerin % 87,3'ü özrü ile ilgili rehabilitasyon aldığı, % 12,7'sinin rehabilitasyon almadığı saptandı.SonuçDüşük eğitimli grupta özürlü sıklığının fazla olduğu, bölgede kronik hastalıkların sık görüldüğü ve yine bölgenin önemli bir sorununun da akraba evlilikleri olduğu tespit edildi. Bu çalışma havutlu bölgesinde özürlülere eğitim verilmesine, bütün özürlülerin rehabilitasyon hizmetlerinden yararlanmasına, bölge halkının kronik hastalıklar ve akraba evlilikleri konusunda bilinçlendirilmesine gereken önemi işaret etmektedir.Anahtar Kelimeler: Özürlülük, Prevelans, Havutlu
Alerjik hastalıkların sıklığı ve gelişmesinde etkili risk faktörleri,doğum kohort çalışması
Amaç: Alerjik hastalıkların görülme sıklığı son yıllarda giderek artmaktadır. Çalışmamızda Adana il merkezinde yaşayan bebekler doğumdan 1 yaşına kadar izlenerek alerjik hastalıkların sıklığı ve gelişmesinde etkili risk faktörlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.Olgu ve Yöntem: Bu prospektif çalışmaya Şubat 2010-2011 tarihleri arasında hastanemizde doğan ve Adana il merkezinde yaşayacak olan 1475 bebek alındı. Doğumda bebeklerden kord kanı örneği alındı ve total immünglobulin E düzeyi ölçüldü. Bir yaşına kadar 3 ayda bir ailelere anket uygulandı. Üç, 6 ve 12. aylarında bebekler muayene edildi, 6. ve 12. aylarında deri prik testi uygulandı, kan örneği alındı. Bebekler alerjik hastalıkların varlığı açısından (atopik dermatit, besin alerjisi) değerlendirildi. Vizing fenotipleri belirlendi.Bulgular: Çalışma süresinin sonunda 1377 bebek değerlendirmeye alındı. Çalışmamızda bir yaşına kadar en az bir kez vizing prevalansı %16 olarak saptandı. Vizing fenotiplerine göre değerlendirildiğinde ise bebeklerin %15'i viral vizing, %1'i çoklu tetiklenen vizing olarak kabul edildi. Rekürren vizing geçirme oranı ise %2,7 idi. Çalışma süresi boyunca bebeklerin %4,3'ünde atopik dermatit, %2,4'ünde besin alerjisi gelişti. İnek sütü, en sık görülen (%1,45) besin alerjeni idi. Alerjik hastalıkların gelişiminde etkili risk faktörleri multivaryans lojistik regresyon analizi ile değerlendirildi. Alt solunum yolu enfeksiyonu varlığı [16,83(7,31-38,75)] ve üst solunum yolu enfeksiyonlarının sayısı [24,91(5,89-105,24)] ile orantılı olarak vizing geçirme riskinin arttığı saptandı. Miadında doğum [0,25(0,10-0,59)], evde hayvan beslemek [0,32 (0,10-0,97)], yaz [0,51(0,32-0,81)] ve kış aylarında [0,55(0,34-0,91)] doğum öyküsünün vizingden koruyucu etkisi olduğu bulundu. Alt solunum yolu enfeksiyonu varlığı [26,26(10,44-66,02)] ve üst solunum yolu enfeksiyonu sayısı [9,91(2,90-33,85)] ile orantılı bir şekilde viral vizing geçirme riski artmakta idi. Rekürren vizing gelişiminde evde yaşayan kişi sayısının fazla olması [8,12(1,45-45,34)] risk faktörü olarak bulundu. Atopik dermatit gelişiminde en önemli risk faktörü besin alerjisi varlığı [13,7(3,07-61,0)] idi. Ailede atopi varlığı [18,90(1,59-224,05)] besin alerjisi riskini arttıran faktör olarak saptandı. Kord kanı immünglobulin E düzeyi ile alerjik hastalıkların gelişimi arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki bulunmadı (p>0,05).Sonuç: Çalışmamız bu yaş grubunda alerjik hastalıkların sıklığı ve risk faktörlerini belirlemeye yönelik ülkemizde yapılmış en kapsamlı çalışma olup, besin alerjisi ve atopik dermatit görülme sıklığı literatür bilgileriyle uyumlu bulundu.
Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Pediatrik Kardiyoloji Polikliniği'ne ocak 2000-ocak 2013 tarihleri arasında başvuran akut romatizmal ateş'li hastaların klinik ve epidemiyolojik yönden retrospektif olarak değerlendirilmesi
Amaç: Hastanemizin son 12 yıllık verilerinden yola çıkarak Romatizmal Ateş ve Romatizmal Kalp Hastalığı'nın klinik ve epidemiyolojik özelliklerinin değerlendirilmesi, insidans ve mevsimsel prevalanslarının araştırılması, diğer çalışmalarla karşılaştırılarak klinik ve epidemiyolojik özelliklerin zaman içindeki değişikliklerinin saptanması ve sonuçta klinisyene ışık tutulmasıdır. Gereç ve Yöntem: Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Pediatrik Kardiyoloji Polikliniği'nde Ocak 2000-Ocak 2013 tarihleri arasında akut romatizmal ateş (ilk atak veya rekürrens), romatizmal kalp hastalığı veya geçirilmiş romatizmal ateş tanıları ile başvuran 190 hastanın kayıtları retrospektif olarak incelenmiştir. Bulgular: Hastaların ilk başvuru yaşları 6-17 yaş arasındadır (ortalama 10,75±2,6). Hastaların 57'si (% 46) kız, 66'sı (% 54) erkektir. ARA atağıyla başvuran hastaların % 37'si kış, % 22'si ilkbahar, % 27'si yaz, % 14'ü sonbaharda gelmiştir. Yüzde 62'si Adana il sınırları içinden, % 38'i Adana dışından gelmiştir. Çocuk Kardiyoloji polikliniğimize başvuran hastalardaki akut romatizmal ateş yüzdesi 2000 yılında % 1,08 iken, 2012 yılında % 0,03'tür. Latent dönem 7-28 gündür (ortalama 17±5,9 gün). Yüzde 86'sında kardit, % 79'unda poliartrit, % 18'inde kore, % 1,6'sında subkutan nodül saptanmıştır. En sık başvuru şikayeti eklem ağrısıdır (% 76). Atakla gelen 123 hastanın % 86'sında kardit mevcuttur. Karditli 106 hastanın 48'i (% 45,2) hafif, 20'si orta (% 18,8), 38'i (% 35,8) ağır kardit olarak değerlendirilmiştir. Kardit şiddetiyle yaş, cinsiyet, geliş yeri ve akut faz reaktanları arasında anlamlı ilişki saptanmamıştır. En sık diz (% 73) ve ayak bileği (% 66) tutulumu görülmüştür. En sık mitral kapak (% 95), sonra aort kapağı (% 42) tutulmuştur. Profilaksiye uyumu iyi olmayan hastaların % 36,3'ünde rekürrens görülmüştür. İlk atakla gelen karditli hastaların % 20,4'ünde; rekürrensle gelen karditli hastaların % 13'ünde kapak lezyonu tamamen düzelmiştir. Karditli hastaların % 4,7'sinde rebound, % 7,5'inde rekürrens, % 35,8'inde konjestif kalp yetmezliği, % 5,6'sında perikardiyal efüzyon, % 0,9'unda disritmi, % 19,9'unda sessiz kardit görülmüştür. Sekiz hastaya cerrahi uygulanmıştır. Sonuç: Akut romatizmal ateş, insidansı azalsa da, ülkemizde halen ciddi morbidite ve mortaliteye neden olabilen önemli bir hastalıktır. Ülke çapında, büyük ölçekli veri toplama ve zorunlu bildirim sistemlerinin oluşturulması ile gelecekte ARA insidansı, mortalite ve morbiditesi daha kesin rakamlarla belirlenebilecek; genetik faktörler değiştirilemese de çevresel faktörler ve sağlık politikalarında yapılacak değişikliklerle, hastalık ve komplikasyon sıklığı daha da azalacaktır. Anahtar Kelimeler: Akut romatizmal ateş (ARA), romatizmal kalp hastalığı (RKH), klinik, epidemiyolojik, insidans, Çukurova Üniversitesi.
İnfluenza A virus enfeksiyonlarının moleküler epidemiyolojisi
İnfluenza, influenza viruslarının sebep olduğu akut solunum yolu hastalığıdır. İnfluenza virus enfeksiyonları yüksek morbidite ile ilişkilidir ve pnömoni gibi ciddi komplikasyonlara sebep olabilir. Bu çalışmanın amacı solunum yolu infeksiyonu olan ve hastaneye yatırılan hastalarda influenza tip A ve B virus enfeksiyonlarının insidansı ve influenza A virus alttiplerini real-time RT-PCR test, konvansiyonel RT-PCR test ve direk immunfloresan antikor (DFA) testi ile tespit etmektir. Toplam 476 hastadan 1 Nisan 2012 ve 31 Aralık 2013 tarihleri arasında flocked eküvyon (Copan Diagnostics, Italy) ile nazofaringeal sürüntü örnekleri toplanmıştır. Real-time RT-PCR test (Sacace, Italy) ile influenza A virus vakaların %20.5 (98/476) ve influenza B virus %3.3'ünde (16/476) tespit edilmiştir. Çalışma süresi boyunca 98 influenza virus izolatının %63.3'ünün A(H1N1)pdm09 ve %36.7'sinin A(H3N2) olduğu bulunmuştur. İnfluenza A(H1N1)pdm09 alttipinin Ocak 2013 (12 vaka) ve A(H3N2) alttipinin (11 vaka) Aralık 2013'de baskın olduğu gözlenmiştir. Real-time RT-PCR test referans alındığında influenza A ve B için DFA testinin (Argene SA, France) ve influenza A için WHO primerlerinin (M30F2/08 ve M264R3/08) kullanıldığı konvansiyonel RT-PCR testinin sensitivitesi sırasıyla %72.4, %75, %96 ve spesifitesi %99.2, %99.5 ve %100 bulunmuştur. Sonuç olarak, çalışma grubunda influenza A virus enfeksiyonu %20.5 oranla oldukça yüksek tespit edilmiştir. İnfluenza virus tipleri ve alttiplerinin izlenmesi, influenza aşı suşlarının dolaşımdaki influenza virusları ile uyumunun değerlendirilmesi ve pandemik potansiyeli olan alttiplerin tanısı için gereklidir. Etkili korunma ve kontrol önlemlerinin zamanında alınması, gereksiz antibiyotik kullanımının azaltılması ve antiviral tedaviye başlamak için influenza virus enfeksiyonlarının erken tanısında real-time RT-PCR testinin kullanımı önerilir.
Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde saptanan hıv-1 izolatlarında sekans analizi yöntemi ile alt grupların saptanması
Keşfedileli çok az zaman olmuş olmasına rağmen Human Immunodeficiency Virus(HIV) günümüzde enfeksiyon hastalıkları etkenleri içerisinde önemli bir yere oturmuştur. Özellikle CD4+T lenfositleri hedef alan virüsün, sahip olduğu bazı enzimatik mekanizmalarla konak hücre DNA'sına integre olmasıyla seyreden süreç, virüsün tüm bağışıklık mekanizmalarını yetersiz hale getirmesi, ardından gelişen malignite ve enfeksiyonlar ile hastanın ölümüne kadar giden bir seyir göstermektedir. Virüsün HIV-1 ve HIV-2 olarak iki alt türü tanımlanmış olup, coğrafik olarak dünya üzerindeki dağılımları farklılık göstermektedir. Gaziantep ili son yıllarda göçmen hareketliliğinin sık rastlandığı illerden biri olup, bu çalışma ilimizde saptanan HIV izolatlarının alt-tür dağılımının belirlenmesi ve HIV enfeksiyonlarındaki epidemiyolojik bulguların (bulaş kaynağı, yaş dağılımı, vb.) irdelenmesi amacıyla yapılmıştır. Mart-Kasım 2015 tarihleri arasında laboratuarımıza HIV RNA testi çalışılması amacıyla gönderilen ve RNA testi >1000 kopya/mL olarak saptanan 35 hasta çalışmaya dahil edildi. HIV-1 RNA testi real-time PCR ile QIAsymphony SP/Artus HIV-1 QS-RGQ Kit (QIAGEN GmbH, Almanya), kiti kullanılarak yapıldı. Çalışmaya dahil edilen hastalardan 2'sinde amplifiye edilen RNA dizileri, sekans için uygun olmadığından 33 örnekte sekanslama yapılarak subtip analizi ve filogenetik değerlendirme yapıldı. HIV-1 (ters transkriptaz domaini, kodon 41-232) dizilenmesinde, TheFrench ANRS (National Agency for AIDS Research) AC11 Direnç Grubu'nun PCR ve dizileme algoritmasından yararlanıldı. Filogenetik analiz çalışmaları sonucunda HIV-1 subtiplendirmesi sonucunda 33 hastanın 22'si (% 66.6) subtip B olarak saptanmıştır. Hastaların 7'sinde (% 21.21) subtip A1 saptanmıştır. Hastaların 3'ünde (% 9.09) CRF02_AG olarak saptanmıştır. Bir (% 3.03) hastada ise subtip C olarak saptanmıştır. Dünya üzerinde eskiye oranla sık yaşanan insan hareketliliğinin, enfeksiyon etkenlerinin dağılımına da etkisi olacağından, HIV'in subtip analizlerinin yapılması virüsün yayılımını gözlemlemek açısından önemlidir.
Acil servise başvuran pnömotoraks olgularının analizi
GİRİŞ VE AMAÇ: Pnömotoraks, visseral ve parietal akciğer plevrası arasındaki potansiyel boşluğa serbest hava girmesiyle ortaya çıkan bir klinik tanımlamadır. Acil servislerde en sık görülen göğüs cerrahisi acilidir. Pnömotoraks hastaları acil servise en sık nefes darlığı ve göğüs ağrısı ile başvurmaktadır. Pnömotorakslar klinik olarak edinsel ve spontan olmak üzere ikiye ayrılmaktadır. Acil serviste pnömotoraks tanısı alan ahstaların demografik, klnik ve radyolojik verileri kullanılarak acil tıp hekimlerine tanıdan tedaviye uzanan süreçte yardımcı olacak bir çalışma hedeflenmiştir. GEREÇ VE YÖNTEM: Retrospektif kesitsel analiz olarak plananan çalışmamızda Yozgat Bozok Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi Acil Servisi'ne 01/01/2018 ile 01/12/2022 tarihleri arasında pnömotoraks tanısı alan hastalar çalışmaya dahil edilmiştir. Toplam 113 hastanın değerlendirildiği bu çalışmada; hastaların laboratuvar testleri, radyolojik görünülemeleri, tıbbi öyküleri (sigara kullanımı, ek hastalıkları ), başvuru semptomları, vital parametreleri ve diğer demografik ve klinik özellikleri hastane sistemi üzerinden incelenmiştir. Elde edilen sonuçların istatiksel testler uygulanarak analizleri yapılmış, anlamlılığı değerlendirilerek raporlanmıştır. BULGULAR: Araştırmaya katılan 113 hastanın %85,8'i (n = 97) erkek %14,2'si, (n = 16) kadındır. Olguların klinik sınıflaması olarak %51,3'ü (n = 58) spontan pnömotoraks; %48,7'si (n = 55) travmatik pnömotoraks olarak tespit edilmiştir. Olguların %37,2'si (n = 42) Primer spontan pnömotoraks, %23'ü (n = 26) trafik kazası, %18,6'sı (n = 21) düşme, %14,2 'si (n = 16) sekonder spontan pnömotoraks, %7,1'i (n = 8) ise penetran travma etiyolojisi ile başvurmuştur. Katılımcıların ana başvuru semptomları %60,2'si (n = 68) göğüs ağrısı, %30,1'i (n = 34) nefes darlığı, %7,1'i (n = 8) sırt ağrısı ve %2,7'si (n = 3) bilinci kapalı olarak değerlendirilmiştir. Hastalara ait Akciğer grafilerinde, %48,7 oranında (n = 55) sağ hemitoraksta pnömotoraks, %45,1 oranında (n = 51) sol hemitoraksta, %6,2'sinde (n = 7) ise her iki hemitoraksta pnömotoraks saptanmıştır. Primer Spontan Pnömtoraks (PSP) hastalarında acil servise göğüs ağrısı ile başvuru daha sık saptanırken, Sekonder Spontan Pnömotoraks (SSP) hastaları ise nefes darlığı ile daha sık başvurduğu bulunmuştur (p < 0,01). Genç ve yaşlı grupları başvuru semptomları ve pnömotoraks alt grupları ile karşılaştırılmış ve istatiksel olarak anlamlı değerler elde edilmiştir (p < 0,01). SONUÇ: Pnömtoraks hayatı tehdit edebilen bir klinik tablodur. Göğüs ağrısı, nefes darlığı gibi semptomlar pnömotoraksı düşündüren ana semptomlar olmaktadır. Acil tıp pratiğinde bu semptomlar değerlendirilirken pnömotoraks mutlaka ayırıcı tanılarda bulundurulmalıdır. Sınıflamasında ''spontan'' değerlendirmesi olan bir hastalık olması sebebiyle hastaların semptomları, demografik verileri, görüntülemeleri ve klinik sonuçları merak konusu olmuştur. Hastanın acil servise gelmesine sebep olan ana şikayetinin, sigara kullanımının, yaşının, pnömotoraks türü ve boyutuna etkisi ile ilgili sonuçlar değerlendirilmiştir. Yanı sıra klinik sonlanım durumu, tedavi yöntemleri, yatış türü ve süresi ilgili parametrelerin de etiyolojik ve radyolojik verilerle birlikte değerlendirilme ve istatistiksel sonuçlar ışığında analizleri yapılmıştır. Acil tıp hekimleri için semptomlardan tedaviye uzanan süreçte yardımcı olacağını inandığımız bir çalışma olmuştur. ANAHTAR KELİMELER: Pnömotoraks, Epidemiyoloji, Hacim, PAAC, Tedavi
Metisilin dirençli staphylococcus aureus suşlarının spa typıng ve pulsed fıeld gel electrophoresıs yöntemleriyle klonal ilişkilerinin tespiti
Amaç: İlk olarak İngiltere'de ortaya çıkan Metisilin Dirençli Staphylococcus aureus enfeksiyonu başta diğer Avrupa ülkeleri olmak üzere bütün dünyada hızla yayılmıştır. Hem toplumda hem de hastanelerde görülen Metisilin Dirençli Staphylococcus aureus nedenli enfeksiyonların risk yönetiminde, etkenin kaynağının ve bulaş yollarının moleküler yöntemlerle hızlı tespiti enfeksiyon kontrolünde anahtar veriler sağlamaktadır. Çalışmamızda hastanemizde izole edilen Metisilin Dirençli Staphylococcus aureus suşlarının klonal ilişkileri Pulsed Field Gel Electrophoresis ve spa tiplendirme yöntemi ile tespit edilerek, hastanemizde ve bölgemizde baskın olan klonların isimlendirilmesi ve yöntemlerin kıyaslanması amaçlanmaktadır. Gereç ve yöntem: Hastanemizde rutin olarak kullanılmakta olan Vitek 2 sistemi ile tanımlanan 75 Metisilin Dirençli Staphylococcus aureus izolatı SmaI enzimi kullanılarak Pulsed Field Gel Electrophoresis ile tiplendirildi. spa gen bölgeleri amplifiye edilerek sekans analizi yapıldı. Elde edilen veriler StaphType (Ridom) yazılım programıyla değerlendirildi ve spa tipleri tespit edildi. Bulgular: İncelenen 75 örneğin Pulsed Field Gel Electrophoresis ile 11 küme içerisinde toplandıkları ve birbirlerine % 84,1 oranında benzeyen A (n:19) ve B (n:27) kümelerinin tüm suşların % 61,3'ünü oluşturduğu tespit edildi. Tüm izolatlar spa tiplendirme ile de değerlendirildiğinde suşların 18 spa tipine dağıldığı tespit edildi. En büyük spa kümesi 31 izolat (% 41,3) ile t030 iken, bunu 9 izolat ile t223 (% 12) tipinin izlediği görüldü. Sonuçlar: İzolatların genotipik incelemeleri, antibiyotik direnç profilleri ve hastane enfeksiyonu olarak tanımlanan olgulardan izole edilme oranları değerlendirilerek t030'un % 41,3'lük insidans ile dominant genotip olduğu ve bu gen kümesinin hastane klonu olduğu düşünülmüştür. Toplum kökenli olduğu düşünülen spa tiplerinin ise t223 ve t127 oldukları ve sırasıyla % 12 ve % 9,3 oranlarında görüldükleri tespit edildi. Kısa dönemli salgın incelemelerinde ve uzun dönemli soy ilişkisi araştırmalarında spa tiplendirme yönteminin Pulsed Field Gel Electrophoresis ile birlikte kullanılmasının ve bu çalışmanın daha uzun süre ve daha fazla örnek kullanılarak toplum ve hastane klonlarının takibinde kullanılmasının faydalı olacağı düşünülmüştür.
Genetik epidemiyolojide istatistiksel yaklaşımlar : Ailesel kümelenmede bir uygulama
Genetik Epidemiyolojide İstatistiksel Yaklaşımlar: Ailesel Kümelenmede Bir Uygulama Genetik ve çevrenin, hastalıkların sürecine katkısı keşfedildiğinden bu yana kanser hastalıkları da dahil olmak üzere, koroner arter hastalıkları, alerji ve psikiyatrik hastalıklar gibi bir çok hastalığın etiyolojisi daha karmaşık hale gelmiştir. Genetik ile ilgili araştırmalarda ilk basamak ailesel kümelenmenin ortaya konmasıdır. Bu bağlamda genetik epidemiyoloji, hastalık etiyolojisinde genetik faktörlerin oynadığı rolü araştırmada, klasik epidemiyolojik tasarım ve yöntemlerinin yerini alan, yeni bir çalışma alanıdır. Bu alanda istatistik yöntemler günümüzde giderek çeşitlenmektedir. Bu çalışma, hematolojik kanserli(Hem CA), solid kanserli (Solid CA) ve kanser olmayan(Kontrol) bireylerde ailesel kümelenmenin araştırılması için farklı istatistik yöntemlerin değerlendirilmesi amacıyla gerçekleştirilmiştir. Bu gruplarda ailesel kümelenmenin varlığını ortaya koyan 4 farklı istatistiksel yöntem sonuçları verilmiştir, bu yöntemler; İkili lojistik regresyon, Regressive lojistik regresyon, Genelleştirilmiş tahmin denklemleri (Generalized Estimation Equation-GEE) ve Tam çıkarsama (Exact Inference). Modellemede, SPSS 20.0 ve R paket programı kullanılmıştır. Bütün gruplar için alt kırılım, demografik bilgiler ve aile bilgileri karşılaştırılmıştır. Üç grubun birbiri ile karşılaştırılmasında cinsiyet, yaş, eğitim ve medeni durum anlamlı bulunmuştur(p<0,001). Çalışılan gruplarda, kardeş ve ailede hematolojik kanser olması farklılık göstermiş olup, odds oranları kardeşte 4,3, ailede OR:2,6 kat riski arttırdığı gözlenmiştir. Hematolojik kanserli grup ile kontrol grubu arasında yapılan ileri analizler incelendiğinde lojistik regresyon sonucunda eşler arasında akrabalık olması ve çevre etkilerinin çoğu denklemde yer almış, GEE yönteminde de aynı değişkenler anlamlı bulunmasının yanısıra ailede solid kanserli bireye sahip olmanın riski artıracağı gözlenmiştir(p=0,007). Regressive lojistik regresyonda kardeşlerin tüm bilgileri değerlendirilmiş, kardeşte grubun dahil olduğu hastalığa sahip olma durumunun, en çok solid kanserli grupta, sonrasında hematolojik ve en az kontrol grubunda ilgili kanser olasılığını arttırdığı görülmüştür. Tam çıkarsama yöntemi sonuçlarına göre, solid kanserli hastalığa sahip grupta ailesel kümelenme var iken diğer gruplarda aynı durumlardan söz edilememektedir.
Çocukluk çağı gastroduodenal patolojilerinde helicobacter pylori enfeksiyonlarının epidemiyolojik özellikleri
Amaç: Bu çalışmada Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Gastroenteroloji Polikliniği'ne dispeptik yakınmalarla başvuran hastalarda H. pylori enfeksiyonunun sıklığını bulmak ve genotip düzeyinde epidemiyolojik özelliklerini tespit edip, virulans faktörlerinin dağılımını, aile içi geçişinin önemini, ayrıca makrolid ve kinolon grubu antibiyotiklere direnç dağılımını göstermek amaçlanmıştır. Materyal Metod: Bu çalışmaya 13 Şubat 2015-1 Aralık 2016 tarihleri arasında dispeptik yakınmalarla başvuran 110 olgu alınmıştır. H. pylori pozitifliği tespit edilen olgulardan dispeptik yakınması olan ve üst gastrointestinal sistem endoskopisi erişkin gastroenteroloji tarafından yapılan 7 ebebeynde çalışmaya dahil edilmiştir. Gastrik biyopsi materyalinden H. pylori, histopatoloji, kültür ve glmM-PCR yöntemleri ile araştırılmıştır. PCR pozitif örneklerde vacA, cagA ve cagE genleri yine PCR ile araştırılmış, ayrıca kültürde izole edilen H. pylori suşlarının klaritromisin ve levofloksasin dirençlerini belirlemek için E-testi yapılmıştır. PCR-RFLP yöntemi ile de klaritromisin direncinden sorumlu tutulan A2142G ve A2143G nokta mutasyonları araştırılmıştır. H. pylori suşlarının olguların kliniklerine etkisi araştırılmış ve aile içi H. pylori geçişinin etkisi değerlendirilmiştir. Bulgular: Çalışmada, 110 çocuk hastanın 30'unda (% 27,3) H. pylori pozitif olarak saptandı. Olguların yaş ortalaması 12,2±4,39 (3-18 yaş) idi. % 65,5'i kız, % 34,5'i erkek idi. H. pylori pozitif hasta örneklerinin % 40'ında vacAs1, % 56,6'sında vacAs2, % 36,7'sinde cagA, % 23,3' ünde ise cagE pozitif idi. Olguların % 6,6'sında vacAs1+cagE birlikteliği, % 16,6'sında vacAs1+cagA+cagE birlikteliği ve yine %16,6'sında vacAs2+cagA birlikteliği saptandı. Çalışmamızda klinik bulgular ile H. pylori suşları arasında anlamlı ilişki saptanmadı. Kültürde H. pylori üretilebilen hastalardan sadece bir hastada (% 4,3) levoflaksasin direnci tespit edildi. Bu hastada genetik A2142G ve A2143G genetik mutasyonlarının her ikiside pozitif olarak bulundu. Hastaların 8'inde (% 34,7) klaritromisin direnci saptandı. A2142G mutasyonu pozitif saptananların tamamında, A2143G mutasyonu pozitif saptananların ise % 55'inde klaritromisin direnci gözlendi. Çalışmaya katılan çocukların ebeveynlerinde saptanan H. pylori ile suşları ile çocuklardaki H. pylori suşları birbilerinden farklı saptandı. Sonuç: H. pylori enfeksiyonu dispeptik yakınmaları olan çocukların yaklaşık üçte birinde pozitif saptanmıştır. Dispeptik yakınmalar ile başvuran çocuklarda ağırlıklı genotipin vacAs2 olduğu gözlenmiştir. Genetik mutasyonlardan A2142G ve A2143G genetik mutasyonlardan en az birine sahip olmak bile antibiyotiklere direnç potansiyeli taşımaktadır. Çocuklarda H. pylori standart üçlü tedavisinde kullanılan klaritromisine karşı yüksek oranda direnç saptanmıştır
Klinik örneklerden izole edilen staphylococcus aureus ve koagülaz negatif stafilokoklarda dezenfektan/antiseptikler ve antibiyotik direncinin moleküler mekanizmalarının tespiti ve suşlar arasındaki filogenetik ve klonal ilişkinin SPA gen sekans tipleme ve pulse field gel electrophoresis yöntemleri ile araştırılması
Dünya genelinde hızla yayılan antibiyotik direnci ve son zamanlarda bu direnç ile ilişkilendirilen antiseptik ve dezenfektan maddelere karşı gelişen direncin epidemiyolojisi ve moleküler mekanizmalarının bilinmesi özellikle hastane kökenli infeksiyonların önlenmesi için oldukça önemlidir. Bölgemizin Suriye ile sınırı olması ve orada yaşanan iç savaş nedeniyle oluşan göç endojen floranın ve mikroorganizmalara ait direnç profillerinin zaman içerisinde değişmesine neden olmuştur. Çalışmamızda hastanemizdeki çeşitli poliklinik ve servislerden izole edilen stafilokok suşlarının antiseptik ve dezenfektan direnç genleri, spa tiplendirmesi ve Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) yöntemiyle klonal ve filogenetik ilişkileri araştırılmıştır. Laboratuvarımıza rutin olarak gönderilen materyallerden izole edilen stafilokoklar bakteriyolojik yöntemlerle ve Vitek 2 otomatize sistemle tanımlandıktan sonra tümünde qacA/B ve qacC genleri taranmış olup, MRSA olduğu belirlenen suşların spa tiplendirmeleri ve PFGE analizleri yapılıp Ridom yazılım programıyla değerlendirilmiştir. İncelenen örneklerin % 41'inde her iki gen grubu pozitif olmak üzere % 76'sının qacA/B geni, % 57'sinin qacC (smr) geni taşıdığı, tespit edilmiştir. PFGE analizi sonucu MRSA izolatlarının 5 büyük küme ve bu kümelere ait 15 alt küme içerisinde yoğunlaştıkları görülmüştür. Epidemiyolojik olarak baskın spa tipinin % 31'lik oranla t223 olduğu ortaya konmuştur. İzolatların genotipik incelemeleri, antibiyotik direnç profilleri ve hastane infeksiyonu olarak tanımlanan olgulardan izole edilme oranları değerlendirilerek t223'ün % 31'lik insidans ile dominant genotip olduğu ve bu gen kümesinin Suriye'li hastalara ait klon olduğu düşünülmüştür. Toplum kökenli olduğu düşünülen spa tiplerinin ise % 10'luk oranlarla t1347 ve t105 oldukları tespit edildi. Kısa dönemli salgın incelemelerinde ve uzun dönemli soy ilişkisi araştırmalarında spa tiplendirme yönteminin ile PFGE'nin birlikte kullanılmasının klonal ilişki tespiti için daha yüksek ayırım gücü vereceği, bu çalışmanın daha uzun süre ve daha fazla örnek kullanılarak toplum ve hastane klonlarının takibinde kullanılmasının faydalı olacağı düşünülmüştür.
Erken okul çocukluk döneminde büyüme ve büyümeyi etkileyen epidemiyolojik faktörler
GiriĢ: Erken çocukluk döneminde büyümeyi etkileyen faktörler çok çeşitli olmakla birlikte geniş bir literatür vaka serisi içermektedir. Vaka serileri bildirildikleri ülkelerin sosyokültürel, sosyoekonomik, etnik, ırk, beslenme alışkanlıkları göz önüne alınarak oluşturulmuş, aynı ve ayrı zamanlarda farklı ve/ veya birbirine yakın sonuçlar elde edilmiştir. Çalışmamızda amaçlanan erken çocukluk döneminde boy uzunluğu, kilo, BMİ, bel/kalça oranı, hedef boy uzunluğu gibi büyüme verilerine etki eden faktörleri değerlendirmektir. Yöntem: Manisa Celal Bayar Üniversitesi Etik Kurulundan onam alındı. Çalışma Manisa ili sınırları içerisindeki ilköğretim okullarında yürüteleceğinden, İl Milli Eğitim Müdürlüğünden 2017-2018 Eğitim-Öğretim yılında 2010-2011 doğumlu yaklaşık 1000 civarında çocuğun antropometrik verilerinin ölçülmesi ve anket yapılması için izin alındı. Belirlenen tarihlerde yapılan okul ziyaretlerinde, anket formu örneği sınıf anneleri aracılığıyla velilere iletildi. Velilerin yazılı onamı ardından, çalışmaya katılan ebeveyn (boy uzunluğu, kilo) ve çocukların antropometrik verileri (boy uzunluğu, vücut ağırlığı, bel/kalça çevresi, oturma boyu, kulaç boyu) ölçüldü. Çalışmaya katılanların tam doğum tarihi, anneye ait doğum sayısı, doğum sırası, kaç kardeşi olduğu, anne sütü-inek sütü alma zamanı, ebeveyn meslek-eğitimi, yemeklerde kullanılan yağ-ekmek türü, ana öğün-meyve-sebze-fastfood tüketim sıklığı verilerine kolay anlaşılır anket soruları yardımıyla, ebeveynlerle yüzyüze cevaplandırılarak ulaşıldı. Ölçülen antropometrik veriler „Harran Üniversitesi PEDONDO 2009‟ programına girilerek çocukların yaş ve cinsiyetine uygun persentil, sds ve hedef boy uzunluğu değerleri hesaplandı. Taranan 1134 çocuğun 164‟i dışlanma kriterlerini içerdiğinden çalışmaya dâhil edilmemiştir. Bulgular: Çalışmaya katılan çocukların 498‟i kız, 472‟si erkekti. Çalışmaya katılan kız ve erkek çocukların ortalama boy uzunluğu, vücut ağırlığı, BMİ, BMİ sds değerleri arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmadı. Buna karşılık kız çocuklarının ortalama doğum boyu, doğum ağırlığı, hedef boy uzunluğu değerleri erkeklerden daha düşük iken, kızların bel/kalça oranları, hedef boy persentil, hedef boy sds değerleri erkeklerden daha yüksekti. Prematür ve term doğanların erken çocukluk döneminde ortalama boy uzunluğu ve vücut ağırlıkları arasında istatistiksel anlamlı fark bulunmazken, prematür doğanların ortalama bel/kalça oranları, BMİ, BMİ sds, kilo sds, oturma boyu, kulaç boyu değerleri okul çocukluğu döneminde term doğanlara göre daha düşüktü. Anneye ait doğum sırası-canlı doğum sayısı gibi faktörlerin çocukların emzirilme süresine herhangi bir etkisi bulunmadı. Benzer şekilde çocukların hiçbir antropometrik verisine anne sütü alma süresinin istatistiksel anlamlı etkisi bulunmadı. İnek sütüne erken başlayanların ortalama boy uzunluğu zamanında başlayan çocuklara göre daha kısaydı ancak vücut ağırlıkları, BMİ‟leri arasında istatistiksel anlamlı fark bulunamadı. Çocukların doğum boyu ve ağırlığıyla ortalama hedef boy uzunlukları arasında istatistiksel olarak anlamlı doğru orantılı ilişki saptanırken, boy uzunluklarıyla hedef boy uzunlukları arasında istatistiksel olarak anlamlı zayıf pozitif ilişki saptandı. Ebeveynlerin modifiye Hollingshead indeksine göre sosyoekonomik sınıflaması yapıldı. SES ile çocukların obesitesi (BMİ >95 persentil) arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki bulunmadı. Düşük SES‟li ailelerin (anne mesleğine göre SES hariç) çocuklarında boy kısalığı görülme oranı orta ve/ veya yüksek SES‟lilere göre istatistiksel olarak anlamlı daha yüksekti. Yüksek SES‟e sahip olanların ortalama boy uzunluğu, hedef boy uzunluğu düşük ve orta SES‟lilere göre daha uzundu ve istatistiksel olarak anlamlıydı. Sosyoekonomik sınıf farklılıklarının çocukların ortalama BMİ, BMi persentil, BMİ sds, vücut ağırlıkları üzerine istatistiksel anlamlı etkisi saptanmadı. Sonuç: Toplumun sosyoekonomik ve kültürel yapısı başta olmak üzere, ebeveynlere ait genetik alt yapının çocukların büyümesinde altın anahtar olduğunu kanıtlamış olduk. Çalışmamız Manisa ilinde birbirine benzer sosyoekonomik karakterdeki okullarda yürütüldüğünden (sağlık hizmetlerine ulaşılabilirlik, bilgi edinebilme, ekonomik koşulların yakınlığı) çıkan sonuçlar kimi literatür verileriyle (SES ve BMİ arasında ilişki olmaması gibi) tam olarak örtüşmemiştir. Unutulmaması gereken her çocuğa eşit şekillerde büyüme imkânı verildiğinde final boylarında ve VKİ iyileşme sağlanacağı, bu sebepten sağlık politikalarının daha dikkatli göz önüne alınarak düzenlenmesi gerektiğidir. Anahtar sözcükler: Büyüme, okul çocukluğu dönemi, sosyoekonomik faktörler
Çeşitli klinik örneklerden soyutlanan tüberküloz dışı mikobakterilerin DNA dizi analizi ile identifikasyonu
Çalışmanın amacı Celal Bayar Üniversitesi Mikobakteriyoloji Laboratuvarı?nda çeşitli klinik örneklerden soyutlanan Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin (TDM) hsp65 ve 16S rDNA gen bölgeleri hedef alınarak altın standart yöntem olan DNA dizi analizi ile identifikasyonunun yapılması ve elde edilen verilerin epidemiyolojik yönden tartışılmasıdır. 2007-2011 yılları arasında tüberküloz ön tanısı ile gönderilen 5122 örneğin 126?sında (%2.46) TDM üretilmiş ve bu suşlardan 101?i DNA dizi analizi ile çalışılmıştır. DNA dizi analizi sonuçları RIDOM ve GenBLAST veri tabanları kullanılarak değerlendirilmiş ve sıklık sırası ile M. porcinum (%39.60), M. lentiflavum (%35.64), M. abscessus (%5.64), M. peregrinum (%4.95), M. gordonae (%3.96), M. fortuitum (%2.97), M. chelonae (%1.98), M. alvei (%0.99), M. scrofulaceum (%0.99) ve M. kansasii-M. gastri (%0.99) türleri tanımlanmıştır. İki suş ise veri tabanlarındaki diğer mikobakterilerle %95-98 arasında uyumlu bulunmuş olup, kesin olarak tanımlanamamıştır. Çalışılan 98 suşun etken olduğu kanıtlanamamış, üç M. abscessus suşu ise etken olarak kabul edilmiştir. Sonuç olarak 16S rDNA dizi analizi ile birlikte hsp65 gen bölgesi de analiz edilerek 101 TDM suşunun 99?u başarı ile tanımlanmıştır. Laboratuvarımızda en sık olarak tespit edilen TDM tür dağılımı ülkemizin değişik bölgelerinden bildirilen çalışmalara göre kısmen farklılık göstermektedir. Çalışmamızda en sık izole edilen iki tür olan M. lentiflavum ve M. porcinum?un antibiyotiklere direnç göstermesi ve insan infeksiyonları ile ilişkili olduklarının bilinmesi nedeni ile dikkate alınmaları gerekmektedir. TDM?lerin etken veya kontaminant oldukları ayırt edilememesi kısıtlayıcı olmakla birlikte, çevresel mikobakterilerin hastane infeksiyonlarına yol açabildiği bilindiğinden, elde edilen verilerin bölgemizdeki TDM infeksiyonlarının epidemiyolojisine ait bilgilere katkı sağlayacağı düşünülmüştür. Anahtar kelimeler: Tüberküloz Dışı Mikobakteri, identifikasyon, DNA dizi analizi, epidemiyoloji