Epidemiology

AIDSEpidemiyolojiFilogenetik+3

Anadolu'da HIV-1 enfeksiyonunun moleküler epidemiyolojik analizi ve antiretroviral ilaç direnç profilinin incelenmesi

İnsan İmmün Yetmezlik Virüsü (HIV) ile enfekte birey sayısı, günümüzde hala artmaya devam etmektedir. Çalışmada antiretroviral (ARV) tedavi almamış bireylerde proteaz inhibitörleri (PI), nükleozit ters transkriptaz inhibitörleri (NRTI), non-nükleozit ters transkriptaz inhibitörleri (NNRTI), integraz inhibitörleri (INSTI) ve kapsit inhibitörüne (CAI) karşı direnç oranları ile HIV-1 alt tip dağılımının tespit edilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya 17.11.2021 – 30.11.2022 tarihleri arasında 104 HIV-1 ile enfekte tedavi almamış birey dahil edildi. Proteaz, ters transkriptaz, integraz ve kapsit gen bölgeleri amplifiye edilip Sanger yöntemiyle dizilendi. Çalışmaya dahil edilen 104 bireyden 97'sinin 25 farklı şehirden ve 7'sinin de 5 farklı ülkeden importe olgu olduğu tespit edildi. Olası bulaş yollarının %64,42'sinden erkeklerle cinsel ilişkiye giren erkeklerin, %30,77'sinden heteroseksüel ilişkinin sorumlu olduğu, %4,81'inde ise olası bulaş yolunun bilinmediği saptandı. Alt tiplerin dağılımları B (%55,77), A (%14,42), B+CRF02_AG (%8,65), B+F (%7,69), CRF02_AG (%3,85), G+CRF02_AG (%2,88), G (%1,92), A+G (%1,92), B+C (%0,96), C (%0,96), F (%0,96) şeklinde tespit edildi. Herhangi bir ARV ilaca karşı direnç ile ilişkili mutasyon %14,42 oranında tespit edilirken PI'ne karşı %1,92, NRTI'ne karşı %4,80 ve NNRTI'ne karşı %7,69 oranında direnç mutasyonu görülmüştür. INSTI ve CAI'ne karşı direnç mutasyonu tespit edilmemiştir. Kapsit inhibitörü "Lenacapavir" en yeni FDA onayı alan HIV-1 ARV ilaç grubudur. Bu çalışma ülkemizde CAI'ne karşı direnç mutasyonunun araştırıldığı ilk çalışmadır. CAI'ne karşı direnç mutasyonunun tespit edilmemiş olması Lenacapavir'in Türkiye'de direnç sorunu olmadan kullanılabilecek bir ilaç seçeneği olabileceğini göstermektedir. Ülkemize son yıllarda gelen göç hareketleri nedeniyle HIV alt tiplerinde ve ARV ilaçlara karşı direnç oranlarında değişiklikler meydana gelme olasılığı bulunmaktadır. Çalışmamızda tespit edilen alt tipler ve ARV direnç oranları geçmişte ülkemizden yayınlanan veriler ile halen benzerlik göstermektedir ancak HIV-1 alt tiplerinin ve antiretroviral ilaç direncinin yakından ve sürekli takip edilmesi gerekmektedir.

Adem Özdemir

Hacettepe University

Dynamic analysisEpidemiologyChaos theory+2

Chaotic system analysis with genetic algorithm approach

Dynamical analysis of epidemiological models gained significant attention from applied mathematicians after the Covid-19 pandemic caused a global catastrophe. Although studies involving the decision of the suitable model to describe the epidemiologic data and the predictive analysis of the disease spread have been carried out in-depth during this phase, studies that will expose the unrecognized dynamics through predictive analysis by investigating the algebraic properties of the models such as the invariant spaces, the center manifolds, and the Lyapunov functions in the general parameter space, still have the potential to contribute vastly to comprehending the spread dynamics. This work implements the triangular probabilistic distribution to an epidemic delay differential equation as a distributed continuous delay to determine the recovery rate based on characteristic model parameters. In this way, we propose a way to reduce the model parameters that need to be obtained during model fitting by defining generic coefficients derivable from field research and population characteristics.

Mustafa Şentürk

Piri Reis University · Institute of Graduate Studies

BiyoistatistikEpidemiyolojiLogaritmik doğrusal modeller+3

Epidemiyolojik araştırmalarda yakala-tekrar yakala yönteminin kullanımı

Gelişmiş ülkelerde bile doğum ve ölüm gibi demografik kayıtların oldukça iyi olduğu bilinmesine rağmen HIV enfeksiyonu gibi toplum için büyük önem taşıyan kayıtların eksik olduğu görülmektedir. Toplumlarda hastalıkların, kazaların, madde bağımlılıklarının ve sağlığı ilgilendiren benzer konuların devletlere getirdiği yükler ihmal edilemezler. İlgilenilen popülasyonların geniş olması, sayma imkanının olmaması, kayıtların yetersiz kalması durumlarında gerçek yükün tespit edilmesi mümkün olmamaktadır. Böylece konu ile ilgili yürütülecek politikalar ya yetersiz kalacak ya da kaynak israfına neden olacaktır. Hem rutin bildirimlerin hem de ulusal düzeyi temsil eden örneklem seçilerek yapılan sağlık anket çalışmalarının kısıtlılıklarından dolayı alternatif bir yaklaşım olarak kullanılan yakala-tekrar yakala yöntemleri popülasyon büyüklüklerini tahmin etmekte güvenilir tahminler sunmaktadır. Orjinalinde, doğal yaşamdaki hayvanların popülasyon büyüklüğünü tahmin etmek için geliştirilen bu yöntemler topluluğu, daha sonraki yıllarda ihtiyaçlar doğrultusunda insan popülasyonları için de uygulama alanı bulmuştur. Bu alandaki bir çok epidemiyolojik çalışmanın amacı, hedef popülasyona ait tam olmadığı varsayılan birden fazla listeden yararlanarak gerçek popülasyon büyüklüğünü tahmin etmektir. Çalışmada öncelikle ikili liste sistemi için; Lilcoln-Petersen, Chapman, Horvitz-Thompson, Zelterman, Chao Alt Sınır tahmin edicilerinin teorik alt yapısından bahsedilmiştir. Çoklu liste sistemi için ise logaritmik doğrusal modeller ve sample coverage yaklaşımı anlatılmıştır. Simülasyon çalışması ile türetilen veri setleri üzerinden bağımsızlık ve bağımlılık durumlarında tahmin ediciler incelenmiştir. Yöntemlerin birbirinden farklılıkları, avantajları, dezavantajları değerlendirilmiştir. Literatürle uyumlu sonuçlar elde edilmiştir.

Selin Dündar

Ege University · Institute of Health Sciences

2016

APACHE skorlama sistemiEpidemiyolojiHastaneye yatırma+3

Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi iç hastalıkları yoğun bakım ünitesine son 5 yılda yatan hastaların epidemiyolojik özelliklerinin incelenmesi

Bu çalışmada, Ocak 2010-Eylül 2015 tarihleri arasında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi İç Hastalıkları Anabilim Dalı Yoğun Bakım Ünitesinde yatırılan hastalar (n=3438) incelenmiştir. Hastaların %51.19'u (n:1760) erkek, %48.81'i (n:1678) kadındır. Erkek hastaların yaş ortalaması 60.62 yıl, kadın hastaların yaş ortalaması 62.17 yıldır. Bizim çalışmamızda da 2010 yılından itibaren hasta yatış sayısında yaklaşık 2 katı bir artış olmuştur. Bu artış 65 yaş üstü hastalarda 2 katın üstünde seyretmiştir. Yoğun bakım hastalarının çoğu acil servis ve yatan hasta servislerinden transfer edilmiştir. Genel ve 65 yaş üstü hastaların hem yatış sayısında hem de taburculuğunda belirgin artış olmuş ve mortalite oranları belirgin şekilde düşmüştür. Tüm yıllarda tüm mortalite oranları arasında en yüksek mortalite oranı yaklaşık %50 ile hematolojiye aittir. Hematolojide mortalitenin en önemli nedeni olarak febril nötropeni sonrası gelişen sepsis/septik şok gözlemlenmektedir. Bizim araştırmamızda ise mortalite oranımız %28.82 olarak saptanmıştır. Çalışmamızda özellikle dikkati çeken 65 yaş üstü hasta sayısının artması, mortalite oranın düşmesi bu yaş grubuna yönelik daha aktif ve verimli yaklaşımların ortaya konması gerektiğini göstermektedir. Febril nötropenik hastaların eğitimi ve enfeksiyon kontrol önlemlerinin dikkatle uygulanması konusunda azami titizliğin gösterilmesi enfeksiyon ve mortalite oranını belirgin düzeyde azaltacaktır. Ayriyeten servis hijyeni, akılcı antibiyotik kullanımı, antibiyotik direnci, enfeksiyon etkeni açısından özellikle hematoloji servisi olmak üzere tüm hastanede ileri ve ayrıntılı araştırmalara ihtiyaç vardır.

Ömer Emgin

Ege University

2016

DoctorateOpen AccessTR

İnsan ve hayvan kaynaklı mycobacterium bovis suşlarının spoligotiplendirme ve MIRU-VNTR yöntemleri ile epidemiyolojik analizinin yapılması

Zoonotik tüberküloz, çoğunlukla M. bovis'in neden olduğu bir TB şeklidir. Sığır tüberkülozu etkeni M. bovis'in başta sığırlar olmak üzere diğer evcil hayvanlarda ve vahşi yaşamdaki varlığı; insanlara bulaşması ile insanlarda da hastalık oluşturması olasılığını artırmaktadır. Pastörize edilmemiş süt tüketimi, M. bovis'in en önemli bulaş kaynağıdır. Hasta hayvanlardan çıkan infeksiyöz aerosollerin inhalasyonu veya hasta hayvanlar ile direk temas ile bulaş gözlenmektedir. Hasta olan sığırlar tüm vücut sıvıları ile etkeni bulaştırabilirler. Az pişmiş et ürünlerini tüketen bireylerin yanı sıra enfekte sığırlarla yakın etkileşime giren kişilerde de zoonotik TB'ye yakalanma riski daha yüksektir. İnsandan insana bulaş, özelikle bağışıklık sistemi baskılanmış kişiler arasında bildirilmiştir ve çok nadirdir. Sığırlara TB enfeksiyonunun bulaşmasında insanlar da M. bovis kaynağı olarak davranabilir. Ülkemizde insan ve hayvanlardan M. bovis'in moleküler genotiplendirilmesine ilişkin çok az bilgi edinilmektedir. Bu çalışmada; toplam 108 M. bovis izolatı (50 hayvan, 58 insan) spoligotiplendirme ve 24 lokus MIRU-VNTR yöntemi ile analiz edildi. Spoligotiplendirme çalışmaları sonucunda, iki insan kaynaklı izolat tüm spacer'ları pozitif olduğu için; birer insan ve hayvan kaynaklı izolatta hiç spacer gözlenmediğinden dendogram oluşturulurken değerlendirme dışı bırakıldı. Sığır kaynaklı 49 izolat ile insan kaynaklı 55 izolat olmak üzere 104 izolat birlikte değerlendirildiğinde 8 farklı küme ve 30 farklı genotip gözlendi. Spoligotiplendirme ile hayvan ve insan kaynaklı izolatlarda görülen SIT1118/SB0989 (%19,23) en çok görülen genotipti. Elde edilen genotipler içerisinde insan ve hayvan izolatlarında, SIT482/SB0120 paternini gösteren M. bovis aşı suşu genotipi %16,35 oranında gözlendi. SIT685/SB0288 (%12,5) genotipi, hayvan ve insan kaynaklı izolatlarda saptanan bir diğer genotipti. Sadece hayvan kaynaklı izolatlarda (%12,5) görülen SB1593 ise insan kaynaklı izolatlarda saptanmadı. SIT3529/SB0920, SB2466, SIT1185/SB0897, SB0419, SIT3710/SB1595, SB1231, SIT688/SB0129, SIT3687/SB1625 ve SB2510 bu çalışmada gözlenen diğer genotiplerdi. 24 lokus MIRU-VNTR çalışmaları için yedi insan kaynaklı ve altı hayvan kaynaklı izolatta PCR çalışmalarında amplikon elde edilemedi ve MIRU-VNTR testi yapılamadı. Amplikon elde edilmeyen izolatlar dendogram oluşturulurken değerlendirme dışı bırakıldı. İnsan kaynaklı 51 izolat ve sığır kaynaklı 44 izolat olmak üzere 95 izolat birlikte 24 lokus MIRU-VNTR ile genotiplendirildi ve 9 farklı küme ve 55 farklı genotip gözlendi. 24 lokus MIRU-VNTR'nin sipoligotiplendirmeye göre ayrım gücünün daha yüksek olduğu görüldü. Bu çalışmada izolatların genotipik dağılımları incelendiğinde ülkemizde insan ve hayvan izolatları arasında benzer genotipler olduğu tespit edildi. Anahtar Sözcükler: Epidemiyoloji, Genotiplendirme, MIRU-VNTR, Mycobacterium bovis, Spoligotiplendirme.

EpidemiyolojiGenotipMycobacterium bovis+3

Derya Altun

Ankara University · Sağlık Bilimleri Enstitüsü

AntikorlarEpidemiyolojiNeoplazmlar+4

Sistemik sklerozlu hastalardaki malignite sıklığı

Giriş ve Amaç: Sistemik skleroz (SSk), küçük damar vaskülopatisi, spesifik otoantikorların üretimi ile immün yanıtta bozukluk, deri ve iç organların fibrozisi ile karakterize inflamatuar, sistemik otoimmün bir hastalıktır. Hastalık tedavi edilmezse, ilerleyici yıkımla birlikte ölüm ve sakatlığa sebep olabilir. SSk kanser sıklığında artışla ilişkili bulunmuştur. Bu çalışmanın amacı, sistemik skleroz hastalarında kanser sıklığının değerlendirilmesi ve kanser riskini artıracak faktörlerin araştırılmasıdır. Materyal-Metod: Bu çalışmada Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı/Romatoloji Bilim Dalına 2005-2021 yılları arası başvuran, SSk tanısıyla takip edilen hastaların Avicenna sistemi ve dosya kayıtları üzerinden taranması planlanmıştır. Çalışmaya sistemden taranan 252 hasta dahil edilmiştir. Çalışmaya katılan tüm hastaların yaş, cinsiyet, sigara öyküsü, ANA, Anti-Scl-70 ve anti- CENP-B antikor varlığı, tedavileri, malignite varlığı, malignite türü, malignite tanısı anında SSk hastalık süresi, premalign lezyonlar ve ek hastalıkları bakılmıştır. Bulgular: Hastaların cinsiyete göre dağılımı değerlendirildiğinde % 90,1'i kadın (n:227), % 9,9'u erkekti (n:25). Ortalama tanı yaşı 44,4 ± 14,2 yıldır. Hastaların yaş ortalaması 54,7±14,9' yıldır. Hastalık süresi 123,8 ± 92,2 aydır. Aktif sigara içen hasta sayısı 46 (%24,2), sigarayı bırakan hasta sayısı 20 (%10,5) ve hiç sigara içmemiş hasta sayısı 124 (%65,3)' tür. Ortalama sigara içme süresi 19,8 ± 16,6 paket/yıldır. ANA pozitif hasta sayısı 230 (%94,3) 'dur. Anti-Scl 70 pozitif hasta sayısı 85 (%34,7)' tir.Anti CENP B pozitif hasta sayısı 94 (%42,7)' tür. Tedavide KKB 214 (%84,9), PDE5i 24 (%9,5), İloprost 74 (%29,4), ERA 57 (%22,6), steroid 158 (%62,7), metotreksat 54 (%21,4), MMF 48 (%19), azatioprin 62 (%24,6), rituximab 12 (%4,8) ve siklofosfamid 49 (%19,4) hastada kullanılmıştır. Malignite tanısı olan hasta sayısı 19 (%7,5) ve birden fazla malignitesi olan hasta sayısı 1 (%5,3)' dir. Hastaların malignite tanısı alana kadar geçen izlem süresi ortalama 95,9±57,6 aydır. Hastalardan 5(%26,3)'i malignite tanısından sonra ölmüştür. Hastaların toplamda 20 malignitesi mevcuttu. Malignite gelişen hastaların tümü kadın cinsiyete sahipti. Maligniteler içinde akciğer kanseri 5 kişide görüldü. 2 hastada DBBHL, endometrium karsinom ve mide karsinomu görüldü. Birer hastada ise kolon karsinomu, glioblastoma, bazal hücre karsinomu, feokromasitoma, sinovyal sarkom, mezotelyoma, multiple myelom, renal onkositom ve papiller tiroid karsinomu görüldü. Yaş, malignite riskini artırmaktadır (p=0,003). Tartışma ve sonuç: Sistemik skleroz, akciğer kanseri ve gastrointestinal sistem kanserleri başta olmak üzere, kanser sıklığında artışla ilişkili bulunmuştur. SSk dışı hasta gruplarında yapılan çeşitli çalışmalarda DMARD ve biyolojik ajan kullanımının malignite riskini artırdığına dair veriler mevcuttur. Ancak çalışmamızda rituximab, metotreksat, azatioprin, siklofosfamid ve mikofenolat mofetil kullanan SSk hastalarında malignite riskinde artış görülmemiştir.Otoantikorlar üzerine yapılan çalışmalarda anti-Scl-70 antikor pozitifliğinin malignite riskini arttırdığına dair veriler mevcuttur. Çalışmamızda Anti-Scl-70 antikor varlığının malignite için bir risk faktörü olmadığı görülmüştür.2018 Türkiye kanser istatistik verileri ele alındığı zaman Türkiye'de kanser insidansı erkeklerde 262,4/100.000, kadınlarda 188/100.000 ve her iki cinste 225,2/100.000 olarak karşımıza çıkmaktadır. Çalışmamızda SSk hastalarında malignite oranı %7.5 olarak hesaplanmış olup, kadınlarda 807,9/100.000(p<0.001) ve her iki cinsiyette 731/100.000(p<0.001) olarak bulunmuş ve normal popülasyona göre daha yüksek kanser oranı karşımıza çıkmıştır. Bu bağlamda SSk hastalarında rutin tarama programlarına başta akciğer ve gastrointestinal sistem olmak üzere ek taramalar planlanması malignite tanısını erken koymak için faydalı olacaktır. Çalışmamızda SSk hastalarında kanser gelişimi için ek risk faktörü olarak ileri yaş tanımlanmış olup, özellikle bu hasta grubunda malignite taramalarını daha kısa periyotlarda yapmak erken tanı için fayda sağlayacaktır. Anahtar kelimeler: sistemik skleroz, malignite, biyolojik ajanlar, antikor, epidemiyoloji

Serdar Baysal

Ankara University

AnkaraEpidemiyolojiHayvan hastalıkları+4

Ankara yöresindeki kedilerde doğal sebeplerle oluşan alt üriner sistem ürolit ve kristallerinin epidemiyplojik değerlendirilmesi

Çalışma retrospektif bir çalışma olup 2019-2023 tarihleri arasında Petsmile Hayvan Hastanesi'ne idrar yolları rahatsızlığı ile getirilmiş olan, ürolit ve kristalüri teşhisi konmuş hastaların arşivlerinden faydalanılarak yapılmıştır. Bu retrospektif çalışmanın amacı, hastaneye strangüri, dizüri, hematüri gibi şikayetlerle getirilen kedileri incelemektir. Ve hasta kedilerin ırk, yaş, cinsiyet ve fertilite durumu göz önüne alınarak sınıflandırılacak ve epidemiyolojik olarak değerlendirilmiştir.. Kedilerde alt idrar yolu hastalıkları, dizüri, pollaküri, strangüri, periüri ve hematüri gibi bazı klinik belirtileri gösteren bir sendromdur.. Kedilerde alt üriner sistem hastalıklarının yaklaşık %13-28'ini üriner taşlar oluşturur. Kedilerde en yaygın ürolitler strüvit ve kalsiyum okzalat kristalleridir. Amonyum ürat ve sisten oluşan ürolitler ise daha nadir görülür. Kedi ve köpeklerde oluşan en yaygın mineral kompozisyonu sırasıyla magnezyum amonyum fosfat (strüvit), kalsiyum okzalat, kalsiyum fosfat, amonyum ürat, sistin ve silikadır. Bu çalışmada ürolit ve kristalüri bulunan kedilerin %70 oranı Kalsiyum okzalat, %28 oranında strüvit ve %2 oranında Ürat kristallerine rastlanmıştır. Kedi ırklarından %30'u Tekir, %18'i Sarman, %30'u British Shortair, %14'ü Scotish Fold, %4'ü İran ve % %4'ü Siyam kedileri oluşturmaktadır. Kedilerin cinsiyet oranları %18'i dişi %82'ni ise erkekler oluşturmaktadır. Kedilerin %64'ünü kısır %36'sını kısır olmayan kediler oluşturmaktadır. Yaş gruplarını ayırdığımızda %8'ini (4) 0-1 yaş, %54'ıü (27) 1-4 yaş yaş, %36'sını (18) 7-10 yaş, %2'sini (1) ise 10 yaş üzeri kediler oluşturmaktadır. Anahtar Sözcükler: Alt İdrar Yolu Hastalıkları, Epidemiyoloji,Ürolit

Selin Özge Erdem

Ankara University · Institute of Health Sciences

EpidemiyolojiEtlik piliçFowl aviadenovirus+2

DoctorateOpen AccessTR

Türkiye'de etçi piliçlerden izole edilen Fowl Aviadenovirusların moleküler epidemiyolojisin belirlenmesi

Fowl Aviadenovirus'lar (FAdV), kanatlı hayvanları etkileyen adenoviruslar içerisinde bulunan ve etçi piliç yetiştiriciliğinde önemli ekonomik kayıplara neden olan viral etkenlerdir. Vertikal ve horizontal olarak bulaşabilmeleri nedeniyle damızlık ve etçi piliç kümeslerinde FAdV kökenli hastalıkların kontrol altına alınmasında etkenlerin epidemiyolojik özelliklerinin belirlenmesi oldukça önemlidir. FAdV'ler etçi piliçlerde %80'lere kadar ulaşabilen değişen mortalitelerde İnklüzyon Cisimcikli Hepatitis (IBH), Hepatitis Hidroperikardiyum Sendrom (HHS) ve Adenoviral Taşlık Erozyonu (AGE) hastalıklarına neden olmaktadır. FAdV'ler çoğunlukla genç yaştaki etçi piliçleri etkilemektedir. FAdV'lerin farklı coğrafik bölgelerde farklı genotiplerinin baskın olması nedeniyle koruma-kontrol programlarında genotip hedefli çalışmaların sürdürülmesi gerekmektedir. Bu tez çalışmasında, Türkiye'de etçi piliç yetiştiriciliğinin yoğun olduğu bölgelerde dolaşımda olan FAdV saha serotiplerin belirlenerek baskın genotiplerin ve moleküler epidemiyolojilerinin ortaya konulması amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda, damızlık aşı durumları, yaş ve bulaşma yolları gibi epidemiyolojik olarak önem arz eden parametreler göz önünde bulundurularak örneklemeler yapılmıştır. Karaciğer ve kloakal sıvap örneklerinden elde edilen viral DNA'lar, PCR yöntemi ile hekzon loop-1 gen bölgesini hedef alan primerler kullanılarak FAdV teşhisi sağlanmıştır. Aşısız kümeslerin (20/40) %50'si aşılı kümeslerin ise (4/40) %10'u, toplamda ise iki yetiştirme döneminde kümeslerin %30'unun FAdV pozitif olduğu görülmüştür. FAdV yönünden pozitif çıkan kümeslerde dolaşımda olan serotiplerin belirlenmesi amacıyla hekzon geni dizi analizi gerçekleştirilmiştir. Dizi analizi sonucunda hem karaciğer hem de kloakal sıvaplardan teşhis edilen FAdV'lerin hepsinin FAdV-8b serotipi ile benzediği görülmüştür. Ayrıca saptanan tüm FAdV-8b'lerin kendi aralarında %100 homolojiye sahip olduğu belirlenmiştir. Damızlık aşı durumuna göre seçilen kümeslerin aşısız damızlıklardan elde edilen yavru hatlarında, aşılı kümeslere göre FAdV teşhisinin 5 kat fazla olduğu görülmüştür. Elde edilen hekzon loop-1 gen bölgesi dizileri GenBank veri bankasına girilerek erişim numaraları alınmıştır. Hekzon loop-1 gen bölgesinin Türkiye ve dünyadan çeşitli hekzon gen bölgesi dizileri ile filogenetik analizi gerçekleştirilmiş ve Endonezya (%100) ile Türkiye'den (%96,72-%96,48) daha önce bildirilen FAdV-8b serotipleri ile ile yüksek homoloji gösterdiği tespit edilmiştir. FAdV-8b'lerin filogenetik bağlantıların daha iyi anlaşılabilmesi ve moleküler epidemiyolojisi hakkında daha derin bilgilere sahip olmak amacıyla pozitif örnekler içerisinden rastgele bir tane seçilerek tüm genom dizileme analizi gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak 45.995 bç uzunluğunda bir consensus genom elde edilmiştir. Türkiye'den ilk defa bu tez çalışmasından elde edilen bir FAdV tüm genom dizisinin SUB14015087 erişim kodu ile GenBank veri bankasına girişi gerçekleştirilmiştir. Tüm genom dizilemesi sonucunda elde edilen consensus genom FAdV'lerin genetik yapısının daha iyi anlaşılabilmesi için geniş bir veri çıktısı sunmuştur. Sonuç olarak bu tez çalışması, moleküler yöntemlerle elde edilen verilerin çeşitli filogenetik analizlerle incelenerek FAdV'lerin epidemiyolojisi hakkında geniş çaplı bilgilere ulaşılmasını sağlamıştır. Ayrıca, elde edilen hekzon gen bölgesi dizileri ile tüm genom dizilerinin GenBank veri tabanına girişlerinin yapılması, gelecekte yapılacak çalışmalara kaynak oluşturacak önemli bir adımdır. Bu tez çalışması, FAdV kaynaklı hastalıkların korunma ve kontrol çalışmalarının düzenlenmesinde kullanılabilecek değerli moleküler epidemiyolojik bilgiler sunarak, ekonomik kayıpların önüne geçilebilmesi ve koruma kontrol çalışmalarının etkin bir şekilde yürütülebilmesi için FAdV'lerin moleküler epidemiyolojisinin anlaşılmasının önemine vurgu yapmaktadır.

Tansu Bıçakcıoğlu

Ankara University · Sağlık Bilimleri Enstitüsü

Doğrusal olmayan dinamik sistemler ve yöntemlerEpdemiEpidemiyoloji+2

Bazı salgın hastalıkların yayılımının Markov zincirleri ile modellenmesi ve analizi

Bu tez çalışmasının amacı, bulaşıcı hastalıkların yayılım süreçlerinin matematiksel modeller aracılığıyla analiz edilmesidir. Özellikle, toplum sağlığı açısından önemli bir yeri olan SIS (Hassas–Enfekte–Hassas) tipi epidemik hastalık modelleri hem deterministik hem de stokastik yaklaşımlar çerçevesinde incelenmiştir. Ayrık zamanlı stokastik modeller kullanılarak, epidemik süreçlerin rastgele doğası dikkate alınmış ve modelin farklı parametre setleriyle zamana bağlı davranışı değerlendirilmiştir. Çalışmada, temel olasılık kuramı ve Markov zincirleri temel alınarak SIS modeli, ayrık zamanlı Markov zinciri biçiminde yeniden yapılandırılmıştır. Geçiş olasılıkları parametrik olarak tanımlanmış ve sistemin davranışı, nümerik simülasyonlar aracılığıyla gözlemlenmiştir. Elde edilen stokastik model çıktıları, deterministik çözümlerle karşılaştırılmış; böylece stokastik modellerin salgın süreçlerini daha gerçekçi şekilde yansıttığı görülmüştür. Sonuçlar, bulaşmanın rastgeleliği ile doğum ve geçiş olasılıklarının epidemik yayılım üzerinde önemli etkiler yarattığını göstermiştir. Bu yönüyle çalışma, SIS modellerinin stokastik yapılarla incelenmesinin, bulaşıcı hastalıkların dinamiklerini daha doğru analiz etmeye katkı sunduğunu ortaya koymaktadır.

Kübra Erol

Kütahya Dumlupınar University · Institute of Graduate Studies

2025

EpidemiologyCardiovascular diseasesLipoproteins+1

Metabolik sendromda lipoprotein (a) düzeyleri

Although lipoprotein(a) [Lp(a)] is a recognized risk factor for cardiovascular disease, there is still debate regarding how it may affect metabolic syndrome (MS).The goal of this thesis is to declare the connection between lipoprotein (a) and a metabolic syndrome componen, and evaluation of lipoprotein (a) among patients with metabolic syndrome. This study was carried out in the emergency teaching hospital and Azadi teaching hospital in Duhok city in Iraq. The study include 154 subjects. 86 were metabolic syndrome patients and 68 were healthy subjects. The metabolic syndrome components (HDL,FBS,TRIGLYCERIDE) LDL and Lp (a) were measured by using the autoanlyzer Cobas C311 and Cobas C6000. According to our study Lp(a) is significantly higher in metabolic syndrome patients, numerous studies have demonstrated that patients with metabolic syndrome have higher cardiovascular risk. We discovered that Lp(a) level were elevated in patients with metabolic syndrome, and we recommend that risk factor be included during the evaluation of patients with metabolic syndrome in addition to other established risk factors.

Zindan Azeez Saeed Zebari

Fırat University · Institute of Graduate Studies in Science

Kütahya Dumlupınar University · Institute of Graduate Studies in Science

Kütahya bölgesi zoonozlarının epidemiyolojik değerlendirilmesi

Bu çalışmada, 2000-2008 yılları arasında Kütahya ve çevresinde görülen zoonoz vakalarının epidemiyolojik değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Araştırma bulgularına göre, 2000-2008 yılları arasında görülen toplam 12285 zoonoz vakasının 1/100000 insidens oranları şu şekildedir; Brucella abortus insanda 0.00190, koyunda 0.000124, sığırda 0.0000126, Mycobacterium bovis, insanda 0.0000142, sığırda 0.00000758, Lyssavirus (Riskli temas vakası) insanda 0.00155, (Hastalık vakası) köpekte 0.0000269, koyunda 0.000000256, tilkide 0.000013, Toxoplazmosis insanda 0.000000197, Salmonella insanda 0.0000211, Sarcoptes scabei insanda 0.000452, Bacillus antracis koyunda 0.0000141,sığırda 0.0000126, geyikte 0.0666, insanda 0.00000118, Clostiridium gondii balıkda 0.0265, Salmonella paratiphy insanda 0.00000237, Pseudomonas mallei atlarda 0.000451, Avian fluenza kanatlılarda 0.000000592 olarak tespit edilmiştir.Anahtar Kelimeler: Epidemiyolojik, hayvanlar, insanlar, zoonoz.

Epidemiyoloji

Halit Çeliközlü

2009

EpidemiyolojiFibrozRetroperitoneal fibrozis+2

Retroperitoneal fibrozis hastalarının epidemiyoloji ve tedavi açısından retrospektif değerlendirilmesi

Retroperitoneal Fibrozis fibrotik ve inflamatuar dokunun retroperitonda genellikle vasküler ve üriner yolağı çevrelediği ve renal yetmezliğe neden olabilen bir hastalıktır. Erkeklerde kadınların yaklaşık 3 katıdır. Ortalama tanı yaşı 50-60 yıldır. Cerrahi ve medikal tedavi kullanılmaktadır. Etyolojinin çoğunluğunun belirsiz olması, semptom ve bulguların spesifik olmaması, ayırıcı tanıda birçok tabloyla karışması ve genellenebilir tedavi rejiminin olmaması önemli sorunlardandır. Merkezimizin hastalık özelliklerinin deneyimini sunmayı; tedavi rejimi, tanımları konusunda standardizasyon önerilerinde bulunmayı ve bölgesel, ulusal bir örnek oluşmasını amaçladık. Kasım 2000 - Haziran 2020 tarihleri arasında Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde Retroperitoneal Fibrozis tanısı ile takipli 35 hastanın dosyaları retrospektif olarak tarandı. Hastaların epidemiyolojik, başvuru semptom ve bulguları, laboratuvar değerleri, koomorbiditeleri, tanı araçları, görüntüleme özellikleri, tedavileri ve takip süreleri araştırıldı. Hastalar, tedavi rejimi ve tedaviye cevabın standardize edilmesi amaçlı 'Tam', 'Kısmi', 'Yetersiz' yanıtlı gruplara ayrılarak 'Tam Yanıtlı' ile 'Kısmi ve Yetersiz Yanıtlı' gruplar kıyaslanarak analiz edildi. Çalışmamızda tanı yaşı ortalama 50-60 yıl, erkeklerde kadınların yaklaşık 3 katı tanı ve %91 düzeyinde idiopatik etyoloji saptandı. Başvuru laboratuvar, semptom ve bulgular literatüre benzerdi. Görüntüleme bulgularında üreter basısı %74, vasküler bası %45, tromboz %28,5 saptandı. Steroid ve Azatioprinin en sık kullanılan medikal tedaviler olduğu bu çalışmamızda, başlangıç tedavi rejiminde yanıt grupları arasında anlamlı fark görüldü (p:0,037). Tedavi rejimleri alt grup analizinde hasta sayısı yetersiz olmakla birlikte tam yanıtlı olan 7 hastadan 6 'sının başlangıçta kombinasyon tedavisi aldığı izlendi. Tam yanıtlılardaki bu oranın analizindeki anlamlı farkın oluşmasında etkili olduğu düşünüldü. Sonuç olarak başlangıç tedavisinde kombinasyon rejimine ağırlık verilmesi önerilmekle beraber etiyoloji, tedavi süresi, yanıt ve tedavi rejimi değerlendirmesi için daha geniş çaplı çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Anahtar kelimeler: Retroperitoneal Fibrozis, Başlangıç Tedavisi, İdiopatik

Özgür Yılmaz

Bursa Uludağ Üni̇versi̇ty

2020

EpidemiyolojiNörodejeneratif hastalıklarPrevalans+1

Erişkin nöroloji kliniklerinde, serebrotendinöz ksantomatozis (CYX) hastalığının prevalansının belirlenmesine yönelik prospektif değerlendirmeli epidemiyolojik gözlem çalışması

Bu çalışmanın amacı,progresif nörodejeneratif hastalıkla ile ilişkisi olduğu düşünülen, ataksi, epileptik nöbetler, polinöropati, erken mental yıkım, piramidal, ekstrapiramidal ve serebellar nörolojik belirti ve bulgular olan ve etiyolojisi açıklanamayan kişilerde Serebrotendinöz Ksantomatozis (CTX) hastalığının prevalansının araştırılmasıdır. Araştırma,nöroloji kliniğine başvurmuş, kronik, nörodejenerasyon ile ilişkisi olduğu düşünülen, nörolojik belirti ve bulgular gösteren ancak etiyolojisi kesin olarak belirlenemeyen hastalar ile yürütülmüş, tek merkezli, hastane tabanlı, tanımlayıcı kesitsel bir çalışmadır. Hastaların demografik özellikleri, şikayetleri, fizik ve nörolojik muayene bulguları, görüntüleme yöntemi sonuçları kayıt edilmiştir. Hastalardan periferik kanda yeni nesil dizileme ile genetik inceleme yapılmıştır. Genetik incelemede CYP27A1 gen bölgesinde homozigosite veya heterozigosite varlığı araştırılmıştır. Çalışmaya alınan 71 hastanın yaş ortalaması 27,7 yıl iken, 44 hasta (%62,0) erkektir. Hastaların büyük çoğunluğunun (%81,8) doğum yeri Gaziantep iken, en sık görülen şikayetler sırasıyla nöbet (%57,7) yürüme güçlüğü (%42,2) ve zeka geriliğidir (%28.2). Sistemik bulgular açısından; çalışmaya dahil edilen 5 hastada (%7,0) juvenil katarakt, 3 hastada (%4,2) tendon ksantomları ve 2 hastada (%2,8) çocukluk çağı başlangıçlı kronik diyare saptanmıştır. Hastalarda en sık görülen nörolojik bulgu epilepsi iken (%60,6), bunu sırasıyla; entelektüel kısıtlılık (%43,7), piramidal tutulum (%40,8), gelişme geriliği (%33,8), serebellar tutulum (%33,8), ataksi (%31,0), parkinsonizm (%26,8) ve polinöropati (%7,0) takip etmektedir. Hastalarda en sık görülen manyetik rezonans görüntüleme bulgusu serebral fokal lezyonlar (%29,6) iken, bunu sırasıyla; beyaz cevher tutulumu (%19,7), non-spesifik lezyonlar (%9,9), serebral atrofi (%9,9), serebellar atrofi (%7,0), dentat nükleus sinyal bozukluğu (%5,6), bazal ganglion tutulumu (%5,6), serebellar fokal lezyonlar (%4,2) ve beyin sapı fokal lezyonlar (%1,4) izlemektedir. Çalışmaya alınan 24 hastada (%33,8) elektroensefalografide keskin karakterli yavaş dalgalarla karakterize paroksismal bir düzensizlik, 14 hastada (%19,7) keskin karakterli yavaş dalgalarla karakterize epileptiform potansiyalite gösteren bozukluk ve 7 hastada (%9,9) zemin aktivite yavaşlığı saptanmıştır. Çalışmaya dahil edilen 3 hastanın (%4,2) CTX pozitif olduğu bulunmuştur. CTX pozitif hastaların 2'sinde nöbet şikayeti varken, bu şikayetin ortalama başlama yaşı 15,5 yıldır. CTX pozitif hastaların tamamında zeka geriliği ve yürüme güçlüğü varken bu şikayetlerin ortalama görülme yaşı sırasıyla, 3,67 yıl ve 29,33 yıldır. Hiçbir hastada tremor görülmemişken, 2 hastada görme sorunları ve 1 hastada diğer şikayetler saptanmıştır. CTX pozitif saptanan hastaların klinikopatolojik öyküleri bir arada değerlendirildiğinde; genetik temeli olan ve erken tedavi ile küratif sonuçlar alınabilen hastaların çocukluk döneminde gelişen nörolojik belirti ve bulguların menenjit gibi enfeksiyoz nedenli sağlık sorunlarına atfedildiği, bu nedenle ileri tetkik yapılıp tanı konulamadığı için yıllar boyunca tedavisiz kaldığı görülmüştür. CTX hastalığının genetik değerlendirme sonucunda erken tanısı ile tedavi sonrası morbidite gelişimi önlenebilecektir.

Gunel Gardashova

Gaziantep University

Behçet sendromuDemografiEpidemiyoloji+2

Behçet hastalarında demografik, klinik ve paraklinik özelliklerin retrospektif değerlendirilmesi

Behçet Hastalığı (BH), tekrarlayan oral ve genital aft, oküler hastalık, cilt lezyonları başta olmak üzere gastrointestinal, nörolojik, vasküler veya eklem gibi çeşitli sistemik tutulumlarla karakterize kronik inflamatuar bir hastalıktır. Etiyolojisi günümüzde hala bilinmemekle birlikte enfeksiyöz, genetik ve immünolojik faktörler üzerinde durulmaktadır. Başlangıç yaşı ülkeler arasında değişkenlik göstermekle birlikte sıklıkla 20-40 yaşlar arasındadır. Hastalığın prevelansı, cinsiyet dağılımı ve tutulum şekli coğrafik farklılık gösterir. Hastalık genellikle erkeklerde daha şiddetlidir. Alevlenme ve iyileşme dönemleri ile seyreder. Yaş ilerledikçe klinik belirtiler gerileme eğilimindedir. Bu çalışmanın amacı Türkiye'de sık görülen ve her hekimin bilgi sahibi olması gereken BH ile takipli hastalarımızın demografik, klinik ve paraklinik özelliklerini gözden geçirmek ve farkındalığı artırmaktır. Çalışmada Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi İç Hastalıkları Anabilim Dalı ile Romatoloji Bilim Dalı polikliniklerinde BH tanısı alan, 2010-2018 yılları arasında takip ve tedavisi devam eden 488 hastanın demografik özellikleri, klinik ve paraklinik verileri, tanı anı bulguları ve kullandığı ilaçlar retrospektif olarak incelendi. BH ile takip ettiğimiz 488 hastanın 299'u (%61,3) erkekti. Bireylerin yaşları 19-78 arasında değişmekte olup; yaş ortalaması 40,7±9,9 iken, hastalık başlangıç yaş ortalaması 30,8±8,8 idi. Hastaların %96,9'unda (n=473) oral aft ve %58,8'inde ise (n=287) genital ülser saptandı. Cilt tutulumu olan 332 hastanın 169'unda (%50,9) sadece psödofolikülit bulunurken, venöz tutulum olan 108 hastanın 62'sinde (%57,4) derin ven trombozu mevcuttu. Tanı anındaki en sık bulgular sırasıyla oral aft (%30,1), genital ülser (%27,5) ve oküler tutulum (%12,5) şeklindeydi. Hastaların 63'ünde biyolojik tedaviye geçildiği ve 25'inin ilaçsız takip edildiği saptandı. 40 yaş altı, erkek ve oküler tutulumu olan hastalarda tedavide biyolojik ajan kullanım sıklığının daha fazla olduğu görüldü. BH, ülkemizde sık görülen, multisistemik tutulumla karakterize, farklı semptom ve bulgularla prezente olabilen sistemik bir vaskülittir. Morbidite ve mortaliteyle sonuçlanabildiği gibi günümüzde tedavisinde başarıyla kullanılan biyolojik ajanlar, hastalık prognozunu olumlu yönde etkilemektedir. Hastalık başlangıç yaşı, cinsiyet dağılımı ve prognoz coğrafik ve etnik farklılık gösterdiğinden popülasyon temelli çalışmalar önem taşır. Erkek cinsiyet ve erken hastalık başlangıcı şiddetli hastalıkla ilişkili olup biyolojik ajan kullanımının bu grupta fazla oluşu bunu desteklemektedir. Bu çalışma ile Türkiye'de sık görülen BH ile ilgili verilerimizi derlemeyi, tedavi seçeneklerini ve etkileyen faktörleri değerlendirerek klinik pratiğimize ışık tutmayı amaçladık. Anahtar kelimeler: Behçet hastalığı, epidemiyoloji, farkındalık, biyolojik, demografik veri

Zeliha Kübra Özdemir

Bursa Uludağ Üni̇versi̇ty

2019

Antiepileptik ilaçlarEpidemiyolojiEpilepsi+5

Antiepileptik tedavisi kesilmiş remisyondaki epilepsi hastalarında rekurrens epilepsi oranı ve bu hastaların epidemiyolojik ve klinik özelliklerinin değerlendirilmesi

Amaç: Dünyada epilepsinin farklı tiplerine sahip 10 milyondan fazla çocuk mevcuttur. Antiepileptik ilaçlar (AEİ) uzun süre kullanıldıklarında özellikle çocuklarda birçok yan etkiye yol açmaktadır. Bu nedenle rekurrens riskine rağmen, epileptik hastalarda belirli bir nöbetsiz süre sonrası genellikle AEİ kesimi gündeme gelmektedir. Çocuklarda AEİ tedavisi kesimi sonrası rekurrens riski %30-40 oranındadır. Güvenli bir şekilde tedavi kesimi için gerekli kriterlerde hala ortak bir kanıya varılamamıştır. Bu çalışma epileptik çocuklarda AEİ kesimi sonrası rekurrens riskini belirlemek ve nöbet rekurrensi ile ilişkili risk faktörlerini değerlendirmek amacı ile retrospektif olarak yapılmıştır. Materyal ve Metodlar: Ocak 2015 – Aralık 2020 tarih aralığında Çocuk Nöroloji Merkezimize başvurmuş, 1-18 yaş arası, AEİ tedavisi altında en az 2 yıl nöbetsiz takip edildikten sonra tedavisi kesilmiş olan 292 epileptik hasta çalışmaya dahil edildi. Hastalar rekurrens için tanımlanmış risk faktörlerine göre gruplandırıldı ve bu risk faktörlerinin nöbet rekurrensi ile ilişkisi değerlendirildi. Bulgular: Takip süresi boyunca 56 hastada (%19,1) nöbet rekurrensi gözlendi. Bunların %44,6'sında ilaç kesiminden sonraki ilk 6 ayda, %55,4'ünde ise 6. aydan sonra nöbet rekurrensi görüldü. Nöbetsiz sağ kalım oranları 1. Yılın sonunda %85, 2. Yılda %83, 4. Yılın sonunda ise %80 olarak saptandı. Ortalama nöbet başlangıç yaşı 7,1  3,48 yıldı. Rekurrens riskini ve prediktif faktörlerle ilişkisini belirlemek için ilişkili parametreler tek değişkenli ve çok değişkenli istatiksel analiz ile değerlendirildi. Sadece nöbet başlangıç yaşının 6 yaşın üzerinde olmasının rekurrens riskini istatiksel olarak anlamlı bir şekilde artırdığı görüldü. Sonuç: AEİ tedavi kesimine karar vermeden önce her hasta bireysel olarak değerlendirilmelidir. Bizim çalışmamız nöbet başlangıcı 6 yaşın üstünde olan hastaların, yüksek oranda rekurrens riski nedeni ile AEİ kesimi sonrası daha dikkatli bir şekilde takip edilmesi gerektiğini göstermektedir. Anahtar sözcükler: Antiepileptik ilaç, epileptik çocuk, rekurrens risk faktörleri, ilaç kesimi

Çiğdem Korkmaz

Bezmialem Vakıf University

2022

EpidemiyolojiHidradenitis suppurativaKomorbidite

Hidradenitis süpürativa: Epidemiyoloji, klinik özellikler ve komorbid ilişkiler

Hidradenitis süpürativa, aksilla, kasık ve meme altındaki apokrin bezi taşıyan deri alanını etkileyen, uzun süreli, tekrarlayıcı, ağrılı, sinüs traktüsleri ve skarla sonuçlanabilen derin yerleşimli nodül ve abseler ile giden kronik inflamatuar bir hastalıktır. Sıklıkla 2-4. 10 yılda ortaya çıkmakla birlikte kadınlarda erkeklere göre 3 kat daha fazla görülmektedir. HS'nın mekanizması tam olarak aydınlatılamamış olsa da, lezyon oluşumunun pilosebase-apokrin ünite içindeki foliküler hiperkeratoz ve oklüzyon gelişiminden kaynaklı olduğuna inanılmaktadır. İnflamatuar sitokinlerin merkezi rolünün yanı sıra genetik, mikroorganizmalar ve hormonlar gibi faktörlerin hastalık patogenezinde rol oynadığı gösterilmiştir. Tek merkezden yürütülen bu çalışmada HS'nın demografik ve klinik özelliklerini araştırdık ve hastalık şiddetinin risk faktörlerini belirledik. Toplamda 72 kadın ve 121 erkek hastayı içeren 193 hasta ile çalışma fırsatı bulduk. Çalışmaya katılan hastaların yaş ortalaması 34.51±12.11 yıl, ortalama hastalık süresi 5.94±6.65 yıl idi. Kohortumuzdaki HS'lı bireylerde ailesel geçiş oranı % 21,8 bulunmuştur. HS'nın önemli bir parçası olduğu foliküler oklüzyon tetratı sorgulamasında hastaların % 6.7'sinde saçlı derinin dissekan selüliti, % 10.9'unda akne konglobata ve %35.8'inde pilonidal sinüs mevcuttu. Toplamda 5 hasta FOT'nın tamamını karşılıyordu. Hastaların % 61.1'i Evre I, % 24.4'ü Evre II ve % 14.5'i Evre III idi. Çalışmaya dahil edilen popülasyonda 93 hastada (% 48,2) en az bir komorbidite eşlik etmekteydi ve en sık görüleni psikiyatrik komorbiditeler iken ikinci ve üçüncü sırada diyabetes mellitus ve hipertansiyon görülmektedir. Lojistik regresyon analizinde kategorik değişkenler ile cinsiyet değişkeni arasındaki ilişkiler irdelendiğinde ise vücut kitle indeksi grupları, alkol kullanımı, çalışma, akne vulgaris, saçlı derinin dissekan selüliti, akne konglobata, pilonidal sinus ve hurley değişkenleri için bulgular istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Daha şiddetli hastalık hastalık süresi, sigara paket/yıl sayısı, erkek cinsiyet, kasık, kalça, abdomen, baş-boyun, genital ve ense-sırt tutulumu ile ilişklendirildi. Çalışmaya ait sonuçlarımız HS hastalarının demografik, klinik ve komorbid özellikleri hakkında veri sağlamakta ve literatüre katkıda bulunmaktadır.

Gökhan Kaya

Bezmialem Vakıf University

2022

EpidemiyolojiMenenjit-bakteriyelMenenjitler+3

5 yaş altı menenjit ön tanısı ile tetkik edilen çocukların epidemiyolojik, klinik ve mikrobiyolojik özelliklerinin incelenmesi

Giriş ve Amaç Bakteriyel menenjit, çocuklarda mortalite ve morbiditenin yüksek olduğu meninkslerin akut iltihabıdır. Hızlı tanı ve tedavi için etken olan en yaygın mikroorganizmaların bilinmesi ve tedavinin ona göre yönlendirilmesi hayati önem taşır. Çalışmamızın amacı ülkemizde 5 yaş altı çocuklarda bakteriyel menenjitin en sık görülen mikrobiyal etkenleri hakkında bilgi toplamak, klinik özelliklerini, laboratuvar bulgularını, tedavilerini, komplikasyon ve sekel gibi özelliklerini incelemektir. Gereç -Yöntem Bu çalışmada, Bezmialem Vakıf Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde Ocak 2012- Eylül 2020 tarihleri arasında menenjit ön tanısıyla lomber ponksiyon yapılan 5 yaş altı 226 çocuk retrospektif olarak incelendi. BOS kültüründe bakteri saptanması veya klinik ve BOS bulguları bakteriyel menenjit ile uyumluyken kan kültüründe bakteri saptanması, kanıtlanmış bakteriyel menenjit olarak kabul edildi. Kültür sonuçlarına göre 13'ü kanıtlanmış menenjit, 213'ü şüpheli menenjit olmak üzere iki gruba ayrıldı. Hastaların demografik özellikleri, başvuru şikayetleri, başvuru öncesi antibiyotik kullanımı, fizik muayene bulguları, laboratuvar bulguları (C-reaktif protein, prokalsitonin, beyaz küre sayısı, mutlak nötrofil ve lenfosit sayısı, trombosit, hemoglobin, hematokrit değerleri, glukoz) kan kültürü üremeleri, BOS bulguları (hücre sayımı, BOS kültürü, BOS glukoz ve protein düzeyleri), kraniyal görüntüleme bulguları, yatış sırasında alınan antibiyoterapileri, yatış süreleri, komplikasyon ve sekel gibi özellikleri retrospektif olarak elektronik veri tabanı üzerinden incelendi ve iki grup arasında karşılaştırıldı. Bulgular Bakteriyel menenjit tanılı 13 hastamızın 10'u BOS kültüründe üreme olması ile 3'ü ise kan kültüründe üreme olması ile kanıtlanmış bakteriyel menenjit olarak kabul edildi. BOS kültüründe üreme olan 10 hastanın, 4'ünde (%31) Streptococcus pneumoniae, 3'ünde (%23) Neisseria meningitidis görülürken, 1'inde (%7.7) Streptococcus pyogenes, 1'inde (%7.7) Salmonella typhimuirum, 1'inde (%7.7) Streptococcus agalactiae üremeleri bulundu. Klinik ve BOS bulguları ile bakteriyel menenjit tanısı konulan 3 (%23) hastanın BOS kültüründe üreme görülmedi ancak 14 kan kültüründe üreme tespit edildi (2 hastada Streptococcus pneumoniae, 1 hastada Escherischia coli). Aynı zamanda kanıtlanmış bakteriyel menenjit hastalarımızın 7'sinde hem BOS kültüründe hem de kan kültüründe aynı etkenler üredi (3 hastada Neisseria meningitidis, 3 hastada Streptococcus pneumoniae, 1 hastada Salmonella typhimuirum). Kanıtlanmış bakteriyel menenjit grubundaki hastalarda erkek cinsiyet hakimiyeti (%54) görüldü ve medyan yaşı 8 ay (2-28) olarak saptandı. Kanıtlanmış bakteriyel menenjit grubundaki hastalarda en sık gözlenen semptom ve bulgular ateş (%100), kusma (%46), bilinç değişikliği (%46), meningeal irritasyon bulguları (%38) ve infantlarda fontanel bombeliği (%56) olarak saptandı. Bu klinik bulgular anlamlı olarak kanıtlanmış menenjit grubunda yüksekti. Kanıtlanmış menenjitli olgularda CRP, prokalsitonin, BOS protein ve BOS lökosit sayısı şüpheli menenjitli olgulara göre anlamlı yüksek bulunurken (sırasıyla p=<0.001, p=0.005, p=<0.001, p=<0.001) serum lenfosit sayısı, BOS glukoz ve BOS glukoz/serum glukoz oranı anlamlı düşük bulundu (sırasıyla p=0.009, p=<0.001, p=<0.001). Kanıtlanmış bakteriyel menenjitli 13 hastamızın 4'ünde komplikasyon veya sekel gelişti. Bunlardan 1 hastada subdural ampiyem, 1 hastada subdural ampiyem ve serebrovasküler anormallik, 1 hastada subdural efüzyon komplikasyonu görülürken, 1 hastada epilepsi ve mental retardasyon sekeli gelişti. Sonuç Menenjit etkeninin kültür veya diğer yöntemlerle doğrulanması ve etkene spesifik antibiyoterapinin başlanması ile etkin tedavi sağlanabilmekte ve gereksiz antibiyotik kullanımının önüne geçilebilmektedir. Bizim çalışmamızda, 5 yaş altı çocuklarda Streptococcus pneumoniae en sık bakteriyel menenjit etkeni olarak bulundu. Anahtar Kelimeler: Bakteriyel menenjit, çocukluk, mikrobiyolojik özellikler.

Aslı Yeter Baş Can

Bezmialem Vakıf University

BiovarlarDomatesEpidemiyoloji+3

Doğu Akdeniz bölgesi plastik domates seralarında gövde nekrozuna neden olan Erwinia chrysanthemi'nin tanısı, ırklarının belirlenmesi ve epidemiyolojisi üzerinde araştırmalar

öz YÜKSEK LİSANS TEZİ DOĞU AKDENİZ BÖLGESİ PLASTİK DOMATES SERALARINDA GÖVDE NEKROZUNA NEDEN OLAN Erwinia chrysanthemi'nin. TANISI, BİOV ARLARININ BELİRLENMESİ VE EPİDEMİ YOLOJİSİ ÜZERİNDE ARAŞTIRMALAR RAZİ YE ÇETİNKAYA YILDIZ ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİTKİ KORUMA ANABİLİM DALI Danışman: Prof. Dr. Özden ÇINAR Yıl: 2002, Sayfa 6 1 Jüri : Prof. Dr. Özden ÇINAR :Prof.Dr. Zülküf KAYA : Yard. Doç.Dr. Yeşim AYSAN Doğu Akdeniz Bölgesinden 24 adet yumuşak çürüklük Erwinia türü izole edilmiştir. Bu izolalların 17 tanesi Erwinia caratovora subsp. carat ovam ve 7 İanesi Erwinia chrysanthemi olarak tanılanmıştır. E. chrysanthemi izolatlarının biovar 6 olduğu saptanmıştır. Doğu Akdeniz Bölgesinde yaz aylarında patojenin toprakta yaşamını devam ettiremediği ancak bu dönemde bulaşık bitki artıklarında bir sonraki mevsime kadar yaşamını sürdürdüğü saptanmıştır. Turfanda domates üretim mevsimi olan kış ayları boyunca patojen topraktan ve bitki altıklarından izole edilmiştir. Ayrıca bulaşık tohumlarda etmen yaklaşık 11 ay canlılığını korumuştur. Bulaşık tohumlardan gelişen fidelerin kotiledon yapraklarında hastalık simptomlarının belirlenmesi etmenin tohumla taşınabileceğini göstermektedir. Domates tohumlarından E. chrysanthemi 'yi elimine edebilmek amacıyla çeşitli tohum uygulamalarının etkinlikleri test edilmiştir. Uygulamaların etkinliği ve çimlenme yüzdeleri dikkate alındığında E. chrysanthemi' nin neden olduğu gövde nekrozu hastalığına karşı 0.6 M HCl'ya 30 dakika ve %1'lik NaOCI'ya 30 dakika daldırma uygulamalarının başarılı olduğu saptanmıştır. Anahtar Kelimeler: Domates, Erwinia chrysanihemi, biovar, tohum, epidemiyoloji

Raziye Çetinkaya Yıldız

Çukurova University · Institute of Graduate Studies in Science

2002

EpidemiologyIraqPneumonia+1

Molecular and epidemiological study of Streptococcus pneumonia in Thi-Qar province

Between 3/5/2022 and 28/8/2022,100 samples of sputum were taken from patients with respiratory tract infections (ages 15 to 80) of both sexes who were seen at various hospitals in the Dhi-Qar Governorate of Iraq including the Chest and Respiratory Hospital and the Respiratory Disease Centers dispersed throughout the governorate. Only 88 bacterial isolates could be isolated and identified from these samples. Thirty bacterial isolates (34.1%) were found to belong to Streptocoocus spp., 36 (40.90%) to Staphylococcus spp., nine (10.23%) to Pseudomonas spp., and thirteen (14.7%) to Klebsiella spp., due to the findings of identification based on morphological and cultural features. Then, using biochemical assays, the API 20 STEP system, and blood hemolysis patterns, Streptococcal isolates were further identified as species. Full identification revealed that only 20 (66.7%) of the thirty isolates of Streptococcus were Streptococcus pneumoniae. There was no statistically significant difference in the percentage of S. pneumoniae isolates detected in males (65%) versus females (35%). For the twenty S. pneumoniae isolates, antibiotic susceptibility was investigated. Results revealed that these isolates had various patterns of antibiotic sensitivity. Erythromycin (100%), azithromycin (85.0%), and clindamycin (80.0%) had the highest rates of resistance, while ceftriaxone (70.0%), cefotaxime (65.0%), chloramphenicol (65.0%), tetracycline (60.0%), and penicillin (45.0%) had moderate rates of resistance. Other antibiotics had relatively lower rates of resistance. The findings of this investigation demonstrated that S. pneumoniae isolates were remarkably responsive to Imipenem (100%) and Vancomycin (100%). The final diagnosis required the presence of the genes LytA, Ply, and CpsA, which are believed to be specific for the identification of S. pneumoniae using Polymerase Chain Reaction (PCR) technology, in all 20 isolates. All of the S. pneumoniae isolates tested positive for the LytA gene and the Ply gene, each of which had a band size of 480 and 420 base pairs, respectively. The results of this work agree 100% with the results of a study done in Iran by (Hajia et al. 2013), and a study that was conducted in Spain showed that the sensitivity for detection of the LytA and Ply in S. pneumoniae isolates was 100%. Both of these studies were conducted in Spain. The result that was reported in Iran was 84.74%, while the result that was published in the United Kingdom was (97.5%). The result that was found in this study is higher than both of those figures. In addition to being useful in diagnosis, the LytA gene also carries the coding for the enzyme autolysin, also known as LytA. This enzyme dissolves the peptidoglycan backbone of bacterial cells, which ultimately results in bacterial autolysis. LytA is the enzyme that is responsible for the autolytic action that is distinctive of pneumococcus. It is positioned in the cell envelope and is engaged in a range of other physiological cell processes. In light of research, LytA may be responsible for facilitating the release of intracellular toxins such as pneumolysin (Ply) and producing pro-inflammatory cell wall fragments. Both of these factors may contribute to the pathogenesis of pneumococcal disease. In addition, the CpsA gene can be found in all S. pneumoniae strains that have been isolated. Therefore, the conclusion that can be drawn from these findings is that CpsA is present in this bacterium. This gene was picked for molecular identification since it is known to operate as a housekeeping gene. Furthermore, the positive isolates for PCR confirmation were completely consistent with the nigrosin stain test results. These results correlate with the results obtained via, who pointed out that all clinical isolates of S. pnumoniae contained this gene in their samples. The invasiveness of particular isolates is related to the level of expression of the CpsA gene, which is the first gene in the pneumococcal capsule operon.

Alaa Hameed Mohammed Mohammed

Çankırı Karatekin Üniversitesi · Fen Bilimleri Enstitüsü

DermatophytesEpidemiology

Molecular methods identification of dermatophytes using (PCR) techniques for patients in Al-Anbar governoret- Iraq

This study aims to isolate and diagnosis the Dermatophytes by mycological examinations methods in the laboratory, and identify the species that have appeared using the internal transcribed spacer (ITS) region and comparing the current local isolates with those provided by the National Center for Biotechnology Information (NCBI). Dermatophytes are predominantly caused by a group of closely related genera of Trichophyton, Microsporum, and Epidermophyton. These groups of fungi invade the stratum corneum of the skin, hair, and nails. Samples were collected from 100 patients with Dermatophytes in Ramadi Training Hospital, Anbar-Iraq. A portion of each sample was examined microscopically and the remaining portion of each sample was cultured onto plates of Saboraud Dextrose Agar added Chloramphenic and Gentamicin (SDACG). The results showed that out of the 100 cases of dermatophytes, only 60 (60 %) cases were positive by both direct KOH examination and culture, whereas false negative results was recorded in 20 (20 %) of specimens. Culture results of specimens showed nine types of dermatophytes were identified, n amely Trichophytonrubrum (26.0%), Microsporum canis (21.7%), T.mentagrophytes and their percentage (19.5), T. interdigitale (13.0%), T. ferrugineum (8.6%), T.soudanese (4.3%), and the rest of the three remaining species were Epidermophyton floccosum, T. tonsurans, T. verrcosum (2.2%). The most common clinical type of infection was tinea corporis (60.9%), and the others were as follows: Tinea cruris (19.6%), T. pedies (6.5%), T.faciei (6.5%), T. capitis (4.3%), and T. manus (2.18%). Females (52%) were more affected than men (40%). The countryside (65.2%) was more affected than the city (34.8%). The most affected age group was (31-40) years. Dermatophyte isolates were identified by studying the macroscopic and microscopic characteristics of their colonies. To ensure the correctness of their diagnosis, the primer (region ITS gene rRNA 18S) were used for the diagnosis of dermatophytes. The Polymerase Chain Reaction (PCR) products of Dermatophytes isolates were submitting to Macrogen Company for sequencing. Sequencing analysis showed nine new local strains recording in NCBI with accession numbers MW811374.1, MW811375.1, MW811376.1, MW811377.1, MW811378.1, MW811379.1, MW811380.1, MW811381.1, and MW811382.1. The genetic compatibility between the reference strain and the local strain was 99%. Keywords: Dermatophytes, Epidemiology, PCR

Abdulateef Abdulqader Hammood

Çankırı Karatekin Üniversitesi · Institute of Graduate Studies in Science

2021

EpidemiologyIraqStaphylococcus aureus+1

Investigation of efflux pump and aminoglycoside resistance genes in Staphylococcus aureus strains isolated from clinical specimens in Iraq

Staphyӏococcus .aureus owing to its propensity for epidemic spread and antibiotic resistance, is among the most significant pathogenic bacteria encountered in therapeutic settings.. the current study aimed for Isoӏation and identification of S. aureus from different cӏinicaӏ specimens, detection resistance profiӏes of these bacteria, Screening of resistance genes (aacC1,and aacC2) to the prevaӏence of aminogӏycosides among aureus isothorses, aӏso scan extrovert pump genes (Ade-A, Ade-B, Ade-S, and Ade-M) for the prevaӏence of aminogӏycosides). Between 2 Apriӏ 2022 and 30 June 2022, two hundred cӏinicaӏ sampӏes were coӏӏected from Marjan Medicaӏ City and AӀ-Hiӏӏa Teaching Hospitaӏ in the province of Babyӏon in Iraq. The sampӏes were coӏӏected from the patients ( burns, sputum, wounds, and urinary tract infections). The steriӏized cotton swabs were brought to the ӏab and pӏaced in BHI agar tubes.. No dupӏicate sampӏes from the same patients and no environmentaӏ isoӏates were incӏuded in this study. The resuӏt showed out of 200 cӏinicaӏ specimens positive cases were 126(63%) and negative cases were 74(37%). staphyӏococcus bacteria appeared in 87 sampӏes S. aureus appeared in 21 . Urine is one of the most common sources of sampӏes that showed bacteriaӏ growth in the current study, foӏӏowed by sputum, then burns, and finaӏӏy wounds. Antimicrobiaӏ susceptibiӏity testing: S. aureus had the greatest ӏeveӏ of resistance to Kanamycin and the ӏowest ӏeveӏ of resistance to Neomycin. We use 15 of the most resistant isoӏates to drugs in this investigation. The isoӏates of S. aureus showed MDR, XDR and PDR. The positive ampӏification (band) were 11(73%) , 14(93%), 7(46%) and 15(100%) for ( AdeA, AdeB, AdeM and AdeS) genes respectiveӏy. Resuӏts of PCR assay for detection of aacC1 and aacC2 genes: In this study we take 15 most resistant isoӏate for antibiotcs., aӏӏ isoӏates screened by PCR for the presence of aacC1 and aacC2 genes. Of the 15 isoӏates, 15 were positive for aacC1 (100%), and thirteen for aacC2 (86%).

Ahmed Awad Fattooh Muslmawı

Çankırı Karatekin Üniversitesi · Institute of Graduate Studies in Science

2022

AdanaEpidemiyolojiHepatit A+3

Adana il merkezinde 1999'dan 2009'a Hepatit A seroprevalansında epidemiyolojik shift (Kayma)

Amaç: Bu çalışmanın amacı, Adana il merkezinde farklı sosyoekonomik düzey ve farklı yaş grubundaki çocuklarda Hepatit A Virüs (HAV) seroprevalansını belirlemek ve son 10 yılda oluşabilecek epidemiyolojik shift'i (kayma) saptamaktır.Gereç ve Yöntemler: 1999 yılında Yapıcıoğlu ve ark. Adana il merkezinde farklı sosyoekonomik seviyedeki, 2-16 yaş arasındaki 711 çocukta HAV seroprevalans çalışması yapmışlardı. 10 yıl sonra biz, aynı çalışmayı, aynı bölgede, aynı yöntem ile benzer popülasyonda tekrar yaptık. 2-16 yaş arası toplam 711 çocuktan kan alındı. Ailelerin sosyoekonomik düzeyleri (SED), Dünya Sağlık Teşkilatı'nın belirlediği kriterlere ve Türkiye'deki genel sosyoekonomik yapı dikkate alınarak belirlendi. Veriler toplandıktan sonra, puanlama yapılarak grup oluşturuldu. 3-9 puan alanlar SED Grup 1 (Düşük), 10-14 puan alanlar SED Grup 2 (Orta), 15-20 puan alanlar ise SED Grup 3 (Yüksek) olarak belirlendi. Total anti-HAV Architect cihazı ve CMIA (Chemiluminescent Immunoassay) yöntemi ile çalışıldı.Bulgular: 1999'dan 2009'a anti-HAV seroprevalansının 48-71 ay, 72-95 ay, 96-119 ay, 120-143 ay, 144-167 ay ve 168-198 ay yaş grubunda sırasıyla % 33,9'dan % 22,2'e, % 29,5'den % 25,3'e (p>0,05), % 52,2'den % 30,8'e, % 69,7'den % 35,2'e, % 66,9'dan % 37,7'e ve % 71,4'den % 47,3'e (p<0,0001) düştüğü görüldü. Anti-HAV seroprevalansı SED Grup 1'deki çocuklarda, (% 47) SED Grup 3'deki çocuklara (% 25,9) göre ve SED Grup 2'deki çocuklara (% 29,3) göre daha yüksek bulundu (p<0,0001, p<0,05). 1999 ve 2009 yıllarında okul öncesi dönemdeki çocuklarda (24-84 ay) anti?HAV seroprevelansı SED Grup 1, SED Grup 2 ve SED Grup 3'de sırasıyla (% 20 vs % 32,4), (% 25,6 vs % 16,8) ve (% 7,8 vs % 18,9) idi (p>0,05). 1999 yılı ile karşılaştırıldığında okul dönemindeki çocuklarda (85-198 ay) ise anti-HAV seropozitifliğinin 2009 yılında SED Grup 1, SED Grup 2 ve SED Grup 3'de sırasıyla % 85,7'den % 53,8'e, % 64,4'den % 36'a ve % 43,7'den % 29,3'e düştüğü görüldü (p<0,0001, p<0,0001, p<0,05).Sonuç: Sonuç olarak çalışmamız okul dönemindeki çocuklarda anti-HAV seropozitifliğinin sosyoekonomik düzey farkı gözetmeksizin 10 yıl boyunca istatistiksel olarak anlamlı şekilde azaldığını göstermiştir. Sonuçlarımız sosyoekonomik düzey ne olursa olsun, anti-HAV seropozitifliğinin ileri yaşlara kaydığını göstermiştir. Bu nedenle adolesan ve genç erişkinler semptomatik HAV enfeksiyonu için risk altında olacağından dolayı bölgemizde çocuklara rutin Hepatit A aşı uygulamasına başlanmasının doğru olacağı kanaatindeyiz.Anahtar Kelimeler: Hepatit A, seroprevalans, sosyoekonomik düzey, epidemiyolojik shift

Banu İnce

Çukurova University

2010