Genetics
239 theses under this subject heading
Kapsüllenmiş ve kapsülsüz aronya (Aronia Melanocarpa)ekstraktının sıçanların PON1 geni mRNA ekspresyonu, karaciğer dokularındaki PON1 enzim aktivitesi ve aterosklerozis üzerine etkisinin araştırılması
Bu çalışmada, Aronya (Aronia melanocarpa) ekstraktının kapsülsüz (E) ve mikroenkapsüle (K) formlarının, yüksek yağlı diyet (YYD) ile beslenen Sprague-Dawley (SD) sıçanların serum ve karaciğer dokusu lipit profili, kan ve karaciğer dokularında PON1 enzim aktivitesi, gen ekspresyonu, aortta aterosklerotik plakların histopatolojik oluşumu ve karaciğer dokusunun histopatolojisi üzerine etkileri incelenmiştir. Araştırmada, 26 haftalık yaşta 42 adet erkek SD cinsi sıçan kullanılmıştır. Sıçanlar, 7'şerli olarak 6 gruba ayrılmıştır. Deney diyet grupları şu şekilde oluşturulmuştur: Standart diyet kontrol (SDK) Yüksek yağlı diyet (YYD) YYD400E; YYD + 400 mg/kg aronya ekstraktı (E) YYD200E; YYD + 200 mg/kg aronya ekstraktı (E) YYD400K; YYD + 400 mg/kg mikroenkapsüle aronya (K) YYD200K; YYD + 200 mg/kg mikroenkapsüle aronya (K) Onuncu haftadan itibaren 20 haftalık yaşa ulaşıncaya kadar sıçanlar (SDK grubu hariç) 10 hafta boyunca YYD ile beslenmiştir. Yirmi haftanın sonunda, YYD ile beslenen sıçanların diyetlerine ek olarak, 1 kg vücut ağırlığına (VA) 200 ve 400 mg/kg dozajda E ve K aronya formları oral gavaj yoluyla 6 hafta boyunca uygulanmıştır. Aronya uygulaması öncesi ve sonrası SD sıçanların ortalama vücut ağırlıkları ölçülmüştür. YYD200E uygulamasının, YYD grubundaki sıçanlara göre kilo artış hızına (g/h) negatif bir etkisi olmuştur (-4.62 g; P<0,001). Deneme grubu sıçanların aronya uygulaması öncesi (20 haftalık yaşta) ve 6 haftalık aronya uygulaması sonrası (26 haftalık yaşta) Lee Obezite İndeksi ortalamaları arasındaki farklar istatistiksel olarak anlamlı değildir (P>0,05). Sıçanların kan serumlarındaki toplam kolesterol düzeyleri, YYD400E grubundaki sıçanlarda (167,7±0,57 mg/dl) SDK (158,9±2,05 mg/dl; P<0,0070) ve YYD (159,7±2,13 mg/dl; P<0,0166) gruplarına göre daha yüksek bulunmuştur. Trigliserid (TG) seviyeleri, YYD400E grubundaki sıçanlarda (93,0±1,67 mg/dl) YYD grubuna (172,1±23,27 mg/dl) göre anlamlı düzeyde düşmüştür (P<0,0107). YYD400E grubundaki sıçanların HDL düzeyleri (77,15 mg/dl), SDK (63,09±2,34 mg/dl; P<0,0006) ve YYD (61,08±0,97 mg/dl; P<0,0001) gruplarına göre daha yüksek ve anlamlıdır. YYD400E grubundaki sıçanların VLDL düzeyleri (18,60±0,33 mg/dl), YYD grubundaki sıçanların (34,43±4,65 mg/dl) kanlarındaki VLDL düzeylerine göre önemli ölçüde düşük ve anlamlıdır (P<0,0107). Deneme grubu sıçanların kanlarındaki LDL/HDL oranı, en düşük YYD400E grubunda (0,95±0,07 mg/dl) bulunmuştur. Sıçanların kan örneklerine dayanılarak yapılan PON1 gen ekspresyonu [2-(∆∆Ct) değerleri] YYD400E grubunda 1,15±0,06 olarak belirlenmiştir. YYD400E grubundaki sıçanlar (64,59±0,4 ng/ml), SDK (49,65±4,68 ng/ml; P<0,0025) ve YYD (45,39±1,63 ng/ml; P<0,00001) gruplarına göre daha yüksek PON1 enzim aktivitesine sahiptir. Gruplar arası PON1 gen ekspresyon değerleri arasındaki farklar anlamlı olmasa da, YYD400E grubuna 400 mg/kg aronya ekstraktının PON1 enzim aktivitesini diğer deneme gruplarına göre artırdığı görülmüştür. Sıçanların kanlarındaki MDA değerleri, YYD400E grubundakilerde (3,01±0,04 nmol/ml) SDK grubundakilere (P<0,0290) göre daha yüksek bulunmuş, ancak YYD ve diğer gruplara göre istatistiksel olarak anlamlı bir fark gözlenmemiştir (P>0,05). SD sıçanların YYD400E grubundakilerin karaciğer ağırlıkları (12,80±0,24 g), SDK (17,43±0,79 g; P<0,0001) ve YYD (18,26±0,81 g; P<0,0001) gruplarına göre anlamlı düzeyde düşmüştür. YYD grubuna göre 400 mg/kg ekstrakt veya mikroenkapsüle aronyanın karaciğer ağırlıkları üzerinde düşürücü etkisi saptanmıştır. YYD400E grubundaki sıçanların karaciğer ağırlığının/vücut ağırlığına oranı, SDK (P<0,0001) ve YYD (P<0,0001) gruplarına göre daha düşüktür. 400 mg/kg aronya ekstraktı, vücut ağırlığına göre karaciğer oranını (%3,20±0,18) en düşük düzeyde tutmuştur. Denemedeki sıçanların ALT ve AST sonuçları, SD'ler için belirlenen normal standart aralıkta olup, en düşük ALT (35,10±1,98 U/L) ve AST (26,68±2,58 U/L) değerleri YYD400E grubunda belirlenmiştir. ALT değerleri gruplar arası farklar istatistiksel olarak anlamsız iken, AST değerleri bakımından SDK (P<0,0001) ve YYD (P<0,0001) gruplarındaki sıçanlara göre YYD400E değeri daha düşük ve anlamlıdır. Sıçanların karaciğer dokularında PON1 enzim aktivitesi, 62,18±7,60 ng/ml (SDK) ile 81,00±1,11 ng/ml (YYD400E) arasında değişmektedir. YYD ile beslenen sıçan gruplarında en yüksek enzim aktivitesi, diyetleri 400 mg/kg aronya ekstraktı ile desteklenen YYD400E grubunda görülmüş, ancak fark anlamsızdır (P>0,05). Sıçanların PON1 gen ekspresyonu [2-(∆∆Ct) değeri] bakımından YYD400E grubunda (0,48±0,17) diyetin olumlu etkisi gözlenmiş, ancak 2-(∆∆Ct) değerleri bakımından gruplar arası farklar anlamsızdır. Karaciğer MDA değerleri bakımından da gruplar arası anlamlı bir fark yoktur (P>0,005). YYD400E grubundakilerin karaciğer dokularındaki HDL düzeyleri (67,99±0,98 mg/dl), YYD grubuna (52,62±2,35 mg/dl) göre yüksek ve anlamlı bulunmuştur (P<0,0001). Karaciğer doku örneklerinin histopatolojik incelemesinde; SDK grubundaki sıçanların karaciğer dokuları normal histolojik yapısındadır. YYD grubundaki sıçanların karaciğer dokularında portal alanda az oranda inflamasyon bulgularına rastlanmıştır. Dolayısıyla, YYD etkisine bağlı olarak karaciğerde yüksek oranda mikrosteatoz ve orta düzeyde makrosteatoz bulguları tespit edilmiştir. SDK grubu ile karşılaştırıldığında karaciğer hasar skoru bu grupta yüksek bulunmuştur (P<0,001). YYD200K ve YYD400K aronya ekstraktı verilmiş sıçanların karaciğer bulgularında YYD grubuna benzer bulgular elde edilmiştir (sırasıyla P>0,988, P>0,953). YYD200E ve YYD400E gruplarının karaciğer skorları, YYD grubuyla karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı düzeyde azalmıştır (P<0,001). Fakat sadece intragastrik olarak YYD400E grubunda, SDK grubuna benzer morfoloji tespit edilmiştir. YYD400E grubunun karaciğer skorunda, mikro ve makrosteatoz bulguları azalmıştır. Aort dokuları değerlendirildiğinde, tüm deney gruplarında normal doku morfolojisi olduğu ve hiçbir deney grubunda torasik aorta veya aort arkı dokularında ateroskleroz plaklarına rastlanmamıştır. Hiyalin veya mukoid değişiklikler ya da endotelyal anomaliler tespit edilmemiştir. Sıçanların ateroskleroz ve koroner risk indeksi, YYD200E grubunda SDK grubundaki sıçanlara göre daha yüksek ve anlamlı hesaplanmıştır (P<0,05). Sonuç olarak, antosiyaninler ve diğer polifenolik bileşikler açısından zengin olan aronyanın, lipit oksidasyonunun önlenmesine yardımcı olduğu ve aterosklerozun ilk adımı olan PON1 enzim aktivitesini artırarak aterosklerozun önlenmesinde ve yavaşlatılmasında kullanılabileceği gösterilmiştir. Özellikle YYD400E uygulamasının, PON1 gen ekspresyonunu olumlu yönde etkilediği, PON1 enzim aktivitesini ve HDL düzeylerini artırdığı ve karaciğer dokularında MDA seviyesindeki azalma (2,38 nmol/g) nedeniyle oksidatif strese karşı uzun vadeli koruma sağladığı düşünülmektedir.
Wwox aracılı miR-182 regülasyonunun meme kanseri hücrelerinde cisplatin direnci ile ilişkisinin CRISPR/CAS9 knockout yöntemi ile araştırılması
Tez projesinin amacı Wwox ifade etmeyen TNBC hücre hattında (MDA-MB-231) gelişen cisplatin direncinin miR-182 regülasyonuna bağlı olup olmadığını açıklığa kavuşturmaktır. Bu amaçla bir onkomiR olduğu bilinen miR-182'nin CRISPR yöntemi ile knockout ya da alternatif bir yöntem olarak düşündüğümüz miRNA inhibitörleri ile knockdown edilmesiyle cisplatinin etkisinin araştırılması hedeflenmiştir. miRNA knockout deneylerinde sıklıkla kullanılmayan fakat günümüzde gen tedavisi çalışmalarında sıklıkla kullanılan CRISPR knockout için miR-182 gen bölgesine spesifik rehberRNA'lar (gRNA) tasarlandı. Agoroz jelde knockout oluşumunu doğrulayacak bir indel (insersiyon/delesyon) gözlemlenmedi. Amacımızı gerçekleştirmek için alternatif bir yöntem olarak belirlediğimiz anti-miR (mikroRNA inhibitörü) kullanılarak knockdown yapılması kararlaştırıldı. Anti-miR182 inhbitörü MDA-MB-231 hücrelerine lipofektamin RNAimax ile transfekte edildi. cDNA sentezi ile Gerçek Zamanlı PZR yapılarak miR-182 geninin knockdown edildiği gösterildi. Anneksin V ile apoptoz testi gerçekleştirildi. Anti-miR182 ve cisplatin uygulanan hücrelerin hücrelerin %20,02'sinin apoptozda olduğunu %20,10'unun ise geç apoptozda olduğunu saptadık. Anti-miR182 ve cisplatin uygulanmayan hücrelerin %11,71'i apoptozda, %18,37'sinin geç apoptozda olduğunu saptadık. Ardından flow sitometri ile hücre döngüsü analizi çalışmaları yapıldı. miR-182 inhibitörü ve cisplatin uygulanan hücrelerde cisplatin ve anti-miR182 uygulanmayan MDA-MB-231 hücrelerine göre G2 fazında %12,23 oranında daha fazla artış saptandı. Sonuçlar, Wwox ifade etmeyen TNBC hücrelerindeki cisplatin direnci ve miR-182 arasındaki bu olası ilişkinin meme kanseri tedavisinde cisplatin direnci için yeni bir gen tedavisi stratejisinin geliştirilmesinde kullanabileceğini önermektedir.
Gama ışınlaması ile oluşturulan ekmeklik buğday (L.) M4 populasyonlarının bazı morfolojik ve agronomik özelliklerindeki değişimlerin belirlenmesi
Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarla Bitkileri Bölümü'nde 2019-2020 yetiştirme döneminde tesadüf bloklarında bölünmüş parseller deneme desenine göre 4 tekrarlamalı olarak yürütülen bu çalışmada, 5 adet farklı ekmeklik buğday ticari çeşidi ve bu çeşitlerin 60Co kaynağından 4 farklı gama dozu (100, 200, 300 ve 400 Gy) uygulaması ile elde edilmiş olan 20 adet M4 populasyonu materyal olarak kullanılmıştır. Araştırmada incelenen tane verimi ve kalite özellikleri için genotip ve mutasyon dozu ortalamaları arasındaki farklılıklar ile başakta tane sayısı ve yaş gluten oranı hariç diğer tüm özellikler için genotip x doz interaksiyonu istatistiki olarak önemli bulunmuştur. Genel olarak kontrolle karşılaştırıldığında düzenli olmamakla birlikte; gama ışını dozlarının bitki boyu, başak uzunluğu, başakta tane ağırlığı, protein oranı, yaş gluten oranı, zeleny sedimantasyon değeri, enerji değeri ve tane sertliği için pozitif yönde değiştirici ve başakta başakçık sayısı, başakta tane sayısı, bin tane ağırlığı, hasat indeksi, hektolitre ağırlığı ve tane verimi için ise negatif yönde değiştirici etkiye sahip olduğu belirlenmiştir. Ekmeklik buğday mutasyon ıslahı çalışmalarında verim ve verim kompanentlerinin iyileştirilmesi için 100 ile 200 Gy arasında gama ışını dozlarının, tane kalite özelliklerinin iyileştirilmesi için de 300 ile 400 Gy arasında gama ışını dozlarının daha etkili sonuçlar oluşturabileceği anlaşılmıştır. Çalışmamızda fenotipik varyasyon katsayısı (PCV) değerleri (%1,47-14,90) ile genotipik varyasyon katsayısı (GCV) değerleri (%1,31-14,29) orta ve düşük olarak tahmin edilmiştir. Geniş anlamda kalıtım derecesi ve %10 seleksiyon şiddetinde beklenen genetik ilerleme değerleri sırasıyla %53,66-96,31 ve %0,53-67,85 arasında değişmiştir. Yüksek kalıtım derecesi ile birlikte yüksek genetik ilerlemenin tahmin edildiği alveograf enerji değeri için seleksiyonun M4 generasyonunda etkili olabileceği görülmektedir. Başakta tane sayısı ve tane sertliği değeri için yüksek kalıtım derecesi değeri ile orta genetik ilerlemenin tahmin edilmiş olması bu özellikler için seleksiyonun sonraki generasyolara bırakılmasının daha uygun olabileceğini göstermektedir.
Seçime dayalı konjoint analizi ve süt ürünü seçiminde etkili faktörlerin belirlenmesi
Konjoint analizi, bireylerin veya grupların tercihlerini ölçmek için en popüler yöntemlerden biridir. Örneğin, tüketicilerin belirli ürünleri ne kadar sevdiğini veya ne kadar değer verdiğini belirler, bu da daha sonra bir satın alma kararına yol açar. Türkiye'de çiğ süt tüketimine rağbet son yıllarda artış göstermektedir. Ama bunun yanı sıra hijyen ve güvenlik açısından da tüketicilerde bazı tedirginlikler olmaktadır. Yapılan çalışmada tüketicinin süt tercihlerini değerlendirmek için seçime dayalı konjoint analizi uygulanmıştır. Bu amaçla Eylül 2020'de Elazığ Merkez ilçesinde 96 katılımcıya anket yapılmış bilgiler toplanmıştır. Çalışmada katılımcılardan 11 süt satınalma profili setini değerlendirmeleri istenmiştir. Her set aynı zamanda "hiçbirini tercih etmiyorum" seçeneğini de içermiştir. Seçim denemesine ek olarak, ankette tüketicilerin demografik ve sosyoekonomik bilgilerinin yanı sıra, süt tüketimine yönelik yaşam tarzı ve tutumları hakkında bilgi de toplanmıştır. Tüketicilerin süt tercih seçimi için ele alınan özellikler, ambalaj türü, etiket durumu, son tüketim tarihi durumu, fiyat ve markayı içermiştir. Analiz sonucunda son tüketim tarihinin, etiket durumunun, fiyat ve ambalajın tüketicilerin tercihi için en önemli özellik olduğu ortaya çıkmıştır.
Kistik fibrozis hastalığında belirlenen aday miRNA'ların hasta nazal ve serum örneklerinde analizi
Kistik fibrozis transmembran regülatör (CFTR) genindeki mutasyonların sebep olduğu kistik fibrozis (KF), otozomal resesif kalıtılan ve yaygın görülen genetik bir hastalıktır. Bir klor kanalı olan CFTR proteini, cAMP ve protein kinaz A'ya bağımlı çalışmaktadır. Epitel yüzeyindeki sıvı homeostazisini sağlayan CFTR proteini, diğer klor kanallarının ve epitel sodyum kanallarının düzenlenmesinden sorumludur. Günümüze kadar yapılan çalışmalarda CFTR geninde 2100'den fazla mutasyon olduğu saptanmıştır. CFTR proteininin fonksiyonuna bağlı olarak sınıflandırılan mutasyonlar, CFTR proteininin sentezi, katlanması, taşınması, yerleşmesi ve doğru fonksiyon göstermesi gibi aşamalarına etki ederek hastalık ciddiyetinde önemli rol oynamaktadır. CFTR mutasyonlarının tanımlanması, hastalığın teşhis edilmesini sağlamakta ancak hastalık ciddiyeti, fenotipi ve ilerleyişi hakkında bilgi vermemektedir. Son yıllarda yapılan çalışmalar ile birlikte immün ve inflamatuar cevap, protein katlanması, iyon taşınımı ve oksidatif stres ile ilişkili genlerin ifadelerinin yanı sıra miRNA ifadelerinde gözlenen farklılıkların da hastalık patogenezini etkilediğine dair bulgular artmıştır. Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı ve Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı Göğüs Hastalıkları Ünitesi iş birliği ile gerçekleştirilen ön çalışmalar sonucunda, aynı mutasyonu taşımasına rağmen ağır ve hafif klinik ciddiyete sahip kardeşler saptanmıştır. F508del mutasyonuna sahip ağır (n=2) ve hafif (n=2) seyir gösteren hasta kardeşlerden nazal sürüntü örnekleri alınmıştır. Nazal epitel hücreler kullanılarak elde edilen RNA'lar ile miRNA Array yöntemi gerçekleştirilmiş ve elde edilen ham veriler Transcriptome Analysis Console (TAC) programı ile analiz edilmiştir. Yapılan analiz sonrası ifadesi 2 kat ve üzeri artan ya da 2 kat üzeri azalan ortak, miR-449c-5p, miR-34c-3p, miR-34c-5p ve miR-4793-3p olmak üzere 4 miRNA tanımlanmıştır. Önerilen tez çalışmasında amacımız; grubumuzun ön veri olarak elde ettiği 4 miRNA'nın F508del mutasyonuna sahip ağır ve hafif seyirli KF hastalarının serum ve nazal sürüntü örneklerinde valide edilmesi, ekspresyonlarının karşılaştırılması, valide edilen miRNA'ların hedef genlerinin belirlenmesi ve hedef genler ile ilişkili yolakların tanımlanmasıdır. Elde edilen veriler KF'de hastalık seyrinin erken dönemde belirlenmesine kolaylık sağlayacak prognostik miRNA'ların belirlenebilmesini sağlayacak ve KF patogenezi ile ilişkili olan yeni yolaklar aydınlatılabilecektir.
Drosophila melanogaster'de anasal yaşın yavru döl ömür uzunluğuna olan etkisini belirleyen genetik varyantların genom çaplı ilişkilendirme analizi ile saptanması
Bu tez çalışmasında yavru döl ömür uzunluğunu etkileyen anasal yaşlanmanın etkilerini belirleyen aday varyantların Genom Çaplı İlişkilendirme Analizi (GWAS) ile tespit edilmesi amaçlanmaktadır. Ebeveyn yaşının yavrunun ömür uzunluğuna etkisi farklı organizmalarda çokça çalışılan konulardan biri olmuştur. Özellikle yumurta veriminin azalması ve insanda yumurta kalitesinin değişmesi üzerine anne yaşının etkisi ayrıca çalışılmıştır. Anne yaşının yavrunun ömür uzunluğunu kısalttığına dair genel bir görüşün tanımı olan Lansing Etkisi'nin, ilerleyen çalışmalarla birlikte tür içi soylar arasında değişiklik gösterdiği ve bazı soylarda tam tersi ömür uzunluğunu artırdığına yönelik bulgular elde edilmiştir. Yapılan tez, tür içi soylar arası farklılığı belirleyen genetik elementlerin GWAS ile saptandığı kapsamlı bir çalışmadır. 90 Drosophila Genetik Referans Paneli (DGRP) soyu kullanılarak, her soya ait 5 günlük genç ve 35 günlük ileri yaşlı annelerin ve aynı soya ait 5 günlük genç babalarla çaprazlanmasıyla elde edilen yavrular yaşlandırılarak ömür uzunluğu verileri elde edilmiştir. Yaşlandırma deneyleri sonucunda 90 soyun yavru bireylerinin ömür uzunluklarında anne yaşına bağlı olarak kısalmalar veya Lansing etkisine aykırı biçimde uzamalar gözlenmiştir. Anne Yaşı x Eşey x Soy etkileşimi şeklinde kurulan analiz modeli, istatiksel olarak anlamlı sonuçlar vermiştir (p <0,001). Ömür uzunlukları ortalamaları ile; 5 günlük annelerden gelen bireyler, 35 günlük annelerden gelen bireyler ve 5-35 günlük annelerden gelen bireylerin ömür uzunlukları ortalamaları farklarına ait verilerle GWAS gerçekleştirilmiştir. Üç farklı GWAS sonucunda 146 aday varyant tespit edilmiş ve bu varyantların belirttiği genlerin gen ontolojisi analizleri sonucunda 118 tane insan ortologu bulunmuştur. Tespit edilen aday varyantların özellikle anasal yaşlanma ile ilişkili olduğu düşünülen üreme, yaşlanma, epigenetik ve gelişim gibi biyolojik süreçler içerisinde yer aldıkları görülmüştür. Aynı zamanda insanlarda anne yaşının etkisi ile ilişkili hastalıklara sebep olduğu düşünülen aday varyantlar da tespit edilmiştir. Bu tezin sonucunda, anasal yaşlanmanın yavru dölün ömür uzunluğuna olan etkisinin genetik bilgisinin literatüre kazandırılması düşünülmektedir.
Drosophila Melanogaster'de kaygı benzeri davranışa neden olan genetik elementlerin genom boyu ilişkilendirme çalışması ile saptanması
Drosophila melanogaster'de kaygı benzeri davranışa neden olan genetik varyantların genom boyu ilişkilendirme çalışmasıyla (GWAS) ortaya konulması ve genlerin insan homolojisi bakımından incelenmesi bu tezin ana hedefidir. Bu tez anksiyete bozukluğunun karmaşık genetiğine ilişkin, genetik arka planın aydınlatılması amacıyla yapılan kapsamlı bir bilimsel çalışmadır. Yüz bir "Drosophila Genetik Referans Paneli" (DGRP) soyu, tez kapsamında gerçekleştirilen deneylerde kullanılmıştır. Drosophila melanogaster'de anksiyete benzeri davranışı tespit etmek için açık alan testi kullanılmış ve on dakikalık kayıtlar alınmıştır. Tez kapsamında, merkezden ortalama uzaklık, toplam alınan yol ve toplam hareketlilik oranı olmak üzere üç fenotipik ölçüme odaklanılmıştır. Özellikle, literatürde anksiyete benzeri davranış ile yakından ilişkilendirilen merkezden uzakta olma ve duvarı takip etme davranışı (wall following) tezin odak fenotipidir. Üç parametre için ayrı ayrı gerçekleştirilen varyans analizleri incelendiğinde soy terimi içeren interaksiyonların anlamlı olduğu görülmektedir (p<0,001). Her bir parametre (merkezden uzaklık, toplam alınan yol ve toplam hareketlilik) için iki eşeyden de elde edilen verilerin ortalamaları GWAS girdisi olarak kullanılmıştır. Genom Boyu İlişkilendirme Analizleri neticesinde anksiyete benzeri davranış fenotipi ile ilişkili toplamda 166 adet Drosophila aday geni tespit edilmiş olup, bu genlerin Drosophila'da yer aldığı biyolojik süreçler, etki ettiği fenotipler ve hastalıklar araştırılmıştır. Ayrıca gerçekleştirilen ontoloji analizlerinde genlerin 421 adedinin insan genleri ile ortolojisi saptanmıştır. Tespit edilen bu 166 genden 48 tanesinin çeşitli veri tabanları üzerinden gerçekleştirilen analizlerinde anksiyete benzeri davranış ile ilişkili sistemlerde rol alan önemli genler olduğu görülmüştür. Drosophila ile gerçekleştirilmiş olan anksiyete benzeri davranış çalışmaları incelendiğinde, gerçekleştirilen çalışmalarda sunulan aday genler bu tez kapsamında tespit edilmemiştir. Tezin genetik arka plan çözümlenmesine bakış açısı tek bir genin tek bir süreçle ilişkilendirilemeyeceği aksine süreçlere birden fazla genin etki edeceğidir. Yukarıda bahsedilen aday genlerin tez kapsamında gerçekleştirilen GWAS sonuçlarından elde edilememiş olmasının temel nedeni, deneylerde her biri farklı genetik arka plana sahip olan 101 DGRP soyunun her iki eşeye ait bireylerinin çalışmada kullanılması olduğu düşünülmektedir. Bu tez Drosophila'da gerçekleştirilmiş en kapsamlı anksiyete benzeri davranış çalışmasıdır ve bu davranışla ilişkilendirilebilecek, önceden belirlenmemiş pek çok geni ortaya koymasıyla bir ilk olma özelliği taşımaktadır.
İzole konuşma gecikmesi saptanan 24-72 ay arasındaki çocuklarda genetik nedenlerin incelenmesi
Dil ve konuşma insanlar arası iletişimin temel yollarından biridir. Çocuğun belirli bir yaşa geldiği halde, konuşmaya başlamaması ya da yaşıtlarına göre geride kalması, işaretlerle veya tek sözcüklerle iletişim kurmaya çalışması, cümle kuramaması durumunda konuşma gecikmesi düşünü¬lür. Konuşma gecikmesi görülen çocuklarda ilk olarak otizm, zihinsel yetersizlik, işitme kaybı gibi durumlardan şüphelenilmektedir. Bunların yanı sıra çocuğun sosyal çevresi, ailenin sosyoekonomik durumu, kardeş sayısı, çocuğun kişiliği, çocuğa bakan kişinin tutumu gibi birçok neden konuşma ve dil gelişimi üzerine etkilidir. Konuşma gecikmesinin yukarıdaki tüm nedenleri hariç tutulsa bile, "erken dil gecikmesi" veya "özgül dil bozukluğu" olarak bilinen gelişimsel dil bozukluğu olan bir grup çocuk mevcuttur. Özgül dil bozukluğu, herhangi bir belirgin nörolojik hasar, bilişsel alanda gerilik, işitme kaybı, otizm gibi nörogelişimsel bozukluklar olmamasına rağmen dilin anlama ve üretiminde görülen bozukluklar olarak tanımlanmaktadır. Bu nedenle çok geniş risk faktörü yelpazesi olan konuşma gecikmesinde diğer nedenler dışlandıktan sonra genetik testlerin yapılması önemlidir. İzole konuşma gecikmesi ve dil bozukluğu olan çocuklar bu bozukluğun etiyolojisinde genetik faktörlerin rolünü destekleyen son kanıtlara rağmen genellikle genetik olarak değerlendirilmemektedir. Bu çalışmada izole konuşma gecikmesi ile başvuran çocuklarda konuşma gecikmesinin altta yatan genetik nedenlerini belirlemek amaçlandı. Hacettepe Üniversitesi İhsan Doğramacı Çocuk Hastanesi Gelişimsel Pediatri Polikliniğine Aralık 2021 - Mayıs 2022 tarihleri arasında konuşma gecikmesi şikayeti ile başvuran ve izole konuşma gecikmesi saptanan 24-72 ay arasındaki 41 hasta çalışmaya dâhil edildi. İzole konuşma gecikmesi olan hastaların 18'ine kromozom testi yapıldı. Karyotip analizi yapılan hastaların %99'unda (n=17) kromozom analizi normal olarak değerlendirildi. İzole konuşma gecikmesi olan bir kız hastanın kromozom analizinde inversiyon saptandı. Hastaya ileri genetik değerlendirme için mikrodizin analizi yapıldı, kopya sayısı değişikliği olmadığı görüldü. Anne ve babasına da karyotiplendirme yapılan hastanın annesinin de kromozom analizinde aynı inversiyon saptandı. Hastada saptanan inversiyon sağlıklı annede de tespit edildiği için klinik olarak anlamlı kabul edilmedi.
Çocuk genetik hastalıkları polikliniğine son 10 yılda boy kısalığı öntanısı ile başvuran hastaların klinik ve laboratuvar özellikleri
Boy kısalığı, aynı cinsiyet, aynı kronolojik yaş ve ideal olarak aynı ırk-etnik gruptan çocuklar için ortalamanın 2 standart sapma (SS) veya daha fazla altında olanlara uygulanan bir terimdir. Boy kısalığı normalin bir varyantı olabileceği gibi, genetik, endokrinolojik veya sistemik hastalıkların sonucunda da olabilir. Bu çalışmada Hacettepe Üniversitesi İhsan Doğramacı Çocuk Hastanesi Çocuk Genetik Hastalıkları Polikliniği'ne Ocak 2012 - Ocak 2022 tarihleri arasında boy kısalığı şikayeti ile yönlendirilen 740 hastanın prenatal, natal, postnatal, medikal ve cerrahi tedavi öyküleri, demografik özellikleri ve klinik, laboratuvar ve radyolojik bulguları retrospektif şekilde değerlendirilmiştir. Bu hastaların ilk değerlendirilmesinden sonra 565 hastanın boyunun -2 SSS altında olduğu görülmüştür. Bu hastalardan 263'ünün (%46,5) boyunun -3 SSS altında, 302'sinin (%53,5) ise -2 SSS ile -3 SSS arasında olduğu saptanmıştır. Boyu -2 SSS'nın altında olan 565 hastanın %64'ünün (n=361) kız ve %36'sının (n=204) erkek olduğu ve başvuru yaşı ortalamasının 104±57ay (8 yıl 8 ay ± 4 yıl 9 ay) olduğu saptanmıştır. Ortalama başvuru yaşı kızlarda 9,07±4,39 yıl, erkeklerde 7,65±5,28 yıl olup aralarındaki fark istatistiksel olarak anlamlıdır (p<0,001). Anne-baba arasındaki akrabalık hastaların %29,3'ünde (n=166 hasta) olup, bu oran Türkiye ortalamasının üzerindedir. Hastaların %33,4'ünde (n=189) ailede boy kısalığı öyküsü olduğu ve bu hastalardaki anne-baba arasındaki akraba evliliği oranının çalışmanın ortalamasına göre istatistiksel olarak anlamlı olacak şekilde yüksek (%42,9) olduğu saptanmıştır. Boy kısalığı olan hastaların 508'inde (%89,9) en az bir minör dismorfik bulgu, 376 (%66,5) hastada üç ve daha fazla minör dismorfik bulgu saptanmıştır. Tanısal dağılımda en büyük grubu primer büyüme bozuklularının (n=277, %49) oluşturduğu, sekonder büyüme bozuklukları grubunda 135 (%23,9), idiyopatik boy kısalığı grubunda ise 56 (%9,9) hasta olduğu, 97 (%17,2) hastada tanı koyulamadığı saptanmıştır. Genetik testlerin hastaların %76,8'inde (n=434) yapıldığı ve bu hastaların %35,3'ünün (n=153) genetik testlerle tanı aldığı görülmüştür. Anahtar Kelimeler: Boy kısalığı, çocuk genetik, dismorfik bulgu, genetik test
Ekonomik öneme sahip zeytin (Olea europaea L.) genotiplerinin SSR (simple sequence repeats)'a dayalı genetik karakterizasyonu
Bu tez çalışmasında moleküler markörlerden SSR tekniği kullanılarak zeytin genotipleri arasındaki farklılıkların ortaya konulması amaçlanmıştır. Zeytin Oleaceae familyasına ait Europaea cinsi içerisinde yer almaktadır. Çalışma kapsamında yerel fidan yetiştirme firmalarından temin edilen zeytin fidanları moleküler analizler için kullanılmıştır. Bu amaçla zeytin türünde yer alan genotiplere ait numuneler uygun koşullarda alındıktan sonra Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi Tarım Bilimleri ve Teknolojileri Fakültesi Tarımsal Biyoteknoloji Laboratuvarında moleküler analizleri gerçekleştirilmiştir. SSR markörleri ile yapılan analizler sonucunda UPGMA metoduna göre zeytin çeşitleri arasında yapılan analizde iki ana grup ve %70 benzerlik ortaya çıkmıştır. İlk ana grup kendi içinde 3 alt gruptan meydana gelmiştir. İlk grupta Gemlik, Domat ile Kalamata, ikinci grupta Ayvalık, Bodur arbequıne ile Çekişte ve üçüncü grupta Sarı ulak yer almıştır. İkinci ana grup 2 alt gruba ayrılmıştır. İlk alt grubu Yamalak sarısı ve Manzila oluştururken, ikinci alt grupta Memecik yer almıştır. Toplam allel sayısının 113, spesifik allel sayısının 44 adet olduğu ve bant büyüklüğünün ise 180 ile 297 bç arasında değiştiği belirlenmiştir. Polimorfik bilgi içeriği (PBİ) 0,515 ile 0,83 arasında değişim göstermiştir. Türkiye'de zeytin türüne ait SSR bulguları, bölgede bundan sonraki ıslah çalışmalarına ebeveyn seçiminde bir basamak oluşturmada, zeytin genotiplerinin yayılma alanlarının belirlenmesinde, genetik koleksiyonların karşılaştırılmasında ve zeytin genotiplerinin karakterizasyonunda kullanılabilir.
Melez armut (Pyrus communis L.) popülasyonunda ağaç ve meyve kalite özelliklerinin kombinasyon kabiliyetleri ve bu özelliklerin genetik parametre tahminleri
Bu çalışma, armutta hedef odaklı ıslah çalışmalarının planlanabilmesi maksadı ile yürütülmüş olup, çalışma sonucunda fenolojik, pomolojik, kimyasal ve morfolojik özelliklere ait genetik parametreler ile ebeveyn çeşitlerin incelenen özellikler yönünden damızlık değerleri hesaplanmıştır. İncelenen tüm özelliklerin kantitatif yapıda olduğu tespit edilirken, tam çiçeklenme zamanının (%31) kalıtımında, genotip etkisi, hasat zamanı (%83) ve tam çiçeklenmeden hasada geçen süreye (%86) göre çok daha düşük düzeyde tespit edilmiştir. Meyve eni ve meyve boyu özelliklerinin dar anlamlı kalıtım dereceleri sırası ile %11 ve %10 olarak hesaplanırken, armudun piriform şeklinden dolayı meyve ağırlığının kalıtım derecesi (%38) daha yüksek düzeyde bulunmuştur. İncelenen kimyasal özelliklerin dar anlamlı kalıtım dereceleri ise titre edilebilir asit (%17) < suda çözünebilir kuru madde (%23) ve pH (%27) şeklinde sıralanmıştır. Ağaç özelliklerinden dallanma açısı, sürgün uzunluğu ve boğum sayısı özellikleri ise sırası ile %35, %40 ve %52 düzeylerinde dar anlamlı kalıtım derecesine sahip bulunmuştur. Erkenci genotiplerin eldesinde, 'Akça' çeşidi hem ana (204.88 gün) hem de tozlayıcı (211.32 gün) olarak ön plana çıkarken, geçci genotiplerin geliştirilmesinde ise benzer sonucu ana ebeveyn olarak 236.11 gün ile 'Kieffer', tozlayıcı olarak 'Ankara' (239.09 gün) göstermiştir. Meyve ağırlığının arttırılması bakımından ana ebeveyn olarak 'Kieffer' (109.53 g), tozlayıcı olarak ise 'Williams' (137.63 g) ön plana çıkmıştır. Melezlerinde yanak oluşumu yönünden ana ebeveyn olarak 'Kieffer' (73.49), tozlayıcı olarak ise 'Moonglow' (68.54) ümitvar sonuçlar sergilemiştir. 'Ankara' hem şeker (%15.67) hem de asit miktarı (%0.39) yüksek genotiplerin ıslahında tozlayıcı olarak üstün performans göstermiştir. 'Maggness' (%15.71) şeker, 'Kieffer' ise (%0.39) asitlik bakımından ana ebeveyn olarak dikkat çekmiştir.
Farklı göllerden avlanan tatlı su levreğinin (perca fluviatilis L. 1758) morfolojik ve filogenetik ilişkilerinin karşılaştırılması
Bu tez çalışmasında, Türkiye'nin farklı göl ve barajlarından temin edilen tatlı su levreği (Perca fluviatilis) popülasyonlarının morfolojik, fizyolojik ve genetik özellikleri karşılaştırmalı olarak değerlendirilmiştir. Ayrıca, türün üretim potansiyeli bağlamında farklı çevresel koşulların etkileri ve üretim metodolojileri irdelenmiştir. Araştırmada toplam 12 farklı lokasyondan örneklenen bireyler üzerinde morfometrik ölçümler yapılmış; büyüme parametreleri ve kondisyon faktörleri hesaplanmıştır. Moleküler düzeyde ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) markörleri kullanılarak genetik çeşitlilik analiz edilmiş; dendrogram ve PCA analizleri ile popülasyonlar arası genetik farklılıklar belirlenmiştir. Ayrıca fizyolojik analizlerde, seçilen lokasyonlara ait bireylerde oksidatif stres belirteçleri (SOD, CAT, GSH, GSH-Px, MDA) ölçülerek, çevresel koşulların biyokimyasal etkileri değerlendirilmiştir. Elde edilen bulgular, tatlı su levreği popülasyonları arasında morfolojik farklılıklar olduğunu ve bu farklılıkların habitat koşulları, beslenme rejimi ve su parametrelerine bağlı olarak şekillendiğini göstermektedir. Genetik analizler, coğrafi izolasyonun genetik çeşitliliği etkilediğini ortaya koyarken; fizyolojik bulgular, çevresel stresin antioksidan savunma sistemlerini modüle ettiğini göstermiştir. Sonuç olarak, P. fluviatilis'in üretiminde başarı sağlanması için popülasyon bazlı farklılıkların dikkate alınması gerektiği ve yerel adaptasyon kapasitesine sahip bireylerin tercih edilmesinin üretim verimliliğini artırabileceği önerilmektedir.
Şanlıurfa şebap güvercinlerinin mtDNA analizi yoluyla genetik yönden karekterizasyonu
Şebap Güvercini Türkiye'nin Güneydoğu'sunda kaya güvercinden köken alan ve uzun yıllar hobi amaçlı yetiştirilen diğer bir çok güvercin ırkından bir tanesidir. Bölgenin kültür mirası olan Şebap güvercinlerinde bilinen 6 varyate tespit edilmiştir. Diğer güvercin türleri ve ırkları arasındaki akrabalık ilişkisini belirlemek kayıt altına almak için bu çalışmada tüm mtDNA'ya bakılmış ve mtDNA üzerinde bulunan Cyt-B ve D-loop bölgelerinde çalışma yapılmıştır. mtDNA kontrol bölgesi (D-loop) dizisinin polimeraz zincir reaksiyonu ile yükseltgenerek Yeni Nesil Dizileme dizi analizi ile barındırdığı polimorfizmin belirlenmesi hedeflenmiştir. Sunulan çalışma Şebap Güvercin mtDNA kontrol bölgesi dizisinin incelendiği ilk araştırmadır. Yapılan çalışmada Şebap Güvercini'nde toplam 17232 bç geninden meydana geldiği 13 protein kodlayan gen bölgesi, 22 adet tRNA geni, 2 adet ribozomal RNA ve D-loop gen bölgesinden oluştuğu görülmüştür. Bununla beraber D-loop bölgesinde 28 adet SNP bulunmuştur. Bulunan SNP'ler yapılan filogenetik ağaç ile son derece uyumlu olup Şebap Güvercinin evcil güvercinler ile aynı kümede yer aldığı gözlemlenmiştir.
Frontonazal nadir bir yüz malformasyonu ile ilişkili aday genlerde protein düzeyinde ın silico analiz
Frontonazal malformasyonlar orta yüz bölgesinde gelişen ve değişken fenotipik özellikler gösteren hastalıklardır. Nadir bir frontonazal malformasyon fenotipi açısından mikrodizin ve tüm ekzom dizileme yöntemleri ile, tez çalışması öncesinde, 5 etkilenmiş ve 2 etkilenmemiş birey bulunan bir aile incelenmiştir. Bu ailede linkaj analizi ile belirlenen hastalıktan sorumlu olabilecek aday gen bölgelerinde tüm ekzom verisi ile 3 aday yanlış anlamlı mutasyon (UBXN4; p.E260D, ANK; p.R1604K, TRAM2; p.E282K) tespit edilmiştir. Bu tez çalışmasında, elde edilen 3 aday varyantın protein üzerindeki olası yapısal ve fonksiyonel etkilerinin in silico yöntemlerle araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla öncelikle dizi tabanlı PredictSNP, MetaSNP, I-Mutant 3.0, MUpro ve HOPE araçları kullanılmıştır. Daha sonra proteinlerin deneysel olarak oluşturulmuş bütüncül 3 boyutlu yapıları UniProt veri tabanında bulunmadığından, 3 aday genin kodladığı proteinlerin 3 boyutlu yapıları farklı yöntemler kullanılarak modellenmeye çalışılmıştır. ANK2 proteinine ait tahmini 3 boyutlu yapı oluşturulamamışken, UBXN4 ve TRAM2 proteinlerinin 3 boyutlu yapıları ise AlphaFold veri tabanından elde edilmiştir. UBXN4 ve TRAM2 proteinlerinde gözlemlenen mutasyonların protein yapısı üzerindeki etkilerini araştırmak için yapı tabanlı Missense3D, COACH, COFACTOR ve PremPS araçları kullanılmıştır. Sonuç olarak, bu araçlara göre, 3 aday varyantın protein üzerinde olası bir yapısal ve fonksiyonel etkiye sahip olmadığı tahmin edilmiştir.
Kan-iğne-yaralanma fobisindeki vazovagal senkopta genetik etiyolojinin araştırılması
Kan-iğne-yaralanma fobisi yaygınlığı ve neden olduğu sonuçlar düşünüldüğünde önemli bir ruhsal rahatsızlıktır. Bu rahatsızlık, fobik uyarana maruziyet sırasında gözlenen difazik kardiyovasküler yanıt ve vazovagal senkop (VVS) ve etiyolojisindeki belirgin genetik yatkınlık ile diğer özgül fobilerden ayrılmaktadır. Hem kan-iğne-yaralanma fobisinde hem de VVS'de genetik yatkınlıkla ilgili ayrı ayrı yapılmış çalışmalar olmakla birlikte kan-iğne-yaralanma fobisindeki VVS'nin genetik kökeni ile ilgili yapılmış çalışmalar sınırlı sayıdadır. Bu çalışmada kan, iğne, yaralanma ya da tıbbi girişimlere maruziyet sırasında VVS geçirme öyküsü olduğu bilinen bir birey ve aile üyeleri incelenmiştir. En az üç kuşakta kan-iğne-yaralanma fobisindeki VVS açısından hasta bireylerin olduğu tespit edilen bu ailede söz konusu fenotip açısından pozitif olan iki bireyin DNA örnekleri tüm ekzom dizileme (TED) yöntemi ile değerlendirilmiştir. Varyant filtrelemenin farklı kalıtım kalıpları varsayımı altında tamamlanması ve ailede hastalıktan sorumlu ortak varyant saptanması amaçlanmıştır. Çalışmada öncelikle kan-iğne-yaralanma fobisi ve VVS ile ilgili daha önceki genetik çalışmalarda bu iki durumla ilişkili olabileceği düşünülen genler ve varyantlar iki bireyin TED verileri içerisinde taranmıştır. Ayrıca iki bireyinin TED verileri değerlendirilip bazı kriterler doğrultusunda elemeler gerçekleştirilerek bu veriler üzerinden aday varyantlara gidilmesi amaçlanmıştır. Çalışma sonucunda; daha önce kan-iğne-yaralanma fobisinde çalışılan ADORA2A, COMT, BDNF genlerindeki ve daha önce VVS'de çalışılan ADRB1, ADORA2A ve GNAS1 genlerindeki birer varyantın etkilenmiş iki bireyde de en azından heterozigot saptanması sebebiyle söz konusu varyantların bu ailede de fenotipe bir katkısı olabileceği düşünülmüştür. Ayrıca TED analizi sonucunda her iki bireyde ST6GALNAC3, SLC6A13, LSAMP, KCNN3 genlerinde birer tane ortak varyant saptanmıştır; iki bireyde de ST6GALNAC3 geni 669. pozisyonda adenin yerine sitozin nükleotidinin, SLC6A13 geni 709. pozisyonda guanin yerine adenin nükleotidinin, LSAMP geni 67. pozisyonda sitozin yerine adenin nükleotidinin geçtiği, KCNN3 geninde 200-241. nükleotidleri arasına üçlü AGC tekrarı eklendiği tespit edilmiştir. Neticede bu dört gen, kan-iğne-yaralanma fobisindeki VVS için aday genler olarak değerlendirilebilir. Bildiğimiz kadarıyla bu genlerin kan-iğne-yaralanma fobisi ya da VVS'deki rolü ile ilgili daha önce yapılmış bir çalışma bulunmamaktadır. Bu genler ve bu genler tarafından sentezlenen proteinlerin kan-iğne-yaralanma fobisindeki VVS patogenezindeki rolü ile ilgili daha ileri çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.
Retinoblastom hastalarında görülen germline mutasyonlar ve mutasyonların hasta kliniği ile ilişkilendirilmesi
Retinoblastom, çocukluk çağının en sık görülen kötü huylu göz içi tümörüdür. Knudson'ın "çift vuruş" hipotezine göre RB1 geninin her iki allelinde meydana gelen mutasyonlar sonucu hastalık tablosunun ortaya çıktığı bilinmektedir. Bu mutasyonlardan biri aileden kalıtılabileceği gibi, her iki alleldeki mutasyon somatik olarak retina hücrelerinde de gerçekleşebilir. Aileden kalıtılan yani "germline" mutasyonlara sahip hastaların daha erken yaşta ve bilateral tutulumla başvurma eğiliminde olduğu ortaya konmuştur. Çalışmanın amacı germline mutasyonlara sahip hastalarda mutasyon saptanmayan hastalara göre klinik seyirde farklılıklar olup olmadığını incelemektir. Çalışmada Sanger dizileme metodu ve multipleks ligasyona bağlı amplifikasyon yöntemi kullanılarak germline mutasyon varlığı açısından değerlendirilen toplam 51 retinoblastom olgusunun sonuçları ve klinik bulguları incelenmiştir. Toplam 30 hastada (%58,8) germline mutasyon saptanmıştır. Saptanan mutasyonlardan 8'i daha önce literatürde bildirilmemiş yeni mutasyonlardır. Mutasyon saptanan hastalarda mutasyon olmayan hastalara göre daha erken tanı yaşı (sırasıyla 13,1 ± 15,3 ve 30,4 ± 31,7 ay; p˂0,05), daha yüksek bilaterallik oranı (sırasıyla %56,7 ve %23,8; p˂0,05), daha yüksek multifokalite oranı (sırasıyla %70,7 ve %40,9; p˂0,05) görülmüştür. Unilateral hastaların %44,8'inde de germline mutasyonlar tespit edilmiştir. Mutasyonu olan ve olmayan hastalar arasında Uluslararası Retinoblastom Sınıflamasına göre belirlenen grup yüzde dağılımları da fark göstermiş ve bu farkın Grup A ve Grup D dağılımlarından kaynaklandığı görülmüştür (Grup A için sırasıyla %17,4 ve %0, Grup D için sırasıyla %40,0 ve %26,9; p˂0,05). Mutasyonu olan hastalarda, mutasyonu olmayan hastalara göre intravenöz kemoterapi (sırasıyla 5,6 ± 3,8 ve 2,9 ± 3,6 kür) ve lokal tedavi (sırasıyla 2,6 ± 3,8 ve 1,6 ± 3,8 seans) ihtiyacı da daha yüksek bulunmuştur (p˂0,05). Çalışmamızda ayrıca klinik seyrin farklı mutasyon türleri arasında değişkenlik gösterip göstermediği de incelenmiştir. Saptanan mutasyonlar içerisinde en sık anlamsız mutasyonlar (%33,3) görülmüştür. Bunu %23,3 ile yanlış anlamlı mutasyonlar, %20,0 ile çerçeve kayması mutasyonları, %16,7 ile kırpılma bölgesi mutasyonları takip etmiştir. Anlamsız ve çerçeve kayması mutasyonlarının (sırasıyla 6,7 ± 4,8 ve 7,5 ± 7,9 ay) yanlış anlamlı ve kırpılma bölgesi mutasyonlarına göre (sırasıyla 21,0 ± 22,5 ve 21,2 ± 21,5 ay) daha erken tanı yaşı ile ilişkili olduğu bulunmuştur (p˂0,05). Mutasyon türleri arasında lateralitenin de değişkenlik gösterdiği, yanlış anlamlı mutasyonlara sahip hastaların tamamında (%100) unilateral hastalık olduğu görülmüştür (p˂0,05). Enükleasyon oranları karşılaştırıldığında, çerçeve kayması ve kırpılma bölgesi mutasyonlarına sahip hastalara ait gözlerde (sırasıyla %54,5 ve %57,1) anlamsız ve yanlış anlamlı mutasyon görülen hastaların gözlerine kıyasla (sırasıyla %16,7 ve %14,3) daha yüksek enükleasyon oranı saptanmıştır (p˂0,05). Retinoblastom hastalarında saptanan germline mutasyon varlığı ve mutasyonların türlerinin klinik seyri ve tedavi ihtiyacını etkileyebileceği sonucuna varılmıştır. Mutasyonu olan hastalarda literatürde tanımlanan daha erken tanı yaşı, daha yüksek bilateralite ve multifokalite oranına ek olarak daha fazla intravenöz kemoterapi ve lokal tedavi ihtiyacı olduğu görülmüştür. Unilateral hastaların yarısına yakınında germline mutasyon saptanmış olması dikkat çekmiştir. Ek olarak mutasyon tiplerine göre tanı yaşı ve lateralitenin değişkenlik gösterebileceği tespit edilmiş, anlamsız ve çerçeve kayması mutasyonlarında daha erken tanı yaşı ve yanlış anlamlı mutasyonlarda daha fazla unilateralite oranı görülmüştür. Ayrıca çerçeve kayması ve kırpılma bölgesi mutasyonlarında enükleasyon oranları daha yüksek bulunmuştur. Her hasta için uygun bir takip algoritması oluşturmak ve hastaların aile planlaması ve ikincil kanserler açısından etkin bir şekilde değerlendirilmesini sağlamak için tüm retinoblastom hastalarına rutin olarak genetik inceleme yapılmalıdır.
Ailesel hiperkolesteroleminin genetik nedenlerinin araştırılması
Ailesel hiperkolesterolemi plazma kolesterol düzeylerinde yükseklik ve erken dönemde kardiyovasküler hastalık gelişimi ile karakterize genetik bir hastalıktır. Bu çalışma, ailesel hiperkolesteroleminin genetik nedenlerini kapsamlı bir şekilde değerlendirmek, klinik ve genetik ilişkisini incelemek amacı ile planlanmıştır. Bu amaçlar doğrultusunda, Simon Broome Kriteri'ne göre ailesel hiperkolesterolemi tanısı alan 52 hasta çalışmaya alınmıştır. İlk aşamada, LDLR geni tüm hastalarda Sanger yöntemi ile dizilenmiştir. Hastalık ilişkili mutasyon saptanmayanlara, sırası ile önce APOB geni 26. ve 29. ekzonları ve PCSK9 genine yönelik DNA dizi analizi yapılmıştır. Üç genin dizilenmesi sonucunda, toplamda 28 hastada LDLR geninde patojenik mutasyon saptanmıştır. Bunlardan iki tanesi daha önce bildirilmemiştir. Kalan 24 hastada öncelikle LDLR kopya sayısı değişikliklerine yönelik MLPA yapılmış ve bir hastada LDLR'de homozigot ekzon 11-12 duplikasyonu saptanmıştır. Bu aşamada mutasyon saptanmayan hastalarda NGS paneli ile etiyolojide yer alan genler araştırılmış ve NGS paneli ile bir hastada, LDLRAP1 geninde ve iki hastada APOE geninde hastalık ile ilişkili mutasyon saptanmıştır. Bir hastada ise LDLR geninde saptanan sinonim mutasyonun, RNA çalışması ile splice değişikliğine neden olduğu tespit edilmiştir ve bu mutasyon patojenik olarak sınıflandırılmıştır. Toplamda 33 hastada monogenik bir neden saptanırken, 1 hastada LDLR geninde önemi bilinmeyen değişiklik saptanmıştır. 18 hastada ise monogenik neden saptanmamıştır. Monogenik etiyolojiye yönelik olarak bu çalışmalar dışında, hastalığın poligenik etiyolojisine yönelik değerlendirilmeler yapılmıştır. Bu amaçla, daha önce literatürde bildirilen, 12 SNP bölgesi genotiplenmiştir. İlk basamakta mutasyon saptanan 28 hasta Sanger yöntemi ile genotipleme yapılırken, kalan 24 hastada monogenik nedenleri belirlemek için yapılan NGS paneli kullanılmıştır. Bu SNP'ler kullanılarak, mutasyon saptanan/saptanmayan hasta grupları ve bir kontrol örnekleminde 12 ve 6 SNP (genotiplenen 12 SNP içinden seçilen SNP'ler) içeren 2 farklı poligenik risk skoru hesaplanmıştır. Hesaplanan skorların ortalamaları gruplar arasında karşılaştırılmıştır. Bu şekilde, Türk popülasyonunda ilk defa, poligenik etiyolojinin hastalıktaki rolü değerlendirilmiştir. Sonuç olarak, Türk popülasyonunda diğer popülasyonlara benzer şekilde mutasyon negatif hastaların skor ortalamaları kontrollere ve mutasyon pozitiflere göre yüksek bulunmuştur. Ayrıca monogenik hastalığın ortaya çıkışında poligenik faktörlerin etkili olabileceği de gösterilmiştir. Bulunan genetik değişikliklerin klinik ve biyokimyasal parametreler ile ilişkileri de araştırılmıştır. Son olarak, hastalarda bulunan sonuçlar doğrultusunda genetik danışma verilmiş, hastalar tedavi ve takipleri için ilgili kliniklere yönlendirilmiştir.
Karakterize edilemeyen kalıtsal kemik iliği yetmezliklerinde genetik nedenlerin araştırılması
Kalıtsal Kemik İliği Yetmezliği Sendromları hematopoez sürecinde tek bir hücre serisinde azlık şeklinde ortaya çıkabildiği gibi ikili ya da üçlü seride yetmezlik şeklinde de ortaya çıkabilen heterojen bir hastalık grubudur. Klasik örneklerini Fanconi Anemisi, Diskeratozis Konjenita, Shwachman Diamond Sendromu gibi hastalıklar oluştururken, bilinen kemik iliği yetmezlikleri ile uyumlu olmayıp, bir ya da daha fazla hücre hattındaki kemik iliği yetmezliğine diğer sistemik bulguların eşlik ettiği heterojen hastalık grubu "Karakterize Edilemeyen Kemik İliği Yetmezlikleri" olarak tanımlanmaktadır. Bu tez çalışmasında, Türkiye genelinden karakterize edilemeyen kemik iliği yetmezliği ön tanısı ile gönderilen 17 indeks vaka öncelikle genom boyu kopya sayısı değişiklikleri açısından değerlendirilmiş ardından tüm ekzom dizileme yöntemi kullanılarak incelenmiştir. 7 hastada daha önce kemik iliği yetmezliği ile ilişkilendirilen telomer boy sürdürülmesinde, amino asit metabolizmasında, ribozom maturasyonunda, vitamin metabolizmasında ve diğer hücresel süreçlerde görevli genlerde nedensel varyantlar saptanırken 1 hastada klinik önemi bilinmeyen kopya sayısı değişikliği gözlenmiştir. Bunlara ek olarak, kemik iliği yetmezliği, gelişme geriliği ve dismorfik bulgulara sahip bir birey ile etkilenmiş kardeşinin de yer aldığı çekirdek ailesinde homozigotluk haritalaması yapılarak p53 ilişkili apoptoz yolaklarında görevli ve şu ana kadar kalıtsal kemik iliği yetmezliği fenotipi ile ilişkilendirilmemiş olan güçlü bir aday gene ulaşılmıştır. Sonuç olarak, bu tez çalışması ile karakterize edilemeyen kemik iliği yetmezlikleri başlığı altında genetik ve fenotipik açıdan oldukça heterojen bir grup hasta ile karşı karşıya kalındığı, harman fenotipler ve germline mutasyona eklenen somatik değişikliklerin yüksek fenotip çeşitliliği gösteren bu grupta ayırıcı tanıyı zorlaştırdığı ortaya konmuştur.
Mmarmara denizinde yayılış gösteren merluccius merluccius (linnaeus, 1758) balığını enfekte eden myxozoa (cnıdarıa) parazitlerinin biyolojik çeşitliliği ve enfeksiyon dinamiklerinin belirlenmesi
Bu çalışmada Marmara Denizinde yayılış gösteren Merluccius merluccius L., 1758 (Berlam) türünü enfekte eden Myxozoa grubu balık parazitlerinin biyolojik çeşitliliklerinin ve parazitolojik özelliklerinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Bu amaçla Yalova açıkları ve İzmit körfezini kapsayan Doğu Marmara Denizi kıyılarından 47 adet Berlam örneği temin edilmiş ve parazitolojik incelemeye tabi tutulmuştur. Bu tez çalışması kapsamında 12 adet Berlam konak balığının safra kesesinde 2 farklı parazit türünün varlığı belirlenmiştir. Miksospor morfolojisi, miksosporların morfometrik ölçümleri ve 18S rDNA nükleotid dizilerine dayalı moleküler filogenetik analizler bu parazitlerden bir tanesinin Pseudalataspora vanderlingeni olduğunu ortaya koymuştur. Diğer Myxozoa türü daima P. vanderlingeni ile karışık olarak gözlemlendiğinden genetik veri elde edilememiştir. Buna karşın miksospor morfolojisi bu türün Ceratomyxa cinsine ait olduğunu göstermiştir. Ayrıca miksospor morfolojisi ve morfometrik ölçümler Ceratomyxa sp.-1 türünün Türkiye denizlerinden bu güne kadar rapor edilmiş Ceratomyxa türlerinden farklı bir tür olduğunu ortaya koymuştur. Ek olarak elde edilen veriler bu türün mevcut tanımlanmış tüm Ceratomyxa türlerinden farklı olduğunu dolayısıyla yeni bir tür olabileceğini ortaya koymuştur. Ancak bu ön görünün moleküler filogenetik analizler ile desteklenmesi gerekmektedir. Parazitolojik olarak değerlendirildiğinde Ceratomyxa sp.-1 örneklerinin %10.6 enfeksiyon oranı ve 3+ parazit yoğunluğu gösterdiği buna karşın P. vanderlingeni örneklerinin ise %14.8 enfeksiyon oranı ve 3+ parazit yoğunluğu gösterdiği belirlenmiştir. Sonuç olarak bu çalışma Türkiye'den M. merluccius L., 1758 konak balığından Myxozoa grubu balık parazitlerinin ilk kaydını vermektedir. Ek olarak, Marmara Denizinde bu güne kadar Türkiye denizlerinden rapor edilmiş Ceratomyxa türlerinden farklı bir Ceratomyxa türünün varlığını ortaya koymuştur. Ayrıca bu çalışma hem Pseudalataspora cinsi hem de P. vanderlingeni türü için Türkiye denizlerinden ilk kaydı vermektedir.
Gençlikte başlayan erişkin tip diyabet (MODY) ile ilişkilendirilmiş genlerde mutasyon saptanmayan hastalar ve ailelerinde tüm ekzom dizileme yöntemiyle yeni genetik değişikliklerin araştırılması
Amaç: Gençlerde erişkin başlangıçlı diyabet (MODY), monogenik diyabetin en yaygın tipidir. MODY, genetik olarak heterojen bir hastalıktır. Şu ana kadar 14 farklı gen ile ilişkilendirilmiş 14 farklı alt tipi tanımlanmıştır. Günümüzde moleküler tanısının konulabilmesi için son yıllarda artan şekilde yeni nesil dizileme teknolojileri kullanılmaktadır. İlk basamakta bilinen genlere yönelik hedeflenmiş paneller uygulanmakta fakat hastaların yaklaşık %20-30'unda genetik etiyoloji açıklanamamaktadır (MODY-X). Bu çalışmada, MODY-X hasta grubunda Diabetes Mellitus (DM) patogenezinde rol oynayan ilave gen ve yolakların ortaya çıkarılması amaçlanmaktadır. Gereç ve Yöntem: Çalışmada, 2020-2023 yılları arasında İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi, Tıbbi Genetik Anabilim Dalı'na MODY ön tanısıyla başvuran, bu nedenle takip edilen, en az 3 kuşak akrabasında DM tanısı bulunan ve MODY etiyolojisine yönelik yapılan hedeflenmiş panellerle genetik tanısı konulamamış olan 5 hasta ve onların etkilenmiş 1.derece bir yakınına (5 aile, n=10) periferik kandan tüm ekzom dizileme yöntemi uygulanmıştır. Bulgular: Çalışmada yer alan 2 farklı ailede GIGYF1 geninde 2 adet novel varyant ve 2 farklı aileden 3 bireyde SLC30A8 geninde 1 adet novel varyant saptanmıştır. Ayrıca hastalarda daha önce monogenik diyabet etiyolojisinde aday gen olarak bahsedilen GCKR, SLC30A8, MAPK8IP1, ITPR3, ONECUT1 genleri ve daha önce diyabetik hastalarda gösterilmemiş olan RFX7, RAP1GAP, EXOC7 genlerinde anlamlı olabileceği düşünülen varyantlar saptanmıştır. Sonuç: Genomda kodlayan bölgeleri hedefleyen tüm ekzom dizileme yöntemi, hedeflenmiş panellerin tanı koymakta yetersiz kaldığı MODY-X hasta grubunda özellikle genetik araştırmayı derinleştirmek, hastalığa sebep olabilecek yeni genler ve varyantları belirlemek, hastalığın moleküler patogenezini daha iyi anlamak adına önemli bir katkı sunmaktadır. Daha önce DM ile ikişkilendirilmiş genlerin yanında bu çalışma ile ilk defa tespit edilmiş aday genlerin de MODY kliniğinde etkili olabileceği gösterilmiştir. Anahtar Kelimeler: Diabetes Mellitus, MODY, MODY-X, Tüm ekzom dizileme
Amerikan futbolu oyuncularında ACTN-3 (R577X) geninin sürate etkisinin araştırılması
Amerikan futbolu; kısa süreli yön değiştirme, sprint, ikili mücadele, hızlanma, yavaşlama ve sıçrama gibi yüksek yoğunluklu tip-2 kas lifi aktivitelerinin ön planda olduğu bir spor branşıdır. Amerikan futbolunda başarı, çok yönlü hareket kabiliyeti ve üst düzey kuvvet üretme kapasitesine bağlıdır. Bu bağlamda, yön değiştirme yeteneği, sprint hızı ve dikey sıçrama performansı, oyuncuların atletik başarılarını belirleyen kritik faktörler arasında yer almaktadır. Diğer spor branşlarında olduğu gibi, Amerikan futbolunda da performans ve başarı; antrenman, ekipman kullanımı gibi çevresel faktörlerin yanı sıra genetik faktörler tarafından belirlenmektedir. Spor genetiği, bireylerin atletik performansını etkileyen genetik varyasyonları inceleyen bir bilim dalıdır. Bu varyasyonların doğru şekilde tespit edilmesi ve analiz edilmesi, yetenek seçiminin optimize edilmesine ve oyuncuların antrenman programlarının bireysel özelliklerine uygun olarak daha verimli hale getirilmesine katkı sağlar. Bu çalışmada, Türkiye Korumalı Futbol Profesyonel Ligi'nde oynayan 53 erkek Amerikan futbolu oyuncusunda ACTN-3 genindeki R577X (rs1815739) polimorfizminin sürat performansı üzerindeki etkisi incelendi. Bunun için çalışmaya, bu ligde oynayan ve yaş aralığı 18-30 arasında olan 53 erkek sporcu dahil edildi. Sporculara dikey sıçrama, 3 koni drill ve 40 yard sprint testi gibi performans testleri uygulandı ve ağız içi epitel hücrelerinden örnekler alındı. Epitel hücrelerden elde edilen DNA kullanılarak polimeraz zincir tepkimesi (PCR)-restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (RFLP) tekniği ile rs1815739 polimorfizmi analiz edildi. Sporcuların genotipleri ile performans testlerinin sonuçları birlikte değerlendirildi. Katılımcıların polimorfizm dağılımları incelendiğinde, %35,8'inin (n=19) CC, %49,1'inin (n=26) CT ve %15,1'inin (n=8) TT genotipine sahip olduğu belirlendi. Allel frekansları incelendiğinde ise C allelinin %60,4 (n=64) ve T allelinin %39,6 (n=42) oranında dağılım gösterdiği tespit edildi. Sonuç olarak; bu çalışmanın bulguları, ACTN-3 R577X polimorfizminin sprint ve patlayıcı güç gerektiren motorik görevlerde performans farklılıklarına yol açabileceğine ilişkin literatürle genel olarak tutarlıdır.
Asendan aort anevrizmalı hastalarda lncRNA LUCAT1 ekspresyonu ile inflamasyon belirteçleri arasındaki ilişkinin araştırılması
Aort anevrizmaları, aort duvarının zayıflamasından kaynaklanan ve aortun ≥%50 (1,5 kat) anormal genişlemesine yol açan ciddi damar hastalıkları olup aort diseksiyonu gibi hayatı tehdit eden komplikasyonlara yol açabilmektedir. Aort anevrizmalarının başlıca nedenleri arasında sigara kullanımı, beyaz ırk, erkek cinsiyet, aile öyküsü, hipertansiyon, hiperlipidemi, biküspid aort valfi yer almaktadır. Diğer nedenler arasında ateroskleroz, travma, bağ dokusu bozuklukları, enfeksiyonlar ve inflamatuvar hastalıklar yer almaktadır. Son yıllarda lncRNA'lar kardiyovasküler hastalıkların gelişiminde önem kazanmıştır. LncRNA LUCAT1, sitoplazmada transkripsiyon sonrası ve translasyonel süreçlerin düzenleyicisi olarak tanımlanırken, çekirdekteki varlığı epigenetik ve transkripsiyonel düzenlemedeki rollerle ilişkilendirilmiştir. Aort anevrizmalarının gelişiminde yer alan inflamatuvar süreçler, LUCAT1'in ekspresyonunu etkileyerek hastalığın ilerlemesine katkıda bulunabilmektedir. Ayrıca, LUCAT1 vasküler düz kas hücrelerinin fenotipik değişiminin düzenlenmesinde rol oynamaktadır. Çalışmamızın amacı, asendan aort anevrizması (AsAA) olan hastalarda ve sağlıklı kontrollerde lncRNA LUCAT1'in ekspresyon düzeylerini ve inflamatuvar sitokinlerden IL-6 ve TNF-α'nın plazma düzeylerini belirlemektir. Çalışmamızda AsAA tanısı alan 56 hasta ve 74 sağlıklı kontrolde LUCAT1 ekspresyonu kantitatif gerçek zamanlı-polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PCR), IL-6 ve TNF-α sitokin düzeyleri ise ELISA yöntemi ile belirlendi. LUCAT1 ekspresyon düzeyleri AsAA grubunda sağlıklı kontrollere kıyasla anlamlı derecede düşük bulundu (p<0.001). AsAA ve kontrol grupları arasında plazma IL-6 ve TNF-α düzeyleri karşılaştırıldığında, IL-6 ekspresyonu hasta grubunda kontrol grubuna kıyasla yüksek bulundu ancak sonuçlarımız istatistiksel anlamlılık sınırına ulaşamadı (p=0.070), hasta ve kontrol grupları arasında TNF-α düzeyleri açısından anlamlı bir fark tespit edilmedi (p=0.535). LUCAT1 ekspresyonu ile biyokimyasal parametreler arasındaki ilişki Spearman's korelasyon testi ile değerlendirildiğinde, AsAA grubunda LUCAT1 ekspresyonu ile ürik asit arasında pozitif yönde (rs=0.251, p=0.062), CK-MB arasında ise negatif yönde bir korelasyon tespit edildi (rs=-0.242, p=0.076). Ancak sonuçlarımız istatistiksel anlamlılık sınırına ulaşamadı. Sonuç olarak, AsAA grubunda kontrol grubuna kıyasla LUCAT1 ekspresyon düzeyinin anlamlı derecede düşük bulunması AsAA patogenezinde lncRNA LUCAT1'in önemli bir rolü olduğunu düşündürmektedir. LUCAT1'in aşağı yönde regülasyonu vasküler düz kas hücrelerinin fenotipik değişiminde ve dolayısıyla vasküler tonusta rol oynayabilir.
Monogenik obezite olgularında genetik etiyolojinin araştırılması
Amaç: Erken başlangıçlı şiddetli obezite, tek bir gendeki patojenik varyantlara bağlı gelişebilen nadir bir form olan monogenik obezite ile ilişkilidir. Genellikle hiperfaji, metabolik bozukluklar ve nörogelişimsel bulgularla birliktelik gösterir. Bu çalışmada, erken yaşta başlayan obezite ve hiperfaji öyküsü olan bireylerde WES ile monogenik obeziteye neden olabilecek nadir varyantların tanımlanması ve bu varyantların olası biyolojik etkilerinin moleküler düzeyde değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya, obezite başlangıç yaşı 3 ay ile 10 yaş arasında değişen, hiperfaji öyküsü bulunan ve ayrıntılı fenotipleme yapılmış 24 birey dahil edilmiştir. Klinik veriler kapsamlı şekilde toplanmış, tüm ekzom dizileme gerçekleştirilmiş ve varyantlar ACMG kriterlerine göre sınıflandırılmıştır. Moleküler etkiler, protein-protein etkileşim ve biyolojik yolak analizleri ile desteklenmiştir. Bulgular: Olguların 13'ünde (%54) erken başlangıçlı obeziteyle ilişkili nadir varyantlar saptanmıştır; bunların %47'si novel olup daha önce bildirilmemiştir. Varyantlar sıklıkla LEPR, MC4R, NUCB2 gibi enerji homeostazında görevli genlerde yer almakta; bazı sendromik olgular ise SETD1A, NSD1 gibi epigenetik düzenleyici genlerde varyant taşımaktadır. Varyant saptanmayan bireylerin çoğunda hipotalamik veya metabolik işlevlerle ilişkili VUS'lar mevcuttur. Sonuç: Bulgular, erken başlangıçlı obezitenin yalnızca monogenik değil; epigenetik ve nörogelişimsel mekanizmaların da dahil olduğu karmaşık genetik etkileşimlerle şekillendiğini göstermektedir. WES, tanıda önemli bir araçtır ancak varyantların biyolojik etkileri fonksiyonel çalışmalarla doğrulanmalıdır. Anahtar Kelimeler: Monogenik obezite, hiperfaji, leptin-melanokortin yolağı, WES.
Shwachman-diamond sendromuna neden olan genetik etyolojinin belirlenmesi
Shwachman-Diamond sendromu (SDS, OMIM #260400) ekzokrin pankreas disfonksiyonu, iskelet bulguları, kemik iliği yetmezliği, miyelodisplastik sendrom ve lösemi (özellikle akut miyeloid lösemi) için artmış risk ile karakterize otozomal resesif bir hastalıktır. Ribozomopatiler içerisinde kalıtsal kemik iliği yetmezlikleri altında sınıflandırılan klinik olarak heterojen ve tanısı zor olan bu sendrom için son yıllarda yeni genlerde mutasyonlar bildirilerek hastalığın genetik heterojenliği de ortaya konmuştur. Bu çalışmada Türkiye genelinden SDS ön tanısı ile gönderilen hastaların fenotipik ve genotipik bulguları incelenmiştir. Ayrıca SDS fenotipi gösteren fakat bilinen genlerde herhangi bir mutasyon saptanmayan 8 bireye tüm ekzom dizileme (WES) analizi yapılarak etiyolojiye yönelik yeni genlerin bulunması hedeflenmiştir. Yapılan WES analizi sonucunda bir hastada TBXAS1 geninde patojen olduğu in silico olarak belirlenen bir varyant saptanmıştır ve asıl tanının Ghosal hematodiyafizyel sendrom olduğu belirlenmiştir. SDS fenotipinde görülen hemen hemen tüm bulgulara sahip bir hastada ise homozigotluk haritalamasının da yapılmasıyla güçlü bir aday gene ulaşılmıştır. Bu gen mikrotübül ilişkili protein ailesine ait bir protein kodlamakta olup günümüzde insanlarda herhangi bir fenotip ile ilişkilendirilmemiştir. Yine SDS fenotipi ile uyumlu bir hastada ekzositozda görevli olduğu bilinen bir gende nadir nonsense bir değişiklik saptanarak olası başka bir aday gene ulaşılmıştır. Kalan 5 hastada ise homozigot ve bileşik heterozigot filtrelemeler ile saptanan varyantlardan herhangi bir aday gene ulaşılamamıştır. Heterozigot varyant filtrelemesi ise devam etmektedir. Sonuç olarak çalışma hedefi olan yeni genlerin bulunmasına yönelik ilk basamak gerçekleştirilerek güçlü aday genler belirlenmiştir. Bu genlere yönelik fonksiyonel çalışmaların yapılması etiyolojinin aydınlatılmasına önemli katkı sağlayacaktır.