Genetik
Bu konu başlığı altında 192 tez
Balda genetiği değiştirilmiş organizma varlığının araştırılması
Gen, Yunanca kökenli bir kelime olup doğum, başlangıç anlamına gelen "genos"tan gelmektedir. Genler; canlıların kuşaktan kuşağa geçen özelliklerini (boy, renk, hastalıklara dayanıklılık, yüksek verim gibi) şifreleyen birimler olup yaşamı belirleyen genler DNA sarmalı içinde yer almaktadır. Bir canlı türüne başka bir canlı türünden gen aktarılması veya mevcut genetik yapıya müdahale edilmesi yoluyla yeni genetik özellikler kazandırılmasını sağlayan ve gen teknolojisi ile doğal süreçler ile edinilmesi mümkün olmayan yeni özellikler kazandırılmış GDO ürünlerin insan sağlığı ve çevre üzerindeki olası olumsuz etkileri uzunca süredir tartışılmaktadır. 1996'da piyasaya sürülmesinden bu yana, üretimi ve pazara sunulması konusunda çeşitli tartışmalar devam etmektedir Dünya çapında artan ekim alanları genetiği değiştirilmiş (GD) ürünlerin gelecekte yaygın kullanılacağını göstermekte ve bu durum ise oldukça ilgi çekmektedir. Genetiği değiştirilmiş organizmalar tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de oldukça güncel ve yeni bir konudur. Konunun sağlık hizmetini sürdüren sağlık profesyonellerince bilinmesi büyük önem taşımaktadır. Materyal: Çalışmamızda 20 adet paketli ve 20 adet açık bal örneğinde GDO olup olmadığı araştırılmıştır. Örneklerden kapalı olanlar farklı markalara ait olup süpermarketlerden temin edilirken açık olan örnekler ise numune olarak toplanmıştır. Örnekler steril kap içerisinde toplanıp kısa sürede analiz için labaratuara ulaştırılmıştır. Metod: . Örneklerden 1'er yemek kaşığı alınarak DNA izolasyonu yapılmıştır. İzole edilen DNA'lar Roche 480 II Real time PCR cihazı ile çalışılmış, testin performansını değerlendirmek için kontrol testi de yapılmıştır. İncelenen bal örneklerinde GDO varlığına rastlanmamıştır. Amaç: Bu çalışma ülkemizde üretilen ballarda GDO varlığının araştırılması eğer saptanırsa düzeyinin belirlenmesi amacını taşımaktadır. Anahtar kelimeler: Genetiği değiştirilmiş, GDO, Bal
Aydın bölgesindeki bal arılarında (apis mellifera ) bulunan varroa destructor'un (akar: varroidae) genetik karakterizasyonu
Bu çalışmada; Aydın bölgesinde bal arılarında (Apis mellifera) görülen Varroa destructor'un mitokondriyal Cox1 geninin haplotiplerinin belirlenmesi amacıyla farklı iki teknik modifiye edilerek uygulanmıştır. Haplotip belirlenmesi amacıyla farklı sekansa sahip iki primer (ADA 01) Forward 5′-TACAAAGAGGGAAGAAGCAGCC-3′ ve Reverse 5′-GCCCCTATTCTTAATACATAGTGAAAATG-3′ ve (ADA 02) [5′GG(A/G)GG(A/T)GA(C/T)CC(A/T)ATT(C/T)T(A/T)TATCAAC3′] COXF ve [5′GG(A/T)GACCTGT(A/TA(A/T)AATAGCAAATAC3′] COXRa seçilmiştir. (ADA 01) Forward 5′-TACAAAGAGGGAAGAAGCAGCC-3′ ve Reverse 5′-GCCCCTATTCTTAATACATAGTGAAAATG-3′ sekansa sahip primerle 376 bp büyüklüğünde DNA amplifiye edilmiştir. Amplifiye ürüne SacI restriksiyon enzimi uygulanmış ancak bu restriksiyon enzimi DNA'yı kesmediği görülmüştür. (ADA 02) [5'GG(A/G)GG(A/T)GA(C/T)CC(A/T)ATT(C/T)T(A/T)TATCAAC3'] COXF ve [5'GG(A/T)GACCTGT(A/TA(A/T)AATAGCAAATAC3'] COXRa sekansa sahip primerle 570 bp büyüklüğünde amplifiye DNA elde edilmiştir. Elde edilen amplifiye DNA'ya XhoI restriksiyon enzimi ve SacI restriksiyon enzimleri uygulanmıştır. Ancak SacI restriksiyon enzimi DNA'yı kesmediği, XhoI restriksiyon enziminin ise elde edilen genomik DNA amplifikasyonunda 270 ve 300 bp büyüklüğünde iki band oluşturduğu saptanmıştır. Sonuçlar karşılaştırıldığında; Elde edilen bandların V. destructor Kore haplotipi için spesifik olduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak; Varroa destructor'un haplotipinin belirlenmesine yönelik yapılan bu araştırmada, İncelenen 200 örneğin tamamının V. destructor Kore haplotipi olduğu saptanmıştır. Anahtar kelimeler: Varroa destructor, Genetik karakterizasyon, Aydın
Türkiye'de bazı köpek ırklarında kalça ve dirsek displazisinin FCI (Federation Cynologique Internatinale) ve IEWG (International) kriterlerine göre radyografik değerlendirmeleri ve DNA tabanlı prediktif kan testleri sonuçlarıyla ilişkilendirilmesi
Bu çalışmada, köpeklerdeki gelişimsel ortopedik hastalıklardan kalça ve dirsek displazisi oluşumunda etkili olabilecek gen polimorfizmlerinin araştırılması ve elde edilen genetik bilginin hastalığı taşıyan köpeklerin erken yaşta tespit edilmesi ve hastalığa yatkınlık konularında kullanılma potansiyellerinin değerlendirilmesi amaçlandı. Bu bağlamda, hasta ve sağlıklı hayvanlara ait radyolojik bulgular seçilen dört polimorfizme ait genotipik veri seti ile karşılaştırıldı. Çalışmaya 30 adet (n=30) Alman Çoban ve 30 adet (n=30) Labrador Retriever ırkı köpek dahil edildi. Tamamı 1 yaşını doldurup kemik olgunluğuna ulaşmış olan bu köpeklerden 36'sı dişi ve 24'ü erkekti. Damızlık izni almak üzere rutin tarama için getirilen köpeklere yapılan topallık ve ortopedik muayene sonrasında anestezi altında pelvis ve dirsek radyografileri uygun pozisyonlarda çekildi. Radyografiler FCI ve IEWG kriterlerine göre değerlendirildi ve derecelendirildi. Alınan kan örneklerinden gerçekleştirilen DNA izolasyonunu takiben genotiplendirme işlemi Real Time PCR teknolojisi kullanılarak yapıldı. Elde edilen veriler istatistiksel olarak analiz edildi. İstatistiksel analizlere göre sadece kalça displazisi yönünden hasta olan köpeklerde, dişiler ve erkekler arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulundu (p=0,0036). Hem kalça hem de dirsek displazisi yönünden hasta olarak değerlendirilen köpeklerde, SMYD3 gen lokasyonuna yakın (rs8897564) numaralı SNP1 arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulundu (sırasıyla p=0,015; p=0,007). Sonuç olarak, kalça/dirsek displazisinde etkili olduğu belirlenen gen lokasyonlarına yakın meydana gelen polimorfizmler ilk kez bu çalışma ile değerlendirildi ve SMYD3 gen lokasyonuna yakın meydana gelen (rs8897564) numaralı tek nükleotid mutasyonu (SNP1) hem kalça hem de dirsek displazisi için anlamlı bulundu. İlk kez dirsek displazisinde değerlendirilen bu polimorfizmin daha sonra yapılacak çalışmalara ışık tutacaktır. Anahtar Sözcükler: Kalça displazisi, dirsek displazisi, FCI, IEWG, tek nükleotid polimorfizmi (SNP), genetik, radyografik değerlendirme
Oksalat dekarboksilaz enziminin rekombinant DNA teknolojisi ile üretimi ve karakterizasyonu
Oksalat taşları üriner sistemde biriken kalsiyum ve oksalik asidin oluşturduğu yapılardır. Oksalat taşları ileri zamanlarda böbrek taşı oluşturur ve erken tanısı için idrar oksalat seviyelerinin ölçülmesi önemlidir. Ülkemizde ve dünyada oksalat seviyeleri oksalat oksidaz ve oksalat dekarboksilaz olmak üzere iki farklı yöntem ile ölçülmektedir. Oksalat oksidaz yönteminde Oksalattan H2O2 ve CO2 açığa çıkarken, Oksalat dekarboksilaz yönteminde reaksiyon sonunda oluşan format'ın format dehidrogenaz enzimiyle parçalandığında açığa çıkan NADH+'nın spektrofotometrik yöntemle ölçülmesiyle oksalat miktarı tayin edilebilmektedir. Bu çalışmada, oksalat dekarboksilaz enziminin rekombinant DNA teknolojisi ile üretimi hedeflenmiştir. Böylece elde edilen rekombinant oksalat dekarboksilaz enzimi ticari olarak satılan format dehidrogenaz enzimi ile birlikte kullanılarak oksalat tayininde kullanılacak bir ölçüm metodunun geliştirilmesi hedeflenmiştir. Bunun için Basillus subtilis M168 suşundan elde edilen yvrK geni pET SUMO TA Cloning® vektör sistemi ile One Shot® Mach1™-T1R Escherichia coli ve BL21(DE3) One Shot® Escherichia coli mikroorganizmalarına aktarılarak klonlama ve protein ifadesi işlemleri yapılmıştır. Böylelikle elde edilen 6xHis-SUMO-yvrK füzyon proteini başarılı bir şekilde üretilmiştir. Gerekli kofaktör, optimum pH ve sıcaklık sağlanıp karakterizasyonu ve enzim aktivitesi belirtilmiştir. Ayrıca ticari olarak temin edilen format dehidrogenaz enzimi de kullanılarak idrarda oksalat miktarını ölçmekde kullanılabilecek enzimatik aktivitesi yüksek bir oksalat ölçüm metodu geliştirilmiştir.
PLGA-kurkumin nano-formülasyonunun kanser hücrelerinde NF-kB'nin p65 alt birimi düzeyi üzerindeki etkisinin incelenmesi
Kanser kemoterapi ajanlarının sağlıklı hücreler üzerindeki toksik etkilerine ek olarak bu ilaçların özellikle klinik kullanımdaki yüksek maliyeti göz önüne alındığında prooksidan polifenoller ile etkinliklerinin artırılması önem taşımaktadır. Geleneksel sitotoksik kemoterapi, birçok kanser türü için hâlâ tercih edilen bir tedavi yöntemi olarak devam etmesine rağmen son yıllarda kanser tedavisinde çarpıcı bir değişim meydana gelmiştir. Kanser hücreleri için daha seçici etki gösterecek ve böylece normal hücreler üzerinde istenmeyen yan etkileri önleyerek daha az yan etkiye neden olacak yeni ilaçların tasarlanmasında büyük çaba gösterilmiştir. Son yıllarda önemi giderek artan bir yaklaşım olan polimerik nanoparçacıkların ilaç taşıyıcılar olarak kullanılmasıyla daha az sistemik yan etki görülmekte ve tümör dokusunda daha yüksek ilaç konsantrasyonlarına ulaşılmakta ve tedavi etkinliği belirgin ölçüde artırılmaktadır. Polimerik materyaller arasında en sık kullanılan polilaktik-ko- glikolik asit (PLGA), fizyolojik ortamda inert, biyoparçalanabilir, biyouyumlu olması ve toksik olmayan ürünlere parçalanabilmesi nedeniyle yeni ilaç taşıyıcı sistemlerde yaygın olarak kullanılan ve Amerikan Gıda ve İlaç Dairesi (FDA, Food and Drug Administration) tarafından da onaylamış bir biyomateryaldir. Birçok çalışmada prooksidan etkisine sahip polifenollerin başında gelen kurkuminin insanlardaki farmokinetiğin, güvenliğin ve etkinliği ortaya konulmuştur. Son zamanlarda kurkuminin antikanser aktivitesi gösterilmiş kanser tedavisindeki önleyici ve tedavi edici potansiyeli vurgulanmıştır. Ancak bu bileşiğin sudaki çözünürlüğü düşük olduğundan biyolojik aktivite testlerinde yüksek konsantrasyonda kullanımı sorunla karşılaşmaktadır. Nükleer Faktör Kappa B (NF-kB); enflamasyon, immün yanıt, proliferasyon ve apopitoziste sorumlu olan çok sayıda genin önemli bir regülatörü olan transkripsiyon faktörüdür. NF-kB, tüm hücrelerde sitoplazma içerisinde inaktif halde bulunur. NF-kB, Ranjan Sen ve David Baltimore tarafından 1986 yılında B lenfositlerin çekirdeklerinde immünglobulin kappa hafif zinciri geninde enhancer bölgesine bağlanan bir faktör olarak tanımlanmıştır. NF-kB protein kompleksi beş farklı alt proteinden (NF-kB1 (p50/p105), NF-kB2 (p52/p100), RelA (p65), RelB ve c-Rel) oluşmaktadır. NF-kB immün sistemin normal çalışması için gereklidir. NF-kB'nin tümör hücrelerinin gelişiminde etkili olduğu ve NF-kB inhibisyonunun gerçekleşmesi halinde tümör hücrelerini kemoterapiye duyarlı hale getirdiği belirtilmektedir. NF-kB'nin aktivasyonu hücre içi büyüme faktörleri, oksidatif stres, mitojenler, pro-inflamatuar sitokinler, virüsler, gram negatif bakteri ürünleri, çevresel stres koşulları 16 gibi pek çok farklı etken ile gerçekleşmektedir. NF-kB hücre sitoplazmasında inhibitör protein olan IkB ile kompleks halde bulunur. IkB kinaz kompleksi (IKK) tarafından IkB proteinin fosforillenmesiyle bu protein inaktive olur ve NF-kB'den ayrılır. Böylelikle serbest kalan NF-kB nükleusa geçer. DNA'ya bağlanarak spesifik genlerin aktivasyonuna yol açar. Kurkuminin anti-inflamatuar aktivitesi olduğu ve etkisini NF-kB aktivasyonunu baskılayarak sağladığı, ilk kez 1995 yılında Singh ve Aggarwal tarafından gösterilmiştir. Bu bulgunun yayımlanmasının ardından, diğer araştırmacılar tarafından yürütülen çalışmalar sonrasında NF-kB sinyal yolağındaki başka molekülleri de inhibe edebildiği gösterilmiştir. Kurkuminin NF-kB yolağının inhibisyonu aracılığı ile pankreatik, meme, kolorektal, oral, baş-boyun, glioblastoma, over, prostat ve T-hücreli lenfoma gibi birçok kanser hücresinde anti-kanser etkisi olduğu çok sayıda araştırıcı tarafından bildirilmiştir. Birçok çalışma ile kurkuminin, kanser gelişimini önlemesi ile kanser tedavisinde güvenilirliliği ve etkinliği kanıtlanmıştır. NF-kB yapısının ve mekanizmasını aydınlatılması, hücresel stresin azaltılmasında ve bununla birlikte yeni bakış açıları ile stresin negatif etkilerinin ortadan kaldırılmasında önemli rol oynayacağı düşünülmektedir. Yapılan literatür incelemelerinde PLGA-Kurkumin nano formülasyonun kanser hücrelerinde Nf-kB'nin p65 alt birimi düzeyi üzerindeki etkisinin incelendiği bir araştırmaya rastlanmamıştır. Bu noktadan yola çıkarak çalışmamızda, günümüzde antikanser aktivitesi gösterilmiş, kanser tedavisindeki önleyici ve tedavi edici potansiyeli vurgulanan kurkumin nano formülasyonun NF- kB sinyal mekanizması için de aydınlatıcı olabileceği düşüncesiyle PLGA-kurkumin nano formülasyonunun kanser hücrelerinde Nf-kB'nin p65 alt birimi düzeyi üzerindeki etkisinin incelenmesi amaçlanmıştır. PLGA-Kurkumin nano formülasyonunun, p65 alt biriminin üzerindeki etkisi paklitaksel uygulanan MDA-MB-231 meme kanseri hücreleri üzerinde incelenmiştir. P65, PLGA-Kurkumin tarafından en çok baskılanan birim olmakla birlikte bu nano formülasyon ile birlikte kanser hücrelerindeki enflamasyonun engellenmesi nano formülasyonun güvenilirliğini arttırmaktadır. Anahtar Kelimeler: NF-kB, nano formülasyon, kurkumin, PLGA
Molar kesici hipomineralizasyonu teşhis edilen çocuklarda gluten ile ilişkili rahatsızlıkların varlığının serolojik ve genetik testler ile incelenmesi
Molar Kesici Hipomineralizasyonu (MIH); ameloblastların matrix formasyonunda kalsiyum ve fosfat eksikliğine ya da mine proteinlerinin yeterince uzaklaştırılamamasına bağlı olarak, daimi 1. molar ve keserlerde meydana gelen bir mine defektidir. MIH'ın etiyolojisi tam olarak bilinmemektedir Çalışmamızın amacı MIH lezyonları görülen çocuklarda, serolojik ve genetik testler kullanarak gluten ile ilişkili rahatsızlıkların varlığını araştırmaktır. Çalışmamıza, Bezmialem Vakıf Üniversitesi Diş Hekimliği Fakültesi Pedodonti Anabilim Dalı Kliniği'ne dental tedavi için başvuran, sistemik hastalığı olmayan, 7-13 yaş aralığında, 60 çocuk hasta dahil edilmiştir. MIH lezyonu olan 40 çocuk hasta ile çalışma grubu ve MIH lezyonu olmayan 20 çocuk hasta ile kontrol grubu oluşturulmuştur. Dental muayeneyi takiben, tüm çocuklara gluten ile ilişkili rahatsızlıkların oral ve genel semptomlarının varlığını değerlendiren anket soruları ebeveynleri eşliğinde sorulmuştur. Ardından tüm çocuklara, gluten ile ilişkili rahatsızlıkların teşhisinde yardımcı olan serolojik testler (Doku transglutaminaz IgA, Endomisyum Antikoru, Total IgA) ve genetik testler (HLA-DQ2 ve HLA-DQ8) yapılmıştır. Çalışmadan elde edilen bulgular IBM SPSS Statistics 22 (IBM SPSS, Türkiye) programı ile analiz edilmiştir. Niteliksel verilerin karşılaştırılması için Fisher's Exact Ki-Kare testi, Continuity (Yates) Düzeltmesi ve Fisher Freeman Halton testleri, niceliksel verilerin karşılaştırılması için Student t test kullanılmıştır (p<0.05). Yapılan testler sonucu, MIH lezyonu olan 3 çocukta doku transglutaminaz antikoru sınır değerde iken, 3 çocukta da pozitif bulunmuştur. Bu çocuklardan 2 tanesinde doku transglutaminaz antikoru ile beraber, EMA, HLA-DQ2 ve HLA-DQ8 testleri de pozitif çıkmıştır. Çocuk Hastalıkları uzmanına yönlendirilen ve biyopsi sonucu çölyak teşhisi konulan bu 2 çocuk hastanın durumu, klinik ve serolojik-genetik testlerin çölyak erken teşhisindeki önemine dikkat çekmektedir. Gluten ile ilişkili rahatsızlıkları, MIH lezyonları ile ortak paydada buluşturan yeni çalışmaların yapılması bu çocukların ağız-diş sağlığının sağlanmasında da büyük önem taşımaktadır. Anahtar Kelimeler: Molar Kesici Hipomineralizasyonu (MIH), gluten, çölyak hastalığı, genetik, mine defektleri
Genetik jeneralize epilepsilerde biyobelirteç belirlenmesi
Giriş: Genetik Jeneralize Epilepsiler (GJE) tüm epilepsilerin yaklaşık dörtte birini kapsamakta olup, yapısal beyin bulgusu göstermeyen genetik epilepsi grubu olarak tanımlanmaktadır. GJE tanısında kullanılan spesifik bir genetik biyobelirteç bulunmamaktadır. Genetik biyobelirteçlerin en bilineni ve üzerinde en fazla araştırma yürütüleni mikroRNA'larıdır (miRNA). Daha önce birçok epilepsi hastasının incelendiği çalışmalarda miRNA alt tipleri olan miR-106b, miR-130a-3p ve miR-194-5p incelenmiş olup sağlıklı kontrol grubuna kıyasla istatistiksel olarak ekspresyon seviyelerinin farklılık gösterdiği bulunmuştur. Çalışmamızda GJE hastalarında miR-106b, miR-130a-3p ve miR-194-5p ekspresyon düzeyleri incelendi ve olası aday genetik biyobelirteç potansiyellerinin belirlenmesi amaçlandı. Yöntem: Çalışmaya GJE tanılı 21 hasta ve 18 sağlıklı kontrol dahil edildi ve bireylerin kan örneklerinden toplam RNA izole edildi. Elde dilen RNA'lardan cDNA sentezi yapıldı. MiR-106b, miR-130a-3p ve miR-194-5p ekspresyon seviyeleri qRT-PCR ile analiz edildi. U6 housekeeping gen olarak kullanıldı. Belirtilen miRNA'ların tanısal değerini değerlendirmek için alıcı işletim karakteristiği (ROC) analizi ile eğri altındaki alan (AUC) değerleri hesaplandı ve p değerinin 0,05'ten küçük olması istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi. Sonuçlar: MiR-130a-3p'nin ekspresyon seviyesi, kontrol grubuna kıyasla hastalarda istatistiksel olarak anlamlı bir artış göstermiştir (p<0,05). ROC analizinde belirlenen AUC değeri 0,725'tir. Ancak miR-106b ve miR-194-5p'nin ekspresyon seviyeleri istatistiksel olarak anlamlı değildir. ROC analizindeki AUC değerleri sırasıyla 0,648 ve 0,571'dir. Tartışma: Çalışmamızda kullandığımız miRNA'ların değişen ekspresyon seviyeleri, GJE'nin etiyopatogenezi ile ilişkili olabilir. Bulgularımız, GJE tanısı ve prognozu için potansiyel bir biyobelirteç olarak miR-130a-3p'nin kullanılmasını önermektedir. Anahtar Kelimeler : Genetik biyobelirteç, Genetik jeneralize epilepsi, MikroRNA, ROC eğrisi
İnterlökin-6 geninin genetik polimorfizmi ve çoklu miyelomlu ırak hastalarından oluşan bir örnekte bazı biyokimyasal yönlerinin değerlendirilmesi
Çoklu miyelomlu hastalarda yüksek düzeyde büyüme faktörü IL-6 bulunur. Sağlıklı bireylerde, IL-6 geninde (-174 G/C) bir polimorfizm konumunda C alelinin varlığı ile IL-6 düzeyleri arasında düşük bir bağlantı söz konusudur. Bu çalışmanın amacı, insanlarda IL-6 (-174 G/C) promoter polimorfizminin baskınlığını ve bunun MM hastalığının gelişimi ile bağlantısını araştırmaktır. Toplamda 100 örnekte (50 hastayı 50 sağlıklı) karşılaştırma yapılmış olup, hastaların 42'si erkek (%21) ve ortalama yaş 58 (26-80 yaş) olmuştur. PCR kullanarak moleküler bir analiz yaptıktan sonra IL-6'nın (-174 G/C) doğası keşfedebilir. Hastalıktan etkilenen insan grubu için %4 CC, %42 GC ve %54 GG şeklinde bir dağılım bululnmuştur. C alelinin fazlalık seviyesinin 0,25 olduğu belirlenmiştir. Bu sonuçlar, belirli bir polimorfizmin MM hastalığı geliştirme şansı üzerinde bir etkisinin olmadığını gösteren kontrol grubununkilere eşdeğer olmuştur. Biyokimyasal tetkiklerde böbrek yetmezliği olan hastaların ortalama serum kreatinin düzeyi (3,7±0,17) mg/dL, kan üre düzeyi (61,1±1,4), kalsiyum (26,3±0,97) ve albümin (24,5±0,75) olarak bulunmuştur. Bu faktörlerle ilgili olarak, araştırma grupları bir dizi birbirlerinden önemli ölçüde farklılık göstermiştir.
Obez bireylerde leptin reseptörünün genetik varyasyonu
Çalışmanın amacı, obez yetişkinlerin bazı immünolojik ve fizyolojik özelliklerinin belirlenmesi ve bu bireylerin yaş, bel çevresi (WC), vücut kitle indeksi (BMI) ve cinsiyetleri arasındaki ilişkinin tespit edilmesidir. Ayrıca, obezite ile ilişkili olabilecek genetik mutasyonları araştırmak ve bazı aday genlerin DNA polimorfizmlerinin obezite (fenotip) ile ilişkili olup olmadığını belirlemek için PCR-SSCP dizileme yaklaşımı kullanılmıştır. Çalışmamıza Irak Babil Hastanesi Beslenme Bölümü'ne başvuran, yaşları 19-40 arasında değişenlik gösteren ve etnik kökenleri aynı olan elli iki obez hasta (13 erkek, 39 kadın) (kronik hastalığı olan vakalar hariç) ve kontrol grubunu oluşturmak üzere otuz yedi sağlıklı birey (19 erkek, 18 kadın) dahil edilmiştir. BMI'ya göre obezite grupları I, II ve III şeklinde üç kategoriye ayrılmıştır. Mevcut çalışma, Leptin, ROS, BMI ve WC gibi fizyolojik parametrelerin tahminini yapmak ve obezite ile ilişkili LEP gen polimorfizmlerini ve genetik olarak hastalığı aktaran bir mutasyon olasılığını incelemek için ikiye ayrılmıştır. Sonuçlar, kadınların obez hastaların çoğunluğunu oluşturduğunu ve obez grup ile kontrol grubu arasında yaş, cinsiyet, vücut kitle indeksi ve önceki obezite öyküsü açısından önemli bir fark olduğunu (P=0,05) göstermiştir. Obez gruplardaki leptin düzeyleri, kontrol gruplarındaki düzeylerden önemli ölçüde farklılık göstermiştir ancak aynı durum Reaktif oksijen türleri (ROS) için geçerli olmamıştır. Her iki grupta da leptin düzeylerinin kadınlarda erkeklerden anlamlı olarak daha yüksek olduğu tespit edilmiştir. ROS serum düzeylerinde cinsiyetler arasında anlamlı bir fark bulunamamıştır. Bu arada sonuçlar, üç obezite kategorisi arasında serum, leptin ve ROS konsantrasyonlarında anlamlı bir fark olmadığını göstermiştir. Çalışma parametrelerinin korelasyonları, BMI ile insülin (obez gruplar) arasında ve ayrıca BMI ile ROS (obez kadın grupları) arasında pozitif bir ilişki olduğunu ortaya koymuştur. Mevcut edinimlere göre, yaş, cinsiyet, obezite kategorileri, vücut kitle indeksi, kan leptin konsantrasyonları ve LEP'deki genetik değişikliklerin dağılımındaki farklılıklar, obezite gelişiminin ana nedenleri olabilir.
Determination of genetic relationship using rapd marker in some species of Astragalus L. (fabaceae) from Iraq
This research aims to study eight species of the genus Astragalus L. by determining the genetic relationship using RAPD markers, detecting the genetic distance between species growing in Iraq, and drawing the UPGMA tree for the studied species. Fresh plant samples of species belonging to the genus Astragalus L. were collected from different locations in central and northern Iraq during the period from September 2021 to February 2022 and DNA isolation, estimation of DNA molecular sizes and RAPD-PCR reactions were performed. The study showed that there are two main groups in which the studied species are distributed by used UPGMA; The first group includes A. oxyglottis and A. pulchellus, which are separated from the rest of the species due to their genetic distance reaching 0.873. The second group included six species, A. alyysoides, A. campylorrhynchus, A. corrugatus, A. hamosus, A. mollis and A. sarae. The second group was divided into two subgroups, each containing three closely related species. The first secondary group consisted of A. alyysoides, A. campylorrhynchus and A. hamosus. The other secondary group includes the genetically closely related A. corrugatus, A. mollis and A. sarae
Talasemi a (ALFA)'nın bazı moleküler ve genetik yapısının incelenmesi
Genellikle Akdeniz ülkelerine ait ırklarda görülen ve kalıtsal bir hastalık olan Talesemi, hemoglobin yapımındaki bozukluk sonucunda ortaya çıkmaktadır. Hemoglobinde, globin parçasının iki alt birimi olan alfa ve beta zincirlerinde kalıtsal bozukluklar talesemiye yol açmaktadır. Çalışmamızda, Irak'ın Tikar Vilayetinde Yer Alan Kalıtsal Kan Hastalıkları Merkezi'ne başvuran hastalar arasından 120 tanesine erişilmiş ve deney grubu oluşturulmuştur. Hastalardan alınan numuneler kullanılarak gerçekleştirilen deneysel çalışma sonucunda, Taleseminin moleküler teşhisine yönelik anlamlı sonuçlara ulaşılmıştır. Bu çalışmada, talaseminin genetik moleküler incelemesi gerçekleştirilmiştir. Delesyon allelleri için hızlı ve güvenilir bir yöntem olarak SYBR-PCR yöntemi tercih edilmiş sonuçlar klasik PCR yöntemi ile karşılaştırılmıştır. Agaroz jel elektrofezinden elde edilen PCR ürünlerinden bant görünümü elde edilememiştir ancak SYBR-PCR yönteminde yaklaşık 20 kat daha verimli sonuç elde edilmiştir. Son olarak 120 adet DNA numunesi, 4 farklı SYBR-PCR/DC analiz teknikleri ile test edilmiştir. Sonuçların mPCR/jel elekrofez yöntemi ile tutarlı ve üstelik daha duyarlı olduğu tespit edilmiştir. ANAHTAR KELİMELER: Talesemi, Moleküler Teşhis, Genetik Özellikler, PCR,
Determination of genetic variability and distance between numbers of Candida spp isolated from urinary tract infections in the Iraqi female population using RAPD molecular techniques
Background: Candida is a yeast that is normally found on the skin, mouth, digestive tract, and vagina. It usually causes no harm, but under certain conditions, Candida can grow excessively on the mucous membrane and moist areas of the skin, typical areas of infection are the mouth, the upper thigh, the armpits, the spaces between the fingers and toes, on the uncircumcised penis, the skin folds under the breast, the nails, and the skin folds of the abdomen.Methodology 100 samples were isolated from people suffering from urinary tract infections using sterile swap s and isolated on their selective media Dry heat sterilization oven was used to sterilize glassware at 160-1800C for 2-3 hours while moist thermal sterilization was employed to disinfect the media and certain solutions (not impacted by heating). All clinical samples of suspected lesions were infected with chloramphenicol on SDA Cycloheximide supplementation intermediate using a sterile inoculation ring and incubated at 25-30°C before being assessed. Negative cultures were after 4 weeks, whereas positive cultures were inspected by macroscopic and microscopic identification All clinical samples of suspected lesions were infected with chloramphenicol on SDA Cycloheximide supplementation intermediate using a sterile inoculation ring and incubated at 25-30°C before being assessed.
Çocukluk çağı tüberkülozunda genetik yatkınlık
Çocukluk Çağı Tüberkülozunda Genetik Yatkınlık Amaç: Bu çalı?mada Çukurova Üniversitesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları servisinde yatarak veya polikliniğinde ayaktan takip altında olan ve yeni tanı alan, 0-18 ya? arası pediatrik tüberküloz tanısı almı? hasta grubunun, kontrol grubuna oranla tüberküloza genetik yatkınlığının belirlenmesi amaçlanmı?tır. Gereç ve Yöntemler: 1996-2009 yılları arasında Çukurova Üniversitesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları servisinde yatarak veya polikliniğinde ayaktan takip altında olan ve yeni tanı alan, 0-18 ya? arası pediatrik tüberküloz tanısı almı? 50 vaka hasta grubu; altta yatan herhangi bir kronik hastalığı ve akut hastalık tablosu söz konusu olmayan, daha önceden tüberküloz temas öyküsü bulunmayan, sağlıklı 0-18 ya? arası bireylerden seçilen 50 vaka kontrol grubu olarak belirlendi. NRAMP1 ve MBL gen polimorfizmlerinin belirlenmesi için hasta ve kontrol grubundaki bireylerden periferik venöz kan örneği alınarak Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı genetik laboratuvarına analiz için gönlendirildi. Elde edilen verilerle; Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi Biyoistatistik Anabilim Dalı'nda istatiksel analiz yapıldı. Bulgular: NRAMP1 genin sık görülen polimorfizmlerinden; D543N, 3'-UTR ve INT4 polimorfizmleri açısından hasta grubu ve kontrol grubu vakalar arasında istatiksel bir farklılık saptanmamı?tır (p>0,05). MBL geninin sık görülen polimorfizmlerinden KODON 54 ve KODON 57 polimorfizmleri açısından hasta grubu ve kontrol grubu arasında istatiksel bir farklılık saptanmamı?tır (p>0,05). Bu değerler göz önünde bulundurulduğunda her iki grup arasında; NRAMP1 ve MBL gen polimorfizmleri açısından istatistiksel açıdan belirgin farklılık saptanmamı?tır. Sonuç: Bu çalı?mada hasta grubu ve kontrol grubu arasında NRAMP1 ve MBL gen polimorfizmleri açısından belirgin istatistiksel farklılık saptanmamı?tır. Litaretürdeki diğer benzer çalı?malardaki pozitif sonuçlar; bu çalı?malardaki vaka sayısı geni?liğinin yada sosyoekonomik, ırksal, çevresel ve coğrafi faktörlerin farklılılığını dü?ündürmektedir. Bu açıdan özellikle vaka sayısının arttırılması ve bu etkenlerin daha spesifiye edilebilmesi gereklidir. Anahtar Kelimeler: Pediatrik Tüberküloz, Genetik yatkınlık
Spinoserebellar ataksi Tip 1, 2, 3, 6 ve Freidreich ataksili olgularda genetik sıklığın ve genotipik-fenotipik özelliklerin belirlenmesi
Giriş ve Amaç: Serebellar ataksi, serebellum ve ilgili yollardaki değişik nedenlere bağlı olarak ortaya çıkan denge ve koordinasyon kaybı olarak tanımlanabilir. Ataksiler konjenital, herediter, sporadik ve non herediter (enfeksiyonlar, toksinler ve ilaçlar, sistemik nedenler gibi) olarak sınıflanabilir. Bu çalışmada klinik olarak Spinoserebellar ataksi olarak tanınan hastalarda klinik ve nörogenetik bulguların fenotipi bilinen SCA 1,2,3,6 gibi alt tipleri ve FA ile örtüşen yanları araştırılmıştır.Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesi Nöroloji kliniğine başvuran klinik, laboratuar ve elektrofizyolojik bulgular eşliğinde spinoserebellar ataksi olarak tanınan 129 proband yanı sıra aile taraması sonucu 15 kardeş hasta (toplam 144 olgu) alınmış ve genetik analizleri yapılmıştır.Tüm olguların ayrıntılı olarak nörolojik muayeneyi de içeren fizik muayeneleri eşlik eden dismorfik özellikler ve dejeneratif stigmaları kaydedilmiştir. Elde edilen verilerle fenotipik özellikleri dökümante edilmeye çalışılmıştır. Pedigri analizleri yapılmıştır. Elektronörografi ve uyarılmış potansiyel çalışmaları, serebral - spinal MRG ve ekokardiyografik incelemeleri tamamlanmıştır. Hastalarda kan örneği alınaral Friedreich ataksisi, SCA 1,2,3, ve 6 sub tiplerinin fenotipik ve genotipik özellikleri irdelenmiştir. Verilerin istatistiksel analizinde SPSS 17.0 paket programı kullanılmıştır.Bulgular: Hastaların % 50'ye yakını FA olarak tanınmıştır. Ayrıca 2 hasta SCA 1, bir hasta ise SCA 6 olarak değerlendirilmiştir. SCA 6 olarak tanınan olgunun kardeşinde GAA artışı saptanmıştır. Yine Friedreich ataksisi saptanan olguda GAA artışı yanı sıra SCA 8' için de ekspansiyon verdiği belirlenmiştir.Sonuç: Herediter zeminde geliştiğini düşündüğümüz serebellar ataksili bir hasta ile karşı karşıya kaldığımızda olgu öncelikli olarak FA yönünden değerlendirilmeli ve bu sırada hastalığın değişik varyantları da göz önünde bulundurulmalıdır. Hastalıkların fenotipik özelliklerini irdelediğimizde, SCA1'de yavaş sakkadik göz hareketleri, SCA 6'da ekstrapiramidal bulguların mevcudiyeti bu iki subtipi diğer gruplardan ayıran özellikler gibi görünmektedir.Anahtar sözcük: Herediter, ataksi, otozomal dominant, otozomal resesif, triplet, Friedreich, Spinoserebellar
Konjenital işitme kayıplarında genetik tarama
Bu çalışma nonsendromik kalıtsal işitme kaybı olan hastalarda işitme kaybına en sık neden olan Cx26 ve Cx30 proteinlerini kodlayan genlerde genetik mutasyon olup olmadığını saptamak amacıyla yapılmıştır.Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Kulak Burun Boğaz Anabilim Dalı'nda teşhis edilip Halil Avcı İşitme Engelliler Merkezi'nde eğitim alan konjenital, nonsendromik bilateral çok ileri derecede sensörinöral işitme kaybı olan 65 hasta seçildi.Çalışmaya dahil edilen hastalardan 37'sinin (%56,9) anne ve babası arasında akraba evliliği, 27'sinde ( %41,5) ise ailede işitme kaybı bulunan birey olduğu saptandı.Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı'nda gerçekleştirilen laboratuar çalışmasında mutasyonların değerlendirmesinde Pronto ® Konnexin kiti kullanılarak ELİSA prosedürü ile genotiplendirme yapıldı.Çalışma sonucunda toplam 65 hastada yapılan genetik taramada 11 hastada( %16,9) Cx26 geninde en sık rastlanan mutasyon olan 35 delG mutasyonu saptandı. Saptanan mutasyonların 9 tanesinin homozigot (%13,8), 2 tanesinin heterozigot (%3,07) mutasyonlar olduğu tespit edildi.Çalışmamızda Cx26 geninde görülebilen bir diğer mutasyon olan 167delT ve Cx30 geninde en sık görülen mutasyon olan del(GJB6-D13S1830) mutasyonuna rastlanmadı.Sonuç olarak konjenital nonsendromik işitme kayıplarında en sık görülen mutasyonun Cx26 geninde görülen 35delG mutasyonu olduğu saptanmıştır. Bu çalışma Çukurova Bölgesi'ne ait mutasyon oranlarını göstermektedir. İşitme kayıplı ailelerde yapılacak genetik değerlendirme ile gelecek nesillere işitme kaybının aktarılma riski konusunda genetik danışmanlık yapılması mümkün olacak, işitme kayıplı bireylerin erken saptanması ile daha başarılı tedavi şansı doğacaktır.Anahtar sözcükler: Konjenital işitme kaybı, konneksin 26, 35 delG
İnvaziv olmayan düşük malignite potansiyelli mesane tümörleriyle, invaziv yüksek malignite dereceli tümörlerin genetik açıdan farklılıkları
İnvaziv Olmayan Düşük Malignite Potansiyelli Mesane Tümörleriyle, İnvazivYüksek Malignite Dereceli Tümörlerin Genetik Açıdan FarklılıklarıAmaç: Bu çalışmada, invaziv olmayan düşük dereceli tümörler ile invaziv yüksekdereceli tümörler arasındaki genetik farklılıkların, sitogenetik ve moleküler sitogenetikyöntemlerle gösterilmesi amaçlandı.Yöntem ve Gereçler: Mayıs 2009 ile Mayıs 2010 tarihleri arasında 34 mesanekanserli hastadan eş zamanlı alınan mesane kanser dokusu ile kan örneklerinin kültürüyapıldı. Kan ve doku kültürlerinden üretilen hücrelerin kromozomlarında oluşan yapısalve sayısal değişikliklerin tespiti için sitogenetik yöntemler kullanıldı. Sağlıklı olduğubilinen aynı sayıda kontrol grubunun kan kültürleri de kromozom hasarları bakımındanincelendi. Ayrıca, hastaların kanserli mesane doku örnekleri p16 ve p53 genlerininanalizi FISH yöntemiyle yapıldı. Kontrol grubu ile hastaların kromozom düzensizlikleriaçısından karşılaştırıldı. Ayrıca, histopatolojik incelemeye göre hastalar düşük derecelive yüksek dereceli tümörü olanlar olmak üzere iki ayrı gruba ayrıldı. Yaş, vücut kitleindeksi, sigara içme süresi, kromozomal düzensizlikleri, p16 ve p53 değişimleriyönünden karşılaştırıldı ve istatistiksel olarak değerlendirildi.Bulgular: Yaş ortalaması 60,6±14,2 (26?81) yıl olan 30'u (%88,2) erkek ve 4'ü(%11,2) kadın toplam 34 mesane kanserli hastanın ortalama kromozom düzensizliksayısı [20±36,2 (0?182)] ile kontrol grubu [1,3±1,6 (0?5)] karşılaştırıldığında bu farkmesane kanserli hastalarda anlamlı şekilde yüksekti (p=0,0001). Histopatolojikinceleme sonrası 11 (%32,3) hastada, düşük dereceli papiller ürotelyal karsinom, 22(%64,7) hastada yüksek dereceli papiller ürotelyal karsinom ve 1 (%3) hastada CIS(karsinoma in situ) tümör olduğu saptandı. Düşük dereceli ve yüksek dereceli tümörüolan hastalarımızın yaş, vücut kitle indeksi ve sigara içme süresi açısından istatistikselolarak anlamlı farklılık bulunmadı (p=0,971, p=0,106, p=0,561). Bu iki grup,kromozom düzensizlikleri açısından karşılaştırıldığında aralarındaki farkın anlamlıolmadığı görüldü (p=0,714). Ancak, p16 ve p53 gen değişiklikleri açısındandeğerlendirildiğinde tümör derecesi yüksek olanlarda gen hasarlarının önemli derecedeyüksek olduğu görüldü (p=0,002 ve p=0,039). En çok yapısal düzensizlikler 1, 2, 3, 5, 9ve 15. kromozomlarda, sayısal düzensizlikler ise 8, 17, 21, 22, X ve Ykromozomlarında gözlendi. Bu düzensizlikler arasında özellikle 1q21, 1q32, 2q22,2q32?35, 3p21, 5q31, 5q33, 9p11 ve 9q32 bölgelerinde bozuklukların daha sıkgörüldüğü tespit edildi.Sonuç: Mesane kanserli hastalarımızın etiyolojisinde, 1q21, 1q32, 2q22, 2q32?35, 3p21, 5q31, 5q33, 9p11 ve 9q32 kromozom bölgelerinin ve 8, 17, 21, 22, X ve Ykromozomlardaki sayısal düzensizliklerin önemli olduğu ortaya çıkmaktadır. Bununlabirlikte, p16 ve p53 genlerindeki hasarın yüksekliği ile tümörün yüksek dereceli olmasıarasında paralellik olduğu rapor edildi. Buradan da bu genlere bakılarak hastalarınprognozunun tahmin edilebileceğini söyleyebiliriz.Anahtar Sözcükler: kromozom düzensizlikleri mesane kanseri, , p16, p53.
Genetıc Rısk Factors In Oligodendrogliomas And Olıgoastrocytomas And The Effects Of These Factors On Prognosıs
Amaç: Biz bu çalışmamızda, kliniğimizde 2001 ile 2010 yılları arasında cerrahi tedavi uyguladığımız oligodendroglial tümörlü 15 olguda, 1p ve 19q delesyonları ile prognoz arasında herhangi bir ilişki olup olmadığını araştırmayı amaçladık.Materyal ve Metod: Fakülte etik kurulu onayı ve hasta onayları alınarak, kliniğimizde 2001 ile 2010 yılları arasında oligodendroglial tümör tanısı almış 15 olgu belirlendi. Bu olguların formalinle fikse edilmiş parafin kesitlerinde Fluoresence in situ hybridization yöntemiyle 1p ve 19q delesyonları araştırıldı. Delesyon sonuçlarına göre bu olguları her iki delesyona sahip olanlar (Grup 1), sadece 1p delesyonuna sahip olanlar (Grup 2) ve delesyonlardan hiçbirine sahip olmayanlar olarak (Grup 3) 5'er olgudan oluşan 3 gruba ayırdık. Ve bu gruplar, tanı anındaki ortalama yaşları, ortalama izlem süreleri ve ortalama progresyonsuz izlem süreleri baz alınarak karşılaştırıldı ve bu delesyonlarla prognoz arasındaki ilişki olup olmadığı araştırıldı.Bulgular: Fluoresence in situ hybridization yöntemiyle patoloji örnekleri incelenen 15 olgudan 1 tanesi anaplastik oligoastrositom, 14 tanesi ise grade 2 oligodendroglial tümörlerdi. Bunların arasından 2 tanesi anaplastik oligoastrositoma malign transformasyon gösterdi. Bu 15 olgunun 5 tanesinde 1p ve 19q delesyonların her ikisinin mevcut olduğu tespit edildi. 5 olguda sadece 1p delesyonu saptanırken, geriye kalan 5 olguda bu iki delesyondan hiçbirisine rastlanmadı. Oligodendroglial grade 2 tümörlerden iki tanesi anaplastik oligoastrositoma malign transformasyon gösterdi.Grup 1' deki olguların tanı anındaki ortalama yaşları 37,4, Grup 2'dekilerin ki 41,8, Grup 3'dekilerin ise 34,2 idi ve bu parametre açısından gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılık saptanmadı (p>0,05). Ortalama izlem süresi kodelesyona sahip olanlar (Grup 1) için 28,6 ay, Grup 2 için 44,4 ay, Grup 3 için ise 62 aydı. Ortalama izlem süresi açısından da istatistiksel olarak anlamlı farklılık saptanmadı. Tümöre bağlı ölüm sadece bir olguda görüldü ( %6,7) ve bu olgu her iki delesyona da sahip olmayan (Grup 3) olgu grubundaydı. Bu nedenle bu 3 grup arasında yaşam süreleri temel alınarak bir karşılaştırma yapılamadı. Nüks oranı kodelesyona sahip grup için % 0 iken, sadece 1p delesyonuna sahip grupta % 20, delesyonu olmayan grupta ise % 40 olarak belirlendi. Nüks oranları açısından olgular grup bazında değerlendirildiğinde de istatistiksel olarak anlamlı farklılık saptanmadı (p>0,05). Ortalama takip süresi Grup 1 için 38,2 ay, Grup 2 için 48,6 ay, Grup3 için ise 52,8 aydı. Ortalama progresyonsuz takip süreleri ise kodelesyona sahip grupta progresyon gösteren olgu olmadığından yine 38,2 ay, Grup 2'de 23,6 ay, Grup 3'te ise 40,8 ay idi. Bu parametrelerin her birisi için gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılık saptanmadı (p>0,05).Sonuçlar: Çalışmamızda olgu sayımızın 15 ile sınırlı kalması nedeniyle istatistiksel olarak anlamlı sonuç almaya yetebilecek veriler toplanamadı ve yapılan istatistiksel analizler tanımlayıcı olmaktan öteye gidemedi. Biz bu çalışmamızı, tüm dünyada artık oligodendroglial tümörlerde rutin olarak yapılan bu değerlendirmelerin ışığında öncül bir çalışma olarak kabül edilmesi, oligodendroglial tümörlerdeki moleküler markerlarla ilgili ilerleyen yıllarda yapılacak çalışmalar için temel oluşturabilmesi ve bazı sorunlara ışık tutabilmesi amacıyla tamamladık.Anahtar kelimeler: Oligodendroglioma, moleküler genetik değişiklikler, prognostik etkiler.
Deferasiroks'un genotoksik ve sitotoksik etkisi
Bu çalışmanın amacı, deferasiroksun potansiyel genotoksisitesinin olup olmadığının çeşitli kısa süeli testlerle saptanmasıdır. Deferasiroks çeşitli nedenlerle ortaya çıkan demir depolama hastalığının (hemokromatoz) tedavisinde kullanılan demir şelatörlerden birisidir. Çalışmada test maddesi olarak deferasiroksun ticari formu olan Exjade kullanılmıştır. Sağlıklı bireylerden alınan periferal lenfositleri, in vitro şartlarda metabolik aktivatör (S9 mix) yokluğunda ve varlığında, kardeş kromatid değişimi (KKD) testi ve kromozom aberasyon (KA) testleri için kullanılmıştır.İlaveten sıçan kemik iliği hücrelerinde kromozom aberasyon testi de uygulanmıştır. Çalışmadan elde edilen bulgular incelendiğinde, test maddesinin periferal lenfositlerdeki 24 saatlik uygulamasında en düşük dozu ve 48 saatteki bütün dozları KKD frekansını anlamlı (P<0.05) şekilde artırmıştır. S9 mix varlığında ise sadece en yüksek konsantrasyonda (40 µg/ml) anlamlı KKD artışı saptanmıştır. Bundan başka deferasiroks bir doz (10 µg/ml, 24 saat) hariç bütün dozlarda uygulama süreleri ve S9 mix varlığından bağımsız olarak kromozomal anormalli hücre sayılarının önemli düzeyde artmasına neden olmuştur. Benzer şekilde test maddesinin sıçanlara uygulanan en yüksek iki dozu (500 ve 1000 mg/kg) kemik iliği hücrelerinde KA frekansı sadece 12 saatlik muamelede istatistiksel olarak artmıştır. Ancak 24 saatlik uygulamaların hiç birinde anlamlı bulgular saptanmamıştır. Hücre başına düşen kromozomal anormallik (KA/hücre) sayısı da KA'lı hücre frekansı ile tutarlılıklar göstermektedir. Deferasiroks, in vitro şartlarda proliferasyon indeksi (PI) ve mitotik indeks (MI) değerlerini, istisnalar hariç genel anlamda düşmesine neden olmuştur. Test maddesi sıçan kemik iliği hücrelerinde bir doz (20 mg/kg, 24 saat) hariç mitoz bölünmeyi artırıcı yönde etki göstermiştir. Bu bulgu, S9 mix uygulanmış in vitro çalışmalardan elde edilmiş Mİ değerleriyle benzerlikler göstermektedir.
Çoklu ilaç dirençli (ÇİD) mycobacterium tuberculosis izolatlarının filogenetik ilişkilendirilmesinde kullanılan IS6110, MIRU-VNTR ve spoligotyping yöntemlerinin karşılaştırılması
Tüberkülozun az gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerdeki yüksek insidansı ve en az 2 major ilaca (MDR) ek olarak iki minor ilaca dirençli (XDR) suşlarının ortaya çıkışları,bu suşlarla birlikte özellikle anti-tüberküloz tedaviye cevap vermeyen Beijing suşlarının tüm dünyada yayılma eğilimi göstermesi tüberküloz kontrol programlarının en önemli handikapıdır. Bu global problem M tuberculosis suşlarının toplum içerisindeki hareketlerinin daha duyarlı ve yüksek ayırım gücüne sahip moleküler epidemiyolojik yöntemlerle izlenmesi ile aşılabilir. Bu amaçla Hsp65, IS6110, ve genomdaki random dağılım gösteren kısa tekrarların polimorfizmini hedef alan PCR, PCR-RFLP, MIRU-VNTR ve spoligotipleme gibi moleküler yöntemler ve modifikasyonları denenmiştir. Yapılan çalışmalarda bu yöntemlerin tek başlarına ayırım güçlerinin iki veya daha fazla yöntemin birlikte kullanılması ile elde edilecek ayırım gücünden daha düşük olduğu gösterilerek birden çok yöntemin kullanıldığı çalışmalar önerilmiştir. Daha önceki çalışmalarımızda bölgemizde akciğer tüberkülozlu hastalardan izole edilen M tuberculosis suşlarının epidemiyolojik özelliklerinin tespiti için bu yöntemlerden bazıları laboratuarımızda denenmiş, Beijing suşunun bölgemizdeki varlığı tespit edilmiştir. Bu çalışmada epidemiyolojik amaçlarla kullanılan IS6110 PCR-RFLP, 15 lokus MIRU-VNTR ve spoligotyping yöntemi ile M tuberculosis suşları arasındaki ilişkinin sorgulanması ve 3 yöntemin birlikteliği ile elde edilecek yüksek ayırım gücünün epidemiyolojik çalışmalara sağladığı muhtemel katkı tartışılacaktır. Bu proje kapsamında Ç.Ü THAUM ve Bölge Tüberküloz laboratuvarına gönderilen balgam örneklerinden sıvı [BACTEC 960 TB (hızlı)] ve katı [Löwenstein Jensen Besiyeri (yavaş)] kültür ortamlarında üretilen ve ticari kart testler ile M.tuberculosis kompleksi üyesi oldukları tespit edilen M.tuberculosis izolatları IS6110, MIRU-VNTR ve Spoligotyping yöntemleri ile tür düzeyinde tayin edilecek ve filogenetik ilişkileri irdelenecektir.
Ailesel hiperlipidemili olgularda fenotip genotip ilişkisi
Amaç: Primer ailesel hiperlipidemi tanılı hastaların; genetik mutasyonlarının incelenerek, hastaların demografik bilgileri, klinik özellikleri ve verilen tedavilerle ilişkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Endokrin ve Metabolizma Polikliniğinde; primer ailesel hiperlipidemi tanısıyla takibe alınan ve bu çalışmanın yapıldığı 01.08.2016 ile 01.02.2017 tarihleri arasında poliklinik takibine gelen, çocuk ve adölesan 33 hastanın demografik özellikleri, özgeçmiş ve soy geçmiş özellikleri, klinik bulguları ve laboratuar verileri ve aldıkları tedaviler incelendi. Frederickson ve ailevi hiperkolesterolemi sınıflandırması (Simon-Broome Kriterleri) kullanılarak hastaların kesin tanısı konuldu. LDLR, Apo-B100, LDLRAP1 ve PCSK9 genleri için sık görülen mutasyonlar tarandı. LDRL geni 18 ekzon, Apo-B geni 29 ekzon, LDLRAP1 geni 15 ekzon ve PCSK9 geni 13 ekzon 5 UTR ve 3 UTR bölgeleri(intronik bölgeler hariç) taranmıştır. Bulgular: Toplam 33 hastanın 20'si (%60,6) kız, 13 (%39.4) erkekti. Olguların 16'sında (%48,5) mutasyon saptanmış olup, bunların 13'ü (%39,4) heterozigot ve 3'ü (%9,1) homozigottur. Bunlardan 14'ü LDLR mutasyonu, 2'si ise APO-B mutasyonu olarak saptandı. Familyal hiperkolesterolemili hasta grubumuzda literatürle benzer şekilde en sık mutasyon saptanan gen LDLR olarak bulunmuştur. PCSK-9 ve LDLRAP-1 mutasyonları saptanmadı. LDLR incelenmesinde; iki adet 4. ekzondaki homozigot D129V, bir adet 12. ekzondaki homozigot W577R, iki adet 4. ekzondaki heterozigot D129V, üç adet 10. ekzondaki heterozigot 492, dört adet 12. ekzondaki heterozigot W577R, iki adet 9.ekzondaki heterozigot V429M mutasyonları saptandı. APO-B incelemesinde ise; bir adet 22. ekzondaki heterozigot R1128C, bir adet 26. ekzondaki heterozigot S3279G mutasyonları saptandı. Çalışmaya dâhil edilen, mutasyon pozitif saptanan hastaların; tanı anında ortalama lipid düzeyleri değerlendirildiğinde; T-K; 323,5, LDL-K; 256, HDL-K; 43, TG; 93 mg/dl olarak tespit edildi. Aynı hastaların son bakılan ortalama lipid düzeyleri ise T-K; 263, LDL-K; 151, HDL-K; 42, TG; 140 mg/dl olarak tespit edildi. Mutasyon pozitif saptanan 16 hastanın; 5'inde (%31) hipertansiyon, 1'inde (%6.6) insülin direnci, 10'unda (%48) vitamin d eksikliği, 9'unda (%56.2) osteopeni ve 2'sinde (%12.5) osteoporoz vardı. Sonuç: Ailesel hiperlipidemili hastalarda genetik etyoloji araştırılırken LDL-R, ApoB-100, PCSK9 ve LDLRAP1 genlerinin tamamını içeren sekans analizlerine ihtiyaç vardır. Farklı genetik mutasyonlar, hastalığın klinik tablosunu ve tedaviye yanıtını değişen derecelerde etkide bulunabilir. Bu nedenle geniş toplum kesimlerini içeren çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Anahtar kelimeler: Ailevi hiperlipidemi, LDLR, PCSK9, Apo-B100, LDLRAP1
Genetik epidemiyolojide istatistiksel yaklaşımlar : Ailesel kümelenmede bir uygulama
Genetik Epidemiyolojide İstatistiksel Yaklaşımlar: Ailesel Kümelenmede Bir Uygulama Genetik ve çevrenin, hastalıkların sürecine katkısı keşfedildiğinden bu yana kanser hastalıkları da dahil olmak üzere, koroner arter hastalıkları, alerji ve psikiyatrik hastalıklar gibi bir çok hastalığın etiyolojisi daha karmaşık hale gelmiştir. Genetik ile ilgili araştırmalarda ilk basamak ailesel kümelenmenin ortaya konmasıdır. Bu bağlamda genetik epidemiyoloji, hastalık etiyolojisinde genetik faktörlerin oynadığı rolü araştırmada, klasik epidemiyolojik tasarım ve yöntemlerinin yerini alan, yeni bir çalışma alanıdır. Bu alanda istatistik yöntemler günümüzde giderek çeşitlenmektedir. Bu çalışma, hematolojik kanserli(Hem CA), solid kanserli (Solid CA) ve kanser olmayan(Kontrol) bireylerde ailesel kümelenmenin araştırılması için farklı istatistik yöntemlerin değerlendirilmesi amacıyla gerçekleştirilmiştir. Bu gruplarda ailesel kümelenmenin varlığını ortaya koyan 4 farklı istatistiksel yöntem sonuçları verilmiştir, bu yöntemler; İkili lojistik regresyon, Regressive lojistik regresyon, Genelleştirilmiş tahmin denklemleri (Generalized Estimation Equation-GEE) ve Tam çıkarsama (Exact Inference). Modellemede, SPSS 20.0 ve R paket programı kullanılmıştır. Bütün gruplar için alt kırılım, demografik bilgiler ve aile bilgileri karşılaştırılmıştır. Üç grubun birbiri ile karşılaştırılmasında cinsiyet, yaş, eğitim ve medeni durum anlamlı bulunmuştur(p<0,001). Çalışılan gruplarda, kardeş ve ailede hematolojik kanser olması farklılık göstermiş olup, odds oranları kardeşte 4,3, ailede OR:2,6 kat riski arttırdığı gözlenmiştir. Hematolojik kanserli grup ile kontrol grubu arasında yapılan ileri analizler incelendiğinde lojistik regresyon sonucunda eşler arasında akrabalık olması ve çevre etkilerinin çoğu denklemde yer almış, GEE yönteminde de aynı değişkenler anlamlı bulunmasının yanısıra ailede solid kanserli bireye sahip olmanın riski artıracağı gözlenmiştir(p=0,007). Regressive lojistik regresyonda kardeşlerin tüm bilgileri değerlendirilmiş, kardeşte grubun dahil olduğu hastalığa sahip olma durumunun, en çok solid kanserli grupta, sonrasında hematolojik ve en az kontrol grubunda ilgili kanser olasılığını arttırdığı görülmüştür. Tam çıkarsama yöntemi sonuçlarına göre, solid kanserli hastalığa sahip grupta ailesel kümelenme var iken diğer gruplarda aynı durumlardan söz edilememektedir.
Duchenne muskuler distrofisi tanılı çocuklarda klinik ve genetik bulgular, ambulasyon, kardiyak ve solunum komplikasyonlarına etki eden faktörler
Duchenne musküler distrofi (DMD), distrofin eksikliğinin neden olduğu, en sık görülen distrofinopatidir. İlerleyici iskelet kası güçsüzlügü sonucunda ambulasyon kaybı, solunum ve kardiyak yetmezlik ile sonuçlanır. Günümüzde DMD'nin henüz kür sağlayıcı bir tedavisi yoktur. Kortikosteroid tedavisi ile ambulasyon süresi uzamakta, solunum, kardiyak ve ortopedik komplikasyonlar geciktirilmektedir. Steroid tedavisinin etkileri 1980'li yıllardan beri bilinmektedir. Amaç: Bu retrospektif çalışma Duchenne musküler distrofi tanısı alan hastaların, klinik bulgularının, genetik çalışma sonuçlarının değerlendirilmesi, gelişen komplikasyonlarda etkili faktörlerin (yaş, tedavi vb) incelenmesi, uygulanan tedaviler, etkileri ve yan etkilerinin değerlendirilmesi amacıyla Aralık 2015 ile Ocak 2017 yılları arasında yapıldı. Materyal ve Metod: Çalışmada 180 hastanın dosya kayıtları incelendi. DMD tanısı kas biyopsisi ve/veya genetik çalışma ile doğrulanmış olan, klinik, genetik ve kortikosteroid kullanım bilgileri yeterli olan 66 erkek hasta çalışmaya dahil edildi. Hastaların dosya kayıtları incelendi. Hastalar kontrole çağrılarak klinik durumları kaydedildi. Kortikosteroid tedavisinin komplikasyonlar üzerine etkileri ve gelişen yan etkileri değerlendirildi. Bulgular: Kortikosteroid tedavisinin düzenli kullanımının ambulasyon kaybını geciktirdiği, günlük steroid kullanımının nonambulatuar olma, solunum ve kardiyak komplikasyonlar ve skolyoz gelişimi riskini azalttığı, normal dozda steroid kullanımının nonambulatuar olma, kardiyak komplikasyonlar ve skolyoz gelişimini riskini azaltmada daha etkin olduğu ve tedaviye erken başlamanın komplikasyonlar üzerinde etkisi olmadığı saptandı. Yüksek dozda ve gün aşırı steroid kullanımının kırık ve osteoporoz gelişim riskini arttırdığı saptandı. Sonuç: Literatürdeki bulguların aksine düzenli steroid kullanımının ve erken yaşta tedaviye başlamanın komplikasyon gelişimi üzerine etkisi saptanmadı. Ancak bu durum istatistiksel değerlendirme için hasta sayımızın az olmasına bağlı olabilir. Kortikosteroid etkilerinin daha iyi değerlendirilmesi için uzun süreli ve daha geniş hasta grubunda yapılan çalışmalara ihtiyaç vardır.
13 RM Y-STR lokusunun multipleks analizi ve mutasyon oranlarının saptanması
Y kromozomu, telomer bölgelerinde bulanan psödo-otozomal bölgeleri dışında, rekombinasyona uğramaması sebebi ile Y kromozomundaki değişimler sadece mutasyonlar aracılığıyla oluşmakta ve bu mutasyonlar kişiler arasında ayrım yapabilmeyi sağlayabilmektedir. Bu sebeple Rapidly Mutating Y-STR (RM Y-STR) adı verilen mutasyon oranları yüksek lokuslar incelenmektedir. Yapılan çalışmalarda; DYF387S1, DYF399S1, DYF403S1ab, DYF404S1, DYS449, DYS518, DYS526ab, DYS547, DYS570, DYS576, DYS612, DYS626 ve DYS627 lokuslarının adli kullanıma uygun olduğu gözlemlenmiştir. Bu 13 RM Y-STR ile dünya genelinde birçok popülasyon çalışması yapılmaktadır. Sonuçlar incelendiğinde verilerin rutin adli kullanıma uygun olduğu görülmektedir. Bu çalışmada Ç.Ü. Tıp Fakültesi Adli Tıp Anabilim Dalı'nda otozomal STR lokusları ile baba-oğul olduğu doğrulanan 100 örnek çiftinde 13 RM-YSTR lokusunun mutasyon oranları saptanmıştır. Çalışma sonucunda 13 RM Y-STR lokusunun multipleks PCR'ı optimize edilmiş ve rutin kullanıma hazır hale getirilmiştir. Çalışılan 13 RM-YSTR lokusundan en yüksek ayrım gücüne sahip lokusun DYF399S1 (GD = 0.996161), en düşük ayrım gücüne sahip lokusun DYS576 (GD = 0.786868) olduğu görülmüştür. 13 lokusun haplotip çeşitliliği ise 1.000000'dir. Mutasyon oranları; DYS612 lokusunun 3.0 x 10-2 (95% CI, 0.0062-0.0852), DYF399S1 lokusunun 6.0 x 10-2 (95% CI, 0.0223-0.1260), DYS547 lokusunun 2.0 x 10-2 (95% CI, 0.0024-0.0704), DYF404S1 lokusunun 3.0 x 10-2 (95% CI, 0.0062-0.0852), DYS626 lokusunun 1.0 x 10-2 (95% CI, 0.0002-0.0545), DYS576 lokusunun 2.0 x 10-2 (95% CI, 0.0024-0.0704), DYS627 lokusunun 1.0 x 10-2 (95% CI, 0.0002-0.0545), DYS570 lokusunun 2.0 x 10-2 (95% CI, 0.0024-0.0704), DYF387S1 lokusunun 2.0 x 10-2 (95% CI, 0.0024-0.0704) ve DYS449 lokusunun 1.0 x 10-2 (95% CI, 0.0002-0.0545)'dir. DYS526 a, DYS526 b ve DYS518 lokuslarında mutasyon gözlenmemiştir. 13 lokusun ortalama mutasyonu ise 1.77 x 10-2 (95% CI, 0.0005-0.0067)'dir. Paternal soydaş şahısların karıştığı cinsel saldırı gibi zorlu vakalarda kimliklendirme için 13 RM Y-STR lokusu önemli sonuçlar verebilir. Ek olarak bu set zorlu soybağı davalarında ve şüphelenilen babaların paternal soydaş olduğu babalık davalarında sonuçların belirlenmesini kolaylaştıracaktır. Anahtar Kelimeler: Y-STR, RM Y-STR, Çukurova Popülasyonu, Y kromozomu, Adli Genetik Analiz, Mutasyon
Dikkat eksikliği hiperaktivite bozukluğu ve oksidatif stresle ilişkisi
Amaç: Dikkat eksikliği hiperaktivite bozukluğu (DEHB) çocukluk çağının en sık görülen psikiyatrik bozukluklarından birisi olmasına rağmen etiyolojisi ve patofizyolojisi hakkındaki kısıtlı bilgiler hastalığa olan ilgiyi artırmaktadır. DEHB prensip olarak genetik bir hastalıktır, ancak çevresel ve biyokimyasal faktörler de hastalığın etyopatogenezinde rol oynamaktadır. DEHB'de biyokimyasal nedenlerine yönelik çok az çalışma yapılmıştır. Bu çalışmada DEHB etiyolojisinde oksidatif stres parametrelerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya; Medikal tedavisi başlanmamış, mevcut durumuyla ve geçmişte herhangi bir fiziksel ya da psikiyatrik hastalık öyküsü olmayan 6-18 yaş arası 53 DEHB'li hasta ve 55 sağlıklı çocuk kontrol grubu olarak alınmıştır. Olgulara nöropsikiyatrik testler uygulanmış ve yarı-yapılandırılmış ölçeklerle değerlendirilmiştir. Hasta ve kontrollerden venöz kan örnekleri alınmıştır. Serumda oksidan parametrelerden Total Oksidan Statü (TOS), Oksidatif Stres İndeksi (OSİ) ve antioksidan parametrelerden Paraoksonaz (PON1) ve Total Antioksidan Statü (TAS) ölçülmüştür. Çalışma Çukurova Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Projeleri birimi tarafından desteklenmiştir. Bulgular: Çalışmaya 13'ü (%24.5) kız, 40'ı (%75.5) erkek, toplam 53 olgu alındı. Olguların ortalama yaşı 10.13±2,617 yıl idi. Hasta grubundaki TAS kontrol grubuna göre anlamlı olarak (p=0.0001) düşük bulunmuştur. Serum PON1 düzeyi hastalarda kontrolden yüksek bulunmuştur ancak bu istatiksel olarak anlamlı değildi. TOS ve OSI düzeyleri arasında anlamlı farklılık bulunmadı. Üç aylık stimulan tedavisi sonrası parametreleri karşılaştırdığımızda; TAS istatiksel olarak anlamlı bir şekilde azaldığı bulunmuştur (p=0.0001). Serum PON1 düzeylerinde anlamlı bir değişiklik yoktu. Tedavi sonrası TOS değerlerinde ise istatiksel olarak anlamlı bir düşüş saptanmıştır. Oksidatif stres indeksinde ise anlamlı bir değişiklik saptanmadı. Sonuç: Bu çalışmada, TAS'ın kontrol grubuna oranla daha yüksek saptanması ve tedavi sonrası TOS değerlerinde istatistiksel olarak anlamlı bir düşüşün olması, DEHB olgularında bozulmuş bir oksidatif stres dengesi ve antioksidan sistemin yetersiz yanıtını düşündürebilir. Bu güne kadar yapılan çalışmaların çelişkili sonuçlanmasından ve tam bir görüş birliği sağlanamadığından, psikiyatrik bozukluklarla ilişkili bu konuda daha fazla hayvan ve klinik çalışmalarına ihtiyaç olduğu düsünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Oksidatif Stres, Dikkat Eksikliği Hiperaktivite Bozukluğu