Lactic acid bacteria
55 theses under this subject heading
Yüksek nem içeren mısır danesinin silaj ve yem değeri özelliklerinin saptanması
Bu tez yüksek nemli dane mısırın silolanma özelliğini geliştirmek için düzenlenmiştir. Bu amaçla yüksek nemli mısır üç farklı kuru madde de (%65,32, %70,77 ve %75,31) hasat edilmiş ve kabaca öğütülerek denemede kullanılmıştır. Deneme materyali yüksek nemli dane mısır (YNDM)'lara sırasıyla; (katkısız: kontrol), %2 üre, 106 cfu/g Lactobacillus plantarum (LP)+Lactobacillus buchneri (LB) ve 106 cfu/g Lactobacillus buchneri (LB) ilave edilmiş ve 60 gün süreyle silolanmışlardır. Bu süre sonunda silajların besin madde bileşimleri, silaj fermantasyon özellikleri, silaj mikrobiyolojisi, aerobik stabilitesi, in vitro gaz üretimi ve sindirilebilirlik özellikleri saptanmıştır. Yüksek nemli mısır silajının farklı KM'de hasat edilmesi silajların besin madde bileşimi ve silaj kalitesini önemli düzeyde etkilemiştir (P<0,05; P<0,01). Kuru madde düzeyinin artması ham protein (HP) içeriğini düşürmüş, nişasta ve hücre duvarı bileşenlerini önemli düzeyde artırmıştır (P<0,05; P<0,01). Silajların laktik asit (LA), laktik asit bakteri (LAB), maya ve küf sayısını ise düşürmüştür. Silajların KM düzeyinin artması aerobik stabiliteyi geliştirmiştir. Yüksek nemli dane mısır silajına üre ilavesi silajların HP içeriğini artırmış, nişasta içeriğini ise düşürmüştür (P<0.05). Üre ilavesi ayrıca silajların LAB, maya, küf, laktik asit (LA), propiyonik asit (PA), etanol, in vitro gaz üretimi, OMS ve ME içeriğini düşürmüştür (P<0,05). Buna karşın üre silajların pH, amonyak azotu (NH3N) ve asetik asit (AA) miktarını artırmış, aerobik stabiliteyi olumsuz etkilemiştir. Yüksek nemli dane mısır silajına LP+LB ve LB ilavesi silajların besin madde bileşimi üzerine etkisi önemli bulunmuştur (P<0,05; P<0,01). Silajlara LAB ilavesi pH, maya ve küf sayısını düşürmüş, LAB sayısı ile LA, PA ve etanol miktarını artırmışlardır. Laktik asit bakteri ilavesi ayrıca karbondioksit (CO2) miktarını artırarak aerobik stabiliteyi geliştirmiştir. Araştırmadan elde edilen verilere göre yüksek nemli dane mısır silajı yapımında en uygun KM dozunun %70 olmuştur. Besin madde bileşimi, silaj mikrobiyolojisi, fermantasyonu, besin maddeleri sindirimi, aerobik stabilite için en uygun katkı maddesi LAB inokulantı olduğu sonucuna varılmıştır. En etkili LAB inokulantı LP+LB kombinasyonu olmuştur. Bunu LB ve %2 üre izlemiştir.
Farklı kuru madde ve laktik asit bakteri inokulantlarının mısır silajının fermantasyon ve aerobik stabilite özellikleri ile yem değeri üzerine etkisi
Bu çalışma, homofermantatif ve heterofermantatif laktik asit bakteri (LAB) inokulantlarının farklı kuru maddede (KM) hasat edilen mısır (Zea mays L.) silajlarının fermantasyon, aerobik stabilite ve yem değeri üzerine olan etkilerini araştırmak için tasarlanmıştır. Araştırmada kullanılan mısır materyali, süt olum (SO), hamur olum (HO), diş olum (DO) ve fizyolojik olum (FO) dönemi olmak üzere dört farklı olgunlaşma döneminde ve sırasıyla %26,3, 31,4, 37,3 ve 42,7 KM içeriğinde hasat edilmiştir. Homofermantatif LAB olarak Lactobacillus plantarum (LP), heterofermantatif LAB olarak Lactobacillus buchneri (LB) ve bu iki bakterinin (LP+LB) 1:1 kombinasyonunu içeren inokulantlar 1×106 cfu g-1 düzeyinde uygulanmıştır. Deneme grupları, dört olgunlaşma dönemi (SO, HO, DO ve FO) ve dört uygulamadan (kontrol (C), LP, LB ve LP+LB) oluşmuştur. Her deneme materyali dörder tekerrürlü olarak 1,5 L'lik anaerobik kavanozlara silolanmıştır. Silolamanın 60. gününde kavanozlar açılarak silajların kimyasal ve mikrobiyolojik analizleri yapılmıştır. Silolama döneminin sonunda açılan silajlara beş gün süreyle aerobik stabilite testi uygulanmıştır. Silajların yem değeri in vitro gaz üretim tekniği ile belirlenmiştir. Olgunlaşma dönemlerinin tüm parametreler üzerindeki etkileri anlamlı bulunmuştur (P<0,0001 ila P=0,0003). İnokulantların KM, amonyak azotu, asit deterjan lif, hemisellüloz, metabolik enerji, net enerji laktasyon içerikleri ve organik madde sindirilebilirlikleri üzerine etkileri önemsiz bulunurken (P>0,05), diğer parametreler üzerindeki etkileri farklı düzeylerde (P<0,0001 ila P=0,02) önemli bulunmuştur. İnokulantlar pH değerini tüm dönemlerde düşürmüşlerdir. Özellikle LP, pH düşüşü üzerine LB ve LP+LB'den daha etkili olmuştur. İnokulantların tümü kontrole göre laktik asit ve asetik asit üretimini artırmıştır. En yüksek laktik asit üretimi, LP uygulanan silajlarda olmuştur. LB ve LP+LB uygulamaları tüm dönemlerde aerobik stabiliteyi geliştirirken LP uygulaması tüm aşamalarda aerobik stabiliteyi düşürmüştür. Anahtar Kelimeler: Aerobik stabilite, gelişim dönemleri, heterofermantatif, homofermantatif, in vitro sindirilebilirlik, Lactobacillus buchneri, Lactobacillus plantarum, laktik asit bakterileri, mısır, silaj, olgunlaşma, fermantasyon, silaj katkı maddesi, yem değeri, Zea mays
Alman tipi lahana turşusu fermantasyonu sırasında bazı insektisitlerin değişiminin incelenmesi
Bu çalışmanın amacı, tarımsal üretim aşamasında lahanalarda zararlı güvelerin mücadelesi için kullanılan Türkiye'de ruhsatlı üç insektisitin kalıntılarını lahana turşusu örneklerinde 14 günlük fermentasyon süresi boyunca izlemektir. Bu çalışmanın hipotezi, "Lahana turşusu üretmek için uygulanan farklı fermantasyon süreçlerinin lahanada bulunan insektisit kalıntılarının parçalama sürecini etkileyebileceği" yönünde oluşturulmuştur. Bu amaçla, lambda-cyhalothrin, malathion ve chlorpyrifos-methyl ile kirletilmiş taze lahana yaprakları, Alman tipi lahana turşusu olarak hazırlanarak, ortama starter ilave (Lactobacillus plantarum'un 112 suşu) ederek veya startersiz (doğal-spontan) olarak fermantasyona tabi tutulmuştur. İnsektisit parçalanma süreçlerinde fermentasyonun etkisini ortaya koymak amacıyla yine aynı insektisitlerle kirletilmiş ve işlem görmeden taze bir şekilde vakumlanmış lahana yaprakları kontrol grubu olarak kullanılmıştır. Fermentasyon süresi boyunca lahana turşusu örneklerinde pH, asitlik ve tuz değişimi ile mikrobiyal gelişme periyodik olarak izlenmiştir. Aynı günlerde kontrol grubu ve turşu örneklerinin insektisit kalıntıları LC-MS-MS cihazı kullanılarak tespit edilmiştir. Chlorpyrifos-methyl ve malathion ile kirletildikten 14 gün sonra, bu insektisitlerin parçalanma oranı kontrol örneklerinde sırasıyla %69 ve %98 iken; starterli ve doğal fermente lahana turşusularında bu oran sırasıyla %12 ve %59, %31 ve %34 olarak tespit edilmiştir. Lambda-cyhalothrin ile kirletilen tüm muamele ve kontrol örneklerinde %13-19 oranında bir azalma görülürken, bu azalma oranı istatistiki anlamda önemli bulunmamıştır. Ayrıca, lahana turşusu fermentasyonu sırasında laktik asit bakterisi varlığının pH düşüşünü hızlandırdığı (≤4) ve buna bağlı olarak malathion ve chlorpyrifos-methyl parçalanmasının yavaşladığı görülmüştür. Bunlara ek olarak, aynı fermentasyon koşullarında farklı insektisitlerin farklı stabilite özellikleri gösterdiği belirlenmiştir.
Identification of lactic acid bacteria and yeasts from Turkish sourdoughs and selection of starter cultures for sourdough bread
In this study, 60 lactic acid bacteria (LAB) and 40 yeasts isolated from sourdoughs collected from Gaziantep, Konya and Mardin provinces were identified at the species level by MALDI-TOF MS and PCR-sequence analysis. It was determined that there were 6 different LAB from Konya sourdoughs and sent for sequence analysis. Pediococcus acidilactici (41.18%) and Levilactobacillus brevis (23.53%) were dominant among these species (most abundant). It was determined that there were 8 different LAB out of 19 LAB isolated from Gaziantep sourdoughs and sent for sequence analysis. Among these, the dominant microflora was found to be L. brevis (42.10%) and Lactiplantibacillus plantarum (21.05%). It was determined that there were 5 different LAB from Mardin sourdoughs and sent for sequence analysis. Among these, the dominant flora was found to be L. brevis (58.33%), L. plantarum (21.05%) and P. acidilactici (16.66%). After the identification, LAB and yeasts combinations were determined according to their technological properties and used in the production of sourdough breads. A total of 12 sourdough breads were produced from 4 different combinations of microorganisms. Physicochemical, textural and sensory analyzes of the produced breads were made and the properties of the breads were evaluated. Then, 5 combination breads were produced. Sourdough reads prepared with mixed cultures gained more appreciation as SD4, SD8, SD12 in first combination and SD17 in second combination. These breads contain more homofermentative LAB.
Lactobacillus acidophilus ve Bifidobacterium bifidum'un aspergillus flavus gelişimi ve aflatoksin B1 ve aflatoksin M1 üzerine etkisinin in vitro şartlarda araştırılması
öz YÜKSEK LİSANS TEZİ Lactobacillus acidophilus ve Bifidobacterium bifidum' un Aspergillus flavus GELİŞİMİ ve AFLATOKSİN B, ve AFLATOKSİN Mı ÜZERİNE ETKİSİNİN IN VITRO ŞARTLARDA ARAŞTIRILMASI Bülent KABAK ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLER ENSTİTÜSÜ GIDA MÜHENDİSLİĞİ ANA BİLİM DALI Danışman: Yrd. Doç. Dr. Işıl VAR Yıl: 2002, Sayfa:88 Jüri: Yrd. Doç. Dr. Işıl VAR Prof. Dr. Mehmet BİÇİCİ Yrd. Doç. Dr. Zerrin ERGİNKAYA Bu çalışmada öncelikli olarak probiyotik laktik asit bakterilerinden Lactobacillus acidophilus ve Bifidobacterium bifidum'un aflatoksin B» ve aflatoksin Mı'i bağlama ve detoksifiye etme yeteneği araştırılmıştır. İkinci aşamada ise probiyotik laktik asit bakterilerinin normal metabolik fâaliyetleri sırasında ürettiği metabolitlerin aflatoksin B] oluşumu üzerine etkisinin olup olmadığı In Vitro ve yağsız sütte araştırılmıştır. Elde edilen bulgular aşağıdaki şekilde özetlenebilir -Lactobacillus acidophilus suşlarının In Vitro koşullarda aflaoksin Bı'i bağlama yetenekleri %32.2-37.0 arasında bulunmuştur. Bifidobacterium bifidum suşlarının in Vitro koşullarda aflatoksin Bı'i bağlama yetenekleri %3 1.0-46.5 arasında bulunmuştur. -Lactobacillus acidophilus suşlarının gıda modelinde aflatoksin Bı'i bağlama yetenekleri % 29.5-34.5 arasında bulunmuştur. Bifidobacterium bifidum suşlarının gıda modelinde aflatoksin Bı'i bağlama yetenekleri %30.0-38.5 arasında bulunmuştur. -Lactobacillus acidophilus ve Bifidobacterium bifidum'un In Vitro koşullarda aflatoksin Mı'e bağlanma yetenekleri %30.5-32.5 arasında olduğu bulunmuştur. -Lactobacillus acidophilus ve Bifidobacterium bifidum'un gıda modelinde aflatoksin Mı'e bağlanma yetenekleri %28.8-29.3 arasında bulunmuştur. -Test edilen bakteriler arasında aflatoksin Bı ve aflatoksin Mı'e en yüksek bağlanma aktivitesini Bifidobacterium bifidum Bb 13 göstermiştir. -Lactobacillus acidophilus ve Bifidobacterium bifidum suşlarının aflatoksin Bı ve aflatoksin Mı'e farklı bağlanma yeteneği gösterdiği belirlenmiştir. -Lactobacillus acidophilus ve Bifidobacterium bifidum'un, Aspergillus fiavus'un aflatoksin Bı oluşumunu teşvik ettiği belirlenmiştir. Anahtar KelimelerProbiyotik Laktik Asit Bakterileri, Aflatoksin, Detoksifikasyon
Genetik mühendisliği teknikleri ile yem katkısı kanatlı probiyotiklerinin oluşturulması
öz YÜKSEK LİSANS TEZİ GENETİK MÜHENDİSLİĞİ TEKNİKLERİ İLE YEM KATKISI KANATLI PROBİYOTİKLERİNİN OLUŞTURULMASI MELTEM AŞAN Çukurova Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Zootekni Anabilim Dalı Danışman: Doç. Dr. Numan ÖZCAN Yıl: 2002, Sayfa: 77 Jüri: Doç. Dr. Numan ÖZCAN Prof. Dr. Hasan Rüştü KUTLU Yrd. Doç. Dr. Mehmet Sait EKÎNCÎ Lactobacillus acidophilus A-161 bakterisine ait içerisinde karışık bağlı p(l,3- l,4>glukanaz geni de taşıyan bir entegrasyon vektörü (pLAİL) geliştirilmiştir: Lactobacillus acidophilus A-161 genomuna ait 3 kb büyüklüğünde rastgele bir EcoRI-EcoRI fragmenti bir Escherichia coli replikatif vektörü olan pBR325 plazmidinin Kloramfenikol direnç geni içerisine takılarak pLAl entegratif plazmidi oluşturulmuştur. Buna ilave olarak, pL1Hc plazmidi üzerinde bulunan bir rumen bakterisi olan Streptococcus bovis JBl'e ait P(l,3-l,4)-glukanaz enzimim* kodlayan 1,8 kb büyüklüğündeki HindlH-BamHI DNA parçası pLAl vektörünün Tetrasiklin direnç geni bölgesine transfer edilerek pLAİL vektörü oluşturulmuştur. Bu vektör, muhtemelen tam olarak optimize edilememiş elektrotransformasyon koşullan nedeniyle Lactobacillus acidophilus A-161'in kromozomuna entegre edilememiştir. Escherichia coli I Streptococcus mekik vektörü pTRWIO ve karışık bağlı P(l,3-l,4>glukanaz geninden oluşan TLIR vektörü Streptococcus thermophilus FI8976 ve Lactococcus lactis IL1403 suşlanna elektrotransformasyonla aktarılarak bu enzimin üretimi başarıyla gerçekleştirilmiştir. SDS-Likenan-PAGE jellerin incelenmesi sonucu 26 kDa'luk enzim proteinine ait herhangi bir proteazla parçalanma belirtisi göstermediği gözlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Laktik Asit Bakterileri, Probiyotik, Beta-glukanaz, Sub- klonlama
Koronavirüs (COVID-19) hastalarında probiyotik alımının bazı biyokimyasal parametreler üzerindeki rolü
Bu çalışma, Coronavirüs hastalarında probiyotiklerin bazı biyokimyasal parametreler üzerindeki etkisini incelemeyi amaçlamaktadır. Deney, altı gruba ayrılmış (her biri 10 kişi) 60 kişi üzerinde tasarlanmıştır. Ayrıca, 0 probiyotikli kontrol grubu olarak sağlıklı denekler (normal sağlıklı bireyler), diğer gruplar şunlardan oluşmuştur: Koronavirus hastaları (COVID-19 ile enfekte hastalar), Biolact (Sağlıklı bireyler ağızdan Biolact probiyotiklerini günde 1 ölçü almış), Saccharomyces boulardii (Sağlıklı bireylere ağızdan günde 1 kapsül Saccharomyces boulardii probiyotik verildi), Coronavirüs hastalar + Biolact (bu grup enfeksiyondan sonra Biolact probiyotikleri ile ağızdan günde bir ölç ile tedavi edilir), koronavirüs hastaları + Saccharomyces boulardii (bu grup enfeksiyondan sonra günde 1 kapsül oral olarak Saccharomyces boulardii probiyotikleri ile tedavi edildi), 21 gün boyunca verilmiştir. Bu çalışmanın verileri, en yüksek ortalama IgM düzeylerinin sırasıyla COVID-19 (1,98±0,33), COVID-19 ve Biolactat probiyotik (0,73±0,10) ve COVID-19 ve Maya probiyotik (0,33±0,08) gruplarında olduğunu ortaya koydu. , kontrollerle karşılaştırıldığında (LSD 0,40). Ayrıca, karşılaştırıldığında, IgG'ye göre en yüksek ortalama seviyeler sırasıyla COVID-19 ve Maya probiyotik (80,70±3,79), COVID-19 ve Biolactat probiyotik (74,70±6,75) ve COVID-19 (41,71±10,55) gruplarındaydı. önemli ölçüde farklılık gösteren kontrollerle (LSD 20,07). Probiyotiklerin Covid 19 enfeksiyonlarından muzdarip insanlar üzerinde önemli bir olumlu etkisi olduğu sonucuna varabiliriz.
Şalgam suyu üretiminde etkili olan laktik asit bakterilerinin belirlenmesi ve şalgam suyu üretim tekniğinin geliştirilmesi
Bu çalışmada şalgam suyunun fermantasyonunda etkili olan laktik asit bakterileri izole edilip, tanımlanmış ve bu bakteriler arasından starter olarak kullanılabilecek laktik asit bakterileri seçilmiştir. Farklı üretim yöntemleriyle şalgam suyu üretilmiş ve bunlardan en uygun yöntem belirlenmiştir. Belirlenen en uygun üretim yöntemi ile şalgam suyu üretilmiş ve bunlar üzerinde raf ömrünü uzatmaya yönelik denemeler yapılmıştır. Denemeler sırasında kimyasal, fiziksel, mikrobiyolojik ve duyusal analizler yapılmıştır.Elde edilen bulgulara göre geleneksel (hamur fermantasyonu ve havuç fermantasyonu) veya hamur fermantasyonu yapmadan doğrudan yöntemlerle bölümümüzde ve sanayide şalgam suyu üretimi yapan işletmelerden en fazla izole edilen laktik asit bakterisi Lactobacillus (Lb.) plantarum'dur. Bu bakteriyi Lb. brevis ve Lb. paracasei subsp. paracasei izlemiştir. Bunlar yanında Lactococcus lactis subsp. lactis, Lb. fermentum, Leuconostoc mesenteroides, Lb. buchneri, Lb. delbrueckii subsp. delbrueckii, Pediococcus pentosaceus bakterileri de izole edilmiştir.Tanımlanan laktik asit bakterilerinden starter olarak kullanılabilecek olanlar bölümümüzde yürütülen denemelerden izole edilen Lb. plantarum ve Lb. paracasei subsp. paracasei ve büyük ölçekli üretim yapan işletmede gerçekleştirilen denemeden izole edilen Lb. fermentum bakterileri olmuştur.En uygun üretim yöntemini belirlemek amacıyla geleneksel ve hamur fermantasyonu yapmadan doğrudan yöntemlerle ve starter olarak Lb. plantarum, Lb. fermentum ve Lb. paracasei subsp. paracasei bakterileri ilavesiyle şalgam suları üretilmiştir. Örneklerde genel kimyasal ve fiziksel bileşimi ve organik asitler, aroma maddeleri ve antosiyanin bileşikleri belirlenmiş, mikrobiyolojik ve duyusal analizler yapılmıştır. Üretim yöntemleri arasında en çok Lb. plantarum bakterisi ilavesiyle üretilen örnek tercih edilmiştir.Dayandırmaya yönelik denemeler için en çok tercih edilen yöntem olan starter olarak Lb. plantarum bakterisi ilavesiyle tekrar şalgam suyu üretilmiş ve şalgam suyu iki kısma ayrılmıştır. Birinci kısım süzülmeden kontrol olarak kullanılmış ve ikinci kısım ise steril filtreden geçirilmiştir. Süzme işlemi yapılmış ve yapılmamış (Kontrol) şalgam suları şişelere doldurulmuş ve +4oC ve +20oC'de 2, 4 ve 6 ay süreyle depolanmışlardır. Depolama süresince kimyasal, fiziksel, mikrobiyolojik ve duyusal değişim incelenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre şalgam suları süzmeden +4oC'de ve süzülmüş olarak +4oC ve +20oC'de 6 ay süreyle depolanabilir.
Lactobacillus rhamnosus'un rope (sünme) hastalığı etkeni olan Bacillus cinsi bakteriler üzerine inhibitör etkisinin unlarda araştırılması
Yapılan bu çalışmada, 13 farklı ekmeklik undan, 20 Bacillus spp. izole edilmiş ve bu izolatların sünme etkeni olup, olmadıkları araştırılmıştır. Daha sonra, probiyotik özellikte olan Lactobacillus rhamnosus'un, söz konusu Bacillus izolatları üzerine inhibisyon etkisi, invitro olarak agar difüzyon ve sıvı ortamda incelenmiştir. İnhibisyon etki, L. rhamnosus`a ait 24 ve 48 saatlik hücre ve süpernatantında araştırılmıştır. Ayrıca L. rhamnosus'un Bacillus subtilis üzerine antibakteriyel etkisi, ekmeklik undan elde edilen hamurda incelenmiştir.Sonuç olarak, araştırmada kullanılan unlardan yapılan rope sayımında, en fazla kontaminasyon, fırınlarından alınan unlarda gözlenirken, en az kontaminasyon organik unlarda gözlenmiştir. L. rhamnosus'un Bacillus spp. üzerine inhibisyon etkisi ise sıvı ortamda, 20 izolattan 6 tanesinde gözlenmiştir. Agar difüzyon metodu ile belirlenen yöntemde, 24 saatlik inkübasyon sonunda süpernatantın inhibisyon etkisi, 5 Bacillus izolatında, L. rhamnosus hücrelerine ise, 4 Bacillus izolatı direnç göstermiştir. Süpernatantın 48 saatlik inkübasyonunda direnç gösteren izolata sayısı 6'ya çıkmış, hücrede ise, izolatların hepsi duyarlı olmuştur. B. subtilis ilave edilen hamurda 24 saat sonucunda, B. subtilis sayısı, 1,3x104 kob/g'dan >1x109 kob/g'a yükselirken, B. subtilis ve L. rhamnosus ile beraber yapılan ekimde 24 saat sonucunda 2,9x104 kob/g olarak bulunmuştur.
Probiyotik laktik asit bakterilerinden L. rhamnosus'un fermente sucukların bazı özellikleri üzerine etkisi
Bu çalışmada, probiyotik sucuk üretiminde serbest ve/veya mikroenkapsüle probiyotik ve serbest starter kültürlerin kullanımının sucuğun bazı özellikleri üzerine etkisini ve mikroenkaspülasyon işleminin, kullanılan bakteri kültürlerinin hem, yapay mide ve safra koşullarındaki hem de, üründeki canlılıklarının korunması üzerine olan etkisini araştırmak amaçlanmıştır. Çalışmada L. rhamnosus cevap yüzey tekniğiyle belirlenen ideal kaplama materyali kombinasyonuyla (%1.89 sodyum aljinat, 0.96 gellan gam, 0.15 jelatin, 1 peptit, 1.45 fruktooligosakkarit), ekstrüzyon tekniğine göre mikroenkapsüle edilerek, sucuk üretiminde kullanılmıştır. 6 aylık depolama sürecinin sonunda, serbest L. rhamnosus içeren sucukta canlı hücre sayısında 1 log kob/g'a (0.76 log kob/g) yakın düzeyde bir düşüş meydana gelirken ME L. rhamnosus içeren sucukta 0.20 log kob/g düzeyinde bir düşüş meydana gelmiştir. Sucuk örneklerinde başlangıçta 1.03-260.57 mg/kg aralığında olan biyojen amin miktarının, 6. ayın sonunda 4.99-535.13 mg/kg arasındaki seviyelere çıktığı belirlenmiştir. Ayrıca, mikroenkapsüle ve serbest probiyotik kültür içeren sucuklardaki biyojen amin miktarının, diğerlerine göre daha düşük olduğu tespit edilmiştir. Sucuk örneklerindeki toplam aroma bileşiklerinin miktarı incelendiğinde, 6.ay hariç aroma miktarlarının genelde çoktan aza doğru sırasıyla, ME probiyotik kültür içeren sucuk, serbest probiyotik kültür içeren sucuk ve kontrol grubu sucuk örneklerinde olduğu saptanmıştır. Sucuk örneklerinin tümünün tekstürel özellikleri üzerine, depolama sürecinin ve kullanılan kültürlerin istatistiksel olarak etkili olmadığı bulunmuştur. Anahtar Kelimeler: Sucuk, mikroenkapsülasyon, probiyotik, L. rhamnosus
Yoğurt mayalanmasında kullanılan baklagillerden mikroorganizmaların izolasyonu ve karakterizasyonu
Yoğurdun tarihi çok eski zamanlara dayanmakla birlikte, ilk olarak nerde ve ne zaman yapıldığına dair kesin bir bilgi yoktur. Yoğurt ve benzeri fermente süt ürünlerinin insan beslenmesi ve sağlığı üzerinde olumlu etkileri kanıtlandıkça dünyada yoğurt tüketimi ve buna bağlı olarak üretimi de artmaktadır. Bununla birlikte yoğurt kalitesini iyileştirmek ve yeni tekniklerle farklı özelliklerde yoğurt üretmek amacıyla çalışmalar devam etmektedir . Türk Gıda Kodeksi Fermente Süt Ürünleri Tebliğinde yoğurt, fermentasyon sırasında genel olarak Streptococcus thermophilus ve Lactobacillus delbruecki subsp bulgaricus' un simbiyotik kültürlerinin kullanıldığı fermente süt ürünü olarak tanımlanır. Ülkemizde sütün fermentasyonu ile yoğurt elde etme işlemi yurt dışından temin edilen starter kültürlerle yapılmaktadır. Yoğurt örnekleri dilüe edilerek, dilüe edilen örneklerden bakterilerin izolasyonu için MRS ve M17 Agar besiyerlerine her örnekten ekim yapılmıştır. Ardından mikroorganizmaların gelişimi için 37 0C' ve 42 0C' de 72 saat inkübasyona bırakılmıştır. Taze saf kültürler elde edilmiştir. Saf kültürlerden uygun DNA izolasyon protokolü uygulanarak DNA'ları elde edilip stoklanmıştır. Yeni jenerasyon sekans ile 16S rRNA dizilim analizi ve MALDI-TOF yöntemleri ile karakterizasyonları yapılmıştır. Üretilen yoğurtlardaki bakterilerin Streptococcus thermophilus ve Lactobacillus delbruecki subsp bulgaricus olduğu tanımlanmıştır. Elde edilen verilerde MRS ve M17 besiyerindeki üreyen bakteriler yoğurt üretiminde ticari olarak kültür kullanımına adaydır.
Molecular characterization of the predominant lactic acid bacteria and yeasts in the sourdough and chickpea fermentations and investigation of some lactic acid bacteria for potential starter culture usage
In the present study, a total of 20 sourdough, chickpea liquid starter and dough samples were collected from different bakeries at two different times. Sourdough and chickpea fermentations were also conducted under laboratory conditions. Microbiological and chemical properties of collected samples were investigated and lactic acid bacteria and yeasts were isolated and identified by molecular methods. In sourdough fermentations, analysis by 16S rRNA gene sequencing grouped the strains into 18 lactic acid bacteria species and the most frequent isolates were Lactobacillus sanfranciscensis (32.7%), Lactobacillus plantarum (18.6%) and Lactobacillus paralimentarious (15.9%). In chickpea fermentations, 12 lactic acid bacteria species were identified and the most prevalent species were Weissella confusa (44.6%), Enterococcus faecium (25.6%) and Weissella cibaria (11.6%). PCR-RFLP analysis identified Saccharomyces cerevisiae in the sourdough (72.5%) and chickpea fermentations (40.7%) as the most frequent yeast species. Other isolated yeast species were Kazachstania bulderi, Pichia membranifaciens, Kazachstania servazzii, Kazachstania unispora and Hanseniaspora valbyensis for sourdoughs and Candida parapsilosis, Meyerozyma guilliermondii and Cryptococcus albidosimilis for chickpea fermentations. Pichia fermentans was isolated from both of the fermentations. According to the technological potential, Lactobacillus plantarum XL23 and Lactobacillus sanfranciscensis RL976 strains were used as mono- and dual-culture in the production of experimental sourdoughs and Weissella confusa RL1139 strain was used as mono-culture in the production of experimental chickpea liquid starters.
Laktik asit bakterileri ve hücresiz süpernatantlarının yara enfeksiyonlarına yol açan önemli patojenlere karşı potansiyel probiyotik etkilerinin araştırılması
Probiyotik laktik asit bakterileri, savunma hücre üretimini stimüle ederek yara iyileşmesine yardımcı olabilir ve pek çok patojen bakteriye karşı antimikrobiyal ve antibiyofilm etkinlik gösterebilirler. Bu çalışmada çeşitli fermente süt ürünlerinden izole edilen 12 laktik asit bakteri aktif kültür ve hücresiz süpertantların, Pseudomonas aeruginosa ve Staphylococcus aureus' a karşı antimikrobiyal etkilerinin, ayrıca hücresiz süpernatantların patojenlerin biyofilm oluşturmalarını inhibe edici ve oluşturulan biyofilmleri yıkıcı etkilerinin değerlendirilmesi amaçlandı. Aktif kültürler agar spot, hücresiz süpernatantlar ise agar kuyu difüzyon yöntemiyle değerlendirildi. Biyofilm deneyleri için ise, kantitatif mikrodilüsyon plak yöntemi kullanıldı. İzolatların 16S rRNA PZR analizleriyle: Pediococcus parvulus (%8.3, 1/12), Lactobacillus paracasei (%16.7, 2/12), Leuconostoc mesenteroides (%16.7, 2/12), Lactobacillus coryniformis (%8.3, 1/12), Lactobacillus reuteri (%16.7, 2/12), Lactobacillus rhamnosus (%8.3, 1/12), Lactobacillus alimentarius (%8.3, 1/12), Lactobacillus delbrueckii (%8.3, 1/12) ve Lactococcus lactis (%8.3, 1/12) türleri olduğu belirlendi. İzolatların antibiyotik duyarlılık profilleri E-test yöntemi ile değerlendirildi ve seçili antibiyotiklere karşı duyarlı olduğu tespit edildi. Antimikrobiyal aktivite bulgularına göre; L. delbrueckii subsp. bulgaricus suş ND04 ve L. mesenteroides subsp. mesenteroides suş CAU4374 aktif kültür ve hücresiz süpernatantlarının (HS-72) patojen bakteriler içerisinden yalnızca P. aeruginosa suşlarına gösterdikleri inhibisyon etkilerin benzer oldukları değerlendirildi. Hücresiz süpernatantlar ile ayrı ayrı yapılan üç uygulama içerisinden, her bir patojen için en yüksek biyofilm inhibisyon oranı belirlendi. Buna göre HS-72'nin patojen ile beraber inkübasyonu sonucunda: P. aeruginosa ATCC 15692 ve P. aeruginosa ATCC 27853 için sırasıyla %96.0 ve %95.7 (L. lactis suş IL6288), S. aureus ATCC 35556 için %94.2 (L. reuteri suş SKB1241) ve S. aureus ATCC 6538 için %96.2 (L. paracasei suş RV-M192) kaydedilen en yüksek inhibisyon oranlarıdır. İnhibisyon etkilerin antimikrobiyal aktivite deneylerinde organik asitlerden, biyofilm deneylerinde ise, süpernatantlardaki diğer inhibitör maddelerden kaynaklanabileceği düşünülmektedir. P. aeruginosa ve S. aureus'un oluşturdukları biyofilmlerin, kronik yaraların tedavisinde karşılaşılan önemli bir problem olduğu göz önüne alındığında, bu çalışmada laktik asit izolatlarına ait hücresiz süpernatantların, patojenlerin biyofilm oluşturmalarını inhibe edici ve oluşturulan biyofilmleri yıkıcı etkilerinin belirlendiği yeni bulguların bilimsel literatüre katkı sağlayacağı düşünülmektedir. Anahtar kelimeler: Biyofilm, hücresiz süpernatant, laktik asit bakterileri, yara enfeksiyonları.
Silajlık mısırdan laktik asit bakterilerinin izole edilmesi, tanımlanması ve silaj üretiminde inokulant olarak kullanılma olanakları
Bu çalışma, Elâzığ merkez köylerinden alınan farklı mısır hasılı örneklerinden laktik asit bakterilerini (LAB) izole etmek, tanımlamak ve laboratuvar koşullarında çoğaltarak mısır silajına inokulant olarak kullanılma olanaklarını tespit etmek amacıyla yapıldı. Araştırmada 16 farklı mısır tarlasından mısır yaprakları (Zea mais) alındı ve laboratuvara getirilerek uygun yöntemlere göre LAB'ların izolasyon ve identifikasyonu yapıldı. Seçilen LAB içinden 4 farklı bakterileri türü inokulant olarak kullanıldı. Denemede hiçbir katkı yapılmayan grup kontrol (K), ticari bir firmadan temin edilen ve içeriğinde Lactobacillus buchneri (L.BUC) olan grup pozitif kontrol, Lactobacillus pentosus (L.PEN), Leuconostoc mesenteriodes (L.MEZ), Lactobacillus brevis (L.BRE) ve Laktobacillus fermentum (L.FER) türleri ise deneme gruplarını oluşturdu. İnokulantlar silaj materyaline 1 x 106 kob/g KM olacak şekilde karıştırıldı ve 1.8 litrelik anaerobik vakumlu kavanozlara sıkıştırılarak dolduruldu. Fermantasyonun 5, 10, 15, 30, 60 ve 90. günlerinde her gruptan üçer kavanoz açılarak analizleri yapıldı. Silajlara inokulant katılması pH değerini hızla düşürdü. Fermantasyon sonunda en düşük pH değeri L.BRE ve L.FER gruplarında, en yüksek ise L.BUC grubunda elde edilmiş ve farklılık önemli bulunmuştur (P<0.001). Fermantasyonun 5. gününde inokulant katılan gruplarda laktik asit (LA) önemli düzeyde artmış, 30. günde en yüksek LA düzeyi L.FER grubunda görülmüştür (P<0.05). Deneme gruplarında başlangıçta düşük olan asetik asit (AA) düzeyi fermantasyonla birlikte yükselmeye başlamış ve 30. Günde en yüksek AA düzeyi L.BUC grubunda görülmüştür (P<0.05). Araştırma gruplarında fermantasyonun 15. gününden itibaren maya sayılarında önemli azalmalar görülürken, 30. Günden sonra bütün gruplarda küf tespit edilmemiştir. Bu sonuçlara göre, silajlık mısır bitkisinin doğal mikroflorasındaki bakterilerden seçilen laktik asit bakterilerinin, ticari inokulantlar kadar silaj fermantasyonu olumlu yönde etkilediğini söylemek mümkündür. Anahtar Kelimeler: Mısır silajı, laktik asit bakterileri, inokulant, doğal flora
Bazı laktik asit bakterilerinin ekzopolisakkarit (EPS) üretimi ile antibiyotik dirençliliklerinin araştırılması
Bu çalışmada, Lactobacillus, Lactococcus, Streptococcus, Enterococcus ve Leuconostoc cinslerine ait bazı suşlar kullanılmıştır. Kültürlerden Lactobacillus acidophilus ATCC 4356 , L. helveticus ATCC 15807, L. bulgaricus ATCC 11842, L. bulgaricus G11, L. plantarum DSM 20246, L. plantarum (RSKK No:02030), L. fermentum ATCC 23271, L. ruminis ATCC 25644 ve L. gasseri ATCC 19992; Streptococcus salivarius subsp. thermophilus ATCC 14425 ve S. thermophilus (RSKK No: 667/01017); Lactococcus subsp. cremoris; Enterococcus faecium DSMZ 20442, E. faecium RT 55, E. faecium RT 82, E. fecalis NCDO 581, E. fecalis RT 8 ve E. fecalis RT 121; Pediococcus acidilactici pedL ve P. pentosaceus CHR HANSEN; Leuconostoc mesenteroides subsp. cremoris (RSKK No: 06043-DSM 20346 ) ve L. mesenteroides (RSKK No: 1061) türleri kullanılmıştır.Hücre gelişimleri, laktik asit miktarları ve son pH değerleri tespit edilmiştir. Suşların EPS üretimleri 46,42 mg/l ile 208,88 mg/l arasında bulunmuştur. En yüksek (208,88 mg/l) EPS üretimi Enterococcus fecalis RT8 suşunda tespit edilirken, en düşük (46,42 mg/l) EPS miktarı Enterococcus fecalis NCDO 581 kültüründe belirlenmiştir. Suşların hücre gelişimleri kültürlerin EPS üretimlerini etkilememiştir. Suşların otoagregasyon değerleri % 5-35 ile arasında belirlenirken, Escherichia coli ATCC 11230 ile koagregasyonları % 4-31 arasında tesbit edilmiştir.Çalışmada kullanılan tüm suşların nalidiksik asid, polimiksin B ve kanamisin dışında tüm antibiyotiklere %9 ile % 95 oranında yüksek duyarlılık gösterdikleri tespit edilmiştir.Anahtar Kelimeler : Laktik asit bakteri, Probiyotik, Asit üretimi, Antibiyotik dirençliliği, EPS üretimi, Agregasyon
Yonca silajına tuz ve laktik asit bakteri inokulant ilavesinin silaj kalitesi, fermantasyon profili ve mikrobiyel özellikleri üzerine etkileri
Araştırmada yonca bitkisine tuz ve laktik asit bakteri inokulant ilavesinin silaj kalitesi, fermantasyon profili ve mikrobiyel özellikleri üzerine etkileri incelenmiştir. Bu amaçla yonca bitkisine tuz, laktik asit bakterisi ayrı ayrı ve birlikte ilave edilerek yonca silajı hazırlandı. Çalışma; katkı maddesi ilave edilmeyen grup (Kontrol grubu), tuz ilave edilen grup (Tuz grubu), laktik asit bakterisi ilave edilen grup (LAB grubu) ve tuz ile laktik asit bakterisinin beraber ilave edildiği grup (TLAB) olmak üzere toplam 4 gruptan oluşmuştur. Her gruptan 5 tekerrür halinde hazırlanan cam kavanozlar içindeki yonca silajları fermantasyonun 7., 14., 30. ve 60. günlerinde açıldı. Silaj örneklerinde fiziksel, kimyasal ve mikrobiyolojik analizler yapıldı. Buna göre laktik asit bakterisi ilave edilen grupta toplam kalite puanının ve Flieg puanının diğer gruplara göre istatistiksel olarak önemli derecede yüksek olduğu belirlendi. Silaja tuz ile laktik asit bakterisinin hem ayrı ayrı hemde birlikte ilavesiyle kuru madde oranının arttığı, ham sülüloz, asit detergan lif ve nötral deterjan lif içerğinin azaldığı tespit edilmiştir. Silajlar yapıldıktan 60 gün sonra silajda pH değerinin ve amonyak azotu içeriğinin en düşük LAB grubunda olduğu belirlendi. Tuz ve laktik asit bakterisinin ilavesiyle asetik asit ve laktik asidin arttığı, propiyonik asit ve bütirik asidin azaldığı tespit edildi. Tüm gruplarda laktik asit bakterilerinin arttığı ve maya-küf sayısının azaldığı belirlendi. Aerobik stabilite bakımından en iyi sonucun laktik asit ilave edilmiş grupta olduğu görüldü. Sonuç olarak tuz ve laktik asit bakterisinin beraber ve ayrı olarak silaja ilavesi sonucu silaj kalitesinin, fermantasyon profilinin ve mikrobiyel özelliklerinin olumlu etkilendiği görülmüştür. Anahtar Kelimler: Fermantasyon özellikleri, laktik asit bakterisi, tuz, yonca silajı
Afyon ilinde yapılan yonca silajının haftalık olarak olgunlaşma ve kalite özelliklerinin belirlenmesi
Afyon İlinde Yapılan Yonca Silajının Haftalık Olarak Olgunlaşma ve Kalite Özelliklerinin Belirlenmesi Bu araştırmada; Afyon ilinde yapılan yonca silajının haftalık olarak olgunlaşma ve kalite özelliklerinin belirlenmesi incelenmiştir. Bu amaçla yonca bitkisinden yapılan silaj, paketlendikten sonra 7 hafta boyunca açılmıştır. Her hafta üç farklı silaj paketiden numune alınmış ve analiz edilmiştir. Silaj numunelerinin fiziksel analizleri (DLG puanı, Flieg puanı) ham besin madde analizleri (kuru madde, ham kül, organik madde, ham protein, ham selüloz, ham yağ, asit deterjan fiber, nötral deterjan fiber), amonyak-azotu analizi, pH analizi ve uçuya asidi analizleri yapılmıştır. Buna göre birinci haftadan itibaren koku, renk, strüktür ve toplam puanları doğru orantılı olarak önemli düzeyde artış gözlenmiştir. Silaj kalitesinin 7. günde 'orta' ; 14 ile 42. günler arasında 'iyi'; 49. gün 'pekiyi' nitelikli olduğu tespit edilmiştir. Haftalık olarak silajların kuru madde (65 ℃) miktarında, NH3-N içeriğinde ve Flieg puanında artış; pH değerinde azalma gözlenmiştir. Yonca silajları haftalara göre organik madde içeriği bakımından incelendiğinde birinci haftadan itibaren bir artış söz konusu olurken HS, HP ve HY içerikleri haftalar boyunca azalma göstermiştir. Sialjlarda asetik asit miktarının arttığı, propiyonik asit ile bütirik asit miktarının azaldığı tespit edilmiştir. Laktik asit miktarı fermentasyonun 35. gününde önemli derece artış göstermiştir. Anahtar Kelimler: Fermantasyon özellikleri, laktik asit bakterisi, yonca silajı
Laktik asit bakterilerinin izolasyonu ve gıda patojenleri üzerine antimikrobiyal ve antibiyofilm etkilerinin araştırılması
Laktik Asit Bakterilerinin İzolasyonu ve Gıda Patojenleri Üzerine Antimikrobiyal ve Antibiyofilm Etkilerinin Araştırılması Bu çalışmanın amacı laktik asit bakterilerinin (LAB) ev tipi fermente süt ve et ürünlerinden izole edilmesi ve önemli gıda patojenleri üzerine antimikrobiyal, antibiyofilm etkileri ile antibiyotik dirençlerinin araştırılmasıdır. Geleneksel yolla üretilen ve üretiminde starter kültür kullanılmayan farklı gıda ürünlerinden LAB kültürleri izole edilerek saflaştırıldı. İzolatların koloni morfolojisi, katalaz, oksidaz reaksiyonu ve gram boyamaları yapılarak, gram pozitif, katalaz ve oksidaz negatif kok ve basil suşlar seçildi. İzolatların tanımlanması MALDITOF-MS ile gerçekleştirildi. LAB'lerinin hücresiz süpernatantlarının Staphylococcus aureus (ATCC 25923), Listeria monocytogenes (ATCC 13932), Escherichia coli (ATCC 29998) ve Bacillus cereus (ATCC 11778) üzerine antimikrobial ve antibiyofilm etkileri sırasıyla agar kuyu difüzyon ve mikroplaka yöntemleri ile belirlendi. İzolatların altı ayrı antibiyotiğe karşı dirençleri disk difüzyon yöntemiyle belirlendi. Sonuç olarak izole edilen 27 LAB suşundan 7 tanesi L. monocytogenes 'e karşı 8 ila 11 mm, B. cereus'a karşı ise 8 ila 10 mm arasında değişen inhibisyon alanı sergilerken S.aureus ve E.coli'ye karşı antibakteriyel aktivite göstermedikleri tespit edildi. Altı izolatın tamamının (I-3, I-5, I-6, I-21, I-34 ve I-36 ) %85-%100 arasında değişen oranlarda test patojenlerine karşı antibiofilm etki sergilediği görüldü. Yedi izolatın tamamının Chloramphenicol'e (30 µg) ve Ampicilline (10 µg) karşı duyarlı olduğu tespit edildi. Gentamisin (120µg)'e karşı 7 izolatın tamamının orta düzeyde duyarlı olduğu belirlendi. Sülfametoksazol (25µg)'e karşı %42,85'inin dirençli, geriye kalanların tamamının duyarlı olduğu tespit edildi. Ciproflaxin (5 µg) ve Oxasilin (1µg)'e karşı izolatların %71,42 sinin dirençli olduğu görüldü. 16S rDNA gen dizilimi kullanılarak hem antimikrobiyal hem de antibiyofilm etkiye sahip I-3, I-21 ve I-36 izolatları referans diziye %100 benzerlikle Pediococcus pentosaceus, I-5, I-6 ve I-34 ise Lactiplantibacillus plantarum olarak tanımlandı.
Lactobacillus delbrueckii ssp. bulgaricus ve Streptococcus thermophilus suşlarının ağır metal dirençlilikleri ve ekzopolisakkarit (EPS) üretimlerinin araştırılması
Bu çalışmada süt endüstrisinde starter kültür olarak kullanılan Lactobacıllus delbrueckii ssp. bulgaricus ATCC 11842 ve Streptococcus thermophilus ATCC 14425 suşlarının hücre gelişimi, EPS üretimi ve toplam protein miktarı üzerine çeşitli ağır metal tuzlarının [Co(NO3)2.6H2O, ZnSO4.7H2O, Cr(NO3)3.9H2O, Pb(CH3COO)2.3H2O, NiCl2, K2Cr2O7, CuSO4.5H2O, AgNO3, CdCl2] etkilerinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Metal tuzlarının (0,005 - 80 mM) arasında farklı konsantrasyonları kullanılarak suşların metallere karşı minimal inhibisyon konsantrasyonları (MİK) düzeyleri belirlenmiştir. Streptococcus thermophilus ATCC 14425 suşunda bu değerler sırasıyla; Co(NO3)2.6H2O için 1 mM, ZnSO4.7H2O için 0,1 mM, Cr(NO3)3.9H2O için 10 mM, Pb(CH3COO)2.3H2O için 1 mM, NiCl2 için 0,1 mM, K2Cr2O7 için 1 mM, CuSO4.5H2O için 2,5 mM, AgNO3 için 0,5 mM, CdCl2 için 0,005 mM olarak tespit edilerken; Lactobacillus delbrueckii ssp. bulgaricus ATCC 11842 suşunda Co(NO3)2.6H2O için 10 mM; ZnSO4.7H2O 5 için mM; Cr(NO3)3.9H2O için 10 mM; Pb(CH3COO)2.3H2O için 0,5 mM; NiCl2 için 10 mM; K2Cr2O7 için 0,5 mM; CuSO4.5H2O için 5 mM; AgNO3 için 0,5 mM ve CdCl2 için 0,005 mM olarak bulunmuştur. Genel olarak Lactobacillus delbrueckii ssp. bulgaricus ATCC 11842 v suşunun metal direncinin Streptococcus thermophilus ATCC 14425 suşundan daha fazla olduğu gözlenmiştir. En yüksek (505 mg/L) EPS üretimi Lactobacillus delbrueckii ssp bulgaricus ATCC 11842 suşunda (0,005 mM) CuSO4.5H2O konsantrasyonunda tespit edilirken, Streptococcus thermophilus ATCC 14425 suşunda ise (0,005 mM) NiCl2 konsantrasyonunda en yüksek (255 mg/L) EPS ürettiği belirlenmiştir. Bu değerler kontrol besiortamında sırası ile 127 ve 157 (mg/L) olarak bulunmuştur. En yüksek (0,052 mg/mL) protein üretimi Lactobacillus delbrueckii ssp. bulgaricus ATCC 11842 suşunda (0,005 mM) Cr(NO3)3.9H2O konsantrasyonunda belirlenirken, Streptococcus thermophilus ATCC 14425 suşunda (0,005 mM) Co(NO3)2.6H2O konsantrasyonunda protein miktarı (0,058 mg/mL) olarak tespit edilmiştir. Çalışmada ağır metal konsantrasyonunun artışına bağlı olarak bakterilerin EPS üretimi ve protein miktarlarının azaldığı bulunmuştur. Anahtar Kelimeler : Laktik asit Bakterileri, Ağır Metal, Ekzopolisakkarit, Protein
Molecular cloning and characterization of bile salt hydrolase from Lactobacillus fermentum
The gastrointestinal normal flora plays a vital role in human physiology, as it controls the host's nutritious, physiological, and immunological activities. In the human intestine, bile salt hydrolase (BSH), produced mainly by intestinal bacteria, catalyzes the hydrolysis of taurine or bile acid bound to glycine binding to amino acid and deconjugated bile acid. Deconjugated bile acids play an important role in the developing certain gastrointestinal diseases, such as gallstone formation, cholestasis, and colon cancer as well as blood cholesterol levels. However, the LAB are a group of microorganisms that mainly essensial for fermentative of dietary food in the market today. Because of the correlation with both BSH and human health, the structural and biochemical properties of BSHs require considerable research in order to understand their role in the regulation bacterial and host metabolism. The catalytic activities and substrate specificities of BSHs vary more. Some amino acids reported to be responsible for catalytic activity were also entirely kept intact across all BSH members of the same family. As an outcome, knowing and ability to understand the mechanism of action of the BSH enzymes of the probiotic microorganisms used in those treatments and fermentation is very vital. Despite the fact that Lactobacillus fermentum is likely one of the most beneficial probiotic bacteria strain on the market in the world today, little information is known about the mechanism of action and substrate preferences of this microorganism's BSH enzyme. In this study, the bsh gene encoding 326-amino acids from L. fermentum strain was cloned, expressed and characterized in Escherichia coli BLR(DE3) strain. An E. coli BLR(DE3)-pET22b expression system was used to produce rcombinant BSH. The recombinant BSH activity of L. fermentum was not determined qualitatively using the Direct Plate Assay with two different bile salts, glydeoxucocholic acid and taurodeoxycholic acid. In addition to this, 37 kDa BSH protein was not visible on SDS-PAGE analysis. Multiple sequence alignment revealed that BSH enzyme of L. fermentum had a one mutation (one codon deletion) on bsh gene. This mutation can affect the stability of BSH enzyme of L. fermentum. In this respect, L. fermentum cannot be a potential probiotic candidate since the capability of BSH activity is one of the criteria for the selection of the probiotics.
Kefirden izole edilen bazı laktik asit bakterilerinin metabolik, antimikrobiyal ve plasmid DNA'larının incelenmesi
KEFİRDEN İZOLE EDİLEN BAZI LAKTIK ASİT BAKTERİLERİNİN METABOLİK, ANTİMİKROBİYAL VE PLASMİD DNA 'LARININ İNCELENMESİ (Yüksek Lisans Tezi) Zehra Nur MUMCU GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ Aralık 1997 ÖZET Araştırmada, kefir örneklerinden toplam 42 adet laktik asit bakterisi (LAB) izole edilmiştir. İzolatların 21 adedi Lactobacillus ve 21 adedi de Streptococcus olarak tanımlanmıştır. Bakterilerin identifikasyon sonuçlan; 1 adet Lactobacillus acidophilus, 2 adet L. helveticus, 4 adet L. casei, 3 adet L. bulgaricus, 6 adet L. lactis, 3 adet L. plantarum, 2 adet L. brevis, 4 adet S. lactis, 3 adet S. thermophilus, 3 adet S. durans ve 11 adet S. cremoris olduğunu göstermiştir. Lactobacillus ve Streptococcus bakterilerinin laktik asit, hidrojen peroksit, hidrojen sülfür, proteolitik aktivite, asetaldehit üretimleri belirlenmiştir. Ayrıca Streptococcus bakterilerinin diasetil üretimleri de saptanmıştır. Lactobacillus ve Streptococcus suşlannın Escherichia coli, Staphylococcus aureus koagülaz (+), mutant Staphylococcus aureus koagülaz (-), Bacillus subtilis ve Pseudomonas aeruginosa üzerindeki inhibisyon etkileri agar difftizyon yöntemiyle belirlenmiştir. Bu bakterilerin bakteriosin üretimleri, aynı test bakterileri üzerinde uygulanmıştır.Ayrıca, bu bakterilerin PHB üretimleri de tespit edilmiştir. PHB verimi (kuru hücre ağırlığına göre) Lactobacillus suşlannda %0,52-25,55 arasında, Streptococcus suşlarında %0,61-13,69 arasında saptanmıştır. Yüksek inhibisyon gösteren 5 Lactobacillus ve 6 Streptococcus susunun plasmid DNA profilleri de çıkarılmıştır. L. acidophilus ZİL susunda 13,42, 7,02 ve 3,58 kb ağırlığında 3 plasmid, L. casei Z3L susunda 25,42, 21,34 ve 11,47 kb ağırlığında 3 plasmid, L. brevis Z13L susunda 34,23, 25,42, 20,42, 9,13 ve 2,59 kb ağırlığında beş plasmid, S. lactis Z1S susunda 23,70, 20,61, 17,15 ve 8,67 kb ağırlığında dört plasmid, S. lactis Z3S susunda 23,49, 16,41 kb ağırlığında iki plasmid, S. dıırans Z15S susunda 21,89, 18,39, 17,29, 8,89 ve 4,42 kb ağırlığında beş plasmid bulunduğu, L. casei Z4L, L. bulgaricus Z8L, S. thermophilus Z5S, S. cremoris Z6S ve Z10S suşlanmn ise plasmid DNA içermediği tespit edilmiştir. Bilim Kodu : 401.02.00 Anahtar Kelimeler : Kefir, Lactobacillus, Streptococcus, metabolik ve antimikrobiyal aktivite, plasmid, biyoplastik (Poly-P-hydroxybutyrate) üretimi Sayfa Adedi : 129 Tez Yöneticisi : Doç. Dr. Yavuz BEYATLI
Fermente süt ürünlerinden izole edilen laktik asit bakterilerinin antibiyotik dirençliliklerinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle belirlenmesi
Laktik asit bakterileri (LAB) fermentatif, fakültatif anaerob, aerotolerant mikroorganizmalardan oluşan geniş bir gruptur. Fermente gıda veya yemlerde doğal kontaminant olarak bulunabilirler ya da starter kültür ve probiyotik olarak eklenerek temel mikrobiyal topluluğu oluştururlar. Bu kommensal bakteriler gıda zinciri yoluyla tüketicilerde antibiyotik direnç belirleyicilerinin yayılması için bir vektör olabilmektedirler. Bu sebeple LAB' de antibiyotik direnciyle ilgili çalışmalar son yıllarda önem kazanmıştır. Bu çalışmada, Aydın Merkez'de yer alan mandıralardan, marketlerden, halk pazarlarından ve ev yapımı şeklinde alınan fermente süt ürünlerinden 168 adet LAB izole edilmiş ve izolatların antibiyotik dirençlilikleri fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılmıştır. 16S rRNA analizi sonucunda izolatların Lactobacillus (% 55,95), Lactoccocus (% 15,48), Enterococcus (% 11,90), Streptococcus ( % 10,12), Leuconostoc ( % 5,35) ve Pediococcus (% 1,20) cinslerine dahil oldukları belirlenmiştir. Agar MİK dilüsyon sonuçlarına göre tüm LAB izolatlarında en yüksek direnç linkomisin (% 25,59) antibiyotiğine karşı bulunmuştur. Bu değeri sırasıyla tetrasiklin (% 19,04), meropenem (% 16,66), ampisilin (% 16,16), gentamisin (% 7,14), eritromisin (% 5,35), siprofloksasin (% 5,35), kloramfenikol (% 4,16) ve vankomisin (% 3,06) antibiyotikleri izlemektedir. Teikoplanin antibiyotiğine direnç gözlenmemiştir. Antibiyotik direnç genlerini araştırmak için yapılan PCR denemeleri sonucunda, erm (B) (% 4,76), erm (C) (%0,59), tet (M) (%7,14), tet (L) (%2,38), tet (K) (%0,59), aac (6?)-aph (2??) (%5,95) ve van (C) (%1,19) genleri bulunmuştur. Tez çalışmamızın sonucunda gıda kökenli bakterilerin bazı antibiyotik direnç genleri açısından rezarvuar oluşturduğu görülmüştür.Anahtar sözcükler: Fermente Süt Ürünleri, Laktik Asit Bakterileri, Antibiyotik Direnci, Agar Dilüsyon Yöntemi, PCR
Laktik asit bakterileri ile fermente edilen narenciye sularının fizikokimyasal, mikrobiyolojik özellikleri ve antimikrobiyal etkilerinin belirlenmesi
Sağlık konusunda bilinçlenen ve besin tercihleri değişen toplumun, temel besin ihtiyaçları dışında, insan fizyolojisi ve metabolik fonksiyonları üzerinde ek faydalarının olduğu kanıtlanan gıdalara yönelimi artmıştır. Bu amaçla hastalıkların oluşum riskini azalttığı, tedavi edici ve destekleyici etkilerinin bulunduğu bilinen fermente ürünlerin çeşidinin arttırılması ve piyasaya sunulması gerekmektedir. Bu araştırmada, bileşiminde önemli kaynakları içeren turunçgil sularına, laktik asit bakterileri ile fermente edilerek fonksiyonellik kazandırılması ve sonucunda farklı duyusal nitelikte, besin değeri ve antimikrobiyal özelliği yüksek yeni bir ürün elde edilmesi amaçlanmıştır. Afyonkarahisar ili ve çevresinde bulunan semt pazarlarından temin edilen portakal (Citrus sinensis), mandalina (Citrus reticulata) ve greyfurt (Citrus paradisi) meyvelerinden elde edilen meyve sularına, %10 şekerli su çözeltisi ilave edildikten sonra, 75oC'de 15 saniye boyunca ısıl işlem uygulanmıştır. Pastörize meyve suları, 9 farklı laktik asit bakterisi ile 30oC sıcaklıkta 48 saat boyunca etüvde fermantasyona tabi tutulmuştur. Elde edilen son ürünler analizler tamamlanıncaya kadar buzdolabı sıcaklığında (0-4°C) muhafaza edilmiştir. Üretim prosesinin her aşamasında; fiziksel, kimyasal ve mikrobiyolojik (antibakteriyel ve antifungal) analizler yapılmıştır. Fermantasyon sonrası fizikokimyasal analiz sonuçlarından pH ve titrasyon asitliği değerleri, negatif korelatif etki göstermiştir. En yüksek DPPH sertbest radikal giderme aktivite değeri (% indirgenme) 47,779±25,79, en yüksek toplam fenolik madde değeri (mg GAE/g örnek) 2743,61±415,36 değerleriyle L. plantarum bakterisi kullanılarak fermente edilen meyve sularında tespit edilmiştir. Turunçgil sularından en yüksek antibakteriyel etki P. aeruginosa (22,55±2,29 mm zon çapı) üzerinde, en yüksek antifungal etki ise M. racemosus (22,36±2,35 mm zon çapı) üzerinde, L. lactis kullanılarak fermente edilen meyve sularında tespit edilmiştir
Farklı bölgesel süt ürünlerinden izole edilen laktik asit bakterilerinin, biyokimyasal özellikleri ve bazı gıda kaynaklı patojenler üzerindeki antibakteriyel aktivitesinin belirlenmesi
Üretim esnasında gıdalar, farklı sebeplere bağlı olarak patojen mikroorganizmalar aracılığıyla kontamine olmakta ve dolayısıyla gıdalarda bozulma süreci hızlanmaktadır. Bu gıdalar tüketildiği takdirde gıda kaynaklı bazı hastalıklara sebep olmaktadır. Gıdaların bu kontaminasyondan korunması amacıyla, fiziksel ve kimyasal metotlar kullanılmaktadır. Bunlar arasında, genellikle kimyasal koruyucular kullanılmasına rağmen, tüketici tarafından olumsuz düşünceler ve ön yargılar olduğu için, güvenilir koruyucular daha fazla önem arz etmektedir. Bu araştırmada, güvenilir koruyucu arayışında, günlük hayatımızda tükettiğimiz süt ve süt ürünlerinden (peynir, yoğurt, tereyağı) izole edilen laktik asit bakterilerinin ürettikleri organik asitler, hidrojen peroksit ve bakteriyosinler gibi bileşiklerin, patojen mikroorganizmalar ve antibiyotikler üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Araştırmamızda Afyonkarahisar ili ve çevresindeki köylerde geleneksel olarak üretilen süt ürünlerinden; 30 farklı yoğurt, peynir ve tereyağı örnekleri alınmıştır. Alınan numunelerden yapılan izolasyon işlemleri sonucunda, 20 farklı laktik asit bakterisi izole edilmiş olup, izolatlat API 50 CHL ve API 20 STREP test kitleri ile doğrulanmıştır. Tanımlanan 20 farklı laktik asit bakterisi %100 oranında gram pozitif, %100 oranında katalaz negatif, %95 oranında; %4 tuz içeren ortamda gelişebilme, %90 oranında; %6 tuz içeren ortamda gelişebilme, %40 oranında; %8 tuz içeren ortamda gelişebilme, %35 oranında; %10 tuz içeren ortamda gelişebilme kabiliyetleri tespit edilmiştir. Ayrıca %65 oranında; 4,8 pH içeren ortamda gelişebilme, %75 oranında; 6,5 pH içeren ortamda gelişebilme, %45 oranında; 9,8 pH içeren ortamda gelişebilme kabiliyetleri de tespit edilmiştir. Bunlara ek olarak, %60 oranında; 10ºC'de gelişirken, %100 oranında; 37ºC'de, %55 oranında ise 45ºC'de geliştiği tespit edilmiştir. Çalışmamızda izole edilen laktik asit bakterilerinin, lipolitik aktivitesi, Blue Agar ortamında yapılan analizlerde %80 oranında tespit edilmişken, 20/80 MRS Agar ortamında yapılan analizlerde %60 oranında tespit edilmiştir. Proteolitik aktivitesi, KK Agar ortamında %40 oranında tespit edilirken, jelatin içeren MRS agar ortamında %5 oranında tespit edilmiştir. Nitrat redüktaz aktivitesi ise %55 oranında tespit edilmiştir. İzole edilen 20 farklı laktik asit bakterisinin, 10 farklı patojen bakteri üzerindeki antibakteriyel etkisi ve 11 farklı antibiyotik üzerindeki antibiyotik direnci tespit edilmiştir. En yüksek antimikrobiyal etki; 16,12 mm zon çapı ile Salmonella Typhimurium'a karşı, Pediococcus acidilactici örneğinde tespit edilmiştir.