Farklı kanser hücrelerinde LNCRNA CCAT1'in MXD1 geni ile etkileşimi

Kanser, günümüzde önemli bir toplum sağlığı problemi olup dünya çapında önde gelen ölüm nedenlerinden biri durumundadır. Kanserin moleküler temeli geniş çaplı araştırılmış olmasına rağmen, kanser oluşumu ve ilerlemesine dair bilgilerimiz hala yetersizdir. Uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA'lar), 200 nükleotidden uzun, protein kodlamayan RNA molekülleridir. Uzun kodlamayan RNA'lar, hem transkripsiyonel hem de translasyonel seviyede gen ifadesinin düzenlenmesinde rol almaktadırlar. LncRNA'ların mutasyonları ve yanlış düzenlenmeleri ile kanserin aşamaları arasında ilişki olduğu tespit edilmiştir. Son zamanlarda yapılan çalışmalarla, çeşitli kanser türleri ile ilişkili olan CCAT1 lncRNA'nın MYC geninin kromatin etkileşimlerini düzenlediği saptanmıştır. MYC proto-onkogeni, normal hücre davranışını pek çok yönden etkileyen MYC/MAX/MXD1 ağının bir üyesidir. MYC-MAX kompleksi, dizilim-özgü DNAbağlanma kompleksi oluşturarak transkripsiyonel etkinleştirici olarak görev yapmakta, MXD1 ise MYC ile yarışmalı olarak MAX'a bağlanır ve transkripsiyonel baskılayıcı olarak etki etmektedir. Çalışmamızda, CCAT1 lncRNA ve MXD1 geni arasındaki etkileşimi araştırmak amaçlanmıştır. Bu amaçla, farklı kanser hücre hatları, CCAT1 siRNA ve MXD1 siRNA ile ayrı ayrı transfekte edilmiştir ve CCAT1 lncRNA, MXD1 ve MYC genlerinin ifade seviyelerindeki değişimleri saptamak için RT-PCR yöntemi kullanılmıştır. Apoptoz ve hücre döngüsü üzerine etkileri ise akış sitometrik analiz yöntemi ile araştırılmıştır. Ayrıca, CCAT1 ile MXD1 arasındaki olası etkileşimi araştırmak için, iki farklı biyoinformatik analiz yöntemi kullanılmıştır. Sonuç olarak, A549 hücre hattında CCAT1 lncRNA ve MXD1 geninin arasında direk veya dolaylı olarak zıt etkileşimleri olabileceği saptanmıştır. Bu etkileşim yaptığımız biyoinformatik analizlerle desteklenmiştir. Uzun kodlamayan RNA'ların kanser oluşumundaki moleküler mekanizmalarının anlaşılmasına dair yapılan çalışmalar, lncRNA'ların biyobelirteç olarak kullanılabilmesine ve kansere karşı yeni tedavi stratejilerinin geliştirilmesine olanak sağlama potansiyeline sahiptir.