Kavunda (Cucumis melo L.) sıcaklık stresine cevabın transkriptom düzeyinde araştırılması

Kavun (Cucumis melo L.) bitkisi ekonomik açıdan önemli bir bitkidir. Ülkemiz dünya genelinde kavun üretiminde ikinci sırada yer almaktadır. Kavunla ilgili birçok transkriptomik çalışma raporu farklı abiyotik stres koşullarında incelenmiştir. Fakat kavunda sıcaklık stresinin transkriptomik analizi ilişkin rapor eksikliği devam etmektedir. Bu nedenle, sıcaklık stresi altında kavun transkriptomunda meydana gelen değişiklikleri incelemek amacıyla mevcut araştırma yürütülmüştür. Transkriptomik çalışmalar bitkilerin karmaşık birçok özelliğinin ve işlevinin moleküler açıdan alt yapısının daha iyi anlaşılmasına olanak sağlamaktadır. Tez çalışması kapsamında kavun kısa okuma platformu kullanılarak sekanslanmıştır. Sekans sonucunda elde edilen çift yönlü okumaları Galaxy platformu içerisinde bulunan çeşitli algoritmalar kullanarak kavun genomuna haritalanmış, sayılmış ve diferansiyel ekspresyonu değişen genler tespit edilmiştir. Analiz sonucunda sıcaklık stresine cevaben istatistiksel olarak anlamlı olarak 788 genin ifade düzeyi artış gösterdiği, 134 genin ifadesinin azaldığı tespit edilmiştir. Ekspresyon değişimi tespit edilen genler literatürde incelendiğinde abiyotik stres altında benzer yanıtlar verdiği gözlenmiştir. Gen ontoloji ve KEGG analizi yapılmış genlerin fonksiyonel anotasyonu yapılmıştır. Bu tez çalışması kapsamında elde edilen sonuçların yapılacak diğer çalışmalara ışık tutacak ve literatüre özgün katkı sağlayacaktır.