Ülseratif kolit hastalarında gen ifade analizi

Ülseratif Kolit (ÜK), genetik olarak duyarlı kişilerde çevresel faktörlere karşı abartılı bir immün yanıt sonucu oluşan ve etyopatogenezi henüz tam olarak aydınlatılamamış bir hastalıktır. Bu tez çalışmasında, ÜK hastalarının inflamasyonun en yoğun olduğu bölge ve normal kolonik mukozadan alınan biyopsi materyalleri arasındaki gen ifade farklılıkları ortaya konularak hastalığın ortaya çıkışı, seyri ile ilişkili olabilecek biyobelirteçlerin tespit edilmesi ve hastalığın patogenezinin anlaşılmasına katkıda bulunulması hedeflenmiştir. Bu amaçla, ÜK tanısı almış 16 hastadan alınan inflamasyonlu ve normal mukozaya ait biyopsi materyallerindeki gen ifade farklılıkları bir kısmi transkriptom analiz yöntemi olan Differential Display-PCR (DD-PCR) kullanılarak araştırılmıştır. Farklı seviyede gen ifadesi olduğu tespit edilen ve dizin analizi yapılan aday transkriptler arasından üçünün genomda farklı genlerin intronik bölgelerine yerleşim gösterdiği belirlenmiştir. Bu üç transkript arasından biri için ise daha detaylı analizler gerçekleştirilmiştir. Öncelikle, bu transkriptin cDNA uçlarının dizilimini tespit etmek amacıyla Rapid amplification of cDNA ends (RACE) deneyleri yapılmış ve 5' ucuna ait 920 bç'lik bölgenin dizilimi de tespit edilmiştir. Ardından, bölgeye ait tasarlanan primerler kullanılarak kısmi miktarlara dayalı gen ifade analizi yapılmış ancak inflamasyonlu ve normal kolonik mukozaları arasında gen ifade seviyeleri bakımından anlamlı bir fark bulunamamıştır. Ayrıca, ticari olarak satılan 20 farklı dokunun RNA'sı ve 11 farklı kanser hücre hatlarına ait RNA'lar kullanılarak gen ifade profillemeleri yapılmış ve birçok doku ve kanser hücresinde bu transkriptin ifadesinin olduğu da tespit edilmiştir. Bu çalışma sonucunda, daha önce başka hiçbir grup tarafından tanımlanmamış yeni bir transkript tespit edilmiştir. Bu yeni transkriptin Northern Blot ile tam boyunun analizi ile işlevsel analizlerinin gerçekleştirilmesi ileriki çalışmalarda hedeflenmektedir.