285
Arşivlenen Tez
0
DOI Atanmış
0%
DOI Oranı
Anabilim Dalı
Östrojen reseptör alfa geni Xba I ve Pvu II polimorfizmlerinin postmenopozal osteoporozlu hastalarda incelenmesi
Östrojen Reseptör Alfa Geni Xba I ve Pvu II Polimorfizmlerinin Postmenopozal Osteoporozlu Hastalarda İncelenmesi Osteoporoz, kemik mineral yoğunluğunun (KMY) azalması ve kemik dokunun mikromimari yapısının bozulması ile karakterize multifaktöriyel bir hastalıktır. Kemik mineral yoğunluğunu etkileyen birçok çevresel faktör, genetik yapı ve osteoporoz patogenezi arasındaki ilişki incelenmiş ve birçok aday genin varlığı rapor edilmiştir. Ancak bu genlerin kemik kütlesi üzerine olan etkisi ile birbirleri ve çevresel etkenlerle olan etkileşimleri halen net değildir.Bu çalışmada, 107 postmenopozal kemik mineral yoğunluğu açısından 73 normal ve 34 osteoporotik kadında osteoporozla ilgili kriterler, lomber omurga ve femur boynu KMY değerleri ile ER? geni XbaI, PvuII polimorfizmleri arasındaki ilişki araştırılmıştır. Ayrıca çalışmamızda bu polimorfizmlere ait genotip ve allel frekanslarının normal ve osteoporotik olgulardaki dağılımı incelenmiştir.Çalışma sonuçlarımıza göre osteoporotik ve normal kadınlar genotip ve haplotip frekansları bakımından karşılaştırıldığında anlamlı bir fark belirlenememiştir. ER? geni, Xba I polimorfizmi bakımından osteoporotik bireylerde; xx genotipine sahip olguların neck BMD değeri, Xx genotipine sahip bireylerden daha yüksek olduğu saptanmış (p=0,05) (XX genotipine rastlanmamıştır), Pvu II polimorfizmi ile neck ve lomber KMY arasında ise bir ilişki saptanamamıştır. Kontrollerde Xba I ve Pvu II polimorfizmleri ile neck ve lomber KMY arasında bir ilişki bulunamamıştır. Xba I polimorfizminde kontrollerde minor allel X alleli (G nükleotiti) (MAF=0,457) iken hastalarda ?x? alleli (A nükleotiti) (MAF=0,467) olmuş, Pvu II polimorfizminde kontrolde minor allel ?P? (C nükleotiti) (MAF=0,485) iken hastalarda minor allel ?p? alleli (T nükleotiti) (MAF=0,418) olmuştur. Xba I polimorfizmi genotipleri bakımından hasta ve kontroller arasındaki fark anlamlı olmasa bile, yüksek KMY değeri ile ilişkili olan ?x? allelinin hastalarda düşük kontrollerde yüksek olmasının önemli olduğu düşünülmüştür. PP, Pp ve pp genotipleri arasında kontrol grubunda önemli bir fark yok iken, hasta bireylerde pp genotipine sahip olan bireylerde anlamlı oranda aile osteoporoz öyküsünün daha az olduğu saptanmıştır (p=0,037). Hasta grubunda; Xxpp genotipine sahip olan bireylerden, günde 15 dakika ve üzeri güneşe maruz kalanların, gün içinde hiç güneşe maruz kalmayanlara göre lomber KMY değerlerinin yüksek olduğu saptanmıştır (p=0,008), kontrol grubunda ise bir fark bulunmamıştır.Osteoporozla ilgili incelenen diğer kriterlerin hiçbirisi ile XbaI, PvuII polimorfizmleri arasında ilişki bulunamamıştır.Anahtar Sözcükler: Osteoporoz, Östrojen Reseptör Alfa Geni (ESR alfa), Xba I, PvuII
Osteosarkomda ARID3A, PTEN ve AKT1 arasındaki olası etkileşimin incelenmesi
Çocuklarda en yaygın malignant tümörlerden biri osteosarkomdur. Lokal tümör büyümesini ve tümör hücrelerinin farklı dokulara metastazını inhibe etmek için ve hastaların hayatta kalma oranını artırmak için etkili tedavi stratejilerine acilen ihtiyaç duyulmaktadır. Tümör gelişimi ve hücre göçünde yer alan moleküller ve onların uyarı mekanizmaları yeni ve etkili terapötik uygulamaların geliştirilmesi için anahtar role sahiptir. ARID3A/DRIL1/Bright, farklı biyolojik süreçlerde yer alan, AT zengin etkileşim domaini (ARID) DNA-bağlanma proteinleri ailesinin üyelerinden biridir. Bir proto-onkogen olarak serin/treonin kinaz AKT1 metabolizma, büyüme, çoğalma, hayatta kalma, transkripsiyon ve protein sentezinde kritik role sahip olduğundan dolayı büyük bir ilgi odağı olmuştur. Ek olarak tümör baskılayıcı fosfataz ve tensin homolog (PTEN), fosforilasyonunu önleyerek Akt aktivasyonunu negatif yönde düzenler. Bu çalışmada, osteosarkomda ARID3A' nın Akt1 ve PTEN ile bir etkileşimi ve fonksiyonel bir bağlantısı olabileceği hipotezini kurduk. Osteosarkom hücre hattında (U2OS) ARID3A' nın susturulması ve aşırı ifadelendirilmesi yapılmıştır. ARID3A' nın susturulmasının osteosarkomda Akt1 ifadesini azalttığını ve aşırı ifadelendirilmesinin ise Akt1 ifadesini artırdığı gözlemlenmiştir. Bununla birlikte, ARID3A' nın susturulması ve aşırı ifadelendirilmesi PTEN üzerinde herhangi bir etki oluşturmamıştır. Elde edilen sonuçlara göre ARID3A osteosarkomda Akt1' i doğrudan düzenlemektedir. Bu çalışma ARID3A aracılığıyla Akt1' in hedeflenerek osteosarkom tedavisi için bir fikir vermektedir. Bu sebeple Akt1 ifadelenmesini doğrudan kontrol ettiği için ARID3A' nın osteosarkomda terapötik bir ajan olarak kullanılabilmesini umut etmekteyiz. Anahtar Sözcükler: AKT1, ARID3A, Aşırı ifadelenme, Osteosarkom, PTEN, Susturma.
The relationship between the level of siah1,bim and P53 proteins in associated with the disease course in patients with breast cancer
Cancer is one of the leading health problems and breast cancer is one of the common cancers. In spite of the developing treatment methods, breast cancer cannot be treated effectively.Therefore, the identification of novel biomarkers that will be important in the treatment and diagnosis of breast cancer is of great interest. SIAH1 (Seven in absentia homolog 1) protein is known as a tumor suppressor protein.Although studies have shown that this protein has important roles in cancer processes, its usefulness in the treatment and diagnosis of breast cancer has not been fully elucidated.At the same time, previous studies have shown that the SIAH1 protein is associated with important tumor suppressor and apoptosis triggering proteins such as p53 and BIM. In this thesis study, by using immunohistochemical approach, we aimed to investigate the relationship between the levels of SIAH1, BIM and p53 proteins which play an important role in the prognosis and apoptosis processes of breast cancer patients. As a result, SIAH1 protein level was significantly lessened in tumor tissues of patients with breast cancer. In contrast to SIAH1 protein, no significant difference was detected in BIM expression level. In addition, p53 was not detected in 75% of the breast cancer patients. However, in 25% of the patients, p53 expression was significantly increased. Our study also showed that low SIAH1 expression level is associated with important clinic characteristics of patient such as tumor grade, stage and breast cancer type. Findings of our study show that SIAH1 has roles in breast cancer formation and might be a novel biomarker for the diagnosis and treatment of breast cancer.
Koroner arter hastalığı nedeniyle koroner bypass ameliyatı olan hastaların perikardiyal sıvısındaki mikroRNA'ların ve st2'nin (Growth stimulation expressed gene 2) araştırılması
Koroner arter hastalığıyla (KAH) ilişkili bir çok biyobelirteç perikard sıvısına (PS) ve plazmaya geçmektedir. KAH'ın etiyopatogenez değerlendirilmesinde diagnostik olarak miRNA'lar, prognostik olarak soluble ST2 (sST2) kullanılabilmektedir. sST2 kardiyovasküler hastalığı olan bireylerde kötüleşen prognozun bir biyobelirteci olarak kabul edilmektedir. Birçok hastalıkta önemli rollere sahip olan miRNA'lar ise KAH ile ilişkili endotel disfonksiyonu, ateroskleroz, inflamasyon, apopitoz ve anjiyogenezde etkindir. PS kalp fonksiyonunu yansıtabilme potansiyeline sahip olup bazı maddelerin PS konsantrasyonları birçok patofizyolojik mekanizmaların anlaşılmasını sağlamaktadır. Çalışmamıza koroner arter bypass ameliyatı olan 40 gönüllü hasta dâhil edilerek PS ve kan plazmasında ELİSA yöntemi ile ST2 seviyesi, qRT-PCR yöntemi ile ST2 ve ST2'yi hedefleyen bir grup miRNA'nın (miR-125b-5p, miR-320b, miR-34a-5p, miR-16-5p, miR-320a ve miR-15a-5p) gen ifade düzeyleri çalışıldı. Araştırmada ELİSA ile ortalama sST2 değeri PS'de 223.992 ng/ml, Plazmada ise 390.357 ng/ml olup bu durum istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p=0.0020). PS'de ST2 gen ifade düzeyi Plazmaya göre 2.27 kat daha düşük çıkmış olup bu durum istatistiksel açıdan anlamlı (p=0.000265) bulunmuştur. ST2'yi hedefleyen miRNA'ların gen ifadesinde PS'de 7.35 kat daha düşük ifade edilen miR16-5p ile 4.07 kat daha düşük ifade edilen miR320b istatistiksel açıdan anlamlı bulunmuştur (sırasıyla p=0.000014 ve p=0.00814). Plazmada ise miR34a-5p ile ST2 arasında negatif korelasyon bulunmuştur (r= -0.399, p=0.039). ST2'nin protein düzeyi ve gen ifadesi ile miR 16-5p ve miR 320b'nin gen ifade düzeyinin PS'ye göre plazmada daha yüksek çıkmasının sebebi ekstramiyokardiyal kaynaklar olabilir. Kardiyovasküler hastalıklar açısından olumsuz etkiye sahip olan miR 16-5p ve miR 320b'nin ST2 ile beraber yüksek seviyelerde bulunması ve plazmada daha fazla ifade edilmesi bunların biyobelirteç olarak kullanılma potansiyelini kuvvetlendirmektedir. Daha önce başka çalışmalarda sadece PS'ye özgü olarak tanımlanan miR320b'nin ayrıca plazmada da tespit edilmesi bu miRNA'nın sadece PS'ye özgü olmadığını göstermektedir.
Epigenetik bir baskılayıcı olan RNF2 genini hedefleyen miRNA' ların belirlenmesi ve metastaz ve invazyona etkisinin araştırılması
Meme kanseri kadınlar arasında en sık görülen ve yüksek mortaliteye sahip bir kanser türüdür. Histopatolojik çeşitliliğinin yanı sıra karmaşık moleküler alt yapısı nedeniyle meme kanserinde tedavi hedefleri için moleküler çalışmalara ihtiyaç bulunmaktadır. RNF2, polycomb baskılayıcı kompleks içerisinde yer alan bağlandığı proteini ubikitinleyerek baskılayan bir proteindir. Embriyonik ve yetişkin evrede önemli rol oynayan RNF2' nin, bir çok metastatik kanser türünde ifadesinin artması ile beraber tümör baskılayıcı genleri susturması RNF2' ye onkojenik bir rol kazanmıştır. Bu çalışmada meme kanseri hücre hatlarında RNF2 gen ifade düzeyindeki değişimler ve bu genin miR-17-5p, miR-20a-5p ve miR-106b-5p tarafından baskılanıp baskılanmadığı analiz edilmiştir. Ayrıca bu miRNA' ların transfekte edilmesi ile metastaz ve invazyon üzerine etkisi incelenmiştir. Bunun için MCF-7, MDA-MB-231, SK-BR-3 ve ZR-75-1 meme kanseri hücre hatlarında miRNA transfeksiyonu öncesi ve sonrasında RNF2 gen ifade düzeyleri RT-PCR; protein ifade düzeyleri ise western blot ile analiz edilmiştir. Metastaz ve invazyon üzerine etkisi ise yara iyileşme ve boyden chamber yöntemleri kullanılarak saptanmıştır. RNF2' nin, MDA-MB-231 ve SK-BR-3 hücre hatlarında sırasıyla 4,1 ve 7,1 kat ifadesinin arttığı tespit edildi (sırasıyla p=0,048 ve 0,045). miR-17-5p ve miR-20a-5p miRNA transfeksiyonu sonrasında MDA-MB-231 hücre hattında RNF2 gen ifade düzeyinde anlamlı bir azalış saptandı (sırasıyla 3,5 ve 7,3 kat) (sırasıyla p= 0,045 ve 0,039). Protein düzeyinde ise MDA-MB-231 hücre hattında her üç miRNA' nın da RNF2 proteinini azalttığı saptandı. Ayrıca miR-17-5p ve miR-20a-5p metastaz ve invazyonu baskılarken miR-106b-5p' nin baskılamadığı saptandı. Sonuç olarak, metastatik yeteneği fazla olan meme kanseri hücrelerinde RNF2' nin ifadesi artmıştır. miR-17-5p ve miR-20a-5p, RNF2 aracılığı ile metastaz ve invazyonu baskılamaktadır. RNF2 meme kanseri için prognostik bir belirteç olmaya aday bir gen olarak değerlendirilebilir. Anahtar Kelimeler: Meme kanseri, metastaz, miRNA, polycomb, RNF2.
Sıçanlarda prolaktin ile infertilite arasındaki ilişkinin, hipotalamus hücrelerindeki kiss1, kiss1 reseptör, nörokinin, nörokinin reseptör genleri ekspresyon düzeylerinin real time PCR
Hipofizden salınan ve süt üretiminde rol alan prolaktin hormonu (PRL) polipeptit yapıda bir hormondur. Prolaktin metabolizma ve üreme gibi fizyolojik olaylarda rol almaktadır. Prolaktinin kan değerinin yükselmesi çeşitli bozukluklara yol açmaktadır. Bunlardan en önemlileri amenore/galaktore ve ovulasyonun bozulmasıdır. Ovulasyonun bozulması ciddi bir problemdir ve infertilite sorununa yol açabilmektedir. Ovulasyon hormon ve nöropeptid adı verilen biyolojik maddeler ile kontrol edilmektedir. Ovulasyonun kontrolünde görev aldığı düşünülen nöropeptidler arasında Kisspeptin ve Nörokininler de yer almaktadır. Kisspeptin'ler hipotalamusun nöronal populasyonlarında ayrı olarak eksprese edilen KISS1 geninde şifrelenmiş bir nöropeptit ailesidir. Pubertenin zamanlanması ve fertilitede anahtar rol oynamaktadırlar. Bu olaylarda etkili olduğu düşünülen diğer bir nöropeptid de Nörokinin B (NKB)' dir. Yapılan nöroanatomik çalışmalarda NKB'nin özellikle hipotalamik nöronlarda sentezlendiği gösterilmiştir. NKB'nin KISS1 ile benzer anatomik yerleşime sahip olması dolaylı olarak KISS1 sentezinde etkili olabileceği görüşünü öne sürmektedir. NKB ve KISS1' in puberte ve üremede etkili olan hormonlar ile etkileşim içinde olabilecekleri düşünülmektedir. Prolaktin yüksekliği ile infertilite arasındaki ilişkinin Kisspeptin ve NKB ekspresyonu ile bağlantılı olduğunu düşünmekteyiz. Bu yüzden çalışmamızda, ilgili genlerin insan ile sıçan arasında yüksek homoloji göstermesi nedeniyle, sıçanların kan prolaktin değerlerini yükselterek; Kiss1, Kiss1 Reseptör, Nörokinin, Nörokinin Reseptör genlerinin ekspresyon düzeyleri ile infertilite arasındaki ilişkiyi inceledik. Elde ettiğimiz verilerde prolaktini yüksek deneklerimizde Kiss1, Kiss1 Reseptör ve Nörokinin genlerine ait ekspresyon değerlerinin kontrol grubuna göre anlamlı derecede azaldığı görüldü (p<0,001). Sonuç olarak; sıçan hayvan modeli ile yaptığımız çalışmada, prolaktin yüksekliğinin üreme üzerine olan olumsuz etkilerine nöropeptitlerin aracılık edebileceği ve çalışmamızın prolaktin yüksekliğinin yol açtığı infertilite problemlerinin çözümüne bir ışık tutacağına inanmaktayız.
Tümör baskılayıcı bir gen olan MTUS1'i düzenleyen miRNA'ların belirlenmesi ve bu miRNA'ların kanser tedavisinde kullanılabilirliği
Mikrotübül İlişkili Tümör Baskılayıcı 1 (MTUS1) geni, hücre çoğalması ve apoptoz ile ilişkili aday tümör baskılayıcı gendir. Bu genden kodlanan majör protein izoformu ATIP3 proteinidir. Çalışmalarda, MTUS1/ATIP3'ün çeşitli kanser türlerinde düşük ifade edildiği gösterilmiş ve düşük MTUS1/ATIP3 ifade seviyesi kanser hücrelerinin artmış proliferasyonu ve migrasyonu ile ilişkilendirilmiştir. Prostat ve özofagus kanseri gibi bazı kanser türlerinde ise MTUS1/ATIP3'ün aşırı ifade edildiği bildirilmiştir. Sonuç olarak, MTUS1/ATIP3'ün kanser gelişim sürecindeki rolü tam olarak aydınlatılmamıştır. Bu çalışmada, MTUS1/ATIP3'ün akciğer, meme ve osteosarkom kanserlerindeki rolünün ve MTUS1 geninin düzenlenmesinde rol oynayan miRNA'ların belirlenmesi amaçlanmıştır. Öncelikle, akciğer (A549), meme (MCF-7) ve osteosarkom (U2OS) kanserli hücre hatları ve kontrol hücre hatlarında ATIP3 ve tüm varyantları kapsayan total MTUS1 ifade seviyeleri belirlenmiştir. Daha sonra, MTUS1/ATIP3'ün hücre proliferasyonu, migrasyonu, koloni oluşturma kapasitesi ve apoptoz üzerine olan etkilerinin belirlenmesi amacıyla, kanserli hücre hatlarında ATIP3'ün aşırı ifadelenmesi gerçekleştirilmiştir. Aynı hücre hatlarında, let-7b-5p, let-7c-5p, miR-96-5p ve miR-125b-5p miRNA'larının MTUS1 geninin düzenlemesindeki rolünün ortaya konulması amacıyla miRNA mimik deneyleri yapılmıştır. Sonuç olarak, ATIP3 ve total MTUS1 ifade seviyelerinin meme kanseri hücrelerinde anlamlı olarak azalırken, akciğer ve osteosarkom kanser hücrelerinde kontrole göre anlamlı olarak arttığı bulunmuştur. ATIP3 aşırı ifadesi sonrasında hücre proliferasyonu, migrasyonu, koloni oluşturma kapasitesi ve apoptoz indükleme açısından anlamlı bir fark olmadığı saptanmıştır. Ayrıca, mimik transfeksiyonları sonrası miRNA'ların aşırı ifade edilmesi sağlanmış ancak bu ifade artışlarının ATIP3 ve total MTUS1 ifadesi üzerinde istatistiksel olarak anlamlı bir etkisinin olmadığı saptanmıştır. Sonuç olarak bulgularımız akciğer, meme ve osteosarkom kanserlerinde MTUS1/ATIP3'ün tümör baskılayıcı aktivitesinin olmadığına ve çalışılan miRNA'ların MTUS1/ATIP3 düzenlemesinde görev almadığına işaret etmektedir.
Akut böbrek hasarında aday miRNA ekspresyon profilinin, hücre hattı modellemesi kullanılarak araştırılması
Amaç: Kontrasta bağlı akut böbrek hasarı [Kİ-ABH] klinik komplikasyon olup artmış mortalite, uzamış hastanede yatış ve artan tıbbi maliyetlerin önemli bir nedenidir. Kİ-ABH'da etkili müdahaleler almak için erken teşhis ve koruyucu önlemler kilit öneme sahiptir. Tanı yaygın olarak kullanılan fakat renal hasarın gerçek zamanının gerisinde kalan ve erken tanı ve müdahaleleri ciddi şekilde etkileyen serum kreatinin seviyelerine bağlıdır. MikroRNA'nın [miRNA] erken Kİ-ABH tanısında yararlı bir biyobelirteç olduğu bulunmuştur. Çalışmamızda Kİ-ABH'da miRNA ekspresyon profilinin oluşturulması ve biyobelirteç olabilecek yeni miRNA'ların saptanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda insan böbrek tübüler epitelyal HEK-293T hücreleri, Kİ-ABH hücre modeli oluşturmak için ioheksol ile muamele edildi. Hücre canlılık testi uygulaması sonrasında, kültüre edilen hücrelerden RNA izolasyonu yapıldı. miRNA microarray ile ekspresyon profillendirmesi gerçekleştirildi. Bulgular: HEK-293T hücrelerine kontrast madde olarak ioheksol verilip hücre canlılık testi uygulandığında, hücre morfolojisinde değişiklik olmadığı gözlemlendi. Hücrelerden RNA izolasyonu sonrasında, miRNA PCR array ile ekspresyon profillendirmesi değerlendirildiğinde, 20 miRNA'nın downregüle ve 6 miRNA'nın upregüle olduğu saptandı. Analiz sonucunda anlamlı değişim saptanmış 3 miRNA (miR-378a-3p, miR-182-5p, miR-23b-3p) real-time PCR yöntemi ile valide edilmiştir. Üçlü tekrar edilen örneklerden two-way ANOVA ve paired t-test yöntemleri kullanılarak istatistiksel analizler gerçekleştirilmiş olup, sonuçlar istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (**p< 0.01). Sonuçlar: Literatüre bakıldığında kontrast nefropati çalışmalarında saptanmayan bu miRNA'lardan miR-182-5p, miR-221-3p, miR-151a-5p, miR-181b-5p, miR-23b-3p, miR-103a-3p, miR-23a-3p, miR-378a-3p, miR-191-5p, miR-17-5p nefrotoksinler, sepsis, I/R hasarı gibi farklı etyolojilere bağlı ABH modellerinde saptandığı görüldü. Anahtar Kelimeler: Akut böbrek hasarı, kontrast nefropati, miRNA
Romatoid Artrit (RA) ve Sistemik Lupus Eritematozus (SLE) hastalarında bor bileşenlerinin Treg ve Th17 hücre popülasyonuna olan etkisi
Amaç: Bor bileşenlerinin anti-inflamatuvar, immünmodülatör etkisi olduğu bilinmektedir. Pek çok hayvan ve insan araştırmaları Borik Asit (BA) ve Kalsiyum Fruktoborat (CaF)'ın otoimmünitede yardımcı T hücreler üzerinde etkisi olduğuna işaret etmektedir. Çalışmamızda Romatoid Artrit (RA) ve Sistemik Lupus Eritematozis (SLE) hastalarının periferik kan örneklerinden izole edilen mononükler hücrelerde BA ve CaF'ın Treg (CD4+Foxp3+) ve Th17 (CD4+Ror-γt+) hücre popülasyonuna olan etkisi ve ilişkili sitokinlerdeki değişiklikleri değerlendirmek amaçlanmıştır. Yöntem: Çalışmamıza yeni tanı SLE (n=5), RA (n=10) hastaları ve Sağlıklı bireyler (n=9) dahil edilmiştir. Gönüllüler üç gruba ayrıldı: SK (Sağlıklı Kontrol) Grubu, SLE Grubu, RA Grubu. Çalışmaya katılan tüm bireylerden gönüllü onam formu alındı ve kan örnekleri alınıp periferik kan mononükler hücre (PKMH)'ler izole edildi. İzole edilen hücreler kültür ortamında düşük doz (100 uM BA ve 250 uM CaF) ve yüksek doz (1000 uM BA ve 2500 uM CaF) olmak üzere BA ve CaF'ya maruz bırakıldı. 48 saat maruziyet sonrası flow sitometri ile Treg ve Th17 hücre popülasyonu incelendi. Kültür ortamındaki IL-2, IL-6, IL-17, IL-23, TNF-α ve TGF-β düzeyleri ELİSA yöntemi ile test edildi. Bulgular: Çalışmanın sonunda yüksek doz BA Treg popülasyonunu artırma eğilimindedir. BA sağlıklı bireylerde Th17 hücre popülasyonu azaltıcı etki gösterdi. Ancak hem BA hem CaF farklı dozlarda RA ve SLE Gruplarında Th17 popülasyonu artırıcı etki göstermiştir. Sağlıklı kontrollerde yüksek doz BA Treg/Th17 oranını artırmıştır ancak RA ve SLE grubunda aynı etkiyi gösteremediği bulundu. Farklı doz BA ve CaF uygulaması değişken düzeyde sitokin ağına etki etmiştir. Sonuçlar: BA ve CaF CD4+ T hücrelerde hem Foxp3 hem Ror-γt düzeylerine etki ederek otoimmün hastalıklarda Yardımcı T hücre farklılaşmasına ekti edebilmektedir. Bu alandaki ilk bulgularımız BA ve CaF'ın düşük dozlarda TNF-α düzeyini azaltmıştır ve bu sonuç onların otoimmün hastalıkların tedavisine olumlu katkı sağlayabileceğini göstermektedir.
Bazı bor bileşiklerinin COVİD-19 hücre girişinde rolü olan transmembran serin proteaz 2 (TMPRSS2) üzerine etkisinin akciğer fibroblast hücrelerinde incelenmesi
Amaç: Bor bileşikleri bor sitrat ve bor malatın MRC-5 akciğer fibroblast hücre hattı üzerinde gen düzeyinde SARS Koronavirüs 2 [SARS-CoV-2]'nin hücre girişinde önemli rolü olan Transmembran Serin Proteaz 2 [TMPRSS2]'ye olan ve anti-enflamatuvar yolak üzerindeki etkilerinin incelenmesidir. Gereç ve Yöntem: Bor bileşiklerinin MRC-5 hücre hattındaki sitotoksik etkisi 3-4,5-dimetil-tiyazolil-2,5-difeniltetrazolyum bromür [MTT] yöntemi ile ölçülmüştür. Hücreleri stimüle etmek için tümör nekroz faktör-α [TNF-α] kullanılmış ve gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu [RT-PCR] ile gen ekpresyon düzeyleri ölçülmüştür. Elde edilen veriler Microsoft Excel programı kullanılarak değerlendirilmiştir. Bulgular: MTT analizinde kullanılan konstantrasyonların hiçbirinde, normal sağlıklı fibroblast hücre hattı olan MRC-5 hücrelerine, bor bileşiklerinin herhangi bir negatif veya toksik etkisi görülmemiştir. • Bor sitrat ve Bor malat TMPRSS2'yi inhibe etmiştir. Bor malat ACE2'yi inhibe ederken, Bor sitrat uygulamasında önemli bir değişiklik olmamıştır. TNF-α ile indüklenen hücrelerde bor sitrat ve bor malat bileşiklerinin her ikisinin de CatS ve CatB gen seviyesini inhibe ettiği bulunmuştur. • Bor sitrat ve bor malat bileşiklerinin IL-1𝛽 ile IL-1𝛼 gen ekpresyon seviyelerini inhibe ettiği ve IL-6 gen ekpresyon seviyesini arttırdığı görüldü. Bor malatın ve bor sitrat NFκB-p50 ekpresyonunu artırdığı fakat NFκB-p65, IκB gen ekpresyon düzeylerini azalttığı saptanmıştır. • Sonuçlar: S protein aracılıklı hücre füzyonunun engellenmesinde bor malatın, bor sitrata göre daha etkili olabileceği anlaşılmaktadır. Yeni çalışmalar ile ACE2 inhibitörünün potansiyelinin değerlendirilmesi önerilir. Covid-19 pandemisi ile mücadelede bor malat ve bor sitratın potansiyel ajanlar olabileceği düşünülmüştür
Safra kesesi operasyonu olan insanlarda mide mukozasında hTERT expresyonu ve C-MYC aktivasyonu
Amaç: Asitlenmiş safra asitlerinin c-MYC aktivasyonu ile mide kanserinde tümör ilerleyişini ve telomeraz aktivitesini arttırdığını hayvan çalışmalarında rapor edilmektedir. Çalışmanın amacı safra kesesi operasyonu geçiren kişilerde, safra asitlerinin mide kanseri sebepleri arasında sayılıp sayılamayacağı evet ise mekanizması ve kanser taramasında yeri olup olmayacağının araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: 32 Mide kanseri hastası, 34 kolesistektomili hasta ve 34 kontrol hastası dâhil edildi. Biopsiler endoskopik yöntemle alındı. Numuneler işleme alınıncaya kadar -80 ̊C'de saklandı. Doku örneklerinden Total RNA İzolasyonu ve cDNA Sentezi yapıldı. c-MYC ve hTERT genlerinin mRNA düzeyinde relatif ekspresyonlarını analiz edildi. Bulgular: Mide kanseri olgularının 14'ünde uzak metastaz izlendi. Mide kanseri olgularının metastaz olanlar ile olmayanlar arasında bakılan c-MYC (p:0,753) ve hTERT (p: 0.866) arasında anlamlı bir fark saptanmamıştır. c-MYC ekspresyonu ve hTERT kontrol grubuna göre safra kesesi grubunda azalırken c-MYC kanserli grupta anlamlı olarak artmıştır.hTERT kanser grubunda ise istatistiksel olarak anlamlı olmasa da kontrol grubuna göre azalma gözlenmiştir. Sonuçlar: Safra kesesi operasyonu olan kişilerde ailesel mide kanseri öyküsü ve kanser eğilimi var ise mide kanseri riski açısından safra kesesi operasyonu diğer etyolojik faktörlere arasında yer almalıdır.
İnsan akciğer kanseri hücre hattında traıl ve bortezomib'in apoptoz yolağı genlerinin MRNA ve protein ekspresyonları üzerine etkilerinin araştırılması
Akciğer kanseri görülme sıklığı ve mortalitesi en yüksek oranda görülen bir hastalıktır. Uzun yıllardır yapılan çalışmalarda çoğu akciğer kanserinde kullanılan tedaviler başarısız olmuştur. Bu çalışmada; küçük hücreli akciğer kanser hücre hattı olan A549 hücrelerinde, TNF-bağımlı apoptoz-uyarıcı ligand (TRAIL) ile uyarılan apoptoz yolağında görev alan genlerin ekspresyon profillerinin ve bu genlerle ilgili protein miktarlarının incelenmesi; rekombinant TRAIL (rTRAIL) ve Bortezomib antitümör ajanların çeşitli kombinasyonlarının bu yolak gen ekspresyonunu ve protein miktarlarını nasıl etkilendiğinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Amacımıza yönelik olarak insan akciğer kanser hücre hattı (A549)'nın hücre kültürleri yapılmış, hücre kültürleri 3 gruba ayrılarak sürdürülmüştür. İlk grup kontrol grubudur. İkinci gruba dışardan rekombinant TRAIL proteini (rTRAIL) uygulaması yapılmış, üçüncü grup ise rTRAIL ve Bortezomib ile muamele edilmiştir. Bunun sonucunda TRAIL bağımlı apoptoz yolağında görevli genlerin ekspresyon düzeyleri ve protein seviyeleri belirlenmiştir. TRAIL bağımlı apoptoz yolağında görev alan genlerin ekspresyon düzeyleri Real Time PCR, protein seviyeleri ise Western Blot yöntemiyle belirlenmiştir. Ayrıca kültür hücrelerinde apoptoz oranı apoptoz assayle kontrol edilmiştir. Çalışmamızda TRAIL ve Bortezomib uygulaması yapılan hücrelerde TRAIL, TRAIL-R1, TRAIL-R2, TRAIL-R3, TRAIL-R4, OPG, Bcl-2, Bax, Bcl-XL genlerinin RNA ve protein ekspresyonları kontrol grubu ile karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık görülmemiştir. Anahtar Kelimeler: Gen ekspresyonu, NSCLC, Real Time PCR, TRAIL, Western Blot
Polikistik böbrek hastalığının moleküler yöntemlerle araştırılması
Amaç: Dünya çapında milyonlarca kişiyi etkileyen ve son dönem böbrek yetmezliği (SDBY)' nin en yaygın nedeni olarak bilinen polikistik böbrek hastalığı (PBH) klinik ve genetik olarak heterojen bir gruptur. Tek gen mutasyonlarının neden olduğu, yaşamı tehdit eden en yaygın genetik bozukluklardan biri olan PBH, otozomal dominant (ODPBH) ve otozomal resesif (ORPBH) olarak kalıtım göstermektedir. ODPBH çoğunlukla Polycystic Kidney Disease 1 (PKD1) ve Polycystic Kidney Disease 2 (PKD2) genindeki mutasyonlardan, ORPBH ise çoğunlukla Polycystic Kidney and Hepatic Disease 1 (PKHD1) genindeki mutasyonlardan kaynaklanmaktadır. PBH' da genetik araştırmalar ile hastalığın kesin tanısı konabilmekte, hastalığın prognozu öngörülebilmekte, tedaviye uygun hastalar seçilip tedavi yöntemi belirlenebilmekte, aile planlaması için genetik danışmanlık verilebilmekte ve böbrek transplantasyonu seçeneklerinde rehberlik edebilmektedir. Kalıtsal böbrek hastalıklarında 100' den fazla genin aydınlatıldığı Next Generation Sequencing (NGS) teknolojisinin gen hedefli analiz yöntemleri ile daha kısa zamanda, daha güvenilir sonuçlar alınabilmektedir. Çalışmamızda PBH' na sahip hastalarda, NGS yöntemi ile PKD1, PKD2 ve PKHD1 genlerindeki mutasyonların araştırılması, fenotip-genotip ilişkisinin karşılaştırılması, elde edilebilecek yeni mutasyonların literatüre katkı sağlaması, hastalığa özgü biyobelirteç olarak kullanılabilmesi ile erken tanı ve tedaviye yardımcı olması amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Çalışma grubuna dahil olan 31 hastanın pedigrileri çizilip kalıtım tipleri belirlenerek, klinik verileri ve kan örnekleri toplandı. DNA izolasyonu yapılıp, saflıkları değerlendirilen örnekler, kütüphane hazırlığı ve hedef zenginleştirme işlemleri tamamlandıktan sonra, NGS cihazına yüklendi ve çalışma başlatıldı. Sonuçların biyoinformatik analizi veri tabanları kullanılarak gerçekleştirildi. Elde edilen sonuçların fenotip-genotip ilişkisi değerlendirildi. Bulgular: NGS verilerinin analizi sonucunda, PKD1 geninde saptanan toplam 85 varyantın; % 3,53' ü Patojenik (P), % 5,88' i Muhtemel Patojenik (LP), % 24,71' i Klinik Önemi Bilinmeyen (VUS), % 51,76' sı Benign (B), % 14, 12' si Muhtemel Benign (LB) olarak değerlendirildi. PKD1 geninde saptanan "P" ve "LP" varyantların, % 62,50' si, "VUS" varyantların % 23,81' i "Novel" varyantlar olarak değerlendirildi. PKD2 geninde saptanan toplam 10 varyantın; % 20' si "P", % 10' u "VUS", % 50' si "B", % 20' si "LB" olarak değerlendirildi. PKDH1 geninde saptanan toplam 56 varyantın, % 1,79' u "LP", % 30,36' sı "VUS", % 67,86' sı "B" olarak değerlendirildi. PKHD1 geninde saptanan tek "LP" varyant "Novel" ve "VUS" varyantların % 29,41' i "Novel" varyantlar olarak değerlendirildi. Genlerde saptanan varyantlar hastaların klinik verileriyle birlikte değerlendirildiğinde, fenotip-genotip ilişkileri uyumlu olarak bulundu. Sonuç: Çalışmamızda elde edilen verilerin, PBH' da tanı, prognoz ve potansiyel terapötik müdahalelere odaklanan gelecekteki araştırmalara katkı sağlaması hedeflendi. Sonuçlarımız, PBH' nın altında yatan genetik faktörlerin daha derinlemesine anlaşılmasına, hastalığa özgü biyobelirteç olarak kullanılabilmesi ile erken tanı ve tedaviye katkıda bulunabilecektir. Ege bölgesi Manisa ve yöresinde ilk kez elde edilen orijinal sonuçlarımız ve "Novel" olarak değerlendirilen varyantlar veri tabanlarında yer alarak bu konuda çalışacak araştırmacılara referans olabilecektir.
Fonksiyonel olmayan adrenal insidentalomalı hastalarda telomer uzunluğunun incelenmesi
Amaç: Telomerler, genetik materyalin bütünlüğünün ve stabilitesinin korunmasında, özellikle hücre replikasyonu sırasında, kromozomlar arasındaki füzyonları önleyerek önemli bir rol oynamaktadır. Genetik faktörlerle beraber telomer boyuna etki eden çevresel faktörler de mevcuttur. Bu faktörlerden en önemlisi oksidatif stres ve inflamasyondur. Çalışmamızda Nonfonksiyone Adrenal İnsidentalomalı hastalarda sağlıklı kontrol grubuna göre telomer uzunluğunun kısalıp kısalmadığının değerlendirmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamız prospektif, tek merkezli olarak planlandı. Çalışmaya hastanemiz Endokrinoloji ve Metabolizma Hastalıkları polikliniklerine başvuran, 40-60 yaş aralığında, 44 nonfonksiyone adrenal kitlesi olan hasta ve 44 sağlıklı kontrol alındı. Periferik kanda genomik DNA telomer uzunluğu kantitatif PCR ile belirlendi. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 44 nonfonksiyone adrenal insidentaloma (NFAI) hastası ve 44 sağlıklı kontrol karşılaştırılmıştır. Yaş ve cinsiyet dağılımı açısından gruplar arasında fark saptanmamıştır. NFAI grubunda bel çevresi daha geniş (p=0.044), hipertansiyon sıklığı daha yüksek (p=0.020), LDL kolesterol (p=0.014) ve D vitamini seviyeleri daha düşük bulunmuştur (p=0.009). Telomer uzunluğu NFAI grubunda anlamlı olarak daha kısa ölçülmüştür (p=0.046). Alt grup analizlerinde telomer uzunlukları açısından anlamlı fark saptanmazken, bazal ACTH düzeyi <15 pg/ml olan hastalarda telomer uzunluğu daha kısa bulunmuştur (p=0.034). Telomer uzunluğu ile sadece bazal ACTH düzeyi arasında anlamlı pozitif korelasyon saptanmıştır (p=0.001). Sonuçlar: Sonuç olarak, bu çalışma NFAI hastalarında telomer uzunluğunun anlamlı ölçüde kısaldığını ortaya koymuştur. Bu bulgular, NFAI hastalarında artmış kardiyometabolik riskin muhtemel mekanizmalarından biri olarak telomer dinamiklerinin rol oynayabileceğini düşündürmektedir. Ancak, telomer uzunluğuna etki eden diğer potansiyel faktörleri daha iyi anlamak için genetik, epigenetik ve çevresel etkilerin ayrıntılı şekilde incelendiği daha geniş kapsamda çalışmalar yapılması gerekmektedir.
Dienogest'in endometriozis üzerine terapötik etkisinin deneysel hayvan modelinde moleküler düzeyde değerlendirilmesi
AMAÇ: Bir progestajenik ajan olan 'dienogest'in endometriozis üzerine olan terapötik etkisini hangi moleküler yolaklar üzerinden meydana getirdiğinin deneysel hayvan modelinde incelenmesidir. GEREÇ VE YÖNTEM: Manisa Celal Bayar Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı bünyesinde gerçekleştirilmiş olup, MCBÜ Deneysel Hayvan Laboratuvarında sıçanda oluşturduğumuz endometriozis modeli dokularında dienogest'in potansiyel moleküler yolakları Western blot ve PCR yöntemleri ile değerlendirilmiştir. Toplanan veriler istatistiksel olarak GraphPad Prism (versiyon 9) student-t testi ile analiz edildi. İstatistiksel olarak anlamlı değerler p<0,05 olarak belirlendi. BULGULAR: Çalışmamızda PCR analizi ile dionegest grubunda, kaspaz 12, Bax, p38, AKT, c-MYC ve BCL2L1 genlerinin ekspresyonu kontrol grubuna göre artmış, kaspaz 3, kaspaz 6, Bad, BCL2A1, TRADD, TRAF1-2, Bid, p53 genlerinin ekspresyonları ise kontrol grubuna göre azalmıştır. Progesteron grubunda kontrol grubu ile karşılaştırıldığında kaspaz 3, kaspaz 12, Bad ve AKT genlerinin ekspresyonları anlamlı olarak artmıştır (p<0.005). Western-blot analizine göre ise progesteronun PERK protein ekspresyonu arttırdığı, phospho-ERK1/2 ve phospho- p38 protein ekspresyonlarını azalttığı, dienogestin ise ERK1/2, SAPK/JNK ve p38 yolaklarını aktive etmiştir. SONUÇ: Doğal progesterona göre dienogestin farklı hücresel yolakları kullanıyor olması, terapötik anlamdaki başarısını açıklıyor olabilir. Sonuç olarak dienogest, endometriotik hücre düzeyinde hem ER stres hem de pro-apopitotik yolaklar üzerinden etkili bir hormon olup, başarılı bir tedavi seçeneği olarak değerlendirilebilir.
Fetal dönemde düşük frekanslı (50 HZ) elektromanyetik alan maruziyetinin yetişkin dönemdeki anksiyete davranışı ve anksiyete ilişkili genler üzerine olan etkisinin incelenmesi
Çalışmada amacımız gebelik döneminde maruz kalınan pulslu elektromanyetik alanın, yavruların adolesan dönemlerindeki davranışlarına ve hipokampüs dokusunda anksiyete ilişkili genlere olan etkilerini moleküler açıdan değerlendirmektir. Deneyimiz gebe sıçanlardan ve gebe sıçanlardan doğan yavru gruplardan oluşturulmuştur. Gebe gruplar; birinci, ikinci ve üçüncü gebelik haftası boyunca pulslu elektromanyetik alana maruz kalan gruplar ve her üç grup için kontrol gebe gruplarından oluşturulmuştur. Gebe sıçanlardan doğan yavrulardan oluşturulan gruplar ise gebelik süresi boyunca pulslu elektromanyetik alana maruz kalan gebelerden doğan yavru dişi ve erkek gruplar ve aynı grupların hiçbir maruziyeti olmayan kontrol gruplarını içermektedir. Yavruların anksiyete benzeri davranılarının değerlendirilmesi için yükseltilmiş artı labirent testi uygulanmıştır. Sonrasında tüm grupların hipokampüs dokularından RNA izolasyonları gerçekleştirilip, gen ekspresyonları değerlendirilmiştir. Gen ifadesinde anlamlı bir artış saptanan BDNF geninin ise western blot yöntemi ile protein ifadesi de değerlendirilmiştir. BDNF gen ifadesi için her iki grupta da gen ekspresyonuna paralel şekilde protein ifadesinde de artış gözlenmiştir. Pulslu elektromanyetik alana maruz bırakılan gebelerden doğan erkek grupta, yükseltilmiş artı labirent testinde anksiyete benzeri davranışlar gözlemlenmiştir. Moleküler düzeyde ise aynı grupta; 5-HT1A, fos, Dopamin D1 reseptörü, Grin1, Grin2a, Grin2d, Adora1 ve Adora2a genlerinin ifadelerinde baskılanma, yalnızca BDNF gen ifadesinde artış gözlenmiştir. Çalışmamızın sonuçları; elektromanyetik alan maruziyetinin gebelikte dikkat edilmesi gereken bir unsur olduğunu, elektromanyetik alana maruz kalan annelerin çocuklarının anksiyeteye daha duyarlı olabileceğini düşündürmektedir. Anahtar Kelimeler: BDNF, pulslu elektromanyetik alan, western blot, yükseltilmiş artı labirent
Mpp+ (1-metil-4-fenilpridinyum) ile muamele sonucu fare nöroblastoma (n2A) hücresinde oluşacak eksitotoksisite durumunun ve GLT-1 seviyelerinin araştırılması
Parkinson hastalığı, lewy nöritleri ve lewy cisimleri olarak ifade edilen α-sinükleinin intranöronal agregatlarının birikimleri ile substansiya nigra'daki dopamin üreten hücrelerin kaybından ve böylece dopaminerjik nöronların dejenerasyonundan kaynaklanan bir fonksiyon bozukluğu olarak tanımlanır. Eksitotoksisite nörodejenerasyonun ortak moleküler mekanizmalarından biridir. Glutamat eksitotoksisitesi, presinaptik sinir terminallerinden ve astrositlerden intraselüler alana aşırı glutamat salınımının tetiklenmesiyle ve glutamat reseptörlerinin aşırı uyarılmasıyla oluşur. Glutamat taşıyıcıları biriken fazla glutamatı toplayarak glutamat reseptörlerinin aşırı aktivasyonunu önler. Özellikle GLT-1 (Glutamate Transporter-1) ya da EAAT2 (Excitatory Amino Acid Transporter2) beyindeki toplam glutamate emiliminin %95'inden sorumludur. MPTP (1-methyl-4-phenyl-1,2,3,6-tetrahydropyridine), Parkinson hastalığı için önemli bir kimyasal model ve sık kullanılan etkili bir toksindir. Elektron transport zincirindeki Komplex 1'i inhibe ederek mitokondriyal fonksiyona zarar verir. Bu çalışmada MPTP'nin aktif metaboliti MPP+(1-methyl-4-phenylpyridinium) kullanılarak, nöron ve glia hücrelerinde eksitotoksisite modeli oluşturuldu ve MPP+'nin GLT-1 ekspresyonu üzerine etkisi araştırıldı. N2A (fare nöroblastoma hücreleri) ve glia (IHA-immortalized human astrocytes-immortalize olmuş insan astrositleri) MPP+ ile muamele edildikten sonra, hücrelerin canlılık oranları, glutamat salınım oranları ve GLT-1'in mRNA ve protein düzeylerindeki değişiklikleri araştırıldı. MPP+ muamelesinden sonra IHA hücrelerinden total protein izole edildi, GLT-1 ekspresyonu western blot yöntemi ile incelendi ve MPP+ verilen hücrede kontrole oranla anlamlı artış görüldü. MPP+ muamelesi yapılan ve yapılmayan (kontrol) N2A hücre hattından total RNA izole edilerek cDNA üretildi ve Real Time PCR (Gerçek zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ile GLT-1 mRNA düzeyi ölçüldü. IHA hücrelerinde alınan sonuç ile uyumlu olarak, MPP+ muamelesi yapılan N2A hücrelerinde GLT-1 mRNA seviyesinin kontrol hücrelerine göre anlamlı artışı görüldü. Glutamat salınımı glutamat assay ile ölçüldü. Sonuç olarak, MPP+ ile oluşturulan eksitotoksik durum karşısında, GLT-1 ekspresyonunun bir kurtarıcı mekanizma olarak arttığı gözlendi. Bu nedenle, ilk 12 saatlik dönemde glutamat salınımının azaldığı ancak nörotoksisitenin etkisi devam ettikçe glutamat salınımının artmaya devam ettiği görüldü. Glutamat salınımının azalmasının nedeni aynı zamanda hücre ölümü gerçekleştiği için olabileceği düşünüldü. GLT-1 ekspresyonunun düzenli arttırılması hedef alınarak ilgili moleküler yolakların araştırılması, eksitotoksisiteyi azaltarak Parkinson hastalığına karşı tedavi geliştirilmesi yolunda önemli olacaktır. Anahtar Kelimeler: Eksitotoksisite, GLT-1, glutamat, lewy cisimciği, MPP+, Parkinson
Hücre modelinde sırt4 (sirtuin4)'ün eksitotoksisiteye karşı koruyucu etkisinin araştırılması
Glutamat, merkezi sinir sisteminde birçok nörolojik işleve sahiptir ve beyinde yüksek konsantrasyonlarda bulunur. Sinir terminallerinde glutamat, yoğun olarak bulunur ve hücre içindeki konsantrasyonu dışındaki konsantrasyona göre çok daha fazladır. Sinir hücre membranının depolarizasyonu ile kalsiyuma bağlı bir süreçte presinaptik sinir uçlarındaki veziküllerden hücreler arası boşluğa glutamat salınır ve postsinaptik nörondaki glutamat reseptörleri uyarılır. Glial hücrelerde yer alan glutamat taşıyıcılarının hücreler arası boşluktan glutamatı toplanmasıyla uyarım bitirilir. Glutamat seviyesinin nöronal boşlukta artışı toksiktir, nöron hasarı ve ölümüne neden olur. Bu durum, glutamata bağlı eksitotoksisite olarak adlandırılır. Eksitotoksisite, travma, serebral iskemi, epilepsi, Parkinson Hastalığı, Alzheimer Hastalığı gibi birçok nörolojik hastalığın altındaki sebeplerdendir. Kainik asit, glutamat analogudur, nörotoksisite oluşturulması için kullanılan kimyasal bir modeldir. Sessiz bilgi düzenleyicisi (Sir) protein ailesinin ilk üyesi olan Sir2'nin homologları sirtüinler olarak adlandırılır. Memelilerde yedi tane sirtüin (Sirt1-7) bulunur. Sirt4, deasetilaz ve ADP-ribosilaz etkinliği gösteren ve mitokondride bulunan memeli sirtüinidir. Sirt4, GDH'ı aracı olarak kullanarak glutamin metabolizmasını düzenler. Bundan dolayı, Sirt4'ün nöronal uyarılar ve eksitotoksisite sırasında artan glutamat seviyesine cevabı düzenleyeceği düşünülmektedir. Bu çalışmada, N2A hücreleri 10 µM, 50 µM, 200 µM ve 1000 µM'lık kainik asit konsantrasyonlarıyla muamele edildi. Ardından, hücrelerin canlılık seviyeleri MTT testi ile değerlendirildi. 200 µM ve 1000 µM'lık kainik asit konsantrasyonlarında hücre canlılık seviyesinde anlamlı düşüş olduğu belirlendi. Takip eden deneylerde 1000 µM'lık kainik asit konsantrasyonunun kullanılmasına karar verildi. N2A hücrelerinde transfeksiyon yöntemi ile Sirt4 ifadesi arttırıldı ve ifade artışı western blot yöntemi ile gösterildi. Sirt4 ifadesi arttırılmamış (kontrol) ve Sirt4 ifadesi arttırılmış (transfekte edilmiş) N2A hücre grupları 1000 µM konsantrasyonda kainik asit ile muamele edildi. Muamele sonrasında, kontrol N2A, kainik asit muamelesi yapılmış N2A, yalnızca Sirt4 ifadesi arttırılmış ve kainik asit muamelesi yapılmış ve Sirt4 ifadesi arttırılmış olmak üzere dört farklı N2A hücre grubu elde edildi. Bu hücre gruplarındaki canlılık seviyesi MTT testi ile ölçüldü. Kontrol N2A ile kainik asit muamelesi yapılmış N2A grupları arasında yapılan kıyaslamada, kainik asit muamelesi sonucu hücrelerin canlılık seviyelerinde anlamlı bir düşüş gözlendi. Sirt4 ifadesinin arttırılmasının ise hücre canlılığındaki düşüşü azalttığı gözlendi. Ayrıca, bu dört farklı deney grubunda glutamat salınımı 0, 12, 24, 48 saatlik süre için ölçüldü. Kainik asit muamelesi yapılmış ve Sirt4 ifadesi arttırılmış deney grubunda, yalnızca kainik asit ile muamele edilmiş deney grubuna kıyasla, hücre ölümünün daha az olduğu, bu nedenle daha fazla glutamat salınımı yapıldığı gösterildi. Dolayısıyla, Sirt4'ün eksitotoksisiteyi engelleyerek hücre ölümünü azaltabileceği gösterildi. Anahtar kelimeler: Eksitotoksisite, glutamat, kainik asit, sirtüin, Sirt4.
Kannabinol ve 5-fluorourasil'in MDA-MB-453 ve hela hücre hatları üzerindeki etkisinin araştırılması
Bu çalışma, MDA-MB-453 ve HeLa hücre hatlarında CBN (kannabinol) ve 5-FU(5-fluorourasil)'un sitotoksik, morfolojik ve moleküler etkisi incelenmesini hedeflemekte olup diğer çalışmalarda kanser ilaçlarının geliştirilmesine ön çalışma niteliği taşımaktadır. Kanser hem dünyada hem de ülkemizde kardiyovasküler hastalıklardan sonra ikinci ölüm sebebi olması açısından önemli bir toplum sağlığı problemidir ve beraberinde taşıdığı fiziksel rahatsızlıkların yanı sıra sosyal, maddi ve manevi yönleri ile mücadelesi zor bir hastalıktır. Kanser tedavisinde ameliyat, kemoterapi ve radyoterapi gibi çeşitli tedavi yöntemlerinden yararlanılmaktadır. Fakat bu tedaviler ileri seviye kanser hastalarında metastaz gerçekleştikten sonra tam bir çözümü olduğu söylenemez. İlaç tedavisi uygulamaları da tek başına çözüm değildir. İlaç tedavisi ile hastalarda ilaç direnci de ortaya çıkmaktadır. Kanserde ilaç direnci, tedavinin başarısız olmasına neden olabilir. Bu nedenle hastalığı anlamak ve buna yönelik tedavi yöntemleri geliştirmek önemlidir. Son zamanlarda bitkilerin, kanser hücrelerini nasıl etkilediğine yönelik araştırmalar yapılıp, farklı tedavi yöntemleri bulmak amaçlanmaktadır. Yapılan çalışmalar sonucunda bitkiler ve bileşikleri hakkında detaylı bilgi edinilebilmesi için daha çok araştırma yapılması ve bilinmeyen özelliklerinin ortaya çıkarılması gerekmektedir. Biz bu araştırmada, bitkilerin ve bu bitkinin ilaç ile kullanılmasıyla birlikte MDA-MB-453 meme kanseri hücre hattı ve HeLa rahim ağzı kanseri hücre hattı üzerinde etkilerini incelemeyi amaçladık. İlaçların hücre hatları üzerinde etkisini belirlenmek için optimizasyon çalışmaları yapılmıştır. Migrasyon ve invazyon deneyi sonuçlarına baktığımızda CBN ve 5-FU ilaçlarının hücre hatları üzerine tek başına metastazı değişen düzeylerde engellediği kombinasyon halinde ise hücrelerin ölüm ile sonuçlanmasına neden olmuştur. 3B olarak geliştirilmiş hücre hatlarına uygulanan ilaçların 48 saat içinde 3B yapılarının dağılmasına neden olmuştur. Moleküler kenetleme çalışmalarına göre belirlenen proteinlerin CBN ile olan moleküler kenetleme sonuçlarına göre bağlanma enerjilerinin -5.83 kcal/mol ile -98.4 kcal/mol arasında olduğu belirlenmiştir. Diğer ilacımız olan 5-FU ilacı ile proteinler arasında olan moleküler kenetleme sonuçlarına göre bağlanma enerjilerinin -3.4 kcal/mol ve -55.7 kcal/mol arasında olduğu belirlenmiştir. İlaçlar arasında kurulan H bağları ve bağlanma enerjisi dikkate alınarak yapılan değerlendirmede BCL2 proteini ile CBN ve 5-FU ilaçları ile birlikte en iyi kanser aktivite gösterdiği tespit edilmiştir.
Kemoterapi ajanı Doksorubisin'in Escherichia coli üzerindeki etkisi ve dirençle ilgili genlerin genom boyu kütüphane zenginleştirme ve tarama çalışmaları ile araştırılması
Kanser hastalıklarının tedavisinde kullanılan kemoterapik ilaçlara karşı, kanser hücreleri zaman zaman direnç gösterebilmektedir. Kanser hücresi, bazı genlerin yapısını ve ifadesini değiştirerek ilaçtan kaçabilmekte ve kanserin nüksetmesi ile ölümcül sonuçlar görülebilmektedir. Direncin moleküler mekanizmasında görevli olabilecek genler ve proteinlerin tespiti, hem temel bilimler açısından, hem de tedavi açılımları sunması bakımından önemlidir. Doksorubisin, kanser tedavisinde rutin olarak kullanılan, aynı zamanda da antibakteriyel etkiye sahip, yaygın bir kemoterapik ajandır. Bu ilaç bir hücreye verildiği zaman, DNA'ya hasar vermekte ve hücrenin ölümüne neden olmaktadır. Ancak, bu ilaca karşı da kanser hücresinin direnç geliştirebildiğine dair raporlar mevcuttur. İlacın hem moleküler hedeflerinin bulunması, hem de direnç gelişiminde doğrudan veya dolaylı olarak rolü olan genlerin tespit edilmesi farklı hücresel sistemlerde araştırılmalıdır. Bu tez çalışmasının amacı, bakteri hücresini model olarak kullanarak, artan doksorubisin konsantrasyonlarında, 4123 genin taranarak, hücreye direnç kazandıran gen adaylarının araştırılmasıdır. Burada, Escherichia coli genlerinin bir ekspresyon plazmidine klonlanması ile elde edilen ASKA klon seti kullanılmıştır. 57 adet mikroplakadan oluşan bu set, 4123 adet gen ile ilaç ilişkisini farklı açıdan irdelememizi sağlayan eşsiz bir genomik kaynaktır. Her bir genin ifadesi IPTG ile indüklenebildiği için, genler taranabilmekte ve yabanıl tipin öldüğü ilaç konsantrasyonunda yaşayan klonun içerdiği gen, direnç fenomeni ile doğrudan veya dolaylı olarak ilişkili olduğu yaklaşımı esas alınmaktadır. Bu çalışmada, ilk olarak, birkaç farklı E. coli yabanıl tip bakteri suşları ile yapılan ön deneylerde, doksorubisinin hangi E. coli suşunu, hangi konsantrasyonda öldürdüğü, minimum inhibe edici konsantrasyon (MIC) deneyleri, büyüme eğrisi deneyleri, spot testleri ve disk difüzyon yöntemleri ile belirlenmiştir. Daha sonra, 4123 adet klonun "genom boyu plazmid kütüphanesi" stokları kullanılarak, ısı şoku yöntemi ile E. coli D10Hb suşuna transforme edilmiştir. Optimizasyon deneylerinden elde edilen konsantrasyon verileri kullanılarak, göreceli olarak yüksek doksorubisin içeren ortamlarda yaşayabilen klonların tespit edilmesi amacıyla, gradient ekim, direkt ekim ve zenginleştirme ile seleksiyon deneyleri gerçekleştirilmiştir. Doksorubisin toleransına sahip, 129 adet koloni ile onaylama çalışmaları yapılmıştır. Daha sonra göreceli olarak en yüksek tolerans değerine sahip 34 koloni seçilmiştir. Seçilen rekombinant plazmidlerin içerdikleri gen dizileri, sanger sekanslama analizi ile belirlenmiştir. Elde edilen sekanslar kullanılarak, Blast analizleri ile gen bilgileri bulunmuştur. Çalışmalar sonucunda, göreceli olarak yüksek doksorubisin konsantrasyonlarında yaşayan E. coli klonlarının plazmidlerinde yer alan genlerin recA (n=23 klon) ve mdtK (n=11 klon) olduğu tespit edilmiştir. Bu genlerin DNA hasarı onarımında ve Na+ kanallarını kullanarak ilacı hücrenin dışına atabilmede görevli olabileceği tartışılmıştır. Ayrıca bu genlerin insan genomunda homologları araştırılmıştır. Bu çalışma, binlerce genin (n=4123) bir ilaçla ilişkisini tarayan ve bakteriyel model hücre yaklaşımı ile kanser konusuna farklı bir açıdan yaklaşan, moleküler biyoloji, mikrobiyoloji ve genomik disiplinlerini kullanan, kapsamlı, orijinal ve yol gösterici sonuçlar veren bir tez çalışmasıdır. Anahtar Kelimeler: Direnç, doksorubisin, Escherichia coli, gen, genomik, mdtK, recA
Hücre dışı DNA izolasyonlarında belirli parametrelerin optimizasyonu
Hücre dışı DNA (cfDNA), kan dolaşımında veya diğer vücut sıvılarında bulunan parçalanmış DNA moleküllerini ifade eden serbest DNA anlamına gelmektedir. Başta kanser olmak üzere, çeşitli durumlarda artmakla birlikte, anormal veya normal hücrelerden köken alabilmektedir. cfDNA'lar, hücrelerin programlanmış hücre ölümü (apoptoz) veya nekrozu sonucunda kan dolaşımına salınan kısa DNA parçalarından oluşmaktadır. Bu kısa DNA parçalarının vücut sıvılarında serbest halde dolaşması cfDNA analizi gerektiren yöntemler için kolayca erişilebilir olmalarını sağlamaktadır. cfDNA'lar çeşitli tıbbi uygulamalar için invaziv olmayan bir biyobelirteç olma potansiyeline sahiptir. Kabaca sıvı biyopsi olarak değerlendirilen cfDNA izolasyonları, zor ve riskli olan geleneksel doku biyopsilerine karşı güçlü bir alternatif olarak değerlendirilmektedir. cfDNA analizi, kanser de dahil olmak üzere çeşitli hastalıkları tespit etme ve izleme konusunda ve prenatal testlerdeki kromozomal anomali taramalarında umut vaat etmektedir. Bu sebeple, izolasyon verimlerinin arttırılması önem taşımaktadır. Bu tezde cfDNA izolasyonunun belirli basamakları optimize edilerek, izolasyon verimliliği spektrofotometrik ve florometrik teknikler ve otomatize elektroforez sistemi ile ölçülmüştür.
Astaksantinin meme ve serviks kanseri üzerine etkisinin araştırılması
Kanser, dünya genelinde en yaygın ölüm nedenlerinden biri olmaya devam etmektedir. Özellikle meme ve serviks kanserleri, kadınlar arasında en sık görülen kanser türleri arasında yer almaktadır. Doğal bir karotenoid türevi olan astaksantin, bitkilerde ve deniz ürünlerinde yaygın olarak bulunmakta olup, güçlü antioksidan özelliğiyle dikkat çekmektedir. Astaksantin aynı zamanda proapoptotik, antikanser ve antiinflamatuar gibi çeşitli biyolojik etkilere de sahiptir. Bu tez çalışmasında, astaksantinin MDA-MB-231 meme kanseri ve HeLa serviks kanseri hücre hatları üzerindeki etkilerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışma kapsamında, astaksantin uygulamasının hücre canlılığı ve proliferasyonu üzerindeki etkileri, yara iyileşmesi (wound healing), invazyon hareketlerindeki değişiklikler, sitotoksik etkileri ile MMP2, MMP9 ve NfkB genlerinin mRNA ve protein düzeylerindeki ekspresyon değişikliklerinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Sitotoksisite testi ile MDA-MB-231 meme kanseri ve HeLa serviks kanseri hücrelerinin canlılığı ve çoğalma kapasitesi değerlendirildi. qRT-PCR ile, MMP2, MMP9 ve NFkB mRNA ifadelenme düzeyleri, western blot analizi ile de bu genlerin protein ifadelenme düzeyleri belirlendi. Ek olarak, astaksantinin hücreler üzerindeki mekanistik etkilerini değerlendirmek için invazyon ve migrasyon deneyleri gerçekleştirildi. Sitotoksisite analizinde kanser hücrelerine 10-250 μM aralığında astaksantin uygulanmış ve MDA-MB-231 hücre hattında 25μM IC50 değeri ve Hela hücre hatlarında 50μM IC50 değeri bulunmuştur. Migrasyon ve invazyon analizleri, IC50 dozlarının etkili olduğunu göstermiştir. Moleküler araştırmalar, astaksantin uygulanan MDA-MB-231 meme kanseri ve HeLa serviks kanseri hücrelerinde MMP2, MMP9 ve NFkB genlerinin mRNA ve protein ekspresyonlarında değişimlerin olduğunu gösterdi. Astaksantin, antikanser özellikleri nedeniyle kanser tedavisinde potansiyel bir terapötik ajan olarak değerlendirilebilir. Ancak, astaksantinin tümör hücreleri üzerindeki moleküler etkilerinin tam olarak anlaşılabilmesi için daha kapsamlı in vitro ve in vivo çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.
Kistik ekinokokkozis'li hastalarda serolojik sonuçların genotip ilişkisinin dizi analizi sonuçları ile karşılaştırılarak araştırılması
Amaç: Kistik ekinokokoziste (KE) tedavi protokolünün planlanabilmesi için tanının erken dönemde, güvenilir şekilde konulması gerekmektedir. KE tanısında, günümüzde bilinen bütün serolojik tanı yöntemlerinden faydalanılmaktadır. Nüklear, mitokondriyel çalışmalar sonucunda E. granulosus'un başlangıçta 10 genotipi (G1-G10) tanımlanmıştır. Son moleküler çalışmalarla bazı türler aynı başlık altında toplanmıştır. Hastalığın gelişiminde suşun virulansı, parazitin genotipi önemlidir. Çalışmamızda ELISA yöntemiyle elde edilen spesifik antikor titreleriyle dizi analizi sonuçları arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Manisa Celal Bayar Üniversitesi Hafsa Sultan Hastanesi ve Ege Üniversitesi Hastanesinde KE tanısıyla opere edilmiş veya Puncture Aspiration Injection Respiration (PAIR) işlemine tabi tutulmuş hastalardan alınan serum örnekleri, ayrıca kist sıvısındaki protoskoleksler, kist membranları toplanmıştır. DNA İzolasyonu, Elektroforez, PCR ve Sekans Analizi yapılmış, aynı hastaların serumları IgG yönünden seropozitiflik durumu Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA) yöntemiyle belirlenmiştir. Bulgular: Çalışmada serolojik ve moleküler bulgular benzer bulunmuştur. Sonuçlar: Serolojik ve moleküler sonuçlar karşılaştırılmış ve tüm hastalardaki etkenin Echinococcus granulosus sensu stricto G1/G3 olduğu anlaşılmıştır. Çalışmamız, genotipler ile klinik sonuçlar arasındaki ilişkiyi serolojik araştırması açısından özgün bir nitelik taşımaktadır. Anahtar sözcükler: Kistik ekinokokkozis, seroloji, sekans analizi, ELISA, PCR
Nöropsikiyatrik hastalarda CYP2D6 gen polimorfizmlerinin araştırılması
Amaç: Sitokrom p450 sistemi, farklı izoenzimlerden oluşan ilaç metabolizmasından sorumlu hepatik enzim sistemidir. Tüm sitokrom enzimlerinin yaklaşık %2-4'ünü oluşturan CYP2D6 enzimi klinikte kullanılan ilaçların %25'inin metabolizmasından sorumludur. Bu enzim geninin genetik polimorfizmleri kullanılan ilaçların etkinliğini ve ilaç toksisitesini değiştirebilmektedir. Bu çalışmada Nöropsikriyatrik hastalarda CYP2D6 gen polimorfizmlerinin retrospektif olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Manisa Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Psikiyatri kliniğinden laboratuvarımıza yönlendirilen 192 hastadan multiplex Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ve multiplex Allel Spesifik Primer Ekstensiyon (ASPE) yöntemiyle CYP2D6 enzim geni polimorfizmleri belirlenmiştir. Bulgular: Olguların %82,29'u normal metabolizör, %12,5'i orta metabolizör, %2,08'i yavaş metabolizör ve %3,13'ü hızlı metabolizör olarak saptanmıştır. Çalışmamızda en sık rastlanan alleler sırasıyla *1 (37,63%), *2 (24,75%), *41 (15,15%), *4 (9,85%) ve *10 (4,29%),olduğu tespit edilmiştir. Sonuç: İncelenen popülasyonda Normal metabolizör (EM) oranlarının Türk toplumunda yapılan çalışmalara göre daha yüksek olduğu, Yavaş-Düşük metabolizör (PM) ile Hızlı metabolizör (UM) sıklığının daha düşük oranda olduğu tespit edilmiştir. Enzim fonksiyonun da azalma ile seyreden *41 alleli bu çalışmada en sık mutant allel olarak belirlenmiştir. Çalışmamızda enzim aktivitesinde değişim tespit edilen olguların %17,71 oranında olması, tedavi öncesi olgularda CYP2D6 gen değişimlerinin belirlenmesi bakımından yararlı olacaktır. Anahtar Kelimeler: Farmakogenetik, CYP2D6, Polimorfizm, Sitokrom p450,
PC-3 prostat kanser hücre hattında mutant TP53 geninin crıspr-cas9 aracılıklı restorasyonu
daha sonra dolduAmaç:Prostat kanseri, dünya çapında erkekler arasında yaygın bir sağlık sorunudur ve bu prostat kanseri vakalarının çoğu, disfonksiyonel mutant TP53 geni ile ilişkilidir. Bununla birlikte, disfonksiyonel mutant TP53 geni CRISPR/Cas9 sistemi ve tek iplikli oligodeoksinükleotid tamir kalıbı yardımıyla hücrelerin sahip olduğu homoloji aracılıklı tamir mekanizması aracılığıyla tamir edilebilir. Bu çalışmada, insan kanser PC-3 hücre hattı TP53 gen bölgesi üzerinde bulunan TP53 414delC (p.K139fs*31) null mutasyonunun CRISPR/Cas9 sistemi ve donör tek iplikli oligodeoksinükleotid yardımıyla tamir verimliliğinin incelenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada iskelet yapısında CRISPR/Cas9 sistemini taşıyan px459V2.0 plazmidi ve tamir kalıbı olarakda iki farklı kullanılmıştır. CRISPR/Cas9 sistemiyle düzenlenen TP53 gen bölgesi yeni nesil sekans sistemi ile analiz edilmiştir. Düzenlemiş PC-3 hücrelerinde p53 ekspresyonunun varlığının tespiti için qPCR ve immünofloresan analizi yapılmıştır. Ayrıca, TP53 gen düzenlenmesine bağlı olarak apoptotik hücrelerin tespiti için flow sitometri analizi yapılmıştır. Bulgular: YNS sonuçlarına göre, sgRNA2 rehberliğindeki CRISPR/Cas9 sistemine eşlik eden iki ayrı tek iplikli oligodeoksinükleotid 1 ve tek iplikli oligodeoksinükleotid 2 varlığında TP53 414delC mutasyonu sırası ile %19,95 ve %26,0 oranında tamir edilmiştir. qPCR ve immünofloresan analizleri TP53 414delCmutasyonunun tamir olduğu PC-3 hücrelerinde p53 ekspresyonunu göstermiş ve ayrıca, yapılan flow sitometri analizi apoptotik hücre oranında belirgin bir artış olduğunu göstermiştir. Sonuçlar: Sonuç olarak, CRISPR/Cas9 sistemi aracılığıyla TP53 414delC mutasyonunun başarılı olarak tamir edildiği görülmüştür. rulacaktır
Boraks pentahidrat'ın glioblastoma multiforme hücre hattı aracılığıyla tedavi potansiyelinin araştırılması
Amaç: Çalışmadaki amacımız bu alanda yeni bir bor bileşiği olan Boraks pentahidrat (BPH)' ın 4. evre beyin kanseri olan glioblastoma multiforme (GBM) hücre hattı U-87MG üzerinde sitotoksik etkisinin ve bununla birlikte hangi hücre ölüm mekanizmasının tetiklendiğinin araştırılmasıdır. Gereç ve yöntem: BPH' ın U-87 MG hücre hattındaki sitotoksik etkisi MTT yöntemi ile ölçülmüştür. Ardından, belirlenen IC50 dozu ile apoptoz ve otofaji yönünden floresan tabanlı bir teknike çalışan Muse ® hücre analiz cihazı kullanılmıştır. Elde edilen veriler, GraphPad prism istatistik programı kullanılarak değerlendirilmiştir. Bulgular: Sitotoksisite deneyleri sonucunda U-87 MG üzerinde BPH' ın IC50 değeri 2.454 μM bulunmuştur. IC50 değerine bağlı olarak apoptotik yönden kontrol grubunda %3 deney grubunda %41 oranında hücre ölümü bulunmuştur(P< 0,01). Otofaji yönünden değerlendirmede ise kontrol grubunda 1.0 oranında yoğunluk değeri bulunurken deney grubunda 1.2 oranında değer bulunmuştur(p> 0,01). Bulguların istatistik açıdan değerlendirilmesi sonucunda apoptoz yönünden anlamlı bir sonuç gözlenirken; otofajik yönden anlamsız olduğu saptanmıştır. Sonuç: Bu veriler ışığı altında BPH' ın GBM' e model oluşturan U-87 MG hücre hattı üzerinde sitotoksik bir etkinin olduğu görülmüştür. Bu etkinin otofaji hücre ölüm mekanizması yerine apoptoz mekanizması üzerinden gerçekleştiği tespit edilmiştir. Bu sonuçlar, BPH' ın apoptozu uyaran kemoterapötiklere karşı dirençli olan GBM tedavisinde kullanılabilecek bir madde olabileceğini düşündürmüştür.
Tekrarlayan düşüklerde sitogenetik anomaliler
Amaç: Manisa Celal Bayar Üniversitesi Hafsa Sultan Hastanesi, Ocak 2016 ile Aralık 2017 tarihleri arasında Tıbbi Genetik Tanı Merkezine başvuran tekrarlayan gebelik kaybı yaşamış hastalarda bulunan sitogenetik anomalilerin saptanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamamıza iki veya daha fazla gebelik kaybı olan 303 kadın, 303 erkek olmak üzere toplam 606 hasta katılmıştır. Molar ve ektopik gebelikler dahil edilmemiştir. Örnekler rutin sitogenetik çalışma prensiplerine uygun olarak sıralı işlemlerden geçirilmiştir. GTG bantlama yöntemiyle metafazlar bilgisayarlı görüntüleme sistemine aktarılarak her hasta için 20 metafaz incelemesi yapılmış olup karyotipler oluşturulmuştur. Bu şekilde kromozomlar sayısal ve yapısal olarak değerlendirilmiştir. Bulgular: Çalışmamıza katılan 606 TGK'lı hastada GTG bantlama yöntemiyle karyotip analizi yapılmıştır. Bir Tizomi X, bir Klinefelter Sendromu, iki 46,XX resiprokal translokasyonu, üç 46,XY resiprokal translokasyonu, bir 45,XX resiprokal translokasyonu ve birinde üreme olmadığı gözlenmiştir. 597 hastanın karyotip analizinde herhangi sayısal veya yapısal anomali gözlenmemiştir. Sonuçlar: TGK gebe kalmaya çalışan çiftlerde yaygın olarak görülen bir durumdur. Etiyolojisinde multifaktöriyel nedenler rol almaktadır. Bununla birlikte kapsamlı bir araştırma yapılamasına rağmen vakaların % 50'sine yakınında kesin bir neden ortaya konamamıştır. TGK'nın olası faktörlerinden genetik nedenler, ebeveyn yapısal kromozomal bozukluklarını ve gebelik ürününe ait kromozom anomalilerini içine almaktadır. Tanıda sitogenetik değerlendirme oldukça önemlidir. Yayınlanmış verilerde resiprokal translokasyonun robertsonian translokasyondan daha fazla sıklıkta görüldüğünü ortaya koymuştur. Sonuç olarak, bizim çalışmamızdaki elde edilen verilerde literatürü desteklemektedir. Keywords: Chalder Fatigue Scale, Turkish version, fatigue, assessment, reliability, validity
Şizofren tanısı almış hasta ve kontrol gruplarında, comt genin eksozomlardaki ifadesinin kantitatif real time PCR ile araştırılması
Amaç: Bu çalışmanın amacı şizofren tanısı alan hasta bireyler ile sağlıklı bireyler arasında COMT geninin eksozomlardaki ifade farklılığının araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda Manisa Celal Bayar Üniversitesi Hafsa Sultan Hastanesi Psikiyatri Kliniği' nde tedavi gören ve kronik şizofren tanısı konmuş 8 birey hasta grubunu oluşturmuştur. Ailesinde kronik şizofreni öyküsü bulunmayan, sağlıklı gönüllü 8 birey kontrol grubunu oluşturmuştur. COMT geninin eksozomlardaki ifadesinin RT-PCR tekniği ile araştırılması yapılmıştır. Analiz sonuçları 2-∆∆CT yöntemi kullanılarak değerlendirilmiştir. Bulgular: Araştırmamızın sonuçlarına göre 1, 2, 4, 6, 7 ve 8 numaralı hastalarımızda COMT geni ekspresyon seviyelerinin anlamlı up regülasyonu olduğu belirlenmiştir. Sonuçlar: Çalışmamızda şizofren tanısı almış hasta ve şizofren tanısı almamış kontrol gruplarında, COMT geninin eksozomlardaki ifadesini saptamak için Kantitatif Real Time PCR yöntemi kullanılmıştır. Sonuçlarımızın COMT geni ekspresyon seviyesinin yukarı regülasyonda önemli bir rol alabileceğini gösterebilir. Anahtar Kelimeler: Şizofreni, COMT, Eksozom, RNA
Şizofren tanılı olgularda comt gen ekspresyon seviyelerinin real time – PCR yöntemi ile araştırılması
Amaç: Bu çalışmanın amacı şizofren bireylerin kan materyallerinden, COMT geni ekspresyon seviyelerinin Real Time-PCR tekniği ile araştırılması ve ilgili genin transkripsiyonel düzeydeki ifadelerinin incelenmesi ile verilerin elde edilmesidir. Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda Manisa Celal Bayar Üniversitesi Hafsa Sultan Hastanesi Psikiyatri Kliniği' nde tedavi gören ve kronik şizofren tanısı konmuş 8 birey hasta grubunu oluşturmuştur. Ailesinde kronik şizofreni öyküsü bulunmayan, sağlıklı gönüllü 8 birey kontrol grubunu oluşturmuştur. Örneklem grubundaki her birey için RNA izolasyonundan sonra, COMT genindeki ekspresyon seviyeleri Real Time-PCR tekniği kullanılarak belirlenmiştir. 2-∆∆CT metodu kullanılarak, relatif gen ekspresyon analizi yapılmıştır. Bulgular: Araştırmamızın sonuçlarına göre 4, 6 ve 8 numaralı hastalarımızda COMT geni ekspresyon seviyelerinin anlamlı down regülasyonu olduğu belirlenmiştir. Sonuçlar: Çalışmamızda şizofren tanılı olgularda COMT geni ekspresyon seviyelerini belirlemek için Real Time-PCR yöntemi kullanılmış ve COMT geni ekpresyon seviyesinin azaldığı tespit edilmiştir. Bu sonuçlar, şizofrenide COMT gen ekspresyonundaki aşağı regülasyonda önemli bir rol oynayabileceğini gösterebilir. Anahtar Kelimeler: Şizofreni, COMT, RNA, Gen Ekspresyonu, Real Time-PCR
Türk toplumunda SE33 lokusunun adli DNA kimliklendirme çalışmalarında güvenilirliğinin değerlendirilmesi
Amaç: Ülkemizde adli kimliklendirmede son yıllarda STR (Short Tandem Repeat) DNA lokuslarına gün geçtikçe daha fazla başvurulmaktadır. Türk popülasyonunda genotip benzerlik oranı batı toplumlarına oranla daha yüksektir dolaysısıyla kimliklendirme çalışmalarında daha farklı ve fazla sayıda güvenilir STR lokuslarına ihtiyaç duyulmaktadır. Bu bağlamda bir otozomal STR lokusu olan SE33 bölgesine ait polimorfizm oranları, frekansı ve eşleşme sıklığının saptanarak güvenilirliği konusunda yargıya varılması hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: Bu çalışma retrospektif çalışma olup, 2018 yılı Ocak-Haziran ayları arasında Hakimlik ve Savcılıklar tarafından İzmir Adli Tıp Grup Başkanlığı Biyoloji İhtisas Dairesine örnek vermek üzere gönderilmiş ya da tam teşekküllü devlet hastanelerinden aldırılan kan, kıl, tükrük v.b örnekleri dikkate alınarak araştırma gerçekleştirildi. Birbirleriyle yakın akraba ilişkisi bulunmayan 500 bireye ait örnekler üzerinde değerlendirmeler yapıldı. İzmir Adli Tıp Kurumu yetkili personeli tarafından daha önce DNA izolasyon kitleri (EZ-1 investigator kit ve Power Plex Fusion 6C Direct kit) ile genomik DNA'ların izolasyonu gerçekleştirilmiştir., İzole edilen DNA'lar Power Plex Fusion 6C kit ile SE33 STR lokusu amplifikasyonu sağlanarak tespit edilmiştir. Bulgular: Çalışmada homozigot genotip oranı %5,2, heterozigot genotip oranı %94,8, ayrım gücü (PD) 0,992 ve eşleşme olasılığı (PM) 0,008 olarak hesaplandı. En düşük frekansa sahip alleller ise %0,1 ile 6, 7, 10, 16,3, 17,2, 23, 24, 29, 34,2 35,2, 37 allelleri olarak belirlendi. Sonuç: SE33 STR lokusunun ayrım gücü ve eşleşme olasılığı diğer çalışmalarla karşılaştırıldığında adli kimliklendirmede güçlü bir belirteç (marker) olabildiğini göstermektedir.
MikroRNA ve doğal öldürücü hücre (natural killer cell) temelli kombine immünoterapi yaklaşımının üçlü negatif meme kanseri üzerindeki etkisinin araştırılması
Amaç: Çalışmamızda üçlü negatif meme kanseri (TNBC) hücrelerinde miR-3977 ile eEF2K, PD-L1 ve FOXM1 üçlü baskılanmasının tümörigenez üzerindeki etkisinin yanısıra, bu hücrelerdeki doğal öldürücü hücre (NK) aracılıklı immün yanıt etkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Üçlü negatif meme kanseri hücreleri olarak MDA-MB-436, MDA-MB-231, BT-20 hücre hatları ve doğal öldürücü hücreler olarak kordon kanı doğal öldürücü hücreleri ve NK-92 hücre hattı grubu olarak kullanılacaktır. Tümörogenez çalışmaları için koloni oluşum analizleri, miRNA ve siRNA mimik transfeksiyonu, RNA ekstraksiyonu, miRNA ve mRNA ters transkripsiyonu, RT-qPCR analizi, protein ekstraksiyonu ve immünoblotlama analizi, hücre hareketliliği, migrasyon ve invazyon testleri, akım sitometri testi, miRNA nanoparçacıklarının hazırlanması, ortotopik ksenogreft tümör modeli ve istatistiksel analiz metotları kullanılacaktır. NK ayrıcalıklı immünoyanıtın belirlenmesi çalışmaları için ise Ko-kültür yöntemi uygulanarak Kromiyum (Cr51) analiz metotları kullanılacaktır. Bulgular: Çalışmamızda miR-3977'nin rolü araştırılmış ve miR-3977'nin TNBC'de anlamlı derecede daha uzun hasta sağkalımı ile ilişkili olduğu ve anlamlı derecede daha kısa genel hasta sağkalımı ile ilişkili olan proto-onkojenik eEF2K seviyeleri ile ters korelasyonlu olduğu bulunmuştur. Sonuçlarımız miR-3977'nin eEF2K, PD-L1 ve FOXM1 mRNA'ların 3'-tercüme edilmemiş bölgesine (3'-UTR) doğrudan bağlandığını ve bu genlerin ekspresyonlarını baskılayarak TNBC'de hücre proliferasyonunu, motilitesini ve invazyonunu inhibe ettiğini göstermiştir. Ayrıca, miR-3977 nanopartiküllerinin sistemik intraperitoneal uygulama ile in vivo terapötik olarak verilmesi, eEF2K, PD-L1 and FOXM1 sinyal yolaklarını, intratümöral proliferasyonu ve anjiyogenezi inhibe ederek ve apoptozu indükleyerek ortotopik TNBC tümör ksenograft modelinde tümör büyümesini geciktirmiştir. Önemli bir şekilde, çalışmamızda ilk kez, eEF2K, PD-L1 veya FOXM1 inhibisyonunun NK-92 ve CBNK hücrelerinin sitotoksisitesini indüklediği, miR-3977 veya siRNA tedavilerinin NK aracılıklı immün sistem yanını arttırmada etkili olabileceği gösterilmiştir. Sonuçlar: Çalışmamız, üçlü negatif meme kanseri hücrelerinde miR-3977 gen terapisi ile hem EF2K hem FOXM1 hem de programlanmış hücre ölüm (PD-L1) mekanizmalarının yeniden aktivasyonunu hem de bu hücrelere karşı aktive olmuş NK aracılıklı immün yanıt ile karsinogenez sürecinin durdurulmasını ve tümör hücrelerinin yıkımını birlikte yürüten ilk çalışma olması nedeniyle yüksek bir özgün değere sahiptir. Dahası, miR-3977'nin eEF2K ve FOXM1 sinyal yolaklarının çift hedeflenmesiyle TNBC'de tümör baskılayıcı rolü olduğu ve miR-3977 tabanlı gen terapisinin TNBC'de potansiyel bir terapötik strateji olabileceği düşünülmektedir.
Melanoma hücre hattında (B16F10) bazı kanser kök hücre tiplerinin kanserleşmedeki rolü ile antiparaziter özellikteki etken maddelerin hedgehog sinyal yolağı üzerinden kanserleşme üzerine etkilerinin araştırılması
Melanoma, nöral yarıklardan köken alan ve melanin pigmenti üreten melanositlerin transformasyonu sonucu meydana gelen malignant bir tümördür. Kanser ilişkili ölümlerin %90'ı, metastatik kanser durumlarında ortaya çıkmaktadır ve melanoma bilinen en ölümcül kanserlerden bir tanesidir. Genel olarak, melanom tüm malign tümörlerin % 1-3'ünü oluşturur ve insidansı her yıl % 6-7 oranında artmaktadır. Melanoma olgularında konvansiyonel tedavilere karşı direncin çok sık meydana gelmesi; Melanoma-spesifik KKH'lerini, KKH'lerini düzenleyici mekanizmaları, sinyal yolaklarını spesifik olarak hedef alan yeni etkili ve seçici terapötik kimyasalların geliştirilmesini zorunlu kılmaktadır. Çalışmamızda potansiyel olarak daha etkili tedavi yöntemlerinin belirlenmesi ve geliştirilmesi amacıyla melanoma kanser hücre hattından (B16F10) CD133+ ve CD133- yüzey belirteçlerine sahip hücreler sorting edilerek farelerde cilt kanseri oluşturulup, kanser ve kanser kök hücrelerini ortadan kaldırma yeteneği olan yeni bileşiklerin ortaya çıkarılması ve tespit edilmesini amaçladık. Çalışmalarımızın bir sonucu olarak Ornidazol ile tedavi edilen deney gruplarımızda Ornidazol'ün fare melanom B16 hücre proliferasyonunu ve göçünü in vitro zaman ve doza bağlı olarak kontrol gruplarına göre inhibe ettiğini ve ayrıca, Ornidazole tedavisinin DNA hasarlarını şiddetlendirdiğini gözlemledik. Dahası fare melanom modeli tümör analizi ile, Ornidazol'ün melanom hacmini düşürdüğünü gözlemledik. Bulgularımız birlikte ele alındığında, Ornidazole'ün melanom ilerlemesini hafiflettiğini ve eşzamanlı olarak Hedhegog sinyal yolağını ve otofaji ekspresyonunu bastırdığını ve apopitozisi indüklediğini gösterdi. Ek olarak Ornidozole'un ER stres aracılı apopitozisi ekpresyonunu indüklediği ve otofaji ekspresyonunu inhibe ettiği görüldü. Elde ettiğimiz bulgular Ornidazole'un tümör büyümesi inhibisyonunda rol oynayabileceğini göstermektedir. Anahtar Sözcükler: Melanoma, Kanser Kök Hücresi, Ornidazole, CD133, Hedgehog sinyal yolağı, ER stresi.
İdiyopatik epilepsi hastalarının yeni nesil dizileme yöntemiyle mutasyon frekanslarının saptanması
Epilepsi, kortikal nöronlarda meydana gelen elektriksel deşarj ve anormalliklerle, tetiklenmemiş nöbetlerin tekrarlanması ile ortaya çıkan kronik durum ve bozukluktur. Epileptik nöbet ise "Beyinde anormal aşırı nöronal aktiviteden kaynaklanan belirti ya da semptomların geçici olarak ortaya çıkması" durumudur. Dünya sağlık örgütünün son verilerine göre, 65 milyon kişiye epilepsi tanısı konulmuş ve literatüre yılda 70.000 ila 128.000 arasında yeni vaka eklenmektedir. Bu çalışmanın amacı, hastaların klinik bulgu ve mutasyonların, hasta kliniğine yansımasını değerlendirmek ve aynı mutasyona sahip fakat prognozu farklı olan hastalar arasında klinik heterojeniteyi göstermektir. Çalışmada Elektoensefalografi (EEG), nöbet tipi ve sıklığı ve antiepileptik sayısının yer aldığı klinik parametmerelerle, hastaların davranış özellikleri de göz önüne alınarak hastaların klinik bulguları yeni nesil dizileme (YND) yöntemi kullanılarak mutasyonlarla birlikte değerlendirildi. İdiyopatik epilepsi tanısıyla takipli toplamda 23 hastada saptanan mutasyonlar; 2 hastada, heterezigot SCN1A c.264+3G>A mutasyonu; 1 hastada heterezigot CHRNA2 c.402G>C (p.Arg134Ser) mutasyonu; 3 hastada sırasıyla heterezigot CACNA1 c.1438C>T (p.Arg480Cys), c.6974_6976dupAGG (p.Gln2325_Ala232insGlu), c.3410C>G (p. Pro1137Arg) mutasyonları; 1 hastada SCN3A heterezigot c.654C>G (p.Phe218Leu) mutasyonu; 1 hastada heterezigot SLC2A1 (p.Gln200His) mutasyonu; 1 hastada KCNMA1 heterezigot c.364G>A (p.Gly122Arg) mutasyonu; 1 hastada heterezigot KCNMB3 c.192C>G (p.Leu64=) mutasyonu; 1 hastada BRD2 heterezigot c.145_146delGCinsTG (p.Ala49Cys); 1 hastada EFHC1 heterezigot c.1504C>T (p.Arg483Trp); 1 hastada TBC1D24 heterezigot c.74A>G; 1 hastada homozigot GRIN2A c.1265T>C (p.Ile422Thr) ve son olarak 1 hastada TBC1D221 heterezigot c.1057G>A (p.Ala353Thr) şeklindedir. 11 hastada ise patojenik varyant saptanmamıştır. Bu çalışma sonucunda, aynı mutasyonel değişime sahip hastaların farklı klinik özellik ve tedaviyle takipli olması; genom üzerindeki bu çalışmada belirlenemeyen farklı mutasyonel değişimler, polimorfizmler, epigenetik faktörler, çevresel faktörler kliniğin ve tedavi sonrası durumun farklılığına sebep olabileceğini düşündürmektedir. Sonuç olarak bu çalışma hastalar arasındaki klinik ve mutasyonel heterojeneyi ortaya koymuş olup özellikle genlerin ifade edildiği protein ve moleküler yolakların araştırılması dahilinde pek çok epileptik nöbet ve sınıflandırılan epilepsi türünün patogenezi aydınlatabilecektir.
Nikotin maruziyetinin fare embriyonik kök hücrelerinde nöronal farklılaşma üzerine etkisi
Günlük hayatımızın her evresinde birçok biyolojik, fiziksel ve kimyasal ajanlara maruz kalmamız ciddi sağlık problemlerine yol açmaktadır. Hatta bu ajanlara maruziyetimiz, belki de yaşamımızın en önemli evresi diyebileceğimiz organizmanın temelinin atılıp oluşturulduğu fetal dönemden başlamaktadır. Nikotin de, bu kimyasal ajanlardan biridir. Fetal gelişim sırasında nikotine maruz kalmanın hem anne hem de fetüs için zararlı etkilerinin olduğu ileri sürülmüş ancak bu etkilerin hücresel düzeyde anlaşılabilmesi için bu konudaki çalışmaların artırılması gerekmektedir. Biz de bu tez çalışmasında gelişim sürecinde nikotine maruz kalmanın etkilerini incelemeyi amaçladık. Bu amaçla fare embriyonik kök hücrelerini in vitro ortamda nikotine maruz bırakarak farklılaştırdık. Farklılaşma sırasında ve sonunda kültürdeki hücreleri toplayarak Gfap, Nestin, O4, β-3 Tubulin ve Map2 proteinlerine immünohistokimyasal boyama (İHC) ile baktık. Real Time PCR analizi ile de NEUROG2, RBFOX3, TUBB3, GSK3B ve PAX6 genlerinin ekspresyonlarına baktık. Çalışmamızın sonunda; nikotine maruz kalan grubumuzda gen ekspresyonlarının değiştiği, kontrol grubuna nazaran gen ekspresyonlarında azalma olduğu görüldü. İHC sonuçlarında Map2, β-3 Tubulin ve O4 ekspresyonlarında nikotinli gruplarda nikotinsizlere nazaran azalma olduğuGfap ve Nestinde ise 21. gün hariç diğer günlerde azalma olduğu görülmüştür.
MEFV mutasyonları ve hastaların klinik korelasyonu
Ailesel Akdeniz Ateşi (FMF-AAA), MEFV genindeki mutasyonlardan kaynaklanan ve 1/8–1/16 taşıyıcı sıklığı ile Doğu Akdeniz popülasyonunda en sık görülen otozomal resesif geçişli hastalıklardan biridir. Türk ailesel Akdeniz ateşi (AAA) hastalarında Akdeniz ateşi (MEFV) gen mutasyonlarının dağılımı Türkiye'nin coğrafi bölgelerine göre değişkenlikler gösmektedir. Bu nedenle Türk FMF hastaları için farklı coğrafi bölgelerden olmak üzere fazla sayıda veriye ihtiyaç vardır. Bu çalışmanın bölgemizdeki Türk FMF hastalarında yaygın MEFV mutasyonlarının dağılımını ve klinikle ilişkisini ortaya koymaktır. Bu çalışmada Tıbbi Genetik Anabilim Dalı poliklinğine sevk edilen ve FMF klinik semptomları tespit edilen 300 hastanın moleküler test sonuçları ve kilnik bulgularla ilişkisi değerlendirildi.
Borik asit ve epıgallocatechın gallate (EGCG)'ın serviks kanseri hücre hatlarında telomeraz enzim aktivitesinin değerlendirilmesi
Serviks kanseri; dünya üzerinde her 2 dakikada bir kadının ölümüne neden olan ve meme kanserinden sonra en sık görülen ikinci kanserdir. 1980 yılından beri iz element olarak tanımlanan bor, 1996 yılında epidemiyolojik verilerin eksikliği de dikkate alınarak Dünya Sağlık Örgütünce (DSÖ) ?insan sağlığı için olası temel elementler? sınıfına alınmıştır. Bor bakımından zengin bölgelerde yapılan bir çalışmada serviks kanseri riskinin düşük olabileceği yönünde bulgular tespit edilmiştir. Yeşil çayın en önemli polifenol bileşeni olan EGCG (Epigallocatechin gallate) ile muamele sonucu serviks kanseri karsinojenezini engellediği,apoptozu indüklediği ve telomeraz aktivitesini inhibe ettiği bildirilmiştir. Telomeraz çok sayıda farklı insan kanserinde aktif durumdadır. Bu çalışmada serviks kanseri hücre hattında (HTB-32) EGCG ve Borik asitin telomeraz enzim aktivitesi belirlenecektir. Bu bağlamda HTB-32 hücre hattına EGCG nin 50 µM ve 100 µM dozlarının uygulanması sonucu 1. ve 3. günlerin sonunda alınan örneklerle Borik asitin 500 µM ve 1000 µM dozlarının uygulanması sonucu 3. ve 5. günlerin sonunda alınan örnekler çalışmanın birinci grubunu oluşturmuştur. İkinci grubta ise yine aynı hücrelere 50µM +500µM, 100µM +500µM sırasıyla EGCG ve Borik asit dozlarının kombinasyonları uygulanmış olup 3. gün sonunda değerlendirmeye alındı. Telomeraz aktivitesi HTB-32 hücrelerine doz uygulamaları ardından toplam izole edilen RNA dan h-TERT mRNA ekspresyonu düzeyinin eş zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle tayin edildi. Elde edilen verilerin t-testi aracılığı ile istatistiki değerlendirilmesinde; HTB-32 hücrelerine uygulanan tüm doz ve sürelerinde telomeraz aktivesinde anlamlı bir fark saptanamamıştır (P>0,05). Bu sonuçlar Borik asit ve EGCG'nin gerek yalnız gerekse birlikte uygulanması sonucu farklı hücre tiplerinde aynı etkiyi göstermeyebileceğini düşündürmektedir.
Hematopoetik kök hücre yaşlanmasında cinsiyet farklılıklarının fare modelinde araştırılması
Biyolojik cinsiyet; insan sağlığını, hastalıkları, yaşlanma kalitesini ve ortalama yaşam süresini etkileyen en önemli değişkenlerden biri olarak kabul edilmektedir ve giderek artan kuvvetli kanıtlar, yaşa bağlı hastalıklarda ve yaşam süresinde güçlü bir cinsel dimorfizm olduğunu ortaya koymuştur. Vücutta pek çok doku ve organda bulunan erişkin kök hücreler; ait oldukları dokunun yenilenmesinden ve doku bütünlüğünün korunmasından sorumludur ve bu nedenle, yaşlanma sürecinde merkezi bir mekanizma olarak kök hücrelerde tükenme gündeme gelmiştir. Kan ve immün sistem hücrelerinin üretiminden yaşam boyu sorumlu olan hematopoetik kök hücreler (HKH), yaşlanma araştırmalarında en kapsamlı çalışılan erişkin kök hücre tipi olmasına ve yaşa bağlı hematolojik/onkolojik hastalıklarda cinsiyete özgü önemli farklılıklar rapor edilmiş olmasına rağmen, HKH yaşlanmasında cinsiyetin rolü araştırılmamıştır. Çalışmamızda, hematopoetik sistem yaşlanmasının cinsiyete özgü farklılıkları; C57BL/6J fare modelinde ve periferik kan, kemik iliği ve dalak kompartımanlarında araştırılmıştır. Cinsiyetin; periferik kandaki olgun kan ve immün sistem hücrelerinin sayı ve sıklığında, salgıladıkları sitokinlerin düzeyinde, ek olarak, kemik iliği ve dalaktaki hematopoetik kök ve progenitör hücrelerin (HKPH) frekansında, transplantasyonda sergiledikleri fonksiyonel kapasite ile kendini yenileme potansiyelinde, mitokondri miktarında ve transkripsiyonel profilinde, yaşa bağlı değişiklikleri nasıl etkilediği incelenmiştir. Verilerimiz; biyolojik cinsiyetin, tüm hematopoetik kompartımanlarda, HKPH'lerden olgun kan hücrelerine kadar, hematopoetik sistemin her aşamasında ve HKH'lerin global gen ekspresyonu profilinde yaşlanma paternini önemli şekilde etkilediğini göstermiştir. Ek olarak çalışmamız, yaşlı dişi ve erkek HKH'lerinin; farklılaşma potansiyeli, kendini yenileme kapasitesi, metabolik gereksinimler, immün yanıt ve kemik iliği mikroçevresi açısından önemli farklılıklar sergilediğini ortaya koymuştur (P< 0,05). Sonuçlarımız, hedefe yönelik tedaviler ve yaşlanma önleyici çalışmalar dahil, hematopoetik sistemle ilişkili preklinik ve klinik araştırmalara her iki cinsiyetin de dahil edilmesinin zorunluluğunu çarpıcı şekilde vurgulamaktadır.
Manisa'da kronik şizofren tanısı konmuş bireylerde catechol-o-methyltransferase (COMT) Val158Met polimorfizminin araştırılması
Amaç: Manisa'da Kronik ŞizofrenTanısı Konmuş Bireylerde Catechol-O-Methyltransferase (COMT) Val158Met Polimorfizminin Araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: Araştırma kronik şizofreni teşhisi konmuş 100 birey ve ailesinde ve kendisinde psikiyatrik herhangi bir rahatsızlık bulunmayan 100 sağlıklı kontrol ile yürütülmüştür. Hasta grubu bireyler; Manisa Ruh Sağlığı Hastalıkları Hastanesinde tedavi gören ve kronik şizofren tanısı konmuş bireylerden oluşturulmuştur. Örneklem grubundaki her birey için DNA izolasyonunu takiben COMT genindeki Val158Met polimorfizmine bağlı yüksek veya düşük aktiviteli alleller PCR-RFLP metodu kullanılarak belirlenmiştir.Veriler Ki-Kare Testi ve Çapraz Tablo kullanılarak elde edilmiştir. Bulgular: Araştırmaya katılan hasta grubu bireylerin %64'ü erkek; %36'sı kadındı. Hasta grubu bireylerin genotipleri cinsiyet gözetmeksizin değerlendirildiğinde % 44'ünün LL genotipli bireylerden, %10'unun HH genotipli bireylerden ve %46'sının HL genotipli bireylerden oluştuğu görüldü. Allel frekansları hesaplandığında ise Hardy Weinberg Eşitliğinde çıktı. Hasta grubu için Val alleli (yüksek aktiviteli) frekansı % 33, Met alleli ( düşük aktiviteli) frekansı % 67; kontrol grubu Val alleli frekansı % 67, Met alleli frekansı % 33 olarak saptandı. Sonuçlar: Genotip bulgularına göre Çapraz Tablo ve Ki-Kare testi sonuçlarına göre HH ve LL allelleri için p =0,001 olarak bulunduğundan COMT geni Val158Met polimorfizminin şizofreni üzerine etkisi olduğu sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler: Catechol-O-Methyltransferase (COMT) , PZR-RFLP Val158Met Polimorfizmi
UII/UTR yolağının A549 hücre hattında hücre ölümü üzerine etkisinin araştırılması
UII, nörohormon benzeri aktiviteye sahiptir. UII/UTR yolağı başlıca RhoA/ROCK, MAPK'ler ve PI3K/AKT yolaklarını uyarmaktadır ve bu yolaklar aracılığıyla kardiyak fibrozisini, tümör büyümesini ve hücre proliferasyonunu uyarmaktadır. UII/UTR yolağı antagonisti olan SB657510`un tümör büyümesini bloke etmektedir. UII/UTR yolağının NFκB ve MAPK yolaklarını aktive etmesi ve antagonistinin tümör büyümesini bloke etmesi bu yolağın ayrıca apoptoz ile ilişkili olabileceğini düşündürmektedir. UII/UTR yolağının apoptoz ile ilişkisini doğrudan araştıran herhangi bir çalışma mevcut değildir. Bu nedenle çalışmamızda UII/UTR yolağının apoptozise etkisini A549 hücre hattı kullanılarak araştırdık. A549 hücre hattı UT/UTR yolağı agonisti UII ve antagonisti SB657510 ile uyarıldı. UII`nin A549 hücre canlılığını etkilemediği, ancak SB657510`nun hücre canlılığını azalttığı MTT yöntemi ile tespit edildi. UII uyarımı sonucu CASP3, CASP8, CASP9 mRNA ekspresyonu değişmemektedir. Anti-apoptotik gen olan BCL2 mRNA ekspresyonunu artmaktadır ancak ekspresyon artışı istatiksel olarak anlamlı değildir. SB657510 uyarımı ile CASP3, CASP8 ve CASP9 mRNA ekspresyonu artmaktadır. Flow sitometri yöntemi ile SB657510 apoptotik hücre sayısını UII' ye göre daha fazla arttırdığı tespit bulundu. Çalışmamız UII`nin hücre canlılığını ve kaspaz ekspresyonunu değiştirmediği, ancak UII antagonistinin hem hücre canlılığı azalttığı hem de apoptozda görev alan kaspazların gen ifadesini arttırdığını göstermektedir. Elde ettiğimiz veriler UII yolağının apoptoz ile ilişkili olduğunu göstermektedir. Bu nedenle UII/UTR yolağının apoptoz ile ilişkili olarak akciğer kanserinde kullanılabilecek yeni tedaviler için alternatif bir yolak olabileceğine işaret etmektedir. Anahtar sözcükler: UT/UTR yolağı, UII, SB657510, Apoptoz, A549
Otozomal resesif geçişli retinitis pigmentosa' nın patolojisinden sorumlu rpe65 geni' nin moleküler analizi
Kalıtsal retina distrofilerinden biri olan Retinitis pigmentosa (RP), gece körlüğüne, periferik görme alanının ilerleyen kaybına ve son aşamada merkezi görüşün tamamen ortadan kalkmasına neden olur. Kliniği ve genetiği oldukça heterojen olan bu hastalık grubu ile ilgili ülkemizde yapılan temel bilimsel çalışmalar yurt dışına kıyasla oldukça azdır. Türk hastalarda kalıtsal göz hastalıklarının moleküler açıdan değerlendirilmesi, toplumumuza ait genetik bilgilerin elde edilmesi ve veri tabanı oluşturulabilmesi için oldukça önemlidir. Retina pigment epitelinde ifade olan, 14 ekzonu bulunan RPE 65 geni mutasyonları otozomal resesif çocukluk çağı retina distrofilerine (%2) ve Leber congenital amaurosis (LCA)' e (%16) neden olur. Bu çalışmanın amacı, Ege Bölgesi'nde Manisa ve yöresinde, otozomal resesif kalıtıma sahip Retinitis pigmentosa' lı bireylerde, DNA dizi analizi ile, en sık mutasyon rastlanan 4,5,10,11 ve 13. ekzonlarının taranmasıdır. Çalışmamızda, 2010-2013 yılları arasında, klinik tanısı Manisa Devlet Hastanesi Göz Hastalıkları Kliniği'nde onaylanmış, otozomal resesif geçişli olduğu saptanan 50 RP'lı birey çalışma grubunu oluşturmuştur. RP öyküsü, RP tanısı raporu olmayan, sağlıklı gönüllü 50 birey kontrol grubunu oluşturmuştur. Kandan genomik DNA izolasyon kiti ile izole edilen DNA'lar PZR işlemine alınmış, daha sonra ABI Prism Genetik Analizör 310 cihazı ile dizi analizi yapılmıştır. Çalışmamızın sonucunda 1 hasta bireyde (% 2) RPE65 geninin Ekzon 4'ünde G>A R91Q heterozigot mutasyonu, 7 hasta bireyde (% 14) RPE65 geninin Ekzon 10'unda G>A E352E polimorfizmi saptanmıştır. Sonuçlarımız Ege Bölgesi Manisa ve yöresinde, bu konuda araştırılmış ilk kaynaktır.
Koroner arter hastalarında adm (adrenomedullin) gen dizi değişimlerinin belirlenmesi
Koroner arter hastalığı damar duvarında ateroskleroz oluşumu ile karakterizedir. Bu çalışmada aterogenezde temel mekanizmalardan biri olan vasküler düz kas hücrelerinin proliferasyonunu baskıladığı bilinen ADM' nin gen dizi değişimlerinin ateroskleroz gelişimi ile olan ilişkisinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla aterom plak tespit edilen 62 olgu ile 46 kontrol olgusu çalışmaya dahil edilmiştir. ADM gen dizi değişimleri için olguların venöz kan örneklerinden DNA izolasyonu sonrasında Sanger sekanslama yöntemi ile ADM geni dizi değişimleri belirlenmiştir.Yapılan çalışmada ADM geninin promotor (rs3814700T>C) ve 5'UTR bölgesinde (rs545190978 T>G) iki polimorfizm, ekson bölgesinde 2 farklı polimorfizm (rs5005 C>G (ekson 3) ve rs767028428 C>T (ekson4) ) saptanmıştır. ADM gen polimorfizmleri allel frekansları rs3814700 (T>C) T: %93 ve C: %7; rs5005 (C>G) C: %99,2 ve G: 0,08; rs545190978 (T>G) T; %99,2 ve G; %0,08; rs767028428 (C>T) C; 99,2 ve T; 0,08 olarak saptandı.Olgularda polimorfizm bölgelerinin genotip ve allel sıklıkları açısından hasta ve kontrol grupları arasında anlamlı fark olmadığı görülmüştür. ADM serum düzeyini etkilediği bilinen promotor bölge (rs3814700-C) polimorfizmi hasta grubunda daha yüksek oranda saptanmıştır. Adrenomedullinin ateroskleroz patogenezindeki rollerini değerlendirmek için büyük vaka grubunda serum düzeyleri ile birlikte yapılacak çalışmalara ihtiyaç bulunmaktadır.
Bor türevlerinin benign prostat hiperplazisi (bph) üzerine etkilerinin araştırılması
Benign prostat hiperplazisi (BPH) erkeklerde en sık görülen benign adenom olup mesane çıkımında tıkanıklığa neden olmaktadır. BPH, prostat büyümesi ve kronik enflamasyon ile ilişkili önemli klinik semptomlara yol açan kompleks bir sendromdur. Erkeklerin yaklaşık % 40'ı hayatları boyunca bu hastalığa yakalanma riski taşımaktadırlar. BPH histolojik olarak prostat epitel ve stromal hücrelerin aşırı derecede çoğalması ile tanımlanmaktadır ve proliferasyonda, farklılaşmada, apoptoz ve senesensteki değişiklikleri içeren kompleks hücresel değişimler sonucu meydana gelmektedir. Bor ve türevlerinin anti-enflamatuvar ve immün yanıt düzenleyici özellikleri nedeniyle, kronik enflamasyon ve hücre proliferasyonu ile karakterize edilen BPH gibi hastalıkların tedavisinde potansiyel olarak kullanılabileceği öngörülebilir. Bununla birlikte gerek epidemiyolojik gerekse hayvan ve laboratuvar çalışmalarından borun anti-proliferatif etkilerine ek olarak anti-kanserojen bir özelliğe de sahip olduğu görülmektedir. Bu bağlamda çalışmanın en önemli çıkarımlarından birisi BPH–Bor maruziyeti ilişkisinin daha ileri boyutta irdelenmesi gerekliliğidir. Bor ve türevlerinin hücre sinyalizasyon sistemini etkilemesi ya da birçok biyokimyasal süreçte rol oynayan bir olayın oluşumunu ve/veya aktivitesini etkilemesi, BPH hücrelerinin büyümesini ve enflamasyonu engelleyecek bir hedef molekül olma olasılığını artırmaktadır. Dolayısıyla epidemiyolojik çalışmaların yanısıra, ilginin bor bileşiklerinin BPH hücrelerinin çoğalmasını engelleyecek, anti-proliferatif etkisini gösterecek hücresel ve moleküler çalışmalara çevrilmesi gerekmektedir. Bu kapsamda çalışmamızda BPH-1 hücre hattında bor türevlerinin apoptoz ve DNA hasarı üzerine etkilerinin moleküler açıdan değerlendirilmesi amaçlanmıştır. İlk olarak BPH-1 hücre hattının üreme kinetiğine bakıldı ve BO (Bor Oksit), BA (Borik Asit) ve DPB (Disodyum Pentaborat Dekahidrat) maddelerinin sitotoksisite denemeleri yapıldı. DPB etkin sonuç verdiği için bu kimyasalla diğer denemelere devam edildi. En iyi sonucu DPB verdiği için bu kimyasalla devam edildi. Daha sonra DPB'ın DNA hasarı üzerine etkisi, Western Blot yöntemi ile pH2AX, pATM ve ATM antikorları aracılığıyla değerlendirildi. Aynı zamanda immunofloresan yöntemiyle de pH2AX ve pATM odak sayıları ile DNA hasarı miktarları ölçüldü. Bor ve türevlerinin BPH-1 hücre hattinda apoptoz üzerine etkileri ise, yine Western Blotlama yöntemiyle, p53, p-P53, PARP, kaspaz-3, kaspaz-9 antikorlarının düzeylerine bakıldı. Bu tez çalışmamız çerçevesinde ilk kez DPB uygulamasıyla BPH-1 hücre hattında apoptotik hücrelerin ve DNA hasarına uğramış hücrelerin zamana ve doza bağımlı olarak arttığı belirlenmiştir.
Glı̇omasferlerde tı̇yorı̇dazı̇n aracılı hücre ölüm çeşı̇tlerı̇nı̇n araştırılması
Klasik in vitro çalışmalarında kullanılan monolayer (2B) hücre kültür yöntemi in vivo araştırmalara ön veri elde etmede yetersiz kaldığı öne sürülmektedir. Son yıllarda kullanılmaya başlanan sferoid (3B) hücre kültür yöntemi, hücrelerin in vivo koşullarındaki mikroçevre ve hücre-hücre etkileşimini oluşturmayı hedefleyen bir yöntemdir. Bu sayede in vitro koşullarda elde edilen veriler in vivo koşullara daha fazla benzerlik sağlayacağı düşünülmektedir. Yetişkinlerde gözlenen malign beyin tümörlerinden biri olan glioblastoma multiforme (GBM) IV Evre Astrositomdur. Cerrahi operasyon, kemoterapi ve radyoterapi tedavilerine rağmen sağ kalım oranı 12-15 aydır. Anti-psikotik bir ajan olan Tiyoridazin (THZ)' in yapılan çalışmalar doğrultusunda anti-kanser özelliği olduğu ortaya konmuştur. Buradan yola çıkarak monolayer ve sferoid hücre kültürlerinde karşılaştırmalı olarak THZ' nin GBM hücre hatları T98G ve U-87 MG üzerindeki sitotoksik etkileri ve tetiklediği ölüm mekanizmaları ortaya konulması amaçlanmıştır. Sferoid hücre kültürlerini oluşturmak amacıyla asılı damla yöntemi kullanılmıştır. THZ' nin monolayer ve sferoid kültürlerdeki sitotoksik etkisi MTT yöntemi ile ölçülmüştür. Ölüm mekanizmasının belirlenmesi amacıyla da Muse hücre analiz cihazıyla uyumlu testler ve ölüm yollarına spesifik inhibitörler kullanılmıştır. Monolayer ve sferoid hücre kültürlerine ayrı ayrı yapılan sitotoksisite deneyleri sonucunda IC50 değerleri sırasıyla 12,67 µM (monolayer T98G 24 saat), 29,30 µM (sferoid T98G 24 saat), 12,80 µM (monolayer U-87 MG 24 saat), 28,68 µM (sferoid U-87 MG 24 saat) olarak bulunmuştur. THZ' nin monolayer ve sferoid hücre kültürleri üzerindeki sitotoksik etkisinin otofaji mekanizması üzerinden tetiklendiği Muse hücre analiz yöntemi ve ölüm yoluna özgü inhibitörler aracılığıyla belirlenmiştir. Çalışmamızda THZ' nin hücresel etkisinin monolayer ve sferoid GBM kültürlerinde farklılık gösterdiği ilk kez ortaya konuldu. Bu çalışmanın bulguları ışığında ileride yapılacak in vitro sitotoksisite çalışmalarının sadece monolayer kültürlerde değil aynı zamanda in vivo' ya benzerliği açısından sferoid kültürlerde de yapılması önerilmektedir. Bununla birlikte, GBM hücre hatlarında THZ' nin sitotoksik etkisinin otofaji yolağı üzerinden etkili olduğunun tespit edilmiş olması bu ilacın, apoptozu uyaran kemoterapötiklere karşı dirençli olan GBM tedavisinde kullanılabilecek bir ajan olduğunun düşünülmesine neden olmaktadır. Anahtar kelimeler: Sferoid (3B) hücre kültürü, Monolayer (2B) hücre kültürü, Glioblastoma, Tiyoridazin, Sitotoksisite, Apoptozis, Otofaji.
TLR4 agonistinin M1, M2 makrofaj polarizasyonundaki rolünün belirlenerek hepatoselüler karsinomadaki immünoterapik etkilerinin araştırılması
Amaç: Hepatoselüler karsinoma (HSK) kansere bağlı ölümlerin en önemli nedenlerinden biridir. HSK hastalarına yönelik tedavi seçeneklerinin bulunabilirliği ve etkinliği sınırlıdır. Bu nedenle ileri evre HSK tedavisi için immünoterapi çalışmalarının sayısı her geçen gün artmaktadır. Bu çalışma ile TLR4 agonisti ile uyarılan HSK hücre kültüründen elde edilen solubl faktörlerin makrofaj polarizasyonuna etkilerinin araştırılarak HSK tedavisinde kullanılabilecek yeni immünoterapik hedeflerin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Yöntem: TLR4 agonisti (Lipopolisakkarit, LPS) ile uyarılmış HuH7 hücrelerinden ve kontrol gruplarından elde edilen süpernatanlar THP1 hücre hatlarına verilerek makrofaj polarizasyonunun hangi yönde olacağı incelendi. M1 makrofaj için NOS2 ve M2 makrofaj için ARG1 genlerinin ekspresyonları RT-PCR yöntemi ile tespit edildi. Elde edilen sonuçlar istatistiksel analizler ile değerlendirildi. Bulgular: THP1 Kontrol ve THP1+HuH7 Süpernatan grupları karşılaştırıldığında HuH7 Süpernatanı ilave edilmiş THP1 hücrelerinde ARG1 ekspresyonun istatistiksel olarak anlamlı derecede artarken NOS2 ekspresyonunun istatistiksel olarak anlamlı derecede azaldığı tespit edildi. LPS ile indüklenmiş HuH7 Süpernatanı ilave edilmiş THP1 hücrelerinde (THP1 HuH7+LPS Süpernatan) ARG1 ve NOS2 ekspresyonun istatistiksel olarak anlamlı derecede arttığı tespit edildi. Sonuç: LPS'nin TLR4'ü uyararak tümör ortamının değişmesine ve bu değişikliğin de makofajların öldürücü şekli olan M1 makrofajlara dönüşmesine olanak sağladığını gördük. Makrofajlarda NOS2 ifadesinin artması tümöre karşı öldürücü özelliğin arttığını, tümör tarafından oluşturulan immün süpresif etkinin azalacağını gösterebilir. Hedefe yönelik tedaviler için TLR4'ün iyi bir aracı olduğunu düşünmekteyiz. Anahtar Kelimeler: Kanser, Karaciğer, Lipopolisakkarit, Makrofaj, Toll Like Reseptör.
Faktör II, faktör V Leiden ve MTHFR C677T mutasyonlarının tespitine yönelik multipleks real time PCR kit geliştirilmesi
Son yıllarda gelişen teknolojik ilerlemeler ile birlikte özellikle virus-bakteri tanısına yönelik testler başta olmak üzere, Real Time PCR metodu ile birçok mikroorganizma ve genetik hastalık tanıları kantitatif ve tam otomatize cihazlarla yapılabilir olmuştur.Mutasyona yönelik genetik ve mikrobiyolojik Real Time PCR test sistemleri ise genellikle Melting curve analiz temeline dayanan ve spesifik bilinen mutasyonu/mutasyonları hedeflemeyen random (rastlantısal) sistemlerdir. Ancak, bu mutasyon analiz sistemi, spesifik mutasyon/mutasyonlar bulunan gen bölgelerini tespit edemediği gibi, sanki mutasyon varmış gibi başka alanları analiz etmeleri nedeni ile, güvenilir testler sınıfında kabul edilmemektedir.Temeldeki bu dezavantajı sebebi ile melting curve? analizine dayanan mutasyon tespitine yönelik Real Time PCR test sistemi dünyada yaygın kullanım alanı bulamamaktadır. Ayrıca, mutasyon analizi için RFLP ve DNA dizi analizi yönteminden başka güvenilir yöntemler olmaması nedeni ile TaqMan ve Scorpion prob kullanan Real Time PCR sistemindeki yeni uygulamaya sokulacak olan bu yöntem çok önem kazanmaktadır.Test sistemi temel olarak, TaqMan ve/veya Scorpion primer-problarının kullanıldığı ve herhangi bir örnekte bulunan bildiğimiz-hedeflediğimiz spesifik DNA dizisinin/nükleotidinin tespit edilmesini hızlı ve güvenilir bir biçimde multipleks olarak sağlayacaktır.Proje; yukarıda çerçevesi çizilen ana hatlar ile ülkemizde yeni teknolojiler geliştirerek, biyoteknoloji alanında know how kazandıracaktır.
Sıçanlarda doğum zamanını belirlemek için serviks Matriks Metalloproteinaz-2 (MMP-2), Matriks Metalloproteinaz-8 (MMP-8) ve matriks metalloproteinaz doku inhibitörü-1 (TIMP-1) enzimlerinin gen ekspresyonlarının topografik olarak QF-PCR ile incelenmesi
Doğumun zamanında gerçekleşmesi, gebelik sürecinde üreme sistemindeki bütün organlarda meydana gelen fizyolojik değişimlerin normal sürecinde ve koordinasyonlu ilerlemesiyle olmaktadır. Bu fizyolojik değişimlerin anormal gelişmesi preterm veya postterm doğumların meydana gelmesi ile sonuçlanabilmektedir. Serviks, doğuma dek kapalı kalarak fetüsün anne rahminde tutulmasına destek olurken, aynı zamanda doğumun gerçekleşebilmesi için yeniden şekillenme süreci geçirmelidir. Serviks dokusu, hücrelerden ve daha çok bağ doku elemanlarından oluşan heterojen yapıdadır. Servikal ekstraselüler matrikste (ESM) en çok bulunan protein olan kolajenin gebelik süresince metabolik aktivitesinin anlaşılması doğum zamanının belirlenmesinde önemli olduğu düşünülmektedir. Bu çalışmada daha önce deneye girmemiş ve çiftleşmemiş, 90 günlük, ortalama ağırlıkları 200-250g olan Rattus norvecigus türü, wistar albino cinsi, 10 adet gebeliğin 15. gününde, 10 adet gebeliğin 20. gününde olmak üzere toplamda 20 adet sıçan kullanılmıştır. Elde edilen serviks örneklerinin bölgesel olarak araştırmak üzere her örnek Portio Vaginalis ve Portio Supravaginalis bölgelerine ayrılarak deney grupları oluşturuldu. Her örneğin, MMP-2, MMP-8, TIMP-1 ve ACTB genlerinin ekpresyon düzeyleri QF-PCR ile belirlenerek istatiksel analizi yapıldı. Sonuç olarak, MMP-2 gen ekspresyon seviyesi 15. gün Portio Vaginalis bölgesine kıyasla, 20. gün Portio Vaginalis bölgesinde 4,63 kat artarak istatiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p=0,024). Bu çalışmadan elde edilen bulgular gebelik sürecinde MMP-2 geninin servikal yeniden şekillenme sürecinde önemli bir rol oynayabileceğini göstermektedir.
Fenretinide molekülünün anjiyogenez ile ilişkili mikroRNA'lar üzerindeki etkisinin araştırılması
Anjiyogenez çeşitli fizyolojik ve patolojik koşullarda rol oynayan yeni damar oluşum prosesidir. Bu süreç organizmadaki pro-anjiyogenik ve anti-anjiyogenik mediatörler arasındaki denge ile kontrol edilmektedir. Solid tümörün büyümesi ve metastazı için anjiyogeneze ihtiyaç duyulmaktadır. Bu nedenle, kanserlerde anti-anjiyogenik tedavi yaklaşımı ilgi çekici bir seçenek olarak görülmektedir. Fenretinide sentetik bir retinoik asit analoğu olup anjiyogeneze karşı etkileri birkaç çalışmada bildirilmesine rağmen moleküler mekanizmasının aydınlatılması yönünde eksikler bulunmaktadır. Bu nedenle, bu çalışmada fenretinide molekülünün anjiyogenez ile ilişkili bazı miRNA'lar ve CDH5, FOXM1 ve eNOS genleri üzerindeki etkilerini araştırmak amaçlanmıştır. Ayrıca bu molekülün HUVEC hücre proliferasyonuna, hücre migrasyonuna ve kapiller benzeri tüp oluşumuna etkileri gösterilmiştir. Çalışmamızda 24 ve 48 saatlik sürelerde hücrelere uygulanan fenretinide molekülünün doza bağlı olarak hücre proliferasyonunu, hücre migrasyonunu ve tüp oluşumunu baskıladığı görülmüştür. Fenretinide'nin miRNA'lar ve belirtilen genler üzerine etkilerini incelemek için, 1 µM ve 5 µM konsantrasyonlar ile muamele edilen hücrelerden total RNA izolasyonu yapıldı. Bu RNA'lar ile gerçekleştirilen eş zamanlı PCR analizi sonucunda, miR-10b'nin anlamlı olarak azaldığı, miR-126'nın ise arttığı tespit edilmiştir. Ayrıca, çalışmamızda fenretinide ile muamele edilen endotel hücrelerinde CDH5, FOXM1 ve eNOS genlerinin seviyelerinde anlamlı bir düşüş olduğu görülmüştür. Yaptığımız bu çalışma, fenretinide molekülünün anjiyogenez üzerine gösterdiği baskılacıyıcı rollerinin moleküler mekanizmasını aydınlatmak için literatüre destek olabilecektir.
Trachystemon orientalis (L.) G. don bitkisinin gastrointestinal sistem kanser hücreleri üzerine etkisinin araştırılması
Bu çalışmada, Düzce'de yetişen Trachystemon orientalis (L.) G. Don bitkisinin gastrointestinal sistem kanser hücreleri üzerine etkinliği araştırılmıştır. Bu kapsamda, antikanser etkinliği HCT-116 kolon kanseri, HepG2 hepatoselüler karsinom hücrelerinde ve AGS mide kanseri hücre hatlarında çalışılmıştır. Kanser hücrelerinin antiproliferasyon düzeyi WST-1 kiti ile incelenmiş olup anlamlı sonuçlar elde edilmiştir. Apoptozun önemli bir ölçütü olan Kaspaz aktivasyonu ise Kaspaz 3, Kaspaz 8, Kaspaz 9 Elisa kitleri ile belirlenmiştir. Antiproliferasyon düzeylerindeki değişimler ve Kaspaz aktivitelerindeki artışlar göze alındığında Trachystemon orientalis'in potansiyel olarak kanser araştırmalarında kullanılabilecek bir bitki olduğu gözlemlenmiştir. Hepatoselüler karsinom ve kolorektal kanser hücrelerine nazaran AGS mide kanseri hücrelerinde antiproliferasyon seviyeleri ve özellikle kaspaz 8 aktivasyon seviyeleri arasında farklar görünmüştür. Trachystemon orientalis'in mide kanseri üzerine etkileri detaylıca araştırılmalıdır. Bulunan sonuçların daha fazla gözlem ve deney ile desteklenmesi gerekmektedir.
Kolorektal kanser hücrelerinde LNCRNA MEG3'ün CDKN2A ve hedef genleri üzerindeki etkisi
Kolorektal kanser (KRK) uzun yıllardır tüm dünyada önemli bir sağlık sorunu olmaya devam etmektedir. Uzun kodlanmayan RNA'lar (lncRNAs), 200 nükleotidten daha uzun olan ve genellikle bir proteine çevrilmeyen RNA molekülleridir. Son yıllarda yapılan çalışmalar çeşitli lncRNA'ların KRK oluşumu ve metastazında önemli rollere sahip olduğunu göstermiştir. Bu çalışmanın amacı, KRK'de henüz tam olarak işlevleri aydınlatılamamış olan lncRNA MEG3 ve izoformu MEG3b'nin, hücre döngüsü kontrolünde kilit rol oynayan CDKN2A'nın ve hedeflerinin üzerindeki rolünü değerlendirmektir. Bu amaç doğrultusunda kolon dokusu ve HCT-116 ve HT-29 KRK hücre hatlarında lncRNA MEG3'ün ve olası hedef genlerinin ekspresyon seviyeleri qRT-PCR yöntemi ile belirlenmiştir. KRK hücrelerinde MEG3 ekspresyonunun düşük olduğu tespit edilmiştir. Bu hücre hatlarında MEG3 ekspresyonunu arttırmak için hücreler plazmid ile transfekte edilmiştir. KRK hücre hatlarında, MEG3 ve MEG3b tarafından hedeflenen CDKN2A ilişkili düzenlemeyi tespit edebilmek için, CDKN2A ve hedefi olan 17 genin ifade düzeyleri MEG3 ve MEG3b transfeksiyonundan önce ve sonrasında qRT-PCR yöntemiyle belirlenmiştir. Transfeksiyon sonrasında MEG3 overekspresyonu 17 hedef genden 14'ünde, MEG3b overekspresyonu ise 17 genden 15'inde anlamlı değişime yol açmıştır (p0.05). Bununla beraber MEG3 ve MEG3b transfeksiyonu HT-29 hücre hattında CDKN2A'nın ekspresyonunu anlamlı düzeyde arttırmıştır (p0.05). Ayrıca transfeksiyon sonrasında KRK hücrelerinde MTT ile hücre proliferasyonu; yara iyileştirme deneyi ile migrasyon; koloni oluşum deneyi ile koloni oluşturabilme yeteneği tayin edilmiştir. MEG3 ve MEG3b'nin KRK hücrelerindeki aşırı ekspresyonu, kontrol ve boş plazmide kıyasla migrasyon, hücre proliferasyonu ve koloni oluşturabilme yeteneğini anlamlı düzeyde baskılamıştır (p0.05). Elde ettiğimiz bu veriler literatürde lncRNA MEG3 ile CDKN2A hedef genleri arasındaki ilişkiyi ilk defa ortaya çıkarmaktadır. Bu nedenle yaptığımız çalışma lncRNA MEG3 ile CDKN2A arasındaki moleküler etkileşimin tanımlanmasına katkı sağlayabilecektir.
Prostat kanserinde LNCRNA MEG3'ün RB1 ile ilişkili genler üzerindeki rolü
Prostat kanseri, dünya çapında erkeklerde kansere bağlı ölümlerin ikinci önde gelen nedeni olarak sıralanan heterojen bir hastalıktır. Prostat kanserinin ilerlemesi diğer kanser türlerine göre nispeten daha yavaştır. Ancak yine de erkeklerde kansere bağlı ölümlerin %10'undan fazlasını oluşturmaktadır. Bu nedenle, prostat kanserinin gelişmesindeki temel moleküler mekanizmaların kapsamlı bir şekilde anlaşılması, etkili tedavi stratejilerinin geliştirilmesine yardımcı olabilir. Yapılan son çalışmalar uzun kodlamayan RNA'ların (lncRNA'lar) prostat kanseri patogenezinin anlaşılmasında yeni bakış açıları sağladığını göstermiştir. MEG3 (Maternally Expressed Gene 3) tümör baskılayıcı bir lncRNA'dır ve MEG3b dahil 12 farklı izoformu vardır. RB1 (Retinoblastoma Transcriptional Corepressor 1), kodladığı protein prostat kanseri dahil birçok kanserde fonksiyonsuz olan ve DNMT1 (DNA Metil Transferaz 1) ifadesini etkileyerek MEG3 ifadesini değiştirebilen başka bir tümör baskılayıcı gendir. Hem MEG3 hem de RB1, ana hücresel süreçlerde rol oynar ve p53, Mdm2 gibi bazı ortak hedefleri paylaşırlar. Çalışmamızda 30 farklı kanser ve normal hücre hattı ile 20 farklı tipte normal insan dokusu kullanılarak MEG3 gen ifade profillemesi yapılmıştır. MEG3 gen ifadesinin kanser hücrelerinde düşük olduğu görülmüştür. Gen ifadesinin en düşük olduğu PC-3 ve DU 145 prostat kanser hücrelerinde plazmid transfeksiyonuyla MEG3 ve MEG3b ifadesinin artırılması sağlanmıştır. Artan MEG3 ve MEG3b ifadesi, prostat kanser hücrelerinin çoğalmasını, koloni oluşumunu ve göçünü baskılarken RB1 ve hedeflerinin de ifadesini değiştirmiştir.