2,016
Archived Theses
2
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Meta analysis of RNA-Seq data for sugar beet (Beta vulgaris L.) under certain biotic and abiotic stresses
Sugar beet (Beta vulgaris) meets the 30% of world sugar production. Soil pollution, biotic and abiotic factors in production areas greatly reduce product quantity and quality. Such stress conditions are drought, salt, heat, light, nematod bacteria and fungi infections. Sugar beet differently responds to biotic and abiotic stresses. Understanding Beta vulgaris response to stress at the molecular level can help both in increasing the yield and quality in crop. Transcriptome studies performed under stress conditions can shed light on the responses of plants at the molecular level. In this study four different stress condition data has been used. Two of them are biotic stresses (nematode and fungi infection), two of them are abiotic stresses (ABA treatment and salt stress). Meta-analysis can help to find common responses under different stress conditions. In this study, we performed meta-analysis of studies conducted under biotic and abiotic stress conditions and revealed ten genes that differentially expressed under both biotic and abiotic stress conditions. Biotic stresses have 460 common genes and abiotic stresses have 1031 stress related genes. Downregulation of phenophytinase and upregulation of mannitol dehydrogenase may indicate the increasing photosynthesis rate. Nevertheless, further studies are necessary for identification of genes and understand the whole mechanism of B. vulgaris stress response.
Recovery of Verticillium dahliae from certified seed potatoes and characterization of strains by vegetative compability and aggressiveness
Potato (Solanum tuberosum L.) is a very important agricultural crop in Turkey and throughout the world. It is one of the four major vegetable sources such as wheat (Triticum spp), corn (Zea mays L.), rice (Oryza spp.) and is especially used for the food industry and many different fields. There are lots of factors that affect the production of potato crops; bacteria, fungi, viruses, mycoplasmas, viroids, and nematodes. Verticillium wilt is a very important disease of the potato (Solanum tuberosum L.) that is caused by the potato early dying by the soilborne fungus Verticillium dahliae. In this thesis, we worked on 110 Verticillium dahliae isolates, 63 of these VCGs have belonged to VCG4A, 24 are VCG4B, 19 are VCG2A and one isolate belonges to VCG2B that was applied pathogenicity test. In this study, we performed to the aggressiveness of V. dahliae, and to test the resistance of widely cultivated potato varieties against vegetative compatibility groups of V. dahliae.
Bakteriyel ekspresyon sisteminde safra tuzu hidrolaz (STH) rekombinant protein sekresyonu için ompa sinyal peptidinin test edilmesi
Proteins are allowed to enter the secretory pathway in both prokaryotic and eukaryotic organisms, only if they are accomplished with a specific signal destination which is called a signal peptide (SP). A typical signal peptide consisting of 25-30 residues is located at the N amino-terminal site of proteins and has the task of protein translocation. Mainly the structure of SP has three main parts: the first one is N-region that has the positive-charged domain, the second one is the H-region which is a hydrophobic core, and the third domain is the C-region that is the cleavage site. Signal peptidases are enzymes that bind to the C-site and release the protein in the secretory pathway. The secreted recombinant protein production ability of Escherichia coli is crucial to the biotechnology industry as it minimizes the production cost and downstream processing. However, the large-scale production of recombinant proteins has various obstructions, among which proteolytic degradation and inclusion body formation via proteases are the dominant ones. This dissertation work aims to investigate the secretory effect of the OmpA SP on a pET-based expression system for the production of recombinant bile salt hydrolase (BSH) in E. coli. To demonstrate that the secretory effect of the OmpA signal peptide, the bsh encoding genes and OmpA SP coding gene were cloned into pET-28b(+) plasmid DNA and obtained pEDE3 construct was overexpressed in E. coli BLR(DE3) cells. While the secretory effect of the OmpA SP was observed by the direct plate assay method, the expression levels of the BSH enzyme was detected by sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) analysis. Direct plate assay results indicated that pEDE3/BLR(DE3) clones containing OmpA SP and bsh gene secreted BSH enzyme into the medium. However, SDS-PAGE results showed that soluble BSH proteins with 35-42 kDa in size were not visible on a polyacrylamide gel. These results demonstrated that the pEDE3 construct containing OmpA SP had the capacity to produce a releasable active BSH protein, albeit a small amount.
Anestezik etkili bazı ilaçların insan hücrelerindeki genotoksik aktivitesinin in vitro sitogenetik yöntemlerle araştırılması
Genotoksisite, genlerin toksik ajanlar ile etkileşmesi sonucu hücrelerin genetik materyalinde hasar meydana gelmesidir. Bu hasar, DNA zincirinde kırılmalara, mutasyonlara ve kromozomal anormalliklere yol açabilir, bu da hücresel işlevlerin bozulmasına ve hastalık riskinin artmasına neden olabilir. Bu tez çalışmasında klinikte yaygın olarak kullanılan ve benzodiazepin sınıfına ait Midazolam (100, 200, 300, 400 μg/mL) ile bir opioid olan Meperidin Hidroklorür'ün (250, 500, 750, 1000 μg/mL) çeşitli dozlarda insan lenfosit hücrelerinde oluşturduğu DNA hasarı değerlendirilmiştir. Araştırma yöntemi olarak klastojenik etkilerinin belirlenmesi için Sitokinez Bloklanmış Mikronükleus testi (CBMN), genetik kodun bulunduğu DNA'da oluşturduğu hasarın ve iplik kırılmalarının belirlenmesi için ise Comet testi uygulanmıştır. Elde edilen bulgular kapsamında her iki etken madde için doz bağımlı olarak mikronükleus oluşumunun ve DNA hasarının arttığı gözlenmiş ve yüksek dozlarda anlamlı sonuçlar elde edilmiştir. Midazolam'ın Meperidin HCl'den daha belirgin DNA hasarına yol açtığı ve genotoksik etkisinin bulunduğu belirlenmiştir. Özetle, bu araştırma, Midazolam ve Meperidin HCl'in sağlıklı insan lenfositleri üzerinde sitotoksik, sitostatik ve genotoksik etkiler gösterebileceğini, bu etkilerin şiddetinin maruz kalınan konsantrasyona bağlı olduğu tespit edilmiştir. Bu sonuçların sonraki çalışmalar ile desteklenmesi önerilmektedir.
Comparative analysis of transcriptome profiles during early leaf development in Iza (Triticum monococcum ssp monococcum) wheat
Değişen iklim koşulları, yarattıkları stres etkileri ile bitkilerin büyümesi üzerinde olumsuz etkiler yaratmaktadır. Olumsuz çevre koşullarında daha iyi performans gösteren çeşitlere artan bir ihtiyaç vardır. DNA / RNA markör seçimi, ıslah uygulamasını hızlandırmak için umut verici bir yaklaşım haline geldi. Yaprak gelişmi: özellikle morfolojisi ve anatomik yapısı ile metabolik süreçleri yönlendirir ve fotosentetik aktivite ile bitkinin verimini doğrudan etkiler. Besin yönünden fakir topraklarda, ekimi açısından ekmeklik buğdaya göre daha yüksek verime sahip olan ekmeklik buğday atası Iza (Triticum monococcum ssp. monococcum), olumsuz koşullara dayanıklılık konusundaki gelişim sürecini anlamamıza yardımcı olacak korunmuş genetik mekanizmalar sağlamaktadır. Bu aşamada elde edilecek moleküler bilgiler, verim artışı çalışmalarında kullanılabilecek moleküler belirteçlerin geliştirilmesinde bize yardımcı olacaktır. Tezdeki genel hipotezimiz, Triticum monococcum ssp. monococcum türleri, bitkinin erken gelişim döneminden itibaren gelişim mekanizmasında yer alan aktif genler, daha sonraki aşamalarda bitkinin metabolik faaliyetlerine yön verir ve tane verimi erken süreçte ki bu genetik düzenlemelerle doğrudan ilişkilidir. Çalışmamızda peroksizom biyogenezi ve metabolizma genlerine odaklandı. Bazı genlerin transkriptom analizinde karşılaştırmalı gelişim aşamalarında çeşitli ifadelenme örüntüleri gösterildi. Çalışma, 100'ün üzerinde RNA-seq kütüphanesinin gelişim aşamalarından elde edilen veri setlerinin analizini kapsamıştır. Peroksizom metabolizma genleri, büyüme ve gelişme ile olan ilişkilerini ortaya çıkarmak için 21 farklı kategoride sınıflandırıldı. Poliamin katabolizması, daha önce ele alınmamış ilginç bir hikaye ortaya koydu. BADH ve CAT genlerinin ekspresyon örüntüleri, qRT-PCR ile doğrulandı. Ek olarak, peroksizom fisyon genleri kuraklık stresi altında taranmıştır. PEX11C ve CAT, biyoinformatik açısından kuraklık stresi altında tutarlı bir artan regülasyon göstermiştir ve qRT-PCR ile doğrulanmıştır.
Biyobozunur materyaller kullanılarak beslenen Hermetia illucens (Linneus 1758) larvaları tarafından üretilen gübrenin bitki gelişimi üzerine etkisinin araştırılması
Artan dünya nüfusu ile birlikte sürdürülebilir tarım, günümüzde çevresel, ekonomik ve sosyal boyutlarıyla tarımsal üretimin en önemli hedeflerinden biri haline gelmiştir. Bu bağlamda, doğal kaynakların korunmasını ve verimliliğin artırılmasını sağlayacak yenilikçi yöntemlerin geliştirilmesi kritik öneme sahiptir. Bu çalışmanın amacı, Hermetia illucens- kara asker sineği larvalarından elde edilen frass'ın sürdürülebilir tarımda gübre olarak kullanım potansiyelini incelemektir. Uygun koşullarda elde edilen KAS gübresinin marul (Lactuca sativa), fesleğen (Ocimum basilicum), reyhan (Ocimum gratissimum) ve bamya (Abelmoschus esculentus) bitkileri üzerindeki etkisi incelenmiştir. Türkiye'de ilk kez gerçekleştirilen bu uygulama, böcek bazlı bu ürünün hem ekonomik hem de çevresel anlamda yenilikçi bir çözüm sunduğunu göstermektedir. Tarımsal üretimde kimyasal gübre kullanımının yol açtığı olumsuzlukları azaltmayı hedefleyen bu yöntem, aynı zamanda döngüsel ekonomiye katkı sağlamaktadır. Böylece frass, sadece tarımsal faaliyetlerde değil, aynı zamanda atık yönetiminde de kilit bir rol oynamaktadır. Türkiye'nin artan nüfusu ve azalan doğal kaynakları göz önüne alındığında, bu çalışmanın önemi daha da artmaktadır.
Molecular cloning and characterization of bile salt hydrolase from Lactobacillus fermentum
The gastrointestinal normal flora plays a vital role in human physiology, as it controls the host's nutritious, physiological, and immunological activities. In the human intestine, bile salt hydrolase (BSH), produced mainly by intestinal bacteria, catalyzes the hydrolysis of taurine or bile acid bound to glycine binding to amino acid and deconjugated bile acid. Deconjugated bile acids play an important role in the developing certain gastrointestinal diseases, such as gallstone formation, cholestasis, and colon cancer as well as blood cholesterol levels. However, the LAB are a group of microorganisms that mainly essensial for fermentative of dietary food in the market today. Because of the correlation with both BSH and human health, the structural and biochemical properties of BSHs require considerable research in order to understand their role in the regulation bacterial and host metabolism. The catalytic activities and substrate specificities of BSHs vary more. Some amino acids reported to be responsible for catalytic activity were also entirely kept intact across all BSH members of the same family. As an outcome, knowing and ability to understand the mechanism of action of the BSH enzymes of the probiotic microorganisms used in those treatments and fermentation is very vital. Despite the fact that Lactobacillus fermentum is likely one of the most beneficial probiotic bacteria strain on the market in the world today, little information is known about the mechanism of action and substrate preferences of this microorganism's BSH enzyme. In this study, the bsh gene encoding 326-amino acids from L. fermentum strain was cloned, expressed and characterized in Escherichia coli BLR(DE3) strain. An E. coli BLR(DE3)-pET22b expression system was used to produce rcombinant BSH. The recombinant BSH activity of L. fermentum was not determined qualitatively using the Direct Plate Assay with two different bile salts, glydeoxucocholic acid and taurodeoxycholic acid. In addition to this, 37 kDa BSH protein was not visible on SDS-PAGE analysis. Multiple sequence alignment revealed that BSH enzyme of L. fermentum had a one mutation (one codon deletion) on bsh gene. This mutation can affect the stability of BSH enzyme of L. fermentum. In this respect, L. fermentum cannot be a potential probiotic candidate since the capability of BSH activity is one of the criteria for the selection of the probiotics.
Micropropagation of Calendula arvensis L. In Vitro and determination of the biologically active constitutes
This work involves the plant reproduction of Calendula arvensis using tissue culture technology outside the living body by plant parts, top and growing nodes in the field, and from the target plants. These experiments also study the impact of growth regulators BA and KIN with different concentrations on growth, duplication, and the creation of callus resulting from planting part of the leaves in media with different concentrations of 2, 4-D. The effectiveness of alcohol was tested with different sodium hypochlorite (NaClO) concentrations to sterilize plant parts. The results showed that the effectiveness of sterilization using ethanol at 70% concentration for 30 seconds with the use of NaClO at 10% concentration for 20 minutes was the best method of sterilization and growth. The branch upgrowth 2.2 cm branch/plant parts resulting from growing nodes in a field equipped with an 0.5 mg/L BA after 8 weeks was the highest rate. The number of branches 5.5 branch/ plant parts resulting branch end cultivation from the tissues plants on the medium MS equipped with 0.5 mg/L BA after 8 weeks was the highest. Planting of nodes was produced by tissue mothers in the medium of an 0.5 mg /L BA formed the highest number of 2.8 branches/plant part after two months. The number of branches 4.4 branch/plant part - branch end cultivation resulting from the planting of tissues on the medium MS equipped with 2.0 mg/L KIN after 8 weeks was the highest. Planting of nodes is produced by tissue mothers in the medium of a 2.0 mg/L KIN formed the highest number of branches 4.7 branches/plant part after two months. Planting part of the leaf is produced from growing plants in the field on a medium equipped with 1.0 mg/L 2,4-D and creating the highest wet weight of a callus 1.427 g after 4 weeks of planting. The highest wet weight of callus 1.323 g is gained by planting part of leaf consisting of tissues from mothers on a medium that is equipped with 1.5 mg/L 2,4-D, 30 days later planting. Addition of different levels of brassino acid had effect on the growth and multiplication of callus, as it gave the highest dry weight of callus at a concentration of 0.05 mg/L, which amounted to 0.163 g. The prepared medium with a concentration of 2 mg/L of brassino surpassed it in its salicylic content, which amounted to 45.1 ppm. The results showed that there was an increase in the amount of rutin when including the food medium with a concentration of 2 mg/L of brassino stimulant.
Depresyon ve kaygı bozukluğu tedavisinde kullanılan fluoksetin hidroklorür'ün genotoksik aktivitesinin in vitro yöntemlerle araştırılması
Genotoksisite hücrelerin genetik materyaline yönelik doğrudan ve dolaylı toksisitedir. İlaçların çoğunun mutajenik, genotoksik ve klastojenik yan etkisi olduğu için uzun süre ilaç tedavisinin faydaları ve zararlarının araştırılması çok önemlidir. Bu tez çalışmasında dünyada yaygın olarak kullanılan bir antidepresan olan Fluoksetin hidroklorür' ün (6,8.10 ve 12 μg/mL) farklı dozlarının insan periferik lenfositleri üzerinde genotoksik etkisi in vitro Sitokinez Bloklanmış Mikronükleus testi (CBMN) ve Comet testi ile araştırılmıştır. CBMN testinden elde edilen verilere göre hücre proliferasyon indeksi (CPI) 24 saatlik maruziyette yalnız en yüksek doz (12 μg/mL), 48 saatlik maruziyette ise 10 ve 12 μg/mL dozlarda kontrol grubuna göre anlamlı fark göstermiştir. MN miktarı bakımından ise 24 ve 48 saatlik maruziyette doza ve süreye bağlı olarak kontrol grubuna göre anlamlı fark göstermiştir. Comet testi ile elde edilen verilere göre Fluoksetin hidroklorür' ün yüksek dozları DNA hasarı parametrelerinden olan kuyruk uzunluğu, kuyruk momenti ve kuyruk yoğunluğuna göre negatif kontrol grubu ile istatistiksel olarak anlamlı farklar göstermiştir. Bu çalışma sonucunda Fluoksetin hidroklorür 'ün doz miktarındaki artışa ve maruziyet süresine bağlı olarak insan lenfosit hücrelerinde genotoksik, sitotoksik ve sitostatik etkiler göstere bileceği sonucuna varılmıştır. Bu sonuçların çeşitli in vivo ve in vitro yöntemlerle yapılan çalışmalarla doğrulanması önerilmektedir.
Korumaz dağı florası (Bünyan-Kayseri)
KORUMAZ DAĞI FLORASI (BÜNYAN-KAYSERİ) (Yüksek Lisans Tezi) M. Erkan UZUNHİSARCIKLI GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ Haziran 2002 ÖZET Araştırma alanı, Kayseri ili sınırları içinde yer alan Korumaz Dağı ve çevresidir. Korumaz Dağı ve çevresinden toplanan 808 bitki örneğinin değerlendirilmesi sonucu 63 familyaya ait 242 cins ve 420 tür ve tür altı seviyede takson tespit edilmiştir. Bunlardan 8'i kültür bitkisidir. Tür ve tür altı seviyede 35 takson B5 karesi için yeni kayıttır. 76 takson endemik olup endemizm oranı % 18,44'dir. Taksonlann fitocoğrafik bölgelere dağılımı ise şöyledir: İran- Turan elementleri 107 (% 25,97), Akdeniz elementleri 22 (% 5,33), Avrupa- Sibirya elementleri 13 (% 3,15) ve geniş yayılıştılar ile fitocoğrafik bölgesine karar verilemeyenler ise 270 (% 65,53)'dir. Bilim Kodu: 401.03.04 Anahtar Kelimeler: Flora, Korumaz Dağı, Bünyan, Kayseri Sayfa Adedi: 120 Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Mecit VURAL
Bacillus thuringiensis kurstaki'nin Thaumetopoea pityocampa (Lepideptera:Thaumetopoeidae) larvalarının Malpighi tüpü hücreleri üzerine etkisi
BACILLUS THURJNGIENSIS KURSTAKTMN THAUMETOPOEA PITYOCAMPA (LEPIDOPTERA: THAUMETOPOEIDAE) LARVALARININ MALPIGHI TÜPÜ HÜCRELERİ ÜZERİNE ETKİSİ (Yüksek Lisans Tezi) Ayşe ÖĞÜTÇÜ GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ Haziran 2002 ÖZET Bu çalışmada, bir mikrobiyal insektisit olan Bacillus thuringiensis var. kurstakPnin Thaumetopoea pityocampa (Lepidoptera:Thaumetopoeidae) larvalarının Malpighi tüpü hücreleri üzerine etkisi elektron mikroskobu ile incelenmiştir. 3x10 bakteri/ml 4. evre larvaların besinleri üzerine püskürtülmüştür. Muameleden 1, 3, 6, 12, 24, 48, 60 saat ve 4 gün sonra T. pityocampa larvalarının Malpighi tüpü hücreleri kontrol grubu larvaların Malpighi tüpü hücreleriyle karşılaştırmalı olarak incelenmiştir. Muameleden 1 ve 3 saat sonra Malpighi tüpü hücrelerinde herhangi bir değişiklik gözlenmemiştir. Muameleden 6 saat sonra Malpighi tüpü hücrelerinin mikrovilluslarında şişme, 12 saat sonra mitokondrilerinde şişme gözlenmiştir. Bakteri muamelesinden 24 saat sonra Malpighi tüpü hücrelerinin mitokondrilerinde şişme ve kristalarında kırılmalar, bazal zar katlanmalarında erimeler, nükleoplazmada çözülmeler meydana gelmiştir. Muameleden 48 ve 60 saat sonra Malpighi tüpü hücrelerinin mikrovilluslarında kısalma, sitoplazmalarında vakuoller tespit edilmiştir. Bakteri muamelesinden 4 gün sonra Malpighi tüpü hücrelerinde otofajik vakuollerin sayısında artış ve mitokondrilerde dejenerasyon gözlenmiştir. Yine bu safhada hücrelerin11 mikrovilluslarında mitokondrilerin kaybolduğu ve sitoplazmada çok sayıda vakuollerin meydana geldiği tespit edilmiştir. Bakteri muamelesinden yaklaşık 5 gün sonra larvaların çoğunda ölüm gözlenmiştir. Bilim Kodu : 405.01.06 Anahtar kelimeler : Thaumetopoea pityocampa, Malpighi tüpleri, Mikrobiyal insektisitler, Bacillus thuringiensis var. kurstaki. Elektron mikroskobu Sayfa Adedi :59 Tez Yöneticisi : Prof. Dr. Zekiye SULUDERE
Bacillus thuringiensis kurstaki'nin Thaumetopoea pityocampa (Lepidoptera:Thaumetopoeidae) larvalarının orta bağırsak hücreleri üzerine etkisi
BACILLUS THURINGIENSIS KURSTAKTMN THAUMETOPOEA PITYOCAMPA (LEPIDOPTERA: THAUMETOPOEIDAE) LARVALARININ ORTA BAĞIRSAK HÜCRELERİ ÜZERİNE ETKİSİ (Yüksek Lisans Tezi) Meltem UZUNHISARCIKLI GAZI ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ Haziran 2002 ÖZET Bu çalışmada Thaumetopoea pityocampa (Lepidoptera: Thaumetopoeidae) larvalarının orta bağırsak hücreleri üzerine mikrobiyal bir insektisit olan Bacillus thuringiensis var. kurstakP nin etkisi incelenmiştir. 3xl08 bakteri/ml 4. evre larvaların besinleri üzerine püskürtülmüştür. Bakteri muamelesinden 1, 3, 6, 12, 24, 48, 60 saat ve 4 gün sonra T. pityocampa larvalarının orta bağırsak epitel hücreleri kontrol grubu ile karşılaştırmak olarak geçirmeli elektron mikroskobunda incelenmiştir. Bakteri muamelesinden 1, 3 ve 6 saat sonra orta bağırsak hücrelerinin yapısında kontrol grubuna göre herhangi bir farklılık gözlenmemiştir. Muameleden 12 saat sonra bazı epitel hücrelerinin mitokondrilerinde şişme ve sitoplazmalarında vakuoller meydana gelmiştir. Bakteri muamelesinden 24 saat sonra epitel hücrelerinde şişme, mikrovilluslarında azalma ve sitoplazmalarında vakuollerin sayısında bir artış11 gözlenmiştir. Muameleden 48 saat sonra epitel hücrelerinde otofajik vakuollerin sayısında artış, çekirdek plazmasında çözülmeler tespit edilmiştir. Muameleden 60 saat sonra mitokondrilerde şişme ve kristalarında kırılmalar meydana gelmiştir. Bu safhada lizozomal yapıların sayısında artış gözlenmiştir. Bakteri muamelesinden 4 gün sonra epitel hücrelerinde dejenerasyon artmış, sitoplazmalarında erime ve çözülmeler meydana gelmiştir. Bakteri muamelesinden yaklaşık 5 gün sonra larvaların çoğunda ölüm gözlenmiştir. Bilim Kodu :405.01.06 Anahtar Kelimeler :Mikrobiyal insektisitler, Bacillus thuringiensis kurstaki, Thaumetopoea pityocampa, Orta bağırsak, İnce yapı, Elektron mikroskobu Sayfa Adedi :60 Tez Yöneticisi :Doç. Dr. Yusuf KALENDER
Ankaradaki tatlı su kaynaklarında nitritin kirliliğinin ve gönüllü kişilerde methemoglobin düzeyi ile ilişkisinin araştırılması
Bu çalışmada Ankara ili sınırlarındaki içme ve kullanma suyu olan tatlı suların nitrit kirliliğini ve muhtemel toksik etkisi olan methemoglobin düzeyinin artması araştırılmıştır. Ankara'nın değişik semt ve ilçelerinden 10'u kuyu 50'si şebeke suyu olmak üzere 60 su numunesinde zirkonu klorür spektrofotometrik metoduyla nitrit tayini yapılmıştır. Şebeke sularında nitrit tespit edilememekle birlikte 2 kuyu suyunda 0,6537 mg/l ve 0,075 mg/l olmak üzere nitrit tayin edilmiştir. Bu değerler Anonim, (1988), Çizelge 1.1 'de verilen değerlerin üzerindedir. Bebeklerde methemoglobin düzeyinin tayini için Gazi Üniversitesi pediatri kliniğindeki 10 sağlam bebeğin methemoglobin düzeyleri hemolizatta kontrol grubu olarak tayin edilmiş ve bahsedilen kuyuların yakın çevresinde oturan 18 bebeğin methemoglobin düzeyi deney grubu olarak tayin edilmiştir. Bu grupta alt yapısı tamamlanmadan önce yoğun kuyu suyu kullanımı olan Gölbaşı ilçesinden de alınan bebekler dahildir.Deney grubunun methemoglobin düzeyleri ile kontrol grubunun düzeyleri arasında t-testi kullanılarak yapılan analizde istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamadı. Anahtar Kelimeler : Su, kirlilik, nitrit, spektrofotometrik metod, methemoglobin
Yöresel Urfa peynirlerinde 90 gün olgunlaşma süresi boyunca bazı patojenlerin yaşam süresi
YÖRESEL URFA PEYNİRLERİNDE 90 GÜN OLGUNLAŞMA SÜRESİ BOYUNCA BAZI PATOJENLERİN YAŞAM SÜRESİ (Yüksek Lisans Tezi) Ebru YILMAZ GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ EYLÜL 2002 ÖZET Bu çalışmada yöresel peynirlerimizden olan ve pastörize sütten üretilen Urfa peynirlerinde Esherichia coli Oısr'-H7, Salmonella enteritidis, Shigella flexneri, Staphylococcus aureus, Yersinia enterocolitica ve Bacillus cereus' un varlığı ve yaşam süresi araştırıldı. Bu amaçla peynir yapımında kullanılan süte Esherichia coll Om:H7, Salmonella enteritidis, Shigella flexneri, Staphylococcus aureus, Yersinia enterocolitica, Bacillus cereus ilave edilmiştir. Elde edilen peynirlerin yansı haşlama işleminden geçirilmiştir. Üretilen peynirler, 90 gün olgunlaşma döneminde üç ayrı tuz konsantrasyonundaki (%12,5, %15, %17,5) salamuralarda depolanmıştır. Olgunlaşma dönemi boyunca 0. haftada, 7., 14., 30., 60., ve 90. günlerde örnekler alınarak mikrobiyolojik olarak, Esherichia coli Oısr'.rh, Salmonella enteritidis, Shigella flexneri, Staphylococcus aureus, Yersinia enterocolitica, Bacillus cereus ve Aerob rnezofll genel canlı, Laktobasiller ve Maya yönünden analizleri yapıldı. Sıfırına haftada 1. ve 2. grupta Staphylococcus aureus sayısı ortalama 4,1x103cfu/ml iken, 90. günde (2,3x103cfu/ml) 0. haftadan daha az bulunmuştur. Olgunlaşma süresi boyunca (90 gün) haşlama işleminden11 geçirilen peynir örneklerinde ve diğer grupta (haşlama işleminden geçirilmeden) Bacillus cereus bulunmuştur. Esherichia coli OmMı peynir örneklerinde olgunlaşma suresi boyunca görülmüştür fakat haşlama işleminden geçirilen Urfa peynirlerinde en son 14. günde bulunmuştur. Yersinia enterocolitis tüm peynir örneklerinde olgunlaşma süresi boyunca görülmemiştir ve Yersinia enterocolitica sayısı son dönemlerde ilk haftalara göre daha düşük bulunmuştur. Salmonella enteritidis olunlaşma süresi boyunca sadece %12,5 tuz konsantrasyonunda^ peynir örneklerinde görülmüştür, diğer peynir örneklerinde 90 gün boyunca Salmonella enteritidis görülmemiştir ve Yersinia enterocolitica da olduğu gibi Salmonella enteritidis sayısı son dönemlerde 0. haftaya göre daha düşük bulunmuştur. Shigella flexneri olgunlaşma süresi boyunca %12,5 ve %15 tuz konsantrasyonundaki peynir örneklerinde bulunmuştur. Shigella flexneri ortalama olarak 0. günde 3,0x103cfu/ml 14. günde ise 2,0x1 03cfu/ml bulunmuştur. Toplam mezofil canlı bakteri, maya, koliform bakteri ve laktik asit bakteri sayısı 90. günde 0. haftaya göre daha düşük bulunmuştur. Bilim Kodu : 401.01.04 Anahtar Kelimeler: Peynir, salamura, canlılık, Esherichia coli OmiH-t, Salmonella enteritidis, Shigella flexneri, Staphylococcus aureus, Yersinia enterocolitica, Bacillus cereus Sayfa sayısı : 86 Tez Yöneticisi : Doç. Dr. Güven URAZ
Centaurea tchihatceffii'nin in vitro çoğaltımı
Centaurea tchihatcheffii'NİN IN VITRO ÇOĞALTIMI (Yüksek Lisans Tezi) Çiğdem Alev ÖZEL GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ Eylül 2002 ÖZET Bu çalışmada soyu tükenmekte olan ve ticari öneme sahip endemik Centaurea tchihatchiffii bitkisinin in vitro çoğaltımı yapılmıştır. Centaurea tchihatchiffii bitkisinin tohum yüzey sterilizasyonunda bulaşıklık çok yüksek oranda olup çamaşır suyu dozu ve süreleri bakımından en iyi sonuç ve en yüksek değerler %50-10 dk; %60-10, 20 ve 30 dk doz ve uygulama sürelerinde elde edilmiştir. 13 gün +4°C de bırakılan ve karanlık inkübatörde bekletilen tohumlardan yalnızca 250 tanesinden biri 150 gün sonra çimlenmiştir. Doğadan getirilen yeşil bitkilerin sterilizasyonunda çift sterilizasyon ile %30 çamaşır suyu dozu ve 5 dk uygulama süresinde %33,3 oranında başarı sağlanmıştır fakat bu sağlam esplantlarında 6-10 hafta sonra tekrar bitkinin iç kısmında kalan bakteri ve funguslar tarafından bulaştığı görülmüştür. Hızlı çoğaltıma alınanan sürgünlerden en iyi değerler 0,5 mg/l BAP - 0,01 mg/l CPA içeren ortamdan elde edilmiştir. Sürgünlerin az sayıda oluştuğu oluşan sürgünlerin boylarındaki artışın sınırlı olduğu gözlenmiştir. Embriyo kültürü çalışmasında ise %80 oranında bulaşıktık halledilmiş olup en iyi adventif sürgün oluşumu 1 mg/l KİN - 0,25 mg/l IBA içeren MS besin ortamından elde edilmiştir. Ex vitro' da, 10. günden itibaren 500 ppm IBA 10 dk uygulama süresinde en fazla kök oluşumu görülmüştür. İn vitro'daki köklendirmede ise en iyi kök oluşumu 0,25 mg/l IBA içeren MS besin ortamında 12. günden itibaren elde edilmiştir.Köklenme için kullanılan 0,5 mg/l IBA içeren MS besin ortamı hızlı çoğaltımdaymış gibi sürgün rejenerasyonunu teşvik etmiştir. Bilim Kodu : 5001018 Anahtar Kelimeler : Centaurea tchihatchiffii, in vitro, ex vitro, yüzey sterilizasyonu, tohum çimlenme, hızlı çoğaltım, embriyogenezis, köklenme. Sayfa Adedi : 69 Tez Yöneticileri : Prof. Dr. Orhan ARSLAN, Yrd. Doç. Dr. Semra MİRİCİ
Aşağı Tersakan Vadisi florası (A-5 Amasya)
i AŞAĞI TERSAKAN VADİSİ (A-5 AMASYA) FLORASI ( Yüksek Lisans Tezi) Ferhat CELEP GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ EYLÜL 2004 ÖZET Araştırma alanı Amasya İli Merkez İlçesi sınırları içerisindedir. Bu çalışmada 720 bitki örneği toplanmış ve bunların değerlendirilmesi ile 74 familya ya ait 300 cins ve 461 takson tespit edilmiştir. Bunlardan 47 takson endemik olup, endemizm oranı %10,19'dur. Örneklerin 4 tanesi Gymnospermae'ye 457 tanesi ise Angiospermae'ye aittir. Fitocoğrafık bölgelere dağılımı ise şöyledir: Iran- Turan Elementleri 74 (%16,05), Akdeniz Elementleri 35 (%7,59), Avrupa- Sibirya Elementleri 39 (%8,45), ve diğerleri 313 (%67,89) dir. 15 takson A5 karesi için yeni kayıttır. Bilim Kodu: 401.03.04 Anahatar Kelimeler : Flora, Aşağı Tersakan Vadisi, Amasya Sayfa Adedi: 139 Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Zeki AYTAÇ
Batı Akdeniz bölgesi Cicadellidae (homoptera) faunası ve sistematiği
Bu çalışmada, 2000 yılı Nisan-Eylül ve 2001 yılı Nisan-Ağustos aylan arasında Batı Akdeniz Bölgesinden toplanan 318 Cicadellidae örneği değerlendirilerek 11 alt familyaya ait 43 cinsin 60 türü tespit edilmiştir. Bu türlerden Anacerataagallia venosa, Empoasca (Kybos) volgensis, Diplocolenus (Verdanus) abdominalis ve Jassargus sursumflexus türleri Türkiye Faunası için yeni kayıt olarak belirlenmiştir. Batı Akdeniz Bölgesi için altfamilya, cins ve tür teşhis anahtarları ile her bir türün tanımı, lokalite bilgileri, Türkiye ve dünyadaki yayılışları ile taksonomik öneme sahip olan erkek genitallerinin dorsal ve lateral, dişilerin ise 7. abdominal stemitlerinin fotoğrafları verilmiştir. Bilim Kodu: 401.04.04 Anahtar Kelimeler: Batı Akdeniz Bölgesi, Homoptera, Cicadellidae, sistematik, fauna Sayfa Adedi: 212 Tez Yöneticisi: Doç.Dr. Abdullah HAS BENLİ
Türkiye'de yetişen bazı Alyssum L. (Brassicaceae) türlerinin moleküler analizleri
Bitki türlerinin taksonomik sınıflandırılması temel olarak morfolojik ve anatomik karakterlere dayanır. Fakat bu özellikler değişken ve bazen de gözlenmesi zor olabileceğinden, izoenzim analizleri, SDS-PAGE, RFLP, RAPD- PCR, gibi moleküler tekniklerle desteklenmelerinde fayda vardır. Bu tekniklerden RAPD-PCR; ekonomik olması, zaman kazandırması, polimorfizmleri kolay tespit edebilmesi ve genomik bilgiye ihtiyaç duymaması bakımından en avantajlı olanlardandır. Türkiye' de yetişen bazı Alyssum L (Brassicaceae) türleri arasındaki genetik uzaklıklar SDS-PAGE ve RAPD-PCR yöntemleri kullanılarak belirlenmeye çalışılmıştır. RAPD-PCR çalışmasında toplam 42 primer denenmiş bunlardan 5 primerin polimorfik bantlar verdiği gözlenmiştir. Genetik uzaklıklar SDS-PAGE ve RAPD-PCR sonuçlarına göre her tür için hesaplanmış, dendrogramlar çıkartılmıştır. Bilim Kodu : 405. 02. 00 Anahtar Kelimeler : Alyssum, SDS-PAGE, RAPD-PCR
Rhizobium cinsi bakterilerin poli-beta-hidroksibütirat üretimlerinin belirlenmesi, sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi (SDS-PAGE) ile elde edilen toplam protein profillerinin ve plazmid DNA'larının incelenmesi
Rhizobium CİNSİ BAKTERİLERİN POLİ-B-HİDROKSİBÜTİRAT ÜRETİMLERİNİN BELİRLENMESİ, SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ (SDS-PAGE) İLE ELDE EDİLEN TOPLAM PROTEİN PROFİLLERİNİN VE PLAZMİD DNA'LARININ İNCELENMESİ (Doktora Tezi) Nazime MERCAN GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ Haziran 2002 ÖZET Araştırmada Rhizobium meliloti, Bradyrhizobium japonicum, Rhizobium phaseoli, Rhizobium leguminosarum, Rhizobium viciae ve Rhizobium sp. türlerine ait toplam 31 adet suş kullanılmıştır. Bakterilerin karbon kaynaklarını kullanma yetenekleri belirlenmiş ve suşlann monosakkarit olarak glukoz, dekstroz ve mannitolu kullandıkları gözlenirken, trehaloz, ksiloz, rafinoz, maltoz, galaktoz, sukroz, laktoz ve pirüvik asit-sodyum tuzunu kullanma yeteneklerinde farklılık gösterdikleri tespit edilmiştir. Genel olarak Rhizobium suşların asidik ortamda üremedikleri gözlenirken, suşlardan yalnız R viciae F69, Fiil, R phaseoli Fa28, Fa41, R cicer Nl, N2, N4, N6'nın pH 4,5'te üredikleri ve bu suşların asite tolerant olduktan tespit edilmiştir. Bakterilerin toplam hücre proteinlerinin SDS-PAGE analizi yapılmış, proteinlerin moleküler ağırlıktan 11-215 kD arasında olduğu bulunmuştur. SDS-PAGE analizi, aynı türe ait suşların protein profillerinin birbirine benzer olduğunu, diğer türlerden farklı olduğunu göstermiştir. Rhizobium bakterilerin PHB üretimleri spektrofotometrik olarak belirlenmiş, hücredeki polimer içeriğinin kalitatif tayininde ise Nile Blue A kullanılmıştır.Bakteri kolonilerin PHB miktarına bağlı olarak 254 nm UV ışığı altında rengin pembeden turuncuya doğru değişiklik gösterdiği gözlenmiştir. Bakterilerin PHB üretimleri hücre kuru ağırlığına göre %5,37-57,09 arasında değiştiği bulunmuştur. Maksimum PHB üretimi gösteren R viciae F111 (%57,09), R meliloti Y11 (%39,25) ve B. japonicum S irat Fab (%34,43) suşlarının farklı karbon ve azot kaynaklarında PHB üretimleri araştırılmıştır. R meliloti Y11 ve B. japonicum S irat Fab suşları karbon kaynağı olarak glukoz besi ortamında maksimum PHB verimi gösterirken (sırasıyla, %83,75 ve %34,31), R viciae Fiil suşu mannitol içeren besiyerinde yüksek oranda (%41,22) PHB üretmiştir. Suşların azot kaynaklarında (Fiil dışında) PHB verimlerinin yüksek olmadığı bulunmuştur. Azot kaynağı olarak proteaz pepton içeren besi ortamında R meliloti Y11 suşu maksimum %26,23 ve B. japonicum S irat Fab suşu %26,78 PHB üretirken, R viciae F111 suşu asparajin azot kaynağında maksimum %48,13 oranında PHB üretmiştir. Ayrıca kültür ortamının asitliği arttıkça PHB içeriğinde azalma olduğu bulunmuştur. Yüksek PHB üreten suşlar arasından R meliloti Y11 suşu seçilerek mutasyonun PHB üretimine etkisi incelenmiştir. Fiziksel mutajen olarak farklı sürelerde 254 nm dalga boyunda UY ışını, kimyasal mutajen olarak da farklı konsantrasyonlarda akriflavin, 5-bromourasil ve nitrosoguanidin uygulanmıştır. Muhtemel mutant suşlar ile atasal susun PHB üretimleri tespit edilmiş ve bir yıl arayla suşların PHB sentez yetenekleri incelenmiştir. Muhtemel mutant suşlar ilk ölçümlerde atasal susa kıyasla daha düşük oranlarda PHB üretirken, bazı suşların bir yıl sonraki ölçümlerde PHB üretimlerinde yükselme olduğu tespit edilmiştir. Araştırmada, farklı melas konsantrasyonlarında R meliloti Y11, B. japonicum S irat Fab ve R. viciae F 111 suşları üretilmiş ve bu besi ortamlarında suşların PHB üretimleri incelenmiştir. R meliloti Y11 suşu melasın %0,5 konsantrasyonunda maksimum %56,31 oranında PHB üretirken, R viciae Fiil ve B. japonicum S irat Fab suşlarında PHB üretimin düşük olduğubelirlenmiştir. R. viciae F111 suşunda kültür ortamındaki viskozitenin artışına bağlı olarak PHB veriminde bir azalma olduğu gözlenmiştir. Rhizobium bakterilerin bazı test bakterileri üzerinde genel inhibisyon etkileri agar difüzyon metodu ile incelenmiştir. Kullanılan test bakterileri üzerinde Rhizobium bakterilerin inhibisyon etkilerinin olmadığı bulunmuştur. Rhizobium suşlarının plazmid DNA profilleri çıkarılarak, bunların moleküler ağırlıkları tespit edilmiştir. Elde edilen sonuçlara göre yalnız 13 adet susun plazmid içerdiği, diğer suşlarda plazmidin bulunmadığı gözlenmiştir. Bakterilerde plazmidlerin moleküler ağırlıkları 13,5-16,74 kb arasında bulunmuştur. Bilim Kodu Anahtar Kelimeler Sayfa adedi Tez Yöneticisi : 401.02.00 : Rhizobium, izolasyon, karbon kaynaklarını kullanım yeteneği, biyoplastik (PHB) üretimi, farklı karbon ve azot kaynakları, şeker pancarı melası, antimikrobiyal aktivite, protein profili, plazmid DNA :175 : Prof. Dr. Yavuz BEYATLI
Kumalar dağı (Afyon) florası
Bu çalışma Ege-İç Anadolu Bölgesi geçiş zonunda bulunan Kumalar Dağı (Afyon) florasını tespit etmek amacıyla yapılmıştır. Araştırma alanından 1996-2001 yılları arasında toplanan 2204 bitki örneğinin değerlendirmesi sonucu 89 familyaya ait 388 cins ve bunlara bağlı 850 tür, 37 alt tür ve 7 varyete belirlenmiştir. Tespit edilen bitkilerin 110'u (%13.1) ülkemiz için endemiktir. Toplanan türlerin 171'i B3 karesi için yeni kayıttır. Florayı oluşturan 850 türün 138'i (%16,2) İran-Turan, 99'u (%11,6) Akdeniz ve 72'si de (%8.5) Avrupa-Sibirya elementidir. Geri kalan 541 (%63.6) tür geniş yayılışlı veya birkaç fitocoğrafik bölgeye aittir. Çalışma alanındaki türlerin 7'si Pteridopyhta divizyosundan olup 843 takson ise Spermatophyta divizyosundandır. Gymnospermae alt divizyosu 8 türe, Angiospermae alt divizyosu ise 835 türe sahiptir. Angiospermae alt divizyosundan 700 tür Dicotyledones, 135 tür ise Monocotyledones sınıfına aittir. İçerdikleri tür sayısına göre, çalışma alanındaki büyük familyalar Asteraceae (96), Poaceae (83), Fabaceae (74), Lamiaceae (62), Brassica-ceae (47), Rosaceae (40), Caryophyllaceae (39), Scrophulariaceae (37), Apiaceae (34) ve Boraginaceae (33)'dir. Tür sayısına göre en büyük cinsler ise Astragalus (16), Silene (14), Salvia (13), Veronica (13), Ranunculus (11), Rumex (10), Trifolium (9), Bromus (9), Euphorbia (9) ve Verbascum (8)'dur. Bilim Kodu : 401.03.04Anahtar Kelimeler: Flora, Kumalar Dağı, Afyon, Türkiye. Sayfa Adedi : 308 Tez Yöneticisi :Prof. Dr. Mecit VURAL
İnsan vajinasından izole edilen Lactobacillus cinsi bakterilerin bazı probiyotik özelliklerinin incelenmesi
İNSAN VAJİNASINDAN İZOLE EDİLEN LACTOBACILLUS CİNSİ BAKTERİLERİN BAZI PROBİYOTİK ÖZELLİKLERİNİN İNCELENMESİ (Yüksek Lisans Tezi) Emine KILIÇ GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ Haziran 2003 ÖZET Bu çalışmada, sağlıklı, hamile, HPV (+), menapoz, enfeksiyon varlığı, doğum sonrası ve adet düzensizliği özelliklerine sahip 19 kadının 10' un dan 58 adet Lactobacillus cinsi bakteri izole edilmiştir. Bakterilerin identifikasyon testleri sonucunda 12 adet Lactobacillus gassed, 9 adet Lactobacillus acidophilus, 9 adet Lactobacillus vaginalis, 8 adet Lactobacillus crispatus, 8 adet Lactobacillus delbrueckii spp. lactis, 3 adet Lactobacillus plantarum, 2 adet Lactobacillus jensenii, 2 adet Lactobacillus salivarius, 2 adet Lactobacillus cellobiosus, 1 adet Lactobacillus brevis, 1 adet Lactobacillus curvatus ve 1 adet Lactobacillus oris olarak tanımlanmıştır. Lactobacillus cinsi bakterilerinin asit ve hidrojen peroksit üretimleri belirlenmiştir. Asit üretimi % 0,27-133 olarak bulunmuştur. Hidrojen peroksit üretimleri spektrofotometrik olarak 1,01-15,50 ug/ml arasında, tetrametil benzidin ağarda nitel olarak % 41' i 2+, % 19' u 1+, % 40' i - bulunmuştur. Lactobacillus cinsi izolatla rının antimikrobiyal etkisi, agar difüzyon tekniği kullanılarak araştırılmıştır. Pseudomonas aeruginosa ATCC 29212 susu üzerine izolatların %85' i, Staphylococcus aureus ATCC 2392 susu üzerine izolatların %48' i, Salmonella enteritidis RSKK 171 üzerine izolatlarm %71' i, Escherichia coli ATCC 11230 üzerine izolatların %43' ü inhibisyon etkisi göstermiştir. Candida albicans AJD 180 ve C. albicans ATCC 10239 üzerine izolatlarm antimikrobiyal etkisi gözlenmemiştir. Lactobacillus cinsi izolatlarının test mikroorganizmaları üzerinde bakteriyosin etkileri11 belirlenememiştir. Lactobacillus cinsi izolatlannın amoksisilin (25 jıg), azitromisin (15 (J,g), kloramfenikol (30 |xg), teikoplanin (30 |ig), siprofloksasin (5 Hg), klaritromisin (15 yg), streptomisin (10 (ag) ve tetrasiklin (30 |ag) antibiyotiklerine duyarlılık testleri disk difüzyon yöntemine göre yapılmış, sonuçlar NCCLS kriterlerine göre değerlendirilmiştir. Araştırmalar sonucunda, Lactobacillus cinsi izolatlarm siprofloksasin (%98) ve streptomisin (%93) antibiyotiklerine yüksek oranda dirençli olduğu belirlenirken, en yüksek duyarlılığın ise, klaritromisin (%95) ve tetrasiklin (%88) antibiyotiklerine gösterdikleri tespit edilmiştir. Ayrıca izokonazol ve oksikonazol antifungal ilaçların vajinadan izole edilen C. albicans AJD 180 üzerine inhibitörik konsantrasyonları belirlenmiştir. Lactobacillus cinsi izolatları üzerinde de her iki antifungal ilacın 0,2; 0,1 ve 0,05 |J,g/ml konsantrasyonlarmdaki inhibisyon etkisi agar difüzyon yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Araştırma sonucunda her iki antifungal ilacm C. albicans AJD 180 üzerinde yüksek inhibisyon etkisi göstermesine rağmen, Lactobacillus cinsi izolatlarmda oksikonazol' un çok düşük inhibisyon etkisine sahip olduğu belirlenmiştir.Anahtar Kelimeler : Vajinal laktobasiller, antifungal, antibiyotik, antimikrobiyal aktivite, hidrojen peroksit, laktik asit, probiyotik
Batı Akdeniz bölgesi buprestidleri
BATI AKDENİZ BÖLGESİ BUPRESTID'LERI (Yüksek Lisans Tezi) Üzeyir ÇAĞLAR GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TEMMUZ 2003 ÖZET Bu çalışmada Gazi Üniversitesi Zooloji Müzesinde bulunan az sayıdaki örnek ile, 2001 yılı Nisan-Eylül ayları arasında Batı Akdeniz Bölgesinden (Antalya, Burdur, İsparta) toplanan toplam 114 örnek değerlendirilmiştir. Tespit edilen toplam 12 cinse ait 39 türün tanımı, lokalite bilgileri, çalışma alanındaki yayılış haritaları, Türkiye ve Dünya'daki yayılışları verilmiştir. Bilim Kodu: 401.04.04 Anahtar Kelimeler: Batı Akdeniz Bölgesi, Buprestid Sayfa Adedi: 145 Tez Yöneticisi: Doç. Dr. Abdullah HASBENLİ
Türkiye Sideritis L. (Lamiaceae) türleri üzerinde karyolojik bir araştırma
TÜRKİYE SIDERITIS L. (LAMIACEAE) TÜRLERİ ÜZERİNDE KARYOLOJİK BİR ARAŞTIRMA (Doktora Tezi) Esra MARTİN GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ Mart 2003 ÖZET Sideritis L. cinsi ülkemizde Hesiodia Benth. ve Empedoclia (Rafin) Benth. seksiyonları ile temsil edilmektedir. Bu seksiyonlarda 54 tür ve tür altı takson bulunmaktadır. Sideritis cinsine ait 40 takson endemik olup endemizm oranı % 74'dür. Bu çalışmada, Sideritis cinsîne ait bütün taksonların kromozom sayısı ve büyüklüğü Görüntü Analiz Sistemi ile belirlenmiştir. Hesiodia seksiyonunda yer alan S. lanata'nın kromozom sayısı 2n=30+0-2B, S. romana subsp. romana' n\n 2n=28+0- 3B, S. curvidens'ın 2n=28+0-4B, S. montana subsp. montena'nın 2n=16+0-2B ve S. montana subsp. remota'nın 2n=18+0-3B'dir. Kromozom uzunlukları bu seksiyonda 0,37 um ile 1,33 um arasında değişmektedir. Empedoclia seksiyonundaki bütün taksonlarda ise somatik kromozom sayısı 2n = 32 ve kromozom uzunlukları 0,22-1,96 um arasındadır. Her iki seksiyonda 50 türde sayılan 0 ile 9 arasında değişen B kromozomu olup, sadece 4 taksonda, (S. hololeuca, S. sipylea, S. armeniaca ve S. libanotica subsp. microchlamys) B kromozomu tesbit edilememiştir. 11 taksonda ise miksoploidinin olduğu gözlenmiştir. Bilim Kodu : 401.01.03 Anahtar Kelimeler : Sideritis, Karyomorfoloji, Görüntü Analizi, B Kromozomları, Miksoploidi. Sayfa Adedi : 184 Tez Yöneticisi : Prof. Dr. Hayri Duman, Doç. Dr. Fatma Ünal
Topraktan izole edilen Bacillus cinsi bakterilerin bazı metabolik özelliklerinin belirlenmesi, plazmid DNA ve protein profillerinin incelenmesi
Araştırmada, Bacillus brevis, Bacillus sphaericus, Bacillus cereus, Bacillus megaterium, Bacillus circulans, Bacillus subtilis, Bacillus licheniformis ve Bacillus coagulans türlerine ait toplam 32 adet suş kullanılmıştır. Suşların 29 adedi topraktan izole edilmiştir. İzole edilen bu suşlar, çeşitli fizyolojik ve biyokimyasal testlere tabi tutularak tanımlanmışlardır. Bakterilerin toplam hücre protein profillerinin sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi (SDS-PAGE) ile analizi yapılmış ve bunların molekül ağırlıkları 19-160 kD arasında bulunmuştur. SDS-PAGE analizi, aynı türe ait suşların protein profillerinin birbirine benzer ve diğer türlerden farklı olduğunu göstermiştir. Bacillus'lurın poli-p-hidroksibütirat (PHB) üretimleri spektrofotometrik olarak belirlenmiş ve PHB üretimlerinin hücre kuru ağırlığına göre %1,06-%41,67 arasında değiştiği bulunmuştur. En yüksek PHB üretimi gösteren Bacillus brevis M6 (%41,67) susunun farklı karbon, fosfat ve azot kaynakları ile azot ve oksijen sınırlaması gibi şartlar altında PHB üretimi araştırılmıştır. Susun en yüksek PHB verimlerine, karbon kaynağı olarak sitrat içeren besi ortamında (%51,85) ve azot kaynağı olarak sodyum nitrat içeren besiortamında (%60,00) ulaştığı; fosfatlı besiortamındaki en yüksek PHB'ın ise %6,50 olduğu tespitedilmiştir. Azotsuz ve oksijeni sınırlandırılmış besiortamlarındaki PHB üretiminin sırası ile %25,45 ve %7,53 olduğu bulunmuştur. Çalışmada, şeker pancarı melası kullanılarak PHB'ın ekonomik eldesi araştırılmış ve farklı melas konsantrasyonlarının PHB üretimine etkisi incelenmiştir. Bu amaçla, glukoz ve sükroz şeker çeşitlerini kullanabilen ve ikinci derecede en yüksek PHB üreten Bacillus cereus M5 suşu seçilerek, %1- %5 melas konsantrasyonlarında^ PHB üretimi incelenmiştir. Bakterinin en yüksek PHB üretimi olan %73,84 değerine, %1 melas konsantrasyonunda ulaştığı tespit edilmiştir. Melas konsantrasyonundaki artışa bağlı olarak bakterinin PHB veriminde azalma olduğu gözlenmiştir. Araştırmada, Bacillus cinsi bakterilerin bazı patojen ve kontaminant test bakterileri üzerindeki genel inhibisyon etkileri agar difüzyon metodu ile incelenmiştir. B. brevis M6'nın, test bakterilerinden olan Staphylococcus aureus ATCC 25923 ve Bacillus thuringiensis RSKK 380 üzerinde; B. cereus M15'in, Pseudomonas fluorescens RSKK 240, Micrococcus flavus ve Bacillus thuringiensis RSKK 380 üzerinde; B. cereus MlO'un, Bacillus megaterium RSKK 578, Bacillus thuringiensis RSKK 380 ve Bacillus cereus F2 üzerinde; B. brevis M4 ve B. cereus M5'in ise Bacillus cereus F2 üzerinde genel inhibisyon etkilerinin olduğu gözlenmiştir. Bacillus türleri suşlarının birbirlerine karşı olan inhibisyon etkilerinin incelenmesinde de yine agar difüzyon metodu kullanılmış ve bazı izolatlarm birbirlerine karşı inhibisyonlannm olduğu bulunmuştur. Çalışmada, Bacillus cinsi bakterilerin Skim Milk Agar (SMA) besiortamında proteolitik aktiviteleri incelenmiş ve B. sphaericus M3 ile B. sphaericus ATCC 14577 suşları dışındaki tüm suşlarda proteolitik aktivite gözlenmiştir. Bu suşlarda tespit edilen proteolitik aktivite 1,4-8,1 mm zon çapı arasındadır ve zonlarm ortalaması 4,17 mm olarak hesaplanmıştır. En yüksek proteolitik aktivite zon çapı 8,1 mm ile B. circulans M32 suşunda bulunmuştur.Ill Bacillus suşlarının plazmid DNA incelenmesinde, yalnız 6 adet suşun plazmid DNA içerdiği ve bu plazmidlerin moleküler ağırlıklarının 3,9-31,7 kb arasında olduğu tespit edilmiştir. Bilim Kodu : 216 Anahtar Kelimeler : Bacillus, izolasyon, protein profili, biyoplastik (PHB) üretimi, antimikrobiyal aktivite, proteolitik aktivite, plazmid DNA.
Güneybatı Anadolu Raphidiopter'leri ve Neoropter'leri (Insecta:Neuropterida)
GÜNEY BATI ANADOLU RAPHİDİOPTER'LERİ VE NEUROPTER'LERI (INSECTA, NEUROPTERIDA) (Doktora Tezi) Savaş CANBULAT GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ ' Ağustos 2003 ÖZET Güney Batı Anadolu'da (Antalya, Burdur, Isparta, Denizli, Aydın,. Muğla) 2000-2001 yıllarının Nisan-Eylül ayları arasında ve 2002 yılının Nisan- Haziran aylan arasında yapılan arazi çalışmaları ile Raphidioptera takımına ait 529 ve Neuroptera takımına ait 2768 örnek toplanmıştır. Teşhis işlemleri sonucunda Raphidioptera takımının 2 familyasına ait 4 cinsin 13 türü, Neuroptera takımının 10 familyasına ait 45 cinsin 82 türü tespit edilmiştir. Araştırma alanından tespit edilen toplam 95 türün sinonimleri, morfolojisi, fenolojisi, ekolojisi ve araştırma alanındaki yayılış bilgileri verilmiştir. Her türün yayılışı, Türkiye ve dünyada olmak üzere iki kategoride ele alınmıştır. Tespit edilen türlerden Chrysopidae familyasından Nothochrysa Mclachlan, 1868 cinsi ve N. fulviceps (Stephens, 1836), Hemerobiidae familyasından Micromus angulatus (Stephens, 1836), Myrmeleontidae familyasından Macronemurus amoenus (Hölzel, 1972), Ascalaphidae familyasından Deleproctophylla dusmeti Navas, 1914'nin Türkiye faunası için yeni kayıt oldukları tesbit edilmiştir. Her bir türün araştırma alanındaki yayılışı ayrı bir harita ile gösterilmiştir. Bilim Kodu : 401.04.04 Anahtar Kelimeler : Neuropterida, Raphidioptera, Neuroptera, Güney Batı Anadolu, fauna Sayfa Adedi : xv+331 Tez Yöneticisi : Prof. Dr. Suat KIYAK
Prangos lindl. ve Ekimia H. Duman and M. F. Watson (Umbelliferae) cinslerine ait bazı taksonların polenlerin morfolojik incelenmesi
Ülkemizde 13 taksonla temsil edilen Prangos Lindl. cinsine ait Prangos pabularia Lindl. P. meliocarpoides Boiss. var. meliocarpoides, P. peucedanifolia Fenzl., P. heyniae H. Duman & M. F. Watson, P. denticulata Fisch. & Mey., P. platychloena Boiss. ex Tchihat. ssp. platychloena, P. platychloena Boiss. ex Tchihat. ssp. engizekensis H. Duman & M. F. Watson, P. ferulacea (L.) Lindl., P. uechtritzii Boiss. & Hausskn., taksonlan ile monotipik endemik cins olan Ekimia H. Duman & M. F. Watson cinsine ait Ekimia bornmuelleri (Hub. - Mor. & Reese) H. Duman & M. F. Watson türünün polen morfolojileri araştırılmıştır. Bu taksonlara ait örneklerin bir kısmı ANK, FUH, GAZI ve HUB Herbaryumlanndan ve bir kısmı ise Ankara, Kayseri, Van, Konya, Bitlis ve Burdur illerinde yapılan arazi çalışmalarından elde edilmiştir. Prangos'a ait 9, Ekimia' a ait ise 1 taksonun polenleri, Wodehouse ve Asetoliz (Erdtman) yöntemlerine göre incelenmiştir. Polenlerin morfolojik özellikleri ışık mikroskobu ve SEM'de bununla birlikte Prangos ait 3 örnekle Ekimia'a ait 1 örnek TEM'de incelenmiştir.Anahtar kelimeler: Prangos, Ekimia, polen morfolojisi, İM, SEM, TEM
Polistiren mikropartiküllerinin model böcek Tenebrio molitor L. (coleoptera: Tenebrionidae)'un larval evresi üzerinde immünolojik etkileri
Polistiren (PS), yavaş bozunan ve çevrede yaygın olarak mikroplastik (PS-MP, >5 mm) formlarda birikime uğrayan plastik türlerinden biridir. Bu çalışmada 1 µm boyutunda PS-MP'nin farklı dozlarının (5, 10, 20, 40 mg/ml) ön model organizma sarı un kurdu, Tenebrio molitor L. (Coleoptera: Tenebrionidae) türü üzerindeki immünolojik etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Belirlenen PS-MP dozlarına besin aracılığıyla maruz kalan gruplarda kontrol grubuna kıyasla larval ve pupal yaşam süresinin arttığı, larval, pupal ve ergin ağırlığının azaldığı belirlendi. PS-MP uygulama sonrasında larval hemolenfteki toplam hemosit sayısı, mitotik indeks, plazmatosit, granülosit ve önositoit oranlarının dozlara göre değiştiği belirlenirken, prohemosit oranında bir değişiklik gözlenmedi. Yayılan hücre, nekrotik ve anormal hücre oluşum oranları PS-MP dozuna bağlı olarak artarken, apoptotik hücre oranının en yüksek dozda azaldığı belirlendi. Larval hemositlerin enkapsülasyon tepkisi ise kontrole kıyasla azaldı. Larval hemolenfteki toplam protein miktarında önemli bir değişiklik gözlenmezken fenoloksidaz aktivitesinin PS-MP doz artışına bağlı olarak arttığı belirlendi. Comet analiz sonuçlarına göre ise PS-MP dozuna bağlı olarak DNA hasarında artış olduğu tespit edildi. Tez kapsamında elde edilen tüm veriler, düşük boyutlu (1 µm) PS-MP'ye artan dozlarda maruz kalan model ve ekonomik-faydalı böcek T. molitor larvalarının doğal bağışıklık savunmasında değişikliğe neden olurken, sitotoksik ve genotoksik etkilerin varlığına işaret etmektedir.
Akdeniz bölgesindeki Fritillaria L. (Liliacea) cinsinin revizyonu
AKDENİZ BÖLGESİ'NDEKI (TÜRKİYE) FRITILLARIA L. (LILIACEAE) CİNSİNİN REVİZYONU (Doktora Tezi) Mehtap TEKŞEN GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ Mayıs 2004 ÖZET Ülkemizin Fritillaria L. cinsine ait Akdeniz bölgesinde dağılım gösteren türlerin morfolojik, palinolojik, sitolojik ve moleküler özellikleri ile tür tanıma anahtarı, tür tanımları ve coğrafik yayılışları bu çalışmanın esasını oluşturmaktadır. Türkiye Florası'na göre Akdeniz bölgesinde tür ve tür altı seviyede 22 taksonla temsil edilen Fritillaria cinsi üyeleri bu çalışmada 23 takson altında değerlendirilmiştir. Yapılan çalışmada bilim dünyası için yeni iki tür (F. milasense M. Tekşen & Aytaç ve F. mughlae M. Tekşen & Aytaç) yayınlanmaktadır. F. sororum K. Persson & J. Persson türünün, F. acmopetala Boiss. subsp. acmopetala alttürünün sinonimi; F. armena Boiss., F. zagrica Stapf ve F. baskilensis Behçet türlerinin F. pinardii Boiss. türünün sinonimleri olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca F. carica Rix subsp. serpenticola Rix alttürü tür seviyesine yükseltilmiştir. F. forbesii Rix ve F. kittaniae Sorger'in morfolojik, palinolojik, sitolojik ve moleküler özellikleri değerlendirilerek Türkiye Florası'ndaki filogenetik sırası değiştirilmiştir. F. crassifolia Boiss. & Huet. subsp. crassifolia alttürü İran-Turan fitocoğrafik bölge elementi olarak önerilmiştir. Fritillaria taksonlarnun tehlike kategorileri yeni IUCN Kategorilerine göre yeniden düzenlenmiştir. Bilim Kodu : 401.03.04 Anahtar Kelimeler : Revizyon, Akdeniz, Fritillaria Sayfa Adedi : 298 Tez Yöneticisi : Prof. Dr. Zeki Aytaç, Prof. Dr. Fatma Ünal
Bingöl ilinde yetişen bazı Achillea l. (Asteraceae) taksonlarının uçucu yağ kompozisyonlarının araştırılması
Bu çalışma da, Bingöl ilinde doğal olarak yetişen bazı Achillea L. taksonlarının (Asteraceae) uçucu yağları analiz edilerek fitokimyasal yönden değerlendirilmiştir. Achillea örneklerinden su distilasyonu ile elde edilen uçucu yağlar GC-FID-MS ile analiz edildi. Bitkilerin 100 gr kuru örneğinden 0,2 – 0,6 ml/gr uçucu yağ elde edildi. Çalışılan taksonların toplam uçucu yağlarının % 90,61 ile % 96,70'i tanımlandı. Bu çalışmada kullanılan Achillea taksonlarında ana bileşenler olarak 1,8-sineol, endo-bornilasetat, piperiton, α-pinen, β-pinen, trans-krizantenon, sabinen, siklohekzanol, 1,3,6-oktatrien, β-bisabolenepoksit, β-tuyon, borneol, cis-sabinenhidrat ve kamfor, olduğu tespit edildi. Çalışılan Achillea taksonlarının kemotiplerinin, A. vermicularis, A. millefolium subsp. millefolium var. millefolium, A. coarctata ve A. arabica (Sin: A. biebersteinii)'de 1,8-sineol olduğu, A. filipendulina'da ise 1,3-pentadien olduğu tespit edildi. Elde edilen bu veriler kullanılarak Achillea cinsi içerisindeki fitokimyasal ilişkiler tartışılmıştır.
Göynük Çayında (Bingöl) yaşayan Capoeta trutta (Heckel, 1843) ve Acanthobrama marmid (Heckel, 1843) balık türlerinin ekto ve endoparazitlerinin araştırılması
Bu çalışmada; Temmuz 2011 - Haziran 2012 tarihleri arasında, Göynük Çayı'ndan (Bingöl) toplanan Capoeta trutta (Heckel, 1843) ve Acanthobrama marmid (Heckel, 1843)'in metazoan parazitleri çalışıldı. Çalışma boyunca 37 adet Capoeta trutta ve 44 adet Acanthobrama marmid örneği incelendi. Capoeta trutta'da Dactylogyrus crivellius, Dactylogyrus lenkorani, Dactylogyrus pulcher, Dogielius mokhayeri, Gyrodactylus sp. 1 (Monogenea), Rhabdochona denudata (Nematoda), Neoechinorhynchus zabensis (Acanthocephala) ve Lamproglena puchella (Copepoda) olmak üzere sekiz farklı parazit türü, Acanthobrama marmid'de ise Dactylogyrus elegantis, Gyrodactylus sp. 2, Paradiplozoon megan (Monogenea), Caryophyllaeus laticeps (Cestoda) ve Ergasilus sieboldi (Copepoda) olmak üzere beş farklı parazit türü tespit edilmiştir. Parazit türlerinin enfeksiyon değerleri hesaplandı. Buna göre Capoeta trutta'da Neoechinorhynchus zabensis (% 43,24), Acanthobrama marmid'de ise Dactylogyrus elegantis (% 70,45) dominant tür olarak belirlendi. Capoeta trutta'da bulunan parazitlerden D. crivellius ve D. mokhayeri Türkiye tatlı su balıkları parazit faunası için yeni kayıttır. Anahtar Kelimeler: Capoeta trutta, Acanthobrama marmid, Göynük Çayı, parazit, Monogenea, Nematoda, Acanthocephala, Copepoda, Bingöl.
Kars, Ardahan ve Iğdır illeri neuropterida (insecta) faunası
KARS, ARDAHAN VE IGDIR İLLERİNİN NEUROPTERIDA (INSECTA) FAUNASI (Doktora Tezi) İsmail ARI GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ Ağustos 2004 ÖZET Ardahan, Kars ve Iğdır illerinde 2001-2003 yıllarının Mayıs - Eylül ayları arasında yapılan arazi çalışmaları ile Raphidioptera takımına ait 5 örnek, Neuroptera takımına ait 1063 örnek toplanmıştır. Bu örneklerin teşhis işlemleri sonucunda Raphidioptera takımının 1 familyasının 1 cinsine ait 1 türü; Neuroptera takımının 7 familyasının 39 cinsine ait 65 türü olduğu belirlenmiştir. Araştırma alanından tesbit edilen toplam 66 türün sinonimleri, morfolojisi, fenolojisi, ekolojisi ve araştırma alanındaki yayılış bilgileri verilmiştir. Her türün yayılışı, Türkiye ve dünyada olmak üzere iki kategoride ele alınmıştır. Araştırma alanında tesbit edilen Dichochrysa ventralis (Chrysopidae), Micromus lanosus (Hemerobiidae), Deutoleon turanicus ve Distoleon luteomaculatus (Myrmeleontidae) türlerinin Türkiye Neuroptera faunası için yeni kayıt oldukları tesbit edilmiştir. Bilim Kodu : 401.04.04 Anahtar Kelimeler : Neuroptera, Raphidioptera, Ardahan, Kars, İğdır, Fauna Sayfa Adedi : x+206 Tez Yöneticisi : Prof. Dr. Metin AKTAŞ
Altıkardeş Dağı ve çevresinin (Genç-Bingöl) florası
Bu çalışma ile Altıkardeş Dağı ve Çevresinin (Genç, Bingöl) Florası araştırıldı. 2012-2014 yılları arasında gerçekleştirilen bu araştırmanın arazi çalışmaları sonucunda 1271 bitki örneği toplandı. Toplanan bitki örneklerinin teşhisi sonucu alanda; 66 familya ve 278 cins'e ait 353 tür, 123 alttür ve 59 varyete olmak üzere toplam 535 takson tespit edildi. 535 taksonun 2'si Pteridophyta, 533'ü Spermatophyta divizyolarına aittir. Spermatophyta üyelerinden 2'si Gymnospermae ve 531'i Angiospermae alt divizyosuna dahildir. Angiospermae'lerin 425'i Dicotyledones ve 106'sı Monocotyledones sınıfında yer almaktadır. Belirlenen taksonlardan 82 tanesi B8 karesi için yeni kayıttır. Alandan toplam 21 (% 3,92) endemik takson belirlenmiştir. Bu endemik taksonların 3'ü lokal endemik, bunlardan 1'i sadece Bingöl'ün güney-güneybatısından bilinen bir endemiktir. Endemik ve nadir toplam 29 taksonun tehlike kategorilerine dağılımları şöyledir: 3 takson kritik "CR", 3 takson tehlikede "EN", 7 takson zarar görebilir "VU", 11 takson az endişe verici "LC", 3 takson tehdit altına girebilir "NT", 1 takson veri yetersiz "DD". Çalışma alanı İran-Turan fitocoğrafik bölgesinde yer alıp, alanda tespit edilen taksonların fitocoğrafik bölgelere göre dağılımı ise şöyledir; İran-Turan elementi 139, Akdeniz elementi 45, Avrupa-Sibirya elementi 37, Öksin elementi 6, çok bölgeli veya fitocoğrafik bölgesi bilinmeyenler 308'dir. İçerdikleri takson sayılarına göre alanda en büyük ilk 10 familya sırasıyla; Asteraceae 69 (% 12,92), Poaceae 58 (% 10,84), Fabaceae 44 (% 8,22), Brassicaceae 31 (% 5,79), Lamiaceae 31 (% 5,79), Caryophyllaceae 27 (% 5,05), Scrophulariaceae 27 (% 5,05), Boraginaceae 26 (% 4,86), Liliaceae 23 (% 4,30) ve Rosaceae 19 (% 3,55)' dir. İçerdikleri takson sayılarına göre en büyük 10 cins sırasıyla; Veronica 13, Astragalus 12, Trifolium 10, Myosotis 8, Polygonum 8, Vicia 7, Epilobium 7, Alyssum 7, Poa 6, Allium 6' dur.
Kurtgirmez Dağı ve Çatak Kanyonu (Küre Dağlar-Kastamonu) florası
KURTGİRMEZ DAĞI ve ÇATAK KANYONU (KÜRE DAĞLARİ -KASTAMONU) FLORASI (Yüksek Lisans Tezi) Mehmet Ufuk ÖZBEK GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ Haziran 2004 ÖZET Araştırma alanı, Kastamonu ili sınırları içinde yer alan Kurtgirmez Dağı ve Çatak Kanyonu çevresidir. Alandan toplanan 815 bitki örneğinin değerlendirilmesi sonucu 79 familyaya ait 287 cins ve 431 tür ve tür altı seviyede takson tespit edilmiştir. Tür ve tür altı seviyede 37 takson A4 karesi için yeni kayıttır. 34 takson endemik olup endemizm oranı %7,88'dir. Taksonlann fitocoğrafik bölgelere dağılımı ise şöyledir: Avrupa-Sibirya 136 (% 31,55), İran- Turan 23 (% 5,33), Akdeniz 16 (% 3,71) ve geniş yayılışlılar ile fitocoğrafik bölgesine karar verilemeyenler ise 256 (% 59,39)'dir. Bilim Kodu Anahtar Kelimeler Sayfa Adedi Tez Yöneticisi 401.03.04 Flor$, Küre Dağları, Kastamonu Prof* Dr, Merit VURAL
Zebra balıklarında deneysel olarak oluşturulan Edwardsiella tarda enfeksiyonu üzerine histopatolojik incelemeler
Bu araştırmada Edwardsiella tarda (E. tarda) ile deneysel enfeksiyon oluşturulan genç (bir aylık) zebra balıklarının organ ve dokularında oluşan histopatolojik değişiklikler histolojik teknik ve boyama yöntemleri kullanılarak ortaya konuldu. Bu amaçla, çalışmada, zebra balıklarına intraperitoneal (ip) enjeksiyon ve banyo şeklinde uygulanan eprüvasyon işlemi sonucunda balıklarda enfeksiyon oluşması sağlandı. Deneysel uygulamaya bağlı olarak balıkların organ ve dokularında şekillenen histopatolojik değişiklikler histolojik yöntem ve teknikler kullanılarak mikroskobik incelemeye hazır hale getirildi. Mikroskobik değerlendirme ile ip enjeksiyon ve immersiyon şeklinde yapılan uygulama sonucunda balıkların organ ve dokularındaki histopatolojik lezyonlar ışık mikroskobunda değerlendirildi, fotoğraflanması yapıldı ve gözlenen mikroskobik bulgular kayıt altına alındı. Mikroskobik incelemelerde 104 ve 105 (Colony Forming Units/mililitre) CFU/ml ip deneme gruplarında; peritonda fibrinöz yangı ile kanama, karaciğerde şiddetli konjesyon, hepatositlerde vakuolizasyon, solungaçlarda primer lamellalarda yer yer mononüklear hücre infiltrasyonu ile pilar hücrelerde dejenerasyon, kas doku içerisinde yaygın veya fokal mononüklear hücre infiltrasyonları, kaslarda yaygın dejenerasyon ve nekroz ile kanama alanları gözlenen önemli değişikliklerdi. 106 ve 107 CFU/ml immersiyon gruplarında ise diğer gruplara göre daha hafif şiddette karaciğerde konjesyon ve hepatositlerde vakuolizasyon, kaslarda dejenerasyon ve fokal nekroz alanları görüldü. Kontrol grubunda herhangi bir histopatolojik değişime rastlanılmadı. Sonuç olarak bu çalışmada; oluşturulan deneysel E. tarda enfeksiyonu sonucu ip gruptaki zebra balıklarında daha şiddetli lezyonlar şekillenirken immersiyon gruplarında daha hafif şiddette ve daha az oranda lezyonlar oluşmuştur. Çalışma süresince balıklardan sadece bir tanesinde ölüm gözlenmiş ve deneme boyunca balıklarda gözlenen histopatolojik lezyonlara rağmen ölümlerin çok nadir olarak şekillenmesi, zebra balıklarının E. tarda enfeksiyonuna karşı oldukça dirençli oldukları kanaatine varılmıştır.
Türkiye'nin Akdeniz bölgesi odonatları
Türkiye'nin Akdeniz bölgesinde yer alan Aydın, Antalya, Burdur, Denizli, Isparta, Muğla, Mersin, Osmaniye, Adana, Kahramanmaraş ve Hatay illerinde 2000-2002 yıllarının Nisan-Eylül aylan ile 2003 yılının Nisan- Ağustos aylan arasında yapılan arazi çalışmalarında Odonata takımına ait 4414 örnek toplanmıştır. Toplanan örneklerin Odonata takımının 10 familyasının 33 cinsine ait 78 tür grubu taksonu temsil ettiği tespit edilmiştir. Araştırma alanında tespit edilen tür ve alttürlerin sinonimleri, bazı morfolojik özellikleri, habitatlan ve fenolojileri ile araştırma alanında yayılış bilgileri verilmiştir. Her türün yayılışı, Türkiye'deki yayılışı ve dünyadaki yayılışı olmak üzere iki katagoride ele alınmıştır. Tespit edilen türlerden Lestidae familyasına ait Lestes sponsa (Hansemann, 1823), Coenagrionidae familyasından Ischnura intermedia Dumont, 1974, Cordulegasteridae familyasından Cordulegaster pictus Selys, 1854 ve Libellulidae familyasından Libellula quadrimaculata Linnaeus, 1758 türlerinin Türkiye'nin Akdeniz bölgesi için ilk kayıttır. Türlerin araştırma alanındaki yayılışları her tür için ayrı bir harita üzerinde gösterilmiştir. Bilim kodu : 401.04.04 Anahtar kelimeler : Odonata, Akdeniz Bölgesi, Türkiye, fauna Sayfa adedi : xii+ 228 Tez Yöneticisi : Prof. Dr. Suat KIYAK
Propolisin radyasyona maruz bırakılan ratlarda lipid peroksidasyonu ve bazı antioksidan parametreler üzerine etkisi
Bu araştırmada radyasyon verilen ratlarda kanda; MDA, GSH düzeyinde, SOD, GSH-Px ve CAT aktivitelerinde propolis verilmesi ile oluşacak değişikliklerin belirlenmesi amaçlandı. Araştırma 3 grup üzerinde yapıldı. 1. Grup Kontrol, 2. Grup Radyasyon, 3. Grup Propolis + radyasyon verilen gruplar şeklinde düzenlendi. Uygulama sonrası plazma MDA, eritrosit GSH düzeyi, SOD, GSH-Px ve CAT aktivitesi ölçüldü. Yapılan istatistiksel değerlendirmede; radyasyon grubunda kontrol grubuna kıyasla; plazma MDA (p<0,001), eritrosit GSH (p<0,001) düzeyleri, GSH-Px (p<0,001), CAT (p<0,001) ve SOD (p<0,001) aktivitesi önemli bulundu. Propolis + radyasyon grubunda, radyasyon grubuna kıyasla; plazma MDA (p<0,001) düzeyi önemli bulunurken, eritrosit GSH düzeyi, SOD, GSH-Px ve CAT (p>0,05) aktivitelerinin ise önemsiz olduğu gözlendi.
Hipotiroidi ve hipertiroidi hastalarında homosistein düzeylerinin karşılaştırılması
Bu çalışma, hipertiroidi ve hipotiroidi hastalarında homosistein düzeylerinin belirlenmesi ve bu sonuçların kontrol grubuyla karşılaştırılarak istatistiksel açıdan anlamlı bir farkın olup olmadığını tespit etmektir. Bu amaçla Bingöl Devlet Hastanesi Endokrinoloji polikliniğine başvuran 50 hipotiroidi, 50 Hipertiroidi hastası ile herhangi bir metabolik rahatsızlığı bulunmayan ve sağlıklı bireylerden oluşan 50 birey kontrol grubu olarak belirlenmiştir. Bu 150 numunenin TSH, Serbest T3, Serbest T4, Vitamin B12, Folik asit ve Homosistein düzeylerine bakılmıştır. Yapılan istatistiksel çalışmalarda, tüm numunelerde yaşa bağlı olarak homosistein düzeyinde artış tespit edilirken, hipotiroidi hastalarında hipertiroidi hastalarına oranla yüksek homosistein düzeyleri tespit edilmiştir.
Göynük nahiyesi ve çevresinin (Karlıova-Bingöl) florası
Bu çalışma ile Göynük Nahiyesi ve Çevresinin (Karlıova, Bingöl) Florası araştırıldı. 2012-2016 yılları arasında gerçekleştirilen bu araştırmanın arazi çalışmaları sonucunda 1298 bitki örneği toplandı. Toplanan bitki örneklerinin teşhisi sonucu alanda; 72 familya ve 314 cins'e ait 470 tür, 131 alttür ve 88 varyete olmak üzere toplam 689 takson tespit edildi. 689 taksonun 3'ü Pteridophyta, 686'sı Spermatophyta divizyolarına aittir. Spermatophyta üyelerinin 686'sı da Angiospermae alt divizyosuna dâhildir. Angiospermae'lerin 572'si Dicotyledones ve 114'ü Monocotyledones sınıfında yer almaktadır. Belirlenen taksonlardan 63 tanesi B8 karesi için yeni kayıttır. Alandan toplam 62 (%9) endemik takson belirlenmiştir. Bu endemik taksonların 2'si lokal endemiktir. Endemik ve nadir toplam 67 taksonun tehlike kategorilerine dağılımları şöyledir: 2 takson kritik "CR", 4 takson tehlikede "EN", 14 takson zarar görebilir "VU", 34 takson az endişe verici "LC", 12 takson tehdit altına girebilir "NT", 2 takson veri yetersiz "DD". Çalışma alanı İran-Turan fitocoğrafik bölgesinde yer alıp, alanda tespit edilen taksonların fitocoğrafik bölgelere göre dağılımı ise şöyledir; İran-Turan elementi 245(%35,55), Avrupa-Sibirya elementi 64(%9,29), Akdeniz elementi 30(4,36), çok bölgeli veya fitocoğrafik bölgesi bilinmeyenler 350(%50,80)'dir. İçerdikleri takson sayılarına göre alanda en büyük ilk 10 familya sırasıyla; Asteraceae (82), Fabaceae (66), Poaceae (53), Brassicaceae (53), Lamiaceae (43), Caryophyllaceae (43), Scrophulariaceae (35), Apiaceae (32), Boraginaceae (30) ve Rosaceae (24)'dir. İçerdikleri takson sayılarına göre en büyük 10 cins sırasıyla; Astragalus (19), Silene (16), Trifolium (12), Veronica (10), Vicia (9), Ranunculus (8), Verbascum (8), Scrophularia (7), Galium (7) ve Myosotis (7)'dir. Bu çalışma sonucunda, Göynük Nahiyesi ve çevresinin (Karlıova, Bingöl) flora listesi elde edildi ve bu bitkiler Bingöl Üniversitesi Herbaryumu'na (BIN) kazandırıldı. Ayrıca; bu çalışma gelecekte Bingöl ve Türkiye florasını yazmak için bir referans olarak kullanılabilir. Anahtar kelimeler: Flora, Göynük, Karlıova, Bingöl, Türkiye.
Phyco-ecological study on two major parks water body in Erbil province (North Iraq)
The study was conducted in eight stations within Sami Abdulrahman Park and Shanadar Park, Erbil, Kurdistan region (North Iraq), the stations were distributed as a follows; four stations were selected in Sami Abdulrahman Park and four stations were selected in Shandar Park. Water samples were collected in polyethylene bottles and algal samples were collected in sterile vial of 50 ml. The study was focused on the epipelic and phytoplankton composition during the study period. Generally, results revealed that air temperature has a wide range of fluctuation; it was ranged from 17-21 ºC. Water temperature in all stations was ranged from 11-16 ºC, whereas it was never falling below 11 ºC. The results of water sample analysis showed the following records; Electrical conductivity ranged from 295-1370 μS.cm-1; turbidity ranged from 7-11 NTU;Total alkalinity, acidity and hardness were range from 196-390, 19.21-15.62, 165 to 220 mg CaCO3 l-1, Calcium ion were ranged between55-96, magnesium ion were ranged 25-30.13. Results of inorganic constituent analyses total dissolved solid were between 329-666, value of hydrogen ion concentration were noted from 7.97-8.25. Lower value of dissolved oxygen 2.61 and higher value 4.45.On the other hand, results of biological oxygen demand were ranged between14.64-17.41. In point view of algal flora, a total of 34 algal species was identified belong to 13 genera, 11 families, and 4 divisions were identified. The dominant division was Cyanophyta shared by 15 species (44%), followed by Chlorophyta with 10 species (29%), Euglenophyta with 6 species (18%), Bacillariophyta with 3 species (9%). The genus and species were identified (Chlamydomonas reinhardtii, Chloroccocum infusionum, Chlorococcum humicola, Chroococcus micrococcus (Kuetz) Rabenh., Chroococcus montanus, Chroococcus turgidus, Cladophora kutzing, var. nordstedtiana Brand, Cosmarium bioculatum Berb., Cosmarium leave Rabenh, Cymbella cistula, Cymbella minuta, Euglena acusvarrigida Huebner, Euglena deses Her., Euglena geniculate, Euglena gracilis, Euglena spirogyra Ehrenberg, Euglena texta, Gloeotrichia sp., Lyngbya aesturii after Komarck 1956, Lyngbya limneticalemm, Oscillatoria acutissima Kufferath, Oscillatoria anagustissima West G.S.W., Oscillatoria chlorina Kutz. (After Fremy), Oscillatoria irrique (Hhr) Gomont, Oscillatoria limosa (Ag) Gomont, Oscillatoria minnesotensis Tilden, Phormidium lucidum Kutzing, Phormidium standleyi Drouet, Phormidium willei after Komarek, Spirogyra maneramae Rand, Spirogyra porticalis,Spirogyra pseudoreticulate Krieger, Synedra ulna. Key Words: Kurdistan (North Iraq), Erbil, Sami Abdulrahman Park, Shanadar Park, Algae.
Association of MTHFR gene polymorphism and serum folate level with neural tube defects among neonates in Duhok city
Neural tube defects are a group of conditions in which an opening in the spinal cord or brain remains from early in human development. Besides the role of folic acid, a number of maternal factors have also been found implicated in the etiology of NTD, particularly hyperthermia, diabetes, hyperinsulinemia, obesity. Some mutations in MTHFR gene are associated with methylenetetrahydrofolatereductase deficiency.The best-characterized MTHFR genetic polymorphism is a common missense mutation consisting of 677 C→T transition, resulting in thermolabile enzyme variant that has reduced catalytic activity.The methylenetetrahydrofolatereductase (MTHFR) C677T mutation polymorphism was studied using RFLP method. The PCR amplified products were cut using polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism with specific primers and digestion of the amplified products with HinfI restriction enzyme. The current study recruited (31) Neural tube defects patients (infants/child), with their corresponding (30) fathers and (32) mothers in Duhok City. The majority of the infants/child involved in the study were female (16, 56.1%) Twenty four (24, 77.41%) of the NTD patients were positive MTHFR 677C→T mutation,of the Neural tube defects patients were positive methylenetetrahydrofolatereductase (MTHFR) 677C→T mutation, most of them were heterozygous type (18, 75%), while (6, 25%) were homozygous. According to the results extracted based on the available data it was found that the Neural Tube Defect disease in infants/children could not be attributed to MTHFR 677 C→T mutation neither to the estimated levels of the serum folate(Fisher`s exact test, p=0.227).
The role of C60 nanoparticle on apoptosis and autophagy in Hmuna Malignant Glioma
Glioblastoma is one the most aggressive types of astrocytoma, resistant chemo- and radio-therapy. Nanoparticles C60fullerene are the power antioxidant and demonstrate anticancer activity. In contrast to many chemotherapy agents, this fullerene absolutely non-toxic in wide range of concentrations. Pristine C60 fullerene is a promising candidate for many biomedical applications. Despite the fact that, the effect of C60 fullerene in cancer has been extensively studied, the potential regulation of between autophagy and apoptosis has not been addressed in glioblastoma. Molecular mechanism of crosstalk between autophagy and apoptosis in glioma cell line remain unknown. Therefore, we investigated the effect of C60 fullerene on p53/caspase-9/caspase-3/PARP and autophagy pathway on human glioblastoma astrocytoma cell. Glioblastoma U-373 cells were treated with different concentrations (0.5, 1 and 2 µM) C60 fullerene for 24 hours. Cell proliferation and viability were detected by MTT assay. ROS levels were measured by ROS/RNS and DCFD assay respectively. Changes of p53, Caspase-9, Caspase-3, PARP, p21, Beclin1 and LC3protein expressions were analysed by western blotting .Results of MTT assay showed that C60 fullerene significantly decreased cell proliferation and cell viability. All doses C60 fullerene treatment increased ROS and NO levels in U373 cell line. The expression of Beclin-1 and ratio of LC3-II/LC3-I was significantly induced by treatment of C60 fullerene. We showed that apoptosis was significantly upregulated in U373 stimulated with C60 fullerene induced apoptosis and increased the activity of caspase-9/3 and p53. We found that C60 fullerene induced cell cycle arrest, p53-dependent upregulation of p21 and activated PARP in human malignant glioma U-373 cell line after 24-hour treatment. C60 fullerene inhibited the proliferation and induced apoptosis and autophagy in U373 cells in a dose-dependent manner. Overall, our findings have suggested that water-soluble C60 fullerene induces cell cycle arrest, apoptosis, and autophagy in U373 cells through inducing p21/PARP, Beclin1/LC3 and activating p53/caspase-9/caspase-3 pathway signaling pathways. Our findings shed light on the effect of C60 fullerene in glioma cancer cells. Key words: C60 fullerene, glioma U-373, apoptosis and autophagy.
Isolation, identification and molecular characterization of streptomyces from soil in halabja, Iraq
The aim of this study is to isolate actinomycetes, particularly Streptomyces, species from soil samples were collected from Halabja at Iraq. For this aim, total 30 soil samples were collected from the different part of Halabja and physicochemical parameters of them were measured after brought the laboratory. First of all, a conventional isolation method used to isolate Streptomyces. Ten-fold dilution of soil samples were inoculated onto strach casein agar plates supplemented cycloheximide, nystatin and novobiocin and raffinose-histidine agar plates supplemented with cycloheximide and nystatin and 105 colonies having substrate and aerial mycelium was selected and purified. All isolates presumably were colour grouped according to aerial spore mass, colony reverse and diffusible pigment colours formed on oatmeal agar and on their capacity to produce melanin pigments on peptone-yeast extract iron agar and isolates were assigned to 10 colour group. 20 representatives strains of coluor groups were tested for 40 diagnostic identification test and then the results were analyzed by computer-assisted program generating a dendrogram. These 20 test strains were assigned 10 clusters and the cluster of dendrogram showed to match those obtained by manual colour-grouping of the isolates more or less. For phylogenetic analysis, 16S rDNA genes of 20 test strains were amplified with universal primers after extraction of genomic DNA and then sequenced, but 17 of them were successfully sequenced. Phylogenetic analysis of 17 test strains carried out using base sequences of 16S rDNA genes in the core genome resulted that 10 test strains were identified as Streptomyces species those were 3 Streptomyces badius NRRL B-2567, 5 Streptomyces cinereoruber subsp. cinereoruber NBRC 12756 and 2 Streptomyces enissocaesilis NRRL B-16365. In addition, 3 test strains were identified as Mesorhizobium huakuii IAM 14158 while 3 of them were Nocardiopsis synnemataformans DSM 44143, one of them was identified as Pseudomonas taiwanensis BCRC 17751T species that may be a contaminated strains. Results of phylogenetic analysis showed that test strains identified as Mesorhizobium huakuii IAM 14158 may be a new species due to 98,45% similarity level, that is differences is to high with type species. For this reason, DNA-DNA hybridization should be carried out in future to accept new species due to essential technique for description a new species.xiv Also the diaminopimelic amino acid (DAP) content of the cell wall of 4 test strains was determined and the sugars of the whole cell hydrolysates were analyzed. 3 test strains had LL-diaminopimelic acid as the diagnostic cell wall diamino acid for Streptomyces genus, and glucose, ribose and mannose were detected in the whole cell hydrolysates while one of test strains contained mezo-A2pm DAP as diagnostic for Nocardiopsis species, and galactose and ribose in the whole cell hydrolysates. The results of chemotaxonomic studies supported the phylogenetic analysis findings. Keywords: Streptomyces, Halabja, 16S rDNA, Actinobacteria.
Selective isolation, identification and molecular characterization of streptomyces species from soil of Sulaimani province, north of Iraq
In this study, a total 32 soil samples collected from Pshdar and Ranya sites which are districts in Sulaimani governorate, Kurdistan Region of Iraq. The samples were subject to isolation of actinomycetes genera and streptomyces bacteria. Initially, physicochemical parameters of soil samples were measured and then selective media raffinose-histidine agar supplemented with cycloheximide and nystatin, and starch-casein agar plates supplemented with same antifungal antibiotics and novobiocin, were used to isolate Streptomyces strains from soil samples. In total, 164 streptomycetes were isolated from the soil samples and were de-replicated manually based on: aerial spore mass, colony reverse and diffusible pigment colours formed on oatmeal agar, and their capacity to produce melanin pigments on peptone yeast extract iron agar. Using numerical analysis method, 40 diagnostic tests were carried out on 20 representative test strains of the colour groups; the samples were assigned into 10 clusters. In general, the clusters of isolates delineated in the dendrogram generated using the distances were found to match those obtained by manual colour-grouping of the isolates. The implications of the computer-assisted colour-grouping method for ecological studies are important. For phylogenetic analysis, 16S rDNA genes of 20 test strains were amplified with 2 universal primers after extraction of genomic DNA and then sequenced; however, only 18 of them were successfully sequenced. These representative 18 test strains were subject to phylogenetic analysis of DNA sequence of 16S rDNA and 11 out of 18 test strains were identified as Streptomyces species while 3 of them identified as Amycolatopsis species; they were Amycolatopsis umgeniensis UM16 and Amycolatopsis xuchangensis CFH S0322. Two test strains were identified as Nocardia species and they were Nocardia ignorata DSM 44496 and Nocardia rhamnosiphila NRRL B-24637. The other two test strains were identified as Lentzea flaviverrucosa AS4.0578 species. Out of the 11 strptomyces; 4 were S. anulatus, 4 were S. fulvissimus, 2 were S. lateritius, and 1 was S. atrovirens. A reasonable linear correlation was found between the colour-group, and corresponding dendogram that was generated after analysis of base sequence of 16S rDNA genes. Also, chemotaxonomic studies, sugar analysis and diaminopimelic acid (DAP) analysis, on 4 test strains of representatives from phylogenetic dendogram were more or less in agreement with the result of phylogenetic analysis and numerical analysis of test strains, and these are supported by previous studies. The data indicates that the K02008 (13K) and K20134 (4K) which were isolated should be recognized as new species in the genus Amycolatopsis, because they are 99,15% similar to Amycolatopsis xuchangensis CFH S0322(T). Also, K18126 (6K), and K21147 (16K) that were isolated should be recognized as new species in the genus Lentzea, since they are 99,15% similar to Lentzea flaviverrucosa AS4.0578(T). However, all these new isolated species mentioned should be further studies using DNA-DNA hybridization of the strains with nearest type strain. Keywords: Streptomyces, 16S rDNA, Sulaimani.
A study of mono amine oxidase a gene mutation with aggressive behavior in criminals in Erbil city prison
Bu çalışmanın amacı Irak, Erbil hapishanesindeki suçluların monoamine oxidize Agenlerinin (MAOA) exon 8'deki mutasyonları ile davranışları arasındaki ilişki incelemektir. Bu çalışmada moleküler yaklaşım kullanılarak MAOA geninin Exon-8'in mutasyonu incelendi. DNA ekstraksiyonundan sonra polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile Exon 8 bölgesi çoğaltılması, jel elektro forezde koşturulduktan sonra DNA nükleotid zinciri belirlenerek analizi yapıldı. Bu amaç için, yaşları 21 ila 60 arasında değişen 30 mahpus ve 5 kontrol group olmak üzere toplam 35 kan numunesi alındı. Suç oranıyaşları 21 ila 30 arasında olan gençlerde yüksekiken yaş aralığı 31 ila 40 arasında olanlarda keskin bir düşüş gösterdi. Suçluların çoğunluğu eğitimde başarısız olmuş ve resmi yüksek eğitim almamışlardır. Çoğunluğu okuldan kaçmış veya ayrılmış ve 30 öğrenciden 16'sı (%53'ü) resmi ilkokul mezunu, 11'i (%36) ise orta okul mezunudur. Evlilik ile suç arasındaki ilişki incelendiğinde, 30 suçludan 25'i (%83) eviliken 5'i (%17) bekar olduğu belirlendi. MAOA geninin Exon-8 bölgesinin DNA nükleotid analizisonucu substitüsyon ve insersiyon olmak üzere 2 mutasyon gözetlendi. Suçluların tümünde MAOA genin Exon-8 bölgesinde yaygın olarak mutasyon olduğunu sonuçlarımız gösterdi. Exon 8'in 2326 nt'deki yaygın mutasyon yüzdesi %52 olarakbulundu. SNP (G-T) arginin arginine (anlamsızmutasyon) olarakdeğişti. Aynışekildeexonon 2276 nükleotid posizyonunda G'in C'ne transversiyonulizin aspargine (yanlışanlam mutasyonu) olarak değiştiği belirlendi ve %26 oranında suçlularda görüldü. 2302 posizyonda bulunan C'in çerçeve kayması mutasyonu oranı %4 olduğu ve tüm amino asit dizilimini değiştirdiği belirlendi. Anahtar kelimeler: MAOA geni, kriminal, Erbil.
Study of statin effects on plasma lipid profile of patients with dyslipidemia
Dyslipidemia is a major public health problem in developed countries, and it is becoming more common worldwide. Also dyslipidemia is a major risk factor for cardiovascular disease, and it is considered as the first leading cause of death in the world, more people died in Kurdistan region by cardiovascular disease. The aim of this study is to investigate whether anti-cholesterol treatment could effect on plasma lipid profile of patients with dyslipidemia. Twenty-four subjects were taken at Surgical Specialty Hospital Cardiac Center in Erbil city and diagnosed by dyslipidemia. Blood sample collections started in 20,02,2016 and finished in 20,04,2016. The present study included 12 patients (6 males and 6 females) who had dyslipidemia as patient group and 12 individuals (4 males and 8 females) who had no dyslipidemia as healthy group, patient and healthy groups aged >30 years old. The results of this study showed that the concentration of total cholesterol (TCH) and triglyceride (TG) were significantly higher about 66,7% or in 1,67 times and 69,5% or in 1,69 times in patient group before treatment with atorvastatin than that of control group, while they were decreased after treatment with atorvastatin. The concentration of low density lipoprotein (LDL) was significantly higher about 42,8% or in 1,42 times in patient group before treatment with atorvastatin than that of control group, it is decreased after treatment but not significantly. Meanwhile, the concentration of high density lipoprotein (HDL) was significantly lower about 23,5% or in 1,3 times in patient group before treatment with atorvastatin than that of control group, it is increased after treatment with atorvastatin. The concentration of CHOL/HDL was not significantly higher in patient group before treatment with atorvastatin as it compares with control group, it is decreased non-significantly after treatment with atorvastatin. On the other hand, the concentration of creatinine was not significantly higher in patient group before treatment with atorvastatin than that of control group, it is decreased after treatment but not significantly. The concentration of urea was significantly higher in patient group before treatment with atorvastatin than that of control group, it is decreased after treatment but not significantly. The concentration of glucose was significantly higher in patient group before and after treatment with atorvastatin than that of control group, it is decreased about 34,8% or in 1,34 times after treatment but not significantly. The mean value of erythrocyte sedimentation rate (E.S.R) was significantly higher in patient group before treatment with atorvastatin than that of control group, it is decreased after treatment with atorvastatin but not significantly, but there is significant difference in mean levels of (E.S.R) in patients before and after treatment with atorvastatin. Observed results show multifactorial effect of atorvastatin on lipid metabolism and main clinical indices, as urea and creatinine. Taking together, obtained data evidence soft positive effect of statin for symptom data of patients with dyslipidemia
Endotel hücre hattında homosistein hasarına karşı melatonin ve alfa tokoferolün etkilerinin araştırılması
Bu çalışmada in vitro koşullarda homosistein kullanılarak oluşturulan oksidatif hasara karşı antioksidan moleküller olan melatonin ve alfa tokoferolün ayrı ayrı ve birlikte insan umbilikal kord endotel hücreleri üzerindeki etkilerine bakılmıştır. Hücre canlılığı analizi sonucuna göre 1 mM homosistein eklenmesi hücrelerin canlılık oranını azaltırken, 10 µM melatonin ve 50 µM alfa tokoferolün homosisteinle beraber eklenmesi homosisteinin etkisini azaltarak hücre canlılığını istatiksel olarak önemli oranda arttırmıştır. Ayrıca homosistein hücrelerde oksidatif stres göstergesi olan lipid peroksidasyonu ve reaktif oksijen türevleri miktarını, apoptoza uğrayan hücrelerin sayısını ve DNA fragmentasyonunu istatiksel olarak önemli oranda arttırırken homosisteinle beraber melatonin ve alfa tokoferolün eklenmesi belirtilen parametleri önemli oranda düşürmüştür. Homosistein hücre göçünü azaltırken homosisteinle beraber melatonin ve alfa tokoferolün eklenmesi hücre göçünü arttırmıştır. Bu sonuçlardan melatonin ve alfa tokoferolün insan endotel hücreleri için oksidatif stresi azaltan ve apoptoza karşı koruyucu güçlü antioksidan moleküller olduğu fakat birlikte eklenmelerinin antioksidan etkilerini arttırmadığı sonucu çıkarıldı.
The effects of ethanol extract propolis absorbed with nanoparticles c60 fullerenes on astroglial reactivity and cytoskeleton state in primary rat astrocyte cell culture
Astrocytes are the most abundant cell-type of the human brain and play a variety of roles in brain homeostasis and synaptic maturation, under normal conditions. In addition, astrocytes undergo dramatic pathological changes in response to brain injury, such as reactive gliosis and glial scar formation. The implementation of new public healthcare models that stimulate the use of natural products from traditional medicine, as a so-called integrated medicine, refers to an approach that uses best of both conventional medicine and traditional medicine. Propolis is a widely used natural product by different ancient cultures and known to exhibit biological activities beneficial for health. A large number of studies conducted with propolis had identified that its chemical composition varies as a function of the climate, plant difference, and bee species and plays an important role on its therapeutic characteristics. The aim of the study is the molecular disclosure mechanisms of EEP effects on astroglial reactivity and cytoskeleton state in primary rat astrocyte cell culture. In Our study observed Ethanol Extract Propolis significantly induced astrocytes activation can lead to expression GFAP, Nf-kB, and angiostatin. One approach to protecting against Dox-induced chemical insult to normal tissues is a combined use of the EEP with antioxidants of a different nature. EEP has recently been recognized as a promising agent for use in anticancer therapy.
The effects of ethanol extract propolis on extrinsic and intrinsic pathways of apoptosis in primary rat astrocyte cell culture
Presented study was to examine the effect of ethanol extract of propolis (EEP), dependently on their concentrations on the viability and morphology of exposition to treated EEP or its ingredients. Results about 100μg/ml ingredients of EEP were evaluated by Immumoblot. We obtained the strong decline of viability of primary astrocytes cell. The results of Immunoblot shown an increasing of GFAP expression in primary astrocyte cell culture approximately to 29% after EEP 10μg/ml, 22% after EEP 25μg/ml and 79% after EEP 100μg/ml application. Moreover, the modulation of expression markers of apoptotic ways, especially, caspase3, BAX, Bcl-2 may indicate activation of intrinsic pathway of apoptosis induced by EEP in primary astrocyte cell culture line. EEP contain high amount antioxidant known to be essential for maintaining the proper function and regulation of many biochemical and cellular reactions. However, high exposure to levels of EEP in occupational can lead to more degenerative suppression caspase-3,BAX. Related to apoptosis, according to caspase-3 content on 79%, BAX 66% (EEP+LPS). Observed results showed that primary astrocyte cell culture is valid experimental model for the study of EEP effects on switching off apoptosis pathways. Different doses of EEP have a non linear dose-depend effect on expressions of both extrinsic and intrinsic apoptotic pathways markers. After treatment with EEP primary astrocyte cell culture induce astroglial reactivity in 10–100 μg/ml range concentration. This astrocyte‟s reactivation associated with GFAP overexpression and hypertrophy of glial cells. The involvement of the intrinsic mitochondrial pathway of apoptosis was demonstrated with modulation by EEP a level of Bcl-2 expression. In addition, our data also shown for the first time that 25μg/ml EEP induce maximum astroglial reactivity compared with 10 – 100μg/ml EEP. Taking together, these findings contribute to a deeper elucidation of the molecular signaling mechanisms underlying EEP for regulation apoptotic pathways and cell reactivation.
Bingöl yöresi bal örneklerinden fenolik bileşiklerin ekstraksiyonu ve bazı biyolojik aktivitelerinin araştırılması
Bingöl ve yöresi zengin bitki çeşitliliği ve uygun iklim koşulları ile arıcılığa oldukça uygun bir bölgedir. Bölgemizde bal üretimi ticaret amaçlı olduğundan dolayı arıcılık faaliyetleri her geçen gün artmaktadır. Bu çalışmada, Bingöl ili ballarının, farklı bölgelerden alınan örneklerinin fenolik ekstrelerinin dünya çapında yapılan bal araştırmalarında bilinirliliği ve etkinliği azdır. Bu amaçla ve balın bir şifa kaynağı olarak bilinen toplumlarda balın gerçek özelliklerinin neler olabileceği ve Bingöl balının sadece besleyici özelliği dışında şifa kaynağı olarak ne kadar etkin olduğu, bal içeriğinin etkin maddeler açısından hangi vasıflara sahip olduğu bu etkin maddelerin ne derecede antioksidan ve antikanser özelliği gösterdiğinin tespit edilmesi amaçlanmış ve çalışmada kullanılan bal örnekleri Amberlite® XAD-2 kolon dolgu maddesiyle ile muamele edilerek fenolik ekstraktları elde edildi. Ekstrakların toplam fenol içerikleri Folin-Ciocalteu yöntemiyle, toplam flavonoid miktarları alüminyum klorür metoduyla ve toplam antioksidan aktiviteleri ise fosfomolibden yöntemi ile tayin edilmiştir. Bingöl' deki çeşitli bölgelerden toplanan 5 adet balın metanol ekstraktında toplam fenolik içerikler Kiğı (426,01), Sancak (326,17), Servi (237,70), Solhan (172,90) ve Yayladere (140,34) (µg gallik asit/g) olarak hesaplanmıştır. Toplam flavonoid içerikleri ise sırasıyla 0,1981, 0,1482, 0,0805, 0,0817, ve 0,0876 (µg kuersetin/g) olarak saptanmıştır. Toplam fenolik asit içerikleri sırasıyla 723,33 - 868,00 - 262,00 - 0,0817 ve 312,00 (µg sinapik asit/g) olarak saptanmış bu verilere göre fenolik bileşik içeriğine göre Kiğı balı öne çıkmaktadır. Bu ekstraktların antioksidan aktiviteleri olarak metal şelatlama aktivitesi ve toplam antioksidan kapasitenin belirlenmesi deneyleri yapılmıştır ve % inhibisyon olarak değerlendirilen 1000 µg/mL konsantrasyon da en fazla inhibisyon olduğu görülmüştür, buna göre bal ekstraklarının inhibisyon değerleri sırasıyla % olarak 17,17 - 2,74 - 18,76- 11,44 ve 3,74 olarak belirlenmiştir. Bu bal ekstraktının metal şelatlama aktivitesinin EDTA eşleniği açısından değer- lendirildiğinde 12,5 µg/mL konsantrasyonda en fazla metal şelatlama sahip olduğu görülmüş ve buna göre metal şelatlama aktiviteleri sırasıyla 2448,01 - 1334,16 - 439,61 - 1971,66 - 1432,08 µg EDTA/g olarak hesaplanmıştır. Toplam antioksidan kapasite ise sırasıyla 2275,40 - 1498,25 - 811,90 - 646,98 ve 16,34 (µg askorbik asit/g) olarak belirlenmiştir. Bu bilgilere göre Kiğı balın toplam antioksidan ve fenolik içerik aktivitelerinin diğer ballardan daha yüksek olduğu görülmüştür. Ayrıca tüm bal örneklerinin insan prostat kanser hücrelerinin (PC-3) canlılığı üzerine etkilerine de bakılmıştır. Tüm bal örneklerinin PC-3 hücre canlılığını uygulanan tüm dozlarda düşürdüğü gözlemlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Bal, fenolik bileşikler, antioksidan aktivite, antikanser aktivite.
Isolation, purification myelin basic protein (MBP) and generation specific antibodies against its
Myelin basic proteins (MBP) are extraneous membrane proteins that play an essential role in the original organization of the myelin sheath. The classic (MBP isoforms are inherently disordered proteins of 14-21.5 kD gain size emerging from the Golli Gene in the Oligodendrocyte Lineage) gene combination, and are accountable for configuration of the multilayered myelin sheath in the central nervous system. The 'classic' 18.5-kDa isoform of myelin basic protein (MBP) was primary isolated more than 50 years ago as an encephalitogenic determinant. This protein is an integral part of central nervous system (CNS) myelin, adhering the cytoplasmic leaflets of the oligodendrocyte (OLG) layer to each other to form the major dense line observed in electron micrographs. This essential role is manifestation by mutant mouse which has an ablation in the MBP gene, and whose CNS myelin is rare and relatively unstructured. In this study MBP was isolated from rat brain 600 mg brain tissue and homogenized. Buffer for homogenates contain the cock tail of the inhibitors proteases benzamidine, leupeptine and PMSF. Rat brain homogenate was centrifuged for a separation of water-soluble proteins. The rat brain homogenate centrifuged for 14000 rpm 60 min and after the pellet collect. This pellet mixed and resuspend with methanol-aceton solution for delipidation. Later 45 min incubation in +4 C0 this mix centrifuged for 30 min 14000 rpm and after the pellet collect. Obtained pellet was used for extraction MBP with acid buffer pH 2.0. The extraction was performed 60 min at +4 C0 with permanent mixing. After centrifugation for 30 min 14000 rpm this extract was used for isolation and purification MBP by SDS/PAAG. Extracted from gel polypeptide with Mm 18 kDa was used as antigen for rabbit immunization. The titer of antibodies in western blot was determinate as maximum dilution for visible results without decreasing intensity of main MBP polypeptides staining on a membrane. This maximal dilution for anti-MBP antibodies was 1:5500. Purification of IgG fraction resulted to obtain specific antibodies against pure MBP from rat brain containing mainly the 18.5 KDa isoform. Obtained specific antibodies against MBP may be successfully used for study demyelinated diseases and olygodendrocyte pathology.