Theses supervised by Prof. Dr. Mukaddes Kayım
10 theses · Çukurova University
Bazı sert çekirdekli meyve anaçlarının ın vıtro çoğaltımı ve kök-ur nematodlarına karşı dayanıklılıklarının araştırılması
Çalışmada, Garnem, GF-677, Cadaman ve Myrobalan 29 klonunun sürgün ucu ile in vitro klonal çoğaltılması ve bu bitkilerin kök-ur nematodlarına (M. incognita ve M. javanica) dayanıklılığının araştırılması hedeflenmiştir. Bu amaçla, GA3'ün sabit 0.05 mg/l ve BAP'nin farklı konsantrasyonlarını (0, 0.5, 1.0, 1.5, 2.0 mg/l) içeren MS ve modifiye MS (MST) ortamları mikroçoğaltımda kullanılmıştır. IBA ve Fe-EDDHA kombinasyonlarını içeren MS ve MST ortamları sürgünlerin köklendirmesi amacıyla kullanılmıştır. En yüksek yan sürgün sayısı Garnem, GF-677 ve Cadaman anacı için 2.0 mg/l BAP içeren MST ortamından, Myrobalan 29 klonu için 1.0 mg/l BAP içeren MS ortamından elde edilmiştir. En iyi köklenme yüzdesi, 1.5 mg/l IBA içeren ortamda GF-677 için 100 mg/l, Garnem için 500 mg/l ve Cadaman anacı için 500 mg/l Fe-EDDHA ilavesiyle elde edilmiştir.In vitro koşullarda üretimi yapılan Garnem, Cadaman ve Myrobalan 29 klonu Meloidogyne incognita ırk 2 ve M. javanica'nın 1000 adet 2. dönem larvası ile inokule edilmiştir. İnokulasyondan 3 ay sonra anaçların köklerinde kök-ur nematodlarının oluşturduğu gal oranı ve topraktaki nematod populasyonu saptanmıştır. M. incognita ve M. javanica ile inokule edilen anaçlarda, nematodların gelişmediği ve çoğalmadığı saptanmıştır, çoğalma oranı (R) 0 olarak değerlendirilmiştir. Ayrıca köklerdeki gal oluşum oranı değerlendirildiğinde, Cadaman anacında gal indeksi 1 iken, diğer anaçlarda 0 olarak saptanmıştır.Anahtar Kelimeler: Dayanıklık, Meloidogyne spp., Mikroçoğaltım, PCR, Prunus anaçları
Bazı meyve ağaçlarında kök boğazı çürüklük etmeni phytophthora türlerinin izolasyonu, tanısı ve moleküler karakterizasyonu
Adana ve Mersin il ve ilçelerinde yetiştiriciliği yapılan bazı yumuşak ve sert çekirdekli meyve türlerinde kök ve kök boğazı çürüklüğüne, zamklanmaya ve kahverengi meyve çürüklüğüne neden olan Phytophthora türlerinin karakterizasyonlarını belirlemek amacıyla 2009-2012 yılları arasında 10 farklı bölgeden Phytophthora ile infekteli olduğundan şüphe edilen bitki örnekleri toplanmıştır. Kayısı, elma ve şeftali ağacı köklerinden ve infekteli limon meyvesi dokularından Phytophthora izolatları laboratuar koşullarında modifiye edilmiş farklı konsantrasyonlarda antibiyotik içeren PARPH ve PDA besi ortamları üzerinde saflaştırılmıştır. Phytophthora izolatları PDA, MHA, KTA, YUA ve MUA besi ortamlarında alt kültüre alınarak koloni desenleri oluşturulmuş ve mikroskobik yapıları belirlenmiştir. İzolatların koloni desenleri besi ortamlarına göre değişiklik göstermekle birlikte, genel olarak kayısı izolatları krizantem, elma izolatları stellate, kamelya ve krizantem, şeftali izolatı homojen ve kamelya, turunçgil izolatı ışınsal, krizantem ve gül yaprağı şeklinde koloni deseni oluşturdukları saptanmıştır. Phytophthora izolatlarının genomik DNA'larından rDNA'ya ait ITSI, 5.8S ve ITSII bölgelerinin DNA fragmenti PCR ile yaklaşık 900-1050 bç büyüklüğünde çoğaltılmış ve MspI ve HaeIII restriksiyon endonükleaz enzimi ile kesilerek polimorfik DNA fragmentleri elde edilmiştir. Buna göre kontrol olarak kullanılan turunçgil izolatı P. citrophthora diğer izolatlardan tamamen farklı DNA polimorfizmi göstermiştir. APe-1 izolatı P. cactorum, MAş-1 izolatı P. megasperma olarak değerlendirilmiş, MYk-2 izolatı P. palmivora ile benzerlik göstermiştir.Anahtar Kelimeler: Koloni desenleri, ITS bölgeleri, PCR, Phytophthora spp.,RFLP
Doğu Akdeniz Bölgesi'nde buğdayda Septorya yaprak lekesi (Septoria tritici Rob. ex. Desm.)'nin yaygınlığının belirlenmesi ve patojenin moleküler karakterizasyonu
Bu çalışmada Doğu Akdeniz Bölgesi'nde buğday yetiştiriciliğinde sorun olan Septorya Yaprak Lekesi Hastalığının (SYLH) yaygınlığını belirlemek üzere Adana, Mersin, Osmaniye, Hatay ve Kahramanmaraş'ta 260 farklı buğday tarlasında sörvey yapılmıştır. Tarlaların % 58,91'inin SYLH ile bulaşık ve hastalık şiddetinin ortalama % 11,62 olduğu saptanmıştır. 142 hastalıklı bitki dokusundan toplamda 74 izolat saflaştırılmış, bunlardan; Adana'dan 47, Mersin ve Osmaniye'den 3'er, Hatay'dan 14 ve Kahramanmaraş'tan 7 izolat elde edilmiştir. En çok izolatın elde edildiği Adana'da hastalık % 87,99 ile en yaygın olarak saptanırken, bunu % 87.44 ile Osmaniye, % 43,59 ile Kahramanmaraş, % 42,68 ile Mersin ve % 26,03 ile Hatay illeri izlemiştir. Hastalık etmeni morfolojik yapının mikroskobik gözlemlerine göre ve moleküler analiz yöntemleri yardımıyla tanımlanmıştır. Elde edilen 74 izolattan 15'i rDNA'nın ITS gen dizileri 5′ ve 3′ yönlerinden dizilimleri elde edilmiş ve NCBI gen bankasında nükleotidler blastn programı ile karşılaştırılmış ve etmeninin Septoria tritici olduğu belirlenmiştir. İzolatlara ait rDNA ITS gen dizileri KP852507, KP852508, KP852509, KP8525010, KP8525011, KP8525012, KP8525013, KP8525014, KP8525015, KP8525016, KP8525017, KP8525018, KP8525019, KP8525020 ve KP8525021 kayıt numaraları ile NCBI gen bankasına yüklenmiştir. Maksimum Parsimoniye göre izolatların birbiri ile olan yakınlığına bakıldığında CU_101 StM26 ve CU_103 StA58 nolu izolatı diğer Septoria tritici izolatlarının genetik orijinini oluşturmuştur. Diğer izolatlar bunlardan 2 farklı alt gruba ayrılmıştır.
Genetics of virulence and pathogenic diversity for ascochyta blight chickpea
This research was conducted to study the inheritance of virulence, mating type distribution, pathogen diversity for Ascochyta rabiei affecting chickpea, and to screen sub set chickpea accessions against the highly virulent pathotype IV. Inheritance of virulence was studied by doing crosses between pathotypes three crosses were made and 20 progenies per cross were tested on susceptible and resistant chickpea genotypes, chi square test showed that inheritance of virulence was controlled by single gene. Mating type distribution for 78 isolates collected from four countries was investigated by using MAT-specific primers, and the study showed no significant deviation from 1:1 ratio. Pathogen diversity for 96 isolates collected from four countries was studied studied by using eight SSR primers , the study showed highly genetic diversity between the isolates. Finally the reaction of 200 chickpea genotypes against pathotype IV the highly virulent pathotype was studied and just one genotype showed moderately resistant reaction. Key words: Ascochyta rabiei , chickpea, inheritance, mating type, pathotypes
Adana ili badem ağaçlarında Botryosphaeriaceae türü patojenlerin belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu
Bu çalışmada, Adana ili ve ilçelerinde badem ağaçlarında genel solgunluk, dal kurumaları, gövde ve dallarda zamklanma ile geriye doğru ölümlere neden olan Botryosphaeriaceae türü fungusların il içi yaygınlık oranı ve bu cinse ait türlerin morfolojik ve moleküler karakterizasyonları araştırılmıştır. Adana iline ait 7 ilçede 30 farklı badem bahçesinde yapılan sörvey çalışmaları sonucunda 8 bahçenin Botryosphaeria cinsine ait iki türle (Neofusicoccum parvum ve Diplodia seriata) bulaşık olduğu saptanmış ve Adana ili için hastalık yaygınlık oranı %26.6 olarak belirlenmiştir. Bu etmenler, anamorf meyve evlerindeki konidilerin mikroskobik morfolojik yapılarına, ITS ve β-tubulin gen dizilerinin BLASTn analizlerine göre tanılanmıştır. Her iki türe ait toplam 12 izolat elde edilmiştir. Elde edilen bu izolatlara ait kesik dal ve fidan patojenisite test sonuçlarına göre N. parvum'un (CU_56 ve CU_57) D. seriata'ya (CU_48 ve CU_50) göre daha virulent tür olduğu saptanmıştır. ITS ve β-tubulin genleri tek olarak ve birleştirilmiş gen dizilimi şeklinde Maksimum Likelihood Soy Ağaçları oluşturulduğunda her iki tür birbirinden ayrı gruplar olarak dendogram oluşturmuşlardır. Her iki türe ait toplam 12 ve en virulent 4 izolatın kesik dallar ve fidan patojenisite testinde, N. parvum izolatlarının D. seriata izolatlarına göre daha virulent oldukları inokulasyon yerlerinde oluşturdukları lezyon büyüklüğü ile saptanmıştır.
Identification, characterization and biocontrol of Botrytis spp. causing faba bean chocolate spot using Trichoderma harzianum
Eighteen isolates of Botrytis spp., as well as 20 isolates of Trichoderma spp., were identified from faba bean and field pea fields in Adana and Mersin provinces. In addition, eight isolates of Botrytis strain, collected from faba bean leaves in Ethiopia, were included for molecular study. All fungal isolates were purified using a single spore method. Botrytis spp. collected in Adana was identified as B. cinerea while all isolates of Botrytis collected from Ethiopia were identified as B. fabae based on morphological features as well as phylogenetic analysis using two primers (ITS5/ITS4 and Bt2a/Bt2b). All fungal bioagents were identified as T. harzianum based on the internal transcribed spacer (ITS5/ITS4) and translation elongation factor (tef71/tef997) primers. The optimum temperature growth ranges for B. cinerea and T. harzianum isolates were 15-20 °C and 25-30 °C, respectively. From the pathogenicity test experiment, Bc7 and Bc8 were found to be the most virulent among screened B. cinerea isolates. All isolates of T. harzianum showed promising results in reducing faba bean chocolate spot epidemics both under in vitro and in vivo conditions. However, the efficacy was variable among the isolates tested.
Uç kurutan hastalığı etmeni [Phoma tracheiphila (petri) kanc. & ghik.]'ne karşı bazı fungisitlerin etkinliğinin araştırılması
Bu çalışmada bir ruhsatlı olmak üzere 12 farklı fungisitin in vitro koşullarda Phoma tracehiphila'nın en virulent izolatlarının (E9 ve E10) miselyal gelişimi üzerine etkileri araştırılmıştır. In vitro koşullarda patojenin miselyal gelişimini engellemede Cyprodinil (375 g/kg)+ Fludioxonil (250 g/kg) kombinasyonunun 5 ppm≥ , Fluxapyroxad (75 g/L) + Difenoconazole (50 g/L) fungisit kombinasyonunun 100 ppm≥ uygulama dozları %100 etki ederek en etkili fungisitler olmuştur. Bu fungisit kombinasyonlarının EC50 değerleri sırasıyla 0.124 ve 1.228 ppm olarak hesaplanmıştır. Azoxystrobin, Dithianon ve Pyraclostrobin gibi etkili maddeli fungisitler P. tracheiphila'nın miselyal gelişimini engellemede kayda değer bir etki göstermemiştir. Sera denemelerinde ise Cyprodinil (375 g/kg)+ Fludioxonil (250 g/kg) ve Fluxapyroxad (75 g/L) + Difenoconazole (50 g/L) fungisit kombinasyonlarının normal dozları hastalık şiddetini engellemede çok etkili değilken, uygulama dozunun iki katı kullanıldığında hastalık sırasıyla %62.6 ile %45.3 düzeyinde engellenmiş, ruhsatlı fungisit, bakırhidroksit ise hastalığı en fazla % 9.8 oranında engellemiştir.
Antepfıstığı ağaçlarında dal kurumalarına ve geriye doğru ölümlere neden olan fungal hastalık etmenlerinin araştırılması
Bu çalışmada 2018 ve 2020 yılları arasında Gaziantep ili, Nizip ilçesinde ve Şanlıurfa ili Birecik ilçelerinde 10 farklı bahçede antepfıstıklarında solgunluk, dallarda kuruma ve geriye doğru ölüm gösteren ağaçlardaki fungal hastalık etmenleri araştırılmıştır. Gaziantep ili Nizip ilesindeki antepfıstığı ağaçlarında görülen geriye doğru ölümlere Fusarium oxysporum, F. equiseti ve F. solani, Şanlıurfa ili Birecik ilçesindeki antepfıstıklarında görülen solgunluk ve dal kurumalarına ise Neoscytalidium dimidiatum fungus türlerinin neden olduğu morfolojik özelliklerine ve ITS, kalmodulin ve uzama faktörü 1-α genlerin.moleküler analizlerine göre belirlenmiştir. Kesik dal ve fidan patojenisite çalışmaları ile de fungal türlerin hastalık etmeni olduğu kanıtlanmıştır. Patojenisite testlerinde en geniş ve uzun lezyon alanını (463,49 mm2) N. dimidiatum oluşturmuş, bunu ikinci sırada (142,3 mm2) F. equiseti fungusu izlemiştir. Diğer iki fungus türü (F. oxysporum ve F. solani) daha çok kök ve kök boğazında çürüklük etmeni olarak saptanmış ve diğer funguslara göre lezyon alanları daha az olmuştur.
Adana ili ayçiçeği alanlarında mildiyö etmeni Plasmopara halstedii ırklarının saptanması
Ayçiçeği ülkemizin her bölgesinde yetiştirilebilen ve tanelerinde yüksek oranda (%40-50) kaliteli yağ bulunduran, ekim alanı, üretim miktarı ve yağ üretimi bakımından ilk sırada yer alan önemli bir yağ bitkisidir. Etmeni Plasmopara halstedii (Farl.) Berl. & de Toni olan ayçiçeği mildiyösü ayçiçeğinin en önemli hastalığı olup önemli verim kayıplarına sebep olmaktadır. Yapılan son çalışmalarda etmenin 50 farklı ırkının olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışma ile Adana ilinin ayçiçeği alanlarında mildiyö etmeni Plasmopara halstedii ırklarının tespit edilmesi amaçlanmıştır. Bu kapsamda Adana ilinin 4 farklı ilçesinde (Ceyhan, İmamoğlu, Karaisalı ve Sarıçam) ürün çıkışından itibaren ayçiçeği tarlaları kontrol edilmiş ve mildiyö simptomu gösteren ayçiçeği bitkilerden 20 farklı Plasmopara halstedii izolatı elde edilmiştir. Çalışmada uluslararası ırk ayrım seti kullanılarak Plasmopara halstedii'nin Ceyhan'da 720, 730 ve 770 İmamoğlu'nda 715 ve 750 Karaisalı'da 715 Sarçam'da ise 770 ve 773 nolu ırkları tespit edilmiştir. Bu ırklardan bir kaçında ITS ve ribozomal RNA'ya ait büyük altbirim gen dizleri elde edilmiş ve MegaX ile filogenetik analizleri oluşturulmuştur.
Nohutta fusarium solgunluğu (Fusarium oxysporum f. sp. ciceris)'na karşı trichoderma türlerinin biyolojik etkinliklerinin araştırılması
Türkiye'de baklagiller içerisinde ikinci sırada yer alan nohut'un en önemli iki fungal hastalığından birisi Fusarum solgunluğu (Fusarium oxysporum f.sp. ciceris) (Foc) hastalığıdır. Bu çalışmada Mersin ili, Tarsus ilçesine bağlı Pınaroluk, Ziftlik ve Emissili mahallelerinde yetiştirilen nohut tarlalarından 20 farklı Foc izolatı elde edilmiştir. Solgunluk ve sarılık nekrozu oluşturan toplam 10 izolatı (Foc5,Foc7, Foc8, Foc10, Foc11, Foc12, Foc14, Foc15, Foc19 ve Foc20) üç farklı Trichoderma türü (T. virens, T. atroviride ve T. harzianum) (T1, T2 ve T3) ile in vitro koşullarda ikili kültür çalışmaları yapılmıştır. In vitro ikili kültür testlerinde tüm Foc izolatlarına karşı en etkili antagonist tür yerli izolat T. harzianum olmuştur. Patojenisite testi ile en virulent 3 Foc izolatı (Foc8, Foc12 ve Foc14) seçilerek sera çalışmalarında Trichoderma türlerinin biyokütle artışına etkisi araştırılmıştır. Biyokütle artışında da en etkili antagonist T. harzianum olup, bunu T. atroviride izlemiş, en az etkili antagonist ise T. virens olarak saptanmıştır.