Beta lactamases
57 theses under this subject heading
Farklı kaynaklardan izole edilen CTX-M-15 üreten escherichia coli izolatlarının plazmid replikon tipleri varlığı yönünden incelenmesi
Genişlemiş spektrumlu β-laktamaz (GSBL) üreten Escherichia coli'ler son yıllarda klinik örneklerden artan oranda izole edilmektedir. Hayvansal kaynaklı gıdaların ve su kaynaklarının GSBL üreten E. coli ile kontamine olmasından dolayı bu kaynakların insan enfeksiyonları için bir rezervuar olabileceği bildirilmiştir. Bu tez çalışmasında, 41 adet CTX-M-15 pozitif ve epidemiyolojik yönden ilişkisiz E. coli izolatının barındırdıkları plazmid replikon tiplerinin varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile araştırılmıştır. Buna ilaveten, tüm izolatların fenotipik fosfomisin direnç varlığı ve fosfomisin direncinden sorumlu plazmid aracılı fosA3 geninin varlığı araştırılmıştır. İzolatlar Türkiye'de daha önceki yıllarda yapılan çalışmalarda farklı kaynaklardan [tavuk eti ve çiğ süt, sürk peyniri, atık su (arıtma ve Asi Irmağı)] izole ve karakterize edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen insan klinik (n=8) izolatları ise; blaCTX-M-15 varlığı, klonal ilişkileri ve antimikrobiyal direnç profilleri yönünden bu çalışmada karakterize edilmişlerdir. Çalışmanın sonucunda, hiçbir izolatta fenotipik fosfomisin direncine ve fosA3 geninin varlığına rastlanılmamıştır. İncelenen 30 adet replikon tipi içerisinde toplamda 12 replikon tipinin (FIA, FIB, FIBKN, FII, X1, A/C, U, N, HI2, I2, I1α ve I1γ) varlığına rastlanılmıştır. Bulunan replikon tipleri arasında FIA, FIB, FIB KN ve FII'nın varlığı kaynaklar arasında istatistiksel olarak anlamlı oranda farklılık göstermiştir. FII replikon tipi toplamda 22 izolatta rastlanılmış olup, su ve tavuk eti izolatlarında diğer izolatlara göre istatistiksel olarak anlamlı oranda (P˂0,05) daha yaygın olduğu tespit edilmiştir. FIB replikon tipine tavuk eti, su ve klinik örneklerden soyutlanan izolatların %36.6'sında rastlanılmış olup çiğ süt ve peynir örneklerinden elde edilen izolatlarda rastlanılmamıştır. Benzer olarak, FIA replikon tipine su ve klinik örneklere ait izolatların %29.2'sinde rastlanılmış olup, diğer izolatlarda varlığına rastlanılmamıştır. Ancak, bu sonuçlardan farklı olarak, FIB KN replikon tipine sadece çiğ süt (n=6) ve Sürk peynirine ait izolatlarda (n=4) rastlanılmıştır (P=0,001). Sonuç olarak, incelenen izolatların çoğunda birden fazla replikon tipinin var olduğu ve kaynaklar arasında replikon tiplerinin istatistiksel olarak farklı olduğu ortaya koyulmuştur.
Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten nozokomiyal Escherichia coli izolatlarında beta-laktamaz genleri ve klonal ilişkinin araştırılması
Amaç: Genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) üreten mikroorganizmalar dünyada önemli bir problemdir ve özellikle CTX-M beta laktamazı üreten Escherichia coli tüm dünyada yayılmakta, hem nozokomiyal hem de toplumsal kaynaklı infeksiyonlara neden olmaktadır. Bu çalışmanın amacı GSBL üreten hastane kökenli Escherichia coli izolatlarında beta laktamaz gen prevalansı, antibiyotik duyarlılıkları ve klonal ilişkilerini araştırmaktır.Gereç ve yöntem: İnönü Üniversitesi Turgut Özal Tıp Merkezinde Haziran 2010-Haziran 2011 tarihleri arasında yatan hastalardan izole edilen toplam 76 GSBL üreten E. coli suşu çalışmaya alındı. İzolatların antibiyotik duyarlılıkları Klinik Laboratuvar ve Standartlar Enstitüsü'ne (CLSI) göre Kirby Bauer disk difüzyon yöntemiyle saptandı. GSBL varlığı Çift Disk Sinerji Testi ile saptandı, şüpheli olgularda sefotaksim/sefotaksim klavulanik asit E test şeriti (AB-Biodisk) kullanıldı. TEM, SHV, CTX-M, PER, VEB, GES, OXA-2 grup ve OXA-10 grup beta laktamaz genlerinin varlığı bu bölgelere özgül primerler kullanılarak polimeraz zincir reaksiyon (PZR) yöntemi ile araştırıldı. Suşlar arasındaki klonal ilişkilerin tespiti için PFGE (pulsed field gel electrophoresis) yöntemi kullanıldı.Bulgular: GSBL üreten E. coli izolatları en sık yoğun bakım (%35), dahiliye (%16) ve genel cerrahi (%13) bölümlerinden izole edildi. GSBL üreten E. coli'lerin en sık izole edildiği örnekler idrar (%34), kan (%33) ve yara (%21) olmuştur. Suşların tamamı imipenem, meropenem ve amikasine duyarlı bulundu. İzolatların hiçbiri sefotaksim ve seftriaksona duyarlı bulunmadı. GSBL pozitif E. coli izolatlarının ertapeneme duyarlılığı %83, piperasilin/tazobaktama %61, sefaperazon/sulbaktama %63, seftazidime %18, sefepime %25, aztreonama %20 olarak saptandı. E. coli suşlarında CTX-M, TEM, OXA-2 grup, PER, SHV, OXA-10 grup beta laktamaz oranları, sırasıyla %89.5, %59.2, %15.8, % 14.5, %11.8 ve %3.9 olarak saptandı. İzolatların hiçbirinde GES ve VEB beta laktamaz geni saptanmadı. Bir izolatda araştırılan beta laktamaz genlerinden hiçbiri saptanmadı. PZR analizi sonucu 25 izolatta TEM ve CTX-M beta laktamazı birlikte, 20 izolatta yalnız CTX-M beta laktamaz geni ve 2 izolatta yalnız TEM beta laktamaz geni bulunduğu saptandı. SHV beta laktamazı hiçbir izolatda tek başına saptanmadı. PFGE yöntemi ile GSBL üreten izolatlar arası belirgin klonal ilişki saptanmadı.Sonuçlar: Bu çalışma ile hastanemizde nozokomiyal GSBL üreten E. coli suşları arasında CTX-M tipi enzimin yüksek sıklıkta olduğu gösterildi. GSBL üreten bakterilerin poliklonal olarak yayıldığı saptandı ve baskın epidemik suş tanımlanamadı. Direnç genlerinin mobil genetik elemanları ile aktarılmış olabileceği düşünülerek epidemik klonlar ile plazmidler arasındaki ilişkiyi açıklayacak plazmid analizi ve Multilokus sekans tipleme (MLST) gibi daha ileri çalışmalara gereksinim olduğu sonucuna varıldı.Anahtar Kelimeler: E. coli, beta laktamaz genleri, CTX-M, PFGE
Bacteriological and biochemical study of beta-lactamase enzyme in staphylococci isolated from burn and wound infection
Study of thesis is staphylococci that express the mecA determinant are termed MRS (methicillin-resistant Staphylococci). Resistance to methicillin and other penicillinase-resistant penicillins can also be seen in strains that lack the mecA gene. This pathogen can be found colonizing moist skin in different regions such as the nose, perineum and armpits, which, together with virulence factors, determines its pathogenicity in infections. Staphylococcus aureus is the most common agent of pyogenic infections. These infections can be located in the skin or in deeper regions. Primary skin infections caused by Staphylococci are generically called pyoderma. Pyoderma is variable in contagiousness and is named according to location and other characteristics. Antibiotic resistance is a worldwide concern, as it compromises the successful treatment of infections. The correct use of antibiotics and their correct disposal should be a responsibility not only of the health professional but also of the general population. The beta-lactam antibiotics, whose mechanism of action is the inhibition of the last stage of the synthesis of the bacterial cell wall, constitute the largest family of antimicrobials. These are antibiotics with slow bactericidal action, with time-dependent activity, which generally have good distribution and low toxicity.
Molecular detecting of β-lactam resistance–Pseudomonas aeruginosa isolated from patient in al-nasseryia city
The aim of the present study was to investigate the occurrence and incidence of β-lactamase resistance genes in Pseudomonas aeruginosa isolated in Al-Nasseryia (Iraq). A total of 265 different clinical samples (people with burn symptomps, ear disease symptoms, or urinary tract infection symptoms) were collected from patients admitted at Al-Nasseryia Teaching Hospital during the period of seven months. The samples were cultured on blood agar and MacConkey agar. Confirmatory tests such as the biochemical tests and API 20E test were performed on all these isolates. The results showed that 100 (37.7%) isolates were confirmed as P. aeruginosa. The antibiotic susceptibility tests from 7 antipseudomonal antibiotics belonging to four structurally diverse classes were used against these isolates. According to the results of the antibiotic sensitivity test, 38 (38%) β-lactam resistance isolates were resistant to at least one type of antibiotic. The lowest level of resistance was against the quinolones, which were represented by ciprofloxacin (14%), while the highest levels were against meropenem (28%) and gentamicin (26%). For the esbl and mbl genes, 5 out of 38 β-lactam resistant isolates failed to provide any verified PCR result. These isolates' decreased sensitivity may have resulted from porin loss or the existence of other mechanisms of resistance that were not examined in the current investigation, such as the efflux pump and enhanced AmpC synthesis.
Farklı klinik örneklerden izole edilen çoklu ilaca dirençli Pseudomonas aerugınosa izolatlarının beta-laktamaz profilleri
Bu çalışmada, Aralık 2021 ve Şubat 2022 tarihleri arasında Irak'ta bulunan Babil şehrindeki hastanelerin farklı kliniklerinden toplam 112 mikrobiyolojik sürüntü örneği elde edilmiştir. Bu örneklerin 100 (%89,2) tanesinde pozitif bakteri üremesi görülürken, 12`sinde (%10,8) bakteri üremesi görülmemiştir. Kliniklere göre yara sürüntüsü 12 (%24), yanık sürüntüsü 28 (%56), kulak sürüntüsü 3 (%6) ve diyabet hastalarının ayaklarından 7 (%14) olmak üzere toplam 50 izolatta Pseudomonas aeruginosa tanımlanmıştır. Tüm izolatlar, P. aeruginosa için setrimid agar seçici besiyeri ile araştırılmış ve P.aeruginosa 16S rRNA amplikonu saptamak için PZR ile doğrulanmıştır. Antibiyogram test sonucuna göre 50 Pseudomonas aeruginosa izolatında, direnç fenotiplerinin sonuçları, izolatların %50 oranında MDR olduğunu göstermiştir. β-laktamazın fenotipik araştırılması kombinasyon disk testi (β-laktam/β-laktam+β-laktamaz inhibitörü) ile üç sistem (Piperacilin/Piperacilin - Tazobaktam; Seftazidim/Seftazidim - Tazobaktam ve Tikarcilin/Tikarsilin - Klavulanat) kullanılarak yapılmıştır. Elde edilen 50 P.aeruginosa izolatında β-laktamaz varlığı üç farklı antibiyotik disk kombinasyonuna göre sırasıyla %78, %40 ve %72 olarak bulunmuştur. Üç farklı β-laktamaz gen varlığını araştırmak için PZR kullanılmıştır. PZR sonucuna göre 50 P.aeruginosa izolatında blaTEM %98, blaCTX-M-1 %50 ve blaSHIV %38 oranında tespit edilmiştir. P.aeruginosa β-Laktamaz üreten 50 izolatının fenotipik ve genotipik tespiti karşılaştırıldığında, Fenotipik pozitif/ Genotipik pozitif 43 izolat (%86), Fenotipik pozitif/Genotipik negatif 1 izolat (%2) ve Fenotipik negatif/Genotipik pozitif 6 izolat (%12) olarak tespit edilmiştir. Hem MDR hem de MDR olmayan P. aeruginosa yanık izolatları arasındaki direnç genlerinin dağılımı incelendiğinde; fenotipik incelemenin direnç genlerinin varlığını yansıtmayabileceği bununla beraber blaTEM ve blaCTX-M-1'in farklı antibiyotik sınıflarına karşı var olan dirençten birlikte sorumlu olabileceği sonucuna varılmıştır.
The dominance of B-lactam and fluoroquinolone resistance genes in escherichia coli isolated from patients with uti in najaf governorate in iraq
Escherichia coli is a health problem that causes many diseases all over the world and it is also one of the most common causes of urinary tract infection (UTI). Current study included determining the efficacy of some β-lactam antibiotics and fluoroquinolones. The study period contained from January 2022 to March 2022. The study was conducted in the medical microbiology laboratories of Al-Manathira General Hospital in the governorate of Al-Najaf, Iraq, and 98 (61.25%) of 160 samples were detected as positive for E. coli by using microbiological and biochemical examinations of patients with UTIs. Twelve β-lactam antibiotics and fluoroquinolones were tested for sensitivity and resistance, then the isolates were subjected to molecular examination to detect resistance genes. 60 (37.5%) of 160 samples are resistant to antibiotics and the results showed high resistance to the antibiotics amoxicillin/clavulanic acid 96.66%, ampicillin 95%, moxifloxacin 73.33%, ceftriaxone 60%, ciprofloxacin 53.33%, ceftazidime 51.66%, aztreonam 51.6%, nalidixic acid 48.33%, norfloxacin 18.66%, ofloxacin 18.33%, levofloxacin 13.33%, imipenem 6.66%. blaSHV, blaTEM, AmpC, OXA and QnrB genes were detected in 31 samples and were found with a percentage of 93.54%, 100%, 70.96%, 87% and 58.38% of the isolates respectively.
Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae izolatlarında CTX-M tipi geniş spektrumlu ß-laktamaz genlerinin PCR, PCR-RFLP, dizi analizi yöntemleri ile identifikasyonu ve suşlar arasındaki klonal ilişkinin PFGE yöntemi ile belirlenmesi
CTX-M tipi GSBL üreten E.coli ve K.pneumoniae suşları tüm dünyada giderek artan prevalans oranları ile gerek toplum kökenli gerekse hastane kökenli enfeksiyonlarda tedavi başarısızlıklarının önemli bir sebebi haline gelmiştir. Alternatif tedavi seçeneklerinin başarısızlıkları ile çoklu ilaç dirençli hale gelen CTX-M tipi GSBL üreten suşların kontrolünde, en önemli alternatif klonal düzeyde etkin sürveyanstır.Ülkemizde CTX-M tipi Geniş Spektrumlu ß-laktamaz enzimi üreten E.coli ve K. pneumoniae türlerinin varlığı sınırlı sayıda çalışma ile gösterilmiştir. Ancak bölgemizde GSBL üreten suşların varlığı bilinmekle beraber CTX-M tipi beta laktamaz üreten suşlar ve görülen subtipler hakkında bilgi mevcut değildir.Bu çalışmada hastanemizin Merkez Laboratuarında, hastane ve toplum kökenli enfeksiyonlara ait klinik materyallerden izole edilen, G.S.B.L. üreten E.coli ve K. pneumoniae suşları arasında, moleküler epidemiyolojik yöntemlerle, CTX-M tipi beta laktamaz üreten suşların prevalansının, enzim tiplerinin ve bu suşlar arasındaki muhtemel klonal ilişkinin belirlenmesi amaçlandı.Çalışma sonunda; PCR yöntemi ile CTX-M tipi enzimleri, G.S.B.L. üreten E. coli izolatları arasında %87,31 (69/79), K. pneumoniae izolatları arasında da %88,88 (24/27) oranında belirlendi. Ayrıca Grup Spesifik PCR, PCR-RFLP ve Dizi Analizi çalışmalarıyla suşlarımızın % 94.6 (88/94)'sının CTX-M-1 grubu/CTX-M-15 alttipi enzim üreten suşlar olduğu, kalan 5 (%5.3) suşun da CTX-M-9 grubu/CTX-M-14 alt tipi enzim üreten suşlar oldukları belirlendi. İzolatlarımız arasındaki muhtemel klonal ilişkinin tespiti amacıyla kullandığımız PFGE yöntemi CTX-M tipi enzim üreten suşlar arasında klonal bir ilişkinin bulunmadığını gösterdi.
Nozokomiyal CTX-M pozitif Escherichia coli' enfeksiyonları ve risk faktörleri ilişkisi
ÖZETAmaç; Hastane ortamında izole edilen Esherichia coli' lerin beta-laktamazlarının çoğu Genişlemiş spektrumlu beta-laktamazlar' dır. Bu çalışmanın amacı Esherichia coli'lerde CTX-M sıklığını saptanmak, bu suşlar arası klonal ilişkinin moleküler yöntemlerle belirlenmesi ve bu çok ilaca dirençli Esherichia coli'lerle enfeksiyon gelişimi ile ilişkili risk faktörlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.Materyal-metod; Bu çalışmaya 1 Mart 2011- 31 Mart 2012 tarihleri arasında merkez laboratuvarında izole edilen Esherichia coli izolatlatlarına dayanarak, Centers for Disease Control and Prevention (CDC) kriterlerine göre hastane enfeksiyonu olarak yorumlanan erişkin hastalar dahil edildi. Bu izolatlarda moleküler ve epidemiyolojik yöntemlerle, CTX-M tipi beta-laktamaz üretenlerin prevalansı ve subgrupları grup spesifik polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile saptandı. Bu suşlar arasındaki muhtemel klonal ilişkinin ve bunların risk faktörleri ile olan ilişkisinin ortaya konulması için Pulse field gel elecrophoresis (PFGE) yöntemi kullanıldı.Bulgular; Tek değişkenli analizde GSBL üretiminde rolü olduğu düşünülen ve anlamlı bulunan üriner sistem hastalığı, son 3 ayda hastanede yatış öyküsü, son 3 ayda 3.kuşak sefalosporin kullanımı, üriner kateter uygulaması, Pitt bakteriyemi skoru çok değişkenli analizde de GSBL gelişimi yönünden risk faktörü olarak tespit edildi ]sırasıyla; OR(% 95 GA) = 3(1,6-5,5), OR (% 95 GA)= 2,1(1,17-4,01), OR=(% 95 GA)=8(2-38), OR=(% 95 GA)=2(1,2-4), OR=(% 95 GA)= 0,1(0,03-0,36)]. Mortalite yönünden ise GSBL pozitif ve negatif hastalar arasında anlamlı fark saptanmadı (p=0,14). CTX-M pozitifliği % 54,5 tespit edildi. En sık saptanan CTX-M grubu CTX-M-1 (% 85,7) idi. CTX-M pozitif ve CTX-M negatif hasta gruplarının karşılaştırılmasında istatiki olarak anlamlı risk faktörü saptanmadı. PFGE yöntemi ile Esherichia coli suşlarının klonal ilişkisi değerlendirildi ve suşlar arasında hastane kaynaklı bir bulaşı düşündürecek anlamlı bir klonal ilişki saptanmadı.Sonuç; GSBL taşıyan türlerin toplum içerisinde yayılımları, bulaş yolları ve muhtemel risk faktörlerinin tespiti bu tür çok ilaca dirençli mikroorganizmalarla oluşacak enfeksiyonların önlenmesinde önemlidir. Akılcı antibiyotik kullanımı GSBL pozitif mikroorganizmalarla oluşan enfeksiyonları azaltmada önem taşımaktadır. Bu nedenle, GSBL'lerin doğru antibiyotik kullanımı ve enfeksiyon kontrol önlemleri ile yayılımını ve sayısını kısıtlamak mümkün olabilir.Anahtar sözcükler; CTX-M, E.coli, hastane kaynaklı GSBL enfeksiyonları, risk faktörleri
Klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli gram olumsuz basillerde karbapenem direncinin moleküler analizi
Gram negatif basillerde görülen karbapenem direnci tüm dünyada ve ülkemizde uzun yıllardır süren bakteriyel direnç probleminin son basamağıdır. Tedavide klinisyenlerin çoğu zaman çaresiz kaldığı karbapenem dirençli gram negatif basil infeksiyonlarında uzun vadede başarıya ulaşmanın tek yolu mikrobiyolojik yöntemlerle mekanizma ve epidemiyolojiyi aydınlatacak çalışmalar yapmaktır. Ülkemizde bu konuda yapılan araştırmalar çok sınırlı ve geniş bir sürveyans çalışması mevcut değildir. Bu çalışmada çeşitli klinik infeksiyonlardan izole edilen karbapeneme dirençli olduğu belirlenem gram negatif bakterilerin fenotipik yöntemlerle çeşitli antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının belirlenmesi ve genotipik yöntemlerle dirence yol açan enzimlerin belirlenerek epidemiyolojik veriler sunulması amaçlanmıştır. Çalışma sonunda; karbapenem dirençli gram negatif bakteri infeksiyonlarında güvenle kullanılabilecek tek antibiyotiğin kolistin olduğu, diğer antibiyotiklere karşı %50-100 oranında direnç olduğu görülmüştür. Karbapenem direncinin genotipik olarak analiz edilmesinden sonra tüm türlerde en baskın karbapenemaz genlerinin OXA-48 ve OXA-58 olduğu, non-fermenterler türlerde GES ve PER genlerinin ayrıca Enterobacteriaceae türlerinde ise IMP, VIM ve NDM tipi genlerin karbapenem direncinden sorumlu karbapenemaz enzimleri olduğu belirlenmiştir.İzolatların %26.7`sinde ise direncin karbapenemazlar dışında kalan G.S.B.L. enzimlerinden kaynaklandığı belirlenmiştir.
Karbapenemlere direnç gösteren gram negatif bakterilerde metallo-beta- laktamaz enziminin fenotipik yöntemlerle araştırılması
Karbapenemler, çoklu ilaç dirençli Gram negatif bakteri enfeksiyonlarında en sık kullanılan antibiyotiklerdir. Karbapenem direncinin en önemli mekanizmalarından biri Metallo-Beta-Laktamazların üretimidir. Metallo-Beta-Laktamaz genleri kromozomda ya da plazmidde bulunur ve bakteri kökenleri arasında kolayca yayılabilir. Çalışmamızda, Balcalı Hastanesi kliniklerinden Merkez Laboratuvarı Mikrobiyoloji birimine gönderilen çeşitli örneklerden izole edilen ve karbapenemlere direnç gösteren Gram negatif bakterilerde, Metallo-Beta-Laktamaz enzimi üreten suşların fenotipik yöntemlerle oranını belirlemek, Metallo-Beta-Laktamaz tayininde bu fenotipik yöntemleri karşılaştırmak ve Metallo-Beta-Laktamaz üretiminde fenotipik yöntemleri kullanarak hangisinin rutin uygulamalarda daha yararlı olabileceği amaçlanmıştır. Bu amaçla Haziran-Ekim 2012 ve Şubat-Mart 2014 tarihleri arasında çeşitli kliniklerden Merkez Laboratuvarına gönderilen materyallerden karbapenem dirençli 261 Gram negatif bakteride fenotipik yöntemlerle Metallo-Beta-Laktamaz üretimi araştırıldı. Bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik dirençleri Clinical and Laboratory Standards Institute önerileri doğrultusunda Vitek 2 otomatize sistem ile belirlendi. Metallo-beta-laktamaz üretimi Modifiye Hodge Testi, Kombine Disk Difüzyon ve Çift Disk Sinerji Testi ile araştırıldı. Karbapenem dirençli suşlar arasında, imipenem %90.4, meropenem %74.3, ertapenem %46.6 dirençli olarak bulunmuştur. Karbapenem dirençli Gram negatif bakteri suşlarında Metallo-Beta-Laktamaz üretimi modifiye Hodge testi ile %76.2, Kombine disk difüzyon ile %27.2, Çift disk sinerji yöntemi ile %14.2 olarak bulunmuştur. Kombine disk difüzyon ve modifiye Hodge testi ile en çok A. baumannii, Çift disk sinerji testi ile en çok P. aeruginosa suşlarında Metallo-beta-laktamaz üretimi saptandı. Metallo-beta-laktamaz araştırılmasında hızlı, basit, duyarlılık ve özgüllüğü yüksek olan iyi bir fenotipik tarama yöntemine gerek vardır. Bu bulguların ışığı altında, fenotipik yöntemlerden hangisinin rutinde kullanılabileceği konusunda, bu suşlardaki Metallo-beta-laktamaz üretiminin moleküler yöntemlerle saptanması gerçeğini ortaya çıkarmıştır.
Klinik örneklerden ızole edilen gram-negatif basillerde metallo-β-laktamaz'ların fenotipik-genotipik olarak araştırılması ve suşların filogenetik analizi
Karbapenemler çoklu dirençli Gram-negatif bakteri enfeksiyonlarında en sık kullanılan antibiyotiklerdir. Karbapenem direncinin en önemli mekanizmalarından birisi de metallo-β-laktamazların (MBL) üretimidir. MBL genleri kromozomda ya da plazmidde bulunur ve bakteri suşları arasında kolayca yayılabilir. Bu nedenle MBL ̛ lara bağlı antimikrobiyal direncin epidemiyolojisi ile ilgili veriler antibiyotik politikasının ve tedavi şeklinin belirlenmesinde kritik öneme sahiptir. Bu çalışmada Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbı Mikrobiyoloji ABD ̛ da 01.03.2014-05.09.2015 tarihleri arasında çeşitli klinik infeksiyonlardan izole edilen karbapeneme dirençli olduğu belirlenen Gram-negatif bakterilerin, fenotipik yöntemlerle çeşitli antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının belirlenmesi ve genotipik yöntemlerle dirence yol açan enzimlerin belirlenerek epidemiyolojik veriler sunulması ve klonal ilişkilerinin PFGE yöntemi ile belirlenmesi amaçlandı. Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi Balcalı hastanesinde çeşitli kliniklerde yatan hastalardan izole edilen 450 karbapenem dirençli Gram-negatif bakteri kombine disk ve modifıye Hodge testi yöntemleri ile araştırıldı ve metallo-β-laktamaz üreten 130 Gram-negatif bakteri tespit edildi. Bakterilerin invitro şartlarda antibiyotiklere direnç durumları Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) önerileri doğrultusunda disk difüzyon yöntemi ile belirlendi. Çalışmaya dahil edilen suşlar arasında en yüksek direncin % 99.23 ile meropenem'e karşı, en düşük direncin ise %5.38 ile Kolistin'e karşı geliştiği görüldü. Çalışma sonunda; karbapenem dirençli Gram-negatif bakteri infeksiyonlarında güvenle kullanılabilecek tek antibiyotiğin kolistin olduğu görüldü. Karbapenem direncinin genotipik olarak analiz edilmesinden sonra tüm türlerde en baskın karbapenemaz genlerinin OXA-51, OXA-23-like ve OXA-24-like olduğu, non-fermenterler ve Enterobacteriaceae türlerinde ise NDM, TEM, VIM, GES ve CTX-M tipi genlerin karbapenem direncinden sorumlu karbapenemaz enzimleri olduğu belirlendi. Ayrıca suşların klonal ilişkisi PFGE yöntemiyle irdelendiğinde, yakın ilişkili olarak değerlendirilen klonların persiste olduğu, bu klonların hastanemizin farklı kliniklerinde yerleştiği ve çeşitli hastane kökenli enfeksiyonlara sebep olduğu tespit edildi.
Toplum ve hastane kökenli üriner sistem enfeksiyonlarına neden olan gram negatif bakterilerin genişlemiş spektrumlu βeta laktamaz (GSBL) aktivitesi ve çeşitli antibiyotiklere direnç paternlerinin kıyaslanması
Üriner sistem enfeksiyonları (ÜSE) enfeksiyonlar içerisinde ilk sırada yer almaktadır. ÜSE'larına en sık Enterobacteriaceae ailesi neden olmakta ve bunlarda genişlemiş spektrumlu β-laktamaz ( GSBL) üretimi giderek artmaktadır. 1.10.2015-3.3.2016 tarihleri arasında alınan 7500 idrar örneğinin 1478(%19,7)'inde üreme tespit edildi. Bunun 1172(% 79,3)'si Gram negatif, 306(%20,7)'sı Gram pozitif bakterilere aitti. En sık üreyen bakteriler E. coli (%45,9), Klebsiella spp (%14,9), Pseudomonas spp. (%7,9), ve Proteus spp. (%3,78) olmuştur. E. coli suşlarının 400'ü (%59.0) K. pneumoniae suşlarının da 129'u (60.8%) Vitek 2 sisteminde GSBL pozitif bulundu. E. coli ve K. pneumoniae suşlarında GSBL pozitifliği kliniklerde sırasıyla %67,2 ve %62,9 iken polikliniklerde %53,5 ve %58,7 şeklindeydi. GSBL pozitifliği açısından Vitek 2 ile ÇDS arasında % 94,5 uyum, Vitek 2 ile Chrom ID arasında E. coli'de %99,8, K. pneumoniae'da ise %100 uyum bulundu. Antibiyotik direncine baktığımızda E.coli'lerde poliklinik ve serviste GSBL pozitif suşlarda %100 oranında ampisiline direnç görüldü. Bunun sefuroksim için sırasıyla %91,2 ve %91,3 ile seftriaksonda yine sırasıyla %90,2 ve %96,1 oranında direnç görülmüştür. GSBL üreten E. coli'de en yüksek hassasiyet poliklinikte %96,3, 98,15 serviste %83,7-96,8 ile karbapenem grubu antibiyotiklerde görülmüştür. GSBL pozitif K. pneumoniae'da servis ve polikliniklerde en yüksek direnç yine %100 ile ampisilinde ve sefuroksim de görüldü. En etkili antibiyotik ise polikliniklerde %73,8-77 ile ve servislerde %69,2-82,4 ile karbapenem grubu antibiyotiklerde görülmüştür. Servislerden izole edilen GSBL pozitif K. pneumoniae'da ise amikasin %77,9 ile dikkat çekici oranda yüksek hassasiyet göstermiştir.
Klinik örneklerden izole edilen acinetobacter baumannii suşlarında antibiyotik direnç durumlarının belirlenmesi ve karbapenemaz direnç genlerinin araştırılması
Acinetobacter baumannii hastane enfeksiyonlarına ve salgınlara sebep olan antibiyotiklere karşı çoğul direnç geliştirebilen önemli bir patojendir. Bu çalışmada Gaziantep Dr. Ersin Arslan Eğitim Araştırma Hastanesinin çeşitli kliniklerindeki hasta örneklerinden bir yıllık süre içerisinde izole edilen A. baumannii suşlarının antibiyotik direnç durumlarının belirlenmesi, imipenem ve meropenem'e dirençli olan suşlarda karbapenem direncine sebep olan sınıf D beta-laktamaz (OXA-23, OXA-24, OXA-51, OXA-58) direnç genlerinin PCR yöntemi ile araştırılması amaçlanmıştır. Bu nedenle çalışmamızda Haziran-2016 Haziran-2017 tarihleri arasında Gaziantep Kamu Hastaneler Birliğine bağlı Dr. Ersin Arslan Eğitim Araştırma Hastanesi Merkez Laboratuvarında klinik örneklerden izole edilen 157 A. baumannii suşu otomatik bakteri identifikasyon sistemi BD Phoenix™ (BD Phoenix™ ID & AST System. ABD) ile tanımlandı ve antibiyotik duyarlılık durumları belirlendi. Otomatik cihazla imipenem ve meropeneme dirençli olduğu saptanan 50 suşun bu antibiyotiklere duyarlılık durumları disk difüzyon ve gradient strip yöntemi ile de değerlendirildi. Aynı suşlarda PCR yöntemiyle genotipik olarak karbapenem direncine sebep olan blaOXA-51 , blaOXA-58 , blaOXA-23 ve blaOXA-24 gen bölgeleri araştırıldı. Otomatik sistemle antibiyotik direnç durumları belirlenen 157 A. baumannii izolatındaki direnç durumlarına bakıldığında amikasin'e 113'ünde (%72), sefepim'e 148'inde (%94.3), seftazidim'e 148'inde (%94.3), sefriakson'a 155'inde (%98.7), gentamisin'e 139'unda (%88.5), imipenem'e 145'inde (%92.4), meropenem'e 142'sinde (%90.4), netilmisin'e 153'ünde (%97.5), piperasilin'e 149'unda (%94.9), piperasilin tazobaktam'a 149'unda (%94.9), tigesiklin'e 89'unda (%56.1), trimethoprim sulfametazol'e 126'sında (%80.3) direnç saptandı. En az direnç oranının 5 (%3.2) suş ile kolistine karşı olduğu gözlemlendi. OXA-51 ve OXA-23 genleri tüm izolatlarda pozitif, OXA-24 16 (%32) suşta pozitif bulunurken OXA-58 hiçbir suşta saptanmadı. Direnç genleri ve mekanizmalarının bilinmesi hem hastaların tedavilerinin yönlendirilmesi hem de epidemiyolojik verilerin oluşturulmasından dolayı önemlidir. Anahtar kelimeler: Acinetobacter baumannii, OXA-23, OXA-24, OXA-51, OXA-58
Geniş spektrumlu beta - laktamaz üreten klebsıella pneumonıae izolatlarının rep - PCR genomik parmak izi tekniği kullanılarak moleküler tiplendirilmesi
Enterobakteriyel "tekrarlayan intergenik konsensüs (ERIC) dizi analizi, bakteri türlerinin epidemiyolojik analizi için güçlü bir araçtır. Çoklu ilaç direnci, önemli insan patojenlerinde bu antimikrobiyallere karşı içsel ve/veya kazanılmış direncin önemli belirleyicileridir. Bu çalışma, ERIC-PCR yaklaşımı kullanılarak Irak'ın batısındaki Ramadi hastanelerinden elde edilen K. pneumoniae suşlarının antimikrobiyal duyarlılığını ve genetik ilişkisini belirlemek için tasarlanmıştır. Bu çalışma ile ilk kez Irak/Anbar'da β-laktama dirençli Klebsiella pneumoniae izolatları arasında K. pneumoniae suşlarının genetik ilişkisi bildirilmektedir. 51 tane β-laktam – sefalosporin K. pneumoniae suşu Anbar Eğitim Hastanelerinin yanık, yara, kan, idrar ve balgam gibi farklı klinik kaynaklarından toplandı. Tüm izolatlar konvansiyonel yöntem ve Vitek-2 sistemi ile tanımlandı. Farklı antibiyotiklere duyarlılık testi AST-kart ile Vitek-2 sistemi ve Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi kullanılarak yapıldı. Klebsiella pneumoniae'nın en yüksek izolasyon oranı sırasıyla idrarda %62.745, balgamda %29.411 iken yara, kan, ve yanık kaynaklarında %5.88, %1.96 ve 5/75 olarak belirlendi. Farklı izolasyon kaynaklarından sırasıyla Klebsiella pneumoniae'nin suşları izole edilmiştir. En yüksek izolasyon oranı idrardan %62.745 olmuştur. Balgam %29.411, yara, kan, yanık oranı sırasıyla %5.88, %1.96 ve 5/75 idi. Yapılan bu çalışmada K. pneumoniae. suşlarının, direnç yüzdesinin sırasıyla Augmentin %96, Sefotaksim %92, Seftriakson=Seftazidim %88, Amikasin %48, Levofloksasin %42 ve Meropenem %26 olduğunu gösterdi. Yine bu çalışmada Çoklu İlaç Dirençli (MDR), Yaygın İlaç Dirençli (XDR) ve Pan İlaç Dirençli (PDR) yüzdesi sırasıyla 44 (%88), 4 (%8), 2 (%4) olarak belirlendi. Geniş Spektrumlu β-laktamaz enzimlerinin fenotipik tespiti, Modifiye Hodge Testi, mCIM, eCIM ile gerçekleştirildi. Tüm izolatların sefalosporin gen üreticisi olduğu mCIM ve SBL ile pozitif (%100) ve modifiye Hodg testi (MHT) ile %4'ü için pozitif sonuç verdi. On izolatın %100 oranında ESBLS ürettiği tespit edildi. İzolatların ESBlS değerlerine yönelik enzimatik aktivite değerleri (0.11-0.7) arasında değişmektedir. ERIC-PCR sonuçları ve veri analizi 23 farklı ERIC tipi olduğunu gösterdi. Bu çalışmanın bulguları, incelenen hastanelerde multidirençli K. pneumoniae prevalansında bir artış olduğunu göstermektedir. ERIC PCR sonuçları, Anbar Hastanelerinde K. pneumoniae izolatlarının poliklonal olduğunu göstermiş olup K. pneumoniae suşları arasında yüksek düzeyde genetik çeşitlilik ortaya koydu. Bazı izolatlar benzer ERIC profiline sahip olup iki tanesi idrardan (13, 14), iki tanesi balgamdan (11 ve 12) ve yine iki tanesi idrardan (1,3) olan izolatlar genetik olarak homojen profil gösterdi.
İdrar yolu enfeksiyonlarından izole edilen Enterobacteriaceae'lerde antibiyotik direnç genlerinin moleküler karakterizasyonu
Bu tez çalışmasında idrar yolu enfeksiyonlarına sebep olan klinik Enterobacteriaceae izolatlarında beta laktam ve kinolon antibiyotiklerine karşı direnç oluşumunu sağlayan genlerin belirlenmesi ve bu genlerin konjugatif plazmitler üzerinde aktarılabilirliğinin gösterilmesi amaçlandı. İdrar Yolu Enfeksiyonu şikayeti ile başvuran hastalardan alınan idrar örneklerinden kültür yöntemleri ile izole edilmiş ve Vitek-2 otomatize sistem ile tanımlanmış yetmiş Gram-negatif Enterobacteriaceae izolatı Eylül-Aralık 2018 tarihleri arasında Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarından temin edildi. Gerçekleştirilen antibiyogram testleri sonucunda 13 Enterobacteriaceae izolatının çoklu ilaç direncine sahip olduğu tespit edildi ve bu izolatlar çalışmaya dahil edildi. İzolatların moleküler tanımlanması 16S rRNA gen dizileri kullanılarak gerçekleştirildi. Beta-laktam antibiyotiklerine direnç sağlayan plazmit aracılı β-laktamaz (blaTEM, blaSHV, blaCTX-M1, blaCTX-M2, blaOXA-1, blaPER-1) ve kinolon antibiyotiklerine dirençsağlayan plazmit aracılı kinolon direnç genleri (aac(6′)-Ib-cr, qnrA, qnrB, qnrS) PCR yardımı ile belirlendi. Direnç genlerinin transfer edilebilirliğini belirlemek için konjugasyon deneyleri gerçekleştirildi. Moleküler tanımlama sonucunda izolatlar Proteus mirabilis (Pr3, 6, 8, 9, 11 ve 17), Citrobacter koseri (Pr4 ve Pr5), E. coli (Pr10, 12 ve 13), Proteus sp. (Pr19) ve Klebsiella pneumoniae (Pr20) olarak tanımlandı. İzolatların tamamının çoklu ilaç direncine sahip olduğu tespit edildi. Enterobacteriaceae izolatlarının tümü (%100) β-laktam, β-laktam/β-laktamaz inhibitörü, kinolon ve sülfonamid grubu antibiyotikler olan ampisilin, sulbaktam/ampisilin, nalidiksik asit ve trimethoprim/sülfametoksazol antibiyotiklerine dirençli olduğu tespit edildi. İzolatlardaki plazmit aracılı direnç genlerinin varlığı incelendiğinde, izolatların tümünün (%100) blaCTX-M1 ve aac(6′)-Ib-cr genleri bakımından pozitif olduğu tespit edildi. İzolatların %85'i blaTEM, %38'i blaCTX-M2, %8'i blaSHV pozitif bulundu. Hiçbir izolatda blaOXA-1 ve blaPER-1 genleri tespit edilemedi. Konjugasyon denyleri sonucunda, Proteus mirabilis Pr17 izolatının konjugatif bir plazmit içerdiği belirlendi. PCR çalışmaları göstermiştirki; blaTEM, blaCTX-M1, qnrA ve aac(6′)-Ib-cr direnç genleri ve Sınıf-1 integron gen kaset yapısının bu konjugatif plazmitte taşınmaktadır. Halk sağlığı açısından ilimizde moleküler yöntemler ile antibiyotik direncinin gösterilmesi, direnç mekanizmasının anlaşılması ve dirençli bakterilere karşı etkin korunma ve kontrol önlemlerinin geliştirilmesinde yardımcı olacağı düşünülmektedir.
Escherichia coli 'nin O25B -ST131 klonunun ve CTX-M-15 benzeri genişlemiş spektrumlu beta laktamazın PCR ile belirlenmesi
Genişlemiş spektrumlu beta laktamazlar (GSBL) Enterobacteriaceae'de sık görülmektedir. Özellikle E.coli serotip O25b: H4, filogenetik grup B2 ve sekans tipi 131 (ST131) GSBL tipi CTX-M-15 ile karakterize edilen küresel olarak yayılan uluslararası bir klon grubu çoklu ilaç direnciyle (MDR) gelişen enfeksiyonların tedavisini de güçleştirmektedir. Çalışmamızda 17.4.2019-21.7.2019 tarihleri arasında çeşitli servis ve poliklinik hastalarından alınan idrar örneklerinin GSBL pozitif 85 E. coli izolatının ST131 klonu ve blaCTX-M-15 β-laktamaz geninin prevalansı ayrıca antibiyotik duyarlılık durumunun belirlemesi amaçlandı. Bakterinin tanımlanması, GSBL varlığı ve antibiyotik duyarlılıkları VITEK2 otomatize sistemiyle (bioMérieux, Fransa) tanımlandı. Duyarlılık sonuçları EUCAST kriterleri esas alınarak belirlendi. GSBL üretimi çift disk sinerji testiyle doğrulandı. Ardından GSBL kodlayan blaCTX-M-15 ve blaCTX-M-3 genler Real time PCR ile analiz edildi. Toplam 85 GSBL pozitif E coli izolatının 59'u (%69.4) bla CTX-M genleri için pozitifti, bunun 25(%29.4)'inde CTX-M-15, 34(% 40)'ünde CTX-M-3 pozitif olup, 26(%30.5)'sında CTX-M-3 ve CTX-M-15 β-laktamaza sahip değildi. CTX-M-3 ve CTX-M-15 pozitif 59(%69.4) suşlar için en hassas (%100) karbapenem (ertapenem ve imipenem) ve en dirençli (%100) ampisilin ile sefalosporin grubu antibiyotiklerdi. GSBL pozitif 85 E. coli suşunun 23(%27.1)'ünde Real time PCR ile ST131 klonunu tespit ettik, 62(%72.9)'si ise negatifti. Bu grupta da en hassas antibiyotikler %100 karbapenem (imipenem ve ertapenem) olup en dirençliler ise (%100) sefalosporinler (sefiksim, seftazidim, seftriakson, sefuroksim), ampisilin ve AMC idi. Anahtar Kelimeler: CTX-M enzim türleri, Escherichia coli, ExPEC, Polimeraz zincir reaksiyonu, ST131,
Klebsiella pneumoniae izolatlarının antibiyotik duyarlılık profillerinin kapsül genotipleriyle ilişkisinin araştırılması
Klebsiella pneumoniae'nin enfeksiyon etkeni olarak sık görülmesinde en önemli sebeplerden biri bakteriyi fagositozdan ve serum bakterisidal proteinlerden koruyan majör virülans faktörü olan kapsül yapısıdır. Bir diğer sebep de bakterinin β-laktam antibiyotiklerine karşı ürettiği β-laktamaz enzimleridir. Çalışmamızda çeşitli klinik örneklerden izole edilen K. pneumoniae izolatlarının kapsül genotipleriyle antibiyotik duyarlılık profilleri arasındaki muhtemel ilişki araştırıldı. Bu amaçla; klinik örneklerden izole edilen Klebsiella pneumoniae izolatlarında spesifik primerler kullanılarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) yöntemi ile kapsül genotipleri (K1, K2, K5, K20, K54, K57) belirlenlendi. Antibiyotik duyarlılıkları fenotipik olarak disk difüzyon, moleküler olarak da PCR yöntemi ile Geniş Spektrumlu β-laktamaz (GSBL) (CTX-M1, CTX-M2, CTX-M9, CTX-M 8/25, KPC, NDM-1, OXA-48 like) genlerinin varlığı araştırıldı. Çalışmamıza Anabilim Dalımızda daha önce yürütülen çalışmada kapsül genotipleri belirlenmiş olan karbapeneme dirençli 27 K. pneumoniae izolatı ve kapsül genotipleri belirlenecek olan çeşitli klinik örneklerden izole edilen 180 K. pneumoniae izolatı dahil edildi. Çalışmamıza dahil ettiğimiz karbapeneme dirençli 27 K. pneumoniae izolatından 1 izolatın K1, 5 izolatın K2, 15 izolatın K5, 4 izolatın K20, 1 izolatın K54, 1 izolatın da K57 kapsül genotipine ait olduğu doğrulanırken, 180 K. pneumoniae izolatından 7'sinde K2, 3'ünde K20, 1'inde ise K1 kapsül genotipileri belirlendi. CTX-M1 geni kapsüler genotip K20'ye ait 3 izolatta tespit edildi. NDM-1 geni kapsüler genotip K5'e ait 3 izolatta ve K2'ye ait 1 izolatta belirlendi. OXA-48 like geni 24 izolatta kapsüler genotipler arasında heterojen dağılım gösterdi. CTX-M2, CTX-M9, CTX-M 8/25, KPC direnç genleri hiçbir izolatta tespit edilmedi. CTX-M1 genin K20 kapsül genotipiyle ilişkisi, AMC, TPZ, FOX, ETP antibiyotiklerinin K5 kapsül genotipiyle direnç ilişkisi, AMC, TPZ, IPM, TE, SXT antibiyotiklerinin K20 kapsül genotipleriyle duyarlılık ilişkisi, istatistiksel olarak anlamlı bulundu. Sonuç olarak, kapsül genotipleriyle GSBL direnç genleri arasındaki muhtemel ilişkinin bölgesel ve çok sayıdaki izolatın dahil edileceği çalışmalarla daha iyi aydınlatılacağını ve bu çalışmaların ilerdeki aşı çalışmalarına da ışık tutacağını düşünmekteyiz.
Hastanede yatan hastalarda genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) pozitif escherichia coli ve klebsiella SPP.'ye bağlı idrar yolu enfeksiyonlarında risk faktörleri ve moleküler tiplendirme
Amaç: Celal Bayar Üniversitesi Hafsa Sultan Hastanesi'nde yatarak tedavi gören, Escherichia coli ve Klebsiella türlerine bağlı ÜSE'si olan hastaların, GSBL (+) olma özelliğine göre yaş, cinsiyet, altta yatan hastalıklar gibi çeşitli risk faktörleri açısından karşılaştırılması ve izole edilen GSBL (+) kökenlerde moleküler tür tayininin yapılmasıdır. Yöntem: Mart 2013 ile Kasım 2014 tarihleri arasında Celal Bayar Üniversitesi Hafsa Sultan Hastanesi'nde yatan 18 yaş üstü ve gebe olmayan hastaların idrar kültüründe Escherichia coli ve Klebsiella türleri saptananlar çalışmaya alındı. GSBL (+) üremesi olan 100 hasta deney grubu, GSBL (-) üremesi olan hastalar kontrol grubu olarak ayrıldı. Hastalara önceden oluşturduğumuz anket uygulandı. Anket sonuçlarına göre deney grubu ile kontrol grubunun verileri SPSS 15 paket programı kullanılarak değerlendirildi. GSBL (+) Esherichia coli ve Klebsiella spp üreme olan plaklardan stok besiyerine ekim yapıldı. Örnekler buzdolabında +4°C'de saklandı. 100 örnek toplandıktan sonra stok besiyerinden EMB agara ekim yapılarak örnekler çoğaltıldı. Plaklarda üreyen suşlardan PCR ile GSBL tiplendirmesi yapıldı. Bulgular: GSBL (+) ve GSBL(-) her iki grupta da en çok hasta dahiliye kliniğindeydi. Hastaların yaş ortalaması GSBL (+) grupta 65, GSBL(-) grupta ise 63'dü. İki grupta da ÜSE etkeni çok büyük oranda E.coli olarak saptandı. GSBL üretimi için, nefrostomi, sık tekrarlayan İYE öyküsü, üriner operasyon öyküsü, üriner sitem anomalisi (her iki grupta en sık anomali nörojenik mesane), üriner sistemde yabancı cisim, son altı ay içinde antibiyotik kullanımı ve geçirilmiş İYE öyküsü risk faktörleri olarak saptandı. İki grupta da en sık klinik bulgu dizüri, fizik muayene bulgusu ise ateş yüksekliğiydi. Laboratuar bulgusu olarak kreatinin yüksekliği GSBL üreten grup lehine anlamlıydı. PCR ile yapılan tiplendirmede en sık CTX- M tipine, onunda alt tipi olarak en çok CTX- M- 15 tipine rastlandı. Sonuç: GSBL üreten mikroorganizmaların dünya çapında yayılımını önlemek ve alacağımız kontrol tedbirlerini belirlemek için kısa sürede ciddi çalışmalara ihtiyaç vardır. Anahtar kelimeler: Üriner sistem enfeksiyonu, GSBL, PCR, Escherichia coli, Klebsiella spp
Hastane kökenli pseudomonas aeruginosa ve acinetobacter baumaniii̇ suşlarında karbapenem direncine neden olan beta laktamazların fenotipik ve genotipik yöntemlerle belirlenmesi
Çoklu direnç gösteren enfeksiyonların tedavisinde, iyi bir seçenek oluşturan karbapenemlere dirence neden olan karbapenemazların önemi, son yıllarda giderek artmıştır. Çalışmamızda, Fırat Üniversitesi Hastanesinde yatan hastalardan izole edilen P. aeruginosa ve A. baumannii suşlarında karbapenem direnç genlerinin varlığının araştırılması amaçlamıştır. Bu amaçla, Mart 2011-Mart 2012 tarihleri arasında, çeşitli klinik örneklerden izole edilen, 50 P. aeruginosa, 50 A. baumannii suşu, klasik yöntemler ve BD Phoneix bakteri identifikasyon cihazı kullanılarak identifiye edilmiştir. İmipenem dirençli suşlarda, kombine disk, çift disk sinerji, modifiye Hodge fenotipik testleri yapılarak, karbapenemaz enzimi araştırılmıştır. İmipenem dirençli suşlarda, blaOXA grubu, blaKPC, blaIMP ve blaVIM direnç genleri, PZR yöntemiyle çalışılmıştır. PZR sonuçlarına göre A. baumannii şuşlarında karbapenem direnç genlerinden blaOXA-51 %98, blaOXA-58 %14, blaOXA-23 %14 ve blaKPC %8 oranında pozitif bulunmuştur. Çalışmaya alınan suşlarda OXA-24, VIM ve IMP enzimleri için kodlayan genler bulunmamıştır. P. aeruginosa'da ise çalışılan genlerin varlığı tespit edilememiştir. Gen pozitif suşlardan elde edilen amplikonların sekans analizi yapılmış ve gen bankasındaki sekanslarla karşılaştırılmıştır. Sekanslar arasında filogenetik ilişki araştırılmış ve dizilim farklılıkları 0.75'e göre hesaplanmıştır. Elde edilen dizilimlerin gen bankasındaki dizilimler ile BLAST programında belirlenen benzerliği 5 OXA-23 sekansı için %97-99, 8 OXA-51 sekansı için %95-98 ve 7 OXA-58 sekansı için ise %99-100 olarak tespit edilmiştir. Sonuç olarak; Bu çalışma bölgemizde yapılan ilk çalışma olması ve karbapenamaz genlerinin yaygın olarak saptanması açısından önem taşımaktadır. Direnç genlerinin ve mekanizmalarının bilinmesi hem hastaların tedavilerinin yönlendirilmesi hem de epidemiyolojik verilerin oluşturulmasından dolayı önemlidir. Anahtar kelimeler: A. baumannii, P. aeruginosa, OXA-51, OXA-58, OXA-23, OXA-24, VIM, IMP.
Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten Escherichia coli suşlarında CTX-M enzimlerinin genomik değerlendirilmesi ve plazmid transformasyonu yoluyla aktırımının incelenmesi
Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten Escherichia colisuşlarında CTX-M enzimlerinin genomik değerlendirilmesi ve plazmidtransformasyonu yoluyla aktarımının incelenmesi.Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üreten suşlarhastanelerde sınırlı kalmayıp toplumda da sorun oluşturmaya başlamıştır.Bu nedenle, uygun antimikrobiyal tedavinin seçilebilmesi için GSBL pozitifbakterilerde enzim tiplerinin belirlenmesi önemlidir.Bu çalışmanın amacı Gazi Üniversitesi Tıp FakültesiHastanesi'ne başvuran hastalardan izole edilen Escherichia coli suşlarındaGSBL varlığının araştırılması, CTX-M gen bölgesinin genomik incelenmesive CTX-M pozitif bulunan suşlarda direncin aktarılabilirliğininaraştırılmasıdır.Test edilen 280 suşun antibiyotiklere direnç oranları sefalotiniçin %89, amoksisilin/klavulonik asit için %79.7, siprofloksasin için %71.1,trimetoprim/sulfametaksazol için %67.3, aztreonam için %65.2,seftriakson için %62.2, gentamisin için %42, sefepim için %36.5,seftazidim için %26.8 ve piperasilin/tazobaktam için %5.0 olarak bulundu.Tüm suşlar imipenem duyarlı, ampisiline dirençli bulundu. En etkili betalaktam-beta-laktamaz inhibitör kombinasyonu piperasilin-tazobaktamolarak bulundu.PZR ile 280 suşun 205'i CTX-M pozitif bulundu ve CTX-M-15(89.2%) dizi analizi ile en baskın genotip olarak belirlendi. Bunu sırasıylaCTX-M-1, (6.8%) CTX-M-3 (3.4%) ve CTX-M-33 (0.4%)'ün izlediğigörüldü.CTX-M pozitif bulunan 205 suştan plazmid izolasyonu vetransformasyon ile direncin aktarılabilirliği incelendi. Elde edilen 169transformant PZR ile CTX-M pozitif bulundu. Bu suşlarda direncinplazmidler üzerinde taşındığı gösterildi.Sonuç olarak dünyada olduğu gibi ülkemizde de CTX-M tipiGSBL'lerin prevalansı yüksektir. Özellikle bu gruptaki GSBL'ler plazmidlerüzerinde beta-laktam antibiyotiklerin yanısıra pek çok antibiyotiğe karşıdirenç genlerini de taşımaktadır. Bu nedenle, sadece hastane kaynaklıdeğil, toplum kaynaklı enfeksiyonlarda da gerekli korunma ve kontrolönlemlerinin alınması, tedavide uygun antimikrobiyal seçimine yönverebilmesi açısından bu gibi çalışmalara gerek duyulmaktadır.Anahtar kelimeler: Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz, CTX-M,Escherichia coli, plazmid
Gram negatif non fermentatif bakterilerde metallo-beta-laktamaz enziminin farklı yöntemlerle gösterilmesi ve bu yöntemlerin karşılaştırılması
ÖZETNon fermentatif Gram negatif (NFGN) basillerin son yıllarda giderek artan karbapenem direncinden sorumlu olabilecek yeni metallo-beta-laktamaz (MBL) enzimleri tanımlanmakta ve sayıları artarak dünya genelinde yayılma göstermektedir. Bu çalışmada, imipenem ve meropenem dirençli klinik izolatlarda MBL üretiminin yerini araştırmak ve ayrıca bu enzimlerin varlığını ortaya koyabilecek fenotipik yöntemleri test etmek ve karşılaştırmak amaçlanmıştır.Çalışmaya alınan bakterilerin tanımlanması standart klinik mikrobiyolojik yöntemlerle yapılmış ve BD Phoenix tam otomatize identifikasyon sisteminde değerlendirilmiştir. Bakterilerin invitro koşullarda antibiyotiklere direnç durumları CLSI önerileri doğrultusunda disk difüzyon yöntemi ile belirlenmiş, BD Phoenix tam otomatize identifikasyon cihazı ile doğrulanmıştır. MBL üretimi kombine disk yöntemi, çift disk sinerji, modifıye Hodge testi ve E test yöntemleri ile araştırılmıştır.Meropenem dirençli Acinetobacter kökenlerinde MBL üretimi kombine disk metodu ile % 95, MP-EDTA çift disk sinerji testi ile % 67.5, modifıye Hodge testi ile % 72.5, E test ile % 97.5; meropeneme dirençli Pseudomonas kökenlerinde kombine disk metodu ile %80, MP-EDTA çift disk sinerji testi ile % 100, Modifiye Hodge testi ile % 60 ve E test ile % 60 oranında bulunmuştur.Metallo-beta-laktamaz üreten bakterilerin aztreonam ve colistin dışında tüm beta laktamlara dirençli olmaları ve klinik uygulamada uygun bir MBL inhibitörünün bulunmaması, ayrıca MBL ile aminoglikozid direnç genlerinin genetik olarak birarada bulunması epidemiyolojik açıdan MBL varlığının tespit edilmesini çok önemli kılmaktadır. MBL araştırılmasında hızlı, basit, duyarlılık ve özgüllüğü yüksek olan iyi bir fenotipik tarama yöntemine gerek vardır.Günümüzde var olan tarama yöntemlerinin hiçbiri yeterli değildir. Bu sebeple tarama sonuçlarının moleküler yöntemlerle doğrulanması gereklidir. Yaptığımız çalışma sonunda, hastanemizde MBL üreten suşların belirlenmesi ve kontrolü ile ilgili olarak daha ileri araştırmaların yapılması gerektiği düşüncesi ortaya çıkmıştır.Anahtar Kelimeler: MBL üretimi, Pseudomonas, Acinetobacter, fenotipik yöntemler.
Çeşitli klinik örneklerden hastane enfeksiyon etkeni olarak izole edilen karbapenem dirençli acinetobacter baumannii suşlarının pfge yöntemiyle genotiplendirilmesi
Hastane enfeksiyonları morbidite ve mortalite oranlarını, hastanede kalış süresini ve tedavi maliyetini önemli ölçüde arttırdığı için, önemli bir sağlık problemi olmaya devam etmektedir. Acinetobacter cinsi bakteriler hastane enfeksiyonlarına yol açan etkenler içinde önemli bir yer tutmaktadır. Bu etkenlerin hastane enfeksiyonlarında sık olarak saptanmalarının nedenleri, dış ortam koşullarında kolaylıkla yaşayabilmeleri ve antibiyotiklere karşı çoğul direnç kazanabilmeleridir. Acinetobacter baumannii salgınlarının kaynağının doğru ve hızlı tespiti, enfeksiyonun tedavisi ve salgının kontrolü açısından önemlidir. Salgın epidemiyolojisinde Pulsed-Field Gel Electrophoresis ile total genom polimorfizminin analizi en güvenilir yöntemdir ve genotiplendirmede altın standart olarak kabul edilmektedir. Çalışmamızda Fırat Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuarı ile Enfeksiyon Hastalıkları Anabilim Dalı Laboratuar' ına 1 Aralık 2013 – 30 Haziran 2014 tarihleri arasında gönderilen çeşitli klinik materyallerden hastane enfeksiyon etkeni olarak izole edilen 93 adet karbapenem dirençli A. baumannii izolatının PFGE yöntemiyle moleküler benzerliklerinin araştırılması amaçlandı. 93 adet A. baumannii suşunun disk difüzyon yöntemi ile yapılan antibiyogramlarına göre, tümünün imipeneme karşı dirençli olduğu bulundu. Tiplendirilen 93 A. baumannii suşu 30 farklı PFGE profili gösterdi. Klonal yönden ilişkili suşlar, 7 farklı küme içerisinde yer aldı. Toplam 93 A. baumannii suşunun 80'i herhangi bir küme içerisinde yer aldı. Suşların kümeleşme oranı %86 bulundu. Çalışmamızda en fazla izolat sayısına sahip I kümesinde yer alan 55 suşun izolasyon tarihleri incelendiğinde, bu klonun hastanemizde yaklaşık 7 ay varlığını sürdürdüğü görüldü. Sonuç olarak; bu çalışma hastanemizde A. baumannii izolatlarının, aradan 7 ay gibi uzun bir süre geçmesine rağmen benzer olduğunu gösterdi. Ayrıca PFGE 'nin diğer çalışmalarla benzer şekilde izolatlar arası benzerlik ya da farklılıkların tespitinde mevcut en önemli ayırıcı yöntem olduğu düşünüldü. Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii, karbapenem direnci, PFGE, genotipleme
Etlerden izole edilen Klebsiella türlerinde siderofor oluşumu, serum direnci, hemolitik aktivite ve genişletilmiş spektrumlu beta laktamaz üretiminin belirlenmesi
Bu araştırmanın amacı, Ankara'da tüketime sunulan kırmızı et ve tavuk etlerinden izole edilen Klebsiella türlerinde siderofor oluşumu, serum direnci, hemolitik aktivite ve genişletilmiş spektrumlu beta laktamaz üretiminin belirlenmesidir. Araştırmamızda Temmuz 2007?Kasım 2008 tarihleri arasında Ankara'daki çeşitli market ve kasaplardan temin edilen 30 adet et (dana kuşbaşı ve kıyma) ve 30 adet tavuk (but ve göğüs) olmak üzere 60 adet örnek ile çalışılmıştır. Örneklerden Klebsiella'ların izolasyonu amaçlanmış, izolatlar biyokimyasal testleri yapılarak tür düzeyinde tanımlanmıştır. Tanımlanan türler virülans faktörlerden siderofor üretimi, serum direnci ve hemolitik aktivite bakımından incelenmiş, ayrıca geniş spektrumlu beta laktamaz enzimi üretmeleri ve antibiyotik dirençlilikleri araştırılmıştır. Elde edilen 45 Klebsiella izolatının tür tanımlanması yapılmış olup bunların 21'i (%46.7) Klebsiella pneumoniae , 24'ü (%53.3) ise Klebsiella oxytoca olarak tanımlanmıştır. Siderefor üretimi Chrome Azurol Sulphate Agar'da araştırılmış ve izolatların 20'sinde (%44) siderofor üretimi tespit edilmiştir. İzolatların serum direnci 56º C'de inaktive edilmiş insan serumu kullanılarak araştırılmış ve izolatların 17'sinde (%38) serum direnci belirlenmiştir. Hemolitik aktivitenin belirlenmesinde kanlı agar kullanılmış olup 30'unun (%67) hemolitik aktiviteye sahip olduğu tespit edilmiştir. Geniş spektrumlu beta laktamaz üretimleri çift disk sinerji testi ile araştırılmış ve 13'ünde (%29) geniş spektrumlu beta laktamaz üretimi tespit edilmiştir. İzole edilen türlerin meropenem ve imipeneme %100 duyarlı olduğu saptanmış olup, türlerin tamamı ampisilin ve amoksisline dirençli olarak bulunmuştur.
Klinik örneklerden izole edilen Klebsiella bakterilerinin identifikasyonu ve enzimatik aktivitesi
ÖZETGeniş spektrumlu beta laktam antibiyotikler bakterisid etkili olması ve yan etkilerinin az olması nedeniyle klinisyenler tarafından oldukça sık kullanılan antibiyotiklerdir. Bu ilaçların klinikteki kullanımı arttıkça bu antibiyotiklere karşı özellikle beta laktamazlara bağlı direnç de artmaya başlamıştır.Bu çalışmada 194 Klebsiella izolatının 172(%88,66)'sinde ß-laktamaz enzim aktivitesi pozitifitir.Çalışmada Amikasin, Ampsilin, Piperasilin, Sulbaktam/Ampsilin ve Trimethoprim/sulfometaksozol antibiyotikleri kullanılmıştır. Klebsiella bakterilerinde beta laktam inhibitörü olan Sulbaktam/Ampsilin'e %13,40 duyarlı, beta laktamaz türevi Ampisilin'e karşı ise %2,06 duyarlı olduğu gözlenmiştir. Trimethoprim/sulfometaksozol'e %34,02 duyarlılık saptanmıştır. Piperasilin'e ise %1,03 duyarlı Klebsiella suşları kaydedilmiştir. Ancak Klebsiella bakterilerinin Amikasin'e %45,36 duyarlı olduğu gözlenmiştir.Bu çalışmada K.pneumoniae, K.oxytoca'ya ek olarak K.rhinoscleromatis, K. ornitolytica, K.ozaenae'de de GSBL varlığını saptanmıştır. Klebsiella'da GSBL varlığı çift disk sinerji testi(ÇDST) ve klavulanik asit kombinasyonu içeren disk kullanımı yöntemi ile çalışılmıştır.Çalışmamızda ÇDST yöntemiyle %65 oranında GSBL pozitiflik gözlemlenmiştir. Klebsiella izolatlarının ÇDST'nde kullanılan antibiyotiklerden Amoksisilin/Klavulanikasit'e %19,07, Seftazidim'e karşı %39,17, Aztreonam'a %28,35, Sefotaksim'e %10,82 duyarlı, Seftriakson'a %22,16 ve Sefpodoksim' e %12,89'u duyarlıdır. Klavulonik asit kombinasyonu içeren disklerin kulanımı yöntemiyle Klebsiella şuşlarının %53'ü GSBL (+) pozitiftir. Türlere göre ÇDST ile yapılan GSBL dağılımına bakıldığında 2 K. ornithinolytica'nın 2'si, 2 K.rhinoscleromatis'in 1'i, 8 K.ozaenae'nin 5'i, 15 K.oxytoca'nın 8'i, 167 K.pneumoniae'nin 110'u GSBL pozitiflik gözlemlenmiştir. Klavulanik asit kombinasyonu içeren disk kullanımı yöntemiyle yapılan GSBL dağılımına bakıldığında ise K.ornithinolytica'nın ve K.rhinoscleromatis'in ÇDST yöntemiyle aynı GSBL oranına sahip olduğu, 8 K. ozaenae'nin 5'inde, 15 K. oxytoca'nın 5'inde, 167 K. pneumoniae'nin ise 90'ında GSBL pozitiflik gösterdiğini gözlenmiştir.Beta laktamaz ve GSBL enzim aktiviteleri bakımından ülkeler, bölgeler, hastaneler ve aynı hastanedeki birimler arasında da farklılıklar gözlenmektedir. Bizim çalışmamızda da yüksek oranda GSBL pozitifliği gözlemlenmiştir.