Biological activity
67 theses under this subject heading
Bazı tiyofen tiyosemikarbazon türevlerinin Bizmut(III) halojenür komplekslerinin sentezi, karakterizasyonu ve biyolojik özelliklerinin incelenmesi
Tiyosemikarbazonlar ve tiyosemikarbazonların metal kompleksleri sahip oldukları anti-bakteriyel, anti-tümör, anti-kanser, anti-viral, anti-sıtma ve anti-fungal gibi biyolojik aktivitelerinden dolayı önemli bir yere sahiptirler. Bizmut bileşikleri ise tıbbi alanda çeşitli hastalıkların tedavisinde yüzyıllardır yaygın olarak kullanılmaktadır. Bunun yanı sıra alaşımlar, kozmetik gibi farklı alanlarda da kullanıldığı bilinmektedir. Gerçekleştirilen bu tez çalışmasında bazı tiyofen tiyosemikarbazon türevleri olan tiyofen-2-karbaldehit tiyosemikarbazon, tiyofen-2-karbaldehit-N-metil tiyosemikarbazon ve tiyofen-2-karbaldehit-N-etil tiyosemikarbazon'un bizmut(III) halojenürler (BiX3; X: Cl, Br, I) ile reaksiyonları sonucu 6 adet yeni bizmut bileşikleri sentezlenmiştir. Sentezlenen bu bileşiklerin kimyasal yapıları elementel analiz, UV-Vis spektroskopisi, 1H ve 13C-NMR spektroskopisi, FT-IR spektroskopisi, FT-Raman spektroskopisi ile termogravimetrik ve diferansiyel termal analiz yöntemleri ile aydınlatılmıştır. Ayrıca tiyofen-2-karbaldehit-N-metil tiyosemikarbazon, tiyofen-2-karbaldehit-N-etil tiyosemikarbazon'un ve sentezlenen tüm bizmut(III) halojenür bileşiklerinin kristal yapıları tek kristal X-ışını kırınımı analizi ile belirlenmiştir. Bizmut komplekslerin, adenokarsinom (MCF-7) hücrelerine karşı sitotoksik aktiviteleri test edilmiştir. Komplekslerin ve ligandlarının antibakteriyel aktiviteleri, gram negatif türler (Pseudomonas Aeruginosa (ATCC 27853) ve Escherichia Coli (ATCC 25922)) ile gram pozitif türlere (Staphylococcus Epidermidis (ATCC 35984) ve Staphylococcus Aureus (ATCC 25923)) karşı test edilmiştir.
Hyacinthella siirtensis endemik bitkisinin uçucu yağlarının biyolojik aktiviteleri ve fizikokimyasal özelliklerinin belirlenmesi
Türkiye sınırları içerisinde Orta Fırat ve Dicle Bölümlerinde yayılış gösteren Hyacinthella siirtensis B. Mathev bitkisi biyolojik, kimyasal ve fizikokimyasal özellikleri açısından incelenmiştir. H. siirtensis bitkisinin soxhlet ve maserasyon ekstraksiyon yöntemi kullanılarak toplam fenolik ve flavonoid madde miktarı, antioksidan aktivitesi, kimyasal bileşimi, metal içeriği, antibakteriyel aktivitesi ve fizikokimyasal özellikleri tespit edilmiştir. Farklı çözücülerle ekstraksyonlar yapılarak elde edilen ekstraktlar GC MS ile analiz edilmiştir. GC-MS analizi sonucunda soxhlet yöntemiyle elde edilen ekstraktlardan en fazla bileşik tespiti 51 bileşik ile aseton ekstraktından, metanol ekstraktının LC-MS/MS analizi sonucunda ise 19 farklı fenolik bileşik tespit edilmiştir. Toplam fenolik madde miktarları, Folin-Ciocalteau Reaktifi (FCR) yöntemi ile antioksidan aktiviteleri FRAP ve DPPH yöntemleriyle tespit edilmiş ve toplam flavonoid miktarları bulunmuştur. Toplam fenolik madde miktarının en yüksek değeri 95,87 mg/mL gallik asit eş değeri ile %80'lik metanol ekstraktından, toplam flavonoid bileşik miktarı ise 564,63 mg/mL rutin eş değerliği ile saf su ekstraktından elde edilmiştir. Antioksidan aktivitesi ise DPPH serbest radikal süpürme aktivitelerinin en yüksek inhibisyon değeri %68,72 değeri ile %80'lik aseton ekstraktından, FRAP yöntemiyle yapılan antioksidan kapasite analizlerinde en yüksek değerin 1,91 ug/mL FeSO4 eş değeri ile %80'lik metanol ekstraktına ait olduğu görülmüştür. H. siirtensis bitki ekstraktının birçok çözelti konsantrasyonunda gram-negatif bir yapıya sahip E. Coli bakterisine karşı etkili olduğu ve gram-pozitif yapıya sahip S. aureus bakterisine karşı yok denecek kadar az antibakteriyel etki gösterdiği gözlenmiştir. ICP-OES cihazıyla yapılan metal analizi sonucunda en fazla 5,33±0,00 g/kg ile mikrodalga numunesinde kalsiyum elementi, ICP-MS analiz sonucuda ise en fazla 15,65±0,49 g/kg ile mikrodalga numunesinde kalsiyum elementi tespit edilmiştir.
Farklı aksiyal ve ekvatoryal grup içeren yeni metal oksim bileşikler ve bunların özelliklerinin araştırılması incelenmesi
Bu çalışmada vic-dioksim ligandlar (A, C) ve bunların metal kompleksleri (A1-5, B1-9 ve C1-9) üç grupta hazırlandı. Birinci grupta yeni vic-dioksim ligandı (A) ve Cu(II), Ni(II), Ti(IV), VO(IV) ve Zn(II) tuzları ile kompleksleri (A1-5) hazırlandı. Vic-dioksim ligandın (A) ve metal komplekslerin (A1-5) yapıları NMR (1H ve 13C), LC-MS/MS spektrometresi, FT-IR spektroskopisi, UV-Vis spektroskopisi, erime noktası,elemental analiz ve manyetik duyarlılık ölçümleri kullanılarak karakterize edildi. Vic-dioksim ligandı (L1H2) (A) ve metal kompleksleri ([Cu(L1H)2] (A1), [Ni(L1H)2] (A2), [Ti(L1H)2]Cl2 (A3), [VO(L1H)2] (A4), ve [Zn(L1H)2] (A5)) sırasıyla, in vitro antibakteriyel ve antioksidan aktiviteleri test edildi. İkinci grupta, yeni nötral kobaloksimler (B1-3) ve bunlara karşılık gelen farklı kobaloksim bazlı (çift ve tek) kompleks tuzlar (B4-9) hazırlanmıştır. Sentezlenen kobaloksim kompleksler (B1-9) 1H ve 13C NMR spektroskopisi, FT-IR spektroskopisi, UV-Vis spektroskopisi, LC-MS/MS spektrometresi, erime noktası ve element analiz teknikleri ile karakterize edildi. Sentezlenen bileşikler ilk kez, uygun koşullarda herhangi bir organik ve inorganik çözücü kullanmadan epoksit ve CO2 kullanarak halkalı karbonatların sentezi için katalizör olarak etkinliği değerlendirildi. Sentezlenen tüm kobaoksim kompleksler (B1-9), epiklorohidrinin karboksilasyonu için yüksek katalitik aktivite (100 °C'de ve 1.6 MPa CO2 basıncında) gösterdi. Üçüncü grupta ise yeni nötral kobaloksimler (C1-3) ve çift kobaloksim tuzları (C4-6) ve bunların basit iyonlu tek tuzları (C7-9) hazırlanmıştır. Sentezlenen hedef kobaloksimlerin yapısı, 1H, 13C ve 11B NMR spektroskopisi, FT-IR spektroskopisi, UV-Vis spektroskopisi, LC-MS/MS spektrometresi, erime noktası ve elemental analiz teknikleri kullanılarak karakterize edildi. Yapısı detaylı açıklanan bu kobaloksimler (C1-9), CO2 ve epoksitlerden beş üyeli organik halkalı karbonatların eldesi reaksiyonlarında verimli ve yeşil katalizör olarak etkinlikleri incelendi. Sentezlenen tüm kobaloksim bileşiklerin (C1-9) yüksek katalitik dönüşüm ve seçiciliği belirlendikten sonra, bu katalizörlerin epoksit, baz, reaksiyon süresi, sıcaklık ve CO2 basıncı gibi parametrelerin katalitik dönüşüm üzerindeki etkisi araştırıldı.
Synthesis of thiourea and sugar derivatives of some chiral aromatic compounds and investigations of their biological activities
In this study, L-isoleucine, D-phenylglycine, D-phenylalanine and L-valine were used as starting amino acids. First of all, N-Boc-amino acids derivatives were synthesized. Amide derivatives were obtained by the reaction of these amino acids with o-phenylenediamine. N-Boc-chiral derivative of benzimidazoles were synthesized by inserting N-Boc amide derivatives into cyclization reaciton in an acidic environment. The synthesized N-Boc-chiral derivative of benzimidazoles were deprotected by reducing the protective group which was connected to amine group for obtaining chiral derivative of deprotected benzimidazoles. Then acetylated isothiocyanates were synthesized from 3 different monosaccharides (D-glucose, D-galactose, D-mannose). 12 original compounds (18-29) were obtained by the reaction of synthesized amide (4, 6, 8) and benzimidazole (12, 13, 14) compounds with isothiocynates. The products were characterized by spectroscopic methods (IR, 1H-NMR, 13C-NMR) and elemental analysis. Biological activities of the newly synthesized glycosyl thiourea derivative compounds were tested.
Bazı Salvia türlerinin sekonder metabolitlerinin analizi, genomik karakterizasyonu ve biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Salvia (adaçayı) türleri terpenik bitkilerce zengin olan Lamiaceae (Labiatae) familyası bitkileridir. Dünyada 900'ü aşkın Salvia türü vardır, başlıca yaygın olarak bulunduğu ülkeler Çin, Brezilya, Meksika ve çoğunlukla Akdeniz bölgesinde yer alan Avrupa ülkeleridir. Türkiye'de ise 96 tür ve 105'i aşkın takson ile temsil edilen Salvia türlerinin sekonder metabolitleri başlıca terpenoit, steroit, flavonoit ve diğer fenolik bileşiklerden ibarettir. Özellikle taşıdıkları di- ve triterpenler nedeniyle antienflamatuvar, antiviral, hepatotoksik, sitosoksik/antitümör aktivitelerinin yanı sıra taşıdıkları flavonların antioksidan, antimikrobiyal, sitotoksik vb. pek çok aktiviteye sahip olduğu bilinen bir gerçektir. Salvia divinorum bitkisi ise Avrupa ve Asya kıtasındaki türlerin aksine neo-klerodan yapısındaki diterpenoid bileşikler ve özellikle salvinorin A ve salvinorin B'ce zengindir ve kappa-opioid reseptörlerine (KOR) karşı seçicilik gösterir ve halusinojenik özellikler taşıması bakımından bitkinin diğer türlerinden ayrılır. Ülkemizde halk arasında adaçayı olarak tüketilen bitkinin türleri içerisinde halusinojenik etken madde içeriklerinin taranması son derece önemlidir. Çünkü neo-klerodan diterpen yapıdaki bileşikler Salvia türlerinde yaygın olarak bulunmaktadır. 50 yılı aşkın süredir Lamiaceae, Verbenaceae, Euphorbiaceae, Compositae (Asteraceae) gibi familyalardan bir çok neo-klerodan bileşikleri izole edilmiştir. Yapılarındaki ilave furan halkası taşımalarıyla neo-klerodan diterpenler, diterpenler içerisinde taksonomik marker olarak bilinirler. Salvinorin A bileşiği çok güçlü halusinojenik bir bileşiktir ve salvinorin B bileşiği ile birlikte beynin Kappa-Opioid reseptörlerine karşı seçicilik gösterir. Kappa-Opioid reseptör ligandları bağımlılık, depresyon, ruhsal denge bozukluğu ve şizofren gibi akıl hastalıkları rahatsızlıklarında rol oynamaktadır. Salvia türleri üzerindeki çalışmalarımızın devamı niteliğinde olan bu tez çalışmasında, ülkemizin farklı bölgelerinden toplanmış 40-45 adet Salvia türünün; i. Başlıca sekonder metabolitlerinden fenolik ve salvinorin bileşik içeriklerinin, güvenilirliği sağlanmış bir metot ile sıvı kromatografi/tandem kütle spektrometresi (LC-MS/MS) kullanılarak tayin edilmesi, ii. Diğer sekonder metabolitlerinden olan uçucu organik bileşik içeriklerinin termal desorpsiyon gaz kromatografi kütle spektrometresi (TD-GC-MS) tekniği ile incelenmesi, iii. Salvia türlerinin genomik DNA dizi analizlerinin yapılarak gen haritalarının çıkarılması, türler arasında filogenetik benzerlik durumlarının ortaya konulması, iv. Salvia türlerinin farklı yöntemler kullanılarak antioksidan ve antimikrobiyal aktivitelerinin incelenmesi, içerdikleri sekonder metabolitler ile yapı-aktivite ilişkisinin kurulması amaçlanmıştır. Bu tez çalışmasında, Salvia türlerinin toprak üstü kısımlarının metanol ekstreleri hazırlanmıştır. Bu ekstrelerin fenolik bileşik içerikleri [7 adet fenolik asit (kafeik, klorojenik, p-kumarik, salisilik, sirinjik, rosmarinik ve t-ferulik asit), 8 adet flavonoit (apigenin, izoramnetin, kamferol, luteolin, penduletin, kersetagetin-3,6-dimetileter, kersetin ve salvigenin), 5 adet flavonoit glikozit (izokersetin, kamferol-3-rutinozit, luteolin-7-O-glikozit, kersitrin ve rutin hidrat), pirogallol, vanillin ve fumarik asit] LC-MS/MS metodu ile kantitatif olarak belirlenmiştir. Salvia türlerinde çoğunlukla kafeik asit (7,11-185,03 µg/g), fumarik asit (8,32-2119,85 µg/g), luteolin (12,92-344,68 µg/g), penduletin (3,35-740,57 µg/g), rosmarinik asit (134,6-4420 µg/g) ve rutin hidrat (5,23-7522,31 µg/g) bileşenleri tespit edilmiştir. Bu ekstrelerin salvinorin içerikleri de yine LC-MS/MS metodu ile belirlenmiştir. Salvinorin A bileşeni en fazla S. recognita, S. cryptantha ve S. glutinosa (212,86±20,46 µg/g, 51,50±4,95 µg/g ve 38,92±3,74 µg/g) bitki türlerinde olduğu tespit edilmiştir. Salvinorin B bileşiğinin ise en fazla S. potentillifolia, S. adenocaulon ve S. cryptantha (2351,99±232,22 µg/g, 768,78±75,90 µg/g ve 402,24±39,71 µg/g) türlerinde bulunduğu belirlenmiştir. Bitkilerin uçucu organik bileşikleri termal desorpsiyon gaz kromatografisi kütle spektrometresi yöntemi ile tespit edilmiştir. Uçucu organik bileşenlerin içerikleri türler arasında farklılık göstermekle birlikte başlıca borneol (%0,09-37,4), β-karyofillen (%0,23-10,27), spathulenol (%0,03-14,07), karyofillen oksit (%0,03-11,25), β-bisabolon (%0,21-7,96), bisiklogermakren (%0,06-33,31), 1,8-sineol (ökaliptol) (%0,04-23,1) ve kamfor (%0,05-13) bileşikleri tespit edilmiştir. Genomik DNA analizleri için, bitki türlerinin 5S rRNA kodlayıcı gen dizileri aydınlatılmış ve türler arasındaki evrensel akrabalık ilişkileri, benzerlikleri belirlenmiştir. Salvia bitkilerinin DNA dizileri ile GenBank'dan alınan Salvia divinorum bitkisinin DNA dizisi, çoklu sekans hizalama programları ile hizalanmış ve türlerin halusinatif etkili Salvia divinorum bitkisine olan benzerlikleri ortaya konulmuştur. Salvia türlerinin DNA dizilerinin çoğunlukla 300 bp ile 500 bp baz çifti arasında olduğu tespit edilmiştir. Ancak Salvia nemorosa (467 bp), Salvia glutinosa (466 bp), Salvia russellii (424 bp) ve Salvia verticillata (269 bp) türlerinin diğer Salvia türlerinde çoğunlukla 300 bp baz çifti uzunluğundan farklı oldukları tespit edilmiştir. Salvia divinorum bitkisinin literatürde 487 bp baz çifti uzunluğuna sahip olduğu kayıt edilmiştir. Türlerin baz dizilimleri Clusteal W çoklu sekans hizalayıcı program ile düzenlenmiştir. Böylece Salvia divinorum bitkisine benzerlikleri kemometrik ve genomik olarak incelenmiştir. Antioksidan aktivite analizleri için ekstrelerin Folin-Ciocalteu ayıracı ile toplam fenolik miktarları pirokateşole ve aluminyum nitrat yöntemi ile toplam flavonoit miktarları kersetine eşdeğer olarak tayin edilmiştir. Ekstrelerin toplam fenolik içerikleri 13,90±0,56-164,06±2,82 µg/mg aralığında, toplam flavonoit içerikleri ise 14,15±0,11-58,57±0,00 µg/mg aralığında değiştiği belirlenmiştir. ABTS katyon radikali giderme aktivitesi ve Bakır (II) iyonu indirgeme antioksidan kapasitesi (CUPRAC) ise Trolox'a eşdeğer olarak belirlenmiştir. Ekstrelerin gram ekstre başına mmol Trolox'a eşdeğer; ABTS katyon radikali giderme aktivite kapasitesi 0,16±0,00-1,55±0,00 mmol TR/g aralığında, CUPRAC aktivite kapasitesi 0,25±0,00-2,47±0,00 mmol TR/g aralığında tespit edilmiştir. DPPH serbest radikal giderimi ve lipid peroksidasyon inhibisyonu aktivitesi (β-karoten renk açılımı) % inhibisyon cinsinden 4 farklı derişimde (10, 25, 50 ve 100 µg/mL) incelenmiştir. Elde edilen sonuçlar α-tokoferol, BHT ve BHA standart maddeleriyle mukayese edilerek değerlendirilmiştir. Antimikrobiyal aktiviteleri ise sırasıyla Gram negatif bakteri E. Coli, Gram pozitif bakteri S. aureus, maya C. albicans ve mikobakteri M. Smegmatis'e karşı disk difüzyon yöntemi ile incelenmiştir. Standart olarak negatif kontrol DMSO, pozitif kontrol Gentamisin, Oxacillin, Ketoconazole ve Streptomisin antibiyotikleri kullanılmıştır. Salvia blepharochlaena ve Salvia modesta türleri M. smegmatis'e, Salvia kronenburgii ve Salvia poculata türleri ise S. aureus'e karşı aktivite göstermişlerdir. Bunun yanı sıra S. aureus'a karşı Salvia heldreichiana iyi, Salvia aucheri, Salvia hypargeia, Salvia modesta ve Salvia trichoclada orta, Salvia bracteata, Salvia euphratica, Salvia huberi, Salvia glutinosa ve Salvia nemorosa az, Salvia pachystachys ise çok az antimikrobiyal aktivite göstermiştir.
Termofilik bakteri izolatlarından ekzopolisakkarit üretimi ve karakterizasyonu
Amaç: Bu tez çalışmasında termofilik bakteri izolatlarının ekzopolisakkarit (EPS) üretimlerinin incelenmesi, verimli olan izolatların ürettikleri EPS'lerin saflaştırılması ve biyolojik karakterizasyonlarının yapılması amaçlanmıştır. Ayrıca en iyi üretimi gerçekleştirdiği için seçilen HBB 111 termofilik bakteri izolatının ürettiği EPS'in detaylı kimyasal analizi ve üretim koşullarının optimizasyonu tezin diğer amacını teşkil etmiştir. Materyal ve Yöntem: Doktora tez çalışmasında Aydın ili ve çevresindeki sıcak su kaynaklarından önceden izole edilmiş olan termofilik bakterilerin ekzopolisakkarit üretimini tespit etmek için EPS ekstraksiyonu ve fenol sülfürik asit yöntemi ile EPS miktar tayini yapılmıştır. On adet termofilik EPS'nin hemolitik potansiyel test ile sitotoksisitesi, agar-well difüzyon yöntemi ve 96'lık mikroplakada spektrofotometrik olarak analiz edilmiştir. Antimikrobiyal aktivitesi, agar-well difüzyon yöntemiyle incelenmiştir. Antioksidan kapasiteleri ve alfa-amilaz enzim inhibisyonu 1 mL küvet ile spektrofotometrik olarak incelenmiştir. Prebiyotik aktiviteleri ise hücre sayma metotu ile araştırılmıştır. Fibrinolitik aktivitesi USP 28-NF 23 pharmacopeia (2005) metodu modifiye edilerek incelenmiştir. Antibiyofilm kapasiteleri için 96'lık mikroplakada kristal viyole ile boyama yöntemi kullanılmıştır. On adet EPS üreticisi arasından HBB 111 izolatı seçilmiş ve üretilen EPS'nin TLC, FTIR-ATR, NMR, GC-MS ve SEM-EDX analizleri kullanılarak karakterizasyonu yapılmıştır. EPS üretim koşullarının optimizasyonunda zaman, sıcaklık, pH, NaCl konsantrasyonu, şeker tipi ve şeker konsantrasyonu parametreleri incelenmiştir. Bulgular: Bu tez çalışmasında on adet termofilik izolatın ürettiği EPS'lerin anti-sitotoksisite, antimikrobiyal, antioksidan, alfa-amilaz enzim inhibisyonu, prebiyotik, fibrinolitik ve antibiyofilm aktiviteleri olduğu tespit edilmiştir. Çalışmada daha verimli olduğu için seçilen ekzopolisakkarit EPS 111'in denenen tüm biyolojik aktiviteler açısından pozitif sonuçlar verdiği tespit edilmiştir. İlaveten EPS 111'in TLC, FTIR-ATR, NMR, GC-MS ve SEM-EDX analizi sonuçlarına göre glukoz, galaktoz ve fruktoz monosakkaritlerini içeren heteropolisakkarit yapısında, pürüzlü ve tabakalı yüzeye sahip bir polisakkarit olduğu belirlenmiştir. Optimum üretim koşulları ise 26 saat inkübasyon, 55 °C, pH 8.0, NaCl içermeyen ortam ve %2,4 laktoz içeren ortam olarak saptanmıştır. Sonuç: Son yıllarda ekstremofil bakteriler tarafından üretilen EPS'ler sağlık, gıda, kozmetik alanlarında kullanım potansiyelleri ile göze çarpmaktadır. Bu tez çalışmasında, incelenen HBB 111 izolatının ürettiği EPS'nin antioksidan, antisitotoksik ve prebiyotik özellikleri nedeniyle gıda; antisitotoksik, antimikrobiyal, antibiyofilm, alfa amilaz inhibisyonu, prebiyotik, fibrinolitik özelliklerinden dolayı ise sağlık alanlarında kullanılabileceği düşünülmektedir. Saflaştırılan bu EPS'in literatürde bildirilen termofilik EPS'lerden farklı olarak EPS 111'in çoklu biyolojik aktiviteye sahip olduğu görülmektedir. Anahtar Kelimeler: Termofilik Bakteri, Ekzopolisakkarit, Biyolojik Aktivite, Kimyasal Karakterizasyon
Thymbra spicata L. ve Salvia triloba L.'nin antienflamatuvar aktivitelerinin araştırılması
Vücudun herhangi bir tetikleyici karşısında bağışıklık sisteminin doğal bir yanıtı olan enflamasyon akut ve kronik olmak üzere iki şekilde sınıflandırılmaktadır. Enflamasyonun tedavisinde non-steroid antienflamatuvar ilaçlar (NSAİİ) yaygın bir kullanıma sahiptir. Ancak bunların kardiyovasküler ve gastroinstestinal sistemde ortaya çıkan yan etkileri kullanımlarını sınırlamaktadır. Bu nedenle daha az yan etkiye sahip yeni antienflamatuvar ilaç arayışları devam etmektedir. Bu alternatifler arasında doğal ürünler sahip oldukları geniş çeşitlilikteki biyolojik aktif bileşenleri ile önemli bir potansiyeldir. Sitokinler enflamasyon sürecinde aktif rol oynamaktadır. Tümör nekrozis faktör-alfa (TNF-α), enflamasyonun başlamasında ve devam ettirilmesinde rol oynayan bir pro-enflamatuvar sitokindir. Interlökin- 10 (IL-10) ise antienflamatuvar immünosupresif sitokindir. Son dönemde makrofaj hücrelerince sentezlenen bu sitokinlerin belirlenmesi ile çeşitli bileşiklerin antienflamatuvar aktivitenin belirlenmesi mümkün olmaktadır. Muğla yöresi sahip olduğu geniş çeşitlilikteki bitki örtüsü ile hammadde arayışları için önemli bir potansiyeldir. Bu tez çalışmasında; ekonomik ve tıbbi anlamda ciddi değere sahip olan ve halk arasında uzun yıllardır baharat ve boğaz ağrısı, soğuk algınlığı gibi rahatsızlıkların tedavisinde kullanılan Thymbra spicata ve Salvia triloba bitkilerinin antienflamatuvar etkilerinin araştırılması amaçlanmaktadır. Bu bitkilerin uçucu yağları ve ekstraklarının antienflamatuvar aktiviteleri İnsan monositik THP-1 hücre hattı üzerinde araştırılmıştır. İlk olarak bitki uçucu yağ ve ekstraktlarının phorbol 12-myristate 13-acetate (PMA) ile farklılaştırılmış THP-1 monosit hücreleri üzerindeki sitotoksik etkinliği MTT (3-(4,5- Dimethylthiazol-2-yl)-2,5- diphenyltetrazolium bromide) yöntemi ile belirlenmiştir. MTT testi sonucunda T. spicata ekstrakt ve uçucu yağı için IC50 değerleri sırasıyla 112 µg/mL ve 18.38 µg/mL olarak hesaplanmıştır. S. triloba ekstraktı için IC50 değeri >1000 µg/mL; S. triloba uçucu yağında ise IC50 değeri 385.76 µg/mL olarak hesaplanmıştır. Subsitotoksik dozlardaki uçucu yağ ve ekstraktların antienflamatuvar aktiviteleri PMA ile makrofaja farklılaştırılmış THP-1 hücreleri üzerinde araştırılmıştır. Enflamasyonu sağlamak üzere lipopolisakkarit ile stimüle edilen hücreler, T. spicata ektraktının 62.5-31.25 ve 15.625 µg/mL; uçucu yağının 15.625-7.81 ve 3.9 µg/mL, S. triloba ekstraktının 1000-500 ve 250 µg/mL; uçucu yağının ise 250-125 ve 62.5 µg/mL'lik konsantrasyonları ile muamele edilmiştir. Bu muamele sonrası hücrelerden salınan interlökin-10 (IL-10) ve tümör nekroz faktör- α (TNF-α) seviyeleri ticari Eliza kiti ile belirlenmiştir. T. spicata ekstraktı ile muamelede en yüksek IL-10 sekresyonu 62.5 µg/mL ekstrakt ile muamele edilmiş hücrelerde, uçucu yağ ile muamelede ise 15.625 µg/mL konsantrasyonda tespit edilmiştir. S. triloba ekstraktı ile muamelede en yüksek IL-10 sekresyonu 1000 µg/mL ekstrakt ile muamele edilmiş hücrelerde, uçucu yağ ile muamelede ise 250 µg/mL konsantrasyonda tespit edilmiştir. T. spicata ekstraktı ile muamelede en düşük TNF-α sekresyonu 62.5 µg/mL ekstrakt ile muamele edilmiş hücrelerde ölçülürken uçucu yağ ile muamelede ise en düşük TNF-α seviyesi 15.625 µg/mL konsantrasyonda tespit edilmiştir. S. triloba ekstraktı ile muamelede en düşük TNF-α sekresyonu 1000 µg/mL ekstrakt ile muamele edilmiş hücrelerde, uçucu yağ ile muamelede ise en düşük TNF-α seviyesi 250 µg/mL konsantrasyonda tespit edilmiştir. Sonuç olarak; proenflamatuvar bir sitokin olan TNF-α sekresyonunun ekstrakt ve uçucu yağ muamelelerinde düşmesi ve antienflamatuvar bir sitokin olan IL-10 sekresyonunun yükselmesi bu iki bitki türüne ait ekstrakt ve uçucu yağların güçlü in vitro antienflamatuvar aktiviteye sahip olduğunu göstermektedir. Elde edilen sonuçlar halk arasında yaygın bir kullanıma sahip olan bu iki bitki türünün antienflamatuvar potansiyeli yeni ilaç hammadde çalışmaları için öncü veriler oluşturmaktadır.
Bazı doğal aromatik maddelerin mikrobiyal transformasyonu ve biyolojik etkileri
Doğal aromatik maddelerin biyotransformasyonla oluşan türevleri doğal ilaç, koku ve tat maddeleri olarak önem taşımaktadır. Bu çalışmada ?-fellandren ve bu monoterpeni ana madde olarak taşıyan Schinus molle L. (Anacardiaceae) uçucu yağı substrat olarak, 22 farklı mikroorganizma (bakteri, fungus ve maya) ile biyotransformasyona tabi tutulmuştur.Oluşan metabolilerden 10'u spektroskopik yöntemler kullanılarak tanımlanmış, 6-hidroksipiperiton, ?-fellandren epoksit, cis-p-ment-2-en-1-ol ve karvotanaseton'un, (R)-(-)-?-fellandrenin biyotransformasyonuyla oluştuğu ilk kez bu çalışma ile bildirilmiştir. Aynı zamanda uçucu yağın ana maddeleri olan limonen ve ?-fellandrenin ticari numuneleri ile gerçekleştirilen biyotransformasyonlar sonucu izole edilerek yapısı aydınlatılan, 8-p-menten-1,2-diol ve 5-p-menten-1,2-diol'ün in vitro antibakteriyal, antikandidal, antioksidan özellikleri ve Vibrio fischeri biyolüminesan yöntemi ile akut toksisiteleri incelenmiştir. Sonuç olarak limonenden elde edilen 8-p-menten-1,2-diol metabolitinin özellikle Bacillus cereus ve metisiline dirençli Staphylococcus aureus'a (MRSA) karşı ampisilinden daha kuvvetli antibakteriyal etkiye sahip olduğu görülmüştür. Aynı şekilde 5-p-menten-1,2-diolün, başlangıç maddesi olan ?-fellandrenden çok daha kuvvetli antibakteriyal ve antikandidal etkiler kazandığı ve Vibrio fischeri biyolüminesan yöntemi ile toksik etkisinin olmadığı belirlenmiştir.Kaynaklarda pek az örneği olan bir uçucu yağda doğrudan biyotransformasyon araştırması ülkemizde ilk kez gerçekleştirilmiştir.Anahtar Kelimeler: Schinus molle, uçucu yağ, ?-fellandren, biyotransfomasyon, biyolojik aktivite
Ferrosenil ditiyofosfonat bileşiklerinin bazı biyolojik özellikleri
Bu çalışmada sentezlenmiş olan ferrosenil ditiyofosfonat bileşiği türevi metal komplekslerinin çoklu biyolojik özellikleri araştırılmış ve değerlendirilmiştir. Antimikrobiyal (bakteri ve mantar için), antioksidan ve antikanser gibi, sağlığa zarar veren faktörlere karşı bir ajan olarak yeteneğini bilmek için çoklu testler yapılmıştır. Antimikrobiyal testler için agar disk difüzyon yöntemi kullanılmış, antioksidan aktivite için DPPH • , ABTS •+ , HO radikal süpürücü yöntemleri kullanılmış ve iki hücre dizisi üzerinde (MCF-7 ve Hep- G2) için sitotoksik aktivite ölçülmüştür. Bu çalışmanın sonuçları, L1 bileşiğinin etkili bir antimikrobiyal aktiviteye sahip olduğunu göstermektedir. Bununla birlikte bileşikler ılımlı bir antioksidan aktiviteye sahiptir ve her iki kanser hücresi için antitümör ajan olarak kullanılamaz.
Hetaril substitue hidrokinolinon ve hidrokinazolinon bileşiklerinin multikomponent sentezi
Heterohalkalı bileşikler ve türevleri, organik kimyanın oldukça hızlı gelişme gösteren ve gün geçtikçe önemini arttıran bir bölümünü oluşturmaktadırlar. Halka üyesi olarak azot, kükürt ve oksijen gibi element atomlarını içeren heterohalkalı bileşikler endüstrinin çeşitli alanlarında analitik reaktif, ligand, boyarmadde, farmasötik amaçlı madde ve biyoindikatör olarak yaygın bir şekilde kullanılmaktadırlar.Yapılan literatür araştırmaları doğrultusunda, bu çalışmada, hetaril gruplarını substituent olarak içeren ve bu nedenle potansiyel olarak yararlı olabilecek bazı yeni hidrokinolinon ve hidrokinazolinon türevlerinin sentezlenmesi amaçlanmıştır.Çalışmamızda, kinolinon ve kinazolinon türevleri tek-kap üç-bileşen reaksiyon tekniği ile sentezlenmiştir. Multikomponent reaksiyonlar (MCRs) yöntemi ile gerçekleştirilen bu reaksiyonlar domino-prosesi şeklinde ilerlediğinden klâsik çok basamaklı organik reaksiyonlara göre daha kolay gerçekleştirilmektedir. Bu yöntem minimum zaman ve deneme ile tek bir basamakta yeni organik moleküllerin sentezlenmesine olanak sağlamaktadır.İki aşama halinde gerçekleştirilen çalışmanın birinci basamağında, reaksiyonlarda substrat olarak kullanılacak olan heteroaromatik karboksaldehidler, 2-metilkinolin, 2,6-dimetilkinolin, 2,4,6-trimetilkinolin ve 2,4,7-trimetilkinolin'in ılımlı bir yükseltgen olan selenyum dioksid ile dioksanlı ortamda yükseltgenmesinden hazırlanırken, piridin-2-karboksaldehid ve 6-metilpiridin-2-karboksaldehid ticarî olarak kullanılmıştır.Çalışmanın esas hedefi olan ikinci aşamada, tek-kap multikomponent reaksiyonundan yararlanılarak, bu aldehidlerin (kinolin-2-karboksaldehid, 6-metil-kinolin-2-karboksaldehid, 4,6-dimetilkinolin-2-karboksaldehid, 4,7-dimetilkinolin-2-karboksaldehid, piridin-2-karboksaldehid ve 6-metilpiridin-2-karboksaldehid) her biri dimedon ve uygun amin bileşiğiyle susuz etil alkol içerisinde kondenzasyona uğratılarak kinolinil ya da piridinil halkasını substituent olarak içeren 12 yeni hidrokinolinon ve 6 yeni hidrokinazolinon türevi bileşik sentezlenmiştir.Oldukça yüksek verimlerle elde edilmiş olan tüm bileşiklerin yapıları infrared, nükleer magnetik rezonans ve kütle spektroskopisi verileri ile aydınlatılmıştır.
Bodrum ve Marmara Adası'nda yetişen Salvia fruticosa (Syn. salvia Triloba) bitkisinin polar ekstrelerinin kimyasal kompozisyonu ve biyoaktivitelerinin karşılaştırılması
Lamiaceae familyasına ait Salvia (adaçayı) türleri kimyasal yapılarında gösterdikleri çeşitlilik nedeniyle en çok çalışılan bitkiler arasında yer almaktadır. Salvia cinsi, ilaç ve kozmetoloji ve gıda/gıda takviyeleri endüstrisinde kullanım alanına sahiptir. Başlıca antibakteriyel, antifungal, antiviral, antioksidan, antikolinesteraz, antienflamatuvar ve sitotoksik aktiviteler olmak üzere çeşitli aktiviteler gösteren, dünyada 1000 civarında, Türkiye'de ise yarısı endemik 110 türle temsil edilmektedir. Bu tez çalışmasında Bodrum ve Marmara Adası'nda doğal olarak yetişen, Anadolu adaçayı olarak adlandırılan Salvia fruticosa Mill. (syn. Salvia triloba L.) bitkileri toplanıp açık havada ve gölgede kurutulmuştur. Kurutulan bitkiler öğütülerek polar çözücüler; metanol, sulu etanol (%70) ve su (infüzyon ve dekoksiyon) ile ayrı ayrı ve mukayese amacıyla apolar hegzan çözücüsü ile ekstraksiyona tabi tutulmuştur. Elde edilen ekstrelerin fenolik ve flavonoid bileşenleri kalitatif ve kantitatif olarak LC-MS/MS ile tayin edilmiş, asetilkolinesteraz ve butirilkolinesteraz enzimlerine karşı antikolinesteraz aktiviteleri Ellman yöntemi ile belirlenmiş, sitotoksik etkileri CCD-1079Sk sağlıklı deri fibroblastı, MCF7 meme kanseri hücre hattı ve MDA-MB-231 meme kanseri hücre hattına karşı incelenmiştir. Yapılan LC-MS/MS analiz sonuçlarına göre, Bodrum ve Marmara Adası'ndan toplanan bitkilerin polar [metanol, sulu etanol, su (infüzyon ve dekoksiyon)] ekstrelerinde en yüksek oranda bulunan fenolik bileşikler başta rosmarinik asit ve müteakiben şirinjik asit, kafeik asit, klorojenik asit, fumarik asit iken, flavonoid olarak hispidulin, nepetin, luteolin, nepetin-7-glucoside ve luteolin-7-rutinoside olmuştur. Antikolinesteraz aktivite analizlerinden elde edilen sonuçlara göre, AChE (asetilkolinesteraz) enzimine karşı (200 µg/mL konsantrasyonda) Bodrum'dan toplanıp hazırlanan tüm Salvia ekstreleri (% 61-69) inhibisyon gösterirken, Marmara Adası'ndan toplanıp hazırlanan Salvia ekstrelerinden hegzan ekstresi (%75.5) ve metanol ekstresi (%73.7) daha yüksek inhibisyon göstermişlerdir. BChE (butirilkolinesteraz) enzimine karşı (200 µg/mL konsantrasyonda) Bodrum'dan toplanıp hazırlanan Salvia ekstrelerinden özellikle infüzyon ve dekoksiyon ekstreleri (sırasıyla %5.8 ve %14.2) çok zayıf inhibisyon gösterirken, diğer ekstreler orta derecede inhibisyon göstermişlerdir. BChE'ye karşı Marmara Adası'ndan toplanan örneğin ise hegzan ekstresi (%68.9) ve metanol (%74.5) ekstresi yüksek bir inhibisyon gösterirken, infüzyon ve dekoksiyon ekstreleri (sırasıyla %13.4 ve %10.7) zayıf inhibisyon göstermişlerdir. Her iki lokasyondan toplanarak hazırlanan Salvia ekstrelerinin CCD-1079Sk (sağlıklı deri fibroblast) ve MCF-7 ve MDA-MB-231 (insan meme kanseri) hücre hatlarına karşı sitotoksisiteleri 31.25-1000 mg/mL aralığında 6 farklı konsantrasyonda incelenmiştir. Normal (sağlıklı) deri fibroblast hücre hatları üzerinde 125 mg/mL konsantrasyona kadar tüm ekstrelerin çok düşük sitotoksisite (yok denecek kadar az) gösterdiği ve bu konsantrasyondan itibaren doza bağlı olarak gittikçe azaldığı (%70 den % 40'a düştüğü) gözlemlenmiştir. Sonuçta, her iki lokasyondan toplanarak hazırlanan Salvia ekstreleri, 1000 mg/mL konsantrasyonda her iki meme kanseri hücre hattı üzerinde %70-75 oranında sitotoksik aktivite gösterirken, en düşük dozda ise tüm ekstrelerin %30-35 oranında sitotoksik olduğu izlenmiştir. Salvia ekstrelerinden meme kanseri hücre hatlarına karşı en sitotoksik olanlarının metanol ekstreleri ve infüzyon/dekoksiyon yöntemiyle hazırlanan ekstreler olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması, Bezmialem Vakıf Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir (Proje No: BAP-20210605). Anahtar Kelimeler: Adaçayı, Anadolu adaçayı, Salvia triloba, Salvia fruticosa
Satureja pilosa ve satureja icarica bitkilerinin sekonder metabolitlerinin ve biyolojik aktivitelerinin belirlenmesi
Bu çalışmada, Satureja pilosa ve Satureja icarica bitkilerinin sekonder metabolitlerinin belirlenmesi ve biyolojik aktivitelerinin değerlendirilmesi hedef alınmıştır. Türkiye'de doğal olarak yetişen Lamiaceae familyası üyesi Satureja cinsinin iki türü olan Satureja pilosa ve Satureja icarica türlerinin yaprak ve dal kısımları ayrı ayrı olacak şekilde diklorometan, aseton, metanol ekstreleri ardışık olarak maserasyon ve soxhalet cihazıyla ekstreleri alınmıştır. Daha sonra elde edilen tüm ekstrelerde LC-HRMS ile gerçekleştirilecek sekonder metabolit taraması ve miktar tayini için analitik yöntem geliştirilerek metot validasyonu yapılmıştır. Ellidokuz sekonder metabolit için analitik tayin metodu geliştirildi. S. İcarica ve S. Pilosa'nın aseton ekstresinde rosmarinik asit ana sekonder metabolit bileşeni olarak tespit edilmiştir. Bunu yanında S. Pilosa ve S. İcarica'nın yaprak ekstresinde hederagenin, S. Pilosa ve S. İcarica'nın dallarının diklorometan ekstresinde penduletin, ayrıca S. İcarica'nın yaprağının aseton ektresinde (+)-tarns taxifolin analiz edilen en yüksek miktardaki sekonder metabolit olmuştur. Yine tüm ekstrelerin asetilkolinesteraz, bütirilkolinesteraz ve antioksidan aktivite deneyleri gerçekleştirilmiştir. Antikolinesteraz aktivite tayininde ise S. Pilosa bitkisi için en yüksek ACHe inhibisyonunu, 200µg/mL konsantrasyonda %87,5 ile bitki yaprağının methanol ekstresi gösterirken, en yüksek BCHe inhibisyonunu 200µg/mL konsantrasyonda %72,6 ile bitki yaprağının diklrometan ekstresi göstermiştir. Çalışmada pozitif kontrol olarak Galantamin kulanılmış olup, ACHe ve BCHeinhibisyon değerleri 200µg/mLkonsantrasyoda sırasıyla, %89,5 ve %87,9 olarak tespit edilmiştir. S. İcarica için ACHe inhibisyonunu, 200µg/mL konsantrasyonda %88,7 ile bitkinin dal kısmının methanol ekstresi gösterirken, en yüksek BCHe inhibisyonunu 200µg/mL konsantrasyonda %70,2 ile bitki yaprağının diklrometan ekstresi göstermiştir. Çalışmada pozitif kontrol olarak Galantamin kulanılmış olup, ACHe ve BCHeinhibisyon değerleri 200µg/mL konsantrasyoda sırasıyla, %89,5 ve %87,9 olarak tespit edilmiştir. Ekstrelerin toplam antioksidan apasiteleri (TAC) DPPH, CUPRAC ve ABTS yöntemleriyle ölçüldü. Spektrofotometrik TAC sonuçları birbirleri arasında iyi korelasyon göstermiştir. SİD-Ac-a ekstresi, üç farklı yönteme göre en yüksek TAC değerine sahip olduğu belirlendi. Satureja pilosa ve Satureja icarica türleri hakkında uçucu yağları konusunda yeterli çalışma yapılmış olmasına rağmen bu türlerin kapsamlı bir şekilde sekonder metabolitlerinin tanımlandığı bir çalışma literatürde yoktur. Bu bakımdan literatürdeki ilk sekonder metabolit tanımlama çalışması olacak olan bu çalışma fitokimyasal açıdan yüksek derecede özgünlüğe sahiptir. Anahtar kelimeler: Satureja pilosa, Satureja icarica, sekonder metbolit, LC-HRMS, AChE, BchE, antioksidan
Over kanser tedavisinde reseptör hedefli in siliko ligand tasarımının in vitro incelenmesi
İnsan östrojen reseptör alfa (ERα), büyüme, metabolizma ve gelişimde rol oynayan östrojenle indüklenebilen birçok genin transkripsiyonunu düzenleyen bir nükleer reseptör ailesi üyesidir. ERα'nın dokularda aşırı ifade edilmesi ilişkili olduğu sinyal yollarını aktive etmesine neden olarak, hücrede DNA mutasyonlarının birikmesine, çoğalan hücrelerin neoplastik dönüşümüne ve tümörün ilerlemesine yol açar. Özellikle ERα ekspresyonu ve aktivasyonu hormona bağımlı kanser türlerinin gelişimi için birincil öneme sahiptir. Hormona bağımlı kanser tedavisinde ERα'yı hedefleyen çalışmalar, hücrelerde apoptozu uyarması ve epitelyal mezenkimal geçişi inhibe etmesiyle kanser tedavisinde uygun bir terapötik hedef olduğunu göstermiştir. Ancak endokrin tedavisine karşı zamanla gelişen direncin üstesinden gelebilmek için ERα'ya yönelik alternatif yaklaşımlar ligand bağlama alanınından çıkıp ERα-DNA veya ERα-kofaktör etkileşimleri (reseptör kutusunun (NR) LxxLL motifinin hidrofobik oyuk) üzerinde yoğunlaşmaktadır. Hedefli tedavilerde özellikle son yıllarda, terapötik peptitlerle, ERα-kofaktör etkileşimleri gibi protein-protein etkileşimlerinin (PPI) inhibe edilmesi hastalıkların tedavisinde genel bir strateji haline gelmiştir. Lineer peptit motiflerine göre farmakolojik açıdan daha yüksek performans gösteren, hedefe daha iyi bir afinite ile bağlanan kıstırılmış (siklik) peptitler, yeni ve hedefe yönelik inhibitörler olarak kapsamlı bir şekilde son yıllarda araştırılmaktadır. Bu yüzden bu tez çalışmasında; ERα'da yer alan çeşitli α-sarmal baskın protein-protein etkileşimlerini hedefleyen siklik peptitler, kofaktör bağlanma inhibitör bölgesi (LxxLL) baz alınarak tasarlanmıştır. Bu bölgeye özgü gerçekleştirilen in siliko çalışmalarımızda, ERα'ya bağlanan en kritik amino asitlerin kıstırılmadığı, aksine serbest bırakıldığı siklik peptit tasarımının mümkün olduğu gösterilmiştir. Bu sayede, yeni dizayn edilen siklik peptitler, ERα'ya hem özgün hem de biyoeşdeğerliği yüksek bir biçimde bağlanan, literatürde sunulan motiflere büyük bir üstünlük sağlayacak şekilde in siliko olarak hesaplanmıştır. Referans siklik peptit (SP1) ile tez kapsamında türetilen yeni siklik peptitler (SP2 ve SP3) Fmoc kimyası kullanılarak, katı-faz peptit sentez yöntemi ile sentezlenmiş ve DEAD yöntemi ile halkasallaştırılmıştır. Elde edilen lineer ve siklik ham peptitler LC-MS ile analiz edilip, karakterize edildikten sonra ters faz HPLC ile saflaştırılmış ve in vitro deneylerde kullanılmıştır. Tez çalışmasında ERα inhibitörü olarak TPBM ticari küçük molekülü, östrojen ile rekabet etmeden ERα'ya karşı peptitlerimiz ile benzer etki mekanizmasına sahip olduğu için referans molekül olarak kullanılmıştır. Gerçekleştirdiğimiz in vitro çalışmalar neticesinde tasarladığımız yeni siklik peptitlerin sadece aktif formadaki ERα (östrojen (E2) ile kompleks haline gelmiş) üzerinde etkili olduğu, E2'den yoksun ortamdaki siklik peptitlerin ERα (+) hücrelerinde herhangi bir etkisi olmadığı gözlemlendi. Bu durum siklik peptitlerin tasarımında, sadece ERα'nın aktif formunda açığa çıkan LxxLL motifine bağlandığının göstergesi olmuştur. Aynı zamanda E2 ile desteklenmiş hücre kültürü ortamında SP'lerin ERα eksprese etmeyen kanser ve sağlıklı hücre hatlarında herhangi bir toksik etki gösterememiş sadece ERα eksprese eden hücreler üzerinde antiproliferatif etki göstermiş olması, peptitlerin ERα üzerinden hücre büyümesini inhibe ettiğini desteklemiştir. Ayrıca oluşturulan peptit kombinasyonlarının hücre hatları üzerinde antiproliferatif ve toksik etki gösterdiği hücre canlılık testleri vasıtasıyla belirtilmiştir. En etkili kombinasyon grubun SP2 + SP3 ve SP1 + SP2 + SP3'ün hücrelerin ERα ile ilişki yolaklarında ve önemli apoptoz belirteçleri üzerindeki etkisi de hem gen hem de protein bazında açığa çıkarılmıştır. qPCR ve Western Blot'tan elde edilen veriler içsel apoptoz yolunda rol oynayan p53, p21, Bax ve Bcl-2 'nin yanı sıra dışsal apoptoz yolunda rol oynayan kaspaz-8'in değişen ekspresyon profilleri hücrelerin siklik peptit kombinasyon tedavasi sonrası her iki apoptoz yolu üzerinden etkileyebileceğini göstermiştir. Yapılan akış sitometrisi analizleri ile etkili kombinasyonlarla tedavi edilen hücrelerdeki kaspaz 3/7 aktivitesinin artışı ile Annexin V belirteçlerinin aşırı ifadesi hücreleri yoğun olarak erken ve geç apoptoza sürüklediğini desteklemiştir. Bunlara ilateven, Bcl-2 ekspresyonunun ve mitokondriyel membran bütünlüğünün ölçüldüğü akış sitometrisi analizlerinde siklik peptit kombinasyon tedavisi sonrasında hücrelerde Bcl-2 inaktivasyonun ve mitokondiryel memebran bütünlüğü bozulmuş hücre sayısındaki anlamlı artışlar Bcl-2 sinyal yolunun etkisiz hale getirildiği ve apoptozun mitokondri yoluyla gerçekleştiğini kanıtlamıştır. Ayrıca hücrelere sadece peptit ve peptit kombinasyonları uygulandıktan sonra hücre içinde dağılım gösteren sitoplazmik ve nükleer ERα aktivasyonlarında düşüşün meydana gelmesi siklik peptitlerin ERα'ya spesifik olduğunu kanıtlar nitelikte olmuştur. Buna ek olarak, MCF-7 hücrelerinin proliferasyonunda önemli bir rolü üstlenen hatta hormon direnci ile güçlü bir ilişkisi bulunan sitoplazmik ERα'nın, siklik peptit tedavisinden sonrasında aktivitesinin çarpıcı bir şekilde azalmasının apoptozun bu yolak üzerinden indüklediği ilgi çekici bir bulgu olarak elde edilmiştir. Sonuç olarak bu tez çalışması kapsamında, ERα hedeflemesi için siklik peptitler tasarlanmış, sentezlenmiş ve ERα(+) hücreleri üzerindeki inhibitör etkisi çeşitli in vitro çalışmalarla desteklenmiştir. Sonuçlarımızda siklik peptitlerin hücrelerin hem içsel hem de dışsal apoptoz yolunda etkili olarak hücrelerin ölüm mekanizmalarını indüklediği sunulmuştur. Bu tez kapsamında geliştirdiğimiz yeni siklik peptitlerin, yeni teknolojilerle daha da iyileştirilmesinin mümkün olduğunu ve hali hazırdaki klinik tedavilere alternatif ya da yeni peptit kombinasyon tedavilerinin oluşturulmasında yardımcı bir yaklaşım olabileceğini göstermekteyiz.
Bazı sülfa ilaçlarının sentezi, karakterizasyonu, ADME özelliklerinin incelenmesi
ADME çalışmaları; bileşiklerin ilaç adayı olabilmesi için sahip olması gereken farmakolojik ve toksikolojik özelliklerinin hesaplanmasını sağlayarak ilaç olup olamayacakları konusunda bir öngörüde bulunmamızı sağlamaktadır. İlaç tasarımına yönelik hesaplamalı yaklaşım, bileşiklerin çeşitli moleküler analizlere tabi tutulma süresini ve maliyetini azaltmada fayda sağlamaktadır. Bu çalışmada, furan-2- karboksaldehit bütansülfonilhidrazon (L1), 5-metil-2-furaldehit bütansülfonil hidrazon (L2), 2-asetilfuran bütansülfonil hidrazon (L3) ve 2-asetil-5-metilfuran bütansülfonil hidrazon (L4) olmak üzere dört sülfonamid türevi Schiff bazı sentezlenerek yapıları element analizi, 1H NMR, 13CNMR, FT-IR ve LCMS yöntemleri ile aydınlatılmıştır. Ligandların yapı aydınlatmasında kulanılan NMR kimyasal kaymaları ayrıca DFT/B3LYP/6-31G** (d, p) /GIAO metoduyla da hesaplanarak işaretleme yapılmış ve deneysel verilerle kıyaslanmıştır. Bileşiklerin HOMO-LUMO enerjileri ve çeşitli elektronik parametreleri DFT/B3LYP/6-31G** (d, p) metodu ile hesaplanmış ve ligandların reaksiyona girme eğilimleri ve biyolojik ajanlarla etkileşimleri araştırılmıştır. Ligandların çizgisel olmayan optik özellikleri (NLO) ise DFT/B3LYP/6-311G**(d, p) metoduyla hesaplanmıştır. Hesaplanan NLO özelliklerine göre bileşikler referans madde olan üreye göre 6,01-12,57 kez daha büyük etki göstermiştir. Çalışmada ayrıca bu bileşiklerin ilaç olabilme özelliklerinin hesaplandığı ADME çalışmaları yapılmıştır. Sonuçlara göre, Schiff bazı ligandlarının insiliko ADME özelliklerini sağlayarak ilaç olabilme potansiyeline sahip olduğunu gösterdiği görülmüştür.
Psephellus turcicus türünün bazı biyolojik aktiviteleri ve kromozomları
Türkiye'nin dar endemik türleri arasında yer alan Psephellus turcicus Duran & Hamzaoğlu türünün bazı biyolojik aktiviteleri ve kromozomları bu tezin konusunu oluşturmaktadır. Türkiye'de bu cins 7 seksiyon içerisinde, yakın zamanda yayınlanan 7 taksonla birlikte toplamda 34 taksonla temsil edilmektedir. Ülkemizde yayılış gösteren taksonlardan 28'i ülkemiz için endemik olup oldukça lokal bir yayılış gösterirler. Bu verilere göre cinse ait endemizm oranı % 82'dir. Biyolojik aktivite ve kimyasal içerik çalışmalarında kullanılan bitkisel materyal, türün dünyadaki tek yayılış lokalitesi olan Yozgat ilinin Aydıncık ilçesinde bulunan Kazankaya kanyonunun eski mermer çıkarma bölgesinden temin edilmiştir. Kurutulduktan sonra bitkinin toprak üstü kısımları %80 metanol ile ekstre edilmiştir. % 80 metanol ekstresi daha sonra sırasıyla, kloroform, butanol ve etil asetat ile fraksiyonlanmıştır. Bitkinin toprak üstü kısmından hekzan ekstresi de hazırlanmıştır. Ekstrelerin toplam fenol miktarı, toplam flavonoit miktarı belirlenmiş, antioksidan aktiviteleri ve A549 (insan akciğer kanseri hücre hattı) ve MDA-MB 231(insan meme kanseri hücre hattı) hücre hatlarında sitotoksisiteleri çalışılmıştır. Ekstrelerin toplam fenol ve toplam flavonoit içerikleri incelendiğinde en zengin ekstre 202.55 ± 3.01 mgGAE/gekstre ve 44.83 ± 0.45 mgCA/gekstre değerleriyle etil asetat fraksiyonu olarak bulunmuştur. Etil asetat fraksiyonu her iki hücre hattında diğer ekstre ve fraksiyonlara göre canlılığı daha güçlü inhibe etmiş aynı zamanda antioksidan aktivite deneylerinde de en güçlü radikal süpürücü ekstre olarak bulunmuştur. Psephellus turcicus türünün kromozomal çalışmalarında ise kromozomların görüntüleri elde edilmiş kromozomal ölçümler ve karyotip analizi yapılmıştır. Bunun sonucunda halk arasında "Yurt Tülübaşı" olarak da bilinen Psephellus turcisus, türüne ait sitogenetik özellikler çatısı altında kromozom sayıları belirlenmiştir. Çalışma kapsamında incelenen taksonumuz diploid kromozom sayıları 2n = 2x = 30 olarak tespit edilmiş olup poliploidiye rastlanmamıştır.
Türkiyede yayılış gösteren Squamarina cartilaginea türünün biyolojik aktivite yönünden incelenmesi
Bu çalışmada Türkiye'de yayılış gösteren Squamarina cartilaginea türünün metanol ektresi yapılarak antimikrobiyal, antioksidan aktiviteleri ve sitotoksik etkileri araştırılmıştır. Ayrıca DNA koruyucu etkileri çalışılmıştır. Usnik asit miktarı YBSK yöntemi ile tespit edilmiş olup 451,637±0,00 mg/gekstre bulunmuştur. En yüksek toplam fenol içeriği 44,72±4,67 mgGAE/gekstre, toplam flavonoit miktarı ise 30,10±3,28 mgCAE/gekstre olarak tespit edilmiştir. Antioksidan aktivite için DPPH (1,1-difenil-2-pikrilhidrazil) ve ABTS [2,2'-azino-bis (3-etilbenzenotiyazolin-6-sülfonik asit)] yöntemleri kullanılmış olup, Squamarina ekstresinin orta derecede antoksidan kapasiteye sahip olduğu belirlenmiştir. Antimikrobiyal aktivitenin araştırılmasında disk difüzyon yöntemi kullanılmış, Squamarina ekstresi en yüksek antimikrobiyal aktiviteyi Micrococcus luteus ve Staphylococcus aureus suşları için 17.5 mm olarak gösterirken, en düşük aktiviteyi ise Proteus mirabilis ve Enterobacter aerogenes suşları için 9.0 mm değeriyle göstermiştir. Sitotoksik aktivite ise DU 145 (İnsan Prostat Kanseri Hücre Serisi) ve COLO 285 (insan kolon kanseri hücre serisi) hücre hattı üzerine MTT testi ile saptanmıştır. Du-145 kanser hücre hattında en yüksek aktivite %12,837±0,71 canlılık oranı ile 1000 µg/ml konsantrasyonda gözlenmiştir. Ekstrenin Colo 285 hücre hattında en düşük konsantrasyonda dahi yüksek toksisite gösterdiği belirlenmiştir. 1000 µg/ml konsantrasyonda %16,97±0,48 canlılık gözlenirken, 3,906 µg/ml konsantrasyonda %33,16±2,01 canlılık ölçülmüştür. Aynı zamanda çalışılan örneğin DNA koruyucu etkisi olduğu pBR322 plazmid DNA'sı kullanılarak belirlenmiştir.
Kestane balı kullanılarak ZnO nanopartiküllerin yeşil sentezi, karakterizasyonu ve biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Yeni teknolojilerin geliştirilmesi ile birlikte çevre dostu nanomalzemelerin sentezi, nanobilim içerisinde nanopartiküllerin üretimini arttırmaktadır. Son zamanlarda, bitki özleri ve arı ürünleri kullanılarak metal oksit nanopartiküllerin sentezi, nanobilim ve nanobiyoteknoloji alanında, geleneksel fizikokimyasal yaklaşımlara göre sayısız avantajlarla ilgi çekici bir konu olarak ortaya çıkmıştır. Bu çalışmada, çinko oksit nanopartiküllerin (ZnO Np'nin) sentezi için, kestane (Castanea sativa) balı kullanarak yeni, "daha yeşil", biyolojik olarak yönlendirilmiş, düşük maliyetli ve çevre dostu bir yöntem geliştirildi. ZnO Np'lerin sentezi için öncü bileşik olarak kestane balı kullanılırken, metal tuzu olarak ise çinko nitrat hekzahidrat kullanıldı. ZnO Np'nin yapıları, Fourier Dönüşümlü Kızılötesi Spektroskopisi (FT-IR), X-ışını Kırınımı (XRD), Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM) ve Enerji Dağılımlı X-ışını analizi ile araştırıldı. Elde edilen ZnO Np'nin bakteri ve funguslara karşı antimikrobiyal aktiviteleri kuyu difüzyon yöntemi ile ölçüldü ve sonuçlar kaydedildi.
İzmir Bozdağlar silsilesinin karayosunu florasının belirlenmesi ve bazı örneklerin biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Gerçekleştirilmiş olan arazi çalışmalarında Ege Bölgesi'nin orta batı bölümündeki Menderes Masifinin içerisinde yer alan Bozdağlar Silsilesinden karayosunu örnekleri toplanmıştır. Toplanan karayosunu örnekleri değerlendirilmiş ve 21 familya, 51 cins ve 100 takson varlığı belirlenmiştir. Belirlenen taksonlar içerisinden 18 tanesi B6 karesi için ilk kez kaydedilmiştir. Toplanan karayosunu örnekleri arasından Homalothecium aureum (Spruce) H.Rob., Homalothecium philippeanum (Spruce) Schimp., Hypnum andoi A.J.E.Sm., Leucodon sciuroides (Hedw.) Schwägr., Tortella squarrosa (Brid.) Limpr. ve Polytrichastrum formosum (Hedw.) G.L.Sm. biyolojik aktivite testleri için seçilmiştir. Biyolojik aktivitelerinin ortaya konması için seçilen örneklere, antimikrobiyal aktivite, antioksidan aktivite, antibiyofilm aktivite, antiquroum sensing aktivite testleri uygulanmıştır. Ayrıca karayosunu örneklerinin total fenolik miktarları analiz edilmiş ve biyokimyasal içerikleri GC/MS analizi yapılarak belirlenmiştir. Gerçekleştirilen testler sonucunda en güçlü antimikrobiyal ve antioksidan etki Polytrichastrum formosum (Hedw.) G.L.Sm. örneğinde en güçlü antioksidan etki Homalothecium aureum (Spruce) H.Rob., Homalothecium philippeanum (Spruce) Schimp. örneklerinde ve en güçlü antiquroum sensing aktivite Homalothecium aureum (Spruce) H.Rob., Homalothecium philippeanum (Spruce) Schimp., ile Polytrichastrum formosum (Hedw.) G.L.Sm. örneğinde gözlemlenmiştir.
Yeni kiral 1,3-tiyazolidin türevlerinin sentezi ve biyolojik aktivitelerinin değerlendirilmesi
Bu çalışmada, genel sentez metodları kullanılarak otuz iki adet yeni kiral tiyoüre ve 1,3-tiyazolidin türevleri sentezlenmiştir. Çalışmamızın ilk aşamasında başlangıç maddesi olarak kullandığımız 1-naftilizotiyosiyanat'ın, farklı kiral aminlerle reaksiyonu sonucu yeni kiral tiyoüre türevleri [1-16] elde edilmiştir. İkinci aşamada ise tiyoüreler [1-16], 1,3-tiyazolidin-4,5-dion türevleri [17-32] elde etmek için okzalil klorür ile reaksiyona sokulmuştur. Ürünlerin saflıkları İTK ile kontrol edilmiştir ve yapıları FT-IR, 1H NMR, 13C NMR ve elementel analiz yöntemleri kullanılarak aydınlatılmıştır. Sentezlenen bileşiklerin [1-32] biyolojik aktiviteleri, antioksidan aktiviteler (β-karoten linoleik asit, DPPH, ABTS ve CUPRAC) ve enzim inhibisyon aktiviteler (AChE, BChE, tirosinaz ve üreaz) olarak taranmıştır. Elde edilen sonuçlara göre, nitro türevinin (S) izomerleri bileşik 14 ve halkalı türevi 30 tüm testlerde en yüksek aktiviteyi göstermiştir.
Bazı izomerik Schiff bazları ve metal komplekslerinin sentezi, yapılarının aydınlatılması ve biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Bu çalışmada, öncelikle 2-aminofenol ile halojen (F, Cl, Br) türevli benzaldehitlerden Schiff bazları sentezlendi. Daha sonra elde edilen bu ligandların Ni2+, Cu2+, Zn2+ gibi geçiş metalleri ile kompleksleri sentezlendi. Sentezlenen bu ligand ve ligand metal komplekslerinin yapıları, FT-IR, 1H-NMR, 13C-NMR ile karakterize edildi.Sentezlenen Schiff bazları ve metal komplekslerinin antibakteriyel etkileri Enterococcus faecalis, Esherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella ve Staphylococcus aureus bakterileri üzerinde disk difüzyon metodu ile test edildi.
Nano-seryum(IV) oksit katalizörlüğünde dimerik tiyo-schiff bazı türevlerinin sentezi, yapılarının karakterizasyonu, termal kararlılıklarının ve biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Bu çalışmada, ilk olarak birçok reaksiyonda katalizör olarak kullanılabilecek olan CeO2 nanopartikülleri, seryum(III) nitrat hekzahidrat'ın bazik ortamda sulu çözeltisi hazırlanarak sentezlenmiştir. İkinci aşama da ise, katalizörsüz ve nano boyutlarda hazırlanan seryum(IV) oksit katalizörlüğünde, uygun şartlar altında çeşitli aromatik aldehitler ile 2,2'-diaminodifenil disülfitin reaksiyonu yoluyla dimerik disülfit Schiff bazları sentezlenmiştir. CeO2 nanokatalizörünün, tepkime süresi, ürün verimi gibi parametrelerdeki değişimi araştırılmıştır. Sentezlenen CeO2 nanokatalizörünün morfoloji ve kristal özellikleri X-ışını kırınımı difraktometresi (XRD), taramalı elektron mikroskobu (SEM), enerji dağılımlı X-ışınları (EDX) ile karakterize edilmiş, aynı zamanda nanokatalizörün ve bileşiklerin yapısı raman spektroskopisi, fourier dönüşümlü infrared (FT-IR) spektroskopisi, UV-vis spektroskopisi ve floresans spektroskopisiyle aydınlatılmış ve termogravimetrik analiz (TGA) / diferansiyel termal analizi (DTA) ile termal kararlılıkları tespit edilmiştir. Sentezlenen bileşiklerin bazı Gram pozitif ve Gram negatif bakteriler ile mayalar üzerindeki antibakteriyal ve antifungal aktivite düzeyleri Disk Difüzyon metodu ile belirlenmiş ve antimikrobiyal aktivite düzeyleri mukayese antibiyotiklerle kıyaslanmıştır.
Evaluation biological activity of 1,2,4-triazole mannich base
Biological evaluation of a 1,2,4-triazole mannich base that has been synthesized for interesting behavior in the pharmacological area. This study investigated and evaluated multiple biological characters of a derivative triazole compound synthesized by other researchers. Multiple assays were performed like antimicrobial (for bacterial and a fungal), antioxidant, and anticancer to know its ability as an agent versus of those health damage factors. Antimicrobial test managed based on agar disc diffusion, in the antioxidant assays used DPPH•, ABTS•+, OH• radical scavenging activity methods, used S. cerevisiae yeast cells and treated with the compound to measure vitamins (A, C, E) and MDA inside it and role of the compound as an antioxidant, and measured cytotoxic activity for two different cell lines which are MCF-7 and Hep-G2. The results of this study show that a positive role of a derivative 1,2,4-triazole mannich base as antimicrobial and antiradical assays, like fungal growth inhibition, is more than bacterial, OH• radical scavenging activity is higher than the standard BHT and other radical forms, but didn't exhibit feasibility activity to reduce both cancer cell lines.
5-lipoksijenaz inhibitörlerinin sentezi ve biyolojik aktiviteleri üzerinde çalışmalar
ÖZETLT'ler birçok hastalıkta proenflamatuvar etkileri nedeniyle önemli rol oynayan lipit medyatörlerdir. LT biyosentezinin ilk adımı, 5-LO enzimi tarafından katalizlenen AA'nın, 5-HPETE ve daha sonra LTA4'e dönüşümüdür. Ayrıca LT ürünlerinin oluşumunda FLAP'ın, AA'nın 5-LO'ya transferinde rolü olduğu gözlemlenmiştir. Bu yüzden, LT biyosentezinin inhibisyonu, ya doğrudan 5-LO enzim inhibisyonu ya da FLAP proteininin inhibisyonu ile dolaylı olarak mümkündür. Yakın zamanda 5-LO kristal yapısının aydınlatılması, enflamatuvar hastalıklar, kardiyovasküler hastalıklar ve kanser gibi hastalıkların ?antilökotrien tedavide? değeri olabilecek, LT biyosentezini erken basamakta engelleyen yeni 5-LO inhibitörlerinin geliştirilmesine olanak sağlamaktadır. Bu amaçla, izoksazol ana yapısına bağlı kalarak, lineer izoksazol, 4,5-diaril-3-metilizoksazol ve 4,5-diaril-3-karboksilikasitizoksazol yapılarında toplamda yirmi dokuz adet bileşik tasarlanıp sentezlenmiş ve bu bileşiklerin insan PMNL hücrelerinde LT biyosentezi inhibitör etkileri araştırılmıştır. Sentezlenen bileşiklerin yapıları spektral ve elementel analiz verileriyle kanıtlanmıştır.Test edilen bileşiklerin LT biyosentez inhibitör etkileri değerlendirildiğinde lineer izoksazol türevlerinden ter-bütil 4-[({5-[4-(benziloksi)fenil]izoksazol-3-il}metil)amino]piperidin-1-karboksilat (7e), LT biyosentezini 1.5 µM IC50 değerinde inhibe ederek en etkili türev olarak bulunmuştur. Bunun yanında,1-({5-[4-(benziloksi)fenil] izoksazol-3-il}metil)-4-(2-furoil)piperazin (7d) için LT biyosentezi inhibisyonu için IC50 değeri 5 µM, 1-({5-[4-(benziloksi)fenil]izoksazol-3-il}metil)-4-[4-(triflorometil)benzil]piperazin (7a) ve 1-({5-[4-(benziloksi)fenil]izoksazol-3-il}karbonil)-4-(4-ter-bütilbenzil)piperazin (8) bileşikleri için IC50 değerleri 8 µM olarak bulunmuştur. Karboksilik asit türevlerine ait sonuçlara bakıldığında ise izoksazol halkasının 5'inci konumundaki fenil halkasında 2-CH3 taşıyan türevlerin 10 µM konsantrasyonda en aktif türevler olduğu görülmüş ve bu sonuçlar doğrultusunda ileri çalışmalar yapılması planlanmaktadır.
Yeni aminoasit-schiff bazlarının ve Ni(II) komplekslerinin sentezi, karakterizasyonu ve biyolojik aktivitelerinin değerlendirilmesi
Bu çalışmada, 5 - Flor - Salisilaldehit ve 5 - Flor - 3 - Klor Salisilaldehit ile D - glisin ve D- alaninden Schiff bazları ve onun Ni(II) kompleksleri hazırlanarak, karakterizasyon ve biyolojik aktivitelerinin değerlendirilmesi yapıldı. Schiff bazları ve Ni(II) komplekslerinin yapıları, element analizleri FTIR, 1H-NMR, 13C-NMR, UV-GB spektrumları ile aydınlatıldı. Bütün komplekslerde Schiff bazlarının Ni(II) iyonuna imin azotu, karbonil oksijeni ve hidroksil oksijeninden bağlanarak üç dişli şelat olarak davrandığı ve Ni(II) : L oranının 1:1 olduğu öngörüldü. 5 - Flor - Salisilaldehitten hazırlanan Schiff bazı komplekslerinin ise kare düzlem yapıya sahip olduğu öngörüldü. Aminoasit - Schiff bazları ve onun Ni(II) komplekslerinin Staphylococcus aureus (RSKK-07035), Escherichia coli (ATCC-1230), Salmonella typhi H (NCTC- 901.8394), Brucella abortus (RSKK-03026), Micrococcus luteus, Listeria monocytogenes 4b (ATCC 19115), Staphylococcus epidermidis, Sh.dys. typ 10 ve maya olarak Candida albicans (Y-1200-NIH), Tokyo`ya karşı biyolojik aktiviteleri değerlendirildi.Bilim kodu: 201.1.005Anahtar Kelimeler: Schiff bazı, Aminoasit, Ni(II) kompleksi, Biyolojik aktiviteSayfa Adeti: 62Tez Yöneticisi: Doç. Dr. Nurşen SARI