Gen ifadesi
Bu konu başlığı altında 559 tez
Hematolojik malignitelerde wwox'ın prognostik öneminin araştırılması
WW alanı içeren oksidoredüktaz (WW domain-containing oxidoreductase, WWOX) geni kromozom 16q23.3-q24.1 bölgesinde bulunmaktadır ve yaygın kromozomal frajil bölge, FRA16D, içermektedir. WWOX geni 46 kDa moleküler ağırlığında Wwox tümör baskılayıcı proteini kodlar. Birçok insan kanserlerinde WWOX lokusunda heterozigozite kaybı (LOH), WWOX promoter hipermetilasyonu ve sonuç olarak Wwox ifadesi kaybı veya azalması bildirilmiştir. Ayrıca, son çalışmalar çeşitli kanser tiplerinde Wwox eksikliğinin kötü prognoz ile ilişkili olduğunu göstermiştir. WWOX ifadesi seviyeleri kronik lenfositik lösemi (KLL) için olası bir biyobelirteç olabilir. KLL'nin klinik özelliklleri ve genetik anomalileri iyi tanımlanmıştır, fakat moleküler detaylar halen araştırılmaktadır. Bildiğimiz kadarıyla literatürde KLL'de WWOX'ın tanı ve prognostik önemi ile ilgili kanıtlar bulunmamaktadır. Çalışmamızda, KLL hastalarında ve sağlıklı kontrollerde WWOX ifadesi düzeylerini tanımlamayı ve KLL hastalarında WWOX ifadesini klinik özelliklerine göre analiz etmeyi amaçladık. Bu çalışmayı 40 KLL hastasında ve 26 sağlıklı kontrolde gerçekleştirdik. WWOX ifadesi seviyelerini ters transkriptaz kantitatif PCR (RT-QPCR) tekniğini kullanarak analiz ettik. Sonuçlarımız WWOX ifadesinin KLL hastalarında sağlıklı kontrol grubuna göre anlamlı derecede yüksek olduğunu gösterdi (P<0,001). WWOX düzeyleri ile KLL'deki klinik parametreler arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulmadık (P>0,05). Sonuç olarak, WWOX geninin anormal transkripsiyon varyantları, anormal protein izoformları ile ilişkilendirilebilir ve bu izoformlar, KLL hastalarında WWOX geninin tümör baskılayıcı etkilerini değiştirebilir. Anahtar kelimeler: Kronik lenfositik lösemi, tümör baskılayıcı, WWOX
Lipopolisakkarit ve temozolomid ile muamele edilmiş glioblastoma hücresinde gremlin -1 ekspresyon düzeylerinin belirlenmesi
Glioblastoma (GB) bilinen en maling beyin tümörüdür. Son yıllarda yapılan çalışmalar gremlin 1'i belirli kanser türlerinde potansiyel bir terapötik hedef olarak göstermektedir. Gremlin 1'in tümör dokularında kanserle ilişkili stromal hücreler tarafından eksprese edildiği ve bu şekilde mikroçevre tarafından regüle edilen tümör büyümesine ve invazyonuna katkıda bulunduğu düşünülmektedir. Glioblastoma Multiforma'nın kemoterapi tedavisinde sıklıkla temozolomid (TMZ) kullanılır ve anti-tümör etkisi olan tek alkilleyici ajandır. Lipopolisakkarit (LPS) tümör hücrelerini uyaran bir bakteri hücre duvar elemanı olup, gliomalar üzerinde anti-tümör etkisi bulunmaktadır. Bu deneysel çalışmada; U-118 insan glioblastoma multiforme hücre hattı, hücre kültürü ortamında çoğaltılarak, yaklaşık %95 yoğunluk gözlemlendiği gün flasktan hücreler tripsin-EDTA ile kaldırıldı. Hücre süspansiyonu hazırlanarak 60 mm2lik petrilere hücreler eklenerek çoğalması beklendi. İstenilen yoğunluğa ulaşan hücrelere 200 µM, 100µM, 50 µM, 25 µM konsantrasyon aralıklarında TMZ ve 10 µg/ml, 1 µg/ml, 0,1 µg/ml, 0,01 µg/ml konsantrasyon aralıklarında LPS uygulandı. 24 saat ve 48 saat inkübasyon sürelerinin hemen ardından protein izolasyonu yapıldı. Gremlin 1 protein düzeyleri sodyum dodesil sülfat-poliakrilamid jel elektroforezi (SDS-PAGE) ve Western blot ile analiz edildi. Çalışmamızda, 24 saat 25 ve 50 µM konsantrasyonlarda TMZ muamele edilen glioblastoma hücre hatlarında Gremlin-1 ekspresyonlarında artış ve 24 saat 0.1 µg/ml konsantrasyonda LPS uygulanan glioblastoma hücrelerinde gremlin-1 ifadesi seviyelerinde bir azalma gösterdik. Bu bulgular glioblastomada gremlin-1 düzeylerinin önemli bir rol oynadığına işaret etmektedir. Glioblastoma tümörlerinde direnç gelişme sıklığı ve sağ kalım süresinin kısalığı düşünüldüğünde gremlin-1'in etkinliğinin araştırılmasının oldukça önemli sonuçlar ortaya çıkarılabileceği kanısındayız.
Prostat adenokarsinomlarında ERG ve CERB B2 ekspresyonlarının gleason derecelendirmesi ile ilişkisi
Giriş: Prostat kanseri, erkek genital sisteminin sık görülen malign tümörüdür. ERG, kromozom 21 üzerinde yer alan transkrisiyon faktörüdür. TMPRSS2 geninin, protoonkogen ERG'ye füzyonu prostat karsinomlu hastalarda bildirilmiştir. CerbB2 prostat kanserinde önemli rol oynayan MAPK ve PI3K moleküler sinyal yolaklarını kullanan ve kanser hücrelerinin büyümesi, farklılaşması ve motilitesinde önemli rol oynayan transmembran tirozin kinaz reseptörüdür. CerbB2 meme ve over kanserinde kötü prognozla ilişkilidir. Çalışmamızda prostat adenokarsinomlu hastalarda ERG ve cerbB2 ekspresyonunu saptayarak bu proteinlerin tümör gelişimi ve/veya temel prognostik belirteç olan gleason derecelemesi ile aralarındaki ilişkiyi değerlendirmeyi amaçladık. Materyal&Metod: Bu çalışmaya 59 prostat asiner adenokarsinomlu hastaya ait radikal prostatektomi materyali alındı. Hastanın tümör bloklarına immünohistokimya ile ERG ve cerbB2 uygulandı. Olguların ISUP dereceleri, tümör volümleri ve yaşları ile ERG ve cerbB2 ekspresyonları ilişkisi karşılaştırıldı. Bulgular: 59 hastanın yaş ortalaması 68,6'dır. Olguların 23 tanesi ISUP derece 1(gleason 6), diğerleri gleason derece >6 olan tümörlerdir. Olguların %37,3'ü ERG ekspresyonu gösterdi. Olguların hiç birinde cerbB2 ekspresyonu izlenmedi. Düşük ve yüksek risk grubundaki hastalar arasındaki ERG boyanması karşılaştırıldığında her iki grup arasında anlamlı fark saptanmadı (p=0.602). Tüm ISUP grupları Kruskal-Wallis testi ile değerlendirildiğinde hiçbir grup arasında ERG ekspresyonunda anlamlı fark saptanmadı(p=0.374). Tartışma: Çalışmamız Türkiye'de prostat karsinomlu hastalardaki ERG ekspresyon oranını (%37.5) yansıtmaktadır. Bildiğimiz kadarıyla literatürde Türkiye'de prostat karsinomlu hastalarda ERG ekspresyonunu araştıran yayınlanmış ilk çalışmadır. Bulgularımız ERG overekspresyonunun PCa patogenezinde rol aldığını ancak histolojik grade ile ERG ekspresyonun ilişkisiz olduğunu desteklemektedir. Anahtar Kelimeler: Prostat karsinomu, Gleson skoru, ERG, CerbB2
Kasa invaze olmayan mesane kanserinde GATA3, P53, Kİ-67 ve CD44 ekspresyonlarının intravezikal BCG immünoterapisinde nüks ve progresyona etkisi
Mesane kanseri hastaları genel olarak kasa invaze olmayan mesane kanseri (KİOMK) aşamasında başvururlar. Bu aşamadaki uygun hasta grubunda intravezikal Bacillus Calmette-Guérin (BCG) tedavisi standart olarak verilmektedir. Rekürrens ve progresyon oranlarındaki yükseklik bu tümörlerin daha yakın takibini ve erken radikal tedaviye geçilmesini düşündürmektedir. Bu amaçla intravezikal BCG tedavisi alan hastalarda klinik ve histopatolojik etkenler ile birlikte rekürrens ve progresyon riskini öngörebilecek belirteçlerden p53, Ki-67, CD44 ve GATA3 moleküllerini değerlendirdik. Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi Üroloji Kliniğinde 2009-2020 yılları arasında KİOMK nedeniyle intravezikal BCG tedavisi alan 240 hasta retrospektif olarak incelendi. Kriterleri karşılayan 106 hasta çalışmaya dahil edildi. Bu hastalar intravezikal BCG tedavisine tam yanıt veren, BCG tedavisine rağmen rekürrens gösteren ve BCG tedavisine rağmen progresyon gösteren olacak şekilde 3 gruba ayrıldı. Bu hastaların patolojileri p53, Ki-67, CD44 ve GATA3 ekspresyonları açısından immunhistokimyasal (İHK) analiz yöntemi ile tekrar tek bir üropatolog tarafından değerlendirildi. İHK incelemesinde skor 0:%0-10 boyanma, skor 1:%10-25 boyanma, skor 2:%25-50 boyanma, skor 3:%50-75 boyanma ve skor 4:%75'den fazla boyanma olarak hesaplandı. İHK ekspresyon pozitifliği; p53 ve Ki-67 için sınır değer %25, GATA3 ve CD44 için %50 olarak kabul edildi. İntravezikal BCG tedavisi alan hastaların rekürrens ve progresyon açısından p53, Ki-67, CD44 ve GATA3 ekspresyonları değerlendirildi. Hastaların 97(%91,5)'si erkek, 9(%8,5)'u kadındı ve ortalama yaşı 65±11 idi. Toplam 71(%67) hastada intravezikal BCG tedavisine tam yanıt izlenirken, 28(%26,4) hastada rekürrens ve 7(%6,6) hastada tümör progresyonu saptandı. Hastalar rekürrens açısından değerlendirildiğinde yaş, cinsiyet, tümör sayısı, derecesi ve evresi açısından anlamlı bir fark bulunmadı. Ancak tümör boyutu 3 cm'den büyük hastalarda rekürrens yüksek tespit edildi (p=0,004). Ayrıca GATA3 negatif hastalarda rekürrens daha yüksek saptandı (p<0,000). Hastalar progresyon açısından değerlendirildiğinde; yaş, cinsiyet, tümör boyutu, sayısı, derecesi ve evresi açısından anlamlı fark tespit edilmedi. İntravezikal BCG alan hastalarda sırasıyla p53 pozitif, Ki-67 pozitif ve GATA3 negatif hastalarda progresyonun anlamlı derece yüksek olduğu görüldü (p=0,034), (p=0,017), (p<0,001). İntravezikal BCG tedavisi alan hastalarda İHK yöntemi ile değerlendirilen CD44 ekspresyonu ile tümör rekürrens ve progresyonunda anlamlı ilişki bulunmazken, yüksek p53 ve Ki-67 ekspresyonunun progresyonda önemli olduğu tespit edildi. Ayrıca bu hasta grubunda düşük GATA3 ekspresyonunun rekürrens ve progresyonu öngörebileceği gözlemlendi. İHK analizi sonucu yüksek p53 ve Ki-67 ekspresyonu ve düşük GATA3 ekspresyonunun daha erken radikal küratif tedavilere yönlendirilmesi uygun olabilir. Anahtar kelimeler: GATA3, CD44, p53, Ki-67
Overin seröz tümörlerinde MDM2 ve p53 ekspresyonlarının immünohistokimyasal yöntemle incelenmesi
Over tümörleri epitelyal, stromal veya germ hücre kökenlidir ve epitelyal tümörlerin over yüzeyini kaplayan tek sıralı mezotelden geliştiği düşünülür. MDM2 (Murine Double Minute 2) bir protoonkogendir. MDM2 geni bir tümör baskılayıcı gen olan p53'ü negatif olarak düzenleyen bir hücre döngüsü düzenleyicisi olarak görev yapar. Normal hücrelerde p53 ve MDM2 bir denge içinde sentezlenmektedir. p53 kendi inhibitörü olan MDM2'nin ekspresyonunu artırarak hücredeki bu dengenin korunmasını sağlamaktadır. Hücrede bir hasar meydana geldiğinde ya da hücre bölünmemesi yolunda bir sinyal aldığında p53 ve MDM2'de meydana gelen bazı modifikasyonlar, bu iki protein arasındaki etkileşimi inhibe ederek, p53'ün aktif kalmasını sağlar. Bu çalışmaya over tümörleri histopatolojik olarak incelenerek "seröz tümör" tanısı alan 63 olgu dahil edilmiştir. Bu çalışma ile overin benign, borderline ve malign seröz tümör gruplarında MDM2 ve Anti-p53 ekspresyonlarının tespiti ile bu genin malign transformasyona etkisine bakılmıştır. Anti-p53 ve MDM2 için yapılan immünohistokistokimyasal boyamalar pozitif hücre dağılımı, yoğunluğu ve bileşik indeks skorlamaları değerlendirilip istatistiksel analizi yapılmıştır. Yapılan analizde benign, borderline ve malign grupların MDM2 ve p53 skorlamaları değerlendirilirken yaşa göre dağılımları da dikkate alınmıştır. Anti-p53 ekspresyonlarının en fazla malign grupta anlamlı bir artış gösterdiği, MDM2'nin ise malign grupta azaldığı görülmüştür. ICS skorlama sonuçlarına göre Anti-p53 indeks skoru malign grupta, benign (p<0,001) ve borderline (p= 0,0013) gruplarına göre anlamlı bir artış görülürken, MDM2 için malign grupta benign (p=0,0015) ve borderline (p=0,0052) gruplarına göre anlamlı bir azalış görülmektedir. Sonuç olarak MDM2 ve p53 ICS skorlama sonuçlarının malign grup için korelasyon analizinde negatif yönde orta düzeyde anlamlı bir ilişki olduğu görülmüştür.
Liraglutid'in fare pankreas beta hücrelerinde insülin salgısı ve beta hücre sağ kalımıyla ilişkili GPCR genlerinin ifadesine etkisinin belirlenmesi
Diyabet artan sıklığı ve hastalık yükü nedeniyle günümüzde önemli bir halk sağlığı sorunudur. Liraglutid, antihiperglisemik aktivite ile uzun etkili glukagon benzeri peptit yapıdaki bir ilaçtır. Bu ilaç, hücre zarında bulunan Glukagon Benzeri Peptit-1 Reseptörü'ne (GLP-1R) bağlanarak etki göstermektedir. G proteinine bağlı reseptörler (GPCR) hücre yüzeyinde önemli sinyal yollarına aracılık eden moleküllerdir. Pankreatik beta hücrelerinde belirli G proteinine bağlı reseptörler için insülin salgılama potansiyelinin araştırılmasına yönelik yapılan çalışmalar, pankreas beta hücre fonksiyonunun düzenlenmesinde GPCR'lerin rolünü kanıtlamıştır. Tez çalışmamız kapsamında birer GPCR olan GPR75, GPR56, GLP1R, M3R, CB1R genlerinin obez olmayan diyabetik NIT-1 fare pankreatik beta hücrelerinde liraglutid muamelesine bağlı olarak gen ifadesindeki değişimleri araştırılmıştır. NIT-1 fare pankreas beta hücreleri 10, 100, 1000 nM konsantrasyonlarda 30, 60, 120, 240 dakika sürelerde liraglutid ile muamele edilmiştir. GPCR genlerinin mRNA düzeyindeki gen ifadesi değişiklikleri qPCR yöntemiyle belirlenmiştir. 240 dakika liraglutid muamelesi NIT-1 hücre gelişimini olumsuz etkilediği için bu gruplardan kullanışlı bir veri elde edilememiştir. İn vitro koşullarda GLP1-R reseptör proteininde 1000 nM konsantrasyonda liraglutid muamelesine bağlı olarak test edilen tüm zamanlar için anlamlı bir değişim saptanmıştır. GPR75, GPR56, M3R, CB1R mRNA düzeylerinin 30. dakikada azaldığı, 60. dakikada istatistiksel olarak anlamlı düzeyde arttığı, 120. dakikada tekrar azaldığı gözlenmektedir. Liraglutid'in NIT-1 fare pankreatik beta hücrelerinde araştırılan genlerin ifadesi üzerinde geçici bir etkisi olduğu görülmekle birlikte GPR75, GPR56, M3R ve CB1R genlerinin liraglutidin beta hücresi üzerindeki etkilerine aracılık edebilecekleri düşünülmektedir. GPR75, GPR56, M3R ve CB1R genlerinin ifadesindeki değişimler bu genlerin ve ürünlerinin antidiyabetik ve antiobezitik tedavi için hedef moleküller olabileceklerini desteklemektedir. Anahtar Kelimeler: Diabetes Mellitus, GPCR, İnsülin Sekresyonu, Liraglutid
Üçlü negatif meme kanseri hastalarında neoadjuvan kemoterapiye yanıt ve prognoz ile FHIT ifadesi arasındaki ilişkinin araştırılması
Meme kanseri dünya genelinde kadınlarda en sık görülen ve ölüm oranı en fazla olan kanser türüdür. Üçlü negatif meme kanseri (TNBC), en agresif ve prognozu kötü meme kanseri alt tipidir. Östrojen, progesteron ve HER2 reseptörü ifadesi olmadığından hedefli bir tedavi tanımlanmamıştır. Bu nedenle bugün sadece kemoterapiyle tedavi edilebilmektedir. Neoadjuvan tedavi ile nüks riskinin azaltılması, cerrahi müdahale şansının artırılması, cerrahi sonrası komplikasyon riskinin azaltılması ve hayat kalitesinin artırılması sağlanmaktadır. TNBC neoadjuvan kemoterapiye en iyi tümöral, nodal ve patolojik tam yanıt pCR veren alt gruplardan biridir. Bu çalışmanın amacı TNBC hastalarında Fhit ifadesinin hem neoadjuvan kemoterapiye yanıt hem de klinik patolojik verilerle ilişkisini araştırmaktır. FHIT, FRA3B frajil bölgede olup tümör baskılayıcı gendir. Meme kanserinde sıklıkla Fhit ifade kaybı görülmektedir. Çalışmaya TNBC'li 50 hasta dahil edildi. Parafin bloklu preparatlarda Fhit ifadesi immünohistokimyasal (IHC) olarak değerlendirildi. İfade yüzdeleri ve skorları, klinik patolojik ve sağkalım verileri ile karşılaştırıldı. Fhit ifade kaybının görüldüğü hastalarda, T evresinin arttığı belirlendi ve istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p=0,003). Çalışmamızda Fhit ifadesinin TNBC'de, T evresi dışındaki klinik patolojik ve prognostik faktörlerle anlamlı ilişkisi bulunmadı (p>0,05). Ancak Fhit ifade kaybının genel sağkalım üzerine negatif korelasyonda prognostik belirteç olabileceği gösterildi. Fhit ifade kaybıyla TNBC ilişkisinin daha net ortaya konulabilmesi için ileri çalışmalar gerekmektedir. Çalışmamızdan elde ettiğimiz sonuçlar literatürle uyumlu olup yeni verilerle alana katkı sağlayacak ve bu konudaki gelecekteki araştırmalara ışık tutacak niteliktedir.
Over kanserinde WDR12 ifadesinin klinik öneminin araştırılması
Over kanseri, farklı klinik patolojik ve benzersiz genomik özelliklere sahip heterojen yapıda bir jinekolojik malignitedir. Farklı histopatolojik alt tipleri olmasına rağmen tek bir hastalık olarak ele alınır. Çoğu olgu geç evrelerde (Evre III - IV) teşhis edildiğinden genel sağkalım oranları düşüktür. Geleneksel olarak kemoterapiye dayalı tedavi uygulanır. Bu bağlamda alt tipleri arasında farklı moleküler patogenezin tanınmasının ve over kanserinin genetik profiline bağlı moleküler hedefli tedavi stratejilerinin gerekli olduğu vurgulanmaktadır. Over kanserinde ribozom biyogenezinin rolü tanımlanmış olup tedaviye yönelik çalışmaları mevcuttur. Ribozom biyogenezi sürecinde etkin olan PeBoW kompleksinin son tanımlanan üyesi WDR12, birçok insan malignitesinde mRNA ve protein düzeyinde aşırı ifade edildiği gösterilen bir onkogendir. Düzensiz ve yüksek ifadesi kötü prognoz ile ilişkilidir. Bu çalışmamızın amacı over kanseri tanılı olguların WDR12 ifadesinin klinik patolojik özellikleri ile ilişkisini araştırmaktır. Çalışmamıza over kanser tanılı 39 kadın olgu dahil edildi. Parafine gömülü doku bloklarında WDR12 ifadesi, ters transkripsiyon-kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (RT-qPCR) yöntemi ile incelendi. Göreceli ifade düzeyleri ile olguların klinik patolojik özellikleri istatistiksel olarak karşılaştırıldı. Elde edilen verilere göre WDR12 ifadesi düzeylerinin ortalaması ile olguların histopatolojik alt tipleri ve arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki görülmedi (p=0,063). Ancak müsinöz olgularda, WDR12 ifadesi ortalamanın altında kalan olgu sayısı ortalamanın üstünde kalana göre fazla olarak belirlendi. WDR12 ifadesi ile over olgularında görülen komorbidite durumu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki saptandı (p=0,041). Ancak olguların diğer klinik özellikleri ile istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki olmadığı tespit edildi (p>0,05). Sonuçlarımız, over kanserinin çeşitli klinik özelliklerinde WDR12 ifadesi düzeylerinin etkin olduğunu düşündürmektedir. WDR12 ifadesinin, over kanseri klinik patolojik özellikler ile ilişkisinin daha iyi anlaşılabilmesi için ileri çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.
Meme kanser modelinde Tocilizumab'in moleküler mekanizmalara etkisi
Meme kanseri, dünya genelinde en yaygın ve agresif malignitelerden biri olup, üçlü negatif meme kanseri (TNBC) kötü prognoz ve sınırlı tedavi seçenekleri ile karakterize edilmektedir. Bu çalışmada, BALB/c farelerde 4T1 TNBC modeli oluşturularak, interlökin-6 reseptör (IL-6R) inhibitörü Tocilizumab ve geleneksel bir kemoterapötik olan Cisplatin'in tek başına ve kombinasyon halinde terapötik etkileri araştırılmıştır. Negatif ve tümör kontrol gruplarının yanı sıra Tocilizumab, Cisplatin ve kombinasyon tedavisi alan deney grupları tasarlanmıştır. Tümör büyümesi dijital kumpas ile seri ölçümlerle izlenmiş, sistemik sağlık durumu ise vücut ağırlığı takibi ile değerlendirilmiştir. Tedavi sonrasında primer tümör dokuları histopatolojik, immünohistokimyasal, ELISA ve qPCR analizleri için toplanmıştır. Sonuçlar, Tocilizumab ve Cisplatin'in birbirini tamamlayıcı ancak farklı mekanizmalarla etkili olduğunu göstermiştir. Tocilizumab, IL-6 sinyal yolunu baskılayarak STAT3 aktivasyonunu azaltmış ve PCNA ekspresyonunu düşürerek belirgin antiproliferatif etki sağlamıştır.. Kombinasyon tedavisi, tümör hacminde anlamlı azalma, metastatik aktivitede düşüş ve PCNA ekspresyonlarında sinerjik modülasyon sağlamıştır. Bu moleküler bulgular histopatolojik bulgular ve sağkalım verileri ile de uyum göstermiştir. Bu çalışma, TNBC'de IL-6/STAT3 sinyal yolunun hedeflenmesinin terapötik önemine ilişkin yeni ve anlamlı bulgular sunmaktadır. Tocilizumab ve Cisplatin'in birlikte uygulanması, antitümör etkinliği artırarak olası bir sinerjik etkileşimi ortaya koymuştur. Elde edilen veriler, IL-6/STAT3 yolak inhibisyonunun umut vadeden bir tedavi yaklaşımı olduğunu desteklemekte ve TNBC tedavisinde yenilikçi kombinasyon stratejilerinin geliştirilmesi için bilimsel bir temel oluşturmaktadır. Anahtar Kelimeler: IL-6/STAT3 Sinyal Yolağı, Kombinasyon Tedavisi, Cisplatin, Tocilizumab, Üçlü Negatif Meme Kanseri (TNBC)
Solanum lycopersicum (Domates) bitkisinde β-aminobutyric acid (BABA)'in tohum priming aktivitesinin ve Clavibacter michiganensis ssp. michiganensis (Cmm)'e karşı etkisinin tespit edilmesi
Dünya nüfusunun giderek artmasından tarımsal alanlarının azalmasına, birçok stres faktörü tarımsal üretimde verim ve kalite kayıplarına neden olmaktadır. Tarımsal üretimin verim ve kalitesini artırmak için bitkileri patojenlere karşı korumak gerekir. Tohum-priming, tohumun çimlenmeden önce belirli ön-uygulamalara tabi tutularak çimlenme ve fide gelişiminin iyileştirilmesi uygulamalarıdır. Bitkilerin eşdeğer ve hızlı çimlenmesi ve verimi artırmak için tohum-priming uygulamaları yapılmaktadır. Bitki savunma elisitörleri, bitkiye dışarıdan uygulandıklarında, bitkinin doğal immün (bağışıklık) sistemini uyararak bitkinin güçlenmesini ve bitki zararlılarına karşı daha dayanıklı ve güçlü kalmalarını sağlamaktadır. β-Aminobutyric Acid (BABA) bu bitki savunma elisitörlerinden biridir. Çalışmamızda BABA'nın -tohum priming uygulamasının domates(Solanum lycopersicum L.) bitkisinde bakteriyel kanser hastalığına neden olan Clavibacter michiganensis ssp michiganensis (Cmm) üzerine etkisi araştırılmıştır. 12 mM BABA (BABA-Priming) ve kontrol grubu olarak su (Su-Priming) hazırlanarak domates tohumları 72 saat tohum-priming uygulamasına tabi tutulmuştur. Pozitif kontrol olarak normal çimlendirilen domates fideleri kullanılmıştır. Bitki 3-4 yaprak olgunluğuna gelince Cmm ile enfekte edilmiştir. Elde edilen bulgular sonucunda, BABA-Priming hastalık şiddetini en fazla azaltan deney grubu olmuştur. Bunun yanı sıra BABA'nın sprey olarak uygulanması yada Su Priming uygulamalarının da kontrole göre erkin bir şekilde koruma sağladığı tespit edilmiştir. Bu baskılamanın moleküler alt yapısının anlaşılması için iki ayrı zaman noktasından (0. saat ve 7.gün) bitki örnekleri alınmış ve bitki bağışıklığı açısından önemli genlerin (NPR1, PAL, PR1, WRKY70, WRKY33b, TPK1b ve PR5 ) traskripsiyonel değişimleri incelenmiştir. qRT-PCR sonuçlarına göre BABA-Priming uygulaması ile NPR1 gen ifadesinin kontrole göre anlamlı düzeyde arttığı görülmüştür. 0. saatte BABA-Priming uygulaması ile NPR1 gen ifadesi yaklaşık 5 kat artmıştır. Ayrıca BABA-priming uygulaması PR1 gen ifadesininde yukarı yönlü uregülasyonunu sağlamıştır. Bunun yanı sıra, tohum priming uygulanan bitkilere dışarıdan BABA spreyinin yapılması (BABA-priming+BABA-Sp) PR1 gen ifadesinin dokuz kat artışını sağlamıştır. Diğer genlerin regülasyonu ile birlikte BABA tohum priming uygulamasının moleküler alt yapısı ortaya çıkarılmaya çalışılmıştır. Çalışmamızda elde edilen sonuçlar doğrultusunda BABA-tohum priming uygulamasının literatüre katkı sağlayacağı ve bitki koruma açısından olumlu etkilerinin olacağı öngörülmektedir.
Trehalozun buğdayda (Triticum turgidum ssp. durum L.) kuraklık stres toleransına etkisinin fizyolojik ve moleküler düzeyde incelenmesi
Dünya nüfusunun artışı ve tarımsal alanların azalması gibi faktörler, tarımsal üretimde verim ve kalite kayıplarına neden olmaktadır. Bu zorluklarla başa çıkmak için bitkileri çeşitli stres faktörlerinden korumak gerekmektedir. Kuraklık stresi, bitkilerin büyüme ve verimliliğini olumsuz etkileyebilir; bu nedenle, bitkileri bu tür stres koşullarına karşı hazırlamak önemlidir. Trehaloz, bitkilerin kuraklık stresiyle başa çıkmasına yardımcı olan bir ozmolit olarak öne çıkar. Tohum-priming uygulamaları, tohumların çimlenmeden önce belirli hazırlık süreçlerine tabi tutulmasını sağlayarak, bitkilerin çimlenme hızını ve fide gelişimini iyileştirir. Trehaloz ile yapılan tohum-priming, bitkilerin kuraklık stresine karşı dayanıklılığını artırabilir ve verimliliği iyileştirir böylece tarımsal üretimde sürdürülebilirliği destekler. Çalışmamız, rulo ve saksı yöntemleri kullanılarak iki farklı teknikle gerçekleştirilmiştir. Rulo yönteminde, 40 saat boyunca 5 ve 10 mM Trehaloz veya distile su ile tohum-priming yapılan bitkiler, belirli bir büyüklüğe ulaştığında PEG 8000 ile kuraklık stresi altında bırakılmıştır. Sonuçlar, Trehaloz uygulamalarının kuraklık stresine karşı bitki büyüme parametrelerinde istatistiki olarak anlamlı bir iyileşme sağladığını göstermiştir. Saksı yönteminde ise, 40 saat süresince 5 ve 10 mM Trehaloz veya distile su ile tohum-priming yapılan bitkiler, belirli büyüklüğe ulaştıklarında tarla kapasitesinin %50'si kadar kuraklık stresine maruz bırakılmıştır. Bu uygulama sonucunda da Trehalozun bitki büyüme parametrelerinde kuraklık stresine karşı istatistiki olarak anlamlı düzeyde iyileştirme sağladığı gözlemlenmiştir. Trehaloz tohum priming uygulaması yapılan bitkiler, kuraklık stresi altında klorofil pigmentlerinde artış göstermiştir. Ayrıca, eksojen Trehaloz hem stres uygulanmış hem de kontrol koşullarında DPPH yöntemi ile antioksidan aktivitesini artırmıştır. Trehaloz tohum priming uygulamalarının kuraklık stresi üzerindeki moleküler etkilerini anlamak için hem rulo hem de saksı çalışmalarından bitki örnekleri alınmış ve bitki bağışıklığına yönelik bazı önemli genlerin (WRKY75, ERF1, MYB3, SOD1, CAT1 ve DREB1) transkripsiyonel değişimleri incelenmiştir. qRT-PCR sonuçları, saksı yönteminde CAT1 hariç diğer genlerin petri grubunda arttığını ve rulo yönteminde ise 5 mM Trehaloz-normal su ile 10 mM Trehaloz-%10 PEG gruplarında gen ifadelerinde belirgin bir artış gözlemlendiğini göstermiştir. Çalışmamızın bulguları, Trehaloz tohum priming uygulamalarının mevcut literatüre önemli katkılarda bulunacağını ve bitkilerde stres toleransı alanında olumlu sonuçlar doğurabileceğini ortaya koymaktadır. Trehalozun bitkilerde stres toleransını artırma ve verimliliği yükseltme potansiyeli, bu alandaki araştırmalar için yeni bir bakış açısı sunmaktadır.
APC mutant fare modelinde azaltılmış BDNF ekspresyonunun intestinal tümör gelişimi üzerine etkilerinin araştırılması
Wnt sinyalini negatif yönde düzenleyen adenomatöz polipozis koli (Apc) tümör baskılayıcı genindeki mutasyon, kolon kanserlerinde en çok rastlanan mutasyondur. Wnt sinyal yolağı nın düzenlediği genlerden biri olan beyin türevli nörotrofik faktör Bdnf ), kolorektal kanser ler gibi birçok tümör dokusunda yüksek seviyede ifade olur . Bu tez çalışmasında; Apc mutant farelerde Bdnf ekspresyonundaki azalmanın intestinal tümör gelişimine etkilerini araştırmak amaçlanmıştır. Bu kapsamda; 36 hafta boyunca Apc+/-, Bdnf+/-, Apc+/-Bdnf+/- ve yabanıl tip fare deney ve kontrol gruplarını takip ettik ve Bdnf mutasyonunun Apc mutant fareler üzerindeki etkilerini fenotipik ve moleküler düzeyde araştırdık. Deneyler sonucunda; Apc+/- ve yabanıl tip farelere kıyasla, Bdnf+/- dişi ve erkek fare gruplarında; grubun yarısı normal vücut ağırlığına sahipken diğer yarısında belirgin bir kilo artışı olduğu gözlemlendi. Benzer kilo alım ı eğilimi Apc Bdnf farelerde de gerçekleşti. Apc Bdnf fareler de , Apc farelere kıyasla, ilk 6 ay boyunca anemi, zayıflama, kürkte bozulma, postürde bozulma gibi hastalık fenotip leri gö rülmedi . Apc+/- Bdnf+/- farelerin sağkalım süreleri, Apc+/- farelere göre yaklaşık 2 ay kadar arttı. Apc farelerde Bdnf ifadesinin azaltılması ; ince bağırsaktaki poli p sayısını az miktarda azaltırken, kolondaki polip sayısını belirgin olarak artı rdı . Apc+/ Bdnf+/ farelerin tümörlerinde; Bdnf, Trk B , beta katenin ve Lgr5 gen ifadeleri ile matür ve immatür Bdnf ve beta katenin protein düzeyi, Apc farelere göre azaldı, böylelikle kök hücre dinamiklerinin de değişebileceği düşünüldü. Bu çalışma sonucunda; Apc mutasyonu ile başlayan intestinal tümörlerde tedavi için BDNF'in önemli bir aday molekül olabileceği ni düşünmekteyiz.
Endometrial stromal hücrelerde ovaryan hormonlar ile CKAP4 ilişkisinin incelenmesi
Endometrial stromal hücreler menstrüel siklus ve desidualizasyonda ovaryan hormonların etkisi ile değişikliklere uğramaktadır. Bu süreçlerdeki aksaklıklar; infertilite, tekrarlayan gebelik kayıpları, preeklampsi gibi klinik sonuçlarla karşımıza çıkabilmektedir. CKAP4'ün endometrial stromal hücrelerde varlığı bilinmekle birlikte; ovaryan hormon değişikliklerine verilen CKAP4 ekspresyon yanıtı ve desidualizasyon ile ilişkisi bilinmemektedir. Bu amaçla steroid hormonlar (Medroksiprogesteron asetat (MPA) ve 17-β-östradiol (E2)) ve/veya cAMP ile uyarılan ve uyarılmayan stromal hücreler 6 grup (kontrol, E2, MPA, cAMP, E2+MPA, E2+MPA+cAMP) oluşturularak 3, 6 ve 9 gün sonunda PRL düzeyi ELISA, CKAP4 immün reaktivitesi akım sitometri, sito-ELISA ve immünofloresan yöntemleri ile gösterilmiş; CKAP4 ve PCNA ekspresyonu western blot yöntemi ile kantitatif olarak belirlenmiştir. CKAP4'ün endometrial stromal hücrelerde hücre membranı, sitoplazma ve çekirdekte varlığı gösterilmiştir. E2 uygulaması CKAP4'ü sitoplazmada artırırken; MPA ve E2+MPA gruplarında sitoplazmada 6. günde pik 9. günde gerileme gözlenmiştir. Desidualizasyon oluşturulan gruplarda (cAMP, E2+MPA+cAMP) hem sitoplazmada hem de hücre membranında arttığı saptanan CKAP4 ekspresyonu, desidualizasyon ile sitoplazmada CKAP4 sentezinin ve hücre membranına transferinin arttığını göstermiştir. Sonuç olarak, CKAP4 ekspresyonunun steroid hormonlardan etkilendiği, desidualizasyonda CKAP4'ün arttığı gösterilmiştir.
Erişkin tipi diffüz gliomların tiplendirilmesinde moleküler yöntemlere alternatif olarak immünhistokimyasal biyobelirteçlerin kullanımı
Erişkin tipi IDH (izositrat dehidrogenaz)-mutant difüz gliomlar, 1p/19q kodelesyonunun varlığı ya da yokluğuna göre astrositom, IDH-mutant ve oligodendrogliom, IDH-mutant ve 1p/19q kayıplı olarak iki gruba ayrılmaktadır. Astrositomların derecelendirmesinde 2021 Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) sınıflamasında yer alan değişikliğe göre CDKN2A/B homozigot delesyonu (HD) içeren tümörler, mikrovasküler proliferasyon ve/veya nekroz içermeseler dahi derece 4 olarak sınıflandırılmaktadır. Günümüzde IDH-mutant difüz gliomların tanısında ve derecelendirmesinde erişimi zor ve pahalı moleküler yöntemlerin kullanımı zorunlu hale gelmiştir. Biz bu çalışmada moleküler yöntemlere alternatif olabilecek erişimi daha kolay ve ucuz immünhistokimyasal (İHK) vekil biyobelirteçler bulmayı hedefledik. Hacettepe Üniversitesi Tıbbi Patoloji Anabilim Dalı'nda 2014-2021 yılları arasında tanı almış 93 astrositom ve 73 oligodendrogliom vakası kullanılarak doku mikrodizinleri hazırlanmıştır. Bunlardan elde edilen kesitlere 1p/19q ve CDKN2A FISH çalışmaları ile H3K27me3 ve MTAP İHK çalışmaları yapılmıştır ve boyamalar iki gözlemci tarafından değerlendirilmiştir. CDKN2A HD ile MTAP ekspresyon kaybı arasındaki ilişki ve 1p/19q kodelesyonu ile H3K27me3 ekspresyon kaybı arasındaki ilişki incelenmiştir. CDKN2A HD bakılan 161 tümörün 25'inde (%15,1) delesyon saptanmışken, birinci gözlemci 164 tümörün 30'unda (%18,1), ikinci gözlemci 29'unda (%17,5) MTAP kaybı saptamıştır. CDKN2A FISH'e alternatif olarak MTAP'ın sensitivitesi %88, spesifisitesi %95,52-96,27 olarak hesaplanmıştır. Oligodendrogliomların %67,1-68,5'inde, astrositomların ise %21,1-22,6'sinde H3K27me3 ekspresyon kaybı görülmüştür. 1p/19q FISH'e alternatif olarak H3K27me3'ün sensitivitesi %77,42-76,34, spesifisitesi %65,75-67,12 olarak hesaplanmıştır. Sonuç olarak, MTAP İHK çalışması CDKN2A FISH için güvenilir bir vekil biyobelirteç iken; H3K27me3 İHK çalışması 1p/19q FISH çalışmasına alternatif olabilecek sensitif ve spesifik bir belirteç değildir.
Primer immün yetmezlikler-işlevsel çözümleme
Primer İmmün Yetmezlik (PİY) hastalıkları geniş spektrumda seyreden, nadir hastalık olarak tanımlanan ve her geçen gün yeni mutasyonların tanımlanması ile değişen hastalık grubudur. Hastalığın tanısı için klinik ve laboratuvar verilerin yanı sıra kesin tanı, genetik analizler ile yapılmaktadır. Genetik tanının gecikmesi, tanı ve tedaviyi güçleştirmekle beraber hastalığın seyrini değiştirmektedir. Bu tez çalışmasında, varyanta ilişkin patojenitenin değerlendirilmesi ve klinik ve laboratuvar şüphesi olan hastalarda tanı koymaya yardımcı olmak amacıyla akım sitometri kullanılarak yolak, protein ve proliferasyon analizi yapılmıştır. Hacettepe Üniversitesi İhsan Doğramacı Çocuk Hastanesi İmmünoloji Bölümü'nde değerlendirilen DOCK8, BTK, PIK3RI-PIK3CD ve LRBA/CTLA-4 eksikliği olan ve/veya şüphelenilen toplam 31 hasta ve 27 sağlıklı kontrol ile yapılan akım sitometri sonuçlarına göre; DOCK8, BTK, LRBA/CTLA-4 gen mutasyonuna sahip hastalarda protein ekspresyonunun düşük olduğu gözlemlenmiştir. Hastalık şüphesi olan hastalarda protein ekspresyonunun bazı hastalarda düşük, bazı hastalarda sağlıklı kontrole benzer olduğu gözlemlemiştir. DOCK8 gen mutasyonu bilinen hasta grubu, sağlıklı kontrol grubu ile karşılaştırıldığında DOCK8 protein ekspresyon düşüklüğünün istatistiksel olarak anlamlı olduğu görülmüştür (p<0,05). Diğer hastalık grupları için vaka sayısının yetersiz olmasından dolayı istatistiksel analiz yapılamamıştır. Yapılan akt/mTOR yolak çalışmasında, PIK3CD fonksiyon kazanım mutasyonu olan hastalarda artmış bir fosforilasyon ve proliferasyon yanıtı görülmüştür. Çalışmada ayrıca kemik iliği nakli olan iki hastada, nakil sonrası DOCK8 ve LRBA protein ekspresyonu akım sitometri yöntemi ile inceledi ve ekspresyon sonuçlarının hastaların kimerizm sonuçları ile klinik sonuç için benzer değer gösterdiğini gözlemledik. Elde edilen sonuçlar, mutasyona sahip hastada ve hastalık şüphesi olan bir grup hastada akım sitometri yöntemi ile protein ekspresyonunun düşüklüğünün değerlendirilmesinin genetik bozukluğun patojenitesini anlamada yardımcı olduğunu, tanı ve tedavide erken teşhis için etkili bir yöntem olarak kullanılabileceğini göstermiştir. Ayrıca akım sitometrinin nakil sonrası engrafman ve naklin başarısı hakkında bilgi vermesi, klinik takipte kimerizm testi ile beraber kullanılabilmesine imkân sağlamaktadır.
Metastatik renal hücreli kanser hastalarında SMARCA-4 ve LAG-3 ekspresyonunun nivolumab tedavi yanıtına etkisi
Günümüzde metastatik renal hücreli kanser tedavisinde immünoterapi ajanları sıklıkla kullanılmaktadır. İmmünoterapi yanıtını öngörebilecek biyobelirteç bulma yönündeki çalışmalar devam etmektedir; ancak henüz klinik uygulamalarımızda yol gösterecek bir biyobelirteç bulunamamıştır. SMARCA-4, kromatin remodelingden sorumlu gen olan SWI/SNF1 ailesinin bir parçasıdır ve bu gendeki mutasyonlar sonrasında oluşan nadir kanser gruplarında yapılan çalışmalarda immünoterapi ile yanıt alınabileceği saptanmıştır. LAG-3 (Lenfosit aktivasyon gen-3) son dönemde üzerinde çalışmalar yapılan immün kontrol noktası inhibitörlerinden biridir. Çalışmamızda tümör dokusundaki SMARCA-4 ve LAG-3 ekspresyonunun metastatik renal hücreli kanser hastalarında nivolumab tedavisine yanıt ile ilişkisi araştırılmıştır. Üniversitemizde metastatik renal hücreli kanser tanısı ile nivolumab tedavisi alan ve patoloji preparatları olan 72 hasta saptanmıştır. Örnekleri immünohistokimyasal olarak SMARCA-4 ve LAG-3 ile boyanmış ve klinik bulguları ile korele edilmiştir. SMARCA-4 ekpresyon kaybı (SEK) olan grubun nivolumab tedavisi altında genel sağkalımı 41,1 ay (%95 GA 6,4-75,8) iken SMARCA-4 ekspresyonu normal (SEN) olan grubun genel sağkalımı 13,8 ay (%95 GA 0,0-28,2) olarak bulunmuştur (p=0,015). SEK grubunun nivolumab tedavisi altında progresyonsuz sağkalımı 8,7 ay (%95 GA 1,2-16,3) iken SEN grubunun ise 4,3 ay (%95 GA 2,9-5,7) olarak bulunmuştur (p=0,01). Hastalar LAG-3 ekspresyon durumuna göre değerlendirildiğinde iki grup arasında genel sağkalım ve progresyonsuz sağkalım analizlerinde istatistiksel olarak fark saptanmamıştır. Univariat analiz sonucunda genel sağkalım için SMARCA-4 kaybının olmamasının hazard oranı 2,08 (%95 GA 1,1-3,8) (p=0,018) olarak saptanmasına rağmen multivariat analizde bağımsız bir risk faktörü olarak anlamlı bulunmamıştır. Sonuç olarak immünohistokimyasal olarak SMARCA-4 ekspresyon kaybı gösterilen hastaların nivolumab tedavisine yanıtı daha iyi olmakla beraber SMARCA-4 kaybı bağımsız bir prognostik faktör olarak gösterilememiştir. Nivolumab tedavi yanıtını öngörebilecek bir biyobelirteç olarak SMARCA-4 ve LAG-3 kullanımı için farklı çalışmaların yapılması gerekmektedir.
Periodontitise yatkınlıkta rol oynadığı düşünülen RSPO4 genine ait putatif bir düzenleyici bölgenin gen ifadesini hızlandırıcı etkisinin gösterilmesi
Periodontitis genetik, çevresel ve hayat tarzı faktörlerinin bir arada rol oynadığı, dişe özgü destek yapıların yıkımıyla karakterize kompleks hastalıklardan birisidir. Patogenezi ve yatkınlığı ile ilişkili genetik mekanizmalar henüz tam olarak aydınlatılamamıştır. RSPO4 özellikle tırnak ve ekstremite gelişimi ile ilişkili mekanizmalarda rolünün yanı sıra kemik oluşumu ve olgun iskelette görev alan bir gendir. Porphyromonas gingivalis (majör periodontopatojen) kaynaklı oral enfeksiyona direnç gösteren spesifik fare hatlarında RNA dizi analizi sonucu RSPO4 ifadesinin arttığını gösteren bulgular RSPO4 gen regülasyonunun periodontal yıkıma dirençte rol oynadığını düşündürmüştür. Genom boyu ilişkilendirme çalışmaları, ENCODE verileri ve çeşitli hücre tiplerinde ChIP-dizileme analizleri; RSPO4'ün 3'UTR bölgesinde yer alan, transkripsiyon faktörü bağlanma bölgeleri olan, H3K4Me1 ve H3K27Ac histon modifikasyonlarına ve DNAz I aşırı duyarlılığına sahip, güçlü linkage disequilibrium değeri gösteren tek nükleotit polimorfizmleri görülen bir haplotip bloğun aşağı yönünde gen ifadesini hızlandırıcı etkisi olduğunu düşündürmüştür. Bu bilgiler ışığında ilgili kromozom bölgesinin periodontitis etiyolojisinde işlevi olan düzenleyici elemanlar içerdiği düşünülmüştür. Araştırmanın amacı bu putatif düzenleyici elemanların gen ifadesini hızlandırdığını doğrulamaktır. Bu amaçla putatif gen ifadesini düzenleyen bölge amplifiye edilip DNA dizi analizi ile doğrulanmış, firefly luciferase reporter vektörü (pgl4.24) içerisine klonlanıp ardından kompetan bakteriler içerisinde yüksek düzeyde ifadesi sağlandıktan sonra RSPO4'ün güçlü bir şekilde ifade edildiği SaOs-2 hücrelerine transfeksiyonu gerçekleştirilmiş ve putatif dizinin promotör aktivitesine olan etkisi lusiferaz assay ile incelenmiştir. İnceleme sonucunda dizinin promotör aktivitesini azalttığı belirlenmiştir. Mevcut sonuçlar incelenen bölgenin gen ifadesini azaltıcı (repressör) bir bölge olduğunu ortaya koymuştur.
Pankreas kanserinde Nectin-2 ekspresyonu ile Sitotoksik T hücre fonksiyonları arasındaki ilişki
Çeşitli kanserlerin tedavisinde anti-CTLA-4, anti-PD1 ve anti-PDL-1 gibi kontrol noktası inhibitörleri kullanılmaktadır. Fakat pankreas kanserinde PDL-1 ekspresyonunun bulunmaması nedeniyle kullanılamamaktadır. Diğer kontrol noktası molekülleri arasında TIGIT ailesi üyeleri TIGIT, CD96, DNAM-1, PVRIG yer almaktadır. Bu reseptörlerin ligandları polio virüs reseptörü (PVR) ve Nectin ailesi üyeleridir. Nectin-2 bu reseptörler için ligand görevi görür ve Pankreas kanserindeki rolü ise tam olarak bilinmemektedir. Bu tezin amacı; Nectin-2 ekspresyonu ile ligandı olduğu reseptörleri TIGIT, PVRIG, DNAM-1'in ekspresyon düzeylerinin kesitsel olarak incelenmesidir. Çalışmamızda pankreas kanseri tanısı almış 131 hastanın tümör dokularında, Nectin-2, CD8, TIGIT, PVRIG, DNAM-1, PD-1, PD-L1, LAG3, TIM3, VISTA, Kİ-67 moleküllerinin ekspresyonlarına bakıldı. Nectin-2 hastalıksız pankreas dokusunda eksprese olmazken, tümörlü dokuların %30,5'inde eksprese olduğu görülmüştür. Hastaların hiçbirinde PD-1 ve PD-L1 ekpsresyonu görülmemiştir. CD8 TIL'lerin düşük yoğunlukta olduğu grupta, Nectin-2 ekspresyonunun negatif olduğu hasta sayısının, pozitif olan hasta sayısına göre daha fazla olduğu görülmüştür. Nectin-2'nin pozitif ekspresyonuna sahip 32 hastada Kİ-67 proliferasyon belirtecinin yüksek oranda eksprese edildiği belirlendi. Nectin-2'nin ekspresyon göstermediği hasta grubunda TIGIT ekspresyonu gösteren hasta sayısının arttığı görülmüştür. Nectin-2 yokluğunda PVRIG ve DNAM-1 de izlenmemiştir. Nectin-2 ekspresyonu olmayan hastalarda LAG3 ve TIM3 ekspresyonu göstermeyen hasta sayısı daha yüksekti. Nectin-2'nin, pankreas kanserinin 3 ve 4. evrelerinde anlamlı olarak düşük eksprese edildiği gözlemlenmiştir. TIGIT reseptörünün PVRIG ve DNAM-1 moleküllerinin ekspresyonları ile ilişkisine bakıldığında negatif yönde ilişki saptanmış, istatistiksel olarak da anlamlı bulunmuştur. PVRIG ile pozitif boyanan grupta tümör boyutunun medyanı 4 cm iken, negatif ekspresyon gösterdiği grupta ise 3 cm olduğu belirlenmiştir. PVRIG ve DNAM-1 pozitifliği evre 2'de, evre I'e göre daha eksprese edildiği gözlenmiştir. LAG3 ekspresyonu ile TIM3 ekspresyonu arasında pozitif korelasyon olduğu görülmüştür. LAG3 ve VISTA ekspresyonu pozitif olan hastalarda Lenfovasküler invazyon varlığının da arttığı gözlemlenmiştir. LAG3, TIM3 ve VISTA ekspresyonları pozitif olan hastalarda lenf nodu metastazı da anlamlı ölçüde arttığı tespit edilmiştir. VISTA molekülünün ekspresyon düzeylerinin klinik evre 3'de anlamlı fark gösterdiği belirlenmiştir. Bu veriler Nectin-2 ekspresyonu ve CD8+ hücrelerin fonksiyonu arasında yakın bir ilişki olabileceğini göstermektedir. Bu ilişkinin mekanizmasını açıklayabilmek ve Nectin-2'nin hedeflenebilirliğini gösterebilmek için ileri araştırmalara gereksinim vardır.
Nivolumab tedavisi uygulanan ileri evre ve metastatik küçük hücreli dışı akciğer kanseri hastalarının klinik, radyolojik özelliklerinin ve LAG-3 ve CD-155 ekspresyonlarının tedavi yanıtı ve sağkalım üzerine etkilerinin değerlendirilmesi
İmmün kontrol noktası inhibitörleri (İKNİ) küçük hücreli dışı akciğer kanserinde (KHDAK) yaygın şekilde kullanılmaktadır. Tedavi sonuçlarını öngörmede en yaygın kullanılan biyobelirteç Programlı Hücre Ölümü Ligandı-1 (PD-L1) olsa da, tek başına yetersiz kaldığı bilinmekte, yeni biyobelirteçler için arayışlar sürmektedir. LAG-3 (Lenfosit Aktivasyon Geni-3) ve CD-155 (Farklılaşma Kümesi-55) çeşitli reseptörlerle olan etkileşimleri aracılığıyla anti tümör immüniteyi inhibe eden moleküllerdir. Kemoterapi sonrasında progresyon nedeniyle nivolumab kullanan 78 metastatik KHDAK hastasının klinik verileri toplanmıştır. Tümörü infiltre eden lenfositlerde (TİL) ve stromadaki lenfositlerdeki LAG-3 (33 hasta) ve tümör hücrelerindeki sitoplazmik ve membranöz CD-155 ekspresyon düzeyleri (61 hasta) immünohistokimya (İHK) ile değerlendirilmiş, bu ekspresyonların genel sağkalım (GS) ve tedavi yanıtıyla olan ilişkisi incelenmiştir. Bütün hastaların ortanca GS 8,7 ay (%95 GA: 5,1-12,3) olarak bulunmuştur. CD-155 ve LAG-3 ekspresyonu ile GS, progresyonsuz sağkalım ve tedavi yanıt oranları açısından istatistiksel olarak anlamlı farklılık bulunmamıştır [GS CD-155 ekspresyonu yüksek olan grupta 6,4 ay (%95 GA: 4,9-7,8), yüksek olmayan grupta 11,3 ay (%95 GA: 6,9-15,8), (p=0,53); TİL'deki LAG-3 ekspresyonu pozitif olan grupta 6,8 ay (%95 GA: 5,1-8,6), negatif olan grupta 6,9 ay (%95 GA: 2,3-11,5), (p=0,8)]. Çok değişkenli analizlerde ECOG performans skoru, skuamöz histoloji, anemi, hipoalbuminemi, yüksek pan immün inflamasyon değeri (PIV), düşük albumin-globulin oranı, nivolumab tedavisi öncesinde akciğer bölgesine radyoterapi alma, lenf nodu harici iki veya daha fazla bölgede metastaz varlığı GS için bağımsız risk faktörleri olarak bulunmuştur. Çalışmamızda LAG-3 ve CD-155 ekspresyonlarının nivolumab tedavisinin sonuçlarını öngörmedeki katkısı gösterilememiştir. Çeşitli klinik ölçütlerin prognostik önemi tekrar ortaya konulmuş ise de, bu aşamadaki KHDAK hastalarının tedavisini yönlendirecek bir biyobelirteç halen mevcut değildir. Anahtar kelimeler: Küçük hücreli dışı akciğer kanser", nivolumab, LAG-3, CD-155, biyobelirteç
Soğukta depolama altındaki elmada hormon etkileşimlerinin gen ifadesi seviyesinde incelenmesi
Daha önceki çalışmalarda, meyve olgunlaşmasında yer alması potansiyel oksin/etilen etkileşimine ışık tutulmuş, ancak kısıtlı sayıda bulgu elde edilmiştir. Elmada depolama süresini ve meyve kalitesini arttırmak amacıyla yaygın olarak kullanılan etilen inhibitörü 1-MCP uygulamasıyla belirli gen ifadesi değişimlerinin incelendiği çeşitli çalışmalar mevcuttur. Ancak bu süreçte oksin metabolizmasının gen ifadesi seviyesinde incelendiği herhangi bir çalışmaya rastlanmamıştır. Bu çalışma ile, depolama altındaki elmada, farklı depolama dönemlerinde ve farklı hormon/hormon inhibitörü uygulamaları altında transkriptomun incelenmesi yoluyla hasat sonrası olgunlaşma sürecinin ve meyvedeki hormon etkileşimlerinin moleküler düzeyde karşılaştırmalı olarak incelenmesi ve incelenen parametreler dahilinde aydınlatılması hedeflenmiştir. Bu amaçla hasattan sonra 625 ppb 1-MCP (1-metilsiklopropen), 20 mg/L oksin, 0.5 g/L etilen ve 1 μg/L NPA (1-N-naftilfitalamik asit) uygulanan meyveler ve hiçbir hormon/hormon inhibitörü uygulanmamış kontrol grubu meyveleri 6 ay süreyle depolamaya alınmıştır. Depolama süresi boyunca 1. gün, 3. ay ve 6. ayda alınan örneklerden RNA izolasyonu gerçekleştirilmiş, ERF, Aux/IAA, NAC ve EIN3 genlerinin ifadeleri incelenmiştir. İfade analizleri sonucunda, oksin ve oksin inhibitörü NPA uygulamasının etilen ile ilişkili bazı ERF genlerinin ifadesini arttırdığı görülmüştür. Etilen uygulaması Aux/IAA geninin ifadesini 1. günde arttırmış, 3. ayda ve 6. ayda azaltmıştır. Etilen inhibitörü 1-MCP uygulaması ile Aux/IAA geninin ifadesi azalmıştır. NPA ve 1-MCP inhibitörlerinin bir arada uygulaması Aux/IAA geninin ifadesini 1. günde ve 6. ayda arttırırken, 3. ayda azaltmıştır. ERF4 geni ise inhibitörlerin bir arada uygulaması altında ifade göstermemiştir. Bu çalışmada incelenen parametreler ile elde edilen bulgular, önceki çalışmalarda ışık tutulan potansiyel hormon etkileşiminin varlığını kanıtlar niteliktedir.
Mide kanserinde hipoksi koşullar altında TNF-α'ya bağlı olarak NRF3 geninin incelenmesi
Hipoksi, özellikle solid tümörlerde düşük oksijen seviyelerinde ortaya çıkan bir koşuldur. Hipoksi belirteci olan HIF 1α'nın stabilize olması için ROS oluşumu gereklidir. Hipoksik koşulların ilk evrelerinde ortaya çıkan ROS seviyeleri, HIF 1α'nın degredasyonundan sorumlu olan PHD ve FIH proteinlerini inhibe eder. Mide kanserinde, hipoksik bir mikroçevreden etkilenen immün sistem hücreleri, TNF α'nın salınımını gerçekleştirir. TNF α, hem mitokondriyal yoldan hem de NOX aktivasyon yolu ile ROS oluşumunu indükler. TNF α tarafından artan ROS seviyeleri, mide kanserinde HIF 1α ifadelerini ortaya çıkarır. CNC ailesi üyeleri olan Nrf1, Nrf2 ve Nrf3, çeşitli hücresel stres koşullarda aktive olan transkripsiyon faktörleridir. Antioksidan gen ifadelerini pozitif olarak düzenleyen Nrf1 ve Nrf2'ye karşın Nrf3 ifadesi, antioksidan gen ifadelerini baskılar. Nrf3'ün artan gen ifadesi, birçok kanser türlerinde agresifliğe yol açmıştır. Bu çalışmada ise Nrf3 gen ifadesi, hipoksi koşullar altında ve mide kanserinde TNF α'ya bağlı olarak ilk defa incelenmiştir. Bulgularımız, kobalt kaynaklı hipoksi modelinde AGS ve MKN 45 hücrelerinde, HIF 1α gen ifadesi ile Nrf3 gen ifadesinin arttığını göstermiştir. Zamana bağlı olarak, HIF 1α gen ifadesi kontrol grubu seviyesine geri dönerken, Nrf3 gen ifadesi anlamlı derecede baskılanmıştır. Nrf3 gen ifadesi, TNF-α ve kobalt uygulanmış AGS ve MKN 45 hücrelerinde artış gösterirken, zamana bağlı olarak artan Nrf3 gen ifadesi, AGS ve MKN-45 hücrelerinde farklı ifade dereceleri baskılanmıştır. Hipoksik koşullar altında ve TNF α varlığında artan Nrf3 ifadesi, mide kanserinde agresifliğe yol açan önemli bir gen olabilir. Ayrıca sonuçlarımız ilk defa hipoksi koşullar altında zamana bağlı olarak Nrf3 gen ifadesini baskılayan bir hipoksik yanıt mekanizmasının olabileceğini de düşündürmüştür.
Nöral tüp defektinin gelişiminde matriks metalloproteinazların rolü
Nöral Tüp Defekti (NTD) en yaygın ve en ağır klinik özelliklere sahip konjenital malfarmasyonlardan biridir. Embriyogenez sırasında nöral plağın nöral tüpü oluşturamaması sonucu NTD oluşur. NTD'nin birbirinden faklı özellik gösteren birçok tipi vardır. NTD gelişiminde genetik ve çevresel faktörler rol oynamaktadır. Beslenme (folik asit ve B vitaminleri eklenmesi) gibi çevresel faktörlerle NTD oluşumu engellenmeye çalışılsa da bu yaklaşım yeterli olamamaktadır. NTD'nin önlenmesi için prognostik, prediktif ve/veya terapötik genetik faktörlerin belirlenmesine ihtiyaç vardır. NTD gelişimini ve oluşumunu gösteren biobelirteç bulunmamaktadır. NTD gelişiminde ektstraselüler matriksin (ECM) oluşumu, nöral krest hücrelerinin göçü önemli rol oynamaktadır. Matriks metalloproteinazlar (MMP) ECM yapılanmasında, hücre göçünde, hücre invazyonunda ve diğer hücresel davranışların belirlenmesinde majör rol oynamaktadır. MMP ekspresyonlarının ve aktivasyonunun NTD'deki rolü bilinmemektedir. Bu çalışmanın amacı insan NTD gelişimindeki MMP-1, -2 ve -9 genlerinin ekspresyonlarının rolünün araştırılması amaçlanmıştır. NTD tanısı konan yeni doğan 40 bebek hastadan periferik kan ve NTD dokusu ile sağlıklı doğan 4 bebekten periferik kan alınmıştır. Periferik kan ve dokulardan total RNA izolasyonu ve kantitatif Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (Q-RT-PZR) ile MMP-1, -2 ve -9 gen ekspresyonları araştırılmıştır. İstatistiksel analiz için SPSS 20.0 kullanılmıştır. MMP-1,-2 ve -9 gen ekspresyonları açısından hasta ile sağlıklı bireylerin kan örnekleri arasında ekspresyon farklılıkları saptanmıştır. NTD dokularındaki MMP'lerin ve özellikle MMP-1 ve MMP-9 gen ekspresyonlarının periferik kan örneklerine göre ortalama 2 ile 5000 kat yüksek olduğu saptanmıştır. NTD'nin alt tipleri arasında MMP-2 ekspresyonu açısından anlamlı farklılık saptanmıştır (p=0,012) Hastaların Ca+2, B12 ve Folat seviyeleri ile NTD gelişimi ve MMP genlerinin ekspresyonları arasında anlamlı bir ilişki saptanamamıştır (p>0,05). Bu çalışmada NTD araştırmalarında periferik kan yerine NTD dokusu kullanılması gerekliliği ortaya çıkmıştır. Ayrıca, bu çalışma NTD gelişiminde MMP'lerin önemli rollerinin olabileceğini ve MMP-1, -2 ve -9 genlerinin ekspresyonlarının NTD' patogenezinde rol oynayabileceğini gösteren literatürdeki ilk çalışmadır.
A stereological study of renal COX-2 expression in rats treated prenatally with diclofenac sodium
In this study, expression of COX-2 was stereologically and immunohistochemically investigated by administrating the diclofenac sodium which is a nonsteroidal antiinflammatory drug and as a COX-2 inhibitor during pregnancy of rats then by examining their fourth week offsprings' kidneys. Totally 12 adult albino female rats were divided into two groups as diclofenac sodium group as experimental group and control group. Diclofenac sodium was injected (1mg/kg) intraperitoneally to the diclofenac group on the fifth day of pregnancy. The control group did not undergo any procedures. Six diclofenac sodium groups and six control groups were formed from postnatal four-week-old rats. It was perfused under deep anesthesia and transferred to the formoldehide. Routine tissue follow-up was performed. A total of 12 kidneys were collected from the diclofenac and control groups. After incubation, staining was performed. In the stereological examination of the preparations, the volume with point grid; Cell counting was performed with unbiased counting frame and Mann-Whitney U test was used for statistical analysis. In immunohistochemical evaluation, staining intensities were evaluated by scoring technique; COX-2 expressions of postnatal rat kidneys of both groups were found at different concentrations of macular densa, proximal tubule, distal tubule, tubules in the cortex, tubules in the medulla, collecting tubules and glomeruli. It was observed that COX-2 staining levels were significantly higher in the macular densa and collector tubules of the two groups. In scoring method evaluation; In all other regions except macula densa, the mean dye density of the diclofenac group was lower than that of the control group; Proximal tubule, distal tubule and cortical tubule staining intensity was determined with a relatively different score compared to the control group. As a result of stereological calculations, nuance between two clusters (p <0.05) was found statistically significant. Renal volume is higher in the kidneys of the diclofenac sodium group; control group's kidneys were found to have more cells penetrated by COX-2.
Van ili gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss, Walbaum, 1792) anaç populasyonlarının büyüme hormonu (GHh) gen ekspresyon seviyeleri, genetik polimorfizm ile bazı fenotipik parametrelere göre değerlendirilmesi ve yönetimine yönelik bir araştırma
Bu çalışmada Van ilindeki gökkuşağı alabalığı kuluçkahanelerinde bulunan anaç populasyonlarının bazı fenotipik özellikleri, mitokondrial DNA'dan (mtDNA) genotipik polimorfizmleri ve büyüme hormonu (GH-I) gen ifade seviyeleri belirlenmiştir. Çalışmada kullanılan gökkuşağı alabalığı anaçları (Oncorhynchus mykiss) Van ilinde bulunan ve resmi olarak faaliyet gösteren 6 adet gökkuşağı alabalığı kuluçkahanesinden temin edilmiştir. Gökkuşağı alabalığı kuluçkahanelerinin genotipik özellikleri göz önüne alındığında gökkuşağı alabalığı kuluçkahanelerinde bulunan anaçların 7 adet farklı gökkuşağı alabalığı hattı oluşturduğu bulunmuştur. Ayrıca kuluçkahanelerin genotipik durumlarının "çok iyi", "iyi" ve "orta" seviyede olduğu görülmüştür. Çalışmada kuluçkahanelerin FIS değeri (-0.34) ̶ (0.21) arasında FIT değerleri ise (-0.05) ̶ (0.38) arasında bulunmuştur. Ayrıca FST değeri 0.21 bulunmuştur. Gökkuşağı alabalığı kuluçkahanelerdeki büyüme hormonu nispi gen ifade seviyelerine göre en yüksek büyüme hormonu (GH-I) nispi gen ifade seviyesinin sırası ile OCK ve SFA kuluçkahanelerindeki anaçlarda olduğu bulunmuştur. Sonuç olarak bu çalışmada Van ilindeki gökkuşağı alabalığı kuluçkahanelerdeki anaçlardan elde edilen genotipik ve fenotipik verilerin ayrı ayrı ve birlikte değerlendirilmesi ile sağlıklı bir kuluçkahane ve anaç yönetimi için kıyaslanabilir, değerlendirilebilir yönetim parametreleri elde edilmiştir.