Drug resistance
303 theses under this subject heading
Vankomisin, metisilin duyarlı teikoplanin dirençli bakterilerin direnç paternlerinin belirlenmesi
İnsanlarda mikrobiyota elemanlanları olan Stafilokoklar toplum ve hastane kaynaklı infeksiyonların en önemli etkenlerindendir. Metisilin dirençli Stafilokok suşlarında glikopeptid antibiyotikler kullanılır. Metisilin direncinin belirlenmesinde otomatize sistemlerin kullanımının artmasıyla düşük ve yanlış MIK sonuçlarında bile glikopeptid antibiyotiklerin kullanımını arttırmıştır. Bu sonuç vakalarda glikopeptid direncinin geliştirmesini hızlandırmıştır. Artan direnç infeksiyonların tedavisinde zorluklara neden olmuş bu da vakalarda genetik temelin araştırılmasıyla farklı tedavi yöntemlerinin bulunmasının amaçlanmasına yönlendirmiştir. Çalışmamızda laboratuvar örneklerinden izole edilen Staphylococcus suşları incelenmiştir. 30 suşun 3'ü S. aureus, 27'si KNS olarak tespit edilmiştir. Bu suşlar Kirby Bauer disk difüzyon yöntemi ile metisilin, fusidik asit, penisilin, tetrasiklin, trimetoprim-sülfametoksazole, siprofloksasine, klindamisin, eritromisin ve gentamisine direnç olanları belirlenmiştir. Vankomisin ve teikoplanin mikrodilüsyon yöntemi ile duyarlılık durumları belirlenmiştir. Çıkan sonuçlarda teikoplanin dirençli olan suşlara PCR yöntemi ile tcaRAB gen bölgesindeki mutasyonların varlığı araştırılmıştır. PCR ile mutasyon varlığı analiz edilen 15 stafilokok suşunun, 10 tanesi metisilin dirençli, vankomisin duyarlı ve teikoplanin dirençli, 5 tanesi metisilin, vankomisin duyarlı teikoplanin dirençli olarak tespit edilmişti. PCR sonuçlarına göre, teikoplanin dirençli 15 suşta gen bölgeleri amplifiye olmuştur. Sonuçta hastane enfeksiyonlarının etkin tedavisi ve mutasyonlarla oluşan direncin minumuma indirilmesinde teikoplanin dirençlinin genetik temelinin araştırılması alınacak önlemlerin belirlenmesi için önem arz etmektedir. Anahtar kelimeler: Stafilokok, Metisilin, Vankomisin, Teikoplanin, MIK, PCR
Klinik örneklerden izole edilen enterococcus SPP'nin antibiyotik direnç oranlarının yıllar içindeki değişimi
Bu çalışmanın amacı, Ocak 2018 ve Aralık 2021 tarihleri arasında Tekirdağ ilinde bulunan Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi Hastanesi'nde poliklinik, servis ve yoğun bakım hastalarından alınan çeşitli numunelerden izole edilen enterokok türlerinin antibiyotik direnç oranlarının yıllar içindeki değişiminin retrospektif olarak saptanmasıdır. 01.01.2018 ve 31.12.2021 tarihleri arasında mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen 417 farklı hastaya ait Enterococcus türleri incelendi, izolatların izole edildiği hastaların demografik özellikleri, numune çeşidi, numunelerden elde edilen enterokok türleri ve izolatların antibiyotik duyarlılık sonuçları gibi hastaya ait birçok veri geriye dönük olarak hastanenin laboratuvar bilgi yönetim sisteminden toplanarak analizleri yapıldı. Numunelerin alındığı 417 hastanın 204'ü erkek, 213'ü kadındır. Enterokok izolatlarının 154'ü poliklinik, 139'u servis, 124'ü yoğun bakım hastalarından elde edilmiştir. Tür tanımlaması yapılan 122 enterokok izolatının 60'ı E. faecalis, 49'u E. faecium, 4'ü E. durans, 3'ü E. casseliflavus, 3'ü E. gallinarum, 2'si E. raffinosus, 1'i E. avium olarak belirlenmiştir. 417 numunenin 253'ü idrar, 101'i kan, 37'si yara, 26'sı ise diğer numune çeşitleridir. Toplam antibiyotik direnç oranlarına bakıldığında; Ampisilin %39,3, siprofloksasin %49,2, vankomisin %8,4, teikoplanin %17, tigesiklin %3,2, yüksek düzey gentamisin %49, nitrofurantoin %11,6 olarak belirlendi. Linezolid direnci saptanmadı. Ampisilin, vankomisin ve nitrofurantoin direnç oranlarında 4 yıl içinde istatiksel olarak anlamlı bir artış olduğu saptanmıştır. Ampisilin, siprofloksasin, vankomisin, yüksek düzey gentamisin ve nitrofurantoin direnç oranlarının poliklinik hastalarından elde edilen enterokok izolatlarına kıyasla servis ve yoğun bakım hastalarından elde edilen izolatlarda anlamlı derecede daha yüksek olduğu saptanmıştır.
Hastanemizdeki bakteri dağılımı, antibakteriyel direnç ve antibiyotik kullanımı salgından nasıl etkilendi?
Hastanemizdeki Bakteri Dağılımı, Antibakteriyel Direnç ve Antibiyotik Kullanımı Salgından Nasıl Etkilendi? Antibakteriyel direnç ve çoklu dirençli bakterilerin neden olduğu enfeksiyonların sayısındaki artış, tüm dünyada insan sağlığını tehdit etmektedir. COVID-19 pandemisi antibakteriyel dirence olumlu ya da olumsuz etki edebilecek faktörleri birlikte barındırmaktadır. Bu çalışma, COVID-19 salgınının hastanemizdeki bakteri dağılımını, antibakteriyel direnci ve antibiyotik tüketimini nasıl etkilediğini araştırmak amacıyla yapılmıştır. Çalışmamızda 01.04.2018-31.03.2022 tarihleri arasında Süleyman Demirel Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi'nde yatan hastaların kan, idrar ve alt solunum yolu kültürlerindeki bakteriyel üremelerin dağılımı ve kültürlerde üreyen KNS, S. aureus, E. faecium, E. faecalis, E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa ile A. baumannii izolatlarının pandemi öncesi ve pandemi dönemindeki antibakteriyel duyarlılıkları karşılaştırılmıştır. Ayrıca pandemi öncesinde ve pandemi dönemindeki seftriakson, meropenem, imipenem, vankomisin, teikoplanin ve levofloksasin tüketimi yatarak tedavi gören 1000 gün başına tanımlanan günlük doza göre standardize edilerek değerlendirilmiştir. Kan, idrar ve alt solunum yolu kültürlerinde en sık izole edilen bakteri türünde pandemi döneminde değişim olmadığı görüldü. Her iki dönemde de kan kültürlerinde KNS, idrar kültürlerinde E. coli, alt solunum yolu kültürlerinde A. baumannii en sık izole edilen bakteri türü idi. Seftriakson tüketimine paralel olarak E. coli ve K. pneumoniae izolatlarının 3. kuşak sefalosporin direnci ve GSBL oranının pandemi döneminde arttığı görüldü. Karbapenem tüketimine paralel olarak E. coli ve K. pneumoniae izolatlarının karbapenem direncinin pandemi döneminde arttığı, ancak A. baumannii izolatlarının karbapenem direncinin azaldığı görüldü. Vankomisin tüketimine paralel olarak E. faecium izolatlarının vankomisin direncinin azaldığı görüldü. Ancak teikoplanin tüketimindeki artışa rağmen KNS ve E. faecium izolatlarının teikoplanin direnci azalmıştı. Kinolon tüketimine paralel olarak pandemi döneminde S. aureus ve K. pneumoniae izolatlarının kinolon direncinin arttığı, ancak E. faecium ve A. baumannii izolatlarının kinolon direncinde azalma olduğu görüldü. Pandeminin antibakteriyel direnç üzerine gerçek etkisinin anlaşılabilmesi ve daha anlamlı sonuçlara ulaşabilmek için sonuçlarımızın hasta özelliklerinin de değerlendirildiği çalışmalar ile desteklenmesi gerektiği kanaatine vardık. Anahtar Kelimeler: COVID-19, antimikrobiyal ilaç direnci, antibakteriyel ilaçlar, enfeksiyonlar, terapötik kullanımlar
Klinik bacteroides fragilis grubu ı̇zolatlarda enterotoksin ve antibiyotik direnç genlerinin prevalansı ve moleküler tiplendirme
Bacteroides fragilis grubu (BFG) izolatları ile gelişen enfeksiyonların tedavisinde kullanılan antibiyotiklere dünya çapında artan direnç oranları bildirilmektedir. Direnç profilleri ülkeler, bölgeler ve hatta hastaneler arasında değiştiği için sürveyans önem arz etmektedir. Bu çalışmada hastanemizde BFG izolatlarında antibiyotik direnç prevalansının, direncin genetik mekanizmalarının belirlenmesi ve bu izolatların moleküler epidemiyolojisinin saptanması amaçlanmıştır. Antibiyotik duyarlılık testleri agar dilüsyon yöntemiyle, direnç genleri tespiti gerçek zamanlı PZR yöntemiyle, moleküler tiplendirme AP-PCR yöntemiyle yapılmıştır. BFG izolatlarının ampisilin, sefoksitin, piperasilin/tazobaktam, imipenem, meropenem, klindamisin, metronidazol ve tigesikline karşı direnç oranları sırasıyla %97.8, %28.3, %11.6, %7.9, %5.1, %47.8, %0 ve %4.3'tür. Tüm izolatlar içinde cepA, cfxA, cfiA, ermF, ermG, ermB, nim, linA, mefA, msrSA, tetQ, tetX, tetX1 ve bft geni sırasıyla %42.8, %44.9, %8.7, %44.2, %10.9, %2.2, %0.7, %29, %17.4, %7.2, %76.1, %8, %37.7 ve %16.7 oranlarında saptanmıştır. Klindamisin direnç genlerinin (ermF, ermG, ermB, mefA, msrSA, linA) BFG izolatlarında yaygın olduğu belirlenmiştir. Karbapenem direnç geni (cfiA) taşıyan 12 B. fragilis izolatının beşinde upstream bölgesinde IS [IS1187(n=3), ISBf6(n=1), IS612B(n=1)] saptanmıştır. Bu izolatlarda yüksek imipenemaz aktivitesi olduğu gözlenmiştir. Metronidazole azalmış duyarlılık saptanan bir izolatta nimE geni saptanmıştır. AP-PCR ile 101 farklı genotip saptanmış, BFG'de yüksek düzeyde genetik farklılık olduğu gözlenmiştir. Bu çalışmada, BFG izolatlarının antibiyotiklere direnç durumları ve direnç gelişiminde önemli role sahip direnç genlerine ait veri sağlanmıştır.
Karbapenemaz üreten enterik bakteriler e-test(epsilometer test) ile doğrulanması ve hastane kökenli enfeksiyon tanısı alan olgularda risk faktörlerinin değerlendirilmesi
Enterobacteriaceae; insanda enfeksiyon etkeni olarak sıklıkla izole edilen, çok sayıda bakteri cinsini ve türünü içeren bir ailedir. Antimikrobiyal direnç son yıllarda tüm dünyada hastanede yatan hastalarda anlamlı derecede artış göstermiştir. Karbapenemleri hidrolize eden β-laktamazlar (karbapenemazlar) en güçlü β-laktamazlardır. Çalışmamızda, karbapenemaz dirençli olarak sonuçlanan enterik bakterilerin E-test yöntemiyle doğrulanması ve hastane kökenli enfeksiyon tanısı alan olgularda risk faktörlerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuvarına Ağustos 2016-Ağustos 2017 tarihleri arasında çeşitli kliniklerden gönderilen otomatize sistemi sonucuna göre karbapenem dirençli Enterobacteriaceae ailesi üyesi olduğu saptanan 70 suş dahil edilmiştir. Bu suşlar E-test yöntemi ile MİK değerleri saptanarak EUCAST standartlarına göre duyarlı, orta derecede duyarlı ve dirençli olarak değerlendirildi. Hastane kökenli enfeksiyon tanısı alan hastaların risk faktörlerini değerlendirmek amacıyla daha önceden hazırlanmış olan standart forma demografik veriler kaydedildi. Çalışma sonucunda, 70 hastanın 50'inde (%71.4) izole edilen bakteri hastane kökenli enfeksiyon etkeni olarak kabul edilmiştir. Mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen izolatların kliniklere göre dağılımında, izolatların en sık Anestezi yoğun bakım ünitesinden (YBÜ) gönderildiği görülmüştür. Hem hastane kökenli enfeksiyon hem de kolonizasyon etkeni olarak en sık izole edilen bakteri K. Pneumoniae idi. Otomatize sistem sonucuna göre en yüksek direnç ertapenemde görülmüştür. İmipenem dirençli suşların %68'i, meropenem dirençli suşların %84.3'ü, ertapenem dirençli suşların %84.1'i, kolistin dirençli suşların %87.5'i E-test ile dirençli suşları saptama hususunda korelasyon göstermiştir. Hastane kökenli enfeksiyon tanısı alan hastaların komorbit durumlarınının değerlendirilmesinde, en sık görülen komorbid faktör hipertansiyondu. Çalışmamızda enfeksiyon tanı-tedavi süresince gelişen enfeksiyoz nedenler veya altta yatan diğer tıbbi nedenlere bağlı mortalite %36 oranında izlenmiştir Karbapenemaz dirençli enterik bakterilerin neden olduğu enfeksiyonlar ülkemizde de son yıllarda belirgin bir artış göstermiştir. Bazı temel politikaları uygulayarak, karbapenem direncinin yayılmasının azaltılabileceği düşünülerek hareket edilmelidir.
Çeşitli klinik örneklerden izole edilen serratia marcescens suşlarının antibiyotiklere karşı direnci
marcescens, yüksek direnç ve nozokomiyal infeksiyonlardaki artan rolü nedeniyle halk sağlığı için giderek büyüyen bir sorun oluşturmaktadır Çalışmada Ocak 2006-Mayıs 2018 yılları arasında Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Dursun Odabaş Tıp Merkezi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarında çeşitli kliniklerinden izole edilen Serratia suşlarının tür dağılımı ve antibiyotiklere karşı direnç oranlarının belirlenmesi amaçlandı. Serratia türlerinin identifikasyonu ve antibiyotik direnç oranlarının belirlenmesi için BD Phoenix 100 (Becton Dickinson, ABD) cihazından yararlanılmıştır. İzole edilen suşların tür dağılımı ve antibiyotiklere karşı direnç durumları retrospektif olarak taranmıştır. Çalışmanın yürütüldüğü 13 yıllık süre içerisinde 210'u (%84) S. marcescens ve 40'ı diğer türler (%16) [S. plymuthica (17), S. liquefaciens (15), S. fonticola (4), S. odorifera (3) ve S. rubidaea (1)] olmak üzere toplam 250 Serratia suşu izole edilmiştir. S. marcescens suşlarının sefazolin, amoksisilin-klavulanat, ampisilin ve nitrofurantoine karşı %100 dirençli olduğu tespit edilmiştir. Amikasin ve levofloksasine karşı hiçbir suşta direnç saptanmamıştır. Diğer Serratia suşlarının ise sefazolin, ampisilin, nitrofurantoine %100 dirençli olduğu tespit edilirken; levofloksasine karşı hiçbir suşta direnç saptanmamıştır. Serratia türlerinin neden olduğu enfeksiyonların ampirik tedavisinde kinolonlar, aminoglikozidler, karbapenemler, seftazidim, piperasilin-tazobaktam ve trimetoprim-sülfometoksazol tercih edilmelidir. Literatürde buna benzer çalışmalardan elde edilen veriler incelendiğinde çok farklı direnç oranları bildirilmektedir. Bu nedenle her hastanenin kendi verilerini çıkarması tedaviye yön vermesi açısından yarar sağlatacaktır.
Leptin ve leptin reseptör antagonistinin glioblastoma temozolomid direncindeki rolü
Glioblastoma (GB) bilinen en malin beyin tümörüdür. GB, radyoterapi ve kemoterapi uygulamalarına moleküler ve klinik özellikleri açısından sıklıkla dirençlidir. Kemoterapide kullanılan en yaygın ilaç Temozolomid (TMZ)'dir. Son yıllarda yapılan çalışmalarda, leptinin kanser tedavisinde gelişen kemoterapötik dirençte rol oynayabileceği belirtilmektedir. Bu tez çalışmasında; Glioblastoma'da TMZ'ye karşı gelişen kemoterapötik dirençte, leptin ve/veya leptin antagonistinin (SHLA) olası rolünün araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada T98G, U373 MG ve LN-405 GB hücre serileri kullanılmıştır. Bu hücrelerde TMZ, leptin ve SHLA'nın sitotoksisitesi MTT ile saptanmıştır. TMZ, leptin ve SHLA'nın tekli kullanımlarının ve ikili, üçlü kombinasyonlarının TMZ direnç yolağında yer alan MGMT, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 genlerinin ekspresyonları üzerine etkisi RT-PZR ile saptanmıştır. Moleküllerin genomik DNA hasar etkisi COMET ve hücre döngüsüne olan etkileri ise akım sitometri ile belirlenmiştir. TMZ, leptin ve SHLA'nın TMZ direnç yolağındaki genlerin ekspresyonlarına olan etkileri birbirinden farklılık göstermektedir. Genomik DNA hasarı ve hücre döngüsü açısından hücre serileri arasında anlamlı farklılıklar saptanmıştır. Elde edilen veriler TMZ, leptin ve SHLA'nın hücre tipine göre kemoterapötik dirence farklı düzeyde katkı sağladığı, leptinin özellikle MGMT ekspresyonunu arttırdığı, MMR genlerinde ise genel olarak değişikliğe neden olmadığı tespit edilmiştir. Leptin ve SHLA'nın tek başlarına genomik DNA'da hasar oluşturabildiği ve hücrelerin G1 fazında birikmesine neden olduğu ancak kombinasyonlarda bu etkinin hücre tiplerine göre farklılık gösterdiği saptanmıştır. Sonuçlarımız, leptin ve SHLA'nın tek ve kombine kullanımlarının TMZ kemoterapötik direncinde rol alabileceğini ve bu etkinin hücre tipine göre ve gen spesifik olarak değiştiğini göstermektedir. Bu tez çalışması, leptin ve SHLA'nın TMZ direncindeki etkisinin araştırıldığı ilk çalışmadır.
Çeşitli klinik örneklerden izole edilen vankomisine direçli enterokok suşlarının fenotipik ve genotipik değerlendirilmesi
Çalışmada çeşitli klinik örneklerinden elde edilen Vankomisine dirençli Enterokok suşlarında (VRE) fenotipik olarak vankomisin ve teikoplanin direnci belirlenmiş ve genotipik yöntemlerle VanA, VanB ve VanC varlığı araştırılmıştır. Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda 2015-2018 yılları arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen Vankomisine dirençli 30 Enterococ spp. (VRE) suşu çalışmaya dâhil edilmiştir. Suşların identifikasyonu ve antibiyotik dirençlerinin belirlenmesi için otomatize sistem kullanılmıştır. Vankomisine ve teikoplanin direnci gradient test yöntemi ile belirlenmiştir. Direnç genleri, uygun primerler kullanılarak in-house PCR yöntemi ile araştırılmıştır. İdentifikasyon tesleri sonucunda suşların 29'u E. faecium, bir tanesi E. faecalis olarak tanımlanmıştır. Otomatize identifikasyon sistemi ile suşların tümü vankomisin ve teikoplanine karşı dirençli bulunurken gradient test yöntemi izolatların üç tanesi duyarlı olarak bulunmuştur. Bu üç suşta moleküler yöntemle VanA, VanB ve VanC'nin hiçbirisine rastlanmamıştır. Moleküler yöntemle 27 suşta VanA, bir suşta VanB geni saptanırken hiçbir suşta VanC genine rastlanmamıştır. Enterokok izolatlarında vankomisin direncinin tespitinde Gradient test ve moleküler yöntemle direnç gen tespitinin %100 uyumlu olduğu görülmüştür. Klinik mikrobiyoloji laboratuarında enterokok izolatlarının glikopeptit direncinin saptanmasında Gradient test yöntemi çok önemli bir tarama testi olarak kullanılabilir. Anahtar kelimeler: Vankomisine dirençli Enterokok, Gradient test, VanA, VanB ve VanC.
Yenidoğan yoğun bakımda görülen enfeksiyonlar, antibiyotik kullanımı ve bu antibiyotiklere karşı gelişen bakteri direnci
Son yıllarda neonatolojideki gelişmeler sayesinde, düşük doğum ağırlıklı prematüre bebekler yaşamakta ve bu bebekler uzun süre yenidoğan yoğun bakım ünitelerinde izlenmektedir. Ancak uzun süreli yatış çeşitli komplikasyonları da beraberinde getirmektedir. Bu komplikayonların en önemlisi hastane enfeksiyonlarıdır. Özellikle yoğun bakım ünitesinde yatan bebekler bu hastane enfeksiyonları için diğer bebeklere göre daha fazla risk faktörleri taşımaktadır. Bu risk faktörlerinin en önemlileri düşük doğum ağırlığı, prematüre doğum, mekanik ventilatör ve kateter uygulamalarıdır. Van ilinde bulunan Özel Lokman Hekim Hastanesi yenidoğan yoğun bakım ünitelerinde 2015-2018 tariheleri arasında yatan hastalar hastanenin bilgi işlem veri tabanından retrospektif olarak tarandı ve toplam 310 hasta çalışmaya dahil edildi. Hastaların demografik özellikleri, kateter durumları, mekanik ventilasyon durum ve süreleri, enfeksiyon durumları, hastanedeki yatış süreleri cerrahi işlem görüp görmeme durumları, en sık üreyen mikroorganizmalar, hastaların antibiyogram sonuçları, yıllara göre bebeklerde kullanılan antibiyotikler ve kullanım sonrası görülen enfeksiyon tipleri ve antibiyotiklere gösterilen direnç oranlarına incelendi. Çalışmamızda kan kültüründe en fazla üreyen patojen, sepsise neden olan Gr + Staphylococcus epidermidis'di (%57). Onu, Gr - Escherichia coli (% 11) ve Klebsiella (% 10) takip etmekteydi. İdrar kültüründe ise sırasıyla en fazla üreyen patojen E.coli (% 58), Staphylococcus epidermidis (% 13) ve Enterobacter'di (% 13). Gram negatif bakterilerin Levofloksasin, Moksifloksasin, İmipenem ve Vankomisin antibiyotiklerine direnç geliştirmediği ve genel olarak gram pozitif bakterilerin, gram negatif bakterilere göre daha düşük direnç gösterdikleri görülmektedir. Çalışmamızın sonuçları, yenidoğan yoğun bakım ünitelerinde yatmakta olan bebeklerin daha çok preterm-SGA'lı hastalardan oluştuğunu, hastaların yatış süresinin uzun olduğunu, kateter kullanımının ve enfeksiyon oranının oldukça fazla olduğunu göstermektedir. Anahtar kelimeler: Antibiyotik, direnç, enfeksiyon, prematür, yenidoğan
Kullanılmış kozmetik ürünlerden izole edilen aerop bakteriler ve antibiyotik direncinin değerlendirilmesi
Kozmetik, Yunancada süsleme ustası anlamında olan "kosmetikos" kelimesinden türemiştir. Geçmişten günümüze kadar güzel ve bakımlı görünmek her dönemde önem arz etmiştir. Yaşanılan çağa ve koşullara göre güzellik anlayışı farklılık gösterse de her çağda güzelliğin temelinde kozmetik ürünlerin kullanımı vardır. Günümüzde insanların sağlığını koruma, koruyucu sağlık tedbirleri, hastalığa değil sağlığa yönelik yapılan yatırımlar ve kişiyi hastalanmadan bilinçlendirme adına yapılan projeler kapsamında denetlenen binlerce sektörden biri de kozmetik sektörüdür. Kozmetiklerin istenmeyen etkilerini en aza indirmek için sağlıklı koşullarda üretilip korunması gerekmektedir. Bu çalışmada, Van bölgesinde 500 kozmetik ürün kullanıcısından, kullanılmış kozmetik ürünler toplandı. Kullanılmış kozmetik ürünlerden (n=500) toplamda 101 (%20,2) tane bakteri izolasyonu yapıldı. Vitek 2 cihazında gerçekleştirilen identifikason sonucunda izolatların sırasıyla S. epidermidis (47, %46,5), S. hominis (17, %16,8), S. aureus (6, %5,9), E. coli (16, %15,8), K. pneumoniae (11, %10,9) ve P. aeruginosa (4, %4,1) olduğu belirlendi. Fenotipik antibiyotik değerlendirmesi sonucunda 1 izolatın metisilin dirençli S. aureus (MRSA) olduğu görüldü. İzole edilen 10 gram negatif bakterinin kabapenem ve genişlemiş β-laktamaz direnci profili gösterdiği belirlendi. Bu çalışmada, kozmetik ürün kullanımında kişisel hijyen, zaman, kozmetik ürünün bulunduğu ortam ve kendinize ait olmayan ürünlerin kullanımına dikkat edilmemesi sonucu ciddi infeksiyonlara maruz kalınabileceği sonucuna varıldı.
Kan kültür örneklerinden izole edilen bakterilerin antibiyotik direnç profillerinin fenotipik ve genotipik analizi
Sepsis, yaygın ve sıklıkla öldürücü olan ciddi bir toplum sağlığı problemidir. Sepsisli hastalarda, yaşlanan bir popülasyon, artan immünosüpresif tedavi kullanımı ve yüksek riskli müdahaleler nedeniyle insidansın arttığı konusunda fikir birliği vardır. Sağlık Bilimleri Üniversitesi Van Eğitim ve Araştırma Hastanesinde, yoğun bakım ünitelerinde yatan sepsis şüpheli 750 hasta değerlendirildi. 750 hasta, yaş ve cinsiyetlerine göre sınıflandırıldı. Kan kültürlerinden bakteriler izole edildi. Katalaz testi, oksidaz testi ve Gram boyama gibi biyokimyasal testleri yapıldı. Bakterilerin identifikasyonu ve antibiyogram testi değerlendirmesi için Vitek 2 Compact (Biomerieux, USA) cihazı kullanıldı. Koagulaz negatif bakterilerin 47 tanesinin slime faktör pozitif olduğu belirlendi. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile mecA, blaOXA-48 ve blaIMP genleri analiz edildi. Sepsisli hastalardan 12 çoklu ilaç dirençli bakteri izole ve identifiye edildi. 2 MRSA izolatının mecA geni taşıyıcılığı pozitif bulundu. Gram negatif bakterilerimizden sadece 2 K. pneumoniae izolatının blaOXA-48 taşıyıcısı olduğu belirlendi. Sepsise neden olan gram negatif bakterilerimizin hiç birinde blaIMP genine rastlanmadı. Sonuç olarak, hastanemizde sepsise neden olan bakterilerin tanımlanmasının ve antibiyotik direnç oranlarının ortaya konulmasının oldukça önemli olduğu görüldü. Sepsise neden olan etkenlerin içerisinde metisilin, karbapenem, genişlemiş β-laktamaz ve çoklu ilaç direnci gösteren bakterilerin varlığının insan sağlığı üzerine etkilerinin oldukça önemli olduğu ortaya konuldu.
Sığır sütlerinden izole edilen koagulaz negatif stafilokoklarda makrolid-linkosamid direnci ve direnç ile ilişkili genlerin araştırılması
Bu araştırmada, sığırlarda mastitis olgularından izole edilen koagulaz negatif stafilokoklarda Makrolid-Linkosamid grubu antimikrobiyal maddelere duyarlılığın ve direnç genlerinin belirlenmesi amaçlandı. Bu amaçla sığır sütlerinden elde edilen 52 adet KNS izolatı kullanıldı. İzolatlarda; 15'i Staphylococcus capitis, 8'i S. equorum, 8'i S. haemolyticus, 5'i S. epidermidis, 4'ü S. pettenkoferi, 3'ü S. lugdunensis, 2'si S. warneri ve her birinde 1'er izolat olmak üzere, S. cohnii, S. pasteuri, S. vitulinus, S. hominis, S. xylosus, S. chromogenes ve S. kloosi olmak üzere 14 KNS türü identifiye edildi. 52 KNS izolatının 4'ü erythromycin; 1'i clindamycin, 4'ü azithromycin, 1'i spiramycin, 1'i tylosin, 7'sinin tulathromycine dirençli olduğu belirlenirken, 2'si clindamycin, 1'si azithromycin, 6'sının spiramycin, 5'inin tylosin ve 8'inin de tulathromisin'e orta dirençli olduğu tespit edildi. Eritromisin dirençli bulunan 4 izolatın 3'ünde indüklenebilir klindamisin direnci, eritromisine duyarlı diğer 2 izolatın 1'inde yapısal, diğerinde klindamisine orta direnç belirlendi. Erythromycin dirençli, ancak indüklenebilir klindamisin direnci bulunmayan 1 Staphylococcus capitis izolatında msrA ve msrB genleri ile birlikte mphA geni; erythromycin duyarlı, spiramisin, tylosin ve tulatromisine orta dirençli 1 S. capitis izolatında ise sadece mphA geni; erythromycin ve indüklenebilir klindamisin direnci bulunan 1 S. haemolyticus izolatında ermC geni ile birlikte mphA geni, 1 S. epidermidis izolatında ise sadece ermC geni; klindamisine orta dirençli 1 Staphylococcus epidermidis izolatında da mphA ve InuA geni belirlendi. Tylosin veya tulathromisine orta dirençli 2 S. haemolyticus ve tulathromisine orta dirençli 1 S. epidermidis ile tulathromisin dirençli 1 S. chromogenes izolatında mphA geni bulunurken, klindamisine dirençli S. hominis ve tulathromisin-tylosin dirençli Staphylococcus xylosus izolatında belirlenmedi. S. pasteuri izolatında ermC, mphA veya InuA genleri bulunmadı. Sonuç olarak; KNS izolatlarında belirlenen ML grubu antimikrobiyal direnç ve direnç ile ilişkili genlerin varlığının sığırlarda mastitiste önemli rol oynayabileceği kanaatine varılmıştır.
Meme kanserinde sisplatin hücresel yanıtının DDB2 ve DNA polimeraz ETA üzerinden incelenmesi
Bu çalışmada, MCF-7 meme kanser hücrelerine sisplatin ile birlikte PNR-7-02 verilmesinin hücre canlılıkları ve DNA hasar yanıtlarında görev alan DDB2 ve DNA polimeraz η proteinlerini kodlayan genlerin ekspresyonları üzerine etkisinin incelenmesi amaçlanmıştır. Sisplatin, platin grubu içeren antineoplastik bir ilaçtır. Etkisini DNA'ya bağlanıp replikasyonu engelleyerek ve hücreyi apoptoza götürerek gerçekleştirir. PNR-7-02 ise DNA hasar toleransında görevli insan DNA polimerazı η'nın inhibitörü olarak geliştirilmiş, indol tiyobarbitürik asitten türevlendirilmiş bir kimyasal moleküldür. MCF-7 hücrelerine sisplatin, PNR-7-02 ve kombinasyonları 24 ve 48 saat süre ile uygulanmış, hücre canlılıklarına etkisi MTT deneyi ile belirlenmiştir. Kombine uygulamanın hücre canlılıkları üzerine etkileri Chou-Talalay yöntemiyle değerlendirilmiştir. DDB2 ve DNA polimeraz η gen ekspresyon analizleri kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile gerçekleştirilmiştir. IC50 değerlerinde verilen ilaç kombinasyonlarının hücre canlılığını anlamlı bir şekilde azalttığı (24 saat için p≤0,01, 48 saat için p≤0,005) gözlenmiştir. Chou-Talalay yöntemi ile düşük sisplatin dozlarında (24 saat için <36µM, 48 saat için <16 µM) kombine ilaç uygulamasının sinerjistik bir etkisinin (CI <1) olduğu hesaplanmıştır. 24 ve 48 saatlik inkübasyon süresi için IC50'ye uygun dozlarda ilaç uygulandığında, DDB2 ve Pol η gen ekspresyonlarının kontrol gruplarına göre sisplatin, PNR-7-02 ve kombine ilaç verilmiş hücrelerde arttığı bulunmuştur.
Kolşisin direnci olan ailevi akdeniz ateşi hastalarında ifadesi değişen miRNA'ların inflamasyon ve ilaç direnci ile ilişkisinin belirlenmesi
Ailevi Akdeniz ateşi klinik heterojenitenin görüldüğü monogenik bir sistemik otoinflamatuvar hastalıktır. Ailevi Akdeniz ateşinde en yaygın tedavi yöntemi günlük kolşisin kullanımıdır. Fakat hastaların %2-5'lik kısmında kolşisin direnci görülmektedir. İlaç direncinin gelişiminde epigenetik mekanizmaların özellikle kodlamayan RNA'lardan mikroRNA'ların rol oynadığına dair çalışmalar mevcuttur. Bu sebeple kolşisin dirençli hastalarda ifadesi değişen mikroRNA'ların ilaç direnci ve inflamasyon ile muhtemel ilişkisinin değerlendirilmesi gerektiği düşünülmüştür. Grubumuz tarafından daha önce gerçekleştirilen miRNA 4.0 array ile mikroRNA ifade analizi yeniden değerlendirilmiş; kolşisin dirençli ve duyarlı hasta grupları arasında ifadesi en az 2 kat değişen 25 mikroRNA bulunmuştur. Bu mikroRNA'lardan ilaç direnci ile yüksek oranda ilişkili bulunanlar hasta grubunda kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile valide edilmiş, miR-183-5p ve miR-15b-5p'nin ifadesinin kolşisin dirençli hastalarda anlamlı şekilde azaldığı, miR-125a-5p'nin ifadesinin anlamlı olmayan bir azalış gösterdiği bulunmuştur. Biyoinformatik araçlar kullanılarak hem inflamasyon hem de ilaç direnci ile ilişkili genlerin listesi oluşturmuş, kolşisin dirençli hastalarda anlamlı azalış gösteren mikroRNA'ların ilaç direnci ve inflamasyonla ilişkili olası hedef genleri belirlenmiştir. Genlerin ifade analizi için yapılan kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu deneylerinde, kolşisin dirençli hastalarda azaldığı görülen mikroRNA'ların olası hedef genleri olarak seçilen NR3C1 ve NFKB1'in ifadesinin, aynı hasta grubunda arttığı gösterilmiştir. Grubumuzun önceki projeleri sırasında oluşturulmuş kolşisin dirençli hücre hattında da aynı mikroRNA'ların ve hedef genlerinin hasta grubuyla benzer değişim gösterdiği saptanmıştır. Bu çalışma sonucunda belirlenen ifadesi değişen mikroRNA'ların, ileride kolşisin direncinin erken tanısı için biyobelirteç olma potansiyeli taşıdığı düşünülmektedir. Anahtar kelimeler: AAA, kolşisin direnci, mikroRNA
Klinik candida ve aspergillus suşlarının antifungal duyarlılık profillerinin matriks ile desteklenmiş lazer desorpsiyon/iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi ("MALDİ-TOF MS") yöntemi ile değerlendirilmesi
Dirençli Candida ve Aspergillus türlerinin neden olduğu invaziv mantar enfeksiyonları küresel bir halk sağlığı sorunudur. Antifungallere direncin giderek arttığı göz önüne alındığında antifungal duyarlılık testi (AFDT) giderek daha önemli hale gelmekte ve hızlı sonuç veren yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada, Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikoloji Laboratuvarı'nda hasta örneklerinden izole edilen Candida ve Aspergillus suşlarının tedavide sıklıkla kullanılan azol ve ekinokandin grubu antifungal ilaçlara duyarlılıklarının MALDI-TOF MS yöntemi ile saptanarak elde edilen sonuçların EUCAST referans sıvı mikrodilüsyon yöntemi sonuçları ile karşılaştırılması ve böylece, MALDI-TOF MS yönteminin in vitro antifungal duyarlılık profillerinin saptanmasındaki doğruluğunun ve tekrarlanabilirliğinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. 40 Candida glabrata izolatının anidulafungin ve flukonazol, 40 Candida albicans ve 40 Candida parapsilosis izolatının flukonazol, 4 Aspergillus fumigatus izolatının vorikonazol duyarlılıkları test edilmiştir. Candida izolatları "yüksek" ve "sınır değer" olarak iki farklı antifungal konsantrasyonunda ve ilaçsız kontrolde 3 saat inkübe edilmiştir (Anidulafungin: 16, 0.06, 0 mg/L; Flukonazol: 256, 16, 0 mg/L). A. fumigatus izolatları seri vorikonazol konsantrasyonlarında (32-0.03 mg/L) ve ilaçsız kontrolde 15 saat inkübe edilmiştir. Bu konsantrasyonlardan elde edilen MALDI-TOF MS spektrumları ile her izolat için ayrı bileşik korelasyon indeksi (CCI) matrisi oluşturulmuştur. Candida türleri için sınır değerdeki ve en yüksek ilaç konsantrasyonundaki spektrumların korelasyonundan elde edilen CCI değeri ortalaması, sınır değer ve ilaçsız kontrolden elde edilen CCI değeri ortalamasından yüksek olduğunda, suş ilaca duyarlı olarak sınıflandırılmıştır. A. fumigatus için maksimum vorikonazol konsantrasyonu spektrumuyla olan benzerliği, ilaçsız kontrol spektrumuyla benzerliğinden fazla olan ilk spektrumun ilaç konsantrasyonu minimum profili değiştiren konsantrasyon (MPCC) olarak belirlenmiştir. Sınıflandırmalar EUCAST sıvı mikrodilüsyon yöntemine göre elde edilen minimum inhibitör konsantrasyonların duyarlı veya dirençli sınıflandırmalarıyla karşılaştırılmıştır. Genel olarak MS-AFDT ve EUCAST AFDT arasındaki uyum %60 ila %85 arasında değişmiştir ve en yüksek oranda C. glabrata için anidulafungine karşı olmuştur. MS-AFDT testinin tekrarlanabilirliği %45 ila %75 arasında değişmiştir ve C. parapsilosis flukonazol duyarlılık testi en tutarlıdır. 4 A. fumigatus suşu için uyum ve tekrarlanabilirlik tam olarak bulunmuştur. Sonuçlar, daha ileri çalışmalarla metodolojinin iyileştirilmesi ve testin tekrarlanabilirliğinin geliştirilmesiyle birlikte MALDI-TOF MS'nin Candida ve Aspergillus türlerinde tanımlama ve antifungal duyarlılık sınıflaması için aynı anda kullanılabileceğini göstermektedir.
Mycobacterium tuberculosis klinik izolatlarında yeni antitüberküloz ilaçlar olan bedaquiline ve Delamanid'in MİK değerlerinin ve dirence neden olan mutasyonların saptanması
Bu çalışmanın amacı, dirençli tüberküloz hastalarından izole edilen 101 M. tuberculosis klinik izolatının bedaquiline ve delamanid minimal inhibitör konsantrasyon (MİK) değerlerinin fenotipik olarak MGIT-960 otomatize sıvı kültür sisteminde bir araştırma yazılımı olan TB/eXİST ile saptanması ve dirence neden olan mutasyonların Sanger dizileme ve tüm genom analizi (WGS) yöntemleriyle genotipik olarak araştırılmasıdır. Suşların 31'i İsviçre Zürih Üniversitesi'nde, 70'i ise Türkiye'deki hastalardan izole edilmiştir. İsviçre suşlarında bedaquiline ve klofazimin arasında çapraz direnç varlığı da araştırılmıştır. Fenotipik duyarlılık sonuçlarına göre İsviçre ve Türkiye suşlarının bedaquiline, delamanid ve yalnızca İsviçre suşlarının klofazimin MİK dağılımları ve ortalama MİK değerleri sırasıyla <0,2 µg/ml ile ≥4,0 µg/ml arasında (ortalama MİK=0,92 µg/ml), ≤0,01 µg/ml ile ≥3,2 µg/ml arasında (ortalama MİK=0,18 µg/ml) ve ≤0,5 µg/ml ile ≥2,0 µg/ml arasında (ortalama MİK=1,11 µg/ml) saptanmıştır. İsviçre suşlarının bedaquiline MİK değerleri, Türkiye suşlarına göre daha yüksek bulunurken, Türkiye suşlarının delamanid MİK değerleri İsviçre suşlarına göre daha yüksek bulunmuştur. Dünya Sağlık Örgütü'nün Kritik İlaç Kosantrasyonları Raporu'na göre çalışmamızdaki tüm suşlar ortalama MİK değerlerine göre bedaquiline duyarlı bulunurken, delamanid ve klofazimine dirençli bulunmuştur. Bedaquiline ve klofazimin MİK değerleri yüksek suşlarda çapraz dirençten sorumlu olan mutasyon, Sanger dizileme ile saptanamamıştır, dirence neden olan yeni mutasyonun saptanması için ileri çalışmalar yapılması gerekmektedir. Bakteri genomunda bulunan ve tüm ilaçlara karşı gelişen direnç profillerini saptamak amacıyla bir WGS protokolü optimizasyon çalışması yapılmıştır. 25 suşun genomunda bulunan dirençle ilişkili varyantlar saptanabilmiştir. Sonuç olarak, bu çalışmada ÇİD-TB tedavisinde yakın zamanda ülkemizde de kullanıma girmesi beklenen yeni ilaçlar için Türkiye M. tuberculosis suşlarının ön duyarlılık verisi elde edilmiştir. MGIT-960 sistemiyle entegre edilen araştırma yazılımı ve optimize edilmiş WGS protokolünün ÇİD-TB hastalarının kişiselleştirilmiş tedavilerinin belirlenebilmesinde kullanılabileceği düşünülmektedir.
Çocuklarda çoklu ilaç direnci gösteren gram negatif bakteriler ile gelişen enfeksiyon hastalıklarının özellikleri
Çoklu ilaç direnci gösteren Gram negatif bakterilerin (MDR-GNB) neden olduğu enfeksiyonlar günümüzde önemli bir sağlık sorunu haline gelmiştir. MDR-GNB'lerden kaynaklanan enfeksiyonlar için risk faktörlerinin belirlenmesi konusunda literatürde sıklıkla erişkin çalışmaları olmakla birlikte çocukluk yaş grubunun dahil olduğu prospektif çalışma sayısı sınırlıdır. Çalışmamız hastanemizde yatarak tedavi almakta olan hastalarda kan ve diğer steril vücut sıvılarından alınan örneklerde ve nadiren dışkı, balgam gibi steril olmayan örneklerde saptanan MDR-GNB'lerin neden olduğu enfeksiyonlar için risk faktörlerinin ve hastaların prognozlarının belirlenmesi ve bu konuda literatüre katkı sağlamak amacıyla yapılmıştır. Çalışmamızda; 1 ay 18 yaş arasında olan MDR-GNB üremesi tespit edilen 89 hasta vaka grubunu ve herhangi bir kültüründe üreme olmayan 54 hasta kontrol grubunu oluşturmaktadır. Vaka grubunda en sık tespit edilen MDR-GNB'ler K. penumoniae sonrasında E. coli'dir. Bu patojenlerin en sık izole edildikleri yer idrar kültürüdür. Üreyen mikroorganizmaların antibiyotik direnç paternleri MDR, XDR ve PDR olarak kategorize edildiğinde çoğunun MDR gösterdiği görülmüştür. En sık tespit edilen patojen olan K. pneumoniae üremelerinin %64,8'i MDR, %25,9'u XDR ve %9,3'ü PDR'dir. İkinci en sık tespit edilen E. coli üremelerinin hepsi çoklu ilaç direnci göstermektedir. MDR-GNB enfeksiyonları için belirlenen risk faktörleri; altta yatan hastalık varlığı (özellikle GİS hastalıkları ve GÜS hastalıklarının varlığı), son 6 ay içerisinde cerrahi operasyon uygulanması, gastrostomi ve ileostomi-kolostomi olması, port haricindeki santral venöz kateter varlığı, son 6 ay içerisinde antibiyotik kullanımı (4. kuşak sefalosporin, karbapenem, gliopeptid, aminoglikozid, florokinolon), hastaneye yatış süresince uygun olmayan geniş spektumlu antibiyotik kullanılması, önceki kültürlerinde Gram pozitif ve Gram negatif bakteri üremesi olması, son 6 ay içerisinde hastanede ve YBÜ'de yatış öyküsünün olması, son 6 ay içerisinde kan ve kan ürünleri transfüzyonu öyküsü olması, profilaktik antibiyotik alınması ve IVIG tedavisi almış veya alıyor olmasıdır. Ülkemizde MDR-GNB'lerin gelişmesini önlemek için sağlık hizmeti veren tüm kurumlarda antibiyotik yönetim programlarının uygulanması, bu uygulamaların denetlenmesi, sonuçların izlenmesi ve gereksiz antibiyotik kullanımlarının mutlaka önlenmesi gerekmektedir. Bu çalışmada elde ettiğimiz veriler MDR-GNB enfeksiyonlarının tedavisinde bugün için hastanemizde en etkili antibiyotiklerin amikasin, meropenem, ertapenem, imipenem, tigesiklin ve kolistin olduğunu göstermiştir. MDR-GNB enfeksiyonlarının önlenmesi ve kontrolü için el hijyeni, ekipman ve çevre temizliği gibi standart önlemlere uyulması büyük önem taşımaktadır. Hastanede yatış süresinin mümkün olduğunca kısaltılması bu konudaki ana önlemlerden biri olmalıdır.
Metabolomik ve fluksomik çalışmalar ile kolon kanserinde kemoterapötiklere karşı direncin in vitro değerlendirilmesi
Günümüzdeki yenilikçi teknolojiler sayesinde omiks (genomik, transkriptomik, proteomik, metabolomik ve fluksomik) gibi karmaşık analizler yapılabilmektedir. Omik analizlerden elde edilen detaylı bilgi; hastalıkların mekanizmasını anlamak, erken teşhisini kolaylaştırmak, bireysel tedavi stratejilerini seçmek ve bunların etkinliğini değerlendirmek için büyük bir potansiyele sahiptir. Metabolomik fenotipinin belirlenebilmesi için çok sayıdaki metabolitin eş zamanlı ve kapsamlı analizlerinin yanı sıra döngü hızlarının da belirlenmesini gerektirir. Tez çalışmaları kapsamında kolorektal kanseri in-vitro modeli olan insan kolon adenokarsinom hücre hatlarına (Caco-2) ve kontrol olan insan fötal kolon hücre hatlarının (FHC) kematöratpotiklere karşı gözlenen direnç gelişimine bağlı olarak fenotipde gözlenen değişimler metabolomik, lipidomik ve fluksomik analizler ile incelenmiştir. Fluksomik analizlerde kararlı 18O izotopu işaretleme ajanı olarak kullanılmıştır. Metabolomik, lipidomik ve fluksomik analizlerin gerçekleştirilmesinde GC-MS ve LC-qTOF-MS analitik cihazları kullanılmıştır. Bu analizler sonucunda 300'ün üzerinde metabolit/lipit ve 38 metabolitin 18O işaretlenme yüzdeleri hesaplanmıştır. Tez kapsamında ilk kez 18O kararlı izotopu ile Krebs döngüsü metabolitleri, aminoasitler, yağ asitleri ve oligofosfonükleotitlerin işaretlenme yüzdeleri belirlenmiştir. İstatiksel olarak anlamlı bulunan metabolitler ile gerçekleştirilen yolak analizlerinde malat-aspartat mekiği, aminoasit, amonyak metabolizmaları ile glikoz-alanin ve üre döngülerine ait yolakların dirence bağlı olarak değiştiği gözlemlenmiştir. Elde edilen kapsamlı omiks (metabolomiks, lipidomiks ve fluksomiks) verileri, kemoterapötiklere karşı izlenen direncin hücre dinamiklerindeki farklılıklarını göstermiştir.
Yatarak tedavi gören hematoloji-onkoloji hastalarında klorheksidin ile yapılan silme banyosunun MRSA ve VRE kolonizasyonuna etkisi
Bu çapraz tasarımlı, deneysel çalışmanın amacı, yoğun bakım ünitesinde yatarak tedavi gören hematoloji-onkoloji hastalarında klorheksidin glukonat ile yapılan banyonun metisilin dirençli Staphylococcus aureus ve/veya vankomisin dirençli Enterococcus kolonizasyonuna etkisini değerlendirmektir. Araştırmanın gerçekleştirilmesi için; Hacettepe Üniversitesi Klinik Araştırmalar Etik Kurulu'ndan, T.C. Sağlık Bakanlığı Türkiye İlaç ve Tıbbi Cihaz Kurumu'ndan, hastane Başhekimliği, Hemşirelik Hizmetleri Müdürlüğü ve Yoğun Bakım Bilim Dalı'ndan ve hasta/hasta yakınlarından gerekli izinler alınmıştır. Araştırma, Hacettepe Üniversitesi Onkoloji Hastanesi Yoğun Bakım Ünitesinde, Eylül 2018-Temmuz 2019 tarihleri arasında gerçekleştirilmiştir. Araştırma örneklemi kollara randomize olarak ayrılmış; birinci kol için 31 hasta, ikinci kol içinse 30 hastadan oluşmuştur. Birinci koldaki hastalara banyo; ilk üç gün su+sabun ile sonrasında da üç gün %2'lik klorheksidin glukonatlı solüsyon ile uygulanmıştır. İkinci koldaki hastalara ise müdahaleler ters sırada uygulanmıştır. Banyo müdahaleleri arasında her iki kolda da bir arınma günü vardır. Kollarda; banyo öncesi ve sonrasında (4-6. saat) burun, kasık ve rektal sürüntü örnekleri alınmıştır. Her iki koldaki hastaların demografik özellikleri ve sahip oldukları risk faktörleri benzerdir. Birinci kol kontrol dönemindeki burun metisilin dirençli Staphylococcus aureus kolonizasyonu müdahale döneminde azalmıştır (p<.001). Kollar arası karşılaştırmalarda; birinci kol burun örneklerinde görülen metisilin dirençli Staphylococcus aureus kolonizasyonu ve rektal örneklerinde görülen vankomisin dirençli Enterococcus kolonizasyonu ikinci kola göre daha fazladır (p<.05). Su+sabun banyosu sırasında alınan sürüntü örneklerinde; birinci kolda burun metisilin dirençli Staphylococcus aureus kolonizasyonu ve rektal vankomisin dirençli Enterococcus kolonizasyonu görülürken, ikinci kolda hiç kolonizasyon görülmemiştir (p<.05). Bu araştırmada yoğun bakım ünitesinde yatarak tedavi gören hematoloji onkoloji hastalarında; klorheksidin glukonatlı silme banyosunun burun metisilin dirençli Staphylococcus aureus kolonizasyonunu ve rektal vankomisin dirençli Enterococcus kolonizasyonunu azaltmada etkili olduğu sonucuna ulaşılmıştır. Yoğun bakım ünitesinde yatan hematoloji-onkoloji hastalarında metisilin dirençli Staphylococcus aureus ve/veya vankomisin dirençli Enterococcus kolonizasyonunun azaltılması ve önlenmesi için klorheksidin glukonat banyolarının hemşireler tarafından kullanılması önerilmektedir.
Klinik stenotrophomonas maltophilia izolatlarında kolistin heterodirencinin araştırılması
Stenotrophomonas maltophilia, özellikle hastanede yatan hastalarda görülen, fırsatçı ,çok ilaca dirençli, gram-negatif bir basildir. Aynı zamanda, özellikle bağışıklık sistemi baskılanmış ya da zayıflamış ve yoğun bakım ünitelerinde ventilatör desteği gerektiren hastalarda, önemli morbidite ve mortalite ile ilişkili nozokomiyal bir patojendir. İnsanlarda hastalık yapma insidansı son yıllarda artmıştır. 2010-2016 yılları arasında Taiwan'da yapılan bir çalışmada S. maltophilia'nın sağlık hizmetleri ile ilişkili enfeksiyon etkeni olarak izole edilen mikroorganizmalar arasında Acinetobacter spp. ve Enterobacter spp.'den sonra üçüncü sırada yer aldığı bildirilmiştir. S. maltophilia'nın etken olduğu bakteremi, pnömoni, idrar yolu enfeksiyonu, oküler enfeksiyon, endokardit, menenjit, yumuşak doku ve yara enfeksiyonu, mastoidit, epididimit, kolanjit, osteokondrit bursit ve peritonit dahil olmak üzere çeşitli klinik sendromlar tanımlanmıştır. Bu nedenle tüm dünyada görülme sıklığı artan bu mikroorganizmanın epidemiyolojisi, risk faktörleri ve tedavisi hakkında yeni çalışmalara ihtiyaç vardır S. maltophilia, diğer gram negatif baterilerin ampirik tedavisinde kullanılan ilaçlara karşı intrinsik olarak dirençlidir. S. maltophilia'nın tedavisinde ilk sırada tercih edilen ilaç trimetoprim-sülfametoksaldur. Minosiklin, tikarsilin-klavulanat, kolistin ve aztreonam gibi diğer bazı ilaçlar in vitro aktivite gösterebilse de bu ilaçlarla ilgili yeterli deneyim bulunmadığından ve S. maltophilia hızla direnç geliştirebildiği için bu ajanların potansiyel etkinliği de şüphelidir. Fakat TMP/SMX direnci görüldüğünde özellikle invaziv enfeksiyonlarda kombinasyon tedavileri zorunlu olmaktadır. S. maltophilia'daki yüksek intrinsik ve tedavi sırasında kazanılmış direnç bu durumu gerekli kılmaktadır. Önerilen kombinasyonlar, her iki ajanın da in vitro testlerde etkili olmaları koşuluyla seftazidim, tikarsililin-klavulanat, aztreonam, kolistin veya bir kinolon dahil olmak üzere herhangi bir ikinci grup ajan ile trimetoprim-sülfametoksazolü içermektedir. Kolistin, çoklu ilaca dirençli gram negatif bakterilere karşı etkinliğini koruyan az sayıdaki antibiyotikten biridir. Çok ilaca dirençli gram negatif non-fermenter bakterilerde kolistinin kombinasyon tedavilerinde kullanılmasının hem toksisiteyi önlemede hem de tedavinin etkinliğini arttırmadaki başarısı çeşitli çalışmalarda gösterilmişitr Tüm bunların yanında S. maltophilia'daki kolistin için önerilen duyarlılık test yöntemlerinin, özellikle adaptif direnç ve heterodirenç dahil olmak üzere farklı direnç mekanizmaları arasındaki karmaşık etkileşim nedeniyle güvenilmez sonuçlara yol açabileceği çeşitli çalışmalarda gösterilmektedir. Bu sebeple çalışmamızda S. maltophilia enfeksiyonlarının tedavisinde alternatif olabileceğini düşündüğümüz bir ilaç olan kolistin için antibiyotik duyarlılığına farklı yöntemlerle bakılmıştır. Ayrıca tedavi başarısızlıklarına yol açan heterojen direnç varlığı da kolistin için araştırılmıştır Çalışmamıza Aralık 2015 ve Nisan 2018 tarihleri arasında Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Klinik Patoloji Laboratuvarı Bakteriyoloji Ünitesine gönderilen örneklerden izole edilen 212 S. maltophilia suşu dahil edilmiştir. Kolistin için antibiyotik duyarlılık gradient test ve sıvı mikrodilüsyon yöntemleri ile bakılmıştır. Her suş için iki kez bu yöntemler tekrarlanmıştır. Bu tekrarlar ile birlikte kolistin duyarlılığında kullanılan yöntemlerin tekrarlanabilirliğinde sorun olduğu gözlemlenmiştir. Gradiyent test ve sıvı mikrodilüsyon yöntemleri arasında uyumsuzluk olan ayrıca gradiyent testte zon içi üremeleri olan 55 izolat heterojen direnç açısından değerlendirilmiştir. Heterojen direncin tespiti için altın standart yöntem olan PAP testi kullanılmıştır. Kolistin heterodirenci toplamda 54 izolatta tespit edilmiştir. Kolistin heterodirenç sıklığı 54/212 (%25,5) olarak saptanmıştır. Bir izolatta ise tekrarlayan PAP testi sonucu heterojen direnç saptanamamıştır.
Klinik stenotrophomonas maltophilia kökenlerinin antibiyotik duyarlılıkları, genotipik profilleri ve biyofilm oluşturma yetenekleri
Nonfermentatif, gram-negatif basil, Stenotrophomonas maltophilia sıklıkla solunum sistemi, üriner sistem ve yara infeksiyonlarından izole edilen fırsatçı bir patojendir. Genellikle hastanelerin yoğun bakım ünitelerinde salgınlara yol açan S. maltophilia, biyofilm oluşturma yeteneği ve birçok antibiyotiğe doğal dirençli olma gibi özelliklerinin bir sonucu olarak tedavisi güç enfeksiyonlara neden olmaktadır. S. maltophilia enfeksiyonlarının tedavisinde trimetoprim-sulfametoksazol (TMP-SXT) ilk seçenek olmaktadır. Fakat son yıllarda az da olsa bu antibiyotiğe karşı gelişen direnç, diğer tedavi seçeneklerinin veya yeni antibiyotiklerin araştırılması konusunu gündeme getirmiştir. Bu çalışmada S. maltophilia izolatlarının antibiyotik duyarlılıkları, genotipik dağılımı ve biyofilm oluşturma kapasitelerinin araştırılması ve değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bu çalışmada, rutin olarak test edilmiş en az bir antibiyotiğe karşı orta duyarlı veya dirençli bulunan 13 klinik S. maltophilia izolatı değerlendirildi. İzolatlar, 2015 yılında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji Laboratuvarı kültür koleksiyonundan elde edildi. Bu izolatların siprofloksasin (CIP), levofloksasin (LEV) ve moksifloksasin (MOK) antibiyotiklerine karşı duyarlılıkları mikrodilüsyon yöntemiyle, biyofilm oluşturma yeteneği kristal viyole yöntemi ile araştırıldı. İzolatlar ayrıca M13 universal primerleri ile yapılan polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) sonucunda moleküler olarak tiplendirildi. Mikrodilüsyon testi sonuçlarına göre CIP, LEV ve MOK için sırasıyla minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) aralıkları; 2-32 µg/ml, 0,5-16 µg/ml ve < 0,125-8 µg/ml, MİK50/MİK90 değerleri; 4-16 µg/ml; 2-8 µg/ml ve 0,125-4 µg/ml olarak bulundu. Kristal viyole testinin verilerine göre, 13 izolattan ikisinin orta düzey diğerlerinin güçlü biyofilm oluşturduğu tespit edildi. Moleküler tiplendirme sonucunda klonal yakınlığı olan üç temel grup ve alt gruplar tespit edildi. Ancak bu gruplar arasında antibiyotik duyarlılıkları ve biyofilm oluşturma özelliklerine göre sınıflama yapabilmeyi kolaylaştırabilecek ortak veya ayırt edici bir profil gözlenmedi. Bu çalışmadaki duyarlılık ile ilgili bulgular ve S. maltophilia izolatlarının yüksek düzey biyofilm oluşturma eğilimi olduğuna dair veriler Avrupa'da ve Türkiye'de yapılan diğer çalışmalardakilere benzemektedir. Sonuç olarak bu çalışmanın, S. maltophilia'nın direnç profili, yayılımı, epidemiyolojisi ve virulans özellikleri konusunda önemli bir veri kaynağı olacağı düşünülmektedir. Hastanedeki salgınların önlenmesi için nozokomiyal fırsatçı patojenlerin varlığı araştırılırken S. maltophilia'nın da etken olabileceği düşünülmelidir. S. maltophilia ile ilgili epidemiyoloji, virulans faktörleri ve direnç mekanizmaları konusundaki çalışmalar desteklenmelidir. Anahtar kelimeler: Stenotrophomonas maltophilia; biyofilm; antibiyotik direnci; moleküler tiplendirme
Pseudomonas aeruginosa kökenlerinde virülans, antimikrobiyal direnç ve dezenfektan toleransı
Bu çalışmada, klonal ilişkisiz olduğu belirlenen P. aeruginosa kökenlerinin sık rastlanan virülans faktörlerinin belirlenmesi, dezenfektan ve antimikrobiyal duyarlılıklarının saptanması ve dezenfektan/antimikrobiyallerin biyofilm üzerine tek başlarına ve kombine halde etkilerinin in-vitro koşullarda araştırılması amaçlanmıştır. Ege Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji Laboratuvarı'nda izole edilen P. aeruginosa kökenlerinin antimikrobiyal duyarlıkları disk difüzyon yöntemiyle, klonal ilişkisi Enterobacterial repetitive intergenic consensus polimeraz zincir reaksiyonu (ERIC-PZR) ile belirlenmiştir. Klonal ilişkisiz kökenlerin çoğunluğu algılama (ÇA) genleri (lasI, lasR, rhlI, rhlR) PZR ile araştırılmış aynı zamanda virülans faktörleri (DNaz, elastaz, proteaz, lipaz, siderofor, pigment ve biyofilm üretimi ve twitching motilitesi) fenotipik yöntemlerle belirlenmiştir. Kökenlerin dezenfektanlara (polihekzanid (PHMB), %2 gluteraldehit (%2 GLT), klorhekzidin (CHX), kuarterner amonyum bileşikleri (KAB)) ve antimikrobiyallerden siprofloksasine (CIP) karşı duyarlıkları CLSI kriterlerine göre sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle, dezenfektanların ve antibiyotiğin (CIP) tek başlarına ve kombinasyon durumlarında biyofilm üzerine etkileri kristal viyole yöntemi ile araştırılmıştır. Dışa atım pompa (DAP) genlerinin varlığı (mexR, nfxB) PZR yöntemiyle, ayrıca DAP inhibitörü fenilalanin-arjinin-beta naftilamid (PAβN) ve 1-(1-naphthylmethyl) piperazine (NMP) varlığında kökenlerin CIP MİK değerleri sıvı mikrodilüsyon yöntemi kullanılarak saptanmıştır. Fenotipik ve genotipik özelliklerin birbirleri ile ilişkisinin araştırılmasında Fisher kesin ki-kare testi kullanılmıştır. Seksen üç P. aeruginosa kökeninden ERIC-PZR yöntemi ile 19 klonal ilişkisiz köken belirlenmiştir. Disk difüzyon ve sıvı mikrodilüsyon yöntemlerine göre klonal ilişkisiz kökenlerin 10'u CIP'ye dirençli, ikisi orta duyarlı ve yedisi duyarlı bulunmuştur. Klonal ilişkisiz kökenlerde ÇA genlerinden lasI geni %89,5, lasR geni %94,7 oranında saptanmıştır. Tüm kökenlerde rhlI geni mevcutken, rhlR geninin %68,4'lük yüzdeye sahip olduğu belirlenmiştir. Virülans faktörlerinden elastaz ve siderofor üretimi tüm kökenlerde saptanırken, pigment üretimi %84,2, twitching motilitesi %79, lipaz üretimi %74 ve proteaz üretimi %26,3 oranlarında bulunmuştur. Kökenlerin hiçbirinde DNaz saptanmamıştır. Kökenlerden dokuzu güçlü biyofilm üretme kapasitesi göstermiştir ve kökenler üzerinde MİK değeri en düşük olan dezenfektanın CHX olduğu görülmüştür. Güçlü biyofilm üreten kökenlerde dezenfektanlarla CIP kombinasyonlarının etkilerine bakıldığında, biyofilm inhibisyonu sağlayan en etkili kombinasyonun CHX-CIP olduğu belirlenmiştir. Ayrıca DAP genleri (mexR, nfxB) birer köken hariç tüm kökenlerde saptanmıştır. DAP inhibitörü PAβN varlığında, 10'u CIP'ye dirençli, ikisi orta duyarlı kökenlerden, dokuzunun CIP MİK değerlerinde dört kat ve üzeri azalma belirlenmiş, NMP varlığında ise kökenlerin CIP MİK değerlerinde bir azalma gözlenmemiştir. Fisher kesin ki-kare testine göre fenotipik ve genotipik özelliklerin birbirleriyle ilişkisi istatistiksel açıdan anlamlı bulunmamıştır (p>0.05). Bu tez çalışmasından elde edilen veriler ile hastanemizde görülen nozokomiyal Pseudomonas enfeksiyonlarından hangi virülans genlerinin sorumlu olduğu, dezenfektanlara tolerans ve antimikrobiyal direnç durumları hakkında bilgi edinilmiştir. Ayrıca çoklu ilaç direncine sahip P. aeruginosa kökenlerinde antibiyotik ve dezenfektan kombinasyonlarının biyofilm oluşumu ve olgun biyofilm üzerine etkinliklerine bakılarak sinerjik etki durumları hakkında bilgi sahibi olunabileceği ve böylece tedavi seçenekleri açısından öneri oluşturulabileceği düşünülmüştür.
Pseudomonas aeruginosa kökenlerinde lipid metabolizması ve antibiyotik direncinde rol alan ACPP ve mMEXA genlerinin antisens oligonükleotitler ile susturulması
Antisens tedavi stratejisi, çeşitli genlerin protein oluşturmadan susturulması amacıyla, oligodeoksiribonükleotitlerin kullanılmasıdır. Antisens mekanizma, hedef mRNA'ya oligonükleotit dizisinin Watsons-Crick baz eşleşme yoluyla bağlanması sonucu gerçekleşmektedir. Bağlanmadan sonra iki temel yolak, ilgili genin protein oluşumunu engeller. Bunlardan ilki, oligonükleotitin bağlandığı bölgede RNaz H aracılı degredasyon oluşturmasıdır. RNaz enzimi ile parçalanan RNA dizisinden translasyon mümkün olmadığı için protein oluşumu engellenir. İkincisi ise oligonükleotitin bağlanarak ilgili mRNA bölgesini kapatmasıyla oluşur. Böylece translasyon (ribozomun gen dizisini okuması) sterik olarak engellenir, posttranskripsiyonel işlemler inhibe edilir ve gen, ürün oluşturamaz. Bu tezin amacı, ülkemizde ve dünyada direnç oluşumu nedeniyle tedavisi gittikçe zorlaşmakta olan Pseudomonas aeruginosa kökenlerine karşı uygun antisens dizi ve formülasyonu kullanarak, bakteri için esansiyel olan açil taşıyıcı protein (Acyl carrier protein- acpP) geninin ve bakteriye antimikrobiyallere karşı direnç kazandıran mex grubu dışa atım pompasına (efluks pompası) ait mexA geninin susturulmasıdır. Bakterinin lipid biyosentezi için esansiyel bir protein olan acpP'nin eksikliği, bakterinin ölümüne sebep olacağından bakteri üremesi engellenecek, pompa geninin inhibisyonuyla da direncin önüne geçilmesi mümkün olacaktır. Bu ajanların P. aeruginosa hücresi içine girişlerini sağlamak amacıyla literatür incelendiğinde, lipozom ve peptid konjugasyonu gibi yöntemlerin denendiği gözlenirken, niozom formülasyonlarının kullanımına rastlanılmamıştır. Çalışmamız kapsamında niozomların bu amaçla kullanımı özgün değerlerden birisidir. Görece yeni bir tedavi yaklaşımı sayılabilecek bu yöntemin, mikrobiyoloji alanında bakteri enfeksiyonlarına karşı etkilerini araştıran çalışmalara ülkemizde rastlanılmamıştır. Proje kapsamında P. aeruginosa'da bulunan acpP ve mexA genlerinin antisens oligonükleotitler kullanılarak susturulması ve böylece bakteri üremesinin ve direnç mekanizmasının engellenmesi için gerekli çalışmalar yapıldı. Çalışmamızda Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarı'nda izole edilen P. aeruginosa kökenlerinin çoklu antibiyotik direnci VITEK MS ile belirlendi ve hedef alınacak genlerin varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile saptandı. Bu çalışmalarda P. aeruginosa ATCC 27853 ve ilgili genleri içeren kontrol kökenleri kullanıldı. İstenen özellikteki kökenler, PZR temelli Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PZR (ERIC-PZR) ile genotiplendirildi. Farklı genotipe ait oldukları saptanan 11 adet P. aeruginosa kökeni ile çalışıldı. Antisens oligonükleotitleri belirlemek amacıyla hedef alınan genlerin DNA dizi analizi yapıldı. Elde edilen dizi analizi sonuçları, gen bankaları ve literatür bilgileri beraber değerlendirilerek P. aeruginosa bakterisi için kullanılacak antisens oligonükleotitler belirlendi. Antisens oligonükleotitlerin bakteri hücresi içine geçişini arttırabilmek amacıyla niozom formülasyonları hazırlandı. Elde edilen formülasyonun minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri Klinik ve Laboratuvar Standartları Enstitüsü (Clinical and Laboratory Standarts Institute, CLSI) önerileri doğrultusunda sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle belirlendi. Susturulan acpP ve mexA genlerinin ekspresyon düzeyleri gerçek zamanlı nicel RT-PZR ile araştırıldı. VITEK MS sonuçlarına göre farklı kliniklerden 41 adet ÇİD izolat çalışmanın ilk aşamaları için seçildi. Bu izolatlardan 38 tanesinin acpP ve mexA genlerini içerdiği saptandı ve bu izolatların ERIC-PZR sonuçlarına göre, 10 ana klon ve bir alttip olmak üzere 11 farklı ailede yer aldıkları tespit edildi. Her bir aileden seçilen temsilciler için dizi analizleri yapıdı ve acpP geninde mutasyona rastlanmadı. Bununla birlikte mexA geninde sessiz mutasyonlar belirlendi. Tasarlanan ASO dizilerini hedeflemek amacıyla dokuz adet niozom formülasyonu hazırlandı. Sadece F1 ve F5 formülasyonlarının ASO dizileriyle kompleks oluşturduğu saptandı. Bununla birlikte F5 formülasyonunun daha yüksek konsantrasyonda ASO dizisi taşıma kapasitesi olduğu tespit edildi ve sonraki çalışmalarda F5 formülasyonu kullanıldı. Kompleks hale getirilen bu dizilerin RT-PZR sonuçlarına göre ASO-1 ASO-2 ve ASO-6 için sırasıyla altı, dört ve üç izolatta anlamlı gen inhibisyonu saptandı. Diğer dizilerde etkinlik görülmedi. Anahtar Kelimeler: Antisens, Pseudomonas aerguinosa, RT-PZR
Mycobacterium tuberculosis kompleks izolatlarında genotip ve antimikrobiyal direnç arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi
Mycobacterium tuberculosis kompleks' in neden olduğu tüberküloz hastalığı tanı ve tedavi yöntemlerindeki gelişmelere rağmen dünyada ve ülkemizde ciddi bir halk sağlığı sorunu olmaya devam etmektedir. Günümüzde, artan direnç nedeniyle etkili tedavi sağlanamaması, duyarlılık testleri ile bu direncin takibini gerekli hale getirmiştir. Son yıllarda moleküler yöntemlerdeki gelişmeler tüberküloz epidemiyolojisinin anlaşılmasını kolaylaştırmış, reenfeksiyon/reaktivasyon ayrımı, salgınların tanımlanması, hastalığın toplumdaki yayılımının ve laboratuvarlardaki çapraz kontaminasyonların takibinin sağlanması için yararlı olmuştur. Bu tez çalışmasında, 2013-2014 yıllarında Ege Üniversitesi mikobakteriyoloji laboratuvarında izole edilen M. tuberculosis kompleks izolatlarının genotiplendirilmesi, çok ilaca dirençli (ÇİD) izolatlarda ise ikinci seçenek tüberküloz ilaçlarından amikasin (AK) ve ofloksasin (OFL) duyarlılığının belirlenmesi, direnç ve genotip arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Yüzkırkiki izolatın spoligotiplendirilmesi ile edinilen verilere göre; T ailesi baskın bulunmuş, 2014 yılı izolatlarında ise bunu H ailesi (H1, H3, H4) takip etmiştir. MIRU-VNTR yöntemi ile tiplendirmek için seçilen, en az bir primer ilaca dirençli, 15 izolatın spoligotipleri değerlendirildiğinde beşi T1, ikisi LAM7TUR, ikisi Pekin, birer tanesi T2, U, H3, CAS1DELHI olarak tanımlanmış, iki tanesi ise veritabanındaki izolatların hiçbiriyle eşleşmemiştir. Spoligotiplerine göre Pekin, LAM7TUR ve CAS1DELHI ailesindeki suşlar MIRU-VNTR yöntemi ile de aynı gruplarda bulunmuştur. Ayrıca test edilen beş ÇİD izolatta AK ve OFL'ye karşı dirence rastlanmamıştır. Tüm dirençli kökenler değerlendirildiğinde bu çalışmada direnç ve genotipler arasında ilişki tespit edilememiştir. Sonuç olarak bu çalışmada direnç ve genotip arasında bir ilişki bulunmasa da tüberkülozun ve dirençli suşların yayılımının izlenmesi bakımından alternatif moleküler metotlar geliştirilmesi yönünde araştırmalara devam edilmeli ve bu yöntemlerin yaygın kullanımı sağlanmalıdır. Anahtar Kelimeler: Mycobacterium tuberculosis kompleks; genotiplendirme; antimikrobiyal direnç.