Medical Biology

Bakteriofaj T4 lizozim geninin (Gen e) plazmid vektörler ile klonlanması

ÖZET Bakteriofaj T4 Lizozim Geninin (Gen e) Plazmid Vektörler ile Klonlanması Lizozim (EC 3.2.1.17), prokaryotik hücre duvarlarının peptidoglikan heteropolimerlerinde bulunan N-asetil glukozamin (NAG) ve N-asetil muramik asit (NAM) arasındaki p-1,4 glikosidik bağlarının hidrolize olmasını katalizleyen bir enzimdir. Bu çalışmada, bakteriofaj T4 lizozim geninin (gen e) pUC18 ve pRS416 vektörlerini kullanarak Escherichia colFde klonlanması amaçlanmıştır. Gen e'nin T4 genomundan PCR ile amplifikasyonu için Bam HI tanıma dizisine sahip primerler dizayn edildi. Vektörlerin ve PCR ürününün Bam HI endonükleaz ile kesiminden sonra ligasyon reaksiyonu ile iki rekombinant plazmid oluşturuldu ve pUC18L ve pRS416L olarak isimlendirildi. Bu plazmidleri taşıyan rekombinant E. coli hücrelerinin gen e'yi eksprese ettiği ve lizozim E olarak adlandırılan aktif T4 lizozimini besi ortamına salgıladığı tespit edildi. Aynı zamanda lizozim E'yi üreten E. coli klonlarının L ve LB besi ortamlarında lize olmaksızın ürediği gözlendi. Fakat, kültüre alınan rekombinant bakteri hücrelerinin, non-iyonik su veya 10 mM'lık Tris pH 8.0 gibi osmatik dengeleyicilerin olmadığı hipotonik bir ortama alındıklarında ozmatik basınca dayanamayarak kolayca patladığı görüldü. Rekombinant E. co/fnin hücre duvarının, üretilen lizozim E'nin etkisi ile zayıflatılmış olabileceği fakat besi ortamındaki tuz konsantrasyonuyla oluşturulan ozmatik basıncın ise duvarı zarar görmüş hücreleri lize olmaktan korumuş olabileceği düşünülmektedir. Bu sonuçlar, gen e'yi taşıyan her hangi bir E. coli plazmid vektörü ile EDTA, lizozim ve SDS gibi hücre duvarı ve hücre zarını parçalayıcı ajanlar kullanmaksızın plazmid veya kromozomal DNA izolasyonunun kolaylaştırabileceğini göstermektedir. pRS416L bu amaca yönelik olarak geliştirilmiş bir prototip mekik vektördür. Anahtar Sözcükler: E. coli, T4 Lizozim geni, Klonlama, PCR, Plazmid vektörler IX

Nöropsikiyatrik ve zihinsel özürlü hastaların sitogenetik incelenmesi

ÖZET Nöropsikiyatrik ve Zihinsel Özürlü Hastaların Sitogenetik İncelenmesi Nöropsikiyatrik hastalıklar, genetik faktörlerle olumsuz çevre koşullarının birlikte rol oynadığı multifaktoriyel geçiş gösteren bir hastalık grubudur. Bu konuda aile, ikiz ve evlat edinme çalışmalarının yanısıra sitogenetik ve moleküler genetik çalışmaları da yapılmıştır. Bu tip hastalıklara sahip kişilerde, kromozom aberasyonlarının ve kromozomal frajil bölgelerin sıklığında artış olduğu bildirilmiştir. Bu çalışma, Adana Ruh ve Sinir Hastalıkları Hastanesinde şizofrenik bozukluk (134 hasta), bipolar bozukluk (17 hasta), diğer psikozlar (25 hasta), epilepsi (5 hasta) ve mental retardasyon (12 hasta) tanısı konulan 193 hastayı ve kontrol amaçlı sağlıklı 30 kişiyi kapsamaktadır. Çalışma grubumuzu oluşturan hasta ve normal bireylerin normal ve folattan yoksun iki ayrı besiyeri kullanılarak kromozom analizleri yapılmıştır. Sonuçlarımız hasta grubumuzda genetik dengesizlikte bir artışın olduğunu göstermiştir. Sayısal ve yapısal kromozom aberasyonlarının ve kromozomal frajil bölgelerinin insidansında kontrol grubuna oranla bir artışın bulunduğu saptanmıştır. Ayrıca cinsiyet ve yaşın frajilite frekansına etkisi de değerlendirilmiş, erkeklerde frajilite görülme sıklığının daha yüksek olduğu ve yaş faktörünün frajilite üzerine etkili olmadığı sonucuna varılmıştır. Çalışmamızda kromozomal anomaliler ile nöropsikiyatrik ve zihinsel özürlülük arasında bir ilişkinin bulunduğu saptanmış ve bu ilişki literatür bilgileri ile desteklenmiştir. Hasta grubumuzda frajil bölgelerin rastgele dağılmadığı, her hastalık grubu için belirli kromozom band bölgelerinde yoğunlaştığı ve bu band bölgelerinde aday genlerin yerleşmiş olabileceği ileri sürülmüştür. Buna dayanarak frajil bölgeler ile nöropsikiyatrik hastalıklar arasındaki potansiyel ilişki tartışılmıştır. Bu bulgularımızın nöropsikiyatrik hastalıkların etiyoloj isinde yer alan major genlerin kromozomal lokalizasyonunun araştırılmasında sitogenetik, moleküler ve populasyon genetiği çalışmalarına önemli katkılar sağlayacağı düşüncesindeyiz. Anahtar Sözcükler: Nöropsikiyatrik hastalıklar, Zihinsel özürlülük, Kromozom analizi, Frajil bölgeler, Kromozom aberasyonları. XI

Çukurova'da sivrisinek mücadelesinde kullanılan Bendiocarb'ın memelilere (sıçanlara) etkisi

ÖZET Bu çalışmada, karbamatlı bir insektisit olan Bendiocarb ' m laboratuvar koşullarında dermal ve oral olarak bir memeli türü olan sıçanların serum ve tam kan ChE aktivitesi üzerindeki inhibisyon etkisi incelendi. Bunun için püskürtme dozu ve dermal LDsa dozu gözönüne alınarak hazırlanan artan bendiocarb (%80 W.P.) konsantrasyon larının serum ChE aktivitesi üzerindeki inhibisyon etkisi incelenmiştir. Ayrıca 2,5 mg/kg ve 5 mg/kg dozlarının oral yolla verilmesi sonucu tam kan ve serum ChE 'inin inhibisyonu ve teknik bendiocarb 'm aynı dermal ve oral dozlarının in vitro koşullarda serum ChE aktivitesi üzerindeki inhibisyonu araştırılmıştır. Dermal, oral in vitro ve in vivo çalışmalarımızda artan bendiocarb konsantrasyonları ile enzim aktivitesi değerleri arasında negatif bir ilişki olduğu ve bendiocarb ' m (%8Q W.P.) püskürtme dozunun dermal olarak bir kez alınmasının memelilerde önemli bir etki göstermemekle birlikte kümülatif bir etki görüldüğü saptandı. Halbuki teknik bendiocarb' m aynı dermal dozları kullanılarak yaptığımız in vitro çalışmalar sonucu ChE inhibisyonunun oldukça yüksek bir biçimde olduğu görüldü. Bendiocarb' m (%80 W.P.) 2.5 mg/kg ve 5 mg/kg oral dozlarının sıçanların tam kan ve serum ChE aktivitesini en fazla 1. ve 3. günlerde herbir dozdan 10 dk. sonra ve doza bağlı şiddette inhibe ettili ve bendiocarb ' m inhibitor etkisine karşı tam kan ChE 'inin plazma ChE 'ma göre daha hassas olduğu bulundu. Teknik Bendiocarb ' m 2.5 mg/kg, 5 mg/kg ve 10 mg/kg oral dozları kullanılarak yaptığımız in vitro çalışmalar sonucu ChE inhibisyo nunun oldukça yüksek bir biçimde olduğu saptandı. Bendiocarb' m (%80 W.P.) çalışmamızda uygulanan dermal ve oral dozlarının sıçanların beslenme durumu ve vücut ağırlığına bir etkisi olmadığı bulundu. VII

Sıtma vektörü anopholes sacharovi erginlerinde ATPaz aktivitesi ve sivrisinek mücadelesinde kullanılan Pirimiphos Methyl'in bu aktiviteye etkisi

Viral hastalıkların insan kromozomlarında yaptığı hasarların "sister chromatid exchange" (SCE) testi ile araştırılması

. H- ÖZET VE SONUÇLAR Araştırmamızda 49 Hepatitli hasta ve 11 takip olgusunda viral hepatitin kromozomlara etkisi SCE testi ile araştırıldı. Bu gruplardan alınan ortalama SCE değerleri 39 çocuktan oluşan kontrol grubu ile karşılaştırılarak değerlendirildi. Tüm gruplardaki olgularda toplam 113850 kromozom sayıldı. Hasta grubu, kontrol grubu ve takip grubu olguları SCE sıklıkları yönünden karşılaştırıldı ve aşağıdaki sonuçlar elde edildi. 1. Bütün bu olgularda SCE sıklığı kromozomların büyüklüğü ile doğru orantılı olarak, arttığı gözlendi, özellikle A,B,C grubu kromozomlarda diğerlerine oranla yüksek SCE bulundu. 2. Hasta grubunda 1225 metafaz plağı araştırılarak metafaz başına düşen ortalama SCE değeri 9.53±0.120 olarak saptandı. 3. Kontrol grubunda toplam 975 metafaz plağı incelenerek metafaz başına düşen ortalama SCE değeri 6.09±0.42 olarak bulundu. 4. Takip grubunda toplam 275 metafaz plağı incelenerek metafaz başına düşen ortalama SCE değeri 6.33±0.116 olarak belirlendi. 5. Hasta grubu ortalama SCE değeri ile kontrol grubu ortalama SCE değeri karşılaştırıldığında farkın önemli olduğu bulundu (P<0.05). 6. Hasta grubu ortalama SCE değeri ile takip grubu ortalama SCE değerleri yönünden karşılaştırıldığında farkın önemli olduğu görüldü (P<0.05). 7. Kontrol grubu ortalama SCE değerleri ile takip grubu ortalama SCE değerleri yönünden karşılaştırıldığında farkın önemsiz olduğu saptandı (P>0.05). 8. Cinsiyetin SCE sıklığına etki etmediği tesbit edildi. 9. Yaşın SCE sıklığına etki etmediği bulundu. lO.Mitotik ve Replikasyon indexin hasta grubunda yüksek oysaki kontrol ve takip grubunda düşük olduğu saptandı. Kontrol ile takip grubu arasında fark görülmedi. 11. Hastada yükselen SCE, iyileşme döneminde onarım mekanizmasının çalışmasıyla düştü. 44

Çukurova bölgesindeki sivrisineklerde gelişen fizyolojik insektisit direncinin incelenmesi

Türkiye'de ve özellikle Adana bölgesinde 1957 yılından itibaren halk sağlığı ve tarımsal mücadele amacıyla vektör ve zararlı türlere karşı yoğun bir şekilde farklı gruplardan insektisitler kullanılmıştır. İnsan sıtma hastalığının vektörü olan An. sacharovi ve benzer böceklerde insektisitlere karşı gelişen direnci tespit etmek için günümüzde uygulanan hassasiyet testleri başarılı bir şekilde kullanılmaktadır. Fakat bu yöntem ile fizyolojik direnç konusunda detaylı bilgi alınamadığı için biyokimyasal ve genetik temele dayanan alternatif yöntemler geliştirilmiştir. Bu çalışmanın ilk aşamasında; farklı sezonlarda insektisit uygulamalarının yoğun olduğu Tabaklar, Herekli köyleri ile nispeten az insektisit kullanılan Menekşe köyü ile hiçbir insektisit baskısı altında bulunmayan ve tüm yıl boyunca aktif olan Laboratuvar Kolonisine ait An. sacharovi ergin dişileri de arazi örnekleriyle kıyaslanması amacıyla teste maruz bırakıldılar. Hassasiyet testlerinde; DDT %4, Malathion %5, Propoxur %1, Deltamethrin %0.025 ve Permethrin %0.25 insektisitlerinin letal dozları kullanılarak örnekler hassas ve dirençli olarak gruplandırıldı. Çalışmanın ikinci aşamasında üç enzim çalışılmış olup, bunlar; Organofosfat ve Karbamat insektisit direncinde hedef yapı olan Asetilkolin Esteraz (AchE) enzimi ile Organoklor ve Pyrethroid insektisitlerin etkisizleştirilmesinde çok büyük rolü olan Glutatyon S-Transferaz (GST) ve tüm insektisit gruplarının etkisizleştirilmesinde rolü olan non-spesifik Genel Esteraz enzimleri çalışıldı. Hassasiyet test sonuçlarına göre yaptığımız gruplandırma ile aynı örneklerde 3 enzim için ölçtüğümüz aktivite oranları arasında uyumun nasıl olduğunun anlaşılması için yaptığımız diskriminant analizinde; AchE enzimi için %76.6, GST az enzimi için % 74.1 ve Genel Esteraz enzimi için de %62.2 gibi oldukça yüksek bir uyumluluk tespit edildi. IXHer üç enzim için de saptadığımız aktivitelerin, dirençlilerde hassaslardan anlamlı derecede daha yüksek olmasının yanında gonoaktif döneme ait enzim aktiviteleriinin de yağlanmış sezondan anlamlı derecede daha yüksek olduğu bulundu. Ayrıca çok yoğun insektisit kullanılan lokalitelere ait AchE, GST ve Genel Esteraz enzim aktivitelerinin, nispeten az ve hiç insektisit kullanılmayan lokalitelere nazaran daha yüksek aktivite gösterdikleri bulundu. Anahtar Kelimeler : An.sacharovi, İnsektisitler, Direnç enzimleri, Hassasiyet testleri. x

Fare Lizozim ve İnterlökin-2 Genlerinin Klonlanması ve Malign Melanomada Anti-tümöral DNA Aşısı Olarak Kullanılması

ABSTRACTCloning of Mouse Lysozyme and Interleukin-2 Genes and Using asAnti-tumoral DNA Vaccine in Malign MelanomaAli İrfan GÜZELImmunocompetent hosts can potentially recognize malignancies andimpede their proliferation by killing them. However, any failure of the immunesystem due to the lack of tumor immunogenicity or a tumor inducedimmunosuppressive environment causes malignant cells to escape from theimmune detection. One goal of tumor immunotherapy is to manipulate the hostimmune response to the malignancies to allow for the recognition andelimination of them.The aim of this study is to clone mouse interleukin-2 (IL-2) and lysozymegenes to pHM6 mammalian expression vector and use them in B-16V melanomacells for the purpose of immunotherapy. In different studies made previously, IL-2 has been used both in the form of DNA vaccine and peptide, but lysozyme onlyin the peptide form. The lysozyme, known to have anti-tumoral andimmunomodulatory as well as antibacterial activities was investigated first timehere in the form of DNA vaccine.For this purpose, four experiments were made to evaluate the anti-tumorigenic effects of lysozyme and interleukin-2 genes when used in vaccineform. 1) Plasmids combined with mouse IL-2 and lysozyme genes (pHM6mIL-2and pHM6mLys) were injected in the form of DNA - liposome complex into thetumor mass formed by the injection of B-16V melanoma cells into mice (inbredC57BL/6) subcutaneously. 2) Recombinant plasmids were injected into micesubcutaneously two days before the injection of B-16V cells to the same site. 3)B-16V tumor cells transfected with recombinant plasmids (B-16VpHM6mIL-2 andB-16VpHM6mLys) were injected subcutaneously to the mice. 4) Tumor free miceof the assay 3 were challenged with B-16V melanoma cells.Overall 277 mice were used in 15 groups of four experiments. The resultsof experiments 1 and 2 showed that the injection of recombinant plasmidscarrying IL-2 and lysozyme genes either before or later the tumor developmentdid not significantly retard the progress. However, in experiment 3, the micewere remained tumor free in a ratio of %32 for B-16VpHM6mIL-2, %51.7 for B-16VpHM6mLys and %49.2 for B-16VpHM6mLys + B-16VpHM6mIL-2. There was notumor development in the mice living after experiment 3 treatments when B-16cells were re-injected (experiment 4) indicated that a protective immunity wasarisen. These results had showed that, lysozyme can also be used in the tumorimmunotherapy if it be secreted in tumor cells in a high level through an agentsuch as plasmid DNA.Key Words: B-16V, C57BL/6, DNA Vaccine, IL-2, Lysozyme, pHM6 plasmid vector,Tumor immunotherapy

Meme kanserli hastalarda CYP19 geni kodon 39 trp/arg polimorfizminin ve genotip dağılımının araştırılması

Meme kanseri, meme hücrelerinin anormal çoğalma gösterdikleri genetik bir hastalıktır. Meme kanseri için risk faktörlerinin çoğu östrojen seviyesindeki artışa ya da östrojene uzun süre maruz kalma ile ilişkilidir. Östrojen biyosentezinde ve östrojenin metabolitlerine ve ürünlerine dönüşümünde rol alan polimorfik genler, sporadik meme kanseri gelişiminde önemli rol oynamaktadırlar. 15q21.2'de lokalize olmuş CYP19 geni, östrojen biyosentezinde önemli rolü olan, androjenlerin östrojenlere dönüşümünü katalizleyen, aromataz enzimini kodlar. Bu gendeki herhangi bir genetik değişiklik, aromataz aktivitesinde ve östrojen seviyesinde değişikliğe yol açabilir. CYP19 geninde meme kanseriyle ilişkili olduğu düşünülen pek çok polimorfizm araştırılmaktadır. Bu çalışma meme kanseri riski ile CYP19 geni Kodon 39 Trp/Arg polimorfizmi arasındaki ilişkiyi araştırmak üzere planlanmıştır. Çalışmamızda meme kanseri tanısı konularak ameliyat edilmiş olan hastalar deney grubunu, kanser tanısı almamış olanlar kontrol grubunu oluşturmuştur. Bu kişilerin kanlarından DNA izole edildikten sonra bir çifti C (Arg) alleli için diğer çifti T (Trp) alleli için olmak üzere 2 çift primer ile PCR gerçekleştirilmiş ve genotipleme yapılmıştır. Japon kadınlarda yapılan çalışmada varyant Arg allelinin homozigot ve heterozigot taşıyıcılarının özellikle premenapozal kadınlar arasında önemli oranda artmış meme kanseri riski sergiledikleri bildirilmiştir. Ancak çalışmamızda hem kontrol grubunda hem de hasta grubunda ve özellikle aile öyküsü olan hastalarda da TT genotipi gözlenmektedir.

Akciğer kanserli hastalarda gözlenen kromozomal düzensizlikler ile hücre ölüm reseptörü-4 genindeki polimorfizmlerin incelenmesi

Akciğer Kanseri (AK), genel ölüm nedenleri arasında kalp hastalıklarından sonra gelen ve kanser ölümlerinin %28'ini oluşturan multifaktoriyal bir hastalıktır. Hastalık, yaşla artmakla beraber, en sık 50-70'li yaşlarda kendini göstermektedir. Temel neden sigara kullanımı olup, sigara dumanına maruziyet, radon, mesleki nedenler, diyet, kronik akciğer hastalıkları, hava kirliliği, cinsiyet ve genetik faktörler de hastalığın gelişiminde etkendir. Bugüne kadar, AK'nden sorumlu herhangi bir gen veya kromozom bölgesi tanımlanmamıştır. Ancak, tümör oluşumlarında sayısız kromozom düzensizliklerinin meydana geldiği bilinmektedir.Canlılarda hücre ölüm reseptörü-4 (DR4) olarak isimlendirilen transmembran bir reseptör aracılığı ile hücresel ölümün gerçekleştiği bilinmektedir. Sekizinci kromozomun p21-22 bölgesinde yerleşik olup çeşitli kanser türlerinde bu bölgenin allelik kayıplarının olduğu bildirilmiştir. Bu reseptörü kodlayan gende meydana gelen herhangi bir anomali, hücre sinyalizasyonunu etkileyerek hücre ölümünün gerçekleşememesi ve dolayısıyla kanserleşme ile sonuçlanır. Bu gendeki dört ayrı polimorfizimin (G422A, C626G, A683C ve A1322G) AK ve diğer kanserlerin gelişiminde etkili olduğu gibi kemoterapötik ilaçlarla birlikte hastalığın tedavi şeklinin belirlenmesinde de etkilidir.Çalışmamızda; Ç.Ü. Göğüs Hastalıkları Polikliniğinde AK ön tanısı ile gelen 60 hasta birey ile sigara kullanan ancak herhangi bir akciğer rahatsızlığı geçirmemiş 30 sağlıklı birey hem sitogenetik hem de DR4 gen polimorfizmleri açısından tarandı. Sitogenetik çalışmalarda standart prosedürler uygulanmış olup, DR4 gen polimorfizmlerin belirlenmesinde PCR-RFLP ve PCR-ARMS tekniklerinden faydalanıldı. Gerektiği yerde dizi analizine başvuruldu.Çalışmamızda; doku ve kan sitogenetiğinde 1p36, 1q23, 1p33, 1q11, 1q31, 3p, 7p, 7q22, 9p, 9q, 10p, 10q22, 10q24, 11p12-13, 11q21, 11q23, 12q13, 12q15, 12q24 ve Xq26 kromozomal bölgeleri AK'nde önemli kritik bölgeler olarak kaydedildi. Bunun yanı sıra hem cinsiyet hem de otozomal kromozom anöploidileri de sık rastalanan anomaliler şeklinde bulundu. Bu nedenle, AK'nden sorumlu genleri araştırırken bu kromozomal bölgeler ile cinsiyet kromozomlarının araştırılması gerektiği düşünülmektedir.Hasta ve kontrol grubunun DR4 gen polimorfizmlerine baktığımızda, her iki grubun G422A ve C626G değişimlerini büyük oranda heterozigot olarak taşıdığı belirlendi (Sırasıyla her iki bölge için %56,7 ve %40). A683C ve A1322G açısından ise her iki grubun, her iki bölge için yüksek oranda AA genotipini taşıdığı saptandı (sırasıyla A683C için %68,3 ve %70; A1322G için %88,3 ve %80). Her dört bölge için hasta-kontrol karşılaştırılması yapıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir sonuç elde edilemedi (p>0,05). Ancak ekzon 5'in A683C bölgesinde CC genotipinin ve ekzon 10'un A1322G bölgesinde GG genotipinin önemli olabileceği, normal TRAIL sinyalizasyonu oluşturarak TRAIL dirençliliği oluşturmadığı ve AK tedavisinde kemoterapötik ilaçlarla birlikte TRAIL'in tedavideki etkisini arttırdığı söylenebilir. Bu nedenle daha fazla hasta ve diğer ekzon bölgelerin çalışılması gerektiği düşünülmektedir.

Antisosyal kişilik bozukluğu olan ve agresif davranış sergileyen erkek bireylerde Y kromozomu düzensizliklerinin araştırılması

Cinsiyet kromozom anormalliklerinin psikozlarla ilişkisi olduğu bilinmektedir. XYY kromozomları olan erkek bireyler fenotipik olarak uzun boylu, güçlü kas yapılı ve normal bir zekaya sahiptirler. Bu erkeklerin çoğunluğu fenotipik olarak normal olmasına rağmen değişken derecede klinik özellikler gösterebilir. Fakat bu kimselerin, anormal kromozom bileşimleriyle davranış biçimleri arasındaki bağlantı tam olarak da çözümlenebilmiş değildir.Bu çalışmada; antisosyal kişilik bozukluğu olan ve agresif davranış sergileyen erkek bireylerde Y kromozomu düzensizliklerinin araştırılmasının yanında bu olgular üzerindeki sitogenetik faktörlerin rölü belirlenmeye çalışıldı. Bunun için Dr. Ekrem Tok, Adana Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Hastanesinde ve Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Psikiyatri Servisinde tedavi altında olan toplam 132 erkek bireyin ve kontrol amaçlı sağlıklı 60 bireyin kan örnekleri alınarak sitogenetik incelemeleri yapıldı.Bunlara ek olarak; Y kromozomundaki sayısal ve yapısal düzensizlik bulunan olguların genetik danışmanlık sürecini de kapsayan, uygun sosyo-psikolojik bir yol izleyerek klinik takip ve tanı süreci ile topluma kazandırılmasında sağlık personeline yardımcı olunması amaçlamaktayız.Anahtar sözcükler: Agresyon, Antisosyal kişilik bozukluğu, Kromozomal anomaliler, Sitogenetik analiz, XYY sendromu

Nöroblastoma hastalarında kromozom düzensizlikleri, MYCN ve AURKA gen değişiklerinin incelenmesi

Nöroblastoma (NB), sempatik sinir sisteminin öncül hücrelerinden kaynaklanan bir embriyonel tümördür. NB hastalığının oluşumunda, birçok kromozom düzensizliği ve MYCN geninin etkili olduğu bilinmektedir. Ayrıca, AURKA geninin MYCN geni üzerinde etkili olduğu da ileri sürülmektedir. Bu nedenle, çalışmamızda NBnin etiyolojisinde etkili olduğu düşünülen bu genetik değişikliklerinin incelenmesi amaçlandı.Çalışmamız, Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Pediatrik Onkoloji Polikliniğine NB ön tanısı ile başvuran 25 hasta ile bu hastalara yaş ve cinsiyet açısından uygun olan sağlıklı ve ailesinde kanser öyküsü olmayan 25 kontrol grubu sitogenetik açıdan incelendi. Hasta grubundan, 9 hastanın (%36) parafin dokusunda MYCN ve AURKA gen değişiklikleri FISH tekniği ile araştırıldı. Hasta ve kontrol grubunun kan dokusundaki kromozom düzensizlikleri standart sitogenetik prosedürler uygulanarak incelendi.Çalışmamızda, 25 hastanın 21'nün (%84) kan dokusunda kromozom düzensizlikleri bulundu. Hasta grubunda, hücrelerin %18,4'ünde ve kontrol grubunda hücrelerin %2,6'sında kromozom düzensizliği tespit edildi. Hasta ve kontrol grubu arasındaki bu fark istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p<0,0001). Hasta grubunda bu düzensizliklerin %72'si yapısal ve %28'i sayısal olduğu rapor edildi. Bu yapısal düzensizliklerden; 1q21, 1q32, 2p24, 2q21, 2q31, 4q31, 9q11, 9q22, 13q14, 14q11, 14q24 ve 15q22 kromozomal bölgelerinin NBda önemli kritik bölgeler olduğu kaydedildi. Diğer çalışmalarda da bu bölgelerin çoğunun NB etiyolojisinde yer alan onkogen ve protoonkogenlerinin bulunduğu sıcak noktalar olduğu bildirilmiştir. Parafin dokuları çalışılan 9 hastanın, 6'sında (%66,7) MYCN ve AURKA gen amplifikasyonları ve bunların sadece evre 4 hastalarına (%85.7) ait olduğu bulundu. Elde edilen bu oranların literatür bilgileri ile uyumlu olduğu saptandı.Sonuç olarak çalışmamızda; kromozomal düzensizliklerinin NB etiyolojisinde önemli olduğu; 1q21, 1q32, 2p24, 2q21, 2q31, 4q31, 9q11, 9q22, 13q14, 14q11, 14q24 ve 15q22 kromozom bölgelerinin hastalığın tanısında ve prognozunda önemli ve hastalıkla ilişkili genlerin araştırılmasında hedef noktalar olabileceği ileri sürülebilir. Bununla birlikte, MYCN ve AURKA gen amplifikasyon artışı ile hastalığın ileri evreleri (3,4) arasında paralel bir ilişki bulunduğundan, bu amplifikasyon değerleri hastalığın tanısı ve prognozunda kriter olarak alınabilir.Anahtar kelimeler: Kromozom, Gen, Kromozom Düzensizlikleri, AURKA, MYCN

Frajil X sendromu ön tanısı alan çocuklarda sitogenetik değişiklikler ve FMR 1 geni trinükleotid tekrar sayılarının araştırılması

Bu çalışmada; FXS ön tanısı ile gelen çocuklarda sitogenetik ve moleküler analizler ile hastalık oranını tayin etmek ve her iki analiz arasındaki uyumu göstermek amaçlandı.

Streptokok enfeksiyonu ile ilişkili pediatrik otoimmün nöropsikiyatrik hastalıkta (Pandas MHC haplotiplerinin araştırılması

Streptokok enfeksiyonlarına bağlı gelişen pediatrik otoimmün nöropsikiyatrik hastalıklar olarak da tanımlanan PANDAS yeni tanımlanmış bir hastalıktır. Çocukluk çağında, özellikle 4-12 yaşları arasında, A grubu Beta hemolitik Streptokok enfeksiyonu sonrasında gelişen otoimmünite mekanizması ile meydana gelir. Streptokokların hücre duvarında antijenik özellikte M, T, R proteinleri bulunur. Bunlardan M proteini Piyojen streptokokların en önemli virülans faktörüdür. İmmün sistemde M grubu antijenlere karşı duyarlı olan B lenfositler ilk aşamada bunları yok ederler. Duyarlı hale gelmiş T ve B lenfosit hücrelerinden bazıları kan-beyin bariyerini aşarak; moleküler mimikri ile, duyarlı konağın bazal gangliyasındaki nöron hücre membranında bulunan epitoplara çapraz reaksiyon vererek bağlanır ve davranış ve hareketlerle ilgili anormalliklerin ortaya çıkmasına neden olur. İmmünolojik reaksiyonların direk olarak tetiklediği ve/vaya önemli bir faktör olarak rol oynadığı; PANDAS, gibi nöropsikiyatrik bozuklardan dolayı dikkatler immünoloji alanına odaklanmıştır. Doku antijenlerine moleküler yapı benzerliği gösteren ekzojen kaynaklı antijenik yapıların moleküler mimikri mekanizmasıyla, genetik temele dayanan oto antikor senteziyle veya immün cevabın düzenlenmesinde; MHC sisteminin (Büyük Doku Uygunluk Kompleksi) belirli haplotiplerinin hedef doku ve organlarda otoimmün reaksiyonları tetiklemesi sonucunda apopitoz mekanizmasıyla hedef doku ve organlarda fonksiyon kayıplarının nedeni olabileceği gösterilmiştir. Çalışmamızda PANDAS'lı olan bireylerin, MHC haplotiplerinin belirlenmesi ve HLA haplotipleri arasındaki ilişkileri incelenmiştir.Anahtar Sözcükler: PANDAS, OKB, İmmün Sistem, HLA, MHC Antijenleri.

Östrojen reseptör alfa geni Xba I ve Pvu II polimorfizmlerinin postmenopozal osteoporozlu hastalarda incelenmesi

Östrojen Reseptör Alfa Geni Xba I ve Pvu II Polimorfizmlerinin Postmenopozal Osteoporozlu Hastalarda İncelenmesi Osteoporoz, kemik mineral yoğunluğunun (KMY) azalması ve kemik dokunun mikromimari yapısının bozulması ile karakterize multifaktöriyel bir hastalıktır. Kemik mineral yoğunluğunu etkileyen birçok çevresel faktör, genetik yapı ve osteoporoz patogenezi arasındaki ilişki incelenmiş ve birçok aday genin varlığı rapor edilmiştir. Ancak bu genlerin kemik kütlesi üzerine olan etkisi ile birbirleri ve çevresel etkenlerle olan etkileşimleri halen net değildir.Bu çalışmada, 107 postmenopozal kemik mineral yoğunluğu açısından 73 normal ve 34 osteoporotik kadında osteoporozla ilgili kriterler, lomber omurga ve femur boynu KMY değerleri ile ER? geni XbaI, PvuII polimorfizmleri arasındaki ilişki araştırılmıştır. Ayrıca çalışmamızda bu polimorfizmlere ait genotip ve allel frekanslarının normal ve osteoporotik olgulardaki dağılımı incelenmiştir.Çalışma sonuçlarımıza göre osteoporotik ve normal kadınlar genotip ve haplotip frekansları bakımından karşılaştırıldığında anlamlı bir fark belirlenememiştir. ER? geni, Xba I polimorfizmi bakımından osteoporotik bireylerde; xx genotipine sahip olguların neck BMD değeri, Xx genotipine sahip bireylerden daha yüksek olduğu saptanmış (p=0,05) (XX genotipine rastlanmamıştır), Pvu II polimorfizmi ile neck ve lomber KMY arasında ise bir ilişki saptanamamıştır. Kontrollerde Xba I ve Pvu II polimorfizmleri ile neck ve lomber KMY arasında bir ilişki bulunamamıştır. Xba I polimorfizminde kontrollerde minor allel X alleli (G nükleotiti) (MAF=0,457) iken hastalarda ?x? alleli (A nükleotiti) (MAF=0,467) olmuş, Pvu II polimorfizminde kontrolde minor allel ?P? (C nükleotiti) (MAF=0,485) iken hastalarda minor allel ?p? alleli (T nükleotiti) (MAF=0,418) olmuştur. Xba I polimorfizmi genotipleri bakımından hasta ve kontroller arasındaki fark anlamlı olmasa bile, yüksek KMY değeri ile ilişkili olan ?x? allelinin hastalarda düşük kontrollerde yüksek olmasının önemli olduğu düşünülmüştür. PP, Pp ve pp genotipleri arasında kontrol grubunda önemli bir fark yok iken, hasta bireylerde pp genotipine sahip olan bireylerde anlamlı oranda aile osteoporoz öyküsünün daha az olduğu saptanmıştır (p=0,037). Hasta grubunda; Xxpp genotipine sahip olan bireylerden, günde 15 dakika ve üzeri güneşe maruz kalanların, gün içinde hiç güneşe maruz kalmayanlara göre lomber KMY değerlerinin yüksek olduğu saptanmıştır (p=0,008), kontrol grubunda ise bir fark bulunmamıştır.Osteoporozla ilgili incelenen diğer kriterlerin hiçbirisi ile XbaI, PvuII polimorfizmleri arasında ilişki bulunamamıştır.Anahtar Sözcükler: Osteoporoz, Östrojen Reseptör Alfa Geni (ESR alfa), Xba I, PvuII

Preeklampsi hastalarında interlökin 10 geni promotor (2849 A-G) ve anjiyotensin dönüştürücü enzim geni intron 16 insersiyon/delesyon polimorfizmlerinin ve genotip dağılımlarının araştırılması

Preeklampsi, patofizyolojisinde plasental, maternal, immün ve genetik faktörlerin önemli rol oynadığı düşünülen, hipertansiyon ve proteinüri ile karakterize multifaktöriyel bir hastalıktır. Preeklampsi oluşumunu birçok çevresel faktör yanında genetik yapının da etkilediği ve birçok aday genin varlığı rapor edilmiştir. Ancak bu genlerin birbirleri ve çevresel etkenlerle olan etkileşimleri ile preeklampsi üzerine olan etkileri halen anlaşılmış değildir.Bu çalışmada, 126 preeklamptik ve 116 normal gebe kadın, preeklampsi ile interlökin-10 (IL-10) 2849 promotor ve anjiyotensin dönüştürücü enzim (ADE) geni intron 16 insersiyon/delesyon (I/D) polimorfizmleri arasındaki ilişki bakımından araştırılmıştır. Ayrıca çalışmamızda bu polimorfizmlere ait genotip ve allel frekanslarının normal ve preeklamptik olgulardaki dağılımı incelenmiştir.Çalışma sonuçlarımıza göre preeklamptik ve normal gebe kadınlar genotip frekansları bakımından karşılaştırıldığında anlamlı bir fark belirlenmiştir. IL-10 geni 2849 promotor polimorfizmi bakımından preeklamptik kadınlarda; AA genotipine sahip olguların normal gebe kadınlardan daha yüksek olduğu saptanmış (p=0,030), GG genotipi ile preeklampsi arasında ise bir ilişki saptanamamıştır. ADE geni I/D polimorfizminde kodominant, dominant ve resesif modeller uygulanmış ve kodominant modeli bakımından preeklamptik kadınlarda; DD genotipine sahip olguların normal gebe kadınlardan daha yüksek olduğu saptanmış (p=0,016),ancak II genotipi ile preeklampsi arasında bir ilişki saptanmamıştır. Dominant modelde de (DD, II+DI) DD genotipi ile preeklampsi arasında anlamlı bir ilişki saptanmıştır (p=0,006). Resesif modelde ise II genotipi ile preeklampsi arasında anlamlı bir ilişki bulunamamıştır (p=0,977). IL-10 geni 2849 promotor polimorfizmi için, G allel frekansı hasta grubunda %85.7 bulunurken kontrol grubunda %87.5 olarak (p=0,564), ADE geni I/D polimorfizmi için D alleli hasta grubunda %64.6 bulunurken kontrol grubunda %56.1 olarak bulunmuştur (p=0,062). Preeklamptik ve normal gebe kadınlar allel frekansları bakımından karşılaştırıldığında anlamlı bir fark belirlenememiştir.

Doğal öldürücü (NK) hücrelerinden elde edilen eksozomların hücre sitotoksitesi üzerindeki etkilerinin araştırılması

Bağışıklık sistemi vücudu yabancı ve zararlı mikroorganizma ve maddelerden koruyarak hastalıklara karşı bir savunma mekanizması oluşturan karmaşık bir sistemdir. Bağışıklık sistemi kazanılmış ve doğal olarak iki ana gruba ayrılır. Doğal öldürücü (NK) doğal bağışıklık sistemin en önemli ve etkili hücrelerindendir. NK hücreleri, uyarıldıkları anda sitokin salgılarlar ve oldukça hızlı cevap verebilme yeteneğine sahiptirler. NK hücreleri hem lenfoid organlarda hem de kemik iliği, akciğer ve bağırsak gibi lenfoid olmayan periferik dokularda bulunur. NK-92 hücre hattı iyi karakterize edilmiş standardize bir NK hücre hattıdır ve hücre bazlı immünoterapi de ideal bir kaynaktır. Eksozomlar, çeşitli fizyolojik ve patolojik koşullara yanıt olarak hücreler tarafından salınan küçük veziküllerdir. Kanserde eksozomlar, antitümör aktivitesini uyarabilir. Böylece tümörü durdurabilir ya da yavaşlatabilir. NK hücresinden elde edilen eksozomlar tarafından, hedef hücrelere iletilen proteinler ve nükleik asitler, biyolojik tepkilerini etkili bir şekilde değiştirebilir. Eksozomların bu özelliğiyle NK'lar, kanse hücrelerine karşı göstermiş olduğu sitotoksisite yeteneğinin dahada önemli bir etken olmasını sağlamaktadır. Bu amaç doğrultusunda, kanserli ve sağlıklı hücre gruplarına eksozom vererek hücreler üzerindeki etkileri araştırılmıştır. Çalışmamızda NK-92 hücre hattı kullanıldı ve uygun koşullarda kültür edildi. Kültür edilen hücrelerden eksozomlar izole edildi ve karakterize edilerek doğrulandı. Akciğer hücre hatlarından; A549, HTB54 kanser ve sağlıklı Beas-2B hücre hatları kültürü yapıldı. İzole edilen NK eksozomları farklı dozajlarda, akciğer hücrelerine uygulandı ve WST-1 yöntemi ile hücre canlılığı analiz edildi. Elde edilen verilere göre, K562 kontrol hücre hattı ile yapılan deneylerde NK eksozomlarının doza bağımlı olarak hücre canlılığını azalttığı görülmüştür. Buna ek olarak, K562 hücre hattı ile belirlenen konsantrasyonlarda NK eksozomları; HTB-54, Beas2B hücre hatlarında %30 oranlarında hücre canlılıklarının azalttığı, ancak A549 hücre hattında ise hücre canlılığını arttırdığı gözlemlenmiştir. Sonuç olarak, verilerimiz NK eksozomlarının akciğer kanserine karşı yenilikçi bir terapötik yaklaşım olabileceğini göstermiştir.

Sağlıker sendromlu hastaların sitogenetik analizleri ve Kalsiyum Duyarlı Reseptör (CaSR) geni 2. ve 3. ekzon dizilerinin belirlenmesi

Kronik böbrek yetmezliği (KBY), nefron sayısında azalma ve fonksiyonlarında bozulma şeklinde seyreden ve sıklıkla son dönem böbrek yetmezliği ile sonuçlanan patofizyolojik bir süreçtir. Kronik böbrek hastalarının (KBH) bir kısmında Sağlıker sendromu olarak adlandırılan farklı bir klinik tablo gelişmektedir. Bu sendroma yakalanan hastalarda klinik olarak kronik böbrek hastalığının yanı sıra sekonder hiperparatiroidizm, oldukça ağır yüz-çene değişiklikleri, oldukça ağır psikolojik problemler ve depresyon meydana gelmektedir. Bu hastalarda, laboratuar bulguları olarak hiperfosfatemi ve hipokalsemi gözlenir.Sağlıker sendromuna dönüşen kronik böbrek hastalığı tablosu için bazı genetik yatkınlık faktörlerinin sorumlu olabilecekleri düşünülmektedir. Bu çalışmada, genetik yatkınlık faktörlerinden biri olabileceği düşüncesiyle, Ca+2 iyonunun düzeyini düzenleyen kritik öneme sahip kalsiyum reseptör proteini ve onu kodlayan kalsiyuma duyarlı reseptör (CaSR) geninin sekans analizi yapılmıştır. CaSR geni, 3. kromozomun q13.3-21 bölgesine lokalize ve 103 kb büyüklüğünde bir gendir. Bu gen sekiz ekzon içermektedir. CaSR, G proteinine eşlenik olarak çalışan bir reseptördür. Aynı zamanda, hücre zarını yedi kez kateden protein süper ailesinin (C ailesi) bir üyesidir. Binyetmişsekiz aminoasit büyüklüğünde bir proteindir. CaSR, ağırlıklı olarak paratiroid bezi hücrelerinde, tiroid bezinin C hücrelerinde ve böbreklerde ifade edilir.Bu çalışmada; toplam olarak 23 hastanın CaSR geninin 2 ve 3. ekzonlarının sekans analizleri gerçekleştirildi. İkinci ekzon için 3 hastada, 70239 pozisyonundaki A bazının delesyona uğramış olduğu saptandı. İki hastada 70471'de A>G heterozigot nükleotid değişimi ve 1 hastada 70622'de T>C heterozigot nükleotid değişimi bulundu. Ekzon 3 için 11 hastada, 73724 pozisyonunda G>A homozigot nükleotid değişimi tespit edildi. Bir hastada, 73724'de G>A heterozigot nükleotid değişimi saptandı. Ekzon 2'de 70622 pozisyonu, kodlama yapan bölgenin içerisindedir. Bu noktada, TTT kodonunun sonundaki T nükleotidinin C'ye dönüştüğü gözlendi. Yeni kodon TTC şeklindedir. Bu baz değişimi literatürde tanımlıdır ve her iki kodon da fenilalanin aminoasidini kodlamaktadırlar. Diğer baz değişimleri kodlama yapan bölgelerin dışındadırlar. Bulgularımız, CaSR geninin 2 ve 3. ekzonlarındaki saptadığımız nükleotid değişimlerinin Sağlıker sendromu hastalığının ortaya çıkışında ve gelişiminde etkili olmadıklarını ortaya koymuştur.Çalışmamız kapsamında 23 Sağlıker sendromlu hasta ile 23 kontrol bireyin karyotipleri de çalışıldı. Karyotip analizleri yapılan hastalardan 5'nin (%21.8) tüm metafaz plaklarının normal kromozom kuruluşuna (46,XX/46,XY) sahip olduğu bulundu. Bu hastalardan 4'ünün erkek ve 1'inin kız cinsiyetine sahip olduğu rapor edildi. Geriye kalan 18 (%78.2) hastanın incelenen metafaz plaklarında bir ya da daha fazla sayıda sayısal ve/veya yapısal kromozom düzensizliklerine rastlandı. Saptanan başlıca yapısal kromozom düzensizlikleri; 2, 4, 5, 6, 7, 9, 10, 11, 13, X ve Y kromozomları üzerindeki hasarlardır. Bunların içerisinde 9qh+ oluşumu, 2q23 bölgesindeki gap oluşumu, chtb(2)(q23), chtb(2)(p31) ve fra(2)(p23) şeklindeki oluşumlar, 13ps+ ve Yq+ oluşumları, 4q22-qter ve 4q31 bölgelerinde kromozom kaybı ve kromatid kırığı, gap(6)(q21) oluşumu, del(10)(p13-pter), del(10)(p15) ve gap(10)(q22)x2 şeklindeki hasarlar, Xp22.1-pter ve q13.2-qter bölgelerinde kayıplar özellikle önemlidirler. Bunlarla birlikte, bulunan sayısal kromozom düzensizlikleri içerisinde kromozom 10, 13, 19, 22 ve Y monozomileri öne çıkmaktadırlar.Tüm hastalarda incelenen toplam 639 hücrede 241 (%37.7) kromozom düzensizliği tespit edildi. Bu kromozom düzensizliklerinin %88'inin yapısal ve %12'sinin sayısal düzensizlikler olduğu saptandı. Kontrol grubu olarak 23 erkek birey çalışıldı. Kontrol grubundan incelenen 1150 hücrede 182 (%15.8) yapısal düzensizlik bulundu. Hasta grubu ile kontrol grubu arasında yapılan karşılaştırmada hastalarda kromozom düzensizlik oranının anlamlı bir şekilde artmış olduğu (p<0.05) tespit edildi .Anahtar kelimeler: Sağlıker sendromu, kalsiyum, DNA, dizi, sitogenetik

Kordon kanı türevli NK hücrelerinin, CRISPR-Cas9 tekniğiyle CD-47 knock-out edilmiş küçük hücre dışı akciğer kanseri hücreleri üzerindeki immünoterapötik etkisinin araştırılması

İmmün gözetim sisteminden kaçış yollarından bir tanesi NK (Doğal Öldürücü) hücre aktivasyonunun azaltılarak kanser hücrelerinin immün sistem tarafından tanınmasını engellemektir. Spesifik olarak bu kaçışta önemli olan sinyallerden bir tanesi SIRP-α (Sinyal Regülatör protein-α/) /CD47 (Cluster of Differentiation-47) etkileşimidir. Kanser hücreleri CD47 ifadesini arttırarak immün sistem hücrelerindeki SIRPα ile sinaptik bir etkileşim gösterip bağışıklık taramasından kaçmaktadır. Buradan yola çıkarak bu çalışmada, küçük hücre dışı akciğer kanseri hücrelerindeki (A549) CD47'nin CRISPR/Cas9 tekniğiyle susturularak SIRPα/CD47 eksenine blokaj uygulanıp kanser hücrelerinin açık hedef haline getirilerek, NK hücreleri tarafından tanınırlığının arttırılması hedeflenmiştir. Bu hedefe ulaşma için bu tez çalışmasında ilk olarak kordon kanından NK hücre izolasyonu ve kültürü yapılmıştır. Sonrasında ise tümör hücreleri üzerindeki immün kaçış ligandı olan ve küçük hücre dışı akciğer kanseri hücreleri (A549) üzerinde ifade edilen CD47'nin CRISPR/Cas9 tekniği ile susturulmuştur. CD47 geni susturulan küçük hücre dışı akciğer kanseri hücrelerinin (A549) SIRPα ile etkileşiminin engellenmesi ve "beni yeme" sinyalizasyonuna blokaj uygulanması hedeflenmiştir. Elde edilen bulgulardan hareketle; artan efektör NK hücre oranların, hedef A549 hücreleri ile 24 ve 48 saat ko-kültüre edilmesi neticesinde gruplar arasında hücre canlılığı açısından anlamlı bir fark (p<0.0001) gözlenmiştir. Ayrıca CD47'in susturulmasının sonucu olarak NK hücrelerinin, küçük hücre dışı akciğer kanseri hücrelerine (A549) karşı doz-bağımlı bir etki göstererek belirgin sitotoksik etki ortaya koymuştur. Çalışma sonucunda, SIRPα/CD47 ekseninin blokajı yolu ile kordon kanı kaynaklı NK hücrelerinin, genetik olarak modifiye edilmiş (CD47-/-) küçük hücreli olmayan akciğer kanseri hücreleri üzerindeki sitotoksik etkisinin yüksek olduğu gözlemlenmiş ve kordon kaynaklı NK hücre hücrelerinin immünoterapötik bir araç olabileceği öngörüsü ortaya çıkmıştır.

Kronik Obstrüktif Akciğer Hastalığı (KOAH) olan kişilerde TNF alfa ve TGF beta gen polimorfizmleri

KOAH; önemli bazı akciğer dışı etkileri olan, tam olarak geri dönüşümlü olmayan hava akımı kısıtlaması ile karakterize, önlenebilir ve tedavi edilebilir bir hastalıktır.KOAH gelişiminde genetik risk faktörleri ile ilgili çeşitli araştırmalar yapılmış olup bunlar en çok TNF alfa ve TGF beta polimorfizmlerini kapsayan çalışmalardır. Her ne kadar bu çalışmalarda KOAH ile bu genlerin polimorfizmlerinin ilişkili olduğu düşünülsede genel olarak bu çalışmaların sonuçları çelişkilidir. Bizde bu bağlamda, bölgemizde ki KOAH vakalarının bu genler açısından polimorfizmlerinin değerlendirilmesini amaçladık.Çalışmamıza 83 KOAH'lı, 35 kontrol dahil edilmiş olup; KOAH ile tümör nekrozis faktör alfa (TNF-?) G-308A promotor polimorfizmi, transorme edici büyüme faktörü beta (TGF-ß) C-509T promotor polimorfizmi ve TGF- ß T869C polimorfizmleri arasındaki ilişki PZR-RFLP yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Ayrıca bu polimorfizmlere genotip dağılımları ve allel frekanslarının hasta ve kontrol grubunda dağılımları incelenmiştir.Çalışmamız sonuçlarına göre hasta ve kontrol grubu genotip frekansları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamamıştır (p değerleri sırasıyla; 0.343, 0.096, 0.207). Hasta ve kontrol grubu allel frekansları karşılaştırıldığında da anlamlı bir fark elde edilememiştir (p değerleri sırasıyla 0.470, 0.071, 0.110).Sonuç olarak Türk toplumu için ilk olan bu çalışmamızda adı geçen polimorfizmler ile KOAH arasında bir ilişki saptanamamıştır.

Spinoserebellar Ataksi sendromlu hastalarda Tip 7 (SSA7) ve Tip 17 (SSA17) CAG trinükleotit tekrarlarının incelenmesi

Spinoserebellar Ataksi (SSA), beyincik, beyin sapı ve omurilikte ilerleyen fonksiyon bozukluğu ile karakterize, zamanla ilerleyen, dejeneratif, şu ana kadar birçok farklı tipi belirlenmiş bir genetik hastalıktır. Klinik semptomlar genellikle yürüyüşte bozulma, el ve ayak hareketlerinin koordinasyonunda azalma, konuşmada bozukluk, görme kaybı ve bunama olarak sıralanabilir. Hastalarda genellikle beyincik atrofisi görülmekle birlikte farklı tipteki ataksilerin beyinciğin farklı bölgelerini etkilediği bilinmektedir. Günümüzde farklı kromozomal lokus ya da gen farlılığına göre 30'nin üzerinde farklı tipleri olan kalıtsal SSA hastalığı tanımlanmış durumdadır. Farklı tipteki SSA'ların klinik belirtileri birbirleriyle çok benzer olmakla birlikte, bu sendromun farklı tiplerine neden olan gen bölgeleri ve bu bölgelerdeki mutasyonlar farklılık göstermektedir. Bu nedenle hastalığın klinik tanısı çok zor olmakla birlikte, hastalığa neden olan özgün lokustaki genetik düzensizliğin moleküler yöntemlerle belirlenmesi tanının kesin olarak yapılabilmesine olanak sağlamaktadır. SSA hastalığına neden olan mutasyonlar birkaçı dışında üçlü nükleotit tekrarlarındaki (TNR) anormal artışlardan kaynaklanmaktadır. SSA7'ye 3'üncü kromozomun p21.1 bölgesinde bulunan ATXN7 geninin üçüncü ekzonundaki tekrar artışları ve SSA17'ye 6'ıncı kromozomun q27 bölgesinde bulunan TATA box-binding protein (TBP) geninin üçüncü ekzonundaki tekrar artışları sebep olmaktadır.Bu çalışmada, Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Nöroloji ve Pediatrik Nöroloji servislerine başvurmuş, SSA teşhisi konmuş hastalardan ve sağlıklı kişilerden kan örnekleri toplandı. Hasta ve normal bireylerin SSA7 ve SSA17 bölgeleri için tekrar sayıları, tekrar artışı gösteren bölgelerin PCR amplifikasyonu yoluyla çoğaltılmasının ardından elde edilen PCR ürünlerinin agaroz jel elektroforezi yapılıp uzunlukları bilinen DNA parçalarıyla karşılaştırılması yoluyla belirlendi.Çalışmamızda; SSA7 taramalarında 1 bireyde (1/60, %1,7) tam penetrans, SSA17 taramalarında ise 3 bireyde (3/159, %1,9) 43-48 arasında TNR sayısı olan düşük penetrans, 3 bireyde (3/159, %1,9) 49-66 TNR sayısı ile tam penetrans gösterdiği ve hepsinin genotipinin heterozigot olduğu saptandı. SSA7 ve SSA17'nin görülme sıklıkları, normal bireylerde görülen tekrar sayılarının ortalamaları ve frekansları belirlendi. Ayrıca, hasta bireylerdeki tekrar sayılarının hastalık başlama yaşıyla ilişkisi incelendi.

Postmenapozal osteoporozlu hastalarda vitamin D reseptör geninin Taq1, Apa1, Bsm1, Fok1 ve Tip 1 kollajen alfa a1 zincir geninin Sp1 ve-1997 G/T polimorfizmleri açısından araştırılması

Osteoporoz, düşük kemik kütlesi ve kemiğin mikro mimarisinde bozulma ve artan kırık riski ile karakterize multifaktöriyel ve poligenik bir hastalıktır. İkiz ve aile çalışmaları osteoporoz patogenezinde genetik ve çevresel faktörlerin önemli bir rol oynadığını göstermiştir. Vitamin D reseptör (VDR), Tip1 kollajen ?1 zincir (COLIA1), östrojen reseptör ? (ER- ?) ve interlökin-6 (IL-6) genleri gibi çeşitliaday genler kemik mineral yoğunluğu (KMY) ile ilişkilendirilmiştir. Bu çalışmaya 84 osteoporotik postmenopozal (64,48±9,61 yaş) ve 45 sağlıklı postmenopozal (58,31 ±8,61 yaş) kadın dahil edilmiş olup VDR ve COLIA1 (BsmI, ApaI, TaqI, FokI, Sp1 and -1997 G/T) polimorfizmleri genotip ve allel frekans dağılımları, KMY ve kemik biyomarkırları arasındaki ilişki incelenmiştir. Bunlara ilaveten kemik kütlesinin korunma ve devamlılığına katkı sağlayan çok sayıda çevresel faktörlerde değerlendirilmiştir. Tüm olgular polimeraz zincir reaksiyonuparça uzunluk polimorfizmi (PCR-RFLP) uygulanarak genotiplendirilmiştir.Genotip ve allel frekansları bakımından gruplar arasında, VDR ve COLIA1 gen polimorfizmlerinde anlamlı farklılık görülmedi ayrıca bu polimorfizmlerle bel omuru ve femur boyun KMY, T ve Z skoru ve kemik yeniden düzenlenme belirteçleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki tespit edilmedi. Çalışılan hem hasta hem de kontrol gruplarında sıklık sırasına göre VDR'ye ait ?Bb?, ?Aa?, ?Tt?, ?FF? genotiplerinin ve COLIA1'e ait ?GT? ve ?SS? genotiplerinin bulunduğunu saptadık. VDR geni için hastalarda ?BAt? kontrollerde ise ?baT? haplotiplerinin, COLIA1 geninde ise her iki grupta da ?TG? haplotipinin en sık görülen haplotipler olduğu saptanmıştır. Sonuç olarak, gelecekteki çalışmalarda osteoporoz ile ilişkili olabileceği düşünülen genler ile polimorfizmler daha geniş çalışma gruplarındadeğerlendirilmelidir.

Preeklampsili ve normal gebelerde Anjiyotensin II Tip 2 Reseptör Geni A1675G ile Interlökin 4 Geni-590 (C>T) polimorfizmlerinin ve genotip dağılımlarının araştırılması

Gebeliklerin yaklaşık %3-5' inde görülen, oluşumunda maternal, plasental, immün ve genetik faktörlerinrol oynadığı, hipertansiyon ve proteinuri ile tanısı konulan insan gebeliğine özgü ciddi bir rahatsızlıktır. Gebeliğin fizyolojisinde yer alan birçok biyolojik yolakta etkili pek çok genin preeklampsinin kalıtımında çeşitli rollere sahip olduğu düşünülmektedir. Yapılan farklı tipte çok sayıda genetik çalışma, preeklampsinin genetik kökeni ile ilgili bilmeceyi çözmek için yeterli değildir.Bu çalışmada 131 preeklampsili gebe ve 86 sağlıklı gebe, preeklampsi ile anjiyotensin 2 tip II reseptör geni (AT2-R) A1675G ve interlökin 4 (IL-4) geni -590 C>T polimorfizmleri arasındaki ilişki bakımından araştırılmıştır. Ayrıca çalışmamızda bu polimorfizmlere ait genotip ve allel frekanslarının normal ve preeklamptik olgulardaki dağılımı incelenmiştir. Çalışma sonuçlarımıza göre preeklamptik ve normal gebe kadınlar genotip frekansları bakımından karşılaştırıldığında anlamlı bir fark belirlenmemiştir. AT2-R geni 1675 polimorfizmi bakımından preeklamptik kadınlarda A alleline sahip olguların, normal gebe kadınlardan daha yüksek olduğu belirlenmiştir. (p=0.033). AG+AA genotipleri frekansı, GG genotipi frekansı ile karşılaştırıldığında GG genotipi preeklamptik grupta %78.5 iken, kontrol grubunda %89.5 olarak bulunmuştur. Bu genotipler bakımından hasta ve kontrol grubu arasında anlamlı bir farklılık saptanmıştır (p=0.034). IL-4 geni -590 polimorfizminde genotip (p=0.456) ve allel (p=0.310) frekansları açısından istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık saptanmamıştırSonuç olarak, gelecekteki çalışmalarda preeklampsi ile ilişkili olabileceği düşünülen genler ile polimorfizmler daha geniş çalışma gruplarında değerlendirilmelidir.Anahtar sözcükler: Preeklampsi, Anjiyotensin II Tip 2 Reseptör Geni, İnterlökin 4 Geni, Polimorfizm

Psöriazisli hastalarda VEGF, Fas, Fas L Gen polimorfizmleri ile Serum VEGF, fas ve fas l düzeyleri arasındaki ilişkinin araştırılması

PSÖRİAZİSLİ HASTALARDA VEGF, Fas, Fas L GEN POLİMORFİZMLERİ İLE SERUM VEGF, Fas ve Fas L DÜZEYLERİ ARASINDAKİ İLİŞKİNİN ARAŞTIRILMASIPsöriazis kronik, multifaktöryel, keratinositlerin T hücre aracılı hiperproliferasyonuyla ve keskin sınırlı, eritemli plak veya papüller üzerinde yerleşmiş, parlak sedefi-beyaz skuamlarla karakterize kronik, otoimmün inflamatuar bir deri hastalığıdır. Demografik ve epidemiyolojik çalışmalar, aile/ ikiz çalışmaları, serolojik ve genetik çalışmalar psöriazisin poligenik ve multifaktöryel bir hastalık olduğunu göstermiştir.Bu çalışmada psöriaziste Fas -670 A/G, Fas L -844 T/C ve VEGF 936 C/T polimorfizmlerinin araştırılması, serumda soluble Fas (sFas) ve FasL (sFasL) değerleri ve serum VEGF düzeylerinin belirlenmesi ve gen polimorfizmleri ile serum düzeyleri arasındaki ilişkinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Dermatoloji Anabilim Dalı ve Mustafa Kemal Üniversitesi Tıp Fakültesi Dermatoloji Anabilim Dalı polikliniklerine başvuran sistemik tedavi gören 50, sistemik tedavi görmeyen 69 hasta dahil edilmiştir. Psöriazis hastası olmayan 140 sağlıklı birey kontrol grubu olarak değerlendirilmiştir. Her üç grupta PCR-RFLP yöntemi kullanılarak Fas -670 A/G, Fas L -844 T/C ve VEGF 936 C/T polimorfizleri çalışılmıştır. Ayrıca hasta gruplarından randomize seçilen 40 tedavili hasta, 40 tedavisiz hasta ve kontrol grubundan randomize seçilen 80 bireyin, mikroelisa yöntemi ile serum sFas, sFas L ve VEGF düzeyleri ölçülmüş, gen polimorfizmleri ile serum düzeyleri arasındaki ilişki araştırılmıştır.Çalışmamızda hasta ve kontrol gruplarında Fas -670 A/G, Fas L -844 T/C ve VEGF 936 C/T polimorfizleri açısından anlamlı bir fark görülmemiş ancak soluble Fas ve Fas L düzeyleri hasta gruplarında kontrol grubuna göre anlamlı derecede yüksek bulunmuştur. VEGF serum düzeyi CT genotipli bireylerde, CC genotipli bireylere göre anlamlı şekilde yüksek bulunmuştur.Sonuç olarak, çalışmamızda Fas -670 A/G, FasL gen -844 T/C ve VEGF -936 T/C polimorfizmleriyle psöriazis arasında belki doğrudan bir ilişki bulunamamıştır. Ancak hastalarda serum sFas ve sFasL düzeylerinin yüksek bulunması, bu faktörlerin hastalığın patogenezinde önemli olduğunu göstermektedir.Anahtar sözcükler: Psöriazis, Fas, Fas L, VEGF, Polimorfizm

In vitro ortamda Iris unguicularis, Iris suaveolens ve Iris histrio bitki ekstraktlarının MCF7 meme kanseri hücre hattı üzerindeki antikanser aktivitesinin araştırılması

Iris bitki türleri daha çok sıcak ve ılıman bölgelerde yetişmektedir. Iris türleri aktif bileşenleriyle ilgili immünoloji, enfeksiyon hastalıkları, ülser ve onkoloji gibi çeşitli araştırma alanlarında yeni tedavi olasılıkları bulmayı hedefleyen çok sayıda çalışma bulunmaktadır. Kimyasal analizler gösteriyor ki Iris türleri 250'den fazla bileşim içermektedir. Bu bileşimler; flavonoidler, izoflavonoidler ve onların glikozitleri, benzokininleri ve triterpenoitleri içermektedir. Bu nedenle olası toksik ve terapötik etkileri öngörmek açısından Iris türlerinin ekstraktlarının etki mekanizmalarını incelemek önemlidir. Özellikle Türkiye'de yetişen Iris türleri ile ilgili çok fazla çalışma yoktur. Iris familyasından olan Iris unguicularis, Iris suaveolens ve Iris histrio bileşenlerinin hücrenin içine girişini maksimuma çıkartabilmek için dimetil sülfoksit (DMSO) ile ekstresi kullanılmıştır. DMSO, bitki ekstraktlarımız için iyi bir çözücüdür. Bu çalışmanın amacı kanser hücreleri üzerinde Türkiye'de yetişen Iris unguicularis, Iris suaveolens ve Iris histrio bitkilerinin DMSO ekstrelerinin antikanser etkilerini araştırmaktır. Çalışmada Türkiye'nin farklı yerlerinden toplanan bitki ekstraktlarının insan meme kanseri (MCF7) hücrelerinin büyümesi üzerindeki azaltıcı etkileri incelendi. MTT (3-[4,5 – dimethylthiazol -2-il] -2,5-diphenyl-tetrazolium bromide) yöntemi ile MCF7 hücre hatları üzerindeki sitotoksik etkileri incelendi ve IC50 değerleri belirlendi (IC50 değerleri sırasıyla 50.8 µM, 49.40 µM ve 50.8 µM). Sonuçlar bitki ekstraklarının doza bağımlı bir şekilde sitotoksik olduğunu gösterdi. %50 hücre ölüm oranının (IC50) neden olduğu konsantrasyon değeri Iris unguicularis ve Iris suaveolens bitkileri için 150 µg/ml, Iris histrio bitkisi için de 100 µg/ml olarak belirlenmiştir. Sonraki deneyler bu konsantrasyonlara göre devam etmiştir. Bitki ekstraktlarımızın apoptozise etkisi Anneksin V boyama ile hücre döngüsüne etkileri ise Propidium iyodür (PI) ile boyandıktan sonra akım sitometrisi tarafından analiz edilmesiyle incelendi. Sonuçlar; bitki ekstraktlarıyla muamele edilen MCF7 hücreleri, kontrol olarak belirlenen DMSO ile muamele edilmiş MCF7 hücreleriyle karşılaştırıldığında anlamlı bir farkın olmadığını göstermektedir. Değerler birbirine çok yakın değişimler göstermektedir. Hücre döngüsü sonuçlarına bakıldığında ise Iris unguicularis, Iris histrio ve Iris suaveolens bitki ekstraktının kontrol grubuyla G1, S ve G2/M fazları ayrı ayrı karşılaştırıldığında anlamlı bir farkın olmadığını göstermektedir(p˃0.05). Bu sonuçlar bize bitki ekstraktlarının kanser kemoterapisi veya önlenmesinde faydalı olabilecek güçlü bir anti- tümörijenik bileşenlere sahip olmadığını düşündürmektedir.

İnsan amniyotik hücre kültürlerinde nikotin ve resveratrolün Sox2 ve Sox4 genlerinin ekspresyon düzeyleri üzerine etkisinin real time PCR yöntemi ile incelenmesi

Hamilelikte sigara içiminin fetüs gelişiminde ve büyümesinde zararlı etkilerinin olduğuna dair kanıtlar bulunmasına rağmen her 3 kadından biri erken hamilelik döneminde sigara içmektedir. Nikotin sigarada bulunan en önemli toksik bileşenlerden biridir. Biz de çalışmamızda hamilelikte sigara kullanımının tehlikelerine dikkat çekebilmek için; nikotinin, insan amniyotik hücre kültürlerinde Sox2 ve Sox4 genlerinin ekspresyon düzeyleri üzerine etkisini göstermeyi amaçladık. Ayrıca toksik bileşiklere karşı antioksidanların önemini vurgulayabilmek için; nikotinle muamele edilen insan amniyotik hücre kültürlerinde bir antioksidan olan resveratrolün belirlediğimiz genlerin ekpresyon düzeylerinde nasıl bir etkiye sahip olduğunu göstermeyi hedefledik. Çalışmamıza 20 hasta dahil edilmiş olup her hasta için; kontrol hücre kültürü grubu, nikotin ile muamele edilen hücre kültürü grubu ve resveratrol + nikotin ile muamele edilen hücre kültürü grubu oluşturulmuştur. Grupların her birinde Sox2 ve Sox4 genlerinin ekspresyon düzeyleri real time RT- PCR ile incelenmiştir. Çalışmamız sonuçlarına göre nikotin ile muamele edilen hücre kültürü gruplarında Sox2 ve Sox4 genlerinin ekspresyon düzeyleri değişiklik göstermiş ve istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. (p değerleri Sox2 için p=0,005 - Sox4 için p=0,000). Nikotin ve resveratrol + nikotin grubu karşılaştırıldığında da istatistiksel olarak anlamlı bir fark elde edilmiştir. (p değerleri Sox2 için p=0,036 - Sox4 için p=0,026) Sonuç olarak nikotinin insan amniyotik hücre kültürlerinde Sox2 ve Sox4 genlerinin ekspresyon düzeylerini değiştirdiği, resveratrolün de nikotin muamelesi ile artan Sox2 ve Sox4 ekspresyon düzeyini azaltma da önemli bir antioksidan olduğu saptanmıştır.

The investigation of the effect of pink1-AS lncrna in HCT116 colon cancer cell line

Cancer is the most frequent disease in the world ranking after heart and vascular disease. Colon cancer is the third most seen among all cancers. Although colon cancer is seen in all age groups, more than 90% of patients are forty years old and over. Most of chemotherapeutic drugs aim to inhibit the progression of cancer and to irradicate the tumor. Chemotherapeutic agents kill cancer cells, while at the same time causing damage to normal cells. As a new approach for the treatment of cancer, new perspect is gaining importance that targets the expression level of molecules responsible for cancer. Environmental factors as well as non coding RNAs are responsible for the cause of colon cancer. In colon cancer, gene expression level of PINK1 is found to be highest and is responsible for cancer progression. PINK1-AS is an antisense long non coding RNA opposite to PINK1 and is responsible for its gene regulation. We are of the opinion that miRNAs targeting PINK1-AS regulates the gene expression of PINK1 in colon cancers triggering the apoptosis. Therefore, colon cancer cell line (HCT116) was transfected using anti miRNAs targeting PINK1-AS in cell culture. cDNA was converted from the total RNA isolated from this cell line. Gene expression levels of PINK1-AS, PINK1 and PTEN was seen using real time PCR. Apoptosis level of the transfected cell line was seen using flow cytometry. The expression data obtained from the gene expression levels of PINK1-AS, PINK1 and PTEN was not significant as compared to negative control miRNA. The apoptosis level was also not significant when analysed. As a result, in order to silence PINK1, other molecules targeting PINK1-AS gene should be found out for the treatment of colon cancer.

Osteosarkomda HSA-MİR-664A-5P ile lncrna MEP3 arasındaki ilişkinin araştırılması

Osteosarkom çocuk ve yetişkinlerde en sık görülen birincil kemik tümörüdür. Hastalığın gelişimindeki temel moleküler mekanizmaların anlaşılması alternatif tedavi yöntemlerinin geliştirilmesine yardımcı olabilir. Kodlanmayan RNA'ların (ncRNA) ifade seviyelerindeki değişim ile osteosarkom arasında bir ilişki olduğu tespit edilmiştir. Bu ncRNA'lardan MEG3 uzun kodlanmayan RNA'sının ifade seviyesinin osteosarkom doku ve hücre hatlarında düşük olduğu, hsa-miR-664a-5p'nin ifade seviyesinin de yüksek olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışmada, osteosarkom kanser hücre hattı (U2-OS) ve insan osteoblast hücre hattına (hFOB 1.19) hsa-miR-664a-5p baskılayıcısı verilerek, hsa-miR-664a-5p ve MEG3 ifade seviyelerindeki değişim araştırılmıştır. Beklenildiği gibi çalışma sonucunda hsa-miR-664a-5p'nin ifade seviyesi düşerken MEG3 geninin ifade seviyesinin ise arttığı tespit edildi. Bulunan sonuçlar istatistiksel analizler ile de anlamlı bulunmuştur (p<0,05). Sonuç olarak, bu çalışma ile osteosarkomda hsa-miR-664a-5p'nin artan ifade seviyesinin MEG3 geninin ifadesinde baskılayıcı bir etkisi olabileceğini gösterilmiştir. Anahtar kelimeler: hsa-miR-664a-5p, lncRNA, MEG3, miRNA, Osteosarkom

Mesane kanserinde HSA-MİR-203A-3P ile lncrna tug1 arasındaki ilişkinin araştırılması

Mesane kanseri en sık görülen kanserlerden biridir. Bu hastalığın tedavisine yönelik yapılan çalışmalara rağmen, bu hastalığa bağlı ölüm oranında kayda değer bir değişim meydana gelmemiştir. lncRNA Taurine Upregulated Gene 1 (TUG1) geni insanlarda birçok doku ve hücre hattında ifade edilmektedir. Her ne kadar TUG1 geninin görevi tam olarak anlaşılamamış olsa da, TUG1 gen ürününün PRC2 kompleksine bağlanarak hücre döngüsünde görevli genlerin ifadesine etki ettiği ve mesane kanserinde hücre çoğalmasını arttırıcı etkiye sahip olduğu bilinmektedir. Ayrıca, hsa-miR-203-3p'nin mesane kanserinde ifade seviyesinin azaldığı tespit edilmiştir. Bu veriler ışığında, bu çalışmada mesane kanseri hücre hattı CAL-29 kullanılarak, hsa-miR-203a-3p ile TUG1 geni arasında bir ilişki olup olmadığının araştırılması amacıyla CAL-29 hücre hattına taklitmiR- 203a-3p verilmiştir. Ancak, TUG1 geninin ifade seviyesinde anlamlı bir azalma meydana gelmemiştir (p>0,05). Bu durumda, hsa-miR-203a-3p TUG1 transkripti ile fiziksel etkileşim halindeki başka bileşenlere bağlanıyor olabilir bu nedenle mesane kanserinde dolaylı bir ilişkiye sahip olabilirler. TUG1 ile etkileşen diğer gen ürünlerinin daha detaylı araştırılmasıyla, mesane kanserinin oluşum mekanizması hakkında daha kapsamlı bilgi sahibi olunabilir.

Let-7C ifadesinin çeşitli meme kanser hücre hatlarında otofaji ile ilişkisinin araştırılması

Otofaji, uzun ömürlü proteinlerin, hasarlı organellerin ve katlanmamış proteinlerin oluşturduğu çökeltilerin yıkımı için var olan lizozomal katabolik bir yolaktır. Otofajinin, kanser, otoimmün ve nörodejeneratif hastalıklar gibi birçok hastalıkta rol oynadığı bilinmektedir. MikroRNA'lar (miRNA), 19-25 nükleotid uzunluğunda tek zincirli kodlanmayan RNA'lardır ve gen ifadesinde transkripsiyon sonrasında görev almaktadır. miRNA'ların tümör gelişiminde, metastazında ve istilasında tümör baskılayıcı veya onkogen olarak rol aldıkları bilinmektedir. miRNA'ların ifadelerindeki düzensizlikler meme kanserinde de gözlemlenmektedir. Let-7c, çeşitli kanserlerde ifade seviyesi düşük bulunmuş ve tümör baskılayıcı olarak hareket ettiği düşünülmektedir. Bu çalışmada SKBR-3, MCF-7, CRL-2329 meme kanseri hatlarında ve CRL-4010 normal meme epitelyum hücre hattında let7c ifade seviyesi ve otofaji yolağındaki etkisi qRT-PCR, GFP-LC3, western blot teknikleri kullanılarak araştırılmıştır. Let7c ifadesi MCF-7 ve CRL2329'da normal meme epitel hücre hattına göre qRT-PCR yöntemine göre belirgin şekilde düşük bulunmuştur. Let7c ifadesinin arttırılması ile SKBR-3 ve CRL-2329'da GFP-LC3 tekniğiyle incelendiğinde otofagazom sayısında artış gözlemlenmiştir. Western blot tekniği ile ATG9A seviyesi SKBR-3 ve CRL4010'da azalış göstermiş, LC3II/LC3I oranı ise sadece CRL4010'da yüksek bulunmuştur. İleriki yapılacak çalışmalarla Let7c ve tahmini hedefi ATG9A arasındaki ilişki ve meme kanserinde let7c'nin terapötik potansiyeli çok daha iyi anlaşılacaktır.

Gaziantep ve çevresinde yaşayan ailesel hiperkolesterolemi hastalarında ldlr ve APOB genlerinin moleküler analizi

Ailesel Hiperkolesterolemi (AH) dünyada en sık görülen genetik hastalıklardan biridir. Öyle ki, 500 kişiden biri bu hastalıktan etkilenmektedir. Bu hastalık, plazma düşük yoğunluklu lipoprotein kolesterol (LDL-K) seviyelerinde artışa sebebiyet veren ve hayatın erken dönemlerinde erken koroner arter hastalığı ve diğer kardiyovasküler hastalıkların riskini artıran, otozomal dominant geçiş gösteren bir genetik bozukluktur. Hastaların büyük çoğunluğunda düşük yoğunluklu lipoprotein reseptör (LDLR) geninde mutasyon bulunmaktadır. Hastalığın ortaya çıkmasının diğer bir yaygın sebebi ise apolipoprotein B proteinini kodlayan APOB genindeki mutasyonlardan kaynaklanmaktadır. AH'nin erken tanısı, hastalıktan uygun korunma ve erken tedavilere olanak sağlayarak erken koroner arter hastalığı ve diğer kardiyovasküler hastalıklardan kaynaklı erken ölüm risklerini azaltır. Hastalığın erken tanısında moleküler tanı önemli bir yere sahiptir. Bu çalışmada, AH hastası on bireyde bu hastalık ile ilişkili iki önemli gen olan LDLR ve APOB genlerinin, yeni nesil dizileme yöntemi kullanarak tüm gen dizilemesini yapılmıştır. Elde ettiğimiz bulgulara göre, LDLR geninde, bir hastada homozigot, bir hastada heterozigot literatürde tanımlı patojenik mutasyon saptanmıştır. Ayrıca aynı aileden 4 bireyde ortak ekzonik bölgede literatürde tanımlı olmayan yeni bir delesyon saptanmıştır. APOB geninde ise, üç hastada heterozigot, iki hastada homozigot patojenik mutasyon saptanmıştır. Ayrıca bu gende hipertrigliseridemi ve diğer apolipoprotein B hasarlarına yol açan mutasyonlar saptanmıştır. Ek olarak, iki gende de hastalığın seyrini etkileyebilecek dönüşümler belirledik. Hiperkolesteroleminin erken tanı ve tedavisi oldukça önemlidir ve yeni nesil dizileme yöntemi ile bu hastalıkla ilişkili genlerdeki mutasyonların tamamının ortaya çıkarılması, kişiye özgü hastalığın tanısı ve hastalığın seyrinin belirlenmesi açısından büyük öneme sahiptir.

Konjenital işitme kaybı olan hastalarda GJB2 gen mutasyonlarının araştırılması

İşitme kaybı bireyin konuşma, ifade etme, algılama ve sosyal hayatın gelişiminde ciddi aksaklıklara neden olabilen en yaygın algılama bozukluklarından biridir. Yaklaşık 1000 doğumda 1 gözlenip bu vakaların %50'sinde genetik diğer %50'sinde ise çevresel faktörler etkili olmaktadır. GJB2 (Konneksin26, Cx26) geninde meydana gelen mutasyonlar sendromik olmayan, otozomal resesif geçiş gösteren işitme kaybı bulunan vakaların yaklaşık %70'inde gözlenmiştir. Vaka rapor çalışmamıza Adana ilinin Kozan ilçesinde yaşayan ve konjenital işitme kaybı gözlenen 2 farklı aile dahil edildi. İşitme kaybı olan bireylerin yanı sıra herhangi bir mutasyon ya da polimorfzim söz konusu olduğunda hastalığa ne kadar etkisi olduğunu daha net anlayabilmek için işitme kaybı gözlenmeyen kardeşler ve ebeveynler de kontrol olarak ele alındı. 1. ailemizde 5 hasta ve 2 kontrol, 2. ailemizde ise 4 hasta ve 5 kontrol olmak üzere toplam 16 birey araştırıldı. Toplanan kanlardan tuzla çöktürme yöntemi ile DNA'lar izole edilip ve PZR yöntemi kullanılarak GJB2 geninin tüm bölgeleri çoğaltılıp, sekanslama yöntemi ile tüm nükleotid dizisi belirlenerek mutasyonlar ve polimorfizmler tespit edildi. Çalışmamız sonuçlarına göre bulduğumuz mutasyonların ve polimorfizmlerin bazılarının işitme kaybı şiddetine bazılarının ise hastalığın oluşumuna dolaylı yoldan etki ettiği düşünülmektedir. Anahtar Sözcükler: GJB2, işitme kaybı, mutasyon, polimorfizm, PZR

Çeşitli meme kanseri hücre hatlarında apobec3b ve apobec3g genlerinin ifade düzeyinin analizi ve mutasyon taraması

APOBEC enzimleri bağışıklıkta önemli oyunculardır ve kanserleşmeye katkıda bulunabilir. APOBEC3B ve APOBEC3G, sitidini üridine dönüştürerek DNA ve RNA'da mutasyona yol açan sitidin deaminazlara mensuptur. Biz bu çalışmada dört meme kanseri hücre hattında (SK-BR-3, MCF-7, MDA-MB-231 ve CRL-2329) qRT-PCR kullanarak APOBEC3B ve APOBEC3G ifadelenme seviyelerini araştırdık ve gen dizileme kullanarak mutasyon analizi gerçekleştirdik. APOBEC3B MDA-MB-231'de yüksek derecede ifadelenmesine rağmen istatiksel olarak önemli bulunmamıştır (p>0.05). APOBEC3G CRL-2329' da yüksek derecede ifadelenmiştir ancak o da istatiksel olarak önemli bulunmamıştır (p>0.05). Ayrıca MDA-MB hücre hattında (c.239A> G) ve SK-BR hücre hattında (c. 492A> C) olmak üzere APOBEC3B geninde iki yer değiştirme mutasyonu tespit edilmiştir. APOBEC3G'de mutasyon bulunmamıştır. APOBEC3B ve APOBEC3G'nin moleküler mekanizmasının anlaşılması hastalıkların moleküler özellikleri hakkında kesin bilgi verebilir ve meme kanserlerindeki mutasyonun yeni kaynakları hakkında önemli bilgiler elde edilmesini sağlayabilir. Anahtar Sözcükler: APOBEC3B-3G, meme kanseri, QRT-PCR, RT-PCR, mutasyon tarama

900-1800 MHz radyofrekans elektromanyetik alanın (RF-EMA) insan fetal hücre kültürlerinde kromozomlar üzerine etkileri

Günümüzde, cep telefonu kullanımındaki artış ve bununla ilişkili olarak yaygınlaşan baz istasyonları, radyofrekans elektromanyetik alan (RF-EMA) kaynaklarını oluşturmaktadır. Bununla birlikte, hızla gelişen teknolojik araçlar da insanların, RF kaynaklarına maruziyetini de artırmıştır. Kamuoyunda, cep telefonu kaynaklı RF-EMA'nın insan sağlığı üzerine muhtemel zararlı etkileri hakkında endişeye neden olmuştur. Bu nedenle çalışmamızda; amniyotik hücreler, invitro kültür ortamında RF-EMA'nın etkisine maruz bırakılarak kromozomlardaki değişimleri araştırıldı. Bunun için; fetal hücreler 900 ve 1800 MHz RF-EMA'ya 3, 6 ve 12 saatlik sürelerle maruz bırakıldı. Kültür süreci sonunda elde edilen hücrelerdeki kromozomlar analiz edildi. Çalışmamızın sonucunda; hücrelerde RF-EMA'nın ısı etkisi dışındaki etkilerin, kromozomların kondensasyonunda gecikmelere, bozulmalara ve kromozom kırılganlığına yol açaçak yapısal hasarlara neden olduğu bulundu. 1800 MHz frekansın, 900 MHz'a oranla 6 saatlik gruplar arasında anlamlı bir farkın olduğu (p=0.0001), diğer gruplar arasında ise anlamlı bir farkın olmadığı bulundu. Sonuç olarak çalışmamızda; RF-EMA'nın, bölünen hücrelerde kromozomların normal oluşumunda gecikmeye ve yapısal hasara neden olduğu ortaya çıkmaktadır. Bu nedenle, cep telefonlarının kromozomlar üzerinde zararlı etkiye sahip olma potansiyeli taşıdığını ve bu zararlı etkinin maruz kalma süresi ile arttığını söyleyebiliriz.

Akut lenfoblastik lösemili çocuklarda VEGF-A, MMP-2, MMP-9, TIMP-1 ve TIMP-2 genlerinin ekspresyon ve metilasyon düzeylerindeki değişikliklerin incelenmesi

Akut lenfoblastik lösemi (ALL), lenfositik progenitörlerin malign hastalığı olup tek bir B ya da T hücre klonundan köken alır. Blastik hücrelerin kemik iliğinde birikimi ve çoğalması kemik iliği baskılanmasına neden olur ve hastalık tablosu ortaya çıkar. VEGF-A, TIMP-1, TIMP-2, MMP-2 ve MMP-9 genleri solid tümörlerde hastalığın invazyon ve metastazı ile ilişkilendirilmiş ancak hematolojik kanserlerin etiyolojisine etkileri tam olarak bilinmemektedir. Çalışmamızda, Çukurova Üniversitesi, Pediatrik Onkoloji Bilim Dalı'nda ALL tanısı almış 26 hasta ile bu hastalara yaş ve cinsiyet açısından uygun olan sağlıklı ve ailesinde kanser öyküsü olmayan 26 kontrol dâhil edildi. Hastalarda vasküler endotelyal büyüme faktörü-A (VEGF-A), matriks metalloproteinaz-2 (MMP-2), matriks metalloproteinaz-9 (MMP-9), doku inhibitörü matriks metalloproteinaz-1 (TIMP-1) ve doku inhibitörü matriks metalloproteinaz-2 (TIMP-2) genlerinin ifadesi ile metilasyon düzeyi RT-PCR yöntemi ile tarandı. İnceleme sonucunda; VEGF-A, TIMP-1, TIMP-2, MMP-2 ve MMP-9 genlerinin ifadeleri hasta ile kontrol grubu karşılaştırıldığında; VEGF-A (p<0,05), TIMP-1 (p<0,05), MMP-2 (p<0,05) ve MMP-9 (p<0,05) genleri için anlamlı bir fark saptanırken, TIMP-2 (p>0,05) geninin anlamlı olmadığı tespit edildi. VEGF-A, TIMP-2, MMP-2 ve MMP-9 genlerinin metilasyon yüzdesi hasta ile kontrol grubu arasında karşılaştırıldığında; VEGF-A (p<0,05), TIMP-2 (p<0,05), MMP-2 (p<0,05) ve MMP-9 (p<0,05) genleri için anlamlı bir farkın olduğu saptandı. Çalışmamızda, hastaların yaş, lökosit, hemoglobin, trombosit, CD yüzey antijenleri, metilentetrahidrofolat redüktaz (MTHFR) geni polimorfizmi ve sınıflandırma ölçütleri de istatistiksel olarak değerlendirilmiştir. Sonuç olarak çalışmamızda hasta grubumuzda tanı anında VEGF-A, TIMP-1, TIMP-2, MMP-2 ve MMP-9 genlerinin ifadeleri ve metilasyon değerlerinin ALL hastalığının tanısında önemli olabileceği, hastalığın takibinde nüks ve mortalite için araştırılması gereken hedef genler olabileceği iler sürülebilir. Anahtar Kelimeler: Akut lenfoblastik lösemi, VEGF-A, TIMP-1, TIMP-2, MMP-2, MMP-9.

Osteoartrit'te UCMA'nın moleküler mekanizmasının incelenmesi

Osteoartrit (OA), dünyada en yaygın görülen dejeneratif eklem hastalığıdır. OA'nın tedavisi ve önlenmesi için yeni tedavi edici ajanların ve moleküler hedeflerin tanımlanmasına önemli derecede ihtiyaç duyulmaktadır. UCMA K vitaminine bağımlı bir proteindir. UCMA'nın moleküler fonksiyonu henüz tam olarak bilinmemekle beraber güncel çalışmalarda yangı ve kalsifikasyonla ilişkili olabileceği vurgulanmaktadır. Bu çalışmada, OA'da UCMA'nın moleküler mekanizmasını inceledik. IL-1β ile uyarılan hFOB1.19 hücre dizileri kullanarak UCMA'nın OA ile ilişkili genler arasındaki ilişkisini gösterdik. Bu çalışmada, 16 tane genin ifade düzeyi Real Time PCR yöntemi ile analiz edildi. UCMA protein düzeyleri ise Western Blot yöntemi ile gösterildi. Hücre kültürü süpernatantlarında MMP1, IL-17 ve OPG seviyeleri ELISA ile analiz edildi. In vitro OA modelinde, UCMA gibi yeni moleküler hedef olabilecek MGP, UTS2 genlerinin ifade düzeylerinde anlamlı düzeyde artış olduğunu gözlemledik. Çalışmamızda, IL-1β'nın kemik oluşumunda rol alan temel transkripsiyon faktörlerini (RUNX2 ve OSX) tetiklediğini ve UCMA'nın bu genlerle ilişki içerisinde olabileceğini belirledik. Ayrıca, ilk defa OA gelişiminde rol alan pek çok gen ile UCMA arasında pozitif bir korelasyon olduğunu, OA'dan en fazla etkilenen genin UCMA olduğunu gösterdik. Ek olarak, hFOB1.19 hücre dizilerinde IL-1β ile tetiklenen Caspase-3,-8,-9 yolağı aracılığıyla apoptozda UCMA'nın gen ifadesinde anlamlı düzeyde artış olduğunu belirledik. MMP1 ve OPG salgıları kontrole göre anlamlı düzeyde artmıştı. Bu çalışmadan elde edilen bulgular, UCMA'nın osteoblast farklılaşmasında, kemik oluşumunda, OA gelişiminde ve osteoblast apoptozunda rol alabileceğini göstermektedir. Sonuç olarak, bu çalışma OA patofizyolojisinde UCMA'nın potansiyel değeri için iyi bir kanıt sağlamaktadır ve UCMA'nın OA'ya karşı yeni tedavi edici yaklaşımlar geliştirmek için gelecek vaat eden bir moleküler hedef olduğunu göstermektedir.

Doğal antisense transkriptlerin kanserdeki rolleri

Kanser, hasarlı hücrelerin hayatta kalması ve düzensiz hücre çoğalması sonucu oluşan genetik bir hastalıktır. Yeni kanser vakalarının ve kansere bağlı ölümlerin artması ile kanser tanı/tedavisine yönelik çalışmalar giderek artmaktadır. Dolayısıyla, bu çalışmada bazı doğal antisense transkriptlerin (natural antisense transcript, NAT) kanserdeki rollerinin belirlenmiştir. Ayrıca, henüz etkinliği belirlenmemiş 8A ve 17B tiyosemikarbazon türevi kimyasal bileşiklerin kanser hücrelerindeki etkinliği ve etkin dozlarının NAT'ların ifade seviyeleri üzerine etkileri değerlendirilmiştir. Çalışmamızda ilk olarak insan doku örneklerinde ve kanser hücre hatlarında NAT'ların ifade seviyeleri belirlenmiştir ve antisense transkriptlerin protein kodlayan genlere kıyasla değişik ve özgül ifade paternine sahip olduğu görülmüştür. 5-FU anti-kanser ilacı, 17B ve 8A tiyosemikarbazon türevlerinin anti-kanser etkileri MTT deneyleri ile belirlenmiştir. Bu kimyasalların etkin dozları apoptoz ve hücre döngüsü üzerine etkileri Flow sitometri yöntemi ile belirlenmiştir. MCF7 ve U2OS hücrelerinin 17B ve 8A kimyasallarıyla muamele edilmesi ile apoptotik hücre grubunun arttığı bulunmuştur. Ayrıca, hücrelerde 17B maddesinin hücre döngüsünü G0/G1 fazında, 8A'nın ise S fazında durduğu bulunmuştur. Hücre göçü deneylerinde, 17B ve 8A kimyasalları ile muamele edilen hücrelerde normale kıyasla daha yavaş göç olduğu gösterilmiştir. 17B maddesinin NAT'ların ifade seviyesini bazı hücrelerde azalttığı bazılarında arttırdığı bulunurken, 8A kimyasalının ise tüm hücrelerde maruziyet süresine göre NAT'ların ifadesinde artış olduğu gösterilmiştir. Sonuç olarak, 17B ve 8A kimyasallarının doğal antisense transkriptlerin ve ilgili genlerin ifade seviyelerini değiştirerek yeni bir anti-kanser ilacı olabileceği gösterilmiştir.

Lncrna Erıcd'nin düzenlenmesinde arıd3a'nın rolü

ERICD (E2F1-Regulated Inhibitor of Cell Death) yakın zamanda kromozom 8'de bulunmuş uzun kodlanmayan bir RNA'dır. Transkripsiyon faktörü E2F1 tarafından düzenlenmektedir. ARID3A/DRIL1/Bright çeşitli biyolojik süreçlerde görev alan AT Rich Interaction Domain (ARID) DNA bağlanma proteinidir. ARID3A E2F trankripsiyon faktörüne bağlanarak E2F-bağımlı transkripsiyonu aktifleştirir. ERICD üzerinde ARID3A'nın varsayılan bağlanma bölgeleri bulunmaktadır. Bu tez çalışmasındaki hipotezimiz ARID3A ve ERICD'nin, kanserde, biyolojik süreçlerde birbirlerini düzenliyor olabilecekleridir. ARID3A ve ERICD'yi seçmemizin bir diğer sebebi DNA hasarı durumunda gelişen apoptotik süreçte ikisinin karşıt roller üstleniyor oluşudur. ARID3A'nın lncRNA ERICD'nin ifadesini düzenleyip düzenlemediğini araştırmak amacıyla ARID3A ve ERICD'de ifade edilen osteosarkom hücre hattı (U2OS) kullanılmıştır. DNA bağlayıcı protein geni ARID3A ve lncRNA ERICD arasındaki ilişkiyi ortaya koymak amacıyla susturma ve aşırı ifadelendirme deneyleri yapılmıştır. U2OS hücre hatlarında hücre göçü ve koloni oluşum deneyleri de yapılmıştır. ARID3A'nın ve ERICD'nin siRNA aracılığı ile susturulması, U2OS hücrelerinin göçünü ve kolonilerin oluşumunu belirgin bir şekilde baskılamıştır. Diğer bir taraftan, ARID3A'nın aşırı ifade edilmesi U2OS hücrelerinde yara kapanmasında önemli bir tetikleyici olduğunu doğrulamıştır ve U2OS hücrelerinin koloni oluşum kabiliyetini arttırdığı bulunmuştur. Özetle, ARID3A ve ERICD'nin E2F1 aracılığı ile birbirleri ile dolaylı olarak ilişkili olduğu, ARID3A ve lncRNA ERICD'nin osteosarkomda onkogenik işlevlerinin olduğu ortaya konulmuştur. ARID3A ve lncRNA ERICD arasında bulunan ilişki yeni bir bulgudur ve DNA bağlayıcı proteinleri hedefleyen lncRNA'lar hakkındaki önemli bir kilometre taşıdır.

Prenatal tanı amacıyla başvuran gebelerde down sendromlu bebek sahibi olma ve maternal metilentetrahidrofolat redüktaz genotip ilişkisi

Down sendromu ya da trisomi 21, 21. kromozomda yer alan genlerin 3 kopyasının ekspresyonuna bağlı en sık görülen genetik hastalıktır. Bu durum, olguların yaklaşık %90'ında mayoz süresince maternal kromozom ayrılamamasından kaynaklanmaktadır. Kromozomal ayrılamama ve folat metabolizması arasındaki ilişki son yıllarda ilgi çekmeye başlamıştır. Folat, bölünme ve diğer aşamalarda epigenetik düzenleyici olan hücresel metilasyon reaksiyonlarındaki görevinden dolayı, hücre bölünmesi boyunca genetik materyal dağılımında önemli role sahiptir. MTHFR (Metilentetrahidrofolat redüktaz); 5,10-metilentetrahidrofolat'ı, homosisteinin metionine remetilasyonu için metil vericisi olan 5-metiltetrahidrofolat'a dönüşümünü katalizlemektedir. MTHFR, DNA sentezi ve metilasyon reaksiyonları gibi önemli yolaklarda etkilidir. MTHFR geninde meydana gelen en yaygın polimorfizmler C677T (rs1801133) ve A1298C (rs1801131)' dir. Bu çalışmanın amacı Down Sendromlu çocuk sahibi olma durumu ile maternal MTHFR C677T ve A1298C polimorfizmleri arasındaki ilişkiyi araştırmaktır. Ayrıca hasta ve kontrol gruplarında serum homosistein ve folat düzeyleri de tespit edilmiştir. C677T polimorfizmi için genotip ve allel frekansları bakımından hasta ve kontrol grubu arasında istatistiki olarak önemli bir fark saptanmıştır (p<0.05). Hasta grubunda normal genotipe sahip bireylerin oranı %9 iken kontrol grubunda %42.4 olarak gözlenmiştir. Homozigot bireylerin oranları ise birbirine benzer olarak tespit edilmiştir (%16.4-%16.7). Hasta grubunda T alleli frekansına ait oran (%53.7) yüksek iken kontrol grubunda C alleli frekansına ait oran (%62.9) yüksek bulunmuştur. Diğer taraftan A1298C polimorfizmi için hasta ve kontrol grupları arasında genotip ve allel frekansları bakımından anlamlı bir fark bulunmamıştır (p>0.05). Serum folat ve homosistein düzeyleri karşılaştırıldığında hasta ve kontrol grubunda istatistiki olarak önemli bir fark olduğu gözlenmiştir. Serum folat (ng/mL) ve homosistein (nmol/mL) değerleri ortalaması hasta ve kontrol gruplarında sırasıyla 6.05;7.85 / 13.46;18.14 bulunmuştur.

Osteosarkomda ARID3A, PTEN ve AKT1 arasındaki olası etkileşimin incelenmesi

Çocuklarda en yaygın malignant tümörlerden biri osteosarkomdur. Lokal tümör büyümesini ve tümör hücrelerinin farklı dokulara metastazını inhibe etmek için ve hastaların hayatta kalma oranını artırmak için etkili tedavi stratejilerine acilen ihtiyaç duyulmaktadır. Tümör gelişimi ve hücre göçünde yer alan moleküller ve onların uyarı mekanizmaları yeni ve etkili terapötik uygulamaların geliştirilmesi için anahtar role sahiptir. ARID3A/DRIL1/Bright, farklı biyolojik süreçlerde yer alan, AT zengin etkileşim domaini (ARID) DNA-bağlanma proteinleri ailesinin üyelerinden biridir. Bir proto-onkogen olarak serin/treonin kinaz AKT1 metabolizma, büyüme, çoğalma, hayatta kalma, transkripsiyon ve protein sentezinde kritik role sahip olduğundan dolayı büyük bir ilgi odağı olmuştur. Ek olarak tümör baskılayıcı fosfataz ve tensin homolog (PTEN), fosforilasyonunu önleyerek Akt aktivasyonunu negatif yönde düzenler. Bu çalışmada, osteosarkomda ARID3A' nın Akt1 ve PTEN ile bir etkileşimi ve fonksiyonel bir bağlantısı olabileceği hipotezini kurduk. Osteosarkom hücre hattında (U2OS) ARID3A' nın susturulması ve aşırı ifadelendirilmesi yapılmıştır. ARID3A' nın susturulmasının osteosarkomda Akt1 ifadesini azalttığını ve aşırı ifadelendirilmesinin ise Akt1 ifadesini artırdığı gözlemlenmiştir. Bununla birlikte, ARID3A' nın susturulması ve aşırı ifadelendirilmesi PTEN üzerinde herhangi bir etki oluşturmamıştır. Elde edilen sonuçlara göre ARID3A osteosarkomda Akt1' i doğrudan düzenlemektedir. Bu çalışma ARID3A aracılığıyla Akt1' in hedeflenerek osteosarkom tedavisi için bir fikir vermektedir. Bu sebeple Akt1 ifadelenmesini doğrudan kontrol ettiği için ARID3A' nın osteosarkomda terapötik bir ajan olarak kullanılabilmesini umut etmekteyiz. Anahtar Sözcükler: AKT1, ARID3A, Aşırı ifadelenme, Osteosarkom, PTEN, Susturma.

The relationship between the level of siah1,bim and P53 proteins in associated with the disease course in patients with breast cancer

Cancer is one of the leading health problems and breast cancer is one of the common cancers. In spite of the developing treatment methods, breast cancer cannot be treated effectively.Therefore, the identification of novel biomarkers that will be important in the treatment and diagnosis of breast cancer is of great interest. SIAH1 (Seven in absentia homolog 1) protein is known as a tumor suppressor protein.Although studies have shown that this protein has important roles in cancer processes, its usefulness in the treatment and diagnosis of breast cancer has not been fully elucidated.At the same time, previous studies have shown that the SIAH1 protein is associated with important tumor suppressor and apoptosis triggering proteins such as p53 and BIM. In this thesis study, by using immunohistochemical approach, we aimed to investigate the relationship between the levels of SIAH1, BIM and p53 proteins which play an important role in the prognosis and apoptosis processes of breast cancer patients. As a result, SIAH1 protein level was significantly lessened in tumor tissues of patients with breast cancer. In contrast to SIAH1 protein, no significant difference was detected in BIM expression level. In addition, p53 was not detected in 75% of the breast cancer patients. However, in 25% of the patients, p53 expression was significantly increased. Our study also showed that low SIAH1 expression level is associated with important clinic characteristics of patient such as tumor grade, stage and breast cancer type. Findings of our study show that SIAH1 has roles in breast cancer formation and might be a novel biomarker for the diagnosis and treatment of breast cancer.

Koroner arter hastalığı nedeniyle koroner bypass ameliyatı olan hastaların perikardiyal sıvısındaki mikroRNA'ların ve st2'nin (Growth stimulation expressed gene 2) araştırılması

Koroner arter hastalığıyla (KAH) ilişkili bir çok biyobelirteç perikard sıvısına (PS) ve plazmaya geçmektedir. KAH'ın etiyopatogenez değerlendirilmesinde diagnostik olarak miRNA'lar, prognostik olarak soluble ST2 (sST2) kullanılabilmektedir. sST2 kardiyovasküler hastalığı olan bireylerde kötüleşen prognozun bir biyobelirteci olarak kabul edilmektedir. Birçok hastalıkta önemli rollere sahip olan miRNA'lar ise KAH ile ilişkili endotel disfonksiyonu, ateroskleroz, inflamasyon, apopitoz ve anjiyogenezde etkindir. PS kalp fonksiyonunu yansıtabilme potansiyeline sahip olup bazı maddelerin PS konsantrasyonları birçok patofizyolojik mekanizmaların anlaşılmasını sağlamaktadır. Çalışmamıza koroner arter bypass ameliyatı olan 40 gönüllü hasta dâhil edilerek PS ve kan plazmasında ELİSA yöntemi ile ST2 seviyesi, qRT-PCR yöntemi ile ST2 ve ST2'yi hedefleyen bir grup miRNA'nın (miR-125b-5p, miR-320b, miR-34a-5p, miR-16-5p, miR-320a ve miR-15a-5p) gen ifade düzeyleri çalışıldı. Araştırmada ELİSA ile ortalama sST2 değeri PS'de 223.992 ng/ml, Plazmada ise 390.357 ng/ml olup bu durum istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p=0.0020). PS'de ST2 gen ifade düzeyi Plazmaya göre 2.27 kat daha düşük çıkmış olup bu durum istatistiksel açıdan anlamlı (p=0.000265) bulunmuştur. ST2'yi hedefleyen miRNA'ların gen ifadesinde PS'de 7.35 kat daha düşük ifade edilen miR16-5p ile 4.07 kat daha düşük ifade edilen miR320b istatistiksel açıdan anlamlı bulunmuştur (sırasıyla p=0.000014 ve p=0.00814). Plazmada ise miR34a-5p ile ST2 arasında negatif korelasyon bulunmuştur (r= -0.399, p=0.039). ST2'nin protein düzeyi ve gen ifadesi ile miR 16-5p ve miR 320b'nin gen ifade düzeyinin PS'ye göre plazmada daha yüksek çıkmasının sebebi ekstramiyokardiyal kaynaklar olabilir. Kardiyovasküler hastalıklar açısından olumsuz etkiye sahip olan miR 16-5p ve miR 320b'nin ST2 ile beraber yüksek seviyelerde bulunması ve plazmada daha fazla ifade edilmesi bunların biyobelirteç olarak kullanılma potansiyelini kuvvetlendirmektedir. Daha önce başka çalışmalarda sadece PS'ye özgü olarak tanımlanan miR320b'nin ayrıca plazmada da tespit edilmesi bu miRNA'nın sadece PS'ye özgü olmadığını göstermektedir.

Erken koroner arter hastalığının faktör XIII Val34Leu ve PAI-1 4G/5G genotipiyle ilişkisinin belirlenmesi

Koroner arter hastalığı, tüm dünyada ve gelişmiş ülkelerde mortalite ve morbiditenin önde gelen nedenlerinden biridir. Koroner arter hastalığı için bilinen konvansiyonel risk faktörlerinin yanı sıra, genetik risk faktörleri ilgi uyandıran bir çalışma alanıdır. Özellikle erken yaşta görülen koroner arter hastalıklarında genetik faktörlerin önemi daha da artmaktadır. Bu çalışmada 45 yaş altı koroner arter hastası olan 101 birey ve 100 koroner arter hastalığı olmayan bireyde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu Erime Eğrisi Analizi yöntemi kullanılarak PAI-1 4G/5G ve Koagülasyon Faktör XIII Val34Leu polimorfizmi çalışması yapıldı. PAI-1 geni için 5G/5G genotipi kontrol grubunda istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. PAI-1 geni 5G/5G genotipinin erken koroner hastalığı için koruyucu faktör olabileceği düşünülmüştür. Yine 4G/5G genotipi için hasta ve kontrol grubunda istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmuştur. Ancak 4G/4G genotipinin erken koroner hastalıkla ilişkisi gösterilememiştir. Aynı şekilde Faktör XIII Val34Leu değişikliği hasta ve kontrol gruplarında benzer bulunmuştur. Dolayısıyla bu çalışmada, erken koroner arter hastalığında söz konusu genetik değişikliklerin rol oynadığına dair bir bulgu saptanmamıştır.

Prediyabetik hayvan modelinde metformin tedavisinin BDNF gen ifadesi ve bilişsel fonksiyonlar üzerindeki etkisi

Prediyabet, Dünya'da sıklığı artmakta olan bir hastalıktır. Makro ve mikrovasküler komplikasyonlar, glukoz toksisitesi, hiperinsülinemi prediyabette kognitif bozukluklara neden olabilmekte, ayrıca prediyabete sıklıkla eşlik eden obezite gibi hastalıklar da bu duruma katkıda bulunmaktadır. Son zamanlarda yapılan araştırmalar merkezi sinir sisteminin vücut kitlesinin düzenlenmesindeki rolüne dikkat çekmektedir. Bu çalışmada, prediyabetik hayvan modelinde; hipokampus bölgesinde beyin türevi nörotrofik faktör (BDNF) gen ifadesi ile öğrenme arasındaki olası ilişkinin metformin tedavisi ile karşılaştırmalı olarak analizi yapıldı. Çalışmada 32 Wistar albino rat kullanıldı. Deneysel prediyabet oluşturmak için denekler yüksek yağlı diyet (HFD) ile beslendi. Prediyabetik model oluşturulduktan sonra bir gruba metformin tedavisi uygulandı. Kontrol, prediyabet ve metformin uygulanmış olan deney gruplarına Morris su tankı ile öğrenme testi uygulandı. Deneylerin sonunda hayvanlar sakrifiye edildi ve hipokampus bölgeleri izole edildi. Real-Time PCR kullanılarak hipokampal örneklerde BDNF gen ifadesi analizi yapıldı. Deney sonuçları istatistiksel olarak değerlendirildiğinde, HFD diyet ile indüklenmiş ratlarda kontrol gruplarındaki ratlara kıyasla öğrenme performanslarının daha düşük olduğu ve BDNF gen ifadesinin azaldığı tespit edilmiştir (p=0.044). Metformin uygulanan grup ile kontrol grubu karşılaştırıldığında öğrenme performansları ve BDNF gen ifadelerinde artış görülmüştür (p=0.042). Metformin uygulanan prediyabetik grup ile ilaç uygulanmayan prediyabetik grup karşılaştırıldığında ise öğrenme performansları ve BDNF gen ifadelerinde artış saptanmıştır (p=0.044). Bu araştırma sonucunda, BDNF geninin prediyabetik hayvanlarda öğrenme performansı ve enerji dengesini düzenlediğine işaret eden bulgular saptandı. Bu çalışma BDNF geninin bilişsel fonsiyonlar ve enerji metabolizmasını düzenlemedeki rolünü inceleyen ilk çalışmadır, BDNF ve ilişkili moleküllerle yapılacak olan diğer araştırmalar için yol gösterici sonuçların elde edildiği düşünülmektedir.

Girişimsel kardiyak radyolojik işlemlerin insan kromozomları üzerine genotoksik etkisi

Son yıllarda insanoğlunun maruz kaldığı iyonize radyasyonun önemli bir kısmı tanı amaçlı kullanılan girişimsel radyolojik işlemlerdir. Ancak, bu işlemler sırasında hasta ve görevli personeller önemli derecede X-ışınlarına maruz kalmaktadır. X ışınların, DNA hasarına ve karsinogenezise yol açtığı ileri sürülmektedir. Girişimsel radyolojide kullanılan ve damarların görüntülenmesini sağlayan kontrast maddelerin DNA üzerine oluşturduğu hasar tam olarak bilinmemektedir. Çalışmamızın amacı; girişimsel radyolojik işlemlerde kullanılan X ışınların ve kontrast maddenin hastaların kromozomları üzerine etkisini araştırmaktı, bunun için, girişimsel anjiografiye alınan 50 hastanın (38-75 yaşları arasında 30 erkek, 20 kadın) işlem öncesi, işlemden 24 saat sonra ve 1-3 ay sonra periferik kan örnekleri alınarak kromozom analizi yapıldı. Çalışmamızda ayrıca, X ışınların etkisini araştırmak için girişimsel radyolojik işlemlerde görevli 17 personelin de kromozom analizi yapıldı. Bunun için standart sitogenetik analiz teknikleri kullanıldı. Hastalardan işlemden 24 saat sonra alınan örneklerde kromozomal düzensizliklerin, işlem öncesine göre anlamlı derecede yüksek olduğu tespit edildi (p =0,000). Aynı zamanda, 24 saat sonrası ile 1-3 ay karşılaştırıldığında, 1-3 ay sonrası kromozom hasarlarının anlamlı olarak azaldığı tespit edildi (p=0,000). Yüksek radyasyon dozuna maruz kalan hastalarda kromozom düzensizlik sıklığının istatistiksel olarak daha yüksek olduğu bulundu (p =0,042). Çalışan 17 personelin kromozom hasar oranıyla kontrol grubu (n=30) karşılaştırıldığında, radyasyona maruz kalan çalışanlarda, kromozom hasarının belirgin olarak daha yüksek olduğu bulundu (p=0,000). Bulgularımız, girişimsel radyolojik işlemlerde kullanılan X ışınları ve kontrast maddenin kromozom hasarlarına neden olduğunu ortaya koymuştur. Koroner kalp hastalarına verilecek ilaç türü ve miktarı, çekilecek radyolojik tanı işlemlerin türü ve sıklığı titizlikle ayarlanmalı ve hasta ve personelin dikkatli olmaları gerekmektedir.

Deneysel şizofrenibenzeri model oluşturulan farelerde dexmedetomidine (DEX)'nin öğrenme ve bellek üzerine etkisinin davranışsal ve moleküler incelenmesi

Çalışmamız Deksmetedomidinin Şizofreni hastalığı için davranışsal ve moleküler düzeyde iyileştirici rolünün değerlendirmektir. Bu amaçla altı grup oluşturulmuştur. Her bir grupta kullanılacak ilaçlar intraperitonal olarak enjekte edilmiştir. ( MK-801, DEX1, DEX2, SF, MK801+DEX1, MK801+DEX2). Yetişkin Balb/c farelerde bilişsel işlevler Morris su havuzu testi ile değerlendirilmiştir. Daha sonra servikal dislokasyonla limbik sistemdeki Hipokampüs çıkarılıp COMT, RELN, DISC-1, DTNBP-1, NRG-1, BDNF genlerin mRNA ekspresyon düzeyleri moleküler düzeyde değerlendirilmiştir. MK-801 grubunda bilişsel işlevler için uygulanan Morris su havuzu testinde (MWM) platformu bulma sürelerinde artış meydana gelmiştir. DEX uygulanan grup ve kontrol grubunda benzer sonuçlar saptanmıştır. MK801-DEX gruplarında bu süre azalarak bilişsel işlevdeki bozulmayı onarıcı yönde etki göstermiştir. MK-801 grubunda COMT, RELN, BDNF, NRG-1, DISC-1 genlerinin mRNA ekspresyon düzeylerinde azalma meydana gelirken, DTNBP-1 geni mRNA ekspresyon düzeyinde değişiklik gözlenmemiştir. DEX1 ve DEX2 gruplarında bu genlerin mRNA ekpresyon düzeyleri kontrol grubuyle benzer sonuçlar vermiştir. MK-801+DEX1 ve MK-801+DEX2 grupları ile MK-801 grubu karşılaştırıldığında bu genlerin mRNA ekspresyon düzeylerinde artış meydana gelmiştir. Bilişsel işlev ve moleküler düzeyde değerlendirme ışığında DEX'in onarıcı etkisinin ileriki dönemlerde şizofreni hastalığının tedavisinde yardımcı olabileceği düşünülmektedir.

SH SY5Y hücre hattında bace1 geninin bütein ve sodyum bütirat ile alternatif kırpılmasının indüklenmesi ve oluşan izoform profilinin incelenmesi

Nörodejeneratif hastalıklar grubunda ilk sırada yer alan Alzheimer hastalığına yönelik tedavi yaklaşımlarında BACE1 enzimi (beta-bölgesi amiloid prekürsör proteini kesim enzimi) oldukça önemli bir yere sahiptir. Bu enzim Alzheimer hastalığının önemli nedenlerinden biri olan β-amiloidin oluşumundan sorumludur. Bu enzimin beyin dokusundaki tam uzunluktaki aktif olan formunun dışında farklı dokularda da birden fazla izoforma sahip olduğu bildirilmiştir. Ayrıca alternatif kırpılma sonucu oluşan izoformlardaki artışın β-amiloid miktarını azalttığı gösterilmiştir. Çalışmamızda; histon deasetilaz inhibitörü olarak bilinen sodyum bütirat ve büteinin Alzheimer hastalığında önemli rolü olduğu bilinen BACE1 enziminin alternatif kırpılma sonucu oluşmuş izoformlarına olan etkisi incelenmiştir. SH-SY5Y hücrelerine iki farklı dozda uygulanan sodyum bütirat (1 mM ve 5 mM) ve büteinin (2µM ve 10µM), farklı alternatif kırpılmalar sonucu oluşmuş izoformların ifade düzeylerine etkisi Real-Time PCR yöntemiyle değerlendirilmiştir. Mann-Whitney U-testine göre, hem sodyum bütiratın hem de büteinin iki dozu arasında anlamlı bir farklılık gözlenmemiştir. (p>0.05) Hem 1 mM'lık hem de 5 mM'lık sodyum bütirat dozu kontrol grubu ile karşılaştırıldığında BACE1/501 ekspresyonunu artırmıştır. 1mM NaB BACE1/457 ve BACE1/432 ekspresyonunu azaltırken, 5 mM NaB BACE1/457 ve BACE1/432 ekspresyonunu artırmıştır. Hem 2 µM'lık hem de 10 µM'lık bütein konsantrasyonu kontrol grubu ile karşılaştırıldığında BACE1/501 ekspresyonunu artırmıştır. 2 µM bütein BACE1/457 ekspresyonunu bir miktar artırırken, 10 µM bütein BACE1/457 ekspresyonunu 3 kat artırmıştır. 2 µM bütein BACE1/432 üzerinde herhangi bir değişiklik yapmazken, 10 µM bütein BACE1/432 ekspresyonunu yaklaşık 2 kat artırmıştır. Sonuç olarak kullandığımız HDAC inhibitörlerinin seçici olarak, ekspresyon düzeyinde anlamlı değişikliklere sebep olabileceğini düşünülen BACE1 izoformları üzerinde beklenilen etkiye neden olmadığı saptanmıştır.

Farelerde gün ışığının melatonin hormonu, kisspeptin proteini sentezi, cilt kanseri oluşumu ve metastaza etkisinin incelenmesi

Melatonin hormonu, hayvanlarda kandaki miktarı gün döngüsü içerisinde ışık miktarıyla ters orantılı olarak değişen bir hormondur. Melatonin miktarındaki sürekli fazlalığın (körlük veya az gün ışığı alan bölgelerde yaşama gibi) cilt kanseri ve meme kanseri gibi bazı kanser tipleriyle ilişkisi bilinmektedir. Kisspeptin proteininin hücre içindeki miktarı kandaki melatonin miktarına bağlı olarak değişmekle birlikte yoğun olarak beynin hipotalamus bölgesindeki hücrelerde üretilmektedir. Kisspeptin melanomalarda ve meme kanserlerinde metastaz süpresörü olarak çalışmaktadır. Yapılan bu çalışmayla, farelerde gün ışığı alım miktarının kandaki melatonin miktarını nasıl etkilediğinin, beynin hipotalamus bölgesindeki hücrelerde bulunan kisspeptin miktarının gün ışığı alım miktarına ve kandaki melatonin miktarına bağlı olarak nasıl değiştiğinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Ek olarak, farelerde cilt kanseri oluşturulmuş ve kanser oluşumu, metastaz oranı, gün ışığı alımı, melatonin hormonunun düzeyi ve kisspeptin proteininin düzeyi arasındaki ilişkiler ortaya konulmaya çalışılmıştır. Bu amaçla, yeni doğmuş fareler kör grup ve gün ışığı grubu olarak ayrılmış, kör gruptaki fareler karanlık ortamda ve gün ışığı grubundaki fareler 12 saat gündüz 12 saat gece ortamında 17 hafta boyunca yetiştirilmiştir. 11. hafta sonunda farelere melanoma hücre hattı aşılaması yapılmış ve tümör hacimlerinin değişimleri 6 hafta boyunca takip edilmiştir. Deney sonunda farelerin kanlarından melatonin ölçümü ve hipotalamus dokularından Kisspeptin ölçümü yapılmıştır. Ayrıca farelerin hipotalamuslarında KISS1 geninin transkripsiyon hızı tespit edilmiştir. Çalışmalar sonucunda, kör gruptaki farelerin gün ışığı grubundaki farelere göre melatonin seviyelerinin yüksek, KISS1 seviyelerinin ise düşük olduğu, tümör oluşumu gözlenen farelerin sağlıklı farelere göre melatonin seviyelerinin düşük, KISS1 seviyelerinin ise yüksek olduğu, tümör hacimleriyle melatonin seviyeleri arasında ters ve KISS1 seviyeleri arasında doğru orantılı bir ilişki olduğu ve tümör büyüme hızlarının kör gruptaki farelerde gün ışığı grubundaki farelere göre daha düşük olduğu tespit edilmiştir. Bu sonuçlar ışığında, melatoninin ve kisspeptinin kanser oluşumunda önemli birer tümör süpresör olduğu, bu iki önemli elemanın gün ışığı alımından yüksek derecede etkilendiği sonucuna varılmıştır. Bu iki önemli elemanın ayrıca birbirlerinin miktarlarından etkilendiği sonucuna varılmış ancak bu etkinin tek yönlü doğrusal bir etki olmaktan çok, daha komplike ve başka faktörlere göre de değişebilen bir etki olduğu yorumu yapılmıştır.

Hipoksi ve embriyonik kök hücre genlerinin larinks kanseri patogenezindeki rolü

Larinks kanseri, baş boyun kanserlerinin ortalama %25'ini oluşturmakta ve genellikle orta yaş ya da ileri yaş erkeklerde görülmektedir. Larinks kanserlerinin %90'dan fazlası yassı hücre kanserleridir. Solid tümörler bilinen tüm kanserlerin %90'ını oluşturmaktadır. Solid tümörlerin en yaygın özelliği ve önemli çevresel streslerden biri hipoksidir. Oksijen konsantrasyonunun fizyolojik seviyenin altına düşmesi, in vitroda insan embriyonik kök hücrelerinin devamlılığını, spontan farklılaşmanın azalmasını sağlamakta, kendini yenilemeyi desteklemektedir. Kök hücre ve kanser hücreleri arasındaki benzerlikler her iki grubun gen ekspresyonunun düzenlenmesinde ortak yolaklar olabileceğini düşündürmektedir. Çalışmamıza Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Kulak Burun Boğaz Anabilim Dalı'nda skuamoz hücreli larinks kanser teşhisi almış 26 hasta dahil edildi. Dokulardan RNA izolasyonu yapılarak tümör ve normal dokularda hipoksinin indüklediği faktörler ve embriyonik kök hücre genlerinin ekspresyon düzeyleri karşılaştırıldı. Çalışmamızda tümör dokularında HIF-1α, OCT4 ve NANOG genlerinin ekspresyonunun normal dokuyla karşılaştırıldığında arttığı saptandı. Ayrıca Hep2 larinks kanseri ve FaDu farenks kanseri hücre serileri hipoksiye maruz bırakılarak, hipoksinin, HIF-1α, HIF-2α, SOX2, OCT4, NANOG, CD133, ESRRA genleri üzerindeki etkisi belirlendi. Çalışmamızda hipoksiye maruz bırakılan Hep-2 hücrelerinde HIF-1α, HIF-2α, SOX2, OCT4, NANOG, CD133 ve ESRRA genlerinin mRNA ekspresyonlarında artış gözlenirken, FaDu hücrelerinde HIF-1α ve SOX2 mRNA ekspresyonunda azalma, HIF-2α, OCT4, NANOG, CD133 ve ESRRA mRNA ekspresyonlarında artma gözlenmiştir. Hücreler ESRRA inhibitörü XCT790 ile muamele edildiğinde, hücrelerde hipoksinin indüklediği gen ekspresyon profilinin değiştiği saptanmıştır. Bu çalışma sonunda larinks kanseri tedavisinde hipoksinin etkisini azaltılmasında yeni stratejiler geliştirilmesine yönelik bir yaklaşım sunulmuş oldu. Anahtar kelimeler: Larinks kanseri, hipoksi, embriyonik kök hücre genleri,Real Time-PCR

Epigenetik bir baskılayıcı olan RNF2 genini hedefleyen miRNA' ların belirlenmesi ve metastaz ve invazyona etkisinin araştırılması

Meme kanseri kadınlar arasında en sık görülen ve yüksek mortaliteye sahip bir kanser türüdür. Histopatolojik çeşitliliğinin yanı sıra karmaşık moleküler alt yapısı nedeniyle meme kanserinde tedavi hedefleri için moleküler çalışmalara ihtiyaç bulunmaktadır. RNF2, polycomb baskılayıcı kompleks içerisinde yer alan bağlandığı proteini ubikitinleyerek baskılayan bir proteindir. Embriyonik ve yetişkin evrede önemli rol oynayan RNF2' nin, bir çok metastatik kanser türünde ifadesinin artması ile beraber tümör baskılayıcı genleri susturması RNF2' ye onkojenik bir rol kazanmıştır. Bu çalışmada meme kanseri hücre hatlarında RNF2 gen ifade düzeyindeki değişimler ve bu genin miR-17-5p, miR-20a-5p ve miR-106b-5p tarafından baskılanıp baskılanmadığı analiz edilmiştir. Ayrıca bu miRNA' ların transfekte edilmesi ile metastaz ve invazyon üzerine etkisi incelenmiştir. Bunun için MCF-7, MDA-MB-231, SK-BR-3 ve ZR-75-1 meme kanseri hücre hatlarında miRNA transfeksiyonu öncesi ve sonrasında RNF2 gen ifade düzeyleri RT-PCR; protein ifade düzeyleri ise western blot ile analiz edilmiştir. Metastaz ve invazyon üzerine etkisi ise yara iyileşme ve boyden chamber yöntemleri kullanılarak saptanmıştır. RNF2' nin, MDA-MB-231 ve SK-BR-3 hücre hatlarında sırasıyla 4,1 ve 7,1 kat ifadesinin arttığı tespit edildi (sırasıyla p=0,048 ve 0,045). miR-17-5p ve miR-20a-5p miRNA transfeksiyonu sonrasında MDA-MB-231 hücre hattında RNF2 gen ifade düzeyinde anlamlı bir azalış saptandı (sırasıyla 3,5 ve 7,3 kat) (sırasıyla p= 0,045 ve 0,039). Protein düzeyinde ise MDA-MB-231 hücre hattında her üç miRNA' nın da RNF2 proteinini azalttığı saptandı. Ayrıca miR-17-5p ve miR-20a-5p metastaz ve invazyonu baskılarken miR-106b-5p' nin baskılamadığı saptandı. Sonuç olarak, metastatik yeteneği fazla olan meme kanseri hücrelerinde RNF2' nin ifadesi artmıştır. miR-17-5p ve miR-20a-5p, RNF2 aracılığı ile metastaz ve invazyonu baskılamaktadır. RNF2 meme kanseri için prognostik bir belirteç olmaya aday bir gen olarak değerlendirilebilir. Anahtar Kelimeler: Meme kanseri, metastaz, miRNA, polycomb, RNF2.

Sıçanlarda prolaktin ile infertilite arasındaki ilişkinin, hipotalamus hücrelerindeki kiss1, kiss1 reseptör, nörokinin, nörokinin reseptör genleri ekspresyon düzeylerinin real time PCR

Hipofizden salınan ve süt üretiminde rol alan prolaktin hormonu (PRL) polipeptit yapıda bir hormondur. Prolaktin metabolizma ve üreme gibi fizyolojik olaylarda rol almaktadır. Prolaktinin kan değerinin yükselmesi çeşitli bozukluklara yol açmaktadır. Bunlardan en önemlileri amenore/galaktore ve ovulasyonun bozulmasıdır. Ovulasyonun bozulması ciddi bir problemdir ve infertilite sorununa yol açabilmektedir. Ovulasyon hormon ve nöropeptid adı verilen biyolojik maddeler ile kontrol edilmektedir. Ovulasyonun kontrolünde görev aldığı düşünülen nöropeptidler arasında Kisspeptin ve Nörokininler de yer almaktadır. Kisspeptin'ler hipotalamusun nöronal populasyonlarında ayrı olarak eksprese edilen KISS1 geninde şifrelenmiş bir nöropeptit ailesidir. Pubertenin zamanlanması ve fertilitede anahtar rol oynamaktadırlar. Bu olaylarda etkili olduğu düşünülen diğer bir nöropeptid de Nörokinin B (NKB)' dir. Yapılan nöroanatomik çalışmalarda NKB'nin özellikle hipotalamik nöronlarda sentezlendiği gösterilmiştir. NKB'nin KISS1 ile benzer anatomik yerleşime sahip olması dolaylı olarak KISS1 sentezinde etkili olabileceği görüşünü öne sürmektedir. NKB ve KISS1' in puberte ve üremede etkili olan hormonlar ile etkileşim içinde olabilecekleri düşünülmektedir. Prolaktin yüksekliği ile infertilite arasındaki ilişkinin Kisspeptin ve NKB ekspresyonu ile bağlantılı olduğunu düşünmekteyiz. Bu yüzden çalışmamızda, ilgili genlerin insan ile sıçan arasında yüksek homoloji göstermesi nedeniyle, sıçanların kan prolaktin değerlerini yükselterek; Kiss1, Kiss1 Reseptör, Nörokinin, Nörokinin Reseptör genlerinin ekspresyon düzeyleri ile infertilite arasındaki ilişkiyi inceledik. Elde ettiğimiz verilerde prolaktini yüksek deneklerimizde Kiss1, Kiss1 Reseptör ve Nörokinin genlerine ait ekspresyon değerlerinin kontrol grubuna göre anlamlı derecede azaldığı görüldü (p<0,001). Sonuç olarak; sıçan hayvan modeli ile yaptığımız çalışmada, prolaktin yüksekliğinin üreme üzerine olan olumsuz etkilerine nöropeptitlerin aracılık edebileceği ve çalışmamızın prolaktin yüksekliğinin yol açtığı infertilite problemlerinin çözümüne bir ışık tutacağına inanmaktayız.