992
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Rize Anzer yaylası bölgesinden toplanan bal, polen ve propolis numunelerinin fizikokimyasal ve biyolojik aktivitelerinin araştırılması
Bu çalışmanın amacı, Rize'nin İkizdere ilçesi Ballıköy Yaylasındaki Anzer bölgesinden toplanan bal, polen ve propolis örneklerinin fizikokimyasal ve biyolojik özelliklerini incelemektir. Bu bölge, ekosisteminde 400-500 çiçek türü barındıran, bunların 40-50 tanesinin endemik olduğu bilinen bir yerdir. Toplamda üç bal, sekiz polen ve bir propolis örneği toplanmıştır. Toplanan örnekler, toplam fenolik ve flavonoid içerikleri, DPPH serbest radikal temizleme aktivitesi, FRAP antioksidan aktivite testi, GC/MS analizi ve mineral madde analizi ile değerlendirilmiştir. Antibakteriyel ve antifungal etkiler, Kirby-Bauer disk difüzyon analizi, Minimum İnhibisyon Konsantrasyonu (MIK) ve Minimum Bakterisidal/Fungal Konsantrasyonu (MBK/MFK) analizleri ile değerlendirilmiştir. Ayrıca enzim inhibisyon analizi için UV-Vis ve FTIR analizleri yapılmıştır. Sonuçlar, bal örnekleri arasında FMB03'ün en yüksek fenolik içeriğe sahip olduğunu, en düşük içeriğin ise FMB02'de olduğunu göstermiştir. Test edilen bal örneklerinde flavonoid içeriği tespit edilememiştir. FMB03 ayrıca en yüksek antioksidan aktiviteyi sergilemiştir. Polen örnekleri arasında FMP08'in en yüksek fenolik içeriğe ve antioksidan değere sahip olduğu, en düşük içeriğin ise FMP04'te olduğu belirlenmiştir. Sekiz polen örneği arasında test edilenler arasında FMB08'in en yüksek flavonoid içeriğe ve antioksidan aktiviteye sahip olduğu, en düşük içeriğin ise FMB01'de olduğu görülmüştür. Propolis örneği FMPR1 diğer iki örneğe göre en yüksek fenolik içeriğe, flavonoid içeriğe ve antioksidan değere sahiptir. Antimikrobiyal analizler, bal ve polen örnekleri arasında farklılıklar olduğunu ortaya koymuş ve bu farklılığın, aynı türden numunelerin bile farklı kovanlardan gelmesinden kaynaklanabileceğini göstermiştir. Genel olarak, bu çalışma Anzer bölgesi arı ürünlerinin özelliklerini ve karşılaştırmalı analizini sunarak, potansiyel sağlık faydaları ve uygulamaları konusunda anlayışımıza katkı sağlamaktadır.
Kuru meyve güvesi (Plodia interpunctella (Hübner), lepidoptera: Pyralidae)'nin protist patojenlerinin tespiti, karakterizasyonu, dağılımı ve biyolojik mücadelede kullanılma potansiyellerinin araştırılması
Bu doktora tez çalışmasında, ülkemizde önemli bir depo zararlısı olan Kuru Meyve Güvesi (Plodia interpunctella, (Lepidoptera; Pyralidae)'ne karşı zararlının, ülkemizdeki farklı coğrafik popülasyonlarında mevcut olan insektisidal etkisi yüksek entomopatojenlerin tespiti, izolasyonu, karakterizasyonu, çeşitliliği, popülasyonlardaki 5 yıl süre boyunca (2019-2023 yılları) dağılımının belirlenmesi ile mevsimsel olarak patojen yoğunluğu tespit edilerek, protist entomopatojenlerin kuru meyve güvesi üzerindeki insektisidal etkilerinin laboratuvar koşullarındaki etkileri detaylı olarak ilk kez araştırılmıştır. Çalışma boyunca Türkiye'de ki 14 farklı lokaliteden toplanan örnekler makroskobik ve mikroskobik olarak protist patojenler varlığı açısından incelenerek Geçirimli Elekton Mikroskobu (TEM) çalışmaları ile de ultrastrüktürel özellikleri aydınlatılmıştır. Tespit edilen patojenlerden DNA izolasyonu ve moleküler çalışmalar yapılarak fiogenetik analizleri yapılmıştır. Çalışma sonuçlarına göre 14 ilin 8'inde Neogregarine patojen, 14 ilin 4'ünde Coccidian patojen ve 14 ilin 12'sinde de Mikrosporidian patojeni tespit edilmiştir. Özellikle protist patojenler; neogregarin Mattesia dispora ve mikrosporidian Vairiomorpha plodiae isolate TR P. interpunctella'da daha yaygın olarak bulunduğu tespit edilmiştir. Tespit edilen Coccidian patojen Adelina mesnili Türkiye'deki P. interpunctella popülasyonlarından elde edilen ilk Adeleid Coccidian kaydı olması nedeni ile oldukça önemlidir. Bioassay denemeleri için farklı konsantrasyonlarda hazırlanan protist patojen solüsyonları kullanılmıştır. Özellikle Vairiomorpha plodiae isolate TR ve Mattesia dispora'nın P. interpunctella'ya karşı oldukça yüksek virülas etki gösterdikleri tespit edilmiştir. Mevsimsel olarak patojen yoğunluğu incelendiğinde ise, V. plodiae isolate TR ve M. dispora'nın yılın her mevsiminde P. interpunctella'yı enfekte ettiği ve P. interpunctella'nın tüm yaşam evrelerinde (larva, pupa ve ergin) enfeksiyon oluşturdukları tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Biyolojik Mücadele, Depo Zararlısı, Entomopatojen, Plodia interpunctella
Kemoterapide sıklıkla kullanılan paklitaksel'in sıçanlarda oluşturduğu kalp toksisitesi üzerine partenolidin tedavi edici etkisinin araştırılması
Bu tez çalışmasında, Gümüşdüğme (Tanacetum parthenium) L. bitkisinin aktif bileşeni olan partenolid (PTL)'in, antikanser ilaç olarak birçok kanser tedavisinde sıklıkla kullanılan paklitaksel (PTX)'in oluşturduğu kardiyotoksisite üzerine terapötik etkisinin gen ve protein düzeylerinde araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla 48 adet erkek sıçan (Sprague-Dawley), her grupta 8'er hayvan olacak şekilde 6 gruba ayrılmıştır. 1.grup kontrol grubu, bu gruptaki hayvanlara herhangi bir müdahale yapılmamıştır. 2. gruba kümülatif dozu 8 mg/kg olacak şekilde PTX uygulanmıştır. 3. grup sham grubu olarak adlandırılmış ve bu gruba tedavi edici etkisi değerlendirilen PTL'nin çözücüsü olarak kullanılan DMSO uygulanmıştır. 4, 5 ve 6. gruplar ise tedavi gruplarıdır. Bu gruplara 8 mg/kg PTX tek doz uygulanmış ve daha sonra 14 gün süreyle sırasıyla 1 mg/PTL, 2 mg/kg PTL ve 4 mg/kg PTL olacak şekilde tedavi uygulanmıştır. Son doz PTL alındıktan sonra sıçanlar sakrifiye edilmiş ve kalp dokularında antioksidan metabolitlerden redükte glutatyon (GSH)'un ve lipid peroksidasyonu (LPO) belirteci malondialdehit (MDA) 'in kantitatif miktarı spektrofotometrik olarak incelenmiştir. Ek olarak DNA hasar göstergesi 8-hidroksi- deoksiguanozin(8-OHdG), inflamasyon belirteçleri uyarılabilir nitrik oksit sentaz (iNOS) ve siklooksijenaz (COX-2) proteinlerinin seviyelerindeki değişiklikler immünohistokimyasal analiz ile belirlenmiş ve PTX tedavisinin neden olduğu kardiyak doku hasarının tedavisinde PTL'nin etkisini araştırmak için histopatolojik hematoksilen-eozin (H&E) boyaması da yapılmıştır. Bu yöntemle kalp dokularında hemoraji ve mononükleer hücre inflaitrasyonu değişikleri değerlendirilmiştir. Her bir gruptaki kalp dokularında antioksidan sistem bileşenlerinden süperoksit dismutaz (SOD), katalaz (CAT), glutatyon peoksidaz (GPx), glutatyon S-transferaz (GST) ve glutatyon redüktaz (GR)'ın enzim aktivite ve gen ekspresyon seviyeleri ölçülerek gruplar arasında karşılaştırma yapılmıştır. Çalışma sonucu elde edilen veriler değerlendirildiğinde antioksidan sistem bileşenleri GSH ve MDA değerlerinin PTX ile oksidatif hasar yönünde değiştiği ve PTL ile normal seviyesine gelebildiği görülmüştür. Patolojik değerlendirmede PTX ile oluşan hemoraji ve mononükleer hücre infiltrasyonlarınında PTL ile iyileşme gösterdiği, DNA hasar göstergesi 8-OHdG ile inflamasyon belirteçleri İNOS ve COX-2'nin de PTL ile normale yaklaştığı belirlenmiştir. Aynı zamanda antioksidan enzimleri gen ve protein seviyesinde incelendiğinde partenolidin, paklitaksel kaynaklı kardiyotoksisiteye karşı oldukça yüksek terapötik etki gösterdiği görülmüştür. Anahtar Kelimeler: Partenolid, Kanser, Kardiyotoksisite, Paklitaksel, Ekspresyon, Antioksidan sistem, Enzim aktivitesi
Peygamberdevelerinin doğal bir populasyonunda cinsel kanibalizmin eşey oranı üzerindeki etkisinin araştırılması
Cinsel kanibalizm bir eşeyin diğerini besin olarak tüketme davranışıdır ve bu olay popülasyon içerisinde çarpık eşey oranlarına neden olabilmektedir. Peygamberdevelerinde cinsel kanibalizmin popülasyon içerisindeki eşey oranına etkisi yeterince aydınlatılamamıştır. Konuyla ilişkili çalışmalar yalnızca benzer fenolojiye sahip ve doğada cinsel kanibalizm gösterdiği bilinen türler üzerinden ele alınmıştır. Kanibalizmin popülasyon içerisindeki olası etkileri farklı fenolojiye ve beslenme tarzına sahip türler üzerinden daha iyi aydınlatılabilir. Şimdiye kadar incelenen peygamberdevesi türlerinden farklı bir fenolojiye sahip olan Empusa fasciata'nın doğada kanibalizm davranışı gösterdiğine dair herhangi bir kanıt bulunmamaktadır. Bu çalışmada cinsel yaymamlığın yaygın olduğu Mantis religiosa ve kanibalizm davranışının yaygın olmadığı iddia edilen E. fasciata'da, esaret altında kanibalizm test edilmiş ve doğal popülasyonlardaki eşey oranları takip edilmiştir. Esaret altındaki M. religiosa'da 30% oranında kanibalizm görülürken, E. fasciata'da 7.14% oranında cinsel kanibalizm saptanmıştır. Fakat doğada M. religiosa'da eşeyler arasında ve aynı eşeyde kanibalizm gözlemlenirken, E. fasciata 'da cinsel kanibalizme dair bir kanıt bulunamamıştır. Bu çalışma sonucunda M. religiosa'nın nimfal döneminde ve ergin aşamada üreme dönemine kadar erkek eğilimli eşey oranı gözlenirken; üreme döneminde ise erkek eğilimli olan eşey oranı aniden itibaren dişi eğilimli hale gelmiştir. E. fasciata'nın nimfal döneminde 1:1'e yakın olan eşey oranı ergin aşamaya doğru dişi yanlılığına kaymış ve ergin dönemde dişi eğilimli devam etmiştir. Bu sonuç ile M. religiosa'da Kanibalizmin erişkin dönemdeki popülasyonun eşey oranını şekillendirmede etkili olduğu şeklinde yorumlanabilirken; E. fasciata'da farklı faktörler nedeniyle eğilimli eşey oranı açığa çıkması beklenmektedir.
Sambucus ebulus L. bitkisinin farklı kısımlarının biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Bu çalışmada antropojenik faktörlerden ve çevresel kirleticilerden uzak bir ormanlık alandan, antropojenik faktörlerin etkisinde olan alan şehir içinden ve elektromanyetik radyosyana maruz olan baz istasyonu (radyasyon) yakınından çiçeklenme döneminde toplanan Sambucus ebulus örneklerinin yaprak/çiçek/meyve kısımlarında enzimatik olmayan (toplam fenolik madde içeriği, DPPH radikalini giderme aktivitesi, Fe2+ ile şelat oluşturma ve demir indirgeme gücü aktivitesi), enzimatik antioksidan aktivite (süperoksit dismutaz, katalaz ve askorbat peroksidaz aktivitelerinin ölçümü) ile enzim inhibisyon potansiyelleri (asetilkolinesteraz, butirilkolinesteraz, tirosinaz enzim inhibisyonları ve lipid peroksidasyon inhibisyonu) belirlenmiştir. Ayrıca bitkinin yaprak, çiçek ve meyve kısımlarındaki protein içerikleri ile habitatların toprak özellikleri belirlenerek karşılaştırılmıştır. Yapılan iki yönlü Anova testleri sonucunda bölge ve bitki kısmı ortak etkisi açısından toplam fenolik madde, DPPH radikalini giderme aktivitesi, Fe2+ ile şelat oluşturma ve protein içeriği değerleri istatistiki olarak önemli bulunmuştur. Bununla beraber, süperoksit dismutaz aktivitesi ile tirosinaz enzim inhibisyonunun bitki kısmı değişkeni, askorbat peroksidaz aktivitesinin ise bölge değişkeni açısından istatistiki olarak anlamlı bir fark gösterdiği tespit edilmiştir. Toprak analiz sonuçlarına göre her üç habitat, miktarları değişmekle birlikte, hafif alkali, az tuzlu, potasyum (K), fosfor (P) kalsiyum (Ca) ve magnezyum (Mg), bakır (Cu) açısından benzer özelliklere sahiptir. Organik madde ve kireç açısından en zengin bölge şehir içi bölgesidir. Anahtar Kelimeler: Baz İstasyonu, Enzimatik Antioksidan, Enzimatik Olmayan Antioksidan, Enzim İnhibisyonu, Orman, Protein, S. ebulus
Süperkritik karbondioksit ekstraksiyonu ile ekstrakte edilen köksüz su mercimeğinin (Wolffia arrhiza) fitokimyasallarının ve biyoaktif özelliklerinin incelenmesi
Lemnaceae familyası üyelerinden, suda serbest yüzen su bitkisi Wolffia (köksüz su mercimeği) dünyanın en küçük çiçekli bitkisidir. Güneydoğu Asya'nın bazı bölgelerinde gıda olarak tüketilen Wolffia, yüksek protein içeriğinden dolayı "su yumurtaları" olarak adlandırılır. Türkiye'de bu tür henüz tanınmamaktadır. Bu çalışmada, Yeşilırmak Deltası'ndaki (Samsun) sulak alanlardan toplanan Wolffia arrhiza kontrollü laboratuvar koşullarında farklı LED ışıklar (beyaz, kırmızı, mavi, mor) altında yetiştirilmiştir. Bitkinin nispi büyüme oranı, kuru madde ve kül analizi, element içeriği ve fotosentetik pigmentleri (klorofil ve karotenoid içeriği) analiz edilmiştir. Süperkritik karbondioksit ekstraksiyonu ile elde edilen özütlerin in vitro antioksidan ve antimikrobiyal aktiviteleri incelenmiş, gaz kromatografisi-kütle spektrometresi (GC-MS) ile fitokimyasal içeriği analiz edilmiştir. Farklı dalga boyu uygulamalarında, kırmızı LED ışık W. arrhiza'nın fotosentetik pigment içeriği, fenolik madde ve flavonoid miktarı ile antioksidan aktiviteyi artırmıştır. Beyaz LED ışık kuru madde miktarını (%20.69) ve büyüme oranı (0.732 gün-1) artırmıştır. En yüksek protein içeriği (%55.3) mor LED ışık altında yetiştirilen W. arrhiza'da tespit edilmiştir. Antimikrobiyal aktivite analizinde, orta derecede Bacillus cereus üzerinde gözlenmiştir. W. arrhiza'nın SK-CO2 ekstraksiyonu ile elde edilen özütlerinin hekzan ile hazırlanan solüsyonunda yapılan GC-MS analizi sonucunda, 43 farklı biyoaktif fitobileşen tanımlanmıştır. Farklı LED ışıklarda yetiştirilen W. arrhiza'nın beyaz, kırmızı, mor ve mavi LED'de sırasıyla 22, 37, 35 ve 43 adet fitokomponent tespit edilmiştir. W. arrhiza'nın kampesterol, stigmasterol, β-sitosterol gibi diyette en fazla bulunması gereken çok değerli fitosteroller içerdiği belirlenmiştir. Beyaz LED ışıkta %44, kırmızı LED ışıkta %37, mor LED ışıkta %39, mavi LED ışıkta %22 fitosterol kaydedilmiştir. Bu çalışma köksüz su mercimeği W. arrhiza'nın SKE metoduyla elde edilen özütünün değerlendirmeye alındığı ilk araştırma olma niteliğindedir. Yapılan çalışma ile, farklı LED aydınlatmanın bitkide istenen miktarda ve çok çeşitli biyoaktif madde sentezleme yeteneklerinin artırılabileceği görülmüştür. Ayrıca kullanılan SK-CO2 ekstraksiyonu yöntemi ile çözücü kullanmaksızın daha fazla ve çeşitli sekonder metabolite erişimin sağlanması, alternatif gıda üretimi ve ilaç etken madde üretimi sahalarında umut verici gelişmelere yol açacak olduğu net bir şekilde ortaya konmuştur. Köksüz su mercimeğinin üretiminin kolay, çevre dostu ve sürdürülebilir olması nedeniyle fonksiyonel gıda olarak kullanımı önemli bir potansiyel olarak görülmektedir. Süper gıda niteliğindeki köksüz su mercimeğinin nutrasötik özelliklerinin yanı sıra farmasötik özellikleri de umut vericidir ve değerlendirilmesi gerekir.
Rhododendron luteum ve Rhododendron ponticum kullanılarak sentezlenen L-carnitin yüklü β-Cyclodextrin işlevselleştirilmiş N katkılı karbon dotların Artemia salina üzerinde toksisitesinin karşılaştırılması
Bu çalışmada, Ordu ili Turnalık yaylasından toplanan halk dilinde ormangülü olarak bilinen iki farklı Rhododendron türünün (Rhododendron luteum ve Rhododendron ponticum) karbon kaynağı olarak kullanılması ile L-carnitin yüklü β-Cyclodextrin ile işlevselleştirilmiş N katkılı karbon dotlar hidrotermal yöntemiyle sentezlendi. Sentezlenen karbon dotların (LCAR/β-CD@Rh.l/N-CD ve LCAR/β-CD@Rh.p/N-CD) karakterizasyonu SEM, TEM, UV-VIS, EDX ve Elemental Analiz ile yapıldı. Sentezlenen karbon dotlar yaklaşık 3-5 nm boyutlarında küresel yapıda monodispers dağılım gösterir. CD'lerin yapısında C, O, N ve H elementleri ile O-H, C-H, C–O–C, C-O, N-H, C-N ve C-C grupları tespit edildi. Sentezlenen karbon dotların akut toksisitesi zooplankton A.salina larvaları üzerinde belirlendi. Bu amaçla, değişen konsantrasyonlarda (5 - 100 mL) ve sürelerde (24 - 96 saat) karbon dotlara maruz bırakıldı. Probit analizi ile LC50 değerleri sırasıyla LCAR/β-CD@Rh.l/N-CD için 12.858 ve LCAR/β-CD@Rh.p/N-CD için 21.058 olarak hesaplandı. Akut toksisite sonucu belirlenen öldürücü olmayan konsantrasyonlarda antimikrobiyal ve antioksidan aktiviteler (SOD, KAT), oksidatif stres belirteçleri (ROT, MDA) ve DPPH radikali giderme aktiviteleri araştırıldı. Karbon dotlara maruz kalan larvalarda maruz kalma süresine bağlı olarak SOD, KAT ve MDA aktiviteleri değişkenlik göstermiştir. Floresans mikroskobu ile larvalarda ROT oluşumu gözlendi. DPPH radikali giderme tayininden elde edilen sonuçlara göre Rh.l özütünün standart madde (BHT)'e yakın düzeyde DPPH radikali giderme aktivitesi gösterdiği tespit edildi. Rhododendron bitkisinden elde edilen özütler ile sentezlenen karbon dotların ve L-karnitin'in mikroorganizmalar üzerinde antimikrobiyal etkileri olduğu belirlendi. Karbon dotlara maruz kalan larvaların floresan mikroskobu ve taramalı elektron mikroskobu analizlerinde, Artemia larvaların da abdomen kısalması, abdomen parçalanması, ekstremite kaybı gibi çeşitli yapısal bozukluklar tespit edildi.
Laurocerasus officinalis'den sentezlenen floresans özellikli azot katkılı karbon noktalarının antioksidan, antimikrobiyal ve sitotoksik etkileri ile in vivo konfokal mikroskopla incelenmesi
Karbon noktalar iyi biyouyumluluk, toksik olmama, yüksek mekanik/termal özellikler ve nispeten işlevselleştirme kolaylığı gibi ayrıcalıklı özelliklere sahiptir. Biyolojik materyallerden kolay ve tek basamaklı sentezleri, toksik kimyasallara ve yoğun enerji gerektiren geleneksel yaklaşımlara göre giderek daha fazla ilgi görmektedir. Amacımız, hücre görüntülemede kullanmak üzere düşük toksisite ve yüksek antioksidan ve antimikrobiyal etkiye sahip N katkılı karbon noktalarının Laurocerasus officinalis yaprak özütünden hidrotermal yöntemle sentezlenmesidir. Yine, sentezlenen bu karbon noktalarının akciğer kanser hücrelerinde (A549), sitotoksisitesi ve konfokal mikroskop ile görüntülenmesi amaçlanmıştır. Karbon noktalarının A549 hücrelerindeki sitotoksisitesi WST-8 analizi ile ölçüldü. Antioksidan aktivitesi DPPH ile antimikrobiyal aktivitesi ise disk difüzyon yöntemi ile belirlendi. Analizler sonucunda, sentez karbon noktaların A549 hücrelerinde sitotoksisitesini (antikanserojen aktivitesi) sadece yüksek konsantrasyonlarda (250-500 ug/mL) gösterdiği, düşük konsantrasyonlarda ise hücre canlılığını artırdığını göstermiştir. Yine, antioksidan aktivitesini yüksek konsantrasyonlarda (200 ug/mL ve üstü) göstermiştir. Karbon noktaları güçlü antibakteriyel ve antifungal aktivite göstermiştir. Ayrıca, karbon noktalarının DAPI boyaması ile hücre çekirdeğine girdiği kanıtlanmıştır. Bu çalışmalar sonucu sentezlediğimiz karbon noktalarının güçlü antikanser, antimikrobiyal ve antioksidan özelliğe sahip olması ve hücre çekirdeğine ulaşması onları özellikle kanser hücrelerini görüntülemede ve kanser tedavisinde kullanılma potansiyeli sağlamıştır. Anahtar Kelimeler: Antimikrobiyal, Karbon Dot, Laurocerasus Officinalis, Sitotoksisite, Yeşil Sentez.
Ordu ilinde yayılış gösteren thymus praecox subsp. skorpılıı türünün salgı yapılarının belirlenmesi ve farklı kurutma yöntemlerinin bazı fizikokimyasal özellikleri üzerine etkisi
Bu çalışma ile Ordu bölgesinde yayılış gösteren Thymus praecox subsp. skorpilii (Velen.) Jalas türünün salgı yapılarının anatomik olarak incelenmesi, uçucu bileşen ve toplam fenolik miktarlarının belirlenmesi ve çeşitli kurutma tekniklerinin (gölgede kurutma, dondurarak kurutma, sıcak hava (50°C) ile kurutma ve mikrodalga (360, 600, 900 W) ile kurutma, uçucu bileşenler, toplam fenolik madde (TFM) ve renk parametreleri üzerindeki etkilerinin incelenmesi hedeflenmiştir. Bitkiler Çambaşı eskibağlak lokalitesinden generatif dönemlerinde toplanmıştır. Bitkilerin bir kısmı anatomik incelemeler için % 70'lik alkole konulmuştur. Thymus ülkemizde baharat olarak yaygın kullanılan bir bitkidir. İncelediğimiz kekik türünün ideal kurutma yönteminin seçilmesi, bitkinin korunması ve raf ömrünün uzatılması bakımından büyük bir öneme sahiptir. Ayrıca türün biyokimyasal içeriğinin yüksek olması alternatif tıpta, eczacılıkta, kozmetik sanayinde ve ekonomik açıdan iç ve dış ticaretteki önemini arttırmasında yardımcı olacaktır. Bu nedenle türün salgı yapılarının, uçucu bileşenlerinin ve en uygun kurutma yönteminin araştırılması oldukça önemlidir. Türde, 5'i örtü tüyü ve 5'i salgı tüyü olmak üzere toplamda on çeşit tüy bulunmaktadır. Salgı tüylerinin 3 tanesi kapitat, 2 tanesi peltat salgı tüyü şeklindedir. Bu tüyler, tek hücreli ya da çok hücreli olabilmektedir. Salgı türün kaliks kısmı diğer kısımlara göre çok sayıda örtü ve salgı tüylerine sahiptir. Mikrodalga ile kurutma yöntemi kurutma süresini diğer kurutma yöntemlerine kıyasla önemli düzeyde kısaltmıştır. Dondurarak ve mikrodalga ile kurutulmuş örneklerin L*, a*, ve b* renk parametreleri taze örnek ile benzer bulunmuştur. Sıcak hava ile ve gölgede kurutma işlemleri ise taze örneğe kıyasla önemli derecede yüksek a* ve düşük b* değerlerine neden olmuştur. Mikrodalga güç seviyesinin örneklerin renk parametreleri üzerine önemli bir etkisi gözlenmemiştir. Kurutulmuş örneklerin toplam fenolik madde değerleri 20.68 ile 37.31 mg GAE/g KM arasında değişmektedir. Dondurarak kurutma yöntemi en yüksek TFM değerini sağlamış, ardından 900 W güç seviyesinde mikrodalga kurutma yöntemi gelmiştir. TFM değerleri azalan mikrodalga güç seviyesi ile düşüş göstermiştir. Taze örnekte toplam 26, dondurarak kurutulmuş örnekte 27, gölgede, sıcak hava ve mikrodalga ile kurutulan örneklerde ise 28 uçucu organik bileşen tanımlanmıştır. Taze örnekte en fazla bulunan uçucu bileşenler sırası ile α-pinen (%15.63), 3-oktanon (%14.76) ve limonen (%13.47) olarak belirlenmiştir. Kurutulmuş örneklerde ise limonen (%19.87–49.36), β karyofillen (%10.58–22.95) ve α-pinen (%7.37–18.04) ilk üç temel bileşen arasında yer almaktadır.
Usnea subfloridana likeninden ham, kristalize ve süperkritik CO2 ekstraksiyonu ile elde edilen özütlerin biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Likenler ve metabolitleri çok çeşitli farmakolojik aktivitelere sahip umut verici bir kaynaktır. Bu araştırmada, Çambaşı Yaylası'ndan (Ordu) toplanan Usnea subfloridana (Parmeliaceae) likeninin biyolojik aktivitelerinin araştırılması amaçlanmıştır. Farklı sıcaklıklarda kurutulan (40⁰C ve 80⁰C) ve farklı ekstraksiyon yöntemleri kullanılarak (süperkritik ekstraksiyon, kristalize liken tozu ve organik çözücü) elde edilen U. subfloridana özütlerinin in vitro antimikrobiyal ve antioksidan aktiviteleri kapsamlı analizlerle incelenmiştir. Ayrıca, bu likenden elde edilen özütlerin içerdiği fitokimyasal bileşenler gaz kromatografi-kütle spektrometresi (GC-MS) ile tanımlanmıştır. In vitro antimikrobiyal analizler sonucunda tüm liken özütlerinin etkili olduğu belirlenmiştir. Antibiyotiğe kıyasla en güçlü antimikrobiyal etki Gram-pozitif bakterilerden Micrococcus luteus (zon çapı 38 mm, liken kristali-40⁰C) ve Enterococcus faecalis (zon çapı 30.75 mm, liken kristali-80⁰C) üzerinde tespit edilmiştir. U. subfloridana'nın kristalize ekstrakt özütleri ham özüt ve süperkritik CO2 özütüne nazaran denenen mikroorganizmalara karşı daha fazla etki göstermiştir. Asetonla maserasyon tekniğiyle hazırlanan özütlerin toplam fenolik içerik değeri diğerlerine nazaran daha yüksek olmakla birlikte 40°C'de kurutulan liken örneğinin süperkritik ekstraksiyonla hazırlanan ekstraktı da hemen hemen aynı derecede fenolik içermektedir. Bahsedilen ekstraktın flavonoid içeriği de diğer tüm ekstraklara nazaran belirgin derecede yüksek (220 mg QTE/ g ekstrakt) bulunmuştur. Hem DPPH radikalini süpürme hem de Fe+3 iyonlarını indirgeyebilme gücü açısından değerlendirilen antioksidan analizlerde fenolik içeriği yüksek bulunan örnek en iyi sonucu verirken Fe+2 iyonunu şelatlayabilme kapasitesi sadece flavonoid içeriği en yüksek olan ekstrakt durumunda gözlemlenmiştir. Amonyum molibdat ile belirlenen toplam antioksidan aktivite yöntemine göre, en iyi sonucun (104.59 mg AAE/g ekstrakt) alındığı ayrıca flavonoidce zengin ikinci ekstrakt, 80°C'de kurutulan liken örneğinin süperkritik ekstraksiyonla hazırlanan ekstraktı olup, lipid peroksidasyonunu III önleme inhibisyonu sadece bu ekstraktın 0.02 mg/mL'lik kısmı için yaklaşık %4 oranında hesaplanmıştır. Ekstraktların tümü süperoksit dismutaz ve katalaz aktivitesine sahipken hiçbiri peroksidaz aktivitesi göstermemiştir. Bu derece zengin fenolik ve flavonoid içerikle orantılı olacak şekilde antioksidan aktivite sergileyen ekstraktların nörolojik hastalıklar için umut verici derecede kolinesteraz ve tirozinaz inhibisyonu gösterdiği de ortaya konulmuştur. U. subfloridana'nın farklı deneme özütlerinin GC-MS analizleri sonucunda; en yüksek fitokimyasal bileşenler 40⁰C ve 80⁰C'de kurutulan süperkritik CO2 ekstraksiyonu (SK-CO2) numunelerinde çıkmıştır (35 bileşen). Ham liken kristallerinin analizinde 11 (40⁰C) ve 12 (80⁰C) bileşen belirlenirken, liken kristallerinin %90'ın üzerinde usnik asit içerdiği tespit edilmiştir. Liken aseton özütlerinin içeriğinde ise sırasıyla 29 ve 27 bileşen tanımlanmıştır. Sonuçlar, U. subfloridana'dan elde edilen ekstraktların ve/veya izole edilen bileşiklerin, çeşitli biyolojik aktivitelerin potansiyel bir kaynağı olabileceğini göstermiştir. U. subfloridana ileriye dönük ilaç adayları için değerli bir kaynak olarak değerlendirilebilir.
Makrolid grubu antibiyotiklerden azitromisin ve klaritromisin etken maddelerinin sitotoksisite ve genotoksisitelerinin araştırılması
Bu çalışmada, enfeksiyon hastalıklarının tedavisinde yaygın olarak kullanılan makrolid grubu antibiyotiklerden azitromisin ve klaritromisin etken maddelerinin HEPG2 hücre hattı üzerindeki sitotoksik etkileri MTT testi, apoptotik etkileri ise flow sitometri yöntemi ile değerlendirilmiştir. Ayrıca, bu maddelerin insan periferal lenfosit hücreleri üzerindeki genotoksik potansiyelleri kromozom anormallikleri (KA) ve mikronükleus (MN) testleri aracılığıyla değerlendirilmiştir. Bununla birlikte, test edilen maddelerin hücre bölünmesi üzerindeki sitotoksik etkilerini ortaya koymak amacıyla mitotik indeks (MI) ve nükleus bölünme indeksi (NBI) değerleri hesaplanmıştır. MTT testi ile, azitromisin ve klaritromisinin 0.312, 0.625, 1.25, 2.5, 5, 10, 20 ve 40 µg/mL'lik konsantrasyonlarının 24, 48 ve 72 saatlik maruziyet sürelerindeki etkileri değerlendirilmiştir. Elde edilen bulgulara göre IC₅₀ değerleri ve 1.25, 2.5 ve 5 µg/mL'lik konsantrasyonların 48 saatlik maruziyeti, flow sitometri testi ile analiz edilmiştir. Ayrıca, insan periferal lenfosit hücre kültürleri de azitromisin ve klaritromisinin 1.25, 2.5 ve 5 µg/mL'lik konsantrasyonlarına 48 saat süreyle maruz bırakılmıştır. Çalışmada negatif ve pozitif kontrol grupları oluşturularak karşılaştırmalı değerlendirme yapılmıştır. HEPG2 hücrelerine uygulanan azitromisin etken maddesinin, konsantrasyon artışına paralel olarak hücre canlılık oranını düşürdüğü; buna karşılık apoptoz oranını belirgin şekilde artırdığı gözlemlenmiştir. Kontrol grubu ile karşılaştırıldığında, elde edilen farkların istatistiksel olarak anlamlı olduğu belirlenmiştir (p < 0.05). Benzer şekilde, klaritromisin etken maddesi uygulanan HEPG2 hücrelerinde de artan dozlara bağlı olarak canlı hücre oranlarında azalma, total apoptoz oranlarında ise artış gözlemLenmiştir. Tüm doz gruplarında nekrotik hücre oranlarının düşük seviyelerde kaldığı (%0.49–3.32) tespit edilmiştir. Yapılan istatistiksel analizler sonucunda, tüm doz grupları ile negatif kontrol grubu arasındaki farkların istatistiksel olarak anlamlı olduğu saptanmıştır (p < 0.05). Mikronükleus (MN) testi sonuçlarına göre, azitromisin ve klaritromisin uygulamaları % mikronükleuslu binükleat hücre (%MNBN) oranında doza bağlı anlamlı artışlara yol açmıştır. En yüksek doz olan 5 µg/mL'de her iki antibiyotik için %MNBN oranlarının pozitif kontrol grubu ile benzer düzeyde olduğu saptanmıştır. Nükleer bölünme indeksi (NBI) analizleri, antibiyotik uygulanan gruplarda negatif ve çözücü kontrollere kıyasla anlamlı düzeyde düşüş göstermiştir. Bu düşüş doz arttıkça daha belirgin hale gelmiştir. Azitromisin ve klaritromisin uygulama gruplarında mitotik indeks (MI) değerleri de doza bağlı olarak azalmış, mitotik indeks değerleri negatif, pozitif ve çözücü kontrol gruplarına kıyasla istatistiksel olarak anlamlı düzeyde azalmıştır (p < 0.05). Elde edilen bulgular, hem azitromisin hem de klaritromisinin insan periferik lenfositlerinde doza bağımlı genotoksik ve sitostatik etkiler oluşturabileceğini göstermektedir.
Yeşil kaplumbağa (chelonia mydas) yavrularının yumurtadan çıkış başarısına etki eden faktörlerin araştırılması
Yeşil Kaplumbağa (Chelonia mydas), IUCN Kırmızı Liste'ye göre küresel ölçekte "Nesli Tehlike Altında", Akdeniz alt popülasyonu ise "Tehlike Sınırında" olarak sınıflandırılmaktadır. Bu türün korunmasında yuva parametrelerinin bilinmesi kritik öneme sahiptir. Bu çalışma, Adana/Ceyhan Sugözü Kumsalları'nda yürütülmüş ve yuvalama zamanı, yuvanın vejetasyona ve denize uzaklığı, yuva sıcaklığı, yuva derinliği, yuva nemi, kuluçka süresi ve kuluçka büyüklüğü parametreleriyle yumurtadan çıkış başarısı (hatching success) arasındaki ilişki incelenmiştir. Spearman rho analizine göre yuvalama zamanı ile kuluçka süresi arasında negatif korelasyon (rho=-0.57), vejetasyona uzaklık ile nem arasında pozitif korelasyon (rho=0.46), vejetasyona uzaklık ile denize uzaklık arasında ise negatif korelasyon (rho=-0.38) bulunmuştur. İki temel bileşen analizi (TBA1-TBA2) yapılmıştır. TBA1'e göre yuvalama zamanı; yuva derinliği, vejetasyona uzaklık ve kuluçka süresiyle aynı olgu üzerinde negatif ilişkiliyken, denize uzaklık ve kuluçka büyüklüğü bağımsız görünmektedir. TBA2'de, birinci bileşende yuvalama zamanı ve kuluçka süresi; ikinci bileşende yuva derinliği, denize ve vejetasyona uzaklık ile nem; üçüncü bileşende ise vejetasyona uzaklık, denize uzaklık, yuva sıcaklığı ve kuluçka büyüklüğü negatif yönlü ilişkili bulunmuştur. Beta regresyon analiziyle oluşturulan üç modelden en uygun olan iyi model AIC (-13.59) ve pR² (0.324) değerlerine göre seçilmiştir. Sonuçlara göre, sezon başında yapılan, daha derin, daha serin ve kısa kuluçka süresine sahip yuvalar daha yüksek çıkış başarısı göstermektedir. Bu çalışmadaki ortalama yuva sıcaklığı (30.5°C) en yüksek başarı görülen sıcaklık aralığındadır. Beta regresyon analizi, bu tür çok değişkenli durumların yorumlanmasını kolaylaştırmakta ve koruma stratejileri açısından önemli veriler sunmaktadır. Gelecek çalışmalarda çok yönlü veri değerlendirmesi önerilmektedir.
Fethiye körfezi'nden boops boops (linnaeus, 1758) ve pagellus acarne (risso, 1827) (sparidae)'nin otolit biyometri, asimetri ve morfolojik özelliklerinin tespiti
Sparidae, Marmara Denizi ve Akdeniz'de yayılış gösteren ekonomik öneme sahip türleri içeren familyalardan biridir. Bu çalışmada, Fethiye Körfezi'nde yaşayan ve Sparidae familyasından olan Pagellus acarne (Yabani Mercan) ve Boops boops (Kupes Balığı) türlerinin otolit biyometrisinin, asimetrisinin ve morfolojilerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Fethiye Körfezi'nden örneklenen B. boops (n=130) ve P. acarne (n=147) bireylerinin boy-ağırlık ve boy-boy ilişkileri, otolit şekil değişkenleri, otolit kütle asimetrileri ve otolit dalgalı asimetrileri hesaplanmıştır. Ayrıca, her iki türün sagittal otolitlerinin Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM) çekimleri de gerçekleştirilmiştir. B. boops bireylerinin ortalama ağırlık ve total boyları sırasıyla 41.43±12.274 g ve 16.0±1.409 cm şeklindedir. P. acarne bireylerinin ortalama ağırlıkları 37.83±10.272 g ve ortalama total boyları 13.90±1.073 cm olarak belirlenmiştir. Tüm B. boops bireyleri için total boy-ağırlık ilişkisi W=0.0024TB3.506 (R2=0.916) ve tüm P. acarne bireyleri için total boy-ağırlık ilişkisi W=0.0095TB3.137 (R2=0.944) olarak tespit edilmiştir. B. boops ve P. acarne türlerinin Fethiye Körfezi'nde pozitif allometrik büyüme gösterdiği tespit edilmiştir. P. acarne ve B. boops türlerinin otolit morfolojisi, biyometrisi ve asimetrisinin belirlenmesi amacıyla sagittal otolitleri çiftler halinde çıkarılmıştır. Otolitlerin ağırlık (OA), boy (OB), genişlik (OG), alan (A) ve çevre (Ç) değerleri ölçülmüştür. P. acarne ve B. boops bireylerinin sağ ve sol otolitleri arasında hem otolit genişliği hem de otolit boyu bakımından istatistiksel olarak anlamlı bir fark tespit edilmiştir (p<0.05). P. acarne'nin sağ ve sol otolitlerinin ortalama boy-en oranı değerleri sırasıyla 1.7437 ve 1.7616 (p<0.05), ortalama eliptiklik değerleri sırasıyla 0.2704 ve 0.2752 (p<0.05) ve ortalama nispi otolit boyu değerleri sırasıyla 40.9774 ve 41.1409 (p<0.05) olarak hesaplanmıştır. B. boops'un sağ ve sol otolitlerinin ortalama yuvarlaklık değerleri sırasıyla 0.5192 ve 0.5093 (p<0.05), ortalama dikdörtgenlik değerleri sırasıyla 0.6967 ve 0.6764 (p<0.05) ve ortalama nispi otolit boyu değerleri sırasıyla 35.1266 ve 35.8057 (p<0.05) olarak belirlenmiştir. B. boops bireylerinin otolit kütle asimetrisi değerleri -0.0684 ve 0.0342 aralığında, P. acarne bireylerinin otolit kütle asimetrisi ise -0.0842 ve 0.0842 değerleri arasında bulunmuştur. B. boops bireylerinde otolit genişliği, otolit boyu ve otolit alanı karakterlerindeki en yüksek dalgalı asimetri değeri 170-179 mm boy grubunda ve otolit çevresi karakterindeki en yüksek dalgalı asimetri değeri 120-129 mm boy grubunda gözlemlenmiştir. P. acarne bireylerinde otolit genişliği karakterindeki en yüksek dalgalı asimetri değeri 140-159 mm boy grubunda, otolit boyu, otolit alanı ve otolit çevresi karakterlerindeki en yüksek dalgalı asimetri değeri ise 120-139 mm boy grubunda gözlemlenmiştir. Bu çalışmada Fethiye Körfezi'nde yaşayan B. boops ve P. acarne türlerinin otolit morfolojisi, biyometrisi ve asimetrisine dair önemli ilk veriler sunulmuş ve bu türlerin popülasyon yapısının anlaşılmasına katkı sağlanmaya çalışılmıştır. Elde edilen bulgular, türlerin büyüme özellikleri ile otolit yapılarındaki asimetrilerin biyolojik ve çevresel faktörlerle ilişkili olabileceğini göstermektedir.
Ağır metallerin yeşil kaplumbağa (chelonia mydas) yavrularında birikimi ve yumurtadan çıkış başarısına etkileri
Bu çalışma, nesli tehlike altında olan Chelonia mydas (yeşil kaplumbağa) için önemli bir yuvalama alanı olan Sugözü Kumsalları'nda (Adana) yürütülmüştür. Araştırmanın amacı, yuva ortamı ve yavru kaplumbağa dokularındaki ağır metal birikiminin yeşil kaplumbağaların yumurtadan çıkış başarısına olan potansiyel etkilerini değerlendirmektir. Ayrıca çalışma ile maternal transfer veya çevresel maruziyet yoluyla taşınım ve farklı dokulardaki ağır metal birikim eğilimlerinin de belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla araştırma kapsamında, yavru kaplumbağalara ait karaciğer, kas, karapas, beyin, yolk ve böbrek-gonad kompleksi (BGK) dokuları ile yuva kumu, yumurta kabuğu ve yuvalayan bireylerden alınan kloak sıvısı örneklerindeki arsenik (As), cıva (Hg), kurşun (Pb), kadmiyum (Cd), bakır (Cu), çinko (Zn), demir (Fe), mangan (Mn) ve baryum (Ba) elementlerinin konsantrasyonları Endüktif Eşleşmiş Plazma - Optik Emisyon Spektrometrisi (ICP-OES) analiz edilmiştir. Çeşitli doku ve örnek çeşitlerinde en fazla birikim gösteren ortalama ağır metal konsantrasyonları incelendiğinde; karaciğer dokusunda Cu (31.62 ppm) ve Hg (14.48 ppm), kas dokusunda As (4.84 ppm) ve Zn (129.6 ppm), karapasta Ba (70.75 ppm), yuva kumunda ise Mn (337.02 ppm), Fe (9349 ppm) ve Pb (1.91 ppm) en yüksek konsantrasyonlarda tespit edilmiştir. Çalışmada As, Ba, Hg, Zn ve Cu elementleri için potansiyel maternal aktarım öne çıkarken; bazı toksik ağır metallerin (Pb, Ba) yumurtadan çıkış başarısını olumsuz etkileyerek çıkış oranlarını düşürebileceği belirlenmiştir. Ayrıca bazı esansiyel ağır metallerin (Fe, Mn) belirli düzeylerde yumurtadan çıkış başarısını destekleyici etkilere sahip olabildiği, bazı durumlarda ise esansiyel metallerin (Zn, Cu) toksik etkilere neden olarak yumurtadan çıkış başarısını düşürebileceği tespit edilmiştir. Sonuç olarak bu çalışma, deniz kaplumbağalarının yumurtadan çıkış başarısı üzerinde etkili olabilen çevresel kirleticilerden ağır metallerin, farklı dokulardaki birikim paternlerini, potansiyel geçiş ve transfer mekanizmalarını ve yumurtadan çıkış başarısı ile olan ilişkilerini ortaya koyarak; doku ve yuva parametreleriyle bağlantılı anlamlı ilişkilerin varlığını göstermiştir. Elde edilen bulgular, koruma biyolojisi ve habitat yönetimi açısından ağır metal kirliliğinin potansiyel tehditlerini vurgulayarak, deniz kaplumbağalarının korunmasına yönelik stratejilerin geliştirilmesine katkı sunmaktadır. Anahtar Kelimeler: Akümülasyon, Ağır Metal, Chelonia mydas, Kirlilik, Yumurtadan Çıkış Başarısı
Yeşil kaplumbağa (chelonia mydas) yavrularında görülen anomaliler
Bu çalışma Chelonia mydas (Yeşil Kaplumbağa) için önemli yuvalama alanı olan Sugözü Kumsallar'ında (Adana-Türkiye) gerçekleşmiştir. Normal ve anomali görülen Chelonia mydas yavrularının morfolojik ölçümleri (boy ve ağırlık) değerlendirilmiş ve istatistiksel analizler gerçekleştirilmiştir. Çalışma kapsamında toplam 861 yavru birey incelenmiş (396 normal, 465 anomali görülen yavru) ve her bir bireyin düz karapas boyu (DKB), düz karapas eni (DKE) ve vücut ağırlığı verileri kaydedilmiştir. Morfolojik ölçümler ile anomali görülme durumu ve yuva parametreleri arasındaki ilişkileri değerlendirmek amacıyla korelasyon analizleri gerçekleştirilmiştir. Ölçümler arasında doğrusal ilişki olup olmadığını belirlemek için Pearson korelasyon testi uygulanmıştır. Sugözü kumsalından 10 yuva ve Akkum kumsalından 18 olmak üzere toplam 28 yuva incelenmiştir. İncelenen yuvalarda, yavruların % 54.01'inde anomali gözlenmiştir. Karapas plaklarındaki anomali yüzdeleri, %21.38'inde nuchal, %12.67'sinde vertebral, %1.04 sol marjinal, %1.04 sağ marjinal, %6.62 sol costal ve %5.81 sağ costal şeklindedir. Sonuçlar, anomali görülen yavruların ortalama ağırlığının (19.13 g) normal yavrulara (19.56 g) göre düşük olduğunu göstermiştir. Anomali görülen yavrulardan ortalama DKB 44.81 mm, ortalama DKE 33.35 mm olarak hesaplanırken, normal yavrularda ortalama DKB 45.20 mm, ortalama DKE 33.73 mm olarak bulunmuştur. Elde edilen sonuçlar, anomali görülen bireylerin daha küçük boyutlara ve daha düşük ağırlıklara sahip olduğunu ve bu farkın istatiksel olarak anlamlı olduğunu (P<0.0005) göstermektedir. Görülen anomalilerin, bireylerin büyüme, gelişim ve denizde hayatta kalma oranları açısından dezavantajlı olabileceği düşünülmektedir. Çalışmada elde edilen bulgular, deniz kaplumbağalarının gelişimsel anomalilerini anlamak ve korunma stratejileri geliştirmek açısından önemli bilgiler sunmaktadır.
Nişasta kökenli biyobozunur mikroplastikten salınan sekonder nanoplastiklerin oluşumu, karakterizasyonu ve bunlara maruz kalan Caenorhabditis elegans'ın hücresel cevabı ve hiperspektral görüntülemesi
Son 50 yılda plastik üretimi, stratejik sektörlerdeki yaygın kullanımı nedeniyle hızla artmış ve bu durum hem sucul hem de karasal ekosistemlerde ciddi çevresel sorunlara yol açmıştır. Bu bağlamda, çevrede daha kolay parçalanabilen biyolojik olarak parçalanabilir plastikler, geleneksel plastiklerin neden olduğu kirliliğe karşı ekolojik bir alternatif olarak ön plana çıkmaktadır. Ancak bu plastiklerin çevredeki bozunmaları sırasında mikro ve nanoplastiklere ayrışabildikleri ve bu parçacıkların çevresel etkilerinin henüz tam olarak anlaşılamadığı bilinmektedir. Özellikle sekonder nanoplastikler ekotoksikolojik açıdan yeni ancak endişe verici bir kirletici grubu olarak değerlendirilmektedir. Serbest yaşayan nematod Caenorhabditis elegans, ekotoksikolojik çalışmalarda mükemmel bir model organizma olarak ön plana çıkmaktadır. Bu tez, nişasta kökenli biyobozunur bir plastik olan poli (bütilen adipat-ko-tereftalat) (PBAT) mikroplastiklerinin abiyotik koşullarda bozunmasıyla oluşan sekonder nanoplastiklerin (PBAT/SNP) biyoyararlanımını ve toksisitesini değerlendirmek için C. elegans kullanımını incelemektedir. Bu üretilen PBAT/SNP'lerin ayrıntılı karakterizasyonun yapıldıktan sonra farklı konsatrasyonlarda maruz bırakılarak verdiği hücresel yanıt açısından test edilmiştir. Bozunan PBAT/SNP'lerin C. elegans'taki biyoyararlanımı ve toksisitesi, öldürücülük, davranış ve üreme son noktaları kullanılarak değerlendirilmiştir. PBAT/SNP'lerin hiperspektral görüntülemesi ise farklı mikroskopi teknikleri kullanılarak değerlendirilmiştir. 7 günlük abiyotik bozunma süresi sonunda oluşan PBAT/SNP'lerin ortala çapı 69,93 küresel parçacıklar, -7,28 mV zeta potansiyeline sahip negatif yüzey yüklü oldukça kararlı parçacıklar ve 0,043 PDI değeri ile oldukça homojen dağılım gösteren parçacıklar olduğu kaydedilmiştir. PBAT/SNP'lerin fonksiyonel grupları FT-IR spektrumu ile doğrulandı. Bu analiz sonucunda, bozunmadan sonra, PBAT pikleri zayıflamış ve bazı pikler kaybolmuş ya da kaymıştır bu da bozunmanın gerçekleştiğine dair sonuçlarımızı desteklemiştir. PBAT/SNP'lerin 50-500 mg/ml konsantrasyon aralığında C. elegans'larda letal etkileri ve termotolerans deneyleri ile hayatta kalma yüzdeleri değerlendirilmiş ve en etkili 100 mg/ml olduğu kaydedilmiştir. Bu biyodeneyler sonucunda nanoplastiklerin düşük konsantrasyonlarda daha toksik etkili yüksek konsantrasyonlarda ise toksik etki etmediği anlaşılmıştır. Bu durumun temel sebebi ise nanoplastiklerin yüksek konsantrasyonlarda agregasyon oluşturmasına bağlanmıştır. Yüksek konsantrasyonlarda nanoplastikler daha büyük parçacıklar oluşturarak C. elegans'lar tarafından alınımı engellenir. Bu sonuçlarımızı yine faz kontrast mikroskobu ile yaptığımız hiperspektral görüntülemeler desteklemektedir. Nanoplastik içermeyen kontrol grubu ile 250 ve 500 mg/ml yüksek konsantrasyonlardaki PBAT/SNP'leri içeren deney gruplarındaki C. elegans'ların bağırsak içeriği yeşile değişen turkuaz görüntüsündedir. Bu görüntü C. elegans'ların sadece OP50 suşu ile beslendiğinin kanıtıdır.
Farklı gübrelerde yetiştirilen solanum lycopersicum L. (Domates) bitkisinin bazı kalite parametrelerinin karşılaştırılması
Bu çalışmada balık atığı kompostu, koyun gübresi, bakteri kültürü ve kimyasal gübre (DAP) uygulamalarının domateste (Solanum lycopersicum L.) yaprak azot, fosfor, potasyum, kalsiyum, magnezyum besin elementleri ile SPAD klorofil değerleri ve meyve ağırlığı, meyve boyu, meyve çapı, meyve hacmi, meyve suyunda suda çözünebilir kuru madde içeriği (SÇKM), meyve suyunda titre edilebilir toplam asit miktarı, meyve suyunda pH içeriği özellikleri belirlenerek karşılaştırılmıştır. Meyve alma dönemi iki hasat olarak yapılmıştır. Çalışmada kullanılan toprak örneklerinde tekstür, pH, elektriksel iletkenlik, kireç, organik madde, alınabilir fosfor ve potasyum analizleri yapılmıştır. Çalışma sonucunda en yüksek besin elementi içeriklerine koyun gübre uygulaması yapılan ortamda büyütülen domates yapraklarında rastlanmıştır. SPAD klorofil değeri açısından en yüksek değer balık atığı kompostu uygulamasındadır. En yüksek meyve ağırlığı ve boyu değerleri de koyun gübre uygulamasında belirlenmiştir. Meyve boyu ve çapının en yüksek değerleri balık atığı kompostu uygulamasının ikinci hasat dönemindedir. Meyve suyundaki asitlik açısından değerlendirildiğinde ise her iki hasatta de elde edilen meyvelerin tatlı olduğu belirlenmiştir. Toprak analiz sonuçlarına göre, killi tınlı, nötr, kireçli, organik madde ve alınabilir fosfor açısından fakir, potasyum bakımından zengin özellikte olduğu görülmektedir.
Kayseri Yeşilhisar ilçesi'nde yetişen Beta vulgaris L. (şeker pancarı) bitkisinin iz element miktarı ve ağır metal akümülasyonu açısından izlenmesi
Bu çalışmada Kayseri'nin Yeşilhisar ilçesinde 5 farklı bölge (Kilcan , Kesik, Hacılımezarlığı, Kıraç tepe, Hacıbektaş) ve kontrol bölgesi (Dağılgan) olmak üzere 6 farklı lokaliteden toplanan şeker pancarı (Beta vulgaris L.) bitkisinin yaprak, gövde, kök ve yetiştiği toprak örneklerinin, ağır metal (Cr, Zn, Fe, Cu, Co, Cd, Ni, Mn, Pb ve As) içerikleri ICP-MS cihazı kullanılarak analiz edilmiştir. Elde edilen sonuçlar Dünya sağlık örgütü (WHO) ve Toprak kontrol yönetmeliği limit değerlerine göre karşılaştırılması yapılmıştır. Şeker pancarında; Cr konsantrasyonu 1,04 - 5,23 µggˉ¹, Mn konsantrasyonu 12,15 – 78,96 µggˉ¹, Fe konsantrasyonu 24,73 – 390,66 µggˉ¹, Co konsantrasyonu 0 µggˉ¹ -1,43 µggˉ¹, Ni konsantrasyonu 1,13 – 32,64 µggˉ¹, Cu konsantrasyonu 1,02 – 14,78 µggˉ¹, Zn konsantrasyonu 10,13 -104,26 µggˉ¹, As konsantrasyonu 0 – 3,67 µggˉ¹, Cd konsantrasyonu 0 - 0,45 µggˉ¹ ve Pb konsantrasyonu 0,02 – 1,85 µggˉ¹ arasında tespit edilmiştir. Bununla birlikte toplanan örneklerde şeker pancarı, toplanan topraklar fark etmeksizin ağır metal bakımından kirlilik göstermektedir. En düşük kirlilik oranı kontrol grubu iken, en az kirlilik deney grubu içerisindeki topraklarda olduğu tespit edilmiştir. Bu sonuçlara göre şeker pancarı bitkisinde bazı metaller (Cd ve Pb) WHO ve Toprak kontrol yönetmeliğine göre sınır değer aşmadığı sonucuna varılmıştır.
Alcea rosea'nın Drosophila melanogaster'de larval ve ergin toksisite üzerine etkilerinin araştırılması
İnsanlar var olduklarından beri başta beslenme olmak üzere çeşitli hastalıkları tedavi etmek ya da hastalıklardan korunmak amacıyla bitkileri kullanmaktadırlar. Bitkilerin hemen hepsinde bulunan flavanoidler, bitkilerin tıp alanlarında tedavi amaçlı kullanımını artırmıştır. Günümüzde ise tedavi edici bitkilerin kontrolsüz ve bilinçsiz kullanımı insan sağlığı için bir tehdit unsuru haline gelmiştir. Genellikle süs bitkisi olarak bilinen Alcea rosea L. özellikle fitoterapi alanında kullanılan, iltihap giderici, immün düzenleyici, analjezik ve hipoglisemik özelliklere sahip Malvaceae familyasına ait tedavi edici bir bitkidir. Bu çalışmada, A. rosea'nın Drosophila melanogaster'in Oregon R yabanıl soyunda larval ve ergin toksisite üzerine olan etkileri ilk kez araştırılmıştır. Bu amaçla, A. rosea metanolik özütü 25 mg/ml, 50 mg/ml ve 75 mg/ml olmak üzere üç farklı konsantrasyonda larva ve ergin bireylere uygulanmıştır. Larval mortalite deneyinde 3. evre larvalar; ergin toksisite deneyinde virgin dişi ve yeni nesil erkek bireyler elde edilerek deneyler kurulmuştur. Sonuç olarak, larval mortalitenin negatif kontrol grubuna göre uygulama gruplarında sırasıyla %11,39, %14,59 ve %17,79 oranlarıyla arttığı belirlenmiştir. Larvadan ergine gelişen sineklerin %46,61'inde anomaliler mevcut olup kalitesiz bireyler tespit edilmiştir. Artan konsantrasyon miktarına bağlı olarak anomalili bireylerin miktarında da artış olduğu belirlenmiştir. Ergin toksisite kapsamında 25 mg/ml, 50 mg/ml ve 75 mg/ml'lik uygulama gruplarına ait maksimum ömür uzunluğu değerleri dişi bireylerde sırasıyla 50,66 ± 13,43; 56,00 ± 14,14 ve 53,00 ± 4,24 gün; erkek bireylerde 49,00 ± 14; 53,66 ± 12,50 ve 61,66 ± 7,50 gün olarak tespit edilmiştir. Ortalama ömür uzunluğu ise dişilerde sırasıyla 35,15 ± 7,75; 31,21 ± 7,09 ve 23,68 ± 1,08 gün; erkeklerde 31,72 ± 3,32; 31,35 ± 4,95 ve 26,24 ± 8,86 gün olarak belirlenmiştir. Negatif kontrol grubuna göre, 75 mg/ml'deki erkeklerin maksimum ömür uzunluğu hariç uygulama gruplarındaki dişi ve erkek bireylerin maksimum ve ortalama ömür uzunluğunun azaldığı tespit edilmiştir. Sonuç olarak, uygulama gruplarında doz artışına bağlı olarak meydana gelen mortalite, ortalama ve maksimum ömür uzunluğu verileri negatif kontrol grubu ile karşılaştırıldığında gruplar arasındaki fark istatistiki olarak anlamlıdır.
Montivipera wagneri ve M. raddei engerek türlerinin zehirlerinden L-amino asit oksidaz enziminin kısmi saflaştırılması
Yılan zehrinin bir bileşeni olan L-amino asit oksidaz (LAAO), L-amino asidin α-keto aside oksidatif deaminasyonunu katalize ederek hidrojen peroksit (H2O2) üreten bir flavoenzimdir. L-amino asit oksidaz, apoptoz indüksiyonu, trombosit agregasyonu, kanama, hemostaz ile etkileşim, ödem oluşumu, antitümör, antiparazit, antienflamatuvar, antimikrobiyal, anti-HIV, antilayşmanyaz ve zehirlenme toksisitesi gibi çok çeşitli biyolojik aktivitelere sahiptir. Bu aktiviteleri, kanser ve AIDS gibi bazı hastalıklarda terapötik ajan olarak kullanılma potansiyeline gündeme getirmiştir. Bu tez kapsamında yapılan çalışmada Montivipera wagneri ve M. raddei zehirlerinden LAAO enziminin kısmi saflaştırılması gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla jel filtrasyon kromatografisi ile fraksiyonlama yapılmıştır. Her bir fraksiyonun enzim aktivitesi substrat olarak L-lösin kullanılarak gerçekleştirilen spektrofotometrik ölçüm ile test edilmiş ve LAAO enziminin aktif olduğu fraksiyon belirlenmiştir. Ayrıca SDS-PAGE yöntemi ile iki tür için LAAO enzim aktivitesi belirlenen fraksiyonlardaki proteinlerin indirgenmiş ve indirgenmemiş olarak molekül ağırlıkları belirlenmiştir. Sonuç olarak M. wagneri ve M. raddei türlerinin zehrinde belirgin aktiviteye sahip LAAO enzimi bulunduğu tespit edilmiş, kısmi saflaştırılması gerçekleştirilerek enzimin yapısı ve aktivitesi hakkında bilgi edinilmiştir. Mevcut tez bu amaçla gerçekleştirilmiş ilk çalışmadır. Bu çalışma ile M. raddei ve endemik tür olan M. wagneri zehirlerinden LAAO saflaştırılması ve karakterizasyonunun yapılarak enzimin biyoteknolojik açıdan değerlendirilmesi için önemli bir adım atılmıştır.
Venlafaksin'in drosophila melanogaster'in (Diptera: Drosophilidae) larva yaşayabilirliği ve ergin bireylerinin yaşam süresi üzerine etkilerinin değerlendirilmesi
Depresif bozukluklar genel olarak, genetik, biyolojik, sosyolojik ve çevresel olarak ortaya çıkan ve günümüzün en sık rastlanılan hastalıklardan biridir. Son yıllarda serotonin nor-epinefrin geri alım inhibitörleri (SNRI) grubuna ait bir antidepresan ilaç olan venlafaxin özellikle analjezik semptomlarda, majör depresif bozukluk ve anksiyete tedavisinde sıklıkla kullanılmaktadır. Bu çalışmada venlafaxinin farklı doz-süre etkileşimine bağlı olarak Drosophila melanogaster Oregon-R'de, ergin dişi ve erkek popülasyonlarında larva yaşayabilirliği ve ömür uzunluğu üzerine olan etkileri ilk kez araştırılmıştır. Buna göre, negatif kontrol (NK), solvent kontrol (SK) ve venlafaxin'in 1 mg/mL, 2 mg/mL, 4 mg/mL ve 8 mg/mL olmak üzere dört farklı konsantrasyonu larva ve ergin bireylere uygulanmıştır. Deneysel bulgular değerlendirildiğinde, doz artışına bağlı olarak larva yaşama oranının azaldığı, ergin dişi ve erkek bireylerin maksimum ve ortalama ömür uzunluğunun azaldığı tespit edilmiştir. Ayrıca, doz gruplarında larva ve ergin bireylerde çeşitli malformasyonlar meydana geldiği tespit edilmiştir. Sonuç olarak, uygulama gruplarında doz artışına bağlı larva yaşayabilirliği, ortalama ve maksimum ömür uzunluğu verileri negatif kontrol grubu ile karşılaştırıldığında gruplar arasındaki fark istatistiki olarak anlamlı olduğu belirlenmiştir.
Nohutta (Cicer arietinum) kurşun (Pb) toksisitesinin hafifletilmesinde bakır nanoçiçek öncül uygulamasının çimlenme ve antioksidan savunma üzerine etkileri
Bakır bazlı hibrit nanoçiçekler (Cu-HnF) ve diğer bitki nanomalzemeleri, özellikle stresin azaltılmasıyla ilişkili olarak tarım alanında heyecan verici bir araştırma alanı sunmaktadır. Bu çalışmada, Cu-HnF'nin (10 ve 20 mg/L) nohut (Cicer arietinum) ile ilişkili kurşun (Pb) toksisitesini (10 ve 20 mM) hafifletici etkisi, bir tohum ön işlem (priming) ajanı olarak değerlendirilmiştir. Çalışmada; çimlenme gibi yanıt parametrelerinin yanı sıra, oksidatif stres göstergeleri (malondialdehit – MDA), antioksidan enzim aktiviteleri ve çeşitli stresle ilişkili genlerin ekspresyon düzeyleri analiz edilmiştir. Pb maruziyeti çimlenme oranını azaltmış ve oksidatif stresi yansıtan MDA seviyelerini artırmıştır. Ancak, Cu-HnF ile yapılan tohum ön işlemi, Pb stresine maruz kalan grupta çimlenmeyi iyileştirmiş ve kurşun uygulamasına kıyasla MDA seviyelerinde eş zamanlı bir azalma sağlamıştır. Cu-HnF ile yapılan ön işlem, Pb stresine maruz kalma durumunda süperoksit dismutaz (SOD), katalaz (CAT) ve askorbat peroksidaz (APX) gibi çeşitli antioksidan enzimlerin aktivitelerinde artış sağlamıştır. Gerçek zamanlı RT-PCR (qRT-PCR) analizinde, Cu-HnF ile ön işlem uygulaması, ilgili SOD ve CAT genlerinin ekspresyonunu artırmış ve bu durum, uygulama sonrası gözlemlenen antioksidan enzim aktiviteleriyle desteklenmiştir. Özetle, Cu-HnF ile yapılan tohum ön işlemi, geliştirilmiş çimlenme, azalan oksidatif hasar ve hem enzimatik hem de transkripsiyonel düzeyde aktive edilen antioksidan savunma sistemleri sayesinde nohutun Pb stresine karşı toleransını artırma potansiyeli göstermiştir. Bu sonuçlar, Pb gibi ağır metal kirleticilerle etkilenmiş bölgelerde sürdürülebilir tarım uygulamalarının geliştirilmesinde, bakır bazlı hiyerarşik nanoçiçekler tohum ön işleminin potansiyelini ortaya koymaktadır. Anahtar Kelimeler: Nanoçiçekler, Tohum ön işlemi (priming), Kurşun (Pb) toksisitesi, Oksidatif stres, Antioksidan enzimler
Carassius auratus (Japon Balığı)'da Pb ve Zn toksisitesine karşı B12 vitamininin iyileştirici etkisinin biyokimyasal olarak incelenmesi
Sucul ortamların ağır metalle kirlenmesi sonucu bu ortamda yaşayan canlı organizmalarda ağır metal birikimi olmaktadır. Bu birikim canlılar için toksik etki gösterir. Çalışmamızda farklı konsantrasyonlarda kurşun ve çinkonun Carassius auratus (Japon Balığı)'da oluşturduğu toksisiteye karşı B12 vitamininin iyileştirici etkisi araştırılmıştır.Balıklar 15 gün boyunca laboratuvar koşullarına adapte edilmiştir. Adaptasyonun ardından 72 balık her grupta 6 balık olacak şekilde gruplandırılmış ilk 6 grup kurşun , kalan 6 grup çinko grubu olarak etiketlenmiştir. İki ağır metalinde ilk grupları kontrol grubu olarak belirlenmiştir. Çinko grupları için 1mg , 2mg , 3mg , 4mg , 5mg çinko saf suda seyreltilip akvaryumlara ilave edilmiştir. Aynı şekilde kurşun grupları için de 1mg , 2mg , 3mg , 4mg , 5mg kurşun saf suda seyreltilip akvaryumlara ilave edilmiştir. Balıklar bu akvaryumlarda çinko ve kurşuna 8 gün maruz bırakılmıştır.Her gruptan 3 balık alınıp yüksek doz anesteziye maruz bırakılıp yaşamına son verilerek dondurucuya kaldırılmıştır. Kalan balıkların suları değiştirilip her akvaryuma bir ampul B12 vitamini ilave edilmiş balıklar 7 gün bu suda kalmıştır. Balıklar yüksek doz anesteziye maruz bırakılıp yaşamlarına son verilmiştir. İlk aşamadaki balıklarla birlikte karaciğer dokuları alınmış ve ICP-MS yöntemiyle dokulardaki ağır metal birikimlerine bakılmıştır. Çinko grubu balıklarında ağır metal maruziyetinden sonra ölçülen değerler sırasıyla 109,361 mg/lt - 199,318 mg/lt - 273,084 mg/lt - 195,930 mg/lt - 251,540 mg/lt - 182,103 mg/lt şeklinde görülmüştür. Çinko grubu balıklarında ağır metal maruziyetinden sonra ilave B12 vitamini verildikten sonra ölçülen değerler sırasıyla 225,297 mg/lt - 130,948 mg/lt - 216,508 mg/lt - 151,280 mg/lt - 141,094 mg/lt - 283,180 mg/lt şeklinde görülmüştür. Kurşun grubu balıklarında ağır metal maruziyetinden sonra ölçülen değerler sırasıyla 179,275 mg/lt - 148,066 mg/lt - 176,616 mg/lt - 174,278 mg/lt - 154,523 mg/lt - 349,929 mg/lt şeklinde görülmüştür. Kurşun grubu balıklarında ağır metal maruziyetinden sonra ilave B12 vitamini verildikten sonra ölçülen değerler sırasıyla 68,586 mg/lt - 333,058 mg/lt - 258,900 mg/lt - 406,442 mg/lt - 325,594 mg/lt - 488,404 mg/lt şeklinde görülmüştür.Elde ettiğimiz bulgular göz önünde bulundurulduğunda her iki ağır metal için ayrı bir değerlendirme yapıldığında B12 çinkonun oluşturduğu toksisiteyi ortadan kaldırmaktadır. Kurşunun oluşturduğu hasara karşı ise B12 vitamininin hasarı önlemekte ve koruyucu etki göstermekte yetersiz kaldığını göstermektedir. B12 kurşunda sadece bünyede bulunan düşük konsantrasyonda iyileştirici etki göstermektedir. Sonuç olarak B12 iyileştirici bir ajan olarak kullanılabilir. Ancak ağır metalin çeşidi, konsantrasyonu ve oluşturduğu hasarın boyutu göz önünde bulundurulmalıdır. Anahtar Kelimeler: B12 Vitamini, İyileştirici etki, Karaciğer, Kurşun , Çinko
Yeşil sentezlenen altın nanopartikülün akciğer kanseri hücre hattında boyut etkisinin incelenmesi
Heterojen ve agresif fenotip gösteren küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK), dünya çapında kanserden ölümlerin en sık nedenidir. Tüm erkek ve kadın popülasyonlarında en yaygın ve en ölümcül malignite olarak bilinmektedir. Akciğer kanseri vakalarının çoğuna geç evrelerde teşhis konulmaktadır ve genel sağkalım oranları düşüktür. Akciğer kanseri tedavisinde cerrahi hala kullanılan temel yaklaşımdır; ancak çok sayıda hasta nüks ve ilaç tedavisi başarısızlığı nedeniyle ölmektedir. Cerrahiyi takiben kullanılan çoğu kemoterapötik ilaç hem kanser hem de sağlıklı hücrelerde sistemik sitotoksisiteye ve ciddi yan etkilere neden olmaktadır. Bu nedenle, yeni terapötik hedeflerin daha fazla araştırılmasına ihtiyaç artmaktadır. Yeşil sentezlenen altın naopartiküllerin (AuNP) moleküler çözünürlükte hücrelerle etkileşime girebilmesi ve üstün biyouyumluluk sağlaması nedeniyle yakın zamanda insanlarda akciğer kanseri tedavisinde potansiyel terapötik ajanlar olarak hizmet edebileceği öngörülmektedir. Diğer nanopartiküllere göre daha kararlı ve biyouyumlu metal nanopartikül olan AuNP'ler antifungal, antibakteriyel, antiviral ve antikanser aktiviteleri sayesinde tıpta yaygın olarak kullanılma potansiyeline sahiptir. Bununla birlikte COX-2 seçici inhibitör olan Celecoxib, kanserin tedavisi ve önlenmesinde önemli bir rol oynamaktadır. COX-2 inhibitörleriyle birlikte çeşitli antineoplastik ilaçların kullanılması kanser kontrolü ve tedavisi için umut vaat etmektedir. AuNP ve Celecoxib ajanının kombine tedavisinin akciğer kanserinde tümör baskılayıcı aktivitelere aracılık ederek tümör ilerlemesini inhibe etmek için potansiyel yeni bir stratejiyi temsil edebileceği düşünülmektedir. Bu kapsamda yapılacak olan çalışmalar akciğer kanseri ilerlemesinin önlenmesi ve tedavisine büyük ölçüde katkı sağlayacaktır. Bu tez çalışmasında yeşil sentez ile antikanser etkisi bilinen Orchis Spitzelii (Salep) bitkisinin kök kısmının sulu ekstrakt konsantrasyonu değiştirilerek farklı boyutlarda AuNP sentezi gerçekleştirilmiştir. Sentezlenen AuNP'ler UV-Vis, XRD, FT-IR, DLS, Zeta potansiyel, TEM ve FESEM-EDX yöntemleri ile karakterize edilmiştir. Artan dozlarda yeşil sentezlenen AuNP'ler, Orchis Spitzelii (Salep) bitki ekstraktı ve Celecoxib ajanı ile NCI-H441 insan akciğer kanseri ve HUVEC hücre hattı 24 saat boyunca muamele edilmiştir. NCI-H441 insan akciğer kanseri ve HUVEC sağlıklı hücre hattı üzerindeki sitotoksik etkileri hücre canlılık testi ile belirlenmiştir. Belirlenen IC50 dozları ile PPARγ sinyal yolağı ve anjiyogenez, invazyon, metastaz, yağ asidi metabolizması ile ilgili hedef genler olan CD36, TIMP2, MMP2, PGE2, COX-2 ve VEGFR2 gen ekspresyonlarındaki değişiklikler qRT-PCR ile incelenmiştir. Ek olarak EMT sürecinde yer alan MMP2 protein düzeyi değişimi Western Blot yöntemiyle incelenmiştir. Yeşil sentezlenen AuNP'lerin hücre canlılığı testi sonucunda boyutları küçüldükçe sitotoksisitelerinin arttığı, qRT-PCR sonucunda Ekstrakt ve Celecoxib ajanından daha iyi seviyede anjiyogenez ve EMT süreci ile ilişkili olan PPARγ, CD36 ve TIMP2 gen ekspresyonunu istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde upregüle ettiği ve MMP2, PGE2, COX-2 ve VEGFR2 genlerinin ekspresyonunu istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde downregüle ettiği sonucuna ulaşılmıştır. Western Blot çalışması, gen ekspresyon çalışmalarıyla paralel olarak MMP2 protein düzeyinin istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde baskılandığını göstermiştir. Çalışma kapsamında tüm veriler değerlendirildiğinde yeşil sentezlenen AuNP'lerin arzu edilen şekilde NCIH441 akciğer kanseri hücrelerine kıyasla sağlıklı HUVEC hücrelerine karşı daha yüksek biyouyumluluk sergilediği belirlenmiştir. Yeşil sentezlenen AuNP'lerin, akciğer kanseri hücrelerinde MMP-2'nin indüklediği EMT'yi ve VEGFR2'nin indüklediği anjiyogenezi inhibe ettiğini ve metastazı önlediğini gösterdik. PPARγ'nın AuNP'ler ile aktivasyonu, mezenkimal belirteç olan MMP2 ekspresyonunu önlemektedir. AuNP'lerin düşük toksisite profiliyle birlikte verilerimiz, bu nanopartiküllerin metastazı inhibe etmek için potansiyel terapötik ajanlar olarak hizmet edebileceğini göstermektedir
Asetat ortamında büyütülen cereıbacter sphaeroıdes O.U. 001, rhodopseudomonas palustrıs 7850 ve cuprıavıdus necator h16 ile polihidroksibütirat (PHB) üretimi ve üretilen polimerlerin karakterizasyonu
Dünyada nüfus artışı, yenilenemeyen kaynakların azalışı ve günlük hayatımızın bir parçası olan plastik ürenlerin çoğalması, petrol türevli plastiklerin doğada kalbolmaması sonucu oluşan çevre kirliliği güncel problemler arasındadır. Biyo uyumlu, parçalanabilir ve yenilenebilir özellikleriyle termoplastik bir polimer olan polihidroksibütirat (PHB) geleneksel plastiklerin birçok özelliğine sahiptir. Bu biyopolimer sentetik karbon bazlı polimerlere alternatif olarak uygundur. Alcaligenes, Rhodobacter, Bacillus, Rhizobium, Pseudomonas gibi farklı mikroorganizmalar tarafından sentezlenmektedir. Monomerlerin birleştirilmesi ve sentezi olarak enzimatik aşamaların gerçekleşmesi ile polimer biyosentezi gerçekleşir. Polihidroksibütirat (PHB) biyosentezini β-ketotiyolaz, asetoasetil-CoA, PHB polimeraz/sentaz enzimleri ve phbA, phbB, phbC genleri sağlar. PHB bakteriler, topraktaki mikroorganizmalar ve funguslar tarafından uygun koşullar altında parçalanarak karbondioksit, enerji ve su açığa çıkarmaktadır. Biyoparçalanabilir özelliğinden kaynaklı olarak tıp, ziraat, tekstil ve paketleme gibi birçok alanda kullanılmaktadır. Üretimde kullanılması açısından uygun substrat ve besi ortamı kullanıldığıda maliyet azaltılabilmektedir. Cereibacter sphaeroides, Rhodopseudomomas palustris ve Cupriavidus necator 70 mM asetat 2 mM ile sınırlandırılmış amonyum ortamında büyümeleri ve PHB üretimi incelendi. Asetat oranı 10, 25, 40, 55, 70, 85 ve 100 mM ortamlarda optik dansitelerine (OD) bakılarak karar verildi. 70 mM asetat besiyerinde C. sphaeroides, R. palustris ve C. necator'da sırasıyla 4.3, 5.7 ve 3.0 OD değerleri aynı sıra ile 9.6, 9.8 ve 9.1 pH değerleri ölçüldü. PHB granülleri Sudan Black B ve Nile red gibi lipofilik boyalarla tespit edildi. Sudan Black B boyaması ışık mikroskobunda bakıldığında bakteriler içerisinde PHB yoğunluğuna göre mor, mavi, siyah renkler arasında renkler gözlemlendi. Nile red ile floresans mikroskobunda bakıldığında ise küçük noktalar şeklinde kırmızı bir ışıma gözlemlendi. PHB'nin en iyi çözücüsü olan kloroform ile ekstraksiyonu yapıldığında C. sphaeroides'in 14,6 mg, R. palustris'in 31,1 mg, C. necator'un 5,4 mg PHB kuru ağırlıkları tartıldı. PHB verimi incelendiğinde sırasıyla bakterilerde; C. sphaeroides %0,054, R. palustris % 0,11, C. necator % 0,034 değerlerine ulaşıldı. Asetat ortamında PHB üretimine en yüksek seviyede R. palustris'de ulaşılmıştır. Nükleer manyetik rezonans (NMR) spektroskopisi yöntemi ile PHB karakterizasyonu yapılmış, C. sphaeroides ve R. Palustris bakterilerinden saf PHB elde edildiği, C. necator'da elde edilen PHB'nin ise diğer bakterilere kıyasla saf olmadığı ve bazı kirliliklerin de olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışma kapsamında C. sphaeroides, R. palustris ve C. necator'da asetat besiyerinde PHB üretimi ve üretim sonucunca PHB verimi incelenmiştir.
Selüloz asetat kapsüllenmiş bodıpy türevli fotoduyarlaştırıcının fotodinamik antikanser aktivitelerinin araştırılması
Kanser, Dünya Sağlık Örgütü'nün verilerine göre milyonlarca insanın ölümüne sebep olan genetik bir hastalıktır. Günümüzde, çeşitli tedavi yöntemleri geliştirilmesine rağmen görülme sıklığı artmaya devam etmektedir. Kanser tedavisinde uygulanan konvansiyonel yöntemler metastatik olmayan küçük tümörlerde başarı sağlayabilmektedir. Ancak kemoterapötik tedaviler ciddi yan etkilere neden olabilmekte ve istenmeyen sonuçlara yol açabilmektedir. Ayrıca, kanser hücrelerinin kemoterapiye direnç geliştirmesi sonucunda tedavi başarısı düşmekte ve bu da hastalığın nüksü ile sonuçlanabilmektedir. Son zamanlarda fotodinamik tedavi yöntemi kanser tedavileri için umut vaadetmektedir. Fotodinamik tedavi; ışık kaynağı, ışığa duyarlaştırıcı ajan ve oksijenin birlikteliğinde çalışan bir yöntemdir. Fotodinamik kanser tedavisi, cerrahi işlem gerektirmemesi, tekrarlanabilir olması ve tedavide kullanılan fotoduyarlaştırıcı maddelerin doz aşımı tehlikesinin olmaması nedenleriyle birçok avantaja sahiptir. Bu bakımdan işlevsel ve güvenilir bir yöntem olarak görülmektedir. Tez çalışmamızda, BODIPY çekirdeği kullanılarak yeni sentezlenmiş fotoduyarlaştırıcı potansiyeli olan molekülün, melanoma SK-MEL-30, kolorektal karsinoma HT29 ve kontrol olarak sağlıklı fibroblast L929 hücre hatları üzerindeki antikanser etkilerinin araştırılması amaçlandı. Bu bağlamda, BODIPY temelli fotoduyarlaştırıcı molekülün, bu molekülün selüloz asetat ile kapsüle edilmiş formunun ve boş selüloz asetat kapsüllerinin hücreler üzerindeki in vitro etkileri incelendi. Deneysel çalışmamızda moleküllerin sitotoksik etkileri MTT yöntemi ile, apoptotik etkileri Annexin V-FITC kiti kullanılarak akım sitometri yöntemi ile ve ROS miktar tayinini DCFDA kiti ile analiz edildi. Muamele edilen hücrelerin koloni oluşturma kabiliyetleri koloni formasyon deneyi ile belirlendi. BODIPY ile muamele edilen kanser hücrelerinin sağlıklı fibroblastlara kıyasla, özellikle SK-MEL-30 melanoma hücrelerinde, yaklaşık 7-kat yüksek toksik etkilere, %33 oranında total apoptozis düzeyinde artışa, ayrıca özellikle HT29 hücrelerinde, yaklaşık 2.6-kat hücre içi ROS artışına neden olduğu belirlendi. Muamele edilen hücrelerin koloni oluşturma kabiliyetlerinin anlamlı düzeyde azaldığı belirlendi. L929 hücrelerine göre, HT29 hücrelerinin koloni oluşturma kabiliyeti yaklaşık 2.2-kat, SK-MEL-30 hücrelerinin ise yaklaşık 5.3-kat azaldığı belirlendi. Tez çalışmamızın sonucunda, BODIPY-aracılı fotodinamik tedavi yönteminin ilaca dirençli SK-MEL-30 ve HT29 hücre hatlarında hücre içi ROS miktarının artışına bağlı olarak sitotoksisiteye ve apoptotik hücre ölümüne neden olduğunu belirledik. Bu bulgular ışığıda, selüloz asetat ile enkapsüle edilmiş BODIPY moleküllerinin melanoma ve kolorektal karsinoma'ya karşı etkili bir ajan olarak kullanılabileceğini ileri sürmekteyiz. Anahtar Kelimeler: Anti-kanser etkiler, Fotodinamik tedavi, Kolorektal karsinoma, Melanoma, Reaktif oksijen türevleri.
Kavunda (Cucumis melo L.) sıcaklık stresine cevabın transkriptom düzeyinde araştırılması
Kavun (Cucumis melo L.) bitkisi ekonomik açıdan önemli bir bitkidir. Ülkemiz dünya genelinde kavun üretiminde ikinci sırada yer almaktadır. Kavunla ilgili birçok transkriptomik çalışma raporu farklı abiyotik stres koşullarında incelenmiştir. Fakat kavunda sıcaklık stresinin transkriptomik analizi ilişkin rapor eksikliği devam etmektedir. Bu nedenle, sıcaklık stresi altında kavun transkriptomunda meydana gelen değişiklikleri incelemek amacıyla mevcut araştırma yürütülmüştür. Transkriptomik çalışmalar bitkilerin karmaşık birçok özelliğinin ve işlevinin moleküler açıdan alt yapısının daha iyi anlaşılmasına olanak sağlamaktadır. Tez çalışması kapsamında kavun kısa okuma platformu kullanılarak sekanslanmıştır. Sekans sonucunda elde edilen çift yönlü okumaları Galaxy platformu içerisinde bulunan çeşitli algoritmalar kullanarak kavun genomuna haritalanmış, sayılmış ve diferansiyel ekspresyonu değişen genler tespit edilmiştir. Analiz sonucunda sıcaklık stresine cevaben istatistiksel olarak anlamlı olarak 788 genin ifade düzeyi artış gösterdiği, 134 genin ifadesinin azaldığı tespit edilmiştir. Ekspresyon değişimi tespit edilen genler literatürde incelendiğinde abiyotik stres altında benzer yanıtlar verdiği gözlenmiştir. Gen ontoloji ve KEGG analizi yapılmış genlerin fonksiyonel anotasyonu yapılmıştır. Bu tez çalışması kapsamında elde edilen sonuçların yapılacak diğer çalışmalara ışık tutacak ve literatüre özgün katkı sağlayacaktır.
Catharanthus roseus l. bitki özütlerinin 3t3-l1 fare hücre hatlarında bazı obezite ve insülin direnci markörlerine olan etkisi
Obezite günümüzde giderek artan bir halk sağlığı problemi haline gelmiş ve obez bireylerin sayısı geçen 20 yıl içerisinde iki kat artmıştır. Obezite beraberinde gelen kardiyovasküler hastalıklar, kanser, astım, insülin direnci ve bunun neden olduğu Tip II diyabet büyük sağlık sorunlarına yol açmıştır. Obezite ve insülin direncinin tedavisinde birçok farmakolojik yaklaşım bulunmaktadır. Fakat farmakolojik ilaçların beraberinde gelen yan etkiler araştırmacıları daha güvenli ve etkili alternatif tedavi yolları aramaya yöneltmiştir. Catharantus roseus bitki özütleri Malezya, Hindistan, Nijerya, Meksika ve birçok ülkede halk arasında insülin direnci ile ilişkili olan Tip II diyabeti iyileştirmek amacıyla kullanılmaktadır. Diyabetik ve yüksek fruktozla beslenmiş farelerde yapılan in vivo çalışmalar, bitkinin kan şekeri ve lipit metabolizması üzerine olumlu etkisi olduğunu kanıtlamıştır. Ancak bitkinin, aşırı yağ birikimiyle kendini gösteren obezite ve kan şekerinin dolaşımdaki seviyesinin artışıyla karakterize insülin direnci üzerindeki etkisi ile ilgili moleküler mekanizmalara etki şekli açısından çalışmalara gereksinim duyulmaktadır. Bu amaca yönelik olarak preadiposit fare 3T3-L1 hücre hattı adipositlere diferansiye edilmiştir. Adiposit hücreler Catharantus roseus bitki özütü ile muamele edilmiş, muamele edilen hücrelerde obezite (LPL, FAS) ve obeziteyle ilişkili ekstra selüler matriks bileşeni (Kolajen-V), insülin direnci (GLUT-4) ve inflamasyon (IL-6) markör genlerinin ekspresyon analizi Real-time PCR aracılığı ile yapılmıştır. Analiz 18S ile normalize edilmiştir. Çalışma sonucunda Catharantus roseus bitkisinin toprak üstü bölgesinden elde edilen ekstraktın 12,5 µg/ml dozunun hücrelere 24 ve 48 saat uygulanması, ekstrakt uygulanmamış kontrol grubuna kıyaslandığında obezite ve insülin direnci durumunda ortaya çıkan inflamasyon markörü IL-6'nın ekspresyonunu düşürmüştür. Obezite durumunda ekspresyonları artan LPL ve FAS genlerinin 24 saat ekstrakt uygulamasından sonra ekspresyonlarında anlamlı bir düşüş gözlemlenmesine karşın 48 saat ekstrakt uygulamasından sonra bu etki gözlemlenememiştir. Yine obezitede ekspresyonu artış gösteren ekstraselüler matriks bileşeni Kolajen V'te ekstraktın hem 24 saati hem 48 saati artan ekspresyon seviyelerini düzenlemede etkili olmuştur. İnsülin direnci markörü GLUT-4 üzerinde bitki ekstraktının etkisi bulunamamıştır.
Holothuria tubulosa türünden elde edilen kloroform özütünün potansiyel sitotoksik ve antioksidan etkileri
Doğal ürünler çok eski çağlardan beri çeşitli hastalıkların tedavisi için kullanılmaktadır. Deniz ortamı zengin biyoçeşitliliği ile yeni ve öncü biyoaktif bileşikler için önemli bir kaynak durumundadır. Bu çalışmada ülkemizin Muğla/Gökova Körfezi' nden toplanan H. tubulosa deniz hıyarından elde edilen kloroform (HTK) özütünün kanser hücreleri üzerindeki potansiyel sitotoksik etkisinin yanı sıra özütün potansiyel antioksidan aktivitesi ve fenolik bileşik içerikleri araştırılmıştır. A549, HeLa, MCF-7, PC-3 insan kanser hücre hatları ve HEK-293 hücre hattı üzerinde HTK özütünün konsantrasyon (1-0.0078 mg/mL) ve zamana (24, 48 ve 72 saat) bağlı olarak hücre canlılığı üzerindeki etkisi MTT testi ile değerlendirilmiştir. Bu deneyden elde edilen sonuçlara göre özütün test edilen her hücredeki IC50 değeri her inkübasyon zamanı için ayrı ayrı hesaplanmıştır. HTK özütünün 48 saat için A549 ve HeLa hücre hatları üzerindeki apoptotik etkisini saptamak için Anneksin V/FITC yöntemine başvurulmuştur. Ayrıca özütün A549 ve HeLa hücrelerindeki hücre döngüsü analizi flow sitometri ile gerçekleştirilmiştir. HTK özütünün antioksidan aktivitesini belirlemek amacıyla özütün DPPH serbest radikal giderim aktivitesi, ABTS radikal katyonu giderim aktivitesi, β-karoten/linoleik asit toplam antioksidan akvitesi, fosfomolibdenyum antioksidan aktivitesi ve demir iyonu indirgeme gücü antioksidan aktivitesi araştırılmış ayrıca özütün toplam flavonoid ve toplam tanen miktar analizleri yapılmıştır. HTK özütünün içeriğindeki fenolik bileşikleri HPLC analizi ile belirlenmiştir. Hücre hatları için hesaplanan IC50 değerleri dikkate alındığında kanser hücreleri arasında en düşük IC50 değeri (35.62 µg/mL) 72 saatte A549 hücre hattı için belirlenmiştir. A549 ve HeLa hücrelerinde özüt konsantrasyonu artışına bağlı olarak toplam apoptotik hücre yüzdesinin arttığı belirlenmiştir. Toplam apoptotik hücre yüzdesi 1 mg/mL konsantrasyondaki özüt ile muamele edilen A549 hücrelerinde %73.7 olarak belirlenirken HeLa hücrelerinde %87.5 olarak belirlenmiştir. 0.5 mg/mL konsantrasyondaki HTK özütünün ise kontrol hücrelerine kıyasla A549 ve HeLa hücrelerinde apoptotik hücre yüzdesinde sırasıyla yaklaşık %21.6 ve %40.9 oranında artışa neden olduğu görülmüştür. 0.125 mg/mL özüt ile muamele edilen A549 hücrelerinde G1 evresindeki hücre yüzdesi %53' ten %62' ye HeLa hücrelerinde G1 evresindesi hücre yüzdesi ise %52' den %82' ye artmıştır. HTK özütünün DPPH serbest radikal giderim aktivitesi, ABTS radikal katyonu giderim aktivitesive β-karoten/linoleik asit yöntemi ile belirlenen toplam antioksidan aktivitesi pozitif kontrol olarak kullanılan BHA' nın antioksidan kapasitesinden düşük bulunmuştur. Özütün fosfomolibdenyum yöntemi ile belirlenen antioksidan kapasitesi Askorbik aside eşdeğer olarak 32.511 mg AAE/g özüt bulunurken demir iyonu indirgeme gücü antioksidan kapasitesi ise Troloksa eşdeğer olarak 30.406 mg TE/g özüt olarak bulunmuştur. HTK özütünün toplam flavonoid ve toplam tanen miktarı ise sırasıyla kuersetine eşdeğer olarak 8.5 mg QE/g özüt ve kateşine eşdeğer olarak 9.668 mg CE/g özüt olarak belirlenmiştir. HPLC analizinde standart olarak 15 fenolik bileşik kullanılmıştır. Özütün içeriğinde 7 adet fenolik bileşiğin miktarıbelirlenmiştir. Bu bileşikler arasında en yüksek miktardaki bileşik elajik asit (482.293 µg/g özüt) ve en düşük miktardaki bileşik 4-hidroksibenzoik asit (0.411 µg/g özüt) olarak bulunmuştur. Tüm verilere bakıldığında H. tubulosa' nın kanser tedavisinde kullanılabilecek potansiyel ajan kaynağı olabileceği söylenebilir. Anahtar kelimeler: Antikanser, Holothuria tubulosa, Apoptoz, Antioksidan, HPLC
Anopheles superpictus popülasyonlarında insektisit direnç alellerinin mevsimsel değişimlerinin belirlenmesi
Sivrisinekler, omurgalı bir konakçıdan aldıkları virüsler, bakteriler, protozoanlar ve nematodlar gibi tıbbi olarak önemli patojenlerin vektörüdürler. Bu patojenler sarı humma, dengue humması, batı nil virüsü, ensefalitis ve sıtma gibi hastalıklara neden olmaktadır. Sıtma, sadece Anopheline sivrisinekleri tarafından bulaşır. Anopheles superpictus türü ülkemizde önemli bir sıtma vektörüdür. Sıtma gibi sivrisinek kaynaklı hastalıklardan korunmada öncelikli olarak sivrisinek mücadele yöntemleri uygulanmaktadır. Bu yöntemler arasında en yaygın olarak kullanılan yöntem insektisit temelli kimyasal kontrol yöntemidir. İnsektisitler genel olarak organoklorin, organofosfat, karbamat ve piretroitler olarak 4 ana grupta sınıflandırılabilir. Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ), insektisit direncini, sivrisineklerin standart dozda bir insektisite maruz kalarak fizyolojik veya davranışsal adaptasyonun sonucu hayatta kalma özelliği olarak tanımlamaktadır. Direnç gelişimi ile ilgili en temel mekanizmalardan biri hedef bölge duyarsızlaşmasıdır. Bu çalışmada Ege bölgesinde An. superpictus popülasyonlarında organofosfat direncinden sorumlu olan Ace gen ürünü ve piretroid direncinden sorumlu olan Vssc gen ürününde hedef bölge duyarsızlaşması bazında dirence sebep olan Ace G119S ve Vssc L1014F mutasyon seviyelerinin üç farklı mevsimsel dönemde (2018 ilkbahar ve sonbahar, 2019 ilkbahar) değişiminin takip edilmesi amaçlanmıştır. Yapılan çalışmalar sonucunda Ace geninde üç dönem boyunca direnç kazanımına yol açan değişimler homozigot olarak saptanamamıştır. Mutasyon frekansı birinci dönem 0,002, ikinci dönem 0,002 ve üçüncü dönem 0,00 olarak saptanmıştır. Vssc geninde düşük oranlarda mutasyon saptanmıştır. Mutasyon frekansı birinci dönem 0,025, ikinci dönem 0,013 ve üçüncü dönem 0,024 olarak saptanmıştır.
Hypericum perforatum'da tuz stresinin kallus oluşumuna etkisinin incelenmesi ve elde edilen kalluslarda UPLC-MS/MS ile fenolik bileşiklerin analizi
Ekvator kuşağından İskandinav ülkelerine kadar dünyanın farklı coğrafyalarında yayılış gösteren ve halk arasında sarı kantaron, kan otu, kılıç otu gibi farklı isimler ile bilinen Hypericum perforatum L. dünya genelinde geleneksel tıpta yüzyıllardan beri sinir hastalıkları, adet krampları, siyatik, eklem iltihabı ve midevi rahatsızlıklardan kaynaklanan ağrıların giderilmesinde ve bazı cilt hastalıklarının tedavisinde kullanılmaktadır. Ayrıca H. perforatum bitkisi içerdiği fitokimyasallar bakımından zengin bir kaynaktır. Bu bileşikler phloroglucinol türevleri, hiperforin, adhyperforin, naftodianthrones hiperisin, psödohiperisin, flavonoid, hiperosit, rutin, kuersitrin, kersetin, biapigenin, fenilpropan kafeik asit ve klorojenik asit içeren uçucu yağlar olduğu düşünülmektedir. H. perforatum başta olmak üzere Hypericum türleri son 30 yıldır farmakolojik ve kimyasal anlamda yoğun olarak çalışılmakta, bu bitkilerin tıbbi özellikleri ve önemleriyle ilgili bilimsel çalışmalara her geçen gün bir yenisi eklenmektedir ancak giderek artan sıcaklık değişimine bağlı kuraklıktan kaynaklanan toprak tuzluluğu her gün H perforatum için daha ciddi bir sorun haline gelmektedir ve bu alanda yapılan bir çalışma bulunmamaktadır. Esas olarak Sodyum Klorür (NaCl)'den kaynaklanan tuzluluk, bitki büyümesini ve üretkenliğini etkileyen en önemli çevresel faktörlerden biridir. Tuzu temizleyemeyen az yağış, toprak neminin daha hızlı buharlaşmasına neden olan sert yazlar ve gübre uygulamalarının sık ve yanlış yapılması nedeniyle çevremiz hızla kötüleştiğinden, tuzluluk giderek ciddi bir sorun haline gelmiştir. Bu çalışmada tuz stresinin etkilerinin H. perforatum bitkisinde kallus gelişimini nasıl etkilediği incelenmiştir. İlk olarak doğadan toplanan bitkinin tohumları bitki doku kültür ortamında kültüre alınmıştır. Çimlenen bitkiciklerin yaprak gelişimini sağlamak için BA ilaveli besin ortamına alınması sağlanmıştır. Kallusların farklı konsantrasyonlarda tuz içeren besin ortamlarında gelişimleri gözlenmiştir. Farklı besi ortamları altında büyüme ve gelişimleri izlenen bitkiler sonrasında ağırlık ve büyüklük bakımından karşılaştırılmış UPLC-MS-MS analizleri yapılarak fenolik bileşiklerinin değişimleri incelenmiştir. Çalışma sonucunda bitki büyüme ve gelişimindeki azalmalar gözlenmiş ve bu değişimler istatistiki olarak anlamlı bulunmuştur.
Mentha x piperita L. bitkisinde soğuk stres toleransında etkili olduğu düşünülen bazı genlerin transkripsiyonel düzeyde ekspresyonlarının real-time PCR ile tespit edilmesi
Lamiacea ailesine ait en önemli tıbbi aromatik bitkilerden biri olan Mentha x piperita L., su nanesi ile kıvırcık nanenin çaprazlanmasından oluşan hibrit bir türdür. İçerdiği sekonder metabolitler ile birçok ilacın etken maddesini oluşturmasının yanı sıra, değerli uçucu yağları sayesinde baharat olarak gıda sektöründen kozmetik endüstrisine geniş bir yelpazede kullanılmaktadır. Fakat, geçmişten günümüze iklim koşullarında meydana gelen sıcaklıklardaki ani değişimler gibi abiyotik faktörler ve antropojenik faaliyetler birçok bitki türünü olumsuz etkilemektedir. Bitkilerin üreme, büyüme ve gelişmelerini negatif etkileyen bu durumlarla başa çıkmak adına bitki stres tolerans mekanizmalarının ve sinyal yolaklarında rol alan moleküllerin keşfedilmesi gerekmektedir. Tıbbi ve ekonomik açıdan oldukça önemli olduğu bilinen M. piperita'nın tohumla üretilememesi ve ani bir şekilde değişen çevre şartlarından kolay etkilenmesi bir yana henüz bitkide soğuk stres üzerinde herhangi bir gen ekspresyon çalışması olmaması bu alanda çalışmaların yapılması gereksinimini ortaya koymaktadır. M. piperita bitkisinin farklı parametreler denenerek uzun süreli olarak koruma sağlayan kriyoprezervasyon uygulamasından sonra başarılı bir şekilde rejenere olduğu yapılan çalışmalar sonucunda belirlenmiş olup M. piperita bitkisi için kriyoprezervasyonda soğuk alıştırmanın etkili olup olmadığını bilinmemektedir. Bu amaç doğrultusunda M. piperita bitkisinde soğuk stresiyle ilişkisi olduğu düşünülen altı genin ekspresyon seviyeleri Real-Time PCR ile tespit edilmiştir. Bunun için ilk olarak M. piperita'da soğuk stres genlerine ilişkin bir sekans verisi olmadığından model organizma olan Arabidopsis thaliana'da soğuk stresle ilişkili genler tespit edildi ve ardından NCBI veritabanında iki tür arasında BLAST yapılarak hedef genlere en çok eşleşen sekanslar belirlendi. Bu sekanslara özgü primerler yine NCBI veritabanı kullanılarak tasarlandı. İlgili genlerin M. piperita bitkisinde soğuk stresiyle korelasyonunu transkripsiyonel düzeyde belirlemek adına, in vitro ortamda yetiştirilen deney materyalleri 24, 72 ve 168 saat boyunca soğuk strese maruz bırakıldı. Üç farklı deney grubu ile kontrol grubuna ait yaprak ve gövde örneklerinden total RNA izolasyonu gerçekleştirildi. Real-time PCR'da kullanılmak üzere reverse transkriptaz enzimi ile total RNA'lardan cDNA sentez edildi. Hedef genlerin mRNA ekspresyon seviyelerini kantitatif olarak tespit etmek amacıyla Real-Time PCR yapıldı. Sonuçlardan elde edilen CT değerleri, 2-ΔCT yöntemi kullanılarak 18S rRNA normalizasyonu ile altı genin kontrol grubuna kıyasla mRNA ekspresyon grafikleri oluşturuldu. Sonuçların anlamlılığı için TTEST yapıldı ve p ≤ 0.05 değerinde olanlar anlamlı kabul edildi.
Yeni bir Serratia fonticola EBS19 izolatının karakterizasyonu ve botrytis cinerea' ya karşı biyolojik kontrol ajanı olarak kullanılabilme potansiyelinin araştırılması
Botrytis cinerea, dünya çapında 100 milyar dolarlık ekonomik kayba yol açabilen gri küf hastalığına sebep olan bitki patojeni bir fungustur. Mücadelede kullanılan yüksek doz fungisitlere karşı genetik yapısını değiştirebilme ve hızla fungisit direnci oluşturabilme kabiliyetine sahiptir. Biyolojik kontrol, patojen üzerinde istenilen inhibitör etkinin yanı sıra mücadele uygulamalarında kullanılan çevreye ve insan sağlığına zararlı etkilere sahip kimyasalların olumsuz etkilerini azaltır. Bu çalışmada, patojene yönelik biyokontrol amaçlı kullanılabilecek bir Serratia fonticola bakterisinin, toprak florasından izole edilerek Botrytis cinerea'nın spor süspansiyonu üzerinde antibiyoz etkisi olduğu tespit edilmiştir. Fenol ile muamele edilerek, ortama çıkan metabolitlerin hücresiz antibiyoz etkisinden fungus sporunun büyümesini engellendiği gözlenmiştir. Patojen büyümesi üzerindeki inhibisyon sonuçları yapılan tek katlı agar ve çift tabakalı agar deneme sonuçları ile doğrulanmıştır. Daha sonra spektrofotometrik analizlere göre belirlenen optimum konsantrasyon (hücre/ml), minimal inhibisyonu konsantrasyonu (MK) ve inhibisyon yüzdesi tespit edilmiştir. In vitro testlerde kontrole kıyasla inokulasyondan 3. günde %85 ve 10. günde %65 inhibisyon etkisi oluştuğu gözlenmiştir. Bakteri suşu (EBS19), tüm genom dizi analizi ile tür ve cins düzeyinde Serratia fonticola olarak tanımlanmış ve NCBI veritabanına yüklenmiştir (Acc. Nr: PRJNA788871). KEGG veritabanı kullanılarak yapılan karşılaştırmalı analizler, patojen büyümesi üzerinde baskılayıcı rol oynayan enzimleri kodlayan genleri sınıflandırılarak genom içerisinde yerleri ileride yapılması düşünülen gene spesifik klonlama çalışmaları için tespit edilmiştir. Bu enzimlerden öne çıkan endoglukanaz/selülaz enzimlerinin aktif olarak bakteri suşu tarafından üretilip üretilmediği in vitro denemelerle de doğrulanmıştır. Ayrıca, Biolog sistemiyle yapılan analiz ile söz konusu biyolojik ajanın uygulama sonrası toprak mikroflorasıyla etkileşimi esnasında diğer mikroorganizmalara göre karbon kaynağı bakımında seçicilik yaratabilecek karbon kaynakları belirlenmiştir. Bu verilerin etkili biyopreparat bileşiminin hazırlanması bakımından ileride uygulamaya yönelik avantajlar sağlayacağı düşünülerek söz konusu biyolojik ajan adayının in vitro deneylerle teyit edilmiş kullanabileceği spesifik karbon kaynakları da belirlenmiştir.
Adipositlere farklılaştırılmış 3T3-L1 hücre hatlarında obezite ve meme kanseri ile ilişkili markörlerin ın vıtro şartlarda transkripsiyon ve translasyon düzeyinde analizi
Obezite; disfonksiyonel bir yağ kütlesiyle ilişkili, kronik düşük dereceli enflamasyon ile karakterize olan epidemik bir hastalık olup, dünya genelinde en önemli sağlık sorunu olarak kabul edilmektedir. Obezite durumunun bir sonucu olarak, beyaz adipoz dokunun patolojik yeniden şekillenmesi ve adipositokinlerin artan seviyeleri, meme kanserinin ayırt edici özelliği olan sürekli proliferatif sinyalizasyon, enflamasyon, anjiyogenez, invazyon ve metastaz ile ilişkilendirilmiştir. Yapılan çalışmalarda obezite ve meme kanseri arasındaki ilişkinin, enflamatuar sitokinleri içeren adipoz doku etrafındaki mikroçevreye bağlı olduğu gösterilmiştir. Fakat mikroçevrenin meme kanserini nasıl etkilediği tam olarak anlaşılamamıştır. Bu çalışmada, obezite ve meme kanseriyle ilişkili seçilen markörlerin, adipoz dokunun önemli bir bileşeni olan adiposit hücrelerindeki özelleşmiş farklılaşmasına bağlı ekspresyon seviyelerindeki değişimi analiz etmek amacıyla, 3T3-L1 preadiposit hücreleri kullanılmıştır. Non-diferansiye ve diferansiye hücrelerde; obezite ile ilişkili LPL, FAS ve PPAR-γ; meme kanseri ile ilişkili BRCA1, BRCA2 ve HER2 (erbB-2) markörlerinin transkripsiyonel ve translasyonel düzeyde ekspresyon seviyeleri analiz edilmiştir. Bu markörlerin transkripsiyon ve/veya translasyon düzeyinde ekspresyonlarının, kontrollere kıyasla farklılaşmış adiposit hücrelerinde arttığı görülmektedir.
Biyodegradasyon ve pestisit etkinliği üzerine sinerjistik etki yaratabilen mikroorganizmaların tespiti ve moleküler karakterizasyonu
Günümüzde giderek büyüyen sanayi sektörü ve artan nüfus ile birlikte doğada çok çeşitli kimyasallar birikmiştir. Doğaya salınan bileşikler arasında pestisitler, hem modern tarımda hem de gıda işleme, depolama, nakliye ve pazarlamada yaygın olarak kullanılmaktadır. Biyoremediasyon teknolojisinde oldukça tercih edilen mikroorganizmalar pestisitleri de içeren çeşitli çevresel kirleticileri parçalamak veya detoksifikasyona uğratmak için ilgili reaksiyonları aktive edecek şekilde genetik olarak evrilmişlerdir. Bakteriyel biyoremediasyon odaklı bu çalışmada, pestisitleri metabolize ettiği tespit edilen ve GBS19 olarak adlandırılan suşun, 16 S rRNA analizi ile S. marcescens' in bir straini olduğu tespit edilmiştir. S. marcescens GBS19 suşunun tüm genom sekans analizi bilgisi ile KEGG veri tabanında bulunan birçok degradasyon yolağıyla ilişkilendirilmiştir. LC-MS kromatografik analizleri ile 25 pestisit etken maddesi üzerinde yapılan çalışmalar; Serratia marcescens GBS19 suşunun bazı etken maddeler üzerinde % 67' ye varan oranlarda biyobozunma sağladığını, bazı etken maddeler üzerinde ise sinerjistik etki sağlayarak, % 29' a varan oranlarda derişimi artırır şekilde etki ettiği tespit edilmiştir. Sonrasında, bakterinin herbisiti parçalamasını doğrulamak için S. marcescens GBS19 suşunun genomunda AtzF geninin kodladığı allophanate hydrolase gen bölgesinin üzerinden protein modellemesi yapılmıştır. Bu modellemeden alınan ligand (atrazin), protein-ligand interaksiyonu bakımından incelenmiş ve "kör yerleştirme" yapılarak 7 ayrı alt üniteden oluşan hydrolase enzimi üzerinde Atrazinin en fazla Hydrolase A alt ünitesine bağlanabildiği koordinatları ile tespit edilmiştir. Bağlanma afinite değerleri kcal/mol ölçekli protein üzerinde nerelere bağlanabileceği ligand dönme olasılıklarına göre yerleştirme programlarıyla tespit edilmiştir. Daha sonra elde edilen sonuçlar bu amaç için kullanılan açık erişimli server sonuçları ile bir kez daha uluslararası ölçekli karşılaştırılarak teyit edilmiştir. Mevcut çalışmalarımızın bakteriyel biyoremediasyon süreçlerinin ve mekanizmalarının gen ve protein düzeyinde etkileşim boyutunda, ileriye dönük bilimsel bulgular taşıdığına inanmaktayız. Anahtar kelimeler: Serratia marcescens, Serratia marcescens GBS19, Mikrobiyal biyoremediasyon, Moleküler yerleştirme, LC-MC, KEGG
Bacillus amyloliquefaciens türüne ait EU07 izolatının (NCBI Accession: PRJNA743875 ID: 743875) toprak mikrobiyomuyla etkileşiminin metagenomik haritalanması ve ICP
Gelişmekte olan ülkeler başta olmak üzere tarım, ülkemizde ve dünyada çok önemli bir stratejik konumdadır. Birçok ülkenin, ekonomisinin büyük bir bölümü tarım sayesinde karşılanmaktadır. Tarımın popülerliğine paralel olarak pestisit kullanımında da artışlar görülmektedir. Tarımda istihdam edenler kısa sürede çok ve sağlıklı ürün alabilmek için pestisit kullanmayı tercih etmektedirler. Ancak pestisit ve pestisit kalıntılarının içinde yaşayan canlılarla birlikte çevreye birçok zararı vardır. Toprakta yaşayan yararlı mikroorganizmalar, bitkiler için zararlı olan mantarlar ve bakterilerle etkileşim halindelerdir. Bu etkileşim sonucunda pestisitlere ihtiyaç duyulmaksızın, bitkilerle simbiyotik ilişkiler kurarak bitki gelişimine katkı sağlamaktadırlar. Mevcut tez çalışması, toprakta yaşayan yararlı mikroorganizma olan Bacillus amyloliquefaciens türüne ait EU07 izolatını(NCBI Accession: PRJNA743875 ID: 743875) toprak ile muamele ederek pestisitler yerine biyolojik kontrol olarak kullanılabilir mi sorusundan yola çıkılarak yürütülmüştür. Tez çalışmasında dört farklı toprak denemesi kurulmuştur: kontrol, pozitif kontrol (EU07 ile muamele edilmiş), negatif kontrol (Fusarium oxyporum f.sp. radicis lycopersici ile enfekte edilmiş) ve muamele edilmiş (hem EU07 hem Fusarium oxyporum f.sp. radicis lycopersici ile enfekte edilmiş). Her denemeye eş zamanlı olarak domates fideleri ekilmiştir. Toprak denemelerinden 4. ve 7. günlerde alınan toprak örneklerinden metagenom analizi, 7. günün sonunda domates fidelerinin yapraklarından alınan örneklerle de ICP-MS analizi yapılarak bitki besleme yönünden elementlerin değişimi takip edilmiştir. Toprak denemeleri sonucundan en iyi bitki gelişimini EU07 izolatı uygulanan pozitif kontrol toprak denemelerinde büyütlen domates fideleri göstermiştir. Negatif kontrol olan domates fidelerinin yapraklarında sararmalar, kurumalar ve kök boğazında siyahlaşmalar görülmüştür. Muamele edilmiş toprak denemesinde ilk başta hastalık etmenin etkisiyle kurumaya yakın olan örnekler toprağa EU07 izolatının eklenmesiyle beraber hastalık ilerlemesinin durduğu ve EU07 muamele edilen bitkilerin çiçek açma eğilimine girdiği görülmüştür. Metagenom analizi doğrultusunda toprakta bulunan yararlı mikroorganizmalar (Acidobacteria vb.) pozitif kontrolde yüzdesel olarak artarken negatif kontrolde ise azalmıştır. Bu artış muamele edilmiş toprak demesinde de meydana gelmiştir. Ancak pozitif kontrolde olduğu kadar yüksek oranda gerçekleşmemiştir. ICP-MS analizlerine göre EU07 izolatı uygulanan bitkilerinin yapraklarında bitki besleme açısından önemli element yüzdeleri kontrole göre daha yüksek bulunmuştur. Bu çalışmalar EU07'nin Fusarium oxysporum f. sp. radicis lycopersici'ye karşı engelleyici etkisinin yanısıra toprak mikroflorasına da bitki besin elementlerinin bitkiye taşınımında da olumlu etkileri olduğu belirlenmiştir.
HT-29 insan kolon kanseri hücre hattında Eriodictyol ve Brusatol'un 5-Florourasil ile kullanımının hücre canlılığı ve apoptoz üzerindeki potansiyel etkilerinin araştırılması
Kanser önemli ölüm nedenlerinden biridir. Kanserin tedavisi için kullanılan geleneksel yöntemlerin yan etkileri nedeniyle, kanseri önlemek veya tedavi etmek için yeni stratejiler geliştirilmesine yönelik çalışmalar hız kazanmıştır. Son zamanlarda yapılan çalışmalarda kanser tedavisinde kombine yaklaşımın önemi vurgulanmıştır. Çok eski çağlardan beri insanoğlunun başvurduğu doğa aktif ve güvenli anti-kanser ajanları için büyük bir zenginliğe sahiptir. Kolorektal kanser en sık teşhis edilen kanserler arasındadır. Bu hastalığın tedavisinde geleneksel olarak cerrahi yöntem ve kemoterapinin yanı sıra tedaviyi geliştirmenin ve yan etkileri ertelemenin potansiyel bir yolu olarak kombinasyon veya çok bileşenli tedavi gösterilmektedir. Bu çalışmada bildiğimiz kadarıyla ilk defa ticari Eriodictyol ve Brusatol'ün insan kolon kanseri/kolorektal kanser hücre hattında (HT-29 hücre hattı) 5-FU antikanser ilacı ile birlikte kullanımlarının hücre canlılığı üzerindeki etkilerinin belirlenmesinin yanı sıra apoptoz üzerindeki potansiyel etkilerinin de değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla öncelikle etken maddelerin ayrı ayrı ve kombine uygulamalarının HT-29 hücre hattında hücre canlılığı üzerindeki etkileri doz ve zamana bağlı olarak MTT deneyi ile araştırılmıştır ve her bir etken maddenin IC50 değeri belirlenmiştir. IC50 değerleri dikkate alınarak etken maddelerin ayrı ayrı ve kombine uygulamalarının HT-29 hücre hattında hücre canlılığı üzerindeki etkileri 24, 48 ve 72 saat için değerlendirilmiştir ve kombinasyon indeksi değerleri hesaplanmıştır. Brusatol veya Eriodictyol'ün IC50 ve IC50/2 konsantrasyonları ile 5-FU'nun IC50 konsantrasyonları ile yapılan kombinasyon uygulamalarının apoptoz üzerindeki etkisi ise Annexin V/PI boyama ve apoptotik genlerin Real-Time PCR analizi ile 48 saat için araştırılmıştır. Ayrıca etken maddelerin tek başına ve kombin uygulamalarının hücre döngü profili üzerindeki etkisi de 48 saat için incelenmiştir. En düşük IC50 değerleri Brusatol için hesaplanmıştır. Brusatol'ün 24, 48 ve 72. saatler için hesaplanan IC50 değerleri sırasıyla 109.5, 1.15 ve 0.96 µM'dır. Kombinasyon uygulamalarında hesaplanan Kİ değerleri farklılık göstermektedir. Brusatol ve 5-Florourasil'in yapılan kombin uygulamaları arasında Brusatol'ün IC50 ve IC50/2 değerindeki konsantrasyonları ile 5-FU'nun IC50 ve IC50/2 değerindeki konsantrasyonları ile yapılan kombin uygulamaların ortak olarak 24 ve 48 saatte sinerjik etki gösterdiği belirlenmiştir. 48 saatte Eriodictyol'ün IC50/2 değerindeki konsantrasyonu ile 5-FU'nun IC50 ve IC50/2 değerindeki konsantrasyonlarının yanı sıra Eriodictyol'ün IC50 ve 5-FU'nun IC50/2 değerindeki konsantrasyonları ile yapılan kombin uygulamaların etkisinin sinerjik olduğu görülmüştür. Brusatol'dan farklı olarak Eriodictyol'ün 5-FU ile 72 saat kombin uygulamalarında sinerjik etki belirlenmiştir. Brusatol, Eriodictyol ve 5-FU'nun test edilen üçlü kombinasyonlarının ise her inkübasyon zamanı için antagonist olduğu tespit edilmiştir. Brusatol'ün 5-FU ile denenen kombin uygulamalarında toplam apoptotik hücre yüzdesinin etken maddelerin tek başlarına neden olduğu toplam apoptotik hücre yüzdesine kıyasla daha fazla olduğu belirlenmiştir. Real time PCR analizi sonuçlarına göre test edilen genler içerisinde bax ve kaspaz-3 apoptotik gen seviyesindeki anlamlı artış Brusatol ve 5-FU'nun IC50 değerindeki konsantrasyonları ile yapılan kombinasyonda tespit edilmiştir. Bununla birlikte Brusatol ve Eriodictyol'ün tek başlarına HT-29 hücrelerinde kontrole kıyasla özellikle S evresindeki hücre yüzdesinde artışa neden olduğu belirlenmiştir. Brusatol'ün 5-FU ile kombinasyon uygulamalarında yine özellikle S evresindeki hücre yüzdesinin kontrole kıyasla daha fazla olduğu görülmüştür. 48 saat için yapılan deneylerden elde edilen veriler Eriodictyol'e göre Brusatol'ün tek başına veya 5-FU ile kombinasyon halinde HT-29 hücrelerinde apoptotik hücre yüzdesinde artışa neden olabileceğini göstermiştir. Bu çalışmadan elde edilen veriler özellikle kolon kanserine karşı kombin veya diğer alternatif yaklaşımlarına temel veri sağlayabilir. Yapılacak in vivo çalışmalar bu etken maddelerin kullanımına yönelik çalışmalara katkı sağlayacaktır.
Endemik Thymus cilicicus Boiss. & Bal. bitkisinin meristem kültürü yöntemiyle genetik kararlı in vitro çoğaltımı ve germplazmının kriyojenik yöntemlerle uzun süreli koruma altına alınması
Lamiaceae ailesinin ilaç, kozmetik ve gıda sektöründe oldukça önemli olan Thymus spp. (kekik) türlerinin içerdiği fenolik bileşikler, pek çok araştırmacının ilgisini çekmiştir. Ancak kekik bitkisi üzerine yapılan çalışmalar genellikle fenolik bileşenlerin tanımlanması ve mikrobiyolojik etkilerinin değerlendirilmesi odaklı kalmıştır. Oysa, büyük bir sekonder metabolit potansiyeli taşıyan bu değerli bitki çeşitliliğinin korunması ve devamlılığının sağlanması oldukça önemlidir. Bu anlamda, kültür bitkileri ve onların yabani ırklarına ait genetik çeşitliliğin geniş bir çerçevede in situ veya ex situ germplazma koleksiyonları olarak korunması ve sürekliliğinin sağlanması gerekmektedir. Tohumla çoğaltılmasının getireceği ana materyalin karakteristik özelliklerinde oluşabilecek kayıpları elimine etmek adına, endemik ve tıbbi aromatik bir bitki olan Thymus cilicicus (Kılçık kekiği) bitkisine ait eksplantların meristem kültürü yöntemiyle klonal çoğaltımı için en uygun ortamın geliştirilmesi bu çalışmada incelenmiştir. Ardından in vitro klonal çoğaltım sonrası örneklerin genetik kararlılığı ISSR primerleriyle belirlenerek gösterilmiştir. Nispeten kısa süreli bir saklama sağlayan in vitro koruma yöntemlerinde, stokların korunmasının ekonomik olmaması, geniş alanlar gerektirmesi, kontaminasyon ve somaklonal varyasyon riski gibi problemlerle karşılaşılabilmektedir. Buna karşılık, kriyoprezervasyon yöntemi ile canlı hücre ve dokuların -196°C'de sıvı nitrojen içerisinde uzun süre bozulmadan saklanabilmesini sağlar ve minimum besiyeri ile alanda bitki germplazmının uzun süreli korunması için uygun bir yöntemdir. Mevcut tez çalışmasında endemik bir kekik türü olan Thymus cilicicus bitkisinden alınan meristematik dokular farklı besi ortamı, bitki gelişim düzenleyicileri, aktif kömür kombinasyonlarından alınan sonuçlara göre, KIN ve Charcoal içeren yarı-katı OM besiyeri rejenerasyonu yüksek verimli olduğu belirlenmiştir. Kriyoprezervasyon işlemi sırasında kullanılan PVS2 solüsyonuyla muamele süresi ve çözdürme sonrası rejenerasyon ve canlılığı nasıl etkilediği incelenmiştir. 0.4M sükroz önkültürü sonrası 90 dk PVS2 solüsyonu muamelesinde kriyoprezervasyon sonrası rejenerasyonun yüksek olduğu belirlenmiştir.
Poli(D,L-Laktik-ko-glikolik asit) enkapsüle juglon nanopartiküllerinin biyolojik aktivitesinin incelenmesi
Bu tezde, antimikrobiyal aktiviteye sahip bir sekonder metabolit olan juglon molekülü, tekli emülsiyon çözücü uçurma yöntemi ile poli(D,L-laktik-ko-glikolik asit) (PLGA) içine enkapsüle edilerek nanopartiküler sistemler hazırlanmış ve karakterize edilmiştir. Üretilen nanopartiküllerin Candida albicans biyofilmi üzerindeki etkisi; XTT, kristal viyole, standart Petri sayımı, konfokal mikroskopi ve membran depolarizasyon analizleri gerçekleştirilerek serbest juglon ile karşılaştırmalı olarak değerlendirilmiştir. Sonuç olarak; turuncu-kahverengi bir boyar madde olan juglonun, XTT ve kristal viyole analizlerinin sonuçlarında sapmaya sebep olduğu belirlenmiştir. Standart Petri sayımı ve konfokal mikroskopi çalışmalarında ise anlamlı ve birbiriyle uyumlu sonuçlar elde edilmiştir. Serbest juglon ve juglon enkapsüle PLGA nanopartiküler sistemlerinin, uygulanan tüm dozlarda, C. albicans biyofilminin oluşumunu ve önceden oluşturulmuş 6 saatlik biyofilmleri yüksek oranda (% 98 - 100) inhibe ettiği tespit edilmiştir. Ayrıca, membran depolarizasyon analizi ile juglon ve juglon-PLGA nanopartiküllerinin C. albicans membran yapısı üzerinde etkili olduğu gösterilmiştir. Juglon-PLGA nanopartiküllerinin antibiyofilm etkisinin aynı konsantrasyonda kullanılan juglon ile benzer olması; kontrollü salıma bağlı olarak çok daha az etken madde kullanılarak benzer etkinin sağlanmış olması ve literatüre göre PLGA nanopartiküler sistemin toksisiteyi azaltmasından dolayı son derece önemlidir. İlaveten; bu çalışma, diğer antimikrobiyal etken maddelerin biyofilm üzerindeki etkisinin araştırılmasında faydalı bir model olabilir.
Corylus avellena L ve corylus colurna L fındık türlerinde korunmuş bazı MikroRNA'ların gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile analizi
Fındık içerdiği besin değerleriyle, özellikle sağlık açısından faydaları bulunan ve gıda sektörü, boya sanayi, odunculuk ve hayvan yemleme gibi birçok alanda kullanılan önemli bir bitki türüdür. Ekonomik değere sahip Corylus avellena ve anaç olarak kullanılan Corylus colurna en yaygın yetiştirilen türler arasında yer almaktadır. Şimdiye kadar birçok bitkide mikroRNA(miRNA) çalışmaları yapılmasına rağmen fındıkta henüz bir çalışma mevcut değildir. Bu çalışmada, transkripsiyon sonrası düzenlemelerde rol oynayan korunmuş miRNA'ların fındıkta da tespit edilmesi amaçlanmıştır. miRNA'lar 18-25 nt uzunluğunda, kısa, tek zincirli non-coding RNA'lardır. Transkripsiyon sonrası gen düzenleyicileri olarak da adlandırılan miRNA'lar, mRNA ile etkileşim içerisine girerek, hedeflerinin baskılanmasına veya yıkımına neden olurlar. Bitkilerde özellikle hedef mRNA'nın yıkımını gerçekleştirerek, bitkinin gelişim süreçlerinde, biyotik ve tuz, kuraklık, soğukluk veya UV gibi abiyotik streslere cevap oluşturmada görev almaktadırlar. Korunmuş miRNA'lar farklı bitki türlerinde aynı fonksiyona sahip ve çok eski zamanlardan günümüze kadar var olan miRNA'lardır. Bu çalışmada Giresun Fındık Araştırma Enstitüsünden elde edilen Corylus avellena L. ve Corylus colurna L. fındık türlerinde korunmuş bazı miRNA'ların ( miR159, miR160, miR171, miR396, miR2919 ve miR8123 ) Real-Time PCR yöntemi ile tespitini amaçladık.
Bazı endemik Centaurea l. (asteraeceae) türlerinin fitokimyasal özelliklerinin belirlenmesi ve ilaç sanayinde kullanılabilirliğinin araştırılması
Bilindiği kadarıyla bu çalışma Centaurea sivasica Wagenitz, Centaurea haussknechtii Boiss ve Centaurea tomentella Hand.-Mazz'nın uçucu yağ bileşimi ve yağ asidi profili üzerine ilk rapordur. C. sivasica Wagenitz, C. haussknechtii Boiss ve C. tomentella Hand.-Mazz'nın uçucu yağ ve yağ asidi bileşimi gaz kromatografisi-kütle spektrometresi (GC-MS) ile analiz edildi. C. sivasica Wagenitz uçucu yağlarının ana bileşenleri hekzadekanoik asit (%12.707), heptakosan (%3.288), karyofilen oksit (%2.800), dodekanoik asit (%2.792), diisobütil ftalat (%2.671), nor-kopaanon (%2.036) ve spathulenol (%2.00) olarak belirlendi. C. sivasica Wagenitz yağ asidinin ana bileşenleri (Z,Z)-9,12 oktadekadienoik asit metil ester (%18.287), (Z,Z,Z)-9,12,15- oktadekatrienoik asit metil ester (%16.715) ve hekzadekanoik asit metil ester (%15.337) olarak bulundu. C. haussknechtii Boiss'nin uçucu yağının ana bileşenleri hekzadekanoik asit (%19.418), heptakosan (%3.744), karyofilen oksit (%3.323), tetradekanoik asit (%3.293), dodekanoik asit (%2.947), fitol (%2.181) ve nonaik asit (%2.00) olarak bulundu. C. haussknechtii Boiss yağ asidinin ana bileşenleri (Z)-9- oktadekanoik asit metil ester (%45.682), (Z,Z)-9,12- oktadekanoik asit metil ester (%37.85) ve hekzadekanoik asit metil ester (%15.802) olarak bulundu. C. tomentella Hand.-Mazz uçucu yağının ana bileşenleri hekzadekanoik asit (%21.586), heptakosan (%4.993), dodekanoik asit (%3.415), karyofilen oksit (%3.00), fitol (%2.624) ve tetradekanoik asit (%2.390), (%2.947) olarak bulundu. C. tomentella Hand.-Mazz yağ asidinin ana bileşenleri (Z)-9-oktadekanoik asit metil ester (%28.402), hekzadekanoik asit metil ester (%19.450) ve (Z,Z)-9,12- oktadekanoik asit metil ester (%14.809) olarak bulundu. Yapılan DPPH testi sonucunda üç bitkinin hem ham ekstresi için hem de yağ asitleri için antioksidan aktivite gözlemlenmemiştir. Antimikrobiyal aktivite için yapılan MİK testi sonucunda C. hausknechtii yağ asidi ve C. tomentella Hand.-Mazz uçucu yağı antimikrobiyal etki göstermiştir.
Yara iyileşmesinde skar doku oluşumunu önlemek üzere yara örtü malzemesi geliştirilmesi ve in vitro ortamda değerlendirilmesi
Yara; mekanik, termal, elektriksel ve kimyasal zedelenmeler ya da tıbbi veya fizyolojik rahatsızlıkların altında yatan nedenler sonucu doku bütünlüğünün kaybolması olarak tanımlanabilir. Yara örtülerinin amacı, yara iyileşme sürecini hızlandırmak ve iyileşmenin kalitesini artırmaktır. Enflamasyon yara iyileşmesi için olmazsa olmazdır. Bununla birlikte enflamatuar sürecin normal ve anormal yara iyileşmesi üzerinde doğrudan etkileri vardır. Çalışmalar, hipertrofik skar oluşumunun, fibroblastların aşırı bir fonksiyonu ve yara iyileşmesi sırasında hücre dışı matrisin (ECM) aşırı birikimini içeren, anormal bir yara iyileşmesi şekli olduğunu göstermiştir. Skar dokuyu engellemek için sistemik anti-enflamatuar ilaç kullanımının proliferasyonu baskıladığı ve dolayısıyla yara iyileşmesine olumsuz yönde etki ettiği gösterilmiştir. Bununla birlikte lokal ve transdermal uygulamalarda yara direncini ve yara kontrastını azalttığı da belirlenmiştir. Bu çalışmada yara örtü malzemesi olarak hümik asit içeren aljinat doku iskeleleri hazırlanmıştır. Hümik asit yapısındaki fenoller, karboksilik asitler ve kinonların varlığı nedeni ile antioksidan, antimutajenik, anti-enflamatuar, antifungal ve bakterisidal etkilere sahiptir. Projede, hümik asit özellikle anti- enflamatuar etkisinden dolayı tercih edilmiştir. Projede sentezlenen yara örtü malzemesinin ana iskeleti olarak aljinat kullanılmıştır. Aljinat yara örtü malzemeleri yüksek sıvı absorblama kapasitesine sahiptir. Aljinat yara örtüleri yara lezyonunun, ideal nem ve sıcaklıkta kalmasını sağlar. Bu özellikleri aljinat yara örtülerini özellikle yara eksudası fazla olan yaralar için ideal bir örtü malzemesi yapmaktadır. Bu çalışmada hümik asit ve aljinat kullanılarak sentezlenen yara örtü malzemesinde aljinat ve hümik asit molekülleri kovelent çapraz bağlanarak hümik asit-aljinat bazlı bir hidrojel elde edilmiştir. Karakterizasyon çalışmalarında elde edilen biyomalzemenin şişme profili, degradasyon profili değerlendirilmiştir. Bununla birlikte malzemenin morfolojik özellikleri ve yüzey karakterizasyonu belirlenmiştir. Ayrıca, hücre kültür ortamında sitokinler kollajen tip 1 ve tip 3 salımı üzerine etkisi belirlenmiştir. Yara örtülerinin yüzey karakterizasyonu Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM) ile görüntülenmiştir. Hazırlanan malzemenin insan deri hücreleri (keratinosit HaCaT hücre hattı) ve fibroblast hücreleri (L929) üzerine sitotoksisiteleri incelenecektir. Hümik asitin enflamasyon sürecine etkisi in-vitro modelleme ile belirlenmiştir. Modellemede monosit-makrofaj hücre hattı (THP-1) kullanılacaktır. Yara örtülerinin pro-enflmatuar sitokinlerden Tümör Nekroz Faktörü-alfa ve interlökin-1β salımı üzerine etkisi incelenmiştir. Hümik asitin ECM üzerine etkisinin belirlenmesi amacı ile L929 hücre hattı kullanılmıştır. L929 hücrelerinin kollajen tip I ve tip III sentez seviyeleri belirlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Aljinat, Hümik Asit, Yara Örtüsü, Biyouyumluluk
Fibroblast hücrelerinden oktadesilamin bazlı katı lipid nanopartikül ile uyarılmış pluripotent kök hücrelerin eldesi
Uyarılmış pluripotent kök hücreler (UPKH), laboratuvar koşullarında yetişkin somatik hücrelerin çeşitli transkripsiyon faktörleri kullanılarak genetik olarak yeniden kodlanması ile elde edilen pluripotent özellik kazandırılmış hücrelerdir. Sahip olduğu pluripotens özelliği sayesinde hemen hemen tüm hücre tiplerine dönüşebilme yeteneğine sahiptirler. Rejeneratif tıpta kullanımı etik sorunları ortadan kaldıran ve embriyonik kök hücreye alternatif bir kaynak olarak birçok hastalığın tedavisinde kullanılabilecek hücre kaynağıdır. Bu çalışmada fibroblast hücrelerden pluripotent kök hücreler elde edilmiştir. Hücrelere pluripotent kök hücre özelliği kazandıran Oct4, Sox2, Klf4 ve v-Myc transkripsiyon faktörleri ile birlikte yeşil floresan protein (GFP) geni içeren plasmid E.coli JM109 suşunda çoğaltılıp saflaştırılmıştır. Laboratuvarımızda önceki çalışmalarda sentezlediğimiz oktadesilamin bazlı katyonik lipid nanopartikülün (OLN) karakterizasyon çalışmaları yapılmış ve sitotoksisitesi L929 hücre hattı üzerinde yapılan MTT deneyi ile ölçülmüştür. OLN ile etkileştirilen plazmidler L929 hücre hattına aktarılmış, fibroblast hücrelerdeki transfeksiyon süreci invert mikroskopta GFP ışımasının takip edilmesi ile gerçekleştirilmiştir. Hücrelerdeki Oct4, Sox2, Klf4 ve v-Myc genlerinin ekspresyon varlığı RT-qPCR yöntemi ile belirlenmiştir. Elde edilen UPK hücreleri, yara iyileşmesinde kullanılmak üzere, laboratuvarımızda önceki çalışmalarda elde edilen selüloz bazlı hidrojel özellikte yara örtü malzemesi üzerine yüklenmiştir.
Diosgeninin glioblastoma multiforme hücre hatlarında sitotoksik ve apoptotik etkilerinin belirlenmesi
Glioblastoma Multiforme (GBM) merkezi sinir sisteminde ortaya çıkan, agresif ve malign özelliklere sahip, yaygın olarak görülen ölümcül beyin tümörlerinden biridir. Erişkinlerde en sık görülen beyin tümörüdür. GBM'nin tedavisinde radyoterapi, kemoterapi ve immünoterapi gibi yöntemler kullanılmaktadır. Bitkisel kaynaklı yeni ajanların keşfedilmeye çalışılması tedaviye yönelik yapılan araştırmalardan biridir. Diosgenin, bitkiler tarafından sentezlenen sekonder metabolitler grubuna aittir ve GBM'nin tedavisinde kullanılabilecek bitkisel bileşenlerdendir. Kanser türlerinin bazılarında anti-invaziv, anti-proliferatif, anti-metastatik ve anti-kanserojen etkiye sahiptir. Çalışmanın amacı, T98G ve LN18 hücre hatlarında diosgeninin sitotoksik etkisini, apoptoz mekanizmalarına, invazyona ve koloni oluşumuna etkisini belirlemektir. Diosgeninin hücre canlılığına etkisi XTT yöntemi ile belirlendi. LN18 ve T98G hücreleri için IC50 değeri her hücre hattında 24. Saatte 30 µM olarak bulundu. Apoptozda görev alan genlerin ekspresyon seviyelerindeki değişim gerçek-zamanlı PCR ile belirlendi ve iki hücre hattında pro-apoptotik genlerin ekspresyonları artarken, anti-apoptotik genlerin ekspresyon seviyelerinin azaldığı tespit edildi. Hücrelerin invazyon ve migrasyon yeteneklerinin azaldığı matrijel-invazyon yöntemi kullanılarak bulundu. Diosgenin uygulanmış LN18 hücrelerinin koloni oluşturma kapasitelerinin azaldığı belirlendi. Bu çalışma ile diosgeninin GBM üzerine olası etkisi ilk defa ortaya konmuştur. Elde edilen sonuçlara göre, diosgenin GBM için potansiyel bir ajan olarak gözükmektedir. Diosgeninin, GBM tedavisinde uygulanabilirliğinin test edilmesi için geniş kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır.
ALS hastalarındaki nörofilament ve makrofaj migrasyon inhibitör faktörü protein düzeylerinin araştırılması
Amyotrofik lateral skleroz (ALS) hastalığı yetişkin başlangıçlı, ilerleyici ve ölümcül bir nörodejeneratif hastalıktır. Motor kortekste yer alan üst motor nöronların ve omurilik ve beyin sapında bulunan alt motor nöronların ölmesi sonucu istemli kas atrofisi meydana gelmektedir. Hastalığın insidansı 4-8/100.000/yıl olmakla beraber prevalansı ise 3-8/100.000 olduğu varsayılmaktadır. ALS hastalığı ekstremite, bulbar ya da gövde başlangıçlı olabilmektedir. Hastalığın ilerleyen dönemlerinde ise solunum kaslarında tutulum sonucu ölüm meydana gelmektedir. ALS'nin etyolojisi tam olarak bilinmese de genetik faktörler, oksidatif stres, RNA metabolizması bozuklukları, endoplazmik retikulum stresi, nöroinflamasyon ve protein çökelmeleri gibi mekanizmaların hastalığın oluşumunda rol oynadığı düşünülmektedir. ALS, özgün diyagnostik bir test bulunmamasından dolayı tanısı güç olan bir hastalıktır. Biyobelirteçler, hastalık süresince biyokimyasal yolaklardaki değişimlerin göstergesi olan moleküllerdir. Belirteçler hastalığın teşhisi ve prognozunu takip için kullanılmaktadır. Ayrıca ilaç geliştirilmesi ve yeni ilaç hedefleri tanımlama süreçlerinde önemlidirler. ALS için çalışılan aday biyobelirteçlerden biri nörofilamentlerdir. Nörofilamentler, nöronlara özgün sitoiskeletin önemli elemanlarıdır ve akson yapısının oluşturulmasında görev alırlar. ALS hastalığının oluşumunda nöroinflamasyonun ve immün sistem ile ilgili moleküllerin seviyesinde değişimlerin ortaya çıktığı bilinmektedir. Bu moleküllerden biri MİF olarak kısaca adlandıran makrofaj migrasyon inhibisyon faktörüdür. MİF, immün cevabın oluşturulmasını sağlayan sitokin benzeri bir moleküldür. Ayrıca enzim gibi davranarak bazı hücresel olaylara müdahale edebilmektedir. Bu çalışmada biyobelirteç adayı olarak fosfonörofilament ağır zincirinin ve MİF proteinlerinin ALS hastaları, sağlıklı kontrol ve nörolojik kontrol grupları arasındaki farkların incelenmesi amaçlandı. Bu amaç doğrultusunda, hasta ve kontrollerden alınan kanlardan plazma kısmı elde edildi. Plazmalardaki protein seviyelerinin ölçümü için ELISA sandviç yöntemi kullanıldı. Elde edilen veriler SPSS 23.0 programı ile analiz edildi. Fosfonörofilament ağır zincir proteininin seviyesinin sağlıklı kontrol grubuna göre ALS hasta grubunda istatistiksel olarak farklı olduğu görüldü (p<0.05). Bu proteinin seviyesinin ALS hasta grubunda daha yüksek olduğu tespit edildi. Ayrıca MİF proteini seviyesi de ALS hasta grubunda sağlıklı kontrol grubuna göre istatistiksel olarak farklı bulundu (p<0.05). MİF proteininin seviyesinin ALS hasta grubunda kontrol grubuna göre daha yüksek seviyede olduğu görüldü. Korelasyon analizi sonucunda ise fosfonörofilament proteini ile MİF proteini seviyeleri arasında güçlü bir pozitif korelasyon olduğu bulundu (p<0.01). Sonuç olarak; bu proteinlerin seviyesi sağlıklı kontrol gruplarına göre ALS hasta grubunda daha yüksek seviyede seyretmektedir. Yapılan çalışmada nörolojik kontrol grubu heterojen bir hasta grubundan oluşmaktadır. Bu hasta grubu ile ALS hasta grubu arasında MİF ve fosfonörofilament protein seviyeleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark elde edilememiştir. Anahtar Kelimeler: Fosfonörofilament, pNFH, MİF, Makrofaj Migrasyon İnhibe Edici Faktör, ELISA, ALS
Juglon allelokimyasalının salatalıkta polifenol oksidaz enzim aktiviteleri ve gen ifadeleri üzerine etkileri
Allelopati, bir bitkinin ürettiği özgün bir maddeyle, başka bir bitkiyi etkilemesi şeklinde görülen bitkiler arasındaki doğal etkileşimleri ifade eder. Ceviz (Juglandaceae) ailesinin birçok üyesi juglon (5-hydroxy-1,4-naphthoquinone) denilen bir allelokimyasal üretir. Juglon bu bitkilerin birçok kısmında doğal olarak oluşur. Az sayıda bitki türü juglona toleranslı olup ceviz ağaçlarının yakınında büyüyebilse de bazı duyarlı bitkiler ceviz ağaçlarından olumsuz yönde etkilenebilmektedirler. Juglon'un hıyar (Cucumis sativus L.) bitkisinin yaprak ve kök dokusunda polifenol oksidaz enzimin aktiviteleri üzerindeki etkileri incelenmiştir. Ayrıca juglonun bu enzimleri kodlayan genlerin ifadeleri üzerindeki etkisine bakılmıştır. Hıyar tohumları 0.01 mM ,0.1mM, 0.25mM ve 0,5mM juglon içeren veya kontrol (saf su) ortamında çimlendirilmiştir. Çimlenen tohumlardan çıkan fidelerin kök ve gövde kısımları ayrılarak bunlardan total protein ve total RNA izolasyonları yapılmıştır. Enzim aktivite analizleri ilgili enzimin spesifik substratı kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Gen ifadelerindeki değişimlerin analizi için Gerçek Zamanlı PCR kullanılmıştır. Juglon salatalık tohumlarının çimlenmesini fazla etkilemezken, fidelerin kök ve gövde büyümesini engellemiştir. Polifenol oksidaz enzim aktivitesi ve gen anlatımı salatalık fidelerinde juglon tarafından artırılmıştır.
Semen antioksidan kapasitesi, sperm DNA hasarı ve sperm mitokondrial dna mutasyon analiz yöntemleri optimizasyonu
Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) tarafından bir yıllık korunmasız cinsel ilişkiden sonra gebe kalınmaması durumu olarak tanımlanan infertilite, gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde çiftlerin% 10-15'ini etkilemektedir. Ancak rutin infertilite tanısında kullanılan semen analizi çok düşük oranda tanı konulmasını sağladığından infertilite olgularının tanılanmasında başka ilave tekniklere, yeni yaklaşımlara ve daha kapsamlı kombine test uygulamalarına ihtiyaç duyulmaktadır. Sunulan çalışma da varikosel olmayan infertil erkeklerde tanı amaçlı kullanılmak üzere; semen analizi, semen-antioksidan kapasite, nDNA paketleme ve fragmantasyon, mtDNA hasarını içeren sperm biyobelirteçler paneli oluşturulmuştur. Panelde test edilecek parametrelerin analiz metodları optimize edilerek 5 normal ve 2 infertil erkek hastada değerlendirilmiştir. Panelde yer alan parametreler; semen analizi DSÖ kriterleri esas alınarak, semen-antioksidan kapasite sORP analizi ile, nDNA paketleme ve fragmantasyon TUNEL ve Anilin mavi testleri kullanılarak, mtDNA hasarı PZR yöntemiyle "common delesyon" gen bölgesi ve bu bölgenin içerisinde yer alan ATPase6, ND3, primer shift gen bölgelerinin amplifikasyonu ile değerlendirilmiştir. Çalışma sonuçları; sadece 6 nolu infertil hastada sperm sayısının düşük olduğunu ve sORP değerinin yüksek olduğunu göstermiştir. Sunulan tez çalışmasında erkek infertilitesinin tanılanması amacıyla kombine test yaklaşımıyla dört parametreden oluşan bir panel çalışması için kullanılacak analiz metodlarının optimize edilmesi sağlanmıştır. Uygulanılacak tekniklere yönelik optimizasyon çalışmalarının tamamlanmış olması ileride eldesi planlanan infertil erkek hastaların değerlendirilmesinin önünü açmış ve kolaylaştırmıştır. Ayrıca bu parametrelerin bir bütün olarak değerlendirilmesi, başarısız hamilelik süreci ve yardımcı üreme teknik uygulamalarının yaşanmamasını da sağlayacaktır. Anahtar Kelimeler: Erkek infertilite, sperm, mtDNA, delesyon, oksidatif stres, motilite, ROS, sperm DNA
Fare meme tümör virüsü-dönüşüm büyüme faktörü-α farelerine ait RNA-sekans verilerinden belirlenen kanser ilişkili genlerin ekspresyonlarının timus dokusunda gösterilmesi
Meme kanseri, yüksek ölüm oranlarına sahip bir kanser türüdür. Fare meme tümör virüsü-dönüşüm büyüme faktörü-alfa (MMTV-TGF-α) transgenik fareleri, meme kanseri araştırmalarında kullanılır. Bunlar, ömürlerinin ikinci yılından itibaren meme kanseri geliştiren deney hayvanlarıdır. Genlerin ekspresyonlarındaki değişimler, kanser oluşumunda kritik rol oynar. Gen ekspresyon değişimlerinin belirlenmesinde, RNA-seq yaygın kullanılan bir yöntemidir. Kalori kısıtlaması, güçlü bir beslenme müdahalesidir. Yetersiz beslenmeye yol açmadan, alınan kalorinin sınırlandırılması olarak bilinir. Canlılar üzerinde, yaşam sürelerini arttırmak, tümör oluşumunu engellemek ve immün fonksiyonu güçlendirmek gibi etkileri kaydedilmiştir. Beslenme kısıtlamasına karşı timüs ve diğer lenfoid organlar hızlı tepki verirler. Kalori kısıtlaması ile timüs dokusundaki ifadesi değişen kanser ilişkili genler bu çalışmanın odak noktasıdır. Çalışmanın amacı, RNA-seq ile tespit edilmiş olan "farklı oranda ifade edilen genlerin" (DEGs), Gerçek Zamanlı PCR ile elde edilen sonuçlarla kıyaslanması, RNA-seq verilerinin onaylanması ve ileriki haftalarda ekspresyon miktarlarının takip edilmesidir. Bu çalışmada, daha önceki bir çalışmada elde edilen RNA-seq verileri referans olarak kullanıldı. RNA-seq'de kullanılan RNA'lar, 10. haftadan itibaren ad libitum beslenme, kronik kalori kısıtlanmış beslenme ve aralıklı kalori kısıtlanmış beslenme gruplarına ayrılan, MMTV-TGF-a farelerin, 17.-18. haftada sakrifiye edilip alınan timüs dokularından izole edildiği bildirilmiştir. Bu çalışmada, kullanılan RNA'lar yine aynı protokolle yetiştirilmiş farelerin 17.-18., 49.-50. ve 80.-81. haftalarda sakrifiye edilip alınan timüs dokularından izole edildi. RNA-seq verilerinde, kalori kısıtlaması uygulanmış bireylerde, anlamlı olarak totalde 6091 "farklı miktarda ifade edilen genler" (DEGs) (p<0.05) tespit edilmiştir. Seçilen 21 meme kanseri yönlendirici gen, DEGs verilerinde tarandı. 6 tanesinin ifadesindeki değişimlerin istatistiksel olarak önemli olduğu sonucuna ulaşıldı. Bu genlerin 3'ünün ifade edilme oranlarındaki değişimler Gerçek Zamanlı PCR ile valide edildi. Aynı miktarda enerji girdisi olup farklı kalori kısıtlaması türleri uygulanmış farelerde gen ifadesinde farklılıklar olduğu kaydedildi. Böylece, kalori kısıtlamasının yanı sıra, beslenme tipinin de tümör oluşumunun engellenmesinde etkili olduğu düşünülmektedir.
Üretim ve saklanmalarında farklılık gösteren biber ve domates salçalarında aflatoksin miktarlarının yüksek performanslı sıvı kromatografisi ve elisa yöntemleri ile tayini
Bu çalışmanın amacı İstanbul ilinde semt pazarlarında satılan domates ve biber salçalarındaki toplam aflatoksin ve aflatoksin B1 miktarlarını ölçmek ve aflatoksin konsantrasyonunun standartlarının içinde olup olmadığı ve halk sağlığını tehlikeye sokacak seviyelerde olup olmadığını değerlendirmektir. Bu amaçla İstanbul ilinin bazı ilçelerinin semt pazarlarından 34 adet domates salçası ve 53 adet biber salçası olmak üzere toplam 87 adet örnek temin edilmiş olup, üretim ve saklanmalarında farklılık gösteren domates ve biber salçalarında toplam aflatoksin ve aflatoksin B1 miktarlarının tayini amaçlanmıştır. Aflatoksin miktarlarının saptanmasında HPLC (Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi) ve ELISA yöntemi kullanılmıştır. Elde edilen bulgulara göre ELISA yöntemi ile analizi yapılan 87 örneğin % 44,82'sinde toplam aflatoksin (35 örnekte 1 ppb, 4 örnekte 1-2,5 ppb) ve bunun % 53,85'inde ise AFB1 (1 ppb) tespit edilmiştir. HPLC yöntemi ile analiz yapılan toplam 64 örneğin % 32,81 'inde toplam aflatoksin (0,21-2,34 ppb değerleri arasında) , %25'inde ise AFB1 (0,22-2,34 ppb değerleri arasında) varlığı tespit edilmiştir. HPLC (Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi) ve ELISA yöntemi sonuçları arasında anlamlı farklılığın olduğu belirlenmiştir. Her iki yöntemde de toplam aflatoksin ve aflatoksin B1 düzeylerinin Türk Gıda Kodeksi (TGK) sınır değerleri içinde olduğu ve halk sağlığı açısından herhangi bir tehlike içermediği saptanmıştır. Anahtar kelimeler: Toplam aflatoksin, aflatoksin B1, Salça örnekleri, ELISA, HPLC.
Comparison of expression levels of MMP-9 AND TIMP-1 genes in patients diagnosed with unipolar and bipolar depression
Psychiatric disorders, especially bipolar and unipolar depression, are very common diseases affecting a significant portion of the global population. Despite the fact that a significant number of people are affected by these disorders, our understanding of the disorders is still somewhat limited. The exact genetic origin and cause of this condition have not yet been determined. Although several candidate genes have been identified in previous studies, a definitive candidate gene analysis has not been performed due to the significant influence of environmental variables and living conditions. Modulation and degradation of the extracellular matrix (ECM) and its components trigger mental illnesses and may influence the progression of the condition. Matrix metalloproteinases (MMPs) and tissue inhibitors of matrix metalloproteinases (TIMPs) have been commonly identified in various psychiatric disorders. Changes in their expression levels affect the extracellular matrix and initiate these degradations. Previous studies have shown that the expression levels of the MMP-9 and TIMP-1 genes are altered in individuals with bipolar depression (BD) and unipolar depression (UD). To evaluate the expression level of MMP-9 and TIMP-1 genes in Turkish population, gene expressions were compared among 16 BD, 20 UD and 19 HC cases. Statistical analysis revealed that the expression level of MMP-9 gene was higher in healthy controls compared to unipolar and bipolar depression patients, but no statistically significant change was found in the expression level of TIMP-1 gene.