750
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Deve gülü bitkisinin in vitro rejenerasyonu, farklı vejetasyon dönemlerinde ve stres şartlarında fitokimyasal içeriğinin ve antioksidan kapasitesinin araştırılması
Deve gülü bitkisi (Alcea spp), halk arasında tonsilit, mide ve bağırsak ülseri, pnömoni, üriner sistem enfeksiyonları ve allopesi gibi çeşitli hastalıkların tedavisinde kullanılmaktadır. Deve gülü bitkisiyle ilk kez yapılan bu çalışmayla, in vitro rejenerasyonu, farklı vejetasyon dönemlerinde ve stres şartlarında fitokimyasal içeriği ve antioksidan kapasitesi incelenmiştir. Bitkinin tohum dormansisi ve kontaminasyonu engellenerek tohumlar % 86.67 oranında çimlendirilmiştir. Doku kültüründe en iyi kallus oluşumu 14 günlük kotiledonlardan 2mg/l 2,4 D içeren MS elde edilmiştir. Nod ve sürgün ucundan %100 oranında doğrudan rejenerasyon başarılmıştır. En yüksek FCR, FRAP ve ORAC değerleri Temmuz ayına ait infüzyon örneklerinde sırasıyla 16.538±0.019 GA.Eq. mg/gdrog, 225.691 µmol Fe+2/gdrog, 311.86±1.006 µmol TE/gdrog olarak tespit edilmiştir. En yüksek gallik ve klorojenik asit miktarları infüzyonu yapılan Temmuz (meyve) dönemi örneklerinde sırasıyla 0.779 mg/drog, kafeik asit ise Haziran dönemi örneklerinde 1.256 mg/drog. olarak tespit edilmiştir. Haziran ayında makro ve mikro elementler yüksek olarak belirlenmiştir. Ağır metaller ise vejetasyon dönemlerine göre anlamlı bir farklılık göstermemiştir. Doku kültüründe 0.5 mg/l NAA+0.5 mg/l BAP uygulanan örneklerin FCR, FRAP, ORAC ve fenolik asit miktarlarının doğal ortamdakine göre yaklaşık iki katına çıktığı tespit edilmiştir.
2,3-dialkinilik tiyofen türevlerinin radikal yakalama aktivitelerinin ve indirgeme gücü özelliklerinin belirlenmesi
Serbest radikaller, ortaklanmamış elektron bulunduran yüksek enerjili kararsız ara ürünlerdir. Bu ürünler bileşik halinde de bulunabilmektedir. Serbest radikaller, başta kanser olmak üzere karaciğer hastalıklarına sebep olmanın yanısıra DNA ve protein hasarlarınada yol açabilmektedir. Vücudumuzun savunma sistemi serbest radikalleri nötrleştirirken kullandığı moleküllere antioksidan denmektedir. Bu tez çalışmasında, sentetik kaynaklı dört farklı 2,3-dialkinilik tiyofen türevlerinin radikal yakalama aktiviteleri ve indirgeme gücü kapasiteleri beş farklı antioksidan kapasite yöntemi ile test edilmiştir. ABTS ve galvinoksil yöntemlerinde test edilen maddelerin EK50 değerleri dikkate alınarak sıralandığında, ABTS metodunda madde 4 > madde 2 > madde 1 > madde 3 iken galvinoksil metodunda ise madde 4 > madde 3 > madde 1 > madde 2 olduğu tespit edildi. Buna karşın, test edilen dört farklı dialkinilik tiyofen türevinin DPPH radikali ile reaksiyona girmediğinden bu yöntem ile antioksidan kapasiteleri tespit edilemedi. Fosfomolibden ve FRAP yöntemlerinde ise maddelerin indirgeme aktiviteleri tespit edildi. Fosfomolibden yöntemi sonuçlarına göre test edilen türevler indirgeme akitivitesine göre sıralandığında madde 4 > madde 1 > madde 2 > madde 3 olarak tespit edildi. Son olarak, FRAP yönteminde ise iki dialkinilik tiyofen türevi bu yöntemle indirgeme aktivitesi göstermiştir. Bunlar, madde 4 ve madde 2'dir. Madde 4 (103,22 µM madde 4 1,49 µM troloksa denk geldi)'ün madde 2 (128,03 µM madde 2 0,34 µM troloksa denk geldi)'ye göre daha aktif olduğu tespit edildi. Buna karşın, madde 1 ve madde 3 FRAP yönteminde herhangi bir indirgeme aktivitesi göstermediği tespit edildi. Anahtar kelimeler: Antioksidan, Antioksidan kapasite, Tiyofen türevleri.
Streptozotosin ile diyabet oluşturulan ratlarda hanzabel (Achillea arabica) bitki ekstraktının antidiyabetik ve antioksidan etkilerinin araştırılması
Achillea arabica, halk hekimliğinde yaygın olarak kullanılan çok yıllık aromatik bir bitkidir. Bu çalışmada, streptozotosin (STZ) 50 mg/kg ile diyabet oluşturulan sıçanlarda A. arabica çiçek etanolik liyofilize ekstresinin antidiyabetik, antihiperlipidemik ve antioksidan etkileri değerlendirildi. Toksisite testinden sonra otuz beş dişi rat beş gruba ayrıldı. Kontrol, Diabetes mellitus (DM), A. arabica (400 mg/kg ekstre), DM+A. arabica (400 mg/kg ekstre) ve DM+Glibenklamid (2 mg/kg). 21 günlük tedavinin sonunda, hem A. arabica ekstresi hemde glibenklamid diyabetik gruplarda glukoz ve glikolize hemoglobin (HbA1c) seviyelerinde DM grubuna göre önemli düşüş gösterdi. A. arabica ekstresi ile tedavi edilen diyabetik grupta, malondialdehit içeriği, serum aspartat aminotransferaz, alanin aminotransferaz, laktat dehidrojenaz, alkalan fosfataz, kreatinin, üre, trigliserit, kolesterol, düşük yoğunluklu lipoprotein kolesterol düzeylerindeki azalma ve redükte glutatyon (GSH) artışı anlamlı bulundu. Ayrıca, karaciğer ve böbrek dokularının antioksidan enzim aktiviteleri genellikle değişmezken, böbrek dokusunun glutatyon S-transferaz aktivitesi DM grubu ile karşılaştırıldığında tedavi gruplarında anlamlı bir düşüş gösterdi. Bu bulgular A. arabica ekstresinin karaciğer ve böbrek fonksiyon bozukluğu ve diyabetin neden olduğu oksidatif stres üzerinde, muhtemelen antioksidan ve antidiyabetik etkilerinden dolayı terapötik bir etkiye sahip olduğunu göstermiştir. A. arabica çiçek ekstresi, diyabet ve hiperlipidemi ilaçları geliştirmek amacıyla doğal bir kaynak olarak kullanılabilir. Anahtar kelimeler: Achillea arabica, Antioksidan, Diabetes mellitus, Lipit peroksidasyonu, Liyofilize ekstre, Rat.
Yeni sentezlenen indol türevlerinin antioksidan kapasitelerinin belirlenmesi ve insan karaciğer kanser hücrelerine etkilerinin araştırılması
Son yörüngelerinde eşlenmemiş elektron içeren serbest radikaller kararsız moleküllerdir. Kararlı hale geçmek için diğer moleküllerden elektron almaya çalışırlar. Bunun sonucunda istenmeyen oksidasyon reaksiyonlarına neden olarak DNA hasarı, lipit peroksidasyonu, protein modifikasyonları gibi çeşitli hücresel hasara yol açarlar. Serbest radikallerin zararlı etkilerine karşı vücudun savunma sistemine antioksidanlar denmektedir. Antioksidan moleküller serbest radikalleri kendine bağlayarak, onlara hidrojen aktararak yada serbest radikallerin zarar verdiği biyomolekülleri onararak serbest radikallerin zararlı etkilerini engellerler. Antioksidanlar, glutatyon-S-transferaz gibi enzimatik yapıda yada C vitamini gibi enzimatik olmayan bir yapıda olabilir. Bu tez çalışmasında ilaç olma potansiyeli taşıyan yeni sentezlenmiş iki farklı indol türevinin (3-Bromo-1-etil-2-fenil-1H-indol) madde 1 ve (1-etil-2-fenil-3feniletilin1-H-indol) madde 2 antioksidan kapasiteleri 5 farklı (DPPH, ABTS, Galvinoksil, Fosfomolibden ve FRAP) antioksidan kapasite metoduyla belirlendi ve bu maddelerin sitotoksisite analizleri ile bu maddelerin HepG2 hücre hatlarındaki GST spesifik aktivitelerine etkileride araştırıldı. Çalışmanın sonucunda 5 farklı antioksidan kapasite belirleme yöntemiyle madde 1'in aktivitesi analiz edilmesine karşın sadece total antioksidan aktivitesi belirlenebildi. Total antioksidan aktivite sonucu troloksa göre değerlendirildiğinde, Madde 1'in test edilen konsantrasyonları (333,3-1333,3 µM) 33,43 ile 38,04 kat troloks'tan daha düşük antioksidan potansiyele sahip olduğu belirlendi. Buna karşın, Madde 2'nin test edilen en yüksek konsantrasyonundaki (3000 µM) ABTS sonucu ise oranı ise 0,016 olup troloksun 5.17 oranına kıyasla oldukça düşük olduğu tespit edildi. Fosfomolibden metodunda ise Madde 2'nin troloks standardının bileşiğinin 1.22 katına karşılık gelerek toplam antioksidan kapasite değerinin troloks bileşiği değerine yakın olduğu belirlendir. FRAP metodunda ise madde 2'nin 133,33 µM konsantrasyonun 33.83 µM troloks konsantrasyonuna karşılık geldiği hesaplandı. Bu sonuca göre madde 2 nin antioksidan kapasitesine sahip olduğu ancak bu antioksidan kapasitesinin troloks standardına göre düşük olduğu belirlendi. Buna karşın, DPPH ve galvinoksil metotlarında ise test edilen maddeler antioksidan aktivite göstermedikleri tespit edildi. GST aktivite ölçümlerinde ise kontrol ve Madde 1 ile muamele edilen hücreler için toplam GST aktiviteleri sırasıyla 14.8 ± 2.4 ve 0.79 ± 0.04 nmol/min/mg protein olarak bulundu. Bu sonuçlar Madde 1'in GST enzim aktivitesinde % 94.7 azalmaya neden olduğunu göstermiştir. Madde 2'nin (25 ve 50 µM) GST enzim aktiviteleri analiz edilmiş her iki doz uygulama sonucunda GST enzim aktiviteleri sırasıyla 21.6 ± 2.5 ve 19.3 ± 0.95 nmol/min/mg protein olarak bulundu. Madde 2 düşük 25 µM konsantrasyonda HepG2 hücre hattında GST aktivitesinin istatistiksel olarak anlamlı indüksiyonuna neden oldu. Sitotoksisite testi ile bu çalışmada test edilen indol türevleri (Madde 1 ve Madde 2) hücre canlılık oranlarına bakıldığında, Madde 1'in EC50 değeri HepG2 hücre hattında 92 µM olarak bulundu. Buna karşın, Madde 2'nin test edilen dozlarda (6,25-250 µM) istatistiksel olarak anlamlı herhangi bir sitotoksik aktivite gözlemlenmemiştir.
Astragalus davisii chamb. & matthews (Erek geveni) ve astragalus gymnalopecias rech.fil. (Müküs geveni) bitki ekstrelerinin antioksidan kapasite tayini ve kanser hücre hatlari üzerine sitotoksik etkileri
Astragalus cinsi, tıbbi etkileri olan ve kullanımı 2000 yılı aşkın bir süre öncesine dayanan, Fabaceae (Baklagil) ailesindeki çiçekli bitkilerin en büyük cinslerinden biridir. Literatürde Astragalus cinsinin çeşitli türlerinin, antioksidan, antikanser, antidiyabetik, antiviral, immünomodülatör, kardiyoprotektif, hepatoprotektif gibi özellikleri bildirilmiştir. Astragalus davisii (Erek geveni) ve Astragalus gymnalopecias (Müküs geveni), Van İli'nde yayılış gösteren endemik türlerdendir ve Van ilinde bu türlerin potansiyel tedavi edici etkilerinin araştırıldığı herhangi bir çalışmaya rastlanılmamıştır. Bu çalışmada, A. davisii ve A. gymnalopecias türlerinin çeşitli organlarından (kök, yaprak, çiçek) elde edilen hidrometanollü özütlerinin antioksidan potansiyellerini belirlemek ve bu özütlerin, kanserli hücre hatları üzerinde sitotoksik etkilerini açığa kavuşturmak amaçlanmıştır. A. davisii ve A. gymnalopecias bitki özütlerinin antioksidan aktivitelerinin belirlenmesinde, iki raikal süpürme deneyi (DPPH ve ABTS), toplam fenolik ve toplam flavonoid madde miktarlarının belirlenmesi ve metal şelatlama aktivitesi deneyleri uygulanmıştır. Ayrıca özütlerin potansiyel sitotoksik etkileri, MCF-7 (meme kanser hücresi) ve HT-29 (kolon kanser hücresi) hücreleri üzerinde değerlendirilmiş ve bunun için XTT deneyleri yapılmıştır. Özütlerin DPPH. ve ABTS.+ radikallerini süpürme aktiviteleri göz önünde bulundurulduğunda, konsantrasyona bağlı artış görülmüştür. Ayrıca en düşük IC50 değeri DPPH için A. gymnalopecias yaprağında (5.58±0.22 mg/ml), ABTS.+ için ise A. davisii yaprağında (5.54±1.06 mg/ml) bulunmuştur. En yüksek toplam fenolik içerik, A. davisii'nin çiçek özütünde (217.97±2.82 μg gallik asit eşdeğeri /mg özüt) görülmüştür. En yüksek toplam flavonoid içerik, yine A. davisii'nin çiçek özütünde (1303.47±20.13 μg kuersetin eşdeğeri/mg özüt) bulunmuştur. Metal şelatlama aktivitesi göz önünde bulundurulduğunda, en düşük IC50 değeri A. gymnalopaecias çiçeğinde (2.80±1.39 mg/ml) tespit edilmiştir. MCF-7 ve HT-29 üzerindeki sitotoksik aktivitelerin incelenmesinde A. davisii ve A. gymnalopecias bitkilerinin hidrometanol çiçek özütleri kullanılmıştır. Bitki özütlerinin MCF-7 hücreleri üzerindeki sitotoksik etkisinin, uygulanan doza ve inkübasyon süresine bağlı olarak arttığı ve kanser hücrelerinin canlılığını düşürdüğü tespit edilmiştir. En düşük IC50 değeri, 72 saatlik inkübasyon süresi ve maksimum konsantrasyon (12.5 mg/ml) ile A. davisii'de (6.49±0.53 mg/ml) görülmüş olup, A. davisii'nin en yüksek sitotoksik etkiye sahip olduğu bulunmuştur. Özütlerin HT-29 hücreleri üzerindeki sitotoksik etkisi 24 saatlik uygulama süresinde ve yine A. davisii'de (IC50, 3.93±0.51 mg/ml) yüksek bulunmuştur. ii Bu çalışmada elde edilen verilere göre çalışılan konsantrasyonlarda A. davisii ve A. gymnalopecias özütlerinin, yüksek antioksidan ve sitotoksik aktivite gösterdiği ve tamamlayıcı tedaviye katkı sağlayabilecek potansiyele sahip olduğu sonucuna varılmıştır. Anahtar kelimeler: Antioksidan, Astragalus davisii, Astragalus gymnalopecias, Sitotoksisite, Toplam fenol, Toplam flavon
Ratlarda parasetamol ile indüklenen karaciğer hasarına karşı çöven otu (Gypsophila bicolor) bitki ekstrelerinin koruyucu etkinliğinin araştırılması
İlaca bağlı gelişen karaciğer hasarı, karaciğer hasarının en sık nedenlerinden birisidir ve tüm Dünya'da yüzbinlerce kişinin ölümüne yol açan küresel bir sağlık sorunudur. Günümüzde ilaca bağlı gelişen hepatotoksisiteye karşı etkili bir önlem mekanizması ya da çözüm yolu henüz tam anlamıyla bulunmamıştır, ancak araştırmalar devam etmekte ve daha fazla ilerleme kaydedilmektedir. Bu bağlamda, Gypsophila bicolor'un da içeresinde yer aldığı Gypsophila cinsi dünya halk hekimliğinde bitkisel ilaç olarak kullanıldığı bilinmesine rağmen, FDA (Amerikan Gıda ve İlaç Dairesi) onaylı saponin bazlı bir ilaç bulunmamaktadır. Bunun için, son yıllarda önemli derecede yan etkilere sahip olan biyofarmasötiklerin istenmeyen yan etkilerini azaltıp, hücresel düzeylerdeki etkinliğini arttırarak biyoyararlanımını ve buna bağlı olarak da terapötik etkinliğini arttırıp, etkin ve güvenli tedavi sağlamak amacıyla nanoteknolojiden faydalanılarak nanopartiküler ilaç taşıyıcı sistemler araştırılmakta ve yeni çözüm yolları geliştirilmektedir. Bu sistemlerin sağlık alanına taşınması ise yeni teşhis ve tedavi yöntemlerinin geliştirilmesinde umut verici bir ışık olarak görünmektedir. Bu bilgiler ışığında bu çalışmada, ratlarda parasetamolle oluşturulan karaciğer hasarı üzerine Gypsophila bicolor bitki ekstresinin ve katı lipit nanopartikül (KLN) ile enkapsüle edilen nanopartikül formlarının hepatotoksisiteye karşı hepatoprotektif etkisinin biyokimyasal, histopatolojik ve moleküler olarak belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu bitki ekstresinin KLN şeklinde formüle edilmesi ile yüksek etkinliğe sahip, kararlı ve yan etkileri düşük sistemlerin oluşturulması hedeflenmiştir. Çalışmanın ilk aşamasında, Gypsophila bicolor ekstresi ile yüklü katı lipit nanopartikül (GBE-KLN) mikroemülsiyon ve ultrasonikasyon yöntemiyle hazırlandı. Yapılan lazer kırınımı analizine göre bu partiküllerin nano boyutta dağılım gösterdiği ve negatif yükle yüklü olduğu, FT-IR (kızıl ötesi spektroskopisi) analizine göre Gypsophila bicolor ekstresinin katı lipit nanopartiküllere enkapsüle edildiği, SEM görüntülerine göre küresel ve nanoboyutta olduğu, TG analizine göre ise GBE-KLN'nin sıcaklığa karşı stabil olduğu sonucuna varıldı. Çalışmanın daha sonraki aşamasında ise parasetamol ile indüklenen karaciğer hasarı oluşturulmuş ratlar üzerinde in vivo çalışmalar gerçekleştirildi. Deneysel uygulama öncesi bitki ekstreleri için uygun dozlar akut toksisite testi ile belirlendi. 21 günlük muamelede kullanılan 64 adet Wistar albino erkek sıçanlar rastgele 8 gruba ayrıldı (n=8). Normal kontrol grubu hariç tüm gruplara son uygulamadan 1 saat sonra 2 g/kg dozunda 2 ml 1X PBS (%1'lik CMC içeren)'de hazırlanan parasetamol çözeltisi gavaj ile oral yoldan verildi. Kontrol hariç diğer gruplardaki uygulamalar da yine oral olarak gerçekleştirildi. Parasetamol uygulamasından 24 saat sonra ratların serum ve karaciğer doku örnekleri elde edildi. Serum örneklerinde karaciğer fonksiyon testleri ve karaciğer dokusunda ise antioksidan enzim aktivitelerinden katalaz (CAT), süperoksid dismutaz (SOD), glutatyon peroksidaz ii (GSH-Px), glutatyon redüktaz (GR) ve glutatyon S-transferaz (GST) ile redükte glutatyon (GSH) ve malondialdehit (MDA) seviyeleri ölçüldü. Ayrıca karaciğer dokularında TNF-α'nın ekspresyon seviyesi ve karaciğer dokularının histolojik değişiklikleri de incelendi. Elde edilen sonuçlar incelendiğinde, parasetamol toksisitesi ile artmış olan Alanin aminotransferaz (ALT), Aspartat aminotransferaz (AST) ve Alkalen fosfataz (ALP) değerlerinin Gypsophila bicolor ekstresi ile nanopartikül formlarının uygulandığı guruplarda önemli derecede azaldığı gözlemlendi. Yine yapılan biyokimyasal analizlere göre parasetamol alan grupta enzim aktivitelerinin (CAT, SOD, GSH-Px, GR ve GST) ve GSH seviyelerinin azaldığının MDA seviyesinin ise artmış olduğunu buna karşılık Gypsophila bicolor bitki ekstresinin ve nanoformlarının verildiği gruplarda bu enzim aktivitelerinin ve GSH seviyelerinin artmış olduğunu MDA seviyesinin ise azaldığını gözlemledik. 100 mg/kg dozunda Gypsophila bicolor ekstresi ile yüklü katı lipid nanopartikül (GBN100) uygulanan sıçan karaciğer dokularında yapılan histopatolojik değerlendirmelerde neredeyse hiç patolojik bulgulara rastlanmadı ve kontrol grubuna en yakın sonuçlar elde edildi. Kontrol grubuna göre parasetamolün ratların karaciğer dokusunda TNF-α ekspresyonunu önemli ölçüde arttırarak parasetamolün neden olduğu karaciğer hasarında yer alan inflamatuar reaksiyonu ortaya çıkardığını buna karşılık Gypsophila bicolor ekstresinin katı lipid nanopartikül şeklinde verildiği gruplarda (GBN50 ve GBN100) TNF-α'nın overexpresyonunu belirgin bir şekilde inhibe ettiğini gözlemledik. Sonuç olarak; Gypsophila bicolor ekstresi ile yüklü katı lipid nanopartikül uygulamasının parasetamol ile indüklenen karaciğer hasarına karşı proinflamatuar sitokinlerden olan TNF-α'nın ekspresyon seviyesini azaltarak, karaciğer morfolojisini önemli ölçüde iyileştirerek ve antioksidan sistemi aktive ederek karaciğer hasarını hafiflettiğini ve dolayısıyla hepatoprotektif ve antioksidan etkiye sahip olabileceğini söyleyebiliriz. Özellikle ilaca bağlı gelişen karaciğer hasarının tedavisine ilişkin gelecekteki araştırmalar için bir temel sağlayabilir.
Enkapsüle edilmiş miR-3670, miR-8078 temelli tedavi yaklaşımının meme kanserinin immünoterapisindeki etkinliğinin araştırılması
Bu çalışmada amaç, MCF-7 meme kanseri hücrelerinde aşırı eksprese edilen bir immün kontrol noktası olan PD-L1'in ekspresyonunu mikroRNA-3670 (miR-3670) ve mikroRNA-8078 (miR-8078) kullanarak inhibe etmek ve meme kanserindeki immünoterapötik özelliklerini araştırmaktır. Biyoinformatik analizlerimiz sonucunda miR-3670'in PD-L1 mRNA'nın iki farklı bölgesine yüksek bağlanma skorlarıyla (82.15 ve 87.35) bağlanabildiği, PD-L1 ligand sentez yolaklarını ve kanser hücrelerinin temel düzenleyici yolaklarını önemli ölçüde hedef aldığı ve meme kanserinde PD-L1 ekspresyonunu etkili bir şekilde baskıladığı tespit edilmiştir. Sitotoksisite analizi, her iki miRNA'nın 1nM dozunun MCF-7 hücre hattında yüksek toksisite sergilerken, sağlıklı bir meme dokusu hücre hattı olan HME1'de daha az toksik olduğunu tespit edilmiştir. Total RNA analizleri, toplam RNA konsantrasyonları ile sitotoksisite seviyeleri arasında anlamlı bir korelasyon olduğunu belirlemiştir. Yüksek sitotoksik dozlarda toplam RNA miktarında bir azalma gözlenirken, düşük sitotoksik dozlarda bir artış belirlenmiştir. RT-PCR ve ELISA analizlerimize dayanarak, miRNA-3670 ve miRNA-8078 mimiklerinin 1 nM dozlarının MCF-7 hücrelerinde hem PD-L1 gen ifadesini hem de sPD-L1 protein seviyelerini azalttığı tespit edilmiştir. Ancak, HME1 hücreleri üzerinde anlamlı bir etki tespit edilememiştir. MCF-7 hücrelerinde, miR-3670 ve miR-8078 hücre sağkalımını azaltıp apoptozu tetiklerken, HME1 hücrelerinde anlamlı bir farka neden olmamıştır. Hücre göçü analizimize göre, miRNA'lar MCF-7 hücrelerinde hücre göçü üzerinde güçlü bir inhibitör etkiye sahipti (sırasıyla %81.47 ve %99.8) ve anti-metastatik özellik sergilemiştir. Tersine, HME1 hücrelerinde hücre göçünü inhibe edemediği (sırasıyla %22.8 ve %6.2) tespit edilmiştir. Morfoloji ve biyoinformatik analizlere (KEGG ve GO) dayanarak, her iki miRNA da lamellipodia varlığında önemli bir düşüşe yol açarak MCF-7 hücrelerinde EMT'den MET'e geçişe neden olduğu tespit edilmiştir. Ancak, HME1 hücrelerinde görünür morfolojik değişiklikler gözlenmemiştir. Metastazla ilişkili parametreler üzerinde yapılan ELISA analizlerine göre, MCF-7 ve HME1 hücrelerinde miR-3670 ile miR-8078'in 1nM dozu serbest e-kaderin antijen seviyelerini önemli ölçüde azalttığı tespit edilmiştir. Ayrıca, miR-3670 ve miR-8078'in MCF-7 ve HME1 hücrelerinde sVEGF-A seviyesinde ve sTINAGL-1 antijen seviyesinde azalmaya neden olduğu bulunmuştur. miR-3670 ve miR-8078'in MCF-7 hücrelerinde koloni oluşumunu sırasıyla %17.7 ve %78.2'lik bir azalma ile önemli ölçüde engellediği belirlenmiştir. MCF-7 hücre hattında 3D sferoid oluşumunu %90 oranında engellediği ve tipik olarak elipsoid şekilli 3D sferoidlerin aksine amorf sferoidlerin (sırasıyla %13 ve %22) gelişmesine neden olduğu tespit edilmiştir. Oluşturulan 3D sferoidlerin boyutunun 100 µm'nin altında kaldığı ve hacimlerinin 1 mm3 ten az olduğu tespit edilmiştir. HME1 hücre hattında 3D sferoid yapı gözlenmemiştir. Sonuç olarak; miRNA'ların (miR-3670, miR-8078), meme kanseri hücrelerinde bağışıklık tepkilerinin yeniden yönlendirilmesi yoluyla kanser immünoterapisi için potansiyele sahip olabileceğini göstermiştir. Özellikle mevcut kanser tedavisi yaklaşımlarında giderek daha önemli hale gelen kişiselleştirilmiş kanser immünoterapisi de ve hedefe yönelik tedaviye ilişkin gelecekteki araştırmalar için bir temel sağlayabilir.
Ardıç (Juniperus oxycedrus L. ssp. oxycedrus) bitkisi biyopolimerinden nanopartikül sentezlenmesi, karakterizasyonu ve antioksidan etkisinin incelenmesi
İnsanoğlu ilk çağlardan beri çevresindeki bitki, mantar ve diğer canlıları kendi amaçları için kullanmaya başlamış ve zamanla hangisinin hangi amaçlar için kullanacağını öğrenmiştir. Bitkiler tarafından üretilen maddeler diğerlerine göre daha fazla önem kazanmış ve saflaştırılmaya başlanmıştır. Bugün kullanılan ilaçların büyük bir kısmı ya bitki ekstraktlarından elde edilen bileşikler ya da bu bileşiklerin türevleridir. Son zamanlarda teknolojik gelişmeler ile beraber bu bileşiklerden nanopartiküllerin sentezlenmesine olan ilgi artırmıştır. Bu doktora tezi kapsamında tıbbi ve farklı kullanım alanları olan ardıç (Juniperus oxycedrus L. ssp. oxycedrus) türünün meyve metanol ekstraktı (AE), ekstraktan elde edilen amentoflavone ve cuprassoflavone karışımı (AC) ve bunlardan elde edilen nanopartiküllerin (p(AE), p(AC)) sentezlenmesi hedeflenmiştir. Kullanılan bu malzemelerin kan uyumluluk testleri, antibakteriyel ve antioksidan özellikler araştırılmıştır. Sentezlenen nanopartiküllerin yüzey yükü ve boyut analizi, sıcaklığa bağlı yapısal bozunma davranışları, olası bağ yapıları ve morfolojik özellikleri çeşitli enstrümental analiz cihazları kullanılarak incelendi. Sentezlenen nanopartiküllere ayrıca ağrı kesici (parsetamol) ve antikanserojen (5-fluorouracil (5-Fu) ve Paklitaksel) ilaçlar yüklendi. İlaç yüklü bu partiküllerin farklı pH ortamında salım davranışı ve farklı ilaç salım kinetik modelleri incelenmiştir. Ayrıca deneysel olarak karaciğer harabiyeti oluşturulmuş sıçanlarda AC ve p(AC) nanopartiküllerin serum biyobelirteçlerinden aspartat aminotransferaz (AST), alanin aminotransferaz (ALT), üre ve keratin (Cre) seviyeleri ile karaciğer, böbrek, dalak, beyin, akciğer, kan ve kalp dokularında katalaz (CAT), glutatyon redüktaz (GR), süperoksid dismutaz (SOD), glutatyon S-transferaz (GST) enzim aktiviteleri ve redükte glutatyon (GSH) seviyeleri ile lipid peroksidasyon (Malondialdehit) (MDA) düzeyleri incelenmiştir. Çalışma kapsamında kullanılan ardıç meyve metanol eksraktı, AC p(AE) ve p(AC) nanopartiküllerin kana uyumlu, antioksidan ve antimikrobiyal özelliğe sahip olduğu tespit edildimiştir. Parasetamol yüklü p(AE) nanopartiküllerinden % 95 parasetamol salındığı gözlenmiştir. Farklı ilaç yüklenen p(AC) nanopartikülerinden ise pH 5.4'te % 97 parasetamol, pH 8'de % 90 paklitaksel ve pH 7.4'te % 99 5-Fu salındığı belirlenmiştir. İlaç yüklü nanopartiküllerin ilaç salım kinetik modelleri incelendiğinde p(AE) parasetamol için pH 7.4'te Higuchi modeline, p(AC) parasetamol için pH 5.4'te Krosmeyer-Peppas modeline, p(AC)5-Fu için pH 8'de Higuchi modeline ve p(AC) paklitaksel için pH 8'de Krosmeyer-Peppas kinetik modeline uyduğu görülmüştür. Sentezlenen partiküllerin sıçan uygulamalarında serum biyobelirteçlerinde genel olarak olumlu etki ettiği ve antioksidan enzimlerin aktivitesi ile GSH ve MDA seviyelerinde farklı dokularda farklılıklar olmasına rağmen genel olarak olumlu etki ettiği tespit edilmiştir.
Van otlu peynirinin geleneksel yöntemlerle hazırlanan mayasında (rennet) kullanılan bitkilerin ve mikroorganizmaların araştırılması
Peynir, dünya genelinde birçok tat ve formda üretilen, fermente süt bazlı bir grup gıda ürününün genel adıdır. Süt ve süt ürünleri arasında önemli bir yere sahip olan peynir, Türkiye'de de sıkça tüketilen bir gıda maddesidir. Bazı bölgelerde yerel peynirler, normal olarak bilinen peynirlerden daha farklı şekilde üretilip tüketilmektedir. Bu mahalli peynir çeşitlerinden biri olan Van Otlu peyniri, Doğu Anadolu'da ve Türkiye'de oldukça sevilen ve buna bağlı olarak tüketilen bir peynir çeşididir. Günümüzde Van Otlu peyniri henüz endüstriyel olarak büyük ölçekte üretilmediği için halk tarafından farklı yöntemler kullanılarak mayalama işlemi yapılmaktadır. Bu yöntemler arasından dikkat çekenler ise yıllardır peynir mayası yapımında kullanılan bazı bitkilerdir. Peynir mayasına katılan pek çok bitki türü bilinmektedir. Van Otlu peynir mayasının hazırlanmasında kullanılan Apiaceae familyasına ait Pimpinella oliverioides Boiss. & Hausskn. (Giha hevin) ilk kez bu çalışma ile tespit edilmiştir. Pimpinella L. cinsi Türkiye'de 29 takson ile temsil edilmekte olup bunlardan 7'si endemiktir. Pimpinella oliverioides türüne ait herbaryum materyalleri arazide toplanmış ve bunlara ait video ve fotoğraf kayıtları alınmıştır. Bitki örneklerinin teşhislerini yapmak için Herbaryum materyali haline getirilmiş ve Uluslararası VANF herbaryumunda saklanmıştır. Ayrıca bu bitkiden elde edilen maya içeriğindeki kültüre edilebilen mikroorganizmalar da tespit edilmiş ve morfolojik olarak ayırt edilen 15 mikroorganizma içinden proteolitik aktiviteye sahip Paenibacillus sp. moleküler olarak tanımlanmıştır.
Yeni indol-artesunat hibrit moleküllerinin biyolojik aktivitelerinin ve farmakolojik özelliklerinin kapsamlı araştırılması
Tüm dünyada en önemli ölüm nedenlerinden biri olan kanser hastalığının vakaları dünya çapında sürekli olarak artmaktadır. Bu sebeple kanser tedavisi için güçlü farmasötiklerin geliştirilmesine olan ihtiyaç da artmaktadır. Bu çalışmada, indol halkası ve artesunat maddesinin birleştirilmesiyle elde edilen 11 adet indol-artesunat hibrit molekülünün biyolojik ve farmakolojik özellikleri kapsamlı bir şekilde araştırılması amaçlanmıştır. Bu doğrultuda bileşiklerin antioksidan potansiyelleri beş farklı yöntemle (DPPH, ABTS, Galvinoksil, Fosfomolibden ve FRAP) test edildi. Bileşiklerin farklı kanser hücre hatlarında ve sağlıklı bir hücre hattındaki sitotoksik özellikleri MTT yöntemiyle belirlendi. Sitotoksik potansiyelleri belirlenen bileşiklerin, kanser hücreleri üzerindeki koloni oluşturma ve invazyon kapasiteleri, yara iyileştirme potansiyelleri ve apoptotik etkileri ile apoptotik yolaktaki genlerin mRNA ifadesin üzerindeki etkileri araştırıldı. Çalışmanın sonucunda, fosfomolibden yöntemi hariç diğer antioksidan kapasite yöntemlerinde bileşiklerin antioksidan kapasite tespit edilmedi. MTT yöntemiyle sitotoksik özellikleri test edilen bileşiklerin sekizinin çeşitli hücre hatlarında etkili olduğu tespit edildi. Ishikawa hücre hattında D1 ve D6 bileşiklerinin EC50 değerleri (20.22 μM ve 22.90 μM) pozitif kontrol olarak kullanılan paklitaksel maddesinin EC50 değerine (19.3 μM) oldukça yakın değerdeydi. HepG2 hücre hattında, D1 ve D2 bileşiklerinin EC50 değerleri (5.43 μM, 5.63 μM) pozitif kontrol olarak kullanılan paklitaksel maddesinin EC50 değerine (4.5 μM) oldukça yakın ve D3 bileşiği (2.75 μM) pozitif kontrolden daha iyi aktivite sergiledi. Koloni oluşturma potansiyelleri test edilen bileşiklerin; kontrol grubuna göre genel olarak %90'dan daha fazla koloni oluşumunu engellediği tespit edildi. İnvazyon özellikleri araştırılan D1 ve D2 bileşiklerinin HepG2, Ht-29 ve Panc-1 kanser hücre hatlarında invazyonu belirgin düzeyde inhibe ettiği tespit edildi. Yara iyileştirme yönteminde test edilen tüm maddelerin kontrol grubuna göre hücre göçünü engellediği görüldü. Hem Annexin-V/PI yöntemiyle hemde apoptotik yolaktaki genlerin mRNA ifadelerinin Real-Time PCR ile analizi sonucunda bileşiklerin apoptozu indüklediği tespit edildi. Tüm bu sonuçlara bakıldığında, bu çalışmada kullanılan bir yada birden fazla bileşiğin daha ileri çalışmalarla kanser ilacı olma potansiyeli bulunmaktadır. Bu yüzden çalışmada kullanılan bileşiklerin in vitro ve in vivo uygulamalarda detaylı analizleri yapılmalıdır.
Van kedilerinde MITF gen varyasyonları ve göz rengi ile ilişkisi
Van kedilerinde gözlemlenen göz rengi farklılığı heterochromia iridum (Hİ) olarak tanımlanmaktadır ve insanlarda Waardenburg sendromunun bir belirteci olarak da görülebilmektedir. İnsanlarda ve bazı hayvan türlerinde yapılan genetik çalışmalar, MITF geninde meydana gelen mutasyonların Hİ, deride depigmentasyon ve sağırlığa sebep olabileceğini göstermektedir. Ancak Van kedilerinde veya diğer beyaz kedilerde MITF genindeki varyasyonlar ve Hİ ile ilişkileri henüz araştırılmamıştır. Bu çalışmada, Van Kedisi Araştırma ve Uygulama Merkezinde yetiştirilen 40 amber-amber, 40 mavi-mavi ve 40 tek göz (mavi-amber) renginde olmak üzere 3 grupta toplam 120 Van kedisinden ağız sürüntü örnekleri alındı ve DNA izolasyonları yapıldı. Her grupta 12 birey olmak üzere bireysel DNA ve her grupta 28 Van kedisi DNA örneği karışımı olan üç havuz DNA örneği hazırlandı. Bu örneklerde Sanger DNA dizileme yöntemi ile MITF geninin promotör ve HLH-LZ bölgesini kodlayan DNA bölgelerinde mutasyon taraması yapıldı ve ileri analizler için hedef SNP'ler seçildi. PCR-HRM ve PCR-RFLP teknikleri kullanılarak hedef SNP'lerin ileri genotiplemesi yapıldı ve ilgili SNP'lerin Hİ ile ilişkileri araştırıldı. MITF geninin HLH-LZ bölgelerinde intronik c.809-101 A>G, c.809-284 C>T, c.922+27 G>A, c.922+92 C>A ve c.1071-20 A>T SNP'leri tespit edilirken; promotör bölgesinde -593 C>G, -476 T>C, -445 G>A, -250 T>C, -129 C>T ve -25 T>C SNP'leri tespit edildi. Bu varyasyonlardan promotör bölgesinde tespit edilen -129 C>T ve -250 T>C SNP'lerinin Hİ ile ilişkisi olabileceği belirlendi ve ileri analizlere seçildi. Seçilen SNP'lerin 84 Van kedisinde PCR-HRM veya PCR-RFLP yöntemleriyle genotiplemesi yapıldı ve elde edilen verilerle birlikte toplam 120 Van kedisinde bu iki varyasyonun genotipleri belirlendi. Elde edilen genotiplerin ve kombinasyonlarının göz renkleriyle ilişkisi değerlendirildiğinde önemli bir farkın olmadığı görüldü. Ayrıca, bu iki SNP'nin haplotip analizleri de yapıldı. -129 C>T ve -250 T>C SNP haplotiplerinin Van kedilerinde Hİ ile ilişkili olabileceği görüldü (p=0,051). Tüm sonuçlar değerlendirildiğinde, Van kedilerinde MITF geninin HLH-LZ bölgesinde hem kesilip-birleşme bölgelerinde (splice site) hem de ekzonik bölge dizilerinde protein yapıyı etkileyecek bir değişiklik yoktur. Fakat, MITF genin promotör bölgesinde tespit edilen polimorfizmler MITF genin transkripsiyon aktivasyonunu etkileyebilir niteliktedir. Bunun da Van kedilerinin fenotipik özelliklerinin oluşumda önemli rol alabileceği ve Van kedilerini beyaz olmayan kedilerden ayıran önemli bir genetik varyasyon olabileceği ön görülmektedir.
Deneysel diyabet oluşturulan ratlarda Cilo yavşanı (Artemisia haussknechtii Boiss.) bitki ekstrelerinin antidiyabetik etkisinin araştırılması
Çalışmamızda, deneysel diyabet oluşturulan dişi cinsi sıçanlarda Cilo yavşanı (Artemisia hausssknechtii) bitki yaprak etanol eksraktı ve bitki etanol nanopartikül ekstraktlarının farklı dozlarda etkileri araştırıldı. Deneye başlamadan önce yapılan 72 saatlik 1000 mg/kg DYEE ve DYNE akut toksisite testinde ölüm tespit edilmedi. Çalışmada, her grupta eşit sayıda olacak şekilde 48 sıçan 6 gruba ayrılmıştır: Normal Kontrol (NK), Diyabet Kontrol (DK), Diyabet + Bitki Yaprağı Etanol Ekstresi 50 mg/kg (DYEE1), Diyabet + Bitki Yaprağı Nanopartikül Etanol Ekstresi 50 mg/kg (DYNE1), Diyabet + Bitki Yaprağı Etanol Ekstresi 100 mg/kg (DYEE2) ve Diyabet + Bitki Yaprağı Nanopartikül Etanol Ekstresi 100 mg/kg (DYNE2). Deneysel diyabet STZ 45 mg/kg doz olacak şekilde intra peritonal (i.p.) ile oluşturuldu. 21 günlük deney süresince 7 günde bir deneklerin kan glukoz düzeyleri ve ağırlıkları ölçüldü. Ekstraktlar gavaj yoluyla verildi. Uygulama sonlandığında yapılan ölçümlere göre; Glukoz, AST, ALT, LDH, HbA1c, üre, kreatinin, TC, TG ve LDL miktarları DK grubunda NK'ya göre artış, DYEE ve DYNE gruplarda DK'ya göre azalma olduğu, DYEE2 ve DYNE2 gruplarda DK'ya karşın anlamlı azalmalar görüldü. HDL miktarı diyabetik gruplarda NK'ya göre düşük, DYEE ve DYNE verilen gruplarda DK'ya göre yüksek görüldü. DK'nın MDA düzeyi üç dokuda da istatistiki açıdan önemli düzeyde artarken, deney gruplarında söz konusu parametreler NK değerine yakın ölçüldü. Yapılan histopatolojik incelemelerde de DK'da doku bozulması gözlemlenirken DYEE2 ve DYNE2 gruplarında doku görünüşleri DK'ya karşın anlamlı farklıydı. Sonuç olarak; Artemisia haussknechtii Boiss. yaprak etanol ekstaktları ve nanopartikül etanol ektraktları diyabete bağlı ortaya çıkan komplikasyonlara karşı antioksidan, antihiperglisemik, antidiyabetik ve antioksidatif etkilerinin olduğu öngörülmüştür.
Farklı deterjanlar uygulanmış kanlı yüzeylerden alınan svap örneklerinde dna degradasyonunun tespiti ve str analizi
Tek yumurta ikizleri hariç tüm insanların DNA' ları birbirinden farklıdır. DNA' nın kimliklendirme materyali olarak, adli bilimlerde kabul görmesinin ardından, Polimeraz Zincir Reaksiyonunun keşfi ve belirli polimorfik bölgelerin analizine dayalı Kısa Tekrarlayan Dizi analizi sayesinde DNA bu alanda vazgeçilmez bir yer edinmiştir. İnsan hücresi ihtiva eden her türlü biyolojik numunenin analiz edilmesi neticesinde DNA profili elde edilebilmektedir. En güvenilir ve en sağlıklı sonuçlar, kan örnekleri üzerinden yapılan analizler sonucunda elde edilen profillerde görülmektedir. Bu tez çalışmasında; kan örnekleri üzerine farklı zaman periyotlarında ve farklı konsantrasyonlarda bazı deterjanların tatbik edilerek, DNA üzerinde olası bir degradasyonun oluşup oluşmadığının tespiti amaçlanmıştır. Bu çalışmada; 10*10 cm ebadında fayans parçaları üzerine damlatılan/yayılan kan örnekleri üzerine, konsantre çamaşır suyu, yüzey temizleyici, bulaşık deterjanı, Sodyum Dodesil Sülfat ve Triton X-100' ün farklı konsantrasyonları uygulandı. Zaman periyodu olarak 30, 60, 90 ve 120 dk' lık zaman periyotları seçildi. Ardından çeşme suyundan geçirilerek fayansların yüzeyinden biyolojik svap numuneleri alındı. Alınan numunelere sırasıyla; DNA İzolasyonu işlemi yapıldı. Elde edilen izolatlar içerisinde ki DNA miktarının tespit edilmesi maksadıyla Real-Time Polimeraz Zincir Reaksiyonu Miktar Tayini yöntemi kullanıldı. Tespit edilen değerler sonrasında izolatlar üzerinde Polimeraz Zincir Reaksiyonu işlemi uygulandı ve amplikonlar elde edildi. Elde edilen amplikonlara Kapiller Elektroforez Yöntemi uygulandı. İşlemin tamamlanmasına müteakip sonuçlar analiz edildi ve DNA profilleri elde edildi. DNA profillerinin analiz edilmesi sonucunda; çamaşır suyu, bulaşık deterjanı, yüzey temizleyici, Sodyum Dodesil Sülfat ve Triton X-100 deterjanlarının farklı konsantrasyonlarının kan örneklerinde bulunan DNA' yı tamamen degrade edemediği kanaatine varıldı. Uygulanan deterjan konsantrasyon değerinin yükseldikçe DNA miktarının kısmen azaldığı ancak kimliklendirme için yeterli miktarda DNA profillerinin elde edildiği belirlendi.
Kadmiyum uygulanan fasulyede (phaseolus vulgaris L.) meydana gelen fizyolojik ve moleküler cevapların belirlenmesi
Madencilik, modern tarım uygulamaları ve sanayileşme gibi çeşitli insan kaynaklı faaliyetler toprakta, suda ve havada ağır metal yoğunluğunun artmasına ve yaşadığımız çevrede uzun vadeli zararlı etkilere neden olmaktadır. Kadmiyum (Cd), yaygın endüstriyel kullanımı nedeniyle son zamanlarda ortaya çıkan önemli bir çevre kirleticisidir. Cd toksisitesi, çimlenmeden verimin baskılanmasına kadar bitkilerin metabolizması üzerine etkilidir. Bu bağlamda yapılan tez çalışmasında fasulye (Phaseolus vulgaris L.) bitkisinin farklı kadmiyum uygulamalarına karşı vermiş olduğu metabolik ve molekülertepkiler anlaşılmaya çalışılmıştır. Bir ticari çeşit (Gina) ve coğrafi işaret almış bir yerel çeşit (Gevaş) seçilerek, bu çeşitlere iklim odası koşullarında tesadüf parselleri deneme desenine göre ön deneme sonuçlarına bağlı olarak 10, 20, 40 ve 80 ppm kadmiyum konsantrasyonları, sulama suyu şeklinde uygulanmıştır. Ağır metalin etkilerinin belirlenmesi amacıyla morfolojik olarak; kök, gövde uzunluğu, yaş kuru ağırlık, fizyolojik olarak; klorofil, karetonoid, fenolik, flavonoid ve DPPH aktivitelerinin yanısıra stoma açıklıkları, toprak ve organlardaki kadmiyum değerleri, moleküler olarak ise 5 faklı gen bölgesine ait ekpresyon durumları değerlendirilmiştir. Veri analizleri değerlendirildiğinde genel olarak Gina ve Gevaş çeşitlerinin konsantrasyona bağlı olarak oldukça farklı ve değişken tepkiler sergiledikleri görülmüştür. Gina'da kadmiyumun artan konsantrasyonu klorofil ve fenolik miktarında azalışa neden olur iken Gevaş çeşidinde artışa sebep olduğu belirlenmiştir. Stoma açıklıkları ve boyutlarının özellikle 80 ppm uygulamasında azaldığı görüntülendi. Artan kadmiyum konsantrasyonuna bağlı olarak özellikle 40 ve 80 ppm uygulamalarında, Gina çeşidinde kadmiyumu yapraktan çok kök ve gövdede biriktirdiği, Gevaş çeşidinde ise genelde yapraklarda kadmiyum birikimin olduğu tespit edildi. Gen ekspresyonların analizinde stres ve kadmiyum yolakları ile ilişkili; WRKY, NAC, MTF, IRT ve ABA 8H bölgeleri çalışıldı. WRKY gen ifadelerinde ekspresyon değişimi her ki çeşit için de aynı oranlarda bulunmuştur. Diğer gen bölgelerinde ise konsantrasyona bağlı farklılıklar hesaplandı. Van-Gevaş bölgesinde yetiştirilen Gevaş yerel çeşidi ile yine ülkemizde yaygın olarak yetiştirilen Gina ticari çeşidi arasında ağır metal stresine verilen tepkiler bakımından önemli farklılıkların olduğu dikkat çekmiştir. Yapılan analizler sonucunda, Gevaş fasulyesinin gerçekten kadmiyum stresine karşı hem fizyolojik hem de moleküler düzeyde başarılı ve etkin tepkiler verdiği ve çeşidin ağır metal stresine karşı tolerans ve dirençli olma potansiyelinin olduğu belirlenmiştir.
Kadmiyumun bazı brassica türlerinde HMA4 gen ekpresyonu üzerine etkisi ve çimlenmeye etkisinin rolü
Toprak kirliliği açısından, ağır metaller en önemli kirletici kaynaklar arasında yer almaktadır. Hiperakümülatör olarak belirlenen 450'den fazla bitki çeşidinin aileleri arasında Brassicacea familyası, Asteraceae familyası, Fabaceae familyası, Scrophulariaceae familyası, Lamiaceae familyası ve Euphorbiaceae familyaları örnek verilebilir. Bu ailelerden biri olan Brassicaceae familyası birçok metal akümüle eden türüne sahiptir. Bu türlerden Brassica juncea (kahverengi hardal) bitkisi diğer hiperakümülatör türlere göre daha çok biyokütle üretebilmesi, hızlı büyüme-gelişme oranı, hasat edilebilen kısımlarında ağır metalleri akümülasyon ve toleresyon yeteneklerinden, Brassica rapa (yem şalgamı) 'da belirli ağır metaller için hiper akümülatör olması, gelişmiş kök sistemine sahip olmalarından tercih edilmişlerdir. Bu çalışmada, Brassicaceae familyasına ait olan Brassica rapa, Brassica campestris var toria ve Brassica juncea (kahverengi hardal) olmak üzere 3 tür ve Brassica juncea 'ya ait Brassica juncea var JS-13, Brassica juncea var early raya, Brassica juncea var S-9, Brassica juncea var sind raya olmak üzere 4 çeşitinde çalışılmıştır. 0-500 µM parametrelerinde 31 gün boyunca yetiştirilen bitkilerin tohum çimlenme kapasitesi, kök-gövde-yaprak gelişimleri incelenmesi amaçlanmıştır. Brassica rapa, Brassica juncea var early raya ve Brassica juncea var sind raya bitkilerinin 0-100 µM parametlerinde yetiştirilen yaprak örneklerinden Cd metali ile uyarılan önemli genler olan metal ATPazlar HMA2 ve HMA4 genlerinin Real Time PCR kullanılarak gen expresyonlarına, aynı bitkilerin yaprak numunelerinden Atomik Absorpsiyon Spektrofotometresi (ASS) kullanılarak Cd analizi yapıldı. Bu çalışmanın amaçları arasında Brassica rapa, Brassica juncea var early raya ve Brassica juncea var sind raya 'nın yapraklarında kadmiyum birikimini tespit etmek ve bu bitkilerin fitoremediasyon için uygunluğunu araştırmak, bu bitkilerin yapraklarında ağır metal ATPazlar HMA2 ve HMA4 genlerinin Cd'a karşı anlatımını tespit etmek, ayrıca bu ATPazların çalışıldığı türlerinde metal akümülasyonu ile alakalı olup olmadığının tespit ederek; bu genlerinin metal akümülasyonunda ne kadar ilişkili olduğunu tespit etmektir. qPCR çalışması ile HMA2 geninin ekspresyonuna bakıldığında B. rapa'nın 20 µM ve B. juncea var sind raya'nın 20 µM konsatrasyonunlarında HMA2 ekspresyonun arttığı saptanmıştır. B. juncea var early raya bitkisi için ise bir farklılık gözlenmemiştir. HMA4 geni için ise B.juncea var early raya 'nın 10 µM, B. rapa'nın 10 µM ve B. juncea var sind raya'nın 20 µM konsatrasyonlarında ekspresyonun arttığı tespit edilmiştir. Atomik absorpsiyon spektrometresi (ASS) sonuçlarıyla HMA4 gen expresyonu sonuçları birbiriyle paralellik göstermiştir. Ancak HMA2 geni için bu paralellik saptanamamıştır Tüm bu sonuçlara bakılarak B. rapa, B. juncea var sind raya ve B. juncea var early raya bitkilerinin Cd hiperakümülatörü olabileceği ve bunu da HMA4 geninin ekspresyonuyla gerçekleştirebileceği görülmüştür.
Türkiye'deki Rubia L. (Rubieae, Rubiaceae) cinsinin moleküler filogenisi, anatomisi, mikro-morfolojisi, palinolojisi ve nümerik taksonomisi
Türkiye'de doğal olarak yayılış gösteren Rubia L. (kökboyası) cinsinin moleküler filogenisi, anatomisi, mikro-morfolojisi, palinolojisi ve nümerik taksonomisi ile ilgili bu güne kadar yapılmış detaylı bir çalışma bulunmamaktadır. Bu yüzden, bu çalışmada ülkemizdeki Rubia cinsine ait taksonlar üzerine makro-morfolojik, mikro-morfolojik, anatomik, palinolojik, moleküler filogenetik ve nümerik taksonomik araştırmalar gerçekleştirilmiştir. Araştırma sonuçlarına göre, R. tenuifolia'nın alttürleri (subsp. brachypoda, subsp. doniettii ve subsp. tenuifolia) sinonim olarak değerlendirilmiştir. Çekirdek DNA'sının (nrDNA) ITS (Internal Transcribed Spacer) bölgelerinin sekans analizleri Rubia taksonlarının arasındaki filogenetik ilişkileri göstermiştir. Bununla birlikte, makro- ve mikro-morfolojik, anatomik ve palinolojik özellikler üzerine gerçekleştirilen kümeleme analizi ile taksonlar arasındaki ilişkiler açıklanmıştır. Nümerik taksonomi analizleri, UPGMA algoritması ve Gower'ın genel benzerlik katsayısı uygulanarak fenogram elde etmek için kullanılmıştır. Palinolojik özelliklerin aksine, anatomik ve mikro-morfolojik ve karakterlerin taksonomik amaçlar için faydalı olduğu tespit edilmiştir.
2-klorofenol'ün Allium cepa L. kök meristem hücreleri üzerine sitogenetik ve genotoksik etkileri
Organik kirleticilerden biri olan 2-Klorofenol (2-KF) yüksek klorlu bileşiklerin sentezinde, bazı boyalarda, koruyucularda, herbisitlerde, fungusitlerde ve plastiklerin sentezinde ara ürün olarak kullanılmaktadır. Bu çalışmada, 2-KF'nin sitotoksik ve genotoksik etkileri Allium cepa kök meristematik hücrelerinde kök büyümesi, mitotik indeks (MI), kromozomal anormallik (KA)'ler ve DNA hasarı üzerindeki etkileri Allium anafaz-telofaz ve Komet testleri kullanılarak araştırılmıştır. 2-KF'nin EC50 değeri Allium kök büyümesini engelleme testi ile yaklaşık olarak 25 ppm belirlenmiştir. 2-KF'nin üç konsantrasyonu (12,5, 25 ve 50 ppm), saf su (negatif kontrol) ve metil metan sülfonat (MMS, 10 ppm, pozitif kontrol) soğan kök hücrelerine farklı zamanlarda (24, 48, 72 ve 96 saat) uygulanmıştır. 2-KF'nin tüm konsantrasyonları mitotik indekste (MI) hafif bir şekilde azalmaya neden olmuştur. 2-KF toplam KA'ları (bozulmuş anafaz telofaz, kalgın kromozom, yapışkanlık ve anafaz köprüsü) ve DNA hasarını kontrol grubuna göre istatistiksel olarak arttırmıştır. Bu sonuçlar 2-KF'nin A. cepa kök meristematik hücreleri üzerinde genotoksik etki oluşturduğunu ortaya koymuştur.
Helleborus orientalis ekstraktlarının biyolojik ve kimyasal özelliklerinin belirlenmesi
ÖZET Son yıllarda yapılan çalışmalarda Helleborus türleri önemli sekonder metabolitler üretme potansiyelleri nedeniyle fitokimyasal araştırmaların konusu olmuştur, ancak Helleborus orientalis türü ile yapılan çalışmaların birkaç tane ile sınırlı olduğu görülmüştür. Bu nedenle Türkiye'de Kuzey Anadolu bölgesinde doğal olarak yetişen H. orientalis bitkisinin metanolik ekstraktlarının toplam fenolik, toplam flavonoid ve antioksidan içerikleri, fourier dönüşümlü kızılötesi spektrometresi, sıvı kromatografi kütle spektrometresi, yüksek performanslı sıvı kromatografisi analizi ve antimikrobiyal aktivitesi incelenmiştir. Yapraklarının metanol ekstraktı ile toplam antioksidan, oksidan seviyeleri comet testi ile DNA hasarı üzerine aktivitesi incelenmiştir. Bitkinin köklerinin sulu ve etanolik ekstraktlarının herbisidal etkisini tespit etmek amacıyla çimlenme üzerine aktivitesi belirlenmiştir. H. orientalis bitkisinin çiçek ve yaprak kısmı yüksek fenolik ve flavonoid maddeler içermektedir ve yüksek antioksidan özelliklere sahiptir. Sıvı kromatografi kütle spektrumu analizlerinde yaprakta hellebrigen, köklerinde helleborin, ve hellebrigen, gövdelerinde hellebrin ve çiçeklerinde hellebrin ve helleborin varlığı tespit edilmiştir. H. orientalis'in yaprak ekstraktının DNA hasarını ve toplam oksidan düzeylerini azalttığı, toplam antioksidan düzeyini arttırdığı görülmüştür. Bitkinin kök, gövde, yaprak ve çiçek kısmı Candida glabrata'da antifungal aktivite gösterirken, kök kısmı da Enterococcus faecalis ATCC 51289'de antimikrobiyal aktivite göstermiştir. Bitki köklerinin sulu ekstraktlarıının çimlenmeyi inhibe ettiği gözlemlenmiştir.
Hidroksiapatit nanomoleküllerine tutturulmuş tıbbi bitki ekstratlarından elde edilen alkaloidlerin karakterizasyon ve biyoaktivite çalışmaları
Son yıllarda kontrollü ilaç salım sistemleri önem kazanmış bunlar arasında nanopartiküller sistemler ön plana çıkmıştır. Bu nedenle nanopartikül hazırlama ve karakterizasyon teknikleri önem taşımaktadır. Hidroksiapatit (HA), gözenekli yapısı, yüksek doku uyumluluğu ve yüksek adsorpsiyon özellikleri nedeniyle kontrollü ilaç salımında kullanılmaktadır. Çalımada morfin ve noskapin içeren haşhaş kapsüllerinden konsantre morfin ve noskapin elde edilmiş morfinin fazla alımına bağlı gözlemlenen yan etkiler ve noskapin sirkülasyon süresini artırmak için hidroksiapatit nanopartiküllerine hapsedilmiştir. Çalışmada aynı zamanda haşhaş kapsülünün antioksidan aktivite çalışmaları yapılmış olup kaydadeğer antioksidan özellik belirlenmemiştir. Sentezlediğimiz boş, morfin ve noskapin yüklü HA (HA+M; HA+N) nanopartiküllerin karakterizasyon analizleri, ilaç salımları ve biyolojik aktivite çalışmaları yapılmıştır. Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM), Transmisyon Elektron Mikroskop (TEM), Kızılötesi Spektrum (FTIR) ve Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi (HPLC) analizleri ile nanopartikül oluşumu doğrulanmıştır. Salım deneylerinde ise pH 1,2 ortamında M+HA ve HA+N nanopartiküllerinin 30 saatte tam bir salım gerçekleşmişken, pH 7,4 ortamında HA+N nanopartikülünde salım gözlenmemiştir. Comet deneyinde ise konsantrasyon azaldıkça DNA hasarı azalmıştır. En düşük konsantrasyonda HA+N 1.67±0.33 DNA hasarına neden olurken HA+M'de DNA hasarına rastlanmamıştır. Total antioksidan ve oksidan seviyesi (TAS-TOS) deneylerinin sonuçlarında ise konsantrasyon arttıkça total oksidan kapasite artmış total antioksidan kapasite azalmıştır. TAS-TOS deneyleri ile DNA hasarı uyumlu bulunmuştur. DNA hasarı olan gruplarda oksidan kapasite de anlamlı artışlar antioksidan kapasite de ise anlamlı azalmalar gözlemlenmiştir. Böylece yavaş salımlı morfin ve noskapin formları oluşturularak plazmadaki konsantrasyon düşürülmüş ve uzun etki süresi sağlanmıştır. Dolayısıyla ilaçların toksik ve yan etkileri azaltılmıştır.
Türkiye'de yetişen göl soğanı (Leucojum aestivum) bitkisinin kimyasal ve biolojik aktivitesinin belirlenmesi
Bu çalışmada, L. aestivum'un polifenolik içeriği, spektrofotometrik ve kromatografik yöntemlerle belirlenmiştir. L. aestivum'un yaprak ekstraktlarında toplam fenolik içerik, 12,937±0,057 mg GAE/g KB ve soğan ekstraktlarında 3,947±0,023 mg GAE/g KB olarak belirlenmiştir. Toplam flavonoid içerik ise, yaprak ekstraktlarında 10,620±1,670 mg CAE/g KB ve soğan ekstraktlarında 0,820±0,624 mg CAE/g KB olarak belirlendi. Antioksidan potansiyelinin değerlendirilmesi için DPPH, ABTS+ ve RPC analizleri yapıldı. L. aestivum'un yaprak ekstraktlarının, soğan ekstraktlarından daha fazla antioksidan aktiviteye sahip olduğu belirlendi. Bu sonuç, L. aestivum'un yapraklarının önemli bir antioksidan kaynağı olduğunu göstermiştir. Fenolik bileşikler HPLC ile tanımlandı. Antimikrobiyal analizler beş farklı patojenik bakteri suşuna karşı L. aestivum'un metanol ekstraktlarının antimikrobiyal aktivitesi incelenmiştir. Ekstraktların bu suşlara karşı aktivitesi olmadığı gözlendi. Ekstraktların sekiz mantar suşuna karşı antifungal aktivitesi de incelenmiştir. Metanolik yaprak ekstraktlarının, Alternaria citri'ye karşı en etkili olduğu ve Penicillium glabrum ve Cladosporium cladosporioides'e karşı etkili bir antifungal olduğu belirlenmiştir. L. aestivum'un yaprak transplantasyonu ve yüzey kısımları ile soğan kesitine anatomik çalışmalar yapıldı. İzobilateral yaprağın her iki yüzeyinde de tetracytic tip stoma olduğu belirlendi. Stomaların yaprakların eksenine paralel olarak dizildiği gözlendi ve 20x büyütme objektifinde yaprak başına 4 ila 5 arasında değiştiği belirlendi. Mezofilin büyük lizijenöz boşluklardan özellikle hücreler arası boşluklara sahip izometrik parenkima hücreleri ve kristalimsi inklüzyonları içerdiği gözlendi. Midvein gelişmediği gözlendi. Soğan içindeki parankima hücrelerinde fazla miktarlarda nişasta tanelerinin varlığı belirlendi. Taramalı elektron mikroskobu (SEM) kullanılarak mikromorfolojik yaprak irtifaları gözlendi. SEM gözlemleri yaprak yüzeyinin tüysüz olduğunu, epidermal hücrelerin sınırlara sahip olduğunu ve periklinal duvarlar üzerindeki çizgili zarların olduğunu ortaya koydu.
Parasetamol-indüklü hepatotoksisite modelinde borun eser element düzeyine etkisi
Çalışmamızda dokulardaki oksidan/antioksidan sistemi koruma ve glutatyon depolarını artırma özellikleri olan borun, kullanımı yaygın ve yüksek dozlarda hepatotoksik hasara yol açtığı bilinen parasetamolün olumsuz etkilerini azaltmadaki etkinliğini ve antioksidan rolünü araştırdık. Bunun için parasetamol indüklü hepatotoksisite modeli oluşturarak borun eser element seviyesindeki etkinliğine bakıldı. Çalışmamızda kullanılan deney hayvanları yedi gruba ayrıldı: kontrol, 2 g/kg parasetamol, 2 g/kg parasetamol + 50 mg/kg borik asit, 2 g/kg parasetamol + 100 mg/kg borik asit, 2 g/kg parasetamol + 200 mg/kg borik asit, 2 g/kg parasetamol + 140 mg/kg N-asetilsistein (NAC), 200 mg/kg borik asit. Yapılan ölçümler sonucu serum parasetamol grubu aspartat aminotransferaz (AST), alanin aminotransferaz (ALT) düzeyleri ve doku örneklerinden yapılan analiz sonucu protein karbonil (POC), total oksidan seviye (TOS) ve oksidatif stres indeksi (OSİ) seviyeleri artmış, bor verilen gruplarda ise anlamlı bir azalma gözlemlenmiştir. Parasetamol grubu protein tiyol (-SH), total antioksidan seviye (TAS) ve eser element düzeylerinde düşme görülürken bor gruplarında anlamlı bir artış olmuştur. Sonuç olarak, bor takviyesi yapılarak, parasetamolün oksidan/antioksidan dengesine yaptığı hasarın azaldığını gözlemledik ve borun farklı parametlere yaptığı etkilerden yola çıkarak antioksidan özellik gösterdiği söylenebilir.
The cytogenetic and genotoxic effects of 2-chloropiridine on Allium cepa L. stem mery cells
2-Kloropiridin (2-KP) kozmetiklerin, böcek ilaçlarının ve diğer farmasötik ürünlerin önemli bir öncüsüdür ve aynı zamanda endüstriyel atık sulardaki tarımsal kimyasal ürünlerin ve nehir kirleticilerin metabolitlerinin ürünleri olarak, iz kimyasal olarak tanımlanmaktadır. Bu çalışmada, 2-KP'nin sitotoksik ve genotoksik etkileri Allium cepa kök meristematik hücrelerinde 2-KP'nin kök büyümesi, mitotik indeks (Mİ), kromozomal anormallik (KA)'ler ve DNA hasarı üzerindeki etkileri Allium anafaz-telofaz ve Komet testleri kullanılarak araştırılmıştır. 2-KP'nin EC50 değeri Allium kök büyümesini engelleme testi ile yaklaşık olarak 50 ppm belirlenmiştir. A. cepa köklerine ½xEC50 (25 ppm), EC50 (50 ppm) ve 2xEC50 (100 ppm) 2-KP, Metilametansülfonat (MMS-10 ppm, pozitif kontrol) ve saf su (negatif kontrol) konsantrasyonları A. cepa soğan kök hücrelerine farklı zamanlarda (24,48,72 ve 96 saat) uygulanmıştır. 2-KP, kök büyümesini ve Mİ'yi azaltarak sitotoksik etki göstermişken, KA'ları (bozulmuş anafaz-telofaz, kalgın kromozom, yapışkanlık, anafaz köprüleri ve poliploidi) ve DNA hasarını önemli seviyelerde arttırarak genotoksik etki göstermiştir. Sıvı kromatografi-tandem kütle spektrometresi (LC-MS/MS) ile Allium köklerine geçen 2-KP miktarı hem süreye hem de doza bağlı olarak artmıştır.
Penoksulam' ın Alliuma cepa L. kök meristem hücreleri üzerine sitogenetik ve genotoksik etkileri
Penoksulam, pirinç tarlalarında, geniş yapraklı yabani otların kontrolü için, ekim veya doğrudan kuru ya da tohumlama yöntemleriyle yetiştirilen bitkilerin kontrolünde kullanılan yeni nesil bir herbisittir. Penoksulam, hücre bölünmesinin durdurulmasını ve bitkilerde sonraki büyüme işlemlerinin kontrol edilmesinde rol oynayan Asetolaktat Sentaz (ALS) enzimini inhibe eder. Bu çalışmada, Allium ana-telofaz ve Komet testi Penoksulam herbisitinin Allium cepa köklerinde sitogenetik ve genotoksik etkilerini araştırmak için kullanılmıştır. Allium cepa yumruları Penoksulam'ın ½xEC50, EC50 ve 2xEC50 konsantrasyonlarına, saf sua(negatifakontrol) ve Metilmetansülfonat (MMS, 10appm, pozitifakontrol) 24, 48, 72 ve 96 saat boyunca maruz bırakılmıştır. Penoksulam kontrol grubuna göre kök büyümesinin azalmasına neden olmuş ve Mitotik İndeks (Mİ) değerini azaltarak sitotoksik etki, kromozom anormalliklerini (KA'lar, anafaz köprüsü, kalgın kromozom, bozulmuş ana-telofaz, poliploidi ve yapışıklılık) ve DNA hasarını istatistiksel olarak artırarak genotoksikaetki göstermiştir. Sıvıakromatografi-tandem kütle spektrometresia(LC-MS/MS) A. cepa kök meristem hücrelerindeki Penoksulam'ın miktar tayinini belirlemek için kullanılmıştır. Bu sonuçları doğrulamak için Penoksulam'ın bitkilerdeki sito-genotoksisitesinde ortaya çıkan daha ileri moleküler toksikolojik değerlendirmelere ihtiyaç vardır. AnahtaraKelimeler: Penoksulam, Allium testi, Komet testi, Kromozomal Bozukluklar
Farklı bakır (Cu) seviyelerinde yetiştirilen Brassica juncea ve Brassica nigra türlerinde ağır metal taşıyıcı (HMA1 ve HMA3) geninin anlatımı ve metabolik bazı değişiklikler
Bu çalışma, akümülatör bitki B. nigra L. (siyah hardal) ve tolerans bitki B. juncea L.' da (kahverengi hardal) bakıra karşı indüklenen genlerin anlatım profillerini araştırmak için yürütülmüştür. Bu bağlamda, farklı Cu seviyelerinde (0,25,50,100,200,500,1000 µM) yetiştirilen her iki bitkide ağır metal taşıyıcı ATPaz' ların (HMA1, HMA3) gen anlatım profili araştırılmıştır. Bitki türlerinin kök ve yapraklarında biriken Cu miktarı, Atomik Absorbsiyon Spektrofotometre (AAS) tekniği kullanılarak tespit edilmiştir. Her iki türün yapraklarında HMA1 ve HMA3 anlatım profilleri R-T qPCR kullanılarak analiz edilmiştir. Ek olarak, bu iki bitki türlerinde glutatyon, fenolik içerik ve flavonoid miktarı da araştırılmıştır. Veriler, her iki türün yapraklarında HMA1 ve HMA3 anlatımının, artan Cu seviyelerine bağlı olarak 50 µM ile 100 µM' ye kadar kademeli bir şekilde arttığı ve daha yüksek Cu seviyeleri uygulanan (100 µM Cu üzerinde) her iki türde ise bu iki genin anlatım seviyesinin yavaş yavaş azaldığını göstermektedir. Bu da metal birikim ve toleranstan sorumlu tek taşıyıcı bu metal ATPaz' ların olmadığını, bunlarla birlikte metal birikim ve toleransına başka bazı faktörlerinde katıldığını göstermektedir. Biyoinformatik analizlerden, Brassica spp. HMA1-HMA4' ün metal taşınımında önemli bir rol oynadığını anlaşılmaktadır. Bu nedenle birkaç metal ATPaz ve diğer metal taşıyıcılar arasında önemli bir etkileşimin olduğu ve böylece farklı Cu seviyelerinde yetiştirilen bu bitki türlerinde glutatyon miktarı da analiz edilmiştir. Özellikle B. juncea L.' da glutatyon birikim profilinin, bu metal ATPaz' ların anlatım profiline benzer olduğu gözlenmiştir. Flavonoid ve fenolik bileşiklerin birikim profilleri, farklı Cu seviyeleri uygulanan bu bitki türlerinde farklılık göstermiştir. Bu tez çalışma sonuçları, Brassica spp.' de Cu' nun birikim ve detoksifikasyon mekanizmasının anlaşılmasına önemli bir katkı sağlayacaktır.
Parasetamol indüklü nefrotoksisite modelinde oksidatif stres ve eser element üzerine kafeik asit fenil ester'in koruyucu etkisinin araştırılması
Ağrı kesici ve ateş düşürücü etkisi olan parasetamol, güvenilir, ucuz ve ulaşılabilmesi kolay olması bakımından dünyada en çok kullanılan ilaçlardan biridir. Parasetamolün yüksek doz kullanımı nefrotoksisiteye neden olur. Propolis maddesinin aktif bileşenlerinden biri olan Kafeik Asit Fenetil Ester (CAPE), arıların bitkilerden topladığı özütün içinde bulunur. Bu çalışmada ratlarda parasetamol ile indüklenmiş nefrotoksisite modelinde kafeik asit fenetil esterin (CAPE) koruyucu etkisi araştırıldı. Çalışmada 36 adet deney hayvanı rastgele seçilerek 6 guruba ayrıldı. Bunlar; Kontrol, parasetamol, parasetamol + CAPE, parasetamol + NAC, CAPE ve Etanol gurubu. Kontrol grubu yalnızca standart yem ile beslendi. Parasetamol gurubuna distile suda çözülen, 2g/kg oranında 2ml gavaj yolu ile parasetamol uygulaması yapıldı. Parasetamol + CAPE gurubuna 2g/kg oral parasetemol uygulaması sonrasında, 10mikrogram/kg CAPE uygulaması yapılırken, Parasetamol +NAC gurubuna 140 mg/kg N-AsetilSistein oral yoldan verildikten 1 saat sonrası 2 g/kg dozunda, 2 ml parasetamol uygulaması yapıldı. CAPE gurubuna tek başına 10 mikrogram/kg CAPE etanol ile çözdürülüp intraperitoneal uygulandı. Parasetamol grubunun BUN ve Kreatinin değerleri; kontrol, parasetamol+CAPE, Parasetamol+NAC, CAPE, Etanol guruplarına göre anlamlı olarak yüksek (P<0,05) bulunmuştur. Ayrıca parasetamol grubunda, SOD, CAT ve GSH düzeyleri ile birlikte TAS (total antioksidan seviyesi) ve analizini yaptığımız eser element değerlerinde anlamlı bir azalma gözlenirken, TOS (total oksidan seviyesi) değerinde anlamlı bir artış gözlemlendi. Parasetamol MDA ve 8-OHdG değerlerinde de anlamlı bir (p<0,05) artış gözlemlendi. Ayrıca böbrek dokusunda yapılan histopatolojik incelemede paraetamol grubunda vakuoler dejeneratif değişiklikler görüldü. Çalışmanın sonucunda, CAPE'nin oksidatif hasara ve parasatemol kaynaklı böbrek hasarına karşı koruyucu bir rol oynadığı ortaya koyulmuştur.
Farklı çinko seviyelerinde yetiştirilen Brassica juncea ve Brassica nigra türlerinde metal ATPaz'ların (HMA2, HMA4) anlatımı
Brassica juncea (kahverengi hardal) ve Brassica nigra (siyah hardal) belli ağır metalleri akümüle ettiği bilinen ve gelişmiş kök sistemine sahip kara bitkileridir. Bu çalışmada B. juncea ve B. nigra bitkilerine 15 gün boyunca (ZnSO4 ) uygulanmıştır. Zn uygulanmasıyla bu bitki türlerinin kök ve yapraklarında metal akümülasyon kapasiteleri ve fitoremediasyon teknolojisi için uygunluğu araştırılmıştır. Brassicacea türlerinde (B. nigra, B. juncea ) Zn metali ile uyarılan önemli genlerin, metal ATPazların (HMA2, HMA4) Real Time PCR kullanılarak gen ekspresyonu tespit edilmiş ve HPLC cihazı ile glutatyon analizi ve spektrofotometre cihazı ile fenolik bileşiklerin tayini yapılarak metal transportlarla ilişkisi araştırılmıştır. Tüm bu veriler dahilinde B. juncea' nın kök örneklerinde biriken Zn ağır metal miktarı anlamlı olmamakla birlikte B. juncea' nın kök örneklerinde biriken Zn ağır metal miktarı, B. nigra' nın kök örneklerinden daha yüksek olduğu ve yapraklarında biriken Zn ağır metal miktarlarının her iki türde de birbirine yakınlık gösterdiği tespit edilmiştir. Ayrıca B. juncea (Zn) ve B. nigra (Zn)' da anlatımı yapılan HMA4 ve HMA2 geninin ekspresyon seviyesinin glutatyon miktarıyla paralellik gösterdiği tespit edilmiştir. Tüm bu veriler dahilinde bu iki bitki türünün bünyelerinde metal birikimini ve taşınımını sağladıkları için fitoremediasyon teknolojisinde uygun aday türler olduğu tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: B. juncea, B. nigra, Metal ATPaz'lar (HMA2, HMA4), Gen Ekspresyonu, Fitoremediasyon
İnsan akciğer kanseri A549 hücrelerinde borun apoptotik ve antianjiyogenik etkilerinin araştırılması
Günümüzde en önemli sağlık sorunlarından biri olan akciğer kanseri, hem kadınlarda hem de erkeklerde en sık ölüme neden olan kanser türüdür. İnsan alveoler karsinoma hücrelerden köken alan A549 akciğer hücreleri tip II alveoler hücre fenotipi ile eşleşmekle birlikte, insan primer alveoler epitel hücrelerinin sahip olduğu birçok karakteristiğe de sahiptir. Bor, nükleer, cam, seramik, ilaç, deterjan, tarım gibi birçok alanda kullanılır ve kullanım alanları her geçen gün artmaktadır. Yeni yapılan araştırmalarla borun insan sağlığı için önemli bir element olduğu gösterilmektedir. Bu bilgilerden yola çıkılarak, bu çalışma A549 insan akciğer kanseri hücre hattında faklı konsantrasyonlardaki borik asidin etkisini, proliferasyon deneyi, TAS (Total Antioxidant Status), TOS (Total Oxidant Status), VEGF (Vascular Endothelial Growth Factor) ve PARP (Poli (ADP-Riboz) Polimeraz ) Analizleri ile araştırmak amacıyla yapılmıştır. Yapılan çalışmada, proliferasyon deneyinde 5 mM, 10 mM, 20 mM, 40 mM ve 100 mM konstantrasyonlarda dozlarla doğru orantılı olarak canlılık değerlerinin düştüğü görülmüştür ve LD50 değeri 20 mM olarak belirlenmiştir. TAS ve TOS analizlerinde gruplar arasında anlamlı bir fark olmadığı görülmüştür. VEGF değerlerinde, 10 mM, 20 mM ve 40 mM borik asit konsantrasyonlarında VEGF değerlerinin konrol grubuna göre düştüğü görülmüştür. PARP değerlerinde 10 mM, 20 mM ve 40 mM'lık tüm konsantrasyonlarda anlamlı bir yükseliş görülmüştür. Bulgular sonucunda; borik asidin 10 mM ve 20 mM konsantrasyonlarının VEGF düzeylerini azaltarak anjiyogenezi azaltabileceği düşünülmektedir. PARP değerlerinde görülen yükseliş ise 10 mM, 20 mM ve 40 mM konsantrasyonlarda borik asidin hücreyi nekroza götürdüğünü düşündürebilir.
İnsan kolon kanseri (CCL–233) hücrelerinde borun apoptotik ve antianjiyogenik etkilerinin araştırılması
Kolorektal kanser (CRC), dünya çapında kansere bağlı ölümlerin en yaygın nedenlerinden biridir ve kansere bağlı ölümün önde gelen nedenlerinden biri olmaya devam etmektedir. Son araştırmalar, diyet ve yaşam tarzı dahil olmak üzere mikrobiyal ve çevresel faktörlerin kolon kanseri gelişimini etkileyebileceğini göstermiştir. Kolorektal kanser tedavisi için kullanılan metotların başarı oranları oldukça düşüktür. Bor, çeşitli biyolojik işlemlerde önemli rol oynayan önemli bir mineraldir. Bitkilerin, hayvanların ve insanların büyümesi için bor gereklidir. Bor olarak adlandırılan bu bileşikler içerisinde en önemli olanları borik asit ve borakstır. Borik asit'in bazı önemli kimyasal özellikleri kanser tedavisinde kullanılabilirliğini desteklemektedir. Yapılan çalışmalar, bor diyetiyle beslenen hayvan ve insanlarda, kemik yoğunluğu, embriyonik gelişimi, yara iyileşmesi ve kanser tedavisi ile borun diğer faydalarınıda ortaya koymaktadır. Borun, çeşitli enzimlerin ve minerallerin metabolizmasını etkilediği de bildirilmiştir. Yapılan bu tez çalışmasında CCl-233 insan kolon adenokarsinom hücre hattı üzerine borik asitin etkileri proliferasyon, VEGF ve Poli (ADP-riboz) polimeraz (PARP) analizi çalışmalarıyla araştırılmıştır. Yapılan çalışmalar sonucunda; hücre canlılık analizlerimizde ii 50 mM borik asitin hücre proliferasyonunu 24., 48. ve 72. saatler sonucunda azalttığı gözlenmiştir. En iyi sonuçların 48. saatte ortaya çıktığı bulunmuştur. Ardından 48. saatte PARP analizine bakılmıştır. PARP değerleri cisplatin uygulanan kontrol grubuda yüksek çıkmıştır. Buna karşılık borun iki konsantrasyonunda (50-100 mM) PARP seviyeleri kontrol grubuna göre (p<0,05) düşük çıkmıştır. Bu analize ek olarak 48. saatte VEGF analizi yapılarak, VEGF bor düzeylerinin cisplatin uygulanan kontrol grubuyla aralarında fark olduğu, kontrol grubuyla aralarında bir fark olmadığı görülmüştür. Anahtar kelimeler : Kolon Kanseri, Borik asit, Proliferasyon, VEGF, PARP
İnsan meme kanseri mcf-7 hücrelerinde borun genotoksik ve anjiogenik etkilerinin araştırılması
Meme kanseri, kadınlarda en çok görülen kanser türü olup, dünyada kadın ölüm sebepleri arasında ikinci sırada yer almaktadır. Meme kanserine çözüm bulunması amacıyla, tedaviye yönelik farklı çalışmalar yapılmakta ve farklı ilaç ve maddelerin bu hastalık üzerindeki etkileri yoğun bir şekilde araştırılmaktadır. Bu çalışmada meme kanseri hücre dizisinde (MCF-7) borik asit kullanımının antiproliferatif, apoptotik, anjiyojenik ve antioksidan etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Kemoterapötik ajanlar neoplastik hücrelere zarar verirken bazı normal hücreler de bundan etkilenmekte ve bu durum çeşitli yan etkilere neden olmaktadır. Borik asidin bazı kanser hücresi tiplerinin çoğalmasını kontrol ettiği gösterilmiştir. Borik asit peptitler, proteazlar, proteazomlar, arginaz, nitrik oksit sentaz ve transpeptidazların bir inhibitörüdür. Borik asidin güçlü bir antioksidan etki göstermesi, özellikle kanser tedavilerinde kullanılan ilaçların yan etkilerinin azaltılması ve reaktif oksijen türlerinin (ROS) seviyesini azaltması açısından önem teşkil etmektedir. ii Bu çalışmada borik asidin ortalama latel doz (LD50) değerlerini belirlemek için MCF-7 hücre dizisi üzerine borik asidin farklı konsantrasyonları uygulandı ve sitotoksik aktiviteleri 24, 48 ve 72. saatte hücre sayım (CCK-8) ELİSA kiti kullanılarak antiproliferatif etkisi belirlendi. Bulunan sonuçlarda en anlamlı değişiklikler 48.saatte görülmüştür. Bu sebeple diğer analizler 48 saatlik inkübasyon süresi üzerinden yapılmıştır. Biyokimyasal parametrelerin tayini için belirlenen konsantrasyonlar hücrelere uygulandıktan sonra hücre lizatları elde edildi. Elde edilen numunelerle anjiyogenik etkilerin belirlenmesi için vasküler endotelyal büyüme faktörü (VEG-F) elisa kiti kullanıldı. Apoptotik etkileri belirlemek amacıyla da Poli(ADP-riboz) polimeraz (PARP) elisa kiti kullanıldı. Total antioksidan ve oksidan seviyeleri belirlemek için ise TAS ve TOS elisa kitleri kullanıldı. Sonuç olarak bu çalışmada konsantrasyon ve zamana bağlı borik asidin MCF-7 meme kanseri hücre hattında proliferasyonun azaldığı gözlemlendi. Aynı zamanda elde ettiğimiz PARP sonuçlarına göre borik asit konsantrasyonlarının kontrol grubuna göre anlamlı farklılık gösterdiği tespit edilmiştir. Borik asit konsantrasyonları ile Cis Platin grupları arasında anlamlı farklılık görülmemiştir. Her iki grubun da kontrol grubuna göre artış göstermesi, borik asidin hücreyi nekroza götürdüğünü düşündürmektedir. Borik asidin anjiyogenez ile ilişkisini açıklamak amacıyla yapılan VEG-F sonuçlarına bakıldığında ayrı ayrı hem kontrol grubu hem de Cis Platin ile anlamlı farklılıklar gözlemlendi. Analizlerde borik asit gruplarında MCF-7 meme kanseri hücre hattında Cis Platinden daha etkili sonuçlar elde edilmiştir ve bu durum borik asidin antianjiyogenik bir etkisinin olabileceğini düşündürmektedir. Yapılan TAS-TOS analizleri sonucu antoksidan kapasite ve oksidan kapasite konsantrasyona bağlı artış gösterdi. Bu durum hücrenin oksidatif strese girdiğine ve buna karşılık antioksidan seviyelerini denge kurmak amacıyla arttırdığını düşündürmektedir. Bu açıdan bakıldığında, MCF-7 hücrelerinde yapılan biyokimyasal analizlerin doza bağlı değişimlerinin literatüre katkı sağlayacağı kanaatindeyiz. Anahtar Kelimeler: MCF-7, Borik Asit, PARP, VEGF
Laktik asit bakterilerinin enterobacteriaceae izolatları üzerine antimikrobiyal ve antibiyofilm etkisinin belirlenmesi
Son yıllarda probiyotikler, bakteriyel hastalıkların tedavisinde antibiyotiklerin yerine doğal bir alternatif olarak görülmektedir. Laktik asit bakterileri (LAB) üretmiş oldukları bakteriyosinler sayesinde patojen mikroorganizmalar üzerine inhibe edici etki göstermektedir. Ancak LAB'lar ile inhibe edilen enteropatojenik bakteriler üzerine yapılan araştırmalar oldukça azdır. Bu nedenle bu tez çalışmasında, LAB'ların Enterobacteriaceae suşlarına karşı antimikrobiyal, antibiyofilm etkisi ve ekzopolisakkarit üretme yetenekleri araştırılmıştır. Bu çalışmada, biyofilm oluşumunu tespit etmek amacıyla hem kongo kırmızılı agar hem de mikrotitrasyon plak yöntemi kullanılmıştır. Sonuç olarak, tüm izolatların biyofilm oluşturduğu belirlenmiştir. Biyofilm oluşturduğu tespit edilen izolatların BD PhoenixTM otomasyon sistemi ile tanımlaması yapılmıştır. Phoenix bakteri identifikasyon ve antibiyogram hassasiyet testi sonuçlarına göre izolatlardan 4'ü (P3, P4, P5, P7) Enterobacter cloacae, 3'ü (P1, P2, P9) Citrobacter braakii olarak tanımlanmış, 2 izolatın tür tayini yapılamamıştır. Antibiyogram test sonuçlarına göre tüm izolatlarda amoksisilin-klavulanat ve amfisilin direnci tespit edilmiştir. LAB'ların Enterobacteriaceae suşları üzerine antimikrobiyal etkisini belirlemek amacıyla agar kuyu ve agar disk difüzyon yöntemi kullanılmıştır. Antimikrobiyal aktivitenin yüksek olduğu mikroorganizmalar P2, P3 ve P7 olarak belirlenmiştir. Ayrıca, LAB'ların Enterobacteriaceae izolatları üzerindeki antibiyofilm etkisi test edilmiştir. En yüksek antibiyofilm etkiyi Lactococcus lactis (L1) ekstresi (%91,97) P3 izolatı üzerinde göstermiştir. LAB'ların bağırsak epitel hücrelerine yapışma kapasitesini belirleyebilmek için izolatların ekzopolisakkarit (EPS) üretim yetenekleri araştırılmıştır. En fazla EPS üretimi (49,31 mg/mL) Enterococcus faecalis (L3)'de saptanmıştır. Sonuç olarak, LAB'dan elde edilecek antimikrobiyal, antibiyofilm etkili bileşiklerin hem gıda hem de sağlık sektöründe patojen mikroorganizmalara karşı potansiyel olarak kullanılabileceği düşünülmektedir.
Pinoksadenin allium cepa l. kök meristem hücreleri üzerine sitotoksik ve genotoksik etkileri
Astil-KoA karboksilaz enzimini inhibe eden herbisitlerden biri olan Pinoksaden, zararlı otları kontrol altına almak için kullanılır. Pinoksadenin Allium cepa (A. cepa) kökleri üzerindeki sito-genotoksik etkileri, kök büyümesi, mitotik indeks (Mİ), mitotik fazlar, kromozomal aberasyonlar (KA'lar) ve DNA hasarı Allium ana-telofaz ve Komet deneyleri kullanılarak araştırılmıştır. % 50 etkili konsantrasyonu (EC50) elde etmek için, 96 saat boyunca Pinoksadenin 0.5 ila 100 mg/L arasındaki farklı konsantrasyonları A. cepa köklerine maruz bırakılmıştır. Negatif kontrol için distile su kullanılmıştır. Pinoksadenin 1.25 mg/L (1/2xEC50), 2.5 mg/L (EC50) ve 5 mg/L (2xEC50) konsantrasyonları, pozitif kontrol için metil metan sülfonat (MMS, 10 mg/L) ve negatif kontrol için distile su birkaç zaman aralığı boyunca (24, 48, 72 ve 96 saat) Allium köklerine maruz bırakılmıştır. Pinoksaden kontrol grubuna kıyasla, sadece istatistiksel olarak kök büyümesini ve Mİ'i azaltmakla kalmadı, aynı zamanda uyarılmış KA'lar, bozulmuş anafaz-telofaz, anafaz köprüleri, kalgın kromozom, yapışkanlık, poliploidi, 5 mg/L'de mikronükleus, c-metafaz ve binükleer hücreler ve ayrıca DNA hasarına neden oldu. Bu sito-genotoksik etkilerle Pinoksaden özenle kullanılmalı ve sito-genotoksik mekanizmaları diğer toksisite testleri ile birlikte daha fazla araştırılmalıdır.
İmazalilin allium cepa l. kök meristem hücreleri üzerine sitotoksik ve genotoksik etkileri
İmidazol grubu içeren imazalil bitkilerdeki fungal hasatlıkları önlemede ve tedavi etmede yaygın olarak kullanılan bir fungusittir. Bu çalışma ile imazalilin Allium cepa köklerinde muhtemel sitotoksik ve genotoksik etkileri Allium ana-telofaz ve tek hücre jel elektroforezi (Komet) testleriyle araştırılmıştır. İmazalilin kök büyümesini negatif kontrol grubuna göre %50 oranında düşüren konsantrasyon (EC50) değeri Allium büyüme engelleme testi ile 1 µg/mL olarak bulunmuştur. İmazalilin üç farklı konsantrasyonu (0.5, 1 ve 2 µg/mL), distile su (negatif kontrol) ve 10 mg/L metil metan sülfonat (MMS, pozitif kontrol) 24-96 saatleri süresince Allium köklerine maruz bırakılmıştır. İstatistiksel analizler Duncan çoklu karşılaştırma ve Pearson korelasyon testleri ile yapılmıştır (p≤0.05). İmazalil kök büyümesini ve mitotik indeksi (Mİ) değerlerini istatistiksel olarak azaltarak sitotoksik etki göstermiştir. Kromozom aberasyonlarını (KA'ları) ve DNA hasarını kontrol grubuna göre istatistiksel olarak arttırmıştır. İmazalil sitotoksik ve genotoksik etki gösterdiğinden dolayı dikkatli bir şekilde kullanılmalı ve sito-genotoksik etki düzeyleri diğer toksisite test yöntemleri ile araştırılmalıdır.
Yerel kaynaklardan elde edilen funguslardan gümüş nanopartikül tespiti
Gümüş, eski zamanlardan beri dezenfektan ve yara iyileştirici özellikleri nedeniyle bilim adamları arasında büyük ilgi görmüştür. Gümüş nanoparçacıkların (AgNP'ler) iyi iletkenlik, kimyasal stabilite, katalitik ve anti-bakteriyel aktivitelerinin yanı sıra kanser hücreleri üzerinde de sitotoksik etki sergiledikleri gösterilmiştir. Son yıllarda, biyolojik canlılar tarafından nanoparçacık sentezi yöntemi diğer çeşitli fiziksel ve kimyasal yöntemlere göre ilgi kazanmaktadır. Bitkilerin, bakterilerin, fungusların, ve mayanın kullanıldığı gümüş nanopartiküllerin biyosenteziyle, gümüş iyonlarını hem hücre dışı hem de hücre içi olarak gümüş nanopartiküllere dönüştürüldüğü bilinmektedir. Ayrıca, fungusların yüksek miktarlarda biyoaktif madde salgıladıkları bilinmektedir, bu da onları büyük ölçekli üretim için çok uygun hale getirir. Funguslar aracılığıyla AgNP sentezi intrasellüler ve ekstrasellüler olmak üzere iki şekilde olabilir. Bu çalışmada Uşak bölgesinden izole edilen funguslardan AgNP sentezi ve karakterizasyonu yapılması amaçlanmıştır. İzole edilen fungusların klasik ve moleküler identifikasyon ile türleri M. plumbeus, T. atroviride, P. toxicarium, P. glabrum, P. janthinellum, N. clavispora, T. longibrachiatum, F. solani ve P. chrysogenum olarak belirlenmiştir. Sentezlenen AgNP'lerinin Uv spektrofotometrik ölçümleri 392-438 nm aralığında spektrumlar vermiştir. FTIR analizleri amid I, amid II bantlarının varlığını gösterirken, TEM analizi ile AgNP'lerinin küresel olduğu gözlemlenmiştir. Zeta potansiyel ölçümleri nanopartiküllerin sabitliğini göstermiştir ve EDX analizi de elementel gümüşün varlığını doğrulamıştır. Optimizasyon çalışmaları ile AgNP sentezi için optimum koşullar belirlenmiştir. Sentezlenen AgNP'lerinin antimikrobiyal aktivite çalışmaları sonucunda S. aureus ve B. subtilis'e karşı antimikrobiyal etki gösterdiği saptanmıştır.
Yeni oksoakrilatın sentezi, karakterizasyonu ve hela hücre hatları üzerine etkileri
Son yıllarda yeni ilaç sistemlerinin keşfedilmesi ve geliştirilmesi, kanser tedavisinde kritik bir rol oynamaktadır. Bu çalışmada, HeLa kanser hücrelerinde 2-kloro- N-(4-metoksifenil) asetamid (p-asetamid) ve 2-(4-metoksifenilamino)-2-oksoetil akrilat (MPAEA) bileşiklerinin hücresel toksisite ve in silico etkileri araştırılmıştır. p-asetamid ve MPAEA bileşikleri, orjinal olarak sentezlenmiş ve FTIR, 1 H ve 13 C-NMR spektroskopik yöntemleriyle karakterize edilmiştir. p-asetamid ve MPAEA'nın sitotoksisitesi, HeLa hücre hattı üzerinde XTT hücre proliferasyon testi ile araştırılmıştır. HeLa hücre hattında p- asetamid ve MPAEA'nın LD 50 değerleri, sırasıyla 14.53 μg/ml ve 11.0 μg/ml olarak belirlenmiştir. Ayrıca, antikanser aktivitesi için olası bir apoptotik hedef olarak, BCL-2 (PDB ID: 4MAN), BCL-W (PDB ID: 2Y6W), MCI-1 (PDB ID: 5FDO) AKT (PDB ID: 4GV1) ve BRAF (PDB ID: 5VAM) ile Autodock Vina programı kullanılarak moleküler kenetlenme çalışması yapılmıştır. MPAEA monomerinin HeLa hücre hattı üzerinde etkili bir antikanser aktivitesine sahip olduğu, in vitro ve in silico sonuçlara göre kanıtlanmıştır.
Kara hardal (Brassica nigra L.) bitkisinin doku kültürü ile in vitro çoğaltımı
Bu çalışmada, Cu akümülatörü olduğu tespit edilen Brassica nigra L. Diyarbakır, Ergani ve Station ekotipi ile metal akümülatörü olmayan Firma ekotipi' nin in vitro koşullarda sürgün gelişimi ve kallus oluşumu için etkili bir protokol geliştirilmiştir. Kallus oluşumu ve sürgün gelişimi için 10 günlük yetişkin bitkilerden alınan nod eksplantları kullanılmıştır. En yüksek kallus oluşum yüzdesi (%100) 0,1 mg/L Benzilaminopürin (BAP) + 0,5 mg/L Naftalin asetik asit (NAA) (MS 2), 0.6 mg/L BAP 0.2 mg/L NAA (MS 7) içeren Murasige Skoog (MS) besin ortamlarında meydana gelirken, en yüksek sürgün rejenerasyon yüzdesi (%100) 0.6 mg/L BAP + 0.05 mg/L İndol bütirik asit (IBA) (MS 8), 0,2 mg / L IBA + 0,2 mg / L NAA (MS 10) ortamlarında gerçekleşmiştir. Eksplant başına en yüksek sürgün sayısı ise (3,25) ile 0.6 mg/L BAP + 0.05 mg/L IBA (MS 8) içerikli MS ortamında elde edilmiştir. MS ortamındaki eksplantlar 15 gün arayla alt kültüre alınmıştır. Eksplantlarda kök, gövde ve yaprak oluşumu meydana geldikten sonra, bu bitkiler toprağa aktarılmış ardından bitki büyüme odasına alınmış ve bir ay boyunca büyütülmüştür. Yapılan bu çalışmayla Brassica nigra' da genetik dönüşümün temelini oluşturan verimli ve güvenilir bir sürgün rejenerasyon protokolü geliştirilmiştir.
Escherichia coli suşlarının genotipik profillerinin PFGE moleküler yöntemiyle belirlenmesi
Enterobacteriaceae ailesinden olan Escherichia Coli ( E. Coli) özellikle hastanelerde, ortak kullanılan toplumsal alanlarda gün geçtikçe önem kazanan patojen bir bakteridir. Ürettikleri geniş spektrumlu beta laktamlar (ESBL) sayesinde genellikle çoklu dirençli olup bağırsak ve idrar yolu enfeksiyonlarında sık görülür. Umumi alanlardan çapraz kontaminasyonu azaltmak ve söz konusu bakterilerin genotip yapısını inceleyip açığa çıkarmak yani suşların parmak izlerine, alt tip dizilerine, ulaşmak büyük önem arz eder. Yapılan çalışmada seçilen 50 E. Coli suşlarının Puls Alan Jel Elektroforezi ile tiplendirilmesi sağlandı.
Farklı nane (Mentha piperita L. ve Mentha pulegium L.) türlerinin doğal ve doku kültürü yardımıyla geliştirilip sekonder metabolit ve uçucu bileşenlerinin tespiti
Bu çalışmada, nanenin iki türünün (Mentha x piperita L., Mentha pulegium L.) mikroçoğaltım yöntemiyle ve doğal ortamda geliştirilip uçucu bileşenlerinin ve sekonder metabolitlerinin tespit edilerek karşılaştırılması amaçlanmıştır. Bu bağlamda, her iki bitki mikroçoğaltım yöntemi ve doğal ortamda yetiştirilerek uçucu bileşenleri araştırılmıştır. Aynı zamanda mikroçoğaltım yöntemiyle geliştirilen bitkiler morfolojik ve fizyolojik olarak incelenmiştir. Ek olarak her iki türde de farklı hormon konsantrasyonları kullanılarak kallus gelişimleri değerlendirilmiştir. Bitkilerin yaprak numunelerindeki uçucu bileşenleri Tepe Boşluğu-Katı Faz Mikro Ekstraksiyonu (HS-SPME) tekniği ile ekstraksiyon işlemi yapıldıktan sonra GC-MS kullanılarak analiz yapılmıştır. Mikroçoğaltım için her iki türde de 100 µl/L NAA (Naphthylacetic Asit) ve 600µL/L IBA ( Indol Butyric Asit) hormon seviyelerinde kök ve gövde oluşumu tespit edilmiştir.Mentha pulegium türünün kallus gelişimi için 100 µL/L NAA ve 250µL/L BAP (Benzylaminopurine) hormon seviyelerinin uygun olduğu görülmüştür.Biyokimyasal analizlerden, mikroçoğaltım ile geliştirilen Mentha x piperita türürün GC-MS analizleri sonucunda, limonen (%7.22), karvon (%76.16), caryophyllene (%0.99) ve beta-myrcene (%4.08) oranlarında olduğu anlaşılmaktadır, Aynı türün doğal ortamda geliştirilmesinde ise limonen (%2.61), menthol (%22.28), p-menthon (% 17.34), caryophyllene (% 6.23), karvon (%15.28) ve beta-myrcene (%1.20) oranlarında olduğu tespit edilmiştir. Mentha pulegium L. türünün mikroçoğaltım yöntemi ile geliştirilen yaprak numunelerinde pulegon (% 68.16), karvon (% 7.24), piperitenone (% 3.47), 3-octanone (% 1.99) ve menthalactone (2.00) oranlarında gözlemlenmiştir. Aynı türün doğal ortamda geliştirilen yaprak numunelerinde pulegon (% 90.75), piperitenone (%1.00), menthalactone (% 0.02) ve 3-octanone (% 0.03) oranlarında bulunmuştur. Mikroçoğaltım yöntemi ile geliştirilen Mentha x piperita da, doğal ortamda yetiştirilen bitkiye nazaran miktarları karvon 5 kat, limonen 3 kat ve beta myrcene 4 kat daha fazla tespit edilmiştir. Mentha pulegium'un doğal ortama nazaran mikroçoğaltım yöntemiyle geliştirilmesinde miktarları karvon 7 kat, piperiton 3 kat, 3-octanone 2 kat ve menthalactone 2 kat olarak tespit edilmiştir. Bu sonuçlar bitkilerin mikroçoğaltım ile geliştirilmesinde alternatif tıpta kullanılan bazı sekonder metabolitlerin daha fazla olduğunu göstermiştir. Bu bileşenlerin mikroçoğaltım yöntemiyle fazla miktarlarda elde edilmesi ekonomik alanda yarar sağlayacaktır.
Dilek yarımadası ve Büyük Menderes deltası milli parkında yayılış gösteren bazı yaprak böceklerinin (Coleoptera: Chrysomelidae) DNA barkodlaması
Yaprak böcekleri (Coleoptera: Chrysomelidae) dünya üzerinde en fazla çeşitlilik gösteren familyalardan birisi olup, sürekli yeni türler tanımlanmaktadır. Kullanılacağı alana göre tarım zararlısı ya da faydalı organizma olabilen, biyolojik mücadelede kullanılabildiği için ekonomik öneme sahip olan bu grupta türlerinin teşhisi son derece önemlidir. Son zamanlarda morfolojik özelliklerin yanında moleküler yöntemler de kullanılmaya başlamıştır. Bu yöntemlerden biri olan DNA barkodlamada mitokondriyal DNA'da bulunan sitokrom c oksidaz I (COI veya COX1) gen dizisi kullanılarak tür tayini yapılmaktadır. Bu araştırmada, Dilek Yarımadası ve Büyük Menderes Deltası Milli Parkı'ndan (DYMP) toplanan bazı Chrysomelidae türlerinin DNA barkodlama yöntemiyle teşhis edilerek barkodlanması çalışılmıştır. Çalışma alandan toplanan 34 yaprak böceği türünden 25 tanesinin COI barkodları başarılı bir şekilde elde edilmiştir. Geriye kalan türlerden 3 tanesine ait elde edilen COI dizisi kullanılabilir değildir ve 6 türe ait COI dizisi elde edilememiştir.
Türkiye florasına ait Paeonıa L. genusunun dna barkodlama sistemi ile tanılanması ve kök özütlerinin HIV-1 revers transkriptaz üzerine inhibisyonun araştırılması
Bu çalışma, bitkilerin insanlar ve hayvanlar için temel bir kaynak olduğu ve sağlık faydaları sunduğu gerçeği göz önünde bulundurularak ele alınmıştır. Bitkilerin tıbbi kullanımları son yıllarda artan bir şekilde önem kazanmıştır. Bu çalışma, Türkiye florasına ait Paeonia L. cinsinin belirlenmesi ve bu bitkilerin HIV-1 revers transkriptaz üzerine inhibisyon etkilerinin araştırılması amacıyla gerçekleştirilmiştir. Çalışmada, bitki örnekleri toplanarak DNA izolasyonu yapılmış ve ITS, matK ve rbcL gen bölgeleri DNA barkodlama analizi için amplifiye edilmiş ve Sanger sekanslama yöntemi ile dizilenmiştir. Diziler, FinchTV kontrol edildikten sonra MEGA X programı kullanılarak filogenetik ağaçlar çizilmiştir. Elde edilen ağaçlar, Structure Analizi, Temel Bileşen Analizi (PCA) ve Barkod Boşluğu Analizi yapılarak karşılaştırılmıştır. Bu analizler sonucunda, Paeonia türlerinin taksonomik ayrımı için ITS gen bölgesinin DNA barkodlama sisteminde kullanılabileceği belirlenmiştir. Ayrıca, bitki köklerinden özütler hazırlanarak HIV-1 revers transkriptaz üzerinde inhibisyon etkileri tek nükleotid ekleme yöntemi ile araştırılmıştır. HIV-1 revers transkriptaz ile tek nükleotit ekleme reaksiyon koşullarında, zamana bağlı ürün ve primer düzeyindeki sonuçları gösteren jel görüntüleri, Typhoon FLA 9500 Gel Imager ile elde edilmiştir. Image J programı kullanılarak bantlar yoğunluklarına göre sayısal değerlere dönüştürülmüştür. Bu veriler, Prism 9 programı kullanılarak ürün seviyesinde karşılaştırmalı enzim inhibisyonunun kinetik değeri hesaplanmıştır. Paeonia türlerine ait kök özütlerinin HIV-1 revers transkriptaz üzerinde inhibisyon etkisi gösterdiği ve çalışmada kullanılan bitkiler arasında en yüksek inhibisyon etkisini P. witmanniana 'nın gösterdiği tespit edilmiştir. Bu çalışma, Türkiye florasına ait Paeonia türlerinin doğru tanımlanması ve biyoaktif bileşenlerinin potansiyel kullanımlarını ortaya koymaktadır. Bitki çeşitliliğini korumayı ve tıbbi araştırmalara katkıda bulunmayı hedeflerken, Paeonia türlerini potansiyel antiviral ajanlar olarak önermektedir. Sonuçlar, bitkisel tıbba önemli bilgi sağlar ve yeni antiviral ilaç geliştirmede potansiyel bir kaynak olarak değerlendirilir. Bu çalışma, Yükseköğretim Kurulu'nun (YÖK) 100/2000 Doktora Burs Programı ve Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu (TÜBİTAK) (Proje No: 120Z502) tarafından desteklenmiştir.
İnsan kolon kanseri CCL-233 hücrelerinde elajik asitin apopitotik ve antiproliteratif etkilerinin incelenmesi
Kanser çağımızın en önemli ve en ölümcül hastalıklardan biri olarak görülmektedir. Kanser türlerinden biri olan ve kansere bağlı ölüm vakalarında ikinci sırada yer alan kolon kanseri erkekler bireylerde en yaygın ikinci, kadınlarda ise en yaygın dördüncü kanser tipidir. Elajik asit çilek, ahududu, fındık gibi meyve ve sebzelerden elde edilebilen ve insan sağlığı açısından oldukça önemli bir bitkisel fitokimyasaldır. Elajik asidin etkilerinin anlaşılması için CCL-233 hücrelerine farklı dozlarda elajik asit uygulanmıştır. Proliferasyon deneyi, PARP (Poli (ADP-Riboz) Polimeraz) ve VEGF (Vascular Endotelyal Büyüme Faktörü) analizleri yapılarak elajik asidin etkileri sonuçlandırılmıştır. Yapılan proliferasyon çalışmasında CCL-233 hücrelerine 5, 10, 25, 50 ve 100 mikromolar konsantrasyonlarında elajik asit uygulanmıştır. Konsantrasyonun artması sonucunda hücrelerin ölümü gözlemlenmiştir. Yarı öldürücü doz (LD50) 40 mikromolar olarak tayin edilmiştir. PARP analizi için 20, 40 ve 80 mikromolar elajik asit uygulanmış ve PARP analizin sonuçları doğrultusunda elajik asit uygulamasının PARP değerlerinin azalmasına neden olduğu gözlemlenmiştir. VEGF analizi için 20, 40 ve 80 mikromolar elajik asit uygulanmış ve VEGF analizinin sonuçları doğrultusunda elajik asit uygulamasının VEGF değerlerininin azalmasına neden olduğu gözlemlenmiştir. Elde edilen sonuçlara bakıldığında elajik asidin PARP değerlerinde azalmaya neden olarak hücreyi apoptoza soktuğu düşünülmektedir. VEGF değerlerinde azalma sonucu elajik asidin anjiyogenezi yavaşlattığı düşünülmektedir.
Türkiye'de yetişen Chaiturus ve Leonurus (Lamiaceae) cinslerine ait türlerin morfolojisi, anatomisi, palinolojisi ve kimyasal içerikleri üzerine araştırmalar
Chaiturus ve Leonurus, Lamiaceae familyasında yer alan ve birbirine morfolojik açıdan benzeyen iki cinstir. Morfolojik benzerlikler taksonomik problemlere yol açmaktadır. Bu yüzden, bu tezde Türkiye'de yetişen Chaiturus ve Leonurus türlerinin anatomisi, makro ve mikromorfolojisi daha detaylı bir şekilde incelenerek taksonomik sorunların çözümüne katkı sağlanması amaçlanmıştır. Ayrıca, bu çalışmada ilgili cinslere ait türlerin kimyasal içeriği ve antioksidan etkisi araştırılmıştır. C. marrubiastrum, L. cardiaca, L. glaucescens, L. persicus ve L. quinquelobatus türlerinin kök, gövde ve yaprak anatomisi parafin metoduyla, gövde, yaprak, kaliks, korolla, nutlet ve polen morfolojisi SEM ve stereomikroskopla incelenmiş ve DPPH, fenol ve flavonoid miktarları karşılaştırılmıştır. Chaiturus ve Leonurus türlerinin anatomik ve mikromorfolojik yönden birçok farklılıkları bulunmaktadır. DPPH seviyesi ile fenol ve flavonoid miktarları yönünden ise Chaiturus ve Leonurus türleri arasında oldukça büyük farklılıklar bulunmaktadır.
Brassıca juncea (L.)'da kroma (Cr) duyarlı genlerin ve mikroRNA'ların analizi
Brassica juncea, yaygın olarak Hint veya kahverengi hardal olarak bilinir ve dünya çapında önemli bir endüstriyel yağ bitkisidir. Hayvan yemi, biyodizel, yemeklik yağ ve ilaç gibi birçok endüstri için hammadde sağlaması nedeniyle ekonomik değeri yüksektir. B. juncea, yüksek biyokütlesi, hızlı büyümesi, orta düzeyde metal birikimi, hasat kolaylığı ve metal toleransı sayesinde krom (Cr) ile kirlenmiş toprakların fitoremediasyonunda önemli bir potansiyel göstermektedir. Son zamanlarda, mikroRNA'lar bitkilerin farklı metal streslerine karşı yanıtların düzenlenmesinde önemli roller üstlenmeleri nedeniyle daha fazla araştırılmaktadır. Ancak, B. juncea'nın krom (Cr) stresine karşı yanıtta mikroRNA'ların rolü hakkında sınırlı bilgi bulunmaktadır. Bu çalışmada, krom toleranslı B. juncea var. Early raya ve krom duyarlı B. juncea var. Sindh raya bitkilerinin transkriptomik yanıtı, RNA dizileme yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Cr toksisitesi toleransında rol oynayan spesifik genlerin ekspresyonu, RT-qPCR ile daha detaylı bir şekilde incelenmiştir. Fizyolojik büyüme analizinde, yüksek krom (1000 µM) uygulamasına karşı, Early raya'nın kök-gövde uzunluğu, gövde yaş ağırlığı, kök yaş ağırlığı ve kök-gövde kuru ağırlığı gibi büyüme parametreleri, diğer B. juncea varyetelerine kıyasla daha az etkilenmiştir. Buna karşın, Sindh raya, yüksek krom (1000 µM) etkisine karşı aynı büyüme parametrelerinde daha belirgin olumsuz etkiler göstermiştir. Ayrıca, Cr uygulamasından sonra yüksek Cr alımının köklerde gerçekleştiği ve kök Cr içeriğinin toprak üstü kısımlara göre önemli ölçüde yüksek olduğu tespit edilmiştir. Early raya, iki hafta (15 gün) boyunca Cr³⁺ (1000 µM) uygulandığında köklerde yüksek krom biriktirmiş ve diğer Brassica juncea varyetelerine kıyasla yüksek krom toleransı göstermiştir. 1000 µM Cr uygulanan Early raya bitkilerinin köklerinde, kontrol bitkilerine (Cr- uygulanmayan) kıyasla toplam 70 genin farklı şekilde ifade edildiği tespit edilmiştir. Bu genlerden 27'sinin ifadesi istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,05). Anlamlı fark gösteren genlerin 19'u yukarı düzenlenen, 8'i ise aşağı düzenlenen genler olarak tespit edilmiştir. Diğer taraftan, iki hafta (15 gün) boyunca Cr³⁺ uygulanan Sindh raya bitkisi düşük krom toleransı göstermiştir; bu bitkide kontrol grubuna kıyasla toplam 80 genin farklı şekilde ifade edildiği ve bu genlerden sadece 50'sinin istatistiksel olarak anlamlı olduğu tespit edilmiştir (p<0.05). Bu genler arasında, 28'i yukarı düzenlenen, 22'si ise aşağı düzenlenen genler olarak tespit edilmiştir. RT-qPCR analizi için transkriptom dizileme sonuçlarına göre ROS ile ilişkili mekanizmalarda yer alan ve önemli ölçüde diferansiyel ekspresyon gösteren üç gen seçilmiştir. Kontrol grubu ile karşılaştırıldığında, Cr uygulanan deney gruplarında incelenen APX, Fe-SOD ve RBOH genleri yukarı düzenlendiği bulunmuştur. Bu tez çalışması, B. juncea'da miRNA ve mRNA profillemesi aracılığıyla Cr³⁺ stresine yanıtta ilişkili potansiyel olarak önemli miRNA'ları, hedef genleri ve yolakları tanımlamaktadır. Tanımlanan yolaklar, hedef genler ve miRNA'lar, B. juncea'da krom toleransını arttırmada gelecekteki omik araştırmalar için önemli hedefler olacaktır. Ayrıca, B. juncea'da krom stresine tolerans ve transkriptom düzeyindeki değişiklikler üzerine yapılan kapsamlı ve öncü bir araştırma olarak değerlendirilmektedir. Bu çalışma, Yükseköğretim Kurulu'nun (YÖK) 100/2000 (Bitki Genetiği ve Tarımsal Biyoteknoloji Programı) Doktora Burs Programı ve Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu'nun (TÜBİTAK) 2211-A Yurt içi Doktora Programı tarafından desteklenmiştir. Ayrıca, Uşak Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi tarafından (BAP) Prof. Dr. Abdülrezzak Memon'a verilen (proje no: 2024/MF002) proje ile desteklenmiştir.
Roka bitkisinin (Eruca sativa mıll.) çeşitli eksplantlarının farklı büyüme düzenleyici kombinasyonları kullanılarak mikroçoğaltımı
Modern bitki biyolojisinde önemli bir teknik olan mikro çoğaltma, istenilen özelliklere sahip elit bitki çeşitlerinin seri üretimi için umut verici olanaklar sunar. Bu çalışmada, fitohormonal uygulamaların eksplantlar üzerindeki etkileri araştırılmış olup, A-Cotyledon yaprakları mikro çoğaltım için (0, 4 cm²), B-Boğumlar kallus oluşumu için (1 cm uzunluğunda), C-Boğum araları mikroçoğaltım için (1 cm uzunlukta) incelenmiştir. Eksplantlar rokanın (Eruca sativa Mill.) Estht 201, Estht 195 ve Estht 198 adlı üç çeşidinden alınmış ve çeşitli büyüme parametrelerine odaklanılarak dört ve altı haftalık bir süre boyunca kültüre alınmıştır. Varyans analizleri (ANOVA), hormon uygulamaları ve çeşidlerin kallus oluşumu, sürgün oluşum yüzdesi, yaprak üretimi ve bitki boyu üzerinde önemli etkilerinin olduğunu ortaya koymuştur. Özellikle, Estht 201 çeşidinde 4. haftada %61, 83 ve 6. haftada %74,05 kallus oluşum yüzdesi ile Estht 195 ve Estht 198 çeşitlerine göre üstün performans göstermiştir. Benzer şekilde, Estht 201 çeşidi yüksek yaprak üretimi (Hafta 4: %19,73, Hafta 6: %13,0), bitki boyu (Hafta 4: 7,50 cm, Hafta 6: 9,6 cm) ve sürgün gelişimi (Hafta 4: %67,45, Hafta 6: %69,9) göstermiştir. İnteraksiyon analizleri, farklı roka çeşitlerinde optimum mikroçoğaltma için özel protokolllerin gerekliliğini ortaya çıkarmıştır. Aynı zamanda, bu çalışma, verim ve kaliteyi artırmanın yanı sıra ıslah çalışmaları açısından da doku kültürü mikro çoğaltma protokollerinin ne kadar önemli olduğunu bir kez daha göstermiştir. Çeşitli roka çeşitleri arasında optimal mikro çoğaltma sonuçları için muamele stratejilerinin önemini vurgulamaktadır..
NRAMP ve ZIP genlerinin Brassicaceae'de in silico analizi ve Brassica rapa ile Brassica juncea'da çinko yanıtlı gen ekspresyonu
Çinko (Zn), bitkilerde elzem ancak yüksek dozlarda toksik bir elementtir. Dünya genelinde ve Türkiye'de Zn eksikliği yaygın bir sorun iken, bazı bölgelerde tarımsal kirlilikten kaynaklanan Zn toksisitesi de önemli bir risk oluşturmaktadır. Bu tezde, Brassica juncea (S-9) ve Brassica rapa türlerinde Zn stresine verilen yanıt, deneysel ve in silico yaklaşımlar birleştirilerek çok katmanlı biçimde incelenmiştir. Çalışmanın odağında Zn ile ilişkili taşıyıcı gen aileleri NRAMP ve ZIP yer almış, bu ailelerin in silico karakterizasyonu ile NRAMP4 ve ZIP4 genlerinin farklı Zn düzeylerine karşı organa ve türe özgü ifade dinamiklerinin qRT-PCR ile çözülmesi hedeflenmiştir. Fideler vermikülitte 45 gün boyunca 3 tekrarlı olarak yetiştirilmiş; deney sonunda ICP-OES ile kök ve yapraklarda Zn birikimi, morfolojik gözlemler ve qRT-PCR ile NRAMP4 ve ZIP4'ün ifade profilleri değerlendirilmiştir. Fizyolojik bulgular düşük-orta Zn dozlarında canlılığın korunduğunu, yüksek dozlarda (500–1000 µM) toksisite belirtilerinin ortaya çıktığını göstermiştir. ICP-OES analizinde Zn birikiminin doza bağlı olarak arttığı, B. juncea'nın kökte, B. rapa'nın ise yaprakta daha yüksek akümülasyon eğilimi gösterdiği belirlenmiştir. qRT-PCR sonuçlarında NRAMP4 ifadesi B. juncea'da köklerde orta Zn düzeylerinde artış göstermiş, B. rapa'da ise yapraklarda güçlü ve doza bağlı bir indüksiyon ile 1000 µM'de ~7 kat artışa ulaşmıştır. ZIP4 ifadesi B. juncea köklerinde sınırlı, B. rapa yapraklarında ise 500–1000 µM'de 10–27 kat artış göstermiştir. İn silico analizlerde NRAMP ve ZIP/IRT ailelerine ait filogenetik ağaçlarda yüksek bootstrap destekleri elde edilmiş; BLAST sonuçları güvenilir ortolog eşleşmeler sağlamış, Brassicaceae familyasından Arabidopsis temelli qRT-PCR primer setleri tasarlanmış ve 3B modellemelerle transmembran topolojiler görselleştirilmiştir. Sonuç olarak, tez Zn stresi koşullarında organ-doz-tür etkileşimini, NRAMP4-ZIP4 eksenindeki ifade dinamiklerini ve NRAMP/ZIP gen ailelerinin in silico portresini birleştirerek Brassica türlerinde Zn homeostazına ilişkin güçlü bir çerçeve sunmakta; Zn eksikliği ve toksisitesine yönelik biyoteknolojik ve fitoremediasyon uygulamaları açısından aday genler sağlamaktadır.
Acne vulgaris tedavisinde kullanılan izotretinoine bağlı gelişen karaciğer hasarı üzerinde hesperdinin etkilerinin değerlendirilmesi
Akne vulgaris tedavisinde kullanılan sistemik izotretinoin tedavisi sırasında yaygın yan etki olan karaciğer hasarına neden olmaktadır. Çalışmamızda karaciğerde hepatoprotektif kapasitesi belirlenen hesperidinin akne vulgaris tedavisinde gelişen karaciğer hasarı yan etkilerinin azaltılması değerlendirildi. HEPG2 hücreleri in vitro karaciğer modeli olarak kullanıldı. Kontrol, Hesperidin, İzotretinoin, Hesperidin+İzotretinoin kombinasyon grubu olmak üzere 4 grup oluşturulmuştur. Hesperidinin antioksidan etkinliği, TAS analizleri ile incelenmiştir. Karaciğer hasarı TGF-β miktar analizi, RT-PCR ile TGF-β ekspresyon seviyesi, aminotransferaz (AST), alanin aminotransferaz (ALT) düzeyleri ölçülerek, RT-PCR ile ER stres düzeyleri; GRP78, CHOP ekspresyon seviyeleri ile, apoptoz etkileri; Caspase-3, Bcl2 ekspresyon seviyeleri ile değerlendirilmiştir. Sonuç olarak, Toplam antioksidan kapasite kontrol grubunda 0,5667 mmol Trolox Eşdeğer/L, kombinasyon grubunda 0,3767 mmol Trolox Eşdeğer/L olarak hesaplandı. Kombinasyon grubunda görülen azalma kontrole kıyasla istatistiksel olarak anlamlı değildir (p = 0,0834). TGF-β miktar analizinde fibrozis belirteci kontrol grubunda 7,333 pg/mg protein, kombinasyon grubunda 9.000 pg/mg protein olarak bulundu. İzotretinoin grubuna kıyasla kombinasyon grubundaki azalma istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi .(p = 0,0378). Kaspaz-3 mRNA ekspresyon seviyelerinin İzotretinoin grubuna kıyasla kontrolde kıyasla 0,736 kat ve kombinasyon grubunda kontrole kıyasla 0,176 kat azaldığı bulundu. ER stres, apoptoz ve fibrozisle ilişkili genlerin mRNA ekspresyon bulgularının RT-PCR ve fibrozisle ilişkili TGF-β miktarıyla karşılaştırılması sonucunda hesperidinin hepatoprotektif etkiye sahip olduğu söylenebilir.
Asperula l. (rubıaceae) cinsinin asperula ve glabella seksiyonlarına ait bazı türlerin anatomisi, mikromorfolojisi, palinolojisi ve ekolojisi üzerine araştırmalar
Bu tez çalışması, ülkemizin çeşitli coğrafi bölgelerinde doğal olarak yayılış gösteren ve tıbbi açıdan önemli bileşikler içeren Asperula L. (Rubiaceae) cinsine ait bazı bitki türlerini konu almaktadır. Bu çalışmanın temel amacı, Asperula cinsi altında yer alan Asperula ve Glabella seksiyonlarına ait türlerini mikromorfoloji, anatomi, polen karakterleri ve ekolojik özellikler bakımından ayrıntılı bir şekilde araştırmaktır. Bu kapsamda araştırmaya dahil edilen türler şunlardır: Asperula seksiyonundan A. arvensis (tarla belumotu), A. orientalis (gökçebelumotu) ve A. setosa (acembelumotu), Glabella seksiyonundan A. cymulosa (amanosbelumu), A. involucrata (akçabelumotu) ve A. xylorrhiza (Siirtbelumotu). Çalışmada, bu türlerin gövde ve yapraklarının mikromorfolojik özellikleri ile birlikte kök, gövde ve yapraklarının anatomik yapıları detaylı bir şekilde incelenmiştir. Mikromorfolojik analizlerde trikom yapıları, stoma tipleri, epidermis özellikleri gibi önemli yüzey morfolojisi detayları ortaya konulmuştur. Buna ek olarak, türlerin palinolojik özelliklerinin belirlenmesi amacıyla polen morfolojisi üzerine çalışmalar yapılmıştır. Palinolojik analizler, polenlerin şekli, büyüklüğü, apertür tipi ve eksin yapısı gibi karakteristik özelliklerin tanımlanmasına olanak sağlamıştır. Bu veriler, hem sistematik taksonomi açısından önemli ipuçları sunmakta hem de bu türlerin çevresel adaptasyonlarına dair bilgiler sağlamaktadır. 2024 yılından itibaren gerçekleştirilen saha çalışmaları kapsamında, türlerin doğal yayılış alanları ziyaret edilerek çok yönlü çevresel veriler toplanmıştır. Elde edilen ekolojik veriler, her türün hangi habitat koşullarında geliştiği, yayılış gösterdiği bölgelere özgü çevresel faktörlere nasıl adapte olduğu gibi sorulara cevap aramak amacıyla detaylı şekilde analiz edilmiştir. Bu çalışma, ülkemizde yayılış gösteren potansiyel tıbbi etkiye sahip bazı Asperula türlerinin çok yönlü biyolojik özelliklerinin ortaya konulmasına katkı sağlamaktadır. Aynı zamanda bu araştırma, söz konusu türlerin korunması, sürdürülebilir kullanımı ve ileride yapılacak farmakolojik çalışmalar açısından temel veri niteliği taşımaktadır.
Karadeniz Bölgesinde yayılış gösteren bazı Hypericum L. (hypericaceae) türlerinin anatomik, morfolojik, mikromorfolojik ve biyokimyasal özellikleri üzerine bir araştırma
Bu çalışmada Karadeniz Bölgesinde yayılış gösteren Hypericum L. (Hypericaceae) cinsine ait H. androsaemum L., H. linarioides ssp. linarioides Bosse, H. lydium Boiss, H. montanum L., H. perforatum L., ve H. pruinatum Boiss et Bal. taksonlarının morfolojik, anatomik, mikromorfolojik özelliklerinin belirlenmesi, benzerlik ve farklılıkların karşılaştırmalı olarak ortaya konulması ve çeşitli biyokimyasal aktivitelerinin araştırılması amaçlanmıştır. İncelenen taksonlara ait örnekler Karadeniz bölgesinde farklı habitatlarından toplanmıştır. Örneklerde anatomik olarak; kökte periderma, salgı kanalları, kök öz bölgesi, gövdede kanat sayısı ve yapısı, salgı kanallarının tipi, yaprakta mezofil tipi, tüy varlığı, stoma tipi gibi karakterlerinde dahil olduğu 40 karakter tespit edilerek incelenmiştir. Mikromorfolojik olarak yaprak ve çiçekte salgı bezi varlığı, tüy durumu, salgı kanalları, meyve ve tohumlarda ise yüzey tipi, epidermis hücrelerinin şekilleri ayrıntılı olarak incelenmiştir. Tüm anatomik verilere kümeleme analiz (UPGMA), temel bileşenler analizi (PCA) ve diskriminant analiz (LDA) testleri uygulanmıştır. Bitkilerin ekstraktları üç farklı çözücü yardımı ile hazırlanmıştır. Hazırlanan numunelerin biyokimyasal incelenmesinde toplam fenolik içerik miktarının belirlenmesi, toplam flavonoid içeriğinin belirlenmesi, toplam antioksidan aktivitenin tespiti, DPPH serbest radikal süpürme aktivitesinin belirlenmesi, Fe2+ ile şelat oluşturma aktivitelerinin belirlenmesi, ABAP ile indüklenen lipid peroksidasyonu üzerindeki inhibitör aktivitelerinin belirlenmesi metotları uygulanmıştır. Ayrıca bitkilerin toprak üstü kısımlarında HPLC analizi ile fenolik içerkleri belirlenmiştir. İncelemeler sonucunda H. montanum ile H. perforatum türü % 85 benzerlik oranı biribirine en yakın taksonlar olarak bulunmuştur. H. androsaemum ve H. lydium türleri diğer taksonlardan ayrılmaktadır. Biyolojik aktivite testleri sonuçlarına göre incelenen Hypericum taksonlarının, yapılan HPLC sonuçlarına göre etil asetat, n-hekzan ve sulu ekstraktları karşılaştırıldığında H. montanum türünün sulu ekstrakt'ının antioksidan kapasitesinin diğer 5 taksona göre daha iyi sonuç verdiği, HPLC analizine göre de aynı tür'de hiperisin miktarının daha yüksek olduğu tespit edilmiş ve hastalıkların önlenmesi ve tedavisinde potansiyel bir doğal antioksidan kaynağı olarak kullanılabileceği belirlenmiştir.
Kuru meyve güvesi (Plodia interpunctella (Hübner), lepidoptera: Pyralidae)'nin protist patojenlerinin tespiti, karakterizasyonu, dağılımı ve biyolojik mücadelede kullanılma potansiyellerinin araştırılması
Bu doktora tez çalışmasında, ülkemizde önemli bir depo zararlısı olan Kuru Meyve Güvesi (Plodia interpunctella, (Lepidoptera; Pyralidae)'ne karşı zararlının, ülkemizdeki farklı coğrafik popülasyonlarında mevcut olan insektisidal etkisi yüksek entomopatojenlerin tespiti, izolasyonu, karakterizasyonu, çeşitliliği, popülasyonlardaki 5 yıl süre boyunca (2019-2023 yılları) dağılımının belirlenmesi ile mevsimsel olarak patojen yoğunluğu tespit edilerek, protist entomopatojenlerin kuru meyve güvesi üzerindeki insektisidal etkilerinin laboratuvar koşullarındaki etkileri detaylı olarak ilk kez araştırılmıştır. Çalışma boyunca Türkiye'de ki 14 farklı lokaliteden toplanan örnekler makroskobik ve mikroskobik olarak protist patojenler varlığı açısından incelenerek Geçirimli Elekton Mikroskobu (TEM) çalışmaları ile de ultrastrüktürel özellikleri aydınlatılmıştır. Tespit edilen patojenlerden DNA izolasyonu ve moleküler çalışmalar yapılarak fiogenetik analizleri yapılmıştır. Çalışma sonuçlarına göre 14 ilin 8'inde Neogregarine patojen, 14 ilin 4'ünde Coccidian patojen ve 14 ilin 12'sinde de Mikrosporidian patojeni tespit edilmiştir. Özellikle protist patojenler; neogregarin Mattesia dispora ve mikrosporidian Vairiomorpha plodiae isolate TR P. interpunctella'da daha yaygın olarak bulunduğu tespit edilmiştir. Tespit edilen Coccidian patojen Adelina mesnili Türkiye'deki P. interpunctella popülasyonlarından elde edilen ilk Adeleid Coccidian kaydı olması nedeni ile oldukça önemlidir. Bioassay denemeleri için farklı konsantrasyonlarda hazırlanan protist patojen solüsyonları kullanılmıştır. Özellikle Vairiomorpha plodiae isolate TR ve Mattesia dispora'nın P. interpunctella'ya karşı oldukça yüksek virülas etki gösterdikleri tespit edilmiştir. Mevsimsel olarak patojen yoğunluğu incelendiğinde ise, V. plodiae isolate TR ve M. dispora'nın yılın her mevsiminde P. interpunctella'yı enfekte ettiği ve P. interpunctella'nın tüm yaşam evrelerinde (larva, pupa ve ergin) enfeksiyon oluşturdukları tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Biyolojik Mücadele, Depo Zararlısı, Entomopatojen, Plodia interpunctella
Peygamberdevelerinin doğal bir populasyonunda cinsel kanibalizmin eşey oranı üzerindeki etkisinin araştırılması
Cinsel kanibalizm bir eşeyin diğerini besin olarak tüketme davranışıdır ve bu olay popülasyon içerisinde çarpık eşey oranlarına neden olabilmektedir. Peygamberdevelerinde cinsel kanibalizmin popülasyon içerisindeki eşey oranına etkisi yeterince aydınlatılamamıştır. Konuyla ilişkili çalışmalar yalnızca benzer fenolojiye sahip ve doğada cinsel kanibalizm gösterdiği bilinen türler üzerinden ele alınmıştır. Kanibalizmin popülasyon içerisindeki olası etkileri farklı fenolojiye ve beslenme tarzına sahip türler üzerinden daha iyi aydınlatılabilir. Şimdiye kadar incelenen peygamberdevesi türlerinden farklı bir fenolojiye sahip olan Empusa fasciata'nın doğada kanibalizm davranışı gösterdiğine dair herhangi bir kanıt bulunmamaktadır. Bu çalışmada cinsel yaymamlığın yaygın olduğu Mantis religiosa ve kanibalizm davranışının yaygın olmadığı iddia edilen E. fasciata'da, esaret altında kanibalizm test edilmiş ve doğal popülasyonlardaki eşey oranları takip edilmiştir. Esaret altındaki M. religiosa'da 30% oranında kanibalizm görülürken, E. fasciata'da 7.14% oranında cinsel kanibalizm saptanmıştır. Fakat doğada M. religiosa'da eşeyler arasında ve aynı eşeyde kanibalizm gözlemlenirken, E. fasciata 'da cinsel kanibalizme dair bir kanıt bulunamamıştır. Bu çalışma sonucunda M. religiosa'nın nimfal döneminde ve ergin aşamada üreme dönemine kadar erkek eğilimli eşey oranı gözlenirken; üreme döneminde ise erkek eğilimli olan eşey oranı aniden itibaren dişi eğilimli hale gelmiştir. E. fasciata'nın nimfal döneminde 1:1'e yakın olan eşey oranı ergin aşamaya doğru dişi yanlılığına kaymış ve ergin dönemde dişi eğilimli devam etmiştir. Bu sonuç ile M. religiosa'da Kanibalizmin erişkin dönemdeki popülasyonun eşey oranını şekillendirmede etkili olduğu şeklinde yorumlanabilirken; E. fasciata'da farklı faktörler nedeniyle eğilimli eşey oranı açığa çıkması beklenmektedir.
Sambucus ebulus L. bitkisinin farklı kısımlarının biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Bu çalışmada antropojenik faktörlerden ve çevresel kirleticilerden uzak bir ormanlık alandan, antropojenik faktörlerin etkisinde olan alan şehir içinden ve elektromanyetik radyosyana maruz olan baz istasyonu (radyasyon) yakınından çiçeklenme döneminde toplanan Sambucus ebulus örneklerinin yaprak/çiçek/meyve kısımlarında enzimatik olmayan (toplam fenolik madde içeriği, DPPH radikalini giderme aktivitesi, Fe2+ ile şelat oluşturma ve demir indirgeme gücü aktivitesi), enzimatik antioksidan aktivite (süperoksit dismutaz, katalaz ve askorbat peroksidaz aktivitelerinin ölçümü) ile enzim inhibisyon potansiyelleri (asetilkolinesteraz, butirilkolinesteraz, tirosinaz enzim inhibisyonları ve lipid peroksidasyon inhibisyonu) belirlenmiştir. Ayrıca bitkinin yaprak, çiçek ve meyve kısımlarındaki protein içerikleri ile habitatların toprak özellikleri belirlenerek karşılaştırılmıştır. Yapılan iki yönlü Anova testleri sonucunda bölge ve bitki kısmı ortak etkisi açısından toplam fenolik madde, DPPH radikalini giderme aktivitesi, Fe2+ ile şelat oluşturma ve protein içeriği değerleri istatistiki olarak önemli bulunmuştur. Bununla beraber, süperoksit dismutaz aktivitesi ile tirosinaz enzim inhibisyonunun bitki kısmı değişkeni, askorbat peroksidaz aktivitesinin ise bölge değişkeni açısından istatistiki olarak anlamlı bir fark gösterdiği tespit edilmiştir. Toprak analiz sonuçlarına göre her üç habitat, miktarları değişmekle birlikte, hafif alkali, az tuzlu, potasyum (K), fosfor (P) kalsiyum (Ca) ve magnezyum (Mg), bakır (Cu) açısından benzer özelliklere sahiptir. Organik madde ve kireç açısından en zengin bölge şehir içi bölgesidir. Anahtar Kelimeler: Baz İstasyonu, Enzimatik Antioksidan, Enzimatik Olmayan Antioksidan, Enzim İnhibisyonu, Orman, Protein, S. ebulus