1.073
Arşivlenen Tez
0
DOI Atanmış
0%
DOI Oranı
Anabilim Dalı
Türkiye'deki Rubia L. (Rubieae, Rubiaceae) cinsinin moleküler filogenisi, anatomisi, mikro-morfolojisi, palinolojisi ve nümerik taksonomisi
Türkiye'de doğal olarak yayılış gösteren Rubia L. (kökboyası) cinsinin moleküler filogenisi, anatomisi, mikro-morfolojisi, palinolojisi ve nümerik taksonomisi ile ilgili bu güne kadar yapılmış detaylı bir çalışma bulunmamaktadır. Bu yüzden, bu çalışmada ülkemizdeki Rubia cinsine ait taksonlar üzerine makro-morfolojik, mikro-morfolojik, anatomik, palinolojik, moleküler filogenetik ve nümerik taksonomik araştırmalar gerçekleştirilmiştir. Araştırma sonuçlarına göre, R. tenuifolia'nın alttürleri (subsp. brachypoda, subsp. doniettii ve subsp. tenuifolia) sinonim olarak değerlendirilmiştir. Çekirdek DNA'sının (nrDNA) ITS (Internal Transcribed Spacer) bölgelerinin sekans analizleri Rubia taksonlarının arasındaki filogenetik ilişkileri göstermiştir. Bununla birlikte, makro- ve mikro-morfolojik, anatomik ve palinolojik özellikler üzerine gerçekleştirilen kümeleme analizi ile taksonlar arasındaki ilişkiler açıklanmıştır. Nümerik taksonomi analizleri, UPGMA algoritması ve Gower'ın genel benzerlik katsayısı uygulanarak fenogram elde etmek için kullanılmıştır. Palinolojik özelliklerin aksine, anatomik ve mikro-morfolojik ve karakterlerin taksonomik amaçlar için faydalı olduğu tespit edilmiştir.
2-klorofenol'ün Allium cepa L. kök meristem hücreleri üzerine sitogenetik ve genotoksik etkileri
Organik kirleticilerden biri olan 2-Klorofenol (2-KF) yüksek klorlu bileşiklerin sentezinde, bazı boyalarda, koruyucularda, herbisitlerde, fungusitlerde ve plastiklerin sentezinde ara ürün olarak kullanılmaktadır. Bu çalışmada, 2-KF'nin sitotoksik ve genotoksik etkileri Allium cepa kök meristematik hücrelerinde kök büyümesi, mitotik indeks (MI), kromozomal anormallik (KA)'ler ve DNA hasarı üzerindeki etkileri Allium anafaz-telofaz ve Komet testleri kullanılarak araştırılmıştır. 2-KF'nin EC50 değeri Allium kök büyümesini engelleme testi ile yaklaşık olarak 25 ppm belirlenmiştir. 2-KF'nin üç konsantrasyonu (12,5, 25 ve 50 ppm), saf su (negatif kontrol) ve metil metan sülfonat (MMS, 10 ppm, pozitif kontrol) soğan kök hücrelerine farklı zamanlarda (24, 48, 72 ve 96 saat) uygulanmıştır. 2-KF'nin tüm konsantrasyonları mitotik indekste (MI) hafif bir şekilde azalmaya neden olmuştur. 2-KF toplam KA'ları (bozulmuş anafaz telofaz, kalgın kromozom, yapışkanlık ve anafaz köprüsü) ve DNA hasarını kontrol grubuna göre istatistiksel olarak arttırmıştır. Bu sonuçlar 2-KF'nin A. cepa kök meristematik hücreleri üzerinde genotoksik etki oluşturduğunu ortaya koymuştur.
Helleborus orientalis ekstraktlarının biyolojik ve kimyasal özelliklerinin belirlenmesi
ÖZET Son yıllarda yapılan çalışmalarda Helleborus türleri önemli sekonder metabolitler üretme potansiyelleri nedeniyle fitokimyasal araştırmaların konusu olmuştur, ancak Helleborus orientalis türü ile yapılan çalışmaların birkaç tane ile sınırlı olduğu görülmüştür. Bu nedenle Türkiye'de Kuzey Anadolu bölgesinde doğal olarak yetişen H. orientalis bitkisinin metanolik ekstraktlarının toplam fenolik, toplam flavonoid ve antioksidan içerikleri, fourier dönüşümlü kızılötesi spektrometresi, sıvı kromatografi kütle spektrometresi, yüksek performanslı sıvı kromatografisi analizi ve antimikrobiyal aktivitesi incelenmiştir. Yapraklarının metanol ekstraktı ile toplam antioksidan, oksidan seviyeleri comet testi ile DNA hasarı üzerine aktivitesi incelenmiştir. Bitkinin köklerinin sulu ve etanolik ekstraktlarının herbisidal etkisini tespit etmek amacıyla çimlenme üzerine aktivitesi belirlenmiştir. H. orientalis bitkisinin çiçek ve yaprak kısmı yüksek fenolik ve flavonoid maddeler içermektedir ve yüksek antioksidan özelliklere sahiptir. Sıvı kromatografi kütle spektrumu analizlerinde yaprakta hellebrigen, köklerinde helleborin, ve hellebrigen, gövdelerinde hellebrin ve çiçeklerinde hellebrin ve helleborin varlığı tespit edilmiştir. H. orientalis'in yaprak ekstraktının DNA hasarını ve toplam oksidan düzeylerini azalttığı, toplam antioksidan düzeyini arttırdığı görülmüştür. Bitkinin kök, gövde, yaprak ve çiçek kısmı Candida glabrata'da antifungal aktivite gösterirken, kök kısmı da Enterococcus faecalis ATCC 51289'de antimikrobiyal aktivite göstermiştir. Bitki köklerinin sulu ekstraktlarıının çimlenmeyi inhibe ettiği gözlemlenmiştir.
Hidroksiapatit nanomoleküllerine tutturulmuş tıbbi bitki ekstratlarından elde edilen alkaloidlerin karakterizasyon ve biyoaktivite çalışmaları
Son yıllarda kontrollü ilaç salım sistemleri önem kazanmış bunlar arasında nanopartiküller sistemler ön plana çıkmıştır. Bu nedenle nanopartikül hazırlama ve karakterizasyon teknikleri önem taşımaktadır. Hidroksiapatit (HA), gözenekli yapısı, yüksek doku uyumluluğu ve yüksek adsorpsiyon özellikleri nedeniyle kontrollü ilaç salımında kullanılmaktadır. Çalımada morfin ve noskapin içeren haşhaş kapsüllerinden konsantre morfin ve noskapin elde edilmiş morfinin fazla alımına bağlı gözlemlenen yan etkiler ve noskapin sirkülasyon süresini artırmak için hidroksiapatit nanopartiküllerine hapsedilmiştir. Çalışmada aynı zamanda haşhaş kapsülünün antioksidan aktivite çalışmaları yapılmış olup kaydadeğer antioksidan özellik belirlenmemiştir. Sentezlediğimiz boş, morfin ve noskapin yüklü HA (HA+M; HA+N) nanopartiküllerin karakterizasyon analizleri, ilaç salımları ve biyolojik aktivite çalışmaları yapılmıştır. Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM), Transmisyon Elektron Mikroskop (TEM), Kızılötesi Spektrum (FTIR) ve Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi (HPLC) analizleri ile nanopartikül oluşumu doğrulanmıştır. Salım deneylerinde ise pH 1,2 ortamında M+HA ve HA+N nanopartiküllerinin 30 saatte tam bir salım gerçekleşmişken, pH 7,4 ortamında HA+N nanopartikülünde salım gözlenmemiştir. Comet deneyinde ise konsantrasyon azaldıkça DNA hasarı azalmıştır. En düşük konsantrasyonda HA+N 1.67±0.33 DNA hasarına neden olurken HA+M'de DNA hasarına rastlanmamıştır. Total antioksidan ve oksidan seviyesi (TAS-TOS) deneylerinin sonuçlarında ise konsantrasyon arttıkça total oksidan kapasite artmış total antioksidan kapasite azalmıştır. TAS-TOS deneyleri ile DNA hasarı uyumlu bulunmuştur. DNA hasarı olan gruplarda oksidan kapasite de anlamlı artışlar antioksidan kapasite de ise anlamlı azalmalar gözlemlenmiştir. Böylece yavaş salımlı morfin ve noskapin formları oluşturularak plazmadaki konsantrasyon düşürülmüş ve uzun etki süresi sağlanmıştır. Dolayısıyla ilaçların toksik ve yan etkileri azaltılmıştır.
Türkiye'de yetişen göl soğanı (Leucojum aestivum) bitkisinin kimyasal ve biolojik aktivitesinin belirlenmesi
Bu çalışmada, L. aestivum'un polifenolik içeriği, spektrofotometrik ve kromatografik yöntemlerle belirlenmiştir. L. aestivum'un yaprak ekstraktlarında toplam fenolik içerik, 12,937±0,057 mg GAE/g KB ve soğan ekstraktlarında 3,947±0,023 mg GAE/g KB olarak belirlenmiştir. Toplam flavonoid içerik ise, yaprak ekstraktlarında 10,620±1,670 mg CAE/g KB ve soğan ekstraktlarında 0,820±0,624 mg CAE/g KB olarak belirlendi. Antioksidan potansiyelinin değerlendirilmesi için DPPH, ABTS+ ve RPC analizleri yapıldı. L. aestivum'un yaprak ekstraktlarının, soğan ekstraktlarından daha fazla antioksidan aktiviteye sahip olduğu belirlendi. Bu sonuç, L. aestivum'un yapraklarının önemli bir antioksidan kaynağı olduğunu göstermiştir. Fenolik bileşikler HPLC ile tanımlandı. Antimikrobiyal analizler beş farklı patojenik bakteri suşuna karşı L. aestivum'un metanol ekstraktlarının antimikrobiyal aktivitesi incelenmiştir. Ekstraktların bu suşlara karşı aktivitesi olmadığı gözlendi. Ekstraktların sekiz mantar suşuna karşı antifungal aktivitesi de incelenmiştir. Metanolik yaprak ekstraktlarının, Alternaria citri'ye karşı en etkili olduğu ve Penicillium glabrum ve Cladosporium cladosporioides'e karşı etkili bir antifungal olduğu belirlenmiştir. L. aestivum'un yaprak transplantasyonu ve yüzey kısımları ile soğan kesitine anatomik çalışmalar yapıldı. İzobilateral yaprağın her iki yüzeyinde de tetracytic tip stoma olduğu belirlendi. Stomaların yaprakların eksenine paralel olarak dizildiği gözlendi ve 20x büyütme objektifinde yaprak başına 4 ila 5 arasında değiştiği belirlendi. Mezofilin büyük lizijenöz boşluklardan özellikle hücreler arası boşluklara sahip izometrik parenkima hücreleri ve kristalimsi inklüzyonları içerdiği gözlendi. Midvein gelişmediği gözlendi. Soğan içindeki parankima hücrelerinde fazla miktarlarda nişasta tanelerinin varlığı belirlendi. Taramalı elektron mikroskobu (SEM) kullanılarak mikromorfolojik yaprak irtifaları gözlendi. SEM gözlemleri yaprak yüzeyinin tüysüz olduğunu, epidermal hücrelerin sınırlara sahip olduğunu ve periklinal duvarlar üzerindeki çizgili zarların olduğunu ortaya koydu.
Parasetamol-indüklü hepatotoksisite modelinde borun eser element düzeyine etkisi
Çalışmamızda dokulardaki oksidan/antioksidan sistemi koruma ve glutatyon depolarını artırma özellikleri olan borun, kullanımı yaygın ve yüksek dozlarda hepatotoksik hasara yol açtığı bilinen parasetamolün olumsuz etkilerini azaltmadaki etkinliğini ve antioksidan rolünü araştırdık. Bunun için parasetamol indüklü hepatotoksisite modeli oluşturarak borun eser element seviyesindeki etkinliğine bakıldı. Çalışmamızda kullanılan deney hayvanları yedi gruba ayrıldı: kontrol, 2 g/kg parasetamol, 2 g/kg parasetamol + 50 mg/kg borik asit, 2 g/kg parasetamol + 100 mg/kg borik asit, 2 g/kg parasetamol + 200 mg/kg borik asit, 2 g/kg parasetamol + 140 mg/kg N-asetilsistein (NAC), 200 mg/kg borik asit. Yapılan ölçümler sonucu serum parasetamol grubu aspartat aminotransferaz (AST), alanin aminotransferaz (ALT) düzeyleri ve doku örneklerinden yapılan analiz sonucu protein karbonil (POC), total oksidan seviye (TOS) ve oksidatif stres indeksi (OSİ) seviyeleri artmış, bor verilen gruplarda ise anlamlı bir azalma gözlemlenmiştir. Parasetamol grubu protein tiyol (-SH), total antioksidan seviye (TAS) ve eser element düzeylerinde düşme görülürken bor gruplarında anlamlı bir artış olmuştur. Sonuç olarak, bor takviyesi yapılarak, parasetamolün oksidan/antioksidan dengesine yaptığı hasarın azaldığını gözlemledik ve borun farklı parametlere yaptığı etkilerden yola çıkarak antioksidan özellik gösterdiği söylenebilir.
The cytogenetic and genotoxic effects of 2-chloropiridine on Allium cepa L. stem mery cells
2-Kloropiridin (2-KP) kozmetiklerin, böcek ilaçlarının ve diğer farmasötik ürünlerin önemli bir öncüsüdür ve aynı zamanda endüstriyel atık sulardaki tarımsal kimyasal ürünlerin ve nehir kirleticilerin metabolitlerinin ürünleri olarak, iz kimyasal olarak tanımlanmaktadır. Bu çalışmada, 2-KP'nin sitotoksik ve genotoksik etkileri Allium cepa kök meristematik hücrelerinde 2-KP'nin kök büyümesi, mitotik indeks (Mİ), kromozomal anormallik (KA)'ler ve DNA hasarı üzerindeki etkileri Allium anafaz-telofaz ve Komet testleri kullanılarak araştırılmıştır. 2-KP'nin EC50 değeri Allium kök büyümesini engelleme testi ile yaklaşık olarak 50 ppm belirlenmiştir. A. cepa köklerine ½xEC50 (25 ppm), EC50 (50 ppm) ve 2xEC50 (100 ppm) 2-KP, Metilametansülfonat (MMS-10 ppm, pozitif kontrol) ve saf su (negatif kontrol) konsantrasyonları A. cepa soğan kök hücrelerine farklı zamanlarda (24,48,72 ve 96 saat) uygulanmıştır. 2-KP, kök büyümesini ve Mİ'yi azaltarak sitotoksik etki göstermişken, KA'ları (bozulmuş anafaz-telofaz, kalgın kromozom, yapışkanlık, anafaz köprüleri ve poliploidi) ve DNA hasarını önemli seviyelerde arttırarak genotoksik etki göstermiştir. Sıvı kromatografi-tandem kütle spektrometresi (LC-MS/MS) ile Allium köklerine geçen 2-KP miktarı hem süreye hem de doza bağlı olarak artmıştır.
Penoksulam' ın Alliuma cepa L. kök meristem hücreleri üzerine sitogenetik ve genotoksik etkileri
Penoksulam, pirinç tarlalarında, geniş yapraklı yabani otların kontrolü için, ekim veya doğrudan kuru ya da tohumlama yöntemleriyle yetiştirilen bitkilerin kontrolünde kullanılan yeni nesil bir herbisittir. Penoksulam, hücre bölünmesinin durdurulmasını ve bitkilerde sonraki büyüme işlemlerinin kontrol edilmesinde rol oynayan Asetolaktat Sentaz (ALS) enzimini inhibe eder. Bu çalışmada, Allium ana-telofaz ve Komet testi Penoksulam herbisitinin Allium cepa köklerinde sitogenetik ve genotoksik etkilerini araştırmak için kullanılmıştır. Allium cepa yumruları Penoksulam'ın ½xEC50, EC50 ve 2xEC50 konsantrasyonlarına, saf sua(negatifakontrol) ve Metilmetansülfonat (MMS, 10appm, pozitifakontrol) 24, 48, 72 ve 96 saat boyunca maruz bırakılmıştır. Penoksulam kontrol grubuna göre kök büyümesinin azalmasına neden olmuş ve Mitotik İndeks (Mİ) değerini azaltarak sitotoksik etki, kromozom anormalliklerini (KA'lar, anafaz köprüsü, kalgın kromozom, bozulmuş ana-telofaz, poliploidi ve yapışıklılık) ve DNA hasarını istatistiksel olarak artırarak genotoksikaetki göstermiştir. Sıvıakromatografi-tandem kütle spektrometresia(LC-MS/MS) A. cepa kök meristem hücrelerindeki Penoksulam'ın miktar tayinini belirlemek için kullanılmıştır. Bu sonuçları doğrulamak için Penoksulam'ın bitkilerdeki sito-genotoksisitesinde ortaya çıkan daha ileri moleküler toksikolojik değerlendirmelere ihtiyaç vardır. AnahtaraKelimeler: Penoksulam, Allium testi, Komet testi, Kromozomal Bozukluklar
Farklı bakır (Cu) seviyelerinde yetiştirilen Brassica juncea ve Brassica nigra türlerinde ağır metal taşıyıcı (HMA1 ve HMA3) geninin anlatımı ve metabolik bazı değişiklikler
Bu çalışma, akümülatör bitki B. nigra L. (siyah hardal) ve tolerans bitki B. juncea L.' da (kahverengi hardal) bakıra karşı indüklenen genlerin anlatım profillerini araştırmak için yürütülmüştür. Bu bağlamda, farklı Cu seviyelerinde (0,25,50,100,200,500,1000 µM) yetiştirilen her iki bitkide ağır metal taşıyıcı ATPaz' ların (HMA1, HMA3) gen anlatım profili araştırılmıştır. Bitki türlerinin kök ve yapraklarında biriken Cu miktarı, Atomik Absorbsiyon Spektrofotometre (AAS) tekniği kullanılarak tespit edilmiştir. Her iki türün yapraklarında HMA1 ve HMA3 anlatım profilleri R-T qPCR kullanılarak analiz edilmiştir. Ek olarak, bu iki bitki türlerinde glutatyon, fenolik içerik ve flavonoid miktarı da araştırılmıştır. Veriler, her iki türün yapraklarında HMA1 ve HMA3 anlatımının, artan Cu seviyelerine bağlı olarak 50 µM ile 100 µM' ye kadar kademeli bir şekilde arttığı ve daha yüksek Cu seviyeleri uygulanan (100 µM Cu üzerinde) her iki türde ise bu iki genin anlatım seviyesinin yavaş yavaş azaldığını göstermektedir. Bu da metal birikim ve toleranstan sorumlu tek taşıyıcı bu metal ATPaz' ların olmadığını, bunlarla birlikte metal birikim ve toleransına başka bazı faktörlerinde katıldığını göstermektedir. Biyoinformatik analizlerden, Brassica spp. HMA1-HMA4' ün metal taşınımında önemli bir rol oynadığını anlaşılmaktadır. Bu nedenle birkaç metal ATPaz ve diğer metal taşıyıcılar arasında önemli bir etkileşimin olduğu ve böylece farklı Cu seviyelerinde yetiştirilen bu bitki türlerinde glutatyon miktarı da analiz edilmiştir. Özellikle B. juncea L.' da glutatyon birikim profilinin, bu metal ATPaz' ların anlatım profiline benzer olduğu gözlenmiştir. Flavonoid ve fenolik bileşiklerin birikim profilleri, farklı Cu seviyeleri uygulanan bu bitki türlerinde farklılık göstermiştir. Bu tez çalışma sonuçları, Brassica spp.' de Cu' nun birikim ve detoksifikasyon mekanizmasının anlaşılmasına önemli bir katkı sağlayacaktır.
Parasetamol indüklü hepatotoksisite modelinde kafeik asit fenetil asit'in inflamasyon ve oksidatif stres üzerine etkisinin araştırılması
Parasetamol ucuz olması, kolay bulunabilmesi bakımından sık kullanılan ağrı kesici, ateş düşürücü etkisi olan bir ilaçtır. Parasetamol, karaciğerde metabolize olmaktadır. Yüksek dozda parasetamol karaciğer hasarına (hepatotoksisite) neden olmaktadır. Kafeik Asit Fenetil Ester (CAPE); antimikrobik, antiinflamatuvar, antioksidan özelliklere sahip bir bileşendir. Uzunca aromatik ve alifatik yapıdaki karbonları olmasından dolayı hücre duvarından kolayca geçer ve etki edeceği bölgeye daha rahat ulaşır. Bu çalışmanın amacı ratlara parasetamol ile hepatotoksisite oluşturulup meydana gelebilecek oksidatif stres ve enflamasyon üzerine CAPE'nin koruyucu etkisini araştırmak için tasarlanmıştır. Bunun için çalışmamızda 36 wistar erkek rat kullanıldı. Rastgele olacak şekilde altı gruba ayrıldı; kontrol: sadece yem verildi, parasetamol:2g/kg dozunda parasetamol, parasetamol+CAPE: 2g/kg dozunda parasetamol+10µg/kg CAPE, parasetamol+NAC: Parasetamol 2g/kg+NAC (140 mg/kg): 140 mg/kg N-AsetilSistein 1 saat sonrasında da 2g/kg dozunda, 2 mL parasetamol, CAPE: 10 mikrogram/kg CAPE ve etanol grubu. Veriler istatistiksel olarak SPSS-18 ANOVA ile standart sapma olarak değerlendirilmiştir. P<0.05 anlamlı olarak kabul edilmiştir. Çalışmanın sonucunda, parasetamol indüklü hepatotoksisite modelinde kontrol grubuna göre parasetamol grubunda oksidatif stres parametrelerinin ve sitokin seviyelerinin istatistiksel olarak arttığı (p<0.05), CAPE'nin meydana gelen enflamasyon ve oksidatif strese karşı koruyucu bir etki gösterdiği gözlemlenmiştir.
Parasetamol indüklü nefrotoksisite modelinde oksidatif stres ve eser element üzerine kafeik asit fenil ester'in koruyucu etkisinin araştırılması
Ağrı kesici ve ateş düşürücü etkisi olan parasetamol, güvenilir, ucuz ve ulaşılabilmesi kolay olması bakımından dünyada en çok kullanılan ilaçlardan biridir. Parasetamolün yüksek doz kullanımı nefrotoksisiteye neden olur. Propolis maddesinin aktif bileşenlerinden biri olan Kafeik Asit Fenetil Ester (CAPE), arıların bitkilerden topladığı özütün içinde bulunur. Bu çalışmada ratlarda parasetamol ile indüklenmiş nefrotoksisite modelinde kafeik asit fenetil esterin (CAPE) koruyucu etkisi araştırıldı. Çalışmada 36 adet deney hayvanı rastgele seçilerek 6 guruba ayrıldı. Bunlar; Kontrol, parasetamol, parasetamol + CAPE, parasetamol + NAC, CAPE ve Etanol gurubu. Kontrol grubu yalnızca standart yem ile beslendi. Parasetamol gurubuna distile suda çözülen, 2g/kg oranında 2ml gavaj yolu ile parasetamol uygulaması yapıldı. Parasetamol + CAPE gurubuna 2g/kg oral parasetemol uygulaması sonrasında, 10mikrogram/kg CAPE uygulaması yapılırken, Parasetamol +NAC gurubuna 140 mg/kg N-AsetilSistein oral yoldan verildikten 1 saat sonrası 2 g/kg dozunda, 2 ml parasetamol uygulaması yapıldı. CAPE gurubuna tek başına 10 mikrogram/kg CAPE etanol ile çözdürülüp intraperitoneal uygulandı. Parasetamol grubunun BUN ve Kreatinin değerleri; kontrol, parasetamol+CAPE, Parasetamol+NAC, CAPE, Etanol guruplarına göre anlamlı olarak yüksek (P<0,05) bulunmuştur. Ayrıca parasetamol grubunda, SOD, CAT ve GSH düzeyleri ile birlikte TAS (total antioksidan seviyesi) ve analizini yaptığımız eser element değerlerinde anlamlı bir azalma gözlenirken, TOS (total oksidan seviyesi) değerinde anlamlı bir artış gözlemlendi. Parasetamol MDA ve 8-OHdG değerlerinde de anlamlı bir (p<0,05) artış gözlemlendi. Ayrıca böbrek dokusunda yapılan histopatolojik incelemede paraetamol grubunda vakuoler dejeneratif değişiklikler görüldü. Çalışmanın sonucunda, CAPE'nin oksidatif hasara ve parasatemol kaynaklı böbrek hasarına karşı koruyucu bir rol oynadığı ortaya koyulmuştur.
Farklı çinko seviyelerinde yetiştirilen Brassica juncea ve Brassica nigra türlerinde metal ATPaz'ların (HMA2, HMA4) anlatımı
Brassica juncea (kahverengi hardal) ve Brassica nigra (siyah hardal) belli ağır metalleri akümüle ettiği bilinen ve gelişmiş kök sistemine sahip kara bitkileridir. Bu çalışmada B. juncea ve B. nigra bitkilerine 15 gün boyunca (ZnSO4 ) uygulanmıştır. Zn uygulanmasıyla bu bitki türlerinin kök ve yapraklarında metal akümülasyon kapasiteleri ve fitoremediasyon teknolojisi için uygunluğu araştırılmıştır. Brassicacea türlerinde (B. nigra, B. juncea ) Zn metali ile uyarılan önemli genlerin, metal ATPazların (HMA2, HMA4) Real Time PCR kullanılarak gen ekspresyonu tespit edilmiş ve HPLC cihazı ile glutatyon analizi ve spektrofotometre cihazı ile fenolik bileşiklerin tayini yapılarak metal transportlarla ilişkisi araştırılmıştır. Tüm bu veriler dahilinde B. juncea' nın kök örneklerinde biriken Zn ağır metal miktarı anlamlı olmamakla birlikte B. juncea' nın kök örneklerinde biriken Zn ağır metal miktarı, B. nigra' nın kök örneklerinden daha yüksek olduğu ve yapraklarında biriken Zn ağır metal miktarlarının her iki türde de birbirine yakınlık gösterdiği tespit edilmiştir. Ayrıca B. juncea (Zn) ve B. nigra (Zn)' da anlatımı yapılan HMA4 ve HMA2 geninin ekspresyon seviyesinin glutatyon miktarıyla paralellik gösterdiği tespit edilmiştir. Tüm bu veriler dahilinde bu iki bitki türünün bünyelerinde metal birikimini ve taşınımını sağladıkları için fitoremediasyon teknolojisinde uygun aday türler olduğu tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: B. juncea, B. nigra, Metal ATPaz'lar (HMA2, HMA4), Gen Ekspresyonu, Fitoremediasyon
İnsan akciğer kanseri A549 hücrelerinde borun apoptotik ve antianjiyogenik etkilerinin araştırılması
Günümüzde en önemli sağlık sorunlarından biri olan akciğer kanseri, hem kadınlarda hem de erkeklerde en sık ölüme neden olan kanser türüdür. İnsan alveoler karsinoma hücrelerden köken alan A549 akciğer hücreleri tip II alveoler hücre fenotipi ile eşleşmekle birlikte, insan primer alveoler epitel hücrelerinin sahip olduğu birçok karakteristiğe de sahiptir. Bor, nükleer, cam, seramik, ilaç, deterjan, tarım gibi birçok alanda kullanılır ve kullanım alanları her geçen gün artmaktadır. Yeni yapılan araştırmalarla borun insan sağlığı için önemli bir element olduğu gösterilmektedir. Bu bilgilerden yola çıkılarak, bu çalışma A549 insan akciğer kanseri hücre hattında faklı konsantrasyonlardaki borik asidin etkisini, proliferasyon deneyi, TAS (Total Antioxidant Status), TOS (Total Oxidant Status), VEGF (Vascular Endothelial Growth Factor) ve PARP (Poli (ADP-Riboz) Polimeraz ) Analizleri ile araştırmak amacıyla yapılmıştır. Yapılan çalışmada, proliferasyon deneyinde 5 mM, 10 mM, 20 mM, 40 mM ve 100 mM konstantrasyonlarda dozlarla doğru orantılı olarak canlılık değerlerinin düştüğü görülmüştür ve LD50 değeri 20 mM olarak belirlenmiştir. TAS ve TOS analizlerinde gruplar arasında anlamlı bir fark olmadığı görülmüştür. VEGF değerlerinde, 10 mM, 20 mM ve 40 mM borik asit konsantrasyonlarında VEGF değerlerinin konrol grubuna göre düştüğü görülmüştür. PARP değerlerinde 10 mM, 20 mM ve 40 mM'lık tüm konsantrasyonlarda anlamlı bir yükseliş görülmüştür. Bulgular sonucunda; borik asidin 10 mM ve 20 mM konsantrasyonlarının VEGF düzeylerini azaltarak anjiyogenezi azaltabileceği düşünülmektedir. PARP değerlerinde görülen yükseliş ise 10 mM, 20 mM ve 40 mM konsantrasyonlarda borik asidin hücreyi nekroza götürdüğünü düşündürebilir.
İnsan kolon kanseri (CCL–233) hücrelerinde borun apoptotik ve antianjiyogenik etkilerinin araştırılması
Kolorektal kanser (CRC), dünya çapında kansere bağlı ölümlerin en yaygın nedenlerinden biridir ve kansere bağlı ölümün önde gelen nedenlerinden biri olmaya devam etmektedir. Son araştırmalar, diyet ve yaşam tarzı dahil olmak üzere mikrobiyal ve çevresel faktörlerin kolon kanseri gelişimini etkileyebileceğini göstermiştir. Kolorektal kanser tedavisi için kullanılan metotların başarı oranları oldukça düşüktür. Bor, çeşitli biyolojik işlemlerde önemli rol oynayan önemli bir mineraldir. Bitkilerin, hayvanların ve insanların büyümesi için bor gereklidir. Bor olarak adlandırılan bu bileşikler içerisinde en önemli olanları borik asit ve borakstır. Borik asit'in bazı önemli kimyasal özellikleri kanser tedavisinde kullanılabilirliğini desteklemektedir. Yapılan çalışmalar, bor diyetiyle beslenen hayvan ve insanlarda, kemik yoğunluğu, embriyonik gelişimi, yara iyileşmesi ve kanser tedavisi ile borun diğer faydalarınıda ortaya koymaktadır. Borun, çeşitli enzimlerin ve minerallerin metabolizmasını etkilediği de bildirilmiştir. Yapılan bu tez çalışmasında CCl-233 insan kolon adenokarsinom hücre hattı üzerine borik asitin etkileri proliferasyon, VEGF ve Poli (ADP-riboz) polimeraz (PARP) analizi çalışmalarıyla araştırılmıştır. Yapılan çalışmalar sonucunda; hücre canlılık analizlerimizde ii 50 mM borik asitin hücre proliferasyonunu 24., 48. ve 72. saatler sonucunda azalttığı gözlenmiştir. En iyi sonuçların 48. saatte ortaya çıktığı bulunmuştur. Ardından 48. saatte PARP analizine bakılmıştır. PARP değerleri cisplatin uygulanan kontrol grubuda yüksek çıkmıştır. Buna karşılık borun iki konsantrasyonunda (50-100 mM) PARP seviyeleri kontrol grubuna göre (p<0,05) düşük çıkmıştır. Bu analize ek olarak 48. saatte VEGF analizi yapılarak, VEGF bor düzeylerinin cisplatin uygulanan kontrol grubuyla aralarında fark olduğu, kontrol grubuyla aralarında bir fark olmadığı görülmüştür. Anahtar kelimeler : Kolon Kanseri, Borik asit, Proliferasyon, VEGF, PARP
İnsan meme kanseri mcf-7 hücrelerinde borun genotoksik ve anjiogenik etkilerinin araştırılması
Meme kanseri, kadınlarda en çok görülen kanser türü olup, dünyada kadın ölüm sebepleri arasında ikinci sırada yer almaktadır. Meme kanserine çözüm bulunması amacıyla, tedaviye yönelik farklı çalışmalar yapılmakta ve farklı ilaç ve maddelerin bu hastalık üzerindeki etkileri yoğun bir şekilde araştırılmaktadır. Bu çalışmada meme kanseri hücre dizisinde (MCF-7) borik asit kullanımının antiproliferatif, apoptotik, anjiyojenik ve antioksidan etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Kemoterapötik ajanlar neoplastik hücrelere zarar verirken bazı normal hücreler de bundan etkilenmekte ve bu durum çeşitli yan etkilere neden olmaktadır. Borik asidin bazı kanser hücresi tiplerinin çoğalmasını kontrol ettiği gösterilmiştir. Borik asit peptitler, proteazlar, proteazomlar, arginaz, nitrik oksit sentaz ve transpeptidazların bir inhibitörüdür. Borik asidin güçlü bir antioksidan etki göstermesi, özellikle kanser tedavilerinde kullanılan ilaçların yan etkilerinin azaltılması ve reaktif oksijen türlerinin (ROS) seviyesini azaltması açısından önem teşkil etmektedir. ii Bu çalışmada borik asidin ortalama latel doz (LD50) değerlerini belirlemek için MCF-7 hücre dizisi üzerine borik asidin farklı konsantrasyonları uygulandı ve sitotoksik aktiviteleri 24, 48 ve 72. saatte hücre sayım (CCK-8) ELİSA kiti kullanılarak antiproliferatif etkisi belirlendi. Bulunan sonuçlarda en anlamlı değişiklikler 48.saatte görülmüştür. Bu sebeple diğer analizler 48 saatlik inkübasyon süresi üzerinden yapılmıştır. Biyokimyasal parametrelerin tayini için belirlenen konsantrasyonlar hücrelere uygulandıktan sonra hücre lizatları elde edildi. Elde edilen numunelerle anjiyogenik etkilerin belirlenmesi için vasküler endotelyal büyüme faktörü (VEG-F) elisa kiti kullanıldı. Apoptotik etkileri belirlemek amacıyla da Poli(ADP-riboz) polimeraz (PARP) elisa kiti kullanıldı. Total antioksidan ve oksidan seviyeleri belirlemek için ise TAS ve TOS elisa kitleri kullanıldı. Sonuç olarak bu çalışmada konsantrasyon ve zamana bağlı borik asidin MCF-7 meme kanseri hücre hattında proliferasyonun azaldığı gözlemlendi. Aynı zamanda elde ettiğimiz PARP sonuçlarına göre borik asit konsantrasyonlarının kontrol grubuna göre anlamlı farklılık gösterdiği tespit edilmiştir. Borik asit konsantrasyonları ile Cis Platin grupları arasında anlamlı farklılık görülmemiştir. Her iki grubun da kontrol grubuna göre artış göstermesi, borik asidin hücreyi nekroza götürdüğünü düşündürmektedir. Borik asidin anjiyogenez ile ilişkisini açıklamak amacıyla yapılan VEG-F sonuçlarına bakıldığında ayrı ayrı hem kontrol grubu hem de Cis Platin ile anlamlı farklılıklar gözlemlendi. Analizlerde borik asit gruplarında MCF-7 meme kanseri hücre hattında Cis Platinden daha etkili sonuçlar elde edilmiştir ve bu durum borik asidin antianjiyogenik bir etkisinin olabileceğini düşündürmektedir. Yapılan TAS-TOS analizleri sonucu antoksidan kapasite ve oksidan kapasite konsantrasyona bağlı artış gösterdi. Bu durum hücrenin oksidatif strese girdiğine ve buna karşılık antioksidan seviyelerini denge kurmak amacıyla arttırdığını düşündürmektedir. Bu açıdan bakıldığında, MCF-7 hücrelerinde yapılan biyokimyasal analizlerin doza bağlı değişimlerinin literatüre katkı sağlayacağı kanaatindeyiz. Anahtar Kelimeler: MCF-7, Borik Asit, PARP, VEGF
Laktik asit bakterilerinin enterobacteriaceae izolatları üzerine antimikrobiyal ve antibiyofilm etkisinin belirlenmesi
Son yıllarda probiyotikler, bakteriyel hastalıkların tedavisinde antibiyotiklerin yerine doğal bir alternatif olarak görülmektedir. Laktik asit bakterileri (LAB) üretmiş oldukları bakteriyosinler sayesinde patojen mikroorganizmalar üzerine inhibe edici etki göstermektedir. Ancak LAB'lar ile inhibe edilen enteropatojenik bakteriler üzerine yapılan araştırmalar oldukça azdır. Bu nedenle bu tez çalışmasında, LAB'ların Enterobacteriaceae suşlarına karşı antimikrobiyal, antibiyofilm etkisi ve ekzopolisakkarit üretme yetenekleri araştırılmıştır. Bu çalışmada, biyofilm oluşumunu tespit etmek amacıyla hem kongo kırmızılı agar hem de mikrotitrasyon plak yöntemi kullanılmıştır. Sonuç olarak, tüm izolatların biyofilm oluşturduğu belirlenmiştir. Biyofilm oluşturduğu tespit edilen izolatların BD PhoenixTM otomasyon sistemi ile tanımlaması yapılmıştır. Phoenix bakteri identifikasyon ve antibiyogram hassasiyet testi sonuçlarına göre izolatlardan 4'ü (P3, P4, P5, P7) Enterobacter cloacae, 3'ü (P1, P2, P9) Citrobacter braakii olarak tanımlanmış, 2 izolatın tür tayini yapılamamıştır. Antibiyogram test sonuçlarına göre tüm izolatlarda amoksisilin-klavulanat ve amfisilin direnci tespit edilmiştir. LAB'ların Enterobacteriaceae suşları üzerine antimikrobiyal etkisini belirlemek amacıyla agar kuyu ve agar disk difüzyon yöntemi kullanılmıştır. Antimikrobiyal aktivitenin yüksek olduğu mikroorganizmalar P2, P3 ve P7 olarak belirlenmiştir. Ayrıca, LAB'ların Enterobacteriaceae izolatları üzerindeki antibiyofilm etkisi test edilmiştir. En yüksek antibiyofilm etkiyi Lactococcus lactis (L1) ekstresi (%91,97) P3 izolatı üzerinde göstermiştir. LAB'ların bağırsak epitel hücrelerine yapışma kapasitesini belirleyebilmek için izolatların ekzopolisakkarit (EPS) üretim yetenekleri araştırılmıştır. En fazla EPS üretimi (49,31 mg/mL) Enterococcus faecalis (L3)'de saptanmıştır. Sonuç olarak, LAB'dan elde edilecek antimikrobiyal, antibiyofilm etkili bileşiklerin hem gıda hem de sağlık sektöründe patojen mikroorganizmalara karşı potansiyel olarak kullanılabileceği düşünülmektedir.
Pinoksadenin allium cepa l. kök meristem hücreleri üzerine sitotoksik ve genotoksik etkileri
Astil-KoA karboksilaz enzimini inhibe eden herbisitlerden biri olan Pinoksaden, zararlı otları kontrol altına almak için kullanılır. Pinoksadenin Allium cepa (A. cepa) kökleri üzerindeki sito-genotoksik etkileri, kök büyümesi, mitotik indeks (Mİ), mitotik fazlar, kromozomal aberasyonlar (KA'lar) ve DNA hasarı Allium ana-telofaz ve Komet deneyleri kullanılarak araştırılmıştır. % 50 etkili konsantrasyonu (EC50) elde etmek için, 96 saat boyunca Pinoksadenin 0.5 ila 100 mg/L arasındaki farklı konsantrasyonları A. cepa köklerine maruz bırakılmıştır. Negatif kontrol için distile su kullanılmıştır. Pinoksadenin 1.25 mg/L (1/2xEC50), 2.5 mg/L (EC50) ve 5 mg/L (2xEC50) konsantrasyonları, pozitif kontrol için metil metan sülfonat (MMS, 10 mg/L) ve negatif kontrol için distile su birkaç zaman aralığı boyunca (24, 48, 72 ve 96 saat) Allium köklerine maruz bırakılmıştır. Pinoksaden kontrol grubuna kıyasla, sadece istatistiksel olarak kök büyümesini ve Mİ'i azaltmakla kalmadı, aynı zamanda uyarılmış KA'lar, bozulmuş anafaz-telofaz, anafaz köprüleri, kalgın kromozom, yapışkanlık, poliploidi, 5 mg/L'de mikronükleus, c-metafaz ve binükleer hücreler ve ayrıca DNA hasarına neden oldu. Bu sito-genotoksik etkilerle Pinoksaden özenle kullanılmalı ve sito-genotoksik mekanizmaları diğer toksisite testleri ile birlikte daha fazla araştırılmalıdır.
İmazalilin allium cepa l. kök meristem hücreleri üzerine sitotoksik ve genotoksik etkileri
İmidazol grubu içeren imazalil bitkilerdeki fungal hasatlıkları önlemede ve tedavi etmede yaygın olarak kullanılan bir fungusittir. Bu çalışma ile imazalilin Allium cepa köklerinde muhtemel sitotoksik ve genotoksik etkileri Allium ana-telofaz ve tek hücre jel elektroforezi (Komet) testleriyle araştırılmıştır. İmazalilin kök büyümesini negatif kontrol grubuna göre %50 oranında düşüren konsantrasyon (EC50) değeri Allium büyüme engelleme testi ile 1 µg/mL olarak bulunmuştur. İmazalilin üç farklı konsantrasyonu (0.5, 1 ve 2 µg/mL), distile su (negatif kontrol) ve 10 mg/L metil metan sülfonat (MMS, pozitif kontrol) 24-96 saatleri süresince Allium köklerine maruz bırakılmıştır. İstatistiksel analizler Duncan çoklu karşılaştırma ve Pearson korelasyon testleri ile yapılmıştır (p≤0.05). İmazalil kök büyümesini ve mitotik indeksi (Mİ) değerlerini istatistiksel olarak azaltarak sitotoksik etki göstermiştir. Kromozom aberasyonlarını (KA'ları) ve DNA hasarını kontrol grubuna göre istatistiksel olarak arttırmıştır. İmazalil sitotoksik ve genotoksik etki gösterdiğinden dolayı dikkatli bir şekilde kullanılmalı ve sito-genotoksik etki düzeyleri diğer toksisite test yöntemleri ile araştırılmalıdır.
Uşak tekstil endüstrisinde yaygın olarak kullanılan boyar maddelerin mikrobiyal dekolorizasyonu
Tekstil atık suları fazla miktarda organik ve inorganik kirleticiler içerirler. Doğaya bırakılan atık sular birçok canlı mikroorganizmalara zarar verir ve suyun içerisindeki ışık geçirgenliğini azaltarak fotosentetik aktiviteyi olumsuz yönde etkiler. Ayrıca boyar maddelerin bazı sucul organizmalarda birikmesi toksik ve kanserojenik ürünlerin meydana gelmemesine neden olur. Bu amaçla belirlenmiş olan Bacillus izolatlarının azo boyar maddelerin (Acid Blue, Acid Red) renk giderimi araştırılmıştır. Uşak organize sanayi bölgesinden toplanmış olan tekstil atığı, organize atığı ve seramik atıklarından izole edilerek 8 adet Bacillus sp. elde edilmiştir. İzolatların mikroskobik, makroskobik ve spor yapıları incelenmiştir. Tüm izolatların basil, gram pozitif ve spor yapılarının olduğu belirlenmiştir. Biyokimyasal karakterizasyon testleri (Katalaz, nişasta hidrolizi, VP testi, sitrat testi, NaCl) yapıldıktan sonra SA1, SA2, TA4, TA5 izolatların türleri belirlenmiştir. Farklı pH ve sıcaklılarda yapmış oldukları üremeler sonucunda optimum sıcaklığı 37-40 ˚C olduğu belirlenmiştir. 16S rRNA sekansları sonucunda SA1 (Bacillus mycoides), SA2 (Bacillus subtilis), SA3 (Bacillus aryabhattai), TA4 (Bacillus licheniformis), TA5 (Bacillus thuringiensis), TA6 (Bacillus flexus), OA7 (Bacillus proteolyticus), OA8 (Bacillus toyonensis ) olarak belirlenmiştir. Boyar madde içeren katı besiyerinde (Acid Blue, Acid Red, Acid Yellow) üreme gösterdikleri zaman Bacillus'ların daha çok Acid Red ve Acid Blue boyalarını adsorbe ettiği saptanmıştır. LB besiyerinde 37 ˚C'de, 24-196 saat çalkalamalı etüvde (1600rpm) inkübasyonu sonucu Acid Blue boyar madde de TA4 izolatı %47,08 ve Acid Red boyar madde de ise OA7 izolatı %69,74 renk giderimi belilenmiştir. FTIR analizlerinde Asit Blue karbonil fonksiyonel, Asit Red aromatik bağları grupları üzerinde adsore ettiği belirlenmiştir.
Üç farklı pyrus sp. türünün ekstraktlarında biyokimsayal aktivite tayini
Bu çalışma, biri endemik olmak üzere Türkiye'de yetişen 3 Ahlat türünün (P. anatolica, P. amygdaliformis ve P. elaeagnifolia) yaprak, dal ve meyve ekstrelerinin kimyasal özellikleri, antioksidan, antimikrobiyal ve antikansorojenik etkileri araştırılmıştır. Toplam fenolik içerikler (TPC) Folin-Ciocalteu ayıracı kullanılarak hesaplanırken, toplam flavonoid içerikler (TFC) Alüminyum Klorür Kolorimetrik yöntemiyle hesaplanmıştır. HPLC analizi ile fenolik ve flavonoid maddeler tespit edilmiştir. Antioksidan aktiviteleri DPPH, ABTS ve Fe+3 indirgeme kapasitesi deneyleriyle belirlenmiştir. En yüksek TPC ve TFC değerleri P. anatolica'nın dalında saptanmıştır (20,903±0,025mg GAE/gKA-47,020±1,652mg CAE/gKA). P. amygdaliformis'in dalı en yüksek DPPH radikal inhibisyonunu (%94,72) gösterirken, P. elaeagnifolia'nın meyvesi en düşük inhibisyonu (%53,62) sergilemiştir. P. anatolica'nın yaprak ve dalı ile P. amygdaliformis'in yaprağı (%99,00) en yüksek ABTS aktivitesini gösterirken en düşük inhibisyon P. amygdaliformis'in meyvesinde (%24,45) gözlenmiştir. DPPH ve ABTS aktivitelerine benzer şekilde, Pyrus ekstraktlarının en düşük Fe+3 indirgeme aktivitesi meyvelerde belirlenmiştir. Ayrıca, P. anatolica'nın dalı için 0,0175 mg/mL konsantrasyonunda en yüksek Fe+3 indirgeme kapasitesi gözlenmiştir. Ekstraktlardaki flavonoidler fenolik asitlere oranla daha yüksek bulunmuştur. Antimikrobiyal aktivitesi için agar kuyu difüzyon yöntemi kullanılmış olup ekstraktlara en dirençli mikroorganizma E. coli iken, P. amygdaiformis meyvesi (13 mm) S. aureus üzerine antibakteriyel etki göstererek meyveler arasında etkili tek ekstrakt olmuştur. En yüksek inhibisyon %33,33 ile P. anatolica dalında, F. solani 'ye karşı hesaplanmıştır. P. anatolica ve P. amygdaliformis MCF-7 kanser hücre hatları üzerindeki sitotoksik etkisi hücre proliferasyonu uygulanarak hücre ölümü oranlarına göre değerlendirilmiştir. P. elaeagnifolia yeteri kadar olmadığından bu deneyde kullanılamamıştır. Ekstraktlarda sitotoksisite saptanmamıştır. Sonuç olarak, kullanılan yabani armutların antioksidan ve antimikrobiyal özelliklerinin, ilaç destek maddesi, gıda sanayi ve insan beslenmesinde bir biyoaktif materyal olarak kullanılabileceği ortaya konmuştur.
Yerel kaynaklardan elde edilen funguslardan gümüş nanopartikül tespiti
Gümüş, eski zamanlardan beri dezenfektan ve yara iyileştirici özellikleri nedeniyle bilim adamları arasında büyük ilgi görmüştür. Gümüş nanoparçacıkların (AgNP'ler) iyi iletkenlik, kimyasal stabilite, katalitik ve anti-bakteriyel aktivitelerinin yanı sıra kanser hücreleri üzerinde de sitotoksik etki sergiledikleri gösterilmiştir. Son yıllarda, biyolojik canlılar tarafından nanoparçacık sentezi yöntemi diğer çeşitli fiziksel ve kimyasal yöntemlere göre ilgi kazanmaktadır. Bitkilerin, bakterilerin, fungusların, ve mayanın kullanıldığı gümüş nanopartiküllerin biyosenteziyle, gümüş iyonlarını hem hücre dışı hem de hücre içi olarak gümüş nanopartiküllere dönüştürüldüğü bilinmektedir. Ayrıca, fungusların yüksek miktarlarda biyoaktif madde salgıladıkları bilinmektedir, bu da onları büyük ölçekli üretim için çok uygun hale getirir. Funguslar aracılığıyla AgNP sentezi intrasellüler ve ekstrasellüler olmak üzere iki şekilde olabilir. Bu çalışmada Uşak bölgesinden izole edilen funguslardan AgNP sentezi ve karakterizasyonu yapılması amaçlanmıştır. İzole edilen fungusların klasik ve moleküler identifikasyon ile türleri M. plumbeus, T. atroviride, P. toxicarium, P. glabrum, P. janthinellum, N. clavispora, T. longibrachiatum, F. solani ve P. chrysogenum olarak belirlenmiştir. Sentezlenen AgNP'lerinin Uv spektrofotometrik ölçümleri 392-438 nm aralığında spektrumlar vermiştir. FTIR analizleri amid I, amid II bantlarının varlığını gösterirken, TEM analizi ile AgNP'lerinin küresel olduğu gözlemlenmiştir. Zeta potansiyel ölçümleri nanopartiküllerin sabitliğini göstermiştir ve EDX analizi de elementel gümüşün varlığını doğrulamıştır. Optimizasyon çalışmaları ile AgNP sentezi için optimum koşullar belirlenmiştir. Sentezlenen AgNP'lerinin antimikrobiyal aktivite çalışmaları sonucunda S. aureus ve B. subtilis'e karşı antimikrobiyal etki gösterdiği saptanmıştır.
Escherichia coli suşlarının genotipik profillerinin PFGE moleküler yöntemiyle belirlenmesi
Enterobacteriaceae ailesinden olan Escherichia Coli ( E. Coli) özellikle hastanelerde, ortak kullanılan toplumsal alanlarda gün geçtikçe önem kazanan patojen bir bakteridir. Ürettikleri geniş spektrumlu beta laktamlar (ESBL) sayesinde genellikle çoklu dirençli olup bağırsak ve idrar yolu enfeksiyonlarında sık görülür. Umumi alanlardan çapraz kontaminasyonu azaltmak ve söz konusu bakterilerin genotip yapısını inceleyip açığa çıkarmak yani suşların parmak izlerine, alt tip dizilerine, ulaşmak büyük önem arz eder. Yapılan çalışmada seçilen 50 E. Coli suşlarının Puls Alan Jel Elektroforezi ile tiplendirilmesi sağlandı.
Türkiye'de yetişen Chaiturus ve Leonurus (Lamiaceae) cinslerine ait türlerin morfolojisi, anatomisi, palinolojisi ve kimyasal içerikleri üzerine araştırmalar
Chaiturus ve Leonurus, Lamiaceae familyasında yer alan ve birbirine morfolojik açıdan benzeyen iki cinstir. Morfolojik benzerlikler taksonomik problemlere yol açmaktadır. Bu yüzden, bu tezde Türkiye'de yetişen Chaiturus ve Leonurus türlerinin anatomisi, makro ve mikromorfolojisi daha detaylı bir şekilde incelenerek taksonomik sorunların çözümüne katkı sağlanması amaçlanmıştır. Ayrıca, bu çalışmada ilgili cinslere ait türlerin kimyasal içeriği ve antioksidan etkisi araştırılmıştır. C. marrubiastrum, L. cardiaca, L. glaucescens, L. persicus ve L. quinquelobatus türlerinin kök, gövde ve yaprak anatomisi parafin metoduyla, gövde, yaprak, kaliks, korolla, nutlet ve polen morfolojisi SEM ve stereomikroskopla incelenmiş ve DPPH, fenol ve flavonoid miktarları karşılaştırılmıştır. Chaiturus ve Leonurus türlerinin anatomik ve mikromorfolojik yönden birçok farklılıkları bulunmaktadır. DPPH seviyesi ile fenol ve flavonoid miktarları yönünden ise Chaiturus ve Leonurus türleri arasında oldukça büyük farklılıklar bulunmaktadır.
Brassıca juncea (L.)'da kroma (Cr) duyarlı genlerin ve mikroRNA'ların analizi
Brassica juncea, yaygın olarak Hint veya kahverengi hardal olarak bilinir ve dünya çapında önemli bir endüstriyel yağ bitkisidir. Hayvan yemi, biyodizel, yemeklik yağ ve ilaç gibi birçok endüstri için hammadde sağlaması nedeniyle ekonomik değeri yüksektir. B. juncea, yüksek biyokütlesi, hızlı büyümesi, orta düzeyde metal birikimi, hasat kolaylığı ve metal toleransı sayesinde krom (Cr) ile kirlenmiş toprakların fitoremediasyonunda önemli bir potansiyel göstermektedir. Son zamanlarda, mikroRNA'lar bitkilerin farklı metal streslerine karşı yanıtların düzenlenmesinde önemli roller üstlenmeleri nedeniyle daha fazla araştırılmaktadır. Ancak, B. juncea'nın krom (Cr) stresine karşı yanıtta mikroRNA'ların rolü hakkında sınırlı bilgi bulunmaktadır. Bu çalışmada, krom toleranslı B. juncea var. Early raya ve krom duyarlı B. juncea var. Sindh raya bitkilerinin transkriptomik yanıtı, RNA dizileme yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Cr toksisitesi toleransında rol oynayan spesifik genlerin ekspresyonu, RT-qPCR ile daha detaylı bir şekilde incelenmiştir. Fizyolojik büyüme analizinde, yüksek krom (1000 µM) uygulamasına karşı, Early raya'nın kök-gövde uzunluğu, gövde yaş ağırlığı, kök yaş ağırlığı ve kök-gövde kuru ağırlığı gibi büyüme parametreleri, diğer B. juncea varyetelerine kıyasla daha az etkilenmiştir. Buna karşın, Sindh raya, yüksek krom (1000 µM) etkisine karşı aynı büyüme parametrelerinde daha belirgin olumsuz etkiler göstermiştir. Ayrıca, Cr uygulamasından sonra yüksek Cr alımının köklerde gerçekleştiği ve kök Cr içeriğinin toprak üstü kısımlara göre önemli ölçüde yüksek olduğu tespit edilmiştir. Early raya, iki hafta (15 gün) boyunca Cr³⁺ (1000 µM) uygulandığında köklerde yüksek krom biriktirmiş ve diğer Brassica juncea varyetelerine kıyasla yüksek krom toleransı göstermiştir. 1000 µM Cr uygulanan Early raya bitkilerinin köklerinde, kontrol bitkilerine (Cr- uygulanmayan) kıyasla toplam 70 genin farklı şekilde ifade edildiği tespit edilmiştir. Bu genlerden 27'sinin ifadesi istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,05). Anlamlı fark gösteren genlerin 19'u yukarı düzenlenen, 8'i ise aşağı düzenlenen genler olarak tespit edilmiştir. Diğer taraftan, iki hafta (15 gün) boyunca Cr³⁺ uygulanan Sindh raya bitkisi düşük krom toleransı göstermiştir; bu bitkide kontrol grubuna kıyasla toplam 80 genin farklı şekilde ifade edildiği ve bu genlerden sadece 50'sinin istatistiksel olarak anlamlı olduğu tespit edilmiştir (p<0.05). Bu genler arasında, 28'i yukarı düzenlenen, 22'si ise aşağı düzenlenen genler olarak tespit edilmiştir. RT-qPCR analizi için transkriptom dizileme sonuçlarına göre ROS ile ilişkili mekanizmalarda yer alan ve önemli ölçüde diferansiyel ekspresyon gösteren üç gen seçilmiştir. Kontrol grubu ile karşılaştırıldığında, Cr uygulanan deney gruplarında incelenen APX, Fe-SOD ve RBOH genleri yukarı düzenlendiği bulunmuştur. Bu tez çalışması, B. juncea'da miRNA ve mRNA profillemesi aracılığıyla Cr³⁺ stresine yanıtta ilişkili potansiyel olarak önemli miRNA'ları, hedef genleri ve yolakları tanımlamaktadır. Tanımlanan yolaklar, hedef genler ve miRNA'lar, B. juncea'da krom toleransını arttırmada gelecekteki omik araştırmalar için önemli hedefler olacaktır. Ayrıca, B. juncea'da krom stresine tolerans ve transkriptom düzeyindeki değişiklikler üzerine yapılan kapsamlı ve öncü bir araştırma olarak değerlendirilmektedir. Bu çalışma, Yükseköğretim Kurulu'nun (YÖK) 100/2000 (Bitki Genetiği ve Tarımsal Biyoteknoloji Programı) Doktora Burs Programı ve Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu'nun (TÜBİTAK) 2211-A Yurt içi Doktora Programı tarafından desteklenmiştir. Ayrıca, Uşak Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi tarafından (BAP) Prof. Dr. Abdülrezzak Memon'a verilen (proje no: 2024/MF002) proje ile desteklenmiştir.
Rize Anzer yaylası bölgesinden toplanan bal, polen ve propolis numunelerinin fizikokimyasal ve biyolojik aktivitelerinin araştırılması
Bu çalışmanın amacı, Rize'nin İkizdere ilçesi Ballıköy Yaylasındaki Anzer bölgesinden toplanan bal, polen ve propolis örneklerinin fizikokimyasal ve biyolojik özelliklerini incelemektir. Bu bölge, ekosisteminde 400-500 çiçek türü barındıran, bunların 40-50 tanesinin endemik olduğu bilinen bir yerdir. Toplamda üç bal, sekiz polen ve bir propolis örneği toplanmıştır. Toplanan örnekler, toplam fenolik ve flavonoid içerikleri, DPPH serbest radikal temizleme aktivitesi, FRAP antioksidan aktivite testi, GC/MS analizi ve mineral madde analizi ile değerlendirilmiştir. Antibakteriyel ve antifungal etkiler, Kirby-Bauer disk difüzyon analizi, Minimum İnhibisyon Konsantrasyonu (MIK) ve Minimum Bakterisidal/Fungal Konsantrasyonu (MBK/MFK) analizleri ile değerlendirilmiştir. Ayrıca enzim inhibisyon analizi için UV-Vis ve FTIR analizleri yapılmıştır. Sonuçlar, bal örnekleri arasında FMB03'ün en yüksek fenolik içeriğe sahip olduğunu, en düşük içeriğin ise FMB02'de olduğunu göstermiştir. Test edilen bal örneklerinde flavonoid içeriği tespit edilememiştir. FMB03 ayrıca en yüksek antioksidan aktiviteyi sergilemiştir. Polen örnekleri arasında FMP08'in en yüksek fenolik içeriğe ve antioksidan değere sahip olduğu, en düşük içeriğin ise FMP04'te olduğu belirlenmiştir. Sekiz polen örneği arasında test edilenler arasında FMB08'in en yüksek flavonoid içeriğe ve antioksidan aktiviteye sahip olduğu, en düşük içeriğin ise FMB01'de olduğu görülmüştür. Propolis örneği FMPR1 diğer iki örneğe göre en yüksek fenolik içeriğe, flavonoid içeriğe ve antioksidan değere sahiptir. Antimikrobiyal analizler, bal ve polen örnekleri arasında farklılıklar olduğunu ortaya koymuş ve bu farklılığın, aynı türden numunelerin bile farklı kovanlardan gelmesinden kaynaklanabileceğini göstermiştir. Genel olarak, bu çalışma Anzer bölgesi arı ürünlerinin özelliklerini ve karşılaştırmalı analizini sunarak, potansiyel sağlık faydaları ve uygulamaları konusunda anlayışımıza katkı sağlamaktadır.
Kuru meyve güvesi (Plodia interpunctella (Hübner), lepidoptera: Pyralidae)'nin protist patojenlerinin tespiti, karakterizasyonu, dağılımı ve biyolojik mücadelede kullanılma potansiyellerinin araştırılması
Bu doktora tez çalışmasında, ülkemizde önemli bir depo zararlısı olan Kuru Meyve Güvesi (Plodia interpunctella, (Lepidoptera; Pyralidae)'ne karşı zararlının, ülkemizdeki farklı coğrafik popülasyonlarında mevcut olan insektisidal etkisi yüksek entomopatojenlerin tespiti, izolasyonu, karakterizasyonu, çeşitliliği, popülasyonlardaki 5 yıl süre boyunca (2019-2023 yılları) dağılımının belirlenmesi ile mevsimsel olarak patojen yoğunluğu tespit edilerek, protist entomopatojenlerin kuru meyve güvesi üzerindeki insektisidal etkilerinin laboratuvar koşullarındaki etkileri detaylı olarak ilk kez araştırılmıştır. Çalışma boyunca Türkiye'de ki 14 farklı lokaliteden toplanan örnekler makroskobik ve mikroskobik olarak protist patojenler varlığı açısından incelenerek Geçirimli Elekton Mikroskobu (TEM) çalışmaları ile de ultrastrüktürel özellikleri aydınlatılmıştır. Tespit edilen patojenlerden DNA izolasyonu ve moleküler çalışmalar yapılarak fiogenetik analizleri yapılmıştır. Çalışma sonuçlarına göre 14 ilin 8'inde Neogregarine patojen, 14 ilin 4'ünde Coccidian patojen ve 14 ilin 12'sinde de Mikrosporidian patojeni tespit edilmiştir. Özellikle protist patojenler; neogregarin Mattesia dispora ve mikrosporidian Vairiomorpha plodiae isolate TR P. interpunctella'da daha yaygın olarak bulunduğu tespit edilmiştir. Tespit edilen Coccidian patojen Adelina mesnili Türkiye'deki P. interpunctella popülasyonlarından elde edilen ilk Adeleid Coccidian kaydı olması nedeni ile oldukça önemlidir. Bioassay denemeleri için farklı konsantrasyonlarda hazırlanan protist patojen solüsyonları kullanılmıştır. Özellikle Vairiomorpha plodiae isolate TR ve Mattesia dispora'nın P. interpunctella'ya karşı oldukça yüksek virülas etki gösterdikleri tespit edilmiştir. Mevsimsel olarak patojen yoğunluğu incelendiğinde ise, V. plodiae isolate TR ve M. dispora'nın yılın her mevsiminde P. interpunctella'yı enfekte ettiği ve P. interpunctella'nın tüm yaşam evrelerinde (larva, pupa ve ergin) enfeksiyon oluşturdukları tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Biyolojik Mücadele, Depo Zararlısı, Entomopatojen, Plodia interpunctella
Kemoterapide sıklıkla kullanılan paklitaksel'in sıçanlarda oluşturduğu kalp toksisitesi üzerine partenolidin tedavi edici etkisinin araştırılması
Bu tez çalışmasında, Gümüşdüğme (Tanacetum parthenium) L. bitkisinin aktif bileşeni olan partenolid (PTL)'in, antikanser ilaç olarak birçok kanser tedavisinde sıklıkla kullanılan paklitaksel (PTX)'in oluşturduğu kardiyotoksisite üzerine terapötik etkisinin gen ve protein düzeylerinde araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla 48 adet erkek sıçan (Sprague-Dawley), her grupta 8'er hayvan olacak şekilde 6 gruba ayrılmıştır. 1.grup kontrol grubu, bu gruptaki hayvanlara herhangi bir müdahale yapılmamıştır. 2. gruba kümülatif dozu 8 mg/kg olacak şekilde PTX uygulanmıştır. 3. grup sham grubu olarak adlandırılmış ve bu gruba tedavi edici etkisi değerlendirilen PTL'nin çözücüsü olarak kullanılan DMSO uygulanmıştır. 4, 5 ve 6. gruplar ise tedavi gruplarıdır. Bu gruplara 8 mg/kg PTX tek doz uygulanmış ve daha sonra 14 gün süreyle sırasıyla 1 mg/PTL, 2 mg/kg PTL ve 4 mg/kg PTL olacak şekilde tedavi uygulanmıştır. Son doz PTL alındıktan sonra sıçanlar sakrifiye edilmiş ve kalp dokularında antioksidan metabolitlerden redükte glutatyon (GSH)'un ve lipid peroksidasyonu (LPO) belirteci malondialdehit (MDA) 'in kantitatif miktarı spektrofotometrik olarak incelenmiştir. Ek olarak DNA hasar göstergesi 8-hidroksi- deoksiguanozin(8-OHdG), inflamasyon belirteçleri uyarılabilir nitrik oksit sentaz (iNOS) ve siklooksijenaz (COX-2) proteinlerinin seviyelerindeki değişiklikler immünohistokimyasal analiz ile belirlenmiş ve PTX tedavisinin neden olduğu kardiyak doku hasarının tedavisinde PTL'nin etkisini araştırmak için histopatolojik hematoksilen-eozin (H&E) boyaması da yapılmıştır. Bu yöntemle kalp dokularında hemoraji ve mononükleer hücre inflaitrasyonu değişikleri değerlendirilmiştir. Her bir gruptaki kalp dokularında antioksidan sistem bileşenlerinden süperoksit dismutaz (SOD), katalaz (CAT), glutatyon peoksidaz (GPx), glutatyon S-transferaz (GST) ve glutatyon redüktaz (GR)'ın enzim aktivite ve gen ekspresyon seviyeleri ölçülerek gruplar arasında karşılaştırma yapılmıştır. Çalışma sonucu elde edilen veriler değerlendirildiğinde antioksidan sistem bileşenleri GSH ve MDA değerlerinin PTX ile oksidatif hasar yönünde değiştiği ve PTL ile normal seviyesine gelebildiği görülmüştür. Patolojik değerlendirmede PTX ile oluşan hemoraji ve mononükleer hücre infiltrasyonlarınında PTL ile iyileşme gösterdiği, DNA hasar göstergesi 8-OHdG ile inflamasyon belirteçleri İNOS ve COX-2'nin de PTL ile normale yaklaştığı belirlenmiştir. Aynı zamanda antioksidan enzimleri gen ve protein seviyesinde incelendiğinde partenolidin, paklitaksel kaynaklı kardiyotoksisiteye karşı oldukça yüksek terapötik etki gösterdiği görülmüştür. Anahtar Kelimeler: Partenolid, Kanser, Kardiyotoksisite, Paklitaksel, Ekspresyon, Antioksidan sistem, Enzim aktivitesi
Peygamberdevelerinin doğal bir populasyonunda cinsel kanibalizmin eşey oranı üzerindeki etkisinin araştırılması
Cinsel kanibalizm bir eşeyin diğerini besin olarak tüketme davranışıdır ve bu olay popülasyon içerisinde çarpık eşey oranlarına neden olabilmektedir. Peygamberdevelerinde cinsel kanibalizmin popülasyon içerisindeki eşey oranına etkisi yeterince aydınlatılamamıştır. Konuyla ilişkili çalışmalar yalnızca benzer fenolojiye sahip ve doğada cinsel kanibalizm gösterdiği bilinen türler üzerinden ele alınmıştır. Kanibalizmin popülasyon içerisindeki olası etkileri farklı fenolojiye ve beslenme tarzına sahip türler üzerinden daha iyi aydınlatılabilir. Şimdiye kadar incelenen peygamberdevesi türlerinden farklı bir fenolojiye sahip olan Empusa fasciata'nın doğada kanibalizm davranışı gösterdiğine dair herhangi bir kanıt bulunmamaktadır. Bu çalışmada cinsel yaymamlığın yaygın olduğu Mantis religiosa ve kanibalizm davranışının yaygın olmadığı iddia edilen E. fasciata'da, esaret altında kanibalizm test edilmiş ve doğal popülasyonlardaki eşey oranları takip edilmiştir. Esaret altındaki M. religiosa'da 30% oranında kanibalizm görülürken, E. fasciata'da 7.14% oranında cinsel kanibalizm saptanmıştır. Fakat doğada M. religiosa'da eşeyler arasında ve aynı eşeyde kanibalizm gözlemlenirken, E. fasciata 'da cinsel kanibalizme dair bir kanıt bulunamamıştır. Bu çalışma sonucunda M. religiosa'nın nimfal döneminde ve ergin aşamada üreme dönemine kadar erkek eğilimli eşey oranı gözlenirken; üreme döneminde ise erkek eğilimli olan eşey oranı aniden itibaren dişi eğilimli hale gelmiştir. E. fasciata'nın nimfal döneminde 1:1'e yakın olan eşey oranı ergin aşamaya doğru dişi yanlılığına kaymış ve ergin dönemde dişi eğilimli devam etmiştir. Bu sonuç ile M. religiosa'da Kanibalizmin erişkin dönemdeki popülasyonun eşey oranını şekillendirmede etkili olduğu şeklinde yorumlanabilirken; E. fasciata'da farklı faktörler nedeniyle eğilimli eşey oranı açığa çıkması beklenmektedir.
Sambucus ebulus L. bitkisinin farklı kısımlarının biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Bu çalışmada antropojenik faktörlerden ve çevresel kirleticilerden uzak bir ormanlık alandan, antropojenik faktörlerin etkisinde olan alan şehir içinden ve elektromanyetik radyosyana maruz olan baz istasyonu (radyasyon) yakınından çiçeklenme döneminde toplanan Sambucus ebulus örneklerinin yaprak/çiçek/meyve kısımlarında enzimatik olmayan (toplam fenolik madde içeriği, DPPH radikalini giderme aktivitesi, Fe2+ ile şelat oluşturma ve demir indirgeme gücü aktivitesi), enzimatik antioksidan aktivite (süperoksit dismutaz, katalaz ve askorbat peroksidaz aktivitelerinin ölçümü) ile enzim inhibisyon potansiyelleri (asetilkolinesteraz, butirilkolinesteraz, tirosinaz enzim inhibisyonları ve lipid peroksidasyon inhibisyonu) belirlenmiştir. Ayrıca bitkinin yaprak, çiçek ve meyve kısımlarındaki protein içerikleri ile habitatların toprak özellikleri belirlenerek karşılaştırılmıştır. Yapılan iki yönlü Anova testleri sonucunda bölge ve bitki kısmı ortak etkisi açısından toplam fenolik madde, DPPH radikalini giderme aktivitesi, Fe2+ ile şelat oluşturma ve protein içeriği değerleri istatistiki olarak önemli bulunmuştur. Bununla beraber, süperoksit dismutaz aktivitesi ile tirosinaz enzim inhibisyonunun bitki kısmı değişkeni, askorbat peroksidaz aktivitesinin ise bölge değişkeni açısından istatistiki olarak anlamlı bir fark gösterdiği tespit edilmiştir. Toprak analiz sonuçlarına göre her üç habitat, miktarları değişmekle birlikte, hafif alkali, az tuzlu, potasyum (K), fosfor (P) kalsiyum (Ca) ve magnezyum (Mg), bakır (Cu) açısından benzer özelliklere sahiptir. Organik madde ve kireç açısından en zengin bölge şehir içi bölgesidir. Anahtar Kelimeler: Baz İstasyonu, Enzimatik Antioksidan, Enzimatik Olmayan Antioksidan, Enzim İnhibisyonu, Orman, Protein, S. ebulus
Süperkritik karbondioksit ekstraksiyonu ile ekstrakte edilen köksüz su mercimeğinin (Wolffia arrhiza) fitokimyasallarının ve biyoaktif özelliklerinin incelenmesi
Lemnaceae familyası üyelerinden, suda serbest yüzen su bitkisi Wolffia (köksüz su mercimeği) dünyanın en küçük çiçekli bitkisidir. Güneydoğu Asya'nın bazı bölgelerinde gıda olarak tüketilen Wolffia, yüksek protein içeriğinden dolayı "su yumurtaları" olarak adlandırılır. Türkiye'de bu tür henüz tanınmamaktadır. Bu çalışmada, Yeşilırmak Deltası'ndaki (Samsun) sulak alanlardan toplanan Wolffia arrhiza kontrollü laboratuvar koşullarında farklı LED ışıklar (beyaz, kırmızı, mavi, mor) altında yetiştirilmiştir. Bitkinin nispi büyüme oranı, kuru madde ve kül analizi, element içeriği ve fotosentetik pigmentleri (klorofil ve karotenoid içeriği) analiz edilmiştir. Süperkritik karbondioksit ekstraksiyonu ile elde edilen özütlerin in vitro antioksidan ve antimikrobiyal aktiviteleri incelenmiş, gaz kromatografisi-kütle spektrometresi (GC-MS) ile fitokimyasal içeriği analiz edilmiştir. Farklı dalga boyu uygulamalarında, kırmızı LED ışık W. arrhiza'nın fotosentetik pigment içeriği, fenolik madde ve flavonoid miktarı ile antioksidan aktiviteyi artırmıştır. Beyaz LED ışık kuru madde miktarını (%20.69) ve büyüme oranı (0.732 gün-1) artırmıştır. En yüksek protein içeriği (%55.3) mor LED ışık altında yetiştirilen W. arrhiza'da tespit edilmiştir. Antimikrobiyal aktivite analizinde, orta derecede Bacillus cereus üzerinde gözlenmiştir. W. arrhiza'nın SK-CO2 ekstraksiyonu ile elde edilen özütlerinin hekzan ile hazırlanan solüsyonunda yapılan GC-MS analizi sonucunda, 43 farklı biyoaktif fitobileşen tanımlanmıştır. Farklı LED ışıklarda yetiştirilen W. arrhiza'nın beyaz, kırmızı, mor ve mavi LED'de sırasıyla 22, 37, 35 ve 43 adet fitokomponent tespit edilmiştir. W. arrhiza'nın kampesterol, stigmasterol, β-sitosterol gibi diyette en fazla bulunması gereken çok değerli fitosteroller içerdiği belirlenmiştir. Beyaz LED ışıkta %44, kırmızı LED ışıkta %37, mor LED ışıkta %39, mavi LED ışıkta %22 fitosterol kaydedilmiştir. Bu çalışma köksüz su mercimeği W. arrhiza'nın SKE metoduyla elde edilen özütünün değerlendirmeye alındığı ilk araştırma olma niteliğindedir. Yapılan çalışma ile, farklı LED aydınlatmanın bitkide istenen miktarda ve çok çeşitli biyoaktif madde sentezleme yeteneklerinin artırılabileceği görülmüştür. Ayrıca kullanılan SK-CO2 ekstraksiyonu yöntemi ile çözücü kullanmaksızın daha fazla ve çeşitli sekonder metabolite erişimin sağlanması, alternatif gıda üretimi ve ilaç etken madde üretimi sahalarında umut verici gelişmelere yol açacak olduğu net bir şekilde ortaya konmuştur. Köksüz su mercimeğinin üretiminin kolay, çevre dostu ve sürdürülebilir olması nedeniyle fonksiyonel gıda olarak kullanımı önemli bir potansiyel olarak görülmektedir. Süper gıda niteliğindeki köksüz su mercimeğinin nutrasötik özelliklerinin yanı sıra farmasötik özellikleri de umut vericidir ve değerlendirilmesi gerekir.
Rhododendron luteum ve Rhododendron ponticum kullanılarak sentezlenen L-carnitin yüklü β-Cyclodextrin işlevselleştirilmiş N katkılı karbon dotların Artemia salina üzerinde toksisitesinin karşılaştırılması
Bu çalışmada, Ordu ili Turnalık yaylasından toplanan halk dilinde ormangülü olarak bilinen iki farklı Rhododendron türünün (Rhododendron luteum ve Rhododendron ponticum) karbon kaynağı olarak kullanılması ile L-carnitin yüklü β-Cyclodextrin ile işlevselleştirilmiş N katkılı karbon dotlar hidrotermal yöntemiyle sentezlendi. Sentezlenen karbon dotların (LCAR/β-CD@Rh.l/N-CD ve LCAR/β-CD@Rh.p/N-CD) karakterizasyonu SEM, TEM, UV-VIS, EDX ve Elemental Analiz ile yapıldı. Sentezlenen karbon dotlar yaklaşık 3-5 nm boyutlarında küresel yapıda monodispers dağılım gösterir. CD'lerin yapısında C, O, N ve H elementleri ile O-H, C-H, C–O–C, C-O, N-H, C-N ve C-C grupları tespit edildi. Sentezlenen karbon dotların akut toksisitesi zooplankton A.salina larvaları üzerinde belirlendi. Bu amaçla, değişen konsantrasyonlarda (5 - 100 mL) ve sürelerde (24 - 96 saat) karbon dotlara maruz bırakıldı. Probit analizi ile LC50 değerleri sırasıyla LCAR/β-CD@Rh.l/N-CD için 12.858 ve LCAR/β-CD@Rh.p/N-CD için 21.058 olarak hesaplandı. Akut toksisite sonucu belirlenen öldürücü olmayan konsantrasyonlarda antimikrobiyal ve antioksidan aktiviteler (SOD, KAT), oksidatif stres belirteçleri (ROT, MDA) ve DPPH radikali giderme aktiviteleri araştırıldı. Karbon dotlara maruz kalan larvalarda maruz kalma süresine bağlı olarak SOD, KAT ve MDA aktiviteleri değişkenlik göstermiştir. Floresans mikroskobu ile larvalarda ROT oluşumu gözlendi. DPPH radikali giderme tayininden elde edilen sonuçlara göre Rh.l özütünün standart madde (BHT)'e yakın düzeyde DPPH radikali giderme aktivitesi gösterdiği tespit edildi. Rhododendron bitkisinden elde edilen özütler ile sentezlenen karbon dotların ve L-karnitin'in mikroorganizmalar üzerinde antimikrobiyal etkileri olduğu belirlendi. Karbon dotlara maruz kalan larvaların floresan mikroskobu ve taramalı elektron mikroskobu analizlerinde, Artemia larvaların da abdomen kısalması, abdomen parçalanması, ekstremite kaybı gibi çeşitli yapısal bozukluklar tespit edildi.
Laurocerasus officinalis'den sentezlenen floresans özellikli azot katkılı karbon noktalarının antioksidan, antimikrobiyal ve sitotoksik etkileri ile in vivo konfokal mikroskopla incelenmesi
Karbon noktalar iyi biyouyumluluk, toksik olmama, yüksek mekanik/termal özellikler ve nispeten işlevselleştirme kolaylığı gibi ayrıcalıklı özelliklere sahiptir. Biyolojik materyallerden kolay ve tek basamaklı sentezleri, toksik kimyasallara ve yoğun enerji gerektiren geleneksel yaklaşımlara göre giderek daha fazla ilgi görmektedir. Amacımız, hücre görüntülemede kullanmak üzere düşük toksisite ve yüksek antioksidan ve antimikrobiyal etkiye sahip N katkılı karbon noktalarının Laurocerasus officinalis yaprak özütünden hidrotermal yöntemle sentezlenmesidir. Yine, sentezlenen bu karbon noktalarının akciğer kanser hücrelerinde (A549), sitotoksisitesi ve konfokal mikroskop ile görüntülenmesi amaçlanmıştır. Karbon noktalarının A549 hücrelerindeki sitotoksisitesi WST-8 analizi ile ölçüldü. Antioksidan aktivitesi DPPH ile antimikrobiyal aktivitesi ise disk difüzyon yöntemi ile belirlendi. Analizler sonucunda, sentez karbon noktaların A549 hücrelerinde sitotoksisitesini (antikanserojen aktivitesi) sadece yüksek konsantrasyonlarda (250-500 ug/mL) gösterdiği, düşük konsantrasyonlarda ise hücre canlılığını artırdığını göstermiştir. Yine, antioksidan aktivitesini yüksek konsantrasyonlarda (200 ug/mL ve üstü) göstermiştir. Karbon noktaları güçlü antibakteriyel ve antifungal aktivite göstermiştir. Ayrıca, karbon noktalarının DAPI boyaması ile hücre çekirdeğine girdiği kanıtlanmıştır. Bu çalışmalar sonucu sentezlediğimiz karbon noktalarının güçlü antikanser, antimikrobiyal ve antioksidan özelliğe sahip olması ve hücre çekirdeğine ulaşması onları özellikle kanser hücrelerini görüntülemede ve kanser tedavisinde kullanılma potansiyeli sağlamıştır. Anahtar Kelimeler: Antimikrobiyal, Karbon Dot, Laurocerasus Officinalis, Sitotoksisite, Yeşil Sentez.
Ordu ilinde yayılış gösteren thymus praecox subsp. skorpılıı türünün salgı yapılarının belirlenmesi ve farklı kurutma yöntemlerinin bazı fizikokimyasal özellikleri üzerine etkisi
Bu çalışma ile Ordu bölgesinde yayılış gösteren Thymus praecox subsp. skorpilii (Velen.) Jalas türünün salgı yapılarının anatomik olarak incelenmesi, uçucu bileşen ve toplam fenolik miktarlarının belirlenmesi ve çeşitli kurutma tekniklerinin (gölgede kurutma, dondurarak kurutma, sıcak hava (50°C) ile kurutma ve mikrodalga (360, 600, 900 W) ile kurutma, uçucu bileşenler, toplam fenolik madde (TFM) ve renk parametreleri üzerindeki etkilerinin incelenmesi hedeflenmiştir. Bitkiler Çambaşı eskibağlak lokalitesinden generatif dönemlerinde toplanmıştır. Bitkilerin bir kısmı anatomik incelemeler için % 70'lik alkole konulmuştur. Thymus ülkemizde baharat olarak yaygın kullanılan bir bitkidir. İncelediğimiz kekik türünün ideal kurutma yönteminin seçilmesi, bitkinin korunması ve raf ömrünün uzatılması bakımından büyük bir öneme sahiptir. Ayrıca türün biyokimyasal içeriğinin yüksek olması alternatif tıpta, eczacılıkta, kozmetik sanayinde ve ekonomik açıdan iç ve dış ticaretteki önemini arttırmasında yardımcı olacaktır. Bu nedenle türün salgı yapılarının, uçucu bileşenlerinin ve en uygun kurutma yönteminin araştırılması oldukça önemlidir. Türde, 5'i örtü tüyü ve 5'i salgı tüyü olmak üzere toplamda on çeşit tüy bulunmaktadır. Salgı tüylerinin 3 tanesi kapitat, 2 tanesi peltat salgı tüyü şeklindedir. Bu tüyler, tek hücreli ya da çok hücreli olabilmektedir. Salgı türün kaliks kısmı diğer kısımlara göre çok sayıda örtü ve salgı tüylerine sahiptir. Mikrodalga ile kurutma yöntemi kurutma süresini diğer kurutma yöntemlerine kıyasla önemli düzeyde kısaltmıştır. Dondurarak ve mikrodalga ile kurutulmuş örneklerin L*, a*, ve b* renk parametreleri taze örnek ile benzer bulunmuştur. Sıcak hava ile ve gölgede kurutma işlemleri ise taze örneğe kıyasla önemli derecede yüksek a* ve düşük b* değerlerine neden olmuştur. Mikrodalga güç seviyesinin örneklerin renk parametreleri üzerine önemli bir etkisi gözlenmemiştir. Kurutulmuş örneklerin toplam fenolik madde değerleri 20.68 ile 37.31 mg GAE/g KM arasında değişmektedir. Dondurarak kurutma yöntemi en yüksek TFM değerini sağlamış, ardından 900 W güç seviyesinde mikrodalga kurutma yöntemi gelmiştir. TFM değerleri azalan mikrodalga güç seviyesi ile düşüş göstermiştir. Taze örnekte toplam 26, dondurarak kurutulmuş örnekte 27, gölgede, sıcak hava ve mikrodalga ile kurutulan örneklerde ise 28 uçucu organik bileşen tanımlanmıştır. Taze örnekte en fazla bulunan uçucu bileşenler sırası ile α-pinen (%15.63), 3-oktanon (%14.76) ve limonen (%13.47) olarak belirlenmiştir. Kurutulmuş örneklerde ise limonen (%19.87–49.36), β karyofillen (%10.58–22.95) ve α-pinen (%7.37–18.04) ilk üç temel bileşen arasında yer almaktadır.
Usnea subfloridana likeninden ham, kristalize ve süperkritik CO2 ekstraksiyonu ile elde edilen özütlerin biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Likenler ve metabolitleri çok çeşitli farmakolojik aktivitelere sahip umut verici bir kaynaktır. Bu araştırmada, Çambaşı Yaylası'ndan (Ordu) toplanan Usnea subfloridana (Parmeliaceae) likeninin biyolojik aktivitelerinin araştırılması amaçlanmıştır. Farklı sıcaklıklarda kurutulan (40⁰C ve 80⁰C) ve farklı ekstraksiyon yöntemleri kullanılarak (süperkritik ekstraksiyon, kristalize liken tozu ve organik çözücü) elde edilen U. subfloridana özütlerinin in vitro antimikrobiyal ve antioksidan aktiviteleri kapsamlı analizlerle incelenmiştir. Ayrıca, bu likenden elde edilen özütlerin içerdiği fitokimyasal bileşenler gaz kromatografi-kütle spektrometresi (GC-MS) ile tanımlanmıştır. In vitro antimikrobiyal analizler sonucunda tüm liken özütlerinin etkili olduğu belirlenmiştir. Antibiyotiğe kıyasla en güçlü antimikrobiyal etki Gram-pozitif bakterilerden Micrococcus luteus (zon çapı 38 mm, liken kristali-40⁰C) ve Enterococcus faecalis (zon çapı 30.75 mm, liken kristali-80⁰C) üzerinde tespit edilmiştir. U. subfloridana'nın kristalize ekstrakt özütleri ham özüt ve süperkritik CO2 özütüne nazaran denenen mikroorganizmalara karşı daha fazla etki göstermiştir. Asetonla maserasyon tekniğiyle hazırlanan özütlerin toplam fenolik içerik değeri diğerlerine nazaran daha yüksek olmakla birlikte 40°C'de kurutulan liken örneğinin süperkritik ekstraksiyonla hazırlanan ekstraktı da hemen hemen aynı derecede fenolik içermektedir. Bahsedilen ekstraktın flavonoid içeriği de diğer tüm ekstraklara nazaran belirgin derecede yüksek (220 mg QTE/ g ekstrakt) bulunmuştur. Hem DPPH radikalini süpürme hem de Fe+3 iyonlarını indirgeyebilme gücü açısından değerlendirilen antioksidan analizlerde fenolik içeriği yüksek bulunan örnek en iyi sonucu verirken Fe+2 iyonunu şelatlayabilme kapasitesi sadece flavonoid içeriği en yüksek olan ekstrakt durumunda gözlemlenmiştir. Amonyum molibdat ile belirlenen toplam antioksidan aktivite yöntemine göre, en iyi sonucun (104.59 mg AAE/g ekstrakt) alındığı ayrıca flavonoidce zengin ikinci ekstrakt, 80°C'de kurutulan liken örneğinin süperkritik ekstraksiyonla hazırlanan ekstraktı olup, lipid peroksidasyonunu III önleme inhibisyonu sadece bu ekstraktın 0.02 mg/mL'lik kısmı için yaklaşık %4 oranında hesaplanmıştır. Ekstraktların tümü süperoksit dismutaz ve katalaz aktivitesine sahipken hiçbiri peroksidaz aktivitesi göstermemiştir. Bu derece zengin fenolik ve flavonoid içerikle orantılı olacak şekilde antioksidan aktivite sergileyen ekstraktların nörolojik hastalıklar için umut verici derecede kolinesteraz ve tirozinaz inhibisyonu gösterdiği de ortaya konulmuştur. U. subfloridana'nın farklı deneme özütlerinin GC-MS analizleri sonucunda; en yüksek fitokimyasal bileşenler 40⁰C ve 80⁰C'de kurutulan süperkritik CO2 ekstraksiyonu (SK-CO2) numunelerinde çıkmıştır (35 bileşen). Ham liken kristallerinin analizinde 11 (40⁰C) ve 12 (80⁰C) bileşen belirlenirken, liken kristallerinin %90'ın üzerinde usnik asit içerdiği tespit edilmiştir. Liken aseton özütlerinin içeriğinde ise sırasıyla 29 ve 27 bileşen tanımlanmıştır. Sonuçlar, U. subfloridana'dan elde edilen ekstraktların ve/veya izole edilen bileşiklerin, çeşitli biyolojik aktivitelerin potansiyel bir kaynağı olabileceğini göstermiştir. U. subfloridana ileriye dönük ilaç adayları için değerli bir kaynak olarak değerlendirilebilir.
Makrolid grubu antibiyotiklerden azitromisin ve klaritromisin etken maddelerinin sitotoksisite ve genotoksisitelerinin araştırılması
Bu çalışmada, enfeksiyon hastalıklarının tedavisinde yaygın olarak kullanılan makrolid grubu antibiyotiklerden azitromisin ve klaritromisin etken maddelerinin HEPG2 hücre hattı üzerindeki sitotoksik etkileri MTT testi, apoptotik etkileri ise flow sitometri yöntemi ile değerlendirilmiştir. Ayrıca, bu maddelerin insan periferal lenfosit hücreleri üzerindeki genotoksik potansiyelleri kromozom anormallikleri (KA) ve mikronükleus (MN) testleri aracılığıyla değerlendirilmiştir. Bununla birlikte, test edilen maddelerin hücre bölünmesi üzerindeki sitotoksik etkilerini ortaya koymak amacıyla mitotik indeks (MI) ve nükleus bölünme indeksi (NBI) değerleri hesaplanmıştır. MTT testi ile, azitromisin ve klaritromisinin 0.312, 0.625, 1.25, 2.5, 5, 10, 20 ve 40 µg/mL'lik konsantrasyonlarının 24, 48 ve 72 saatlik maruziyet sürelerindeki etkileri değerlendirilmiştir. Elde edilen bulgulara göre IC₅₀ değerleri ve 1.25, 2.5 ve 5 µg/mL'lik konsantrasyonların 48 saatlik maruziyeti, flow sitometri testi ile analiz edilmiştir. Ayrıca, insan periferal lenfosit hücre kültürleri de azitromisin ve klaritromisinin 1.25, 2.5 ve 5 µg/mL'lik konsantrasyonlarına 48 saat süreyle maruz bırakılmıştır. Çalışmada negatif ve pozitif kontrol grupları oluşturularak karşılaştırmalı değerlendirme yapılmıştır. HEPG2 hücrelerine uygulanan azitromisin etken maddesinin, konsantrasyon artışına paralel olarak hücre canlılık oranını düşürdüğü; buna karşılık apoptoz oranını belirgin şekilde artırdığı gözlemlenmiştir. Kontrol grubu ile karşılaştırıldığında, elde edilen farkların istatistiksel olarak anlamlı olduğu belirlenmiştir (p < 0.05). Benzer şekilde, klaritromisin etken maddesi uygulanan HEPG2 hücrelerinde de artan dozlara bağlı olarak canlı hücre oranlarında azalma, total apoptoz oranlarında ise artış gözlemLenmiştir. Tüm doz gruplarında nekrotik hücre oranlarının düşük seviyelerde kaldığı (%0.49–3.32) tespit edilmiştir. Yapılan istatistiksel analizler sonucunda, tüm doz grupları ile negatif kontrol grubu arasındaki farkların istatistiksel olarak anlamlı olduğu saptanmıştır (p < 0.05). Mikronükleus (MN) testi sonuçlarına göre, azitromisin ve klaritromisin uygulamaları % mikronükleuslu binükleat hücre (%MNBN) oranında doza bağlı anlamlı artışlara yol açmıştır. En yüksek doz olan 5 µg/mL'de her iki antibiyotik için %MNBN oranlarının pozitif kontrol grubu ile benzer düzeyde olduğu saptanmıştır. Nükleer bölünme indeksi (NBI) analizleri, antibiyotik uygulanan gruplarda negatif ve çözücü kontrollere kıyasla anlamlı düzeyde düşüş göstermiştir. Bu düşüş doz arttıkça daha belirgin hale gelmiştir. Azitromisin ve klaritromisin uygulama gruplarında mitotik indeks (MI) değerleri de doza bağlı olarak azalmış, mitotik indeks değerleri negatif, pozitif ve çözücü kontrol gruplarına kıyasla istatistiksel olarak anlamlı düzeyde azalmıştır (p < 0.05). Elde edilen bulgular, hem azitromisin hem de klaritromisinin insan periferik lenfositlerinde doza bağımlı genotoksik ve sitostatik etkiler oluşturabileceğini göstermektedir.
Yeşil kaplumbağa (chelonia mydas) yavrularının yumurtadan çıkış başarısına etki eden faktörlerin araştırılması
Yeşil Kaplumbağa (Chelonia mydas), IUCN Kırmızı Liste'ye göre küresel ölçekte "Nesli Tehlike Altında", Akdeniz alt popülasyonu ise "Tehlike Sınırında" olarak sınıflandırılmaktadır. Bu türün korunmasında yuva parametrelerinin bilinmesi kritik öneme sahiptir. Bu çalışma, Adana/Ceyhan Sugözü Kumsalları'nda yürütülmüş ve yuvalama zamanı, yuvanın vejetasyona ve denize uzaklığı, yuva sıcaklığı, yuva derinliği, yuva nemi, kuluçka süresi ve kuluçka büyüklüğü parametreleriyle yumurtadan çıkış başarısı (hatching success) arasındaki ilişki incelenmiştir. Spearman rho analizine göre yuvalama zamanı ile kuluçka süresi arasında negatif korelasyon (rho=-0.57), vejetasyona uzaklık ile nem arasında pozitif korelasyon (rho=0.46), vejetasyona uzaklık ile denize uzaklık arasında ise negatif korelasyon (rho=-0.38) bulunmuştur. İki temel bileşen analizi (TBA1-TBA2) yapılmıştır. TBA1'e göre yuvalama zamanı; yuva derinliği, vejetasyona uzaklık ve kuluçka süresiyle aynı olgu üzerinde negatif ilişkiliyken, denize uzaklık ve kuluçka büyüklüğü bağımsız görünmektedir. TBA2'de, birinci bileşende yuvalama zamanı ve kuluçka süresi; ikinci bileşende yuva derinliği, denize ve vejetasyona uzaklık ile nem; üçüncü bileşende ise vejetasyona uzaklık, denize uzaklık, yuva sıcaklığı ve kuluçka büyüklüğü negatif yönlü ilişkili bulunmuştur. Beta regresyon analiziyle oluşturulan üç modelden en uygun olan iyi model AIC (-13.59) ve pR² (0.324) değerlerine göre seçilmiştir. Sonuçlara göre, sezon başında yapılan, daha derin, daha serin ve kısa kuluçka süresine sahip yuvalar daha yüksek çıkış başarısı göstermektedir. Bu çalışmadaki ortalama yuva sıcaklığı (30.5°C) en yüksek başarı görülen sıcaklık aralığındadır. Beta regresyon analizi, bu tür çok değişkenli durumların yorumlanmasını kolaylaştırmakta ve koruma stratejileri açısından önemli veriler sunmaktadır. Gelecek çalışmalarda çok yönlü veri değerlendirmesi önerilmektedir.
Fethiye körfezi'nden boops boops (linnaeus, 1758) ve pagellus acarne (risso, 1827) (sparidae)'nin otolit biyometri, asimetri ve morfolojik özelliklerinin tespiti
Sparidae, Marmara Denizi ve Akdeniz'de yayılış gösteren ekonomik öneme sahip türleri içeren familyalardan biridir. Bu çalışmada, Fethiye Körfezi'nde yaşayan ve Sparidae familyasından olan Pagellus acarne (Yabani Mercan) ve Boops boops (Kupes Balığı) türlerinin otolit biyometrisinin, asimetrisinin ve morfolojilerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Fethiye Körfezi'nden örneklenen B. boops (n=130) ve P. acarne (n=147) bireylerinin boy-ağırlık ve boy-boy ilişkileri, otolit şekil değişkenleri, otolit kütle asimetrileri ve otolit dalgalı asimetrileri hesaplanmıştır. Ayrıca, her iki türün sagittal otolitlerinin Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM) çekimleri de gerçekleştirilmiştir. B. boops bireylerinin ortalama ağırlık ve total boyları sırasıyla 41.43±12.274 g ve 16.0±1.409 cm şeklindedir. P. acarne bireylerinin ortalama ağırlıkları 37.83±10.272 g ve ortalama total boyları 13.90±1.073 cm olarak belirlenmiştir. Tüm B. boops bireyleri için total boy-ağırlık ilişkisi W=0.0024TB3.506 (R2=0.916) ve tüm P. acarne bireyleri için total boy-ağırlık ilişkisi W=0.0095TB3.137 (R2=0.944) olarak tespit edilmiştir. B. boops ve P. acarne türlerinin Fethiye Körfezi'nde pozitif allometrik büyüme gösterdiği tespit edilmiştir. P. acarne ve B. boops türlerinin otolit morfolojisi, biyometrisi ve asimetrisinin belirlenmesi amacıyla sagittal otolitleri çiftler halinde çıkarılmıştır. Otolitlerin ağırlık (OA), boy (OB), genişlik (OG), alan (A) ve çevre (Ç) değerleri ölçülmüştür. P. acarne ve B. boops bireylerinin sağ ve sol otolitleri arasında hem otolit genişliği hem de otolit boyu bakımından istatistiksel olarak anlamlı bir fark tespit edilmiştir (p<0.05). P. acarne'nin sağ ve sol otolitlerinin ortalama boy-en oranı değerleri sırasıyla 1.7437 ve 1.7616 (p<0.05), ortalama eliptiklik değerleri sırasıyla 0.2704 ve 0.2752 (p<0.05) ve ortalama nispi otolit boyu değerleri sırasıyla 40.9774 ve 41.1409 (p<0.05) olarak hesaplanmıştır. B. boops'un sağ ve sol otolitlerinin ortalama yuvarlaklık değerleri sırasıyla 0.5192 ve 0.5093 (p<0.05), ortalama dikdörtgenlik değerleri sırasıyla 0.6967 ve 0.6764 (p<0.05) ve ortalama nispi otolit boyu değerleri sırasıyla 35.1266 ve 35.8057 (p<0.05) olarak belirlenmiştir. B. boops bireylerinin otolit kütle asimetrisi değerleri -0.0684 ve 0.0342 aralığında, P. acarne bireylerinin otolit kütle asimetrisi ise -0.0842 ve 0.0842 değerleri arasında bulunmuştur. B. boops bireylerinde otolit genişliği, otolit boyu ve otolit alanı karakterlerindeki en yüksek dalgalı asimetri değeri 170-179 mm boy grubunda ve otolit çevresi karakterindeki en yüksek dalgalı asimetri değeri 120-129 mm boy grubunda gözlemlenmiştir. P. acarne bireylerinde otolit genişliği karakterindeki en yüksek dalgalı asimetri değeri 140-159 mm boy grubunda, otolit boyu, otolit alanı ve otolit çevresi karakterlerindeki en yüksek dalgalı asimetri değeri ise 120-139 mm boy grubunda gözlemlenmiştir. Bu çalışmada Fethiye Körfezi'nde yaşayan B. boops ve P. acarne türlerinin otolit morfolojisi, biyometrisi ve asimetrisine dair önemli ilk veriler sunulmuş ve bu türlerin popülasyon yapısının anlaşılmasına katkı sağlanmaya çalışılmıştır. Elde edilen bulgular, türlerin büyüme özellikleri ile otolit yapılarındaki asimetrilerin biyolojik ve çevresel faktörlerle ilişkili olabileceğini göstermektedir.
Ağır metallerin yeşil kaplumbağa (chelonia mydas) yavrularında birikimi ve yumurtadan çıkış başarısına etkileri
Bu çalışma, nesli tehlike altında olan Chelonia mydas (yeşil kaplumbağa) için önemli bir yuvalama alanı olan Sugözü Kumsalları'nda (Adana) yürütülmüştür. Araştırmanın amacı, yuva ortamı ve yavru kaplumbağa dokularındaki ağır metal birikiminin yeşil kaplumbağaların yumurtadan çıkış başarısına olan potansiyel etkilerini değerlendirmektir. Ayrıca çalışma ile maternal transfer veya çevresel maruziyet yoluyla taşınım ve farklı dokulardaki ağır metal birikim eğilimlerinin de belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla araştırma kapsamında, yavru kaplumbağalara ait karaciğer, kas, karapas, beyin, yolk ve böbrek-gonad kompleksi (BGK) dokuları ile yuva kumu, yumurta kabuğu ve yuvalayan bireylerden alınan kloak sıvısı örneklerindeki arsenik (As), cıva (Hg), kurşun (Pb), kadmiyum (Cd), bakır (Cu), çinko (Zn), demir (Fe), mangan (Mn) ve baryum (Ba) elementlerinin konsantrasyonları Endüktif Eşleşmiş Plazma - Optik Emisyon Spektrometrisi (ICP-OES) analiz edilmiştir. Çeşitli doku ve örnek çeşitlerinde en fazla birikim gösteren ortalama ağır metal konsantrasyonları incelendiğinde; karaciğer dokusunda Cu (31.62 ppm) ve Hg (14.48 ppm), kas dokusunda As (4.84 ppm) ve Zn (129.6 ppm), karapasta Ba (70.75 ppm), yuva kumunda ise Mn (337.02 ppm), Fe (9349 ppm) ve Pb (1.91 ppm) en yüksek konsantrasyonlarda tespit edilmiştir. Çalışmada As, Ba, Hg, Zn ve Cu elementleri için potansiyel maternal aktarım öne çıkarken; bazı toksik ağır metallerin (Pb, Ba) yumurtadan çıkış başarısını olumsuz etkileyerek çıkış oranlarını düşürebileceği belirlenmiştir. Ayrıca bazı esansiyel ağır metallerin (Fe, Mn) belirli düzeylerde yumurtadan çıkış başarısını destekleyici etkilere sahip olabildiği, bazı durumlarda ise esansiyel metallerin (Zn, Cu) toksik etkilere neden olarak yumurtadan çıkış başarısını düşürebileceği tespit edilmiştir. Sonuç olarak bu çalışma, deniz kaplumbağalarının yumurtadan çıkış başarısı üzerinde etkili olabilen çevresel kirleticilerden ağır metallerin, farklı dokulardaki birikim paternlerini, potansiyel geçiş ve transfer mekanizmalarını ve yumurtadan çıkış başarısı ile olan ilişkilerini ortaya koyarak; doku ve yuva parametreleriyle bağlantılı anlamlı ilişkilerin varlığını göstermiştir. Elde edilen bulgular, koruma biyolojisi ve habitat yönetimi açısından ağır metal kirliliğinin potansiyel tehditlerini vurgulayarak, deniz kaplumbağalarının korunmasına yönelik stratejilerin geliştirilmesine katkı sunmaktadır. Anahtar Kelimeler: Akümülasyon, Ağır Metal, Chelonia mydas, Kirlilik, Yumurtadan Çıkış Başarısı
Yeşil kaplumbağa (chelonia mydas) yavrularında görülen anomaliler
Bu çalışma Chelonia mydas (Yeşil Kaplumbağa) için önemli yuvalama alanı olan Sugözü Kumsallar'ında (Adana-Türkiye) gerçekleşmiştir. Normal ve anomali görülen Chelonia mydas yavrularının morfolojik ölçümleri (boy ve ağırlık) değerlendirilmiş ve istatistiksel analizler gerçekleştirilmiştir. Çalışma kapsamında toplam 861 yavru birey incelenmiş (396 normal, 465 anomali görülen yavru) ve her bir bireyin düz karapas boyu (DKB), düz karapas eni (DKE) ve vücut ağırlığı verileri kaydedilmiştir. Morfolojik ölçümler ile anomali görülme durumu ve yuva parametreleri arasındaki ilişkileri değerlendirmek amacıyla korelasyon analizleri gerçekleştirilmiştir. Ölçümler arasında doğrusal ilişki olup olmadığını belirlemek için Pearson korelasyon testi uygulanmıştır. Sugözü kumsalından 10 yuva ve Akkum kumsalından 18 olmak üzere toplam 28 yuva incelenmiştir. İncelenen yuvalarda, yavruların % 54.01'inde anomali gözlenmiştir. Karapas plaklarındaki anomali yüzdeleri, %21.38'inde nuchal, %12.67'sinde vertebral, %1.04 sol marjinal, %1.04 sağ marjinal, %6.62 sol costal ve %5.81 sağ costal şeklindedir. Sonuçlar, anomali görülen yavruların ortalama ağırlığının (19.13 g) normal yavrulara (19.56 g) göre düşük olduğunu göstermiştir. Anomali görülen yavrulardan ortalama DKB 44.81 mm, ortalama DKE 33.35 mm olarak hesaplanırken, normal yavrularda ortalama DKB 45.20 mm, ortalama DKE 33.73 mm olarak bulunmuştur. Elde edilen sonuçlar, anomali görülen bireylerin daha küçük boyutlara ve daha düşük ağırlıklara sahip olduğunu ve bu farkın istatiksel olarak anlamlı olduğunu (P<0.0005) göstermektedir. Görülen anomalilerin, bireylerin büyüme, gelişim ve denizde hayatta kalma oranları açısından dezavantajlı olabileceği düşünülmektedir. Çalışmada elde edilen bulgular, deniz kaplumbağalarının gelişimsel anomalilerini anlamak ve korunma stratejileri geliştirmek açısından önemli bilgiler sunmaktadır.
Nişasta kökenli biyobozunur mikroplastikten salınan sekonder nanoplastiklerin oluşumu, karakterizasyonu ve bunlara maruz kalan Caenorhabditis elegans'ın hücresel cevabı ve hiperspektral görüntülemesi
Son 50 yılda plastik üretimi, stratejik sektörlerdeki yaygın kullanımı nedeniyle hızla artmış ve bu durum hem sucul hem de karasal ekosistemlerde ciddi çevresel sorunlara yol açmıştır. Bu bağlamda, çevrede daha kolay parçalanabilen biyolojik olarak parçalanabilir plastikler, geleneksel plastiklerin neden olduğu kirliliğe karşı ekolojik bir alternatif olarak ön plana çıkmaktadır. Ancak bu plastiklerin çevredeki bozunmaları sırasında mikro ve nanoplastiklere ayrışabildikleri ve bu parçacıkların çevresel etkilerinin henüz tam olarak anlaşılamadığı bilinmektedir. Özellikle sekonder nanoplastikler ekotoksikolojik açıdan yeni ancak endişe verici bir kirletici grubu olarak değerlendirilmektedir. Serbest yaşayan nematod Caenorhabditis elegans, ekotoksikolojik çalışmalarda mükemmel bir model organizma olarak ön plana çıkmaktadır. Bu tez, nişasta kökenli biyobozunur bir plastik olan poli (bütilen adipat-ko-tereftalat) (PBAT) mikroplastiklerinin abiyotik koşullarda bozunmasıyla oluşan sekonder nanoplastiklerin (PBAT/SNP) biyoyararlanımını ve toksisitesini değerlendirmek için C. elegans kullanımını incelemektedir. Bu üretilen PBAT/SNP'lerin ayrıntılı karakterizasyonun yapıldıktan sonra farklı konsatrasyonlarda maruz bırakılarak verdiği hücresel yanıt açısından test edilmiştir. Bozunan PBAT/SNP'lerin C. elegans'taki biyoyararlanımı ve toksisitesi, öldürücülük, davranış ve üreme son noktaları kullanılarak değerlendirilmiştir. PBAT/SNP'lerin hiperspektral görüntülemesi ise farklı mikroskopi teknikleri kullanılarak değerlendirilmiştir. 7 günlük abiyotik bozunma süresi sonunda oluşan PBAT/SNP'lerin ortala çapı 69,93 küresel parçacıklar, -7,28 mV zeta potansiyeline sahip negatif yüzey yüklü oldukça kararlı parçacıklar ve 0,043 PDI değeri ile oldukça homojen dağılım gösteren parçacıklar olduğu kaydedilmiştir. PBAT/SNP'lerin fonksiyonel grupları FT-IR spektrumu ile doğrulandı. Bu analiz sonucunda, bozunmadan sonra, PBAT pikleri zayıflamış ve bazı pikler kaybolmuş ya da kaymıştır bu da bozunmanın gerçekleştiğine dair sonuçlarımızı desteklemiştir. PBAT/SNP'lerin 50-500 mg/ml konsantrasyon aralığında C. elegans'larda letal etkileri ve termotolerans deneyleri ile hayatta kalma yüzdeleri değerlendirilmiş ve en etkili 100 mg/ml olduğu kaydedilmiştir. Bu biyodeneyler sonucunda nanoplastiklerin düşük konsantrasyonlarda daha toksik etkili yüksek konsantrasyonlarda ise toksik etki etmediği anlaşılmıştır. Bu durumun temel sebebi ise nanoplastiklerin yüksek konsantrasyonlarda agregasyon oluşturmasına bağlanmıştır. Yüksek konsantrasyonlarda nanoplastikler daha büyük parçacıklar oluşturarak C. elegans'lar tarafından alınımı engellenir. Bu sonuçlarımızı yine faz kontrast mikroskobu ile yaptığımız hiperspektral görüntülemeler desteklemektedir. Nanoplastik içermeyen kontrol grubu ile 250 ve 500 mg/ml yüksek konsantrasyonlardaki PBAT/SNP'leri içeren deney gruplarındaki C. elegans'ların bağırsak içeriği yeşile değişen turkuaz görüntüsündedir. Bu görüntü C. elegans'ların sadece OP50 suşu ile beslendiğinin kanıtıdır.
Farklı gübrelerde yetiştirilen solanum lycopersicum L. (Domates) bitkisinin bazı kalite parametrelerinin karşılaştırılması
Bu çalışmada balık atığı kompostu, koyun gübresi, bakteri kültürü ve kimyasal gübre (DAP) uygulamalarının domateste (Solanum lycopersicum L.) yaprak azot, fosfor, potasyum, kalsiyum, magnezyum besin elementleri ile SPAD klorofil değerleri ve meyve ağırlığı, meyve boyu, meyve çapı, meyve hacmi, meyve suyunda suda çözünebilir kuru madde içeriği (SÇKM), meyve suyunda titre edilebilir toplam asit miktarı, meyve suyunda pH içeriği özellikleri belirlenerek karşılaştırılmıştır. Meyve alma dönemi iki hasat olarak yapılmıştır. Çalışmada kullanılan toprak örneklerinde tekstür, pH, elektriksel iletkenlik, kireç, organik madde, alınabilir fosfor ve potasyum analizleri yapılmıştır. Çalışma sonucunda en yüksek besin elementi içeriklerine koyun gübre uygulaması yapılan ortamda büyütülen domates yapraklarında rastlanmıştır. SPAD klorofil değeri açısından en yüksek değer balık atığı kompostu uygulamasındadır. En yüksek meyve ağırlığı ve boyu değerleri de koyun gübre uygulamasında belirlenmiştir. Meyve boyu ve çapının en yüksek değerleri balık atığı kompostu uygulamasının ikinci hasat dönemindedir. Meyve suyundaki asitlik açısından değerlendirildiğinde ise her iki hasatta de elde edilen meyvelerin tatlı olduğu belirlenmiştir. Toprak analiz sonuçlarına göre, killi tınlı, nötr, kireçli, organik madde ve alınabilir fosfor açısından fakir, potasyum bakımından zengin özellikte olduğu görülmektedir.
Kayseri Yeşilhisar ilçesi'nde yetişen Beta vulgaris L. (şeker pancarı) bitkisinin iz element miktarı ve ağır metal akümülasyonu açısından izlenmesi
Bu çalışmada Kayseri'nin Yeşilhisar ilçesinde 5 farklı bölge (Kilcan , Kesik, Hacılımezarlığı, Kıraç tepe, Hacıbektaş) ve kontrol bölgesi (Dağılgan) olmak üzere 6 farklı lokaliteden toplanan şeker pancarı (Beta vulgaris L.) bitkisinin yaprak, gövde, kök ve yetiştiği toprak örneklerinin, ağır metal (Cr, Zn, Fe, Cu, Co, Cd, Ni, Mn, Pb ve As) içerikleri ICP-MS cihazı kullanılarak analiz edilmiştir. Elde edilen sonuçlar Dünya sağlık örgütü (WHO) ve Toprak kontrol yönetmeliği limit değerlerine göre karşılaştırılması yapılmıştır. Şeker pancarında; Cr konsantrasyonu 1,04 - 5,23 µggˉ¹, Mn konsantrasyonu 12,15 – 78,96 µggˉ¹, Fe konsantrasyonu 24,73 – 390,66 µggˉ¹, Co konsantrasyonu 0 µggˉ¹ -1,43 µggˉ¹, Ni konsantrasyonu 1,13 – 32,64 µggˉ¹, Cu konsantrasyonu 1,02 – 14,78 µggˉ¹, Zn konsantrasyonu 10,13 -104,26 µggˉ¹, As konsantrasyonu 0 – 3,67 µggˉ¹, Cd konsantrasyonu 0 - 0,45 µggˉ¹ ve Pb konsantrasyonu 0,02 – 1,85 µggˉ¹ arasında tespit edilmiştir. Bununla birlikte toplanan örneklerde şeker pancarı, toplanan topraklar fark etmeksizin ağır metal bakımından kirlilik göstermektedir. En düşük kirlilik oranı kontrol grubu iken, en az kirlilik deney grubu içerisindeki topraklarda olduğu tespit edilmiştir. Bu sonuçlara göre şeker pancarı bitkisinde bazı metaller (Cd ve Pb) WHO ve Toprak kontrol yönetmeliğine göre sınır değer aşmadığı sonucuna varılmıştır.
Alcea rosea'nın Drosophila melanogaster'de larval ve ergin toksisite üzerine etkilerinin araştırılması
İnsanlar var olduklarından beri başta beslenme olmak üzere çeşitli hastalıkları tedavi etmek ya da hastalıklardan korunmak amacıyla bitkileri kullanmaktadırlar. Bitkilerin hemen hepsinde bulunan flavanoidler, bitkilerin tıp alanlarında tedavi amaçlı kullanımını artırmıştır. Günümüzde ise tedavi edici bitkilerin kontrolsüz ve bilinçsiz kullanımı insan sağlığı için bir tehdit unsuru haline gelmiştir. Genellikle süs bitkisi olarak bilinen Alcea rosea L. özellikle fitoterapi alanında kullanılan, iltihap giderici, immün düzenleyici, analjezik ve hipoglisemik özelliklere sahip Malvaceae familyasına ait tedavi edici bir bitkidir. Bu çalışmada, A. rosea'nın Drosophila melanogaster'in Oregon R yabanıl soyunda larval ve ergin toksisite üzerine olan etkileri ilk kez araştırılmıştır. Bu amaçla, A. rosea metanolik özütü 25 mg/ml, 50 mg/ml ve 75 mg/ml olmak üzere üç farklı konsantrasyonda larva ve ergin bireylere uygulanmıştır. Larval mortalite deneyinde 3. evre larvalar; ergin toksisite deneyinde virgin dişi ve yeni nesil erkek bireyler elde edilerek deneyler kurulmuştur. Sonuç olarak, larval mortalitenin negatif kontrol grubuna göre uygulama gruplarında sırasıyla %11,39, %14,59 ve %17,79 oranlarıyla arttığı belirlenmiştir. Larvadan ergine gelişen sineklerin %46,61'inde anomaliler mevcut olup kalitesiz bireyler tespit edilmiştir. Artan konsantrasyon miktarına bağlı olarak anomalili bireylerin miktarında da artış olduğu belirlenmiştir. Ergin toksisite kapsamında 25 mg/ml, 50 mg/ml ve 75 mg/ml'lik uygulama gruplarına ait maksimum ömür uzunluğu değerleri dişi bireylerde sırasıyla 50,66 ± 13,43; 56,00 ± 14,14 ve 53,00 ± 4,24 gün; erkek bireylerde 49,00 ± 14; 53,66 ± 12,50 ve 61,66 ± 7,50 gün olarak tespit edilmiştir. Ortalama ömür uzunluğu ise dişilerde sırasıyla 35,15 ± 7,75; 31,21 ± 7,09 ve 23,68 ± 1,08 gün; erkeklerde 31,72 ± 3,32; 31,35 ± 4,95 ve 26,24 ± 8,86 gün olarak belirlenmiştir. Negatif kontrol grubuna göre, 75 mg/ml'deki erkeklerin maksimum ömür uzunluğu hariç uygulama gruplarındaki dişi ve erkek bireylerin maksimum ve ortalama ömür uzunluğunun azaldığı tespit edilmiştir. Sonuç olarak, uygulama gruplarında doz artışına bağlı olarak meydana gelen mortalite, ortalama ve maksimum ömür uzunluğu verileri negatif kontrol grubu ile karşılaştırıldığında gruplar arasındaki fark istatistiki olarak anlamlıdır.
Montivipera wagneri ve M. raddei engerek türlerinin zehirlerinden L-amino asit oksidaz enziminin kısmi saflaştırılması
Yılan zehrinin bir bileşeni olan L-amino asit oksidaz (LAAO), L-amino asidin α-keto aside oksidatif deaminasyonunu katalize ederek hidrojen peroksit (H2O2) üreten bir flavoenzimdir. L-amino asit oksidaz, apoptoz indüksiyonu, trombosit agregasyonu, kanama, hemostaz ile etkileşim, ödem oluşumu, antitümör, antiparazit, antienflamatuvar, antimikrobiyal, anti-HIV, antilayşmanyaz ve zehirlenme toksisitesi gibi çok çeşitli biyolojik aktivitelere sahiptir. Bu aktiviteleri, kanser ve AIDS gibi bazı hastalıklarda terapötik ajan olarak kullanılma potansiyeline gündeme getirmiştir. Bu tez kapsamında yapılan çalışmada Montivipera wagneri ve M. raddei zehirlerinden LAAO enziminin kısmi saflaştırılması gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla jel filtrasyon kromatografisi ile fraksiyonlama yapılmıştır. Her bir fraksiyonun enzim aktivitesi substrat olarak L-lösin kullanılarak gerçekleştirilen spektrofotometrik ölçüm ile test edilmiş ve LAAO enziminin aktif olduğu fraksiyon belirlenmiştir. Ayrıca SDS-PAGE yöntemi ile iki tür için LAAO enzim aktivitesi belirlenen fraksiyonlardaki proteinlerin indirgenmiş ve indirgenmemiş olarak molekül ağırlıkları belirlenmiştir. Sonuç olarak M. wagneri ve M. raddei türlerinin zehrinde belirgin aktiviteye sahip LAAO enzimi bulunduğu tespit edilmiş, kısmi saflaştırılması gerçekleştirilerek enzimin yapısı ve aktivitesi hakkında bilgi edinilmiştir. Mevcut tez bu amaçla gerçekleştirilmiş ilk çalışmadır. Bu çalışma ile M. raddei ve endemik tür olan M. wagneri zehirlerinden LAAO saflaştırılması ve karakterizasyonunun yapılarak enzimin biyoteknolojik açıdan değerlendirilmesi için önemli bir adım atılmıştır.
Venlafaksin'in drosophila melanogaster'in (Diptera: Drosophilidae) larva yaşayabilirliği ve ergin bireylerinin yaşam süresi üzerine etkilerinin değerlendirilmesi
Depresif bozukluklar genel olarak, genetik, biyolojik, sosyolojik ve çevresel olarak ortaya çıkan ve günümüzün en sık rastlanılan hastalıklardan biridir. Son yıllarda serotonin nor-epinefrin geri alım inhibitörleri (SNRI) grubuna ait bir antidepresan ilaç olan venlafaxin özellikle analjezik semptomlarda, majör depresif bozukluk ve anksiyete tedavisinde sıklıkla kullanılmaktadır. Bu çalışmada venlafaxinin farklı doz-süre etkileşimine bağlı olarak Drosophila melanogaster Oregon-R'de, ergin dişi ve erkek popülasyonlarında larva yaşayabilirliği ve ömür uzunluğu üzerine olan etkileri ilk kez araştırılmıştır. Buna göre, negatif kontrol (NK), solvent kontrol (SK) ve venlafaxin'in 1 mg/mL, 2 mg/mL, 4 mg/mL ve 8 mg/mL olmak üzere dört farklı konsantrasyonu larva ve ergin bireylere uygulanmıştır. Deneysel bulgular değerlendirildiğinde, doz artışına bağlı olarak larva yaşama oranının azaldığı, ergin dişi ve erkek bireylerin maksimum ve ortalama ömür uzunluğunun azaldığı tespit edilmiştir. Ayrıca, doz gruplarında larva ve ergin bireylerde çeşitli malformasyonlar meydana geldiği tespit edilmiştir. Sonuç olarak, uygulama gruplarında doz artışına bağlı larva yaşayabilirliği, ortalama ve maksimum ömür uzunluğu verileri negatif kontrol grubu ile karşılaştırıldığında gruplar arasındaki fark istatistiki olarak anlamlı olduğu belirlenmiştir.
Nohutta (Cicer arietinum) kurşun (Pb) toksisitesinin hafifletilmesinde bakır nanoçiçek öncül uygulamasının çimlenme ve antioksidan savunma üzerine etkileri
Bakır bazlı hibrit nanoçiçekler (Cu-HnF) ve diğer bitki nanomalzemeleri, özellikle stresin azaltılmasıyla ilişkili olarak tarım alanında heyecan verici bir araştırma alanı sunmaktadır. Bu çalışmada, Cu-HnF'nin (10 ve 20 mg/L) nohut (Cicer arietinum) ile ilişkili kurşun (Pb) toksisitesini (10 ve 20 mM) hafifletici etkisi, bir tohum ön işlem (priming) ajanı olarak değerlendirilmiştir. Çalışmada; çimlenme gibi yanıt parametrelerinin yanı sıra, oksidatif stres göstergeleri (malondialdehit – MDA), antioksidan enzim aktiviteleri ve çeşitli stresle ilişkili genlerin ekspresyon düzeyleri analiz edilmiştir. Pb maruziyeti çimlenme oranını azaltmış ve oksidatif stresi yansıtan MDA seviyelerini artırmıştır. Ancak, Cu-HnF ile yapılan tohum ön işlemi, Pb stresine maruz kalan grupta çimlenmeyi iyileştirmiş ve kurşun uygulamasına kıyasla MDA seviyelerinde eş zamanlı bir azalma sağlamıştır. Cu-HnF ile yapılan ön işlem, Pb stresine maruz kalma durumunda süperoksit dismutaz (SOD), katalaz (CAT) ve askorbat peroksidaz (APX) gibi çeşitli antioksidan enzimlerin aktivitelerinde artış sağlamıştır. Gerçek zamanlı RT-PCR (qRT-PCR) analizinde, Cu-HnF ile ön işlem uygulaması, ilgili SOD ve CAT genlerinin ekspresyonunu artırmış ve bu durum, uygulama sonrası gözlemlenen antioksidan enzim aktiviteleriyle desteklenmiştir. Özetle, Cu-HnF ile yapılan tohum ön işlemi, geliştirilmiş çimlenme, azalan oksidatif hasar ve hem enzimatik hem de transkripsiyonel düzeyde aktive edilen antioksidan savunma sistemleri sayesinde nohutun Pb stresine karşı toleransını artırma potansiyeli göstermiştir. Bu sonuçlar, Pb gibi ağır metal kirleticilerle etkilenmiş bölgelerde sürdürülebilir tarım uygulamalarının geliştirilmesinde, bakır bazlı hiyerarşik nanoçiçekler tohum ön işleminin potansiyelini ortaya koymaktadır. Anahtar Kelimeler: Nanoçiçekler, Tohum ön işlemi (priming), Kurşun (Pb) toksisitesi, Oksidatif stres, Antioksidan enzimler
Carassius auratus (Japon Balığı)'da Pb ve Zn toksisitesine karşı B12 vitamininin iyileştirici etkisinin biyokimyasal olarak incelenmesi
Sucul ortamların ağır metalle kirlenmesi sonucu bu ortamda yaşayan canlı organizmalarda ağır metal birikimi olmaktadır. Bu birikim canlılar için toksik etki gösterir. Çalışmamızda farklı konsantrasyonlarda kurşun ve çinkonun Carassius auratus (Japon Balığı)'da oluşturduğu toksisiteye karşı B12 vitamininin iyileştirici etkisi araştırılmıştır.Balıklar 15 gün boyunca laboratuvar koşullarına adapte edilmiştir. Adaptasyonun ardından 72 balık her grupta 6 balık olacak şekilde gruplandırılmış ilk 6 grup kurşun , kalan 6 grup çinko grubu olarak etiketlenmiştir. İki ağır metalinde ilk grupları kontrol grubu olarak belirlenmiştir. Çinko grupları için 1mg , 2mg , 3mg , 4mg , 5mg çinko saf suda seyreltilip akvaryumlara ilave edilmiştir. Aynı şekilde kurşun grupları için de 1mg , 2mg , 3mg , 4mg , 5mg kurşun saf suda seyreltilip akvaryumlara ilave edilmiştir. Balıklar bu akvaryumlarda çinko ve kurşuna 8 gün maruz bırakılmıştır.Her gruptan 3 balık alınıp yüksek doz anesteziye maruz bırakılıp yaşamına son verilerek dondurucuya kaldırılmıştır. Kalan balıkların suları değiştirilip her akvaryuma bir ampul B12 vitamini ilave edilmiş balıklar 7 gün bu suda kalmıştır. Balıklar yüksek doz anesteziye maruz bırakılıp yaşamlarına son verilmiştir. İlk aşamadaki balıklarla birlikte karaciğer dokuları alınmış ve ICP-MS yöntemiyle dokulardaki ağır metal birikimlerine bakılmıştır. Çinko grubu balıklarında ağır metal maruziyetinden sonra ölçülen değerler sırasıyla 109,361 mg/lt - 199,318 mg/lt - 273,084 mg/lt - 195,930 mg/lt - 251,540 mg/lt - 182,103 mg/lt şeklinde görülmüştür. Çinko grubu balıklarında ağır metal maruziyetinden sonra ilave B12 vitamini verildikten sonra ölçülen değerler sırasıyla 225,297 mg/lt - 130,948 mg/lt - 216,508 mg/lt - 151,280 mg/lt - 141,094 mg/lt - 283,180 mg/lt şeklinde görülmüştür. Kurşun grubu balıklarında ağır metal maruziyetinden sonra ölçülen değerler sırasıyla 179,275 mg/lt - 148,066 mg/lt - 176,616 mg/lt - 174,278 mg/lt - 154,523 mg/lt - 349,929 mg/lt şeklinde görülmüştür. Kurşun grubu balıklarında ağır metal maruziyetinden sonra ilave B12 vitamini verildikten sonra ölçülen değerler sırasıyla 68,586 mg/lt - 333,058 mg/lt - 258,900 mg/lt - 406,442 mg/lt - 325,594 mg/lt - 488,404 mg/lt şeklinde görülmüştür.Elde ettiğimiz bulgular göz önünde bulundurulduğunda her iki ağır metal için ayrı bir değerlendirme yapıldığında B12 çinkonun oluşturduğu toksisiteyi ortadan kaldırmaktadır. Kurşunun oluşturduğu hasara karşı ise B12 vitamininin hasarı önlemekte ve koruyucu etki göstermekte yetersiz kaldığını göstermektedir. B12 kurşunda sadece bünyede bulunan düşük konsantrasyonda iyileştirici etki göstermektedir. Sonuç olarak B12 iyileştirici bir ajan olarak kullanılabilir. Ancak ağır metalin çeşidi, konsantrasyonu ve oluşturduğu hasarın boyutu göz önünde bulundurulmalıdır. Anahtar Kelimeler: B12 Vitamini, İyileştirici etki, Karaciğer, Kurşun , Çinko
Yeşil sentezlenen altın nanopartikülün akciğer kanseri hücre hattında boyut etkisinin incelenmesi
Heterojen ve agresif fenotip gösteren küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK), dünya çapında kanserden ölümlerin en sık nedenidir. Tüm erkek ve kadın popülasyonlarında en yaygın ve en ölümcül malignite olarak bilinmektedir. Akciğer kanseri vakalarının çoğuna geç evrelerde teşhis konulmaktadır ve genel sağkalım oranları düşüktür. Akciğer kanseri tedavisinde cerrahi hala kullanılan temel yaklaşımdır; ancak çok sayıda hasta nüks ve ilaç tedavisi başarısızlığı nedeniyle ölmektedir. Cerrahiyi takiben kullanılan çoğu kemoterapötik ilaç hem kanser hem de sağlıklı hücrelerde sistemik sitotoksisiteye ve ciddi yan etkilere neden olmaktadır. Bu nedenle, yeni terapötik hedeflerin daha fazla araştırılmasına ihtiyaç artmaktadır. Yeşil sentezlenen altın naopartiküllerin (AuNP) moleküler çözünürlükte hücrelerle etkileşime girebilmesi ve üstün biyouyumluluk sağlaması nedeniyle yakın zamanda insanlarda akciğer kanseri tedavisinde potansiyel terapötik ajanlar olarak hizmet edebileceği öngörülmektedir. Diğer nanopartiküllere göre daha kararlı ve biyouyumlu metal nanopartikül olan AuNP'ler antifungal, antibakteriyel, antiviral ve antikanser aktiviteleri sayesinde tıpta yaygın olarak kullanılma potansiyeline sahiptir. Bununla birlikte COX-2 seçici inhibitör olan Celecoxib, kanserin tedavisi ve önlenmesinde önemli bir rol oynamaktadır. COX-2 inhibitörleriyle birlikte çeşitli antineoplastik ilaçların kullanılması kanser kontrolü ve tedavisi için umut vaat etmektedir. AuNP ve Celecoxib ajanının kombine tedavisinin akciğer kanserinde tümör baskılayıcı aktivitelere aracılık ederek tümör ilerlemesini inhibe etmek için potansiyel yeni bir stratejiyi temsil edebileceği düşünülmektedir. Bu kapsamda yapılacak olan çalışmalar akciğer kanseri ilerlemesinin önlenmesi ve tedavisine büyük ölçüde katkı sağlayacaktır. Bu tez çalışmasında yeşil sentez ile antikanser etkisi bilinen Orchis Spitzelii (Salep) bitkisinin kök kısmının sulu ekstrakt konsantrasyonu değiştirilerek farklı boyutlarda AuNP sentezi gerçekleştirilmiştir. Sentezlenen AuNP'ler UV-Vis, XRD, FT-IR, DLS, Zeta potansiyel, TEM ve FESEM-EDX yöntemleri ile karakterize edilmiştir. Artan dozlarda yeşil sentezlenen AuNP'ler, Orchis Spitzelii (Salep) bitki ekstraktı ve Celecoxib ajanı ile NCI-H441 insan akciğer kanseri ve HUVEC hücre hattı 24 saat boyunca muamele edilmiştir. NCI-H441 insan akciğer kanseri ve HUVEC sağlıklı hücre hattı üzerindeki sitotoksik etkileri hücre canlılık testi ile belirlenmiştir. Belirlenen IC50 dozları ile PPARγ sinyal yolağı ve anjiyogenez, invazyon, metastaz, yağ asidi metabolizması ile ilgili hedef genler olan CD36, TIMP2, MMP2, PGE2, COX-2 ve VEGFR2 gen ekspresyonlarındaki değişiklikler qRT-PCR ile incelenmiştir. Ek olarak EMT sürecinde yer alan MMP2 protein düzeyi değişimi Western Blot yöntemiyle incelenmiştir. Yeşil sentezlenen AuNP'lerin hücre canlılığı testi sonucunda boyutları küçüldükçe sitotoksisitelerinin arttığı, qRT-PCR sonucunda Ekstrakt ve Celecoxib ajanından daha iyi seviyede anjiyogenez ve EMT süreci ile ilişkili olan PPARγ, CD36 ve TIMP2 gen ekspresyonunu istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde upregüle ettiği ve MMP2, PGE2, COX-2 ve VEGFR2 genlerinin ekspresyonunu istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde downregüle ettiği sonucuna ulaşılmıştır. Western Blot çalışması, gen ekspresyon çalışmalarıyla paralel olarak MMP2 protein düzeyinin istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde baskılandığını göstermiştir. Çalışma kapsamında tüm veriler değerlendirildiğinde yeşil sentezlenen AuNP'lerin arzu edilen şekilde NCIH441 akciğer kanseri hücrelerine kıyasla sağlıklı HUVEC hücrelerine karşı daha yüksek biyouyumluluk sergilediği belirlenmiştir. Yeşil sentezlenen AuNP'lerin, akciğer kanseri hücrelerinde MMP-2'nin indüklediği EMT'yi ve VEGFR2'nin indüklediği anjiyogenezi inhibe ettiğini ve metastazı önlediğini gösterdik. PPARγ'nın AuNP'ler ile aktivasyonu, mezenkimal belirteç olan MMP2 ekspresyonunu önlemektedir. AuNP'lerin düşük toksisite profiliyle birlikte verilerimiz, bu nanopartiküllerin metastazı inhibe etmek için potansiyel terapötik ajanlar olarak hizmet edebileceğini göstermektedir
Asetat ortamında büyütülen cereıbacter sphaeroıdes O.U. 001, rhodopseudomonas palustrıs 7850 ve cuprıavıdus necator h16 ile polihidroksibütirat (PHB) üretimi ve üretilen polimerlerin karakterizasyonu
Dünyada nüfus artışı, yenilenemeyen kaynakların azalışı ve günlük hayatımızın bir parçası olan plastik ürenlerin çoğalması, petrol türevli plastiklerin doğada kalbolmaması sonucu oluşan çevre kirliliği güncel problemler arasındadır. Biyo uyumlu, parçalanabilir ve yenilenebilir özellikleriyle termoplastik bir polimer olan polihidroksibütirat (PHB) geleneksel plastiklerin birçok özelliğine sahiptir. Bu biyopolimer sentetik karbon bazlı polimerlere alternatif olarak uygundur. Alcaligenes, Rhodobacter, Bacillus, Rhizobium, Pseudomonas gibi farklı mikroorganizmalar tarafından sentezlenmektedir. Monomerlerin birleştirilmesi ve sentezi olarak enzimatik aşamaların gerçekleşmesi ile polimer biyosentezi gerçekleşir. Polihidroksibütirat (PHB) biyosentezini β-ketotiyolaz, asetoasetil-CoA, PHB polimeraz/sentaz enzimleri ve phbA, phbB, phbC genleri sağlar. PHB bakteriler, topraktaki mikroorganizmalar ve funguslar tarafından uygun koşullar altında parçalanarak karbondioksit, enerji ve su açığa çıkarmaktadır. Biyoparçalanabilir özelliğinden kaynaklı olarak tıp, ziraat, tekstil ve paketleme gibi birçok alanda kullanılmaktadır. Üretimde kullanılması açısından uygun substrat ve besi ortamı kullanıldığıda maliyet azaltılabilmektedir. Cereibacter sphaeroides, Rhodopseudomomas palustris ve Cupriavidus necator 70 mM asetat 2 mM ile sınırlandırılmış amonyum ortamında büyümeleri ve PHB üretimi incelendi. Asetat oranı 10, 25, 40, 55, 70, 85 ve 100 mM ortamlarda optik dansitelerine (OD) bakılarak karar verildi. 70 mM asetat besiyerinde C. sphaeroides, R. palustris ve C. necator'da sırasıyla 4.3, 5.7 ve 3.0 OD değerleri aynı sıra ile 9.6, 9.8 ve 9.1 pH değerleri ölçüldü. PHB granülleri Sudan Black B ve Nile red gibi lipofilik boyalarla tespit edildi. Sudan Black B boyaması ışık mikroskobunda bakıldığında bakteriler içerisinde PHB yoğunluğuna göre mor, mavi, siyah renkler arasında renkler gözlemlendi. Nile red ile floresans mikroskobunda bakıldığında ise küçük noktalar şeklinde kırmızı bir ışıma gözlemlendi. PHB'nin en iyi çözücüsü olan kloroform ile ekstraksiyonu yapıldığında C. sphaeroides'in 14,6 mg, R. palustris'in 31,1 mg, C. necator'un 5,4 mg PHB kuru ağırlıkları tartıldı. PHB verimi incelendiğinde sırasıyla bakterilerde; C. sphaeroides %0,054, R. palustris % 0,11, C. necator % 0,034 değerlerine ulaşıldı. Asetat ortamında PHB üretimine en yüksek seviyede R. palustris'de ulaşılmıştır. Nükleer manyetik rezonans (NMR) spektroskopisi yöntemi ile PHB karakterizasyonu yapılmış, C. sphaeroides ve R. Palustris bakterilerinden saf PHB elde edildiği, C. necator'da elde edilen PHB'nin ise diğer bakterilere kıyasla saf olmadığı ve bazı kirliliklerin de olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışma kapsamında C. sphaeroides, R. palustris ve C. necator'da asetat besiyerinde PHB üretimi ve üretim sonucunca PHB verimi incelenmiştir.
Selüloz asetat kapsüllenmiş bodıpy türevli fotoduyarlaştırıcının fotodinamik antikanser aktivitelerinin araştırılması
Kanser, Dünya Sağlık Örgütü'nün verilerine göre milyonlarca insanın ölümüne sebep olan genetik bir hastalıktır. Günümüzde, çeşitli tedavi yöntemleri geliştirilmesine rağmen görülme sıklığı artmaya devam etmektedir. Kanser tedavisinde uygulanan konvansiyonel yöntemler metastatik olmayan küçük tümörlerde başarı sağlayabilmektedir. Ancak kemoterapötik tedaviler ciddi yan etkilere neden olabilmekte ve istenmeyen sonuçlara yol açabilmektedir. Ayrıca, kanser hücrelerinin kemoterapiye direnç geliştirmesi sonucunda tedavi başarısı düşmekte ve bu da hastalığın nüksü ile sonuçlanabilmektedir. Son zamanlarda fotodinamik tedavi yöntemi kanser tedavileri için umut vaadetmektedir. Fotodinamik tedavi; ışık kaynağı, ışığa duyarlaştırıcı ajan ve oksijenin birlikteliğinde çalışan bir yöntemdir. Fotodinamik kanser tedavisi, cerrahi işlem gerektirmemesi, tekrarlanabilir olması ve tedavide kullanılan fotoduyarlaştırıcı maddelerin doz aşımı tehlikesinin olmaması nedenleriyle birçok avantaja sahiptir. Bu bakımdan işlevsel ve güvenilir bir yöntem olarak görülmektedir. Tez çalışmamızda, BODIPY çekirdeği kullanılarak yeni sentezlenmiş fotoduyarlaştırıcı potansiyeli olan molekülün, melanoma SK-MEL-30, kolorektal karsinoma HT29 ve kontrol olarak sağlıklı fibroblast L929 hücre hatları üzerindeki antikanser etkilerinin araştırılması amaçlandı. Bu bağlamda, BODIPY temelli fotoduyarlaştırıcı molekülün, bu molekülün selüloz asetat ile kapsüle edilmiş formunun ve boş selüloz asetat kapsüllerinin hücreler üzerindeki in vitro etkileri incelendi. Deneysel çalışmamızda moleküllerin sitotoksik etkileri MTT yöntemi ile, apoptotik etkileri Annexin V-FITC kiti kullanılarak akım sitometri yöntemi ile ve ROS miktar tayinini DCFDA kiti ile analiz edildi. Muamele edilen hücrelerin koloni oluşturma kabiliyetleri koloni formasyon deneyi ile belirlendi. BODIPY ile muamele edilen kanser hücrelerinin sağlıklı fibroblastlara kıyasla, özellikle SK-MEL-30 melanoma hücrelerinde, yaklaşık 7-kat yüksek toksik etkilere, %33 oranında total apoptozis düzeyinde artışa, ayrıca özellikle HT29 hücrelerinde, yaklaşık 2.6-kat hücre içi ROS artışına neden olduğu belirlendi. Muamele edilen hücrelerin koloni oluşturma kabiliyetlerinin anlamlı düzeyde azaldığı belirlendi. L929 hücrelerine göre, HT29 hücrelerinin koloni oluşturma kabiliyeti yaklaşık 2.2-kat, SK-MEL-30 hücrelerinin ise yaklaşık 5.3-kat azaldığı belirlendi. Tez çalışmamızın sonucunda, BODIPY-aracılı fotodinamik tedavi yönteminin ilaca dirençli SK-MEL-30 ve HT29 hücre hatlarında hücre içi ROS miktarının artışına bağlı olarak sitotoksisiteye ve apoptotik hücre ölümüne neden olduğunu belirledik. Bu bulgular ışığıda, selüloz asetat ile enkapsüle edilmiş BODIPY moleküllerinin melanoma ve kolorektal karsinoma'ya karşı etkili bir ajan olarak kullanılabileceğini ileri sürmekteyiz. Anahtar Kelimeler: Anti-kanser etkiler, Fotodinamik tedavi, Kolorektal karsinoma, Melanoma, Reaktif oksijen türevleri.