Virüsler

AntalyaGerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR)Kantitatif+3

Antalya ili marul üretim alanlarında mirafiori marul iri damar virüsünün belirlenmesi

Bu çalışma 2019-2021 yılları arasında Antalya ili marul üretim alanlarında mirafiori marul iri damar virüsü (mirafiori lettuce big vein virus: MiLBVV)'nün belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. Arazi çalışmalarında 240 marul örneği toplanmış ve bütün örnekler MiLBVV'ye spesifik antiserumlar kullanılarak double antibody sandwich enzyme linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) yöntemiyle testlenmiştir. Testlenen bitki örneklerinin 44 adedinin MiLBVV ile enfekteli olduğu tespit edilmiştir. Testlenen örneklerdeki hastalık oranı ise %18.33 olarak belirlenmiştir. DAS-ELISA'da pozitif çıkan 44 örnekten, absorbans değeri yüksek olan 29 adet bitki örneği total RNA izolasyonu ve reverse transcription polimerase chain reaction (RT-PCR) çalışmalarında kullanılmıştır. RT-PCR çalışmalarında, MiLBVV'ye spesifik primer çiftleri kullanılmış ve MiLBVV'nin 469 bp'lik kılıf protein gen bölgesi çoğaltılarak agaroz jelde UV altında görüntülenmiştir. Agaroz jel elektroforezde MiLBVV'ye özgü beklenen seviyede bant gözlemlenmiştir. Vektör fungus olan Olpidium spp.'nin oluşturduğu spor yapılarının belirlenmesi için marul bitkilerinin enfekteli kökleri trypan blue solüsyon çözeltisi ile boyanmış ve vektör fungusun sporları tespit edilmiştir. Bu çalışma ile Antalya ili marul üretim alanlarında MiLBVV'nin varlığı ilk kez ortaya konulmuştur.

Emine Erdaş

Isparta University of Applied Sciences · Lisansüstü Eğitim Enstitüsü

Isparta University of Applied Sciences · Lisansüstü Eğitim Enstitüsü

Isparta ili biber üretim alanlarında Patates Y virüsü'nün belirlenmesi

Bu çalışma, Isparta ili biber üretim alanlarında bulunan Patates Y virüsü (Potato Y Virus: PVY)'nün belirlenmesi amacıyla 2022-2023 yılları arasında yürütülmüştür. Tanılama çalışmalarında, mekanik inokulasyon, DAS-ELISA (Double Antibody Sandwich Enzyme Linked Immunosorbent Assay) ve RT-PCR (Reverse Transcriptase Polimerase Chain Reaction) yöntemleri kullanılmıştır. Arazi çalışmalarında 184 biber örneği toplanmış ve bütün örnekler PVY'ye spesific antiserumlar kullanılarak DAS-ELISA yöntemiyle testlenmiştir. Testlenen bitki örneklerinin 33 adedinin PVY ile enfekteli olduğu tespit edilmiştir. Testlenen örneklerdeki hastalık oranı ise %17.93 olarak belirlenmiştir. DAS-ELISA testinde PVY ile pozitif çıkan yaprak örnekleri mekanik inokulasyon, total RNA izolasyonu ve RT-PCR çalışmalarında kullanılmıştır. Hassas test bitkilerine mekanik inokulasyon sonucunda PVY için tipik belirtiler gözlemlenmiştir. RT-PCR çalışmalarında, PVY'ye özgün primer çiftleri kullanılmış ve PVY'nin 801 bp'lik kılıf protein gen bölgesi çoğaltılarak agaroz jelde UV altında görüntülenmiştir. Agaroz jel elektroforezde PVY'ye özgü beklenen seviyede bant gözlemlenmiştir. Bu çalışma ile, Isparta ili biber üretim alanlarında PVY'nin varlığı ilk kez ortaya konulmuştur.

BiberTeşhisVirüsler

Emre Yağcıoğlu

2025

Isparta University of Applied Sciences · Lisansüstü Eğitim Enstitüsü

Isparta ilinde yetiştirilen biberlerde biber hafif benek virüsü'nün (PMMoV) serolojik ve moleküler olarak tanılanması

Bu tez çalışması 2023-2024 yılları arasında vejetasyon döneminde Isparta ilindeki biber üretim arazilerinde biber hafif benek virüsü (pepper mild mottle virus: PMMoV)'nün belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. Simptomatolojik olarak PMMoV ile enfekteli olduğundan şüphelenilen 200 bitki örneği alınmıştır. İlk olarak bütün örnekler PMMoV'ne özgü antiserumlar kullanılarak DAS-ELISA (Double Antibody Sandwich Enzyme Linked Assay) yöntemiyle testlenmiştir. DAS-ELISA sonucunda 200 örneğin 19 adedinin PMMoV ile enfekteli olduğu bulunmuştur. DAS-ELISA yönteminde, pozitif çıkan 19 örnek IC-RT-PCR (Immunocapture reverse trankskripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu) çalışmalarında kullanılmıştır. PCR çalışmalarında, PMMoV'nün 836 bp'lik RdRp (RNA dependent RNA polimeraz) gen bölgesi çoğaltılarak agaroz jelde virüse özgü beklenen seviyede bant gözlemlenmiştir. Bu çalışma ile Isparta ilindeki biber üretim alanlarında PMMoV'nün varlığı serolojik ve moleküler olarak ilk kez tespit edilmiştir.

BiberVirüsler

Melek Selda Akgün

2025

FlavivirüslerKenelerPolimeraz zincirleme reaksiyonu+2

İstanbul ili ve çevresinde toplanan kenelerde nairo, flebo ve flavivirusların araştırılması

Bu çalışmada, İstanbul ili ve çevresinden toplanan örneklerde kene kaynaklı virüslerin taranması, kene kaynaklı hastalıkların epidemiyolojisinin belirlenmesi ve kene türlerinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Arbovirüsler içerisinde Bunyavirales takımında Nairoviridae, Peribunyaviridae ailelerinde ve Flaviridae ailesinde yer alan Nairovirüs, Flebovirüs ve Flavivirüs cinsleri, kenelerle bulaşma gösteren, aralarında Kırım-Kongo Kanamalı Ateşi (KKKAV), trombositopeni sendromlu yüksek ateş ve kene kaynaklı ensefalit virüsü gibi, tüm dünyada önemli sağlık sorunları oluşturmuş virüsleri içermektedir. Belirli bir bölgede vektör kaynaklı ya da patojen olmayan virüs aktivitesinin bilinmesi, hastalık riskinin değerlendirilebilmesi ve epidemiyolojik özelliklerin incelenebilmesi için, eklembacaklıların sürveyansı önem taşımaktadır. Bu çalışmada, ülkemizde nüfus yoğunluğu en fazla İstanbul ili ve çevresinden toplanan kene örneklerinde jenerik PZR yöntemleri ile nairo-, flebo- ve flavivirüsler araştırılmış, saptanan virüsler DNA dizi analizi ile tanımlanmış ve bulgular tartışılmıştır. Çalışma kapsamında 2013, 2014, 2015 ve 2018 yıllarında İstanbul, Kırklareli, Edirne ve Tekirdağ illerinden 37 lokasyondan bayraklama ve hayvan örneklemesi ile 7154 kene toplanmıştır. Morfolojik incelemeler, örnekler arasında en sık saptanan türün Ixodes sp. (%30,92) olduğunu göstermiş, bunu Hyalomma marginatum (%14,29), Hyalomma scupense (%13,45), Haemaphysalis parva (%9,40), Rhipicephalus turanicus (%8,17) ve diğerleri takip etmiştir. Toplanan örnekler; lokasyon, cinsiyet ve türe göre toplam 572 havuz olarak virüs taramasına alınmış, %0,7'sinde (4/572) nairovirüs ve %3,3'ünde (19/572) flebovirüs pozitifliği saptanmıştır. Ancak havuzlarda flavivirüs RNA'sı tespit edilememiştir. Bölgede KKKAV ve KKKAV-AP92 izolatı saptanmıştır. Bunun yanı sıra ülkemizden daha önce bildirilmiş olan yeni kene kaynaklı flebovirüslere dair veriler elde edilmiştir. Bu veriler kene kaynaklı flebovirüsler ile ilgili bölgeden yapılmış olan ilk bildirimdir. Anahtar kelimeler: Kene, Nairovirüs, Flebovirüs, Flavivirüs, PCR

Nergis Emanet

Hacettepe University · Sağlık Bilimleri Enstitüsü

2020

BiyolojiBiyoloji eğitimiDers programları+6

Ortaöğretimde virüs konusunun program, öğretmen ve öğrenci açısından incelenmesi

Gelişen teknoloji ve bilime paralel olarak bireylerin ihtiyaçlarının karşılanması ve toplumsal hedeflere ulaşılmasını amaçlayan eğitimin bunu gerçekleştirebilmesi nitelikli eğitim programlarıyla mümkün olabilecektir. Eğitimin etkili olabilmesi ve amaçlarının yüksek düzeyde gerçekleştirebilmesinin öğretmenler, öğrenciler ve mevcut öğretim programları arasındaki uyumla olabileceği düşünülmektedir. Bu araştırmada ortaöğretimde virüs konusunun öğretim programlarındaki yeri ve biyoloji öğretmenleri ile ortaöğretim öğrencileri açısından incelenmesi amaçlanmıştır. Bu bağlamda virüs konusunun yer aldığı ortaöğretim biyoloji ve sağlık bilgisi dersi öğretim programlarında yer alan virüs konusu sınıf düzeyi, içerik ve kazanımlar açısından değerlendirilmiştir. Programların uygulayıcıları olan biyoloji öğretmenlerinin ve farklı sınıf düzeylerinde biyoloji ve sağlık bilgisi öğretim programları ile öğrenim gören öğrencilerin virüsler konusundaki görüşleri ele alınarak virüs konusunun değerlendirilmesine ilişkin bilgi edinilmiştir. Araştırmada karma yöntem kullanılmıştır. Karma yöntem araştırmaları, sosyal bilimlerden özellikle eğitim bilimlerinde disiplinler arası araştırmaların gerçekleşmesi ile araştırılan olayın çeşitli yönlerini açığa kavuşturmaya yardımcı olmaktadır. Bu araştırmanın evrenini nicel yöntem için Ankara İlindeki merkez ilçelerdeki resmi Anadolu Liseleri'nin 9., 10., 11. ve 12. sınıf düzeylerinde öğrenime devam eden öğrenciler oluşturmaktadır. Nitel veriler için ise çalışma grubu oluşturulmuştur. Araştırma örneklemi, evrenden basit seçkisiz örnekleme (random) yöntemi ile seçilen okullardan elde edilmiştir. Bu bağlamda araştırmanın örneklemini Ankara ilinin merkez ilçelerindeki resmi Anadolu Liseleri'nin 9., 10., 11. ve 12. sınıf düzeylerinde öğrenime devam eden ve evreni temsil eden 670 öğrenci oluşturmaktadır. Nitel veriler için çalışma grubunu ise amaçlı örnekleme ile maksimum çeşitlilik yöntemine göre oluşturulan nicel veri toplamak amacıyla gidilen ortaöğretim kurumlarında görev yapmakta olan 26 biyoloji öğretmeni ve nicel veri uygulanan öğrencilerden 51 tanesi oluşturmaktadır. Araştırmada doküman olarak, virüs konusunun ortaöğretim programındaki yerinin incelendiği veri kaynakları olan Biyoloji ve Sağlık Bilgisi Öğretim Programları kullanılmaktadır. Nicel veri toplama aracı, araştırmacılar tarafından geliştirilmiş olan ''Virüslerle İlgili Görüşler Anketi''dir. Nitel veri toplama aracı olarak ise ''Virüsler Konusuna İlişkin Yarı Yapılandırılmış Görüşme Formu'' kullanılmıştır. Çalışmada elde edilen sonuçlara göre ortaöğretim biyoloji ve sağlık bilgisi dersi öğretim programlarında virüslere ilişkin kazanım sayısının ve ayrılan sürenin yetersiz olduğu, genelde virüsler konusunun dönem sonuna tekabül etmesinin konunun öğrenilmesinde dezavantajlı durumlar yarattığı ortaya çıkmaktadır. Öğrencilerin ve öğretmenlerin virüslerin öğrenilmesine ilişkin verdikleri önem ''günlük hayat ile konunun ilişkilendirilmesi'' bağlamında paralellik göstermektedir. Bunun yanı sıra öğrenciler daha çok öğretmenin alan yeterliliği sayesinde virüslerin etkili bir şekilde öğrenileceğini ileri sürse de, öğretmenler konuya ilişkin görsel materyaller ile konunun daha etkili öğrenilebileceğini düşünmektedirler.

Sema Takmaz

Hacettepe University · Eğitim Bilimleri Enstitüsü

Coğrafi bilgi sistemleriEkzantemlerHayvan hastalıkları+7

Türkiye'de ilk defa salgın oluşturan viral bir etkenin coğrafi bilgi sistemiyle mekânsal analizi: Sığırların nodüler ekzantemi (lumpy skin disease-LSD)

Sağlık araştırmalarında araştırılan sağlık olayının dağılımı, kümelenme gösterdiği bölgeler ile ilgili verileri toplama, kısa ve uzun vadede yapılacak müdahaleleri planlama açısından mekânsal analizler giderek artan bir önem taşımaktadır. Çalışmanın amacı, ilk defa Ağustos 2013 yılında Türkiye'de görülen ve endemik bir salgına dönüşen, deride nodül oluşumuyla karakterize, ihbarı mecburi Lumy Skin Disease (LSD)'nin 2013-2017 yılları arasında Türkiye'de oluşturduğu salgınları mekânsal olarak incelemek, kümelendikleri bölgeleri saptamak, yıllar içindeki dağılımlarını değerlendirmektir. Verilerin analizinde coğrafi bilgi sistemi yazılımı QGIS™ ve kümelenme analizleri için SaTScan™ kullanılmıştır. Kümelenmeler space-time permutation modeli (STPM) analiziyle tespit edilmiştir. Dünya Hayvan Sağlığı Örgütü (OIE) ve Tarım ve Orman Bakanlığı'ndan alınan 1552 LSD salgınına ait veriler kullanılmıştır. Beş yıllık sürece boyunca, 68 il, 340 ilçe ve 1289 köy/mahallede salgın görülmüştür. En çok salgın 2014 yılında (n=784), en az salgın ise 2017 (n=17) yılında; en çok vaka 2016 yılında (n=3258), en az vaka 2017 yılında (n=130) görülmüştür. En çok salgın tespit edilen il Sivas (n=164), en çok salgın tespit edilen ay Ağustos (n=249) ayıdır. Kümelenme analizlerinde vakaların yıllara göre farklı bölgelerde kümelendiği tespit edilmiştir. İstatiksel olarak anlamlı kümeler süt sığırı popülasyonunun yüksek olduğu, nemli, sıcak iklim görülen, Suriye, İran, Irak, Gürcistan gibi ülkelere yakın illerde tespit edilmiştir. Salgın haritalarında salgınların Asi, Kızılırmak, Murat ve Ceyhan nehirleri çevresinde yoğunlaştığı görülmüştür. Beş yıl boyunca toplam 4524 hayvan itlaf edilmiş, en çok itlaf 2016 yılında (n=2717) gerçekleşmiştir. En az salgın görülen 2017 yılından sonra 2018 yılında LSD salgınları tekrar (n=53) yükselişe geçmiştir. LSD ile mücadelede itlafın başarılı bir uygulama olduğu görülmüştür. Koyun-keçi çiçeği aşısının LSD'ye karşı sağladığı korumanın gözden geçirilmesinin değerli olacağı düşünülmüştür. Bu çalışma Türkiye'de görülen LSD salgınlarıyla kümelenme analizi yapılan yayımlanmış ilk çalışmadır.

Olcay Çağlar

Hacettepe University · Sağlık Bilimleri Enstitüsü

MortalitePrognozSolunum yolları enfeksiyonları+5

Alt solunum yolu enfeksiyonu tanılı hastaların klinik ve laboratuvar bulguları ile prognoz öngörülebilir mi?

Giriş: Alt solunum yolu enfeksiyonları; özellikle gelişmekte olan ülkelerde, 5 yaşın altındaki çocuklarda mortalitenin en önemli nedenlerinden biridir. Dünya Sağlık Örgütü'nün 2005 yılı raporuna göre de, alt solunum yolu enfeksiyonları 5 yaş altı çocuklarda en sık ölüm nedeni olmakla birlikte çocuk ölümlerinin %19' undan sorumludur. Hem gelişmiş hem de gelişmekte olan ülkelerdeki okul öncesi çocuklarda yapılan çalışmalar, solunum yolu enfeksiyonlarının çoğunun genel olarak viral etiyolojiye sahip olduğunu göstermektedir. Viral etkenlerden de en sık respiratuar sinsityal virüs görülmekte, onu human rinovirüs ve parainfluenza virüs izlemektedir. Son yıllarda moleküler tanı testlerinin gelişmesi kullanım sıklığının da artması ile birlikte, viral etkenlerin tespit edilmesi kolaylaşmıştır. Viral etkenlerin ve hastanın başvuru anındaki semptom ve fizik muayene bulgularının hastalık şiddeti ve kliniği üzerine etkisi daha iyi anlaşılırsa, hastaların klinik seyirlerinin de tahmin edilebileceği düşünülmektedir. Amaç: Çalışmamızın amacı; alt solunum yolu enfeksiyonu nedeniyle hastanede yatışı gereken, özellikle de ağır seyreden hasta grubunda saptanmış olan viral etken ile birlikte, hastanın başvuru anındaki klinik ve laboratuvar bulgularının birlikte değerlendirilerek, klinik seyirin ve prognozun nasıl gelişeceğini öngörebilmektir. Yöntem: Ocak 2014 – Aralık 2018 tarihleri arasında; Ege Üniversitesi Çocuk Hastanesi'nde alt solunum yolu enfeksiyonu (akut bronşiyolit ve pnömoni) tanısı ile yatırılmış, nazofaringeal sürüntü örneği alınarak solunum viral paneli gönderilen ve etken pozitif olarak saptanan, 5 yaş altı (yenidoğan dönemi hariç) hastalar retrospektif olarak incelendi. Hastaların demografik, klinik ve laboratuvar bilgilerine hastane bilgi sistemi ve sisteme kayıtlı hasta dosyası bilgilerinden ulaşıldı. Hastalardan alınmış olan nazofaringeal ve nazal sürüntü örnekleri Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuvarında, gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyon (RT-PCR) yöntemi ile, FTD Respiratory pathogens 21 ov kit (Fast Track Diagnosis, Lüksemburg) kullanılarak, RotorGene isimli cihazda çalışıldı. Çalışmaya dahil edilen olguların; yaş (ay olarak), cinsiyet, doğum haftası ve doğum kilosu, başvurduğu ay ve yıl, başvuru anında bakılan vücut sıcaklığı, oksijen saturasyonu değeri (% olarak), burun akıntısı, öksürük, hışıltı, solunum güçlüğü, morarma, interkostal çekilmelerinin olup olmadığı gibi klinik semptomları, kaçıncı alt solunum yolu enfeksiyonu atağı olduğu, eşlik eden kronik hastalığı olup olmadığı, hışıltılı infant olarak değerlendirilip değerlendirilmediği, ilk başvuru anında bakılan akut faz reaktanı değerleri (C-reaktif protein, prokalsitonin total lenfosit ve nötrofil sayısı), gönderilen örnekte PCR ile pozitif olarak saptanan viral etken ve/veya etkenlerin sayısı ile saptanan etkenler, hastaneye yatışından itibaren ilk 48 saat içinde gönderilen ve üreme saptanan bakteriyel kan, balgam, transtrakeal aspirasyon ve idrar kültürü sonuçları, hastanede yatış süresi, almış olduğu medikal tedaviler (inhaler, intravenöz steroid ve magnezyum sülfat, antibiyotik), aldığı solunum desteği (oksijen, HFNC, BİPAP, İMV, ECMO) ve tedavi sonucu (taburcu ya da exitus) değerlendirildi. Tüm bu klinik ve laboratuvar bilgilerin değerlendirilmesi ile, klinik seyirin ağırlığının öngörülebilmesi amaçlandı. Bu amaçla DSÖ'nün sınıflaması dikkate alınarak hastalar ağır, orta- ağır ve hafif klinik seyir olacak şekilde üç gruba ayırıldı. Ağır klinik gruba dahil edilme kriterleri; çocuk yoğun bakım ünitesine alınarak, invaziv ve non- invaziv mekanik ventilasyon desteği gereken hastalar ile, tedavi sonucu eksitus olan hastalar ağır grup olarak değerlendirildi. Orta- ağır grup için de başvuru oksijen saturasyonu %92'nin altında olup, oksijen ya da yüksek akımlı nazal oksijen (HFNC) desteği almış olan hastalar alındı. Bunların dışında kalan hastalar ise hafif grup olarak değerlendirildi. Bulgular: Ocak 2014 – Aralık 2018 ayları arasında EÜTF Çocuk Hastanesi'nde, 5 yaşın altında "Alt Solunum Yolu Enfeksiyonu" tanısı ile hastaneye yatırılan, etken saptamak amacıyla alınan nazofaringeal sürüntü örneğinde viral etken pozitif olarak saptanan ve dosya verilerine ulaşılabilen toplam 1242 hasta ile çalışıldı. Hastalarımızın 459'u (%37) kız, 783'ü (%63) erkek çocuktan oluşmaktaydı. Yaş ortalaması 13.9 (min:1- max:62) ay olarak hesaplandı. Yaş gruplarına ayırıldığında ise; 1-6 ay arası olan 535 hasta (%43.1), 7-12 ay arası 239 hasta (%19.2), 13-24 ay arası 256 hasta (%20.6), 25-36 ay arası 83 hasta (%6.7), 37-60 ay arası da 129 hasta (%10.4) olarak dağılımın olduğu görüldü. Çalışmaya dahil edilen 1242 hastadan; 746'sı (%60.1) hafif, 378'i (%30.4) orta-ağır, 118'i de (%9.5) ağır grup içerisinde olarak saptandı. Klinik ağırlık gruplarına göre hastaların ortalama yaşları karşılaştırıldığında; ağır grupta yaş ortalama 13 ay (min:1- max:53), orta – ağır grupta 8 ay (min:1- max:60), hafif grupta ise 8 ay (min:1- max:62) olarak görüldü. Hastaların hastaneye başvurularında bakılan oksijen saturasyonları (SpO2) da; ağır grupta %89 (min:60- max:100), orta- ağır grupta %90 (min:60- max:100), hafif grupta ise %97.5 (min:89- max:100) olarak saptandı ve ağır klinik seyir açısından istatistiksel olarak anlamlı olarak değerlendirildi. Başvuru anında eşlik eden kronik hastalığı bulunanlar 1242 hastanın 403'ünü (%32.4), komorbid hastalığı bulunmayanlar ise 839'unu (%67.6) oluşturmaktaydı. Komorbid hastalılar arasında da; kronik akciğer hastalıkları (KAH) 125 hastada (%10.1), konjenital kalp hastalıkları (KKH) 96 hastada (%7.7), nörometabolik hastalıklar 94 hastada (%7.6), immun yetmezlikler 73 hastada (%5.9) ve diğer grubu olarak belirlenenler (gastrointestinal sistem hastalıkları, genetik hastalıklar, renal yetmezlik) 158 hastada (%12.7) şeklinde dağılım göstermekteydi. Komorbid hastalığı olanlarda ASYE kliniğinin daha ağır seyredebileceği istatistiksel olarak da anlamlı olarak değerlendirildi. Hastaların daha önceki ASYE atak sayıları değerlendirildiğinde, tüm hasta grubu içinde %54.5'inde ilk atak olduğu görüldü. Ağırlık grupları arasında atak sayısı ile kıyaslama yapıldığında ise; artan atak sayısının ağır klinik seyir açısından hafif ve ağır grup arasında anlamlı şekilde ağır grupta daha fazla olduğu görüldü. Çalışmamızdaki izlem sonucunda eksitus olan toplam 11 hastanın da ağır klinik grup içerisinde seyretmiş ve ÇYBÜ'nde izlenmiş olduğu görüldü. Pozitif olarak saptanmış olan viral etkenlerin dağılımına bakıldığında ise; RSV (n:579, % 46.6), HRV (n:439, %35.3), FLU (n:116 %9.3), PIF(n:119 %9.6), HBoV (n:138, %11.1), HMpV (n:85 %6.8), enterovirüs (n:29 %2.3), coronavirüs (n:67 %5.4), adenovirüs (n:81 %6.5) ve toplamda 349 hastada da (% 28.1) birden fazla virüs birlikte (koenfeksiyon) olarak belirlendi. Ağır klinik seyir açısından riskin en fazla olduğu virüsler FLUB, HBoV ve adenovirüs olarak belirlendi. Laboratuvar değerlerine bakıldığında ise nötrofili ve lenfopeni ile; CRP ve prokalsitonin düzeylerinin ağır seyreden klinik gruba daha sık eşlik ettiği görüldü. Klinik ağırlık gruplarına göre değerlendirilen hastaların, servis ya da çocuk yoğun bakım ünitesi (ÇYBÜ) yatışları incelendiğinde ise; ağır grup olarak değerlendirilen 118 hastanın 13'ü (%11) serviste, 105'i ÇYBÜ'nde; orta- ağır grupta yer alan 378 hastanın 352'si (%93.1) serviste, 26'sı (%6.9) ÇYBÜ'nde; hafif grupta yer alan 746 hastanın da 740'ı (%99.2) servis, 6'sı (%0.8) da ÇYBÜ'nde yatırılarak izlenmişti. Gruplar arasında istatistiksel değerlendirme ile de anlamlı şekilde klinik ağır gidişte ÇYBÜ yatışı risk faktörü olarak yorumlandı. Sonuç: Çalışmamızda; Ocak 2014 – Aralık 2018 tarihleri arasında kliniğimizde ASYE tanısı ile yatırılan, 5 yaşın altındaki, alınan nazal sürüntü örneğinde PCR yöntemi ile viral etken pozitif saptanan hastalar, etken, klinik ve laboratuvar bulguları ile birlikte klinik seyir ağırlık gruplarına göre değerlendirildiğinde; yaş, saptanan virüs tipi, ateş, daha önce geçirilen ASYE, nötrofili, lenfopeni, başvuru anında SpO2 düşüklüğü, dispne ve takipne ve eşlik eden kronik hastalığın olması klinik olarak ağır seyir açısından anlamlı bulundu. Anahtar sözcükler: Alt solunum yolu enfeksiyonu, solunum virüsleri, mortalite

Deniz Güneş

Ege University

Tıpta Yan Dal UzmanlıkAçık ErişimTR

Yüksek riskli bebeklerde taburculuk sonrası respiratuvar sinsisyal virus pasif profilaksi önerilerine uyumun değerlendirilmesi

Bebeklik ve erken çocukluk döneminde alt solunum yolu enfeksiyonlarının önemli nedeni olan respiratuar sinsisyal virus (RSV) ülkemizin de bulunduğu kuzey yarıküredeki ılıman iklim kuşağında kış mevsiminde riskli gruplarda ölümle sonuçlanabilen ağır enfeksiyonlar yaratmakta ancak halen geliştirilmiş etkin bir aşı ile korunulamamaktadır. Ülkemizde iki yaşından küçük hastane yatışına yol açan alt solunum yolu enfeksiyonlarında RSV sıklığı %30-38 olarak saptanmaktadır. Palivizumab prematüre, prematüreliğe bağlı kronik akciğer hastalığı ve konjenital kalp hastalığı olan bebeklerde RSV enfeksiyonunun şiddetini hastaneye yatırma gereksinimi azaltmada etkili ve güvenilir bir monoklonal antikordur ve bu bebeklere RSV mevsiminde aylık intramusküler uygulamalar önerilir. Yüksek riskli bebeklerin uygun aralıklarla uygun dozda ve zamanda aldıkları palivizumab profilaksisi ile RSV enfeksiyonu ile karşılaştıklarında hastalığı daha hafif atlattığı ve yoğun bakım yatış gereksinimin azaltabileceği gösterilmiştir. Bu nedenle palivizumab profilaksi grubuna alınan bebeklerde profilaksi programına tam uyum önemlidir. Bu çalışmada Eylül 2013 Mart 2015 tarihleri arasında hastanemizde palivizumab profilaksi programına alınan olgular değerlendirildi. Çalışmaya katılım için ailelerinden bilgilendirilmiş onam alınan hastalar belli aralarla kontrola çağırıldı ve rutin kontrol ve gerekli takip ve aşılamaları yanında palivizumab profilaksileri yapıldı. Hastaların her kontrol önesi telefonla hatırlatmaları yapıldı. Çalışmaya alınan yüksek riskli bebeklerin profilaksi endikasyonu koyduran klinik tanılarına göre dağılımı prematüre bebekler % 20, prematüre ve bronkopulmoner displazili olan % 55,5 prematüre ve konjenital kalphastası olan % 7, siyonatik kalp hastalığı olan %14, asiyonotik kalp hastalığı olan % 3,5 idi. Planlanan dozların tamamını yaptırmak tam uyum olarak değerlendirildi. 200 hasta çalışmaya alındı çalışmaya alınan hastaların genel uyumu % 67.5 olarak diğer çalışmalardan daha yüksek bulundu. Profilaksi programına uyumun; gestasyonel yaş, profilaksi endikasyonu ve yenidoğan döneminde izlendiği merkez, aldığı solunum desteği gibi faktörlerden etkilenmediği görüldü. RSV Profilaksi programına alınan ailelerin broşür ve sözel olarak bilgilendirilmesi, bebeklerin uygulama zamanında sağlık kontrolü yapılması, telefonla randevunun hatırlatılması uyumun arttırılmasında önemlidir Çalışmamızda saptanan bu yüksek oranda bu faktörler önemli yer tutmaktadır.

Bebek-yenidoğmuşBebeklerProfilaksi+4

Fırat Ergin

Ege University

2017

Ankara University · Fen Bilimleri Enstitüsü

Ülkemiz kiraz üretim alanlarında görülen bazı virüs hastalıklarının araştırılması ve moleküler karakterizasyonu

Dünya'da kiraz (Prunus avium L.) yetiştiriciliğinde öncü olan ülkemiz kiraz ihracatında da söz sahibi ülkeler arasındadır. Bu tez kapsamında meyvecilik açısından oldukça önem taşıyan kiraz bitkilerinde enfeksiyonlara neden olan, meyvede kalite ve verim kaybına sebep olan viral etmenler araştırılmıştır. Bu bağlamda, 2019-2021 yılları arasında vejetasyon dönemleri boyunca başta Denizli ve Isparta olmak üzere Afyonkarahisar, Eskişehir, Bilecik, Tokat, Ankara ve Çankırı illerinden 116'sı kiraz, 13'ü vişne olmak üzere toplam 129 simptomatik ve asimptomatik bitki materyali toplanmıştır. Prune dwarf virus (PDV), Prunus necrotic ringspot virus (PNRSV), Little cherry virus-1 (LChV-1), Little cherry virus-2 (LChV-2), Cherry green ring mottle virus (CGRMV), Cherry necrotic rusty mottle virus (CNRMV) ve Cherry rusty mottle-associated virus (CRMaV) etmenlerinin varlığını tespit etmek amacıyla türe spesifik primerler kullanarak RT-PCR çalışmaları yapılmıştır. Moleküler test sonuçlarına göre LChV-1 15 örnekte, PDV 11 örnekte, CGRMV 3 örnekte ve PNRSV 1 örnekte tespit edilmiştir. Bu örneklerden 3'ünde ise PDV ve LChV-1'in karışık enfeksiyon yaptığı belirlenmiştir. Pozitif sonuç elde edilen tüm örneklerin PCR ürünleri dizileme çalışmaları için kullanılmıştır. Nükleotit dizisi çıkarılan örneklerin benzerlik kontrolleri BLAST analizleri ile yapılmıştır. Bu çalışmada PDV'nin RNA3 bölgesinden elde edilen diziler, yakın ilişkili genbank izolatı ile %99.62-91.54 oranlarında nükleotit homolojisi göstermişlerdir. Benzer şekilde, parçalı LChV-1 replikaz gen bölgesi ise yakın ilişkili genbank izolatlar ile %96.69- 87.97 oranlarında nt benzerliği göstermiştir. Bu çalışmadan elde edilen parçalı CGMRV CP gen bölgesi ise diğer izolatlar ile %91.64-96.22 oranlarında nt benzerliği göstermiştir. Son olarak bu çalışma kapsamında elde edilen tek bir PNRSV izolatının parçalı RNA 4 bölgesinin ilgili parçası KY883335 erişim numaralı Avustralya izolatı ile %99.67 oranında dizi özdeşliği göstermiştir. İzolatların ilgili gen bölgesi dizileri NCBI'ya yüklendikten sonra erişim numaraları alınmıştır. İzolatların moleküler karakterizasyonlarını yapmak amacıyla filogenetik analizler gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmadan elde edilen PNRSV izolatları Çin ve Kanada, CGRMV izolatları Amerika, PDV izolatları Türkiye, Polonya ve Kanada, LChV-1 izolatları ise Türkiye ve Avustralya varyantları ile kümelenmiştir.

KirazTürkiyeVirüsler

Sinem Erdoğan

2023

BiberBitki hastalıklarıMalatya+7

Malatya bölgesi önemli biber ekiliş alanlarında görülen virüs hastalıklarının belirlenmesi ve moleküler olarak tanılanması

Malatya ili Battalgazi ve Arapgir ilçelerinde yetiştirilen biber alanlarındaki Patates X virüsü (Potato virus X, PVX), Patates Y virüsü (Potato virus Y, PVY) ve Biber ılımlı benek virüs (Pepper mild mottle virus, PMMV)'lerinin saptanması ve moleküler teşhislerinin yapılması amacıyla 2016 ve 2017 yılllarında survey çalışmaları yürütülmüştür. Arazi çalışmalarında biberlerde virüs simptomlarına benzer kloroz, yaprak deformasyonu ve beneklenme gibi belirtiler gösteren ve göstermeyen toplam 140 biber örneğine internal kontrol primerleri kullanılarak RT-PCR testi uygulanmıştır. Yürütülen moleküler test çalışmaları sonucunda toplanan biber örneklerinde herhangi bir virüse rastlanılmamıştır. Çalışma kapsamında virüslerin moleküler yöntemler ile araştırılmasında pozitif kontrol olarak kullanılan iki PVY izolatının (PVY-1 ve 2) moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Bu izolatların genomunda sırası ile PVY-1 için 359 bp, PVY-2 için ise 398 bp uzunluğundaki nükleotid dizileri tespit edilmiştir. DNA baz dizileri ile amino asit dizileri belirlenen PVY izolatlarınınMK833915 ve MK833916 erişim numaraları ile Gen Bankasına kayıtları yapılmıştır. Gen Bankasında yürütülen nükleotid dizisi karşılaştırma çalışmalarında PVY-1 ve PVY-2 izolatlarının en çok PVYNTN ırkı ile benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir. Bilgisayar programı yardımı ile gerçekleştirilen filogenetik analiz çalışmaları sonucunda PVY-1 ve PVY-2 izolatlarının dünyadaki diğer izolatlar ile sırası ile %94 ve %95 oranında benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir.

Tahir Uğur

Malatya Turgut Özal University · Lisansüstü Eğitim Enstitüsü

BuzağılarNebovirusNörovirüs+5

Buzağılarda norovirus enfeksiyonunun virolojik olarak araştırılması

Amaç: Bovine Norovirus (BNoV) ve Bovine Nebovirus (BNeV), birlikte Bovine Enteric Calicivirus (BEC) olarak isimlendirilir. BEC'ler buzağılarda duodenum ve jejenum villöz epitel hücrelerini etkileyerek hemorajik olmayan enterit, diyare, iştahsızlık, anoreksi ve malabsorpsiyon gibi semptomlara sebep olur. Fekal-oral yolla bulaşan bu viruslar genellikle mix enfeksiyon şeklinde seyreder. Buzağı ishalleri gelişim geriliği, bu eksikliği kapatmak için kullanılan tamamlayacı yemler, ölüm ve ilerleyen dönemde düşük süt verimi gibi ciddi ekonomik kayıplara neden olur. Bu çalışmada, Aksaray ve Aydın illerinde bulunan ve ishal vakaları görülen sığırlarda (BNoV) ve BNeV enfeksiyonlarının moleküler virolojik olarak araştırılması amaçlanmıştır. Bunun yanı sıra hastalığın görülmesinde yaş, cinsiyet, ırk faktörlerinin etkileri araştırılmıştır. Gereç ve Yöntem: Aksaray ve Aydın illerinde sığır yetiştiriciliği yapan küçük aile işletmeleri ve entansif işletmelerdeki ishal klinik belirtisi olan buzağılar ve 1 yaş üstü sığırlardan toplam 103 adet dışkı örneği alındı. Aksaray ilindeki buzağılardan 71 örnek alınırken, Aydın ilinde ise ishal vakalarının gözlendiği bir organize süt sığırcılığı işletmesinden bir yaş altı ve bir yaş üstü sığırlardan 32 örnek alındı. Alınan örnekler, virusların RdRp bölgelerini hedef alan nested RT-PCR yöntemi ile test edildi. Pozitiflik tespit edilen örnekler arasından seçilen 8 örneğin PCR ürününün Sanger yöntemi ile kısmi RdRp bölgesinin dizi analizleri yapıldı. Bulgular: Nested RT-PCR yöntemi ile test edilen toplam 103 örneğin 26 tanesi (%26,2) BNoV yönünden, 2 tanesi (%1,9) BNeV yönünden pozitif bulundu. Aksaray ilinden toplanan 71 örnekten 3 tanesi (%4,3) BNoV yönünden, 2 tanesi (%2,9) BNeV yönünden pozitif tespit edildi. Aydın ilinden alınan 32 örneğin 23 adedinin (%71,8) BNoV yönünden pozitif olduğu saptandı. Aksaray ilinde tespit edilen BNoV ve BNeV pozitif örneklerin dizi analizi sonucu, sırasıyla BNoV GIII-genotip I ve BNeV Nebraska grubunda olduğu belirlendi. Aydın ilinde bulunan BNoV pozitif örneklerin ise GIII.2 grubunda olduğu belirlendi. İstatistik analizleri ile yaş, cinsiyet, ırk yönünden enfeksiyon oranları incelendiğinde, 6 aydan büyük hayvanlarda ve dişilerde BNoV enfeksiyon oranının arttığı, ırklar arasında ise anlamlı bir farklılık tespit edildi. Sonuç: Aksaray ve Aydın illerinde sırasıyla BNoV'nin GIII-1 ve GIII-2 genotipleri tespit edilmiştir. Ayrıca, çalışmada buzağıların bir enfeksiyonu olarak kabul edilen BNoV enfeksiyonu için, ırklar arasında duyarlılık farklarının olabileceği, dişilerde daha sık görülebileceği ve virus, konakçı ve çevre faktörlerine bağlı olarak her yaştaki hayvanlarda rastlanabileceği, gözlenmiştir. Çalışma ve literatür verileri, BNoV enfeksiyonlarının her geçen gün daha sık görüldüğünü ve büyükbaş hayvan yetiştiriciliği için önemli bir potansiyel tehlike olabileceği kanısını desteklemektedir. İshal vakalarında BEC enfeksiyonlarının göz ardı edilmemesi gerektiği ve bu enfeksiyonlara karşı önlemlerin alınması ve mücadele stratejilerinin geliştirilmesinin gerekli olduğu sonucuna varılmıştır. Bu virusların diğer enfeksiyöz ajanlarla birlikte bulunduğu durumlarda daha kolay yayılma ve daha şiddetli seyretme ihtimali olduğundan dolayı çiftliklerde bakım ve hijyen koşullarına dikkat edilmesi önerilebilir. Anahtar kelimeler: Bovine Norovirus, Buzağı, İshal, Nebovirus, RT-PCR.

Tevhide Aydın Dönmez

Aydın Adnan Menderes University · Sağlık Bilimleri Enstitüsü

2023

FitoplazmaHataySoya fasulyesi+3

Hatay ili yerfıstığı ve soya fasulyesi üretim alanlarında virüs hastalıklarının araştırılması

Bu çalışma, Hatay ilinin Antakya-Serinyol, Erzin, Kırıkhan, Kumlu ve Reyhanlı ilçelerinde yerfıstığı ve soya fasulyesinde sorun olan virüs ve fitoplazma hastalıklarının araştırılması amacıyla yürütülmüştür. Arazi çıkışlarında belirti gösteren toplam 173 adet bitkiden (94 yerfıstığı ve 65 soya fasulyesi, 14 yabancı ot) örnekleme yapılmış ve DAS-ELISA yöntemi ile testlenmiştir. Yerfıstığı alanlarından toplanan örnekler, alfalfa mosaic virus (AMV), cucumber mosaic virus (CMV), groundnut ringspot virus (GRSV), peanut stunt virus (PSV), tomato spotted wild virus (TSWV), tomato yellow fruit ring virus (TYFRV) için; soya fasulyesi alanlarından toplanan örnekler ise, alfalfa mosaic virüs (AMV), cucumber mosaic virus (CMV), soybean mosaic virus (SMV), tobacco mosaic tobamovirus (TMV), tobaccco ringspot virus (TRSV) ve potato Y virus (PVY) için serolojik yöntem (DAS-ELISA) ile testlenmiştir. Yerfıstığı için yapılan ELISA sonucunda 5 örnek CMV, 6 örnek TSWV enfeksiyonu yönünden pozitif sonuç vermiştir. Soya için yapılan ELISA sonuçlarında ise 2 örnek AMV, 2 örnek CMV, 4 örnek SMV, 3 örnek TRSV için ve 2 örnek PVY için pozitif sonuç vermiştir. Fitoplazma enfeksiyonundan şüphelenilen örnekler moleküler yöntemler (nested-PCR: nPCR) ile incelenmiş ve 13 adet örnek (4 örnek yerfıstığı, 8 örnek soya fasulyesi, 1 yabancı ot türü Chenopodium album) pozitif bulunmuştur. Hatay ili soya fasulyesi üretim alanlarında Chenopodium album türünde PVY ve fitoplazma enfeksiyonu ilk kez belirlenmiştir. Potansiyel vektörlerin belirlenmesi amacı ile atrap ve vakumlu böcek toplama aleti (D-VAC) ile yerfıstığı alanlarından böcek örnekleri toplanmıştır. Cicadellidae örneklerinde Empoasca türlerinin en yoğun olduğu belirlenmiştir. Böcek örnekleri her örnekte 5 ergin birey olacak şekilde hazırlanmış ve nPCR ile analiz edilmiştir. Kırıkhan yerfıstığı alanlarından toplanan Empoasca spp. örnekleri 5/10 oranında fitoplazma yönünden pozitif bulunmuştur. Hatay'da yerfıstığı alanlarında Empoasca türlerinin fitoplazma hastalıklarının taşınmasında potansiyel vektör olabileceği ilk kez saptanmıştır.

Dilan Çen

Hatay Mustafa Kemal University · Fen Bilimleri Enstitüsü

Polimeraz zincirleme reaksiyonuRetrospektif çalışmalarSolunum yolları enfeksiyonları+4

Çocukluk çağında üst solunum yolu enfeksiyonu etkeni virüslerin retrospektif olarak araştırılması

Solunum yolu enfeksiyonları çocukluk çağında sık görülmekte, bazı hastalarda pnömoni ve hastaneye yatışa neden olmaktadır. Bu çalışmada çocukluk dönemi üst solunum yolu enfeksiyonu etkeni virüslerin toplum sağlığı açısından önemini ve sıklığını belirlemek, mevsimsel, yıllık ve pandemi dönemine bağlı seyrini ortaya koymak amaçlandı. Çalışmada Ekim 2018 ile Eylül 2021 tarihleri arasında Bursa Uludağ Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları kliniklerinde üst solunum yolu enfeksiyonu bulguları nedeniyle nazofaringeal sürüntü alınmış olan hastaların verileri retrospektif olarak incelendi. Çalışmada multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile adenovirüs, bokavirüs, koronavirüsler (CoV 229E, HKU1, NL63, OC43), influenza (A, A H1, H1N1, B), parainfluenza (1,2 3,4) respiratuvar sinsityal virüs (RSV A/B), rino/enterovirus (RV/EV), metapnömovirüs varlığı araştırıldı. Çalışmada 1269 hastadan 889 viral etken saptandı. Örneklerin 579'unda bir, 143'ünde birden fazla virüs tespit edildi. En sık rastlanan virüsler sırasıyla RV/EV, RSV A/B, koronavirüsler, influenza, ve parainfluenza virüslerdi. RSV nin en sık 1 yaş altında, influenza virüslerin ise 1 yaş üstünde görüldüğü belirlendi. Her yaş grubunda en sık saptanan viral etken RV/EV idi. Aylara göre istek sayısı ve pozitif örnek sayısının en çok Ocak ayında olduğu gözlendi. Pandemi döneminde istek sayısı ve pozitiflik oranı azaldı. Pandemi döneminde koronavirüs, influenza, parainfluenza ve RSV sıklığında belirgin bir azalma saptanırken, RV/EV sıklığının arttığı gözlendi. Çocukluk çağında hastaneye yatışın önemli sebeplerinden olan solunum yolu viral enfeksiyonlarının sıklığı aylara ve mevsimlere göre değişmekte ve en sık kış döneminde görülmektedir. Pandemi döneminde RV/EV dışında diğer solunum yolu virüslerinin sıklığı azalmıştır. Viral solunum yolu enfeksiyonlarının tanı ve tedavisi için hızlı sonuçlanan tanı kitlerine gereksinim vardır. Anahtar kelimeler: Solunum yolu enfeksiyonları, virüsler, multipleks PZR, pediatri

Mehmet Tekinsoy

Bursa Uludağ Üni̇versi̇ty

AdenovirüslerAstrovirüslerEnterovirüsler+7

Akut gastroenteritli çocuklarda sekiz farklı viral etkenin araştırılması

Giriş ve Amaç: Viral gastroenteritler, çocukluk çağında görülen gastroenteritlerin en sık nedenidir. Bu çalışmada, bölgemizde 1 ay - 17 yaş grubu ishalli çocuklarda Astrovirus, Rotavirus, Adenovirus, Enterovirus, Norovirus, Parechovirus, Aichivirus ve Sapovirus enfeksiyonlarının prevalansının saptanması amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya, akut gastroenterit tanısı alan, 1 ay ? 17 yaş grubu çocuklar alındı. İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı?nın çocuk acil birimi ile çocuk polikliniklerine Ocak 2012 ? Ocak 2013 tarihleri arasında, ishal yakınması ile başvuran 240 çocuktan alınan dışkı örnekleri, PCR yöntemi ile Astrovirus, Rotavirus, Adenovirus, Enterovirus, Norovirus, Parechovirus, Aichivirus ve Sapovirus yönünden incelendi. Bulgular: Numuneler çalışıldığında 131 (%54,58) hastada viral etken tespit edildi. Etken pozitif hastaların 56?sında (%42,75) Norovirus, 44?ünde (%33,59) Rotavirus, 29?unda (%22,14) Enterovirus, 21?inde (%16,03) Adenovirus, 21?inde (%16,03) Parechovirus, beşinde (%3,82) Sapovirus ve birinde (%0,76) de Aichivirus izole edildi. Astrovirus hastaların hiç birinden izole edilmedi. Hastaların %38,75?inde tek viral etken,%15,83?ünde çoklu viral etken saptandı. Çoklu viral etken varlığı olan hastalarda yatış yüksek gözlenmiştir. Hastaların yaşlara göre dağılımında Rotavirus, Adenovirus, Norovirus, Parechovirus en sık 7-24 ay arası, Enterovirus 7-24 ay ve 24 ay üstü eşit oranda, sapovirus 0-6 ay ile 7-24 ay arası eşit oranda görülmüştür. Hastaların mevsimsel dağılımında Rotavirus enfeksiyon oranı en yüksek aralık-ocak ayında ve kış mevsiminde, Norovirus en yüksek temmuz-haziran ayında ve yaz mevsiminde, Enterovirus en yüksek temmuz ayında, Sapovirus en yüksek eylül ekim ayında sonbaharda tespit edilmiştir. Parechovirus temmuz ve aralık ayları arasında tespit edilmişken diğer aylarda görülmemiştir. Aichivirus temmuz ayında bir hastada görülmüştür. Adenovirus enfeksiyonlarında mevsimsel dağılımda bir fark görülmemiştir. Sonuç: Çalışmamız, bölgemizdeki çocuk gastroenteritlerinde viral etkenlerin olguların yarısının çoğundan sorumlu olduğu, Norovirus ve Rotavirus?ün oldukça sık rastlanan etkenler olduğunu belirlemiştir. Anahtar sözcükler: Astrovirus, Rotavirus, Adenovirus, Enterovirus, Norovirus, Parechovirus, Aichivirus, Sapovirus, Gastroenterit, PCR.

Derya Bozkurt

İnönü University

2013

MutasyonPandemilerPolimeraz zincirleme reaksiyonu+3

Influenza A 2009 (N1N1) virüsünde h275y mutasyonunun real-time RT PCR yöntemi ile araştırılması

Influenza virüsleri, solunum yolu hastalıklarının sebep olduğu morbidite ve mortalitenin başlıca etkenidir. Tarih boyunca birçok Influenza epidemisi ve pandemisi görülmüştür. 21. yuzyılın ilk pandemisi olan 2009 pandemisinde etken, Influenza A 2009 (H1N1) virüsüdür. Yapılan araştırmalar 2009 pandemisine neden olan etkenin H1N1 virüsünün yeni bir suşu olduğunu göstermiştir. Yeni virüs, dört farklı kaynaktan genetik materyal alarak meydana gelmiştir. Influenza A 2009 (H1N1) tedavisinde Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) bir nöraminidaz inhibitörü olan oseltamivir kullanılmasını önermektedir. Pandemi döneminde dünya genelinde oseltamivir dirençli vakaların bildirilmeye başlanmasıyla DSÖ, oseltamivir direnç durumunun dikkatli bir şekilde izlenmesini tavsiye etmiştir. Oseltamivir direncine, nöraminidaz gen bölgesinde meydana gelen H275Y mutasyonu neden olmaktadır. Bu tez çalışmasında Yeditepe Üniversitesi Hastanesi'ne başvuran hastaların Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen klinik örneklerinden pandemik Influenza A 2009 (H1N1) olduğu saptanan 131suş oseltamivir duyarlılığı ve direnci açısından MGB tagman propları kullanılarak, hızlı ve duyarlılığı yüksek bir teknik olması nedeniyle Real-Time Revers Transkriptaz PCR yöntemi ile incelenmiştir. Çalışma sonucunda 58 suş oseltamivir direnci açısından duyarlı saptanırken 73 suş'tan düşük RNA kalitesi nedeni ile sonuç alınamamıştır. Aktif antiviral direnç gözlemi yeni tedavi yöntemlerinin ve sürveyans ağlarının oluşturulması açısından önem taşımaktadır. Anahtar kelimeler: Influenza A 2009 (H1N1), pandemi, , H275Y mutasyonu, sürveyans

Burcu Öksüz

Yeditepe University · Sağlık Bilimleri Enstitüsü

2017

DoktoraAçık ErişimTR

Klinik ve nekropsi örneklerinde sığır solunum sistemi viruslarının moleküler teşhisi

Bu tez çalışmasında Bursa ve komşu illerde bulunan sığırlarda solunum sistemi enfeksiyonlarına neden olan önemli viral patojenlerden bovine respiratorik sinsityal virus (BRSV), bovine parainfluenza virus-3 (BPIV-3), bovine viral diarrhea virus (BVDV) ve bovine herpesvirus-1 (BoHV-1) etkenlerinin konvansiyonel virolojik yöntemler ve moleküler yöntemler aracılığıyla tespit edilmesi, genetik karakterizasyonunun yapılması ve saha izolatlarının elde edilmesi hedeflenmiştir. Bu amaçla solunum sistemi bulguları gösteren sığırlarda 133 nazal svab ve 60 akciğer doku örneği olmak üzere toplam 193 örnek değerlendirildi. Tüm örnekler MDBK hücre hattında virus izolasyonuna tâbi tutuldu. Ayrıca örneklere BRSV varlığını tespit etmek için nested RT-PCR; BPIV-3 için hemadsorbsiyon testi ve RT-PCR; BVDV için immunoperoksidaz testi, antijen-ELISA ve RT-PCR; BoHV-1 için antijen-ELISA ve PCR yöntemleri uygulandı. Virus izolasyonu çalışmalarında 1 BPIV-3 (ET-81) ve 2 non-sitopatojen BVDV saha izolatı (DO-48 ve ET-94) elde edildi. Antijen-ELISA testleri sonucunda 10 örnek BVDV antijen pozitif olarak saptanırken; BoHV-1 antijeni tespit edilemedi. RT-PCR ve PCR aracılığıyla hayvanların %6,74'ünde (13/193) solunum sistemi enfeksiyonu saptanırken, BRSV, BPIV-3, BVDV ve BoHV-1 prevalansı sırasıyla %2,59 (5/193); %0,52 (1/193); %2,59 (5/193) ve %1,04 (2/193) olarak tespit edildi. Elde edilen PCR ürünlerinin dizi analizleri ve sonrasında filogenetik analizleri yapıldı. Bunun sonucunda DO-7, ET-63 ve ET-124 kodlu dizinlerin BRSV'nin F gen bölgesine göre birbirleriyle yakın ilişkili olduğu; ET-81 kodlu dizinin HN proteini gen bölgesine göre BPIV-3c genotipinde; DO-48, ET-64 ve ET-94 kodlu dizinlerin 5'UTR gen bölgesine göre sırasıyla BVDV-1f, BVDV-1a ve BVDV-1l alt gruplarında; ET-121 kodlu dizinin ise gC gen gölgesine göre BoHV-1.1 alt grubunda yer aldığı belirlendi. Örneklerde çoklu enfeksiyon tespit edilemedi.

Bovin diyare virüsüHerpesvirüs 1-sığırParainfluenza virüs 3-insan+7

Eda Baldan Toker

Bursa Uludağ Üni̇versi̇ty · Sağlık Bilimleri Enstitüsü

DNA-yönlendirilmiş RNA polimerazlarPolimeraz zincirleme reaksiyonuSolunum yolları enfeksiyonları+4

Beş yaş altı çocuklarda alt solunum yolu enfeksiyonlarına neden olan viral etkenlerin araştırılması

Amaç: Alt solunum yolu enfeksiyonları (ASYE) tüm dünyada çocuklarda mortalite nedenleri arasında önemli yer tutmaktadır. Çalışmamızda akut ASYE tanısıyla izlenen beş yaş altındaki çocuklarda viral etkenlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntemler: Bezmialem Vakıf Üniversitesi çocuk acil servisinde 1 Mart 2015-31 Ocak 2016 tarihleri arasında ASYE tanısı alan 1 ay-5 yaş arası çocuklardan nazofarengeal sürüntü örnekleri alınmıştır. Altta yatan kronik hastalığı olan olgular çalışma dışı bırakılmıştır. Alınan örneklerde gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle etken varlığı araştırılmıştır. Etken tespit edilen olguların yaş gruplarına ve mevsimlere göre dağılımı incelenmiştir. Klinik ve labaratuvar bulguları ile etken ilişkisi araştırılmıştır. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 95 hastanın 51 (%53,7)' i erkek, 44 ( %46,3) 'ü kız olup yaş ortalaması 26,3 aydır. Olguların %45'inin başvuru öncesi antibiyotik kullandığı öğrenilmiştir. Öksürük (%100) ve hırıltı (%70) en sık başvuru yakınmalarıdır. Ortalama lökosit sayısı 11,600/mm3, CRP 2.84 mg/dl bulunmuştur. Akciğer grafisinde en sık havalanma fazlalığı ve interstisyel infltrasyon (%33 ve %27) saptanmıştır. Virüs varlığı 51 olguda (%53,6) gösterilmiştir. En sık saptanan virüsler, rinovirüs (%22), insan bocavirüs (HBoV) (%21) ve respiratuvar sinsiyal virüs (RSV) (%19)'tür. İlk 1 yaşta en sık HBoV (%26) tespit edilirken 13-60 aylık çocuklarda rinovirüs (%26.4) başta gelmektedir. Çoklu viral etken birlikteliği 10 hastada saptanmış olup en sık HBoV ile gözlenmiştir. Respiratuvar sinsisyal virüs daha çok kış aylarında görülürken HBoV'un yıl boyu sürdüğü gözlenmiştir.Hastaların klinik ve laboratuar bulguları ile ajanlar arasında anlamlı ilişki saptanamamıştır Sonuçlar: Virüsler ASYE'de en sık bulunan etkenlerdir. Yaş grupları ve mevsimlere göre etkenler değişiklik göstermektedir. Klinik ve laboratuvar bulguları viral ve viral-bakteriyel birlikteliklerin ayırımında yeterli değildir. Anahtar Kelimeler; alt solunum yolu enfeksiyonu, polimeraz zincir reaksiyonu, viral enfeksiyon

İbrahim Türk

Bezmialem Vakıf University

2016

GlikoproteinlerHemorajik ateş-KırımMayalar+3

Kırım kongo kanamalı ateş virüsü kelkit suşu gc glikoproteininin ökaryotik ekspresyon sisteminde üretilmesi

Kırım Kongo Kanamalı Ateş Virüsü (KKKAV) keneler aracılığı ile taşınan bir virüs olup Afrika, Asya, Doğu Avrupa ve Orta Doğu'da etkili olan mortalite oranı %30'lara ulaşabilen bir kanamalı ateş etkenidir. KKKAV, Bunyaviridae ailesinin Nairovirüs cinsine ait olan zarflı, tek sarmallı, negatif polariteli bir RNA virüsüdür. Kene ile taşınan virüsler arasında en geniş coğrafi yayılıma sahip olması ve Dengue virüsten sonra medikal anlamda en önemli ikinci arbovirüs olması sebebi ile dikkat çekmektedir. Bunyaviridae ailesinin diğer üyelerinde olduğu gibi KKKAV'de üç adet yapısal protein barındırmaktadır. Üç segmentli bu virüsün small (S) segmentinden nükleoprotein, large (L) segmentinden RNA-bağımlı-RNA polimeraz, medium (M) segmentinden ise Gn ve Gc olmak üzere iki adet yapısal glikoprotein kodlanmaktadır. M segment open reading frame (ORF)' inden 1684 aminoasit uzunluğunda bir poliprotein üretilir. Ardından SKI-1 ve SKI-1 like proteaz ile Pre-Gn ve Pre-Gc ve posttranslasyonel kesimler sonucunda 37 kDa boyutunda Gn ve 75 kDA boyutunda Gc glikoproteinleri oluşmaktadır. Hücre yüzey reseptörleri ile etkileşime geçmeleri, virüsün konak hücreye girişini sağlamaları ve nötralizan antikorlar için hedef olmaları sebebi ile viral glikoproteinler virüslerin yaşam döngüsünde önemlidir. KKKAV'de nükleokapsit proteininin immunolojik özellikleriyle ilgili çalışmalar literatürde nispeten bulunmasına rağmen, bu virüsün glikoproteinleri Gn ve Gc'ye yönelik çalışmalar yeni yeni ortaya konmaya başlanmıştır. Bu çalışmada KKKAV glikopretini Gc'ye karşı humoral immün yanıtın araştırılması için fonksiyonel bir rekombinant protein üretmek hedeflenmiştir. Bu amaçla Pichia pastoris'te üretilip saflaştırılan Kelkit suşuna özgü Gc'nin otantik antijeniteye sahip olduğu, KKKAV infeksiyonu geçirmiş insan serumlarıyla yapılan Western blot ve EIA testleriyle gösterilmiştir. Gc'nin antijenitesi tavşan ile yapılan deneylerle de gösterilmiştir. Çalışmamızın sonuçları P. pastoris'in KKKAV glikoproteini Gc'yi üretmek için uygun bir model organizma olduğunu göstermiştir. Ayrıca KKKAV glikoproteini Gc'ye özgü antikorların KKKAV infeksiyonu geçirmiş hasta serumlarında ve inaktif virüs ile infekte tavşan serumu içerisinde bulunduğu tespit edilmiştir. P. pastoris'te rekombinant olarak üretilen Gc ile diyagnostik ve bağışıklama alanlarında daha ileri düzey işlevsel çalışmalar gerekmektedir. Anahtar Kelimeler: Kırım Kongo Kanamalı Ateş Virüsü; glikoprotein; maya; Pichia pastoris

Filiz Güney

Bezmialem Vakıf University · Sağlık Bilimleri Enstitüsü

AntibiyotiklerBakterilerDiyare+3

Erişkin akut gastroenterit olgularında etiyolojik ajanların belirlenmesi

ÖZET Akut gastroenteritler bütün dünyada her yaştan insanda görülebilen ve kişilerin günlük yaşamını en çok etkileyen hastalık grubudur. İshalli hastalıklar, dünyadaki bütün ölüm nedenleri arasında kardiyovasküler hastalıkların arkasından ikinci sırada yer alırlar. Olası gastroenterit etkenlerinin bilinmesi, tanıya yönelik araştırmalarda kolaylık, doğru tanı ve etkin tedavi firsatı sağlayacak, ayrıca antimikrobiyal tedavi gereken durumlarda antibiyotik seçimi için yol gösterecektir. Akut gastroenteritlerde etiyolojik ajanların belirlenmesi amacıyla, ishal şikayetiyle başvuran 110 hastanın dışkı örneklerinde bakteriyolojik, parazitolojik ve virolojik incelemeler yapılmıştır. Son 10 gün içinde antibiyotik kullanımı öyküsü olan hastaların dışkılarında Clostridium difficile Toksin A araştırılmıştır. Hastaların %44,5'unda akut gastroenterit etkeni olarak en az bir patojen belirlenmiş, %55,5'inde ise etken belirlenememiştir. Hastaların ll'inde amebiyazis (%10,0), ll'inde şigellozis (%10,0), ll'inde rotavirus enfeksiyonu (%10,0), 5'inde giyardiyazis (%4,5), 3'ünde saknonellozis (%2,7) saptanmıştır. 6 farklı hastanın her birinde Enteropatojenik Escherichia colfye (%0,9), Clostridium difficile'ye (%0,9) ve Blastocystis hominis's bağlı ishal (%0,9), şigellozis+amebiyazis (%0,9), amebiyazis+giyardiyazis (%0,9), Candida+Rotayrrüs enfeksiyonu (%0,9) belirlenmiştir. Olguların % 2,7'sinde (a3) mikst enfeksiyon bulunmuştur. Etkenlerin sıklığı ve patojenler içindeki oram her mikroorganizma için ayrı ayrı değerlendirildiğinde, en sık saptanan patojen Entamoeba histolytica'da (a 13, %26). Bunu Shigella türleri (al2, %24) ve rotavirüsler (ali, %22) izlemektedir. Salmonella türlerinde direnç saptanmamış olmakla birlikte, Shigella izolatlannın %83,3'ünde (n:10) en az bir antibiyotiğe direnç saptanmıştır. Bu dirençli izolatlann tamamında (n:10,%83,3) trimetoprim- sulfametoksazol direnci, daha az oranda ampisilin direnci (n:5, %33,4) dikkat çekmektedir. Bölgemizdeki ishallerin etiyolojisinde, protozoonlar ve bakteriyel etkenlerle birlikte rotavirüsler de önemli yer tutmaktadır. Anahtar Sözcükler: Gastroenterit, ishal, etiyoloji.

A. Seza İnal

Çukurova University

2000

Bitki korumaDatura stramoniumDomates+4

Domateslerde zararlı domates sarı yaprak kıvırcıklık virüsünün (DSYKV) yabancı ot konukçularının saptanması

Domates tarımı yapılan birçok ülkede yaygın olarak görülen ve domatese önemli oranda zarar veren DSVKV, beyaz sinek tarafından taşınmaktadır. Bölgemizde de büyük sorun oluşturan bu virüs, örtü altı ve açık alanda yapılan domates tarımım tehdit edecek boyutlara erişmiştir. Zaraın bu şekilde artış göstermesinde virüse konukçuluk eden yabancı otların payı büyüktür. Bu çalışma virüsün doğal inokulum kaynaklarını oluşturan yabancı otların saptanması için yapılmıştır. Bu amaçla özellikle domates yetiştirilen yerlerin yakın çevresinde bulunan yabancı otlar toplanmış ve test edilmek üzere laboratuvara getirilmiştir. Testleme çalışmaları bitkilerde meydana gelen simptomların gözlenmesi ve virüsün bir bitkiden diğer bir bitkiye taşınmasında vektör beyaz sinek Semisîa tstmci Gerin, kullanılmıştır. Ü8tı,*rs strsmom'umL., Sofmum m'gnmL. ve Urtics ttrensV. DSVKV nün yabancı ot konukçulan olduğu saptanmıştır. Bu yabancı otlardan üriw& urmsL! in DSVKV ne konukçuluk ettiği bu çalışma sonucunda blırlenmiştir. Kültürel önlemlerin virüs hastalıkları mücadelesinde önemli bir yeri vardır. Bu bakımdan patojenin konukçulanmn bilinmesi ve buna göre alınacak önlemler, kuşkusuz bazı hastalıklara daha başlangıç aşamasında müdahale imkanı sağlayacak, etmenin yayılması da bu şekilde önlenebilecektir.

Alaattin Yeşiloğlu

Çukurova University · Fen Bilimleri Enstitüsü

1993

Hasan Alı Mohammed Al-chaabawı

Iraklı kadın meme karsinomu hastalarında fare meme tümörü benzeri (MMTV-benzeri) virüsün moleküler tespiti

ÖZET Yüksek Lisans Tezi IRAKLI KADIN MEME KARSİNOMU HASTALARINDA FARE MEME TÜMÖRÜ BENZERİ (MMTV-BENZERİ) VİRÜSÜN MOLEKÜLER TESPİTİ Hasan Ali Mohammed AL-CHAABAWI Çankırı Karatekin Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı Danışman : Dr. Öğr. Üyesi Müge FIRAT / Türkiye Eş Danışman : Prof. Dr. Mohammed E. MANSUR / Irak Fare meme tümörü virüsünün (MMTV) 74 yıldan uzun bir süre önce anne sütü yoluyla bulaşarak, tarla ve deney farelerinin %95'inde meme tümörlerine neden olduğu keşfedilmiştir. MMTV'nin keşfinden bu yana, insanlarda da meme kanserine sebep olan benzer virüslerin nedenler bulmak için pek çok araştırma başlamıştır ve insan meme tümörü virüsü (HMTV) keşfedilmiştir. HMTV, MMTV-benzeri virüs olarak da anılmaktadır. İnsan meme kanseri çalışması için bir hayvan modeli olarak kabul edilen MMTV-benzeri virüs, anneden kızına süt emme yoluyla bulaşabilmektedir. Bu tez çalışmasında; Iraklı kadın meme kanseri hastalarından alınmış olan doku biyopsilerinde, moleküler yöntemler kullanılarak fare meme tümörü-benzeri virüsü env geni varlığı ve meme kanseri ile ilişkisi araştırılmıştır. Elde edilen pozitif sonuçlar, benzer çalışmaların yapıldığı ve raporlandığı diğer bazı ülkelerin sonuçları ile karşılaştırılmıştır. 2021, 44 sayfa ANAHTAR KELİMELER: Meme kanseri, MMTV-benzeri virüs, PZR, Irak.

Meme kanseriVirüsler

Çankırı Karatekin Üniversitesi · Fen Bilimleri Enstitüsü

2020

EnfeksiyonlarHepatit AMoleküler analiz+1

Dikar valiliği'nde hepatit A virüs enfeksiyonlarının moleküler epidemiyolojik çalışması

Bu çalışma, toplumdaki sağlıklı insanlar arasında hepatit A virüsü tip A'ya karşı spesifik IgG antikorlarının ve akut hepatitli hastalarda anti-HAV IgM antikorlarının prevalansını araştırmanın yanı sıra yaş ve cinsiyet, barınma, içme suyu kaynağı ve tarla hayvanları ile temas gibi bazı faktörlerin spesifik IgM, IgG antikorların prevalansına etkisini araştırmak amacıyla Dhi Qar'daki halk sağlığı laboratuvarında yapılmıştır. Çalışma ayrıca, bu virüs için depolama konakçısı olabilecek bazı çiftlik hayvanlarının rolünü ortaya çıkarma amacıyla bu hayvanların serumlarında spesifik anti-HAV IgG antikorlarını araştırmayı amaçlamıştır. Çalışmaya iki grup dahil edilmiştir; birinci grup, yaş ortalaması 14,46±22,81 olan 142 görünüşte sağlıklı denekten (68 erkek ve 74 kadın) oluşurken ikinci grup yaş ortalaması 13,37±18,87 olan akut hepatitten muzdarip 190 hastanın (122 erkek ve 68 kadın) yanı sıra 81 farklı çiftlik hayvanını (koyun, keçi ve inek) içermektedir. Hepatit C, B ve A virüslerine karşı spesifik antikorları saptamak için ELISA teknikleri kullanılmıştır. Karaciğer fonksiyon testlerinde total bilirubin testi, direkt ve indirekt bilirubin testi ve serum alanin aminotransferaz testi olan standart biyoenzimatik yöntemler kullanılmıştır. Çalışmanın sonuçlarına göre, hepatit A virüsüne karşı spesifik IgG antikorlarının prevalansının %73,2 olarak bulunmuştur. Akut hepatit grubundaki deneklerin 48'i (%25,3) hepatit A virüsüne özgü antikorlar, 17'si (%8,9) hepatit B yüzey antijeni ve 15'i (%7,9) hepatit B antikoru için pozitif sonuç göstermiştir. Hepatit C virüsünün (C) özgüllüğü, 110 (%57,9) hastada herhangi bir virolojik parametre ile pozitif sonuç vermemiştir.

Ahmed Razzaq Abdullah Alkareem

Çankırı Karatekin Üniversitesi · Fen Bilimleri Enstitüsü