Anne sütü ve yenidoğan bağırsak florasının moleküler yöntemler ile tespiti

Doğum öncesinde fetusun çeşitli yollardan kolonize olabileceği ve doğumdan hemen sonra mikroorganizmalar ile temas ederek florasını oluşturduğu bilinmektedir. Beslenme, doğum şekli, hospitalizasyon, prematürite, antibiyotik alımı ve gelişmişlik düzeyinin intestinal floraya etkisi birçok çalışmada araştırılmıştır.Floradaki bakterilerin %60-80'nin kültürü yapılamayan bakteriler olması nedeniyle günümüzde araştırmacılar moleküler genetik metodları tercih etmektedir. En sık kullanılan yöntemler FISH, 16S rRNA, DGGE ve TGGE'dir. 16S rRNA amplifikasyon ve klonlama sonrası sekans analizi diğer yöntemler ile kıyaslandığında sonuç verimliliği açısından daha avantajlıdır.Çalışmadaki amacımız; hasta ve sağlıklı term yenidoğanların gayta ve anne sütü bakteri dağılımının moleküler yöntemler ile tespit edilerek anne sütü ve çevresel etkenlerle yenidoğan bağırsak florasında ilk haftada oluşan kolonizasyon değişikliklerinin belirlenmesidir.Çalışmaya 10 yenidoğan- anne çifti dahil edildi ve her yenidoğandan doğumunun 1, 3, 7.günlerinde gayta, annelerinden de 7.günde anne sütü alındı. Toplam 30 gayta ve 10 anne sütü örneğine 16S rRNA amplifikasyon ve klonlama sonrasında sekans analizi uygulandı ve analiz sonrasında mikroorganizma tiplendirilmesi yapıldı.Anne sütlerinden DNA ekstraksiyonu için iki ayrı yöntem kullanılmasına rağmen ekstraksiyon gerçekleşmedi. Sütlerde bakteri olmaması ihtimali açısından nonspesifik besiyerlerine direkt kültür ekimi yapıldı ve az miktarda koloniye rastlandı.Tanımlanan mikroorganizmalar örnek alım günleri, olguların doğum şekli, beslenme durumu, antibiyotik kullanımı, yoğun bakım veya anne yanında izlemi, gelişmişlik düzeyi ve bakterilerin oksijen kullanımları açısından değerlendirildi.Yenidoğanda bakteri yoğunluğunun doğum sonrası 24. saatte başladığı ve günler ilerledikçe bakteri sayı ve çeşitliliğinin arttığı görüldü. En sık rastlanılan cins Streptococcus (%26), en sık rastlanılan bakteri türü Escherichia coli (%15,4) idi. Çalışmamızdaki hiçbir örnekte Bifidobacter cinsine ait bakteri tespit edilmedi. Asemptomatik olgularda Salmonella, Shigella ve Clostridium cinsi bakteriler özellikle 3 ve 7.günlerde tespit edildi.Vajinal yol ile doğan olgularda en sık Bacteroides; sezaryen ile doğan olgularda en sık Streptococcus tespit edildi. Sezaryen ile doğan olgularda kommensal bir bakteri olan Bacteroides'e rastlanmadı.Anne sütü alan olgularda yedinci günde oluşan heterojen mikroflorada Clostridium, E. coli, Veillonella ve Lactobacillus tespit edildi.Yenidoğan yoğun bakım ünitesinde yatışın ilk hafta florasının içeriğinde azalmaya neden olduğu tespit edildi. Bu olgularda mikroorganizma çeşitliliği de daha azdı.Erken dönemde alınan antibiyotiklerin ilk hafta kolonizasyonunu özellikle 1 ve 3.günde azalttığı saptandı.Anneleri şehir dışında yaşayan olgularda anaerobik ve kapsamlı flora erken dönemde oluştu.Sonuç olarak çalışmamızda yenidoğan bağırsak florasında ilk haftadan itibaren yoğun bakteri kolonizasyonu olduğu, bu bakterilerin çeşitliliğinin sıklıkla beslenme, hastaneye yatış ve antibiyotik kullanımından etkilendiği tespit edilmiştir. Tanımlayıcı nitelikteki bu çalışmanın ilerleyen dönemlerde yapılacak mikroflora araştırmalarında yol gösterici olacağı kanısına varılmıştır.Anahtar kelimeler: 16S rRNA, intestinal mikroflora, yenidoğan, anne sütü