Kolorektal kanser hücrelerinde LNCRNA MEG3'ün CDKN2A ve hedef genleri üzerindeki etkisi

Kolorektal kanser (KRK) uzun yıllardır tüm dünyada önemli bir sağlık sorunu olmaya devam etmektedir. Uzun kodlanmayan RNA'lar (lncRNAs), 200 nükleotidten daha uzun olan ve genellikle bir proteine çevrilmeyen RNA molekülleridir. Son yıllarda yapılan çalışmalar çeşitli lncRNA'ların KRK oluşumu ve metastazında önemli rollere sahip olduğunu göstermiştir. Bu çalışmanın amacı, KRK'de henüz tam olarak işlevleri aydınlatılamamış olan lncRNA MEG3 ve izoformu MEG3b'nin, hücre döngüsü kontrolünde kilit rol oynayan CDKN2A'nın ve hedeflerinin üzerindeki rolünü değerlendirmektir. Bu amaç doğrultusunda kolon dokusu ve HCT-116 ve HT-29 KRK hücre hatlarında lncRNA MEG3'ün ve olası hedef genlerinin ekspresyon seviyeleri qRT-PCR yöntemi ile belirlenmiştir. KRK hücrelerinde MEG3 ekspresyonunun düşük olduğu tespit edilmiştir. Bu hücre hatlarında MEG3 ekspresyonunu arttırmak için hücreler plazmid ile transfekte edilmiştir. KRK hücre hatlarında, MEG3 ve MEG3b tarafından hedeflenen CDKN2A ilişkili düzenlemeyi tespit edebilmek için, CDKN2A ve hedefi olan 17 genin ifade düzeyleri MEG3 ve MEG3b transfeksiyonundan önce ve sonrasında qRT-PCR yöntemiyle belirlenmiştir. Transfeksiyon sonrasında MEG3 overekspresyonu 17 hedef genden 14'ünde, MEG3b overekspresyonu ise 17 genden 15'inde anlamlı değişime yol açmıştır (p0.05). Bununla beraber MEG3 ve MEG3b transfeksiyonu HT-29 hücre hattında CDKN2A'nın ekspresyonunu anlamlı düzeyde arttırmıştır (p0.05). Ayrıca transfeksiyon sonrasında KRK hücrelerinde MTT ile hücre proliferasyonu; yara iyileştirme deneyi ile migrasyon; koloni oluşum deneyi ile koloni oluşturabilme yeteneği tayin edilmiştir. MEG3 ve MEG3b'nin KRK hücrelerindeki aşırı ekspresyonu, kontrol ve boş plazmide kıyasla migrasyon, hücre proliferasyonu ve koloni oluşturabilme yeteneğini anlamlı düzeyde baskılamıştır (p0.05). Elde ettiğimiz bu veriler literatürde lncRNA MEG3 ile CDKN2A hedef genleri arasındaki ilişkiyi ilk defa ortaya çıkarmaktadır. Bu nedenle yaptığımız çalışma lncRNA MEG3 ile CDKN2A arasındaki moleküler etkileşimin tanımlanmasına katkı sağlayabilecektir.