Süs bitkilerinde abiyotik ve biyotik stresle ilişkili miRNA'ların in siliko belirlenmesi

Mikro RNA'lar, gen anlatımını post-transkripsiyonel ya da post-translasyonel seviyelerde etkileyen kısa kodlama yapmayan RNA dizileridir. Süs bitkileri, dünya bahçecilik endüstrisinde önemli bir konuma sahiptir. Peyzaj mimarisindeki estetik değerlerinin yanı sıra tıbbi ve ekonomik açıdan da önemli bitkilerdir. Bu tezin amacı; Petunia hybrida, Castanea sativa, Yucca filamentosa, Opuntia streptacantha, Cichorium intybus, Cynara cardunculus, Asparagus officinalis ve Ginkgo biloba süs bitkilerinde abiyotik ve biyotik stres ile ilişkili yeni miRNA dizilerinin bilgisayar temelli yaklaşımlarla tanımlanmasıdır. Bu bitkilerin EST veri tabanlarında sıkı kriterler uygulanarak yapılan BLAST aramaları sonucunda yeni miRNA'lar, in siliko olarak tanımlandı. Pre-miRNA dizilerinin ikincil yapıları, RNAfold Web Server kullanılarak belirlendi. Yeni tanımlanan miRNA dizileri ve referans miRNA dizileri arasındaki evrimsel ilişki Clustal Omega ve MEGAX ile araştırıldı. Potansiyel hedef genlerin rollerinin belirlenmesi için GO ve KEGG analizleri de BLAST2GO programı kullanılarak gerçekleştirildi. Petunia hybrida (phy-miR168 ve phy-miR399), Castanea sativa (csa-miR169), Yucca filamentosa (yfi-miR169), Opuntia streptacantha (osa-miR169), Cichorium intybus (cin-miR169), Cynara cardunculus (cca-miR169), Asparagus officinalis (aof-miR2930) ve Ginkgo biloba (gbi-miR10982) bitkilerinin bulunduğu sekiz süs bitkisinde, beş miRNA ailesine ait dokuz yeni miRNA dizisi ilk defa tanımlandı. Filogenetik analizler, yeni tanımlanan miRNA'lar ile referans miRNA'lar arasında oldukça fazla benzerlik olduğunu gösterdi. GO'nun biyolojik süreçler, hücresel bileşen ve moleküler fonksiyonlarla zenginleştirme analizlerinde potansiyel hedef genlerin; strese cevap, oksidasyon-redüksiyon süreci, hücresel metabolik süreç, protein bağlanması vb. gibi süreçlerde rol oynadığı belirlendi. Ayrıca KEGG sonuçlarında da bu genlerin; steroid biyosentezi, pürin metabolizması, karotenoid biyosentezi gibi yirmi altı farklı metabolik yolakda yer aldığı belirlendi. Bu tez, süs bitkilerinin genomlarında, farklı miRNA ailelerinin ve onların hedeflerinin belirlendiği ilk detaylı çalışmadır. Elde edilen sonuçların farklı renk ve kokuda strese dayanıklı süs bitkilerinin üretimine katkı sağlaması beklenmektedir.