914
Archived Theses
6
DOIs Assigned
1%
DOI Rate
Discipline
Androjen reseptörünün olası hedeflerine bağlanma dinamiğinin çalışılması
Normal prostat hücrelerine benzer şekilde prostat kanseri hücreleri, büyümek ve hayatta kalabilmek için androjenlere ihtiyaç duyar. Prostat kanserinin büyümesi, hücre çoğalması/hücre ölümü oranına bağlıdır. Prostat kanserinde, çoğalma oranı ölüm oranından daha yüksektir ve sürekli büyümeye neden olur. Androjenler ve AR bu oranın ana düzenleyicisidir. AR prostat gelişiminde ve karsinogenezde transkripsiyonel faktör olarak kilit rol oynamaktadır. AR'ın olası hedef genlere bağlanma dinamiğini araştırmak prostat kanserinde AR patofizyolojisini aydınlatmak için gereklidir. Bu amaçla bu tez çalışmasında nutlin3a varlığında p53 stabilizasyonunun AR'ın transkripsiyonel hedeflerine bağlanma dinamiği, hücre içi lokasyonunu nasıl etkilediği ve AR transaktivasyonu üzerindeki etkisi araştırıldı. LNCaP hücrelerine nutlin3a uygulanarak sağlanan p53 stabilizasyonunun AR yolağı üzerindeki etkisi western blot analizi yapılarak araştırıldı. AR transaktivasyonundaki değişimi araştırmak için nutlin3a'nın farklı dozları uygulanarak Lüsiferaz Reporter assay analizi yapıldı ve transaktivasyonunun düşük dozlarda baskılandığı anlaşıldı. AR transaktivasyonun baskılanmasının translokasyondaki ekisini anlamak amacıyla immünofloresan deneyi ve sitoplazmik-nükleer fraksiyonlama sonrasında western blot analizi yapılarak araştırıldı ve nutlin3a'nın MDM2 aracıklı AR transaktivasyonundaki azalmanın sitoplazmik tutulumdan kaynaklandığı sonucuna varıldı.
Urmiye gölünden alınan örneklerde arseniğe dirençli bakterilerinizolasyonu, tanımlanması, fenotipik ve moleküler karakterizasyonu
Yeraltı sularının, nehirlerin ve tarımsal çiftliklerin yaygın arsenik kontaminasyonu, yaygın arsenik zehirlenmesine ve sonuç olarak sağlık ve ekonomi ile ilgili sorunlara yol açmaktadır. Dünya çapında milyonlarca insan arsenik kontaminasyonu ile tehdit altındadır, bu nedenle olası küresel felaketi önlemek için ciddi önlemler alınmalıdır. Son yıllarda, biyoremidasyon uygulamalarının yolunu açan bakteriyel arsenik detoksifikasyonu ve metabolizmasını anlamak için birçok çalışma yapılmıştır. Bu tez çalışmasında, arsenik dirençli bakterileri, kurumakta olan Urmiye gölün'den izole ve karakterize etmeye çalışılmıştır. İlk izolasyon için, 10mM arsenat ve % 7,5 NaCl içeren ve 9,5 pH'ya ayarlanan LB ortamı kullanılmıştır. Bakterilerin tanımlanması fenotipik ve genotipik çalışmalara dayanılarak gerçekleştirilmiştir. Elde edilen toplam on izolat için 16s rDNA analizi, tüm suşların esas olarak Bacillus cinsine ait olduğunu ortaya çıkarmıştır. Bazı suşlar için, arsenat ve arsenit maksimum tolerans konsantrasyonu yüksek değerlerde saptanmıştır, sırasıyla; 320mM ve 32mM. Bütün suşlarda arsenat redüktaz geni (arsC) tespit edilmiştir. arsB geni, Bacillus sp. S1, S8, S12 ve E15 suşları haricinde tüm suşlarda saptanmıştır. Solunum arsenat redüktaz (arrB) ve arsenit oksidazın (arxA) metabolik genleri izolatların hiçbirinde tanımlanamamıştır.
Biyomoleküllere yönelik moleküler damgalanmış polimerler için hesapsal yaklaşım
Moleküler olarak damgalanmış polimerlerin (MIP'ler) hazırlanması zaman alıcıdır. MIP'lerin hazırlanma protokolleri, monomer seçimi, kalıp molekülü için uygun porojen, çapraz bağlayıcı ve stokiyometri oranını içerir. Hesapsal yöntemleri kullanmak, zaman ve maliyeti kısaltabilir. Hedef molekül ve monomerler için başlangıç yapıları oluşturmak için, Spartan 16'da konformasyonel dağılım uygulanmıştır. Kompleksler üzerinde çalışılmıştır. İlk geometriler, moleküler mekanik yöntemle konformasyonel dağılımla elde edildikten sonra, bu geometriler yarı ampirik yöntemlerle hesaplandı. Bir sonraki aşamada, kompleksler arasından enerji olarak en kararlı ve bazı daha az kararlı yapılar seçildi. Bu kompleksler için ayrıca Yoğunluk Foksiyoneli Teorisi (DFT) yöntemi kullanılarak daha yüksek seviyelerde hesaplamalar gerçekleştirildi. DFT çalışmalarında, bu yapılar Gaussian 09'da ωB97XD fonksiyoneli ve 6-311++G(d,p) baz seti ile hesaplanmıştır. MIP sisteminde solvent etkisini gözlemlemek için, hesaplamalarda Polarizable Continuum Model (PCM) kullanılmıştır. Ayrıca çapraz bağlayıcı moleküllerin pre-polimerizasyon kompleksine etkileri incelendi. Hidrojen bağları, moleküler olarak basılmış polimerlerin oluşumu ve stabilitesi için önemlidir. Hidrojen bağı etkileşiminden zayıf etkileşimler de moleküler tanımada etkilidir. Bu çalışmada bu etkileşimler ve MIP üzerindeki etkileri incelendi.
Pamuk (Gossypium hirsutum L.) kalluslarında tuz stresine karşı bazı morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal parametrelerin araştırılması
En önemli abiyotik stres faktörlerinden biri olarak bilinen tuz stresinin, pamuk üretim alanlarında verimi kısıtladığı bilinmektedir. Bu çalışmada, in vitro koşullarda tuza dayanıklı (Carmen) ve duyarlı (NM-503) olduğu bilinen iki farklı pamuk çeşidine ait tohumlardan elde edilen kalluslara farklı konsantrasyonlarda NaCl uygulaması yapılarak tuz stresinin oluşturulması ve bu stresin kalluslar üzerinde meydana getirdiği morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal etkilerin incelenilmesi hedeflenmiştir. Carmen ve NM-503 çeşitlerine ait tohumlar, yüzey sterilizasyondan sonra in vitro'da yarı katı besin ortamlarında (1/2 MS) kültüre alınarak çimlendirilmişlerdir. Çimlenen 7 günlük steril fidelerin hipokotil eksplantlarından oluşturulan kalluslar altkültürlerle çoğaltılarak belirlenen tuz konsantrasyonuna sahip besin ortamlarında 4 hafta büyümeye bırakıldıktan sonra fizyolojik, morfolojik ve biyokimyasal parametreleri incelenmiş ve tuza tolerans durumları değerlendirilmiştir. Morfolojik ve fizyolojik olarak, yaş ağırlık, kuru ağırlık, kallus rengi, kallus yapısı, kallus oluşum yüzdesi incelenen kalluslarda 400 mM tuz uygulanan konsantrasyonda iki çeşidin de büyümesinin durduğu gözlemlenmiştir. Morfolojik ve fizyolojik gözlemlere göre duyarlı olduğu bilinen NM-503 çeşidinin in vitro'da bitki doku kültürlerine yanıtlarının daha uygun olduğu görülmüştür. Çeşitlerin artan tuz konsantrasyonunda klorofil miktarlarının değişmediği, karotenoid miktarlarının azaldığı görülmüştür. Fotosentetik aktivitelerin artan tuz konsantrasyonu varlığında pamuk bitkisinde iki çeşit için de ayırt edici bir özellik olmadığı görülmüştür. Dayanıklı olduğu bilinen Carmen çeşidinde artan tuz konsantrasyonu varlığında prolin miktarının artıp duyarlı olduğu bilinen NM-503 çeşidinde ise azalması pamuk bitkisinin ozmotik regülasyonlarla tuz stresini tolere ettiğini açıklamaktadır. DPPH analizleri sonucu artan tuz konsantrasyonundan iki çeşidin de % inhibisyonlarının azaldığı görülmektedir. Carmen çeşidinin prolin miktarı 200 ve 400 mM NaCl uygulamasında 2.65 ve 3.10 µmol-1 g görülürken NM-503 çeşidinde aynı dozlardaki prolin miktarı 0.22 ve 0.21 µmol-1 g görülmüştür. Antioksidan enzimlerde Carmen çeşidinin POX miktarı 200 ve 400 mM NaCl uygulanan dozlarda sırası ile 15.6 ve 18.4 ünite mg-1 protein olarak en yüksek değerleri göstermiştir. SOD enzimi aktivitesinin Carmen çeşidinde yüksek görüldüğü dozlarda hidrojen peroksit miktarı düşük görülmüştür. NM-503 çeşidindeki hidrojen peroksit miktarının, aynı NaCl konsantrasyon uygulamasında daha yüksek olduğu gözlemlenmiştir. Bunun sebebi Carmen çeşidinde POX ve APX enzimlerinin yüksek aktivite göstererek hidrojen peroksidin zararlı etkisini azaltmasına bağlı olduğunu göstermektedir. NM-503 çeşidi in vitro seleksiyon çalışmaları için morfolojik ve fizyolojik olarak uygun olmasına rağmen, Carmen çeşidinin 200 mM tuz konsantrasyonuna kadar ozmotik regülasyon ve antioksidan enzim aktiviteleri ile tuzu tolere ettiği belirlenmiştir.
Pamuk (Gossypium hirsutum L.)'da Verticilliumsolgunluğu (Verticillium dahliae Kleb.)'na karşıdayanıklı hatların In Vitro seleksıyon ile eldeedilmesine yönelik araştırmalar
Pamuk, ülkemiz ekonomisinin önemli sektörlerinden olan tekstil başta olmak üzere birçok farklı sanayi kolunun hammaddesidir. Pamuk tarımının ve pamuğa dayalı sanayinin sağladığı iş istihdamı göz önünde bulundurulduğunda, pamuk; hem Dünya, hem de ülkemiz genelinde sosyo-ekonomik yapı içerisinde önemli etkilere sahip bulunmaktadır. Pamuk bitkisindeki mevcut en önemli hastalık, vejetasyonun her aşamasında sorun olabilen toprak patojeni Verticillium dahliae Kleb. fungal etmeninin neden olduğu solgunluk hastalığıdır. Geniş bir konukçu dizisine sahip olan hastalık etmeni, Dünya'da ve ülkemizde önemli ekonomik kayıplara yol açmaktadır. Hastalık sebebiyle üreticiler birim alandan yeterli verimi alamamakta ve lif kalite değerleri olumsuz şekilde etkilenmektedir. Mevcut sistemde hastalıkla mücadelede istenilen başarı henüz sağlanmış değildir. Kimyasal mücadelesi olmayan bu hastalığa karşı dayanıklı çeşitlerin kullanılması gerekmektedir. Verticillium solgunluğuna karşı dayanıklılık genleri bilinmekle birlikte, bunların klasik ıslah çalışmalarında kullanılması oldukça zor ve pahalı olduğu gibi uzun zaman da almaktadır. Bitki ıslahında, biyoteknolojik yöntemlerin kullanımı ise; ıslah çalışmalarında zaman kazanımı ve seleksiyon aşamasında da doğru bireylerin seçimi açısından büyük önem taşımaktadır. Bu projede in vitro seleksiyon çalışmalarında somaklonal varyasyonun ortaya çıkmasında öneme sahip olan mutasyon kullanımı ve etkili mutasyon dozunun belirlenmesi, ayrıca pamuk (Gossypium hirsutum L.) kalluslarında Verticillium Solgunluk Etmeni (Verticillium dahliae Kleb.)'ne ait kültür filtratı uygulamalarının kallusların fizyolojik gelişim ve biyokimyasal içerik üzerine olan etkilerinin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Bu amaçla Verticillium solgunluğuna karşı duyarlı (NP Özbek 100) ve tolerant (Carmen) pamuk çeşitleri kullanılarak, kültür filtratı ve mutajen uygulamalarının hastalığa karşı dayanıklı bitki elde edilmesindeki potansiyelleri incelenmiştir. Dört farklı gama ışını radyasyon dozunun (100, 200, 300 ve 400 Gy) tohum çimlenme oranı, fide boyu ve kök uzunluğu üzerindeki etkileri incelenmiştir. Çimlenme denemesinin 7. gününde, çimlenme oranı, fide boyu ve kök uzunluğunun kontrol grubuna göre en çok sınırlandığı doz olan 300 Gy doz etkili mutasyon dozu olarak belirlenmiştir. Verticillium dahliae'nın yaprak döken (PYDV 6) ve yaprak dökmeyen (NPAE Vd11) patotiplerinden elde edilen kültür filtratlarının üç farklı dozu (% 25, % 50, % 75) kallus ortamlarına ilave edilmiştir. Kallusların hastalık etmenine karşı duyarlılıkları belirlenmiştir. Kültür filtratı uygulamalarının kallus üzerindeki etkisi incelendiğinde, denemenin 28. gününde kontrol gruplarına göre patotipler arasında en fazla antosiyanin ve kahverengi kallus oluşumuna sebep olan fungal kültür filtratı ve dozunun PYDV6 %75 olduğu ve aynı dozda kallus ağırlığının azaldığı görülmüştür. PYDV6 patotipine ait %75 dozda kültür filtratı uygulamasının her iki pamuk çeşidinde protein, klorofil, hidrojen peroksit, katalaz ve peroksidaz miktarları üzerindeki etkisi incelenmiştir. Mutasyon uygulaması olan ve olmayan gruplarda klorofil a, klorofil b, total klorofil, total karotenoid miktarlarının kültür filtratı uygulaması ile birlikte azaldığı ve çeşitler arasında en çok Carmen çeşidinin etkilendiği belirlenmiştir. Mutasyon uygulaması olmayan gruplarda kültür filtratı uygulaması ile birlikte Carmen çeşidinde katalaz miktarı %138, mutasyon uygulamasında ise % 165 artış göstermiştir. NP Özbek 100 çeşidinde ise aynı gruplarda katalaz miktarı sırası ile % 34 ve % 48 azalmıştır. Mutasyon uygulaması olmayan gruplarda kültür filtratı uygulaması ile birlikte Carmen çeşidinde peroksidaz miktarı 8 kat, NP Özbek-100 çeşidinde ise 4 kat daha fazla artış göstermiştir. Mutasyon uygulanan gruplarda ise aynı çeşitler için bu oran sırası ile 2.5 ve 2 kat olarak gözlenmiştir.
Dermokozmetik amaçlı biyomimetik peptit içeren lipit nanopartiküllerin üretilmesi ve karakterizasyonu
21. yüzyılın anahtar teknolojisi olan biyoteknoloji, tüketicinin daha etkili ve güvenli ürün arayışları talepleri doğrultusunda, kozmetik endüstrisini etkisi altına almıştır. Yaşlanma karşıtı cilt bakım ürünlerinde meydana gelen yıllık % 6 lık büyüme hacmi biyonanoteknolojik ürünlerin pazarda etkinliğini arttırmıştır. Bu anlamda tez çalışmasında deri yaşlanmasına karşı engelleyici ürünler ortaya çıkarma amacıyla MMP-12 enziminin inhibisyonuna yönelik inhibitör peptit (PEP3) dizayn edilmiştir. PEP3, 13 µM konsantrasyon da, MMP-12 enzimini % 88 oranında inhibe etmiştir. 10 ug/ml PEP3 konsantrasyon ile HS68 hücre hattı üzerinde yapılan Western blot deneyinde, kollajen I, IV, elastin ve fibronektin proteinlerin miktarlarında artış gözlenmiştir. PEP3, katı lipit nanopartikül (KLN) ile kapsüllenmiş ve transdermal salınım çalışması yapılmıştır. Yüklenme etkinliği % 59,92 olarak bulunmuştur. PEP3 yüklü KLN, mannitol ile kurutularak stabilite çalışması yapılmıştır. Nanotoksikolojik açıdan güvenlik değerlendirilmesi yapılan PEP3'ün, KLN içeren formülasyonunun, 28 gün kullanımı sonrasında başlangıca göre %18 oranında kırışıklık azalışı meydana getirdiği bulunmuştur. Fonksiyonerliği ve güvenirliği kanıtlanmış olan PEP3 aktif içerik olarak dermokozmetik sektörüne DervatylTM marka (dermal renovation peptide) ürün adı ile sunulmuştur.
Deri atık suyundan mikrokirleticilerin giderimi için farklı morfolojik yapıdaki enzim bağlı polimerlerin kullanım potansiyellerinin araştırılması
Çevre sağlığını tehdit eden unsurların gün geçtikçe artması günümüzde çok önemli sorunları ortaya çıkarmaktadır. Sucul ekosistemlerde kirliliğin büyük kısmını endüstriyel atıklar oluşturmaktadır. Deri endüstrisi, kirletme potansiyeli açısından ele alındığında önemli endüstrilerden biri olarak karşımıza çıkmaktadır. Ham derinin mamul deri formuna dönüşmesi sırasında açığa çıkan mikro kirleticilerin giderimi için uygulanan fiziksel, kimyasal ve ileri arıtma yöntemlerinden farklı olarak biyolojik yöntemlerin katalizörler olarak bilinen enzimler ile geniş skalada kullanım potansiyeline sahip taşıyıcı polimerlere immobilize edilip kullanılması, endüstriyel üretime uygun atık suyun giderimi için gerek deri sektöründe gerekse diğer sektörlerde, çevreye verilecek olan atık yükünün azaltılması ile sağlanmış olucaktır. Bu durumda sektörde geniş alanda kullanılan, Trametes versicolor lakkaz enzimi ile epoksi grubu içeren poli (HEMA-AGE) polimerleri arasında gerçekleşen kovalent immobilizasyon yöntemi ile ortam koşullarının optimize edilmesi ve Acid Black 210 boyasının degradasyon koşulları araştırılmıştır. Deri endüstrisinde boyama işlemi sonrasında açığa çıkan atık boya suyu ile sonuçlar karşılaştırılmıştır.
Evaluation of YB-1 transcriptional factor, DNA glycosylase hNTH1 and human topoisomerase I functions in relation to drug resistance and DNA repair mechanisms
Acquired resistance to anti-cancer therapy is common and is a major clinical issue. Functional DNA repair pathways provide a common mechanism for drug resistance, but it can also result from mutations or reduced expression of the targeted protein. The overexpression or nuclear localisation of the multifunctional Y-box binding protein (YB-1) is considered as a prognostic marker for drug resistance in tumours. YB-1 has several interaction partners in cells; in this study, we have focused on its interaction with the human DNA repair enzyme NTH1 (hNTH1) and human DNA topoisomerase I (hTopoI), two enzymes that have been shown to be stimulated by YB-1. The abundance of the hNTH1/YB-1 complex was shown to increase in cisplatin-resistant tumour cells. Human TopoI is an essential enzyme involved in cellular regulation of DNA supercoiling and is the target of several anti-cancer agents. YB-1 enhances the activity of hTopoI and its sensitivity to hTopoI inhibitor, camptothecin in tumour cells. We have characterised the YB-1/hNTH1 and YB-1/hTopoI complexes in vitro and in vivo using Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET) measurements to identify and develop new strategies for the treatment of drug-resistant tumours. We also designed and optimised an original FRET-based biosensor to screen two medium-sized chemical libraries in order to find potential inhibitors of the hNTH1/YB-1 complex. Several "hits" were identified that significantly reduced the FRET level of our biosensor. For some of these compounds, we have reproduced these results starting from powders, have performed dose-response curves and have validated their actions as inhibitors of the hNTH1/YB-1 interface using alternative binding assays. Taken together, our results demonstrate that YB-1 directly interacts and stimulates a DNA repair and a DNA relaxing enzyme and targeting the YB-1/hNTH1 interface represents an interesting new strategy for the development of anti-cancer drugs.
İnsülin benzeri bağlayıcı proteinlerin (IGFBP) rekombinant üretimi ve karakterizasyonu
Diyabet genetik veya beslenme kaynaklı, pankreas salgı bezinin yeterli miktarda insülin hormonu üretmemesi ya da ürettiği insulin hormonunun etkili bir şekilde kullanılamamasıdır. Bunun sonucunda kan glukoz düzeyinde anormal farklanmaların gelişmesi sonucu oluşan ve ömür boyu süren bir hastalıktır. Diyabetin giderek artan bir sağlık sorunu olması nedeniyle şu an hali hazırda bulunan tedavi yöntemlerine alternatif, etkili, kolay kullanımlı terapötik tedavi yöntemleri geliştirilmeye çalışılmaktadır. İnsülin benzeri büyüme faktörlerinin (IGF'lerin) potansiyel terapötik uygulamaları geniştir. IGF ailesinin, diyabet başta olmak üzere, kanser, büyüme geriliği, kas-iskelet sistemi hastalıkları ve nörodejeneratif hastalıkların tedavisinde kullanım alanları mevcuttur. IGF'ler yapısal olarak insüline benzerdirler ve biyolojik sıvıda, insülin benzeri büyüme faktörü bağlayıcı protein (IGFBP)'lere bağlanmış halde bulunur. Şu ana kadar karakterize edilmiş altı memeli IGFBP'i bulunur ve IGFBP-1, IGFBP-2, IGFBP-3, IGFBP-4, IGFBP-5, IGFBP-6 olarak adlandırılır. IGFBP'ler, IGF'lere Tip-1 IGF reseptörlerinden daha yüksek afinitede bağlanırlar. Böylece reseptörlerine bağlanmalarını kontrol ederek IGF aktivitelerini düzenlerler. IGFBP'ler, IGF bağımlı ve IGF bağımsız etkileri ile son derece önemli proteinlerdir. Bu çalışmada dolaşımdaki IGFBP'lerin %60'dan fazlası olan ve IGFBP'lerin en önemlisi olarak kabul edilen, IGFBP-3 rekombinant olarak üretiminin optimizasyonu E.coli BL21 ve E.coli Shuffle T7 Ekspres olmak üzere iki farklı E.coli suşunda, pET21a ve pET22b olmak üzere iki farklı pET ekspresyon sisteminde, farklı sıcaklıklarda ve farklı indüksiyon konsantrasyonlarında çalışılmıştır.
Antibiyofilm ajanı olarak Pseudomonas aeruginosa fajlarının izolasyonu, karakterizasyonu, biyofilm oluşumu üzerine olan inhibe edici etkileri
Pseudomonas aeruginosa birçok yüzeye tutunarak biyofilm oluşturan patojen bir mikroorganizma olmakla birlikte, bu mikroorganizmanın oluşturduğu biyofilmler tıpta, endüstriyel ve ticari sistemler gibi birçok farklı sektörde önemli bir yere sahiptir. Biyofilmler gerek doğal yapısı gerekse de bünyesinde inaktif hücreleri barındırması sebebiyle, antibiyotikler ve çeşitli kimyasal maddeler bu yapıyı ortadan kaldırmak için yetersiz kalmaktadır. Tıp, gıda, su, mandıra, şarap, denizcilik, enerji santralleri gibi birçok farklı endüstri biyofilm oluşumuna maruz kalmaktadır. Hücre dışı polimerik maddeler içeren bu mikrobiyal hücreler, canlı ve cansız yüzeylerde kolonize olarak tüm endüstriler için ciddi bir sorun teşkil etmekte, proseslerini etkilemekte, ürün kalitesinin düşmesine ve ekonomik kayıplara yol açmaktadır. Biyofilm yapısını uzaklaştırmak için kullanılan geleneksel yöntemler olan; antibiyotik ve dezenfektanlar genellikle yeterli etkinliğe sahip olamamaktadır. Antimikrobiyal etkili kimyasalların yüksek dozda kullanımı, endüstriyel sistemlerde çevresel sorunlara yol açmakta, tıp alanında ise uygulamalarda engel teşkil etmektedir. Birçok endüstri, bu tehdidin farkında olsa dahi biyofilm oluşumunu kontrol etmek oldukça zorlu bir süreçtir. Bu durum, biyofilmin iyileştirilmesi ve kontrolü hakkında daha fazla araştırma yapılması gerekliliğini doğurmaktadır. Tez çalışmasının amacı, Dünya' da ve ülkemizde tıp ve endüstriyel alanda biyofilm oluşturarak tedavisi mümkün olmayan hastalıklara, ticari ve ekonomik kayıplara sebep olan Pseudomonas aeruginasa' ya özgü litik bakteriyofajların izole edilmesi, karakterize edilmesi ve bakterinin oluşturduğu biyofilm yapısı üzerinde fajların, antibiyotiklerin ve fajlarla kombine olarak kullanılan antibiyotiklerin etkilerinin incelenmesi ve alternatif yöntemlerden biri olarak kullanılabilme potansiyelini araştırmaktır. Mersin ili kanalizasyon atık sularından izole ve karakterize edilen Pseudomomas aeruginosa suşlarının biyofilm oluşturma kapasitesi güçlü olarak belirlendi ve bu bakterilerin litik fajlarının biyofilm oluşumu meydana gelmeden önce, öncül tedavi olarak kullanılmasının, oluşacak biyofilm yapısının yoğunluğunu azalttığı ancak olgun biyofilm oluşumunu takiben uygulanan litik bakteriyofajların biyofilm yapısının eradikasyonunda etkili olmadığı gözlendi. Pseudomomas aeruginosa suşlarının biyofilm oluşturmasından sonra uygulanan, faj-antibiyotik kombinasyonunun fajların tek başına kullanımından daha etkili olduğu sonucuna varıldı. Çalışmamız, litik Pseudomonas aeruginosa bakteriyofajlarının karakterize edilmesi ile literatüre katkıda bulunmakla birlikte, bakterinin oluşturduğu inatçı biyofilm yapısının iyileştirilmesi ve kontrolü hakkında yapılacak sonraki çalışmalara temel oluşturma niteliğindedir.
Damar endotel hücrelerinin büyümesi, çoğalması ve canlılığını koruyabilmesi için gerekli faktörlerin belirlenmesi ve bu faktörlerin fonksiyonlarının damar oluşumu üzerinden incelenmesi
Anjiyogenez, mevcut damarlardan kılcal ve damarsal ağların tomurcuklanması yolu ile yeni damarlar oluşturması sürecidir. Oluşan damarsal ağların gelişimi, damarsal yapı etrafındaki hücrelerin sağlıklı olarak büyümesi için gerekli olan temel faktörlerin varlığı ile belirlenmektedir. Anjiogenez farklı faktörlerin sürece dahil olması ve bu faktörlerin uygun konsantrasyonlarının sağlanabilmesi gerekliliği nedeni ile oldukça karmaşık bir mekanizmadır. Anjiogenezin temel bileşenleri farklı özellikleri tetikleyen büyüme faktörleri, sitokinler ve sitokin reseptörleri olarak tanımlanmaktadır. Endotel hücreler ile birlikte kılcal damar duvarını oluşturan perisitler büyük öneme sahiptir. Anjiyogenez sürecinde kullanılan faktörleri içeren karışım doğru oranda olmalıdır ve bunu da üretebilen en iyi aday makrofaj hücreleridir. Yapılan çalışmada -80 ℃'de muhafaza edilen memeli makrofaj hücrelerinin (J774.2) sıcak su banyosu yardımı ile çözünmesi sağlanmıştır. Memeli makrofaj hücrelerine (J774-2) Roswell Park Memorial Institute Media (RPMI)+ %10 FBS %1+ %1 antibiotik [100 μg/MI pecillin and 100 μg/Ml streptomycin] içeren besi ortamı farklı oranlarda ilave edilerek 100 cm2'lik hücre kültürü plağında %90 konfluense ulaşana kadar (kültür kabının %90''ık alanını kaplayıncaya kadar) bekletilmiştir. Memeli makrofaj hücrelerinin in vitro ortamda salgıladıkları faktörleri ve miktarlarını belirleyebilmek amacı ile proteomik analiz yapılarak protein türleri ve miktarları incelenmiştir. Proteomik analiz sonucuna göre makrofaj hücrelerine ait taksonomi (J774-2) mus muskulus olarak doğrulanmıştır. Ayrıca HUVEC hücrelerine yapılan MTT analizi sırasında 24 saat, 48 saat ve 72 saat aralıklar ile besi yeri ilavesi (20 μl, 40 μl, 60 μl ,80 μl ve 100 μl ) yapılmıştır. Çalışmada deterjan reaktifi olarak (SDS) kullanılarak 570 nm' de absorbansta % hücre büyüme oranları değerlendirilmiştir. Damar oluşumunu arttıran faktörlerin etkilerinin takibi çalışma kapsamında florasan mikroskobu ile görüntüleri alınarak gerçekleştirilmiştir. HUVEC hücrelerinin damar oluşumuna etkisi liyofilize ve normal koşullar olarak iki aşamada yürütülerek raf ömrünün 6 aydan 18 aya kadar uzatılmasına katkısı araştırılmaktadır.
Niğde yöresi kaplumbağa kenelerinde wolbachia endosimbiyontlarının moleküler karakterizasyonu
Daha Sonra Doldurulacaktır.
Niğde yöresi kaplumbağa kenelerinde spiroplasma ndosimbiyontlarının moleküler karakterizasyonu
Bu tez çalışması Niğde yöresi kaplumbağa kenelerinde Spiroplasma endosimbiyontlarının moleküler olarak belirlenmesi için yapılmıştır. Bu amaçla Haziran'da 17, Temmuz'da 22, Ağustos'ta 21 ve Eylül ayında 28 olmak üzere HaziranEylül 2022 tarihleri arasında toplam 88 kaplumbağa incelenmiştir. Toplanan keneler tür tanımlaması yapılana kadar %70'lik etil alkol içerisinde saklanmıştır. Enfeste belirlenen kaplumbağalardan toplam 184 kene toplanmış (167 erkek ve 17 dişi) ve bu kenelerin tamamı Hyalomma aegyptium olarak teşhis edilmiştir. Kaplumbağalardan toplanan 184 kene örneği her bir kaplumbağaya ait olacak şekilde erkek ve dişi olarak separe edilmiş ve sonrasında toplam 68 kene havuzu oluşturulmuştur. Kene havuzlarından ticari kit ile genomik DNA (gDNA) ekstraksiyonu yapılmıştır. gDNA izolatları Spiroplasma 16S rRNA (1000 bp) gen bölgesi yönünden spesifik primerlerle PCR analizine tabi tutulmuştur. Çalışma sonucunda Spiroplasma spp. için toplam 88 kaplumbağanın 4'ünden (%4.5) toplanan kenelerde pozitiflik tespit edilmiştir. Toplanan 184 kenede Spiroplasma pozitifliği %3.2 (6 kene) olarak belirlenmiştir. Pozitif çıkan keneler; Temmuz ve Eylül aylarında tespit edilmiş ve tamamı erkek kene olarak belirlenmiştir. Sonuç olarak, Niğde yöresinde kaplumbağa kenelerinde Spiroplasma spp. moleküler olarak ilk kez bu çalışma ile saptanmıştır. Anahtar sözcükler: Kaplumbağa, Hyalomma aegyptium, Niğde, PCR, Spiroplasma,
Kuraklık stresinin solanum lycopersicum üzerindeki olumsuz etkilerinin UV-B hazırlamasıyla hafifletilmesi
Kuraklık stresi domates fidelerinde büyüme ve gelişmeyi etkileyen önemli stres faktörlerindendir. Bu çalışmanın amacı, domates tohumlarında kuraklık ve/veya UV-B hazırlamanın neden olduğu fizyolojik ve biyokimyasal değişikliklerin ve iyileşmenin etkilerini araştırmaktır. Kök gelişiminde kontrole oranla yalnız kuraklığa maruz bırakılan fidelerde azalma, UV-B hazırlama yapılan tüm uygulamalarda artma meydana gelmiştir. Sürgün gelişiminde ise tüm uygulama gruplarında artışlar tespit edilmiştir. Klorofil miktarlarında 20' UV-B hazırlama dışındaki tüm gruplarda, karotenoid ve toplam protein miktarlarında ise tüm uygulamalarda kontrole oranla artışlar saptanmıştır. DPPH değerleri tüm uygulama gruplarında, SOD ve CAT aktiviteleri 20' UV-B hazırlama dışındaki uygulamalarda azalmıştır. Toplam fenolik madde miktarı ise 10' UV-B uygulması dışındaki tüm uygulamalarda azalmıştır. Domates tohumlarının UV-B ile hazılanmasının stressiz ve stresli koşullarda biyokimyasal ve fizyolojik parameterelerde iyileşmeye neden olduğu tespit edilmiştir. UV-B prime uygulamalarının domateste kuraklık stresi etkilerini azaltmak ve iyileşme oranını arttırmak için etkili bir araç olduğu düşünülmektedir.
Biberde kuraklık stresinin hafifletilmesinde UV-B uygulamaları
İklim değişiklikleri ve antropojenik etkiler nedeniyle kullanılabilir su miktarı giderek azalmakta, çok sayıda tarım arazisi kuraklığa maruz kalmaktadır. Kuraklıkla başa çıkmak ve gıda güvenliğini sağlayabilmek için kolay uygulanabilir, ucuz ve etkili stratejilere ihtiyaç duyulmaktadır. Çalışmanın amacı, biberde kuraklığın neden olduğu değişimleri belirlemek ve UV-B hazırlamanın bu stresin hafifletilmesindeki etkisini araştırmaktır. UV-B hazırlama (15' ve 30') yapılan ve /veya kuraklığa (0,5 M ve 1 M Polietilen glikol 6000) maruz bırakılan tohumlar torf dolu saksılara ekilerek 24±2 0C sıcaklık,16 saat aydınlık/ 8 saat karanlık fotoperiyot ve %45 nem koşullarında büyüme odasında fide gelişimine bırakılmıştır. 120. günde tesadüfi deneme desenine göre hasat edilen fidelerde morfolojik ölçümlerin (kök ve sürgün uzunluğu ile taze ve kuru ağırlıkları) yanı sıra fizyolojik-biyokimyasal analizler (klorofil, karotenoid, çözünebilir toplam protein ve toplam fenolik madde miktarları ile DPPH ve CAT aktivite tayinleri) yapılmıştır. Kuraklığın İnan biber çeşidi üzerinde negatif etkiler meydana getirdiği, UVB hazırlama ile bu etkilerin hafiflediği saptanmıştır. Kuraklık stresi altında bitki yetiştirebilmek, verimi ve kaliteyi artırabilmek için UV-B hazırlama tekniklerinin kullanılabileceği kanaatine varılmıştır. Anahtar Sözcükler: Abiyotik stres, Capsicum annuum L., Kuraklık, Priming, UV-B
In vitro koşullarda jasmonik asit ve salisilik asit uygulamalarının biberiye bitkisinde (Rosmarinus officinalis L.)rosmarinik asit üretimi üzerine etkilerinin incelenmesi
Bitkiler, ilaç endüstrisinde kullanılan doğal bileşikler için ana kaynaktır. Rosmarinik asit (RA) antiviral, antibakteriyel, anti-inflamatuar, anti-alerjik ve anti-kanser aktiviteleri olan doğal bir antioksidan fenolik bileşiktir. Bu tez çalışmasında, tıbbi açıdan büyük önem arz eden Rosmarinus officinalis L. (biberiye) bitkisinin, bitkilerde önemli iki sinyal molekülü olan salisilik asit ve jasmonik asit uygulamaları ile RA üretimi üzerine etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu kapsamda ilk aşamada farklı sterilizasyon yöntemleri uygulanarak uygun sterilizasyon yöntemi belirlenmiştir. Daha sonra biberiye bitkilerinin yaprak eksplantlarından kallus elde edilmiştir. Elde edilen kalluslar alt kültürde farklı dozlarda salisilik asit ve jasmonik asit ortamında geliştirilmiştir. Kalluslardaki kallus indüksiyon frekansı ölçülmüştür ve RA birikimi incelenmiştir. Tüm uyarıcı konsantrasyonları karşılaştırıldığında en iyi kallus indüksiyon frekansı % 84 ile 50 mM salisilik asit uygulamasında ölçülmüştür. Aynı zamanda en fazla RA miktarı yine 50 mM salisilik asit uygulamasında 0,753 mg/g t.a. olarak belirlenmiştir. Elde edilen veriler, salisilik asit ve jasmonik asit gibi uyarıcı ilavesi ile biberiye yaprak eksplantları kullanılarak oluşturulan in vitro kültürlerin RA üretimi için alternatif bir yöntem olarak başarıyla kullanılabileceğini göstermiştir.
Bazı fitopatojenler üzerine çeşitli tıbbi ve aromatik bitkilerin in vitro etkilerinin araştırılması
Tarımda hastalıklar ve zararlılar ürün kayıplarına yol açmakta, sentetik pestisitlerin uzun süreli kullanımı ise patojenlerde dayanıklık geliştirmektedir. Tıbbi ve aromatik bitkiler; birçok alanda kullanılan önemli kaynaklardır, bitkilerden elde edilen çeşitli maddeler, tarım ilaçlarına güvenli bir alternatif olarak öne çıkmaktadır. Bu tez çalışmasında, çeşitli tıbbi ve aromatik bitkilerden elde edilen ekstraktların bazı önemli bitki patojenleri üzerine olan in vitro etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla Hypericum perforatum, Salvia rosmarinus, Mentha pulegium, Salvia officinalis, Thymus vulgaris ve Lavandula angustifolia fenolik bileşenleri, antioksidan özellikleri, bitki besin elementleri ve biyokimyasal içerikleri değerlendirilmiştir. Aynı zamanda bu bitkilerin metanol ve hekzan çözücülerindeki farklı konsantrasyonlardaki ekstraklarının Fusarium oxysporum, Pestalotiopsis sp. ve Clavibacter michiganensis fitopatojenleri üzerindeki etkileri incelenmiştir. Toplam fenolik bileşik miktarı en fazla Salvia officinalis bitkisinde belirlenirken DPPH süpürücü etki bakımından en yüksek aktivite ise 5 mg/L konsantrasyonda %88,099 ile S. rosmarinus bitkisi metanolik ekstraktlarında belirlenmiştir. Antifungal etki açısından özellikle S. officinalis'in farklı konsantrasyonlardaki hekzan ekstraktları Pestalotiopsis sp. üzerine etkili bulunmuştur
Bazı makromantar türlerinin biyolojik aktivitelerinin ve yağ asidi kompozisyonlarının belirlenmesi
Bu tez çalışmasında doğal olarak yetişen beş farklı mantar türünün moleküler yöntemlerle tanımlanması, toplam fenolik bileşik içeriklerinin tayin edilmesi, serbest radikalleri giderme ve metal iyonlarını indirgeme prensiplerine dayalı dört farklı yöntemle antioksidan aktivitelerinin tespit edilmesi ve gaz kromatografi-kütle spektrometri (GC-MS) yöntemi ile yağ asidi kompozisyonlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. DNA dizi analizi verilerine göre çalışmada kullanılan mantar türleri Tuber aestivum (Wulfen) Spreng, Terfezia claveryi Chatin, Agaricus arvensis Schaeff., Coprinus comatus (O. F. Müll.) Pers ve Bovistella utriformis (Bull.) Demoulin & Rebriev olarak tanımlanmıştır. Mantarların metanol ekstraktları ile gerçekleştirilen analizler sonucunda en yüksek fenolik bileşik içerik, DPPH süpürme aktivitesi ve CUPRAC kapasitesi sırasıyla 11,7190±0,147 mg GAE/mL, 1,9717±0 mmol TE/mL ve 4,1798±0,155 mmol TE/mL ile B. utriformis'te belirlenirken enyüksek ABTS giderimi ve PFRAP aktivitesi A. arvensis'te sırasıyla 0,7606±0,019 mmol TE/mL ve 4,4636±0,108 mmol AAE/mL olarak belirlenmiştir. GC-MS analizleri mantar türlerinde linoleik ve oleik doymamış yağ asitleri ile palmitik ve stearik doymuş yağ asitlerinin baskın bir şekilde bulunduğunu ortaya koymuştur
Melatonin biyosentezinde görev alan Clock genleri (Bmal1, Per1, Cry1, Cry2 ve Per2) gen varyantlarının Nannospalax (Mammalia: Rodentia) sitotiplerinde araştırılması
Körfareler, uzun yaşam süreleri ve kansere karşı dirençleriyle ün kazanmışlardır. Ancak, kansere karşı bu direncin temel nedeni hala belirsizdir. Bu hayvanların muhtemelen diğer organizmalardan farklı bir melatonin sentez mekanizmasına sahip olabilecekleri ve bu nedenle kansere karşı dirençli oldukları öne sürülmektedir. Bu çalışma, Türkiye'de bulunan Nannospalax türlerinde, melatonin biyosentezinde önemli bir rol oynayan Clock genlerinden Bmal1, Per1, Cry1, Cry2 ve Per2'deki varyasyonlar incelemiştir. Ayrıca, bu varyasyonlar Nannospalax galili, Mus musculus, Heterocephalus glaber, Rattus norvegicus ve Homo sapiens gibi diğer organizmalarla karşılaştırılmış ve insanlarda bu varyasyonların patojenik etkilere sahip olup olmadığı da araştırılmıştır. Bu amaçla, seçilen mutasyonlu ekzon bölgelerinin DNA temelli taraması yapılmış ve ilgili gen bölgelerinin sekansları elde edilmiştir. Ardından Blast, Ensembl, Polyphen-2, SNAP2, String gibi çeşitli biyoenformatik araçlar ve veritabanları kullanılarak analizler gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak, Per1 geninde 11, Per2 geninde 7, Cry1 geninde 2 ve Cry2 geninde 9 olmak üzere toplam 29 varyasyon belirlenmiştir. Bmal1 geninde ise herhangi bir varyasyon saptanmamıştır. Bu verilere göre, bazı varyasyonlar ışık kaynaklı UV hasarının gerçekleştiği domainlerle ilişkilendirilirken, diğerleri PAS domaini ve 5'-UTR bölgelerinde bulunurken, geri kalanları proteinlerin alan dışı bölgelerinde konumlanmıştır. Daha fazla araştırma, bu varyasyonların gelecekteki çalışmalar için nasıl seçileceği ve üzerine yoğunlaşılacağına dair önemli ipuçları sunabilir.
Beauverıa bassıana'nın çeşitli funguslara karşı antagonist özelliklerinin belirlenmesi
Bu çalışmada, entomopatojenik fungus türü olan Beauveria bassiana 01YA suşunun çeşitli fitopatojenik funguslara karşı antagonistik etkileri araştırılmıştır. İkili kültür testleri, B. bassiana'nın Fusarium oxysporum, F. equiseti, F. redolens, F. solani, Sclerotinia minor, S. sclerotiorum, Verticillium dahliae ve Phytophthora cryptogea gibi test edilen fitopatojenik fungusların misel gelişimini engellediği, bunlara karşı yüksek inhibitör etkisi gösterdiği ve hücre duvarını parçalayan kitinaz ve proteaz enzimlerini üreterek büyümelerini engellediğini gözlemlenmiştir. Ayrıca, B. bassiana 01YA suşu yüksek proteinaz ve amilaz aktivitelerini gösterirken, selülaz aktivitesi diğer türler ile istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık göstermemiştir. B. bassiana 01YA'nın, T. pleuroticola 51YA ve Clonostachys rosea 51YAG izolatlarına belirgin antagonist sınırlar oluştururken, diğer Trichoderma türlerinin ise daha düşük seviyelerde antagonist sınırlar oluşturduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak, B. bassiana ve Trichoderma türlerinin kombinasyonu, tarımda biyolojik mücadeleyi geliştirip sürdürülebilir uygulamaları teşvik edebilir. Bu kombinasyonun anlaşılması, biyolojik kontrol stratejilerinin etkinliğini artırabilir ve kimyasal yöntemlere olan bağımlılığı azaltabilir.
Antalya, Karaman ve Muğla illerinde meyve ağaçlarında zararlı olan afit türleri ve zarar şekillerinin belirlenmesi
Afitler zorunlu fitofag böceklerdir ve yayılım gösterdikleri habitatlarda doğal olarak yetişen otsu ve odunsu bitkilerde, tarımı yapılan bitki türlerinde, süs bitkilerinde beslenerek zararlı olan en önemli böcek gruplarından biridir. Dünya genelinde 778 cins içerisinde 6071 türle temsil edilmektedir. Ülkemiz afit faunası değerlendirildiğinde ise 675 tür ve 27 alttür günümüze kadar tanımlanmıştır. Türkiye biyocoğrafik konumu, zengin bir bitki çeşitliliğine sahip olması gibi benzeri özellikleri sebebiyle afitlerin dağılımı ve çeşitliliği açısından önemli bir coğrafyadır. Bu çalışmada Antalya, Karaman ve Muğla illerinde, 20 meyve ağacı türünden yaklaşık 300 örnekleme yapılmıştır ve çalışma sonucunda 33 tür belirlenmiştir. Bu belirlenen türler arasından Reticulaphis asymmetrica Hille Ris Lambers & Takahashi, 1959; Rhopalosiphoninus (Neorhopalosiphoninus) staphyleae (Koch, 1854); Schizaphis (Schizaphis) mali Shaposhnikov, 1979 türleri ülkemiz afit faunasına yeni kayıt olarak verilen türlerdir. Gerçekleştirilen çalışma ile Türkiye meyve üreticiliğinde önemli rol oynayan 3 ilden meyve ağaçlarında zarar veren afit türlerinin genel özellikleri hakkında bilgi verilmiştir.
Hıyar bitkisinde (Cucumis sativus L.) rejenerasyonun optimizasyonu ve agrobacterium aracılığıyla GFP (yeşil floresan protein) geninin aktarılması
ÖZYÜKSEK LİSANS TEZİHIYAR BİTKİSİNDE (Cucumis sativus L.) REJENERASYONUNOPTİMİZASYONU ve AGROBACTERİUMARACILIĞIYLA GFP (YEŞİL FLORESAN PROTEİN) GENİNİNAKTARILMASISinem SERBEST-KOBANERÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİFEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜBİYOTEKNOLOJİ ANABİLİM DALIDanışman : Doç.Dr. N.Yeşim YALÇIN-MENDİYıl : 2006, Sayfa : 97Jüri : Doç.Dr. N.Yeşim YALÇIN-MENDİProf.Dr. Selim ÇETİNERDoç.Dr. Mukaddes KAYIMBu tezde, hıyar (Cucumis sativus L.) bitkisinde etkili bir rejenerasyon veAgrobacterium aracılığıyla gen transformasyonu yöntemi geliştirilmiştir. Çeşitlirejenerasyon ve transformasyon yöntemleri test edilmiştir. Dört günlük fidelerinkotiledon eksplantlarının 2 mg/l BAP+1 mg/l IAA ile desteklenmiş MS ortamındakültüre alınması ile en yüksek rejenerasyon frekansı (% 82) elde edilmiştir.rejenerasyon protokolü Agrobacterium tumefaciens'in, CaMV 35S promotorükontrolünde npt II (seçici markör geni) ve yeşil floresan proteinini kodlayan mGFP5-ER genlerini taşıyan pBin-mGFP5-ER binari vektör plazmidi içeren, AGL-1 ırkıkullanılarak gen aktarılmış bitkilerin eldesinde başarı ile uygulanmıştır. Bakterisüspansiyonu ile enfekte edilen kotiledon eksplantları, 2 mg/l BAP, 1 mg/l IAA, 200μM asetosiringon, 0.5 g/l MES ve phytagel içeren MS ortamında birlikte kültürealınmıştır. Transform olmuş dokular çok erken bir dönemde el UV'si ile 254/365 nmemisyon aralığında tespit edilmiştir.Anahtar kelimeler: Hıyar, rejenerasyon, mGFP5-ER, transformasyon, AgrobacteriumtumefaciensI
Rhodotorula glutinis'den elde edilen karotenodilerin bazı gıda patojenleri üzerine antibakteriyal etkisi
Pigmentlerin, antioksidan ve vitamin etkilerinin araştırılması üzerine pek çok çalışmalar yapılmasına karşın, son zamanlarda fark edilen ve diğer önemli bir özelliği olan antimikrobiyal etkileri üzerine çok az araştırma yapılmıştır. Bu çalışmada mayalardan, özellikle daha önce yapılan çalışmalarda karotenoid üretiminin yüksek olduğu saptanan 10 farklı (M24, M28, M29, M30, M35, M37, M39, M40, M42, M47) Rhodotorula glutinis suşundan elde edilen karotenoid eksraktlarının 5 farklı gıda patojeni (Staphylococcus aureus (B5), Bacillus subtilis (B9), Bacillus cereus (B41), Salmonella Enteritidis (B42) ve Escherichia coli (B43)) üzerine agar difüzyon ve minimum inhibisyon konsantrasyonu (MIC) yöntemleri kullanılarak antibakteriyal etkisi araştırılmıştır.Sonuç olarak, kullanılan 10 farklı karotenoid ekstraktları arasında en fazla antibakteriyal etkiyi, bakteri sayısı 103 kob/ml olduğunda üzümden izole edilen M24 (84,4mg/ml) nolu ekstraktın S. aureus üzerine, maydanozdan izole edilen M35 (94,2mg/ml) nolu ekstraktının B. subtilis ve B. cereus, üzerine, topraktan izole edilen M47 (93,07mg/ml) nolu ekstraktın S. Enteritidis ve ağaç yaprağından izole edilen M29 (107mg/ml) nolu ekstraktın ise E. coli üzerine antibakteriyal etki gösterdikleri belirlenmiştir. Karotenoid ekstraktlarının bakteri sayısı 106 kob/ml olduğunda antibakteriyal etkilerinin azaldığı, 108 kob/ml olduğunda ise antibakteriyal etki göstermediği saptanmış olup, antibakteriyel etkili ekstraktların MIC değerleri %85 ve %95 olarak belirlenmiştir.Anahtar Kelimeler: Karotenoid, Antibakteriyal Etki, Rhodotorula glutinis
Aurantioideae alt familyasındaki cinslerde yer alan bazı türlerin SSR markırlarıyla moleküler karakterizasyonu
Bu çalışmada, SSR markırları kullanılarak Çukurova Üniversitesi, Ziraat Fakültesi Tuzcu Turunçgil Koleksiyonunda bulunan Citrus tür ve akrabalarına ait 88 adet genotip arasındaki moleküler farklılıklar incelenmiştir. Kullanılan toplam 15 adet mikrosatellit primerlerinden AC01 ve CT19 primerleri ile istenilen amplifikasyon gerçekleşmemiştir. Amplifiye olan 13 adet primerden toplam 95 adet polimorfik bant elde edilmiştir. Kullanılan primerlerden 84 no'lu primer 14 allel/lokus ile polimorfizm oranı en yüksek primer olarak belirlenmiştir. SSR analizleri sonucunda elde edilen veriler ile Citrus tür ve akrabaları arasındaki genetik benzerlikler ve buna dayalı olarak dendogram oluşturulmuştur. Tez çalışması kapsamında kullanılan mandarin, portakal, turunç, altıntop türleri aynı alt grublarda toplanmışlar, Eremocitrus, Poncirus, Microcitrus, Fortunella cinslerine ait genotiplerin Citrus cinsi ile genetik ilişkileri tartışılmıştır. Anahtar kelimeler: Citrus, Poncirus, Fortunella, Microcitrus, Mikrosatellit (SSR=Simple Sequence Repeat).
Trametes versicolor'ın tekstil boyalarının gideriminde kullanım olanakları
Bu çalışmanın amacı; özellikle boya ve tekstil endüstrisi işletmeleri tarafından kullanılan ve bu işletmelerden çevreye bırakılan atık su içerisindeki önemli kirlilik faktörü olan sentetik boyar maddelerin düşük maliyetle ve kısa sürede biyolojik olarak arıtılmasının araştırılmasıdır. Bu amaçla beyaz çürükçül fungus olan Tramates versicolor'ın anyonik özellikte reaktif boyar maddeler (Reactive Black 5, Reactive Blue 19 ve Reactive Red 194) üzerine renk giderim aktivitesi araştırılmıştır. Maksimum renk giderimini belirleyebilmek için farklı boya konsantrasyonları kullanılarak laboratuar koşullarında hazırlanmış sentetik tekstil atık suyuna misel süspansiyonları eklenmiştir. Çalkalamalı ve statik koşullarda yürütülen bu çalışmada; çalkalamalı kültürlerde 4 gün sonunda renk giderim oranı Reactive Black 5 için % 97, Reactive Blue 19 için % 93 ve Reactive Red 194 için % 92, statik kültürlerde 14 günün sonunda bu oran sırasıyla % 93, % 87 ve % 79 olarak bulunmuştur. Mantarın boyar maddeleri ileri düzeyde metobolize ederek ortamdan elimine ettiği KOI (Kimyasal Oksijen İhtiyacı) analizi yapılarak belirlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Tekstil Boyası, Renk Giderimi, Beyaz Çürükçül Funguslar, Trametes versicolor
Doğal ortamlardan denitirifikasyon yeteneği yüksek bakteri izolasyonu ve denitrifikasyonda kullanılabilirliklerinin araştılması
Bu çalışmada alttan havalandırmalı, sabit dolgu yataklı küçük bir arıtma tesisi inşa edilerek dolgu yatağı üzerinde gelişen biyofilmden izole edilen bakterilerin denitrifikasyon yetenekleri araştırılmıştır. Yüksek düzeyde denitrifikasyon yeteneği belirlenen suşların nitrat içerikli atık sudan NO3-N ve KOI giderim testleri yapılarak denitrifikasyon verimleri belirlenmiştir. Tesisten izole edilen bakterilerden 19'unun denitrifikasyon yeteneğine sahip olduğu bulunmuştur. Bu suşların NO3 içerikli atık sudan ortalama NO3-N gideriminin %95,7, KOI gideriminin %73, 8 olduğu ortaya çıkarılmıştır. Bu bakteriler sabit yataklı denitrifikasyon prosesinde de denitrifikant floraya NO3-N giderimine katkı sağladığı bulunmuştur. Bu denitrifikant suşların VİTEK 2 otomatize sistemiyle Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca, Comamonas testosteroni, Enterobacter cloacae, Alcaligenes faecalis, Citrobacter freundii türlerine ait olduğu tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Atık su arıtımı, Denitrifikasyon, Nitrat Giderimi
Kolemanit atıklardan biyoliç yöntemi ile borik asit eldesi
Bu çalışmada, Etibor AŞ Kütahya Emet işletme tesisinden temin edilen kolemanit atık numunesine biyoliç ve kimyasal liç yöntemleri uygulanmıştır. Biyoliç işleminde Ç.Ü. Fen-Edebiyat Fakültesi Biyoloji bölümünden temin edilen Aspergillus niger kullanılmıştır. Biyoliç deneylerinde farklı katı oranlarındaki pH, potansiyel değişim (mV), sıcaklık, organik asit (oksalik ve sitrik asit) miktarı, %B2O3 çözeltiye alma verim değerlerine bakılmıştır. Anova-Yates deneysel test tekniği ile oksalik asit kullanılarak yapılan kimyasal liç deneylerinde de katı oranı, asit derişimi, sıcaklık ve %B2O3 çözeltiye alma verim değerleri üzerindeki etkileri araştırılmıştır. Biyoliç deneylerinde katı oranının artmasıyla %B2O3 ve çözünme veriminde düşüşler yaşanmış, pH'ın azalmasıyla da çözünme verimlerinde artış gözlenmiştir. Biyoliç uygulamasında en iyi çözünme verimini %3 katı oranında (pH 3.98, mV 180.8 ve 32 ºC sıcaklık) %97.31 ile kimyasal liç deneylerinde ise %5 katı, 20 g/L asit derişimi ve 30 °C sıcaklıkta %64.08 ile elde edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Biyoliç, Kimyasal Liç, Aspergillus niger, Kolemanit
Kaman cevizlerinde apomiksis olasılığının moleküler yöntemlerle araştırılması
Bu çalışma Kaman cevizlerinde apomiksis olasılığını moleküler markörleri kullanarak ortaya çıkarmayı amaçlamıştır. Çalışmanın materyalini apomiktik olarak ceviz fidanı üretimi yapan iki farklı fidan üreticisinden alınan Kaman-1 ve Kaman-5 genotiplerine ait 40 adet bitki ile apomiktik olduğu belirtilen fidanlarla önceden kurulmuş ve kısmen meyve vermeye başlamış 20 ağaç ve orijinal Kaman-1 ve Kaman-5 genotipleri oluşturmuştur. Böylece projede toplam 62 genotip kullanılmıştır. Araştırmada moleküler markör yöntemlerinden ISSR ve SRAP teknikleri kullanılmıştır. ISSR yönteminde 15 adet polimorfik primer kullanılmıştır. SRAP tekniği ise cevizde ilk defa bu çalışmada kullanılmış olup taranan 120 primer kombinasyonu arasından seçilen 10 primer kombinasyonu bu çalışmada kullanılmıştır. Uygulanan 10 adet SRAP primeri toplam 185 adet bant üretmiş olup, bunun 100 adedinin polimorfik olduğu belirlenmiştir. ISSR analizlerinde 15 adet primer 200 adet bant vermiş olup, bunların 122 adedinin polimorfik olduğu belirlenmiştir. Tüm Kaman1 ve Kaman-5 genotipleri arasındaki genetik benzerlik indeksleri 0.60 ile 0.93 arasında değişmiştir Böylece aşısız olarak ve apomiktik olduğu iddia edilerek satılan ceviz fidanlarının apomiktik olmadıkları sonucu ortaya çıkmıştır. ISSR yönteminin SRAP tekniğine göre birbirine yakın ceviz genotiplerini daha iyi ayırdığı belirlenmiştir. Ayrıca ISSR ile SRAP genetik benzerlik katsayıları arasındaki korelasyon düşük (0.22) bulunmuştur. Anahtar Kelimeler: Ceviz, SRAP, ISSR, Genetik çeşitlilik, Juglans r
DL-limonenin mayalar üzerine antifungal etkisi
Bu çalışmada DL-limonenin bazı mayalar üzerine antifungal etkisi disk difüzyon yöntemi ve minimum inhibe edici konsantrasyon (MİK) yöntemleriyle araştırılmıştır. Ayrıca, DL-limonenin Saccharomyces cerevisiae'nin etil alkol fermentasyonuna etkisi de incelenmiştir. Disk difüzyon yöntemi sonuçlarına göre, denenen bütün mikroorganizmalarda inhibisyon zonu görülmüştür. Zon çapları kontrol olarak kullanılan Fungizone antibiyotiğine kıyasla daha büyük olmuştur. DL-limonen konsantrasyonu arttıkça zon çapı da artmıştır. MİK değerleri, maya suşuna göre 500-4000 µg/ml arasında değişmiştir. DL-limonen S. cerevisiae'nin etil alkol fermentasyonunu inhibe etmiş ve oluşan aroma maddelerini de etkilemiştir.
Çukurova iklim koşullarının Spirulina platensis (Cyanophyta)'deki fikosiyanin miktarına etkisi
Çukurova bölgesinde, Spirulina platensis kültürlerinde mevsime bağlı sıcaklık ve aydınlanma şiddetinin, mavi renkli pigment C-fikosiyanin içeriğine etkisini ve protein miktarını belirlemek üzere, dışarı koşullarında, sera içerisinde fiber-glass havuzlarda nisan, temmuz ve eylül aylarında yapılan denemelerde, C-fikosiyanin miktarları sırasıyla 329.91±0.029 , 326.75±0.016 ve 332.71±0.021 µg/ml bulunmuştur. Yaz ayı su sıcaklık ortalaması 34.52±0.60 ºC ile sonbahar ve ilkbaharda saptanan su sıcaklıklarından (30.03±0.43 ºC ve 24.87±0.74 ºC) daha yüksek olmuştur. Mevsimlere göre aydınlanma şiddeti düzeylerine bakıldığında, temmuz ayındaki aydınlanma şiddetinin (1195.08±92.04 µmol m-2 s-1), eylül ve nisan aylarındaki denemelerde belirlenen aydınlık şiddeti değerlerinden (822.46±57.48 ve 684.40±103.89 µmol m-2 s-1) yüksek olduğu görülmektedir. Saptanan protein oranları ilkbahar,yaz ve sonbahar, koşullarında sırasıyla, %68 ,%68 ve %72 olmuştur. Nisan, temmuz ve eylül aylarında, Spirulina platensis kültürlerinde fikosiyanin ve protein içeriklerinde farklılık olmadığı sonucuna varılmıştır.
Çekirdek kabaklarında morfolojik ve moleküler karakterizasyon
Kabaklarda morfolojik ve moleküler karakterizasyon üzerinde gerçekleştirilen çalışmada bitki materyali olarak Cucurbita pepo, Cucurbita moschata ve Cucurbita maxima'ya giren yirmidört genotip kullanılmıştır. C. pepo genotiplerinin büyük bir kısmı tohumluk kabaktır ve bunlardan bazıları çerez ve yağ üretiminde kullanılan kabuksuz çekirdekli tiplerdir. Ayrıca C. moschata ve C. maxima'dan altı kışlık kabak genotipi ve üç adet türü bilinmeyen genotip çalışmada yer almıştır. Moleküler analizler ISSR ve SRAP ile gerçekleştirilmiş, morfolojik karakterizasyon ise UPOV kriterlerine göre yapılmıştır. Moleküler çalışmalarda sekiz ISSR primeri kullanarak 60 bant elde edilmiş ve bunların hepsi polimorfik bulunmuştur. Yine sekiz SRAP primer kombinasyonu kullanılarak toplam 71 bant elde edilmiş ve bunların da hepsi polimorfik bulunmuştur. ISSR analizlerinde genetik benzerlik katsayısı 0.07 ile 0.96 arasında, SRAP analizlerinde genetik benzerlik katsayısı 0.13 ile 1.0 arasında değişmiştir. ISSR ile SRAP arasındaki korelasyon çok yüksek, bulunmuştur: ( r = 0.947). Morfolojik ve moleküler çalışmalar arasında bazı farklılıklar görülmüş ve bu tip genetik yakınlık ve karakterizasyon çalışmalarında morfolojik analizlerin tek başına yetersiz kalacağı, moleküler tekniklerin daha güvenli sonuç verdiği sonucuna ulaşılmıştır.
Farklı Ganoderma lucidum suşlarının sıvı ve katı besin ortamlarında misel ve karpofor gelişimi ile verim ve bazı kalite özelliklerinin karşılaştırılması
Bu çalışma 2006-2007 yılları arasında Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümünde yürütülmüştür. Araştırmada Ganoderma lucidum'un iki yerli (Balcalı, Alata) ve bir ticari (Buffalo) olmak üzere 3 farklı suşu kullanılmıştır. Çalışmada ilk olarak bu suşların farklı besinyerlerindeki (PDA,CYM) misel gelişimlerinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Ayrıca elde edilen misellerin farklı talaş kültürü ortamlarında (A,B,C) yetiştirilerek, oluşan mantarların içerisindeki Fruktoz, Glikoz ve Sakkaroz miktarları ile mantar verimlerinin karşılaştırılması amaçlanmıştır..Deneme verileri incelendiğinde en iyi besiyerinin katı CYM (Glikoz, Maya ekstraktı, Pepton, MgSO4, 7H2OKH2PO4, K2HPO4, Agar) olduğu ve en iyi talaş ortamının Talaş, Su, CaSO4, Melas ve Buğday Kepeğinden oluşan C ortamının olduğu gözlemlenmiştir. Misel gelişimi , mantar ağırlığı, kompost poşeti başına düşen verim açısından en iyi suşun Buffalo olduğu ve bunu yerel bir suş olan Alatanın takip ettiği görülmüştür. Şeker miktarı açısından en yüksek değerleri Alata suşu vermiştir.
Probiyotik laktik asit bakterileri ve baharatların bazı gıda patojenleri üzerine inhibisyon etkisi
Yapılan bu çalışmada probiyotik özelliğe sahip bazı laktik asit bakterilerinin (Lactobacillus acidophilus LAB108, Lactobacillus casei Shirota LAB107, Lactobacillus rhamnosus LAB101) gıda patojeni olarak bilinen Bacillus cereus B41, Salmonella Enteritidis B42, Escherichia coli B43, Escherichia coli O157:H7 B51 ve Staphylococcus aureus B60 üzerine inhibisyon etkileri araştırılmıştır. Ayrıca, inhibisyon etkisi saptanan probiyotik kültürler, et ve et ürünleri katkısı, sarımsak ve karabiber ile birlikte kullanılarak duyarlı patojenler üzerine antagonistik etkileri invitro koşullarda araştırılmıştır.Sonuç olarak, araştırmada kullanılan tüm laktik asit bakterileri ve sarımsağın patojen bakteriler üzerine inhibisyon etkisi belirlenirken, karabiberin söz konusu patojenler üzerine inhibisyon etkisi gözlenememiştir. Laktik asit bakterilerine ve sarımsağa karşı en duyarlı patojen bakteri Staphylococcus aureus B60, en dirençli bakteri Bacillus cereus B41 olarak belirlenmiştir. Laktik asit bakterileri ve sarımsağın kombine kullanımında ise tüm patojenler üzerine inhibisyon etkide belirgin bir artış gözlenmiştir.
Kitinaz üreten bacillus izolasyonu, enzimin kısmi saflaştırılması ve karakterizasyonu
Bu çalışmada kitinaz üreticisi Bacillus thuringiensis subsp. kurstaki HBK-51 suşu kitin içeren doğal ortamdan izole edilmiş, biyokimyasal ve morfolojik özelliklerin yanısıra yağ asiti ve 16S RNA dizi analizlerine göre tanılanmıştır.B. thuringiensis HBK-51 suşunun kültür süpernatantından elde edilen kitinaz, geniş pH (3.0-11.0) ve sıcaklık (30-120 ºC) aralığında aktivite göstermiştir. Optimum aktivite pH 9.0 ve 110 ºC'de gözlenmiştir. Enzim, 3 saatlik ön inkübasyondan sonra; pH 9.0-12.0 aralığında (%98 kalan aktivite) ve 110 ºC'de (%96 kalan aktivite) yüksek düzeyde aktivite göstermiştir. Bu özellikleri dikkate alındığında; hipertermofil-termostabil ve alkali olarak tanımlanmıştır. %12'lik SDS-PAGE analizi ile 50 ve 125 kDa boyutlarında enzimin 2 izoformu saptanmıştır. NiCl2 (%32), KCl (%44) ve CuCl2 (%56) gibi metal iyonları aktivite artışına, EDTA (%7), SDS (%7), HgCl2 (%11) ve Etil-Asetimidat (%20) aktivite azalmasına neden olmuştur.Sonuç olarak B. thuringiensis subsp. kurstaki HBK-51 suşu kitinaz üreticisi olarak biyoteknolojik uygulamalarda kullanılabilecek önemli bir suştur. Üretilen enzim, biyoinsektisit/fungisit olarak, kitin içeren atıkların biyodegradasyonunda ve kitobioz üretimini içeren prosseslerde kullanılabilecek özelliktedir.
Türkiye acurlarının (Cucumis melo var. flexuosus) genetik ve morfolojik karakterizasyonu
Bu çalışma, Türkiye'deki acur genetik çeşitliliğinin ve acurun diğer Cucumis türleri içerisindeki yerinin belirlenmesi amacıyla Ç.Ü. Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümü sera ve laboratuvarlarında yürütülmüştür. Türkiye'nin farklı bölgelerinden, Ulusal Gen Bankası'ndan ve Fransa Dünya Kavun Gen Bankası'ndan temin edilen 68 acur, 9 kavun ve 1 hıyar genotipi hem morfolojik, hem de moleküler olarak karakterize edilmiştir.Morfolojik karakterizasyon UPOV deskriptörüne göre yapılmıştır. Ayrıca 3'ü fidede, 3'ü bitkide, 3'ü yaprakta, 2'si yumurtalıkta ve 3'ü de meyvede olmak üzere toplam 14 kantitatif karakterde ölçüm yapılmıştır. Morfolojik karakterizasyon neticesinde genotiplerin 4 ana gruba ayrıldığı saptanmıştır.Moleküler karakterizasyon 17 adet primer ile RAPD yöntemi kullanılarak yapılmıştır. Toplam 132 bant elde edilmiş olup, bunlardan 126 adedi polimorfik, 6 adedi monomorfik olarak bulunmuştur. Polimorfizm oranı ise % 95.45'dir. Genetik olarak birbirine en yakın genotipler A-7, A-9 ve A-8 olarak tespit edilmiştir.
Antepfıstığında mikrosatellit primerlerin geliştirilmesi ve diğer Pistacia türlerinde kullanılma durumlarının belirlenmesi
Bu çalışmada Siirt çeşidi DNA'sı kullanılarak `CA', `GA', `AAC' ve `AAG' motifleri ile zenginleştirilmiş genomik kütüphaneler oluşturulmuştur. Her bir kütüphaneden 57 klon olmak üzere toplam 228 klonun sekansı yaptırılmıştır. Sekansı yapılan 228 klondan 68 adedinin duplike klonlar olduğu, geriye kalan 160 klondan da 94 adedinin tekrar dizisi içerdiği, bunlardan 5 adedinin ise 2 tekrar dizisi içerdiği saptanmıştır. Böylece 99 tekrar dizisinin bulunduğu bölgeler için primer dizaynı yapılmaya çalışılmış ve sonuçta 84 çift primer dizayn edilmiştir. Sonuç olarak sekansı yapılan 228 klonun %36.8'inin primere dönüştüğü tespit edilmiştir. Bant üretme bakımından test edilen 84 primerden de 59 adet primer çiftinin (%70.2) bant verdiği saptanmıştır. Geliştirilen 59 primer arasından 13 primer çifti 12 Pistacia türüne ait olan 46 genotipin karakterizasyonunda kullanılmıştır. Toplam 169 adet allel elde edilmiş ve bunların 165 adedi polimorfik bulunmuştur. Primer başına düşen toplam allel sayısı ortalaması 13.0, primer başına düşen polimorfik allel sayısı ortalaması ise 12.7 olarak bulunmuştur. 13 SSR primerinin ortalama polimorfizm bilgi içeriği (PBİ) 0.905, toplam ayırma gücü (AG) ise 5.39 olarak bulunmuştur. Pistacia genotipleri arasındaki Jaccard indeksine göre, antepfıstığı genotipleri arasındaki genetik benzerlik indeksi 0.08?0.98 arasında değişmiştir. 46 adet genotip arasında genetik benzerlik açısından birbirine en yakın çeşitlerin Ketengömlek ile Kırmızı (0.98) ve Hacireşo ile Siirt (0.98), en uzak genotiplerin ise PM-0104 ile Uzun (0.08), PM-0104 ile Ashoury (0.08) ve PTX-0292 ile Ashoury (0.08) olduğu belirlenmiştir.
Kendilenmiş monoik atlantik sakızı populasyonunda genetik haritalama için polimorfik yöntem ve primerlerin belirlenmesi
Bu çalışmada, AFLP yöntemi ve AFLP'den türemiş yöntemler olan SAMPL ve TE-AFLP yöntemleri ile kodominant markör yöntemi olan SSR yöntemi kullanılmış, kendilenmiş monoik atlantik sakızı populasyonunda genetik haritalama için polimorfik yöntem ve primerlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmada ebeveyn olarak monoik P. atlantica ve bu monoik bitkinin kendilenmesiyle elde edilmiş 10 adet yavru birey kullanılmıştır. AFLP yönteminde 96 adet EcoRI-MseI primer kombinasyonu, 603'ü polimorfik olan toplam 8177 bant, SAMPL yönteminde 96 adet SAMPL-MseI primer kombinasyonu 358'i polimorfik olan toplam 5952 bant, TE-AFLP yönteminde 8 adet Xba-BamHI primer kombinasyonu 36'sı polimorfik olan toplam 302 bant ve SSR yönteminde 33 primer çifti kullanılmış, 18'i polimorfik olan toplam 50 bant elde edilmiştir. Çalışma sonucunda, en fazla polimorfik bant veren yöntemin AFLP yöntemi olduğu ve genetik haritalama çalışması için AFLP yönteminin en uygun yöntem olduğu, AFLP yöntemiyle birlikte kodominant markör yöntemi olan SRR yönteminin kullanılmasının avantaj sağlayabileceği görülmüştür.
Bazı çilek çeşit ve genotiplerinin moleküler markör teknikleri ile karakterizasyonu
Bu çalışma Türk ve yabancı orijinli 34 çilek çeşit ve genotipi arasındaki genetik ilişkileri ortaya çıkarmak amacıyla CAPS ve SSR DNA moleküler markör teknikleri kullanılarak yapılmıştır. Çalışmada 17 adet CAPS primer enzim kombinasyonu ve 12 adet SSR primer çifti kullanılmıştır. CAPS primer-enzim kombinasyonları 52'si polimorfik olan toplam 60 adet bant üretmiştir. Kullanılan SSR primer çiftlerinden ise 145'i polimorfik olan toplam 150 adet allel elde edilmiştir. CAPS tekniğinde genetik benzerlik katsayısı 0.56?0.95 arasında değişmiştir. Call Giant-4 ile Festival'in (0.95) genetik olarak birbirlerine en yakın, Maya ile Whitney'in (0.56) genetik olarak birbirine en uzak genotipler olduğu belirlenmiştir. SSR tekniğinde elde edilen sonuçlara göre, genetik benzerlik katsayısı 0.55-0.94 arasında değişmiştir. Call Giant-2 ile Call Giant-3'ün (0.94) birbirine en yakın, 8 nolu genotip ile Call Giant-4'ün (0.55) ise en uzak genotipler olduğu tespit edilmiştir. CAPS ve SSR verilerinin birlikte analiz edilmesi sonucunda ise, genetik benzerlik katsayısı 0.59-0.91 arasında değişim göstermiştir. Call Giant-2 ile Call Giant-3 (0.91) en yakın, 8 nolu genotip ile Call Giant-4 (0.59) ise en uzak genotipler olarak bulunmuştur. Sonuç olarak, çilek çeşit ve genotiplerinin karakterizasyonunda, SSR yöntemi CAPS tekniğine göre polimorfizm oranı (PO) ve polimorfizm bilgi içeriği (PBİ) bakımından daha üstün bulunurken, CAPS tekniği ise ayırma gücü bakımından SSR yönteminden daha üstün bulunmuştur.
Soya ve mısırda genetiği değiştirilmiş ürünlerin belirlenmesi
Bu çalışmada, ithal olarak temin edilen ve bölgemizde yetiştirilen soya ve mısır tohumları ile değişik marketlerden toplanan gıda ürünlerinde genetiği değiştirilmiş organizmaların kalitatif olarak PCR analizleri ile belirlenmesi amaçlanmıştır. DNA izolasyonları 45'i ithal ve 17'si bölgemizde yetiştirilen mısır çeşitlerine ait tohumlar olmak üzere toplam 62 mısır tohumu örneği ile 30'u ithal, 8'i bölgemizde yetiştirilen soya çeşitlerine ait tohumlar olmak üzere toplam 38 soya örneğinde ve 7 çeşit gıda ürününde 3 farklı izolasyon metodu (Wizard-promega food kit, Nucleospin food kit ve CTAB metodu) kullanılarak, en iyi izolasyon yöntemini belirlemek için yapılmıştır. Yapılan DNA izolasyonu sonuçlarına göre, en iyi sonucu Nucleospin food kit vermiştir. DNA'sı elde edilen gıda örneklerinde lektin/zein geninin PCR amplifikasyonunda, bir örneğin zein geni, iki örneğin ise lektin geni içerdiği belirlenmiştir. Daha sonra tüm örneklerde 35S promotör ve Nos terminatör taraması yapılarak pozitif sonuç veren örneklerde nested PCR ile spesifik GDO belirleme yapılmıştır. Tarama sonucunda gıda ürünlerinin ve yerel mısır ve soya tohum örneklerinin GDO içermediği, ithal soya ve mısır örneklerinin hepsinin de transgenik olduğu belirlenmiştir. Nested-PCR sonuçlarına göre, ithal soya örneklerinde Roundup Ready soya belirlenirken, ithal mısır örneklerinin tümü Bt11 içermiştir. Ayrıca, ithal mısır örneklerinin 5 tanesinin Bt11 ile birlikte MON810 ve iki tanesinin de Bt176 da içerdiği belirlenmiştir. Sonuç olarak, ithal edilen soya örneklerinin genetiği değiştirilmiş olduğu ve mutlaka gümrüklerde kontrollerin yapılması gerektiği sonucuna varılmıştır
Bazı avokado (Persea americana Mill.) çeşitlerinin morfolojik ve moleküler karakterizasyonu
Avokadonun iki ırkını temsil eden 13 çeşit ile Meksika Guatemala melezi olan 7 çeşit SRAP ve RAPD markırları ile analiz edilmiştir. On sekiz RAPD primerinden 116 bant; 21 SRAP primerinden 122 bant elde edilmiştir. RAPD ve SRAP analizlerinde Jacard'ın benzerlik matriksi kullanılmış ve UPGMA analizi ile dendogram oluşturulmuştur. RAPD'ın genotipler arasındaki benzerlik derecesi %46 ile %86 iken SRAP da bu değerler %49 ile %90 olarak hesaplanmıştır. Elde ettiğimiz sonuçlar avokado genotiplerinin karakterizasyonunda SRAP ve RAPD markırlarının kullanılabileceğini göstermiştir. Yirmi avokado çeşidine ait ağaç gücü, ağaç boyu, ağacın tacı, şekli, yaprak boyu, sürgün rengi, yaprak şekli gibi ağaç ve yaprak özellikleri IPGRI standartları baz alınarak incelenmiştir. Tüm morfolojik karakterler SAS bilgisayar programında analiz edilmiştir.
Türkiye'de hemoglobin varyantları ve talasemi mutasyonları bilgi sistemi
Bu çalışmada Türkiye'de bulunan anormal hemoglobinler ve talasemi mutasyonları kayıtlarını içeren bir veritabanı oluşturulması; eğitim ve bilgilendirme materyalini kapsayan bir bilgi sisteminin geliştirilmesi hedeflenmiştir. Sistemin veritabanından her mutasyon ve hemoglobin varyantının görüldüğü yerler, mutasyon noktaları, hematolojik parametreleri, yapısal ve fonksiyonel çalışmalar ile referans bilgileri yer almaktadır. Sistem, söz konusu kayıtların çeşitli açılardan sorgulanmasını sağlayan basit ve ileri arama mekanizmalarını kapsamaktadır. TrHbVar adlı veritabanı ve bilgi sistemi internet üzerinden serbest kullanıma açılmış (www.turktalasemi.org) olup şu an için 50 hemoglobin varyantı ile 41 talasemi mutasyonuna ait kayda erişilebilmektedir.
Karpuz (Citrullus lanatus (Thunb.) Matsum ve Nakai)'a VAT (Aphis gossypii'ye dayanıklılık) geninin aktarılması ve transformasyon etkinliğinin araştırılması
Bu tezde, karpuz (Citrullus lanatus (Thunb.) Matsum ve Nakai) bitkisinde rejenerasyon için gerekli olan uygun ortam optimizasyonu ve Agrobacterium aracılığıyla gen aktarma tekniği çalışılmıştır. Test edilen rejenerasyon ortamlarından en etkili olan, 5 gün çimlendirme ortamında olan karpuz tohumları 2 mg/l BAP + 0.1 mg/l IAA ile desteklenmiş MS ortamında kültüre alınmasıyla yüksek rejenerasyon frekansı elde edilmiştir. Agrobacterium'un C58C1-pmp90 ve C58C1-pch32 suşlarının VAT bölgesi ve 2.5 kb'lık 5' ve 3'regülatör dizinlerine sahip pBin19 binary vektör kullanılmıştır.Bakteri solüsyonu ile muamele edilen karpuz tohumu eksplantları, 2 mg/l BAP, 0.1 mg/l IAA, 200 mg/l timentin ve 7.5 g agar içeren MS ortamında kültüre alınmıştır. Gen aktarımı olan bitkileri tespit edebilmek için seçici seleksiyon ortamı (2 mg/l BAP + 0.1 mg/l IAA + 750 mg/l sefuroksim sodyum + 200 mg/l kanamycin + 7.5 g agar) kullanılmıştır. Seleksiyon ortamında canlılığını devam ettiren bitkiler MSG (sürgün geliştirme ortamı) ortamında geliştikten sonra DNA izolasyonu, PCR, Jel elektroforezi sonucunda aktarılan bantlara UVP Jel dökümantasyon sisteminde bakılmıştır. Bantlar ilgili bölgelerde tespit edilmemiştir.Anahtar kelimeler: Citrullus lanatus, transformasyon, Agrobacterium tumefaciens, rejenerasyon, Aphis gossypii
Şalgam suyu üretiminde kullanılan siyah havuç (Daucus carota) boyutunun şalgam suyu kalitesi üzerine etkisi
Bu çalışmada şalgam suyu üretiminde kullanılan siyah havuç boyutunun şalgam suyu kalitesi üzerine etkisi araştırılmıştır. Şalgam suyu üretiminde fermantasyon geleneksel yöntemle gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla 10 ? 12 cm boyunda ve 2 - 3 cm çapında siyah havuçlar seçilmiş ve daha sonra havuçlar 3, 6 , 9 cm ve boyuna ikiye olacak şekilde kesilerek denemeler gerçekleştirilmiştir.Elde edilen sonuçlara göre toplam asitlik, laktik asit cinsinden, 7.15 - 7.75 g/L, laktik asit 5.6 ? 6.3 g/L, pH 3.45 ? 3.53, antosiyanin 120.18 ? 145.60 mg/L, toplam fenol OY280 olarak 23.3 ? 28.99 arasında bulunmuştur. Şalgam sularının mikrobiyolojik analizlerinde laktik asit ve Saccharomyces spp. olmayan mayaların en yüksek sayısı fermantasyonun 2. gününde elde edilmiştir. Toplam mezofil aerobik bakteri, toplam maya ve Saccharomyces spp. mayalarının en yüksek değerleri fermantasyonun 3. günü gözlemlenmiştir. Bunların sayıları en yüksek değere ulaştıktan sonra azalmış fakat fermantasyon boyunca ortamda önemli miktarda bulunmuşlardır. Koliform bakteri sayısı fermantasyonun 1. günü en yüksek değere ulaşmış, ancak sayıları azalmış ve fermantasyon bitene kadar ortamdan kaybolmuşlardır.Duyusal analizlere göre, en çok tercih edilen örnek 3 cm boyutunda siyah havuç ilave edilen deneme olmuştur.
Bazı turunçgil anaçlarında farklı eksplant kaynağı ve besi ortamlarının somatik embriyogenesis üzerine etkileri
On turungil genotipinde [Citrus aurantium L. (cv `Tuzcu 891'), Citrus aurantium L.(cv `Tuzcu 31-31'), Citrus aurantium L. (cv `Gou Tou'), Citrus sinensis (L.) Osb. (cv`Alanya Dilimli'), Citrus reshni Hort. ex.Tan. (cv `Cyprus Cleopatra mandarine'), Poncirustrifoliata (L) Raf (cv `Pomeroy'), Citrus sinensis (L) Osb. x Poncirus trifoliata (L) Raf. (cv`Tuzcu M2 Citrange'), Citrus sinensis (L) Osb. x Poncirus trifoliata (L) Raf. (cv `CarrizoCitrange'), Citrus paradisi Macf. x Poncirus trifoliata (L) Raf. (cv `Swingle Citrumelo),Citrus volkameriana Tan.& Pasg. (cv `CRC 01 Volkameriana')] stil ve ovül kültürükullanılarak kallus oluşumu, somatik embriyogenesis ve bitki rejenerasyonu sağlanmıştır.Eksplantlar farklı besi ortamlarında kültüre alınmıştır. Murashige & Skoog (MS)makro ve mikro elementleri ve Murashige & Tucker (MT) vitaminlerine ek olarak 500mg/lMalt Ekstrakt ile 1mg/l 2.4D, 3 farklı BA konsantrasyonu (0, 0.5, 1mg/l) birinci yıldenemelerinde besi ortamı olarak kullanılmıştır. İkinci yıl stil eksplantları, MS basal ortamı,ME ile beraber 3 farklı BA konsantrasyonu (1, 2, 3mg/l) içeren ortamda kültüre alınmıştır.İkinci yıl denemelerinde MS makro ve mikro elementleri, MT vitaminleri ile ME herhangibir büyümeyi düzenleyici içermeyen ortamda kültüre alınmış, ayrıca 2.4D (1mg/l) ve 3 farklıBA (0, 0.5, 1mg/l) konsantrasyonu içeren ortamlar ovül eksplantları için kullanılmıştır.Sukroz (50g/l) tüm denemelerde karbon kaynağı olarak kullanılmıştır.Stil ve ovül kültürlerinden somatik embriyo oluşumuna genotipler farklı tepkilervermiştir. Stil eksplantlarından somatik embriyo oluşumu %0 (AREC Swingle Sitrumelo,M2 Sitranjı, Volkameriana, Pomeroy üç yapraklısı) ve % 100 (Gou Tou turuncu) arasındadeğişirken aynı şekilde ovül eksplantlarinde somatik embriyo oluşum oranları %0 (CarrizoSitranjı, Alanya Dilimli portakalı, AREC Swingle Sitrumelo) ile %100 (Tuzcu 891 veKleopatra Mandarini) arasında değişmiştir.Somatik embriyolar yaklaşık 4 hafta sonra bitkiye dönüşmüşlerdir.Anahtar Kelimeler: Turunçgiller, ovül kültürü, stil kültürü, somatik embriyogenesis, invitro
Türkiye'nin bazı bölgelerinden toplanmış nohut genotiplerinin moleküler karakterizasyonu
Türkiye'nin farklı bölgelerinden toplanmış 91 nohut genotipi ile 2 nohut çeşidinde genetik çeşitliliği belirlemek amacıyla yapılan çalışmada DNA markörü olarak ISSR ve SRAP moleküler markörleri kullanılmıştır. En polimorfik primer/primer kombinasyonlarını belirlemek için 65 ISSR ve 82 SRAP primer kombinasyonu 6 nohut DNA'sında ön taramaya tabi tutulmuş, en polimorfik ve skorlaması en rahat olan 11 ISSR primeri ve 9 SRAP primer kombinasyonu seçilmiştir. Kullanılan her iki primer kombinasyonunda da polimorfizm oranı oldukça düşük bulunmuştur. 93 nohut genotip/çeşidin birbirine olan yakınlığı Jaccard benzerlik katsayısına göre hesaplanmıştır. Buna göre ortalama genetik bezerlik 0.90 bulunmuş olup 0.64 ile 1.00 arasında değişmiştir. Jaccard genetik benzerlik katsayısı kullanılarak yapılan UPGMA analizi sonucunda, 91 genotip ve 2 çeşit A ve B olmak üzere iki ana gruba ayrılmıştır. Dendrogramdaki A grubunun toplam 3 genotipi temsil ettiği geri kalan 90 genotipinde B grubunu oluşturduğu, aynı zamanda B grubununda kendi içinde esas olarak B1 ve B2 olarak ikiye ayrıldığı, B1 grubunun 3 genotipi içerdiği, B2 grubunun ise 87 genotipi içerdiği ve B2 grubununda kendi içinde alt gruplara ayrıldığı saptanmıştır. Bu çalışma sonucunda yerel nohut genotiplerinin genetik tabanının dar olduğu sonucuna varılmıştır.
LC-MS/MS kullanılarak optimize edilen metot ile inek sütünün amino asit komposizyonunun belirlenmesi
Hayvansal kaynaklı proteinlerin biyoyararlılığı yüksektir. Süt insan beslenmesinde vazgeçilmez olan ve biyoyararlılığı yüksek proteinler içeren hayvansal kaynaklı bir gıdadır. Sütün amino asit bileşiminin belirlenmesi, sütün besin değerini etkileyebilecek peptitlerin ve proteinlerin kalitatif değerlendirmesi için çok önemlidir. Gıdaların amino asit profillerinin belirlenmesinde HPLC metodu yaygın olarak kullanılsa da, son zamanlarda amino asitlerin türevlendirme olmadan analiz edilebilmesine olanak sağlamasından dolayı LC-MS/MS metodu ön plana çıkmaktadır. Bu çalışmanın amacı, hidroliz sonrası LC-MS/MS ile türevlendirme olmaksızın sütteki amino asitlerin tayini için bir metot optimize etmek ve optimize edilen bu metot ile Türkiye'de yetiştirilen beş sığır ırkından (Siyah Alaca, Simental, Esmer, Yerli Kara ve Boz Irk) elde edilen sütlerin amino asit profillerini araştırmaktır. Süt örneklerine asidik hidrolizin yanı sıra alkali hidroliz de uygulanmış ve triptofan içerikleri de çalışmanın sonuçlarına dahil edilmiştir. Sonuç olarak sütlerde lisin, histidin, sistin, aspartik asit, treonin, alanin, glutamik asit, prolin, valin, izolösin, tirozin, lösin, feni¬lalanin, metiyonin, glisin, serin, arjinin ve triptofan olmak üzere toplam 18 adet amino asidin komposiyonunun belirlenmesi gerçekleştirilmiştir. Daha önce inek sütlerinde yapılan çalışmalarla uyumlu olarak, LC-MS/MS kullanılarak optimize edilen metot ile yapılan bu çalışmada da inek sütlerinde en bol bulunan amino asit glutamik asit, en bol bulunan esansiyel amino asit lösin, en az miktarda bulunan esansiyel amino asit ise triptofan olarak bulunmuştur. Farklı ırklardan elde edilen inek sütlerinin lisin, histidin, sistin, aspartik asit, treonin, alanin, glutamik asit, prolin, valin, izolösin, tirozin, lösin, feni¬lalanin, metiyonin ve triptofan konsantrasyonları için önemli farklılıklar (P<0,05) gözlenirken, glisin, serin, arjinin konsantrasyonları açısından önemli bir fark olmadığı görülmüştür (P>0,05). Farklı ırkların sütlerinin amino asit kompozisyonu karşılaştırıldığında, yerli ırk olan Boz Irk ve kültür ırkı Siyah Alaca sütlerinde toplam esansiyel amino asitlerin toplam amino asitlere oranının çalışılan diğer ırkların sütlerine göre daha yüksek olduğu görülmüştür. Yine iki ırkın sütlerinin lisin, valin, izolösin, lösin, treonin, feni¬lalanin, triptofan, histidin, glisin, sistin, serin, arjinin, aspartik asit, alanin, glutamik asit, prolin ve tirozin konsantrasyonlarında istatiksel olarak anlamlı bir fark olmadığı görülmüştür (P>0,05). Süt örneklerinin amino asit komposizyonunun yanı sıra kimyasal komposizyonunun da incelendiği çalışmada, Boz Irk sütünün yüksek protein içeriği ile diğer ırkların sütlerinden önemli ölçüde farklı olduğu, yağ içeriğinin ise en düşük olduğu görülmüştür. Laktoz içeriği açısından değerlendirildiğinde ise Boz Irk ve Yerli Kara sütlerinin diğer ırklardan istatiksel olarak önemli oranda (P <0,05) yüksek olduğu tespit edilmiştir. Simental ırkı sütünün ise çalışılan ırkların sütleri arasında en yüksek yağ içeriğine sahip olduğu belirlenmiştir. Çalışmada ısıl işlemin sütler üzerinde etkisini değerlendirmek amacıyla tez kapsamında çalışılan beş sığır ırkından elde edilen sütlere, aynı normlarda ev tipi kaynatma ve pastörizasyon işlemi uygulanmış ve sütlerde ısıl işlem öncesi ve sonrası hidroksimetilfurfural (HMF), lisin ve renk analizleri değerlendirilmiştir. Süte uygulanan ısıl işlem şiddetinin ve kalitenin belirlenmesinde kullanılan ve Maillard reaksiyonu sonucunda ortaya çıkan en bilinen ve en yaygın ara ürünlerden biri olan HMF'yi tespit etmek amacıyla yüksek hassasiyet ve seçiciliğe sahip LC-MS/MS'te bir yöntem geliştirilmiş ve valide edilmiştir. Analizler sonucunda pastörize edilen örneklerde ölçüm limitinin altında HMF oluştuğu gözlenirken kaynatılan süt örneklerinde ise 7,14±0,89-9,39±3,35 µg/kg aralığında HMF oluştuğu gözlemlenmiştir.
Ulva lactuca ekstraktının lipozomal formülasyonunun antioksidan ve antibakteriyal özelliklerinin araştırılması
Deniz marulu olarak da bilenen Ulva lactuca (Ulvophyceae; Ulvaceae), kayalık ve sığ sularda gelişen, dünya üzerinde geniş yayılım gösteren bir yeşil makroalg türüdür. U. lactuca, alkaloid, flavonoid, tanen, steroid, saponin ve antrakinon gibi biyoaktif bileşikler içermekte ve antioksidan ve antimikrobiyal etkiler başta olmak üzere sağlık üzerinde birçok olumlu etkilere sahip olduğu bilinmektedir. Diğer yandan lipozomlar biyouyumlu, toksik etkisi olmayan ve biyobozunur özelliklere sahiptir ve farmasötik, gıda, kimya ve kozmetik alanlarında kullanılmaktadır. Uygulama alanına göre farklı kompozisyona ve fiziksel özelliklere sahip olmakla birlikte bir çok farklı hazırlama metodu vardır. Lipozomlar amfipatik yapıya sahip olmalarından dolayı hem hidrofobik hem de hidrofilik bileşikleri enkapsüle edebilir. Belirli bir salınım profiline bağlı olarak kontrollü salınım yapılabilir. Hedefe özgü ligandlarla modifiye edilebilme özelliklerine sahip olan lipozomlar hedef bölgeyle entegrasyonun artmasını sağlamaktadır. Ayrıca terapötik maddeyi vücut içerisinde metabolize olmaktan korumakta ve böylelikle terapötik maddelerin etkinliğinin artmasına sebep olmaktadır. Bu tez çalışmasında U. lactuca türünün Marmara (Bursa) ve Ege (İzmir) denizlerinden toplanan alg materyallerinin Bursa Teknik Üniversitesi ve Ege Üniversitesi'nde ekstraksiyonları yapıldı. Ekstraksiyon işlemi Etanol/Su (80/20 V/V) çözücüsüyle 40 °C sıcaklıkta ve oda sıcaklığında iki ayrı metot ile gerçekleştirildi. Elde edilen ekstre ve ekstre yüklü lipozomal formülasyonların antioksidan ve antibakteriyel özellikleri araştırıldı. Ekstre ve ekstre yüklü lipozomal formülasyonların antioksidan kapasitesinin anlaşılabilmesi için, total fenolik içerikleri (TPC) Folin Ciocioultiou yöntemi ile ve antioksidan aktivitesi DPPH radikal süpürme aktivitesi tayini ile araştırıldı. Folin Ciocioultiou metodu ile total fenolik içerik tayini sonuçlarına göre 100 µg/mL konsantrasyonda; Marmara ekstresinin TPC'si 5,306 mg GAE/g olarak hesaplanırken, Ege ekstresinin TPC'si ise 7,5 mg GAE/g olarak bulunmuştur. Marmara ve Ege ekstrelerinin EC50 değerleri sırasıyla 429,21 µg/mL ve 834,29 µg/mL olarak hesaplanırken bu değerler standart antioksidan askorbik asite kıyasla yaklaşık 30 ila 60 kat daha yüksektir. U. lactuca ekstresinin antibakteriyel etkisi için öncelikle disk difüzyon testi yapıldı. Ardından Minimum İnhibisyon Konsantrasyonu (MİK) ve Minimum Bakterisidal Konsantrasyonu (MBK) testleri ile antibakteriyel aktiviteleri değerlendirildi. Disk difüzyon testinde her bir ekstre ve ekstre yüklü lipozom için 8 mm inhibisyon çapı belirlenirken, MİK testinde U. lactuca Marmara ve Ege ekstrelerinin lipozomal formülasyonları E.coli ATCC 25922'ye karşı MİK değeri 1250 µg/mL olarak belirlendi. Her iki örneğin de S. aureus ATCC 25923'e karşı daha etkisiz olduğu bulundu ve MİK değerleri 2500 µg/mL idi. MİK testinde, ekstre yüklü lipozomların antibakteriyel etkisinin ekstrelere kıyasla daha yüksek olduğu bulundu. MBK değerlerine ise, MİK değerlerinden daha yüksek konsantrasyonlarda ulaşılabileceği sonucuna varıldı.
İzmir Çamaltı tuzlasından izole edilen halofilik mikroalglerin biyoteknolojide kullanım potansiyellerinin incelenmesi
Mikroalgler hızlı büyüme özellikleri, çeşitli çevresel faktörlere karşı geniş tolerans göstermesi ve biyokimyasal içerikleri nedeniyle gıda, yem, ilaç ve biyo-yakıt gibi çeşitli biyoteknolojik alanlarda kullanılma potansiyeline sahiptirler. Bu doğrultuda tez çalışmasında İzmir Çamaltı Tuzlası'ndan izole edilmiş halofilik mikroalgler, biyoteknolojide kullanım potansiyellerinin araştırılması amacıyla, çeşitli genetik, fizyolojik ve biyokimyasal analizlere tabi tutulmuştur. Ribozomal RNA büyük alt ünite gen dizilerine (rRNA LSU) dayalı filogenetik analiz, 17 Dunaliella sp. suşundan 11'nin D. salina ile gruplandığını, ikisinin D. viridis benzeri olduğunu göstermiştir. Dört suşun tür seviyesindeki tanımlaması yapılamamıştır. Diğer taraftan gen bankalarında halofilik Tetraselmis sp. ile Cryptophyceae suşlarına yüksek benzerliğe sahip rRNA LSU gen dizilerinin mevcut olmadığı görülmüştür.Genetik farklılığa sahip 6 Dunaliella suşu, büyüme özellikleri ve pigment üretimlerinin karşılaştırılması için, düşük (65 µmol.foton.m-2.s-1) ve yüksek (650 µmol.foton.m-2.s-1 ışık yoğunluklarında kültüre alınmıştır. En iyi büyüme D. viridis AQUAMEB-2'nin düşük ve yüksek ışık kültürleri ile D. salina AQUAMEB-21'in yüksek ışık kültüründe izlenmiştir. En yüksek total karotenoid içeriği Dunaliella salina suşlarının yüksek ışık kültürlerinde belirlenmiştir. Dunaliella salina suşlarında kuru ağırlığın ‰ 3-5'inin beta karoten olduğu yüksek basınç sıvı kromatografisi (HPLC) ile belirlenmiştir. Tez çalışmasında kullanılan mikroalg suşlarının kuru ağırlık başına protein miktarları 60 mg.g-1 ile 180 mg.g-1 arasında; toplam karbohidrat miktarları 60 mg.g-1 ile 250 mg.g-1 arasında; toplam yağ asidi miktarları ise 12 mg.g-1 ile 40 mg.g-1 arasında değişmiştir. Cryptophyceae AQUAMEB 1 ve Tetraselmis sp. AQUAMEB-22'de kuru ağırlık başına ökosapentaenoik asit (EPA) miktarları sırasıyla 1.4 mg.g-1 ve 0.8 mg.g-1 olarak bulunmuştur. Dokosahegzaenoik asit (DHA) ise, 0.5 mg.g-1 alg kuru ağırlığı ile sadece Cryptophyceae AQUAMEB-1'de bulunmuştur.
Streptococcus zooepidemicus ile hyaluronik asit üretiminde optimum koşulların belirlenmesi
Hyaluronik asit (HA) geleneksel olarak kimyasal yollarla horoz ibiği, göbek kordonu gibi hayvansal kaynaklardan saflaştırılmaktayken, bu yöntemlerin kaynakların sınırlı olması, viral enfeksiyon riski taşıması ve HA'nın yıkıcı enzimlerle kontaminasyona maruz kalması gibi sorunlara yol açtığı bilinmektedir. Bu nedenlerle son yıllarda mikrobiyal fermantasyon yoluyla HA üretimi tercih edilmekte ve protokol geliştirme çalışmaları devam etmektedir. Bu çalışma kapsamında HA üretiminde genel üretici olduğu bilinen Streptococcus zooepidemicus ile çalışmalar gerçekleştirilmiştir. S. zooepidemicus ile HA üretimi üzerinde etkisi olduğu düşünülen pH ve sıcaklık gibi kültür şartları eski protokoller yerine tam kontrollü (oksijen, sıcaklık, pH ve karıştırma) paralel fermentör sistemi kullanılarak farklı değerler uygulanarak denenmiştir. Beş saatlik fermantasyon süresi sonucunda oluşan HA miktarları karbazol yöntemiyle belirlenerek farklı değerlerde uygulanan kültür şartları arasında karşılaştırmalar yapılmıştır. Fermantasyonla HA üretimine pH etkisi incelendiğinde HA üretiminin pH 6,5 ve pH 7 değerlerinde pH 7,5 ve pH 8'e göre yüksek olduğu görülmüştür. HA üretimine pH etkisi incelendiğinde pH 6,5, pH 7, pH 7,5 ve pH 8 değerleri arasında HA üretimleri açısından istatistiksel olarak herhangi bir farkın olmadığı görülmüştür (Duncan Test, P>0,05). HA üretimine sıcaklık etkisi incelendiğinde en yüksek HA üretimi 35°C ve 37°C'de elde edilmesine rağmen kullanılan farklı sıcaklık değerleri arasında istatistiki bir fark bulunamamıştır (Duncan Test, P>0,05). Farklı sıcaklık değerlerinin denendiği gruplar parametrik olmayan test ile de karşılaştırılmıştır, ancak gruplar arasında önemli bir fark tespit edilememiştir (Kruskal Wallis Testi, P>0,05). HA üretiminde en az varyasyon 32°C ve 35°C sıcaklıklarında gözlemlenmiştir. En yüksek HA üretimi 37°C sıcaklıkta ve pH 6,5'te olmuştur. Fermantasyon boyunca her saatte numune alınıp bakteri sayıları izlenerek farklı pH ve sıcaklık değerlerinde bakteri sayısı değişimi karşılaştırılmıştır. Her bir deney grubunda fermantasyon ortamındaki bakteri sayısı arttıkça oluşan HA miktarının da arttığı belirlenmiştir. Deney grupları incelendiğinde bakteri sayısı artışının en yüksek 37°C sıcaklıkta ve pH 7'de olduğu görülmüştür. Ön fermantasyon aşamasının incelendiği bu çalışmada farklı pH ve sıcaklık değerlerinde HA miktarındaki eğilim belirlenmiştir.
Doku mühendisliği uygulamaları için mikroakışkan sistemi kullanarak sodyum aljinat film üretimi
Son yıllarda doku mühendisliğindeki önemli gelişmeler, dokuya özgü hücre kültürü faaliyetlerini destekleyen iskelelerin üretimi için yeni yöntemlerin geliştirilmesini gerektirmiştir. Geleneksel üretim yöntemlerinin iskele mikro mimarisi üzerindeki yetersiz kontrolü, iskelelerin üretimi için yeni tekniklerin geliştirilmesine duyulan ihtiyacı arttırmıştır. Mikroakışkan teknikleri yüksek derecede düzenli ve kontrollü gözenekli doku iskelelerinin üretimi için son zamanlarda en ilgi çeken yeni tekniklerden bir tanesidir. Bu tez çalışmasında, T-şekilli bir mikroakışkan sistem ile doku mühendisliği uygulamalarında iskele yapısı olarak kullanılabilecek gözenekli aljinat hidrojel filmlerin üretimi gerçekleştirilmiştir. Çalışmada mikroakışkan cihaz vasıtasıyla üretilen mikrobaloncukların iki aşamayla gözenekli film oluşturma potansiyeli araştırılmıştır. Çalışmanın ilk aşamasında farklı konsantrasyonlardaki polimerik mikrobaloncuklar bir altlık üzerinde toplanmış ve baloncuk patlama işlemi ile gözenekli yapıların oluşumu sağlanmıştır. İkinci aşamada ise elde edilen mikrobaloncuklara CaCl2 çözeltisi kullanılarak bir jelleşme işlemi uygulanmış ve kurutularak gözenekli üç boyutlu yapılar elde edilmiştir. Ayrıca, polimerik çözelti konsantrasyonları, sıvı akış hızı ve gaz basıncı gibi parametrelerin elde edilen filmlerin özellikleri üzerindeki etkileri araştırılmıştır. Üretilen filmlerin mikro yapıları Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM) vasıtasıyla incelenmiştir. Gözenekli aljinat hidrojel filmlerin kimyasal kompozisyonu Foruier Dönüşüm İnfrared Spektroskopisi (FT-IR), kristal yapıları X-Işını Kırınım Analizi (XRD) ile belirlenmiştir. Termal özelliklerinin incelenmesinde Diferansiyel Taramalı Kalorimetre (DSC) kullanılmıştır. Ayrıca üretilen gözenekli aljinat hidrojel filmlerin su alım kapasitesini belirlemek için şişme testi, biyouyumluluğunun değerlendirilmesi için Nötral Kırmızısı Alım (NKA) sitotoksisite testi uygulanmıştır. Elde edilen sonuçlar değerlendirilerek, mikroakışkan sistemin doku mühendisliğinde gözenekli iskele yapılarının kontrollü bir şekilde üretilmesinde etkili bir yöntem olduğu sonucuna varılmıştır.