4,862
Archived Theses
2
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Kadirli'de (Osmaniye) yetiştirilen kırmızı pancar, karpuz turpu ve kırmızı turp yaprak ve kökleri ilave edilmiş topraklarda karbon mineralizasyonu
Bu çalışmada, Osmaniye'nin Kadirli ilçesinde yetiştirilen Raphanus sativus L. var. radicula (kırmızı turp), Raphanus sativus L. (karpuz turpu) ve Beta vulgaris L. var. rapacea (kırmızı pancar) yaprak ve köklerinin ayrı ayrı ve birlikte toprağa ilavelerinin karbon mineralizasyonuna (28°C, 60 gün) etkileri incelenmiştir. Bunun için toprağa %2 oranında karbon içerecek şekilde yaprak ve kök örneği ilave edilmiştir. Toprakların karbon mineralizasyon oranları (%) muamelesiz toprakta kırmızı turp kök ilaveli, karpuz turpu yaprak + kök ilaveli ile kırmızı turp yaprak + kök ilaveli denemelerden istastiksel olarak anlamlı düzeyde düşük bulunmuştur (P < 0.05). Tüm bu sonuçlar ışığında, 60 günlük inkübasyon deneyleri kırmızı pancar veya turp çeşitlerinin yaprak ve kök ilavelerinin karbon mineralizasyon oranını artırdığı, topraktaki mikroorganizmalar üzerinde allelopatik etkiye sahip olmadığı ve ilave edilen organik maddenin mikroorganizmalar tarafından besin kaynağı olarak kullanıldığı sonucuna varılabilir.
Α-amilaz enzimlerini üreten termofilik Bacillus suşlarının izolasyonu ve enzimlerin kısmi karakterizasyonu
Bu çalışmada, Erzin sınırları içerisinde bulunan Burnaz Çayı kıyı kesimlerinden toplanan toprak numunelerinden üç adet termofilik Bacillus sp. izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Bakteriler sırasıyla Bacillus sp. CT1, CT2 ve CT3 olarak isimlendirilmişlerdir. Bakterilerce α-amilaz üretimi CT1 suşu için 60°C, CT2 ve CT3 suşları için ise 80°C'de maksimum düzeye çıkmıştır. CT1 α-amilazı optimum aktivitesini 90°C, CT2 ve CT3 α-amilazları ise 60°C'de göstermişlerdir. Yine CT2 α-amilazı optimum aktivitesini pH 7.0'da, CT1 ve CT3 α-amilazları ise pH 8.0'de göstermişlerdir. CT1, CT2 ve CT3 bakterilerinin α-amilazlarına ait spesifik aktiviteler 55°C'de sırasıyla 317.6, 113.3 ve 362.7 U/mg olarak gerçekleşmiştir. Enzimlerin moleküler ağırlıkları zymogram analizi ile CT1 ve CT3 α-amilazları için 65 kDa, CT2 α-amilazı için ise 38 kDa olarak hesaplanmıştır.
Osmaniye Organize Sanayi Bölgesi'nde bazı ağır metallerin toprak karbon mineralizasyonuna etkileri
Bu çalışmada, ağır metal kirliliğine maruz kaldığı gözlenen Osmaniye Organize Sanayi Bölgesi' nin 3 ayrı bölgesinden örneklenmiş topraklar ile ağır metal kirliliği olmayan Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi kampüs topraklarında bazı ağır metal [Cu, Mn, Fe, Zn (ppm)] içerikleri belirlenmiş, bu metallerin karbon mineralizasyonuna etkisi (28°C, 30 gün) karşılaştırmalı olarak incelenmiştir. CO2 respirasyon yöntemi ile belirlenmiş 30 günlük karbon mineralizasyonu sonunda, Osmaniye Organize Sanayi Bölgesi Toşçelik Sanayi Üretim Tesisleri yakınından örneklenmiş toprakların [1. alan, 14.96 mg/C(CO2)/100 g KT] karbon mineralizasyonu kampüs topraklarından [4. alan, 29.96 mg/C(CO2)/100 g KT)] anlamlı düzeyde düşük bulunmuştur (P = 0,000). Benzer durum 4 farklı toprağın karbon mineralizasyon oranları arasında da gözlenmekte olup Organize Sanayi Bölgesi'nin 3 farklı toprağı yine kampüs toprağından anlamlı düzeyde düşük bulunmuştur (P = 0,000). Tüm bu bulgulara göre, Organize Sanayi Bölgesi topraklarında yaşayan mikroorganizmaların mevcut ağır metallerden olumsuz etkilendiği sonucuna varmak mümkündür.
Sivas yöresi ballarının palinolojik ve fizikokimyasal parametreler yönünden araştırılması
2014 ve 2015 yılları arasında Sivas ili ve ilçelerinden 20 bal örneği yöre arıcılarından toplanmıştır. Toplanan bal örneklerinin polen ve fizikokimyasal analizleri yapılmıştır. Polen analizi sonucunda; ballarda 28 familyaya ait 69 takson bulunduğu tespit edilmiştir. Bal örneklerinde dominant polene sahip taksonlar; Astragalus sp. ve Onobrychis sp. tir. Bal örneklerinde sekonder polene sahip taksonlar; Centaurea sp., Astragalus sp., Hedysarum sp., Onobrychis sp., Lathyrus sp. ve Trifolium sp. olarak belirlenmiştir. 20 bal örneğinde polenleri en yaygın görülen taksonlar ise; Centaurea sp., Echium sp., Astragalus sp., Hedysarum sp. Lathyrus sp. Onobrychis sp., Trifolium sp., Salvia sp., Thymus sp., Crataegus sp., Rubus sp. ve Salix sp. dir. Analiz edilen bal örneklerinde nem, asitlik, pH, brix, elektriksel iletkenlik değerleri incelendiğinde, ballarda tespit edilen değerlerin Avrupa Birliği Bal Kodeksi ve Türk Gıda Kodeksi Bal Tebliğine uygun olduğu görülmüştür.
İzmir Liman Tepe su altı kazı çalışmalarından elde edilmiş arkaik ve günümüze ait zeytin çekirdeklerinin ilave edildiği topraklarda kabron mineralizasyon
Bu çalışmada, İzmir Liman Tepe Sualtı Araştırma Merkezi'nden temin edilmiş Arkaik döneme ait yaklaşık 2600 yıllık öğütülmüş eski zeytin çekirdekleri (EZÇ) ile günümüze ait taze zeytin çekirdeklerinin (TZÇ)zeytin toprak karbon (C) içeriğine (%) eşdeğer(1/1), bu değerin yarısı (1/2) ve dörtte biri (1/4) oranlarda (g) topraklara ilave edilerek C mineralizasyonuna etkileri araştırılmıştır.Topraklarda C mineralizasyonu kontrollü koşullarda (28 °C, 45 gün) CO2respirasyonmetodu ile belirlenmiştir. İlavesiz zeytin toprağının kumulatif C mineralizasyonunun zeytin toprağının karbon içeriğine eşdeğer (1/1), yarısı (1/2) ve dörtte biri (1/4) oranlarda kurutulup öğütülmüş taze ve eski zeytin çekirdekleri (TZÇ ve EZÇ) ilave edilmiş topraklardan anlamlı düzeyde düşük olduğu tespit edilmiştir (sırasıyla; P = 0.002, P = 0.031, P = 0.007, P = 0.002, P = 0.000 ve P = 0.002). Taze ve eski zeytin çekirdeği ilaveli topraklar (1/1, 1/2 ve 1/4) kendi içinde ayrı ayrı değerlendirildiğinde ise C mineralizasyon değerleri arasında anlamlı farklılık olmadığı saptanmıştır (P > 0.05). Zıt gruplar arasında karşılaştırma yapıldığında kumulatif C mineralizasyonu toprak karbon içeriğinin 1/2 oranına eşdeğer taze zeytin çekirdeği ilaveli topraklarda 1/2 oranında eski zeytin çekirdeği ilaveli topraklardan anlamlı düzeyde düşük olduğu tespit edilmiştir (P = 0.024). Bu bulgular ışığında topraklara ilave edilen zeytin çekirdeğinin eski veya taze olmasının mikroorganizmalar açısından fark etmediği ve karbon kaynağı olarak kullanıldığı sonucuna varılabilir.
Termal kaynaklardan sıcaklığa dirençli alfa-amilaz enzimi üreten bakteri izolasyonu ve enzimin kısmi karakterizasyonu
Bu çalışmada, Niğde ili Ulukışla ilçesi Çiftehan bölgesi sınırları içinde bulunan kaplıcadan alınan toprak örneklerinden α-amilaz aktivitesine sahip Bacillus izolasyonu yapılmıştır. İzolat bakteri, Bacillus sp. GA4 olarak isimlendirilmiştir. Bacillus sp. GA4 izolatına ait α-amilaz enziminin optimum aktivite sıcaklığı ve optimum pH'sı, sıcaklık stabilitesi, SDSPAGE zimogram analizi, antibakteriyel aktivitesi ve bazı kimyasalların etkisi araştırılmıştır. Enzimin optimum pH ve sıcaklık değerleri sırasıyla 6.0-8.0 ve 50 ℃ olarak bulunmuştur. Enzim 40 ºC'de 30 dk. ön inkübasyon sonrasında aktivitesini tamamen korunmuştur. Enzim, 50 ºC ve 60 ºC'de 30 dk. ön inkübasyon sonrasında ise sırasıyla %21 ve %37'lik aktivite kaybına uğramıştır. MgCl2 ve FeSO4 enzim aktivitesini sırasıyla %13 ve %12 seviyelerinde indüklerken, CuSO4, CaCl2 ve EDTA sırasıyla %81, %38 ve %33 oranlarında inhibe etmiştir. Bacillus sp. GA4 α-amilaz enziminin moleküler ağırlığı SDS-PAGE zimogram analizi ile yaklaşık olarak 55 kDa bulunmuştur. İzolatın CFX, CN, TE, RD, S, Amp ve P antibiyotiklerine karşı hassas, SH antibiyotiğine ise dirençli olduğu gözlenmiştir. Bu sonuçlara göre, GA4 α-amilazı mevcut özellikleri ile endüstriyel kullanımlara uygun olmamakla birlikte, moleküler genetik modifikasyonlarla uygun hale getirilebilir.
İki farklı yükseltide doğal olarak yetişen Suillus collinitus ilaveli topraklarda karbon mineralizasyonu
Bu çalışmada, Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi (160 m) ile Zorkun yaylası Çiftmazı mevkiindeki (800 m) iki farklı yükseltiden örneklenmiş Suillus collinitus (Fr.) Kuntze makromantarı ile toprak örneklerinin bazı fiziksel ve kimyasal analizleri ile mantar ilavesiz ve toprak karbonuna eşdeğer (1/1), bu değerin yarısı (1/2) ve çeyreği (1/4) oranlarda makromantar ilaveli topraklarda karbon mineralizasyonu değerlendirilmiştir. Topraklarda C mineralizasyonu kontrollü koşullarda (28°C, 42 gün) CO2 respirasyon metodu ile belirlenmiştir. Toprakların %kil, %silt, %kum, pH, %CaCO3, %C, %N, C/N, %K ve %Mg içerikleri yükseltiler arasında anlamlı düzeyde farklılık göstermiştir (P<0.05). 42 günlük inkübasyon sonunda, 160 m yükseltiden alınan topraklara farklı oranlarda mantar ilavelerinin kümülatif karbon mineralizasyonu üzerine etkisinin istatistiksel olarak anlamlı olduğu (P<0.05) ve toprakların kümülatif karbon mineralizasyonunun T+1/4 karışımında en yüksek iken T+1/1 uygulamasında en düşük olduğu saptanmıştır. 800 m yükseltiden alınan ve farklı oranlarda mantar ilave edilmiş toprakların kümülatif karbon mineralizasyonları arasında istatistiksel açıdan anlamlıfark gözlenmemiştir (P>0.05). Farklı yükseltilerdeki toprakların karbon mineralizasyon oranları kıyaslandığında ise, mineralleşme oranının 160 m yükseltideki ilavesiz (T), T+1/4 ve T+1/2 ilaveli toprakların 800 m yükseltideki tüm dozlardan anlamlı düzeyde yüksek olduğu belirlenmiştir (P<0.05). Tüm bulgular doğrultusunda; yükselti farkı ile makromantar ilavesinin toprakların karbon mineralizasyonunu etkilediği sonucuna varılmıştır.
Osmaniye'de yayılış gösteren Thymus kotschyanus var. glabrescens ve Mentha longifolia subsp. typhoides var. typhoides bitkileri uçucu yağlarının antioksidan ve antikanser aktivitelerinin araştırılması
Osmaniye ilinden toplanan Mentha longifolia subsp. typhoides var. typhoides (ML) bitkisinin uçucu yağında nepetalakton (%34.23), askaridol (%13.98), piperiton oksit (%12.87), siklohegzanon (%10.45), karyofilen (%3.44) ve piperitonon (%5.16) ana bileşenler olarak tespit edilmiştir. Thymus kotschyanus var. glabrescens (TK) bitkisinin uçucu yağında ise ana bileşenler olarak timol (%37.40), karvakrol (%19.40), p–simen (%12.18), cis–sabinen hidrat (%4.80), γ–terpinen (%4.49), borneol (%2.44) ve karyofilen (%2.43) belirlenmiştir. ML ve TK bitkileri uçucu yağlarının sırasıyla fenolik bileşen miktarları 0.82 ve 3.01 mg gallik asit eşdeğeri (GAE)/g; DPPH ve ABTS yöntemleriyle hesaplanan IC50 değerleri, 145.49–12.93 g/ml ve 4.60–0.16 g/ml ve FRAP metoduyla tayin edilen antioksidan aktiviteleri ise 25.39 ve 148.57 µmol troloks eşdeğeri (TE)/g'dır. ML ve TK bitkilerinin uçucu yağlarının ısıl analizi sonucunda ise, camsılığa geçiş başlangıç sıcaklıklarının sırasıyla –96.19oC ve –94.67oC olduğu tespit edilmiş, entalpi değerleri de 1.02 (pik 1 için), 81.65 (pik 2 için) ve 63.01 kJ/kg (sadece pik 2 için) olarak hesaplanmıştır. TK ve ML bitkilerinin uçucu yağları A549 akciğer kanseri hücre hattında sitotoksik etki göstermiştir (IC50 değerleri sırasıyla 266.2 µg/ml; 198.7 µg/ml). Her iki yağın da A549 hücrelerinde apoptozu indüklediği, ancak ML bitkisinin uçucu yağının TK bitkisinin uçucu yağına göre daha iyi apoptotik etki gösterdiği ortaya konmuştur.
Elazığ ve Bingöl yöresi ballarının palinolojik ve fizikokimyasal parametreler yönünden araştırılması
2020 yılında Elazığ ilinin 7 ilçesi ve Bingöl ilinin 8 ilçesi dahil olmak üzere 15 adet bal, yörenin üretici çiftçilerden alınmıştır. Alınan ballar polen analiziyle incelenmiş ve Bingöl iline ait örneklerde; 27 familyaya ait 50 takson ve Elazığ iline ait örneklerde 26 familyaya ait 50 takson tespit edilmiştir. 15 adet bal örneğinde toplamda 53 familyaya ait 100 takson tespit edilmiştir. Alınan örneklerde 2 adet bal unifloral, diğer 13 bal örneği ise multifloral olduğu görülmüştür. Unifloral ballarda; Paliurus sp., Quercus sp. taksonları dominant olarak bulunmuştur. Diğer 13 bal örneğinde ise; Cerateagus sp., Nicotiana sp., Thymus sp., Paliurus sp., Onobrychis sp., Convolvulus sp., Salvia sp., Sarcopoiterum sp. sekonder olarak tespit edilmiştir. Araştırılan ballarda; nem, asitlik, pH, brix değerleride incelenmiş olup, elde edilen verilerin Türk Gıda Kodeksi Bal Tebliğine ve Avrupa Birliği Bal Kodeksinde belirtilen kriterlere uygun olduğu görülmüştür.
Sideritis perfoliata ve Thymbra spicata var.spicata ekstrakları kullanılarak yeşil sentez yöntemiyle MgO nanoparçacık üretilmesi ve antibakteriyel özelliklerinin araştırılması
Bu tez kapsamında, Osmaniye ili Kadirli ilçesinden toplanan Sideritis perfoliata ve Thymbra spicata var spicata bitkilerinin esktrakları kullanılarak yeşil sentez yöntemiyle MgO nanoparçacıkları üretilmiş ve üretilen bu nanoparçacıkların karakterizasyonu XRD ve SEM analizleriyle yapılmıştır. Bununla birlikte elde edilen nanoparçacıkların antibakteriyel aktivetleri farklı suşlar (Enterococcus faecalis ATCC 49452, Yersinia enterocolitica ATCC 27729, Escherichia coli, Staphylococcus aureus NCTC10788, Pseudomonas aeruginosa ATCC 9070, Acinetobacter baumannii ATCC BA1609) üzerinde araştırılmıştır. XRD sonuçları Üretilen MgO nanoparçacıklarının polikristalin kübik yapısının oluşumunu ortaya koymaktadır. XRD deseninde başka hiçbir safsızlık fazına rastlanmamıştır. Bununla birlikte, hem Sideritis ekstraktı ile hazırlanan numuneler hem de Thymra ekstraktı ile hazırlanan numuneler 'in SEM görüntüleri pürüzsüz yüzeylere sahip neredeyse küresel ya da hilal benzeri bir şekil sergilediği tespit edilmiştir. Ayrıca her iki bitki ekstraktı kullanılarak yeşil sentez yöntemiyle üretilen MgO nanoparçacıkların test edilen suşlar üzerinde farklı inhibisyon zonları oluşturarak etki gösterdiği belirlenmiştir
Vitex agnus-castus ve Inula viscosa ekstrakları kullanılarak yeşil sentez yöntemiyle Ag nanoparçacık üretilmesi ve antibakteriyel özelliklerinin araştırılması
Bu çalışma kapsamında Osmaniye ilinden toplanan Inula viscosa ve Vitex agnus-castus bitkilerinin ekstraktları kulanılarak yeşil sentez yöntemiyle gümüş nanopartikülleri üretilmiştir. Üretilen bu nanopartiküllerin farklı analizler (XRD ve SEM) kullanılarak karakterizasyonu yapılmıştır. XRD analizi sonucunda gümüş nanopartiküllerin yüzey merkezli kübik yapıda oluştuğu ve yüksek kristaliniteye sahip olduğu ortaya çıkmıştır. Ayrıca XRD sonuçları malzemede ikincil faz ve yapıların oluşmadığını göstermiştir. Gümüş nanopartiküllerin yüzey morfolojisi SEM ölçümleriyle analiz edilmiş ve yüzey görüntülerinden büyük nanoparçacıkların küçük parçacıkların toplanması veya üst üste binmesiyle oluştuğu belirlenmiştir. Bununla birlikte, üretilen bu nanopartiküllerin çeşitli mikroorganizmalar üzerinde antimikrobiyal aktiviteleri açığa çıkarılmıştır. Araştırma sonunda, hem I. viscosa hem de V. agnus-castus bitkisinin özütü kullanılarak sentezlenen gümüş nanopartiküllerinin iyi derecede antimikrobiyal aktivite gösterdiği belirlenmiştir.
Thymus eigii bitkisinin uçucu yağı kullanılarak yeşil sentez yöntemiyle ZnO nanoparçacık üretilmesi ve antibakteriyel aktivitesinin araştırılması
Bu tez çalışması ile Osmaniye ilinden toplanan Thymus eigii bitkisinin uçucu yağı Clevenger aparatı ile ekstrakte edilmiş ve ekstrakte edilen uçucu yağ kullanılarak yeşil sentez metoduyla ZnO nanoparçacıkları üretilmiştir. Elde edilen bu nanopartikülün yapısal ve morfolojik özellikleri XRD ve SEM analizleri yardımıyla incelenmiştir. Karakterizasyonu yapılan ZnO nanoparçacıkların antibakteriyel aktivitesi Enterococcus faecalis ATCC 49452, Yersinia enterocolitica ATCC 27729, Escherichia coli ATCC BAA-2523, Staphylococcus aureus NCTC 10788, Pseudomonas aeruginosa NCTC 12924, Acinetobacter baumannii ATCC BA1609 mikroorganizmalar üzerinde araştırılmıştır. T. eigii uçucu yağ içeriğinde en fazla %54.73 oranında timol olduğu tespit edilmiş ve bunu sırasıyla, %14.06 oranında karvakrol, %7.04 oranında p-simen, %4.73 oranında γ-terpinen, %4.29 oranında ise karyofilen takip etmiştir. T. eigii uçucu yağı kullanılarak elde edilen ZnO nanopartiküllerinin test edilen suşlar üzerinde antibakteriyel aktiviteye sahip olduğu belirlenmiştir.
Ganoderma adspersum özütü kullanılarak yeşil sentez yöntemiyle ZnO ve MgO nanopartiküllerinin üretilmesi ve antibakteriyel özelliklerinin araştırılması
Bu tez çalışması kapsamında, Osmaniye ilinin Kadirli ilesinden toplanan Ganoderma adspersum makromantarının sulu özütü kullanılarak yeşil sentez yöntemitle ZnO ve MgO nanopartikülleri üretilmiştir. Üretilen nanopartiküller XRD ve SEM analizleri ile karakterize edilmiştir. Karakterize edilen nanopartiküllerin çeşitli mikroorganizmalar (Acinetobacter baumannii ATCC BA1609, Pseudomonas aeruginosa ATCC 9070, Enterococcus faecalis ATCC 49452, Bacillus cereus ATCC, Staphylococcus aureus NCTC 10788, Yersinia enterocolitica ATCC 27729) üzerinde antimikrobiyal aktiviteleri araştırılmıştır. Araştırma sonunda, sentezlenen hem ZnO hem de MgO nanopartiküllerinin test edilen suşlar üzerinde antimikrobiyal aktiviteye sahip olduğu tespit edilmiştir.
Kastabala sulak alanı (Osmaniye) ornitofaunası üzerine bir araştırma
Bu araştırmada, Osmaniye / Kastabala Sulak Alanı içerisinde bulunan kuş türleri tespit edilmiş, alandaki statüleri, üreme durumları belirlenmiş ve alan için tehdit oluşturan unsurlar ortaya çıkartılmıştır. 12 ay boyunca süren arazi çalışmaları neticesinde, 18 takım 53 familyaya ait toplam 195 kuş türü tespit edilmiştir. Bölge statülerine göre 33 tür Kış Ziyaretçisi (KZ), 49 tür Yaz Ziyaretçisi (YZ), 49 tür Transit Göçer (TG), 64 tür ise Yerli (Y) kategorisinde yer almaktadır. IUCN verilerine göre 2 tür Hassas (VU), 6 tür Yakın Tehdit Altında (NT) kategorisinde, 184 tür Asgari Endişe (LC) kategorisinde, 3 tür ise kapsam dışı kalmıştır. Bern sözleşmesine göre 128 tür Ek-II, 60 tür Ek-III kategorisinde, 7 tür ise kapsam dışı kalmıştır. CITES sözleşmesine göre 24 tür Ek-II, 3 tür Ek-I, 168 tür ise kapsam dışı kalmıştır. Üreme durumlarına göre, 35 türün kesin olarak ürediği, 39 türün üremesinin muhtemel olduğu, 39 türün üremesinin olası olduğu, 82 türün alanda üremediği, saptanmıştır. Kuş türleri bakımından çeşitliliğin fazla olması alanın önemini ortaya çıkartmış, koruma faaliyetlerinin arttırılması için zemin hazırlamıştır.
Bitlis, Diyarbakır, Muş ve Van yöreleri ballarının palinolojik parametreler yönünden araştırılması
2023 ve 2024 yılları arasında Diyarbakır, Bitlis, Muş, Van ili ve ilçelerinden 20 bal örneği yöre arıcılarından, bölge arıcılar birliğinden, konu hakkında geçmiş yıllarda çalışma yapmış akademisyenlerden toplanmıştır. Toplanan bal örneklerinin polen analizleri yapılmıştır. Polen analizi sonucunda; ballarda 34 familyaya ait 43 takson bulunduğu tespit edilmiştir. Yapılan çalışmada unifloral bal örneğine rastlanmamış, 20 bal örneği de multifloral olarak belirlenmiştir. Bal örneklerinde sekonder polene sahip taksonlar; Astragalus sp., Juglans sp., Vicia sp., Medicago sp., Cistus sp., Carduus sp. ve Trifolium sp. olduğu saptanmıştır. 20 bal örneğinde poleni en yaygın görülen taksonlar ise; Astragalus sp., Juglans sp., Vicia sp., Medicago sp., Cistus sp., Carduus sp. ve Trifolium sp. Quercus sp., Crataegus sp., Paliurus sp., Triticum sp., Hordeum sp., Alceae sp., Salvia sp., Zea mays sp. ve Geranium sp., olduğu belirlenmiştir.
Osmaniye ilinden toplanan Inula germanica L.'nın fenolik içerikleri ve bazı biyolojik aktivitelerinin belirlenmesi
Bitkiler insanlık tarihi boyunca besin, barınma, ısınma, avlanma, zehir, ilaç gibi birbirinden farklı amaçlarla kullanılmıştır. Kullanım alanlarının bu kadar geniş olması bitkilerin popülerliğini artırmıştır. Bitkiler insan diyetinin değişmez elemanlarından bir tanesidir. Ayrıca tıbbi açıdan birçok ilaç yapımında kullanılan ve alternatifi olmayan eşsiz, doğal ürünlerdir. Bitkilerin bu özellikleri bünyelerinde yer alan sekonder metabolitlerden kaynaklanmaktadır. Son yıllarda hastalıklarla mücadelede kullanılan sentetik ilaçların yetersiz kalması ve olası yan etkilerinden dolayı bitkiler gibi doğal ürünlerin tıbbi özelliklerinden dolayı kullanımı giderek artmaktadır. Bu tez kapsamında Osmaniye ilinden toplanan Inula germanica L.'nın fenolik içerikleri ve biyolojik aktivitesinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu kapsamda bitkinin Soxhlet cihazında etanol ve metanol ile özütleme işlemi yapılmıştır. Bitkinin bünyesinde bulunan bileşikleri LC-MS cihazı ile fenolik içerikleri taranmıştır. Ayrıca biyolojik aktivite kapsamında toplam antioksidan ve toplam oksidan aktiviteleri belirlenerek, antimikrobiyal aktiviteleri tespit edilmiştir. Bunlara ek olarak toplam fenolik ve flavonoid içerikleri de tespit edilmiştir. Yapılan çalışmalar sonucunda bitkinin etanol özütünün metanol özütüne kıyasla daha yüksek antioksidan seviyesine sahip olduğu belirlenmiştir. Buna karşılık bitkinin metanol özütünün etanol özütüne kıyasla daha yüksek oksidan seviyesi ve oksidatif stres indeksine sahip olduğu görülmüştür. Ayrıca bitkinin etanol özütünün genel olarak metanol özütüne kıyasla daha yüksek antimikrobiyal aktivite sergilediği belirlenmiştir. Bitki özütleri 50-400 μg/mL arasında konsantrasyonlarda standart bakteri ve fungus suşlarına karşı etkili olmuştur. Bitkinin bünyesinde taranan 24 bileşikten 16'sı belirlenmiştir. Ayrıca bitkinin toplam fenolik içeriğinin etanol özütünde daha yüksek, toplam flavonoid içeriğinin ise metanol özütünde daha yüksek olduğu görülmüştür. Sonuç olarak I. germanica'nın farmakolojik dizaynlarda önemli bir doğal kaynak olabileceği belirlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Andızotu, antioksidan, antimikrobiyal, Inula, tıbbi bitkiler
Farklı bitkilerden elde edilen uçucu yağların antioksidan ve ısıl özelliklerinin araştırılması
Bu çalışma kapsamında, Osmaniye ilinden toplanan beş farklı bitkinin (Rosmarinus officinalis, Schinus molle, Santolina chamaecyparissus, Myrtus communis ve Citrus aurantium) uçucu yağ içerikleri GC/MS yardımıyla tespit edilmiş ve aynı zamanda bu uçucu yağların antioksidan aktiviteleri ve ısıl özellikleri belirlenmiştir. R. officinalis uçucu yağında en fazla (+)-2-bornanon (%17.472), S. molle'de en fazla (+)-bisiklogermakren (%11.662), S. chamaecyparissus'da artemisya alkol (%31.789), M. communis'de ökaliptol (%50.048) ve C. aurantium'da ise D-limonen (%92.173) ana bileşenler olarak tespit edilmiştir. İncelenen yağ örnekleri içerisinde, en yüksek fenolik madde içeriği biberiyede bulunurken (882.035 mg GAE/l), en düşük miktar murt esansiyel yağında (93.346 mg GAE/l) tespit edilmiştir. ABTS yöntemiyle elde edilen antioksidan davranış sonuçlarının, tüm uçucu yağ örnekleri için DPPH yöntemiyle elde edilen sonuçlardan daha yüksek olduğu belirlenmiştir. Bununla birlikte, uçucu yağların ısıl özelliklerine bakıldığında ise, her yağın kendine özgü bir termal profil sergilediği ve bu profillerin termal stabilite, oksidatif dayanıklılık gibi özellikler üzerinde etkili olabileceği görülmektedir.
Uzaktan algılama yöntemi kullanılarak klorofil-a değerlerinin belirlenmesi üzerine bir çalışma
Bu çalışma kapsamında Osmaniye ilinin farklı lokalitelerinden mısır ve ayçiçeği yaprak örnekleri toplanarak spektrofotometrik olarak ve uzaktan algılama yöntemi ile klorofil içeriklerinin belirlenip belirlenemeyeceği araştırılmıştır. Araştırma sonunda, spektrofotometrik analizden elde edilen sonuçlara göre, Osmaniye ilinin Nohuttepe mevkiinden toplanan mısır bitkisinin hem klorofil-a (3.63 mg/g ya) hem de klorofil-b (1.23 mg/g ya) miktarının en yüksek düzeyde olduğu, Karataş, Cevdetiye mevkiinden toplanan ayçiçeği bitkisinin ise hem klorofil-a (0.3 mg/g ya) hem de klorofil-b (0.01 mg/g ya) miktarının en düşük seviyede olduğu tespit edilmiştir. Uzaktan algılama yöntemi kullanılarak klorofil-a miktarları Normalize Edilmiş Klorofil İndeksi (Normalized Difference Chlorophyll Index (NDCI)) ile belirlenmiştir. Ancak NDCI ile elde edilen klorofil-a miktarları 1,476-1,479 değerleri arasında değiştiği görülmüştür. Bu çalışmanın sonucunda uzaktan algılama yöntemi ile nokta bazında klorofil-a değerlerinin elde edilemediği sonucuna varılmıştır.
Amasya Samsun tokat yöresi ballarının palinolojik araştırması
2022-2024 yılları arasında Amasya, Samsun, Tokat illerinin bazı ilçelerinde üretilmiş toplam 20 bal numunesi bölge arıcılar birliği ve yerli üreticilerden temin edilmiştir. Örneklerde toplam 33 familyaya ait 60 takson tespit edilmiştir. Çalışmamızda 4 unfloral 16 multifloral bal belirlenmiştir. Dominant orandaki taksonlar; Castanea sp. ve Helianthus sp. olarak belirlenmiştir. Sekonder taksonlar; Helianthus sp. , Centaurea sp. , Achillea sp. , Sinapis sp. , Brassica sp. , İsatis sp. , Myosotis sp. , Echium sp. , Convolvulus sp. , Cistus sp. , Diospyros sp. , Ttrifolium sp. , Castanea sp. , Quercus sp. , Thymus sp. , Malva sp. , Bromus sp. , Zea mays sp. , Plantago sp. , Crataegus sp. , Salix sp. , Styrax sp. olarak belirlenmiştir.
Staphylococcus spp. izolatlarında antiseptik direnç genlerinin incelenmesi
Hastane ve veteriner uygulama alanları dahil tüm sağlık kurumları, ev ortamı ve gıda üretim sektöründe, enfeksiyonları ve kontaminasyonları önlemek için antiseptik ve dezenfektanlar çok sık kullanılmaktadır. Günümüzde, kuaterner amonyum bileşiklerinden benzalkonyum klorür ve divalent katyonlardan klorhekzidin diglukonat gibi kimyasallar en fazla kullanılan antiseptik ve dezenfektanlardandır. Ancak biyositlerin yaygın kullanımı antiseptiklere/dezenfektanlara dirençli bakterilerin ortaya çıkışını gündeme getirmiştir. Bakterilerin antibiyotiklere olduğu gibi, dezenfektanlara karşı da direnç mekanizmaları geliştirdiği bilinmektedir. Antiseptik duyarlılığı ve direnç genlerinin dağılımı ile ilgili epidemiyolojik veriler, nozokomiyal enfeksiyonlar açısından oldukça önemlidir. Staphylococcus cinsine dahil bazı türler, insan ve hayvanlarda deri ve yumuşak doku ve ameliyat bölgesi enfeksiyonları, endokardit, mastitis, pnömoni ve bakteriyemi gibi çeşitli klinik enfeksiyonlara ve gıda kaynaklı zehirlenmelere neden olmaktadır. Staphylococcus suşlarında kuaterner amonyum bileşiklerine (QAC) direnç sağlayan plazmid kaynaklı qacA/B ve qacC genleri bulunabilmektedir. Bu çalışmada tavuk karkası, sığır tank sütü, çeşitli peynirler ve sığır klinik mastitis örneklerinden izole edilmiş 90 Staphylococcus spp. suşunda antiseptik direnç genlerinin (qacA/B ve qacC) varlığı simplex polimeraz zincir reaksiyonu ile belirlenmiştir. Çalışılan izolatların %18.8'de qacA/B ve %2.2'de qacC tespit edilmiştir. Antiseptik direnç genlerinden qacA/B peynir ve sığır klinik mastitis örneklerinde, qacC ise tavuk karkasında saptanmıştır.
Kuraklık stresinde hidrojen peroksit (H2O2) ön uygulamasının buğday fidelerinde, büyüme ve katalaz üzerine etkileri
Bu araştırmada, buğday (Triticum monococcum L. cv. Siyez, Triticum aestivum L. cv. Ahmetağa) fidelerinde üzerine; kuraklık (K), hidrojen peroksit (H2O2) ve kuraklık + hidrojen peroksit uygulamalarının, fidelerin büyüme ve antioksidant enzimler üzerine etkileri araştırılmıştır. Sürgün boyu, sürgün taze ağırlığı, sürgün kuru ağırlığı, klorofil–a ( kl-a) miktarı, klorofil b ( kl-b) miktarı, toplam klorofil (klorofil a+b) miktarı, klorofil a/b miktarı, katalaz enzim aktivitesi (CAT) ve antosiyanin miktarları incelenmiştir. Çalışmamızda K ve K + H2O2 uygulaması hem atasal buğday çeşidi olan Siyez hem de Ahmetağa çeşidindede sürgün boyu, sürgün taze ağırlığı ve sürgün kuru ağırlığında önemli derecede azalmaya neden olduğu belirlenmiştir. Siyez çeşidi buğday fidelerinde kuraklık ve K + H2O2 uygulamalarının buğday fidelerinde klorofil-a, klorofil-b ve klorofil (a+b) miktarında önemli derecede azalma meydana gelmiştir. Ahmetağa çeşidi buğday fidelerinde kuraklık uygulamaları klorofil-a ve toplam klorofil miktarında önemli derecede azalmaya, K+ H2O2 ve sadece H2O2 uygulaması klorofil a ve klorofil b oranında bir miktar artışa neden olmuştur. Çalışmamızda Siyez çeşidinde yapılan tüm uygulamalarda CAT enzim aktivitesi üzerinde kontrole göre azalmalar tespit edilmiştir. Ahmetağa çeşidinde K ve H2O2 uygulamalarında bir miktar azalma meydana gelmiştir. Serbest antosiyanin miktarında sadece Siyez çeşidi buğday fidelerine yapılan kuraklık uygulamasında bir miktar artış meydana gelirken Ahmetağa çeşidinde bütün uygulamalarda önemli bir değişiklik gözlenmemiştir. H2O2, süperoksit, hidroksil vb. radikallerin yok edilmesinde de görev aldığı bilinen antosiyaninlerin miktarının Siyez çeşidinde arttığı saptanmıştır. Bu durumda Siyez genotipinde antosiyaninin kuraklıkta oluşan oksidatif strese karşı korumada rol oynayabileceği düşünülmektedir.
Kadınlarda düşük etkeni zoonotik bakterilerin identifikasyonu için simpleks ve multipleks pzr protokollerinin geliştirilmesi
Zoonotik bakteriler kadınlarda düşüğe neden olabilen önemli enfeksiyon ajanları olarak kabul edilmektedir. Kadınlarda düşüğe neden olan mikrobiyal ajanların diğer hastalıklarda görülen benzer semptomlara sahip olması, hastalık etmeni olduğu düşünülen mikroorganizmaların birlikte değerlendirmeye alınması gerekliliğini ortaya koymaktadır. Etkenlerin tek tek araştırılmasının zor, zaman alıcı ve yüksek maliyetli olmasının yanısıra yüksek düzeyde biyogüvenlik ve teknik gereksinimlerinin bulunması ve serolojik testlerin yanlış pozitiflik verme olasılığı nedeniyle çoklu, aynı anda ve yüksek doğrulukta analiz olanağı sağlayan moleküler metotları tercih edilir kılmaktadır. Bu çalışmada spontan düşüklere neden olduğu bilinen zoonotik bakterilerden Brucella abortus, Coxiella burnetii, Chlamydia abortus ve Listeria monocytogenes tanısı için simpleks/multipleks PZR protokolü geliştirilmesi amaçlanmıştır. Brucella abortus (IS711, omp2b), Coxiella burnetii (com1, IS1111a), Chlamydia abortus (ompA, pmp 90/91) ve Listeria monocytogenes (hly, iap)'in gen bölgelerine spesifik tasarlanan ve ilk kez bu çalışmada kullanılan primer çiftleri ile önce simpleks PZR çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Sonrasında her bir organizma için seçilen primer çiftleri ile farklı ikili ve üçlü kombinasyonlarda dubleks ve tripleks olmak üzere multipleks PZR'ler yapılmıştır. Farklı DNA konsantrasyonları ile yapılan amplifikasyon çalışmaları sonucunda seçilen primerlerin hassasiyet ve spesifiteleri kalitatif olarak belirlenmiştir. B. abortus için BaısF2/BaısR2 (304 bp), C. burnetii için CbısF3/CbısR3 (430 bp), C. abortus için CapmpF3/CapmpR3 (588 bp) ve L. monocytogenes için LmhlyF1/LmhlyR1 (526 bp) primer çiftlerinin yüksek hassasiyet ve spesifite gösterdiği belirlenmiştir. Bu primer çiftleri ile tüm kombinasyonlar göz önüne alınarak yapılan dubleks ve tripleks PZR çalışmaları sonucunda ilgili bölgelerin 10-1 konsantrasyondaki kalıp DNA varlığında net amplifikasyonu gözlenmiştir. Çalışmamıza özgün tasarlanmış primerlerle gerçekleştirilen multipleks PZR protokolü, Brucella abortus, Coxiella burnetii, Chlamydia abortus ve Listeria monocytogenes türlerinin aynı anda tanısına olanak sağlayacaktır.
Göl ekosistemlerinde ağır metal kirliliğinin incelenmesi: Gölbaşı gölü örneği (Kırıkhan-Hatay/Türkiye)
Bu çalışmada 10 lokalitede Nymphaeaceae familyasına ait Nymphaea alba L. ve Nuphar lutea (L.) Sm. türleri ağır metal kirliliği açısından incelenmiştir. Sediment ve su örnekleri ile birlikte, bu türlerin rizom, yaprak sapı ve yapraklarında toplam kadmiyum, kobalt, krom, bakır, mangan ve kurşun miktarları araştırılmıştır. Su ve bitki numunelerinde tespit edilen ağır metal konsantrasyonları sonbahar mevsiminde daha yüksek iken, sediment örneklerinde ise bahar mevsiminde daha yüksektir. Tüm lokasyonlardan alınan su örneklerinde ağır metal konsantrasyonları mangan > bakır > krom > kurşun > kobalt > kadmiyum olarak sıralanmıştır. Su numunelerinde tespit edilen değerler, ulusal ölçekte izin verilen sınır değerlerle karşılaştırıldığında, kadmiyum, krom, bakır ve kurşun konsantrasyonları sınır değerleri aşmıştır. Sediment numunelerindeki ağır metal konsantrasyonları, mangan > kurşun > bakır > krom > kobalt > kadmiyum olarak sıralanmıştır. Sediment numunelerinde tespit edilen değerlerin ulusal ölçekte izin verilen sınır değerler ile karşılaştırıldığında, kadmiyum ve kurşun konsantrasyon değerlerinin sınır seviyeyi aştığı görülmektedir. Her iki türde de tespit edilen ağır metal konsantrasyon değerleri bitkilerde kabul edilebilir referans sınır değerlerle karşılaştırıldığında, mangan tüm bitki kısımlarında kabul edilebilir sınır değerler arasındadır. Diğer tüm ağır metal değerleri, toksik bir birikim düzeyi sergileyerek sınır seviyelerini aşar.
Denizhıyarı özütünün anti-tümör etkileri ve geleneksel kemoterapik ilaçlarla sinerjistik etkileşiminin araştırılması
Kanser, hücrelerin kontrolsüz bir şekilde çoğalması ile karakterize edilen ve dünyadaki başlıca sağlık problemlerinin başında gelen hastalıklardan biridir. Bu nedenle, hem güvenli hem etkili antikanser ajanlarının geliştirilmesi kaçınılmazdır. Kanser tedavisindeki temel problem geliştirilen ilaçların toksik etkisidir. Bunun için girişimlerin çoğu anti-kanser ilaçlarla kombinasyonunda sinerjistik etkili olan besin kaynaklarının ve fitoterapik ajanların araştırılmasına yönelmiştir. Bitki veya denizel organizmalardan elde edilen özütlerin geleneksel kemoteröpatik ajanlarla kombinasyonu kanser tedavisinde etkiyi arttırmaktadır. Farklı coğrafik bölgelerden ve farklı denizhıyarı türlerinden yeni anti-kanser bileşiklerin tanımlanması için önemli bir potansiyel bulunduğu bilinmektedir. Bu nedenle, bu çalışmada, Gökova körfezinden toplanan Holothuria sanctori türünden elde edilen özütlerin anti-tümör etkilerinin çeşitli kanser hücreleri üzerinde etkisinin araştırılması ve bu özütlerin kullanımda olan ticari kanser ilaçları (cisplatin, docetaxel) ile sinerjistik etkilerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Holothuria sanctori'nin aseton (HSA) ve metanol (HSM) ile hazırlanan özütlerinin A549 ve PC-3 hücreleri üzerinde sitotoksik etkileri ve mekanizmaları araştırılmıştır. HSM ve HSA özütlerinin 24, 48 ve 72 saatlerdeki inkübasyon sürelerinde doz ve zamana bağlı olarak sitotoksik aktivitelerine bakıldığında; Holothuria sanctori aseton ve metanol özütlerinin A549 hücreleri üzerindeki sitotoksik etkisinin doza ve zamana bağlı olarak değiştiği; en etkili doz –zaman ikilisinin 72 saat ve 20 mg/ml'lik dozlar olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, her iki özütün de en etkili olduğu 72 saat inkübasyon sonrasında IC50 değerleri karşılaştırıldığında, HSA'nın (1.7 mg/ml) daha düşük dozlarda daha yüksek etki gösterdiği gözlenmiştir. PC-3 hücre hattı için ise; HSM ve HSA ile hazırlanan özütlerin zamana bağlı olarak sitotoksik etkilerinin arttığı söylenebilir. Aynı zamanda, HSM ve HSA özütlerinin sitotoksik etkilerinin PC-3 ve A549'a kıyasla sağlıklı hücre hattı olan HEK293 üzerinde daha az olduğu görülmüştür. Farklı konsantrasyonlardaki HSM özütüne maruz kalan A549 ve PC-3 hücrelerinde apoptotik hücre ölümü, Annexin-V kullanılarak gerçekleştirilen flow sitometri yöntemi ile belirlenmiştir. A549 hücrelerinde kaspaz-3 aktivitesinin kontrol hücreleri ile kıyaslandığında yaklaşık 2.1 kat; PC-3 hücrelerinde ise 1.9 kat arttığı belirlenmiştir. HSM özütünün A549 ve PC-3 hücre hattında apoptozu indüklediğini flow sitometri ve kaspaz-3 analizleri ile gösterilmiştir. Holothuria sanctori' ye ait HSA ve HSM özütlerinin kanser tedavisinde yaygın olarak kullanılan cisplatin ve docetaxel ile kombinasyonlarının, etkileşimlerine bakıldığında, tüm etkileşimlerin antagonistik olduğu saptanmıştır. HPLC analizi ile HSM özütünün içeriğindeki fenolik bileşikler incelendiğinde, HSM özütünde en fazla bulunan fenolik bileşiklerin ellagic asit ve epicatechin olduğu tespit edilmiştir. Gelecek çalışmalar bu bireysel bileşiklerin kanser hücreleri üzerindeki etki mekanizmalarını belirleyecektir. Sonuç olarak, bu çalışma ile ekonomik değeri oldukça yüksek olan ve ülkemiz denizlerinde de yayılış gösteren bir denizhıyarı türü olan Holothuria sanctori'nin sitotoksik etkileri ve bu etkiye neden olan mekanizmalar aydınlatılmaya çalışılmıştır.
Cordyceps militaris (L.) link mantarının A549 akciğer kanseri, C6 glioma kanseri ve DU-145 prostat kanseri hücre hatları üzerindeki sitotoksik aktivitelerinin belirlenmesi
Kanser, çağımızın önemli bir sağlık sorunudur. Hedefe yönelik araştırmalarda terapotik potansiyeller, pek çok farklı hücrelerde bulunan mutasyon ve vakanın genel sağlık durumuna göre değişebilmektedir. Kansere karşı bir bağışıklık tepkisi oluşturan hücrelerin farklı metabolik gereksinimlerinin anlaşılması, bilim insanlarını ana hedeflere yöneltmiştir. Modern fitokimyasal ve farmakolojik araştırmalar, mantar polisakkaritlerinin başlıca biyoaktif bileşiklerden biri olduğunu göstermiştir. Bu nedenle yeni antikanser ajanların geliştirilmesinde bu bileşikleri kapsayan alternatif terapötik çalışmaların ortaya çıkması gerekmektedir. Bu tez çalışmasında; Cordyceps militaris (L.)'ten elde edilen DMSO ekstraktlarının A549 akciğer, DU-145 prostat ve C6 glioma kanser hücre hatları üzerindeki sitotoksik aktivitesi in vitro olarak belirlenmiştir. Çalışmada İstanbul, Şile, Kömürlük mevkiinden alınan A6848 nolu mantar örnekleri kullanılmıştır. Sitotoksik aktivite 3-(4,5-dimetiltiyazol-2-yl)-2,5-difeniltetrazolyum-bromür (MTT) yöntemi ile belirlenmiştir. Mantar ekstraktlarının sitotoksik IC50 değerleri istatistiksel olarak hesaplanmıştır. Ekstratların sitotoksik aktiviteleri doza bağlı olarak değişiklik göstermiştir. A549 akciğer kanser hücre hattı üzerinde, C. militaris ekstraktında en yüksek sitotoksik aktivite 2400 µg/ml konsantrasyonda % 60.61 olarak belirlenmiştir. DU-145 prostat kanser hücre hattı üzerinde 2400 µg/ml konsantrasyonda aktivite % 85.27 olarak tespit edilmiştir. C6 glioma kanser hücre hattı üzerinde en yüksek sitotoksik aktivite 2400 µg/ml konsantrasyonda % 83.21 olarak belirlenmiştir. A549 akciğer, C6 glioma ve DU-145 prostat kanser hücre hatları üzerindeki IC50 değerleri sırasıyla 1343 µg/ml, 833,4 µg/ml ve 723,2 µg/ml olarak hesaplanmıştır. Mantar ekstraktının en yüksek etkiyi DU-145 prostat kanser hücre hattı üzerinde gösterdiği tespit edilmiştir. Sonuçlar bu mantarın etanolik ekstraktlarının A549, DU-145 ve C6 kanseri hücre hatlarına karşı sitotoksik aktiviteye sahip olduğunu göstermektedir. Çalışmada elde edilen veriler kullanılan mantar ekstratlarının akciğer, prostat ve glioma kanserinin tedavisinde ve önlenmesinde kullanılabilecek ilaçların geliştirilmesindeki potansiyelini ortaya koymaktadır.
Escherichia coli'de trans-sinnamik asit ve p-kumarik asit ile ilgili genlerin ve metabolitlerin araştırılması
Fenolik bileşikler doğada oldukça yaygın olarak bulunan, insan diyetinde geniş bir yere sahip olan ve geniş spektrumlu biyolojik aktiviteye sahip doğal bileşiklerdir. Tez çalışmamızda kullandığımız trans-sinnamik asit ve p-kumarik asit fenolik asitler sınıfının birer üyesi olup fenolik bileşikler grubuna aittirler. Yapılan literatür taramalarında trans-sinnamik asit ve p-kumarik asitin antibakteriyel, antibiyofilm, antifungal, antikanser gibi çok çeşitli biyolojik aktivitelere sahip olduğu tespit edilmiştir ancak bu aktivitelerini hücre içerisindeki hangi yolaklar ile ilişkili olarak gerçekleştirdiği henüz aydınlatılmamıştır. Bu tez çalışmasında Escherichia coli'de trans-sinnamik asit ve p-kumarik asit ile ilgili genler ve metabolitlerin araştırılması hedeflenmiştir. Bu tez çalışmasında öncelikle ASKA klon seti plazmid kütüphanesi kullanılarak, gradient ekim yöntemi ile kontrole kıyasla toleranslı klonlar tespit edilmiştir. Kontrole kıyasla göreceli olarak, Trans-sinnamik asitten 99, p-kumarik asitten 100 adet suş seçilmiştir. Ardından ilk seleksiyon için artan fenolik asit konsantrasyonu içeren besi ortamlarında, çizgi ekim deneyleri gerçekleştirilmiştir. Çizgi ekim deneylerinde kontrole kıyasla göreceli olarak toleranslı suşlar tespit edilmiştir. Seçilen suşların içerdikleri plazmidlerdeki insertlerin varlığının ve büyüklüğünün tespiti için koloni PCR deneyleri gerçekleştirilmiştir. Koloni PCR deneylerinde farklı insert büyüklüğüne sahip klonlardan plazmid izolasyonu yapılmıştır. İzole edilen plazmidlerin içerdikleri insertlerin nükelotid dizileri Sanger Sekanslama yöntemi ile aydınlatılmış ve ardından elde edilen nükelotid diziler biyoinformatik analizlere tabi tutulmuştur. Yapılan biyoinformatik analizler sonucunda trans-sinnamik aside toleranslı suşların, prpE, yddL, flhD, sbmC, p-kumarik aside toleranslı suşların, pgaB, prpE, dinI, bax ve yadI olduğu tespit edilmiştir. Tez çalışmasının son aşamasında, NMR (Nükleer Manyetik Rezonans) Teknolojisi kullanılarak, Escherichia coli BW25113 suşunun, trans-sinnamik asit ve p-kumarik aside cevabında rol oynayan metabolitler araştırılmıştır. BW25113 suşu artan konsantrasyonlarda trans-sinnamik asit ve p-kumarik aside maruz bırakılarak metabolit ekstraktları elde edilmiş ve 1H-NMR analizleri gerçekleştirilmiştir. Trans-sinnamik asit maruziyeti sonrası BW25113 suşunun pantotenat, pridoksin, adenin, sellobiyoz ve nikotinat metabolitlerinde artış, piroglutamat, etilen glikol, gliserol, IMP, UMP ve sükroz metabolitlerinde azalış olduğu tespit edilmiştir. Pathway (Yolak) analizlerinde ise, Pentotenat ve CoA biyosentezi, Gliserolipid Metabolizması, Galaktoz Metabolizması, Primidin Metabolizması, Pürin Metabolizması, Glioksilat ve Dikarboksilat Metabolizması, Glutatyon Metabolizması ve Vitamin B6 Metabolizmasının etkilendiği tespit edilmiştir. p-kumarik asit maruziyeti sonrası BW25113 suşunun ADP, sitozin, dTTP, fumarat, etanol, inozin metanol, oksipurinol ve UMP metabolitlerinde artış, asetamid, kolin, cis-akonitat, hidroksiaseton, hipoksantin, süksinat ve pantotenat metaboliterinde azalış olduğu tespit edilmiştir. Pathway analizlerinde ise, Pürin Metabolizması, Primidin Metabolizması, Pirüvat Metabolizması, Pentotenat ve CoA Biyosentezi, Gliserolipid Metabolizması, Beta-Alanin Metabolizması, Glioksilat ve Dikarboksilat Metabolizması, Glutatyon Metabolizması, TCA Cycle, Nikotinat ve Nikonamid Metabolizması ve Butanoat Metabolizmasının etkilendiği tespit edilmiştir.
Metabolomik ve genomik yaklaşımlarıyla Escherichia coli'de benzoik asit ve ferulik asit ile ilgili genlerin araştırılması
Fenolik bileşikler, başta bitkiler olmak üzere farklı canlı gruplarında biyosentezi gerçekleşen sekonder metabolitlerdir. Bu bileşiklerin, bitkilerin UV'ye karşı korunması, patojenlere karşı savunması gibi çevresel streslere karşı yanıtta üretilmeleri, antibakteriyel, antioksidan, antikanser, antiviral gibi birçok önemli aktiviteye sahip olmaları dikkat çekmektedir. Fenolik bileşiklerin biyoaktif özelliğe sahip olmaları ve diyet alımı ile insan sağlığı üzerinde gösterdikleri olumlu etkilerinden dolayı, bu bileşiklerden sağlık sektörü dahil birçok sektörde doğal bileşikler olarak yararlanılmaktadır. Ancak hücre içerisinde hangi genler ve metabolitler ile etkileşim içerisinde oldukları tam olarak bilinmemektedir. Bu bileşiklerin daha etkin bir şekilde kullanılabilmeleri için, canlılar ve insan sağlığı üzerindeki potansiyel rolleri hakkında bilgilerin arttırılması, çalışmaların hücrede gen/genom düzeyinde detaylandırılması, hücre içerisinde etkileşimde olduğu yolakların belirlenmesi gerekmektedir. Bu tez çalışmasında, fenolik bileşiklerden benzoik asit ve ferulik asitin Escherichia coli bakterisinde ilişkili olduğu gen ve metabolitlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmalarda genomik, gen ekspresyon ve metabolomik analizlerinin yanı sıra, çeşitli mikrobiyoloji deneyleri ve istatistiksel analiz yöntemleri uygulanmıştır. Tezin ilk kısmında, ASKA klon setindeki 4123 adet klonun bir araya getirilmesiyle oluşturulan ASKA plazmit genom boyu kütüphanesi ile genomik çalışmalar yürütülmüştür. ASKA plazmit genom boyu kütüphanesi, gradient ekim yöntemi kullanılarak farklı konsantrasyonlarda benzoik asit ve ferulik asit stresine maruz bırakılmıştır. Benzoik asit gradient ekim seleksiyonundan 91 adet ve ferulik asit gradient ekiminden ise 132 adet göreceli olarak yüksek tolerans seviyesine sahip suş belirlenmiştir. Bu suşların toleranslı olduklarının onaylanması ve ek bir seleksiyon yapılması için çizgi ekim yöntemi kullanılmıştır. Bu bileşiklerle yapılan seleksiyon çalışmaları sonucu toleranslı olduğu onaylanan suşlardan seçilerek koloni PCR yapılmış ve insert büyüklüklerine bakılmıştır. Benzoik asit ile ferulik asit'ten 6'şar adet suş seçilerek plazmit izolasyonu ve sekans analizi gerçekleştirilmiştir. Sekans analizi sonrası insert bilgilerine ulaşılan klonlar, yjtD, yabQ, ydfB, yegP, osmE, hisS (benzoik asit) ile prpE, sbmC ve fliS (ferulik asit) genlerini taşımaktadır. Tez çalışmasının diğer bir kısmında her bileşik için klonlardan seçilerek, yabanıl tip Escherichia coli'de gen ekspresyon analizi yapılmıştır. Real-Time PCR deneylerinde osmE ve prpE genlerinin ekspresyon seviyelerinde artış olduğu gözlenmiştir. Tez çalışmasının son kısmında, benzoik asit ve ferulik asit stresi ile ilgili metabolitlerin belirlenmesinde 1H-NMR analizi kullanılmıştır. 1H-NMR analizi için metabolit ekstraktları, 4 konsantrasyon, 3 tekrar olacak şekilde her bileşik için ayrı ayrı olarak E.coli BW25113 suşu kullanılarak hazırlanmıştır. Benzoik asit'in E.coli BW25113 suşu ile yapılan 1H-NMR analizi sonucu 80 adet metabolit profiline ulaşılmıştır. 80 adet metabolit ile yapılan istatistiksel analizlerde kontrol grubuna kıyasla, 24 adet metabolitin konsantrasyonlarında, en az bir benzoik asit konsantrasyon uygulamasında, anlamlı değişim olduğu gözlenmiştir. Benzoik asit ile E.coli BW25113 suşu NMR analizi sonrası istatistiksel analizlerde Sükroz, IMP, Pantotenat, Kreatin, Mannitol, Uridin, Glisin, Adenozin, Sitidin, Histamin, Putresine, N6-Acetillizin, 2-Aminobutirat, dTTP, Ksantin, 2-Oksoizokaproat, Asetamid, Inozin, Hydroksiaseton, Glikolat, Guanozin, Kreatin fosfat, Betain ve Malat metabolit konsantrasyonlarında kontrol grubuna kıyasla anlamlı değişimler olmuştur. Benzoik asit ile E. coli BW25113 suşunun NMR analizinde "Galaktoz (Galactose)", "Nişasta ve sükroz (Starch and sucrose)", "Pürin (Purine)", "Pirimidin (Pyrimidine)" ve "Glisin, serin ve treonin (Glycine, serine and threonine)" metabolik yolaklarının etkilendiği görülmüştür. Ferulik asit ile yapılan NMR analizi sonucu 71 adet metabolit profiline ulaşılmıştır. 71 adet metabolit ile yapılan istatistiksel analizler sonucu 41 adet metabolit konsantrasyonunda, en az bir ferulik asit uygulamasında kontrol grubuna kıyasla değişim olduğu görülmüştür. Anlamlı değişim gözlenen metabolitler, Asetamid, Fumarat, Urasill, Oksipürinol, N-Asetilornitin, Glikolat, Eritritol, Süksinat, Trimetilamin N-oksit, Hidroksiaseton, N-Asetilglukozamin, Piroglutamat, Betain, Izositrat, Malat, dTTP, Niasinamid, Etilen glikol, Piruvat, Fruktoz, Adenozin, AMP, Kreatin fosfat, Inozin, Histamin, O-fosfokolin, Sitidin, Sitozin, Maleat, Piridoksin, Metiyonin, Glutamat, Malonat, Kadaverin, Guanozin, Alanin, Tartarat ve Sebakat' dır. Ferulik asit ile E.coli BW25113 suşunun NMR analizinde etkilenen metabolik yolaklar , "Trikarboksilik asit döngüsü (TCA cycle)", "Glutatyon (Glutathione)", "Propanoat (Propanoate)", "Sülfür (Sulfur)", "Metan (Metan)", "Bütanoat (Butanoate)", "Arjinin biyosentesi (Arginin biosynthesis)", "Nikotinat ve nikotinamid (Nicotinate and nicotinamide)", "Lizin degredasyonu (Lysin degradation)", "Alanin, aspartat ve glutamat (Alanin, aspartate and glutamate)", "Piruvat (Pyruvate)", "Glioksilat ve dikarboksikat (Glyoxylate and dicarboxylate)", "Glikoliz/glikoneogenez (Glycolysis/gluconeogenesis)", "Pürin (Purine)", "Glisin, serin ve treonin (Glycin, serine ve threonine)", "Pirimidin (Pyrimidine)", "Fruktoz ve mannoz (Fructose ve mannose)" ve "Nişasta ve sükroz (Starch and sucrose)"'dur. Bu tez çalışmasıyla, benzoik asit ve ferulik asit'in E. coli bakterisinde doğrudan veya dolaylı ilişkili olabileceği gen ve metabolitler önerilmiştir. Anahtar kelimeler: Benzoik asit, Ferulik asit, ASKA, Escherichia coli, gen, metabolit
Dipsiz–Çine Çayı'nın makrozoobentik organizmalara göre ve fizikokimyasal yöntemlerle su kalitesi tayini
Bu çalışma 2015-2016 ve 2020 tarihleri arasında Dipsiz- Çine (Muğla-Aydın) Çayı su kalitesinin makrozoobentik organizmalara göre ve fiziko-kimyasal parametrelerle elde edilen analiz sonuçlarına göre belirlenmesi amacıyla gerçekleştirilmiştir. Dipsiz- Çine Çayı üzerinde belirlenen 6 istasyondan su örnekleri ve makrozoobentik örnekleri alınmıştır. Suyun fiziko-kimyasal özelliklerinin belirlenmesi amacıyla amonyum azotu, nitrit azotu, nitrat azotu, orto-fosfat fosforu, toplam sertlik, sülfat sertliği, karbonat sertliği, kalsiyum iyonu ve magnezyum iyonu ölçülerek değerlendirilmiştir. Su sıcaklığı, elektriksel iletkenlik, pH, çözünmüş oksijen parametreleri arazi çalışmaları esnasında ölçülmüştür. Araştırma bölgesinden Mollusca, Annelida ve Arthropoda şubelerine ait örnekler toplanmıştır. Toplanan makrozoobentik örnekler cins veya tür seviyesinde teşhis edilmiştir. Gastropoda, Bivalvia, Oligochaeta, Hirudinea, Arachnida, Crustacea ve Insecta sınıflarına ait 88 takson belirlenmiştir. İstasyonlarda belirlenen makrozoobentik organizmaların sıklık, baskınlık, çeşitlilik değerleri ve bu canlılara göre istasyonların benzerlikleri saptanarak, su kalitesi sonuçları ile birlikte değerlendirilmiştir. Su kalitesinin belirlenmesinde ASPT, BMWP, Belçika Biyotik İndeksi, Saprobi İndeksi, Kirlilik Tolerans İndeksi ve Familya Biyotik İndekslerinde kullanılmıştır ve elde edilen sonuçlara göre su kalitesi belirlenmiştir. Fizikokimyasal veriler Klee (1991)'ye göre yorumlanarak, 1. ve 3. istasyonların I-II. kalite sınıfında, 2. , 5. ve 6. istasyonların II. kalite sınıfında, 4. istasyonun ise II-III. kalite sınıfında olduğu belirlenmiştir. Yerüstü su kalitesi mevzuatına (2012) göre istasyonların su kalite sınıfları, 1., 2. ve 3. istasyonların I. Sınıf (yüksek kaliteli) su kalite sınıfına dahil olduğu, 4., 5. ve 6. istasyonların ise II.Sınıf (az kirlenmiş) su kalite sınıfına dahil olduğu belirlenmiştir. Dipsiz Çine Çayı, FBI'ya göre kritik kirlenmiş su sınıfına, BBI'ya göre hafif kirli su sınıfına, SI'ya göre az kirlenmiş su sınıfına, ASPT'ye göre az kirlenmiş su sınıfına ve BMWP'ye göre orta derecede kirlenmiş su sınıfına dahil olduğu belirlenmiştir. ASPT, BMWP, Belçika Biyotik İndeksi, Saprobi İndeksi, Kirlilik Tolerans İndeksi ve Familya Biyotik İndekslerinden elde edilen değerler ortak bir tabloda irdelenmiş ve indeksler arasında su kalite sınıflarında farklılıklar olduğu görülmüştür.
Dipsiz–Çine Çayı'nın epilitik ve epifitik alg türlerine göre ve fizikokimyasal yöntemlerle su kalitesinin belirlenmesi
Bu çalışma 2015-2016 tarihleri arasında ve 2020 Eylül-Ekim aylarında Dipsiz- Çine (Muğla-Aydın) Çayı üzerinde Epilitik ve Epifitik alg türlerine ve fizikokimyasal parametrelerle elde edilen analiz sonuçlarına göre su kalitesinin belirlenmesi amacıyla gerçekleştirilmiştir. Dipsiz- Çine Çayı üzerinde belirlenen istasyonlardan su örnekleri ve alg örnekleri alınmıştır. Su sıcaklığı, elektriksel iletkenlik, pH, çözünmüş oksijen parametreleri arazi çalışmaları sırasında ölçülmüştür.Suyun fiziko-kimyasal özelliklerinin tespiti için amonyum azotu, nitrit azotu, nitrat azotu, orto-fosfat fosforu, toplam sertlik, sülfat sertliği, karbonat sertliği, kalsiyum iyonu ve magnezyum iyonu ölçülerek değerlendirilmiştir. Bacillariophyta, Chlorophyta, Dinophyta, Euglenophyta ve Cyanobacteria'ya ait toplam 71 takson teşhis edilmiştir. Bacillariophyta en baskın grubu temsil etmiştir. Bacillariophyta grubu içerisinde Pennales ordosuna ait taksonların, Centrales ordosuna ait taksonlara göre birey sayısı ve takson zenginliği bakımından baskın olduğu tespit edilmiştir. Diatoma vulgaris, Melosira varians, Amphora ovalis, Navicula gracilis, Cymbella helvetica, Diploneis ovalis ve Cyclotella meneghiniana en çok gözlenen türlerdir. Tüm istasyonlarda en baskın türün Melosira varians olduğu tespit edilmiştir. İstasyonlarda belirlenen epilitik alglerin sıklık, baskınlık, çeşitlilik değerleri ve istasyonların benzerlikleri saptanarak, su kalitesi sonuçları ile birlikte değerlendirilmiştir. Biyolojik yönden teşhis edilen örnekler Saprobi İndeksi ve Trofik Diyatome İndekslerinde kullanılmıştır ve elde edilen sonuçlara göre su kalitesi belirlenmiştir. Dipsiz Çine Çayı'nın su kalitesinin YSKY (2012)'ye göre; II. kalite (iyi), Klee (1991)'ye göre; II. kalite (vasat kirlenmiş) ve epilitik alglere göre belirlenen Saprobi indeks değerlerine göre; II. kalite (orta derecede kirlenmiş) su sınıflarına dahil olduğu belirlenmiştir. Trofik Diyatome indeksi sonuçlarına göre, 1. istasyonun Mezotrofik olduğu, 2. , 3. ve 5. İstasyonların Ötrofik olduğu, 4. ve 6. istasyonların ise Hipertrofik olduğu tespit edilmiştir.
Kitlesel ölüm gözlenen bal arıları ve ballarında modifiye edilmiş QuEChERS ekstraksiyon yöntemi kullanılarak LCMS/MS ve GC-MS/MS kütle spektrometresi ile pestisit kalıntılarının belirlenmesi
Dünya'nın birçok bölgesinde son yıllarda gözlenen toplu arı ölümlerinin artması ve bu ölümlerin sebeplerinin araştırılması dikkat çeken konuların başında gelmektedir. Bu konuda yapılan çalışmalar, ölümlerin arılarda pestisit maruziyetinden kaynaklı olabileceğini göstermektedir. Arılarda yüksek toksisite gösteren pestisitlerin, yapılan risk değerlendirmeleri sonucunda bazılarının Dünya'da kullanımının yasaklanması zorunluluğu doğmuştur. Dünya ile birlikte ülkemizde de toplu arı ölümleri görülmesi ile yaşanan koloni kayıpları hem ekosistem açışından hem de ekonomi açısından ciddi zararlar doğurabilmektedir. Bu sebeple kitlesel ölüm gözlenen kolonilerde pestisit kalıntı analizlerinin yapılarak risk değerlendirmelerinin sunulması büyük önem arz etmektedir. Gerçekleştirilen bu tez ile de Dünya'da örnekleri olmasına karşın, Türkiye'de yapılan çalışmalar incelendiğinde örneği bulunmayan, pestisit analizlerinde evrensel bir metot olan QuEChERS ekstraksiyon metodu modifiye edilerek, Türkiye'de ilk kez arılarda pestisit kalıntılarının saptanabilmesi için metot validasyon çalışmaları yapılması amaçlanmıştır. Böylece arılarda yapılacak çoklu pestisit kalıntı analizlerinde bu metodun kullanılması hedeflenmiştir. Yine balda da çoklu pestisit kalıntılarının analizi için metot validasyon çalışmaları yapılarak, balda da pestisit kalıntıların tespiti amaçlanmıştır. Bu amaçlarla yoğun tarımsal uygulamaların olduğu ve Türkiye bal üretiminin yarısından fazlasının yapıldığı Marmara, Ege ve Akdeniz Bölgeleri'ndeki kitlesel arı ölümleri takip edilerek, ölmüş arı ve onlara ait kovanlardan bal örnekleri toplanmıştır. Yine toplu ölüm söz konusu olmadığında da belirlenen lokasyonlarda kovan önlerinden ölü arılar toplanarak örneklemeler yapılmış ve metodun kullanılabilirliği test edilmiştir. Öncelikle arı analizleri için QuEChERS yöntemi baz alınarak farklı modifikasyonlar denenmiş ve en iyi metot performans kriterlerini sağlayan metot seçilerek ve bu metodun validasyonu gerçekleştirilmiştir. Valide edilen modifiye QuEChERS yöntemi ile ekstrakte edilen arı ve bal örnekleri LC-MS/MS ve GC-MS/MS kütle spektrometresi cihazları ile toplamda 600 adet pestisit etken maddesi yönünden analiz edilmiş ve pestisit kalıntıları belirlenmiştir. 2020 ve 2021 yıllarında toplamda 42 adet arı ve 56 adet bal örneği analiz edilmiştir. Analiz edilen arı numunelerinin 29 tanesinde en az bir tane pestisit etken maddesi saptanmıştır ve bu numunelerde 0,002 ile 3,66 mg/kg arasında değişen değerlerde, 56 farklı pestisit etken maddesi tespit edilmiştir. Analiz edilen bal numunelerinin ise 22 tanesinde en az bir tane pestisit etken maddesi saptanmıştır. Bu numunelerde 0,002 ile 0,052 mg/kg arasında değişen değerlerde 16 farklı etken maddeye rastlanmıştır. Arılarda pestisit maruziyetinin görülebilmesi için tehlike katsayıları (HQ-Hazard Quotient) hesaplanmış ve pozitif sonuçlanan 29 arı numunesinin HQ puanlarının %34'ü HQ<50, %7'si HQ>50 ve %59'u HQ>1000 olduğu belirlenmiştir. Pestisit maruziyeti risklerin HQ>50 parametresi yani belirgin pestisit yüküne göre kıyaslandığı zaman pozitif numunelerin %66'sında kendini göstermektedir. Tespit edilen pestisitlerin HQ puanları 0 ile 1.016.667 arasındaki değişirken numunelerin HQ puanları 0,02 ile 1.016.670 arasında değişim göstermektedir. HQ puanının 1000'in üzerinde olması sebebi ile numuneleri tek başlarına yüksek pestisit yükü altına sokan pestisitlerin tamamı insektisitlerden meydana gelmektedir. Yapılan bu çalışmanın sonucunda valide edilen, pestisit gruplarında ayrım yapmaksızın, arılarda çoklu kalıntı analizlerine kantitatif olarak olanak sağlayan modifiye QuEChERS metodu ile hızlı ve güvenilir sonuçlar alınması mümkündür. Homojenizasyon işleminden sonra iki saatten daha kısa bir sürede analizlerin tamamlanabilmesi, tüm kontrol laboratuvarlarında bulunabilecek altyapıyla rahatlıkla çalışılabilmesi, analiz maliyetlerinin düşük olması, kolay ve güvenilir olması gibi kendini ön plana çıkaran özellikleri ile bu modifiye QuEChERS metodunun arılarda pestisit kalıntı analizlerinde kullanılması önerilmektedir. Ayrıca bu çalışmada sunulan pestisit maruziyetine karşılık yapılan risk değerlendirme hesaplamalarının da ülkemizde arılarda kalıntı analizlerinin gerçekleştirilmesinin ardından pestisit maruziyetini yorumlamak için rehber olarak kullanılması tavsiye edilmektedir.
Mastitisli ineklerden izole edilen staphylococcus aureus suşlarının moleküler tiplendirmesi
Bu çalışmada Afyonkarahisar bölgesinde bulunan 6 farklı yerleşim yerindeki 16 çiftlikten toplanan mastitisli süt örneklerinden izole edilmiş 104 adet bakteri ribotiplendirme yöntemi ile identifiye edilmiş ve Staphylococcus aureus olarak tanımlanan 77 izolat arasındaki genetik akrabalık ilişkisi moleküler tiplendirme yöntemleri ile araştırılmıştır. Ribotiplendirme yönteminde EcoRI restriksiyon enzimi kullanılmış ve 8 ribogrup belirlenmiştir. Atılımlı alan jel elektroforez (Pulsed Field Gel Electrophoresis=PFGE) yöntemi ile 77 izolatın makrorestriksiyon profili SmaI restriksiyon enzimi kullanılarak belirlenmiş ve 19 pulsotip tanımlanmıştır. Ribogruplar ve pulsotipler birbirleriyle çakışmasa da dominant pulsotip olan G11'de yer alan izolatların bir kısmının ribotiplendirmede birbirleriyle %98 benzerlik gösteren ribogrup 2, ribogrup 7 ve ribogrup 8'de yer alan izolatlarla aynı olduğu gözlenmiştir. Benzer şekilde ribogrup 7 ve 8'de yer alan izolatların bir kısmının da PFGE analizinde %98 ve %97 benzerlik oranı gösteren G5, G7 ve G8 pulsotiplerinde yer aldığı belirlenmiştir. Türkiye'de sığırlarda mastitis etmeni S. aureus için ribotiplendirme yöntemi ilk kez bu çalışmada kullanılmış olup, Afyonkarahisar bölgesinde mastitisli sütlerden izole edilen S. aureus izolatlarının gerek ribotiplendirme gerekse de PFGE ile genotipik analizi de ilk kez uygulanmıştır.
Rubus L. cinsi glandulosı subseksiyonunun ekolojik genetiği
Bu araştırmada Rubus L. cinsi Glandulosi subseksiyonunda yer alan dört taksonun (Rubus tereticaulis, Rubus hirtus, Rubus platyphyllos ve Rubus caucasicus) anatomik, morfolojik, palinolojik, fitokimyasal, sitogenetik, genetik ve ekolojik özellikleri incelenmiştir. İklimsel veriler incelendiğinde Rubus caucasicus ve Rubus platyphyllos'un, yayılış alanlarında, diğer taksonlara kıyasla daha yüksek nem miktarına ihtiyaç duyduğu tespit edilmiştir. Bitkisel örneklerde sabit yağ içeriğinin en yüksek % 3.3, ham selüloz miktarının ise en yüksek % 67.65 olduğu belirlenmiştir. Bitkisel örneklerin element içeriklerinin toprakta belirlenen miktarlar ile bağlantılı olduğu ve potasyum içeriği bakımından zengin, bakır içeriği bakımından fakir olduğu tespit edilmiştir. ISSR tekniği ile yapılan DNA parmakizi analizleri ile Rubus hirtus ve Rubus platyphyllos taksonları arasındaki genetik uzaklık belirlenmiştir. Rubus hirtus'un Rubus tereticaulis'e genetik olarak daha yakın olduğu, Rubus platyphyllos ile aynı tür adı altında kabul edilmesi gerektiği tespit edilmiştir. SEM yardımı ile Rubus caucasicus taksonuna ait polen görüntüleri elde edilmiş ve bu taksonun trikolporat yapıda tipik Rosaceae polenlerine sahip olduğu teyit edilmiştir. Morfolojik incelemeler sonucunda taksonların özellikleri ayrıntılı olarak incelenmiş ve ölçümler yapılmıştır. Taksonlar arasındaki sistematik açıdan önemli olan, bilhassa generatif organlara ait karakterlerin durumu ayrıntılı bir şekilde ortaya koyulmuştur. Bu çalışma ile Rubus hirtus ve Rubus platyphyllos arasındaki farklılıkların gerek morfolojik gerekse genetik bakımdan ortaya koyulmuştur. Glandulosi subseksiyonu için teşhisi kesinleştiren ve kolaylaştıran yeni bir anahtar ve herbir takson için yeni deskripsiyonlar hazırlanmıştır. Yapılan fitokimyasal analizler sonucunda türlere ait meyvelerde bulunan glikozit türevlerinin miktarları belirlenmiş ve karşılaştırılmıştır.
Süt ve süt ürünlerinden izole edilen laktik asit bakterilerinin ekzopolisakkarit üretim yeteneklerinin araştırılması
Laktik asit bakterileri (LAB); gram-pozitif, fakültatifanaerob, katalaz negatif, hareketsiz, sitokromdan yoksun ve spor oluşturmayan bakterilerdir. Planlanan çalışmada süt ve süt ürünlerinden izole edilen 163 LAB' sinin ekzopolisakkarit üretme yetenekleri taranarak seçilen izolatlarda optimum EPS üretimi için kültür koşulları belirlenmeye çalışılmıştır.Çalışmamızda izolatların antimikrobiyal aktivitesi SandvicOverlay Yöntemi ile incelenerek biyokimyasal testlerle özellikleri belirlenmiş ve seçilen izolatlar riboprinter ile tanımlanmıştır. İzolatların antimikrobiyal aktivitelerinin yüksek olduğu bulunmuştur. İzolatların EPS üretimleri mikrotitre plaka yöntemi ve kongo kırmızılı ortamda belirlenmiştir. Son olarak izolatlarınoptimum EPS üretim değerleri optimum azot, karbon kaynakları ve sıcaklıkta cevap-yüzey metodu ilebelirlenmiştir.İzolatların EPS değerleri 46,65 mg/L – 53,17 mg/L arasında bulunmuştur.
Stiktik asit, salazinik asit ve atranorin'in biyolojik aktivitelerinin kültür hücrelerinde araştırılması
Likenler yüzyıllardır geleneksel tedavi yöntemleri için kullanılan canlılardır. Likenler primer ve sekonder metabolitler sentezlerler. Liken sekonder metabolitlerinin; antioksidan, antibiyotik, antienflamatuar, antimikrobiyal, allelopatik, antifungal, herbisit, antimutajenik, antitümor, antimikobakteriyel, antiviral, antioksidan, hücre bölünmesini düzenleyici, analjezik, antiproliferatif, sitotoksik etkileri bilinmektedir. Bu tez çalışmasında likenlerden elde edilen sekonder metabolitlerin (Stiktik asit, Salazinik asit ve Atranorin) sitotoksik etkileri (MTT ve LDH testleri ile) ve hücre içi reaktif oksijen seviyelerine (ROS testi) etkileri tek başlarına ve ikili kombinasyon şekline A549 (insan akciğer adenokarsinoma hücresi) ve HUVEC (insan göbek kordonu toplar damarı endotel hücresi) hücreleri kullanılarak araştırılmıştır. Antitümöral etki A549 hücrelerinde koloni oluşum deneyi uygulanarak belirlenmiştir. Anjiyojenez üzerine etkileri HUVEC hücreleri ile yapılan tüp oluşum deneyi sonucunda saptanmıştır. Atranorin'in tek başına ve ikili kombinasyon şeklinde diğer liken sekonder metabolitlerine göre daha sitotoksik, antitümöral ve antianjiyojenik etkilerinin olduğu belirlenmiştir.
Metal katkılı hidroksiapatit nanokaplama malzemeleri üzerinde büyütülen yağ dokusu kaynaklı mezenkimal kök hücrelerin adezyon, canlılık ve osteojenik farklılaşma kapasitelerinin in vitro yöntemlerle değerlendirilmesi
Bu tez çalışmasında değişik kimyasal ve yüzey özelliklerine sahip metal katkılı (Zn, Ag ve Cu) hidroksiapatit (HAP) nanokaplama malzemeler üzerinde büyütülen insan yağ dokusu kaynaklı mezenkimal kök hücrelerin (MKH) canlılığı ve osteoblastik farklılaşma potansiyelleri ile substrat-materyal arasındaki ilişki ve hücre davranışı incelenmiştir. Bu amaçla biyomalzemeler üzerindeki hücre canlılığı MTT, LDH ve DNA miktar tayin yöntemleri ile belirlenmiştir. Biyomalzemeler üzerinde büyütülen MKH'lerin osteoblastik farklılaşma kapasiteleri, Alizarin Kırmızısı (AK) Boyama, Alkalen Fosfataz Spesifik Aktivitesinin (ALP) biyokimyasal olarak ölçülmesi ve Osteopontin gen ekspresyon seviyesi rt-PCR ile değerlendirilmiştir. Ayrıca MKH'lerin biyomalzemeler üzerindeki adezyonları ve hücre adezyonunun malzemelerin biyouyumluluğu üzerindeki etkisi; hücre adezyon deneyi, vinkülin ve f-aktin hücre iskelet elemanlarının immunofloresan boyanması ve ekstrasellüler matriks proteinleri ve hücre adezyon yolağında yer alan 84 adet geni içeren rt-PCR array ile incelenmiştir. Sonuçlar genel olarak Zn, Ag ve Cu metal iyonları içeren HAP nanokaplama yüzeyler üzerinde büyütülen MKH'lerde canlılığın, herhangi bir osteojenik uyaran içermeyen ortamdaki hücrelerde osteoblastik farklılaşmanın ve hücre adezyon yeteneğinin, ticari olarak kullanılan ve hiçbir metal iyonu içermeyen HAP'e göre daha yüksek olduğunu, bu metal iyonlarının malzemenin biyouyumluluğuna katkıda bulunduğunu göstermektedir.
Bazı arpa ve buğday varyetelerinde morfolojik ve biyokimyasal yanıtlar üzerine toksik metallerin etkisi
Toprakta ağır metallerin (HM) birikimi besin zinciri yoluyla hayvan ve insan sağılığı üzerinde önemli etkilere sahiptirler. Ayrıca, hücreler enzimatik veya enzimatik olmayan antioksidan savunma mekanizmalarının yardımıyla ağır metallerin oluşturduğu serbest oksijen radikallerinin (ROS) zararlı etkilerini detoksifiye edebilirler. Glutatyon S-transferaz (GST), tripeptit glutatyon (GSH) ile elektrofilik ksenobiyotik substrastların konjugasyonunu katalizleyen bir enzim grubudur. Öte yandan GSH, ROS kaynaklı oksidatif hasara karşı hücresel savunmada için en önemli metabolitlerden biri olarak kabul edilir. Bu çalışmada Triticum aestivum L. cv. İzgi-2001, Triticum aestivum L. cv. Alpu-2001, Hordeum vulgare L. cv. Kalaycı-97 ve Hordeum vulgare L. cv. Bilgi-91 türlerinin radikula ve hipokotillerinde GST aktivitesi, protein ve GSH içerikleri, çimlenme yüzdeleri, radikula ve hipokotillerin uzunlukları ile su içeriği üzerindeki kadmiyum klorür (CdCl2) ve kurşun klorürün (PbCl2) farklı konsantrasyonlarının etkisi değerlendirilmiştir. Uygulanan ağır metaller GSH içeriğinde kontrol gruplarına göre farklılıklar göstermiştir. GST aktivite ölçümlerinin sonucunda, ağır metal uygulamalarının 1,5 mM Pb konsantrasyonunda Bilgi-91 ve Kalaycı-97 türlerinin hipokotillerinin kontrol gruplarına göre önemli bir artışa olmuş ve bu artış sırasıyla %502 ve %308 iken, 1,5 mM Cd konsantrasyonunda bu türlerin radikulalarındaki aktivite artışı kontrol grubuna göre sırasıyla %558 ve %478 olarak bulunmuştur. Bu sonuçlara göre, farklı konsantrasyonlardaki ağır metal uygulamalarının bitki türlerinde fizyolojik ve biyokimyasal süreçleri olumsuz etkilediği ve ağır metal stresine daha dayanaklı buğday ve arpa türünün Alpu-2001 ve Bilgi-91 olduğu saptanmıştır.
Sıçan akciğerinde bleomisin ile indüklenen oksidatif stresin önlenmesinde piceatannol'un etkileri
Bu çalışmada, bleomisinin neden olduğu oksidatif strese karşı piceatannolun etkileri sıçan akciğerinde incelenmiştir. 200-250 gr ağırlığındaki erkek Wistar cinsi sıçanlar 4 grup halinde oluşturulmuştur. Deney grupları; kontrol grubu (serum fizyolojik uygulanmış i.p), bleomisin uygulanan grup (tek doz i.p 10 mg/kg), bleomisin (10 mg/kg i.p) ve piceatannol (4mg/kg i.p) uygulanan grup, son grup ise piceatannol (4 mg/kg i.p) uygulanmış sıçanlardan oluşmaktadır. Deneylerde biyokimyasal teknikler kullanılmıştır. Akciğer dokusundaki toplam protein düzeyleri belirlenmiştir. Lipid peroksidasyonunun bir belirteci olarak malondialdehit (MDA) seviyeleri ölçülmüştür. Lipid peroksidasyonu bulgularını desteklemek ve oksidatif stresi belirleyebilmek amacıyla, antioksidan enzimlerden süperoksit dismutaz, glutatyon peroksidaz ve katalaz enzim aktiviteleri belirlenmiştir. Piceatannolun, akciğerlerde bleomisin maddesinin indüklediği oksidatif stresin azalmasını hücrelerdeki serbest radikalleri yakalama yoluyla yaptığını ve ayrıca bu hücrelerde hücrelerin antioksidan kapasitesini arttırdığı biyokimyasal testlerin sonunda gözlemlenmiştir. Artan antioksidan kapasite sayesinde, lipid peroksidasyonu azalmakta ve hücredeki zarlı yapılar korunmaktadır. Biyokimyasal bulgular, piceatannolun 4.0 mg/kg dozu bleomisin ile meydana gelen oksidatif strese bağlı hücre hasarının önlenmesinde etkili olduğunu ortaya koymaktadır. Bu çalışma ile bleomisinin, piceatannol ve hücrenin başlıca antioksidan bileşenleri arasındaki in vivo etkileşimleri ilk defa ortaya konulmuştur.
Odunpazarı ve Tepebaşı ilçelerinin (Eskişehir) liken çeşitliliği
Bu çalışmada, likenlerin izlenmesiyle hava kalitesinin belirlenmesine ilişkin araştırmalar için bir veritabanı oluşturmak amacıyla; Odunpazarı ve Tepebaşı ilçeleri içinde yer alan liken ve likenikol mantar çeşitliliği belirlenmiştir. Ayrıca tespit edilmiş olan 203 taksonun yaşama ortamlarına göre dağılımları irdelenmiş ve değerlendirilmiştir.
Gümüş nitrat, titanyum oksit ve demirli bileşikler ile nanopartikül formlarının kanser hücreleri üzerindeki apoptotik, nekrotik ve biyokimyasal etkileri
Metal bileşikler ve metal nanopartiküller kanser tedavisinde büyük öneme sahiptir. Sisplatin en başarılı antikanser metal bileşiklerinden birisidir. Ancak onun yan etkilerinden dolayı farklı metal bileşiklere yönelme olmuştur. Bu tezde gümüş nitrat, titanyum dioksit ve demir oksit nanotozlarının A549 hücre hattı üzerindeki sitotoksik, antiproliferatif etkileri ve bunlardan sorumlu genlerle hücre ölümü mekanizmalarının (apoptoz, nekroz, otofaji gibi) aydınlatılması hedeflendi. Sitotoksisite, MTT (3-(4,5-dimetiltiazol-2-il)-2,5-difenil tetrazolyum bromür) analizi ile belirlendi. Flow analizlerinden Anneksin V-FITC /PI (Propidyum iyodid) boyama ile erken/geç apoptotik-nekrotik hücre sayısı belirlendi. Kaspaz-3 ve mitokondriyal membran potansiyeli (JC-1) analizi ile apoptotik etki saptandı. Hematoksilen/eozin, TUNEL (Terminal deoksinukleotidil transferaz deoksiüridin trifosfatbiyotin işaretleme), BrdU (Bromodeoksiüridin), Bcl-2 ve Bax boyama ile hücrelerdeki apoptotik miktar skorlandı. Hücre ölüm yolları, geçirimli elektron ve konfokal mikroskobu ile morfolojik olarak gösterildi. Mikroarray analizi ile hücre ölüm yollarında (apoptoz vb) görevli genlerin aktivite miktarı, ekspresyon artış ve azalışları belirlendi. AgNO3, TiO2 ve Fe3O4 nanotozları, potansiyel sitotoksik ve apoptotik ajanlardır ve alternatif kanser kemoterapötikleri olarak kullanılabilir.
Eskişehir ilinde (Merkez ilçe) leş üzerindeki Calliphoridae (Diptera) faunasının tespiti ve mevsimsel süksesyonlarının belirlenmesi
Bu çalışmada 2011 Kasım ayından başlamak üzere Eskişehir ili Yunus Emre Kampüsü'nde Japon bahçesine yerleştirilen et tuzakları, pitfall tuzakları ile Eskişehir ili merkezine 26 km uzaklıktaki Sulu Kara Ağaç Köyü sınırları içerisinde konumlandırılan domuz leşi üzerindeki Calliphoridae (Diptera) türlerinin ve bu türlerin mevsimsel süksesyonlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu kapsamda bir yıl boyunca çalışma alanlarına bırakılan 12 adet domuz (Sus scrofa L.) leşi üzerinden Calliphoridae familyasına ait yumurta, larva, pupa ve ergin örnekleri toplanmış ve bölüm laboratuvarında tanı anahtarları yardımı ile tür teşhisleri yapılarak morfolojik karakterler fotoğraflanıp çizimleri yapılmıştır. Çalışmada yedi adet Calliphoridae türü tespit edilmiştir. Calliphorinae alt familyasına ait Calliphora vicina ve Calliphora vomitoria; Lucilinae alt familyasına ait Lucilia sericata ve Lucilia illustris; Chrysomyinae alt familyasına ait Chrysomya albiceps; Polleniinae alt familyasına ait Pollenia rudis ve Pollenia libialis olmak üzere belirlenmiştir.
Halofilik mikroorganizmaların elektron mikroskopi ile görüntülenmesi
Elektron mikroskopları, mikrobiyolojik alanda çok kullanılan ve geliştirilmiş mikroskop türleridir. Bunlar sayesinde her türlü mikroorganizmayı ve hücreyi incelemek ve ince yapısı hakkında bilgi edinmek mümkündür. Elektron mikroskopları yüksek resolüsyon görüşleri ile ışık mikroskoplarına oranla çok ince detaylara ulaşmayı sağlarlar. Ekstremofilik mikroorganizmaların yüksek tuz konsantrasyonlarında yaşayan üyeleri halofilik mikroorganizmalar olarak adlandırılmaktadır. Bir diğer tanımıyla bu mikroorganizmalar, Sodyum klorür'ün doyma noktasına yakın ya da doyma noktasında olduğu ortamlarda yaşayan mikroorganizmalardır. Halofilik mikroorganizmalar hipersalin ortamlarda bulunurlar. Bu çalışmada izole ettiğimiz halofilik mikroorganizmalar ve hipersalin çevre örnekleri elektron mikroskobu ile incelenmiştir.
Down sendromlu hastalarda MEF2C ve CREB1 gen polimorfizm ilişkisinin araştırılması
Down Sendromu veya diğer adıyla trizomi 21, insanda mental retardasyonun en fazla görülen genetik nedeni ve 21. kromozomla ilgili en iyi bilinen anomalidir. İnsidansı 1/600~1/1000 canlı doğumdur. Çalışma için seçilen genlerden CREB'e ait gen CREB1 2q32.3-q34 üzerinde ve 69 kbp uzunluğundaki bir transkripsiyon faktörüdür. MEF2'ye ait MEF2C, 5q14.3 üzerinde bulunur ve bant uzunluğu 200,723 kbp dir. Çalışmamızda, Down Sendromlu çocuklarda CREB1 ve MEF2C gen polimorfizmlerinin araştırılması, sağlıklı kontrollere göre sıklıklarının karşılaştırılması ve Down Sendromuyla anlamlı oranda ilişkili olduğu saptanan allellerle, Down Sendromunda sık rastlanan kardiyak malformasyonlar arasındaki muhtemel ilişkilerin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Çalışmamıza 100 Down Sendromlu çocuk olgu ve 100 sağlıklı çocuk dahil edilmiştir. Kontrol ve Down Sendromu olgularında CREB1 ve MEF2C gen polimorfizmleri belirlenerek frekansları karşılaştırıldı. Aynı zamanda Gen polimorfizmleriyle Down Sendromu ile ilişkili anatomik patolojiler (konjenital kalp anomalileri) arasında neden-sonuç ilişkisi araştırılmıştır. Çalışmamızda, Down Sendromlu olguların 58'i (% 58) kız, 42'si (% 42) ise erkek cinsiyette olup, yaş ortalaması 3.19±3.79 ay idi. Olguların anne yaş ortalaması 36.86±6.67 olarak tespit edildi. Olguların %18'inde VSD, %18'inde ASD, %11'inde PDA, %7'sinde AVSD tespit edilmiştir. CREB1 üzerinde rs4675690, rs2551640, rs10932201, rs2709376, rs7594560, MEF2C üzerindeki rs11951031, rs12521522, rs17421627 gen bölgelerine ait allellerinin hasta ve kontrole göre frekans karşılaştırılması neticesinde gruplar arasında istatistiksel açıdan anlamlı farklılık olduğu belirlenmiştir (p<0.05). CREB1 ait olan rs4675690 gen bölgesi için, hasta ve kontrol grubu allel frekansları ile kardiyak malformasyonlar arasında ilişki analizinde, ASD'si olan hastalar ile olmayan hastalar arasında allel dağılımı açısından anlamlı farklılık olduğu belirlenmiştir (p<0.05). Sonuç olarak, çalışma evrenimizin kapsadığı Elazığ ve çevresi Down Sendromlu olgularından oluşan populasyonda, ASD ve VSD'nin en fazla rastlanılan patolojiler olduğu ve saptanan malformasyonlar arasında AVSD oranlarının en düşük olduğu ve CREB1 rs4675690 gen bölgesinde 3 farklı allel için Down Sendromu vakalarında kontrol grubuna göre anlamlı frekans dağılımı farklılığı oluştuğu ve Down Sendromlu olgularda ASD olan vakalarda bu allel dağılım farklılığının anlamlı rolü olabileceği sonucuna varılmıştır.
Stratonikeia Antik Kenti'ndeki kazı çalışmalarından elde edilen hayvan kemiklerinin morfolojik ve dna dizi analizi ile tür teşhislerinin yapılması
Zooarkeoloji ilk kez 1800'lü yıllarda Lubback tarafından ortaya atılmış, arkeolojik kazı alanlarındaki faunal kalıntı çalışmaları için kullanılan terimdir. Zooarkeoloji bilimi antik dönem insanlarının hayvanlardan yararlanma biçimleri, beslenme alışkanlıkları, hayvanların nasıl öldükleri ya da öldürüldükleri, hangi tür hayvanları ne zaman evcilleştirildikleri, eti dışında nelerinden yararlanıldığı ve insanlarla birlikte hangi türlerin daha çok aynı ekolojik ortamı paylaştığı gibi birçok soruya yanıt verir. Bu çalışmada Stratonikeia antik kenti kazı çalışmalarından elde edilen kemikler morfolojik ve moleküler yöntemler ile incelenmiş ve morfolojik inceleme de ele geçen kemiklerin % 46,3'ü aile bazında; % 16,6'sı cins-tür seviyesinde teşhis edilmişlerdir. Moleküler yöntemle yapılan inceleme ile Coun alpinus (%79) ve Capra ibex (%75) türleri teşhis edilmiştir.
Balıkesir ve Kütahya bölgesindeki bazı termal kaynakların prokaryotik çeşitliliğinin incelenmesi
Bu çalışmada Balıkesir-Sındırgı, Güre, Havran ve Kütahya-Eynal termal kaynaklarının prokaryotik çeşitliliği kültür bağımlı ve kültür bağımsız yöntemler ile araştırılmıştır. İnkübasyon sonucunda izole edilen 66 izolat için 16S rRNA bölgesi spesifik primerler ile çoğaltımış ve amplifikasyon ürünleri MboI restriksiyon enzimi ile kesilerek ARDRA işlemi uygulanmıştır ve dizi analizi sonucunda Geobacillus, Bacillus, Aeribacillus, Anoxybacillus, Brevibacillus, Chelatococcus ve Aneurinibacillus cinsine ait izolatlar elde edilmiştir. Ayrıca farklı ARDRA profiline sahip izolatlardan bazılarına FAME analizi uygulanmıştır. Kültür bağımsız yöntemler kapsamında 16S klon kütüphanesi oluşturulmuş ve FISH çalışması yapılmıştır. Klonlama çalışması sonucunda 20 farklı ARDRA profile elde edilmiştir ve dizi analizinden sonra Bacillus, Geobacillus, Anoxybacillus, Meiothermus, Rosemonas, Aneurinibacillus ve Brevibacillus cinslerine ait klonlar elde edilmiştir. FISH çalışması sonucunda Bakteria domaini üyelerinden sinyaller alınırken Arkea sinyali alınamamıştır.
Farklı bitki çeşitliliğine sahip yapay sulak alanların bor (B) maden atık sularının biyoremediasyonu için kullanılma potansiyeli
Bu çalışmanın temel amacı, farklı bitki çeşitliğine sahip yapay sulak alanların Bor (B) maden atıkları ile kirlenmiş suların biyoremediasyonu için kullanılma potansiyelinin belirlenmesi ve bitki çeşitliğinin B giderimi üzerine olan etkilerinin ortaya çıkarılmasıdır. Çalışma için Kırka B rezerv alanı içerisinde 9 adet bitkilendirilmiş, 1 adet bitkisiz kontrol olmak üzere toplamda 10 adet yapay sulak alan kurulmuştur. Yapay sulak alanlar üzerinde 154 gün boyunca gerçekleştirilen biyoremediasyon deneyleri sonucunda yapay sulak alanların % 38 ile % 64 arasında bir arıtım performansı ile çalıştığı belirlenmiştir. En yüksek arıtım veriminin Typha latifolia ile bitkilendirilen mono-kültür yapay sulak alanda olduğu saptanmıştır. Bor'un yapay sulak alanlardaki temel biyoremediasyon mekanizmasının B'un sedimentte alı konulması olduğu ortaya çıkarılmıştır. Yapay sulak alanlarda bitkiler arasında meydana gelebilecek rekabetin B giderim performansını azaltabileceği tespit edilmiştir. Ayrıca, yapay sulak alanlardaki bitkilerin hasat edilmesi durumunda elde edilebilecek tahmini biyogaz ve elektrik enerjisi teorik olarak hesaplanmıştır.
Hepato-protective and therapeutic effect of ellagic acid on D-galactosamine-induced liver damage
Polyphenol-rich dietary foodstuffs, consumed as an integral part of vegetables, fruits, and beverages have attracted attention due to their antioxidant properties. Ellagic acid (EA), a polyphenolic compound widely distributed in fruits and nuts, has been reported to scavenge free radicals and protect cellular membranes. This study examined the protective mechanism of EA against D-galactosamine (D-GalN)-induced liver damage. A little is known about the influence of EA on D-GalN toxicity in vivo. D-GalN, a well-known hepatotoxicant, causes severe hepatocellular inflammatory damage and clinical features similar to those of human viral hepatitis in experimental animals. A little is known about the influence of EA on D-GalN toxicity in vivo. Thirty-five healthy male Wistar rats were equally divided into five groups. First and second groups were used as controls. The control groups received 0.5 ml of normal saline and 0.2% (0.5 ml of DMSO), respectively. The third group received D-GalN (700 mg/kg). Fourth and fifth groups were recieved D-GalN (700 mg/kg) plus EA (25 mg/kg) and EA (25 mg/kg) plus D-GalN (700 mg/kg), respectively. The rats were killed at the end of the treatment period. The level of ALT, AST, ALP, and LDH were determined in liver tissue. Administration of D-GalN increased the level of these liver enzymes when compared to the control group. The administration of EA to D-GalN-treated rats decreased the ALT, AST, ALP, and LDH levels in these samples. D-GalN caused marked damages in the histopathological status of liver tissues. These damages were ameliorated by EA administration. In conclusion, EA may be used in combination with D-GalN in chemotherapy to improve D-GalN-induced liver damages. Key words: Ellagic acid, D-Galactosamine, Hepatoprotective effect, Liver damage, antioxidant
Paraben ve türevlerinin insan lenfosit DNA'sı üzerindeki genotoksik etkilerinin RAPD-PCR ve comet teknikleri ile araştırılması
Paraben ve esterleri ilaç, gıda, bakım ve kozmetik ürünlerinde sıklıkla kullanılan koruyucu katkı maddeleridir. Genel olarak güvenli kabul edilen ancak çok düşük seviyede östojenik etkiye sahip parabenlerin maling meme tümöründe metabolize edilmemiş halde tespit edilmesi bu maddelerin karsinojenik potansiyellerinin yeniden değerlendirilmesi gereğini ortaya koymuştur. Bu tez çalışmasında paraben ve esterlerinin (metil, etil, propil, izopropil, butil, izobütil) insan lenfosit hücrelerinin DNA'sı üzerindeki genotoksik etkileri RAPD-PCR ve Comet teknikleri ile araştırılmıştır. RAPD yönteminde lenofosit kültüründe 24 ve 48 saatlik uygulamalarda parabenin 500, 250, 100 ve 50 µg/ml ve paraben esterlerinin 100, 50, 25 ve 10 µg/ml'lik dozları kullanılmıştır. PCR'lar 10 nüklotitlik 3 rastgele primerle yapılmıştır. Pareben esterlerine maruz kalan grupların RAPD profillerinde kontrole göre polimorfik bantlar oluştuğu yani bu maddelerin genomik stabiliteyi etkileyebilme potansiyelleri olduğu tespit edilmiştir. Oluşan genomik instabilite yüzdesinin doz ve maruziyet süresi ile ilişkisini hesaplayabilmek için daha fazla primerle daha fazla çalışma yapılması önerilmektedir. Comet testi için izole lenfositler 1 saat süre ile parabenin 1000, 750, 500 ve 250µg/ml'lik; metil parabenin 750, 500, 250 ve 125 µg/ml'lik; etil parabenin 500, 250, 125 ve 50 µg/ml'lik; propil ve isopropil parabenin 250, 125, 50 ve 25 µg/ml'lik; bütil ve isobütil parabenin ise 125, 50, 25 ve 10 µg/ml'lik dozlarına maruz bırakılmıştır. Comet testinde comet kuyruk uzunluğunun doza ve alkil zincir uzunluğuna bağlı olarak artış gösterdiği tespit edilmiştir. Anahtar Sözcükler: İnsan lenfositleri, Parabenler, Comet testi, RAPD-PCR.
Cistus laurifolius bitkisinin allelopatik etkisi ve agroekosistemlerde biyoherbisit olarak ekolojik önemi
Bu tezde, Cistus laurifolius bitkisinin Pinus nigra (Karaçam) orman ekosisteminde yangına karşı geliştirdiği uyumsal mekanizmalar ve süksesyonel kademelerdeki dominant etkisinden sorumlu allelopatik özelliğinden yararlanılarak biyoherbisit olarak kullanılma potansiyeli ele alınmıştır. Bu amaçla ilk aşamada, populasyon dinamiği büyük ölçüde yangına bağımlı olan C. laurifolius bitkisinin çimlenmesi üzerindeki yangın sırasında oluşan yüksek sıcaklıkların rolü incelenmiştir. Yangın sonrası süksesyonel rolünü açıklamaya çalıştığımız bitkinin çimlenmesi için optimum sıcaklığın 100 °C olduğu tespit edilmiştir. Allelopatik etkisi ve yüksek sıcaklarda çimlenme başarısının süksesyonel kademelerde sağladığı avantaja rağmen C. laurifolius, karaçam orman ekosisteminin klimaks birliği değildir. Bu bağlamda P. nigra bitkisinin refakatçisi olarak değerlendirilen C. laurifolius bitkisinin hem kendi tohumları hem de P. nigra tohumları üzerindeki allelopatik etkisi araştırılmıştır. P. nigra tohumları üzerinde allelopatik etki gözlenmezken, bitkinin kendi tohumları üzerinde artan populasyon yoğunluğuyla toprakta biriken allelokimyasal miktarı ile ilişkili bir ototoksik etkisinin bulunduğu tespit edilmiştir. İkinci aşamada, sentetik herbisitlerin insan ve ekosistem üzerinde yarattığı tehditler yönünde oluşan toplumsal farkındalık ve bilim insanlarının tarımsal üretimin sürdürülebilirliğini sağlamak için ekolojik yaklaşımlara yönelmesi dikkate alınarak, C. laurifolius bitkisinin biyoherbisit olarak kullanılma potansiyeli ele alınmıştır. Bu amaçla C. laurifolius bitkisinden elde edilen ekstraktın biyoherbisit etkisi, dört tarla yabancı ot tohumu (Amaranthus retroflexus, Melilotus alba, Rumex crispus ve Papaver rhoeas) ve buğday (Triticum aestivum) kültür bitkisinin tohumları üzerinde test edilmiştir. C. laurifolius bitkisinden elde edilen ekstrakt A. retroflexus tohumlarının çimlenmesi tamamen, P. rhoeas tohumlarının çimlenmesini büyük oranda inhibe ederken diğer bitkilerin tohumlarının çimlenme miktarlarında önemli bir değişim yaratmamıştır. Anahtar Kelimeler: Allelopati, Biyoherbisit, Cistus laurifolius, Süksesyon
Parsiyal hepatektomi yapılmış sıçanlarda punıcalagın'in karaciğer üzerindeki apoptotik etkilerinin değerlendirilmesi
Bu çalışmada, punicalaginin, parsiyal hepatektomi (PH) deney modeli ile karaciğer dokusundaki apoptotik etkileri araştırılmıştır. Deneysel uygulamalarda, 200±20 g ağırlıkta, 3-4 aylık, Wistar albino cinsi erkek sıçanlardan rastgele seçilimle 6 grup oluşturuldu. Grup I, II sırasıyla 3. ve 6. saatlerde disekte edilen sham kontrol gruplarını ifade etmektedir. Grup III, IV %70 PH sonrası serum fizyolojik (SF) uygulanan sırasıyla 3. ve 6. saatlerde disekte edilen grupları ifade etmektedir. Grup V, VI ise %70 PH sonrası, % 98 saflıkta intra peritonal punicalagin enjeksiyonu yapılan sırasıyla 3. ve 6. saatlerde disekte edilen grupları ifade etmektedir. Parsiyal hepatektomi yöntemiyle rejenerasyonun indüklendiği sıçan karaciğerinden; RT-PCR, Q-PCR ve TUNEL analizi için doku örnekleri alındı. RT-PCR, Q-PCR, TUNEL analizi bulguları kontrol grupları ile karşılaştırmalı olarak değerlendirildi. Kaspaz-3 gen bölgesine ait RT-PCR (p<0.05), Q-PCR (p<0.05) ve apoptotik indeks (p<0.05) bulgularına göre, V. ve VI. gruplarda NF-κB gen ekspresyonu, zamana bağlı olarak baskılandı. Kaspaz-3 gen ekspresyonu ise zamana bağlı anlamlı artış gösterdi. VI. Grupta parsiyal hepatektomiden 6 saat sonra, 15mg/kg punicalaginin apoptozu indüklediği görüldü. 15mg/kg punicalagin PH sonrası zamana bağlı olarak dokuda rejenerasyonu baskıladı ve apoptozu indükledi.
Lemna cinsine ait bazı bitki türlerinin bor (B)'a karşı oluşturdukları morfolojik ve enzimatik tepkilerinin belirlenmesi ve biyoremediasyon potansiyellerinin araştırılması
Bu çalışmada, 2, 4, 8, 16, 32, 64 ve 128 ppm B konsantrasyonuna sahip sulara maruz bırakılan Lemna minor L. ve Lemna gibba L. (Lemnaceae) bitkilerinin büyüme parametreleri, antioksidan enzim aktiviteleri ve biyoremediasyon potansiyelleri laboratuvar koşulları altında araştırılmıştır. Bu amaçla L. gibba ve L. minor, 7 günlük deney periyodu boyunca OECD, 2002 test protokolüne göre kültüre alınmış ve çeşitli B konsantrasyonlarında büyütülmüştür. Elde edilen sonuçlara göre, her iki bitki türünün B birikimlerinin başlangıç konsantrasyonuna göre kademeli olarak arttığını göstermektedir. Bitkilerin kuru ağırlığının B konsantrasyonu L. minor ve L. gibba için en az (kontrol grubu) sırasıyla 700,6 ve 859,6 mg kg-1 iken en yüksek değerler 128 ppm B deney setinde sırasıyla 4007,5 ve 5091,7 mg kg-1 olarak bulunmuştur. Ancak, nisbi büyüme oranları bu artışın tersine 16 ppm'den itibaren azalış göstermiştir. Bor'un remediasyon sonuçlarına göre su kaplarındaki en fazla azalış 16 ppm ve üzeri konsantrasyonlarda görülmüştür. Bu nedenle, sonuçlar 16 ppm B konsantrasyonlarındaki B ile kirletilmiş sularda bu bitkilerin kritik biyoindikatör seviyesinde hassas bir nokta olarak kullanılabileceğini göstermektedir. Son olarak, özellikle B kirliliğinin bulunduğu alanlarda, B düzeylerinin biyolojik olarak izlenmesi veya temizlenmesi için yerel halkında kullanabileceği basit, etkili ve çevre dostu bir model ortaya koymuştur.