289
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
İshalli atlardan ve sığırlardan Clostridium difficile izolasyonu ve genotiplendirilmesi
Clostridioides difficile, Gram-pozitif, sporlu ve zorunlu anaerob bir bakteridir. Spor formu sayesinde çevresel koşullara uzun süre dayanabilir ve dışkı yoluyla yayılabilir. Başlangıçta insan gastrointestinal sistem mikrobiyotasının bir üyesi olarak değerlendirilmiş, 1978 yılında toksin üreten bir patojen olduğu anlaşılmış ve antibiyotik ilişkili ishal ile psödomembranöz enterokolit vakalarıyla ilişkilendirilmiştir. İzleyen yıllarda özellikle hastane kaynaklı ishal olgularında öne çıkmış ve önemli bir gastrointestinal enfeksiyon etkeni olarak kabul edilmiştir. Antibiyotik kullanımı, yaş, kemoterapötik ajanlar ve yanlış beslenme gibi etkenlerle mikrobiyotanın bozulduğu durumlarda, toksijenik suşlar toksin üretimi yoluyla hastalık oluşturabilmektedir. Etkenin yalnızca insanlardan değil; çiftlik hayvanları, yaban hayatı, çevresel kaynaklar ve çeşitli gıda ürünlerinden de izole edilebilmesi, ayrıca insan ve hayvan kaynaklı suşlar arasında bildirilen genotip benzerlikleri, zoonotik potansiyeline işaret etmektedir. Bu durum, C. difficile'nin Tek Sağlık yaklaşımı çerçevesinde değerlendirilmesini gerekli kılmaktadır. Enfeksiyonun neden olduğu tedavi maliyetleri, iş gücü kaybı, üretim düşüşü ve hastane yatış sürelerindeki artış, hem sağlık sistemleri hem de hayvancılık ekonomisi üzerinde önemli bir yük oluşturmaktadır. Bu tez çalışmasında, Konya bölgesinde ishal görülen at ve sığırlarda C.difficile varlığı araştırılmıştır. Toplam 171 at dışkı örneği bakteriyolojik kültür yöntemiyle incelenmiş, pozitif bulguya rastlanmamıştır. Toksin A/B ELISA ile bu 171 örnekden 23 tanesi test edilmiş 2 adet numune Toksin A/B ELISA pozitif bulunmuştur. Sığırlardan alınan 116 örnek; bakteriyolojik kültür, 88 örnek RT-PCR, 71 örnek de Toksin A/B ELISA yöntemiyle analiz edilmiştir. PCR incelemesi sonucunda 9 örnek toksin pozitif bulunmuş ve bu örneklerin tamamında toksin A (tcdA) genine rastlanmıştır. Bu örneklerden birinde toksin B (tcdB) ve ikili toksin (cdtA/cdtB) genleri de tespit edilmiştir. Toksin A/B ELISA analizinde ise 16 örnek pozitif sonuç vermiştir. Kültür sonuçlarında izolasyon olmamıştır. Bölgesel düzeyde gerçekleştirilen bu çalışma, buzağı örneklerinde toksijenik C.difficile varlığını moleküler olarak belirlemiş; elde edilen bulgular, bu etkenin ishal vakalarında tanıda dikkate alınması gerektiğini göstermektedir. Ayrıca elde edilen veriler, C. difficile ile ilgili ileride yapılacak çalışmalara katkı sağlayabilir.
Sahadan izole edilen Pasteurella multocida serogrup B'ye karşı inaktif aşı geliştirilmesi
Pasteurella multocida, Pasteurellaceae familyasından Gram-negatif bir kokobasil olup çiftlik hayvanlarında, özellikle de sığır ve koyunlarda ciddi enfeksiyonlara neden olmaktadır. Büyükbaş hayvan ölümlerinin yaklaşık % 20' sinden izole edilmektedir. Bu durum, hayvansal üretimi olumsuz yönde etkileyerek pek çok ülkede ciddi ekonomik kayıplara yol açmakta ve önemli bir sorun teşkil etmektedir. Fırsatçı patojen olup, sağlıklı hayvanların solunum yollarında saprofitik olarak bulunurlar. Konağın bağışıklık sistemi zayıfladığında hemorajik septisemi, tavuk kolerası, atrofik rinit, enzootik buzağı pnömonisi ve nakliye ateşi gibi ciddi durumlara yol açmaktadır. Bu çalışma, Pasteurella multocida ve virülans genlerinin karakterizasyonunu yapmak ve serogrup B'ye ait inaktif aşının farklı uygulama yolları ile immünojenitesini değerlendirmek amacıyla gerçekleştirilmiştir. Türkiye'nin farklı bölgelerinden laboratuvara teşhis amacıyla gönderilen/ getirilen, solunum yolu belirtileri gösteren sığır (n=130), koyun (n=70), keçi (n=45) ve evcil kuştan (n=5) toplam 250 örnek ile çalışıldı. Örneklerin 167'si, sığır (n=97), koyun (n=40) ve keçi (n=30) akciğerlerinden; geri kalanı (n=83) sığır (n=33), koyun (n=30) ve keçilerden (n=15) ve evcil kuşların (n=5) burun sürüntüsü olarak alındı. Primer izolasyon prosedüründe % 5 kanlı agar kullanılarak numunelerden etken izalosyonu yapıldı. Bakteriyolojik kültür sonucunda; izole edilen 27 adet (%8,4) P. multocida suşu PZR ile doğrulandı. PZR ile pozitifliği belirlenen P. multocida suşları; 19 farklı virülans geni (dış membran, fimbriae antijen genleri, somatik antijen genleri ve demir bağlama genleri) üzerinden PZR ile analiz edilerek tiplendirildi. Şüpheli P. multocida izolatları için kmt1 geni yönünden PZR yapıldı. Farklı kaynaklardan izole edilen suşların % 57,12'si sığır (12), %23,8'si koyun (5), %14,28'i keçi (3) ve % 4,8'i evcil kuşlardan (1) oluşmaktadır. Tiplendirme için önce kapsu genleri (cap B ve cap E) yönünden çalışıldı. Daha sonra plpB, tadD, gatG, hgbA, ompA, toxA, pcgD, latB, nctB, ppgB, natG, hgbB ve exbB genleri yönünden incelendi. İzolatların hiçbiri ompA, toxA, pcgD, latB, nctB, ppgB, natG, hgbB ve exbB'ye sahip değildi. Sığırlardan izole edilen iki cap B örneği virülans gen profili açısından birbirine benzerdi. Aday aşı bakteri suşu (CapB+, plpB+, tadD+, gatG+, hgbA+) BHI buyyonda 37 °C'de 48 saat inkübe edilerek yaklaşık 1×10⁹ cfu/ml bakteri yoğunluğunda üretildi. Kanlı agarlara ekim yapılarak saflık kontrolü yapıldı. Formalin (%0,05) ile inaktive edildikten sonra PBS ile santrijüj (20 °C'de 2000 × g'de 20 dakika) edilerek 3 kere yıkandı. Bakteri peleti, McFarland (No: 4) ile 1x109 cfu / 1 ml olacak şekilde PBS içinde yeniden süspanse edildi. Aday aşı, bakteri süpansiyonu (20 ml) ve Montanide ISA 206VG (Seppic-Fransa) adjuvanı (20 ml) ile homojenize edilerek hazırlandı. Hazırlanan aday aşı, farelere iki farklı aşılama yolu (subkutan-SC ve intramüsküler-IM) ile (0, 30 ml) uygulandı. Fareler 21 gün sonra tekrar aşılandı. Aşılı ve aşısız hayvanlardan 0., 21. ve 35. günlerde kan örnekleri alındı. Hayvan gruplarının seropotensi, indirekt ELISA testi (450nm) ile ölçüldü ve OD₄₅₀ verileri, kontrol grubu ile karşılaştırıldı. SC aşılama grubunda ortalama OD₄₅₀ değeri 0,575 bulunurken, IM aşılama grubunda OD₄₅₀ değeri 0,503 bulundu. Her iki grupta da cut-off değerin 0,323 civarındadır (Şekil 3.8). Beş hafta sonra, SC grupta yüksek antikor düzeyi (OD₄₅₀:1, 0961) korurken, IM grupta genel olarak antikor titrelerinde (OD₄₅₀: 1.042) daha hızlı bir artış görüldü. Elde edilen veriler varyans analizi ve Duncan'nın çoklu aralık testi (p<0.05) kullanılarak hesaplandı. Aşılı fareleri 1×108 (0.3 ml'lik enjeksiyon = 3×107/cfu) canlı patojen P. multocida serotip B ve serotip E suşları intraperitoneal yolla enjekte edilerek çelınç yapıldı. Serotip B ile çelınç yapılan farelerin tümü hayatta kalırken, serotip E ile çelınç yapılan farelerin tamamı 48 saat içerisinde öldüler. Bu çalışmada, P. multocida'nın diğer türlere kıyasla sığırlardan daha sık izole edildiği ve B serogrubu suşlarının daha az virülens genleri taşıdığı belirlendi. İnaktif P. multocida serogrup B aday aşısının, seropotens olarak iyi bağışıklık oluşturduğu, aşının serogrup E suşuna karşı koruma sağlamadığı çapraz korumanın olmadığı tespit edildi. Bu durum, daha geniş koruma için aşı formülasyonlarına birden fazla serogrubun dahil edilmesi gerektiğini düşündürmektedir.
Litik pseudomonas aerugınosa faj izolasyonu ve litik etki potansiyelinin araştırılması
Pseudomanas aeruginosa çevrede yaygın olarak bulunan, Gram negatif, serbest yaşantıya sahip parazitik bir bakteridir. Genellikle çoklu antibiyotik direnci ve sahip olduğu virülans faktörleri nedeniyle insan ve hayvanlarda tedavisi zor infeksiyonlara neden olan önemli bir fırsatçı patojendir. Çoklu antibiyotik direncine sahip bakterilerin neden olduğu infeksiyonların tedavisinde fajlarla tedavi önem kazanmıştır. Bu çalışmada, P. aeruginosa için litik etkiye sahip faj/fajların izolasyonu ve bu fajların farklı P. aeruginosa izolatları için litik etkilerinin belirlenmesi amaçlandı. Bu amaçla kanalizasyon örnekleri, gübre örnekleri gibi fajların bulunması muhtemel kaynaklardan 3 farklı faj izolasyonu yapıldı ve bu fajların farklı P. aeruginosa izolatlarına litik etkileri araştırıldı. Bunun için Harran Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kültür Koleksiyonunda bulunan çeşitli klinik örneklerden ya da çevresel örneklerden izole edilmiş 40 P. aeruginosa izolatı kullanıldı. Bu konak bakteriler çoklu antibiyotik direncine sahip olarak değerlendirildi. Konak bakteriler penisilin, tylosin, oksitetrasiklin ve eritromisin için %100, ampilisin için %90, streptomisin ve amoksisilin/klavulonik asit için %87,5, sefkuinom için %85, doksisklin için %77,5, azithromisin için %1,5 ve gentamisin için % 12,5 oranında dirençli olarak saptanırken, izolatların tamamı enrofloksasine duyarlı bulundu. Çalışmada izole edilen ve kodlanan 3 fajdan PAFO fajı 25 (%62,5), PAFA fajı 35 (% 87,5) ve PAFS fajı ise 30 izolat (%75) üzerinde lizis oluşturuken, her üç fajın da litik etki gösterdiği 10 izolat (%25) belirlendi. Sonuç olarak, P. aeruginosa'ya karşı litik bakteriyofajlar, özellikle antibiyotik direnci ve enfeksiyon kontrolü gibi zorluklarla başa çıkma potansiyeline sahip, spesifik ve etkili bir tedavi seçeneği olabilir. Bu nedenle çalışmada elde edilen fajların daha detaylı karakterizasyonlarının yapılması, tedavi amacıyla ya da çevresel dekontaminasyon uygulamaları için ticari ürün haline dönüştürülme potansiyellerinin belirlenmesinin yararlı olacağı kanısına varıldı.
Klinik örneklerden ve gıda numunelerinden stafilokok türlerinin izolasyonu ve biyofilm oluşturma yeteneklerinin araştırılması
Bu çalışmada amaç, klinik ve gıda örneklerinden Staphylococcus türlerinin tanımlanması ve bu etkenlerin oluşturabileceği risklerin güncel olarak araştırılmasıdır. Harran Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı teşhis laboratuvarına getirilen 30 adet klinik örnek ile Şanlıurfa'da faaliyet gösteren gıda satış yerlerinden temin edilen 100 adet gıda ürünü çalışmada inceleme örneği olarak kullanıldı. Klinik örneklerden izolasyonlar, konvansiyonel izolasyon ve identifikasyon yöntemleriyle gerçekleştirildi. Gıda numuneleri için ISO standartları kullanıldı. Tüm izolatlar VITEK-2 cihazıyla doğrulanarak tür seviyesinde tanımlandı. İzolatların biyofilm oluşturma yetenekleri, kongo kırmızısı agar, tüp ve mikropleyt olmak üzere üç farklı yöntemle araştırıldı. Klinik ve gıda izolatlarının biyofilm oluşturma yetenekleri arasındaki ilişki ile koagülaz pozitif ve negatif izolatların biyofilm üretme yetenekleri arasındaki ilişki Fisherin Exact Testiyle istatistiksel olarak araştırıldı. Sonuçta, klinik örneklerden 11, gıda örneklerinden ise 21 olmak üzere toplam 32 adet stafilokok cinsine ait izolasyon gerçekleştirildi. Bu etkenlerin yedi farklı türe ait olduğu tespit edildi. Staphylococcus aureus ve Staphylococcus pseudintermedius oransal olarak en çok tanımlanan türler oldu. İzolatların büyük bir bölümünün çeşitli seviyelerde olmak üzere biyofilm oluşturabildikleri ve biyofilm oluşumunun tespiti için kullanılan yöntemlerin sonuçlarının da birbirleriyle uyumlu olduğu görüldü. İzolatların biyofilm oluşturma yetenekleri arasındaki ilişkinin araştırıldığı istatistiksel değerlendirmede, klinik ve gıda izolatlarının arasında anlamlı bir ilişki tespit edilemezken, koagulaz pozitif ve negatif izolatlar arasında anlamlı bir ilişkinin var olduğu belirlendi. Bu çalışma ile Staphylococcus türlerinin insan ve hayvan sağlığına yönelik potaniyel tehditlerinin devam ettiği görüldü. Özellikle gıdaların üretiminden pazarlanmasına geçen sürede gerekli önlemlerin alınarak ürünlerin bakteri kontaminasyonlarından uzak tutulması ve özellikle biyofilm oluşumlarının engellenmesi için akılcı mücadele yöntemlerinin uygulanması gerektiği kanaatine varıldı.
Çeşitli klinik örneklerden izole edilen vankomisine direçli enterokok suşlarının fenotipik ve genotipik değerlendirilmesi
Çalışmada çeşitli klinik örneklerinden elde edilen Vankomisine dirençli Enterokok suşlarında (VRE) fenotipik olarak vankomisin ve teikoplanin direnci belirlenmiş ve genotipik yöntemlerle VanA, VanB ve VanC varlığı araştırılmıştır. Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda 2015-2018 yılları arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen Vankomisine dirençli 30 Enterococ spp. (VRE) suşu çalışmaya dâhil edilmiştir. Suşların identifikasyonu ve antibiyotik dirençlerinin belirlenmesi için otomatize sistem kullanılmıştır. Vankomisine ve teikoplanin direnci gradient test yöntemi ile belirlenmiştir. Direnç genleri, uygun primerler kullanılarak in-house PCR yöntemi ile araştırılmıştır. İdentifikasyon tesleri sonucunda suşların 29'u E. faecium, bir tanesi E. faecalis olarak tanımlanmıştır. Otomatize identifikasyon sistemi ile suşların tümü vankomisin ve teikoplanine karşı dirençli bulunurken gradient test yöntemi izolatların üç tanesi duyarlı olarak bulunmuştur. Bu üç suşta moleküler yöntemle VanA, VanB ve VanC'nin hiçbirisine rastlanmamıştır. Moleküler yöntemle 27 suşta VanA, bir suşta VanB geni saptanırken hiçbir suşta VanC genine rastlanmamıştır. Enterokok izolatlarında vankomisin direncinin tespitinde Gradient test ve moleküler yöntemle direnç gen tespitinin %100 uyumlu olduğu görülmüştür. Klinik mikrobiyoloji laboratuarında enterokok izolatlarının glikopeptit direncinin saptanmasında Gradient test yöntemi çok önemli bir tarama testi olarak kullanılabilir. Anahtar kelimeler: Vankomisine dirençli Enterokok, Gradient test, VanA, VanB ve VanC.
İstanbul'da kesime sevk edilen hayvanlardan ve kesimhane atık sularından izole edilen lısterıa monocytogenes suşlarının karakterizasyonu
Bu çalışmada, İstanbul ilinde bulunan mezbahalarda kesime sevk edilen büyükbaş hayvanların karkas sürüntüleri ve dışkılarında, ayrıca bu mezbahaların atık su tankından alınacak olan atık su örneklerinde L. monocytogenes varlığının ve serotiplerinin belirlenmesi, virülens genlerinin saptanması ve antimikrobiyal direnç profillerinin araştırılması hedeflendi. Bu amaç doğrultusunda, İstanbul'da bulunan mezbahalarda kesime sevk edilen 138 büyükbaş hayvana ait karkas sürüntü ve dışkı örnekleri toplandı. Bununla beraber, kesim sonrası atık su arıtma ünitelerinden (biyolojik ve kimyasal arıtma öncesinde) 138 ayrı kesimhane atık su numunesi toplandı. Laboratuvara getirilen örnekler ön zenginleştirme amacıyla Listeria Half Fraser Broth Base ISO besiyerlerine ekim yapıldı, 30℃'de 24 saat inkübasyona bırakıldı. İnkübasyon süresi sonunda zenginleştirme amacıyla kültürlerden Listeria Fraser Broth Base ISO besiyerlerine ekim yapıldı, aerob koşullarda 37ºC' de 24 saat inkübasyona bırakıldı. Zenginleştirme aşaması sonrasında Listeria spp. için ayırıcı besiyeri olan ALOA besiyerlerine kültürlerden ekim yapıldı, aerob koşullarda 37℃'de 48 saat inkübasyona bırakıldı. Katalaz ve CAMP testleri pozitif, oksidaz testi negatif olarak saptanan izolatlar Listeria spp. şüpheli olarak kabul edildi ve identifikasyon amacıyla BD Phoenix otomatize biyokimyasal identifikasyon sistemi kullanıldı. L. monocytogenes olarak identifiye edilen izolatların konfirmasyonu, serotiplendirilmesi, virülens genlerinin saptanması PCR ile gerçekleştirildi. Ayrıca izolatların antimikrobiyal duyarlılık profilleri ve antimikrobiyal direnç genlerinin varlığı saptandı. Yapılan bakteriyolojik kültür sonucunda tüm örneklerden 12 izolat L. monocytogenes olarak identifiye edildi ve sonrasında PCR yöntemi kullanılarak konfirme edildi. Karkas sürüntülerinden alınan örneklerin 5'inde, dışkı örneklerinin sadece birinde ve atık su örneklerinin 6'sında L. monocytogenes izole edildi. Karkas sürüntülerinden alınan örneklerin 5'inde 1/2a, 1/2c, 3a, 3c, dışkı örneğinden elde edilen sadece bir izolatta ayrıca atık su örneklerinin 6'sından izole edilen L. monocytogenes izolatlarında 1/2b, 3b, 4b, 4d, 4e serotipleri saptandı. Tüm izolatlarda inlA, İnlC, İnlJ , actA, prfA, hylA virülens genleri saptandı. Aminoglikozit grubu antimikrobiyallere direnç 11 izolatta (%91,67) belirlendi. Sulbaktam direnci 6 izolatta (%50), linkozamid direnci 5 izolatta (%41,6) belirlendi. β-laktam ve makrolid grubuna ait antimikrobiyallere direnç 4'er izolatta (%33,3) saptandı. Florokinolon direnci ise tek bir izolatta (%8,33) görüldü. Hiçbir izolatta tetrasiklin ve kanamisin direnci gözlenmedi. İzolatların 6'sı (%50) çoklu dirençli olarak kabul edildi. Karkas sürüntülerinden alınan örneklerin hepsinde tet(M) geni, dışkı örneğinden ve atık su örneklerinin hepsinden izole edilen L. monocytogenes izolatlarının tümünde erm(B) geni saptandı. Sonuç olarak kesime sevk edilen büyükbaş hayvanların karkaslarında ve dışkılarında ve kesim sonrası atık su arıtma ünitelerinden L. monocytogenes varlığının saptanması, halk sağlığı açısından başlı başına bir tehlike olarak düşünüldü. Bununla beraber, gün geçtikçe büyüyen bir sorun olarak karşımıza çıkan antimikrobiyal direnç profillerinin bu çalışmada saptanmış olması konu hakkında daha geniş ve kapsamlı çalışmalara ihtiyaç duyulduğunu düşündürdü.
Mycobacterium abscessus alt tür abscessus izolatlarının ilaç duyarlılık paterninin belirlenmesi
En önemli hızlı üreyen nontüberküloz mikobakterilerden biri olan Mycobacterium abscessus kompleks, akciğer ve akciğer dışı enfeksiyonlara yol açan, birçok antimikrobiyal ajana dirençli olduğundan tedavisi zor bir mikroorganizmadır. Özellikle kistik fibroz gibi altta yatan hastalığı olan kişilerde, immün yetmezliği olan kanser, transplanstasyon hastalarında neden oldukları enfeksiyonların tedavisi zor ve uzun sürmektedir. Son yıllarda da dünya genelinde birçok ülkede neden oldukları enfeksiyonlarda artış bildirilmiştir. Mycobacterium abscessus kompleks, Mycobacterium abscessus alt tür abscessus, Mycobacterium abscessus alt tür massiliense ve Mycobacterium abscessus alt tür bolletii olmak üzere üç alt türden oluşmaktadır ve bu alt türlerin ilaç duyarlılık paternleri farklılık göstermektedir. Bu çalışmanın amacı, Mycobacterium abscessus alt tür abscessus izolatlarının antibiyotik duyarlılık paternlerinin referans yöntem sıvı mikrodilüsyon ile belirlenmesi ve klaritromisin direncinin hem fenotipik olarak hem de gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile moleküler olarak gösterilmesidir. Çalışma sonucunda 55 Mycobacterium abscessus alt tür abscessus izolatının %87.3'ü klaritromisin, %81.9'u siprofloksasin, %40'ı imipenem, %30.9'u tobramisin, %29.1'i moksifloksasin, %7.2'si sefoksitin ve %5.4'ü amikasin dirençli saptanmıştır. Antibiyotik duyarlılık testi yapılan 55 izolatın 7'si klaritromisine duyarlı iken 15 ve 33 izolatta sırasıyla kazanılmış ve indüklenebilir klaritromisin direnci saptanmıştır. Moleküler olarak bu izolatların klaritromisin direncinin araştırıldığı erm(41) ve rrl gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonlarında duyarlılık profilleri ile uyumlu erime eğrileri gösterilmiştir.
İstanbul ili ve çevresinde toplanan kenelerde nairo, flebo ve flavivirusların araştırılması
Bu çalışmada, İstanbul ili ve çevresinden toplanan örneklerde kene kaynaklı virüslerin taranması, kene kaynaklı hastalıkların epidemiyolojisinin belirlenmesi ve kene türlerinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Arbovirüsler içerisinde Bunyavirales takımında Nairoviridae, Peribunyaviridae ailelerinde ve Flaviridae ailesinde yer alan Nairovirüs, Flebovirüs ve Flavivirüs cinsleri, kenelerle bulaşma gösteren, aralarında Kırım-Kongo Kanamalı Ateşi (KKKAV), trombositopeni sendromlu yüksek ateş ve kene kaynaklı ensefalit virüsü gibi, tüm dünyada önemli sağlık sorunları oluşturmuş virüsleri içermektedir. Belirli bir bölgede vektör kaynaklı ya da patojen olmayan virüs aktivitesinin bilinmesi, hastalık riskinin değerlendirilebilmesi ve epidemiyolojik özelliklerin incelenebilmesi için, eklembacaklıların sürveyansı önem taşımaktadır. Bu çalışmada, ülkemizde nüfus yoğunluğu en fazla İstanbul ili ve çevresinden toplanan kene örneklerinde jenerik PZR yöntemleri ile nairo-, flebo- ve flavivirüsler araştırılmış, saptanan virüsler DNA dizi analizi ile tanımlanmış ve bulgular tartışılmıştır. Çalışma kapsamında 2013, 2014, 2015 ve 2018 yıllarında İstanbul, Kırklareli, Edirne ve Tekirdağ illerinden 37 lokasyondan bayraklama ve hayvan örneklemesi ile 7154 kene toplanmıştır. Morfolojik incelemeler, örnekler arasında en sık saptanan türün Ixodes sp. (%30,92) olduğunu göstermiş, bunu Hyalomma marginatum (%14,29), Hyalomma scupense (%13,45), Haemaphysalis parva (%9,40), Rhipicephalus turanicus (%8,17) ve diğerleri takip etmiştir. Toplanan örnekler; lokasyon, cinsiyet ve türe göre toplam 572 havuz olarak virüs taramasına alınmış, %0,7'sinde (4/572) nairovirüs ve %3,3'ünde (19/572) flebovirüs pozitifliği saptanmıştır. Ancak havuzlarda flavivirüs RNA'sı tespit edilememiştir. Bölgede KKKAV ve KKKAV-AP92 izolatı saptanmıştır. Bunun yanı sıra ülkemizden daha önce bildirilmiş olan yeni kene kaynaklı flebovirüslere dair veriler elde edilmiştir. Bu veriler kene kaynaklı flebovirüsler ile ilgili bölgeden yapılmış olan ilk bildirimdir. Anahtar kelimeler: Kene, Nairovirüs, Flebovirüs, Flavivirüs, PCR
660 NM dalga boyundaki led ışığının fotodinamik antimikrobiyal etkisinin araştırılması
Fotodinamik tedavi (FDT); uygun dalga boyu ve dozdaki ışık uygulamasıyla hedef hücrede reaktif oksijen türleri oluşturulması ve bu hücrelerin canlılığının sonlandırılması olarak tanımlanmaktadır. FDT sonucu ışık aktivasyonu ile oluşan reaktif oksijen radikalleri hücrenin yapı ve fonksiyonunu geri dönüşümsüz olarak bozmaktadır. Bu çalışmada 660 nm dalga boyundaki LED ışığın patojen bazı mikroorganizmalar (Staphylococcus aureus ATCC 25923, Enterococcus faecalis ATCC 29212, Escherichia coli ATCC 25922, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Bacillus subtilis ATCC 6633, Candida albicans ATCC 90028, Candida parapsilosis ATCC 90018, Candida tropicalis ATCC 750) üzerine fotodinamik etkisi araştırılmıştır. Çalışmada ışık kaynağı olarak kullanılan 660 nm dalgaboyundaki LED ışık kaynağı belli zaman aralıklarıyla (5, 30, 60, 120, 240, 480 dk) belirli mikroorganizma süspansiyonlarına aydınlık ve karanlık ortam olmak üzere uygulanmıştır. Fotoinaktivasyon saptanan hücrelerin morfolojik değişiklikleri Gram boyamasıyla, mikroorganizmaların canlılığı ise thoma lamı ve Live/Dead viability kit kullanılarak incelenmiştir. DNA hasarını belirlemek için, jel elektroforez yöntemi kullanılmıştır. Çalışma sonucunda kullanılan LED ışık kaynağının S. aureus üzerinde herhangi bir inhibisyon etkisi gözlenmezken, B. subtilis, P. aeruginosa ve E. faecalis üzerinde belirli dilüsyonlarda ve farklı zamanlarda fotoinaktivasyon etkisi saptanmıştır. Fotoinaktivasyon elde edilen mikroorganizmaların morfolojik yapılarında değişiklik olduğu ve bu değişimin özellikle mayalarda daha belirgin olduğu görülmüştür. Fotoinaktivasyon sonucu mikroorganizmaların hücre sayısının ve canlılığının azaldığı görülmüş, sonuçlar thoma lamı ve floresan mikroskop görüntüleriyle uyumlu bulunmuştur. 660 nm dalga boyundaki LED ışığın çalışılan patojen bu mikroorganizmalara karşı fotodinamik etkisinin olduğu bulunmuştur.
Kan kültürlerinden izole edilen koagülaz negatif stafilokoklarda sasX, ACME ve çeşitli virulans faktörlerinin araştırılması
Hastanede uzun süre yatışlara bağlı kateterizasyon işlemlerinin artması ve implante edilebilir tıbbi cihazların yaygın kullanımı nedeniyle koagülaz negatif stafilokokların (KNS) kan dolaşım enfeksiyonlarındaki rolü artmıştır. Bu çalışmada kan kültürlerinden izole edilmiş olan KNS suşlarında virülans ilişkili sasX, arjinin katabolik mobil element (ACME) genlerinin, biyofilm yapımının ve biyofilm ilişkili bazı virülans faktör genlerinin araştırılarak etken ve kontaminant olarak tanımlanmış suşlardaki sıklıklarının belirlenmesi amaçlandı. Kan kültürlerinden izole edilen 150 KNS suşu çalışmaya dahil edildi. Klinik ve mikrobiyolojik veriler temel alınarak izole edilen suşların 50'si etken ve 100'ü kontaminasyon izolatı olarak gruplandırıldı. Suşlar otomatize bakteri tanımlama sistemi ile tür düzeyinde tanımlandı. sasX, ACME, MecA ve biyofilm ilişkili virülans faktör genlerinin varlığı inhouse PCR yöntemi ile araştırıldı. Fenotipik olarak biyofilm oluşumu mikroplak yöntemi ile araştırıldı. Çalışmaya alınan KNS suşlarının 95'i (%63,3) S. epidermidis, 25'i (%16,7) S. hominis, 22'si (14,7) S. haemolyticus, 6'sı (%4) S. capitis, 1'i (%0,7) S. intermedius ve 1'i (%0,7) S. warneri olarak tanımlandı. Tüm suşların 125'inde (%83,3) mecA geni pozitif bulunurken etken ve kontaminasyon grupları arasında mecA pozitiflik oranı açısından fark bulunmadı (p=0,877). sasX varlığı kontaminasyon grubunda 14 (%14) suşta, etken grubunda 5 (%10) suşta olmak üzere toplam 19 suşta pozitif bulundu. sasX pozitiflik oranı açısından etken ve kontaminasyon grubundaki suşlar arasında fark bulunmadı (p=0,327). ACME ilişkili ArcA, kdpA ve opp3B operonlarının herhangi birinin varlığı kontaminasyon grubundaki suşların 32 (%32)'sinde, etken grubundaki suşların 6 (%12)'sında pozitif olarak saptandı. Gen bölgeleri ayrı olarak değerlendirildiğinde kontaminasyon grubundaki 30 (%30) suşta ArcA pozitif, 7 (%7) suşta kdpA pozitif, 8 (%8) suşta opp3B pozitif iken, etken grubunda ise 6 (%12) suşta ArcA pozitif, 1 (%2) suşta kdpA pozitif ve 3 (%6) suşta opp3B pozitif bulundu. Kontaminasyon grubundaki suşlarda ACME ve ArcA pozitiflik oranı anlamlı düzeyde daha yüksek saptandı (sırasıyla p= 0,008 ve p= 0,015). Fenotipik olarak biyofilm oluşturma özellikleri araştırıldığında tüm suşların 67'si (%44,7) biyofilm oluşturmazken, 39'u (%26) zayıf düzeyde, 15'i (%10) orta düzeyde, 29'u (%19,3) ise güçlü düzeyde biyofilm oluşturdu. Etken grubundaki suşların %52'sinde herhangi bir düzeyde biyofilm oluşumu saptanırken, kontaminasyon grubundaki suşlarda bu oran %57'ydi. Gruplar arasında biyofilm oluşturan suş oranı açısından anlamlı fark bulunmazken (p=0,561), kontaminasyon grubundaki suşların %14'ü , etken grubundaki suşların ise %30'unun güçlü düzeyde biyofilm oluşturduğu bulundu ve biyofilm oluşturma düzeyleri açısından gruplar arasındaki fark anlamlıydı (p=027). Biyofilm ilişkili İcaA, icaD, IS256, aap ve bhp virülans genleri kontaminasyon grubundaki suşlarda sırasıyla %33, %45, %43, %74 ve %6 oranında, etken grubundaki suşlarda %64, %62, %64, %74 ve %8 oranında pozitif olarak bulundu. Etken grubunda İcaA, İcaD ve IS256 pozitiflik oranları kontaminasyon grubuna göre anlamlı düzeyde daha yüksek bulunurken (sırasıyla p<0,001, p=0,050, p=0,015), aap ve bhp pozitiflik oranı açısından iki grup arasında fark bulunmadı. İcaA ve icaD birlikte pozitifliği kontaminasyon grubunda %29, etken grubunda %56 oranında bulundu ve gruplar arasındaki fark anlamıydı (p=0,001). İcaA, icaD ve IS256 birlikte pozitifliği kontaminasyon grubundaki suşlarda %17 iken, etken grubundaki suşların %38'inde pozitifti ve her üç geni birlikte bulundurma oranı açısından fark anlamlıydı (p=0,005). Çalışmaya alınan tüm suşlar içinde icaA ve icaD'nin birlikte pozitif olduğu toplam 57 suşun 46(%80,7)'sında herhangi bir düzeyde biyofilm oluşumu gözlenmiştir. İcaA ve icaD'nin birlikte pozitif olduğu suşlarda herhangi bir düzeyde biyofilm pozitiflik oranı, İcaA veya icaD 'nin tek başına pozitif olduğu veya her ikisinin negatif olduğu suşlara göre anlamlı düzeyde daha fazlaydı (p<0,001). Sonuç olarak bu çalışmada güçlü biyofilm oluşturma, biyofilm ilişkili icaA, icaD, IS256 genlerini tek ya da çoklu bulundurma oranı etken olarak sınıflandırılan suşlarda daha yüksek oranda saptanmışken, özellikle ACME ilişkili ArcA pozitifliği kontaminasyon grubundaki suşlarda daha yüksek oranda bulunmuştur. Bu bulgular KNS suşlarında bazı gen bölgelerinin varlığının etken veya kontaminasyon ayrımında yol gösterici olabileceğini düşündürmüştür.
Levrek ve çipuralardan izole edilen photobacterium damselae suşlarının moleküler karakterizasyonlarının ve antimikrobiyal duyarlılıklarının belirlenmesi
Amaç: Bu çalışmada çipura ve levrek yetiştiriciliği için önemli bir tehdit olan Photobacterium damselae ve alt türlerinin moleküler yöntemlerle teşhisi ve antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının ortaya koyulması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Araştırma materyalini Photobacterium damselae şüpheli 100'er adet ölü çipura (Sparus aurata) ve levrek (Dicentrarchus labrax) oluşturmuştur. Balık örneklerinin iç organlarından konvansiyonel, hızlı teşhis ve moleküler yöntemlerle P. damselae izolasyonu yapılmış ve izolatların antibiyotiklere karşı duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ile araştırılmıştır. Bulgular: Çipura örneklerinin iç organlarından 26 (%26) Photobacterium damselae izolatı izole edilirken, levrek örneklerinden izolasyon yapılamamıştır. Çipura örneklerinden izole edilen 26 (%26) P. damselae izolatı BD-Phoenix tanı cihazı ile identifiye edilmiştir. İdentife edilen 26 (%26) P. damselae izolatı 16S rRNA PCR ile doğrulanmış ve CPS ile URE C genleri kullanılarak yapılan PCR ile alt tür ayrımına gidilmiştir. Sonuçta P. damselae suşlarından 18 adedi (%69,23) P. damselae subsp. piscicida ve geri kalan 8 adedi (%30,77) de P. damselae subsp. damselae olarak tiplendirilmiştir. P. damselae subsp. piscicida izolatlarının tamamı gentamisine (10 µg) karşı %100 oranında, diğer yandan hem P. damselae subsp. piscicida hem de P. damselae subsp. damselae izolatları siprofloksasine (5 µg) karşı %100 duyarlı bulunmuştur. Sonuç: Bu araştırma ile deniz akuakültüründe çipura ve levrek için önemli hastalık etkeni olan P. damselae subsp. piscicida ve P. damselae subsp. damselae'nın tür spesifik genler ile moleküler teşhisi ve bazı antibiyotiklere karşı duyarlılığı ortaya koyulmuştur.
Levreklerden (Dicentrarchus labrax) izole edilen vibrio türlerinin moleküler tiplendirilmesi ve antibiyotik dirençliliklerinin belirlenmesi
Amaç: Bu araştırma levreklerden izole edilen Vibrio türlerinin moleküler yöntemlerle identifikasyonunun yapılması ve antibiyotik dirençliliklerinin belirlenmesi amacı ile yapıldı. Gereç ve Yöntem: Araştırma, Mayıs-Eylül 2021 tarihleri arasında, Ege bölgesi balık çiftliklerinden alının 100 levrek örneği ile gerçekleştirilmiştir. Örneklerden elde edilen izolatlar fenotipik ve genotipik olarak identifiye edildikten sonra antibiyotik dirençliliği disk diffüzyon yöntemi ve antibiyotik direnç genlerinin multipleks PCR ile tespitiyle yapılmıştır. Bulgular: Araştırmada 100 levrek örneğinden konvansiyonel ve biyokimyasal yöntemle 46 (%46) Vibrio spp. izolatı elde edilmiştir. Elde edilen 46 izolatın16S rRNA PCR ile Vibrio spp. olduğu doğrulanmıştır. Multipleks PCR ile 22 (47,8) izolatın V. alginolyticus, 13 (%28,2) izolatın V. harveyi, 3 (%6,5) izolatın V. parahaemolyticus, 1 (%2) izolatın V. vulnificus, 7 (%15) izolatın Vibrio spp. olduğu belirlenmiştir. Antibiyogramda en yüksek direncin ampisiline (%84,8) karşı geliştiği belirlenirken tüm izolatların enrofloksasin ve sulfametoksazol-trimetoprime (%100) duyarlı olduğu tespit edilmiştir. İzolatlarda en yüksek direnç geninin trimetoprim direnç geni (%63), en düşük direnç geninin ise florokinolon direnç geni (%6,5) bulunmuştur. Sonuç: Bu çalışmada Vibrio türlerinin balık hastalıklarda primer erken olarak önemli bir rolü olduğu ve identifikasyonda moleküler yöntemlerin daha güvenilir sonuç verdiği, izolatlar arasında tekli ve çoklu antibiyotik direnci bulunduğu tespit edilmiştir.
Tavuklarda nekrotik enteritis infeksiyonlarında bağırsak mikrobiyomu ve tedavi alternatiflerinin karşılaştırılması
Amaç: Bu çalışma tavuklarda bağırsak mikrobiyomunun belirlenmesi, Nekrotik Enteritis olgularında Bacillus velezensis'in bağırsak mikrobiyomu ve iyileşme üzerindeki etkisinin belirlenerek yapılan bu tedavinin antibiyotik tedavisi ile karşılaştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmada 16'şar tavuktan oluşan beş farklı grup kullanıldı. İlk grup deneme başlangıcındaki 1 günlük civcivlerden oluşan deneme başlangıcı (DB) grubu, ikinci grup deneme sonuna kadar yetiştirilen deneme sonrası kontrol grubu (DS), üçüncü grup C. perfringens verilen grup (NE), dördüncü grup C. perfringens + B. velezensis verilen grup (BV), beşinci grup ise C. perfringens + amoksisilin verilen grup (AB) olarak belirlendi. Deneysel enfeksiyonu takiben tüm gruplara servikal dislokasyon yoluyla ötenazi yapıldı. Alınan sekum içeriğinden 16S rRNA geni sekanslanarak metagenomik analize tabi tutuldu. Elde edilen verilere istatistiksel analiz yapıldı. Bulgular: Ötenazi sonrası yapılan makroskobik incelemede yalnızca C. perfringens verilen NE grubunda bulunan tavukların bağırsaklarında patolojik değişiklikler olduğu görüldü. Bağırsakların şişkin olduğu, mukozasının ise hafif kanamalı olduğu gözlemlendi. Deneme başlangıcı grubu (DB), deneme sonrası kontrol grubu (DS), C. perfringens + B. velezensis verilen grup (BV) ve C. perfringens + amoksisilin verilen grup (AB) için makroskobik bulguya rastlanmadı. Mikrobiyom analizi sonucunda NE grubu mikrobiyom zenginliğinin azaldığı, normal hayvanların mikrobiyomuna en yakın mikrobiyomun BV grubuna ait olduğu, bunu AB grubunun izlediği görüldü. Sonuç: Bu çalışmada nekrotik enteritisin mikrobiyom üzerindeki olumsuz etkisinin azaltılması için B. velezensis'in profilaktik antibiyotik kullanımına alternatif olabileceği sonucuna varıldı. Anahtar Kelimeler: B. velezensis, Mikrobiyom, Deneysel İnfeksiyon, Broyler
Mastitisli sütlerden izole edilen stafilokoklarda koagulaz (COA) ve protein A (SPA) virulens genlerinin araştırılması
Amaç: Bu çalışma ile mastitisli sütlerden izole edilen stafilokoklardan koagulaz (coa) ve protein A (spa) virulens genlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Özel süt işletmelerinden toplanan 100 süt örneği, Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuvarına soğuk zincirde teslim edilerek, besiyerlerine ekimi yapılarak inkubasyona bırakıldı. Çalışmada stafilokok olarak tespit edilen izolatların koagulaz (coa) ve protein A (spa) virülens genleri PCR yöntemi ile belirlenecektir (Çiftci ve diğerleri, 2009). Bulgular: Araştırmada kullanılan 100 adet süt numunesi besiyerlerine yapılan ekimler sonucunda, 37°C'de 18 saat boyunca inkube edildi. izolatların tümünde bakteriyel üreme görüldü. Gram pozitif koklar tespit edildi. 33 tanesi Gram pozitif kok olarak tespit edildi. Katalaz testi sonucunda 25 tanesi pozitif tespit edildi. Katalaz pozitif 25 örneğe koagulaz testi yapıldı ve 11 örnek pozitif olarak değerlendirildi. Katalaz pozitif numuneler Staphylococcus spp. ve Staphylococcus aureus yönünden değerlendirmek üzere PCR yapıldı. PCR sonucunda katalazı pozitif 25 izolat Staphylococcus spp. ve 7 izolat Staphylococcus aureus olarak tespit edildi. Spa ve coa gen varlığına bakıldığında Staphylococcus spp. olan 25 izolattan coa gen varlığı 7 izolatta tespit edilirken, 11 izolatta spa gen varlığı tespit edildi. Sonuç: 100 adet süt numunesinden Staphylococcus spp. ve S. auresus identifikasyonı yapıldı ve sonucunda 25 izolat Staphylococcus spp., 11 izolat Staphylococcus aureus olarak tespit edildi. Staphylococcus spp. olarak tespit edilen izolatlarda protein A (spa) ve koagulaz (coa) gen varlığına PCR yöntemiyle bakıldı. 25 izolattan 11 tanesi spa gen varlığı olarak pozitif tespit edilirken coa genine sahip 7 izolat tespit edildi.
Hiperimmun serumlarda mycoplasma SP.'nin PCR, LAMP ve bakteriyolojik kültür ile belirlenmesi
Amaç: Bu araştırmada yenidoğanların tedavi ve koruması amacıyla üretilen hiperimmun sığır serumlarında mikoplazmaların belirlenmesi için bakteriyolojik kültür, PCR ve LAMP yöntemlerinin karşılaştırılması amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Araştırmada bakteriyel antijenlerle immunize edilen donör sığırlardan elde edilen ham serumlar, bunların çeşitli işlemlerden geçirilen final ürünleri ve deneysel kontamine edilmiş serum örnekleri kullanıldı. Mikoplazma tanısı için bakteriyolojik kültür, DNA ekstraksiyon, PCR ve LAMP yöntemleri deneysel olarak kontamine edilen serum örneklerinde optimize edildi ve karşılaştırıldı. Bulgular: Deneysel olarak kontamine edilen sığır hiperimmun serum örneklerinde bakteriyolojik kültür ve PCR en az 103, LAMP ise en az 104 mikoplazmayı tespit etti. Örneklerden DNA ekstraksiyonunda fenol-kloroform-izoamilalkol yöntemi diğer ticari kitlere göre daha üstün bulundu. Donör hayvanlardan alınan ham serum örneklerinin %41.6'sı PCR ile, %25'i LAMP ile mikoplazmalar yönünden pozitif bulundu. Bakteriyolojik kültür yönteminde ise örneklerin hiçbirisinden mikoplazma izole edilemedi. Filtrasyon sonrası örneklerin hiçbirinde hiçbir yöntemle etken saptanmadı. Sonuç: PCR ve bakteriyolojik kültürün hiperimmun serumlardaki Mikoplazma kontaminasyonunu saptamada en duyarlı yöntemler olduğu sonucuna varıldı. LAMP yönteminin duyarlılığının ve tekrarlanabilirliğinin diğer iki yönteme göre düşük olduğu anlaşıldı. Çalışma sonuçları ayrıca, ticari serum üretiminde mikoplazma kontaminasyonunun göz önünde bulundurulması ve son ürüne filtrasyon uygulanması gerektiğini gösterdi.
Bazı dezenfektanların hastane infeksiyonu etkeni bakterilere karşı antibiyofilm aktivitelerinin in vitro olarak araştırılması
Amaç: Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, K. pneumoniae ve E. faecalis biyofilm tabakası mikrobiyal hücre ve ekstrasellüler polimerik madde üzerine gluteraldehit, perasetik asit, hidrojen peroksit ve sodyum hipokloritin etkinliğinin araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: P. aeruginosa, S. aureus, K. pneumoniae ve E. faecalis standart suşları üretici firmadan temin edilmiştir. Dezenfektan olarak gluteraldehit, perasetik asit, hidrojen peroksit ve sodyum hipoklorit uygun çözeltilerde sulandırılmıştır. Ardından suşarın biyofilm oluşturma kapasitesi, suların dezenfektanlara karşı antimikrobiyel duyarlılıkları, biyofilm ve dezenfektan testleri gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Biyofilm kapasitesi bulguları açısından en güçlü bakterilerin P. aeruginosa ve K. pneumoniae olduğu, E. faecalis'in orta derece ve S. aureus'un ise zayıf düzeyde biyofilm kapasitesi meydana getirdiği saptandı. P. aeruginosa ve K. pneumoniae biyofilm tabakasına H2O2'nin etkili olmadığı, IUPAC'nın biyofilmde orta derecede azalma sağladığı, PAA'nın ise yine orta derece azalma sağlayarak benzer etkinlik gösterdiği saptandı. NaClO'nun ise biyofilm tabakasında yüksek oranda azalma sağlayarak en etkin dezenfektan olduğu saptandı. Dezenfektanların 30. dakikadan sonra etkisinin olmadığı görüldü. S. aureus ve E faecalis biyofilm tabakasına ise çalışılan tüm dezenfektanların etkili olduğu görüldü. Sonuç: Çalışma sonucunda En etkin dezenfektanların 60. dakikada yüksek oranda azalma ile H2O2 ve % NaClO olduğu görüldü. IUPAC ise 60. dakikada orta derecede azalma sağladı. En az etkin olan dezenfektanın ise PAA olduğu görüldü.
Balıklardan aeromonas sobria izolasyonu, antibiyotik dirençliliklerinin belirlenmesi ve genotiplendirilmesi
Amaç: Bu araştırmada, balıklardan izole edilen Aeromonas sobria suşlarının antibiyotik dirençliliklerinin belirlenmesi ve filogenetik yakınlıklarının saptanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu tez çalışmasında, A. sobria izolasyonu için 2023 yılında İzmir bölgesinden toplanan 100 adet balık örneği kullanılmıştır. Örneklerden izole edilen suşlar, VITEK-2 otomatize sistemi kullanılarak identifiye edilmiştir. Antibiyotik dirençliliğinin belirlenmesi için Kirby-Bauer Disk difüzyon tekniği kullanılmıştır. A. sobria suşlarının genotiplendirilmesinde RAPD-PCR tekniği kullanılmıştır. Bulgular: Bu çalışmada 100 adet balık örneğinden 11 (%11) adet A. sobria suşu izole ve identifiye edilmiştir. Antibiyogram sonucunda, en yüksek direncin ampisilin ve amoksisiline (%90,9) karşı geliştiği belirlenirken, en yüksek duyarlılık enrofloksasine (%72,7) karşı oluşmuştur. Genotiplendirme ile 11 farklı genotip saptanmıştır. Filogenetik benzerlikler % 17 ile % 92 arasında hesaplandı. Sonuç: Bu çalışmanın sonucunda zoonoz bir etken olan A. sobria suşlarının varlığı ortaya konmuş ve suşların antibiyotik direnç profilleri belirlenmiştir. A. sobria suşlarında belirlenen farklı direnç oranları, A. sobria enfeksiyonlarının tedavisinde uygun antimikrobiyal ajanların seçilmesinin önemini ortaya koymaktadır. Genotiplendirme ile A. sobria izolatlarının genotipik olarak çeşitlilik gösterdiği saptanmıştır.
Mastitisli ineklerden staphylococcus aureus'un moleküler identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Amaç: Bu tez çalışmasında, mastitisli ineklerden Staphylococcus aureus (S. aureus) izolasyonu, izole edilen suşlarda nuc, mecA ve blaZ genlerinin PCR ile araştırılması ve suşların veteriner sahada yaygın olarak kullanılan çeşitli antibiyotiklere karşı dirençliliğin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Aydın ili merkez ilçe ve çevresinde bulunan işletmelerden klinik mastitisli 41 hayvandan toplam 57 adet süt numunesi toplanmıştır. İzolasyon ve identifikasyon aşamalarını takiben Staphylococcus sp. olarak biyokimyasal identifikasyonu yapılan izolatların DNA ekstraksiyonları yapılmış, antibiyotik direnç genleri genotipik olarak polimeraz zincir reaksiyonu metoduyla araştırılmıştır. S. aureus ve Koagulaz Pozitif Stafilokok olarak identifiye edilen suşların antibiyotik duyarlılıkları/dirençlilikleri CLSI kriterleri tarafından önerildiği şekilde belirlenmiştir. Bulgular: İncelenen 57 süt örneğinden 15 (%26,3) adet Koagulaz Pozitif Stafilokok izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Koagulaz Pozitif Stafilokokların genotipik identifikasyon sonucu 6 (%10.5) adedi S. aureus olarak belirlenmiştir. Toplam 22 (%38,6) örnekte ise bakteriyel üreme saptanmamıştır. PCR sonucunda, Koagulaz Pozitif Stafilokok izolatlarında, 270 ve 517 bp uzunluğunda ürünler elde edilmiştir. Koagulaz pozitif olarak belirlenen 15 izolatın 6'sı S. aureus olarak doğrulanmıştır. 6 izolatın 2 adedinde blaZ genine rastlanmıştır. İzolatların hiçbirinde ise mecA genine rastlanmamıştır. Antibiyogram testi sonucunda S. aureus izolatları Penisilin G, Sülfometoksazol-Trimetoprim ve Amoksisilin-klavulanik asit'e %100 oranında dirençli, Vankomisin ve Klindamisine %100 oranında, Polimiksin B, Sefoperazon ve Oksasiline %83 oranında ve Enrofloksasin'e ise %50 oranında duyarlı olduğu tespit edilmiştir. Sonuç: Çalışma sonucunda S. aureus identifikasyonu %10,5 oranında gerçekleşmiştir. Araştırmamız ile birlikte Polimiksin B'nin alternatif bir mastitis terapötik ajanı olarak kullanımın potansiyeli ortaya çıkmıştır. Polymixin B'nin stafilokokal enfeksiyonlarla savaşmak için umut verici bir alternatif ajan olduğunu gösterilmektedir.
Ege bölgesi ruhsatlı deney hayvanı tesislerindeki fare, rat ve gerbillerde helicobacter türlerinin varlığının araştırılması
Amaç: Bu çalışmayla Ege Bölgesindeki fare, rat ve gerbillerde Helicobacter spp. ve H. hepaticus, H. bilis, H. muridarum, H. rodentium ve H. typhlonius türlerinin varlığının araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Ruhsatlı 11 adet deney hayvanı tesisinin her birinden 15-22 haftalık yaşlar arasından rastgele seçilen ayrı kafeslerden 10 adet fare, 10 adet rat ve 10 adet de gerbil olmak üzere toplam 230 hayvandan kolon ve dışkı örnekleri toplanmıştır. Elde edilen DNA'lardan Helicobacter spp,16S ribozomal RNA geni kullanılarak PCR yöntemi ile pozitif örneklerin tür tayini ise multiplex PCR ile belirlenmiştir. Bulgular: Farelerde Helicobacter spp. prevalansı % 90,91 olarak gerçekleşmiştir. Pozitif örneklerin tür bazındaki PCR sonuçlarına göre en yaygın tür % 90,91 prevalansla H. rodentium olmuştur. H. bilis ve H. muridarum türlerinin hiçbir tesiste tespit edilmediği çalışmada H. typhlonius % 72,73 prevalans oranıyla ikinci yaygın tür olurken onu % 27,27'lik prevalansla H. hepaticus'un takip ettiği tespit edilmiştir. Ratlarda Helicobacter spp prevalansı % 87,5 olarak gerçekleşmiştir. Pozitif örneklerin PCR sonuçlarına göre en yaygın tür % 87,5 prevalansla H. rodentium olmuştur. H. bilis, H. hepaticus ve H. muridarum türlerinin hiçbir tesiste tespit edilmediği çalışmada H. typhlonius % 12,5 prevalans oranıyla ikinci yaygın türdür. Gerbil bulunduran tek tesisten alınan kolon örneklerinde ise sadece H. rodentium ve H. typhlonius tespit edilmiştir. Sonuç: Çalışmaya konu olan bölgede, özellikle subklinik olmak üzere deney hayvanlarındaki enfeksiyonlara neden olan Helicobacter spp.'nin oldukça yaygın olduğu belirlenmiştir. Deney Hayvanı tesislerinin bu ajan yönünden takibinin yapılması önerilmektedir
Ege Bölgesinde yetiştirilen koyun ve keçilerde apselerden izole edilen Corynebacterium pseudotuberculosis ve Staphylococcus aureus subsp. Anaerobius suşlarının fenotipik ve genotipik özelliklerinin araştırılması
Amaç: Bu çalışmada Ege bölgesinde yetiştirilen koyun ve keçi apselerinden izole edilen Corynebacterium pseudotuberculosis ve Staphylococcus aureus subsp. anaerobius suşlarının fenotipik ve genotipik özelliklerinin araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmada 2021-2023 yılları arasında 100 adet küçükbaş hayvana ait apse örneklerinden konvansiyonel, hızlı teşhis ve moleküler yöntemlerle C.pseudotuberculosis ve S.aureus subsp. anaerobius izolasyonu yapılmış ve izolatların filogenetik yakınlıklarını RAPD-PCR yöntemi ile belirlenmiştir. Bulgular: 100 adet örnekten 17 C.pseudotuberculosis ve 31 adet S. aureus subsp. anaerobius izole ve identifiye edildi. İzolatlarının filogenetik yakınlıklarının belirlenmesi amacıyla yapılan RAPD-PCR ile genotiplendirme sonucunda, S. aureus subsp. anaerobius izolatlarında % 27 -100 oranında, C. pseudotuberculosis izolatlarında % 41 -100 oranında benzerlik saptandı. Sonuç: Bu çalışmada Ege bölgesinde yetiştiriciliği yapılan koyun ve keçilerde C. pseudotuberculosis ve S. aureus subsp. anaerobius varlığı ortaya konulmuştur. Çalışmamız sonucunda koyun ve keçilerde oluşan apse olgularında koruyucu ve tedavi amaçlı uygulama sırasında her iki etkene karşı etkili olabilecek yöntemlerin uygulanması gerektiği kanaatine varılmıştır.
Mastitisli sütlerden Sphingomonas paucimobilis' in izolasyonu, antimikrobiyal duyarlılığının belirlenmesi ve genotiplendirilmesi
Amaç: Bu araştırmada, mastitisli sütlerden Sphingomonas paucimobilis'in izolasyonu,antimikrobiyal duyarlılığının belirlenmesi ve genotiplendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda Sphingomonas paucimobilis izolasyonu için İzmir ve Aydın Bölgesinden sağlıklı ve mastititisli sığırlardan alınan süt örnekleri kullanılmıştır.Şüpheli olarak değendirilen suşlar VITEK-2 sistemi ile identifiye edilmişlerdir. Moleküler teşhis için PCR yöntemi uygulanmıştır. Kirby-Bauer Disk Diffüzyon yöntemiyle antimikrobiyal duyarlılıkları belirlenmiştir. Genotiplendirme GTG5-PCR yöntemiyle incelenmiştir. Bulgular: Çalışmamızda 100 süt örneğinden 8 adet S. paucimobilis identifiye edilmiştir. Antibiyotik direnç profilini belirlemek için Kirby-Bauer disk diffüzyon yöntemiyle İncelenen8 adet S. paucimobilis izolatının 7 (%87,5) 'si amoksisilin-klavulonikasit'e , 8 (%100)'i ampisilin-sulbaktam'a ve sefquinom'a dirençli bulunmuştur. amoksisilin-klavulonik asit'e yanlızca 1 (%12,5) izolat duyarlı bulunurken, sefoperazone , sefquinome ve gentamisin' e 8 (%100) izolat da duyarlı bulunmuştur. S. paucimobilis olarak identifiye edilen 8 adet izolatın genotiplendirmesi (GTG)5 primeri kullanılarak (GTG)5-PCR yöntemiyle yapılmıştır. Sonuç: Mastitis etkenleri arasına yeni katılan bir bakteri olarak tanımlanan S. paucimobilis'in teşhisi ve filogenetik yakınlığının tespiti mastitis epidemiyolojisi ve koruma stratejilerinin belirlenmesinde oldukça önemlidir.
Endometritisli ineklerden patojen mikroorganizmaların maldı-tof ms ile identifikasyonu ve izolatların antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Amaç: Bu araştırma Batı Ege illerinde (Aydın, Denizli, Muğla) endometritisli süt ineklerinin vaginal akıntı örneklerinden izole edilen patojen mikroorganizmaların tespiti ve antibiyotik direnç profillerinin ortaya konulması amacı ile yapıldı. Gereç ve Yöntem: Araştırma, Aydın, Denizli ve Muğla'da bulunan çeşitli işletmelerden (her ilden 50 adet olmak üzere) endometritis şüpheli toplamda 150 inekten alınan vajinal akıntı numuneleri ile yapılmıştır. Bakteriyel kültür sonucu izole edilen bakterilerin MALDI-TOF MS ile identifikasyonları yapıldı ve Kirby - Bauer Disk Diffüzyon metodu ile antibiyotik duyarlılık testleri gerçekleştirildi. Bulgular: Araştırmada Aydın ilinden alınan 50 örnekten 45 izolat, Denizli ilinden alınan 50 örnekten 43 izolat, Muğla ilinden alınan 50 örnekten 32 izolat elde edildi. İzolatlardan MALDI-TOF MS ile yapılan identifikasyon sonucunda 17 farklı bakteri türü tespit edildi. En çok tespit edilen bakteriyel etkenler (%27) Trueperella pyogenes, (%18) Streptococcus pluranimalium, (%13) Escherichia coli olarak bulundu. Antibiyotik duyarlılık testlerinde Trueperella pyogenes ve Escherichia coli izolatlarının tamamı amoksisilin-klavulanik asit, ampisilin ve penisilin G'ye karşı dirençli olarak bulundu. Sonuç: Araştırma sonucunda, T. pyogenes ve E. coli etkenleri birçok araştırmada olduğu gibi endometritis vakalarından en çok izole edilen etkenler olduğu tespit edildi. İzolatların dirençlilik profilleri göz önüne alındığında endometritis vakalarında bakteriyel teşhis ve teşhis edilen etkenlerin antibiyotik duyarlılık testlerinin uygulanmasının gerekli olduğu sonucuna varıldı.
Klinik örneklerden izole edilen anaerop bakteriler ve yeni sınıflandırma kriterlerine göre identifikasyonu
ÖZET Bu çalışmada anaerop enfeksiyon şüpheli hastalarda bakteriyolojik tanı için Aralık 1994- Kasım 1997 tarihleri arasında Laboratuvarımıza gönderilen 160 örnekten aerop ve anaerop kültür yapılmış ve izole edilen bakteriler tanımlanmıştır. Kültürlerden 49'unda (% 31) üreme saptanmazken, üreme olan 111 kültürün 32'sinde (% 29) anaerop ve aerop bakteri birlikte, 31 'inde (% 28) yalnız anaerop bakteri ve 48'inde (% 43) yalnız aerop bakteri üretilmiştir. Bu örneklerde toplam olarak tanımlanan anaerop suş sayısı 81'dir. En fazla anaerop bakteri üretilen materyal %65 ile intraabdominal mayiler olmuştur. Bunu %54 ile eklem mayileri, %49 ile apse materyalleri, %42 ile kan kültürleri takip etmiştir. B.fragilis grup üyeleri %27 ile en sık izole edilen anaerop bakteri olmuştur. Klinik materyallerden diğer izole edilen anaerop bakteriler %20 Porphyromonas, %12 pigmentli Prevotella, %12 Clostridium, %10 Fusobacterium türleri, %10 Peptostreptococcus, %4 pigmentsiz Prevotella, % 2,5 ile Veillonella ve Fusobacterium türleri olarak saptanmıştır.
Padina pavonica ekstraktının antifungal etkisinin saptanması
Padina pavonica kahverengi algler familyasının bir üyesi olup, fitoksantinin baskınlığından ötürü rengi koyu olduğundan kahverengi alg ailesine dahil edilmiştir. İçerdiği vitamin, mineral, amino asit ve lipitler açısından birçok canlı için besin kaynağı olmaktadır. Diğer canlılar için habitat sağlaması biyoçeşitlilik için ayrıca önem sağlamaktadır. Gıda başta olmak üzere, kozmetik, yem sanayi ve ilaç sanayisinde kullanılanılan Padina pavonica, yapılan antimikrobiyal etkinlik çalışmalarında hem antibakteriyel hemde antifungal etkisinin olduğu bildirilmiştir. Son yıllarda immün sistemini baskılayan ilaçların, antibiyotiklerin ve antifungallerin düzensiz kullanımı sonucu mantar enfeksiyonlarında artış görülmektedir. Giderek artan direnç problemi ve sınırlı antifungaller sebebiyle yeni antifungal araştırmalarını hızlandırmaktadır. İnsanlarda patojen olan Candida albicans, Aspergillus fumigatus ve Trichophyton rubrum' un antifungal duyarlılık testleri yapılarak Amfoterisin B ve Flukanozol'e olan duyarlılığını, elde etmiş olduğumuz 10 farklı özütle in-vitro antimikotik etkileri karşılaştırarak güncel direnç problemlerine alternatif bir çözüm üretmektir. Kullanılan çözücülerden en etkili olan di-etil eter, kurutma yöntemlerinden etkilenmemiş olup Padina pavonica'dan elde edilen özütlerinin hem Aspergillus fumigatus'a hemde Candida albicans'a antifungal etkinliği bulunmuştur. Diğer bir çözücü olan hekzanın liyofilizasyon yöntemi ile kurutulan Padina pavonica'dan elde edilen özütünün Trichophyton rubrum'a etkili olan tek özüt olmuştur. Ayrıca hekzanın oda ısısında kurutma yöntemi ile elde edilen Padina pavonica özütünün Candida albicans'a karşı etkinliği saptanmıştır. Kullanılan diğer çözücülerin aseton ve etanolün oda ısısında kurutma yöntemi ile elde edilen Padina pavonica özütünün Candida albicans'a karşı etkinliği bulunmuştur. Bu çalışmada sonuç olarak Padina pavonica'nın antifungal etkinliği saptanmış olup alternatif bir antifungal olabileceği düşünülmektedir.
Sığırlarda moraxella bovıs'in izolasyonu ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Araştırmamızda sığırlarda infeksiyöz keratokonjuktivitis olgularından Moraxella bovis izolasyon oranının saptanması ve izole edilecek suşların antibiyotik duyarlılıklarının saptanması amaçlanmıştır. Araştırmanın hayvan materyalini infeksiyöz keratokonjuktivitis klinik bulguları mevcut olan Aydın ilindeki sığır işletmelerinde bulunan ve çeşitli yaşlardaki 100 adet sığır oluşturmuştur. Sığırların konjuktival keselerinden steril svaplar ile sürüntü numunesi alınarak, etken izolasyonu yapılmıştır. İzolasyon sonrası yapılan fenotipik identifikasyon sonucunda incelenen 80 adet oküler sürüntü örneğinin 10 (% 12.5) adedinden M. bovis identifiye edilmiştir. Ayrıca M. bovis dışında 44 Proteus sp., 25 Streptococcus sp., 16 Staphylococcus sp., 8 Bacillus sp., 2 Corynebacterium sp., 1 E. coli ve 1 Candida sp. identifiye edilmiştir. M. bovis suşlarına yapılan antibiyogram testleri sonucunda M. bovis izolatlarının amoksisilin- klavulanik asit'e % 70, florfenikol'e % 80, Sefoperazona % 60, oksitetrasikline ve enrofloksasine % 50, gentamisine % 40 oranlarında duyarlı, klaritromisine % 80 ve eritromisin'e % 100, oranlarına dirençli olduğu saptanmıştır. Sonuç olarak, M. bovis etkenine bağlı İBK hastalığının sürülerde erken dönemde teşhis edilmesi ve tedavide etkin antibiyotiklerin kullanımının yaygınlaştırılmasının sağlanması ortaya konmuştur.
Aydın bölgesinde ürüne işlenecek çiğ sütlerde staphylococcus aureus ve enterotoksin varlığının araştırılması
Araştırmamızda, Aydın ilindeki farklı üretim tesislerinde çeşitli noktalardan örneklerinde Staphylococcus aureus izolasyonu ve ürüne işlenecek olan çig süt örneklerinde S. aureus ve enterotoksinlerin varlığı ELISA metodu ile tespit edilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla 2017 yılı Mayıs ayında Aydın ilinde bulunan çiğ süt ürünü işleyen tesislerden toplam 28 adet svap numunesi ve 86 adet çiğ süt örneği, S. aureus sayıları ve stafilokokkal enterotoksin (SETA, B, C, D, E Total) varlığı yönünden incelenmiştir. Analizi yapılan çiğ süt örneklerinde S. aureus sayımı TSE 6582 ISO 6888 standardı çerçevesinde gerçekleştirilmiştir. Analizler sonucunda incelenen 86 adet çiğ süt örneğinin tamamının S. aureus sayısı yönünden Türk Gıda Kodeksi, 2009/14 Tebliğ numaralı, Çiğ Süt ve Isıl İşlem Görmüş İçme Sütleri Tebliğinde Değişiklik Yapılması Hakkında Tebliğ'e uygun olduğu belirlenmiştir. Bu çalışmada stafilokokkal enterotoksin varlığının saptanması amacıyla ELISA yöntemi kullanılmıştır. Test sonucunda 86 adet çiğ süt örneğinin hiçbirinde stafilokokkal enterotoksin varlığı belirlenmemiştir. Sonuç olarak incelenen çiğ sütlerde enterotoksin tespit edilmemiş olmakla birlikte süt işleme tesislerinin çeşitli noktalarından alınan numunelerde S. aureus varlığı saptanmasıyla, halk sağlığının risk altında olduğu gösterilmiştir. Bu sebepten süt işleme tesislerinde üretim hijyeni, temizlik ve dezenfeksiyon protokolleri ve personelin bilgilendirilmesi konularına önem verilmesi gerekmektedir.
Sığır mastitislerine neden olan stafilokok türlerinin maldı-tof ms ile identifikasyonlarının yapılması
Bu çalışmada, mastitisli sütlerden Stafilokok türlerinin izolasyonu ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi, izole edilen suşların API, VITEK, MALDI-TOF MS gibi ticari identifikasyon metodlarıyla tiplendirilmeleri ve sonuçların karşılaştırılması, tiplendirmenin ardından 16S rRNA primerleri ile yapılacak olan PCR sonucu Stafilokokal etkenlerin sekans analizi ile birlikte doğrulanması amaçlanmıştır. Aydın ili ve çevresindeki süt sığırcılığı işletmelerinde bulunan hayvanlardan klinik mastitis problemi gösterdiği belirlenen hayvanlara ait sütler steril koşullarda alınan, toplam 100 adet süt örneği Stafilokok varlığı yönünden incelenmiştir. Stafilokok türlerinin identifikasyonları biyokimyasal yöntemlere ilave olarak VITEK 2, VITEK (MALDI-TOF) MS, PCR ve Sekanslama ile yapılmıştır. Süt örneklerinin % 34'ünden Stafilokok izolasyonu yapılmıştır. Yapılan identifikasyon çalışmaları sonucunda, izolatların 7 (% 20,60)'si Staphylococcus aureus, 10 (% 29,40)'u Staphylococcus simulans, 8 (% 23,50)'i Staphylococcus epidermidis, 4 (% 11,80)'ü Staphylococcus saprophyticus, 2 (% 5,90)'si Staphylococcus chromogenes, 2 (% 5,90)'si Staphylococcus hyicus ve 1 (% 2,95) Staphylococcus arlettae olarak tiplendirilmiştir. Yapılan antibiyogram testi sonucunda identifiye edilen 34 Staphylococcus sp. izolatının Cefoxitin, Siprofloksasin, Vankomisin, Tigesiklin ve Fosfomisine % 100 ve Linezolide % 85.2 oranlarında duyarlı; Klindamisine %100 ve Tetrasikline %82.4 oranlarında dirençli olduğu görülmektedir. Sonuç olarak; MALDI-TOF MS proteomik biyokütle spektrofotometri yönteminin güvenilirliği doğrulanmış ve uygulanabilir olduğu ortaya koyulmuştur.
Kanatlılarda salmonella türlerinin izolasyonu, serotiplendirilmesi ve antibiyotik duyarlılıklarının araştırılması
Araştırmamız, Ege Bölgesinin batısında kanatlı yetiştiriciliği yapan Salmonella şüphesi bulunan kümeslerden 01 Eylül- 20 Aralık 2016 tarihleri arasında 253 adet tavuk örneği toplanarak gerçekleştirilmiştir. Hastalık şüphesi görülen tavukların nekropsi işlemi kanatlı teşhis ünitesinde gerçekleştirildikten sonra, tavuklardan tekniğine uygun şekilde alınan organ numuneleri Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Teşhis ve Analiz Laboratuvarına soğuk zincirde getirilmiştir. Kümeslerden alınan tavuk örneklerine yapılan nekropsi sonucunda karaciğer, dalak, kalp ve sekum organlarından Salmonella etkeni izolasyon ve identifikasyonu yapılmıştır. Çalışmalarımızın sonucunda; 4 (% 9,3) izolatın S. Enteritidis ve 39 (% 90,7) izolatın S. Typhimurium olarak tiplendirilmiştir. Antibiyogram testi sonucu, S. Enteritidis (n=4) izolatlarının, Gentamisin ve Seftriaksona % 100 oranında, Kanamisin ve Tetrasikline % 50 oranında duyarlı; Sefotaksime % 75 oranında orta derece duyarlı ve Ampisilin ile Penisiline ise % 100 oranında dirençli oldukları saptanmıştır. S. Typhimurium (n=39) izolatlarının ise, Seftriaksona % 92, Gentamisine % 82, Kanamisin ve Sefotaksime % 61, Tetrasikline % 51 oranlarında duyarlı; Ampisilin % 97 ve Penisiline ise % 100 oranında dirençli oldukları belirlenmiştir.
Mastitisli sığır sütlerinden izole edilen escherıchıa colı suşlarının önemli virulens genlerinin ve antibakteriyel duyarlılıklarının incelenmesi
Bu çalışmada mastitisli sığır sütlerinden E. coli'nin izolasyonu, identifikasyonu, izolatların önemli virulens genlerinin [Shiga toksin 1 (stx1), Shiga toksin 2 (stx2), ısıya duyarlı toksin (lt), ısıya dirençli toksin (st), invaziv antijen lokusu (ial), intimin (eaeA), demet oluşturan pilus (bfpA), fimbrial antijen (aafII)] ve antibiyotik duyarlılık profillerinin incelenmesi amaçlandı. Çalışmada materyal olarak özel bir süt işletmesindeki mastitisli 328 inekten bir yıl boyunca alınan 390 süt örneği kullanıldı. E. coli izolasyonu klasik yöntemler kullanılarak gerçekleştirildi. Bakteri identifikasyonunun doğrulanmasında ve virulens genlerinin belirlenmesinde polimeraz zincir reaksiyonundan (PZR) faydalanıldı. İzolatların sekiz antimikrobiyal aileye ait on antibiyotiğe karşı duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ile incelendi. Çalışmada mastitisli süt örneklerinin % 17,2'sinden (67/390) E. coli izole ve identifiye edildi. İzolatların % 19,4'ünün (13/67), incelenen virulens genlerinden en az bir tanesini taşıdığı belirlendi. En sık görülen virulens genleri stx1 (5/13=% 38,5), stx2 (2/13=% 15,4), st (2/13=% 15,4), lt (1/13=% 7,7), eaeA (3/13=% 23,1) iken; bfpA ve aafII genleri hiçbir izolatta bulunmadı. Virulens geni taşıyan izolatların % 53,8'i (7/13) EHEC, % 23,1'i (3/13) ETEC ve % 23,1'i (3/13) EPEC olarak tespit edildi. İzolatların% 89,5'i (60/67), % 37,3'ü (25/67), 35,8'i (24/67) kloramfenikol, ampisilin ve tetrasikline dirençli olduğu tespit edilirken; kullanılan diğer 8 antibiyotik için direnç % 2,9 ile % 22,3 arasında değişti. İzolatların % 3,0 (2/67)'ü kullanılan tüm antibiyotiklere duyarlı iken; % 30,0'u (20/67) çoklu direnci gösterdi. Antimikrobiyal duyarlılık, bakterilerin direnç profillerindeki değişiklikleri saptamak için izlenmelidir. Anahtar kelimeler: Escherichia coli, mastitis, antibiyogram, virulens gen
Çanakkale'de (Türkiye) tüketilen bazı kremalı pastalarda Escherichia coli O157:H7 serotipinin araştırılması
Bu araştırma, Çanakkale (Türkiye) ilindeki fırın, pastane ve marketlerde tüketime sunulan kremalı pastalarda Escherichia coli O157:H7 serotipi varlığının tespiti için yapılmıştır. Araştırmada 100 adet sade, kakaolu ve meyveli kremalı pasta örneği incelendi. Önzenginleştirme işleminin ardından SMAC (Sorbitol MacConkey) katı besiyerine yapılan ekimler sonucunda 82 adet tipik (renksiz - şeffaf) koloni izole edilmiştir. İleri mikrobiyolojik analiz basamaklarının uygulanması sonucunda, izolatların hiçbirinde Escherichia coli ve buna bağlı olarak Escherichia coli O157:H7 serotipi saptanmamıştır. Buna rağmen yapılan biyokimyasal testlerin sonuçlarına göre pastalarda muhtemel Enterobacter sp., Salmonella sp., Klebsiella sp. ve Citrobacter sp. varlığına rastlanmıştır.Sonuç olarak kremalı pastalarda Escherichia coli O157:H7 serotipi saptanamamıştır. Fakat uygulanan biyokimyasal test sonuçlarına dayanarak, pastalarda diğer koliform grubu üyelerine rastlanması, pastaların hijyen bakımından yetersiz olabileceği ve halk sağlığını tehdit edebileceği kanısına varılmıştır.Anahtar sözcükler: Escherichia coli, Escherichia coli O157:H7, Kremalı pasta
Kolistin ve karbapenem dirençli acinetobacter baumannii ve klebsiella pneumoniae suşlarında akım sitometri yöntemi ile kolistin ve meropenem kombinasyonunun in vitro etkinliğinin test edilmesi ve dama tahtası yöntemi ile karşılaştırılması
Günümüzde gram negatif bakterilerde karbapenem direncinin artması ile birlikte tedavilerde kolistin daha sık kullanılmaya başlanmıştır. Bunun bir sonucu olarak kolistine direnç giderek artmaktadır. Çalışmamızda, kolistin ve karbapenem dirençli Acinetobacter baumannii ve Klebsiella pneumoniae suşlarında akım sitometri tabanlı time kill ve dama tahtası sinerji testi yöntemleri ile kolistin ve meropenem kombinasyonunun in vitro etkinliğinin araştırılması amaçlandı. Kolistin ve karbapenem dirençli 10 adet A. baumannii ve 10 adet K. pneumoniae suşunda kolistin direnci broth mikrodilüsyon yöntemi ile doğrulandıktan sonra, kolistin ve meropenem kombinasyonu akım sitometri tabanlı time kill ve dama tahtası yöntemleri ile çalışıldı. Ek olarak suşlar, gradient difüzyon sinerji testi yöntemi ile de çalışıldı. Sonuçlar, dama tahtası ve GDY için fraksiyonel inhibitör konsantrasyonu, time kill için logaritma tabanında artış-azalış ile hesaplanarak değerlendirildi. Klebsiella pneumoniae suşlarında dama tahtası yöntemi ile %40 sinerjik, %50 aditif ve %10 indiferan etkinlik saptandı. A. baumannii suşlarında ise %70 sinerjik, %20 aditif, %10 indiferan etkinlik saptandı. Time kill yönteminde ise tüm suşlarda indiferan etkinlik saptandı. Akım sitometri tabanlı time kill ve dama tahtası yöntemleri arasında %10 uyum saptanırken, time kill ile GDY arasında %55 uyum saptandı. Literatürde akım sitometri tabanlı bir sinerji testi ile hasta izolatları kullanılarak antibiyotik kombinasyonu etkileşiminin incelendiği bir çalışmaya rastlamadık. Geleneksel yöntemi modernize etmesi, hızlı sonuç vermesi gibi yönleriyle çalışmamız dikkat çekicidir. Ancak sinerji testlerinin doğasında bulunan testler arası uyumsuzluk nedeniyle yeni çalışmalar ile testler arasındaki korelasyon iyileştirilmelidir.
Stenotrophomonas maltophilia suşlarının gradient difüzyon ve checkerboard yöntemi ile antimikrobiyal kombinasyonlarının in vitro etkinliği
2016-2021 yılları arasında Bursa Uludağ Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvar Başkanlığı Bakteriyoloji Laboratuvarına çeşitli kliniklerden ve servislerden gönderilen örnekler izole edilerek MALDI-TOF MS ile Stenotrophomonas maltophilia tanımlanmıştır. Otomatize sistemler ile antibiyotik duyarlılığı çalışılan 6 tanesi trimetoprim+sülfametoksazol dirençli, 20 tane S. maltophilia suşu çalışmaya dahil edilmiştir. Çalışmada suşların; trimetoprim+sülfametoksazol, levofloksasin, seftazidim antibiyotiklerine olan duyarlılıkları ve bu antibiyotikler arasındaki kombinasyonlar (trimetoprim+sülfametoksazol/levofloksasin, trimetoprim+sülfametoksazol/sefta zidim) in vitro olarak gradient difüzyon ve checkerboard yöntemi sinerji testleri kullanılarak yapılmıştır. Çalışılan S. maltophilia suşlarının trimetoprim+sülfametoksazol direnci iki yöntem (mikrodilüsyon ve gradient difüzyon yöntemi) ile %30 uyumlu; levofloksasin direnci mikrodilüsyon yönteminde %40, gradient difüzyon yönteminde %25; seftazidim direnci mikrodilüsyon yönteminde %80, gradient difüzyon yönteminde %65 olarak bulunmuştur. Checkerboard yönteminde trimetoprim+sülfametoksazol/levofloksasin kombinasyonu %5, trimetoprim+sülfametoksazol/seftazidim kombinasyonu %40; gradient difüzyon yönteminde trimetoprim+sülfametoksazol/levofloksasin kombinasyonu %5, trimetoprim+sülfametoksazol/seftazidim kombinasyonu %25 sinerjik bulunmuştur. 1 suş trimetoprim+sülfametoksazol/seftazidim kombinasyonunda antagonizma göstermiştir. Çalışılan 20 suş için her iki kombinasyon tek başına kullanımından daha üstün bulunmuştur. Trimetoprim+Sülfametoksazol, levofloksasin ve seftazidim için checkerboard ve gradient difüzyon yöntemleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamadığından duyarlılıklarının ve kombinasyonlarının belirlenmesinde iki yöntemde tercih edilebilir. Değişen direnç oranları sebebiyle her kurum kendi antimikrobiyal direnç oranlarını takip etmeli, bulaşın azaltılabilmesi için risk faktörleri ve çevresel rezervuarlara dikkat edilmelidir. S. maltophilia suşlarında daha fazla standardizasyonun sağlandığı yöntemler ile kombinasyon testlerinin çalışılmasına ihtiyaç vardır.
Bursa Uludağ Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarında çalışılan rotavirüs ve adenovirüs antijen testi sonuçlarının incelenmesi ve COVID-19 pandemi önlemlerinin etkisinin retrospektif olarak araştırılması
Viral gastroenteritler tüm dünyada önemli morbidite ve mortalite nedenidirler ve çevresel koşullardan etkilenebilirler. Rotavirüs ve adenovirüs başlıca viral gastroenterit nedenlerindendir. Bu çalışmada Bursa Uludağ Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda çalışılan rotavirüs ve adenovirüs antijen testi sonuçlarının incelenmesi ve COVID-19 pandemisi döneminde bu patojenlerin değişiminin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Mart 2018-Şubat 2022 tarihleri arasında Bursa Uludağ Üniversitesi Hastanesi'nin çeşitli bölümlerine başvuran ve gastroenterit ön tanısı ile Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilerek rotavirüs ve adenovirüs antijen testi uygulanan 9831 dışkı örneğinin sonuçları incelendi. Antijenlerin tespiti için immünokromatografik yöntemle çalışan Acro Rapid test (Acro Biotech, ABD) kullanıldı. Çalışmaya dahil edilen hastaların demografik, klinik özellikleri ve dışkı örneklerine uygulanan diğer testlerin sonuçları elektronik hasta dosyalarından retrospektif olarak elde edildi. Veriler COVID-19 pandemisi öncesinde ve pandemi döneminde olmak üzere iki ayrı gruba ayrılarak karşılaştırıldı. COVID-19 pandemisi öncesinde rotavirüs pozitifliği %10,4, adenovirüs pozitifliği ise %7,5 idi. Pandemi döneminde ise hem rotavirüs pozitifliği (%5,1) hem de adenovirüs pozitifliği (%3,5) anlamlı olarak azalmıştı (p=0,001). Örneklerin %3,2'sinde rotavirüs ve adenovirüs birlikte saptandı. Rotavirüs ve adenovirüs pozitif hastaların cinsiyet, yaş, direkt mikroskobik inceleme bulguları benzerdi. Yaş gruplarına göre pozitiflik oranlarının değişmediği görüldü. Rotavirüs pozitifliği en yüksek ilkbahar ve kış aylarında iken (p=0,005); adenovirüs pozitifliği ilkbahar ve yaz aylarında daha yüksekti ancak mevsimsel dağılım açısından anlamlı farklılık saptanmadı (p=0,167). Bu çalışmada COVID-19 salgınıyla mücadele kapsamında uygulanan toplumsal önlemlerin ve değişen davranış modellerinin rotavirüs ve adenovirüs gastroenteritlerinin azalmasını sağladığı tespit edilmiştir. Temizlik ve izolasyon önlemlerinin viral gastroenteritlerin sıklığını önemli ölçüde azalttığı açıkça görülmektedir.
İnfertil kadınlarda chlamydıa antikorlarının araştırılması
Kadınlarda infertiliteye neden olan etkenler arasında, pelvik inflamatuvar hastalığa (PID) bağlı oluşan tüp tıkanıklıkları birinci sırada yer almaktadır. Pelvik inflamatuvar hastalık çeşitli mikroorganizmalar tarafından oluşturulmakla birlikte, cinsel yolla bulaşan Chlamydia trachomatis enfeksiyonu, PID ve tubal infertilitenin en sık sebebi olarak literatürde yer almaktadır. Bu çalışmanın amacı, infertil kadın hastalarda C. trachomatis antikorlarının varlığını araştırmak ve klamidya enfeksiyonunun infertilite ile ilişkisini belirlemektir. Bu çalışmada, Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Hastane?sine infertilite nedeniyle başvuran ve histerosalpingografileri (HSG) çekilen 184 hasta, C. trachomatis enfeksiyonu yönünden değerlendirmeye alındı. Kontrol grubu olarak, aynı hastanede rutin takipleri yapılan fertil 88 kadın seçildi. Hasta grubunda bulunan kadınlar primer (95/184) ve sekonder (89/184) infertil olmak üzere iki alt gruba ayrılarak incelendi. Hasta grubunda bulunan kadınların %70.1?inde (129/184) HSG?de herhangi bir patoloji saptanmadı. Anormal HSG bulguları olan 55 hastanın 46?sında (%83.6) tubal tıkanıklık, 9?unda (%16.4) ise uterus anomalisi tespit edildi. Chlamydia trachomatis IgG antikorlarının tespitinde ELISA yöntemi (Chlamydia trachomatis IgG, Vircell, İspanya) kullanıldı. Sonuçlar irdelendiğinde, infertilite şikayeti olan kadınların %11.9?unda (22/184), kontrol grubunda bulunan fertil kadınların ise %3.4?ünde (3/88) C. trachomatis antikorları pozitif bulundu. Hasta ve kontrol grupları karşılaştırıldığında, C. trachomatis enfeksiyonunun infertil kadınlarda anlamlı ölçüde daha sık görüldüğü tespit edildi (p=0.022). Primer ve sekonder infertil hastalar karşılaştırıldığında, C. trachomatis enfeksiyonunun primer infertil kadınlarda (%17.9) sekonder infertil kadınlara (%5.6) göre daha sık bulunduğu ve bu farkın istatistiksel olarak anlamlı olduğu tespit edildi (p=0.010). HSG sonucu normal olan infertil hastaların %10.8?inde (14/129) ve HSG sonucu anormal olanların ise %14.5?inde (8/55) C. trachomatis antikorları tespit edildi. HSG?de tüp tıkanıklığı yada uterus anomalisi bulunan infertil hastalarda C. trachomatis antikorları, HSG bulguları normal olan infertil hastalara göre daha sık görülmesine rağmen, iki hasta grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmadı (p=0.479). Sonuç olarak, C. trachomatis enfeksiyonunun infertil kadınlarda fertil kadınlara göre anlamlı oranda daha sık tespit edilmesi, bu etkenin infertiliye katkısı olduğunu desteklemektedir.
Genelev kadınlarında Chlamydia trachomatis enfeksiyonlarının tanısında ELİSA ve PCR'nun karşılaştırılması
ÖZET GENELEV KADINLARINDA CHLAMYDIA TRACHOMATIS ENFEKSİYONLARININ TANISINDA ELISA VE PCR'NUN KARŞILAŞTIRILMASI Bu çalışma bölgemizdeki 68 genelev kadınlarında asemptomatik olarak seyreden endosorvikal Chlamydia trachomatis (C.trachomatis) enfeksiyonlarının tanısında, PCR (16S rRNA + kriptik plasmit) ve direkt ELISA testinin tanı değerini karşılaştırmak amacıyla yapıldı. Çalışmamızda 16S rRNA'yı hedef alan primerlerin kullanıldığı PCR yöntoml ilo kriptik plasmide ait 215 baz çiftlik spesifik diziyi hedaf alan PCR ve ELISA yöntemi kıyaslandı. C.trachomatis'ln MOMP proteinine karşı tavşanlardan elde edilen monoklonal antikorlarla yapılan ELISA metodu kullanıldı. Çalışmamızda 68 genelev kadınlarından alınan endoservikal örneklerden 17 (%25)'sinde (16S rRNA + kriptik plazmid) PCR ile 10 (%14.7)'unda ELISA yöntemi ilo pozitif sonuç elde edildi. C.trachomatis'ln tanısında kriptik plasmiti hedef alan PCR yönteminin (%76.5) ELİSA'dan daha duyarlı (%58.8) olduğu görüldü. Anahtar sözcükler: C.trachomatis, PCR, 16S rRNA, kriptik plasmit
Hastane enfeksiyonuna neden olan gram-negatif bakterilerde direnç paterni ve genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz tayini
Hastane Enfeksiyonuna Neden Olan Gram-Negatif Bakterilerde Direnç Paterni ve Genişlemiş Spektrumlu Beta-Laktamaz (ESBL) Tayini Bu çalışma, Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi, Balcalı Hastanesi'nde hastane enfeksiyonu (HE) olan hastalardan alınan örneklerden izole edilen Gram-negatif bakterilerde direnç paterni ile genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (extended spectrum of beta- lactamases: ESBL) varlığım araştırmak ve ESBL tespitinde kombine disk testi (KDT), E- test ve çift disk sinerji test (ÇDST)'lerini karşılaştırarak en uygun yöntemi bulmak için amaçlanmıştır. Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi, Balcalı Hastanesi Merkez Laboratuvarı, Mikrobiyoloji Birimi'ne 29. 05. 2003-30. 09. 2004 tarihleri arasında gönderilen 93 hastaya ait 1 15 örnekte HE kökenli 68 Escherichia coli ve 47 Klebsiella spp. susu izole edilmiştir. Suşların çoğunluğu (% 53) üriner sistem enfeksiyonu (ÜSE) olan hastalardan elde edilmiştir. HE kökenli bu suşların duyarlılıkları disk diffüzyon testi (DDT) ile araştırılmıştır. Genel olarak trimetoprim/sülfometaksazol, üçüncü kuşak sefalosporinler ve aztreonam'a direnç saptanırken, en az direnç görülen antibiyotik imipenem olmuştur. Çalışmamızda DDT ile seftazidim, seftriakson, sefotaksim ve aztreonam yönünden ESBL şüpheli bulunan izolatlar ÇDST, KDT ve E-test ESBL testleri ile pozitiflikleri doğrulanarak testler arasında karşılaştırma yapılmışta. Klebsiella spp. suşlarında E-test ile 47 susun 30 (% 63.80)'unda, ÇDST ile 27 (% 57.44)'inde ve KDT ile 21 (% 44.68)'inde ESBL pozitifliği belirlenmiştir. E. coli suşlarında ise E-test ile 68 susun 42 (% 61.76)'sinde, ÇDST ile 36 (% 52.54) ve KDT ile 34 (% 50)'ünde ESBL pozitif bulunmuştur. KDT, ESBL tespiti için referans test olarak kabul edildiğinde KDT ile ESBL negatif bulunan 60 sustan 18'i DDT, 17'i E-test, ve 8 suş ise ÇDST ile pozitif bulunmuştur. Sonuç olarak DDT ve E-testin ÇDST'ye göre daha yüksek sayıda yalancı pozitiflik vermesi ve ayrıca E-testinde bazen klavulanik asitin beta-laktam antibiyotik tarafına diffüzyonu sonucu değerlendirme zorluğu yaratması ve pahalı olması sebebiyle ESBL tesbitinde uygulaması daha kolay ve ucuz yöntemler olan KDT ve ÇDST yöntemleri tercih edilebilir. Anahtar sözcükler: ESBL, E. coli, Klebsiella spp., kombine disk testi, hastane enfeksiyonu vııı
Osmaniye bölgesinde artritli ve asemptomatik populasyonda B.burgdorferi prevalansının ELİSA ve IHA teknikleri ile araştırılması
Bölgemizdeki Borrelia burgdorferi infeksiyonlarının prevalansını tespit etmek amaca ile planlanan bu çalışmada, Osmaniye ilçe ve köylerinde, mono ve poliartrit yakınması olan semptomatik 253 şahıs ile artrit yakınması olmayan asemptomatik 91 şahıs ' a ait serum örnekleri ELİSA ve IHA testleriyle değerlendirilmiştir. Her iki test ile semptomatiklerde vak' aların 2' sinde (%0.80), en az bir test ile de 5' inde (%1.98), buna karşılık aseptomatik popülasyondan da her iki testle 3 (*3.30), en az bir testle de 4 (%4.40)'ünde spesifik IgG türü antikor seviyeleri tespit edilmiştir. Uygulama kolaylığı olan basit, hızlı ve tek vak ' a çalışılabilen IHA'nın ELİSA sonuçları ile karşılaştırıldığında %83.3 sensitiviteye ve %62. 5 da spesifiteye sahip olduğu görülmüştür.
Yeni doğanların maternal kanal kaynaklı enfeksiyonlarında etken mikroorganizmaların tür ve insidanslarının tespiti
49 ÖZET Gebelerden maternal kanal yolu île bebeğe bulaşması muhtemel mikroorganizmaların tür ve insidansı ile maternal kanal kaynaklı geçişe delil teşkil etmek üzere çalışmaya 60 gebe kadın ile onlardan doğan 59 'u miadında matur, l"i immatür 60 babek dahil edilmiştir. Serolojik metodlarla antikor taşıyıcılığı yönünden değerlendirilen anne ve kord serum örneklerinde HSV ve C. trachomatis 'e karşı %18.3-8.3 ve M20-18.4 oranında antikor taşıyıcılığı tespit edilmiştir. Maternal kanaldan selektif tekniklerle yapılan izolasyon ve mevcut antijenlerin gösterilmesine yönelik çalışma ile de genital kanal örneklerinin 26 (%43) 'smda U. urealyticum 'un en sık rastlanan mikroorganizma olduğu,, bunu sırası ile 19 (M31.6) isolman ile difteroidlerin, 17 (Z28.3) isolman ile Staphylococcuslar, 11 (M18.3) izolmanla da Chlamydia' lar m izlediği, B.G.S. 'ların ise 8 (Z13.3) vak'ada kolonize oldukları görülmüştür. Bu mikroorganizmalardan başta 6 (%50) vak'a ile E.coli olmak üzere 4 (Z36.3) vak'a ile C. trachomatis 'in 4 'er vak'a ile de N.hominis ve Difteroidlerin muhtemelen maternal kanalla fetüs arasında bebeğe bulaşarak bebeğin konjuktiva ve yüzünde kolonize oldukları tespit edilmiştir. Gebelikleri 59 (198.3) 'u normal miadında matur doğumla sonlanmış annelerin bebeklerinden 2 'si doğum sonrası solunum stresi ile kaybedilmiştir. Prematüre olarak doğan 1 bebekle annenin maternal kanalında bulunan ve bebeğe geçmesi muhtemel mikroorganizmalar arasında açık ilişki kurulmuşken, matür doğan ve solunum stresi ile kaybedilen iki bebekten birisinin annesinin kanında anti-chlamydial IgM antikorunun tespiti chlamydial enfeksiyonların bebeklerin kaybedilmesinde etkili olabileceğini akla getirmektedir.
Genitoüriner sistemden izole edilen mycoplasma hominis suşlarının prevalansı ile antijenik yapıları ve humoral immun cevabın immunoblot metodu ile gösterilmesi
ÖZET Mycoplasma hominis'in kadınlarda genitoüriner sistem enfeksiyonlarındaki insidans ile izole edilen mikroorganizmaların antijenik yapı ve sebep oldukları humoral immuncevabın tesbiti amacı ile planlanan bu çalışmaya 18.2.1992-30.7.1992 tarihleri arasında Ç.Ü.Tıp Fakültesi Balcalı hastanesi Kadın Hastalıkları polikliniğine müracaat eden vajinit tanılı 55 hastadan alınan vajen sürüntüleri ve idrar örnekleri ile venöz kan örnekleri izolasyon, elektroforetik ve immünoşimik metodlarla incelenmiştir. Bu çalışmada kadınların 4 (%7. 27) 'ünden M.hominis, 1 (%1.81)inden M. fermentans izole edilmiştir, izole edilen 4 M. hominis'in membran protein komponentleri ve antijenik Özellik gösteren polipeptidleri SDS-PAGE ve immunblot metodları ile analİ2 edilmiş, analiz sonunda mikroorganizmaya ait 25 belirgin ~polipeptid bant tespit edilmiştir. Hasta serumu ve immun serum kullanılarak yapılan immunoblot deneyinde antijenik oldukları belirlenen 110, 97 ve 47 kD.'luk 3 antijenik polipeptid ' in varlığı belirlenmiştir. Kontrol amacı ile mikroorganizmanın proteinleri ile immunize edilmiş tavşan serumunun kullanıldığı immunoblot deneyi sonucunda ise yukarıda bildirilen molekül ağırlığındaki bantlar yanında 38 kD.'luk bir antijenik bant ile molekül ağırlığı 38 kD.'dan daha küçük olan ve kısmi reaksiyonlar gösteren değişik molekül ağırlıklarında polipeptid bantları da tespit edilmiştir. 43
Cinsel yönden aktif kadınlar ve genel kadınlarda 2. jenerasyon cinsel temasla bulaşan hastalık etkenlerinin insidansı
CİNSEL YÖNDEN AKTİF KADINLAR VE GENEL KADINLARDA 2.JENERASY0N CİNSEL TEMASLA BULAŞAN HASTALIK ETKENLERİNİN İNSİDANSI 7. ÖZET Kontrollü ve kontrolsüz genel kadınlar ile semptomatik ve asemptomatik ev kadınlarında özellikle 2.jenerasyon CTBH etkenlerinin genital kolonizasyonu ile bu hastalıkların prevalansını tespit etmek amacı ile yapılan çalışmada 480 endoservikal sürüntü örneği ile 440 serum örneği değerlendirilmiştir. Kontrolsüz genel kadınların % 1 8'inde Chlamydial kolonizasyon tespit edilirken, asemptomatik ev kadınlarında bu oranın %1 olduğu görülmüştür. Buna karşılık kontrolsüz genel kadınların %65'inin serum örneklerinde anti Chlamydial antikor gösterilirken, asemptomatik kadınlarda antichlamydial rezidüel antikor %7.1 olarak tespit edilmiştir. HSV tip 2'ye karşı da en yüksek antikor cevabı yine kontrolsüz kadınlarda (%76.1) görülmüş olup bunu kontrollü kadınlar (%41.3), semptomatik ev kadınları (%12.5) ve asemptomatik ev kadınları (%8.9) izlemiştir. 51
Orak hücre anemililerde H. İnfluenzae tip B ve S. Pneumoniae kapsül polisakkarit antijenlerine karşı aşı ile uyarılan immün cevabın araştırılması
ÖZET Orak hücre anemili hastalarla sağlıklı fonksiyonel dalağa sahip kişilerdeki S. pneumoniae ve Hib kapsül polisakkaritlerine karşı gelişen doğal immün cevap ile bu bakterilerin kapsül polisakkaritlerinden hazırlanmış aşılarla yapılan immünizasyon sonucu ortaya çıkan ve ELISA metodu ile ölçülen spesifik antikor cevabının kinetiğini tesbit etmek amacı ile planlanan çalışmaya 67'si hasta (1.5-24 yaş arası, ort. 11.38 yaş) 18'i kontrol (1.5-29 yaş arası ort. 12.8 yaş) toplam 85 kişi dahil edildi. Hasta grubunda yer alan kişilerin 14'üne Hib-protein konjugat aşı (Act-Hib), 27'sine pnomokok polisakkarit aşısı (Pneumo-23) ve 26'sına da farklı zamanlarda her iki aşı uygulandı. Kontrol grubundaki 9 kişiye Hib-protein konjuge aşı, 9 kişiye de pnomokok polisakkarit aşısı yapıldı. H. influenzae tip b protein konjugat aşısı (Act-Hib) ile aşılanan hastaların 8/40'ı (%20) aşılama öncesi 0.15 //g/ml.nin altında, 17/40 (%42.50)'ı da splenektomize hastalar için koruyucu olduğu düşünülen 0.5 //g/ml.nin altında serum spesifik antikor düzeyine sahipken, bu hastalar aşılamadan 1-2 ve 6 ay sonraki serum örneklerinin tümünde koruyucu olarak kabul edilen düzeyin (1 //g/ml.) çok üzerinde antikor cevabına sahipti. Kontrollerden hiçbirisi aşılama öncesi 0.15 //g/ml.nin altında antikor düzeyine sahip değildi ve tamamı aşılama sonrası 1-2. ve 6. aylarda 1 //g/ml. üzerinde antikor cevabı gösterdi. S. pneumoniae kapsül polisakkarit aşısı (Pneumo-23) ile aşılanan 53 orak hücre anemili hastanın kontrol grubuna oranla önemli miktarda düşük olan aşılama öncesi serum anti-pnömokokal kapsül polisakkarit (anti-PCP) antikorları, aşılama sonrası 1,2 ve 6. aylarda alınan serum örneklerinde 2.15-4.37 kat artış göstererek sağlıklı kontrollerle karşılaştırılabilen düzeylere ulaştı. S. pneumoniae kapsül polisakkarit aşısının hasta ve kontrol gruplarındaki aşılanan kişilerde lgG2 sentezini benzer oranlarda aktive ettiği gösterildi. Biz hem Act-Hib, hem de Pneumo-23 aşılarının sağlıklı kontrollerde olduğu gibi orak hücre anemili hastalarda da immünojenik olduğunu tespit ettik. İnvaziv Hib hastalığı ve sistemik S. pneumoniae enfeksiyonlarına karşı da koruyucu olabileceği sonucuna vardık.
Puberte öncesi ve sonrası dönemdeki çocuklarda ve gençlerde kabakulak virüsünün seroepidemiyolojisi
ÖZET Bağışıklanmamış ilkokul dönemi ve genç yetişkin yaş grubunda yer alan kişilerin kabakulak virusu enfeksiyonuna karşı duyarlılıklarını tespit ve doğal immuniteye yaşın etkisini göstermek amacıyla planlanan bu çalışmada 94'ü 5-15, 99'u 16-21 yaş gruplarında yer alan toplam 193 kişiye ait serum örneği kabakulak virusuna karşı oluşan IgG, IgM ve IgM+G antikor cevabı yönünden ELISA yöntemiyle teste tabi tutulmuştur. Çalışmaya dahil edilen 5-15 yaş grubundaki çocuklara ait serum örneklerinin %58.5'i ile genç yetişkinlere ait serum örneklerinin %88.8'inde kabakulak virusuna karşı en az bir tür immunglobülin cevabı tespit edilmiştir. Bu çalışma ile kabakulağa karşı doğal immunitenin yaşa paralel olarak arttığı, ancak genç yetişkinlerin %11.2'sinin halâ seronegatif olduğu, böylece doğal immunitenin yeterli olmadığı görülmüştür.
Primer tavşan böbrek hücre kültürünün krioprezervasyonu
Bu çalışma primer tavşan böbrek hücre kültürünün gelişmesiyle ilgili faktörlerin araştırılması ve hücrelerin krioprezervasyonunun optimizasyonu için yapılmıştır. Hücrelerin üremeleri ile ilgili faktörler (Na+, K+, O,, C02, H+, pH, hücrelerin canlılık oranı ve hücre sayısı) değerlendirildiğinde primer tavşan böbrek hücre kültürünün devam ettirilmesi için %10 dana serumlu Hanks besiyerinin uygun olduğu görülmüştür. Hücrelerin krioprezervasyonu için en iyi metodun hücrelerin Hanks besiyeri ve fetal dana serumundan (1:1) oluşan %10 DMSO'lu dondurma solüsyonunda +4°C'de 30 dakika, sonra styrofoam kutu içinde 20°C'de 1 saat ve -70°C'de 1 gece tutulduğu ve sıvı azotta 40 gün bekletilen metod olduğu tespit edilmiştir. Bu metodla hücrelerin %84 oranında canlılığını koruduğu tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Primer tavşan böbrek hücre kültürü, Krioprezervasyon, Hanks besiyeri, Na+, K+, 02, C02, H+
Kronik hepatit b'li çocuklarda interlökin-1 beta, tümör nekrozis faktör-alfa, interferon-gama ve lenfosit subgruplarının tayini
Hepatit B virüsünün neden olduğu viral hepatitler tüm dünyada önemli birsağlık sorunudur çünkü siroz ve HCC'nın en önemli nedenlerinden biridir.Kronik hepatit B gelişiminde enfekte kişinin immün sisteminin virüse karşıverdiği yetersiz yanıt etkilidir. Bu yanıtta lenfositler ve sitokinlerin önemli bir rolüvardır. Sitokinlerin akut hepatit B enfeksiyonunun iyileşmesinde rol aldıkları gibi,kronikleşmesinde de etkili oldukları düşünülmektedir. Th1 lenfositlerden salınanIL-1β, TNF-α ve IFN-γ gibi sitokinlerin akut hepatitte iyileşmede majör olarak rolaldıkları, Th2 lenfositlerden salınan sitokinlerin (IL-5, IL-10, IL-13) isekronileşmeden sorumlu oldukları kabul edilir.Bu çalışmada kronik hepatit B'li çocuklarda IL-1β, TNF-α, IFN-γ ve lenfositsubgruplarına bakmaktaki amacımız kronik hepatit gelişimi ile Th1 sitokin düzeyiarasındaki ilişkiyi değerledirebilmekti.Bu çalışmada; kronik hepatit B'li, tedaviyeyanıtsız kronik hepatit B'li, hepatit B taşıyıcısı, tedavi ile serokonversiyon gelişenve sağlıklı kontrol grubu olarak 5 gruba ayrılan 99 çocuk yer aldı. Elde edilensonuçlar kontrol grubu ile kıyaslandı.Grup I'de IL-1β, TNF-α ve IFN-γ düzeyleri artmıştı, CD4+ ve CD8+lenfositler azalmıştı. Bu da Th1 yanıtının viral çoğalmayı inhibe etmek için aktiveolduğunu ancak fonksiyon bozukluğu sonucu HBV çoğalmasını engelleyemediğinigösteriyordu.Tedaviye yanıt vermeyen grup II'deki hastalarda ise kontrol grubunakıyasla IL-1β, TNF-α ve IFN-γ seviyeleriyle CD4+ lenfositler artmışken CD8+lenfositlerde değişiklik yoktu. Buda Th1 yolunun aktif fakat yanıt oluşturmada birdefekt olduğunu düşündürdü.Grup III'teki hepatit B taşıyıcılarında IL-1β ve IFN-γ seviyelerinin yüksek,TNF-α seviyesi ile CD4+ ve CD8+ lenfositlerin azalmış olması, HBV'ye karşıhücresel immünitede bozukluk olduğunu, Th1 aktivitesinin devam ettiğini ancakvirüsün temizlenmesinde yetersiz kaldığını düşündürdü.Tedavi ile anti-HBe serokonversiyonu gelişen hastalarda (grup IV'te) IL-1βve TNF-α seviyeleri yüksek, IFN-γ seviyesi ile CD4+ ve CD8+ lenfositler azalmıştı.Buda Th1 tipi sitokin yanıtının devam etmesiyle bu hastaların anti-HBeserokonversiyonu geliştirebildiğini düşündürdü.Sonuçta akut HBV enfeksiyonunda iyileşmeden sorumlu tutulan Th1 tipisitokin yanıtının kronik hepatit gelişiminde ve sonucunda etkili olabileceğidüşüncesine vardık.
Mycobacterium tuberculosis suşlarında direncin moleküler yöntemlerle tespiti
ÖZET MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS SUŞLARINDA DİRENCİN MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TESPİTİ Rifampin (RIF) yüksek bakterisit etkisi ile tüberküloz tedavisinde kullanılan "primer antitüberküloz" ilaçlann en önemlisidir. Mycobacterium tuberculosis'e yüksek bakterisit etkisi rifampini tüberküloz tedavisinin anahtar bileşeni haline getirmiştir. Rifampin (RIF) direnci tüberküloz tedavi ve kontrolü için ciddi ve önemli bir tehdit oluşturmaktadır. Rifampin dirençli vakaların doğru tedavisi ve hızlı tanısı ile ilaca dirençli tüberkülozun kontrolü sağlanabilir. Yeni moleküler tanı yöntemlerinin kullanımı ile Minik örneklerden izole edilen RIF dirençli Mycobacterium tuberculosis suşlarının genetik karakterizasyonu, çoklu ilaç dirençli (ÇİD) Mycobacterium tuberculosis epidemiyolojisi ile tedaviye cevap alınamayan tüberküloz olgularının kontrolü için faydalı bilgiler sağlayabilir. Bu çalışmada, Çukurova bölgesinde fenotipik yöntemlerle RIF direnci tespit edilen 25 klinik izolatta dirence sebep olan rrrutasyonların sıklığı araştırıldı. Mutasyonlarm tayini için dizi analiz yöntemi kullanıldı. Bu amaçla RIF direnci göstergesi olarak bilinen 81 bp'lik bölgeyi de içeren RNA polimerazın (3-alt ünitesini kodlayan gen olan rpoB geninin 250 bp'lik merkezi bölgesinin dizi analizi yapıldı. Bulgularımız şimdiye kadar yapılan çalışmaların bulgularını destekler niteliktedir. Anahtar kelimeler: DNA dizi analizi, ilaç direnci, Rifampin, Moleküler yöntemler, Mycobacterium tuberculosis. x
Klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis izolasyonunda polimeraz zincir reaksiyonu ve kültür yönteminin (MGIT) karşılaştırılması
ÖZET KLİNİK ÖRNEKLERDEN MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS İZOLASYONUNDA POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU ve KÜLTÜR YÖNTEMİNİN (MGIT) KARŞILAŞTIRILMASI Tüberküloz tanısında kullanılmaya başlanan Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR); materyalde bulunan M. tuberculosis DNA'sının çoğaltılmasına dayalı hızlı, duyarlı ve özgül bir testtir. Aynı gün içinde tüberküloz tanısının konması ve aynı zamanda tedaviye geçilmesini sağlar. Bundan dolayı çalışmamızda tüberküloz tanısı için MGIT kültür ile Ehrlich Ziehl-Neelsen yöntemi ve PCR yönteminin rutin tanıdaki yerinin değerlendirilmesi amaçlandı. Bu amaçla Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi Merkez Laboratuvarına tüberküloz şüphesiyle gelen yaşları bir ile seksensekiz arasında değişen elli hastaya ait balgam, otuz hastaya ait BOS, on hastaya ait plevra ve on hastaya ait asit örneklen olmak üzere toplam yüz örnek değerlendirildi. Çalışmaya alınan elli balgam örneğinin otuzdördü Ehrlich Ziehl-Neelsen boyama yönteminde pozitif, otuz'u hem kültür hem PCR'da pozitif bulundu. Çalışılan BOS örneklerinin hepsi Ehrlich Ziehl-Neelsen boyama yönteminde negatif bulunurken beşi kültürde pozitif, onu PCR'da pozitif bulundu. On hastaya ait plevra örneğinde örneklerinin hepsi Ehrlich Ziehl-Neelsen boyama yönteminde negatif bulundu bunların ikisi kültürde pozitif, üçü PCR'da pozitif bulundu. Asit örneklerinde BOS ve plevrada olduğu gibi örneklerinin hepsi Ehrlich Ziehl-Neelsen boyama yönteminde negatif bulunurken, kültürde bir örnekte pozitif, PCR'da iki örnek pozitif bulundu. Tüberküloz tanısında kesin tanı metodu olan kültür sonuçları PCR ile karşılaştırıldığında, PCR'nın sensivitesi %100, spesifitesi %86.9, pozitif prediktif değeri %88.2 negatif prediktif değeri %100 olarak bulundu. Kültür sonuçları ile direkt mikroskopinin karşılaştırılmasında ise sensitivite %78.9 spesifitivite %93.4, pozitif prediktif %88.2, negatif prediktif %87.7 olarak bulundu. VIISteril vücut sıvılarında (BOS, plevra, asit mayi) çok az sayıda tüberküloz basilinin bulunması nedeniyle, boyama yöntemleri yetersiz kalmakta. Bu nedenle daha ileri tanı metotlarına gereksinim vardır. Kültürün uzun süre sonuç verdiği düşünülecek olursa PCR'nın kültür metodları ile birlikte kullanılmasının erken tanı ve tedavi açısından faydalı olacağı tespit edilmiştir. Anahtar sözcük: PCR, kültür, M.tuberculosis, Ehrlich Ziehl-Neelsen MGIT VIII
Trichophyton rubrum'un trichophyton mentagrophytes'ten ayırt edilmesinde kullanılan tanı testlerinin karşılaştırılması
Günümüzde, dermatofitlerin taksonomisinde hızlı ve çarpıcı bir değişim yaşanmaktadır. Dermatofitler ya yeniden gruplandırılmakta ya da yeniden isimlendirilmekte, ayrıca çeşitli türlere ilişkin varyete isimleri terk edilip yeni bir tür şeklinde sınıflandırılmaktadır. Laboratuvar tanıda altın standart yöntem dizi analizidir. Ancak, moleküler temelli araştırmaların gerek alt yapı gereksinimi ve gerekse yüksek maliyeti nedeni ile dermatofit türleri; koloni özellikleri, mikroskop morfolojileri, büyüme gereksinimleri, fizyolojik ve biyokimyasal özelliklerine göre tür düzeyinde tanılanmaktadır. Aynı dermatofit türünün gerek morfoloji (koloni örgüsü, pigment ve üreme hızı) ve fizyolojisinde (kıl delme) ve gerekse genotiplerinde (rRNA ve mating şekilleri) değişimler görülmekte ve anılan yöntemlerin güvenilirliği sorgulanmaktadır. Trichophyton rubrum kompleks içerisinde yer alan bir çok mikroorganizma da yeniden isimlendirilmiş; T. fischeri, T. kanei, T. raubitschekii ve diğer türler tanınmıştır. Trichophyton mentagrophytes sensu lato içerisinde yer alan T. interdigitale ve diğer mikro-organizmalar da dizi analizi ile yeniden sınıflandırılmıştır. Ancak, mikoloji laboratuvarlarında yaşanan önemli sorunlardan birisi de klasik tanı yöntemleri ile T. rubrum'un T. mentagrophytes'den ayırt edilmesidir. Bu çalışmada, çağdaş sınıflandırmadan önce her iki kompleks içerisinde yer alan mikro-organizmaların laboratuvar tanısında kullanılan morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal tanı testlerinin etkinliğinin tartışılması amaçlanmış, ayrıca rutin laboratuvar uygulamalarındaki güvenilirliği sorgulanmıştır. Çalışmada, Centraalbureau voor Schimmelcultures (CBS), Utrecht, Hollanda'dan sağlanan T. fischeri CBS 100081, T. fluvimunionse CBS 592.68, T. kanei CBS 289.86, T. kuryangei CBS 422.67, T. kuryangei CBS 517.63, T. kuryangei CBS 518.63, T. pervesii CBS 303.38, T. raubitschekii CBS 202.88, T. raubitschekii CBS 287.86, T. raubitschekii CBS 100084, T. raubitschekii CBS 102856, T. rodhainii CBS 376.49, T. rubrum CBS 302.60, T. rubrum CBS 363.53, T. rubrum CBS 363.62, T. rubrum CBS 392.58, T. rubrum var. nigricans CBS 100237, T. megninii CBS 389.58, T. asteroides CBS 424.63, T. langeronii CBS 764.84, T. mentagrophytes CBS 318.56, T. mentagrophytes var. mentagrophytes CBS 110.65, T. mentagrophytes var. mentagrophytes CBS 160.66, T. papillosum CBS 347.55, T. quinckeanum CBS 572.75, Arthroderma benhamiae (MT-) CBS 807.72, A. benhamiae (MT+) CBS xii 808.72, A. simii (MT-) CBS 417.65, A. simii (MT+) CBS 448.65, A. vanbreuseghemii CBS 428.63 ve A. vanbreuseghemii CBS 558.66 kullanıldı. Üreaz tepkimesi (sıvı, tüpte agar ve petride agar), kıl delme deneyi (sarışın çocuk saçı, koyun kılı ve keçi kılı), corn-meal agar, bromkrezol purple milk solid glikoz agar (BCPMSG), Tween opasite deneyi, sorbitol asimilasyonu, tuz toleransı, Trichophyton agar'ın 1-7 setinde üreme özelliği değerlendirildi. Ayrıca, makrokonidiyum/mikrokonidiyum varlığının araştırılmasında; Beyin-kalp infüzyon agar (BKİA), malt extract agar (MEA), Löwenstein-Jensen agar (LJ), patates dekstroz agar (PDA), Oat meal agar (OA), cornmeal agar (CMDA), Oxoid kromojenik Candida agar (OCCA), Christensen üre agar ve Trichophyton agar 1- 7 besiyerlerine ekim yapıldı ve 5, 10 ve 15 gün ara ile incelendi ve performansları karşılaştırıldı. Çalışmada, tür düzeyinde tanıda; üreaz tepkimesinin petride hazırlanmış üre besiyeri ile daha çabuk ve güçlü olduğu, kıl delme deneyinin her iki kompleksin ayırt edilmesinde, ancak ilk 10 günde yararlı olabileceği, makrokonidiyum oluşumunun BKİA ve LJ besiyerinde daha çok olduğu saptandı (P < 0.05). Tween opasite, sorbitol asimilasyonu ve tuz toleransı testinde bir ipucu elde edilemedi. Ayrıca, CMDA ve BCPMSG'de T. rubrum kompleks kırmızı pigment oluşturdu, T. mentagrophytes kompleks ise oluşturmadı. Örneğin; T. raubitschekii üreaz olumlu olması, üçüncü günde BCPMSG'de koloni çevresinde kırmızı pigment yapması ve daha sonra pH'yı alkali yönde değiştirmesi, kıl delme deneyinin olumsuz olması, Tween opasite testinde koloni çevresinde üç günde opak zon oluşturması ve kültürlerinde bol makro- ve mikro-konidiyum bulunması ile T. rubrum kompleksinden, ayrıca CMDA'da kırmızı pigment oluşturması ile de T. mentagrophytes kompleksinden ayırt edildi. Sonuç olarak, yukarıda anılan tanı testlerinin bir algoritma çerçevesinde uygulanması ile hem T. rubrum kompleksin T. mentagrophytes kompleksten ayırt edilebileceği, hem de her iki kompleks içerisinde yer alan mikro-organizmaların tür düzeyinde tanılanabileceği belirlendi.
Psoriasisli olgularda ayak dermatofitozlarının prevalansı ve etkenleri
Psöriasisli olgularda görülen tırnak değişikliklerine neden olarak psöriasis, onikomikoz, bunların her ikisi veya başka bir hastalık gerekçe gösterilebilinir. Ancak psöriasis ve psöriasisi olmayan olgularda onikomikoz prevalansına ilişkin araştırma sonuçları çelişkilidir. Bu çalışmada, psöriasis tanılı olgularda ve kontrol grubunda ayak dermatomikozlarının varlığı mikolojik yöntemlerle araştırıldı. Psöriasis tanılı 60 olgunun altısında (%10) ve psöriasis dışı nedenlerle izlenen 60 olgunun ise sekizinde (%13.3) ayak dermatomikozu belirlendi. Psöriasis tanılı olguların beşinde onikomoz saptandı; klinik şekil ikisinde TDO, ikisinde DLSO iken birisinde tırnak tamamen sağlıklı görünümde idi. Onikomikoz etkeni olarak üç olguda Trichophyton interdigitale bir olguda ise Trichophyton rubrum izole edildi, bir olguda ise etken saptanamadı. Ayrıca bir olguda interdigital tinea pedis saptandı, ancak etken izole edilemedi. Kontrol grubunda, interdigital tinea pedis üç olguda saptandı ve hepsinde etken T. rubrum idi. Onikomikoz beş olguda görüldü ve hepsinde klinik şekil DLSO idi. Dört olguda etken saptanamadı, bir olguda ise etken T. rubrum idi. Sonuç olarak, psöriasisli olgular ve kontrol grup arasında ayak onikomikozunun prevalansı, klinik şekilleri ve etkenleri yönünden anlamlı fark bulunamadı (P > 0.05). Bu çalışmanın sonuçlarına göre tırnağın mantar infeksiyonlarında psöriasisin kolaylaştırıcı etmen olmadığı ortaya konuldu. Bununla birlikte, psöriatik tırnaklarda onikomikoz önemli bir sorun olduğu ve gerek dermatologlar ve gerekse mikologlar tarafından üzerinde önemle durulması gerektiği ve ayırıcı tanıda mikolojik yöntemlerin yararlı olcağı belirlendi.
Gastroduodenal Patolojisi Olan Hastalardan Alınan Mide Biyopsisi Örneklerinde Helicobacter Pylori Prevalansının ve Genotiplerinin Belirlenmesi
H.pylori dünya nüfusunun % 50'den fazlasını infekte eden önemli bir infeksiyon ajanıdır. Mide infeksiyonunun prognozunu bakteriye bağlı CagA ve VacA toksinleri üretiminin ve bu toksinleri kodlayan genlerdeki allelik farklılıkların etkilediği gösterilmiştir. Tip-I suşlar olarak kabul edilen cagA+vacA+ suşlar kronik aktif gastrit, peptik ülser ve gastrik kanserler gibi daha ciddi tablolardan sorumlu iken, cagA-vacA- suşlar asemptomatik taşıyıcılık veya nonülser dispepsi (NÜD) ile ilişkilendirilmektedir. Tip-I suşlar kadar vacA allelik kombinasyonlarının prognoza etkisi Batı ve Doğu toplumlarında bölgesel farklılıklar göstermektedir. Prognozla ilgili doğru tahminler yapılabilmesi için, farklı coğrafi bölgelerdeki etken suşların moleküler yöntemlerle belirlenen genotipleri ve allelik kombinasyonları ile klinik tablo arasındaki ilişki bilinmelidir. Bu çalışmada, bölgemizdeki gastrit ve/veya mide ülserli (G/MÜ) hastalar ile duodenal ülserli (DÜ) hastalarda antrum ve korpus mukozasında H.pylori prevalansının ve genotiplerinin belirlenmesi amaçlandı. Bu çalışmaya, Ç.Ü. Tıp Fakültesi Gastroenteroloji Anabilim Dalı ile Sağlık Bakanlığı Adana Çukorova Devlet Hastanesi Gastroenteroloji polikliniklerine başvuran, gastroduodenal yakınması olan ve endoskopi endikasyonu alan 231 hasta dahil edildi. Biyopsi örneklerinden DNA ekstraksiyonu QIAGEN doku ekstraksiyon kiti ile yapıldı. Önce H.pylori kolonizasyonunu göstermek üzere PCR (Polymerase Chain Reaction) ile ureC genine spesifik diziler çoğaltıldı. Daha sonra ureC-PCR pozitif olan DNA örnekleri cagA ve vacA genlerinin tespiti için, spesifik dizileri hedef alan primerler kullanılarak çoğaltıldı. vacA pozitif olan DNA örneklerinin tamamında, vacA geninin ?s? ve ?m? allelleri allel spesifik primerler kullanılarak PCR ile arştırıldı. Böylece, H.pylori suşlarının Tip-I ve Tip-II genotiplerine ek olarak, vacA geninin allelik kombinasyonları da belirlendi. Çalışma sonunda 72'si (% 75.0) kadın ve 129'u (% 95.6) erkek hastalara ait olmak üzere 201 (% 87) hastanın biyopsi örneklerinden en az birisinde H.pylori ureC geni bulundu. H.pylori prevalansının G/MÜ'li hastalarda % 82.9, DÜ'li hastalarda da % 95.9 olduğu görüldü. Kolonize suşların % 84.1'inin cagA+vacA+ Tip-I suşlar olduğu, bu suşların G/MÜ'li ve DÜ'li kolonize hastalardaki prevalanslarının ise sırası ile % 78.6 ve % 94.3 olduğu tespit edildi. Tip-I suşlarda en sık karşılaşılan vacA allelik kombinasyonun 47 (% 27.8) suş ile s1a/m1b, Tip-II suşlarda ise 11 (% 36.7) suş ile s1/m2 olduğu görüldü. Özellikle, G/MÜ'li hastalara ait 59 (% 57.3) suşta s1c allelinin varlığı dikkat çekici bulundu. Sonuç olarak, H.pylori Tip-I suşları DÜ'li hastalarda G/MÜ'li hastalara göre istatistiki yönden anlamlı şekilde yüksek bulundu. Ayrıca, DÜ'li hastalarda kolonize olan suşlarda s1a alleline, G/MÜ'li hastalarda ise s1c alleline sahip Tip-I suşların prevalansı diğer allelik tiplerden istatistiksel olarak anlamlı şekilde daha yüksek bulundu.
Hastane kaynaklı Pseudomonas aeruginosa Suşlarının SDS- PAGE ve PFGE Yöntemleri ile karakterizasyonu
P.aeruginosa, gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde özelikle hastane kökenli infeksiyonlarda en önemli ajanlardan biridir. Hastanede yatış süresinin uzaması ve tedavi maliyetindeki artış hastane infeksiyonlarını hem gelişmekte olan hem de gelişmiş ülkelerde önemli hale getirmiştir. P.aeruginosa enfeksiyonlarının mikrobiyolojik tanısı, hastane enfeksiyonlarının en aza indirilmesi ve etkili bir tedavi planının oluşturulması açısından önemlidir. Ancak, P. aeruginosa enfeksiyonlarının yüksek prevelansı nedeni ile kökenleri birbirinden ayırabilen yöntemlerle suşlarının tiplendirilmesi, en az izolasyon ve identifikasyon kadar değerlidir. Fenotipik tiplendirme yöntemlerinin tekrarlanabilirlik düzeyinin düşük olması, suşları ayrım gücünün zayıf olması ve fenotipik olarak aynı ama genotipik olarak farklı suşları ayırt edememektedir. Bu sebeple son yıllarda tekrarlanabilirlik düzeyi ve suşları ayrım gücü yüksek, ayrıca fenotitpk profildeki değişimleri genom düzeyinde inceleyen genotipik yöntemler kullanılmaktadır. Bu çalışmada hastane kaynaklı P.aeruginosa suşlarının tiplendirilmesinde, fenotipik yöntemler ile genotipik yöntemlerin yeri ve değeri araştırılması amaçlanmıştır. Bu çalışmaya, Kasım-2006 ile Eylül-2007 tarihleri arasında kalan toplam 10 aylık süre içerisinde P.aeruginosa?nın neden olduğu hastane enfeksiyonu örneklerinden izole edilen toplam 24 örnek dahil edilmiştir. İzolatlara Kirby-Bauer yöntemi ile antibiyotik duyarlılık testi yapıldı ve oluşan profillere göre antibiyotipleme uygulandı. İzole edilen suşlar PFGE ve SDS-PAGE yöntemleri ile incelendi. Jel elektroforezinde gösterdikleri DNA ve protein profiline göre tiplendirme yapıldı. Çalışma sonunda antibiyotipleme ile 24 izolattan 20 tip, SDS-PAGE yöntemi ile 13 tip ve PFGE yöntemi ile de 20 tip belirlendi. Sonuç olarak hastane kaynaklı P.aeruginosa suşlarının tiplendirilmesinde genotipik tiplendirme yöntemlerinin tekrarlanabilirliği, ayrım gücü ve genom düzeyinde tiplendirme yapabilmesi nedeni ile daha duyarlı olduğu sonucuna varıldı. Anahtar Sözcük: P.aeruginosa tiplendirme, fenotipik tiplendirme, genotipik tiplendirme, SDS-PAGE, PFGE.