Theses supervised by Prof. Dr. Özlem Keskin

2021

AlerjenlerAlerji ve immünolojiBazofiller+6

Süt alerjisi olan çocuklarda bazofil aktivasyon testinin klinik tanı ve takibindeki önemi

Amaç: Bu çalışmada, bazofil aktivasyon testinin (BAT) süt alerjisi bulunan çocukların tanı, tedavi ve izlemindeki yeri ve rutinde kullanılan diğer tanı testleri ile kıyaslanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Gaziantep Üniversitesi Çocuk Alerji İmmunoloji polikliniğine 01.02.2023-31.03.2023 tarihleri arasında başvuran, süt alerjisi tanısı alan, 0-18 yaş 26 hasta çalışmaya dahil edilmiş, araştırmaya katılmayı kabul eden ailelerin çocuklarından anamnez ve fizik muayene bulguları not edilmiştir. Hastaların hepsine deri prick testi yapılmış, sonrasında hemogram, total IgE düzeyi, süt spesifik IgE düzeyleri, B12 vitamini, D vitamini ve ferritin düzeyi ölçülmüştür. Deri prick testinde süt alerjisi olan veya spesifik IgE düzeyi pozitif saptanan hastalara bazofil aktivasyon (BAT) uygulanmıştır. Bulgular: Hastaların % 57,7'sinin ≤ 2 yaş, % 61,5'inin erkek olduğu, % 53,8'inde aile öyküsü bulunduğu belirlendi. Hastaların % 69,2'sinde deri-mukoza, % 23,0'ünde solunum sistemi, % 15,4'ünde ise abdominopelvik semptomların bulunduğu tespit edildi Kek provokasyon testi ile Peynirli poğaça provokasyon testinde reaksiyon/anaflaksi gelişen hastalarda Kazein Spesifik IgE ve Süt Spesifik IgE değerlerinin, reaksiyon gelişmeyen hastalara göre istatistiksel olarak anlamlı derecede yüksek seviyelerde olduğu saptandı (sırasıyla, p=0.004, p=0.019, p=0.002 ve p=0.019). Çoklu alerji gelişen hastalar ile kek, peynirli poğaça, yoğurt çorbası, yoğurt ve süt provokasyon testlerinde reaksiyon/anaflaksi gelişen hastalarda BAT Kazein ve BAT süt değerlerinin daha yüksek düzeylerde olduğu saptandı. Hastalarda BAT Kazein ve BAT Süt değerleri ile Kazein SP IgE, Süt SP IgE ve anaflaksi skoru değerleri arasında pozitif yönde, orta kuvvette ve anlamlı, DPT süt ortalama, DPT kazein ortalama, DPT kazein histamin ve DPT süt histamin değerleri arasında ise pozitif yönde, kuvvetli ve istatistiksel olarak anlamlı korelasyonlar olduğu tespit edildi. Sonuç: BAT'lar konvansiyonel testleri tamamlayarak alerjik hastalar için daha iyi ayrım yapılmasına katkı sunabilir.

Yeşim Günal

2023

Alerji ve anafilaksi tanılı hastaların demografik, klinik ve laboratuvar özellikleri

Amaç: Anafilaksi hayatı tehdit eden bir durumdur. Anafilaksiye sebebiyet veren alerjen yaşamın her anında ölümcül olabilir. Ancak anafilaksi olmadığı yalnızca ağır alerjik reaksiyon olduğu durumlar anafilaksi olarak adlandırılırsa kişi o etkenden ( besin,ilaç,aerosol vb ) ömür boyu mahrum kalacaktır.Bu yüzden anafilaksi tanısının doğruluğu kişinin geri kalan hayatı için önem arz etmektedir. Bu çalışmamızdaki amaç çeşitli biyomarkerlar ile anafilaksi tanısı desteklemektir. Aynı zamanda çeşitli alerjenlerle alerji öyküsü olan anafilaktik reaksiyon gösterme ihtimali olan hastalarda tespit edilen Mikro RNA'lar ile kişinin anafilaksiye önceden hazırlanması sağlanmaktadır.Tespit edilen MikroRna'ların antagomirleri ile anafilaksinin önlenmesi yolunda önemli bir adım atılması planlanmaktadır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Mayıs 2022-Ocak 2024 tarihleri arasında Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Uygulama ve Araştırma Hastanesi'nde takip ve tedavi olan 0-18 yaş arası, Akut anafilaksi durumu gözlenen 20 hasta ve anafilaksi düşündüren fakat kriterleri karşılamayan 20 hasta dahil edildi. Hastaların demografik ve klinik özellikleri, laboratuvar bulguları prospektif olarak değerlendirildi. Bulgular: Çalışmamıza dahil edilen 40 hastanın tanı yaşı ortalaması 8 yaş 6 aydı ve hastaların 20'si erkekti. Atopi öyküsü hastaların 13'ünde, ailede atopi öyküsüyse 8'inde mevcuttu. 13 hastada beraberinde alerjik hastalık vardı . Anafilaksi tetikleyicileri arasında en sık besinler (%40) ve ikinci sırada da ilaçlar (%35) yer alıyordu.Cilt/mukoza bulguları klinik bulgularda en çok rastlanan bulguydu (%95), sonrasında da solunum sistemi ve gastrointestinal sistem bulguları görüldü. Atakların %30'u hafif, %50'si orta ve %10'u ağır şiddetteydi. 40 hastada bakılabilen triptaz düzeyi anafilaksi hastalarında alerji hastalarına göre daha yüksekti(p=0.008). Mikro-Rna 21 ve MikroRna-155 anafilaksi hastalarında alerji hastalarına göre anlamlı derecede yüksekti. ( p=0.014 ve p=0.01) MikroRna-155 yaş,boy ve kilo ile negatif yönde korelasyon göstermekteydi. Sonuç: Çocuklarda anafilaksi önemli morbidite ve mortalite sebebidir. Besinler çocuklarda anafilaksinin en sık nedenidir.Triptaz düzeyi anafilaksi hastalarında anlamlı yükseklik göstermektedir..MikroRna-21 ve MikroRna-155 düzeyleri anafilaksi hastalarında anlamlı derecede yüksektir.MikroRna-155 düzeyi hastanın yaşı küçüldükçe, boyu ve kilosu azaldıkça artış göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Anafilaksi, Anafilaksi risk faktörleri, Anafilaksi şiddeti, MikroRna-155,MikroRna-21,MikroRna-223, MikroRna-487, Triptaz

Anıl Cem Karakuş

2024

Sık enfeksiyon geçiren çocuklarda astıma yatkınlık ve mikro RNA ekspresyonu

Amaç: Astım; solunum işlevinde azalma ile seyreden kronik bir hastalıktır. Primer immün yetmezlikler ciddi morbidite ve mortalite sebebidir. Çalışmamızda sık enfeksiyon geçiren hastalarda immün yetmezlik zeminini ve alerjik astıma yatkınlığı ve miRna'nın biyobelirteç olarak kullanılması hakkında fikir sahibi olmayı amaçladık. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Kasım 2024- Kasım 2025 tarihleri arasında Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Uygulama ve Araştırma Hastanesine başvuran 1-18 yaş arası, sık enfeksiyon öyküsü olan 30 hasta ve 30 sağlıklı grup dahil edildi. Serum numunelerinden dört farklı miRna ( miRna 146a,155, 365, 375 ) normalize edildi. Hastaların demografik, klinik özellikleri ve laboratuvar bulguları prospektif olarak değerlendirildi. Bulgular: Hasta grubunda lgE yüksekliği ve göğüste hırıltı varlığı anlamlı derecede yüksek saptandı. Hasta grubunda primer immun yetmezlik öyküsü anlamlı olarak daha yüksekti. Göğüste hırıltısı olanlarda eozinofili ve hastaneye sık yatış öyküsü olanlarda CD19 düzeyinde anlamlı düşüklük tespit edildi. 6 ayın altında anne sütü alanlarda CD3/8 ve CD16/56 düzeyleri anlamlı derecede düşük saptandı. Bronkodilatatör sonrası FEV1'deki değişimin hasta grubunda anlamlı düzeyde daha fazla olduğu saptandı. Hasta grubunda miRna 155'te anlamlı düzeyde epresyon artışı saptandı. CD3/8 yaşa göre düşük saptananlarda , miRna 375'te anlamlı derecede expresyon artışı saptandı. Nezle ve/veya egzema semptomları gösteren ve tekrarlayan cilt enfeksiyonları olanlarda miRna 357 ve 155 ekspresyonlarında artış saptandı. Sonuç: Bulgularımız sık enfeksiyon geçiren çocukta astıma yatkınlık var demek için yeterli değildir. Bu nedenle sık enfeksiyon geçirenlerin çok yönlü değerlendirilmesi ve yeni biyomarker çalışmaları yapılması, önem arz etmektedir. Anahtar Kelimeler: Sık Enfeksiyon Geçiren Çocuk , Atopi , Alerji , Immun Yetmezlik , miRna

Emre Aslanbay

2025

AstımBiyobelirteçlerGen ifadesi+2

Astım tanılı çocuklarda astım atak sırasında ve sonrasında nefeste mikro-RNA gen expresyonu

Amaç: Bu çalışma ile astım tanılı çocuklarda astım atak sırasında ve sonrasında nefeste eksprese olan miRNA'ların düzeyi saptanarak astım atak şiddetini ve/veya hastalık klinik şiddetini gösterecek yeni biyomarkırlar bulunması hedeflenmektedir. Gereç ve yöntemler: Çalışmaya toplam 34 astım atağında olan çocuk alındı. Aynı hastalar atak sonrası kontrolde oldukları dönem de tekrar değerlendirildi. Her iki grup hastaların anamnez bilgileri, fizik muayene bulguları, laboratuar bulguları, ilaç kullanımları değerlendirildi. Astım kontrol testi (AKT) ve astım kontrol ölçeği (AKÖ) uygulanarak, astım kontrol düzeyi (AKD) ve astım klinik şiddeti (AKŞ) belirlendi. Her iki grubun nefes miRNA gen expresyon düzeyleri belirlendi. Sonuç: Bu çalışmada, astım atak sırasında nefesteki miR-21 (p=0.008) ve miR-126'nın (p=0.029) fazla exprese olması, miR-133a'nında (p=0.015) düşük exprese olması atak şiddetinin ağırlığını gösterir. Ataklı ve ataksız çocuk hastalarda nefesteki miR-133a'nın (p=0.028, r=0.316) fazla expresyonu SFT'deki preFEV1(%) düzeyinin yüksek olduğunu ve nefesteki miR-133a'nın (p=0.024) az expresyonu astım klinik şiddetinin (AKŞ) daha ağır olduğunu gösterir. Ataksız grupta nefeste azalan miR-155 expresyonu AKD'nin (p=0.003), AKÖ'nin (p=0.044) ve AKŞ'nin (p=0.001) de daha iyi olduğunu gösterir. Ataksız grupta nefeste azalan miR-21 düzeyi AKT'nin (p=0.027) iyi kontrolde olduğunu gösterir. Gelecekte çocuk astım hastalarının nefes havasında miRNA'ların bakılması astım klinik şiddetini belirlemede, potansiyel yeni biyomarkırlar olabilir. Anahtar kelimler: Astım atak, astım kontrol, çocuk, nefes, miRNA, potensiyel biyomarkır

Bilge Erdoğdu

2016

Alerji ve immünolojiBesin alerjisiHipersensitivite+4

2012 -2018 yılları arasında gıda allerjisi nedeniyle Gaziantep Üniversitesi Çocuk Allerji ve İmmunoloji Bilim Dalında değerlendirilen hastaların klinik laboratuar ve prognostik özellikleri ile değerlendirilmesi

Giriş ve Amaç: Dünya genelinde çocukluk çağı alerjik hastalıklarının prevalansında artış görülmektedir. Gıda alerjisi bu alerjik hastalıklar arasında belirgin yer tutmaktadır. Gıda alerjisi astım ve egzamadan büyüme geriliğine, hatta ölüme kadar varan kliniklerle sonuçlanmaktadır. Bu çalışmada hastanemize başvuran gıda alerjisi hastalarının epidemiyolojik özellikleri, laboratuar ve klinik seyirlerinin değerlendirilmesi hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: 2012 -2018 yılları arasında gıda alerjisi nedeniyle Gaziantep Üniversitesi Çocuk Alerji ve İmmünoloji Bilim Dalında değerlendirilen gıda alerjisi tanılı 834 hasta çalışmaya dahil edildi. Hastaların dosyaları retrospektif olarak incelendi. Hastaların cinsiyetleri, ilk semptom yaşı, anne sütü alma süresi, ailede atopi öyküsü, çoklu besin alerjisi, ek alerjik hastalık varlığı ve klinik bulguları değerlendirildi. Hastaların prik test sonuçları, total IgE, spesifik IgE, düzeyleri ve tolerans geliştirme durumları değerlendirildi. Elde edilen veriler SPSS (Statistical Package for the Social Sciences) versiyon 22 istatistik paket programı kullanılarak çözümlendi. Nominal değişkenleri tanımlarken sayı ve yüzdeler, sayısal değişkenleri tanımlarken ortalama, standart deviasyon, en düşük ve en yüksek değerler kullanıldı. Anlamlılık düzeyi 0,05 kabul edildi. Bulgular: Gıda alerjisi nedeniyle polikliniğe başvuran bireylerin %63,2'si erkekti. Reaksiyonlarda en sık cilt bulguları (%67,2) gözlendi. Reaksiyonlara yol açan besin maddeleri olarak en sık inek sütü (%78), ikinci sırada yumurta (%67) saptandı. Olguların %50,4'ünde ilgili besine tolerans geliştiği, %21'inde ilgili besinin sonrasında hiç yenmediği ve %3,8'inde halen reaksiyon gözlendiği bildirildi. Ankete katılan olguların %71,4'ünde ailesel atopi öyküsü olduğu saptandı. Olgularda diğer alerjik hastalık, astım, alerjik rinit gibi, bulgularının birlikteliği de mevcuttu. Tartışma ve Sonuç: Gıda alerjilerinde anamnez ve klinik değerlendirme laboratuar kadar değerlidir. Hastalarda ailesel atopi varlığı, gıda alerjilerinde önemli bir faktördür. Atopik yürüyüş olarak adlandırılan fenomende belirtilen alerjik hastalık birlikteliğini çalışmamıza dahil ettiğimiz hastalarda da tespit ettik. Besin alerjisi olan hastaların yakın beslenme ve büyüme takibi yapılması, uzun dönemde besin eliminasyonu ilişkili eksikliklerin önüne geçmek için diyet ve tedaviler düzenlenmesi gerekmektedir. Anahtar Kelimeler: Çocuk, gıda alerjisi, süt alerjisi, yumurta alerjisi, prognoz, tolerans

Orhan Cellat

2019

AlerjenlerAlerji ve immünolojiAstım+4

Alerjen spesifik immunoterapi alan hastaların klinik ve laboratuvar olarak değerlendirilmesi

Amaç: Bu çalışmada farmakoterapi ve alerjen spesifik immünoterapinin birlikte kullanılması ile tek başına uygun farmakoterapinin uygulanmasının hastalık üzerinde uzun dönem etkinliklerinin incelenmesi, klinik değerlendirme ve laboratuvar parametrelerinin karşılaştırması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya alerjen duyarlılığı olan 5-17 yaş grubundaki astım ve/veya alerjik rinit tanılı alerjen spesifik immünoterapi (AİT) ile farmakoterapi alan toplam 86 hasta ve kontrol grubu olarak sadece uygun farmakoterapi uygulanan 150 hasta dahil edildi. Tedavi etkinliği 5 ayrı döneme ait veriler ile incelendi. Hastalar 0.yıl, 6.ay, 1.yıl, 2. Yıl ve 3.yıl vizitlerinde her iki grup için tedavi etkinliği laboratuvar parametreleri (Deri prik testleri, solunum fonksiyon testleri, spesifik IgE ölçümü, total IgE ölçümü, eozinofil ölçümü ile değerlendirildi. Ayrıca immunoterapi alan 15 hasta için klinik değerlendirme parametreleri kullanıldı. 0.yıl, 6.ay ve 1. yıl dönemlerine ait astım semptom skoru, astım ilaç skoru, görsel analog ölçeği, astım kontrol testi, astım kontrol ölçeği, astımlı çocuklarda yaşam kalitesi ölçeği anket kayıtları değerlendirildi. Klinik ve laboratuvar olarak uzun dönem etkinlik değerlendirmesi her iki grup için tüm dönemleri kapsayan gruplar arası karşılaştırmalar ve grup içi karşılaştırmalar şeklinde yapıldı. Nicel verilerin normal dağılıma uygunlukları Kolmogorov-Smirnov, Shapiro-Wilk testi ve nitel verilerin karşılaştırılmasında ise Pearson Ki-Kare testi ve Fisher-Freeman-Halton Exact testi kullanıldı. Bulgular: İmmünoterapi alan grupta endurasyon çapı ölçümlerindeki 1.yıl, 2.yıl ve 3.yıl 1.alerjen için (sırasıyla p=0.010; p=0.001; p=0.001; p<0.05), 2.alerjen için (sırasıyla p=0.012; p=0.019; p=0.007; p<0.05) düşüş istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. İmmünoterapi alan grupta spesifik IgE ölçümlerindeki düşüş 1.yıl, 2.yıl ve 3.yıl 1.alerjen için (sırasıyla p=0.001; p=0.001; p<0.01), 2.alerjen için (sırasıyla p=0.041; p=0.001; p<0.05), total IgE düzeyindeki düşüş (sırasıyla p=0.001; p=0.001; p<0.01), eosinofil ölçümlerindeki düşüş (sırasıyla p=0.006; p=0.001; p=0.001; p<0.01) istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. İmmünoterapi alan grupta 1.yıl, 2.yıl ve 3.yıl FEV1% ölçümlerindeki değişim (p=0.022; p<0.05), FVC% ölçümlerindeki artış (sırasıyla p=0.0267; p=0.001; p=0.001; p<0.05), 1.yıla göre tedavi sonrası 3.yıl FEV25-75% ölçümlerindeki artış da (p=0.001; p<0.01), tedavi başlangıcına göre tedavi sonrası 2.yıl PEF% ölçümlerindeki artış(p=0.017; p<0.05) istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. İmmünoterapi alan olguların tedavi başlangıcında %5.8'i (n=5) düşük doz inhaler steroid, %46.5'i (n=40) orta doz inhaler steroid, %25.6'sı (n=22) yüksek doz inhaler steroid ve %22.1'i (n=19) montelukast kullanmaktaydı olguların tedavi sonrası 3.yılda %24.6'sı (n=17) ilaç kullanmazken, %21.7'si (n=15) düşük doz inhaler steroid, %30.4'ü (n=21) orta doz inhaler steroid ve %23.2'si (n=16) montelukast kullandığı bulunmuştur. İmmünoterapi alan olguların astım tedavi basamakları değerlendirilirmiştir ve tedavi başlangıcında %25.6'sı (n=22) 2.basamak, %18.6'sı 3.basamak, %37.2'si 4.basamak ve %18.6'sı 5.basamak tedavi almaktayken olguların tedavi sonrası 3.yılda %24.6'sının 1.basamak, %27.5'inin 2.basamak, %8.7'sinin 3.basamak, %30.4'ünün 4.basamak ve %8.7' sinin 5.basamak tedavi almakta olduğu bulunmuştur. Klinik parametreler değerlendirilirken tedavi başlangıcına göre tedavi sonrası 1.yıl VAS ölçümlerindeki düşüş (p=0.003), tedavi sonrası 6. Ay ve 1. Yıl AKT ölçümlerindeki değişim (p=0.001; p<0.01), ACQ ölçümlerindeki değişim (p=0.001; p<0.01), astım semptom skoru parametrelerindeki değişim (p<0.05), astım yaşam kalitesi anket puanlama ölçümlerindeki düşüş (p<0.01) istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Sonuç: Araştırmamızın sonucunda polisensitize hastalarda alerjen spesifik immünoterapi sonucunda klinik ve immünolojik açıdan yarar sağlanacağı gösterilmiştir. Klinik iyileşmeyle birlikte ilaç kullanımının azalmasından dolayı SCIT'in alerjik astımı ve/veya alerjik riniti olan çocuklarda hastalık doğal seyrini değiştirebilme potansiyeli bulunmaktadır. Anahtar Kelimeler: Astım, alerjik rinit, çocuk, alerjen spesifik immünoterapi, subkutan immünoterapi.

Melda Melik Kurt

Sinop University · Institute of Graduate Studies

2020

Master'sOpen AccessTR

Avrupa Birliği ülkeleri ile Türkiye'deki eğitim sisteminin beden eğitimi programları açısından incelenmesi

Bu çalışma, Türkiye ile Avrupa Birliği üyesi ülkelerin temel eğitim düzeyindeki beden eğitimi öğretim programlarını; müfredatın kapsamı ve örgütlenmesi, haftalık ders süresi, pedagojik yaklaşımlar ile ölçme-değerlendirme boyutlarında karşılaştırmalı olarak incelemektedir. Araştırma nitel desende yürütülmüş; veri kaynağını resmî öğretim programları, ilgili mevzuat belgeleri ve politika raporları oluşturmuştur. Toplanan dokümanlar, doküman incelemesi yoluyla sistematik biçimde değerlendirilmiş; veriler içerik analizi kapsamında ortak temalar (amaç, içerik/kazanımlar, süre, öğretim yaklaşımları, ölçme-değerlendirme, beceri/yeterlik alanları vb.) doğrultusunda kodlanarak karşılaştırmalı analiz için düzenlenmiştir. Bulgular, sistemler arasında amaç düzeyinde yüksek bir örtüşme bulunduğunu; farklılaşmanın ise özellikle haftalık ders süresi politikaları, öğrenci merkezli ve model temelli öğretim uygulamalarının yaygınlığı ile süreç odaklı değerlendirme kültüründe yoğunlaştığını göstermektedir. Bazı sistemlerde fiziksel uygunluk göstergelerinin ulusal ölçekte düzenli izlenmesi ve ders dışı etkinliklerle müfredatın bütünleştirilmesi dikkat çekerken, bazı sistemlerde değerlendirmenin daha çok ürün ve performans çıktılarıyla sınırlı kaldığı görülmektedir. Sonuç olarak, amaçlar ile uygulama arasındaki uyumu güçlendirmek için kademeler arasında sürekliliği gözeten ders süresi düzenlemeleri, öğrenci merkezli ve model temelli yaklaşımların yaygınlaştırılması ve portfolyo, rubrik, öz/akran değerlendirme gibi araçlarla süreç temelli izlemenin sistematikleştirilmesi önerilmektedir.

Fatih Şanlı

2025

Precursor cell lymphoblastic leukemia-lymphomaT lymphocytes

T-hücresi akut lenfoblastik lösemi için birbirine bağlı marker tanımlanması

T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) is a very complex disease, resulting from proliferation of differentially arrested immature T-cells. The molecular mechanisms and the genes involved in the cause of T-ALL remain largely undefined. In this study, we found biomarkers to differentiate individuals with T-ALL from the non-leukemia/healthy ones, to discover markers that are not differential themselves but interconnect with highly differentially expressed genes, and to have a network-based view of T-ALL. Instead of applying only expression-based differential gene analysis and obtaining hundreds of candidate disease-causing genes, we integrated gene expression data of T-ALL and healthy samples with the human protein-protein interaction data in order to discover diagnostic biomarkers not as individual genes but as subnetworks. By using a network-based approach, we have identified 19 significant subnetworks, containing 102 genes (out of 409 genes). A given subnetwork contains up-to 12 genes. The classification/prediction accuracies of subnetworks are considerably high, as high as 98%. Some genes in the subnetworks were already known to be associated with T-ALL, but we found new ones to be involved in T-ALL development. The subnetworks were rich in transcription factors whose ectopic activation is known to be one of the reasons behind T-ALL. The Zinc-binding proteins are also abundant in subnetworks. Zinc levels are low in ALL-patients. Zinc supplement given to a T-ALL patient may increase the efficiency of chemotherapy. We recovered 6 tyrosine kinases which have important roles in T-cell survival, proliferation, and immune response. These important genes in our subnetworks may serve as an alternative to the traditional biomarkers used for the diagnosis of T-ALL. The aim of this study is also to help investigators to highlight potential disease gene candidates for further experimental validation.We also applied a typical hierarchical clustering method to most differential 100 and 200 genes between T-ALL and healthy samples. As opposed to the presumption that most differential 100 or 200 genes would classify the diseased samples better, our subnetworks achieved the same or, in some cases, higher classification accuracies. Doing the same/better job with 10 genes in a subnetwork, instead of 100 or 200 genes might be regarded as an accomplishment. In short, network-based classification techniques help us to identify biologically more meaningful subnetworks than expression-based techniques which return thousands of differential genes.

Emine Güven Maıorov

Koç University · Institute of Graduate Studies in Science

2011

Killer cells-naturalMutationT lymphocytes+1

Structural and functional analysis of perforin mutations in association with clinical data of familial hemophagocytic lymphohistiocytosis type 2 (FHL2) patients

The immune system is the defense mechanism of the body against pathogenic agents and tumor cells. Perforin, a multi-domain pore-forming protein, plays a key role in the immune system as a cytotoxic effector molecule secreted by T-lymphocytes and Natural killer (NK) cells within granules, which also contain granzyme B that induces apoptosis. In synergy with granzyme B, perforin acts via pore formation at the cell membrane of virus-infected and transformed cells that are targeted to be eliminated. A vast number of observed mutations in perforin impairs this mechanism resulting in a rare but fatal disease, familial hemophagocytic lymphohistiocytosis type 2 (FHL2). FHL2 is an autosomal recessive disorder characterized by fever, hepatosplenomegaly, cytopenia, hyperferritinemia, hypertriglyceridemia and/or hypofibrinogenemia, decreased NK cell activity, increased CD25 level and hemophagocytosis. Here we report a comprehensive structural analysis of a collection of 76 missense perforin mutations associated with FHL2 based on a proposed pre-pore model. In our model, perforin monomers oligomerize having cyclic symmetry in consistent with previously found experimental constraints yet having flexibility in the size of the pore and the number of monomers involved. Clusters of the mutations on the model map to three distinct functional regions of the perforin. Stability change (??G) calculations show that the mutations mainly destabilize the protein structure, interestingly however, A91V change, often suggested as a polymorphism, leads to a more stable one. Structural characteristics of mutations help explain the severe functional consequences on perforin deficient patients. Our study provides a structural approach to the mutation effects on the perforin oligomerization and impaired cytotoxic function in FHL2 patients.

Ömer An

Koç University · Institute of Graduate Studies in Science

2011

Protein analysisProtein bindingCircadian rhythm

Yapısal bilgiyi kullanarak PER-ARNT-SIM (PAS) bölgeleri içeren biyolojik saat proteinlerinin etkileşimlerinin analizi

Per-ARNT- Sim (PAS) domains are modular protein units those are critical for regulation of clock-controlled gene expression. The mammalian BMAL1 and CLOCK are the transcription factors that contain two basic helix-loop-helix domains and bind E-box elements (CACGTG) of clock regulated genes including the Period and Cryptochrome and activate their transcription. Then the PERIOD (PER) and CRYPTOCHROME (CRY) proteins form ternary complexes with casein kinase I? (CKI?) in the cytoplasm and translocate into the nucleus, where they act as a negative regulator of BMAL1/CLOCK-driven transcription. To understand the nature of interaction between PER2-CLOCK-BMAL1 complex, we performed structure based analysis on protein-protein interactions (PPI) those formed via PAS domains of clock proteins. This complex was analyzed by using structural data and efficient structural comparison algorithms to predict potential interactions. Since there are no available atomic structures for our proteins of interest, homology models are used. In our model, BMAL1 and CLOCK interacts with each other through their PAS B domains and the PER2 interacts with this dimer through the PAS B domain of the CLOCK. On BMAL1/CLOCK interface, we found 12 hotspots, 7 residues on BMAL1 (347,349,362,405,427,429,441), 5 residues on CLOCK (317, 338, 350, 352,376). On PER2/CLOCK interface, 8 hotspots are found, 3 residues on PER2 (414, 429,431) and 5 residues on CLOCK (332,354,356,333,361). Here we show how, using structural data and efficient comparison algorithms can explain forming the clock complexes at the molecular level. This study is not only important to understand clock mechanism at structural level but also will allow us to develop drugs against clock-regulated diseases, like Jet-Lag and some forms of depression.

Serap Beldar

Koç University · Institute of Graduate Studies in Science

2011

Koç University · Institute of Graduate Studies in Science

Doğal düzensiz proteinlerin arayüzleri

Until quite recently, the common belief was that every protein has stable tertiary structure. However, now it is widely known that some proteins or regions of the proteins can be unfolded under physiological conditions. The proteins that carry these properties are called as intrinsically disordered proteins or natively unfolded proteins. Disordered proteins play a key role in many critical biological functions. Especially for signalling and regulation, intrinsically disordered proteins are of crucial importance.This project mainly focuses on the differences between ordered and disordered proteins and their interfaces. For this purpose, we separate the proteins in our database into two groups: (1) Disordered, (2) Ordered proteins. We do the analysis according to their structure and chemical nature. Concerning the structural comparison, the accessible surface areas and per residue areas are typical features that we use. Also, we investigate the change of hot spot residues with respect to disorder changes. For comparing the chemical nature, the ratio of the polar amino acids to non-polar amino acids in proteins and interfaces are calculated. Since low hydrophobic content is an important indicator for disordered proteins, polar/apolar ratios are used for comparing hydrophobicity. In addition, binding preferences of intrinsically disordered proteins are analyzed.Also, another aim of this work is to create new interface type for disordered proteins. Interfaces separated into three groups according to their structures and functions. These groups are called as Type 1, Type 2 and Type 3. Thus, our aim is forming Type 4 for disordered proteins.

Buşra Topal

2013

AstımFenotipGen ifadesi+3

Çocuklarda astıma yatkınlığı ve fenotipik özelliklerini etkileyen bazı genlerin ekspresyonları ve fonksiyonel etkilerinin araştırılması

Amaç: Astım patogenezinde en sık ilişkilendirilen genler ORMDL3 ve GSDMB genleridir. Bu çalışmada çocukluk çağı astımında soluk havasında nitrik oksit (FeNO), astım kontrol testi (AKT), astım kontrol düzeyi (AKD), astım kontrol ölçeği (AKÖ) ve astım şiddeti (AKŞ) ile ORMDL3 ve GSDMB gen ekspresyonu arasındaki ilişkinin araştırılması amaçlanmaktadır. Gereç-Yöntem: Çalışmaya 59 astım tanısı alan ve 38 kontrol grubu çocuk alındı. Olguların yaşı, cinsiyeti, ailede atopik hastalık, ev içi sigara, rutubet, küf, hayvan, hamamböceği maruziyeti ve atopik hastalık durumu öğrenildi. Olguların eozinofil sayısı, solunum fonksiyon testi, reversibilite testi, egzersiz provokasyon testi (EPT) ve allerji deri testi sonuçları, ORMDL3 ve GSDMB gen ekspresyon düzeyleri normalize (ΔCq değerleri) edilerek belirlendi. Hastalara AKT ve AKÖ uygulanıp, AKD, AKŞ ve FENO düzeyi belirlendi. Sonuçlar: AKT skoru ile FeNO düzeyleri arasında (r=-0.538, p=0.0001), FeNO düzeyi ile FEV1 değişim yüzdeleri arasında (r=0.302, p=0.020) pozitif korelasyon izlendi. Astım hastalarında ORMDL3 ΔCq değerleri 1.83 kat fazla saptandı. Bronşial aşırı duyarlılığa sahip olgularda en az 14 kat fazla ORMDL3 ve GSDMB ΔCq değerleri gözlendi. Bu artış GSDMB geninde istatistiksel olarak anlamlı olduğu (p=0.012) ve GSDMB ΔCq değerleri ile EPT'de maksimum FEV1 değişim yüzdesi arasında pozitif korelasyon (r=0.289, p=0.046) olduğu saptandı. FeNO düzeyi ≤25 ppb olan hastalara göre >25 ppb saptanan hastalar arasında sınırda istatistiksel fark saptandı (p=0.051). ORMDL3 ΔCq değerleri ile AKT skorları arasında negatif korelasyon saptandı (r=-0.418, p=0.003). AKT skoru ≤15 olan hastalara göre ≥25 hastalar arasında istatistiksel fark saptandı (p=0.015). Yorum: ORMDL3 ve GSDMB gen ekspresyon düzeyleri çocukluk çağı astımında farklı fenotiplerin ortaya çıkmasına neden olabilir. Özellikle bronşial aşırı duyarlılık, FeNO düzeyleri ve AKT skorlarında belirgin ilişkiler saptadık. Bu sonuçlardan yola çıkarak daha çok sayıda denekle yapılan çalışmalarda gen ekspresyon seviyelerini etkileyen altta yatan genetik mekanizmalar ile incelenmesi gelecekte terapötik genetik müdahaleler için yol gösterici olacaktır. Anahtar kelimeler: Astım kontrol düzeyi, astım kontrol testi, astım klinik şiddeti, çocuk, nitrik oksit, ORMDL3 gen ekspresyonu, GSDMB gen ekspresyonu

Mehmet Almacıoğlu