Theses supervised by Prof. Dr. Nüket Önelge
15 theses · Çukurova University
Turunçgil sarı damar açılması hatalığına karşı sürgün ucu aşılama yöntemiyle temiz bitki elde edilmesi
Bu çalışmada Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Araştırma Uygulama Çiftliği turunçgil koleksiyon parsellerinde bulunan Turunçgil Sarı Damar Açılması hastalığı (Citrus Yellow Vein Clearing (CYVC)) ile infekteli Kütdiken limon (Citrus limon) ağaçlarından alınan sürgün uçlarına in vitro Sürgün Ucu Aşılama (SUA) uygulanmış ve patojenden arındırılma oranları tespit edilmiştir. SUA işlemleri öncesinde ve sonrasında biyolojik indeksleme yapılarak simptomlar turunç (C. aurantium) indikatör bitkilerinde gözlemlenmiştir. Bu simptomlar sarı damar açılmaları, kıvrılma ve bükülme şeklinde oluşan yaprak deformasyonları ve boğum aralarında kısalmalardır. SUA işlemleri İlkbahar ve Sonbahar dönemlerinde alınan 2 ve 4 yaprak içeren meristem kullanılarak yapılmış ve her biri Carrizo citrange (C. sinensis x Poncirus trifoliata) anaçlarına aşılanmıştır. In vitro gelişen bitkilerin turunç bitkisine indekslenmesi sonucunda Sonbahar döneminde elde edilen sağlıklı bitki oranı % 57, İlkbaharda ise % 45 olarak saptanmıştır. SUA çalışmalarında kullanılan 2 yaprakçıklı meristemden % 62 oranında, 4 yaprakçıklı meristemden % 40 oranında sağlıklı bitki elde edilmiştir. SUA çalışmalarında patojenden ari bitki elde etme oranı % 50 olarak saptanmıştır.
Turunçgil ağaçlarında ur oluşumlarının turunçgil viroidleri açısından incelenmesi
Bu çalışma Adana ilinde gövdelerinde ur benzeri yapıya sahip turunçgil ağaçlarında turunçgil viroidleri yönünden bulaşıklık olup olmadığını, bulaşıklık var ise bu ağaçların nasıl bir viroid profiline sahip olduklarını belirlemek amacı ile yürütülmüştür. Biyolojik indeksleme çalışmasında genel viroid simptomları olan yaprak epinastisi, damar nekrozları, bodurluk, yaprak ucu nekrozu ve düşük yapraklılık simptomları gözlenmiştir. Biyolojik indeksleme sonuçları ile sPAGE sonuçları benzerlik göstermiştir. Yapılan sPAGE analizleri sonucu seçilen beş portakal ağacının biri hariç hepsinde bir veya birden fazla viroid bandı belirlenmiştir. Bir ağaç temiz olup hiçbir viroid bandına rastlanmamıştır. CEVd dört ağaçta ortak viroid olarak belirlenmiştir. Adana(2) ve Adana (5) portakal ağaçlarında yalnızca CEVd saptanmıştır. Kozan (3) Valensiya ağacında CEVd'e ek olarak CVd-IIa ve CVd-IV, Kozan (4) Valensiya ağacında ise CEVd'e ek olarak CVd-Ia, CVd-Ib, CVd-IIa,CVd-IIb, CVd-IIIb ve CVd-IV belirlenmiştir. Çalışma sonucunda gövdelerinde ur benzeri yapılar taşıyan portakal ağaçlarının ortak bir viroid profili içermediği ortaya çıkmıştır.
Turunçgil sarı damar açılması (TSDA) ve turunçgil klorotik cüceleşme (TKC) hastalıklarının otsu konukçulara mekanik olarak taşınma çalışmaları
Bu çalışmada, Turunçgil Sarı Damar Açılması (TSDA) ve Turunçgil Klorotik Cüceleşme (TKC) hastalıklarının otsu indikatör bitkilere mekanik olarak taşınabilmeleri ile fasulye (Phaseolus vulgaris L), limon (Citrus limon (L.) Burn.f.) ve turunç (Citrus aurantium L.) bitkilerinin tohumlarıyla taşınabilme durumları araştırılmıştır. Çalışmada TSDA ve TKC hastalıklarını testlemek amacıyla 9 farklı otsu bitki türü kullanılmıştır. Bu çalışmada kullanılan indikatör bitkiler arasından üç tür bitkide Fasulye (Dermason ve Horoz), Börülce (Vigna unguiculata (L.) Walp.) ve Kazayağı (Chenopodium quinoa Willd.)'nda TSDA hastalığının simptom oluşturduğu, TKC ile inokule edilen bitkilerde ise herhangi bir simptom oluşmadığı saptanmıştır. Fasulye bitkilerinde gelişen klorozlar, nekrozlar ve mozaik deseni en belirgin simptomlardır. TSDA hastalığının bulaştırıldığı fasulye bitkilerinden alınan bitki özsuyu, turunç çöğürlerine mekanik inokulasyon yoluyla bulaştırılmış ve turunç bitkileri üzerinde TSDA hastalığının tipik simptomları olan sarı renkli damar açılmaları, kıvrılma ve bükülmeler şeklinde yaprak deformasyonları oluştuğu saptanmıştır. Çalışmada TSDA hastalığı için indikatör bitki olarak kullanılan fasulye (Dermason) bitkilerinden elde edilen tohumlar ekilmiş ve TSDA hastalığının %40 oranında fasulye tohumlarıyla taşınabildiği ancak TSDA ve TKC hastalıklarının limon ve turunç tohumlarıyla taşınmadıkları belirlenmiştir.Anahtar Kelimeler: TSDA, TKC, inokulasyon, indikatör bitki
Adana ili limon yetiştiricilik alanlarında görülen turunçgil sarı damar açılması virüs (TSDAV) hastalığının yaygınlığının araştırılması.
Turunçgil sarı damar açılması virüs (TSDAV) hastalığının yayılış alanlarını belirlemek amacıyla yapılan bu çalışma; Adana ili ticari limon bahçeleri, Ç.Ü. turunçgil üretim ve koleksiyon parselleri ile toplam dört ilçede bulunan ev bahçeleri olmak üzere 3 farklı alanda yürütülmüştür. Sörvey çalışması toplam 8.300 da alanda 134.801 adet turunçgil ağacı, 27.802 adet ev bahçesinde, semt ve bulvarlar üzerinde bulunan 61.178 adet turunç ve limon ağacı olmak üzere toplam 195.979 adet ağaç üzerinde gerçekleştirilmiştir. Hastalığın makroskobik simptomlarının gözlendiği turunçgil çeşitleri enterdonat, kütdiken ve yediveren limon (Citrus limon (L.) Burn.f.), süs bitkisi olarak ve üniversitede koleksiyon parselinde bulunan turunç (Citrus aurantium L.) çeşitleridir. Çalışmada hastalıkla ilgili gözlenen başlıca simptomlar yaprak ana ve yan damarlarında çizgi şeklinde sarı renk açılmaları, yaprak orta damarının büzülmesi, yaprak boyutlarının küçülmesi, yapraklarda içe ve dışa doğru ceplenme, yaprak kenarında 'V' şeklinde girinti oluşumu, yaprak kenarlarının kıvrılması, gondol yaprak oluşumu, yaprak alt yüzeyindeki damarlarda su emgisi şeklinde ıslak görünümlerdir. Hastalıktan şiddetli etkilenmiş ağaçlarda geriye doğru kurumalar geliştiği belirlenmiştir. Sörvey çalışması sonucunda ticari bahçelerde bulaşıklık oranı % 0.006, Çukurova Üniversitesi parsellerinde bulaşıklık oranı % 9.46 olarak belirlenmiştir. Hastalık, Adana ili merkezi dışında Yüreğir ilçesinde tek bir bahçede bulunmuştur. Ç.Ü çevresinde ve şehirde 859 adet turunçgil ağacında hastalık belirtileri gözlenmiş ve hastalığın Ç.Ü. sınırları dışına taştığı bu çalışma ile ortaya konmuştur.
Domates bitkisinde Pospiviroid cinsi viroid etmenlerinin varlığının araştırılması ve moleküler karakterizasyonu
Bu çalışma domates bitkisinde Pospiviroid cinsi viroid etmenlerinin varlığının araştırılması amacı ile yürütülmüştür. Bu amaçla, 2014-2015 yılları arasında toplam 400 adet domates tohum, fide ve yaprak örneği toplanmış ve örneklerin total nükleik asit ekstraktları elde edilmiştir. Pospi1-FW/RE ve Vid-FW/RE yarı-evrensel primer setleri ile yürütülen RT-PCR çalışmalarında, testlenen 398 adet domates örneğinin herhangi bir viroid etmeni ile bulaşık olmadığı tespit edilmiştir. Bunun yanında, saksıda yetiştirilen ''Çeri'' çeşidi iki domates örneğinin Citrus exocortis viroid (CEVd) ile bulaşık olduğu, CEVd etmenine spesifik CEVd-FW/RE primer çifti ile belirlenmiştir. Agaroz jel elektroforezi çalışmalarında bu örneklere ait 371 bp'lik DNA fragmentleri görüntülenmiş ve CEVd ile enfekteli domates izolatları, moleküler açıdan da karakterize edilmiştir. Nükleotid dizilimi analizi sonuçları, NCBI gen bankasına bildirilen bazı domates, turunçgil ve diğer bitki türlerine ait izolatlara % 89-98 oranında sekans benzerliği göstermiştir. Yürütülen moleküler çalışmalara ek olarak, Citrus exocortis viroid (CEVd) ve Potato spindle tuber viroid (PSTVd) etmenlerinin domates bitkilerinde oluşturabileceği bazı farklı simptomları gözlemlemek için, bir mekanik inokulasyon uygulaması gerçekleştirilmiştir. İlk simptomlar inokulasyondan yaklaşık 30-35 gün sonra, her iki viroid etmeni için de; bodurlaşma, yaprak epinastisi, yaprak kıvrılması ve bitki yapısında bozulmalar olarak belirmiştir. Anahtar Kelimeler: Viroid, Domates, Pospiviroid, RT-PCR, Mekanik İnokulasyon
Doğu Akdeniz bölgesi turunçgil üretim alanlarında turunçgil psorosis virüsü (CPsV)'nün yaygınlığının araştırılması, moleküler olarak tanılanması ve karakterizasyonu
Bu çalışmada, Doğu Akdeniz Bölgesinde Turunçgil kavlama hastalığı etmeni Citrus psorosis virus (CPsV) ile bulaşık olduğu bilinen turunçgil türlerinden portakal, mandarin ve altıntop bahçelerinde etmenin yaygınlığı belirlenmiş ve alınan bitki örneklerinin biyolojik ve moleküler karakterizasyonu yapılmıştır. CPsV varyantları arasındaki farklılıklar birbirinden ayrılarak nükleotid dizilimleri belirlenmiştir. CPSV'nin tanılanması ve karakterizasyonu için 50 farklı turunçgil ağacından şiddetli kabuk kavlama lezyonu ve genç yapraklarda damar bantlaşması, meşe yaprağı deseni simptomu, yaşlı yaprak ve concave gum simptomları gösteren farklı örnekler toplanmıştır. Toplanan örnekler TT-PZR çalışmalarıyla analiz edilmiştir. Kullanılan farklı primer çiftleri ile CPsV'nin farklı gen bölgeleri belirlenmiştir. Yapılan biyolojik indeksleme çalışmalarında ise tohumdan yetiştirilen 8 aylık Pineapple portakal (Citrus sinensis) fidanlarına CPsV'nin inokulasyonu yapılmış ve enfekteli indikatör bitkilerin ilk gelişen sürgünlerinde CPsV'nin damar bantlaşması ve şok simptomları gözlemlenmiştir. Blast analizi ve NCBI gen bankasındaki CPsV'nin referans genomlarının karşılık gelen bölgeleri ile nükleotid dizilimlerinin %98 oranında benzerliğe sahip olduğu belirlenmiştir.
Doğu Akdeniz bölgesi fidanlık ve satsuma bahçelerinde satsuma cücelik virüsü (SDV) ve turunçgil klorotik cüceleşme virüsü (CCDaV) nün araştırılması ve moleküler karakterizasyonu
Turunçgil, Türkiye'de ekonomik açıdan önemli bir meyvedir. Çukurova ovası, Türkiye'nin toplam narenciye üretiminin %85'inin üretildiği Doğu Akdeniz Bölgesi (DAB)'nde en önemli narenciye üretim alanıdır. Türkiye'de DAB' da satsuma üretim alanlarında ve fidanlıklarda Citrus chlorotic dwarf-associatedvirus(CCDaV)ve Satsuma dwarf virus(SDV) hastalıklarının dağılımını belirlemek amacı ile bir araştırma yürütülmüştür. Bu araştırma; yaprak deformasyonları ve genç yapraklarda klorotik lekelenme şeklinde makroskopik simptomlara göre yapılmıştır. Araştırma sonuçlarına göreCCDaV ile en yüksek enfeksiyonbulaşıklık oranı %11,7ile Hatay ilinde belirlenmiştir.DAB' daki mandarin fidanlıklarında yapılan kapsamlı araştırmada, Adana'da 2 fidanlık, Mersin'de 2 fidanlık ve Hatay'da ise 6 fidanlık CCDaV ile bulaşık bulunmuştur.CCDaV ile bulaşık 10 turunç örneğinden PCR testleri CCDaV genomuna dayanılarak tasarlanmış(sense:5′-GTTCTGTGTTTCGCCCGTT-3′ ve antisense:5′-GGGATTCGCATGGATAGCTCATCCAA-3′)Citrus chlorotic dwarf-associated virusprimerleri ile gerçekleştirilmiştir. BLAST analizinde, Satsuma mandarinine ait CCDaV izolatlarının, Genbank izolatlarının ilgili CCDaV bölgesi ile %98'den fazla nükleotid sekans benzerliğine sahip olduğu bu çalışma sonucunda belirlenmiştir.Arazi çalışmaları, SDV'nin Türkiye'de Doğu Akdeniz Bölgesi'ndeki satsuma bahçelerinde ve fidanlıklarında yaygın olmadığını göstermiştir. SDV'den etkilenen ağaçlar bodur kalmış, gondolve kaşık şekli gibi anormal yapraklar görülmüştür.Satsuma fidanları ile satsuma bahçeleri aynı belirtileri göstermiştir. Satsuma mandarin çeşitlerinin enfeksiyon oranı Adana'da ve Mersin'de %5, Hatay ilinde %10 olarak görülmüştür. Enfekte olmuş bitkiler, sağlıklı bitkilerde bulunmayan SDV manto protein parçasını (342) göstermiştir. BLAST analizi, nükleotit sekanslarının, NCBI gen bankasındaki ilgiliSDV referans genom bölgesi ile %98 oranında benzerlik olduğunu göstermiştir. Anahtar Kelimeler: Turunçgil, SDV, CCDaV, RT-PCR, indikatör bitki, nükleotid dizi analizi
Erdemli ilçesi limon ağaçlarında tururunçgil klorotik cüceleşme virüs (TKCV) hastalığının yaygınlığının belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu
Bu çalışma Mersin ili Erdemli ilçesinde limon yetiştiricilik alanlarında Turunçgil klorotik cüceleşme (TKCV) = Citrus chlorotic dwarf associated virus (CCDaV) hastalığının varlığını ve yaygınlığını araştırmak ve izolatlar arasındaki farklılığı ortaya koymak amacıyla yürütülmüştür. Erdemli ilçesi limon yetiştiricilik alanlarında yapraklarda kıvırcıklaşma, deformasyon, yapraklarda klorotik lekelenmeler ve yaprak alanlarının küçülmesi şeklinde simptom gösteren ağaçlardan örnekler toplanmıştır. Bu çalışma sonucunda CCDaV hastalığının Erdemli ilçesinde limon çeşitlerinde ortalama infeksiyon oranı %47 olarak saptanmıştır. Bölgede en fazla yetiştirilen çeşit olan Kütdiken limon çeşidinde ortalama bulaşıklık oranının %52 olduğu saptanmıştır. Biyolojik indeksleme çalışmalarında ise tohumdan yetiştirilen turunç (Citrus aurantium) fidanlarına CCDaV'nin inokülasyonu yapılmış ve hastalığın makroskobik simptomları doğada hastalıkla enfekteli ağaçlarda gözlenen simptomlarla benzer olduğu izolatlar arasında farklılık olmadığı belirlenmiştir. Örnekler PCR çalışmaları ile analiz edilmiş ve farklı primerler kullanılarak manto protein ve hareket protein gen bölgeleri belirlenmiştir. BLAST analizi sonucunda NCBI kayıtlı bulunan CCDaV'nin TK4 (JQ920490.1 ) izolatının ErY-4 (MT492444) izolatı ile karşılık gelen bölgeleri ve nükleotid dizilimlerinin %99,30 oranında benzerliğe sahip olduğu belirlenmiştir. Ayrıca bu izolatların birbiri ile yakın homolojiye sahip olduğu ancak Çin izolatları ile bazı nukleotid dizilim farklılıkları içermekle birlikte benzerliğin %98 oranında olduğu belirlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Turunçgil, CCDaV, PCR
Alternative hosts, vectors transmission, and molecular characterization of Citrus yellow vein clearing virus (CYVCV) isolates
From 2018 to 2020, investigations were conducted in Adana province of Turkey to determine the occurrence and characterization of Citrus yellow vein clearing virus (CYVCV). The virus was found to have a moderately low occurrence in the province (14.23%). The molecular characterization based on the coat protein region of the virus isolates occurring on various citrus cultivars in Adana province show a close similarity with each others. Next-generation sequencing revealed the complete the genome of CYVCV occurring on sour orange. The virus' isolate titled Y2 consists of 7528 nucleotides without poly (A) tail and has the same genome organization as isolate Y1 extracted from Eureka lemon in the same region. In our results of transmission studies, grapevine (Vitis vinifera) was identified as the host of the CYVCV. Cotton aphids (Aphis gossypii Glover, Hemiptera: Aphididae) was identified as vector of CYVCV, while woolly whitefly (Aleurothrixus floccosus Maskell, Hemiptera: Aleyrodidae) failed to acquire the virus.
Akdeniz bölgesi süs bitkisi yetiştiricilik alanlarında krizantem (Chrysanthemum morifolium Ramat.) bitkilerinde bulunan viroidlerin araştırılması
Dünyada süs bitkilerinde virüs ve viroid etmenlerinin neden olduğu birçok hastalık bulunmaktadır. Günümüze kadar dünyada krizantemlere spesifik önemli ekonomik kayıplara neden olan 2 adet viroid cinsi tespit edilmiştir. Bunlar Avsunviroidae familyasından olan Chrysanthemum chlorotic mottle viroid (CChMVd)'i ve Pospiviroidae familyasından Chrysanthemum stunt viroid (CSVd) dir. Bu çalışmada Akdeniz Bölgesinde 3 farklı ilden toplanan krizantem bitkileri RT-PCR yöntemi ile taranarak 4 farklı viroid açısından araştırma gerçekleştirilmiştir. Çalışma sonucunda krizantem bitkilerinde bulunan 3 viroid etmeni tespit edilmiştir. Bu etmenlerden ikisi Hop stunt viroid (HSVd) ve Citrus exocortis viroid (CEVd)'i diğer etmen ise CSVd olarak tespit edilmiştir. Çalışmada karantina etmeni olan CChMVd 'i tespit edilmemiştir. HSVd ve CEVd etmenleri ülkemizde krizantem bitkilerinde araştırdığımız kadarıyla ilk kez tespit edilmiştir.
Turunçgil süs bitkilerinde Citrus cachexia viroid (CCaVD)'nin araştırılması
Bu çalışmada Doğu Akdeniz Bölgesinde Turunçgil gözenekleşme hastalığı etmeni Citrus cachexia viroid (CCaVd)'nin süs bitkisi olarak yetiştirilen turunçgil çeşitlerinde varlığı araştırılmıştır. Bu kapsamda turunçgil süs bitkisi olarak yetiştirilen kamkat, lime ,mandarinkuat, kalomandin ve limon tür ve çeşitlerinden örnekler toplanmıştır. Toplanan 50 adet örnekte fidanlıklarda gözlenen başlıca simptomlar geriye doğru aşı birleşme noktasına varan kurumalar, genel bir bodurluk, yaprakların küçülmesi, boğum aralarının kısalması ve genel bir sarılık simptomlarıdır. CCaVd etmeni RT-PCR yöntemiyle taranmış ve toplam 35 örnekte etmenin 300 bp düzeyinde bant oluşturduğu agar jel üzerinde belirlenmiştir. Biyolojik indeksleme çalışmasında etrog citron yapraklarının uç kısımlarında nekrozlar gözlenmiştir. Etmenin Blast analizi ve NCBI gen bankasındaki CCaVd'nin referans genomları ile nükleotid dizilimlerinin %96-99 oranında benzerliğe sahip olduğu belirlenmiştir.
Erdemli limon yetiştiricilik alanlarında rumple(çöküntü) hastalığının bulunma oranı ve çöküntü gözlenen limon ağaçlarında viroid etmenlerinin araştırılması
Bu çalışma Mersin ili Erdemli ilçesi limon yetiştiricilik alanlarında Rumple (Çöküntü) hastalığının bulunma oranının araştırılması ve hastalığın görüldüğü ağaçlarda turunçgil viroid etmenlerinin araştırılması amacıyla yürütülmüştür. Bölgede bulunan limon bahçelerinde Kütdiken, Mayer, İtalyan Memeli, Aydın, Euroka ve Enterdonat limon çeşitlerinde sörvey çalışması yürütülmüştür. Çöküntü hastalığının Erdemli ilçesi limon yetiştiricilik alanlarında toplam enfeksiyon oranı %29 olarak saptanmıştır. Biyolojik indeksleme çalışmalarında ise tohumdan yetiştirilen Etrog citron fidanlarına gerçekleştirilen mekanik inokulasyon sonucunda yapraklarda epinasti ve yaprak nekrozları gözlenen başlıca simptomlar olmuştur. Çöküntü simptomu gösteren 10 farklı limon ağacının aynı zamanda CEVd ve CCaVd ile enfekteli olduğu belirlenmiştir.
Turunçgillerde gövde köpüklenmesinin viroid hastalıkları açısından araştırılması
Son yıllarda turunçgil yetiştiriciliğinin yoğun olarak yapıldığı Çukurova Bölgesi'nde farklı turunçgil anaçları kullanılmaya başlamıştır. Bu anaçların kullanıldığı bahçelerde sıklıkla ağaçların geriye doğru kuruduğu ve aşı birleşme noktalarında şiddetli köpüklenme simptomları gözlenmiştir. Yapılan bu çalışmada Çukurova Bölgesi'nde C35 [Poncirus trifoliata (L.) Raf. X Citrus sinensis Osb. 'Ruby'], Carrizo (C.sinensis Osb. x P.trifoliata Raf. var "Carrizo"), C22 (C.sunki × P.trifoliata) ve FA5 [C.reshni Tan. X P.trifoliate (L.) Raf ] gibi anaçlara aşılı turunçgil plantasyonlarında köpüklenme simptomu gösteren ağaçlarda Citrus exocortis viroid (CEVd) ve Citrus cachexia viroid (CCaVd)'inin varlığı ve enfeksiyon durumları araştırılmıştır. Köpüklenme belirtisi gösteren farklı turunçgil anaç ve çeşitlerinden örnekler alınarak CEVd ve CCaVd etmenleri RT-PCR yöntemiyle taranmıştır. İncelenen 49 izolattan 17 tanesinin CEVd ile bulaşık olduğu, 14 tanesinin de CCaVd ile bulaşık olduğu belirlenmiştir. Her iki viroid etmenin birlikte bulaşık bulunduğu ağaç sayısı ise 4'tür. Blast analizi ve NCBI gen bankasındaki CEVd ve CCaVd'nin referans genomları ile nükleotid dizilimlerinin %96-99 oranında benzerliğe sahip olduğu belirlenmiştir. Ayrıca köpük hastalığı simptomu gösteren bu ağaçların köpüklü kabuk dokusundan fungal ve bakteriyel etmenlerin durumunu araştırmak için izolasyonlar yapılmıştır. İzolasyonlar sonucunda; Lasiodiplodia theobromae, Ilyonectria liriodendri, Fusarium pseudonygamai, Alternaria alternata ve Streptomyces spp. tespit edilmiştir. Bu etmenlerden yapılan patojenite testi sonucu bitkilerde herhangi kuruma ve ölüm belirtisi görülmemiştir. Örnek alınan bahçelerde toprak yapısının kireçli ve pH'sının 7.5 ve üzeri olduğu toprak analizleri sonucunda belirlenmiştir. Özellikle Üç Yapraklı ve hibritlerinin yüksek pH'ya duyarlı olduğu ve bu nedenle turunçgil ağaçlarının stres sorunu yaşayabileceği ayrıca araştırılan iki hastalık etmeninin bir arada bulunma sayısının az olması nedeniyle sinerjistik reaksiyon olasılığının az olduğu belirlenmiştir.
Şerbetçi otu ve turunçgil bitkilerinde bulunan viroidlerin araştırılması, biyolojik, moleküler karakterizasyonu ve bu bitki gruplarında viroid gen bankası oluşturulması
Bu çalışma; 2016-2018 yılları arasında Adana, Hatay, Mersin ve Osmaniye illerinde Turunçgil üretimi yapılan alanlarda ve Bilecik ili Pazaryeri ilçesi Şerbetçi otu üretimi yapılan alanlarda viroid hastalık etmenlerinin varlığını tespit etmek amacıyla gerçekleştirilmiştir. Güdümlü survey çalışmaları ile toplanan örneklerde moleküler karakterizasyon çalışmaları yürütülmüştür. Çalışma kapsamında, turunçgil örneklerinin Citrus exocortis viroid (CEVd), Citrus bent leaf viroid (CBLVd), Hop stunt viroid (CVd II) (CCaVd: Cachexia ve HSVd: Non-Cachexia), Citrus dwarfing viroid (CDVd; CVd III), Citrus bark cracking viroid (CBCVd: CVd-IV), Citrus viroid V (CVd-V), Citrus viroid VI (CVd-VI) viroidleri ile ve Şerbetçi otu örneklerinin Hop latent viroid (HLVd) ve Hop stunt viroid (HSVd) viroidleri ile enfekteli olduğu her etmene ait spesifik primerler ile RT-PCR yöntemleri ile tanılanmiştir. Turunçgil viroidleri açısından incelenen örneklerin Adana'da %70, Mersin'de %78, Hatay'da %77,5 ve Osmaniye'de %80 oranında kontamine olduğu RT-PCR analizi ile belirlenmiştir. Şerbetçi otu bitkilerinde Bilecik'in Pazaryeri ilçesinden toplanan 214 örneğin %66'sı HLVd, %23,8'i HSVd ile enfekteli olduğu tespit edilmiştir. Moleküler olarak tanımlanmış ve nükleotid dizilimleri belirlenen izolatlar, NCBI kayıtlı izolatlarla %96-99 benzerlik göstermiştir. Bu çalışmada tanımlanan dizilimler, NCBI gen bankasına kaydedilmiştir. Bu çalışmada belirlenen HLVd ülkemiz için ilk kayıt olarak bildirilmiştir.
Turunçgil bitkilerinde görülen Citlodavirus citri (CCDaV) ve Potexvirus citriflavivenae (CYVCV) etmenlerinin nitroselüloz ve kaba filtre kağıtları üzerindeki canlılık sürelerinin ve kontrol materyali olarak kullanılabilirliğinin araştırılması
Bu çalışmada turunçgil bitkilerinde görülen ve bir DNA virüsü olan Citlodavirus citri (CCDaV) ile bir RNA virüsü olan Potexvirus citriflavivenae (CYVCV) etmenlerinin, beş haftalık zaman içerisindeki 7., 14., 21., 28. ve 35. günlerde nitroselüloz ve kaba filtre kağıtları üzerindeki varlığı araştırılmıştır. Hastalık etmenleri filtre kağıtlarına farklı yöntemler kullanılarak aktarılmış ve virüslerin, hangi yöntem kullanılarak kağıtlar üzerinde ne kadar süre kalıcılığını koruduğu belirlenmiştir. Ayrıca filtre kağıtları üzerinde varlığını koruduğu tespit edilen ve pozitif çıkan örnekler, indikatör turunç bitkilerine mekanik inokulasyon ile aktarılmış ve virüslerin turunç bitkilerindeki canlılığı araştırılmıştır. Yapılan PCR çalışmaları sonucu CCDaV etmenine ait CTAB ile oluşturulan 75 µl'lik TNA örneklerinin nitroselüloz ve kaba filtre kağıtlarında 35 gün süresince pozitif sonuç verdiği tespit edilmiştir. Bitki materyalinin kağıtlar üzerine direkt temas ettirilmesi ile oluşturulan örneklerin her iki tip filtre kağıdında 21 gün süresince, bitki öz suyunun aktarılmasında ise örneklerin nitroselüloz filtre kağıdında 35 gün, kaba filtre kağıdında ise 21 gün süresince pozitif sonuç verdiği tespit edilmiştir. CCDaV etmeninin mekanik inokulasyon ile turunç bitkilerini enfekte edip etmediğinin araştırılması sonucu her iki tip filtre kağıdının 7., 14. ve 21. güne ait örneklerinin bitkide enfeksiyon sağladığı ancak 28. ve 35. günlere ait örneklerinin bitkide enfeksiyon sağlamadığı belirlenmiştir. Yapılan RT-PCR çalışmaları sonucu CYVCV etmenine ait CTAB ile oluşturulan 75 µl'lik TNA örnekleri, nitroselüloz ve kaba filtre kağıtlarında 35 gün süresince pozitif sonuç vermiştir. Bitki materyalinin kağıtlar üzerine direkt temas ettirilmesi ile oluşturulan örnekler, nitroselüloz filtre kağıdında 35 gün süresince pozitif sonuç vermiş ancak kaba filtre kağıdında 35 gün süresince negatif sonuç vermiştir. Bitki öz suyunun kağıtlara aktarılması ile oluşturulan örneklerin her iki tip filtre kağıdında 35 gün süresince negatif sonuç verdiği tespit edilmiştir. Mekanik inokulasyon sonucu CYVCV etmeninin her iki tip filtre kağıdına ait örneklerinin bitkide enfeksiyon sağlamadığı belirlenmiştir.