Genetic variation
91 theses under this subject heading
Koroner arter hastalığı tanısı alan hastalarda MMP-1 (-1607 1G/2G), MMP-2 (-1306 C/T), MMP-3 (-1171 5a/6a) gen varyasyonları ve serum demir, bakır, çinko düzeyleri arasındaki ilişkinin incelenmesi
"Koroner arter hastalığı tanısı alan hastalarda MMP-1 (-1607 1G/2G), MMP-2 (-1306 C/T), MMP-3 (-1171 5A/6A) gen varyasyonları ve serum demir, bakır, çinko düzeyleri arasındaki ilişkinin incelenmesi", Trakya Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Biyofizik Anabilim Dalı, Yüksek Lisans Tezi, Edirne, 2024. Giriş ve Amaç: Koroner Arter Hastalığı (KAH), tüm dünyada hem çevresel hem de genetik etkiler sebebiyle, her yıl binlerce erişkini etkileyen ve en sık görülen hastalıklardan biridir. Hastalığın patolojisini anlamak adına bu gen varyasyonlarının belirlenmesi oldukça önemlidir. KAH riski taşıyan kişilerde erken tanı için, gen varyasyonları ile eser elementleri birlikte değerlendirerek klinik açıdan önlemler alınmasına önemli katkılar sağlayabileceği düşünülmektedir. Çalışmamızda; KAH tanısı alan hastalarda MMP-1 (-1607 1G/2G), MMP- 2 (-1306 C/T), MMP-3 (-1171 5A/6A) gen varyasyonları ve serum demir (Fe), bakır (Cu), çinko (Zn) düzeyleri arasındaki ilişkinin incelenmesi ve KAH'a sebep olabileceği düşünülen olası risk faktörlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntemler: Çalışmaya, 110 KAH hastası ve 110 kontrol grubu dahil edilerek, periferik venöz kandan elde edilen DNA örneklerinden gen varyasyonları genotip dağılımları polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ve restriksiyon fragment uzunluk polimorfizmi yöntemleri uygulanarak genetik yatkınlık saptandı. Serum eser element ölçümleri için titrisol standart solüsyonundan çözeltiler hazırlandı. Her elemente uygun hava-asetilen gaz karışımı Atomik Absorbsiyon Spektrofotometresi'ne (Shimadzu AA-6800) standart çözeltiler verilerek elementlerin konsantrasyon-kalibrasyon grafikleri çizildi. Her grubun serum örneklerinden Fe, Cu ve Zn düzeyleri belirlendi. Bulgular: Koroner arter hastalığı tanısı almış bireyler grubu ve sağlıklı kontrol grubu arasında, MMP-1 (-1607 1G/2G) gen varyasyonu hasta grubunda 2G/2G daha yüksek bulunurken kontrol grubunda 1G/2G daha yüksek, MMP-2 (-1306 C/T) gen varyasyonu hasta grubunda TT genotipi daha yüksek bulunurken kontrol gubunda CC genotipinin daha yüksek olduğu, MMP-3 (-1171 5A/6A) hasta grubunda 5A/6A genotipinin kontrol grubuna göre daha yüksek, kontrol grubunda 5A/5A genotipinin daha yüksek olduğu bulundu. MMP-1 (-1607 1G/2G), MMP-2 (-1306 C/T), MMP-3 (-1171 5A/6A) gen varyasyonlarının genotip dağılımları ile serum Fe, Cu, Zn düzeyleri ve Cu/Zn oranı istatiksel olarak değerlendirildiğinde; MMP-3 (-1171 5A/6A) gen varyasyonlarının 5A/6A-6A/6A genotipleriyle serum Zn düzeyleri arasında istatiksel olarak anlamlı bir fark bulunmuştur. Sonuç: Çalışmamızda sonuç olarak; KAH tanısı almış olan hasta grubu için, diabetes mellitus, hipertansiyon, kolesterol ve sigara kullanımı hastalık için risk faktörleri olabileceklerini, MMP-1 (-1607 1G/2G) gen varyasyonunun 2G/2G, MMP-2 (-1306 C/T) gen varyasyonunun TT ve MMP-3 (-1171 5A/6A) gen varyasyonunun 5A/5A genotiplerini taşıyan bireylerin KAH'a yakalanma olasılığının daha yüksek olabileceğini, serum Fe, Cu, Zn düzeyleri ve Cu/Zn oranının KAH'da takip edilmesi gereken değerler olabileceğini, MMP-3 (-1171 5A/6A) gen varyasyonunun 5A/6A-6A/6A genotiplerinin Zn ile birlikte değerlendirilerek klinik açıdan KAH riski taşıyan kişilerde hastalığa yakalanmadan gerekli önlemlerin alınmasına katkı sağlayabileceğini, KAH riski taşıyan bireylerde, hastalık ortaya çıkmadan önce gen varyasyonları ve eser elementleri bir arada değerlendirmenin, klinik açıdan önleyici tedbirler alınmasına önemli katkılar sağlayabileceğini ifade edebiliriz. Anahtar kelimeler: Koroner arter hastalığı, MMP-1 (-1607 1G/2G), MMP-2 (-1306 C/T), MMP-3 (-1171 5A/6A) gen varyasyonları, eser elementler. Destekleyen Kurum: Bu çalışma, Trakya Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: 2023/41
Bazı yabani korunga (Onobrychis sp.) populasyonlarının Tekirdağ ekolojik koşullarında tarımsal ve sitolojik özellikleri üzerine araştırmalar
Bu araştırmada, 49 yabani korunga populasyonunun bazı morfolojik, tarımsal ve sitolojik özelliklerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Tarla denemeleri Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi Ziraat Fakültesi Tarla Bitkileri Bölümü deneme alanında yürütülmüştür. Araştırmada bitki boyu, sap kalınlığı, yaprak sapı kalınlığı, yaprak boyu, yaprakta yaprakçık sayısı, yaprakta yaprakçık boyu, yaprakta yaprakçık eni, ana sapta çiçek salkımı sayısı, çiçek salkımı boyu, bitki yeşil ot verimi, bitki kuru ot verimi, kuru madde oranı, ham protein oranı, ADF oranı, NDF oranı ve çekirdek DNA içerikleri tespit edilmiştir. Korunga populasyonlarının bitki boyu, sap kalınlığı, yaprak sapı kalınlığı, yaprak boyu, yaprakta yaprakçık sayısı, yaprakta yaprakçık boyu, yaprakta yaprakçık eni, ana sapta çiçek salkımı sayısı, çiçek salkımı boyu, bitki yeşil ot verimi, bitki kuru ot verimi, kuru madde oranı, ham protein oranı, ADF oranı NDF oranıve çekirdek DNA içerikleri bakımından populasyonlar arasında istatistiki olarak önemli farklar meydana gelmiştir. Sonuç olarak, araştırmada kullanılan korunga populasyonları arasında morfolojik, tarımsal ve sitolojik özellikler bakımından geniş bir varyasyon mevcuttur. Yapılacak ıslah çalışmalarında genetik materyal olarak kullanılabilirler.
Anadolu'daki nadir otoinflamatuvar hastalıklar ile ilişkili mutasyonlar için alel yaşının hesaplanması
Otoinflamatuvar hastalıklar bireylerin doğal bağışıklık sistemlerindeki bozukluklar nedeniyle ortaya çıkan hastalıklardır. Atak dönemlerinde ortaya çıkan yüksek miktarda iltihap biyobelirteçleri en belirgin semptomlarındandır. İltihap yükselmesine genelde ateş ve ağrı eşlik eder. Bu tez çalışmasında Anadolu için önemli 3 nadir otoinflamatuvar hastalık (Ailevi Akdeniz Ateşi, TNF Reseptör İlişkili Periyodik Sendrom ve Behçet Hastalığı) ile ilişkili mutasyonların alel yaşları antik ve modern Anadolu bireyleri üzerinden analiz edilecektir. Alel yaşı bir popülasyon genetiği parametresidir. Temelde bir mutasyonun bir popülasyonda ortaya çıktığı tarihten günümüze geçen zamanı belirtir. Alel yaşı birçok farklı yöntemle hesaplanabilir. Bu yöntemlerden bir tanesi jenealoji temelli hesaplamadır. Bu tez çalışmasında, jenealoji temelli yöntemle alel yaşı ve daha birçok parametreyi hesaplayan biyoinformatik araç olan Relate kullanılmıştır. Relate, verilen verideki bilgileri kullanarak her bir genom bölgesi için bir jenealoji ağacı oluşturmaktadır. Daha sonrasında mutasyonları bu ağaçların dallarına haritalayarak, haritalandıkları dallar üzerinden yaş hesaplamalarını yapmaktadır. Bu yöntem kullanılarak belirtilen üç hastalık ile ilişkili toplam 26 TNP için alel yaşı hesaplanmıştır (hesaplanan en alt sınır 981,452 jenerasyon & hesaplanan en üst sınır 74080,4 jenerasyon). Hesaplanan yaş sonuçlarında Ailevi Akdeniz Ateşi için Anadolu'da hesaplanan daha önceki sonuçlarına kıyasla daha eski sonuçlar elde edilmiştir. Buna ek olarak, ilgili TNP'lerin alel frekansları da hesaplanarak yaş ve frekans arasında herhangi bir ilişki korelasyon analizleri ile değerlendirilmiştir. Sonuç olarak, yaş sonuçları ile frekans arasında anlamlı bir ilişki bulunamamıştır.
Vankomisine bağlı kırmızı boyun sendromu geliştiren hastalarda MRGPRX2 reseptör mutasyonlarının değerlendirilmesi
Hastanede yatan hastalarda nazokomiyal enfeksiyon insidansı % 5 ile 15 arasında değişmektedir. Yoğun bakım ünitelerine yatırılan hastaların % 25-33'ünde hastane enfeksiyonu komplikasyonlara neden olabilmektedir. Vankomisin sıklıkla yoğun bakım ünitelerinde kullanılmaktadır. Vankomisin, Metisiline dirençli Staphylococcus'lar, Corynebacterium jeikeium ve dirençli suşlara bağlı enfeksiyonların tedavisinde tercih edilen ilaçlardandır. Vankomisin, iki tür aşırı duyarlılık reaksiyonuna neden olabilir, bunlar; "Kırmızı Adam Sendromu" olarak da adlandırılan "Kırmızı Boyun Sendromu ve anafilaksidir. Kırmızı boyun sendromu, ilaca özgü antikorların rol almadığı idiyopatik bir infüzyon reaksiyonudur ve alerjik reaksiyonların aksine, ilk vankomisin uygulamasıyla gelişebilir. Kırmızı boyun sendromu, esas olarak vankomisinin parenteral uygulamasıyla ortaya çıkar. Kırmızı boyun sendromuna nadiren vankomisin tozunun topikal uygulaması ya da oral alımı da neden olabilir. Kırmızı boyun sendromunun belirtileri, sıklıkla infüzyonun başlamasından yaklaşık 4-10 dakika sonra ortaya çıkar veya tamamlandıktan hemen sonra başlayabilir. Genellikle ilk vankomisin dozunun hızlı infüzyonu (<1 saat) ile ilişkilidir. Daha önce herhangi bir olay olmaksızın 7 günden daha uzun süredir vankomisin tedavisi gören hastalarda 90 veya 120 dakikalık infüzyon sonunda gecikmiş reaksiyonlar görülebilir. Hastane protokollerinin çoğu vankomisinin minimum 60 dakika içinde infüze edilmesini gerektirir. Tipik olarak yüz, boyun ve üst gövdeyi tutan eritemli bir döküntü olan kaşıntıdan oluşur. Daha az sıklıkla hipotansiyon ve anjiyoödem oluşabilir. Hastalar genellikle yaygın yanma, kaşıntı ve genel rahatsızlıktan şikayet ederler. Hızla başları dönebilir ve ajite olabilirler ve ağız çevresinde, ateş ve parestezi geliştirebilirler. Ağır vakalarda hastalar göğüs ağrısı ve nefes darlığından şikâyet ederler. Daha önce yapılan çalışmalarda, toplumun bilinmeyen bir kısmının Vankomisin'e yanıt olarak fazla miktarda histamin salınımına eğilimli olabileceğini göstermiştir. Vankomisin'e bağlı olarak ortaya çıkabilecek aşırı duyarlılık reaksiyonları, Vankomisin'in mast hücreleri üzerindeki etkisinden kaynaklanmaktadır. Bir anafilaktoid reaksiyon olan kırmızı boyun sendromu, mast hücrelerinin ve bazofillerin degranülasyonundan kaynaklanır. Semptomlarından sorumlu olan mast hücre degranülasyonunu nasıl tetiklediği şimdiye kadar yeterince anlaşılamamıştır. Vankomisin ile ilişkili en yaygın aşırı duyarlılık reaksiyonu olan kırmızı boyun sendromunun, enfekte hastalarda görülme sıklığı % 3,7 ile % 47 arasında değişmektedir. Vankomisin çalışmaları ayrıca en şiddetli reaksiyonların 40 yaşın altındaki hastalarda, özellikle çocuklarda meydana geldiğini göstermektedir. Son zamanlarda hem insanlarla hem de farelerle yapılan çalışmalar, Mas ile ilişkili G-proteine bağlı reseptör elemanı X2 (MRGPRX2) ve Mrgprb2 (fare ortoloğu) nin, temel sekretagoglar ve nörokininler tarafından aktive edildiğini göstermiştir. Yaygın olarak kullanılan bazı küçük moleküllü ilaçların (örneğin, nöromüsküler bloke edici ajanlar, florokinolonlar, vankomisin) bu reseptörleri in vitro koşullar altında aktive ettiği gösterilmiştir, bu da mast hücresi degranülasyonuyla sonuçlanır. Bu nedenle yapılması planlanan çalışmada, Vankomisin'e bağlı kırmızı boyun sendromu gelişen hastalarda MRGPRX2 geninin protein kodlayan bölgesindeki genetik varyasyonların belirlenmesi hedeflenmiştir.
Türkiye Eurygaster austriaca Schrk. (Hemıptera: Heteroptera: Scutellerıdae) popülasyonlarındaki genetik farklılıkların belirlenmesi
Bu tez çalışmasında, Türkiye genelinde 17 ilin buğday ekim arazilerinden toplanan Eurygaster austriaca Schrk. popülasyonlarının 14 farklı AFLP moleküler marker primer kombinasyonuyla genotip farklılıklarının ortaya konulması hedeflenmiştir. Yassı vücutlu süne (E. austriaca) ile ilgili gerçekleştirilmiş herhangi bir moleküler çalışmaya rastlanamadığı için genotipleme protokolü olarak AFLP metodu tercih edilmiştir. Yassı vücutlu süne için hiçbir genom bilgisi mevcut olmadığından, herhangi bir dizi bilgisine bağlı olmayan ve ayrıca duyarlı ve güvenilir bir teknik olduğu kabul edilmiş olan AFLP tekniği kullanılmıştır. Moleküler çalışmaların sonucunda, en yüksek polimorfizm Uşak popülasyonunda %45.4, en düşük polimorfizm oranı Bursa popülasyonunda %17.7 olarak belirlenmistir. En yüksek polimorfizm oranını (%86.8) elde ettiğimiz reaksiyonda kullanılan primer çifti EcoRI ATT – MseI CGG'dir. En düşük polimorfizm oranını (%53.9) elde ettiğimiz reaksiyonda kullandığımız primer çifti ise, EcoRI ACC – MseI CCC'dir.AMOVA (Analysis of Molecular Variance) analizi sonucunda elde edilen popülasyonlar arası varyasyon değeri %23.08 düzeyinde bulunmuş, popülasyonlar içerisinde ise bu değer %76.91 seviyesinde tespit edilmiştir. PhiST değeri 0.23 olarak bulunmuştur. Popülasyonlar arası genetik farklılaşma, neighbour joining ve UPGMA dendrogramları popülasyonların farklılaşmalarını belirlemiştir. Görsellik açısından ek olarak Principle Coordinate Analizi popülasyonların gruplanmalarını daha net bir şekilde ortaya koymuştur.
Van ili gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss, Walbaum, 1792) anaç populasyonlarının büyüme hormonu (GHh) gen ekspresyon seviyeleri, genetik polimorfizm ile bazı fenotipik parametrelere göre değerlendirilmesi ve yönetimine yönelik bir araştırma
Bu çalışmada Van ilindeki gökkuşağı alabalığı kuluçkahanelerinde bulunan anaç populasyonlarının bazı fenotipik özellikleri, mitokondrial DNA'dan (mtDNA) genotipik polimorfizmleri ve büyüme hormonu (GH-I) gen ifade seviyeleri belirlenmiştir. Çalışmada kullanılan gökkuşağı alabalığı anaçları (Oncorhynchus mykiss) Van ilinde bulunan ve resmi olarak faaliyet gösteren 6 adet gökkuşağı alabalığı kuluçkahanesinden temin edilmiştir. Gökkuşağı alabalığı kuluçkahanelerinin genotipik özellikleri göz önüne alındığında gökkuşağı alabalığı kuluçkahanelerinde bulunan anaçların 7 adet farklı gökkuşağı alabalığı hattı oluşturduğu bulunmuştur. Ayrıca kuluçkahanelerin genotipik durumlarının "çok iyi", "iyi" ve "orta" seviyede olduğu görülmüştür. Çalışmada kuluçkahanelerin FIS değeri (-0.34) ̶ (0.21) arasında FIT değerleri ise (-0.05) ̶ (0.38) arasında bulunmuştur. Ayrıca FST değeri 0.21 bulunmuştur. Gökkuşağı alabalığı kuluçkahanelerdeki büyüme hormonu nispi gen ifade seviyelerine göre en yüksek büyüme hormonu (GH-I) nispi gen ifade seviyesinin sırası ile OCK ve SFA kuluçkahanelerindeki anaçlarda olduğu bulunmuştur. Sonuç olarak bu çalışmada Van ilindeki gökkuşağı alabalığı kuluçkahanelerdeki anaçlardan elde edilen genotipik ve fenotipik verilerin ayrı ayrı ve birlikte değerlendirilmesi ile sağlıklı bir kuluçkahane ve anaç yönetimi için kıyaslanabilir, değerlendirilebilir yönetim parametreleri elde edilmiştir.
ADAM19, FAM13A, IREB2 genleri yaygın varyantlarının KOAH yatkınlığı ve şiddeti ile ilişkisi
Kronik obstrüktif akciğer hastalığı (KOAH), kalıcı hava akımı kısıtlaması ile karakterize, çevresel etkenler ile genetik yatkınlık neticesinde gelişen, heterojen bir hastalıktır. Bu çalışmada KOAH ile güçlü seviyede ilişkilendirilmiş genler olan; IREB2, FAM13A, ADAM19 yaygın polimorfizmleri ile KOAH yatkınlığı ve şiddeti ile ilişkisini incelemeyi amaçladık. İlk olarak GOLD'un KOAH tanımlamasına uygun olarak persistan hava akımı kısıtlaması olan toplam 110 hastanın klinik verileri elde edildi. Periferik kandan elde edilen DNA ve spesifik primerler ile PCR yapıldı ve sonrasında ABI Prism 3500 cihazında Sanger dizileme yöntemi ile ADAM19, FAM13A, IREB2 genleri dizi analizleri tamamlandı. IREB2 rs2568494 GA genotipi ile KOAH hastalık yatkınlığı arasında anlamlı ilişki saptandı. FAM13A rs2869967 TC genotipi olanlarda solunum yetmezliği görülmesi riski 3.758 kat, mMRC 2 olma riski 2.359, daha fazla olduğu görüldü. FAM13A TC olan hastalarda GOLD B+D oranı (%74,4), FAM13A TC olmayanlara göre (%55,2) anlamlı derecede yüksekti. ADAM19 AG varyantı olanlarda istatistiksel anlamlı olarak FEV1 değerinin daha düşük seyrettiği, veriler değerlendirildiğinde IREB2 heterozigot varyantın KOAH hastalığı ile ilişkisi olabileceği görüldü. FAM13A TC varyanta sahip bireylerde KOAH gelişmesi halinde daha semptomatik seyredebileceği görüldü. Benzer şekilde ADAM19 rs1422795 AG genotipi ile hastalığa yatkınlık arasında ilişkisi saptanmadı ancak FEV1 değerlerinin hastalarda daha düşük olduğu tespit edildi. Bu çalışma sonucunda ADAM19, FAM13A, IREB2 genlerinin KOAH patofizyolojisinde yer alabileceği gösterildi. Çalışmamızda gösterilen farklı yolaklardaki ilişkiler, KOAH heterojenitesini yansıtan yeni yolakları belirlemek için çok önemlidir.
Obezitede FTO gen varyantlarının diyet bileşenleri ile ilişkileri
FTO gen varyantlarının diyet ve diğer yaşam tarzı alışkanlıkları ile etkileşimlerinin obezite göstergeleri üzerine etkileri son yıllarda dikkat çekmektedir. Farklı popülasyonlarda yapılan çalışmalardan elde edilecek kanıtlar, bu ilişkinin anlaşılması açısından önem taşımaktadır. Bu çalışmada, Türk popülasyonunda obezitede FTO gen varyantlarının (rs9939609 ve rs10163409) diyetin hem besin ögesi içeriği, hem de diyet kalitesi ile etkileşimlerinin detaylı olarak incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, fizik muayeneleri Hacettepe Üniversitesi Erişkin Hastanesi'nde yapılmış 200 sağlıklı kontrol (Beden Kütle İndeksi (BKİ): 18,5-24,9 kg/m2), 200 pre-obez/obez (BKİ≥25 kg/m2) olmak üzere toplam 400 birey katılmıştır. Bireylerin yaş ortalaması 34,8±7,08 yıldır. Bireylerin sosyodemografik özellikleri, sigara ve alkol kullanım durumları, fiziksel aktivite düzeyleri, uyku kaliteleri ve beslenme alışkanlıkları sorgulanmış ve geriye dönük 24-saatlik besin tüketim kaydı alınmıştır. Diyet kalitesinin belirlenmesinde Sağlıklı Yeme İndeksi-2010 (HEI-2010) ve Akdeniz Diyeti Uyum Ölçeği kullanılmıştır. FTO geni polimorfizmleri Kompetitive Allel Spesific PCR genotipleme ile analiz edilmiştir. Bireylerden açlık ve tokluk kan örnekleri alınarak, açlık serum lipid profili, açlık plazma glukoz ve insülin, postprandiyal glukoz ve insülin, plazma adiponektin, serum 25-dihidroksi vitamin D düzeyleri değerlendirilmiştir. Ayrıca, HOMA-IR değeri hesaplanmış ve sistolik ve diastolik kan basıncı ölçülmüştür. FTO rs9939609 minör allel (A) frekansı %39, FTO rs10163409 minör allel (T) frekansı %37'dir. FTO rs9939609 A allel taşıyıcıları %19,5, TT genotipi %9,4 oranında obezdir (p=0,028). FTO rs10163409 için obezite oranı genotipler arasında benzerdir (p=0,768). FTO rs9939609 genotipi için tüm genotiplerde, FTO rs10163409 için ise AA genotipinde toplam öğün sayısının obezite; ara öğün sayısının ise abdominal obezite göstergeleri ile negatif korelasyonda olduğu bulunmuştur (her biri için p<0,05). Diyetle karbonhidrat alımının rs9939609 TT genotipi için obezite göstergeleri açısından pozitif; AA/AT genotipleri için vücut yağ kütlesi oranı ile negatif korelasyonda olduğu bulunmuştur. Diyetle yağ alımı FTO rs9939609 AA genotipine sahip bireylerde vücut yağ kütlesi oranı ile pozitif korelasyon göstermiştir (p<0,05). FTO rs10163409 gen varyantları açısından diyetle protein alımının TA/TT genotipindeki bireylerde vücut yağ kütlesi oranındaki artış ile ilişkili olduğu bulunmuştur. Aynı SNP için diyette yağdan gelen enerji oranının AA genotipinde artan vücut yağ kütlesi oranı; TA/TT genotiplerinde ise abdominal obezite göstergeleri ile ilişkili olduğu saptanmıştır (her biri için p<0,05). Toplam risk allel sayısı 1 ve üzeri olan bireylerde, n-3 yağ asidi alımı arttıkça yüksek bel/kalça oranı riskinin %35 oranında düştüğü gösterilmiştir (p=0,033). FTO rs9939609 TT genotipine sahip bireylerin diyet kalitesi arttıkça plazma açlık insülin, postprandiyal insülin ve HOMA-IR düzeylerinde azalma saptanmıştır (her biri için p<0,05). FTO rs10163409 AA genotipinde ise diyet kalite skoru arttıkça plazma açlık insülin düzeyi ve HOMA-IR değerleri azalırken; plazma adiponektin düzeyi artmıştır (her biri p<0,05). FTO rs9939609 genotipi ve fiziksel aktivite düzeyi etkileşimi plazma adiponektin düzeyini etkilemiştir (p=0,027). Risk alleli taşıyan sedanter bireylerde plazma adiponektin düzeyi risk alleli taşımayanlara kıyasla daha düşüktür (p=0,006). Sonuç olarak, yetişkin bireylerden oluşan Türk örnekleminde FTO gen varyantlarının obezitede diyet ve diğer yaşam tarzı alışkanlıklarına karşı verilen yanıtı düzenleyerek, obezite göstergelerini etkileyebileceği doğrulanmıştır.
Exom veri setinden hastalığa özgü varyant veri tabanı oluşturulması
İnsan Genom Projesi ile insan referans genom dizisinin oluşturulması ardından ileri nesil dizileme teknolojileri ile katlanarak artan sayıda bireyin genomik dizileri ortaya çıkarılmaya devam etmiştir. Böylece, insanlar arasında genomik dizide milyonlarca farklılığın (varyantın) olduğunu görülmüştür. Bu genetik varyantların bir kısmının genetik hastalıklara sebep olduğu bilinmektedir; ancak bir dizileme analizinde ortaya çıkan pek çok varyanttan hangisinin hastalıkla ilişkili olduğunu saptamak zordur. Bu tezin amacı, genetik hastalık şüphesi olan kişilerden ekzom dizilemesi yapılarak elde edilen genetik varyant verilerinin Türk populasyonuna özgü verileri içeren bir varyant veri tabanı oluşturmakta kullanılması ve karşılaştırmalı varyant analizi için bir platform sağlanmasıdır. Bu amaçla, veri tabanı yönetim sistemi olarak MS-SQL; uygulama arka yüz teknolojisi olarak ASP .NET MVC; nesne ile ilişkisel haritalama/eşleme aracı olarak Entity Framework; ön yüz teknolojisi olarak ise HTML5, CSS teknolojileriyle Bootstrap, Javascript ve Jquery kütüphaneleri kullanılmıştır. Kurulan sistem, Ion Reporter yazılımı aracılığıyla anote edilen tabuler dosya formatlarını (.tsv, .csv gibi) kullanan genişletilebilir bir veri tabanıdır. Veri tabanında çeşitli varyant özelliklerine göre sorgu yapılabilmektedir. Ayrıca, veri tabanındaki hastaya özgü varyantlar, hastalık tipine ve kalıtım modeline göre 3 farklı modda, kurumsal ve uluslararası varyant veri tabanlarındaki varyant sıklıklarına ve varyantların pozisyonu/etkisine göre karşılaştırmalı varyant filtrelenebilmektedir. Sonuçta, oluşturulan veri tabanı hastalıkla ilişkili olabilecek genetik varyantların Türk toplumuna özgü veriler kullanılarak hızlı ve etkin analizini sağlamakta ve büyük genetik verilerin analizini kolaylaştırmaktadır.
TGFBI geninde genom düzenleme tekniği ile oluşturulan varyasyonların zebra balığı korneasındaki fenotipik etkilerinin incelenmesi
TGFBI-ilişkili kornea distrofileri, bu gende meydana gelen yanlış anlamlı mutasyonlar sonucu oluşan protein ürününün amiloid ya da hiyalin yapıda korneada birikmesiyle ortaya çıkan kalıtsal bir hastalık grubudur. TGFBI geni zebra balığında tek kopya olarak bulunmakta olup protein dizisi insandaki ortoloğu ile %65 homolojiye sahiptir. Bu genin protein ürünü (TGFBIp) zebra balığı korneasında gösterilmiştir. TGFBI'da 124. amino asit olan arjinini kodlayan kodon bu hastalık grubunda en sık bildirilen mutasyon bölgelerinden biridir. 124. arjinin amino asidi zebra balığında da korunmuştur. Bu verilerden yola çıkarak tez kapsamında zebra balığında tgfbi'de hedefteki arjinin rezidüsünü kodlayan bölgede TALEN ya da CRISPR/Cas9 genom düzenleme araçlarını kullanarak in frame değişiklik yapmayı amaçladık. Tgfbi'de hedef bölgedeki değişiklik homolog olmayan uç birleştirme tamir mekanizması ile oluşturulmuş olup hedef arjinin amino asidini ortadan kaldıracak şekilde p. Ser115_Arg117delinsLeu (c. 347_353delinsT) varyasyonu elde edilmiştir. Bu varyasyon hastalığı zebra balığında taklit etme potansiyeline sahiptir. Varyasyonu heterozigot olarak taşıyan 3 aylık zebra balıklarının gözlerinde ışık mikroskobu ile yapılan histolojik incelemelerde hematoksilen eosin, masson trikrom ve kongo kırmızısı ile boyamada hiyalin veya amiloid birikim saptanmamıştır. Bu tez çalışması, tgfbi geninde kornea distrofilerine neden olan 124. arjinin amino asidini zebra balığı genomunda ortadan kaldırarak in frame indel oluşturan ilk çalışmadır. Bu varyasyonu taşıyan zebra balıklarının daha ileri yaşlarda incelenmesi sonucu fenotipik değişiklikler tespit edilerek TGFBI-ilişkili kornea distrofilerinin modellenmesi ve hastalığın patogenezinin ortaya konulması mümkün olabilecektir.
Kopya sayısı varyasyonlarının makine öğrenme yöntemi ile analiz edilmesi
Kopya sayısı varyasyonları insan genomunun yaklaşık yüzde ikisinde bulunan belirli bir DNA bölgesinin kayıp veya kazançlarıdır. Yapısal varyasyonlar arasında yer alan bu grup sağlıklı popülasyonda bulunabileceği gibi ilgili bölgenin kayıp veya kazançları klinik tablolarla ilişkilendirilebilir. Tespit edilen kopya sayısı varyasyonunun klinik olarak yorumlamak aile çalışmasını da gerektiren, klinik ve genetik verinin değerlendirme sürecidir ve her zaman doğru bilgiye ulaşılamamaktadır. Kullanımı artan makine öğrenme algoritmaları tıp alanında da kullanılmakta ve özellikle büyük veri setlerinin bulunduğu genetik gibi alanlarda giderek önem kazanmaktadır. Bu çalışma ile kopya sayısı varyasyonlarının klinik açıdan değerlendirilmesinde makine öğrenme algoritmalarının kullanımı amaçlanmıştır. ClinVar veri seti ile birden fazla çok sınıflı makine öğrenme algoritmaları kullanılarak makine öğrenme modelleri oluşturulmuştur. Daha küçük veri seti ile yapılan modelde çok sınıflı karar ağacı ile ortalamada 0,96 doğruluğa ulaşılırken ana veri setinde yine çok sınıflı karar ağacı ile 0,86 doğruluğa ulaşılmıştır. Çalışmada sık karşılaşılan tanımlı varyantların daha yüksek başarı ile tanımlandığı, yine iki sınıflı benign patojenik ayrımında modelin daha başarılı olduğu gösterilmiştir. Bu çalışma kopya sayısı varyantlarının klinik değerlendirilmesinde kullanılabilecek ve tanıyı otomatikleştirebilecek öncül bir makine öğrenme modeli oluşturulabileceğini göstermiştir.
Fenil alanin hidroksilaz ( PAH) genindeki nükleotid yer değişimlerinin enzim aktivitesi ile ilişkisi
Hyperphenylalaninemia (HPAs), en sık görülen ve doğuştan gelen metabolizma bozukluğudur (1: 10.000), resesif kalıtımlı ve fenilalanin hidroksilaz (PAH) genini kodlayan mutasyonlar sonucunda meydana gelmektedir. PAH L-Fenilalanini , L-Tyrosine dönüştürmektedır. PAH süprese olmasıs L-Phe ve toksik metabolitlerin birikimine yol açmaktadır . HPAs Phe serum seviyelerine uygun olarak üç grupta incelenmektedir : 1. Klasik PKU 2. Hafif PKU 3.Hafif HPA . kromozom 12 üzerinde yer alan PAH geni, 171 kb ve 13 eksondan oluşmaktadır. Bugüne kadar PKU için 600'den fazla etken mutasyonlar , tüm PAH genine tarif edilmekte olup , bunlardan : %62 missens mutasyon ; %14 delesyon ; %11splise sit mutasyon %6 nonsens mutasyon ;%2 insersiyondur . PAH, hepatik monooksijenaz ve 452 amino asitli 6R-L-eritro-5,6,7,8-tetrahidrobiopterin (BH4) ve moleküler oksijen kullanarak L-Phe , L-Tyr dönüşümünü kataliz etmektedir. PAH üç domaindan oluşur : 1. N-terminal düzenleyici domain 2. Geniş katalitik domain 3. C-terminal tetramerizasyon domain . Ayrıca HPA ilk tanımlanan metabolik bozukluğudur ve klinik semptomları önlemek için kısıtlı-Phe diyeti tedavi olarak saptanmıştır. Benim tezin amacı 25 PKU hastalarında ve 25 taşıyıcılarda PAH geninin moleküler analizi gerçekleştirmek için yapılmiştır. PAH mutasyonlarının analizi ve PAH geninin moleküler epidemiyolojisini tanımlayabilmek ve Ege'nin diğer bölgelerinden gelenlerden elde edilen verileri karşılaştırmak amaçlandı. PAH geninin analizi, amplifikasyon ve tüm gen direk sekanslama ile, periferal kandan genomik DNA ekstraksiyon yoluyla gerçekleştirilmiştir. Çalışmanın son aşamasında, optimize edilmiş negatif hastalarda PKU etken mutasyonların tespitlenmesi, intron ve düzenleyici bölgeler dahil olmak üzere tüm PAH geninin dizi analizi yapılmıştır. Sonuç olarak, bizim çalışmamızda, hastalarda PAH geninin taşıyıcı veya kalıcılık riski mutasyonların epidemiyolojisi ve aile içinde PKU prenatal tanı, PKU hastalarında BH4 duyarlılığı, mutasyonları ve fenotip ile hastalığın ilişkisi saptandı . Veri görünümünde, ülkemizde meydana gelen çeşitli yerleşimler tarihsel ve antropolojik noktanın yenilenmesine yardımcı olabilirliği amaçlanmıştır.
Hemoglobin A2 değerini düşüren delta globin gen değişikliklerinin araştırılması
ÖZET Giriş ve Amaç: Bir hemoglobinopati hastalığı olan beta talasemi, hemoglobinin beta globin sentez defekti sonucu oluşur. Beta talasemi taşıyıcılığı tanısı koymada yüksek performanslı sıvı kromatografisi (HPLC) sonucu ortaya çıkan HbA2 değerinin önemi büyüktür. Beta talasemi taşıyıcılığında HbA 2 seviyesinin artmış olması beklenmektedir. Ancak bazı durumlarda HbA2 değeri artış göstermemektedir. HbA2 değerini düşüren nedenler arasında en az araştırılmış olanı delta globin gen değişikleridir. Delta globin gen değişiklikleri klinik olarak bulgu vermese de beta talasemi taşıyıcılığının tanınmasında yanlış tanıya sebep olabilmektedir. Çünkü HbA2 değeri, delta globin azalmasına bağlı olarak normal ya da normalin altında olabilmektedir. Bu sebeple talasemi taşıyıcılığının sık görüldüğü bölgelerde talasemi önleme programları için delta globin gen değişikliklerinin ortaya konması önemlidir. Bu çalışmada beta talaseminin sık görüldüğü ülkemizde dizi analizi ile HBD geni varyasyonlarını ortaya koyarak, delta globin gen varyasyon sıklığını ve bu varyasyonların tiplerini ortaya koymayı amaçladık. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı'na alfa veya beta talasemi mutasyon analizi için başvurmuş toplam 50 olgu alınmıştır. HbA2 değeri elektroforezde %2 ve altında, mikrositoz ve hipokromisi olan 40 olgu ve HbA2 fraksiyonunda ek pik saptanan 10 olgu bulunmaktadır. Bu olgularda Sanger dizi analizi yöntemiyle HBD geni değişiklikleri araştırılmıştır. Bulgular: Çalışmada 8 olguda toplam 7 farklı varyasyon tespit edilmiştir. Saptanan 7 varyasyonun 5'i daha önce tanımlanmıştır. İki varyasyon (c.350 G>C ve c.-172 A>T) ise ilk defa bu çalışmada saptanmıştır. Saptanan değişiklikler; 1 olguda tanımlı c.-115 A>G mutasyonu,1 olguda tanımlı c.14 C>T mutasyonu ve 2 farklı benign varyasyon (c.294 C>T, c.316-174_316-173delAT),1 olguda varyant hemoglobin oluşturan ve ilk defa bu çalışmada tanımlanan c.350 G>C varyasyonu ve 5 olguda bir tanesi bu çalışmada tanımlanan 2 farklı varyasyondur (c.315+429 T>C, c.-172 A>T). Sonuç: Yeni bulunan 2 varyasyondan biri yeni hemoglobin varyantı HbA2-Bornova olarak dünya literatürüne kazandırılmış, diğeri ise The American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) kriterlerine göre benign olarak değerlendirilmiştir. Varyasyon saptanan olguların laboratuvar bulguları değerlendirilerek fenotip-genotip korelasyonuna katkı sağlanmıştır. Türkiye popülasyonundaki HBD geni varyasyon dağılımı,bilindiği kadarıyla, ilk kez değerlendirilmiştir.
Identification of novel genes involved in the etiology of benign neonatal/infantile epilepsy syndromes and genetic epilepsy with febrile seizures plus (GEFS+)
Epilepsy is among the most prevalent episodic neurological disorders. Genetic factors play a major role in the etiology of epilepsy. This thesis included analysis of families with distinct epilepsy phenotypes in order to delineate their complex genetic background using advanced and highthroughput current technologies. The first part of the thesis comprised a large family with BFIS phenotype which was analyzed and found to have a synonymous change in the SCN1B gene affecting splicing efficiency as shown in neuronal cell culture and by in silico tools. It was the first time SCN1B gene was shown to be associated with the BFIS phenotype. Several patients in the family also had KCNQ2 gene copy number gain and a frameshift mutation in the PRRT2 gene. The lower penetrance of these two BFIS associated gene mutations indicated the oligogenic nature of the disease. Additional families with BFIS phenotype were also analyzed for point mutations in the SCN1B and PRRT2 genes. A frameshifting 2 bp deletion in the PRRT2 gene was found in one family and rare SNPs in SCN1B genes were identified in other families. Five BFNS patients with neonatal disease onset, on the other hand, had inherited KCNQ2 gene copy number gain mutations suggesting that KCNQ2 duplications mutations may also be implicated in the etiology of BFIS/BFNS phenotypes. In the second part of the study a large multiplex, multigenerational kindred with epilepsy similar to GEFS+ phenotype and with patients having idiopathic generalized or partial epilepsy subtypes was analyzed by current genomic technologies and found to have a VNTR expansion on the mir137 gene in significantly higher numbers in individuals with epilepsy phenotypes. The VNTR expansion disrupts the expression of mir137 that targets all the genes involved in schizophrenia, synapses formation and important ion channel genes involved in epilepsy.
Primer immün yetmezliğe sahip hastaların klinik, immünolojik ve moleküler genetik değerlendirilmesi ve yeni tanımlanan varyantlar
Amaç: Primer İmmün Yetmezlik Hastalığı (PİYH), bağışıklık sisteminde görev alan unsurların, doğumsal ya da primer gelişim ve olgunlaşma basamaklarını ilgilendiren bozukluklar nedeniyle meydana gelen, otoimmünite, immündisregülasyon ve kronik ve/veya yineleyen enfeksiyonlarla sonuçlanan bir hastalık grubudur. Moleküler tanının zorluğu ve fenotipik sınıflandırmadaki değişiklikler nedeniyle özellikle farklı popülasyonlara ait genomik veri bugüne değin sınırlı kalmıştır. Bu çalışmada merkezimizce incelenen tüm hastaların fenotipik özellikleri ve genotipik altyapıları birlikte değerlendirilerek, Türk toplumunda görülen değişimlere dair fikir edinmek, insidental verilere ulaşmak, genotip-fenotip korelasyonuna dair içgörümüzü geliştirmek ve daha önce tanımlanmamış varyantları inceleyerek klinik veri ile korrelasyonlarını değerlendirmek amaçlanmıştır. Yöntem: Çalışmamızda, 2017 ile 2021 yılları arasında Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Genetik Bölümü'ne immün yetmezlik ön tanısı ve/veya ilintili şikayetleriyle başvurmuş ve ön değerlendirmeden geçirdikten sonra, DNA izole edilmiş, ve immün yetmezliklerin tanı ve takibinde yeri olduğu gösterilmiş 64 adet geni içeren bir panel, NGS (Next Generation Sequencing – Yeni Nesil Dizileme) yöntemi ile genetik açıdan analiz edilmiş, ve nihayetinde hastaların fenotipik ve genotipik verileri değerlendirilmiştir. Buna ek olarak ebeveyn çalışmaları için belirlenen bölgelere Sanger dizi analizi çalışılmış ve analiz edilmiştir. Bulgular: Bazı hastalarda birden çok gen değişimi raporlandığından, 224 hastada olası benign, önemi bilinmeyen varyant, olası patojenik ve patojenik sınıflarına dâhil olan toplam 354 varyant raporlandı. En sık raporlanan gen DOCK8 idi (36 hasta, 10,2%), bunu LRBA (25 hasta, 7.2%), ATM (24 hasta, 6.9%), TNFRSF13B (20 hasta, 5.8%) ve PRF1 (17 hasta, 4.9%) izlendi. IV Sonuç: Çalışmamızda, immün sistem bozuklukları ile ilişkili genlerdeki değişimlerin kapsamlı bir değerlendirmesi yapılmış, patojenitesi bugüne değin netleşmemiş veya literatürde daha önce hiç bildirilmemiş varyantlar tartışılarak yeni genotip fenotip ilişkilendirmeleri yapılmıştır. Elde edilen veriler, literatüre sağlayacağı katkının yanında bu alanda gelecekte planlanacak araştırmalar ve hastalara yaklaşm için yol gösterici olabilir.
CNTNAP2 ve SETBP1 varyantlarının gelişimsel dil bozukluğuna olası etkisinin araştırılması
Amaç: Gelişimsel dil bozukluğu (GDB), çocukların iletişim kurmalarını zorlaştıran en yaygın gelişimsel engellilik olup, normal dil gelişimindeki bozulmanın, işitme kaybı, nörolojik/psikiyatrik hastalıklar ve çevresel uyaranlardan yoksunluk ile açıklanamaması ile karakterizedir. GDB patogenezinde çevrenin yanı sıra, güçlü genetik faktörlerin de etkili olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada SETBP1 ve CNTNAP2 genlerindeki dizi varyasyonları ve suçlanan çevresel değişkenlerin GDB etiyolojisindeki rolünün belirlenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Eylül 2022-Mart 2023 tarihleri arasında Necmettin Erbakan Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi (NEUTFH) Çocuk Ruh Sağlığı polikliniklerine başvuran, DSM-V ölçütlerine göre dil bozukluğu tanısı konulan, gelişim düzeyleri AGTE ile değerlendirilmiş olan, 2 - 7 yaş arasındaki otuz çocuk, etiyolojiden sorumlu olabilecek aday genler ve çevresel etmenler açısından incelenmiştir. NEUTFH Tıbbi Genetik polikliniklerine başvuran, vaka grubundakiler ile yaş ve cinsiyet bakımından benzer, altta yatan bir hastalığı olmayan otuz sağlıklı çocuk kontrol grubu olarak çalışmaya dahil edilmiştir. Her iki grubun periferik kanından izole edilen DNA örneklerinde SETBP1 ve CNTNAP2 genleri yeni nesil dizileme yöntemi ile analiz edilmiştir. Saptanan varyantların klinik önemini değerlendirilmiş ve gerekli vakalarda varyant doğrulama ve segregasyon analizleri Sanger dizileme ile yapılmıştır. Elde edilen veriler uygun istatiksel yöntemlerle karşılaştırılmıştır. Bulgular: En sık varyant türü, CNTNAP2 geninde intronik (%75), SETBP1 geninde missense varyantlar (%60) olmuştur. 29 SNV vaka ve kontrol gruplarında ortak izlenirken üç SNV (rs186624619, rs17170742, rs373599564) ve iki önemi bilinmeyen (CNTNAP2: c.973C>G:p.P325A ve CNTNAP2: c.2236G>A:p.D746N) varyant yalnızca vaka grubunda izlenmiştir. Nadir varyantlardan biri novel olup, her ikisinin in siliko analizleri çelişkili sonuçlar vermiştir.Yapılan segregasyon çalışmasında etkilenmemiş ebeveynden paternal kalıtıldıkları gösterilmiştir. Polimorfizmlerin vaka ve kontrol gruplarındaki sıklıkları kıyaslanmıştır. SETBP1 rs11082414 (G/C) varyantı için homozigot CC genotip sıklığı hastalarda kontrollere kıyasla anlamlı derecede daha yüksek bulunmuştur (p=0,024). Nongenetik faktörler incelendiğinde ise vaka grubunda ortalama doğum kilosu daha yüksek (p=0,043), ortalama laktasyon süresi daha düşük (p=0,044) bulunmuştur. Sonuç: Çalışmamızda aile öyküsü, erkek cinsiyet, 15 aydan az laktasyon süresi ve SETBP1 rs11082414-CC varyantının GDB için risk faktörü olabileceği sonucuna varılmıştır. Risk faktörlerini belirlemek, yüksek riskli aileler için önleyici ve tedavi stratejileri oluşturmaya yardımcı olabilir.
Türk popülasyonunda Sjögren sendromunun gelişimini etkileyebilecek olası genetik varyasyonların incelenmesi
Bu çalışma, bir grup Türk popülasyonunda genotipleme yöntemiyle Sjögren sendromu gelişiminde önemli rolü olan HLA-DQB1*0301, STAT4 rs7574865, BAFF rs9514828 ve TINIP1 rs17728338 gen polimorfizmlerini belirlemek için tasarlanmıştır. Klinik olarak Sjögren sendromu veya başka bir hastalık kanıtı olmayan 40 birey kontrol grubu olarak kabul edilmiştir. Hasta grubunu ise Sağlık Bakanlığı Ankara Şehir Hastanesi Romatoloji Polikliniğine başvuran ve Sjögren sendromu tanısı konan115 kişi ile oluşturulmuştur. Genotipleme analizleri PCR-RFLP yöntemleri ile yapılmıştır. Sonuçlara göre, HLA-DQB1*0301, STAT4 rs7574865, BAFF rs9514828 ve TINIP1 rs17728338 genleri Sjögren sendromunda hastalık gelişimini etkilemektedir. İncelenen genlerden BAFF rs9514828 geni en fazla hastalık gelişimine katkı sağlayan gendir (6,71 kat). Diğer yandan, HLA-DQB1*0301, STAT4 rs7574865, TINIP1 rs17728338 varyantları sırasıyla 6,05, 5,88 ve 4,87 kat hastalık gelişme riskini artırmaktadır. Sonuç olarak, HLA-DQB1*0301, STAT4 rs7574865, BAFF rs9514828 ve TINIP1 rs17728338 gen polimorfizimleri ve Sjögren sendromu arasında ilişki vardır. Anahtar Sözcükler: BAFF rs9514828, HLA-DQB1*0301, Sjögren sendromu, STAT4 rs7574865, TINIP1 rs17728338.
Şizofrenide tedavi direncinin otistik özellikler ve obsesif-kompulsif belirtilerle ilişkisinin ilgili genetik varyasyonlar aracılığıyla araştırılması
Amaç: Bu tez çalışmasının amacı şizofreni hastalarında tedavi direnci ile ilişkili olabilecek obsesif-kompulsif semptomların (OKS), otizm spektrum bozukluğu (OSB) özellikleri ile ilişkisini ve daha önce şizofreni hastalarında OKS'ye duyarlılık yarattığına ilişkin bulgular elde edilmiş olan BDNF, COMT, HTR2A ve SLC6A4 genlerine ait bazı polimorfizmlerin rolünü araştırmaktır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya 70 tedaviye dirençli şizofreni hastası ile 66 tedavi direnci geliştirmeyen şizofreni hastası olmak üzere toplam 136 katılımcı alınmıştır. İlk aşamada tüm katılımcılara şizofreni belirtilerini değerendirmek için Pozitif ve Negatif Sendrom Ölçeği (PANSS) ve Klinik Global İzlenim-Şizofreni Ölçeği (KGİ-ŞÖ), belirtilerine ilişkin farkındalıklarını değerlendirmek için İçgörü Değerlendirme Ölçeği (İDÖ), depresyon şiddetini değerlendirmek için Calgary Şizofrenide Depresyon Ölçeği (CŞDÖ) uygulanmıştır. Ardından hastalarda OKS şiddetinin değerlendirilmesi için Yale Brown Obsesyon-Kompulsiyon Ölçeği (YB-OKÖ); otistik özelliklerin değerlendirilmesi için ise PANSS Otizm Şiddeti Ölçeği (PAUSS), Tekrarlayıcı Davranışlar Ölçeği-Revize-Türkçe Versiyonu (TEDÖ-R-TV), Erişkin Otizm Spektrum Anketi (OSA), Gözlerden Zihin Okuma Testi (GZOT) ve Tanısal Otizm Spektrum Görüşmesi (DASI) uygulanmıştır. Premorbid bilişsel işlevleri değerlendirmek amacıyla da tüm hastalara Raven Standart Progresif Matrisler Testi (RSPMT) uygulanmıştır. İkinci aşamada tedaviye dirençli şizofreni grubundaki hastalardan kan numuneleri alınarak BDNF, COMT, SLC6A4 ve HTR2A genlerine ait polimorfizmler araştırılmıştır ve bunların OKS ile ilişkisi değerlendirilmiştir. Bulgular: Her iki grup arasında sosyodemografik özellikler ve şizofreni belirti şiddeti açısından anlamlı farklılık saptanmamıştır. Tedaviye dirençli şizofreni hastalarında, tedaviye direnç göstermeyen hastalara göre OKS şiddeti ve otistik özellikler anlamlı düzeyde fazla bulunmuştur. Tedaviye dirençli şizofreni grubunda OKS şiddeti yüksek olan hastaların OSA, TEDÖ toplam ve PAUSS puanları anlamlı düzeyde yüksek bulunmuştur. Yapılan çoklu doğrusal regresyon analizi sonucunda bu grupta yalnızca OSA puanlarının OKS'yi yordadığı görülmüştür. Ek olarak, tedaviye dirençli şizofreni grubunda BDNF, COMT, HTR2A ve SLC6A4 genlerine ait polimorfizmlerin frekansları, sağlıklı popülasyona göre farklılık gösterse de OKS ile anlamlı bir ilişki bulunmamıştır. Sonuç: Şizofrenide OKS ve otistik özellikler tedavi direnci ile ilişkili görünmektedir. Dolayısıyla tedaviye dirençli şizofreni hastalarında OSB ve OKB tanı ve ayırıcı tanısının sağaltımda ele alınması önemlidir. Bu hasta grubunda OKS ve OSB ile ilgili genlere ait polimorfizmlerin rollerini kesin olarak ortaya koyabilmek amacıyla daha geniş örneklemlerde, glutamaterjik genleri de içeren polimorfizmlerin araştırılması önerilir.
COVID-19 tanılı hastalarda SARS-COV-2 tam genom analizi ve klinik bulgular ile ilişkisi
Şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs 2'nin (SARS-CoV-2) neden olduğu koronavirüs hastalığı (COVID-19), Aralık 2019'un sonlarında Wuhan'da ortaya çıkarak kısa sürede tüm dünyada etkisini göstermiştir. Pandemiden kısa süre sonra ortaya çıkan SARS-CoV-2 varyantları, epidemiyolojik ve klinik bulgularda, aşı ve tedavi seçeneklerinde değişikliklere neden olarak pandeminin seyrini değiştirmiştir. SARS-CoV-2 virüsünün genomik dizilimini belirlemek için kullanılan bir teknik olan sekanslama, yeni varyantların ve mutasyonların tespiti ve karakterizasyonu için önemli bir araçtır. RNA dizisindeki değişikliklerin belirlenmesi, virüsün evrimi, yayılımı, bulaşıcılığı, hastalığın klinik bulguları ve aşıların etkililiği gibi faktörlerin anlaşılmasına katkı sağlar ve salgının kontrolünde önemli bir rol oynar. Bu çalışmada farklı dönemlerde takip edilen belirli özelliklere sahip COVID-19 hastalarından elde edilen SARS-CoV-2 örneklerinde tam genomik sekanslama yapılarak virüsün yapısal değişikliklerinin görülme sıklıkları ve hastalığın klinik bulgularına etkisi analiz edilmiştir. 2022 Ocak ve Kasım ayları arasında Pamukkale Üniversitesi Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği'nde takipli 21 hasta çalışmaya dahil edilmiştir. COVID-19 hastalarının nazofaringeal ve orofaringeal sürüntü örnekleri alınarak viral RNA'ları ekstrakte edilmiş ve tam genomik sekanslama analizi gerçekleştirilmiştir. Hastalar klinik durumlarına göre hafif, orta ve ciddi klinik seyirli olmak üzere gruplandırılmış, klinik durumları, laboratuvar sonuçları, radyolojik bulguları ve PCR pozitiflik süresi ile gen analizi sonuçları arasındaki ilişki araştırılmıştır. Çalışmaya dahil edilen 21 hastanın 13'ü (%61,9) erkek ve yaş ortalamaları 65,3±20,7 (26-97) idi. Toplamda 18 (%85,7) hastanın hastanede (servis veya yoğun bakım) takip ve tedavisi yapılırken, üç (%14,3) hasta ayaktan takip edildi. Çalışmada 12 hastada Omicron BA.2, dört hastada Omicron BA.1, dört hastada Omicron BA.5 alt varyantları ve bir hastada Delta varyantı saptandı. İncelenen tüm izolatlarda c.1841A>G (D614G), c.425G>A (G142D), c.9764C>T, NSP4 (T492I), c.14144C>T (NSP12 P323L) mutasyonları saptandı. Hastalardan izole edilen örneklerde tespit edilen mutasyonlar ile bu mutasyonların tüm dünyada aynı sekansta görülme sıklıkları Pearson korelasyon testi ile karşılaştırıldığında, bu değişkenler arasında yüksek derecede pozitif bir korelasyon bulundu. (r(163)=0.81, p<0.001). Ek olarak Türkiye'den alınan örneklerde ilk kez bulunan bazı missense mutasyonlar gözlemlendi. Ağır klinik seyirli hastalarda obezite, hafif ve orta klinik seyirli hastalara göre istatistiksel açıdan anlamlı olarak daha yüksek oranda görüldü (p=0,042). Laboratuvar bulgularına göre incelendiğinde ağır klinik seyirli hastalarda; başvuru anındaki C-reaktif protein (p=0,014), aspartat aminotransferaz (AST) (p=0,001), BUN ve (p=0,018) kreatinin yüksekliği (p=0,003) ve hemoglobin (Hgb) değerlerinde düşüklük (p=0,037) diğer klinik formalara göre istatistiksel olarak anlamlı olarak daha fazla tespit edildi. Uzamış PCR pozitifliği (dört haftanın üzerinde) immunsuprese hastalarda (malignite (p=0,016), lenfoma (p=0,006)) daha sık saptandı. Aynı zamanda bu hastaların çoğunun orta ve ağır klinik seyir gösterdiği saptandı (p=0,019). İmmun yetmezlik kliniği olan hastalarda istatistiksel açıdan anlamlı şekilde daha fazla hastaneye yatış (p=0,026) ve daha ağır hastalık tablosu gözlemlendi (p=0,018). Çalışmaya alınan hastalarda saptanan mutasyonlar değerlendirildiğinde ise aşılardan herhangi biriyle dört doz ve üzeri aşılanan hastalarda Spike Q493R mutasyonu daha yüksek oranlarda saptandı (p=0,043). Çalışmada nadir olarak görülen mutasyonlara bakıldığında literatürle uyumlu bir şekilde Omicron BA.1 subvaryantı saptanan olgularda Spike A67V, del211 ve ins214EPE mutasyonları viral infektivitede artış ve bağışıklık yanıtına direnç ile ilişkilendirilmiştir. Spike R346K ve Türkiye'den ilk kez bildirilen Spike A263T mutasyonunun klinik etkisinin infektivite ve bulaştırıcılıktan ziyade sonuncusu son üç ay içinde olan dört doz aşılamaya rağmen hastamızda tespit edilmesi sebebiyle bu varyantın antikor yanıtından kaçış ile ilişkili olabileceğini düşündürmüştür. Omicron BA.2 subvaryantı hastamızda saptanan Spike R21T'nin, literatürle uyumlu olarak, virüsün insan ve bağırsak hücrelerine geçişini artırarak ağır klinik seyir ve gastrointestinal (GİS) bulgulardan sorumlu olabileceği (hastamızda GİS semptomları olması nedeniyle) ve antikor nötralizasyonunda azalmaya (hastamızın dört doz aşılanma öyküsü olması nedeniyle) neden olabileceği sonucuna varılmıştır. Omicron BA.2 subvaryantı için Spike L452M değişikliğinin ORF3a'da tespit edilen D155Y ile sinerjik etki göstererek aşırı immün yanıt ve hiperinflamasyonu tetikleyebileceği (hastamızın inflamatuar parametlerinde belirgin artış olması nedeniyle) düşünülmüştür. NSP1 H110Y mutasyonun konakçı gen ifadesini inhibe ederek bu yolla bağışıklık sisteminden kaçma etkisinin hastamızda da görüldüğü gözlemlenmiştir. Spike A222V, T323I ve NS7a A106T değişiklikleri azalmış infektivite, artmış bağışıklık yanıtından kaçış ve konakçı-virüs bağlanması (hastamızda hafif klinik seyir, uzamış PCR pozitifliği saptanması nedeniyle) ile ilişkilendirilmiştir. NSP4 T114I'in literatürle uyumlu olarak hastamızda da viral replikasyonda artış/viral klerenste azalış ile uzamış PCR pozitifliğine neden olduğu görülmüştür. Spike A27S, K417N, N440K, Q493R, T19I, G142D mutasyonlarının saptandığı hastalarımızda da yine literatürle uyumlu olarak, ortak etki oluşturarak aşı ile oluşan antikor yanıtına dirence neden olduğu gözlemlenmiştir. Spike G339D, S373P, S375F, K417N, N440K, S477N, T478K, E484A, Q493R, Q498R, N501Y mutasyonlarının da dört doz aşılı ve yüksek antikor titresine sahip hastamızda olması nedeniyle bağışıklık yanıtından kaçış etkisinin olabileceği düşünülmüştür. Çalışmamızda Delta (B.1.617.2) varyantı saptanan bir olguda Spike protein NTD spesifik E156G/del157-158 ve L452R kombinasyonunun artan enfektivite, aşı ile ortaya çıkan poliklonal antikorlara direnç ve artmış hücreden hücreye füzyon etkisinin olgumuzda da gözlemlendiği düşünülmüştür. Spike P681R saptanan hastamızda olduğu gibi ağır klinik seyir ve uzamış PCR pozitifliği ile ilişkili olabileceği sonucuna varılmıştır. Omicron BA.5 varyantı için NSP13 A389V, NSP14 M315I, NSP16 T140I mutasyonlarının hastamızda hiperinflamasyon kliniği olması nedeniyle literatüre benzer şekilde abartılı inflamatuar yanıta ve akciğer immünopatolojisine neden olabileceğini düşündürmüştür. N E136D mutasyonu, hastamızda olduğu gibi daha ağır ve uzun seyreden üst solunum yolu bulgularına neden olabileceğini ve yurt dışı seyahat öyküsü olan kişiyle temas öyküsü olması nedeniyle seyahat öyküsünün epidemiyolojik ve varyantların dağılımındaki önemini olgumuzda göstermiştir. Türkiye'de ilk kez sekanslama sonuçlarının kliniğe yansıması bu çalışmada değerlendirilmiştir. Ancak sınırlı sayıda hasta grubunda ve tek merkezde yapılan bu çalışma tüm ülke verilerini temsil etmemektedir. Daha büyük bir popülasyonda, daha fazla sayıda merkezde, daha fazla sekanslama çalışmaları ile bu sonuçların klinik yansımasının araştırılmasına gereksinim vardır. Virüsün yayılımının ulusal ve global seviyelerde takibi, viral genomların karşılaştırılması ve moleküler filogenetik ağaçların oluşturulmasıyla izlenebilir. Genetik değişikliklerin tespiti, varyantların ortaya çıkması ve mutasyon oranlarının anlaşılması etkin tedavi ve aşı geliştirilmesinde olumlu bir etki yaratacaktır.
Titanyum ve gümüş nanopartiküller ile endüstriyel kenevir bitkisinde In Vitro elisitasyon
Global olarak yüksek tohum ve lif verimine sahip olan oldukça önemli olan endüstriyel kenevir (Cannabis sativa L.) bitkisi bu çalışmada kullanılmıştır. In vitro koşullarda çimlenmesi, büyümesi, biyokimyasal ve moleküler varyasyonu etkilerin araştırılması hedeflenmiştir. Bitki materyali olarak bir adet Narlısaray popülasyonu ve bir adet Narlı çeşidi tohumları kullanılmıştır. Yüzey sterilizasyonu için %70'lik EtOH ve %0.1 HgCl₂ kullanılarak iki aşamalı bir protokol geliştirilmiştir. Ardından tohumlar, 48 saat boyunca %2'lik H2O2 h/h ile muamele edilmiştir. Daha sonra tohumları farklı konsantrasyon ve tip nanopartikül içeren içeren MS ortama kültüre alınmıştır. 17 günlük in vitro kültür sonunda fizyolojik parametreler; çimlenme (%), sürgün uzunluğu (cm), kök uzunluğu (cm), ve sürgünlerin yaş ağırlığı (mg) belirlenmiştir. Benzer şekilde, farklı tip NP ve bunların konsantrasyonlarının in vitro koşullar altında gelişen kenevir bitkilerinin büyüme üzerindeki etkilerini kontrol etmek için klorofil a ve b, toplam karotenoidler ve MDA içerikleri gibi biyokimyasal parametreler de incelenmiştir. Bununla birlikte, iPBS-retrotranspozon primerleri kullanılarak genetik varyasyonları de incelenmiştir. Ag NP'lerin çimlenme üzerinde olumsuz etkileri izlenirken, TiO2 NP kontrol ile hemen hemen benzer çimlenme etkileri göstermiş olup, kıyasla kök uzunluğu bakımından her iki tip NP'den olumsuz etkileri incelenmiştir. Her iki tip NP takviyesi de kontrole kıyasla daha yüksek yaş ağırlık ile daha uzun sürgünlerin oluşumuna sebep olmuşlardır. İn vitro koşullarda yetiştirilen bitkilerin biyokimyasal analizine ilişkin sonuçlarda aralarında önemsiz farklılığı bulunurken kontrol muameleler deki bitkilerine kıyasla her iki tipi NP'nin arasında önemli derecede farklı etki izlenmiştir. Tüm retrotransposan primerler ile kenevir klonları arasında polimorfizm izlenmiş olup, genetik varyasyonların varlığı tespit edilmiştir
Erzincan'da yayılış gösteren bazı endemik bitki türlerini tehdit eden ekolojik ve genetik faktörlerin belirlenmesi
Onosma discedens Hauskkn. & Bornm. (Boraginaceae) , Teucrium leucophyllum Montbret & Aucher ex Bentham (Lamiaceae), Verbascum calycosum Hauskkn. ex Murb. (Scrophulariaceae) ve Verbascum alyssifolium Boiss. (Scrophulariaceae) Erzincan yöresinde oldukça dar yayılış alanına sahip nadir endemik bitki türlerindendir. İlk 3 tür Türkiye Bitkileri Kırmızı Kitabında nesli tükenmiş (EX) olarak kayıt edilmişlerse de son yıllarda bölgede yapılan arazi çalışmalarında orijinal lokalitelerinden yeniden toplanmıştır. Bugüne dek bu 4 türün korunmasına yönelik herhangi bir çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışma kapsamında O. discedens, T. leucophyllum, V. calycosum ve V. alyssifolium'un genetik çeşitlilik seviyeleri ISSR belirteçleri kullanılarak belirlenmiştir. Ayrıca, bölgede yapılan kapsamlı arazi çalışmalarıyla türlerin yayılış gösterdikleri olası yeni lokaliteler kaydedilmiştir. Her bir tür için üretilen sağlıklı tohum sayısı belirlenmiş, bu tohumların doğal ortamında ve laboratuvar koşullarında çimlenme başarısı araştırılmıştır. Bunun yanında, türlerin yayılış alanlarının toprak özellikleri ile toprak-bitki ilişkileri incelenmiştir. Bu çalışma, O. discedens, T. leucophyllum, V. calycosum ve V. alyssifolium'un türlerinin yok olma risklerini oluşturan genetik ve ekolojik faktörleri aydınlatmak ve türlerin korunmalarına yönelik önerilerde bulunmak için önemli veriler sağlamaktadır.
Prostat kanserinde piroptoz ilişkili genetik varyantlar ve protein seviyelerinin belirlenmesi
Başlık: Prostat Kanserinde Piroptoz İlişkili Genetik Varyantlar Ve Protein Seviyelerinin Belirlenmesi Amaç: Çalışmamız piroptoz ilişkili Gasdermin A (rs7212938), Gasdermin B (rs7216389), Gasdermin C (rs4527833) ve Gasdermin D (rs2305492) genlerine ait toplam dört genetik varyantı ve Gasdermin A, Gasdermin B, Gasdermin C ve Gasdermin D protein seviyelerine bakarak prostat kanser patojisine etkisini ve söz konusu hastalık için yeni tedavi seçenekleri sunmayı amaçladık. Son zamanlarda piroptoz, çeşitli kanser türleri ile ilişkisi nedeniyle ilgi görmektedir. Hepatitin karaciğer kanserine, kolonitin kolon kanserine ilerlemesi gibi çeşitli inflamatuar hastalıkların ortaya çıkmasında ve gelişmesinde yaygın olarak rol oynar. Ancak piroptoz ile prostat kanseri arasındaki ilişkiyi gösteren bir çalışma henüz yapılmamıştır. Yöntem: Çalışmamızda ESOGÜ Tıp Fakültesi Üroloji Anabilim Dalı'na başvuran ve prostat kanseri tanısı alan 100 hasta ile çeşitli şikâyetlerle başvuran ve malignite tespit edilmeyen 120 sağlıklı kontrol birey dahil edilmiştir. Gasdermin ailesi genlerine ait varyant analizi SNP-Genotipleme, protein seviyeleri için ise ELİSA yöntemi kullanılmış sonuçlar istatistiksel olarak değerlendirilmiştir. Bulgular ve Sonuç: Çalışmamız sonucunda piroptoz ilişkili GSDMD (rs2305492) genetik varyantı alel frekansları açısından bakıldığında prostat kanseri hastaları ve kontrol bireyler arasında A aleli açısından anlamlı bir fark belirlenmiştir. (P=0.007). Yine genotip değişkenleri açısından GSDMD genetik varyantı için prostat kanseri hastaları ve kontrol bireyler arasında anlamlı bir fark belirlenmiştir (P=0.016). Protein seviyesi açısından da GSDMC ile prostat kanseri ve kontrol gruplar arasında anlamlı bir fark belirlenmiştir (P=0.013). Bulgularımız prostat kanseri teşhis ve tedavisi için yeni stratejilerin oluşturulmasına ve yapılacak diğer çalışmalara katkıda bulunabilir.
Genetic variation in the EGFR gene and the relation with glioma in Turkish population
While glioma constitutes approximately 30% of brain and central nervous system carcinomas, it covers 80% of all brain carcinomas. [1]. The gene that encodes 170 KD transmembrane receptor tyrosine kinase, located on chromosome 7p12-13 and enounced on the facial of epithelial cells, is the EGFR gene. In most prior works, single nucleotide polymorphisms (SNPs) within the EGFR gene are evaluated to correlate cancer risks like carcinoma, carcinoma, prostatic adenocarcinoma, and esophageal cancer. How EGFR contributes to glioma susceptibility variants in the gene and in order to examine that, in a case-control study from Turkey (35 cases, 36 controls) genotyping both groups determined by real-time PCR and was carried out using statistical analysis SPSS data. According to our results, CC genotype (homozygous wild type) 19 (52.8%), CT genotype (heterozygous type) 16 (44.4%), TT genotype (homozygous variant type) 1 (2.8%) were found in the control group. Genotype distribution in the patient group was 8 (23.5%), 22 (64.7%) and 4 (11.8%), respectively. Significant relationship was found between the patient and control groups compared to genotypes (p = 0.028). This study can provide a new approach to the clinical treatment of glioma patients.
Türk toplumundaki RhD varyantlarının genotiplendirilerek serolojik tanı ile korelasyonunun araştırılması
Güçlü immün yanıt oluşturma potansiyeli nedeniyle "RhD", en önemli eritrosit antijenlerinden biridir. Bazı RHD mutasyonları "varyant D" fenotiplere neden olur. RhD varyasyonları "Zayıf D" ve "Parsiyel D" olmak üzere iki ana gruba ayrılır. RhD varyasyonlarının, bağışçılarda, hastalarda ve gebelerde doğru tiplendirilmesi önemlidir. Hatalı bir şekilde Rh (-) veya Rh (+) olarak saptanmaları anti-D alloimmünizasyonuna, hemolitik transfüzyon reaksiyonlarına ve gebelerde yenidoğanın hemolitik hastalığına (YDHH) yol açabilir. Bu nedenle hastalar ve gebelerde zayıf D/ parsiyel D ayrımının doğru yapılması son derece önemlidir. Zayıf D ve parsiyel D gibi RhD varyasyonlarının belirlenmesinde, genotiplendirme referans yöntem olarak kabul edilir. Ancak D antijeninin farklı epitoplarına karşı üretilmiş monoklonal anti-D antikorlar kullanılarak, serolojik tiplendirme yapılabileceği öne sürülmektedir. Çalışmamızda öncelikle bölgemizde sık görülen "RhD varyasyonlarını genotiplendirme ile belirlemeyi amaçladık. Ayrıca, rutin kan gruplamada "RhD varyant" olarak belirlenen bu örnekler, poliklonal (human) ve çeşitli monoklonal anti-D antikorlar kullanılarak serolojik yöntemle de tiplendirildi. Serolojik yöntemle elde edilen sonuçlar, etkinlik ve güvenilirlik açısından genotiplendirme ile karşılaştırıldı. Çalışmamızda değerlendirilen varyant D örneklerde "zayıf D" %48,8, parsiyel D ise %51,2 sıklıkta bulunmuştur. En sık görülen varyasyonlar "zayıf D tip 1" ve "zayıf D tip 15" olarak belirlenmiştir. Gerek zayıf D - parsiyel D ayrımı, gerekse RhD varyasyonlarının tiplendirilmesi amacıyla serolojik yöntemle elde edilen sonuçlar, genotiplendirme sonuçları ile karşılaştırıldığında etkin ve güvenilir bulunmamıştır.