Genotype
209 theses under this subject heading
Akut gastroenteritli hastalarda rotavirus, adenovirus, norovirus tespiti ve rotavirüs genotip tayini
Akut enfeksiyöz gastroenterit, tüm dünyada görülen yaygın bir hastalıktır ve çoğu vakaya viral patojenler neden olur. Rotavirus (RV), Norovirus, Adenovirus (AdV) ve Astrovirusler dahil olmak üzere birçok farklı virus, çoğu akut viral gastroenterit vakasından sorumludur. Centers for Disease Control (CDC) göre, viral gastroenterit enfeksiyonları dünya çapında her yıl 200.000'den fazla çocuk ölümüne neden olmaktadır. Bunlardan RV, aşıyla önlenebilir bir hastalıktır. Ancak aşıların kapsamlarında farklılıklar bulunduğundan, bölgelere göre yerleşik genotipler için uygun aşı seçimi önemlidir. Bölgemizde akut gastroenteritli çocuklarda RV, AdV ve Norovirus infeksiyonlarının tespiti ve RV genotip tayini yapmak amacıyla hastanemiz çocuk hastalıklarına ait birimlere başvuran çocuklara ait toplam 341 dışkı örneği çalışmaya dahil edildi. ELISA veya immunokromotografik yöntemlerle dışkıda antijen tespiti yapıldı. RV pozitif örneklerden ise genotip tayini yapıldı. Dışkı örneklerinde RV pozitifliği %23.1, Norovirus %7.3, AdV pozitifliği ise %12.9 olarak tespit edildi. Ülkemiz verileriyle karşılaştırıldığında RV görülme oranı ülkemizden bildirilen çalışmalara benzer, AdV görülme oranı daha yüksek ve NoV görülme oranı ise daha düşük bulunmuştur. RV genotip analizinde ise en sık görülen G tipi G2 (%52.5) olarak bulunmuştur. Bunun dışında G1, G9, G3, G4 genotipleri tespit edilmiştir. En sık görülen P tipi ise P4 (%83) olarak bulunmuştur. Ayrıca P9 ve P10 genotipleri tespit edilmiştir. G ve P genotipinin birlikte tespit edildiği numunelerin dağılımına bakıldığında; en sık olarak G1P [4], G2P [9], G9P [4] genotipleri görülmüştür. RV aşılarından Rota Teq®, ülkemiz ve bölgemizde görülen genotipleri en geniş olarak kapsayan aşı olarak görülmektedir. Bölgemizde rastlanan RV genotiplerini %87.5 oranında kapsamaktadır. Genotiplerin ülke ve bölgelere göre değişkenlik göstermesi nedeniyle RV hastalığının mevcut yükünü artırma potansiyeline sahip suşların ortaya çıkışı sürekli olarak izlenmelidir.
Farklı bezelye (Pisum sativum L.) genotiplerinin yem verimleri ve bazı kalite özellikleri
Araştırma, iki farklı lokasyona (Edirne ve Tekirdağ) ait ekolojik koşullarda kışlık ekilen bezelye genotiplerinin yem verimleri ile bazı kalite özelliklerinin belirlenmesi amacıyla yapılmıştır. Çalışmalar, Edirne İli Kemerler Köyü ve Tekirdağ İli Malkara ilçesindeki çiftçi arazilerinde susuz koşullarda, 2020-2021 yetiştirme sezonunda kışlık olarak yürütülmüştür. Sıra arası 25 cm ve 5 m uzunlukta 6 sıradan oluşan parsellere metrekarede 100 bitki olacak şekilde ekim yapılmıştır. Ekimle birlikte dekara 5 kg saf azot ve fosfor gelecek şekilde gübreleme yapılmıştır. Bezelye genotiplerinin doğal konumdaki bitki boyu, bitki boyu, dal sayısı, sap çapı, yeşil ot verimi, kuru ot verimi, tohum verimi, bitkide meyve sayısı, meyve boyu, meyve eni, meyvede tohum sayısının yanı sıra bazı kalite özellikleri (ham protein oranı, ham protein verimi, ADF, NDF, Ca, Mg, P ve K) saptanmıştır. En yüksek doğal bitki boyu Edirne lokasyonunda Töre çeşidinde (107,75cm) ölçülürken, en uzun bitki boyu ise Taşkent çeşidinde (188,43 cm) Edirne lokasyonunda ölçülmüştür. Dal sayısı en fazla 3,95 adet ile Edirne lokasyonunda P15 genotipinde bulunurken, sap çapı en fazla (3,85 mm) Malkara lokasyonunda Töre, Edirne lokasyonunda da Ateş çeşidinde ölçülmüştür. En yüksek yeşil ot verimi Edirne lokasyonunda P10 genotipinde (6519,00 kg/da), en düşük kuru ot verimleri ise P15 (987,25 kg/da), P11 (1028,50 kg/da) ve P10 (1121,75 kg/da) genotiplerinde tespit edilmiştir. En yüksek tohum verimi 585,95 kg/da ile P10 ve 528,40 kg/da ile P11 genotiplerinde belirlenmiştir.
Ekmeklik buğday genotiplerinin kurağa tolerans yönünden karşılaştırılması
Çalışma 3 aşamalı olarak yapılmıştır. Laboratuvar koşullarında 43 genotip PEG6000 ile yaratılan 5 farklı kuraklık ortamında (0,00 MPa, 0,25 MPa, 0,50 MPa, 0,75 MPa ve 1,00 MPa uygulamaları) 5 tekrarlamalı olarak Tesadüf Parselleri Deneme Desenine göre denemeye alınmıştır. Laboratuvar çalışmalarında bitki ağırlığı, kök sayısı, kök uzunluğu, kök ağırlığı, sürgün uzunluğu ve sürgün ağırlığı karakterleri belirlenmiştir. Tüp denemesi 24 Ekmeklik buğday genotip ile yürütülmüştür. Bu 24 genotip çalışmada kullanılan 39 adet ekmeklik buğday, 1 adet çavdar, 1 adet kavlıca, 2 adet siyez popülasyonu olmak üzere 43 adet genotipin arasından laboratuvar koşullarında PEG ile yapılan kuraklık çalışması sonucu belirlenen genotiplerdir. Çalışmada bitki boyu, başak boyu, başakta başakçık sayısı, başakta dane sayısı, başakta dane ağırlığı, kök uzunluğu, kök ağırlığı özellikleri incelenmiştir. Tüp çalışması Tesadüf Blokları Deneme Desenine göre 4 tekrarlamalı olarak yürütülmüştür. Kasa denemesi 10 metre uzunluğunda ve 1,2 metre genişliğinde oluşturulan kasalara 45 genotip 1 metre boyunda sıra olarak ekilmiştir. Çalışmada genotiplerin erken dönemde kurağa toleransları incelenmiştir. Çalışmada fide canlı kalım oranı, fide gelişimi, bitki örtüsü sıcaklığı, klorofil oranı, stoma eni, uzunluğu ve boyu özellikleri incelenmiştir. İncelenen özelliklerde yapılan varyans analizi ve önemlilik testi sonucunda PEG uygulamaları, kuraklık seviyesi uygulamaları ve kasada fide canlı kalım oranları yönünden genotipler incelendiğinde genotipler arasında önemli bir değişimin olduğu gözlemlemiştir. Laboratuvar koşullarında 43 genotip ile yürütülen çalışmalarda incelenen kurağa tolerans özelliği yönünden en iyi genotipler Enola, NKÜ Ergene, Bezostoja 1 ve Maden genotipleri olurken, bunları Aglika, Falado, Anopa, Selimiye, Bora ve Hakan genotipleri izlemiştir. Kurağa tolerans yönünden en alt değerler ise Siyez-1, Siyez-2 ve Kavlıca genotiplerinde elde edilmiştir. Tüp ortamında yapılan çalışmada incelenen kurağa tolerans özelliği yönünden Enola ve NKÜ Ergene en üstte yer alırken, bunları Rumeli, Prima, Esperia ve Bora genotipleri izlemiştir. Tüp ortamında en düşük değerler ise Kavlıca Beyaz, LG59, Adelaide ve Rebelde genotiplerinde elde edilmiştir. Kasa ortamında ise fide canlı kalım oranı yönünden Esperia, Rumeli, Krasunia Odes'ka, Almeria ve Falado genotipleri daha iyi sonuçlar gösterirken, Adelaide, LG59, Siyez-1 ve Siyez 2, Başkan ve Anopa ise düşük değerler vermişlerdir. Kasa ortamında incelenen tüm özellikler dikkate alındığında Enola, Mihelca, Maden, Hamza ve Aglika genotipleri kuraklık yönünden daha iyi bulunurken, Adelaide, Başkan, Spelta Beyaz, Siyez-1 ve Aldane ise düşük değerler vermişlerdir.
8-18 yaş arası yelken sporcularında SLC6A4 genindeki 5-HTTLPR polimorfizminin genotip, kısa alel ve uzun alel dağılımları ile dürtüsellik, bilişsel esneklik ve kendini toparlama gücü arasındaki ilişkinin incelenmesi
Bu araştırmada 8-18 yaş arasında olan yelken sporcularında SLC6A4 genindeki 5-HTTLPR polimorfizminin genotip, kısa alel ve uzun alel dağılımları ile dürtüsellik, bilişsel esneklik ve kendini toparlama gücü arasındaki ilişki incelenmiştir. Kişisel Bilgi Formu, Barratt Dürtüsellik Ölçeği, Bilişsel Esneklik Envanteri ve Kendini Toparlama Gücü Ölçeği kullanılarak veriler toplanmış ve kan alımları gerçekleştirilmiştir. SLC6A4 geni 5-HTTLPR polimorfizmi genotip dağılımları izole edilen genomik DNA'dan polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) tekniği ile tanımlanmıştır. Çalışmaya katılan 23 kız, 41 erkek sporcunun %39,1'inin LL, %34,4'ünün LS ve %26,5'inin SS genotiplerine sahip olduğu bulunmuştur. L aleli sıklığı %56, S aleli sıklığı %44 olarak tespit edilmiştir. Yelken sınıfının ve cinsiyet değişkeninin ölçek toplam puanlarına etkisinin olmadığı belirlenmiştir. LL, LS ve SS olup olmama ile Barratt Dürtüsellik Ölçeği (BDÖ) (Fmin=4,00; p<,05; Fmax=87,31; p<,001), toplam puanları ve alt ölçek toplam puanlarının tamamı için regresyon modelleri anlamlı bulunmuştur. Buna göre LL olup olmama BDÖ toplam puanları varyansının yaklaşık %9'unu; LS olup olmama yaklaşık %12'sini ve SS olup olmama ise yaklaşık %54'ünü açıklamaktadır. LL olup olmama Bilişsel Esneklik Envanteri (BEE) toplam puanlarının yaklaşık %7'sini; LS olup olmama BEE toplam puanlarının yaklaşık %12'sini; SS olup olmama BEE toplam puanlarının yaklaşık %51'ini açıklamaktadır. LL olup olmama Kendini Toparlama Gücü Ölçeği (KTÖ) toplam puanındaki varyansın yaklaşık %14'ünü; SS olup olmama KTÖ toplam puanındaki varyansın yaklaşık %45'ini açıklamaktadır. Bu çalışma yelken sporcularındaki LL genotip ve L alelinin daha yoğun olduğunu gösteren ilk rapor niteliğindedir.
Bazı yerli ve yabancı ekmeklik buğday genotiplerinde kahverengi pasa dayanıklılığın moleküler belirteçler ile belirlenmesi
Geçmişten günümüze buğday insan beslenmesinde önemli bir besin maddesi olmuştur ve gelecekte de bu önemini korumaya devam edecektir. Buğdayın; adaptasyon yeteneğinin yüksek, işlemesinin kolay ve az maliyetli olmasından dolayı dünyanın birçok bölgesinde üretimi gerçekleştirilebilmektedir. Geniş alanlarda yayılış göstermiş olan buğday, sadece insan beslenmesinde değil hayvan beslenmesinde ve endüstri alanında da kullanılmaktadır. Birçok alanda kullanılan buğdayın gelecekteki talebi karşılayabilmesi için verim kayıplarının önüne geçilmesi ve birim alandan elde edilen veriminin arttırılması gerekmektedir. Buğdayda verim kayıplarının nedenlerinden biri de kahverengi pas hastalığıdır. Bu kayıpların engellenebilmesi ve verimin arttırılabilmesi için yeni çeşitlerin ıslah edilmesi gerekmektedir. Çeşitlerin ıslahında, moleküler destekli ıslah ile klasik ıslah metotlarının birlikte kullanılması daha etkili ve hızlı sonuçlar alınmasını sağlayabilmektedir. Yapılan tez çalışmasında buğdayda kahverengi pas dayanıklılık geni olan Lr gen bölgelerinden; Lr1, Lr9, Lr10, Lr13, Lr14a, Lr19, Lr21, Lr22a, Lr24, Lr34, Lr35, Lr37, Lr39, Lr46, Lr47, Lr49 ve Lr58 gen bölgeleri çalışılmıştır. Çalışma da PCR optimizasyonu sağlanan Lr13, Lr14a, Lr19, Lr22a, Lr24, Lr34, Lr37 ve Lr47 gen bölgeleri ile 96 buğday genotipi kahverengi pasa dayanıklılık açısından test edilmiştir. Çalışmadan elde edilen verilerin kahverengi pasa dayanıklılık genleri içeren çeşitlerin buğday ıslah programlarında kullanılmasına önemli bilgiler sağlayacağı ve etkili ıslah programlarının oluşturulmasında önemli paya sahip olacağı düşünülmektedir.
Farklı kökenli çörek otu (Nigella sativa L.) genotiplerinin verim ve kalite özelliklerinin belirlenmesi
Bu çalışma, Siirt ekolojik koşullarında bazı çörek otu (Nigella sativa L.) genotiplerinin verim ve kalite özelliklerini belirlemek amacıyla yapılmıştır. Araştırma; Siirt Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Araştırma ve Uygulama Arazisi'nde 2020-2021 yetiştirme sezonunda yürütülmüştür. Araştırmada Çameli çeşidi ile 9 farklı çörek otu genotipleri (Nigella sativa L.) bitkisel materyal olarak kullanılmıştır. Araştırmada tarla denemesi, tesadüf blokları deneme desenine göre 4 tekrarlamalı olarak kurulmuştur. Çalışmada; çıkış süresi, % 50 çiçeklenme gün sayısı, vejetasyon süresi, bitki boyu, dal sayısı, bitkide kapsül sayısı, kapsülde tohum sayısı, bitki başına tohum verimi, biyolojik verim, tohum verimi, hasat indeksi, bin tane ağırlığı, sabit yağ oranı, sabit yağ verimi, gibi tarımsal özellikler incelenmiştir. Araştırma sonucunda çıkış süresi, % 50 çiçeklenme gün sayısı, vejetasyon süresi, bitki boyu, kapsül sayısı, kapsülde tohum sayısı, bitki başına tohum verimi, biyolojik verim, tohum verimi, hasat indeksi, bin tane ağırlığı, sabit yağ verimi yönünden genotipler arasında istatistiki açıdan p<0.01 düzeyinde önemli farklılıklar tespit edilmiştir. Dal sayısı ve sabit yağ oranı bakımından genotipler arasında istatistiki açıdan p<0.05 düzeyinde önemli farklılıklar göstermiştir. Araştırmada, genotiplere göre; çıkış gün sayısı 32.8-37.5 gün, % 50 çiçeklenme gün sayısı 149.5-158.0 gün, vejetasyon süresi 200.8-205.0 gün, bitki boyu 39.93-54.00 cm, dal sayısı 3.10-5.78 adet, kapsül sayısı 6.10-10.63 adet/bitki, kapsülde tohum sayısı 84.40-114.80 adet/kapsül, bitki başına tohum verimi 0.76-1.65 g, biyolojik verim 280.52-445.85 kg/da, tohum verimi 66.66-99.93 kg/da, hasat indeksi % 15.04-32.09, bin tane ağırlığı 2.32-2.85 g, sabit yağ oranı % 19.71-28.44, sabit yağ verimi 14.93-25.66 kg/da arasında değişkenlik göstermiştir. Araştırmadan elde edilen bir yıllık sonuçlara göre; Siirt ili iklim ve toprak şartlarında kışlık çörek otu yetiştiriciliğinde, tohum üretimi amacıyla Mardin ve Kütahya genotiplerinin kullanılması gerektiği sonucuna varılmıştır.
İkinci ürün olarak yetiştirilen bazı tatlı sorgum (Sorghum bicolor var. saccharatum (L.) Mohlenbr.) genotiplerinin verim ve verim ögelerinin belirlenmesi
Bu araştırma, tatlı sorgum Sorghum bicolor var. saccharatum (L.) Mohlenbr. genotiplerinin verim ve bazı verim ögelerinin belirlenmesi amacıyla, 2021 yılı ikinci ürün yetiştirme sezonunda Mardin ili Kızıltepe ilçesinde yürütülmüştür. Araştırmada bitkisel materyal olarak; Gülşeker, Sorge, Erdurmuş, Ulusoy, Uzun, M81-E, Tracy, Cowley, Smith ve USDA Tayvan olmak üzere 10 adet tatlı sorgum S. bicolor var. saccharatum (L.) Mohlenbr. genotipi kullanılmıştır. Araştırmada tarla denemesi tesadüf blokları deneme desenine göre 3 tekrarlamalı olarak kurulmuştur. Çalışmada salkım çıkarma süresi, çiçeklenme gün sayısı, bitki boyu, sap kalınlığı, sap oranı, yaprak oranı, salkım oranı, yeşil ot verimi, sap verimi, kuru madde (KM) verimi, fizyolojik olgunlaşma süresi, yatma durumu, tane verimi, bin tane ağırlığı, ham protein (HP) oranı, HP verimi, asit deterjanda çözünmeyen lif (ADF) oranı, nötral deterjanda çözünmeyen lif (NDF) oranı ve nispi yem değeri parametreleri incelenmiştir. Araştırmada, yapılan istatistiksel analizler sonucunda, incelenen tüm parametreler yönünden tatlı sorgum genotipleri arasında istatistiksel olarak çok önemli (p<0.01) farklılıklar tespit edilmiştir. Araştırma sonucunda, genotiplere göre; salkım çıkarma süresinin 56.0-69.0 gün, çiçeklenme gün sayısının 64.0-79.0 gün, bitki boyunun 133.6-363.0 cm, sap kalınlığının 16.38-28.43 mm, sap oranının %72.2-83.2, yaprak oranının %10.5-16.0, salkım oranının %6.2-11.7, yeşil ot veriminin 2247-12029 kg/da, sap veriminin 1809-10009 kg/da, KM veriminin 572.4-3346.7 kg/da, fizyolojik olgunlaşma süresinin 96.0-123.0 gün, yatma durumunun 1.00-5.00 puan, tane veriminin 88.89-195.27 kg/da, bin tane ağırlığının 16.50-27.25 g, HP oranının %11.27-13.81, HP veriminin 64.7-462.1 kg/da, ADF oranının %27.69-35.65, NDF oranının %51.45-65.61 ve nispi yem değerinin 86.7-121.7 arasında değişim gösterdiği belirlenmiştir. Yörede, özellikle sezon dışı dönemde veya hayvan yeminin kıt olduğu dönemde genotiplerin yüksek besleyici potansiyelleri nedeniyle, kuraklığa dayanıklı olan tatlı sorgumun ekiminin teşvik edilmesi tavsiye edilmektedir. Bu itibarla; ot üretimi amacıyla birçok tarımsal özellikler yönünden öne çıkan Gülşeker ve USDA Tayvan, tane üretimi amacıyla da Uzun çeşidi yöre koşullarında ekilebilecek genotipler olarak önerilmektedir.
Karakaş koyunlarında doğum ve çeşitli dönem canlı ağırlıkları
Bu çalışma ile Karakaş koyunlarının büyüme ve gelişme düzeyini belirlemek, bu düzeyi etkileyen faktörleri tespit etmek ve diğer çalışmalarda bildirilen düzeylerle karşılaştırarak verim noktasında çıkarımlarda bulunmak, yerli gen kaynaklarımızdan olan söz konusu ırkın ıslahı noktasında doğru stratejileri ortaya koymak ve yayla yetiştiriciliğinin gelişmesi anlamında alınabilecek önlemlerin tespiti amaçlanmıştır. Tarım ve Orman Bakanlığı tarafından Diyarbakır ilinde yürütülen " Karakaş Koyunlarının Halk Elinde Islahı Alt Projesi" kapsamında elde edilen veriler, çalışmamızın kaynağını oluşturmaktadır. Kayıt altına alınan kuzulardan doğum dahil 3 tartım alınmıştır. 30.gün, 60.gün, 90.gün ve 120.gün canlı ağırlıkları interpolasyon yöntemiyle tespit edilmiştir. Canlı ağırlık ve GCAA ortalamaları ve diğer istatistikler için SPSS 26 programı kullanılmıştır. Karakaş koyunlarında ortalama doğum, 30., 60., 90. ve 120. gün canlı ağırlık ortalamaları ile doğum-30.gün, doğum-60. gün, doğum-90. gün ve doğum-120.gün arası günlük canlı ağırlık artış ortalamaları genel olarak literatür ile uyumludur. Doğum aylarının canlı ağırlıklara etkisi 90.gün canlı ağırlığı hariç istatistiki olarak önemli bulunmuştur. Ana yaşının 30., 90. ve 120.gün canlı ağırlıkları üzerindeki etkisi önemli bulunmuştur. Yıl faktörünün tüm dönem canlı ağırlıkları ve günlük canlı ağırlık artışları üzerindeki etkisi ise istatistiki olarak önemsiz, cinsiyetin etkisi ise önemli bulunmuştur. Doğum tipinin ise doğum-120. gün arası GCAA hariç diğer canlı ağırlık ortalamalarına ve GCAA ortalamalarına önemli düzeyde etki ettiği tespit edilmiştir. Karakaş koyunlarını korumak, mevcut verimini arttırmak ve yayla hayvancılığının avantajlarını kullanmak gerekliliği ortaya çıkmaktadır. Bunun için de kaliteli damızlık koç temini, elit sürülerdeki kuzuların kesiminin engellenmesi ve en iyi verime sahip olan kuzuların ıslah çalışmalarında kullanılmasının sağlanması, yayla şartlarının iyileştirilmesi gibi hususların üzerinde önemle durulması gerekmektedir.
Bitlis ili kayısı seleksiyonu
Farklı iklim özelliklerine sahip Türkiye de yerel kayısı çeşitleri ile yapılan yetiştiricilik ilkbahar geç donları problemine çözüm olabilecek geç çiçeklenen ve meyve kalitesi yüksek yeni çeşitlerin elde edilmesine olanak sağlayabilir. Bu çalışma, Bitlis ilinde tohumdan yetişmiş kayısıların pomolojik ve biyokimyasal özelliklerinin belirlenmesi ve genetik olarak tanımlanması amacıyla yapılmıştır. Genotiplerde meyve ağırlığı 11,04-32,66 g arasında bulunmuştur ve 13TAT05 genotipi daha büyük meyvelere sahip olmuştur. Beş genotip yuvarlak çekirdeklere sahip iken, 15 genotipte çekirdekler uzun bulunmuştur. 20 genotipten yalnızca 3 tanesinin tatlı çekirdeklere sahip olduğu tespit edilmiştir. Genotiplere bağlı olarak değişiklik gösteren çekirdek ağırlığı 1,42 g (13MUT20) ile 3,06 g (13AHL12) arasında değişmiştir. Genotiplerde suda çözünebilir kuru madde (SÇKM), titre edilebilir asitlik (TA) ve pH oranları sırasıyla %9,67 (13MUT20) ile %25,40 (13ADC17), %0,29 (13HİZ06 ve 13BİT08) ile %2,49 (13TAT01), 3,70 (13TAT01) ile 5,62 (13ADC17) arasında değişiklik göstermiştir. Bireysel fenolik bileşikler ve organik asit bakımından genotipler arasında önemli farklılıklar meydana gelmiştir. Kayısıda meyve ağırlığı ve SÇKM gibi önemli meyve kalite kriterleri göz önünde bulundurulduğunda meyve büyüklüğü bakımından 13TAT05 genotipi ön plana çıkarken, 13ADC17 genotipi ise SÇKM içeriği ile göze çarpmaktadır. Bireysel fenolik bileşikler ve organik asit bakımından genotipler arasında önemli farklılıklar meydana gelmiştir. Çalışmamızda kayısı genotiplerinde tespit ettiğimiz bireysel fenolik bileşiklerden bir tanesi rutindi. Rutin içeriği 3,32-152,49 mg 100g-1 arasında değişmiş ve 13TAT01 genotipi en yüksek değeri vermiştir. Klorojenik asit Prunus cinslerinde yüksek oranda bulunan bir başka fenolik bileşiktir. 13ADC13 genotipi 96,79 mg 100g-1 ile en yüksek içeriğe sahip olmuştur. 13AHL12 ve 13ADC13 genotipleri yüksek kateşin konsantrasyonlarına sahip olmuştur. Moleküler karakterizasyon 10 iPBS-retrotranspozon aracılığıyla yapılmış ve 147'si polimorfik olmak üzere toplam 180 bant elde edilmiştir. Ortalama polimorfizm (80,77) ve polimorfizm bilgi içeriği (0,329) değerleri, değerlendirilen germplazmda iyi düzeyde genetik çeşitliliğin varlığını ortaya koymuştur. Maksimum genetik mesafe 13ADC16 ve 13TAT02 genotipleri arasında 0,7932 olarak bulunmuştur ve bu genotipler gelecekteki ıslah faaliyetleri için potansiyel bir aday ebeveyn olarak düşünülebilir.
Kistik fibrozis hastalığında belirlenen aday miRNA'ların hasta nazal ve serum örneklerinde analizi
Kistik fibrozis transmembran regülatör (CFTR) genindeki mutasyonların sebep olduğu kistik fibrozis (KF), otozomal resesif kalıtılan ve yaygın görülen genetik bir hastalıktır. Bir klor kanalı olan CFTR proteini, cAMP ve protein kinaz A'ya bağımlı çalışmaktadır. Epitel yüzeyindeki sıvı homeostazisini sağlayan CFTR proteini, diğer klor kanallarının ve epitel sodyum kanallarının düzenlenmesinden sorumludur. Günümüze kadar yapılan çalışmalarda CFTR geninde 2100'den fazla mutasyon olduğu saptanmıştır. CFTR proteininin fonksiyonuna bağlı olarak sınıflandırılan mutasyonlar, CFTR proteininin sentezi, katlanması, taşınması, yerleşmesi ve doğru fonksiyon göstermesi gibi aşamalarına etki ederek hastalık ciddiyetinde önemli rol oynamaktadır. CFTR mutasyonlarının tanımlanması, hastalığın teşhis edilmesini sağlamakta ancak hastalık ciddiyeti, fenotipi ve ilerleyişi hakkında bilgi vermemektedir. Son yıllarda yapılan çalışmalar ile birlikte immün ve inflamatuar cevap, protein katlanması, iyon taşınımı ve oksidatif stres ile ilişkili genlerin ifadelerinin yanı sıra miRNA ifadelerinde gözlenen farklılıkların da hastalık patogenezini etkilediğine dair bulgular artmıştır. Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı ve Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı Göğüs Hastalıkları Ünitesi iş birliği ile gerçekleştirilen ön çalışmalar sonucunda, aynı mutasyonu taşımasına rağmen ağır ve hafif klinik ciddiyete sahip kardeşler saptanmıştır. F508del mutasyonuna sahip ağır (n=2) ve hafif (n=2) seyir gösteren hasta kardeşlerden nazal sürüntü örnekleri alınmıştır. Nazal epitel hücreler kullanılarak elde edilen RNA'lar ile miRNA Array yöntemi gerçekleştirilmiş ve elde edilen ham veriler Transcriptome Analysis Console (TAC) programı ile analiz edilmiştir. Yapılan analiz sonrası ifadesi 2 kat ve üzeri artan ya da 2 kat üzeri azalan ortak, miR-449c-5p, miR-34c-3p, miR-34c-5p ve miR-4793-3p olmak üzere 4 miRNA tanımlanmıştır. Önerilen tez çalışmasında amacımız; grubumuzun ön veri olarak elde ettiği 4 miRNA'nın F508del mutasyonuna sahip ağır ve hafif seyirli KF hastalarının serum ve nazal sürüntü örneklerinde valide edilmesi, ekspresyonlarının karşılaştırılması, valide edilen miRNA'ların hedef genlerinin belirlenmesi ve hedef genler ile ilişkili yolakların tanımlanmasıdır. Elde edilen veriler KF'de hastalık seyrinin erken dönemde belirlenmesine kolaylık sağlayacak prognostik miRNA'ların belirlenebilmesini sağlayacak ve KF patogenezi ile ilişkili olan yeni yolaklar aydınlatılabilecektir.
Primer ve sekonder immün yetmezlikli hastalarda saptanan sitomegalovirüs suşlarında gansiklovir direncinin genotipik yöntemlerle araştırılması
İmmün yetmezliği olan hasta grupları modern tıbbın ilerlemesiyle birlikte artmaktadır. Sitomegalovirüs (CMV), özellikle nakil hastaları ve insan immün yetmezlik virüsü (HIV) ile yaşayan bireyler gibi immün yetmezliği olan hasta gruplarında fırsatçı patojen olarak ciddi hastalık ve ölümlere sebep olmaktadır. Bazen, bu enfeksiyonlar ilk tedavi seçeneği olan gansiklovire klinik olarak yanıt vermemektedir. Sonuçta uzamış tedavi ve hastaneye yatış süresi, yan etkileri daha fazla olan medikal tedavi değişiklikleri, kalıcı organ hasarları ve ölüme kadar gidebilen süreçler yaşanabilmektedir. Tüm bunlar göz önüne alındığında tedavi sürecinde antiviral direnç testlerinin önemi daha da artmaktadır. Bu çalışmada, Hacettepe hastanelerine başvuran primer ve sekonder immün yetmezliği olan hastalarda görülen CMV enfeksiyonları ve bu enfeksiyona sebep olan CMV suşlarında gansiklovire karşı direnç varlığının genotipik yöntemlerle araştırılması amaçlanmıştır. CMV organ tutulumu olan hastalarda, olmayanlara oranla daha fazla antiviral direnç görülmesi öngörülmüştür. Bir yıl boyunca çalışmaya dahil edilen hasta plazmaları ileriye dönük olarak toplanmıştır. Toplamda 142 hastaya ait plazma örneklerinden CMV DNA izolasyon işlemi gerçekleştirilmiştir. Primer tasarlanması ve nested-PZR optimizasyonu yapıldıktan sonra tüm DNA izolatları bu PZR deneyine dahil edilmiştir. Deneyler sonucunda 77 hastada hedeflenen bölgede amplikon saptanmıştır. Elde edilen amplikonlar Sanger DNA dizileme yöntemi ile dizilenmiş ve sonuçta 77 hasta için veri elde edilmiştir. Elde edilen diziler kullanıma açık olan bir direnç ilişkili mutasyon saptayan platform üzerinden yorumlanmıştır. Sonuçta 77 hastadan ikisinde gansiklovir direnciyle ilişkili M460V ve A594V mutasyonları saptanmıştır. İki hastada genetik polimorfizmle ilişkili olan D605E mutasyonu bulunmuştur. Ayrıca gansiklovir direncine olan etkisi bilinmeyen V542I mutasyonu üç hastada, A435V ve A427T mutasyonlarının varlığı ise iki ayrı hastada gösterilmiştir. Hematopoetik kök hücre nakli (HKHN) alıcısı olan 32 hastanın üçüne olası akciğer tutulumu ve bir hastaya CMV pnömonisi tanısı koyulmuştur. Yine bu grupta iki hastada gastrointestinal sistem (GİS) tutulumu ve dört hastada retinit görülmüştür. Bir HIV hastasında görülen akciğer tutulumu hariç tüm organ tutulumları HKHN alıcılarında görülmüştür. Ayrıca çalışmamıza yedi solid organ nakli (SOT), üç HIV enfeksiyonu, iki konjenital CMV enfeksiyonu ve diğer hastalıklara bağlı immün yetmezliği olan 33 hasta katılmıştır. Direnç ilişkili M460V mutasyonu CMV retiniti olan hastada, A594V mutasyonu ise CMV pnömoni tanısı alan hastada saptanmıştır. Sonuç olarak; CMV organ tutulumu olan ve olmayan hasta grupları arasında gansiklovir direnci açısından anlamlı fark saptanmamıştır (p=0,610). Hasta gruplarındaki katılımcı sayısının artırılıp, her bir hasta grubunun tek başına değerlendirildiği çalışmalara ihtiyaç olduğu kanısına varılmıştır. Anahtar Kelimeler: CMV antiviral duyarlılık; genotipik antiviral duyarlılık testleri; antiviral direnç; Sanger dizileme yöntemi; immün yetmezlik Destekleyen kuruluş: Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Koordinasyon Birimi, Proje no: THD-2022-20069
Mikrodizin kaynaklı genotip bilgisi kullanılarak kopya sayısı değişikliklerinde mozaiklik oranının saptanması
Kopya sayısı değişiklikleri (Copy Number Variation, CNV), genomik bölgelerin normal diploid (2 kopya) kopya sayısında bölgesel bir değişikliği temsil eden, uzunluğu >50 bp olan yapısal varyantlardır. Bu tanıma göre, tek hücre içerisindeki tüm lokuslar için kopya sayıları tam sayı olmak durumundadır; ancak farklı kopya sayılarına sahip alt popülasyonlardan oluşan bir hücre popülasyonu için, tüm hücre popülasyonu açısından bakıldığı zaman, tam sayı olmayan değerlerde kopya sayısı söz konusu olabilir. Bu türden CNV'lere mozaik CNV'ler (mCNV), mCNV'lerin oluşturduğu bu genetik duruma ise genetik mozaisizm denilmektedir. mCNV'lerle doğuştan ya da kanserde olduğu gibi hayatın ileriki dönemlerinde karşılaşılabilir. Özellikle kanser gibi hastalıklarda mCNV'lerin saptanması tanı ve tedavi takibinde kritik öneme sahip olduğundan, birçok araştırmacı ve ticari firma mCNV'lerin saptanmasına yönelik yöntemler geliştirmiştir. Bu yöntemler arasında SNP mikrodizin yöntemi, farklı boyutlarda mCNV'ler için genom boyu taramaya olanak tanıması sebebiyle günümüzde en sık kullanılan yöntemdir. Ancak mCNV'lerin lokalizasyonunun yanı sıra, hastalık seyri ve tedavisinin takibinde asıl kritik role sahip olan hücre popülasyonundaki bulunma oranlarına, yani mozaisizm fraksiyonuna (fm), yönelik yetkin ve spesifik çalışma sayısı çok azdır. Bu tezde, mCNV'lerin oranını (fm) SNP mikrodizin verisinden elde edilen BAF ve LRR verileriyle R programlama dilinde Kolmogorov-Smirnov (KS) testi ile hesaplayan, hesaplama için güven aralıklarını belirleyen Copy-fm olarak adlandırılan bir biyoinformatik araç geliştirilmiştir. Copy-fm'in güvenilirliğinin ve fonksiyonlarının test edilmesi, tarafımızca deneysel olarak oluşturulmuş mozaik delesyon örnekleri ve gerçek klinik verilerle birlikte kamuya açık verilerden değerlendirilmiştir. Ek olarak, Copy-fm'in bölgesel olarak fm hesaplamasının yanında, daha önce denenmemiş bir yaklaşım olan "fm-first" olarak adlandırdığımız genom boyu tarama algoritmasıyla, aracın fm sonucunu da vererek genom boyu mCNV saptama yeteneği gösterilmiştir.
Ekonomik öneme sahip zeytin (Olea europaea L.) genotiplerinin SSR (simple sequence repeats)'a dayalı genetik karakterizasyonu
Bu tez çalışmasında moleküler markörlerden SSR tekniği kullanılarak zeytin genotipleri arasındaki farklılıkların ortaya konulması amaçlanmıştır. Zeytin Oleaceae familyasına ait Europaea cinsi içerisinde yer almaktadır. Çalışma kapsamında yerel fidan yetiştirme firmalarından temin edilen zeytin fidanları moleküler analizler için kullanılmıştır. Bu amaçla zeytin türünde yer alan genotiplere ait numuneler uygun koşullarda alındıktan sonra Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi Tarım Bilimleri ve Teknolojileri Fakültesi Tarımsal Biyoteknoloji Laboratuvarında moleküler analizleri gerçekleştirilmiştir. SSR markörleri ile yapılan analizler sonucunda UPGMA metoduna göre zeytin çeşitleri arasında yapılan analizde iki ana grup ve %70 benzerlik ortaya çıkmıştır. İlk ana grup kendi içinde 3 alt gruptan meydana gelmiştir. İlk grupta Gemlik, Domat ile Kalamata, ikinci grupta Ayvalık, Bodur arbequıne ile Çekişte ve üçüncü grupta Sarı ulak yer almıştır. İkinci ana grup 2 alt gruba ayrılmıştır. İlk alt grubu Yamalak sarısı ve Manzila oluştururken, ikinci alt grupta Memecik yer almıştır. Toplam allel sayısının 113, spesifik allel sayısının 44 adet olduğu ve bant büyüklüğünün ise 180 ile 297 bç arasında değiştiği belirlenmiştir. Polimorfik bilgi içeriği (PBİ) 0,515 ile 0,83 arasında değişim göstermiştir. Türkiye'de zeytin türüne ait SSR bulguları, bölgede bundan sonraki ıslah çalışmalarına ebeveyn seçiminde bir basamak oluşturmada, zeytin genotiplerinin yayılma alanlarının belirlenmesinde, genetik koleksiyonların karşılaştırılmasında ve zeytin genotiplerinin karakterizasyonunda kullanılabilir.
Kayısı çeşitlerinin SSR belirteçleriyle moleküler karakterizasyonu
Kayısı, Rosaceae (Gülgiller) familyasında yer almakta olup, Prunus armeniaca L. olarak isimlendirilmektedir. Türkiye dahil birçok ülkede ve farklı iklim koşullarında yaygın olarak yetiştirilen bir meyvedir. Bu çalışmada, Mersin Mut Topluca köyü çiftçi bahçelerinden temin edilen 7 farklı kayısı çeşidinde SSR belirteç tekniği kullanılarak kayısı çeşitleri arasındaki farklılıklar araştırılmıştır. SSR belirteçleri ile yapılan analizler sonucunda kayısı çeşitleri NTSYS-pc programı kullanılarak UPGMA yöntemi ile gruplandırılmıştır. Analiz sonucunda kayısı çeşitleri arasında iki ana grup ortaya çıkmıştır ve bu iki grubun benzerlik katsayıları 0.677-0.938 arasında değişim göstermiştir. İlk ana grup kendi içinde alt gruplardan meydana gelmiştir. Birinci alt grupta Iğdır Şalağı, Septik ve Şekerpare, ikinci alt grupta ise İtalyan Tokalı ve Çağataybey yer almıştır. İkinci ana grup 2 alt gruba ayrılmıştır. İlk alt grupta Al, ikinci alt grupta, Bebeko yer almıştır. Iğdır şalağı ve Septik çeşitleri birbirinden ayırt edebilecek polimorfizmler üretilememiş ve bu nedenle iki çeşit bir arada gruplanmıştır. Iğdır şalağı, Septik ve Şekerpare; İtalyan tokalı ve Çağataybey; Al ve Bebeko arasında yakın korelasyon olduğu gözlemlenmiştir. En düşük benzerlik değeri Al ile İtalyan tokalı arasında 0.677 olarak tespit edilmiştir. En yüksek benzerlik katsayısı değeri (0,9389) Septik ve Iğdır Şalağı çeşitleri arasında belirlenmiştir. Bu veriler ışığında, Türkiye'de yetiştirilen kayısı çeşitlerine ait olan SSR bulguları, ülkede yapılan ıslah çalışmaları için ebeveyn seçiminde önemli bir basamak oluşturabilir. Ayrıca, kayısı çeşitlerinin yayılım alanlarının belirlenmesi, genetik koleksiyonların karşılaştırılması, kayısı genotiplerinin karakterizasyonu için kullanılabilir.
Ebeveyn potansiyeli yüksek bazı domates hatlarının verim ve meyve kalite niteliklerinin belirlenmesi
Bu çalışma Enza Zaden Tarım Ar-Ge Taş. ve Tic. Şirketi'nin gen havuzundaki beef, salkım ve tekli özellik gösteren oturak ve sırık domates (Solanum lycopersicum) grubuna ait genotipler kullanılarak yapılmıştır. Yürütülen bu tez çalışmasında, ıslah programlarında en önemli kriterler arasında yer alan; verim, hastalık ve zararlı dayanıklılığı gibi konuların yanısıra meyve kalite nitelikleri de ön planda tutulmuştur. Genotiplerde morfolojik ve agronomik özellikleri değerlendirmek için bitki ve meyveden fenotipik gözlemler alınmıştır. Boğum arası uzunluk, bitki boyu, toplam verim, ortalama meyve ağırlığı, meye çapı, meyve kabuk rengi, meyve sertliği, SÇKM, titre edilebilir asitlik, pH, EC değerleri, duyusal analizler ve toplam fenolik, toplam antioksidan, Vitamin C, likopen, B-karoten gibi özellikler bakımından tüm genotipler değerlendirilmiştir. Biyokimyasal özellikleri bakımından üstün olan genotiplerin belirlenmesi ile gen havuzundaki varyasyon görülmüştür. Bu sonuçlardan elde edilen bilgiler melezleme çalışmalarında ebeveyn seçiminde kullanılacak olup kaliteli ticari çeşitlerin geliştirilmesine olanak sağlayacaktır. Bu çalışmada kullanılan genotiplerin bitki başına verimleri 1.20-5.24 kg/bitki arasında değişim gösterirken ortalama meyve ağırlıklarının 60.22-579.5 g arasında değiştiği görülmüştür. Çalışma sonucunda domates meyvelerindeki L* değerlerinin 34.43-45.68, a* değerleri 23.67-39.82, b* değerleri 15.62-46,84 arasında değişim gösterdiği görülmüştür. Meyvelerdeki, titre edilebilir asitliğin %0.21-0.56, pH'nın 3.70-4.81, SÇKM miktarının %2.50-4.91, C vitamini içeriğinin 5.48-15.39 mg/100 g, likopen miktarının 3.90-12.89 mg/100 g, B-karoten miktarının 0.65-3.10 mg/100g, toplam fenolik madde içeriğinin 0.74-3.13 mg/g, antioksidan kapasitesinin ise %22.61- 67.11 arasında değişim gösterdiği belirlenmiştir. Bu kalite niteliklerinin incelenmesi sonucunda TBT2110, TBT2115, TBT2133, TBT2147, TBT2188 numaralı genotiplerinin biyokimyasal içerik yönünden üstün özellikte olduğu belirlenmiştir. Elde edilen bu veriler mevcut genetik kaynaklar ile geliştirilerek yeni çeşit eldesine katkıda bulunması beklenmektedir.
Isparta koşullarında bazı mürdümük (Lathyrus sativus L.) genotiplerinin verim ve kalite özelliklerinin belirlenmesi
Araştırma, bazı mürdümük genotiplerinin verim ve kalite özelliklerinin belirlenmesi amacıyla, 2020-2021 yetiştirme sezonunda Isparta ekolojik koşullarında yürütülmüştür. Araştırmada, 120 adet mürdümük genotipi ve 4 adet çeşit (Corea, İptaş, Gürbüz ve Karadağ) bitki materyali olarak kullanılmıştır. Deneme, agumented deneme desenine göre yürütülmüştür. Araştırmada bitki boyu, ana dal sayısı, bitkide bakla sayısı, bakla boyu, bakla eni, baklada tane sayısı, 1000 tane ağırlığı, bitki başına tohum verimi, biyolojik verim, hasat indeksi, ham protein oranı, NDF ve ADF belirlenmiştir. Araştırmada incelenen tüm parametreler bakımından genotipler arasında istatistiki anlamda önemli farklılıklar belirlenmiştir. Araştırma sonuçlarına göre; genotiplerin bitki boyu 14.48-76.80 cm, ana dal sayısı 1.00-9.00 adet/bitki, bitkide bakla sayısı 2.81-62.00 adet/bitki, bakla boyu 2.10-4.10 cm, bakla eni 0.71-1.40 cm, baklada tane sayısı 1.23-4.32 adet/bakla, 1000 tane ağırlığı 41.69-238.00 g, biyolojik verim 3.06-82.40 g/bitki, tohum verimi ise 0.34-33.00 g/bitki, hasat indeksi %3.07-55.27, ham protein oranları %13.52-24.64, ADF oranları %7.19-10.22, NDF oranları %11.52-24.23 arasında değişmiştir. Araştırma sonuçlarına göre, Isparta ili iklim ve toprak koşullarında verim bakımından "GP40, GP18, GP161, GP145" kalite bakımından "GP242, GP234, GP207, GP209, GP213 ve GP226" nolu mürdümük genotiplerinin diğer genotiplere göre daha üstün olduğu tespit edilmiştir. Bu genotiplerin ıslah materyali olarak diğer çalışmalarda da kullanılmasının uygun olduğu sonucuna varılmıştır.
Yerli ve yabancı orijinli rezene (foeniculum vulgare) genotiplerinde srap moleküler marker desteğiyle akrabalık dereceleri ve yüksek verim ile kaliteye sahip hatların belirlenmesi
Çalışmada yerli ve yabancı orijinli rezene genotiplerinin akrabalık dereceleri ile yüksek verim ve kaliteye sahip genotiplerin belirlenmesi amaçlanmıştır. USDA koleksiyonundan temin edilen 26 adet yabancı orijinli, Burdur, Denizli ve Antalya bölgelerinden tek bitki seleksiyonu ile temin edilen 14 adet yerli genotip materyal olarak kullanılmıştır. Genotipler Isparta Uygulamalı Bilimler üniversitesi Ziraat Fakültesi Tarla Bitkileri Bölümü deneme alanında 2021-2022 yıllarında tesadüf blokları deneme desenine göre 3 tekerrürlü olarak yetiştirilmişlerdir. İki yıl ortalamasına göre genotiplerin çiçeklenme zamanı 58.5-76.2 gün, olgunlaşma zamanı 116.5-135.5 gün, bitki boyu 51.1-120.5 cm, sap kalınlığı 4.2-11.4 mm, dal sayısı 4.5-7.4 adet/bitki ve şemsiye sayısı 6.7-16.3 adet/bitki, hasat indeksi %28.9-59.1, 1000 meyve ağırlığı 6.1-104.6 g ve meyve verimi 55.2-368.6 kg/da, uçucu yağ oranı %1.70-3.44, uçucu yağ verimi 1.55-10.28 kg/da, sabit yağ oranı %19.28-23.58, sabit yağ verimi 12.18-79.03 kg/da arasında değişim göstermiştir. Çalışmada 17 genotipin trans-anethole içeriğinin Avrupa Farmakopesine uygun olduğu belirlenmiştir. Rezene genotiplerinin sabit yağ ana bileşeni petroselenik asit olarak tespit edilmiş, bunu linoleik, palmitik ve oleik asit takip etmiştir. Petroselenik asit içeriği 2021 yılında %64.76-81.31 (F10-F37) ve 2022 yılında %61.46-81.57 (F45-F13) arasında değişim göstermiştir. Yerli ve yabancı genotiplerin SRAP moleküler markör taramaları ile genetik akrabalıkları belirlenmiştir. US (F30), USA (F27) ve Sırbıstan&Karadağ (F14) nolu genotipler diğer genotiplerden tamamen farklı yer almışlardır. Diğer genotipler iki ana gruba ayrılmışlardır. Birinci grup üç alt gruba ayılmıştır. İkinci grup dört alt gruba ayrılmıştır. Sonuç olarak çalışmamızda F4, F5, F40, F45 ve F46 nolu genotipler verim tipi, F7, F8 ve F10 nolu genotipler uçucu yağ tipi ve F6, F11, F17, F28, F32 ve F36 nolu genotipler ise verim ve uçucu yağ tipi genotipler ümitvar olarak bir sonraki generasyona aktarılmıştır.
Kuru ve sulu koşullarda farklı çörek otu genotiplerinin tarımsal özelliklerinin belirlenmesi
Tıbbi ve baharat bitkisi olarak kullanılan çörek otu (Nigella sativa L.), Düğünçiçeğigiller (Ranunculaceae) familyasına ait önemli bir kültür bitkisidir. Son yıllarda çörek otunun kullanım alanı ve ekonomik önemi artmakta olup, kuraklık ve buna bağlı su kaynaklarının azalması tarımsal üretimi sınırlandıran başlıca etmenler arasında yer almaktadır. Bu çalışma, seçilmiş çörek otu genotiplerinin sulamalı ve kuru koşullara tepkilerinin belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. Araştırma, Isparta Merkez ilçe ekolojik koşullarında, tesadüf bloklarında bölünmüş parseller deneme desenine göre üç tekerrürlü olarak yürütülmüştür. Sulama ve kuru uygulamalar ana parsellerde, genotipler ise alt parsellerde yer almıştır. Denemede bazı tarımsal özelliklerin yanı sıra sabit yağ oranı ve sabit yağ verimindeki değişimler incelenmiştir. Sabit yağ oranları soğuk sıkım yöntemiyle belirlenmiş, sabit yağ verimleri soğuk sıkım yağ oranı esas alınarak hesaplanmıştır. Deneme sonuçlarına göre, sulama uygulamasıyla ortalama biyolojik verim 371 kg/da'dan 435 kg/da'a, tohum verimi ise 81.3 kg/da'dan 97.3 kg/da'a yükselmiştir. Genotipler sulamaya farklı tepkiler göstermiştir. En yüksek tohum ve sabit yağ (soğuk sıkım) verimleri sırasıyla 156 kg/da ve 50.82 kg/da ile sulanan Genotip-16'dan elde edilmiştir. Standart Çameli çeşidinde ise sulamalı koşullarda tohum ve sabit yağ verimleri sırasıyla 89.8 kg/da ve 23.69 kg/da olarak belirlenmiştir. Araştırma sonucunda, sulama uygulamasının verimi artırdığı ve özellikle Genotip-16'nın yüksek verim potansiyeline sahip olduğu belirlenmiştir.
Harran ovası koşullarında farklı sıra arası mesafelerinin ikinci ürün şartlarında bazı soya [Glycine max (L.) Merr.] genotiplerinin verim ve verim unsurları üzerine etkisi üzerine etkisi
Soya tarımında birim alandaki bitki sayısının verim ve verimi etkileyen faktörler üzerine olan etkilerini incelemek amacıyla yapılan bu çalışma tesadüf bloklarında bölünmüş parseller deneme desenine göre GAP Tarımsal Araştırma Enstitüsü –Gündaş İstasyonunda- yürütülmüştür. Çalışmada beş farklı soya çeşidi materyal olarak kullanılmış ve üç farklı sıra arası mesafe denenmiştir. Sıra arası mesafeler ana parselleri, çeşitler ise alt parselleri oluşturmuştur. Çalışmada sıra arası mesafelerinin bitki boyu, ilk bakla yüksekliği, bitki dal sayısı, bitki bakla sayısı, baklada tohum sayısı, 1000 tohum ağırlığı, hasat indeksi, dekara verim, yağ ve protein oranları ile dekara yağ verimi parametreleri incelenmiştir. Araştırmada en düşük bitki boyu 50.25 cm ile Lider çeşidinin 70 cm'de bir sıra olan ekimlerden, en yüksek bitki boyu ise 86.25 cm ile Ataem-7 çeşidinin 70 cm'de üç sıra olan ekimlerden elde edildiği tespit edilmiştir. İlk bakla yüksekliği değerleri 7.5 cm ile 0.25 cm arasında (Sırasıyla Lider-70 cm'de 3 sıra, Gapsoy16- 70 cm'de 3 sıra) değişmiştir. Bitki dal sayısı değerleri 1.6 dal/bitki ile 2.9 dal/bitki (sırasıyla Gapsoy16- 70 cm'de 3 sıra, Ataem 7 çeşidinin 70 cm'de bir sıra) arasında değişim göstermiştir. Bitki bakla sayısı değerleri 28.5 bakla/bitki ile 37.9 bakla/bitki (Gapsoy16 70 cm'de 2 sıra, Adasoy 70 cm'de 3 sıra) arasında değişim göstermiştir. Bitki tohum sayısı verileri 111.25 tohum/bitki ile 162.25 tohum/bitki (Gapsoy16 70 cm'de 2 sıra, Adasoy 70 cm'de 2 sıra) arasında değiştiği tespit edilmiştir. Dekara verim değerleri 175.33 kg/da ile 298.00 kg/da (Adasoy 70 cm'de 1 sıra, Lider-70 cm 3 sıra) arasında değişim göstermiştir.
Türkiye'nin Doğu Anadolu popülasyonunda özofagus kanseri ve P21 polimorfizmleri arasındaki ilişki
Özofagus kanseri dünya genelinde en yaygın sekizinci kanser türüdür. Türkiye'nin Doğu Anadolu Bölgesinde özofagus kanserine yakalanma oranı oldukça yüksektir. Hücre büyüme döngüsünü düzenleyen p21, normal büyüme ve farklılaşma için çok önemlidir. Birçok epidemiyolojik çalışma, p21'deki polimorfizmlerin özofagus ve diğer kanserler ile ilişkisini incelemiştir. Bu çalışmanın amacı, Türkiye'nin Doğu Anadolu bölgesinde özofagus kanserli hastalarda p21 polimorfizmlerinin (rs1059234 C/T, rs1801270 C/A ve rs3176352 G/C ) görülme sıklığını ve muhtemel ilişkisini araştırmaktır. Bu polimorfizmler protein ekspresyonunu etkileyebilir ve kanser duyarlılığında rol oynayabilir. Literatürde diğer popülasyonlarda bazı çalışmalara rastlanmış, ama Türkiye'de bu polimorfizmler ile özofagus kanseri arasındaki ilişkiyi gösteren bir çalışmaya rastlanmamıştır. Bu çalışma, 2017-2018 yılları arasında 69 hasta ve 101 sağlıklı kontrol grubundan toplanan örnekler üzerinde gerçekleştirilmiştir. Gerçek zamanlı PCR'da Taqman Assay yöntemi ile genotipleme yapılmış ve istatistiksel analizler yapılarak sonuçlar belirlenmiştir. p21 polimorfizmlerinin allel ve genotip frekanslarında hasta ve kontroller arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık gözlenmemiştir. Ayrıca bu polimorfizmler ve diğer klinik özellikler arasında da bir ilişki görülmemiştir. Bununla birlikte özofagus kanser riskinin ailede kanser, sigara kullanımı, Van otlu peyniri, tandır dumanı ve reflü gibi diğer faktörler ile ilişkili olduğunu gözlemledik (p<0,05). Bulgularımız Türkiye'nin Doğu Anadolu popülasyonunda diğer demografik faktörlerin özofagus kanser riskini arttırabileceğini, fakat p21 polimorfizmleri (rs1059234 C/T, rs1801270 C/A ve rs3176352 G/C) ve özofagus kanseri riski arasında bir ilişki olmadığını göstermiştir (p>0,05). Bu sonucun doğrulanması için diğer genetik faktörlerin ve daha fazla vakanın incelenmesine ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: Genotipleme, gerçek zamanlı PZR, Özafagus kanseri, p21, polimorfizm,
Çocuk hematoloji polikliniğimizde takip edilen glanzman trombastenisi tanılı hastalarda, mutasyon analizi ve klinik değerlendirme
Giriş ve Amaç: Glanzman trombastenisi (GT), anormal platelet agregasyonu ile karakterize, nadir görülen kalıtsal trombosit fonksiyon bozukluğudur. GT, otozomal resesif geçişli olup esas sorun trombositlerin yüzeyinde bulunan GPIIb/IIIa reseptörünün yokluğu veya disfonksiyonudur. Bu çalışmasının amacı, Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk hematoloji bölümünde GT tanısıyla takipli olguların klinik ve laboratuar bulgularının değerlendirilmesi, genetik mutasyon tipinin araştırılması ve mutasyon tipi ile klinik bulgular arasındaki ilişkinin incelenmesidir. Gereç ve yöntem: Van Yüzüncüyıl Üniversitesi Tıp Fakültesi Dursun Odabaş Tıp Merkezi Çocuk Hematoloji Bilim Dalı'nda Ocak 2008-Nisan 2018 tarihleri arasında takip ve tedavi edilen 17 GT hastasının dosya kayıtları retrospektif olarak incelendi. Çalışmaya dahil edilen hastaların genetik mutasyonları, yaş, cinsiyet, tanı yaşı, başvuru semptomları, klinik bulguları, trombosit sayısı ve hacmi gibi özellikleri dosya kayıtlarından bakıldı. Hastaların kanama bulguları, güncel bir kanama skorlaması kullanılarak değerlendirildi. Bulgular: Hastalarımızda en sık görülen kanama şekilleri, epistaksis, kutanöz kanama ve minör yaradan kanama idi. Genetik mutasyon tespit edilen 12 hastanın altısında aynı mutasyon tespit edildi. Çalışmamızda daha önce literatürde tanımlanmamış olan, dört yeni mutasyon tespit edildi.. Bunların üçü ITGA2B bölgesinde iken, biri ITGB3 bölgesindeydi. Çalışmamızda genetik bulgular ile klinik bulgular arasında anlamlı ilişki saptanmadı. Sonuç: Hastalarımızın hastaneye en sık başvuru şekilleri mukokutanöz kanamalar idi. Olgularımızın dördünde yeni mutasyon saptandı. Hastaların genetik mutasyonları ile kanama skorları ve kanama fenotipleri arasında ilişki saptanmadı. Genotip ve klinik bulgular arasındaki ilişkiyi açıklayabilmek için daha geniş kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır.
Çeşitli klinik örneklerden izole edilen vankomisine direçli enterokok suşlarının fenotipik ve genotipik değerlendirilmesi
Çalışmada çeşitli klinik örneklerinden elde edilen Vankomisine dirençli Enterokok suşlarında (VRE) fenotipik olarak vankomisin ve teikoplanin direnci belirlenmiş ve genotipik yöntemlerle VanA, VanB ve VanC varlığı araştırılmıştır. Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda 2015-2018 yılları arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen Vankomisine dirençli 30 Enterococ spp. (VRE) suşu çalışmaya dâhil edilmiştir. Suşların identifikasyonu ve antibiyotik dirençlerinin belirlenmesi için otomatize sistem kullanılmıştır. Vankomisine ve teikoplanin direnci gradient test yöntemi ile belirlenmiştir. Direnç genleri, uygun primerler kullanılarak in-house PCR yöntemi ile araştırılmıştır. İdentifikasyon tesleri sonucunda suşların 29'u E. faecium, bir tanesi E. faecalis olarak tanımlanmıştır. Otomatize identifikasyon sistemi ile suşların tümü vankomisin ve teikoplanine karşı dirençli bulunurken gradient test yöntemi izolatların üç tanesi duyarlı olarak bulunmuştur. Bu üç suşta moleküler yöntemle VanA, VanB ve VanC'nin hiçbirisine rastlanmamıştır. Moleküler yöntemle 27 suşta VanA, bir suşta VanB geni saptanırken hiçbir suşta VanC genine rastlanmamıştır. Enterokok izolatlarında vankomisin direncinin tespitinde Gradient test ve moleküler yöntemle direnç gen tespitinin %100 uyumlu olduğu görülmüştür. Klinik mikrobiyoloji laboratuarında enterokok izolatlarının glikopeptit direncinin saptanmasında Gradient test yöntemi çok önemli bir tarama testi olarak kullanılabilir. Anahtar kelimeler: Vankomisine dirençli Enterokok, Gradient test, VanA, VanB ve VanC.
Kan kültür örneklerinden izole edilen bakterilerin antibiyotik direnç profillerinin fenotipik ve genotipik analizi
Sepsis, yaygın ve sıklıkla öldürücü olan ciddi bir toplum sağlığı problemidir. Sepsisli hastalarda, yaşlanan bir popülasyon, artan immünosüpresif tedavi kullanımı ve yüksek riskli müdahaleler nedeniyle insidansın arttığı konusunda fikir birliği vardır. Sağlık Bilimleri Üniversitesi Van Eğitim ve Araştırma Hastanesinde, yoğun bakım ünitelerinde yatan sepsis şüpheli 750 hasta değerlendirildi. 750 hasta, yaş ve cinsiyetlerine göre sınıflandırıldı. Kan kültürlerinden bakteriler izole edildi. Katalaz testi, oksidaz testi ve Gram boyama gibi biyokimyasal testleri yapıldı. Bakterilerin identifikasyonu ve antibiyogram testi değerlendirmesi için Vitek 2 Compact (Biomerieux, USA) cihazı kullanıldı. Koagulaz negatif bakterilerin 47 tanesinin slime faktör pozitif olduğu belirlendi. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile mecA, blaOXA-48 ve blaIMP genleri analiz edildi. Sepsisli hastalardan 12 çoklu ilaç dirençli bakteri izole ve identifiye edildi. 2 MRSA izolatının mecA geni taşıyıcılığı pozitif bulundu. Gram negatif bakterilerimizden sadece 2 K. pneumoniae izolatının blaOXA-48 taşıyıcısı olduğu belirlendi. Sepsise neden olan gram negatif bakterilerimizin hiç birinde blaIMP genine rastlanmadı. Sonuç olarak, hastanemizde sepsise neden olan bakterilerin tanımlanmasının ve antibiyotik direnç oranlarının ortaya konulmasının oldukça önemli olduğu görüldü. Sepsise neden olan etkenlerin içerisinde metisilin, karbapenem, genişlemiş β-laktamaz ve çoklu ilaç direnci gösteren bakterilerin varlığının insan sağlığı üzerine etkilerinin oldukça önemli olduğu ortaya konuldu.
Uşak ilinde yetişen yerel elma genotiplerinin bazı pomolojik ve biyokimyasal özelliklerinin belirlenmesi
Bu çalışma, Uşak ekolojisinde doğal olarak yetişen ve çeşidi belli olmayan, İlin farklı bölgelerinden ve farklı ağaçlarından toplanan 13 yerel orijinli elma çeşidinin bazı biyokimyasal ve pomolojiközelliklerini belirlemek amacıyla yürütülmüştür. Çalışmada Organik asitlerden oksalik asit 2.89ppmile 561 ppm arasında; malik asit1725 ppm ile 12159 ppm arasında; askorbik asit 29 ppm ile 203 ppm arasındadeğişen değerler göstermiştir. Pomolojik özellikler bakımından ise ortalama meyve ağırlığı 41,24 g ile 142,42 g arasında, ortalama boy 39,10 mm ile 61,78 mm arasında; ortalama en 45,38 mm ile 70,73 mm arasında; ortalama sap uzunluğu 9,10 mm ile 24,19 mm arasında, ortalama meyve kabuk kalınlığı 0,12 mm ile 0,16 mm arasında, ortalama meyve sertliği 2,44 kg/cm² ile 5,38 kg/cm² arasında, ortalama meyve çekirdek ağırlığı 0,026 g ile 0,058 g arasında, ortalama meyve çekirdek boyu 6,29 mm ile 10,11 mm arasında, ortalama meyve çekirdek sayısı 2,4 ile 10,6 arasında, ortalama Suda çözünebilir kuru madde (SÇKM) oranı %9,8 ile %17,10 arasında, ortalama 4,49 ile 5,34 arasında değiştiğibelirlenmiştir.