Viruses

DNA-yönlendirilmiş RNA polimerazlarPolimeraz zincirleme reaksiyonuSolunum yolları enfeksiyonları+4

Beş yaş altı çocuklarda alt solunum yolu enfeksiyonlarına neden olan viral etkenlerin araştırılması

Amaç: Alt solunum yolu enfeksiyonları (ASYE) tüm dünyada çocuklarda mortalite nedenleri arasında önemli yer tutmaktadır. Çalışmamızda akut ASYE tanısıyla izlenen beş yaş altındaki çocuklarda viral etkenlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntemler: Bezmialem Vakıf Üniversitesi çocuk acil servisinde 1 Mart 2015-31 Ocak 2016 tarihleri arasında ASYE tanısı alan 1 ay-5 yaş arası çocuklardan nazofarengeal sürüntü örnekleri alınmıştır. Altta yatan kronik hastalığı olan olgular çalışma dışı bırakılmıştır. Alınan örneklerde gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle etken varlığı araştırılmıştır. Etken tespit edilen olguların yaş gruplarına ve mevsimlere göre dağılımı incelenmiştir. Klinik ve labaratuvar bulguları ile etken ilişkisi araştırılmıştır. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 95 hastanın 51 (%53,7)' i erkek, 44 ( %46,3) 'ü kız olup yaş ortalaması 26,3 aydır. Olguların %45'inin başvuru öncesi antibiyotik kullandığı öğrenilmiştir. Öksürük (%100) ve hırıltı (%70) en sık başvuru yakınmalarıdır. Ortalama lökosit sayısı 11,600/mm3, CRP 2.84 mg/dl bulunmuştur. Akciğer grafisinde en sık havalanma fazlalığı ve interstisyel infltrasyon (%33 ve %27) saptanmıştır. Virüs varlığı 51 olguda (%53,6) gösterilmiştir. En sık saptanan virüsler, rinovirüs (%22), insan bocavirüs (HBoV) (%21) ve respiratuvar sinsiyal virüs (RSV) (%19)'tür. İlk 1 yaşta en sık HBoV (%26) tespit edilirken 13-60 aylık çocuklarda rinovirüs (%26.4) başta gelmektedir. Çoklu viral etken birlikteliği 10 hastada saptanmış olup en sık HBoV ile gözlenmiştir. Respiratuvar sinsisyal virüs daha çok kış aylarında görülürken HBoV'un yıl boyu sürdüğü gözlenmiştir.Hastaların klinik ve laboratuar bulguları ile ajanlar arasında anlamlı ilişki saptanamamıştır Sonuçlar: Virüsler ASYE'de en sık bulunan etkenlerdir. Yaş grupları ve mevsimlere göre etkenler değişiklik göstermektedir. Klinik ve laboratuvar bulguları viral ve viral-bakteriyel birlikteliklerin ayırımında yeterli değildir. Anahtar Kelimeler; alt solunum yolu enfeksiyonu, polimeraz zincir reaksiyonu, viral enfeksiyon

İbrahim Türk

Bezmialem Vakıf University

2016

GlikoproteinlerHemorajik ateş-KırımMayalar+3

Kırım kongo kanamalı ateş virüsü kelkit suşu gc glikoproteininin ökaryotik ekspresyon sisteminde üretilmesi

Kırım Kongo Kanamalı Ateş Virüsü (KKKAV) keneler aracılığı ile taşınan bir virüs olup Afrika, Asya, Doğu Avrupa ve Orta Doğu'da etkili olan mortalite oranı %30'lara ulaşabilen bir kanamalı ateş etkenidir. KKKAV, Bunyaviridae ailesinin Nairovirüs cinsine ait olan zarflı, tek sarmallı, negatif polariteli bir RNA virüsüdür. Kene ile taşınan virüsler arasında en geniş coğrafi yayılıma sahip olması ve Dengue virüsten sonra medikal anlamda en önemli ikinci arbovirüs olması sebebi ile dikkat çekmektedir. Bunyaviridae ailesinin diğer üyelerinde olduğu gibi KKKAV'de üç adet yapısal protein barındırmaktadır. Üç segmentli bu virüsün small (S) segmentinden nükleoprotein, large (L) segmentinden RNA-bağımlı-RNA polimeraz, medium (M) segmentinden ise Gn ve Gc olmak üzere iki adet yapısal glikoprotein kodlanmaktadır. M segment open reading frame (ORF)' inden 1684 aminoasit uzunluğunda bir poliprotein üretilir. Ardından SKI-1 ve SKI-1 like proteaz ile Pre-Gn ve Pre-Gc ve posttranslasyonel kesimler sonucunda 37 kDa boyutunda Gn ve 75 kDA boyutunda Gc glikoproteinleri oluşmaktadır. Hücre yüzey reseptörleri ile etkileşime geçmeleri, virüsün konak hücreye girişini sağlamaları ve nötralizan antikorlar için hedef olmaları sebebi ile viral glikoproteinler virüslerin yaşam döngüsünde önemlidir. KKKAV'de nükleokapsit proteininin immunolojik özellikleriyle ilgili çalışmalar literatürde nispeten bulunmasına rağmen, bu virüsün glikoproteinleri Gn ve Gc'ye yönelik çalışmalar yeni yeni ortaya konmaya başlanmıştır. Bu çalışmada KKKAV glikopretini Gc'ye karşı humoral immün yanıtın araştırılması için fonksiyonel bir rekombinant protein üretmek hedeflenmiştir. Bu amaçla Pichia pastoris'te üretilip saflaştırılan Kelkit suşuna özgü Gc'nin otantik antijeniteye sahip olduğu, KKKAV infeksiyonu geçirmiş insan serumlarıyla yapılan Western blot ve EIA testleriyle gösterilmiştir. Gc'nin antijenitesi tavşan ile yapılan deneylerle de gösterilmiştir. Çalışmamızın sonuçları P. pastoris'in KKKAV glikoproteini Gc'yi üretmek için uygun bir model organizma olduğunu göstermiştir. Ayrıca KKKAV glikoproteini Gc'ye özgü antikorların KKKAV infeksiyonu geçirmiş hasta serumlarında ve inaktif virüs ile infekte tavşan serumu içerisinde bulunduğu tespit edilmiştir. P. pastoris'te rekombinant olarak üretilen Gc ile diyagnostik ve bağışıklama alanlarında daha ileri düzey işlevsel çalışmalar gerekmektedir. Anahtar Kelimeler: Kırım Kongo Kanamalı Ateş Virüsü; glikoprotein; maya; Pichia pastoris

Filiz Güney

Bezmialem Vakıf University · Institute of Health Sciences

2019

AntibiyotiklerBakterilerDiyare+3

Erişkin akut gastroenterit olgularında etiyolojik ajanların belirlenmesi

ÖZET Akut gastroenteritler bütün dünyada her yaştan insanda görülebilen ve kişilerin günlük yaşamını en çok etkileyen hastalık grubudur. İshalli hastalıklar, dünyadaki bütün ölüm nedenleri arasında kardiyovasküler hastalıkların arkasından ikinci sırada yer alırlar. Olası gastroenterit etkenlerinin bilinmesi, tanıya yönelik araştırmalarda kolaylık, doğru tanı ve etkin tedavi firsatı sağlayacak, ayrıca antimikrobiyal tedavi gereken durumlarda antibiyotik seçimi için yol gösterecektir. Akut gastroenteritlerde etiyolojik ajanların belirlenmesi amacıyla, ishal şikayetiyle başvuran 110 hastanın dışkı örneklerinde bakteriyolojik, parazitolojik ve virolojik incelemeler yapılmıştır. Son 10 gün içinde antibiyotik kullanımı öyküsü olan hastaların dışkılarında Clostridium difficile Toksin A araştırılmıştır. Hastaların %44,5'unda akut gastroenterit etkeni olarak en az bir patojen belirlenmiş, %55,5'inde ise etken belirlenememiştir. Hastaların ll'inde amebiyazis (%10,0), ll'inde şigellozis (%10,0), ll'inde rotavirus enfeksiyonu (%10,0), 5'inde giyardiyazis (%4,5), 3'ünde saknonellozis (%2,7) saptanmıştır. 6 farklı hastanın her birinde Enteropatojenik Escherichia colfye (%0,9), Clostridium difficile'ye (%0,9) ve Blastocystis hominis's bağlı ishal (%0,9), şigellozis+amebiyazis (%0,9), amebiyazis+giyardiyazis (%0,9), Candida+Rotayrrüs enfeksiyonu (%0,9) belirlenmiştir. Olguların % 2,7'sinde (a3) mikst enfeksiyon bulunmuştur. Etkenlerin sıklığı ve patojenler içindeki oram her mikroorganizma için ayrı ayrı değerlendirildiğinde, en sık saptanan patojen Entamoeba histolytica'da (a 13, %26). Bunu Shigella türleri (al2, %24) ve rotavirüsler (ali, %22) izlemektedir. Salmonella türlerinde direnç saptanmamış olmakla birlikte, Shigella izolatlannın %83,3'ünde (n:10) en az bir antibiyotiğe direnç saptanmıştır. Bu dirençli izolatlann tamamında (n:10,%83,3) trimetoprim- sulfametoksazol direnci, daha az oranda ampisilin direnci (n:5, %33,4) dikkat çekmektedir. Bölgemizdeki ishallerin etiyolojisinde, protozoonlar ve bakteriyel etkenlerle birlikte rotavirüsler de önemli yer tutmaktadır. Anahtar Sözcükler: Gastroenterit, ishal, etiyoloji.

A. Seza İnal

2000

Bitki korumaDatura stramoniumDomates+4

Domateslerde zararlı domates sarı yaprak kıvırcıklık virüsünün (DSYKV) yabancı ot konukçularının saptanması

Domates tarımı yapılan birçok ülkede yaygın olarak görülen ve domatese önemli oranda zarar veren DSVKV, beyaz sinek tarafından taşınmaktadır. Bölgemizde de büyük sorun oluşturan bu virüs, örtü altı ve açık alanda yapılan domates tarımım tehdit edecek boyutlara erişmiştir. Zaraın bu şekilde artış göstermesinde virüse konukçuluk eden yabancı otların payı büyüktür. Bu çalışma virüsün doğal inokulum kaynaklarını oluşturan yabancı otların saptanması için yapılmıştır. Bu amaçla özellikle domates yetiştirilen yerlerin yakın çevresinde bulunan yabancı otlar toplanmış ve test edilmek üzere laboratuvara getirilmiştir. Testleme çalışmaları bitkilerde meydana gelen simptomların gözlenmesi ve virüsün bir bitkiden diğer bir bitkiye taşınmasında vektör beyaz sinek Semisîa tstmci Gerin, kullanılmıştır. Ü8tı,*rs strsmom'umL., Sofmum m'gnmL. ve Urtics ttrensV. DSVKV nün yabancı ot konukçulan olduğu saptanmıştır. Bu yabancı otlardan üriw& urmsL! in DSVKV ne konukçuluk ettiği bu çalışma sonucunda blırlenmiştir. Kültürel önlemlerin virüs hastalıkları mücadelesinde önemli bir yeri vardır. Bu bakımdan patojenin konukçulanmn bilinmesi ve buna göre alınacak önlemler, kuşkusuz bazı hastalıklara daha başlangıç aşamasında müdahale imkanı sağlayacak, etmenin yayılması da bu şekilde önlenebilecektir.

Alaattin Yeşiloğlu

Çukurova University · Institute of Graduate Studies in Science

1993

Hasan Alı Mohammed Al-chaabawı

Iraklı kadın meme karsinomu hastalarında fare meme tümörü benzeri (MMTV-benzeri) virüsün moleküler tespiti

ÖZET Yüksek Lisans Tezi IRAKLI KADIN MEME KARSİNOMU HASTALARINDA FARE MEME TÜMÖRÜ BENZERİ (MMTV-BENZERİ) VİRÜSÜN MOLEKÜLER TESPİTİ Hasan Ali Mohammed AL-CHAABAWI Çankırı Karatekin Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı Danışman : Dr. Öğr. Üyesi Müge FIRAT / Türkiye Eş Danışman : Prof. Dr. Mohammed E. MANSUR / Irak Fare meme tümörü virüsünün (MMTV) 74 yıldan uzun bir süre önce anne sütü yoluyla bulaşarak, tarla ve deney farelerinin %95'inde meme tümörlerine neden olduğu keşfedilmiştir. MMTV'nin keşfinden bu yana, insanlarda da meme kanserine sebep olan benzer virüslerin nedenler bulmak için pek çok araştırma başlamıştır ve insan meme tümörü virüsü (HMTV) keşfedilmiştir. HMTV, MMTV-benzeri virüs olarak da anılmaktadır. İnsan meme kanseri çalışması için bir hayvan modeli olarak kabul edilen MMTV-benzeri virüs, anneden kızına süt emme yoluyla bulaşabilmektedir. Bu tez çalışmasında; Iraklı kadın meme kanseri hastalarından alınmış olan doku biyopsilerinde, moleküler yöntemler kullanılarak fare meme tümörü-benzeri virüsü env geni varlığı ve meme kanseri ile ilişkisi araştırılmıştır. Elde edilen pozitif sonuçlar, benzer çalışmaların yapıldığı ve raporlandığı diğer bazı ülkelerin sonuçları ile karşılaştırılmıştır. 2021, 44 sayfa ANAHTAR KELİMELER: Meme kanseri, MMTV-benzeri virüs, PZR, Irak.

Meme kanseriVirüsler

Çankırı Karatekin Üniversitesi · Institute of Graduate Studies in Science

2020

EnfeksiyonlarHepatit AMoleküler analiz+1

Dikar valiliği'nde hepatit A virüs enfeksiyonlarının moleküler epidemiyolojik çalışması

Bu çalışma, toplumdaki sağlıklı insanlar arasında hepatit A virüsü tip A'ya karşı spesifik IgG antikorlarının ve akut hepatitli hastalarda anti-HAV IgM antikorlarının prevalansını araştırmanın yanı sıra yaş ve cinsiyet, barınma, içme suyu kaynağı ve tarla hayvanları ile temas gibi bazı faktörlerin spesifik IgM, IgG antikorların prevalansına etkisini araştırmak amacıyla Dhi Qar'daki halk sağlığı laboratuvarında yapılmıştır. Çalışma ayrıca, bu virüs için depolama konakçısı olabilecek bazı çiftlik hayvanlarının rolünü ortaya çıkarma amacıyla bu hayvanların serumlarında spesifik anti-HAV IgG antikorlarını araştırmayı amaçlamıştır. Çalışmaya iki grup dahil edilmiştir; birinci grup, yaş ortalaması 14,46±22,81 olan 142 görünüşte sağlıklı denekten (68 erkek ve 74 kadın) oluşurken ikinci grup yaş ortalaması 13,37±18,87 olan akut hepatitten muzdarip 190 hastanın (122 erkek ve 68 kadın) yanı sıra 81 farklı çiftlik hayvanını (koyun, keçi ve inek) içermektedir. Hepatit C, B ve A virüslerine karşı spesifik antikorları saptamak için ELISA teknikleri kullanılmıştır. Karaciğer fonksiyon testlerinde total bilirubin testi, direkt ve indirekt bilirubin testi ve serum alanin aminotransferaz testi olan standart biyoenzimatik yöntemler kullanılmıştır. Çalışmanın sonuçlarına göre, hepatit A virüsüne karşı spesifik IgG antikorlarının prevalansının %73,2 olarak bulunmuştur. Akut hepatit grubundaki deneklerin 48'i (%25,3) hepatit A virüsüne özgü antikorlar, 17'si (%8,9) hepatit B yüzey antijeni ve 15'i (%7,9) hepatit B antikoru için pozitif sonuç göstermiştir. Hepatit C virüsünün (C) özgüllüğü, 110 (%57,9) hastada herhangi bir virolojik parametre ile pozitif sonuç vermemiştir.

Ahmed Razzaq Abdullah Alkareem

Çankırı Karatekin Üniversitesi · Institute of Graduate Studies in Science

BakterilerEnzime bağlı immünosorbent testiGastroenterit+4

Çocuk yaş grubunda görülen gastroenteritlerde viral ve bakteriyel etkenlerin klasik ve moleküler yöntemlerle araştırılması

Amaç: Akut gastroenterit bütün dünyada, özellikle gelişmekte olan ülkelerde yenidoğan ve küçük çocuklar için önemli bir sağlık sorunu ve önde gelen bir ölüm sebebidir. Bu çalışmanın amacı bölgemizde çocuklarda görülen akut gastroenteritlerde klasik ve moleküler tanı yöntemleri kullanılarak viral ve bakteriyel etkenlerin araştırılmasıdır.Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Temmuz 2009 ile Ekim 2009 tarihleri arasında Adana Doğum ve Çocuk Bakımevi Hastanesi polikliniklerine ve acil servisine akut gastroenterit ile başvuran yaşları 0-12 yaş arasında değişen çocuklara ait 136 dışkı örneği dahil edildi. Dışkı örneklerinde bakteriyel enteropatojenlerin izolasyonu için klasik kültür yöntemi ve viral etkenlerden rotavirus, norovirus, astrovirus ve adenovirus antijenlerinin tanısı için Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) testi kullanıldı. Ayrıca rotavirus grup A antijeni pozitif bulunan dışkı örneklerinde önce reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) testi ile VP4 ve VP7 rotavirus genomları ve ardından semi-nested multipleks PCR testi ile G ve P genotipleri tespit edildi.Bulgular: Toplam 136 vakanın % 20,6'sında (28 vaka) viruslar ve % 8,1'inde (11 vaka) bakteriler olmak üzere % 28,7'sinde (39 vaka) gastroenterit etkeni tespit edildi. Akut gastroenterit etkenlerinden sırasıyla; norovirus vakaların % 11'inde (15 vaka), rotavirus % 7,3'ünde (10 vaka), Shigella sonnei % 6,6'sında (9 vaka), adenovirus % 2,2'sinde (3 vaka), Salmonella newport % 0,7'sinde (1 vaka) ve Campylobacter jejuni %0,7'sinde (1 vaka) bulundu. Miks infeksiyon ise 2 vakada (% 1,5) gözlendi. Rotavirus antijeni pozitif bulunan 10 örnekte en baskın bulunan genotip % 30 oranla G9P[8] olup, bunu G9P[11] % 20 ve G4P[8] % 10 oranla izledi. G genotiplerinden G9 % 60 ve P genotiplerinden P[8] % 50 oranla en yaygın bulunan genotiplerdi.Sonuç: Çalışmanın yapıldığı 2009 yaz döneminde akut gastroenteritli çocuklarda en fazla bulunan etkenler norovirus (% 11), rotavirus (% 7,3) ve Shigella sonnei (% 6,6)'dir. Akut gastroenteritlerin etyolojik tanısı ile destekleyici tedavi gerektiren viral etkenler ve antibiyotik tedavisi gerektiren shigella ve campylobacter gibi bakterilerin tespiti sonucu uygun hasta yönetimi sağlanacakır.Anahtar Kelimeler: Akut gastroenterit, bakteriler, çocuklar, ELISA, PCR, viruslar

Ayşegül Tümgör

2010

Floresan antikor tekniğiPolimeraz zincirleme reaksiyonuSolunum yolları enfeksiyonları+2

Çocuklarda viral solunum yolu enfeksiyonlarının multipleks real-time polymerase chain reaction (PCR) ve direkt immunfloresan test ile araştırılması

Viral solunum yolu enfeksiyonları, bütün dünyada çocuklarda morbidite ve mortalitenin önemli bir sebebidir. Bu çalışmanın amacı alt solunum yolu enfeksiyonu sebebiyle hastaneye yatırılan çocuklarda viral enfeksiyonların sıklığının multipleks real-time PCR ve direkt immunfloresan assay (DFA) ile araştırılmasıdır. Eylül 2012 ve Mart 2013 tarihleri arasında 17 yaş ve altındaki 158 çocuktan flocked eküvyon (Copan Diagnostics, Italy) ile nazofaringeal sürüntü örnekleri toplanmıştır. Örnekler 13 solunum yolu virusunun tespiti için multipleks real-time PCR (ARVI Screen Real-TM, Sacace, Italy) ve respiratory syncytial virus (RSV), human metapneumovirus (hMPV), adenovirus ve parainfluenza virus (PIV) antijeni tespiti için DFA testi (Argene SA, France) ile analiz edilmiştir. Multipleks real-time PCR test ile 158 hastadan 114?ünün (%72.2) en az bir virus için pozitif olduğu bulunmuştur. Koenfeksiyon bütün hastaların 49?unda (%31) gözlenmiştir. Rhinovirus en yaygın virus olup 44 (%27.8) hastada tespit edilmiştir, bunu RSV (%17.7), adenovirus (%17.7), hMPV (%10.1), PIV 4 (%9.4), PIV 1 (%7.5), human bocavirus (%6.3), human coronavirus (HCoV) OC43/HKU1 (%4.4), PIV 2 (%3.1), PIV 3 (%3.1) ve HCoV 229E/NL63 (%1.8) izlemiştir. Real time PCR testine göre DFA testinin sensitivitesi RSV, hMPV, adenovirus ve PIV için sırasıyla %85.7, %75, %46.4 ve %70.4 ve spesifitesi %96.2, %96.5, %89.4 ve %94.7 bulunmuştur. Sonuç olarak çalışma grubumuzda viral solunum yolu enfeksiyonları %72.2 gibi yüksek bir oranda tespit edilmiştir. Gereksiz antibiyotik tedavisinin azaltılması ve nozokomiyal virus yayılımının önlenmesi için viral solunum yolu enfeksiyonlarının erken tanısında multipleks real-time PCR testinin yapılması önerilir ve daha hızlı test olan DFA testi de özellikle RSV ve hMPV için kullanılabilir.

Deniz Özdoğru

Çukurova University · Institute of Health Sciences

2013

DoctorateOpen AccessTR

İnfluenza A virus enfeksiyonlarının moleküler epidemiyolojisi

İnfluenza, influenza viruslarının sebep olduğu akut solunum yolu hastalığıdır. İnfluenza virus enfeksiyonları yüksek morbidite ile ilişkilidir ve pnömoni gibi ciddi komplikasyonlara sebep olabilir. Bu çalışmanın amacı solunum yolu infeksiyonu olan ve hastaneye yatırılan hastalarda influenza tip A ve B virus enfeksiyonlarının insidansı ve influenza A virus alttiplerini real-time RT-PCR test, konvansiyonel RT-PCR test ve direk immunfloresan antikor (DFA) testi ile tespit etmektir. Toplam 476 hastadan 1 Nisan 2012 ve 31 Aralık 2013 tarihleri arasında flocked eküvyon (Copan Diagnostics, Italy) ile nazofaringeal sürüntü örnekleri toplanmıştır. Real-time RT-PCR test (Sacace, Italy) ile influenza A virus vakaların %20.5 (98/476) ve influenza B virus %3.3'ünde (16/476) tespit edilmiştir. Çalışma süresi boyunca 98 influenza virus izolatının %63.3'ünün A(H1N1)pdm09 ve %36.7'sinin A(H3N2) olduğu bulunmuştur. İnfluenza A(H1N1)pdm09 alttipinin Ocak 2013 (12 vaka) ve A(H3N2) alttipinin (11 vaka) Aralık 2013'de baskın olduğu gözlenmiştir. Real-time RT-PCR test referans alındığında influenza A ve B için DFA testinin (Argene SA, France) ve influenza A için WHO primerlerinin (M30F2/08 ve M264R3/08) kullanıldığı konvansiyonel RT-PCR testinin sensitivitesi sırasıyla %72.4, %75, %96 ve spesifitesi %99.2, %99.5 ve %100 bulunmuştur. Sonuç olarak, çalışma grubunda influenza A virus enfeksiyonu %20.5 oranla oldukça yüksek tespit edilmiştir. İnfluenza virus tipleri ve alttiplerinin izlenmesi, influenza aşı suşlarının dolaşımdaki influenza virusları ile uyumunun değerlendirilmesi ve pandemik potansiyeli olan alttiplerin tanısı için gereklidir. Etkili korunma ve kontrol önlemlerinin zamanında alınması, gereksiz antibiyotik kullanımının azaltılması ve antiviral tedaviye başlamak için influenza virus enfeksiyonlarının erken tanısında real-time RT-PCR testinin kullanımı önerilir.

EnfeksiyonEpidemiyolojiFloresan antikor tekniği+4

Deniz Yıldırım

Çukurova University · Institute of Health Sciences

2014

Acil servis-hastaneSolunum yolları enfeksiyonlarıVirüs hastalıkları+4

Acile başvuran immünsuprese hastalarda solunum yolu virus infeksiyonlarının araştırılması

Amaç: Acil servise başvuran bağışıklık sistemi baskılanmış hastalarda alt solunum yolu enfeksiyonuna yol açan viral etkenlerin tipinin görülme sıklığının klinik seyre etkinliğini belirlemeyi hedefledik. Gereç ve Yöntem: İleriye dönük olarak yapılan bu çalışmada fakülte etik kurulunun onayı alındıktan sonra Kasım-2012 ve Aralık-2014 tarihleri arasında Acil Tıp AnaBilim Dalı'na bağışıklık sistemi baskılanmış olup solunum yolu enfeksiyonu şikayetleri ile başvuran yetişkin grup hastalar çalışmaya alındı. Yaş, cinsiyet, hastalık belirtileri (ateş, öksürük, boğaz ağrısı, burun akıntısı, burun tıkanıklığı, solunum güçlüğü, göğüs ağrısı, baş ağrısı, kas ağrısı, bulantı ve kusma, konfüzyon, başdönmesi), kemoterapi veya bağışıklık sistemini baskılayıcı tedavi ve ek hastalıklar kaydedildi. Alt solunum yolu enfeksiyonu ( ASYE ) tanısı ile acil servise başvuran immün sistemi baskılanmış olan 75 hastadan alınan nazofaringeal sürüntü örnekleri solunum yolu viruslarının varlığını araştırmak için multipleks real-time PCR (ARVI Screen Real-TM, Sacace, Italy) ve Influenza A and B real-time PCR testi (Influenza A and B Real-TM, Sacace, Italy) ile çalışıldı. Bulgular: En fazla başvuru şikayeti solunum güçlüğü (% 84,0) olup ikinci en sıklıkta öksürük (% 82,7) olduğu en az görülen başvuru şikayetinin ishal (% 6,7) olduğu belirlendi. Hastaların 31'inde (% 41,3) başvuru anında yüksek ateş (38,5-40,9 °C) mevcuttu. Hastaların (n=26; % 34,7)'sinde virüs saptanmadı,(n=29; % 38,7)'sinde bir tip virus, (n=12; % 16,0)'ında iki tip virus, (n=8; % 10,7)'sinde üç tip virus saptandı. En sık virüs coronavirus (% 22,7, en az bocavirus (% 5,3) saptandı. Hematolojik malignitesi olan hastalarda en sık RSV (% 26,3) ve parainfluenza virüs (% 26,3), onkoloji hastası olanlarda en sık coranavirus (% 29,6) , bağışıklık sistemi baskılayan tedavi alan hastalarda en sık RSV, parainfluenza, coronavirus ve rhinovirus (% 16,7) saptandı. 3'ü kadın (% 9,1) ve 7'si erkek (% 16,7) olmak üzere toplam 10 hastada ölüm gerçekleşti. Ölen hastalarda en sık rhinovirus (% 30,0) saptandı. Sonuç: Çalışmamızda acil servise başvuran bağışıklık sistemi baskılanmış ve solunum yolu enfeksiyonu düşünülen hastalarda en sık coronavirus tespit edilmiştir. Solunum yolu virus enfeksiyonları bağışıklık sistemi baskılanmış hastalarda ölüm riskini artırmış olup bu tür hastalarda gereksiz antibiyotik kullanımının azaltılması için virusların tespitinde daha hassas ve hızlı testlere ihtiyaç vardır. Bu konu ile ilgili olarak yapılacak çok merkezli ve çok sayıda olgunun dahil olduğu çalışmalar konunun aydınlatılmasında daha detaylı veriler sunacaktır.

Mehmet Kaan Poyraz

2014

Antiviral ajanlarHemoglobin A-glikolizeHepatit B+5

Kronik hepatit b hastalarında oral antiviraller ve pegile interferon tedavi sonuçlarının karşılaştırılması

iv III. ÖZET KRONİK HEPATİT B HASTALARINDA ORAL ANTİVİRALLER VE PEGİLE İNTERFERON TEDAVİ SONUÇLARININ KARŞILAŞTIRILMASI Dr. Esra ERDOĞAN Uzmanlık tezi, İç Hastalıkları Anabilim Dalı Tez Danışmanı: Yrd. Doç. Dr. Ayhan BALKAN Ağustos 2017, 79 Sayfa Giriş ve Amaç: Kronik Hepatit B (KHB), dünyada 350-400 milyon kişiyi enfekte eden önemli bir halk sağlığı sorunudur. Tedavi konusunda uğraşılara rağmen, HBsAg kaybı ve kür konusunda başarılı sonuçlara ulaşılamamıştır. Biz bu çalışmada Sağlık Uygulama Tebliğine (SUT) göre, KHB hastalarında verilen pegile-interferon alfa (pegIFN-α) ve oral antiviral tedavilerinin etkinliğini ve direnç oranlarını araştırmayı amaçladık. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya retrospektif olarak Ocak 2012- Aralık 2015 tarihleri arasında polikliniklerimize başvuran ve tedavi almış KHB'li 270 hasta alındı. Hastalara pegile-interferon alfa (pegIFN-α) ve oral antiviral tedavileri verildi. Hastaların 3 yıllık virolojik, biyokimyasal ve serolojik yanıtları incelendi ve KHB enfeksiyonunda kullanılan antiviral ilaçların etkinlikleri karşılaştırıldı. Bulgular: Çalışmaya aldığımız 270 hastanın 178'i (%65.9) erkek, 92'si (%34.1) kadındı. Yaş ortalamaları 42.6 ± 12.1'di. 99 hasta tenofovir, 65 hasta entekavir, 54 hasta lamivudin, 32 hasta telbivudin ve 20 hasta pegIFN-α aldı. HBeAg pozitif KHB hastalarında 1. yılın sonunda virolojik yanıt oranları, grubund PegIFN-α a %12.5, lamivudin grubunda %27.3, telbivudin grubunda %50, entekavir grubunda %54.5 ve tenofovir grubunda %55 bulundu. HBeAg negatif KHB hastalarında 1. yılın sonunda virolojik yanıt oranları, pegIFN-α grubunda %58.3, lamivudin grubunda %69.8, telbivudin grubunda %78.6, entekavir grubunda %87.5 ve tenofovir grubunda %79.7 bulundu. HBeAg pozitif KHB hastalarında 1. yılın sonunda HBeAg serokonversiyon oranları, pegIFN-α grubunda %15, lamivudin grubunda %13, telbivudin grubunda %9.4 entekavir grubunda %32.3 ve tenofovir grubunda %13.3 bulundu. 3. yılın sonunda oral antiviral ilaç direnci değerlendirildiğinde, lamivudin grubunda %63, telbivudin grubunda %15.6, entekavir grubunda %23.1 ve tenofovir grubunda %12.1 bulundu. 3. yılın sonunda HBsAg negatifliği değerlendirildiğinde, lamivudin grubunda %1.9, telbivudin grubunda %3.1 ve tenofovir grubunda %4 bulundu pegIFN-α. ve entekavir kullanan hastalarda HBsAg kaybı görülmedi. Sonuç: Virolojik yanıt ve direnç gelişimi açısından değerlendirildiğinde, KHB'de en etkin tedavi, Tenofovir ve Entekavir tedavisidir. Virolojik yanıt oranı en düşük ilaç olan PegIFN-α ve lamivudinin başlangıçta virolojik yanıt oranları iyi iken, zamanla direnç oranları artmaktadır. Tüm tedaviler değerlendirildiğinde, HBsAg kaybı ve kür oranları yetersizdir.

Esra Erdoğan

Gaziantep University

2017

Acil servis-hastaneAcil tıp servisleriEtyoloji+6

Alt ve üst solunum yolu enfeksiyonu ile çocuk acile başvuran çocuklarda viral etyoloji sıklığının araştırılması

Amaç: Solunum yolu enfeksiyonları çok yaygın olup en sık nedeni genellikle virüslerdir. Çocuk acile solunum yolu enfeksiyonu nedeniyle getirilen çocuklarda solunum yolu virüslerinin varlığı, sıklığı, tehlike etmenlerinin belirlenmesi, bu hastaların yaşları, cinsiyetleri, başvuru sırasındaki belirti ve bulguları, tedavi seçenekleri, prognoz gibi özelliklerin belirlenmesi hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntemler: Bu çalışmada Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde Kasım 2014 ve Nisan 2015 tarihleri arasında Çocuk Acil'e getirilen viral solunum yolu enfeksiyonu olduğu düşünülen 118 hastadan nazofaringiyal sürüntü örneği alındı. Alınan örnekler Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Viroloji Laboratuvarı'nda solunum yolu virusları olan, Adenovirus, Respiratuvar sinsisyal virus (RSV), Human metapnömovirus (hMPV), Parainfluenzavirus (PIV), İnfluenza A ve B, İnfluenza H1N1 ve Rinovirus varlığı real-time PCR testleri kullanılarak araştırıldı. Olguların cinsiyeti, yakınmaları, tehlike etmenleri, fizik muayene bulguları kaydedildi. Klinik tanıları ve uygulanan tedaviler kaydedildi. Bulgular: Çocuk Acil'e getirilen hastaların başvuru sırasında klinik ve laboratuvar bulgularına göre 3 hasta (%2,5) tonsillofarenjit, 11'i (%9,3) krup, 49'u (%41,5) bronşiyolit, 55'i (%46,6) pnömoni tanısı almıştı. Çalışmaya dahil edilen hastalar en çok %94,1 öksürük, %95,8 hırıltı, %80,5 solunum güçlüğü, %81,4 takipne yakınması ile başvurmuştu. Solunum yolu enfeksiyonu olan toplam 118 hastanın real-time PCR yöntemi ile 115'inde (%97,4) solunum yolu virüsü saptandı. Bütün hastaların 16'sında (%13,6) tek virüs, 99'unda (%83,9) çoğul üremeler mevcuttu. En sık izole edilen virüs H1N1 olurken bunu RSV ve RV izledi. En sık başvurunun Ocak, Şubat ve Mart aylarında olduğu görüldü. Sonuç: Çalışmamızda viral solunum yolu enfeksiyonları %97,4 gibi yüksek oranda saptanmıştır. Bu nedenle viral solunum yolu enfeksiyonlarına neden olan çok sayıda virüsleri aynı anda, kısa sürede ve yüksek duyarlılıkla tespit edilmesinin klinik yaklaşımın doğru olarak yönlendirilmesi, gereksiz antibiyotik kullanımının engellenmesi konusunda yararlı olacağı kanısındayız. Anahtar Kelimeler:Çocuk, solunum yolu enfeksiyonları, virüsler, real-time PCR.

Suzan İcil

2015

Acil servis-hastaneAcil tıpBulaşıcı hastalıklar+7

Acil serviste gizli viral hastalıklar(HBV, HCV, HIV taraması)

AMAÇ: Bu çalışmada Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi Erişkin Acil Servisi'ne 01.10.2018-01.12.2018 tarihleri arasında başvuran, daha önce hepatit veya HIV tanısı olup olmadığını bilmeyen hastalarda randomize şekilde HBsAg, Anti-HCV, Anti-HIV tetkiklerini çalıştık ve gizli kalmış kronik viral hastalıkların oranını tespit etmeyi hedefledik. MATERYAL VE METOD: Acil Tıp Anabilim Dalı'na bağlı olarak çalışan Erişkin Acil Servisine 01.10.2018 ile 01.12.2018 tarihleri arasında herhangi bir sebeple başvuran ve bulaşıcı viral hastalığı olup olmadığını bilmeyen sağlıklı erişkin hastalarda randomize olarak HBsAg, anti HCV ve Anti HIV tetkikleri çalışıldı. Tetkik sonuçları SPSS 23.0 ve AMOS programı kullanılarak analiz edildi. BULGULAR: Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi Erişkin Acil Servis'ine 01.10.2018-01.12.2018 tarihleri arasında başvuran ve daha önce bilinen bulaşıcı viral hastalığı olmayan 800 hasta çalışmaya alınmıştır. Bu hastalara ait kan örneklerinden HBsAg, Anti-HCV, Anti-HIV tetkikleri çalışılmıştır. Çalışma sonucunda HBsAg pozitifliği %2, Anti-HCV pozitifliği %0,8 bulunmuştur. HIV pozitif hastaya rastlanmamıştır. Hastaların ortalama yaşı 32,7 (±16,9), kadın/erkek oranı %54,2 / %45,8 dir. Daha önce herhangi bir cerrahi operasyon öyküsü olanlar %16,3, kronik hastalığı olanlar %23,3, kronik ilaç kullanımı olanlar %21,9'dur. Alkol/madde kullanımı öyküsü sorusunda madde kullanımı belirten hasta olmamıştır. Düzenli şekilde alkol kullandığını belirten olmamakla birlikte ara sıra alkol aldığını (sosyal içici) beyan edenlerin oranı %8'dir. Daha önce kendisine kan verildiğini beyan edenlerin oranı %5,6'dır. Hastaların yaşadığı evde bulaşıcı viral hastalığı olanlar sorgusunda 8 tanesi (%1) HBV, 4 tanesi (%0,5) ise HCV pozitif birey olduğunu söylemiştir. HBV'ye karşı aşılanma öyküsü oranı toplamda %15,5'tir TARTIŞMA VE SONUÇ: Türkiye'de rutin çocuk HBV aşılamasının başladığı 1998 tarihinden sonra doğanlarda HBV pozitifliği görülmemiş olması aşılamanın başarısını göstermektedir. Bu nedenle HBV'nin ilerleyen yıllarda prevalansının düşeceği ön görülmektedir. HCV için herhangi bir koruyucu aşı bulunmaması nedeniyle geçmiş yıllara oranla prevalansta belirgin bir değişme görülmemiştir. Ev içi bulaşların önlenmesi için HCV'ye karşı etkin bir aşı geliştirilinceye kadar toplumsal farkındalık oluşturulmalıdır. HIV ülkemizde çok düşük oranlarda görülmesine karşılık hala günümüzde önemli bir toplum sağlığı konusudur. Çalışmamızda HBV/HCV/HIV sıklığı düşük görünse de bulaş riskinin yüksek olması nedeniyle sağlık personellerinin kişisel korunma yöntemlerine tamamiyle riayet etmesi gerekmektedir. ANAHTAR KELİMELER: Acil servis, HBV, HCV, HIV, Kronik, Viral.

Cuma Kılıçoğlu

Gaziantep University

2018

KızamıkManyetik rezonans görüntülemeMerkez sinir sistemi hastalıkları+4

Radyolojik izole sendrom'da MRZ reaksiyonu

Giriş: MS ile uyumlu klinik bulgu olmaksızın başka bir nedenle çekilen kranial MRG'de MS'le uyumlu lezyonların saptandığı durum olarak tanımlanan RİS bugün için bir MS fenotipi olarak kabul edilmemektedir. Ancak olguların takibinde %34'nün 5 yıl, % 51'nin 10 yıl içinde MS ile uyumlu klinik atak geçirmesi, bu durumun MS'in preklinik dönemi olduğu görüşünü gündeme getirmiştir. Bu nedenle öngörücülük açısından biyobelirteçler önem kazanmıştır. Amaç: Radyolojik İzole Sendromda BOS'ta MRZ reaksiyonu (MRZR) pozitiflik oranını saptamak ve MS hastalarındaki oran ile karşılaştırarak MS'e dönüşümde öngörücü bir biyobelirteç değerini araştırmaktır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya benzer yaş ve cinsiyette 20 RİS hastası ve kontrol grubu olarak 20 MS hastası alındı. Tüm olgulara BOS'ta MRZR, OKB, IgG indeksi bakıldı. MRZR pozitifliği için BOS kızamık (M), kızamıkçık(R) ve suçiçeği(Z) antikor indekslerinden en az 2'sinin ≥ 1.5 olması kabul edildi. RİS ve MS grubunun değerleri karşılaştırıldı. Her iki grupta da OKB, IgG indeksi ile MRZR arasındaki ilişki araştırıldı. Ayrıca RİS'lilerin MRG'lerindeki lezyonların yerleşim yerleri ve sayıları ile MRZR ilişkisine bakıldı. Ek olarak BOS immünolojik tetkiklerinin yaptırıldığı laboratuvarın benzer yaş ve cinsiyetteki normal sağlıklı kontrol olgularının MRZ verileri sağlıklı kontrol grubu olarak kullanıldı. Bulgular: MRZR, RİS'li hastaların %25'inde, MS'li grubun %20'sinde, sağlıklı kontrollerin %20'sinde pozitif bulundu. Aralarında anlamlı fark saptanmadı. OKB pozitifliği ve IgG indeks yüksekliği MS grubunda daha fazlaydı (sırasıyla p<0.001, p:0.027). OKB pozitifliği ve IgG indeks yüksekliği ile MRZR pozitifliği arasında her iki grupta da bir ilişki saptanmadı. RİS grubunda MRZR ile toplam lezyon sayısı ve yerleşim yerleri arasında da bir ilişki bulunmadı. Sonuçlar: MRZR'nin, MS için çok yüksek bir özgüllüğü ve pozitif prediktif değeri olduğu bildirilmektedir. OKB negatif MS hastalarının da %18- %53'ünde MRZR pozitif saptanmıştır, Ayrıca Klinik İzole Sendrom(KİS)'dan MS'e dönüşen hastalarda MRZR pozitiflik oranı MS gelişmeyen hastalara göre anlamlı olarak daha yüksek bulunmuştur (%47'ye karşın %25). Çalışmamızda RİS, MS ve sağlıklı grupta BOS'ta MRZR pozitifliği benzer orandadır. RİS'te MRZR'yi araştıran bir çalışmaya literatürde rastlanmamıştır. Bu çalışma, bildirilen ilk çalışmadır. Çalışmanın kısıtlılıkları; olgu sayısı düşüktür. Kontrol grubu olarak nöroimmunoloji laboratuvarının normal kontrollerinin verileri kullanılmıştır ve geçirilmiş enfeksiyon ve aşılama bilgileri eksiktir. Gerçi RİS ve MS grubunda da bu bilgiler sağlık kayıtlarından değil, kişilerin kendilerinden alındığı için yeterince güvenilir değildir. MS alt grupları çalışılmamıştır ve hastalara ait MRG'lerdeki lezyonların sayısı görsel olarak değerlendirilmiş, volümetrik ölçüm yapılmamıştır. RİS'te MRZR reaksiyonunun daha çok sayıda hasta ve farklı toplumlarda çalışılması, RİS'in patolojisini anlamada, MS fenotipi içine dahil etmede ve/veya MS'e dönüşümü öngörmede yararlı olacaktır. Ayrıca BOS'ta MRZR'nin öngörücü değerini saptamak için bu olguların takipleri ve ilk atak geçirme oranları gereklidir.

Büşra Çisil Çelenk

Manisa Celal Bayar University

2023

Acil tıpAstımRisk faktörleri+4

Çocuk acil polikliniğine wheezingle başvuran okul öncesi çocuklarda etiyoloji

Çocuk Acil Polikliniğine Wheezingle Başvuran Okul Öncesi Çocuklarda Etiyoloji Amaç: Vizing, okul öncesi çocukluk çağında sık rastlanan ve astımın habercisi olma nedeni ile önemli bir bulgudur. Çalışmamızda çocuk acil polikliniğine vizing ile başvuran okul öncesi hastalarda vizingi tetikleyen faktörlerin araştırılması amaçlandı. Hastaların başvuru sırasındaki semptomları, fizik muayenesi, nazofarengeal sürüntüsünde PCR/viral panel çalışılması, alerjik yatkınlık açısından anket çalışması yapılması planlandı. Gereç ve Yöntem: Çalışma, Kasım 2017- Ocak 2019 tarihleri arasında Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesi Çocuk Acil polikliniğine vizingle başvuran 199 okul öncesi hasta üzerinde yapılmıştır. Tüm hastalar için alerjik yatkınlık açısından veri formu oluşturuldu. Form; cinsiyet, yaş, başvuru tarihi, başvuru semptomları, perinatal ve erken çocukluk dönemi risk faktörleri, çevresel etkenler, ebeveyn eğitim düzeyi, soygeçmiş, modifiye ISAAC soruları, fizik muayene bulguları, atak şiddet skoru ve mevcut ise laboratuar bulgularını içermekte idi. Tüm hastalardan nazofarengeal sürüntü alındı. Alınan örneklerden, respiratuar sinsityal virüs (RSV), rhinovirüs (RV), influenza A ve B, insan metapnömovirüs (hMPV), insan coronavirüs (hCOV), parainfluenza virüs (hPIV) varlığı, Viroloji Laboratuarı'nda PCR testleri kullanılarak araştırıldı. Bulgular: Çalışmada 115 (% 57,8)'i erkek toplam 199 hasta mevcuttu. Toplam 134 (% 67,3) hastada solunum yolu virüsü saptandı. En sık rhinovirüs, ardından RSV, influenza A, hCOV, hPIV, hMPV ve influenza B görüldü. 100 (% 50) tekli, 34 (% 17,1) çoklu enfeksiyon görüldü. Rhinovirüs en sık sonbaharda, RSV ise, ilkbaharda görüldü (p<0,05). Öksürük semptomu olanlarda daha fazla virüs saptandı (p<0,05). Veri formunda diğer parametrelerle virüs pozitifliği arasında ilişki saptanmadı. Hayat kalitesini en çok etkileyen virüs rhinovirüs, ilk vizing atağı olanlarda ise daha çok RSV saptandı. Sonuç: Çalışmamız vizing atağı ile başvuran okul öncesi çocuklarda solunum yolu virüslerinin önemli bir neden olduğunu göstermektedir. Vizing, astımın önemli bir bulgusu olduğundan, virüslerin ve vizingi tetikleyen diğer faktörlerin belirlenmesinin astım gelişmesi ve öngörülmesini, dolayısıyla hastalığın kontrolünü sağlayabileceğini düşünmekteyiz.

Çağla Çağlı

2019

LenfomaNöroblastomNötropeni+4

Kemoterapi sonrası febril nötropeni gelişen akut lenfoblastik lösemi, nöroblastom ve lenfoma tanılı çocuk hastalarda solunum yolu enfeksiyonu yapan virüslerin incelenmesi

Kemoterapi Sonrası Febril Nötropeni Gelişen Akut Lenfoblastik Lösemi, Nöroblastom Ve Lenfoma Tanılı Çocuk Hastalarda Solunum Yolu Enfeksiyonu Yapan Virüslerin İncelenmesi Amaç: Febril nötropeni, kanser tedavisi için kemoterapi alan hastalarda sık görülen bir komplikasyon olup mortalitenin önemli nedenlerindendir. Bu çalışmada kemoterapi sonrası febril nötropeni tanısı alan akut lenfoblastik lösemi, nöroblastom ve lenfoma hastalarında solunum yolu virüsleri sıklığının tespit edilmesi ve bunların febril nötropeni ataklarındaki rolünün incelenmesi hedeflendi. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada Şubat 2018 ile Şubat 2019 tarihleri arasında Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesi Çocuk Onkoloji Bilim Dalı ve Adana Şehir Hastanesi Çocuk Onkoloji kliniklerinde yatırılarak takip ve tedavi edilen febril nötropenideki Akut lenfoblastik lösemi (ALL), nöroblastom ve lenfoma tanılı toplam 55 olgudan (her atak yeni bir olgu olarak değerlendirildi) nazofaringeal sürüntü örneği alındı. Alınan örneklerden solunum yolu virüsleri olan, respiratuar sinsitiyal virüs, influenza A ve B, parainfluenza, metapnömovirüs, bocavirüs, koronavirüs, rinovirüs, adenovirüs varlığı Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Viroloji Laboratuvarı'nda real-time PCR testleri kullanılarak araştırıldı. Hastaların klinik özellikleri, laboratuar, mikrobiyoloji sonuçları, tedavileri ve tespit edilen viral etken sonuçları kaydedildi. Bulgular: Çalışmaya alınan 55 olguda tanı olarak en sık akut lenfoblastik lösemi (%45,4), 2. sıklıkla nöroblastom (%40), 3. sıklıkla lenfoma (%14,6) saptandı. Hastaların ortalama yatış süresi 14,85±10,43 gün olup, ortalama nötropeni süresi ise 8,71±4,27 gün idi. Febril nötropeni ataklarının %69,1'inde mikrobiyolojik ajan tespit edildi. Hastaların 29'unda (%52,7) solunum yolu virüsü tespit edilmiş olup, 6'sında (%20,6) birden fazla virüs ile koenfeksiyon mevcuttu. En sık izole edilen virüs rinovirüs olup, ikinci sıklıkla adenovirüs görüldü. Yüksek riskli hasta grubunda nötropeni süresi anlamlı derecede daha uzun ve solunum yolu virus sıklığı daha fazla bulundu. Hastaların %86,2'sinde solunum semptomu izlendi, akciğer enfeksiyonu olan hastalarda solunum yolu virüs sıklığı istatistiksel olarak anlamlı yüksek bulundu. Kombine tedavi alan hastalarda solunum yolu virüs sıklığı anlamlı yüksek bulundu. 5 hastada mortalite gelişmiş olup bu hastaların tamamı febril nötropeni atağına hastanede girmiştir ve hepsinde mikrobiyolojik olarak enfeksiyon odağı saptanmıştır. Sonuç: Çalışmamız solunum yolu virüslerinin kanserli çocuklarda febril nötropeni ataklarında önemli bir enfeksiyon ajanı olduğunu göstermiştir. Real-time PCR yöntemi kullanılarak solunum yolu virüslerinin erken tanısı ile FUO'lu hastalarda ampirik antibiyotik ve antifungal kullanımının azaltılabileceği kanısındayız. Anahtar Kelimeler: Kanser, febril nötropeni, solunum yolu virüsleri

Damla Altıntaş

BakterilerBöbrek hastalıklarıBöbrek nakli+7

2019

DoctorateOpen AccessTR

Böbrek nakli yapılan hastalarda ameliyat öncesi ve sonrası görülebilecek enfeksiyon etkenlerinin araştırılması

Böbrek transplantasyonu böbrek yetmezliğinin en önemli ve başarılı tedavi yöntemidir. Transplantasyon sonrasında özellikle ilk 6 ayda enfeksiyonlar sıkça görülmektedir. Bu çalışmada Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesi Organ Nakli Merkezinde kadavra ve canlı donörden böbrek nakli yapılan 45 hasta incelenmiştir. Yapılan incelemede ameliyattan 1 hafta önce ve 1, 3, 6 ay sonra alınan; idrar, kan, solunum yolu ve yara örneklerinin kültürlerinde üreyen etkenler, kanda real time PCR yöntemiyle çalışılan CMV ve BKV DNA'sı; ayrıca idrar sitolojisinde tespit edilen bakteri, virus ve mantar etkenlerinin araştırılması amaçlanmıştır. Nakil öncesi idrar kültürü yapılan 19 hastanın tamamında üreme olmadığı görülmüştür. Nakilden sonra ise en sık E. coli 7(%31.81), K. pneumoniae ve C. nonalbicans 5(%22.72) ve E. faecalis 4(%18.18) üremiştir. Ameliyat öncesinde hastaların 42'sinden kan kültürü yapılmıştır. Bunlardan 40(%95.2)'ında üreme görülmemiş, sadece 2(%4,8)'sinde (Oligella ureolytica ve KNS )üreme olmuştur. Nakil sonrasında kan kültüründe en sık S. hominis 4(%36.36), S. epidermidis 3(%27.27), P. aeruginosa ve A. baumannii 2(%18.18) üremiştir. Nakilden 3 ve 6 ay sonra gereklilik durumunda 9 hastanın solunum yolu örneklerinin kültüründe ise en sık A. baumannii 4(%44.44), K. pneumoniae 3(%33.33) , A. fumigatus ve C. albicans 1(%11.11) üremiştir. Hastaların 10(%22.22)'unda M. tuberculosis kültürü yapılmış ve pozitiflik elde edilmemiştir. Nakil sonrasında yara kültürü yapılan 10 hastada en sık A. baumannii 3(%30), K. pneumoniae ve S. epidermidis 2(%20), C. krusei 1(%10) ürediği görülmüştür. Nakilden sonra real time PCR yöntemiyle çalışılan 38 hastanın 11(%28.94)'inde BK virus pozitifliği, 41 hastanın 25(%60.98)'inde CMV virus pozitifliği tespit edilmiştir. İdrar sitolojisi bakılan 31 hastanın 11(%35.49)'inde decoy hücresi pozitifliği saptanmıştır. Decoy hücresi pozitifliği ve negatifliği ile CMV ve BKV DNA pozitiflikleri ve negatiflikleri karşılaştırıldığında, özellikle BK virusun erken sitopatik etkisinin araştırılması açısından idrar sitolojisinin önemli bir yöntem olduğu görülmüştür. İmmunsupresif tedavinin yoğun olarak uygulandığı 1-6. aylar arasında görülen viral enfeksiyonların (BKV ve CMV) ve bunlara eşlik eden fırsatçı enfeksiyonların böbrek transplantasyonu yapılan alıcılar için gerek böbrek kaybı gerekse hastanın hayatını kaybetmesi açısından risk oluşturduğu görülmüştür. Anahtar Kelimeler: Böbrek transplantasyonu, Bakteri, Virus, Mantar.

Suzan Dinkçi

Çukurova University · Institute of Health Sciences

2020

Adenovirüs enfeksiyonlarıHematolojik neoplazmlarKan hastalıkları+7

Hematolojik maligniteli hastalarda üst ve alt solunum yolu enfeksiyonlarında viral etkenlerin tespit edilmesi

Amaç: Hematolojik maligniteli hastalarda viral solunum yolu enfeksiyonları önemli morbidite ve mortalite nedenidir. Bu çalışmada solunum yolu enfeksiyonlarında viral etkenlerin sıklığının belirlenmesi ve etkenlerin tanımlanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya hastanemiz Dahiliye Hematoloji Bilim Dalı'nda yatırılarak takip edilen hastalar dahil edildi. Solunum yolu enfeksiyonu bulguları olan hastalardan ilk başvurlarında alınan nazofarengeal sürüntü örnekleri multipleks polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile çalışıldı. Hastaların yaşı, cinsiyeti, primer hastalık tanısı, komorbid hastalıkları, kemoterapi ve steroid kullanımı, kemik iliği transplant öyküsü, solunum semptomları, akciğer bilgisayar tomografi bulguları, serum beyaz küre, lenfosit, nötrofil ve trombosit sayıları, biyokimyasal parametreleri, ek olarak hastalarda tespit edilen viral etkenler kaydedildi. Bulgular: Çalışmaya yaş ortalaması 48 olan 43 hasta dahil edildi. Hastalarımızın % 62,8'i erkekti. En sık primer hastalık tanısı akut myeloid lösemi (% 34,9) oldu. Hastalarımızın % 41,8'inde en az bir solunum yolu virüsü tespit edildi. En sık tespit ettiğimiz virüs İnfluenza A (% 23,3) idi. Lenfopenisi olan hastalarımızın % 61,1'inde en az bir virüs izole edildi. Hastalarımızdaki alt solunum yolu enfeksiyonu oranı % 60,5'ti. Pnömonisi olan hastalarda radyolojik görüntülemede en sık buzlu cam dansiteleri (% 32,6) saptandı ve bu hastaların büyük bir kısmında yakın zamanda kemoterapi alma öyküsü vardı. Kemik iliği nakil öyküsü ve 65 yaş üstü olan hastaların çoğunda pnömoni tespit edildi. Sonuç: Hematolojik malignite nedeniyle izlenip solunum yolu enfeksiyonu tablosu ile gelen hastalarda virüsler azımsanmayacak sıklıkta etkendir. Bu hastalarda en sık tespit edilen virüsler Respiratuvar sinsityal virüs, İnfluenza A ve B, Parainfluenza virüs, Rinovirüs, İnsan metapnömovirüs, Adenovirüs, Koronavirüs ve Bokavirüs olup PZR gibi yöntemler hızlı tanıda değerlidir. Anahtar sözcükler: Hematolojik malignite, Solunum yolu viral enfeksiyonu, PZR.

Cemile Arslan

2021

FitoplazmaNarPolimeraz zincirleme reaksiyonu+2

Doğu Akdeniz bölgesi nar bahçelerinde hastalıklara sebep olan virüs ve fitoplazma etmenlerinin saptanması ve karakterizasyonu

Bu araştırma meyve türleri içerisinde önemli bir yeri olan ve Dünyada ve ülkemizde üretim alanları her geçen gün artan Nar (Punica granatum) bitkisinde hastalıklara neden olan virüs ve fitoplazma etmenlerinin saptanması ve karakterizasyonu amacıyla 2020-2021 yıllarında yürütülmüştür. Adana ve Mersin illeri ve ilçelerinde nar bahçelerinde yapılan surveyler sonucu bitkilerde geriye doğru ölümler, yapraklarda deformasyon, sararma, kızarmalar ve kloroz belirtileri gözlenmiştir. Söz konusu belirtilerin sebepleri virüsler ve fitoplazmalar açısından araştırılmıştır. Total Nükleik Asit (tNA) izolasyonu yapılan örneklerden elde edilen tNA' lerde nar çeşitlerinde infeksiyona neden olabileceği düşünülen muhtemel ApMV, PNRSV, SLRV, ArMV, ASGV, CLRV, RpRSV, ToRSV, CMV, GLRaV, AMV virüsleri ve fitoplazma etmenlerinin varlığı kontrol edilmiştir. Bu amaçla laboratuvar testleri sırasında şüpheli bitki materyallerine ait tNA' ler virüslere ve fitoplazmaya spesifik primer çiftleri kullanılarak RT-PCR, PCR yöntemleri ile testlenmiştir. Universal primer çifti kullanılarak önce direct PCR, daha sonra nested primer çifti kullanılarak nested PCR ile fitoplazma etmenlerine karşı testlenmiştir. Sonuç olarak örnekleme yapılan nar bahçelerinde testlemeler sonucunda örneklerin söz konusu virüsler ve fitoplazma açısından sağlıklı olduğu saptanmıştır. Buna sebep olarak vejatatif yöntemlerle klonal olarak üretim yapılan kaynakların testlenen etmenlerden ari olabilme ihtimalinin yanı sıra, yoğun olarak kullanılan pestisitlerin potansiyel vektörleri sınırlandırması, nar bitkisi bünyesinde bulunan fenolik yada antioksidan içerikteki bileşenler gibi nedenler sıralanabilmektedir.

İzzet Güveloğlu

Çukurova University · Institute of Graduate Studies in Science

FitoplazmaGülgillerGüller+4

Doğu Akdeniz bölgesi'nde yetiştiriciliği yapılan güllerde virüs ve fitoplazma hastalıklarının saptanması ve karakterizasyonu

Bu araştırma Doğu Akdeniz Bölgesi Adana ve Mersin illerinde örtü altı ve açık daki peyzaj ve rekreasyon alanlarında yetiştirilen güllerde zarar yapan virüs ve fitoplazma hastalıklarının simptomolojik ve moleküler olarak varlığının belirlenmesi, ve karakterizasyonunun yapılması amacıyla 2020-2021 yılları arasında gerçekleştirilmiştir. Yürütülen surveyler sırasında gül bitkilerinin yapraklarında mozaik, kloroz, deformasyon, nekrotik lekeler ve bodurlaşma gibi belirtiler görülmüştür. Virus veya benzeri hastalık belirtileri gösteren gül örnekleri bölgeden toplanmış, bu örneklerin tamamı RT Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile ArMV, ApMV, PNRSV, SLRSV, RRV, RSDaV, RoLCV virüslerin kılıf protein genine spesifik farklı primerler ile testlenmiştir. Ancak yapılan test sonuçlarına göre testlenen bitkiler söz konusu virüsler açısından negatif bulunmuştur. Seyhan ile Çukurova ilçelerinde rekreasyoın alanlarından fitoplazma belirtileri gösteren şüpheli örnekler için yapılan direkt ve nested PCR sonucundan elde edilen PCR ürünlerinin EcoRI enzimi kullanılarakRFLP çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Alınan örneklerde fitoplazma kaynaklı bir hastalığın varlığı hem simptomolojik hem de molekuler olarak ortaya konmuştur. Nested PCR'da 1250bp bant veren patojenin EcoR1 enzimi ile kesimi sonucu 750 ve 500 bp' lik bantlar belirlenerek etmenin fitoplazma olduğu kesinleştirilmiştir.

Aysel Güveloğlu

Çukurova University · Institute of Graduate Studies in Science

BakterilerCOVID 19Etyoloji+6

SARS-CoV-2 pandemisini takiben akut solunum yolu enfeksiyonu ile başvuran çocuklarda viral ve bakteriyel solunum patojenlerinin temporal eğilimleri ve etkileşimleri

Bu çalışmanın amacı, SARS-CoV-2 pandemisini takiben akut solunum yolu enfeksiyonu şikayetleriyle Manisa Celal Bayar Üniversitesi Çocuk Acil Servisine başvuran 1-15 yaş arası çocuklarda enfeksiyona neden olan patojenlerinin temporal eğilimlerininin ve etkileşimlerinin araştırılması, ASE ilişkili risk faktörlerinin belirlenmesidir. Hastanemize 01.06.2021-31.05.2022 tarihleri arasında ASE semptomları ile başvuran 314 hastadan bakteriyel kolonizasyon ve viral etkenler açısından sürüntü örnekleri alınmıştır. Viral etkenler multiplex PCR, bakteriyel etkenler ise otomatize identifkasyon sistemi ile tanımlanmıştır. Katılımcıların demografik verileri ve olası ASE risk faktörleri anket formlarına kaydedilmiştir Çalışmada, çocukların %77,3' ünde viral etken saptanmış olup, en sık enfeksiyona neden olan etken RV /EV (%36,3) olup, onu İnfluenza virüsleri (%11,2) ve SARS-CoV-2 (%10,5) virüsleri takip etmiştir. RV/EV pozitifliği, el temizliği alışkanlığı orta ve altı olarak değerlendirilen çocuklarda (p<0,001) daha yüksek saptanırken, İnfluenza pozitifliği okul/okul öncesi kuruma devam edenlerde (p<0,001) ve annesi tam zamanlı bir işte çalışanlarda (p<0,001) daha yüksekti. RSV pozitifliği annenin sigara kullanımı (p=0,013) ve ev içi aşırı kalabalık (p=0,014) ile ilişkili bulundu. Hem bakteriyel hem viral etken için sürüntü alınan 284 çocuktan 33 (%11,6)'ünde bakteriyel kolonizasyon saptandı. En sık saptanan etken S. aureus (%60,6) ve P. aeruginosa (%15,2) oldu. Kardeş varlığı (p= 0,008) ve annenin sigara içmesi (p=0,012) bakteriyel etken saptanması ile ilişkiliydi. Pandemiyi takiben yapılan bu çalışmada, en sık saptanan etkenler ve mevsimsel özellikleri pandemi öncesi döneme benzer bulunmuştur. Bölgesel etiyolojinin ve risk faktörlerinin bilinmesi gerekli kontrol ve koruyucu önlemlerin alınmasına katkı sağlayacağı düşünülmüştür. Anahtar kelimeler: akut solunum yolu enfeksiyonları, etiyoloji, risk faktörleri

Özlem Türkmen Recen

Manisa Celal Bayar University

Solunum sesleriSolunum sistemiSolunum yolları enfeksiyonları+2

Akut alt solunum yolu infeksiyonu veya hışıltısı olan çocuklarda solunum yolu viruslarının moleküler yöntemle araştırılması

Ekim 2010-Mayıs 2011 tarihleri arasında Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Pediyatri servisinde yatan ya da Pediyatrik Allerji polikliniğinde ayaktan izlenen, tekrarlayan akciğer infeksiyonu ve astım tanısı ile takip edilen ve o anda akut alt solunum yolu infeksiyonu bulguları ya da hışıltısı olan 0-14 yaş aralığında bulunan hasta çocuklardan ve belirlenen kontrol grubundan solunum yolu örnekleri toplandı. Multiplex-PCR yöntemi kullanılarak solunum yolu viruslarının varlığı araştırıldı. Çalışma kapsamına alınan kişilerin demografik verileri, semptomları, klinik bulguları ve rutin laboratuvar sonuçlarına ilişkin bilgiler elde edildi. Çalışmada 90'ı hasta, 60'ı kontrol grubundan olmak üzere 150 çocuktan örnek alındı. Alınan örneklerde DNA/RNA izolasyonunu takiben solunum yolu virusları araştırıldı. Hasta grubundakilerin 34'ünde (%37.8) virus saptanmazken, 38'inde (%42.2) 1 virus, 15'inde (%16.7) 2 virus, 3'ünde (%3.3) 3 virus saptandı, kontrol grubundakilerin 35'inde (%58.3) virus saptanmazken, 23'ünde (%38.3) 1 virus, 2'sinde (%3.3) 2 virus saptandı. Virus sayısı açısından hasta ve kontrol grupları arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılık görüldü (p=0.004). Hasta ve kontrol grubunda saptanan viruslar; %25.6 ve %36.7 rhinovirus A/B/C, %21.1 ve %0.0 influenza A virus, %7.8 ve %1.7 parainfluenzavirus tip1, %5.6 ve %0.0 parainfluenzavirus tip4, %4.4 ve %1.7 adenovirus A/B/C/D/E , %4.4 ve %1.7 parainfluenzavirus tip3, %4.4 ve %1.7 coronavirus 229E/NL63, %3.3 ve %0.0 coronavirus OC43, %3.3 ve %0.0 respiratory syncytial virus A, %2.2 ve %0.0 parainfluenzavirus tip2, %2.2 ve %0.0 influenza B virus, %1.1 ve %1.7 respiratory syncytial virus B olarak belirlendi. Bocavirus, metapneumovirus ve enterovirus hiçbir örnekte saptanmadı. Sonuç olarak, solunum yolu örneklerinde moleküler yöntemlerle viral etkenlerin araştırılması, hızlı tanı açısından yararlı görülmüştür.

Demet Dabanıyastı

Gaziantep University · Institute of Health Sciences

2011