Food microbiology
69 theses under this subject heading
Edirne'de satılan ekmeklerde tespit edilen patojen bakteri, maya ve küfler
Mikroorganizmalar yeryüzünün varoluşundan bugüne kadar bizlere çokça yararı ve zararı dokunan canlılardır. Besin döngüsünde önemli yere sahip olan bu canlılardan bazı bakteriler, maya ve küfler uygun şartlar oluştuğunda, çeşitli sebeplerle enfekte olan gıdalarda bu döngü işlemine hemen başlamakta ve istenmeyen renk, tat, görüntü vb. etkilere neden olmakta, insan sağlığını etkilemekte veya besinlerin bozularak israf edilmesine neden olmaktadır. Gıda bozulması adını verdiğimiz bu gibi durumlar, gıdaya ulaşmanın zor olduğu günümüzde çoğu toplumları açlık ve en kötüsü ölümle karşı karşıya getirmektedir. Ayrıca bazı bakteri, maya ve küflerin ürettiği toksin maddeler gıda zehirlenmelerine neden olarak akut ve pandemi olarak nitelendirebileceğimiz toplumsal sorunlara sebep olabilmektedir. Diğer toplumlarda olduğu gibi ülkemizde de ekmek tüketimi oldukça fazladır. Tüketiminin yanı sıra israf konusuda ayrı bir sorun olarak karşımıza çıkmaktadır. Ekmek üzerine yapılan çalışmalardan elde edinilen bilgiler ışığında ekmeğin doğal yapısı, mayalanma süreci, fırınlanması, su aktivitesinin düşük olması, üretim sürecinde geliştirilen yeni metotlar vb. nedenlerle patojen mikroorganizmaların görülebilirliği düşüktür. Genellikle evlerimizde en sık rastlanılan problem küflenme olarak karşımıza çıkmaktadır. Ayrıca çok sık olmamakla birlikte sünme bozunmasıda görülmektedir. Bu çalışmamızda Edirne ili ekmek fırınlarında üretilip fırın, zincir market ve büfelerde satılan ekmeklerde patojen bakteri, maya ve küf cinslerinin analizlerini gerçekleştirdik. Analiz işlemlerimizde ISO standartlarını uygulayarak çalışmalarımızı gerçekleştirdik. Sonuçta patojen bakteri tespit edemedik. İki numunemizde aerobik bakteri, bir numunemizde maya gelişimi söz konusu oldu. Küf bakımından gayet uygun sonuçlar elde ettik.
Çeşitli laktik asit bakterilerinin kullanımı ile hazırlanan ekşi mayanın, ekmekte küf gelişimine etkisinin belirlenmesi
Bu çalışma, sıvı ekşi hamur üretimi için antifungal aktiviteye sahip üç farklı bakteri suşu (Lactiplantibacillus pentosus SC-9, Lactocaseibacillus rhamnosus E-106 ve Lactobacillus paraplantarum N-15) kullanarak çeşitli koşulların optimizasyonunu ve yüksek antifungal aktiviteye sahip sıvı ekşi mayaların hazırlanmasını ele almaktadır. Ekşi mayalar buğday, çavdar, siyez ve yulaf unları ile ayrı ayrı hazırlanmış ve 30°C ve 37°C'de kontrol gruplarıyla birlikte optimizasyon çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Toplam canlı sayımı, laktik asit bakterisi sayımı, toplam maya ve küf sayımları, pH, titrasyon asitliği, HPLC, GS-MS ve LS-MS/MS yöntemleriyle metobolit tespitleri ve Penicillium expansum, Fusarium oxysporum ve Aspergillus niger küfleri üzerinde antifungal aktivite testleri yapılmıştır. Sonuçlar, Lactocaseibacillus rhamnosus E-106 ile hazırlanan sıvı ekşi mayanın, Fusarium oxysporum küfüne karşı 48.saat, 30°C'de, 32,58 mm zon çapı ile iyi bir antifungal aktiviteye sahip olduğu bulunmuştur. Yine Lactocaseibacillus rhamnosus E-106 suşunu içeren ekşi mayalarda, HPLC ile laktik asit, GS-MS ile normal ekmeğe göre daha zengin uçucu metobolit ve LS-MS/MS sonuçlarına göre K3 ve K4 nolu ekşi mayalarda fenillaktik asit varlığı tespit edilmiştir. Ayrıca in silico modelleme çalışmaları, Moleküler Kenetleme yöntemi kullanılarak gerçekleştirilmiş, laktik asit bakterilerinin; fenillaktik asit, laktik asit, asetik asit, malik asit, reuterin, hidrojen peroksit gibi önemli metabolitleri ile kontrol grubu olarak seçilen natamisinin, fungal hif büyüme proteinlerine olan bağlanma enerjileri hesaplanmış ve fenillaktik asidin -6,3 kcal/mol ile diğer metabolitlere göre daha yüksek antifungal aktiviteye sahip olduğu bulunmuştur. Bu tez kapsamında antifungal aktiviteye sahip fonksiyonel sıvı ekşi maya ilk defa üretilmiş ve antifungal metabolit üretimi açısından suş ve koşul optimizasyonları gerçekleştirilmiştir.
Determination of prevalence and incidence of Salmonella spp. and Shigella spp. in some foods in Iraq/Sulaymaniyah/Galadze
In this study was conducted to determine the prevalence and incidence of Salmonella spp. and Shigella spp. in some foods from Iraq/Sulaymaniyah/Qaladze City. An about 100 samples were analyzed of 10 different groups (10 samples of each: factory raw chicken meat, village raw chicken meat, chicken meat shawarma, red meat shawarma, raw village egg, cooked village egg, homemade ayran, homemade yogurt, drinking water and washing water) were collected from different sources. A total of 100 samples were examined in three different media for Salmonella and Shigella spp. and study based on ISO 6579 for Salmonella isolation and EN-ISO 21567 for Shigella isolation as a method. The results showed that 58% of the samples were positive for Salmonella spp. and Shigella spp. Out of 58 contaminants, the percentage of isolated Salmonella spp. were 77.60% and Shigella spp., were 55.20%, at the same time, the highest incidence among Salmonella spp. was S. enteritidis (37.70%), S. bongori (24.40%), S. typhimurium (17.70%), S. paratyphi (17.70%), and S. typhi (2.20%); the highest frequency among the Shigella spp. was determined as S. dysanteriae (50.00%), S. sonnei (18.75%), S. flexneri (15.62%) and S. boydii (12.50%), while the frequency of infection among the food groups is highest in village raw chicken meat and raw village eggs, the lower infection is found in homemade yogurts. Salmonella infection was most frequently observed in raw village eggs and village raw chicken meats at 80.00%, also Shigella infection was found to be the most common at 80.00% in the washing water. Statistically, Salmonella spp. a significant correlation was found p<0.01 between pH and aw in the positive direction in chicken meat shawarma, while in red meat shawarma p<0.05 between the pH and aW in the negative direction, whereas in homemade ayran significance was found p<0.05 in the positive direction. Shigella spp. in homemade yogurt was positive correlation between pH and aw p<0.01. As a result, infection rates of salmonellosis and shigellosis were found to be very high in the region and it was determined that they pose a potential health risk for public health.
İstanbul ili sınırları içinde satışa sunulan sebze örneklerinde Escherichia coli'nin real-time PCR yöntemi ile Shiga benzeri toksin genleri varlığı bakımından incelenmesi
Bu çalışmada, İstanbul ilindeki çeşitli semt pazarlarında satışa sunulan havuç, salatalık, domates, marul, maydanoz ve ıspanak örneklerinin her birinden 30' ar tane olmak üzere satın alınarak patojen Esherichia (E.) coli taraması yapıldı. Araştırmada toplam 180 sebze örneği kullanıldı. Tüm örneklerde ilk önce E. coli varlığı kültürel mikrobiyolojik metotlarla incelendi. E. coli üreyen sebze örneklerinde, iki farklı yöntem ile stx1, stx2 ve eae genleri varlığı incelendi. DNA izolasyonları; Eurofins GeneSpin DNA İzolasyon Kit prosedürüne göre ve kolonilerin sulandırılması yöntemi ile yapıldı. Kültür bazlı mikrobiyolojik yöntemle E. coli üremesi; ıspanakta % 93.3, marulda % 93.3, maydanozda % 86.6, havuçta % 43.3, salatalıkta % 33.3 ve domateste % 13.3 oranında saptandı. Real-Time PCR taraması sonunda stx1, stx2 ve eae genlerinin varlığı ve bu alanda yapılan literatür bilgileri dikkate alınarak STEC O157:H7 havuç ve marulda; STEC O26:H11 ve STEC O111:NM havuçta; STEC O119:H16 havuç, marul, salatalık ve maydanozda; STEC O157:NM marulda ve EPEC O119, EPEC O111:H2, EPEC O26:NM havuç, salatalık, domates, marul, maydanoz ve ıspanak örneklerinde olduğu tespit edilmiştir.Sonuç olarak; İstanbul ili sınırları içinde satışa sunulan sebze örneklerinde yapılan incelemede, kültür bazlı yöntem ve Real Time PCR ile doğrulama sonucunda; E. coli' nin varlığı ve bu E. coli' lerin patojen stx1, stx2 ve eae genlerini taşıdığı tespit edilerek, halk sağlığını tehdit ettiği sonucuna varılmıştır.
Hazır bebek mamalarında ve bebekler tarafından tüketilen tahıl bazlı gıdalarda ESBL dirençli enterobacteriaceae ve cronobacter spp. araştırılması
Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (ESBL) üreten Enterobacteriaceae suşları antimikrobiyal tedaviye yanıtın ertelenmesi ya da yanıt verilmemesine neden olmakta ve enfeksiyona bağlı morbidite ve mortalite riski artmaktadır. Bebek mamaları ve bebek maması yapımında kullanılan tahıl-bazlı gıdalar Cronobacter spp ve diğer Enterobacteriaceae üyeleri ile kontamine olduklarında ciddi tehdit oluşturmaktadırlar. Bu çalışmada, Türkiye'nin farklı bölgelerinden toplanan toplam 115 adet örnekte (40 adet hazır bebek maması, 60 adet tahıl-bazlı gıda ve 15 adet süt tozu) ESBL dirençli Cronobacter spp. ve diğer Enterobacteriaceae varlıklarının fenotipik yöntemlerle araştırılması amaçlandı. VRBGA agarda gelişen Enterobacteriaceae kolonilerine oksidaz testi uygulandı. Oksidaz negatif sonuç veren izolatlar konfirmasyon için BCP glikoz agara geçildi. Konfirmasyonu yapılan enterik izolatların Vitek® MS cihazı ile tanımlanması yapıldı. ESBL şüpheli izolatlar CLSI (2013) talimatları takip edilerek, seftazidim (CAZ), sefotaksim (CTX), sefpodoksim (CPD) diskleri ile tarandı, bu disklerin klavulanatlı (CLA) türdeşleri kullanılarak disk difüzyon konfirmasyonu yapıldı. Antibiyogram doğrulaması ve MİK değeri tespiti için Merlin Micronaut-S beta-lactamase VII kiti kullanıldı. Spektrometre cihazı ile alınan okumalar otomatik olarak Sifin yazılımı ile analiz edildi. . Yapılan değerlendirme sonucunda, ithal bebek mamaları ve süt tozu örneklerinde bakteriyel üreme görülmedi. Ancak, yerli bebek mamalarında Pantoea agglomerans , tahıl-bazlı gıda örneklerinde Cronobacter sakazakii ve diğer enterobakterlerden Pantoea agglomerans, Enterobacter aerogenes , Enterobacter cloacae/asburiae, Klebsiella oxytoca ve Leclercia adecarboxylata tespit edildi. Bu çalışmada, fenotipik analiz sonuçlarına göre Cronobacter sakazakii izolatlar arasında ESBL üreten saptanmazken, diğer enterik bakterilerden yerli bebek mamalarında %10, pirinç ununda %10, ve irmikte %5 oranlarında ESBL direnci olduğu görüldü. Anahtar sözcükler: ESBL, Enterobacteriaceae, Cronobacter spp., Bebek Maması.
Deniz ve kültür balıklarından izole edilen enterobacteriaceae türü suşlarında genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz ve metallo beta-laktamaz tipi dirençlik enzimlerinin incelenmesi
Antibiyotikler bakteriyel hastalıkların tedavisinde tüm dünyada yaygın bir şekilde kullanılmaktadır. Kültür balıkçılığının gelişmesi ile balıklarda bakteriyel infeksiyonlar problem olmaya başlamıştır. Su ürünleri sektöründe patojen bakterilerin tedavisinde antibiyotiklerin kullanılmasıyla bakterilerin antibiyotiğe karşı direnç geliştirmesi ciddi bir sorun haline gelmiştir. Enterobacteriaceae suşları doğadaki geniş dağılımları, yüksek düzeyde antibiyotik dirençlilikleri ve neden oldukları enfeksiyonlarında yüksek mortalite oranları ile ilgi çeken mikroorganizmalardır. Bu çalışmada, Türkiye'nin çeşitli bölgelerinden alınan 55 adet deniz ve tatlı su av balığı ile 45 adet deniz ve tatlı su kültür balığı olmak üzere toplam 100 adet balık örneklerinden mikrobiyolojik yöntemle izole edilen enterobakterilerde CLSI talimatına göre GSBL ve MBL tipi enzimlerin varlıklarının araştırılması amaçlanmıştır. Balık örnekleri ön zenginleştirme, GSBL selektif zenginleştirme, Vitek MS kütle spektrometresi ile tiplendirme ve oksidaz testlerinden sonra, sefotaksim, seftazidim ve sefpodoksim antibiyotik ajanlara karşı disk difüzyonu, kombine disk difüzyonu ve MİK değeri tespit analizlerine tabi tutulmuştur. İnceleme sonucu 4 adet (3 E. coli ve 1 E. cloacae/asburiae) av balıklarından ve 2 adet (1 E. coli and 1 C. freundii) kültür balıklarından olmak üzere toplam 6 adet (4 E. coli, 1 C. freundii ve 1 E. cloacae/asburiae) GSBL-pozitif enterobakteri suş elde edilmiştir. Yalnızca deniz kültür balığı denizalasından izole edilen 1 adet Pseudomonas putida suşun metallo-beta-laktamaz varlığı bakımından pozitif olduğu belirlenmiştir. Tiplendirme sonucu izolatların tür dağılımı %57,1 E. coli, %14,3 E. cloacae/asburiae, %14,3 C. freundii ve %14,3 P. putida olarak saptanmıştır. Sonuç olarak, deniz ve kültür balıklarında GSBL ve MBL pozitif enterobakterilerin varlıklarına rastlanmıştır.
Fermente alabalık üretiminde starter kültür (Lactobacillus sakei ve Saccharomyces cerevisiae) kullanımı ve ürün kalitesine etkisi
Bu çalışma, üretimi her geçen gün artan alabalığının (Oncorhynchus mykiss), (L) Lactobacillus sakei ATCC® 15521™, (S) Saccharomyces cerevisiae ATCC® 9080™ ve (M) L. sakei ATCC® 15521™ + S. cerevisiae ATCC® 9080™ starter kültürleri ile (F) bakteri ilavesiz doğal fermente ürünlerin üretim prosesinin optimizasyonu ve kalite özellikleri belirlenmesi amaçlanmıştır. Yapılan ön denemeler sonucunda alabalık dilimde (%94 a/a) şeker (%2 a/a), tuz (%3 a/a), sarımsak tozu (%0.3 a/a), zencefil tozu (%0.3 a/a) ve tatlı toz kırmızı biber (%0.3 a/a) ile karıştırılarak 4°C'de 2 gün bekletilmiş ve 60°C'de 3 saat ısıl işlem sonrasında 7-8 log kob/ml starter bakteriler (%1) inoküle edilerek 24±2 °C'de 14 gün fermente edilmiştir. 0., 2., 4., 6., 8., 10. 12. ve 14. günlerde örnekler alınarak mikrobiyolojik, kimyasal ve duyusal analizleri yapılmıştır. Kontrol grubunun pH değerinin 12. günde 5'in altına düştüğü, starter kültür ilave edilmiş gruplarda ise L grubu 2. günde, diğerleri 4. gün itibariyle yaklaşık 4'e ulaşarak sabitlendiği gözlemlenmiştir. Taze balık eti pH'ı 6.70'den, L, S ve M'nin pH değerleri 14 gün içinde sırasıyla 4.01, 4.18 ve 4.09'a düşmüştür. pH değeri kontrol grubunda 6.39'a, L. sakei suşu eklenen LAB grubunda 4.11'ye düşmüştür. Karma starter mikroorganizmalarla fermentasyona tabi tutulan M grubu alabalıkta besin içerikleri daha yüksek olup, pH, TVB-N, TBA seviyeleri, doğal olarak fermente edilmiş alabalıktan daha düşük olduğu, saprofit ve patojenik bakterilerin büyümesini engellediği, doğal olarak fermente edilmiş ürünlerle karşılaştırıldığında fermentasyon süresini kısalttığı ve fermente alabalıkların duyusal olarak daha beğenildiği tespit edilmiştir.
Farklı unlardan üretilen ekşi hamurlardan izole edilen Lactobacillus brevis ve Lactobacillus plantarum'un antimikrobiyel etkilerinin incelenmesi
Bu tez çalışmasında, bazı gıda kaynaklı patojenlere karşı laktik asit bakterilerinin antimikrobiyel etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. "Doğal Ekşi Hamurlardan Laktik Asit Bakterilerinin İzolasyonu ve Tanımlanması ile Bazı Probiyotik Özelliklerinin Saptanması" adlı Dr. Gizem KEZER'e ait tez kapsamında ülkemizin farklı bölgelerinden toplanmış un örneklerinden üretilen hamurlardan izole edilen ve doğal suş olduğu düşünülen 1 adet Lactobacillus brevis (Levilactobacillus brevis) (Gc3) ve 3 adet Lactobacillus plantarum (Lactiplantibacillus plantarum)' un (İz1, Hp2,Wz3) gıda kaynaklı patojenlerden Escherichia coli O104:H4, Yersinia enterocolitica, Bacillus cereus ve Metisiline-dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) üzerine etkileri incelenmiştir. Sayıları bilinen (~107 kob/mL) patojen bakteriler laktik asit bakterileriyle birlikte 37 °C'de 24 saat inkübe edildikten sonra antimikrobiyel aktivitelerini belirlemek amacıyla agar spot yöntemi, agar kuyucuk difüzyon yöntemi ve sıvı mikrodilüsyon yöntemi kullanılmıştır. Agar spot yönteminde Bacillus cereus'a karşı en etkili LAB (laktik asit bakterisi) 1,6 cm zon ile L. plantarum (Hp2), Escherichia coli O104:H4 ve MRSA'ya karşı en etkili LAB'lar sırasıyla 1,075 cm ve 1,125 cm zon ölçümü ile L. plantarum (Wz3) LAB olarak belirlenmiştir. Y. enterocolitica'ya karşı agar spot yönteminde zon oluşumu gözlenmemiştir. Agar kuyucuk difüzyon yönteminde MRSA ve Y. enterocolitica'ya karşı en etkili bakteri süpernatantlarının oluşturduğu zon ölçümleri sırasıyla 0,525 cm ve 0,8625 cm ile L. plantarum (Hp2) LAB'a aittir. E. coli 0104:H4'e karşı en etkili LAB süpernatantının oluşturduğu zon ölçümü 0,375 cm ile L. plantarum (İz1) ve Bacillus cereus'a karşı en etkili LAB süpernatantının oluşturduğu zon 0,625 cm ile L. plantarum (Wz3) LAB olarak belirlenmiştir. Sıvı mikrodilüsyon yönteminden elde edilen verilere göre Bacillus cereus'a karşı en etkili süpernatant L. plantarum (İz1) LAB'a ait olup tüm derişimlerinin inhibisyon yüzdelerinin ortalaması %81 olarak belirlenmiştir. E. coli O104:H4'e karşı en etkili süpernatant L. plantarum (Hp2) LAB'a ait olup tüm derişimlerinin inhibisyon yüzdelerinin ortalaması %80 olarak belirlenmiştir. MRSA'ya karşı en etkili süpernatant L. plantarum (İz1) LAB'a ait olup tüm derişimlerinin inhibisyon yüzdelerinin ortalaması %85 olarak belirlenmiştir. Y. enterocolitica'ya karşı en etkili süpernatant ise L. plantarum (Hp2) LAB'a ait olup tüm derişimlerinin inhibisyon yüzdelerinin ortalaması %77 olarak belirlenmiştir. L. brevis (Gc3)'in agar spot, agar kuyucuk difüzyon ve sıvı mikrodilüsyon deneylerinden elde edilen sonuçları diğer laktik asit bakterilerinden elde edilen sonuçlara kıyasla daha düşük olduğu için antimikrobiyel etkisinin daha az olduğu sonucuna varılmıştır. Sonuç olarak incelenen tüm LAB izolatlarının gıda kaynaklı patojen bakterilere (Yersinia enterocolitica, MRSA, Bacillus cereus ve Escherichia coli O104:H4 karşı etkili olduğu ve bu anlamda potansiyel ticari kullanıma sahip olabileceği düşünülmektedir.
Peynirli pasta (cheesecake) üretiminde probiyotiklerin kullanımı
Bu tez çalışmasında, ülkemizde ve tüm dünyada yaygın şekilde tüketilen bir pastacılık ürünü olan cheesecake'in probiyotik ilavesi ile özel bir formülayon kullanarak üretimi ve probiyotik gıda pazarına alternatif bir ürün sunumu amaçlanmıştır. Probiyotik ilaveli (Lactobacillus rhamnosus HN001) ve probiyotik ilavesiz (kontrol) olarak üretilen cheesecake örneklerinde mikrobiyolojik (Toplam mezofilik aerobik bakteri, Toplam koliform, Escherichia coli, Staphylococcus aureus, küf ve maya analizleri), fiziksel ve kimyasal (pH, toplam asitlik, kül, nem, yağ, protein ve karbonhidrat) ve duyusal analizler yapılmıştır. Probiyotiklerin canlılığı depolama süresince (-20˚C'de 120 gün ve 4˚C'de 5 gün) takip edilmiştir. Probiyotik ilaveli cheesecake örneklerinde, -20˚C ve 4˚C'de depolama süresince L. rhamnosus HN001 sayılarının sırasıyla 7,43-7,67 log KOB/g ve 7,47-7,61 log KOB/g aralığında değişim gösterdiği tespit edilmiştir (P>0,05). Depolama süresince probiyotik ilaveli cheesecake örneklerinin kontrol örneklerine kıyasla lezzet, doku ve genel beğenilirlik özellikleri açısından daha yüksek puanlar aldığı belirlenmiştir. Bununla birlikte 4˚C'de 5 gün depolanan kontrol örnekleri probiyotik ilaveli cheesecake örneklerine kıyasla daha yüksek görünüş puanı almıştır. Sonuç olarak çalışma kapsamında kullanılan cheesecake formülasyonunun, L. rhamnosus HN001'in gelişimi için uygun bir gıda matrisine sahip olduğu belirlenmiştir.
Çeşitli kaynaklardan izole edilen Aspergillus section Nigri türlerinin fenotipik ve moleküler biyolojik yöntemlerle karakterizasyonu
Çalışmanın amacı, Aspergillus section Nigri grubu içerisinde yer alan mikrofungusların tür düzeyinde morfolojik ve moleküler biyolojik özelliklerine dayalı olarak karakterize edilmesidir. Bu amaç için, İzmir ili ve çevresinden çeşitli hava, toprak ve gıda örnekleri alınarak, bu örneklerde bulunan section Nigri üyesi Aspergillus kolonileri izole edilmiştir. İzole edilen mikrofungus türlerinin tanısı Klich 2002'de belirtildiği üzere 5 farklı besiyerinde makro ve mikromorfolojik özelliklerin tayini ile fenotipik olarak yapılmıştır. Moleküler tanılama amacıyla DNA izolasyonunda UltraClean® Microbial DNA Isolation Kiti (MoBio Laboratories, Inc.), EZNA Fungal DNA Kiti (Omega Bio-tek., Inc.) kullanılmıştır. Tüm Aspergillus section Nigri türlerinin kalmodulin sekans verisi ile birbirinden ayırt edilebilmesi sebebiyle Varga et al 2007'de belirtilen şekilde kalmodulin geninin filogenetik analizi gerçekleştirilmiştir. Çalışmanın sonucunda gıda ürünleri, toprak ve hava gibi çeşitli kaynaklardan toplam 150 adet Aspergillus section Nigri üyesi izole edilmiştir. Morfolojik çalışmalar sonucunda 5 farklı tür (A. awamori, A. carbonarius, A. foetidus, A. japonicus ve A. niger) elde edilirken moleküler çalışmalar sonucunda 10 farklı tür (A. acidus, A.acuelatus, A. awamori, A. carbonarius, A. foetidus, A. japonicus, A. neoniger, A. niger, A. tubingensis, A. uvarum) tanılanmıştır. Elde edilen moleküler veriler fenotipik tanıyla tanılamayan 5 türün varlığını göstermiştir. Böylelikle çalışma sonucunda özellikle Aspergillus section Nigri üyeleri olmak üzere mikrofungusların tanısında sadece fenotipik yöntemlerinin kullanımının subjektif gözlemlere dayalı olması, tanı anahtarlarının güncel olmaması nedeniyle yetersiz olduğu açığa konmuştur.
Vakum ambalajda depolanan tavuk göğüs filetolarının bozulmasını kontrol etmek için erik ekşisi bazlı marinata eklenen linalol ve öjenolün antimikrobiyal etkisi
Araştırmada, vakum ambalajda depolanan tavuk göğüs filetolarının bozulmasını kontrol etmek için erik ekşisi bazlı marinata eklenen linalol ve öjenolün in vitro ve ex situ antimikrobiyal etkisi incelenmiştir. Çalışmanın ilk bölümünde linalol ve öjenolün sekiz adet gıda kaynaklı referans patojen bakteri suşu üzerine in vitro antimikrobiyal etkinlikleri disk difüzyon ve rezasurin-broth mikrodilüsyon yöntemleri ile belirlenmiştir. Sonuçlar Yersinia enterocolitica ATCC 27729 suşunun her iki aktif esansiyel yağ bileşenine en duyarlı, Pseudomonas aeruginosa ATCC 35032 suşunun ise en dirençli bakteri olduğunu göstermiştir. Araştırmanın ikinci bölümünde ise linalol ve öjenolün ex situ uygulamaları için model gıda olarak tavuk göğüs filetoları kullanılmıştır. Vakum ambalaj koşullarında 4 °C'de 9 gün depolanan marine tavuk göğüs filetolarına iki farklı konsantrasyonda (%0.15 ve %0.30) eklenen linalol ve öjenolün antimikrobiyal etkisi incelenmiştir. Örnekler depolama periyodunun 0, 3, 6 ve 9. günlerinde pH değerleri ve mikrobiyolojik (toplam aerob mezofil bakteri (TAMB), Pseudomonas spp., laktik asit bakterileri (LAB), toplam koliform ve maya-küf) açıdan incelenmiştir. Veriler, test edilen mikroorganizmalar arasında TAMB ve Pseudomonas spp.'nin tavuk örneklerinde en baskın mikroorganizmalar olduğunu göstermiştir. Ek olarak aktif esansiyel yağ bileşenlerinin kullanımının bozucu mikroorganizmaların gelişimini geciktirdiği, TAMB ve Pseudomonas spp. sayısını depolamanın 9. gününde kontrol örneğine göre sırasıyla 0.95-2.19 ve 0.75-2.10 log birim azalttığı tespit edilmiştir (p<.000). LAB sayısı ise tüm deneme gruplarında kontrol örneğine göre depolamanın 9. gününde 0.79-1.68 log birim azalmıştır (p<.000). Maya sayısı depolamanın son gününde, kontrol ve diğer gruplara göre öjenol içeren deneme gruplarında önemli ölçüde düşüş sergilemiştir (p<.000). Kontrol ve deneme grupları duyusal özellikler (tat, koku, aroma, lezzet, renk, yumuşaklık, sululuk ve genel beğenilirlik) açısından da incelenmiş ve bulgular tavuk göğüs filetolarına aktif uçucu yağ bileşeni uygulamasının ürüne farklı bir aroma ve lezzet kattığını, öjenol içeren örneklerin tüketici kabulü açısından linalol içeren örneklere göre daha beğenilir olduğunu göstermiştir.
Kefirden izole edilen mayaların antimikrobiyal etkileri
Bu çalışmanın amacı, kefirden izole edilen maya izolatlarının bazı patojen mikroorganizmalar üzerinde antimikrobiyal etkilerini araştırmaktır. Yapılan çalışmada ilk olarak çeşitli markaların ticari kefirleri ile kefir danelerinden hazırlanan kefir içeceklerinden maya izole edilmiştir. Ardından bu mayaların Aspergillus flavus ve Aspergillus niger ile Escherichia coli ve Staphylococcus aureus üzerinde antimikrobiyal etkileri araştırılmıştır. Bu mikroorganizmalara karşı önce nokta ekim ve kuyucuk difüzyon yöntemleri uygulanmıştır. Nokta ekim yönteminde küfler üzerinde antimikrobiyal etkiyi gösteren zon çapının oluşmadığı, bununla birlikte sporlanmanın azaldığı görülmüştür. Kuyucuk difüzyon yönteminde ise bakterilere karşı oluşan zon çapı <1 mm olarak belirlenmiştir. Son olarak mikrodilüsyon yöntemiyle E. coli ve S. aureus'a karşı maya izolatlarının antibakteriyel etkisi optik yoğunluk ölçümü yapılarak 2 saat aralıklarla 24 saat boyunca incelenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre mayaların E. coli ve S. aureus gelişmesini tam olarak önlemediği görülmüştür. Bununla birlikte mayaların S. aureus'a karşı daha yüksek antibakteriyel etki gösterdiği belirlenmiştir.
Bazı alternatif dekontaminasyon yöntemlerinin kekiğin mikrobiyolojik ve kimyasal kalitesi üzerine etkisi
Bu tez çalışmasında ısıl (buharlı sterilizasyon) ve ısıl olmayan (gama ışınlama, UV ışınlama ve ozonlama) dekontaminasyon yöntemlerinin, kekikteki mikroorganizmalar (toplam aerobik mezofilik bakteri, maya küf ve Enterobacteriaceae), pirolizidin alkaloidleri, uçucu bileşenler ve renk değerleri üzerindeki etkileri araştırılmıştır. Mikrobiyal inaktivasyonda en etkili yöntemlerin ısıl işlem ve gama ışınlama olduğu saptanmıştır. Bu dekontaminasyon yöntemleri, toplam aerobik mezofilik bakteri sayısında 0.87-2.15 log kob/g azalmaya yol açmış olup maya küf ve Enterobacteriaceae sayılarını tespit edilebilir seviyenin altına düşürmüştür. Isıl işlem, pirolizidin alkaloidlerinin (PA'lar) seviyelerinde artışa ve bunların N-oksit formlarının (PANO'lar) seviyelerinde azalmaya neden olmuştur. Bu durum ısıl işlemin PANO'ların karşılık gelen PA'lara dönüştüğünü ortaya koymaktadır. UV ışınlama ve ozonlama yöntemleri 1, 2, 4 ve 8 saat uygulanmış ve kısa süreli uygulamalar (1 ve 2 saat) mikrobiyal inaktivasyonda etkisiz kalmıştır. Ancak, daha uzun süreli uygulamalar (4 ve 8 saat), belirli bir düzeyde mikrobiyal inaktivasyon sağlamıştır. Gama ve UV ışınlama PA/PANO düzeylerinde azalma sağlayamamıştır. Öte yandan, ozon gazı uygulaması PA/PANO düzeylerinde önemli düşüşlere neden olmuştur. Ozon gazı uygulaması sonrasında europine-N-oksit, europine, lasiocarpine-N-oksit ve lasiocarpine düzeylerinde sırasıyla %54.4, %53.9, %61.6 ve %61.4 oranında azalmalar gözlenmiştir. Isıl işlem, UV ışınlama ve ozonlama, kekikteki uçucu bileşiklerin bileşimini önemli ölçüde değiştirmiş ve bazı yeni bileşiklerin oluşumuna neden olmuştur. Gama ışınlama uçucu bileşenler üzerinde bir değişikliğe yol açmamıştır. Son olarak ısıl işlem, gama ışınlama ve UV ışınlama renk değerleri açısından bazı farklar yaratsa da en belirgin renk farkı ozonlama uygulanmasından sonra görülmüştür.
Etnik bir et ürünü olan deve sucuğunun mikrobiyolojik kalitesinin araştırılması
Amaç: Bu çalışmada 2021-2022 yılının Kasım-Şubat ayları içerisinde Aydın ili İncirliova ilçesinde üretilen yakın zamanda coğrafi işaret alan deve sucuklarının mikrobiyolojik kalitesinin araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: İncirliova sınırları içerisinden toplanan klasik yöntemle üretilen 50 adet fermente ve ısıl işlem görerek üretilen 50 adet ısıl işlem görmüş sucuk olmak üzere toplamda 100 örnek numune laboratuvar ortamında analiz edilerek mikroorganizmaların varlığı araştırılmıştır. Deve sucuğu örneklerinde Toplam Canlı Bakteri (TMCB), laktik asit bakterileri (LAB), maya-küf, Micrococcus/Staphylococcus, koliform bakteri grubu, Escherichia coli (E. coli) sayıları ve Salmonella spp. varlığı araştırılmıştır. Veriler, SPSS Versiyon 22 yazılımı kullanılarak değerlendirilmiştir. Fermente ve ısıl işlem görmüş sucuklara ait bakteriyel kontaminasyon verileri normal dağılım göstermediğinden Mann Whitney U testi kullanılarak karşılaştırılmıştır. Salmonella spp. varlığı açısından fark bulunup bulunmadığı ki kare testi ile karşılaştırılmıştır. Bulgular: Çalışmada elde edilen TMCB sonuçları fermente deve sucuğu (50/50) ve ısıl işlem görmüş deve sucuğu (46/50) için sırasıyla 7,76 ± 0,13 ve 5,73 ± 0,40 log kob/g olup istatistiksel olarak önemlidir (p<0.001). LAB sonuçları ortalama fermente deve sucuğu (50/50) ve ısıl işlem görmüş deve sucuğu (46/50) için sırasıyla 7,56 ± 0,17 ve 5,04 ± 0,52 logkob/g olup, bu değerler arasında istatistiksel olarak fark önemli bulunmuştur (p<0,001). Maya- küf sayıları değerlendirildiğinde fermente deve sucuğu (50/50) ve ısıl işlem görmüş deve sucuğu (15/50) için sırasıyla 4,90 ± 0,11 ve 3,63 ± 0,35 log kob/g olup, istatistiksel olarak önemlidir (p<0,001). Micrococcus/Staphylococcus sonuçları ve varlığı değerlendirildiğinde fermente deve sucuğu (50/50) ve ısıl işlem görmüş deve sucuğu (45/50) için sırasıyla 5,18 ± 0,05 ve 3,54 ± 0,43 log kob/g değerlerine ulaşılmış olup bu değerler arasında istatistiksel olarak fark önemlidir (p<0,001). Koliform grubu bakterilerin varlığı değerlendirildiğinde fermente deve sucuğu (50/50) ve ısıl işlem görmüş deve sucuğu (10/50) için sırasıyla 3,69 ± 0,13 ve 3,70 ± 0,91 log kob/g olup, bu değerler arasında istatistiksel olarak bir fark bulunmamıştır (p>0,05). E.coli kontaminasyon seviyesi değerlendirildiğinde ısıl işlem görmüş sucuk numunelerinde sadece üçünde belirlenebilir seviyenin üzerinde olduğundan, fermente sucuk numuneleri E.coli seviyesi ile arasındaki fark istatistiksel olarak değerlendirilememiştir. Fermente deve sucuğu (24/50) ve ısıl işlem görmüş deve sucuğu (3/50) için sırasıyla 3,35 ± 0,14 ve 1,87 ± 0,29 log kob/g E. coli değerleri bulunmuştur. Toplanan sucuk örneklerinde fermente deve sucuğunda (7/50) %14 ve ısıl işlem görmüş deve sucuğunda (8/50) %18 oranında Salmonella spp. olduğu belirlenmiştir. Sonuç: Deve sucuğu örneklerinde Türk Gıda Kodeksi verilerine göre olması gereken değerlerde değişikliklere rastlanmıştır. Olası kontaminasyonların önüne geçilebilmesi için iyi üretim ve iyi hijyen uygulamalarının yanında HACCP sistemlerinin uygulanmasının zorunlu olduğu sonucuna varılmıştır.
Öğrenci yurdu işletmelerinde çalışan yiyecek ve içecek (mutfak) personeline verilen gıda hijyeni eğitiminin, personelin gıda hijyeni bilgi, tutum ve davranış düzeyi üzerine etkisinin incelenmesi: Aydın ili örneği
Amaç: Bu araştırma, öğrenci yurdu işletmelerinde çalışan yiyecek-içecek (mutfak) personeline verilen gıda hijyeni eğitiminin, personelin gıda hijyeni bilgi, tutum ve davranış düzeyi üzerine etkisini incelemek amacı ile yürütülmüştür. Gereç ve Yöntem: Araştırma, ön test- son test- 1 aylık izlem randomize kontrollü yarı deneysel yöntem kullanılarak, Aydın ili Efeler ilçesine bağlı 3 öğrenci yurdunun idari binasında, Ocak 2022- Haziran 2022 tarihleri arasında 30 deney grubu, 30 kontrol grubu olmak üzere toplamda (n:60) mutfak personeli üzerinde yürütülmüştür. Veriler, "Kişisel Bilgi Formu" ve ''Gıda Hijyeni Bilgi, Tutum ve Davranış Düzeyi Ölçeği'' ile toplanmıştır. Eğitim sonunda deney grubuna; uzman araştırmacılar tarafından hazırlanmış "Gıda Hijyeni Eğitim Kitapçığı" verilmiştir. Verilerin analizinde ise, tanımlayıcı istatistiklerin yanı sıra, GPower, Ki-Kare, Student-t, ANOVA ve Mann-Whitney U testleri kullanılmıştır. Bulgular: Araştırmaya katılan mutfak personelinin ön test ve son test 'Gıda Hijyeni Bilgi, Tutum ve Davranış Düzeyi Ölçeği' toplam ve alt puanları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmuştur (p<0.05). Bu çalışmada, gıda hijyeni eğitimi verilmeden önce, personelin hijyen bilgi, tutum ve davranış düzeyi ön test toplam puanları sırasıyla, (t=-0,988, p=0,323), (t=-0,509, p=0,611), (t=-1,953, p=0,051) bulunurken; eğitim verildikten sonraki son test toplam puanları sırasıyla, (t=-5,405, p=0.000), (t=-5,670, p=0.000), (t=-6,744, p=0.000) bulunmuştur (p<0.05). Sonuç: Bu çalışmada alanında uzman bir diyetisyen tarafından verilen gıda hijyeni eğitiminin, mutfak personelinin gıda hijyeni bilgi, tutum ve hijyen (davranış) düzeyini önemli oranda artırdığı sonucuna ulaşılmıştır. Aynı zamanda eğitim alan personelin bilgi düzeyinin, kontrol grubundaki (eğitim almayan) personele göre daha yüksek olduğu sonucu tespit edilmiştir. Anahtar kelimeler: Öğrenci Yurtları, Eğitim, Gıda Hijyeni, Mutfak Personeli, TBS.
Bacillus amyloliquefaciens türüne ait EU07 izolatının (NCBI Accession: PRJNA743875 ID: 743875) toprak mikrobiyomuyla etkileşiminin metagenomik haritalanması ve ICP
Gelişmekte olan ülkeler başta olmak üzere tarım, ülkemizde ve dünyada çok önemli bir stratejik konumdadır. Birçok ülkenin, ekonomisinin büyük bir bölümü tarım sayesinde karşılanmaktadır. Tarımın popülerliğine paralel olarak pestisit kullanımında da artışlar görülmektedir. Tarımda istihdam edenler kısa sürede çok ve sağlıklı ürün alabilmek için pestisit kullanmayı tercih etmektedirler. Ancak pestisit ve pestisit kalıntılarının içinde yaşayan canlılarla birlikte çevreye birçok zararı vardır. Toprakta yaşayan yararlı mikroorganizmalar, bitkiler için zararlı olan mantarlar ve bakterilerle etkileşim halindelerdir. Bu etkileşim sonucunda pestisitlere ihtiyaç duyulmaksızın, bitkilerle simbiyotik ilişkiler kurarak bitki gelişimine katkı sağlamaktadırlar. Mevcut tez çalışması, toprakta yaşayan yararlı mikroorganizma olan Bacillus amyloliquefaciens türüne ait EU07 izolatını(NCBI Accession: PRJNA743875 ID: 743875) toprak ile muamele ederek pestisitler yerine biyolojik kontrol olarak kullanılabilir mi sorusundan yola çıkılarak yürütülmüştür. Tez çalışmasında dört farklı toprak denemesi kurulmuştur: kontrol, pozitif kontrol (EU07 ile muamele edilmiş), negatif kontrol (Fusarium oxyporum f.sp. radicis lycopersici ile enfekte edilmiş) ve muamele edilmiş (hem EU07 hem Fusarium oxyporum f.sp. radicis lycopersici ile enfekte edilmiş). Her denemeye eş zamanlı olarak domates fideleri ekilmiştir. Toprak denemelerinden 4. ve 7. günlerde alınan toprak örneklerinden metagenom analizi, 7. günün sonunda domates fidelerinin yapraklarından alınan örneklerle de ICP-MS analizi yapılarak bitki besleme yönünden elementlerin değişimi takip edilmiştir. Toprak denemeleri sonucundan en iyi bitki gelişimini EU07 izolatı uygulanan pozitif kontrol toprak denemelerinde büyütlen domates fideleri göstermiştir. Negatif kontrol olan domates fidelerinin yapraklarında sararmalar, kurumalar ve kök boğazında siyahlaşmalar görülmüştür. Muamele edilmiş toprak denemesinde ilk başta hastalık etmenin etkisiyle kurumaya yakın olan örnekler toprağa EU07 izolatının eklenmesiyle beraber hastalık ilerlemesinin durduğu ve EU07 muamele edilen bitkilerin çiçek açma eğilimine girdiği görülmüştür. Metagenom analizi doğrultusunda toprakta bulunan yararlı mikroorganizmalar (Acidobacteria vb.) pozitif kontrolde yüzdesel olarak artarken negatif kontrolde ise azalmıştır. Bu artış muamele edilmiş toprak demesinde de meydana gelmiştir. Ancak pozitif kontrolde olduğu kadar yüksek oranda gerçekleşmemiştir. ICP-MS analizlerine göre EU07 izolatı uygulanan bitkilerinin yapraklarında bitki besleme açısından önemli element yüzdeleri kontrole göre daha yüksek bulunmuştur. Bu çalışmalar EU07'nin Fusarium oxysporum f. sp. radicis lycopersici'ye karşı engelleyici etkisinin yanısıra toprak mikroflorasına da bitki besin elementlerinin bitkiye taşınımında da olumlu etkileri olduğu belirlenmiştir.
Aptamer tabanlı yaklaşımlar ile Alicyclobacillus sporlarının seçici ve hassas tespiti
İçecek endüstrisinde ürün kalitesinin sürekli izlenmesi, tüketici beklentilerini karşılamak açısından büyük önem taşımaktadır. Termo-asidofilik özelliklere sahip Gram-pozitif Alicyclobacillus spp. bakterileri patojen olmasalar da meyve suyu işleme koşullarına dayanıklı ısıya dirençli endosporları nedeniyle önemli bir kalite sorunu oluşturmaktadır. Bu bakteriler, yüksek sıcaklık ve asidik ortamlarda hayatta kalabildikleri için meyve suyu üretiminde ciddi sorunlara yol açmaktadır. Mevcut tespit yöntemleri ise genellikle kültürleme, izolasyon ve tür tanımlamasını içerdiğinden oldukça zaman alıcıdır ve sonuçların alınması bir haftayı bulabilmektedir. Bu durum, tedarik zincirinde gecikmelere ve ekonomik kayıplara neden olabilmektedir. Bu çalışmada, Alicyclobacillus sporlarını tanıyabilen DNA aptamerlerinin geliştirilmesi ve karakterize edilmesi amaçlanmıştır. Aptamer seçimi, manyetik boncuk tabanlı spor-SELEX (Sistematik Ligandların Üstel Zenginleştirme Yoluyla Evrimi) yöntemiyle gerçekleştirilmiş ve süreç boyunca akış sitometrisi ile jel elektroforezi gibi tekniklerle seçim etkinliği doğrulanmıştır. Seçim sonrası yapılan analizlerde, aptamerlerin hedef sporlara karşı yüksek afiniteli ve seçici bağlanma özellikleri gösterdiği belirlenmiş, böylece özgül aptamerlerin başarıyla geliştirildiği ortaya konmuştur. FAM işaretli Apt-1, Apt-2 ve Apt-3 aptamerlerinin Alicyclobacillus sporlarına bağlanma özellikleri, farklı konsantrasyon ve ortam koşullarında değerlendirilmiştir. SELEX tamponunda elde edilen yüksek korelasyonlu standart eğriler, aptamerlerin kantitatif analizler için yeterli sinyal kararlılığına sahip olduğunu göstermiştir. Zaman temelli bağlanma analizleri, bağlanmanın 45. dakikada dengeye ulaştığını ortaya koymuştur. SELEX tamponunda en düşük Kd değerine Apt-2 sahipken, portakal ve elma suyu gibi kompleks gıda matrislerinde en yüksek bağlanma afinitesinin Apt-3 tarafından sergilendiği belirlenmiştir. Bu bulgular hem aptamer geliştirme sürecine hem de potansiyel uygulama alanlarının anlaşılmasına katkı sağlamış; ayrıca meyve suyu endüstrisinde hızlı ve güvenilir bir kalite kontrol yönteminin uygulanabilirliğini ortaya koymuştur.
Bazı postbiyotiklerin antioksidan ve antimikrobiyal özelliklerinin belirlenmesi
Postbiyotik terimi; probiyotik mikroorganizmalar tarafından üretilen veya mikrobiyal parçalanmadan sonra ortama salınan, konakçıda faydalı aktiviteleri kanıtlanmış metabolitleri ve hücre duvarı bileşenlerini ifade etmektedir. Bu metabolitler arasında; vitaminler, bakteriyosinler, organik asitler, kısa zincirli yağ asitleri, enzimler, hücre proteinleri, kofaktörler, peptitler, teikoik asitler, endopolisakkaritler ve ekzopolisakkaritler yer almaktadır. Postbiyotikler güçlü antimikrobiyal, antioksidan, antienflamatuvar, bağışıklık düzenleyici ve antihipertansif özelliklere sahiptir. Tez çalışması kapsamında, besiyeri ortamına biyoaktif bileşenlerce zengin bir gıda atığı olan portakal kabuğu tozu eklenmesinin, postbiyotiklerin biyoaktif özelliklerine etkisi incelenmiştir. Çalışmada 3 farklı konsantrasyonda (%0,5, %1 ve %1,5) PKT eklenen besiyerlerine, probiyotik iki suş (Lactobacillus plantarum UALp-05 ve Bifidobacterium bifidum UABb-10) inoküle edilmiş ve inkübasyon sonunda kültür ortamına US işlemi uygulanarak postbiyotikler elde edilmiştir. Postbiyotiklerin antimikrobiyal ve antioksidan özellikleri incelenmiştir. Bu amaçla toplam fenolik madde miktarı, antioksidan aktivite (DPPH ve ABTS), antimikrobiyal aktivite (agar kuyu difüzyon ve MİK) analizleri gerçekleştirilmiştir. %1,5 PKT içeren besiyerlerinden izole edilen postbiyotiklerin PKT kaynaklı flavonoid içerikleri HPLC ile belirlenmiş ve bu postbiyotiklerin S. aureus hücrelerine etkisi TEM ile incelenmiştir. Çalışma sonucunda besiyerine PKT eklenmesiyle postbiyotiklerin biyoaktif özelliklerinin artış gösterdiği ve %1,5 PKT konsantrasyonunda antioksidan ve antimikrobiyal aktivitenin önemli oranda arttığı tespit edilmiştir (p<0,05). Uygulanan US işleminin postbiyotiklerin TFM miktarlarını önemli oranda artırdığı bulunmuştur (p<0,05). Antimikrobiyal aktivite analizleri soncunda en yüksek antimikrobiyal aktiviteyi S. aureus patojenine karşı gösterdiği bulunmuştur. TEM görüntülerinde, %1,5 PKT içeren besiyerlerinden elde edilen postbiyotiklerin S. aureus bakterisinin hücreleri üzerinde, 125 μg/ mL konsantrasyonda önemli hücre hasarları gözlenmiştir. Ayrıca fermantasyon yoluyla PKT içerisinde bulunan glikozit naringin molekülünün aglikon naringenin forma; hesperidin molekülünün ise aglikon hesperetin molekülüne biyodönüşümünün sağlandığı HPLC analizleri ile tespit edilmiştir.
Study of antibiotic removals in various honey samples with different methods
In today's livestock applications, the use of veterinary medicines is very important for the efficient and safe production of meat, fish, milk, eggs and honey. The use of these drugs is subject to strict licensing and approval procedures with a system similar to that of medicinal products. Medicines and other chemical substances are used for the prevention of diseases and acceleration of development in animals. However, it is considered to be a residue if it exceeds the limits of food, such as meat, milk, eggs, honey. In our work, we collected 20 pieces of packaged, 20 pieces of honey sold in unpacked. Unpacked samples were collected from various cities beekeeping of Turkey (Erzurum, Siirt, Malatya, Kars, Gümüşhane, Çanakkale, Artvin, Erzincan, Giresun, Trabzon, Rize) . Packaged samples were obtained from the market. Bought samples were delivered to the laboratory in sterile conditions in the cold chain and stored at 2-8 ° C until the working day. Firstly, the antibiotic residues in the samples were qualitatively detected with the MeRA Test. Tetracyclin levels of all samples were then quantitatively determined by elisa method. This test is intended to qualitatively determine the results. This kit is designed to be optimized for meat products. 40 samples were analyzed and the positivity was found 19 samples sold in open and in 16 samples of packaged samples. Compared with Elisa, the MeRA test was found to be a cheap, fast and practical test for Tetracycline residues. As a result, it is seen that the use of antibiotics is still uncontrolled in honey production in our country. Be more careful for quality honey production.
Tomas peynirinin olgunlaşma sürecinde staphylococcus aureus, listeria monocytogenes ve salmonella spp.'nin canlılıklarının araştırılması
Tomas peyniri, Türkiye'nin Doğu Anadolu Bölgesi'nde, özellikle de Bingöl, Tunceli, Elazığ, Erzincan, Muş ve Malatya illerinde üretilen bir tulum peyniri çeşididir. Tomas peyniri ile ilgili yazılı, dokümante edilmiş bir üretim metodu bulunmamaktadır. Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus ve Salmonella spp. gibi patojenler, geleneksel yöntemlerle üretilen peynirlerde gıda güvenliği ve halk sağlığı açısından risk oluşturabilmektedir. Bu çalışmada, geleneksel yöntemlerle üretilen Tomas peynirinde, yukarıda belirtilen patojenlerinin 4±1 °C ve 10±1 °C'de canlılıklarının araştırılması amaçlanmıştır. Toplam aerobik mezofilik koloni sayısı 4°C'lik grupta olgunlaşma periyodunun 0. gününde en yüksek düzeye ulaşmış, buna karşın 60. günde en düşük düzeyde tespit edilmiştir (P<0,01). Maya-küf sayısı bakımından, 4 °C ve 10 °C'lik grupta 45 ve 90. olgunlaşma günlerinde istatistiksel olarak fark tespit edilmiştir (p<0,05). Psikrotrof koloni sayıları bakımından 4 °C ve 10 °C'lik gruplarda olgunlaşma günleri boyunca elde edilen değerler arasında istatistiksel anlamda fark bulunmuştur (P<0,05). Enterococcus spp. açısından olgunlaşma periyodunda 0, 7 ve 45. günlerde elde edilen sayılar arasındaki farkların istatistiksel olarak önemli olduğu tespit edilmiştir (P<0,05). Lipolitik koloni sayısında 4 °C ve 10 °C'lik gruplarda olgunlaşma günlerinden 7. ve 30. günlerde elde edilen değerler arasındaki farklar istatistiksel olarak önemli bulunmuştur (P<0,05). Proteolitik koloni sayısında olgunlaşma süresince 10 °C'lik grupta istatistiksel anlamda fark bulunmuştur (P<0,05). Staphylococcus aureus sayısında 4 °C ve 10 °C'lik gruplarda olgunlaşma günlerinden 45 ve 90. günler arasında istatistiksel anlamda fark bulunmuştur (P<0,001). L. monocytogenes sayısında olgunlaşma periyodu boyunca elde edilen değerler ve olgunlaşma sıcaklıkları açısından 15 ve 45. günler arasındaki fark istatistiksel olarak önemli bulunmuştur (p<0,001). Salmonella spp. sayısında olgunlaşma periyodu boyunca elde edilen değerler ve olgunlaşma sıcaklıkları açısından 60 ve 120. günler arasındaki farkın istatistiksel olarak önemli olduğu tespit edilmiştir (p<0,001). Olgunlaşma periyodu sonunda inoküle edilen pataojenlerden Salmonella spp. sayısında 4 °C'de 4,54 log10 kob/g ve 10 °C'de 3,15 log10 kob/g; Staphylococcus aureus sayısında sırasıyla 1,59 log10 kob/g ve 1,75 log10 kob/g ve Listeria monocytogenes sayısında 2,92 log10 kob/g ve 3,06 log10 kob/g düşme tespit edilmiştir. Bu çalışmadan elde edilen veriler doğrultusunda, Tomas peynirinde, Staphylococcus aureus, Salmonella spp. ve Listeria monocytogenes sayısı farklı olgunlaştırma sıcaklıklarında (4±1 °C ve 10±1 °C), olgunlaşma periyodunun sonunda düşüş gösterse de, elde edilen veriler bu patojen mikroorganizmaların peynirde gıda güvenliği ve halk sağlığı açısından bir risk oluşturabileceğini ortaya koymuştur.
Baharat uçucu yağlarının köftelik kıymalardaki Salmonella spp. ve Staphylococcus aureus patojenleri üzerine inhibitör etkisi
Bu çalışmanın amacı, kekik (Origanum onites), fesleğen (Ocimum basilicum) ve karanfil (Syzygium aromaticum) esansiyel yağlarının (EO) +4ºC'de 7 gün boyunca depolanan köftelik kıymadaki (%20 yağ) iki farklı Salmonella Typhimurium ve iki farklı Staphylocococus aureus suşuna karşı antimikrobiyal etkisini belirlemektir. Ayrıca çalışmada esansiyel yağların köftelik kıymanın renk, pH değeri ve duyusal özellikleri üzerine etkisi de incelenmiştir.Çalışmada esansiyel yağların minimum inhibitör konsantrasyonu (MİK) değerleri agar dilüsyon metodu ile belirlenmiş, bu amaçla yedi farklı konsantrasyonda (0,03%, 0,06%, 0,12%, 0,25%, 0,5%, 1% ve 2% (w/w)) EO kullanılmıştır. Kekik (Origanum onites) ve fesleğen (Ocimum basilicum) EO'larının MİK değerleri Salmonella Typhimurium'un her iki suşu için sırasıyla 0,06% ve 0,25% (w/w) olarak tespit edilirken bu değerler Staphylocococus aureus suşları için ise 0,03 % ve 0,25% olarak belirlenmiştir. Karanfil EO'nın MİK değeri ise kullanılan en büyük konsantrasyondan (%2 w/w) büyük olarak tespit edilmiştir. Bu nedenle inokülasyon denemelerinde kekik ve fesleğen EO'ları kullanılmıştır. 4ºC'de 7 gün depolanan köftelik kıymalardaki S. Typhimurium ve Staphylocococus aureus'un %1 ve %2'lik konsantrasyonda EO ilave edilen denemeler dışındaki konsantrasyonlarda artış gösterdiği en fazla etkinin %2'lik konsantrasyondaki kekik ve fesleğen EO'larında görüldüğü tespit edilmiştir. Kekik EO Salmonella Typhimurium ve Staphylocococus aureus'a karşı fesleğen EO'dan daha fazla antimikrobiyal etki göstermiştir. Depolama süresi sonunda %2'lik kekik EO S.Typhimurium üzerinde 3,16 log'luk, %2'lik fesleğen EO ise 2,48 log'luk azalma sağlamıştır. S.aureus denemesinde ise depolama boyunca S.aureus sayısının tüm konsantrasyonlarda artış gösterdiği fakat %2'lik fesleğen EO'nın kontrol grubuna göre 0,79 log, kekik EO'nın ise 1,01 log daha düşük olduğu belirlenmiştir.Kullanılan EO'ların yüksek antimikrobiyal etki gösterdiği konsantrasyonlarının kıymadan yapılan köftenin duyusal özelliğini olumsuz etkilediği saptanmış, ayrıca +4 ºC'deki 7 günlük depolama süresince köftelik kıymanın pH değeri ve renk değişiminde istatiksel olarak önemli bir fark yarattığı (P<0.05) belirlenmiştir.
Salam üretim aşamalarındaki mikrobiyal kontaminasyon kaynaklarının belirlenmesi
Bu çalışma, salam üretim hattı boyunca hammaddeden tüketime sunuluncaya kadar geçen aşamalarda, mikrobiyal kontaminasyon kaynaklarını belirlemek amacı ile gerçekleştirilmiştir. Bursa'da faaliyet gösteren özel sektöre ait kırmızı et ve et ürünleri üretimi yapan işletmeye 10 farklı ziyaret ile, salam üretim aşamalarından, üretimde kullanılan yardımcı maddelerden, kullanılan alet ekipman ile personel elleri, personel önlükleri, ortam havası ve işletmede kullanılan sudan toplam 200 örnek alınmış ve aerob mezofil genel canlı, koliform bakteriler, Escherichia coli, stafilokok-mikrokok, koagülaz pozitif stafilokok, enterokok, maya ve küf sayıları yönünden incelenmiştir. Hammadde olan ette aerob mezofil genel canlı, maya küf, koliform, enterokok, stafilokok-mikrokok, koagülaz pozitif stafilokok ve Escherichia coli sayıları ortalamasının sırasıyla 6,10 log10 kob/g; 4,84 log10 kob/g; 4,54 log10 kob/g; 2,95 log10 kob/g; 2,54 log10 kob/g; 0,97 log10 kob/g ve 1,64 log10 kob/g olduğu tespit edilmiştir. Çalışmamızda uygulanan ısıl işlemin mikrobiyal yükün azalmasında oldukça etkili olduğu görülmüş ve pişirme sonrası alınan örneklerindeki aerob mezofil genel canlı, stafilokok/mikrokok ve maya-küf sayılarının ortalaması sırasıyla 3,89 log10 kob/g; 1,13 log10 kob/g ve 1,52 log 10 kob/g; koliform, enterokok, koagülaz pozitif stafilokok ve Escherichia coli sayılarının ise tespit edilebilir limitlerin altında olduğu belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre hammadde birinci kontaminasyon kaynağı olarak belirlenirken, personel ve alet ekipman ikinci kontaminasyon kaynağı olarak belirlenmiştir. Salam üretiminin bütün aşamalarında mikroorganizma sayılarının insan sağlığı için tehlike oluşturabilecek düzeyde olmadığı ve son ürünün mikrobiyolojik olarak kritik limitlere uyduğu saptanmıştır. Halk sağlığı açısından güvenli salam üretimi için hammadde kalitesine dikkat edilmesi, salamların uygun sıcaklık ve sürede pişirilmesi ve üretimde kullanılan alet ekipman temizliğine dikkat etmek önem arz etmektedir.
Bazı baharatların (sumak, kimyon, karabiber ve kırmızı biber) gıda kaynaklı patojen bakterilerin gelişimi ve biyojen amin üretimi üzerine etkilerinin incelenmesi
Çalışmada sumak, kimyon, karabiber ve kırmızı (pul) biber dietil eter ekstraktının 8 farklı gıda kaynaklı patojen bakteri (Staphylococcus aureus, Salmonella Paratyphi A, Klebsiella pneumoniae, Enterococcus faecalis, Camplylobacter jejuni, Aeromonas hydrophila, Pseudomonas aeruginosa ve Yersinia enterocolitica) gelişimi ve iki farklı aminoasit (histidin ve tirosin) dekarboksilaz sıvısında biyojen amin üretimine etkisi incelenmiştir. Baharat ekstraktının gıda kaynaklı patojen bakteri üzerindeki antimikrobiyal etkisi minimium inhibisyon konsantrasyonu (MIK) ve minimum bakterisit konsantrasonu (MBK) ile belirlenmiştir. Test edilen baharat ekstraktları arasında sumak ve bunu takiben pul biber ekstraktı diğer baharat ekstraktlarına kıyasla daha yüksek antimikrobiyal aktivite sergilemiştir. Sumak ekstratına karşı en hassas türler 6.25 mg/ml MIK değeri ile Ent. faecalis ve A. hydrophila olmuştur. Baharat ekstraktlarının bakteriler üzerindeki MBK değerleri genellikle 50 mg/ml'nin üzerinde olmuştur. Aminoasit dekarboksilaz sıvısında genellikle en düşük bakteriyel yük sumak, pul biber ve kimyonda (<8.20 logkob/ml) gözlenmiştir. Baharat ekstraktları amonyak üretimini önemli düzeyde düşürmüştür (p<0.05). Gıda kaynaklı patojen bakteriler başlıca TMA, dopamin, serotonin ve agmatin üretmişlerdir. Histidin dekarboksilaz sıvısında histamin üretimi 0.14 mg/L (Y. enterocolitica) ve 39.29 mg/L (Staph. aureus) arasında değişkenlik gösterirken, tirosin dekarboksialz sıvısında bakteriler 10 mg/L'nin üzerinde tiramin üretmişlerdir. Histidin dekarboksilaz sıvısında pul biber ekstraktı, tirosin dekarboksilaz sıvısında ise kimyon ekstraktı genel olarak biyojen amin üretimini artırmasına karşın, baharat ekstratlarının biyojen amin üretimindeki etkisi aminoasit dekarboksilaz sıvısına, baharat tipine, bakteri türüne ve spesifik biyojen amine göre değişkenlik göstermiştir.
Molecular characterization of the predominant lactic acid bacteria and yeasts in the sourdough and chickpea fermentations and investigation of some lactic acid bacteria for potential starter culture usage
In the present study, a total of 20 sourdough, chickpea liquid starter and dough samples were collected from different bakeries at two different times. Sourdough and chickpea fermentations were also conducted under laboratory conditions. Microbiological and chemical properties of collected samples were investigated and lactic acid bacteria and yeasts were isolated and identified by molecular methods. In sourdough fermentations, analysis by 16S rRNA gene sequencing grouped the strains into 18 lactic acid bacteria species and the most frequent isolates were Lactobacillus sanfranciscensis (32.7%), Lactobacillus plantarum (18.6%) and Lactobacillus paralimentarious (15.9%). In chickpea fermentations, 12 lactic acid bacteria species were identified and the most prevalent species were Weissella confusa (44.6%), Enterococcus faecium (25.6%) and Weissella cibaria (11.6%). PCR-RFLP analysis identified Saccharomyces cerevisiae in the sourdough (72.5%) and chickpea fermentations (40.7%) as the most frequent yeast species. Other isolated yeast species were Kazachstania bulderi, Pichia membranifaciens, Kazachstania servazzii, Kazachstania unispora and Hanseniaspora valbyensis for sourdoughs and Candida parapsilosis, Meyerozyma guilliermondii and Cryptococcus albidosimilis for chickpea fermentations. Pichia fermentans was isolated from both of the fermentations. According to the technological potential, Lactobacillus plantarum XL23 and Lactobacillus sanfranciscensis RL976 strains were used as mono- and dual-culture in the production of experimental sourdoughs and Weissella confusa RL1139 strain was used as mono-culture in the production of experimental chickpea liquid starters.